JP2020188683A - Cancer markers for detecting gastric cancer or esophageal cancer - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、胃癌または食道癌を検出するための技術に関する。 The present invention relates to techniques for detecting gastric cancer or esophageal cancer.
マイクロＲＮＡ（以下、ｍｉＲＮＡともいう）は、生体内で細胞の癌化と関連していることが知られており、癌診断のためのバイオマーカーとして期待されている。例えば、非特許文献１は、卵巣癌患者、健常者、および他の癌患者のｍｉＲＮＡを網羅的に解析して卵巣癌マーカーを同定したことを報告する。 MicroRNA (hereinafter, also referred to as miRNA) is known to be associated with canceration of cells in vivo, and is expected as a biomarker for cancer diagnosis. For example, Non-Patent Document 1 reports that miRNAs of ovarian cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients were comprehensively analyzed to identify ovarian cancer markers.
本発明は、胃癌または食道癌を検出するための技術を提供することを目的とする。 An object of the present invention is to provide a technique for detecting gastric cancer or esophageal cancer.
一つの側面によれば、以下からなる群より選択される癌マーカー：
（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー；
（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー
が提供される。
According to one aspect, cancer markers selected from the group consisting of:
(I) A cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer, which is hsa-miR-5100 or hsa-mir-5100;
(II) A cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer, which is hsa-miR-1290 or hsa-mir-1290;
(III) A cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-1343-3p or hsa-mir-1343;
(IV) a cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-6877-5p or hsa-mir-6877; and (V) detecting gastric cancer, hsa-miR-6087 or hsa-mir-6087. Cancer markers for
別の側面によれば、以下からなる群より選択される癌マーカーに特異的に結合可能な核酸である癌検出用プローブ：
（i）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（ii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（iii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；
（iv）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（v）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー
が提供される。
According to another aspect, a cancer detection probe that is a nucleic acid that can specifically bind to a cancer marker selected from the group consisting of:
(I) hsa-miR-5100, a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer;
(Ii) hsa-miR-1290, a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer;
(Iii) a cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-1343-3p;
(Iv) hsa-miR-6877-5p, a cancer marker for detecting gastric cancer; and (v) hsa-miR-6087, a cancer marker for detecting gastric cancer are provided.
更に別の側面によれば、上記プローブを含む癌検出用キットが提供される。
更に別の側面によれば、上記プローブを含む癌検出用デバイスが提供される。
According to yet another aspect, a cancer detection kit containing the above probe is provided.
According to yet another aspect, a cancer detection device including the above probe is provided.
更に別の側面によれば、
被検体に由来する生体サンプルにおいて上記癌マーカーの少なくとも一つの発現量を測定すること、および
前記発現量または前記発現量から算出されるスコアを、予め決定された基準と比較すること
を含む、胃癌または食道癌の検出方法が提供される。
According to yet another aspect
Gastric cancer, which comprises measuring the expression level of at least one of the cancer markers in a biological sample derived from a subject, and comparing the expression level or a score calculated from the expression level with a predetermined criterion. Alternatively, a method for detecting esophageal cancer is provided.
本発明によれば、胃癌または食道癌を検出するための技術が提供される。 According to the present invention, there is provided a technique for detecting gastric cancer or esophageal cancer.
以下、本発明を詳細に説明するが、以下の説明は、本発明を説明することを目的とし、本発明を限定することを意図していない。 Hereinafter, the present invention will be described in detail, but the following description is intended to explain the present invention and is not intended to limit the present invention.
１．癌マーカー
胃癌または食道癌を検出するための癌マーカーは、以下からなる群より選択される：
（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー；
（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
1. 1. Cancer Markers Cancer markers for detecting gastric or esophageal cancer are selected from the following group:
(I) A cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer, which is hsa-miR-5100 or hsa-mir-5100;
(II) A cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer, which is hsa-miR-1290 or hsa-mir-1290;
(III) A cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-1343-3p or hsa-mir-1343;
(IV) a cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-6877-5p or hsa-mir-6877; and (V) detecting gastric cancer, hsa-miR-6087 or hsa-mir-6087. Cancer marker for.
以下、（I）〜（V）の癌マーカーについて順に説明する。 Hereinafter, the cancer markers (I) to (V) will be described in order.
（I）の癌マーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００であり、好ましくはｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である。（I）の癌マーカーは、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカーである。「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００」は、成熟型のｍｉＲＮＡであり、図１および配列番号１に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．はＭＩＭＡＴ００２２２５９である。「ｈｓａ−ｍｉｒ−５１００」は、「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００」の前駆体であり、ステムループ構造を有する。具体的には、「ｈｓａ−ｍｉｒ−５１００」は、図１および配列番号２に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．はＭＩ００１９１１６である。 The cancer marker of (I) is hsa-miR-5100 or hsa-mir-5100, preferably hsa-miR-5100. The cancer marker of (I) is a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer. "Hsa-miR-5100" is a mature miRNA, represented by the nucleotide sequence shown in FIG. 1 and SEQ ID NO: 1, and is represented by miRBase Accession No. Is MIMAT0022259. “Hsa-mir-5100” is a precursor of “hsa-miR-5100” and has a stem-loop structure. Specifically, "hsa-mir-5100" is represented by the base sequence shown in FIG. 1 and SEQ ID NO: 2, and miRBase Accession No. Is MI0019116.
（II）の癌マーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０であり、好ましくはｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である。（II）の癌マーカーは、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカーである。「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０」は、成熟型のｍｉＲＮＡであり、図２および配列番号３に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．はＭＩＭＡＴ０００５８８０である。「ｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０」は、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０」の前駆体であり、ステムループ構造を有する。具体的には、「ｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０」は、図２および配列番号４に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．はＭＩ０００６３５２である。 The cancer marker of (II) is hsa-miR-1290 or hsa-mir-1290, preferably hsa-miR-1290. The cancer marker of (II) is a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer. "Hsa-miR-1290" is a mature miRNA, which is represented by the nucleotide sequence shown in FIG. 2 and SEQ ID NO: 3, and is represented by miRBase Accession No. Is MIMAT0005880. "Hsa-mir-1290" is a precursor of "hsa-miR-1290" and has a stem-loop structure. Specifically, "hsa-mir-1290" is represented by the base sequence shown in FIG. 2 and SEQ ID NO: 4, and miRBase Accession No. Is MI0006352.
（III）の癌マーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３であり、好ましくはｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである。（III）の癌マーカーは、胃癌を検出するための癌マーカーである。「ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ」は、成熟型のｍｉＲＮＡであり、図３および配列番号５に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．はＭＩＭＡＴ００１９７７６である。「ｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３」は、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ」の前駆体であり、ステムループ構造を有する。具体的には、「ｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３」は、図３および配列番号６に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．はＭＩ００１７３２０である。 The cancer marker of (III) is hsa-miR-1343-3p or hsa-mir-1343, preferably hsa-miR-1343-3p. The cancer marker of (III) is a cancer marker for detecting gastric cancer. “Hsa-miR-1343-3p” is a mature miRNA, which is represented by the nucleotide sequence shown in FIG. 3 and SEQ ID NO: 5, and is represented by miRBase Accession No. Is MIMAT00197776. "Hsa-mir-1343" is a precursor of "hsa-miR-1343-3p" and has a stem-loop structure. Specifically, "hsa-mir-1343" is represented by the nucleotide sequence shown in FIG. 3 and SEQ ID NO: 6, and miRBase Accession No. Is MI0017320.
（IV）の癌マーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７であり、好ましくはｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである。（IV）の癌マーカーは、胃癌を検出するための癌マーカーである。「ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ」は、成熟型のｍｉＲＮＡであり、図４および配列番号７に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．はＭＩＭＡＴ００２７６５４である。「ｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７」は、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ」の前駆体であり、ステムループ構造を有する。具体的には、「ｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７」は、図４および配列番号８に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．はＭＩ００２２７２４である。 The cancer marker of (IV) is hsa-miR-6877-5p or hsa-mir-6877, preferably hsa-miR-6877-5p. The cancer marker of (IV) is a cancer marker for detecting gastric cancer. "Hsa-miR-6877-5p" is a mature miRNA, represented by the nucleotide sequence shown in FIG. 4 and SEQ ID NO: 7, and is represented by miRBase Accession No. Is MIMAT0027654. "Hsa-mir-6877" is a precursor of "hsa-miR-6877-5p" and has a stem loop structure. Specifically, "hsa-mir-6877" is represented by the base sequence shown in FIG. 4 and SEQ ID NO: 8, and miRBase Accession No. Is MI0022724.
（V）の癌マーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７であり、好ましくはｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である。（V）の癌マーカーは、胃癌を検出するための癌マーカーである。「ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７」は、成熟型のｍｉＲＮＡであり、図５および配列番号９に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．はＭＩＭＡＴ００２３７１２である。「ｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７」は、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７」の前駆体であり、ステムループ構造を有する。具体的には、「ｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７」は、図５および配列番号１０に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．はＭＩ００２０３６４である。 The cancer marker of (V) is hsa-miR-6087 or hsa-mir-6087, preferably hsa-miR-6087. The cancer marker (V) is a cancer marker for detecting gastric cancer. “Hsa-miR-6087” is a mature miRNA, which is represented by the nucleotide sequence shown in FIG. 5 and SEQ ID NO: 9, and is represented by miRBase Accession No. Is MIMAT0023712. "Hsa-mir-6087" is a precursor of "hsa-miR-6087" and has a stem-loop structure. Specifically, "hsa-mir-6087" is represented by the base sequence shown in FIG. 5 and SEQ ID NO: 10, and miRBase Accession No. Is MI0020364.
（I）〜（V）の癌マーカーは、検出対象の癌に罹患した患者において、健常者と比べてその発現量が変化している。具体的には、（I）および（II）の癌マーカーは、胃癌患者および食道癌患者において、健常者と比べてその発現量が増大しており、（III）および（IV）の癌マーカーは、胃癌患者において、健常者と比べてその発現量が増大しており、（V）の癌マーカーは、胃癌患者において、健常者と比べてその発現量が減少している。（I）〜（V）の癌マーカーを使用した胃癌または食道癌の診断は、診断精度が高いことが後述の実施例で実証されているため、これら癌マーカーは、胃癌または食道癌のマーカーとして有用である。（I）〜（V）の癌マーカーは、胃癌または食道癌の診断のために、単独で使用してもよいし、「他の癌マーカー」と組み合わせて使用してもよい。「他の癌マーカー」の例を以下に記載する。 The expression levels of the cancer markers (I) to (V) are changed in the patients suffering from the cancer to be detected as compared with the healthy subjects. Specifically, the expression levels of the cancer markers (I) and (II) are increased in gastric cancer patients and esophageal cancer patients as compared with healthy subjects, and the cancer markers (III) and (IV) are In gastric cancer patients, the expression level is increased as compared with healthy subjects, and the expression level of the cancer marker (V) is decreased in gastric cancer patients as compared with healthy subjects. Since the diagnosis of gastric cancer or esophageal cancer using the cancer markers (I) to (V) has been demonstrated to have high diagnostic accuracy in the examples described later, these cancer markers can be used as markers for gastric cancer or esophageal cancer. It is useful. The cancer markers (I) to (V) may be used alone or in combination with "other cancer markers" for the diagnosis of gastric cancer or esophageal cancer. Examples of "other cancer markers" are described below.
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）」は、胃癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（配列番号９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６（配列番号１１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３（配列番号１２）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ（配列番号１３）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ（配列番号１４）
と組み合わせて使用することができる。
In one embodiment, "hsa-miR-5100 (SEQ ID NO: 1)" is used for the diagnosis of gastric cancer.
hsa-miR-1290 (SEQ ID NO: 3),
hsa-miR-6087 (SEQ ID NO: 9),
hsa-miR-4706 (SEQ ID NO: 11),
hsa-miR-8073 (SEQ ID NO: 12),
hsa-miR-6737-5p (SEQ ID NO: 13) and hsa-miR-4728-5p (SEQ ID NO: 14)
Can be used in combination with.
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）」は、胃癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（配列番号９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６（配列番号１１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３（配列番号１２）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ（配列番号１３）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ（配列番号１４）
と組み合わせて使用することができる。
In one embodiment, "hsa-miR-1290 (SEQ ID NO: 3)" is used for the diagnosis of gastric cancer.
hsa-miR-5100 (SEQ ID NO: 1),
hsa-miR-6087 (SEQ ID NO: 9),
hsa-miR-4706 (SEQ ID NO: 11),
hsa-miR-8073 (SEQ ID NO: 12),
hsa-miR-6737-5p (SEQ ID NO: 13) and hsa-miR-4728-5p (SEQ ID NO: 14)
Can be used in combination with.
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ（配列番号５）」は、胃癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ（配列番号７）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（配列番号９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ（配列番号１４）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８４５−５ｐ（配列番号１５）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４６８７−３ｐ（配列番号１６）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７９９−５ｐ（配列番号１７）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ（配列番号１８）
と組み合わせて使用することができる。
In one embodiment, "hsa-miR-1343-3p (SEQ ID NO: 5)" is used for the diagnosis of gastric cancer.
hsa-miR-5100 (SEQ ID NO: 1),
hsa-miR-1290 (SEQ ID NO: 3),
hsa-miR-6877-5p (SEQ ID NO: 7),
hsa-miR-6087 (SEQ ID NO: 9),
hsa-miR-4728-5p (SEQ ID NO: 14),
hsa-miR-6845-5p (SEQ ID NO: 15),
hsa-miR-4487-3p (SEQ ID NO: 16),
hsa-miR-6799-5p (SEQ ID NO: 17) and hsa-miR-939-5p (SEQ ID NO: 18)
Can be used in combination with.
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ（配列番号７）」は、胃癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ（配列番号５）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（配列番号９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ（配列番号１４）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８４５−５ｐ（配列番号１５）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４６８７−３ｐ（配列番号１６）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７９９−５ｐ（配列番号１７）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ（配列番号１８）
と組み合わせて使用することができる。
In one embodiment, "hsa-miR-6877-5p (SEQ ID NO: 7)" is used for the diagnosis of gastric cancer.
hsa-miR-5100 (SEQ ID NO: 1),
hsa-miR-1290 (SEQ ID NO: 3),
hsa-miR-1343-3p (SEQ ID NO: 5),
hsa-miR-6087 (SEQ ID NO: 9),
hsa-miR-4728-5p (SEQ ID NO: 14),
hsa-miR-6845-5p (SEQ ID NO: 15),
hsa-miR-4487-3p (SEQ ID NO: 16),
hsa-miR-6799-5p (SEQ ID NO: 17) and hsa-miR-939-5p (SEQ ID NO: 18)
Can be used in combination with.
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（配列番号９）」は、胃癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６（配列番号１１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３（配列番号１２）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ（配列番号１３）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ（配列番号１４）
と組み合わせて使用することができる。
In one embodiment, "hsa-miR-6087 (SEQ ID NO: 9)" is used for the diagnosis of gastric cancer.
hsa-miR-5100 (SEQ ID NO: 1),
hsa-miR-1290 (SEQ ID NO: 3),
hsa-miR-4706 (SEQ ID NO: 11),
hsa-miR-8073 (SEQ ID NO: 12),
hsa-miR-6737-5p (SEQ ID NO: 13) and hsa-miR-4728-5p (SEQ ID NO: 14)
Can be used in combination with.
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）」は、食道癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７９−５ｐ（配列番号１９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７８７−５ｐ（配列番号２０）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８８（配列番号２１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７５２−５ｐ（配列番号２２）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４４１７（配列番号２３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−９２ｂ−５ｐ（配列番号２４）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７４６−５ｐ（配列番号２５）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ（配列番号１８）
と組み合わせて使用することができる。
In one embodiment, "hsa-miR-5100 (SEQ ID NO: 1)" is used for the diagnosis of esophageal cancer.
hsa-miR-1290 (SEQ ID NO: 3),
hsa-miR-6879-5p (SEQ ID NO: 19),
hsa-miR-6787-5p (SEQ ID NO: 20),
hsa-miR-6088 (SEQ ID NO: 21),
hsa-miR-6752-5p (SEQ ID NO: 22),
hsa-miR-4417 (SEQ ID NO: 23),
hsa-miR-92b-5p (SEQ ID NO: 24),
hsa-miR-6746-5p (SEQ ID NO: 25) and hsa-miR-939-5p (SEQ ID NO: 18)
Can be used in combination with.
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）」は、食道癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７９−５ｐ（配列番号１９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７８７−５ｐ（配列番号２０）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８８（配列番号２１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７５２−５ｐ（配列番号２２）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４４１７（配列番号２３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−９２ｂ−５ｐ（配列番号２４）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７４６−５ｐ（配列番号２５）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ（配列番号１８）
と組み合わせて使用することができる。
In one embodiment, "hsa-miR-1290 (SEQ ID NO: 3)" is used for the diagnosis of esophageal cancer.
hsa-miR-5100 (SEQ ID NO: 1),
hsa-miR-6879-5p (SEQ ID NO: 19),
hsa-miR-6787-5p (SEQ ID NO: 20),
hsa-miR-6088 (SEQ ID NO: 21),
hsa-miR-6752-5p (SEQ ID NO: 22),
hsa-miR-4417 (SEQ ID NO: 23),
hsa-miR-92b-5p (SEQ ID NO: 24),
hsa-miR-6746-5p (SEQ ID NO: 25) and hsa-miR-939-5p (SEQ ID NO: 18)
Can be used in combination with.
本明細書において、癌マーカーの診断精度を表す指標として、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、正確度（Accuracy）および「ＡＵＣ（Area Under Curve）」が使用される。 In the present specification, sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), accuracy (Accuracy) and "AUC (Area Under Curve)" are used as indexes indicating the diagnostic accuracy of a cancer marker.
「感度」は、（真陽性の数）／（真陽性の数＋偽陰性の数）を指す。したがって、感度が高ければ、検出対象の癌に罹患した患者のなかで陰性を示す人（偽陰性者）が少なく、検出対象の癌に罹患した患者を高い確率で陽性と判定することができる。「特異度」は、（真陰性の数）／（真陰性の数＋偽陽性の数）を指す。したがって、特異度が高ければ、健常者のなかで陽性を示す人（偽陽性者）が少なく、健常者を高い確率で陰性と判定することができる。「正確度」は、（真陽性の数＋真陰性の数）／（全症例数）を指す。したがって、正確度が高ければ、偽陰性者および偽陽性者が少なく、癌患者および健常者の両者を高い確率で正しく検査することができる。「ＡＵＣ（Area Under Curve）」は、ＲＯＣ曲線（横軸：（１−特異度）；縦軸：感度）下の面積を指し、ＡＵＣの値が高ければ、診断精度が高いことを示す。 "Sensitivity" refers to (number of true positives) / (number of true positives + number of false negatives). Therefore, if the sensitivity is high, there are few patients (false negatives) who are negative among the patients who have the cancer to be detected, and the patients who have the cancer to be detected can be determined to be positive with a high probability. "Specificity" refers to (number of true negatives) / (number of true negatives + number of false positives). Therefore, if the specificity is high, there are few healthy subjects (false positives), and the healthy subjects can be determined to be negative with a high probability. "Accuracy" refers to (number of true positives + number of true negatives) / (total number of cases). Therefore, if the accuracy is high, there are few false negatives and false positives, and both cancer patients and healthy subjects can be correctly tested with high probability. "AUC (Area Under Curve)" refers to the area under the ROC curve (horizontal axis: (1-specificity); vertical axis: sensitivity), and the higher the AUC value, the higher the diagnostic accuracy.
２．癌検出用プローブ
別の側面によれば、上述の癌マーカーに特異的に結合可能な核酸が、癌検出用プローブとして提供される。具体的には、癌検出用プローブ（以下、単にプローブともいう）は、以下からなる群より選択される癌マーカーに特異的に結合可能な核酸である：
（i）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（ii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（iii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；
（iv）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（v）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
2. 2. Cancer Detection Probe According to another aspect, a nucleic acid capable of specifically binding to the above-mentioned cancer marker is provided as a cancer detection probe. Specifically, a cancer detection probe (hereinafter, also simply referred to as a probe) is a nucleic acid capable of specifically binding to a cancer marker selected from the group consisting of the following:
(I) hsa-miR-5100, a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer;
(Ii) hsa-miR-1290, a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer;
(Iii) a cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-1343-3p;
(Iv) hsa-miR-6877-5p, a cancer marker for detecting gastric cancer; and (v) hsa-miR-6087, a cancer marker for detecting gastric cancer.
癌検出用プローブは、検出対象のｍｉＲＮＡに特異的に結合可能な核酸、すなわち、被検体に由来するｍｉＲＮＡ含有サンプルと反応させたときに、検出対象のｍｉＲＮＡにのみ結合することができ、他のｍｉＲＮＡに結合することができない核酸である。あるいは、癌検出用プローブは、検出対象のｍｉＲＮＡに相補的な塩基配列を有するｃＤＮＡ（以下、検出対象のｃＤＮＡという）に特異的に結合可能な核酸、すなわち、被検体に由来するｃＤＮＡ含有サンプルと反応させたときに、検出対象のｃＤＮＡにのみ結合することができ、他のｃＤＮＡに結合することができない核酸であってもよい。癌検出用プローブは、ＤＮＡであってもよいし、ＲＮＡであってもよい。 The cancer detection probe can bind only to the miRNA to be detected when it reacts with a nucleic acid that can specifically bind to the miRNA to be detected, that is, a miRNA-containing sample derived from the subject. It is a nucleic acid that cannot bind to miRNA. Alternatively, the cancer detection probe is a nucleic acid capable of specifically binding to a cDNA having a base sequence complementary to the miRNA to be detected (hereinafter referred to as the cDNA to be detected), that is, a cDNA-containing sample derived from the subject. It may be a nucleic acid that can bind only to the cDNA to be detected and cannot bind to other cDNAs when reacted. The probe for cancer detection may be DNA or RNA.
具体的には、癌検出用プローブは、検出対象のｍｉＲＮＡを構成する塩基配列または検出対象のｃＤＮＡを構成する塩基配列と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドとすることができる。「ストリンジェントな条件」とは、特異的な結合のみが起こり、非特異的な結合が起こらない条件をいう。 Specifically, the cancer detection probe can be a polynucleotide that hybridizes under stringent conditions with the base sequence that constitutes the miRNA to be detected or the base sequence that constitutes the cDNA to be detected. The "stringent condition" refers to a condition in which only specific binding occurs and no non-specific binding occurs.
好ましくは、癌検出用プローブは、検出対象のｍｉＲＮＡを構成する１５以上の連続ヌクレオチドまたは検出対象のｃＤＮＡを構成する１５以上の連続ヌクレオチドの何れかに相補的な塩基配列を有するポリヌクレオチド、あるいは、当該ポリヌクレオチドに対して９０％以上（好ましくは９５％以上）の配列相同性を有するポリヌクレオチドとすることができる。より好ましくは、癌検出用プローブは、検出対象のｍｉＲＮＡを構成する１７以上の連続ヌクレオチドまたは検出対象のｃＤＮＡを構成する１７以上の連続ヌクレオチドの何れかに相補的な塩基配列を有するポリヌクレオチド、あるいは、当該ポリヌクレオチドに対して９０％以上（好ましくは９５％以上）の配列相同性を有するポリヌクレオチドとすることができる。 Preferably, the cancer detection probe is a polynucleotide having a base sequence complementary to either 15 or more contiguous nucleotides constituting the miRNA to be detected or 15 or more contiguous nucleotides constituting the cDNA to be detected, or a polynucleotide. It can be a polynucleotide having 90% or more (preferably 95% or more) sequence homology with respect to the polynucleotide. More preferably, the probe for cancer detection is a polynucleotide having a base sequence complementary to either 17 or more contiguous nucleotides constituting the miRNA to be detected or 17 or more contiguous nucleotides constituting the cDNA to be detected, or , The polynucleotide can be a polynucleotide having 90% or more (preferably 95% or more) sequence homology with respect to the polynucleotide.
ｍｉＲＮＡの発現を解析するためのプローブは、当該技術分野で公知である。例えば、成熟型のｍｉＲＮＡを検出するプローブとして、検出対象のｍｉＲＮＡに相補的な配列と、相補的な配列の一方の端に連結したリンカー配列と、相補的な配列の他方の端に連結した、ヘアピンキャップ構造を形成するための配列とから構成されるプローブが知られている（アジレント・テクノロジー株式会社）。 Probes for analyzing miRNA expression are known in the art. For example, as a probe for detecting a mature miRNA, a sequence complementary to the miRNA to be detected, a linker sequence linked to one end of the complementary sequence, and a linker sequence linked to the other end of the complementary sequence are linked. A probe composed of an array for forming a hairpin cap structure is known (Agilent Technologies, Inc.).
プローブの設計は、市販のプローブ設計ソフトを用いて行うことができる。 The probe can be designed using commercially available probe design software.
癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００に特異的に結合可能な核酸」である場合、癌検出用プローブは、胃癌または食道癌を検出するためのプローブである。癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０に特異的に結合可能な核酸」である場合、癌検出用プローブは、胃癌または食道癌を検出するためのプローブである。癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐに特異的に結合可能な核酸」である場合、癌検出用プローブは、胃癌を検出するためのプローブである。癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐに特異的に結合可能な核酸」である場合、癌検出用プローブは、胃癌を検出するためのプローブである。癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７に特異的に結合可能な核酸」である場合、癌検出用プローブは、胃癌を検出するためのプローブである。 When the cancer detection probe is "a nucleic acid that can specifically bind to hsa-miR-5100", the cancer detection probe is a probe for detecting gastric cancer or esophageal cancer. When the cancer detection probe is "a nucleic acid that can specifically bind to hsa-miR-1290", the cancer detection probe is a probe for detecting gastric cancer or esophageal cancer. When the cancer detection probe is "a nucleic acid that can specifically bind to hsa-miR-1343-3p", the cancer detection probe is a probe for detecting gastric cancer. When the cancer detection probe is "a nucleic acid capable of specifically binding to hsa-miR-6877-5p", the cancer detection probe is a probe for detecting gastric cancer. When the cancer detection probe is "a nucleic acid that can specifically bind to hsa-miR-6087", the cancer detection probe is a probe for detecting gastric cancer.
３．キットおよびデバイス
別の側面によれば、上述の癌検出用プローブの少なくとも一つを含む癌検出用キットが提供される。更に別の側面によれば、上述の癌検出用プローブの少なくとも一つを含む癌検出用デバイスが提供される。
3. 3. Kits and Devices According to another aspect, a cancer detection kit containing at least one of the above-mentioned cancer detection probes is provided. According to yet another aspect, a cancer detection device including at least one of the above-mentioned cancer detection probes is provided.
癌検出用キット（以下、単にキットともいう）は、上述の癌検出用プローブの少なくとも一つを含むが、これに加えて、追加の核酸プローブを含んでいてもよい。追加の核酸プローブは、被検体が、検出対象の癌以外の癌に罹患していないことを検出するための核酸プローブであってもよい。かかる追加の核酸プローブをキットに含めることにより、被検体が、他の癌ではなく検出対象の癌に罹患していることを診断することができる。 The cancer detection kit (hereinafter, also simply referred to as a kit) includes at least one of the above-mentioned cancer detection probes, but may also include an additional nucleic acid probe. The additional nucleic acid probe may be a nucleic acid probe for detecting that the subject does not have a cancer other than the cancer to be detected. By including such an additional nucleic acid probe in the kit, it is possible to diagnose that the subject has the cancer to be detected rather than other cancers.
キットは、上述の癌検出用プローブの少なくとも一つ、被検体の生体サンプルから核酸（例えば、トータルＲＮＡ）を抽出するための試薬、標識用蛍光物質、マイクロアレイ、緩衝液、使用説明書などを含むことができる。 The kit includes at least one of the above-mentioned cancer detection probes, a reagent for extracting nucleic acid (for example, total RNA) from a biological sample of a subject, a fluorescent substance for labeling, a microarray, a buffer solution, an instruction manual, and the like. be able to.
癌検出用デバイス（以下、単にデバイスともいう）は、典型的には、上述の癌検出用プローブの少なくとも一つが支持体上に結合したデバイスである。上述のとおり、デバイスは、追加の核酸プローブを更に含んでいてもよい。デバイスは、例えば、ＤＮＡマイクロアレイまたはＲＮＡマイクロアレイなどの核酸アレイである。 A cancer detection device (hereinafter, also simply referred to as a device) is typically a device in which at least one of the above-mentioned cancer detection probes is bound on a support. As mentioned above, the device may further include an additional nucleic acid probe. The device is, for example, a nucleic acid array such as a DNA microarray or an RNA microarray.
上述の癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００に特異的に結合可能な核酸」である場合、キットは、胃癌または食道癌を検出するためのキットであり、デバイスは、胃癌または食道癌を検出するためのデバイスである。 When the above-mentioned cancer detection probe is "nucleic acid capable of specifically binding to hsa-miR-5100", the kit is a kit for detecting gastric cancer or esophageal cancer, and the device is gastric cancer or esophageal cancer. It is a device for detecting.
上述の癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０に特異的に結合可能な核酸」である場合、キットは、胃癌または食道癌を検出するためのキットであり、デバイスは、胃癌または食道癌を検出するためのデバイスである。 When the above-mentioned cancer detection probe is "nucleic acid capable of specifically binding to hsa-miR-1290", the kit is a kit for detecting gastric cancer or esophageal cancer, and the device is gastric cancer or esophageal cancer. It is a device for detecting.
上述の癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐに特異的に結合可能な核酸」である場合、キットは、胃癌を検出するためのキットであり、デバイスは、胃癌を検出するためのデバイスである。 When the above-mentioned cancer detection probe is "a nucleic acid capable of specifically binding to hsa-miR-1343-3p", the kit is a kit for detecting gastric cancer, and the device is for detecting gastric cancer. Device.
上述の癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐに特異的に結合可能な核酸」である場合、キットは、胃癌を検出するためのキットであり、デバイスは、胃癌を検出するためのデバイスである。 When the above-mentioned cancer detection probe is "nucleic acid capable of specifically binding to hsa-miR-6877-5p", the kit is a kit for detecting gastric cancer, and the device is for detecting gastric cancer. Device.
上述の癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７に特異的に結合可能な核酸」である場合、キットは、胃癌を検出するためのキットであり、デバイスは、胃癌を検出するためのデバイスである。 When the above-mentioned cancer detection probe is "nucleic acid capable of specifically binding to hsa-miR-6087", the kit is a kit for detecting gastric cancer, and the device is a device for detecting gastric cancer. Is.
４．胃癌または食道癌の検出方法
別の側面によれば、胃癌または食道癌の検出方法が提供される。胃癌または食道癌の検出方法は、
被検体に由来する生体サンプルにおいて上述の癌マーカーの少なくとも一つの発現量を測定すること、および
前記発現量または前記発現量から算出されるスコアを、予め決定された基準と比較すること
を含む。以下、上記方法を各工程順に説明する。
4. Methods for Detecting Gastric Cancer or Esophageal Cancer According to another aspect, methods for detecting gastric cancer or esophageal cancer are provided. How to detect gastric cancer or esophageal cancer
It includes measuring the expression level of at least one of the above-mentioned cancer markers in a biological sample derived from a subject, and comparing the expression level or a score calculated from the expression level with a predetermined criterion. Hereinafter, the above method will be described in the order of each step.
（測定工程）
「被検体」は、哺乳動物、例えば、ヒト、サル、マウス、ラットなどであり、好ましくはヒトである。「生体サンプル」は、生体組織（例えば、胃癌の検出の場合は胃組織、食道癌の検出の場合は食道組織）、体液（例えば、血液、尿もしくは唾液）、または血液から調製された血清もしくは血漿などを挙げることができる。あるいは、「生体サンプル」としては、上記の生体サンプルからトータルＲＮＡを抽出することにより得られたＲＮＡ含有サンプルを使用することもできる。あるいは、「生体サンプル」としては、上記のＲＮＡ含有サンプルから逆転写反応により調製したｃＤＮＡ含有サンプルを使用することもできる。
(Measurement process)
The "subject" is a mammal, such as a human, monkey, mouse, rat, etc., preferably a human. A "biological sample" is a living tissue (eg, gastric tissue for detection of gastric cancer, esophageal tissue for detection of esophageal cancer), body fluid (eg, blood, urine or saliva), or serum prepared from blood Plasma and the like can be mentioned. Alternatively, as the "biological sample", an RNA-containing sample obtained by extracting total RNA from the above biological sample can also be used. Alternatively, as the "biological sample", a cDNA-containing sample prepared by a reverse transcription reaction from the above RNA-containing sample can also be used.
測定対象の癌マーカー、すなわち「上述の癌マーカーの少なくとも一つ」は、以下からなる群より選択される少なくとも一つである：
（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー；
（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
The cancer marker to be measured, that is, "at least one of the above-mentioned cancer markers" is at least one selected from the group consisting of the following:
(I) A cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer, which is hsa-miR-5100 or hsa-mir-5100;
(II) A cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer, which is hsa-miR-1290 or hsa-mir-1290;
(III) A cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-1343-3p or hsa-mir-1343;
(IV) a cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-6877-5p or hsa-mir-6877; and (V) detecting gastric cancer, hsa-miR-6087 or hsa-mir-6087. Cancer marker for.
「上述の癌マーカーの少なくとも一つ」は、好ましくは、以下からなる群より選択される少なくとも一つである：
（i）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（ii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（iii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；
（iv）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（v）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
"At least one of the above cancer markers" is preferably at least one selected from the group consisting of:
(I) hsa-miR-5100, a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer;
(Ii) hsa-miR-1290, a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer;
(Iii) a cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-1343-3p;
(Iv) hsa-miR-6877-5p, a cancer marker for detecting gastric cancer; and (v) hsa-miR-6087, a cancer marker for detecting gastric cancer.
上述の「１．癌マーカー」の欄で述べたとおり、（I）〜（V）の癌マーカー（好ましくは（i）〜（v）の癌マーカー）は、胃癌または食道癌の診断のために、単独で使用してもよいし、「他の癌マーカー」と組み合わせて使用してもよい。したがって、この測定工程は、「上述の癌マーカーの少なくとも一つ」の発現量の測定に加えて、「他の癌マーカー」の発現量の測定を含んでいてもよい。 As described in the above section "1. Cancer markers", the cancer markers (I) to (V) (preferably the cancer markers (i) to (v)) are used for diagnosing gastric cancer or esophageal cancer. , May be used alone or in combination with "other cancer markers". Therefore, this measuring step may include measuring the expression level of "another cancer marker" in addition to measuring the expression level of "at least one of the above-mentioned cancer markers".
上述の癌マーカーの発現量の測定は、公知のｍｉＲＮＡ定量法により、例えば、定量リアルタイムＰＣＲ（qRT-PCR）、核酸アレイ、次世代シーケンサーなどにより行うことができる。一つの態様において、上述の癌マーカーの発現量の測定は、上述のキットまたは上述のデバイス用いて行うことができる。あるいは、別の態様において、上述の癌マーカーの発現量の測定は、次世代シーケンサーを用いて行うことができる。 The expression level of the above-mentioned cancer marker can be measured by a known miRNA quantification method, for example, by quantification real-time PCR (qRT-PCR), nucleic acid array, next-generation sequencer, or the like. In one embodiment, the measurement of the expression level of the above-mentioned cancer marker can be performed using the above-mentioned kit or the above-mentioned device. Alternatively, in another embodiment, the measurement of the expression level of the above-mentioned cancer marker can be performed using a next-generation sequencer.
次世代シーケンサーは、シーケンシング反応を同時に並行して実行することにより、塩基配列の解析スピードを飛躍的に向上させた塩基配列解析装置である。次世代シーケンサーは、サンガー法を利用した従来型のシーケンサーに対比して使用される用語である。Illumina社（例えば、Hiseq 2500、NextSeq 500）、Roche社（例えば、GS FLX+ System）、Thermo Fisher Scientific社（例えば、Ion Proton System）などのメーカーから次世代シーケンサーが販売されている。次世代シーケンサーは、既存のシーケンサーだけでなく、同様のシーケンシング原理を利用した今後発売される装置や大量のＤＮＡ分子の塩基配列を並列的に解析することが可能な今後開発される装置も含む。 The next-generation sequencer is a base sequence analysis device that dramatically improves the speed of base sequence analysis by simultaneously executing sequencing reactions in parallel. Next-generation sequencer is a term used in contrast to conventional sequencers that utilize the Sanger method. Next-generation sequencers are available from manufacturers such as Illumina (eg, Hiseq 2500, NextSeq 500), Roche (eg, GS FLX + System), and Thermo Fisher Scientific (eg, Ion Proton System). Next-generation sequencers include not only existing sequencers, but also devices that will be released in the future using the same sequencing principle and devices that will be developed in the future that can analyze the base sequences of a large number of DNA molecules in parallel. ..
（比較工程）
次いで、測定された被検体の発現量または当該発現量から算出されるスコアを、予め決定された基準と比較する。ここで「基準」は、検出対象の癌に罹患している人々の発現量のデータと、健常な人々の発現量のデータとを集積し、これら集積データに基づいて予め決定することができる。
(Comparison process)
The measured expression level of the subject or the score calculated from the expression level is then compared with a predetermined criterion. Here, the "criteria" can be determined in advance based on the accumulated data of the expression level data of the people suffering from the cancer to be detected and the expression level data of the healthy people.
この比較工程は、例えば、測定された被検体の発現量を、集積データに基づいて予め決定された発現量の閾値と比較することにより行うことができる。測定工程で２種類以上の癌マーカーの発現量が測定された場合、この比較工程は、それぞれの癌マーカーの発現量を、それぞれの癌マーカーについて予め決定された閾値と比較することにより行うことができる。 This comparison step can be performed, for example, by comparing the measured expression level of the subject with a predetermined expression level threshold based on the accumulated data. When the expression levels of two or more types of cancer markers are measured in the measurement step, this comparison step may be performed by comparing the expression levels of each cancer marker with a predetermined threshold value for each cancer marker. it can.
あるいは、この比較工程は、集積データを教師サンプルとして判別式を作成し、被検体の発現量の測定値を判別式に代入して判別スコアを算出し、判別スコアを基準と比較することにより行うことができる。癌患者の発現量を判別式に代入すると正の値を示し、健常者の発現量を判別式に代入すると負の値を示すように判別式を作成した場合、この場合の「基準」はゼロである。測定工程で２種類以上の癌マーカーの発現量が測定された場合、この比較工程は、例えばFisherの線形判別分析により行うことができる。 Alternatively, this comparison step is performed by creating a discriminant using the accumulated data as a teacher sample, substituting the measured value of the expression level of the subject into the discriminant, calculating the discriminant score, and comparing the discriminant score with the reference. be able to. When the discriminant is created so that when the expression level of cancer patients is substituted into the discriminant, a positive value is shown, and when the expression level of healthy subjects is substituted into the discriminant, a negative value is shown, the "criteria" in this case is zero. Is. When the expression levels of two or more types of cancer markers are measured in the measurement step, this comparison step can be performed by, for example, Fisher's linear discriminant analysis.
この比較工程により、被検体が検出対象の癌に罹患しているか否かを判断するための情報を取得することができる。かかる情報に基づいて、医師は、被検体が胃癌または食道癌に罹患しているか否かを判断することができる。 By this comparison step, it is possible to obtain information for determining whether or not the subject has the cancer to be detected. Based on such information, the doctor can determine whether the subject has gastric cancer or esophageal cancer.
上述の検出方法は、使用する癌マーカーの診断精度が高いため、癌の検出精度が高い。また、上述の検出方法は、被検体から生体サンプルを取得することにより実施できるため、侵襲性が低い点で優れている。上述の検出方法は、超音波検査、ＣＴ検査、ＭＲＩ検査、血管造影検査などの画像検査と組合せて行ってもよい。 Since the above-mentioned detection method has high diagnostic accuracy of the cancer marker used, the detection accuracy of cancer is high. Further, since the above-mentioned detection method can be carried out by obtaining a biological sample from the subject, it is excellent in that it is less invasive. The above-mentioned detection method may be performed in combination with an image examination such as an ultrasonic examination, a CT examination, an MRI examination, and an angiography examination.
癌マーカーがｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である場合、上記方法は、胃癌または食道癌の検出方法である。癌マーカーがｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である場合、上記方法は、胃癌または食道癌の検出方法である。癌マーカーが、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である場合、上記方法は、胃癌の検出方法である。癌マーカーが、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である場合、上記方法は、胃癌の検出方法である。癌マーカーが、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である場合、上記方法は、胃癌の検出方法である。 When the cancer marker is hsa-miR-5100 or hsa-mir-5100, the above method is a method for detecting gastric cancer or esophageal cancer. When the cancer marker is hsa-miR-1290 or hsa-mir-1290, the above method is a method for detecting gastric cancer or esophageal cancer. If the cancer marker is hsa-miR-1343-3p or hsa-mir-1343, the method is a method for detecting gastric cancer. When the cancer marker is hsa-miR-6877-5p or hsa-mir-6877, the above method is a method for detecting gastric cancer. When the cancer marker is hsa-miR-6087 or hsa-mir-6087, the above method is a method for detecting gastric cancer.
「胃癌または食道癌の検出方法」は、「胃癌または食道癌の検査方法」または「胃癌または食道癌の診断を補助する方法」と言い換えることもできる。 The "method for detecting gastric cancer or esophageal cancer" can also be rephrased as "method for testing gastric cancer or esophageal cancer" or "method for assisting in the diagnosis of gastric cancer or esophageal cancer".
また、別の側面によれば、胃癌または食道癌の診断方法が提供される。胃癌または食道癌の診断方法は、
被検体に由来する生体サンプルにおいて上述の癌マーカーの少なくとも一つの発現量を測定すること
前記発現量または前記発現量から算出されるスコアを、予め決定された基準と比較すること、および
得られた比較結果に基づいて、前記被検体が胃癌または食道癌に罹患しているか否かを判断すること
を含む。
Also, according to another aspect, a method for diagnosing gastric cancer or esophageal cancer is provided. How to diagnose gastric cancer or esophageal cancer
Measuring the expression level of at least one of the above-mentioned cancer markers in a biological sample derived from a subject, comparing the expression level or a score calculated from the expression level with a predetermined criterion, and obtained. It includes determining whether or not the subject has gastric cancer or esophageal cancer based on the comparison result.
かかる診断方法は、得られた比較結果に基づいて、被検体が癌に罹患しているか否かを判断することを更に含む点においてのみ、上述の検出方法とは異なる。したがって、かかる診断方法は、上述の検出方法と同様に実施することができる。 Such a diagnostic method differs from the above-mentioned detection method only in that it further includes determining whether or not the subject has cancer based on the obtained comparative results. Therefore, such a diagnostic method can be carried out in the same manner as the above-mentioned detection method.
［実施例１］ 癌マーカーの同定
実施例１では、ＮＣＢＩデータベース、Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＧＳＥ１０６８１７を使用して、胃癌マーカーおよび食道癌マーカーの同定を行った。このデータベースは、以下の種々の癌患者および健常者の血中マイクロＲＮＡの発現量を網羅的に測定したデータベースである。
[Example 1] Identification of cancer markers In Example 1, NCBI database, Accession No. GSE106817 was used to identify gastric and esophageal cancer markers. This database is a database that comprehensively measures the expression levels of microRNA in blood of the following various cancer patients and healthy subjects.
胃癌患者（Gastric Cancer）１１５人、
食道癌患者（Esophageal Cancer）８８人、
乳癌患者（Breast Cancer）１１５人、
肉腫患者（Sarcoma）１１５人、
肝細胞癌患者（Hepatocellular Carcinoma）８１人、
膵癌患者（Pancreatic Cancer）１１５人、
境界悪性卵巣腫瘍患者（Borderline Ovarian Tumor）６６人、
卵巣癌患者（Ovarian Cancer）３２０人、
良性卵巣腫瘍患者（Benign Ovarian Tumor）２９人、
非上皮性卵巣癌患者（Non-epithelial Ovarian Cancer）１３人
大腸癌患者（Colorectal Cancer）１１５人、
肺癌患者（Lung Cancer）１１５人、および
健常者（non-Cancer）２０９人
115 patients with gastric cancer (Gastric Cancer),
88 patients with esophageal cancer,
115 Breast Cancer patients,
115 sarcoma patients (Sarcoma),
81 patients with hepatocellular carcinoma (Hepatocellular Carcinoma),
115 patients with pancreatic cancer,
66 patients with borderline malignant ovarian tumor (Borderline Ovarian Tumor),
320 patients with ovarian cancer (Ovarian Cancer),
29 patients with benign ovarian tumors (Benign Ovarian Tumor),
13 non-epithelial ovarian cancer patients, 115 colorectal cancer patients,
115 lung cancer patients and 209 healthy individuals (non-Cancer)
データベースのサンプルを、学習検体群（Training Set）とテスト検体群（Test Set）に無作為に分けた。学習検体群（Training Set）は、癌患者（胃癌５７人、食道癌４４人、乳癌５７人、肉腫５７人、肝細胞癌４０人、膵癌５７人、境界悪性卵巣腫瘍３３人、卵巣癌１６０人、良性卵巣腫瘍１４人、非上皮性卵巣癌６人、大腸癌５７人、肺癌５７人）および健常者１０４人から構成される。テスト検体群（Test Set）は、癌患者（胃癌５８人、食道癌４４人、乳癌５８人、肉腫５８人、肝細胞癌４１人、膵癌５８人、境界悪性卵巣腫瘍３３人、卵巣癌１６０人、良性卵巣腫瘍１５人、非上皮性卵巣癌７人、大腸癌５８人、肺癌５８人）および健常者１０５人から構成される。 Database samples were randomly divided into a training sample group (Training Set) and a test sample group (Test Set). The training set includes cancer patients (57 gastric cancer, 44 esophageal cancer, 57 breast cancer, 57 sarcoma, 40 hepatocellular carcinoma, 57 pancreatic cancer, 33 borderline malignant ovarian tumors, 160 ovarian cancer). , 14 benign ovarian tumors, 6 non-epithelial ovarian cancers, 57 colon cancers, 57 lung cancers) and 104 healthy individuals. The test sample group (Test Set) includes cancer patients (58 gastric cancer, 44 esophageal cancer, 58 breast cancer, 58 sarcoma, 41 hepatocellular carcinoma, 58 pancreatic cancer, 33 borderline malignant ovarian tumors, 160 ovarian cancer). , 15 benign ovarian tumors, 7 non-epithelial ovarian cancers, 58 colon cancers, 58 lung cancers) and 105 healthy individuals.
学習検体群（Training Set）のデータを、胃癌マーカーおよび食道癌マーカーの同定のために以下のとおり解析した。 The data of the training set (Training Set) were analyzed as follows for the identification of gastric cancer markers and esophageal cancer markers.
２５６５種類のｍｉＲＮＡのうち、全サンプルの半分以上において、信号値が２６より大きい３０５種類のｍｉＲＮＡをマーカー候補として絞り込んだ。絞り込んだそれぞれのｍｉＲＮＡに対してフィッシャーの線形判別法を適用し、胃癌と健常者を識別する関数を算出した。３０５種類のうち、判別性能が高い５種類のｍｉＲＮＡを胃癌マーカーとして選択した。 Of the 2565 types of miRNAs, 305 types of miRNAs with signal values greater than 26 were narrowed down as marker candidates in more than half of all samples. Fisher's linear discrimination method was applied to each of the narrowed down miRNAs, and a function for distinguishing between gastric cancer and healthy subjects was calculated. Of the 305 types, 5 types of miRNA with high discrimination performance were selected as gastric cancer markers.
上記の胃癌マーカーに対してフィッシャーの線形判別法を適用し、食道癌と健常者を識別する関数を算出した。判別性能が高い２種類のｍｉＲＮＡを食道癌マーカーとして選択した。 Fisher's linear discrimination method was applied to the above gastric cancer markers, and a function for distinguishing between esophageal cancer and healthy subjects was calculated. Two types of miRNAs with high discrimination performance were selected as esophageal cancer markers.
上記解析により、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（図６Ａおよび６Ｂ参照）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（図７Ａおよび７Ｂ参照）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ（図８Ａおよび８Ｂ参照）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ（図９Ａおよび９Ｂ参照）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（図１０Ａおよび１０Ｂ参照）
が、胃癌マーカーとして同定され、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（図１１Ａおよび１１Ｂ参照）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（図１２Ａおよび１２Ｂ参照）
が、食道癌マーカーとして同定された。
By the above analysis
hsa-miR-5100 (see Figures 6A and 6B),
hsa-miR-1290 (see Figures 7A and 7B),
hsa-miR-1343-3p (see Figures 8A and 8B),
hsa-miR-6877-5p (see FIGS. 9A and 9B), and hsa-miR-6087 (see FIGS. 10A and 10B).
Was identified as a gastric cancer marker,
hsa-miR-5100 (see FIGS. 11A and 11B), and hsa-miR-1290 (see FIGS. 12A and 12B).
Was identified as a marker for esophageal cancer.
［実施例２］ 胃癌マーカー
実施例２では、同定された胃癌マーカーの有効性を検証するために、テスト検体群（Test Set）の胃癌マーカーの発現量データを、実施例１で記載したのと同じ手法により解析した。
[Example 2] Gastric cancer marker In Example 2, in order to verify the effectiveness of the identified gastric cancer marker, the expression level data of the gastric cancer marker in the test sample group (Test Set) is described in Example 1. It was analyzed by the same method.
２−１．胃癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−５１００
テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図６Ａに示す。図６Ａは、胃癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
2-1. Gastric cancer marker hsa-miR-5100
The discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-5100 of gastric cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 6A as a diagnostic index. FIG. 6A shows that the discrimination scores of gastric cancer patients and healthy subjects were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図６Ａに示す。図６Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-5100 of gastric cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and AUC of hsa-miR-5100. The accuracy was calculated. These results are also shown in FIG. 6A. FIG. 6A shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-5100 is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図６Ｂに示す。図６Ｂは、胃癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。 In addition, the discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-5100 of gastric cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 6B as a diagnostic index. FIG. 6B shows that the discrimination scores of gastric cancer patients and breast cancer patients were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図６Ｂに示す。図６Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-5100 of gastric cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and AUC of hsa-miR-5100. The accuracy was calculated. These results are also shown in FIG. 6B. FIG. 6B shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-5100 is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６、ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。なお、サンプル数の不均衡の影響を排除するためにアンダーサンプリングを行った。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図６Ｃに示す。図６Ｃは、胃癌患者の判別スコアが、健常者および他の癌患者の判別スコアと有意に分離したことを示す。 In addition, the expression levels of hsa-miR-5100 in gastric cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients included in the test sample group (Test Set) are expressed by other miRNA markers (hsa-miR-1290, hsa-miR-6087). , Hsa-miR-4706, hsa-miR-8073, hsa-miR-6737-5p, hsa-miR-4728-5p) to create a discriminant formula and calculate the discriminant score. Undersampling was performed to eliminate the effect of imbalance in the number of samples. The obtained discriminant score is shown in FIG. 6C as a diagnostic index. FIG. 6C shows that the discrimination scores of gastric cancer patients were significantly separated from the discrimination scores of healthy subjects and other cancer patients.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者の７種類のｍｉＲＮＡの発現量データを用いて、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を図６Ｄに示す。図６Ｄは、７種類のｍｉＲＮＡの診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of 7 types of miRNAs of gastric cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients included in the test sample group (Test Set), sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and accuracy. The degree (Accuracy) was calculated. These results are shown in FIG. 6D. FIG. 6D shows that the diagnostic accuracy of the seven types of miRNA is high.
図６Ａ〜６Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、胃癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、単独で使用しても、被検者が胃癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく胃癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。 From the results of FIGS. 6A to 6D, it was verified that hsa-miR-5100 is effective as a gastric cancer marker. The hsa-miR-5100 can be used alone to determine that a subject has gastric cancer with high diagnostic accuracy. In addition, hsa-miR-5100 can be used in combination with other miRNA markers to diagnose with high diagnostic accuracy that a subject is suffering from gastric cancer rather than other cancers.
２−２．胃癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０
テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図７Ａに示す。図７Ａは、胃癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
2-2. Gastric cancer marker hsa-miR-1290
The discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-1290 of gastric cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 7A as a diagnostic index. FIG. 7A shows that the discrimination scores of gastric cancer patients and healthy subjects were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図７Ａに示す。図７Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-1290 of gastric cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and AUC of hsa-miR-1290. The accuracy was calculated. These results are also shown in FIG. 7A. FIG. 7A shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-1290 is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図７Ｂに示す。図７Ｂは、胃癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。 In addition, the discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-1290 of gastric cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 7B as a diagnostic index. FIG. 7B shows that the discrimination scores of gastric cancer patients and breast cancer patients were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図７Ｂに示す。図７Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the hsa-miR-1290 expression level data of gastric cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and AUC of hsa-miR-1290. The accuracy was calculated. These results are also shown in FIG. 7B. FIG. 7B shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-1290 is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６、ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。また、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。ここで得られる結果は、使用した７種類のｍｉＲＮＡの組合せが同じため、図６Ｃおよび６Ｄに示される結果と同じであった。 In addition, the expression level of hsa-miR-1290 in gastric cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients included in the test sample group (Test Set) was measured by other miRNA markers (hsa-miR-5100, hsa-miR-6087). , Hsa-miR-4706, hsa-miR-8073, hsa-miR-6737-5p, hsa-miR-4728-5p) to create a discriminant formula and calculate the discriminant score. In addition, sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and accuracy (Accuracy) were calculated. The results obtained here were the same as those shown in FIGS. 6C and 6D because the combination of the 7 miRNAs used was the same.
図７Ａ、７Ｂ、６Ｃおよび６Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、胃癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、単独で使用しても、被検者が胃癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく胃癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。 From the results of FIGS. 7A, 7B, 6C and 6D, it was verified that hsa-miR-1290 is effective as a gastric cancer marker. Even when hsa-miR-1290 is used alone, it can be determined with high diagnostic accuracy that a subject has gastric cancer. In addition, hsa-miR-1290 can be used in combination with other miRNA markers to diagnose with high diagnostic accuracy that a subject is suffering from gastric cancer rather than other cancers.
２−３．胃癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ
テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図８Ａに示す。図８Ａは、胃癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
2-3. Gastric cancer marker hsa-miR-1343-3p
The discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-1343-3p of gastric cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 8A as a diagnostic index. FIG. 8A shows that the discrimination scores of gastric cancer patients and healthy subjects were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図８Ａに示す。図８Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-1343-3p of gastric cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity) and specificity (Specificity) of hsa-miR-1343-3p. ), AUC and Accuracy were calculated. These results are also shown in FIG. 8A. FIG. 8A shows that hsa-miR-1343-3p has high diagnostic accuracy.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図８Ｂに示す。図８Ｂは、胃癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。 In addition, the discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-1343-3p of gastric cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 8B as a diagnostic index. FIG. 8B shows that the discrimination scores of gastric cancer patients and breast cancer patients were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図８Ｂに示す。図８Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-1343-3p of gastric cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity) and specificity (Specificity) of hsa-miR-1343-3p. ), AUC and Accuracy were calculated. These results are also shown in FIG. 8B. FIG. 8B shows that hsa-miR-1343-3p has high diagnostic accuracy.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８４５−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４６８７−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７９９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。なお、サンプル数の不均衡の影響を排除するためにアンダーサンプリングを行った。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図８Ｃに示す。図８Ｃは、胃癌患者の判別スコアが、健常者および他の癌患者の判別スコアと有意に分離したことを示す。 In addition, the expression level of hsa-miR-1343-3p in gastric cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients included in the test sample group (Test Set) was measured by other miRNA markers (hsa-miR-5100, hsa-miR). -1290, hsa-miR-6877-5p, hsa-miR-6087, hsa-miR-4728-5p, hsa-miR-6845-5p, hsa-miR-4678-3p, hsa-miR-6799-5p, hsa A discriminant was prepared using the expression level of −miR-939-5p) in combination, and the discrimination score was calculated. Undersampling was performed to eliminate the effect of imbalance in the number of samples. The obtained discriminant score is shown in FIG. 8C as a diagnostic index. FIG. 8C shows that the discrimination scores of gastric cancer patients were significantly separated from the discrimination scores of healthy subjects and other cancer patients.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者の１０種類のｍｉＲＮＡの発現量データを用いて、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を図８Ｄに示す。図８Ｄは、１０種類のｍｉＲＮＡの診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of 10 types of miRNAs of gastric cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients included in the test sample group (Test Set), sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and accuracy The degree (Accuracy) was calculated. These results are shown in FIG. 8D. FIG. 8D shows that the diagnostic accuracy of 10 types of miRNA is high.
図８Ａ〜８Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐは、胃癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐは、単独で使用しても、被検者が胃癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐは、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく胃癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。 From the results of FIGS. 8A to 8D, it was verified that hsa-miR-1343-3p was effective as a gastric cancer marker. Even when hsa-miR-1343-3p is used alone, it can be determined with high diagnostic accuracy that a subject has gastric cancer. In addition, hsa-miR-1343-3p can be used in combination with other miRNA markers to diagnose with high diagnostic accuracy that a subject is suffering from gastric cancer rather than other cancers.
２−４．胃癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ
テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図９Ａに示す。図９Ａは、胃癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
2-4. Gastric cancer marker hsa-miR-6877-5p
The discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-6877-5p of gastric cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 9A as a diagnostic index. FIG. 9A shows that the discrimination scores of gastric cancer patients and healthy subjects were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図９Ａに示す。図９Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-6877-5p of gastric cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity) and specificity (Specificity) of hsa-miR-6877-5p. ), AUC and Accuracy were calculated. These results are also shown in FIG. 9A. FIG. 9A shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-6877-5p is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図９Ｂに示す。図９Ｂは、胃癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。 In addition, the discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-6877-5p of gastric cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 9B as a diagnostic index. FIG. 9B shows that the discrimination scores of gastric cancer patients and breast cancer patients were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図９Ｂに示す。図９Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-6877-5p of gastric cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity) and specificity (Specificity) of hsa-miR-6877-5p. ), AUC and Accuracy were calculated. These results are also shown in FIG. 9B. FIG. 9B shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-6877-5p is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８４５−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４６８７−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７９９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。また、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。ここで得られる結果は、使用した１０種類のｍｉＲＮＡの組合せが同じため、図８Ｃおよび８Ｄに示される結果と同じであった。 In addition, the expression level of hsa-miR-6877-5p in gastric cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients included in the test sample group (Test Set) was measured by other miRNA markers (hsa-miR-5100, hsa-miR). -1290, hsa-miR-1343-3p, hsa-miR-6087, hsa-miR-4728-5p, hsa-miR-6845-5p, hsa-miR-4678-3p, hsa-miR-6799-5p, hsa A discriminant was prepared using the expression level of −miR-939-5p) in combination, and the discrimination score was calculated. In addition, sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and accuracy (Accuracy) were calculated. The results obtained here were the same as those shown in FIGS. 8C and 8D because the combinations of the 10 miRNAs used were the same.
図９Ａ、９Ｂ、８Ｃおよび８Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐは、胃癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐは、単独で使用しても、被検者が胃癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐは、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく胃癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。 From the results of FIGS. 9A, 9B, 8C and 8D, it was verified that hsa-miR-6877-5p was effective as a gastric cancer marker. Even when hsa-miR-6877-5p is used alone, it can be determined with high diagnostic accuracy that a subject has gastric cancer. In addition, hsa-miR-6877-5p can be used in combination with other miRNA markers to diagnose with high diagnostic accuracy that a subject is suffering from gastric cancer rather than other cancers.
２−５．胃癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７
テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１０Ａに示す。図１０Ａは、胃癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
2-5. Gastric cancer marker hsa-miR-6087
The discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-6087 of gastric cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 10A as a diagnostic index. FIG. 10A shows that the discrimination scores of gastric cancer patients and healthy subjects were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１０Ａに示す。図１０Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-6087 of gastric cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and AUC of hsa-miR-6087. The accuracy was calculated. These results are also shown in FIG. 10A. FIG. 10A shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-6087 is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１０Ｂに示す。図１０Ｂは、胃癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。 In addition, the discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-6087 of gastric cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 10B as a diagnostic index. FIG. 10B shows that the discrimination scores of gastric cancer patients and breast cancer patients were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１０Ｂに示す。図１０Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-6087 of gastric cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and AUC of hsa-miR-6087. The accuracy was calculated. These results are also shown in FIG. 10B. FIG. 10B shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-6087 is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６、ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。また、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。ここで得られる結果は、使用した７種類のｍｉＲＮＡの組合せが同じため、図６Ｃおよび６Ｄに示される結果と同じであった。 In addition, the expression level of hsa-miR-6087 in gastric cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients included in the test sample group (Test Set) was measured by other miRNA markers (hsa-miR-5100, hsa-miR-1290). , Hsa-miR-4706, hsa-miR-8073, hsa-miR-6737-5p, hsa-miR-4728-5p) to create a discriminant formula and calculate the discriminant score. In addition, sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and accuracy (Accuracy) were calculated. The results obtained here were the same as those shown in FIGS. 6C and 6D because the combination of the 7 miRNAs used was the same.
図１０Ａ、１０Ｂおよび６Ｃおよび６Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７は、胃癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７は、単独で使用しても、被検者が胃癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７は、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく胃癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。 From the results of FIGS. 10A, 10B and 6C and 6D, it was verified that hsa-miR-6087 is effective as a gastric cancer marker. The hsa-miR-6087 can be used alone to determine that a subject has gastric cancer with high diagnostic accuracy. In addition, hsa-miR-6087 can be used in combination with other miRNA markers to diagnose with high diagnostic accuracy that a subject is suffering from gastric cancer rather than other cancers.
［実施例３］ 食道癌マーカー
実施例３では、同定された食道癌マーカーの有効性を検証するために、テスト検体群（Test Set）の食道癌マーカーの発現量データを、実施例１で記載したのと同じ手法により解析した。
[Example 3] Esophageal cancer marker In Example 3, in order to verify the effectiveness of the identified esophageal cancer marker, the expression level data of the esophageal cancer marker in the test sample group (Test Set) is described in Example 1. The analysis was performed by the same method as used.
３−１．食道癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−５１００
テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１１Ａに示す。図１１Ａは、食道癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
3-1. Esophageal cancer marker hsa-miR-5100
The discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-5100 of esophageal cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 11A as a diagnostic index. FIG. 11A shows that the discrimination scores of esophageal cancer patients and healthy subjects were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１１Ａに示す。図１１Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-5100 of esophageal cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), and AUC of hsa-miR-5100. And the accuracy was calculated. These results are also shown in FIG. 11A. FIG. 11A shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-5100 is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１１Ｂに示す。図１１Ｂは、食道癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。 In addition, the discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-5100 of esophageal cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 11B as a diagnostic index. FIG. 11B shows that the discrimination scores of esophageal cancer patients and breast cancer patients were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１１Ｂに示す。図１１Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-5100 of esophageal cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), and AUC of hsa-miR-5100. And the accuracy was calculated. These results are also shown in FIG. 11B. FIG. 11B shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-5100 is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７８７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８８、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７５２−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４４１７、ｈｓａ−ｍｉＲ−９２ｂ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７４６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。なお、サンプル数の不均衡の影響を排除するためにオーバーサンプリングを行った。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１１Ｃに示す。図１１Ｃは、食道癌患者の判別スコアが、健常者および他の癌患者の判別スコアと有意に分離したことを示す。 In addition, the expression level of hsa-miR-5100 in esophageal cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients included in the test sample group (Test Set) was measured by other miRNA markers (hsa-miR-1290, hsa-miR-). 6879-5p, hsa-miR-6787-5p, hsa-miR-6088, hsa-miR-6752-5p, hsa-miR-4417, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-6746-5p, hsa- A discriminant was created using the combination with the expression level of miR-939-5p), and the discrimination score was calculated. Oversampling was performed to eliminate the effect of imbalance in the number of samples. The obtained discriminant score is shown in FIG. 11C as a diagnostic index. FIG. 11C shows that the discrimination scores of esophageal cancer patients were significantly separated from the discrimination scores of healthy subjects and other cancer patients.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者、健常者、および他の癌患者の１０種類のｍｉＲＮＡの発現量データを用いて、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を図１１Ｄに示す。図１１Ｄは、１０種類のｍｉＲＮＡの診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of 10 types of miRNAs of esophageal cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients included in the test sample group (Test Set), sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and The accuracy was calculated. These results are shown in FIG. 11D. FIG. 11D shows that the diagnostic accuracy of 10 types of miRNA is high.
図１１Ａ〜１１Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、食道癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、単独で使用しても、被検者が食道癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく食道癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。 From the results of FIGS. 11A to 11D, it was verified that hsa-miR-5100 is effective as an esophageal cancer marker. The hsa-miR-5100 can be used alone to determine that a subject has esophageal cancer with high diagnostic accuracy. In addition, hsa-miR-5100 can be used in combination with other miRNA markers to diagnose with high diagnostic accuracy that a subject is suffering from esophageal cancer rather than other cancers.
３−２．食道癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０
テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１２Ａに示す。図１２Ａは、食道癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
3-2. Esophageal cancer marker hsa-miR-1290
The discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-1290 of esophageal cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 12A as a diagnostic index. FIG. 12A shows that the discrimination scores of esophageal cancer patients and healthy subjects were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１２Ａに示す。図１２Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the hsa-miR-1290 expression level data of esophageal cancer patients and healthy subjects included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), and AUC of hsa-miR-1290. And the accuracy was calculated. These results are also shown in FIG. 12A. FIG. 12A shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-1290 is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１２Ｂに示す。図１２Ｂは、食道癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。 In addition, the discrimination score was calculated using the expression level data of hsa-miR-1290 of esophageal cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set). The obtained discriminant score is shown in FIG. 12B as a diagnostic index. FIG. 12B shows that the discrimination scores of esophageal cancer patients and breast cancer patients were significantly separated.
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１２Ｂに示す。図１２Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の診断精度が高いことを示す。 Furthermore, using the expression level data of hsa-miR-1290 of esophageal cancer patients and breast cancer patients included in the test sample group (Test Set), the sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), and AUC of hsa-miR-1290. And the accuracy was calculated. These results are also shown in FIG. 12B. FIG. 12B shows that the diagnostic accuracy of hsa-miR-1290 is high.
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７８７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８８、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７５２−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４４１７、ｈｓａ−ｍｉＲ−９２ｂ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７４６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。また、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。ここで得られる結果は、使用した１０種類のｍｉＲＮＡの組合せが同じため、図１１Ｃおよび１１Ｄに示される結果と同じであった。 In addition, the expression level of hsa-miR-1290 in esophageal cancer patients, healthy subjects, and other cancer patients included in the test sample group (Test Set) was measured by other miRNA markers (hsa-miR-5100, hsa-miR-). 6879-5p, hsa-miR-6787-5p, hsa-miR-6088, hsa-miR-6752-5p, hsa-miR-4417, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-6746-5p, hsa- A discriminant was created using the combination with the expression level of miR-939-5p), and the discrimination score was calculated. In addition, sensitivity (Sensitivity), specificity (Specificity), AUC and accuracy (Accuracy) were calculated. The results obtained here were the same as those shown in FIGS. 11C and 11D because the combinations of the 10 miRNAs used were the same.
図１２Ａ、１２Ｂ、１１Ｃおよび１１Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、食道癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、単独で使用しても、被検者が食道癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく食道癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。 From the results of FIGS. 12A, 12B, 11C and 11D, it was verified that hsa-miR-1290 is effective as an esophageal cancer marker. Even when hsa-miR-1290 is used alone, it can be determined with high diagnostic accuracy that a subject has esophageal cancer. In addition, hsa-miR-1290 can be used in combination with other miRNA markers to diagnose with high diagnostic accuracy that a subject is suffering from esophageal cancer rather than other cancers.
Claims (13)
（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー；
（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。 Cancer markers selected from the following group:
(I) A cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer, which is hsa-miR-5100 or hsa-mir-5100;
(II) A cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer, which is hsa-miR-1290 or hsa-mir-1290;
(III) A cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-1343-3p or hsa-mir-1343;
(IV) a cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-6877-5p or hsa-mir-6877; and (V) detecting gastric cancer, hsa-miR-6087 or hsa-mir-6087. Cancer marker for.
（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー。 The cancer marker according to claim 1, wherein the cancer marker is the following cancer marker:
(I) A cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer, which is hsa-miR-5100 or hsa-mir-5100.
（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー。 The cancer marker according to claim 1, wherein the cancer marker is the following cancer marker:
(II) A cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer, which is hsa-miR-1290 or hsa-mir-1290.
（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー。 The cancer marker according to claim 1, wherein the cancer marker is the following cancer marker:
(III) A cancer marker for detecting gastric cancer, which is hsa-miR-1343-3p or hsa-mir-1343.
（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
The cancer marker according to claim 1, wherein the cancer marker is the following cancer marker:
(IV) A cancer marker for detecting gastric cancer, which is hsa-miR-6877-5p or hsa-mir-6877.
（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。 The cancer marker according to claim 1, wherein the cancer marker is the following cancer marker:
(V) A cancer marker for detecting gastric cancer, which is hsa-miR-6087 or hsa-mir-6087.
（i）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（ii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（iii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；
（iv）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（v）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。 The cancer marker according to claim 1, wherein the cancer marker is selected from the group consisting of the following:
(I) hsa-miR-5100, a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer;
(Ii) hsa-miR-1290, a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer;
(Iii) hsa-miR-1343-3p, a cancer marker for detecting gastric cancer;
(Iv) hsa-miR-6877-5p, a cancer marker for detecting gastric cancer; and (v) hsa-miR-6087, a cancer marker for detecting gastric cancer.
（i）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（ii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（iii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；
（iv）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（v）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。 A probe for cancer detection, which is a nucleic acid that can specifically bind to a cancer marker selected from the group consisting of the following:
(I) hsa-miR-5100, a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer;
(Ii) hsa-miR-1290, a cancer marker for detecting gastric cancer or esophageal cancer;
(Iii) a cancer marker for detecting gastric cancer, hsa-miR-1343-3p;
(Iv) hsa-miR-6877-5p, a cancer marker for detecting gastric cancer; and (v) hsa-miR-6087, a cancer marker for detecting gastric cancer.
前記発現量または前記発現量から算出されるスコアを、予め決定された基準と比較すること
を含む、胃癌または食道癌の検出方法。 The expression level of at least one of the cancer markers according to any one of claims 1 to 7 is measured in a biological sample derived from a subject, and the expression level or a score calculated from the expression level is previously determined. A method for detecting gastric or esophageal cancer, including comparison with determined criteria.
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