JP2020502999A - 抗うつ治療に対する対象の反応を予測するための方法およびシステム - Google Patents
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Abstract
Description
TAGTCCCAGGAACAAAGAGAGTTTG[A/G]GAATCAATGCCTGGCTAATAATAGG
TTGTGGAAAAAGATAGATCAGGTCC[C/T]ACTTGAAGACAAAGTTGCTCTCAAC
CAGAGGGAGAGGACAGTAACCAATA[C/T]CGCTCCTTCTACATGATCAGTGTTC
ACCTGCTGGATGCTGAATTAACTGC[A/G]ATGGCAGGAGAGAGTTACAGTCGGG
CAAGTTACTTAACCTGTTGGCCTAT[C/T]AGTTTTCCCTCTTGTAAAATGGAGA
CCTATCCTAGACCTACTGAATTAGA[A/G]TCCACATTTTAATAAGATTCTGGGT
AATGGACAAATTTGTCTGTGATCCA[C/T]ATATTCTCTCTTCCTCTAGCTTAGG
AATATCAAATGGGTTGGGTGAGATC[A/G]CTTATGCAATATAATCCCAGCACTT
ATGGGAAATGGAATACCATAAAATT[A/G]TCATATGTTGAGCCCAAAATGATAG
AATACTTGTTTTCTAATGATTCAAG[A/G]TACACAAATTTTATTTAATGCACAA
CATACAGTTGGCCCTCTATATCCCT[C/G]TATCTGTGAGTTCAGTGGATTCAAA
TTCTGTAGTTAATAAAGTTAACACT[A/G]TTTCATGATGGAGGCTGCCCCAGCT
TTCTGGGTTTGGGTTAGTAGTTTCA[C/T]GAAGATACACCACCCTTCCTCTTCC
ACATGCTCCTTCACCTTTGAGCTTC[A/G]GCCAGGGAGAAAAACACATATTAGA
GAGTGTATTTGTAAAACATGTTGTT[C/T]GCCCCAGTAAATGTATTCATAAACC
CACAACTAAGTGCTAGGGATAACAT[A/G]GTGAAAAAATTAAAAAACAGAGAAG
ATCGCCTACGCCTGCAGTCAGTTAT[C/T]CTTCACTCAGACCACCAGCCCTCTG
GAAGGGGTTAATGGTCCCCAAGCAA[A/C/G]TCTTTAACACAGCAGGGCACATATT
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CAAGCATACTACAGCTTAATGTTTG[C/T]CCAGATGTGGGGGAAACTTTGTTTT
AGATCAATTGAGTTAATGTATGTAA[C/T]GTACTTGGCACAGAGCTTGGCCCAT
TAATGTCCTAAATCTGTAATGGAGT[A/G/T]AATCAACAAGACACTTGCAAACAAA
ACTCAGTTTCTTTACATAGCTATAG[A/G]ATGAGGGCGTAGTCCTAGAGTGCTC
TGTTGTGAAGATTAAATGAGATGGT[G/T]CTTAAATGTTACTTAGTAGTAGTAG
CATGGGTCTTTAGAAGCATTAGGAA[A/G]AGGCAACACAGCGTGGGGTCCTCAG
CTGCAAGGGGCATCCGTGGCGAACC[A/G]AAAGATCTCTCAGTTGAAGACCAGG
ここで、いくつかの実施形態に係る予測方法100のフローチャートを示した図1を参照する。いくつかの実施形態によれば、膨大な数の特徴を取り扱うために、ゲノム特徴および臨床的特徴の両方について、多段階の特徴選択を行う。いくつかの実施形態によれば、前記特徴選択により、計算問題の次元数を減少させ、これにより、演算技術を考慮に入れ、主変数のセットを得ることによって、確率変数の数を減少させる。
シタロプラム治療反応
前記方法で、シタロプラム治療反応の予測器として、9個の臨床的特徴重症度と3個の遺伝的特徴を同定した。
ベンラファキシン治療反応
前記方法で、ベンラファキシン治療反応の予測器として、2つの遺伝的特徴を同定した。
治療抵抗性
前記方法で、治療抵抗性の予測器として、7個の臨床的重症度特徴と22個の遺伝的特徴を同定した。
Claims (49)
- シタロプラム治療を要する対象のために当該治療に対する反応を予測する方法であり、
前記対象の臨床的特徴を少なくとも1つ得ることと、
遺伝物質を含むサンプルを前記対象から得ることと、
前記遺伝物質中の少なくとも2つの多型部位のヌクレオチド同一性を検出することと、
分類アルゴリズムを適用して前記少なくとも1つの臨床的特徴と前記少なくとも2つの多型部位のヌクレオチド同一性を処理することを含み、
前記分類アルゴリズムは、シタロプラムに対する治療反応を示す段階的スコアを提供するよう構成されている方法。 - 前記少なくとも1つの臨床的特徴は、上部胃腸における問題の重症度レベル、異なる身体部位における疼痛もしくは痛みの報告、不安発作を起こす恐れの報告、向精神薬の服用歴があること、他の抗うつ剤に対する治療反応性が低いこと、悩みの報告、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの臨床的特徴は、上部胃腸における問題の重症度レベル、異なる身体部位における疼痛もしくは痛みの報告、不安発作を起こす恐れの報告、向精神薬の服用歴があること、他の抗うつ剤に対する治療反応性が低いこと、および悩みの報告を含む複数の臨床的特徴である、請求項2に記載の方法。
- 前記対象に関する個人情報および/または人口統計学的情報を取得することをさらに含む、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記取得された個人情報は、雇用状況、民間の健康保険に加入していること、年齢、婚姻状況、居住地、およびこれらの任意の組み合わせに関する、請求項4に記載の方法。
- 前記取得された個人情報は、雇用状況および民間の健康保険に加入していることに関する、請求項5に記載の方法。
- 前記少なくとも2つの多型部位が、rs17291388、rs558025、およびrs7201082からなる群から選択される、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記少なくとも2つの多型部位が、rs17291388、rs558025、およびrs7201082を含む複数の多型部位である、請求項7に記載の方法。
- 前記シタロプラム治療の性的副作用を判定することをさらに含む、請求項1から8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記シタロプラム治療の性的副作用の判定は、患者の年齢および性別を取得することと、前記分類アルゴリズムをこれらに適用することを含む、請求項9に記載の方法。
- 前記分類アルゴリズムは、非線形分類アルゴリズムを含む、請求項1から10のいずれか一項に記載の方法。
- 前記非線形分類アルゴリズムは、分類木および回帰木のアンサンブルを含む、請求項11に記載の方法。
- 前記分類木および回帰木のアンサンブルは、ランダムフォレスト分類器またはブースティングフレームワークを含む、請求項12に記載の方法。
- 前記段階的スコアは、精度が0.5を超え、精度のp値が0.05未満であり、AUCが0.5を超える、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
- 抗うつ治療に抵抗性がある対象を同定するための方法であり、
前記対象の臨床的特徴を少なくとも1つ得ることと、
遺伝物質を含むサンプルを前記対象から得ることと、
前記遺伝物質中の少なくとも2つの多型部位のヌクレオチド同一性を検出することと、
分類アルゴリズムを適用して前記少なくとも1つの臨床的特徴と前記少なくとも2つの多型部位のヌクレオチド同一性を処理することを含み、
前記分類アルゴリズムは、前記対象の治療抵抗性を示す段階的スコアを提供するよう構成されている方法。 - 前記少なくとも1つの臨床的特徴は、筋骨格系/外皮系における問題の重症度レベル、神経系における問題の重症度レベル、不安発作を起こす恐れから物事を回避すること、バス、電車、または飛行機での移動中に不安発作を起こす恐れ、トラウマとなる出来事を経験したことから神経過敏で驚き易いこと、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項15に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの臨床的特徴は、筋骨格系/外皮系における問題の重症度レベル、神経系における問題の重症度レベル、不安発作を起こす恐れから物事を回避すること、バス、電車、または飛行機での移動中に不安発作を起こす恐れ、雇用状況、抵抗性、年齢、およびトラウマとなる出来事を経験したことから神経過敏で驚き易いことを含む複数の臨床的特徴である、請求項16に記載の方法。
- 前記対象に関する個人情報および/または人口統計学的情報を取得することをさらに含む、請求項15から17のいずれか一項に記載の方法。
- 前記取得された個人情報は、雇用状況、居住地、年齢、民間の健康保険に加入していること、婚姻状況、およびこれらの任意の組み合わせに関する、請求項18に記載の方法。
- 前記取得された個人情報は、雇用状況、居住地、および年齢に関する、請求項19に記載の方法。
- 前記少なくとも2つの多型部位は、rs1057079、rs10892629、rs12625531、rs1303860、rs1349620、rs1361038、rs1475774、rs1488467、rs16912741、rs16959216、rs17049528、rs1854696、rs1873906、rs1891932、rs3122155、rs4845882、rs530296、rs625109、rs6913639、rs7203315、rs732123、およびrs948025からなる群から選択される、請求項15から20のいずれか一項に記載の方法。
- 前記少なくとも2つの多型部位は、rs1057079、rs10892629、rs12625531、rs1303860、rs1349620、rs1361038、rs1475774、rs1488467、rs16912741、rs16959216、rs17049528、rs1854696、rs1873906、rs1891932、rs3122155、rs4845882、rs530296、rs625109、rs6913639、rs7203315、rs732123、およびrs948025を含む複数の多型部位である、請求項21に記載の方法。
- 抗うつ治療に対する抵抗性は、シタロプラム、パロキセチン、セルトラリン、ジメリジン、エスシタロプラム、インダルピン、ダポキセチン、フルボキサミン、フルオキセチン、タロプラム、タルスプラム、レボキセチン、ビロキサジン、アトモキセチン、ブプロピオン、デスオキシピプラドロール、エディボキセチン、アメダリン、デスベンラファキシン、ミルナシプラン(milnacipram)、ダレダリン、ベンラファキシン、デュロキセチン、タンダミン、ロルタラミン、レボミルナシプラン、ジフェメトレックス、デクスメチルフェニデート、マプロチリン、ミルタザピン、ネファゾドン、トラゾドン、およびボルチオキセチンからなる群から選択される少なくとも2種類の抗うつ薬に対する抵抗性を含む、請求項15から22のいずれか一項に記載の方法。
- 前記分類アルゴリズムは、非線形分類アルゴリズムを含む、請求項15から23のいずれか一項に記載の方法。
- 前記非線形分類アルゴリズムは、分類木および回帰木のアンサンブルを含む、請求項24に記載の方法。
- 前記分類木および回帰木のアンサンブルは、ランダムフォレスト分類器またはブースティングフレームワークを含む、請求項25に記載の方法。
- 前記段階的スコアは、精度が0.5を超え、精度のp値が0.05未満であり、AUCが0.5を超える、請求項15から26のいずれか一項に記載の方法。
- ベンラファキシン治療を要する対象の当該治療に対する反応を予測する方法であり、
遺伝物質を含むサンプルを前記対象から得ることと、
前記遺伝物質中の多型部位rs2283351のヌクレオチド同一性を同定することを含む方法。 - 前記遺伝物質中の多型部位rs10497340のヌクレオチド同一性を同定することをさらに含む、請求項28に記載の方法。
- 前記方法は、分類アルゴリズムを適用して前記同定されたrs2283351およびrs10497340のヌクレオチド同一性を処理することをさらに含み、
前記分類アルゴリズムは、ベンラファキシンに対する治療反応を示す段階的スコアを提供するよう構成されている、請求項29に記載の方法。 - 前記多型部位rs2283351のヌクレオチド同一性がアデニン/アデニンまたはグアニン/グアニンである場合に、ベンラファキシンを前記対象に処方および/または投与することをさらに含む、請求項28に記載の方法。
- (i)前記多型部位rs2283351のヌクレオチド同一性がグアニン/グアニンであり、かつ、前記多型部位rs10497340のヌクレオチド同一性がグアニン/グアニンである場合、(ii)前記多型部位rs2283351のヌクレオチド同一性がアデニン/アデニンであり、かつ、前記多型部位rs10497340のヌクレオチド同一性がグアニン/グアニンである場合、または(iii)前記多型部位rs2283351のヌクレオチド同一性がアデニン/アデニンであり、かつ、前記多型部位rs10497340のヌクレオチド同一性がアデニン/グアニンである場合に、ベンラファキシンを前記対象に処方および/または投与することをさらに含む、請求項29または30に記載の方法。
- 前記多型部位rs2283351のヌクレオチド同一性がグアニン/アデニンである場合に、ベンラファキシンを前記対象に処方および/または投与することを控えることをさらに含む、請求項28に記載の方法。
- (i)前記多型部位rs2283351のヌクレオチド同一性がグアニン/グアニンであり、かつ、前記多型部位rs10497340のヌクレオチド同一性がアデニン/グアニンである場合、(ii)前記多型部位rs2283351のヌクレオチド同一性がアデニン/グアニンであり、かつ、前記多型部位rs10497340のヌクレオチド同一性がグアニン/グアニンである場合、または(iii)前記多型部位rs2283351のヌクレオチド同一性がアデニン/グアニンであり、かつ、前記多型部位rs10497340のヌクレオチド同一性がアデニン/グアニンである場合に、ベンラファキシンを前記対象に処方および/または投与することを控えることをさらに含む、請求項29または30に記載の方法。
- 前記多型部位を含む遺伝子座を増幅することをさらに含む、請求項28に記載の方法。
- 前記サンプルは、血液、唾液、尿、汗、頬側から採取した物質(buccal material)、皮膚、および毛髪からなる群から選択される生体試料から得られる、請求項28に記載の方法。
- 抗うつ治療を要する前記対象は、うつ病と診断されている、請求項28に記載の方法。
- ベンラファキシン治療に対する反応性の予測は、ベンラファキシン治療の開始前に行われる、請求項28に記載の方法。
- 対象から取得した遺伝物質のサンプル中の多型部位rs2283351、rs17291388、rs558025、またはrs7201082を含む遺伝子座を増幅するためのオリゴヌクレオチドを含むキット。
- 多型部位rs10497340を含む遺伝子座を増幅するためのオリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項39に記載のキット。
- 前記キットは、前記同定されたrs2283351およびrs10497340のヌクレオチド同一性を、分類アルゴリズムを適用して処理することを可能にするよう構成されたコンピュータ可読ソフトウェアをさらに含み、
前記分類アルゴリズムは、ベンラファキシンに対する治療反応を示す段階的スコアを提供するよう構成されている、請求項40に記載のキット。 - 多型部位rs2283351におけるグアニン/アデニンおよび/または多型部位rs10497340におけるグアニン/アデニンの存在を判定するための手段をさらに含む、請求項39から41のいずれか一項に記載のキット。
- 前記対象から得た生体試料から前記遺伝物質を抽出するための手段をさらに含む、請求項39から42のいずれか一項に記載のキット。
- 前記生体試料は、血液、唾液、尿、汗、頬側から採取した物質、皮膚、および毛髪からなる群から選択される、請求項43に記載のキット。
- 前記対象から前記生体試料を採取するための手段をさらに含む、請求項39から44のいずれか一項に記載のキット。
- 対象を特定の臨床群に属すると特徴付けるための方法であり、
前記臨床群に関連するゲノム特徴および任意に臨床的特徴を、専門知識、生物学的モデル、および特徴選択アルゴリズムに基づいて選択することと、
前記選択された特徴を、特徴メタランキングおよび/または1以上の機械学習アルゴリズムに基づいてランク付けすることと、
前記特徴選択および/または前記特徴ランク付けに基づき、アンサンブル予測器を生成することと、
前記アンサンブル予測器を、指数関数モデリングに基づいて評価することを含み、
前記指数関数モデリングは、前記臨床群の総合解析に基づいている方法。 - 中枢神経系(CNS)の疾患または障害に関連する臨床状態を特徴付けるための、請求項46に記載の方法であり、
CNS疾患または障害を患う対象に関連するゲノム特徴および臨床的特徴を、専門知識、生物学的モデル、および特徴選択アルゴリズムに基づいて選択することと、
前記選択された特徴を、特徴メタランキングおよび/または1以上の機械学習アルゴリズムに基づいてランク付けすることと、
前記特徴選択および/または前記特徴ランク付けに基づき、アンサンブル予測器を生成することと、
前記アンサンブル予測器を、指数関数モデリングに基づいて評価することを含み、
前記指数関数モデリングは、CNS疾患または障害を患う対象の総合解析に基づいている方法。 - 抗うつ治療に対する反応の予測器を生成するための、請求項47に記載の方法であり、
前記抗うつ治療に対する対象の反応に関連するゲノム特徴および臨床的特徴を、専門知識、生物学的モデル、および特徴選択アルゴリズムに基づいて選択することと、
前記選択された特徴を、特徴メタランキングおよび/または1以上の機械学習アルゴリズムに基づいてランク付けすることと、
前記特徴選択および/または前記特徴ランク付けに基づき、アンサンブル予測器を生成することと、
前記アンサンブル予測器を、前記対象の治療反応の指数関数モデリングに基づいて評価することを含み、
前記指数関数モデリングは、前記対象の抑うつスコアの変化と治療期間との総合解析に基づいている方法。 - 選択されたゲノム特徴および臨床的特徴の初回のランク付けは、メタ解析に基づいており、さらに、予測反応と対比させた治療の結果に基づいて修正される、請求項48に記載の方法。
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