JP2018537786A - 1つのデジタル画像の少なくとも一部分を別のデジタル画像の少なくとも一部分と整列させるための方法 - Google Patents

1つのデジタル画像の少なくとも一部分を別のデジタル画像の少なくとも一部分と整列させるための方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、1つのデジタル画像の少なくとも一部分と別のデジタル画像を整列させるための方法およびシステムに関する。特に、本発明は、第2のデジタル画像の少なくとも一部分と第1のデジタル画像の少なくとも一部分を整列させるための方法に関する。本方法はまた、対応する第1のオフセットベクトルfovを適用することによって、第2のデジタル画像の少なくとも一部分と第1のデジタル画像の少なくとも一部分を整列させるステップを含む。

Description

本発明は、1つのデジタル画像の少なくとも一部分と別のデジタル画像を整列させるための方法およびシステムに関する。本発明は、特に、蛍光信号をサンプルプローブから検出することによって生体分子を分析するためのシークエンシング装置内で1つのデジタル画像の少なくとも一部分と別のデジタル画像を整列させるための方法およびシステムに関する。
バイオ技術、医学、および関連技術的分野は、分子の分析に基づく。電子デバイスは、高精度および特異性を伴って、分子を分析することができる。特に、近年、自動化された電子デバイスが、日常的方法によって大量のサンプルを分析するために開発されている。例えば、現代のDNAシークエンシング装置は、大量のDNAプローブの日常的分析のために使用される。タンパク質サンプルは、高スループットスクリーニングおよび関連方法によって分析されることができる。多くの場合、そのような電子デバイスは、サンプルプローブから放出される蛍光信号を検出する。これは、核酸またはタンパク質等の分子が染料等の蛍光化合物で標識されるときに可能である。
市販のシークエンシング装置は、蛍光染料で標識された大量のサンプルを並行してシークエンシング可能である。「次世代シークエンシング」(NGS)と称される最近開発された方法は、シークエンシングに革命を起こしている。NGSは、フローセル内に空間的に分離される、または水中油型乳剤の生成によって、クローン的に拡大された、または単一のDNA分子の大量並行シークエンシングを可能にする。NGSは、数千またはさらに数百万から数十億のシークエンシング反応が同時に行われることを可能にする。
NGSでは、シークエンシングは、ポリメラーゼ媒介ヌクレオチド伸長の反復サイクルによって、または1つのフォーマットでは、ヌクレオチドライゲーションの反復サイクルによって行われる。大量並行プロセスとして、NGSは、プラットフォームに応じて、数百のメガ塩基対からギガ塩基対のヌクレオチドシーケンス出力を単一器具行程において生成する。大量のシーケンスデータの安価な生産は、従来の方法に優る主要な利点である。
NGSプラットフォームおよびNGS技術に関する一般的用途/分野は、例えば、Voelkerding et al, Clinical Chemistry 55:4641−658,2009 and Metzker, Nature Reviews/Genetics Volume 11(2010年1月、31−46ページ)において論評されている。
NGSでは、種々の着目オリゴヌクレオチドが、支持体に共有結合される。続いて、蛍光染料で標識されたヌクレオチドが、DNAポリメラーゼを伴う成長中のオリゴヌクレオチド鎖に付着される。4つのヌクレオチドが、異なる蛍光染料で標識されると、プローブから放出される蛍光信号が、検出されることができ、オリゴヌクレオチドに付着されたヌクレオチドのタイプが、同定されることができる。検出後、蛍光染料は、切断され、次の合成サイクルが、実施され、新しい標識されるヌクレオチドが、成長中の鎖に付着される。複数のサイクルを実施することによって、成長中のオリゴヌクレオチド鎖のシーケンスが、段階的様式において判定されることができる。作業ステップは、自動化されたシークエンシング装置内で実施される。
第US2010/0323350A1号および第WO2009/117119A1号は、例えば、合成方法によるシークエンシングから得られたデータを使用して、ヌクレオチドシーケンス内の核酸の同定を判定するための方法および組成物に関する。
第WO2008/097455A1号は、蛍光材料、例えば、蛍光標識、染料、または顔料を備える、サンプル上もしくは内の蛍光を励起および測定し、特に、核酸上の蛍光標識を検出するための撮像システムに関する。さらに、複数の異なるDNAテンプレート内の蛍光標識が同時に検出されるように構成される、デバイスが、開示される。
第WO2014/020137A1号は、シークエンシングライブラリからの標的シーケンスを強化し、標的強化シークエンシングライブラリを提供するための方法に関し、シークエンシングライブラリは、大量の並行シークエンシングに好適であって、複数の二本鎖核酸分子を備える。
標識された分子を伴うサンプルプローブから放出される蛍光信号は、弱いが、信号は、高精度および特異性を伴って、検出される必要がある。したがって、精密な光学機器、特に、カメラおよび走査技術が、そのようなプロセスのために要求される。
加えて、シークエンシング装置の光学撮像システムによって捕捉されたデジタル画像の広範な評価が、例えば、FASTQ内でシークエンシングの精密かつ信頼性のある結果を得るために必要である。
本発明の目的は、1つのデジタル画像の少なくとも一部分と別のデジタル画像を整列させるための方法およびシステムを提供すること、特に、蛍光信号をサンプルプローブから検出することによって生体分子を分析するためのシークエンシング装置内で1つのデジタル画像の少なくとも一部分と別のデジタル画像を整列させるための方法およびシステムを提供することである。本発明による方法は、コンピュータ実装である。しかしながら、また、本発明による方法を実装する他の方法も存在することが、当業者によって理解される。
本目的は、独立請求項に記載の方法およびシステムによって達成される。従属特許請求項は、好ましい実施形態を指す。
シークエンシング装置内で生体分子を分析するためのデジタル画像は、逐次的順序で捕捉される/得られる。捕捉ステップ間に、視野または画像セクションが、変化し得、例えば、シークエンシング装置のフローセルの移動によって生じ、これは、不整列デジタル画像につながる。
その結果、これらの不整列は、デジタル画像の包括的比較および分析を妨害する。したがって、画像位置合わせの目標は、デジタル画像の不整列を除去することである。
画像位置合わせとしてよく知られている画像の全般的整列に加え、プロセスはまた、レンズ歪曲を補償し、シークエンシングパイプラインの後続処理ステップをサポート可能である必要がある。
静的ハードウェアまたは較正ソリューションではなく、コンピュータ実装方法を使用する利点のうちの1つは、例えば、機械的コンポーネントの発生しようとしているバックラッシュを本質的に補償することによって、長期間にわたるシステムの高信頼性を確実にすることである。例えば、シークエンシング装置の劣化が、補償される必要がある。さらに、そうでなければ必要となるであろう、較正および再較正を回避することによって、保守コストが、全般的に削減される。
本発明は、第2のデジタル画像の少なくとも一部分と第1のデジタル画像の少なくとも一部分を整列させるための方法に関する。本方法は、第1のデジタル画像の少なくとも一部分を複数のタイルt_fi={t_fi1,t_fi2,…,t_fin}(但し、nは正の整数である)に分割するステップを含む。本方法はさらに、第2のデジタル画像の少なくとも一部分を複数のタイルt_si={t_si1,t_si2,…,t_sin}に分割するステップであって、複数のタイルt_siの各タイルt_siv(但し、v∈{1,2,…n})は、複数のタイルt_fiの1つの個別のタイルt_fivに対応する、ステップを含む。本方法はさらに、各タイルt_fiv’と対応するタイルt_siv’(但し、v’∈{1,2,…n’≦n})との間の相関を算出することによって、複数の相関画像fci={fci_1,fci_2,…fci_n’}を作成するステップを含む。本方法はさらに、複数の相関画像fci_v’毎に、最大(global maximum)相関値p_v’の位置を判定するステップを含む。本方法はさらに、複数の第1のオフセットベクトルfov={fov_1,fov_2,…,fov_n’’}を計算するステップであって、オフセットベクトルfov_v’’(但し、v’’∈{1,2,…n’’≦n’})は、対応する相関画像fci_v’’の中心位置と個別の相関画像fci_v’’(但し、v’’∈{1,2,…n’’≦n’})の最大相関値p_v’’の位置とを考慮することによって計算される、タイルt_siv’’と対応するタイルt_fiv’’との間のオフセットを表す、ステップを含む。本方法はまた、対応する第1のオフセットベクトルfovを適用することによって、第2のデジタル画像の少なくとも一部分と第1のデジタル画像の少なくとも一部分を整列させるステップを含む。
好ましくは、本発明による方法の前述の議論されるステップは、上記に提示される順序で実行される。
複数のタイルt_fiおよびt_siは、それぞれ、第1および第2のデジタル画像を完全に被覆してもよく、整列させるステップはさらに、対応する第1のオフセットベクトルfov_v’’を適用することによって、タイルt_siv’’またはタイルt_siv’’内の少なくとも1つのオブジェクトの位置を変換するステップを含む。
代替として、複数のタイルt_fiおよびt_siは、それぞれ、第1および第2のデジタル画像にわたって分布され、第1および第2のデジタル画像の一部分のみを被覆することが好ましい。
複数のタイルt_fiおよびt_siは、タイルのサイズより大きいセルサイズを有する規則的グリッド上に等しく定寸および分布されてもよい。
本方法はさらに、オフセットベクトルfovを計算後、オフセットベクトルfov_v’’をタイルt_siv’’の所定の領域に割り当てるステップを含んでもよい。
所定の領域は、タイルt_siv’’の中心であってもよい。
本方法はさらに、オフセットベクトルfovを計算後、回帰分析ステップを含んでもよく、割り当てられたオフセットベクトルfov_v’’に基づいて、所定の関数のパラメータを判定し、整列させるステップはさらに、該関数を適用することによって、第2のデジタル画像を変換するステップを含んでもよい。
所定の関数は、例えば、3次多項式関数であってもよい。
複数のタイルt_fiおよびt_siは、好ましくは、それぞれ、第1および第2のデジタル画像上に分布され、重複しない。
言い換えると、本発明の代替側面では、第1および第2の画像の全体を複数のタイルに分割する代わりに、画像面積の小割合(例えば、画像の10%)のみを被覆する、低密度タイル化を使用して、続いて、タイル毎に計算されるオフセットベクトルをR(R=実数の集合)内の全ての点に外挿する、最適分析関数を判定することが好ましい。
すなわち、画像面積にわたって適正に分布されるタイルの非重複セットを使用して、平行移動、レンズ歪曲、および小角度回転を捕捉することを可能にすることが好ましい。例えば、適正なタイル化は、等しく定寸されるタイルをタイルのサイズを超えるセルサイズを伴う規則的グリッド上に設置することによって構築されることができる。
さらに、本発明の代替側面によると、第1のステップでは、オフセットベクトルは、相関画像の算出および中心位置からの最大相関値のサブピクセルの精密な位置の減算を通して、全てのタイルのために計算される。算出コストは、相関画像の計算によって左右され、画像面積の小割合への限定は、伴われる算出コストを削減することを可能にする。
第2のステップでは、本発明の代替側面によると、全てのオフセットベクトルは、対応するタイルの中心位置に割り当てられてもよい。これは、データ点S={(x1,y1,dx1,dy1)、(x2,y2,dx2,dy2)、…、(xn,yn,dxn,dyn)}のセットをもたらし、xiおよびyiは、i番目の中心位置の座標であって、dxiおよびdyiは、座標軸の方向における対応するオフセットである。Sにおけるデータ点は、全ての誤差項epsxiおよびepsyiが最小限となるように、{1,…,n}内の全てのiに関してf(xi,yi)=(dxi+epsxi,dyi+epsyi)を満たす、適正な関数fの最適パラメータを同定するために使用される。例えば、上記に概略されたように、3次多項式は、自動化された蛍光顕微鏡撮像の状況において適正である。
多項式は、それらがその係数において線形関数であって、したがって、線形最小2乗回帰のための効率的方法が、最適パラメータの同定のために適用され得るという付加的利点を有する。
基準空間上への画像座標空間の所望のマッピングが、次いで、関数g(x,y)=(x,y)+f(x,y)によって与えられる。マッピングgを与えられると、全てのピクセルまたはオブジェクトは、単に、ピクセルまたはオブジェクト位置におけるgを評価することによって、恣意的精度および低算出コストを伴って基準画像と整列されることができる。
加えて、本発明の代替側面によると、結果として生じるマッピングを記憶するための最小限の占有面積が、達成され得る。完全マッピングである、3次多項式の場合、これは、IEEE−754単一精度浮動点フォーマットにおいて、32バイトのメモリに匹敵する、8つのパラメータを記憶するために十分である。
好ましくは、fov_v’’は、以下のように計算される。
fov_v’’=(相関画像fci_vの中心位置)−(相関画像fci_vのp_vのピーク位置)。
好ましくは、本発明による方法は、複数の第1のオフセットベクトルfovを計算するステップ後、対応する第1のオフセットベクトルfov_v’’を適用することによって、タイルt_siv’’内の少なくとも1つのオブジェクトの位置を変換するステップを含む。タイルt_siv’’内の少なくとも1つのオブジェクトの位置のみを変換する利点のうちの1つは、個別のタイルt_siv’’の全てのピクセルが、変換される必要がなく、これが、時間があまりかからず、より少ないリソース消費であるということである。
n’<nの場合、相関画像は、t_fixおよびt_six(但し、x>n’)のために作成されない。したがって、最高インデックスを伴う対応するタイルは、無視されることになり、相関画像は、作成されないことになる。
より低いインデックスを伴うタイルが、無視されることになる場合、相関画像fci_xのための対応するt_fiyおよびt_siyは、関数y=C(x)、すなわち、t_fiC(x),t_siC(x)によって与えられるであろうことが考慮される必要がある。全ての対応および全ての方向に関して、個別の関数が、使用される必要があるであろう。
fci−>t_fi,t_si;
fov−>t_fi,t_si;
fov−>fci
すなわち、無視されるべきタイルの情報は、デジタル画像を複数のタイルに分割する前に判定される必要があるであろう。
好ましくは、n=n’=n’’およびv’=v’=v’’である。好ましくは、相関画像fciの数n’と同一数nの第2のデジタル画像の少なくとも一部分のタイルt_siと、数nの第1のデジタル画像の少なくとも一部分のタイルt_fiとが存在し、すなわち、n=n’である。好ましくは、第1のオフセットベクトルfovの数n’’と同一数n’の相関画像fciが存在し、n’=n’’である。
用語「オブジェクト」は、デジタル画像内の所定の領域に関する。所定の領域は、デジタル画像の具体的領域における強度を評価することによって判定されてもよい。
好ましくは、少なくとも1つのオブジェクトは、好ましくは、DNAおよび/またはRNAを受容するように構成される、ビーズである。
好ましくは、本発明による方法はさらに、
第1のデジタル画像の少なくとも一部分と第2のデジタル画像の少なくとも一部分との間の相関を算出することによって、相関画像sciを作成するステップと、
相関画像sciの最大相関値p_cの位置を判定するステップと、
第1の相関画像sciの中心位置と、第1の相関画像sciの最大相関値p_cの位置とを考慮することによって、第1のデジタル画像の少なくとも一部分と第2のデジタル画像の少なくとも一部分との間のオフセットベクトルsovを計算するステップと、
を含む。
好ましくは、本発明による方法はさらに、計算されたオフセットベクトルsovを適用することによって、第2のデジタル画像の少なくとも一部分を変換するステップを含む。好ましくは、本発明による方法はさらに、計算されたオフセットベクトルsovを適用することによって、第2のデジタル画像を変換するステップを含む。好ましくは、これらのステップは、第2のデジタル画像の少なくとも一部分を複数のタイルt_siに分割するステップを行う前に行われる。好ましくは、変換するステップは、アフィン変換、すなわち、平行移動を含む。
好ましくは、変換は、画像全体の完全なシフト、特に、画像全体の整数ピクセルシフトに関する。
当業者は、本発明が具体的変換に限定されないことを理解されるであろう。
変換の選択肢は、一般に、具体的変換を本発明に適切に実装するためのさらなる考慮点と関連付けられる。したがって、全ての可能性として考えられる変換および具体的実装の完全な説明は、当業者の共通の一般的な知識内であると考えられ、その説明は、本時点では省略される。
好ましくは、変換は、概して、t_siv’’内の全てのピクセルを基準座標系(t_fiv’’によって定義される)にマッピングすることによって定義される。すなわち、新しい画像t_riv’’が、生成され、「r」は、位置合わせされたことを表し、全てのピクセル(x,y)の強度は、t_siv’’内の対応するピクセル(x,y)+fov_v’’における強度に対応する。
オブジェクト、すなわち、所定の領域(着目領域)(x,y)が、t_siv’’内で変換されることになる場合、変換は、上記に説明されるものと同一方法、すなわち、fov_v’’を適用することによって基準座標系内でシフトさせることによって、実行されてもよい。該所定の領域に属さない領域は、次いで、変換によって無視される。
概して、整数ピクセルが該変換によって整数ピクセルにマッピングされることは当てはまらない。非整数ピクセル位置が補間を使用して取り扱われてもよいことは、当業者に明白となるはずである。
本発明は、概して、第1および第2のデジタル画像間の小シフトに関する。したがって、変換によって作成された穴および重複の外観に起因して可能性として考えられる「アーチファクト」は、あまり有意ではなく、容認され得る。これらのアーチファクトは、画像の所定の領域のみが変換される場合、さらに有意ではない。
しかしながら、あるタイルの計算されたオフセットベクトルを個別のタイルの中心に割り当て、一般的補間を使用して、連続非重複ベクトルフィールドが、生成されてもよい。したがって、アーチファクトは、この場合、存在し得ない。
画像全体がタイルによって被覆される場合、近隣タイル間のバイキュービック補間が、ピクセル位置毎に適切な値を得るために使用されてもよい。
好ましくは、第2のデジタル画像の少なくとも一部分を変換するステップは、第2のデジタル画像の少なくとも一部分と第1のデジタル画像の少なくとも一部分との間のオフセットが所定の限界を超える場合のみ行われる。好ましくは、限界は、オフセットベクトルsovの長さを備える。好ましくは、限界は、ベクトル成分のうちの少なくとも1つを備える。好ましくは、第2のデジタル画像の少なくとも一部分を変換するステップは、ベクトル成分のうちの少なくとも1つが、所定の値より大きい場合、より好ましくは、ベクトル成分のうちの少なくとも1つが、個別のタイルt_sivの側方サイズまたは個別のタイルt_t_sivのタイルサイズの10ピクセルおよび/または10%より大きい場合のみ行われる。好ましくは、所定の限界は、第2のデジタル画像および第1のデジタル画像の少なくとも一部分のサイズの考慮下で判定される。
好ましくは、複数のタイルt_siの各タイルt_sivは、同一長さl_1を第1の方向に、同一長さl_2を第1の方向と垂直な第2の方向に有し、好ましくは、l_1=l_2であって、より好ましくは、l_1=l_2=128ピクセルである。
好ましくは、複数のタイルt_fiの各タイルt_fivは、長さl_1を第1の方向に、長さl_2を第2の方向に有する。
好ましくは、第1および/または第2のデジタル画像は、蛍光化合物を運ぶ少なくとも1つのオブジェクトを含有し、第1のデジタル画像および/または第2のデジタル画像は、蛍光化合物による電磁放射の放出の間、光学撮像システムによって得られる。
好ましくは、第1のデジタル画像および/または第2のデジタル画像は、反射照明の間、好ましくは、反射白色光照明の間、光学撮像システムによって得られる。
好ましくは、タイルt_siv’と対応するタイルt_fiv’との間の相関は、タイルt_siv’および対応するタイルt_fiv’の位相相関または相互相関によって算出される。
好ましくは、第1のデジタル画像の少なくとも一部分と第2のデジタル画像の少なくとも一部分との間の相関は、第1のデジタル画像の少なくとも一部分および第2のデジタル画像の少なくとも一部分の位相相関または相互相関によって算出される。
本発明はまた、第2のデジタル画像の少なくとも一部分と第1のデジタル画像の少なくとも一部分を整列させるためのシステムを指す。
好ましくは、本システムは、請求項のいずれかに記載の方法のいずれかのステップを実施するように構成される。
本発明によるシステムは、第1のデジタル画像の少なくとも一部分を複数のタイルt_fi={t_fi1,t_fi2,…,t_fin}(但し、nは正の整数である)に分割するように構成される、第1のユニットを備える。
本システムはさらに、第2のデジタル画像の少なくとも一部分を複数のタイルt_si={t_si1,t_si2,…,t_sin}に分割するように構成され、複数のタイルt_siの各タイルt_siv(但し、v∈{1,2,…n})は、複数のタイルt_fiの1つの個別のタイルt_fivに対応する、第2のユニットを備える。
本システムはさらに、各タイルt_fiv’と対応するタイルt_siv’(但し、v’∈{1,2,…n’≦n})との間の相関を算出することによって、複数の相関画像fci={fci_1,fci_1,…fci_n’}を作成するように構成される、第3のユニットを備える。
本システムはさらに、複数の相関画像fci_v’毎に、最大相関値p_v’の位置を判定するように構成される、第4のユニットを備える。
本システムはさらに、複数の第1のオフセットベクトルfov={fov_1,fov_2,…,fov_n’’}を計算するように構成され、オフセットベクトルfov_v’’(但し、v’’∈{1,2,…n’’≦n’})は、対応する相関画像fci_v’’の中心位置と、個別の相関画像fci_v’’ (但し、v’’∈{1,2,…n’’≦n’})の最大相関値p_v’’の位置とを考慮することによって計算される、タイルt_fiv’’と対応するタイルt_siv’’との間のオフセットを表す、第5のユニットを備える。
好ましくは、本システムはさらに、複数の第1のオフセットベクトルfovを計算するステップ後、対応する第1のオフセットベクトルfov_v’’を適用することによって、タイルt_siv’’を変換するように構成される、変換ユニットを備える。
好ましくは、本システムはさらに、複数の第1のオフセットベクトルfovを計算するステップ後、対応する第1のオフセットベクトルfov_v’’を適用することによって、タイルt_siv’’内の少なくとも1つのオブジェクトの位置を変換するように構成される、変換ユニットを備える。
好ましくは、本システムはさらに、第1のデジタル画像の少なくとも一部分と第2のデジタル画像の少なくとも一部分との間の相関を算出することによって、相関画像sciを作成するように構成される、ユニットを備える。
好ましくは、本システムはさらに、相関画像sciの最大相関値の位置を判定するように構成される、ユニットを備える。
好ましくは、本システムはさらに、第1の相関画像の中心位置と、第1の相関画像の最大相関値の位置とを考慮することによって、第1のデジタル画像の少なくとも一部分と第2のデジタル画像の少なくとも一部分との間のオフセットベクトルsovを計算するように構成される、ユニットを備える。
好ましくは、本システムはさらに、計算されたオフセットベクトルsovを適用することによって、第2のデジタル画像の少なくとも一部分および/または第2のデジタル画像を変換するように構成される、ユニットを備える。好ましくは、これらのステップは、第2のデジタル画像の少なくとも一部分を複数のタイルt_siに分割するステップを行う前に行われる。
本発明はまた、前述の方法のいずれかのステップを行うためのコンピュータ実行可能命令を有する、1つまたはそれを上回るコンピュータ可読媒体を備える、コンピュータプログラム製品に関する。
本発明は、好ましい例示的実施形態を参照して、かつ添付の図面を参照して、以下により詳細に説明されるであろう。
図1は、白色光画像を表す第2のデジタル画像の例示的スケッチと、蛍光画像を表す第1のデジタル画像の例示的スケッチとを示す。 図2aは、例示的白色光画像を示す。 図2bは、例示的蛍光画像を示す。 図3は、図1に示されるような第2のデジタル画像のスケッチと、図1に示されるような第1のデジタル画像のスケッチとの間の相関画像の例示的スケッチを示す。 図4は、本発明の好ましい実施形態による、図1に示されるような第2のデジタル画像のスケッチおよび図1に示されるような第1のデジタル画像のスケッチの複数のタイルへの例示的分割を示す。 図5は、第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間のオフセットが所定の値より大きい、例示的スケッチを示す。 図6は、本発明の好ましい実施形態による、例示的システムを示す。
図7は、本発明の別の好ましい実施形態による、例示的システムを示す。
図1の左側は、いわゆる白色光画像、すなわち、シークエンシング装置のフローセルの一部分の反射白色光照明の間、光学撮像システムを使用して得られるデジタル画像を表す、第1のデジタル画像の例示的スケッチを示す。例示的白色光画像は、図2aに示される。例示的白色光画像は、例証目的のために、色反転される。
図1の右側は、いわゆる蛍光画像、すなわち、蛍光化合物の放出の間に得られる画像を表す、第2のデジタル画像の例示的スケッチを示し、蛍光化合物は、表面上にDNAまたはRNAを備える少なくとも1つの分子を受容するように構成される、ビーズに付着される。そのようなビーズは、例えば、Dynabeadsという商標名で、例えば、Thermo Fisher Scientific Inc.から市販されている(参考文献[1]参照)。また、例示的蛍光画像は、図2bに示される。例示的蛍光画像は、例証目的のために、色反転される。
図1では、ビーズは、黒色ドットとして示される。しかしながら、ビーズのサイズおよびビーズの数は、例証目的のために選定され、その実際のサイズおよび数を反映するものではないことは、当業者によって理解される。
第1のデジタル画像および第2のデジタル画像の例示的スケッチ内の丸で囲まれたビーズから分かるように、オフセットが、図1では「x」として示される方向に、第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間に存在する。
図3は、図1に示されるような第1のデジタル画像のスケッチと図1に示されるような第2のデジタル画像のスケッチとの間の相関画像の例示的スケッチを示す。相関画像は、好ましくは、相互相関によって相関される。図から分かるように、ピークP、すなわち、「x」方向に中心Cから変位される、相関画像内の最大相関値が、相関画像内に存在する。中心からの相関画像内のピークPの本変位は、直接、第1のデジタル画像を表すスケッチと第2のデジタル画像を表すスケッチとの間のオフセットから生じる。
図4は、本発明の好ましい実施形態による、図1に示されるような第2のデジタル画像のスケッチおよび図1に示されるような第2のデジタル画像のスケッチの複数のタイルへの例示的分割を示す。好ましい実施形態では、第1のデジタル画像は、64のタイルt_fiに分割され、第2のデジタル画像は、64のタイルt_siに分割される。第1のデジタル画像の64のタイルt_fiの各タイルt_fivおよび第2のデジタル画像の64のタイルt_siの各タイルt_sivは、長さl_1を図4に示されるように「x」方向と垂直な方向に、長さl_2を「x」方向に有し、長さl_1およびl_2は両方とも、同一である。言い換えると、タイルt_fivおよびタイルt_sivは、同一サイズを有する。
本実施形態では、両画像のタイルへの分割後、タイルt_fiv毎およびタイルt_siv毎の相関画像fci_vが、作成され、64の相関画像fciをもたらす。相関画像fciは、本実施形態では、相互相関によって算出される。
相関画像の作成後、複数の相関画像fci_vのそれぞれ内の個別のピークの位置、すなわち、個別の最大相関値が、判定される。
さらなるステップでは、64対のタイル毎にタイルt_fivと対応するタイルt_sivとの間のオフセットベクトルfov_vが、計算される。計算は、個別の相関画像fci_vの中心位置と、相関画像fci_vの最大相関値p_vの位置とを考慮することによって行われる。言い換えると、タイルの対毎に、オフセットベクトルfov_vが、以下のように計算されることができる。
fov_v=(相関画像fci_vの中心位置)−(相関画像fci_vのp_vのピーク位置)。
両画像を複数のタイルに分割する利点のうちの1つは、タイルへの適切な細分割が、例えば、レンズ歪曲から生じ得る、回転変位を本質的に考慮することである。
さらなるステップでは、ビーズ位置が、個別のオフセットベクトルfov_vを使用して変換され、ビーズは、タイルt_siv内に位置する。言い換えると、タイルt_siv全体ではなく、ビーズ位置のみが、変換される。タイル全体ではなく、ビーズ位置のみを変換する利点のうちの1つは、個別のタイルの全てのピクセルが、変換される必要がなく、特に、第2のデジタル画像全体ではなく、これが、あまり時間がかからず、あまりリソースを要求しないことである。1つのみのビーズ位置が、個別のタイルt_siv内で変換されることができるのではなく、また、複数のビーズ位置も、個別のタイルの全てのピクセルを変換する必要なく、個別のタイルt_siv内で変換されることができることが、当業者によって理解される。さらにまた、全てのピクセルを変換する必要なく、少なくとも1つのビーズ位置が、全てのタイルt_siv内で変換されることができる、または単に、少なくとも1つのビーズ位置が、タイルt_siのうちのいくつか内で変換されることができることが、当業者によって理解される。
図5は、第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間のオフセットが、所定の値より大きい、本好ましい実施形態によると、細分割のブロックサイズより大きい、すなわち、タイルt_fivおよびt_sivの長さl_1ならびに/またはl_2のある割合より大きい、実施例を示す。この場合、タイルは、重複せず、位置合わせプロセスは、失敗するであろう。したがって、大域的位置合わせが、タイルへの分割を使用した整列の前述の説明される方法の前に行われる。そのような大域的位置合わせの利点のうちの1つは、整列方法のロバスト性の改良である。
第1のデジタル画像および第2のデジタル画像の丸で囲まれたセクションから分かるように、直接、第1のデジタル画像および第2のデジタル画像を複数のタイルt_fi/t_siに分割するであろう場合、「x」方向における第2のデジタル画像内の第1のデジタル画像間のオフセットは、タイルt_fivおよびt_sivサイズのl_2より大きい。その結果、重複がタイルt_fivとタイルt_sivとの間に存在せず、位置合わせは、失敗するであろう。
本好ましい実施形態の前の方法ステップは、図4に示されるような好ましい実施形態に提示されるように、第1のデジタル画像および第2のデジタル画像の複数のタイルへの分割前に行われる。
第1のステップでは、第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間の相関画像sciが、第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間の相関を算出することによって作成される。本好ましい実施形態では、相関画像は、相互相関によって作成される。
第2のステップでは、相関画像sciの最大相関値、すなわち、例えば、図3に示されるような相関画像のピーク値の位置が、判定される。
第3のステップでは、第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間のオフセットベクトルsovが、第1の相関画像の中心位置と、第1の相関画像の最大相関値の位置とを考慮することによって計算される。言い換えると、オフセットベクトルsovは、以下のように計算されることができる。
sov=(第1の相関画像sciの中心位置)−(第1の相関画像のピーク位置)。
第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間のオフセットが所定の限界を超えると判定される場合、第2のデジタル画像は、計算されたオフセットベクトルsovを適用することによって、変換される。前述の平行移動は、アフィン変換によって行われることが当業者によって理解される。本好ましい実施形態では、限界は、ベクトル成分のうちの少なくとも1つを備える。本実施形態では、第2のデジタル画像は、ベクトル成分のうちの少なくとも1つが、所定の値、例えば、個別のタイルt_sivの側方サイズの10%または個別のタイルt_sivの側方サイズの10%より大きい場合のみ、計算されたオフセットベクトルsovを適用することによって変換される。第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間のオフセットが所定の限界を超える場合、第2のデジタル画像のみを変換する利点のうちの1つは、時間がかかり、リソースを消費する大域的変換が、オフセットが高すぎ、したがって、位置合わせプロセスの失敗をもたらす場合のみ行われる必要があるということである。
図6は、本発明の好ましい実施形態による、例示的システム100を示す。
一般に、システム100は、図4を参照した実施形態に提示されるような方法ステップを実施するように構成される。
システム100は、第1のデジタル画像を複数のタイルt_fiに分割する、第1のユニット101を備える。第1のユニット101が、第1のデジタル画像を複数のタイルt_fiに分割した後、第2のユニット102は、第2のデジタル画像を複数のタイルt_siに分割する。両プロセスは第1のユニット101および第2のユニット102によって同時に行われることができることが、当業者によって理解される。代替として、また、第2のユニット102は、第1のユニット101が第1のデジタル画像を複数のタイルt_fiに分割する前に、第2のデジタル画像を複数のタイルt_siに分割することができることが当業者によって理解される。第1のユニット101によって行われる分割の結果は、図4の左側に提示される。第2のユニット102によって行われる分割の結果は、図4の右側に提示される。
システム100はさらに、各タイルt_sivと対応するタイルt_fivとの間の相関を算出することによって、複数の相関画像fciを作成する、第3のユニット103を備える。
さらに、システム100はさらに、相関画像fci_v毎に相関画像のピーク位置p_v、すなわち、相関画像fci_v毎に最大相関値の位置を判定する、第4のユニット104を備える。
システム100はさらに、対応する相関画像fci_vの中心位置と、ピーク位置p_vとを考慮することによって、ペアt_fivおよびt_siv毎に、オフセットベクトルfov_vを計算する、第5のユニット105を備える。言い換えると、第5のユニット105は、図4を参照した実施形態に提示されるような式を使用することによって、fov_vを計算するように構成される。
図7は、本発明の別の好ましい実施形態による、例示的システム100を示す。
システム100は、図6を参照した好ましい実施形態による、システム100と同一ユニットを備える。加えて、システム100はさらに、第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間の相関を算出することによって、相関画像sciを作成する、ユニット101−1を備える。ユニット101−1が、相関画像sciを作成した後、ユニット101−2は、相関画像sciの最大相関値の位置を判定する。ユニット101−2が、最大相関値の位置、すなわち、相関のピークを判定した後、ユニット101−3は、第1の相関画像の中心位置sciと、第1の相関画像sciの最大相関値の位置とを考慮することによって、第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間のオフセットベクトルsovを計算する。第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間のオフセットが、所定の限界を超える場合、ユニット101−4は、オフセットベクトルsovを第2のデジタル画像に適用することによって、第2のデジタル画像を変換する。変換後、または第1のデジタル画像と第2のデジタル画像との間のオフセットが所定の限界を超えないため変換が必要ではない場合、第1から第5のユニット101から105は、図6を参照した好ましい実施形態において議論されるようなプロセスステップを行う。
本発明は、図面および前述の説明において詳細に図示ならびに説明されたが、そのような例証および説明は、例証的または例示的かつ非制限的と見なされるべきである。本発明は、したがって、開示される実施形態に限定されない。開示される実施形態の変形例は、図面、本開示、および添付の請求項の研究から、当業者および請求される発明の実践者によって理解され、もたらされることができる。請求項では、単語「comprising(〜を備える)」は、他の要素またはステップを除外せず、不定冠詞「a」または「an」は、複数形を除外せず、「少なくとも1つ」を意味し得る。
(参考文献)

Claims (21)

  1. 第2のデジタル画像の少なくとも一部分と第1のデジタル画像の少なくとも一部分とを整列させるための方法であって、前記方法は、好ましくは、以下の順序で、
    a)前記第1のデジタル画像の少なくとも一部分を複数のタイルt_fi={t_fi1,t_fi2,…,t_fin}(但し、nは正の整数である)に分割するステップと、
    b)前記第2のデジタル画像の少なくとも一部分を複数のタイルt_si={t_si1,t_si2,…,t_sin}に分割するステップであって、前記複数のタイルt_siの各タイルt_siv(但し、v∈{1,2,…n})は、前記複数のタイルt_fiの1つの個別のタイルt_fivに対応する、ステップと、
    c)各タイルt_fiv’と対応するタイルt_siv’(但し、v’∈{1,2,…n’≦n})との間の相関を算出することによって、複数の相関画像fci={fci_1,fci_2,…fci_n’}を作成するステップと、
    d)前記複数の相関画像fci_v’毎に、最大相関値p_v’の位置を判定するステップと、
    e)複数の第1のオフセットベクトルfov={fov_1,fov_2,…,fov_n’’}を計算するステップであって、オフセットベクトルfov_v’’(但し、v’’∈{1,2,…n’’≦n’})は、対応する相関画像fci_v’’の中心位置と個別の相関画像fci_v’’(但し、v’’∈{1,2,…n’’≦n’})の最大相関値p_v’’の位置とを考慮することによって計算される、タイルt_siv’’と対応するタイルt_fiv’’との間のオフセットを表す、ステップと、
    f)前記対応する第1のオフセットベクトルfovを適用することによって、前記第2のデジタル画像の少なくとも一部分と前記第1のデジタル画像の少なくとも一部分を整列させるステップと、
    を含む、方法。
  2. 前記複数のタイルt_fiおよびt_siは、それぞれ、前記第1および第2のデジタル画像を完全に被覆し、ステップf)はさらに、前記対応する第1のオフセットベクトルfov_v’’を適用することによって、前記タイルt_siv’’または前記タイルt_siv’’内の少なくとも1つのオブジェクトの位置を変換するステップを含む、請求項1に記載の方法。
  3. 前記少なくとも1つのオブジェクトは、好ましくは、DNAおよび/またはRNAを受容するように構成される、ビーズである、請求項2に記載の方法。
  4. 前記複数のタイルt_fiおよびt_siは、それぞれ、前記第1および第2のデジタル画像にわたって分布され、前記第1および第2のデジタル画像の一部分のみを被覆する、請求項1に記載の方法。
  5. 前記複数のタイルt_fiおよびt_siは、前記タイルのサイズより大きいセルサイズを有する規則的グリッド上に等しく定寸および分布される、請求項4に記載の方法。
  6. ステップe)後、前記オフセットベクトルfov_v’’を前記タイルt_siv’’の所定の領域に割り当てるステップをさらに含む、請求項4または5に記載の方法。
  7. 前記所定の領域は、前記タイルt_siv’’の中心である、請求項6に記載の方法。
  8. 前記方法はさらに、ステップe)後、回帰分析ステップを含み、前記回帰分析ステップは、前記割り当てられたオフセットベクトルfov_v’’に基づいて、所定の関数のパラメータを判定し、ステップf)はさらに、前記関数を適用することによって、前記第2のデジタル画像を変換するステップを含む、請求項4から7のいずれかに記載の方法。
  9. 前記所定の関数は、3次多項式関数である、請求項8に記載の方法。
  10. 前記複数のタイルt_fiおよびt_siは、それぞれ、前記第1および第2のデジタル画像上に分布され、重複しない、請求項2から8のいずれかに記載の方法。
  11. n=n’=n’’であって、v’=v’=v’’である、請求項1から10のいずれかに記載の方法。
  12. ステップa)の前に、
    a1)前記第1のデジタル画像の少なくとも一部分と前記第2のデジタル画像の少なくとも一部分との間の相関を算出することによって、相関画像sciを作成するステップと、
    a2)前記相関画像sciの最大相関値p_cの位置を判定するステップと、
    a3)前記第1の相関画像sciの中心位置と、前記第1の相関画像sciの最大相関値p_vの位置とを考慮することによって、前記第1のデジタル画像の少なくとも一部分と前記第2のデジタル画像の少なくとも一部分との間のオフセットベクトルsovを計算するステップと、
    をさらに含む、請求項1から11のいずれかに記載の方法。
  13. ステップa3)後、前記計算されたオフセットベクトルsovを適用することによって、前記第2のデジタル画像の少なくとも一部分を変換するステップをさらに含む、請求項12に記載の方法。
  14. 前記複数のタイルt_siの各タイルt_sivは、同一長さl_1を第1の方向に、同一長さl_2を前記第1の方向と垂直な第2の方向に有し、好ましくは、l_1=l_2であって、より好ましくは、l_1=l_2=128ピクセルである、請求項1から13のいずれかに記載の方法。
  15. 前記複数のタイルt_fiの各タイルt_fivは、前記長さl_1を前記第1の方向に、前記長さl_2を前記第2の方向に有する、請求項14に記載の方法。
  16. 前記第1および/または前記第2のデジタル画像は、蛍光化合物を運ぶ少なくとも1つのオブジェクトを含有し、前記第1のデジタル画像および/または前記第2のデジタル画像は、前記蛍光化合物による電磁放射の放出の間、光学撮像システムによって得られる、請求項1から15のいずれかに記載の方法。
  17. 前記第1のデジタル画像および/または前記第2のデジタル画像は、反射照明の間、好ましくは、反射白色光照明の間、光学撮像システムによって得られる、請求項1から16のいずれかに記載の方法。
  18. 前記タイルt_siv’と前記対応するタイルt_fiv’との間の相関は、前記タイルt_siv’および前記対応するタイルt_fiv’の位相相関または相互相関によって算出される、請求項1から17のいずれかに記載の方法。
  19. 前記第1のデジタル画像の少なくとも一部分と前記第2のデジタル画像の少なくとも一部分との間の相関は、前記第1のデジタル画像の少なくとも一部分および前記第2のデジタル画像の少なくとも一部分の位相相関または相互相関によって算出される、請求項12から18のいずれかに記載の方法。
  20. 第2のデジタル画像の少なくとも一部分と第1のデジタル画像の少なくとも一部分とを整列させるためのシステムであって、前記システムは、好ましくは、前記請求項のいずれかに記載の方法のいずれかのステップを実施するように構成され、
    前記第1のデジタル画像の少なくとも一部分を複数のタイルt_fi={t_fi1,t_fi2,…,t_fin}(但し、nは正の整数である)に分割するように構成される、第1のユニットと、
    前記第2のデジタル画像の少なくとも一部分を複数のタイルt_si={t_si1,t_si2,…,t_sin}に分割するように構成された第2のユニットであって、前記複数のタイルt_siの各タイルt_siv(但し、v∈{1,2,…n})は、前記複数のタイルt_fiの1つの個別のタイルt_fivに対応する、第2のユニットと、
    各タイルt_fiv’と対応するタイルt_siv’(但し、v’∈{1,2,…n’≦n})との間の相関を算出することによって、複数の相関画像fci={fci_1,fci_2,…fci_n’}を作成するように構成される、第3のユニットと、
    前記複数の相関画像fci_v’毎に、最大相関値p_v’の位置を判定するように構成される、第4のユニットと、
    複数の第1のオフセットベクトルfov={fov_1,fov_2,…,fov_n’’}を計算するように構成された第5のユニットであって、オフセットベクトルfov_v’’(但し、v’’∈{1,2,…n’’≦n’})は、対応する相関画像fci_v’’の中心位置と、個別の相関画像fci_v’’(但し、v’’∈{1,2,…n’’≦n’})の最大相関値p_v’’の位置とを考慮することによって計算される、タイルt_siv’’と対応するタイルt_fiv’’との間のオフセットを表し、前記第5のユニットは、さらに、前記対応する第1のオフセットベクトルfovを適用することによって、前記第2のデジタル画像の少なくとも一部分と前記第1のデジタル画像の少なくとも一部分とを整列させるように構成される、第5のユニットと、
    を備える、システム。
  21. 請求項1から19に記載の1項に記載の方法のステップを行うためのコンピュータ実行可能命令を有する、1つまたはそれを上回るコンピュータ可読媒体を備える、コンピュータプログラム製品。
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