JP2019529368A - Bispecific immunomodulatory antibodies linked to costimulatory and checkpoint receptors - Google Patents

Bispecific immunomodulatory antibodies linked to costimulatory and checkpoint receptors Download PDF

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Abstract

本発明は、二重特異性のヘテロ二量体免疫調節抗体に関する。【選択図】図1The present invention relates to bispecific heterodimeric immunomodulating antibodies. [Selection] Figure 1

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2016年8月30日に出願された米国仮特許出願第62/381,239号、2017年2月7日に出願された米国仮特許出願第62/456,033号、2017年3月31日に出願された米国仮特許出願第62/479,723号、2017年6月14日に出願された米国特許出願第15/623,314号の優先権を主張し、それらの内容は、その全体が参照により明示的に完全に組み込まれる。
This application is related to US Provisional Patent Application No. 62 / 381,239 filed Aug. 30, 2016, and US Provisional Patent Application No. 62/456, filed Feb. 7, 2017. No. 033, US Provisional Patent Application No. 62 / 479,723 filed on March 31, 2017, and US Patent Application No. 15 / 623,314 filed on June 14, 2017 The contents of which are expressly fully incorporated by reference in their entirety.

配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。2017年8月29日に作成された上記のASCIIコピーは067461_5198−WO_SL.txtという名称であり、サイズは26,061,282キロバイトである。
SEQUENCE LISTING This application contains a Sequence Listing that is submitted electronically in ASCII format and is hereby incorporated by reference in its entirety. The above ASCII copy created on August 29, 2017 is 067461_5198-WO_SL. The name is txt, and the size is 26,061,282 kilobytes.

腫瘍反応性T細胞は、PD−1およびCTLA−4などの抑制性免疫チェックポイントの上方制御のために、時間の経過とともにそれらの細胞傷害活性を失う。腫瘍反応性T細胞を抑制解除してそれらが腫瘍細胞を殺傷し続けることができるように、2つの並行した治療戦略が追求されている。   Tumor-reactive T cells lose their cytotoxic activity over time due to upregulation of suppressive immune checkpoints such as PD-1 and CTLA-4. Two parallel treatment strategies are being pursued so that tumor-reactive T cells can be derepressed and they can continue to kill the tumor cells.

第1のアプローチは、免疫調節それ自体(PD−1、CTLA−4など)またはそのリガンド(PD−L1、PD−L2、CD80、CD86など)のいずれかに連結する拮抗モノクローナル抗体で処理することによる免疫による免疫調節遮断であり、これによって、腫瘍反応性T細胞が腫瘍細胞を殺傷するのを阻止する抑制性シグナルを除去する。CTLA−1、PD−1(プログラム細胞死1)、TIM−3(T細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン3)、LAG−3(リンパ球活性化遺伝子3)、TIGIT(IgおよびITIMドメインを含むT細胞免疫受容体)、および他のもののような免疫調節受容体は、T細胞および他の細胞型の活性化、増殖、および/またはエフェクター活性を阻害する。免疫調節受容体が腫瘍細胞に対する内因性T細胞応答を抑制するという仮説に導かれて、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、イピリムマブ、およびトレメリムマブを含む抗CTLA4および抗PD1抗体の前臨床および臨床試験は、免疫調節遮断が優れた抗腫瘍応答をもたらし、内因性T細胞を刺激して腫瘍細胞を攻撃し、さまざまな悪性腫瘍を有する一部の患者に長期の癌寛解をもたらすことを実証した。残念なことに、これらの治療法に応答するのは一部の患者だけであり、適応症および他の要因により異なるが、奏効率は一般に10〜30%の範囲で、場合によっては単剤療法ごとに高くなる。   The first approach is to treat with an antagonistic monoclonal antibody that links to either immunomodulation itself (PD-1, CTLA-4, etc.) or its ligand (PD-L1, PD-L2, CD80, CD86, etc.). Is an immune regulatory block by immunity, which eliminates inhibitory signals that prevent tumor-reactive T cells from killing tumor cells. CTLA-1, PD-1 (programmed cell death 1), TIM-3 (T cell immunoglobulin and mucin domain 3), LAG-3 (lymphocyte activation gene 3), TIGIT (T cells containing Ig and ITIM domains) Immunoregulatory receptors, such as immunoreceptors), and others inhibit the activation, proliferation, and / or effector activity of T cells and other cell types. Preclinical and clinical trials of anti-CTLA4 and anti-PD1 antibodies, including nivolumab, pembrolizumab, ipilimumab, and tremelimumab, led to the hypothesis that immunoregulatory receptors suppress the endogenous T cell response to tumor cells Demonstrated an excellent anti-tumor response, stimulating endogenous T cells to attack tumor cells and providing long-term cancer remission in some patients with various malignancies. Unfortunately, only some patients respond to these therapies, depending on the indication and other factors, but response rates are generally in the range of 10-30%, sometimes monotherapy Every time it gets higher.

腫瘍反応性T細胞を抑制解除するための第2のアプローチは、ICOSのような共刺激タンパク質に連結する拮抗抗体で処理し、それによって免疫チェックポイントの負のシグナル伝達を克服するために正のシグナルを加えることによるT細胞同時刺激である。   A second approach to derepress tumor-reactive T cells is treated with antagonistic antibodies linked to costimulatory proteins such as ICOS, thereby positively overcoming negative signaling of immune checkpoints. T cell costimulation by adding a signal.

したがって、本発明は、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、4−1BB)およびチェックポイント受容体(例えば、PD−1、PD−L1、CTLA−4、LAG−3、TIM−3、BTLA、およびTIGITに連結する二重特異性抗体に関する。   Accordingly, the present invention relates to costimulatory receptors (eg, ICOS, GITR, OX40, 4-1BB) and checkpoint receptors (eg, PD-1, PD-L1, CTLA-4, LAG-3, TIM-3). Relates to bispecific antibodies that link to BTLA and TIGIT.

したがって、一態様において、本発明は、癌の治療のためのT細胞の活性化において使用するための、ヒト共刺激受容体に一価連結し、ヒトチェックポイント受容体に一価連結する二重特異性抗体を提供する。 Accordingly, in one aspect, the invention provides a dual linking monovalent to human costimulatory receptor and monovalently linking to a human checkpoint receptor for use in activating T cells for the treatment of cancer. Specific antibodies are provided.

いくつかの態様において、共刺激受容体は、ICOS、GITR、OX40、および4−1BBからなる群から選択される。   In some embodiments, the costimulatory receptor is selected from the group consisting of ICOS, GITR, OX40, and 4-1BB.

さらなる態様において、チェックポイント受容体は、PD−1、PD−L1、CTLA−4、LAG−3、TIGIT、およびTIM−3からなる群から選択される。   In a further aspect, the checkpoint receptor is selected from the group consisting of PD-1, PD-L1, CTLA-4, LAG-3, TIGIT, and TIM-3.

さらなる態様では、抗体は、ICOSとPD−1、ICOSとCTLA−4、ICOSとLAG−3、ICOSとTIM−3、ICOSとPD−L1、ICOSとBTLA、ICOSとTIGIT、GITRとTIGIT、GITRとPD−1、GITRとCTLA−4、GITRとLAG−3、GITRとTIM−3、GITRとPD−L1、GITRとBTLA、OX40とPD−1、OX40とTIGIT、OX40とCTLA−4、IC OX40 OSとLAG−3、OX40とTIM−3、OX40とPD−L1、OX40とBTLA、4−1BBとPD−1、4−1BBとCTLA−4、4−1BBとLAG−3、4−1BBとTIM−3、4−1BBとPD−L1、TIGITと4−1BB、および4−1BBとBTLAから選択される抗原の対に連結する。   In a further aspect, the antibody is ICOS and PD-1, ICOS and CTLA-4, ICOS and LAG-3, ICOS and TIM-3, ICOS and PD-L1, ICOS and BTLA, ICOS and TIGIT, GITR and TIGIT, GITR. And PD-1, GITR and CTLA-4, GITR and LAG-3, GITR and TIM-3, GITR and PD-L1, GITR and BTLA, OX40 and PD-1, OX40 and TIGIT, OX40 and CTLA-4, IC OX40 OS and LAG-3, OX40 and TIM-3, OX40 and PD-L1, OX40 and BTLA, 4-1BB and PD-1, 4-1BB and CTLA-4, 4-1BB and LAG-3, 4-1BB And TIM-3, 4-1BB and PD-L1, TIGIT and 4-1BB, and 4-1BB and BTLA Ligate to a selected pair of antigens.

さらなる態様において、二重特異性抗体は、図2に概説されたものから選択されたフォーマットを有する。   In a further embodiment, the bispecific antibody has a format selected from those outlined in FIG.

さらなる態様において、本発明はヘテロ二量体抗体であって、a)第1のFcドメインを含む第1の重鎖、任意選択のドメインリンカー、および第1の抗原に連結するscFvを含む第1の抗原連結ドメインと、b)第2のFcドメインを含む重鎖定常ドメイン、ヒンジドメイン、CH1ドメインおよび可変重鎖ドメインを含む重鎖を含む第2の重鎖と、c)可変軽鎖ドメインおよび軽鎖定常ドメインを含む軽鎖とを含み、ここで上記可変重鎖ドメインおよび前記可変軽鎖ドメインは、第2の抗原に連結する第2の抗原連結ドメインを形成し、前記第1および第2の抗原連結ドメインの一方はヒトICOSに連結し、他方はヒトPD−1に連結する、ヘテロ二量体抗体を提供する。   In a further aspect, the invention is a heterodimeric antibody comprising: a) a first heavy chain comprising a first Fc domain, an optional domain linker, and a scFv linked to a first antigen. B) a heavy chain constant domain comprising a second Fc domain, a second heavy chain comprising a heavy chain comprising a hinge domain, a CH1 domain and a variable heavy chain domain; and c) a variable light chain domain and A light chain comprising a light chain constant domain, wherein said variable heavy chain domain and said variable light chain domain form a second antigen linking domain linked to a second antigen, said first and second A heterodimeric antibody is provided wherein one of the antigen-binding domains is linked to human ICOS and the other is linked to human PD-1.

さらなる態様において、本発明は、ヘテロ二量体二重特異性抗体であって、a)第1の重鎖であって、i)第1の変異型Fcドメイン、およびii)第1の抗原に連結する単鎖Fv領域(scFv)を含み、上記scFv領域が第1の可変重鎖、可変軽鎖、および荷電scFvリンカーを含み、上記荷電scFvリンカーが上記第1の可変重鎖と上記可変軽鎖とを共有連結する、第1の重鎖と、b)第2の重鎖であって、VH−CH1−ヒンジ−CH2−CH3単量体を含み、VHが第2の可変重鎖であり、CH2−CH3が第2の変異型Fcドメインである第2の重鎖と、c)軽鎖と、を含み、ここで上記第2の変異型Fcドメインがアミノ酸置換N208D/Q295E/N384D/Q418E/N241Dを含み、上記第1および第2の変異型Fcドメインがそれぞれアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、上記第1の変異型Fcドメインが、アミノ酸置換S364K/E357Qを含み、第2の変異型Fcドメインが、アミノ酸置換L368D/K370Sを含み、上記第1および第2の抗原連結ドメインの一方はヒトICOSに連結し、他方はヒトPD−1に連結し、ここでナンバリングはKabatと同様のEUインデックスに従う、ヘテロ二量体二重特異性抗体を提供する。   In a further aspect, the invention provides a heterodimeric bispecific antibody comprising: a) a first heavy chain, i) a first variant Fc domain, and ii) a first antigen. A single chain Fv region (scFv) to be linked, the scFv region comprising a first variable heavy chain, a variable light chain, and a charged scFv linker, wherein the charged scFv linker comprises the first variable heavy chain and the variable light chain. A first heavy chain that covalently links the chain; and b) a second heavy chain comprising a VH-CH1-hinge-CH2-CH3 monomer, wherein VH is a second variable heavy chain A second heavy chain wherein CH2-CH3 is a second mutant Fc domain, and c) a light chain, wherein the second mutant Fc domain is an amino acid substitution N208D / Q295E / N384D / Q418E / N241D, the first and the first Each of the mutant Fc domains comprises amino acid substitutions E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, the first mutant Fc domain comprises amino acid substitution S364K / E357Q, and the second mutant Fc domain comprises amino acid substitutions. L368D / K370S, one of the first and second antigen-binding domains linked to human ICOS and the other linked to human PD-1, where the numbering is according to the EU index similar to Kabat, heterodimer Body bispecific antibodies are provided.

いくつかの態様において、ヘテロ二量体抗体は、それぞれM428L/N434Sを含む第1および第2の変異型Fcドメインを有する。   In some embodiments, the heterodimeric antibody has first and second variant Fc domains that each comprise M428L / N434S.

さらなる態様において、本発明は、ヘテロ二量体抗体であって、a)第1の重鎖であって、i)第1の変異型Fcドメイン、およびii)第1の抗原に連結する単鎖Fv領域(scFv)を含み、上記scFv領域が第1の可変重鎖、可変軽鎖、および荷電scFvリンカーを含み、上記荷電scFvリンカーが上記第1の可変重鎖と上記可変軽鎖とを共有連結する、第1の重鎖と、b)第2の重鎖であって、VH−CH1−ヒンジ−CH2−CH3単量体を含み、VHが第2の可変重鎖であり、CH2−CH3が第2の変異型Fcドメインである第2の重鎖と、c)軽鎖と、を含み、ここで上記第1および第2の変異型Fcドメインが、L368D/K370S:S364K/E357Q、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411E/K360E/Q362E:D401K、およびT366S/L368A/Y407V:T366Wからなる群から選択されるヘテロ二量体化変異のセットを含み、上記第1および第2の抗原連結ドメインの一方はヒトICOSに連結し、他方はヒトPD−1に連結し、ここでナンバリングはKabatと同様のEUインデックスに従う、ヘテロ二量体抗体を提供する。   In a further aspect, the invention is a heterodimeric antibody comprising a) a first heavy chain, i) a first variant Fc domain, and ii) a single chain linked to a first antigen. An Fv region (scFv), wherein the scFv region comprises a first variable heavy chain, a variable light chain, and a charged scFv linker, wherein the charged scFv linker shares the first variable heavy chain and the variable light chain A first heavy chain to be linked; and b) a second heavy chain comprising a VH-CH1-hinge-CH2-CH3 monomer, where VH is a second variable heavy chain, and CH2-CH3 Wherein the first and second mutant Fc domains are L368D / K370S: S364K / E357Q, L368D, wherein the second heavy chain is a second mutant Fc domain and c) a light chain. / K370S: S364K, L368 A set of heterodimerization mutations selected from the group consisting of: / K370S: S364K, T411E / K360E / Q362E: D401K, and T366S / L368A / Y407V: T366W, One is linked to human ICOS and the other is linked to human PD-1, where the numbering provides a heterodimeric antibody according to the EU index similar to Kabat.

さらなる態様において、本発明は、本発明のヘテロ二量体抗体をコードする核酸を含む核酸組成物、核酸を含む発現ベクター組成物、および発現ベクター組成物を含む宿主細胞を提供する。   In a further aspect, the present invention provides a nucleic acid composition comprising a nucleic acid encoding a heterodimeric antibody of the present invention, an expression vector composition comprising the nucleic acid, and a host cell comprising the expression vector composition.

さらなる態様において、本発明は、癌の治療のためのT細胞の活性化において使用するためのヘテロ二量体抗体を提供する。   In a further aspect, the present invention provides heterodimeric antibodies for use in the activation of T cells for the treatment of cancer.

The Cancer Genome Atlas(TCGA)から編集された、膀胱癌、乳癌、結腸癌、頭頸部癌、腎癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、および黒色腫癌についてのPD−1およびT細胞共刺激受容体の発現データ(RNAseq V2 RSEM)を提示する。ピアソン相関係数の二乗を、T細胞共刺激受容体に対するPD−1について計算した。About bladder cancer, breast cancer, colon cancer, head and neck cancer, kidney cancer, lung adenocarcinoma, lung squamous cell carcinoma, ovarian cancer, pancreatic cancer, prostate cancer, and melanoma cancer, edited from The Cancer Genome Atlas (TCGA) Presents PD-1 and T cell costimulatory receptor expression data (RNAseq V2 RSEM). The square of the Pearson correlation coefficient was calculated for PD-1 for T cell costimulatory receptors. 本発明の二重特異性抗体のためのいくつかのフォーマットを示す。一番目は、第1および第2の抗抗原連結ドメインを有する「ボトルオープナー」フォーマットである。さらに、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、中央−Fv、1アームの中央−scFv、1つのscFv−mAb、scFv−mAb、デュアルscFvのフォーマットが全て示されている。図2Jは、Fabが第1の抗原に連結し、scFvが第2の抗原に連結する、2つのFab−scFvのアームを有する「中央−scFv2」フォーマットを示す。図2Kは、第1の抗原に連結する第1のFabアームと第2の抗原に連結する第2のFabアームを有する、二重特異性mAbのフォーマットを示す。図2Lは、DVD−IgGのフォーマット(例えば、参照により本明細書に明示的に組み込まれ、以下に論じられる、米国特許第7,612,181号を参照されたい)を示す。図2Mは、トライデントフォーマット(例えば、参照により本明細書に明示的に組み込まれ、以下に論じられる、WO2015/184203を参照されたい)を示す。示されている全てのscFvドメインについて、それらは、N末端からC末端に向けて、可変重鎖−(任意選択のリンカー)−可変軽鎖、またはその反対のいずれかであり得る。さらに、1アームのscFv−mAbでは、scFvを重鎖単量体のN末端または軽鎖のN末端のいずれかに連結させることができる。Figure 2 shows several formats for the bispecific antibodies of the invention. The first is a “bottle opener” format having first and second anti-antigen linking domains. Furthermore, the formats of mAb-Fv, mAb-scFv, center-scFv, center-Fv, center of one arm-scFv, one scFv-mAb, scFv-mAb, dual scFv are all shown. FIG. 2J shows a “center-scFv2” format with two Fab-scFv arms, where the Fab is linked to the first antigen and the scFv is linked to the second antigen. FIG. 2K shows a bispecific mAb format with a first Fab arm linking to the first antigen and a second Fab arm linking to the second antigen. FIG. 2L shows the format of DVD-IgG (see, eg, US Pat. No. 7,612,181, which is expressly incorporated herein by reference and discussed below). FIG. 2M shows a trident format (see, eg, WO2015 / 184203, which is expressly incorporated herein by reference and discussed below). For all the scFv domains shown, they can be either variable heavy chain- (optional linker) -variable light chain, or vice versa, from N-terminus to C-terminus. Furthermore, in a 1-arm scFv-mAb, the scFv can be linked to either the N-terminus of the heavy chain monomer or the N-terminus of the light chain. ICOSをFab側([ICOS]_H0.66_L0)とし、PD−1をscFV(1G6_L1.94_H1.279)として有し、血清半減期を延長するためのM428L/434S変異を含む、ボトルオープナーフォーマットであるXENP23104の配列を示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図8に示されている無荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えることができる)、スラッシュは可変ドメインの境界を示す。さらに、命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、本明細書の配列のいくつかは、V−scFvリンカー−V(NからC末端に向かう)と配向され、一方でいくつかはV−scFvリンカー−V(NからC末端に向かう)と配向されるが、当業者によって理解されるように、これらの配列はまた、本明細書中のそれらの描写とは反対の配向で使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVおよびVドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。It is a bottle opener format with ICOS on the Fab side ([ICOS] _H0.66_L0), PD-1 as scFV (1G6_L1.94_H1.279), and including M428L / 434S mutation to prolong serum half-life The sequence of XENP23104 is shown. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some can be replaced by other linkers, including uncharged or negatively charged linkers shown in FIG. 8), and slashes indicate variable domain boundaries. Furthermore, the naming convention indicates the orientation of the scFv from the N-terminus to the C-terminus, and some of the sequences herein are oriented as V H -scFv linker-V L (from N to the C-terminus), while Are oriented with a VL- scFv linker- VH (from N to C-terminus), but as will be appreciated by those skilled in the art, these sequences are also described in their description and Can be used in the opposite orientation. The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs but also the CDRs contained within the VH and VL domains using other numbering systems are also included herein. (スキューおよびpI変異を含む)ヘテロ二量体化変異セットの有用な対を示す。図4CおよびFには、対応する「単量体2」変異が存在しない変異が存在し、これらは、いずれかの単量体に単独で使用することができるか、または例えばボトルオープナーのFab側に含めることができるpI変異であり、例えば、scFvを第2の抗原連結ドメインとして利用する第2の単量体に適切な荷電scFvリンカーを使用することができる。適切な荷電リンカーは、図8に示される。A useful pair of heterodimerized mutation sets (including skew and pI mutations) is shown. In FIGS. 4C and F there are mutations for which there is no corresponding “monomer 2” mutation, which can be used alone for either monomer, or for example the Fab side of a bottle opener For example, a charged scFv linker suitable for a second monomer that utilizes scFv as the second antigen linking domain can be used. A suitable charged linker is shown in FIG. 等価変異型抗体定常領域とそれぞれの置換の一覧を示す。pI_(−)は低いpIの変異を示し、pI_(+)は高いpIの変異を示す。これらは、任意にかつ独立して、本発明の他のヘテロ二量体化変異(および本明細書に概説されているように他の変異も)と組み合わせることができる。A list of equivalent mutant antibody constant regions and their respective substitutions is shown. pI _ (−) indicates a low pI mutation and pI _ (+) indicates a high pI mutation. These can optionally and independently be combined with other heterodimerization mutations of the invention (and other mutations as outlined herein). FcγR連結を除去した有用な除去変異を示す(しばしば「ノックアウト」または「KO」変異と呼ばれる。)。一般に、除去変異は両方の単量体に見られるが、いくつかの場合においてはそれらは一方の単量体のみにあってもよい。Useful removal mutations that have removed FcγR linkage (often referred to as “knockout” or “KO” mutations). In general, deletion mutations are found in both monomers, but in some cases they may be in only one monomer. 本発明の2つの特に有用な実施形態を示す。本実施形態の「非Fv」構成要素が図9Aに示されるが、図9の他のフォーマットも同様に使用することができる。Two particularly useful embodiments of the invention are shown. Although the “non-Fv” component of this embodiment is shown in FIG. 9A, other formats in FIG. 9 can be used as well. 構成要素として、一つ以上のscFvを利用するヘテロ二量体抗体のpIを増加または減少することにおいて使用されるいくつかの荷電scFvリンカーを示す。(+H)正のリンカーは、本明細書において特に使用される。単一電荷を有する単一の先行技術のscFvリンカーは、Whitlow et al.,Protein Engineering 6(8):989−995(1993)からの「Whitlow」としての参照である。このリンカーは、scFvにおける凝集を減少させ、タンパク質分解安定性を高めるために使用されたことに留意すべきである。As a component, several charged scFv linkers used in increasing or decreasing the pI of heterodimeric antibodies that utilize one or more scFv are shown. (+ H) positive linkers are specifically used herein. A single prior art scFv linker with a single charge is described in Whitlow et al. , Protein Engineering 6 (8): 989-995 (1993). It should be noted that this linker was used to reduce aggregation in scFv and increase proteolytic stability. Fv配列(例えば、scFvおよびFab側のためのvhおよびvl)含まずに、ヒトIgG1に基づいて、いくつかの有用なボトルオープナーフォーマットの骨格の配列を示す。ボトルオープナーの骨格1はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。ボトルオープナーの骨格2はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、異なるスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。ボトルオープナーの骨格3はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、異なるスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。ボトルオープナーの骨格4はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、異なるスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。ボトルオープナーの骨格5はヒトIgG1(356D/358Lアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。ボトルオープナーの骨格6はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異、ならびにN297Aの両方の鎖の変異を含む。ボトルオープナーの骨格7は、変異がN297Sであることを除いて6と同一である。ボトルオープナーの骨格6および7の代替的なフォーマットは、両方の鎖の除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを除外できる。骨格8はヒトIgG4に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異、ならびに当該技術分野で知られているように、Fabアーム交換を除去するS228P(EUナンバリング、これはKabatではS241Pである)の両鎖の変異を含む。ボトルオープナーの骨格8の代替的なフォーマットでは、E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を除外でき、骨格9は、ヒトIgG2に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異を含む。骨格10はヒトIgG2に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびS267Kの両方の鎖の変異を含む。 当業者には理解され、以下に概説されるように、これらの配列は、scFv(任意に荷電scFvリンカーを含む)を含む一つの単量体およびFab配列を含む他の単量体を含む、本明細書に概説される任意のvhとvlの対と共に使用できる(例えば、「Fab側重鎖」に連結したvh、および「定常軽鎖」に連結したvl)。すなわち、抗CTLA−4、抗PD−1、抗LAG−3、抗TIM−3、抗TIGIT、および抗BTLAについて本明細書で概説した任意のFv配列は、scFv(同様に、任意選択で荷電scFvリンカーを有する)またはFabとしてであるかどうかにかかわらず、これらの図37の骨格に任意の組み合わせで組み込むことができる。図9Aに示されている定常軽鎖は、図中のコンストラクトの全てのために使用することができるが、カッパ定常軽鎖もまた置換されていてもよい。 これらのボトルオープナーの骨格は、図1Fの中心−scFvフォーマットに使用されることに注意すべきであり、そこでは、第1のFabと同じ抗原連結を有する追加の第2のFab(vh−CH1およびvl−定常軽鎖)が、「ボトルオープナー側」のscFvのN末端に付加される。 これらの骨格の各々に含まれるのは、列挙された配列に対して(本明細書で定義されるように)90、95、98、および99%同一であり、および/または(当業者には理解されるように、親のヒトIgG1(または骨格に基づいてIgG2もしくはIgG4)と比べていくつかのアミノ酸修飾を既に含む図の「親」と比べて、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10の追加のアミノ酸置換を含む配列である。すなわち、列挙された骨格は、この図の骨格内に含まれるスキュー、pIおよび除去変異に加えて、さらなるアミノ酸修飾(一般にアミノ酸置換)を含み得る。The sequences of several useful bottle opener format scaffolds are shown based on human IgG1, without Fv sequences (eg, vh and vl for scFv and Fab sides). Skeletal 1 of the bottle opener is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del / S267K contains both strand removal mutations. Skeletal 2 of the bottle opener is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), with different skew mutations, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab pI mutation, and both E233P / L234V / L235A / G236del / S267K Contains strand removal mutations. Bottle Opener Skeleton 3 is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), with different skew mutations, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab pI mutation, and both E233P / L234V / L235A / G236del / S267K Contains strand removal mutations. The bottle opener scaffold 4 is based on human IgG1 (356E / 358M allotype) and has different skew mutations, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab pI mutation, and both E233P / L234V / L235A / G236del / S267K Contains strand removal mutations. Skeletal 5 of the bottle opener is based on human IgG1 (356D / 358L allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del / S267K contains both strand removal mutations. The skeleton 6 of the bottle opener is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del / S267K both strand removal mutations, as well as N297A both strand mutations. The skeleton 7 of the bottle opener is identical to 6 except that the mutation is N297S. Alternative formats for the bottle opener scaffolds 6 and 7 can exclude both strand removal mutations E233P / L234V / L235A / G236del / S267K. Skeletal 8 is based on human IgG4, S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del / S267K both chains It includes a deletion mutation as well as a mutation in both strands of S228P (EU numbering, which is S241P in Kabat) that eliminates Fab arm exchange, as is known in the art. In an alternative format for the skeleton 8 of the bottle opener, both E233P / L234V / L235A / G236del / S267K strand removal mutations can be excluded, and skeleton 9 is based on human IgG2 and S364K / E357Q: skew of L368D / K370S. Mutation, including a pI mutation on the Fab side of N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D. Skeletal 10 is based on human IgG2 and contains S364K / E357Q: S368D / K370S skew mutation, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and S267K both chain mutations. As understood by those skilled in the art and outlined below, these sequences include one monomer containing scFv (optionally including a charged scFv linker) and another monomer containing a Fab sequence, It can be used with any of the vh and vl pairs outlined herein (eg, vh linked to a “Fab heavy chain” and vl linked to a “constant light chain”). That is, any of the Fv sequences outlined herein for anti-CTLA-4, anti-PD-1, anti-LAG-3, anti-TIM-3, anti-TIGIT, and anti-BTLA are scFv (also optionally charged These can be incorporated in any combination into the backbone of FIG. 37, whether or not as having an scFv linker) or as a Fab. The constant light chain shown in FIG. 9A can be used for all of the constructs in the figure, but the kappa constant light chain may also be substituted. Note that these bottle opener scaffolds are used in the center-scFv format of FIG. 1F, where an additional second Fab (vh-CH1) having the same antigenic linkage as the first Fab. And vl-constant light chain) are added to the N-terminus of the “bottle opener side” scFv. Included in each of these backbones is 90, 95, 98, and 99% identical to the listed sequence (as defined herein) and / or (to those skilled in the art As can be seen, 1, 2, 3, 4, 5, compared to the “parent” in the figure which already contains some amino acid modifications compared to the parent human IgG1 (or IgG2 or IgG4 based on the backbone) A sequence that includes 6, 7, 8, 9, or 10 additional amino acid substitutions, ie, the listed backbone contains additional amino acid modifications in addition to the skew, pI, and excision mutations contained within the backbone of this figure (Generally amino acid substitutions). 選択された数の抗PD−1抗体の配列を示す。これらの配列は、図6Aに示されている除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1に基づいて生成されたことに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。The sequence of a selected number of anti-PD-1 antibodies is shown. It is important to note that these sequences were generated based on human IgG1 with the excision mutation shown in FIG. 6A (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”) . CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein. 配列番号1〜2392、3125〜3144、4697〜7594、および4697〜21810として列挙されている追加の抗PD−1 ABDと共に、選択された数のPD−1 ABDを示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図8に示されている無荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えることができる)、スラッシュは可変ドメインの境界を示す。さらに、命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、この図中の配列のいくつかは、VH−scFvリンカー−VL(NからC末端に向かう)と配向され、一方でいくつかはVL−scFvリンカー−VH(NからC末端に向かう)と配向されるが、当業者によって理解されるように、これらの配列はまた、本明細書中のそれらの描写とは反対の配向で使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのVHおよびVL配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。A selected number of PD-1 ABDs are shown, along with additional anti-PD-1 ABDs listed as SEQ ID NOs: 1-239, 3125-3144, 4697-7594, and 4697-21810. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some can be replaced by other linkers, including uncharged or negatively charged linkers shown in FIG. 8), and slashes indicate variable domain boundaries. Furthermore, the naming convention shows the orientation of scFv from N-terminus to C-terminus, some of the sequences in this figure are oriented as VH-scFv linker-VL (from N to C-terminus), while Are oriented with the VL-scFv linker-VH (from N to C-terminus), but as will be appreciated by those skilled in the art, these sequences are also oriented in the opposite direction to their depiction herein. Can be used in The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these VH and VL sequences can be used in either scFv format or Fab format. 配列番号2393〜2414および3737〜3816として列挙されている追加の抗CTLA−4 ABDと共に、選択された数のCTLA−4 ABDを示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図8に示されている無荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えることができる)、スラッシュは可変ドメインの境界を示す。さらに、命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、この図中の配列のいくつかは、VH−scFvリンカー−VL(NからC末端に向かう)と配向され、一方でいくつかはVL−scFvリンカー−VH(NからC末端に向かう)と配向されるが、当業者によって理解されるように、これらの配列はまた、本明細書中のそれらの描写とは反対の配向で使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのVHおよびVL配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。A selected number of CTLA-4 ABD is shown, with additional anti-CTLA-4 ABD listed as SEQ ID NOs: 2393-2414 and 3737-3816. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some can be replaced by other linkers, including uncharged or negatively charged linkers shown in FIG. 8), and slashes indicate variable domain boundaries. Furthermore, the naming convention shows the orientation of scFv from N-terminus to C-terminus, some of the sequences in this figure are oriented as VH-scFv linker-VL (from N to C-terminus), while Are oriented with the VL-scFv linker-VH (from N to C-terminus), but as will be appreciated by those skilled in the art, these sequences are also oriented in the opposite direction to their depiction herein. Can be used in The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these VH and VL sequences can be used in either scFv format or Fab format. 配列番号2415〜2604および3817〜3960として列挙されている追加の抗LAG−3 ABDと共に、選択された数のLAG−3 ABDを示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図8に示されている無荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えることができる)、そしてスラッシュは可変ドメイン>の境界(単数または複数)を示す。さらに、命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、この図中の配列のいくつかは、VH−scFvリンカー−VL(NからC末端に向かう)と配向され、一方でいくつかはVL−scFvリンカー−VH(NからC末端に向かう)と配向されるが、当業者によって理解されるように、これらの配列はまた、本明細書中のそれらの描写とは反対の配向で使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのVHおよびVL配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。A selected number of LAG-3 ABD is shown, with additional anti-LAG-3 ABD listed as SEQ ID NOs: 2415-2604 and 3817-3960. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some can be replaced by other linkers including uncharged or negatively charged linkers shown in FIG. 8), and the slash indicates the variable domain> boundary (s). Furthermore, the naming convention shows the orientation of scFv from N-terminus to C-terminus, some of the sequences in this figure are oriented as VH-scFv linker-VL (from N to C-terminus), while Are oriented with the VL-scFv linker-VH (from N to C-terminus), but as will be appreciated by those skilled in the art, these sequences are also oriented in the opposite direction to their depiction herein. Can be used in The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these VH and VL sequences can be used in either scFv format or Fab format. 選択された数の抗TIM−3抗体の配列を示す。これらの配列は、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVおよびVドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。The sequence of a selected number of anti-TIM-3 antibodies is shown. Note that these sequences were generated based on the human IgG1 backbone with excision mutations (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats can be used as well. It is important to. CDRs are underlined. The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs but also the CDRs contained within the VH and VL domains using other numbering systems are also included herein. 選択された数の抗PD−L1抗体の配列を示す。これらの配列は、本明細書において概説されている除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。The sequence of a selected number of anti-PD-L1 antibodies is shown. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with the deletion mutations outlined herein (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats as well It is important to note that can be used. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein. プロトタイプの抗4−1BB抗体の配列を示す。これらの配列は、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。The sequence of the prototype anti-4-1BB antibody is shown. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with excision mutations (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats can be used as well. It is important to. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein. プロトタイプの抗OX40抗体の配列を示す。これらの配列は、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。The sequence of the prototype anti-OX40 antibody is shown. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with excision mutations (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats can be used as well. It is important to. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein. プロトタイプの抗GITR抗体の配列を示す。これらの配列は、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。The sequence of the prototype anti-GITR antibody is shown. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with excision mutations (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats can be used as well. It is important to. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein. プロトタイプの抗ICOS抗体の配列を示す。これらの配列は、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表Xに示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。The sequence of the prototype anti-ICOS antibody is shown. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with excision mutations (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats can be used as well. It is important to. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table X, as noted herein and for any sequence containing CDRs herein, so Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein. 例示的な抗ICOS Fabの配列を示す。CDRに下線が付され、スラッシュ(/)は可変領域の境界を示す。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表Xに示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、下線を付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメインに含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのVHおよびVL配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。これらの配列は、除去されている重鎖のC末端における6−ヒスチジン(His6またはHHHHHH)C末端タグを使用して生成されたことに注目することが重要である。The sequence of an exemplary anti-ICOS Fab is shown. CDRs are underlined and slashes (/) indicate variable region boundaries. The exact identification of the CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table X and is underlined, as applies to any sequence described herein and including the CDRs herein. CDRs included in VH and VL domains using other numbering systems as well as other CDRs are also included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these VH and VL sequences can be used in either scFv format or Fab format. It is important to note that these sequences were generated using a 6-histidine (His6 or HHHHHH) C-terminal tag at the C-terminus of the heavy chain being removed. 融解温度(T)および安定性のために改変された変異型抗ICOS Fabの、DSFによって決定されたときの親Fab(XENP22050)からの溶融温度の変化を示す。Figure 7 shows the change in melting temperature from the parent Fab (XENP22050) as determined by DSF of a mutant anti-ICOS Fab modified for melting temperature ( Tm ) and stability. Octetによって決定されたときの、AMCバイオセンサー上に捕捉されたヒトICOSのマウスFc融合物に対する変異型抗ICOS Fabの平衡解離定数(KD)、会合速度(Ka)、および解離速度(Kd)を示す。The equilibrium dissociation constant (KD), association rate (Ka), and dissociation rate (Kd) of the mutant anti-ICOS Fab for the mouse Fc fusion of human ICOS captured on the AMC biosensor as determined by Octet Show. Octetによって決定されたときの、SAバイオセンサー上に捕捉されたヒトICOSのビオチン化IgG1のFc融合物に対する変異型抗ICOS Fabの平衡解離定数(KD)、会合速度(KA)、および解離速度(Kd)を示す。Equilibrium dissociation constant (KD), association rate (KA), and dissociation rate of mutant anti-ICOS Fab for biotinylated IgG1 Fc fusion of human ICOS captured on SA biosensor as determined by Octet ( Kd). 例示的な抗ICOSのscFvの配列を示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)4リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図Xに示される非荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えられ得る)を含み、スラッシュ(/)は可変領域の境界を示す。命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、この図中の配列のいくつかは、VH−scFvリンカー−VL(NからC末端に向かう、図24を参照)と配向され、一方でいくつかはVL−scFvリンカー−VH(NからC末端に向かう、図24Bを参照)と配向されるが、当業者によって理解されるように、これらの配列はまた、本明細書中のそれらの描写とは反対の配向で使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表Xに示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのVHおよびVL配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。これらの配列は、除去されている重鎖のC末端におけるポリヒスチジン(His6またはHHHHHH)C末端タグを使用して生成されたことに注目することが重要である。2 shows an exemplary anti-ICOS scFv sequence. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some of which may be replaced by other linkers including uncharged or negatively charged linkers shown in Figure X), with a slash (/) indicating the boundary of the variable region. The nomenclature indicates the orientation of scFv from N-terminus to C-terminus, some of the sequences in this figure are oriented with VH-scFv linker-VL (from N to C-terminus, see FIG. 24) While some are oriented with the VL-scFv linker-VH (N to C-terminus, see FIG. 24B), as will be appreciated by those skilled in the art, these sequences are also described herein. It can be used in an orientation opposite to their depiction. The exact identification of the CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table X, as noted herein and for any sequence containing CDRs herein, so Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these VH and VL sequences can be used in either scFv format or Fab format. It is important to note that these sequences were generated using a polyhistidine (His6 or HHHHHH) C-terminal tag at the C-terminus of the heavy chain being removed. 融解温度(Tm)および安定性のために改変された変異型抗ICOS scFvの、DSFによって決定されたときの親scFv(XENP24352、N末端からC末端に向けてVH−scFvリンカー−VLの配向)からの溶融温度の変化を示す。Mutant anti-ICOS scFv modified for melting temperature (Tm) and stability, parent scFv as determined by DSF (XENP24352, VH-scFv linker-VL orientation from N-terminus to C-terminus) Shows the change in melting temperature from. ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)のプロトタイプの抗costim×抗チェックポイント抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはV−scFvリンカー−VまたはV−scFvリンカー−Vのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)が、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中のM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができ、これは血清中でより長い半減期をもたらす。Figure 2 shows the amino acid sequence of a prototype anti-costim x anti-checkpoint antibody in bottle opener format (FAB-scFv-Fc). Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain is either a different orientation of V H -scFv linker-V L or V L -scFv linker-V H (from N-terminus to C-terminus) but can reverse this it can. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude a mutation of M428L / N434S in one or preferably both Fc domains, which results in a longer half-life in serum. SEB刺激PBMCアッセイにおいて、プロトタイプのcostim/チェックポイントボトルオープナーによるサイトカイン分泌の誘導を示す。Induction of cytokine secretion by a prototype costim / checkpoint bottle opener in the SEB stimulated PBMC assay. ナイーブ(非SEB刺激)におけるIL−2分泌の誘導と示される試験試料による処理後のSEB刺激PBMCを示す。FIG. 5 shows SEB-stimulated PBMC after treatment with a test sample indicated as induction of IL-2 secretion in naive (non-SEB stimulation). 腫瘍のTILが免疫チェックポイント受容体と共刺激受容体を共発現するので、二重特異性抗体が、特異性を増加し、抗腫瘍活性を増強し、末梢の毒性を回避することを示す、costim×チェックポイント遮断二重特異性抗体の利益に関連した概略図を示す。Since the tumor TIL co-expresses immune checkpoint receptors and costimulatory receptors, bispecific antibodies are shown to increase specificity, enhance antitumor activity, and avoid peripheral toxicity. Schematics related to the benefits of costim × checkpoint blocking bispecific antibodies are shown. 1アームの抗PD−1抗体(XENP20111)および1アームの抗ICOS抗体(XENP20266)と比較して、二重陽性細胞が例示的な抗ICOS×抗PD−1抗体(XENP20896)によって選択的に占められている。Double positive cells are selectively occupied by an exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 antibody (XENP20896) compared to a one-arm anti-PD-1 antibody (XENP20111) and a one-arm anti-ICOS antibody (XENP20266). It has been. ヒトPBMCのSEB刺激後の、A)PD−1およびICOSの二重陽性T細胞、ならびにB)PD−1およびICOSの二重陰性T細胞に対する、抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体(XENP20896)、1アーム抗ICOS抗体(XENP20266)、および1アーム抗PD−1抗体(XENP20111)の受容体占有率を示す。Anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody against A) PD-1 and ICOS double positive T cells and B) PD-1 and ICOS double negative T cells after SEB stimulation of human PBMC (XENP20896) shows the receptor occupancy of 1-arm anti-ICOS antibody (XENP20266) and 1-arm anti-PD-1 antibody (XENP20111). ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)の例示的な抗ICOS×抗PD−1抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはV−scFvリンカー−VまたはV−scFvリンカー−Vのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 antibody in a bottle opener format (FAB-scFv-Fc). Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has a different orientation of either V H -scFv linker-V L or V L -scFv linker-V H (from N-terminus to C-terminus) but reverse this be able to. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. 一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むボトルオープナーフォーマットの例示的抗ICOS×抗PD−1抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはV−scFvリンカー−VまたはV−scFvリンカー−Vのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。The amino acid sequence of an exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 antibody in a bottle opener format containing a mutation of M428L / N434S that results in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains is shown. Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has a different orientation of either V H -scFv linker-V L or V L -scFv linker-V H (from N-terminus to C-terminus) but reverse this be able to. Octetによって決定されたときの、AMCバイオセンサー上に捕捉されたヒトICOSのマウスFc融合物に対する変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体の平衡解離定数(KD)、会合速度(Ka)、および解離速度(Kd)を示す。Equilibrium dissociation constant (KD), association rate (Ka) of mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody for mouse Fc fusion of human ICOS captured on AMC biosensor as determined by Octet ) And dissociation rate (Kd). Octetによって決定されたときの、SA/SAXバイオセンサー上に捕捉されたヒトおよびICOSのビオチン化IgG1のFc融合物に対する変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体の平衡解離定数(KD)、会合速度(KA)、および解離速度(Kd)を示す。Equilibrium dissociation constant (KD) of mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody for biotinylated IgG1 Fc fusion of human and ICOS captured on SA / SAX biosensor as determined by Octet ), Association rate (KA), and dissociation rate (Kd). A)およびB)に示される2つの別個の実験におけるSEB刺激PBMCアッセイにおいてヒトT細胞に対する変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体の細胞表面連結を示す。FIG. 5 shows cell surface ligation of mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody to human T cells in SEB stimulated PBMC assay in two separate experiments shown in A) and B). ヒトPBMCのSEB刺激後の、PD−1およびICOSの二重陽性T細胞に対する、変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体、1アーム抗ICOS抗体、および1アーム抗PD−1抗体(XENP20111)の受容体占有率を示す。Mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody, 1-arm anti-ICOS antibody, and 1-arm anti-PD-1 antibody against PD-1 and ICOS double-positive T cells after SEB stimulation of human PBMC The receptor occupancy of (XENP20111) is shown. 変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体がSEB刺激PBMCから分泌されるA)IL−2およびB)IFNγの分泌を促進することを示す。FIG. 6 shows that the mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody promotes secretion of A) IL-2 and B) IFNγ secreted from SEB-stimulated PBMC. 変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体がSEB刺激PBMCから分泌されるA)IL−2およびB)IFNγの分泌を促進することを示す。FIG. 6 shows that the mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody promotes secretion of A) IL-2 and B) IFNγ secreted from SEB-stimulated PBMC. ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後A)7日目およびB)11日目におけるIFNγの濃度を示す。The concentration of IFNγ at A) day 7 and B) day 11 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples is shown. ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後A)11日目およびB)14日目における、フローサイトメトリーによって決定されたときのマウスにおけるCD45+細胞数を示す。Shown are CD45 + cell numbers in mice as determined by flow cytometry at A) 11 days and B) 14 days after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples. ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後14日目におけるフローサイトメトリーによって決定されたときのマウスにおけるA)CD8+T細胞、およびB)CD4+T細胞の数を示す(**P≦0.01)。Shown are the numbers of A) CD8 + T cells and B) CD4 + T cells in mice as determined by flow cytometry on day 14 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples (** P ≦ 0. 01). ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後14日目までのマウス体重の変化を示す(**P≦0.01)。Shows changes in mouse body weight up to 14 days after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples (** P ≦ 0.01). ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後A)7日目およびB)14日目におけるIFNγの濃度を示すShows the concentration of IFNγ at A) 7 days and B) 14 days after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後14日目における、フローサイトメトリーによって決定されたときのマウスにおけるCD45+細胞数を示す。Shown is the number of CD45 + cells in mice as determined by flow cytometry on day 14 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples. ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後14日目におけるフローサイトメトリーによって決定されたときのマウスにおけるA)CD8+T細胞、およびB)CD4+T細胞の数を示す。Shown are the numbers of A) CD8 + T cells and B) CD4 + T cells in mice as determined by flow cytometry on day 14 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples. ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後12日目までおよび15日目までのマウス体重の変化を示す。Shows changes in mouse body weight up to day 12 and day 15 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples. ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)の例示的な抗ICOS×抗PD−1抗体と代替的なICOS ABDのアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。FIG. 2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 antibody and alternative ICOS ABD in bottle opener format (FAB-scFv-Fc). Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. ヒトPBMCのSEB刺激および代替的な抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体による処理の後のIL−2のサイトカイン放出アッセイを示す。FIG. 6 shows IL-2 cytokine release assay after SEB stimulation of human PBMC and treatment with alternative anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody. ヒトPBMCのSEB刺激および代替的な抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体による処理の後のIL−2のサイトカイン放出アッセイ(二価抗RSV mAbを超える誘導の倍率として)を示す。FIG. 5 shows IL-2 cytokine release assay (as fold induction over bivalent anti-RSV mAb) following SEB stimulation of human PBMC and treatment with alternative anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody. 抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体による処理の後のSEB刺激精製CD3+T細胞におけるAKTリン酸化を示す。AKT phosphorylation in SEB stimulated purified CD3 + T cells after treatment with anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody. NanoStringによって決定されたときの、示された二価抗RSVによる誘導時の示された試験試料によるA)IL−17A、B)IL17F、C)IL−22、D)IL−10、E)IL−9、およびF)IFNγの遺伝子発現の誘導の倍率を示す。A) IL-17A, B) IL17F, C) IL-22, D) IL-10, E) IL with the indicated test samples upon induction with the indicated bivalent anti-RSV as determined by NanoString -9, and F) Fold induction of IFNγ gene expression is shown. NanoStringによって決定されたときの、二価抗RSV mAbによる処理時の示された試験試料による選択された免疫応答遺伝子の発現の平均の誘導の倍率を示す。シェーディング強度は、倍率変化の大きさに対応する。Shown is the fold of mean induction of expression of selected immune response genes by the indicated test sample upon treatment with bivalent anti-RSV mAb as determined by NanoString. The shading intensity corresponds to the magnitude of the magnification change. ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後14日目における、フローサイトメトリーによって決定されたときのマウスにおけるCD45+細胞数を示す。Shown is the number of CD45 + cells in mice as determined by flow cytometry on day 14 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples. 図9および図75と同様に、図2Fの中心scFv、図2Jの中心−scFv2フォーマット、図2Kの二重特異性mAb、図2LのDVD−Ig、および図2Mのトライデントフォーマットを含む、いくつかの追加のフォーマットの「骨格」位置(例えば、Fvを含まない)の配列を示す。図2Lでは、DVD−Ig(登録商標)リンカーは、WO2007/024715に見られる他のリンカーと共に二重下線を付して示されており、その全体が、特にそれらの配列について、参照により本明細書に組み込まれる。トライデントフォーマットでは、他のトライデントリンカーおよびコイル−コイル配列は、WO2015/184203に示されており、その全体が、特にそれらの配列について、参照により本明細書に組み込まれる。当業者によって理解されるように、太字のドメイン(例えば、「VH1」、VH2−scFvリンカー−VL2」など)はスラッシュ「/」で分離され、そして必要に応じて任意のドメインリンカーを含み得る。これらの骨格の全ては、軽鎖にカッパ定常領域を利用するが、ラムダ鎖もまた使用され得る。本明細書で概説されるように、図9および図75に関して、これらの骨格は、任意のVHおよびVLドメインと組み合わせることができる。Similar to FIGS. 9 and 75, several, including the central scFv of FIG. 2F, the central-scFv2 format of FIG. 2J, the bispecific mAb of FIG. 2K, the DVD-Ig of FIG. 2L, and the trident format of FIG. The sequence of the “skeleton” position (eg, not including Fv) in the additional format is shown. In FIG. 2L, the DVD-Ig® linker is shown double underlined with other linkers found in WO2007 / 024715, the entirety of which is specifically incorporated herein by reference, particularly for those sequences. Embedded in the book. In the trident format, other trident linkers and coil-coil arrangements are shown in WO2015 / 184203, which is hereby incorporated by reference in its entirety, particularly for those sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, bold domains (eg, “VH1”, VH2-scFv linker-VL2 ”, etc.) are separated by a slash“ / ”and may optionally contain any domain linker. All of these scaffolds utilize a kappa constant region in the light chain, although lambda chains can also be used. As outlined herein, with respect to FIGS. 9 and 75, these scaffolds can be combined with any VH and VL domains. ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)の例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in bottle opener format (FAB-scFv-Fc). Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. 中心−scFvフォーマットの例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in a center-scFv format. Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. 中心−scFv2フォーマットの例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in a center-scFv2 format. Antibodies are named using the Fab variable region first, scFv variable region second, followed by the chain designation (heavy or light chain). CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. 二重特異性mAbフォーマットで例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、第1の抗原に対する第1のFab可変領域と、第2の抗原に対する第2のFab可変領域を、その後に鎖の指定(第1の抗原に対する重鎖1または軽鎖1、第2の抗原に対する重鎖2または軽鎖2)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in a bispecific mAb format. The antibody comprises a first Fab variable region for a first antigen, a second Fab variable region for a second antigen, separated by a dash, followed by a chain designation (heavy chain 1 or 1 for the first antigen). Named using light chain 1, heavy chain 2 or light chain 2) for second antigen. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. DVD−IgGフォーマットで例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、第1の抗原に対する第1の可変領域と、第2の抗原に対する第2のFab可変領域を、その後に鎖の指定(重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in DVD-IgG format. The antibodies are named using a first variable region for a first antigen, a second Fab variable region for a second antigen, followed by a chain designation (heavy or light chain). CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. トライデントフォーマットで例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、DARTを含む第1の抗原に対する第1のVLおよびVHと、第2の抗原に対するFab可変領域を、その後に鎖の指定(重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。FIG. 2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in a trident format. Antibodies are separated by dashes using the first VL and VH for the first antigen, including DART, the Fab variable region for the second antigen, followed by the chain designation (heavy or light chain). Named. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. SEB刺激PBMCアッセイにおいて、代替的なフォーマットのcostim×チェックポイント遮断二重特異性抗体によるサイトカイン分泌(IL−2)の誘導を示す。In the SEB-stimulated PBMC assay, the induction of cytokine secretion (IL-2) by an alternative format costim x checkpoint blocking bispecific antibody is shown. ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)の例示的な抗ICOS×抗CTLA−4抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-ICOS × anti-CTLA-4 antibody in a bottle opener format (FAB-scFv-Fc). Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. 二重特異性mAbフォーマットで例示的な抗LAG−3×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、第1の抗原に対する第1のFab可変領域と、第2の抗原に対する第2のFab可変領域を、その後に鎖の指定(第1の抗原に対する重鎖1または軽鎖1、第2の抗原に対する重鎖2または軽鎖2)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-LAG-3 × anti-ICOS antibody in a bispecific mAb format. The antibody comprises a first Fab variable region for a first antigen, a second Fab variable region for a second antigen, separated by a dash, followed by a chain designation (heavy chain 1 or 1 for the first antigen). Named using light chain 1, heavy chain 2 or light chain 2) for second antigen. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. 二重特異性mAbフォーマットで例示的な抗TIM−3×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、第1の抗原に対する第1のFab可変領域と、第2の抗原に対する第2のFab可変領域を、その後に鎖の指定(第1の抗原に対する重鎖1または軽鎖1、第2の抗原に対する重鎖2または軽鎖2)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。2 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-TIM-3 × anti-ICOS antibody in a bispecific mAb format. The antibody comprises a first Fab variable region for a first antigen, a second Fab variable region for a second antigen, separated by a dash, followed by a chain designation (heavy chain 1 or 1 for the first antigen). Named using light chain 1, heavy chain 2 or light chain 2) for second antigen. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)および中心−scFv2フォーマットの抗ICOS×抗PD−L1抗体のアミノ酸配列を示す。ボトルオープナーは、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。中心−scFv2は、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。Amino acid sequences of anti-ICOS × anti-PD-L1 antibody in bottle opener format (FAB-scFv-Fc) and central-scFv2 format are shown. The bottle openers are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by a dash, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). The Center-scFv2 is named using Fab variable region first, scFv variable region second, followed by chain designation (heavy chain or light chain). CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. SEB刺激PBMCアッセイにおいて、さらなるcostim×チェックポイント遮断二重特異性抗体によるサイトカイン分泌(IL−2)の誘導を示す。FIG. 5 shows the induction of cytokine secretion (IL-2) by additional costim × checkpoint blocking bispecific antibody in the SEB stimulated PBMC assay. 例示的な1アーム抗ICOSのFab−Fcの抗体のアミノ酸配列を示す。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。一方のアミノ酸鎖はFcドメインのみであり、他方の側は抗ICOS Fab側であるため、これらは「1アーム」または「1アームの」フォーマットと呼ばれる。Fcドメインは、S364K/E357Qスキュー変異、ならびに図Xに示されるpI(−)−等価_A変異を含む。Fab Fcドメインは、L368D/K370Sスキュー変異、および図Xに示されるpI ISO(+RR)変異を含む。両方のFcドメインは、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K)を含む。1 shows the amino acid sequence of an exemplary 1-arm anti-ICOS Fab-Fc antibody. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Since one amino acid chain is only the Fc domain and the other side is the anti-ICOS Fab side, these are referred to as “one arm” or “one arm” format. The Fc domain contains the S364K / E357Q skew mutation, as well as the pI (−)-equivalent_A mutation shown in FIG. The Fab Fc domain contains the L368D / K370S skew mutation and the pI ISO (+ RR) mutation shown in Figure X. Both Fc domains contain a deletion mutation (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K). Octetによって決定されたときの、AMCバイオセンサー上に捕捉されたヒトICOSのマウスFc融合物に対する変異型1アーム抗ICOS Fab−Fc抗体の平衡解離定数(KD)、会合速度(Ka)、および解離速度(Kd)を示す。Equilibrium dissociation constant (KD), association rate (Ka), and dissociation of mutant 1-arm anti-ICOS Fab-Fc antibody against mouse Fc fusion of human ICOS captured on AMC biosensor as determined by Octet Speed (Kd) is shown. 二価および一価の、抗PD−1抗体、および抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体による処理の後のSEB刺激精製CD3+T細胞におけるAKTリン酸化を示す。AKT phosphorylation in SEB-stimulated purified CD3 + T cells after treatment with bivalent and monovalent anti-PD-1 antibody and anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody. 代替的な抗ICOS ABDと共に一価抗ICOS Fab−Fc抗体によって処理した後の、精製CD3+T細胞におけるAKTリン酸化を示す。Figure 3 shows AKT phosphorylation in purified CD3 + T cells after treatment with monovalent anti-ICOS Fab-Fc antibody with alternative anti-ICOS ABD. プロトタイプの二重特異性抗体(OX40×PD−1、GITR×PD−1、4−1BB×PD−1、CTLA−4×ICOS)を示す。Prototype bispecific antibodies (OX40 × PD-1, GITR × PD-1, 4-1BB × PD-1, CTLA-4 × ICOS) are shown. いくつかのプロトタイプのmAbs(4−1BB、OX40、GITR、ICOS、PD−L1、およびPD−1)を示し、そのFvは本発明の他のFvと組み合わせて、そして任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)で使用することができる。同様に、いくつかの追加のICOS×PD−L1ボトルオープナー配列も示されている。Shows some prototype mAbs (4-1BB, OX40, GITR, ICOS, PD-L1, and PD-1), whose Fv is combined with other Fv of the present invention and in any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, center-scFv, bispecific mAb, center-Fv, one-arm center-scFv, one-arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or trident) it can. Similarly, some additional ICOS × PD-L1 bottle opener arrays are also shown. さらなるPD−1×ICOSボトルオープナーを示し、ある場合では、PD−1 FvがFabフォーマットであり、ICOS FvがscFvフォーマットであり、他の場合では逆転している。Further PD-1 × ICOS bottle openers are shown, in some cases PD-1 Fv is in Fab format, ICOS Fv is in scFv format, and in other cases it is reversed. 本発明のFv配列が付加されている、本発明における使用のmAb−scFv骨格の配列を示す。mAb−scFvの骨格1はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。骨格2はヒトIgG1(356D/358Lアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。骨格3はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異、ならびにN297Aの両方の鎖の変異を含む。骨格4は、変異がN297Sであることを除いて3と同一である。mAb−scFvの骨格3および4の代替的なフォーマットは、両方の鎖の除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを除外できる。骨格5はヒトIgG4に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異、ならびに当該技術分野で知られているように、Fabアーム交換を除去するS228P(EUナンバリング、これはKabatではS241Pである)の両鎖の変異を含み、骨格6は、ヒトIgG2に基づき、Fab側にS364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含む。骨格7はヒトIgG2に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびS267Kの両方の鎖の変異を含む。 当業者には理解され、以下に概説されるように、これらの配列は、FabとscFv(任意に荷電scFvリンカーを含む)の両方を含む一つの単量体およびFab配列を含む他の単量体を含む、本明細書に概説される任意のvhとvlの対と共に使用できる(例えば、「Fab側重鎖」に連結したvh、および「定常軽鎖」に連結したvl)。すなわち、抗CTLA−4、抗PD−1、抗LAG−3、抗TIM−3、抗TIGIT、抗BTLA、抗ICOS、抗GITR、国OX40、および抗4−1BBについて本明細書で概説した任意のFv配列は、scFv(同様に、任意選択で荷電scFvリンカーを有する)またはFabとしてであるかどうかにかかわらず、この図75の骨格に任意の組み合わせで組み込むことができる。単量体1側はFab−scFvのpI陰性側であり、ヘテロ二量体化変異L368D/K370S、等価pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む(全てIgG1と比較したもの)。単量体2側はscFvのpI陽性側であり、ヘテロ二量体化変異364K/E357Qを含む。ただし、他のスキュー変異の対、特に、[S364K/E357Q:L368D/K370S]、[L368D/K370S:S364K]、[L368E/K370S:S364K]、[T411T/E360E/Q362E:D401K]、[L368D/K370S:S364K/E357L]、[K370S:S364K/E357Q]、[T366S/L368A/Y407V:T366W]、および[T366S/L368A/Y407V/Y394C:T366W/S354C]で置換することができる。 図75Aに示されている定常軽鎖は、図中のコンストラクトの全てのために使用することができるが、カッパ定常軽鎖もまた置換されていてもよい。 これらのmAb−scFv骨格は図1HのmAb−Fvフォーマット(ここで一方の単量体はC末端にvlを含みそして他方はC末端にvhを含む)の両方において、同様にscFv−mAbフォーマット(単量体のうちの1つのC末端にscFvドメインを付加したもの)において、使用されることに注目すべきである。 これらの骨格の各々に含まれるのは、列挙された配列に対して(本明細書で定義されるように)90、95、98、および99%同一であり、および/または(当業者には理解されるように、親のヒトIgG1(または骨格に基づいてIgG2もしくはIgG4)と比べていくつかのアミノ酸修飾を既に含む図の「親」と比べて、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10の追加のアミノ酸置換を含む配列である。すなわち、列挙された骨格は、この図の骨格内に含まれるスキュー、pIおよび除去変異に加えて、さらなるアミノ酸修飾(一般にアミノ酸置換)を含み得る。Figure 2 shows the sequence of the mAb-scFv backbone of use in the present invention, to which the Fv sequence of the present invention has been added. Skeletal 1 of mAb-scFv is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / It contains a deletion mutation in both strands of L235A / G236del / S267K. Skeletal 2 is based on human IgG1 (356D / 358L allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del Includes removal mutations in both strands of S267K. Skeletal 3 is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del Includes both strand removal mutations in S267K, as well as mutations in both strands of N297A. Skeletal 4 is identical to 3 except that the mutation is N297S. Alternative formats for mAb-scFv scaffolds 3 and 4 can exclude both strand removal mutations E233P / L234V / L235A / G236del / S267K. Skeletal 5 is based on human IgG4, S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del / S267K both chains Including a mutation in both strands of S228P (EU numbering, which is S241P in Kabat) that eliminates Fab arm exchange, as known in the art, and backbone 6 is based on human IgG2 In addition, the S364K / E357Q: L368D / K370S skew mutation and the N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D pI mutation are included on the Fab side. Skeletal 7 is based on human IgG2 and contains S364K / E357Q: S368D / K370S skew mutation, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and S267K both chain mutations. As understood by those of skill in the art and outlined below, these sequences are composed of one monomer containing both Fab and scFv (optionally including a charged scFv linker) and another monomer containing the Fab sequence. Can be used with any of the vh and vl pairs outlined herein (eg, vh linked to a “Fab heavy chain” and vl linked to a “constant light chain”). That is, any of those outlined herein for anti-CTLA-4, anti-PD-1, anti-LAG-3, anti-TIM-3, anti-TIGIT, anti-BTLA, anti-ICOS, anti-GITR, country OX40, and anti-4-1BB The Fv sequences can be incorporated in any combination into this FIG. 75 backbone, whether or not as scFv (also with a charged scFv linker optionally) or Fab. Monomer 1 side is the pI negative side of Fab-scFv, heterodimerization mutation L368D / K370S, equivalent pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K (All compared to IgG1). The monomer 2 side is the pI positive side of scFv and contains the heterodimerization mutation 364K / E357Q. However, other skew mutation pairs, in particular, [S364K / E357Q: L368D / K370S], [L368D / K370S: S364K], [L368E / K370S: S364K], [T411T / E360E / Q362E: D401K], [L368D / K370S: S364K / E357L], [K370S: S364K / E357Q], [T366S / L368A / Y407V: T366W], and [T366S / L368A / Y407V / Y394C: T366W / S354C]. The constant light chain shown in FIG. 75A can be used for all of the constructs in the figure, but the kappa constant light chain may also be substituted. These mAb-scFv scaffolds are similar in both the scFv-mAb format of FIG. 1H in the mAb-Fv format (where one monomer contains vl at the C-terminus and the other contains vh at the C-terminus). It should be noted that it is used in one of the monomers with the addition of a scFv domain at the C-terminus. Included in each of these backbones is 90, 95, 98, and 99% identical to the listed sequence (as defined herein) and / or (to those skilled in the art As can be seen, 1, 2, 3, 4, 5, compared to the “parent” in the figure which already contains some amino acid modifications compared to the parent human IgG1 (or IgG2 or IgG4 based on the backbone) A sequence that includes 6, 7, 8, 9, or 10 additional amino acid substitutions, ie, the listed backbone contains additional amino acid modifications in addition to the skew, pI, and excision mutations contained within the backbone of this figure (Generally amino acid substitutions). VHおよびVLの配列として、ヒトPD−1に連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。Some prior art sequences of Fv linked to human PD-1 are shown as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD. VHおよびVLの配列として、ヒトICOSに連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、チェックポイント受容体(例えば、PD−1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、LAG−3、TIGIT、およびBTLA)に連結するFv(、本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特に、それらは識別子1G6_H1.279_L1.194、1G6_H1.280_L1.224、1G6_L1.194_H1.279、1G6_L1.210_H1.288、および2E9_H1L1を有するPD−1 ABDと組み合わせることができる。Some prior art sequences of Fv linked to human ICOS are shown as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fv can be associated with checkpoint receptors (eg, PD-1, PD-L1, CTLA-4, TIM-3, LAG-3, TIGIT, and BTLA). Can be combined with linking Fvs (including Fv sequences included herein) and in any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, center-scFv, bispecific mAb, center-Fv 1 arm center-scFv, 1 arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or trident). In particular, they can be combined with PD-1 ABD having identifiers 1G6_H1.279_L1.194, 1G6_H1.280_L1.224, 1G6_L1.194_H1.279, 1G6_L1.210_H1.288, and 2E9_H1L1. VHおよびVLの配列として、ヒトPD−L1に連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。As the VH and VL sequences, several prior art sequences of Fv linked to human PD-L1 are shown. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD. VHおよびVLの配列として、ヒトCTLA−4に連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。Several prior art sequences of Fv linked to human CTLA-4 are shown as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD. VHおよびVLの配列として、ヒトLAG−3に連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。Some prior art sequences of Fv linked to human LAG-3 are shown as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD. VHおよびVLの配列として、ヒトTIM−3に連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。Some prior art sequences of Fv linked to human TIM-3 are shown as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD. VHおよびVLの配列として、ヒトBTLAに連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。Some prior art sequences of Fv linked to human BTLA are shown as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD. VHおよびVLの配列として、ヒトTIGITに連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。Several prior art sequences of Fv linked to human TIGIT are shown as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD. 配列番号3705〜3736として列挙されている追加の抗BTLA ABDと共に、いくつかのBTLA ABDを示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図8に示されている無荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えることができる)、スラッシュは可変ドメインの境界を示す。上記のように、命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、この図に列挙されている配列においてそれらは全てvh−scFvリンカー−vl(N末端からC末端に向かう)であるが、これらの配列はまた、反対の配向(N末端からC末端に向かって)、vl−リンカー−vhでも使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたvhおよびvlドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのvhおよびvl配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。Several BTLA ABDs are shown with additional anti-BTLA ABDs listed as SEQ ID NOs: 3705-3736. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some can be replaced by other linkers, including uncharged or negatively charged linkers shown in FIG. 8), and slashes indicate variable domain boundaries. As noted above, the naming convention indicates the orientation of scFv from N-terminus to C-terminus, and in the sequences listed in this figure they are all vh-scFv linker-vl (from N-terminus to C-terminus). However, these sequences can also be used in the opposite orientation (from N-terminus to C-terminus), vl-linker-vh. The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs but also the CDRs contained within the vh and vl domains using other numbering systems are also included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these vh and vl sequences can be used in either scFv format or Fab format. 可能な全ての可能な組み合わせによる、costimとチェックポイントのABDの可能な組み合わせの行列である。ボックス内の「A」はPD−1 ABDが1G6_L1.194_H1.279であることを意味する。ボックス内の「B」は、ICOS ABDが[ICOS]H.066_L0であることを意味する。ボックス内の「C」は、PD−1が対のscFvであることを意味する。ボックス内の「D」は、CTLA−4 ABDがFabであり、[CTLA−4]_H3_L0.22であることを意味する。ボックス内の「E」はCTLA−4 ABDがscFvであり、[CTLA−4]_H3.23_L0.22であることを意味する。ボックス内の「F」は、LAG−3 ABDが7G8_H3.30_L1.34であることを意味する。ボックス内の「G」は、BTLA ABDが9C6_H1.1_L1であることを意味する。ボックス内の「H」は、組み合わせがボトルオープナーであることを意味する。ボックス内の「I」は、組み合わせが中央−scFvフォーマットであることを意味する。A matrix of possible combinations of costim and checkpoint ABD, with all possible combinations. “A” in the box means that PD-1 ABD is 1G6_L1.194_H1.279. “B” in the box indicates that ICOS ABD is [ICOS] H. 066_L0. “C” in the box means that PD-1 is the paired scFv. “D” in the box means that CTLA-4 ABD is Fab and is [CTLA-4] _H3_L0.22. “E” in the box means that CTLA-4 ABD is scFv and is [CTLA-4] _H3.23_L0.22. “F” in the box means that LAG-3 ABD is 7G8_H3.30_L1.34. “G” in the box means that BTLA ABD is 9C6_H1.1_L1. “H” in the box means that the combination is a bottle opener. “I” in the box means that the combination is in the center-scFv format. 2つのさらなるICOS×PD−1ボトルオープナーを示す。Two additional ICOS × PD-1 bottle openers are shown.

I.命名法
本発明の二重特異性抗体はいくつかの異なるフォーマットで列挙されている。当該技術分野で理解されるように、各ポリペプチドには固有の「XENP」番号が与えられるが、より長い配列はより短いものを含み得る。例えば、所与の配列についてのボトルオープナーフォーマットのscFv側単量体の重鎖は第1のXENP番号を有するが、scFvドメインは異なるXENP番号を有し得る。いくつかの分子は3つのポリペプチドを有し、そのため、構成要素を伴うXENP番号は、名前として使われる。したがって、ボトルオープナーフォーマットの分子XENPは、一般に「XENP23104−HC−Fab」、「XENP23104HC−scFv」および「XENP23104LC」と呼ばれる3つの配列または同等物を含むが、当業者であれば、配列アラインメントを通してこれらを容易に同定することができる。これらのXENP番号は、識別子と同様に配列表にあり、そして図において使用される。さらに、3つの構成要素を含む1つの分子は複数の配列識別子を生じさせる。例えば、Fab単量体のリストは全長配列、可変重鎖配列、および可変重鎖配列の3つのCDRを有し、軽鎖は全長配列、可変軽鎖配列、および可変軽鎖配列の3つのCDRを有し、scFv−Fcドメインは、全長配列、scFv配列、可変軽鎖配列、3つの軽鎖CDR、scFvリンカー、可変重鎖配列、および3つの重鎖CDRを有し、scFvドメインを有する本明細書中の全ての分子は単一の荷電scFvリンカー(+H)を使用するが、他のものも使用できることに留意されたい。さらに、特定の可変ドメインの命名法は、「Hx.xx_Ly.yy」タイプのフォーマットを使用し、数字は特定の可変鎖配列に対する固有の識別子である。したがって、(PD−1に連結する)XENP23104のscFv側の可変ドメインは「1G6_L1.194_H1.279」であり、これは可変重鎖ドメインH1.279が軽鎖ドメインL1.194と組み合されたことを示す。これらの配列がscFvとして使用される場合、「1G6_L1.194_H1.279」という表示は、可変重鎖ドメインH1.279が軽鎖ドメインL1.194と組み合わされており、N末端からC末端に向けてvl−リンカー−vh配向であることを示す。重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインの同一の配列を有するが逆の順序であるこの分子は、「1G6_H1.279_L1.194」と命名されるであろう。同様に、異なるコンストラクトは、配列表および図から明らかになるように、重鎖および軽鎖を「混合および適合させる」ことができる。
I. Nomenclature The bispecific antibodies of the invention are listed in several different formats. As understood in the art, each polypeptide is given a unique “XENP” number, although longer sequences may include shorter ones. For example, the scFv monomer heavy chain in the bottle opener format for a given sequence may have a first XENP number, but the scFv domain may have a different XENP number. Some molecules have three polypeptides, so the XENP number with the component is used as a name. Thus, the bottle opener format molecule XENP generally includes three sequences or equivalents, referred to as “XENP23104-HC-Fab”, “XENP23104HC-scFv” and “XENP23104LC”, although those of ordinary skill in the art through sequence alignment Can be easily identified. These XENP numbers are in the sequence listing as well as identifiers and are used in the figure. In addition, one molecule containing three components gives rise to multiple sequence identifiers. For example, the list of Fab monomers has three CDRs, a full length sequence, a variable heavy chain sequence, and a variable heavy chain sequence, and a light chain has three CDRs, a full length sequence, a variable light chain sequence, and a variable light chain sequence. The scFv-Fc domain has a full-length sequence, an scFv sequence, a variable light chain sequence, three light chain CDRs, an scFv linker, a variable heavy chain sequence, and three heavy chain CDRs, and has a scFv domain. Note that all molecules in the specification use a single charged scFv linker (+ H), but others can be used. Furthermore, the nomenclature for a particular variable domain uses a format of the “Hx.xx_Ly.yy” type, where the number is a unique identifier for a particular variable chain sequence. Therefore, the variable domain on the scFv side of XENP23104 (linked to PD-1) is “1G6_L1.194_H1.279”, which means that the variable heavy chain domain H1.279 was combined with the light chain domain L1.194. Indicates. When these sequences are used as scFv, the designation “1G6_L1.194_H1.279” indicates that the variable heavy chain domain H1.279 is combined with the light chain domain L1.194, from the N-terminus toward the C-terminus. Indicates vl-linker-vh orientation. This molecule having the same sequence of heavy and light chain variable domains but in reverse order will be named “1G6_H1.279_L1.194”. Similarly, different constructs can “mix and match” heavy and light chains, as will be apparent from the sequence listing and figures.

II.材料の取り込み
A.図および図説
参照により具体的に組み込まれるものは、USSN62/479,723からの図、図説および配列、ならびにUSSN15/623,314からの図、図説および配列である。さらに、USSN62/479,723からの特許請求の範囲がさらに具体的に組み込まれる。
II. Incorporation of materials A. Figures and illustrations Specifically incorporated by reference are the figures, illustrations and arrangements from USSN 62 / 479,723, and the illustrations, illustrations and arrangements from USSN 15 / 623,314. Furthermore, the claims from USSN 62 / 479,723 are more specifically incorporated.

B.配列
標的抗原:ヒトPD−1の配列(sp|Q15116)は、配列番号26226である。ヒトPD−1の細胞外ドメインの配列(sp|Q15116|21−170)は、配列番号26227である。Macaca fascicularisのPD−1の配列(tr|B0LAJ3)は、配列番号26228である。Macaca fascicularisのPD−1の細胞外ドメインの配列(予測)(tr|B0LAJ3|21−170)は、配列番号26229である。ヒトCTLA−4の配列(sp|P16410)は、配列番号26230である。ヒトCTLA−4の細胞外ドメインの配列(sp|P16410|36−161)は、配列番号26231である。Macaca fascicularisのCTLA−4の配列(tr|G7PL88)は、配列番号26232である。Macaca fascicularisのCTLA−4の細胞外ドメインの配列(予測)(tr|G7PL88)は、配列番号26233である。ヒトLAG−3の配列(sp|P18627)は、配列番号26234である。ヒトLAG−3の細胞外ドメインの配列(sp|P18627|29−450)は、配列番号26235である。Macaca fascicularisのLAG−3の配列(予測)(gi|544467815|ref|XP_005570011.1)は、配列番号26236である。Macaca fascicularisのLAG−3の細胞外ドメインの配列(予測)(gi|544467815|ref|XP_005570011.1|29−450)は、配列番号26237である。ヒトTIM−3の配列(sp|Q8TDQ0)は、配列番号26238である。ヒトTIM−3の細胞外ドメインの配列(sp|Q8TDQ0|22−202)は、配列番号26239である。Macaca fascicularisのTIM−3の配列(予測)(gi|355750365|gb|EHH54703.1)は、配列番号26240である。Macaca fascicularisのTIM−3の細胞外ドメインの配列(予測)(gi|355750365|gb|EHH54703.1|22−203)は、配列番号26241である。ヒトPD−L1の配列(sp|Q9NZQ7)は、配列番号26242である。ヒトPD−L1の細胞外ドメインの配列(sp|Q9NZQ7|19−238)は、配列番号26243である。Macaca fascicularisのPD−L1の配列(予測)(gb|XP_005581836.1)は、配列番号26244である。Macaca fascicularisのPD−L1の細胞外ドメインの配列(予測)(gb|XP_005581836.1|19−238)は、配列番号26245である。ヒトICOSの配列(sp|Q9Y6W8)は、配列番号26246である。ヒトICOSの細胞外ドメインの配列(sp|Q9Y6W8|21−140)は、配列番号26247である。macaca fascicularisのICOSの配列(gi|544477053|ref|XP_005574075.1)は、配列番号26248である。Macaca fascicularisのICOSの細胞外ドメインの配列(予測)(gi|544477053|ref|XP_005574075.1|21−140)は、配列番号26249である。ヒトGITRの配列(sp|Q9Y5U5)は、配列番号26250である。ヒトGITRの細胞外ドメインの配列(sp|Q9Y5U5|26−162)は、配列番号26251である。Macaca fascicularisのGITRの配列(予測)(ref|XP_005545180.1)は、配列番号26252である。Macaca fascicularisのGITRの細胞外ドメインの配列(予測)(ref|XP_005545180.1|26−162)は、配列番号26253である。ヒトOX40の配列(sp|P43489)は、配列番号26254である。ヒトOX40の細胞外ドメインの配列(sp|P43489|29−214)は、配列番号26255である。Macaca fascicularisのOX40の配列(予測)(ref|XP_005545179.1)は、配列番号26256である。Macaca fascicularisのOX40の細胞外ドメインの配列(予測)(ref|XP_005545179.1|29−214)は、配列番号26257である。ヒト4−1BBの配列(sp|Q07011)は、配列番号26258である。ヒト4−1BBの細胞外ドメイン(sp|Q07011|24−186)の配列は、配列番号26259である。Macaca fascicularisの4−1BBの配列(予測)(ref|XP_005544945.1)は、配列番号26260である。Macaca fascicularisの4−1BBの細胞外ドメインの配列(予測)(ref|XP_005544945.1|24−186)は、配列番号26261である。
B. Sequence Target antigen: The sequence of human PD-1 (sp | Q15116) is SEQ ID NO: 26226. The sequence of the extracellular domain of human PD-1 (sp | Q15116 | 21-170) is SEQ ID NO: 26227. The sequence of Macaca fascicularis PD-1 (tr | B0LAJ3) is SEQ ID NO: 26228. The sequence (predicted) (tr | B0LAJ3 | 21-170) of the extracellular domain of PD-1 of Macaca fascicularis is SEQ ID NO: 26229. The sequence of human CTLA-4 (sp | P16410) is SEQ ID NO: 26230. The sequence of the extracellular domain of human CTLA-4 (sp | P16410 | 36-161) is SEQ ID NO: 26231. The sequence (tr | G7PL88) of CTLA-4 of Macaca fascicularis is SEQ ID NO: 26232. The sequence (predicted) (tr | G7PL88) of the extracellular domain of Macaca fascicularis CTLA-4 is SEQ ID NO: 26233. The sequence of human LAG-3 (sp | P18627) is SEQ ID NO: 26234. The sequence of the extracellular domain of human LAG-3 (sp | P18627 | 29-450) is SEQ ID NO: 26235. The sequence (predicted) of LAG-3 of Macaca fascicularis (gi | 544447815 | ref | XP_005570011.1) is SEQ ID NO: 26236. The sequence (predicted) of the extracellular domain of Macaca fascicularis LAG-3 (gi | 544447785 | ref | XP_005570011.1 | 29-450) is SEQ ID NO: 26237. The sequence of human TIM-3 (sp | Q8TDQ0) is SEQ ID NO: 26238. The sequence of the extracellular domain of human TIM-3 (sp | Q8TDQ0 | 22-202) is SEQ ID NO: 26239. The sequence (predicted) of TIM-3 of Macaca fascicularis (gi | 355570365 | gb | EHH54703.1) is SEQ ID NO: 26240. The sequence (predicted) of the extracellular domain of TIM-3 of Macaca fascicularis (gi | 355570365 | gb | EHH54703.1 | 22-203) is SEQ ID NO: 26241. The sequence of human PD-L1 (sp | Q9NZQ7) is SEQ ID NO: 26242. The sequence of the extracellular domain of human PD-L1 (sp | Q9NZQ7 | 19-238) is SEQ ID NO: 26243. The sequence (prediction) of PD-L1 of Macaca fascicularis (gb | XP_005583836.1) is SEQ ID NO: 26244. The sequence (prediction) (gb | XP_005583836.1 | 19-238) of the extracellular domain of Macaca fascicularis PD-L1 is SEQ ID NO: 26245. The sequence of human ICOS (sp | Q9Y6W8) is SEQ ID NO: 26246. The sequence of the extracellular domain of human ICOS (sp | Q9Y6W8 | 21-140) is SEQ ID NO: 26247. The sequence of macOS fascicularis ICOS (gi | 5444477053 | ref | XP_005574075.1) is SEQ ID NO: 26248. The sequence (predicted) of the extracellular domain of MacOS fascicularis ICOS (gi | 5444477053 | ref | XP_005574075.1 | 21-140) is SEQ ID NO: 26249. The sequence of human GITR (sp | Q9Y5U5) is SEQ ID NO: 26250. The sequence of the extracellular domain of human GITR (sp | Q9Y5U5 | 26-162) is SEQ ID NO: 26251. The sequence (prediction) of the GITR of Macaca fascicularis (ref | XP_005545180.1) is SEQ ID NO: 26252. The sequence (predicted) of the extracellular domain of GITR of Macaca fascicularis (ref | XP_005545180.1 | 26-162) is SEQ ID NO: 26253. The sequence of human OX40 (sp | P43489) is SEQ ID NO: 26254. The sequence of the extracellular domain of human OX40 (sp | P43489 | 29-214) is SEQ ID NO: 26255. The sequence (prediction) of OX40 of Macaca fascicularis (ref | XP_005545179.1) is SEQ ID NO: 26256. The sequence (predicted) of the extracellular domain of Macaca fascicularis OX40 (ref | XP_005545179.1 | 29-214) is SEQ ID NO: 26257. The sequence of human 4-1BB (sp | Q07011) is SEQ ID NO: 26258. The sequence of the extracellular domain of human 4-1BB (sp | Q07011 | 24-186) is SEQ ID NO: 26259. The sequence (prediction) of 4-1BB of Macaca fascicularis (ref | XP_005544945.1) is SEQ ID NO: 26260. The sequence (predicted) of the extracellular domain of Macaca fascicularis 4-1BB (ref | XP_00554495.45.1 | 24-186) is SEQ ID NO: 26261.

ICOS連結ドメイン:さらに図19、図20、および図24に示される配列である配列番号27869〜28086は、命名法で示されるように、いくつかのICOS Fab配列(重鎖VH1−CH1および軽鎖VL1−CL)を含む。CDRおよび可変接合間の接合についての言及は、USSN62/479,723の図40に示されている(参照により本明細書に組み入れられ、図説も同様である)が、当業者は配列表からもCDR(ナンバリングおよび/または配列アラインメントを通じて表1を参照)、および接合部(例えば、重鎖CH1は一般に「ASTK…」の配列で開始し、軽鎖定常ドメインは「RTVA…」で開始すること、を確認することができるであろう。命名法に示されるように、配列番号28087〜28269は、「1アームのmAb」(図2N;Fab−Fc、Fcのみ、および軽鎖)の3つの配列を示す。CDRおよび可変接合間の接合についての言及は、USSN62/479,723の図41に示されている(参照により本明細書に組み入れられ、図説も同様である)が、当業者は配列表からもCDR(ナンバリングおよび/または配列アラインメントを通じて表1を参照)、および接合部(例えば、重鎖CH1は一般に「ASTK…」の配列で開始し、軽鎖定常ドメインは「RTVA…」で開始すること、を確認することができるであろう。追加の1アームのICOS分子は、図68に示される。配列番号28549〜28556は、同様にFvをICOS ABDとしても使用することができるいくつかの対照抗体(HCおよびLC)を示し、CDRおよび可変接合間の接合についての言及は、USSN62/479,723の図44に示されている(参照により本明細書に組み入れられ、図説も同様である)が、当業者は配列表からもCDR(ナンバリングおよび/または配列アラインメントを通じて表1を参照)、および接合部(例えば、重鎖CH1は一般に「ASTK…」の配列で開始し、軽鎖定常ドメインは「RTVA…」で開始すること、を確認することができるであろう。配列番号28557〜28665は、本発明における組み合わせとして使用されるいくつかのICOS scFvを示し、CDRおよび可変接合間の接合についての言及は、USSN62/479,723の図45に示されている(参照により本明細書に組み入れられ、図説も同様である)が、当業者は配列表からもCDR(ナンバリングおよび/または配列アラインメントを通じて表1を参照)を確認することができ、scFvがvhとvlの間に荷電されたリンカー(GKPGS)を使用するので、接合部を確認することができるであろう。このように、チェックポイントの受容体に対するABDと組み合わせて使用するのに適したICOS ABDは、図19、図20、図24、図68、および図77ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0_L0に示される。 ICOS Linking Domain: Further, the sequences shown in FIGS. 19, 20, and 24, SEQ ID NOs: 27869-28086, as indicated by the nomenclature, are several ICOS Fab sequences (heavy chain VH1-CH1 and light chain). VL1-CL). References to junctions between CDRs and variable junctions are shown in FIG. 40 of USSN 62 / 479,723 (incorporated herein by reference, the illustration is similar), but those skilled in the art will also see from the sequence listing. CDRs (see Table 1 through numbering and / or sequence alignment), and junctions (eg, heavy chain CH1 generally starts with the sequence “ASTK ...” and light chain constant domains start with “RTVA ...”; As shown in the nomenclature, SEQ ID NOs: 28087-28269 are three sequences of “one arm mAb” (FIG. 2N; Fab-Fc, Fc only, and light chain). References to junctions between CDRs and variable junctions are shown in FIG. 41 of USSN 62 / 479,723 (incorporated herein by reference). However, those skilled in the art will also recognize CDRs (see Table 1 through numbering and / or sequence alignment) from the sequence listing, and junctions (eg, heavy chain CH1 is generally in the “ASTK ...” sequence). It can be seen that the light chain constant domain starts with “RTVA ...” An additional one-arm ICOS molecule is shown in Figure 68. SEQ ID NOs: 28549-28556 are similar Shows some control antibodies (HC and LC) that can also use Fv as an ICOS ABD, and references to conjugation between CDRs and variable junctions are shown in FIG. 44 of USSN 62 / 479,723 (Incorporated herein by reference, the illustration is similar), but those skilled in the art will also recognize CDRs (numbering and / or sequencing) from the sequence listing. Through the alignment (see Table 1), and the junction (eg, heavy chain CH1 generally starts with the sequence “ASTK ...” and light chain constant domains start with “RTVA ...”). SEQ ID NOs: 28557-28665 show several ICOS scFvs used as combinations in the present invention, and references to junctions between CDRs and variable junctions are shown in FIG. 45 of USSN 62 / 479,723 (Incorporated herein by reference, the illustration is similar), but one of skill in the art can also identify CDRs (see Table 1 through numbering and / or sequence alignment) from the sequence listing, and scFv is vh And a charged linker (GKPGS) 4 is used between It will be. Thus, ICOS ABDs suitable for use in combination with ABD for the checkpoint receptor are FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77 and SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665, and [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0_L0.

さらに、適切なICOS×PD−1ボトルオープナー配列は、図3中のもの、およびUSSN62/479,723の図42および43(この両方は参照により本明細書に組み込まれ、同様にそれらの図説と配列も組み込まれる)に示される配列に対応する配列番号28270〜28548中のものを含み、同様にCDR、接合部などを示すために3つの図を用いる。   In addition, suitable ICOS × PD-1 bottle opener sequences are those in FIG. 3 and FIGS. 42 and 43 of USSN 62 / 479,723, both of which are incorporated herein by reference, as well as their illustrations and Three figures are used to show CDRs, junctions, etc. as well, including those in SEQ ID NOs: 28270-28548 corresponding to the sequences shown in the sequence also incorporated).

III.概要
PD−1のような免疫の免疫調節阻害剤に対する治療用抗体は、癌治療のための診療所における限られた状況で非常に有望である。癌は、患者が癌性細胞を認識し排除する能力がないものと考えることができる。多くの場合、これらの形質転換した(例えば、癌性)細胞は、免疫監視に反作用する。体内でのT細胞活性化を制限して無制限なT細胞活性を予防する天然の制御機序が存在し、これを、癌性細胞が免疫応答を回避または抑制するために利用し得る。免疫エフェクター細胞、特にT細胞が癌を認識し排除する能力を回復させることが、免疫療法の目的である。「免疫療法」と称されることがある免疫腫瘍学の分野は、急速に進化しており、Yervoy、Keytruda、およびOpdivo等のT細胞チェックポイント阻害抗体が、いくつかの最近承認されたものである。これらの抗体は、それらがT細胞性免疫の通常は負の調節因子を遮断するため、一般に「チェックポイント阻害剤」と称される。共刺激性と共抑制性の両方の種々の免疫調節シグナルを使用して、最適な抗原特異的免疫応答を統合することができると一般に理解されている。
III. Summary Therapeutic antibodies against immunomodulatory inhibitors of immunity, such as PD-1, are very promising in limited situations in the clinic for cancer treatment. Cancer can be considered that the patient has no ability to recognize and eliminate cancerous cells. In many cases, these transformed (eg, cancerous) cells counteract immune surveillance. There are natural regulatory mechanisms that limit T cell activation in the body to prevent unrestricted T cell activity, which can be utilized by cancerous cells to avoid or suppress immune responses. It is the purpose of immunotherapy to restore the ability of immune effector cells, particularly T cells, to recognize and eliminate cancer. The field of immuno-oncology, sometimes referred to as “immunotherapy”, is evolving rapidly, with T cell checkpoint-inhibiting antibodies such as Yervoy, Keytruda, and Opdivo having several recently approved ones. is there. These antibodies are commonly referred to as “checkpoint inhibitors” because they block the normally negative regulators of T cell immunity. It is generally understood that a variety of immunoregulatory signals, both costimulatory and costimulatory, can be used to integrate optimal antigen-specific immune responses.

チェックポイント阻害剤モノクローナル抗体は、通常の状況下では細胞傷害性T細胞(CTL)の活性化を予防または抑制する、PD−1のような免疫調節阻害剤タンパク質に連結する。免疫調節タンパク質を、例えば、これらのタンパク質に連結する抗体の使用を介して、阻害することにより、腫瘍に対する増加したT細胞応答を達成することができる。つまり、これらのがん免疫調節タンパク質は免疫応答を抑制し、このタンパク質が、例えば免疫調節タンパク質に対する抗体を使用して遮断されるとき、免疫系が活性化され、免疫刺激を誘導し、その結果、癌および感染性疾患等の状態の治療をもたらす。PD−1タンパク質またはその連結パートナー、PD−L1のいずれかに対する抗体はT細胞活性化を誘導する。   A checkpoint inhibitor monoclonal antibody is linked to an immunomodulatory inhibitor protein such as PD-1, which prevents or suppresses activation of cytotoxic T cells (CTLs) under normal circumstances. By inhibiting immunomodulatory proteins, for example, through the use of antibodies that link to these proteins, an increased T cell response to the tumor can be achieved. That is, these cancer immunoregulatory proteins suppress the immune response, and when this protein is blocked using, for example, an antibody against the immunoregulatory protein, the immune system is activated and induces immune stimulation, resulting in Provide treatment for conditions such as cancer and infectious diseases. Antibodies to either the PD-1 protein or its linking partner, PD-L1, induce T cell activation.

患者の免疫系を利用して疾患と闘うことに対する現在の別の関心分野は、ICOS(誘導性T細胞共刺激剤、CD278とも呼ばれる)のような共刺激タンパク質に連結するアゴニスト抗体を用いたT細胞の共刺激を含み、これはT細胞上の免疫チェックポイントタンパク質の負のシグナル伝達を克服するために正のシグナルを加える。ICOSは、細胞外(Ig)V様ドメインを含むI型膜貫通タンパク質であり、そしてB7h共刺激分子の受容体として機能する。   Another area of current interest in combating disease utilizing the patient's immune system is T using agonist antibodies linked to costimulatory proteins such as ICOS (also known as inducible T cell costimulator, CD278). Includes cell costimulation, which adds a positive signal to overcome the negative signaling of immune checkpoint proteins on T cells. ICOS is a type I transmembrane protein containing an extracellular (Ig) V-like domain and functions as a receptor for B7h costimulatory molecules.

最近の研究は、いくつかの腫瘍浸潤リンパ球(TIL)がPD−1とICOSを共発現することを示している(Gros,J.Clinical Invest.124(5):2246(2014)を参照)。   Recent studies have shown that some tumor infiltrating lymphocytes (TIL) co-express PD-1 and ICOS (see Gros, J. Clinical Invest. 124 (5): 2246 (2014)). .

2つの異なる標的に同時に連結することができる二重特異性抗体は、TIL対末梢T細胞の標的化の選択性を向上させる可能性をもたらしながら、同時に治療費用をもまた削減する。細胞表面上の2つの標的と抗体との二価の相互作用は、場合によっては、一度に1つの標的との一価の相互作用と比較してより高い連結親和性をもたらすはずである。このため、通常の二価抗体は細胞表面上のそれらの標的に対して高い連結親和性を有する傾向がある。二重特異性抗体では、両方の標的への同時連結によってもたらされるより高い親和性を利用して、2つの異なる標的を同時に発現する細胞に対してより高い選択性を生み出す可能性が存在する。   Bispecific antibodies that can be linked to two different targets simultaneously offer the potential to improve the selectivity of TIL versus peripheral T cell targeting while simultaneously reducing therapeutic costs. A bivalent interaction between an antibody and two targets on the cell surface may in some cases lead to a higher linking affinity compared to a monovalent interaction with one target at a time. For this reason, normal bivalent antibodies tend to have a high linking affinity for their target on the cell surface. With bispecific antibodies, there is the potential to create higher selectivity for cells that simultaneously express two different targets, taking advantage of the higher affinity provided by simultaneous ligation to both targets.

したがって、本発明は、2つの抗原を発現する細胞に連結する二重特異性免疫調節抗体、ならびにT細胞および/またはNK細胞を活性化して癌および感染症などの疾患、および免疫活性の増加が治療をもたらす他の状態を治療する方法を提供する。   Accordingly, the present invention provides bispecific immunoregulatory antibodies that link to cells that express two antigens, as well as diseases such as cancer and infections by activating T cells and / or NK cells, and increased immune activity. Methods of treating other conditions that result in treatment are provided.

したがって、本発明は、ある場合には、単一細胞上の2つの異なる免疫調節分子(一方はチェックポイント受容体および他方は共刺激受容体)に連結する二重特異性抗体を提供すること、ならびに有利にも単一の治療物質のみの投与を必要とすることによって毒性および複数抗体投与の費用の問題を解決することに関する。   Thus, the present invention provides bispecific antibodies that in some cases link to two different immunomodulatory molecules on a single cell, one a checkpoint receptor and the other a costimulatory receptor. And advantageously to solve the problem of toxicity and the cost of administering multiple antibodies by requiring administration of only a single therapeutic agent.

二重特異性抗体は、1分子内で、免疫免疫調節遮断を共刺激と組み合わせる機会を提供する。しかしながら、免疫の免疫調節と共刺激タンパク質のどの組み合わせ、またはどの連結化学量論(一価+一価、一価+二価など)が有効であるかは明らかではない。ここで本願発明者らは共刺激タンパク質(ICOSなど)に一価連結し、かつチェックポイント受容体(PD−1など)に一価連結し、堅牢なT細胞活性化を誘導することができる二重特異性抗体を同定する。   Bispecific antibodies provide the opportunity to combine immunoimmunomodulation blockade with costimulation within one molecule. However, it is not clear which combination of immune regulation of immunity and costimulatory proteins, or which linkage stoichiometry (monovalent + monovalent, monovalent + divalent, etc.) is effective. Here, the present inventors can monovalently link to costimulatory proteins (such as ICOS) and monovalently link to checkpoint receptors (such as PD-1) to induce robust T cell activation. Identify bispecific antibodies.

驚くべきことに、従来の知識では一価抗体はアゴニズムを生じないと述べているが、本研究は、本発明の一価二重特異性抗体によるICOS受容体アゴニズムの予想外の結果を示す。Merchant et al.,PNAS July 23 2013 E2987−E2996「[w]hile initial screening of bivalent antibodies produced agonists of MET,engineering them into monovalent antibodies produces antagonists instead.」を参照されたい。ICOSへの一価の連結のみによるこの肯定的な結果は、シグナル伝達を誘発するために細胞表面上に必要なレベルの受容体クラスタリングを提供する少なくとも共刺激タンパク質への二価の連結が必要であると考えられるために予想外である。Fos et al.,J.Immunol.2008:1969−1977によって示されるように、ICOS連結はAKTリン酸化を誘導する。ここでの研究は、ICOSアゴニズムの指標としてAKTリン酸化を使用し、そしてこの効果は、「1アームICOS」(実施例5A(a)参照)とICOSに一価連結する二重特異性抗体の両方について見られる。実施例7および図70に示されるように、ICOSに一価でのみ連結する1アームXENP20266は、ICOSに二価で連結するXENP16435(例えば、従来のmAb)よりも多くのAKTリン酸化を促進する。   Surprisingly, although conventional knowledge states that monovalent antibodies do not cause agonism, this study shows the unexpected results of ICOS receptor agonism by monovalent bispecific antibodies of the invention. Merchant et al. , PNAS Jul 23 2013 E2987-E2996 “[w] hire initial screening of bibli- entialbodies produced agronists of MET, engineering the inventon tent. This positive result by only monovalent linking to ICOS requires at least bivalent linking to costimulatory proteins that provide the necessary level of receptor clustering on the cell surface to induce signal transduction. It is unexpected because it is considered to be. Fos et al. , J .; Immunol. ICOS ligation induces AKT phosphorylation, as shown by 2008: 1969-1977. The study here uses AKT phosphorylation as an indicator of ICOS agonism, and this effect is attributed to “one-arm ICOS” (see Example 5A (a)) and bispecific antibody monovalently linked to ICOS. Seen for both. As shown in Example 7 and FIG. 70, 1-arm XENP 20266, which connects only monovalently to ICOS, promotes more AKT phosphorylation than XENP16435 (eg, conventional mAb) which binds bivalently to ICOS. .

したがって、本発明は、チェックポイント受容体およびヒトICOSへの連結を可能にするヘテロ二量体二重特異性抗体を提供するための新規コンストラクトに関する。   Accordingly, the present invention relates to a novel construct for providing a heterodimeric bispecific antibody that allows linkage to a checkpoint receptor and human ICOS.

一般に、これらの二重特異性抗体は「抗PD−1×抗ICOS」と呼ばれるか、または一般に単純にまたは簡単のために(したがって交換可能に)各対について「PD−1×ICOS」などと命名される。   In general, these bispecific antibodies are referred to as “anti-PD-1 × anti-ICOS”, or “PD-1 × ICOS” for each pair, generally for simplicity or simplicity (and thus interchangeable), etc. Named.

本発明のヘテロ二量体二重特異性免疫調節抗体は、様々な種類の癌を治療するのに有用である。当業者には理解されるように、腫瘍抗原に連結する従来のモノクローナル抗体、または例えばCD3および腫瘍抗原に連結するより新しいクラスの二重特異性抗体(例えばUSSN15/141,350に記載されるような)とは対照的に、免疫調節抗体が、免疫応答を高めるために使用されるが、それらは一般的にその作用において腫瘍特異的ではない。すなわち、本発明の二重特異性免疫調節抗体は免疫系の抑制を阻害し、一般にT細胞活性化を導き、それは次に癌性細胞に対するより大きな免疫応答、したがって治療を導く。   The heterodimeric bispecific immunomodulatory antibodies of the invention are useful for treating various types of cancer. As will be appreciated by those skilled in the art, conventional monoclonal antibodies that link to tumor antigens, or newer classes of bispecific antibodies such as those linked to CD3 and tumor antigens (eg, as described in USSN 15 / 141,350). In contrast, immunomodulatory antibodies are used to enhance the immune response, but they are generally not tumor specific in their action. That is, the bispecific immunomodulatory antibodies of the invention inhibit suppression of the immune system and generally lead to T cell activation, which in turn leads to a greater immune response against cancerous cells and thus therapy.

以下に論じるように、T細胞活性化を測定することができる様々な方法がある。NK細胞およびT細胞に対する二重特異性免疫調節抗体の機能的効果は、以下のパラメーター:増殖、サイトカイン放出および細胞表面マーカーの変化を測定することによってインビトロ(および場合によってはインビボ)で評価することができる。NK細胞に関して、細胞増殖、細胞傷害性(CD107a、グランザイム、およびパーフォリン発現の増加によって測定されるように、または標的細胞の死滅を直接測定することによって測定される標的細胞を死滅させる能力)、サイトカイン産生(例えば、IFN−γおよびTNF)、ならびに細胞表面受容体の発現(例えばCD25)における増加は、免疫調節、例えば、癌細胞の死滅の増強の指標となる。T細胞に関して、増殖の増加、活性化の細胞表面マーカー(例えば、CD25、CD69、CD137、およびPD1)、細胞傷害性(標的細胞を殺傷する能力)、ならびにサイトカイン産生(例えば、IL−2、IL−4、IL−6、IFN、TNF−α、IL−10、IL−17A)における増加は、免疫調節、例えば、癌細胞の死滅の増強の指標となる。したがって、治療の評価は、以下のうちの1つ以上を評価するアッセイを使用して実施することができる:(i)免疫応答を増加させること、(ii)αβおよび/またはγδのT細胞の活性化を増加させること、(iii)細胞傷害性T細胞活性を増加させること、(iv)NKおよび/またはNKT細胞活性を増加させること、(v)αβおよび/またはγδのT細胞抑制を軽減させること、(vi)炎症促進性サイトカイン分泌を増加させること、(vii)IL−2分泌を増加させること、(viii)インターフェロン−γ産生を増加させること、(ix)Th1応答を増加させること、(x)Th2応答を減少させること、(xi)制御性T細胞の少なくとも1つの細胞数および/または活性を減少させるかまたは排除すること、(xii)IL−2分泌を増加させること。   As discussed below, there are various ways in which T cell activation can be measured. The functional effect of bispecific immunomodulatory antibodies on NK cells and T cells should be assessed in vitro (and in some cases in vivo) by measuring changes in the following parameters: proliferation, cytokine release and cell surface markers Can do. With respect to NK cells, cell proliferation, cytotoxicity (ability to kill target cells as measured by increased CD107a, granzyme, and perforin expression, or by directly measuring target cell death), cytokines Increases in production (eg, IFN-γ and TNF), and expression of cell surface receptors (eg, CD25) are indicative of enhanced immune regulation, eg, death of cancer cells. For T cells, increased proliferation, cell surface markers of activation (eg, CD25, CD69, CD137, and PD1), cytotoxicity (ability to kill target cells), and cytokine production (eg, IL-2, IL -4, IL-6, IFN, TNF-α, IL-10, IL-17A) is an indication of enhanced immune regulation, for example, killing of cancer cells. Thus, treatment evaluation can be performed using an assay that evaluates one or more of the following: (i) increasing the immune response, (ii) αβ and / or γδ T cells. Increase activation, (iii) increase cytotoxic T cell activity, (iv) increase NK and / or NKT cell activity, (v) reduce αβ and / or γδ T cell suppression (Vi) increasing pro-inflammatory cytokine secretion; (vii) increasing IL-2 secretion; (viii) increasing interferon-γ production; (ix) increasing Th1 response; (X) reducing the Th2 response, (xi) reducing or eliminating at least one cell number and / or activity of regulatory T cells, (x i) IL-2 secretion to increase.

したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、それを必要とする対象において以下のうちの1つ以上を実施するための二重特異性免疫調節抗体の使用を提供する:(a)炎症促進性サイトカインを上方制御すること、(b)T細胞の増殖および/または増加を増加させること、(c)T細胞によるインターフェロン−γまたはTNF−α産生を増加させること、(d)IL−2分泌を増加させること、(e)抗体応答を刺激すること、(f)癌細胞増殖を阻害すること、(g)抗原特異的T細胞免疫を促進すること、(h)CD4+および/またはCD8+T細胞活性化を促進すること、(i)T細胞抑制を軽減すること、(j)NK細胞活性を促進すること、(k)癌細胞のアポトーシスまたは溶解を促進すること、および/または(l)癌細胞に対する細胞傷害性または細胞増殖抑制性の効果。   Accordingly, in some embodiments, the present invention provides the use of a bispecific immunomodulatory antibody to perform one or more of the following in a subject in need thereof: (a) pro-inflammatory Up-regulating sex cytokines, (b) increasing T cell proliferation and / or increase, (c) increasing interferon-γ or TNF-α production by T cells, (d) IL-2 secretion (E) stimulating antibody response, (f) inhibiting cancer cell proliferation, (g) promoting antigen-specific T cell immunity, (h) CD4 + and / or CD8 + T cell activity (I) reduce T cell suppression, (j) promote NK cell activity, (k) promote apoptosis or lysis of cancer cells, and / or (L) Cytotoxic or cytostatic effect on cancer cells.

したがって、本発明は二重特異性免疫調節抗体を提供する。概して図2に示すような、本発明において用いることができるいくつかのフォーマットが存在し、その多くが(全てではないが例えばDVD−Igのような)ヘテロ二量体である。   Accordingly, the present invention provides bispecific immunomodulatory antibodies. There are several formats that can be used in the present invention, generally as shown in FIG. 2, many of which are heterodimers (such as, but not all, DVD-Ig).

ヘテロ二量体抗体コンストラクトは、例えば、「二量体」に集合する2つの「単量体」のような、抗体の重鎖の2つのFcドメインの自己集合性に基づく。ヘテロ二量体抗体は、以下により十分に議論されるように各単量体のアミノ酸配列を改変することによって作製される。したがって、本発明は一般に、ヘテロ二量体形成を促進するためにおよび/または、ホモ二量体からのヘテロ二量体の容易な精製を可能にするために各鎖上で異なる定常領域中のアミノ酸変異に依存する、いくつかの方法で2つの抗原に共連結することができるヘテロ二量体抗体の作製に関する。   Heterodimeric antibody constructs are based on the self-assembly of two Fc domains of an antibody heavy chain, for example, two “monomers” that assemble into a “dimer”. Heterodimeric antibodies are made by modifying the amino acid sequence of each monomer as discussed more fully below. Thus, the present invention generally has different constant regions on each chain to promote heterodimer formation and / or to allow easy purification of heterodimers from homodimers. It relates to the generation of heterodimeric antibodies that can be co-linked to two antigens in several ways, depending on amino acid mutations.

したがって、本発明は二重特異性免疫調節抗体を提供する。抗体技術において進行中の問題は、2つ(またはそれ以上)の異なる抗原に同時に連結する「二重特異性」抗体に対する要求であり、それにより一般に異なる抗原を接近させそして新しい機能性および新しい治療法をもたらす。一般に、これらの抗体は、各重鎖および軽鎖に対する遺伝子を宿主細胞に含めることによって作製される(一般に、本発明においては、本明細書に概説するように2つの重鎖単量体および軽鎖に対する遺伝子)。これは一般に、所望のヘテロ二量体(A−B)、ならびに2つのホモ二量体(A−AおよびB−B)の形成をもたらす。しかしながら、二重特異性抗体の形成における主な障害は、ホモ二量体抗体からヘテロ二量体抗体を精製すること、および/またはホモ二量体の形成よりもヘテロ二量体の形成に偏らせることが困難であることである。   Accordingly, the present invention provides bispecific immunomodulatory antibodies. An ongoing problem in antibody technology is the need for “bispecific” antibodies that simultaneously link two (or more) different antigens, thereby generally bringing the different antigens in close proximity and new functionality and new therapies. Bring the law. Generally, these antibodies are made by including in the host cell a gene for each heavy and light chain (generally, in the present invention, two heavy chain monomers and a light chain as outlined herein). Gene for the chain). This generally results in the formation of the desired heterodimer (AB), as well as two homodimers (AA and BB). However, a major obstacle in the formation of bispecific antibodies is the purification of heterodimeric antibodies from homodimeric antibodies and / or bias towards heterodimer formation rather than homodimer formation. It is difficult to make it.

この問題を解決するために、本発明のヘテロ二量体を生成するために使用することができるいくつかの機構がある。さらに、当業者には理解されるように、これらの機構を組み合わせて高いヘテロ二量体化を確実にすることができる。したがって、ヘテロ二量体抗体の産生をもたらすアミノ酸変異は、「ヘテロ二量体化変異」と呼ばれる。後述するように、ヘテロ二量体化変異は、ヘテロ二量体からのホモ二量体の精製を可能にする立体変異(例えば、後述の「ノブアンドホール」または「スキュー」変異および「電荷対」変異)ならびに「pI変異」を含み得る。   To solve this problem, there are several mechanisms that can be used to generate the heterodimers of the present invention. Furthermore, as will be appreciated by those skilled in the art, these mechanisms can be combined to ensure high heterodimerization. Thus, amino acid mutations that result in the production of heterodimeric antibodies are referred to as “heterodimerization mutations”. As described below, heterodimerization mutations are steric mutations that allow purification of homodimers from heterodimers (eg, “knob and hole” or “skew” mutations described below and “charge pairs”). "Mutation") as well as "pI mutation".

1つの機構は、当該技術分野において一般的に「ノブアンドホール」(「KIH」)またはしばしば本明細書において「スキュー」変異と呼ばれ、ヘテロ二量体形成を有利にし、ホモ二量体形成を不利にする立体効果をもたらすアミノ酸工学を指し、任意で使用することもでき、これはしばしば、「ノブアンドホール」と呼ばれ、Ridgway et al.,Protein Engineering 9(7):617(1996)、Atwell et al.,J.Mol.Biol.1997270:26、米国特許第8,216,805号、US2012/0149876に記載されるようなものであり、これらの全ては参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。これらの図は、「ノブアンドホール」のアミノ酸置換を含むいくつかの「単量体A−単量体B」対を特定する。さらに、Merchant et al.,Nature Biotech.16:677(1998)に記載されているように、これらの「ノブアンドホール」変異は、ヘテロ二量体化に対するスキュー形成のためのジスルフィド連結と組み合わせることができる。T366Wと対をなすT366S/L368A/Y407V、ならびに架橋ジスルフィドを有するこの変異である、T366W/S354Cと対をなすT366S/L368A/Y407V/Y349Cは、以下に概説するように、特にpI変異を含む他のヘテロ二量体化変異と組み合わせて、本発明において有用である。   One mechanism is commonly referred to in the art as “knob and hole” (“KIH”) or often referred to herein as “skew” mutations, favoring heterodimer formation and homodimer formation. Refers to amino acid engineering that results in steric effects that can be disadvantageous, and can optionally be used and is often referred to as “knob and hole” and is described in Ridgway et al. , Protein Engineering 9 (7): 617 (1996), Atwell et al. , J .; Mol. Biol. 1997270: 26, US Pat. No. 8,216,805, US2012 / 0149876, all of which are hereby incorporated by reference in their entirety. These figures identify several “monomer A-monomer B” pairs that contain “knob and hole” amino acid substitutions. In addition, Merchant et al. , Nature Biotech. 16: 677 (1998), these “knob and hole” mutations can be combined with disulfide linkages for skew formation for heterodimerization. T366S / L368A / Y407V paired with T366W and T366S / L368A / Y407V / Y349C paired with T366W / S354C, this mutation with a bridged disulfide, specifically include other pI mutations as outlined below. In combination with the heterodimerization mutation of

ヘテロ二量体抗体の生成に使用されるさらなる機構は、参照によりその全てが本明細書に組み込まれるGunasekaran et al.,J.Biol.Chem.285(25):19637(2010)に記載されているように、しばしば「静電ステアリング」または「電荷対」と呼ばれる。これは、本明細書において、しばしば「電荷対」と呼ばれる。この実施形態では、静電学を使用して、ヘテロ二量体化に向けて形成をスキューさせる。当業者には理解されるように、これらはまた、pI、したがって精製に影響を及ぼす可能性があり、したがって場合によってはpI変異と見なすこともできる。しかしながら、これらはヘテロ二量体化を強制するために生成され、精製手段として使用されなかったので、それらは「立体変異」として分類される。これらには、D221R/P228R/K409Rと対になったD221E/P228E/L368E(例えば、これらは「単量体の対応セット」である)、およびC220R/E224R/P228R/K409Rと対になったC220E/P228E/368E、ならびに図に示される他のものが含まれるがこれらに限定されない。   Additional mechanisms used to generate heterodimeric antibodies are described in Gunasekaran et al., Which is incorporated herein by reference in its entirety. , J .; Biol. Chem. 285 (25): 19637 (2010), often referred to as “electrostatic steering” or “charge pairs”. This is often referred to herein as a “charge pair”. In this embodiment, electrostatics is used to skew the formation towards heterodimerization. As will be appreciated by those skilled in the art, they can also affect pI and thus purification, and can therefore be considered as pI mutations in some cases. However, they are classified as “steric mutations” because they were generated to force heterodimerization and were not used as a purification tool. These include D221E / P228E / L368E paired with D221R / P228R / K409R (eg, these are “corresponding sets of monomers”), and C220E paired with C220R / E224R / P228R / K409R. / P228E / 368E, as well as others shown in the figures, but not limited to.

本発明において、いくつかの実施形態では、pI変異を使用して、単量体の一方または両方のpIを改変し、したがってA−A、A−BおよびB−B二量体タンパク質の等電点精製を可能にする。   In the present invention, in some embodiments, a pi mutation is used to modify the pi of one or both of the monomers, thus isoelectric of AA, AB and BB dimeric proteins. Allows point purification.

本発明において、ヘテロ二量体タンパク質の精製を容易にすることができるいくつかの基本的な機構が存在し、一つはpI変異の使用に依存し、各単量体が異なるpIを有するようになり、AA、ABおよびBB二量体タンパク質の等電点精製が可能になる。代替的に、「トリプルF」または「ボトルオープナー」フォーマットなどのいくつかの足場フォーマットもまた、サイズに基づく分離を可能にする。以下にさらに概説するように、ホモ二量体よりもヘテロ二量体の形成を「スキューする」ことも可能である。したがって、立体的ヘテロ二量体化変異とpIまたは電荷対変異の組み合わせは、本発明において特に使用される。さらに、以下により完全に概説されるように、トリプルFフォーマットなどのscFvを利用する足場は、精製目的のためのさらなるpIブーストを与える荷電scFvリンカー(陽性または陰性のいずれか)を含み得る。当業者には理解されるように、本発明は、同様に荷電scFvリンカー(ならびに本明細書で論じられるFc、FcRn、およびKO変異の組み合わせ)を有するスキュー変異の使用も提供するが、いくつかのトリプルFフォーマットは、単に荷電scFvリンカーを用い、さらなるpI調整を用いない場合にも有用である。   In the present invention, there are several basic mechanisms that can facilitate the purification of heterodimeric proteins, one depending on the use of the pI mutation, such that each monomer has a different pI. Thus, isoelectric point purification of AA, AB and BB dimeric proteins becomes possible. Alternatively, some scaffold formats, such as the “Triple F” or “Bottle Opener” format, also allow separation based on size. It is also possible to “skew” the formation of a heterodimer rather than a homodimer, as further outlined below. Thus, combinations of steric heterodimerization mutations and pI or charge pair mutations are particularly used in the present invention. Furthermore, as outlined more fully below, scaffolds that utilize scFv, such as the Triple F format, can include a charged scFv linker (either positive or negative) that provides additional pI boost for purification purposes. As will be appreciated by those skilled in the art, the present invention also provides for the use of skew mutations with similarly charged scFv linkers (and combinations of Fc, FcRn, and KO mutations discussed herein) The triple F format is also useful when simply using a charged scFv linker and no further pI adjustment.

ヘテロ二量体タンパク質の精製を可能にするための分離機構としてpIを利用する本発明においては、アミノ酸変異を一方または両方の単量体のポリペプチドに導入することができ、すなわち、単量体の一方(本明細書では簡単のために「単量体A」と呼ぶ)のpIを単量体Bと異なるように改変でき、または、単量体AとBの両方の変化を、単量体AのpIを増加させ、単量体BのpIを減少させるように改変できる。下記により完全に概説されるように、いずれかまたは両方の単量体のpI変化は、荷電残基を除去または付加することによって(例えば中性アミノ酸を正または負に荷電したアミノ酸残基で置換する、例えばグリシンからグルタミン酸)、正または負から反対の電荷への荷電残基の変更によって(アスパラギン酸からリジンへ)、または荷電残基の中性残基への変更によって(例えば電荷の消失、リジンからセリン)、実施することができる。いくつかのこれらの変異を図に示す。さらに、本明細書におけるヘテロ二量体抗体の作製に使用するのに適したpI変異は、アイソタイプであるもの、例えば顕著な免疫原性を導入することなくpIが変化するように異なるIgGアイソタイプからのpI変異を移入するものであり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第2014/288275号の図29を参照されたい。   In the present invention that utilizes pI as a separation mechanism to allow purification of heterodimeric proteins, amino acid mutations can be introduced into one or both monomeric polypeptides, ie, monomeric One (referred to herein as “monomer A” for simplicity) can be modified to differ from monomer B, or changes in both monomers A and B can be Modifications can be made to increase the pI of body A and decrease the pI of monomer B. As outlined more fully below, pi changes in either or both monomers can be achieved by removing or adding charged residues (eg, replacing neutral amino acids with positively or negatively charged amino acid residues). By changing the charged residue from a positive or negative to the opposite charge (eg from aspartic acid to lysine), or by changing the charged residue to a neutral residue (eg loss of charge, Lysine to serine). Some of these mutations are shown in the figure. Furthermore, pI mutations suitable for use in generating heterodimeric antibodies herein are those that are isotypes, eg, from different IgG isotypes such that the pi changes without introducing significant immunogenicity. See FIG. 29 of US Patent Application Publication No. 2014/288275, which is incorporated by reference herein in its entirety.

したがって、本発明のこの実施形態では、ヘテロ二量体をホモ二量体から分離することができるように、少なくとも1つの単量体に十分なpIの変化を生じさせることを提供する。当業者には理解されるように、そして以下にさらに論じるように、これは、「野生型」重鎖定常領域およびそのpI(wtA−+BまたはwtA−−B)を増加または減少させるように操作された変異領域を使用することによって、または一方の領域を増加して他方の領域を減少させることによって(A+−B−またはA−B+)、実施できる。   Thus, this embodiment of the invention provides for causing sufficient pi changes in at least one monomer so that the heterodimer can be separated from the homodimer. As will be appreciated by those skilled in the art and as discussed further below, this is engineered to increase or decrease the “wild type” heavy chain constant region and its pI (wtA− + B or wtA−−B). Can be performed by using the mutated mutation region or by increasing one region and decreasing the other region (A + -B- or A-B +).

したがって、一般に、本発明のいくつかの実施形態の構成要素は、二量体タンパク質の単量体の両方ではないにしても少なくとも1つの等電点(pI)を、アミノ酸置換(「pI変異」または「pI置換」)を単量体の一方または両方に組み込むことによって変化させて「pIヘテロ二量体」(タンパク質が抗体であるとき、これらは「pI抗体」と呼ばれる)を形成することを目的とする抗体の定常領域におけるアミノ酸変異である。本明細書中に示されるように、2つのホモ二量体からのヘテロ二量体の分離は、2つの単量体のpIが0.1pH単位とわずかに異なる場合に達成でき、0.2、0.3、0.4、および0.5以上異なるものが全て本発明において使用される。   Thus, in general, components of some embodiments of the present invention may include at least one isoelectric point (pI), if not both, of a monomer of a dimeric protein, an amino acid substitution (a “pI mutation”). Or “pI substitution”) by incorporation into one or both of the monomers to form “pI heterodimers” (when the protein is an antibody, these are called “pI antibodies”). Amino acid mutation in the constant region of the antibody of interest. As shown herein, separation of the heterodimer from the two homodimers can be achieved when the pi of the two monomers is slightly different from 0.1 pH units, 0.2 All that differ by 0.3, 0.4, and 0.5 or more are used in the present invention.

当業者には理解されるように、良好な分離を得るために各単量体または両方の単量体に含まれるべきpI変異の数は、目的のscFvおよびFabの出発pIに部分的に依存するであろう。すなわち、どの単量体を操作するか、またはどの「方向」(例えば、より陽性またはより陰性)かを決定するために、2つの標的抗原のFv配列が計算され、そしてそこから決定がなされる。当該技術分野において知られているように、異なるFvは、本発明において利用される異なる出発pIを有するであろう。概して、本明細書に概説されるように、pIは、少なくとも約0.1logの各単量体の総pIの差異を生じるように操作され、本明細書に概説されるように0.2〜0.5が好ましい。さらに、当業者には理解され、本明細書に概説されるように、場合によっては(フォーマットに応じて)、ヘテロ二量体はサイズ(例えば分子量)に基づいてホモ二量体から分離することができる。例えば、図2のいくつかの実施形態に示されるように、いくつかのフォーマットは、異なるサイズのホモ二量体およびヘテロ二量体をもたらす(例えば、ボトルオープナーに関して、一つのホモ二量体は、「デュアルscFv」フォーマットであり、1つのホモ二量体は、標準的な抗体であり、そしてヘテロ二量体は、一つのFabと一つのscFvを有する)。   As will be appreciated by those skilled in the art, the number of pi mutations to be included in each monomer or both monomers to obtain good separation depends in part on the desired scFv and the starting pi of the Fab. Will do. That is, to determine which monomer to manipulate or which “direction” (eg, more positive or more negative), the Fv sequences of the two target antigens are calculated and made from there . As is known in the art, different Fvs will have different starting pi utilized in the present invention. In general, as outlined herein, the pi is engineered to produce a total pi difference of at least about 0.1 log of each monomer, and as outlined herein, 0.2 to 0.5 is preferred. Further, as understood by those skilled in the art and as outlined herein, in some cases (depending on the format) the heterodimer may be separated from the homodimer based on size (eg, molecular weight). Can do. For example, as shown in some embodiments of FIG. 2, some formats result in different sized homodimers and heterodimers (eg, for a bottle opener, one homodimer is , "Dual scFv" format, one homodimer is a standard antibody, and a heterodimer has one Fab and one scFv).

重鎖の定常領域を使用することによって、ホモ二量体を上回って精製されたヘテロ二量体を達成するためにpI変異が使用される場合、抗体を含む多重特異性タンパク質を設計および精製するためのよりモジュール方式のアプローチが提供される。したがって、いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体化変異(スキューおよび精製ヘテロ二量体化変異を含む)は可変領域に含まれず、そのため各個々の抗体を操作しなければならない。さらに、いくつかの実施形態において、pI変異から生じる免疫原性の可能性は、顕著な免疫原性を導入することなくpIが変化するように、異なるIgGアイソタイプからのpI変異を移入することによって顕著に低下する。したがって、解決されるべきさらなる問題は、高いヒト配列含有量を有する低pIの定常ドメインの解明、例えば、任意の特定の位置における非ヒト残基の最小化または回避である。   Design and purify multispecific proteins, including antibodies, when pi mutations are used to achieve a heterodimer that is purified over a homodimer by using the constant region of the heavy chain A more modular approach for providing is provided. Thus, in some embodiments, heterodimerization mutations (including skew and purified heterodimerization mutations) are not included in the variable region, so each individual antibody must be engineered. Further, in some embodiments, the potential for immunogenicity resulting from a pi mutation is achieved by transferring pi mutations from different IgG isotypes such that the pi changes without introducing significant immunogenicity. Remarkably reduced. Thus, a further problem to be solved is the elucidation of low pI constant domains with high human sequence content, eg minimization or avoidance of non-human residues at any particular position.

このpI工学で起こり得る副次的な利益はまた、血清半減期の延長およびFcRn連結の増加である。すなわち、USSN13/194,904(その全体が参照により本明細書に組み込まれる)に記載されているように、抗体定常ドメイン(抗体およびFc融合体に見られるものを含む)のpIを低下させるとインビボでより長い血清保持をもたらし得る。血清半減期を延長するためのこれらのpI変異はまた、精製のためのpI変化を促進する。   Side effects that can occur with this pI engineering are also increased serum half-life and increased FcRn linkage. That is, reducing the pI of antibody constant domains (including those found in antibodies and Fc fusions) as described in USSN 13 / 194,904 (incorporated herein by reference in its entirety). May result in longer serum retention in vivo. These pi mutations to increase serum half-life also promote pi changes for purification.

さらに、ヘテロ二量体化変異のpI変異は、ホモ二量体が存在するときを排除、最小化、および区別する能力が顕著であるので、二重特異性抗体の分析および品質管理プロセスにさらなる利益を与える。同様に、ヘテロ二量体タンパク質産生の再現性を確実に試験する能力は重要である。   Furthermore, the pI mutation of the heterodimerization mutation has a significant ability to eliminate, minimize, and discriminate when homodimers are present, further adding to the bispecific antibody analysis and quality control process. Give profit. Similarly, the ability to reliably test the reproducibility of heterodimeric protein production is important.

本発明の第1および第2の抗原は、本明細書においてそれぞれ抗原−1および抗原−2と呼ばれ、一方は共刺激受容体であり、他方はチェックポイント受容体である。本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、「トリプルf」または「ボトルオープナー」の足場フォーマットである。この実施形態では、抗体の一方の重鎖は単鎖fv(以下に定義されるように「scfv」)を含み、他方の重鎖は可変重鎖および軽鎖を含む「通常の」fabフォーマットである。この構造は、しばしばボトルオープナーへのおおまかな類似性(図2参照)のために、「トリプルf」フォーマット(scfv−fab−fc)または「ボトルオープナー」フォーマットと呼ばれる。2つの鎖は、以下により十分に記載されるように、ヘテロ二量体抗体の形成を促進する定常領域(例えば、Fcドメインおよび/またはヒンジ領域)におけるアミノ酸変異の使用によって一緒にされる。   The first and second antigens of the present invention are referred to herein as antigen-1 and antigen-2, respectively, one is a costimulatory receptor and the other is a checkpoint receptor. One heterodimeric scaffold specifically used in the present invention is a “triple f” or “bottle opener” scaffold format. In this embodiment, one heavy chain of the antibody comprises a single chain fv (“scfv” as defined below) and the other heavy chain in a “normal” fab format comprising a variable heavy chain and a light chain. is there. This structure is often referred to as the “triple f” format (scfv-fab-fc) or “bottle opener” format because of the approximate similarity to the bottle opener (see FIG. 2). The two chains are brought together by the use of amino acid mutations in constant regions (eg, Fc domains and / or hinge regions) that facilitate heterodimeric antibody formation, as described more fully below.

現在の「トリプルF」フォーマットにはいくつかの明確な利点が存在する。当該技術分野で知られているように、2つのscFvコンストラクトに依存する抗体類似体はしばしば安定性および凝集の問題を有し、それは本発明において「通常の」重鎖および軽鎖の対形成の付加により軽減できる。さらに、2つの重鎖と2つの軽鎖に依存するフォーマットとは対照的に、重鎖と軽鎖の誤った対形成(例えば、軽鎖2と対形成する重鎖1など)の問題が存在しない。   There are several distinct advantages to the current “Triple F” format. As is known in the art, antibody analogs that rely on two scFv constructs often have stability and aggregation problems, which in the present invention is the “normal” heavy and light chain pairing. It can be reduced by adding. In addition, there is a problem of mispairing heavy chain and light chain (eg heavy chain 1 paired with light chain 2) as opposed to a format that relies on two heavy chains and two light chains. do not do.

さらに、本明細書に概説されるように、さらなる機能性を付加するために、さらなるアミノ酸変異が本発明の二重特異性抗体に導入され得る。例えば、Fc領域内にアミノ酸変化を付加し(一方の単量体または両方に)、得られる分子の、ADCCまたはCDCの増加(例えば、Fcγ受容体への連結の変化)を促進し、ならびにFcRnへの連結を増加および/または血清半減期を増加させることができる。本明細書にさらに記載されるように、そして当業者によって理解されるように、本明細書に概説される変異のうちのいずれかおよび全ては、任意にかつ独立して他の変異と組み合わせることができる。   In addition, as outlined herein, additional amino acid mutations can be introduced into the bispecific antibodies of the present invention to add additional functionality. For example, adding an amino acid change within the Fc region (to one monomer or both) to promote an increase in ADCC or CDC of the resulting molecule (eg, a change in linkage to the Fcγ receptor), as well as FcRn Can be increased and / or serum half-life can be increased. As described further herein and as will be appreciated by those skilled in the art, any and all of the mutations outlined herein may be arbitrarily and independently combined with other mutations. Can do.

同様に、機能的変異の別のカテゴリーは「Fcγ除去変異」または「Fcノックアウト(FcKOまたはKO)変異である。これらの実施形態では、いくつかの治療用途のために、さらなる作用機序を回避するために、1つ以上または全てのFcγ受容体(例えば、FcγR1、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIIaなど)へのFcドメインの正常な連結を低減または除去することが望ましい。すなわち、例えば、FCγRIIIa連結を除去してADCC活性を排除または顕著に低下させることが一般に望ましい。適切な除去変異は、図6に示される。   Similarly, another category of functional mutations are “Fcγ deletion mutations” or “Fc knockout (FcKO or KO) mutations. In these embodiments, for some therapeutic uses, avoid further mechanisms of action. In order to do so, it is desirable to reduce or eliminate normal linkage of the Fc domain to one or more or all Fcγ receptors (eg, FcγR1, FcγRIIa, FcγRIIb, FcγRIIIa, etc.), eg, removing FCγRIIIa linkage. It is generally desirable to eliminate or significantly reduce ADCC activity, with suitable ablation mutations shown in FIG.

IV.定義
本発明をより完全に理解できるようにするため、いくつかの定義を以下に示す。かかる定義は、文法的同等物を包含することを意図する。
IV. Definitions In order that the present invention may be more fully understood, some definitions are set forth below. Such definitions are intended to encompass grammatical equivalents.

本明細書において「除去」とは、活性の低下または除去を意味する。したがって、例えば、「FcγR連結を除去する」とは、Fc領域アミノ酸変異が、その特定の変異を含まないFc領域と比較して50%未満の出発連結を有することを意味し、70−80−90−95−98%未満の活性喪失が好ましく、一般に、活性はBiacoreアッセイにおいて検出可能な活性のレベル未満である。FcγR連結の除去において特に有用なものを、図6に示す。   As used herein, “removal” means a reduction or removal of activity. Thus, for example, “removing an FcγR linkage” means that an Fc region amino acid mutation has less than 50% starting linkage compared to an Fc region that does not contain that particular mutation, A loss of activity of less than 90-95-98% is preferred and generally the activity is below the level of activity detectable in the Biacore assay. What is particularly useful in removing FcγR linkages is shown in FIG.

本明細書で使用される「ADCC」または「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害」とは、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の連結抗体を認識し、続いて標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介反応を意味する。ADCCは、FcγRIIIaへの連結と相関し、FcγRIIIaへの連結の増加はADCC活性の増加をもたらす。本明細書で論じるように、本発明の多くの実施形態はADCC活性を完全に除去する。   As used herein, “ADCC” or “antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity” refers to nonspecific cytotoxic cells that express FcγR recognize a linked antibody on a target cell, followed by the target cell A cell-mediated reaction that causes lysis of ADCC correlates with linkage to FcγRIIIa, and increased linkage to FcγRIIIa results in increased ADCC activity. As discussed herein, many embodiments of the invention completely eliminate ADCC activity.

本明細書で用いられる「ADCP」または抗体依存性細胞媒介食作用とは、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の連結抗体を認識し、続いて標的細胞の食作用を引き起こす細胞媒介反応を意味する。   As used herein, “ADCP” or antibody-dependent cell-mediated phagocytosis refers to nonspecific cytotoxic cells expressing FcγR recognizing a linked antibody on a target cell, followed by phagocytosis of the target cell. Means a cell-mediated reaction that triggers.

本明細書において「抗原連結ドメイン」または「ABD」とは、ポリペプチド配列の一部として存在する場合、本明細書で考察されるような標的抗原に特異的に連結する6つの相補性決定領域(CDR)のセットを意味する。したがって、「免疫調節抗原連結ドメイン」は、本明細書に概説されるように標的免疫調節抗原に連結する。当該技術分野で知られているように、これらのCDRは、可変重鎖CDR(vhCDRまたはVCDR)の第1のセットおよび可変軽鎖CDRの第2のセット(vlCDRまたはVCDR)として一般に存在し、各々が3つのCDR、即ち重鎖についてvhCDR1、vhCDR2、vhCDR3、軽鎖についてvlCDR1、vlCDR2およびvlCDR3を含む。CDRは、可変重鎖および可変軽鎖ドメインにそれぞれ存在し、一緒になってFv領域を形成する。したがって、場合によっては、抗原連結ドメインの6つのCDRには、可変重鎖および可変軽鎖が寄与する。「Fab」フォーマットにおいて、6つのCDRのセットには、2つの異なるポリペプチド配列、即ち可変重鎖ドメイン(vhまたはV、vhCDR1、vhCDR2およびvhCDR3を含む)および可変軽鎖ドメイン(vlまたはV、vlCDR1、vlCDR2およびvlCDR3を含む)が寄与し、このうちvhドメインのC末端が重鎖のCH1ドメインのN末端に連結し、vlドメインのC末端が定常軽鎖ドメインのN末端に連結している(したがって、軽鎖を形成する)。scFvフォーマットでは、vhおよびvlドメインは、一般に本明細書に概説されているようなリンカーの使用によって、単一のポリペプチド配列に共有連結され、それは(N末端から開始して)vh−リンカー−vlまたはvl−リンカー−vhのいずれかであり得、前者が一般的に好まれる(使用されるフォーマットに応じて、両側の任意のドメインリンカーを含む。 As used herein, “antigen-binding domain” or “ABD” refers to six complementarity determining regions that, when present as part of a polypeptide sequence, specifically link to a target antigen as discussed herein. Means a set of (CDR). Thus, an “immunomodulating antigen-binding domain” is linked to a target immunomodulating antigen as outlined herein. As known in the art, these CDRs are as a first set of variable heavy chain CDRs (vh CDR or V H CDR) and a second set of variable light chain CDRs (vl CDR or VL CDR). Generally present, each contains three CDRs: vhCDR1, vhCDR2, vhCDR3 for the heavy chain and vlCDR1, vlCDR2 and vlCDR3 for the light chain. CDRs are present in variable heavy and variable light chain domains, respectively, and together form an Fv region. Thus, in some cases, the six CDRs of the antigen linking domain are contributed by the variable heavy and variable light chains. In the “Fab” format, a set of six CDRs includes two different polypeptide sequences: a variable heavy chain domain (including vh or V H , vhCDR1, vhCDR2 and vhCDR3) and a variable light chain domain (vl or V L , VlCDR1, vlCDR2 and vlCDR3), of which the C-terminus of the vh domain is linked to the N-terminus of the CH1 domain of the heavy chain and the C-terminus of the vl domain is linked to the N-terminus of the constant light chain domain (Thus forming a light chain). In the scFv format, the vh and vl domains are covalently linked to a single polypeptide sequence, generally by use of a linker as outlined herein (starting from the N-terminus) vh-linker- It can be either vl or vl-linker-vh, the former being generally preferred (including optional domain linkers on both sides, depending on the format used).

本明細書における「修飾」とは、ポリペプチド配列におけるアミノ酸の置換、挿入、および/もしくは欠失、またはタンパク質に化学的に連結された部分に対する改変を意味する。例えば、改変は、タンパク質に連結した改変された炭水化物またはPEG構造であってもよい。本明細書における「アミノ酸修飾」は、ポリペプチド配列中のアミノ酸の置換、挿入、および/または欠失を意味する。明確にするために、特に明記しない限り、アミノ酸修飾は常に、DNAによってコードされるアミノ酸、例えばDNAおよびRNA中にコドンを有する20個のアミノ酸に対するものである。   As used herein, “modification” refers to amino acid substitutions, insertions, and / or deletions in a polypeptide sequence, or alterations to a moiety that is chemically linked to a protein. For example, the modification may be a modified carbohydrate or PEG structure linked to the protein. As used herein, “amino acid modification” refers to amino acid substitutions, insertions, and / or deletions in a polypeptide sequence. For clarity, unless otherwise specified, amino acid modifications are always for amino acids encoded by DNA, eg, 20 amino acids having codons in DNA and RNA.

本明細書における「アミノ酸置換」または「置換」は、親ポリペプチド配列中の特定の位置のアミノ酸を異なるアミノ酸で置換することを意味する。特に、いくつかの実施形態では、置換は、特定の位置で天然に存在しない(生物内で天然に存在しないか、またはいずれの生物中にも存在しない)アミノ酸に対するものである。例えば、置換E272Yは、272位のグルタミン酸がチロシンで置換されている変異型ポリペプチド、この場合はFc変異を指す。明確にするために、核酸コード配列を変化させるが、出発アミノ酸を変化させない(例えば、宿主生物発現レベルを上昇させるためにCGG(アルギニンをコードする)をCGA(アルギニンをなおコードする)に交換する)ように操作されたタンパク質は、「アミノ酸置換」ではない。即ち、同じタンパク質をコードする新たな遺伝子の創出にもかかわらず、タンパク質は、それが開始する特定の位置に同じアミノ酸を有する場合、それはアミノ酸置換ではない。   As used herein, “amino acid substitution” or “substitution” means substitution of an amino acid at a specific position in a parent polypeptide sequence with a different amino acid. In particular, in some embodiments, the substitution is for an amino acid that is not naturally occurring at a particular position (not naturally occurring in the organism or not present in any organism). For example, the substitution E272Y refers to a mutant polypeptide in which glutamic acid at position 272 is replaced with tyrosine, in this case an Fc mutation. For clarity, change the nucleic acid coding sequence but do not change the starting amino acid (eg, replace CGG (encodes arginine) with CGA (encodes arginine) to increase host organism expression levels) ) Is not an “amino acid substitution”. That is, if a protein has the same amino acid at the particular position where it begins, despite the creation of a new gene that encodes the same protein, it is not an amino acid substitution.

「アミノ酸挿入」または「挿入」は、本明細書で使用されるとき、親ポリペプチド配列の特定の位置にアミノ酸配列を付加することを意味する。例えば、−233Eまたは233Eは、233位の後、かつ234位の前のグルタミン酸の挿入を示す。さらに、−233ADEまたはA233ADEは、233位の後、かつ234位の前のAlaAspGluの挿入を示す。   “Amino acid insertion” or “insertion” as used herein means the addition of an amino acid sequence at a specific position in a parent polypeptide sequence. For example, -233E or 233E indicates the insertion of glutamic acid after position 233 and before position 234. Furthermore, -233ADE or A233ADE indicates insertion of AlaAspGlu after position 233 and before position 234.

「アミノ酸欠失」または「欠失」は、本明細書で使用されるとき、親ポリペプチド配列中の特定の位置でアミノ酸配列を除去することを意味する。例えば、E233−またはE233#、E233()またはE233delは、233位のグルタミン酸の欠失を示す。さらに、EDA233−またはEDA233#は、233位で始まる配列GluAspAlaの欠失を示す。   “Amino acid deletion” or “deletion” as used herein means the removal of an amino acid sequence at a specific position in a parent polypeptide sequence. For example, E233- or E233 #, E233 () or E233del indicates a deletion of glutamic acid at position 233. Furthermore, EDA233- or EDA233 # indicates a deletion of the sequence GluAspAla starting at position 233.

本明細書で使用される「変異型タンパク質」または「タンパク質変異体」または「変異体」とは、少なくとも1つのアミノ酸修飾に基づいて親タンパク質のそれとは異なるタンパク質を意味する。タンパク質変異体は、タンパク質自体、タンパク質を含む組成物、またはそれをコードするアミノ配列を指し得る。好ましくは、タンパク質変異体は、親タンパク質と比較して少なくとも1つのアミノ酸修飾、例えば、親と比較して約1〜約70個のアミノ酸修飾、好ましくは約1〜約5個のアミノ酸修飾を有する。以下に記載するように、いくつかの実施形態では、親ポリペプチド、例えばFc親ポリペプチドは、IgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4由来のFc領域等のヒト野生型配列であるが、変異を有するヒト配列もまた、「親ポリペプチド」としての役割を果たすことができ、例えば、IgG1/2ハイブリッドを含めることができる。本明細書のタンパク質変異体の配列は、好ましくは、親タンパク質配列と少なくとも約80%の同一性、最も好ましくは少なくとも約90%の同一性、より好ましくは少なくとも約95−98−99%の同一性を有する。変異型タンパク質は、変異型タンパク質それ自体、タンパク質変異を含む組成物、またはそれをコードするDNA配列を指すことができる。   As used herein, “mutant protein” or “protein variant” or “variant” means a protein that differs from that of the parent protein based on at least one amino acid modification. A protein variant may refer to the protein itself, a composition comprising the protein, or the amino sequence that encodes it. Preferably, the protein variant has at least one amino acid modification compared to the parent protein, for example from about 1 to about 70 amino acid modifications compared to the parent, preferably from about 1 to about 5 amino acid modifications. . As described below, in some embodiments, a parent polypeptide, eg, an Fc parent polypeptide, is a human wild-type sequence, such as an Fc region from IgG1, IgG2, IgG3, or IgG4, but has a mutation. Human sequences can also serve as “parent polypeptides” and can include, for example, IgG1 / 2 hybrids. The protein variant sequences herein preferably have at least about 80% identity, most preferably at least about 90% identity, more preferably at least about 95-98-99% identity with the parent protein sequence. Have sex. A mutant protein can refer to the mutant protein itself, a composition comprising a protein mutation, or a DNA sequence that encodes it.

したがって、本明細書で使用される「抗体変異体」または「変異型抗体」とは、少なくとも1つのアミノ酸修飾に基づいて親抗体とは異なる抗体を意味し、本明細書で使用される「IgG変異体」または「変異型IgG」とは、少なくとも1つのアミノ酸修飾に基づいて親IgG(ここでも、多くの場合はヒトIgGに由来)とは異なる抗体を意味し、本明細書で使用される「免疫グロブリン変異体」または「変異型免疫グロブリン」とは、少なくとも1つのアミノ酸修飾に基づいて親免疫グロブリン配列のそれとは異なる免疫グロブリン配列を意味する。本明細書で使用される「Fc変異体」または「変異型Fc」は、Fcドメインにアミノ酸修飾を含むタンパク質を意味する。本発明のFc変異は、それらを構成するアミノ酸修飾に従って定義される。したがって、例えば、N434Sまたは434Sは、親Fcポリペプチドに対して434位に置換セリンを有するFc変異であり、ここでナンバリングはEUインデックスに従う。同様に、M428L/N434Sは、親Fcポリペプチドに対して置換M428LおよびN434Sを有するFc変異を定義する。WTアミノ酸の同一性は特定されていなくてもよく、その場合、前述の変異は428L/434Sと呼ばれる。置換が提供される順序は任意であり、すなわち、例えば428L/434SはM428L/N434Sと同一のFc変異などである。抗体に関連する本発明において論じられる全ての位置について、特に明記しない限り、アミノ酸位置のナンバリングはEUインデックスに従う。EUインデックス、またはKabatもしくはEUナンバリングスキームと同様のEUインデックスは、EU抗体のナンバリングを指す(Edelman et al.,1969,Proc Natl Acad Sci USA 63:78−85、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。修飾は、付加、欠失、または置換であり得る。置換には、天然に存在するアミノ酸および場合によっては合成アミノ酸が含まれ得る。例としては、米国特許第6,586,207号、WO98/48032、WO03/073238、US2004−0214988A1、WO05/35727A2、WO05/74524A2、J.W.Chin et al.,(2002),Journal of the American Chemical Society 124:9026−9027、J.W.Chin,& P.G.Schultz,(2002),ChemBioChem 11:1135−1137、J.W.Chin,et al.,(2002),PICAS United States of America 99:11020−11024、およびL.Wang,& P.G.Schultz,(2002),Chem.1−10が含まれ、全て参照によりその全体が組み込まれる。   Thus, as used herein, “antibody variant” or “variant antibody” means an antibody that differs from a parent antibody based on at least one amino acid modification, and is used herein as “IgG “Variant” or “variant IgG” means an antibody that differs from a parent IgG (again, often derived from human IgG) based on at least one amino acid modification, and is used herein. By “immunoglobulin variant” or “variant immunoglobulin” is meant an immunoglobulin sequence that differs from that of the parent immunoglobulin sequence based on at least one amino acid modification. As used herein, “Fc variant” or “variant Fc” refers to a protein that contains amino acid modifications in the Fc domain. The Fc mutations of the present invention are defined according to the amino acid modifications that constitute them. Thus, for example, N434S or 434S is an Fc mutation with a substituted serine at position 434 relative to the parent Fc polypeptide, where numbering is according to the EU index. Similarly, M428L / N434S defines an Fc mutation with substitutions M428L and N434S relative to the parent Fc polypeptide. The identity of the WT amino acid may not be specified, in which case the mutation described above is called 428L / 434S. The order in which substitutions are provided is arbitrary, ie, for example, 428L / 434S is the same Fc mutation as M428L / N434S. For all positions discussed in the present invention relating to antibodies, the numbering of amino acid positions follows the EU index unless otherwise stated. EU index, or EU index similar to Kabat or EU numbering scheme, refers to EU antibody numbering (Edelman et al., 1969, Proc Natl Acad Sci USA 63: 78-85, which is hereby incorporated by reference in its entirety. Incorporated). The modification can be an addition, deletion, or substitution. Substitutions can include naturally occurring amino acids and optionally synthetic amino acids. Examples include US Pat. No. 6,586,207, WO 98/48032, WO 03/073238, US 2004-0214988A1, WO 05 / 35727A2, WO 05 / 74524A2, J. Pat. W. Chin et al. (2002), Journal of the American Chemical Society 124: 9026-9027; W. Chin, & P. G. Schultz, (2002), ChemBioChem 11: 1135-1137, J. MoI. W. Chin, et al. , (2002), PICAS United States of America 99: 11020-11024, and L.L. Wang, & P.W. G. Schultz, (2002), Chem. 1-10 are included, all incorporated by reference in their entirety.

本明細書で使用されるとき、本明細書における「タンパク質」は、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド、およびペプチドを含む、少なくとも2つの共有連結したアミノ酸を意味する。ペプチジル基は、天然に存在するアミノ酸およびペプチド連結、または合成ペプチド模倣構造、即ち、ペプトイド(全体が参照により組み込まれるSimon et al.,PNAS USA 89(20):9367(1992)を参照)等の「類似体」を含んでもよい。アミノ酸は、当業者には理解されようが、天然に存在するものでも合成物(例えば、DNAによってコードされるアミノ酸ではないもの)でもよい。例えば、ホモフェニルアラニン、シトルリン、オルニチン、およびノレオロイシンは、本発明の目的では合成アミノ酸と考えられ、D−とL−(RまたはS)の立体配置のアミノ酸の両方を利用することができる。本発明の変異は、例えば、参照によりその全てが本明細書に組み込まれる、Cropp & Shultz,2004,Trends Genet.20(12):625−30、Anderson et al.,2004,Proc Natl Acad Sci USA 101(2):7566−71、Zhang et al.,2003,303(5656):371−3、およびChin et al.,2003,Science 301(5635):964−7によって記載される方法を含むがこれらに限定されない、Schultzおよび同僚によって開発された技術を用いる組み込まれた合成アミノ酸の使用を含む修飾を含み得る。さらに、ポリペプチドには、1つ以上の側鎖または末端の合成誘導体化、グリコシル化、PEG化、循環配列、環化、他の分子へのリンカー、タンパク質またはタンパク質ドメインへの融合、およびペプチドタグまたは標識の付加が含まれ得る。   As used herein, “protein” as used herein means at least two covalently linked amino acids, including proteins, polypeptides, oligopeptides, and peptides. Peptidyl groups are naturally occurring amino acids and peptide linkages, or synthetic peptidomimetic structures, such as peptoids (see Simon et al., PNAS USA 89 (20): 9367 (1992), which is incorporated by reference in its entirety), etc. An “analog” may be included. The amino acid may be naturally occurring or synthetic (eg, not an amino acid encoded by DNA), as will be appreciated by those skilled in the art. For example, homophenylalanine, citrulline, ornithine, and noreoleucine are considered synthetic amino acids for the purposes of the present invention, and both D- and L- (R or S) configuration amino acids can be utilized. The mutations of the present invention are described, for example, in Cropp & Shultz, 2004, Trends Genet. 20 (12): 625-30, Anderson et al. , 2004, Proc Natl Acad Sci USA 101 (2): 7566-71, Zhang et al. , 2003, 303 (5656): 371-3, and Chin et al. , 2003, Science 301 (5635): 964-7, which may include modifications including the use of incorporated synthetic amino acids using techniques developed by Schultz and colleagues. In addition, polypeptides include synthetic derivatization of one or more side chains or termini, glycosylation, PEGylation, cyclic sequences, cyclization, linkers to other molecules, fusions to proteins or protein domains, and peptide tags Or the addition of a label may be included.

「残基」とは、本明細書で使用されるとき、タンパク質における位置およびその関連するアミノ酸同一性を意味する。例えば、アスパラギン297(Asn297またはN297とも称される)は、ヒト抗体IgG1中の297位の残基である。   “Residue” as used herein means a position in a protein and its associated amino acid identity. For example, asparagine 297 (also referred to as Asn297 or N297) is the residue at position 297 in the human antibody IgG1.

本明細書で使用されるとき、「Fab」または「Fab領域」とは、VH、CH1、VL、およびCL免疫グロブリンドメインを含むポリペプチドを意味する。Fabは、単離におけるこの領域、または、全長抗体に関連するこの領域、抗体断片、またはFab融合タンパク質を指し得る。   As used herein, “Fab” or “Fab region” means a polypeptide comprising VH, CH1, VL, and CL immunoglobulin domains. Fab may refer to this region in isolation, or this region associated with a full-length antibody, antibody fragment, or Fab fusion protein.

「Fv」または「Fv断片」または「Fv領域」は、本明細書で使用されるとき、単一ABDのVLおよびVHドメインを含むポリペプチドを意味する。当業者には理解されるように、これらは一般に、2つの鎖で構成されているか、または組み合わさって(一般に、本明細書で論じられるようなリンカーによって)、scFvを形成することができる。場合によっては、例えば「中心−Fv」および「DVD−Ig」フォーマットでは、scFvとして機能する「追加の」vhおよびvlドメインが付加されるが、vhドメインとvlドメインはscFvリンカーを使用して連結されない。   “Fv” or “Fv fragment” or “Fv region” as used herein means a polypeptide comprising the VL and VH domains of a single ABD. As will be appreciated by those skilled in the art, these can generally be composed of two chains or combined (generally by linkers as discussed herein) to form scFvs. In some cases, for example, “center-Fv” and “DVD-Ig” formats add “extra” vh and vl domains that function as scFv, but the vh and vl domains are linked using an scFv linker. Not.

本明細書における「単一鎖Fv」または「scFv」は、一般に本明細書で考察されるようなscFvリンカーを使用して可変軽鎖ドメインに共有連結し、scFvまたはscFvドメインを形成する、可変重鎖ドメインを意味する。scFvドメインは、N末端からC末端(vh−リンカー−vlまたはvl−リンカー−vh)のいずれの配向にもあり得る。   As used herein, a “single chain Fv” or “scFv” is a variable that is covalently linked to a variable light chain domain, generally using an scFv linker as discussed herein, to form an scFv or scFv domain. Refers to the heavy chain domain. The scFv domain can be in any orientation from N-terminal to C-terminal (vh-linker-vl or vl-linker-vh).

本明細書で使用されるとき、「IgGサブクラス修飾」または「アイソタイプ修飾」とは、1つのIgGアイソタイプの1つのアミノ酸を、異なる、整合したIgGアイソタイプの対応するアミノ酸に変換するアミノ酸修飾を意味する。例えば、EU位置296においてIgG1はチロシンを含み、IgG2はフェニルアラニンを含むので、IgG2におけるF296Y置換は、IgGサブクラス修飾であると考えられる。   As used herein, “IgG subclass modification” or “isotype modification” means an amino acid modification that converts one amino acid of one IgG isotype to the corresponding amino acid of a different, matched IgG isotype. . For example, at EU position 296, IgG1 contains tyrosine and IgG2 contains phenylalanine, so the F296Y substitution in IgG2 is considered an IgG subclass modification.

本明細書で使用されるとき、「天然に存在しない修飾」とは、アイソタイプではないアミノ酸修飾を意味する。例えば、IgGのうちのいずれも434位にセリンを含まないので、IgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4(またはそれらのハイブリッド)における置換434Sは、天然に存在しない修飾であると見なされる。   As used herein, “non-naturally occurring modifications” means amino acid modifications that are not isotypes. For example, since none of IgG contains a serine at position 434, substitution 434S in IgG1, IgG2, IgG3, or IgG4 (or hybrids thereof) is considered a non-naturally occurring modification.

本明細書で使用されるとき、「アミノ酸」および「アミノ酸同一性」は、DNAおよびRNAによってコードされている20種の天然に存在するアミノ酸のうちの1つを意味する。   As used herein, “amino acid” and “amino acid identity” means one of the 20 naturally occurring amino acids encoded by DNA and RNA.

本明細書で使用されるとき、「エフェクター機能」とは、抗体Fc領域とFc受容体またはリガンドとの相互作用から生じる生化学的事象を意味する。エフェクター機能には、ADCC、ADCP、およびCDCが含まれるが、これらに限定されない。   As used herein, “effector function” means a biochemical event that results from the interaction of an antibody Fc region with an Fc receptor or ligand. Effector functions include, but are not limited to, ADCC, ADCP, and CDC.

本明細書で使用されるとき、「IgG Fcリガンド」とは、IgG抗体のFc領域に連結してFc/Fcリガンド複合体を形成する任意の生物由来の分子、好ましくはポリペプチドを意味する。Fcリガンドには、FcγRI、FcγRII、FcγRIII、FcRn、C1q、C3、マンナン連結レクチン、マンノース受容体、staphylococcalプロテインA、streptococcalプロテインG、およびウイルスFcγRが含まれるが、これらに限定されない。Fcリガンドにはまた、FcγRと相同であるFc受容体のファミリーである、Fc受容体ホモログ(FcRH)が含まれる(Davis et al.,2002,Immunological Reviews 190:123−136、参照により全体が組み込まれる)。Fcリガンドは、Fcに連結する未発見の分子を含み得る。特定のIgG Fcリガンドは、FcRnおよびFcガンマ受容体である。本明細書で使用されるとき、「Fcリガンド」とは、抗体のFc領域に連結してFc/Fcリガンド複合体を形成する任意の生物由来の分子、好ましくはポリペプチドを意味する。   As used herein, “IgG Fc ligand” means a molecule, preferably a polypeptide, from any organism that is linked to the Fc region of an IgG antibody to form an Fc / Fc ligand complex. Fc ligands include, but are not limited to, FcγRI, FcγRII, FcγRIII, FcRn, C1q, C3, mannan-linked lectin, mannose receptor, staphylococcal protein A, streptococcal protein G, and viral FcγR. Fc ligands also include the Fc receptor homologue (FcRH), a family of Fc receptors that are homologous to FcγR (Davis et al., 2002, Immunological Reviews 190: 123-136, incorporated by reference in its entirety. ) Fc ligands can include undiscovered molecules that link to Fc. Particular IgG Fc ligands are FcRn and Fc gamma receptors. As used herein, “Fc ligand” means a molecule, preferably a polypeptide, from any organism that is linked to the Fc region of an antibody to form an Fc / Fc ligand complex.

本明細書で使用されるとき、「Fcガンマ受容体」、「FcγR」、または「FcガンマR」とは、IgG抗体Fc領域に連結し、かつFcγR遺伝子によってコードされるタンパク質ファミリーの任意のメンバーを意味する。ヒトにおいて、このファミリーには、アイソフォームであるFcγRIa、FcγRIb、およびFcγRIcを含むFcγRI(CD64);アイソフォームであるFcγRIIa(アロタイプであるH131およびR131を含む)、FcγRIIb(FcγRIIb−1およびFcγRIIb−2を含む)、ならびにFcγRIIcを含むFcγRII(CD32);ならびにアイソフォームであるFcγRIIIa(アロタイプであるV158およびF158を含む)、ならびにFcγRIIIb(アロタイプであるFcγRIIb−NA1およびFcγRIIb−NA2を含む)を含むFcγRIII(CD16)(参照により全体が組み込まれるJefferis et al.,2002,Immunol Lett 82:57−65)、ならびに任意の発見されていないヒトFcγRまたはFcγRアイソフォームもしくはアロタイプが含まれるが、これらに限定されない。FcγRは、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、およびサルを含むが、これらに限定されない任意の生物由来であり得る。マウスFcγRには、FcγRI(CD64)、FcγRII(CD32)、FcγRIII−1(CD16)、およびFcγRIII−2(CD16−2)、ならびに任意の発見されていないマウスFcγRまたはFcγRアイソフォームもしくはアロタイプが含まれるが、これらに限定されない。   As used herein, “Fc gamma receptor”, “FcγR”, or “Fc gamma R” refers to any member of the protein family linked to the IgG antibody Fc region and encoded by the FcγR gene. Means. In humans, this family includes FcγRI (CD64) including isoforms FcγRIa, FcγRIb, and FcγRIc; FcγRIIa (including allotypes H131 and R131), FcγRIIb (FcγRIIb-1 and FcγRIIb-2) As well as FcγRIIc containing FcγRIIc (CD32); and FcγRIIIa (including allotypes V158 and F158) and FcγRIIIb (including allotypes FcγRIIb-NA1 and FcγRIIb-NA2) CD16) (Jefferis et al., 2002, Immunol Lett 82: 57-65, which is incorporated by reference in its entirety). As well as it includes any undiscovered human FcγR or FcγR isoforms or allotypes, without limitation. The FcγR can be from any organism, including but not limited to humans, mice, rats, rabbits, and monkeys. Mouse FcγR includes FcγRI (CD64), FcγRII (CD32), FcγRIII-1 (CD16), and FcγRIII-2 (CD16-2), and any undiscovered mouse FcγR or FcγR isoform or allotype However, it is not limited to these.

本明細書で使用される「FcRn」または「新生児Fc受容体」とは、IgG抗体のFc領域に連結し、少なくとも部分的にFcRn遺伝子によってコードされるタンパク質を意味する。FcRnは、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、およびサルを含むが、これらに限定されない任意の生物由来であり得る。当該技術分野において公知のように、機能的FcRnタンパク質は、しばしば重鎖および軽鎖と呼ばれる2つのポリペプチドを含む。軽鎖はβ−2−ミクログロブリンであり、重鎖はFcRn遺伝子によってコードされている。本明細書において別段の記載がない限り、FcRnまたはFcRnタンパク質は、FcRn重鎖とβ−2−ミクログロブリンとの複合体を指す。FcRn受容体への連結を増加させるために、そしていくつかの場合には血清半減期を増加させるために使用される様々なFcRn変異が図83の図の説明文に示されている。   As used herein, “FcRn” or “neonatal Fc receptor” refers to a protein linked to the Fc region of an IgG antibody and encoded at least in part by the FcRn gene. The FcRn can be derived from any organism, including but not limited to humans, mice, rats, rabbits, and monkeys. As is known in the art, a functional FcRn protein comprises two polypeptides, often called heavy and light chains. The light chain is β-2-microglobulin and the heavy chain is encoded by the FcRn gene. Unless stated otherwise herein, FcRn or FcRn protein refers to a complex of FcRn heavy chain and β-2-microglobulin. Various FcRn mutations used to increase linkage to the FcRn receptor and in some cases to increase serum half-life are shown in the figure legend of FIG.

本明細書で使用される「親ポリペプチド」とは、変異体を生成するようにその後修飾される出発ポリペプチドを意味する。親ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド、または天然に存在するポリペプチドの変異体もしくは操作されたバージョンであってもよい。親ポリペプチドは、ポリペプチド自体、親ポリペプチドを含む組成物、またはそれをコードするアミノ酸配列を指してもよい。したがって、本明細書で使用される「親免疫グロブリン」は、変異体を生成するように修飾される非修飾免疫グロブリンポリペプチドを意味し、本明細書で使用される「親抗体」は、変異型抗体を生成するように修飾される非修飾抗体を意味する。「親抗体」には、以下に概説されるように、既知の市販の組換え産生抗体が含まれることに留意すべきである。   As used herein, “parent polypeptide” refers to a starting polypeptide that is subsequently modified to produce variants. The parent polypeptide may be a naturally occurring polypeptide, or a variant or engineered version of a naturally occurring polypeptide. The parent polypeptide may refer to the polypeptide itself, a composition comprising the parent polypeptide, or the amino acid sequence that encodes it. Thus, “parent immunoglobulin” as used herein refers to an unmodified immunoglobulin polypeptide that is modified to produce variants, and “parent antibody” as used herein is a variant. An unmodified antibody that is modified to produce a type antibody. It should be noted that “parent antibody” includes known commercially available recombinantly produced antibodies, as outlined below.

本明細書で使用される「Fc」または「Fc領域」または「Fcドメイン」とは、第1の定常領域免疫グロブリンドメインを除く抗体の定常領域、および場合によってはヒンジの一部を含む、ポリペプチドを意味する。このため、Fcは、IgA、IgD、およびIgGの最後の2つの定常領域免疫グロブリンドメイン、IgEおよびIgMの最後の3つの定常領域免疫グロブリンドメイン、およびこれらのドメインに対する可動性ヒンジN末端を指す。IgAおよびIgMの場合、FcはJ鎖を含んでもよい。IgGの場合、Fcドメインは、免疫グロブリンドメインCγ2およびCγ3(Cγ2およびCγ3)、ならびにCγ1(Cγ1)とCγ2(Cγ2)との間の下部ヒンジ領域を含む。Fc領域の境界は異なり得るが、ヒトIgG重鎖Fc領域は、通常、そのカルボキシ末端に残基C226またはP230を含むものと定義され、ここでのナンバリングはKabatと同様のEUインデックスに従う。いくつかの実施形態では、以下でより詳細に説明されるように、例えば、1つ以上のFcγR受容体またはFcRn受容体への連結を変化させるために、Fc領域に対してアミノ酸修飾が行われる。   As used herein, “Fc” or “Fc region” or “Fc domain” means a constant region of an antibody, excluding a first constant region immunoglobulin domain, and optionally a portion of a hinge. Means peptide. Thus, Fc refers to the last two constant region immunoglobulin domains of IgA, IgD, and IgG, the last three constant region immunoglobulin domains of IgE and IgM, and the mobile hinge N-terminus to these domains. For IgA and IgM, Fc may include the J chain. In the case of IgG, the Fc domain includes immunoglobulin domains Cγ2 and Cγ3 (Cγ2 and Cγ3) and a lower hinge region between Cγ1 (Cγ1) and Cγ2 (Cγ2). Although the boundaries of the Fc region may vary, a human IgG heavy chain Fc region is usually defined as containing residues C226 or P230 at its carboxy terminus, where the numbering follows a EU index similar to Kabat. In some embodiments, amino acid modifications are made to the Fc region, eg, to alter linkage to one or more FcγR or FcRn receptors, as described in more detail below. .

本明細書における「重鎖定常領域」とは、抗体のCH1−ヒンジ−CH2−CH3部分を意味する。   As used herein, “heavy chain constant region” refers to the CH1-hinge-CH2-CH3 portion of an antibody.

本明細書における「Fc融合タンパク質」または「イムノアドヘシン」とは、一般に(任意に本明細書に記載されるようなリンカー部分を介して)異なるタンパク質、例えば本明細書に記載されるような標的タンパク質への連結部分に連結したFc領域を含むタンパク質を意味する。場合によっては、ヘテロ二量体抗体の一方の単量体は抗体重鎖(scFvを含むかまたはさらに軽鎖を含む)を含み、他方の単量体は変異型Fcドメインおよびリガンドを含むFc融合体である。いくつかの実施形態では、これらの「半抗体−半融合タンパク質」は「融合体」と呼ばれる。   As used herein, an “Fc fusion protein” or “immunoadhesin” generally refers to a different protein, eg, as described herein (optionally via a linker moiety as described herein). It means a protein containing an Fc region linked to a linking moiety to a target protein. In some cases, one monomer of a heterodimeric antibody comprises an antibody heavy chain (contains an scFv or further comprises a light chain) and the other monomer comprises an Fc domain comprising a variant Fc domain and a ligand. Is the body. In some embodiments, these “half antibody-half fusion proteins” are referred to as “fusions”.

本明細書で使用される「位置」は、タンパク質の配列中の場所を意味する。位置は、順次に、または確立されているフォーマット、例えば、抗体ナンバリングのためのEUインデックスに従って、ナンバリングされてもよい。   As used herein, “position” means a location in the sequence of a protein. The positions may be numbered sequentially or according to an established format, eg, an EU index for antibody numbering.

「標的抗原」は、本明細書で使用されるとき、所与の抗体の可変領域が特異的に連結する分子を意味する。標的抗原は、タンパク質、炭水化物、脂質、または他の化合物であってもよい。適切な標的抗原は以下に記載される。   “Target antigen” as used herein means a molecule to which the variable regions of a given antibody are specifically linked. The target antigen may be a protein, carbohydrate, lipid, or other compound. Suitable target antigens are described below.

本明細書中の本発明のヘテロ二量体抗体の単量体に牽連して「撚り度(strandedness)」は、「マッチ」する2本鎖DNAと同様に、「マッチ」してヘテロ二量体を形成する能力を保持するようにヘテロ二量体化変異を各単量体に組み込むことを意味する。例えば、いくつかのpI変異が単量体Aへと操作される(例えば、pIをより高くする)場合、同様に利用され得る「電荷対」である立体変異はpI変異を妨害せず、例えば、pIを高くした電荷変異が同一の「鎖」または「単量体」に置かれ、両方の機能を保持する。同様に、以下により詳細に概説されるように、対のセットになる「スキュー」変異について、当業者は、対の1つのセットを組み入れる鎖または単量体がどちらに入るかを決定する際にpIを考慮し、同様にスキューのpIを使用してpI分離を最大化するようにする。   “Strandedness” in conjunction with the heterodimeric antibody monomers of the invention herein is “matched” to the heterodimer, as is the “matched” double-stranded DNA. It means that heterodimerization mutations are incorporated into each monomer so as to retain the ability to form bodies. For example, if several pI mutations are engineered into monomer A (eg, making pI higher), a stereo charge that is a “charge pair” that can also be utilized does not interfere with the pI mutation, eg , Charge mutations with increased pI are placed in the same “strand” or “monomer” and retain both functions. Similarly, as outlined in more detail below, for “skew” mutations that result in a paired set, one of skill in the art will determine in which chain or monomer that incorporates one set of pairs will fall. Consider the pI and use the skew pI as well to maximize the pI separation.

「標的細胞」は、本明細書で使用されるとき、標的抗原を発現する細胞を意味する。   “Target cell” as used herein means a cell that expresses a target antigen.

「可変領域」は、本明細書で使用されるとき、実質的にVκ(V.カッパ)またはVλ(V.ラムダ)のいずれかでコードされる1つ以上のIgドメイン、ならびに/または、それぞれ、カッパ、ラムダ、および重鎖免疫グロブリン遺伝子座を構成するVH遺伝子を含む、免疫グロブリンの領域を意味する。   A “variable region” as used herein is one or more Ig domains substantially encoded by either Vκ (V. kappa) or Vλ (V. lambda), and / or each , And kappa, lambda, and immunoglobulin regions, including the VH genes that make up the heavy chain immunoglobulin loci.

本明細書における「野生型またはWT」は、対立遺伝子変異を含む、自然界に見出されるアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を意味する。WTタンパク質は、意図的に修飾されていないアミノ酸配列またはヌクレオチド配列を有する。   As used herein, “wild type or WT” means an amino acid or nucleotide sequence found in nature, including allelic variations. A WT protein has an amino acid or nucleotide sequence that is not intentionally modified.

本発明の抗体は一般に、単離されているか、または組換え体である。本明細書に開示される様々なポリペプチドを説明するために使用されるとき、「単離された」とは、それが発現された細胞または細胞培養物から特定および分離および/または回収されたポリペプチドを意味する。通常、単離されたポリペプチドは、少なくとも1つの精製工程によって調製される。「単離された抗体」は、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まない抗体を指す。「組換え体」は、外来性宿主細胞において組換え核酸技術を用いて抗体が生成されることを意味する。   The antibodies of the invention are generally isolated or recombinant. As used to describe the various polypeptides disclosed herein, “isolated” is identified and separated and / or recovered from the cell or cell culture in which it was expressed. Means polypeptide. Ordinarily, an isolated polypeptide is prepared by at least one purification step. An “isolated antibody” refers to an antibody that is substantially free of other antibodies with different antigen specificities. “Recombinant” means that the antibody is produced in a foreign host cell using recombinant nucleic acid technology.

タンパク質配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント(%)」は、最大の配列同一性パーセントを達成するために配列をアラインメントし、必要ならギャップを導入した後の、特定の(親)配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義され、そして配列同一性の一部としていかなる保存的置換も考慮しない。アミノ酸配列同一性パーセントを決定する目的のためのアラインメントは、例えばBLAST、BLAST−2、ALIGNまたはMegalign(DNASTAR)ソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピューターソフトウェアを使用して、当該技術分野の範囲内である様々な方法で達成できる。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するために必要とされる任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを測定するための適切なパラメーターを決定することができる。1つの特定のプログラムは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2016/0244525号の段落番号[0279]〜[0280]に概説されているALIGN−2プログラムである。   “Percent amino acid sequence identity (%)” for a protein sequence is the amino acid residue in a particular (parent) sequence after aligning the sequence to achieve the maximum percent sequence identity and introducing gaps if necessary. Defined as the percentage of amino acid residues in the candidate sequence that are identical to the group, and does not consider any conservative substitutions as part of the sequence identity. Alignments for the purpose of determining percent amino acid sequence identity are within the skill of the art using publicly available computer software such as BLAST, BLAST-2, ALIGN, or Megalign (DNASTAR) software. Can be achieved in various ways. One skilled in the art can determine appropriate parameters for measuring alignment, including any algorithms needed to achieve maximal alignment over the full length of the sequences being compared. One particular program is the ALIGN-2 program outlined in US Patent Application Publication No. 2016/0244525, paragraphs [0279]-[0280], which is incorporated herein by reference.

本発明のアミノ酸配列(「本発明の配列」)と親アミノ酸配列との間の同一性の程度は、「本発明の配列」の長さまたは親配列の長さの長さのうちの短い方で割った、2つの配列のアラインメントにおける正確な一致の数として計算される。結果は同一性パーセントで表される。   The degree of identity between the amino acid sequence of the present invention (the “sequence of the present invention”) and the parent amino acid sequence is the shorter of the length of the “sequence of the present invention” or the length of the parent sequence. Calculated as the number of exact matches in the alignment of the two sequences divided by. Results are expressed as percent identity.

いくつかの実施形態において、2つ以上のアミノ酸配列は少なくとも50%、60%、70%、80%、または90%同一である。いくつかの実施形態では、2つ以上のアミノ酸配列は少なくとも95%、97%、98%、99%、さらには100%まで同一である。   In some embodiments, the two or more amino acid sequences are at least 50%, 60%, 70%, 80%, or 90% identical. In some embodiments, the two or more amino acid sequences are at least 95%, 97%, 98%, 99%, or even 100% identical.

特定の抗原またはエピトープへの「特異的連結」もしくはそれら「に特異的に連結する」またはそれら「に対して特異的である」とは、非特異的相互作用とは測定可能に異なる連結を意味する。特異的連結は、例えば、一般に連結活性を有しない類似の構造の分子である対照分子の連結と比較した分子の連結を決定することによって、測定することができる。例えば、特異的連結は、標的と類似の対照分子との競合によって決定することができる。   “Specific linkage” or “specifically linked to” or “specific for” to a specific antigen or epitope means a linkage that is measurablely different from a non-specific interaction. To do. Specific ligation can be measured, for example, by determining the ligation of a molecule relative to that of a control molecule, which is generally a molecule of similar structure that does not have ligation activity. For example, specific linkage can be determined by competition between a target and a similar control molecule.

特定の抗原またはエピトープに対する特異的連結は、例えば、抗原またはエピトープに対して少なくとも約10−4M、少なくとも約10−5M、少なくとも約10−6M、少なくとも約10−7M、少なくとも約10−8M、少なくとも約10−9M、代替的に少なくとも約10−10M、少なくとも約10−11M、少なくとも約10−12、またはそれ以上のKDを有する抗体によって示され得、KDとは特定の抗体−抗原相互作用の解離速度を指す。典型的には、抗原に特異的に連結する抗体は、抗原またはエピトープと比べて、対照分子に対して20倍、50倍、100倍、500倍、1000倍、5,000倍、10,000倍、またはそれを超えて大きいKDを有することになる。 Specific linkage to a particular antigen or epitope is, for example, at least about 10 −4 M, at least about 10 −5 M, at least about 10 −6 M, at least about 10 −7 M, at least about 10 for the antigen or epitope. −8 M, at least about 10 −9 M, alternatively at least about 10 −10 M, at least about 10 −11 M, at least about 10 −12 , or more can be indicated by an antibody having a KD, Refers to the dissociation rate of a particular antibody-antigen interaction. Typically, an antibody that specifically binds to an antigen is 20-fold, 50-fold, 100-fold, 500-fold, 1000-fold, 5,000-fold, 10,000, or 10,000 relative to a control molecule relative to an antigen or epitope. You will have a KD that is twice or greater.

また、特定の抗原またはエピトープへの特異的連結は、例えば、抗原またはエピトープに対するKAまたはKaが、対照と比べて、そのエピトープに対して少なくとも20倍、50倍、100倍、500倍、1000倍、5,000倍、10,000倍、またはそれを超えて大きい抗体によって示され得、KAまたはKaは、特定の抗体−抗原相互作用の会合速度を指す。連結親和性は一般に、Biacoreアッセイを用いて測定される。   In addition, specific linking to a specific antigen or epitope is such that, for example, the KA or Ka for the antigen or epitope is at least 20 times, 50 times, 100 times, 500 times, 1000 times that epitope relative to the control. , 5,000-fold, 10,000-fold, or more, may be indicated by an antibody, where KA or Ka refers to the association rate of a particular antibody-antigen interaction. Ligation affinity is generally measured using a Biacore assay.

V.抗体
本発明は、本明細書で論じられるように、2つの異なる免疫調節抗原に連結する二重特異性免疫調節抗体の作製に関する。以下で考察するように、「抗体」という用語は全般的に使用される。本発明で使用される抗体は、本明細書に記載されているようにいくつかのフォーマットをとることができる。
V. Antibodies The present invention relates to the generation of bispecific immunomodulatory antibodies that link to two different immunomodulating antigens, as discussed herein. As discussed below, the term “antibody” is used generically. The antibodies used in the present invention can take several formats as described herein.

従来の抗体構造単位は、典型的には四量体を含む。各四量体は、典型的には、2本の同一のポリペプチド鎖対からなり、各対は、1本の「軽」鎖(典型的には、約25kDaの分子量)と、1本の「重」鎖(典型的には、約50〜70kDaの分子量)とを有する。ヒト軽鎖は、カッパ軽鎖およびラムダ軽鎖として分類される。本発明は、一般にIgGクラスに基づく二重特異性抗体を対象とし、これは、IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4を含むがこれらに限定されない、いくつかのサブクラスを有する。一般に、IgG1、IgG2、およびIgG4が、IgG3よりも頻繁に使用される。IgG1は、356(DまたはE)および358(LまたはM)で多型を有する異なるアロタイプを有することに留意すべきである。本明細書に図示される配列は356D/358Mアロタイプを使用するが、他のアロタイプが本明細書に含まれる。即ち、本明細書に含まれるIgG1 Fcドメインを含む任意の配列は、356D/358Mアロタイプの代わりに356E/358Lを有することができる。   Conventional antibody structural units typically comprise a tetramer. Each tetramer typically consists of two identical polypeptide chain pairs, each pair consisting of one “light” chain (typically a molecular weight of about 25 kDa) and one With a “heavy” chain (typically a molecular weight of about 50-70 kDa). Human light chains are classified as kappa light chains and lambda light chains. The present invention is generally directed to bispecific antibodies based on the IgG class, which has several subclasses, including but not limited to IgG1, IgG2, IgG3, and IgG4. In general, IgG1, IgG2, and IgG4 are used more frequently than IgG3. It should be noted that IgG1 has different allotypes with polymorphisms at 356 (D or E) and 358 (L or M). The sequences illustrated herein use the 356D / 358M allotype, although other allotypes are included herein. That is, any sequence comprising an IgG1 Fc domain included herein can have 356E / 358L instead of the 356D / 358M allotype.

さらに、本明細書中の配列の多くは、位置220の少なくとも1つのシステインをセリンで置換したものであり、これは一般に、本明細書に記載の配列の大部分について「scFv単量体」側にあるが、ジスルフィド形成を減少させるために「Fab単量体」側、またはその両方にすることもできる。本明細書中の配列内に具体的に含まれるのは、これらのシステインの一方または両方が置換されたもの(C220S)である。   Further, many of the sequences herein are those in which at least one cysteine at position 220 is replaced with serine, which is generally on the “scFv monomer” side for most of the sequences described herein. However, it can be on the “Fab monomer” side or both to reduce disulfide formation. Specifically included within the sequences herein are those in which one or both of these cysteines are substituted (C220S).

したがって、本明細書で使用されるとき、「アイソタイプ」は、それらの定常領域の化学的および抗原的特徴によって定義される免疫グロブリンの任意のサブクラスを意味する。治療用抗体は、アイソタイプおよび/またはサブクラスのハイブリッドも含み得ることを理解されたい。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第2009/0163699号に示されるように、本発明は、IgG1/G2ハイブリッドのpI工学を包含する。   Thus, as used herein, “isotype” refers to any subclass of immunoglobulin defined by the chemical and antigenic characteristics of their constant regions. It should be understood that therapeutic antibodies may also include isotype and / or subclass hybrids. For example, the present invention encompasses pI engineering of IgG1 / G2 hybrids, as shown in US Patent Application Publication No. 2009/0163699, which is incorporated herein by reference.

各鎖のアミノ末端部分は、「Fvドメイン」または「Fv領域」として当該技術分野および本明細書では一般に称される、抗原認識に主に関与する約100〜110またはそれ以上のアミノ酸の可変領域を含む。可変領域において、重鎖および軽鎖のVドメインの各々について3つのループが集約されて、抗原連結部位を形成する。ループの各々は、相補性決定領域(これ以降「CDR」と称される)と称され、ここではアミノ酸配列における変形が最も顕著である。「可変」は、可変領域のある特定のセグメントが抗体間で配列において大きく異なるという事実を指す。可変領域内の可変性は均一に分布していない。その代わり、V領域は、各々が9〜15アミノ酸長またはそれ以上長い「超可変領域」と称される極可変性のより短い領域によって隔てられた15〜30個のアミノ酸のフレームワーク領域(FR)と称される比較的不変の区間からなる。   The amino-terminal portion of each chain is a variable region of about 100-110 or more amino acids primarily involved in antigen recognition, commonly referred to in the art and herein as “Fv domains” or “Fv regions”. including. In the variable region, three loops are aggregated for each of the heavy and light chain V domains to form the antigen linking site. Each of the loops is referred to as a complementarity determining region (hereinafter referred to as “CDR”), where the variation in amino acid sequence is most prominent. “Variable” refers to the fact that certain segments of the variable region vary greatly in sequence between antibodies. The variability within the variable region is not evenly distributed. Instead, the V region is a 15-30 amino acid framework region (FR) separated by shorter regions of hypervariability, each termed a “hypervariable region” that is 9-15 amino acids long or longer. ) Is a relatively invariant section.

各VHおよびVLは、アミノ末端からカルボキシ末端へとFR1−CDR1−FR2−CDR2−FR3−CDR3−FR4の順序で配列された3つの超可変領域(「相補性決定領域」、「CDR」)および4つのFRで構成される。   Each VH and VL consists of three hypervariable regions ("complementarity determining regions", "CDRs") arranged in the order FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4 from the amino terminus to the carboxy terminus, and Consists of four FRs.

超可変領域は、一般に、軽鎖可変領域においておよそ、アミノ酸残基24〜34(LCDR1、「L」は軽鎖を表す)、50〜56(LCDR2)、および89〜97(LCDR3)、ならびに重鎖可変領域においてはおよそ約31〜35B(HCDR1、「H」は重鎖を表す)、50〜65(HCDR2)、および95〜102(HCDR3)からのアミノ酸残基(Kabat et al.,SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))ならびに/または超可変ループを形成する残基(例えば、軽鎖可変領域における残基26〜32(LCDR1)、50〜52(LCDR2)、および91〜96(LCDR3)、ならびに重鎖可変領域における26〜32(HCDR1)、53〜55(HCDR2)、および96−101(HCDR3)を包含する(Chothia and Lesk (1987)J.Mol.Biol.196:901−917.)本発明の特定のCDRを以下に記載する。   The hypervariable region is generally approximately the amino acid residues 24-34 (LCDR1, “L” represents the light chain), 50-56 (LCDR2), and 89-97 (LCDR3) in the light chain variable region and heavy Approximately 31-35B (HCDR1, “H” represents heavy chain), 50-65 (HCDR2), and 95-102 (HCDR3) amino acid residues (Kabat et al., SEQUENCES OF) in the chain variable region. PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5th Ed.Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)) and / or residues that form hypervariable loops (eg, light chain variable regions) Residues 26-32 (LCDR1), 50-52 (LCDR2), and 91-96 (LCDR3) and 26-32 (HCDR1), 53-55 (HCDR2), and 96-101 in the heavy chain variable region HCDR3) (Cothia and Lesk (1987) J. Mol. Biol. 196: 901-917.) Specific CDRs of the invention are described below.

当業者には理解されようが、CDRの正確なナンバリングおよび配置は、異なるナンバリング系間で異なり得る。しかしながら、可変重鎖および/または可変軽鎖の開示は、関連する(固有の)CDRの開示を含むことが理解されるべきである。したがって、各可変重鎖領域の開示は、vhCDR(例えば、vhCDR1、vhCDR2、およびvhCDR3)の開示であり、各可変軽鎖領域の開示は、vlCDR(例えば、vlCDR1、vlCDR2、およびvlCDR3)の開示である。   As will be appreciated by those skilled in the art, the exact numbering and placement of CDRs can vary between different numbering systems. However, it should be understood that disclosure of variable heavy chains and / or variable light chains includes disclosure of related (inherent) CDRs. Thus, the disclosure of each variable heavy chain region is the disclosure of vhCDR (eg, vhCDR1, vhCDR2, and vhCDR3), and the disclosure of each variable light chain region is the disclosure of vlCDR (eg, vlCDR1, vlCDR2, and vlCDR3). is there.

CDRナンバリングの有用な比較は以下の通りであり、Lafranc et al.,Dev.Comp.Immunol.27(1):55−77(2003)を参照できる。:
A useful comparison of CDR numbering is as follows and is described by Lafranc et al. Dev. Comp. Immunol. 27 (1): 55-77 (2003). :

本明細書全体を通して、Kabatナンバリング系は一般に、可変ドメイン内の残基(およそ、軽鎖可変領域の残基1〜107および重鎖可変領域の残基1〜113)を参照するときに使用され、EUナンバリング系は、Fc領域に対するものである(例えば、Kabat et al.、上述(1991)を参照)。   Throughout this specification, the Kabat numbering system is generally used when referring to residues within the variable domain (approximately residues 1 to 107 of the light chain variable region and residues 1 to 113 of the heavy chain variable region). The EU numbering system is for the Fc region (see, eg, Kabat et al., Supra (1991)).

本発明は、多数の異なるCDRセットを提供する。この場合、「完全CDRセット」は、3つの可変軽鎖および3つの可変重鎖CDR、例えばvlCDR1、vlCDR2、vlCDR3、vhCDR1、vhCDR2、およびvhCDR3を含む。これらは、それぞれより大きな可変軽鎖または可変重鎖のドメインの一部であり得る。さらに、本明細書により完全に概説されているように、可変重鎖および可変軽鎖のドメインは、重鎖および軽鎖が使用されるとき(例えば、Fabが使用されるとき)には別個のポリペプチド鎖上に、またはscFv配列の場合には単一ポリペプチド鎖上にあり得る。   The present invention provides a number of different CDR sets. In this case, the “complete CDR set” comprises three variable light chains and three variable heavy chain CDRs, for example vlCDR1, vlCDR2, vlCDR3, vhCDR1, vhCDR2, and vhCDR3. These can each be part of a larger variable light chain or variable heavy chain domain. Further, as outlined more fully herein, the variable heavy and light chain domains are distinct when heavy and light chains are used (eg, when Fab is used). It can be on a polypeptide chain or in the case of scFv sequences on a single polypeptide chain.

CDRは、抗原連結の形成、またはより具体的には、抗体のエピトープ連結部位の形成に寄与する。「エピトープ」とは、パラトープとして知られている抗体分子の可変領域内の特異的抗原連結部位と相互作用する決定基を指す。エピトープは、アミノ酸または糖側鎖等の分子の分類であり、通常、特異的な構造特性、および特異的な電荷特性を有する。単一抗原が、2つ以上のエピトープを有してもよい。   CDRs contribute to the formation of antigen linkages, or more specifically to the formation of epitope-binding sites of antibodies. “Epitope” refers to a determinant that interacts with a specific antigen-binding site in the variable region of an antibody molecule known as a paratope. Epitopes are a classification of molecules such as amino acids or sugar side chains and usually have specific structural characteristics and specific charge characteristics. A single antigen may have more than one epitope.

エピトープは、連結に直接関与するアミノ酸残基(エピトープの免疫優性構成要素とも称される)および連結に直接関与しない他のアミノ酸残基、例えば、特異的抗原連結ペプチドによって効果的に遮断されるアミノ酸残基、換言すると、特異的抗原連結ペプチドのフットプリント内にあるアミノ酸残基を含み得る。   Epitopes are amino acid residues that are directly involved in linking (also referred to as the immunodominant component of the epitope) and other amino acid residues that are not directly involved in linking, eg, amino acids that are effectively blocked by specific antigen-linking peptides. Residues, in other words, amino acid residues that are within the footprint of the specific antigen-linked peptide.

エピトープは、立体配座または直線状のいずれであってもよい。立体配座エピトープは、直線状のポリペプチド鎖の異なるセグメントからのアミノ酸の空間的な並置によって作り出される。直線状エピトープは、ポリペプチド鎖内の隣接アミノ酸残基によって作り出されるものである。立体配座エピトープおよび非立体配座エピトープは、変性溶媒の存在下で前者への連結は失われるが、後者への連結は失われないという点で区別され得る。   Epitopes may be either conformational or linear. Conformational epitopes are created by the spatial alignment of amino acids from different segments of a linear polypeptide chain. A linear epitope is one that is created by adjacent amino acid residues in a polypeptide chain. Conformational and non-conformational epitopes can be distinguished in that the connection to the former is lost in the presence of a denaturing solvent, but the connection to the latter is not lost.

エピトープは、典型的には、固有の空間立体配座内に、少なくとも3個、より一般的には、少なくとも5個、または8〜10個のアミノ酸を含む。同一のエピトープを認識する抗体は、ある抗体の別の抗体の標的抗原への連結を遮断する能力、例えば、「ビニング」を示す単純な免疫アッセイにおいて検証され得る。以下に概説するように、本発明は、列挙された抗原連結ドメインおよび本明細書の抗体を含むだけでなく、列挙された抗原連結ドメインによって連結されるエピトープとの連結について競合するものも含む。   An epitope typically includes at least 3, and more usually, at least 5, or 8-10 amino acids in a unique spatial conformation. Antibodies that recognize the same epitope can be validated in a simple immunoassay that demonstrates the ability to block the linkage of one antibody to the target antigen of another antibody, eg, “binning”. As outlined below, the present invention includes not only the listed antigen-binding domains and the antibodies herein, but also those that compete for ligation with the epitopes linked by the listed antigen-binding domains.

各鎖のカルボキシ末端部分は、エフェクター機能に主に関与する定常領域を定める。Kabatらは、重鎖および軽鎖の可変領域の多数の一次配列を収集した。配列の保存の程度に基づき、Kabatらは、個々の一次配列をCDRおよびフレームワークに分類し、そのリストを作成した(参照により全体が組み込まれるSEQUENCES OF IMMUNOLOGICAL INTEREST,5th edition,NIH publication,No.91−3242,E.A.Kabat et al.を参照されたい)。   The carboxy-terminal portion of each chain defines a constant region primarily responsible for effector function. Kabat et al. Collected a number of primary sequences of heavy and light chain variable regions. Based on the degree of sequence conservation, Kabat et al. Classified individual primary sequences into CDRs and frameworks and created a list of them (SEQUENCES OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5th edition, NIH publication, No. 1, incorporated by reference in its entirety). 91-3242, EA Kabat et al.).

免疫グロブリンのIgGサブクラスには、重鎖中にいくつかの免疫グロブリンドメインがある。本明細書の「免疫グロブリン(Ig)ドメイン」とは、明確に異なる三次構造を有する免疫グロブリンの領域を意味する。定常重鎖(CH)ドメインおよびヒンジドメインを含む重鎖ドメインが本発明における関心対象である。IgG抗体に関連して、IgGアイソタイプは、各々、3つのCH領域を有する。したがって、IgGと関連して「CH」ドメインは以下の通りである。「CH1」は、Kabatと同様のEUインデックスに従って118〜220位を指す。「CH2」は、Kabatと同様のEUインデックスに従って237〜340位を指し、「CH3」は、Kabatと同様のEUインデックスに従って341〜447位を指す。本明細書において示され、以下に記載されるように、pI変異は、CH領域、および以下に論じられるように、ヒンジ領域のうちの1つ以上に存在し得る。   The IgG subclass of immunoglobulins has several immunoglobulin domains in the heavy chain. By “immunoglobulin (Ig) domain” herein is meant a region of an immunoglobulin that has a distinctly different tertiary structure. A heavy chain domain comprising a constant heavy chain (CH) domain and a hinge domain is of interest in the present invention. In connection with IgG antibodies, each IgG isotype has three CH regions. Thus, in connection with IgG, the “CH” domain is as follows: “CH1” refers to the 118th to 220th positions according to the EU index similar to Kabat. “CH2” refers to positions 237 to 340 according to the EU index similar to Kabat, and “CH3” refers to positions 341 to 447 according to the EU index similar to Kabat. As shown herein and described below, the pI mutation may be present in one or more of the CH regions and, as discussed below, the hinge region.

重鎖のIgドメインの別の種類は、ヒンジ領域である。本明細書において、「ヒンジ」または「ヒンジ領域」または「抗体ヒンジ領域」または「免疫グロブリンヒンジ領域」とは、抗体の第1および第2の定常ドメイン間のアミノ酸を含む可動性ポリペプチドを意味する。構造的に、IgG CH1ドメインはEU位置220で終わり、IgG CH2ドメインは残基EU位置237で始まる。したがって、IgGについては、抗体ヒンジは、位置221(IgG1中のD221)から236(IgG1中のG236)を含むように本明細書で定義され、ナンバリングは、Kabatと同様にEUインデックスに従う。いくつかの実施形態では、Fc領域に関連して、下側ヒンジが含まれ、「下側ヒンジ」は一般に位置226または230を指す。本明細書に記載のように、pI変異はヒンジ領域にも同様に作製することができる。   Another type of heavy chain Ig domain is the hinge region. As used herein, “hinge” or “hinge region” or “antibody hinge region” or “immunoglobulin hinge region” means a mobile polypeptide comprising amino acids between the first and second constant domains of an antibody. To do. Structurally, the IgG CH1 domain ends at EU position 220 and the IgG CH2 domain begins at residue EU position 237. Thus, for IgG, the antibody hinge is defined herein to include positions 221 (D221 in IgG1) to 236 (G236 in IgG1), and the numbering follows the EU index as in Kabat. In some embodiments, in conjunction with the Fc region, a lower hinge is included, and “lower hinge” generally refers to position 226 or 230. As described herein, pI mutations can be made in the hinge region as well.

軽鎖は、一般に、可変軽鎖ドメイン(軽鎖CDRを含み、可変重鎖ドメインと一緒にFv領域を形成する)、および定常軽鎖領域(しばしばCLまたはCκと称される)の2つのドメインを含む。   The light chain generally has two domains: a variable light chain domain (which includes the light chain CDRs and together with the variable heavy chain domain forms an Fv region), and a constant light chain region (often referred to as CL or Cκ). including.

以下に概説される追加の置換のための別の目的とする領域は、Fc領域である。   Another region of interest for additional substitutions outlined below is the Fc region.

したがって、本発明は異なる抗体ドメインを提供する。本明細書中に記載され、そして当該技術分野において公知であるように、本発明のヘテロ二量体抗体は、重鎖および軽鎖内に異なるドメインを含み、これもまた重複し得る。これらのドメインは、Fcドメイン、CH1ドメイン、CH2ドメイン、CH3ドメイン、ヒンジドメイン、重鎖定常ドメイン(CH1−ヒンジ−FcドメインまたはCH1−ヒンジ−CH2−CH3)、可変重鎖ドメイン、可変軽鎖ドメイン、軽鎖定常ドメイン、Fabドメイン、およびscFvドメインを含むが、これらに限定されない。   Thus, the present invention provides different antibody domains. As described herein and known in the art, the heterodimeric antibodies of the invention comprise different domains within the heavy and light chains, which may also overlap. These domains are: Fc domain, CH1 domain, CH2 domain, CH3 domain, hinge domain, heavy chain constant domain (CH1-hinge-Fc domain or CH1-hinge-CH2-CH3), variable heavy chain domain, variable light chain domain , Light chain constant domains, Fab domains, and scFv domains.

したがって、「Fcドメイン」は、−CH2−CH3ドメイン、および場合によりヒンジドメインを含む。本明細書の実施形態では、scFvがFcドメインに連結しているとき、Fcドメインのヒンジの全部または一部に連結しているのはscFvコンストラクトのC末端であり、例えば、それは一般にヒンジの始まりである配列EPKSに連結している。重鎖は、可変重鎖ドメインおよび定常ドメインを含み、これは、CH1−任意選択のヒンジ−CH2−CH3を含むFcドメインを含む。軽鎖は、可変軽鎖および軽鎖定常ドメインを含む。scFvは、可変重鎖、scFvリンカー、および可変軽鎖ドメインを含む。本明細書に概説したコンストラクトおよび配列のほとんどにおいて、可変軽鎖のC末端はscFvリンカーのN末端に連結し、そのC末端は可変重鎖のN末端に連結している(N−vh−リンカー−vl−C)が、これは切り替えることができる(N−vl−リンカー−vh−C)。本発明のいくつかの実施形態は、天然には存在しないが、scFvリンカーによって共に連結した可変重鎖ドメインと可変軽鎖ドメインとを一般に含む、少なくとも1つのscFvドメインを含む。本明細書に概説されるように、scFvドメインは、一般に、VH−scFvリンカー−VLとしてN末端からC末端まで配向されているが、これは、scFvドメイン(または、Fab由来のVHおよびVL配列を使用して構築されたドメイン)のいずれに関しても、フォーマットに応じて一方または両方の端部に任意のリンカーを用いて、VL−scFvリンカー−VHへと逆転させることができる(全体的に図2を参照)。   Thus, an “Fc domain” includes a —CH 2 —CH 3 domain and optionally a hinge domain. In embodiments herein, when the scFv is linked to an Fc domain, it is the C-terminus of the scFv construct that is linked to all or part of the hinge of the Fc domain, eg, it is generally the beginning of the hinge. Is linked to the sequence EPKS. The heavy chain comprises a variable heavy chain domain and a constant domain, which comprises an Fc domain comprising CH1-optional hinge-CH2-CH3. The light chain includes a variable light chain and a light chain constant domain. The scFv includes a variable heavy chain, an scFv linker, and a variable light chain domain. In most of the constructs and sequences outlined herein, the C-terminus of the variable light chain is linked to the N-terminus of the scFv linker, which is linked to the N-terminus of the variable heavy chain (N-vh-linker). -Vl-C), but this can be switched (N-vl-linker-vh-C). Some embodiments of the invention comprise at least one scFv domain that does not exist in nature but generally comprises a variable heavy chain domain and a variable light chain domain joined together by an scFv linker. As outlined herein, scFv domains are generally oriented from the N-terminus to the C-terminus as VH-scFv linker-VL, which is a scFv domain (or Fab-derived VH and VL sequences). Can be reversed to the VL-scFv linker-VH using any linker at one or both ends, depending on the format (generally figured out). 2).

本明細書に示されるように、組換え技術によって生成される従来のペプチド連結を含めて、使用され得る適切ないくつかのscFvリンカーが存在する。リンカーペプチドは、主に、以下のアミノ酸残基:Gly、Ser、Ala、またはThrを含み得る。リンカーペプチドは、それらが所望の活性を保持するように互いに対して正しい立体配座をとるような方法で2つの分子を連結させるのに十分な長さを有するべきである。一実施形態では、リンカーは、約1〜50アミノ酸長、好ましくは約1〜30アミノ酸長である。一実施形態では、1〜20アミノ酸長のリンカーが使用されてもよく、いくつかの実施形態では、約5〜約10アミノ酸が有用である。有用なリンカーには、例えば、(GS)n、(GSGGS)n、(GGGGS)n、および(GGGS)n(nは少なくとも1(および一般に3〜4)の整数である)を含むグリシン−セリンポリマー、グリシン−アラニンポリマー、アラニン−セリンポリマー、ならびに他の可動性リンカーが含まれる。代替的に、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアルキレン、またはポリエチレングリコールとポリプロピレングリコールとのコポリマーを含むがこれらに限定されない様々な非タンパク質性ポリマーが、リンカーとして有用であり得、すわなちリンカーとして有用であり得る。   As demonstrated herein, there are a number of suitable scFv linkers that can be used, including conventional peptide linkages produced by recombinant techniques. The linker peptide may mainly comprise the following amino acid residues: Gly, Ser, Ala, or Thr. The linker peptides should be long enough to link the two molecules in such a way that they are in the correct conformation with respect to each other so that they retain the desired activity. In one embodiment, the linker is about 1-50 amino acids long, preferably about 1-30 amino acids long. In one embodiment, a linker that is 1-20 amino acids in length may be used, and in some embodiments, about 5 to about 10 amino acids are useful. Useful linkers include, for example, (GS) n, (GSGGS) n, (GGGGGS) n, and (GGGS) n, where n is an integer of at least 1 (and generally 3-4). Polymers, glycine-alanine polymers, alanine-serine polymers, as well as other mobile linkers are included. Alternatively, a variety of non-proteinaceous polymers may be useful as linkers, including but not limited to polyethylene glycol (PEG), polypropylene glycol, polyoxyalkylene, or copolymers of polyethylene glycol and polypropylene glycol. It can be useful as a linker.

他のリンカー配列は、任意の長さのCL/CH1ドメインの任意の配列を含むが、CL/CH1ドメインの全ての残基を含まない場合があり、例えば、CL/CH1ドメインの最初の5〜12アミノ酸残基である。リンカーは、免疫グロブリン軽鎖、例えば、CκまたはCλに由来し得る。リンカーは、例えば、Cγ1、Cγ2、Cγ3、Cγ4、Cα1、Cα2、Cδ、Cε、およびCμを含む任意のアイソタイプの免疫グロブリン重鎖に由来し得る。リンカー配列はまた、Ig様タンパク質(例えば、TCR、FcR、KIR)、ヒンジ領域由来配列、および他のタンパク質由来の他の天然配列などの他のタンパク質に由来してもよい。   Other linker sequences include any sequence of the CL / CH1 domain of any length, but may not include all residues of the CL / CH1 domain, eg, the first 5 to 5 of the CL / CH1 domain 12 amino acid residues. The linker may be derived from an immunoglobulin light chain, such as Cκ or Cλ. The linker can be derived from any isotype of immunoglobulin heavy chain including, for example, Cγ1, Cγ2, Cγ3, Cγ4, Cα1, Cα2, Cδ, Cε, and Cμ. The linker sequence may also be derived from other proteins such as Ig-like proteins (eg, TCR, FcR, KIR), hinge region derived sequences, and other native sequences from other proteins.

いくつかの実施形態では、リンカーは、本明細書に概説される任意の2つのドメインを共に連結するために使用される「ドメインリンカー」である。任意の適切なリンカーを使用することができるが、多くの実施形態は、例えば、nが少なくとも1(および一般に3〜4〜5)である、(GS)n、(GSGGS)n、(GGGGS)n、および(GGGS)nを含むグリシン−セリンポリマー、ならびに各ドメインがその生物学的機能を保持できるように十分な長さおよび柔軟性を有する2つのドメインの組換え連結を可能にする任意のペプチド配列を利用する。いくつかの場合において、以下に概説するように、「撚り度」に注意を払って、scFvリンカーのいくつかの実施形態において使用されるような荷電ドメインリンカーを使用することができる。   In some embodiments, the linker is a “domain linker” used to link together any two domains outlined herein. Although any suitable linker can be used, many embodiments, for example, (GS) n, (GSSGGS) n, (GGGGGS), where n is at least 1 (and generally 3-4-5). glycine-serine polymers containing n, and (GGGS) n, and any that allows recombination of two domains with sufficient length and flexibility so that each domain can retain its biological function Peptide sequences are utilized. In some cases, as outlined below, charged domain linkers, such as those used in some embodiments of scFv linkers, can be used with attention to “twist”.

いくつかの実施形態において、scFvリンカーは、荷電scFvリンカーであり、そのいくつかは図8に示されている。したがって、本発明はさらに、第1の単量体と第2の単量体との間のpIの分離を促進するための荷電scFvリンカーを提供する。すなわち、正または負の荷電scFvリンカー(または異なる単量体上にscFvを使用する足場の場合は両方)を組み込むことによって、これは、Fcドメインをさらに変化させることなく、荷電リンカーを含む単量体のpIを変えることを可能にする。これらの荷電リンカーは、標準的なリンカーを含む任意のscFv中に置換することができる。また、当業者には理解されるように、pIの所望の変化に従って、荷電scFvリンカーが正しい「鎖」または単量体上に使用される。例えば、本明細書中で論じられるように、トリプルFフォーマットヘテロ二量体抗体を作製するために、所望の抗原連結ドメインのそれぞれについてのFv領域の元のpIが計算され、そしてscFvを作製するために1つが選択され、pIに応じて、正または負のリンカーのいずれかが選択される。   In some embodiments, the scFv linker is a charged scFv linker, some of which are shown in FIG. Thus, the present invention further provides a charged scFv linker to facilitate the separation of pi between the first monomer and the second monomer. That is, by incorporating a positive or negative charged scFv linker (or both in the case of a scaffold using scFv on a different monomer), this allows for a single monomer containing the charged linker without further modification of the Fc domain. Makes it possible to change the pI of the body. These charged linkers can be substituted into any scFv including standard linkers. Also, as will be appreciated by those skilled in the art, charged scFv linkers are used on the correct “chain” or monomer according to the desired change in pI. For example, as discussed herein, to generate a triple F format heterodimeric antibody, the original pI of the Fv region for each of the desired antigen-binding domains is calculated and an scFv is generated. One is selected for, and either positive or negative linker is selected depending on the pI.

荷電ドメインリンカーも同様に、本発明の単量体のpI分離を増加させるために使用することができ、したがって、図8に含まれるものは、リンカーが利用される、本明細書の任意の実施形態で使用することができます。   Charged domain linkers can also be used to increase the pi separation of the monomers of the invention, and thus what is included in FIG. 8 is any implementation herein where a linker is utilized. Can be used in form

一実施形態では、抗体は、それがpI工学などのヘテロ二量体を生成するように操作することができる少なくとも1つの定常ドメインを含む限り、抗体フラグメントである。使用され得る他の抗体フラグメントは、pI操作された本発明のCH1、CH2、CH3、ヒンジおよびCLドメインのうちの1つ以上を含むフラグメントを含む。特に、図1に示すフォーマットは、通常「ヘテロ二量体抗体」と呼ばれる抗体であり、タンパク質が、ヘテロ二量体Fcドメインに自己集合した少なくとも2つの関連Fc配列、およびFabとしてまたはscFvとしてであれ少なくとも2つのFv領域を有することを意味する。   In one embodiment, an antibody is an antibody fragment so long as it contains at least one constant domain that can be engineered to produce heterodimers such as pI engineering. Other antibody fragments that can be used include those comprising one or more of the CH1, CH2, CH3, hinge and CL domains of the present invention that have been pI engineered. In particular, the format shown in FIG. 1 is an antibody, commonly referred to as a “heterodimeric antibody”, in which the protein is at least two related Fc sequences self-assembled into a heterodimeric Fc domain, and as a Fab or scFv. That means having at least two Fv regions.

A.キメラおよびヒト化抗体
いくつかの実施形態では、本明細書の抗体は、異なる種由来の混合物、例えばキメラ抗体および/またはヒト化抗体に由来し得る。一般に、「キメラ抗体」と「ヒト化抗体」の両方は、2つ以上の種由来の領域を組み合わせる抗体を指す。例えば、「キメラ抗体」は従来は、マウス(または場合によってはラット)由来の可変領域およびヒト由来の定常領域を含む。「ヒト化抗体」は一般に、可変ドメインフレームワーク領域がヒト抗体に見出される配列でスワップされた、非ヒト抗体を指す。一般に、ヒト化抗体において、CDRを除く抗体全体は、ヒト起源のポリヌクレオチドによってコードされるか、またはそのCDR内を除いてそのような抗体と同一である。非ヒト生物を起源とする核酸によって一部または全てがコードされるCDRを、ヒト抗体可変領域のベータシートフレームワークに移植して、その特異性が移植されたCDRによって決定される抗体を作製する。そのような抗体の作製は、例えば、WO92/11018、Jones,1986,Nature 321:522−525、Verhoeyen et al.,1988,Science 239:1534−1536に記載され、全て参照により全体が組み込まれる。選択されたアクセプターフレームワーク残基の、対応するドナー残基への「逆変異」が、最初の移植されたコンストラクトにおいて失われた親和性を回復するためにしばしば必要とされる(US5530101、US5585089、US5693761、US5693762、US6180370、US5859205、US5821337、US6054297、US6407213、全て参照により全体が組み込まれる)。ヒト化抗体はまた、最適には、免疫グロブリン定常領域、典型的にはヒト免疫グロブリンの免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部分、通常は全部を含み、したがって典型的にはヒトFc領域を含むであろう。ヒト化抗体はまた、遺伝子操作された免疫系を有するマウスを用いて生成され得る。Roque et al.,2004,Biotechnol.20:639−654、参照により全体が組み込まれる。非ヒト抗体をヒト化および再形成するための様々な技法および方法は、当該技術分野で周知である(Tsurushita & Vasquez,2004,Humanization of Monoclonal Antibodies,Molecular Biology of B Cells,533−545,Elsevier Science(USA)、およびそこで引用される参考文献を参照されたく、全て参照により全体が組み込まれる)。ヒト化方法には、Jones et al.,1986,Nature 321:522−525;Riechmann et al.,1988;Nature 332:323−329;Verhoeyen et al.,1988,Science,239:1534−1536;Queen et al.,1989,Proc Natl Acad Sci,USA 86:10029−33;He et al.,1998,J.Immunol.160:1029−1035;Carter et al.,1992,Proc Natl Acad Sci USA 89:4285−9,Presta et al.,1997,Cancer Res.57(20):4593−9;Gorman et al.,1991,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:4181−4185;O’Connor et al.,1998,Protein Eng 11:321−8に記載される方法が含まれるがこれらに限定されず、参照によりその全てが組み込まれる。ヒト化、または非ヒト抗体の可変領域の免疫原性を低下させる他の方法には、例えば、参照により全体が組み込まれるRoguska et al.,1994,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91:969−973に記載されているような表面再構成法が含まれ得る。
A. Chimeric and Humanized Antibodies In some embodiments, the antibodies herein can be derived from a mixture from different species, such as chimeric and / or humanized antibodies. In general, both “chimeric antibodies” and “humanized antibodies” refer to antibodies that combine regions from two or more species. For example, a “chimeric antibody” conventionally comprises a variable region derived from a mouse (or rat in some cases) and a constant region derived from a human. “Humanized antibody” generally refers to non-human antibodies in which variable domain framework regions are swapped with sequences found in human antibodies. In general, in humanized antibodies, the entire antibody, except the CDRs, is encoded by a polynucleotide of human origin or is identical to such an antibody except within its CDRs. CDRs partially or fully encoded by nucleic acids originating from non-human organisms are grafted into the beta sheet framework of the human antibody variable region to produce an antibody whose specificity is determined by the grafted CDR. . The production of such antibodies is described, for example, in WO 92/11018, Jones, 1986, Nature 321: 522-525, Verhoeyen et al. , 1988, Science 239: 1534-1536, all incorporated by reference in their entirety. “Backmutation” of selected acceptor framework residues to the corresponding donor residues is often required to restore the lost affinity in the initial transplanted construct (US 5530101, US 5585089). US Pat. No. 5,693,761, US Pat. No. 5,693,762, US Pat. No. 6,180,370, US Pat. No. 5,859,205, US Pat. No. 5,821,337, US Pat. No. 6,054,297, US Pat. A humanized antibody will also optimally comprise at least a portion, usually all, of an immunoglobulin constant region, typically that of a human immunoglobulin, and thus typically will comprise a human Fc region. . Humanized antibodies can also be generated using mice with a genetically engineered immune system. Roque et al. , 2004, Biotechnol. 20: 639-654, incorporated by reference in its entirety. Various techniques and methods for humanizing and reforming non-human antibodies are well known in the art (Tsurushita & Vasquez, 2004, Humanization of Monoclonal Antibodies, Molecular Biology of B Cells, 533-erse, 543-erse. (USA), and references cited therein, all incorporated by reference in their entirety). Humanization methods include Jones et al. , 1986, Nature 321: 522-525; Riechmann et al. , 1988; Nature 332: 323-329; Verhoeyen et al. , 1988, Science, 239: 1534-1536; Queen et al. 1989, Proc Natl Acad Sci, USA 86: 10029-33; He et al. 1998, J. MoI. Immunol. 160: 1029-1035; Carter et al. , 1992, Proc Natl Acad Sci USA 89: 4285-9, Presta et al. , 1997, Cancer Res. 57 (20): 4593-9; Gorman et al. 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 4181-4185; O'Connor et al. 1998, Protein Eng 11: 321-8, including but not limited to, the entirety of which is incorporated by reference. Other methods of reducing the immunogenicity of humanized or non-human antibody variable regions include, for example, Roguska et al. , 1994, Proc. Natl. Acad. Sci. A surface reconstruction method as described in USA 91: 969-973 may be included.

ある特定の実施形態では、本発明の抗体は、特定の生殖細胞系列重鎖免疫グロブリン遺伝子由来の重鎖可変領域および/または特定の生殖細胞系列軽鎖免疫グロブリン遺伝子由来の軽鎖可変領域を含む。例えば、そのような抗体は、特定の生殖細胞系列配列「の産物」であるまたはそれ「に由来する」重鎖または軽鎖可変領域を含むヒト抗体を含み得るかまたはそれからなり得る。ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列「の産物」であるまたはそれ「に由来する」ヒト抗体は、ヒト抗体のアミノ酸配列をヒト生殖細胞系列免疫グロブリンのアミノ酸配列と比較することと、ヒト抗体の配列に最も近い配列である(即ち、最も高い同一性%)ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列を選択することとによって、そのようなものとして特定され得る。特定のヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列「の産物」であるまたはそれ「に由来する」ヒト抗体は、例えば、天然に存在する体細胞変異または部位特異的変異の意図的導入に起因して、生殖細胞系列配列と比較してアミノ酸の相違を含み得る。しかしながら、ヒト化抗体は、典型的には、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列とアミノ酸配列において少なくとも90%同一であり、他の種の生殖細胞系列免疫グロブリンアミノ酸配列(例えば、マウス生殖細胞系列配列)と比較したときに、抗体をヒト配列に由来するものとして特定するアミノ酸残基を含む。ある特定の場合には、ヒト化抗体は、生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と、アミノ酸配列において少なくとも95、96、97、98もしくは99%、または少なくとも96%、97%、98%、または99%までも同一であり得る。典型的には、特定のヒト生殖細胞系配列に由来するヒト化抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と10〜20アミノ酸以下の相違しか示さない(本明細書中の任意のスキュー、pIおよび除去変異の導入前、すなわち、本発明の変異の導入前は、変異の数は一般に少ない)。ある特定の場合には、ヒト化抗体は、生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列とは5アミノ酸以下、またはさらには4、3、2、もしくは1アミノ酸以下の相違しか示さない場合がある(同様に、本明細書における任意のスキュー、pI、および除去変異の導入前、すなわち、本発明の変異の導入前は、変異の数は一般に少ない)。   In certain embodiments, an antibody of the invention comprises a heavy chain variable region derived from a specific germline heavy chain immunoglobulin gene and / or a light chain variable region derived from a specific germline light chain immunoglobulin gene. . For example, such an antibody can comprise or consist of a human antibody comprising a heavy or light chain variable region that is “product of” or “derived from” a particular germline sequence. A human antibody that is “product of” or derived from a human germline immunoglobulin sequence comprises comparing the amino acid sequence of a human antibody with the amino acid sequence of a human germline immunoglobulin; By selecting the human germline immunoglobulin sequence that is the closest (ie, the highest% identity) can be identified as such. A human antibody that is “product” or “derived from” a particular human germline immunoglobulin sequence can be produced by, for example, deliberate introduction of naturally occurring somatic mutations or site-specific mutations. It may contain amino acid differences compared to the cell line sequence. However, humanized antibodies are typically at least 90% identical in amino acid sequence to the amino acid sequence encoded by a human germline immunoglobulin gene, and other species of germline immunoglobulin amino acid sequences (eg, Amino acid residues that identify the antibody as being derived from a human sequence when compared to the mouse germline sequence). In certain cases, a humanized antibody has an amino acid sequence encoded by a germline immunoglobulin gene and at least 95, 96, 97, 98 or 99% in amino acid sequence, or at least 96%, 97%, 98 %, Or even 99% may be the same. Typically, a humanized antibody derived from a particular human germline sequence will show no more than 10-20 amino acid differences from the amino acid sequence encoded by the human germline immunoglobulin gene (see herein). Before the introduction of any skew, pI and excision mutations, ie before the introduction of the mutation of the invention, the number of mutations is generally small). In certain cases, a humanized antibody may exhibit no more than 5 amino acid differences, or even no more than 4, 3, 2, or 1 amino acid difference from the amino acid sequence encoded by the germline immunoglobulin gene. (Also, the number of mutations is generally low before the introduction of any skew, pI, and excision mutations herein, ie, before the introduction of the mutations of the invention).

一実施形態では、親抗体は、当該技術分野で知られているように、親和性成熟されたものである。構造に基づく方法が、例えば、USSN11/004,590に記載されているように、ヒト化および親和性成熟のために用いられ得る。Wu et al.,1999,J.Mol.Biol.294:151−162;Baca et al.,1997,J.Biol.Chem.272(16):10678−10684;Rosok et al.,1996,J.Biol.Chem.271(37):22611−22618;Rader et al.,1998,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95:8910−8915;Krauss et al.,2003,Protein Engineering 16(10):753−759に記載される方法を含むがこれらに限定されない選択に基づく方法が抗体可変領域のヒト化および/または親和性成熟のために使用でき、これらは全て参照により本明細書に組み込まれる。他のヒト化方法は、CDRの部分のみを移植することを含み得、これには、参照により全ての内容が組み込まれる、USSN09/810,510;Tan et al.,2002,J.Immunol.169:1119−1125;De Pascalis et al.,2002,J.Immunol.169:3076−3084に記載される方法が含まれるがこれらに限定されない。   In one embodiment, the parent antibody is affinity matured as is known in the art. Structure-based methods can be used for humanization and affinity maturation, for example, as described in USSN 11 / 004,590. Wu et al. 1999, J. MoI. Mol. Biol. 294: 151-162; Baca et al. , 1997, J. Am. Biol. Chem. 272 (16): 10678-10684; Rosok et al. 1996, J. MoI. Biol. Chem. 271 (37): 22611-22618; Rader et al. 1998, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 8910-8915; Krauss et al. , 2003, Protein Engineering 16 (10): 753-759, methods based on selection can be used for humanization and / or affinity maturation of antibody variable regions, including, but not limited to, All are hereby incorporated by reference. Other humanization methods may include transplanting only the portion of the CDR, which is fully incorporated by reference, USSN 09 / 810,510; Tan et al. , 2002, J. et al. Immunol. 169: 1119-1125; De Pascalis et al. , 2002, J. et al. Immunol. 169: 3076-3084, but is not limited to these.

VI.ヘテロ二量体抗体
したがって、いくつかの実施形態では、本発明は、自己集合してヘテロ二量体Fcドメインおよびヘテロ二量体抗体を形成する、2つの異なる重鎖変異型Fc配列の使用に依存するヘテロ二量体免疫調節抗体を提供する。
VI. Accordingly, in some embodiments, the present invention provides for the use of two different heavy chain variant Fc sequences that self-assemble to form a heterodimeric Fc domain and a heterodimeric antibody. Dependent heterodimeric immunomodulatory antibodies are provided.

本発明は、例えば二重特異性連結を可能にするために、1つより多い免疫調節抗原またはリガンドへの連結を可能にするヘテロ二量体抗体を提供するための新規コンストラクトに関する。ヘテロ二量体抗体コンストラクトは、抗体の重鎖の2つのFcドメイン、例えば、「二量体」に組み立てられる2つの「単量体」の自己集合の性質に基づく。ヘテロ二量体抗体は、以下により完全に論じられるように各単量体のアミノ酸配列を変えることによって作製される。したがって、本発明は一般に、ヘテロ二量体形成を促進するためにおよび/またはホモ二量体よりもヘテロ二量体の精製を容易にするために、各鎖上で異なる定常領域中のアミノ酸変異に依存して、抗原をいくつかの方法で共連結することができるヘテロ二量体免疫調節抗体の作製に関する。   The present invention relates to novel constructs for providing heterodimeric antibodies that allow linkage to more than one immunomodulatory antigen or ligand, eg, to allow bispecific linkage. Heterodimeric antibody constructs are based on the self-assembling nature of two “monomers” assembled into two Fc domains of an antibody heavy chain, eg, “dimers”. Heterodimeric antibodies are made by changing the amino acid sequence of each monomer as discussed more fully below. Thus, the present invention generally provides amino acid mutations in different constant regions on each chain to promote heterodimer formation and / or to facilitate the purification of heterodimers over homodimers. Depending on the generation of heterodimeric immunomodulatory antibodies that can co-link antigens in several ways.

したがって、本発明は二重特異性抗体を提供する。抗体技術において進行中の問題は、2つの異なる抗原に同時に連結する「二重特異性」抗体に対する要求であり、それにより一般に、異なる抗原を近接させ、新しい機能性および新しい治療法をもたらすことができる。一般に、これらの抗体は、各重鎖および軽鎖に対する遺伝子を宿主細胞に含めることによって作製される。これは一般に、所望のヘテロ二量体(A−B)、ならびに2つのホモ二量体(A−AおよびB−B(軽鎖ヘテロ二量体の問題は含まない))の形成をもたらす。しかしながら、二重特異性抗体の形成における主な障害は、ホモ二量体抗体からヘテロ二量体抗体を精製すること、および/またはホモ二量体の形成よりもヘテロ二量体の形成を偏らせることが困難であることである。   Accordingly, the present invention provides bispecific antibodies. An ongoing problem in antibody technology is the need for “bispecific” antibodies that simultaneously link to two different antigens, thereby generally bringing the different antigens in close proximity, resulting in new functionality and new therapies. it can. In general, these antibodies are made by including in the host cell a gene for each heavy and light chain. This generally results in the formation of the desired heterodimer (AB), as well as two homodimers (AA and BB (without the light chain heterodimer problem)). However, a major obstacle in bispecific antibody formation is that purifying heterodimeric antibodies from homodimeric antibodies and / or biasing heterodimer formation over homodimer formation. It is difficult to make it.

本発明のヘテロ二量体を生成するために使用することができる多くの機構が存在する。さらに、当業者には理解されるように、これらの機構を組み合わせて高いヘテロ二量体化を確実にすることができる。したがって、ヘテロ二量体の産生をもたらすアミノ酸変異は、「ヘテロ二量体化変異」と呼ばれる。後述するように、ヘテロ二量体化変異は、ヘテロ二量体からのホモ二量体の精製を可能にする立体変異(例えば、後述の「ノブアンドホール」または「スキュー」変異および「電荷対」変異)ならびに「pI変異」を含み得る。その全体が参照により本明細書に組み込まれ、具体的には以下で「ヘテロ二量体化変異」の議論について本明細書に援用されるように、ヘテロ二量体化の有用な機構には「ノブアンドホール」(「KIH」、本明細書においてしばしば「スキュー」変異として(WO2014/145806中の議論を参照)、「WO2014/145806に記載されているような「静電ステアリング」または「電荷対」、WO2014/145806に記載されるようなpI変異、およびWO2014/145806および以下に概説されているような一般的なさらなるFc変異が含まれる。   There are many mechanisms that can be used to generate the heterodimers of the present invention. Furthermore, as will be appreciated by those skilled in the art, these mechanisms can be combined to ensure high heterodimerization. Thus, amino acid mutations that result in the production of heterodimers are termed “heterodimerization mutations”. As described below, heterodimerization mutations are steric mutations that allow purification of homodimers from heterodimers (eg, “knob and hole” or “skew” mutations described below and “charge pairs”). "Mutation") as well as "pI mutation". Useful mechanisms of heterodimerization, as incorporated herein by reference in its entirety and specifically incorporated herein for the discussion of “heterodimerization mutations” below, include “Nob and hole” (“KIH”, often referred to herein as “skew” mutations (see discussion in WO2014 / 145806), “electrostatic steering” or “charge as described in WO2014 / 145806” Pairs ”, pI mutations as described in WO2014 / 145806, and common additional Fc mutations as outlined in WO2014 / 145806 and below.

本発明において、ヘテロ二量体抗体の精製を容易にすることができるいくつかの基本的なメカニズムが存在し、その1つは、各単量体が異なるpIを有することによって、A−A、A−BおよびB−B二量体タンパク質の等電点精製が可能になるpI変異の使用に依存する。あるいは、「トリプルF」フォーマットなどのいくつかの足場フォーマットもまた、サイズに基づいた分離を可能にする。以下にさらに概説するように、ホモ二量体よりもヘテロ二量体の形成を「スキュー」することも可能である。したがって、立体的ヘテロ二量体化変異とpIまたは電荷対変異の組み合わせは、本発明において特に使用される。   In the present invention, there are several basic mechanisms that can facilitate the purification of heterodimeric antibodies, one of which is that AA, Rely on the use of pI mutations that allow isoelectric point purification of AB and BB dimeric proteins. Alternatively, some scaffold formats such as the “Triple F” format also allow separation based on size. It is also possible to “skew” the formation of a heterodimer rather than a homodimer, as further outlined below. Thus, combinations of steric heterodimerization mutations and pI or charge pair mutations are particularly used in the present invention.

一般に、本発明において特に使用される実施形態は、2つの単量体間のpI差を増加させる、pI変異と組み合わせた、ホモ二量体形成に対するヘテロ二量体形成を促進するスキュー変異を含む変異のセットに依存する。   In general, embodiments specifically used in the present invention include skew mutations that promote heterodimer formation versus homodimer formation in combination with pI mutations that increase the pI difference between two monomers. Depends on the set of mutations.

さらに、以下により完全に概説されるように、ヘテロ二量体抗体のフォーマットに応じて、pI変異は単量体の定常および/またはFcドメイン内に含まれるか、または荷電リンカー、ドメインリンカーまたはscFvリンカーのいずれかが使用され得る。すなわち、トリプルFフォーマットなどのscFvを利用する足場は、精製目的のためにさらなるpIブーストを与える荷電scFvリンカー(陽性または陰性のいずれか)を含み得る。当業者には理解されるように、本発明は単量体の一方または両方にあるpI変異および/または同様に荷電ドメインリンカーを提供するが、いくつかのトリプルFフォーマットは荷電したscFvリンカーのみで有用であり追加のpI調整はない。さらに、代替の機能性のためのさらなるアミノ酸操作もまた、Fc、FcRn、およびKO変異などのpI変化を付与し得る。   Furthermore, as outlined more fully below, depending on the heterodimeric antibody format, the pI mutation is contained within the monomeric constant and / or Fc domain, or is a charged linker, domain linker or scFv. Any of the linkers can be used. That is, scaffolds that utilize scFv, such as the Triple F format, can include a charged scFv linker (either positive or negative) that provides additional pI boost for purification purposes. As will be appreciated by those skilled in the art, the present invention provides pi mutations in one or both of the monomers and / or similarly charged domain linkers, but some triple F formats are only charged scFv linkers. Useful and no additional pI adjustment. Furthermore, additional amino acid manipulations for alternative functionality can also confer pI changes such as Fc, FcRn, and KO mutations.

ヘテロ二量体タンパク質の精製を可能にするための分離機構としてpIを利用する本発明においては、アミノ酸変異を一方または両方の単量体のポリペプチドに導入することができ、すなわち、単量体の一方(本明細書では簡単のために「単量体A」と呼ぶ)のpIを単量体Bと異なるように改変でき、または、単量体AとBの両方の変化を、単量体AのpIを増加させ、単量体BのpIを減少させるように改変できる。論じられるように、いずれかまたは両方の単量体のpI変化は、荷電残基を除去または付加することによって(例えば中性アミノ酸を正または負に荷電したアミノ酸残基で置換する、例えばグリシンからグルタミン酸)、正または負から反対の電荷への荷電残基の変更によって(例えばアスパラギン酸からリジンへ)、または荷電残基の中性残基への変更によって(例えば電荷の消失、リジンからセリン)、実施することができる。いくつかのこれらの変異を図に示す。   In the present invention that utilizes pI as a separation mechanism to allow purification of heterodimeric proteins, amino acid mutations can be introduced into one or both monomeric polypeptides, ie, monomeric One (referred to herein as “monomer A” for simplicity) can be modified to differ from monomer B, or changes in both monomers A and B can be Modifications can be made to increase the pI of body A and decrease the pI of monomer B. As discussed, pi changes in either or both monomers can be achieved by removing or adding charged residues (eg, replacing neutral amino acids with positively or negatively charged amino acid residues, eg, from glycine). Glutamic acid), by changing charged residues from positive or negative to opposite charge (eg from aspartic acid to lysine), or by changing charged residues to neutral residues (eg loss of charge, lysine to serine) Can be implemented. Some of these mutations are shown in the figure.

したがって、本発明のこの実施形態は、ヘテロ二量体をホモ二量体から分離することができるように、少なくとも1つの単量体に十分なpIの変化を生じさせることを提供する。当業者には理解されるように、そして以下にさらに論じるように、これは、「野生型」重鎖定常領域およびそのpI(wtA−+BまたはwtA−−B)を増加または減少させるように操作された変異領域を使用することによって、または一方の領域を増加して他方の領域を減少させることによって(A+−B−またはA−B+)、実施できる。   Thus, this embodiment of the invention provides for causing sufficient pi changes in at least one monomer so that the heterodimer can be separated from the homodimer. As will be appreciated by those skilled in the art and as discussed further below, this is engineered to increase or decrease the “wild type” heavy chain constant region and its pI (wtA− + B or wtA−−B). Can be performed by using the mutated mutation region or by increasing one region and decreasing the other region (A + -B- or A-B +).

したがって、一般に、本発明のいくつかの実施形態の構成要素は、二量体タンパク質の単量体の両方ではないにしても少なくとも1つの等電点(pI)を、アミノ酸置換(「pI変異」または「pI置換」)を単量体の一方または両方に組み込むことによって変化させて「pI抗体」を形成することを目的とする抗体の定常領域におけるアミノ酸変異である。本明細書中に示されるように、2つのホモ二量体からのヘテロ二量体の分離は、2つの単量体のpIが0.1pH単位とわずかに異なる場合に達成でき、0.2、0.3、0.4、および0.5以上異なるものが全て本発明において使用される。
当業者には理解されるように、良好な分離を得るために各単量体または両方の単量体に含まれるべきpI変異の数は、構成要素の出発pI、例えばトリプルFフォーマットにおいて、目的のscFvおよびFabの出発pIに部分的に依存するであろう。すなわち、どの単量体を操作するか、またはどの「方向」(例えば、より陽性またはより陰性)かを決定するために、2つの標的抗原のFv配列が計算され、そしてそこから決定がなされる。当該技術分野において知られているように、異なるFvは、本発明において利用される異なる出発pIを有するであろう。概して、本明細書に概説されるように、pIは、少なくとも約0.1logの各単量体の総pIの差異を生じるように操作され、本明細書に概説されるように0.2〜0.5が好ましい。さらに、当業者には理解され、本明細書に概説されるように、いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体はサイズに基づいてホモ二量体から分離することができる。図2に示すように、例えば、フォーマットのいくつかは、サイズに基づいてヘテロ二量体およびホモ二量体の分離を可能にする。
Thus, in general, components of some embodiments of the present invention may include at least one isoelectric point (pI), if not both, of a monomer of a dimeric protein, an amino acid substitution (a “pI mutation”). Or “pI substitution”) is an amino acid mutation in the constant region of an antibody intended to be altered by incorporation into one or both of the monomers to form a “pI antibody”. As shown herein, separation of the heterodimer from the two homodimers can be achieved when the pi of the two monomers is slightly different from 0.1 pH units, 0.2 All that differ by 0.3, 0.4, and 0.5 or more are used in the present invention.
As will be appreciated by those skilled in the art, the number of pI mutations to be included in each monomer or both monomers to obtain good separation is determined by the starting pi of the component, eg in the triple F format. Will depend in part on the scFv and the starting pI of the Fab. That is, to determine which monomer to manipulate or which “direction” (eg, more positive or more negative), the Fv sequences of the two target antigens are calculated and made from there . As is known in the art, different Fvs will have different starting pi utilized in the present invention. In general, as outlined herein, the pi is engineered to produce a total pi difference of at least about 0.1 log of each monomer, and as outlined herein, 0.2 to 0.5 is preferred. Further, as understood by those skilled in the art and outlined herein, in some embodiments, heterodimers can be separated from homodimers based on size. As shown in FIG. 2, for example, some of the formats allow for separation of heterodimers and homodimers based on size.

A.ヘテロ二量体化変異
本発明は、ヘテロ二量体形成および/またはホモ二量体からの精製を可能にするためにヘテロ二量体化変異を利用する、様々なフォーマットのヘテロ二量体抗体を含む、ヘテロ二量体タンパク質を提供する。いくつかのヘテロ変異を、図4に示す。
A. The present invention relates to heterodimer antibodies of various formats that utilize heterodimerization mutations to allow heterodimer formation and / or purification from homodimers. A heterodimeric protein comprising Some heterozygous mutations are shown in FIG.

ヘテロ二量体化スキュー変異のセットのいくつかの適切な対がある。これらの変異は、「セット」の「対」になる。すなわち、一方のセットの対が第1の単量体に組み込まれ、他のセットの対が第2の単量体に組み込まれる。注目すべきは、これらのセットは、一方の単量体上の残基と他方の単量体上の残基との間で一対一の対応関係を有する「ノブインホール」変異として必ずしも振舞わないことであり、すなわち、これらのセットの対は、ヘテロ二量体形成を促進し、ホモ二量体形成を妨げる2つの単量体間の界面を形成し、生物学的条件下で自発的に形成するヘテロ二量体の割合を予想される50%(25%ホモ二量体A/A:50%ヘテロ二量体A/B:25%ホモ二量体B/B)ではなく90%以上にする。   There are several suitable pairs of heterodimerized skew mutation sets. These mutations become “pairs” of “sets”. That is, one set of pairs is incorporated into the first monomer and the other set of pairs is incorporated into the second monomer. Of note, these sets do not necessarily behave as “knob-in-hole” mutations with a one-to-one correspondence between residues on one monomer and residues on the other monomer. That is, these set pairs promote heterodimer formation and form an interface between two monomers that prevent homodimer formation and spontaneously occur under biological conditions. 90% or more rather than the expected 50% (25% homodimer A / A: 50% heterodimer A / B: 25% homodimer B / B) To.

B.立体変異
いくつかの実施形態において、ヘテロ二量体の形成は、立体変異の付加によって促進され得る。すなわち、各重鎖中のアミノ酸を変えることによって、異なる重鎖が会合して同一のFcアミノ酸配列を有するホモ二量体を形成するよりもヘテロ二量体構造を形成する可能性が高い。適切な立体変異は図面に含まれる。
B. Stereomutation In some embodiments, heterodimer formation can be facilitated by the addition of steric variation. That is, changing the amino acids in each heavy chain is more likely to form a heterodimeric structure than different heavy chains associate to form a homodimer having the same Fc amino acid sequence. Appropriate steric variations are included in the drawing.

1つの機構は、当該技術分野において一般的に「ノブアンドホール」と呼ばれ、ヘテロ二量体形成を有利にし、ホモ二量体形成を不利にする立体効果をもたらすアミノ酸工学を指し、任意で使用することもできる;これはしばしば、「ノブアンドホール」と呼ばれ、USSN 61/596,846、Ridgway et al.,Protein Engineering 9(7):617(1996)、Atwell et al.,J.Mol.Biol.1997270:26、米国特許第8,216,805号に記載されるようなものであり、これらの全ては参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。これらの図は、「ノブアンドホール」に依存するいくつかの「単量体A−単量体B」対を特定する。さらに、Merchant et al.,Nature Biotech.16:677(1998)に記載されているように、これらの「ノブアンドホール」変異は、ヘテロ二量体化に対するスキュー形成のためのジスルフィド連結と組み合わせることができる。   One mechanism, commonly referred to in the art as “knob and hole”, refers to amino acid engineering that provides steric effects that favor heterodimer formation and disadvantageate homodimer formation, optionally It can also be used; this is often referred to as “knob and hall” and is described in USSN 61 / 596,846, Ridgway et al. , Protein Engineering 9 (7): 617 (1996), Atwell et al. , J .; Mol. Biol. 1997270: 26, US Pat. No. 8,216,805, all of which are hereby incorporated by reference in their entirety. These figures identify several “monomer A-monomer B” pairs that depend on “knob and hole”. In addition, Merchant et al. , Nature Biotech. 16: 677 (1998), these “knob and hole” mutations can be combined with disulfide linkages for skew formation for heterodimerization.

ヘテロ二量体の生成に使用されるさらなる機構は、参照によりその全てが本明細書に組み込まれるGunasekaran et al.,J.Biol.Chem.285(25):19637(2010)に記載されているように、しばしば「静電ステアリング」と呼ばれる。これは、本明細書において、しばしば「電荷対」と呼ばれる。この実施形態では、静電学を使用して、ヘテロ二量体化に向けて形成をスキューさせる。当業者には理解されるように、これらはまた、pI、したがって精製に影響を及ぼす可能性を有し、したがって場合によってはpI変異と見なすこともできる。しかしながら、これらはヘテロ二量体化を強制するために生成され、精製手段として使用されなかったので、それらは「立体変異」として分類される。これらには、D221R/P228R/K409Rと対になったD221E/P228E/L368E(例えば、これらは「単量体の対応セット」である)、およびC220R/E224R/P228R/K409Rと対になったC220E/P228E/368Eが含まれるがこれらに限定されない。   Additional mechanisms used for the generation of heterodimers are described in Gunasekaran et al., Which is incorporated herein by reference in its entirety. , J .; Biol. Chem. 285 (25): 19637 (2010), often referred to as “electrostatic steering”. This is often referred to herein as a “charge pair”. In this embodiment, electrostatics is used to skew the formation towards heterodimerization. As will be appreciated by those skilled in the art, they also have the potential to affect pI, and thus purification, and therefore can be considered as pI mutations in some cases. However, they are classified as “steric mutations” because they were generated to force heterodimerization and were not used as a purification tool. These include D221E / P228E / L368E paired with D221R / P228R / K409R (eg, these are “corresponding sets of monomers”), and C220E paired with C220R / E224R / P228R / K409R. / P228E / 368E is included, but is not limited thereto.

さらなる単量体Aおよび単量体Bの変異は、本明細書に概説されるpI変異または参照により本明細書に明確に組み込まれるUS2012/0149876の図37、図および図説および配列番号に示される他の立体変異などの他の変異と、任意の量で任意で独立に組み合わせることができる。   Additional monomer A and monomer B mutations are shown in FIG. 37, Figure and Figure and SEQ ID NO. Of US2012 / 0149876, which is specifically incorporated herein by reference, or the pI mutation outlined herein. It can be arbitrarily and independently combined with other mutations such as other steric mutations in any amount.

いくつかの実施形態において、本明細書に概説される立体変異は、任意で独立していずれかのpI変異(またはFc変異、FcRn変異などの他の変異)を一方または両方の単量体に組み込むことができ、独立して任意で本発明のタンパク質に含めるかまたは除外することができる。   In some embodiments, the steric variation outlined herein is optionally independently of any pI mutation (or other mutation, such as an Fc mutation, FcRn mutation) in one or both monomers. Can be incorporated independently and optionally included or excluded from the proteins of the invention.

適切なスキュー変異のリストは、多くの実施形態において特に有用いくつかの対を示す図4に見られる。多くの実施形態において特に有用であるのは、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、およびT366S/L368A/Y407V:T366W(任意で架橋ジスルフィドT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cを含む)を含むがこれらに限定されないセットの対である。命名法に関して、対「S364K/E357Q:L368D/K370S」は、一方の単量体が二重変異セットS364K/E357Qを有し、他方が二重変異セットL368D/K370Sを有することを意味し、上述のように、これらの対の「撚り度」は出発pIに依存する。   A list of suitable skew mutations can be found in FIG. 4, which shows some pairs that are particularly useful in many embodiments. Particularly useful in many embodiments are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S: S364K, L368E / K370S: S364K, T411T / E360E / Q362E: D401K, L368D / K370S: S364K / E A pair of sets including, but not limited to, S364K / E357Q, and T366S / L368A / Y407V: T366W (optionally bridged disulfide T366S / L368A / Y407V / Y349C: T366W / S354C). Regarding nomenclature, the pair “S364K / E357Q: L368D / K370S” means that one monomer has the double mutation set S364K / E357Q and the other has the double mutation set L368D / K370S, as described above. As such, the “twist” of these pairs depends on the starting pI.

C.ヘテロ二量体のpI(等電点)変異
一般に、当業者には理解されるように、pI変異には2つの一般的なカテゴリーがある:タンパク質のpIを増加させるもの(塩基性変化)とタンパク質のpIを減少させるもの(酸性変化)。本明細書中に記載されるように、これらの変異の全ての組み合わせがなされ得る:一方の単量体は野生型、または野生型と顕著に異なるpIを示さない変異であり得、他方がより塩基性またはより酸性のいずれかであり得る。代替的に、各単量体は、1つがより塩基性に、1つがより酸性へと変化する。
C. Heterodimeric pI (isoelectric point) mutations As is generally understood by those skilled in the art, there are two general categories of pI mutations: those that increase the pI of a protein (basic changes) and Those that reduce the pI of proteins (acidic changes). As described herein, all combinations of these mutations can be made: one monomer can be wild-type or a mutation that does not exhibit a pi significantly different from wild-type, and the other is more It can be either basic or more acidic. Alternatively, each monomer changes one to be more basic and one to be more acidic.

pI変異の好ましい組み合わせを、5に示す。本明細書に概説し、図に示すように、これらの変化はIgG1と比較して示されているが、全てのアイソタイプをこのように変更することができ、アイソタイプハイブリッドも同様である。重鎖定常ドメインがIgG2〜4に由来する場合、R133EおよびR133Qもまた使用され得る。   A preferred combination of pI mutations is shown in 5. As outlined herein and shown in the figure, these changes are shown relative to IgG1, but all isotypes can be changed in this way, as are isotype hybrids. If the heavy chain constant domain is derived from IgG2-4, R133E and R133Q can also be used.

一実施形態では、例えば、ボトルオープナーフォーマットにおいて、pI変異の好ましい組み合わせは、208D/295E/384D/418E/421D変異(ヒトIgG1と比較するときN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D)を含む1つの単量体(負のFab側)と、(GKPGS)を含む正に荷電したscFvリンカーを含む第2の単量体(正のscFv側)とを有する。しかしながら、当業者には理解されるように、第1の単量体は208位を含むCH1ドメインを含む。したがって、CH1ドメインを含まないコンストラクト(例えば、デュアルscFvフォーマットにおいて、ドメインの1つにCH1ドメインを利用しないヘテロ二量体Fc融合タンパク質の場合)において、好ましい負のpI変異Fcセットは、295E/384D/418E/421D変異(ヒトIgG1と比較するときQ295E/N384D/Q418E/N421D)を含む。 In one embodiment, for example, in a bottle opener format, a preferred combination of pI mutations includes one that includes the 208D / 295E / 384D / 418E / 421D mutation (N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D when compared to human IgG1). It has a monomer (negative Fab side) and a second monomer (positive scFv side) containing a positively charged scFv linker containing (GKPGS) 4 . However, as will be appreciated by those skilled in the art, the first monomer comprises a CH1 domain containing position 208. Thus, in constructs that do not include a CH1 domain (eg, in the case of a heterodimeric Fc fusion protein that does not utilize a CH1 domain for one of the domains in a dual scFv format), the preferred negative pI mutant Fc set is 295E / 384D / 418E / 421D mutation (Q295E / N384D / Q418E / N421D when compared to human IgG1).

したがって、いくつかの実施形態では、一方の単量体は図5からの置換のセットを有し、他方の単量体は荷電リンカー(フォーマットが指示するようにその単量体がscFvまたは荷電ドメインリンカーを含むため、荷電scFvリンカーの形態のいずれかで)を有する。   Thus, in some embodiments, one monomer has a set of substitutions from FIG. 5 and the other monomer is a charged linker (the monomer is a scFv or charged domain as the format indicates In order to include a linker, it has a charged scFv linker form).

1.アイソタイプ変異
さらに、本発明の多くの実施形態は、あるIgGアイソタイプから別のIgGアイソタイプへの特定の位置でのpIアミノ酸の「移入」に依存し、したがって、変異体に望ましくない免疫原性が導入される可能性を低減または排除する。これらのいくつかは、参照により本明細書に組み込まれている、米国特許出願公開第2014/0370013号の図21に示されている。すなわち、IgG1は、高いエフェクター機能を含む様々な理由から治療用抗体の一般的なアイソタイプである。しかしながら、IgG1の重鎖定常領域は、IgG2のそれよりも高いpIを有する(8.10対7.31)。特定の位置でIgG2残基をIgG1骨格に導入することによって、得られる単量体のpIは低下(または上昇)し、さらにより長い血清半減期を示す。例えば、IgG1は137位にグリシン(pI5.97)を有し、IgG2はグルタミン酸(pI3.22)を有し、グルタミン酸を移入すると、得られるタンパク質のpIに影響を与える。以下に記載されるように、変異抗体のpIに顕著な影響を与えるためには、一般にいくつかのアミノ酸置換が必要とされる。しかしながら、IgG2分子中の変化でさえも血清半減期の増加を可能にすることが以下に論じられるように留意されるべきである。
1. In addition, many embodiments of the present invention rely on the “import” of a pI amino acid at a specific position from one IgG isotype to another, thus introducing unwanted immunogenicity into the variant. Reduce or eliminate the possibility of being Some of these are shown in FIG. 21 of US Patent Application Publication No. 2014/0370013, which is hereby incorporated by reference. That is, IgG1 is a common isotype of therapeutic antibodies for a variety of reasons including high effector function. However, the heavy chain constant region of IgG1 has a higher pI than that of IgG2 (8.10 vs. 7.31). By introducing an IgG2 residue at a specific position into the IgG1 backbone, the pi of the resulting monomer is reduced (or increased) and exhibits an even longer serum half-life. For example, IgG1 has glycine (pI 5.97) at position 137, IgG2 has glutamic acid (pI 3.22), and the transfer of glutamic acid affects the pI of the resulting protein. As described below, several amino acid substitutions are generally required to significantly affect the pi of the mutant antibody. However, it should be noted as discussed below that even changes in the IgG2 molecule allow for an increase in serum half-life.

他の実施形態では、得られるタンパク質の全体的な荷電状態を低下させるため(例えば、より高いpIアミノ酸からより低いpIアミノ酸へと変化させることによる)、または以下でより詳細に説明するように、安定性などのための構造調整を可能にするため、非アイソタイプのアミノ酸変化をなす。   In other embodiments, to reduce the overall charge state of the resulting protein (eg, by changing from a higher pI amino acid to a lower pI amino acid), or as described in more detail below, Non-isotype amino acid changes are made to allow structural adjustments such as for stability.

さらに、重鎖定常ドメインと軽鎖定常ドメインの両方をpI操作することによって、ヘテロ二量体の各単量体における顕著な変化を見ることができる。本明細書で論じるように、2つの単量体のpIが少なくとも0.5だけ異なることは、イオン交換クロマトグラフィーもしくは等電点電気泳動、または等電点に感受性の他の方法による分離を可能にし得る。   Furthermore, significant changes in each monomer of the heterodimer can be seen by pI manipulation of both heavy and light chain constant domains. As discussed herein, the pi of the two monomers differing by at least 0.5 allows for separation by ion exchange chromatography or isoelectric focusing, or other methods sensitive to isoelectric point Can be.

D.pIを計算する
各単量体のpIは、変異型重鎖定常ドメインのpIならびに変異型重鎖定常ドメインおよび融合パートナーを含む単量体全体のpIに依存し得る。したがって、いくつかの実施形態において、pIの変化は、米国特許出願公開第2014/0370013号の図19のチャートを用いて、変異型重鎖定常ドメインに基づいて計算される。本明細書で論じるように、どの単量体を操作するかは、一般に、Fv領域および足場領域の固有のpIによって決定される。代替的に、各単量体のpIを比較することができる。
D. Calculate the pI The pI of each monomer can depend on the pI of the mutant heavy chain constant domain and the pI of the entire monomer including the mutant heavy chain constant domain and the fusion partner. Accordingly, in some embodiments, the change in pI is calculated based on the mutated heavy chain constant domain using the chart of FIG. 19 of US Patent Application Publication No. 2014/0370013. As discussed herein, which monomer to manipulate is generally determined by the intrinsic pI of the Fv region and the scaffold region. Alternatively, the pi of each monomer can be compared.

E.pI変異もまたインビボ連結においてより優れたFcRnを付与する
pI変異が単量体のpIを減少させる場合、それらはインビボでの血清保持を改善するというさらなる利点を有することができる。
E. pI mutations also confer better FcRn upon in vivo ligation If pI mutations reduce monomeric pI, they can have the additional advantage of improving serum retention in vivo.

まだ検討中ではあるが、エンドソーム内のpH6でFcRnに連結するとFcが隔離されるため、Fc領域はインビボでより長い半減期を有すると考えられている(Ghetie and Ward,1997 Immunol Today.18(12):592−598、全体が参照により組み込まれる)。次いでエンドソーム区画はFcを細胞表面にリサイクルする。区画が細胞外空間に開くと、約7.4のより高いpHが、血中へのFcの放出を誘導する。マウスにおいて、Dall’ Acqua et al.は、pH6およびpH7.4でのFcRn連結が増加したFc変異は実際に低下した血清濃度および野生型Fcと同一の半減期を有することを示した(Dall’ Acqua et al.2002,J.Immunol.169:5171−5180、参照によりその全体が組み込まれる)。pH7.4でのFcRnに対するFcの親和性の増加は、血中へのFcの放出を妨げると考えられる。したがって、インビボでのFcの半減期を増加させるFc変異は、理想的には、より高いpHでのFcの放出をなお可能にしながら、より低いpHでのFcRn連結を増加させる。アミノ酸ヒスチジンは、6.0〜7.4のpH範囲でその荷電状態を変化させる。それ故、Fc/FcRn複合体中の重要な位置にHis残基を見出すことは驚くべきことではない。   Although still under investigation, the Fc region is thought to have a longer half-life in vivo since it is sequestered when linked to FcRn at endosomal pH 6 (Ghetie and Ward, 1997 Immunol Today. 18 ( 12): 592-598, which is incorporated by reference in its entirety). The endosomal compartment then recycles Fc to the cell surface. As the compartment opens into the extracellular space, a higher pH of about 7.4 induces the release of Fc into the blood. In mice, Dall 'Acqua et al. Showed that Fc mutations with increased FcRn ligation at pH 6 and pH 7.4 actually had reduced serum concentrations and the same half-life as wild-type Fc (Dall'Acqua et al. 2002, J. Immunol 169: 5171-5180, which is incorporated by reference in its entirety). Increased Fc affinity for FcRn at pH 7.4 is believed to prevent release of Fc into the blood. Thus, Fc mutations that increase Fc half-life in vivo ideally increase FcRn ligation at lower pH while still allowing release of Fc at higher pH. The amino acid histidine changes its charge state in the pH range of 6.0 to 7.4. It is therefore not surprising to find His residues at key positions in the Fc / FcRn complex.

最近、より低い等電点を有する可変領域を有する抗体もまたより長い血清半減期を有し得ることが示唆されている(Igawa et al.,2010 PEDS.23(5):385−392、参照により全てが本明細書に組み込まれる)。しかしながら、この機構は未だよくわかっていない。さらに、可変領域は抗体ごとに異なる。本明細書中に記載されるように、pIが減少しそして半減期が延長した定常領域変異は、抗体の薬物動態学的性質を改善するためのよりモジュール的なアプローチを提供するであろう。   Recently, it has been suggested that antibodies with variable regions with lower isoelectric points may also have longer serum half-lives (see Igawa et al., 2010 PEDS. 23 (5): 385-392). All of which are incorporated herein by reference. However, this mechanism is still not well understood. Furthermore, the variable region varies from antibody to antibody. As described herein, constant region mutations with reduced pi and increased half-life will provide a more modular approach to improve the pharmacokinetic properties of antibodies.

F.追加の機能性のための追加のFc変異
pIアミノ酸変異に加えて、1つ以上のFcγR受容体への連結の改変、FcRn受容体への連結の改変等を含むがこれらに限定されない、様々な理由で実施することができるいくつかの有用なFcアミノ酸改変が存在する。
F. Additional Fc mutations for additional functionality In addition to pI amino acid mutations, a variety of modifications include, but are not limited to, modification of linkage to one or more FcγR receptors, modification of linkage to FcRn receptors, etc. There are several useful Fc amino acid modifications that can be implemented for reasons.

したがって、本発明のタンパク質は、pI変異および立体変異を含む、本明細書に概説したヘテロ二量体化変異を含むアミノ酸修飾を含むことができる。各組の変異は独立してそして任意で特定のヘテロ二量体タンパク質に含み得るかまたはそれから除外し得る。   Accordingly, the proteins of the invention can include amino acid modifications that include heterodimerization mutations outlined herein, including pI mutations and steric mutations. Each set of mutations can be included independently or optionally excluded from a particular heterodimeric protein.

G.FcγR変異
FcγR受容体のうちの1つ以上への連結を改変するために実施され得るいくつかの有用なFc置換が存在する。連結の増加および連結の減少をもたらす置換が有用であり得る。例えば、FcγRIIIaへの連結の増加は、一般に、ADCC(抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性、すなわち、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の連結抗体を認識し、その後、標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介性反応)の増加をもたらすことが知られている。同様に、いくつかの状況下では、FcγRIIb(抑制性受容体)への連結の減少も有益であり得る。本発明で有用なアミノ酸置換には、USSN11/124,620(特に図41)、USSN11/174,287、USSN11/396,495、USSN11/538,406に列挙されるものが含まれ、これらの全ては、それらの全体が、具体的にはその中に開示される変異が参照により、明示的に本明細書に組み込まれる。使用される特定の変異には、236A、239D、239E、332E、332D、239D/332E、267D、267E、328F、267E/328F、236A/332E、239D/332E/330Y、239D、332E/330L、243A、243L、264A、264V、および299Tが含まれるがこれらに限定されない。
G. FcγR mutations There are several useful Fc substitutions that can be made to alter the linkage to one or more of the FcγR receptors. Substitutions that result in increased linkage and reduced linkage may be useful. For example, increased linkage to FcγRIIIa generally results in ADCC (antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity, ie non-specific cytotoxic cells expressing FcγR recognize the linked antibody on the target cell, It is known to lead to an increase in cell-mediated reactions that cause target cell lysis. Similarly, under some circumstances, reduced linkage to FcγRIIb (inhibitory receptor) may be beneficial. Amino acid substitutions useful in the present invention include those listed in USSN 11 / 124,620 (particularly FIG. 41), USSN 11 / 174,287, USSN 11 / 396,495, USSN 11 / 538,406, all of which Are expressly incorporated herein by reference in their entirety, specifically the mutations disclosed therein. Specific mutations used include 236A, 239D, 239E, 332E, 332D, 239D / 332E, 267D, 267E, 328F, 267E / 328F, 236A / 332E, 239D / 332E / 330Y, 239D, 332E / 330L, 243A 243L, 264A, 264V, and 299T.

さらに、参照によりその全ての内容が本明細書に組み込まれるUSSN12/341,769に具体的に開示されているように、434S、434A、428L、308F、259I、428L/434S、259I/308F、436I/428L、436IまたはV/434S、436V/428L、および259I/308F/428Lを含むがこれらに限定されない、FcRn受容体への連結の増加および血清半減期の増加に使用される追加のFc置換が存在する。   Further, as specifically disclosed in USSN 12 / 341,769, the entire contents of which are incorporated herein by reference, 434S, 434A, 428L, 308F, 259I, 428L / 434S, 259I / 308F, 436I. Additional Fc substitutions used to increase linkage to FcRn receptors and increase serum half-life include, but are not limited to, / 428L, 436I or V / 434S, 436V / 428L, and 259I / 308F / 428L Exists.

H.除去変異
同様に、機能的変異の別のカテゴリーは「FcγR除去変異」または「Fcノックアウト(FcKOまたはKO)変異である。これらの実施形態では、いくつかの治療用途のために、さらなる作用機序を回避するために、1つ以上または全てのFcγ受容体(例えば、FcγR1、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIIaなど)へのFcドメインの正常な連結を低減または除去することが望ましい。これは、例えば、多くの実施形態において、特に、Fcドメインのうちの1つが1つ以上のFcγ受容体除去変異を含むように、FCγRIIIa連結を除去してADCC活性を除去または顕著に減少させることが望ましい二重特異性免疫調節抗体の使用においてである。これらの除去変異は図6に示されており、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択される除去変異を用いる好ましい態様で、各々が独立して任意で含まれるか除外することができる。本明細書で言及される除去変異は、FcγR連結を除去するが、一般にはFcRn連結を除去しないことに留意されたい。
H. Similarly, another category of functional mutations are “FcγR excision mutations” or “Fc knockout (FcKO or KO) mutations. In these embodiments, additional mechanisms of action are available for some therapeutic uses. It is desirable to reduce or eliminate normal linkage of the Fc domain to one or more or all Fcγ receptors (eg, FcγR1, FcγRIIa, FcγRIIb, FcγRIIIa, etc.). In particular, it is desirable to remove FCγRIIIa linkage to remove or significantly reduce ADCC activity, particularly such that one of the Fc domains contains one or more Fcγ receptor excision mutations. In the use of immunomodulating antibodies, these excision mutations are shown in FIG. L328R, E233P / L234V / L235A / G236del / S239K, E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, E233P / L234V / L235A / G236del / S239K / A327G, E233P / L235G / S235 / In preferred embodiments using a deletion mutation selected from the group consisting of / L235A / G236del, each can be optionally included or excluded independently, wherein the deletion mutations referred to herein remove FcγR linkages. However, it should be noted that it generally does not remove FcRn linkages.

I.ヘテロ二量体とFc変異の組み合わせ
当業者には理解されるように、列挙されたヘテロ二量体化変異(スキューおよび/またはpI変異を含む)は全て、それらの「撚り度」または「単量体分配」を保持する限り任意の方法で任意で独立に組み合わせることができる。さらに、これらの変異は全て、ヘテロ二量体化フォーマットのいずれにも組み合わせることができる。
I. Combinations of Heterodimers and Fc Mutations As will be appreciated by those skilled in the art, all listed heterodimerization mutations (including skew and / or pI mutations) are all their “twist” or “single” As long as the “mer distribution” is maintained, it can be arbitrarily and independently combined in any manner. Furthermore, all of these mutations can be combined in any of the heterodimerization formats.

pI変異の場合、特に使用される実施形態が図面に示されているが、精製を促進するために2つの単量体間のpIの差異を変えるという基本的な規則に従って、他の組み合わせを生成できる。   In the case of pI mutations, the embodiment specifically used is shown in the drawing, but other combinations are generated according to the basic rule of changing the pI difference between the two monomers to facilitate purification. it can.

さらに、ヘテロ二量体化変異、スキュー、およびpIのいずれも、本明細書で一般的に概説されるように、Fc除去変異、Fc変異、FcRn変異と独立して任意で組み合わせることができる。   Furthermore, any of the heterodimerization mutations, skews, and pIs can optionally be combined independently of Fc removal mutations, Fc mutations, FcRn mutations, as generally outlined herein.

VII.本発明の有用なフォーマット
当業者によって理解および以下でより完全に説明するように、一般的に図2に示されているように、本発明の二重特異性のヘテロ二量体抗体は、多種多様な構成をとることができる。いくつかの図は、分子の一方の「アーム」に1つのタイプの特異性があり、他方の「アーム」に異なる特異性がある「シングルエンド」構成を示す。他の図は、分子の「上部」に少なくとも1つのタイプの特異性があり、分子の「下部」に1つ以上の異なる特異性がある「デュアルエンド」構成を示す。したがって、本発明は、異なる第1および第2の抗原と同時連結する新規な免疫グロブリン組成物に関する。
VII. Useful Formats of the Invention As understood by those skilled in the art and more fully described below, as generally shown in FIG. Various configurations are possible. Some figures show a “single-ended” configuration in which one “arm” of the molecule has one type of specificity and the other “arm” has a different specificity. Other figures show a “dual-end” configuration where there is at least one type of specificity at the “top” of the molecule and one or more different specificities at the “bottom” of the molecule. Accordingly, the present invention relates to novel immunoglobulin compositions that co-link with different first and second antigens.

当業者によって理解されるように、本発明のヘテロ二量体フォーマット(図2を参照されたい)は、異なる原子価を有することができ、かつ二重特異性である。すなわち、本発明の抗体は、チェックポイント標的が1つのABDによって連結され、そして共刺激標的が第2のABDによって連結される、二価および二重特異性であり得る(例えば、ヘテロ二量体であるボトルオープナー形式)、またはホモ二量体である二重特異性mAbを参照)。ヘテロ二量体抗体はまた、三価および二重特異性であり得、ここで、第1の抗原は2つのABDによって連結され、および第2の抗原は第2のABDによって連結される(例えば、中央−scFvフォーマットおよびトライデントフォーマットを参照)。ヘテロ二量体抗体はまた、二重特異性および四価(例えば、中央scFv2フォーマットおよびDVD−Igフォーマットなど)であり得る。   As will be appreciated by those skilled in the art, the heterodimeric format of the present invention (see FIG. 2) can have different valences and is bispecific. That is, an antibody of the invention can be bivalent and bispecific (eg, heterodimers) in which the checkpoint target is linked by one ABD and the costimulatory target is linked by a second ABD. A bottle opener format), or a bispecific mAb that is a homodimer). Heterodimeric antibodies can also be trivalent and bispecific, where the first antigen is linked by two ABDs and the second antigen is linked by a second ABD (eg, , See central-scFv format and trident format). Heterodimeric antibodies can also be bispecific and tetravalent (eg, central scFv2 format and DVD-Ig format).

同様に、DVD−Igフォーマットおよび中央−scFv2フォーマットを除いて、抗体は一般に、共刺激標的が一価連結するようにフォーマットされている。   Similarly, with the exception of the DVD-Ig format and the central-scFv2 format, antibodies are generally formatted so that costimulatory targets are monovalently linked.

A.ボトルオープナーフォーマット
本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、「トリプルF」または「ボトルオープナー」の足場フォーマットである。この実施形態では、抗体の一方の重鎖は単鎖Fv(以下に定義されるように「scFv」)を含み、他方の重鎖は可変重鎖および軽鎖を含む「通常の」Fabフォーマットである。この構造は、ボトルオープナーと視覚的におおよその類似性があるため、本明細書ではしばしば「トリプルF」フォーマット(scFv−Fab−Fc)または「ボトルオープナー」フォーマットと呼ばれる。以下により十分に記載されるように、ヘテロ二量体抗体の形成を促進する定常領域(例えば、Fcドメイン、CH1ドメインおよび/またはヒンジ領域)におけるアミノ酸変異の使用によって2つの鎖は一緒にされる。
A. Bottle Opener Format One heterodimeric scaffold specifically used in the present invention is a “Triple F” or “Bottle Opener” scaffold format. In this embodiment, one heavy chain of the antibody comprises a single chain Fv (“scFv” as defined below) and the other heavy chain in a “normal” Fab format comprising variable heavy and light chains. is there. This structure is often referred to herein as the “triple F” format (scFv-Fab-Fc) or “bottle opener” format because of its visual approximate similarity to the bottle opener. As described more fully below, the two chains are brought together by the use of amino acid mutations in constant regions that facilitate the formation of heterodimeric antibodies (eg, Fc domain, CH1 domain and / or hinge region). .

現在の「トリプルF」フォーマットにはいくつかの明確な利点が存在する。当該技術分野で知られているように、2つのscFvコンストラクトに依存する抗体類似体はしばしば安定性および凝集の問題を有し、それは本発明において「通常の」重鎖および軽鎖の対形成の付加により軽減できる。さらに、2つの重鎖と2つの軽鎖に依存するフォーマットとは対照的に、重鎖と軽鎖の誤った対形成(例えば、軽鎖2と対形成する重鎖1など)の問題が存在しない。   There are several distinct advantages to the current “Triple F” format. As is known in the art, antibody analogs that rely on two scFv constructs often have stability and aggregation problems, which in the present invention is the “normal” heavy and light chain pairing. It can be reduced by adding. In addition, there is a problem of mispairing heavy chain and light chain (eg heavy chain 1 paired with light chain 2) as opposed to a format that relies on two heavy chains and two light chains. do not do.

本明細書に概説した実施形態の多くは、一般に、scFvリンカー(多くは荷電されているが、全ての場合ではない)を用いて共有連結した可変重鎖および可変軽鎖のドメインを含む、scFvを含む第1の単量体を含むボトルオープナーフォーマットに依存しており、scFvは、第1のFcドメインに通常ドメインリンカーを介して共有連結している(これは、本明細書に概説されるように、非荷電または荷電されていてもよく、外来性または内在性であってもよい(例えば、天然のヒンジドメインの全てまたは部分)。ボトルオープナーフォーマットの第2の単量体は重鎖であり、組成物はさらに軽鎖を含む。   Many of the embodiments outlined herein generally include variable heavy and variable light chain domains covalently linked using scFv linkers (many charged, but not all). The scFv is covalently linked to the first Fc domain, usually via a domain linker (this is outlined herein). As such, it may be uncharged or charged, exogenous or endogenous (eg, all or part of a natural hinge domain) The second monomer in the bottle opener format is a heavy chain Yes, the composition further comprises a light chain.

さらに、ボトルオープナーフォーマットのFcドメインは、一般にスキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含む)を含み、任意で荷電scFvリンカー(図8に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含む)を含む。   In addition, the bottle opener format Fc domain generally contains skew mutations (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and particularly useful skew mutations are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S. : S364K, L368E / K370S: S364K, T411T / E360E / Q362E: D401K, L368D / K370S: S364K / E357L, K370S: S364K / E357Q, T366S / L368A / Y367V: T366S / T366 / 36 Selected from the group consisting of S354C, optionally including a deletion mutation (including that shown in FIG. 6), optionally including a charged scFv linker (including that shown in FIG. 8), Includes pI mutations (including those shown in FIG. 5).

いくつかの実施形態では、ボトルオープナーフォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態では、以下を含むボトルオープナーフォーマットを含む:a)荷電scFvリンカー(いくつかの実施形態で好ましい、図8の+H配列を有する)、スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、および本明細書に概説される一つの標的に連結するFvを含む第1の単量体(「scFv単量体」)、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、および、可変軽鎖ドメインと共に、本明細書に概説される第2の標的に連結するFvを作製する可変重鎖ドメインを含む、第2の単量体(「Fab単量体」)、c)軽鎖。この特定の実施形態では、適切な単量体Fv対には、ICOS×PD−1、ICOS×PD−L1、ICOS×CTLA−4、ICOS×LAG−3、ICOS×TIM−3、ICOS×BTLA、ICOS×TIGIT、TIGIT×ICOS、PD−1×ICOS、PD−L1×ICOS、CTLA−4×ICOS、LAG−3×ICOS、TIM−3×ICOS、BTLA×ICOS、OX40×TIGIT、OX40×PD−1、OX40×PD−L1、OX40×CTLA−4、OX40×LAG−3、OX40×TIM−3、OX40×BTLA、TIGIT×OX40、PD−1×OX40、PD−L1×OX40、CTLA−4×OX40、LAG−3×OX40、TIM−3×OX40、BTLA×OX40、GITR×TIGIT、GITR×PD−1、GITR×PD−L1、GITR×CTLA−4、GITR×LAG−3、GITR×TIM−3、GITR×BTLA、TIGIT×GITR、PD−1×GITR、PD−L1×GITR、CTLA−4×GITR、LAG−3×GITR、TIM−3×GITR、BTLA×GITR、4−1BB×TIGIT、4−1BB×PD−1、4−1BB×PD−L1、4−1BB×CTLA−4、4−1BB×LAG−3、4−1BB×TIM−3、4−1BB×BTLA、TIGIT×4−1BB、PD−1×4−1BB、PD−L1×4−1BB、CTLA−4×4−1BB、LAG−3×4−1BB、TIM−3×4−1BB、およびBTLA×4−1BBが含まれる(Fabを最初に列挙し、scFvを2番目に列挙する)。   In some embodiments, the bottle opener format includes a skew mutation, a pi mutation, and a removal mutation. Thus, some embodiments include a bottle opener format that includes: a) a charged scFv linker (preferred in some embodiments, having the + H sequence of FIG. 8), skew mutation S364K / E357Q, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and a first monomer (“scFv monomer”) that contains Fv linked to one target outlined herein, b) skew mutation L368D / K370S, pI Along with the mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, the removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and a variable light chain domain that creates an Fv that links to the second target outlined herein A second monomer comprising a heavy chain domain "Fab monomer"), c) the light chain. In this particular embodiment, suitable monomeric Fv pairs include ICOS × PD-1, ICOS × PD-L1, ICOS × CTLA-4, ICOS × LAG-3, ICOS × TIM-3, ICOS × BTLA. ICOS x TIGIT, TIGIT x ICOS, PD-1 x ICOS, PD-L1 x ICOS, CTLA-4 x ICOS, LAG-3 x ICOS, TIM-3 x ICOS, BTLA x ICOS, OX40 x TIGIT, OX40 x PD -1, OX40 × PD-L1, OX40 × CTLA-4, OX40 × LAG-3, OX40 × TIM-3, OX40 × BTLA, TIGIT × OX40, PD-1 × OX40, PD-L1 × OX40, CTLA-4 × OX40, LAG-3 × OX40, TIM-3 × OX40, BTLA × OX40, GITR × TIGIT, GITR × PD-1, GITR × PD-L1, GITR × CTLA-4, GITR × LAG-3, GITR × TIM-3, GITR × BTLA, TIGIT × GITR, PD-1 × GITR, PD-L1 × GITR, CTLA -4 × GITR, LAG-3 × GITR, TIM-3 × GITR, BTLA × GITR, 4-1BB × TIGIT, 4-1BB × PD-1, 4-1BB × PD-L1, 4-1BB × CTLA-4 4-1BB × LAG-3, 4-1BB × TIM-3, 4-1BB × BTLA, TIGIT × 4-1BB, PD-1 × 4-1BB, PD-L1 × 4-1BB, CTLA-4 × 4 -1BB, LAG-3x4-1BB, TIM-3x4-1BB, and BTLAx4-1BB are included (Fab listed first, scFv listed second).

したがって、いくつかの実施形態では、以下を含むボトルオープナーフォーマットを含む:a)荷電scFvリンカー(いくつかの実施形態で好ましい、図8の+H配列を有する)、スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、および本明細書に概説される一つの標的に連結するFvを含む第1の単量体(「scFv単量体」)、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、および、可変軽鎖ドメインと共に、本明細書に概説される第2の標的に連結するFvを作製する可変重鎖ドメインを含む、第2の単量体(「Fab単量体」)、c)軽鎖。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   Thus, some embodiments include a bottle opener format that includes: a) a charged scFv linker (preferred in some embodiments, having the + H sequence of FIG. 8), skew mutation S364K / E357Q, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and a first monomer (“scFv monomer”) that contains Fv linked to one target outlined herein, b) skew mutation L368D / K370S, pI Along with the mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, the removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and a variable light chain domain that creates an Fv that links to the second target outlined herein A second monomer comprising a heavy chain domain "Fab monomer"), c) the light chain. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

いくつかの実施形態では、ボトルオープナーフォーマットはスキュー変異、pI変異、除去変異、およびFcRn変異を含む。したがって、いくつかの実施形態では、以下を含むボトルオープナーフォーマットを含む:a)荷電scFvリンカー(いくつかの実施形態で好ましい、図8の+H配列を有する)、スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434S、および本明細書に概説される第1の受容体(共刺激受容体またはチェックポイント受容体のいずれか)に連結するFvを含む第1の単量体(「scFv単量体」)、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434S、および、可変軽鎖ドメインと共に、本明細書に概説される第2の受容体(共刺激受容体またはチェックポイント受容体のうちの他方)に連結するFvを作製する可変重鎖ドメインを含む、第2の単量体(「Fab単量体」)、c)軽鎖。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some embodiments, the bottle opener format includes a skew mutation, a pi mutation, a removal mutation, and an FcRn mutation. Thus, some embodiments include a bottle opener format that includes: a) a charged scFv linker (preferred in some embodiments, having the + H sequence of FIG. 8), skew mutation S364K / E357Q, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, FcRn mutation M428L / N434S, and a first comprising an Fv linked to a first receptor outlined herein (either a costimulatory receptor or a checkpoint receptor) Monomer ("scFv monomer"), b) skew mutation L368D / K370S, pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, FcRn mutation M428L / N43 S and, together with the variable light chain domain, includes a variable heavy chain domain that creates an Fv linked to the second receptor outlined herein (the other of the costimulatory receptor or the checkpoint receptor) A second monomer (“Fab monomer”), c) a light chain. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

具体的には、図9は、本発明において使用され得るFv配列を欠いているいくつかのボトルオープナー「骨格」配列を示す。すなわち、scFv部分およびFab部分のFv配列は、ICOSとPD−1、ICOSとCTLA−4、ICOSとLAG−3、ICOSとTIM−3、ICOSとPD−L1、ICOSとBTLA、ICOSとTIGIT、GITRとTIGIT、GITRとPD−1、GITRとCTLA−4、GITRとLAG−3、GITRとTIM−3、GITRとPD−L1、GITRとBTLA、OX40とPD−1、OX40とTIGIT、OX40とCTLA−4、IC OX40 OSとLAG−3、OX40とTIM−3、OX40とPD−L1、OX40とBTLA、4−1BBとPD−1、4−1BBとCTLA−4、4−1BBとLAG−3、4−1BBとTIM−3、4−1BBとPD−L1、TIGITと4−1BB、および4−1BBとBTLAの任意の組み合わせから使用することができ、骨格1から10のいずれかまたは全てと組み合わせられ、これらの組み合わせで特に骨格1が使用される。   Specifically, FIG. 9 shows several bottle opener “backbone” sequences that lack Fv sequences that can be used in the present invention. That is, the Fv sequences of the scFv part and the Fab part are ICOS and PD-1, ICOS and CTLA-4, ICOS and LAG-3, ICOS and TIM-3, ICOS and PD-L1, ICOS and BTLA, ICOS and TIGIT, GITR and TIGIT, GITR and PD-1, GITR and CTLA-4, GITR and LAG-3, GITR and TIM-3, GITR and PD-L1, GITR and BTLA, OX40 and PD-1, OX40 and TIGIT, OX40 CTLA-4, IC OX40 OS and LAG-3, OX40 and TIM-3, OX40 and PD-L1, OX40 and BTLA, 4-1BB and PD-1, 4-1BB and CTLA-4, 4-1BB and LAG- 3, 4-1BB and TIM-3, 4-1BB and PD-L1, TIGIT and 4-1BB, and And any combination of 4-1BB and BTLA can be used, combined with any or all of skeletons 1 to 10, and skeleton 1 is particularly used in these combinations.

(任意で428L/434Sの変異を含む)図9からのボトルオープナー骨格1に関して、本発明における使用の具体的なFvの組合せには、ICOSとPD−1、ICOSとPD−L1、およびICOSとCTLA−4が含まれる。   With respect to the bottle opener scaffold 1 from FIG. 9 (optionally including the 428L / 434S mutation), specific Fv combinations for use in the present invention include ICOS and PD-1, ICOS and PD-L1, and ICOS CTLA-4 is included.

(任意で428L/434Sの変異を含む)図9からのボトルオープナー骨格1に関して、ヒトICOSに連結する具体的なABDには、[ICOS]_H0L0および[ICOS]H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものが含まれるがこれらには限定されない。   For the bottle opener scaffold 1 from FIG. 9 (optionally including the 428L / 434S mutation), specific ABDs linked to human ICOS include [ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0, and FIGS. 20, those shown in FIGS. 24, 68, and 77, and those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665. It is not limited.

(任意で428L/434Sの変異を含む)図9からのボトルオープナー骨格1に関して、ヒトGITRに連結する具体的なABDには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   For the bottle opener scaffold 1 from FIG. 9 (optionally including the 428L / 434S mutation), specific ABDs linked to human GITR include those in FIGS. 18, 72, and 73, and SEQ ID NO: 26282. -26290, but are not limited to these.

(任意で428L/434Sの変異を含む)図9からのボトルオープナー骨格1に関して、OX40に連結する具体的なABDには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   For the bottle opener backbone 1 from FIG. 9 (optionally including the 428L / 434S mutation), specific ABDs linked to OX40 are listed in FIGS. 17, 72 and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281. However, it is not limited to these.

(任意で428L/434Sの変異を含む)図9からのボトルオープナー骨格1に関して、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   For the bottle opener scaffold 1 from FIG. 9 (optionally including the 428L / 434S mutation), specific ABDs linked to human 4-1BB include FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NO: 26262. 2671, but is not limited thereto.

(任意で428L/434Sの変異を含む)図9からのボトルオープナー骨格1に関して、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDには、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432が含まれるがこれらには限定されない。   With respect to the bottle opener backbone 1 from FIG. 9 (optionally including the 428L / 434S mutation), specific ABDs linked to human PD-L1 include FIGS. 15, 73 and 78, and SEQ ID NO: 3961- 4432, but is not limited to.

具体的なボトルオープナーの実施形態は以下に概説される。   Specific bottle opener embodiments are outlined below.

B.mAb−Fvフォーマット
本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、mAb−Fvフォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、一方の単量体への「追加の」可変重鎖ドメインのC末端連結および他方の単量体への「追加の」可変軽鎖ドメインのC末端連結の使用に依存し、したがって第3抗原連結ドメイン(すなわち「追加の」Fvドメイン)を形成し、2つの単量体のFab部分が1つのチェックポイント標的に連結し、そして「追加の」Fvドメインが共刺激標的に連結する。
B. mAb-Fv format One heterodimeric scaffold particularly used in the present invention is the mAb-Fv format. In this embodiment, the format involves the use of a C-terminal linkage of an “additional” variable heavy chain domain to one monomer and a C-terminal linkage of an “additional” variable light chain domain to the other monomer. Dependent, thus forming a third antigen linking domain (ie, an “additional” Fv domain), the two monomeric Fab portions linking to one checkpoint target, and the “additional” Fv domain co-stimulating Link to the target.

この態様において、第1の単量体は、第1の可変重鎖ドメインおよび第1のFcドメインを含む第1の定常重鎖ドメインを含む第1の重鎖を含み、第1の可変軽鎖ドメインはドメインリンカーを用いて第1のFcドメインのC末端に共有連結する(vh1−CH1−ヒンジ−CH2−CH3−[任意のリンカー]−vl2)。第2の単量体は、第2の可変重鎖ドメイン、第2のFcドメインを含む第2の定常重鎖ドメイン、およびドメインリンカーを用いて第2のFcドメインのC末端に共有連結する第3の可変重鎖ドメインを含む(vh1−CH1−ヒンジ−CH2−CH3−[任意のリンカー]−vh2)。この実施形態はさらに、可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む共通の軽鎖を利用し、これらは重鎖と会合して2つの同一のFvを含む2つの同一のFabを形成する。2つのC末端連結可変ドメインは、「追加の」第3のFvを構成する。本明細書中の多くの実施形態に関して、これらのコンストラクトは、本明細書中に所望され記載されるように、スキュー変異、pI変異、除去変異、さらなるFc変異などを含む。この実施形態では、適切なFv対には、ICOS×PD−1、ICOS×PD−L1、ICOS×CTLA−4、ICOS×LAG−3、ICOS×TIM−3、ICOS×BTLA、ICOS×TIGIT、TIGIT×ICOS、PD−1×ICOS、PD−L1×ICOS、CTLA−4×ICOS、LAG−3×ICOS、TIM−3×ICOS、BTLA×ICOS、OX40×TIGIT、OX40×PD−1、OX40×PD−L1、OX40×CTLA−4、OX40×LAG−3、OX40×TIM−3、OX40×BTLA、TIGIT×OX40、PD−1×OX40、PD−L1×OX40、CTLA−4×OX40、LAG−3×OX40、TIM−3×OX40、BTLA×OX40、GITR×TIGIT、GITR×PD−1、GITR×PD−L1、GITR×CTLA−4、GITR×LAG−3、GITR×TIM−3、GITR×BTLA、TIGIT×GITR、PD−1×GITR、PD−L1×GITR、CTLA−4×GITR、LAG−3×GITR、TIM−3×GITR、BTLA×GITR、4−1BB×TIGIT、4−1BB×PD−1、4−1BB×PD−L1、4−1BB×CTLA−4、4−1BB×LAG−3、4−1BB×TIM−3、4−1BB×BTLA、TIGIT×4−1BB、PD−1×4−1BB、PD−L1×4−1BB、CTLA−4×4−1BB、LAG−3×4−1BB、TIM−3×4−1BB、およびBTLA×4−1BBが含まれる(Fabを最初に列挙し、「追加の」Fvを2番目に列挙する)。   In this embodiment, the first monomer comprises a first heavy chain comprising a first constant heavy chain domain comprising a first variable heavy chain domain and a first Fc domain, wherein the first variable light chain The domain is covalently linked to the C-terminus of the first Fc domain using a domain linker (vh1-CH1-hinge-CH2-CH3- [optional linker] -vl2). The second monomer is covalently linked to the C-terminus of the second Fc domain using a second variable heavy chain domain, a second constant heavy chain domain comprising a second Fc domain, and a domain linker. Contains three variable heavy chain domains (vh1-CH1-hinge-CH2-CH3- [optional linker] -vh2). This embodiment further utilizes a common light chain that includes a variable light chain domain and a constant light chain domain, which associate with the heavy chain to form two identical Fabs comprising two identical Fvs. The two C-terminal linking variable domains constitute an “additional” third Fv. For many embodiments herein, these constructs include skew mutations, pI mutations, elimination mutations, additional Fc mutations, etc., as desired and described herein. In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, ICOS × PD-L1, ICOS × CTLA-4, ICOS × LAG-3, ICOS × TIM-3, ICOS × BTLA, ICOS × TIGIT, TIGIT × ICOS, PD-1 × ICOS, PD-L1 × ICOS, CTLA-4 × ICOS, LAG-3 × ICOS, TIM-3 × ICOS, BTLA × ICOS, OX40 × TIGIT, OX40 × PD-1, OX40 × PD-L1, OX40 × CTLA-4, OX40 × LAG-3, OX40 × TIM-3, OX40 × BTLA, TIGIT × OX40, PD-1 × OX40, PD-L1 × OX40, CTLA-4 × OX40, LAG- 3 × OX40, TIM-3 × OX40, BTLA × OX40, GITR × TIGIT, GITR × PD-1, ITR × PD-L1, GITR × CTLA-4, GITR × LAG-3, GITR × TIM-3, GITR × BTLA, TIGIT × GITR, PD-1 × GITR, PD-L1 × GITR, CTLA-4 × GITR, LAG-3 × GITR, TIM-3 × GITR, BTLA × GITR, 4-1BB × TIGIT, 4-1BB × PD-1, 4-1BB × PD-L1, 4-1BB × CTLA-4, 4-1BB × LAG-3, 4-1BB × TIM-3, 4-1BB × BTLA, TIGIT × 4-1BB, PD-1 × 4-1BB, PD-L1 × 4-1BB, CTLA-4 × 4-1BB, LAG- 3x4-1BB, TIM-3x4-1BB, and BTLAx4-1BB are included (Fab listed first, "additional" Fv listed second).

これらの組み合わせについてのABD配列は、配列表に開示されている通りでも図に示されている通りでもよい。   The ABD sequences for these combinations may be as disclosed in the sequence listing or as shown in the figure.

さらに、mAb−FvフォーマットのFcドメインは、スキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含むエラー!参照元が見つかりません。)を含み、任意で荷電scFvリンカー(図8に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含むエラー!参照元が見つかりません。)を含む。   In addition, the Fb domain in mAb-Fv format contains a skew mutation (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and particularly useful skew mutations are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S. : S364K, L368E / K370S: S364K, T411T / E360E / Q362E: D401K, L368D / K370S: S364K / E357L, K370S: S364K / E357Q, T366S / L368A / Y367V: T366S / T366 / 36 Optionally selected from the group consisting of S354C, including a deletion mutation (error including those shown in FIG. 6! No referrer found), and optionally a charged scFv linker (shown in FIG. 8) Includes including) from, comprising a heavy chain is pI mutations (errors, including those shown in FIG. 5! No reference source is found.).

いくつかの実施形態では、mAb−Fvフォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むmAb−Fvフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖ドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1の受容体(共刺激受容体またはチェックポイント受容体のいずれか)に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖と共に第2の受容体(共刺激またはチェックポイント受容体の他方)に連結するFv(ABD)を構成する第2の可変軽鎖を含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。このフォーマットのいくつかの実施形態において特に有用なものは、(Fab−scFvの順で)ICOS×PD−1、PD−1×ICOS、PD−L1×ICOS、ICOS×PD−L1、GITR×PD−1、OX40×PD−1および4−1BB×PD−1である。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some embodiments, the mAb-Fv format includes a skew mutation, a pi mutation, and a removal mutation. Accordingly, some embodiments comprise a mAb-Fv format comprising: a) a skew variable S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, wherein the first variable light chain of the light chain A first monomer comprising a first variable heavy chain domain and a second variable heavy chain domain that together with the domain comprise an Fv linked to a first checkpoint inhibitor, b) skew mutation L368D / K370S, a first receptor as outlined herein, comprising a pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, a deletion mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, together with a first variable light chain domain ( Either costimulatory receptors or checkpoint receptors) A first variable heavy chain domain that constitutes an Fv to be coupled, and a second variable heavy chain that together with the second variable heavy chain constitutes an Fv (ABD) linked to a second receptor (the other of a costimulatory or checkpoint receptor) A second monomer comprising a variable light chain, and c) a light chain comprising a first variable light chain domain and a constant light chain domain. Particularly useful in some embodiments of this format are ICOS × PD-1, PD-1 × ICOS, PD-L1 × ICOS, ICOS × PD-L1, GITR × PD (in the order of Fab-scFv). -1, OX40 × PD-1 and 4-1BB × PD-1. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

いくつかの実施形態では、mAb−Fvフォーマットはスキュー変異、pI変異、除去変異、およびFcRn変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むmAb−Fvフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖ドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖と共に第2のチェックポイント阻害剤に連結するFv(ABD)を構成する第2の可変軽鎖を含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。このフォーマットのいくつかの実施形態において特に有用なものは、(Fab−scFvの順で)ICOS×PD−1、ICOS×PD−L1、GITR×PD−1、OX40×PD−1および4−1BB×PD−1である。   In some embodiments, the mAb-Fv format comprises a skew mutation, a pi mutation, a removal mutation, and an FcRn mutation. Accordingly, some embodiments comprise a mAb-Fv format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, an FcRn mutation M428L / N434S, and a light chain A first monomer comprising a first variable heavy chain domain and a first variable heavy chain domain comprising an Fv linked to a first checkpoint inhibitor together with a first variable light chain domain, b) Including skew mutation L368D / K370S, pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, FcRn mutation M428L / N434S, together with the first variable light chain domain As outlined in A first variable heavy chain domain constituting an Fv linked to a first checkpoint inhibitor, and a second variable heavy chain constituting an Fv (ABD) linked to a second checkpoint inhibitor. A second monomer comprising a variable light chain, and c) a light chain comprising a first variable light chain domain and a constant light chain domain. Particularly useful in some embodiments of this format are ICOS × PD-1, ICOS × PD-L1, GITR × PD-1, OX40 × PD-1 and 4-1BB (in the order of Fab-scFv). × PD-1.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1と類似するmAb−Fv配列に関して、ヒトICOSに連結する具体的なABDは、[ICOS]_H0L0および[ICOS]_H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものである。   For mAb-Fv sequences similar to mAb-scFv backbone 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S), specific ABDs linked to human ICOS are [ICOS] _H0L0 and [ICOS] _H0.66_L0, and 19, 20, 24, 68, and 77, and those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1と類似するmAb−のFv配列に関して、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDは、図15、図73、および図78に示されるもの、ならびに配列番号3961〜4432に示されるものである。   With respect to Fb sequences of mAb-similar to mAb-scFv scaffold 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S), specific ABDs linked to human PD-L1 are shown in FIGS. 15, 73, and 78. As well as those shown in SEQ ID NOs: 3961-4432.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1と類似するmAb−のFv配列に関して、ヒトGITRに連結する具体的なABDは、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されるものである。   Specific ABDs linked to human GITR with respect to Fb sequences of mAb-similar to mAb-scFv backbone 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S) are those in FIGS. 18, 72, and 73. As well as those listed in SEQ ID NOs: 26282 to 26290.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1と類似するmAb−のFv配列に関して、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDは、図16、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26262〜2671中のものである。   With respect to the Fb sequence of mAb-similar to mAb-scFv backbone 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S), specific ABDs linked to human 4-1BB are shown in FIGS. 16, 72, and 73. As well as those in SEQ ID NOs: 26262 to 2671.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1と類似するmAb−のFv配列に関して、ヒトOX40に連結する具体的なABDは、図17、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されるものである。   Specific ABDs linked to human OX40 for mAb-Fv sequences similar to mAb-scFv backbone 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S) are those in FIGS. 17, 72, and 73. As well as those listed in SEQ ID NOs: 26272-26281.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1と類似するmAb−のFv配列に関して、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDは、図15、図73、および図78からのもの、ならびに配列番号3961〜4432からのものである。   With respect to Fb sequences of mAb-similar to mAb-scFv scaffold 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S), specific ABDs linked to human PD-L1 are from FIGS. 15, 73, and 78. As well as those from SEQ ID NOs: 3961-4432.

C.mAb−scFv
本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、mAb−scFvフォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、単量体の1つへのscFvのC末端連結の使用に依存し、したがって第3の抗原連結ドメインを形成し、ここで、2つの単量体のFab部分は1つの受容体標的と連結し、「追加の」scFvドメインは他方の受容体標的(一般的に一価連結した共刺激受容体)に連結する。
C. mAb-scFv
One heterodimeric scaffold specifically used in the present invention is the mAb-scFv format. In this embodiment, the format relies on the use of a scFv C-terminal linkage to one of the monomers, thus forming a third antigen-binding domain, where the Fab portions of the two monomers are Linked to one receptor target, the “additional” scFv domain is linked to the other receptor target (generally a monovalently linked costimulatory receptor).

この実施形態では、第1の単量体は、いずれかの配向で、scFv可変軽鎖ドメイン、scFvリンカーおよびscFv可変重鎖ドメインを含むC末端共有連結scFvを有する第1の重鎖(可変重鎖ドメインおよび定常ドメインを含む)を含む(vh1−CH1−ヒンジ−CH2−CH3−[任意のリンカー]−vh2−scFvリンカー−vl2またはvh1−CH1−ヒンジ−CH2−CH3−[任意のリンカー]−vl2−scFvリンカー−vh2)。この実施形態はさらに、可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む共通の軽鎖を利用し、これらは重鎖と会合して標的受容体の1つに連結する2つの同一のFabを形成する。本明細書中の多くの実施形態に関して、これらのコンストラクトは、本明細書中に所望され記載されるように、スキュー変異、pI変異、除去変異、さらなるFc変異などを含む。この実施形態では、適切なFv対には、ICOS×PD−1、ICOS×PD−L1、ICOS×CTLA−4、ICOS×LAG−3、ICOS×TIM−3、ICOS×BTLA、ICOS×TIGIT、TIGIT×ICOS、PD−1×ICOS、PD−L1×ICOS、CTLA−4×ICOS、LAG−3×ICOS、TIM−3×ICOS、BTLA×ICOS、OX40×TIGIT、OX40×PD−1、OX40×PD−L1、OX40×CTLA−4、OX40×LAG−3、OX40×TIM−3、OX40×BTLA、TIGIT×OX40、PD−1×OX40、PD−L1×OX40、CTLA−4×OX40、LAG−3×OX40、TIM−3×OX40、BTLA×OX40、GITR×TIGIT、GITR×PD−1、GITR×PD−L1、GITR×CTLA−4、GITR×LAG−3、GITR×TIM−3、GITR×BTLA、TIGIT×GITR、PD−1×GITR、PD−L1×GITR、CTLA−4×GITR、LAG−3×GITR、TIM−3×GITR、BTLA×GITR、4−1BB×TIGIT、4−1BB×PD−1、4−1BB×PD−L1、4−1BB×CTLA−4、4−1BB×LAG−3、4−1BB×TIM−3、4−1BB×BTLA、TIGIT×4−1BB、PD−1×4−1BB、PD−L1×4−1BB、CTLA−4×4−1BB、LAG−3×4−1BB、TIM−3×4−1BB、およびBTLA×4−1BBが含まれる(Fabを最初に列挙し、scFvを2番目に列挙する)。   In this embodiment, the first monomer is a first heavy chain (variable heavy) having a C-terminal covalently linked scFv comprising an scFv variable light chain domain, an scFv linker and an scFv variable heavy chain domain in either orientation. (Including chain domain and constant domain) (vh1-CH1-hinge-CH2-CH3- [optional linker] -vh2-scFv linker-vl2 or vh1-CH1-hinge-CH2-CH3- [optional linker]- vl2-scFv linker-vh2). This embodiment further utilizes a common light chain comprising a variable light chain domain and a constant light chain domain, which associates with the heavy chain to form two identical Fabs linked to one of the target receptors. . For many embodiments herein, these constructs include skew mutations, pI mutations, elimination mutations, additional Fc mutations, etc., as desired and described herein. In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, ICOS × PD-L1, ICOS × CTLA-4, ICOS × LAG-3, ICOS × TIM-3, ICOS × BTLA, ICOS × TIGIT, TIGIT × ICOS, PD-1 × ICOS, PD-L1 × ICOS, CTLA-4 × ICOS, LAG-3 × ICOS, TIM-3 × ICOS, BTLA × ICOS, OX40 × TIGIT, OX40 × PD-1, OX40 × PD-L1, OX40 × CTLA-4, OX40 × LAG-3, OX40 × TIM-3, OX40 × BTLA, TIGIT × OX40, PD-1 × OX40, PD-L1 × OX40, CTLA-4 × OX40, LAG- 3 × OX40, TIM-3 × OX40, BTLA × OX40, GITR × TIGIT, GITR × PD-1, ITR × PD-L1, GITR × CTLA-4, GITR × LAG-3, GITR × TIM-3, GITR × BTLA, TIGIT × GITR, PD-1 × GITR, PD-L1 × GITR, CTLA-4 × GITR, LAG-3 × GITR, TIM-3 × GITR, BTLA × GITR, 4-1BB × TIGIT, 4-1BB × PD-1, 4-1BB × PD-L1, 4-1BB × CTLA-4, 4-1BB × LAG-3, 4-1BB × TIM-3, 4-1BB × BTLA, TIGIT × 4-1BB, PD-1 × 4-1BB, PD-L1 × 4-1BB, CTLA-4 × 4-1BB, LAG- 3x4-1BB, TIM-3x4-1BB, and BTLAx4-1BB are included (Fab listed first, scFv listed second).

これらの組み合わせについてのABD配列は、配列表に開示されている通りでも図に示されている通りでもよい。   The ABD sequences for these combinations may be as disclosed in the sequence listing or as shown in the figure.

さらに、mAb−scFvフォーマットのFcドメインは、スキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含む)を含み、任意で荷電scFvリンカー(図8に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含むエラー!参照元が見つかりません。)を含む。   In addition, the Fb domain in mAb-scFv format contains a skew mutation (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and particularly useful skew mutations are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S. : S364K, L368E / K370S: S364K, T411T / E360E / Q362E: D401K, L368D / K370S: S364K / E357L, K370S: S364K / E357Q, T366S / L368A / Y367V: T366S / T366 / 36 Selected from the group consisting of S354C, optionally including a deletion mutation (including that shown in FIG. 6), optionally including a charged scFv linker (including that shown in FIG. 8), wherein the heavy chain is p Mutations, including the (error including those shown in FIG. 5! Reference source not found.).

いくつかの実施形態では、mAb−scFvフォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むボトルオープナーフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の受容体に連結するscFvを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some embodiments, the mAb-scFv format includes a skew mutation, a pi mutation, and a removal mutation. Accordingly, some embodiments include a bottle opener format comprising: a) a skew variable S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and the first variable light chain domain of the light chain And a first monomer comprising a first variable heavy chain domain constituting an Fv linked to a first receptor and an scFv linked to a second receptor, b) a skew mutation L368D / K370S, pI The mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, including the removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, together with a first variable light chain domain, linked to a first receptor as outlined herein A second monomer comprising a first variable heavy chain domain comprising an Fv , And c) light chain comprising a first variable light chain domain and the constant light chain domain. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

いくつかの実施形態では、mAb−scFvフォーマットはスキュー変異、pI変異、除去変異、およびFcRn変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むmAb−scFvフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の受容体に連結するscFvを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。   In some embodiments, the mAb-scFv format comprises a skew mutation, a pi mutation, a removal mutation, and an FcRn mutation. Thus, some embodiments comprise a mAb-scFv format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, an FcRn mutation M428L / N434S, A first monomer comprising, together with a first variable light chain domain, a first variable heavy chain domain constituting an Fv linked to a first receptor and an scFv linked to a second receptor, b) Including skew mutation L368D / K370S, pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, FcRn mutation M428L / N434S, together with the first variable light chain domain No. as outlined in First second monomer comprising the variable heavy chain domain, and c) light chain comprising a first variable light chain domain and the constant light chain domain constituting the Fv that couples to the checkpoint inhibitors.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1において、ヒトICOSに連結する具体的なABDは、図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものである。   In the mAb-scFv scaffold 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S), specific ABDs linked to human ICOS are those shown in FIG. 19, FIG. 20, FIG. 24, FIG. 68, and FIG. And those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1において、ヒトGITRに連結する具体的なABDは、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されるものである。   In the mAb-scFv backbone 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S), specific ABDs linked to human GITR are shown in FIG. 18, FIG. 72, and FIG. 73, as well as SEQ ID NOs: 26282-26290. Listed.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1において、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDは、図16、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26262〜2671中のものを含む。   In the mAb-scFv scaffold 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S), specific ABDs linked to human 4-1BB include those in FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NO: 26262 Including those in 2671.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1において、ヒトOX−40に連結する具体的なABDは、図17、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されるものである。   In the mAb-scFv backbone 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S), specific ABDs linked to human OX-40 include those in FIGS. 17, 72, and 73, and SEQ ID NO: 26272 26281.

(任意でM428L/N434S含む)図75からのmAb−scFv骨格1において、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDは、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432を含む。   In the mAb-scFv scaffold 1 from FIG. 75 (optionally including M428L / N434S), specific ABDs linked to human PD-L1 include FIGS. 15, 73 and 78, and SEQ ID NOs: 3961-4432 .

D.中央scFv
本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、中央−scFvフォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、挿入されたscFvドメインの使用に依存し、したがって第3の抗原連結ドメインを形成し、ここで、2つの単量体のFab部分は1つの受容体標的と連結し、「追加の」scFvドメインは別のもの(同様に、一般的に一価連結した共刺激受容体)に連結する。scFvドメインは、Fcドメインと単量体のうちの1つのCH1−Fv領域との間に挿入され、したがって第3の抗原連結ドメインを提供する。
D. Central scFv
One heterodimeric scaffold specifically used in the present invention is the central-scFv format. In this embodiment, the format relies on the use of an inserted scFv domain, thus forming a third antigen-binding domain, where the two monomeric Fab portions are linked to one receptor target. , The “additional” scFv domain is linked to another (also typically a monovalently linked costimulatory receptor). The scFv domain is inserted between the Fc domain and the CH1-Fv region of one of the monomers, thus providing a third antigen linking domain.

この実施形態では、1つの単量体は、scFv可変軽鎖ドメイン、scFvリンカーおよびscFv可変重鎖ドメインを含むscFvと共に、第1の可変重鎖ドメイン、CH1ドメイン(および任意のヒンジ)ならびにFcドメインを含む第1の重鎖を含む。scFvは、任意のドメインリンカーを使用して、重鎖定常ドメインのCH1ドメインのC末端と第1のFcドメインのN末端との間に共有連結している(vh1−CH1−[任意のリンカー]−vh2−scFvリンカー−vl2−[ヒンジを含む任意のリンカー]−CH2−CH3、またはscFvとは逆の配向、vh1−CH1−[任意のリンカー]−vl2−scFvリンカー−vh2−[ヒンジを含む任意のリンカー]−CH2−CH3)。いくつかの実施形態では、任意選択のリンカーはヒンジまたはその断片である。他の単量体は標準的なFab側(例えば、vh1−CH1−ヒンジ−CH2−CH3)である。この実施形態はさらに、可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む共通の軽鎖を利用し、これらは重鎖と会合してチェックポイント阻害剤に連結する2つの同一のFabを形成する。本明細書中の多くの実施形態に関して、これらのコンストラクトは、本明細書中に所望され記載されるように、スキュー変異、pI変異、除去変異、さらなるFc変異などを含む。この実施形態では、適切なFv対には、ICOS×PD−1、ICOS×PD−L1、ICOS×CTLA−4、ICOS×LAG−3、ICOS×TIM−3、ICOS×BTLA、ICOS×TIGIT、TIGIT×ICOS、PD−1×ICOS、PD−L1×ICOS、CTLA−4×ICOS、LAG−3×ICOS、TIM−3×ICOS、BTLA×ICOS、OX40×TIGIT、OX40×PD−1、OX40×PD−L1、OX40×CTLA−4、OX40×LAG−3、OX40×TIM−3、OX40×BTLA、TIGIT×OX40、PD−1×OX40、PD−L1×OX40、CTLA−4×OX40、LAG−3×OX40、TIM−3×OX40、BTLA×OX40、GITR×TIGIT、GITR×PD−1、GITR×PD−L1、GITR×CTLA−4、GITR×LAG−3、GITR×TIM−3、GITR×BTLA、TIGIT×GITR、PD−1×GITR、PD−L1×GITR、CTLA−4×GITR、LAG−3×GITR、TIM−3×GITR、BTLA×GITR、4−1BB×TIGIT、4−1BB×PD−1、4−1BB×PD−L1、4−1BB×CTLA−4、4−1BB×LAG−3、4−1BB×TIM−3、4−1BB×BTLA、TIGIT×4−1BB、PD−1×4−1BB、PD−L1×4−1BB、CTLA−4×4−1BB、LAG−3×4−1BB、TIM−3×4−1BB、およびBTLA×4−1BBが含まれる(Fabを最初に列挙し、scFvを2番目に列挙する)。   In this embodiment, one monomer is a first variable heavy chain domain, a CH1 domain (and any hinge) and an Fc domain, together with a scFv comprising a scFv variable light chain domain, a scFv linker and a scFv variable heavy chain domain. A first heavy chain comprising The scFv is covalently linked between the C-terminus of the CH1 domain of the heavy chain constant domain and the N-terminus of the first Fc domain using an optional domain linker (vh1-CH1- [optional linker] -Vh2-scFv linker-vl2- [any linker including hinge] -CH2-CH3, or the opposite orientation to scFv, vh1-CH1- [optional linker] -vl2-scFv linker-vh2- [including hinge Optional linker] -CH2-CH3). In some embodiments, the optional linker is a hinge or fragment thereof. The other monomer is the standard Fab side (eg, vh1-CH1-hinge-CH2-CH3). This embodiment further utilizes a common light chain comprising a variable light chain domain and a constant light chain domain, which associate with the heavy chain to form two identical Fabs linked to a checkpoint inhibitor. For many embodiments herein, these constructs include skew mutations, pI mutations, elimination mutations, additional Fc mutations, etc., as desired and described herein. In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, ICOS × PD-L1, ICOS × CTLA-4, ICOS × LAG-3, ICOS × TIM-3, ICOS × BTLA, ICOS × TIGIT, TIGIT × ICOS, PD-1 × ICOS, PD-L1 × ICOS, CTLA-4 × ICOS, LAG-3 × ICOS, TIM-3 × ICOS, BTLA × ICOS, OX40 × TIGIT, OX40 × PD-1, OX40 × PD-L1, OX40 × CTLA-4, OX40 × LAG-3, OX40 × TIM-3, OX40 × BTLA, TIGIT × OX40, PD-1 × OX40, PD-L1 × OX40, CTLA-4 × OX40, LAG- 3 × OX40, TIM-3 × OX40, BTLA × OX40, GITR × TIGIT, GITR × PD-1, ITR × PD-L1, GITR × CTLA-4, GITR × LAG-3, GITR × TIM-3, GITR × BTLA, TIGIT × GITR, PD-1 × GITR, PD-L1 × GITR, CTLA-4 × GITR, LAG-3 × GITR, TIM-3 × GITR, BTLA × GITR, 4-1BB × TIGIT, 4-1BB × PD-1, 4-1BB × PD-L1, 4-1BB × CTLA-4, 4-1BB × LAG-3, 4-1BB × TIM-3, 4-1BB × BTLA, TIGIT × 4-1BB, PD-1 × 4-1BB, PD-L1 × 4-1BB, CTLA-4 × 4-1BB, LAG- 3x4-1BB, TIM-3x4-1BB, and BTLAx4-1BB are included (Fab listed first, scFv listed second).

これらの組み合わせについてのABD配列は、配列表に開示されている通りでも図に示されている通りでもよい。   The ABD sequences for these combinations may be as disclosed in the sequence listing or as shown in the figure.

さらに、中央scFvフォーマットのFcドメインは、一般にスキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含む)を含み、任意で荷電scFvリンカー(図8に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含む)を含む。   In addition, the Fc domain of the central scFv format generally contains a skew mutation (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and particularly useful skew mutations are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S. : S364K, L368E / K370S: S364K, T411T / E360E / Q362E: D401K, L368D / K370S: S364K / E357L, K370S: S364K / E357Q, T366S / L368A / Y367V: T366S / T366 / 36 Selected from the group consisting of S354C, optionally including a deletion mutation (including that shown in FIG. 6), optionally including a charged scFv linker (including that shown in FIG. 8), wherein the heavy chain is Including I mutations (including those shown in FIG. 5).

いくつかの実施形態では、中央scFvフォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含む中央scFvフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第2の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some embodiments, the central scFv format includes a skew mutation, a pi mutation, and a removal mutation. Thus, some embodiments comprise a central scFv format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and the first variable light chain domain of the light chain And a first monomer comprising a first variable heavy chain domain constituting an Fv linked to a first receptor, b) a skew mutation L368D / K370S, a pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, A first variable heavy chain comprising an excision mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, together with a first variable light chain domain, comprising an Fv linked to a second receptor as outlined herein A second monomer comprising a domain, and c) a first variable light chain domain and Light chain comprising the constant light chain domain. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

いくつかの実施形態では、中央scFvフォーマットはスキュー変異、pI変異、除去変異、およびFcRn変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含む中央−scFvフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の受容体に連結するscFvドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。この実施形態では、適切なFv対は、ICOS×PD−1、PD−1×ICOS、ICOS×PD−L1、PD−L1×ICOS、ICOS×CTLA−4、およびCTLA−4×ICOSを含む(Fabを最初に列挙し、scFvを2番目に列挙する)。   In some embodiments, the central scFv format includes skew mutations, pI mutations, removal mutations, and FcRn mutations. Accordingly, some embodiments include a central-scFv format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, an FcRn mutation M428L / N434S, A first monomer comprising, together with a first variable light chain domain, a first variable heavy chain domain constituting an Fv linked to a first receptor, and an scFv domain linked to a second receptor; b ) Including skew mutation L368D / K370S, pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, FcRn mutation M428L / N434S, together with the first variable light chain domain, the present specification Will be outlined in the book A second monomer comprising a first variable heavy chain domain comprising an Fv linked to a first checkpoint inhibitor, and c) a light chain comprising a first variable light chain domain and a constant light chain domain . In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, PD-1 × ICOS, ICOS × PD-L1, PD-L1 × ICOS, ICOS × CTLA-4, and CTLA-4 × ICOS ( Fab is listed first and scFv is listed second).

図55の中央−scFv配列を使用する中央−scFv配列に関して、ICOSに連結する適切なFvは、図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものを含むがこれらに限定されない。   For the central-scFv sequence using the central-scFv sequence of FIG. 55, suitable Fvs linked to ICOS are those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and SEQ ID NOs: 27869- Including but not limited to those shown in 28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

図55の中央−scFv配列を使用する中央−scFv配列に関して、PD−L1に連結する適切なFvは、図15、図73、および図78に示されるもの、ならびに配列番号3961〜4432に示されるものを含むがこれらに限定されない。   With respect to the central-scFv sequence using the central-scFv sequence of FIG. 55, suitable Fvs that link to PD-L1 are shown in FIGS. 15, 73, and 78, and are shown in SEQ ID NOs: 3961-4432 Including, but not limited to.

図55の中央−scFv配列を使用する中央−scFv配列に関して、GITRに連結する適切なFvは、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されるものを含むがこれらに限定されない。   For the central-scFv sequence using the central-scFv sequence of FIG. 55, suitable Fvs that link to GITR are those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282-26290. Including but not limited to.

図55の中央−scFv配列を使用する中央−scFv配列に関して、OX40に連結する適切なFvは、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されるものを含むがこれらに限定されない。   For the central-scFv sequence using the central-scFv sequence of FIG. 55, suitable Fvs that link to OX40 include those listed in FIGS. 17, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281. It is not limited to.

図55の中央−scFv配列を使用する中央−scFv配列に関して、4−1BBに連結する適切なFvは、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671を含むがこれらに限定されない。   For a central-scFv sequence using the central-scFv sequence of FIG. 55, suitable Fvs that link to 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671. .

E.中央−scFv2
本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、二重特異性および三重特異性である、中央−scFv2フォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、2つの挿入されたscFvドメインの使用に依存し、したがって第3および第4の抗原連結ドメインを形成し、ここで、2つの単量体のFab部分は1つの受容体標的と連結し、「追加の」scFvドメインは別のものに連結する。scFvドメインは、単量体のFcドメインとCH1−Fv領域の間に挿入されている。
E. Middle-scFv2
One heterodimeric scaffold specifically used in the present invention is the central-scFv2 format, which is bispecific and trispecific. In this embodiment, the format relies on the use of two inserted scFv domains, thus forming third and fourth antigen-binding domains, where the two monomeric Fab portions are one receptor Linked to the body target, the “additional” scFv domain is linked to another. The scFv domain is inserted between the monomeric Fc domain and the CH1-Fv region.

この実施形態では、両方の単量体は、scFv可変軽鎖ドメイン、scFvリンカーおよびscFv可変重鎖ドメインを含むscFvと共に、第1の可変重鎖ドメイン、CH1ドメイン(および任意のヒンジ)ならびにFcドメインを含む第1の重鎖を含む。scFvは、任意のドメインリンカーを使用して、重鎖定常ドメインのCH1ドメインのC末端と第1のFcドメインのN末端との間に共有連結している(vh1−CH1−[任意のリンカー]−vh2−scFvリンカー−vl2−[ヒンジを含む任意のリンカー]−CH2−CH3、またはscFvとは逆の配向、vh1−CH1−[任意のリンカー]−vl2−scFvリンカー−vh2−[ヒンジを含む任意のリンカー]−CH2−CH3)。いくつかの実施形態では、任意選択のリンカーはヒンジまたはその断片である。この実施形態はさらに、可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む共通の軽鎖を利用し、これらは重鎖と会合して受容体に連結する2つの同一のFabを形成する。本明細書中の多くの実施形態に関して、これらのコンストラクトは、本明細書中に所望され記載されるように、スキュー変異、pI変異、除去変異、さらなるFc変異などを含む。この実施形態では、適切なFv対には、ICOS×PD−1、ICOS×PD−L1、ICOS×CTLA−4、ICOS×LAG−3、ICOS×TIM−3、ICOS×BTLA、ICOS×TIGIT、TIGIT×ICOS、PD−1×ICOS、PD−L1×ICOS、CTLA−4×ICOS、LAG−3×ICOS、TIM−3×ICOS、BTLA×ICOS、OX40×TIGIT、OX40×PD−1、OX40×PD−L1、OX40×CTLA−4、OX40×LAG−3、OX40×TIM−3、OX40×BTLA、TIGIT×OX40、PD−1×OX40、PD−L1×OX40、CTLA−4×OX40、LAG−3×OX40、TIM−3×OX40、BTLA×OX40、GITR×TIGIT、GITR×PD−1、GITR×PD−L1、GITR×CTLA−4、GITR×LAG−3、GITR×TIM−3、GITR×BTLA、TIGIT×GITR、PD−1×GITR、PD−L1×GITR、CTLA−4×GITR、LAG−3×GITR、TIM−3×GITR、BTLA×GITR、4−1BB×TIGIT、4−1BB×PD−1、4−1BB×PD−L1、4−1BB×CTLA−4、4−1BB×LAG−3、4−1BB×TIM−3、4−1BB×BTLA、TIGIT×4−1BB、PD−1×4−1BB、PD−L1×4−1BB、CTLA−4×4−1BB、LAG−3×4−1BB、TIM−3×4−1BB、およびBTLA×4−1BBが含まれる(Fabを最初に列挙し、scFvを2番目に列挙する)。   In this embodiment, both monomers have a first variable heavy chain domain, a CH1 domain (and optional hinge) and an Fc domain, together with an scFv comprising an scFv variable light chain domain, an scFv linker and an scFv variable heavy chain domain. A first heavy chain comprising The scFv is covalently linked between the C-terminus of the CH1 domain of the heavy chain constant domain and the N-terminus of the first Fc domain using an optional domain linker (vh1-CH1- [optional linker] -Vh2-scFv linker-vl2- [any linker including hinge] -CH2-CH3, or the opposite orientation to scFv, vh1-CH1- [optional linker] -vl2-scFv linker-vh2- [including hinge Optional linker] -CH2-CH3). In some embodiments, the optional linker is a hinge or fragment thereof. This embodiment further utilizes a common light chain comprising a variable light chain domain and a constant light chain domain, which associate with the heavy chain to form two identical Fabs that are linked to the receptor. For many embodiments herein, these constructs include skew mutations, pI mutations, elimination mutations, additional Fc mutations, etc., as desired and described herein. In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, ICOS × PD-L1, ICOS × CTLA-4, ICOS × LAG-3, ICOS × TIM-3, ICOS × BTLA, ICOS × TIGIT, TIGIT × ICOS, PD-1 × ICOS, PD-L1 × ICOS, CTLA-4 × ICOS, LAG-3 × ICOS, TIM-3 × ICOS, BTLA × ICOS, OX40 × TIGIT, OX40 × PD-1, OX40 × PD-L1, OX40 × CTLA-4, OX40 × LAG-3, OX40 × TIM-3, OX40 × BTLA, TIGIT × OX40, PD-1 × OX40, PD-L1 × OX40, CTLA-4 × OX40, LAG- 3 × OX40, TIM-3 × OX40, BTLA × OX40, GITR × TIGIT, GITR × PD-1, ITR × PD-L1, GITR × CTLA-4, GITR × LAG-3, GITR × TIM-3, GITR × BTLA, TIGIT × GITR, PD-1 × GITR, PD-L1 × GITR, CTLA-4 × GITR, LAG-3 × GITR, TIM-3 × GITR, BTLA × GITR, 4-1BB × TIGIT, 4-1BB × PD-1, 4-1BB × PD-L1, 4-1BB × CTLA-4, 4-1BB × LAG-3, 4-1BB × TIM-3, 4-1BB × BTLA, TIGIT × 4-1BB, PD-1 × 4-1BB, PD-L1 × 4-1BB, CTLA-4 × 4-1BB, LAG- 3x4-1BB, TIM-3x4-1BB, and BTLAx4-1BB are included (Fab listed first, scFv listed second).

これらの組み合わせについてのABD配列は、配列表に開示されている通りでも図に示されている通りでもよい。   The ABD sequences for these combinations may be as disclosed in the sequence listing or as shown in the figure.

さらに、中央scFv2フォーマットのFcドメインは、一般にスキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含む)を含み、任意で荷電scFvリンカー(図8に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含む)を含む。   In addition, the Fc domain of the central scFv2 format generally contains a skew mutation (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and particularly useful skew mutations are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S. : S364K, L368E / K370S: S364K, T411T / E360E / Q362E: D401K, L368D / K370S: S364K / E357L, K370S: S364K / E357Q, T366S / L368A / Y367V: T366S / T366 / 36 A heavy chain selected from the group consisting of S354C, optionally including a deletion mutation (including that shown in FIG. 6), optionally including a charged scFv linker (including that shown in FIG. 8); pI containing mutations (including those shown in FIG. 5).

いくつかの実施形態では、中央scFv2フォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含む中央scFvフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第2の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some embodiments, the central scFv2 format includes a skew mutation, a pi mutation, and a removal mutation. Thus, some embodiments comprise a central scFv format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and the first variable light chain domain of the light chain And a first monomer comprising a first variable heavy chain domain constituting an Fv linked to a first receptor, b) a skew mutation L368D / K370S, a pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, A first variable heavy chain comprising an excision mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, together with a first variable light chain domain, comprising an Fv linked to a second receptor as outlined herein A second monomer comprising a domain, and c) a first variable light chain domain and Light chain comprising the constant light chain domain. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

いくつかの実施形態では、中央scFv2フォーマットはスキュー変異、pI変異、除去変異、およびFcRn変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含む中央−scFvフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の受容体に連結するscFvドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。この実施形態では、適切なFv対は、ICOS×PD−1、PD−1×ICOS、ICOS×PD−L1、PD−L1×ICOS、ICOS×CTLA−4、およびCTLA−4×ICOSを含む(Fabを最初に列挙し、scFvを2番目に列挙する)。   In some embodiments, the central scFv2 format includes a skew mutation, a pi mutation, a removal mutation, and an FcRn mutation. Accordingly, some embodiments include a central-scFv format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, an FcRn mutation M428L / N434S, A first monomer comprising, together with a first variable light chain domain, a first variable heavy chain domain constituting an Fv linked to a first receptor, and an scFv domain linked to a second receptor; b ) Including skew mutation L368D / K370S, pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, FcRn mutation M428L / N434S, together with the first variable light chain domain, the present specification Will be outlined in the book A second monomer comprising a first variable heavy chain domain comprising an Fv linked to a first checkpoint inhibitor, and c) a light chain comprising a first variable light chain domain and a constant light chain domain . In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, PD-1 × ICOS, ICOS × PD-L1, PD-L1 × ICOS, ICOS × CTLA-4, and CTLA-4 × ICOS ( Fab is listed first, scFv is listed second).

図55の中央−scFv2配列を使用する中央−scFv2配列に関して、ICOSに連結する適切なFvは、図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものを含むがこれらに限定されない。   For the central-scFv2 sequence using the central-scFv2 sequence of FIG. 55, suitable Fvs linked to ICOS are those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and SEQ ID NOs: 27869- Including but not limited to those shown in 28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

図55の中央−scFv2配列を使用する中央−scFv2配列に関して、PD−L1に連結する適切なFvは、図15、図73、および図78に示されるもの、ならびに配列番号3961〜4432に示されるものを含むがこれらに限定されない。   For the central-scFv2 sequence using the central-scFv2 sequence of FIG. 55, suitable Fvs that link to PD-L1 are shown in FIGS. 15, 73, and 78, and are shown in SEQ ID NOs: 3961-4432 Including, but not limited to.

図55の中央−scFv配列を使用する中央−scFv2配列に関して、GITRに連結する適切なFvは、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されるものを含むがこれらに限定されない。   For the central-scFv2 sequence using the central-scFv sequence of FIG. 55, suitable Fvs that link to GITR are those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282-26290. Including but not limited to.

図55の中央−scFv配列を使用する中央−scFv2配列に関して、OX40に連結する適切なFvは、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されるものを含むがこれらに限定されない。   For the central-scFv2 sequence using the central-scFv sequence of FIG. 55, suitable Fvs that link to OX40 include those listed in FIGS. 17, 72, and 73 and SEQ ID NOs: 26272-26281. It is not limited to.

図55の中央−scFv配列を使用する中央−scFv2配列に関して、4−1BBに連結する適切なFvは、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671を含むがこれらに限定されない。   For a central-scFv2 sequence using the central-scFv sequence of FIG. 55, suitable Fvs that link to 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671. .

F.1アームのmAb
上記のように、驚くべきことにそして予想外に、標的に対する単一のABDを含む一価の共刺激抗体は、T細胞を活性化するのに有効性を示す。
F. 1 arm mAb
As mentioned above, surprisingly and unexpectedly, monovalent costimulatory antibodies comprising a single ABD against the target show efficacy in activating T cells.

したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、(安定性のために)ヘテロ二量体Fcドメインを含む図の図2Nに示すような、一価の単一特異性抗体を提供する。この実施形態では、この実施形態では、一方の単量体はFcドメインのみを含み、他方の単量体はHC(VH1−CH1−ヒンジ−CH2−CH3)である。この実施形態はさらに、可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖を利用し、これらは重鎖と会合してFabを形成する。本明細書中の多くの実施形態に関して、これらのコンストラクトは、本明細書中に所望され記載されるように、スキュー変異、pI変異、除去変異、さらなるFc変異などを含む。この実施形態において、適切なABDは、ICOS、GITR、OX40、または4−1BBなどの共刺激受容体に連結する。   Accordingly, in some embodiments, the present invention provides monovalent monospecific antibodies, as shown in FIG. 2N of the figure, that include (for stability) heterodimeric Fc domains. In this embodiment, in this embodiment, one monomer contains only the Fc domain and the other monomer is HC (VH1-CH1-hinge-CH2-CH3). This embodiment further utilizes a light chain comprising a variable light chain domain and a constant light chain domain, which associate with the heavy chain to form a Fab. For many embodiments herein, these constructs include skew mutations, pI mutations, elimination mutations, additional Fc mutations, etc., as desired and described herein. In this embodiment, a suitable ABD is linked to a costimulatory receptor such as ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB.

これらの組み合わせについてのABD配列は、配列表に開示されている通りでも図に示されている通りでもよい。   The ABD sequences for these combinations may be as disclosed in the sequence listing or as shown in the figure.

さらに、Fcドメインは、一般にスキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含む)を含む。   In addition, Fc domains generally contain skew mutations (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and particularly useful skew mutations are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S: S364K, L368E. / K370S: S364K, T411T / E360E / Q362E: D401K, L368D / K370S: S364K / E357L, K370S: S364K / E357Q, T366S / L368A / Y407V: T366W / T366S / L368V / 35 Optionally including a deletion mutation (including that shown in FIG. 6) and the heavy chain including a pI mutation (including that shown in FIG. 5).

いくつかの実施形態では、1アームのscFv−mAbフォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む第1の(Fc)単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような共刺激受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第2の単量体。   In some embodiments, the one-arm scFv-mAb format comprises a skew mutation, a pI mutation, and a removal mutation. Accordingly, some embodiments include a format comprising: a) a first (Fc) monomer comprising a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, b) a skew. Costimulatory receptor as outlined herein, including mutation L368D / K370S, pI mutation Q295E / N384D / Q418E / N421D, excision mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, together with a first variable light chain domain A second monomer comprising a first variable heavy chain domain comprising an Fv linked to the body.

このフォーマットにおいて、ヒトICOSに連結する具体的なABDには、[ICOS]_H0L0および[ICOS]H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human ICOS include [ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0, and those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and Examples include, but are not limited to, those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

このフォーマットにおいて、ヒトGITRに連結する具体的なABDには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs that link to human GITR include, but are not limited to, those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282 to 26290.

このフォーマットにおいて、OX40に連結する具体的なABDには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to OX40 include, but are not limited to, those listed in FIGS. 17, 72 and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281.

このフォーマットにおいて、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671.

このフォーマットにおいて、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDには、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human PD-L1 include, but are not limited to, FIGS. 15, 73, and 78, and SEQ ID NOs: 3961-4432.

具体的な「1アームのmAb」は、図面および配列表に示されている。   The specific “one arm mAb” is shown in the drawings and sequence listing.

G.二重特異性mAb
本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、二重特異性および三重特異性である、二重特異性mAbフォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、その後組み換えられる別々のホモ二量体抗体の作製に依存する。このフォーマットでは、1つのHC−LC対(VH1−CH1−ヒンジ−CH2−CH3およびVL1−LC)と第2のHc−LC対(VH2−CH1−ヒンジ−CH2−CH3およびVL2−LC)、例えば2つの異なる重鎖と2つの異なる軽鎖が存在する。実施例5I(d)を参照する。
G. Bispecific mAb
One heterodimeric scaffold specifically used in the present invention is a bispecific mAb format that is bispecific and trispecific. In this embodiment, the format relies on the production of separate homodimeric antibodies that are subsequently recombined. In this format, one HC-LC pair (VH1-CH1-hinge-CH2-CH3 and VL1-LC) and a second Hc-LC pair (VH2-CH1-hinge-CH2-CH3 and VL2-LC), for example There are two different heavy chains and two different light chains. Reference is made to Example 5I (d).

このフォーマットでは、適切な対は、ICOSとPD−1、ICOSとCTLA−4、ICOSとLAG−3、ICOSとTIM−3、ICOSとPD−L1、ICOSとBTLA、ICOSとTIGIT、GITRとTIGIT、GITRとPD−1、GITRとCTLA−4、GITRとLAG−3、GITRとTIM−3、GITRとPD−L1、GITRとBTLA、OX40とPD−1、OX40とTIGIT、OX40とCTLA−4、IC OX40 OSとLAG−3、OX40とTIM−3、OX40とPD−L1、OX40とBTLA、4−1BBとPD−1、4−1BBとCTLA−4、4−1BBとLAG−3、4−1BBとTIM−3、4−1BBとPD−L1、TIGITと4−1BB、および4−1BBとBTLAを含む。   In this format, the appropriate pairs are ICOS and PD-1, ICOS and CTLA-4, ICOS and LAG-3, ICOS and TIM-3, ICOS and PD-L1, ICOS and BTLA, ICOS and TIGIT, GITR and TIGIT. GITR and PD-1, GITR and CTLA-4, GITR and LAG-3, GITR and TIM-3, GITR and PD-L1, GITR and BTLA, OX40 and PD-1, OX40 and TIGIT, OX40 and CTLA-4 IC OX40 OS and LAG-3, OX40 and TIM-3, OX40 and PD-L1, OX40 and BTLA, 4-1BB and PD-1, 4-1BB and CTLA-4, 4-1BB and LAG-3, 4 -1BB and TIM-3, 4-1BB and PD-L1, TIGIT and 4-1BB, and 4-1BB and BT Includes LA.

このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129と組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

このフォーマットにおいて、ヒトICOSに連結する具体的なABDには、[ICOS]_H0L0および[ICOS]H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human ICOS include [ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0, and those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and Examples include, but are not limited to, those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

このフォーマットにおいて、ヒトGITRに連結する具体的なABDには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs that link to human GITR include, but are not limited to, those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282 to 26290.

このフォーマットにおいて、OX40に連結する具体的なABDには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to OX40 include, but are not limited to, those listed in FIGS. 17, 72 and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281.

このフォーマットにおいて、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671.

このフォーマットにおいて、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDには、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human PD-L1 include, but are not limited to, FIGS. 15, 73, and 78, and SEQ ID NOs: 3961-4432.

H.中央−Fvフォーマット
本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、図2に示される中央−Fvフォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、挿入されたFvドメインの使用に依存し、したがって「追加の」第3の抗原連結ドメインを形成し、ここで、2つの単量体のFab部分は1つの受容体と連結し、「追加の」中央−Fvドメインは別のもの(一般的に、共刺激受容体)に連結する。Fvドメインは、単量体のFcドメインとCH1−Fv領域との間に挿入され、したがって第3の抗原連結ドメインを提供し、ここで各単量体はFvの構成要素を含む(例えば、一方の単量体は可変重鎖ドメインを含み、他方は「追加の」中央Fvドメインのドメインの可変軽鎖を含む)。
H. Central-Fv format One heterodimeric scaffold that is particularly used in the present invention is the central-Fv format shown in FIG. In this embodiment, the format relies on the use of an inserted Fv domain, thus forming an “additional” third antigen-binding domain, where the two monomeric Fab portions are one receptor. And the “additional” central-Fv domain is linked to another (generally a costimulatory receptor). The Fv domain is inserted between the monomeric Fc domain and the CH1-Fv region, thus providing a third antigen-binding domain, wherein each monomer comprises a component of Fv (eg, one ) Monomers contain a variable heavy chain domain and the other contains a variable light chain of an “additional” central Fv domain.

この実施形態において、1つの単量体は、第1の可変重鎖ドメイン、CH1ドメイン、およびFcドメインを含む第1の重鎖、およびさらなる可変軽鎖ドメインを含む。さらなる可変軽鎖ドメインは、ドメインリンカーを用いて、重鎖定常ドメインのCH1ドメインのC末端と第1のFcドメインのN末端との間に共有連結している(vh1−CH1−[任意のリンカー]−vl2−ヒンジ−CH2−CH3)。他の単量体は、第1の可変重鎖ドメイン、CH1ドメイン、およびFcドメインを含む第1の重鎖、およびさらなる可変重鎖ドメインを含む(vh1−CH1−[任意のリンカー]−vh2−ヒンジ−CH2−CH3)。さらなる可変重鎖ドメインのドメインは、ドメインリンカーを用いて、重鎖定常ドメインのCH1ドメインのC末端と第1のFcドメインのN末端との間に共有連結している。この実施形態は、可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む共通の軽鎖を利用し、これは重鎖と会合して各々が受容体に連結する2つの同一のFabを形成する。さらなる可変重鎖ドメインおよびさらなる可変軽鎖ドメインは、第2の受容体に連結する「追加の」中央Fvを形成する。本明細書中の多くの実施形態に関して、これらのコンストラクトは、本明細書中に所望され記載されるように、スキュー変異、pI変異、除去変異、さらなるFc変異などを含む。この実施形態では、適切なFv対には、ICOS×PD−1、ICOS×PD−L1、ICOS×CTLA−4、ICOS×LAG−3、ICOS×TIM−3、ICOS×BTLA、ICOS×TIGIT、TIGIT×ICOS、PD−1×ICOS、PD−L1×ICOS、CTLA−4×ICOS、LAG−3×ICOS、TIM−3×ICOS、BTLA×ICOS、OX40×TIGIT、OX40×PD−1、OX40×PD−L1、OX40×CTLA−4、OX40×LAG−3、OX40×TIM−3、OX40×BTLA、TIGIT×OX40、PD−1×OX40、PD−L1×OX40、CTLA−4×OX40、LAG−3×OX40、TIM−3×OX40、BTLA×OX40、GITR×TIGIT、GITR×PD−1、GITR×PD−L1、GITR×CTLA−4、GITR×LAG−3、GITR×TIM−3、GITR×BTLA、TIGIT×GITR、PD−1×GITR、PD−L1×GITR、CTLA−4×GITR、LAG−3×GITR、TIM−3×GITR、BTLA×GITR、4−1BB×TIGIT、4−1BB×PD−1、4−1BB×PD−L1、4−1BB×CTLA−4、4−1BB×LAG−3、4−1BB×TIM−3、4−1BB×BTLA、TIGIT×4−1BB、PD−1×4−1BB、PD−L1×4−1BB、CTLA−4×4−1BB、LAG−3×4−1BB、TIM−3×4−1BB、およびBTLA×4−1BBが含まれる(Fabを最初に列挙し、「追加の」中央Fvを2番目に列挙する)。   In this embodiment, one monomer comprises a first variable heavy chain domain, a first heavy chain comprising a CH1 domain, and an Fc domain, and an additional variable light chain domain. The additional variable light chain domain is covalently linked between the C-terminus of the CH1 domain of the heavy chain constant domain and the N-terminus of the first Fc domain using a domain linker (vh1-CH1- [optional linker ] -Vl2-hinge-CH2-CH3). Other monomers include a first variable heavy chain domain, a first heavy chain comprising a CH1 domain, and an Fc domain, and an additional variable heavy chain domain (vh1-CH1- [optional linker] -vh2- Hinge-CH2-CH3). The domain of the additional variable heavy chain domain is covalently linked between the C-terminus of the CH1 domain of the heavy chain constant domain and the N-terminus of the first Fc domain using a domain linker. This embodiment utilizes a common light chain comprising a variable light chain domain and a constant light chain domain, which associates with the heavy chain to form two identical Fabs each linked to a receptor. The additional variable heavy chain domain and the additional variable light chain domain form an “additional” central Fv that is linked to a second receptor. For many embodiments herein, these constructs include skew mutations, pI mutations, elimination mutations, additional Fc mutations, etc., as desired and described herein. In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, ICOS × PD-L1, ICOS × CTLA-4, ICOS × LAG-3, ICOS × TIM-3, ICOS × BTLA, ICOS × TIGIT, TIGIT × ICOS, PD-1 × ICOS, PD-L1 × ICOS, CTLA-4 × ICOS, LAG-3 × ICOS, TIM-3 × ICOS, BTLA × ICOS, OX40 × TIGIT, OX40 × PD-1, OX40 × PD-L1, OX40 × CTLA-4, OX40 × LAG-3, OX40 × TIM-3, OX40 × BTLA, TIGIT × OX40, PD-1 × OX40, PD-L1 × OX40, CTLA-4 × OX40, LAG- 3 × OX40, TIM-3 × OX40, BTLA × OX40, GITR × TIGIT, GITR × PD-1, ITR × PD-L1, GITR × CTLA-4, GITR × LAG-3, GITR × TIM-3, GITR × BTLA, TIGIT × GITR, PD-1 × GITR, PD-L1 × GITR, CTLA-4 × GITR, LAG-3 × GITR, TIM-3 × GITR, BTLA × GITR, 4-1BB × TIGIT, 4-1BB × PD-1, 4-1BB × PD-L1, 4-1BB × CTLA-4, 4-1BB × LAG-3, 4-1BB × TIM-3, 4-1BB × BTLA, TIGIT × 4-1BB, PD-1 × 4-1BB, PD-L1 × 4-1BB, CTLA-4 × 4-1BB, LAG- 3x4-1BB, TIM-3x4-1BB, and BTLAx4-1BB are included (Fab listed first, "additional" central Fv listed second).

これらの組み合わせについてのABD配列は、配列表に開示されている通りでも図に示されている通りでもよい。   The ABD sequences for these combinations may be as disclosed in the sequence listing or as shown in the figure.

さらに、中央−FvフォーマットのFcドメインは、一般にスキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含む)を含み、任意で荷電scFvリンカー(図8に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含む)を含む。   In addition, the Fc domain of the central-Fv format generally contains skew mutations (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and particularly useful skew mutations are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S: S364K; L368E / K370S: S364K; T411T / E360E / Q362E: D401K; L368D / K370S: S364K / E357L; K370S: S364K / E357Q; / S354C, optionally including a deletion mutation (including that shown in FIG. 6), optionally including a charged scFv linker (including that shown in FIG. 8), and the heavy chain is p Mutations (including those shown in FIG. 5).

いくつかの実施形態では、中央−Fvフォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含む中央scFvフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第2の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some embodiments, the central-Fv format includes a skew mutation, a pi mutation, and a removal mutation. Thus, some embodiments comprise a central scFv format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and the first variable light chain domain of the light chain And a first monomer comprising a first variable heavy chain domain constituting an Fv linked to a first receptor, b) a skew mutation L368D / K370S, a pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, A first variable heavy chain comprising an excision mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, together with a first variable light chain domain, comprising an Fv linked to a second receptor as outlined herein A second monomer comprising a domain, and c) a first variable light chain domain and Light chain comprising the constant light chain domain. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

いくつかの実施形態では、中央−Fvフォーマットはスキュー変異、pI変異、除去変異、およびFcRn変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含む中央−scFvフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の受容体に連結するscFvドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメインを含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。この実施形態では、適切なFv対は、ICOS×PD−1、PD−1×ICOS、ICOS×PD−L1、PD−L1×ICOS、ICOS×CTLA−4、およびCTLA−4×ICOSを含む(Fabを最初に列挙し、scFvを2番目に列挙する)。   In some embodiments, the central-Fv format includes skew mutations, pi mutations, removal mutations, and FcRn mutations. Accordingly, some embodiments comprise a central-scFv format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, an FcRn mutation M428L / N434S, A first monomer comprising, together with a first variable light chain domain, a first variable heavy chain domain constituting an Fv linked to a first receptor, and an scFv domain linked to a second receptor; b ) Including skew mutation L368D / K370S, pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, FcRn mutation M428L / N434S, together with the first variable light chain domain, the present specification Will be outlined in the book A second monomer comprising a first variable heavy chain domain comprising an Fv linked to a first checkpoint inhibitor, and c) a light chain comprising a first variable light chain domain and a constant light chain domain . In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, PD-1 × ICOS, ICOS × PD-L1, PD-L1 × ICOS, ICOS × CTLA-4, and CTLA-4 × ICOS ( Fab is listed first and scFv is listed second).

中央−Fvフォーマットに関して、ICOSに連結する適切なFvは、図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものを含むがこれらに限定されない。   For the central-Fv format, suitable Fvs linked to ICOS are those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, Including but not limited to those shown in 28549-28556, and 28557-28665.

中央−Fvフォーマットに関して、PD−L1に連結する適切なFvは、図15、図73、および図78に示されるもの、ならびに配列番号3961〜4432に示されるものを含むがこれらに限定されない。   For the central-Fv format, suitable Fvs linked to PD-L1 include, but are not limited to, those shown in FIGS. 15, 73, and 78, and those shown in SEQ ID NOs: 3961-4432.

中央−Fvフォーマットに関して、GITRに連結する適切なFvには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   For the central-Fv format, suitable Fvs that link to GITR include, but are not limited to, those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282-26290.

中央−Fvフォーマットに関して、OX40に連結する適切なFvには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   With respect to the central-Fv format, suitable Fvs linked to OX40 include, but are not limited to, those listed in FIGS. 17, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281.

中央−Fvフォーマットに関して、4−1BBに連結する適切なFvには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   For the central-Fv format, suitable Fvs that link to 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671.

中央−FVフォーマットに関して、PD−L1に連結する適切なFvは、図15、図73、および図78のもの、ならびに配列番号3961〜4432のものを含むがこれらに限定されない。   For the central-FV format, suitable Fvs linked to PD-L1 include, but are not limited to, those of FIGS. 15, 73 and 78, and those of SEQ ID NOs: 3961-4432.

I.1アームの中央−scFv
本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、図1Cに示される1アームの中央−scFvフォーマットである。この実施形態では、一方の単量体はFcドメインのみを含み、他方の単量体はFabドメイン(第1の抗原連結ドメイン)、scFvドメイン(第2の抗原連結ドメイン)、およびFcドメインを含み、ここでscFvドメインはFcドメインとFcドメインの間に挿入されている。このフォーマットでは、Fab部分は1つの受容体標的に連結し、scFvは別のものに連結する。
I. 1 arm center-scFv
One heterodimeric scaffold that is specifically used in the present invention is the one-arm, central-scFv format shown in FIG. 1C. In this embodiment, one monomer contains only the Fc domain, and the other monomer contains the Fab domain (first antigen linking domain), scFv domain (second antigen linking domain), and Fc domain. Here, the scFv domain is inserted between the Fc domain and the Fc domain. In this format, the Fab moiety is linked to one receptor target and the scFv is linked to another.

この実施形態では、1つの単量体は、scFv可変軽鎖ドメイン、scFvリンカーおよびscFv可変重鎖ドメインを含むscFvと共に、第1の可変重鎖ドメイン、CH1ドメインおよびFcドメインを含む第1の重鎖を含む。scFvは、VH1−CH1−[任意のドメインリンカー]−VH2−scFvリンカー−VL2−[任意のドメインリンカー]−CH2−CH3、または、VH1−CH1−[任意のドメインリンカー]−VL2−scFvリンカー−VH2−[任意のドメインリンカー]−CH2−CH3のいずれかの配向で、ドメインリンカーを使用して、重鎖定常ドメインのCH1ドメインのC末端と第1のFcドメインのN末端との間に共有連結している。第2の単量体は、Fcドメイン(CH2−CH3)を含む。この実施形態はさらに、可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖を利用し、これらは重鎖と会合してFabを形成する。本明細書中の多くの実施形態に関して、これらのコンストラクトは、本明細書中に所望され記載されるように、スキュー変異、pI変異、除去変異、さらなるFc変異などを含む。この実施形態では、適切なFv対には、ICOS×PD−1、ICOS×PD−L1、ICOS×CTLA−4、ICOS×LAG−3、ICOS×TIM−3、ICOS×BTLA、ICOS×TIGIT、TIGIT×ICOS、PD−1×ICOS、PD−L1×ICOS、CTLA−4×ICOS、LAG−3×ICOS、TIM−3×ICOS、BTLA×ICOS、OX40×TIGIT、OX40×PD−1、OX40×PD−L1、OX40×CTLA−4、OX40×LAG−3、OX40×TIM−3、OX40×BTLA、TIGIT×OX40、PD−1×OX40、PD−L1×OX40、CTLA−4×OX40、LAG−3×OX40、TIM−3×OX40、BTLA×OX40、GITR×TIGIT、GITR×PD−1、GITR×PD−L1、GITR×CTLA−4、GITR×LAG−3、GITR×TIM−3、GITR×BTLA、TIGIT×GITR、PD−1×GITR、PD−L1×GITR、CTLA−4×GITR、LAG−3×GITR、TIM−3×GITR、BTLA×GITR、4−1BB×TIGIT、4−1BB×PD−1、4−1BB×PD−L1、4−1BB×CTLA−4、4−1BB×LAG−3、4−1BB×TIM−3、4−1BB×BTLA、TIGIT×4−1BB、PD−1×4−1BB、PD−L1×4−1BB、CTLA−4×4−1BB、LAG−3×4−1BB、TIM−3×4−1BB、およびBTLA×4−1BBが含まれる(Fabを最初に列挙し、scFvを2番目に列挙する)。   In this embodiment, one monomer comprises a first variable heavy chain domain, a CH1 domain and an Fc domain together with a scFv comprising a scFv variable light chain domain, a scFv linker and a scFv variable heavy chain domain. Includes chains. scFv is VH1-CH1- [arbitrary domain linker] -VH2-scFv linker-VL2- [arbitrary domain linker] -CH2-CH3 or VH1-CH1- [arbitrary domain linker] -VL2-scFv linker- VH2- [Arbitrary domain linker] -Shared between the C-terminus of the CH1 domain of the heavy chain constant domain and the N-terminus of the first Fc domain using a domain linker in either orientation of CH2-CH3 It is connected. The second monomer contains the Fc domain (CH2-CH3). This embodiment further utilizes a light chain comprising a variable light chain domain and a constant light chain domain, which associate with the heavy chain to form a Fab. For many embodiments herein, these constructs include skew mutations, pI mutations, elimination mutations, additional Fc mutations, etc., as desired and described herein. In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, ICOS × PD-L1, ICOS × CTLA-4, ICOS × LAG-3, ICOS × TIM-3, ICOS × BTLA, ICOS × TIGIT, TIGIT × ICOS, PD-1 × ICOS, PD-L1 × ICOS, CTLA-4 × ICOS, LAG-3 × ICOS, TIM-3 × ICOS, BTLA × ICOS, OX40 × TIGIT, OX40 × PD-1, OX40 × PD-L1, OX40 × CTLA-4, OX40 × LAG-3, OX40 × TIM-3, OX40 × BTLA, TIGIT × OX40, PD-1 × OX40, PD-L1 × OX40, CTLA-4 × OX40, LAG- 3 × OX40, TIM-3 × OX40, BTLA × OX40, GITR × TIGIT, GITR × PD-1, ITR × PD-L1, GITR × CTLA-4, GITR × LAG-3, GITR × TIM-3, GITR × BTLA, TIGIT × GITR, PD-1 × GITR, PD-L1 × GITR, CTLA-4 × GITR, LAG-3 × GITR, TIM-3 × GITR, BTLA × GITR, 4-1BB × TIGIT, 4-1BB × PD-1, 4-1BB × PD-L1, 4-1BB × CTLA-4, 4-1BB × LAG-3, 4-1BB × TIM-3, 4-1BB × BTLA, TIGIT × 4-1BB, PD-1 × 4-1BB, PD-L1 × 4-1BB, CTLA-4 × 4-1BB, LAG- 3x4-1BB, TIM-3x4-1BB, and BTLAx4-1BB are included (Fab listed first, scFv listed second).

これらの組み合わせについてのABD配列は、配列表に開示されている通りでも図に示されている通りでもよい。   The ABD sequences for these combinations may be as disclosed in the sequence listing or as shown in the figure.

さらに、1アームの中央−scFvフォーマットのFcドメインは、一般にスキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含む)を含み、任意で荷電scFvリンカー(図8に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含む)を含む。   In addition, the one-arm central-scFv format Fc domain generally contains a skew mutation (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and a particularly useful skew mutation is L368D / K370S: S364K; L368E / K370S: S364K; T411T / E360E / Q362E: D401K; L368D / K370S: S364K / E357L; K370S: S364K / E357Q; Y349C: selected from the group consisting of T366W / S354C, optionally including a removal mutation (including that shown in FIG. 6), and optionally a charged scFv linker (including that shown in FIG. 8) Look, comprising a heavy chain pI mutations (including those shown in FIG. 5).

いくつかの実施形態では、1アームの中央−scFvフォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、軽鎖の可変軽鎖ドメインと共に、第1の受容体に連結するFvを構成する可変重鎖ドメイン、および他の受容体に連結するscFvを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some embodiments, the one-arm central-scFv format includes a skew mutation, a pI mutation, and a removal mutation. Accordingly, some embodiments comprise a format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, together with the variable light chain domain of the light chain, the first A first monomer comprising a variable heavy chain domain constituting an Fv that binds to a receptor and an scFv linked to another receptor, b) a skew mutation L368D / K370S, a pI mutation Q295E / N384D / Q418E / N421D, A second monomer comprising a deletion mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and c) a light chain comprising a first variable light chain domain and a constant light chain domain. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

いくつかの実施形態では、1アームの中央−scFvフォーマットはスキュー変異、pI変異、除去変異、およびFcRn変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1の受容体に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の受容体に連結するscFvドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。   In some embodiments, the one-arm central-scFv format comprises a skew mutation, a pI mutation, a removal mutation, and an FcRn mutation. Accordingly, some embodiments include a format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, an FcRn mutation M428L / N434S, and the first of the light chain A first monomer comprising, together with a variable light chain domain, a first variable heavy chain domain comprising an Fv linked to a first receptor and an scFv domain linked to a second receptor, b) a skew mutation A second monomer comprising L368D / K370S, a pI mutation Q295E / N384D / Q418E / N421D, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, an FcRn mutation M428L / N434S, and c) a first variable light chain domain And a light chain comprising a constant light chain domain

このフォーマットにおいて、ヒトICOSに連結する具体的なABDには、[ICOS]_H0L0および[ICOS]H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human ICOS include [ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0, and those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and Examples include, but are not limited to, those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

このフォーマットにおいて、ヒトGITRに連結する具体的なABDには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs that link to human GITR include, but are not limited to, those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282 to 26290.

このフォーマットにおいて、OX40に連結する具体的なABDには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to OX40 include, but are not limited to, those listed in FIGS. 17, 72 and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281.

このフォーマットにおいて、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671.

このフォーマットにおいて、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDには、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human PD-L1 include, but are not limited to, FIGS. 15, 73, and 78, and SEQ ID NOs: 3961-4432.

J.1アームのscFv−mAb
本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、図2Dに示される1アームのscFv−mAbフォーマットである。この実施形態では、一方の単量体はFcドメインのみを含み、他方の単量体は、一般にリンカーを使用することによって重鎖のN末端に連結したscFvドメインを使用する:vh1−scFvリンカー−vl1−[任意のドメインリンカー]−VH2−CH1−ヒンジ−CH2−CH3または(反対の配向で)vl1−scFvリンカー−vh1−[任意のドメインリンカー]−VH2−CH1−ヒンジ−CH2−CH3。このフォーマットでは、いずれかのFab部分は1つの受容体標的に連結し、scFvは別のものに連結する。この実施形態はさらに、可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖を利用し、これらは重鎖と会合してFabを形成する。本明細書中の多くの実施形態に関して、これらのコンストラクトは、本明細書中に所望され記載されるように、スキュー変異、pI変異、除去変異、さらなるFc変異などを含む。この実施形態では、適切なFv対には、ICOS×PD−1、ICOS×PD−L1、ICOS×CTLA−4、ICOS×LAG−3、ICOS×TIM−3、ICOS×BTLA、ICOS×TIGIT、TIGIT×ICOS、PD−1×ICOS、PD−L1×ICOS、CTLA−4×ICOS、LAG−3×ICOS、TIM−3×ICOS、BTLA×ICOS、OX40×TIGIT、OX40×PD−1、OX40×PD−L1、OX40×CTLA−4、OX40×LAG−3、OX40×TIM−3、OX40×BTLA、TIGIT×OX40、PD−1×OX40、PD−L1×OX40、CTLA−4×OX40、LAG−3×OX40、TIM−3×OX40、BTLA×OX40、GITR×TIGIT、GITR×PD−1、GITR×PD−L1、GITR×CTLA−4、GITR×LAG−3、GITR×TIM−3、GITR×BTLA、TIGIT×GITR、PD−1×GITR、PD−L1×GITR、CTLA−4×GITR、LAG−3×GITR、TIM−3×GITR、BTLA×GITR、4−1BB×TIGIT、4−1BB×PD−1、4−1BB×PD−L1、4−1BB×CTLA−4、4−1BB×LAG−3、4−1BB×TIM−3、4−1BB×BTLA、TIGIT×4−1BB、PD−1×4−1BB、PD−L1×4−1BB、CTLA−4×4−1BB、LAG−3×4−1BB、TIM−3×4−1BB、およびBTLA×4−1BBが含まれる(Fabを最初に列挙し、scFvを2番目に列挙する)。
J. et al. 1 arm scFv-mAb
One heterodimeric scaffold specifically used in the present invention is the one-arm scFv-mAb format shown in FIG. 2D. In this embodiment, one monomer contains only the Fc domain and the other monomer uses an scFv domain linked to the N-terminus of the heavy chain, generally by using a linker: vh1-scFv linker- vl1- [arbitrary domain linker] -VH2-CH1-hinge-CH2-CH3 or (in the opposite orientation) vl1-scFv linker-vh1- [arbitrary domain linker] -VH2-CH1-hinge-CH2-CH3. In this format, either Fab moiety is linked to one receptor target and the scFv is linked to another. This embodiment further utilizes a light chain comprising a variable light chain domain and a constant light chain domain, which associate with the heavy chain to form a Fab. For many embodiments herein, these constructs include skew mutations, pI mutations, elimination mutations, additional Fc mutations, etc., as desired and described herein. In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, ICOS × PD-L1, ICOS × CTLA-4, ICOS × LAG-3, ICOS × TIM-3, ICOS × BTLA, ICOS × TIGIT, TIGIT × ICOS, PD-1 × ICOS, PD-L1 × ICOS, CTLA-4 × ICOS, LAG-3 × ICOS, TIM-3 × ICOS, BTLA × ICOS, OX40 × TIGIT, OX40 × PD-1, OX40 × PD-L1, OX40 × CTLA-4, OX40 × LAG-3, OX40 × TIM-3, OX40 × BTLA, TIGIT × OX40, PD-1 × OX40, PD-L1 × OX40, CTLA-4 × OX40, LAG- 3 × OX40, TIM-3 × OX40, BTLA × OX40, GITR × TIGIT, GITR × PD-1, ITR × PD-L1, GITR × CTLA-4, GITR × LAG-3, GITR × TIM-3, GITR × BTLA, TIGIT × GITR, PD-1 × GITR, PD-L1 × GITR, CTLA-4 × GITR, LAG-3 × GITR, TIM-3 × GITR, BTLA × GITR, 4-1BB × TIGIT, 4-1BB × PD-1, 4-1BB × PD-L1, 4-1BB × CTLA-4, 4-1BB × LAG-3, 4-1BB × TIM-3, 4-1BB × BTLA, TIGIT × 4-1BB, PD-1 × 4-1BB, PD-L1 × 4-1BB, CTLA-4 × 4-1BB, LAG- 3x4-1BB, TIM-3x4-1BB, and BTLAx4-1BB are included (Fab listed first, scFv listed second).

これらの組み合わせについてのABD配列は、配列表に開示されている通りでも図に示されている通りでもよい。   The ABD sequences for these combinations may be as disclosed in the sequence listing or as shown in the figure.

さらに、Fcドメインは、一般にスキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含む)を含み、任意で荷電scFvリンカー(図8に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含む)を含む。   In addition, Fc domains generally contain skew mutations (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and particularly useful skew mutations are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S: S364K, L368E. / K370S: S364K, T411T / E360E / Q362E: D401K, L368D / K370S: S364K / E357L, K370S: S364K / E357Q, T366S / L368A / Y407V: T366W / T366S / L368V / 35 Optionally including a deletion mutation (including that shown in FIG. 6), optionally including a charged scFv linker (including that shown in FIG. 8), and the heavy chain is a pI mutation (as shown in FIG. 5). Including free).

いくつかの実施形態では、1アームのscFv−mAbフォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖ドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖と共に第2のチェックポイント阻害剤に連結するFv(ABD)を構成する第2の可変軽鎖を含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some embodiments, the one-arm scFv-mAb format comprises a skew mutation, a pI mutation, and a removal mutation. Thus, some embodiments comprise a format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, together with a first variable light chain domain of the light chain, A first monomer comprising a first variable heavy chain domain comprising an Fv linked to a first checkpoint inhibitor, and a second variable heavy chain domain, b) skew mutation L368D / K370S, pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, including deletion mutations E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, together with a first variable light chain domain, linked to a first checkpoint inhibitor as outlined herein A first variable heavy chain domain comprising an Fv, and A second monomer comprising a second variable light chain comprising Fv (ABD) linked to a second checkpoint inhibitor with two variable heavy chains, and c) a first variable light chain domain and a constant A light chain comprising a light chain domain. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

いくつかの実施形態では、1アームのscFv−mAbフォーマットはスキュー変異、pI変異、除去変異、およびFcRn変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むボトルオープナーフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖ドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖と共に第2のチェックポイント阻害剤に連結するFv(ABD)を構成する第2の可変軽鎖を含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。   In some embodiments, the one-arm scFv-mAb format comprises a skew mutation, a pI mutation, a removal mutation, and an FcRn mutation. Accordingly, some embodiments include a bottle opener format that includes: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, an FcRn mutation M428L / N434S, A first monomer comprising a first variable heavy chain domain and a second variable heavy chain domain comprising an Fv linked to a first checkpoint inhibitor together with one variable light chain domain, b) skew Including the mutation L368D / K370S, the pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, the removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, the FcRn mutation M428L / N434S, as well as the first variable light chain domain herein. Outlined The first variable heavy chain domain constituting the Fv linked to the first checkpoint inhibitor and the second variable heavy chain constituting the Fv (ABD) linked to the second checkpoint inhibitor together with the second variable heavy chain. A second monomer comprising a variable light chain of: and c) a light chain comprising a first variable light chain domain and a constant light chain domain.

このフォーマットにおいて、ヒトICOSに連結する具体的なABDには、[ICOS]_H0L0および[ICOS]H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human ICOS include [ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0, and those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and Examples include, but are not limited to, those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

このフォーマットにおいて、ヒトGITRに連結する具体的なABDには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs that link to human GITR include, but are not limited to, those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282 to 26290.

このフォーマットにおいて、OX40に連結する具体的なABDには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to OX40 include, but are not limited to, those listed in FIGS. 17, 72 and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281.

このフォーマットにおいて、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671.

このフォーマットにおいて、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDには、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human PD-L1 include, but are not limited to, FIGS. 15, 73, and 78, and SEQ ID NOs: 3961-4432.

K.scFv−mAbフォーマット
本発明において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、図2Eに示されるmAb−scFvフォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、単量体の1つへのscFvのN末端連結の使用に依存し、したがって第3の抗原連結ドメインを形成し、ここで、2つの単量体のFab部分は各々が1つの標的と連結し、「追加の」scFvドメインは異なる標的に連結する。
K. scFv-mAb format One heterodimeric scaffold specifically used in the present invention is the mAb-scFv format shown in FIG. 2E. In this embodiment, the format relies on the use of scFv N-terminal ligation to one of the monomers, thus forming a third antigen linking domain, wherein the Fab portions of the two monomers are Each links to one target, and “additional” scFv domains link to different targets.

この実施形態では、第1の単量体は、いずれかの配向で、scFv可変軽鎖ドメイン、scFvリンカーおよびscFv可変重鎖ドメインを含むN末端共有連結scFvを有する第1の重鎖(可変重鎖ドメインおよび定常ドメインを含む)を含む((vh1−scFvリンカー−vl1−[任意のドメインリンカー]−vh2−CH1−ヒンジ−CH2−CH3)または(反対の配向のscFvと共に)((vl1−scFvリンカー−vh1−[任意のドメインリンカー]−vh2−CH1−ヒンジ−CH2−CH3))。第2の単量体は、重鎖VH20CH1−ヒンジ−CH2−CH3を含む。この実施形態はさらに、可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む共通の軽鎖を利用し、これは重鎖と会合して標的抗原の1つに連結する2つの同一のFabを形成する。本明細書中の多くの実施形態に関して、これらのコンストラクトは、本明細書中に所望され記載されるように、スキュー変異、pI変異、除去変異、さらなるFc変異などを含む。この実施形態では、適切なFv対には、ICOS×PD−1、ICOS×PD−L1、ICOS×CTLA−4、ICOS×LAG−3、ICOS×TIM−3、ICOS×BTLA、ICOS×TIGIT、TIGIT×ICOS、PD−1×ICOS、PD−L1×ICOS、CTLA−4×ICOS、LAG−3×ICOS、TIM−3×ICOS、BTLA×ICOS、OX40×TIGIT、OX40×PD−1、OX40×PD−L1、OX40×CTLA−4、OX40×LAG−3、OX40×TIM−3、OX40×BTLA、TIGIT×OX40、PD−1×OX40、PD−L1×OX40、CTLA−4×OX40、LAG−3×OX40、TIM−3×OX40、BTLA×OX40、GITR×TIGIT、GITR×PD−1、GITR×PD−L1、GITR×CTLA−4、GITR×LAG−3、GITR×TIM−3、GITR×BTLA、TIGIT×GITR、PD−1×GITR、PD−L1×GITR、CTLA−4×GITR、LAG−3×GITR、TIM−3×GITR、BTLA×GITR、4−1BB×TIGIT、4−1BB×PD−1、4−1BB×PD−L1、4−1BB×CTLA−4、4−1BB×LAG−3、4−1BB×TIM−3、4−1BB×BTLA、TIGIT×4−1BB、PD−1×4−1BB、PD−L1×4−1BB、CTLA−4×4−1BB、LAG−3×4−1BB、TIM−3×4−1BB、およびBTLA×4−1BBが含まれる(Fabを最初に列挙し、scFvを2番目に列挙する)。   In this embodiment, the first monomer is in any orientation a first heavy chain (variable heavy) having an N-terminal covalently linked scFv comprising an scFv variable light chain domain, an scFv linker and an scFv variable heavy chain domain. Including (chain domain and constant domain) ((vh1-scFv linker-vl1- [arbitrary domain linker] -vh2-CH1-hinge-CH2-CH3) or (with scFv of opposite orientation) ((vl1-scFv Linker-vh1- [optional domain linker] -vh2-CH1-hinge-CH2-CH3)) The second monomer comprises the heavy chain VH20CH1-hinge-CH2-CH3. Utilizes a common light chain comprising a light chain domain and a constant light chain domain, which associates with the heavy chain and links to one of the target antigens Forms two identical Fabs.For many embodiments herein, these constructs can be skew mutations, pI mutations, removal mutations, additional Fc mutations, as desired and described herein. In this embodiment, suitable Fv pairs include ICOS × PD-1, ICOS × PD-L1, ICOS × CTLA-4, ICOS × LAG-3, ICOS × TIM-3, ICOS × BTLA, ICOS x TIGIT, TIGIT x ICOS, PD-1 x ICOS, PD-L1 x ICOS, CTLA-4 x ICOS, LAG-3 x ICOS, TIM-3 x ICOS, BTLA x ICOS, OX40 x TIGIT, OX40 x PD- 1, OX40 × PD-L1, OX40 × CTLA-4, OX40 × LAG-3, OX40 × TIM-3, OX40 × BT A, TIGIT × OX40, PD-1 × OX40, PD-L1 × OX40, CTLA-4 × OX40, LAG-3 × OX40, TIM-3 × OX40, BTLA × OX40, GITR × TIGIT, GITR × PD-1, GITR × PD-L1, GITR × CTLA-4, GITR × LAG-3, GITR × TIM-3, GITR × BTLA, TIGIT × GITR, PD-1 × GITR, PD-L1 × GITR, CTLA-4 × GITR, LAG-3 × GITR, TIM-3 × GITR, BTLA × GITR, 4-1BB × TIGIT, 4-1BB × PD-1, 4-1BB × PD-L1, 4-1BB × CTLA-4, 4-1BB × LAG-3, 4-1BB × TIM-3, 4-1BB × BTLA, TIGIT × 4-1BB, PD-1 × 4-1BB, PD-L1 × 4 1BB, CTLA-4x4-1BB, LAG-3x4-1BB, TIM-3x4-1BB, and BTLAx4-1BB (Fab listed first, scFv listed second) ).

これらの組み合わせについてのABD配列は、配列表または図に開示されている通りでよい。   The ABD sequences for these combinations may be as disclosed in the sequence listing or figure.

さらに、scFv−mAbフォーマットのFcドメインは、一般にスキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含む)を含み、任意で荷電scFvリンカー(図8に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含む)を含む。   Furthermore, scFv-mAb format Fc domains generally contain skew mutations (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and particularly useful skew mutations are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S: S364K; L368E / K370S: S364K; T411T / E360E / Q362E: D401K; L368D / K370S: S364K / E357L; K370S: S364K / E357Q; / S354C, optionally including a deletion mutation (including that shown in FIG. 6), optionally including a charged scFv linker (including that shown in FIG. 8), Includes pI mutations (including those shown in FIG. 5).

いくつかの実施形態では、mAb−scFvフォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むボトルオープナーフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖ドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖と共に第2のチェックポイント阻害剤に連結するFv(ABD)を構成する第2の可変軽鎖を含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some embodiments, the mAb-scFv format includes a skew mutation, a pi mutation, and a removal mutation. Accordingly, some embodiments include a bottle opener format comprising: a) a skew variable S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and the first variable light chain domain of the light chain And a first monomer comprising a first variable heavy chain domain and a second variable heavy chain domain comprising an Fv linked to a first checkpoint inhibitor, b) skew mutation L368D / K370S, pI A first checkpoint inhibitor as outlined herein, comprising a mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, a deletion mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, together with a first variable light chain domain First variable heavy chain constituting Fv linked to A second monomer comprising a main, and a second variable light chain comprising Fv (ABD) linked to a second checkpoint inhibitor together with a second variable heavy chain, and c) a first variable light A light chain comprising a chain domain and a constant light chain domain. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

いくつかの実施形態では、mAb−scFvフォーマットはスキュー変異、pI変異、除去変異、およびFcRn変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むボトルオープナーフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、軽鎖の第1の可変軽鎖ドメインと共に、第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖ドメインを含む第1の単量体、b)スキュー変異L368D/K370S、pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、FcRn変異M428L/N434Sを含み、第1の可変軽鎖ドメインと共に、本明細書で概説されるような第1のチェックポイント阻害剤に連結するFvを構成する第1の可変重鎖ドメイン、および第2の可変重鎖と共に第2のチェックポイント阻害剤に連結するFv(ABD)を構成する第2の可変軽鎖を含む第2の単量体、ならびにc)第1の可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖。   In some embodiments, the mAb-scFv format comprises a skew mutation, a pi mutation, a removal mutation, and an FcRn mutation. Accordingly, some embodiments include a bottle opener format that includes: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, an FcRn mutation M428L / N434S, A first monomer comprising a first variable heavy chain domain and a second variable heavy chain domain comprising an Fv linked to a first checkpoint inhibitor together with one variable light chain domain, b) skew Including the mutation L368D / K370S, the pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, the removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, the FcRn mutation M428L / N434S, as well as the first variable light chain domain herein. Outlined The first variable heavy chain domain constituting the Fv linked to the first checkpoint inhibitor and the second variable heavy chain constituting the Fv (ABD) linked to the second checkpoint inhibitor together with the second variable heavy chain. A second monomer comprising a variable light chain of: and c) a light chain comprising a first variable light chain domain and a constant light chain domain.

このフォーマットにおいて、ヒトICOSに連結する具体的なABDには、[ICOS]_H0L0および[ICOS]H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human ICOS include [ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0, and those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and Examples include, but are not limited to, those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

このフォーマットにおいて、ヒトGITRに連結する具体的なABDには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs that link to human GITR include, but are not limited to, those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282 to 26290.

このフォーマットにおいて、OX40に連結する具体的なABDには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to OX40 include, but are not limited to, those listed in FIGS. 17, 72 and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281.

このフォーマットにおいて、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671.

このフォーマットにおいて、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDには、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human PD-L1 include, but are not limited to, FIGS. 15, 73, and 78, and SEQ ID NOs: 3961-4432.

L.デュアルscFvフォーマット
本発明はまた、当該技術分野で公知であり、図2Bに示されているようなデュアルscFvフォーマットを提供する。この実施形態において、ヘテロ二量体二重特異性抗体は、2つのscFv−Fc単量体から作製される(両方ともが(vh−scFvリンカー−vl−[任意のドメインリンカー]−CH2−CH3)フォーマットまたは(vl−scFvリンカー−vh−[任意のドメインリンカー]−CH2−CH3)フォーマットであるか、または一方の単量体が一方の配向に、他方が他方の配向である。
L. Dual scFv format The present invention also provides a dual scFv format as known in the art and as shown in FIG. 2B. In this embodiment, heterodimeric bispecific antibodies are made from two scFv-Fc monomers (both (vh-scFv linker-vl- [arbitrary domain linker] -CH2-CH3 ) Format or (vl-scFv linker-vh- [arbitrary domain linker] -CH2-CH3) format, or one monomer in one orientation and the other in the other orientation.

この場合、全てのABDはscFvフォーマットであり、ICOSとPD−1、ICOSとCTLA−4、ICOSとLAG−3、ICOSとTIM−3、ICOSとPD−L1、ICOSとBTLA、GITRとPD−1、GITRとCTLA−4、GITRとLAG−3、GITRとTIM−3、GITRとPD−L1、GITRとBTLA、OX40とPD−1、OX40とCTLA−4、OX40とLAG−3、OX40とTIM−3、OX40とPD−L1、OX40とBTLA、4−1BBとPD−1、4−1BBとCTLA−4、4−1BBとLAG−3、4−1BBとTIM−3、4−1BBとPD−L1、および4−1BBとBTLAのいずれかの組み合わせが有用である。これらの組み合わせについてのABD配列は、配列表に開示されている通りでも図に示されている通りでもよい。   In this case, all ABDs are in scFv format, ICOS and PD-1, ICOS and CTLA-4, ICOS and LAG-3, ICOS and TIM-3, ICOS and PD-L1, ICOS and BTLA, GITR and PD- 1, GITR and CTLA-4, GITR and LAG-3, GITR and TIM-3, GITR and PD-L1, GITR and BTLA, OX40 and PD-1, OX40 and CTLA-4, OX40 and LAG-3, OX40 TIM-3, OX40 and PD-L1, OX40 and BTLA, 4-1BB and PD-1, 4-1BB and CTLA-4, 4-1BB and LAG-3, 4-1BB and TIM-3, 4-1BB PD-L1 and any combination of 4-1BB and BTLA are useful. The ABD sequences for these combinations may be as disclosed in the sequence listing or as shown in the figure.

さらに、デュアルscFvフォーマットのFcドメインは、一般にスキュー変異(例えば、図4に示されるような1セットのアミノ酸置換)を含み、特に有用なスキュー変異は、S364K/E357Q:L368D/K370S、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411T/E360E/Q362E:D401K、L368D/K370S:S364K/E357L、K370S:S364K/E357Q、T366S/L368A/Y407V:T366W、およびT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意で除去変異(図6に示すものを含む)を含み、任意で荷電scFvリンカー(図8に示すものを含む)を含み、重鎖はpI変異(図5に示すものを含む)を含む。   Furthermore, dual scFv format Fc domains generally contain skew mutations (eg, a set of amino acid substitutions as shown in FIG. 4), and particularly useful skew mutations are S364K / E357Q: L368D / K370S, L368D / K370S. : S364K, L368E / K370S: S364K, T411T / E360E / Q362E: D401K, L368D / K370S: S364K / E357L, K370S: S364K / E357Q, T366S / L368A / Y367V: T366S / T366 / 36 Selected from the group consisting of S354C, optionally including a deletion mutation (including that shown in FIG. 6), optionally including a charged scFv linker (including that shown in FIG. 8), Includes pI mutations (including those shown in FIG. 5).

いくつかの実施形態では、デュアルscFvフォーマットはスキュー変異、pI変異、および除去変異を含む。したがって、いくつかの実施形態は、以下を含むフォーマットを含む:a)スキュー変異S364K/E357Q、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、および第1の受容体に連結するscFvを含む第1の単量体(VH1−scFvリンカー−VL1−[任意のドメインリンカー−CH2−CH3またはVL1−scFvリンカー−VH1−[任意のドメインリンカー]−CH2−CH3)、ならびにb)スキュー変異L368D/K370S、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、および第1の受容体に連結するscFvを含む第1の単量体(VH1−scFvリンカー−VL1−[任意のドメインリンカー]−CH2−CH3またはVL1−scFvリンカー−VH1−[任意のドメインリンカー]−CH2−CH3)。pI変異は、本明細書に概説されるようなものであり得るが、最も一般的なものは、各単量体が反対の電荷の荷電scFvリンカーである。FcRn変異、特に428L/434Sを任意に含めることができる。このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some embodiments, the dual scFv format includes a skew mutation, a pi mutation, and a removal mutation. Accordingly, some embodiments include a format comprising: a) a skew mutation S364K / E357Q, a removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, and a first scFv linked to a first receptor. Monomers (VH1-scFv linker-VL1- [optional domain linker-CH2-CH3 or VL1-scFv linker-VH1- [optional domain linker] -CH2-CH3), and b) skew mutation L368D / K370S, A first monomer comprising a deletion mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K and an scFv linked to a first receptor (VH1-scFv linker-VL1- [optional domain linker] -CH2-CH3 or VL1 -ScFv Anchor -VH1- [any of the domain linker] -CH2-CH3). The pi mutation can be as outlined herein, but the most common is a charged scFv linker with each monomer having an opposite charge. FcRn mutations, particularly 428L / 434S, can optionally be included. In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するABDを含む。   (1) The format includes an ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129と組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含み、FvはGITRに連結する。   (5) The format includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fv links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含み、FvはOX40に連結する。   (6) The format includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fv links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含み、ABDはICOSに連結する。   (7) The format includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and ABD links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含み、ABDは4−1BBに連結する。   8) The format includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and ABD links to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

このフォーマットにおいて、ヒトICOSに連結する具体的なABDには、[ICOS]_H0L0および[ICOS]H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human ICOS include [ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0, and those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and Examples include, but are not limited to, those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

このフォーマットにおいて、ヒトGITRに連結する具体的なABDには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs that link to human GITR include, but are not limited to, those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282 to 26290.

このフォーマットにおいて、OX40に連結する具体的なABDには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to OX40 include, but are not limited to, those listed in FIGS. 17, 72 and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281.

このフォーマットにおいて、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671.

このフォーマットにおいて、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDには、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human PD-L1 include, but are not limited to, FIGS. 15, 73, and 78, and SEQ ID NOs: 3961-4432.

M.非ヘテロ二量体二重特異性抗体
当業者によって理解されるように、本明細書で概説のFv配列はまた、単一特異性抗体(例えば、「従来のモノクローナル抗体」)または非ヘテロ二重特異性フォーマットの両方で使用することができる(図2J、K、およびLを参照)。
M.M. Non-heterodimeric bispecific antibodies As will be appreciated by those skilled in the art, the Fv sequences outlined herein are also monospecific antibodies (eg, “conventional monoclonal antibodies”) or non-heterobispecifics. It can be used in both specificity formats (see FIGS. 2J, K, and L).

このフォーマットにおいて、ヒトICOSに連結する具体的なABDには、[ICOS]_H0L0および[ICOS]H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human ICOS include [ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0, and those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and Examples include, but are not limited to, those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

このフォーマットにおいて、ヒトGITRに連結する具体的なABDには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs that link to human GITR include, but are not limited to, those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282 to 26290.

このフォーマットにおいて、OX40に連結する具体的なABDには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to OX40 include, but are not limited to, those listed in FIGS. 17, 72 and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281.

このフォーマットにおいて、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671.

このフォーマットにおいて、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDには、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human PD-L1 include, but are not limited to, FIGS. 15, 73, and 78, and SEQ ID NOs: 3961-4432.

適切な非ヘテロ二量体二重特異性フォーマットは当該技術分野において公知であり、Spiess et al.、Spiess et al.,Molecular Immunology(67):95−106 (2015)およびKontermann,mAbs 4:2,182−197(2012)に概して示されているようないくつかの異なるフォーマットを含み、これらの両方は、参照により、特にその中のフォーマットに対する図、図説および引用について、明示的に組み込まれる。   Suitable non-heterodimeric bispecific formats are known in the art and are described in Spiss et al. , Spiss et al. , Molecular Immunology (67): 95-106 (2015) and Kontermann, mAbs 4: 2, 182-197 (2012), including several different formats, both of which are by reference In particular, the figures, illustrations and citations for the formats therein are expressly incorporated.

N.DVD−Igフォーマット
いくつかの実施形態では、二重特異性抗体は、一般に、米国特許第7,612,181号に記載されているような「二重可変ドメイン−Ig」または「DVD−Ig(商標)」フォーマットにあり(図2Lを参照)、その全ての内容は、特にその中の図および図説について、参照により本明細書に組み込まれる。DVD−Igフォーマットでは、抗体は四価で二重特異性であり、4本の鎖、すなわち2本のホモ二量体重鎖および2本の同一軽鎖を含む。重鎖はそれぞれVH1−(任意のリンカー)−VH2−CH1−ヒンジ−CH2−CH3構造を有し、2本の軽鎖はそれぞれVL1−任意のリンカー−VL2−CL構造を有し、VH1およびVL1は第1のABDを形成し、VH2およびVL2は第2のABDを形成し、ここで第1および第2のABDは共刺激受容体およびチェックポイント受容体に連結する。この実施形態では、適切な組み合わせは、ICOSとPD−1、ICOSとCTLA−4、ICOSとLAG−3、ICOSとTIM−3、ICOSとPD−L1、ICOSとBTLA、GITRとPD−1、GITRとCTLA−4、GITRとLAG−3、GITRとTIM−3、GITRとPD−L1、GITRとBTLA、OX40とPD−1、OX40とCTLA−4、OX40とLAG−3、OX40とTIM−3、OX40とPD−L1、OX40とBTLA、4−1BBとPD−1、4−1BBとCTLA−4、4−1BBとLAG−3、4−1BBとTIM−3、4−1BBとPD−L1、および4−1BBとBTLAを含む。
N. DVD-Ig Format In some embodiments, bispecific antibodies generally have a “dual variable domain-Ig” or “DVD-Ig (as described in US Pat. No. 7,612,181). Trademark) ”format (see FIG. 2L), the entire contents of which are hereby incorporated by reference, particularly with respect to the figures and illustrations therein. In the DVD-Ig format, the antibody is tetravalent and bispecific and contains four chains, two homodimeric body weight chains and two identical light chains. Each heavy chain has a VH1- (arbitrary linker) -VH2-CH1-hinge-CH2-CH3 structure, and the two light chains each have a VL1-arbitrary linker-VL2-CL structure, and VH1 and VL1 Forms a first ABD and VH2 and VL2 form a second ABD, where the first and second ABDs are linked to costimulatory and checkpoint receptors. In this embodiment, the appropriate combinations are ICOS and PD-1, ICOS and CTLA-4, ICOS and LAG-3, ICOS and TIM-3, ICOS and PD-L1, ICOS and BTLA, GITR and PD-1, GITR and CTLA-4, GITR and LAG-3, GITR and TIM-3, GITR and PD-L1, GITR and BTLA, OX40 and PD-1, OX40 and CTLA-4, OX40 and LLA-3, OX40 and TIM- 3. OX40 and PD-L1, OX40 and BTLA, 4-1BB and PD-1, 4-1BB and CTLA-4, 4-1BB and LAG-3, 4-1BB and TIM-3, 4-1BB and PD- L1, and 4-1BB and BTLA are included.

DVD−Ig(商標)および中央−scFv2は、二重特異性および四価であり、したがって一価様式で共刺激受容体に連結しない2つのフォーマットである。例示的なDVD−Ig(商標)コンストラクトは、図61に示される。   DVD-Ig ™ and central-scFv2 are two formats that are bispecific and tetravalent and thus do not link to costimulatory receptors in a monovalent manner. An exemplary DVD-Ig ™ construct is shown in FIG.

このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを含む。   (1) The format includes an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129と組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279およびGITRに連結するABDを含む。   (5) The format includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and ABD linked to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279およびOX40に連結するABDを含む。   (6) The format includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and ABD linked to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279およびICOSに連結するABDを含む。   (7) The format includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and ABD linked to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279および4−1BBに連結するABDを含む。   8) The format includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and ABD linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

このフォーマットにおいて、ヒトICOSに連結する具体的なABDには、[ICOS]_H0L0および[ICOS]H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human ICOS include [ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0, and those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and Examples include, but are not limited to, those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

このフォーマットにおいて、ヒトGITRに連結する具体的なABDには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs that link to human GITR include, but are not limited to, those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282 to 26290.

このフォーマットにおいて、OX40に連結する具体的なABDには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to OX40 include, but are not limited to, those listed in FIGS. 17, 72 and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281.

このフォーマットにおいて、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671.

このフォーマットにおいて、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDには、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human PD-L1 include, but are not limited to, FIGS. 15, 73, and 78, and SEQ ID NOs: 3961-4432.

O.トライデントフォーマット
いくつかの実施形態では、本発明の二重特異性抗体は、概してWO2015/184203に記載されている「トライデント」フォーマットであり、その全ての内容、特に、図、図説、定義、ならびに「K−コイル」および「E−コイル」配列を含む「ヘテロ二量体促進ドメイン」または「HPD」の配列は、参照により本明細書に組み込まれる。トライデントは、構造の構成要素として、会合してヘテロ二量体構造を形成する2つの異なるHPDをし硫黄することに依存し、図2Mを参照できる。この実施形態において、トライデントフォーマットは、「従来の」重鎖および軽鎖(例えば、VH1−CH1−ヒンジ−CH2−CH3およびVL1−CL)、第1の「ディアボディ型連結ドメイン」または「DART(登録商標)」を含む第3の鎖、VH2−(リンカー)−VL3−HPD1、ならびに第2のDART(登録商標)を含む第4の鎖、VH3−(リンカー)−(リンカー)−VL2−HPD2を含む。VH1およびVL1は第1のABDを形成し、VH2およびVL2は第2のABDを形成し、そしてVH3およびVL3は第3のABDを形成する。図2Mに示されているように、いくつかのケースでは、第2および第3のABDは同一の抗原、この例では一般的にチェックポイント受容体に、例えば二価で連結し、第1のABDは、共刺激受容体に一価で連結する。この実施形態では、適切な組み合わせは、ICOSとPD−1、ICOSとCTLA−4、ICOSとLAG−3、ICOSとTIM−3、ICOSとPD−L1、ICOSとBTLA、GITRとPD−1、GITRとCTLA−4、GITRとLAG−3、GITRとTIM−3、GITRとPD−L1、GITRとBTLA、OX40とPD−1、OX40とCTLA−4、OX40とLAG−3、OX40とTIM−3、OX40とPD−L1、OX40とBTLA、4−1BBとPD−1、4−1BBとCTLA−4、4−1BBとLAG−3、4−1BBとTIM−3、4−1BBとPD−L1、および4−1BBとBTLAを含む。
O. Trident Format In some embodiments, the bispecific antibodies of the invention are generally in a “trident” format as described in WO2015 / 184203, the entire contents of which, in particular, the figures, illustrations, definitions, and “ The sequences of “heterodimer facilitating domains” or “HPD”, including the “K-coil” and “E-coil” sequences, are incorporated herein by reference. Trident relies on two different HPDs to sulfur as a structural component that associate to form a heterodimeric structure, see FIG. 2M. In this embodiment, the trident format comprises “conventional” heavy and light chains (eg, VH1-CH1-hinge-CH2-CH3 and VL1-CL), a first “diabody-type linking domain” or “DART ( The third chain comprising "registered trademark", VH2- (linker) -VL3-HPD1, and the fourth chain comprising the second DART®, VH3- (linker)-(linker) -VL2-HPD2 including. VH1 and VL1 form a first ABD, VH2 and VL2 form a second ABD, and VH3 and VL3 form a third ABD. As shown in FIG. 2M, in some cases, the second and third ABDs are linked to the same antigen, in this example generally a checkpoint receptor, for example, bivalently, ABD is monovalently linked to costimulatory receptors. In this embodiment, the appropriate combinations are ICOS and PD-1, ICOS and CTLA-4, ICOS and LAG-3, ICOS and TIM-3, ICOS and PD-L1, ICOS and BTLA, GITR and PD-1, GITR and CTLA-4, GITR and LAG-3, GITR and TIM-3, GITR and PD-L1, GITR and BTLA, OX40 and PD-1, OX40 and CTLA-4, OX40 and LLA-3, OX40 and TIM- 3. OX40 and PD-L1, OX40 and BTLA, 4-1BB and PD-1, 4-1BB and CTLA-4, 4-1BB and LAG-3, 4-1BB and TIM-3, 4-1BB and PD- L1, and 4-1BB and BTLA are included.

このフォーマットのこれらの変異を有するいくつかの特定の実施形態において:   In some specific embodiments having these mutations in this format:

(1)フォーマットが、[ICOS]H0.66_L0のABDを有するICOSに連結するFab ABDを含む。   (1) The format includes a Fab ABD linked to an ICOS having an ABD of [ICOS] H0.66_L0.

(2)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFv ABDと組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (2) The format includes an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with an scFv ABD that includes ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1.

(3)フォーマットが、CTLA−4に連結するABD H3.23_L0.129を含むscFvと組み合わせたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (3) The format includes ICOS ABD of H0.66_L0 combined with scFv including ABD H3.23_L0.129 linked to CTLA-4.

(4)フォーマットが、LAG−3に連結するABD 7G8_H.303_L1.34と組み合わされたH0.66_L0のICOS ABDを含む。   (4) The format is ABD 7G8_H. Contains an ICOS ABD of H0.66_L0 combined with 303_L1.34.

(5)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはGITRに連結する。   (5) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to GITR.

(6)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはOX40に連結する。   (6) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to OX40.

(7)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、FabはICOSに連結する。   (7) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1, and Fab links to ICOS.

8)フォーマットが、PD−1に連結するABD 1G6_L1.194_H1.279を含むscFvを含み、Fabは4−1BBに連結する。   8) The format includes scFv including ABD 1G6_L1.194_H1.279 linked to PD-1 and Fab linked to 4-1BB.

(9)フォーマットが、ICOSに連結するH0.66_L0のABDおよびPD−L1に連結するABDを含む。   (9) The format includes H0.66_L0 ABD linked to ICOS and ABD linked to PD-L1.

このフォーマットにおいて、ヒトICOSに連結する具体的なABDには、[ICOS]_H0L0および[ICOS]H0.66_L0、ならびに図19、図20、図24、図68、および図77に示されるもの、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示されるものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human ICOS include [ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0, and those shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, and Examples include, but are not limited to, those shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665.

このフォーマットにおいて、ヒトGITRに連結する具体的なABDには、図18、図72、および図73中のもの、ならびに配列番号26282〜26290に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs that link to human GITR include, but are not limited to, those in FIGS. 18, 72, and 73, and those listed in SEQ ID NOs: 26282 to 26290.

このフォーマットにおいて、OX40に連結する具体的なABDには、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に列挙されたものが含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to OX40 include, but are not limited to, those listed in FIGS. 17, 72 and 73, and SEQ ID NOs: 26272-26281.

このフォーマットにおいて、ヒト4−1BBに連結する具体的なABDには、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human 4-1BB include, but are not limited to, FIGS. 16, 72, and 73, and SEQ ID NOs: 26262-2671.

このフォーマットにおいて、ヒトPD−L1に連結する具体的なABDには、図15、図73、および図78、ならびに配列番号3961〜4432が含まれるがこれらには限定されない。   In this format, specific ABDs linked to human PD-L1 include, but are not limited to, FIGS. 15, 73, and 78, and SEQ ID NOs: 3961-4432.

P.単一特異性、モノクローナル抗体
当業者によって理解されるように、本明細書で概説の新規のFv配列はまた、単一特異性抗体(例えば、「従来のモノクローナル抗体」)または非ヘテロ二重特異性フォーマットの両方で使用することができる。したがって、本発明は、一般にIgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4の定常領域、IgG1、IgG2、およびIgG4(S228Pのアミノ酸置換を含むIgG4定常領域を含む)を有する、図からの6つのCDRならびに/またはvhおよびvl配列を含むモノクローナル(単一特異性)抗体を提供し、いくつかの実施形態において特に使用される。すなわち、「H_L」指定を有する本明細書中の任意の配列は、ヒトIgG1抗体の定常領域に連結され得る。
P. Monospecific, Monoclonal Antibodies As will be appreciated by those skilled in the art, the novel Fv sequences outlined herein are also monospecific antibodies (eg, “conventional monoclonal antibodies”) or non-heterobispecific Can be used in both sex formats. Thus, the present invention generally has six CDRs from the figure having IgG1, IgG2, IgG3, or IgG4 constant regions, IgG1, IgG2, and IgG4 (including an IgG4 constant region comprising an amino acid substitution of S228P) and / or Monoclonal (monospecific) antibodies comprising vh and vl sequences are provided and are particularly used in some embodiments. That is, any sequence herein with an “H_L” designation can be linked to the constant region of a human IgG1 antibody.

VIII.標的抗原に対する抗原連結ドメイン(ABD)
本発明の二重特異性抗体は、概して図2に示すように、二価二重特異性フォーマットまたは三価二重特異性フォーマットのいずれかで、2つの異なる標的受容体抗原(「標的対」)に連結する2つの異なる抗原連結ドメイン(ABD)を有する。
VIII. Antigen-binding domain (ABD) for target antigen
The bispecific antibodies of the present invention generally comprise two different target receptor antigens (“target pairs”) in either a bivalent or trivalent bispecific format, as shown in FIG. ) Have two different antigen-binding domains (ABD).

二重特異性抗体は、チェックポイント受容体を含む第1の標的抗原および共刺激受容体を含む第2の標的抗原に連結する。本明細書に概説される適切なチェックポイント受容体には、PD−1、PD−L1、LAG−3、TIM−3、CTLA−4、BTLA、およびTIGITが含まれる。本明細書に概説される適切な共刺激受容体としては、ICOS、GITR、OX40、および4−1BBが含まれる。概説したように   Bispecific antibodies link to a first target antigen that includes a checkpoint receptor and a second target antigen that includes a costimulatory receptor. Suitable checkpoint receptors outlined herein include PD-1, PD-L1, LAG-3, TIM-3, CTLA-4, BTLA, and TIGIT. Suitable costimulatory receptors outlined herein include ICOS, GITR, OX40, and 4-1BB. As outlined

適切な標的チェックポイント抗原には、ヒト(および場合によってはカニクイザル)PD−1、CTLA−4、TIM−3、LAG−3、TIGIT、およびBTLA(配列表の配列)が含まれる。したがって、適切な二重特異性抗体は、ICOSとPD−1、ICOSとCTLA−4、ICOSとLAG−3、ICOSとTIM−3、ICOSとPD−L1、ICOSとBTLA、ICOSとTIGIT、GITRとTIGIT、GITRとPD−1、GITRとCTLA−4、GITRとLAG−3、GITRとTIM−3、GITRとPD−L1、GITRとBTLA、OX40とPD−1、OX40とTIGIT、OX40とCTLA−4、IC OX40 OSとLAG−3、OX40とTIM−3、OX40とPD−L1、OX40とBTLA、4−1BBとPD−1、4−1BBとCTLA−4、4−1BBとLAG−3、4−1BBとTIM−3、4−1BBとPD−L1、TIGITと4−1BB、および4−1BBとBTLAに連結する。   Suitable target checkpoint antigens include human (and possibly cynomolgus) PD-1, CTLA-4, TIM-3, LAG-3, TIGIT, and BTLA (sequences in the sequence listing). Thus, suitable bispecific antibodies are ICOS and PD-1, ICOS and CTLA-4, ICOS and LAG-3, ICOS and TIM-3, ICOS and PD-L1, ICOS and BTLA, ICOS and TIGIT, GITR And TIGIT, GITR and PD-1, GITR and CTLA-4, GITR and LAG-3, GITR and TIM-3, GITR and PD-L1, GITR and BTLA, OX40 and PD-1, OX40 and TIGIT, OX40 and CTLA -4, IC OX40 OS and LAG-3, OX40 and TIM-3, OX40 and PD-L1, OX40 and BTLA, 4-1BB and PD-1, 4-1BB and CTLA-4, 4-1BB and LAG-3 4-1BB and TIM-3, 4-1BB and PD-L1, TIGIT and 4-1BB, and 4-1BB and B Connect to TLA.

一般に、これらの二重特異性抗体は「抗PD−1×抗CTLA−4」と呼ばれるか、または一般に単純にまたは簡単のために(したがって交換可能に)各対について「PD−1×CTLA−4」などと命名される。本明細書で特定されない限り、名称における抗原の列挙の順序は構造を付与せず、すなわち、PD−1×CTLA−4ボトルオープナー抗体は、scFvをPD−1またはCTLA−4に連結させることができるが、場合によっては、順序は示されている通りの構造を特定する。   In general, these bispecific antibodies are referred to as “anti-PD-1 × anti-CTLA-4” or generally “PD-1 × CTLA− for each pair for simplicity or simplicity (and thus interchangeable). 4 "etc. Unless specified herein, the order of enumeration of antigens in the name does not confer structure, ie, PD-1 × CTLA-4 bottle opener antibody may link scFv to PD-1 or CTLA-4. Yes, but in some cases the order identifies the structure as shown.

本明細書においてより十分に概説されるように、これらのABDの組み合わせは、以下に概説されるようにさまざまなフォーマットであり得、概して一方のABDがFabフォーマットであり他方がscFvフォーマットである組み合わせである。本明細書で論じられ、図2に示されるように、いくつかのフォーマットは単一のFabおよび単一のscFv(A、C、およびD)を使用し、いくつかのフォーマットは2つのFabおよび単一のscFv(E、F、G、H、およびI)を使用する。   As outlined more fully herein, these ABD combinations can be in various formats, as outlined below, generally a combination where one ABD is in the Fab format and the other is in the scFv format. It is. As discussed herein and shown in FIG. 2, some formats use a single Fab and a single scFv (A, C, and D), and some formats have two Fab and A single scFv (E, F, G, H, and I) is used.

A.抗原連結ドメイン
本明細書で論じるように、本発明の二重特異性チェックポイントヘテロ二量体抗体は、それぞれが異なるチェックポイントタンパク質に連結する2つの抗原連結ドメイン(ABD)を含む。本明細書に概説するように、これらのヘテロ二量体抗体は、二重特異性および二価であり得る(各抗原は、例えば図2に示されるフォーマットで単一のABDによって連結される。
図1は、The Cancer Genome Atlas(TCGA)から編集された、膀胱癌、乳癌、結腸癌、頭頸部癌、腎癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、および黒色腫癌についてのPD−1およびT細胞共刺激受容体の発現データ(RNAseq V2 RSEM)を提示する。ピアソン相関係数の二乗を、T細胞共刺激受容体に対するPD−1について計算した。
A. Antigen-binding domains As discussed herein, the bispecific checkpoint heterodimeric antibodies of the present invention comprise two antigen-binding domains (ABD) each linked to a different checkpoint protein. As outlined herein, these heterodimeric antibodies can be bispecific and bivalent (each antigen linked by a single ABD, for example in the format shown in FIG.
FIG. 1 is a compilation of bladder cancer, breast cancer, colon cancer, head and neck cancer, kidney cancer, lung adenocarcinoma, lung squamous cell carcinoma, ovarian cancer, pancreatic cancer, prostate cancer, and black, edited from The Cancer Genome Atlas (TCGA) Presents PD-1 and T cell costimulatory receptor expression data (RNAseq V2 RSEM) for tumor cancer. The square of the Pearson correlation coefficient was calculated for PD-1 for T cell costimulatory receptors.

図2A〜Oは、本発明の二重特異性抗体のためのいくつかのフォーマットを示す。一番目は、第1および第2の抗抗原連結ドメインを有する「ボトルオープナー」フォーマットである。さらに、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、中央−Fv、1アームの中央−scFv、1つのscFv−mAb、scFv−mAb、デュアルscFvのフォーマットが全て示されている。図2Jは、Fabが第1の抗原に連結し、scFvが第2の抗原に連結する、2つのFab−scFvのアームを有する「中央−scFv2」フォーマットを示す。図2Kは、第1の抗原に連結する第1のFabアームと第2の抗原に連結する第2のFabアームを有する、二重特異性mAbのフォーマットを示す。図2Lは、DVD−IgGのフォーマット(例えば、参照により本明細書に明示的に組み込まれ、以下に論じられる、米国特許第7,612,181号を参照されたい)を示す。図2Mは、トライデントフォーマット(例えば、参照により本明細書に明示的に組み込まれ、以下に論じられる、WO2015/184203を参照されたい)を示す。示されている全てのscFvドメインについて、それらは、N末端からC末端に向けて、可変重鎖−(任意選択のリンカー)−可変軽鎖、またはその反対のいずれかであり得る。さらに、1アームscFv−mAbでは、scFvを重鎖単量体のN末端または軽鎖のN末端のいずれかに連結させることができる。   Figures 2A-O show several formats for the bispecific antibodies of the invention. The first is a “bottle opener” format having first and second anti-antigen linking domains. Furthermore, the formats of mAb-Fv, mAb-scFv, center-scFv, center-Fv, center of one arm-scFv, one scFv-mAb, scFv-mAb, dual scFv are all shown. FIG. 2J shows a “center-scFv2” format with two Fab-scFv arms, where the Fab is linked to the first antigen and the scFv is linked to the second antigen. FIG. 2K shows a bispecific mAb format with a first Fab arm linking to the first antigen and a second Fab arm linking to the second antigen. FIG. 2L shows the format of DVD-IgG (see, eg, US Pat. No. 7,612,181, which is expressly incorporated herein by reference and discussed below). FIG. 2M shows a trident format (see, eg, WO2015 / 184203, which is expressly incorporated herein by reference and discussed below). For all the scFv domains shown, they can be either variable heavy chain- (optional linker) -variable light chain, or vice versa, from N-terminus to C-terminus. Furthermore, in 1-arm scFv-mAb, scFv can be linked to either the N-terminus of the heavy chain monomer or the N-terminus of the light chain.

図3は、ICOSをFab側([ICOS]_H0.66_L0)とし、PD−1をscFV(1G6_L1.94_H1.279)として有し、血清半減期を延長するためのM428L/434S変異を含む、ボトルオープナーフォーマットであるXENP23104の配列を示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図8に示されている無荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えることができる)、スラッシュは可変ドメインの境界を示す。さらに、命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、本明細書中の配列のいくつかは、VH−scFvリンカー−VL(NからC末端に向かう)と配向され、一方でいくつかはVL−scFvリンカー−VH(NからC末端に向かう)と配向されるが、当業者によって理解されるように、これらの配列はまた、本明細書中のそれらの描写とは反対の配向で使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。 FIG. 3 shows a bottle with ICOS on the Fab side ([ICOS] _H0.66_L0), PD-1 as scFV (1G6_L1.94_H1.279) and containing the M428L / 434S mutation to prolong serum half-life. The arrangement of XENP23104 which is an opener format is shown. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some can be replaced by other linkers, including uncharged or negatively charged linkers shown in FIG. 8), and slashes indicate variable domain boundaries. Furthermore, the naming convention indicates the orientation of the scFv from the N-terminus to the C-terminus, and some of the sequences herein are oriented with VH-scFv linker-VL (from N to the C-terminus), while Some are oriented with VL-scFv linker-VH (from N to C-terminus), but as will be appreciated by those skilled in the art, these sequences are also opposite to those depicted herein. Can be used in orientation. The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are included herein.

図4A〜Eは、(スキューおよびpI変異を含む)ヘテロ二量体化変異セットの有用な対を示す。図4CおよびFには、対応する「単量体2」変異が存在しない変異が存在し、これらは、いずれかの単量体に単独で使用することができるか、または例えばボトルオープナーのFab側に含めることができるpI変異であり、例えば、scFvを第2の抗原連結ドメインとして利用する第2の単量体に適切な荷電scFvリンカーを使用することができる。適切な荷電リンカーは、図8に示される。   4A-E show useful pairs of heterodimerized mutation sets (including skew and pI mutations). In FIGS. 4C and F there are mutations for which there is no corresponding “monomer 2” mutation, which can be used alone for either monomer, or for example the Fab side of a bottle opener For example, a charged scFv linker suitable for a second monomer that utilizes scFv as the second antigen linking domain can be used. A suitable charged linker is shown in FIG.

図5は、等価変異の抗体定常領域とそれぞれの置換の一覧を示す。pI_(−)は低いpIの変異を示し、pI_(+)は高いpIの変異を示す。これらは、任意にかつ独立して、本発明の他のヘテロ二量体化変異(および本明細書に概説されているように他の変異も)と組み合わせることができる。   FIG. 5 shows a list of equivalent mutation antibody constant regions and their respective substitutions. pI _ (−) indicates a low pI mutation and pI _ (+) indicates a high pI mutation. These can optionally and independently be combined with other heterodimerization mutations of the invention (and other mutations as outlined herein).

図6は、FcγR連結を除去した有用な除去変異を示す(しばしば「ノックアウト」または「KO」変異と呼ばれる。)。一般に、除去変異は両方の単量体に見られるが、いくつかの場合においてはそれらは一方の単量体のみにあってもよい。   FIG. 6 shows useful excision mutations that remove the FcγR linkage (often referred to as “knockout” or “KO” mutations). In general, deletion mutations are found in both monomers, but in some cases they may be in only one monomer.

図7は、本発明の2つの特に有用な実施形態を示す。本実施形態の「非Fv」構成要素が図9Aに示されるが、図9の他のフォーマットも同様に使用することができる。   FIG. 7 shows two particularly useful embodiments of the present invention. Although the “non-Fv” component of this embodiment is shown in FIG. 9A, other formats in FIG. 9 can be used as well.

図8AおよびBは、構成要素として、一つ以上のscFvを利用するヘテロ二量体抗体のpIを増加または減少することにおいて使用されるいくつかの荷電scFvリンカーを示す。(+H)正のリンカーは、本明細書において特に使用される。単一電荷を有する単一の先行技術のscFvリンカーは、Whitlow et al.,Protein Engineering 6(8):989−995(1993)からの「Whitlow」としての参照である。このリンカーは、scFvにおける凝集を減少させ、タンパク質分解安定性を高めるために使用されたことに留意すべきである。   FIGS. 8A and B show several charged scFv linkers used in increasing or decreasing the pI of heterodimeric antibodies that utilize one or more scFv as components. (+ H) positive linkers are specifically used herein. A single prior art scFv linker with a single charge is described in Whitlow et al. , Protein Engineering 6 (8): 989-995 (1993). It should be noted that this linker was used to reduce aggregation in scFv and increase proteolytic stability.

図9は、Fv配列(例えば、scFvおよびFab側のためのvhおよびvl)含まずに、ヒトIgG1に基づいて、いくつかの有用なボトルオープナーフォーマットの骨格の配列を示す。ボトルオープナーの骨格1はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。ボトルオープナーの骨格2はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、異なるスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。ボトルオープナーの骨格3はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、異なるスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。ボトルオープナーの骨格4はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、異なるスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。ボトルオープナーの骨格5はヒトIgG1(356D/358Lアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。ボトルオープナーの骨格6はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異、ならびにN297Aの両方の鎖の変異を含む。ボトルオープナーの骨格7は、変異がN297Sであることを除いて6と同一である。ボトルオープナーの骨格6および7の代替的なフォーマットは、両方の鎖の除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを除外できる。骨格8はヒトIgG4に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異、ならびに当該技術分野で知られているように、Fabアーム交換を除去するS228P(EUナンバリング、これはKabatではS241Pである)の両鎖の変異を含む。ボトルオープナーの骨格8の代替的なフォーマットでは、E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を除外でき、骨格9は、ヒトIgG2に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異を含む。骨格10はヒトIgG2に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびS267Kの両方の鎖の変異を含む。   FIG. 9 shows the backbone sequences of several useful bottle opener formats based on human IgG1, without the Fv sequences (eg, vh and vl for scFv and Fab sides). Skeletal 1 of the bottle opener is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del / S267K contains both strand removal mutations. Skeletal 2 of the bottle opener is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), with different skew mutations, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab pI mutation, and both E233P / L234V / L235A / G236del / S267K Contains strand removal mutations. Bottle Opener Skeleton 3 is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), with different skew mutations, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab pI mutation, and both E233P / L234V / L235A / G236del / S267K Contains strand removal mutations. The bottle opener scaffold 4 is based on human IgG1 (356E / 358M allotype) and has different skew mutations, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab pI mutation, and both E233P / L234V / L235A / G236del / S267K Contains strand removal mutations. Skeletal 5 of the bottle opener is based on human IgG1 (356D / 358L allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del / S267K contains both strand removal mutations. The skeleton 6 of the bottle opener is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del / S267K both strand removal mutations, as well as N297A both strand mutations. The skeleton 7 of the bottle opener is identical to 6 except that the mutation is N297S. Alternative formats for the bottle opener scaffolds 6 and 7 can exclude both strand removal mutations E233P / L234V / L235A / G236del / S267K. Skeletal 8 is based on human IgG4, S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del / S267K both chains It includes a deletion mutation as well as a mutation in both strands of S228P (EU numbering, which is S241P in Kabat) that eliminates Fab arm exchange, as is known in the art. In an alternative format for the skeleton 8 of the bottle opener, both E233P / L234V / L235A / G236del / S267K strand removal mutations can be excluded, and skeleton 9 is based on human IgG2 and S364K / E357Q: skew of L368D / K370S. Mutation, including a pI mutation on the Fab side of N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D. Skeletal 10 is based on human IgG2 and contains S364K / E357Q: S368D / K370S skew mutation, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and S267K both chain mutations.

当業者には理解され、以下に概説されるように、これらの配列は、scFv(任意に荷電scFvリンカーを含む)を含む一つの単量体およびFab配列を含む他の単量体を含む、本明細書に概説される任意のvhとvlの対と共に使用できる(例えば、「Fab側重鎖」に連結したvh、および「定常軽鎖」に連結したvl)。すなわち、抗CTLA−4、抗PD−1、抗LAG−3、抗TIM−3、抗TIGIT、および抗BTLAについて本明細書で概説した任意のFv配列は、scFv(同様に、任意選択で荷電scFvリンカーを有する)またはFabとしてであるかどうかにかかわらず、これらの図37の骨格に任意の組み合わせで組み込むことができる。図9Aに示されている定常軽鎖は、図中のコンストラクトの全てのために使用することができるが、カッパ定常軽鎖もまた置換されていてもよい。   As understood by those skilled in the art and outlined below, these sequences include one monomer containing scFv (optionally including a charged scFv linker) and another monomer containing a Fab sequence, It can be used with any of the vh and vl pairs outlined herein (eg, vh linked to a “Fab heavy chain” and vl linked to a “constant light chain”). That is, any of the Fv sequences outlined herein for anti-CTLA-4, anti-PD-1, anti-LAG-3, anti-TIM-3, anti-TIGIT, and anti-BTLA are scFv (also optionally charged These can be incorporated in any combination into the backbone of FIG. 37, whether or not as having an scFv linker) or as a Fab. The constant light chain shown in FIG. 9A can be used for all of the constructs in the figure, but the kappa constant light chain may also be substituted.

これらのボトルオープナーの骨格は、図1Fの中心−scFvフォーマットに使用されることに注意すべきであり、そこでは、第1のFabと同じ抗原連結を有する追加の第2のFab(vh−CH1およびvl−定常軽鎖)が、「ボトルオープナー側」のscFvのN末端に付加される。   Note that these bottle opener scaffolds are used in the center-scFv format of FIG. 1F, where an additional second Fab (vh-CH1) having the same antigenic linkage as the first Fab. And vl-constant light chain) are added to the N-terminus of the “bottle opener side” scFv.

これらの骨格の各々に含まれるのは、列挙された配列に対して(本明細書で定義されるように)90、95、98、および99%同一であり、および/または(当業者には理解されるように、親のヒトIgG1(または骨格に基づいてIgG2もしくはIgG4)と比べていくつかのアミノ酸修飾を既に含む図の「親」と比べて、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10の追加のアミノ酸置換を含む配列である。すなわち、列挙された骨格は、この図の骨格内に含まれるスキュー、pIおよび除去変異に加えて、さらなるアミノ酸修飾(一般にアミノ酸置換)を含み得る。   Included in each of these backbones is 90, 95, 98, and 99% identical to the listed sequence (as defined herein) and / or (to those skilled in the art As can be seen, 1, 2, 3, 4, 5, compared to the “parent” in the figure which already contains some amino acid modifications compared to the parent human IgG1 (or IgG2 or IgG4 based on the backbone) A sequence that includes 6, 7, 8, 9, or 10 additional amino acid substitutions, ie, the listed backbone contains additional amino acid modifications in addition to the skew, pI, and excision mutations contained within the backbone of this figure (Generally amino acid substitutions).

図10は、選択された数の抗PD−1抗体の配列を示す。これらの配列は、図6Aに示されている除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1に基づいて生成されたことに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。   FIG. 10 shows the sequence of a selected number of anti-PD-1 antibodies. It is important to note that these sequences were generated based on human IgG1 with the excision mutation shown in FIG. 6A (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”) . CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein.

図11は、配列番号1〜2392、3125〜3144、4697〜7594、および4697〜21810として列挙されている追加の抗PD−1 ABDと共に、選択された数のPD−1 ABDを示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図8に示されている無荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えることができる)、スラッシュは可変ドメインの境界を示す。さらに、命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、この図中の配列のいくつかは、VH−scFvリンカー−VL(NからC末端に向かう)と配向され、一方でいくつかはVL−scFvリンカー−VH(NからC末端に向かう)と配向されるが、当業者によって理解されるように、これらの配列はまた、本明細書中のそれらの描写とは反対の配向で使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのVHおよびVL配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。 FIG. 11 shows a selected number of PD-1 ABDs, with additional anti-PD-1 ABDs listed as SEQ ID NOs: 1-239, 3125-3144, 4697-7594, and 4697-21810. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some can be replaced by other linkers, including uncharged or negatively charged linkers shown in FIG. 8), and slashes indicate variable domain boundaries. Furthermore, the naming convention shows the orientation of scFv from N-terminus to C-terminus, some of the sequences in this figure are oriented as VH-scFv linker-VL (from N to C-terminus), while Are oriented with the VL-scFv linker-VH (from N to C-terminus), but as will be appreciated by those skilled in the art, these sequences are also oriented in the opposite direction to their depiction herein. Can be used in The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these VH and VL sequences can be used in either scFv format or Fab format.

図12は、配列番号2393〜2414および3737〜3816として列挙されている追加の抗CTLA−4ABDと共に、選択された数のCTLA−4ABDを示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図8に示されている無荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えることができる)、スラッシュは可変ドメインの境界を示す。さらに、命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、この図中の配列のいくつかは、VH−scFvリンカー−VL(NからC末端に向かう)と配向され、一方でいくつかはVL−scFvリンカー−VH(NからC末端に向かう)と配向されるが、当業者によって理解されるように、これらの配列はまた、本明細書中のそれらの描写とは反対の配向で使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのVHおよびVL配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。 FIG. 12 shows a selected number of CTLA-4ABD, with additional anti-CTLA-4ABD listed as SEQ ID NOs: 2393-2414 and 3737-3816. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some can be replaced by other linkers, including uncharged or negatively charged linkers shown in FIG. 8), and slashes indicate variable domain boundaries. Furthermore, the naming convention shows the orientation of scFv from N-terminus to C-terminus, some of the sequences in this figure are oriented as VH-scFv linker-VL (from N to C-terminus), while Are oriented with the VL-scFv linker-VH (from N to C-terminus), but as will be appreciated by those skilled in the art, these sequences are also oriented in the opposite direction to their depiction herein. Can be used in The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these VH and VL sequences can be used in either scFv format or Fab format.

図13は、配列番号2415〜2604および3817〜3960として列挙されている追加の抗LAG−3 ABDと共に、選択された数のLAG−3 ABDを示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図8に示されている無荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えることができる)、そしてスラッシュは可変ドメイン>の境界(単数または複数)を示す。さらに、命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、この図中の配列のいくつかは、VH−scFvリンカー−VL(NからC末端に向かう)と配向され、一方でいくつかはVL−scFvリンカー−VH(NからC末端に向かう)と配向されるが、当業者によって理解されるように、これらの配列はまた、本明細書中のそれらの描写とは反対の配向で使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのVHおよびVL配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。 FIG. 13 shows a selected number of LAG-3 ABD, with additional anti-LAG-3 ABDs listed as SEQ ID NOs: 2415-2604 and 3817-3960. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some can be replaced by other linkers including uncharged or negatively charged linkers shown in FIG. 8), and the slash indicates the variable domain> boundary (s). Furthermore, the naming convention shows the orientation of scFv from N-terminus to C-terminus, some of the sequences in this figure are oriented as VH-scFv linker-VL (from N to C-terminus), while Are oriented with the VL-scFv linker-VH (from N to C-terminus), but as will be appreciated by those skilled in the art, these sequences are also oriented in the opposite direction to their depiction herein. Can be used in The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these VH and VL sequences can be used in either scFv format or Fab format.

図14は、選択された数の抗TIM−3抗体の配列を示す。これらの配列は、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。   FIG. 14 shows the sequences of selected numbers of anti-TIM-3 antibodies. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with excision mutations (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats can be used as well. It is important to. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein.

図15は、選択された数の抗PD−L1抗体の配列を示す。これらの配列は、本明細書において概説されている除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。   FIG. 15 shows the sequence of a selected number of anti-PD-L1 antibodies. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with the deletion mutations outlined herein (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats as well It is important to note that can be used. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein.

図16は、プロトタイプの抗4−1BB抗体の配列を示す。これらの配列は、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。   FIG. 16 shows the sequence of a prototype anti-4-1BB antibody. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with excision mutations (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats can be used as well. It is important to. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein.

図17は、プロトタイプの抗OX40抗体の配列を示す。これらの配列は、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。   FIG. 17 shows the sequence of a prototype anti-OX40 antibody. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with excision mutations (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats can be used as well. It is important to. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein.

図18は、プロトタイプの抗GITR抗体の配列を示す。これらの配列は、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。   FIG. 18 shows the sequence of a prototype anti-GITR antibody. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with excision mutations (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats can be used as well. It is important to. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR position may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein.

図19は、プロトタイプの抗ICOS抗体の配列を示す。これらの配列は、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、「IgG1_PVA_/S267K」)を有するヒトIgG1骨格に基づいて生成されたが、他のフォーマットも同様に使用することができることに留意することが重要である。CDRには下線が付されている。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表Xに示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。   FIG. 19 shows the sequence of a prototype anti-ICOS antibody. These sequences were generated based on the human IgG1 backbone with excision mutations (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K, “IgG1_PVA_ / S267K”), but other formats can be used as well. It is important to. CDRs are underlined. The exact identification of the CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table X, as noted herein and for any sequence containing CDRs herein, so Not only the attached CDRs, but also CDRs contained within VH and VL domains using other numbering systems are also included herein.

図20は、例示的な抗ICOS Fabの配列を示す。CDRに下線が付され、スラッシュ(/)は可変領域の境界を示す。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表Xに示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、下線を付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメインに含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのVHおよびVL配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。これらの配列は、除去されている重鎖のC末端における6−ヒスチジン(His6またはHHHHHH)C末端タグを使用して生成されたことに注目することが重要である。   FIG. 20 shows the sequence of an exemplary anti-ICOS Fab. CDRs are underlined and slashes (/) indicate variable region boundaries. The exact identification of the CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table X and is underlined, as applies to any sequence described herein and including the CDRs herein. CDRs included in VH and VL domains using other numbering systems as well as other CDRs are also included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these VH and VL sequences can be used in either scFv format or Fab format. It is important to note that these sequences were generated using a 6-histidine (His6 or HHHHHH) C-terminal tag at the C-terminus of the heavy chain being removed.

図21は、融解温度(Tm)および安定性のために改変された変異型抗ICOS Fabの、DSFによって決定されたときの親Fab(XENP22050)からの溶融温度の変化を示す。   FIG. 21 shows the change in melting temperature from the parent Fab (XENP22050) as determined by DSF of the mutant anti-ICOS Fab modified for melting temperature (Tm) and stability.

図22は、Octetによって決定されたときの、AMCバイオセンサー上に捕捉されたヒトICOSのマウスFc融合物に対する変異型抗ICOS Fabの平衡解離定数(KD)、会合速度(Ka)、および解離速度(Kd)を示す。   FIG. 22 shows the equilibrium dissociation constant (KD), association rate (Ka), and dissociation rate of a mutant anti-ICOS Fab for a mouse Fc fusion of human ICOS captured on an AMC biosensor as determined by Octet. (Kd) is shown.

図23は、Octetによって決定されたときの、SAバイオセンサー上に捕捉されたヒトICOSのビオチン化IgG1のFc融合物に対する変異型抗ICOS Fabの平衡解離定数(KD)、会合速度(KA)、および解離速度(Kd)を示す。   FIG. 23 shows the equilibrium dissociation constant (KD), association rate (KA) of mutant anti-ICOS Fab for biotinylated IgG1 Fc fusion of human ICOS captured on SA biosensor as determined by Octet. And the dissociation rate (Kd).

図24は、例示的な抗ICOSのscFvの配列を示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)4リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図Xに示される非荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えられ得る)を含み、スラッシュ(/)は可変領域の境界を示す。命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの配向を示し、この図中の配列のいくつかは、VH−scFvリンカー−VL(NからC末端に向かう、図24を参照)と配向され、一方でいくつかはVL−scFvリンカー−VH(NからC末端に向かう、図24Bを参照)と配向されるが、当業者によって理解されるように、これらの配列はまた、本明細書中のそれらの描写とは反対の配向で使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表Xに示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、下線を付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたVHおよびVLドメインに含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのVHおよびVL配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。これらの配列は、除去されている重鎖のC末端におけるポリヒスチジン(His6またはHHHHHH)C末端タグを使用して生成されたことに注目することが重要である。   FIG. 24 shows an exemplary anti-ICOS scFv sequence. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some of which may be replaced by other linkers including uncharged or negatively charged linkers shown in Figure X), with a slash (/) indicating the boundary of the variable region. The nomenclature indicates the orientation of scFv from N-terminus to C-terminus, some of the sequences in this figure are oriented with VH-scFv linker-VL (from N to C-terminus, see FIG. 24) While some are oriented with the VL-scFv linker-VH (N to C-terminus, see FIG. 24B), as will be appreciated by those skilled in the art, these sequences are also described herein. It can be used in an orientation opposite to their depiction. The exact identification of the CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table X and is underlined, as applies to any sequence described herein and including the CDRs herein. CDRs included in VH and VL domains using other numbering systems as well as other CDRs are also included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these VH and VL sequences can be used in either scFv format or Fab format. It is important to note that these sequences were generated using a polyhistidine (His6 or HHHHHH) C-terminal tag at the C-terminus of the heavy chain being removed.

図25は、融解温度(Tm)および安定性のために改変された変異型抗ICOS scFvの、DSFによって決定されたときの親scFv(XENP24352、N末端からC末端に向けてVH−scFvリンカー−VLの配向)からの溶融温度の変化を示す。   FIG. 25 shows the mutant anti-ICOS scFv modified for melting temperature (Tm) and stability, parent scFv as determined by DSF (XENP24352, VH-scFv linker from N-terminus to C-terminus) The change in melting temperature from the orientation of VL is shown.

図26は、ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)のプロトタイプの抗costim×抗チェックポイント抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 26 shows the amino acid sequence of a prototype anti-costim × anti-checkpoint antibody in a bottle opener format (FAB-scFv-Fc). Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図27は、SEB刺激PBMCアッセイにおいて、プロトタイプのcostim/チェックポイントボトルオープナーによるサイトカイン分泌の誘導を示す。   FIG. 27 shows the induction of cytokine secretion by a prototype costim / checkpoint bottle opener in a SEB stimulated PBMC assay.

図28は、ナイーブ(非SEB刺激)におけるIL−2分泌の誘導と示される試験試料による処理後のSEB刺激PBMCを示す。   FIG. 28 shows SEB-stimulated PBMC after treatment with a test sample indicated as induction of IL-2 secretion in naive (non-SEB stimulation).

図29は、腫瘍のTILが免疫チェックポイント受容体と共刺激受容体を共発現するので、二重特異性抗体が、特異性を増加し、抗腫瘍活性を増強し、末梢の毒性を回避することを示す、costim×チェックポイント遮断二重特異性抗体の利益に関連した概略図を示す。   FIG. 29 shows that bispecific antibodies increase specificity, enhance anti-tumor activity, and avoid peripheral toxicity because tumor TIL co-expresses immune checkpoint receptors and costimulatory receptors Schematics related to the benefits of costim x checkpoint blocking bispecific antibodies are shown.

図30は、1アームの抗PD−1抗体(XENP20111)および1アームの抗ICOS抗体(XENP20266)と比較して、二重陽性細胞が例示的な抗ICOS×抗PD−1抗体(XENP20896)によって選択的に占められている。   FIG. 30 shows an exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 antibody (XENP20896) double positive cells compared to a one-arm anti-PD-1 antibody (XENP20111) and a one-arm anti-ICOS antibody (XENP20266). Is selectively occupied.

図31は、ヒトPBMCのSEB刺激後の、A)PD−1およびICOSの二重陽性T細胞、ならびにB)PD−1およびICOSの二重陰性T細胞に対する、抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体(XENP20896)、1アーム抗ICOS抗体(XENP20266)、および1アーム抗PD−1抗体(XENP20111)の受容体占有率を示す。   FIG. 31 shows anti-ICOS × anti-PD-1 2 against A) PD-1 and ICOS double positive T cells and B) PD-1 and ICOS double negative T cells after SEB stimulation of human PBMC. The receptor occupancy of the bispecific antibody (XENP20896), 1-arm anti-ICOS antibody (XENP20266), and 1-arm anti-PD-1 antibody (XENP20111) is shown.

図32は、ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)の例示的な抗ICOS×抗PD−1抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 32 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 antibody in bottle opener format (FAB-scFv-Fc). Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図33は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むボトルオープナーフォーマットの例示的抗ICOS×抗PD−1抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。   FIG. 33 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 antibody in a bottle opener format containing a mutation of M428L / N434S that results in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains. . Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed.

図34は、Octetによって決定されたときの、AMCバイオセンサー上に捕捉されたヒトICOSのマウスFc融合物に対する変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体の平衡解離定数(KD)、会合速度(Ka)、および解離速度(Kd)を示す。   FIG. 34 shows the equilibrium dissociation constant (KD) of a mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody against a mouse Fc fusion of human ICOS captured on an AMC biosensor as determined by Octet. The association rate (Ka) and dissociation rate (Kd) are shown.

図35は、Octetによって決定されたときの、SA/SAXバイオセンサー上に捕捉されたヒトおよびICOSのビオチン化IgG1のFc融合物に対する変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体の平衡解離定数(KD)、会合速度(KA)、および解離速度(Kd)を示す。   FIG. 35 shows the equilibrium of mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody against Fc fusion of human and ICOS biotinylated IgG1 captured on SA / SAX biosensor as determined by Octet. The dissociation constant (KD), association rate (KA), and dissociation rate (Kd) are shown.

図36は、A)およびB)に示される2つの別個の実験におけるSEB刺激PBMCアッセイにおいてヒトT細胞に対する変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体の細胞表面連結を示す。   FIG. 36 shows cell surface ligation of mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody to human T cells in SEB stimulated PBMC assay in two separate experiments shown in A) and B).

図37は、ヒトPBMCのSEB刺激後の、PD−1およびICOSの二重陽性T細胞に対する、変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体、1アーム抗ICOS抗体、および1アーム抗PD−1抗体(XENP20111)の受容体占有率を示す。   FIG. 37 shows mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody, 1-arm anti-ICOS antibody and 1-arm anti-ICOS antibody against PD-1 and ICOS double-positive T cells after SEB stimulation of human PBMC. The receptor occupancy of PD-1 antibody (XENP20111) is shown.

図38は、変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体がSEB刺激PBMCから分泌されるA)IL−2およびB)IFNγの分泌を促進することを示す。   FIG. 38 shows that the mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody promotes secretion of A) IL-2 and B) IFNγ secreted from SEB-stimulated PBMC.

図39は、変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体がSEB刺激PBMCから分泌されるA)IL−2およびB)IFNγの分泌を促進することを示す。   FIG. 39 shows that the mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody promotes secretion of A) IL-2 and B) IFNγ secreted from SEB-stimulated PBMC.

図40は、ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後A)7日目およびB)11日目におけるIFNγの濃度を示す。   FIG. 40 shows the concentration of IFNγ on A) day 7 and B) day 11 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples.

図41は、ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後A)11日目およびB)14日目における、フローサイトメトリーによって決定されたときのマウスにおけるCD45+細胞数を示す。   FIG. 41 shows the number of CD45 + cells in mice as determined by flow cytometry at A) 11 days and B) 14 days after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples.

図42は、ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後14日目におけるフローサイトメトリーによって決定されたときのマウスにおけるA)CD8+T細胞、およびB)CD4+T細胞の数を示す(**P≦0.01)。   FIG. 42 shows the number of A) CD8 + T cells and B) CD4 + T cells in mice as determined by flow cytometry on day 14 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples (** P ≦ 0.01).

図43は、ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後14日目までのマウス体重の変化を示す(**P≦0.01)。   FIG. 43 shows the change in mouse body weight up to day 14 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples (** P ≦ 0.01).

図44は、ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後A)7日目およびB)14日目におけるIFNγの濃度を示す   FIG. 44 shows the concentration of IFNγ at A) 7 days and B) 14 days after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples

図45は、ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後14日目における、フローサイトメトリーによって決定されたときのマウスにおけるCD45+細胞数を示す。   FIG. 45 shows the number of CD45 + cells in mice as determined by flow cytometry on day 14 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples.

図46は、ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後14日目におけるフローサイトメトリーによって決定されたときのマウスにおけるA)CD8+T細胞、およびB)CD4+T細胞の数を示す。   FIG. 46 shows the number of A) CD8 + T cells and B) CD4 + T cells in mice as determined by flow cytometry on day 14 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples.

図47は、ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後12日目までおよび15日目までのマウス体重の変化を示す。   FIG. 47 shows the change in mouse body weight up to day 12 and day 15 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples.

図48は、ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)の例示的な抗ICOS×抗PD−1抗体と代替的なICOS ABDのアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 48 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 antibody and alternative ICOS ABD in bottle opener format (FAB-scFv-Fc). Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図49は、ヒトPBMCのSEB刺激および代替的な抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体による処理の後のIL−2のサイトカイン放出アッセイを示す。   FIG. 49 shows IL-2 cytokine release assay after SEB stimulation of human PBMC and treatment with alternative anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody.

図50は、ヒトPBMCのSEB刺激および代替的な抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体による処理の後のIL−2のサイトカイン放出アッセイ(二価抗RSV mAbを超える誘導の倍率として)を示す。   FIG. 50 shows IL-2 cytokine release assay after SEB stimulation of human PBMC and treatment with alternative anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody (as fold induction over bivalent anti-RSV mAb). Indicates.

図51は、抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体による処理の後のSEB刺激精製CD3+T細胞におけるAKTリン酸化を示す。   FIG. 51 shows AKT phosphorylation in SEB-stimulated purified CD3 + T cells after treatment with anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody.

図52は、NanoStringによって決定されたときの、示された二価抗RSVによる誘導時の示された試験試料によるA)IL−17A、B)IL17F、C)IL−22、D)IL−10、E)IL−9、およびF)IFNγの遺伝子発現の誘導の倍率を示す。   FIG. 52 shows A) IL-17A, B) IL17F, C) IL-22, D) IL-10 with the indicated test samples upon induction with the indicated bivalent anti-RSV as determined by NanoString. , E) IL-9 and F) IFNγ induction of gene expression induction.

図53は、NanoStringによって決定されたときの、二価抗RSV mAbによる処理時の示された試験試料による選択された免疫応答遺伝子の発現の平均の誘導の倍率を示す。シェーディング強度は、倍率変化の大きさに対応する。   FIG. 53 shows the fold of mean induction of expression of selected immune response genes by the indicated test sample upon treatment with bivalent anti-RSV mAb as determined by NanoString. The shading intensity corresponds to the magnitude of the magnification change.

図54は、ヒトPBMCの移植および示された試験試料による処理の後14日目における、フローサイトメトリーによって決定されたときのマウスにおけるCD45+細胞数を示す。   FIG. 54 shows the number of CD45 + cells in mice as determined by flow cytometry on day 14 after transplantation of human PBMC and treatment with the indicated test samples.

図55は、図9および図75と同様に、図2Fの中心scFv、図2Jの中心−scFv2フォーマット、図2Kの二重特異性mAb、図2LのDVD−Ig、および図2Mのトライデントフォーマットを含む、いくつかの追加のフォーマットの「骨格」位置(例えば、Fvを含まない)の配列を示す。図2Lでは、DVD−Ig(登録商標)リンカーは、WO2007/024715に見られる他のリンカーと共に二重下線を付して示されており、その全体が、特にそれらの配列について、参照により本明細書に組み込まれる。トライデントフォーマットでは、他のトライデントリンカーおよびコイル−コイル配列は、WO 2015/184203に示されており、その全体が、特にそれらの配列について、参照により本明細書に組み込まれる。当業者によって理解されるように、太字のドメイン(例えば、「VH1」、VH2−scFvリンカー−VL2」など)はスラッシュ「/」で分離され、そして必要に応じて任意のドメインリンカーを含み得る。これらの骨格の全ては、軽鎖にカッパ定常領域を利用するが、ラムダ鎖もまた使用され得る。本明細書で概説されるように、図9および図75に関して、これらの骨格は、任意のVHおよびVLドメインと組み合わせることができる。   FIG. 55 shows the central scFv of FIG. 2F, the central-scFv2 format of FIG. 2J, the bispecific mAb of FIG. 2K, the DVD-Ig of FIG. 2L, and the trident format of FIG. The sequence of some additional format “backbone” positions (eg, without Fv) is shown. In FIG. 2L, the DVD-Ig® linker is shown double underlined with other linkers found in WO2007 / 024715, the entirety of which is specifically incorporated herein by reference, particularly for those sequences. Embedded in the book. In the trident format, other trident linkers and coil-coil arrangements are shown in WO 2015/184203, which is hereby incorporated by reference in its entirety, particularly for those sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, bold domains (eg, “VH1”, VH2-scFv linker-VL2 ”, etc.) are separated by a slash“ / ”and may optionally contain any domain linker. All of these scaffolds utilize a kappa constant region in the light chain, although lambda chains can also be used. As outlined herein, with respect to FIGS. 9 and 75, these scaffolds can be combined with any VH and VL domains.

図56は、ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)の例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 56 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in bottle opener format (FAB-scFv-Fc). Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図57は、中心−scFvフォーマットの例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 57 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in a center-scFv format. Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図58は、中心−scFv2フォーマットの例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 58 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in a center-scFv2 format. Antibodies are named using the Fab variable region first, scFv variable region second, followed by the chain designation (heavy or light chain). CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図59は、二重特異性mAbフォーマットで例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、第1の抗原に対する第1のFab可変領域と、第2の抗原に対する第2のFab可変領域を、その後に鎖の指定(第1の抗原に対する重鎖1または軽鎖1、第2の抗原に対する重鎖2または軽鎖2)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 59 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in a bispecific mAb format. The antibody comprises a first Fab variable region for a first antigen, a second Fab variable region for a second antigen, separated by a dash, followed by a chain designation (heavy chain 1 or 1 for the first antigen). Named using light chain 1, heavy chain 2 or light chain 2) for second antigen. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図60は、DVD−IgGフォーマットで例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、第1の抗原に対する第1の可変領域と、第2の抗原に対する第2のFab可変領域を、その後に鎖の指定(重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 60 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in DVD-IgG format. The antibodies are named using a first variable region for a first antigen, a second Fab variable region for a second antigen, followed by a chain designation (heavy or light chain). CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図61は、トライデントフォーマットで例示的な抗PD−1×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、DARTを含む第1の抗原に対する第1のVLおよびVHと、第2の抗原に対するFab可変領域を、その後に鎖の指定(重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 61 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS antibody in a trident format. Antibodies are separated by dashes using the first VL and VH for the first antigen, including DART, the Fab variable region for the second antigen, followed by the chain designation (heavy or light chain). Named. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図62は、SEB刺激PBMCアッセイにおいて、代替的なフォーマットのcostim×チェックポイント遮断二重特異性抗体によるサイトカイン分泌(IL−2)の誘導を示す。   FIG. 62 shows the induction of cytokine secretion (IL-2) by alternative format costim × checkpoint blocking bispecific antibody in SEB stimulated PBMC assay.

図63は、ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)の例示的な抗ICOS×抗CTLA−4抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 63 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-ICOS × anti-CTLA-4 antibody in bottle opener format (FAB-scFv-Fc). Antibodies are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by dashes, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). . CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図64は、二重特異性mAbフォーマットで例示的な抗LAG−3×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、第1の抗原に対する第1のFab可変領域と、第2の抗原に対する第2のFab可変領域を、その後に鎖の指定(第1の抗原に対する重鎖1または軽鎖1、第2の抗原に対する重鎖2または軽鎖2)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 64 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-LAG-3 × anti-ICOS antibody in a bispecific mAb format. The antibody comprises a first Fab variable region for a first antigen, a second Fab variable region for a second antigen, separated by a dash, followed by a chain designation (heavy chain 1 or 1 for the first antigen). Named using light chain 1, heavy chain 2 or light chain 2) for second antigen. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図65は、二重特異性mAbフォーマットで例示的な抗TIM−3×抗ICOS抗体のアミノ酸配列を示す。抗体は、ダッシュで区切られた、第1の抗原に対する第1のFab可変領域と、第2の抗原に対する第2のFab可変領域を、その後に鎖の指定(第1の抗原に対する重鎖1または軽鎖1、第2の抗原に対する重鎖2または軽鎖2)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 65 shows the amino acid sequence of an exemplary anti-TIM-3 × anti-ICOS antibody in a bispecific mAb format. The antibody comprises a first Fab variable region for a first antigen, a second Fab variable region for a second antigen, separated by a dash, followed by a chain designation (heavy chain 1 or 1 for the first antigen). Named using light chain 1, heavy chain 2 or light chain 2) for second antigen. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図66は、ボトルオープナーフォーマット(FAB−scFv−Fc)および中心−scFv2フォーマットの抗ICOS×抗PD−L1抗体のアミノ酸配列を示す。ボトルオープナーは、ダッシュで区切られた、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(Fab−Fc重鎖、scFv−Fc重鎖または軽鎖)を用いて命名される。中心−scFv2は、Fab可変領域第1と、scFv可変領域第2を、その後に鎖の指定(重鎖または軽鎖)を用いて命名される。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。示されるように、scFvのドメインはVH−scFvリンカー−VLまたはVL−scFvリンカー−VHのいずれかの異なる配向(N末端からC末端に向かう)を有するが、これを逆にすることができる。さらに、本明細書に概説される各配列は、一方または好ましくは両方のFcドメイン中に、血清中でより長い半減期をもたらすM428L/N434Sの変異を含むかまたは除外することができる。   FIG. 66 shows the amino acid sequences of anti-ICOS × anti-PD-L1 antibody in bottle opener format (FAB-scFv-Fc) and central-scFv2 format. The bottle openers are named using the Fab variable region first and scFv variable region second, separated by a dash, followed by the chain designation (Fab-Fc heavy chain, scFv-Fc heavy chain or light chain). The Center-scFv2 is named using Fab variable region first, scFv variable region second, followed by chain designation (heavy chain or light chain). CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. As shown, the scFv domain has either a different orientation of VH-scFv linker-VL or VL-scFv linker-VH (from N-terminus to C-terminus), but this can be reversed. Furthermore, each sequence outlined herein can include or exclude mutations in M428L / N434S that result in a longer half-life in serum in one or preferably both Fc domains.

図67は、SEB刺激PBMCアッセイにおいて、さらなるcostim×チェックポイント遮断二重特異性抗体によるサイトカイン分泌(IL−2)の誘導を示す。   FIG. 67 shows the induction of cytokine secretion (IL-2) by additional costim × checkpoint blocking bispecific antibodies in the SEB stimulated PBMC assay.

図68は、例示的な1アーム抗ICOSのFab−Fcの抗体のアミノ酸配列を示す。CDRに下線が付され、スラッシュは可変領域の境界を示す。一方のアミノ酸鎖はFcドメインのみであり、他方の側は抗ICOS Fab側であるため、これらは「1アーム」または「1アームの」フォーマットと呼ばれる。Fcドメインは、S364K/E357Qスキュー変異、ならびに図Xに示されるpI(−)−等価_A変異を含む。Fab Fcドメインは、L368D/K370Sスキュー変異、および図Xに示されるpI ISO(+RR)変異を含む。両方のFcドメインは、除去変異(E233P/L234V/L235A/G236del/S267K)を含む。   FIG. 68 shows the amino acid sequence of an exemplary 1-arm anti-ICOS Fab-Fc antibody. CDRs are underlined and slashes indicate variable region boundaries. Since one amino acid chain is only the Fc domain and the other side is the anti-ICOS Fab side, these are referred to as “one arm” or “one arm” format. The Fc domain contains the S364K / E357Q skew mutation, as well as the pI (−)-equivalent_A mutation shown in FIG. The Fab Fc domain contains the L368D / K370S skew mutation and the pI ISO (+ RR) mutation shown in Figure X. Both Fc domains contain a deletion mutation (E233P / L234V / L235A / G236del / S267K).

図69は、Octetによって決定されたときの、AMCバイオセンサー上に捕捉されたヒトICOSのマウスFc融合物に対する変異型1アーム抗ICOS Fab−Fc抗体の平衡解離定数(KD)、会合速度(Ka)、および解離速度(Kd)を示す。   FIG. 69 shows the equilibrium dissociation constant (KD), association rate (Ka) of a mutant 1-arm anti-ICOS Fab-Fc antibody against a mouse Fc fusion of human ICOS captured on an AMC biosensor as determined by Octet. ) And dissociation rate (Kd).

図70は、二価および一価の、抗PD−1抗体、および抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体による処理の後のSEB刺激精製CD3+T細胞におけるAKTリン酸化を示す。   FIG. 70 shows AKT phosphorylation in SEB-stimulated purified CD3 + T cells after treatment with bivalent and monovalent anti-PD-1 antibody and anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody.

図71は、代替的な抗ICOS ABDと共に一価抗ICOS Fab−Fc抗体によって処理した後の、精製CD3+T細胞におけるAKTリン酸化を示す。   FIG. 71 shows AKT phosphorylation in purified CD3 + T cells after treatment with monovalent anti-ICOS Fab-Fc antibody with alternative anti-ICOS ABD.

図72は、プロトタイプの二重特異性抗体(OX40×PD−1、GITR×PD−1、4−1BB×PD−1、CTLA−4×ICOS)を示す。   FIG. 72 shows prototype bispecific antibodies (OX40 × PD-1, GITR × PD-1, 4-1BB × PD-1, CTLA-4 × ICOS).

図73は、いくつかのプロトタイプのmAbs(4−1BB、OX40、GITR、ICOS、PD−L1、およびPD−1)を示し、そのFvは本発明の他のFvと組み合わせて、そして任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)で使用することができる。同様に、いくつかの追加のICOS×PD−L1ボトルオープナー配列も示されている。   FIG. 73 shows several prototype mAbs (4-1BB, OX40, GITR, ICOS, PD-L1, and PD-1), whose Fv is combined with other Fvs of the present invention and in any format (Bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one-arm middle-scFv, one-arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or trident) Can be used. Similarly, some additional ICOS × PD-L1 bottle opener arrays are also shown.

図74は、さらなるPD−1×ICOSボトルオープナーを示し、ある場合では、PD−1FvがFabフォーマットであり、ICOS FvがscFvフォーマットであり、他の場合では逆転している。   FIG. 74 shows a further PD-1 × ICOS bottle opener, where in some cases PD-1Fv is in Fab format, ICOS Fv is in scFv format, and in other cases it is reversed.

図75A〜Dは、本発明のFv配列が付加されている、本発明における使用のmAb−scFv骨格の配列を示す。mAb−scFvの骨格1はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。骨格2はヒトIgG1(356D/358Lアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異を含む。骨格3はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異、ならびにN297Aの両方の鎖の変異を含む。骨格4は、変異がN297Sであることを除いて3と同一である。mAb−scFvの骨格3および4の代替的なフォーマットは、両方の鎖の除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを除外できる。骨格5はヒトIgG4に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kの両方の鎖の除去変異、ならびに当該技術分野で知られているように、Fabアーム交換を除去するS228P(EUナンバリング、これはKabatではS241Pである)の両鎖の変異を含み、骨格6は、ヒトIgG2に基づき、Fab側にS364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのpI変異を含む。骨格7はヒトIgG2に基づき、S364K/E357Q:L368D/K370Sのスキュー変異、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421DのFab側のpI変異、およびS267Kの両方の鎖の変異を含む。   FIGS. 75A-D show the sequences of the mAb-scFv backbone for use in the present invention with the addition of the Fv sequences of the present invention. Skeletal 1 of mAb-scFv is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / It contains a deletion mutation in both strands of L235A / G236del / S267K. Skeletal 2 is based on human IgG1 (356D / 358L allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del Includes removal mutations in both strands of S267K. Skeletal 3 is based on human IgG1 (356E / 358M allotype), S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del Includes both strand removal mutations in S267K, as well as mutations in both strands of N297A. Skeletal 4 is identical to 3 except that the mutation is N297S. Alternative formats for mAb-scFv scaffolds 3 and 4 can exclude both strand removal mutations E233P / L234V / L235A / G236del / S267K. Skeletal 5 is based on human IgG4, S364K / E357Q: Skew mutation of L368D / K370S, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab pI mutation, and E233P / L234V / L235A / G236del / S267K both chains Including a mutation in both strands of S228P (EU numbering, which is S241P in Kabat) that eliminates Fab arm exchange, as known in the art, and backbone 6 is based on human IgG2 In addition, the S364K / E357Q: L368D / K370S skew mutation and the N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D pI mutation are included on the Fab side. Skeletal 7 is based on human IgG2 and contains S364K / E357Q: S368D / K370S skew mutation, N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D Fab side pI mutation, and S267K both chain mutations.

当業者には理解され、以下に概説されるように、これらの配列は、FabとscFv(任意に荷電scFvリンカーを含む)の両方を含む一つの単量体およびFab配列を含む他の単量体を含む、本明細書に概説される任意のvhとvlの対と共に使用できる(例えば、「Fab側重鎖」に連結したvh、および「定常軽鎖」に連結したvl)。すなわち、抗CTLA−4、抗PD−1、抗LAG−3、抗TIM−3、抗TIGIT、抗BTLA、抗ICOS、抗GITR、国OX40、および抗4−1BBについて本明細書で概説した任意のFv配列は、scFv(同様に、任意選択で荷電scFvリンカーを有する)またはFabとしてであるかどうかにかかわらず、この図75の骨格に任意の組み合わせで組み込むことができる。単量体1側はFab−scFvのpI陰性側であり、ヘテロ二量体化変異L368D/K370S、等価pI変異N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去変異E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む(全てIgG1と比較したもの)。単量体2側はscFvのpI陽性側であり、ヘテロ二量体化変異364K/E357Qを含む。ただし、他のスキュー変異の対、特に、[S364K/E357Q:L368D/K370S]、[L368D/K370S:S364K]、[L368E/K370S:S364K]、[T411T/E360E/Q362E:D401K]、[L368D/K370S:S364K/E357L]、[K370S:S364K/E357Q]、[T366S/L368A/Y407V:T366W]、および[T366S/L368A/Y407V/Y394C:T366W/S354C]で置換することができる。   As understood by those of skill in the art and outlined below, these sequences are composed of one monomer containing both Fab and scFv (optionally including a charged scFv linker) and another monomer containing the Fab sequence. Can be used with any of the vh and vl pairs outlined herein (eg, vh linked to a “Fab heavy chain” and vl linked to a “constant light chain”). That is, any of those outlined herein for anti-CTLA-4, anti-PD-1, anti-LAG-3, anti-TIM-3, anti-TIGIT, anti-BTLA, anti-ICOS, anti-GITR, country OX40, and anti-4-1BB The Fv sequences can be incorporated in any combination into this FIG. 75 backbone, whether or not as scFv (also with a charged scFv linker optionally) or Fab. Monomer 1 side is the pI negative side of Fab-scFv, heterodimerization mutation L368D / K370S, equivalent pI mutation N208D / Q295E / N384D / Q418E / N421D, removal mutation E233P / L234V / L235A / G236del / S267K (All compared to IgG1). The monomer 2 side is the pI positive side of scFv and contains the heterodimerization mutation 364K / E357Q. However, other skew mutation pairs, in particular, [S364K / E357Q: L368D / K370S], [L368D / K370S: S364K], [L368E / K370S: S364K], [T411T / E360E / Q362E: D401K], [L368D / K370S: S364K / E357L], [K370S: S364K / E357Q], [T366S / L368A / Y407V: T366W], and [T366S / L368A / Y407V / Y394C: T366W / S354C].

図75Aに示されている定常軽鎖は、図中のコンストラクトの全てのために使用することができるが、カッパ定常軽鎖もまた置換されていてもよい。   The constant light chain shown in FIG. 75A can be used for all of the constructs in the figure, but the kappa constant light chain may also be substituted.

これらのmAb−scFv骨格は図1HのmAb−Fvフォーマット(ここで一方の単量体はC末端にvlを含みそして他方はC末端にvhを含む)の両方において、同様にscFv−mAbフォーマット(単量体のうちの1つのC末端にscFvドメインを付加したもの)において、使用されることに注目すべきである。   These mAb-scFv scaffolds are similar in both the scFv-mAb format of FIG. 1H in the mAb-Fv format (where one monomer contains vl at the C-terminus and the other contains vh at the C-terminus). It should be noted that it is used in one of the monomers with the addition of a scFv domain at the C-terminus.

これらの骨格の各々に含まれるのは、列挙された配列に対して(本明細書で定義されるように)90、95、98、および99%同一であり、および/または(当業者には理解されるように、親のヒトIgG1(または骨格に基づいてIgG2もしくはIgG4)と比べていくつかのアミノ酸修飾を既に含む図の「親」と比べて、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10の追加のアミノ酸置換を含む配列である。すなわち、列挙された骨格は、この図の骨格内に含まれるスキュー、pIおよび除去変異に加えて、さらなるアミノ酸修飾(一般にアミノ酸置換)を含み得る。   Included in each of these backbones is 90, 95, 98, and 99% identical to the listed sequence (as defined herein) and / or (to those skilled in the art As can be seen, 1, 2, 3, 4, 5, compared to the “parent” in the figure which already contains some amino acid modifications compared to the parent human IgG1 (or IgG2 or IgG4 based on the backbone) A sequence that includes 6, 7, 8, 9, or 10 additional amino acid substitutions, ie, the listed backbone contains additional amino acid modifications in addition to the skew, pI, and excision mutations contained within the backbone of this figure (Generally amino acid substitutions).

図76は、VHおよびVLの配列として、ヒトPD−1に連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。   FIG. 76 shows several prior art sequences of Fv linked to human PD-1 as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD.

図77は、VHおよびVLの配列として、ヒトICOSに連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、チェックポイント受容体(例えば、PD−1、PD−L1、CTLA−4、TIM−3、LAG−3、TIGIT、およびBTLA)に連結するFv(、本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特に、それらは識別子1G6_H1.279_L1.194、1G6_H1.280_L1.224、1G6_L1.194_H1.279、1G6_L1.210_H1.288、および2E9_H1L1を有するPD−1 ABDと組み合わせることができる。   FIG. 77 shows some prior art sequences of Fv linked to human ICOS as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fv can be associated with checkpoint receptors (eg, PD-1, PD-L1, CTLA-4, TIM-3, LAG-3, TIGIT, and BTLA). Can be combined with linking Fvs (including Fv sequences included herein) and in any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, center-scFv, bispecific mAb, center-Fv 1 arm center-scFv, 1 arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or trident). In particular, they can be combined with PD-1 ABD having identifiers 1G6_H1.279_L1.194, 1G6_H1.280_L1.224, 1G6_L1.194_H1.279, 1G6_L1.210_H1.288, and 2E9_H1L1.

図78は、VHおよびVLの配列として、ヒトPD−L1に連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。   FIG. 78 shows several prior art sequences of Fv linked to human PD-L1 as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD.

図79は、VHおよびVLの配列として、ヒトCTLA−4に連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。   FIG. 79 shows several prior art sequences of Fv linked to human CTLA-4 as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD.

図80は、VHおよびVLの配列として、ヒトLAG−3に連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。   FIG. 80 shows several prior art sequences of Fv linked to human LAG-3 as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD.

図81は、VHおよびVLの配列として、ヒトTIM−3に連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。   FIG. 81 shows several prior art sequences of Fv linked to human TIM-3 as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD.

図82は、VHおよびVLの配列として、ヒトBTLAに連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。   FIG. 82 shows several prior art sequences of Fv linked to human BTLA as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD.

図83は、VHおよびVLの配列として、ヒトTIGITに連結するFvのいくつかの従来技術の配列を示す。当業者には理解されるように、これらのFvのいずれも、共刺激受容体(例えば、ICOS、GITR、OX40、または4−1BB)に連結するFv(本明細書に含まれるFv配列を含む)と組み合わせることができ、任意のフォーマット(ボトルオープナー、mAb−Fv、mAb−scFv、中央−scFv、二重特異性mAb、中央−Fv、1アーム中央−scFv、1アームのscFv−mAb、デュアルscFv、DVD−Ig、またはトライデント)であり得る。特にそれらはICOS]_H0L0と[ICOS]H0.66_L0 ABDと組み合わせることができる。   FIG. 83 shows some prior art sequences of Fv linked to human TIGIT as VH and VL sequences. As will be appreciated by those skilled in the art, any of these Fvs includes an Fv that is linked to a costimulatory receptor (eg, ICOS, GITR, OX40, or 4-1BB) (the Fv sequences included herein). ) And any format (bottle opener, mAb-Fv, mAb-scFv, middle-scFv, bispecific mAb, middle-Fv, one arm middle-scFv, one arm scFv-mAb, dual scFv, DVD-Ig, or Trident). In particular, they can be combined with ICOS] _H0L0 and [ICOS] H0.66_L0 ABD.

図84A〜Cは、配列番号3705〜3736として列挙されている追加の抗BTLA ABDと共に、いくつかのBTLA ABDを示す。CDRは下線が付され、scFvリンカーは二重下線が付され(配列中、scFvリンカーは正に荷電したscFv(GKPGS)リンカーであるが、当業者には理解されるように、このリンカーは、いくつかが図8に示されている無荷電または負に荷電したリンカーを含む他のリンカーによって置き換えることができる)、スラッシュは可変ドメインの境界を示す。上記のように、命名規則は、N末端からC末端に向かうscFvの向きを示し、この図に列挙されている配列においてそれらは全てvh−scFvリンカー−vl(N末端からC末端に向かう)であるが、これらの配列はまた、反対の向き(N末端からC末端に向かって)、vl−リンカー−vhでも使用され得る。本明細書中に記されそして本明細書中のCDRを含むあらゆる配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は表1に示されるように用いられるナンバリングによってわずかに異なり得、したがって、下線が付されたCDRのみならず、他のナンバリングシステムを用いたvhおよびvlドメイン内に含まれるCDRもまた本明細書に含まれる。さらに、図中の全ての配列に関して、これらのvhおよびvl配列はscFvフォーマットまたはFabフォーマットのいずれでも使用することができる。 84A-C shows several BTLA ABDs with additional anti-BTLA ABDs listed as SEQ ID NOs: 3705-3736. The CDR is underlined and the scFv linker is double underlined (in the sequence, the scFv linker is a positively charged scFv (GKPGS) 4 linker, but as will be appreciated by those skilled in the art, this linker is , Some can be replaced by other linkers, including uncharged or negatively charged linkers shown in FIG. 8), and slashes indicate variable domain boundaries. As noted above, the naming convention indicates the orientation of scFv from N-terminus to C-terminus, and in the sequences listed in this figure they are all vh-scFv linker-vl (from N-terminus to C-terminus). Although, these sequences can also be used in the opposite orientation (from N-terminus to C-terminus), vl-linker-vh. The exact identification of CDR positions may vary slightly depending on the numbering used as shown in Table 1, as noted herein and as it applies to any sequence containing CDRs herein, so that the underline is Not only the attached CDRs but also the CDRs contained within the vh and vl domains using other numbering systems are also included herein. Furthermore, for all sequences in the figure, these vh and vl sequences can be used in either scFv format or Fab format.

図85は、可能な全ての可能な組み合わせによる、costimとチェックポイントのABDの可能な組み合わせの行列である。ボックス内の「A」はPD−1 ABDが1G6_L1.194_H1.279であることを意味する。ボックス内の「B」は、ICOS ABDが[ICOS]H.066_L0であることを意味する。ボックス内の「C」は、PD−1が対のscFvであることを意味する。ボックス内の「D」は、CTLA−4 ABDがFabであり、[CTLA−4]_H3_L0.22であることを意味する。ボックス内の「E」はCTLA−4 ABDがscFvであり、[CTLA−4]_H3.23_L0.22であることを意味する。ボックス内の「F」は、LAG−3 ABDが7G8_H3.30_L1.34であることを意味する。ボックス内の「G」は、BTLA ABDが9C6_H1.1_L1であることを意味する。ボックス内の「H」は、組み合わせがボトルオープナーであることを意味する。ボックス内の「I」は、組み合わせが中央−scFvフォーマットであることを意味する。   FIG. 85 is a matrix of possible combinations of costim and checkpoint ABD, with all possible combinations. “A” in the box means that PD-1 ABD is 1G6_L1.194_H1.279. “B” in the box indicates that ICOS ABD is [ICOS] H. 066_L0. “C” in the box means that PD-1 is the paired scFv. “D” in the box means that CTLA-4 ABD is Fab and is [CTLA-4] _H3_L0.22. “E” in the box means that CTLA-4 ABD is scFv and is [CTLA-4] _H3.23_L0.22. “F” in the box means that LAG-3 ABD is 7G8_H3.30_L1.34. “G” in the box means that BTLA ABD is 9C6_H1.1_L1. “H” in the box means that the combination is a bottle opener. “I” in the box means that the combination is in the center-scFv format.

図86は、2つのさらなるICOS×PD−1ボトルオープナーを示す。   FIG. 86 shows two additional ICOS × PD-1 bottle openers.

A)、二重特異性三価(例えば図2F、G、H、I、またはMに描かれるように、1つの抗原が単一のABDによって連結され、他のものが2つのABDによって連結される)、または二重特異性四価(例えば、図2JおよびLに描かれるように、両方の抗原が2つのABDによって連結される)。   A), bispecific trivalent (eg, as depicted in FIG. 2F, G, H, I, or M, one antigen is linked by a single ABD and the other is linked by two ABDs Or bispecific tetravalent (eg, both antigens are linked by two ABDs as depicted in FIGS. 2J and L).

さらに、概して、ABDのうちの1つは、vh−scFvリンカー−vlまたはvl−scFvリンカー−vhのN末端からC末端への配向で、本明細書に概説されるようなscFvを含む。フォーマットによれば、他のABDの一方または両方は、概して、一方のタンパク質鎖上にvhドメインを(概して重鎖の構成要素として)およびもう別のタンパク質鎖上にvl(概して軽鎖の構成要素として)を含むFabである。「トライデント」フォーマットではDART(登録商標)が使用され、これは向きが異なることと、概してリンカーが少し長くなることがある点を除いてscFvと類似する。   Further, in general, one of the ABDs includes an scFv as outlined herein in the N-terminal to C-terminal orientation of the vh-scFv linker-vl or vl-scFv linker-vh. According to the format, one or both of the other ABDs generally have a vh domain (generally as a component of a heavy chain) on one protein chain and a vl (generally a component of a light chain) on another protein chain. As a Fab). The “Trident” format uses DART®, which is similar to scFv except that it is in a different orientation and the linker may be slightly longer in general.

本発明は、以下に概説するように、いくつかの異なる受容体タンパク質に連結するいくつかのABDを提供する。当業者には理解されるように、6個のCDRまたはvhおよびvlドメインの任意のセットはscFvフォーマットまたはFabフォーマットにすることができ、次いでこれを重鎖および軽鎖の定常ドメインに付加し、ここで重鎖定常ドメインは変異(CH1ドメインおよびFcドメイン内を含む)を含む。配列表に含まれているscFv配列は、特定の荷電したリンカーを利用するが、本明細書に概説するように、図8に示したものを含む、非荷電または他の荷電リンカーを使用することができる。   The present invention provides several ABDs that link to several different receptor proteins, as outlined below. As will be appreciated by those skilled in the art, any set of six CDRs or vh and vl domains can be in scFv or Fab format, which is then added to the heavy and light chain constant domains; Here, the heavy chain constant domain includes mutations (including within the CH1 domain and the Fc domain). The scFv sequences included in the sequence listing utilize specific charged linkers, but as outlined herein, use uncharged or other charged linkers, including those shown in FIG. Can do.

さらに、上記のように、CDRの同定のために配列表において使用されるナンバリングはKabatであるが、異なるナンバリングを使用することができ、それは表1に示されるようにCDRのアミノ酸配列を変化させるであろう。   Furthermore, as noted above, the numbering used in the sequence listing for CDR identification is Kabat, but a different numbering can be used, which changes the amino acid sequence of the CDR as shown in Table 1. Will.

本明細書に記載の可変の重鎖および軽鎖のドメインの全てについて、さらなる変異を作製することができる。本明細書に概説するように、いくつかの実施形態では、6個のCDRのセットは、0、1、2、3、4、または5個のアミノ酸改変(アミノ酸置換が特に使用される)、ならびにフレームワーク(CDRを除く)が、参照によりその図および図説の全ての内容が本明細書に組み込まれる米国特許第7,657,380号の図1に列挙されるものから選択されるヒト生殖細胞系列の配列に対して少なくとも約80、85、または90%同一性を保持する限り、可変重鎖および軽鎖のフレームワーク領域における変化を有することができる。したがって、例えば、本明細書に記載の同一のCDRは、フレームワーク領域が、米国特許第7,657,380号の図1に列挙されるものから選択されるヒト生殖細胞系列の配列に対して少なくとも80、85、または90%同一性を保持する限り、ヒト生殖細胞系列の配列からの異なるフレームワークの配列と組み合わせることができる。代替的に、CDRは、アミノ酸改変(例えば、CDRのセットにおいて1、2、3、4、または5個のアミノ酸改変を有し得(すなわち、CDRは、6個のCDRのセット中の変化の全数が6アミノ酸改変未満である限り、任意の組み合わせのCDRが変更され、例えば、vlCDR1において1つの変更、vhCDR2において2つの変更、vhCDR3において変更がないなどであり得る))、同様に、フレームワーク領域が、米国特許第7,657,380号の図1に列挙されるものから選択されるヒト生殖細胞系列の配列に対して少なくとも80、85、または90%同一性を保持する限り、フレームワーク領域の変更を有する。   Additional mutations can be made for all of the variable heavy and light chain domains described herein. As outlined herein, in some embodiments, a set of 6 CDRs is 0, 1, 2, 3, 4, or 5 amino acid modifications (amino acid substitutions are specifically used), And a framework (except for CDRs) selected from those listed in FIG. 1 of US Pat. No. 7,657,380, the entire contents of which are incorporated herein by reference. As long as it retains at least about 80, 85, or 90% identity to the cell line sequence, it can have changes in the framework regions of the variable heavy and light chains. Thus, for example, the same CDRs described herein are against a human germline sequence whose framework regions are selected from those listed in FIG. 1 of US Pat. No. 7,657,380. As long as it retains at least 80, 85, or 90% identity, it can be combined with sequences from different frameworks from human germline sequences. Alternatively, a CDR may have amino acid modifications (eg, 1, 2, 3, 4, or 5 amino acid modifications in a set of CDRs (ie, a CDR is a change in a set of 6 CDRs). As long as the total number is less than 6 amino acid modifications, any combination of CDRs can be changed, eg, one change in vlCDR1, two changes in vhCDR2, no change in vhCDR3, etc.)), similarly As long as the region retains at least 80, 85, or 90% identity to a human germline sequence selected from those listed in FIG. 1 of US Pat. No. 7,657,380, the framework Have a change of area.

B.PD−1抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはPD−1に連結する。6個のCDRならびに/またはVHおよびVLドメイン、ならびにscFv配列の適切なセットは、図3、図10、図11、図72、図73、図74、図76、ならびに配列番号1〜2392、3125〜3144、4697〜7594、および4697〜21810に示され、識別子1G6_H1.279_L1.194、1G6_H1.280_L1.224、1G6_L1.194_H1.279、1G6_L1.210_H1.288、および2E9_H1L1を有する配列表中のそれらの配列を含む。
B. PD-1 Antigen Linking Domain In some embodiments, one of the ABDs links to PD-1. A suitable set of 6 CDRs and / or VH and VL domains, and scFv sequences are shown in FIG. 3, FIG. 11, FIG. -3144, 4697-7594, and 4697-21810, and those in the sequence listing with identifiers 1G6_H1.279_L1.194, 1G6_H1.280_L1.224, 1G6_L1.194_H1.279, 1G6_L1.210_H1.288, and 2E9_H1L1 Contains an array.

当業者には理解されるように、適切な抗PD−1 ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、これらの配列のvhおよびvlの配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。PD−1に対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、PD−1に連結するのはscFv単量体である。本明細書で論じられるように、PD−1が抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、ICOS(適切な配列は、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665に示される(これらは、scFv配列、CDR配列のセット、またはvhおよびvlの配列であり得る))、GITR、OX40、および4−1BBから選択される。   As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-PD-1 ABDs may be used underlined or using a different numbering scheme as described herein and shown in Table 1. If so, the CDRs identified using other alignments within the vh and vl sequences of these sequences may include these sequences and a set of 6 CDRs as depicted in the figure. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv for PD-1, it is the scFv monomer that is linked to PD-1. As discussed herein, when PD-1 is one of the antigens, the other of the target pair is ICOS (appropriate sequences are FIG. 19, FIG. 20, FIG. 24, FIG. 68, and FIG. 77, and SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665 (these can be scFv sequences, sets of CDR sequences, or vh and vl sequences) ), GITR, OX40, and 4-1BB.

ヒトPD−1に連結する特に有用なABDには、1G6_H1.279_L1.194、1G6_H1.280_L1.224、1G6_L1.194_H1.279、1G6_L1.210_H1.288、および2E9_H1L1が含まれるがこれらに限定されない。   Particularly useful ABDs that link to human PD-1 include, but are not limited to, 1G6_H1.279_L1.194, 1G6_H1.280_L1.224, 1G6_L1.194_H1.279, 1G6_L1.210_H1.288, and 2E9_H1L1.

さらに、ヒトPD−1に連結する有用なVHおよびVLの配列を図76に示す。   In addition, useful VH and VL sequences linked to human PD-1 are shown in FIG.

PD−1に対するABDを形成する、配列表に開示された親CDRセットに加えて、本発明は変異型CDRセットを提供する。一実施形態において、6つのCDRのセットは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親CDRから1、2、3、4または5のアミノ酸の変更を有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parent CDR set disclosed in the sequence listing that forms the ABD for PD-1, the present invention provides a variant CDR set. In one embodiment, the set of six CDRs is such that the ABD is still the target antigen when measured by at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg, Octet assay) assays. Can have 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid changes from the parent CDR, as long as they can be linked to, the latter is particularly used in many embodiments.

PD−1に対するABDを形成する、本明細書に開示されている親の可変重鎖および可変軽鎖ドメインに加えて、本発明は変異型のvhおよびvlドメインを提供する。一実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親のvhおよびvlドメインから1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10からのアミノ酸の変更をそれぞれが有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。別の実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1で測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、それぞれの親のvhおよびvlドメインに対し、少なくとも90、95、97、98、または99%同一であることができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parental variable heavy and variable light chain domains disclosed herein that form an ABD for PD-1, the present invention provides mutant vh and vl domains. In one embodiment, the mutated vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. Each can have an amino acid change from 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 from the parental vh and vl domains as long as it can be linked to the target antigen, The latter is particularly used in many embodiments. In another embodiment, the variant vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, Surface Plasmon Resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. As long as it can be linked to the target antigen, it can be at least 90, 95, 97, 98, or 99% identical to the respective parental vh and vl domains, the latter being particularly used in many embodiments. The

特定の好ましい実施形態は、scFvフォーマットの1G6_L1.194_H1.279抗PD−1のFvを含み、図9のボトルオープナーフォーマット骨格のいずれか内に含まれる。   Certain preferred embodiments include the Fv of 1G6_L1.194_H1.279 anti-PD-1 in scFv format and are included within any of the bottle opener format skeletons of FIG.

特定の好ましい実施形態は、scFvフォーマットの1G6_L1.194_H1.279抗PD−1のFvを含み、図55のフォーマット骨格のいずれか内に含まれる。   Certain preferred embodiments include the 1G6_L1.194_H1.279 anti-PD-1 Fv in scFv format and are included within any of the format backbones of FIG.

特定の好ましい実施形態は、scFvフォーマットの1G6_L1.194_H1.279抗PD−1のFvを含み、図75のmAb−scFvフォーマット骨格のいずれか内に含まれる。   Certain preferred embodiments include a 1G6_L1.194_H1.279 anti-PD-1 Fv in scFv format and are included within any of the mAb-scFv format backbones of FIG.

図2に示す任意のフォーマットで図76に示すように、他の実施形態は、任意の抗PD−1のVHおよびVLドメインの対(scFvまたはFabのいずれかとして)を利用する。   As shown in FIG. 76 in any format shown in FIG. 2, other embodiments utilize any anti-PD-1 VH and VL domain pair (as either scFv or Fab).

C.CTLA−4抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはCTLA−4に連結する。6個のCDRおよび/またはvhおよびvlドメインの適切なセット、ならびにscFv配列は、配列番号2393〜2414および3737〜3816に示され、ならびにいくつかの実施形態において特に興味深い配列は、図12および図79に示され、また識別子[CTLA−4]_H0.25_L0、[CTLA−4]_H0.26_L0、[CTLA−4]_H0.27_L0、[CTLA−4]_H0.29_L0、[CTLA−4]_H0.38_L0、[CTLA−4]_H0.39_L0、0[CTLA−4]_H0.40_L0、[CTLA−4]_H0.70_L0、[CTLA−4]_H0_L0.22、[CTLA−4]_H2_L0、[CTLA−4]_H3.21_L0.124、[CTLA−4]_H3.21_L0.129、[CTLA−4]_H3.21_L0.132、[CTLA−4]_H3.23_L0.124、[CTLA−4]_H3.23_L0.129、[CTLA−4]_H3.23_L0.132、[CTLA−4]_H3.25_L0.124、[CTLA−4]_H3.25_L0.129、[CTLA−4]_H3.25_L0.132、[CTLA−4]_H3.4_L0.118、[CTLA−4]_H3.4_L0.119、[CTLA−4]_H3.4_L0.12、[CTLA−4]_H3.4_L0.121、[CTLA−4]_H3.4_L0.122、[CTLA−4]_H3.4_L0.123、[CTLA−4]_H3.4_L0.124、[CTLA−4]_H3.4_L0.125、[CTLA−4]_H3.4_L0.126、[CTLA−4]_H3.4_L0.127、[CTLA−4]_H3.4_L0.128、[CTLA−4]_H3.4_L0.129、[CTLA−4]_H3.4_L0.130、[CTLA−4]_H3.4_L0.131、[CTLA−4]_H3.4_L0.132、[CTLA−4]_H3.5_L2.1、[CTLA−4]_H3.5_L2.2、[CTLA−4]_H3.5_L2.3、[CTLA−4]_H3_L0、[CTLA−4]_H3_L0.22、[CTLA−4]_H3_L0.44、[CTLA−4]_H3_L0.67、および[CTLA−4]_H3_L0.74を有する配列表中のそれらの配列をも含む。
C. CTLA-4 antigen-binding domain In some embodiments, one of the ABDs is linked to CTLA-4. A suitable set of 6 CDR and / or vh and vl domains, and scFv sequences are shown in SEQ ID NOs: 2393-2414 and 3737-3816, and sequences of particular interest in some embodiments are shown in FIGS. 79, and [CTLA-4] _H0.25_L0, [CTLA-4] _H0.26_L0, [CTLA-4] _H0.27_L0, [CTLA-4] _H0.29_L0, [CTLA-4] _H0. 38_L0, [CTLA-4] _H0.39_L0, 0 [CTLA-4] _H0.40_L0, [CTLA-4] _H0.70_L0, [CTLA-4] _H0_L0.22, [CTLA-4] _H2_L0, [CTLA-4 ] _H3.21_L0.124, [CTLA-4] _H3.2 _L0.129, [CTLA-4] _H3.21_L0.132, [CTLA-4] _H3.23_L0.124, [CTLA-4] _H3.23_L0.129, [CTLA-4] _H3.23_L0.132, [CTLA -4] _H3.25_L0.124, [CTLA-4] _H3.25_L0.129, [CTLA-4] _H3.25_L0.132, [CTLA-4] _H3.4_L0.118, [CTLA-4] _H3.4_L0 119, [CTLA-4] _H3.4_L0.12, [CTLA-4] _H3.4_L0.121, [CTLA-4] _H3.4_L0.122, [CTLA-4] _H3.4_L0.123, [CTLA- 4] _H3.4_L0.124, [CTLA-4] _H3.4_L0.125, [CT A-4] _H3.4_L0.126, [CTLA-4] _H3.4_L0.127, [CTLA-4] _H3.4_L0.128, [CTLA-4] _H3.4_L0.129, [CTLA-4] _H3. 4_L0.130, [CTLA-4] _H3.4_L0.131, [CTLA-4] _H3.4_L0.132, [CTLA-4] _H3.5_L2.1, [CTLA-4] _H3.5_L2.2, [CTLA -4] _H3.5_L2.3, [CTLA-4] _H3_L0, [CTLA-4] _H3_L0.22, [CTLA-4] _H3_L0.44, [CTLA-4] _H3_L0.67, and [CTLA-4] _H3_L0 Also included are those sequences in the sequence listing with .74.

当業者には理解されるように、適切な抗CTLA−4 ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、本明細書で概説されるvhおよびvlの配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。CTLA−4に対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、CTLA−4に連結するのはscFv単量体である。
本明細書で論じられるように、CTLA−4が抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、ICOS(適切な配列は、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される)、GITR、OX40、および4−1BBから選択される。
As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-CTLA-4 ABDs may be used underlined or using a different numbering scheme as described herein and shown in Table 1. Where, as a CDR identified using other alignments within the vh and vl sequences outlined herein, these sequences and a set of 6 CDRs as depicted in the figure are May be included. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv for CTLA-4, it is the scFv monomer that is linked to CTLA-4.
As discussed herein, when CTLA-4 is one of the antigens, the other of the target pair is ICOS (appropriate sequences are FIG. 19, FIG. 20, FIG. 24, FIG. 68, and FIG. 77, and SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665, and the identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0), GITR, OX40 , And 4-1BB.

CTLA−4に対するABDを形成する、配列表に開示された親CDRセットに加えて、本発明は変異型CDRセットを提供する。一実施形態において、6つのCDRのセットは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親CDRから1、2、3、4または5のアミノ酸の変更を有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parent CDR set disclosed in the sequence listing that forms the ABD for CTLA-4, the present invention provides a variant CDR set. In one embodiment, the set of six CDRs is such that the ABD is still the target antigen when measured by at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg, Octet assay) assays. Can have 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid changes from the parent CDR, as long as they can be linked to, the latter is particularly used in many embodiments.

CTLA−4に対するABDを形成する、本明細書に開示されている親の可変重鎖および可変軽鎖ドメインに加えて、本発明は変異型のvhおよびvlドメインを提供する。一実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親のvhおよびvlドメインから1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10からのアミノ酸の変更をそれぞれが有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。別の実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、それぞれの親のvhおよびvlドメインに対し、少なくとも90、95、97、98、または99%同一であることができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parental variable heavy and variable light chain domains disclosed herein that form an ABD for CTLA-4, the present invention provides mutant vh and vl domains. In one embodiment, the mutated vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. Each can have an amino acid change from 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 from the parental vh and vl domains as long as it can be linked to the target antigen, The latter is particularly used in many embodiments. In another embodiment, the mutated vh and vl domains are determined by ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. As long as it can still be linked to the target antigen, it can be at least 90, 95, 97, 98, or 99% identical to the respective parental vh and vl domains, the latter being particularly used in many embodiments. Is done.

D.TIM−3抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはTIM−3に連結する。6つのCDRおよび/またはVHおよびVLドメインの適切なセット、ならびにscFv配列は、図14および図81および配列番号3345〜3704、4585〜4696に示される。いくつかの実施形態において特に興味深いABD配列は、識別子1D10_H0L0、1D12_H0L0、3H3_H1_L2.1、6C8_H0L0、6D9_H0_1D12_L0、7A9_H0L0、7B11_H0L0、7B11var_H0L0、および7C2_H0L0を有する配列表中のそれらの配列を含む。
D. TIM-3 antigen binding domain In some embodiments, one of the ABDs links to TIM-3. A suitable set of six CDRs and / or VH and VL domains, and scFv sequences are shown in FIGS. 14 and 81 and SEQ ID NOs: 3345-3704, 4585-4696. ABD sequences that are of particular interest in some embodiments include the identifiers 1D10_H0L0, 1D12_H0L0, 3H3_H1_L2.1, 6C8_H0L0, 6D9_H0_1D12_L0, 7A9_H0L0, 7B11_H0L0, 7B11var_H0L0, and the 7C11 array of L_H0L0 and 0

当業者には理解されるように、適切な抗TIM−3 ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、本明細書で示されるもののvhおよびvlの配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。TIM−3に対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、TIM−3に連結するのはFab単量体である。本明細書で論じられるように、TIM−3が抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、選択されたICOS(適切な配列は、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される)、GITR、OX40、および4−1BBである。   As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-TIM-3 ABDs may be used underlined or using a different numbering scheme as described herein and shown in Table 1. Where the CDRs identified using other alignments within the vh and vl sequences of those shown herein are those CDRs and a set of 6 CDRs as depicted in the figure. May be included. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv to TIM-3, it is the Fab monomer that is linked to TIM-3. As discussed herein, when TIM-3 is one of the antigens, the other of the target pair is the selected ICOS (appropriate sequences are FIGS. 19, 20, 24, 68). , And FIG. 77 and SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665, and the identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0, as shown) GITR, OX40, and 4-1BB.

TIM−3に対するABDを形成する、配列表に開示された親CDRセットに加えて、本発明は変異型CDRセットを提供する。一実施形態において、6つのCDRのセットは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親CDRから1、2、3、4または5のアミノ酸の変更を有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parent CDR set disclosed in the sequence listing that forms the ABD for TIM-3, the present invention provides a variant CDR set. In one embodiment, the set of six CDRs is such that the ABD is still the target antigen when measured by at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg, Octet assay) assays. Can have 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid changes from the parent CDR, as long as they can be linked to, the latter is particularly used in many embodiments.

TIM−3に対するABDを形成する、本明細書に開示されている親の可変重鎖および可変軽鎖ドメインに加えて、本発明は変異型のvhおよびvlドメインを提供する。一実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親のvhおよびvlドメインから1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10からのアミノ酸の変更をそれぞれが有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。別の実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1で測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、それぞれの親のvhおよびvlドメインに対し、少なくとも90、95、97、98、または99%同一であることができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parental variable heavy and variable light chain domains disclosed herein that form the ABD for TIM-3, the present invention provides mutant vh and vl domains. In one embodiment, the mutated vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. Each can have an amino acid change from 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 from the parental vh and vl domains as long as it can be linked to the target antigen, The latter is particularly used in many embodiments. In another embodiment, the variant vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, Surface Plasmon Resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. As long as it can be linked to the target antigen, it can be at least 90, 95, 97, 98, or 99% identical to the respective parental vh and vl domains, the latter being particularly used in many embodiments. The

LAG−3抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはLAG−3に連結する。6個のCDRおよび/またはvhおよびvlドメインの適切なセット、ならびにscFv配列は、図13、図80および配列番号2415〜2604、3817〜3960に示され、識別子2A11_H0L0、2A11_H1.125_L2.113、2A11_H1.144_L2.142、2A11_H1_L2.122、2A11_H1_L2.123、2A11_H1_L2.124、2A11_H1_L2.25、2A11_H1_L2.47、2A11_H1_L2.50、2A11_H1_L2.91、2A11_H1_L2.93、2A11_H1_L2.97、2A11_H1L1、2A11_H1L2、2A11_H2L2、2A11_H3L1、2A11_H3L2、2A11_H4L1、2A11_H4L2、7G8_H0L0、7G8_H1L1、7G8_H3.18_L1.11、7G8_H3.23_L1.11、7G8_H3.28_L1、7G8_H3.28_L1.11、7G8_H3.28_L1.13、7G8_H3.30_L1.34、7G8_H3.30_L1.34、および7G8_H3L1を有する配列表中のそれらの配列をも含む。
LAG-3 antigen binding domain In some embodiments, one of the ABDs links to LAG-3. A suitable set of 6 CDRs and / or vh and vl domains, as well as scFv sequences, are shown in FIGS. 144_L2.142, 2A11_H1_L2.122, 2A11_H1_L2.123, 2A11_H1_L2.124, 2A11_H1_L2.25, 2A11_H1_L2.47, 2A11_H1_L2.50, 2A11_H1_L2.91, 2A11_H1_L11_L11H1, 211 2A11_H4L1, 2A11_H4L2, 7 8_H0L0, 7G8_H1L1, 7G8_H3.18_L1.11, 7G8_H3.23_L1.11, 7G8_H3.28_L1, 7G8_H3.28_L1.11, 7G8_H3.28_L1.13, 7G8_H3.30_1.33_L1.34, 7G8 Including those sequences within.

当業者には理解されるように、適切な抗LAG−3 ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、本明細書での配列のvhおよびvlの配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。LAG−3に対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、LAG−3に連結するのはFab単量体である。本明細書で論じられるように、LAG−3が抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、ICOS(適切な配列は、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される)、GITR、OX40、および4−1BBから選択される。   As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-LAG-3 ABDs may be used underlined or using a different numbering scheme as described herein and shown in Table 1. Where a set of 6 CDRs as depicted in these sequences and figures are identified as CDRs identified using other alignments within the vh and vl sequences of the sequences herein. May be included. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv for LAG-3, it is the Fab monomer that is linked to LAG-3. As discussed herein, when LAG-3 is one of the antigens, the other of the target pair is ICOS (appropriate sequences are FIG. 19, FIG. 20, FIG. 24, FIG. 68, and FIG. 77, and SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665, and the identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0), GITR, OX40 , And 4-1BB.

LAG−3に対するABDを形成する、配列表に開示された親CDRセットに加えて、本発明は変異型CDRセットを提供する。一実施形態において、6つのCDRのセットは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親CDRから1、2、3、4または5のアミノ酸の変更を有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parent CDR set disclosed in the sequence listing that forms the ABD for LAG-3, the present invention provides a variant CDR set. In one embodiment, the set of six CDRs is such that the ABD is still the target antigen when measured by at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg, Octet assay) assays. Can have 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid changes from the parent CDR, as long as they can be linked to, the latter is particularly used in many embodiments.

LAG−3に対するABDを形成する、本明細書に開示されている親の可変重鎖および可変軽鎖ドメインに加えて、本発明は変異型のvhおよびvlドメインを提供する。一実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親のvhおよびvlドメインから1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10からのアミノ酸の変更をそれぞれが有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。別の実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、それぞれの親のvhおよびvlドメインに対し、少なくとも90、95、97、98、または99%同一であることができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parental variable heavy and variable light chain domains disclosed herein that form an ABD for LAG-3, the present invention provides mutant vh and vl domains. In one embodiment, the mutated vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. Each can have an amino acid change from 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 from the parental vh and vl domains as long as it can be linked to the target antigen, The latter is particularly used in many embodiments. In another embodiment, the mutated vh and vl domains are determined by ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. As long as it can still be linked to the target antigen, it can be at least 90, 95, 97, 98, or 99% identical to the respective parental vh and vl domains, the latter being particularly used in many embodiments. Is done.

E.BTLA抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはBTLAに連結する。6個のCDRならびに/またはVHおよびVLドメイン、ならびにscFv配列の適切なセットは、図82、図84、および配列番号3705〜3736に示され、識別子9C6_H0L0、9C6_H1.1_L1、および9C6_H1.11_L1を有する配列表中のそれらの配列をも含む。
E. BTLA antigen binding domain In some embodiments, one of the ABDs links to BTLA. A suitable set of 6 CDRs and / or VH and VL domains, and scFv sequences are shown in FIGS. 82, 84, and SEQ ID NOs: 3705-3736, and have the identifiers 9C6_H0L0, 9C6_H1.1_L1, and 9C6_H1.11_L1 These sequences in the sequence listing are also included.

当業者には理解されるように、適切な抗BTLA ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、本明細書で示されるvhおよびvlの配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。BTLAに対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、BTLAに連結するのはFab単量体である。本明細書で論じられるように、BTLAが抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、ICOS(適切な配列は、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される)、GITR、OX40、および4−1BBから選択される。   As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-BTLA ABDs are either underlined or use different numbering schemes as described herein and shown in Table 1. In some cases, the CDRs identified using other alignments within the vh and vl sequences shown herein may include these sequences and a set of 6 CDRs as depicted in the figure. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv to BTLA, it is the Fab monomer that is linked to BTLA. As discussed herein, when BTLA is one of the antigens, the other of the target pair is ICOS (appropriate sequences are shown in FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77, And SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665, and identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0), GITR, OX40, and 4-1BB is selected.

BTLAに対するABDを形成する、配列表に開示された親CDRセットに加えて、本発明は変異型CDRセットを提供する。一実施形態において、6つのCDRのセットは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親CDRから1、2、3、4または5のアミノ酸の変更を有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parent CDR set disclosed in the sequence listing that forms the ABD for BTLA, the present invention provides a variant CDR set. In one embodiment, the set of six CDRs is such that the ABD is still the target antigen when measured by at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg, Octet assay) assays. Can have 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid changes from the parent CDR, as long as they can be linked to, the latter is particularly used in many embodiments.

BTLAに対するABDを形成する、本明細書に開示されている親の可変重鎖および可変軽鎖ドメインに加えて、本発明は変異型のvhおよびvlドメインを提供する。一実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親のvhおよびvlドメインから1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10からのアミノ酸の変更をそれぞれが有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。別の実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、それぞれの親のvhおよびvlドメインに対し、少なくとも90、95、97、98、または99%同一であることができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parental variable heavy and variable light chain domains disclosed herein that form an ABD for BTLA, the present invention provides variant vh and vl domains. In one embodiment, the mutated vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. Each can have an amino acid change from 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 from the parental vh and vl domains as long as it can be linked to the target antigen, The latter is particularly used in many embodiments. In another embodiment, the mutated vh and vl domains are determined by ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. As long as it can still be linked to the target antigen, it can be at least 90, 95, 97, 98, or 99% identical to the respective parental vh and vl domains, the latter being particularly used in many embodiments. Is done.

F.TIGIT抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはTIGITに連結する。6つのCDRおよび/またはVHおよびVLドメインの適切なセット、ならびにscFv配列は、図8?および配列番号4433〜4585に示される。
F. TIGIT antigen-binding domain In some embodiments, one of the ABDs is linked to TIGIT. The appropriate set of 6 CDR and / or VH and VL domains, as well as the scFv sequence are shown in FIG. And SEQ ID NOs: 4433-4585.

当業者には理解されるように、適切な抗TIGIT ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、本明細書で示されるvhおよびvlの配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。TIGITに対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、TIGITに連結するのはFab単量体である。本明細書で論じられるように、TIGITが抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、選択されたICOS(適切な配列は、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される)、GITR、OX40、および4−1BBである。   As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-TIGIT ABDs are either underlined or use a different numbering scheme as described herein and shown in Table 1. In some cases, the CDRs identified using other alignments within the vh and vl sequences shown herein may include these sequences and a set of 6 CDRs as depicted in the figure. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv for TIGIT, it is the Fab monomer that is linked to TIGIT. As discussed herein, when TIGIT is one of the antigens, the other of the target pair is the selected ICOS (appropriate sequences are FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77 and shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665, and identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0), GITR, OX40 and 4-1BB.

G.PD−L1抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはPD−L1に連結する。6つのCDRおよび/またはVHおよびVLドメインの適切なセット、ならびにscFv配列は、図15、図73、および図78および配列番号3961〜4432に示される。
G. PD-L1 antigen binding domain In some embodiments, one of the ABDs links to PD-L1. A suitable set of 6 CDR and / or VH and VL domains, as well as scFv sequences, are shown in FIGS.

当業者には理解されるように、適切な抗TIGIT ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、本明細書で示されるvhおよびvlの配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。TIGITに対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、TIGITに連結するのはFab単量体である。本明細書で論じられるように、TIGITが抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、選択されたICOS(適切な配列は、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される)、GITR、OX40、および4−1BBである。   As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-TIGIT ABDs are either underlined or use a different numbering scheme as described herein and shown in Table 1. In some cases, the CDRs identified using other alignments within the vh and vl sequences shown herein may include these sequences and a set of 6 CDRs as depicted in the figure. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv for TIGIT, it is the Fab monomer that is linked to TIGIT. As discussed herein, when TIGIT is one of the antigens, the other of the target pair is the selected ICOS (appropriate sequences are FIGS. 19, 20, 24, 68, and 77 and shown in SEQ ID NOs: 27869-28086, 28087-28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665, and identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0), GITR, OX40 and 4-1BB.

H.ICOS抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはICOSに連結する。6個のCDRおよび/またはvhおよびvlドメインの適切なセット、ならびにscFv配列ICOS(適切な配列は、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される。
H. ICOS antigen binding domain In some embodiments, one of the ABDs links to ICOS. Appropriate set of 6 CDR and / or vh and vl domains, and scFv sequence ICOS (appropriate sequences are FIG. 19, FIG. 20, FIG. 24, FIG. 68 and FIG. -28269, 27193-27335, 28549-28556, and 28557-28665, and those with identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0.

当業者には理解されるように、適切な抗ICOS ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、本明細書で開示される配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。ICOSに対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、ICOSに連結するのはFab単量体である。本明細書で論じられるように、ICOSが抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、PD−1、図3、図10、図11、図72、図73、図74、図76、および配列番号1〜2392、3125〜3144、4697〜7594、および4697〜21810に示され、および識別子1G6_H1.279_L1.194、1G6_H1.280_L1.224、1G6_L1.194_H1.279、1G6_L1.210_H1.288、および2E9_H1L1(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る)を有する配列表中のそれらの配列を含む)、CTLA−4(適切な配列は図12、72、および79、ならびに配列番号2393〜2414および3737〜3816に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、TIM−3(適切な配列は図14、図81、および配列番号3345〜3704、4585〜4696に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、LAG−3(適切な配列は、図13、図80、および配列番号2415〜2604、3817〜3960に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、BTLA(適切な配列は、図82および84ならびに配列番号?3705〜3736に示される(これは、scFv配列、CDR配列セット、またはvhおよびvl配列であり得る))、ならびにTIGIT(適切な配列は、図XXおよび配列番号4433〜4585に示される(これは、scFv配列、CDR配列セット、またはvhおよびvl配列であり得る))から選択される。   As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-ICOS ABDs are either underlined or use different numbering schemes as described herein and shown in Table 1. In some cases, CDRs identified using other alignments within the sequences disclosed herein may include these sequences and a set of 6 CDRs as depicted in the figures. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv to ICOS, it is the Fab monomer that is linked to the ICOS. As discussed herein, when ICOS is one of the antigens, the other of the target pair is PD-1, FIG. 3, FIG. 10, FIG. 11, FIG. 72, FIG. 76, and SEQ ID NOS: 1-239, 3125-3144, 4697-7594, and 4697-21810, and identifiers 1G6_H1.279_L1.194, 1G6_H1.280_L1.224, 1G6_L1.194_H1.279, 1G6_L1.210_H1.288 , And 2E9_H1L1 (which includes those sequences in the sequence listing with scFv sequences, CDR sequence sets or vh and vl sequences), CTLA-4 (suitable sequences are FIGS. 12, 72, and 79, And SEQ ID NOs: 2393-2414 and 3737-3816 (this scFv sequence, may be a CDR sequence set or vh and vl sequences)), TIM-3 (suitable sequences are shown in FIG. 14, FIG. 81 and SEQ ID NOs: 3345-3704, 4585-4696 (this is the scFv sequence, CDR sequences set or vh and vl sequences)), LAG-3 (suitable sequences are shown in FIG. 13, FIG. 80 and SEQ ID NOs: 2415-2604, 3817-3960 (which are scFv sequences, CDR sequences) Can be a set or vh and vl sequences)), BTLA (appropriate sequences are shown in FIGS. 82 and 84 and SEQ ID NO: 3705-3736 (which are scFv sequences, CDR sequence sets, or vh and vl sequences) Possible)), and TIGIT (suitable sequences are shown in Figure XX and SEQ ID NO: 4433- Shown in 585 (which, scFv sequence, possible with CDR sequences set or vh and vl sequences) are selected from).

ICOSに対するABDを形成する、配列表に開示された親CDRセットに加えて、本発明は変異型CDRセットを提供する。一実施形態において、6つのCDRのセットは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親CDRから1、2、3、4または5のアミノ酸の変更を有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parent CDR set disclosed in the sequence listing that forms the ABD for ICOS, the present invention provides a variant CDR set. In one embodiment, the set of six CDRs is such that the ABD is still the target antigen when measured by at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg, Octet assay) assays. Can have 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid changes from the parent CDR, as long as they can be linked to, the latter is particularly used in many embodiments.

ICOSに対するABDを形成する、本明細書に開示されている親の可変重鎖および可変軽鎖ドメインに加えて、本発明は変異型のvhおよびvlドメインを提供する。一実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親のvhおよびvlドメインから1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10からのアミノ酸の変更をそれぞれが有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。別の実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、それぞれの親のvhおよびvlドメインに対し、少なくとも90、95、97、98、または99%同一であることができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parental variable heavy and variable light chain domains disclosed herein that form the ABD for ICOS, the present invention provides mutant vh and vl domains. In one embodiment, the mutated vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. Each can have an amino acid change from 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 from the parental vh and vl domains as long as it can be linked to the target antigen, The latter is particularly used in many embodiments. In another embodiment, the mutated vh and vl domains are determined by ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. As long as it can still be linked to the target antigen, it can be at least 90, 95, 97, 98, or 99% identical to the respective parental vh and vl domains, the latter being particularly used in many embodiments. Is done.

特定の好ましい実施形態は、Fabフォーマットの[ICOS]_H0.66_L0抗ICOSのFvを含み、図9のボトルオープナーフォーマット骨格のいずれか内に含まれる。   Certain preferred embodiments include Fab format [ICOS] _H0.66_L0 anti-ICOS Fv and are included within any of the bottle opener format skeletons of FIG.

特定の好ましい実施形態は、scFvフォーマットの[ICOS]_H0_L0抗ICOSのFvを含み、図9のボトルオープナーフォーマット骨格のいずれか内に含まれる。   Certain preferred embodiments include [ICOS] _H0_L0 anti-ICOS Fv in scFv format and are contained within any of the bottle opener format skeletons of FIG.

特定の好ましい実施形態は、scFvフォーマットの[ICOS]_H0.66_L0抗ICOSのFvを含み、図75のmAb−scFvフォーマット骨格のいずれか内に含まれる。   Certain preferred embodiments include [ICOS] _H0.66_L0 anti-ICOS Fv in scFv format and are contained within any of the mAb-scFv format skeletons of FIG.

特定の好ましい実施形態は、Fabフォーマットの[ICOS]_H0.66_L0抗ICOSのFvを含み、図75のmAb−scFvフォーマット骨格のいずれか内に含まれる。   Certain preferred embodiments include the Fab format [ICOS] _H0.66_L0 anti-ICOS Fv and are included within any of the mAb-scFv format skeletons of FIG.

特定の好ましい実施形態は、Fabフォーマットの[ICOS]_H0.66_L0抗ICOSのFvを含み、図55のフォーマット骨格のいずれか内に含まれる。   Certain preferred embodiments include [ICOS] _H0.66_L0 anti-ICOS Fv in the Fab format and are included within any of the format skeletons of FIG.

I.GITR抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはGITRに連結する。6個のCDRおよび/またはvhおよびvlドメインの適切なセット、ならびにscFv配列FITR(適切な配列は、図18、図72、および図73、ならびに配列番号26282〜26290に示される。
I. GITR antigen binding domain In some embodiments, one of the ABDs links to GITR. A suitable set of 6 CDR and / or vh and vl domains, as well as the scFv sequence FITR (suitable sequences are shown in FIGS. 18, 72 and 73 and SEQ ID NOs: 26282-26290.

当業者には理解されるように、適切な抗GITR ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、本明細書で開示される配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。GITRに対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、GITRに連結するのはFab単量体である。本明細書で論じられるように、GITRが抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、PD−1、図3、図10、図11、図72、図73、図74、図76、および配列番号1〜2392、3125〜3144、4697〜7594、および4697〜21810に示され、および識別子1G6_H1.279_L1.194、1G6_H1.280_L1.224、1G6_L1.194_H1.279、1G6_L1.210_H1.288、および2E9_H1L1(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る)を有する配列表中のそれらの配列を含む)、CTLA−4(適切な配列は図12、72、および79、ならびに配列番号2393〜2414および3737〜3816に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、TIM−3(適切な配列は図14、図81、および配列番号3345〜3704、4585〜4696に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、LAG−3(適切な配列は、図13、図80、および配列番号2415〜2604、3817〜3960に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、BTLA(適切な配列は、図82および84ならびに配列番号?3705〜3736に示される(これは、scFv配列、CDR配列セット、またはvhおよびvl配列であり得る))、ならびにTIGIT(適切な配列は、図XXおよび配列番号4433〜4585に示される(これは、scFv配列、CDR配列セット、またはvhおよびvl配列であり得る))から選択される。   As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-GITR ABDs are either underlined or use different numbering schemes as described herein and shown in Table 1. In some cases, CDRs identified using other alignments within the sequences disclosed herein may include these sequences and a set of 6 CDRs as depicted in the figures. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv to GITR, it is the Fab monomer that is linked to the GITR. As discussed herein, when GITR is one of the antigens, the other of the target pair is PD-1, FIG. 3, FIG. 10, FIG. 11, FIG. 72, FIG. 73, FIG. 76, and SEQ ID NOS: 1-239, 3125-3144, 4697-7594, and 4697-21810, and identifiers 1G6_H1.279_L1.194, 1G6_H1.280_L1.224, 1G6_L1.194_H1.279, 1G6_L1.210_H1.288 , And 2E9_H1L1 (which includes those sequences in the sequence listing with scFv sequences, CDR sequence sets or vh and vl sequences), CTLA-4 (suitable sequences are FIGS. 12, 72, and 79, And SEQ ID NOs: 2393-2414 and 3737-3816 (this scFv sequence, may be a CDR sequence set or vh and vl sequences)), TIM-3 (suitable sequences are shown in FIG. 14, FIG. 81 and SEQ ID NOs: 3345-3704, 4585-4696 (this is the scFv sequence, CDR sequences set or vh and vl sequences)), LAG-3 (suitable sequences are shown in FIG. 13, FIG. 80 and SEQ ID NOs: 2415-2604, 3817-3960 (which are scFv sequences, CDR sequences) Can be a set or vh and vl sequences)), BTLA (appropriate sequences are shown in FIGS. 82 and 84 and SEQ ID NO: 3705-3736 (which are scFv sequences, CDR sequence sets, or vh and vl sequences) Possible)), and TIGIT (suitable sequences are shown in Figure XX and SEQ ID NO: 4433- Shown in 585 (which, scFv sequence, possible with CDR sequences set or vh and vl sequences) are selected from).

GITRに対するABDを形成する、配列表に開示された親CDRセットに加えて、本発明は変異型CDRセットを提供する。一実施形態において、6つのCDRのセットは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親CDRから1、2、3、4または5のアミノ酸の変更を有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parent CDR set disclosed in the sequence listing that forms the ABD for GITR, the present invention provides a variant CDR set. In one embodiment, the set of six CDRs is such that the ABD is still the target antigen when measured by at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg, Octet assay) assays. Can have 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid changes from the parent CDR, as long as they can be linked to, the latter is particularly used in many embodiments.

GITRに対するABDを形成する、本明細書に開示されている親の可変重鎖および可変軽鎖ドメインに加えて、本発明は変異型のvhおよびvlドメインを提供する。一実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親のvhおよびvlドメインから1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10からのアミノ酸の変更をそれぞれが有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。別の実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、それぞれの親のvhおよびvlドメインに対し、少なくとも90、95、97、98、または99%同一であることができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parental variable heavy and variable light chain domains disclosed herein that form the ABD for GITR, the present invention provides mutant vh and vl domains. In one embodiment, the mutated vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. Each can have an amino acid change from 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 from the parental vh and vl domains as long as it can be linked to the target antigen, The latter is particularly used in many embodiments. In another embodiment, the mutated vh and vl domains are determined by ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. As long as it can still be linked to the target antigen, it can be at least 90, 95, 97, 98, or 99% identical to the respective parental vh and vl domains, the latter being particularly used in many embodiments. Is done.

J.OX40抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはOX40に連結する。OX40に対する、6個のCDRおよび/またはvhおよびvlドメインの適切なセット、ならびにscFv配列が提供される(適切な配列は、図17、図72、および図73、ならびに配列番号26272〜26281に示される。
J. et al. OX40 Antigen Linking Domain In some embodiments, one of the ABDs is linked to OX40. A suitable set of 6 CDR and / or vh and vl domains and scFv sequences for OX40 are provided (suitable sequences are shown in FIGS. 17, 72 and 73 and SEQ ID NOs: 26272-26281). It is.

当業者には理解されるように、適切な抗OX40 ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、本明細書で開示される配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。OX40に対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、GITRに連結するのはFab単量体である。本明細書で論じられるように、OX40が抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、PD−1、図3、図10、図11、図72、図73、図74、図76、および配列番号1〜2392、3125〜3144、4697〜7594、および4697〜21810に示され、および識別子1G6_H1.279_L1.194、1G6_H1.280_L1.224、1G6_L1.194_H1.279、1G6_L1.210_H1.288、および2E9_H1L1(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る)を有する配列表中のそれらの配列を含む)、CTLA−4(適切な配列は図12、72、および79、ならびに配列番号2393〜2414および3737〜3816に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、TIM−3(適切な配列は図14、図81、および配列番号3345〜3704、4585〜4696に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、LAG−3(適切な配列は、図13、図80、および配列番号2415〜2604、3817〜3960に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、BTLA(適切な配列は、図82および84ならびに配列番号?3705〜3736に示される(これは、scFv配列、CDR配列セット、またはvhおよびvl配列であり得る))、ならびにTIGIT(適切な配列は、図XXおよび配列番号4433〜4585に示される(これは、scFv配列、CDR配列セット、またはvhおよびvl配列であり得る))から選択される。   As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-OX40 ABDs are either underlined or use different numbering schemes as described herein and shown in Table 1. In some cases, CDRs identified using other alignments within the sequences disclosed herein may include these sequences and a set of 6 CDRs as depicted in the figures. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv for OX40, it is the Fab monomer that is linked to GITR. As discussed herein, when OX40 is one of the antigens, the other of the target pair is PD-1, FIG. 3, FIG. 10, FIG. 11, FIG. 72, FIG. 73, FIG. 76, and SEQ ID NOS: 1-239, 3125-3144, 4697-7594, and 4697-21810, and identifiers 1G6_H1.279_L1.194, 1G6_H1.280_L1.224, 1G6_L1.194_H1.279, 1G6_L1.210_H1.288 , And 2E9_H1L1 (including those sequences in the sequence listing with scFv sequences, CDR sequence sets or vh and vl sequences), CTLA-4 (suitable sequences are FIGS. 12, 72, and 79, And SEQ ID NOs: 2393-2414 and 3737-3816 (this scFv sequence, may be a CDR sequence set or vh and vl sequences)), TIM-3 (suitable sequences are shown in FIG. 14, FIG. 81 and SEQ ID NOs: 3345-3704, 4585-4696 (this is the scFv sequence, CDR sequences set or vh and vl sequences)), LAG-3 (suitable sequences are shown in FIG. 13, FIG. 80 and SEQ ID NOs: 2415-2604, 3817-3960 (which are scFv sequences, CDR sequences) Can be a set or vh and vl sequences)), BTLA (appropriate sequences are shown in FIGS. 82 and 84 and SEQ ID NO: 3705-3736 (which are scFv sequences, CDR sequence sets, or vh and vl sequences) Possible)), and TIGIT (suitable sequences are shown in Figure XX and SEQ ID NO: 4433- Shown in 585 (which, scFv sequence, possible with CDR sequences set or vh and vl sequences) are selected from).

OX40に対するABDを形成する、配列表に開示された親CDRセットに加えて、本発明は変異型CDRセットを提供する。一実施形態において、6つのCDRのセットは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親CDRから1、2、3、4または5のアミノ酸の変更を有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parent CDR set disclosed in the sequence listing that forms the ABD for OX40, the present invention provides a variant CDR set. In one embodiment, the set of six CDRs is such that the ABD is still the target antigen when measured by at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg, Octet assay) assays. Can have 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid changes from the parent CDR, as long as they can be linked to, the latter is particularly used in many embodiments.

OX40に対するABDを形成する、本明細書に開示されている親の可変重鎖および可変軽鎖ドメインに加えて、本発明は変異型のvhおよびvlドメインを提供する。一実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親のvhおよびvlドメインから1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10からのアミノ酸の変更をそれぞれが有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。別の実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、それぞれの親のvhおよびvlドメインに対し、少なくとも90、95、97、98、または99%同一であることができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parental variable heavy and variable light chain domains disclosed herein that form an ABD for OX40, the present invention provides mutant vh and vl domains. In one embodiment, the mutated vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. Each can have an amino acid change from 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 from the parental vh and vl domains as long as it can be linked to the target antigen, The latter is particularly used in many embodiments. In another embodiment, the mutated vh and vl domains are determined by ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. As long as it can still be linked to the target antigen, it can be at least 90, 95, 97, 98, or 99% identical to the respective parental vh and vl domains, the latter being particularly used in many embodiments. Is done.

K.4−1BB抗原連結ドメイン
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つは4−1BBに連結する。6個のCDRおよび/またはvhおよびvlドメインの適切なセット、ならびにscFv配列4−1BB(適切な配列は、図16、図72、および図73、ならびに配列番号26262〜2671に示される。
K. 4-1BB Antigen Linking Domain In some embodiments, one of the ABDs links to 4-1BB. Appropriate set of 6 CDR and / or vh and vl domains, and scFv sequence 4-1BB (appropriate sequences are shown in FIG. 16, FIG. 72, and FIG. 73 and SEQ ID NOs: 26262-2671.

当業者には理解されるように、適切な抗4−1BB ABDは、下線が付されているものとしてか、または、本明細書において記載され表1に示されるような、異なるナンバリングスキームが使用される場合、本明細書で開示される配列内の他のアラインメントを使用して同定されるCDRとして、これらの配列および図に描かれているような6個のCDRのセットを含み得る。適切なABDはまた、scFvまたはFabとして使用される、これらの配列および図に示されるようなvhおよびvlの全体の配列をも含み得る。4−1BBに対するFvを含む本明細書中の実施形態の多くにおいて、4−1BBに連結するのはFab単量体である。本明細書で論じられるように、ICOSが抗原の1つであるとき、標的対の他のものは、PD−1、図3、図10、図11、図72、図73、図74、図76、および配列番号1〜2392、3125〜3144、4697〜7594、および4697〜21810に示され、および識別子1G6_H1.279_L1.194、1G6_H1.280_L1.224、1G6_L1.194_H1.279、1G6_L1.210_H1.288、および2E9_H1L1(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る)を有する配列表中のそれらの配列を含む)、CTLA−4(適切な配列は図12、72、および79、ならびに配列番号2393〜2414および3737〜3816に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、TIM−3(適切な配列は図14、図81、および配列番号3345〜3704、4585〜4696に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、LAG−3(適切な配列は、図13、図80、および配列番号2415〜2604、3817〜3960に示される(これはscFv配列、CDR配列セットまたはvhおよびvl配列であり得る))、BTLA(適切な配列は、図82および84ならびに配列番号?3705〜3736に示される(これは、scFv配列、CDR配列セット、またはvhおよびvl配列であり得る))、ならびにTIGIT(適切な配列は、図XXおよび配列番号4433〜4585に示される(これは、scFv配列、CDR配列セット、またはvhおよびvl配列であり得る))から選択される。   As will be appreciated by those skilled in the art, suitable anti-4-1BB ABDs may be used underlined or using a different numbering scheme as described herein and shown in Table 1. If so, the CDRs identified using other alignments within the sequences disclosed herein may include these sequences and a set of 6 CDRs as depicted in the figures. Suitable ABDs can also include these sequences used as scFv or Fab and the entire sequence of vh and vl as shown in the figure. In many of the embodiments herein that include an Fv for 4-1BB, it is the Fab monomer that is linked to 4-1BB. As discussed herein, when ICOS is one of the antigens, the other of the target pair is PD-1, FIG. 3, FIG. 10, FIG. 11, FIG. 72, FIG. 76, and SEQ ID NOS: 1-239, 3125-3144, 4697-7594, and 4697-21810, and identifiers 1G6_H1.279_L1.194, 1G6_H1.280_L1.224, 1G6_L1.194_H1.279, 1G6_L1.210_H1.288 , And 2E9_H1L1 (which includes those sequences in the sequence listing with scFv sequences, CDR sequence sets or vh and vl sequences), CTLA-4 (suitable sequences are FIGS. 12, 72, and 79, And SEQ ID NOs: 2393-2414 and 3737-3816 (this scFv sequence, may be a CDR sequence set or vh and vl sequences)), TIM-3 (suitable sequences are shown in FIG. 14, FIG. 81 and SEQ ID NOs: 3345-3704, 4585-4696 (this is the scFv sequence, CDR sequences set or vh and vl sequences)), LAG-3 (suitable sequences are shown in FIG. 13, FIG. 80 and SEQ ID NOs: 2415-2604, 3817-3960 (which are scFv sequences, CDR sequences) Can be a set or vh and vl sequences)), BTLA (appropriate sequences are shown in FIGS. 82 and 84 and SEQ ID NO: 3705-3736 (which are scFv sequences, CDR sequence sets, or vh and vl sequences) Possible)), and TIGIT (suitable sequences are shown in Figure XX and SEQ ID NO: 4433- Shown in 585 (which, scFv sequence, possible with CDR sequences set or vh and vl sequences) are selected from).

4−1BBに対するABDを形成する、配列表に開示された親CDRセットに加えて、本発明は変異型CDRセットを提供する。一実施形態において、6つのCDRのセットは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親CDRから1、2、3、4または5のアミノ酸の変更を有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parent CDR set disclosed in the sequence listing that forms the ABD for 4-1BB, the present invention provides a variant CDR set. In one embodiment, the set of six CDRs is such that the ABD is still the target antigen when measured by at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg, Octet assay) assays. Can have 1, 2, 3, 4 or 5 amino acid changes from the parent CDR, as long as they can be linked to, the latter is particularly used in many embodiments.

4−1BBに対するABDを形成する、本明細書に開示されている親の可変重鎖および可変軽鎖ドメインに加えて、本発明は変異型のvhおよびvlドメインを提供する。一実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、親のvhおよびvlドメインから1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10からのアミノ酸の変更をそれぞれが有することができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。別の実施形態において、変異型のvhおよびvlドメインは、Biacore、表面プラズモン共鳴(SPR)および/またはBLI(バイオレイヤー干渉法、例えばOctetアッセイ)アッセイの少なくとも1つで測定されるときにABDが依然として標的抗原に連結することができる限り、それぞれの親のvhおよびvlドメインに対し、少なくとも90、95、97、98、または99%同一であることができ、後者は多くの実施形態において特に使用される。   In addition to the parental variable heavy and variable light chain domains disclosed herein that form an ABD for 4-1BB, the present invention provides mutant vh and vl domains. In one embodiment, the mutated vh and vl domains are still ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. Each can have an amino acid change from 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, or 10 from the parental vh and vl domains as long as it can be linked to the target antigen, The latter is particularly used in many embodiments. In another embodiment, the mutated vh and vl domains are determined by ABD when measured in at least one of Biacore, surface plasmon resonance (SPR) and / or BLI (Biolayer Interferometry, eg Octet Assay) assays. As long as it can still be linked to the target antigen, it can be at least 90, 95, 97, 98, or 99% identical to the respective parental vh and vl domains, the latter being particularly used in many embodiments. Is done.

L.特定の二重特異性実施形態
本発明は、以下に概説するようにいくつかの特定の二重特異性抗体を提供する。
L. Specific Bispecific Embodiments The present invention provides several specific bispecific antibodies as outlined below.

1.ICOS×PD−1
本発明は、ICOSおよびPD−1をそれぞれ一価で、場合によっては本明細書で概説したように、両方とも二価で連結する二重特異性ヘテロ二量体抗体を提供する。
1. ICOS × PD-1
The present invention provides bispecific heterodimeric antibodies that link ICOS and PD-1 each monovalently and optionally both bivalently as outlined herein.

一実施形態において、PD−1 ABDは1G6_L1.194_H1.279であり、ICOS ABDは、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される。   In one embodiment, the PD-1 ABD is 1G6_L1.194_H1.279 and the ICOS ABD is FIG. 19, FIG. 20, FIG. 24, FIG. 68, and FIG. ~ 27335, 28549-28556, and 28557-28665, and those with identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0.

一実施形態において、ICOS×PD−1二重特異性抗体は、XENP番号20261、20730、20896、22432〜22438、22731〜22748、22878〜22894、22931〜22932、22950〜22961、23090〜23093、23295〜23296、23301、23405、23408、23410(全て428L/434Sを有さないが、それらはそれらの置換を有することができる)、XENP番号22730、22917〜22928、22935〜22937、22974〜22979、22995〜22996、23001、23103、23104(全て428L/434Sを有するが、それらはそれらの置換を有さないことができる)、XENP番号23411、21828、21829、21830、21831、22348、23059(従来技術のICOS配列を使用)、XENP番号18920、24125、24130(追加のボトルオープナー)、XENP23406、23407、24128(ICOS×PD−1中央−scFv)、XENP24123(ICOS×PD−1中央scFv2)、XENP24134(ICOS×PD−1二重特異性mAb)、24122(ICOS×PD−1 DVD−Ig)、XENP24132、24133(ICOS×PD−1トライデント)から選択される。   In one embodiment, the ICOS × PD-1 bispecific antibody has XENP numbers 20261, 20730, 20896, 22432-22238, 22731-222748, 22878-22894, 22931-22963, 22950-22961, 23090-23093, 23295. -23296, 23301, 23405, 23408, 23410 (all do not have 428L / 434S, but they can have those substitutions), XENP numbers 22730, 22917-22928, 22935-22937, 22974-22979, 22995 ~ 22996, 23001, 23103, 23104 (all have 428L / 434S, but they may not have those substitutions), XENP numbers 23411,218 8, 21829, 21830, 21831, 23348, 23059 (using prior art ICOS arrays), XENP numbers 18920, 24125, 24130 (additional bottle openers), XENP 23406, 23407, 24128 (ICOS × PD-1 center-scFv) XENP24123 (ICOS × PD-1 central scFv2), XENP24134 (ICOS × PD-1 bispecific mAb), 24122 (ICOS × PD-1 DVD-Ig), XENP24132, 24133 (ICOS × PD-1 trident) Selected.

2.ICOS×PD−L1
この実施形態において、ICOS ABDは、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される。
2. ICOS × PD-L1
In this embodiment, the ICOS ABD is shown in FIG. 19, FIG. 20, FIG. 24, FIG. 68, and FIG. Shown with identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0.

3.ICOS×CTLA−4
この実施形態において、ICOS ABDは、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される。
3. ICOS x CTLA-4
In this embodiment, the ICOS ABD is shown in FIG. 19, FIG. 20, FIG. 24, FIG. 68, and FIG. Shown with identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0.

一実施形態では、[ICOS]H 0.66_L0のFab ICOS ABDを有するボトルオープナーフォーマットは、特に図9のボトルオープナー骨格1において、[CTLA−4]_H3.32_L0.129のscFv CTLA−4 ABDと対となる。   In one embodiment, the bottle opener format with the Fab ICOS ABD of [ICOS] H 0.66_L0 is the scFv CTLA-4 ABD of [CTLA-4] _H3.32_L0.129, particularly in the bottle opener skeleton 1 of FIG. It becomes a pair.

4.ICOS×LAG−3
この実施形態において、ICOS ABDは、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される。
4). ICOS × LAG-3
In this embodiment, the ICOS ABD is shown in FIG. 19, FIG. 20, FIG. 24, FIG. 68, and FIG. Shown with identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0.

5.ICOS×TIM−3
この実施形態は、ICOS ABDが、図19、図20、図24、図68、および図77、ならびに配列番号27869〜28086、28087〜28269、27193〜27335、28549〜28556、および28557〜28665、ならびに識別子[ICOS]_H0.66_L0および[ICOS]_H0L0を有するものに示される。
5. ICOS × TIM-3
This embodiment is provided by ICOS ABD as shown in FIG. 19, FIG. Shown with identifiers [ICOS] _H0.66_L0 and [ICOS] _H0L0.

M.同種抗体
本発明はさらに、本明細書に概説した抗体とアミノ酸配列同一性を共有する抗体を提供する。
M.M. Alloantibodies The present invention further provides antibodies that share amino acid sequence identity with the antibodies outlined herein.

一実施形態では、本明細書および図に概説されているVhおよびVl配列の1つ以上のCDRにアミノ酸変異を有する二重特異性抗体が作製される。一実施形態では、本明細書に概説されているvhおよびvl鎖の1つ以上のCDRに、1、2、3、4、または5のアミノ酸の相違を有する抗体が提供される。これらのアミノ酸変異は、1つのCDR中に存在してもよく、または1つを超えるCDRの間に広がってもよい。これらのアミノ酸変異はまた、二重特異性抗体のFvの一方または両方に存在し得、例えば、ICOS Fv側(一般にFabであるが、本明細書に概説されるようにscFvであり得る)のCDR中に2個のアミノ酸変異およびPD−1側に1個などで存在し得る。   In one embodiment, bispecific antibodies are made having amino acid variations in one or more CDRs of the Vh and Vl sequences outlined herein and in the figures. In one embodiment, antibodies having 1, 2, 3, 4, or 5 amino acid differences in one or more CDRs of the vh and vl chains outlined herein are provided. These amino acid variations may be present in one CDR or may spread between more than one CDR. These amino acid variations can also be present in one or both of the Fvs of the bispecific antibody, for example, on the ICOS Fv side (generally a Fab but can be a scFv as outlined herein). There may be two amino acid mutations in the CDR and one on the PD-1 side.

同様に、本発明は、本明細書に概説した配列に対して、特に可変重鎖および/または可変軽鎖ドメインに対して少なくとも95、96、97、98、または99%のアミノ酸同一性を有する抗体を提供する。この配列同一性はまた、二重特異性抗体の一方のFvまたは両方のFvに存在し得る。すなわち、図面に概説されている可変重鎖および/または可変軽鎖ドメインと95〜99%同一である二重特異性抗体が提供される。   Similarly, the present invention has at least 95, 96, 97, 98, or 99% amino acid identity to the sequences outlined herein, particularly to the variable heavy and / or variable light chain domains. An antibody is provided. This sequence identity may also be present on one Fv or both Fvs of a bispecific antibody. Thus, bispecific antibodies are provided that are 95-99% identical to the variable heavy and / or variable light chain domains outlined in the drawings.

IX.本発明の核酸
本発明はさらに、本発明の二重特異性抗体をコードする核酸組成物(または「単一特異的」抗体の場合は同様にそれらをコードする核酸)も提供する。
IX. Nucleic acids of the invention The invention further provides nucleic acid compositions encoding the bispecific antibodies of the invention (or nucleic acids encoding them as well in the case of “monospecific” antibodies).

当業者には理解されるように、核酸組成物は、ヘテロ二量体タンパク質のフォーマットおよび足場に依存するであろう。したがって、例えば、フォーマットが3つのアミノ酸配列を必要とするとき、3つの核酸配列を発現のために1つ以上の発現ベクターに組み込むことができる。同様に、いくつかのフォーマット(例えば、図2に開示されているようなデュアルscFvフォーマット)は2つの核酸のみを必要とし、同様に、それらを1つまたは2つの発現ベクターに組み込むことができる。いくつかのフォーマットは4つのアミノ酸(二重特異性mAb)を必要とする。   As will be appreciated by those skilled in the art, the nucleic acid composition will depend on the heterodimeric protein format and scaffold. Thus, for example, when a format requires three amino acid sequences, three nucleic acid sequences can be incorporated into one or more expression vectors for expression. Similarly, some formats (eg, a dual scFv format as disclosed in FIG. 2) require only two nucleic acids, and can similarly be incorporated into one or two expression vectors. Some formats require 4 amino acids (bispecific mAb).

当該技術分野において公知であるように、本発明の構成要素をコードする核酸は、当該技術分野において公知であるように、そして本発明のヘテロ二量体抗体を産生するために使用される宿主細胞に応じた発現ベクターに組み込まれ得る。一般に、核酸は任意の数の調節エレメント(プロモーター、複製起点、選択可能マーカー、リボソーム連結部位、インデューサーなど)に作動可能に連結されている。発現ベクターは、染色体外ベクターまたは組み込みベクターであり得る。   As is known in the art, a nucleic acid encoding a component of the invention is a host cell used as is known in the art and for producing the heterodimeric antibodies of the invention. Depending on the expression vector. In general, a nucleic acid is operably linked to any number of regulatory elements (promoter, origin of replication, selectable marker, ribosome linking site, inducer, etc.). The expression vector can be an extrachromosomal vector or an integration vector.

次いで、本発明の核酸および/または発現ベクターを、哺乳動物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞および/または真菌細胞を含む当該技術分野で周知の任意の数の異なる種類の宿主細胞に形質転換するが、哺乳動物細胞(例えばCHO細胞)が、多くの実施形態において使用される。   The nucleic acid and / or expression vector of the invention is then transformed into any number of different types of host cells known in the art, including mammalian cells, bacterial cells, yeast cells, insect cells and / or fungal cells. However, mammalian cells (eg, CHO cells) are used in many embodiments.

いくつかの実施形態では、各単量体をコードする核酸および軽鎖をコードする任意の核酸は、フォーマットに応じて適用可能なように、それぞれ一般に異なるまたは同じプロモーター制御下で単一の発現ベクター内に含まれる。本発明において特に使用される実施形態では、これら2つまたは3つの核酸のそれぞれは異なる発現ベクターに含まれる。本明細書および参照により本明細書に組み込まれる62/025,931に示されるように、ヘテロ二量体形成を推進するために異なるベクター比を使用することができる。すなわち、驚くべきことに、タンパク質は第1の単量体:第2の単量体:軽鎖(ヘテロ二量体抗体を含む3つのポリペプチドを有する本明細書の多くの実施形態の場合)を1:1:2の比率で含むが、これらは最良の結果をもたらす比率ではない。   In some embodiments, the nucleic acid encoding each monomer and the optional nucleic acid encoding the light chain are each a single expression vector, generally under different or the same promoter control, as applicable depending on the format. Contained within. In embodiments specifically used in the present invention, each of these two or three nucleic acids is contained in a different expression vector. Different vector ratios can be used to drive heterodimer formation, as shown herein and in 62 / 025,931, incorporated herein by reference. That is, surprisingly, the protein is a first monomer: second monomer: light chain (in many embodiments herein having three polypeptides, including heterodimeric antibodies). In a ratio of 1: 1: 2, but these are not the ratios that give the best results.

本発明のヘテロ二量体抗体は、当該技術分野において周知のように、発現ベクターを含む宿主細胞を培養することによって作製される。一旦製造されると、イオン交換クロマトグラフィー工程を含む従来の抗体精製工程が実施される。本明細書で論じるように、2つの単量体のpIが少なくとも0.5だけ異なることは、イオン交換クロマトグラフィーもしくは等電点電気泳動、または等電点に感受性の他の方法による分離を可能にし得る。すなわち、各単量体の等電点(pI)が異なるpIを有し、かつヘテロ二量体も異なるpIを有するようになるように各単量体の等電点(pI)を変化させるpI置換を含むことによって、「トリプルF」ヘテロ二量体の等電点精製(例えば、陰イオン交換カラム、陽イオン交換カラム)を促進する。これらの置換はまた、精製後の任意の混入したデュアルscFv−FcおよびmAbホモ二量体の特定およびモニタリングにも役立つ(例えば、IEFゲル、cIEF、および分析用IEXカラム)。   The heterodimeric antibody of the present invention is produced by culturing a host cell containing an expression vector, as is well known in the art. Once manufactured, conventional antibody purification steps including ion exchange chromatography steps are performed. As discussed herein, the pi of the two monomers differing by at least 0.5 allows for separation by ion exchange chromatography or isoelectric focusing, or other methods sensitive to isoelectric point Can be. That is, the pI that changes the isoelectric point (pI) of each monomer so that the isoelectric point (pI) of each monomer has a different pI and the heterodimer also has a different pI. Inclusion of substitution facilitates isoelectric focusing (eg, anion exchange column, cation exchange column) of “triple F” heterodimers. These substitutions also help identify and monitor any contaminating dual scFv-Fc and mAb homodimers after purification (eg, IEF gel, cIEF, and analytical IEX columns).

X.ヘテロ二量体免疫調節抗体の生物学的および生化学的機能性
一般に、本発明の二重特異性免疫調節抗体は、癌を有する患者に投与され、そして有効性は、本明細書中に記載されるようないくつかの方法で評価される。このため、癌量、腫瘍のサイズ、転移の存在または程度の評価等の、有効性の標準的なアッセイを実行し得るが、免疫腫瘍学的治療もまた免疫状態評価に基づいて同様に評価され得る。これは、インビトロアッセイおよびインビボアッセイの両方を含むいくつかの方法で実施することができる。例えば、腫瘍量、サイズ、侵襲性、LN関与、転移等といった「古典的な」測定と併せて、免疫状態(例えば、ipi治療後のICOS+CD4+T細胞の存在)の変化の評価を実施することができる。このため、以下のいずれかまたは全てを評価することができる:CD4T細胞活性化もしくは増殖、CD8T(CTL)細胞活性化もしくは増殖、CD8T細胞媒介性細胞傷害性活性および/もしくはCTL媒介性細胞枯渇、NK細胞活性およびNK媒介性細胞枯渇に対するPVRIGの抑制効果、Treg細胞分化および増殖ならびにTreg細胞もしくは骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)媒介性免疫抑制もしくは免疫耐性に対するPVRIGの増強効果、ならびに/または免疫細胞による炎症性サイトカイン産生、例えば、T細胞もしくは他の免疫細胞によるIL−2、IFN−γもしくはTNF−α産生に対するPVRIGの影響。
X. Biological and Biochemical Functionality of Heterodimeric Immunomodulatory Antibodies In general, the bispecific immunomodulatory antibodies of the invention are administered to patients with cancer and efficacy is described herein. It is evaluated in several ways. For this reason, standard assays for efficacy, such as assessment of cancer burden, tumor size, presence or extent of metastases, can be performed, but immunooncological treatment is also assessed based on immune status assessment as well. obtain. This can be performed in several ways, including both in vitro and in vivo assays. For example, an assessment of changes in immune status (eg, presence of ICOS + CD4 + T cells after ipi treatment) can be performed in conjunction with “classical” measurements such as tumor burden, size, invasiveness, LN involvement, metastasis, etc. . Thus, any or all of the following can be assessed: CD4 + T cell activation or proliferation, CD8 + T (CTL) cell activation or proliferation, CD8 + T cell mediated cytotoxic activity and / or CTL-mediated cell depletion, the inhibitory effect of PVRIG on NK cell activity and NK-mediated cell depletion, Treg cell differentiation and proliferation and the potentiating effect of PVRIG on Treg cells or bone marrow-derived suppressor cell (MDSC) -mediated immunosuppression or immune tolerance, And / or the effect of PVRIG on inflammatory cytokine production by immune cells, eg, IL-2, IFN-γ or TNF-α production by T cells or other immune cells.

いくつかの実施形態では、治療の評価は、例えば、CFSE希釈法、免疫エフェクター細胞のKi67細胞内染色、および3H−チミジン取り込み法を使用して、免疫細胞増殖を評価することによって実施される。   In some embodiments, treatment assessment is performed by assessing immune cell proliferation using, for example, CFSE dilution, Ki67 intracellular staining of immune effector cells, and 3H-thymidine incorporation.

いくつかの実施形態では、治療の評価は、CD25、CD69、CD137、ICOS、PD1、GITR、OX40、およびCD107Aの表面発現によって測定される細胞脱顆粒のうちの1つ以上を含む、遺伝子発現の増加または活性化関連マーカーの増加したタンパク質レベルを評価することによって実施される。   In some embodiments, the treatment assessment comprises one or more of cell degranulation as measured by surface expression of CD25, CD69, CD137, ICOS, PD1, GITR, OX40, and CD107A. This is done by assessing increased protein levels of increased or activated related markers.

一般に、遺伝子発現アッセイは、当該技術分野で知られているように実施される。   In general, gene expression assays are performed as is known in the art.

一般に、タンパク質発現測定も同様に、当該技術分野で知られているように実施される。   In general, protein expression measurements are similarly performed as is known in the art.

いくつかの実施形態では、治療の評価は、酵素活性(プロテアーゼ活性を含む)、細胞膜透過性、細胞接着、ATP産生、補酵素産生、およびヌクレオチド取り込み活性等の多数の細胞パラメーターを推測することを通した標的細胞生存検出によって測定される細胞傷害性活性を評価することによって実施される。これらのアッセイの具体的な例としては、トリパンブルーまたはPI染色、51Crまたは35S放出法、LDH活性、MTTおよび/またはWSTアッセイ、カルセイン−AMアッセイ、発光系アッセイ、ならびに他のものが含まれるが、これらに限定されない。 In some embodiments, the assessment of treatment may include inferring a number of cellular parameters such as enzyme activity (including protease activity), cell membrane permeability, cell adhesion, ATP production, coenzyme production, and nucleotide uptake activity. This is done by assessing cytotoxic activity as measured by target cell viability detection. Specific examples of these assays include trypan blue or PI staining, 51 Cr or 35 S release method, LDH activity, MTT and / or WST assay, calcein-AM assay, luminescent assay, and others However, it is not limited to these.

いくつかの実施形態では、治療の評価は、サイトカイン産生によって測定されるT細胞活性を評価することによって行われ、周知の技法を使用して、IFNγ、TNFα、GM−CSF、IL2、IL6、IL4、IL5、IL10、IL13を含むがこれらに限定されないサイトカインを使用して、細胞内、培養上清液中のいずれかで測定する。   In some embodiments, assessment of treatment is performed by assessing T cell activity as measured by cytokine production and using well known techniques, IFNγ, TNFα, GM-CSF, IL2, IL6, IL4. , IL5, IL10, IL13 and other cytokines are used to measure either intracellularly or in the culture supernatant.

したがって、治療の評価は、以下のうちの1つ以上を評価するアッセイを使用して実施することができる:(i)免疫応答を増加させること、(ii)αβおよび/またはγδのT細胞の活性化を増加させること、(iii)細胞傷害性T細胞活性を増加させること、(iv)NKおよび/またはNKT細胞活性を増加させること、(v)αβおよび/またはγδのT細胞抑制を軽減させること、(vi)炎症誘発性サイトカイン分泌を増加させること、(vii)IL−2分泌を増加させること、(viii)インターフェロン−γ産生を増加させること、(ix)Th1応答を増加させること、(x)Th2応答を減少させること、(xi)制御性T細胞(Tregの少なくとも1つの細胞数および/または活性を減少させるかまたは排除すること。   Thus, treatment evaluation can be performed using an assay that evaluates one or more of the following: (i) increasing the immune response, (ii) αβ and / or γδ T cells. Increase activation, (iii) increase cytotoxic T cell activity, (iv) increase NK and / or NKT cell activity, (v) reduce αβ and / or γδ T cell suppression (Vi) increasing proinflammatory cytokine secretion; (vii) increasing IL-2 secretion; (viii) increasing interferon-γ production; (ix) increasing Th1 response; (X) reducing the Th2 response, (xi) regulatory T cells (reducing or eliminating at least one cell number and / or activity of Treg) A.

有効性を測定するためのアッセイ
いくつかの実施形態では、T細胞活性化は、当該技術分野において公知のように、混合リンパ球反応(MLR)アッセイを使用して評価される。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
Assays for Measuring Efficacy In some embodiments, T cell activation is assessed using a mixed lymphocyte reaction (MLR) assay, as is known in the art. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、異なる因子のリン酸化または脱リン酸化によって、または他の翻訳後修飾を測定することによって測定される免疫応答の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, signal transduction pathway assays measure an increase or decrease in immune response as measured, for example, by phosphorylation or dephosphorylation of different factors or by measuring other post-translational modifications. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、αβおよび/またはγδのT細胞の活性化の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is measured by, for example, cytokine secretion or by proliferation or by changes in expression of activation markers such as, for example, CD137, CD107a, PD1, etc. The increase or decrease of T cell activation is measured. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、標的細胞、例えばがん細胞の直接的な殺傷によって、またはサイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、細胞傷害性T細胞活性の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is activated, for example, by direct killing of target cells, eg, cancer cells, or by cytokine secretion, or by proliferation, or, eg, CD137, CD107a, PD1, etc. An increase or decrease in cytotoxic T cell activity as measured by a change in marker expression is measured. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、標的細胞、例えばがん細胞の直接的な殺傷によって、またはサイトカイン分泌によって、または例えば、CD107a等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、NKおよび/またはNKTの細胞活性の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, signal transduction pathway assays are measured, for example, by direct killing of target cells, eg, cancer cells, or by cytokine secretion, or by changes in the expression of activation markers such as, eg, CD107a. Measuring an increase or decrease in cellular activity of NK and / or NKT. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、αβおよび/またはγδのT細胞の抑制の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is measured by, for example, cytokine secretion, or by proliferation, or by changes in the expression of activation markers such as, for example, CD137, CD107a, PD1, etc. The increase or decrease in T cell suppression is measured. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、ELISAによって、またはLuminexによって、またはMultiplexビーズに基づく方法によって、または細胞内染色およびFACS解析によって、またはAlispot等によって測定される炎症促進性サイトカイン分泌の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, signal transduction pathway assays are performed for pro-inflammatory cytokine secretion as measured, for example, by ELISA, by Luminex, or by Multiplex bead-based methods, or by intracellular staining and FACS analysis, or by Alispot et al. Measure the increase or decrease. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、ELISAによって、またはLuminexによって、またはMultiplexビーズに基づく方法によって、または細胞内染色およびFACS解析によって、またはAlispot等によって測定されるIL−2分泌の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is an increase in IL-2 secretion as measured, for example, by ELISA or by Luminex, or by a Multiplex bead-based method, or by intracellular staining and FACS analysis, or by Alispot et al. Or measure the decrease. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、ELISAによって、またはLuminexによって、またはMultiplexビーズに基づく方法によって、または細胞内染色およびFACS解析によって、またはAlispot等によって測定されるインターフェロンγ産生の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is an increase in interferon gamma production as measured, for example, by ELISA or by Luminex, or by Multiplex bead-based methods, or by intracellular staining and FACS analysis, or by Alispot et al. Measure the decrease. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定されるTh1応答の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay measures an increase or decrease in Th1 response as measured, for example, by cytokine secretion or by changes in activation marker expression. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定されるTh2応答の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay measures an increase or decrease in Th2 response as measured, for example, by cytokine secretion or by changes in activation marker expression. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、フローサイトメトリーによって、またはIHCによって測定される調節T細胞(Treg)の少なくとも1つの細胞数および/または活性の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay measures an increase or decrease in the number and / or activity of at least one regulatory T cell (Treg) as measured, for example, by flow cytometry or by IHC. A decrease in response indicates immunostimulatory activity. The appropriate decrease is the same as for the increase outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、フローサイトメトリーによって、またはIHCによって測定されるM2マクロファージ細胞数の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay measures an increase or decrease in the number of M2 macrophage cells as measured, for example, by flow cytometry or by IHC. A decrease in response indicates immunostimulatory activity. The appropriate decrease is the same as for the increase outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定されるM2マクロファージ腫瘍形成促進活性の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay measures an increase or decrease in M2 macrophage tumorigenesis promoting activity as measured, for example, by cytokine secretion or by altered expression of activation markers. A decrease in response indicates immunostimulatory activity. The appropriate decrease is the same as for the increase outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、フローサイトメトリーによって、またはIHCによって測定されるN2好中球増加の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay measures an increase or decrease in N2 neutrophil increase as measured, for example, by flow cytometry or by IHC. A decrease in response indicates immunostimulatory activity. The appropriate decrease is the same as for the increase outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定されるN2好中球腫瘍形成促進活性の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay measures an increase or decrease in N2 neutrophil tumorigenic activity as measured, for example, by cytokine secretion or by changes in expression of activation markers. A decrease in response indicates immunostimulatory activity. The appropriate decrease is the same as for the increase outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、T細胞活性化の阻害の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is a measure of T cell activation, as measured, for example, by cytokine secretion or by proliferation or by changes in the expression of activation markers such as, for example, CD137, CD107a, PD1, etc. Measure the increase or decrease in inhibition. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、標的細胞、例えばがん細胞の直接的な殺傷によって、またはサイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、CTL活性化の阻害の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is activated, for example, by direct killing of target cells, eg, cancer cells, or by cytokine secretion, or by proliferation or, eg, CD137, CD107a, PD1, etc. The increase or decrease in inhibition of CTL activation is measured as measured by changes in marker expression. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例として活性化マーカーの発現の変化によって測定されるαβおよび/またはγδのT細胞枯渇の増加または減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加の場合と同じである。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay measures an increase or decrease in αβ and / or γδ T cell depletion as measured, for example, by changes in expression of activation markers. A decrease in response indicates immunostimulatory activity. The appropriate decrease is the same as for the increase outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、αβおよび/またはγδのT細胞の応答の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is measured by, for example, cytokine secretion, or by proliferation, or by changes in the expression of activation markers such as, for example, CD137, CD107a, PD1, etc. Measure the increase or decrease in T cell response. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD45RA、CCR7等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される、抗原特異的メモリー応答の刺激の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay stimulates an antigen-specific memory response, as measured, for example, by cytokine secretion or by proliferation or by changes in the expression of activation markers such as, for example, CD45RA, CCR7, etc. Measure the increase or decrease in. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えばMTT、Cr放出、カルサインAM等の細胞傷害性アッセイによって、または例えばCFSE希釈もしくはヨウ化プロピジウム染色等のようなフローサイトメトリーに基づくアッセイによって測定される、癌細胞のアポトーシスまたは溶解の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is measured, for example, by a cytotoxicity assay such as MTT, Cr release, calcine AM, or by a flow cytometry based assay such as CFSE dilution or propidium iodide staining, for example. Measure the increase or decrease in apoptosis or lysis of cancer cells. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えばMTT、Cr放出、カルサインAM等の細胞傷害性アッセイによって、または例えばCFSE希釈もしくはヨウ化プロピジウム染色等のようなフローサイトメトリーに基づくアッセイによって測定される、癌細胞の細胞傷害性または細胞増殖抑制性の効果の刺激の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is measured, for example, by a cytotoxicity assay such as MTT, Cr release, calcine AM, or by a flow cytometry based assay such as CFSE dilution or propidium iodide staining, for example. The increase or decrease in stimulation of the cytotoxic or cytostatic effect of a cancer cell is measured. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えばMTT、Cr放出、カルサインAM等の細胞傷害性アッセイによって、または例えばCFSE希釈もしくはヨウ化プロピジウム染色等のようなフローサイトメトリーに基づくアッセイによって測定される、癌細胞の直接的な殺傷の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is measured, for example, by a cytotoxicity assay such as MTT, Cr release, calcine AM, or by a flow cytometry based assay such as CFSE dilution or propidium iodide staining, for example. Measure the increase or decrease in direct killing of cancer cells. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定されるTh17活性の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay measures an increase or decrease in Th17 activity as measured, for example, by cytokine secretion or by proliferation or by changes in expression of activation markers. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、例えばMTT、Cr放出、カルサインAM等の細胞傷害性アッセイによって、または例えばCFSE希釈もしくはヨウ化プロピジウム染色等のようなフローサイトメトリーに基づくアッセイによって測定される、補体依存性細胞傷害性および/または抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性の誘導の増加または減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。   In one embodiment, the signal transduction pathway assay is measured, for example, by a cytotoxicity assay such as MTT, Cr release, calcine AM, or by a flow cytometry based assay such as CFSE dilution or propidium iodide staining, for example. Measuring the increase or decrease in induction of complement-dependent cytotoxicity and / or antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity. Increased activity indicates immunostimulatory activity. A suitable increase in activity is outlined below.

一実施形態では、T細胞活性化は、例えば、標的細胞、例えばがん細胞の直接的な殺傷によって、またはサイトカイン分泌によって、または増殖によって、または例えば、CD137、CD107a、PD1等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される。T細胞については、増殖、活性化の細胞表面マーカー(例えば、CD25、CD69、CD137、PD1)、細胞傷害性(標的細胞を殺傷する能力)、およびサイトカイン産生(例えば、IL−2、IL−4、IL−6、IFNγ、TNF−a、IL−10、IL−17A)の増加が、癌細胞の強化された殺傷と一致する免疫調節の指標となり得る。   In one embodiment, T cell activation is, for example, by direct killing of a target cell, such as a cancer cell, or by cytokine secretion, or by proliferation, or activation such as, for example, CD137, CD107a, PD1, etc. Measured by changes in marker expression. For T cells, proliferation, cell surface markers of activation (eg, CD25, CD69, CD137, PD1), cytotoxicity (ability to kill target cells), and cytokine production (eg, IL-2, IL-4) , IL-6, IFNγ, TNF-a, IL-10, IL-17A) can be an indicator of immunomodulation consistent with enhanced killing of cancer cells.

一実施形態では、NK細胞活性化は、例えば、標的細胞、例えばがん細胞の直接的な殺傷によって、またはサイトカイン分泌によって、または例えばCD107a等のような活性化マーカーの発現の変化によって測定される。NK細胞については、増殖、細胞傷害性(標的細胞を殺傷し、CD107a、グランザイム、およびパーフォリン発現を増加させる能力)、サイトカイン産生(例えば、IFNγおよびTNF)、および細胞表面受容体発現(例えば、CD25)の増加が、癌細胞の強化された殺傷と一致する免疫調節の指標となり得る。   In one embodiment, NK cell activation is measured, for example, by direct killing of a target cell, eg, a cancer cell, or by cytokine secretion, or by a change in the expression of an activation marker, eg, CD107a. . For NK cells, proliferation, cytotoxicity (ability to kill target cells and increase CD107a, granzyme, and perforin expression), cytokine production (eg, IFNγ and TNF), and cell surface receptor expression (eg, CD25) ) Increase can be an indicator of immune regulation consistent with enhanced killing of cancer cells.

一実施形態では、γδのT細胞活性化は、例えば、サイトカイン分泌によって、または増殖によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定される。   In one embodiment, T cell activation of γδ is measured, for example, by cytokine secretion, or by proliferation, or by altered expression of an activation marker.

一実施形態では、Th1細胞活性化は、例えば、サイトカイン分泌によって、または活性化マーカーの発現の変化によって測定される。   In one embodiment, Th1 cell activation is measured, for example, by cytokine secretion or by altered expression of activation markers.

活性または応答の適切な増加(または減少、上で概説したように適切なもの)は、基準試料または対照試料のいずれか、例えば、本発明の抗PVRIG抗体を含まない試験試料におけるシグナルと比べて、少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、または98〜99%パーセントの増加である。同様に、基準対象または対照試料と比較して、少なくとも1倍、2倍、3倍、4倍または5倍の増加が有効性を示す。   A suitable increase (or decrease) in activity or response, as appropriate as outlined above, is relative to the signal in either a reference sample or a control sample, eg, a test sample that does not contain an anti-PVRIG antibody of the invention. , At least 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, or 98-99% percent increase. Similarly, an increase of at least 1 fold, 2 fold, 3 fold, 4 fold or 5 fold is effective compared to a reference subject or control sample.

XI.治療
一旦製造されると、本発明の組成物は、一般に本発明の二重特異性免疫調節抗体の連結によって、一般にT細胞活性化の抑制を阻害すること(例えば、T細胞はもはや抑制されない)によって癌を治療することによって、いくつかの腫瘍学用途に使用される。
XI. Treatment Once manufactured, the composition of the invention generally inhibits suppression of T cell activation, typically by linking a bispecific immunomodulatory antibody of the invention (eg, T cells are no longer suppressed). Is used for several oncology applications by treating cancer.

したがって、本発明のヘテロ二量体組成物はこれらの癌の治療に使用される。   Accordingly, the heterodimeric compositions of the present invention are used for the treatment of these cancers.

XII.インビボ投与のための抗体組成物
本発明に従って使用される抗体の製剤は、所望の純度の抗体を任意の薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.[1980]に一般に概説されるような)と混合することによって、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で、保存用に調製される。許容される担体、緩衝剤、賦形剤、または安定剤は、使用される用量及び濃度において、レシピエントに対して非毒性でありリン酸、クエン酸、および他の有機酸などの緩衝液;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤;防腐剤(塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチル、またはベンジルアルコール;メチルまたはプロピルパラベン等のアルキルパラベン;カテコール;レゾルシノール;シクロヘキサノール;3−ペンタノール;およびm−クレゾール);低分子量(約10残基未満)ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン等のタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、リジン等のアミノ酸;単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノース、またはデキストリンを含む他の炭水化物;EDTA等のキレート剤;スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール等の糖類;ナトリウム等の塩形成対イオン;金属錯体(例えば、Zn−タンパク質錯体);および/またはTWEEN(商標)、PLURONICS(商標)またはポリエチレングリコール(PEG)等の非イオン性界面活性剤を含む。
XII. Antibody Compositions for In Vivo Administration An antibody formulation for use in accordance with the present invention may comprise an antibody of desired purity with any pharmaceutically acceptable carrier, excipient, or stabilizer (Remington's Pharmaceutical Sciences 16th prepared for storage in the form of a lyophilized formulation or an aqueous solution by mixing with (as generally outlined in edition, Osol, A. Ed. [1980]). Acceptable carriers, buffers, excipients, or stabilizers are nontoxic to recipients at the dosages and concentrations used and buffers such as phosphate, citrate, and other organic acids; Antioxidants including ascorbic acid and methionine; preservatives (octadecyldimethylbenzylammonium chloride; hexamethonium chloride; benzalkonium chloride, benzethonium chloride; phenol, butyl, or benzyl alcohol; alkyl parabens such as methyl or propylparaben; catechol Resorcinol; cyclohexanol; 3-pentanol; and m-cresol); low molecular weight (less than about 10 residues) polypeptide; protein such as serum albumin, gelatin, or immunoglobulin; hydrophilic polymer such as polyvinylpyrrolidone; glycine The Amino acids such as tamin, asparagine, histidine, arginine, lysine; monosaccharides, disaccharides and other carbohydrates including glucose, mannose, or dextrin; chelating agents such as EDTA; sugars such as sucrose, mannitol, trehalose or sorbitol; sodium Salt-forming counterions such as: metal complexes (eg, Zn-protein complexes); and / or nonionic surfactants such as TWEEN ™, PLURONICS ™ or polyethylene glycol (PEG).

投与様式
本発明の抗体および化学療法剤は、ボーラスとしての静脈内投与またはある期間にわたる持続注入などの公知の方法に従って対象に投与される。
Mode of Administration The antibodies and chemotherapeutic agents of the invention are administered to a subject according to known methods such as intravenous administration as a bolus or continuous infusion over a period of time.

治療法
本発明の方法において、治療は、疾患または病状に関して肯定的な治療応答を提供するために使用される。「肯定的な治療応答」は、疾患もしくは病状の改善、および/または疾患または病状に関連する症状の改善を意図する。例えば、肯定的な治療応答は、疾患における以下の改善のうちの1つ以上を指し得る:(1)腫瘍細胞の数の減少、(2)腫瘍細胞死の増加、(3)腫瘍細胞の生存の阻害、(5)腫瘍増殖の阻害(すなわち、ある程度の減速、好ましくは停止)、(6)患者生存率の増加、および(7)疾患または病状に関連する1つ以上の症状からのいくらかの解放。
Treatment Methods In the methods of the present invention, treatment is used to provide a positive therapeutic response with respect to a disease or condition. A “positive therapeutic response” is intended to ameliorate a disease or condition and / or ameliorate symptoms associated with the disease or condition. For example, a positive therapeutic response may refer to one or more of the following improvements in the disease: (1) decreased number of tumor cells, (2) increased tumor cell death, (3) tumor cell survival. Inhibition of (5) inhibition of tumor growth (ie, some slowing, preferably cessation), (6) increased patient survival, and (7) some from one or more symptoms associated with the disease or condition release.

任意の所与の疾患または病状における肯定的な治療応答は、その疾患または病状に特有の標準化された応答基準によって決定され得る。腫瘍応答は、磁気共鳴画像(MRI)スキャン、X線撮影、コンピューター断層撮影(CT)スキャン、骨スキャン撮影、内視鏡検査、ならびに骨髄穿刺(BMA)および循環中の腫瘍細胞の計数を含む腫瘍生検サンプリングなどのスクリーニング技法を使用して、腫瘍形態(すなわち、全身腫瘍組織量、腫瘍サイズなど)の変化について評定され得る。   A positive therapeutic response in any given disease or condition can be determined by standardized response criteria specific to that disease or condition. Tumor response includes tumors including magnetic resonance imaging (MRI) scans, radiography, computed tomography (CT) scans, bone scans, endoscopy, and bone marrow aspiration (BMA) and counting of circulating tumor cells Screening techniques such as biopsy sampling can be used to assess changes in tumor morphology (ie, whole body tumor tissue volume, tumor size, etc.).

これらの肯定的な治療応答に加えて、治療を受けている対象は、疾患に関連する症状の改善の有益な効果を経験し得る。   In addition to these positive therapeutic responses, the subject being treated may experience the beneficial effects of ameliorating symptoms associated with the disease.

本発明に従う治療には、使用される医薬品の「治療有効量」が含まれる。「治療有効量」は、所望の治療結果を達成するために、必要な用量および期間で有効な量をいう。   Treatment according to the present invention includes a “therapeutically effective amount” of the pharmaceutical agent used. “Therapeutically effective amount” refers to an amount that is effective at the doses and for periods required to achieve the desired therapeutic result.

治療有効量は、個体の疾患状態、年齢、性別、および体重、ならびに個体において所望の応答を誘発する薬剤の能力などの因子によって異なり得る。治療有効量はまた、抗体または抗体部分のいずれの毒性または有害な効果よりも治療上有益な効果が勝る量である。   A therapeutically effective amount may vary depending on factors such as the disease state, age, sex, and weight of the individual, and the ability of the agent to elicit a desired response in the individual. A therapeutically effective amount is also an amount that provides a therapeutically beneficial effect over any toxic or deleterious effect of the antibody or antibody portion.

腫瘍療法のための「治療有効量」は、疾患の進行を安定化する能力によっても測定することができる。癌を阻害する化合物の能力は、ヒト腫瘍における有効性を予測する動物モデル系において評価してもよい。   A “therapeutically effective amount” for tumor therapy can also be measured by its ability to stabilize disease progression. The ability of a compound to inhibit cancer may be evaluated in an animal model system that predicts efficacy in human tumors.

あるいは、組成物のこの特性は、当業者に知られているインビトロアッセイによって、化合物が細胞増殖を阻害するか、またはアポトーシスを誘導する能力を検査することによって評価してもよい。治療有効量の治療用化合物は、腫瘍サイズを減少させるか、さもなければ対象の症状を軽減し得る。当業者であれば、対象のサイズ、対象の症状の重症度、および選択される特定の組成物または投与経路などの因子に基づいて、そのような量を決定することができるであろう。   Alternatively, this property of the composition may be assessed by examining the ability of the compound to inhibit cell proliferation or induce apoptosis by in vitro assays known to those skilled in the art. A therapeutically effective amount of a therapeutic compound can reduce tumor size or otherwise reduce a subject's symptoms. One of ordinary skill in the art will be able to determine such amounts based on factors such as the size of the subject, the severity of the subject's symptoms, and the particular composition or route of administration selected.

投薬レジメンは、最適な所望の応答(例えば、治療応答)を提供するように調節される。例えば、単回のボーラスを投与してもよく、いくつかの分割用量を経時的に投与してもよく、または治療状況の緊急性によって示されるように用量を比例して減少または増加させてもよい。非経口組成物は、投与の容易性および投与量の均一性のために、単位剤形で処方され得る。本明細書で使用される単位剤形は、処置される対象のための単一用量として好適な物理的に別個の単位を指し、各単位は、必要とされる薬学的担体に関連して所望の治療効果を生じるように計算された所定量の活性化合物を含有する。   Dosage regimens are adjusted to provide the optimum desired response (eg, a therapeutic response). For example, a single bolus may be administered, several divided doses may be administered over time, or the dose may be reduced or increased proportionally as indicated by the urgency of the treatment situation Good. Parenteral compositions can be formulated in dosage unit form for ease of administration and uniformity of dosage. A unit dosage form as used herein refers to a physically discrete unit suitable as a single dose for the subject being treated, each unit as desired in connection with the required pharmaceutical carrier. A predetermined amount of active compound calculated to produce a therapeutic effect of

本発明の単位剤形形態の仕様は、(a)活性化合物の固有の特徴および達成すべき特定の治療効果、ならびに(b)個体における感受性の治療に対してそのような活性化合物を調合する分野に付いて回る制限に影響され、またそれらに直接的に依存する。   The specification of the unit dosage form of the present invention is the field of formulating such active compounds for (a) the unique characteristics of the active compound and the specific therapeutic effect to be achieved, and (b) the treatment of susceptibility in an individual. Is affected by and depends directly on the restrictions that follow.

本発明で使用される二重特異性抗体の効率的な投薬量および投薬レジメンは、治療される疾患または病状に依存し、当業者によって決定され得る。   The effective dosage and dosing regimen of the bispecific antibody used in the present invention will depend on the disease or condition being treated and can be determined by one skilled in the art.

本発明で使用される二重特異性抗体の治療有効量の例示的かつ非限定的な範囲は、約0.1〜100mg/kgである。   An exemplary and non-limiting range for a therapeutically effective amount of a bispecific antibody used in the present invention is about 0.1 to 100 mg / kg.

全ての引用文献は、本明細書にそれらの全体が参考として明示的に組み込まれる。   All references are expressly incorporated herein by reference in their entirety.

本発明の特定の実施形態を例示の目的で上述のように説明したが、添付の特許請求の範囲に記載の本発明から逸脱することなく詳細の多数の変形をなし得ることが当業者には理解されよう。   While particular embodiments of the present invention have been described above for purposes of illustration, those skilled in the art will recognize that numerous changes in detail may be made without departing from the invention as set forth in the appended claims. It will be understood.

VIII.実施例
本発明を説明するために実施例を以下に提供する。これらの実施例は、本発明を任意の特定の用途または動作理論に限定することを意味するものではない。本発明で論じられる全ての定常領域位置について、ナンバリングは、Kabat(Kabat et al.,1991,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.,United States Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda、参照により完全に組み込まれる)と同様のEUインデックスに従う。抗体の当業者は、この規則が免疫グロブリン配列の特定の領域における非連続的なナンバリングからなり、免疫グロブリンファミリーにおける保存された位置への標準的な基準を可能にすることを理解するであろう。したがって、EUインデックスによって定義されるような任意の所与の免疫グロブリンの位置は必ずしもその連続配列に対応しない。
VIII. EXAMPLES Examples are provided below to illustrate the present invention. These examples are not meant to limit the invention to any particular application or theory of operation. For all the constant region positions discussed in the present invention, the numbering is performed by Kabat (Kabat et al., 1991, Sequences of Proteins of Immunological Institute, 5th Ed., United States Public Health, Public Health Public Health. Follow the same EU index as fully embedded). One skilled in the art of antibodies will understand that this rule consists of non-contiguous numbering in specific regions of the immunoglobulin sequence, allowing a standard reference to a conserved position in the immunoglobulin family. . Thus, the position of any given immunoglobulin as defined by the EU index does not necessarily correspond to its contiguous sequence.

一般的および具体的な科学技術は、米国特許出願公開第2015/0307629号、第2014/0288275号、およびWO2014/145806に概説されており、これらは全て、特にその中に概説されている技術に関して、参照によりその全体が明示的に組み込まれる。   General and specific science and technology are outlined in US Patent Application Publication Nos. 2015/0307629, 2014/0288275, and WO 2014/145806, all of which relate specifically to the technology outlined therein. , Explicitly incorporated by reference in its entirety.

A.実施例1:複数の癌型からのTILがPD−1およびT細胞共刺激受容体を同時発現する
PD−1と様々なT細胞共刺激受容体との間の潜在的な関連性を調べるために、The Cancer Genome Atlasプロジェクト(TCGA)からのRNAシーケンシングデータを分析に使用した。V2 RSEMデータはFireBrowse(http://firebrowse.org/)からダウンロードした。慣例的なルーチンによってRを用いて分析を行った。PD−1の発現と8つの共刺激受容体との間の相関を、計算されたR2値(ピアソン相関係数の二乗)と共に図1に示す。データは、PD−1およびいくつかの共刺激受容体が、膀胱癌、乳癌、結腸癌、頭頸部癌、腎臓癌、肺腺腫、肺扁平上皮癌、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、および黒色腫を含む癌において共発現したことを示す。特に、TIL上のICOSの発現は、他のいくつかのcostimよりもPD−1の発現とよりよく相関している。
A. Example 1: TIL from multiple cancer types co-express PD-1 and T cell costimulatory receptors To investigate the potential relevance between PD-1 and various T cell costimulatory receptors In addition, RNA sequencing data from The Cancer Genome Atlas Project (TCGA) was used for analysis. V2 RSEM data was downloaded from FireBrowse (http://firebrowse.org/). Analysis was performed using R by routine routine. The correlation between the expression of PD-1 and the eight costimulatory receptors is shown in FIG. 1 along with the calculated R2 value (square of the Pearson correlation coefficient). Data show that PD-1 and some costimulatory receptors are bladder cancer, breast cancer, colon cancer, head and neck cancer, kidney cancer, lung adenoma, lung squamous cell carcinoma, ovarian cancer, pancreatic cancer, prostate cancer, and black Co-expressed in cancers including tumors. In particular, ICOS expression on TIL correlates better with PD-1 expression than some other costs.

B.実施例2:免疫チェックポイント抗原連結ドメイン
1.2A:抗PD−1 ABD
PD−1に連結する抗体の例は、その例示的な配列が図10に示されるE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有する二価のIgG1フォーマットで生成された。可変領域をコードするDNAを遺伝子合成によって生成し、Gibson Assembly法によって哺乳動物発現ベクターpTT5に挿入した。重鎖VH遺伝子を、上記の置換を有するヒトIgG1定常領域をコードするpTT5にギブソンアセンブリを介して挿入した。軽鎖VL遺伝子を、ヒトC?定常領域をコードするpTT5に挿入した。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトした。追加のPD−1 ABD(上記の抗体由来のものを含む)をcostim/チェックポイント二重特異性抗体に使用するためにFabおよびscFvとしてフォーマットし、その例示的な配列をそれぞれ図11および配列表に示す。
B. Example 2: Immune checkpoint antigen linking domain 1.2A: Anti-PD-1 ABD
An example of an antibody linking to PD-1 was generated in a bivalent IgG1 format with an exemplary sequence having the E233P / L234V / L235A / G236del / S267K substitution shown in FIG. DNA encoding the variable region was generated by gene synthesis and inserted into the mammalian expression vector pTT5 by the Gibson Assembly method. The heavy chain VH gene was inserted via Gibson assembly into pTT5 encoding the human IgG1 constant region with the above substitutions. The light chain VL gene is human C? It was inserted into pTT5 encoding the constant region. DNA was transfected into HEK293E cells for expression. Additional PD-1 ABDs (including those derived from the above antibodies) were formatted as Fab and scFv for use in costim / checkpoint bispecific antibodies, with exemplary sequences shown in FIG. 11 and the sequence listing, respectively. Shown in

2.2B:抗CTLA−4 ABD
CTLA−4に連結する抗体は、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有する二価IgG1フォーマットで生成された。可変領域をコードするDNAを遺伝子合成によって生成し、Gibson Assembly法によって哺乳動物発現ベクターpTT5に挿入した。重鎖VH遺伝子を、上記の置換を有するヒトIgG1定常領域をコードするpTT5にギブソンアセンブリを介して挿入した。軽鎖VL遺伝子を、ヒトC?定常領域をコードするpTT5に挿入した。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトした。追加のCTLA−4 ABD(上記の抗体由来のものを含む)をcostim/チェックポイント二重特異性抗体に使用するためにscFvとしてフォーマットし、その例示的な配列を図12および配列表に示す。
2.2B: Anti-CTLA-4 ABD
Antibodies linking to CTLA-4 were generated in a bivalent IgG1 format with E233P / L234V / L235A / G236del / S267K substitution. DNA encoding the variable region was generated by gene synthesis and inserted into the mammalian expression vector pTT5 by the Gibson Assembly method. The heavy chain VH gene was inserted via Gibson assembly into pTT5 encoding the human IgG1 constant region with the above substitutions. The light chain VL gene is human C? It was inserted into pTT5 encoding the constant region. DNA was transfected into HEK293E cells for expression. Additional CTLA-4 ABD (including those derived from the above antibodies) was formatted as scFv for use in a costim / checkpoint bispecific antibody, an exemplary sequence of which is shown in FIG. 12 and the sequence listing.

3.2C:抗LAG−3 ABD
LAG−3に連結する抗体の例は、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有する二価IgG1フォーマットで生成された。可変領域をコードするDNAを遺伝子合成によって生成し、Gibson Assembly法によって哺乳動物発現ベクターpTT5に挿入した。重鎖VH遺伝子を、上記の置換を有するヒトIgG1定常領域をコードするpTT5にギブソンアセンブリを介して挿入した。軽鎖VL遺伝子を、ヒトC?定常領域をコードするpTT5に挿入した。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトした。追加のLAG−3 ABD(上記の抗体由来のものを含む)をcostim/チェックポイント二重特異性抗体に使用するためにFabとしてフォーマットし、その例示的な配列を図13および配列表に示す。
3.2C: Anti-LAG-3 ABD
An example of an antibody linking to LAG-3 was generated in a bivalent IgG1 format with E233P / L234V / L235A / G236del / S267K substitution. DNA encoding the variable region was generated by gene synthesis and inserted into the mammalian expression vector pTT5 by the Gibson Assembly method. The heavy chain VH gene was inserted via Gibson assembly into pTT5 encoding the human IgG1 constant region with the above substitutions. The light chain VL gene is human C? It was inserted into pTT5 encoding the constant region. DNA was transfected into HEK293E cells for expression. Additional LAG-3 ABD (including those derived from the above antibodies) was formatted as a Fab for use in a costim / checkpoint bispecific antibody, an exemplary sequence of which is shown in FIG. 13 and the sequence listing.

4.2D:抗TIM−3 ABD
TIM−3に連結する抗体の例は、その例示的な配列が図14に示されるE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有する二価のIgG1フォーマットで生成された。可変領域をコードするDNAを遺伝子合成によって生成し、Gibson Assembly法によって哺乳動物発現ベクターpTT5に挿入した。重鎖VH遺伝子を、上記の置換を有するヒトIgG1定常領域をコードするpTT5にギブソンアセンブリを介して挿入した。軽鎖VL遺伝子を、ヒトC?定常領域をコードするpTT5に挿入した。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトした。上述の抗体は、costim/チェックポイント二重特異性抗体に使用するためのFabとしてフォーマットされた。
4.2D: Anti-TIM-3 ABD
An example of an antibody linking to TIM-3 was generated in a divalent IgG1 format with an exemplary sequence having the E233P / L234V / L235A / G236del / S267K substitution shown in FIG. DNA encoding the variable region was generated by gene synthesis and inserted into the mammalian expression vector pTT5 by the Gibson Assembly method. The heavy chain VH gene was inserted via Gibson assembly into pTT5 encoding the human IgG1 constant region with the above substitutions. The light chain VL gene is human C? It was inserted into pTT5 encoding the constant region. DNA was transfected into HEK293E cells for expression. The antibody described above was formatted as a Fab for use in a costim / checkpoint bispecific antibody.

5.2E:抗PD−L1 ABD
PD−L1に連結するプロトタイプ抗体は、その例示的な配列が図15に示されるE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有する二価のIgG1フォーマットで生成された。可変領域をコードするDNAを遺伝子合成によって生成し、Gibson Assembly法によって哺乳動物発現ベクターpTT5に挿入した。重鎖VH遺伝子を、上記の置換を有するヒトIgG1定常領域をコードするpTT5にギブソンアセンブリを介して挿入した。軽鎖VL遺伝子を、ヒトC?定常領域をコードするpTT5に挿入した。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトした。上述の抗体は、costim/チェックポイント二重特異性抗体に使用するためのFabおよびscFvとしてフォーマットされた。
5.2E: Anti-PD-L1 ABD
Prototype antibodies linking to PD-L1 were generated in a bivalent IgG1 format with an exemplary sequence having the E233P / L234V / L235A / G236del / S267K substitution shown in FIG. DNA encoding the variable region was generated by gene synthesis and inserted into the mammalian expression vector pTT5 by the Gibson Assembly method. The heavy chain VH gene was inserted via Gibson assembly into pTT5 encoding the human IgG1 constant region with the above substitutions. The light chain VL gene is human C? It was inserted into pTT5 encoding the constant region. DNA was transfected into HEK293E cells for expression. The antibodies described above were formatted as Fab and scFv for use in costim / checkpoint bispecific antibodies.

C.実施例3:共刺激受容体抗原連結ドメイン
ICOS、GITR、OX40、および4−1BBに連結するプロトタイプの共刺激受容体抗体を、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有する二価IgG1フォーマットで生成し、それらの配列を図16〜19に示す。可変領域をコードするDNAを遺伝子合成によって生成し、Gibson Assembly法によって哺乳動物発現ベクターpTT5に挿入した。重鎖VH遺伝子を、上記の置換を有するヒトIgG1定常領域をコードするpTT5にギブソンアセンブリを介して挿入した。軽鎖VL遺伝子を、ヒトC?定常領域をコードするpTT5に挿入した。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトした。上述の抗体は、costim/チェックポイント二重特異性抗体に使用するためのFabまたはscFvとしてフォーマットされた。
C. Example 3: Costimulatory Receptor Antigen Binding Domain Prototype costimulatory receptor antibodies linking to ICOS, GITR, OX40, and 4-1BB are in a bivalent IgG1 format with E233P / L234V / L235A / G236del / S267K substitution. And their sequences are shown in FIGS. DNA encoding the variable region was generated by gene synthesis and inserted into the mammalian expression vector pTT5 by the Gibson Assembly method. The heavy chain VH gene was inserted via Gibson assembly into pTT5 encoding the human IgG1 constant region with the above substitutions. The light chain VL gene is human C? It was inserted into pTT5 encoding the constant region. DNA was transfected into HEK293E cells for expression. The above-described antibodies were formatted as Fab or scFv for use in costim / checkpoint bispecific antibodies.

D.実施例4:安定性および親和性のための抗ICOS ABDの操作
抗ICOS抗体の親可変領域(XENP16435;図19に示す)は、ICOS×チェックポイント二重特異性抗体における構成要素として使用するために操作された。最適な親和性および安定性を有するように操作されたFv変異のライブラリーを部位特異的変異導入(QuikChange,Stratagene,Cedar Creek,Tx)またはさらなる遺伝子合成およびFab−HisおよびscFv−Hisフォーマットでのサブクローニングによって構築し、下記のように作製した。
D. Example 4: Manipulation of anti-ICOS ABD for stability and affinity The parental variable region of the anti-ICOS antibody (XENP16435; shown in FIG. 19) is for use as a component in the ICOS × checkpoint bispecific antibody. Was operated on. Library of Fv mutations engineered to have optimal affinity and stability can be site-directed mutagenesis (QuikChange, Stratagene, Cedar Creek, Tx) or further gene synthesis and in Fab-His and scFv-His formats It was constructed by subcloning and prepared as follows.

1.4A:抗ICOS Fab
変異型抗ICOS Fabのアミノ酸配列を図20に列挙する(ポリヒスチジン(His6)タグはFab重鎖のC末端から除去されている)。Fab発現に必要な2本の鎖をコードするDNAを遺伝子合成によって生成し、そして標準的な分子生物学技術を用いて発現ベクターpTT5にサブクローニングした。Fab重鎖はC末端ポリヒスチジンタグを含んでいた。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトし、得られたタンパク質をNi−NTAクロマトグラフィーを用いて上清から精製した。得られた抗ICOS Fabを安定性および親和性について分析した。
1.4A: Anti-ICOS Fab
The amino acid sequence of the mutant anti-ICOS Fab is listed in FIG. 20 (the polyhistidine (His6) tag is removed from the C-terminus of the Fab heavy chain). DNA encoding the two strands required for Fab expression was generated by gene synthesis and subcloned into the expression vector pTT5 using standard molecular biology techniques. The Fab heavy chain contained a C-terminal polyhistidine tag. DNA was transfected into HEK293E cells for expression and the resulting protein was purified from the supernatant using Ni-NTA chromatography. The resulting anti-ICOS Fab was analyzed for stability and affinity.

示差走査蛍光分析(DSF)実験は、Bio−Rad CFX ConnectリアルタイムPCR検出システムを用いて実施した。タンパク質をSYPROオレンジ蛍光色素と混合し、PBSで0.2mg/mLに希釈した。SYPROオレンジの最終濃度は10倍であった。25℃で最初の10分間のインキュベーション期間の後、タンパク質を1℃/分の加熱速度で25℃から95℃に加熱した。30秒ごとに蛍光測定を実施した。溶融温度(Tm)は機器のソフトウェアを用いて計算した。結果を図21に示す。   Differential scanning fluorescence analysis (DSF) experiments were performed using a Bio-Rad CFX Connect real-time PCR detection system. The protein was mixed with SYPRO orange fluorescent dye and diluted to 0.2 mg / mL with PBS. The final concentration of SYPRO orange was 10 times. Following the first 10 minute incubation period at 25 ° C., the protein was heated from 25 ° C. to 95 ° C. at a heating rate of 1 ° C./min. Fluorescence measurements were performed every 30 seconds. Melting temperature (Tm) was calculated using instrument software. The results are shown in FIG.

ヒトICOSに対する抗ICOS Fabの一連のアフィニティースクリーニングを、BioLayer干渉法(BLI)に基づく方法であるOctetを用いて実施した。Octetの実験工程は、一般的に以下を含んでいた:固定化(バイオセンサー上へのリガンドまたは試験試料の捕捉)、会合(対応する試験試料またはリガンドの連続希釈物を含むウェルへのリガンドまたは試験試料をコーティングしたバイオセンサーの浸漬)、試験試料の一価の親和性を決定するための解離(緩衝液を含むウェルにバイオセンサーを戻すこと)。具体的には、抗マウスFc(AMC)バイオセンサーを使用して、ICOSのマウスIgG2a Fc融合体を捕捉し、そして複数濃度の試験試料に浸漬した。得られた平衡解離定数(KD)、会合速度(ka)、および解離速度(kd)を図22〜23に提示する。連結親和性および動的速度定数は、ForteBio Octet Data Analysisソフトウェア(ForteBio)を用いて1:1連結モデルを用いて処理データを分析することによって取得した。2つの別々の実験からのデータを図22A〜Bに示す。さらなる実験では、ストレプトアビジン(SA)バイオセンサーを使用してICOS−TEV−Fc−Aviを捕捉し、試験試料に浸漬した。データを図23に示す。XENP22780、XENP22782、XENP22783、およびXENP22784を含むいくつかの変異型抗ICOS Fabは、親の可変領域を含むFab(XENP22050)と同様の親和性特性を維持しながら安定性が改善されていた。   A series of affinity screens of anti-ICOS Fabs against human ICOS were performed using Octet, a method based on BioLayer Interferometry (BLI). Octet's experimental steps generally included: immobilization (capture of ligand or test sample on biosensor), association (ligand or well into corresponding test sample or well containing serial dilutions of ligand or Immersion of the biosensor coated with the test sample), dissociation to determine the monovalent affinity of the test sample (returning the biosensor to the well containing the buffer). Specifically, an anti-mouse Fc (AMC) biosensor was used to capture ICOS mouse IgG2a Fc fusion and soak in multiple concentrations of test samples. The resulting equilibrium dissociation constant (KD), association rate (ka), and dissociation rate (kd) are presented in FIGS. Ligation affinity and dynamic rate constants were obtained by analyzing processed data using a 1: 1 ligation model using ForteBio Octet Data Analysis software (ForteBio). Data from two separate experiments are shown in Figures 22A-B. In further experiments, a streptavidin (SA) biosensor was used to capture ICOS-TEV-Fc-Avi and soak in the test sample. The data is shown in FIG. Several mutant anti-ICOS Fabs, including XENP22780, XENP22778, XENP22783, and XENP22784, had improved stability while maintaining similar affinity properties as the Fab containing the parental variable region (XENP22050).

2.4B:抗ICOS scFv
抗ICOS scFvのアミノ酸配列を図24に列挙する(ポリヒスチジン(His6)タグはscFvのC末端から除去されている)。scFvをコードするDNAを遺伝子合成によって生成し、そして標準的な分子生物学的技術を用いて発現ベクターpTT5にサブクローニングした。scFvはC末端ポリヒスチジンタグを含んでいた。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトし、得られたタンパク質をNi−NTAクロマトグラフィーを用いて上清から精製した。得られた抗ICOS scFvを上記のようにDSF実験において安定性について分析した。データを図25に示す。
2.4B: Anti-ICOS scFv
The amino acid sequence of anti-ICOS scFv is listed in FIG. 24 (the polyhistidine (His6) tag has been removed from the C-terminus of scFv). DNA encoding scFv was generated by gene synthesis and subcloned into the expression vector pTT5 using standard molecular biology techniques. The scFv contained a C-terminal polyhistidine tag. DNA was transfected into HEK293E cells for expression and the resulting protein was purified from the supernatant using Ni-NTA chromatography. The resulting anti-ICOS scFv was analyzed for stability in DSF experiments as described above. The data is shown in FIG.

E.実施例5:抗ICOS×抗PD −1二重特異性抗体
1.5A:プロトタイプのcostim/チェックポイントボトルオープナー
ボトルオープナーフォーマットにおけるcostim/チェックポイント二重特異性抗体の模式図を図2Aに示す。プロトタイプの抗GITR mAb(XENP16438)、抗OX40 mAb(XENP16437)、抗4−1BB mAb(XENP14410)、および抗ICOS mAb(XENP16435)に基づく共刺激受容体連結Fabアーム、ならびに例示的な抗PD−1 scFv(XENP19692)アームを有するプロトタイプボトルオープナーは、SEB刺激PBMCアッセイにおけるサイトカイン分泌に対するそれらの効果を調査するために産生された。配列を図26に示す。ボトルオープナー発現に必要な3本の鎖をコードするDNAを遺伝子合成によって生成し、そして標準的な分子生物学的技術を用いて発現ベクターpTT5にサブクローニングした。発現のためにHEK293E細胞にDNAトランスフェクトし、得られたタンパク質を標準的な技術を用いて精製した。
E. Example 5: Anti-ICOS x Anti-PD-1 Bispecific Antibody 1.5A: Prototype costim / checkpoint bottle opener A schematic diagram of a costim / checkpoint bispecific antibody in a bottle opener format is shown in FIG. 2A. Co-stimulatory receptor-linked Fab arms based on prototype anti-GITR mAb (XENP16438), anti-OX40 mAb (XENP16437), anti-4-1BB mAb (XENP14410), and anti-ICOS mAb (XENP16435), and exemplary anti-PD-1 Prototype bottle openers with scFv (XENP19692) arms were produced to investigate their effects on cytokine secretion in the SEB-stimulated PBMC assay. The sequence is shown in FIG. DNA encoding the three strands required for bottle opener expression was generated by gene synthesis and subcloned into the expression vector pTT5 using standard molecular biology techniques. HEK293E cells were DNA transfected for expression and the resulting protein was purified using standard techniques.

a.5A(a):プロトタイプ抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーはサイトカイン分泌を増強する
ブドウ球菌エンテロトキシンB(SEB)は、T細胞受容体(TCR)を介した活性化によって達成されるのと同様にT細胞の活性化および増殖を引き起こす超抗原である。SEBを用いたヒトPBMCの刺激は、T細胞活性化および増殖をアッセイするための一般的な方法である。PBMCを100ng/mLのSEBで2日間シミュレートした。細胞を2回洗浄し、そして20μg/mLの示された試験試料と組み合わせて100ng/mLのSEBで再刺激した。ニボルマブに基づく第1の二価抗PD−1抗体(XENP16432)、第2の二価抗PD−1 mAb(XENP19686)、および二価抗RSV mAb(XENP15074)を対照として用いた。処理の24時間後、上清をIL−2についてアッセイした。図27に示すデータは、各costim/チェックポイントボトルオープナーが、二価の抗RSV抗体と比較してサイトカイン分泌を増強したことを示している。驚くべきことに、XENP22730によるサイトカイン分泌の誘導は、二価の抗PD−1抗体単独ならびに他のプロトタイプのcostim/チェックポイントボトルオープナーによるサイトカイン分泌よりもはるかに優れており、ICOS連結の追加がサイトカイン産生を増強すること、およびICOSが、二重特異性抗体に対する他の共刺激受容体よりも優れたPD−1のパートナーであることを示す。
a. 5A (a): Prototype anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener enhances cytokine secretion Staphylococcal enterotoxin B (SEB) is achieved by activation through the T cell receptor (TCR) It is a superantigen that causes T cell activation and proliferation. Stimulation of human PBMC with SEB is a common method for assaying T cell activation and proliferation. PBMC were simulated with 100 ng / mL SEB for 2 days. Cells were washed twice and restimulated with 100 ng / mL SEB in combination with the indicated test sample at 20 μg / mL. A first bivalent anti-PD-1 antibody based on nivolumab (XENP16432), a second bivalent anti-PD-1 mAb (XENP19686), and a bivalent anti-RSV mAb (XENP15074) were used as controls. After 24 hours of treatment, the supernatant was assayed for IL-2. The data shown in FIG. 27 shows that each costim / checkpoint bottle opener enhanced cytokine secretion compared to the bivalent anti-RSV antibody. Surprisingly, induction of cytokine secretion by XENP 22730 is far superior to cytokine secretion by the bivalent anti-PD-1 antibody alone as well as other prototype costim / checkpoint bottle openers, with the addition of ICOS linkage being the cytokine We show that production is enhanced and that ICOS is a better PD-1 partner than other costimulatory receptors for bispecific antibodies.

別の実験では、20μg/mLの示された試験試料と共に0.01μg/mLのSEBで3日間、PBMCを刺激した。対照として、試験試料も未処理(非SEB刺激)PBMCと共にインキュベートした。処理3日後、上清をT細胞活性化の指標としてのIL−2分泌について評価した(図28に示す)。データは、抗PD−1二価抗体も抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーもナイーブ細胞におけるIL−2分泌を刺激しないことを示している。さらに、データは同様に、XENP20896が2価の抗PD−1抗体単独よりもIL−2分泌を増強すること、およびXENP20896が2価の組合せ(XENP16432およびXENP16435)、ならびに1アームの組み合わせ(XENP20111およびXENP20266)よりもIL−2分泌を増強することを示す。   In another experiment, PBMC were stimulated with 0.01 μg / mL SEB for 3 days with the indicated test sample at 20 μg / mL. As a control, test samples were also incubated with untreated (non-SEB stimulated) PBMC. Three days after treatment, the supernatants were evaluated for IL-2 secretion as an indicator of T cell activation (shown in FIG. 28). The data show that neither anti-PD-1 bivalent antibody nor anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener stimulates IL-2 secretion in naive cells. In addition, the data similarly indicate that XENP20896 enhances IL-2 secretion over the bivalent anti-PD-1 antibody alone, and that XENP20896 is a bivalent combination (XENP16432 and XENP16435), as well as a one-arm combination (XENP20111 and XILP20266) shows enhanced IL-2 secretion.

ICOSなどの共刺激受容体は、二価抗体または多量体化リガンドによる架橋後にのみサイトカイン産生を誘導することが以前に見出されている(Viera et al.2004、Sanmamed et al.2015)。架橋機構を考慮すると、costim×チェックポイント遮断二重特異性抗体における単一アームによる一価ICOS連結がサイトカイン産生を増強することができたことは驚くべきことである。さらに、二重特異性抗体は、二価抗ICOS mAbと組み合わせた二価抗PD−1 mAb(XENP16432+XENP16435)よりもサイトカイン分泌を増強することができたことは注目に値する。   Costimulatory receptors such as ICOS have previously been found to induce cytokine production only after cross-linking with bivalent antibodies or multimerizing ligands (Viera et al. 2004, Sannamed et al. 2015). Given the cross-linking mechanism, it is surprising that monovalent ICOS ligation by a single arm in a costim x checkpoint blocking bispecific antibody could enhance cytokine production. Furthermore, it is noteworthy that bispecific antibodies were able to enhance cytokine secretion over bivalent anti-PD-1 mAbs (XENP16432 + XENP16435) combined with bivalent anti-ICOS mAbs.

b.5A(b):PD−1およびICOS二重陽性細胞がプロトタイプ抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーにより選択的に占められている
免疫チェックポイント受容体または共刺激受容体のみを発現する非腫瘍反応性T細胞に対する、実施例1に示されるような免疫チェックポイント受容体(例えばPD−1)および共刺激受容体を同時発現する腫瘍反応性TILの選択的標的化は、抗腫瘍活性を高めつつ、一方で局所毒性を回避する(図29に示すとおり)。
b. 5A (b): PD-1 and ICOS double positive cells are selectively occupied by prototype anti-ICOS × anti-PD-1 bottle openers Non-tumor response expressing only immune checkpoint receptors or costimulatory receptors Selective targeting of tumor-reactive TIL co-expressing immune checkpoint receptors (eg PD-1) and costimulatory receptors as shown in Example 1 to sex T cells while increasing anti-tumor activity On the other hand, local toxicity is avoided (as shown in FIG. 29).

SEB刺激PBMCアッセイを用いて、抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーのT細胞への連結を調べた。PBMCを100ng/mLのSEB(ブドウ球菌エンテロトキシンB)で3日間刺激し、その後、PBMCを示された試験試料で4℃で30分間処理した。次いで、PBMCをAPC標識1アーム抗ICOS抗体およびFITC標識1アーム抗PD−1抗体と共に4℃で30分間インキュベートした。図30および31は、プロトタイプ抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナー(XENP20896)、1アーム抗ICOS抗体(XENP20266)、および1アーム抗PD−1抗体(XENP20111)の受容体の占有を示す。   The SEB-stimulated PBMC assay was used to examine the binding of anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener to T cells. PBMC were stimulated with 100 ng / mL SEB (staphylococcal enterotoxin B) for 3 days, after which PBMC were treated with the indicated test samples at 4 ° C. for 30 minutes. PBMC were then incubated with APC-labeled 1-arm anti-ICOS antibody and FITC-labeled 1-arm anti-PD-1 antibody for 30 minutes at 4 ° C. FIGS. 30 and 31 show receptor occupancy of prototype anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener (XENP20896), 1-arm anti-ICOS antibody (XENP20266), and 1-arm anti-PD-1 antibody (XENP20111).

データは、二重陽性細胞(PD−1およびICOSの両方を発現する)が、図30に示すように、抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナー(XENP20896)によって選択的に占有されることを示し、一価のICOSおよびPD−1連結が選択的標的化に有用であることを示す。さらに、抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナー(例えば、XENP20896)は、図31Aに示されるように、一価の単一特異的1アーム抗PD−1および抗ICOSよりも二重陽性細胞により強く連結する。   Data show that double positive cells (expressing both PD-1 and ICOS) are selectively occupied by anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener (XENP20896) as shown in FIG. , Indicating that monovalent ICOS and PD-1 linkages are useful for selective targeting. Furthermore, anti-ICOS × anti-PD-1 bottle openers (eg, XENP20896) are more potent in double positive cells than monovalent monospecific 1-arm anti-PD-1 and anti-ICOS, as shown in FIG. 31A. Link.

c.5A(c):プロトタイプ抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーはGVHDマウス試験において生着を促進する
プロトタイプの抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーを、NSG(NOD−SCID−ガンマ)免疫不全マウスで実施された移植片対宿主病(GVHD)モデルにおいて評価した。マウスにヒトPBMCを移植した。NSGマウスにヒトPBMCを注射すると、それらはヒトPBMCに対する自己免疫応答を発症する。免疫チェックポイント抗体(例えば抗PD−1)と共にヒトPBMCを注射したNSGマウスの処理は、生着を促進する。したがって、生着の増加は抗体の有効性を示す。
c. 5A (c): Prototype anti-ICOS x anti-PD-1 bottle opener promotes engraftment in GVHD mouse test Prototype anti-ICOS x anti-PD-1 bottle opener is tested in NSG (NOD-SCID-gamma) immunodeficient mice Evaluated in a performed graft versus host disease (GVHD) model. Mice were transplanted with human PBMC. When NSG mice are injected with human PBMC, they develop an autoimmune response against human PBMC. Treatment of NSG mice injected with human PBMC with an immune checkpoint antibody (eg, anti-PD-1) promotes engraftment. Thus, increased engraftment indicates the effectiveness of the antibody.

1000万個のヒトPBMCを、0日目にIV−OSPを介してNSGマウスに移植し、続いて1、8、15、および22日目に示された試験試料を投与した。ヒトCD45+細胞数を14日目に疾患の指標として測定した。   Ten million human PBMCs were transplanted into NSG mice via IV-OSP on day 0, followed by administration of the test samples indicated on days 1, 8, 15, and 22. The number of human CD45 + cells was measured on day 14 as an indicator of disease.

図Aに示されるデータは、抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーが、対照(PBSおよびPBS+PBMC)と比較して、ヒトPBMC移植NSGマウスにおけるCD45+細胞の増殖を増強することを示す。さらに、本発明の抗体を用いると、二価の抗PD−1抗体で見られるものよりも増強が大きい。   The data shown in FIG. A shows that anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener enhances CD45 + cell proliferation in human PBMC transplanted NSG mice compared to controls (PBS and PBS + PBMC). Furthermore, using the antibodies of the present invention, the enhancement is greater than that seen with bivalent anti-PD-1 antibodies.

2.5B:最適化された抗ICOS Fabアームを有する変異型抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーの産生
実施例4Aに記載されているように操作された抗ICOS Fabを含む変異型抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーを、概して上記のように産生した。変異型抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーのアミノ酸配列を図32に列挙する。FcRn pH6.0の親和性増強置換を有する変異型抗ICOS×抗PD−1のアミノ酸配列を図33に列挙する。
2.5B: Production of mutant anti-ICOS with optimized anti-ICOS Fab arm x anti-PD-1 bottle opener Mutant anti-ICOS with anti-ICOS Fab engineered as described in Example 4A Anti-PD-1 bottle openers were produced generally as described above. The amino acid sequence of the mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener is listed in FIG. The amino acid sequence of mutant anti-ICOS × anti-PD-1 having an affinity enhancing substitution of FcRn pH 6.0 is listed in FIG.

得られた抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体を、一般に上記のようにOctetを用いてヒトおよびカニクイザルのICOSに対する親和性について分析した。第1セットの実験では、AMCバイオセンサーを用いてICOSのマウスIgG2a Fc融合体を捕捉し、そして複数濃度の試験試料に浸漬した(データを図34に示す)。さらなる実験では、ストレプトアビジン(SAまたはSAX)バイオセンサーを使用して、ヒトおよびカニクイザルICOSのビオチン化のヒトおよびカニクイザルIgG1 Fc融合物を捕捉し、複数濃度の試験試料に浸漬した(データを図35に示す)。   The resulting anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody was analyzed for affinity for human and cynomolgus monkey ICOS using Octet as generally described above. In the first set of experiments, an AMC biosensor was used to capture mouse IgG2a Fc fusion of ICOS and soak in multiple concentrations of test samples (data shown in FIG. 34). In further experiments, a streptavidin (SA or SAX) biosensor was used to capture human and cynomolgus ICOS biotinylated human and cynomolgus IgG1 Fc fusions and soaked in multiple concentrations of test samples (data shown in FIG. 35). To show).

3.5C:変異型抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーのT細胞表面連結
T細胞への抗ICOS×抗PD−1二重特異性の連結を、SEB刺激PBMCアッセイで測定した。ヒトPBMCを100ng/mLのSEBで3日間刺激した。次いでPBMCを示された試験物試料で処理し、そして4℃で30分間インキュベートした。処理後、細胞をFITC標識抗CD3抗体およびAPC標識抗ヒトIgG Fc二次抗体と共にインキュベートした。CD3+細胞上のMFIを図36A〜Bに示す。
3.5C: T cell surface ligation of mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener Anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific ligation to T cells was measured by SEB-stimulated PBMC assay. Human PBMC were stimulated with 100 ng / mL SEB for 3 days. PBMC were then treated with the indicated test article samples and incubated at 4 ° C. for 30 minutes. After treatment, cells were incubated with FITC-labeled anti-CD3 antibody and APC-labeled anti-human IgG Fc secondary antibody. The MFI on CD3 + cells is shown in FIGS.

4.5D:T細胞上の変異型抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーの受容体占有
T細胞上の変異型抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーの受容体占有をSEB刺激PBMCアッセイで測定した。PBMCを100ng/mLのSEB(ブドウ球菌エンテロトキシンB)で3日間刺激し、その後、PBMCを示された試験試料で4℃で30分間処理した。次いで、PBMCをAPC標識1アーム抗ICOS抗体およびFITC標識1アーム抗PD−1抗体と共に4℃で30分間インキュベートした。図37は、PD−1およびICOS二重陽性T細胞における、変異型抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体、対応する1アーム抗ICOS抗体および1アーム抗PD−1抗体(XENP20111)の受容体占有を示す。実施例1Aで調べたプロトタイプ抗体と一致して、ボトルオープナーの各々は、一価の単一特異性1アーム抗PD−1抗体および1アーム抗ICOS抗体よりも二重陽性細胞により強く連結する。
4.5D: Receptor occupancy of mutant anti-ICOS x anti-PD-1 bottle opener on T cells Receptor occupancy of mutant anti-ICOS x anti-PD-1 bottle opener on T cells was measured by SEB-stimulated PBMC assay. . PBMC were stimulated with 100 ng / mL SEB (staphylococcal enterotoxin B) for 3 days, after which PBMC were treated with the indicated test samples at 4 ° C. for 30 minutes. PBMC were then incubated with APC-labeled 1-arm anti-ICOS antibody and FITC-labeled 1-arm anti-PD-1 antibody for 30 minutes at 4 ° C. FIG. 37 shows the mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody, the corresponding 1-arm anti-ICOS antibody and 1-arm anti-PD-1 antibody (XENP20111) in PD-1 and ICOS double positive T cells. Shows receptor occupancy. Consistent with the prototype antibody examined in Example 1A, each of the bottle openers binds more strongly to double positive cells than the monovalent monospecific 1-arm anti-PD-1 antibody and 1-arm anti-ICOS antibody.

5.5E:サイトカイン放出アッセイにおける変異型抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーのインビトロ活性
ヒトPBMCを100ng/mLのSEBで2日間刺激した。細胞を洗浄し、そして20μg/mLの示された試験試料と組み合わせて100ng/mLのSEBで再刺激した。処理の24時間後、細胞をIL−2(図38A)およびIFN?についてアッセイした。(図38B)。データは、抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーが、二価抗PD−1抗体(XENP16432)単独、二価抗ICOS抗体(XENP16435)単独、または二価抗PD−1抗体と2価の抗ICOS抗体を組み合わせたものよりも顕著により多くのサイトカイン放出を刺激したことを示す。
5.5E: In vitro activity of mutant anti-ICOS x anti-PD-1 bottle opener in cytokine release assay. Human PBMC were stimulated with 100 ng / mL SEB for 2 days. Cells were washed and restimulated with 100 ng / mL SEB in combination with the indicated test sample at 20 μg / mL. After 24 hours of treatment, cells were treated with IL-2 (FIG. 38A) and IFN? Assayed for. (FIG. 38B). Data show that anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener is bivalent anti-PD-1 antibody (XENP16432) alone, bivalent anti-ICOS antibody (XENP16435) alone, or bivalent anti-PD-1 antibody and bivalent anti-ICOS It shows that significantly more cytokine release was stimulated than the antibody combination.

さらなる実験において、ヒトPBMCを100ng/mLのSEBで2日間刺激した。細胞を洗浄し、そして20μg/mLの示された試験試料と組み合わせて100ng/mLのSEBで再刺激した。処理の24時間後、細胞をIL−2(図39A)およびIFN?についてアッセイした。(図39B)。   In further experiments, human PBMC were stimulated with 100 ng / mL SEB for 2 days. Cells were washed and restimulated with 100 ng / mL SEB in combination with the indicated test sample at 20 μg / mL. After 24 hours of treatment, the cells were treated with IL-2 (FIG. 39A) and IFN? Assayed. (FIG. 39B).

6.5F:GVHDマウス試験における変異型抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーのインビボ活性
最初の試験では、1000万個のヒトPBMCを、0日目にIV−OSPを介してNSGマウスに移植し、続いて1日目に示された試験試料を投与した。7日目、11日目および14日目に、IFN?レベル、ならびにヒトCD45+、CD8+のT細胞およびCD4+のT細胞数を測定した。図40A〜Bはそれぞれ7日目および11日目のIFN?レベルを示す。図41A〜Bはそれぞれ、11日目および14日目のCD45+細胞数を示す。図42A〜Bはそれぞれ、14日目のCD8+T細胞およびCD4+T細胞数を示す。図43は、T細胞増殖およびIFN?産生に起因するGVHDの悪化から生じる14日目までのマウスの体重の変化を示す。
6.5F: In Vivo Activity of Mutant Anti-ICOS x Anti-PD-1 Bottle Opener in GVHD Mouse Study In the first study, 10 million human PBMCs were transplanted on day 0 via IV-OSP to NSG mice. Subsequently, the test sample indicated on day 1 was administered. On the 7th, 11th and 14th days, IFN? Levels and numbers of human CD45 +, CD8 + T cells and CD4 + T cells were measured. 40A-B show the IFN on the 7th and 11th days, respectively? Indicates the level. 41A-B show the number of CD45 + cells on day 11 and day 14, respectively. 42A-B show the number of CD8 + T cells and CD4 + T cells on day 14, respectively. FIG. 43 shows T cell proliferation and IFN? Figure 7 shows the change in body weight of mice up to day 14 resulting from GVHD deterioration due to production.

追加の変異型抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーを用いたさらなる試験では、0日目に1000万個のヒトPBMCをIV−OSPを介してNSGマウスに移植し、続いて1日目に示された濃度で示された試験試料を投与した。7日目および14日目に、IFNγレベル、ならびにヒトCD45+、CD8+のT細胞およびCD4+のT細胞数を測定した。図44A〜Bはそれぞれ7日目および14日目のIFN?レベルを示す。図45は、14日目のCD45+細胞数を示す。図46A〜Cはそれぞれ、14日目のCD8+T細胞数、CD4+T細胞数、およびCD8+/CD4+の比率を示す。マウスの体重もまた、12日目および15日目に測定し、それぞれ図47A〜Bに初期体重の割合として示した。   In a further study with additional mutant anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener, 10 million human PBMCs were transplanted via IV-OSP into NSG mice on day 0, followed by day 1 Test samples indicated at the indicated concentrations were administered. On days 7 and 14, IFNγ levels and human CD45 +, CD8 + T cells and CD4 + T cell numbers were measured. 44A-B show the IFN on day 7 and 14 respectively? Indicates the level. FIG. 45 shows the number of CD45 + cells on day 14. FIGS. 46A-C show the CD8 + T cell count, CD4 + T cell count, and CD8 + / CD4 + ratio on day 14, respectively. Mouse body weights were also measured on day 12 and day 15 and are shown as percentages of initial body weight in Figures 47A-B, respectively.

図は、抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーが生着を増強することを示す(CD45+細胞、CD8+T細胞およびCD4+T細胞の増殖およびマウスの体重の減少によって示されるように)。観察された活性は各変異のインビトロ効力と相関している。さらに、XENP20896、XENP22744、XENP23092、XENP22730、XENP23104、XENP22974、およびXENP23411を含むいくつかのボトルオープナーは、対照の二価抗PD−1抗体(XENP16432)よりもはるかに生着を増強する。   The figure shows that anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener enhances engraftment (as shown by proliferation of CD45 + cells, CD8 + T cells and CD4 + T cells and weight loss of mice). The observed activity correlates with the in vitro potency of each mutation. In addition, several bottle openers including XENP20896, XENP22744, XENP23092, XENP22730, XENP23104, XENP22974, and XENP23411 enhance engraftment far more than the control bivalent anti-PD-1 antibody (XENP16432).

7.5G:さらなる抗ICOS ABDが抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーで機能する
概して上記のように実施例3に記載の他の抗ICOS ABDに基づく抗ICOS Fabを含むさらなる抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーを産生した。さらなるボトルオープナーのための配列を図48に示す。
7.5G: Further anti-ICOS ABD functions with anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener Additional anti-ICOS × anti-PD comprising anti-ICOS Fabs based on other anti-ICOS ABDs as described in Example 3 generally as described above. -1 bottle opener was produced. An arrangement for a further bottle opener is shown in FIG.

最初の実験では、PBMCを100ng/mLのSEBで2日間刺激した。細胞を2回洗浄し、そして20μg/mLの示された試験試料(対照としてのPBS)と組み合わせて100ng/mLのSEBで再刺激した。処理の24時間後、図49に示されるように、上清をIL−2濃度についてアッセイした。第2の実験では、PBMCを10ng/mLのSEBで刺激し、20μg/mLの示された試験試料で3日間処理した(対照として二価抗PD−1XENP16432)。上清を回収し、そしてIL−2についてアッセイした。図50は、二価抗RSV mAbに対するIL−2の誘導倍率を示す。   In the first experiment, PBMC were stimulated with 100 ng / mL SEB for 2 days. Cells were washed twice and restimulated with 100 ng / mL SEB in combination with 20 μg / mL indicated test sample (PBS as a control). After 24 hours of treatment, the supernatants were assayed for IL-2 concentration as shown in FIG. In a second experiment, PBMC were stimulated with 10 ng / mL SEB and treated with 20 μg / mL of the indicated test sample for 3 days (bivalent anti-PD-1XENP16432 as a control). The supernatant was collected and assayed for IL-2. FIG. 50 shows the induction factor of IL-2 against bivalent anti-RSV mAb.

実施例5A(a)のデータと一致して、XENP20896はIL−2の分泌を刺激した。特に、代替の抗ICOS ABDを含むさらなるボトルオープナーはまた、IL−2の分泌を刺激することができ、抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーによるサイトカイン分泌の増強は、実施例4に記載の親の抗ICOS ABDに由来するABDに特有ではないことを実証する。   Consistent with the data in Example 5A (a), XENP20896 stimulated IL-2 secretion. In particular, additional bottle openers containing alternative anti-ICOS ABDs can also stimulate IL-2 secretion, and enhancement of cytokine secretion by anti-ICOS × anti-PD-1 bottle openers can be achieved using the parent described in Example 4. To demonstrate that it is not unique to ABD derived from the anti-ICOS ABD.

8.5H:抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーにより明確なICOSの徴候が示される
a.5H(a):抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体はAKTリン酸化を誘導する
ICOS連結は活性化T細胞においてAKTリン酸化を誘導し(Fos,C et al.2008)、そしてそれ自体、AKTリン酸化は本発明の抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体によるICOSアゴニズムの指標となるであろう。
8.5H: Anti-ICOS x anti-PD-1 bottle opener shows clear signs of ICOS a. 5H (a): anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody induces AKT phosphorylation ICOS ligation induces AKT phosphorylation in activated T cells (Fos, C et al. 2008) and As such, AKT phosphorylation will be an indicator of ICOS agonism by the anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody of the present invention.

ヒトPBMCを100ng/mLのSEBで2日間刺激した。刺激後、CD3+細胞をEasySep(商標)ヒトT細胞濃縮キット(STEMCELL Technologies,Vancouver,Canada)を用いたネガティブセレクションにより単離し、次いでプレート連結抗CD3抗体(OKT3、500ng/mL)と組み合わせて示された試験試料で処理した。細胞を処理の30分後に溶解し、MULTI−SPOT 384ウェルスポットプレート(Meso Scale Discovery,Rockville,Md.)上の多重リン酸化タンパク質アッセイによって総AKTおよびリン酸化AKT(Ser473)についてアッセイした。処理後にリン酸化されたAKTの百分率としてデータを図51に示す。   Human PBMC were stimulated with 100 ng / mL SEB for 2 days. After stimulation, CD3 + cells were isolated by negative selection using EasySep ™ human T cell enrichment kit (STEMCELL Technologies, Vancouver, Canada) and then shown in combination with plate-linked anti-CD3 antibody (OKT3, 500 ng / mL) The test sample was treated. Cells were lysed 30 minutes after treatment and assayed for total AKT and phosphorylated AKT (Ser473) by multiple phosphorylated protein assay on MULTI-SPOT 384 well spot plates (Meso Scale Discovery, Rockville, Md.). Data is shown in FIG. 51 as the percentage of AKT phosphorylated after treatment.

データは、陰性対照二価抗PD−1 mAb(XENP16432)による処理後のAKTリン酸化の増加を示さない。二価抗ICOS mAb単独(XENP16435)およびXENP16432と組み合わせたXENP16435の両方がAKTリン酸化を増加させ、これはICOS連結およびXENP16435によるアゴニズムを実証する。驚くべきことに、ICOSの一価の連結のみにもかかわらず、抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体による処理は、XENP16435単独およびXENP16435とXENP16432との組み合わせによる処理よりも多くのAKTリン酸化を誘導する。正のAKTリン酸化データは、ICOSの一価の連結にもかかわらず、二重特異性抗体とのICOS活性の明確な徴候を実証する。   The data does not show an increase in AKT phosphorylation after treatment with the negative control bivalent anti-PD-1 mAb (XENP16432). Both the bivalent anti-ICOS mAb alone (XENP16435) and XENP16435 in combination with XENP16432 increased AKT phosphorylation, demonstrating ICOS ligation and agonism by XENP16435. Surprisingly, despite only monovalent linkage of ICOS, treatment with anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody resulted in more AKT phosphorus than treatment with XENP16435 alone and XENP16435 and XENP16432. Induces oxidation. Positive AKT phosphorylation data demonstrates a clear indication of ICOS activity with the bispecific antibody despite the monovalent linkage of ICOS.

b.5H(b):抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーにより上方制御された活性化Tヘルパー細胞関連遺伝子
Guedan et al.(2014)は、ICOSシグナル伝達ドメインに基づくCAR−Tsの活性化後の活性化ヘルパーT細胞(すなわちTh1、Th2、およびTh17)および制御性T細胞(Treg)の遺伝子発現プロファイルを記載している。彼らは、IL−17A、IL22、IFN?、TNF、およびIL−13などの活性化Tヘルパー細胞に関連する遺伝子が上方制御されたのに対して、TGFβ1、SMAD3、およびFOXP3などのTreg関連遺伝子は不変または下方制御されたことを見出した。
b. 5H (b): activated T helper cell-related gene upregulated by anti-ICOS × anti-PD-1 bottle opener Guedan et al. (2014) describes gene expression profiles of activated helper T cells (ie Th1, Th2, and Th17) and regulatory T cells (Treg) after activation of CAR-Ts based on the ICOS signaling domain. . Are they IL-17A, IL22, IFN? We found that genes associated with activated T helper cells such as TNF, TNF, and IL-13 were upregulated, whereas Treg-related genes such as TGFβ1, SMAD3, and FOXP3 were unchanged or downregulated .

T細胞と本発明の抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体との連結が同様の徴候をもたらしたかどうかを調べるために、我々はNanostring技術を使用した。PBMCを100ng/mLのSEBで2日間刺激した。細胞を2回洗浄し、そして100ng/mLのSEBで再刺激し、そして示された試験試料で24時間処理した。RNAを細胞から抽出し、免疫応答を包含する770個の標的遺伝子をアッセイするnCounter(登録商標)PanCancer Immune Profiling Panel(NanoString Technologies,Seattle,Wash.)によってアッセイした。図52は、二価抗RSV抗体に対する、いくつかのTh関連遺伝子およびTreg関連遺伝子の発現における平均誘導倍率を示す。図53A〜Fはそれぞれ、IL−17A、IL−17F、IL−22、IL−10、IL−9、およびIFN?の、二価抗RSV mAbによる誘導を超える、示された試験試料による遺伝子発現の誘導倍率を示す。   In order to determine whether ligation of T cells with the anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody of the present invention resulted in similar symptoms, we used Nanostring technology. PBMC were stimulated with 100 ng / mL SEB for 2 days. Cells were washed twice and restimulated with 100 ng / mL SEB and treated with the indicated test samples for 24 hours. RNA was extracted from the cells and assayed by nCounter® PanCancer Immunoprofiling Panel (NanoString Technologies, Seattle, Wash.), Which assayed 770 target genes including immune responses. FIG. 52 shows the mean fold induction in the expression of several Th-related and Treg-related genes for bivalent anti-RSV antibodies. 53A-F show IL-17A, IL-17F, IL-22, IL-10, IL-9, and IFN, respectively? Shows the fold induction of gene expression by the indicated test sample over that induced by the bivalent anti-RSV mAb.

図52〜53に示すように、そしてGueden et al.による観察と一致して、IL−17A、IL−17F、IL−22、IL−9、およびIFN?のようなICOSシグナル伝達に関連するTh関連遺伝子は、二価抗ICOS mAbならびに抗ICOSおよび抗PD−1 mAbの組合せでの処理後に上方制御される。特に、ICOSシグナル伝達に関連するTh関連遺伝子の発現は、抗ICOS×抗PD−1抗体での処理後にさらに上方制御され、これもまた、明らかなICOS共刺激徴候および二重特異性抗体による抗ICOSおよび抗PD−1の連結の劇的な相乗作用を示す。   As shown in FIGS. 52-53 and Gueden et al. Consistent with observations by IL-17A, IL-17F, IL-22, IL-9, and IFN? Th-related genes related to ICOS signaling such as are up-regulated after treatment with bivalent anti-ICOS mAb and combinations of anti-ICOS and anti-PD-1 mAbs. In particular, the expression of Th-related genes associated with ICOS signaling is further upregulated after treatment with anti-ICOS × anti-PD-1 antibody, which is also evident by anti-ICOS costimulatory signs and anti-bispecific antibodies. Shows a dramatic synergy of ICOS and anti-PD-1 ligation.

9.5I:代替的なフォーマットの抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体
抗ICOS×抗PD−1ボトルオープナーの効果がボトルオープナーフォーマットに固有のものであるか、または抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体に広く適用可能であるかを調べるために、代替的なフォーマットのcostim/チェックポイント二重特異性抗体を産生した。
9.5I: Alternative format anti-ICOS x anti-PD-1 bispecific antibody The effect of anti-ICOS x anti-PD-1 bottle opener is specific to the bottle opener format or anti-ICOS x anti-PD An alternative format costim / checkpoint bispecific antibody was produced to see if it was widely applicable to -1 bispecific antibodies.

a.5I(a):抗PD−1×抗ICOSボトルオープナー
実施例2Aに記載の抗PD−1 mAb(例えばXENP16432およびXENP29120)および実施例4Bに記載の抗ICOS scFvをコードするDNAを用いて生成した抗PD−1 Fabを有する抗PD−1×抗ICOSボトルオープナーを生成した。実施例5Aに概して記載されているようにボトルオープナーを産生した。例示的な抗PD−1×抗ICOSボトルオープナーの配列を図56に示す。
a. 5I (a): anti-PD-1 × anti-ICOS bottle opener Produced using anti-PD-1 mAbs as described in Example 2A (eg, XENP16432 and XENP29120) and DNA encoding anti-ICOS scFv as described in Example 4B An anti-PD-1 × anti-ICOS bottle opener with anti-PD-1 Fab was generated. A bottle opener was produced as generally described in Example 5A. An exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS bottle opener array is shown in FIG.

b.5I(b):中央−scFv
中央−scFvフォーマットの概略図は図55A〜Bに示される。抗ICOS Fab−Fc重鎖をコードするDNAは、実施例4Aに記載の抗ICOS FabをコードするDNAを用いて、発現ベクターpTT5への標準的なサブクローニングによって生成した。実施例4Aに記載の抗ICOS Fabおよび実施例2Aに記載の抗PD−1 scFvをコードするDNAを遺伝子合成および標準的な発現ベクターpTT5へのサブクローニングの組み合わせによって使用して、抗ICOS−抗PD−1 Fab−scFv−Fc重鎖をコードするDNAを生成した。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトした。例示的な抗ICOS×抗PD−1中央−scFv抗体の配列を図57に示す。
b. 5I (b): center-scFv
A schematic of the center-scFv format is shown in FIGS. DNA encoding the anti-ICOS Fab-Fc heavy chain was generated by standard subcloning into the expression vector pTT5 using the DNA encoding the anti-ICOS Fab described in Example 4A. The anti-ICOS Fab described in Example 4A and the DNA encoding the anti-PD-1 scFv described in Example 2A were used by a combination of gene synthesis and subcloning into the standard expression vector pTT5 to produce anti-ICOS-anti-PD. A DNA encoding the -1 Fab-scFv-Fc heavy chain was generated. DNA was transfected into HEK293E cells for expression. The sequence of an exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 middle-scFv antibody is shown in FIG.

c.5I(c):中央−scFv2
中央−scFv2フォーマットの概略図を図55Cに示す。実施例4Aに記載の抗ICOS Fabおよび実施例2Aに記載の抗PD−1 scFvをコードするDNAを用いて、遺伝子合成および標準的な発現ベクターpTT5へのサブクローニングの組み合わせによって、抗ICOS−抗PD−1 Fab−scFv−Fc重鎖をコードするDNAを生成した。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトした。例示的な抗ICOS×抗PD−1中央−scFv2抗体の配列を図58に示す。
c. 5I (c): middle-scFv2
A schematic of the center-scFv2 format is shown in FIG. 55C. Using a combination of gene synthesis and subcloning into the standard expression vector pTT5 using the anti-ICOS Fab described in Example 4A and the DNA encoding the anti-PD-1 scFv described in Example 2A, anti-ICOS-anti-PD A DNA encoding the -1 Fab-scFv-Fc heavy chain was generated. DNA was transfected into HEK293E cells for expression. The sequence of an exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 middle-scFv2 antibody is shown in FIG.

d.5I(d):二重特異性mAb
二重特異性mAbフォーマットの模式図は図2Kとして示される。抗ICOS重鎖および軽鎖をコードするDNAは、実施例に記載の抗ICOS FabをコードするDNAに基づいて生成され、抗PD−1重鎖および軽鎖をコードするDNAは、実施例2Aに記載の抗PD−1 mAbをコードするDNAに基づいて生成された。重鎖VH遺伝子を、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有するヒトIgG1定常領域をコードするpTT5にギブソンアセンブリを介して挿入した。軽鎖VL遺伝子を、ヒトC?定常領域をコードするpTT5に挿入した。
d. 5I (d): Bispecific mAb
A schematic diagram of the bispecific mAb format is shown as FIG. 2K. DNA encoding anti-ICOS heavy and light chains is generated based on DNA encoding anti-ICOS Fab as described in the Examples, and DNA encoding anti-PD-1 heavy and light chains is described in Example 2A. Produced based on DNA encoding the described anti-PD-1 mAb. The heavy chain VH gene was inserted via Gibson assembly into pTT5 encoding a human IgG1 constant region with E233P / L234V / L235A / G236del / S267K substitution. The light chain VL gene is human C? It was inserted into pTT5 encoding the constant region.

2つの別個の抗体としての発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトし、プロテインAアフィニティー(GE Healthcare)によって精製した。これらの抗体は、CH3:CH3界面にヘテロ二量体化−スキュー置換を含む。2−メルカプトエチルアミン−HCl(2−MEA)を用いて、2つの親IgGにおける鎖間ジスルフィド連結の制御された還元を誘導した。次いで、2−MEAを除去して鎖間ジスルフィド連結の再酸化を生じさせ、HC−LC対の再連結を可能にした(ヘテロ二量体化変異によって駆動された)。最後に、三重特異性抗体を陽イオン交換クロマトグラフィーにより精製した。そのような方法は当該技術分野において一般的である(例えば、Labrijn(2013)PNAS110(13):5145−50またはStrop et al.(2012)J Mol Biol 420(3):204−19を参照されたい)。当該分野で公知の他の設計および精製方法を使用して、二重特異性mAb産生、例えば、一般的な軽鎖抗体(Merchant(1998)Nat Biotechnol 16(7):677〜81)またはヘテロ二量体Fabドメイン(Lewis et al.(2014)Nat Biotechnol 32(2):191−8)の産生を促進できる。例示的な抗PD−1×抗ICOS二重特異性mAbの配列を図59に示す。   DNA was transfected into HEK293E cells for expression as two separate antibodies and purified by protein A affinity (GE Healthcare). These antibodies contain a heterodimerization-skew substitution at the CH3: CH3 interface. 2-mercaptoethylamine-HCl (2-MEA) was used to induce controlled reduction of interchain disulfide linkages in the two parent IgGs. 2-MEA was then removed, resulting in re-oxidation of the interchain disulfide linkage, allowing re-ligation of the HC-LC pair (driven by a heterodimerization mutation). Finally, the trispecific antibody was purified by cation exchange chromatography. Such methods are common in the art (see, eg, Labrijn (2013) PNAS110 (13): 5145-50 or Strop et al. (2012) J Mol Biol 420 (3): 204-19). Wanna) Other design and purification methods known in the art can be used to produce bispecific mAbs such as common light chain antibodies (Merchant (1998) Nat Biotechnol 16 (7): 677-81) or heterobiotics. Production of the monomeric Fab domain (Lewis et al. (2014) Nat Biotechnol 32 (2): 191-8) can be promoted. The sequence of an exemplary anti-PD-1 × anti-ICOS bispecific mAb is shown in FIG.

e.5I(e):DVD−IgG
DVD−IgGフォーマットの概略図は図55Eに示す。抗PD−1−抗ICOS VH−VH−CH1−Fc重鎖およびVL−VL−C?軽鎖をコードするDNAは、実施例4Aに記載の抗ICOS Fabおよび実施例2Aに記載の抗PD−1 scFvをコードするDNAを用いて、遺伝子合成および発現ベクターpTT5への標準的なサブクローニングの組み合わせにより生成した。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトした。例示的な抗ICOS×抗PD−1 DVD−IgGの配列を図60に示す。
e. 5I (e): DVD-IgG
A schematic diagram of the DVD-IgG format is shown in FIG. 55E. Anti-PD-1-anti-ICOS VH-VH-CH1-Fc heavy chain and VL-VL-C? The DNA encoding the light chain can be obtained by standard subcloning into the gene synthesis and expression vector pTT5 using DNA encoding the anti-ICOS Fab described in Example 4A and the anti-PD-1 scFv described in Example 2A. Generated by combination. DNA was transfected into HEK293E cells for expression. An exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 DVD-IgG sequence is shown in FIG.

f.5I(f):トライデント
トライデントフォーマットの概略図を図55Fに示す。抗PD−1 VL−VH−Fc重鎖およびVL−VH軽鎖をコードするDNAは、実施例4Aに記載の抗ICOS Fabおよび実施例2Aに記載の抗PD−1 scFvをコードするDNAを用いて、遺伝子合成および発現ベクターpTT5への標準的なサブクローニングの組み合わせにより生成した。発現のためにDNAをHEK293E細胞にトランスフェクトした。例示的な抗ICOS×抗PD−1トライデントの配列を図61に示す。
f. 5I (f): Trident A schematic diagram of the trident format is shown in FIG. 55F. The DNA encoding the anti-PD-1 VL-VH-Fc heavy chain and VL-VH light chain is the DNA encoding the anti-ICOS Fab described in Example 4A and the anti-PD-1 scFv described in Example 2A. Generated by a combination of gene synthesis and standard subcloning into the expression vector pTT5. DNA was transfected into HEK293E cells for expression. An exemplary anti-ICOS × anti-PD-1 trident array is shown in FIG.

g.5I(g):代替的なフォーマットの抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体はサイトカイン分泌を増強する
ヒトPBMCを200ng/mLのSEBで2日間刺激した。細胞を2回洗浄し、そして示された濃度の示された試験試料と組み合わせて100ng/mLのSEBで再刺激した。処理の24時間後、上清をIL−2についてアッセイした。データを図62に示しており、代替的なフォーマットの二重特異性抗体の各々は二価の抗RSV(XENP15074)対照と比較してIL−2分泌を増強することを示している。特に、これらの代替的なフォーマットの抗体の大部分は、二価の抗PD−1抗体と比較してIL−2分泌を増強する。
g. 5I (g): An alternative format of anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody enhances cytokine secretion Human PBMC were stimulated with 200 ng / mL SEB for 2 days. Cells were washed twice and restimulated with 100 ng / mL SEB in combination with the indicated test samples at the indicated concentrations. After 24 hours of treatment, the supernatant was assayed for IL-2. The data is shown in FIG. 62, showing that each of the alternative format bispecific antibodies enhances IL-2 secretion compared to the bivalent anti-RSV (XENP15074) control. In particular, the majority of these alternative format antibodies enhance IL-2 secretion compared to bivalent anti-PD-1 antibodies.

F.実施例6:異なる免疫チェックポイント抗原を標的とするCostim/チェックポイント二重特異性抗体
1.6A:抗CTLA−4×抗ICOS
XENP16435由来の抗ICOS Fabおよび実施例2Bに記載のABD由来の抗CTLA−4 scFvを用いて抗CTLA−4×抗ICOSボトルオープナーを産生した。例示的な抗ICOS×抗CTLA−4ボトルオープナーの配列を図63に示す。実施例5I(c)に概して記載されているように二重特異性mAbを産生した。
F. Example 6: Costim / Checkpoint Bispecific Antibody Targeting Different Immune Checkpoint Antigen 1.6A: Anti-CTLA-4x Anti-ICOS
An anti-CTLA-4 × anti-ICOS bottle opener was produced using the anti-ICOS Fab from XENP16435 and the anti-CTLA-4 scFv from ABD described in Example 2B. An exemplary anti-ICOS × anti-CTLA-4 bottle opener array is shown in FIG. Bispecific mAbs were produced as generally described in Example 5I (c).

2.6B:抗LAG−3×抗ICOS
実施例2Cに記載のABD由来の抗LAG−3 FabおよびXENP16435由来の抗ICOS Fabを用いて、抗LAG−3×抗ICOS二重特異性抗体を産生した。例示的な抗LAG−3×抗ICOS二重特異性抗体の配列は図64に描かれている。実施例5I(c)に概して記載されているように二重特異性mAbを製造した。
2.6B: anti-LAG-3 × anti-ICOS
Anti-LAG-3 × anti-ICOS bispecific antibodies were produced using the anti-LAG-3 Fab from ABD and the anti-ICOS Fab from XENP16435 as described in Example 2C. The sequence of an exemplary anti-LAG-3x anti-ICOS bispecific antibody is depicted in FIG. Bispecific mAbs were prepared as generally described in Example 5I (c).

3.6C:抗TIM−3×抗ICOS
実施例2Dに記載のABD由来の抗TIM−3 FabおよびXENP16435由来の抗ICOS Fabを用いて、抗TIM−3×抗ICOS二重特異性抗体を産生した。例示的な抗TIM−3×抗ICOS二重特異性抗体の配列を図65に示す。実施例5I(c)に概して記載されているように二重特異性mAbを産生した。
3.6C: anti-TIM-3 × anti-ICOS
Anti-TIM-3 × anti-ICOS bispecific antibodies were produced using anti-TIM-3 Fab from ABD and anti-ICOS Fab from XENP16435 as described in Example 2D. The sequence of an exemplary anti-TIM-3 × anti-ICOS bispecific antibody is shown in FIG. Bispecific mAbs were produced as generally described in Example 5I (c).

4.6D:抗PD−L1×抗ICOS
実施例2Eに記載のABD由来の抗PD−L1 Fabおよび実施例4Bに記載の抗ICOS scFvを用いて抗PD−L1×抗ICOSボトルオープナーを産生した。例示的な抗PD−L1×抗ICOS二重特異性抗体の配列を図66に示す。実施例5Aに概して記載されているようにボトルオープナーを産生した。
4.6D: Anti-PD-L1 × anti-ICOS
An anti-PD-L1 × anti-ICOS bottle opener was produced using the ABD-derived anti-PD-L1 Fab described in Example 2E and the anti-ICOS scFv described in Example 4B. The sequence of an exemplary anti-PD-L1 × anti-ICOS bispecific antibody is shown in FIG. A bottle opener was produced as generally described in Example 5A.

5.6E:さらなるcostim×チェックポイント遮断二重特異性抗体はサイトカイン分泌を増強するように機能する
ヒトPBMCを200ng/mLのSEBで2日間刺激した。細胞を2回洗浄し、そして示された濃度の示された試験試料と組み合わせて100ng/mLのSEBで再刺激した(上述のように)。処理の24時間後、上清をIL−2についてアッセイした。データを図67に示しており、さらなるcostim×チェックポイント遮断二重特異性抗体の各々が、二価抗RSV(XENP 15074)対照と比較してIL−2分泌を増強することを示している。特に、これらの代替的なチェックポイント遮断抗体の大部分(全てではないが、例えばTIM−3遮断)は、二価の抗PD−1抗体(XENP16432)と比較してIL−2分泌を増強する。
5.6E: Additional costim x checkpoint blocking bispecific antibody functions to enhance cytokine secretion Human PBMC were stimulated with 200 ng / mL SEB for 2 days. Cells were washed twice and restimulated with 100 ng / mL SEB in combination with the indicated test samples at the indicated concentrations (as described above). After 24 hours of treatment, the supernatant was assayed for IL-2. Data are shown in FIG. 67 and show that each additional costim × checkpoint blocking bispecific antibody enhances IL-2 secretion compared to the bivalent anti-RSV (XENP 15074) control. In particular, the majority of these alternative checkpoint blocking antibodies (eg, but not all TIM-3 blocking) enhance IL-2 secretion compared to a bivalent anti-PD-1 antibody (XENP16432). .

G.実施例7:ICOSの一価連結は二価架橋より優れている
実施例5A(a)において、驚くべきことに、抗ICOS×抗PD−1抗体が、サイトカイン産生の刺激のために必要であると考えられているICOSのような共刺激受容体の架橋とは反対のICOSの一価連結にもかかわらずサイトカイン分泌を高めるように働くことが見出された。実施例5H(a)において、驚くべきことに、抗ICOS×抗PD−1抗体は、二価の抗ICOS mAbよりもAKTリン酸化(ICOSアゴニズムのサイン)を増強することが見出された。この章では、ICOSの一価の連結がICOSの二価の連結よりも優れているように見えるこの傾向をさらに調査する。
G. Example 7: Monovalent linking of ICOS is superior to bivalent crosslinking In Example 5A (a), surprisingly, anti-ICOS × anti-PD-1 antibody is required for stimulation of cytokine production It was found that it acts to increase cytokine secretion despite the monovalent linkage of ICOS opposite to that of costimulatory receptors such as ICOS, which is believed to be. In Example 5H (a), it was surprisingly found that the anti-ICOS × anti-PD-1 antibody enhances AKT phosphorylation (sign of ICOS agonism) over the bivalent anti-ICOS mAb. In this chapter, we further investigate this trend that ICOS monovalent consolidation appears to be superior to ICOS bivalent consolidation.

1.7A:1アーム抗ICOS Fab−Fc抗体の産生
例示的な1アーム抗ICOS Fab−Fc抗体のアミノ酸配列を図68に列挙する。抗体発現に必要な3本の鎖をコードするDNAを遺伝子合成によって生成し、そして標準的な分子生物学的技術を用いて発現ベクターpTT5にサブクローニングした。発現のためにHEK293E細胞にDNAトランスフェクトし、得られたタンパク質を標準的な技術を用いて精製した。
1.7A: Production of 1-arm anti-ICOS Fab-Fc antibody The amino acid sequence of an exemplary 1-arm anti-ICOS Fab-Fc antibody is listed in FIG. DNA encoding the three strands required for antibody expression was generated by gene synthesis and subcloned into the expression vector pTT5 using standard molecular biology techniques. HEK293E cells were DNA transfected for expression and the resulting protein was purified using standard techniques.

得られた1アーム抗ICOS Fab−Fc抗体を、Octetを用いてヒトICOSに対する親和性について分析した。抗マウスFc(AMC)バイオセンサーを使用して、ICOSのマウスIgG2a Fc融合体を捕捉し、そして複数濃度の試験試料に浸漬した。得られた平衡解離定数(KD)、会合速度(ka)、および解離速度(kd)を図69に提示する。連結親和性および動的速度定数は、ForteBio Octet Data Analysisソフトウェア(ForteBio)を用いて1:1連結モデルを用いて処理データを分析することによって取得した。   The resulting 1-arm anti-ICOS Fab-Fc antibody was analyzed for affinity for human ICOS using Octet. An anti-mouse Fc (AMC) biosensor was used to capture the mouse IgG2a Fc fusion of ICOS and soak in multiple concentrations of test samples. The resulting equilibrium dissociation constant (KD), association rate (ka), and dissociation rate (kd) are presented in FIG. Ligation affinity and dynamic rate constants were obtained by analyzing processed data using a 1: 1 ligation model using ForteBio Octet Data Analysis software (ForteBio).

2.7B:一価1アーム抗ICOS Fab−Fc抗体は、二価抗ICOS抗体よりもPBMCにおいてより大きいAKT活性化を促進する
PBMCを100ng/mLのSEBで2日間刺激した。刺激後、CD3+T細胞をEasySep(商標)ヒトT細胞濃縮キット(STEMCELL Technologies,Vancouver,Canada)を用いたネガティブセレクションにより単離し、次いでプレート連結抗CD3抗体(OKT3、500ng/mL)と組み合わせて示された試験試料で処理した。細胞を処理の30分後に溶解し、MULTI−SPOT 384ウェルスポットプレート(Meso Scale Discovery,Rockville,Md.)上の多重リン酸化タンパク質アッセイによって総AKTおよびリン酸化AKT(Ser473)についてアッセイした。処理後にリン酸化されたAKTの百分率としてデータを図70に示す。
2.7B: Monovalent 1-arm anti-ICOS Fab-Fc antibody promotes greater AKT activation in PBMC than bivalent anti-ICOS antibody PBMC were stimulated with 100 ng / mL SEB for 2 days. After stimulation, CD3 + T cells were isolated by negative selection using EasySep ™ human T cell enrichment kit (STEMCELL Technologies, Vancouver, Canada) and then shown in combination with plate-linked anti-CD3 antibody (OKT3, 500 ng / mL) The test sample was treated. Cells were lysed 30 minutes after treatment and assayed for total AKT and phosphorylated AKT (Ser473) by multiple phosphoprotein assay on MULTI-SPOT 384 well spot plates (Meso Scale Discovery, Rockville, Md.). Data is shown in FIG. 70 as a percentage of AKT phosphorylated after treatment.

実施例Xと一致して、抗ICOS×抗PD−1二重特異性抗体は、二価抗ICOS抗体よりも顕著に高いAKT活性化を促進した。驚くべきことに、増強された一価の1アーム抗ICOS Fab−Fc抗体はまた、二価の抗ICOS抗体よりも顕著に高く、二重特異性抗体に匹敵するレベルまでAKT活性化を促進した。   Consistent with Example X, the anti-ICOS × anti-PD-1 bispecific antibody promoted significantly higher AKT activation than the bivalent anti-ICOS antibody. Surprisingly, the enhanced monovalent 1-arm anti-ICOS Fab-Fc antibody was also significantly higher than the bivalent anti-ICOS antibody and promoted AKT activation to a level comparable to bispecific antibodies. .

3.7C:ICOSの一価アゴニズムは複数の抗ICOS ABDと協調する
CD3+T細胞をEasySep(商標)ヒトT細胞濃縮キット(STEMCELL Technologies,Vancouver,Canada)を用いたネガティブセレクションにより単離し、次いでプレート連結抗CD3抗体(OKT3、500ng/mL)と組み合わせて示された試験試料で処理した。細胞を処理の30分後に溶解し、MULTI−SPOT 384ウェルスポットプレート(Meso Scale Discovery,Rockville,Md.)上の多重リン酸化タンパク質アッセイによって総AKTおよびリン酸化AKT(Ser473)についてアッセイした。データを図74に示し、そしてこれは様々な抗ICOS ABDを含む一価抗ICOS Fab−Fc抗体がAKTリン酸化を誘導することができたことを示す。
3.7C: ICOS monovalent agonism coordinates with multiple anti-ICOS ABD CD3 + T cells were isolated by negative selection using EasySep ™ human T cell enrichment kit (STEMCELL Technologies, Vancouver, Canada) and then plate ligated Treated with the indicated test samples in combination with anti-CD3 antibody (OKT3, 500 ng / mL). Cells were lysed 30 minutes after treatment and assayed for total AKT and phosphorylated AKT (Ser473) by multiple phosphoprotein assay on MULTI-SPOT 384 well spot plates (Meso Scale Discovery, Rockville, Md.). The data is shown in FIG. 74 and indicates that monovalent anti-ICOS Fab-Fc antibodies containing various anti-ICOS ABDs were able to induce AKT phosphorylation.

Claims (25)

癌の治療のためのT細胞の活性化において使用するための、ヒト共刺激受容体に一価連結し、ヒトチェックポイント受容体に一価連結する二重特異性抗体。   A bispecific antibody that is monovalently linked to a human costimulatory receptor and monovalently linked to a human checkpoint receptor for use in activating T cells for the treatment of cancer. 前記共刺激受容体が、ICOS、GITR、OX40、および4−1BBからなる群から選択される、請求項1に記載の二重特異性抗体。   The bispecific antibody of claim 1, wherein the costimulatory receptor is selected from the group consisting of ICOS, GITR, OX40, and 4-1BB. 前記チェックポイント受容体が、PD−1、PD−L1、CTLA−4、LAG−3、およびTIM−3からなる群から選択される、請求項1または2に記載の二重特異性抗体。   The bispecific antibody of claim 1 or 2, wherein the checkpoint receptor is selected from the group consisting of PD-1, PD-L1, CTLA-4, LAG-3, and TIM-3. 前記共刺激受容体がヒトICOSである、請求項1、2または3に記載の二重特異性抗体。   4. The bispecific antibody according to claim 1, 2 or 3, wherein the costimulatory receptor is human ICOS. 前記抗体がICOSとPD−1とに連結する、請求項4に記載の二重特異性抗体。   5. The bispecific antibody of claim 4, wherein the antibody is linked to ICOS and PD-1. 前記抗体がICOSとPD−L1とに連結する、請求項4に記載の二重特異性抗体。   5. The bispecific antibody of claim 4, wherein the antibody is linked to ICOS and PD-L1. 前記抗体がICOSとCTLA−4とに連結する、請求項4に記載の二重特異性抗体。   5. The bispecific antibody of claim 4, wherein the antibody is linked to ICOS and CTLA-4. 前記抗体がICOSとLAG−3とに連結する、請求項4に記載の二重特異性抗体。   5. The bispecific antibody of claim 4, wherein the antibody is linked to ICOS and LAG-3. 前記抗体がICOSとTIM−3とに連結する、請求項4に記載の二重特異性抗体。   5. The bispecific antibody of claim 4, wherein the antibody is linked to ICOS and TIM-3. 前記抗体が図2Aのフォーマットを有する、請求項1〜9のいずれかに記載の二重特異性抗体。   10. The bispecific antibody according to any of claims 1-9, wherein the antibody has the format of Figure 2A. 前記抗体が図2Eのフォーマットを有する、請求項1〜10のいずれかに記載の二重特異性抗体。   The bispecific antibody of any of claims 1 to 10, wherein the antibody has the format of Figure 2E. 前記抗体が図2Fのフォーマットを有する、請求項1〜11のいずれかに記載の二重特異性抗体。   12. The bispecific antibody according to any of claims 1 to 11, wherein the antibody has the format of Figure 2F. 前記抗体が図2Gのフォーマットを有する、請求項1〜12のいずれかに記載の二重特異性抗体。   The bispecific antibody according to any of claims 1 to 12, wherein the antibody has the format of Fig. 2G. 前記抗体が、
a)配列番号26642を有する第1の配列、
b)配列番号26657を有する第2の配列、および
c)配列番号26647を有する第3の配列を含む、請求項5に記載の二重特異性抗体。
The antibody is
a) a first sequence having SEQ ID NO: 26642,
6. The bispecific antibody of claim 5, comprising b) a second sequence having SEQ ID NO: 26657, and c) a third sequence having SEQ ID NO: 26647.
ヘテロ二量体抗体であって、
a)第1のFcドメイン、任意選択のドメインリンカー、および第1の抗原に連結するscFvを含む第1の抗原連結ドメインを含む第1の重鎖と、
b)第2のFcドメイン、ヒンジドメイン、CH1ドメインを含む重鎖定常ドメイン、および可変重鎖ドメインを含む重鎖を含む第2の重鎖と、
c)可変軽鎖ドメインおよび軽鎖定常ドメインを含む軽鎖と、を含み、
前記可変重鎖ドメインおよび前記可変軽鎖ドメインが、第2の抗原に連結する第2の抗原連結ドメインを形成し、前記第1および第2の抗原連結ドメインのうちの一方はヒトICOSに連結し、他方はヒトPD−1に連結する、ヘテロ二量体抗体。
A heterodimeric antibody comprising:
a) a first heavy chain comprising a first antigen-binding domain comprising a first Fc domain, an optional domain linker, and an scFv linking to the first antigen;
b) a second heavy chain comprising a second Fc domain, a hinge domain, a heavy chain constant domain comprising a CH1 domain, and a heavy chain comprising a variable heavy chain domain;
c) a light chain comprising a variable light chain domain and a light chain constant domain, and
The variable heavy chain domain and the variable light chain domain form a second antigen linking domain linked to a second antigen, and one of the first and second antigen linking domains is linked to human ICOS. The other is a heterodimeric antibody linked to human PD-1.
ヘテロ二量体抗体であって、
a)第1の重鎖であって、
i)第1の変異型Fcドメイン、および
ii)第1の抗原に連結する単鎖Fv領域(scFv)を含み、前記scFv領域が、第1の可変重鎖、可変軽鎖、および荷電scFvリンカーを含み、前記荷電scFvリンカーが、前記第1の可変重鎖と前記可変軽鎖とを共有連結する、第1の重鎖と、
b)VH−CH1−ヒンジ−CH2−CH3単量体を含む第2の重鎖であって、VHが第2の可変重鎖であり、CH2−CH3が第2の変異型Fcドメインである、第2の重鎖と、
c)軽鎖と、を含み、
前記第2の変異型Fcドメインが、アミノ酸置換N208D/Q295E/N384D/Q418E/N241Dを含み、
前記第1および第2の変異型Fcドメインが、それぞれアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、
前記第1の変異型Fcドメインがアミノ酸置換S364K/E357Qを含み、第2の変異型Fcドメインがアミノ酸置換L368D/K370Sを含み、前記第1および第2の抗原連結ドメインのうちの一方がヒトICOSに連結し、他方がヒトPD−1に連結し、ナンバリングが、Kabatと同様のEUのインデックスに従う、ヘテロ二量体抗体。
A heterodimeric antibody comprising:
a) the first heavy chain,
i) a first variant Fc domain, and ii) a single chain Fv region (scFv) linked to a first antigen, wherein the scFv region comprises a first variable heavy chain, a variable light chain, and a charged scFv linker A first heavy chain, wherein the charged scFv linker covalently links the first variable heavy chain and the variable light chain;
b) a second heavy chain comprising a VH-CH1-hinge-CH2-CH3 monomer, where VH is a second variable heavy chain and CH2-CH3 is a second variant Fc domain; A second heavy chain;
c) a light chain, and
The second variant Fc domain comprises the amino acid substitution N208D / Q295E / N384D / Q418E / N241D;
The first and second variant Fc domains each comprise the amino acid substitution E233P / L234V / L235A / G236del / S267K;
The first mutant Fc domain comprises the amino acid substitution S364K / E357Q, the second mutant Fc domain comprises the amino acid substitution L368D / K370S, and one of the first and second antigen-binding domains is human ICOS Heterodimeric antibody with the other linked to human PD-1 and numbering according to the EU index similar to Kabat.
前記第1および第2の変異型FcドメインがそれぞれM428L/N434Sを含む、請求項1〜16のいずれかに記載のヘテロ二量体抗体。   The heterodimeric antibody according to any of claims 1 to 16, wherein the first and second variant Fc domains each comprise M428L / N434S. ヘテロ二量体抗体であって、
a)第1の重鎖であって、
i)第1の変異型Fcドメイン、および
ii)第1の抗原に連結する単鎖Fv領域(scFv)を含み、前記scFv領域が、第1の可変重鎖、可変軽鎖、および荷電scFvリンカーを含み、前記荷電scFvリンカーが、前記第1の可変重鎖と前記可変軽鎖とを共有連結する、第1の重鎖と、
b)VH−CH1−ヒンジ−CH2−CH3単量体を含む第2の重鎖であって、VHが第2の可変重鎖であり、CH2−CH3が第2の変異型Fcドメインである、第2の重鎖と、
c)軽鎖と、を含み、
前記第1および第2の変異型Fcドメインが、L368D/K370S:S364K/E357Q、L368D/K370S:S364K、L368E/K370S:S364K、T411E/K360E/Q362E:D401K、およびT366S/L368A/Y407V:T366Wからなる群から選択されるヘテロ二量体化変異のセットを含み、前記第1および第2の抗原連結ドメインの一方がヒトICOSに連結し、他方がヒトPD−1に連結し、ナンバリングがKabatと同様のEUインデックスに従う、ヘテロ二量体抗体。
A heterodimeric antibody comprising:
a) the first heavy chain,
i) a first variant Fc domain, and ii) a single chain Fv region (scFv) linked to a first antigen, wherein the scFv region comprises a first variable heavy chain, a variable light chain, and a charged scFv linker A first heavy chain, wherein the charged scFv linker covalently links the first variable heavy chain and the variable light chain;
b) a second heavy chain comprising a VH-CH1-hinge-CH2-CH3 monomer, where VH is a second variable heavy chain and CH2-CH3 is a second variant Fc domain; A second heavy chain;
c) a light chain, and
The first and second variant Fc domains are L368D / K370S: S364K / E357Q, L368D / K370S: S364K, L368E / K370S: S364K, T411E / K360E / Q362E: D401K, and T366S / L368T / 36B: A set of heterodimerization mutations selected from the group consisting of: one of the first and second antigen-binding domains linked to human ICOS, the other linked to human PD-1, and numbering as Kabat and Heterodimeric antibody according to similar EU index.
核酸組成物であって、
a)請求項1〜18のいずれかに記載の第1の重鎖をコードする第1の核酸と、
b)請求項1〜18のいずれかに記載の第2の重鎖をそれぞれコードする第2の核酸と、
c)請求項1〜18のいずれかに記載の軽鎖をそれぞれコードする第3の核酸と、を含む、核酸組成物。
A nucleic acid composition comprising:
a) a first nucleic acid encoding the first heavy chain according to any of claims 1 to 18, and
b) a second nucleic acid encoding the second heavy chain according to any one of claims 1 to 18, and
c) a third nucleic acid encoding each of the light chains according to any one of claims 1 to 18, and a nucleic acid composition.
発現ベクター組成物であって、
a)請求項19に記載の第1の核酸を含む第1の発現ベクターと、
b)請求項19に記載の第2の核酸を含む第2の発現ベクターと、
c)請求項19に記載の第3の核酸を含む第3の発現ベクターと、を含む、発現ベクター組成物。
An expression vector composition comprising:
a) a first expression vector comprising the first nucleic acid of claim 19;
b) a second expression vector comprising the second nucleic acid of claim 19;
c) a third expression vector comprising the third nucleic acid of claim 19, and an expression vector composition.
請求項20に記載の発現ベクター組成物を含む宿主細胞。   A host cell comprising the expression vector composition of claim 20. ヘテロ二量体抗体を作製する方法であって、前記ヘテロ二量体抗体が発現される条件下で請求項21に記載の宿主細胞を培養することと、前記抗体を回収することとを含む、方法。   A method for producing a heterodimeric antibody, comprising culturing the host cell of claim 21 under conditions under which the heterodimeric antibody is expressed, and recovering the antibody. Method. 患者において細胞傷害性T細胞(CTL)を活性化する方法であって、請求項1〜18のいずれかに記載のヘテロ二量体抗体を前記患者に投与することを含む、方法。   A method of activating cytotoxic T cells (CTL) in a patient, comprising administering to said patient a heterodimeric antibody according to any of claims 1-18. 患者においてIFNγレベルを増加させる方法であって、請求項1〜18のいずれかに記載のヘテロ二量体抗体を前記患者に投与することを含む、方法。   A method for increasing IFNγ levels in a patient comprising administering to said patient a heterodimeric antibody according to any of claims 1-18. 患者においてIL−2レベルを増加させる方法であって、請求項1〜18のいずれかに記載のヘテロ二量体抗体を前記患者に投与することを含む、方法。
A method of increasing IL-2 levels in a patient comprising administering to said patient a heterodimeric antibody according to any of claims 1-18.
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