JP2018511555A - リポジストロフィー集団におけるアポリポタンパク質Ｃ−ＩＩＩ（ＡｐｏＣＩＩＩ）発現の調節 - Google Patents

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Abstract

本明細書では、部分的リポジストロフィーの患者におけるＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡ及びタンパク質の発現を減少させるための方法、化合物、及び組成物が提供される。また、患者の部分的リポジストロフィーを治療、予防、遅延、または改善するための方法、化合物、及び組成物も本明細書において提供される。さらに、患者の部分的リポジストロフィーに関連する膵炎、心血管疾患もしくは代謝性障害またはその症状のいずれか１つ以上を治療、予防、遅延、または改善するのに有用な方法、化合物、及び組成物が提供される。【選択図】なし

Description

配列表
本出願は、配列表とともに電子形式で出願されている。この配列表は、２０１６年２月２４日に作成された１２ＫｂのサイズのＢＩＯＬ０２６８ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名前のファイルとして提供される。この配列表の電子形式の情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書では、部分的リポジストロフィー（ＰＬ）患者において、アポリポタンパク質Ｃ−ＩＩＩ（ＡｐｏＣＩＩＩ）ｍＲＮＡ及びタンパク質の発現を低下させ、トリグリセリドレベルを低下させ、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）レベルまたはＨＤＬ活性を増加させるための方法、化合物及び組成物を提供する。また、部分的リポジストロフィーまたはその関連する障害を治療するのに使用するための化合物及び組成物も本明細書に提供される。
リポタンパク質は、タンパク質、リン脂質及びコレステロールの両親媒性コーティングによって取り囲まれた、アシルグリセロール及びコレステリルエステルの非極性コアから構成される、球状のミセル様粒子である。リポタンパク質は、それらの機能的特性及び物理的特性に基づいて、以下の５つの広範の範疇に分類されている：カイロミクロン、超低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、中間密度リポタンパク質（ＩＤＬ）、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ、及び高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）。カイロミクロンは食物脂質を腸から組織に輸送する。ＶＬＤＬ、ＩＤＬ及びＬＤＬは全て肝臓から組織へトリアシルグリセロール及びコレステロールを輸送する。ＨＤＬは内因性コレステロールを組織から肝臓に輸送する。
アポリポタンパク質Ｃ−ＩＩＩ（ＡＰＯＣ３、ＡＰＯＣ−ＩＩＩ、ＡｐｏＣＩＩＩ及びＡＰＯ Ｃ−ＩＩＩとも呼ばれる）は、ＨＤＬ及びトリグリセリド（ＴＧ）を多く含むリポタンパク質の構成成分である。ＡｐｏＣＩＩＩの増加は、心血管疾患、メタボリックシンドローム、肥満、糖尿病等の疾患におけるＴＧレベルの上昇（（Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｐｒａｃｔ，２００８，６２：７９９−８０９；Ｏｎａｔ ｅｔ ａｔ．，Ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ，２００３，１６８：８１−８９；Ｍｅｎｄｉｖｉｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２０１１，１２４：２０６５−２０７２；Ｍａｕｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ，２００６．４７：１２１２−１２１８；Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ，２００２，２７８−２８３；Ｏｏｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｓｃｉ，２００８，１１４：６１１−６２４；Ｄａｖｉｄｓｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ，２００５．４６：１９９９−２００６；Ｓａｃｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，２０００．１０２：１８８６−１８９２；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ Ｔｈｒｏｍｂ Ｖａｓｃ Ｂｉｏｌ，２００３，２３：８５３−８５８）及びリポジストロフィー（Ｋａｓｓａｉ ｅｔ ａｌ．，ＥＮＤＯ ２０１５会議の概要は、ｈｔｔｐｓ：／／ｅｎｄｏ．ｃｏｎｆｅｘ．ｃｏｍ／ｅｎｄｏ／２０１５ｅｎｄｏ／ｗｅｂｐｒｏｇｒａｍ／Ｐａｐｅｒ２２５４４．ｈｔｍｌで電子出版されている）と関連する。
リポジストロフィー症候群は、肝臓及び筋肉における異所性脂肪沈着及びインスリン抵抗性、糖尿病、異脂肪血症及び脂肪肝疾患の発症をもたらす脂肪組織の選択的喪失を特徴とする珍しい代謝疾患群である。これらの症候群は、根本的な病因（遺伝性または後天性）及び全身性または部分的リポジストロフィーへの脂肪の喪失の分布に従って分類される（Ｇａｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ Ｍｅｔａｂ，２０１１，９６：３３１３−３３２５；Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒ Ｐｒａｃｔ，２０１０，１６：３１０−３２３；Ｓｉｍｈａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｌｉｐｉｄｏｌ，２００６，１７（２）：１６２−１６９；Ｇａｒｇ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，２００４，３５０：１２２０−１２３４）。
リポジストロフィーのための現在の治療には、カロリー摂取を減少させるライフスタイルの改変及び運動によるエネルギー消費の増加が含まれる。重度のインスリン抵抗性（メトホルミン、チアゾリジンジオン、ＧＬＰ−１ｓ、インスリン）、及び／または高ＴＧ（フィブラート、魚油）を治療するために使用される従来の治療法は、これらの患者においてあまり有効ではない（Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒ Ｐｒａｃｔ，２０１０，１６：３１０−３２３）。
ＨＩＶ関連リポジストロフィーの患者は、市販のＥｇｒｉｆｔａ（登録商標）（テサモレリン）を利用して過剰腹部脂肪を減少させる（Ｅｇｒｉｆｔａ（登録商標）Ｐａｃｋａｇｅ Ｉｎｓｅｒｔ，２０１３）。
全身性リポジストロフィーの患者では、代謝合併症はレプチン欠乏症に関連している。レプチン補充療法であるＭｙａｌｅｐｔ（登録商標）（メトレレフィン）は、全身性リポジストロフィーを有する患者用に市販されているが、内在性レプチンまたはメトレレフィン及びリンパ腫に対する抗薬物中和抗体の開発におけるＭｙａｌｅｐｔ（登録商標）に関連するリスクのために、処方薬及び薬局の証明書ならびに特別な書類を必要とするリスク評価及び緩和戦略（ＲＥＭＳ）プログラムによってのみ利用可能である（Ｍｙａｌｅｐｔ，ＦＤＡ Ｂｒｉｅｆｉｎｇ Ｄｏｃｕｍｅｎｔ，２０１３；Ｃｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒ Ｐｒａｃｔ，２０１１，１７（６）：９２２−９３２）。
部分的リポジストロフィーの非医原性形態のための特定の薬理学的治療は現在存在しない。
したがって、患者にリポジストロフィーの新規治療選択肢を提供することが必要とされている。アンチセンス技術は、ある特定の遺伝子産物の発現を減少させるための効果的な手段として出現しており、いくつかの治療的、診断的、及び研究用途において、ＡｐｏＣＩＩＩの調節に比類なく有用であることを証明することができる。ＵＳ ２００４０２０８８５６（米国特許７，５９８，２２７号）、米国特許２００６０２６４３９５号（米国特許７，７５０，１４１号）、ＷＯ ２００４／０９３７８３、ＷＯ ２０１２／１４９４９５、ＷＯ ２０１４／１２７２６８、ＷＯ ２０１４／２０５４４９及びＷＯ ２０１４／１７９６２６においてアンチセンス化合物によりＡｐｏＣＩＩＩを阻害するための組成物及び方法を開示しているが、これらは全て本明細書中に参照により組み込まれる。ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、第Ｉ相及び第ＩＩ相臨床試験で試験されており、現在、家族性キロミクロン血症症候群（ＦＣＳ）及び高トリグリセリド血症患者における有効性を試験する第ＩＩＩ相試験で試験されている。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを治療、予防、遅延または改善するための方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態は、リポジストロフィーを治療、予防、遅延、または改善する用途のためのＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を提供する。特定の実施形態において、リポジストロフィーは、全身性リポジストロフィーまたは部分的リポジストロフィーである。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物において、心血管疾患及び／または代謝疾患または障害、またはその症状を治療、予防、遅延または改善するための方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、化合物は、ＴＧレベルを低下させ、動物におけるＨＤＬレベルを増加させ、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善することによって、リポジストロフィーを有する動物において心血管疾患及び／または代謝疾患、障害、状態またはその症状を予防、遅延または改善する。特定の実施形態において、
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物において肝脂肪症、ＮＡＬＦＤもしくはＮＡＳＨ、またはその症状を治療、予防、遅延または改善するための方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、化合物は、ＴＧレベルを低下させ、動物におけるＨＤＬレベルを増加させ、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善することによって、リポジストロフィーを有する動物において肝脂肪症、ＮＡＬＦＤもしくはＮＡＳＨ、またはその症状を予防、遅延または改善する。特定の実施形態において、肝脂肪症、ＮＡＬＦＤもしくはＮＡＳＨ、またはその症状もしくはリスクが改善される。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物をリポジストロフィーに伴う肝脂肪症、ＮＡＬＦＤもしくはＮＡＳＨを有する動物に投与することにより、肝臓または肝細胞癌の肝硬変への進行を予防または遅延させる。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物において、膵炎またはその症状を治療、予防、遅延または改善するための方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、化合物は、ＴＧレベルを低下させ、動物におけるＨＤＬレベルを増加させ、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善することによって、リポジストロフィーを有する動物において膵炎またはその症状を予防、遅延または改善する。特定の実施形態において、膵炎、またはその症状もしくはリスクが改善される。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物のＴＧレベルを低下させる方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、高トリグリセリド血症またはその症状またはリスクが改善される。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物においてＨＤＬレベルを上昇させる方法及び／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善する方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物において、空腹時ＴＧを低下させ、ＨｂＡ１ｃを減少させ、血漿グルコースを減少させ、肝臓容積を減少させ、肝臓容積の増加を減少させ、かつ肝脂肪症を減少させる方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、ＨｂＡ１ｃは、９％未満、８％未満、７．５％未満または７％未満に低減される。特定の実施形態において、ＨｂＡ１ｃは、少なくとも０．２％、少なくとも０．５％、少なくとも０．７％、少なくとも１％、少なくとも１．２％または少なくとも１．５％減少する。
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤は、ＡｐｏＣＩＩＩの発現を阻害することができる核酸、ペプチド、抗体、小分子または他の薬剤である。特定の実施形態において、核酸はＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンス化合物である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物はアンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＩＳＩＳ ３０４８０１、ＡＧＣＴＴＣＴＴＧＴＣＣＡＧＣＴＴＴＡＴ（配列番号３）の核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号３の核酸塩基配列からなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、配列番号２または配列番号４に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または少なくとも１００％相補的である。
特定の実施形態において、リポジストロフィーは、全身性リポジストロフィーである。特定の実施形態において、リポジストロフィーは、部分的リポジストロフィーである。
前述の一般的な説明及び以下の発明を実施するための形態はどちらも例示的かつ説明的なものであるにすぎず、特許請求される発明を限定するものではないと理解すべきである。本明細書において、単数形の使用は、別途明確に記述されない限り、複数形を含む。本明細書で使用されるとき、「ｏｒ（または）」の使用は、別途記述されない限り、「ａｎｄ／ｏｒ（及び／または）」を意味する。さらに、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（〜を含む）」という用語、ならびに「ｉｎｃｌｕｄｅｓ（〜を含む）」及び「ｉｎｃｌｕｄｅｄ（含まれる）」等の他の形態の使用は、限定的なものではない。また、「要素」または「成分」等の用語は、別途明確に記述されない限り、１つのユニットを含む要素及び成分、ならびに２つ以上のサブユニットを含む要素及び成分の両方を包含する。
本明細書で使用される節の見出しは、単に構成目的のものであり、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。本願に列挙されるすべての文書、または文書の部分は、これらに限定されないが、特許、特許出願、記事、書籍、及び論文を含み、本明細書で考察する文書の部分を参照することにより、その全体が本明細書に明示的に組み込まれる。
定義
特別な定義が与えられない限り、本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、ならびに医化学及び製薬化学に関連して用いられる命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、周知であり、当技術分野で一般に使用されるものである。化学合成及び化学分析には、標準的技法を使用することができる。許可されている場合、本明細書出の開示全般で参照されるすべての特許、出願、公開された出願及び他の刊行物、ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号及び国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）及び他のデータ等のデータベースにより得られる関連の配列情報は、本明細書で考察する文書の部分を参照することにより、その全体が本明細書に組み込まれる。
別途示されない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
「２’−Ｏ−メトキシエチル」（２’−ＭＯＥ、２’−Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３及び２’−Ｏ−（２−メトキシエチルとも称される）とは、フロシル環の２’位のＯ−メトキシ−エチル修飾を指す。２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
「２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチド」とは、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖部分を含むヌクレオチドを意味する。
「３’標的部位」とは、特定のアンチセンス化合物の３’末端のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
「５’標的部位」とは、特定のアンチセンス化合物の５’末端のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
「５−メチルシトシン」とは、５’位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５−メチルシトシンは、修飾核酸塩基である。
「約」とは、値の±１０％以内を意味する。例えば、「マーカーが約５０％増加し得る」と述べられている場合、マーカーが４５％〜５５％増加し得るということを意味する。
「活性医薬品」とは、個体に投与されたときに治療的利益を提供する医薬組成物中の１つの物質または複数の物質を意味する。例えば、特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩを標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、活性医薬品である。
「活性標的領域」または「標的領域」とは、１つ以上の活性アンチセンス化合物が標的とされる領域を意味する。「活性アンチセンス化合物」とは、標的核酸レベルまたはタンパク質レベルを低下させるアンチセンス化合物を意味する。
「同時に投与される」とは、患者において２つの薬剤の薬理学的効果が同時に現れる任意の様式でのこれらの２つの薬剤を共投与することを指す。同時投与は、これら両方の薬剤が、単一の医薬組成物で、同一の剤形で、または同一の投与経路によって投与されることを必要としない。これら両方の薬剤の効果が同時に現われなくてもよい。効果は、ある期間の重複しか必要とせず、共に広範囲に及ぶ必要はない。
「投与」は、個体に医薬品を提供することを意味し、医療専門家及び自己投与による投与を含むが、これに限定されない。
「薬剤」とは、動物に投与したときに治療的利益を提供することができる活性物質を意味する。「第１の薬剤」とは、本発明の治療化合物を意味する。例えば、第１の薬剤は、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドであり得る。「第２の薬剤」とは、本発明の第２の治療化合物（例えば、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とする第２のアンチセンスオリゴヌクレオチド）及び／または非ＡｐｏＣＩＩＩ治療化合物を意味する。
「改善」とは、関連疾患、障害、または状態の少なくとも１つの指標、兆候、または症状の軽減を指す。指標の重症度は、当業者に知られている主観的尺度または客観的尺度によって決定することができる。
「動物」とは、ヒト、またはマウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、及び非ヒト霊長類（サル及びチンパンジーを含むが、これらに限定されない）を含むが、これらに限定されない非ヒト動物を指す。
「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能または測定可能な活性を意味する。特定の実施形態において、アンチセンス活性は、標的核酸またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量または発現の減少である。
「アンチセンス化合物」とは、水素結合により標的核酸へのハイブリダイゼーションを経ることのできるオリゴマー化合物を意味する。アンチセンス化合物の例として、一本鎖化合物及び二本鎖化合物、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｓＲＮＡｉ、及び占有に基づく（ｏｃｕｐａｎｃｙ−ｂａｓｅｄ）化合物が挙げられる。
「アンチセンス阻害」とは、アンチセンス化合物の不在下における標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸に相補的なアンチセンス化合物の存在下における標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルの低下を意味する。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、標的核酸の対応する領域またはセグメントへのハイブリダイゼーションを可能にする核酸塩基配列を有する一本鎖オリゴヌクレオチドを意味する。本明細書中で使用される用語「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、本明細書に記載の化合物の薬学的に許容される誘導体を包含する。
「ＡｐｏＣＩＩＩ」、「アポリポタンパク質Ｃ−ＩＩＩ」または「ＡｐｏＣ３」は、ＡｐｏＣＩＩＩをコードする任意の核酸またはタンパク質配列を意味する。例えば、特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩは、ＡｐｏＣＩＩＩをコードするＤＮＡ配列、ＡｐｏＣＩＩＩをコードするＤＮＡ（イントロン及びエキソンを含むゲノムＤＮＡを含む）から転写されるＲＮＡ配列、ＡｐｏＣＩＩＩをコードするｍＲＮＡ配列、またはＡｐｏＣＩＩＩをコードするペプチドを含む。
「ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤」は、ＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡの発現及び／またはＡｐｏＣＩＩＩタンパク質の発現または活性を分子レベルで特異的に阻害することができる任意の薬剤を指す。例えば、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤には、核酸（アンチセンス化合物を含む）、ペプチド、抗体、小分子、及びＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡ及び／またはＡｐｏＣＩＩＩタンパク質の発現を阻害することができる他の薬剤が含まれる。特定の実施形態において、核酸はアンチセンス化合物である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物はＡｐｏＣＩＩＩを標的とするオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするオリゴヌクレオチドは、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とする修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするオリゴヌクレオチドは、配列番号３に示される配列、または例えば米国特許第７，５９８，２２７号、米国特許第７，７５０，１４１号、ＰＣＴ公開ＷＯ ２００４／０９３７８３号またはＷＯ ２０１２／１４９４９５に開示されるような別の配列を有し、これらは全て参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡレベル及び／またはＡｐｏＣＩＩＩタンパク質発現を特異的に調節することにより、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤は、脂質生成経路の成分に影響を及ぼし得る。同様に、特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤は、動物における他の分子過程に影響を与え得る。
「ＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡ」とは、ＡｐｏＣＩＩＩタンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。
「ＡｐｏＣＩＩＩタンパク質」は、ＡｐｏＣＩＩＩをコードする任意のタンパク質配列を意味する。
「アテローム性動脈硬化症」は、大型及び中型の動脈に影響を及ぼす動脈の硬化を意味し、脂肪沈着物の存在を特徴とする。脂肪沈着物は、主にコレステロール及び他の脂肪、カルシウム及び瘢痕組織からなる「アテローム」または「プラーク」と呼ばれ、動脈の内層を損傷する。
「二環糖」とは、２個の非ジェミナル環原子の架橋により修飾されたフロシル環を意味する。二環糖は、修飾糖である。
「二環式核酸」または「ＢＮＡ」とは、ヌクレオシドまたはヌクレオチドを指し、ヌクレオシドまたはヌクレオチドのフラノース部分は、フラノース環上で２個の炭素原子をつなぎ、それにより二環式環系を形成する橋を含む。
「キャップ構造」または「末端キャップ部分」とは、アンチセンス化合物のいずれかの末端に組み込まれている化学的修飾を意味する。
「心血管疾患」または「心血管障害」は、心臓、血管、または循環に関連する状態の群を指す。心血管疾患の例としては、動脈瘤、狭心症、不整脈、アテローム性動脈硬化症、脳血管疾患（脳卒中）、冠状動脈性心疾患、高血圧、異脂肪血症、高脂血症、高トリグリセリド血症及び高コレステロール血症が挙げられるが、これらに限定されない。
「化学的に異なる領域」とは、同一のアンチセンス化合物の別の領域とは何らかの点で化学的に異なるアンチセンス化合物の領域を指す。例えば、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチドを有する領域は、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾を有しないヌクレオチドを有する領域とは化学的に異なる。
「キメラアンチセンス化合物」とは、少なくとも２つの化学的に異なる領域を有するアンチセンス化合物を意味する。
「コレステロール」は、すべての動物組織の細胞膜に見られるステロール分子である。コレステロールは、超低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、中間密度リポタンパク質（ＩＤＬ）、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、及び高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）を含むリポタンパク質による動物の血漿中に輸送されなければならない。「血漿コレステロール」とは、血漿または血清中に存在するすべてのリポタンパク質（ＶＤＬ、ＩＤＬ、ＬＤＬ、ＨＤＬ）エステル化及び／または非エステル化コレステロールの合計を指す。
「コレステロール吸収阻害剤」とは、食事から得られる外因性コレステロールの吸収を阻害する薬剤を意味する。
「共投与」とは、個体への２つ以上の薬剤の投与を意味する。これらの２つ以上の薬剤は、単一の医薬組成物中に存在し得るか、または別個の医薬組成物中に存在し得る。これらの２つ以上の薬剤の各々は、同一または異なる投与経路で投与され得る。共投与は、並行投与または連続投与を包含する。
「相補性」とは、第１の核酸及び第２の核酸の核酸塩基間で対合する能力を意味する。特定の実施形態において、第１及び第２の核酸間の相補性は、２つのＤＮＡ鎖の間、２つのＲＮＡ鎖の間、またはＤＮＡとＲＮＡ鎖との間のものであり得る。特定の実施形態において、一方の鎖上の核酸塩基のいくつかは、他方の鎖上の相補的な水素結合塩基と一致する。特定の実施形態において、一方の鎖上の核酸塩基の全ては、他方の鎖上の相補的な水素結合塩基と一致する。特定の実施形態において、第１の核酸は、アンチセンス化合物であり、第２の核酸は、標的核酸である。そのような特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは第１の核酸であり、標的核酸は第２の核酸である。
「連続した核酸塩基」とは、互いに直接隣接した核酸塩基を意味する。
「拘束エチル」または「ｃＥｔ」は、４’及び２’炭素原子の間のメチル（メチレンオキシ）（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）橋を含むフラノシル糖を有する二環式ヌクレオシドを指す。
「交差反応性」は、ある核酸配列を標的とするオリゴマー化合物が、異なる核酸配列にハイブリダイズすることができることを意味する。例えば、場合によっては、ヒトＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ネズミＡｐｏＣＩＩＩと交差反応することができる。オリゴマー化合物がその指定された標的以外の核酸配列と交差反応するかどうかは、化合物が非標的核酸配列と有する相補性の程度に依存する。オリゴマー化合物と非標的核酸との間の相補性が高いほど、オリゴマー化合物は核酸と交差反応する可能性が高くなる。
「治癒」とは、健康を回復させる方法または規定された病気の治療を意味する。
「冠状動脈性心疾患（ＣＨＤ）」は、血液及び酸素を心臓に供給する小血管の狭窄を意味するが、これはしばしばアテローム性動脈硬化症の結果である。
「デオキシリボヌクレオチド」とは、ヌクレオチドの糖部分の２’位に水素を有するヌクレオチドを意味する。デオキシリボヌクレオチドは、様々な置換基のうちのいずれかで修飾され得る。
「真性糖尿病」または「糖尿病」は、不十分なレベルのインスリンまたはインスリン感受性の低下に起因する代謝障害及び異常に高い血糖（高血糖症）を特徴とする症候群である。特徴的な症状は、高血糖値に起因した過剰な尿産生（多尿症）、排尿増加を補うための過剰な口渇及び水分摂取の増加（多渇症）、視覚への高血糖の影響に起因した視界のぼやけ、原因不明の体重減少、及び嗜眠である。
「糖尿病性脂質異常症」または「脂質異常症を伴う２型糖尿病」とは、２型糖尿病、ＨＤＬ−Ｃの減少、トリグリセリドの増加、及び小さく高密度のＬＤＬ粒子の増加を特徴とする状態を意味する。
「希釈剤」とは、薬理学的活性を欠くが、薬学的に必要であるか、または望ましい組成物中の成分を意味する。例えば、注入された組成物中の希釈剤は、液体、例えば、生理食塩水であり得る。
「脂質異常症」とは、脂質及び／またはリポタンパク質の過剰産生または欠損を含む、脂質及び／またはリポタンパク質代謝の障害を指す。脂質異常症は、カイロミクロン、コレステロール、及びトリグリセリド等の脂質、ならびに低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）コレステロール等のリポタンパク質の増加により明らかになり得る。脂質異常症の例は、カイロミクロン血症または高トリグリセリド血症である。
「投薬単位」とは、医薬品が提供される形態、例えば、丸剤、錠剤、または当技術分野で既知の他の投薬単位を意味する。特定の実施形態において、投薬単位は、凍結乾燥されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを含有するバイアルである。特定の実施形態において、投薬単位は、再構成されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを含有するバイアルである。
「用量」とは、単回投与で提供されるか、または特定の期間に提供される医薬品の特定の量を意味する。特定の実施形態において、用量は、１、２、またはそれ以上のボーラス、錠剤、または注入で投与され得る。例えば、特定の実施形態において、皮下投与が所望される場合、所望の用量は、単回注入では容易に提供されない体積を必要とし、それ故に、２回以上注入して所望の用量を達成することができる。特定の実施形態において、医薬品は、輸液によって長期間にわたって、または連続して投与される。用量は、１時間、１日、１週間、または１ヵ月当たりの医薬品の量として記載してもよい。用量は、ｍｇ／ｋｇまたはｇ／ｋｇとして記載してもよい。
「有効な量」または「治療的に有効な量」とは、薬剤を必要とする個体において所望の生理学的結果をもたらすのに十分な活性医薬品の量を意味する。有効な量は、治療される個体の健康及び身体状態、治療される個体の分類群、組成物の製剤、個体の病状の評価、ならびに他の関連因子によって個体間で異なり得る。
「フィブラート」は、脂質及びリポタンパク質の代謝における様々な段階を制御する転写因子を介して作用する、ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体−α（ＰＰＡＲ−α）のアゴニストである。ＰＰＡＲ−αと相互作用することにより、フィブラートは異なる補因子を補充し、遺伝子発現を調節する。結果として、フィブラートは、空腹時ＴＧレベルならびに食後ＴＧ及びＴＲＬ残存粒子を低下させるのに有効である。フィブラートはまた、適度なＬＤＬ−Ｃ低下及びＨＤＬ−Ｃ上昇効果を有する。ＡｐｏＣ−ＩＩＩの発現及びレベルの減少は、ＰＰＡＲ−αアゴニストの一貫した効果である（Ｈｅｒｔｚ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，１９９５，２７０（２２）：１３４７０−１３４７５）。メタボリックシンドロームにおけるフェノフィブラート処理の血漿ＡｐｏＣ−ＩＩＩレベルの３６％の低下が報告されている（Ｗａｔｔｓ ｅｔ ａｌ． Ｄｉａｂｅｔｅｓ， ２００３， ５２：８０３−８１１）。
「完全に相補的な」または「１００％相補的な」とは、第１の核酸の核酸塩基配列の各核酸塩基が、第２の核酸の第２の核酸塩基配列中に相補的な核酸塩基を有することを意味する。特定の実施形態において、第１の核酸は、アンチセンス化合物であり、第２の核酸は、標的核酸である。
「ギャップマー」とは、ＲＮａｓｅ Ｈ切断を支援する複数のヌクレオシドを有する内部領域が１個以上のヌクレオシドを有する外部領域間に位置付けられるキメラアンチセンス化合物を意味し、内部領域を含むこれらのヌクレオシドは、外部領域を含むヌクレオシドまたは複数のヌクレオシドとは化学的に異なる。内部領域は、「ギャップ」または「ギャップセグメント」と称され得、外部領域は、「ウイング」または「ウイングセグメント」と称され得る。
「遺伝子スクリーニング」とは、動物の遺伝子型変異または突然変異をスクリーニングすることを意味する。いくつかの例では、突然変異は、動物における表現型の変化をもたらし得る。ある特定の場合には、表現型の変化は、動物の疾患、障害または状態であるか、またはそれをもたらすものである。例えば、ＬＭＮＡ、ＰＰＡＲγ、ＰＬＩＮ１、ＡＫＴ２、ＣＩＤＥＣ及び他の遺伝子における突然変異は、リポジストロフィーを引き起こし得る。遺伝子スクリーニングは、当技術分野で知られている技術のいずれか、例えば突然変異を検出するためのＬＭＮＡ、ＰＰＡＲγ、ＰＬＩＮ１、ＡＫＴ２、ＣＩＤＥＣ遺伝子またはｍＲＮＡの配列決定によって行うことができる。スクリーニングされる動物の配列は、正常な動物の配列と比較され、配列中に何らかの変異が存在するか否かが決定される。あるいは、例えば、ＬＭＮＡ、ＰＰＡＲγ、ＰＬＩＮ１、ＡＫＴ２、ＣＩＤＥＣ遺伝子またはｍＲＮＡにおける突然変異の同定は、ＰＣＲ増幅及びゲルまたはチップ分析を用いて行うことができる。
「グルコース」とは、エネルギー源及び炎症性中間体として細胞によって使用される単糖である。「血漿グルコース」とは、血漿中に存在するグルコースを指す。
「高密度リポタンパク質」または「ＨＤＬ」は、脂質（コレステロール、トリグリセリド及びリン脂質）及びタンパク質（アポリポタンパク質（アポ）及び酵素）の巨大分子複合体を指す。ＨＤＬの表面は、主にアポリポタンパク質Ａ、Ｃ及びＥを含む。これらのアポタンパク質のいくつかの機能は、ＨＤＬを末梢組織から肝臓に向けることである。血清ＨＤＬレベルは、根本的な遺伝的原因によって影響され得る（Ｗｅｉｓｓｇｌａｓ−Ｖｏｌｋｏｖ ａｎｄ Ｐａｊｕｋａｎｔａ，Ｊ Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ，２０１０，５１：２０３２−２０５７）。疫学的研究は、ＨＤＬレベルの上昇は、心血管疾患または冠状動脈性心疾患から保護することを示している（Ｇｏｒｄｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．１９７７．６２：７０７−７１４）。ＨＤＬのこれらの影響は、トリグリセリド及びＬＤＬ濃度とは無関係である。臨床的実践において、低血漿ＨＤＬは、例えば、中枢性肥満、インスリン抵抗性、真性２型糖尿病及び腎疾患（慢性腎不全またはネフローゼタンパク尿）等の血漿トリグリセリドを増加させる他の障害とより一般的に関連している（Ｋａｓｈｙａｐ．Ａｍ．Ｊ．Ｃａｒｄｉｏｌ．１９９８．８２：４２Ｕ−４８Ｕ）。
「高密度リポタンパク−コレステロール」または「ＨＤＬ−Ｃ」は、高密度リポタンパク質粒子に付随するコレステロールを意味する。血清（または血漿）中のＨＤＬ−Ｃの濃度は、典型的にはｍｇ／ｄＬまたはｎｍｏｌ／Ｌで定量される。「ＨＤＬ−Ｃ」及び「血漿ＨＤＬ−Ｃ」は、それぞれ血清及び血漿中のＨＤＬ−Ｃを意味する。
「ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ阻害剤」とは、アトルバスタチン、ロスバスタチン、フルバスタチン、ロバスタチン、プラバスタチン、及びシンバスタチン等の酵素ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼの阻害によって作用する薬剤を意味する。
「ハイブリダイゼーション」とは、相補的核酸分子のアニーリングを意味する。特定の実施形態において、相補的核酸分子には、アンチセンス化合物及び標的核酸が含まれる。
「高コレステロール血症」は、Ｅｘｐｅｒｔ Ｐａｎｅｌ Ｒｅｐｏｒｔ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎａｌ Ｐｒｏｇｒａｍ（ＮＣＥＰ） ｏｆ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ， Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｈｉｇｈ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ｉｎ ａｄｕｌｔｓ （Ａｒｃｈ．Ｉｎｔ．Ｍｅｄ．（１９８８）１４８，３６−３９を参照）のガイドラインによる、上昇したコレステロールまたは循環（血漿）コレステロール、ＬＤＬ−コレステロール及びＶＬＤＬ−コレステロールによって特徴付けられる状態を意味する。
「脂質異常症（ｈｙｐｅｒｌｉｐｉｄｅｍｉａ）」または「脂質異常症（ｈｙｐｅｒｌｉｐｅｍｉａ）」は、血清脂質または循環（血漿）脂質の上昇を特徴とする状態である。この状態は、異常に高い脂肪濃度を示す。循環血液中の脂質画分は、コレステロール、低密度リポタンパク質、超低密度リポタンパク質、カイロミクロン及びトリグリセリドである。
「高トリグリセリド血症」とは、トリグリセリドレベルの上昇を特徴とする状態を意味する。高トリグリセリド血症は、トリグリセリド（ＴＧ）に富むリポタンパク質、すなわちＶＬＤＬ、及びそれよりも少ない程度ではキロミクロン（ＣＭ）の産生の増加及び／または遅延または遅延異化の結果である。その病因として、主（すなわち、遺伝的原因）要因及び二次的（他の根本原因、例えば、糖尿病、メタボリックシンドローム／インスリン抵抗性、肥満、身体活動不能、喫煙、過剰アルコール及び炭水化物が非常に多い食事）要因、または最も頻繁には、両方の組み合わせが挙げられる（Ｙｕａｎ ｅｔ ａｌ．，ＣＭＡＪ，２００７，１７６：１１１３−１１２０）。高トリグリセリド血症は、リポジストロフィーに伴う一般的な臨床的特徴である。高境界ＴＧレベル（１５０〜１９９ｍｇ／ｄＬ）は、一般集団において一般的に見られ、メタボリックシンドローム／インスリン抵抗性状態の共通成分である。血漿ＴＧレベルが上昇すると、根本的な遺伝的要因がますます重要な病因的役割を果たすことを除いて、高いＴＧレベル（２００〜４９９ｍｇ／ｄＬ）についても同じことが当てはまる。非常に高いＴＧレベル（≧５００ｍｇ／ｄＬ）は、しばしばＣＭレベルの上昇と関連しており、急性膵炎のリスクの増加を伴う。ＴＧレベルが８８０ｍｇ／ｄＬ（＞１０ｍｍｏｌ）を超える場合、膵炎のリスクが臨床的に顕著であると考えられており、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ Ｓｏｃｉｅｔｙ／Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｃａｒｄｉｏｌｏｇｙ （ＥＡＳ／ＥＳＣ） ２０１１のガイドラインでは、急性膵炎を予防するための行動が必須であると述べられている（Ｃａｔａｐａｎｏ ｅｔ ａｌ．２０１１，Ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ，２１７Ｓ：Ｓ１−Ｓ４４）。ＥＡＳ／ＥＳＣ ２０１１ガイドラインによると、高トリグリセリド血症は膵炎の全症例の約１０％の原因であり、膵炎の発症はＴＧレベルで４４０〜８８０ｍｇ／ｄＬで起こり得る。上昇したＴＧレベルがアテローム性動脈硬化ＣＶＤの独立した危険因子であることを示す臨床研究の証拠に基づいて、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｇｒａｍ Ａｄｕｌｔ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｐａｎｅｌ ＩＩＩ（ＮＣＥＰ ２００２，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，１０６：３１４３−４２１）及びＡｍｅｒｉｃａｎ Ｄｉａｂｅｔｅｓ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ（ＡＤＡ ２００８，Ｄｉａｂｅｔｅｓ Ｃａｒｅ，３１：Ｓ１２−Ｓ５４．）の両方のガイドラインは、心血管リスクを低下させるために１５０ｍｇ／ｄＬ未満の標的ＴＧレベルを推奨している。
命名された疾患、障害または状態を有する動物を「ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ（同定する）」または「ｄｉａｇｎｏｓｉｎｇ（診断する）」とは、当該分野で公知の方法により、命名された疾患、障害または状態に罹患しやすい、またはそれを有する対象を同定することを意味する。
リポジストロフィー（全身性または部分的）を有する動物を「同定する」または「診断する」とは、リポジストロフィーに罹患しやすい、またはそれを有する対象を同定することを意味する。リポジストロフィーを有する対象の同定は、任意の当該技術分野の公知のスクリーニング技術、例えば遺伝子スクリーニングと併せて対象の病歴の検査によって行うことができる。例えば、ＬＭＮＡ、ＰＰＡＲγ、ＰＬＩＮ１、ＡＫＴ２、ＣＩＤＥＣ等のリポジストロフィーに関連する遺伝子の突然変異について、５００ｍｇ／ｄＬを超える空腹時ＴＧの既往歴の記録を有する患者をスクリーニングする。
代謝疾患または心血管疾患を有する動物を「同定する」または「診断する」とは、代謝疾患、心血管疾患またはメタボリックシンドロームに罹患しやすい、またはそれを有する被験体を同定すること、または代謝疾患、心血管疾患、または、高コレステロール血症、高血糖、高脂血症、高トリグリセリド血症、高血圧、インスリン抵抗性の増加、インスリン感受性の低下、正常体重を上回る体重、及び／または正常体脂肪含有量を上回る体脂肪含有量、またはそれらの任意の組み合わせを含むがこれらに限定されないメタボリックシンドロームのいずれかの症状を有する対象を同定することを意味する。そのような同定は、任意の方法によって達成され得、その方法として、血清または循環（血漿）コレステロールの測定、血清または循環（血漿）血糖の測定、血清または循環（血漿）トリグリドの測定血圧の測定、体脂肪含有量の測定、体重の測定等の標準的な臨床試験または評価が挙げられるが、これらに限定されない。
「改善された心血管転帰」は、心血管の有害事象の発生またはそのリスクの減少を意味する。心血管の有害事象の例には、死、再梗塞、脳卒中、心原性ショック、肺水腫、心停止、及び心房性不整脈が含まれるが、これらに限定されない。
「直接隣接する」とは、直接隣接する要素間、例えば領域、セグメント、ヌクレオチド及び／またはヌクレオシド間に介在要素が存在しないことを意味する。
「Ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ ＨＤＬ（ＨＤＬの上昇）」または「ｒａｉｓｉｎｇ ＨＤＬ（ＨＤＬの上昇）」は、化合物を投与していない動物におけるＨＤＬレベルと比較して、少なくとも１つの本発明の化合物の投与後の動物におけるＨＤＬレベルが上昇することを意味する。
「個体」または「対象」または「動物」とは、処置または療法のために選択されたヒトまたは非ヒト動物を意味する。
「誘導する」、「阻害する」、「増強する」、「上昇させる」、「増加させる」、「減少させる」、「低減させる」等は、２つの状態間の量的な差異を示す。例えば、「ＡｐｏＣＩＩＩの活性または発現を阻害するのに有効な量」とは、処理された試料中のＡｐｏＣＩＩＩの活性または発現のレベルが、未処理の試料中のＡｐｏＣＩＩＩの活性または発現のレベルと異なることを意味する。そのような用語は、例えば、発現レベル及び活性レベルに適用される。
「発現または活性を阻害する」とは、ＲＮＡまたはタンパク質の発現または活性の減少または阻止を指し、必ずしも発現または活性の完全な排除を示すわけではない。
「インスリン抵抗性」とは、正常な量のインスリンが、脂肪、筋肉、及び肝細胞から正常なインスリン応答をもたらすには不十分である状態と定義される。脂肪細胞におけるインスリン抵抗性は、血漿中の遊離脂肪酸を上昇させる貯蔵されたトリグリセリドの加水分解をもたらす。筋肉におけるインスリン抵抗性がグルコース取り込みを減少させる一方で、肝臓におけるインスリン抵抗性は、グルコース貯蔵を減少させ、これら両方の影響は、血糖を上昇させる働きをする。インスリン抵抗性に起因したインスリン及びグルコースの高血漿レベルは、多くの場合、代謝症候群及び２型糖尿病をもたらす。
「インスリン感受性」は、個体が効果的にグルコースを処理する程度の尺度である。高インスリン感受性を有する個体がグルコースを効果的に処理する一方で、低インスリン感受性を有する個体は、グルコースを効果的に処理しない。
「ヌクレオシド間結合」とは、ヌクレオシド間の化学結合を指す。
「静脈内投与」とは、静脈への投与を意味する。
「連結したヌクレオシド」とは、一緒に結合される隣接したヌクレオシドを意味する。
「脂質低下」は、対象における１つ以上の脂質の減少を意味する。「脂質上昇」は、対象における脂質（例えば、ＨＤＬ）の増加を意味する。脂質低下または脂質上昇は、経時的な１回または複数回の投与で起こり得る。
「脂質低下療法」または「脂質低下剤」とは、対象における１つ以上の脂質を減少させるために対象に提供される治療レジメンを意味する。特定の実施形態において、脂質低下療法は、対象におけるＣＥＴＰ、ＡｐｏＢ、総コレステロール、ＬＤＬ−Ｃ、ＶＬＤＬ−Ｃ、ＩＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、トリグリセリド、小さく高密度のＬＤＬ粒子、及びＬｐ（ａ）のうちの１つ以上を減少させるために提供される。脂質低下治療の例には、スタチン、フィブラート、ＭＴＰ阻害剤が含まれる。
ＶＬＤＬ、ＬＤＬ及びＨＤＬ等の「リポタンパク質」は、血清、血漿及びリンパ中に見出され、脂質輸送に重要なタンパク質群を指す。各リポタンパク質の化学組成は、ＨＤＬがタンパク質対脂質の割合が高いのに対し、ＶＬＤＬはタンパク質対脂質の割合が低いという点で異なる。
「低密度リポタンパク−コレステロール（ＬＤＬ−Ｃ）」は、低密度リポタンパク質粒子に保有されたコレステロールを意味する。血清（または血漿）中のＬＤＬ−Ｃの濃度は、典型的にはｍｇ／ｄＬまたはｎｍｏｌ／Ｌで定量化される。「血清ＬＤＬ−Ｃ」及び「血漿ＬＤＬ−Ｃ」は、それぞれ血清及び血漿中のＬＤＬ−Ｃを意味する。
「主要危険因子」とは、特定の疾患または状態に対する高いリスクに寄与する因子を指す。特定の実施形態において、心血管疾患の主要な危険因子には、喫煙、高血圧、低ＨＤＬ−Ｃ、心血管疾患の家族歴、年齢、及び本明細書に開示される他の因子が含まれるが、これらに限定されない。
「代謝障害」または「代謝疾患」とは、代謝機能の変化または妨害を特徴とする状態を指す。「代謝性」及び「代謝」は、当技術分野で周知の用語であり、一般に、生きている生体で生じる全範囲の生化学的プロセスを含む。代謝障害には、高血糖、前糖尿病、糖尿病（１型及び２型）、肥満、インスリン抵抗性、メタボリックシンドローム及び２型糖尿病による脂質異常症が含まれるが、これらに限定されない。
「代謝症候群」とは、代謝由来の脂質及び非脂質心血管危険因子のクラスタ化を特徴とする状態を意味する。特定の実施形態において、代謝症候群は、以下の因子、すなわち男性において１０２ｃｍを超えるか、または女性において８８ｃｍを超えるウエスト周り、少なくとも１５０ｍｇ／ｄＬの血清トリグリセリド、男性における４０ｍｇ／ｄＬ未満、または女性における５０ｍｇ／ｄＬ未満のＨＤＬ−Ｃ、少なくとも１３０／８５ｍｍＨｇの血圧、及び少なくとも１１０ｍｇ／ｄＬの空腹時グルコースのうちのいずれか３つの存在によって特定される。これらの決定因子は、臨床診療時に容易に測定され得る（ＪＡＭＡ，２００１，２８５：２４８６−２４９７）。
「ミスマッチ」または「非相補的核酸塩基」とは、第１の核酸の核酸塩基が第２の核酸または標的核酸の対応する核酸塩基と対合することができない場合を指す。
「混合型脂質異常症」とは、コレステロールの上昇及びトリグリセリドの上昇を特徴する状態を意味する。
「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然に存在するヌクレオシド間結合の置換または任意の変化を指す。例えば、ホスホロチオエート結合は修飾ヌクレオシド間結合である。
「修飾核酸塩基」とは、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン、またはウラシル以外の任意の核酸塩基を指す。例えば、５メチル−シトシンは、修飾核酸塩基である。「非修飾核酸塩基」とは、プリンが、アデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）をベースとし、ピリミジンがチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）をベースとすることを意味する。
「修飾ヌクレオシド」は、少なくとも１つの修飾された糖部分及び／または修飾された核酸塩基を有するヌクレオシドを意味する。
「修飾ヌクレオチド」は、少なくとも１つの修飾された糖部分、修飾ヌクレオシド間結合及び／または修飾された核酸塩基を有するヌクレオチドを意味する。
「修飾オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを意味する。
「修飾糖」とは、天然糖の置換または変化を指す。例えば、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
「モチーフ」とは、アンチセンス化合物における化学的に異なる領域のパターンを意味する。
「天然に存在するヌクレオシド間連結部」とは、３’→５’ホスホジエステル連結部を意味する。
「天然糖部分」とは、ＤＮＡ（２’−Ｈ）またはＲＮＡ（２’−ＯＨ）に見られる糖を意味する。
「ニコチン酸」または「ナイアシン」は、肝臓への脂肪酸流入及び肝臓によるＶＬＤＬの分泌を減少させることが報告されている。この効果は、脂肪組織中のホルモン感受性リパーゼに対する効果によって部分的に媒介されると考えられる。ニコチン酸は、肝臓及び脂肪組織の両方において重要な作用部位を有する。肝臓では、ニコチン酸は、肝臓からのＶＬＤＬ粒子の分泌を減少させるジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼ−２（ＤＧＡＴ−２）を阻害することが報告されており、これはまた、ＩＤＬ及びＬＤＬ粒子の両方の減少に反映され、さらに、ニコチン酸は、主に肝臓におけるアポＡ１産生を刺激することによってＨＤＬ−Ｃ及びアポＡ１を上昇させ、高脂血症患者のＶＬＤＬ−ＡｐｏＣＩＩＩ濃度を低下させることも示されている（Ｗａｈｌｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．Ａｃｔａ Ｍｅｄ Ｓｃａｎｄ １９８８；２２４：３１９−３２７）。脂肪細胞における脂肪分解及び脂肪酸動員に対するニコチン酸の効果は十分に確立されている。
「核酸」とは、モノマーヌクレオチドからなる分子を指す。核酸には、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、一本鎖核酸（ｓｓＤＮＡ）、二本鎖核酸（ｄｓＤＮＡ）、低分子干渉リボ核酸（ｓｉＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡｓ（ｍｉＲＮＡ）が含まれる。核酸は、単一分子中にこれらの要素の組み合わせも含み得る。
「核酸塩基」とは、別の核酸塩基と対合することができる複素環部分を意味する。
「核酸塩基相補性」とは、核酸塩基がもう１つの核酸塩基と塩基対合することを指す。例えば、ＤＮＡにおいて、アデニン（Ａ）は、チミン（Ｔ）に相補的である。例えば、ＲＮＡにおいて、アデニン（Ａ）は、ウラシル（Ｕ）に相補的である。特定の実施形態において、相補的核酸塩基とは、アンチセンス化合物の核酸塩基であって、その標的核酸の核酸塩基と塩基対合することができるものを指す。例えば、アンチセンス化合物のある特定の位置の核酸塩基が、標的核酸のある特定の位置の核酸塩基と水素結合することができる場合、オリゴヌクレオチド及び標的核酸は、その核酸塩基対において相補的であると見なされる。
「核酸塩基配列」とは、任意の糖、結合、または核酸塩基修飾から独立した連続した核酸塩基の順序を意味する。
「ヌクレオシド」とは、糖に連結された核酸塩基を意味する。
「ヌクレオシド模倣物」は、糖または糖と塩基を置換するために用いられる構造を含み、例えば、モルホリノ、シクロヘキセニル、シクロヘキシル、テトラヒドロピラニル、ビシクロ、またはトリシクロ糖模倣物、例えば、非フラノース糖単位を有するヌクレオシド模倣物等のオリゴマー化合物の１つ以上の位置での結合を必ずしも含むわけではない。
「ヌクレオチド」とは、ヌクレオシドの糖部分に共有結合したリン酸基を有するヌクレオシドを意味する。
「ヌクレオチド模倣物」は、ヌクレオシドを置換するために用いられる構造と、例えば、ペプチド核酸またはモルホリノ（−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−または他の非ホスホジエステル結合によって連結されたモルホリノ）等のオリゴマー化合物の１つ以上の位置での結合とを含む。
「オリゴマー化合物」または「オリゴマー」とは、連結されたモノマー型サブユニットのポリマーであって、核酸分子の一領域にハイブリダイズすることができるものを意味する。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、オリゴヌクレオシドである。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、キメラオリゴヌクレオチドである。
「オリゴヌクレオチド」とは、各々が互いに独立して、修飾され得るかまたは修飾され得ない連結したヌクレオシドのポリマーを意味する。
「非経口投与」とは、注入または輸液を介する投与を意味する。非経口投与には、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または頭蓋内投与、例えば、髄腔内もしくは脳室内投与が含まれる。投与は、連続投与、または長期投与、短期投与、または間欠投与であり得る。
「ペプチド」とは、アミド結合によって少なくとも２つのアミノ酸を連結することによって形成される分子を意味する。ペプチドは、ポリペプチド及びタンパク質を指す。
「医薬品」とは、個体に投与されたときに治療的利益を提供する物質を意味する。例えば、特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩを標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、医薬品である。
「医薬組成物」または「組成物」とは、個体への投与に好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、１つ以上の活性剤及び医薬担体、例えば滅菌水溶液を含み得る。
「薬学的に許容される担体」とは、化合物の構造を妨害しない媒体または希釈剤を意味する。ある特定のそのような担体は、医薬組成物を、例えば、対象による経口摂取のための丸剤、錠剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液、及びトローチ剤として製剤化することを可能にする。ある特定のそのような担体は、注射、輸液または局所投与のために医薬組成物を処方することを可能にする。例えば、薬学的に許容される担体は、滅菌水溶液であり得る。
「薬学的に許容される誘導体」または「塩」は、当該分野で公知の溶媒和物、水和物、エステル、プロドラッグ、多形体、異性体、同位体標識された変種、薬学的に許容される塩及び他の誘導体等の本明細書に記載の化合物の誘導体を包含する。
「薬学的に許容される塩」とは、アンチセンス化合物の生理学的にかつ薬学的に許容される塩、すなわち、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、かつそれに望ましくない毒物学的影響を与えない塩を意味する。用語「薬学的に許容される塩」または「塩」は、薬学的に許容される非毒性の酸または塩基（無機または有機の酸及び塩基を含む）から調製される塩を含む。本明細書に記載の化合物の薬学的に許容可能な塩は、当該技術分野において周知の方法によって調製することができる。薬学的に許容可能な塩の総説については、Ｓｔａｈｌ ａｎｄ Ｗｅｒｍｕｔｈ、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ、Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｕｓｅ（Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ、Ｗｅｉｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ、２００２）を参照されたい。アンチセンスオリゴヌクレオチドのナトリウム塩が有用であり、ヒトへの治療的投与のために十分に許容されている。したがって、一実施形態において、本明細書に記載の化合物は、ナトリウム塩の形態である。
「ホスホロチオエート結合」とは、ホスホジエステル結合が非架橋酸素原子のうちの１つを硫黄原子と置き換えることによって修飾されるヌクレオシド間の結合を意味する。ホスホロチオエート結合は、修飾ヌクレオシド間結合である。
「部分」とは、定義された数の核酸の連続した（すなわち、連結した）核酸塩基を意味する。特定の実施形態において、部分は、定義された数の標的核酸の連続した核酸塩基である。特定の実施形態において、部分は、定義された数のアンチセンス化合物の連続した核酸塩基である。
「予防する」とは、数分から無期限の期間、疾患、障害、もしくは状態の発生もしくは発症を遅延させるか、または未然に防ぐことを指す。予防は、疾患、障害、または状態の発症のリスクを低下させることも意味する。
「プロドラッグ」は、内因性酵素または他の化学物質または条件の作用によって、体内または細胞内で活性形態（すなわち、薬剤）に変換される不活性な形態で調製される治療薬を意味する。
「上昇」とは、量が増加することを意味する。例えば、血漿ＨＤＬレベルを上昇させることは、血漿中のＨＤＬの量を増加させることを意味する。
「ＴＧ対ＨＤＬ比」は、ＨＤＬレベルと比較したＴＧレベルを意味する。高ＴＧ及び／または低ＨＤＬの発生は、心血管疾患の発生率、転帰及び死亡率に関連している。「ＴＧ対ＨＤＬ比を改善する」とは、ＴＧを低下させること及び／またはＨＤＬレベルを上昇させることを意味する。
「低下」とは、程度、サイズ、量、または数を小さくすることを意味する。例えば、血漿トリグリセリドレベルを低下させることは、血漿中のトリグリセリドの量を低下させることを意味する。
「領域」または「標的領域」は、少なくとも１つの同定可能な構造、機能、または特徴を有する標的核酸の一部分と定義される。例えば、標的領域は、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、エクソン、イントロン、エキソン／イントロン接合部、コーディング領域、翻訳開始領域、翻訳終結領域、または他の定義された核酸領域を含んでいてもよい。ＡｐｏＣＩＩＩの構造的に定義された領域は、ＮＣＢＩ等の配列データベースの寄託番号によって得ることができ、そのような情報は、参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態において、標的領域は、標的領域内の１つの標的セグメントの５’標的部位から、標的領域内の別の標的セグメントの３’標的部位までの配列を含んでいてもよい。
「リボヌクレオチド」とは、ヌクレオチドの糖部分の２’位にヒドロキシを有するヌクレオチドを意味する。リボヌクレオチドは様々な置換基のいずれかも修飾することができる。
「第２の薬剤」または「第２の治療剤」は、「第１の薬剤」と組み合わせて使用することができる薬剤を意味する。第２の治療剤は、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むｓｉＲＮＡまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み得るが、これに限定されない。第２の薬剤はまた、レプチン補充療法、抗ＡｐｏＣＩＩＩ抗体、ＡｐｏＣＩＩＩペプチド阻害剤、ＤＧＡＴ１阻害剤、コレステロール低下剤、脂質低下剤、グルコース低下剤及び抗炎症剤も含み得る。
「セグメント」は、核酸内の領域のさらに小さな下位部分と定義される。例えば、「標的セグメント」とは、１つ以上のアンチセンス化合物が標的とする標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「５’標的部位」は、標的セグメントの５’末端のヌクレオチドを指す。「３’標的部位」は、標的セグメントの３’末端のヌクレオチドを指す。
本明細書で教示されるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の「短縮型」または「切断型」バージョンは、１、２またはそれ以上のヌクレオシドが欠失している。
「副作用」とは、所望の作用以外の治療に起因する生理学的応答を意味する。特定の実施形態において、副作用には、注入部位反応、肝機能検査異常、腎機能異常、肝臓毒性、腎臓毒性、中枢神経系異常、ミオパシー、及び倦怠感が含まれる。例えば、血清中のアミノトランスフェラーゼレベルの増加は、肝臓毒性または肝機能異常を示し得る。例えば、ビリルビンの増加は、肝臓毒性または肝機能異常を示し得る。
「一本鎖オリゴヌクレオチド」とは、相補鎖にハイブリダイズされないオリゴヌクレオチドを意味する。
「特異的にハイブリダイズ可能な」とは、アンチセンス化合物が標的核酸に対して所望の効果を引き起こすのに十分な程度の相補性を有する一方で、特異的結合が所望される条件下、すなわち、生体内アッセイ及び治療処置の場合の生理学的条件下で非標的核酸にほとんどまたはまったく影響を及ぼさないことを指す。
「スタチン」とは、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼの活性を阻害する薬剤を意味する。スタチンは、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ活性を競合的に阻害することにより、肝臓中のコレステロールの合成を減少させる。細胞内コレステロール濃度の低下は、肝細胞細胞表面上でのＬＤＬ受容体発現を誘導し、血液からのＬＤＬ−Ｃの抽出を増加させ、ＴＧに富む粒子を含む循環ＬＤＬ−Ｃ及び他のａｐｏ−Ｂ含有リポタンパク質の濃度を低下させる。スタチンは、ＬＤＬ−Ｃ及びＬＤＬ受容体に対するそれらの効果とは無関係に、ＡｐｏＣ−ＩＩＩの血漿濃度及び細胞ｍＲＮＡレベルを低下させる（Ｏｏｉ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｓｃｉ，２００８，１１４：６１１−６２４）。スタチンは、死亡率及び大部分の心血管疾患のアウトカムパラメータに有意な影響を及ぼすので、これらの薬物は、総心血管疾患のリスク及び中程度に上昇したＴＧレベルの両方を低減するための第一の選択肢である。より強力なスタチン（アトルバスタチン、ロスバスタチン、及びピタバスタチン）は、特に高用量及びＴＧの上昇した患者において、ＴＧレベルの強固な低下を示す。
「皮下投与」とは、皮膚の直下への投与を意味する。
「対象」とは、治療または療法のために選択されたヒトまたは非ヒト動物を意味する。
「心血管疾患または障害の症状」は、心血管疾患または障害から生じる、それに付随する、またその兆候として役割を果たす事象を意味する。例えば、アンギナ、胸痛、息切れ、動悸、弱さ、めまい、吐き気、発汗、頻脈、徐脈、不整脈、心房細動、下肢の腫脹、チアノーゼ、疲労、失神、顔のしびれ、手足のしびれ、筋肉の跛行または痙攣、腹部膨満、または発熱は、心血管疾患または障害の症状である。
「Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ（標的とする）」または「Ｔａｒｇｅｔｅｄ（標的にする）」とは、標的核酸に特異的にハイブリダイズし、かつ所望の効果を引き起こすアンチセンス化合物の設計及び選択のプロセスを意味する。
「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、及び「標的ＲＮＡ転写物」はすべて、アンチセンス化合物によって標的にすることができる核酸を指す。
「治療的なライフスタイルの変更」とは、脂肪／脂肪組織量及び／またはコレステロールを低下させることを目的とした食事及びライフスタイルの変更を意味する。そのような変化は、心臓病を発症するリスクを低下させることができ、１日の総カロリー、総脂質、飽和脂肪、多価不飽和脂肪、一価不飽和脂肪、炭水化物、タンパク質、コレステロール、不溶性繊維の食事摂取量の推奨、ならびに身体的活動の推奨を含み得る。
「治療する」とは、本発明の化合物を投与して、疾患、障害または状態の変化または改善をもたらすことを指す。
「トリグリセリド」または「ＴＧ」とは、３つの脂肪酸分子と結合されるグリセロールからなる脂質または中性脂肪を意味する。
「２型糖尿病（Ｔｙｐｅ ２ ｄｉａｂｅｔｅｓ）」（「２型真性糖尿病（ｔｙｐｅ ２ ｄｉａｂｅｔｅｓ ｍｅｌｌｉｔｕｓ）」、「真性糖尿病２型（ｄｉａｂｅｔｅｓ ｍｅｌｌｉｔｕｓ， ｔｙｐｅ ２）」、「非インスリン依存性糖尿病（ＮＩＤＤＭ）」、「肥満関連糖尿病」、または「成人発症型糖尿病」としても知られている）は、主にインスリン抵抗性、相対的インスリン欠損、及び高血糖症を特徴とする代謝性障害である。
「非修飾ヌクレオチド」とは、天然に存在する核酸塩基、糖部分、及びヌクレオシド間結合からなるヌクレオチドを意味する。特定の実施形態において、非修飾ヌクレオチドは、ＲＮＡヌクレオチド（すなわち、β−Ｄ−リボヌクレオシド）またはＤＮＡヌクレオチド（すなわち、β−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド）である。
「ウイングセグメント」とは、強化された阻害活性、増大した標的核酸への結合親和性、またはｉｎ ｖｉｖｏのヌクレアーゼによる分解に対する抵抗性等のオリゴヌクレオチドの特性を付加するために修飾された１つまたは複数のヌクレオシドを意味する。
特定の実施形態
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物のＡｐｏＣＩＩＩレベルを低下させる方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩレベルは、肝臓、脂肪組織、心臓、骨格筋または小腸で減少する。
特定の実施形態において、リポジストロフィーは、全身性リポジストロフィーまたは部分的リポジストロフィーである。
特定の実施形態は、動物におけるリポジストロフィーを治療、予防、遅延または改善するための方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、リポジストロフィー、またはその症状もしくはリスクが改善される。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物において、心血管疾患及び／または代謝疾患または障害、またはその症状を治療、予防、遅延または改善するための方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、化合物は、ＴＧレベルを低下させ、動物におけるＨＤＬレベルを増加させ、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善することによって、リポジストロフィーを有する動物において心血管疾患及び／または代謝疾患、障害、状態またはその症状を予防、遅延または改善する。特定の実施形態において、心血管疾患及び／または代謝疾患または障害、またはその症状またはリスクが改善される。
特定の実施形態において、心血管疾患は動脈瘤、狭心症、不整脈、アテローム性動脈硬化症、脳血管疾患、冠状動脈性心疾患、高血圧、異脂肪血症、高脂血症、高トリグリセリド血症または高コレステロール血症である。特定の実施形態において、脂質異常症は、高トリグリセリド血症またはカイロミクロン血症である。特定の実施形態において、代謝疾患は糖尿病、肥満またはメタボリックシンドロームである。
特定の実施形態において、心血管疾患の症状として、アンギナ、胸痛、息切れ、動悸、弱さ、めまい、吐き気、発汗、頻脈、徐脈、不整脈、心房細動、下肢の腫脹、チアノーゼ、疲労、失神、顔のしびれ、手足のしびれ、筋肉の跛行または痙攣、腹部膨満、または発熱が挙げられるが、これらに限定されない。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物において、肝脂肪症、ＮＡＬＦＤもしくはＮＡＳＨまたはその症状を治療、予防、遅延または改善するための方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、化合物は、ＴＧレベルを低下させ、動物におけるＨＤＬレベルを増加させ、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善することによって、リポジストロフィーを有する動物において肝脂肪症、ＮＡＬＦＤもしくはＮＡＳＨまたはその症状を予防、遅延または改善する。特定の実施形態において、肝脂肪症、ＮＡＬＦＤもしくはＮＡＳＨ、またはその症状もしくはリスクが改善される。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物をリポジストロフィーに伴う肝脂肪症、ＮＡＬＦＤまたはＮＡＳＨを有する動物に投与することにより、肝臓または肝細胞癌の肝硬変への進行を予防または遅延させる。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物において、膵炎またはその症状を治療、予防、遅延または改善するための方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、化合物は、ＴＧレベルを低下させ、動物におけるＨＤＬレベルを増加させ、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善することによって、リポジストロフィーを有する動物において膵炎またはその症状を予防、遅延または改善する。特定の実施形態において、膵炎、またはその症状もしくはリスクが改善される。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物のＴＧレベルを低下させる方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、高トリグリセリド血症またはその症状またはリスクが改善される。
特定の実施形態において、動物は少なくとも≧１２００ｍｇ／ｄＬ、≧１１００ｍｇ／ｄＬ、≧１０００ｍｇ／ｄＬ、≧９００ｍｇ／ｄＬ、≧８８０ｍｇ／ｄＬ、≧８５０ｍｇ／ｄＬ、≧８００ｍｇ／ｄＬ、≧７５０ｍｇ／ｄＬ、≧７００ｍｇ／ｄＬ、≧６５０ｍｇ／ｄＬ、≧６００ｍｇ／ｄＬ、≧５５０ｍｇ／ｄＬ、≧５００ｍｇ／ｄＬ、≧４５０ｍｇ／ｄＬ、≧４４０ｍｇ／ｄＬ、≧４００ｍｇ／ｄＬ、≧３５０ｍｇ／ｄＬ、≧３００ｍｇ／ｄＬ、≧２５０ｍｇ／ｄＬ、≧２００ｍｇ／ｄＬ、≧１５０ｍｇ／ｄＬのＴＧレベルを有する。特定の実施形態において、動物はＴＧレベル≧８８０ｍｇ／ｄＬ、空腹時ＴＧレベル≧７５０ｍｇ／ｄＬ、及び／または食後のＴＧレベル≧４４０ｍｇ／ｄＬの履歴を有する。
特定の実施形態において、化合物はＴＧ（食後または空腹時）をベースラインＴＧレベルから少なくとも９０％、少なくとも８０％、少なくとも７０％、少なくとも６０％、少なくとも５０％、少なくとも４５％、少なくとも４０％、少なくとも３５％、少なくとも３０％、少なくとも２５％、少なくとも２０％、少なくとも１５％、少なくとも１０％、少なくとも５％または少なくとも１％低下させる。特定の実施形態において、ＴＧ（食後または空腹時）レベルは≦１９００ｍｇ／ｄＬ、≦１８００ｍｇ／ｄＬ、≦１７００ｍｇ／ｄＬ、≦１６００ｍｇ／ｄＬ、≦１５００ｍｇ／ｄＬ、≦１４００ｍｇ／ｄＬ、≦１３００ｍｇ／ｄＬ、≦１２００ｍｇ／ｄＬ、≦１１００ｍｇ／ｄＬ、≦１０００ｍｇ／ｄＬ、≦９００ｍｇ／ｄＬ、≦８００ｍｇ／ｄＬ、≦７５０ｍｇ／ｄＬ、≦７００ｍｇ／ｄＬ、≦６５０ｍｇ／ｄＬ、≦６００ｍｇ／ｄＬ、≦５５０ｍｇ／ｄＬ、≦５００ｍｇ／ｄＬ、≦４５０ｍｇ／ｄＬ、≦４００ｍｇ／ｄＬ、≦３５０ｍｇ／ｄＬ、≦３００ｍｇ／ｄＬ、≦２５０ｍｇ／ｄＬ、≦２００ｍｇ／ｄＬ、≦１５０ｍｇ／ｄＬまたは≦１００ｍｇ／ｄＬである。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物においてＨＤＬレベルを上昇させる方法及び／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善する方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、化合物はＨＤＬ（食後または空腹時）をベースラインＨＤＬレベルから少なくとも９０％、少なくとも８０％、少なくとも７０％、少なくとも６０％、少なくとも５０％、少なくとも４５％、少なくとも４０％、少なくとも３５％、少なくとも３０％、少なくとも２５％、少なくとも２０％、少なくとも１５％、少なくとも１０％、少なくとも５％または少なくとも１％上昇させる。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物において、空腹時ＴＧを低下させ、ＨｂＡ１ｃを減少させ、血漿グルコースを減少させ、肝臓容積を減少させ、肝臓容積の増加を減少させ、肝脂肪症を減少させる方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、ＨｂＡ１ｃは、９％未満、８％未満、７．５％未満または７％未満に低減される。特定の実施形態において、ＨｂＡ１ｃは、少なくとも０．２％、少なくとも０．５％、少なくとも０．７％、少なくとも１％、少なくとも１．２％または少なくとも１．５％減少する。
さらなる実施形態は、脂質指標、脂質パラメータ、脂肪組織パラメータ及び患者報告アウトカム等の生理学的マーカーをリポジストロフィー患者において改善する方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む化合物の治療的に有効な量を患者に投与することを含む、方法を提供する。
改善される血糖指標の例としては、グルコースレベル、恒常性モデル評価（ＨＯＭＡ）、インスリン抵抗性、空腹時インスリンレベル、Ｃ−ペプチドレベル及びインスリン使用が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、望ましいのは、
改善する脂質パラメータの例として、ＨＤＬ−Ｃ、ＬＤＬ−Ｃ、総コレステロール、ＶＬＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、ａｐｏＢ、ａｐｏＡ１、ａｐｏＣ３（総量、カイミクロン、ＶＬＤＬ、ＬＤＬ及びＨＤＬ）が挙げられるが、これらに限定されず、遊離脂肪酸及び／またはリポタンパク質の粒子サイズ及び／または数を改善のために評価する。
改善すべき脂肪組織パラメータの例は、表皮厚さ、体脂肪率（ＤＥＸＡスキャン）、アディポネクチン、レプチン、体重及び胴囲を含むが、これらに限定されない。
改善すべき患者アウトカムパラメータの例には、生活の質（ＥＱ−５Ｄ、ＳＦ３６調査）及び空腹度が含まれるが、これらに限定されない。
特定の実施形態は、重度または多発性の膵炎発作を患うリポジストロフィー患者を治療する方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を患者に投与することを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、患者は、食物脂肪制限にも関わらず、膵炎に罹患する。
特定の実施形態は、リポジストロフィーに罹患している対象を同定するための方法であって、対象を遺伝的にスクリーニングすることを含む、方法を提供する。特定の実施形態は、リポジストロフィーのリスクのある対象を同定するための方法であって、対象を遺伝的にスクリーニングすることを含む、方法を提供する。特定の実施形態において、遺伝子スクリーニングは、ＬＭＮＡ、ＰＰＡＲ、ＰＬＩＮ１、ＡＫＴ２、ＣＩＤＥＣ、またはリポジストロフィーに関連する任意の他の遺伝子もしくはＲＮＡをコードする遺伝子またはＲＮＡ転写物の配列分析によって行われる。
特定の実施形態は、リポジストロフィーに罹患している対象を同定するための方法であって、臨床的評価及び／または遺伝子スクリーニングによって対象をスクリーニングすることを含む、方法を提供する。
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸は、ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＭ＿００００４０．１（配列番号１として本明細書に組み込まれる）、ヌクレオチド２０２６２６４０から２０２６６６０３に短縮されたＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿０３３８９９．８（配列番号２として本明細書に組み込まれる）、及びヌクレオチド６２３８６０８から６２４２５６５に短縮されたＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿０３５０８８．１（配列番号４として本明細書に組み込まれる）に示される配列のいずれかである。
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤は、ＡｐｏＣＩＩＩの発現を阻害することができる核酸、ペプチド、抗体、小分子または他の薬剤を含む。特定の実施形態において、核酸はＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、アンチセンス化合物はＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドはＡｐｏＣＩＩＩを標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、配列番号２または配列番号４に相補的な配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、配列番号２または配列番号４に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または１００％相補的である。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＡｐｏＣＩＩＩに相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＩＳＩＳ ３０４８０１（配列番号３）の核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドはＩＳＩＳ ３０４８０１（配列番号３）の核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とする修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号３の配列以外の配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは米国特許第７，５９８，２２７号、米国特許第７，７５０，１４１号、ＰＣＴ公開ＷＯ２００４／０９３７８３またはＰＣＴ公開ＷＯ２００２／１４９４９５号（全て本明細書中に参照により組み込まれる）に開示される任意の配列から選択される配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは米国特許第７，５９８，２２７号、米国特許第７，７５０，１４１号、ＰＣＴ公開ＷＯ２００４／０９３７８３またはＰＣＴ公開ＷＯ２００２／１４９４９５号（全て本明細書中に参照により組み込まれる、）に開示される任意の配列から選択される配列を有する。
特定の実施形態において、該修飾オリゴヌクレオチドは一本鎖修飾オリゴヌクレオチドからなる。
特定の実施形態において、該修飾オリゴヌクレオチドは１２〜３０個の連結したヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、該修飾オリゴヌクレオチドは１９〜２２個の連結したヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、該修飾オリゴヌクレオチドは２０個の連結したヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、２０個の連結したヌクレオシド及びＩＳＩＳ ３０４８０１の核酸塩基配列（配列番号３）からなる。
特定の実施形態において、化合物は、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定の実施形態において、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態において、化合物は、修飾糖を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾糖は二環糖である。特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾糖は２’−Ｏ−メトキシエチルを含む。
特定の実施形態において、化合物は、修飾核酸塩基を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、該修飾核酸塩基は、５メチル−シトシンである。
特定の実施形態において、化合物は、（ｉ）連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、（ｉｉ）連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、（ｉｉｉ）連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含む修飾オリゴヌクレオチドを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは修飾糖を含む。
特定の実施形態において、化合物は、（ｉ）８〜１２個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、（ｉｉ）１〜５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、（ｉｉｉ）１〜５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含む修飾オリゴヌクレオチドを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。
特定の実施形態において、化合物は、（ｉ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、（ｉｉ）５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、（ｉｉｉ）５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含む修飾オリゴヌクレオチドを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。
特定の実施形態は、動物において部分的リポジストロフィーまたは部分脂肪症に関連する疾患を治療、予防、遅延、または改善する方法であって、配列番号３を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供し、修飾オリゴヌクレオチドは、（ｉ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、（ｉｉ）５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、（ｉｉｉ）５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含む修飾オリゴヌクレオチドを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。
特定の実施形態は、動物において部分的リポジストロフィーまたは部分的リポジストロフィーに関連する疾患を治療、予防、遅延、または改善する方法であって、１２〜３０個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供し、修飾オリゴヌクレオチドがＡｐｏＣＩＩＩ核酸に相補的であり、修飾オリゴヌクレオチドがＴＧレベルを低下させ、ＨＤＬレベルを上昇させ、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善する。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸は配列番号１、配列番号２または配列番号４である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、配列番号２または配列番号４に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または１００％相補的である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を有する。さらなる実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＩＳＩＳ ３０４８０１（配列番号３）の核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む。
特定の実施形態は、部分的リポジストロフィーを有する動物においてトリグリセリドレベルを低下させる方法であって、配列番号３の配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供し、修飾オリゴヌクレオチドは、（ｉ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、（ｉｉ）５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、（ｉｉｉ）５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含む修飾オリゴヌクレオチドを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。
特定の実施形態は、部分的リポジストロフィーを有する動物のトリグリセリドレベルを低下させる方法であって、１２〜３０個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供し、修飾オリゴヌクレオチドがＡｐｏＣＩＩＩ核酸に相補的であり、修飾オリゴヌクレオチドがＴＧレベルを低下させ、ＨＤＬレベルを上昇させ、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善する。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸は、配列番号１、配列番号２または配列番号４である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、配列番号２または配列番号４に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または１００％相補的である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を有する。さらなる実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＩＳＩＳ ３０４８０１（配列番号：３）の核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む。
特定の実施形態は、部分的リポジストロフィーを有する動物において心血管疾患及び／または代謝疾患、障害、状態またはその症状を予防、遅延、または改善する方法であって、配列番号３の配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供し、修飾オリゴヌクレオチドは、（ｉ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、（ｉｉ）５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、（ｉｉｉ）５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含む修飾オリゴヌクレオチドを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。
特定の実施形態は、部分的リポジストロフィーを有する動物において、心血管疾患及び／または代謝疾患、障害、状態、またはその症状を予防、遅延、または改善する方法であって、１２〜３０個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量化合物を動物に投与することを含む、方法を提供し、修飾オリゴヌクレオチドがＡｐｏＣＩＩＩ核酸に相補的であり、修飾オリゴヌクレオチドがＴＧレベルを低下させ、ＨＤＬレベルを上昇させ、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善する。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸は配列番号１、配列番号２または配列番号４である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、配列番号２または配列番号４に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または１００％相補的である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を有する。さらなる実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＩＳＩＳ ３０４８０１（配列番号３）の核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む。
特定の実施形態は、部分的リポジストロフィーを有する動物において膵炎またはその症状を予防、遅延、または改善する方法であって、配列番号３の配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供し、修飾オリゴヌクレオチドは、（ｉ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、（ｉｉ）５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、（ｉｉｉ）５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント；を含む修飾オリゴヌクレオチドを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である。
特定の実施形態は、部分的リポジストロフィーを有する動物において、膵炎またはその症状を予防、遅延、または改善する方法であって、１２〜３０個の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を動物に投与することを含む、方法を提供し、修飾オリゴヌクレオチドがＡｐｏＣＩＩＩ核酸に相補的であり、修飾オリゴヌクレオチドがＴＧレベルを低下させ、ＨＤＬレベルを上昇させ、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善する。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸は配列番号１、配列番号２または配列番号４である。特定の実施形態において、配列番号１、配列番号２または配列番号４に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または１００％相補的である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を有する。さらなる実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＩＳＩＳ ３０４８０１（配列番号３）の核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む。
特定の実施形態において、動物はヒトである。
特定の実施形態において、リポジストロフィーを有する動物は膵炎のリスクがある。特定の実施形態において、肝臓及び／または小腸におけるＡｐｏＣＩＩＩレベルを低下させることにより、膵炎が防止される。特定の実施形態において、ＴＧレベルの低下、ＨＤＬレベルの上昇及び／またはＴＧ対ＨＤＬ比の改善により、膵炎が防止される。
特定の実施形態において、リポジストロフィーを有する動物の肝臓及び／または小腸におけるＡｐｏＣＩＩＩレベルを低下させることにより、食後ＴＧのクリアランスが向上する。特定の実施形態において、ＨＤＬレベルの上昇及び／またはＴＧ対ＨＤＬ比の改善により、リポジストロフィーを有する動物における食後ＴＧのクリアランスが向上する。特定の実施形態において、肝臓及び／または小腸におけるＡｐｏＣＩＩＩレベルを低下させることにより、リポジストロフィーを有する動物において食後のトリグリセリドが低下する。特定の実施形態において、ＨＤＬレベルの上昇及び／またはＴＧ対ＨＤＬ比の改善により、食後のＴＧが低下する。
特定の実施形態において、化合物は非経口投与される。さらなる実施形態において、非経口投与は皮下投与である。
特定の実施形態において、化合物は、第２の薬剤または療法と同時投与される。特定の実施形態において、第２の薬剤は、成長ホルモン放出因子（ＧＲＦ）、レプチン置換剤、ＡｐｏＣＩＩＩ低下剤、ＡｐｏＣ−ＩＩ低下剤、ＤＧＡＴ１低下剤、ＬＰＬ上昇剤、コレステロール低下剤、非ＨＤＬ脂質低下剤、ＬＤＬ低下剤、ＴＧ低下剤、コレステロール低下剤、ＨＤＬ上昇剤、魚油、ナイアシン（ニコチン酸）、フィブラート、スタチン、ＤＣＣＲ（ジアゾキシドの塩）、グルコース低下剤または抗糖尿病剤である。特定の実施形態において、第２の療法は食物の脂肪制限である。
レプチン置換剤の例は、Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）である。
成長ホルモン放出因子（ＧＲＦ）の例は、Ｅｇｒｉｆｔａ（登録商標）である。
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ低下剤は、第１の薬剤、フィブラートまたはＡｐｏＢアンチセンスオリゴヌクレオチドとは異なるＡｐｏＣＩＩＩアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態において、ＤＧＡＴ１低下剤はＬＣＱ９０８である。
特定の実施形態において、ＬＰＬ上昇剤は、ＬＰＬのレベル（例えば、ＧｌｙｂｅｒａＲ、ＡｐｏＣ−ＩＩ、ＧＰＩＨＢＰ１、ＡＰＯＡ５、ＬＭＦ１または突然変異した場合に機能不全のＬＰＬをもたらす他の遺伝子の正常なコピー）を上昇させる遺伝子治療剤を含む。
特定の実施形態において、グルコース低下剤及び／または抗糖尿病剤の例として、ＰＰＡＲアゴニスト、ジペプチジルペプチダーゼ（ＩＶ）阻害剤、ＧＬＰ−１類似体、インスリンまたはインスリン類似体、インスリン分泌促進剤、ＳＧＬＴ２阻害剤、ヒトアミリン類似体、ビグアニド、α−グルコシダーゼ阻害剤、メトホルミン、スルホニルウレア、ロシグリタゾン、メグリチニド、チアゾリジンジオン、α−グルコシダーゼ阻害剤等が挙げられるが、これらに限定されない。スルホニル尿素は、アセトヘキサミド、クロルプロパミド、トルブタミド、トラザミド、グリメピリド、グリピジド、グリブリド、またはグリクラジドで有り得る。メグリチニドは、ナテグリニドまたはレパグリニドであり得る。チアゾリジンジオンは、ピオグリタゾンまたはロシグリタゾンで有り得る。α−グルコシダーゼは、アカルボースまたはミグリトールで有り得る。
特定の実施形態において、コレステロールまたは脂質低下剤には、スタチン、胆汁酸金属イオン封鎖剤、ニコチン酸及びフィブラートが含まれるが、これらに限定されない。スタチンは、アトルバスタチン、フルバスタチン、ロバスタチン、プラバスタチン、ロスバスタチン及びシンバスタチン等で有り得る。胆汁酸捕捉剤は、コレセベラム、コレスチラミン、コレスチポール等であり得る。フィブラートは、ゲムフィブロジル、フェノフィブレート、クロフィブラート等で有り得る。治療的なライフスタイルの変化は、食物の脂肪制限で有り得る。
特定の実施形態において、ＨＤＬ増加剤には、コレステリルエステルトランスファータンパク質（ＣＥＴＰ）阻害薬（Ｔｏｒｃｅｔｒａｐｉｂ等）、ペルオキシソーム増殖活性化受容体アゴニスト、Ａｐｏ−Ａ１、ピオグリタゾン等が含まれる。
特定の実施形態において、化合物及び第２の薬剤は、同時または連続して投与される。
特定の実施形態において、化合物は塩形態である。
さらなる実施形態において、化合物は薬学的に許容される担体または希釈剤をさらに含む。
特定の実施形態において、化合物は共役される。特定の実施形態において、化合物はＧａｌＮＡｃ共役される。特定の実施形態において、化合物は、式：
Figure 2018511555
 を有するＧａｌＮＡｃ共役基を含む。
特定の実施形態において、共役化合物化合物は、式：
Figure 2018511555
 を有する。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物においてＡｐｏＣＩＩＩレベルを低下させるためのＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む化合物の使用を提供する。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩレベルは肝臓または小腸で減少する。
特定の実施形態は、：動物における部分的リポジストロフィー、または部分的リポジストロフィーに関連する疾患を治療、予防、遅延もしくは改善する、部分的リポジストロフィーを有する動物においてトリグリセリドレベルを低下させる、部分的リポジストロフィーを有する動物においてＨＤＬレベルを上昇させる、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善する、部分的リポジストロフィーを有する動物において心血管及び／もしくは代謝疾患、障害、状態、もしくはその症状を予防、遅延または改善する、かつ／または部分的リポジストロフィーを有する動物において、膵炎もしくはその症状を予防、遅延もしくは緩和するために使用するＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む化合物を提供する。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを治療、予防、遅延、または改善するための医薬品の調製における使用のためのＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む化合物を提供する。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物においてＡｐｏＣＩＩＩレベルを低下させるための医薬品の調製におけるＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む化合物の使用を提供する。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩレベルは肝臓または小腸で減少する。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物においてＴＧレベルを低下させる、ＨＤＬレベルを上昇させる、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善させるための医薬品の調製におけるＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む化合物の使用を提供する。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物における心血管または代謝疾患を予防、治療、改善または軽減するための医薬品の調製におけるＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む化合物の使用を提供する。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物における膵炎を予防、治療、改善または軽減するための医薬品の調製におけるＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む化合物の使用を提供する。
特定の実施形態は、リポジストロフィーを有する動物における肝脂肪症、ＮＡＦＬＤ、ＮＡＳＨ、肝硬変、または肝細胞癌を予防、治療、改善または軽減するための医薬品の調製におけるＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む化合物の使用を提供する。
特定の実施形態において、医薬品の調製に使用されるＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤は、ＡｐｏＣＩＩＩの発現を阻害することができる核酸、ペプチド、抗体、小分子または他の薬剤である。特定の実施形態において、核酸はアンチセンス化合物である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物はＡｐｏＣＩＩＩを標的とする修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＩＳＩＳ ３０４８０１（配列番号３）の核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、配列番号２または配列番号４に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または少なくとも１００％相補的である。
特定の実施形態において、使用されるＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤は、ＡｐｏＣＩＩＩの発現を阻害することができる核酸、ペプチド、抗体、小分子または他の薬剤である。特定の実施形態において、核酸はアンチセンス化合物である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物はＡｐｏＣＩＩＩを標的とする修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＩＳＩＳ ３０４８０１（配列番号３）の核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、配列番号２または配列番号４に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または少なくとも１００％相補的である。
アンチセンス化合物
オリゴマー化合物として、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチドアナログ、オリゴヌクレオチド模倣物、アンチセンス化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、及びｓｉＲＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。オリゴマー化合物は、標的核酸に対して「アンチセンス」であってもよく、これは、水素結合を介して標的核酸へのハイブリダイゼーションを受けることができることを意味する。
本明細書で提供されるアンチセンス化合物は、水素結合を介して標的核酸へのハイブリダイゼーションを受けることができるオリゴマー化合物を指す。アンチセンス化合物の例として、一本鎖化合物及び二本鎖化合物、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、及びｍｉＲＮＡが挙げられる。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、５’から３’方向に書かれた場合に標的とする標的核酸の標的セグメントの逆相補体を含む核酸塩基配列を有する。特定のそのような実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５’から３’方向に書かれた場合、標的とする標的核酸の標的セグメントの逆相補体を含む核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とするアンチセンス化合物は、長さが１２〜３０のヌクレオチドある。換言すれば、アンチセンス化合物は、１２〜３０個の連結した核酸塩基である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、８〜８０、１０〜８０、１２〜５０、１５〜３０、１８〜２４、１９〜２２または２０個の連結した核酸塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。そのような特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、または８０の長さの連結した核酸塩基、または上記の値のいずれか２つで定義される範囲の連結した核酸塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、アンチセンス化合物はアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は短縮または切断された修飾オリゴヌクレオチドを含む。短縮または切断された修飾オリゴヌクレオチドは、５’末端から欠失された１以上のヌクレオシド（５’切断）、３’末端から欠失した１以上のヌクレオシド（３’切断）または中央部分から欠失した１以上のヌクレオシドを有してもよい。あるいは、例えば１つのヌクレオチドが５’末端から欠失し、１つのヌクレオシドが３’末端から欠失しているアンチセンス化合物において、欠失したヌクレオシドは、修飾されたオリゴヌクレオチド全体に分散していてもよい。
単一のさらなるヌクレオシドが伸長オリゴヌクレオチド中に存在する場合、さらなるヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの中央部分、５’または３’末端に位置し得る。２つ以上のさらなるヌクレオシドが存在する場合、例えば、２つのヌクレオシドがオリゴヌクレオチドの中央部分、５’末端に付加されているか（５’付加）、あるいは３’末端に付加されている（３’付加）オリゴヌクレオチドでは、追加されたヌクレオシドは互いに隣接していてもよい（）。あるいは、例えば、５’末端に１ヌクレオシドが付加され、３’末端に１サブユニットが付加されたオリゴヌクレオチドにおいて、付加されたヌクレオシドは、アンチセンス化合物全体に分散されていてもよい。
活性を排除することなく、アンチセンスオリゴヌクレオチド等のアンチセンス化合物の長さを増加しもしくは減少させ、かつ／またはミスマッチ塩基を導入することができる。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：７３０５−７３０９，１９９２）において、１３〜２５核酸塩基長の一連のアンチセンスオリゴヌクレオチドが、標的ＲＮＡの切断を誘導するその能力について、卵母細胞注入モデルで試験された。末端近くに８個または１１個のミスマッチ塩基を含む２５核酸塩基長のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないアンチセンスオリゴヌクレオチドほどではなかったものの、標的ｍＲＮＡの特異的切断を導くことができた。同様に、標的特異的切断が、１３核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチド（１つまたは３つのミスマッチを有するものを含む）を使用して達成された。
Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９３：４６３−４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１）は、ｂｃｌ−２ ｍＲＮＡに対して１００％の相補性を有し、かつｂｃｌ−ｘＬ ｍＲＮＡに対して３つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏでｂｃｌ−２とｂｃｌ−ｘＬ両方の発現を低減できることを実証した。さらに、このオリゴヌクレオチドはｉｎ ｖｉｖｏで強力な抗腫瘍活性も示した。
Ｍａｈｅｒ及びＤｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ． １６：３３４１−３３５８，１９８８）は、一連のタンデム１４核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチド、ならびにそれぞれ２つまたは３つの該タンデムアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列で構成される２８核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチド及び４２核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドを、ヒトＤＨＦＲの翻訳を停止させるその能力について、ウサギ網状赤血球アッセイで試験した。３つの１４核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドのそれぞれは単独で、２８核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは４２核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドよりもレベルは低かったものの、翻訳を阻害することができた。
アンチセンス化合物モチーフ
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とするアンチセンス化合物が、強化された阻害活性、標的核酸に対する増加した結合親和性、またはｉｎ ｖｉｖｏヌクレアーゼによる分解に対する耐性等といった性質を該アンチセンス化合物に付与するためにパターンまたはモチーフで配置された化学修飾サブユニットを有する。
キメラアンチセンス化合物は、典型的には、ヌクレアーゼ分解に対する耐性の増加、細胞取り込みの増加、標的核酸に対する結合親和性の増加、及び／または阻害活性の増加がもたらされるように修飾された少なくとも１つの領域を含有する。キメラアンチセンス化合物の第２の領域は、例えばＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼＲＮａｓｅ Ｈの基質として役立ててもよい。
ギャップマーモチーフを有するアンチセンス化合物は、キメラアンチセンス化合物と考えられる。ギャップマーでは、ＲＮａｓｅＨ切断を支持する複数のヌクレオチドを有する内側領域が、内側領域のヌクレオシドとは化学的に異なる複数のヌクレオチドを有する外側領域の間に配置されている。ギャップマーモチーフを有するアンチセンスオリゴヌクレオチドの場合、ギャップセグメントは一般にエンドヌクレアーゼ切断の基質として機能し、一方、ウイングセグメントは修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーの領域が、個々の異なる領域を構成する糖部分のタイプによって区別される。ギャップマーの領域を区別するために使用される糖部分のタイプとして、いくつかの実施形態において、β−Ｄ−リボヌクレオシド、β−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド、２’−修飾ヌクレオシド（そのような２’−修飾ヌクレオシドとして、例えば２’−ＭＯＥや２’−Ｏ−ＣＨ３等を挙げることができる）、及び二環式糖修飾ヌクレオシド（そのような二環式糖修飾ヌクレオシドとして４’−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−２’架橋（式中、ｎ＝１またはｎ＝２である）を有するものを挙げることができる）が挙げられる。好ましくは、各別個の領域は、均一な糖部分を含む。ウイングギャップ−ウイングモチーフは、しばしば「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記載されるが、この場合、「Ｘ」は５’ウイング領域の長さを表し、「Ｙ」はギャップ領域の長さを表し、「Ｚ」は３’ウイング領域の長さを表す。本明細書で「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記述されるギャップマーは、ギャップセグメントが５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントのそれぞれと直接隣接して配置されるような構成を有する。したがって、５’ウイングセグメントとギャップセグメントの間にも、ギャップセグメントと３’ウイングの間にも、介在ヌクレオチドは存在しない。本明細書に記載のアンチセンス化合物のいずれも、ギャップマーモチーフを有し得る。いくつかの実施形態において、Ｘ及びＺが同じであり、他の実施形態において、それらが異なる。好ましい実施形態において、Ｙは８〜１５個のヌクレオチドである。Ｘ、Ｙ、またはＺは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個またはそれ以上のヌクレオチドのいずれかで有り得る。したがって、ギャップマーは例えば、５−１０−５、４−８−４、４−１２−３、４−１２−４、３−１４−３、２−１３−５、２−１６−２、１−１８−１、３−１０−３、２−１０−２、１−１０−１、２−８−２、６−８−６、５−８−５、１−８−１、２−６−２、２−１３−２、１−８−２、２−８−３、３−１０−２、１−１８−２または２−１８−２を含むが、これらに限定されない。
特定の実施形態において、ウイングギャップまたはギャップ−ウイングの形態、すなわち、ギャップマー配置に関して上記したようなＸ−ＹまたはＹ−Ｚ配置を有する、「ウイングマー」モチーフとしてのアンチセンス化合物。したがって、ウイングの構成は例えば、５−１０、８−４、４−１２、１２−４、３−１４、１６−２、１８−１、１０−３、２−１０、１−１０、８−２、２−１３または５−１３を含むが、これらに限定されない。
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とするアンチセンス化合物は、５−１０−５ギャップマーモチーフを有する。
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とするアンチセンス化合物は、ギャップ拡大モチーフを有する。
標的核酸、標的領域及びヌクレオチド配列
ＡｐｏＣＩＩＩをコードするヌクレオチド配列には、以下：ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＭ＿００００４０．１（配列番号１として本明細書に組み込まれる）、ヌクレオチド２０２６２６４０から２０２６６６０３に短縮されたＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿０３３８９９．８（配列番号２として本明細書に組み込まれる）、及びヌクレオチド６２３８６０８から６２４２５６５に短縮されたＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿０３５０８８．１（配列番号４として本明細書に組み込まれる）が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に含まれる実施例の各配列番号に記載される配列は、糖部分に対する任意の修飾、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対する任意の修飾に依存しないことが理解される。このように、配列番号によって定義されたアンチセンス化合物は、独立して、糖部分に対する１つ以上の修飾、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基を含むことができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ Ｎｏ）によって定義されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列及びモチーフの組み合わせを示す。
特定の実施形態において、標的領域は、標的核酸の構造的に定義された領域である。例えば、標的領域は、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、エクソン、イントロン、エキソン／イントロン接合部、コーディング領域、翻訳開始領域、翻訳終結領域、または他の定義された核酸領域を含んでいてもよい。ＡｐｏＣＩＩＩの構造的に定義された領域は、ＮＣＢＩ等の配列データベースからの寄託番号によって得ることができ、そのような情報は、参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態において、標的領域は、標的領域内の１つの標的セグメントの５’標的部位から、標的領域内の別の標的セグメントの３’標的部位までの配列を含んでいてもよい。
特定の実施形態において、「標的セグメント」は、核酸内の標的領域のより小さなサブ部分である。例えば、「標的セグメント」とは、１つ以上のアンチセンス化合物が標的とする標的核酸のヌクレオチドの配列で有り得る。「５’標的部位」は、標的セグメントの５’末端のヌクレオチドを指す。「３’標的部位」は、標的セグメントの３’末端のヌクレオチドを指す。
標的領域は、１つ以上の標的セグメントを含んでいてもよい。標的領域内の複数の標的セグメントは重複してもよい。あるいは、それらは重複していなくてもよい。特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、約３００個以下のヌクレオチドにより分離される。特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、いくつかのヌクレオチドによって分離され、すなわち、標的核酸上の約２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、または１０個のヌクレオチド、２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、または１０個以下のヌクレオチド、約２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、または１０個以下のヌクレオチド、または前述の値のいずれか２つによって定義される範囲のヌクレオチドで分離される。特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、標的核酸上の５個以下のヌクレオチド、または約５個のヌクレオチドで分離される。特定の実施形態において、標的セグメントは連続する。本明細書に列挙される５’標的部位または３’標的部位のいずれかである開始核酸を有する範囲によって定義される標的領域が意図される。
標的化は、所望の効果が生じるように、アンチセンス化合物がハイブリダイズする少なくとも１つの標的セグメントの決定を含む。特定の実施形態において、所望の効果は、ｍＲＮＡ標的核酸レベルの減少である。特定の実施形態において、所望の効果は、標的核酸または標的核酸に関連する表現型の変化によりコードされるタンパク質のレベルの減少である。
適切な標的セグメントは、５’ＵＴＲ、コーディング領域、３’ＵＴＲ、イントロン、エキソン、またはエキソン／イントロン接合内に見出すことができる。開始コドンまたは終止コドンを含む標的セグメントも、適切な標的セグメントである。適切な標的セグメントは、特に、開始コドンまたは終始コドン等の特定の構造的に定義された領域を除外してもよい。
適切な標的セグメントの決定は、ゲノム全体にわたる、標的核酸の配列と他の配列との比較を含むことができる。例えば、ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、異なる核酸間の類似性の領域を同定するために使用することができる。この比較により、選択された標的核酸（すなわち、非標的またはオフターゲット配列）以外の配列に非特異的にハイブリダイズし得るアンチセンス化合物配列を選択することを防ぐことができる。
活性標的領域内のアンチセンス化合物の（例えば、標的核酸レベルの減少率によって定義されているように）活性の変化があってもよい。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡレベルの減少は、ＡｐｏＣＩＩＩ発現の阻害の指標となる。ＡｐｏＣＩＩＩタンパク質のレベルの減少は、標的ｍＲＮＡ発現の阻害の指標となり得る。さらに、表現型の変化は、ＡｐｏＣＩＩＩ発現の阻害の指標となる。例えば、ＨＤＬレベルの上昇、ＬＤＬレベルの低下、またはＴＧレベルの低下は、ＡｐｏＣＩＩＩ発現の阻害についてアッセイされ得る表現型変化の１つである。他の表現型の徴候、例えば、心血管疾患または代謝疾患に関連する症状、例えば、アンギナ、胸痛、息切れ、動悸、弱さ、めまい、吐き気、発汗、頻脈、徐脈、不整脈、心房細動、下肢の腫脹、チアノーゼ、疲労、失神、顔のしびれ、手足のしびれ、筋肉の跛行または痙攣、腹部膨満、または発熱もまた評価され得る。
ハイブリダイゼーション
いくつかの実施形態において、本明細書に開示するアンチセンス化合物とＡｐｏＣＩＩＩ核酸との間でハイブリダイゼーションが起こる。最も一般的なハイブリダイゼーションのメカニズムは、核酸分子の相補的核酸塩基間での水素結合形成（例えばワトソン−クリック型、フーグスティーン型または逆フーグスティーン型水素結合形成）を伴う。
ハイブリダイゼーションは、様々な条件下で起こり得る。ストリンジェントな条件は配列依存的であり、ハイブリダイズさせようとする核酸分子の性質及び組成によって決定する。
配列が標的核酸に特異的にハイブリダイズ可能であるかどうかを決定する方法は、当該業界において公知である（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ Ｅｄ．，２００１，ＣＳＨＬ Ｐｒｅｓｓ）。特定の実施形態において、本明細書中に提供するアンチセンス化合物は、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸と特異的にハイブリダイズする。
相補性
アンチセンス化合物の十分な数の核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と水素結合することができ、それにより所望の効果（例えばＡｐｏＣＩＩＩ核酸等の標的核酸のアンチセンス阻害）が生じることになる場合、そのアンチセンス化合物と標的核酸とは互いに相補的である。
アンチセンス化合物は、介在セグメントまたは隣接セグメントがハイブリダイゼーション事象に関与しないように、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸の１つ以上のセグメントにハイブリダイズしてもよい（例えばループ構造、ミスマッチ、またはヘアピン構造）。
特定の実施形態において、本明細書中に提供するアンチセンス化合物またはその特定特定部分は、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸、その標的領域、標的セグメント、または特定特定部分に対して、７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％相補的である。標的核酸に対するアンチセンス化合物の相補性パーセントは、常法を使って決定することができる。
例えば、アンチセンス化合物の２０核酸塩基中１８核酸塩基が標的領域に相補的であり、それゆえに特異的にハイブリダイズするアンチセンス化合物は、９０パーセントの相補性を示す。この例では、残りの非相補的核酸塩基はクラスタ化してもよいし、残りの非相補的核酸塩基に相補的核酸塩基が散在していてもよく、また、互いに連続している必要も、相補的核酸塩基と連続している必要もない。したがって、標的核酸と完全に相補的な２つの領域と隣接する４つの非相補的核酸塩基を有する１８核酸塩基長のアンチセンス化合物は、標的核酸に対して７７．８％の総相補性を有し、したがって本発明の範囲に包含される。標的核酸の一領域に対するアンチセンス化合物の相補性パーセントは、通常当技術分野において知られているＢＬＡＳＴプログラム（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３ ４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９ ６５６）を使用して決定することができる。相同性パーセント、配列同一性パーセントまたは配列相補性パーセントは、例えばＳｍｉｔｈとＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２−４８９）を使用するＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）により、デフォルト設定を使用して決定することができる。
特定の実施形態において、本明細書中に提供するアンチセンス化合物またはその特定部分が、標的核酸またはその特定部分に完全に相補的（すなわち１００％相補的）である。例えばアンチセンス化合物は、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸、またはその標的領域、またはその標的セグメントもしくは標的配列に完全に相補的であり得る。本明細書で使用される「完全に相補的」とは、アンチセンス化合物の各核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と正確に塩基対合できることを意味する。例えば、２０核酸塩基アンチセンス化合物は、そのアンチセンス化合物に完全に相補的な標的核酸の対応する２０核酸塩基部分が存在する限り、４００核酸塩基長の標的配列に対して完全に相補的である。完全に相補的なものもまた、第１及び／または第２核酸の特定部分を参照して使用することもできる。例えば、３０核酸塩基アンチセンス化合物の２０核酸塩基部分は、４００核酸塩基長の標的配列に対して「完全に相補的」であることができる。３０核酸塩基オリゴヌクレオチドの２０核酸塩基部分は、標的配列が対応する２０核酸塩基部分（その各核酸塩基がアンチセンス化合物の該２０核酸塩基部分に相補的であるもの）を有する限り、標的配列に対して完全に相補的である。同時に、該３０核酸塩基アンチセンス化合物全体は、該アンチセンス化合物の残りの１０核酸塩基も標的配列に相補的であるかどうかに応じて、標的配列に対して完全に相補的である場合も、そうでない場合もある。
非相補的核酸塩基（複数可）の場所は、アンチセンス化合物の５’末端または３’末端であることができる。あるいは、非相補的核酸塩基（複数可）が、アンチセンス化合物の内部位置にあってもよい。２つ以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは連続して（すなわち連結されて）いてもよいし、不連続であってもよい。一実施形態において、非相補的核酸塩基が、ギャップマーアンチセンスオリゴヌクレオチドのウイングセグメント内に位置する。
特定の実施形態において、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０核酸塩基長のアンチセンス化合物または最長１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０核酸塩基長のアンチセンス化合物が、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸等の標的核酸またはその特定部分と比較して、４つ以下、３つ以下、２つ以下、または１つ以下の非相補的核酸塩基（複数可）を含む。
特定の実施形態において、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０核酸塩基長のアンチセンス化合物、または最長１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０核酸塩基長のアンチセンス化合物が、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸等の標的核酸またはその特定部分と比較して、６つ以下、５つ以下、４つ以下、３つ以下、２つ以下、または１つ以下の非相補的核酸塩基（複数可）を含む。
本明細書に提供するアンチセンス化合物には、標的核酸の一部分に相補的なものも含まれる。本明細書で使用される「一部分」とは、標的核酸の一領域または一セグメント内の定義された数の連続する（すなわち連結された）核酸塩基を指す。「一部分」は、アンチセンス化合物の、定義された数の連続する核酸塩基も指し得る。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも８核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１０核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１２核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１５核酸塩基部分に相補的である。ある標的セグメントの少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０核酸塩基部分もしくはそれ以上の核酸塩基部分、またはこれらの値のうちの任意の２つによって画定される範囲に相補的なアンチセンス化合物も企図される。
同一性
本明細書中に提供するアンチセンス化合物は、ある特定ヌクレオチド配列、配列番号、もしくは具体的なＩｓｉｓ番号によって表される化合物の配列、またはその一部分に対して、定義されたの同一性パーセントも有し得る。本明細書で使用されるアンチセンス化合物は、同じ核酸塩基対合能を有する場合、本明細書に開示する配列と同一である。例えば、ウラシルとチミジンはどちらもアデニンと対合するので、開示したＤＮＡ配列中のチミジンの代わりにウラシルを含有するＲＮＡは、該ＤＮＡ配列と同一であるとみなされるであろう。本明細書に記載するアンチセンス化合物の短縮型及び延長型、ならびに本明細書中に提供するアンチセンス化合物と比較して非同一塩基を有する化合物も企図される。非同一塩基は互いに隣接してもよいし、アンチセンス化合物全体に散在していてもよい。アンチセンス化合物のパーセント同一性は、比較対象である配列と比較して同一塩基対合を有する塩基の数に従って計算される。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物またはその一部分が、本明細書に開示するアンチセンス化合物もしくは配列番号、またはその一部分の１つ以上と、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である。
修飾
ヌクレオシドは塩基−糖の組み合わせである。ヌクレオシドの核酸塩基（塩基としても知られる）部分は、通常、複素環式塩基部分である。ヌクレオチドは、ヌクレオシドの糖部分に共有結合で連結されたリン酸基をさらに含むヌクレオシドである。ペントフラノシル糖を含むヌクレオシドの場合は、リン酸基を、糖の２’、３’または５’ヒドロキシル部分に連結することができる。隣接するヌクレオシドを共有結合で互いに連結してオリゴヌクレオチド形成することにより、線状ポリマー状のオリゴヌクレオチドを形成する。一般に、オリゴヌクレオチド構造内では、リン酸基は、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間連結部を形成しているとみなされている。
アンチセンス化合物の修飾には、ヌクレオシド間連結部、糖部分、または核酸塩基の置換または改変が包含される。修飾アンチセンス化合物は、例えば、強化された細胞取り込み、核酸標的に対する強化された親和性、ヌクレアーゼの存在下での増加した安定性、増加した阻害活性といった望ましい性質ゆえに、ネイティブ型より好ましいことが多い。
化学修飾ヌクレオシドは、短縮型または切断型アンチセンスオリゴヌクレオチドの、その標的核酸に対する結合親和性を増加させるために使用することもできる。結果として、そのような化学修飾ヌクレオシドを有する短いアンチセンス化合物で、匹敵する結果を得ることができる場合が多い。
修飾ヌクレオシド間結合
ＲＮＡ及びＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間連結部は、３’→５’ホスホジエステル連結部である。１つ以上の修飾（すなわち天然に存在しない）ヌクレオシド間連結部を有するアンチセンス化合物は、例えば、強化された細胞取り込み、核酸標的に対する強化された親和性、及びヌクレアーゼの存在下での増加した安定性等といった望ましい性質ゆえに、天然に存在するヌクレオシド間連結部を有するアンチセンス化合物よりも選択されることが多い。
修飾ヌクレオシド間連結部を有するオリゴヌクレオチドには、リン原子が保持されているヌクレオシド間連結部と、リン原子を有さないヌクレオシド間連結部とが含まれる。代表的なリン含有ヌクレオシド間連結部には、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、及びホスホロチオエートが含まれるが、これらに限定されない。リン含有連結部及び非リン含有連結部を調製する方法は、周知である。
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とするアンチセンス化合物が、１つ以上の修飾ヌクレオシド間連結部を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間連結部がホスホロチオエート連結部である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の各ヌクレオシド間連結部がホスホロチオエートヌクレオシド間連結部である。
修飾糖部分
本発明のアンチセンス化合物は、場合によっては、糖基が修飾されているヌクレオシドを１つ以上含有し得る。そのような糖修飾ヌクレオシドは、強化されたヌクレアーゼ安定性、増加した結合親和性、または他の何らかの有益な生物学的性質を、アンチセンス化合物に付与し得る。特定の実施形態において、ヌクレオシドが化学修飾リボフラノース環部分を含む。化学修飾リボフラノース環の例には、置換基の付加（５’置換基、２’置換基、非ジェミナル環原子の架橋による二環式核酸（ＢＮＡ）の形成、Ｓ、Ｎ（Ｒ）、またはＣ（Ｒ１）（Ｒ２）（Ｒ、Ｒ１及びＲ２は、それぞれ独立してＨ、Ｃ１−Ｃ１２アルキルまたは保護基である）によるリボシル環酸素原子の置き換え、及びそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定されない。化学修飾糖の例としては、２’−Ｆ−５’−メチル置換ヌクレオシド（開示されている他の５’，２’−ビス置換ヌクレオシドについては、ＰＣＴ国際出願ＷＯ２００８／１０１１５７（公開日２００８年８月２１日）を参照されたい）、またはＳによるリボシル環酸素原子の置き換え及び２’位におけるさらなる置換（米国特許出願公開ＵＳ２００５−０１３０９２３（公開日２００５年６月１６日）参照）、あるいはＢＮＡの５’−置換（ＰＣＴ国際出願ＷＯ２００７／１３４１８１（公開日２００７年１１月２２日）参照、この場合はＬＮＡが例えば５’−メチル基または５’−ビニル基で置換されている）等がある。
修飾された糖部分を有するヌクレオシドの例として、限定されることなく、５’−ビニル、５’−メチル（ＲまたはＳ）、４’−Ｓ、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３、２’−ＯＣＨ２ＣＨ３、２’−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｆ及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３置換基を含むヌクレオシドが挙げられる。２’位の置換基はまた、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アルキル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２Ｆ、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、及びＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｌ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択されてもよく、式中、各Ｒｌ、Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈまたは置換または非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである。
本明細書で使用される「二環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分を含む修飾ヌクレオシドを指す。二環式ヌクレオシド（ＢＮＡ）の例には、４’リボシル環原子と２’リボシル環原子の間に架橋を含むヌクレオシド等があるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、本明細書で提供されるアンチセンス化合物には、１つ以上のＢＮＡヌクレオシドが含まれ、該架橋は、以下の式：４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’（ＬＮＡ）、４’−（ＣＨ２）−Ｓ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（ＥＮＡ）、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’及び４’−ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（及びその類似体、２００８年７月１５日に発行された米国特許第７，３９９，８４５号を参照）、４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’（及びその類似体、ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６８９２２（２００９年１月８日に公開されたＷＯ／２００９／００６４７８）を参照）、４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’（及びその類似体、ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４５９１（２００８年１２月１１日に公開されたＷＯ／２００８／１５０７２９）を参照）、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（２００４年９月２日公開された公開米国特許出願ＵＳ２００４−０１７１５７０を参照）、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’（式中、ＲはＨ、Ｃ１−Ｃ１２アルキルまたは保護基である（２００８年９月２３日に発行された米国特許第７，４２７，６７２号を参照）、４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（Ｃｈａｔｔｏｐａｄｈｙａｙａ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ．， ２００９， ７４， １１８−１３４を参照）、及び４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’（及びその類似体、ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６６１５４（２００８年１２月８日に公開されたＷＯ２００８／１５４４０１を参照）の１つを含む。
さらなる二環式ヌクレオシドは、公開された文献に報告されている（例えば、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（２６）８３６２−８３７９、Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２、Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８−５６１、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１−７、Ｏｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９−２４３、Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６、Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９、米国特許第７，３９９，８４５号、同第７，０５３，２０７号、同第７，０３４，１３３号、同第６，７９４，４９９号、同第６，７７０，７４８号、同第６，６７０，４６１号、同第６，５２５，１９１号、同第６，２６８，４９０号、米国特許出願公開第ＵＳ２００８−００３９６１８号、同第ＵＳ２００７−０２８７８３１号、同第ＵＳ２００４−０１７１５７０号、米国特許出願第１２／１２９，１５４号、同第６１／０９９，８４４号、同第６１／０９７，７８７号、同第６１／０８６，２３１号、同第６１／０５６，５６４号、同第６１／０２６，９９８号、同第６１／０２６，９９５号、同第６０／９８９，５７４号、国際出願第ＷＯ２００７／１３４１８１号、同第ＷＯ２００５／０２１５７０号、同第ＷＯ２００４／１０６３５６号、同第ＷＯ９４／１４２２６号、ならびにＰＣＴ国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６８９２２号、同第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６６１５４号、及び同第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４５９１号を参照されたい）。例えばα−Ｌ−リボフラノース及びβ−Ｄ−リボフラノース等の１つ以上の立体化学的糖配置を有する前述の二環式ヌクレオシドのそれぞれを調製することができる（ＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＤＫ９８／００３９３（１９９９年３月２５日に公開されたＷＯ９９／１４２２６）を参照されたい）。
本明細書で使用される「単環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分ではない修飾糖部分を含むヌクレオシドを指す。特定の実施形態において、ヌクレオシドの糖部分または糖部分類似体が、任意の位置で修飾または置換されていてもよい。
本明細書で使用される「４’−２’二環式ヌクレオシド」または「４’→２’二環式ヌクレオシド」とは、フラノース環の２つの炭素原子をつなぐ架橋を含むフラノース環を含み、該橋が糖環の２’炭素原子と４’炭素原子をつなぐ、二環式ヌクレオシドを指す。
特定の実施形態において、ＢＮＡヌクレオシドの二環式糖部分として、
−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、及び−Ｎ（Ｒａ）−（式中、ｘは０、１、または２であり、ｎは１、２、３、または４であり、各Ｒａ及びＲｂは独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり、かつ
各Ｊ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ２−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキルまたは保護基である）から独立して選択される１または１〜４個の連結基を含む架橋を非限定的に含むペントフラノシル糖部分の４’及び２’炭素原子の間の少なくとも１つの架橋を含む化合物が挙げられるが、これらに限定されない。
特定の実施形態において、二環式糖部分の架橋は、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−または−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−である。特定の実施形態において、架橋は４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’及び４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’−であり、式中、各Ｒは独立して、Ｈ、保護基またはＣ１−Ｃ１２アルキルである。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、異性体構成によってさらに定義される。例えば、４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’架橋を含むヌクレオシドは、α−Ｌ配置またはβ−Ｄ配置で有り得る。従来、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡは、以前に、アンチセンスオリゴヌクレオチドに組み込まれており、そのアンチセンスオリゴヌクレオチドはアンチセンス活性を示した（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドには、４’から２’への架橋を有するものが含まれ、このような架橋には、α−Ｌ−４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’、β−Ｄ−４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−２’、及び４’−（ＣＨ２）３−２’（式中、ＲはＨ、保護基またはＣ１−Ｃ１２アルキルである）が含まれるが、これらに限定されない。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018511555
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
−Ｑａ−Ｑｂ−Ｑｃ−は−ＣＨ２−Ｎ（Ｒｃ）−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｃ）−ＣＨ２−、−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒｃ）−、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒｃ）−Ｏ−または−Ｎ（Ｒｃ）−Ｏ−ＣＨ２であり、
ＲｃはＣ１−Ｃ１２アルキルまたはアミノ保護基であり、かつ
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合である。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018511555
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
ＺａはＣ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、置換アミド、チオールまたは置換チオールである。
一実施形態において、各々の置換基は、独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシ、ＯＪｃ、ＮＪｃＪｄ、ＳＪｃ、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊｃ、及びＮＪｅＣ（＝Ｘ）ＮＪｃＪｄ（式中、各Ｊｃ、Ｊｄ及びＪｅは独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキルまたは置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、及びＸはＯまたはＮＪｃである）から独立して選択される置換基でモノまたはポリ置換される。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018511555
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
ＺｂはＣ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換アシル（Ｃ（＝Ｏ）−）である。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018511555
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
ＲｄはＣ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
各ｑａ、ｑｂ、ｑｃ及びｑｄは、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アシル、置換アシル、Ｃ１−Ｃ６アミノアルキルまたは置換Ｃ１−Ｃ６アミノアルキルである。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018511555
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
各ｑａ、ｑｂ、ｑｅ及びｑｆは、それぞれ独立して、水素、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ１−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋまたはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであり、
またはｑｅ及びｑｆは共に＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり、
ｑｇ及びｑｈは、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキルまたは置換Ｃ１−Ｃ１２アルキルであり、
オリゴマー化及び核酸認識特性と共に、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’架橋を有するアデニン、シトシン、グアニン、５−メチル−シトシン、チミン及びウラシル二環式ヌクレオシドの合成及び調製が記載されている（Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０）。二環式ヌクレオシドの合成はまた、ＷＯ９８／３９３５２号及びＷＯ９９／１４２２６号に記載されている。
４’−ＣＨ２−Ｏ−２’及び４’−ＣＨ２−Ｓ−２’のような４’から２’への架橋基を有する種々の二環式ヌクレオシドの類似体も調製されている（Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２）。核酸ポリメラーゼの基質として使用するための二環式ヌクレオシドを含むオリゴデオキシリボヌクレオチド二本鎖の調製も説明されている（Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ９９／１４２２６）。さらに、新規の構造的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似体である２’−アミノ−ＢＮＡの合成は、当該技術分野において説明されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９）。加えて、２’−アミノ−及び２’−メチルアミノ−ＢＮＡも調製されており、相補的なＲＮＡ鎖及び相補的ＤＮＡ鎖を有するそれらの二重鎖の熱安定性が、以前に報告されている。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018511555
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
各ｑｉ、ｑｊ、ｑｋ及びｑｌは、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ１−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋまたはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであり、かつ
ｑｉ及びｑｊまたはｑｌ及びｑｋは共に＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり、ｑｇ及びｑｈはそれぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキルまたは置換Ｃ１−Ｃ１２アルキルである。
４’−（ＣＨ２）３−２’架橋及びアルケニル類似体架橋４’−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−２’を有する１つの炭素環式二環式ヌクレオシドが説明されている（Ｆｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３、及びＡｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０）。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製も、それらのオリゴマー化及び生化学的研究と共に説明されている（Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００７，１２９（２６），８３６２−８３７９）。
特定の実施形態において、以下に示すように、二環式ヌクレオシドとして、（Ａ）α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮ、（Ｂ）β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｃ）エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、（Ｅ）オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｆ）メチル（メチレンオキシ）（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（拘束エチルまたはｃＥｔとも呼ばれる）、（Ｇ）メチレン−チオ（４’−ＣＨ２−Ｓ−２’）ＢＮＡ、（Ｈ）メチレン−アミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、（Ｉ）メチル炭素環（４’−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−２’）ＢＮＡ、（Ｊ）プロピレン炭素環（４’−（ＣＨ２）３−２’）ＢＮＡ、及び（Ｋ）ビニルＢＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。
Figure 2018511555
 式中、Ｂｘは塩基部分であり、Ｒは独立して、Ｈ、保護基、Ｃ１−Ｃ６アルキルまたはＣ１−Ｃ６アルコキシである。
本明細書で使用される「修飾テトラヒドロピランヌクレオシド」または「修飾ＴＨＰヌクレオシド」という用語は、通常のヌクレオシド中のペントフラノシル残基の代わりに六員テトラヒドロピラン「糖」が使用されているヌクレオシドを意味し、糖代用物と呼ばれる場合もある。修飾ＴＨＰヌクレオシドには、当技術分野においてヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、アニトール（ａｎｉｔｏｌ）核酸（ＡＮＡ）、マニトール（ｍａｎｉｔｏｌ）核酸（ＭＮＡ）（Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）またはフルオロＨＮＡ（Ｆ−ＨＮＡ）と呼ばれる、以下に示すテトラヒドロピラン環系を有するものが含まれるが、これらに限定されない。
Figure 2018511555
特定の実施形態において、以下の式：
Figure 2018511555
 を有する糖代用物が選択され、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４はそれぞれ、独立して、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をオリゴマー化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、またはＴ３及びＴ４のうちの１つはテトラヒドロピランヌクレオシド類似体をオリゴマー化合物またはオリゴヌクレオチドに連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結共役基または５’もしくは３’末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、かつ
Ｒ１及びＲ２の一方が水素であり、他方がハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２及びＣＮから選択され、式中、ＸはＯ、ＳまたはＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立して、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルである。
特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７はそれぞれＨである。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つはＨ以外ものである。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つはメチルである。特定の実施形態において、ＴＨＰヌクレオシドが提供されるが、Ｒ１及びＲ２の一方はＦである。特定の実施形態において、Ｒ１はフルオロであり、Ｒ２はＨであり、Ｒ１はメトキシであり、Ｒ２はＨであり、及びＲ１はメトキシエトキシであり、Ｒ２はＨである。
特定の実施形態において、糖代用物が、５超の原子及び１超のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド、及びオリゴマー化合物におけるそれらの使用が説明されている（例えばＢｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３−４５１０、ならびに及び米国特許第５，６９８，６８５号、同第５，１６６，３１５号、同第５，１８５，４４４号、及び同第５，０３４，５０６号を参照されたい）。本明細書で使用される「モルホリノ」という用語は、以下の式：
Figure 2018511555
 を有する糖代用物を意味する。
特定の実施形態において、例えば、上記モルホリノ構造の様々な置換基を付加するか改変することによって、モルホリノが修飾されていてもよい。そのような糖代用物を本明細書では「修飾モルホリノ」と称される。
２’−Ｆ−５’−メチル置換ヌクレオシド（他の開示された５’，２’−ビス置換ヌクレオシドについては、２００８年８月２１日に公開されたＰＣＴ国際出願第ＷＯ２００８／１０１１５７号を参照のこと）、ならびにリボシル環酸素原子のＳでの置換及び２’位でのさらなる置換（２００５年６月１６日に公開された米国特許出願第ＵＳ２００５−０１３０９２３号を参照のこと）、または代替として二環式核酸の５’−置換（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’二環式ヌクレオシドが５’位で５’−メチルまたは５’−ビニル基でさらに置換される、２００７年１１月２２日に公開されたＰＣＴ国際出願第ＷＯ２００７／１３４１８１号を参照のこと）等であるが、これらに限定されない修飾の組み合わせも提供される。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製も、それらのオリゴマー化及び生化学的研究と共に説明されている（Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００７，１２９（２６），８３６２−８３７９を参照のこと）。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、天然に存在するヌクレオシド中のペントフラノシル残基の代わりに六員シクロヘキセニルを有するヌクレオシドである修飾シクロヘキセニルヌクレオシドを１つ以上含む。修飾シクロヘキセニルヌクレオシドとしては、当該技術分野において説明されているものが挙げられるが、これらに限定されない（例えば、権利者が共通である、２０１０年４月１０日公開の公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０１０／０３６６９６号、Ｒｏｂｅｙｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００８，１３０（６），１９７９−１９８４、；Ｈｏｒｖａｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ，２００７，４８，３６２１−３６２３、Ｎａｕｗｅｌａｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（３０），９３４０−９３４８、Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２００５，２４（５−７），９９３−９９８、Ｎａｕｗｅｌａｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００５，３３（８），２４５２−２４６３、Ｒｏｂｅｙｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃａ，Ｓｅｃｔｉｏｎ Ｆ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｃｒｙｓｔａｌｌｉｚａｔｉｏｎ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ，２００５，Ｆ６１（６），５８５−５８６、Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，２００４，６０（９），２１１１−２１２３、Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，２００３，１３（６），４７９−４８９、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００３，６８，４４９９−４５０５、Ｖｅｒｂｅｕｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００１，２９（２４），４９４１−４９４７、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００１，６６，８４７８−８２、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２００１，２０（４−７），７８５−７８８、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．，２０００，１２２，８５９５−８６０２、公開ＰＣＴ出願ＷＯ０６／０４７８４２号及び公開ＰＣＴ出願ＷＯ０１／０４９６８７号、また、各文献の本文は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。特定の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドは式Ｘを有する。
Figure 2018511555
 式中、該少なくとも１つの式Ｘのシクロヘキセニルヌクレオシド類似体のそれぞれについて、独立して、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４はそれぞれ、独立して、シクロヘキセニルヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に連結するヌクレオシド間連結基であるか、またはＴ３及びＴ４のうちの１つはテトラヒドロピランヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結共役基または５’もしくは３’末端基であり、かつ
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、ｑ７、ｑ８及びｑ９は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは他の糖置換基である。
多くの他の単環式、二環式及び三環式環系が当該分野で公知であり、本明細書で提供されるようなオリゴマー化合物への取り込みのためにヌクレオシドを修飾するために使用され得る糖代用物として適切である（例えば、総説については、Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ Ｊ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）。そのような環系は、それらの活性をさらに増強するために様々な追加の置換を受けてもよい。
本明細書で使用される「２’−修飾糖」とは、２’位で修飾されたフラノシル糖を意味する。特定の実施形態において、そのような修飾が、ハライド、例えば、限定するわけではないが、置換及び無置換アルコキシ、置換及び無置換チオアルキル、置換及び無置換アミノアルキル、置換及び無置換アルキル、置換及び無置換アリル、ならびに置換及び無置換アルキニルから選択される置換基を含む。特定の実施形態において、２’修飾は、Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＦ、Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮＨ２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、及びＯ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３］２（式中、ｎ及びｍは１〜約１０である）を含む置換基から選択されるが、これらに限定されない。他の２’−置換基は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換アルキル、アルケニル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、Ｏ−アルカリルまたはＯ−アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、Ｆ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、アンチセンス化合物の薬物動態特性を改良するための基または薬力学的性質を改良するための基、及び類似する性質を有する他の置換基から選択することもできる。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシドが２’−ＭＯＥ側鎖を含む（Ｂａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９７，２７２，１１９４４−１２０００）。そのような２’−ＭＯＥ置換は、無修飾ヌクレオシド、ならびに他の修飾ヌクレオシド、例えば２’−Ｏ−メチル、Ｏ−プロピル、及びＯ−アミノプロピルと比較して、改良された結合親和性を有するものであると説明されている。２’−ＭＯＥ置換基を有するオリゴヌクレオチドは、ｉｎ ｖｉｖｏ用途に有望な特徴を持つ遺伝子発現のアンチセンス阻害剤であることも示されている（Ｍａｒｔｉｎ，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ，１９９５，７８，４８６−５０４、Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｉｍｉａ，１９９６，５０，１６８−１７６、Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓ．，１９９６，２４，６３０−６３７、及びＡｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９７，１６，９１７−９２６）。
本明細書で使用される「２’−修飾」または「２’−置換」は、２’位にＨまたはＯＨ以外の置換基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。２’−修飾ヌクレオシドには、糖環の２つの炭素原子をつなぐ架橋が糖環の２’炭素ともう１つの炭素とをつないでいる二環式ヌクレオシド、及び非架橋２’置換基、例えばアリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、またはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（式中、各Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈまたは置換または無置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである）を有するヌクレオシド等があるが、これらに限定されない。２’−修飾ヌクレオシドは、例えば糖の他の位置及び／または核酸塩基に、他の修飾をさらに含んでもよい。
本明細書で使用される「２’−Ｆ」とは、糖環の２’位にフルオロ基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書で使用される「２’−ＯＭｅ」または「２’−ＯＣＨ３」または「２’−Ｏ−メチル」または「２’−メトキシ」とは、それぞれ、糖環の２’位に−ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書で使用される「ＭＯＥ」または「２’−ＭＯＥ」または「２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３」または「２’−Ｏ−メトキシエチル」はそれぞれ、糖環の２’位に−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
修飾糖の調製方法は、当業者に公知である。そのような修飾糖の調製を教示する代表的な米国特許の一部には、例えば、限定するわけではないが、Ｕ．Ｓ．４，９８１，９５７、Ｕ．Ｓ．５，１１８，８００、Ｕ．Ｓ．５，３１９，０８０、Ｕ．Ｓ．５，３５９，０４４、Ｕ．Ｓ．５，３９３，８７８、Ｕ．Ｓ．５，４４６，１３７、Ｕ．Ｓ．５，４６６，７８６、Ｕ．Ｓ．５，５１４，７８５、Ｕ．Ｓ．５，５１９，１３４、Ｕ．Ｓ．５，５６７，８１１、Ｕ．Ｓ．５，５７６，４２７、Ｕ．Ｓ．５，５９１，７２２、Ｕ．Ｓ．５，５９７，９０９、Ｕ．Ｓ．５，６１０，３００、Ｕ．Ｓ．５，６２７，０５３、Ｕ．Ｓ．５，６３９，８７３、Ｕ．Ｓ．５，６４６，２６５、Ｕ．Ｓ．５，６７０，６３３、Ｕ．Ｓ．５，７００，９２０、Ｕ．Ｓ．５，７９２，８４７及びＵ．Ｓ．６，６００，０３２、ならびに国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１９２１９（出願日２００５年６月２日）（２００５年１２月２２日に公開されたＷＯ２００５／１２１３７１）等があり、これらはそれぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」とは、複数の連結されたヌクレオシドを含む化合物を指す。特定の実施形態において、該複数のヌクレオシドのうちの１つ以上が修飾されている。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドが、１つ以上のリボヌクレオシド（ＲＮＡ）及び／またはデオキシリボヌクレオシド（ＤＮＡ）を含む。
修飾糖部分を有するヌクレオチドにおいて、核酸塩基部分（天然、修飾またはそれらの組み合わせ）は、適切な核酸標的とのハイブリダイゼーションのために維持される。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、修飾糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾糖部分が２’−ＭＯＥである。特定の実施形態において、２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシドがギャップマーモチーフで配置される。特定の実施形態において、修飾糖部分が、（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）架橋基を有する二環式ヌクレオシドである。特定の実施形態において、該（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）修飾ヌクレオシドが、ギャップマーモチーフのウイング全体にわたって配置される。
修飾核酸塩基
核酸塩基（または塩基）の修飾または置換は、天然に存在するまたは合成的に修飾されていない核酸塩基と構造的に区別可能であるが、さらに機能的に交換可能である。天然及び修飾核酸塩基の両方は、水素結合に関与することができる。そのような核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性、または他の有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。修飾核酸塩基は、例えば、５−メチルシトシン（５−ｍｅ−Ｃ）のような合成及び天然核酸塩基を含む。５メチル−シトシン置換を含む特定の核酸塩基置換は、標的核酸に対するアンチセンス化合物の結合親和性を増加させるのに特に有用である。例えば、５メチル−シトシン置換は、核酸二重鎖の安定性を０．６〜１．２℃増加させることが示されている（Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，ｅｄｓ．，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，１９９３，ｐｐ．２７６−２７８）。
追加の修飾核酸塩基としては、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６−メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２−プロピル及び他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−ハロウラシル及びシトシン、５−プロピニル（−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル及びピリミジン塩基のシトシン及び他のアルキニル誘導体、６−アゾウラシル、シトシン及びチミン、５−ウラシル（プソイドウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル及び他の８−置換アデニン及びグアニン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル及び他の５−置換ウラシル及び２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニン及び８−アザアデニン、７−デアザグアニン及び７−デアザアデニン及び３−デアザグアニン及び３−デアザアデニンが挙げられる。
複素環式塩基部分は、プリンまたはピリミジン塩基が、他の複素環、例えば、７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、及び２−ピリドンに置換されるものも含まれ得る。アンチセンス化合物の結合親和性を増加させるのに特に有用な核酸塩基は、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシル及び５−プロピニルシトシンを含む５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン及びＮ−２、Ｎ−６及びＯ−６置換プリンを含む。
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とするアンチセンス化合物が、１つ以上の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とするギャップ拡大アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、該修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、各シトシンは５メチル−シトシンである。
特定のアンチセンス化合物モチーフ及びメカニズム
特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、強化された阻害活性、標的核酸に対する増加した結合親和性、またはｉｎ ｖｉｖｏヌクレアーゼによる分解に対する耐性等といった性質が該アンチセンス化合物に付与されるようなパターンまたはモチーフで配置された化学修飾サブユニットを有する。
キメラアンチセンス化合物は、典型的には、ヌクレアーゼ分解に対する増加した耐性、増加した細胞取り込み、標的核酸に対する増加した結合親和性、及び／または増加した阻害活性が付与されるように修飾された少なくとも１つの領域を含有する。キメラアンチセンス化合物の第２の領域は、別の所望の特性を付与することができ、例えば、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼＲＮａｓｅ Ｈの基質として役立つことができる。
アンチセンス活性は、標的核酸とのアンチセンス化合物（例えば、オリゴヌクレオチド）のハイブリダイゼーションに関与する任意のメカニズムから生じ得、ハイブリダイゼーションは最終的に生物学的効果をもたらす。特定の実施形態において、標的核酸の量及び／または活性が調節される。特定の実施形態において、標的核酸の量及び／または活性が低下する。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、最終的に標的核酸分解をもたらす。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは標的核酸の分解をもたらさない。特定の実施形態において、標的核酸とハイブリダイズしたアンチセンス化合物の存在（占有）は、アンチセンス活性の調節をもたらす。特定の実施形態において、特定の化学的モチーフまたは化学修飾のパターンを有するアンチセンス化合物は、１つ以上のメカニズムを利用するのに特に適している。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１超のメカニズムを介して、かつ／または解明されていないメカニズムを介して機能する。したがって、本明細書に記載のアンチセンス化合物は、特定のメカニズムによって限定されない。
アンチセンスメカニズムは、これらに限定されることなく、ＲＮａｓｅ Ｈ媒介性アンチセンス、ＲＩＳＣ経路を利用し、ｓｉＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ及びマイクロＲＮＡメカニズムを含むがこれらに限定されないＲＮＡｉメカニズム、及び占有ベースのメカニズムを含む。特定のアンチセンス化合物は、１つ以上のそのようなメカニズムを介してかつ／または追加のメカニズムを介して作用し得る。
ＲＮａｓｅ Ｈ媒介性アンチセンス 特定の実施形態において、アンチセンス活性は、ＲＮａｓｅ Ｈによる標的ＲＮＡの分解から少なくとも部分的に生じる。ＲＮａｓｅ Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼである。「ＤＮＡ様」の一本鎖アンチセンス化合物が哺乳類細胞におけるＲＮａｓｅ Ｈ活性を誘発することが当技術分野で既知である。したがって、ＤＮＡまたはＤＮＡ様ヌクレオシドの少なくとも一部を含むアンチセンス化合物は、ＲＮａｓｅ Ｈを活性化し得、標的核酸の切断をもたらす。特定の実施形態において、ＲＮａｓｅ Ｈを利用するアンチセンス化合物は、１つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、そのようなアンチセンス化合物は、１〜８個の修飾ヌクレオシドの少なくとも１つのブロックを含む。特定のそのような実施形態において、修飾ヌクレオシドはＲＮａｓｅ Ｈ活性を支持しない。特定の実施形態において、このようなアンチセンス化合物は、本明細書に記載されるようなギャップマーである。特定のそのような実施形態において、ギャップマーのギャップはＤＮＡヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態において、ギャップマーのギャップはＤＮＡ様ヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態において、ギャップマーのギャップはＤＮＡヌクレオシド及びＤＮＡ様ヌクレオシドを含む。
ギャップマーモチーフを有する特定のアンチセンス化合物は、キメラアンチセンス化合物と考えられる。ギャップマーでは、ＲＮａｓｅＨ切断を支持する複数のヌクレオチドを有する内側領域が、内側領域のヌクレオシドとは化学的に異なる複数のヌクレオチドを有する外側領域の間に配置されている。ギャップマーモチーフを有するアンチセンスオリゴヌクレオチドの場合、ギャップセグメントは一般にエンドヌクレアーゼ切断の基質として機能し、一方、ウイングセグメントは修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーの領域は、各別個の領域を含む糖部分のタイプによって区別される。ギャップマーの領域を区別するために使用される糖部分のタイプとして、いくつかの実施形態において、β−Ｄ−リボヌクレオシド、β−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド、２’−修飾ヌクレオシド（そのような２’−修飾ヌクレオシドとして、例えば２’−ＭＯＥや２’−Ｏ−ＣＨ３等を挙げることができる）、及び二環式糖修飾ヌクレオシド（そのような二環式糖修飾ヌクレオシドとして拘束エチルを有するものを挙げることができる）が挙げられる。特定の実施形態において、ウイング中のヌクレオシドは、例えば２’−ＭＯＥ及び拘束エチルまたはＬＮＡ等の二環式糖部分を含む、いくつかの修飾糖部分を含み得る。特定の実施形態において、ウイングはいくつかの修飾糖部分と無修飾糖部分を含んでもよい。特定の実施形態において、ウイングには、２’−ＭＯＥヌクレオシド、拘束エチルヌクレオシドまたはＬＮＡヌクレオシド等の二環糖部分、及び２’−デオキシヌクレオシドの様々な組み合わせが含まれ得る。
異なる領域は、それぞれ均一な糖部分を含むか、異なった糖部分を含むか、または交互に並んだ糖部分を含み得る。ウイングギャップ−ウイングモチーフは、しばしば「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記載されるが、この場合、「Ｘ」は５’−ウイングの長さを表し、「Ｙ」はギャップの長さを表し、「Ｚ」は３’−ウイングの長さを表す。「Ｘ」及び「Ｚ」は、均一な糖部分を含むか、異なった糖部分を含むか、または交互に並んだ糖部分を含み得る。特定の実施形態において、「Ｘ」及び「Ｙ」が、１つ以上の２’−デオキシヌクレオシドを含み得る。「Ｙ」は２’−デオキシヌクレオシドを含み得る。本明細書で使用される「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記述されるギャップマーは、ギャップが５’−ウイング及び３’−ウイングのそれぞれと直接隣接して配置されるような構成を有する。したがって、５’−ウイングとギャップの間にも、ギャップと３’−ウイングの間にも、介在ヌクレオチドは存在しない。本明細書に記載するアンチセンス化合物はいずれもギャップマーモチーフを有することができる。特定の実施形態において、「Ｘ」及び「Ｚ」が同じであり、他の実施形態において、それらが異なる。特定の実施形態において、「Ｙ」は８〜１５個のヌクレオシドである。Ｘ、Ｙ、またはＺは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０個またはそれ以上のヌクレオシドのいずれかで有り得る。
特定の実施形態において、ＡＰＯＣＩＩＩ核酸を標的とするアンチセンス化合物はギャップが６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６個の連結したヌクレオシドからなるギャップマーモチーフを有する。
特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、次の式Ａ：（Ｊ）ｍ−（Ｂ）ｎ−（Ｊ）ｐ−（Ｂ）ｒ−（Ａ）ｔ−（Ｄ）ｇ−（Ａ）ｖ−（Ｂ）ｗ−（Ｊ）ｘ−（Ｂ）ｙ−（Ｊ）ｚ
で表される糖モチーフを有し、式中、
各Ａは独立して２’−置換ヌクレオシドであり、
各Ｂは独立して二環式ヌクレオシドであり、
各Ｊは独立して２’−置換ヌクレオシドまたは２’−デオキシヌクレオシドのいずれかであり、
各Ｄは２’−デオキシヌクレオシドであり、
ｍは０〜４、ｎは０〜２、ｐは０〜２、ｒは０〜２、ｔは０〜２、ｖは０〜２、ｗは０〜４、ｘは０〜２、ｙは０〜２、ｚは０〜４、ｇは６〜１４であるが、
ただし、
ｍ、ｎ及びｒの少なくとも１つは０以外であり、
ｗ及びｙの少なくとも１つは０以外であり、
ｍ、ｎ、ｐ、ｒ及びｔの合計は２〜５であり、
ｖ、ｗ、ｘ、ｙ及びｚの合計は２〜５である。
ＲＮＡｉ化合物
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は干渉ＲＮＡ化合物（ＲＮＡｉ）であり、これは二本鎖ＲＮＡ化合物（低分子干渉ＲＮＡまたはｓｉＲＮＡとも呼ばれる）及び一本鎖ＲＮＡｉ化合物（またはｓｓＲＮＡ）を含む。そのような化合物は、標的核酸（したがって、マイクロＲＮＡ／マイクロＲＮＡ模倣化合物を含む）を分解かつ／または隔離するために、ＲＩＳＣ経路を少なくとも部分的に介して働く。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、そのようなメカニズムに特に適した修飾を含む。
ｉ．ｓｓＲＮＡ化合物
特定の実施形態において、一本鎖ＲＮＡｉ化合物（ｓｓＲＮＡ）としての使用に特に適したものを含むアンチセンス化合物は、修飾された５’末端を含む。特定の実施形態において、５’末端は修飾リン酸部分を含む。特定の実施形態において、このような修飾リン酸は安定化する（例えば、未修飾５’−リン酸と比較し、分解／切断に耐性がある）。特定の実施形態において、このような５’−末端ヌクレオシドは５’−リン部分を安定化させる。特定の修飾された５’−末端ヌクレオシドは、当該分野で、例えばＷＯ／２０１１／１３９７０２に見出され得る。
特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡ化合物の５’−ヌクレオシドは式ＩＩｃ：
Figure 2018511555
 を有し、式中、
Ｔ１は任意に保護されたリン部分であり、
Ｔ２は式ＩＩｃの化合物をオリゴマー化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、
Ａは次の式：
Figure 2018511555
 の１つを有し、
Ｑ１及びＱ２は、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたはＮ（Ｒ３）（Ｒ４）であり、
Ｑ３はＯ、Ｓ、Ｎ（Ｒ５）またはＣ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６及びＲ７は、独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルまたはＣ１−Ｃ６アルコキシであり、
Ｍ３はＯ、Ｓ、ＮＲ１４、Ｃ（Ｒ１５）（Ｒ１６）、Ｃ（Ｒ１５）（Ｒ１６）Ｃ（Ｒ１７）（Ｒ１８）、Ｃ（Ｒ１５）＝Ｃ（Ｒ１７）、ＯＣ（Ｒ１５）（Ｒ１６）またはＯＣ（Ｒ１５）（Ｂｘ２）であり、
Ｒ１４はＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、及びＲ１８は、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
Ｂｘ１が、複素環式塩基部分であり、
またはＢｘ２が存在する場合、Ｂｘ２は複素環式塩基部分であり、Ｂｘ１は、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
Ｊ４、Ｊ５、Ｊ６、及びＪ７は、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
または、Ｊ４は、Ｊ５もしくはＪ７の１つと架橋を形成し、ここで、該架橋はＯ、Ｓ、ＮＲ１９、Ｃ（Ｒ２０）（Ｒ２１）、Ｃ（Ｒ２０）＝Ｃ（Ｒ２１）、Ｃ［＝Ｃ（Ｒ２０）（Ｒ２１）］及びＣ（＝Ｏ）から選択される１から３個の連結されたビラジカル基を含み、Ｊ５、Ｊ６及びＪ７の他の２つはそれぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
各Ｒ１９、Ｒ２０、及びＲ２１は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
ＧはＨ、ＯＨ、ハロゲンまたはＯ−［Ｃ（Ｒ８）（Ｒ９）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ１］ｊ−Ｚであり、
各Ｒ８及びＲ９は、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキルまたは置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｘ１はＯ、ＳまたはＮ（Ｅ１）であり、
ＺはＨ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたはアルキニルＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり、
Ｅ１、Ｅ２及びＥ３は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキルまたは置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、
ｎは１〜約６であり、
ｍは０または１であり、
ｊは０または１であり、
各置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｘ２）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ２）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）及びＣ（＝Ｘ２）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）から独立して選択される１つ以上の任意に保護される置換基を含み、
Ｘ２はＯ、ＳまたはＮＪ３であり、
各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立して、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルであり、
ｊが１である場合、ＺはハロゲンまたはＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり、
ここで、該オリゴマー化合物は、８〜４０個のモノマーサブユニットを含み、標的核酸の少なくとも一部とハイブリダイズ可能である。
特定の実施形態において、Ｍ３はＯ、ＣＨ＝ＣＨ、ＯＣＨ２またはＯＣ（Ｈ）（Ｂｘ２）である。特定の実施形態において、Ｍ３はＯである。
特定の実施形態において、Ｊ４、Ｊ５、Ｊ６及びＪ７はそれぞれＨである。特定の実施形態において、Ｊ４はＪ５またはＪ７のいずれかと架橋を形成する。
特定の実施形態において、Ａは次の式：
Figure 2018511555
 のいずれかを有し、式中、
Ｑ１及びＱ２は、それぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシまたは置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシである。特定の実施形態において、Ｑ１及びＱ２はそれぞれＨである。特定の実施形態において、Ｑ１及びＱ２はそれぞれ独立して、Ｈまたはハロゲンである。特定の実施形態において、Ｑ１及びＱ２はＨであり、Ｑ１及びＱ２の他方はＦ、ＣＨ３またはＯＣＨ３である。
特定の実施形態において、Ｔ１は式：
Figure 2018511555
 を有し、式中、
Ｒａ及びＲｃは、それぞれ独立して、保護ヒドロキシル、保護チオール、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、保護アミノまたは置換アミノであり、
ＲｂはＯまたはＳである。特定の実施形態において、ＲｂはＯであり、Ｒａ及びＲｃはそれぞれ独立して、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ３またはＣＨ（ＣＨ３）２である。
特定の実施形態において、Ｇはハロゲン、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ１０）（Ｒ１１）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ１０）（Ｒ１１）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ１０）（Ｒ１１）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ１０）（Ｒ１１）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ１２）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ１０）（Ｒ１１）またはＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ１２）−Ｃ（＝ＮＲ１３）［Ｎ（Ｒ１０）（Ｒ１１）］であり、式中、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２及びＲ１３はそれぞれ、独立して、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルである。特定の実施形態において、Ｇはハロゲン、ＯＣＨ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２またはＯＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である。特定の実施形態において、ＧはＦ、ＯＣＨ３またはＯ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である。特定の実施形態において、ＧはＯ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である。
特定の実施形態において、５’−末端ヌクレオシドは式ＩＩｅ：
Figure 2018511555
 を有する。
特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡに特に適しているものを含むアンチセンス化合物は、定義されたパターンまたは糖修飾モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された１つまたは複数の型の修飾糖部分及び／または天然糖部分を含む。そのようなモチーフは、本明細書で考察される糖修飾及び／または他の既知の糖修飾のうちのいずれかを含み得る。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、均一な糖修飾を有する領域を含むか、またはそれからなる。そのような特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドは、同じＲＮＡ様糖修飾を含む。特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドは２’−Ｆヌクレオシドである。特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドは２’−ＯＭｅヌクレオシドである。特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドは２’−ＭＯＥヌクレオシドである。特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドはｃＥｔヌクレオシドである。特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドはＬＮＡヌクレオシドである。特定の実施形態において、均一な領域はオリゴヌクレオチドの全てまたは本質的に全てを構成する。特定の実施形態において、領域は１〜４個の末端ヌクレオシドを除きオリゴヌクレオチド全体を構成する。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシドが第１型の糖修飾を有するヌクレオチドと第２型の糖修飾を有するヌクレオチドとの間で交互に並ぶ１つ以上の交互糖修飾領域を含む。特定の実施形態において、両方の型のヌクレオシドはＲＮＡ様ヌクレオシドである。特定の実施形態において、交互ヌクレオシドは、２’−ＯＭｅ、２’−Ｆ、２’−ＭＯＥ、ＬＮＡ、及びｃＥｔから選択される。特定の実施形態において、交互の修飾は、２’−Ｆ及び２’−ＯＭｅである。そのような領域は、連続していてもよく、または異なる修飾ヌクレオシドまたは共役ヌクレオシドによって中断されていてもよい。
特定の実施形態において、交互修飾の交互領域はそれぞれ単一のヌクレオシドからなる（すなわち、パターンは（ＡＢ）ｘＡｙであり、ここで、Ａは第１の型の糖修飾を有するヌクレオシドであり、Ｂは第２の型の糖修飾を有するヌクレオシドであり、ｘは１〜２０であり、ｙは０または１である）。特定の実施形態において、交互のモチーフ内の１つ以上の交互領域は、１超の型のヌクレオシドを含む。例えば、オリゴヌクレオチドは、以下のヌクレオシドモチーフ：
ＡＡＢＢＡＡ、
ＡＢＢＡＢＢ、
ＡＡＢＡＡＢ、
ＡＢＢＡＢＡＡＢＢ、
ＡＢＡＢＡＡ、
ＡＡＢＡＢＡＢ、
ＡＢＡＢＡＡ、
ＡＢＢＡＡＢＢＡＢＡＢＡＡ、
ＢＡＢＢＡＡＢＢＡＢＡＢＡＡ、または
ＡＢＡＢＢＡＡＢＢＡＢＡＢＡＡ、
のいずれかの１つ以上の領域を含むことができ、式中、Ａは第１の型のヌクレオシドであり、Ｂは第２の型のヌクレオシドでる。特定の実施形態において、Ａ及びＢはそれぞれ２’−Ｆ、２’−ＯＭｅ、ＢＮＡ、及びＭＯＥから選択される。
特定の実施形態において、そのような交互のモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾された５’末端ヌクレオシド、例えば、式ＩＩｃまたはＩＩｅのヌクレオシドも含む。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、２−２−３モチーフを有する領域を含む。そのような領域は以下のモチーフ：
−（Ａ）２−（Ｂ）ｘ−（Ａ）２−（Ｃ）ｙ−（Ａ）３−
を含み、式中、Ａは第１型の修飾ヌクレオシドであり、
Ｂ及びＣは、Ａとは異なって修飾されたヌクレオシドであるが、Ｂ及びＣは、互いに同じまたは異なる修飾を有していてもよく、
ｘ及びｙは１〜１５である。
特定の実施形態において、Ａは２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態において、Ｂ及びＣは両方とも２’−Ｆ修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態において、Ａは２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドであり、Ｂ及びＣは両方とも２’−Ｆ修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオシドは以下の糖モチーフ：
５’−（Ｑ）−（ＡＢ）ｘＡｙ−（Ｄ）ｚ
を有し、式中、
Ｑは、安定化リン酸部分を含むヌクレオシドである。特定の実施形態において、Ｑは、式ＩＩｃまたはＩＩｅを有するヌクレオシドであり、
Ａは第１型の修飾ヌクレオシドであり、
Ｂは第２型の修飾ヌクレオシドであり、
Ｄは、それに隣接するヌクレオシドとは異なる修飾を含む修飾ヌクレオシドである。したがって、ｙが０の場合、ＤにはＢとは異なる修飾をしなければならず、ｙが１の場合、ＤにはＡとは異なる修飾をしなければならない。特定の実施形態において、ＤはＡ及びＢの両方と異なる。
Ｘは５〜１５であり、
Ｙは０または１であり、
Ｚは０〜４である。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオシドは以下の糖モチーフ：
５’−（Ｑ）−（Ａ）ｘ−（Ｄ）ｚ
を有し、式中、
Ｑは、安定化リン酸部分を含むヌクレオシドである。特定の実施形態において、Ｑは、式ＩＩｃまたはＩＩｅを有するヌクレオシドであり、
Ａは第１型の修飾ヌクレオシドであり、
Ｄは、Ａとは異なる修飾を含む修飾ヌクレオシドである。
Ｘは１１〜３０であり、
Ｚは０〜４である。
特定の実施形態において、上記モチーフのＡ、Ｂ、Ｃ及びＤは、２’−ＯＭｅ、２’−Ｆ、２’−ＭＯＥ、ＬＮＡ、及びｃＥｔから選択される。特定の実施形態において、Ｄは末端ヌクレオシドを表す。特定の実施形態において、このような末端ヌクレオシドは、標的核酸にハイブリダイズするようには設計されていない（ただし、１つ以上は偶然にハイブリダイズし得る）。特定の実施形態において、各Ｄヌクレオシドの核酸塩基は、標的核酸の対応する位置における核酸塩基の同一性に関わらず、アデニンである。特定の実施形態において、各Ｄヌクレオシドの核酸塩基はチミンである。
特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡとしての使用に特に適しているものを含むアンチセンス化合物は、定義されたパターンまたは修飾ヌクレオシド間結合モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、交互のヌクレオシド間結合モチーフを有する領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、均一に修飾されたヌクレオシド間結合の領域を含む。ある特定のそのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって均一に連結された領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって均一に連結される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択され、少なくとも１個のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の１２個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定のそのような実施形態において、少なくとも１個のそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に位置する。特定のそのような実施形態において、少なくとも１個のそのようなブロックがオリゴヌクレオチドの３’末端から３ヌクレオシド以内に位置する。
本明細書に記載の種々の糖モチーフのいずれかを有するオリゴヌクレオチドは、任意の連結モチーフを有してもよい。例えば、上記のオリゴヌクレオチドを含むがそれらに限定されないオリゴヌクレオチドは、以下の表から非限定的に選択される結合モチーフを有してもよい。
Figure 2018511555
ｉｉ．ｓｉＲＮＡ化合物
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は二本鎖ＲＮＡｉ化合物（ｓｉＲＮＡ）である。そのような実施形態おいて、一方または両方の鎖は、ｓｓＲＮＡについて上記した任意の修飾モチーフを含み得る。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡ化合物は非修飾ＲＮＡであってもよい。特定の実施形態において、ｓｉＲＮＡ化合物は、未修飾ＲＮＡヌクレオシドを含むが、修飾ヌクレオシド間結合を含み得る。
いくつかの実施形態は、各鎖が１つ以上の修飾されたまたは修飾されていないヌクレオシドの位置によって定義されるモチーフを含む二本鎖組成物に関する。特定の実施形態において、完全にまたは少なくとも部分的にハイブリダイズして二重鎖領域を形成し、さらに核酸標的に相補的であり、核酸標的にハイブリダイズする領域を含む第１及び第２のオリゴマー化合物を含む組成物が提供される。このような組成物は、核酸標的に対して完全または部分的相補性を有するアンチセンス鎖である第１のオリゴマー化合物と、第１のオリゴマー化合物と少なくとも１つの二本鎖領域を形成し、かつそれと相補性である１つ以上の領域を有するセンス鎖である第２のオリゴマー化合物と、を含むことが適切である。
いくつかの実施形態の組成物は、核酸標的にハイブリダイズすることによって遺伝子発現を調節し、その結果、その正常な機能が失われる。いくつかの実施形態において、標的核酸はＡＰＯＣＩＩＩである。特定の実施形態において、標的ＡＰＯＣＩＩＩの分解は、本明細書に開示される組成物で形成される活性化ＲＩＳＣ複合体によって促進される。
いくつかの実施形態は、鎖の１つが、例えば、ＲＩＳＣ（または切断）複合体への反対鎖の優先的ローディングに影響を及ぼすのに有用な二本鎖組成物に関する。組成物は、選択された核酸分子を標的化し、１つ以上の遺伝子の発現を調節するのに有用である。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、標的ＲＮＡの一部にハイブリダイズし、その結果、標的ＲＮＡの正常な機能が失われる。
特定の実施形態は、両方の鎖がヘミマーモチーフ、完全修飾モチーフ、位置修飾モチーフまたは交互モチーフを含む二本鎖組成物を対象とする。本発明の組成物の各鎖は、例えばｓｉＲＮＡ経路において特定の役割を果たすように修飾することができる。各鎖において異なるモチーフを使用することにより、または各鎖において異なる化学修飾を有する同じモチーフを使用することにより、センス鎖の取り込みを阻害しながらＲＩＳＣ複合体に対するアンチセンス鎖を標的とすることが可能になる。このモデル内では、各鎖は、その特定の役割のために強化されるように、独立して修飾することができる。アンチセンス鎖は、ＲＩＳＣの１つの領域におけるその役割を強化するために５’末端で修飾することができ、３’末端にはＲＩＳＣの異なる領域におけるその役割を強化するために異なった修飾を行うことができる。
二本鎖オリゴヌクレオチド分子は、自己相補的センス領域及びアンチセンス領域を含む二本鎖ポリヌクレオチド分子で有り得、ここでアンチセンス領域は、標的核酸分子またはその一部のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、及び標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有するセンス領域を含む。二本鎖オリゴヌクレオチド分子は、一方のストランドがセンス鎖であり、他方がアンチセンス鎖である２つの別々のオリゴヌクレオチドから構築されてもよく、この場合、アンチセンス及びセンス鎖は、自己相補的であり（すなわち、各ストランドが、他方のストランドのヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む）、例えば、アンチセンス鎖及びセンス鎖が二本鎖または二本鎖構造を形成する場合、例えば、二本鎖領域（ｄｏｕｂｌｅ−ｓｔｒａｎｄｅｄ ｒｅｇｉｏｎ）は、約１５〜約３０、例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０塩基対であり、アンチセンス鎖は、標的核酸分子またはその一部分のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み、センス鎖は、標的核酸配列またはその一部分に対応するヌクレオチド配列を含む（例えば、二本鎖オリゴヌクレオチド分子の約１５〜約２５以上のヌクレオチドが、標的核酸またはその一部分に相補的である）。あるいは、二本鎖オリゴヌクレオチドは、単一のオリゴヌクレオチドから構築され、ここでｓｉＲＮＡの自己相補的センス領域及びアンチセンス領域は、核酸ベースまたは非核酸ベースのリンカー（単数または複数）によって連結される。
二本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖、非対称二重鎖、ヘアピンまたは非対称ヘアピン二次構造を有するポリヌクレオチドであり得、自己相補的センス及びアンチセンス領域を有するが、この場合、アンチセンス領域は、別個の標的核酸分子またはその一部のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、及び標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有するセンス領域を含む。二本鎖オリゴヌクレオチドは、２つ以上のループ構造及び自己相補的なセンス及びアンチセンス領域を含む基部を有する環状単鎖ポリヌクレオチドであってもよく、アンチセンス領域は、標的核酸分子またはその一部分のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列またはその一部分に対応するヌクレオチド配列を有し、環状ポリヌクレオチドは、ＲＮＡｉを媒介することができる活性ｓｉＲＮＡ分子を生成するように、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏのいずれかでプロセシングされ得る。
特定の実施形態において、二本鎖オリゴヌクレオチドは、別々のセンス及びアンチセンス配列または領域を含むが、この場合、センス及びアンチセンス領域は、当分野で知られているようにヌクレオチドまたは非ヌクレオチドリンカー分子によって共有結合的に連結されるか、または代替的にイオン性相互作用、水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用、及び／またはスタッキング相互作用によって非共有結合的に連結される。特定の実施形態において、二本鎖オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。別の実施形態において、二本鎖オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子の発現の阻害を引き起こす様式で標的遺伝子のヌクレオチド配列と相互作用する。
本明細書で使用される二本鎖オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡのみを含む分子に限定される必要はないが、化学的に修飾されたヌクレオチド及び非ヌクレオチドをさらに包含する。特定の実施形態において、短い干渉核酸分子は、２’−ヒドロキシ（２’−ＯＨ）含有ヌクレオチドを欠いている。特定の実施形態において、短い干渉核酸は、任意にいかなるリボヌクレオチド（例えば、２’−ＯＨ基を有するヌクレオチド）も含まない。しかし、ＲＮＡｉを支持するために分子内にリボヌクレオチドの存在を必要としないそのような二本鎖オリゴヌクレオチドは、２’−ＯＨ基を有する１つ以上のヌクレオチドを含む、結合した１つのリンカーもしくは複数のリンカー、または他の結合もしくは会合した基、部分、もしくは鎖を有してもよい。任意に、二本鎖オリゴヌクレオチドは、約５、１０、２０、３０、４０、または５０％のヌクレオチド位置でリボヌクレオチドを含み得る。本明細書で使用されるｓｉＲＮＡという用語は、配列特異的ＲＮＡｉ、例えば、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、低分子干渉オリゴヌクレオチド、低分子干渉核酸、低分子干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾ｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）、及びその他を媒介することが可能である核酸分子を説明するために使用される他の用語と同等であることを意味する。さらに、本明細書で使用されるＲＮＡｉという用語は、転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、またはエピジェネティクス等の配列特異的ＲＮＡ干渉を説明するために使用される他の用語と同等であることを意味する。例えば、二本鎖オリゴヌクレオチドを、転写後レベル及び転写前レベルの両方で後成的に沈黙化された遺伝子に使用することができる。非限定的な例において、本発明のｓｉＲＮＡ分子による遺伝子発現の後成的な調節は、遺伝子発現を変化させるためのクロマチン構造またはメチル化パターンのｓｉＲＮＡ媒介性修飾に起因し得る（例えば、Ｖｅｒｄｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０３，６７２−６７６、Ｐａｌ−Ｂｈａｄｒａ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０３，６６９−６７２、Ａｌｌｓｈｉｒｅ，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，１８１８−１８１９、；Ｖｏｌｐｅ ｅｔ ａｌ．，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，１８３３−１８３７、Ｊｅｎｕｗｅｉｎ，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，２２１５−２２１８、及びＨａｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，２２３２−２２３７を参照）。
本明細書で提供されるいくつかの実施形態の化合物及び組成物は、例えば、自己相補的配列を有する単一のＲＮＡ鎖が二本鎖構造をとることのできる「ヘアピン」またはステムループ二本鎖ＲＮＡエフェクター分子または２つの別々のＲＮＡ鎖を含む二重鎖ｄｓＲＮＡエフェクター分子を含むｄｓＲＮＡ媒介遺伝子サイレンシングまたはＲＮＡｉメカニズムにより、ＡＰＯＣＩＩＩを標的とすることができることが企図される。様々な実施形態において、ｄｓＲＮＡは、完全にリボヌクレオチドからなるか、または例えば２０００年４月１９日に出願されたＷＯ００／６３３６４、もしくは１９９９年４月２１日に出願された米国特許出願第６０／１３０，３７７号により開示されるＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッド等のリボヌクレオチドとデオキシヌクレオチドとの混合物からなる。ｄｓＲＮＡまたはｄｓＲＮＡエフェクター分子は、分子の１つのセグメントのヌクレオチドが分子の別のセグメントのヌクレオチドと塩基対を形成するように、自己相補性の領域を有する単一の分子であってもよい。様々な実施形態において、単一分子からなるｄｓＲＮＡは、完全にリボヌクレオチドからなるか、またはデオキシリボヌクレオチドの領域に相補的なリボヌクレオチドの領域を含む。あるいは、ｄｓＲＮＡは、互いに相補的な領域を有する２つの異なる鎖を含み得る。
様々な実施形態において、両方の鎖は完全にリボヌクレオチドからなり、一方の鎖は完全にリボヌクレオチドからなり、一方の鎖は完全にデオキシリボヌクレオチドからなるか、または一方または両方の鎖はリボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドとの混合物を含む。特定の実施形態において、相補性の領域は、互いに対してかつ標的核酸配列に対して、少なくとも７０、８０、９０、９５、９８、または１００％相補的である。特定の実施形態において、二本鎖構造内に存在するｄｓＲＮＡの領域は、少なくとも１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、５０、７５，１００、２００、５００、１０００、２０００または５０００ヌクレオチドを含むか、またはｄｓＲＮＡに表されるｃＤＮＡまたは他の標的核酸配列中の全てのヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ｄｓＲＮＡは、一本鎖末端等のいかなる一本鎖領域を含有しないか、またはｄｓＲＮＡはヘアピンである。他の実施形態において、ｄｓＲＮＡは、１つ以上の一本鎖領域またはオーバーハングを有する。特定の実施形態において、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドは、アンチセンス鎖または領域であるＤＮＡ鎖または領域（例えば、標的核酸に対して少なくとも７０、８０、９０、９５、９８、または１００％の相補性を有する）及びＲＮＡ鎖またはセンス鎖もしくは領域である領域（例えば、標的核酸に対して少なくとも７０、８０、９０、９５、９８、または１００％の同一性を有する）を含み、逆もまた同様である。
様々な実施形態において、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドは、本明細書に記載のものまたは２０００年４月１９日に出願されたＷＯ００／６３３６４、または１９９９年４月２１日に出願された米国特許出願第６０／１３０，３７７号に記載されたもの等の酵素的または化学的合成方法を使用してｉｎ ｖｉｔｒｏで作製される。他の実施形態において、ｉｎ ｖｉｔｒｏで合成されたＤＮＡ鎖は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏで作製されたＲＮＡ鎖と、ＤＮＡ鎖の細胞への形質転換の前、後または同時に複合化される。さらに他の実施形態において、ｄｓＲＮＡは、センス領域及びアンチセンス領域を含む単一環状核酸であるか、またはｄｓＲＮＡは、環状核酸、及び第２の環状核酸もしくは線状核酸のいずれかを含む（例えば、２０００年４月１９日に出願されたＷＯ００／６３３６４、または１９９９年４月２１日に出願された米国特許出願第６０／１３０，３７７号を参照されたい）例示的な環状核酸には、ヌクレオチドの遊離５’ホスホリル基がループバック様式で別のヌクレオチドの２’ヒドロキシル基に連結されるラリアト構造が含まれる。
他の実施形態において、該ｄｓＲＮＡは、対応する２’位が水素またはヒドロキシル基を含有する対応するｄｓＲＮＡと比較して、糖の２’位がハロゲン（フッ素基等）を含むか、またはｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｉｎ ｖｉｖｏでｄｓＲＮＡの半減期を増加させるアルコキシ基（例えば、メトキシ基）を含む１つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。さらに他の実施形態において、ｄｓＲＮＡは、天然に存在するホスホジエステル結合以外の隣接するヌクレオチド間に１つ以上の結合を含む。そのような結合の例には、ホスホラミド、ホスホロチオエート、及びホスホロジチオエート結合が含まれる。ｄｓＲＮＡはまた、米国特許第６，６７３，６６１号に教示されているような化学的に修飾された核酸分子であってもよい。他の実施形態において、ｄｓＲＮＡは、例えば２０００年４月１９日に出願されたＷＯ００／６３３６４、または１９９９年４月２１日に出願された米国特許出願第６０／１３０，３７７号で開示される通り、１つまたは２つのキャップ鎖を含有する。
他の実施形態において、ｄｓＲＮＡは、米国仮特許出願第６０／３９９，９９８号、米国仮特許出願第６０／４１９，５３２号、及びＰＣＴ／ＵＳ２００３／０３３４６６に記載のｄｓＲＮＡ分子と同様に、少なくとも部分的にＷＯ００／６３３６４に開示されるｄｓＲＮＡ分子のいずれかであり得る。これらの教示は、参照により本明細書に組み込まれる。該ｄｓＲＮＡのいずれかは、本明細書に記載の方法またはＷＯ００／６３３６４に記載されているような標準的方法を用いて、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで発現させることができる。
占有
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ＲＮａｓｅ Ｈを介して切断または標的核酸を生じさせる、またはＲＩＳＣ経路を介する切断または隔離をもたらすと予想されない。そのような特定の実施形態において、アンチセンス活性は、ハイブリダイズしたアンチセンス化合物の存在が標的核酸の活性を妨害する占有から生じ得る。そのような特定の実施形態において、アンチセンス化合物は均一に修飾されていてもよく、または修飾及び／または修飾ヌクレオシド及び未修飾ヌクレオシドの混合物を含んでいてもよい。
医薬組成物を処方するための組成物及び方法
アンチセンス化合物は、医薬組成物または製剤の調製のために、薬学的に許容される活性物質または不活性物質と混合することができる。組成物及び医薬組成物を製剤化するための方法は、投与経路、疾患の程度、または投与される用量を含むが、これらに限定されないいくつかの基準に依存する。
ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とするアンチセンス化合物は、アンチセンス化合物を適切な薬学的に許容される希釈剤または担体と組み合わせることによって、医薬組成物に利用することができる。特定の実施形態において、「医薬担体」または「賦形剤」は、１つまたは複数の核酸を動物に送達するための薬学的に許容される溶媒、懸濁化剤または任意の他の薬理学的に不活性な媒体である。賦形剤は、液体または固体であってもよく、核酸及び所与の医薬組成物の他の成分と組み合わせた場合に、所望の容積、濃度等を提供するように計画された投与方法を考慮して選択することができる。典型的な薬学的担体としては、結合剤（例えば、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドンまたはヒドロキシプロピルメチルセルロース等）、充填剤（ラクトース及び他の糖、微結晶セルロース、ペクチン、ゼラチン、硫酸カルシウム、エチルセルロース、ポリアクリル酸塩またはリン酸水素カルシウム等）、潤滑剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク、シリカ、コロイド状二酸化ケイ素、ステアリン酸、ステアリン酸金属塩、水素化植物油、コーンスターチ、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム等）、崩壊剤（例えば、デンプン、デンプングリコール酸ナトリウム等）、湿潤剤（例えば、ラウリル硫酸ナトリウム等）が挙げられるが、これらに限定されない。
非経口的または非経腸的投与に適した核酸と有害に反応しない薬学的に許容される有機または無機賦形剤もまた、本発明の組成物を処方するために使用することができる。適切な薬学的に許容される担体としては、水、塩溶液、アルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトース、アミロース、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドン等が挙げられるが、これらに限定されない。
薬学的に許容される希釈剤は、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）を含む。ＰＢＳは、非経口で送達される組成物における使用に適した希釈剤である。したがって、一実施形態において、本明細書に記載の方法で使用されるのは、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とするアンチセンス化合物及び薬学的に許容される希釈剤を含む医薬組成物である。特定の実施形態において、薬学的に許容される希釈剤はＰＢＳである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物はアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
アンチセンス化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含む動物への投与時に、生物学的に活性な代謝産物またはその残基を（直接的または間接的に）提供することができる、そのようなエステルの任意の薬学的に許容される塩、エステルもしくはそのようなエステルの塩、またはオリゴヌクレオチドを包含する。したがって、例えば、本開示は、アンチセンス化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、及び他の生物学的等価物を対象とする。好適な薬学的に許容される塩には、ナトリウム塩及びカリウム塩が含まれるが、これらに限定されない。
プロドラッグは、体内で内因性ヌクレアーゼによって切断されて活性アンチセンス化合物を形成するアンチセンス化合物の一方または両方の末端におけるさらなるヌクレオシドの組み込みを含み得る。
共役アンチセンス化合物
アンチセンス化合物は、得られたアンチセンスオリゴヌクレオチドの活性、細胞分布または細胞取り込みを増強する１つ以上の部分または共役体に共有結合させることができる。典型的な共役基には、コレステロール部分及び脂質部分が含まれる。追加の共役基には、炭水化物、リン脂質、ビオチン、フェナジン、葉酸塩、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素が含まれる。特定の実施形態において、共役体は炭水化物を含む。特定の実施形態において、共役基は、１つ以上のＮ−アセチルガラクトサミン（または「ＧａｌＮＡｃ」）部分を含む。特定の実施形態において、共役基は、１つ、２つまたは３つのＮ−アセチルガラクトサミン（または「ＧａｌＮＡｃ」）部分を含む。
アンチセンス化合物、テザー、共役リンカー、分岐基、リガンド、切断可能な部分、及び他の修飾のある特定のＧａｌＮＡｃ共役体、共役オリゴマー化合物の調製を教示する代表的な米国特許、米国特許出願公開、及び国際特許出願公開には、米国特許第５，９９４，５１７号、同第６，３００，３１９号、同第６，６６０，７２０号、同第６，９０６，１８２号、同第７，２６２，１７７号、同第７，４９１，８０５号、同第８，１０６，０２２号、同第７，７２３，５０９号、同第２００６／０１４８７４０号、同第２０１１／０１２３５２０号、国際公開第ＷＯ２０１３／０３３２３０号、ならびに同第ＷＯ２０１２／０３７２５４号及び同第ＷＯ２０１４０２２７３９号が含まれるが、これらに限定されず、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
特定のＧａｌＮＡｃ共役体、共役オリゴマー化合物、例えば共役体、共役アンチセンス化合物、テザー、共役リンカー、分岐基、リガンド、切断可能な部分、他の修飾の調製を教示する代表的な出版物には、ＢＩＥＳＳＥＮ ｅｔ ａｌ．，“Ｔｈｅ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅ ｏｆ ａ Ｔｒｉａｎｔｅｎｎａｒｙ Ｇａｌａｃｔｏｓｉｄｅ ｗｉｔｈ Ｈｉｇｈ Ａｆｆｉｎｉｔｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ：ａ Ｐｏｔｅｎｔ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｌｏｗｅｒｉｎｇ Ａｇｅｎｔ”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（１９９５）３８：１８４６−１８５２，ＢＩＥＳＳＥＮ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｃｌｕｓｔｅｒ Ｇａｌａｃｔｏｓｉｄｅｓ ｗｉｔｈ Ｈｉｇｈ Ａｆｆｉｎｉｔｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（１９９５）３８：１５３８−１５４６，ＬＥＥ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｗ ａｎｄ ｍｏｒｅ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ ｇｌｙｃｏ−ｌｉｇａｎｄｓ ｆｏｒ ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｏｆ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅｓ”Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ （２０１１）１９：２４９４−２５００，ＲＥＮＳＥＮ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｐｐｅｒ Ｓｉｚｅ Ｌｉｍｉｔ ｆｏｒ Ｕｐｔａｋｅ ａｎｄ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｏｆ Ｌｉｇａｎｄｓ ｂｙ ｔｈｅ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｏｎ Ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅｓ ｉｎ Ｖｉｔｒｏ ａｎｄ ｉｎ Ｖｉｖｏ”Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（２００１）２７６（４０）：３７５７７−３７５８４，ＲＥＮＳＥＮ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ｎ−Ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ−Ｔｅｒｍｉｎａｔｅｄ Ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄｓ ｆｏｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（２００４）４７：５７９８−５８０８，ＳＬＩＥＤＲＥＧＴ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ａｍｐｈｉｐｈｉｌｉｃ Ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ Ｇａｌａｃｔｏｓｉｄｅｓ ｆｏｒ Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（１９９９）４２：６０９−６１８，Ｒ．Ｔ．Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｗ ａｎｄ ｍｏｒｅ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ ｇｌｙｃｏ−ｌｉｇａｎｄｓ ｆｏｒ ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅ ｉｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｏｆ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅｓ，”Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１９（２０１１）２４９４−２５００，ａｎｄ Ｖａｌｅｎｔｉｊｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｏｌｉｄ−ｐｈａｓｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ｌｙｓｉｎｅ−ｂａｓｅｄ ｃｌｕｓｔｅｒ ｇａｌａｃｔｏｓｉｄｅｓ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ”Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３（２），７５９−７７０”が含まれるが、これらに限定されず、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
アンチセンス化合物はまた、アンチセンス化合物の一方または両方の末端に概して結合されて、例えばヌクレアーゼ安定性等の特性を向上させる１つ以上の安定化基を有するように修飾することもできる。安定化基には、キャップ構造が含まれる。これらの末端修飾は、エキソヌクレアーゼ分解から得た末端核酸を有するアンチセンス化合物を保護し、細胞内での送達及び／または局在化に役立つことができる。キャップは、５’末端（５’キャップ）または３’末端（３’キャップ）に存在し得るか、または両方の末端に存在し得る。キャップ構造は当該業界において公知であり、例えば逆デオキシ脱塩基キャップが含まれる。アンチセンス化合物の一方または両方の末端をキャップしてヌクレアーゼ安定性を付与するために使用することができるさらなる３’及び５’−安定化基には、２００３年１月１６日公開のＷＯ０３／００４６０２に開示されているものが含まれる。
細胞培養及びアンチセンス化合物処理
アンチセンス化合物がＡｐｏＣＩＩＩ核酸またはタンパク質のレベル、活性または発現に与える効果は、様々な細胞型でｉｎ ｖｉｔｒｏで試験を行うことができる。このような分析に使用する細胞型は、商業供給業者（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓｕｓ，ＶＡ、Ｚｅｎ−Ｂｉｏ，Ｉｎｃ．，Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｔｒｉａｎｇｌｅ Ｐａｒｋ，ＮＣ、Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から入手可能であり、市販の試薬（例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用して、供給業者の指示書に従って細胞を培養する。例示的な細胞型としては、ＨｅｐＧ２細胞、Ｈｅｐ３Ｂ細胞、Ｈｕｈ７細胞（肝細胞癌）、初代肝細胞、Ａ５４９細胞、ＧＭ０４２８１繊維芽細胞及びＬＬＣ−ＭＫ２細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
アンチセンスオリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏ試験
本明細書には、細胞をアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理するための方法を記載する。この方法には、他のアンチセンス化合物による処理のために、適宜変更を加えることができる。
一般に、細胞が培養物中で約６０〜８０％コンフルエンスに達した時に、アンチセンスオリゴヌクレオチドで細胞を処理する。
培養細胞にアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入するためによく使用される試薬の１つに、カチオン性脂質トランスフェクション試薬ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）がある。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＯＰＴＩ−ＭＥＭ（登録商標）１中のＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（登録商標）と混合し、所望の最終濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチド及び１００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドにつき典型的には２〜１２ｕｇ／ｍＬのＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（登録商標）濃度を達成する。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを培養細胞に導入するために使用される別の試薬は、ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ ２０００（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を含む。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＯＰＴＩ−ＭＥＭ（登録商標）１還元血清培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中のＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ ２０００（登録商標）と混合し、所望の濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチド及び１００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドにつき典型的には２〜１２ｕｇ／ｍＬのＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（登録商標）濃度を達成する。
培養細胞にアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入するために使用される別の試薬は、Ｃｙｔｏｆｅｃｔｉｎ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を含む。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＯＰＴＩ−ＭＥＭ（登録商標）１還元血清培地中のＣｙｔｏｆｅｃｔｉｎ（登録商標）と混合し、所望の濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチド及び１００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドにつき典型的には２〜１２ｕｇ／ｍＬのＣｙｔｏｆｅｃｔｉｎ（登録商標）濃度を達成する。
培養細胞にアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入するために使用される別の試薬は、Ｏｌｉｇｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）である。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＯｐｔｉ−ＭＥＭ（商標）１還元血清培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中でＯｌｉｇｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）と混合することで、１００ｎＭあたり約０．２対０．８μＬのＯｌｉｇｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）対オリゴヌクレオチド比を有する所望のアンチセンスオリゴヌクレオチド濃度を達成する。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを培養細胞に導入するために使用される別の試薬は、ＦｕＧＥＮＥ ６（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｃｏｒｐ．，Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）を含む。アンチセンスオリゴマー化合物を１ｍＬの無血清ＲＰＭＩ中のＦｕＧＥＮＥ ６と混合し、１００ｎＭ当たり１〜４μＬのＦｕＧＥＮＥ ６のＦｕＧＥＮＥ ６対オリゴマー化合物比を有する所望の濃度のオリゴヌクレオチドを達成した。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを培養細胞に導入するために使用される別の技術には、エレクトロポレーションが含まれる（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２００１）。
細胞は、常法により、アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理される。細胞は典型的にはアンチセンスオリゴヌクレオチド処理の１６〜２４時間後に採取され、その時点で、標的核酸のＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルが、当技術分野に知られておりかつ本明細書に記載する方法によって測定される。（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２００１）。一般に、複数の複製試料で処理を行う場合は、反復した処理の平均としてデータを表す。
使用されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度は、細胞株ごとに異なる。ある特定細胞株に関して最適なアンチセンスオリゴヌクレオチド濃度を決定するための方法は、当技術分野では周知である（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２００１）。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、典型的には、ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ２０００（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）、Ｌｉｐｏｆｅｃｔｉｎ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）またはＣｙｔｏｆｅｃｔｉｎ（商標）（Ｇｅｎｌａｎｔｉｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）でトランスフェクトされた場合に１ｎＭ〜３００ｎＭの範囲の濃度で使用される。エレクトロポレーションによるトランスフェクションの場合は、それより高い６２５ｎＭ〜２０，０００ｎＭの範囲の濃度で、アンチセンスオリゴヌクレオチドが使用される。
ＲＮＡ単離
ＲＮＡ分析は、全細胞ＲＮＡまたはポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡで行うことができる。ＲＮＡ単離の方法は、当該分野で周知である（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２００１）。ＲＮＡは、当技術分野において周知の方法を使って、例えば、製造者が推奨するプロトコルに従って、ＴＲＩＺＯＬ（登録商標）試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用することによって、調製される。
標的レベルまたは発現の阻害の解析
ＡｐｏＣＩＩＩ核酸のレベルまたは発現の阻害は、当技術分野で周知の様々な方法でアッセイすることができる。（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２００１）。例えば、標的核酸レベルは、例えばノーザンブロット分析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、または定量的リアルタイムＰＣＲによって定量化することができる。ＲＮＡ分析は、全細胞ＲＮＡまたはポリ（Ａ）＋ ｍＲＮＡに対して行うことができる。ＲＮＡ単離の方法は当技術分野では周知である。ノーザンブロット分析は、また当該技術分野では典型的なものである。定量的リアルタイムＰＣＲは、製造者の指示書に従って、ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡから入手可能な市販のＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）７６００、７７００、または７９００配列検出システムを使用して好都合に達成することができる。
標的ＲＮＡレベルの定量的リアルタイムＰＣＲ分析
標的ＲＮＡレベルの定量化は、製造業者の説明書に従ってＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）７６００、７７００、または７９００配列検出システム（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を用いて定量的リアルタイムＰＣＲによって達成することができる。定量的リアルタイムＰＣＲの方法は当技術分野で周知である。
リアルタイムＰＣＲの前に、単離されたＲＮＡは、逆転写酵素（ＲＴ）反応に供され、リアルタイムＰＣＲ増幅のための基質として使用される相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を生成する。ＲＴ及びリアルタイムＰＣＲ反応は、同じサンプルウェル中で連続的に実施する。ＲＴ及びリアルタイムＰＣＲ試薬は、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）から入手する。ＲＴリアルタイムＰＣＲ反応は、当業者に周知の方法によって実施される。
リアルタイムＰＣＲによって得られる遺伝子（またはＲＮＡ）標的量は、シクロフィリンＡ等の、発現が一定である遺伝子の発現レベルのいずれかを用いて、またはＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｉｎｃ．Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を用いて全ＲＮＡを定量することによって正規化することができる。シクロフィリンＡの発現は、リアルタイムＰＣＲによって、多重化を標的と同時にまたは別個に実行することによって定量化する。全ＲＮＡは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）ＲＮＡ定量試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を用いて定量される。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によるＲＮＡ定量化の方法は、Ｊｏｎｅｓ，Ｌ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ，（Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１９９８，２６５，３６８−３７４）に教示されている。ＣＹＴＯＦＬＵＯＲ（登録商標）４０００機器（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）は、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）蛍光を測定するために使用する。
プローブ及びプライマーは、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸にハイブリダイズするように設計する。リアルタイムＰＣＲプローブ及びプライマーの設計方法は、当該分野で周知であり、ＰＲＩＭＥＲ ＥＸＰＲＥＳＳ（登録商標）ソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）等のソフトウェアの使用を含んでもよい。
ＲＴ、リアルタイムＰＣＲによって得られた遺伝子標的量は、ＧＡＰＤＨまたはＣｙｃｌｏｐｈｉｌｉｎ Ａいずれかの発現レベル、発現が一定である遺伝子、またはＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（商標）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）による全ＲＮＡの定量化を用いることができる。ＧＡＰＤＨまたはシクロフィリンＡの発現は、ＲＴ、リアルタイムＰＣＲにより、多重化を標的と同時に、または別個に実行することによって定量化することができる。ＲｉｂｏＧｒｅｅｎ（商標）ＲＮＡ定量試薬（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）を用いて全ＲＮＡを定量化した。
タンパク質レベルの分析
ＡｐｏＣＩＩＩ核酸のアンチセンス阻害は、ＡｐｏＣＩＩＩタンパク質レベルを測定することによって評価することができる。ＡｐｏＣＩＩＩのタンパク質レベルは、免疫沈降、ウエスタンブロット分析（イムノブロッティング）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、定量タンパク質アッセイ、タンパク質活性アッセイ（例えば、カスパーゼ活性アッセイ）、免疫組織化学、免疫細胞化学または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）等の当該技術分野で周知の様々な方法で評価または定量化することができる（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２００１）。標的に対する抗体を同定し、抗体のＭＳＲＳカタログ（Ａｅｒｉｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＭＩ）等の種々のソースから得ることができるか、または当該技術で周知の従来のモノクローナルまたはポリクローナル抗体生成法で調製することができる。ヒト及びマウスＡｐｏＣＩＩＩの検出に有用な抗体は市販されている。
アンチセンス化合物のｉｎ ｖｉｖｏ試験
ＡｐｏＣＩＩＩの発現を阻害し、表現型の変化を起こす能力を評価するために、アンチセンス化合物、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドの試験を動物で行う。正常な動物、または実験的疾患モデルで、試験を実施してもよい。動物への投与では、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、リン酸緩衝生理食塩水等の薬学的に許容される希釈剤中で製剤化する。投与には、非経口経路による投与が含まれる。アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与量及び投薬頻度の計算は、投与経路及び動物の体重等の要因に依存する。アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いた治療期間の後、ＲＮＡを組織から単離し、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸発現の変化を測定する。ＡｐｏＣＩＩＩタンパク質レベルの変化も測定する。
特定の適応症
リポジストロフィー（全身性リポジストロフィーまたは部分的リポジストロフィー）患者におけるＡｐｏＣＩＩＩ阻害の新規効果が同定され、本明細書に開示されている。以下に開示する実施例は、リポジストロフィー患者の他のバイオマーカーの中でＴＧの低下及びＨＤＬの増加を開示する。
特定の実施形態において、リポジストロフィー対象を治療する方法であって、本明細書に記載の１つ以上の医薬組成物を投与することを含む、方法が本明細書に提供される。特定の実施形態において、医薬組成物はＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンス化合物を含む。
特定の実施形態において、リポジストロフィーを有する対象へのＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的にするアンチセンス化合物の投与は、少なくとも約１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、もしくは９９％、またはこれらの値のいずれか２つによって定義される範囲のＡｐｏＣＩＩＩ発現の減少をもたらす。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩの発現は、≦５０ｍｇ／Ｌ、≦６０ｍｇ／Ｌ、≦７０ｍｇ／Ｌ、≦８０ｍｇ／Ｌ、≦９０ｍｇ／Ｌ、≦１００ｍｇ／Ｌ、≦１１０ｍｇ／Ｌ、≦１２０ｍｇ／Ｌ、≦１３０ｍｇ／Ｌ、≦１４０ｍｇ／Ｌ、≦１５０ｍｇ／Ｌ、≦１６０ｍｇ／Ｌ、≦１７０ｍｇ／Ｌ、≦１８０ｍｇ／Ｌ、≦１９０ｍｇ／Ｌまたは≦２００ｍｇ／Ｌに低下する。
特定の実施形態において、対象はリポジストロフィーに関連する疾患または障害を有する。特定の実施形態において、対象は全身性リポジストロフィーに関連する疾患または障害を有する。特定の実施形態において、対象は部分的リポジストロフィーに関連する疾患または障害を有する。特定の実施形態において、疾患または障害は、リポジストロフィーを有する対象における心血管疾患または代謝疾患もしくは障害でである。特定の実施形態において、心血管疾患または障害として、動脈瘤、狭心症、不整脈、アテローム性動脈硬化症、脳血管疾患、冠状動脈性心疾患、高血圧、異脂肪血症、高脂血症、高トリグリセリド血症、高コレステロール血症、脳卒中等が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、代謝疾患または障害として、高血糖、前糖尿病、糖尿病（Ｉ型及びＩＩ型）、肥満、インスリン抵抗性、メタボリックシンドローム及び糖尿病性脂質異常症が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、疾患または障害は、リポジストロフィーを有する対象における高トリグリセリド血症である。特定の実施形態において、疾患または障害は、リポジストロフィーを有する対象における膵炎である。特定の実施形態において、疾患または障害は、リポジストロフィーを有する対象におけるＮＡＦＬＤまたはＮＡＳＨである。特定の実施形態において、疾患または障害は、リポジストロフィーを有する対象における肝硬変または肝細胞癌である。
特定の実施形態において、本明細書に記載のＡｐｏＣＩＩＩを標的とする化合物は、リポジストロフィーを有する対象における膵炎、心血管疾患または代謝疾患もしくは障害の生理学的マーカーまたは表現型を調節する。特定の実施形態において、化合物は、未治療動物と比較して、生理学的マーカーまたは表現型を増加または減少させることができる。特定の実施形態において、生理学的マーカーまたは表現型の増加または減少は、本明細書に記載の化合物によるＡｐｏＣＩＩＩの阻害に関連する。
特定の実施形態において、生理学的マーカーまたは心血管疾患もしくは障害の表現型を定量化することができる。例えば、ＴＧまたはＨＤＬレベルは、例えば、標準脂質試験によって測定及び定量化することができる。特定の実施形態において、生理学的マーカーまたはＨＤＬのような表現型は、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または９９％、またはこれらの値のいずれか２つによって定義される範囲で増加し得る。特定の実施形態において、生理学的マーカーまたはＴＧ（食後または空腹時）のような表現型は、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または９９％、またはこれらの値のいずれか２つによって定義される範囲で減少し得る。特定の実施形態において、ＴＧ（食後または空腹時）は≦１００ｍｇ／ｄＬ、≦１１０ｍｇ／ｄＬ、≦１２０ｍｇ／ｄＬ、≦１３０ｍｇ／ｄＬ、≦１４０ｍｇ／ｄＬ、≦１５０ｍｇ／ｄＬ、≦１６０ｍｇ／ｄＬ、≦１７０ｍｇ／ｄＬ、≦１８０ｍｇ／ｄＬ、≦１９０ｍｇ／ｄＬ、≦２００ｍｇ／ｄＬ、≦２１０ｍｇ／ｄＬ、≦２２０ｍｇ／ｄＬ、≦２３０ｍｇ／ｄＬ、≦２４０ｍｇ／ｄＬ、≦２５０ｍｇ／ｄＬ、≦２６０ｍｇ／ｄＬ、≦２７０ｍｇ／ｄＬ、≦２８０ｍｇ／ｄＬ、≦２９０ｍｇ／ｄＬ、≦３００ｍｇ／ｄＬ、≦３５０ｍｇ／ｄＬ、≦４００ｍｇ／ｄＬ、≦４５０ｍｇ／ｄＬ、≦５００ｍｇ／ｄＬ、≦５５０ｍｇ／ｄＬ、≦６００ｍｇ／ｄＬ、≦６５０ｍｇ／ｄＬ、≦７００ｍｇ／ｄＬ、≦７５０ｍｇ／ｄＬ、≦８００ｍｇ／ｄＬ、≦８５０ｍｇ／ｄＬ、≦９００ｍｇ／ｄＬ、≦９５０ｍｇ／ｄＬ、≦１０００ｍｇ／ｄＬ、≦１１００ｍｇ／ｄＬ、≦１２００ｍｇ／ｄＬ、≦１３００ｍｇ／ｄＬ、≦１４００ｍｇ／ｄＬ、≦１５００ｍｇ／ｄＬ、≦１６００ｍｇ／ｄＬ、≦１７００ｍｇ／ｄＬ、≦１８００ｍｇ／ｄＬまたは≦１９００ｍｇ／ｄＬに低下する。
特定の実施形態において、生理学的マーカーまたは代謝疾患もしくは障害の表現型を定量化することができる。例えば、グルコースレベルまたはインスリン抵抗性は、当該分野で公知の標準試験によって測定及び定量化することができる。特定の実施形態において、グルコースレベルまたはインスリン抵抗性のような生理学的マーカーまたは表現型は、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または９９％、またはこれらの値のいずれか２つによって定義される範囲で減少し得る。特定の実施形態において、インスリン感受性のような生理学的マーカー表現型は、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または９９％、またはこれらの値のいずれか２つによって定義される範囲で増加し得る。
また、本明細書に記載の化合物でリポジストロフィーを有する対象の疾患または障害に関連する症状を予防、治療または改善するための方法が本明細書において提供される。特定の実施形態において、リポジストロフィーに伴う症状または疾患の発症率を低下させるための方法が提供される。特定の実施形態において、リポジストロフィーに関連する症状または疾患の重症度を低下させる方法が提供される。そのような実施形態において、本方法は、リポジストロフィーを有する個体に、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とする治療的に有効な量の化合物を投与することを含む。特定の実施形態において、疾患または障害は、膵炎または心血管疾患または代謝疾患もしくは障害である。
心血管疾患または障害は、多数の身体的症状を特徴とする。心血管疾患と関連した当業者に既知の任意の症状は、予防、治療、改善され得るか、さもなければ上記の方法で調節され得る。特定の実施形態において、症状は、アンギナ、胸痛、息切れ、動悸、弱さ、めまい、吐き気、発汗、頻脈、徐脈、不整脈、心房細動、下肢の腫脹、チアノーゼ、疲労、失神、顔のしびれ、手足のしびれ、筋肉の跛行または痙攣、腹部膨満、または発熱のいずれかで有り得るが、これらに限定されない。
代謝疾患または障害は、多数の身体的症状を特徴とする。代謝性障害と関連した当業者に既知の任意の症状は、予防、治療、改善され得るか、さもなければ上記の方法で調節され得る。特定の実施形態において、症状は過剰尿の生成（多尿）、過度の渇き及び体液摂取の増加（多飲）、視力の鈍化、原因不明の体重減少及び嗜眠のいずれかで有り得るが、これらに限定されない。
膵炎は数多くの身体的症状を特徴とする。膵炎と関連した当業者に既知の任意の症状は、予防、治療、改善され得るか、さもなければ上記の方法で調節され得る。特定の実施形態において、症状は、腹痛、嘔吐、悪心、及び圧力に対する腹部の感受性のいずれかであり得るが、これらに限定されない。
特定の実施形態において、リポジストロフィーを有する対象を治療する方法であって、治療的に有効な量の本明細書に記載の１つまたは複数の医薬組成物を投与することを含む、方法が提供される。特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩ核酸を標的とする治療的に有効な量のアンチセンス化合物の投与には、アンチセンス化合物に対する対象の応答を決定するために、リポジストロフィーに関連するＡｐｏＣＩＩＩレベルまたは疾患マーカーのモニタリングを伴う。アンチセンス化合物の投与に対する対象の応答は、治療的介入の量及び持続時間を決定するために医師が使用する。
特定の実施形態において、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンス化合物を含む医薬組成物は、リポジストロフィーを有する対象を治療するための医薬品の調製のために使用される。
投与
本発明の化合物または医薬組成物は、局所的または全身的治療が所望されるかどうか、及び治療される領域に応じて、多くの方法で投与することができる。投与は、経口または非経口投与であり得る。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物及び組成物は、非経口的に投与される。非経口投与には、静脈内、動脈内、皮下、腹腔内または筋肉内の注射または注入が含まれる。
特定の実施形態において、非経口投与は輸液によるものである。輸液は、長期輸液、または、連続輸液、または短期輸液、または間欠輸液であり得る。特定の実施形態において、注入された医薬品はポンプで送達される。特定の実施形態において、輸液は、静脈注射によるものである。
特定の実施形態において、非経口投与は注射によるものである。注入物は注射器またはポンプで送達することできる。特定の実施形態において、注射はボーラス注射である。特定の実施形態において、注射は、組織または器官に直接投与される。特定の実施形態において、非経口投与は皮下投与である。
特定の実施形態において、非経口投与のための剤形は、緩衝剤、希釈剤、ならびに浸透増強剤、担体化合物及び他の薬学的に許容される担体または賦形剤を含むがこれらに限定されない、他の好適な添加剤をさらに含有する無菌水溶液を含んでもよい。
特定の実施形態において、本発明の化合物または組成物の経口投与のための製剤として、水または非水性媒体中の医薬担体、賦形剤、粉末または顆粒、微粒子、ナノ粒子、懸濁液または溶液、カプセル、ゲルカプセル、小袋、錠剤またはミニ錠剤が挙げられるが、これらに限定されない。増粘剤、香味剤、希釈剤、乳化剤、分散補助剤、または結合剤が所望でされ得る。特定の実施形態において、経口製剤は、本発明の化合物が１種以上の浸透増強剤、界面活性剤及びキレート剤と共に投与されるものである。
投薬
特定の実施形態において、医薬組成物は、所望の効果を達成するために投薬レジメンを選択することができる投薬レジメン（例えば、用量、投与頻度及び期間）に従って投与される。所望の効果は、例えば、ＡｐｏＣＩＩＩの減少、またはリポジストロフィーに関連する疾患または状態の予防、軽減、改善またはその進行の遅延であり得る。
特定の実施形態において、投薬レジメンの変数は、対象において所望の濃度の医薬組成物をもたらすように調整される。投与レジメンに関して使用される「濃度の医薬組成物」は、医薬組成物の化合物、オリゴヌクレオチド、または活性成分を指すことができる。例えば、特定の実施形態において、用量及び投与頻度は、所望の効果を達成するのに十分な量で医薬組成物の組織濃度または血漿濃度を提供するように調整される。
投薬は、処置される病態の重症度及び応答性に依存し、一連の治療は数日〜数ヵ月間、または治癒が達成されるまで、または病態の減少が達成されるまで継続する。投薬は薬物の効力及び代謝にも依存する。特定の実施形態において、投薬量は、体重１ｋｇあたり０．０１μｇ〜１００ｍｇ、または０．００１ｍｇ〜１０００ｍｇの投薬の範囲内であり、毎日、毎週、毎月、もしくは毎年１回以上、または２〜２０年に１回投与してもよい。治療が成功した後、病態の再発を防止するために患者は維持療法を受けることが望ましく、この場合、オリゴヌクレオチドは、１日１回以上〜２０年に１回、体重１ｋｇ当たり０．０１μｇ〜１００ｍｇの維持用量の範囲で、または０．００１ｍｇ〜１０００ｍｇの範囲で投与される。
特定の併用療法
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物を含む第１の薬剤は、１つ以上の第２の薬剤と同時投与される。特定の実施形態において、そのような第２の薬剤は、本明細書に記載の第１の薬剤と同じ疾患、障害または状態を治療するように設計されている。特定の実施形態において、そのような第２の薬剤は、本明細書に記載の第１の薬剤と異なる疾患、障害または状態を治療するように設計されている。特定の実施形態において、第１の薬剤は、第２の薬剤の望ましくない副作用を治療するように設計される。特定の実施形態において、第２の薬剤は、第１の薬剤の望ましくない効果を治療するために、第１の薬剤と同時投与される。特定の実施形態において、そのような第２の薬剤は、本明細書に記載の１つ以上の医薬組成物の望ましくない副作用を治療するように設計される。特定の実施形態において、第２の薬剤を第１の薬剤と同時投与して組合せ効果をもたらす。特定の実施形態において、第２の薬剤を第１の薬剤と同時投与して相乗効果をもたらす。特定の実施形態において、第１及び第２の薬剤の共投与は、薬剤が独立した治療として投与された場合に治療効果または予防効果を達成するために必要とされる用量よりも低い用量の使用を可能にする。特定の実施形態において、第１の薬剤は、第２の薬剤に失敗または非応答性になった対象に投与される。特定の実施形態において、第１の薬剤は、第２の薬剤の代わりに対象に投与される。
特定の実施形態において、本明細書に記載される１つ以上の組成物及び１つ以上の他の薬剤が同時に投与される。特定の実施形態において、本発明１つ以上の組成物及び１つ以上の他の薬剤が異なる時点で投与される。特定の実施形態において、本明細書に記載される１つ以上の組成物及び１つ以上の他の薬剤は、単一の製剤で一緒に調製される。特定の実施形態において、本明細書に記載される１つ以上の組成物及び１つ以上の他の薬剤は、別々に調製される。
特定の実施形態において、第２の薬剤として、成長ホルモン放出因子（ＧＲＦ）、レプチン置換剤、ＡｐｏＣＩＩＩ低下剤、ＤＧＡＴ１阻害剤、コレステロール低下剤、非ＨＤＬ脂質低下（例えば、ＬＤＬ）剤、ＨＤＬ上昇剤、魚油、ナイアシン（ニコチン酸）、フィブラート、スタチン、ＤＣＣＲ（ジアゾキシドの塩）、グルコース低下剤または抗糖尿病剤が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、第１の薬剤は、最大許容用量の第２の薬剤と組み合わせて投与される。特定の実施形態において、第１の薬剤は、最大許容用量の第２の薬剤に応答しない対象に投与される。
レプチン置換剤の例は、Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）である。
成長ホルモン放出因子（ＧＲＦ）の例は、Ｅｇｒｉｆｔａ（登録商標）である。
ＡｐｏＣＩＩＩ低下剤として、第１の薬剤、フィブラートまたはＡｐｏＢアンチセンスオリゴヌクレオチドとは異なるＡｐｏＣＩＩＩアンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられる。
ＤＧＡＴ１阻害剤の例として、ＬＣＱ９０８（Ｎｏｖａｒｔｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）が挙げられる。
グルコース低下剤及び／または抗糖尿病剤の例として、治療的なライフスタイルの変化、ＰＰＡＲアゴニスト、ジペプチジルペプチダーゼ（ＩＶ）阻害剤、ＧＬＰ−１類似体、インスリンまたはインスリン類似体、インスリン分泌促進剤、ＳＧＬＴ２阻害剤、ヒトアミリン類似体、ビグアニド、α−グルコシダーゼ阻害剤、メトホルミン、スルホニルウレア、ロシグリタゾン、メグリチニド、チアゾリジンジオン、α−グルコシダーゼ阻害剤等が挙げられるが、これらに限定されない。スルホニル尿素は、アセトヘキサミド、クロルプロパミド、トルブタミド、トラザミド、グリメピリド、グリピジド、グリブリド、またはグリクラジドで有り得る。メグリチニドは、ナテグリニドまたはレパグリニドで有り得る。チアゾリジンジオンは、ピオグリタゾンまたはロシグリタゾンで有り得る。α−グルコシダーゼは、アカルボースまたはミグリトールで有り得る。
コレステロールまたは脂質低下療法には、治療的なライフスタイルの変化、スタチン、胆汁酸の金属イオン封鎖剤、ニコチン酸及びフィブラートが含まれ得るが、これらに限定されない。スタチンは、アトルバスタチン、フルバスタチン、ロバスタチン、プラバスタチン、ロスバスタチン及びシンバスタチン等で有り得る。胆汁酸捕捉剤は、コレセベラム、コレスチラミン、コレスチポール等で有り得る。フィブラートは、ゲムフィブロジル、フェノフィブレート、クロフィブラート等で有り得る。治療的なライフスタイルの変化は、食物の脂肪制限で有り得る。
ＨＤＬ増加剤には、コレステリルエステルトランスファータンパク質（ＣＥＴＰ）阻害薬（Ｔｏｒｃｅｔｒａｐｉｂ等）、ペルオキシソーム増殖活性化受容体アゴニスト、Ａｐｏ−Ａ１、ピオグリタゾン等が含まれる。
特定の治療集団
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物、組成物及び方法は、リポジストロフィーを有する対象を治療するのに有用である。リポジストロフィーを有する対象は、膵炎、心血管疾患及び代謝疾患の重大なリスクにさらされている。これらの対象では、再発性膵炎は、衰弱性のかつ潜在的に致命的な合併症であり、他の臨床的後遺症には、アテローム性動脈硬化症及び糖尿病の増加傾向が含まれる。
リポジストロフィー症候群は、肝臓及び筋肉における異所性脂肪沈着ならびにインスリン抵抗性、糖尿病、異脂肪血症及び脂肪肝疾患の発症をもたらす脂肪組織の選択的喪失を特徴とする珍しい代謝疾患群である。これらの症候群は、根本的な病因（遺伝性または後天性）及び全身性または部分的リポジストロフィーへの脂肪の喪失の分布に従って分類される（Ｇａｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ Ｍｅｔａｂ，２０１１，９６：３３１３−３３２５、Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒ Ｐｒａｃｔ，２０１０，１６：３１０−３２３、Ｓｉｍｈａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｌｉｐｉｄｏｌ，２００６，１７（２）：１６２−１６９、Ｇａｒｇ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，２００４，３５０：１２２０−１２３４）。
Ａ．全身性リポジストロフィー
全身性リポジストロフィーは１００万人に１人の罹患率を有する（Ｇａｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ Ｍｅｔａｂ，２０１１，９６：３３１３−３３２５）。先天性全身性リポジストロフィー（ＣＧＬ）は、遺伝性リポジストロフィーの主なサブタイプであり、１万人に１人の罹患率を有する（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｒａｒｅ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ ［ＮＯＲＤ］，Ｔｈｅ Ｐｈｙｓｉｃｉａｎ’ｓ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｌｉｐｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ，２０１２）。ＣＧＬの診断は、通常、出生時に行われ、約３００例が報告されている。後天性全身性リポジストロフィーは、通常小児期または青年期に発現し、約１００の例で報告されている。脂肪の損失の正確なメカニズムは不明であるが、５０％は特発性であり、２５％は脂肪織炎が先行し、２５％は関連する自己免疫疾患（すなわち、若年性皮膚筋炎）を有する。全身的リポジストロフィーの臨床表現型は、皮下及び内臓脂肪の全損失、低いレベルのレプチン及びアディポネクチン、高インスリン血症、糖尿病、高トリグリセリド血症及び非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）を含む。ＣＧＬでは肝硬変がより一般的である。
Ｂ．部分的リポジストロフィー
部分的リポジストロフィーは、ウルトラオーファン適応症であるが、これに対する重要な医学的ニーズは満たされていない。この状態に関連する糖尿病及び／または高トリグリセリド血症は、重篤な合併症、すなわち、特にトリグリセリドレベルが１０００ｍｇ／ｄＬを超える場合の急性膵炎、制御されない糖尿病による進行性微小血管合併、脂質異常及びインスリン抵抗性による進行性心血管疾患、肝硬変に進行し得る脂肪性肝炎、及び／または最終段階の腎疾患に進行し得るタンパク性腎症を引き起こす可能性がある（Ｈａｎｄｅｌｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，２０１３；１９（１）：１０７−１１６）。
部分的リポジストロフィーは全身性リポジストロフィーよりも高い罹患率を有し得るが、これらの患者の診断は概して不十分であるため、真の罹患率は未知である（Ｇａｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ Ｍｅｔａｂ，２０１１，９６：３３１３−３３２５、Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒ Ｐｒａｃｔ，２０１０，１６：３１０−３２３）。
部分的リポジストロフィーには、遺伝型と後天性型の両方が存在する。後天性リポジストロフィーは、投薬、自己免疫メカニズムまたはその他の未知のメカニズム（特発性）によって引き起こされる。プロテアーゼ阻害剤でヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に罹患している患者に見られる後天性形態は、部分的リポジストロフィーの最も一般的な形態となり、米国ではこの患者が約１０万人おり、他の国ではさらに多くの患者がいると推定される。
約２５０例で部分的リポジストロフィー（ＡＰＬ、バラキア・シモンズ症候群）が報告されている。疾患の発症は、通常、１５歳以前に起こる。皮下脂肪喪失は患者の顔面から徐々に始まり、下方に広がり、ほとんどの患者は、顔、首、上肢、胴体の脂肪を損失し、腹部及び下肢の萎縮を伴う。脂肪組織の喪失は、相補体３及び相補体３−腎炎因子の血清レベルが低いことから証明されるように、自己免疫介在性である可能性がある。代謝合併症はまれであるが、患者の１／５は膜増殖性糸球体腎炎を発症する。
１９７０年代にＫｏｂｂｅｒｌｉｎｇ及びＤｕｎｎｉｇａｎによって独立して説明された家族性部分的リポジストロフィー（ＦＰＬ）は、遺伝性部分的リポジストロフィーの最も一般的なサブタイプである（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｒａｒｅ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ［ＮＯＲＤ］，Ｔｈｅ Ｐｈｙｓｉｃｉａｎ’ｓ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｌｉｐｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ，２０１２）。ＦＰＬは、根本的な遺伝子変異（６つのＦＰＬサブタイプ及び５つの遺伝子の突然変異が同定されている）によって分化したいくつかのサブタイプを包含する。ＦＰＬ１型、Ｋｏｂｂｅｒｌｉｎｇ型は、少数の個体で報告されており、その分子的基礎は不明である。ＦＰＬ２型、Ｄｕｎｎｉｇａｎ型は、最も一般的な形態で、最も特徴付けられた障害であり、Ａ及びＣ ＬＭＮＡ遺伝子のミスセンス突然変異に起因する。ＦＰＬ３型は３０人の患者で報告されており、ＰＰＡＲγ遺伝子の突然変異に起因する。ＦＰＬ４型は５人の患者で報告されており、ＰＬＩＮ１遺伝子の突然変異に起因する。ＦＰＬ５型は、インスリン抵抗性及び糖尿病を呈する家族の４人のメンバーに報告されており、ＡＫＴ２遺伝子の突然変異に起因する。最後のサブタイプである常染色体劣性ＦＰＬは、近年、ＣＩＤＥＣにおけるホモ接合突然変異を有する１人の患者で同定された。ＦＰＬを有するいくつかの個体は、これらの遺伝子のいずれかに突然変異を有しておらず、さらなる同定されていない遺伝子がその障害を引き起こし得ることを示唆している。
部分的リポジストロフィーの診断は、主に臨床的であり、インスリン抵抗性（顕性糖尿病の有無に関わらず）、高トリグリセリド血症の形態の重大な脂質異常症、及び脂肪肝を示す患者において考慮する必要がある（Ｈｕａｎｇ−Ｄｏｒａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ，２０１０，２０７：２４５−２５５）。患者はしばしば、高用量のインスリンを必要とする糖尿病及び重篤なインスリン抵抗性を呈する。重度のインスリン抵抗性の他の証拠は、真皮紅斑及び多嚢胞性卵巣症候群（高アンドロゲン症及び卵巣摘出のような症状を伴う）の存在によってもたらされる。一部の患者は重度の高トリグリセリド血症を発症し、その結果膵炎が発症する。多くの患者において、トリグリセリド（ＴＧ）レベルは、完全に最適化された療法またはダイエットの改変にも関わらず依然として上昇したままである。肝腫脹及び／またはトランスアミナーゼの上昇による肝脂肪症または脂肪性肝炎の放射線写真による証明は、珍しいことではない（Ｈａｎｄｅｌｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，２０１３，１９（１）：１０７−１１６）。他のサブタイプと比較して、ＦＰＬタイプ３は、より軽度の代謝異常を有していると考えられる。これらの患者はまた、異常なＬＨ／ＦＳＨ分泌及び妊娠の問題ならびに心血管及び腎臓の病状を有し得る（Ｈａｎｄｅｌｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，２０１３，１９（１）：１０７−１１６）。Ｄｕｎｎｉｇａｎ型の患者は、冠状動脈疾患及び他のタイプのアテローム硬化性血管疾患のリスクが高い。非常にまれではあるが、ＬＭＮＡ遺伝子の特定の突然変異を有する患者は、心筋症及びそれに伴う合併症、うっ血性心不全ならびに伝導欠陥のリスクが高い。
視覚的及び身体的検査による脂肪分布の慎重な臨床評価により、診断を確認することができる。ＦＰＬ患者は、四肢及び股関節領域の皮下脂肪が減少し、頚部、顔面及び腹腔内領域に過剰な皮下脂肪沈着を有する可能性がある。Ｄｕｎｎｉｇａｎ型の患者は、小児期に体脂肪分布が正常であり、思春期に四肢及び胴体から徐々に皮下脂肪を失う。女性では、脂肪の損失は、臀部や臀部で最も顕著である可能性がある。同時に、これらの患者は、顔面（「二重顎」）及び首及び上背（「野牛肩を有するクッシング様外観」）に脂肪を蓄積する。Ｋｏｂｂｅｒｌｉｎｇ型では、脂肪の損失は概して腕と脚に限られている。ＰＰＡＲガンマ変異を有する患者において、急速な損失は、大腿部及び腕部よりも子宮及び前腕においてより遠位の分布がより顕著である。ＰＬＩＮ１変異を有する患者において、脂肪損失は下肢及び臀部においてより顕著であった。ＡＫＴ２変異を有する患者において、脂肪損失は腕及び脚においてより顕著である。脂肪組織の損失の程度は、通常、代謝異常の重症度を決定する。患者は、四肢に顕著な筋肉及び肥厚（拡大した静脈）を示し、不相応な過食症を訴える。女性の状態は男性よりも容易に認められ、より頻繁に報告されている。患者はまた、同様の身体的外観及び／または脂肪の損失の家族歴も有することがある。
遺伝子検査が可能な場合は、確認が必要である（Ｈｅｇｅｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ，２００７，４８：１４３３−１４４４、Ｇａｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ Ｍｅｔａｂ，２０１１，９６：３３１３−３３２５、Ｈｕａｎｇ−Ｄｏｒａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ，２０１０，２０７：２４５−２５５）。
Ｃ．現在利用可能なリポジストロフィーの治療法
リポジストロフィーのための現在の治療には、カロリー摂取を減少させるライフスタイルの改変及び運動によるエネルギー消費の増加が含まれる。重度のインスリン抵抗性（例えば、メトホルミン、チアゾリジンジオン、ＧＬＰ−１ｓ、インスリン）、及び／または高ＴＧ（例えば、フィブラート、魚油）を治療するために使用される従来の治療法は、これらの患者においてあまり有効ではない（Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒ Ｐｒａｃｔ，２０１０，１６：３１０−３２３）。
ＨＩＶ関連リポジストロフィーの患者では、過剰腹部脂肪を減らすために市販されているＥｇｒｉｆｔａ（登録商標）（テサモレリン）を利用する（Ｅｇｒｉｆｔａ（登録商標）Ｐａｃｋａｇｅ Ｉｎｓｅｒｔ，２０１３）。成長ホルモン放出因子であるＥｇｒｉｆｔａ（登録商標）は、８１６人のＨＩＶ感染成人男性及びリポジストロフィー及び過剰腹部脂肪を伴う女性が関わる２つの臨床試験で評価された。Ｅｇｒｉｆｔａ（登録商標）は、プラセボと比較して、ＣＴスキャンによって測定される腹部脂肪の減少が大きいことを示した。一部の患者では、自己イメージの改善が報告されている（Ｅｇｒｉｆｔａ（登録商標）Ｐａｃｋａｇｅ Ｉｎｓｅｒｔ、２０１３）。
全身性リポジストロフィーの患者では、代謝合併症はレプチン欠乏症に関連している。先天性または後天性全身性リポジストロフィー（Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）Ｐａｃｋａｇｅ Ｉｎｓｅｒｔ，２０１４）患者の食事に加えて、レプチン欠乏の合併症を治療するためのレプチン補充療法として、Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）（メトレレプチン）が承認されている。糖尿病、高ＴＧ、及び空腹時インスリンレベルの上昇を伴う７２人の患者（全身性リポジストロフィー患者４８人及び部分的リポジストロフィー患者２４人）を含むＮＩＨで行われた２件の非盲検試験で、Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）の安全性及び有効性が評価された。Ｍｙａｌｐｔ（登録商標）は、ＨｂＡ１ｃ、空腹時グルコース及びトリグリセリドの低減に有効であった（Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標），ＦＤＡ Ｂｒｉｅｆｉｎｇ Ｄｏｃｕｍｅｎｔ，２０１３、Ｏｒａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，２００２，３４６：５７０−５７８、Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒ Ｐｒａｃｔ，２０１１，１７（６）：９２２−９３２）。
部分的リポジストロフィーの患者では、Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）はＮＩＨ実施の臨床試験でより多様で弱い反応を示した。全身性リポジストロフィーを有する患者は全て、平均レプチン値［平均ＳＤ：１．３（１．１）ｎｇ／ｍＬ］が低かったが、部分的リポジストロフィー患者はベースラインレプチン値がより広い範囲であった［平均（ＳＤ）：４．９（３．１）ｎｇ／ｍＬ］。部分的リポジストロフィー患者では、ベースラインのレプチン濃度が低い患者で代謝変数のさらなる改善が認められた。例えば、部分的リポジストロフィー及び低レプチン値の患者では、１２ヵ月目のＨｂＡ１ｃのベースラインからの平均変化は−０．９％であったが、部分的リポジストロフィー及びより高レプチン値の患者ではわずか−０．１％であった（Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）、ＦＤＡ Ｂｒｉｅｆｉｎｇ Ｄｏｃｕｍｅｎｔ，２０１３）。
安全上の懸念から、Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）は、リスク評価及び緩和戦略（ＲＥＭＳ）プログラムを介してのみ利用可能であるが、それには処方薬及び薬局の証明書及び特別な書類（Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標），ＦＤＡ Ｂｒｉｅｆｉｎｇ Ｄｏｃｕｍｅｎｔ，２０１３； Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｄｏｃｒ Ｐｒａｃｔ，２０１１，１７（６）：９２２−９３２）が必要である。Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）を服用した全身性リポジストロフィーの患者では、３例のＴ細胞リンパ腫が報告されている。Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）治療に曝露された患者の大多数は、内在性レプチンまたはＭｙａｌｅｐｔ（登録商標）に対する中和活性を有する抗薬物抗体を発症したが、これは潜在的に重度の感染症または治療有効性の喪失をもたらす場合がある。
部分的リポジストロフィーの非医原性形態のための特定の薬理学的治療は現在存在しない。
したがって、患者にリポジストロフィーの新規治療選択肢を提供することが必要とされている。
ＡｐｏＣＩＩＩ阻害は、ＴＧレベルを低下させ、ＨｂＡ１ｃレベルを低下させ、かつ／または対象のＨＤＬレベルを上昇させることが知られている。本明細書に記載の化合物及び組成物によるＴＧ、ＨｂＡ１ｃの低下、及び／またはＨＤＬレベル、ＡｐｏＣＩＩＩ阻害の上昇は、患者におけるリポジストロフィーまたはその症状を予防、治療、遅延、または改善することができる。本明細書に記載の化合物及び組成物によるＴＧ、ＨｂＡ１ｃの低下、及び／またはＨＤＬレベル、ＡｐｏＣＩＩＩ阻害の上昇は、リポジストロフィーに関連する疾患、障害、またはその症状を予防、治療、遅延、または改善することができる。本明細書に記載の化合物及び組成物によるＡｐｏＣＩＩＩの阻害は、リポジストロフィーの患者における心血管疾患のリスクを予防、治療、遅延、改善または低減することができる。本明細書に記載の化合物及び組成物によるＡｐｏＣＩＩＩの阻害は、リポジストロフィーの患者における代謝疾患のリスクを予防、治療、遅延、改善または低減することができる。本明細書に記載の化合物及び組成物によるＡｐｏＣＩＩＩの阻害は、リポジストロフィーの患者における膵炎のリスクを予防、治療、遅延、改善または低減することができる。本明細書に記載の化合物及び組成物によるＡｐｏＣＩＩＩの阻害は、リポジストロフィーの患者の代謝プロフィールを改善することができる。本明細書に記載の化合物及び組成物によるＡｐｏＣＩＩＩの阻害は、リポジストロフィーの患者の糖尿病に関連する合併症の数及び／または重症度を予防、治療、遅延、改善または低減することができる。本明細書に記載の化合物及び組成物によるＡｐｏＣＩＩＩの阻害は、リポジストロフィーの患者の糖尿病に関連する合併症の数及び／または重症度を予防、治療、遅延、改善または低減することができる。本明細書に記載の化合物及び組成物によるＡｐｏＣＩＩＩの阻害は、リポジストロフィーの患者のインスリン感受性を改善することができる。本明細書に記載の化合物及び組成物によるＡｐｏＣＩＩＩの阻害は、リポジストロフィーの患者における肝脂肪症、ＮＡＦＬＤ、ＮＡＳＨ及び／または肝硬変を予防、治療、遅延、改善または低減することができる。
特定の化合物
以前に、ＵＳ２００４０２０８８５６（米国特許第７，５９８，２２７号）、ＵＳ２００６０２６４３９５（米国特許第７，７５０，１４１号）、ＷＯ２００４／０９３７８３及びＷＯ２００２／１４９４９５において、ＡｐｏＣＩＩＩを標的とするアンチセンス化合物を含む組成物、及びアンチセンス化合物によってＡｐｏＣＩＩＩを阻害する方法を開示し、全てが参照により本明細書中に組み込まれる。これらの出願において、公開された配列（ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿０３５０８８．１のヌクレオチド６２３８６０８〜６２４２５６５（ゲノム配列を表し、配列番号４として本明細書に組み込まれる）、及びＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＭ＿００００４０．１（配列番号１として本明細書に組み込まれる））を用いて、ヒトＡｐｏＣＩＩＩ ＲＮＡの異なる領域を標的とする一連のアンチセンス化合物を設計した。化合物は、２０ヌクレオチド長のキメラオリゴヌクレオチド（「ギャップマー」）であり、５ヌクレオチドの「ウイング」により両側（５’及び３’方向）に隣接する１０個の２’−デオキシヌクレオチドからなる中央の「ギャップ」領域からなる。ウイングは、２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）ヌクレオチドから構成され、（２’−ＭＯＥ）ヌクレオチドとしても公知である。ヌクレオシド間（骨格）結合は、オリゴヌクレオチド全体にわたりホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。全てのシトシン残基は５メチル−シトシンである。
アンチセンス化合物を、定量的リアルタイムＰＣＲによってＨｅｐＧ２細胞におけるヒトＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡレベルに対するそれらの効果について分析した。いくつかの化合物は、少なくとも４５％のＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡの阻害を示し、したがって好ましい。いくつかの化合物は、少なくとも５０％のヒトＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡの阻害を示し、したがって好ましい。いくつかの化合物は、少なくとも６０％のヒトＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡの阻害を示し、したがって好ましい。いくつかの化合物は、少なくとも７０％のヒトＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡの阻害を示し、したがって好ましい。いくつかの化合物は、少なくとも８０％のヒトＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡの阻害を示し、したがって好ましい。いくつかの化合物は、少なくとも９０％のヒトＡｐｏＣＩＩＩ ｍＲＮＡの阻害を示し、したがって好ましい。
これらの好ましいアンチセンス化合物と相補的である標的領域は、「好ましい標的セグメント」と呼ばれ、したがって、アンチセンス化合物による標的化に好ましい。
実施例
参照による非限定的な開示及び組み込み
本明細書に記載されるある特定の化合物、組成物、及び方法が特定の実施形態に従って具体的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を例証する役割のみを果たし、それを限定するようには意図されていない。本出願に記載の参考文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
実施例１：ＩＳＩＳ ３０４８０１部分的リポジストロフィー臨床試験
本明細書に記載されるように、治験薬ＩＳＩＳ ３０４８０１に対する応答及び薬力学的効果を評価するために、部分的リポジストロフィー患者に対して、多施設無作為化二重盲検プラセボ対照試験を行う。部分的リポジストロフィー患者は、糖尿病及び膵炎のリスクを高める高トリグリセリドを含む他の代謝異常を有する。ＩＳＩＳ ３０４８０１は以前に米国特許第７，５９８，２２７号に開示されており、配列番号１（ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＭ＿００００４０．１）の５０８位または配列番号２（ヌクレオチド２０２６２６４０から２０２６６６０３に短縮されたＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿０３３８９９．８）の３１３９位から開始する配列５’−ＡＧＣＴＴＣＴＴＧＴＣＣＡＧＣＴＴＴＡＴ−３’（配列番号：３）を有する。ＩＳＩＳ ３０４８０１は、１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含むギャップセグメントを含む５−１０−５ ＭＯＥギャップマーモチーフを有し、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンが５−メチルシトシンであり、各ヌクレオシド間連結がホスホロチオエート連結である。ＩＳＩＳ３０４８０１は、ＡｐｏＣ−ＩＩＩの阻害に効果があり、対象に投与された場合に忍容性があることが示されている。
患者集団
この臨床試験には、以下の基準を満たす最大６０名の適格患者が登録される。
Ａ．身体検査により評価された部分的な方法での皮下脂肪の欠乏に基づくリポジストロフィーの臨床診断、及び少なくとも１つの大基準及び１つの小基準（下記）：
大基準
ａ）キャリパー測定による前大腿部の皮下脂肪厚の低さ：男性（≦１０ｍｍ）及び女性（≦２２ｍｍ）ＯＲ
ｂ）家族性ＰＬの遺伝的診断（例えば、ＬＭＮＡ、ＰＰＡＲ−γ、ＡＫＴ２、ＣＩＤＥＣまたはＰＬＩＮ１遺伝子における突然変異）
小基準
ａ）空腹時インスリン≧２０ｍｃＵ／ｍＬと定義されるインスリン抵抗性
ｂ）真性糖尿病
ｃ）黒色表皮腫
ｄ）多嚢胞性卵巣症候群（ＰＣＯＳ）またはＰＣＯＳ様症状（多毛症、多毛症、及び／または多嚢胞性卵巣）
ｅ）高トリグリセリド血症に関連する膵炎の病歴
ｆ）肝脂肪症または脂肪性肝炎の病歴
ｇ）第一度近親者における同様の脂肪分布及び／または脂肪損失の履歴
ｈ）四肢における顕著な筋肉及び肥厚（拡大した静脈）
ｉ）不相応な過食症
Ｂ．スクリーニング及びベースライン来院時の空腹時ＴＧレベルが≧５００ｍｇ／ｄＬ（≧５．７ｍｍｏｌ／Ｌ）である。スクリーニング及び／またはベースライン来院時の空腹時ＴＧ値が＜５００ｍｇ／ｄＬ（＜５．７ｍｍｏｌ／Ｌ）であるが≧３５０ｍｇ／ｄＬ（≧４．０ｍｍｏｌ／Ｌ）である場合、適格とするために最大２つの追加試験を実施してもよい。
試験デザイン
患者を１：１（ＩＳＩＳ ３０４８０１：プラセボ）で無作為化し、ＡＬＴレベル（通常の［ＵＬＮ］の＞２倍の上限対≦２倍のＵＬＮ）により層別化する。各患者について、参加期間は、８週間以内のスクリーニング期間からなり、これには、患者が現在の食事を継続することを推奨する約６週間の食事安定期間が含まれる。ベースライン評価は、スクリーニング期間中の２週目〜−１週目、及び試験第１日（患者に薬物を投与した最初の日）において、−に行われる。
食事の安定化後、最大６０名の適格患者をＩＳＩＳ ３０４８０１ ３００ｍｇまたはプラセボを毎週１回５２週間投与するために１：１の無作為化を行う。患者は薬物の自己投与について教育される。治療期間中、患者は来診のために第１〜５２週目（約１、４、８、１２、１３、１９、２５、２６、３２、３８、４４、５１及び５２週目前後）の間に最低１０回試験センターに報告する。治験薬は毎週１回投与される。バイタルサイン、理学的検査結果、胴囲、皮下脂肪測定、ＤＥＸＡスキャン、心電図（ＥＣＧ）、肝臓ＭＲＩ、心エコー図、臨床検査パラメータ（血液学、血清化学、脂質パネル、血漿グルコース、インスリン、Ｃ−ペプチド、及びＣＲＰ、尿検査、ならびに他の分析物）、ＩＳＩＳ ３０４８０１血漿トラフ濃度、免疫原性試験、７ポイントのＳＭＢＧ、ＳＭＢＧ及び飢餓の日記の結果の収集、ＡＥ、併用する投薬／処置情報、及び生活の質の評価の収集及び測定が手順のスケジュールに従って実施される。注射部位の有害事象（ＡＥ）は、ＡＥとして収集されるべきである。食事／アルコールカウンセリングは、食事の安定化期間の開始時に開始され、治療期間及び追跡調査期間中に間隔を置いて強化される。
患者は全脂質試料を採取する前に絶食され、局所的に採取された試料は分析のために中央検査室に送られなければならない。患者にとってより好都合であれば、１２、２５及び５１週目の脂質パネルの血液採取は、在宅医療看護師が行ってもよい。前週の用量が、予定された来院の７日前に確実に得られるように、全力で取り組んでいくべきである。適用可能な場合、投与指示及び訓練が患者に提供される。
全ての来院は、少なくとも±２日間の往診許容期間を有する。来院スケジュールの遵守を確実にするために、全ての合理的な試みを行う必要がある。しかしながら、来院が実行されなかった場合や遅れている場合は、それ以降の来院はすべて、前回の来院日からではなく、１日目からの経過時間に基づいて計算される。
５２週目の来院評価の完了後、患者は１３週間の治療後評価期間に入る。この期間は、第５８週目と第６５週目の２回の治験実施施設の訪問で構成される。あるいは、５２週目の来院評価の終了後、適格な患者は、非盲検延長（ＯＬＥ）試験でＩＳＩＳ ３０４８０１を服用することを選択して、ＩＲＢ／ＩＥＣと適切な規制当局による試験承認が得られるのを待ってもよい。この場合、患者は治療後評価期間に参加しない。
併用薬物及びＡＥは、試験の全期間にわたって記録される。
治験薬
プレフィルドシリンジ（ＰＦＳ）に含まれる治験薬ＩＳＩＳ ３０４８０１（２００ｍｇ／ｍＬ、１．５ｍＬ）の溶液を提供する。訓練を受けた専門家が、各投与日に、上腕の腹部、大腿部、または外側の領域に単一のＳＣ注射により治験薬３００ｍｇを投与するか、または患者が自己投与する。
結果
一次効力分析を行い、Ｆｕｌｌ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｅｔ（ＦＡＳ）におけるＩＳＩＳ３０４８０１処置群とプラセボ群との間でベースラインから一次解析時点までの空腹時ＴＧの変化率（％）を比較する。第１次有効性分析は、最後の患者が第５２週目の来院を完了し、データベースがロックされた後に行われ、ベースラインから一次解析点（３ヵ月目の最後）における空腹時ＴＧの変化率に基づく。
分析される第２次エンドポイントは以下を含む。３、６、及び１２ヵ月時点の空腹時ＴＧの絶対的変化、３、６、及び１２ヵ月時点で空腹時ＴＧの≧４０％の減少を達成した患者の割合、６、９及び１２ヵ月時点でのＨｂＡ１ｃの変化、６、９及び１２ヵ月時点の空腹時血漿グルコースの変化、６及び１２ヵ月時点の肝体積及び肝脂肪症の変化（ＭＲＩで評価した場合）。
第３次／探索的評価項目には、以下が含まれる。
グリセミック指数
・ＨｂＡ１ｃ＜７％の患者の割合
・ベースラインからＨｂＡ１ｃが＞１％低下した患者の割合
・２４時間グルコースの変化（７ポイントのＳＭＢＧを使用）
・ＨＯＭＡ−ＩＲの変化
・空腹時インスリン及びＣ−ペプチドの変化
・インスリン使用の減少
脂質
・他の空腹時脂質測定値の変化：ＨＤＬ−Ｃ、ＬＤＬ−Ｃ、総コレステロール、ＶＬＤＬ−Ｃ、非ＨＤＬ−Ｃ、ａｐｏＢ（例えば、ａｐｏＢ−４８またはａｐｏＢ−１００）、ａｐｏＡ１、ａｐｏＣ−ＩＩＩ（総、カイロミクロン、ＶＬＤＬ、ＬＤＬ及びＨＤＬ）及び遊離脂肪酸（ＦＦＡ）
・リポタンパク質粒子サイズ／数の変化
脂肪組織
・表皮厚さ及びＤＥＸＡの変化
・腹部のＶＡＴとＳＡＴ量の変化
・アディポネクチン及びレプチンの変化
・体重と胴囲の変化
患者報告アウトカム
・生活の質（ＥＱ−５Ｄ、ＳＦ３６調査）の変化
・空腹度の変化
・広範な痛みの変化
その他
・テストステロンの変化
利用可能な場合、結果は公開される。
薬物動態学（ＰＫ）、薬力学（ＰＤ）及び免疫原性（ＩＭ）分析
利用可能な場合、ＩＳＩＳ ３０４８０１の薬物動態学（ＰＫ）、薬力学（ＰＤ）及び免疫原性特性が評価されて公開される。
安全性評価
評価される安全性エンドポイントまたは安全性評価の方法には、以下が含まれる。
・膵炎及びＭＡＣＥの判定された事象を含むＡＥ
・バイタルサイン及び体重
・理学的検査
・臨床検査（血清化学、血液学、凝固、尿検査）
・心エコー図
・ＥＣＧ
・併用薬の使用
・ＭＲＩ
利用可能な場合、安全性評価は公開される。

Claims (33)

  1. 動物のリポジストロフィーを処置、予防、遅延または改善するための方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を前記動物に投与し、それにより動物のリポジストロフィーを予防、遅延または改善することを含む、前記方法。
  2. 前記化合物の投与が前記動物におけるトリグリセリドレベルを低下させる、請求項１に記載の方法。
  3. 膵炎、心血管疾患及び／または代謝疾患または障害の症状またはリスクが改善される、請求項１に記載の方法。
  4. リポジストロフィーを有する動物のトリグリセリドレベルを低下させる方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を前記動物に投与し、それによりリポジストロフィーを有する前記動物においてトリグリセリドレベルを低下させることを含む、前記方法。
  5. リポジストロフィーを有する動物において心血管疾患及び／または代謝疾患、障害、状態、もしくはその症状を予防、遅延、または改善する方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を前記動物に投与することを含み、それによりリポジストロフィーを有する前記動物において心血管疾患及び／または代謝疾患、障害、状態、もしくはその症状を予防、遅延、または改善する、前記方法。
  6. リポジストロフィーを有する動物において膵炎、もしくはその症状を予防、遅延、または改善する方法であって、ＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む治療的に有効な量の化合物を前記動物に投与することを含み、それによりリポジストロフィーを有する前記動物において膵炎、もしくはその症状を予防、遅延、または改善する、前記方法。
  7. 前記リポジストロフィーは部分的リポジストロフィーである、請求項１、４、５または６に記載の方法。
  8. ＡｐｏＣＩＩＩ核酸は配列番号１、配列番号２または配列番号４に示される核酸配列を有する、先行請求項のいずれかに記載の方法。
  9. 前記化合物がＡｐｏＣＩＩＩの核酸阻害剤を含む、先行請求項のいずれかに記載の方法。
  10. 前記化合物がＡｐｏＣＩＩＩを標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む、先行請求項のいずれかに記載の方法。
  11. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号３の核酸塩基配列の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、請求項１０に記載の方法。
  12. 前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１、配列番号２または配列番号４の核酸塩基配列に対して少なくとも８０％、少なくとも９０％または１００％相補的である、請求項１０に記載の方法。
  13. 前記修飾オリゴヌクレオチドは一本鎖修飾オリゴヌクレオチドからなる、請求項１０〜１２のいずれかに記載の方法。
  14. 前記修飾オリゴヌクレオチドは１２〜３０個の連結したヌクレオシドからなる、請求項１０〜１３のいずれかに記載の方法。
  15. 前記修飾オリゴヌクレオチドは２０個の連結したヌクレオシドからなる、請求項１４に記載の方法。
  16. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、糖部分または核酸塩基を含む、請求項１０〜１５のいずれかに記載の方法。
  17. 前記修飾オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、少なくとも１つの修飾糖は二環糖または２’−Ｏ−メトキシエチルであり、少なくとも１つの修飾核酸塩基は５メチル−シトシンである、請求項１６に記載の方法。
  18. 請求項１０に記載の方法であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、
    （ａ）連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
    （ｂ）連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、
    （ｃ）連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、
    前記ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接に直接隣接しててかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは修飾糖を含む、前記方法。
  19. 請求項１０に記載の方法であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、
    （ａ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
    （ｂ）５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、
    （ｃ）５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、
    前記ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくともヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合である、前記方法。
  20. 動物における部分的リポジストロフィー、または部分的リポジストロフィーに関連する疾患を治療、予防、遅延、または改善する方法であって、配列番号３の配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を前記動物に投与することを含み、、前記修飾オチゴヌクレオチドは、
    （ａ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
    （ｂ）５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、
    （ｃ）５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、
    前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくともヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、前記部分的リポジストロフィー、または部分的リポジストロフィーに関連する疾患が、動物において治療、予防、遅延、または改善される、前記方法。
  21. 部分的リポジストロフィーを有する動物のトリグリセリドレベルを低下させる方法であって、配列番号３の配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を前記動物に投与することを含み、前記修飾オチゴヌクレオチドは、
    （ａ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
    （ｂ）５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、
    （ｃ）５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、
    ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、前記修飾オリゴヌクレオチドは、部分的リポジストロフィーを有する前記動物においてトリグリセリドレベルを低下させる、前記方法。
  22. 部分的リポジストロフィーを有する動物において、配列番号３の配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を前記動物に投与することにより、心血管疾患及び／または代謝疾患、障害、状態、またはその症状を予防、遅延、または改善する方法であって、前記修飾オチゴヌクレオチドは、
    （ａ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
    （ｂ）５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、
    （ｃ）５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、
    ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくともヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、前記修飾オリゴヌクレオチドは、部分的リポジストロフィーを有する前記動物において、心血管疾患及び／または代謝疾患、障害、状態、またはその症状を予防、遅延、改善または軽減する、前記方法。
  23. 部分的リポジストロフィーを有する動物において、配列番号３の配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む治療的に有効な量の化合物を前記動物に投与することにより、膵炎またはその症状を予防、遅延、または改善する方法であって、前記修飾オチゴヌクレオチドは、
    （ａ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
    （ａ）５個の連結したヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、
    （ｂ）５個の連結したヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、
    ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、各シトシンは５’メチル−シトシンであり、少なくともヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、前記修飾オリゴヌクレオチドは、膵炎またはその症状を予防、遅延、改善または軽減する、前記方法。
  24. ａ．部分的リポジストロフィー、または動物における部分的リポジストロフィーに関連する疾患を治療、予防、遅延または改善すること、
    ｂ．部分的リポジストロフィーを有する動物におけるトリグリセリドレベルを低下させること、
    ｃ．部分的リポジストロフィーを有する動物において、ＨＤＬレベルを上昇させること、かつ／またはＴＧ対ＨＤＬ比を改善すること、
    ｄ．部分的リポジストロフィーを有する動物において、心血管疾患及び／または代謝疾患、障害、状態、またはその症状を予防、遅延または改善すること、及び／または
    ｅ．部分的リポジストロフィーを有する動物において、膵炎またはその症状を予防、遅延、または改善すること
    における使用のためのＡｐｏＣＩＩＩ特異的阻害剤を含む化合物。
  25. 前記化合物は非経口投与される、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  26. 前記非経口投与が皮下投与である、請求項２５に記載の方法または使用。
  27. 第２の薬剤をさらに含む、先行請求項のいずれかに記載の使用方法。
  28. 前記第２の薬剤は、レプチン補充療法、ＡｐｏＣＩＩＩ低減剤、コレステロール低減剤、非ＨＤＬ脂質低減剤、ＬＤＬ低減剤、ＴＧ低減剤、コレステロール低減剤、ＨＤＬ上昇剤、魚油、ナイアシン、フィブラート、スタチン、ＤＣＣＲ（ジアゾキシドの塩）、グルコース低減剤または抗糖尿病薬剤から選択される、請求項２７に記載の方法または使用。
  29. 前記第２の薬剤は、前記化合物と同時にまたは連続して投与される、請求項２７に記載の方法または使用。
  30. 前記化合物は塩形態である、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  31. 薬学的に許容される担体または希釈剤をさらに含む、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  32. 前記化合物は共役される、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
  33. 前記部分的リポジストロフィー患者が遺伝子スクリーニングによって同定される、先行請求項のいずれかに記載の方法または使用。
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