JP2020521442A5

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Publication number: JP2020521442A5
Application number: JP2019563118A
Authority: JP
Filing date: 2018-05-16
Publication date: 2021-07-26
Anticipated expiration: 2038-05-16

Claims

ａ）ｃｆＤＮＡ分子の配列リードのセットを提供するステップであって、前記配列リードが、参照ゲノムの選択されたゲノム領域にマッピングされる、ステップと、
ｂ）前記ゲノム領域内の複数の遺伝子変異体を含むセットの対立遺伝子頻度を決定するステップであって、前記セットが、目的の変異体を含む、ステップと、
ｃ）前記セット内の前記遺伝子変異体の前記対立遺伝子頻度の変動性値を決定するステップと、
ｄ）変動性値閾値および対立遺伝子頻度閾値を提供するステップと、
ｅ）前記変動性値が前記変動性閾値を下回るかどうかを決定するステップと、
ｆ）前記変動性値が前記変動性閾値を下回る場合、
（ｉ）前記目的の変異体の前記対立遺伝子頻度が前記対立遺伝子頻度閾値を上回る場合には前記目的の変異体が生殖系列起源を有するとコールし、
（ｉｉ）前記目的の変異体の前記対立遺伝子頻度が前記対立遺伝子頻度閾値を下回る場合には前記目的の変異体が体細胞起源を有するとコールするステップと
を含む、方法。
変動性値および目的の変異体の対立遺伝子頻度を、
（ｉ）がんまたは炎症性の状態などの疾患または状態、
（ｉｉ）がんまたは炎症性の状態などの疾患または状態の予後、
（ｉｉｉ）がんまたは炎症性の状態などの疾患または状態の処置の有効性、および／または
（ｉｖ）がんまたは炎症性の状態などの疾患または状態の増悪または退縮
の指標とする方法であって、前記方法は、
ａ）ｃｆＤＮＡ分子の配列リードのセットを提供するステップであって、前記配列リードが、参照ゲノムの選択されたゲノム領域にマッピングされる、ステップと、
ｂ）前記ゲノム領域内の複数の遺伝子変異体を含むセットの対立遺伝子頻度を決定するステップであって、前記セットが、目的の変異体を含む、ステップと、
ｃ）前記セット内の前記遺伝子変異体の前記対立遺伝子頻度の変動性値を決定するステップと、
ｄ）変動性値閾値および対立遺伝子頻度閾値を提供するステップと、
ｅ）前記変動性値が前記変動性閾値を下回るかどうかを決定するステップと、
ｆ）前記変動性値が前記変動性閾値を下回る場合、
（ｉ）前記目的の変異体の前記対立遺伝子頻度が前記対立遺伝子頻度閾値を上回る場合には前記目的の変異体が生殖系列起源を有するとコールし、
（ｉｉ）前記目的の変異体の前記対立遺伝子頻度が前記対立遺伝子頻度閾値を下回る場合には前記目的の変異体が体細胞起源を有するとコールするステップと
を含み、前記変動性値と前記変動性閾値との間の比較、および前記目的の変異体の対立遺伝子頻度と前記対立遺伝子頻度閾値との間の比較が、
（ｉ）がんまたは炎症性の状態などの疾患または状態、
（ｉｉ）がんまたは炎症性の状態などの疾患または状態の予後、
（ｉｉｉ）がんまたは炎症性の状態などの疾患または状態の処置の有効性、および／または
（ｉｖ）がんまたは炎症性の状態などの疾患または状態の増悪または退縮
を示す、方法。
前記選択されたゲノム領域が、必要に応じて少なくとも１００ヌクレオチド、少なくとも５００ヌクレオチド、または少なくとも１０００ヌクレオチドの遺伝子、エクソン、イントロン、遺伝子の一部分である、請求項１または請求項２に記載の方法。
前記変動性値が、標準偏差または分散である、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
前記対立遺伝子頻度閾値が、約１０％、約１１％、約１２％、約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％、約１８％、約１９％、約２０％、約２１％、約２２％、約２３％、約２４％、約２５％、約２６％、約２７％、約２８％、約２９％、約３０％、約３１％、約３２％、約３３％、約３４％、または約３５％である、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
前記対立遺伝子頻度閾値が、経験的に決定される、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
前記変動性値が標準偏差であり、前記変動性閾値が標準偏差（ＳＴＤＥＶ）閾値である、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
前記ＳＴＤＥＶ閾値を下回るゲノム遺伝子座についてのＡＦ値が、前記ゲノム遺伝子座に関して低いコピー数多型（ＣＮＶ）を示す、請求項７に記載の方法。
前記ＳＴＤＥＶ閾値を上回るゲノム遺伝子座についてのＡＦ値が、関連するゲノム遺伝子座に関して高いコピー数多型（ＣＮＶ）を示す、請求項７に記載の方法。
前記ゲノム領域が、１種または複数種のゲノム領域であり、前記ゲノム領域が、
（ｉ）表１の遺伝子のうちの少なくとも５種、少なくとも１０種、少なくとも１５種、少なくとも２０種、少なくとも２５種、少なくとも３０種、少なくとも３５種、少なくとも４０種、少なくとも４５種、少なくとも５０種、少なくとも５５種、少なくとも６０種、少なくとも６５種、少なくとも７０種、少なくとも７５種、少なくとも８０種、少なくとも８５種、少なくとも９０種、少なくとも９５種、もしくは９７種の少なくとも一部分、
（ｉｉ）表２の遺伝子の、少なくとも５種、少なくとも１０種、少なくとも１５種、少なくとも２０種、少なくとも２５種、少なくとも３０種、少なくとも３５種、少なくとも４０種、少なくとも４５種、少なくとも５０種、少なくとも５５種、少なくとも６０種、少なくとも６５種、少なくとも７０種、少なくとも７５種、少なくとも８０種、少なくとも８５種、少なくとも９０種、少なくとも９５種、少なくとも１００種、少なくとも１０５種、少なくとも１１０種、もしくは１１５種の少なくとも一部分、または
（ｉｉｉ）表３の遺伝子のうちの少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも６種、少なくとも７種、少なくとも８種、少なくとも９種、少なくとも１０種、少なくとも１１種、少なくとも１２種、少なくとも１３種、少なくとも１４種、少なくとも１５種、少なくとも１６種、少なくとも１７種、少なくとも１８種、少なくとも１９種、もしくは少なくとも２０種の少なくとも一部分
を含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
前記ｃｆＤＮＡ分子が、血液、または血清などの体液から単離される、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
前記ｃｆＤＮＡ分子が、循環腫瘍ＤＮＡを含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
ｃｆＤＮＡ分子の配列リードのセットを提供するステップが、対象由来のｃｆＤＮＡをシーケンシングし、１種または複数種の遺伝子変異体を検出し、数量化するステップを含む、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
核酸ライブラリーがシーケンシング前に調製される、請求項１３に記載の方法。
ｃｆＤＮＡ分子が、バーコードとポリヌクレオチドの１つまたは複数の内在性配列の組合せによって固有に識別される、請求項１４に記載の方法。