JP2021035373A - Powdery mildew-resistant genes in carrot - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、ウドンコ病、特に植物病原菌Erysiphe heracleiによって起こるウドンコ病、1つまたは2つの優性ウドンコ病抵抗性遺伝子によってウドンコ病抵抗性が付与された抵抗性のニンジン植物またはDaucus carota植物に関する。本発明はさらに、該ウドンコ病、特に植物病原菌Erysiphe heracleiによって起こるウドンコ病に遺伝学的に関連付けられる分子マーカー、抵抗性付与遺伝子、およびニンジン植物またはDaucus carota植物がウドンコ病、特に植物病原菌Erysiphe heracleiによって起こるウドンコ病に抵抗性であることを判定するためのそれらの使用に関する。本発明はまた、該植物の種子、植物部分、および特に可食部分にも関する。 The present invention relates to Udonko disease, particularly Udonko disease caused by the phytopathogen Erysiphe heraclei, a resistant carrot plant or Daucus carota plant conferred Udonko disease resistance by one or two dominant Udonko disease resistance genes. The present invention further relates to molecular markers genetically associated with Udonco disease, particularly Udonco disease caused by the phytopathogen Erysiphe heraclei, resistance-imparting genes, and carrot or Daucus carota plants by Udonco disease, especially the phytopathogen Erysiphe heraclei. With respect to their use in determining resistance to the Udonco disease that occurs. The present invention also relates to the seeds, plant parts, and especially edible parts of the plant.
ニンジンまたはDaucus carotaは、世界の多くの地域で一般的なセリ科の栽培植物である。セリ科は、多くが中空の茎を有する芳香植物である多数の種からなり、顕花植物の最も大きい20の科に含まれる。Daucus属に並び、他にも栽培植物が知られており、その例は、キャラウェー、セロリ、コリアンダー、ディル、フェンネル、パセリおよびパースニップである。セリ科は全部で3500を超える種を含む。 Carrots or Daucus carota are cultivated plants of the Umbelliferae family that are common in many parts of the world. Umbelliferae consists of a large number of species, many of which are aromatic plants with hollow stems, and are included in the 20 largest families of flowering plants. Along with the genus Daucus, other cultivated plants are known, such as caraway, celery, coriander, dill, fennel, parsley and parsnips. Umbelliferae includes more than 3,500 species in total.
野生ニンジンであるDaucus carota L.は、世界の広い地域において固有であり、若い段階では食べられるが長期の生育により木質化する白色主根を有する。栽培されるニンジンであるDaucus carota、特にDaucus carota spp. sativusは、通例橙色であるが、紫、赤、黄および白色の変種も知られる根菜である。 The wild carrot Daucus carota L. is endemic in large parts of the world and has white taproots that are edible at a young age but become woody over long-term growth. The cultivated carrot, Daucus carota, especially Daucus carota spp. Sativus, is a root vegetable that is usually orange, but purple, red, yellow and white varieties are also known.
気候の穏やかな地域では通常、Daucus carotaは二年生植物で、播種後1年目が生長期であり、越冬後の栽培2年目に開花しうる。熱帯および亜熱帯地域では、ニンジンは一年生で、春化処理を行わなくても生長期から生殖期への移行が起こる。野生種の中にも一年生の生活環を持つものはある。 In mild climates, Daucus carota is usually a biennial plant, growing long in the first year after sowing and can bloom in the second year of cultivation after overwintering. In tropical and subtropical regions, carrots are annual and undergo a transition from growth to reproductive without vernalization. Some wild species have an annual life cycle.
葉は螺旋状に付く。花柄が伸びると、この茎の先端が尖り、細かく枝分かれした花序となる。この茎は60〜200cmの長さとなりうる。 The leaves are spirally attached. When the peduncle grows, the tip of this stem becomes sharp and becomes a finely branched inflorescence. This stem can be 60-200 cm long.
花は、白色ないし薄緑または黄色の小花柄を伴う繖形花序をなす。個々の花は小花柄に付く。最初の繖形花序が主茎の先端に付き、この主枝部分からさらなる繖形花序が伸びうる。各花は、5つの花弁、5つの雄蘂、および中心に1つの柱頭を有する。花は雄性先熟であり、すなわち、花の柱頭が受粉可能となるのに先だって、葯が花粉を放出する。このメカニズムは、自家受粉をある程度防ぎ、他家受粉を促進する。心皮の上面に、花蜜を含有する花盤が存在する。花は受粉を媒介する昆虫を引き寄せ、受粉すると繖形花序の外側部分が内側に折れ曲がって、繖形花序は凸状を経てカップ状に変形する。約30日後に実る種子は2つの分果からなり、それぞれが真の種子を含む。 The flowers form umbels with white to light green or yellow pedicels. Individual flowers have a pedicel. The first umbel is attached to the tip of the main stem, and further umbels can grow from this main branch. Each flower has five petals, five stamens, and one stigma in the center. The flowers are male precocious, that is, the anthers release pollen before the stigma of the flower becomes pollinable. This mechanism prevents self-pollination to some extent and promotes cross-pollination. On the upper surface of the carpel, there is a pistil containing nectar. The flowers attract insects that mediate pollination, and when pollinated, the outer part of the umbel bends inward, and the umbel transforms into a cup shape via a convex shape. Seeds that grow after about 30 days consist of two fruit splits, each containing true seeds.
Daucusにおける雄性不稔の出現は、ハイブリッド種子の生産に非常に有用な特質である。Daucus属の雄性不稔には2つの型が知られている(参考文献1、2、3):いわゆるブラウンアンサー型(brown anther type)(葯が、花粉飛散可能となる前に退化し、しぼむ)と、雄蘂が花弁様構造に置き換わるペタロイド型(petaloid type)である(参考文献1)。
The appearance of male sterility in Daucus is a very useful property for the production of hybrid seeds. Two types of male sterility of the genus Daucus are known (
ニンジンに見られる雄性不稔は通常、細胞質雄性不稔であり、これは、当該形質をもたらす遺伝的決定因子が、核染色体上に存在するのではなく、ミトコンドリアDNAによってコードされるというものである。ミトコンドリアは卵細胞によってのみ子に伝達されるので、当該形質は母系遺伝する。雄性不稔の出現は100%の他家受粉を可能にするので、Daucusのハイブリッドが容易に作られる。ニンジンは近交弱勢を起こす作物であるが、ヘテローシスまたは雑種強勢であれば非常に強いものでありうる。 The male sterility found in carrots is usually cytoplasmic male sterility, which means that the genetic determinants responsible for the trait are encoded by mitochondrial DNA rather than being present on the nuclear chromosome. .. The trait is maternally inherited because mitochondria are transmitted only by the egg cell to the offspring. The appearance of male sterility allows 100% cross-pollination, making Daucus hybrids easy to make. Carrots are inbreeding depression crops, but can be very strong if they are heterosis or hybrid.
ニンジンは、その栄養ある主根のために栽培される。主根の大部分は、外側の篩部と内側の木部からなる。木部と比較して大部分を占める篩部が、園芸学的に価値あるものと考えられている。主根は多くの形のものが知られており、用途に応じて、丸い形、円錐形またはより円筒形に近いものが好まれる。根の長さは5cmから40cmに至るものまで様々であり、直径は1cmから10cmまで様々でありうる。主根の色は、野生種では白色であるが、栽培種では橙色が多く、赤、紫、黒または黄色のものもある。主根は、ビタミンAに代謝されうる、重要な抗酸化物質であるカロテン、特にβ−カロテンに富む。ニンジンはさらに、食物繊維、ビタミンC、B6およびK、ならびに抗酸化物質ファルカリノールを含む。抗酸化物質(カロテノイドを含む)は、慢性疾患を防ぐ効果について研究されている。遊離の糖は主に、スクロース、グルコースおよびフルクトースである。 Carrots are cultivated for their nutritious taproot. Most of the taproot consists of an outer phloem and an inner xylem. The phloem, which occupies most of the wood, is considered to be horticulturally valuable. Many taproots are known to have a round shape, a conical shape, or a more cylindrical shape, depending on the application. Root lengths vary from 5 cm to 40 cm and diameters can vary from 1 cm to 10 cm. The color of the taproot is white in wild species, but is often orange in cultivated species, and some are red, purple, black or yellow. Taproot is rich in carotene, an important antioxidant that can be metabolized to vitamin A, especially β-carotene. Carrots also contain dietary fiber, vitamins C, B6 and K, and the antioxidant falcarinol. Antioxidants (including carotenoids) have been studied for their ability to prevent chronic diseases. The free sugars are mainly sucrose, glucose and fructose.
ニンジンの栽培は世界中で行われている。2011年には3500万トンを超えるニンジンが生産された(参考文献4)。人が栽培する他のあらゆる作物と同様、この作物にも、良好な収穫を脅かす要因は数多く存在する。多くの細菌、真菌、ウイルスおよびウイロイドによる病害、ならびに多くの昆虫および線虫による虫害が知られている。主な細菌および真菌による病害は、とりわけXanthomonas campestris、Erwinia carotavora、Alternaria dauci、Alternaria radicina、Pythium spp.、Rhizoctonia spp.、Sclerotinia spp.、Fusarium spp、Botrytis cinereaおよびPhytophthora spp.により引き起こされるものである。Heterodera carotae、Meloidogyne spp. およびPratylenchus spp.といった線虫は、主根を著しく損ない、その結果、収穫量が低下し、産物は市販に適さなくなる。さらに、さまざまなウイルスおよびウイロイドが、植物の健康状態およびニンジンの収穫量に悪影響を及ぼすことが知られている。 Carrots are cultivated all over the world. In 2011, over 35 million tonnes of carrots were produced (Reference 4). Like all other human-grown crops, there are many factors that threaten good harvests in this crop. Diseases caused by many bacteria, fungi, viruses and viroids, as well as insect damage caused by many insects and nematodes are known. Diseases caused by major bacteria and fungi are caused by Xanthomonas campestris, Erwinia carotavora, Alternaria dauci, Alternaria radicina, Pythium spp., Rhizoctonia spp., Sclerotinia spp., Fusarium spp, Botrytis cinerea and Phytophthora spp. Nematodes such as Heterodera carotae, Meloidogyne spp. And Pratylenchus spp. Significantly damage taproots, resulting in reduced yields and unfit products. In addition, various viruses and viroids are known to adversely affect plant health and carrot yields.
そのような病原体によって引き起こされるニンジン収穫量の低下の故に、該病原体に対する抵抗性を導入する品種改良プログラムが、企業および政府機関によって推し進められてきた。ニンジン栽培に大きく影響する病害の1つは、Erysiphe heracleiによるウドンコ病である。Erysiphe heracleiは子嚢菌Erysiphales目に属し、いくつかのセリ科植物メンバーにおいて葉病害ウドンコ病を引き起こす(参考文献5、6)。E. heracleiのいくつかの分化型が知られており、それらは概して、セリ科の異なる属に特異的である。
Due to the reduced carrot yields caused by such pathogens, breeding programs have been promoted by companies and government agencies to introduce resistance to the pathogens. One of the diseases that greatly affects carrot cultivation is Udonko disease caused by Erysiphe heraclei. Erysiphe heraclei belongs to the ascomycete Erysiphales order and causes leaf disease powdery mildew in some Umbelliferae plant members (
Erysiphe heracleiに感染すると、ニンジン植物は真菌および胞子で覆われるようになる。植物細胞に侵入する吸器が真菌から生じるが、これは細胞膜を横切らない。したがって、真菌は細胞間に存在する。吸器を通して、栄養物および水が感染植物の細胞間隙から吸収される。真菌による斑点が、最初に下方の葉に現れ、上方の植物部分に広がっていく。斑点は、花柄があればそれを含む植物全体に広がる。この病害は、夏から秋の気温で最も顕著である。感染が重篤であれば、葉が落ち、収穫量が低下し、採種においては種子の品質が低下する。20%の収穫量低下は希ではない。多湿条件では、感染組織は他の(二次的な)病原体に容易に冒されて、急速な葉の衰弱が起こる。現代式のトップリフターはニンジンを地面から引き抜くのに葉を使うので、冒された作物では葉が失われるために、適正な収穫を行うことができない。 When infected with Erysiphe heraclei, carrot plants become covered with fungi and spores. Fungi give rise to suckers that invade plant cells, but they do not cross the cell membrane. Therefore, fungi are present between cells. Through the sucker, nutrients and water are absorbed through the intercellular spaces of the infected plant. Fungal spots first appear on the lower leaves and spread to the upper plant parts. The spots spread throughout the plant, including the floral pattern, if any. This disease is most pronounced in summer-autumn temperatures. If the infection is severe, the leaves will fall, the yield will decrease, and the quality of the seeds will decrease in seeding. A 20% reduction in yield is not uncommon. In humid conditions, infected tissues are easily affected by other (secondary) pathogens, resulting in rapid leaf debilitation. Modern top lifters use leaves to pull carrots off the ground, so the affected crops lose their leaves and cannot be properly harvested.
Erysiphe heracleiの感染による影響を回避するための1つの方法は、殺真菌剤の適用でありうる。しかしながら、農薬の使用は全般に制限される傾向にあり、社会の認識も、そのような化学物質の使用を回避する方向に向いている。さらに、有機栽培者は、栽培において殺真菌剤を使用しない。したがって、当分野においてErysiphe heracleiに対して抵抗性のニンジンが求められていることは明らかである。 One way to avoid the effects of Erysiphe heraclei infection may be the application of fungicides. However, the use of pesticides tends to be generally restricted, and public awareness is also towards avoiding the use of such chemicals. In addition, organic growers do not use fungicides in their cultivation. Therefore, it is clear that carrots resistant to Erysiphe heraclei are required in this field.
日本の研究機関による研究において、Erysiphe heracleiに対する抵抗性を、構成的(constitutive)CaMV 35Sプロモーターの制御下にヒトリゾチーム遺伝子を用いてトランスジェニック技術によって導入する試みがなされた。いくつかの形質転換体が、改善されたErysiphe heraclei抵抗性を示した。この抵抗性は、子孫において確認された(参考文献7)。 In a study by a Japanese research institute, an attempt was made to introduce resistance to Erysiphe heraclei by transgenic technology using the human lysozyme gene under the control of the constitutive CaMV 35S promoter. Several transformants showed improved Erysiphe heraclei resistance. This resistance was confirmed in offspring (Reference 7).
本発明の課題は、Daucus遺伝資源(germplasm)由来の遺伝子材料を用いて、当分野における上記問題を、完全にではなくとも部分的に解決することである。具体的には、本発明の課題は、とりわけ、Erysiphe heracleiまたはウドンコ病に対し抵抗性のニンジンまたはDaucus carota植物を提供することである。 An object of the present invention is to partially, if not completely, solve the above problems in the art by using genetic material derived from Daucus genetic resource (germplasm). Specifically, a task of the present invention is, among other things, to provide carrots or Daucus carota plants that are resistant to Erysiphe heraclei or Udonko disease.
とりわけ上記課題は、請求の範囲に記載される植物、遺伝子および分子マーカーの提供により解決される。 In particular, the above problems are solved by providing the plant, gene and molecular markers described in the claims.
具体的には、とりわけ上記課題は、本発明の第1の側面により、植物病原菌Erysiphe heracleiにより引き起こされるウドンコ病に抵抗性のDaucus carota植物の提供により解決され、ここで、該抵抗性は、該植物の第3染色体上において配列番号4(本発明において9708とも称する)と配列番号5(本発明において9625とも称する)との間に位置する第1の抵抗性遺伝子またはEh1により付与される。 Specifically, in particular, the above-mentioned problem is solved by the provision of a Daucus carota plant resistant to Udonko disease caused by the phytopathogen Erysiphe heraclei according to the first aspect of the present invention. It is conferred by a first resistance gene or Eh1 located between SEQ ID NO: 4 (also referred to as 9708 in the present invention) and SEQ ID NO: 5 (also referred to as 9625 in the present invention) on the third chromosome of the plant.
あるいは、とりわけ上記課題は、本発明の第1の側面により、植物病原菌Erysiphe heracleiにより引き起こされるウドンコ病に抵抗性のDaucus carota植物の提供により解決され、ここで、該抵抗性は、該植物の第3染色体上において、一方の側における9618、9620、9624、9703または9708として特定される分子マーカーのいずれかと、他方の側における9625、9629、9635、9631または9636として特定される分子マーカーのいずれかとの間に位置する第1の抵抗性遺伝子またはEh1により付与される。 Alternatively, in particular, the above problem is solved by the provision of a Daucus carota plant resistant to Udonco disease caused by the phytopathogen Erysiphe heraclei according to the first aspect of the present invention, wherein the resistance is the first of the plants. On three chromosomes with either of the molecular markers identified as 9618, 9620, 9624, 9703 or 9708 on one side and any of the molecular markers identified as 9625, 9629, 9635, 9631 or 9636 on the other side. It is conferred by a first resistance gene located between or Eh1.
あるいは、とりわけ上記課題は、本発明の第1の側面により、植物病原菌Erysiphe heracleiにより引き起こされるウドンコ病に抵抗性のDaucus carota植物の提供により解決され、ここで、該抵抗性は、該植物の第3染色体上において、一方の側における配列番号1、2、3または4のいずれかと、他方の側における配列番号5、6または7のいずれかとの間に位置する第1の抵抗性遺伝子またはEh1により付与される。 Alternatively, in particular, the above problem is solved by the provision of a Daucus carota plant resistant to Udonco disease caused by the phytopathogen Erysiphe heraclei according to the first aspect of the present invention, wherein the resistance is the first of the plants. By a first resistance gene or Eh1 located on three chromosomes between any of SEQ ID NOs: 1, 2, 3 or 4 on one side and any of SEQ ID NOs: 5, 6 or 7 on the other side Granted.
Daucus carotaのゲノム配列は(部分的に)決定されており(参考文献8)、該配列はNCBIにおいて配列番号PRJNA268187として一般に入手可能である(参考文献9)。PRJNA268187の配列において、本発明の第1の抵抗性遺伝子またはEh1は、第3染色体の位置1,648,619と1,739,519の間に見出すことができる。本書に示す配列を用いて、当業者は、Daucus carotaゲノムの他の一般に利用可能な配列情報、特にその第3染色体、例えばその配列番号4と配列番号5の位置の間において、本発明の第1の抵抗性遺伝子またはEh1を容易に特定することができる。あるいは、本発明の第1の抵抗性遺伝子またはEh1は、一方の側における配列番号1、2、3または4のいずれかと、他方の側における配列番号5、6または7のいずれかとの間に見出すことができる。
The genomic sequence of Daucus carota has been (partially) determined (Reference 8), and the sequence is generally available at NCBI under SEQ ID NO: PRJNA268187 (Reference 9). In the sequence of PRJNA268187, the first resistance gene or Eh1 of the present invention can be found between positions 1,648,619 and 1,739,519 on
本発明の第1の側面の好ましい態様においては、本発明のDaucus carota植物において、抵抗性はさらに、該植物の第3染色体上において配列番号11(本発明において9671とも称する)と配列番号12(本発明において9672とも称する)との間に位置する第2の抵抗性遺伝子またはEh2によっても付与される。 In a preferred embodiment of the first aspect of the invention, in the Daucus carota plant of the invention, resistance is further enhanced on the third chromosome of the plant with SEQ ID NO: 11 (also referred to as 9671 in the invention) and SEQ ID NO: 12 (also referred to as 9671 in the invention) It is also conferred by a second resistance gene or Eh2 located between (also referred to as 9672 in the present invention).
あるいは、本発明の前記好ましい態様において、さらなる抵抗性は、該植物の第3染色体上において、一方の側における9659、9666、9669、9670または9671として特定される分子マーカーのいずれかと、他方の側における9672、6709、9674、9677、9528、6909、4201または6069として特定される分子マーカーのいずれかとの間に位置する第2の抵抗性遺伝子またはEh2により付与される。
Alternatively, in said preferred embodiment of the invention, additional resistance is given to any of the molecular markers identified as 9695, 9666, 9669, 9670 or 9671 on one side of the plant on
あるいは、本発明の前記好ましい態様において、さらなる抵抗性は、該植物の第3染色体上において、一方の側における配列番号8、9、10または11のいずれかと、他方の側における配列番号12、13、14または15のいずれかとの間に位置する第2の抵抗性遺伝子またはEh2により付与される。
Alternatively, in said preferred embodiment of the invention, additional resistance is given to any of SEQ ID NOs: 8, 9, 10 or 11 on one side and SEQ ID NOs: 12, 13 on the other side on
Daucus carotaのゲノム配列は(部分的に)決定されており、該配列はNCBIにおいて配列番号PRJNA268187として一般に入手可能である(参考文献9)。PRJNA268187の配列において、本発明の第2の抵抗性遺伝子またはEh2は、第3染色体の位置45,210,264と45,845,221との間に見出すことができる。本書に示す配列を用いて、当業者は、Daucus carotaゲノムの他の一般に利用可能な配列情報、特にその第3染色体、例えばその配列番号11と配列番号12の位置の間において、本発明の第2の抵抗性遺伝子またはEh2を容易に特定することができる。あるいは、本発明の第2の抵抗性遺伝子またはEh2は、一方の側における配列番号8、9、10または11のいずれかと、他方の側における配列番号12、13、14または15のいずれかとの間に見出すことができる。
The genomic sequence of Daucus carota has been (partially) determined and is generally available at NCBI under SEQ ID NO: PRJNA268187 (Reference 9). In the sequence of PRJNA268187, the second resistance gene of the invention or Eh2 can be found between positions 45,210,264 and 45,845,221 on
別の好ましい一態様においては、本発明の第1の抵抗性遺伝子またはEh1は、第3染色体上の2.68cMの位置に、本発明の第2の抵抗性遺伝子またはEh2は、第3染色体上の76.7cMの位置に存在する。前記のように、これら染色体上の位置(センチモルガン)は、PRJNA268187の配列において、第3染色体の位置1,648,619と1,739,519の間、位置45,210,264と45,845,221の間にそれぞれ対応する。
In another preferred embodiment, the first resistance gene or Eh1 of the invention is at position 2.68 cM on
さらに別の好ましい一態様においては、本発明の第1の抵抗性遺伝子またはEh1は、2015年3月19日に寄託番号NCIMB 42389(Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen AB21 9YA, United Kingdom)で寄託されたDaucus carota植物の種子から得ることができ、得られ、または誘導される。言い換えれば、本発明の第1の抵抗性遺伝子またはEh1は、好ましくは、種子寄託NCIMB 42389中に見出される抵抗性遺伝子である。 In yet another preferred embodiment, the first resistance gene or Eh1 of the present invention was prepared on March 19, 2015 at deposit number NCIMB 42389 (Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen AB21 9YA, United Kingdom). It can be obtained, obtained or derived from the seeds of the deposited Daucus carota plant. In other words, the first resistance gene or Eh1 of the present invention is preferably the resistance gene found in seed deposit NCIMB 42389.
さらに別の好ましい一態様においては、本発明の第2の抵抗性遺伝子またはEh2は、2015年4月16日に寄託番号NCIMB 42397(Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen AB21 9YA, United Kingdom)で寄託されたDaucus carota植物の種子から得ることができ、得られ、または誘導される。言い換えれば、本発明の第2の抵抗性遺伝子またはEh2は、好ましくは、種子寄託NCIMB 42397中に見出される抵抗性遺伝子である。 In yet another preferred embodiment, the second resistance gene or Eh2 of the present invention was prepared on April 16, 2015 at deposit number NCIMB 42397 (Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen AB21 9YA, United Kingdom). It can be obtained, obtained or derived from the seeds of the deposited Daucus carota plant. In other words, the second resistance gene or Eh2 of the present invention is preferably the resistance gene found in seed deposit NCIMB 42397.
本発明の好ましい一態様においては、本発明の第1の抵抗性遺伝子またはEh1は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6および配列番号7からなる群から選択される少なくとも1つの分子マーカーによって特定可能である。言い換えれば、本発明の第1の抵抗性遺伝子またはEh1は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6および配列番号7からなる群から選択される少なくとも1つの分子マーカーに遺伝的に連鎖する。 In a preferred embodiment of the invention, the first resistance gene or Eh1 of the invention is from SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 and SEQ ID NO: 7. It can be identified by at least one molecular marker selected from the group. In other words, the first resistance gene or Eh1 of the present invention is selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 and SEQ ID NO: 7. Genetically linked to at least one molecular marker.
本発明のさらなる好ましい一態様においては、本発明の第2の抵抗性遺伝子またはEh2は、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14および配列番号15からなる群から選択される少なくとも1つの分子マーカーによって特定可能である。言い換えれば、本発明の第2の抵抗性遺伝子またはEh2は、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14および配列番号15からなる群から選択される少なくとも1つの分子マーカーに遺伝的に連鎖する。 In a further preferred embodiment of the invention, the second resistance gene or Eh2 of the invention is SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 And at least one molecular marker selected from the group consisting of SEQ ID NO: 15. In other words, the second resistance gene or Eh2 of the present invention is a group consisting of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 and SEQ ID NO: 15. Genetically linked to at least one molecular marker selected from.
本発明の第1の抵抗性遺伝子またはEh1と本発明の分子マーカーとの遺伝的連鎖を考慮して、本発明は、特に好ましい態様において、ゲノム中に、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6および配列番号7からなる群から選択される少なくとも1つのゲノム配列を含むDaucus carota植物に関する。 Considering the genetic linkage between the first resistance gene or Eh1 of the present invention and the molecular marker of the present invention, the present invention has, in a particularly preferred embodiment, in the genome, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3. The Daucus carota plant comprising at least one genomic sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 and SEQ ID NO: 7.
本発明の第2の抵抗性遺伝子またはEh2と本発明の分子マーカーとの遺伝的連鎖を考慮して、本発明は、特に好ましい態様において、ゲノム中に、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14および配列番号15からなる群から選択される少なくとも1つのゲノム配列を含むDaucus carota植物に関する。 Considering the genetic linkage between the second resistance gene of the present invention or Eh2 and the molecular marker of the present invention, the present invention has, in a particularly preferred embodiment, in the genome, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10. The Daucus carota plant comprising at least one genomic sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 and SEQ ID NO: 15.
本発明は、最も好ましい態様において、ゲノム中に、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6および配列番号7からなる群から選択される少なくとも1つのゲノム配列、ならびに配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14および配列番号15からなる群から選択される少なくとも1つのゲノム配列を含むDaucus carota植物に関する。 In the most preferred embodiment, the invention is at least one selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 and SEQ ID NO: 7 in the genome. Daucus containing the genomic sequence and at least one genomic sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 and SEQ ID NO: 15. About carota plants.
前記植物は、好ましくはハイブリッド植物、より好ましくは不稔ハイブリッド植物、最も好ましくは雄性不稔ハイブリッド植物、例えば細胞質雄性不稔である。 The plant is preferably a hybrid plant, more preferably a sterile hybrid plant, most preferably a male sterile hybrid plant, such as cytoplasmic male sterile.
本発明のDaucus carota植物は、好ましくはDaucus carota ssp. sativus植物である。 The Daucus carota plant of the present invention is preferably a Daucus carota ssp. Sativus plant.
本発明は、他の側面において、前記Daucus carota植物の種子、食用部分、花粉、卵細胞、カルス、浮遊培養物、(不定)胚、または植物部分に関する。 The present invention relates, in other aspects, to the seed, edible portion, pollen, egg cell, callus, suspension culture, (indefinite) embryo, or plant portion of the Daucus carota plant.
本発明の分子マーカーと本発明の抵抗性遺伝子Eh1およびEh2との遺伝的連鎖を考慮して、本発明は、さらなる一側面において、植物病原菌Erysiphe heracleiにより引き起こされるウドンコ病に対し抵抗性であるDaucus carota植物を同定するための、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14および配列番号15からなる群から選択される1つまたはそれ以上の分子マーカーの使用に関する。 Given the genetic linkage between the molecular markers of the invention and the resistance genes Eh1 and Eh2 of the invention, the invention is, in a further aspect, Daucus, which is resistant to Udonco disease caused by the phytopathogenic fungus Erysiphe heraclei. SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 10 for identifying the carota plant. 11. With respect to the use of one or more molecular markers selected from the group consisting of SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 and SEQ ID NO: 15.
さらに、本発明の分子マーカーと本発明の抵抗性遺伝子Eh1およびEh2との遺伝的連鎖を考慮して、本発明は、さらに別の一側面において、植物病原菌Erysiphe heracleiにより引き起こされるウドンコ病に対する抵抗性を付与する、第3染色体上の2.6cMの位置に存在し、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6および配列番号7からなる群から選択される少なくとも1つの分子マーカーによって特定可能な遺伝子、ならびに第3染色体上の76.7cMの位置に存在し、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14および配列番号15からなる群から選択される1つまたはそれ以上の分子マーカーによって特定可能な遺伝子に関する。
Furthermore, in view of the genetic linkage between the molecular markers of the invention and the resistance genes Eh1 and Eh2 of the invention, the invention in yet another aspect is resistant to Udonco disease caused by the phytopathogenic fungus Erysiphe heraclei. Is located at 2.6 cM on
本発明を下記の実施例および図面によってさらに説明する。 The present invention will be further described with reference to the following examples and drawings.
温室におけるErysiphe heracleiに対する抵抗性の試験
偏性寄生菌としての該真菌を、適当な感受性ニンジン植物において、感染葉を植物の間に置くことにより維持した。ファンの使用によって、気流により胞子を植物の間に拡散させて、植物の間に感染を広げた。
Testing resistance to Erysiphe heraclei in a greenhouse The fungus as an obligate parasite was maintained in suitable susceptible carrot plants by placing infected leaves between the plants. By using a fan, the airflow spread the spores between the plants and spread the infection between the plants.
テーブル上の土に、抵抗性を試験する植物を、1列当たり植物約30個体で播種した。試験する植物20列毎に、レース0およびレース1に対する抵抗性材料ならびに感受性材料のそれぞれの列を挟んだ。植物が約3cmの高さになったら、真菌胞子を明らかに示す感染葉を適用することにより接種を行った。最初に感染葉を抵抗性を試験する植物に撫で付け、次いで該接種用の葉を該若い植物の間に置いた。ファンを用いて胞子をさらに拡散させた。温度は、夜間は16±2℃、日中は22±2℃とし、最短16時間(あるいは光周期がより長ければそれ以上)は明るく、最長8時間、暗くした。湿度は、週に何度か、テーブル間に水を噴霧することにより、高いレベルに保った。6週後に植物を評価した;感染した葉は、白色粉末状の菌糸体および胞子で覆われ、しばしば白化していた。
The soil on the table was sown with about 30 plants per row to be tested for resistance. For every 20 rows of plants tested, each row of resistant and sensitive materials to race 0 and
感染の程度を、徴候を0(完全に感受性)ないし9(完全に抵抗性)のスコアで評価して表した。感受性の対照植物がE. heraclei感染の徴候を示していることを注意深く確認した。 The degree of infection was expressed as a symptom rated on a score of 0 (fully sensitive) to 9 (fully resistant). Careful confirmation was made that susceptible control plants showed signs of E. heraclei infection.
屋外におけるE. heracleiに対する抵抗性の試験
屋外試験をオランダの気候条件で行った。真菌の接種物を実施例1に記載したように調製した。屋外で試験する材料を、5月前半の間に直接播種した。
Testing for resistance to E. heraclei outdoors An outdoor test was conducted in Dutch climatic conditions. Fungal inoculum was prepared as described in Example 1. The material to be tested outdoors was sown directly during the first half of May.
植物が約3cmの高さになったら、該若い被検植物材料の間の地面に、胞子形成する植物の鉢を置くことにより、接種物を拡散させた。該接種用の植物から胞子が風により拡散される。 When the plant reached a height of about 3 cm, the inoculum was spread by placing a pot of sporulating plant on the ground between the young test plant materials. Spores are diffused by the wind from the inoculation plant.
植物が抵抗性であるか感受性であるかを、乾燥気候条件の間に、徴候が明らかに目に見える時に評価した。感染の程度を、徴候を0(完全に感受性)ないし9(完全に抵抗性)のスコアで評価して表した。 The resistance or susceptibility of the plant was assessed when the signs were clearly visible during arid climatic conditions. The degree of infection was expressed as a symptom rated on a score of 0 (fully sensitive) to 9 (fully resistant).
ゲノムDNAの分子の特徴付け、および抵抗性遺伝子のマッピング
前記の2つの利用可能な抵抗性の遺伝資源を用いて、各抵抗性資源と感受性ニンジン系統とを交配し、得られたF1植物を自家受粉することにより、2つのF1S1集団を作製した。抵抗性植物3に対し感受性植物1と分かれたことから、いずれの場合も抵抗性は優性形質に基づくことがわかった。
Molecular characterization of genomic DNA and mapping of resistant genes Using the two available resistant genetic resources described above, each resistant resource was crossed with a susceptible carrot line and the resulting F1 plant was autologous. By pollination, two F1S1 populations were prepared. Since it was separated from the
基礎研究により、D. carotaの部分的な遺伝子地図、およびそのゲノムのほぼ完全な配列が明らかにされており、これはNCBIにプロジェクトPRJNA268187として提出されている(参考文献9)。 Basic research has revealed a partial genetic map of D. carota and an almost complete sequence of its genome, which has been submitted to NCBI as Project PRJNA268187 (Reference 9).
抵抗性の明らかな資源と感受性ニンジン系統との交配によるF1S1世代から、少なくとも2000個の種子を採取した。QTLマッピングを行うために、各交配の植物1200個体を温室で生育した。各植物個体からの葉材料を、DNA単離およびその後のマーカー解析のために使用した。 At least 2000 seeds were harvested from the F1S1 generation by mating a resource of apparent resistance with a susceptible carrot line. For QTL mapping, 1200 plants of each mating were grown in the greenhouse. Leaf material from each individual plant was used for DNA isolation and subsequent marker analysis.
抵抗性遺伝子座の近傍に交叉がある選択した個体の近交系を、実施例1に記載したように温室において試験し、抵抗性を確認した。 Inbred strains of selected individuals with crossings near the resistance locus were tested in a greenhouse as described in Example 1 to confirm resistance.
抵抗性遺伝子の領域におけるさらなる一塩基多形(SNP)マーカーを開発するために、E. heracleiに対する抵抗性の利用可能な資源を用いるシーケンスプロジェクトを開始した。 To develop additional single nucleotide polymorphism (SNP) markers in the area of resistance genes, we have started a sequencing project using available resources of resistance to E. heraclei.
ゲノム全長をカバーするSNPマーカーを用いて、両方の抵抗性遺伝子が第3染色体上に位置することを決定した。2つの抵抗性系統および1つの感受性系統の配列を、利用可能なゲノム配列と組み合わせて用いて、両方の抵抗性遺伝子座について多くのSNPを発見した。マッピング集団において存在する交叉に基づいて、各抵抗性遺伝子座の、NCBIにPRJNA268187(参考文献9)として提出されたゲノム配列上の位置を決定することができた。
Using SNP markers covering the entire genome, it was determined that both resistance genes are located on
D. carota受託NCIMB 42389については、抵抗性遺伝子座(Eh1)は第3染色体上の2.68cMに位置した。これは、位置1648169および1739519bpの間のフラグメントに対応する。
For D. carota commissioned NCIMB 42389, the resistance locus (Eh1) was located at 2.68 cM on
前記配列を用いて、抵抗性遺伝子座の領域におけるさらなるSNPマーカーを開発し、これを、抵抗性資源、および抵抗性遺伝子座の近傍に交叉を有する個体のジェノタイピングに使用した。下記表1を参照されたい。 Using the sequences, additional SNP markers in the region of the resistance locus were developed and used for genotyping of resistant resources and individuals with crossings in the vicinity of the resistance locus. See Table 1 below.
* マーカー9631について:物理的地図は当該領域において、交叉データに基づきマーカーの順序について修正された。
* For markers 9631: The physical map has been modified for marker order in the area based on crossover data.
抵抗性遺伝子座は、マーカー9618とマーカー9631の間に位置する。
The resistance locus is located between
さらに、D. carota受託NCIMB 42397については、第2の抵抗性遺伝子座(Eh2)は第3染色体上の76.7cM付近に決定された。これは、位置45210264bpおよび45845221bpの間のフラグメントに対応する(参考文献9)。
Furthermore, for D. carota consignment NCIMB 42397, the second resistance locus (Eh2) was determined near 76.7 cM on
遺伝子型受託NCIMB 42397についても、シーケンスプロジェクトからの情報により、さらなるマーカーを開発することができ、これを、遺伝子型受託NCIMB 42397、および交叉を有する個体のジェノタイピングに使用した。下記表2を参照されたい。 For genotype consignment NCIMB 42397, further markers could be developed based on information from the sequencing project, which was used for genotyping of genotype consignment NCIMB 42397 and crossover individuals. See Table 2 below.
この位置を、図1に示すように、図で示すことができる。cMで示される位置および塩基対位置の両方から明らかなように、また図1に示されるように、本発明の優性抵抗性遺伝子は、第3染色体上に距離を置いて位置する。2つの異なる抵抗性遺伝子を発見したことは、これら抵抗性遺伝子を好ましくは、例えばハイブリッドとして併用することにより、持続的な抵抗性のためのより強固な遺伝的ベースが得られることを意味する。
This position can be shown graphically, as shown in FIG. The dominant resistance genes of the present invention are located at a distance on
寄託情報
前記抵抗性資源の種子サンプルは、NCIMB(Ferguson Building; Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, Scotland, AB21 9YA)に、次のとおり寄託された:
・NCIMB 42389(D. carota #954561)、2015年3月19日
・NCIMB 42397(D. carota #1360572)、2015年4月16日
Deposit Information The seed sample of the resistant resource was deposited with NCIMB (Ferguson Building; Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, Scotland, AB21 9YA) as follows:
・ NCIMB 42389 (D. carota # 954561), March 19, 2015 ・ NCIMB 42397 (D. carota # 1360572), April 16, 2015
参考文献
References
本発明の態様をさらに記載する:
[項1]
植物病原菌Erysiphe heracleiにより引き起こされるウドンコ病に抵抗性のDaucus carota植物であって、該抵抗性が、該植物の第3染色体上において配列番号4と配列番号5との間に位置する第1の抵抗性遺伝子により付与される、Daucus carota植物。
[項2]
該抵抗性が、該植物の第3染色体上において配列番号11と配列番号12との間に位置する第2の抵抗性遺伝子によりさらに付与される、上記項1に記載のDaucus carota植物。
[項3]
該第1の抵抗性遺伝子が、第3染色体において2.68cMに位置する、上記項1または2に記載のDaucus carota植物。
[項4]
該第2の抵抗性遺伝子が、第3染色体において76.7cMに位置する、上記項2または3に記載のDaucus carota植物。
[項5]
該第1の抵抗性遺伝子が、寄託番号NCIMB 42389で寄託されたDaucus carota植物の種子から得られる、上記項1〜4のいずれかに記載のDaucus carota植物。
[項6]
該第2の抵抗性遺伝子が、寄託番号NCIMB 42397で寄託されたDaucus carota植物の種子から得られる、上記項2〜5のいずれかに記載のDaucus carota植物。
[項7]
該第1の抵抗性遺伝子が、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6および配列番号7からなる群から選択される少なくとも1つの分子マーカーによって特定可能である、上記項1〜6のいずれかに記載のDaucus carota植物。
[項8]
該第2の抵抗性遺伝子が、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14および配列番号15からなる群から選択される少なくとも1つの分子マーカーによって特定可能である、上記項2〜7のいずれかに記載のDaucus carota植物。
[項9]
ゲノム中に、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6および配列番号7からなる群から選択される少なくとも1つのゲノム配列を含む、上記項1〜8のいずれかに記載のDaucus carota植物。
[項10]
ゲノム中に、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14および配列番号15からなる群から選択される少なくとも1つのゲノム配列を含む、上記項2〜9のいずれかに記載のDaucus carota植物。
[項11]
該植物がハイブリッド植物である、上記項1〜10のいずれかに記載のDaucus carota植物。
[項12]
該ハイブリッド植物が不稔ハイブリッド植物である、上記項11に記載のDaucus carota植物。
[項13]
該不稔ハイブリッド植物が、雄性不稔、好ましくは細胞質雄性不稔ハイブリッド植物である、上記項12に記載のDaucus carota植物。
[項14]
該植物がDaucus carota spp. sativusである、上記項1〜13のいずれかに記載のDaucus carota植物。
[項15]
上記項1〜14のいずれかに記載のDaucus carota植物の、種子、食用部分、花粉、卵細胞、カルス、浮遊培養物、不定胚、胚、または植物部分。
[項16]
植物病原菌Erysiphe heracleiにより引き起こされるウドンコ病に対し抵抗性であるDaucus carota植物を同定するための、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14および配列番号15からなる群から選択される1つまたはそれ以上の分子マーカーの使用。
[項17]
植物病原菌Erysiphe heracleiにより引き起こされるウドンコ病に対する抵抗性を付与する遺伝子であって、第3染色体上の2.6cMに位置し、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6および配列番号7からなる群から選択される少なくとも1つの分子マーカーによって特定可能な遺伝子。
[項18]
植物病原菌Erysiphe heracleiにより引き起こされるウドンコ病に対する抵抗性を付与する遺伝子であって、第3染色体上の76.7cMに位置し、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14および配列番号15からなる群から選択される1つまたはそれ以上の分子マーカーによって特定可能な遺伝子。
[項19]
上記項17に記載の抵抗性遺伝子、上記項18に記載の抵抗性遺伝子、または上記項17に記載の抵抗性遺伝子と上記項18に記載の抵抗性遺伝子とを含む、Daucus carota植物。
本発明を下記の実施例および図面によってさらに説明する。
Aspects of the present invention will be further described:
[Item 1]
A Daucus carota plant resistant to powdery mildew caused by the phytopathogenic fungus Erysiphe heraclei, the first resistance of which resistance lies between SEQ ID NO: 4 and SEQ ID NO: 5 on
[Item 2]
The Daucus carota plant according to
[Item 3]
The Daucus carota plant according to
[Item 4]
The Daucus carota plant according to
[Item 5]
The Daucus carota plant according to any one of the
[Item 6]
The Daucus carota plant according to any one of
[Item 7]
The first resistance gene is identified by at least one molecular marker selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 and SEQ ID NO: 7. The Daucus carota plant according to any one of the
[Item 8]
The second resistance gene is at least one selected from the group consisting of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 and SEQ ID NO: 15. The Daucus carota plant according to any one of
[Item 9]
[Item 10]
The genome comprises at least one genomic sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 and SEQ ID NO: 15. The Daucus carota plant according to any one of
[Item 11]
The Daucus carota plant according to any one of
[Item 12]
The Daucus carota plant according to Item 11, wherein the hybrid plant is a sterile hybrid plant.
[Item 13]
[Item 14]
The Daucus carota plant according to any one of
[Item 15]
The seed, edible portion, pollen, egg cell, callus, suspension culture, adventitious embryo, embryo, or plant portion of the Daucus carota plant according to any one of the
[Item 16]
SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 6 for identifying Daucus carota plants resistant to Udonco disease caused by the phytopathogenic fungus Erysiphe heraclei. 7. Use of one or more molecular markers selected from the group consisting of SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 and SEQ ID NO: 15 ..
[Item 17]
A gene that imparts resistance to Udonco disease caused by the phytopathogen Erysiphe heraclei, located at 2.6 cM on
[Item 18]
A gene that imparts resistance to Udonco disease caused by the phytopathogenic fungus Erysiphe heraclei, located at 76.7 cM on
[Item 19]
A Daucus carota plant comprising the resistance gene according to
The present invention will be further described with reference to the following examples and drawings.
Claims (19)
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