JP2019074403A - Data processing device for chromatogram, data processing program for chromatogram, and data processing method for chromatogram - Google Patents
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Abstract
Description
本出願において開示された技術は、質量分析装置を操作して得られたデータを処理するクロマトグラム用データ処理装置、クロマトグラム用データ処理プログラム又はクロマトグラム用データ処理方法に関する。 The technology disclosed in the present application relates to a chromatogram data processing apparatus, a chromatogram data processing program, or a chromatogram data processing method that processes data obtained by operating a mass spectrometer.
生体内には膨大な種類のタンパク質や核酸(DNA、RNAなど)、水溶性および脂溶性の化合物が存在している。そのような化合物群を集合的、包括的に解析するための技術がオミクス技術であり、ゲノミクス(DNA)やトランスクリプトミクス(RNA)、プロテオミクス(タンパク質・ペプチド)、メタボロミクス(代謝物)、リピドミクス(脂質)などのオミクス技術分野が存在する。例えば、医学・ライフサイエンス分野においては、対象となる試料に含まれる成分を網羅的に検出することにより、疾患等に関係する遺伝子やタンパク質、代謝物等の探索や、診断や予測などを行うことを目的とした解析が実施される。現在、オミクス解析において、各種成分の検出を行う手法として、質量分析は最も一般的に行われる手法の一つである。 There are numerous types of proteins and nucleic acids (DNA, RNA, etc.), water-soluble and lipid-soluble compounds in vivo. The technology to analyze such a group of compounds collectively and comprehensively is omics technology, genomics (DNA), transcriptomics (RNA), proteomics (proteins / peptides), metabolomics (metabolites), lipidomics (metabolomics) Omics technology fields such as lipids) exist. For example, in the field of medicine and life sciences, search for genes, proteins, metabolites, etc. related to diseases, etc., as well as diagnosis and prediction, etc., by comprehensively detecting the components contained in the target sample. Analysis for the purpose of At present, mass spectrometry is one of the most commonly performed methods as a method for detecting various components in omics analysis.
質量分析計を用いて試料に含まれる多数の成分を一斉検出する手法には、観測される全ての成分を対象として、分析装置の動作速度の許す限り多くの成分の情報の取得を試みる「ノンターゲット分析法」と、予め設定した多数の標的成分に対し特異的かつ高感度な一斉分析を行う「ターゲット分析法」の手法が存在する。前者には四重極(Q)−飛行時間(TOF)型質量分析計(Q−TOF MS)に代表される高質量分解能型のタンデム質量分析計が用いられ、後者には三連四重極(トリプル四重極、TQ)型質量分析計(TQMS)が代表的な装置として用いられる。これらの質量分析法は典型的には、液体クロマトグラフィー(LC)と組み合わせて用いられ、液体クロマトグラフィーの成分溶出時間(保持時間)と質量分析による質量情報(MSおよびMS/MS)が、成分の検出と同定に利用される。ターゲット分析では、選択反応モニタリング(selected−reaction monitoring、SRM、多重反応モニタリング(multiple reaction monitoring、MRM)ともいう)モードによる測定が実施される。SRMは、質量分析装置内で前駆体イオンの開裂を行うことで構造情報を得るMS/MS測定法の一種であるが、前駆体イオンから生じる生成イオンのうち1つないし少数を事前に選択して観測することにより、MS/MSの構造選択性を活かした良好なシグナル−ノイズ比(S/N)に基づく高感度検出を多数の標的化合物に対して同時実行可能である点が特徴である。観測の対象とする化合物を液体クロマトグラフィーの溶出時間に連動して切り替えることにより、一度のLC−SRM−MS分析で数百ないし数千の標的化合物が測定可能である。 In the method of simultaneously detecting a large number of components contained in a sample using a mass spectrometer, it is intended to acquire information of as many components as the operating speed of the analyzer allows, with all the observed components as targets. There are methods of “target analysis method” and “target analysis method” in which specific and sensitive simultaneous analysis is performed on a large number of target components set in advance. The former uses a high mass resolution type tandem mass spectrometer represented by a quadrupole (Q) -time-of-flight (TOF) mass spectrometer (Q-TOF MS), and the latter uses a triple quadrupole. A (triple quadrupole, TQ) mass spectrometer (TQMS) is used as a representative device. These mass spectrometry methods are typically used in combination with liquid chromatography (LC), and the component elution time (retention time) of liquid chromatography and mass information by mass spectrometry (MS and MS / MS) are components. Used for the detection and identification of In target analysis, measurement in a selected-reaction monitoring (SRM) mode (also referred to as multiple reaction monitoring (MRM)) mode is performed. SRM is a type of MS / MS measurement method that obtains structural information by cleaving precursor ions in a mass spectrometer, but preselects one to a few of the product ions generated from precursor ions. Observation, it is characterized in that high sensitivity detection based on good signal-noise ratio (S / N) utilizing MS / MS structure selectivity can be simultaneously performed on a large number of target compounds. . By switching the compound to be observed in conjunction with the elution time of liquid chromatography, hundreds to thousands of target compounds can be measured by one LC-SRM-MS analysis.
SRM分析では、目的化合物の各々に対して、(1)イオン化の極性(正イオン/負イオン)、(2)前駆体イオンの質量(ないしはm/z。以下、同様。)、(3)質量分析計内の衝突乖離室でフラグメンテーションを起こすためのコリジョンエネルギー(電圧)および(4)観測する生成イオンの質量(ないしはm/z。以下、同様。)、の4つの条件の組み合わせである「SRMトランジション」を何らかの方法で事前に設定して測定を行う。標準化合物が入手可能である場合は、標準化合物を用いた予備測定によりSRM条件を最適化し、これを用いて実際の試料を用いた測定を実施することが多い。標準品が入手可能でない場合は、実試料に含まれる目的成分の解析結果からSRM条件を決定する、もしくは、類縁化合物や異性体の解析により得られる情報をもとにSRM条件を導出する場合もある。 In SRM analysis, for each target compound, (1) polarity of ionization (positive ion / negative ion), (2) mass of precursor ion (or m / z, hereinafter the same), (3) mass “SRM” which is a combination of four conditions: collision energy (voltage) to cause fragmentation in the collision separation chamber in the analyzer and (4) mass of the product ion to be observed (or m / z, hereinafter the same) Set the transition in some way in advance and measure. Where standard compounds are available, SRM conditions are optimized by preliminary measurements with standard compounds, which are often used to carry out measurements with actual samples. If a standard product is not available, determine the SRM condition from the analysis result of the target component contained in the actual sample, or derive the SRM condition based on the information obtained by the analysis of the analog compound and the isomer. is there.
このようにして設定された多数のSRMトランジションを含む分析条件で、実試料の測定を行うと、少なくない割合で、目的とするクロマトグラムピークの近傍、もしくは、目的ピークに被さるような形で目的外のピークが出現し、目的ピークの同定、定量の障害となることが経験的に知られている。その原因の一つとして例えば、互いに質量の異なる関係化合物群について、それらが共通に有するフラグメンテーション様式を根拠に一連のSRM条件を設定した場合に、一つの化合物の安定同位体に由来するシグナルが他のクロマトグラムに妨害シグナルとして観測されるというケースがある。この場合、解析者は、関係するクロマトグラムを見比べることにより妨害シグナルを推定することができるが、膨大な数のクロマトグラムの全てについて、同位体由来の妨害シグナルを手作業で除去することは困難であり、顕著な妨害に関してのみ、個別にデータから除外するなどの消極的対応が可能であるに留まる。 When an actual sample is measured under analysis conditions including a large number of SRM transitions set in this manner, the target is in the vicinity of the target chromatogram peak or in a form that covers the target peak in a small proportion. It has been empirically known that an external peak appears and interferes with the identification and quantification of the target peak. As one of the causes, for example, when a series of SRM conditions are set based on the fragmentation mode commonly shared among related compound groups having different masses from each other, signals derived from stable isotopes of one compound are the other There is a case where it is observed as an interference signal in the chromatogram of In this case, the analyst can estimate the interference signal by comparing the related chromatograms, but it is difficult to manually remove the isotope-derived interference signal for all of the huge number of chromatograms. Only in the case of significant disturbances, negative responses such as exclusion from the data individually are possible.
以下に具体例を示す。図1は、ホスファチジルコリン(PC)類とスフィンゴミエリン(SM)の構造を示す。リン脂質の一種であるホスファチジルコリン(PC)は、図1に示すように、ホスホコリンを共通の構造として有し、sn−1位とsn−2位に様々な脂肪族炭化水素(脂肪酸エステル・脂肪族エーテル・脂肪族ビニルエーテル)を有する化合物群である。また、スフィンゴミエリン(SM)もホスホコリンを有する脂質化合物である。PCおよびSMの一斉分析には、共通部分であるホスホコリン(m/z 184)を共通の検出用フラグメントイオンとする一連のSRMトランジションを設定することが広く実施されている。 Specific examples are shown below. FIG. 1 shows the structures of phosphatidyl choline (PC) and sphingomyelin (SM). Phosphatidylcholine (PC), which is a kind of phospholipid, has phosphocholine as a common structure as shown in FIG. 1, and various aliphatic hydrocarbons (fatty acid esters and aliphatics) at the sn-1 position and the sn-2 position It is a group of compounds having an ether / aliphatic vinyl ether). Sphingomyelin (SM) is also a lipid compound having phosphocholine. For simultaneous analysis of PC and SM, it is widely practiced to set a series of SRM transitions in which a common portion, phosphocholine (m / z 184), is a common fragment ion for detection.
しかしながら、現実の測定では、目的PC分子種(PC(38:3))に比べて脂肪鎖中の二重結合の数が一つ多い(質量が2Da少ない)別のPC分子種(PC(38:4))の安定同位体に由来するシグナルが妨害シグナルとして、目的PC分子種検出用のクロマトグラム上に出現する場合がある。また、スフィンゴミエリン(SM)には、PC分子種と分子量が1Da違いのものが存在するため、これに由来する妨害シグナルが、目的PC分子種検出用のクロマトグラム上に出現する場合がある。すなわち、PC分子種(PC(38:4))及びSM分子種(SM(42:3))が、目的成分(PC(38:3))を検出すべく測定したクロマトグラムに妨害シグナルを与えることとなる。 However, in the actual measurement, another PC molecule species (PC (38 (38%) less in mass) has one more number of double bonds in the fatty chain than the target PC molecule (PC (38: 3)). The signal derived from the stable isotope of 4) may appear as an interfering signal on the chromatogram for detection of the target PC species. In addition, since sphingomyelin (SM) has a molecular weight different from that of PC species and molecular weight by 1 Da, an interference signal derived therefrom may appear on the chromatogram for detection of the target PC species. That is, PC species (PC (38: 4)) and SM species (SM (42: 3)) give an interference signal to the chromatogram measured to detect the target component (PC (38: 3)) It will be.
さらに、同位体由来シグナルの問題は、2つのクロマトグラム間に見出すことができるだけではなく、妨害している側の成分に係るクロマトグラムもまた、さらに別の成分の同位体により妨害されている可能性を考慮しなくてはならない。 Furthermore, the problem of isotope-derived signals can not only be found between the two chromatograms, but the chromatogram for the interfering component may also be interfered with by the isotope of another component You must consider the nature.
従来、このような同位体由来の妨害シグナルを補正するための手法では、同位体補正の前に成分同定を必要とするため、成分同定のためのピーク検出・同定処理において、同位体由来ピークが多数検出された後、同位体由来ピークであることを判定の後、当該データを除外するという煩雑な手順を行う必要があった。また非特許文献1乃至3では、検出されたピークの積分値データに対する補正処理として同位体補正を実施するため、妨害シグナルを除去した場合のクロマトグラムは得られず、SRM測定等の検体・多成分のターゲット解析においてクロマトグラムを精査することは難しかった。さらに、非特許文献の4及び5は、あくまでマススペクトルの補正を行うものであり、そもそもSRM測定等のターゲット解析におけるクロマトグラムを対象とした補正ではない。
Conventionally, in the method for correcting such an interference signal derived from isotope, since component identification is required before isotope correction, in the peak detection / identification process for component identification, an isotope-derived peak is After having been detected in large numbers, it was necessary to carry out a complicated procedure of excluding the data after determining that it is an isotope-derived peak. In addition, in
本発明は、こうした問題を解決するための方法に関するものであり、その目的は、多数のSRMを含むLC−SRM−MS解析データセットに対して、クロマトグラムから同位体由来の妨害シグナルを成分同定に依存せず減少させるクロマトグラム用データ処理装置、クロマトグラム用データ処理プログラム、又はクロマトグラム用データ処理方法の提供であり、これにより、現在の手法における、低解析スループット等の課題を解決しようとするものである。 The present invention relates to a method for solving these problems, the purpose of which is to identify isotope-derived interference signals from chromatograms for LC-SRM-MS analysis data set containing a large number of SRMs. To provide a chromatogram data processing apparatus, a chromatogram data processing program, or a chromatogram data processing method that can be reduced independently of the above to solve the problems such as low analysis throughput in the present method. It is
本発明者らは、上記課題を解決するべく鋭意検討を行った結果、クロマトグラム中の各ピークの成分同定処理を行うことなく、クロマトグラム自体に推定される化合物情報を関係付け、これに基づき生データであるクロマトグラムそのものに対して妨害シグナルの補正処理を実行すること、また、複数の重畳した同位体妨害についても適切な順序で繰り返し処理を実行すること、従来より簡易かつ高速(ハイスループット)で同位体由来の妨害シグナルの補正を行うことができることを見出し、本発明を完成するに至った。 As a result of intensive studies to solve the above problems, the present inventors relate compound information estimated to the chromatogram itself without performing component identification processing of each peak in the chromatogram, and based on this, Performing interference signal correction processing on the chromatogram itself, which is raw data, and repeatedly performing processing in a proper order also for multiple superimposed isotope interferences, simpler and faster than before (high throughput In the present invention, it has been found that correction of isotope-derived interference signals can be carried out in accordance with the present invention.
すなわち、本願発明は以下の態様のクロマトグラム用データ処理装置、クロマトグラム用データ処理プログラム及びクロマトグラム用データ処理方法を提供するものである;
(1)本願発明に係る一実施例は、クロマトグラムに対して化合物情報を関係付ける情報結合部と、第1SRMトランジションと、前記第1SRMトランジションと第2所定の関係を有する第2SRMトランジションと、を関係付けたSRMトランジション関係セットを導出する関係導出部と、前記情報結合部によって関係付けられた化合物情報、及び、前記SRMトランジション関係セットに基づいて、クロマトグラムを補正する補正部と、を備えるクロマトグラム用データ処理装置;
(2)本願発明に係る一実施例において、前記化合物情報は、前記クロマトグラムに係るSRMトランジションと第1所定の関係を有するSRMトランジションに係る化合物情報であることを特徴とする、クロマトグラム用データ処理装置;
(3)本願発明に係る一実施例において、前記化合物情報は、前駆体イオンの組成式、及び、生成イオンの組成式を含むことを特徴とする、クロマトグラム用データ処理装置;
(4)本願発明に係る一実施例において、前記関係導出部は、前記第1SRMトランジション及び前記第2SRMトランジションに係る前駆体イオンの質量(m/z)及び生成イオンの質量(m/z)に基づいて、関係付けることを特徴とする、クロマトグラム用データ処理装置;
(5)本願発明に係る一実施例において、前記補正部は、前記関係導出部で関係付けられた前記第1SRMトランジションに係る第1クロマトグラムに基づき、前記第1SRMトランジションと関係付けられた第2SRMトランジションに係る第2クロマトグラムを補正することを特徴とする、クロマトグラム用データ処理装置;
(6)本願発明に係る一実施例において、前記第1SRMトランジションに係る前駆体イオンの質量(m/z)は、前記第2SRMトランジションに係る前駆体イオンの質量(m/z)に対して、等しい又は小さいことを特徴とする、クロマトグラム用データ処理装置;
(7)本願発明に係る一実施例において、前記第1SRMトランジションに係る生成イオンの質量(m/z)は、前記第2SRMトランジションに係る生成イオンの質量(m/z)に対して、等しい又は小さいことを特徴とする、クロマトグラム用データ処理装置;
(8)本願発明に係る一実施例において、前記補正部は、前記第2クロマトグラムから、所定の係数が乗じられた前記第1クロマトグラムを減ずる補正を行うことを特徴とする、クロマトグラム用データ処理装置;
(9)本願発明に係る一実施例は、コンピュータを、クロマトグラムに対して化合物情報を関係付ける情報結合手段、第1SRMトランジションと、前記第1SRMトランジションと第2所定の関係を有する第2SRMトランジションと、を関係付けたSRMトランジション関係セットを導出する関係導出手段、前記情報結合部によって関係付けられた化合物情報、及び、前記SRMトランジション関係セットに基づいて、クロマトグラムを補正する補正手段、として機能させるためのクロマトグラム用データ処理プログラム;
(10)本願発明に係る一実施例において、前記化合物情報は、前駆体イオンの組成式、及び、生成イオンの組成式を含むことを特徴とする、クロマトグラム用データ処理プログラム;
(11)本願発明に係る一実施例は、クロマトグラムに対して化合物情報を関係付ける情報結合ステップと、第1SRMトランジションと、前記第1SRMトランジションと第2所定の関係を有する第2SRMトランジションと、を関係付けたSRMトランジション関係セットを導出する関係導出ステップと、前記情報結合部によって関係付けられた化合物情報、及び、前記SRMトランジション関係セットに基づいて、クロマトグラムを補正する補正ステップと、を含むクロマトグラム用データ処理方法;
(12)本願発明に係る一実施例において、前記化合物情報は、前駆体イオンの組成式、及び、生成イオンの組成式を含むことを特徴とする、クロマトグラム用データ処理方法;
(13)本願発明に係る一実施例は、第1SRMトランジションと、前記第1SRMトランジションと後述の第2所定の関係を有する第2SRMトランジションと、を関係付けたSRMトランジション関係セットを導出する関係導出ステップと、測定されたクロマトグラムに対して関係付けられた化合物情報、及び、前記SRMトランジション関係セットに基づいて、クロマトグラムを補正する補正ステップと、を含むクロマトグラム用データ処理方法;及び、
(14)本願発明に係る一実施例において、前記化合物情報は、前駆体イオンの組成式、及び、生成イオンの組成式を含むことを特徴とする、クロマトグラム用データ処理方法。
That is, the present invention provides a chromatogram data processing apparatus, a chromatogram data processing program, and a chromatogram data processing method according to the following aspects;
(1) An embodiment according to the present invention includes an information combining unit that relates compound information to a chromatogram, a first SRM transition, and a second SRM transition having a second predetermined relationship with the first SRM transition. A chromatograph comprising: a relationship deriving unit for deriving an associated SRM transition relationship set; and a correction unit for correcting a chromatogram based on the compound information correlated by the information combining unit and the SRM transition relationship set Data processor for gram;
(2) In one embodiment according to the present invention, the compound data is compound data related to SRM transition having a first predetermined relationship with SRM transition related to the chromatogram, chromatogram data Processing device;
(3) In one embodiment according to the present invention, the compound information includes a composition formula of precursor ions and a composition formula of product ions;
(4) In one embodiment according to the present invention, the relationship deriving unit is configured to calculate the mass (m / z) of precursor ions related to the first SRM transition and the second SRM transition and the mass (m / z) of product ions A data processor for chromatograms, characterized in that it is related on the basis;
(5) In one embodiment according to the present invention, the correction unit is a second SRM associated with the first SRM transition based on a first chromatogram related to the first SRM transition associated by the relationship deriving unit. Chromatogram data processing apparatus characterized by correcting a second chromatogram related to the transition;
(6) In one embodiment according to the present invention, the mass (m / z) of the precursor ion related to the first SRM transition is the mass (m / z) of the precursor ion related to the second SRM transition, A data processor for chromatograms, characterized in that they are equal or smaller;
(7) In one embodiment according to the present invention, the mass (m / z) of the product ion related to the first SRM transition is equal to or the mass (m / z) of the product ion related to the second SRM transition A data processing device for chromatograms characterized by a small size;
(8) In one embodiment according to the present invention, the correction unit performs correction for subtracting the first chromatogram multiplied by a predetermined coefficient from the second chromatogram. Data processing unit;
(9) In one embodiment of the present invention, a computer is connected to information combining means for associating compound information with a chromatogram, a first SRM transition, and a second SRM transition having a second predetermined relationship with the first SRM transition. Function as a correction means for correcting the chromatogram based on the compound information related by the information combining unit and the SRM transition relation set. Data processing program for chromatograms;
(10) In one embodiment according to the present invention, the compound data includes a composition formula of precursor ions and a composition formula of product ions;
(11) An embodiment according to the present invention comprises an information combining step of associating compound information with a chromatogram, a first SRM transition, and a second SRM transition having a second predetermined relationship with the first SRM transition. A chromatograph comprising: a relationship deriving step of deriving an associated SRM transition relationship set; and a correction step of correcting a chromatogram based on the compound information correlated by the information coupling unit and the SRM transition relationship set. Gram data processing method;
(12) In one embodiment according to the present invention, the compound information includes a composition formula of precursor ions and a composition formula of product ions;
(13) In one embodiment according to the present invention, a relationship deriving step of deriving an SRM transition relationship set in which a first SRM transition, and the first SRM transition and a second SRM transition having a second predetermined relationship described later are associated A chromatogram data processing method including a correction step of correcting the chromatogram based on compound information related to the measured chromatogram and the SRM transition relation set;
(14) A chromatogram data processing method according to an embodiment of the present invention, wherein the compound information includes a composition formula of precursor ions and a composition formula of product ions.
さらなる実施態様として、本発明は、
(15)第3のクロマトグラムと第2のクロマトグラムと第1のクロマトグラムとにおいて、前記第3のクロマトグラムに係る第3のSRMトランジションと前記第1のクロマトグラムに係る第1のSRMトランジションとは後述の第2所定の関係を有し、かつ、前記第1のSRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)は前記第3のSRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)より小さく、かつ、前記第3のSRMトランジションと前記第2のクロマトグラムに係る第2のSRMトランジションとは後述の第2所定の関係を有し、かつ、前記第2のSRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)は前記第3のSRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)より小さく、かつ、前記第2のSRMトランジションと前記第1のSRMトランジションとは後述の第2所定の関係を有し、かつ、前記第1のSRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)は前記第2のSRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)より小さい場合、前記第2クロマトグラムから、同位体補正係数1−2を乗じた前記第1クロマトグラムを減ずる補正を行って、補正済み第2クロマトグラムを取得し;さらに、前記第3のクロマトグラムから、同位体補正係数1−3を乗じた前記第1クロマトグラム及び同位体補正係数2−3を乗じた前記補正済み第2クロマトグラムの両方を減じる補正を行って、補正済み第3クロマトグラムを得る構成を備えてもよい。
In a further embodiment, the present invention
(15) In a third chromatogram, a second chromatogram, and a first chromatogram, a third SRM transition related to the third chromatogram and a first SRM transition related to the first chromatogram Has a second predetermined relationship described later, and the mass (m / z) of the precursor ion of the first SRM transition is the mass (m / z) of the precursor ion of the third SRM transition The second SRM transition smaller than the second SRM transition according to the third chromatogram and the second SRM transition has a second predetermined relationship described later, and a precursor ion of the second SRM transition The mass (m / z) of the first SRM transition is smaller than the mass (m / z) of the precursor ion of the third SRM transition, and the second SRM transition And the first SRM transition have a second predetermined relationship described later, and the mass (m / z) of the precursor ion of the first SRM transition is the precursor of the second SRM transition If it is smaller than the mass (m / z) of the body ion, the second chromatogram is corrected to reduce the first chromatogram multiplied by the isotope correction coefficient 1-2 to obtain a corrected second chromatogram. And correction to reduce both the first chromatogram multiplied by the isotope correction coefficient 1-3 and the corrected second chromatogram multiplied by the isotope correction coefficient 2-3 from the third chromatogram. To obtain a corrected third chromatogram.
本願発明の一実施形態により、クロマトグラムから同位体由来の妨害シグナルを、成分同定に依存せずに、減少できる。 According to one embodiment of the present invention, interference signals derived from isotopes from chromatograms can be reduced without relying on component identification.
1.情報処理装置の各構成
図3は、本願発明の一実施形態として、分析装置1と、情報処理装置10が接続された態様を示す。分析装置1は、タンデム型の質量分析装置であって、例えば、三連四重極型質量分析計が挙げられる。
1. Configuration of Information Processing Apparatus FIG. 3 shows an aspect in which the
情報処理装置10は、以下でその各構成を述べるが、一般的な情報処理装置でもよいし、専用の情報処理装置であってもよい。また、分析装置1の内部に、情報処理装置10の一部又は全部が備えられていてもよい。
The
図3は、分析装置1と情報処理装置10とは、情報が伝達できるよう接続されている態様を示している。分析装置1と情報処理装置10は、情報が伝達できる態様であれば、直接接続されていても、他の情報処理媒体を介して間接的に接続されていてもよい。例えば、ネットワーク17を介して接続されていてもよい。ネットワーク17は、有線であっても無線であってもよく、光ファイバ、同軸ケーブル、イーサネットケーブルなどを用いてもよい。
FIG. 3 shows an aspect in which the
また、別の態様では、情報処理装置10は、分析装置1と接続されていなくてもよい。例えば、情報処理装置10は、分析装置1から出力されるような情報又は本発明に係る実施例において入力に必要な情報を有したサーバ、クラウド又は記録媒体などに記録された情報を入力情報として、本願発明の一実施形態の情報処理を実施してもよい。
Further, in another aspect, the
情報処理装置10は、図3のように、バス11、演算部12、記憶部13、入力部14、表示部15、通信IF16を有することができる。
As illustrated in FIG. 3, the
バス11は、演算部12、記憶部13、入力部14及び表示部15の間の情報を伝達する機能を有する。
The
演算部12は、例えばプロセッサが挙げられる。これは、CPUであってもよいし、MPUであってもよい。また、グラフィックスプロセッシングユニット、デジタルシグナルプロセッサなどを有してもよい。要するに、演算部12は、プログラムの命令を実行できる機能を有すればよい。
The
記憶部13は、情報を記録する機能を有する。これは、外部メモリと内部メモリのいずれでもよく、主記憶装置と補助記憶装置のいずれでもよい。また、磁気ディスク(ハードディスク)、光ディスク、磁気テープ、半導体メモリなどでもよい。また、ネットワークを介した記憶装置、クラウド上の記憶装置などでもよい。また、記憶部13には、データベースが含まれてもよい。
The
入力部14は、情報を入力する機能を有する。マウス、キーボード、タッチパネル、ペン型の指示装置などの指示装置が挙げられる。
The
表示部15は、例えば、ディスプレイがある。また、液晶ディスプレイ、プラズマディスプレイ、有機ELディスプレイなどでもよい。要するに、情報を表示できる装置であればよい。また、タッチパネルのように入力部14を一部に備えてもよい。
The
通信IF16は、通信機能を有する。通信IF16は、分析装置1又は分析装置1から出力されるような情報に係る情報を備える記録媒体などと通信して接続できればよい。分析装置1から出力されるような情報に係る情報を備える記録媒体とは、例えば、分析装置から出力された測定結果が、他の情報処理装置で測定情報が整理などされて記録された記録媒体などのケースがありうる。通信IF16は、シリアル接続及びパラレル接続のいずれでもよく、USB,IEEE1394、イーサネット、PCI、SCSI、WIFI、又はIEEE802などでもよい。
The communication IF 16 has a communication function. The communication IF 16 only needs to be able to communicate and connect with a recording medium or the like including information related to the information output from the
図3では、情報処理装置10は、物理的に一つの装置で構成されてもよいし、物理的に複数の装置で構成されてもよい。複数の情報処理装置の場合には、複数の情報処理装置を接続する機能が加えられた上で、上記のバス11、演算部12、記憶部13、入力部14、表示部15、通信IF16の一部又は全部が、それらの複数の情報処理装置にどのように分配又は配置されてもよい。
In FIG. 3, the
さらに、情報処理装置10は、物理的に複数のシステムで構成されている場合、クライアントサーバシステム、P2Pシステム、グリッドシステム、クラウドシステムなどのシステムであってもよい。
Furthermore, when the
本件出願に係る発明の一形態は、以下で述べるいずれかのソフトウェア的機能を実現できるハードウェアシステムであれば、上述したハードウェアシステムに限られず、種々のハードウェアシステムにおいても適用することができる。 An embodiment of the invention according to the present application is not limited to the above hardware system as long as it is a hardware system capable of realizing any of the software functions described below, and can be applied to various hardware systems. .
2.情報処理装置内の機能
上述の情報処理装置10のハードウェアを用いて、本願発明の一実施形態のシステムは、図4のように、記憶部41、入力部42、情報結合部43、関係導出部44、補正部45、及び表示部46を有することができる。ただし、本願発明の一実施例に係るシステムは、これらすべての機能を有する必要はなく、例えば、情報結合部43を有しない形態もありうる。
2. Function in Information Processing Apparatus Using the hardware of the above-described
2−1.記憶部41
記憶部41は、情報を記憶する機能を有する。例えば、記憶部41は、入力部42、情報結合部43、関係導出部44、補正部45、及び/又は表示部46で使用される情報又はこれらで得られた情報を記録する機能を有する。
例えば、記憶部41は、SRMトランジションに関係する情報を、図5のようなデータベースで保持してもよい。ここで、図5のデータ構造では、SRMトランジション情報52、クロマトグラムへの参照53、化合物情報への参照54、被補正SRMチャネルへの参照55を有する一のデータ構造を、SRMチャネル51と呼んでおり、n個のSRMチャネル51の例を示している。
2-1.
The
For example, the
SRMトランジション情報52は、SRMトランジションに係る情報が含まれている。ここで、SRMトランジションとは、イオン化の極性、前駆体イオンの質量(m/z)、質量分析計内の衝突乖離室でフラグメンテーションを起こすためのコリジョンエネルギー(電圧)、観測する生成イオン(フラグメントイオン)の質量(m/z)の4つの条件で定められるものである。ここで、イオン化の極性は、正又は負である。装置、データ又はプログラムの利用において、イオン化の極性が一方であることが明らかな場合は、省略されてもよい。また、電圧は、測定装置によって異なることもあることから、省略されてもよい。
クロマトグラムへの参照53は、SRMトランジション情報を用いて測定されたクロマトグラムへの参照を示す情報が記録されている。クロマトグラムへの参照は複数あり、リスト形式で記録されていてもよい。また、クロマトグラムの情報への参照の情報に代えて、クロマトグラムの情報そのものが記録されていてもよいことはいうまでもない。
化合物情報への参照54は、以下の情報結合部43で作成されるデータである。
被補正SRMチャネルへの参照55は、以下の関係導出部44で作成されるデータである。
The
The
The
また、記憶部41は、図5のデータ形式以外であっても、情報結合部43、関係導出部44、補正部45、及び/又は表示部46などで作成及び/又は利用される情報を記憶することができるが、これらに限られず、本発明に係る実施例で使用されうる情報を記録することができる。また、記憶部41は、本願発明には関係しない情報も記憶してもよい。
In addition, the
2−2.入力部42
入力部42は、情報を取得する機能を有する。入力部42は、上述したように、分析装置から取得してもよいし、他の情報記録装置であるサーバ、クラウド、記録媒体などから取得してもよい。
2-2.
The
入力部42から入力される情報としては、測定予定のSRMトランジション、それらの測定時間、測定で得られたクロマトグラムの情報、化合物名に関するデータベースの情報などが挙げられるが、これらに限られない。上述の記憶部41に記録されうる情報が入力部42で使用されてもよい。
The information input from the
2−3.情報結合部43
情報結合部43は、SRMトランジションに、化合物情報を、関係付ける機能を有する。当該SRMトランジションは、測定予定のSRMトランジションであってもよいし、測定に使用されたSRMトランジションであってもよい(以下、「測定用SRMT」という。)。測定に使用された測定用SRMTの場合は、当該測定用SRMTによって測定されたクロマトグラムが、当該測定用SRMTを介して、化合物情報と、関係付けられてもよい。測定用SRMTと化合物情報とが関係付けられることで、後述する同位体補正係数を計算することが可能となる。
2-3.
The
クロマトグラムは、時間と信号強度の組み合わせ列の情報であってもよいし、当該情報に基づいたグラフでもよい。時間と信号強度の組み合わせ列の情報としては、例えば、[時間1・信号強度1]、[時間2・信号強度2]、[時間3・信号強度3]・・・[時間n・信号強度n]などが挙げられる。 The chromatogram may be information of a combination of time and signal strength, or may be a graph based on the information. As information on a combination of time and signal strength, for example, [time 1-signal strength 1], [time 2-signal strength 2], [time 3-signal strength 3] ... [time n-signal strength n] ] And the like.
化合物情報は、特定のクロマトグラムに関連付けるために(該クロマトグラムとは別に)用意された、各種の化合物に関する情報またはそれらの集合体(データベース)である。化合物情報には、化合物名、化合物の組成式、前駆体イオンの組成式、生成イオンの組成式、中性脱離基の組成式、及び/又は、当該化合物の検出を目的として設定された(或いはそのように推測され得る)SRMトランジション、などが含まれる。 The compound information is information on various compounds or their aggregation (database) prepared to associate with a specific chromatogram (apart from the chromatogram). The compound information is set for the purpose of detecting the compound name, the composition formula of the compound, the composition formula of the precursor ion, the composition formula of the product ion, the composition formula of the neutral leaving group, and / or the compound Alternatively, such as SRM transition that can be inferred as such.
情報結合部43は、上記の化合物情報を備えるデータベース(以下、「化合物情報データベース」という。)を備えることができる。化合物情報データベースの一例は図6である。図6の例では、化合物名61、前駆体イオンの組成式65、生成イオンの組成式66、並びにSRMトランジションにおけるイオン化極性64、前記前駆体イオンの組成式に対応する質量(m/z)62、及び前記生成イオンの組成式に対応する質量(m/z)63を有している。なお、前記前駆体イオンの組成式に対応する質量(m/z)62は前記前駆体イオンの組成式65に基づき計算できる値であり、前記生成イオンの組成式に対応する質量(m/z)63は前記生成イオンの組成式66に基づき計算できる値である。そのため、化合物情報データベースは、前記前駆体イオンの組成式に対応する質量(m/z)62、及び/又は、前記生成イオンの組成式に対応する質量(m/z)63を備えなくてもよいが、これらが存在すると、測定用SRMTとの比較計算が容易となる利点がある。化合物情報データベースは、公知の技術文献に基づいて作成されてもよいし、過去の実験データなどに基づいて作成されてもよい。なお、化合物情報データベースは、特定の物質に限定されたデータベースでもよいし、より広い分野の物質を含めたデータベースでもよい。
The
情報結合部43は、測定用SRMTを、上記化合物情報データベース内のSRMトランジション(以下、「DB内SRMT」という。)と対比して、測定用SRMTと、当該測定用SRMTと第1所定の関係を有するDB内SRMTに係る化合物情報とを、関係付ける。
測定用SRMTとDB内SRMTとが第1所定の関係を有するとは、測定用SRMTの前駆体イオンの質量(m/z)とDB内SRMTの前駆体イオンの質量(m/z)の差異が第1所定値範囲内であり、かつ、測定用SRMTの生成イオンの質量(m/z)とDB内SRMTの生成イオンの質量(m/z)の差異が第2所定値範囲内にあることである。第1所定値及び第2所定値は、測定用SRMTが、DB内SRMTとの違いを誤差と考えられる程度の閾値として設定すればよく、例えば、第1所定値及び第2所定値を0.2とすることができるが、これは一実施例であり、他の値でもよく、また、第1所定値及び第2所定値が異なる値であってもよい。
The
The fact that the SRMT for measurement and the SRMT in DB have a first predetermined relationship means the difference between the mass (m / z) of the precursor ion of SRMT for measurement and the mass (m / z) of the precursor ion of SRMT in DB Is within the first predetermined value range, and the difference between the mass (m / z) of the product ion of the measurement SRMT and the mass (m / z) of the product ion of the SRMT within the DB is within the second predetermined value range It is. The first predetermined value and the second predetermined value may be set as threshold values to such an extent that the measurement SRMT can consider the difference from the in-DB SRMT as an error. For example, the first predetermined value and the second predetermined value Although two may be used, this is an example and may be another value, and the first predetermined value and the second predetermined value may be different values.
次に情報結合部43における例を説明する。例えば、測定用SRMTの前駆体イオンの質量(m/z)が、342.130であり、当該測定用SRMTの生成イオンの質量(m/z)が、184.1であるとする。また、第1所定値及び第2所定値は、ここでは、いずれも0.2とする。情報結合部43は、測定用SRMTの前駆体イオンの質量(m/z)である342.130と、図6の化合物情報データベースにおいて前駆体イオンの質量(m/z)の差異が第一所定値(0.2)以内のものは、PC(4:0)のみである。また、PC(4:0)の生成イオンの質量(184.073321)と、当該測定用SRMTの生成イオンの質量(184.1)の差異が第2所定値(0.2)以内である。よって、情報結合部43は、測定用SRMTの前駆体イオン及び生成イオンに関する質量差が、それぞれ、第1所定値及び第2所定値以内である化合物情報データベース内の前駆体イオン及び生成イオンである物質はPC(4:0)であると判定する。そして、情報結合部43は、当該測定用SRMTと、DB内SRMTの化合物情報(C12H25N1O8P1、C5H15N1O4P1)を関係づける。情報結合部43は、当該測定用SRMTと、DB内SRMTの化合物情報(C12H25N1O8P1、C5H15N1O4P1)とを関係づけて、記憶テーブルに記録してもよい。この例では、測定用SRMTに対して、直接DB内SRMTの化合物情報を関係づけた例であるが、参照を用いてもよいことはいうまでもない。
Next, an example in the
すなわち、情報結合部43は、測定用SRMTとDB内SRMTとが、上記の第1所定の関係を有すると判定した場合、例えば、測定用SRMTに対応する化合物情報データベース内の特定のDB内SRMTを示す参照を、測定用SRMTと関係付けて記憶してもよい。例えば、図7のように、測定用SRMTとDB内SRMTとが、上記の第1所定の関係を有すると判定した場合、前記測定用SRMTに係るSRMチャネル1内の化合物上への参照リストに、前記DB内SRMTに係る化合物2を記憶してもよい。
That is, when the
なお、情報結合部43は、測定用SRMTと、化合物情報データベース内の全てのDB内SRMTとが、上記の第1所定の関係を有しないと判定した場合、当該測定用SRMTと、前記化合物情報データベース内のいずれのDB内SRMTとも関係付けない処理をする。
また、情報結合部43は、測定用SRMTと第1のDB内SRMTとが上記の第1所定の関係を有すると判定し、かつ、前記測定用SRMTと第2のDB内SRMTとが上記の第1所定の関係を有すると判定した場合、前記測定用SRMTと前記第1のDB内SRMTとを関係付け、かつ、前記測定用SRMTと前記第2のDB内SRMTとを関係付ける処理をしてもよい。
When the
Further, the
2−4.関係導出部44
関係導出部44は、第2所定の関係を有した複数のSRMトランジションを関係付けて、SRMトランジション関係セットを導出する。例えば、関係導出部44は、第1のSRMトランジションと、当該第1のSRMトランジションと第2所定の関係を有する第2のSRMトランジションとを、関係付けて、SRMトランジション関係セットを導出する。SRMトランジションは、測定用SRMTであってもよいし、関係付けを行う時点において測定用SRMTであるか不明であってもよい。
2-4.
The
第2所定の関係とは、以下のi)〜iv)の事項を全て満たす関係をいう。
i)前記第1のSRMトランジションのイオン化極性と前記第2のSRMトランジションのイオン化極性とが一致する;
ii)前記第2のSRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)から前記第1のSRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)を減じた値は、所定の正の整数(以下、「前駆体イオン整数質量差」という。)と所定の許容差を加算した値であって、第3所定の値以下の値である;
iii)前記第2のSRMトランジションの生成イオンの質量(m/z)から前記第1のSRMトランジションの生成イオンの質量(m/z)を減じた値は、0または所定の正の整数(以下、「生成イオン整数質量差」という。)と所定の許容差を加算した値であって、生成イオン整数質量差が前駆体イオン整数質量差以下である;及び、
iv)前記第1のSRMトランジションのコリジョンエネルギーと前記第2のSRMトランジションのコリジョンエネルギーとの差(の絶対値)が第4所定の値以下である。
ここで、前駆体イオン整数質量差及び生成イオン整数質量差における「所定の正の整数」は、分子中の原子が1ないしそれ以上の安定同位体により置換された際に生じる質量増加が、自然数に近似されることに対応する数(例えば、1ダルトン、2ダルトン、3ダルトンなど)である。これにより、質量が1ダルトン異なるものから後述の補正の対象とし、精緻に補正が可能である。また、このような一般化した条件定義により、様々な質量差を有するSRMトランジションを系統的かつ包括的に補正対象として評価することが可能となる。
この近似による誤差は、同位体の置換数が1ないし10程度の場合は、上記「所定の許容差」に比べて僅少であるため、該「所定の許容差」に含まれるものと考えて問題なく、置換数がさらに多数の場合には、第1のSRMトランジションに係る前駆体イオンおよび生成イオンに係る組成式から導出される精密質量を用いて、「所定の許容差」を適宜修正することができる。例えば、所定の許容差は、0を含み、−0.1乃至0.1の値、−0.2乃至0.2の値などが挙げられるが、これらに限られない。また、ii)の所定の許容差とiii)の所定の許容差は、同じでも異なってもよい。所定の自然数と所定の許容差を加算した値は、2.1、2.14、などの値であることもあれば、所定の許容差が負の値の場合もあるため、2.99、2.95等の値もありうる。なお、上記ではiv)においてコリジョンエネルギーの差を要件の一つとしたが、上述した通りコリジョンエネルギーに係るiv)は要件としなくてもよい。
The second predetermined relationship is a relationship which satisfies all the following items i) to iv).
i) the ionization polarity of the first SRM transition matches the ionization polarity of the second SRM transition;
ii) A value obtained by subtracting the mass (m / z) of the precursor ion of the first SRM transition from the mass (m / z) of the precursor ion of the second SRM transition is a predetermined positive integer , “Precursor ion integer mass difference”) and a predetermined tolerance, which is a value equal to or less than a third predetermined value;
iii) A value obtained by subtracting the mass (m / z) of the product ion of the first SRM transition from the mass (m / z) of the product ion of the second SRM transition is 0 or a predetermined positive integer (not shown) , “The product ion integer mass difference”) and a predetermined tolerance, wherein the product ion integer mass difference is less than or equal to the precursor ion integer mass difference;
iv) A difference (absolute value) between the collision energy of the first SRM transition and the collision energy of the second SRM transition is equal to or less than a fourth predetermined value.
Here, the “predetermined positive integer” in the precursor ion integer mass difference and the product ion integer mass difference is a natural number which is a natural increase caused when atoms in the molecule are substituted by one or more stable isotopes. (E.g., 1 dalton, 2 daltons, 3 daltons, etc.) corresponding to being approximated. As a result, it is possible to make a precise correction, with a mass difference of 1 dalton as a target of the correction described later. Also, such a generalized condition definition makes it possible to systematically and comprehensively evaluate SRM transitions having various mass differences as correction targets.
The error due to this approximation is considered to be included in the “predetermined tolerance” because the error in the approximation is small when the substitution number of isotopes is about 1 to 10 compared to the above “prescribed tolerance”. Instead, if the number of substitutions is even larger, correct the “predetermined tolerance” appropriately using the accurate mass derived from the composition formula for the precursor ion and product ion for the first SRM transition. Can. For example, the predetermined tolerance includes 0, and includes, but is not limited to, a value of -0.1 to 0.1, a value of -0.2 to 0.2, and the like. Also, the predetermined tolerance of ii) and the predetermined tolerance of iii) may be the same or different. The value obtained by adding the predetermined natural number and the predetermined tolerance may be a value such as 2.1, 2.14 or the like, or the predetermined tolerance may be a negative value. There is also a possible value such as 95. In addition, although the difference of collision energy was made into one of the requirements in iv above, as mentioned above iv does not need to be taken as requirements.
第3所定の値は、前記第1のSRMトランジションで測定されて得られる第1のクロマトグラムと前記第2のSRMトランジションで測定されて得られる第2のクロマトグラムにおいて、前記第1のクロマトグラムに係る(化合物情報の)化合物が前記第2のクロマトグラムに係る(化合物情報の)化合物を妨害する、またはその逆の関係にありうる対象範囲を決めるものである。そのため、当該所定の値を大きな値とすると妨害する可能性が少しでもあるクロマトグラム(及び当該クロマトグラムを得るためのSRMトランジション)を関係付けの対象として補正の対象を広げる利点がある。他方、当該所定の値を小さな値とすると計算機の負担が少ない利点がある。このような視点に基づく具体的な値としては、第3所定の値に係る前駆体イオン整数質量差の最大値は、例えば、5ダルトン、7ダルトン、又は10ダルトンなどの値が挙げられるが、これらに限られない。 A third predetermined value is the first chromatogram obtained by measuring the first SRM transition and the second chromatogram obtained by measuring the second SRM transition. The compound (of the compound information) interferes with the compound (of the compound information) of the second chromatogram, or vice versa to determine the target range. Therefore, when the predetermined value is set to a large value, there is an advantage that the target of correction is broadened with the chromatogram (and the SRM transition for obtaining the chromatogram) which may possibly interfere with the predetermined value. On the other hand, setting the predetermined value to a small value has the advantage of reducing the burden on the computer. As a specific value based on such a viewpoint, the maximum value of the precursor ion integer mass difference according to the third predetermined value may be, for example, a value such as 5 daltons, 7 daltons, or 10 daltons. It is not restricted to these.
第4所定の値は、測定装置の特性などを踏まえて適宜特定されるものであり、例えば、0.5ボルト、1ボルト、2ボルトなどの値が挙げられるが、これらに限られない。 The fourth predetermined value is appropriately specified in consideration of the characteristics of the measurement device and the like, and may be, for example, 0.5 volt, 1 volt, 2 volt or the like, but is not limited thereto.
ここで、第1のSRMトランジションと第2のSRMトランジションとが、第2所定の関係であることを示す一例を、図8を用いて説明する。なお、第3所定の値に係る前駆体イオン整数質量差の最大値を10ダルトン、所定の許容差として±0.2ダルトンをそれぞれ設定し、第4所定の値として1ボルトを設定する。なお、表には記載されていないが、前記第1のSRMトランジションのコリジョンエネルギーと前記第2のSRMトランジションのコリジョンエネルギーとが同一の値であるとする。図8は、PS(34:2)に関する表である。第1のSRMトランジションで測定される第1のクロマトグラムをPS(34:2)81とし、第2のSRMトランジションで測定される第2のクロマトグラムをPS(34:1)82として、これらが第2所定の関係を有することを説明する。第2のSRMトランジションで測定され得る第2のクロマトグラムPS(34:1)82の前駆体イオン質量(760.5)から、第1のSRMトランジションで測定され得る第1のクロマトグラムPS(34:2)81の前駆体イオン質量(758.5)を減じて得られる質量差は、2.0であり、これは、第3所定の値に係る前駆体イオン整数質量差が2ダルトンである場合に該当する。また、第2のSRMトランジションで測定され得る第2のクロマトグラムPS(34:1)82の生成イオン質量(675.5)から、第1のSRMトランジションで測定され得る第1のクロマトグラムPS(34:2)81の生成イオン質量(673.5)を減じて得られる質量差は、2.0、これに対応する生成イオン整数質量差は2であり、前駆体イオン整数質量差(2)以下である。また、前提から、前記第1のSRMトランジションのコリジョンエネルギーと前記第2のSRMトランジションのコリジョンエネルギーとが同一の値であることから、その差は第4所定の値(1)以下である。 Here, an example showing that the first SRM transition and the second SRM transition have a second predetermined relationship will be described with reference to FIG. The maximum value of the precursor ion integer mass difference according to the third predetermined value is set to 10 daltons, ± 0.2 daltons is set as the predetermined tolerance, and 1 volt is set as the fourth predetermined value. Although not described in the table, it is assumed that the collision energy of the first SRM transition and the collision energy of the second SRM transition have the same value. FIG. 8 is a table regarding PS (34: 2). The first chromatogram measured in the first SRM transition is PS (34: 2) 81, and the second chromatogram measured in the second SRM transition is PS (34: 1) 82. It will be described that it has a second predetermined relationship. From the precursor ion mass (760.5) of the second chromatogram PS (34: 1) 82 which can be measured in the second SRM transition, the first chromatogram PS (34 which can be measured in the first SRM transition) : 2) The mass difference obtained by subtracting the precursor ion mass (758.5) of 81 is 2.0, which means that the precursor ion integer mass difference according to the third predetermined value is 2 daltons It corresponds to the case. Also, from the product ion mass (675.5) of the second chromatogram PS (34: 1) 82, which may be measured in the second SRM transition, a first chromatogram PS (which may be measured in the first SRM transition) 34: 2) The mass difference obtained by subtracting the product ion mass (673.5) of 81 is 2.0, and the corresponding product ion integer mass difference is 2, and the precursor ion integer mass difference (2) It is below. Further, from the premise that the collision energy of the first SRM transition and the collision energy of the second SRM transition have the same value, the difference is equal to or less than the fourth predetermined value (1).
以上の検討により、第1のSRMトランジションで測定される第1のクロマトグラムPS(34:2)81と、第2のSRMトランジションで測定される第2のクロマトグラムPS(34:1)82と、は第2所定の関係を有することが分かる。 According to the above examination, the first chromatogram PS (34: 2) 81 measured in the first SRM transition and the second chromatogram PS (34: 1) 82 measured in the second SRM transition , Has a second predetermined relationship.
関係導出部44は、以上の第2所定の関係の判定を行い、第1のクロマトグラムPS(34:2)81に係る第1のSRMトランジション(SRMチャネル)を、第2のクロマトグラムPS(34:1)82に係る第2のSRMトランジション(SRMチャネル)の被補正SRMトランジション(SRMチャネル)として関係づける。
The
同様に、第1のSRMトランジションで測定される第1のクロマトグラムをPS(34:2)81とし、第2のSRMトランジションで測定される第2のクロマトグラムをPS(34:0)83として、これらが第2所定の関係を有することを説明する。第2のSRMトランジションで測定され得る第2のクロマトグラムPS(34:0)83の前駆体イオン質量(762.5)から、第1のSRMトランジションで測定され得る第1のクロマトグラムPS(34:2)81の前駆体イオン質量(758.5)81を減じて得られる質量差は、4.0であり、これは、第3所定の値に係る前駆体イオン整数質量差が2ダルトンである場合に該当する。また、第2のSRMトランジションで測定され得る第2のクロマトグラムPS(34:0)83の生成イオン質量(677.5)から、第1のSRMトランジションで測定され得る第1のクロマトグラムPS(34:2)81の生成イオン質量(673.5)を減じて得られる質量差は、4.0であり、これに対応する生成イオン整数質量差は2であり、前駆体イオン質量差(4)以下である。また、前提から、前記第1のSRMトランジションのコリジョンエネルギーと前記第2のSRMトランジションのコリジョンエネルギーとが同一の値であることから、その差は第4所定の値(1)以下である。 Similarly, the first chromatogram measured in the first SRM transition is PS (34: 2) 81, and the second chromatogram measured in the second SRM transition is PS (34: 0) 83. It will be described that these have a second predetermined relationship. From the precursor ion mass (762.5) of the second chromatogram PS (34: 0) 83, which can be measured in the second SRM transition, the first chromatogram PS (34), which can be measured in the first SRM transition : 2) The mass difference obtained by subtracting 81 of the precursor ion mass (758.5) 81 is 4.0, which means that the precursor ion integer mass difference according to the third predetermined value is 2 daltons It corresponds to the case. Also, from the product ion mass (677.5) of the second chromatogram PS (34: 0) 83, which may be measured in the second SRM transition, a first chromatogram PS (which may be measured in the first SRM transition) 34: 2) The mass difference obtained by subtracting the product ion mass (673.5) of 81 is 4.0, and the corresponding product ion integer mass difference is 2, and the precursor ion mass difference (4 ) Below. Further, from the premise that the collision energy of the first SRM transition and the collision energy of the second SRM transition have the same value, the difference is equal to or less than the fourth predetermined value (1).
以上の検討により、第1のSRMトランジションで測定される第1のクロマトグラムPS(34:2)81と、第2のSRMトランジションで測定される第2のクロマトグラムPS(34:0)83と、は第2所定の関係を有することが分かる。 According to the above examination, the first chromatogram PS (34: 2) 81 measured in the first SRM transition and the second chromatogram PS (34: 0) 83 measured in the second SRM transition , Has a second predetermined relationship.
これにより、関係導出部44は、以上の第2所定の関係の判定を行い、第1のクロマトグラムPS(34:2)81に係る第1のSRMトランジション(SRMチャネル)を、第2のクロマトグラムPS(34:0)83に係る第2のSRMトランジション(SRMチャネル)の被補正SRMトランジション(SRMチャネル)として関係づける。
Thereby, the
また、対象とするSRMトランジションに対応するクロマトグラムのうち、信号が測定されないクロマトグラム又は信号が低いクロマトグラムもある。関係導出部44は、これらのクロマトグラムを含めて関係付けてもよい。
Further, among chromatograms corresponding to the target SRM transition, there are chromatograms in which the signal is not measured or chromatograms in which the signal is low. The
他方、関係導出部44は、信号が測定されないクロマトグラム又は信号が低いクロマトグラムを関係付けの対象とするクロマトグラムから除いてもよい。信号が測定されないクロマトグラムは後述の補正するものがないものである。また、信号が低いクロマトグラムは補正した場合の利点が低いものである。そのため、これらのクロマトグラムの計算時間及び計算資源を効率化できる利点がある。信号が低いクロマトグラムを除外する場合は、関係導出部44は、所定の値に基づいて、クロマトグラムを除外してもよい。例えば、関係導出部44は、クロマトグラムの信号の最大値が、所定の値よりも低い場合、当該所定のクロマトグラムを除外してよい。関係導出部44は、上記の除外をした後で、除外されていないクロマトグラムに対して、上述の関係付けを行ってもよい。
On the other hand, the
また、図8においては、82及び83以外のSRMトランジションである84についても、同様に、該当するクロマトグラムデータがあれば、補正される対象となる。
Further, in FIG. 8, similarly, for the
また、関係導出部44は、対象試料をSRMトランジションを用いて測定する前に、関係付けをしてもよい。この場合、関係導出部44は、測定予定であるかどうか不明なSRMトランジションまたは測定予定ではないSRMトランジションを含むSRMトランジションを用いて、関係付けをしてもよい。
In addition, the
関係導出部44は、複数の、関係付けられたSRMトランジションを、図9のように、被補正SRMチャネルへの参照(リスト)として、リスト形式で、記憶してもよい。図9においては、SRMチャネル1が、SRMチャネル2及びSRMチャネル3を、被補正SRMチャネルへの参照(リスト)として、記憶している。当該SRMチャネル1が、SRMチャネル2を参照として記憶していること、及び/又は、当該SRMチャネル1が、SRMチャネル3を参照として記憶していること、がSRMトランジション関係セットの一例である。なお、ここでは参照として説明したが、関係導出部44は、対応するSRMチャネルの情報同士、特に、SRMトランジション及び/又は化合物情報を、直接関係づけるテーブルを作成してもよい。当該テーブルは、SRMトランジション関係セットの他の一例である。また、図9において、被補正SRMチャネルへの参照(リスト)内の順序は、関係付けられたSRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)及び/又は生成イオンの質量(m/z)に基づいて、記憶してもよい。例えば、当該リストが、関係付けられたSRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)及び生成イオンの質量(m/z)が小さい順に、記憶してもよい。
The
また、関係導出部44は、時間情報に基づいて、第2所定の関係を有した複数のSRMトランジションに係る情報を関係付けてもよい。クロマトグラムの測定においては、SRMトランジションに対して測定する場合、測定時間の短縮化のため、明らかに測定しても有意な情報を得ることができない時間を除いて測定することがある。測定の時間帯が異なる二つのクロマトグラム間において、補正をすることはできないため、測定時間を考慮することで、補正計算の短縮化を図ることが可能となる。
Further, the
例えば、第1のSRMトランジションによる測定では、t1乃至t2の時間が設定され、これに基づいて第1のクロマトグラムが測定され、第2のSRMトランジションによる測定では、t3乃至t4の時間が設定され、これに基づいて第2のクロマトグラムが測定されたとする。また、t3は、t2より後の時間であるとする。この場合、第1のクロマトグラムと第2のクロマトグラムの測定時間に重複時間がない。そのため、これらの測定条件で測定された結果である第1のクロマトグラムと第2のクロマトグラムの間には、補正を行うために必要な情報が存在しない。そのため、関係付けに係るデータを作成する際も、重複時間がないことが分かっているクロマトグラムに対するSRMトランジション同士については、関係付けなくてもよい。
すなわち、本願発明の一実施例に係るシステムは、時間情報に基づいて、第2所定の関係を有した複数のSRMトランジションに係る情報を関係付ける関係導出部44を備えてもよい。
For example, in the measurement by the first SRM transition, the time t1 to t2 is set, based on which the first chromatogram is measured, and in the measurement by the second SRM transition, the time t3 to t4 is set On the basis of this, it is assumed that a second chromatogram is measured. Moreover, t3 presupposes that it is the time after t2. In this case, there is no overlap between the measurement times of the first chromatogram and the second chromatogram. Therefore, there is no information required to make a correction between the first chromatogram and the second chromatogram, which are the results of measurement under these measurement conditions. Therefore, even when creating data related to association, it is not necessary to associate SRM transitions between chromatograms for which it is known that there is no overlap time.
That is, the system according to an embodiment of the present invention may include the
また、関係導出部44は、第1のSRMトランジションと、当該SRMトランジションと第2所定の関係を有する第2のSRMトランジションとを、前記第1のSRMトランジションの測定時間と前記第2のSRMトランジションの測定時間との間に重複がある場合、関係付けるよう構成されてもよい。
Further, the
例えば、図10は、クロマトグラムのSRMトランジションに係る測定時間も記録されたテーブルを示す。図10のテーブルでは、SRMチャネル1に係る測定時間は開始時刻がT11で終了時刻がT12であり、SRMチャネル2に係る測定時間は開始時刻がT21で終了時刻がT22などであることを示す。そして、図10は、T11−T12とT21−T22との間には、重複時間が存在する場合に、関係付けがされていることを示している。同様に、図10は、T11−T12とT31−T32との間にも重複時間が存在することを示す。なお、ここでは、関係導出部44が、SRMトランジションに係る測定時間が重複していることを第2所定の関係の追加の条件として説明した。しかし、関係導出部44は、第2所定の関係に基づいて、SRMトランジション同士を関係づけるものとし、後述する補正部45を、補正をするかどうかの補正要件の追加の条件の一つとして、SRMトランジション同士に重複時間が存在するかどうかを判定する構成を備えてもよい。
For example, FIG. 10 shows a table in which measurement times associated with SRM transitions of chromatograms are also recorded. In the table of FIG. 10, the measurement time for the
2−5.補正部45
補正部45は、測定されたクロマトグラムを補正する機能を有する。補正部45による補正は、クロマトグラムに係る同位体の影響を減らす機能を有する。例えば、補正部45は、前記関係導出部44で得た情報に基づいて、クロマトグラムを補正する。
2-5.
The
補正部45は、第1のSRMトランジションと、前記第1のSRMトランジションと第2所定の関係を有する第2のSRMトランジションにおいて、前記第2のSRMトランジションに係る第2のクロマトグラムを、前記第1のSRMトランジションに係る第1のクロマトグラムを用いて、補正する。
なお、関係導出部により第1のSRMトランジションが第2のSRMトランジションの被補正トランジションとして関係づけられている時、前記第1のSRMトランジションに係る第1のクロマトグラムと前記第2のSRMトランジションに係る第2のクロマトグラムは、補正要件1−2を満たす関係にある、という。
The
In addition, when the first SRM transition is related as a transition to be corrected of the second SRM transition by the relationship deriving unit, the first chromatogram related to the first SRM transition and the second SRM transition are used. It is said that the second chromatogram concerned is in a relation satisfying the correction requirement 1-2.
補正を、図11を例として説明すると、補正部45は、クロマトグラム111を、クロマトグラム112を用いて、補正する。
The correction will be described using FIG. 11 as an example. The
例えば、クロマトグラム111の値から、クロマトグラム112の値を減算する。さらに具体的には、クロマトグラム111における各時間の信号強度の数値から、同位体の存在比を考慮したうえでクロマトグラム112における対応する各時間の信号強度の数値を減算してもよい。これによって、クロマトグラムに係る値を、当該クロマトグラムを妨害する他のクロマトグラムの情報に基づいて、補正し、より適正なクロマトグラムの値を算出することができる。
For example, the value of the
より具体的には、補正に使用するクロマトグラムの各時間の信号強度の数値に同位体の存在比を考慮した所定の値を乗算したうえで、補正対象のクロマトグラムの各時間の信号強度の数値から減算して補正することで、同位体由来の妨害ピークを減少させることができる。同位体の存在比を考慮した所定の値とは、後述する同位体補正係数が挙げられる。 More specifically, after multiplying the numerical value of the signal intensity of each time of the chromatogram used for correction by a predetermined value taking into consideration the abundance ratio of isotope, the signal intensity of each time of the chromatogram to be corrected is multiplied. Subtracting from the numerical value for correction can reduce isotope-derived interference peaks. The predetermined value in consideration of the abundance ratio of isotopes includes isotope correction coefficients to be described later.
すなわち、補正部45は、第1のSRMトランジションと、前記第1のSRMトランジションと第2所定の関係を有する第2のSRMトランジションと、において、前記第2のSRMトランジションに係る第2のクロマトグラムの各時間の信号強度の数値から、前記第1のSRMトランジションに係る第1のクロマトグラムの各時間の信号強度の数値に同位体の存在比を考慮した所定の値を乗算した値を減算することにより、前記第2のクロマトグラムを、前記第1のクロマトグラムを用いて、補正する構成を備えてもよい。
That is, in the first SRM transition and the second SRM transition having a second predetermined relationship with the first SRM transition, the
図11の例においては、クロマトグラム111に係るSRMトランジションに対するクロマトグラム112のSRMトランジションの同位体補正係数を、クロマトグラム112に対して乗算したうえで、クロマトグラム111から減算して補正している。これによって、クロマトグラム113を導出できた。すなわち、PC32:0から、PC32:1の影響を取り除いてクロマトグラムを導出できた。なお、これらの補正の経過は、記憶部41などに記憶されることで、後述する表示部46などで表示させることもできる。具体的には、補正される前のクロマトグラム、補正に使用したクロマトグラム、これらに係るSRMトランジション、前駆体イオンの組成式、又は生成イオンの組成式等の情報を記憶しておき、これらの一部又は全部を表示してもよい。
In the example of FIG. 11, after the isotope correction coefficient of the SRM transition of the
次に、同位体補正係数を説明する。同位体補正係数1―2は、第2クロマトグラムを、第1クロマトグラムを用いて補正するときに、前記第1クロマトグラムにおける各時間の信号強度に乗算される係数として、利用され、当該同位体補正係数1―2は、(Rk[A]/R0[A])×(RK−k[B]/R0[B])と計算される。ここで、Aは、第1クロマトグラムに係るSRMチャネルの化合物情報における生成イオンの組成式であり、Bは、第1クロマトグラムに係るSRMチャネルの化合物情報における前駆体イオンから生成イオンが分離された残部(中性脱離基)の組成式である。また、Kは、前駆体イオン差であり、kは、生成イオン差である。Rn[X]は、化合物Xのモノアイソトピック質量よりnダルトン重い同位体群Xnの天然存在比(整数質量の同じ同位体の存在比を合算したもの)である。 Next, the isotope correction factor will be described. The isotope correction coefficient 1-2 is used as a coefficient by which the signal intensity of each time in the first chromatogram is multiplied when the second chromatogram is corrected using the first chromatogram, and the isotope is The field correction coefficient 1-2 is calculated as (R k [A] / R 0 [A]) × (R K -k [B] / R 0 [B]). Here, A is a composition formula of the generated ion in the compound information of the SRM channel related to the first chromatogram, and B is a generated ion separated from the precursor ion in the compound information of the SRM channel related to the first chromatogram It is a composition formula of the remainder (neutral leaving group). Also, K is a precursor ion difference, and k is a product ion difference. R n [X] is the natural abundance ratio of isotope group Xn heavier by n Daltons than the monoisotopic mass of Compound X (the sum of abundance ratios of the same isotope of integer mass).
B(中性脱離基)の導出例として、図6の第2行のPC(4:0)を例として説明すると、前駆体イオンの組成式がC12H25N1O8P1であり、生成イオンの組成式がC5H15N1O4P1であるから、Bの組成式は、C7H10O4である。 As an example of deriving B (neutral leaving group), when PC (4: 0) in the second row of FIG. 6 is described as an example, the composition formula of the precursor ion is C 12 H 25 N 1 O 8 P 1 Since the composition formula of the product ion is C 5 H 15 N 1 O 4 P 1 , the composition formula of B is C 7 H 10 O 4 .
ここで、上述の式の背景を説明する。一価の正イオンとしてイオン化可能な化合物MがMS/MSにおいて
(1)M+ −>A+ + B(A+はイオン、Bは中性分子)
のようなフラグメンテーションを起こすとき、
(2)M0−>A0
なるSRMトランジションを利用したSRM測定を行うことができる。ここで、M0およびA0はそれぞれMおよびAのモノアイソトピック質量(分子を構成する各元素の主同位体のみにより該分子を構成した場合の質量)である。
Here, the background of the above-mentioned formula is explained. Compound M which can be ionized as a monovalent positive ion is (1) M + -> A + + B (A + is an ion, B is a neutral molecule) in MS / MS
When you cause fragmentation like
(2) M 0 −> A 0
SRM measurement using the SRM transition can be performed. Here, M 0 and A 0 are monoisotopic masses of M and A (mass in the case where the molecule is constituted by only main isotopes of the respective elements constituting the molecule).
Mには一般に複数の安定同位体が存在するため、(1)のフラグメンテーションは、(2)だけではなく
(3)M0+K−>A0+k
で表される様々なSRMトランジションを用いた測定でシグナルを生じる。ここでKは0以上の整数、kは0以上K以下の整数であり、また、Kおよびkの取りうる値はそのようなKおよびkに対応する化合物およびフラグメントイオンの組成式がそれぞれ実際に構成可能であるものに限定される。
Since there are generally multiple stable isotopes in M, fragmentation of (1) is not limited to (2) but (3) M 0 + K −> A 0 + k
The signal is generated by measurement using various SRM transitions represented by Here, K is an integer of 0 or more, k is an integer of 0 or more and K or less, and the possible values of K and k are actually the compositional formulas of compounds and fragment ions corresponding to such K and k. It is limited to what is configurable.
以下、化合物Mが与えられた際に、トランジション(3)の各シグナルがトランジション(2)のシグナルに対してどのような割合で生じるかを計算する。
フラグメンテーション(1)は、同位体を区別した形
(4)MK +−>Ak ++BK−k
のように書き直すことができる(ここでMK +、Ak +およびBK−kはそれぞれ質量M0+K、A0+kおよびB0+K−kを与えるM+、A+およびBの同位体とする)。この(4)はMKがAkとBK−kの2つの部分構造に分かれることを意味している。(3)のSRMトランジションにより検出される同位体の存在比は、(4)を満たすMK +の存在比と等価であり、即ち、上記の(Rk[A]/R0[A])×(RK−k[B]/R0[B])により求めることができる。
Hereinafter, when the compound M is given, it is calculated what ratio each signal of the transition (3) generates with respect to the signal of the transition (2).
Fragmentation (1) is a isotope-differentiated form (4) M K + −> A k + + B K −k
(Where M K + , A k + and B K -k give masses M 0 + K, A 0 + k and B 0 + K-k respectively, and the isotopes of M + , A + and B, respectively) And). The (4) means that the M K is divided into two partial structures of A k and B K-k. The abundance ratio of isotopes detected by the SRM transition of (3) is equivalent to the abundance ratio of M K + satisfying (4), that is, (R k [A] / R 0 [A]) described above It can obtain | require by x ( RK-k [B] / R0 [B]).
次に、Rn[X]の値の算出方法を説明する。化合物Xは、その構成元素を(C、H、O、N)とした場合の一例であるが、化合物Xが他の構成要素を有する場合も、同様に計算が可能である。各元素について、天然安定同位体の種類とその存在比は、図12のとおりである。 Next, a method of calculating the value of R n [X] will be described. The compound X is an example of the case where its constituent element is (C, H, O, N), but the same calculation is possible when the compound X has other constituent elements. About each element, the kind of natural stable isotope and its abundance ratio are as FIG.
化合物Xの組成式をCwHxOyNzとする。分子内に含まれる安定同位体を区別し、その組成式を
(5)[12C]w1[13C]w2[1H]x1[2H]x2[16O]y1[17O]y2[18O]y3[14N]z1[15N]z2
と一般化する。ただし、w1, w2, x1, x2, y1, y2, y3, z1, z2はw=w1+w2, x=x1+x2, y=y1+y2+y3, z=z1+z3 を満たす0以上の整数である。化合物Xの個々の安定同位体の天然存在比Rは、w1, w2, x1, x2, y1, y2, y3, z1, z2を用いて
(6)R =wCw1 [12C]w1[13C]w2×xCx1 [1H]x1 [2H]x2×yCy1×y−y1Cy2 [16O]y1[17O]y2[18O]y3×zCz1 [14N]z1[15N]z2
のように表せる。ここでは、同位体名をもってその天然存在比を表すものとする。即ち [12C] =0.9893, [13C]=0.0107, … , [15N]=0.00364とする。また、nCrはn個の中からr個を取り出す組み合わせの数を表す
The composition formula of the compound X and C w H x O y N z . The stable isotopes contained in the molecule are distinguished, and the composition formula is (5) [ 12 C] w 1 [ 13 C] w 2 [ 1 H] x 1 [ 2 H] x 2 [ 16 O] y 1 [ 17 O] y 2 [2 18 O] y3 [14 N] z1 [15 N] z2
And generalize. However, w1, w2, x1, x2, y1, y2, y3, z1, z2 are integers of 0 or more that satisfy w = w1 + w2, x = x1 + x2, y = y1 + y2 + y3, z = z1 + z3. The natural abundance ratio R of the individual stable isotopes of the compound X is determined using w1, w2, x1, x2, y1, y2, y3, z1, z2 (6) R = w C w1 [ 12 C] w1 [ 13 C] w2 × x C x1 [ 1 H] x1 [2 H] x2 × y C y1 × y-y1 C y2 [16 O] y1 [17 O] y2 [18 O] y3 × z C z1 [14 N] z1 [15 N] z2
It can be expressed as Here, the natural abundance ratio is represented by the isotope name. That is, [ 12 C] = 0.9893, [ 13 C] = 0.0107, ..., [ 15 N] = 0.00364. Also, n C r represents the number of combinations for extracting r out of n
Xの安定同位体について、モノアイソトピック質量に対する質量差を整数値に丸めた値は
(7)n = w2 + x2 + y2 + 2y3 + z2
と表されるが、Xのモノアイソトピック質量よりnダルトン重い同位体群の天然存在比(整数質量の同じ同位体の存在比を合算したもの)は(6)と(7)を踏まえて
(8) Rn[X] = ΣR [w2, x2, y2, y3, z2はn = w2 + x2 + y2 + 2y3 + z2を満たす全ての組合せ]
のように表される。ここで、組合せは単純な数え上げ法を含む公知の手法により算出可能である。
For a stable isotope of X, the value obtained by rounding off the mass difference to the monoisotopic mass to an integer value is (7) n =
The natural abundance ratio of the isotope group heavier by n Daltons than the monoisotopic mass of X (the sum of the abundance ratios of the same isotopes of integer mass) is based on (6) and (7) ( 8) R n [X] = R R [w2, x2, y2, y3, z2 is all combinations that satisfy n = w2 + x2 + y2 + 2y3 + z2]
It is expressed as Here, the combination can be calculated by a known method including a simple counting method.
以上説明された同位体補正係数を用いて、補正部45は、補正要件1―2を満たす第2のクロマトグラムと第1のクロマトグラムにおいて、前記第1のクロマトグラム及び同位体補正係数1―2を用いて、前記第2のクロマトグラムを補正する構成を備えてもよい。なお、第2のクロマトグラムに対し、第1のクロマトグラムを用いて補正して得られた補正後の第2のクロマトグラムを、「第2のクロマトグラムAm1」という(AmendedBy1の略)。
Using the isotope correction factor described above, the
また、補正部45は、補正要件1―2を満たす第2のクロマトグラムと第1のクロマトグラムにおいて、前記第2のクロマトグラムにおける一部又は全部の各時間の信号強度から、前記第1のクロマトグラムの各対応する時間における信号強度に対して同位体補正係数1―2を乗算した値を、減算する構成を備える。これは、クロマトグラムのピークのみに限定された補正ではなく、減算する(補正する)側のクロマトグラムの各値(全体)に対して同位体補正係数を乗算して、減算される(補正される)側のクロマトグラムの各値(全体)から引く処理をすることで、ピーク値の特定などの処理を不要にしている。なお、上記における一部の各時間とは、例えば、信号強度が所定の値よりも高い部分を対象として、減算を処理する場合などが考えられる。
In addition, the
但し、特定の補正要件を満たす第1SRMトランジション(第1クロマトグラム)が複数存在する場合(例えば、第1Aと第1B)には、ユーザーは、いずれか一方を選択することができ、場合によっては、第1Aと第1Bを平均したクロマトグラムを選択することもできる。当該選択を行う場合には、例えば、表示部46に、第1Aと第1Bのそれぞれを用いて仮処理した補正後のクロマトグラムを表示したうえで、いずれがより適切かを判断したうえで、補正に用いるクロマトグラムを選択することができる。また、上記のユーザの選択に代えて、これらの複数の中から、一定の基準(例えば、より強度が大きいピークを有するクロマトグラムを自動的に選択する等)により自動的に補正処理を行うよう予め設定しておくこともできる。
However, in the case where there are a plurality of first SRM transitions (first chromatograms) satisfying a specific correction requirement (for example, the first A and the first B), the user can select one of them, depending on the case. It is also possible to select a chromatogram obtained by averaging the 1A and 1B. When the selection is performed, for example, after displaying the corrected chromatograms provisionally processed using each of the first A and the first B on the
すなわち、補正部45は、補正要件1A―2を満たす第2のクロマトグラムと第1Aのクロマトグラム、及び、補正要件1B―2を満たす第2のクロマトグラムと前記第1Bのクロマトグラムにおいて、前記第1Aのクロマトグラムに係る第1AのSRMトランジションと前記第2のクロマトグラムに係る第2のSRMトランジションの前駆体イオン整数質量差と、前記第1Bのクロマトグラムに係る第1BのSRMトランジションと前記第2のクロマトグラムに係る第2のSRMトランジションの前駆体イオン整数質量差と、が等しく、かつ、前記第1AのSRMトランジションのと前記第2のSRMトランジションの生成イオン整数質量差と、前記第1BのSRMトランジションと前記第2のSRMトランジションの生成イオン整数質量差と、が等しい場合、第2のクロマトグラムAm1Aと第2のクロマトグラムAm1Bとを表示部46に表示し、入力部から得られた情報に基づいて、選択されたクロマトグラムを、前記第2のクロマトグラムの補正後のクロマトグラムとする構成としてもよい。
In other words, the
図11において、クロマトグラム112自体は補正されていない例である。しかし、例えば、第3クロマトグラムを、第2クロマトグラムを用いて補正する場合、第2クロマトグラム自体が既に補正されていることが好ましい。そこで、補正部45は、第1クロマトグラムによって補正された第2クロマトグラムを用いて、第3クロマトグラムを補正するよう構成されてもよい。
In FIG. 11, the
すなわち、補正部45は、補正要件1―3と補正要件2―3とを満たす第3クロマトグラムと第2のクロマトグラムと第1のクロマトグラムにおいて、第3のクロマトグラムを、第2のクロマトグラムAm1と第1のクロマトグラムに基づき、補正する構成を備えてもよい。
That is, the
また、補正部45は、補正要件1―3と補正要件2―3とを満たす第3クロマトグラムと第2のクロマトグラムと第1のクロマトグラムにおいて、第3のクロマトグラムから、同位体補正係数1−3を乗じた前記第1クロマトグラム及び同位体補正係数2−3を乗じた第2クロマトグラムAm1の両方を減じる補正を行って、補正済みの第3クロマトグラムを得る構成を備えてもよい。
In addition, the
また、上記では3つのクロマトグラムに対する処理を述べたが、補正部45は、4つ以上のクロマトグラムに対しても、同様に、前駆体イオンの質量(m/z)が少ない順(前駆体イオンの質量(m/z)が等しい場合には、生成イオンの質量(m/z)が小さい順)に、連続的に補正処理を行うことができることはいうまでもない。
Also, although the processing for three chromatograms has been described above, the
2−6.表示部46
表示部46は、補正後のクロマトグラムに係る情報を表示する。補正後のクロマトグラムに係る情報とは、補正後のクロマトグラムの情報、補正の経過が分かる情報、又はこれらの組み合わせである。補正の経過が分かる情報としては、次に述べる情報が挙げられる。例えば、表示部46は、補正後のクロマトグラムと、補正前のクロマトグラムの両方を表示してもよい。表示部46は、補正後のクロマトグラムと補正前のクロマトグラムを重ねて、区別する態様で、表示してもよい。表示部46は、区別する態様として、補正後のクロマトグラムと補正前のクロマトグラムの表示方法を変更して、表示してもよい。例えば、表示部46は、補正後のクロマトグラムと補正前のクロマトグラムとを、異なる表示の色、又は異なる表示の線、などを用いて表示してもよい。また、表示部46が表示する補正に利用するクロマトグラムは、一つでもよいし、複数でもよい。例えば、クロマトグラムが、3つのクロマトグラムを利用して補正された場合、表示部46は、これら3つのクロマトグラム(同位体補正係数を乗じて引く側のクロマトグラム)を表示してもよい。また、表示部46は、補正前のクロマトグラムに係るSRMトランジションを表示してもよい。
2-6.
The
例えば、図13の補正後のクロマトグラム1303において、1303fは補正後のクロマトグラムの一部であるが、1303bは、補正後のクロマトグラムの一部ではない(補正によって削除された部分)とする。すなわち、クロマトグラム1303のピーク1303bは、クロマトグラム1301のピーク1301bによって、補正によって、減算された(補正後のクロマトグラムから取り除かれた)ものである。しかしながら、クロマトグラム1303では、補正後もピークとして残るピーク1303fと異なる色によって、ピーク1303bを表示している。また、表示部46は、クロマトグラム1301及びクロマトグラム1302というように、補正時に使用したクロマトグラムを表示してもよい。これらによって、利用者は、補正されたクロマトグラムが、どのようなクロマトグラムに基づいて補正されたのかを理解できる利点がある。
For example, in the
また、表示部46は、補正されたクロマトグラムのピーク検出、積分、統計情報出力などの各種処理がされた結果を表示してもよい。
In addition, the
3.フローチャート
次に本願発明に係るフローチャートを説明する。
3. Flowchart A flowchart according to the present invention will now be described.
3−1.実施例1.
実施例1は、図14を参照しつつ説明する。
まず、測定するSRMトランジションが特定される(1401)。通常、測定するSRMトランジションは複数あり、これらは、入力部から入力される。当該入力は、マニュアルで入力されてもよいし、事前にファイルなどで記録されていてもよい。
また、測定する時間も入力されてよい。測定時間は、各SRMトランジションで異なる設定となっていてもよいし、いくつかのSRMトランジションで同じ測定時間であってもよい。測定時間は、測定を開始してからの開始時間と終了時間の組で特定することができる。
3-1. Example 1
The first embodiment will be described with reference to FIG.
First, an SRM transition to be measured is identified (1401). Usually, there are a plurality of SRM transitions to be measured, and these are input from the input unit. The input may be manually input or may be recorded in advance in a file or the like.
Also, the time to measure may be input. The measurement time may be set differently for each SRM transition, or may be the same measurement time for several SRM transitions. The measurement time can be specified by a set of start time and end time after the start of measurement.
次に、測定予定のSRMトランジションに基づいて、対象試料が測定され、各SRMトランジションに対応するクロマトグラムが取得される(1402)。 Next, the target sample is measured based on the SRM transition to be measured, and a chromatogram corresponding to each SRM transition is acquired (1402).
次に、測定された各クロマトグラムに対して、化合物情報が関係付けられる(1403)。測定された各クロマトグラムに対して、化合物情報が不明のものは、化合物情報が関係付けられなくてもよい。また、測定された一つのクロマトグラムに対して、複数の化合物情報が関係付けられてもよい。当該化合物情報は、各クロマトグラムに係るSRMトランジションと化合物情報とを関係付けられたテーブル関係に基づいて、測定されたクロマトグラムに対して化合物情報が関係付けられてもよい。なお、この情報結合ステップ(1403)は、この順序に代えて、関係導出ステップ(1404)と補正ステップ(1405)との間に行ってもよい。 Next, compound information is associated with each of the measured chromatograms (1403). The compound information may not be related to each of the measured chromatograms for which the compound information is unknown. Also, multiple pieces of compound information may be associated with one measured chromatogram. The compound information may be related to the measured chromatogram based on a table relation in which the SRM transition related to each chromatogram and the compound information are related. The information combining step (1403) may be performed between the relationship deriving step (1404) and the correction step (1405) instead of this order.
また、関係導出部44は、クロマトグラムと化合物情報を関係付けるステップ(1403)の前又は後において、クロマトグラムが信号を備えるかどうかを判定し、信号が測定されないクロマトグラム又は信号が所定の値よりも低いクロマトグラムを、関係付ける対象とするクロマトグラムから除くステップを有してもよい。
Further, the
次に、関係導出部44は、第1SRMトランジションと第2SRMトランジションとを関係付けて、SRMトランジション関係セットを導出する(1404)。ここで、また、SRMトランジションに係る測定時間も用いて、関係付けてもよい。
Next, the
次に、クロマトグラムの補正を行う(1405)。補正部45は、補正要件1―2を満たした第2クロマトグラムと第1クロマトグラムにおいて、前記第2のクロマトグラムにおける各信号の信号強度から、前記第1のクロマトグラムの各対応する時間における信号強度に対して同位体補正係数1―2を乗算した値を、減算する構成を備えてもよい。
Next, the chromatogram is corrected (1405). In the second chromatogram and the first chromatogram that satisfy the correction requirement 1-2, the
また、補正部45は、補正要件1―2及び補正要件2―3を満たす第3のクロマトグラムと、第2のクロマトグラムと、第1のクロマトグラムにおいて、前記第1のクロマトグラムに基づき前記第2のクロマトグラムを補正した後、補正された前記第2のクロマトグラムに基づき前記第3のクロマトグラムを補正するステップを備えてもよい。また、補正部45が、前記第1のクロマトグラムに基づき前記第3のクロマトグラムを補正するステップを備えてもよい。なお、補正部45が、前記第1のクロマトグラムに基づき前記第3のクロマトグラムを補正するステップは、上記の補正された前記第2のクロマトグラムに基づき前記第3のクロマトグラムを補正するステップの、前に行ってもよいし、後に行ってもよい。
In addition, the
また、補正部45は、補正要件1―2及び補正要件2―3を満たす第3のクロマトグラムと、第2のクロマトグラムと、第1のクロマトグラムにおいて、前記第1のクロマトグラムに同位体補正係数1―2を乗じたものを用いて前記第2のクロマトグラムを補正した後、補正された前記第2のクロマトグラムに同位体補正係数2―3を乗じたものを用いて前記第3のクロマトグラムを補正するステップを備えてもよい。また、補正部45が、前記第1のクロマトグラムに同位体補正係数1−3を乗じたものを用いて前記第3のクロマトグラムを補正するステップを備えてもよい。なお、補正部45が、前記第1のクロマトグラムに同位体補正係数1−3を乗じたものを用いて前記第3のクロマトグラムを補正するステップは、上記の補正された前記第2のクロマトグラムに同位体補正係数2―3を乗じたものを用いて前記第3のクロマトグラムを補正するステップの、前に行ってもよいし、後に行ってもよい。
In addition, the
さらに、補正部45は、補正要件1―2及び補正要件2―3を満たす第3のクロマトグラムと、第2のクロマトグラムと、第1のクロマトグラムにおいて、前記第1のクロマトグラムの各時間における信号強度に同位体補正係数1―2を乗算した各値を前記第2クロマトグラムにおける前記各時間に対応する信号強度から減算して補正した後、補正された前記第2のクロマトグラムの各時間における信号強度に同位体補正係数2―3を乗算した各値を前記第3クロマトグラムにおける前記各時間に対応する信号強度から減算して補正するステップを備えてもよい。また、補正部45が、前記第1のクロマトグラムの各時間における信号強度に同位体補正係数1―3を乗算した各値を前記第3クロマトグラムにおける前記各時間に対応する信号強度から減算して補正するステップを備えてもよい。なお、補正部45が、前記第1のクロマトグラムの各時間における信号強度に同位体補正係数1―3を乗算した各値を前記第3クロマトグラムにおける前記各時間に対応する信号強度から減算して補正するステップは、上記の補正された前記第2のクロマトグラムの各時間における信号強度に同位体補正係数2―3を乗算した各値を前記第3クロマトグラムにおける前記各時間に対応する信号強度から減算して補正するステップの、前に行ってもよいし、後に行ってもよい。
Furthermore, in the third chromatogram, the second chromatogram, and the first chromatogram that satisfy the correction requirement 1-2 and the correction requirement 2-3, the
次に、補正後のクロマトグラムを表示する(1406)。このとき表示部46は、補正に使用されたクロマトグラムに係る情報を表示してもよい。例えば、減算される(減算前の)クロマトグラム、そのSRMトランジション、その化合物情報、その前駆体イオンの組成式、又はその生成イオンの組成式などの情報を表示してもよい。また、減算する側のクロマトグラム、そのSRMトランジション、その化合物情報、その前駆体イオンの組成式、又はその生成イオンの組成式などの情報を表示してもよい。
3−2.実施例2.
実施例2を、図15を用いて説明する。実施例1と重複するところは説明を省くが、当該重複するところが実施例2に適用可能であることはいうまでもない。
実施例2は、重複した計算をまとめて行う例である。
Next, the corrected chromatogram is displayed (1406). At this time, the
3-2. Example 2
The second embodiment will be described with reference to FIG. Although the description of the same parts as those of the first embodiment is omitted, it goes without saying that the same parts can be applied to the second embodiment.
The second embodiment is an example in which duplicate calculations are collectively performed.
まず、測定されるSRMトランジションが特定され(ステップ1501)、入力部が、SRMトランジションに基づいて測定されたクロマトグラムを、複数のファイルの形式で、取得する(ステップ1502)。 First, the SRM transition to be measured is specified (step 1501), and the input unit acquires chromatograms measured based on the SRM transition in the form of a plurality of files (step 1502).
次に、関係導出部44は、第1のファイルに含まれるクロマトグラム及びこれに係るSRMトランジションに対して、SRMトランジションに係る前駆体イオンの質量(m/z)、生成イオンの質量(m/z)、コリジョンエネルギーに基づいて、第1SRMトランジションと、前記第1SRMトランジションと第2所定の関係を有する第2SRMトランジションとを関係付けて、SRMトランジション関係セットを導出する(ステップ1503)。
Next, with respect to the chromatogram included in the first file and the SRM transition related thereto, the
次に、関係導出部44は、第2のファイルに対して、SRMトランジションに係る前駆体イオンの質量(m/z)、生成イオンの質量(m/z)、コリジョンエネルギーに基づいて、第1SRMトランジションと、前記第1SRMトランジションと第2所定の関係を有する第2SRMトランジションとを関係付けて、SRMトランジション関係セットを導出する(ステップ1504)。ここで、関係導出部44は、既に第1のファイルにおいて関係付けに使用されたSRMトランジションに対しては新たに関係付けを行わなくてもよい。関係導出部44は、第2ファイル内の既に第1のファイルにおいて関係付けに使用されたSRMトランジションに係るクロマトグラムを、前記既に第1のファイルにおいて関係付けに使用されたSRMトランジションに係るクロマトグラム内のリスト(例えば、図9におけるクロマトグラムへの参照(リスト))に追加する。他方、関係導出部44は、第2のファイルの新たなSRMトランジションに対しては新たに関係付けを行う。なお、上記の処理において、第1ファイル内の第1SRMトランジションと第2ファイル内の第2SRMトランジションにおいて、前記第1SRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)と前記第2SRMトランジションの前駆体イオンの質量(m/z)との差が所定の許容差であり、かつ、前記第1SRMトランジションの生成イオンの質量(m/z)と前記第2SRMトランジションの生成イオンの質量(m/z)との差が所定の許容差である場合、当該第2SRMトランジションは、前記第1SRMトランジションとほぼ同じと考えられ、既に第1ファイル内で関係づけられた前記第1SRMトランジションとして処理されてもよい。
Next, for the second file, the
これによって、本実施例では、第1ファイル内で関係導出したSRMトランジションに対して、再度の計算の負担が減少する利点を有する。 As a result, this embodiment has the advantage of reducing the burden of recalculation on SRM transitions derived in the first file.
次に、情報結合部43が、化合物情報を関係づける(ステップ1505)。当該化合物情報の関係付けも、複数のファイル内の重複した情報に対してのみ適用されることで、計算の負担が減少する利点を有する。
なお、その後の補正部45による補正及び表示部46による表示は、実施例1と同様である(ステップ1506及び1507)。
Next, the
The subsequent correction by the
本明細書で説明される処理及び手順は、実施形態において明示的に説明されたものに限定されず、その技術的思想の範囲内で、種々の実施形態によって実現可能であることは、いうまでもない。 The processes and procedures described in the present specification are not limited to those explicitly described in the embodiments, but can be realized by the various embodiments within the scope of the technical idea. Nor.
Claims (14)
第1SRMトランジションと、前記第1SRMトランジションと所定の関係を有する第2SRMトランジションと、を関係付けたSRMトランジション関係セットを導出する関係導出部と、
前記情報結合部によって関係付けられた化合物情報、及び、前記SRMトランジション関係セットに基づいて、クロマトグラムを補正する補正部と、
を備えるクロマトグラム用データ処理装置。 An information binding unit that relates compound information to a chromatogram;
A relationship deriving unit that derives an SRM transition relationship set in which a first SRM transition and a second SRM transition having a predetermined relationship with the first SRM transition are associated;
A correction unit that corrects a chromatogram based on the compound information correlated by the information coupling unit and the SRM transition relation set;
Data processor for chromatograms.
クロマトグラムに対して化合物情報を関係付ける情報結合手段、
第1SRMトランジションと、前記第1SRMトランジションと所定の関係を有する第2SRMトランジションと、を関係付けたSRMトランジション関係セットを導出する関係導出手段、
前記情報結合部によって関係付けられた化合物情報、及び、前記SRMトランジション関係セットに基づいて、クロマトグラムを補正する補正手段、
として機能させるためのクロマトグラム用データ処理プログラム。 Computer,
Information binding means for relating compound information to chromatograms,
Relationship deriving means for deriving an SRM transition relationship set in which a first SRM transition and a second SRM transition having a predetermined relationship with the first SRM transition are associated;
Correction means for correcting a chromatogram based on the compound information correlated by the information coupling unit and the SRM transition relation set;
Data processing program for chromatograms to function as
第1SRMトランジションと、前記第1SRMトランジションと所定の関係を有する第2SRMトランジションと、を関係付けたSRMトランジション関係セットを導出する関係導出ステップと、
前記情報結合部によって関係付けられた化合物情報、及び、前記SRMトランジション関係セットに基づいて、クロマトグラムを補正する補正ステップと、
を含むクロマトグラム用データ処理方法。 An information binding step to associate compound information with the chromatogram;
A relationship deriving step of deriving a SRM transition relationship set in which a first SRM transition and a second SRM transition having a predetermined relationship with the first SRM transition are associated;
A correction step of correcting a chromatogram based on the compound information correlated by the information coupling unit and the SRM transition relation set;
Data processing method for chromatograms including:
測定されたクロマトグラムに対して関係付けられた化合物情報、及び、前記SRMトランジション関係セットに基づいて、クロマトグラムを補正する補正ステップと、
を含むクロマトグラム用データ処理方法。 A relationship deriving step of deriving a SRM transition relationship set in which a first SRM transition and a second SRM transition having a predetermined relationship with the first SRM transition are associated;
Correcting the chromatogram based on compound information related to the measured chromatogram and the SRM transition relation set;
Data processing method for chromatograms including:
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