JP2019519207A - 減量の程度を予測するためのバイオマーカー - Google Patents

減量の程度を予測するためのバイオマーカー Download PDF

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Abstract

本発明は、１つ以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な減量の程度、及び／又は１つ以上の食事介入後の減量の維持の程度を予測するための方法であって、該方法が、対象から得られた１つ以上の試料中のマイクロＲＮＡ−４８６（ｍｉＲ−４８６）のレベルを測定するステップ、及び／又はｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した１つ以上の多型位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含む、方法に関する。【選択図】 なし

Description

本発明は、１つ以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な減量の程度、及び／又は１つ以上の食事介入後の減量の維持の程度の予測に用いることができる、多数のバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせを提供する。本開示はまた、１種以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な血糖コントロールの改善の程度の予測に用いることができる、多数のバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせも提供する。
肥満は、世界の多くの地域で蔓延している慢性的な代謝異常である。肥満は、重度の併存症、例えば、２型糖尿病、心臓血管疾患、脂質異常症、及び特定の種類の癌などに関する主要な危険因子である（Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎ Ｔｅｃｈ Ｒｅｐ Ｓｅｒ．２０００；８９４：ｉ〜ｘｉｉ，１〜２５３）。
低カロリーの食事介入は減量において非常に効率的である可能性があり、また、この減量は、一般的に、肥満関連の併存症、特に２型糖尿病のリスクについての改善を伴うことが、長く認識されている（Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎ Ｔｅｃｈ Ｒｅｐ Ｓｅｒ．２０００；８９４：ｉ〜ｘｉｉ，１〜２５３）。経験的データによると、初期体重の少なくとも１０％の減量により、肥満関連の併存症のリスクが大幅に低下することが示唆される（Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎ Ｔｅｃｈ Ｒｅｐ Ｓｅｒ．２０００；８９４：ｉ〜ｘｉｉ，１〜２５３）。しかしながら、減量する能力は、対象間で大きな変動を示す。
一部の研究（例えば、Ｇｈｏｓｈ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．，Ｏｂｅｓｉｔｙ（Ｓｉｌｖｅｒ Ｓｐｒｉｎｇ），（２０１１）１９（２）：４５７〜４６３）は、母集団のある割合において、低カロリー食療法では減量が達成されないことを示している。これは、非現実的な減量の期待値につながり、ひいては、不遵守、脱落、及び概して食事介入の失敗の原因となる。
また一部の研究によると、当該技術分野において、血漿中の特定のバイオマーカーのレベルをモニターすることを含む、減量をモニターする方法があることが示されている（例えば、Ｌｉｊｎｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｒｏｍｂ Ｒｅｓ．２０１２ Ｊａｎ，１２９（１）：７４〜９；Ｃｕｇｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔｅｒｎ Ｅｍｅｒｇ Ｍｅｄ．２０１２ Ｊｕｎ，７（３）：２３７〜４２；及びＢｌａｄｂｊｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ．２０１０ Ｄｅｃ，１０４（１２）：１８２４〜３０）。しかしながら、これらの方法では、特定の対象が達成可能な減量の程度の予測又は指標は得られず、バイオマーカーレベルと減量との相関関係を見る予測値は存在しない。
減量を安定に維持することも、患者にとっては大きな課題となる。減量介入後わずか１年で、減量の約３分の１が再増加することが知られている（Ｈｅｎｓｒｕｄ，Ｏｂｅｓ．Ｒｅｓ．９ Ｓｕｐｐｌ ４，３４８Ｓ〜３５３Ｓ，２００１）。更に、食事によって引き起こされる減量により、体重の再増加を促進するいくつかの生理学的変化が引き起こされる（Ｓｕｍｉｔｈｒａｎ ａｎｄ Ｐｒｏｉｅｔｔｏ．，Ｃｌｉｎ．Ｓｃｉ．Ｌｏｎｄ．Ｅｎｇｌ．１９７９ １２４，２３１〜２４１（２０１３））。これらの変化としては、エネルギー消費、基質代謝、及び食欲調節に関与するホルモン経路の変化が挙げられる。これらの生理学的及び分子変化に関する我々の理解は、これまでのところ限定されたままである。
食事介入（例えば、低カロリー食療法）の計画及び設計を成功させる解決方法は、減量の推移を予測する方法が利用できることにかかっている。このような方法は、対象の生活習慣の改善を、例えば食事の変更によって支援すること、また、対象をその生物学的な減量能力に応じて適した治療群に層別化するのに有用となる。
米国特許出願公開第２０１１／０１２４１２１号には、減量の成功を予測するための方法が開示されている。開示の方法は、胃バンディングなどの減量療法を受けている患者又は受けることを検討している患者を選択するステップと、カロリー摂取に対する患者の１つ以上のホルモン応答を測定するステップと、ホルモン応答に基づいて減量療法の成功を予測するステップとを含む。測定されるホルモンは、膵臓ホルモンなどの消化管ホルモンである。
欧州特許出願公開第２４２０８４３号には、食事療法期間の前後でアンジオテンシンＩ変換酵素（ＡＣＥ）のレベルを測定することによって、ヒトが計画的な減量後に減量を維持する確率を求めるための方法が開示されている。
しかしながら、未だに、対象の減量の程度を正確に予測する方法が必要とされている。したがって、本発明の目的は、容易に検出することができ、対象の減量の予測を容易なものとすることが可能なバイオマーカーを提供することであった。このようなバイオマーカーを用い、食事介入を行う前に、対象の体重の推移を予測することができる。これらのバイオマーカーを用い、食事介入を最適化し、生活習慣改善法を支援することができる。
本発明は、１つ以上の食事介入を対象に適用することによる体重に関連した表現型の変化について、対象の体質を予測するのに有用なバイオマーカーを同定する。本発明はまた、１つ以上の食事介入後の体重に関連した表現型の維持について、対象の体質を予測するのに有用なバイオマーカーを同定する。更に、本発明はまた、１つ以上の食事介入後に血糖コントロールを改善する対象の体質を予測するのに有用なバイオマーカーを同定する。
したがって、本発明は、一態様において、１つ以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な減量の程度、及び／又は１つ以上の食事介入後の減量の維持の程度を予測するための方法であって、該方法が、対象から得られた１つ以上の試料中のマイクロＲＮＡ−４８６（ｍｉＲ−４８６）のレベルを測定するステップ、及び／又はｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した１つ以上の多型位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含む、方法を提供する。
別の態様において、本発明は、１つ以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な血糖コントロールの改善の程度を予測するための方法であって、該方法が、対象から得られた１つ以上の試料中のｍｉＲ−４８６のレベルを測定するステップ、及び／又はｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した１つ以上の多型位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含む、方法を提供する。
一実施形態において、ｍｉＲ−４８６（例えばＳＮＰ）に遺伝的に関連した多型位置（複数可）は、ｍｉＲ−４８６遺伝子座から物理的に２００、１５０、１００、７５、５０、２５、２０、１５、１０、５、４、３、２、１キロベース（ｋｂ）未満の位置にある。ＬＤ ｒ平方が４０％超である任意のＳＮＰもまた、遺伝的に関連しているものと考えることができる。
一実施形態において、ｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した１つ以上の多型位置は、表１又は表２に示した多型位置である。
一実施形態において、１つ以上の多型位置は、
（ｉ）配列番号３（ｒｓ５４５９３６）の２６番目の位置、
（ｉｉ）配列番号４（ｒｓ６９８１５８７）の２６番目の位置、及び
（ｉｉｉ）配列番号５（ｒｓ１９０２４９１６７）の２６番目の位置から選択される。
本方法は、配列番号３の２６番目の位置のＧ、及び／又は配列番号４の２６番目の位置のＣ、及び／又は配列場号５の２６番目の位置のＣの存在を決定するステップを含み得る。
一実施形態において、配列番号３の２６番目の位置のＧ、及び／又は配列番号４の２６番目の位置のＣ、及び／又は配列番号５の２６番目の位置のＣの存在を決定することが、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
一実施形態において、本方法は、
（ｉ）配列番号３の２６番目の位置のＧ／Ｇ（ホモ接合）、又は
（ｉｉ）配列番号３の２６番目の位置のＡ／Ｇ（ヘテロ接合）
から選択される遺伝子型の存在を決定するステップを含み、
該遺伝子型の存在が、対象は、遺伝子型Ｇ／Ｇを有する対象に比べ、１つ以上の食事介入の対象への適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
一実施形態において、本方法は、
（ｉ）配列番号４の２６番目の位置のＣ／Ｃ（ホモ接合）、又は
（ｉｉ）配列番号４の２６番目の位置のＣ／Ｔ（ヘテロ接合）
から選択される遺伝子型の存在を決定するステップを含み、
該遺伝子型の存在が、対象は、遺伝子型Ｔ／Ｔを有する対象に比べ、１つ以上の食事介入の対象への適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
一実施形態において、本方法は、
（ｉ）配列番号５の２６番目の位置のＣ／Ｃ（ホモ接合）、又は
（ｉｉ）配列番号５の２６番目の位置のＣ／Ｔ（ヘテロ接合）
から選択される遺伝子型の存在を決定するステップを含み、
該遺伝子型の存在が、対象は、遺伝子型Ｔ／Ｔを有する対象に比べ、１つ以上の食事介入の対象への適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
１つ以上の試料は、血液、唾液、尿、筋肉、又は脂肪組織由来であり得る。
食事介入は、低カロリー食療法であり得る。
食事介入は、少なくとも１種のダイエット食品の対象への投与を含み得る。
低カロリー食療法は、脂肪の摂取の低減及び／又は低脂肪食品の摂取の増加を含み得る。単に例として、低脂肪食品としては、全粒小麦粉及びパン、ポリッジオーツ、高繊維朝食用シリアル、全粒米及びパスタ、野菜及び果実、乾燥豆及びレンズ豆、ベークドポテト、ドライフルーツ、クルミ、白身魚、ニシン、サバ、イワシ、キッパー、ピルチャード、サケ、並びに脂肪の少ない白身肉を挙げることができる。
一実施形態において、低カロリー食療法は、約６００〜約１２００ｋｃａｌ／日のカロリー摂取量を含む場合があり、かつ／又は少なくとも１種のダイエット食品の投与を含み得る。
低カロリー食療法はまた、例えば、最大約４００ｇ／日の野菜の投与を含み得る。
ダイエット食品は、Ｏｐｔｉｆａｓｔ（登録商標）又はＭｏｄｉｆａｓｔ（登録商標）であることが好ましい。
したがって、低カロリー食療法は、Ｏｐｔｉｆａｓｔ（登録商標）又はＭｏｄｉｆａｓｔ（登録商標）などの製品を含み得る。これには、総エネルギー摂取量が約２．５ＭＪ（６００ｋｃａｌ／日）となるように、非デンプン質の野菜を３回に分けて補充してもよい。これには、１日当たり少なくとも２Ｌの、水、又はエネルギーを含まない他の飲料を更に補充してもよい。
別の実施形態において、低カロリー食療法は、例えば、４６．４％の炭水化物、３２．５％のタンパク質、並びに合わせて２０．１％の脂肪、ビタミン、ミネラル、及び微量元素であり、１日当たり２．１ＭＪ（５１０ｋｃａｌ／日）である組成物を含み得る。これには、総エネルギー摂取量が約２．５ＭＪ（６００ｋｃａｌ／日）となるように、非デンプン質の野菜を３回に分けて補充してもよい。これには、１日当たり少なくとも２Ｌの、水、又はエネルギーを含まない他の飲料を更に補充してもよい。
一実施形態において、低カロリー食療法は、最長１６週間、例えば４〜１６週間の継続期間を有する。
本明細書で言及する方法は、対象に関し、１つ以上の人体計測値及び／又は生活習慣の特徴を求めるステップを更に含み得る。
人体計測値は、例えば、性別、体重、身長、年齢、及び体格指数からなる群から選択でき、生活習慣の特徴は、例えば、対象が喫煙者であるか又は非喫煙者であるかに関するものであり得る。
本発明の別の態様によると、対象に対する１つ以上の食事介入を最適化するための方法であって、
１つ以上の食事介入によって達成可能な減量についての対象の体質、並びに／又は本明細書に規定する方法によって１つ以上の食事介入後に達成可能な減量の維持及び／若しくは血糖コントロールの改善についての対象の体質を評価するステップと、
１つ以上の食事介入を対象に適用するステップと
を含む、方法が提供される。
本発明の別の態様によると、
ａ．１つ以上の食事介入によって達成可能な減量についての対象の体質、並びに／又は、本明細書に規定する方法によって１つ以上の食事介入後に達成可能な減量の維持及び／若しくは血糖コントロールの改善についての対象の体質を評価するステップと、
ｂ．（ａ）から予測される達成可能な減量、並びに／又は、予測される達成可能な減量の維持及び／若しくは血糖コントロールの改善に基づき、生活習慣の好適な改善を選択するステップと
を含む、対象の生活習慣の改善を選択する方法が提供される。
一実施形態において、生活習慣の改善は、食事介入、好ましくは本明細書で定義される食事介入を含む。
本発明の別の態様によると、減量のための低カロリー食療法であって、ダイエット食品が、本明細書に規定する方法によって減量を達成すると予測される対象に投与される、低カロリー食療法が提供される。
本発明の別の態様によると、減量のための低カロリー食療法の一部として用いるためのダイエット食品であって、ダイエット食品が、本明細書に規定する方法によって減量又は維持を達成すると予測される対象に投与される、ダイエット食品が提供される。
本発明の別の態様によると、減量のための低カロリー食療法の一部として用いるためのダイエット食品であって、ダイエット食品が、本明細書に規定する方法によって体重維持及び減量の両方を達成すると予測される対象に投与される、ダイエット食品が提供される。
本発明の別の態様によると、肥満又は肥満関連疾患の治療に用いるためのダイエット食品であって、ダイエット食品が、本明細書に規定する方法によって体重維持及び／又は減量を達成すると予測される対象に投与される、ダイエット食品が提供される。
一実施形態において、ダイエット食品は、Ｏｐｔｉｆａｓｔ（登録商標）又はＭｏｄｉｆａｓｔ（登録商標）などの製品を含み得る。
別の実施形態において、ダイエット食品は、例えば、４６．４％の炭水化物、３２．５％のタンパク質、並びに合わせて２０．１％の脂肪、ビタミン、ミネラル、及び微量元素であり、１日当たり２．１ＭＪ（５１０ｋｃａｌ／日）である組成物を含み得る。これには、総エネルギー摂取量が約２．５ＭＪ（６００ｋｃａｌ／日）となるように、非デンプン質の野菜を３回に分けて補充してもよい。これには、１日当たり少なくとも２Ｌの、水、又はエネルギーを含まない他の飲料を更に補充してもよい。
別の態様において、本発明は、表１又は表２に示した多型位置を検出可能な、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを提供する。
更なる態様において、本発明は、表１又は表２に示した多型位置を検出可能な、対立遺伝子特異的プライマーを提供する。
対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブ又は対立遺伝子特異的プライマーは、
（ｉ）配列番号３（ｒｓ５４５９３６）の２６番目の位置
（ｉｉ）配列番号４（ｒｓ６９８１５８７）の２６番目の位置
（ｉｉｉ）配列番号５（ｒｓ１９０２４９１６７）の２６番目の位置
から選択される多型位置を検出可能であり得る。
別の態様において、本発明は、本発明により提供される、２種以上の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー及び／又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを含む、診断キットを提供する。
診断キットは、配列番号３の２６番目の位置のＧ、及び／又は配列番号４の２６番目の位置のＣ、及び／又は配列番号５の２６番目の位置のＣの存在を決定することができる、２種以上の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー及び／又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを含み得る。
低カロリー食療法後の減量を予測する、ｍｉＲ−４８６近傍のＳＮＰのグラフである。 低カロリー食療法後の体重の改善を予測するベースラインｍｉＲ−４８６レベルのグラフである。 低カロリー食療法後の血糖コントロールの改善を予測するベースラインｍｉＲ−４８６レベルのグラフである。 減量の維持（６ヶ月後の体重維持）を予測するｍｉＲ−４８６レベルのグラフである。 血糖コントロール改善の維持（６ヶ月後の体重維持）を予測するベースラインｍｉＲ−４８６レベルのグラフである。 ｍｉｒ４８６発現レベルを予測するｍｉＲ−４８６近傍のＳＮＰのグラフである。
減量の程度の予測
本発明は、一態様において、１つ以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な減量の程度、及び／又は１つ以上の食事介入後の減量の維持の程度を予測するための方法に関する。本発明により、減量介入前及び／又は体重維持介入前に、患者の体重の推移の正確な予測が可能となる。
本方法を用い、対象の減量及び／又は減量を維持する能力について情報に基づいた予測を行い、それに応じて１つ以上の食事介入を選択又は調整することができる。
例えば、本発明を用い、体重管理プログラムの結果を予測すること、体重管理プログラムを適合させること、並びにこのようなプログラム後の患者を効果が高いプロファイルの群又は効果が低いプロファイルの群に層別化することができる。例えば、本方法を用い、食事介入の適用によって減量を達成する尤度の「高い」又は「低い」対象を同定することができる。同様に、本方法を用い、食事介入後に減量を維持する尤度の「高い」又は「低い」対象を同定することができる。
特定の実施形態において、本方法を用い、対象の減量する能力について情報に基づいた予測を行い、それに応じて１つ以上の食事介入を選択又は調整することができる。例えば、食事介入が低カロリー食療法である場合、本方法を用い、対象にとって適切な食事を選択すること、又は減量の程度に影響する１日当たりのカロリー摂取量若しくは特定の食事の継続期間を調整すること、又は対象にとって現実的な期待値を設定することによって低カロリー食療法の遵守を高めることが可能になる。また本方法を用い、対象の生活習慣の改善を支援することができる。
本方法は、当業者に対し、どの対象が特定の食事介入、例えば低カロリー食療法から効果を得る可能性が最も高いかを評価するための有用な手段を提供する。したがって、本方法によって、低カロリー食療法などの食事介入及び生活習慣の改善を最適化することができる。
本明細書で定義される減量は、体重（例えばキログラム）、体格指数（ｋｇｍ−２）、又は腹囲（例えばセンチメートル）、又はウエスト・ヒップ比（例えばセンチメートル）などのパラメータの減少を指す場合がある。減量は、食事介入の開始時の前述のパラメータの値から、食事介入の終了時の前述のパラメータのうちの１つ以上の値を差し引くことによって算出することができる。減量の程度は、食事介入を適用することによって対象が達成すると予測される体格指数によって表すのが好ましい。
減量の程度は、対象の体重（例えばキログラム）又は体格指数（ｋｇｍ−２）のパーセント値で表す場合がある。例えば、対象は、自身の初期体重の少なくとも１０％、自身の初期体重の少なくとも８％、又は自身の初期体重の少なくとも５％を減量すると予測され得る。単に例として、対象は、自身の初期体重の５〜１０％を減量すると予測される場合がある。
一実施形態において、減量の程度が初期体重の少なくとも１０％である場合、肥満関連の併存症のリスクが大幅に低下する。
本明細書で定義される体重維持は、食事介入後の体重（例えばキログラム）、体格指数（ｋｇｍ−２）、ウエスト・ヒップ比（例えばセンチメートル）、体脂肪量（例えばキログラム）、腰回り（例えばセンチメートル）、又は腹囲（例えばセンチメートル）などのパラメータの維持を指し得る。
体重維持の程度は、食事介入の終了後、ある期間中の前述のパラメータのうちの１つ以上における変化を求めることにより算出できる。この期間は、例えば、食事介入の終了後、少なくとも４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８、又は５２週間とすることができる。
体重維持の程度は、食事介入の終了後、ある期間中の体重変化のパーセント値で表す場合がある。例えば、体重を維持しやすい対象は、再増加量が、食事介入中の減量の５０、４０、３０、２０、１０、５％、又は１％未満となる見込みであり得る。
血糖コントロール改善の程度の予測
本発明は、一態様において、１つ以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な血糖コントロール改善の程度を予測するための方法に関する。本発明により、減量介入前及び／又は体重維持介入前に、患者の血糖コントロールの推移の正確な予測が可能となる。
本方法を用い、対象の血糖コントロールを改善する能力について情報に基づいた予測を行い、それに応じて１つ以上の食事介入を選択又は調整することができる。
特定の実施形態において、本方法を用い、対象の血糖コントロールを改善する能力について情報に基づいた予測を行い、それに応じて１つ以上の食事介入を選択又は調整することができる。例えば、食事介入が低カロリー食療法である場合、本方法を用い、対象にとって適切な食事を選択すること、又は血糖コントロール改善の程度に影響する１日当たりのカロリー摂取量若しくは特定の食事の継続期間を調整すること、又は対象にとって現実的な期待値を設定することによって低カロリー食療法の遵守を高めることが可能になる。また本方法を用い、対象の生活習慣の改善を支援することができる。
本方法は、当業者に対し、どの対象が特定の食事介入、例えば低カロリー食療法から効果を得る可能性が最も高いかを評価するための有用な手段を提供する。したがって、本方法によって、低カロリー食療法などの食事介入及び生活習慣の改善を最適化することができる。
本明細書で定義される血糖コントロールは、対象における血糖値のコントロールを指し得る。
グルコースは体の主要エネルギー源であり、体は、代謝恒常性の一部として、血糖値を厳密に、自然に制御している。外因性グルコースは腸から吸収され、内因性グルコースと共に血流中に循環し、細胞は血流よりグルコースを利用する。骨格筋並びに肝臓及び脂肪組織の細胞は、膵臓のβ細胞によって産生されるインスリンの作用に応じて、グルコースを利用する。
血糖値が高すぎると、体は短期間にわたり食欲を抑制する。しかしながら、長期間の高血糖値（高血糖症）は、心臓疾患、眼、腎臓、及び神経障害などの多くの健康障害の原因となる。
血糖値が一定の範囲内であれば、典型的には、良好な健康を伴う。高血糖症は、インスリン抵抗性、前糖尿病、２型糖尿病、メタボリックシンドローム、又は心臓血管疾患などの状態と関連性があり得る。これに対し、血糖値が非常に低いと、場合によっては、致命的な低血糖症を来す可能性がある。低血糖症は、無気力、精神機能障害；易刺激性；ふるえ、単収縮、腕及び脚の筋肉の衰弱；青ざめた顔色；発汗；妄想性又は攻撃的精神状態、及び意識消失などの症状と関連性があり得る。
血糖値及び血糖コントロールは、例えば、空腹時血漿グルコース（ＦＰＧ）濃度の測定、並びに糖化ヘモグロビン（ＨｂＡ１ｃ）、経口ブドウ糖負荷試験（ＯＧＴＴ）、インスリン抵抗性の恒常性モデル評価（ＨＯＭＡ−ＩＲ）、又はＭａｔｓｕｄａ指数によって求めることができる。
例えばＦＰＧ又はＯＧＴＴ試験を用いて血糖値を求める場合、典型的には、血清又は血漿を用いて求める。血液試料を採取し、血液画分を分離する手法は、当該技術分野において周知である。例えば、静脈血試料は、針を用いて患者から採取し、プラスチック管中に保管することができる。採取管は、例えば、スプレーコーティングしたシリカ、及び血清分離のためのポリマーゲルを含んでいてもよい。血清は、１３００ＲＣＦにおいて室温で１０分間の遠心分離によって分離し、小型プラスチック管中、−８０℃で保管することができる。
血糖コントロールにおける改善は、本明細書において、ＦＰＧ値、ＯＧＴＴ血糖値、ＨｂＡ１ｃのパーセント値、ＨＯＭＡ−ＩＲ、又はＭａｔｓｕｄａ指数スコアなどのパラメータの低減によって言及することができる。
ＦＰＧ試験は、対象の空腹時血糖値を、食後約８〜１４時間、例えば８、１２、又は１４時間測定することを含む。世界保健機関は、以下の空腹時血糖検査結果を定義している：
正常：６．１ｍｍｏｌ／Ｌ（１１０ｍｇ／ｄＬ）未満
空腹時血糖障害：６．１〜６．９ｍｍｏｌ／Ｌ（１１１ｍｇ／ｄＬ〜１２５ｍｇ／ｄＬ）
糖尿病：７．０ｍｍｏｌ／Ｌ以上（１２６ｍｇ／ｄＬ以上）
一実施形態において、血糖コントロールの改善の程度は、対象のＦＰＧ値のパーセント値で表す場合がある。例えば、対象のＦＰＧは、食事介入前のＦＰＧ値に比べ、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも５％、少なくとも７％、又は少なくとも１０％低下すると予測され得る。
ＨｂＡ１ｃ試験は、１日の任意の時点における対象の糖化ヘモグロビンのパーセント値を測定することを含む。世界保健機関は６．５％のＨｂＡ１ｃを糖尿病診断の推奨カットオフポイントとしており、また、６．５％未満の値であっても糖尿病を除外せず、糖尿病は、血糖検査を用いて更に診断され得る。
一実施形態において、血糖コントロールの改善の程度は、対象のＨｂＡ１ｃのパーセント値で表す場合がある。例えば、対象のＨｂＡ１ｃのパーセント値は、食事介入前のＨｂＡ１ｃ値に比べ、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも５％、少なくとも７％、又は少なくとも１０％低下すると予測され得る。
ＨＯＭＡ−ＩＲスコアは、空腹時血糖値及びインスリン値から得られる（Ｍａｔｔｈｅｗｓ ｅｔ ａｌ．；１９８５；Ｄｉａｂｅｔｏｌｏｇｉａ．；２８（７）：４１２〜４１９）。ＨＯＭＡ−ＩＲスコアが高くなるほど、インスリン感受性がより低いことを示す。インスリン抵抗性を定義するためのカットポイントは、母集団、年齢、及び性別に依存し得る（Ｇａｙｏｓｏ−Ｄｉｚ ｅｔ ａｌ．ＢＭＣ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ Ｄｉｓｏｒｄｅｒ４ｓ ２０１３，１３：４７）。例えば、１７の欧州系母集団の大規模試験（Ｓｔｅｒｎ ｅｔ ａｌ．；２００５；Ｄｉａｂｅｔｅｓ；５４：３３３〜３３９）において、インスリン抵抗性の診断は以下のように定義された：
ＢＭＩ＞２８．９ｋｇ／ｍ２かつＨＯＭＡ−ＩＲ＞４．６５
ＢＭＩ＞２７．５ｋｇ／ｍ２かつＨＯＭＡ−ＩＲ＞３．６０
臨床診療においては、ＨＯＭＡ−ＩＲ＞３（又は場合によっては＞２）でインスリン抵抗性と定義し、ＨＯＭＡ−ＩＲ＞５で重篤なインスリン抵抗性と定義する。
一実施形態において、血糖コントロールの改善の程度は、対象のＨＯＭＡ−ＩＲのパーセント値で表す場合がある。例えば、対象のＨＯＭＡ−ＩＲのパーセント値は、食事介入前のＨＯＭＡ−ＩＲ値に比べ、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも５％、少なくとも７％、又は少なくとも１０％低下すると予測され得る。
ＯＧＴＴは、対象への経口グルコースの投与と、グルコースが血中から消失する速度の測定を伴う。典型的には、ゼロ時間（ベースライン）の血液試料の線を引き、ベースラインの血糖値及び／又はインスリン値を求められるようにした後、ゼロ時間から５分以内に経口グルコース用量を対象に投与し、グルコース投与後の間隔で以降の血糖値を測定する。グルコース用量は典型的には７５ｇであり、結果は、通常、グルコース摂取後１又は２時間の血糖値に基づいて求める。
１時間の血糖値が１０ｍｍｏｌ／Ｌ（１８０ｍｇ／ｄＬ）未満であれば、典型的には正常とみなされる。２時間の血糖値が７．８ｍｍｏｌ／Ｌ（１４０ｍｇ／ｄＬ）未満であれば正常であり、一方、これよりも高い血糖値は高血糖症であることを示す。血漿グルコースが７．８ｍｍｏｌ／Ｌ（１４０ｍｇ／ｄＬ）〜１１．１ｍｍｏｌ／Ｌ（２００ｍｇ／ｄＬ）であれば「耐糖能障害」を示し、２時間の値が１１．１ｍｍｏｌ／Ｌ（２００ｍｇ／ｄＬ）超であれば、糖尿病の診断が確定する。
一実施形態において、血糖コントロールの改善の程度は、対象のＯＧＴＴ血糖値のパーセント値で表す場合がある。例えば、対象のＯＧＴＴ血糖値は、食事介入前のＯＧＴＴ血糖値に比べ、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも５％、少なくとも７％、又は少なくとも１０％低下すると予測され得る。
Ｍａｔｓｕｄａ指数は総合指数であり、本明細書に記載の経口ブドウ糖負荷試験によって得られたデータから、全身の生理的インスリン感受性を評価する（Ｍａｔｓｕｄａ ｅｔ ａｌ．；１９９９；Ｄｉａｂｅｔｅｓ Ｃａｒｅ；２２：１４６２〜１７４０）。
したがって、Ｍａｔｓｕｄａ指数は、ＯＧＴＴ値とインスリン感受性値との合成値を提供する。Ｍａｔｓｕｄａ指数の算出は、１ミリリットル当たりのマイクロ単位（μＵ／ｍＬ）で示されるインスリン値と、ＯＧＴＴ及び対応する空腹時の値から得られる１デシリットル当たりのミリグラム（ｍｇ／Ｌ）で示される血糖値とに基づく。全身のインスリン感受性の指数は、肝組織及び末梢組織の両方のインスリン感受性を合算している。この指数は、空腹状態及びＯＧＴＴ中の血漿グルコース濃度（ｍｇ／ｄＬ）及びインスリン濃度（ｍＩＵ／Ｌ）から算出する。

Ｉ０−空腹時血漿インスリン濃度（ｍＩＵ／Ｌ）、
Ｇ０−空腹時血漿グルコース濃度（ｍｇ／ｄＬ）、
Ｇ平均−ＯＧＴＴ中の平均血漿グルコース濃度（ｍｇ／ｄＬ）、
Ｉ平均−ＯＧＴＴ中の平均血漿インスリン濃度（ｍＵ／Ｌ）、
１０，０００−０〜１２の数値を得るための単純化定数（simplifying constant）。
√−非線形値分布の補正項。
一実施形態において、血糖コントロールの改善の程度は、対象のＭａｔｓｕｄａ指数スコアのパーセント値で表す場合がある。例えば、対象のＭａｔｓｕｄａ指数スコアは、食事介入前のＭａｔｓｕｄａ指数スコアに比べ、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも５％、少なくとも７％、又は少なくとも１０％低下すると予測され得る。
血糖コントロールの改善の程度は、食事介入の終了後、一定期間中の前述のパラメータのうちの１つ以上における変化を求めることにより算出できる。この期間は、例えば、食事介入の終了後、少なくとも４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８、又は５２週間とすることができる。
対象
好ましくは、対象は哺乳動物、好ましくはヒトである。あるいは、対象は、ヒト以外の哺乳動物、例えば、ウマ、ウシ、ヒツジ、又はブタなどであってもよい。一実施形態において、対象は、イヌ又はネコなどのコンパニオンアニマルである。
試料
本発明は、対象から得られた１つ以上の試料中の１つ以上のバイオマーカーのレベルを測定するステップを含む。
試料は、血液、唾液、又は尿由来であることが好ましい。試料は、血液由来であることがより好ましい。試料は、血液画分を含有していてもよい、又は、全血であってもよい。試料は、好ましくは血漿又は血清を、最も好ましくは血漿を含む。対象から試料を採取するための手法は、当該技術分野において周知である。
試料は、脂肪組織試料であっても骨格筋試料であってもよい。
本発明は、個体からあらかじめ取り出された試料からの、本明細書で定義されるバイオマーカー（上記定義のものであり得る）の検出を含む。
食事介入
用語「食事介入」は、対象の食事に変化をもたらす、対象に適用される外部要因を意味する。一実施形態において、食事介入は低カロリー食療法である。
好ましくは、低カロリー食療法は、約６００〜約１５００ｋｃａｌ／日、より好ましくは約６００〜約１２００ｋｃａｌ／日、最も好ましくは約８００ｋｃａｌ／日のカロリー摂取量を含む。一実施形態において、低カロリー食療法は、１日当たり所定量（グラム単位）の野菜、好ましくは最大約４００ｇ／日の野菜、例えば約２００ｇ／日の野菜を含み得る。
低カロリー食療法は、少なくとも１種のダイエット食品の投与を含み得る。ダイエット食品は、例えば対象の食欲を抑制し得る、食事代替食品又は栄養補助食品であってもよい。ダイエット食品としては、食品製品、飲料、ペットフード製品、栄養補助食品、機能性食品、食品添加物、又は栄養配合物を挙げることができる。
一実施形態において、低カロリー食療法は、Ｏｐｔｉｆａｓｔ（登録商標）又はＭｏｄｉｆａｓｔ（登録商標）などの製品を含み得る。これには、総エネルギー摂取量が約２．５ＭＪ（６００ｋｃａｌ／日）となるように、非デンプン質の野菜を３回に分けて補充してもよい。これには、１日当たり少なくとも２Ｌの、水、又はエネルギーを含まない他の飲料を更に補充してもよい。
別の実施形態において、低カロリー食療法は、例えば、４６．４％の炭水化物、３２．５％のタンパク質、並びに合わせて２０．１％の脂肪、ビタミン、ミネラル、及び微量元素であり、１日当たり２．１ＭＪ（５１０ｋｃａｌ／日）である組成物を含み得る。これには、総エネルギー摂取量が約２．５ＭＪ（６００ｋｃａｌ／日）となるように、非デンプン質の野菜を３回に分けて補充してもよい。これには、１日当たり少なくとも２Ｌの、水、又はエネルギーを含まない他の飲料を更に補充してもよい。
一実施形態において、低カロリー食療法は、最長１２週間の継続期間を有する。好ましくは、低カロリー食療法は、６〜１２週間、好ましくは８〜１０週間、例えば８週間の継続期間を有する。
バイオマーカー
ｍｉＲ−４８６
ｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、ｍＲＮＡの安定性及び翻訳の両方に影響を及ぼすことによって、多細胞生物における遺伝子発現の転写後調節に関与する、短い（例えば２０〜２４ｎｔ）非コードＲＮＡである。
ヒトには、２つのｍｉＲ−４８６アイソフォーム、ｈｓａ−ｍｉＲ−４８６−１（ｍｉＲ−４８６−１）及びｈｓａ−ｍｉＲ−４８６−２（ｍｉＲ−４８６−２）がある。
例示的なｍｉＲ−４８６−１の配列は、受託番号ＮＲ＿０３０１６１．１によって同定され、本明細書では配列番号１として示す。
配列番号１
ＧＣＡＴＣＣＴＧＴＡＣＴＧＡＧＣＴＧＣＣＣＣＧＡＧＧＣＣＣＴＴＣＡＴＧＣＴＧＣＣＣＡＧＣＴＣＧＧＧＧＣＡＧＣＴＣＡＧＴＡＣＡＧＧＡＴＡＣ
例示的なｍｉＲ−４８６−２の配列は、受託番号ＮＲ＿１０６９８４．１によって同定され、本明細書では配列番号２として示す。
配列番号２
ＴＣＣＴＧＴＡＣＴＧＡＧＣＴＧＣＣＣＣＧＡＧＣＴＧＧＧＣＡＧＣＡＴＧＡＡＧＧＧＣＣＴＣＧＧＧＧＣＡＧＣＴＣＡＧＴＡＣＡＧＧＡＴＧ
本明細書で用いる場合、用語ｍｉＲ−４８６は、ｍｉＲ−４８６−１又はｍｉＲ−４８６−２を指し得る。
ｍｉＲＮＡ、例えば、試料中のｍｉＲ−４８６のレベルの測定に用いられ得る多数の方法があることが、当業者には明らかであろう。
例えば、試料からＲＮＡを単離する方法は当該技術分野において既知であり、例えば、ｍｉｒＶａｎａ ＰＡＲＩＳキット（Ａｍｂｉｏｎ）及びＴｒｉｚｏｌ ＬＳ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）などの市販のＲＮＡ単離キットが挙げられる。ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡを含む）の単離は、ＲＮａｓｅが存在する場合にこれを活性化するため、チオシアン酸グアニジン、ＬｉＣｌ、ドデシル硫酸ナトリウム、及び／又はフェノールなどの強力な変性剤の存在下で実施され得る。ＲＮＡを事前に単離せずに、例えば、試料から微小胞などの小胞を単離することによって、ｍｉＲＮＡ配列の検出用試料を処理することも可能である。
試料中のｍｉＲＮＡの検出方法は当該技術分野において既知であり、これらに限定されるものではないが、ノーザンブロット法（Ｖａ（’）ｒａｌｌｙａｙ ｅｔ ａｌ；２００８；Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ；３；１９０〜１９６）、マイクロアレイ（Ｂａｒａｄ ｅｔ ａｌ；２００４；Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ；１４（１２）：２４８６〜９４）、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ；２０１０；Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ；６２９：２８７〜２９４）、液相中の単一分子検出（Ａｒａｔａ ｅｔ ａｌ；２０１２；ＰＬｏＳ ＯＮＥ；７（１１）：ｅ４８３２９）、超並列配列決定（massively parallel sequencing）（Ｅｍｉｎａｇａ ｅｔ ａｌ；２０１３；Ｃｕｒｒ Ｐｒｏｔｏｃ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ；１０３：４．１７〜４．１７．１４）、及び定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）（Ｖａｒｋｏｎｙｉ−Ｇａｓｉｃ ｅｔ ａｌ．；２００５）が挙げられる。
試料中のＲＮＡは、ｍｉＲＮＡ配列の検出前に増幅することができる。試料中のＲＮＡを増幅する方法は当該技術分野において既知であり、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられる。
ＲＴ−ＰＣＲによるｃＤＮＡ合成のプライマーは、全てのｍｉＲＮＡ配列に共通の配列を供給することにより、例えば、ライゲーション又はターミナルトランスフェラーゼの作用と、その後のアダプターオリゴッド（Ｔ）プライマー（adaptor-oligo（dT）primer）のアニーリングでポリ（Ａ）テールなどを供給することにより、提供することができる。更なる方法は、ステムループプライマーの使用及び／又はｍｉＲＮＡ特異的プライマーの使用を含む。
多型位置
用語「多型」は、ヌクレオチド配列が異なる、又は、様々な数の反復ヌクレオチド単位を有する、遺伝子座の母集団における２種以上の別の形態（対立遺伝子）を指す。多型は、遺伝子の翻訳領域（エクソン）、非翻訳領域、又は遺伝子外領域（遺伝子間領域）に生じる。
「対立遺伝子」は、遺伝子の他の形態、遺伝子マーカー、又は他の遺伝子座と区別できる、遺伝子の特定の形態、遺伝子マーカー、又は他の遺伝子座である。用語「対立遺伝子」としては、例えば、これに限定するものではないが、一塩基多型（ＳＮＰ）の一形態が挙げられる。それぞれは、二倍体細胞中の特定の対立遺伝子についてホモ接合の場合があり、すなわち、対になる両方の染色体上の対立遺伝子は同一である、又は、上記の対立遺伝子についてヘテロ接合の場合があり、すなわち、対になる両方の染色体上の対立遺伝子は同一ではない。
用語「遺伝子」は、１つの機能を実行するＤＮＡの単位を指す。通常、この機能は１つのＲＮＡ又は１つのタンパク質の産生に相当する。遺伝子は、翻訳領域、イントロン、非翻訳領域、及び調節領域を含有し得る。
本明細書で用いる場合、語句「遺伝子マーカー」は、ある個体の、対象とする１つ以上の遺伝子座に関連するゲノム（例えば、ある個体のゲノム中に存在するヌクレオチド配列又はポリヌクレオチド配列）の特徴を指す。典型的には、遺伝子マーカーは多型であり、遺伝子マーカーの変異型としては、他にも多くの例はあるがとりわけ、例えば、一塩基多型（ＳＮＰ）、インデル（すなわち、挿入／欠失）、単純反復配列（ＳＳＲ）、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、ランダム増幅多型ＤＮＡ法（ＲＡＰＤ）、開裂増幅多型配列（ＣＡＰＳ）マーカー、多様性アレイ法（Diversity Arrays Technology）（ＤＡｒＴ）マーカー、及び増幅断片長多型（ＡＦＬＰ）、マイクロサテライト、又は単純反復配列（ＳＳＲ）が挙げられる。
「一塩基多型（ＳＮＰ）」は、ゲノム（又はある種の個体間で共有されている他の配列）中の単一のヌクレオチド−Ａ（アデニン）、Ｔ（チミン）、Ｃ（シトシン）、又はＧ（グアニン）−が、ある種の個体間（又は個体における対になる染色体間）で異なる場合に生じる、ＤＮＡ配列の変異である。
「遺伝子型」は、本明細書で用いる場合、個体において対になる（相同）染色体上の単一の遺伝子座上の遺伝子マーカーの両方の対立遺伝子の組み合わせを指し、例えば、ＳＮＰに限定されない。
用語「ハプロタイプ」は、同一の染色体上に共に位置する別個のマーカー（例えば、ＳＮＰ）の変異型又は対立遺伝子を指す。
「連鎖不平衡」（「対立遺伝子の相関」とも呼ばれる）は、所与の母集団において個体頻度から予期されるよりも高頻度で親から子孫へと分離する場合に、２つ以上の遺伝子座にある特定の対立遺伝子が共に連鎖群を保つ傾向にある現象を指す。
一態様において、本発明は、１つ以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な減量の程度、及び／又は１つ以上の食事介入後の減量の維持の程度を予測するための方法であって、方法が、対象から得られた１つ以上の試料中のマイクロＲＮＡ−４８６（ｍｉＲ−４８６）のレベルを測定するステップ、及び／又はｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した１つ以上の多型位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含む、方法を提供する。
別の態様において、本発明は、１つ以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な血糖コントロールの改善の程度を予測するための方法であって、方法が、対象から得られた１つ以上の試料中のマイクロＲＮＡ−４８６（ｍｉＲ−４８６）のレベルを測定するステップ、及び／又はｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した１つ以上の多型位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含む、方法を提供する。
多型部位は、対象母集団において、１つ以上の食事介入を適用することによって達成可能な減量、及び／又は１つ以上の食事介入後の減量の維持との関連性を有するものであり得る。これは、多型部位の特定のヌクレオチド又はヌクレオチド配列が、上記の減量及び／又は維持に関連することを意味する。
多型部位は、対象母集団において１つ以上の食事介入を適用することによって達成可能な血糖コントロールの改善との関連性を有するものであり得る。これは、多型部位の特定のヌクレオチド又はヌクレオチド配列が、上記の血糖コントロールの改善と相関性があることを意味する。
ｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した多型位置は、表１及び／又は表２で同定されるＳＮＰのうちの１つ以上であり得る。
したがって、本方法は、配列番号３〜３３のうちの１つ以上の２６番目の位置の対象のヌクレオチドを決定するステップを含み得る。
本方法は、配列番号３（ｒｓ５４５９３６）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号３の２６番目の位置のＧの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号４（ｒｓ６９８１５８７）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号４の２６番目の位置のＣの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号５（ｒｓ１９０２４９１６７）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号５の２６番目の位置のＣの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉＲ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号６（ｒｓ５６３０６９６２）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号６の２６番目の位置のＣの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号７（ｒｓ５１８６２９）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号７の２６番目の位置のＴの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号８（ｒｓ７７０７２６４５）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号８の２６番目の位置のＧの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号９（ｒｓ４８６４９９）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号９の２６番目の位置のＧの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号１０（ｒｓ５５４３４０）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号１０の２６番目の位置のＣの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号１１（ｒｓ５１９６１９）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号１１の２６番目の位置のＡの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号１２（ｒｓ１１９９６５７６）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号１２の２６番目の位置のＧの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号１３（ｒｓ３７３６２１７）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号１３の２６番目の位置のＧの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号１４（ｒｓ６９８３３０５）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号１４の２６番目の位置のＴの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号１５（ｒｓ５５７９４９３３）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号１５の２６番目の位置のＡの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号１６（ｒｓ７２６３８９４１）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号１６の２６番目の位置のＣの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号１７（ｒｓ７２６３８９５２）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号１７の２６番目の位置のＧの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号１８（ｒｓ７２６３８９３９）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号１８の２６番目の位置のＣの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号１９（ｒｓ７２６３８９４０）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号１９の２６番目の位置のＡの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号２０（ｒｓ１１７９５６０５９）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号２０の２６番目の位置のＣの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号２１（ｒｓ７２６３８９４３）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号２１の２６番目の位置のＴの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号２２（ｒｓ７２６３８９４４）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号２２の２６番目の位置のＧの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号２３（ｒｓ７２６３８９４５）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号２３の２６番目の位置のＣの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号２４（ｒｓ７２６３８９４７）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号２４の２６番目の位置のＣの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号２５（ｒｓ７２６３８９５０）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号２５の２６番目の位置のＡの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号２６（ｒｓ７８６７３９３０）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号２６の２６番目の位置のＡの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号２７（ｒｓ１３９１８３５９４）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号２７の２６番目の位置のＴの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号２８（ｒｓ７７３８５４９５）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号２８の２６番目の位置のＴの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号２９（ｒｓ１１７１３５７９９）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号２９の２６番目の位置のＴの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号３０（ｒｓ１１７３０８３２１）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号３０の２６番目の位置のＡの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号３１（ｒｓ７６３５６８８９）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号３１の２６番目の位置のＴの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号３２（ｒｓ８０１０５６１３）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号３２の２６番目の位置のＴの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
本方法は、配列番号３３（ｒｓ１１６９６４３９６）の２６番目の位置にある対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができ、配列番号３３の２６番目の位置のＡの存在が、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されること、及び／又は、対象はより高いｍｉｒ−４８６レベルを有すると予測されることを示す。
上記で言及した「２６番目の位置のＸ」（ここで、「Ｘ」は、配列番号３〜３３のそれぞれについての２６番目の位置でそれぞれ同定されるヌクレオチドである）は、対象が、上記の部位にＸのコピーを少なくとも１つ有することを意味し、すなわち、対象は、遺伝子型Ｘ／Ｘ（ホモ接合）又はＸ／Ｙ（ヘテロ接合）（ここで、ＹはＸ以外のいずれかのヌクレオチドである）を有する場合がある。
例えば、「配列番号３の２６番目の位置のＧ」は、対象が、上記の部位にＧのコピーを少なくとも１つ有することを意味し、すなわち、対象は、遺伝子型Ｇ／Ｇ（ホモ接合）又はＧ／Ｙ（ヘテロ接合）（ここで、ＹはＧ以外のいずれかのヌクレオチドである）を有する場合がある。
本出願において、ＳＮＰは、例えば、配列番号３〜３３における位置（例えば２６番目の位置）を参照することによって言及されることに留意されたい。しかしながら、このような参照がなされる場合、本発明は、配列番号に記載の通りの正確な配列に限定されるものではなく、これらの変異型及び誘導体を含むものであることが理解されよう。むしろ、類似配列におけるＳＮＰの位置の同定（すなわち、配列番号において同定された位置に相当するものと同業者によりみなされ得る位置にあるＳＮＰ）が想定される。当業者は、類似配列を容易に特定し、同じＳＮＰ位置を特定することができる。
配列番号３〜３３の２６番目の位置のヌクレオチドと塩基対を形成する、配列番号３〜３３に対する相補鎖中のヌクレオチドの検出は、当然のことながら、本発明の特許請求の範囲内にあることを更に留意されたい。
用語「１つ以上の多型位置」は、本明細書で用いる場合、本明細書に記載の多型位置のうちの、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、若しくは少なくとも３０個、又は全てを含み得る。
一実施形態において、１つ以上の多型位置は、（ｉ）配列番号３（ｒｓ５４５９３６）の２６番目の位置、（ｉｉ）配列番号４（ｒｓ６９８１５８７）の２６番目の位置、及び（ｉｉｉ）配列番号５（ｒｓ１９０２４９１６７）の２６番目の位置から選択される。
本方法は、配列番号３の２６番目の位置のＧ若しくはＡ、及び／又は配列番号４の２６番目の位置のＴ若しくはＣ、及び／又は配列番号５の２６番目の位置のＴ若しくはＣの存在を決定するステップを含むことが好ましい。
一実施形態において、本方法は、配列番号３の２６番目の位置のＧ、及び／又は配列番号４の２６番目の位置のＣ、及び／又は配列場号５の２６番目の位置のＣの存在を決定するステップを含み得る。
対象が、上記で同定した配列番号３〜３３のうちのいずれか１つの２６番目の位置のヌクレオチド（複数可）を有していない場合、これらのヌクレオチド（複数可）を有している対象に比べ、対象は、１つ以上の食事介入の適用後、減量がより少ないことが予測されること、及び／又は、対象は減量を維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の対象への適用後、血糖コントロールの改善がより低いことが予測されることを示し得るのが、当業者には明らかであろう。
本発明の１つ以上の多型位置における変異ヌクレオチドの存在又は非存在の検出に用いられ得る数多くの分析手順が存在することは、当業者には明らかであろう。概して、対立遺伝子変異の検出は、変異を識別する手法、場合によっては増幅反応、場合によってはシグナル発生系を必要とする。
対立遺伝子の検出
試料から得られた核酸の遺伝子型を決定し、マーカー遺伝子座に存在する特定の対立遺伝子を同定することができる。試料からマーカーの対立遺伝子を直接検出するのに十分な量の試料を得ることができる。
あるいは、より少量の試料を対象から得て、検出前に核酸を増幅する。場合により、核酸試料は、マーカー対立遺伝子の検出前に精製（又は部分的に精製）される。
対立遺伝子検出法の例を以下に示す。
対立遺伝子特異的ＰＣＲ
対立遺伝子特異的ＰＣＲは、変異若しくは多型が存在する又は存在しない（presence of absence）という点で異なる標的領域を区別する。ＰＣＲ増幅プライマーは、本明細書に開示の配列などの標的配列に対する相補性に基づいて選択される。プライマーは、標的配列の特定の対立遺伝子に対してのみ結合する。
対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドスクリーニング法
更なるスクリーニング法は、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）スクリーニング法（例えば、Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３２４：１６３〜１６６，１９８６を参照）を利用する。
任意の特定の対立遺伝子に対し、１つ以上の塩基対のミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが生成される。ＡＳＯスクリーニング法は、標的ゲノム又はＰＣＲ増幅したＤＮＡ中の１つの対立遺伝子と、他の対立遺伝子と間のミスマッチを検出し、第２の対立遺伝子（すなわち、他の対立遺伝子）オリゴヌクレオチドに比べ、オリゴヌクレオチドの結合の減少を示す。オリゴヌクレオチドプローブは、低ストリンジェンシー下では対立遺伝子の多型形態の両方に結合するが、高ストリンジェンシー下ではこれらが対応する対立遺伝子に結合するよう設計できる。あるいは、ストリンジェンシー条件は、本質的に二値応答が得られるように考案することができ、すなわち、標的遺伝子の変異型に対応するＡＳＯは、対立遺伝子とはハイブリダイズし、野生型対立遺伝子とはハイブダイズしない。
リガーゼによる対立遺伝子検出法
リガーゼを用い、ライゲーション増幅反応におけるＳＮＰなどの点変異を検出することもできる（例えば、Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０〜５６９，１９８９に記載）。ライゲーション増幅反応（ＬＡＲ）は、連続した一連のテンプレート依存型ライゲーションを用いる、特異的ＤＮＡ配列の増幅を利用する（例えば、上記のＷｕ、及びＢａｒａｎｙ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８８：１８９〜１９３，１９９０に記載）。
変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法
ポリメラーゼ連鎖反応を用いて生成された増幅産物は、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法を用いて分析することができる。異なる対立遺伝子は、異なる配列に依存した融解特性、及び溶液中のＤＮＡの電気泳動に基づいて同定することができる。ＤＮＡ分子は、高温条件下又は変性条件下で、融解ドメインと呼ばれるセグメントで融解する。
各融解ドメインは、別個の塩基特異的融解温度（Ｔｍ）で、協同的に融解する。融解ドメインは少なくとも２０塩基対の長さで、最大数百塩基対の長さとなり得る。
配列特異的融解ドメインの違いに基づく対立遺伝子間の識別は、Ｃｈａｐｔｅｒ ７ ｏｆ Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９２）に記載のポリアクリルアミドゲル電気泳動法を用いて評価することができる。
概して、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法によって分析される標的領域を、標的領域に隣接するＰＣＲプライマーを用いて増幅する。増幅されたＰＣＲ産物を、Ｍｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５５：５０１〜５２７，１９８６、及びＭｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，ｉｎ Ｇｅｎｏｍｉｃ Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｋ．Ｄａｖｉｅｓ Ｅｄ．ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ，Ｏｘｆｏｒｄ，ｐｐ．９５ １３９，１９８８に記載のように、線形の変性剤濃度勾配を有するポリアクリルアミドゲルにアプライする。電気泳動システムは、標的配列の融解ドメインのＴｍよりもわずかに低い温度で維持する。
変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法の代替法では、標的配列を、上記のＣｈａｐｔｅｒ ７ ｏｆ Ｅｒｌｉｃｈに記載の、ＧＣクランプと呼ばれるＧＣヌクレオチドの区間に最初に取り付ける場合がある。一例において、ＧＣクランプ中のヌクレオチドの少なくとも８０％が、グアニン又はシトシンのいずれかである。別の例において、ＧＣクランプは、少なくとも３０塩基長である。この方法は、高Ｔｍを有する標的配列に特に好適である。
概して、標的領域は、上記のポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。オリゴヌクレオチドＰＣＲプライマーのうちの一方は、その５’末端に、増幅中に標的領域の５’末端に組み込まれる、少なくとも３０塩基のＧＣリッチ配列を有するＧＣクランプ領域を有する。得られた標的領域の増幅産物を、上記の変性剤濃度勾配条件下で、電気泳動ゲルにおいて泳動する。単一の塩基の変化によって異なるＤＮＡ断片は、ゲル中を通過して異なる位置まで泳動し、これは臭化エチジウム染色によって可視化することができる。
温度勾配ゲル電気泳動法
温度勾配ゲル電気泳動法（ＴＧＧＥ）は、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法と同じ原理に基づくものである。ただし、変性剤濃度勾配は、化学変性剤の濃度の違いの代わりに、温度の違いによりもたらされる。標準的なＴＧＧＥは、電気泳動経路に沿って温度勾配が連続している電気泳動装置を利用する。化学変性剤の濃度が均一なゲル中を試料が泳動するのにつれ、試料は温度の上昇を受ける。ＴＧＧＥの代替法である経時的温度勾配ゲル電気泳動法（ＴＴＧＥ又はｔＴＧＧＥ）は、電気泳動ゲル全体の温度を絶え間なく上昇させ、同じ結果をもたらす。試料がゲル中を泳動するのにつれ、ゲル全体の温度が上昇し、これによって、試料がゲル中を泳動するのにつれ、温度の上昇を受けることになる。試料の調製は、ＧＣクランプを組み込むＰＣＲ増幅、及び産物の可視化を含め、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法と同じである。
一本鎖高次構造多型解析
標的配列又は対立遺伝子は、例えば、Ｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８５：２７６６〜２７７０，１９８９に記載のように、一本鎖ＰＣＲ産物の電気泳動に変更を加えて塩基の違いを同定する、一本鎖高次構造多型解析を用い、識別することができる。増幅したＰＣＲ産物を上記のように生成し、加熱又は何らかの方法により変性し、一本鎖の増幅産物を形成することができる。一本鎖核酸はリフォールディングする場合がある、又は、塩基配列に部分的に依存する二次構造を形成する場合がある。したがって、一本鎖増幅産物の電気泳動により、対立遺伝子間又は標的配列間の塩基配列の違いを検出することができる。
ミスマッチの化学的又は酵素的切断
標的配列間の違いは、例えば、Ｇｒｏｍｐｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．４８：２１２〜２２２，１９９１に記載のように、ミスマッチした塩基対の特異的な化学的切断により検出することもできる。別の方法において、標的配列間の違いは、Ｎｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ４：１１〜１８，１９９３に記載のように、ミスマッチした塩基対の酵素的切断により検出することができる。簡潔に説明すると、動物由来及び何らかの影響を受けたファミリーメンバー（affected family member）由来の遺伝物質を用い、ミスマッチのないヘテロハイブリッドＤＮＡ二本鎖を作製することができる。本明細書で用いる場合、「ヘテロハイブリッド」は、ある動物に由来する１つ目のＤＮＡ鎖と、別の動物に由来する２つ目のＤＮＡ鎖とを含むＤＮＡ二本鎖を意味し、通常、動物は、対象とする形質について表現型が異なる。
非ゲルシステム
有用であり得る他の手法としては、ＴａｑＭａｎ（商標）（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）などの非ゲルシステムが挙げられる。このシステムでは、オリゴヌクレオチドＰＣＲプライマーが、対象とする変異に隣接し、この領域をＰＣＲ増幅させるように設計される。次いで、３番目のオリゴヌクレオチドプローブは、この遺伝子の異なる対立遺伝子間の変化を受けた塩基を含む領域にハイブリダイズするように設計される。このプローブは、５’末端及び３’末端の両方で、蛍光色素により標識される。これらの色素は、互いに近接している間はこれらのうちの一方の蛍光が他方によって消光され、検出不能となるように選択される。Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼは、テンプレートの５’末端に配置されたＰＣＲプライマーからプローブに対して伸長し、アニーリングしたプローブの５’末端に結合している色素を、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性によって切断する。これによって消光効果がなくなり、プローブの３’末端の色素からの蛍光が検出可能となる。異なるＤＮＡ配列間の識別は、テンプレート分子に対するプローブのハイブリダイゼーションが完全でない場合、すなわち、何らかの形態のミスマッチがある場合には色素の切断が起こらないことによってなされる。したがって、オリゴヌクレオチドプローブのヌクレオチド配列が、結合するテンプレート分子と完全に相補的な（complimentary）場合にのみ、消光がなくなる。反応混合物は、存在し得る異なる対立遺伝子に対してそれぞれ設計された２つの異なるプローブ配列を含むことができ、したがって、１回の反応で両方の対立遺伝子を検出することができる。
対立遺伝子変異を検出するための多くの現行の方法が、Ｎｏｌｌａｕ ｅｔ ａｌ，Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３，１１１４〜１１２０，１９９７；並びに標準的なテキスト、例えば、「Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ」，Ｅｄ．ｂｙ Ｕ．Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９６、及び「ＰＣＲ」，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ ｂｙ Ｎｅｗｔｏｎ ＆ Ｇｒａｈａｍ，ＢＩＯＳ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ，１９９７でレビューされている。
バイオマーカーの組み合わせ
本発明の方法において、個々のバイオマーカーが予測値を有し得るが、一方、本方法の品質及び／又は予測能力は、複数のバイオマーカーから得られる値を組み合わせることによって改善することができる。
例えば、本方法は、本明細書に記載の１つ以上の多型位置にある、対象のヌクレオチドを決定するステップを含むことができる。
本方法は、ｍｉＲ−４８６のレベルを、本明細書に記載の１つ以上の多型位置にある、対象のヌクレオチドを決定するステップと組み合わせるステップを含むことができる。
試料中の１つ以上のバイオマーカーのレベルの測定
一実施形態において、１つ以上のバイオマーカーのレベルを、食事介入の前に測定する。別の実施形態において、１つ以上のバイオマーカーのレベルを、食事介入の前後に測定する。バイオマーカーレベルはまた、食事介入の期間中、所定の時点で測定してもよい。これらの所定の時点は、食事介入期間中、例えば、毎日若しくは３日ごとといった定期的なものであってもよく、又は試験されている対象、分析されている試料の種類、及び／若しくは達成すると予測される減量の程度によって異なってもよい。
食事介入前に得られた場合、バイオマーカーレベルは「空腹時レベル」と呼ばれることがある。食事介入後に得られた場合、バイオマーカーレベルは「カロリー摂取時レベル」と呼ばれることがある。例えば、バイオマーカーレベルは、空腹時に測定してもよく、又は空腹時及びカロリー摂取後に測定してもよい。各バイオマーカーの空腹時レベルを測定することが、最も好ましい。
一実施形態において、バイオマーカーレベルを基準値と比較する。この場合、試料中のバイオマーカーレベル及び基準値は、同じ分析方法を用いて測定する。
基準又は対照との比較
本方法は、試験試料中のバイオマーカー（例えばｍｉＲ−４８６）のレベルを１つ以上の基準値又は対照値と比較するステップを更に含む場合がある。基準値は、対象が食事介入後に減量及び／又は血糖コントロールを改善する、あらかじめ定義された能力と関連する場合がある。いくつかの実施形態において、基準値は、ある特定の食事介入後の対象又は対象の群について以前に得られた値である。基準値は、食事介入後の対象の群から得られる平均レベル、例えば平均値又は中央値レベルに基づいていてもよい。
人体計測値及び／又は生活習慣の特徴とバイオマーカーレベルとの組み合わせ
一実施形態において、本方法は、ｍｉＲ−４８６のレベル、及び／又は本明細書で言及する遺伝子型の決定（例えば、多型マーカー、例えば、本明細書に記載のＳＮＰの存在の決定）を、対象の１つ以上の人体計測値及び／又は生活習慣の特徴と組み合わせるステップを更に含む。この情報を組み合わせることにより、対象により達成可能な減量及び／又は血糖コントロールの改善の程度について、改良された予測モデルがもたらされる。
当該技術分野において知られているように、人体計測値は対象の測定値である。一実施形態において、人体計測値は、性別、年齢（年）、体重（キログラム）、身長（センチメートル）、体脂肪組成（キログラム）、及び体格指数（ｋｇ／ｍ２）からなる群から選択される。他の人体計測値も当業者には既知であろう。
用語「生活習慣の特徴」は、対象が行う任意の生活習慣の選択であり、これには、生活習慣、動機づけ、又は嗜好に関する質問表から得られる全ての食事摂取量データ、活動性尺度又はデータが含まれる。一実施形態において、生活習慣の特徴は、対象が喫煙者であるか又は非喫煙者であるかに関するものである。これはまた、本明細書では対象の喫煙状況とも言う。
好ましい実施形態において、対象から得た試料について、ｍｉＲ−４８６レベルの測定及び／又は本明細書で言及する遺伝子型の決定（例えば、多型マーカー、例えば、本明細書に記載のＳＮＰの存在の決定）が行われ、これらのレベルは、対象によって達成可能な減量及び／又は血糖コントロールの改善を予測するため、対象の性別、年齢、喫煙状況、及び体格指数と組み合わされる。減量の程度は、食事介入を適用することによって対象が達成すると予測される体格指数によって表すのが好ましい。
一実施形態において、対象は欧州系の祖先を持つ。
対象の層別化
本発明の方法によって予測される、減量及び／又は血糖コントロールの改善の程度はまた、１つ以上の所定の閾値と比較される場合がある。このような閾値を用い、対象を、予測される減量及び／又は血糖コントロールの改善の程度を示すカテゴリー、例えば、減量及び／又は血糖コントロールの改善について予測される程度が低い、中程度である、高い、及び／又は非常に高いことを示すカテゴリーに層別化することができる。閾値からの逸脱の程度は、どの対象が特定の介入から最も効果を得るのかを特定するのに有用である。このようにして、食事介入及び生活習慣の改善を最適化することができ、対象によって達成される減量及び／又は血糖コントロールの改善について現実的な期待値を設定することができる。
一実施形態において、カテゴリーには減量抵抗性の対象及び易減量性（weight loss sensitive）の対象が含まれる。
用語「減量抵抗性」は、予測される減量の程度が所定の値よりも低いことを意味する。「減量抵抗性」は、減量のパーセント値が所定の値よりも低い対象であると定義するのが好ましく、例えば、対象に期待される減量の１０、１５、２０、又は３０パーセンタイル未満の減量が予測される対象である。
減量の程度をＢＭＩ単位数の低下によって表すのが好ましく、ここで、ＢＭＩの低下＝（（ＢＭＩ１−ＢＭＩ２）＊１００）／ＢＭＩ１であり、ＢＭＩ１は食事介入前の対象の体格指数であり、ＢＭＩ２は食事介入後の対象に予測される体格指数である。
用語「易減量性」は、予測される減量の程度が所定の値よりも高いことを意味する。「易減量性」は、減量のパーセント値が所定の閾値を上回る対象であると定義するのが好ましく、例えば、期待される減量の８５、８０、又は７５パーセンタイル超の減量が予測される対象である。
「期待される減量」は、試験されるものとして同じ食事介入を受けた対象の母集団のデータから得ることができる。
別の実施形態において、対象を、肥満又は肥満関連疾患に関する対象のリスク低減、例えば、小さい、中程度の、大きい、及び／又は非常に大きいリスク低減を示す、「易減量性」又は「減量抵抗性」のカテゴリーに層別化してもよい。リスク低減が小さい群、中程度の群、及び大きい群は、絶対的な減量によって定義することができ、ここで、絶対的な減量は、肥満又は特定の肥満関連疾患についての臨床基準に関するものである。
例えば、目的が肥満者の２型糖尿病に関するリスクを低減することである場合、「非常に大幅なリスク低減」は、食事介入後に少なくとも１０％の減量が予測されるものと定義することができる。これは、Ｐａｒｔ ＩＩ ｏｆ ｔｈｅ Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎ Ｔｅｃｈ Ｒｅｐ Ｓｅｒ．２０００；８９４：ｉ−ｘｉｉ，１〜２５３に記載の基準に準拠するものである。更に、肥満者の体重が１％減少するごとに、収縮期血圧及び拡張期血圧の低下、並びに低密度リポタンパクコレステロールの低下がもたらされ、したがって心血管疾患及び脂質異常症のリスクがそれぞれ低減される。
一実施形態において、カテゴリーには血糖コントロール抵抗性の対象及び血糖コントロール感応性（glycemic control sensitive）の対象が含まれる。
用語「血糖コントロール抵抗性」は、予測される血糖コントロールの改善の程度が所定の値よりも低いことを意味する。「血糖コントロール抵抗性」は、対象の血糖コントロールの改善のパーセント値が所定の値よりも低いことと定義するのが好ましく、例えば、予測される血糖コントロールの改善が、対象に期待される血糖コントロールの改善の１０、１５、２０、又は３０パーセンタイル未満である。
血糖コントロールの改善の程度は、本明細書に記載の血糖コントロールの測定値における変化によって表すのが好ましく、ここで、血糖コントロールの改善＝（（ＧＣ１−ＧＣ２）＊１００）／ＧＣ１であり、ＧＣ１は食事介入前の対象の血糖コントロールの測定値であり、ＧＣ２は食事介入後の対象の血糖コントロールの測定値である。
用語「血糖コントロール感応性」は、予測される血糖コントロールの改善の程度が所定の値よりも高いことを意味する。「血糖コントロール感応性」は、血糖コントロールの改善のパーセント値が所定の閾値を上回る対象であると定義するのが好ましく、例えば、期待される血糖コントロールの改善の８５、８０、又は７５パーセンタイル超の血糖コントロールの改善が予測される対象である。
「期待される血糖コントロールの改善」は、試験されるものとして同じ食事介入を受けた対象の母集団のデータから得ることができる。
別の実施形態において、対象を、肥満又は肥満関連疾患に関する対象のリスク低減、例えば、小さい、中程度の、大きい、及び／又は非常に大きいリスク低減を示す、「血糖コントロール感応性」又は「血糖コントロール抵抗性」のカテゴリーに層別化することができる。リスク低減が小さい群、中程度の群、及び大きい群は、絶対的な減量によって定義することができ、ここで、絶対的な減量は、肥満又は特定の肥満関連疾患についての臨床基準に関するものである。
例えば、目的が肥満者の２型糖尿病に関するリスクを低減することである場合、「非常に大幅なリスク低減」は、食事介入後に少なくとも１０％の減量が予測されるものと定義することができる。これは、Ｐａｒｔ ＩＩ ｏｆ ｔｈｅ Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎ Ｔｅｃｈ Ｒｅｐ Ｓｅｒ．２０００；８９４：ｉ〜ｘｉｉ，１〜２５３に記載の基準に準拠するものである。更に、肥満者の体重が１％減少するごとに、収縮期血圧及び拡張期血圧の低下、並びに低密度リポタンパクコレステロールの低下がもたらされ、したがって心血管疾患及び脂質異常症のリスクがそれぞれ低減される。
対象の生活習慣の改善を選択するための方法
更なる態様において、本発明は、対象の生活習慣を改善するための方法を提供する。対象における生活習慣の改善は、本明細書に記載のような任意の変更であってもよく、例えば、食事の変更、より多くの運動、異なる作業環境及び／又は生活環境などである。
改善は、本明細書に記載の食事介入であることが好ましい。食事介入は、少なくとも１種のダイエット食品の投与を含むことがより好ましい。ダイエット食品は、以前に摂取されていなかった、又は、対象によって異なる量で摂取されていたものであることが好ましい。ダイエット食品は、本明細書に記載の通りであり得る。また対象の生活習慣の変更には、対象が自身の生活習慣を変える必要性を示すこと、例えば、より多くの運動又は禁煙を指示することが含まれる。
例えば、低カロリー食療法で、対象に減量及び／又は血糖コントロールの改善が予測されない場合、改善には、対象の生活習慣において、より多くの運動が含まれる場合がある。
ダイエット食品の使用
一態様において、本発明は、減量のための低カロリー食療法の一部として用いるためのダイエット食品を提供する。ダイエット食品は、本明細書に記載の方法によって、減量の程度、体重維持、及び／又は血糖コントロールの改善の程度を達成すると予測される対象に投与される。
別の態様において、本発明は、肥満又は肥満関連疾患の治療に用いるためのダイエット食品であって、ダイエット食品が、本明細書に記載の方法によって減量の程度、体重維持、及び／又は血糖コントロールの改善の程度を達成すると予測される対象に投与される、ダイエット食品を提供する。
肥満関連疾患は、糖尿病（例えば２型糖尿病）、脳卒中、高コレステロール、心臓血管疾患、インスリン抵抗性、冠動脈性心疾患、メタボリックシンドローム、高血圧、及び脂肪肝からなる群から選択され得る。更なる態様において、本発明は、減量のための低カロリー食療法におけるダイエット食品の使用であって、ダイエット食品が、本明細書に記載の方法によって減量の程度、体重維持、及び／又は血糖コントロールの改善の程度を達成すると予測される対象に投与される、使用を提供する。
プライマー／プローブ
本発明の一態様によると、本明細書に記載の多型位置にある多型（例えば表１又は表２に示したもの）を検出可能な、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブが提供される。
本発明の別の態様によると、
（ｉ）配列番号３（ｒｓ５４５９３６）の２６番目の位置
（ｉｉ）配列番号４（ｒｓ６９８１５８７）の２６番目の位置、又は
（ｉｉｉ）配列番号５（ｒｓ１９０２４９１６７）の２６番目の位置
から選択される多型位置を検出可能な、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブが提供される。
本明細書に記載の多型位置を検出可能な対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブについて言及する場合は、本明細書に記載の多型の相補体（compliment）（例えば表１又は表２に示したもの）を検出可能な、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを含むことに留意されたい。
例えば、配列番号３の２６番目の位置、配列番号４の２６番目の位置、又は配列番号５の２６番目の位置から選択される多型位置を検出可能な対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブは、これらの位置のそれぞれの相補体（compliment）を検出可能な対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを含む。
本発明は、１つ以上の食事介入後に減量の程度及び／又は減量の維持の程度及び／又は血糖コントロールの改善の程度を達成すると予測される対象の特定に用いるための、本明細書に記載の多型位置にある多型（例えば表１又は表２に示したもの）を検出可能な対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマーを更に提供する。
本発明は、１つ以上の食事介入後に減量の程度及び／又は減量の維持の程度及び／又は血糖コントロールの改善の程度を達成すると予測される対象の特定に用いるための、本明細書に記載の多型位置にある多型（例えば表１又は表２に示したもの）を検出可能な対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを更に提供する。
本発明の対立遺伝子特異的プライマーは、概して、例えばＡＲＭＳ（商標）アッセイに用いられるように、特定の配列位置における１種の対立遺伝子を選択的に増幅することによって対立遺伝子同士を識別する、ＰＣＲ反応などの増幅反応において、コンスタントプライマー（constant primer）と共に用いられる。本発明の対立遺伝子特異的プライマーは、好ましくは１５〜５０ヌクレオチド、より好ましくは約１５〜３５ヌクレオチド、更により好ましくは約１７〜３０ヌクレオチドである。
プライマーは、任意の従来の合成法を用いて製造することができる。このような方法の例は、標準的なテキスト、例えば、「Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ；Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ」，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｓｅｒｉｅｓ；Ｖｏｌｕｍｅ ２０；Ｅｄ．Ｓｕｄｈｉｒ Ａｇｒａｗａｌ，Ｈｕｍａｎａ ＩＳＢＮ：０−８９６０３−２４７−７；１９９３；１ｓｔ Ｅｄｉｔｉｏｎに見出すことができる。必要とされる場合、プライマー（複数可）を標識して検出を容易にすることができる。
プローブの設計は、当業者である分子生物学者には明らかであろう。このようなプローブは、例えば、最大１００塩基長、最大５０塩基長、最大４０塩基長、及び最大３０塩基長などの、任意の好都合な長さである。例えば、プローブは、１０〜３０塩基長、好ましくは１８〜３０塩基長であり得る。プローブは、標的配列に完全に相補的な塩基配列を含み得る。しかしながら、必要とされる場合、オリゴヌクレオチドプローブの識別能が過度に影響を受けなければ、１つ以上のミスマッチが導入されていてもよい。本発明のプローブは、検出を容易にする１つ以上の標識を有し得る。
本明細書に記載の多型位置にある多型を検出可能な対立遺伝子特異的プローブは、ハイブリダイゼーション反応において、表１又は表２に「Ｒｅｆ対立遺伝子」として示した塩基を配列番号３〜３６のそれぞれの２６番目の位置にそれぞれ含む配列（又はこのような遺伝子若しくは断片に相補的な配列）と、異なる塩基を配列番号３〜３６のそれぞれの２６番目の位置にそれぞれ含む配列（又はこのような遺伝子若しくは断片に相補的な配列若しくは断片）とを識別することができる。
例えば、配列番号３の２６番目の位置にある多型を検出可能な対立遺伝子特異的プローブは、ハイブリダイゼーション反応において、塩基Ａを配列番号３の１０１番目の位置に含む配列（又はこのような遺伝子若しくは断片に相補的な配列）と、塩基Ｇを配列番号３の２６番目の位置に含む配列（又はこのような遺伝子若しくは断片に相補的な配列若しくは断片）とを識別することができる。
本発明のプライマー及び／又はプローブは、典型的には、核酸（例えばＤＮＡ又はｃＤＮＡ）の形態となろう。あるいは、プライマー及び／又はプローブは、核酸類似体、例えば、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、ＬＮＡ（ロックド核酸）、又はＢＮＡ（架橋核酸）であってもよい。プライマー又はプローブは、ＬＮＡ又はＰＮＡにより部分的に置換された核酸であってもよい。
プライマー設計戦略
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法の使用の増加に伴い、ＰＣＲ用のプライマーとして用いられるオリゴヌクレオチドの設計又は選択を支援する多くのプログラムの開発が活発となった。インターネットを通じて無料で利用できるこのようなプログラムの４例には、以下のものがある：すなわち、ＰＲＩＭＥＲ（Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ ＩｎｓｔｉｔｕｔｅのＭａｒｋ Ｄａｌｙ及びＳｔｅｖｅ Ｌｉｎｃｏｌｎによる）（ＵＮＩＸ（登録商標）、ＶＭＳ、ＤＯＳ、及びＭａｃｉｎｔｏｓｈ）、オリゴヌクレオチド選択プログラム（ＯＳＰ）（Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ）のＰｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ及びＬａＤｅａｎａ Ｈｉｌｌｅｒによる）（ＵＮＩＸ（登録商標）、ＶＭＳ、ＤＯＳ、及びＭａｃｉｎｔｏｓｈ）、ＰＧＥＮ（Ｙｏｓｈｉによる）（ＤＯＳのみ）、及びＡｍｐｌｉｆｙ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ＷｉｓｃｏｎｓｉｎのＢｉｌｌ Ｅｎｇｅｌｓによる）（Ｍａｃｉｎｔｏｓｈのみ）。
概してこれらのプログラムは、若干の既知の反復配列エレメントを検索した後、推定プライマーの長さ及びＧＣ含量を解析してＴｍを最適化することにより、ＰＣＲプライマーの設計を支援する。市販のソフトウェアも３５種ほど利用可能であり、プライマー選択手順が、最も一般的な配列解析パッケージに急速に含まれつつある。
プライマーとして用いるオリゴヌクレオチドを設計する際には、標的を特異的に認識する適切な配列を選択した後、この配列を試験し、オリゴヌクレオチドが安定な二次構造を有してしまう可能性を排除する必要がある。配列中の逆方向反復は、反復同定プログラム又はＲＮＡフォールディングプログラムを用いて同定できる。
考えられるステム構造が観察された場合、プライマーの配列をいずれかの方向に数ヌクレオチド分ずらし、予測される二次構造を最小限に抑えることができる。
ゲノムＤＮＡの増幅に用いられるＰＣＲプライマーについては、プライマー配列をＧｅｎＢａｎｋデータベース中の配列と比較し、何らかの有意なマッチが生じるか否かを判定する必要がある。何らかの既知のＤＮＡ配列中に、更に重要なことに、何らかの既知の反復エレメント中に、オリゴヌクレオチド配列が存在する場合、そのプライマー配列は変更すべきである。
キット
本発明の別の態様によると、本発明の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブ及び／又は本発明の対立遺伝子特異的プライマーを含む、診断キットが提供される。
一実施形態において、診断キットは、
（ｉ）配列番号３（ｒｓ５４５９３６）の２６番目の位置
（ｉｉ）配列番号４（ｒｓ６９８１５８７）の２６番目の位置、及び／又は
（ｉｉｉ）配列番号５（ｒｓ１９０２４９１６７）の２６番目の位置
の多型位置を検出可能な、２種以上の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー及び／又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを含む。
一実施形態において、診断キットは、配列番号３の２６番目の位置のＧ、及び／又は配列番号４の２６番目の位置のＣ、及び／又は配列番号５の２６番目の位置のＣの存在を決定することができる、２種以上の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー及び／又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを含む。
診断キットは、本発明の方法に用いるための適切なパッケージ及び使用説明書を含み得る。このようなキットは、緩衝剤（複数可）と、ポリメラーゼ（複数可）、例えばｔａｑポリメラーゼなどの熱安定性ポリメラーゼなどとを更に含み得る。
コンピュータプログラム製品
本明細書に記載の方法は、１つ以上のコンピュータプロセッサなどの汎用ハードウェア上で動作するコンピュータプログラムとして実施してもよい。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の機能を、スマートフォン、タブレット端末、又はパーソナルコンピュータなどのデバイスによって実施してもよい。
一態様において、本発明は、プログラム可能なコンピュータに本明細書に記載のバイオマーカーのレベルに基づいて減量の程度を予測させるためのコンピュータで実行可能な命令を含む、コンピュータプログラム製品を提供する。
別の態様において、本発明は、使用者から得られるｍｉＲ−４８６及び／又は本明細書で言及する遺伝子型の決定（例えば、多型マーカー、例えば、本明細書に記載のＳＮＰの存在の決定）を考慮して、デバイスに減量の程度、体重維持、及び／又は血糖コントロールの改善の程度を予測させるための、コンピュータで実行可能な命令を含む、コンピュータプログラム製品を提供する。ｍｉＲ−４８６レベルは空腹時レベルであることが好ましい。コンピュータプログラム製品には、使用者から得られる人体計測値及び／又は生活習慣の特徴を入力してもよい。本明細書に記載のように、人体計測値には、年齢、体重、身長、性別、及び体格指数が含まれ、生活習慣の特徴には喫煙状況が含まれる。
一実施形態において、使用者は、ｍｉＲ−４８６のレベル及び／又は本明細書で言及する遺伝子型（例えば、多型マーカー、例えば、本明細書に記載のＳＮＰ）をデバイスに入力し、場合によっては、年齢、体格指数、性別、及び喫煙状況と共に入力する。次いで、デバイスはこの情報を処理し、使用者が食事介入により達成可能な減量の程度についての予測を提示する。
デバイスは、概してネットワーク上のサーバであってもよい。しかしながら、バイオマーカーデータ並びに／又は人体計測データ及び生活習慣データを、プロセッサ、中央処理装置（ＣＰＵ）などを用いて処理できる限り、任意のデバイスを用いてもよい。デバイスは、例えば、スマートフォン、タブレット端末、又はパーソナルコンピュータであってもよく、また使用者により達成可能な減量の程度を示す情報を出力してもよい。
当業者は、開示された本発明の範囲から逸脱することなく、本明細書に記載の本発明の全ての特徴を自由に組み合わせることができることを、当業者であれば理解するであろう。
ここで、本発明の様々な好ましい特徴及び実施形態を、非限定的な実施例によって説明する。
本発明の実施には、別途記載しない限り、化学、分子生物学、微生物学、組換えＤＮＡ及び免疫学の従来技術を用いており、これらの技術は当業者の能力の範囲内である。このような手法は、文献に説明されている。例えば、Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｅ．Ｆ．Ｆｒｉｔｓｃｈ，ａｎｄ Ｔ．Ｍａｎｉａｔｉｓ，１９８９，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｂｏｏｋｓ １〜３，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ；Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．（１９９５ ａｎｄ ｐｅｒｉｏｄｉｃ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔｓ；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｃｈ．９，１３，ａｎｄ １６，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．）；Ｂ．Ｒｏｅ，Ｊ．Ｃｒａｂｔｒｅｅ，ａｎｄ Ａ．Ｋａｈｎ，１９９６，ＤＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ：Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ；Ｊ．Ｍ．Ｐｏｌａｋ ａｎｄ Ｊａｍｅｓ Ｏ’Ｄ．ＭｃＧｅｅ，１９９０，Ｉｎ Ｓｉｔｕ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ；Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ（Ｅｄｉｔｏｒ），１９８４，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｉｒｌ Ｐｒｅｓｓ；Ｄ．Ｍ．Ｊ．Ｌｉｌｌｅｙ ａｎｄ Ｊ．Ｅ．Ｄａｈｌｂｅｒｇ，１９９２，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：ＤＮＡ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｐａｒｔ Ａ：Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ｐｈｙｓｉｃａｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＤＮＡ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；及びＥ．Ｍ．Ｓｈｅｖａｃｈ ａｎｄ Ｗ．Ｓｔｒｏｂｅｒ，１９９２ ａｎｄ ｐｅｒｉｏｄｉｃ ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔｓ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ．を参照されたい。これらの一般的なテキストのそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる。
実施例１−ｍｉＲ−４８６ ＳＮＰは、減量を予測する
Ｏｔｔａｗａ及びＤｉｏｇｅｎｅｓコホートのゲノムワイド関連解析（二段階解析、ＦＤＲを５％に設定）後、ｍｉＲ−４８６遺伝子座が、低カロリー食（ＬＣＤ）に際しての減量についての有意な予測因子であることが明らかとなった。結果は、単一ＳＮＰを用いた場合と、遺伝子に基づいた手法を用いた場合との両方で有意であった。遺伝子に基づいた結果は以下の通りであった。
Ｏｔｔａｗａ発見コホートｐ＝２．２ｅ−５
Ｄｉｏｇｅｎｅｓ検証コホートｐ＝６．６１ｅ−４
２つのコホートのメタ解析ｐ＝２ｅ−６
単一ＳＮＰの結果は図１に示す。ｍｉＲ−４８６遺伝子座の近傍に位置する１３０のＳＮＰのうち、１１のＳＮＰが、ｐ＜０．０００１であった。
これらの上位１１のＳＮＰの結果を、以下の表１に示す。
ｒｓ６９８１５８７は、調節変異（Ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇリリース７５）であると予測される。このＳＮＰは転写因子結合部位と重複し、ＤＮａｓｅ感受性クラスター内に位置し、プロモーター領域に近い。このＳＮＰはまた、最上位のＳＮＰ ｒｓ５４５９３６と強い連鎖不平衡にある（ｒ平方＝８６．５％）。
実施例２−ｍｉＲ−４８６レベルは、ＬＣＤ及び体重維持に際し、臨床転帰の変化を予測する
ｍｉＲＮＡ Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘアレイを用いて定量したｍｉＲ−４８６（下記のｍｉＲＮＡレベルの定量の項を参照）を用い、減量中のｍｉＲ−４８６のベースラインレベルと臨床転帰との関連性を求めた。
ベースラインｍｉＲ−４８６レベルは、ＬＣＤ後及び体重維持相後の両方で、体重及び血糖の転帰と有意に関連していた。
これらの結果は、ベースラインｍｉＲ−４８６レベルが、減量及び体重維持介入に反応する患者の能力の指標となることを示した。
具体的には、高レベルのｍｉＲ−４８６は、減量に際し、体重（図２参照）及び血糖コントロール（図３）の両方について正の臨床転帰（すなわち改善）の指標となる。また、高レベルのｍｉＲ−４８６は、体重維持後の臨床改善を予測する（図４及び図５参照）。
実施例３−ｍｉＲＮＡ ＳＮＰは、ｍｉＲＮＡレベルを予測する
量的形質解析（ＱＴＬ）により、ｍｉＲ−４８６の発現レベルに関連した、ｍｉＲ−４８６遺伝子近傍のＳＮＰを同定した（図６）。上位２１のＳＮＰ（ｐ＜５％）を、下記の表に示す。
したがって、ｍｉＲ−４８６の発現レベルは、近傍の遺伝子マーカーによって部分的に調節される。
材料及び方法
コホートの説明
Ｄｉｏｇｅｎｅｓ−Ｄｉｏｇｅｎｅｓ試験（ｃｌｉｎｉｃａｌ ｔｒｉａｌ．ｇｏｖ ＮＣＴ００３９０６３７）は、介入多施設汎欧州試験である（Ｌａｒｓｅｎ，Ｔ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．；Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３６３，２１０２〜２１１３（２０１０）及びＯｂｅｓ．Ｒｅｖ．Ｏｆｆ．Ｊ．Ｉｎｔ．Ａｓｓｏｃ．Ｓｔｕｄｙ Ｏｂｅｓ．１１，７６〜９１（２０１０））。ブルガリア、チェコ共和国、デンマーク、ドイツ、ギリシャ、オランダ、スペイン、及びイギリスの８パートナーが本試験に参加した。参加者は、Ｍｏｄｉｆａｓｔ（登録商標）（８００ｋｃａｌ／日）を用いた８週間の低カロリー食に従った。デンマーク及びオランダの被験者について、初期体重の少なくとも８％を減量した参加者を、６ヶ月又は１２ヶ月の５つの維持食のうちの１つに無作為に割り付けた。合計１２０９人の成人をスクリーニングし（平均年齢４１歳、体格指数３４ｋｇ／ｍ２）、このうち９３８人が、本試験の低カロリー食相に入った。この相を完了し、かつ初期体重の少なくとも８％を減量した合計７７３人の参加者を、５つの維持食のうちの１つに無作為に割り付け、５４８人が介入を完了した。
Ｏｔｔａｗａ−本コホートは、オタワ病院の体重管理クリニカル（Weight Management Clinical of The Ottawa Hospital）の２３８３人の過体重及び肥満患者を含む。これらの患者は、減量のために、Ｏｐｔｉｆａｓｔ（登録商標）を用いた、６〜１２週間の、運動療法と組み合わせた食事代替プログラム食を受け、通院ごとに体重、身長、血圧を最長３６週間モニターし、１週目に、脂質プロファイルから空腹時インスリン及び血糖に至る一連の生化学測定を実施した。除外基準適用後、２０３２人の患者（女性１４４８人及び男性５８４人）が残った。
ｍｉＲＮＡのレベルの定量
脂肪組織生検から得たｍｉＲＮＡレベルの定量を、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｇｅｎｅ Ｃｈｉｐ ｍｉＲＮＡ ４．０アレイ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ．ｃｏｍ）を用いて実施した。試験は、製造業者の手順書に従って実施した。
臨床データ解析
臨床転記とベースラインｍｉＲＮＡレベルとの関連性を、線形効果モデルを用いて検定した。ベースラインｍｉＲＮＡレベル、性別及び年齢は固定効果としてモデル化し、一方、国（施設）は変量効果としてモデル化した。
遺伝子型の同定
Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｈｕｍａｎ Ｃｏｒｅアレイ（ｗｗｗ．ｉｌｌｕｍｉｎａ．ｃｏｍ）において、製造業者の推奨に従い、被験者の遺伝子型を同定した。低コールレート（＜９５％）、ハーディ・ワインベルグ平衡不適合（ＦＤＲ＜２０％）、又は低対立遺伝子頻度（＜０．２％）のいずれかを呈するＳＮＰは棄却した。更なる遺伝マーカーの補完を、１０００ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔの最新バージョンを用いて行った。後処理により、ＩＮＦＯスコアが０．８未満又は対立遺伝子頻度が１％未満のＳＮＰを棄却した。低コールレート（＜９５％）、臨床記録との比較による性別不一致、異常な常染色体ヘテロ接合性、又は近縁者（ｉｄｅｎｔｉｆｙ−ｂｙ−ｓｔａｔｅ＞９５％）の被験者を棄却した。品質管理の結果、６９８人のＤｉｏｇｅｎｅｓ被験者及び１１６６人のＯｔｔａｗａ被験者についてのデータが得られ、両コホートとも、約５百万のマーカーについての遺伝子型データを有した。これは、包括的な評価が、通常のマーカー（すなわち、頻度が１％超の高頻度のＳＮＰ）によりなされたことを示している。
遺伝子データの解析
単一ＳＮＰ ＧＷＡは、線形混合効果モデルを用いて実施し、母集団の層別化について補正した（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．；Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．４６，１００〜１０６（２０１４））。補正は、「１つの染色体を残す（leave-one-chromosome out）」手法を用いて行った。遺伝子に基づいた解析は、ＶＥＧＡＳ（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ；ｗｉｎ Ｒｅｓ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．Ｏｆｆ．Ｊ．Ｉｎｔ．Ｓｏｃ．Ｔｗｉｎ Ｓｔｕｄ．１８，８６〜９１（２０１５））を用い、１０００ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔの欧州系の祖先を持つ母集団のＬＤパターンを用い、遺伝子ブロックサイズ（gene-block size）２０Ｋｂで、上位８０％のＳＮＰを解析について考慮して行った。表現型（ＬＣＤ中のＢＭＩの変化）を、被験者の性別及び年齢について補正した。単一ＳＮＰ解析及び遺伝子に基づいた解析を、２つのコホート（Ｄｉｏｇｅｎｅｓ及びＯｔｔａｗａ）について別々に行った。２つのコホートから得た単一ＳＮＰ及び遺伝子に基づいた結果を、次いでＧＷＡＭＡ（Ｍａｅｇｉ ｅｔ ａｌ；ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １１，２８８（２０１０））を用い、変量効果モデル及び二重ゲノム対照補正を用いてメタ解析した。遺伝子に基づいた解析に対し、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ補正（Ｂｅｎｊａｍｉｎ ｅｔ ａｌ；Ｊ．Ｒ．Ｓｔａｔ．Ｓｏｃ．Ｓｅｒ．Ｂ Ｍｅｔｈｏｄｏｌ．５７，２８９〜３００（１９９５））を用い、複数試験について補正を行った。
量的形質解析
解析を、Ｄｉｏｇｅｎｅｓコホートから得たデータ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｇｅｎｅ Ｃｈｉｐによって定量した５Ｍ超の遺伝子マーカー及びｍｉＲ−４８６ベースラインレベル）を用いて行った。関連性を、線形混合効果モデルを用いて単一ＳＮＰレベルで試験した（上記のＹａｎｇ ｅｔ ａｌ）。表現型（ＣＩＤ１におけるｍｉＲ−４８６レベル）を、被験者の性別及び年齢について補正した。

Claims (27)

  1. １つ以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な減量の程度、及び／又は１つ以上の食事介入後の減量の維持の程度を予測するための方法であって、前記方法が、前記対象から得られた１つ以上の試料中のマイクロＲＮＡ−４８６（ｍｉＲ−４８６）のレベルを測定するステップ、及び／又はｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した１つ以上の多型位置にある前記対象のヌクレオチドを決定するステップを含む、方法。
  2. １つ以上の食事介入を対象に適用することによって達成可能な血糖コントロールの改善の程度を予測するための方法であって、前記方法が、前記対象から得られた１つ以上の試料中のマイクロＲＮＡ−４８６（ｍｉＲ−４８６）のレベルを測定するステップ、及び／又はｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した１つ以上の多型位置にある前記対象のヌクレオチドを決定するステップを含む、方法。
  3. ｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した前記１つ以上の多型位置が、表１又は表２に示した多型位置である、請求項１又は２に記載の方法。
  4. 前記１つ以上の多型位置が、
    （ｉ）配列番号３（ｒｓ５４５９３６）の２６番目の位置
    （ｉｉ）配列番号４（ｒｓ６９８１５８７）の２６番目の位置、及び
    （ｉｉｉ）配列番号５（ｒｓ１９０２４９１６７）の２６番目の位置
    から選択される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 前記方法が、配列番号３の２６番目の位置のＧ、及び／又は配列番号４の２６番目の位置のＣ、及び／又は配列番号５の２６番目の位置のＣの存在を決定するステップを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
  6. 配列番号３の２６番目の位置のＧ、及び／又は配列番号４の２６番目の位置のＣ、及び／又は配列番号５の２６番目の位置のＣの存在を決定することが、前記対象は、１つ以上の食事介入の適用後、より減量すると予測されること、及び／又は、前記対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、前記対象は、１つ以上の食事介入の前記対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す、請求項５に記載の方法。
  7. （ｉ）配列番号３の２６番目の位置のＧ／Ｇ（ホモ接合）、又は
    （ｉｉ）配列番号３の２６番目の位置のＡ／Ｇ（ヘテロ接合）
    から選択される遺伝子型の存在を決定するステップを含み、
    前記遺伝子型の存在が、対象は、１つ以上の食事介入の前記対象への適用後、遺伝子型Ａ／Ａを有する対象に比べ、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の前記対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す、請求項５又は６に記載の方法。
  8. （ｉ）配列番号４の２６番目の位置のＣ／Ｃ（ホモ接合）、又は
    （ｉｉ）配列番号４の２６番目の位置のＣ／Ｔ（ヘテロ接合）
    から選択される遺伝子型の存在を決定するステップを含み、
    前記遺伝子型の存在が、対象は、１つ以上の食事介入の前記対象への適用後、遺伝子型Ｔ／Ｔを有する対象に比べ、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の前記対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す、請求項５又は６に記載の方法。
  9. （ｉ）配列番号５の２６番目の位置のＣ／Ｃ（ホモ接合）、又は
    （ｉｉ）配列番号５の２６番目の位置のＣ／Ｔ（ヘテロ接合）
    から選択される遺伝子型の存在を決定するステップを含み、
    前記遺伝子型の存在が、対象は、１つ以上の食事介入の前記対象への適用後、遺伝子型Ｔ／Ｔを有する対象に比べ、より減量すると予測されること、及び／又は、対象は減量をより良好に維持すると予測されること、及び／又は、対象は、１つ以上の食事介入の前記対象への適用後、血糖コントロールをより良好に改善すると予測されることを示す、請求項５又は６に記載の方法。
  10. 前記１つ以上の試料が、血液、唾液、尿、筋肉、又は脂肪組織由来である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
  11. 前記食事介入が低カロリー食療法である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記低カロリー食療法が、約６００〜約１２００ｋｃａｌ／日のカロリー摂取量を含む、請求項１１に記載の方法。
  13. 前記低カロリー食療法が、少なくとも１種のダイエット食品の投与を含む、請求項１１又は１２に記載の方法。
  14. 前記低カロリー食療法が、４〜１６週間の継続期間を有する、請求項１１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記方法が、ｍｉＲＮＡ−４８６のレベル、及び／又はｍｉＲ−４８６に遺伝的に関連した１つ以上の多型位置にある前記対象のヌクレオチドの決定を、前記対象の１つ以上の人体計測値及び／又は生活習慣の特徴と組み合わせるステップを更に含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記人体計測値が、性別、体重、身長、年齢、体脂肪組成、及び体格指数からなる群から選択され、前記生活習慣の特徴が、前記対象が喫煙者であるか又は非喫煙者であるかに関するものである、請求項１５に記載の方法。
  17. 減量の程度が、食事介入の適用によって対象が達成すると予測される前記体格指数によって表され、かつ／又は、減量の前記維持が、食事介入後に対象が維持すると予測される前記体格指数によって表される、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. 対象に対する１つ以上の食事介入を最適化するための方法であって、
    請求項１〜１７のいずれか一項に規定する方法により、前記対象によって、達成可能な減量の程度、及び／又は達成可能な減量の前記維持、及び／又は達成可能な血糖コントロールの前記改善を予測するステップと、
    前記食事介入を前記対象に適用するステップと
    を含む、方法。
  19. ａ．請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法を実施するステップと、
    ｂ．ステップ（ａ）で予測された減量の程度に基づき、生活習慣の好適な改善を選択するステップと
    を含む、対象の生活習慣の改善を選択するための方法。
  20. 減量のための低カロリー食療法の一部として用いるためのダイエット食品であって、前記ダイエット食品が、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法によって減量の程度及び／又は減量の維持及び／又は血糖コントロールの改善を達成すると予測される対象に投与される、ダイエット食品。
  21. 肥満又は肥満関連疾患の治療に用いるためのダイエット食品であって、前記ダイエット食品が、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法によって減量の程度及び／又は減量の維持及び／又は血糖コントロールの改善を達成すると予測される対象に投与される、ダイエット食品。
  22. 減量のための低カロリー食療法におけるダイエット食品の使用であって、前記ダイエット食品が、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法によって減量の程度及び／又は減量の維持及び／又は血糖コントロールの改善を達成すると予測される対象に投与される、使用。
  23. 表１又は表２に示した多型位置を検出可能な、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブ。
  24. 表１又は表２に示した多型位置を検出可能な、対立遺伝子特異的プライマー。
  25. （ｉ）配列番号３（ｒｓ５４５９３６）の２６番目の位置
    （ｉｉ）配列番号４（ｒｓ６９８１５８７）の２６番目の位置
    （ｉｉｉ）配列番号５（ｒｓ１９０２４９１６７）の２６番目の位置
    から選択される多型位置を検出可能な、請求項２３に記載の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブ又は請求項２４に記載の対立遺伝子特異的プライマー。
  26. 請求項２３〜２５のいずれか一項に規定する、２種以上の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー及び／又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを含む、診断キット。
  27. 配列番号３の２６番目の位置のＧ、及び／又は配列番号４の２６番目の位置のＣ、及び／又は配列番号５の２６番目の位置のＣの存在を決定することができる、２種以上の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマー及び／又は対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを含む、請求項２６に記載の診断キット。
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