JP2018506997A - 健康のサイン - Google Patents

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Abstract

本願発明は、miRNAの発現プロフィールの決定に基づく、対象の健康状態の変化の診断のための方法に関する。

Description

本願発明は、miRNAの発現プロフィールの決定に基づく、対象の健康状態の変化の診断のための方法、使用、キットに関する。
今日、バイオマーカーは、種々の疾患の診断、リスク層化および治療管理において重要な役割を果たす。MicroRNA(miRNA)は、バイオマーカーの新しいクラスである。それらは、メッセンジャーRNA(mRNA)標的の翻訳を破壊またはブロックすることによって翻訳後レベルで遺伝子発現を調節する、小さい非コードRNAの群を表す。miRNAは、高度に組織特異的様式にて発現され、さらにmiRNAはまた、血液を含む体液サンプル中に存在することが見出されている。それにもかかわらず、miRNAが血液中、とりわけ血球中において見いだされるメカニズム、またはこれらの血液分画中のこれらの機能は、まだ理解されていない。とりわけ望ましいものは、外科的介入の必要性を排除し、迅速かつ容易かつ費用効果の高い診断/予後を可能にする非侵襲的バイオマーカーである。特に、対象の健康状態における変化の一般的な診断のための非侵襲的バイオマーカーとしてのmiRNAの可能な役割は、まだ系統的に評価されていない。したがって、対象の健康状態における変化の非侵襲的診断のための有効な方法およびキットが依然として必要とされている。
本願発明者らは、初めて、癌(すなわち肺、大腸、腎臓、グリア芽腫、前立腺、黒色腫)、神経変性疾患(すなわち多発性硬化症、パーキンソン病)、心臓血管疾患(急性心筋梗塞、心不全)、自己免疫性疾患(すなわちサルコイドーシス、乾癬)または炎症性疾患(すなわちCOPD、BPH)を含む複数の疾患(n=883)と診断される健常(n=158)である広範囲の対象において全ゲノムレベルのmiRNAの発現を評価した。本願発明者らは、驚くべきことに、赤血球、白血球および/または血小板を含む血液サンプル、好ましくは全血サンプルまたは血液細胞画分中に、特定のmiRNA(疾患調節miRNA、図1)が健常対照と疾患対象との間で有意に異常調節されるが、他の特定のmiRNA(疾患保存miRNA、図2)が健常対照と疾患対象との間に有意に異常調節されないことを見いだした。したがって、該疾患保存miRNAと組み合わせての該疾患調節miRNAは、対象の健康状態における変化の診断のための適切な非侵襲的バイオマーカーである。特に、疾患保存miRNAは、疾患調節miRNAに対する内部正規化群として働くことができ、これは、ごく少数のmiRNAバイオマーカーのセットを使用するために、試験自体が包括的な正規化方法に頼ることができないとき、信頼できる強力な診断試験を市場にもたらすという目的のときに大きな利点である。したがって、本願発明の試験は、相対発現レベルを参照と比較することに頼り得る。さらに、本願発明者らは、全血サンプルを回収することから得られる、赤血球、白血球および/または血小板を含む血球、それぞれの血液細胞画分からのmiRNAの使用を探索した。したがって、末梢免疫系の成分を表す全ての血球のmiRNAを分析する。したがって、このアプローチにより評価される診断内容は、疾患臓器または組織に直接関連する、細胞外血液分画(血清、血漿)に由来するmiRNAに基づくアプローチと異なる末梢免疫系のmiRNA−バイオマーカー情報の評価を指す。さらに、細胞外血液分画(血清、血漿)に由来するmiRNAに頼ることは、回収および/または分析前の後処理時に血球から細胞外マトリックスに漏出するmiRNAからの汚染が非常に起こり易く、これは、血球または血液細胞画分からのmiRNAバイオマーカーを使用する場合とでは異なる。
したがって、赤血球、白血球および/または血小板を含む血球または血液細胞画分に由来する該疾患保存miRNAと組み合わせての該疾患調節miRNAは、末梢免疫系由来の直交診断情報を使用して対象の健康状態における変化の診断のための内部正規化能力を有する分析的に強力かつ信頼できる適切な非侵襲的バイオマーカーである。
第1の局面において、本願発明は、対象において健康状態を診断するための方法であって、工程:
(a)対象からの血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAは図1および/または図3に列挙されたmiRNAから選択される
(b)該対象からの該血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第2の所定のセットに含まれるmiRNAは図2および/または図4に列挙されたmiRNAから選択される
(c)該miRNAの第2の所定のセットに対して該miRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを正規化すること
(d)工程(c)の正規化された発現プロフィールを参照と比較すること
(e)該参照との比較が変更されたとき、該対象において健康状態の変化を診断することを含む、方法を提供する。
第2の局面において、本願発明は、対象において健康状態を診断するための方法であって、工程:
(a)対象からの血液サンプル中のmiRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること
(b)該対象からの該血液サンプル中のmiRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること
(c)該工程(a)の発現プロフィールおよび該工程(b)の発現プロフィールを参照発現プロフィールと比較すること
(d)該第1の参照発現プロフィールに対する比較が変更され、該第2の参照発現プロフィールに対する比較が変更されなかったとき、該対象において健康状態の変化を診断すること
を含む、方法を提供する。
第3の局面において、本願発明は、
(i.)1つ以上の対象間の健康状態を比較すること
(ii.)対象において健康状態をモニターすること
(iii.)対象において免疫系の状態をモニターすること
(iv.)対象において治療処置、好ましくは薬物処置に対する応答をモニターすること
のための、本願発明の第1および第2の局面による方法の使用を提供する。
さらなる局面において、本願発明者らは、赤血球、白血球および/または血小板を含む血液サンプル、好ましくは全血サンプルまたは血液細胞画分中に、特定のmiRNA(癌調節miRNA、図3)が健常対照と癌対象との間で有意に異常調節されるが、他の特定のmiRNA(癌保存miRNA、図4)が健常対照と癌対象との間に有意に異常調節されないことを見いだした。
さらなる局面において、本願発明は、対象において健康状態をモニターするための方法であって、工程:
(a)第1および第2の局面による方法を実施することにより、最初の時点で対象において健康状態を診断すること
(b)第1および第2の局面による方法を実施することにより、1つ以上の後の時点で対象において健康状態を診断すること、および
(c)工程(a)において診断された健康状態を工程(b)において診断された健康状態と比較し、それにより対象において健康状態をモニターすること
を含む、方法を提供する。
本願発明の概要は、本願発明の全ての特徴を必ずしも記載していない。他の態様は、以下の詳細な説明のレビューから明らかになるであろう。
発明の詳細な説明
定義
本願発明を以下に詳細に説明する前に、本願発明は、変化してもよいとき、本願明細書に記載されている特定の方法論、プロトコールおよび試薬に限定されないことを理解されたい。本願明細書において使用される用語は、特定の態様を単に記載する目的であって、特許請求の範囲によってのみ限定される本願発明の範囲を限定することを意図しないことも理解されたい。他に定義されていない限り、本願明細書において使用される全ての専門および科学用語は、当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。
以下、本願発明の要素について説明する。これらの要素は特定の態様と共に列挙されているが、追加の態様を作成するために任意の様式で任意の数で組み合わせることができることを理解されたい。様々に記載された例および好ましい態様は、本願発明を明示的に記載された態様のみに限定すると解釈されるべきではない。この記載は、明示的に記載された態様を任意の数の開示された要素および/または好ましい要素と組み合わせる態様をサポートし包含すると理解すべきである。さらに、本願に記載されている全ての要素の任意の置換および組み合わせは、文脈上そうでないことが示されていない限り、本願の記載によって開示されると考えられるべきである。
好ましくは、本願明細書において使用される用語は、“A multilingual glossary of biotechnological terms: (IUPAC Recommendations)”, H.G.W. Leuenberger, B. Nagel, and H. Koelbl, Eds., Helvetica Chimica Acta, CH-4010 Basel, Switzerland, (1995)に記載されているものと定義される
本願発明を実施するために、他に記載のない限り、当分野の文献で説明されている化学、生化学および組換えDNA技術の慣用の方法を使用する(例えば、Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Edition, J. Sambrook et al. eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor 1989)。
いくつかの文献が本願明細書の本文中に引用されている。本願明細書に引用されている各文献(全ての特許、特許出願、科学刊行物、製造業者の仕様書、指示書などを含む)は、上記または下記のいずれかにかかわらず、出典明示によりそれら全体において本願明細書に包含させる。本願明細書中のいかなるものも、先行発明によって本願発明が開示に先立つ権利がないと認めるものとして、解釈されるべきではない。
本願明細書および特許請求の範囲を通じて、文脈上他の意味に解すべき場合を除き、「含む(comprise)」という擁護および「含む(comprises)」および「含む(comprising)」などの変形は、記載された整数または工程または整数または工程の群の包含を意味すると理解されるが、他の任意の整数または工程または整数または工程の群の包含を除外しない。
本願明細書および特許請求の範囲で使用されるとき、単数形「a」、「an」および「the」は、文脈上明白に他の意味を示さない限り、複数の指示対象を含む。例えば、「試験化合物(a test compound)」という用語は、「試験化合物(test compounds)」も含む。
「microRNA」または「miRNA」なる用語は、共に共有結合した少なくとも10ヌクレオチドかつ多くて35ヌクレオチドの一本鎖RNA分子を示す。好ましくは、本願発明のポリヌクレオチドは、10〜33ヌクレオチド長または15〜30ヌクレオチド長の分子、さらに好ましくは17〜27ヌクレオチド長または18〜26ヌクレオチド長の分子、すなわち10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34または35ヌクレオチド長の分子である。「microRNA*」または「miRNA*」なる用語は、プロセッシング時にパッセンジャー鎖に由来するmiRNA分子を示す。本願発明の文脈において、「miRNA」および「miRNA*」なる用語は、互換的に使用される。miRBase(www.mirbase.org)は、公開されているmiRNA配列のよく確立されたリポジトリーおよび検索可能なデータベースおよび注釈である。
本願発明の文脈において使用される「全血サンプル」なる用語は、細胞内(赤血球、白血球、血小板)および細胞外血液分画(血清、血漿)の両方を含む全ての血液分画を含む対象由来の血液サンプルを示す。全血サンプルは、慣用の血液回収技術によって対象から血液を取り出すことによって得ることができるが、以前に単離されたおよび/または保存された血液サンプルを使用することによって提供することもできる。好ましくは、対象(例えばヒトまたは動物)からの全血サンプルは、0.1〜20ml、さらに好ましくは0.5〜15ml、さらに好ましくは1〜10ml、より好ましくは2〜7.5ml、すなわち0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、2.5、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20mlの容量を有する。好ましくは、全血サンプルは血液回収チューブの手段により回収され、好ましくは、それはPAXgene Blood RNAチューブ、Tempus Blood RNAチューブ、EDTA−チューブ(例えばK2−EDTA Monovetteチューブ)、Na−citrateチューブ、Heparin−チューブまたはACD−チューブ(クエン酸デキストロース)に回収される。好ましくは、全血サンプルが回収されるとき、RNA画分、とりわけmiRNA画分は、分解に対して保護/防護され得る。この目的のために、RNA画分および/またはmiRNA画分を安定化させる特別回収チューブ(例えばPreanalytixからのPAXgene Blood RNAチューブ、Applied BiosystemsからのTempus Blood RNAチューブ)または添加物(例えばAmbionからのRNAlater、PromegaからのRNAsin)が使用され得る。
本願発明の文脈において使用される「血球サンプル」なる用語は、血球(赤血球、白血球、血小板)を含むか、または実質的に含む全血サンプルの調製物を示し、さらに好ましくは、血球サンプルは赤血球、白血球および血小板を含む。好ましくは、血球サンプルは全血の細胞外画分(例えば血漿、血清)に由来するmiRNAを含まないか、またはそれは本願発明の血球サンプル中の1つ以上のmiRNAのセットの発現プロフィールに寄与しないか、または実質的に寄与しないように、細胞外画分(例えば血漿、血清)に由来するmiRNAを少量のみ含む。赤血球、白血球および/または血小板を含む血球サンプルまたは赤血球、白血球および血小板を包含する血球サンプルは、全血サンプルの初期細胞分布(血球組成物)を維持するか、または実質的に維持するPAXgene Blood RNAチューブ、Tempus Blood RNAチューブ、EDTA−チューブ(例えばK2−EDTA Monovetteチューブ)、Na−citrateチューブまたはHeparin−チューブに回収される全血サンプルの処理から得られる。血球サンプルから全RNA(miRNA画分を含む短いRNA画分を含む)を単離し、これを該サンプル中の対象の少なくとも1つ、好ましくは少なくとも2つのmiRNAのセットの発現プロフィールを決定するために使用する。
本願明細書において使用される「血液細胞画分」なる用語は、血液サンプルに由来する細胞画分、すなわち血球画分に関する。血球画分は、赤血球(red blood cells)(赤血球(erythrocytes))、白血球(white blood cells)(白血球(leukocytes))、血小板(platelets)(血小板(thrombocytes))またはそれらの前記血球型の亜画分(すなわちT細胞、B細胞、NK細胞、好中球、顆粒球、網状赤血球など)または前記エンティティーからの組合せを含む。好ましくは、血液細胞画分は、全血の細胞外画分(例えば血漿、血清)に由来するmiRNAを含まないか、または本願発明の血液細胞画分中の1つ以上のmiRNAのセットの発現プロフィールに寄与しないか、または実質的に寄与しないように、細胞外画分(例えば血漿、血清)に由来するmiRNAを少量のみ含む。本願発明の文脈において、「血球サンプル」および「血液細胞画分のサンプル」なる用語は、互換的に使用される。
本願明細書において使用される「全RNA」なる用語は、全血サンプルに由来するそれぞれの血球サンプルに存在するmiRNA画分を含む単離されたRNAに関する。好ましくは、本願発明による全RNAは、miRNA画分を含むか、または該全RNAのmiRNA富化画分を含む。(miRNA画分またはmiRNA富化画分を含む)全RNAは、血球サンプル中の血球の溶解(例えばTrizol)、次に例えばフェノール/クロロホルム抽出および/または分離に基づく技術(例えばガラス繊維フィルターカラム、シリカ膜カラム)によるRNA精製によって得られる。RNA単離および精製のためのキットの例は、miRNeasy Kits(Qiagen)、PAXgene Blood miRNA Kit(Qiagen)、mirVana PARIS Kit(Life Technologies)、PARIS Kit(Life Technologies)、Tempus Spin RNA Isolation Kit(Life Technologies)を含む。
本願明細書において使用される「疾患調節miRNA」なる用語は、健常対象および疾患対象間で(調節される)差異があることが知られているセットに含まれる少なくとも1つの固定された定義されたmiRNAを示す。好ましい疾患調節miRNAは、図1に列挙されたmiRNA、すなわち配列番号:1〜26を有するmiRNAの群から選択される。
本願明細書において使用される「疾患保存miRNA」なる用語は、健常対象および疾患対象間で(調節されない)差異がないことが知られているセットに含まれる少なくとも1つの固定された定義されたmiRNAを示す。好ましい疾患保存miRNAは、図2に列挙されたmiRNA、すなわち配列番号:27〜59を有するmiRNAの群から選択される。
本願明細書において使用される「癌調節miRNA」なる用語は、健常対象および癌に罹患している対象間で(調節される)差異があることが知られているセットに含まれる少なくとも1つの固定された定義されたmiRNAを示す。好ましい癌調節miRNAは、図3に列挙されたmiRNAの群から選択される。
本願明細書において使用される「癌保存miRNA」なる用語は、健常対象および癌に罹患している対象間で(調節されない)差異がないことが知られているセットに含まれる少なくとも1つの固定された定義されたmiRNAを示す。好ましい癌保存miRNAは、図4に列挙されたmiRNAの群から選択される。
本願発明の文脈において使用される「発現プロフィール」なる用語は、miRNA発現プロフィールの決定を示すか、またはサンプル中の(例えば全血サンプルに由来する血球サンプルまたは血液細胞画分中の)miRNA発現と相関する測定を示す。miRNA発現プロフィールを決定することにより、それぞれのmiRNAは数値で表される。個々のmiRNAの値が高いほど、該miRNAの発現レベルが高くなるか、または個々のmiRNAの値が低いほど、該miRNAの発現レベルが低い。発現プロフィールは、対象におけるmiRNA発現プロフィールの分析およびサンプル間の比較を可能にする、任意の便利な手段、例えば核酸ハイブリダイゼーション(例えばマイクロアレイによる)、核酸増幅(PCR、RT−PCR、qRT−PCR、ハイスループットRT−PCR)、定量のためのELISA、次世代シーケンシング(例えばABI SOLID、Illumina Genome Analyzer、Roche/454 GS FLX)、フローサイトメトリー(例えばLUMINEX、Milipore Guava)などによって生成され得る。前記手段によって測定されるサンプル材料は、血球サンプルに由来し、全RNA、標識された全RNA、増幅された全RNA、cDNA、標識されたcDNA、増幅されたcDNA、miRNA、標識されたmiRNA、増幅されたmiRNAまたは前記RNA/DNA種から生成され得る任意の誘導体であり得る。本願明細書において使用される「発現プロフィール」は、1つ以上のmiRNA、好ましくは少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、51、53、54、55、56、57、58、59またはそれ以上のmiRNA、好ましくは配列番号:1〜77のmiRNAから選択されるもの、さらに好ましくは配列番号:1〜59のmiRNAから選択されるものの発現プロフィールの回収に関する。
本願明細書において使用される「血球サンプル中の(からの)発現プロフィールを決定すること」なる用語は、該血球サンプルに存在するmiRNAからの発現プロフィールの決定に関する、したがって、それは、該血球サンプルに存在するmiRNAと相関する測定である。この点で、当業者に知られている、任意の便利な手段(例えば核酸ハイブリダイゼーション、核酸増幅、ポリメラーゼ伸長、質量分析、フローサイトメトリー、シーケンシング、次世代シーケンシング)による発現プロフィールを記録することを可能にする形態に血球サンプルをもたらすために必要な全ての工程または変形は、例えば細胞溶解、RNA単離、RNA標識化、RNAのポリメラーゼ伸長、cDNAへのRNA逆転写のライゲーション、cDNAの増幅、cDNAの標識などを含む。
本願発明の文脈において使用される「診断」なる用語は、起こり得る疾患または障害を決定またはモニターする処理を示し、したがって、対象の健康状態を定義またはモニターを試みる処理である。疾患調節のリスト(図1;配列番号:1〜26)から選択される1つ以上のmiRNAおよび1つ以上の疾患保存miRNA(図2、配列番号:27〜59)の発現プロフィールの決定は、対象の健康状態と相関する。核酸ハイブリダイゼーションは、マイクロアレイ/バイオチップまたはインサイチュハイブリダイゼーションを使用して実施され得る。核酸増幅は、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)、例えばリアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応(RT qPCR)を使用して実施され得る。上記リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)は、工程:(i)対象の全血サンプルに由来する血球サンプルから全RNAを抽出すること、(ii)ユニバーサルまたはmiRNA特異的RTプライマー(例えばステムループRTプライマー)を使用するRNA逆転写(RT)反応によってcDNAサンプルを得ること;(iii)所望により、(例えば特異的標的増幅(STA)のようなPCRにより)得られたcDNAを増幅すること、(iv)工程(ii)または(iii)のcDNAの(リアルタイム)定量化の手段によって、例えば、蛍光色素(例えばSYBR Green)または蛍光プローブ(例えばTaqmanプローブ)が加えられるリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応によって、サンプル中のmiRNAレベルを検出すること、を含み得る。工程(i)において、RNAの単離および/または抽出は、RT−PCRがmiRNA含有サンプルから直接行われる場合、省略され得る。リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)によってmiRNA発現プロフィールを決定するためのキットは、例えばLife Technologies、Applied Biosystems、Ambion、Roche、Qiagen、Invitrogen、SABiosciences、Exiqonからのものである。工程(ii)において、ユニバーサルまたはmiRNA特異的RTプライマーは、miRNAの3’末端にライゲートされる一本鎖(dna)オリゴヌクレオチドであり得、非天然miRNA−dnaキメラ分子を引き起こし、これは逆転写酵素によってdnaに転写される。
核酸シーケンシングは、慣用のサンガーシーケンシングによって、または、限定はしないが、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、単一の分子シーケンシング、ナノポアシーケンシングなどの技術を含む、いわゆる「次世代シーケンシング(NGS)」によって実施され得る。NGSは、工程:(i)対象の全血サンプルに由来する血球サンプルから全RNAを抽出すること、(ii)ユニバーサルまたはmiRNA特異的RTプライマー(例えばステムループRTプライマー)を使用するRNA逆転写(RT)反応によってcDNAサンプルを得ること;(iii)所望により、(例えばPCRにより)得られたcDNA転写産物を増幅すること、(iv)miRNAのcDNA転写産物を前記シーケンシング技術、例えば合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシングに付すこと、を含み得る。工程(ii)において、一本鎖オリゴヌクレオチドは、ユニバーサルまたはmiRNA特異的逆転写酵素(RT)プライマーを含む3’末端にライゲートされる。cDNAが工程(iii)において増幅されるべきである場合、3’末端にライゲートされるオリゴはまたPCTプライマー配列を含み、一本鎖オリゴヌクレオチドはまた5’末端にライゲートされ、これもまたPCRプライマー配列を含む。工程(iii)において、次に、cDNAは、3’および5’末端での工程(ii)にて導入されたプライマー配列を使用して増幅される。
本願発明の文脈において使用される「健康状態」なる用語は、限定はしないが、該対象の病気または疾患の存在または非存在の評価を含む、対象の健康全般の状態の測定に関する。本願発明において、対象の健康状態は、血液サンプル、好ましくは該対象の血球サンプルまたは血液細胞画分からの、1つ以上の疾患保存miRNAのセットと組み合わせて1つ以上の疾患調節miRNAのセットを決定することにより評価され得る。健康状態は、対象の疾患の存在または非存在および/または対象の癌の存在または非存在であり得る。本願発明の方法と共に、健康状態の変化が診断される。該健康状態の変化は、健康状態の改善または悪化、例えば疾患の改善または悪化および/または癌の改善または悪化であり得る。
本願明細書において使用される「疾患」なる用語は、対象の身体に影響を及ぼす異常状態を示す。疾患は、しばしば、特定の症状および兆候と関連する医学的状態として解釈される。疾患は、感染病のような外部要因に最初に起因する要因によって引き起こされ得るか、または自己免疫疾患のような内部機能障害によって引き起こされ得る。ヒトにおいて、「疾患」は、しばしば、患っている対象に、疼痛、機能障害、苦痛、社会的問題または死、または対象と接触したものに同様の問題を引き起こすあらゆる状態を示すようにより広範に使用される。この広範な意味において、それは、ときどき、損傷、身体障害、障害、症候群、感染、単発症状、逸脱行動、および構造および機能の非典型的な変異を含むが、他の文脈においておよび他の目的のために、これらは、区別できるカテゴリーと考えられ得る。多数の疾患の罹患および多数の疾患を有する生活は、人生観および人格を変更させる可能性があるため、疾患は、通常、物理的にだけでなく、感情的にもまた対象に影響を及ぼす。本願明細書において使用される「疾患」なる用語はまた癌を包含する。
本願明細書において使用される「感染病」なる用語は、対象から対象に伝達され得るあらゆる疾患、および微生物因子によって引き起こされるあらゆる疾患(例えば風邪)を示す。感染症は、当分野で知られており、例えば、それぞれウイルス、細菌および寄生生物によって引き起こされるウイルス疾患、細菌疾患または寄生虫疾患を含む。この点において、感染病は、例えば、肝炎、性感染症(例えばクラミジアまたは淋病)、結核、HIV/後天性免疫不全症候群(AIDS)、ジフテリア、B型肝炎、C型肝炎、コレラ、重症急性呼吸器症候群(SARS)、鳥インフルエンザおよびインフルエンザであり得る。
本願明細書において使用される「自己免疫疾患」なる用語は、身体がそれ自身の組織のいくつかの成分に対して免疫原性(すなわち免疫系)応答を生じるあらゆる疾患を示す。言い換えれば、免疫系が、自己として体内のいくつかの組織または系を認識する能力を失い、外来であるかのようにそれを標的とし攻撃する。自己免疫疾患は、主に1つの臓器が影響を及ぼされるもの(例えば溶血性貧血および自己免疫性(anti-immune)甲状腺炎)、および自己免疫疾患プロセスが多くの組織を介して拡散するもの(例えば全身性エリテマトーデス)に分類することができる。例えば、多発性硬化症は、脳および脊髄の神経線維を囲む鞘を攻撃するT細胞によって引き起こされると考えられている。これは、協調運動障害、虚弱、および視力障害を引き起こす。自己免疫疾患は、当分野で知られており、例えば、橋本甲状腺炎、グレーブス病、狼瘡、多発性硬化症、リウマチ性関節炎、溶血性貧血、自己免疫性甲状腺炎、全身性エリテマトーデス、セリアック疾患、クローン病、大腸炎、糖尿病、強皮症、乾癬などを含む。
本願明細書において使用される「癌疾患」または「癌」なる用語は、一般的に調節されていない細胞増殖により特徴付けられる対象の生理学的状態を示すか、または表す。癌の例は、癌腫、リンパ腫、芽腫、肉腫および白血病を含むが、これらに限定されない。さらに特に、かかる癌の例は、骨癌、血液癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、皮膚または眼内の黒色腫、子宮癌、卵巣癌、経直腸癌、肛門領域の癌、胃癌、大腸癌、乳癌、前立腺癌、子宮癌、性器および生殖器の癌腫、ホジキン病、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎の癌、軟組織肉腫、膀胱癌、腎臓癌、腎細胞癌腫、腎盂癌腫、中枢神経系(CNS)の新生物、神経外胚葉性癌、脊髄軸腫瘍、神経膠腫、髄膜腫、および下垂体腺腫を含む。本願発明において「癌」なる用語はまた癌転移も含む。
本願発明の文脈において使用される「対象」なる用語は、健康状態が評価される個体を意味し、したがって、対象は、疾患および/または癌を患っているか、または患っていない者であってよく、また疾患および/または癌であると疑われるか、または疑われない者であってよい。本願発明の方法と共に、健康状態の変化が診断される。該健康状態の変化は、健康状態の改善または悪化、例えば疾患の改善または悪化および/または癌の改善または悪化であり得る。
「治療処置」なる用語は、対象の健康状態を改善する、および/または対象の寿命を延長させる(増加させる)あらゆる処置に関する。該処置は、対象において疾患を除去し得る、対象において疾患の発症を停止または遅延させ得る、対象において疾患の発症を阻害または遅延させ得る、対象において症状の頻度または重症度を減少させ得る、および/または疾患を現在有しているか、または疾患を以前に有していた対象において再発を減少させ得る。
本願発明の態様
本願発明をさらに説明する。以下の段落において、本願発明の異なる局面をより詳細に定義する。そのように定義された各局面は、それとは反対に明確に指示されていない限り、他の任意の局面(複数も含む)と組み合わされ得る。特に、好ましい、または有利であると指示されている任意の特徴は、それとは反対に明確に指示されていない限り、好ましい、または有利であると指示されている他の任意の特徴(複数も含む)と組み合わされ得る。
第1の局面において、本願発明は、対象において健康状態を診断するための方法であって、工程:
(a)対象からの血液サンプル中の1つ以上の(疾患調節)miRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAは図1および/または図3に列挙されたmiRNAから選択される
(b)該対象からの該血液サンプル中の1つ以上の(疾患保存)miRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第2の所定のセットに含まれるmiRNAは図2および/または図4に列挙されたmiRNAから選択される
(c)該miRNAの第2の所定のセットに対して該miRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを正規化すること
(d)工程(c)の正規化された発現プロフィールを参照と比較すること
(e)該参照との比較が変更されたとき、該対象において健康状態の変化を診断すること
を含む、方法を提供する。
ここに、血液サンプルは、全血、血球、赤血球、白血球および血小板からなる血液細胞画分、赤血球、白血球および血小板を含む血液細胞画分、または、赤血球、白血球または血小板を含む血液細胞画分から選択される。好ましくは、血液サンプルは血球サンプルであり、さらに好ましくは赤血球、白血球および血小板を含む血液細胞画分である。
本願発明において、全血サンプルは、慣用の血液採取技術によって対象から回収される。全血の回収に適切な血液回収チューブは、EDTA−(例えばK2−EDTA Monovetteチューブ)、Na−citrate−、ACD−、Heparin−、PAXgene Blood RNA−、Tempus Blood RNA−チューブを含む。本願発明において、使用前に中間的に保存されていてもよい回収された全血サンプルは、全血の血球サンプルをもたらすように処理される。これは、例えば遠心分離技術による、血清/血漿画分(全血の細胞外画分)から血球画分(全血の細胞画分)の分離によってなし遂げられる。全血サンプルに由来する血球サンプルは赤血球、白血球および/または血小板を含むことが好ましく、全血サンプルに由来する血球サンプルは赤血球、白血球および血小板を含むことがより好ましい。
好ましくは、miRNA画分を含む全RNAまたはmiRNA画分は、該血球サンプル内に存在する該血球から単離される。miRNA画分を含む全RNAの単離のためのキットまたはmiRNA画分の単離のためのキットは、当業者によく知られている、例えば、miRNeasy−kit(Qiagen、Hilden、Germany)、Paris−kit(Life Technologies、Weiterstadt、Germany)である。次に、(配列番号:1〜26を有する図1に列挙されたmiRNAから選択される)1つ以上の疾患調節miRNAの第1のセットおよび(配列番号:27〜59を有する図2に列挙されたmiRNAから選択される)1つ以上の疾患保存miRNAの第2のセットのmiRNA−プロフィールを、全血の血球サンプルに存在する血球に由来する単離されたRNAから決定される。発現プロフィールの決定は、miRNAまたはmiRNAプロフィールを決定するための任意の簡便な手段により決定され得る。種々の技術は、当業者によく知られている、例えば核酸ハイブリダイゼーション、核酸増幅、シーケンシング、質量分析、フローサイトメトリーに基づく技術、またはそれらの組合せである。
工程(c)において正規化することは、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAのそれぞれに対して相対発現レベルを生成することが好ましい。好ましくは、該相対発現レベルは、診断される1つ以上の対象からの、(疾患および/または癌調節)miRNAの該第1のセットに含まれる1つ以上のmiRNAと(疾患および/または癌保存)miRNAの該第2のセットに含まれる1つ以上のmiRNAから得られる比率である。さらに好ましくは、該相対発現レベルは、(疾患および/または癌調節)miRNAの該第1のセットに含まれる1つ以上のmiRNAの発現レベルを(疾患および/または癌保存)miRNAの該第2のセットに含まれる1つ以上のmiRNAのレベルにより割ることによって得られる。したがって、(疾患および/または癌保存)miRNAの第2のセットは、(疾患および/または癌調節)miRNAの該第1のセットに対する正規化群として働く。該相対発現レベルの例は、診断される1つ以上の対象からの、hsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、hsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−363(配列番号:24)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−192(配列番号:41)によって割られたhsa−miR−363(配列番号:24)、またはhsa−miR−192(配列番号:41)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−874(配列番号:59)によって割られたhsa−miR−720(
配列番号:5)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−106a(配列番号:13)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−106a(配列番号:13)、またはhsa−miR−27b(配列番号:34)によって割られたhsa−miR−93*(配列番号:21)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−222(配列番号:15)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−363(配列番号:24)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−363(配列番号:24)、またはhsa−miR−99b(配列番号:54)によって割られたhsa−miR−93*(配列番号:21)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−361−3p(配列番号:55)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)のmiRNA発現レベルの比率である。
好ましくは、工程(d)において正規化された発現プロフィールが比較される参照は、参照発現プロフィールである。発現プロフィールが診断される対象から得られたとき、参照発現プロフィールは1つ以上の参照対象から比較できる様式において得られることが好ましい。好ましくは、参照は、工程:
(i.)1つ以上の参照対象からの血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAは図1および/または図3に列挙されたmiRNAから選択される
(ii.)1つ以上の参照対象からの該血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第2の所定のセットに含まれるmiRNAは図2および/または図4に列挙されたmiRNAから選択される
(iii.)該1つ以上の参照対象からの該miRNAの第2の所定のセットに対して該miRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを正規化すること
を含む得られた正規化された参照発現プロフィールである。
工程(iii)において正規化することは、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAのそれぞれに対して相対参照発現レベルを生成することがさらに好ましい。好ましくは、該相対参照発現レベルは、1つ以上の参照対象からの、(疾患および/または癌調節)miRNAの該第1のセットに含まれる1つ以上のmiRNAと(疾患および/または癌保存)miRNAの該第2のセットに含まれる1つ以上のmiRNAから得られる比率である。さらに好ましくは、該相対発現レベルは、1つ以上の参照対象からの、(疾患および/または癌調節)miRNAの該第1のセットに含まれる1つ以上のmiRNAの発現レベルを(疾患および/または癌保存)miRNAの該第2のセットに含まれる1つ以上のmiRNAのレベルにより割ることによって得られる。したがって、(疾患および/または癌保存)miRNAの第2のセットは、(疾患および/または癌調節)miRNAの該第1のセットに対する正規化群として働く。該相対参照発現レベルの例は、1つ以上の参照対象からの、hsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−423−5p(配列番号:1)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−26b(配列番号:2)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−374a(配列番号:3)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:31)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−425(配列番号:32)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−25(配列番号:39)によって割られたhsa−miR−374b(配列番号:11)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−126(配列番号:9)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−92a(配列番号:27)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−363(配列番号:24)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−192(配列番号:41)によって割られたhsa−miR−363(配列番号:24)、またはhsa−miR−192(配列番号:41)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−874(配列番号:59
)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−20a(配列番号:10)、またはhsa−miR−30b(配列番号:37)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−16(配列番号:28)によって割られたhsa−miR−106a(配列番号:13)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−17(配列番号:8)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−106a(配列番号:13)、またはhsa−miR−27b(配列番号:34)によって割られたhsa−miR−93*(配列番号:21)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−144*(配列番号:7)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−222(配列番号:15)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−20b(配列番号:6)、またはhsa−miR−22(配列番号:38)によって割られたhsa−miR−363(配列番号:24)、またはhsa−miR−140−3p(配列番号:35)によって割られたhsa−miR−363(配列番号:24)、またはhsa−miR−99b(配列番号:54)によって割られたhsa−miR−93*(配列番号:21)、またはhsa−miR−19a(配列番号:29)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)、またはhsa−miR−361−3p(配列番号:55)によって割られたhsa−miR−720(配列番号:5)のmiRNA発現レベルの比率である。
本願発明において、工程(d)における比較は、miRNAの同じ組合せ、すなわち疾患調節および疾患保存miRNAの同じ組合せ、さらに好ましくは疾患調節および疾患保存miRNAの同じ比率を使用することによって得られた、診断される対象からの正規化された発現レベルおよび1つ以上の参照対象に由来する正規化された参照発現プロフィールを使用して行われる。
好ましくは、工程(d)における比較は、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAのそれぞれに対して、該対象からの相対発現レベルを相対参照発現レベルと比較することによる。
相対発現レベルは、図1に列挙された(疾患調節)miRNAと図2に列挙された(疾患保存)miRNAからの比率を計算することにより得られることが好ましい。
相対発現レベルは図7に列挙された比率の群から選択されることがまた好ましい。
工程(e)において、相対参照発現レベルに対する該対象からの相対発現レベルの比較が該セットに含まれる該1つ以上の所定のmiRNAに対する閾値を超えるとき、健康状態の変化が診断されることがさらに好ましい。
好ましくは、健康状態の変化を診断するための閾値は、3標準偏差に設定され、好ましくは5標準偏差に設定され、さらに好ましくは7標準偏差に設定される。
第2の局面において、本願発明は、対象において健康状態を診断するための方法に関する。
本願発明の第2の局面による方法は、本願発明の第1の局面による方法における詳細な局面を包含および/または含むことが理解される。
該第2の局面において、本願発明は、対象において健康状態を診断するための方法であって、工程:
(a)対象からの血液サンプル中のmiRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること
(b)該対象からの該血液サンプル中のmiRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること
(c)該工程(a)の発現プロフィールおよび該工程(b)の発現プロフィールを参照発現プロフィールと比較すること
(d)該第1の参照発現プロフィールに対する比較が変更され、該第2の参照発現プロフィールに対する比較が変更されなかったとき、該対象において健康状態の変化を診断すること
を含む、方法に関する。
ここで、該所定のmiRNAの第1のセットに含まれる該miRNAおよび該第1の参照発現プロフィールに含まれるmiRNAは図1および/または図3に列挙されたmiRNAから選択され、該所定のmiRNAの第2のセットに含まれる該miRNAは図2および/または図4に列挙されたmiRNAから選択される。
該血液サンプルが、全血、血球、赤血球、白血球および血小板からなる血液細胞画分、赤血球、白血球および血小板を含む血液細胞画分、または、赤血球、白血球または血小板を含む血液細胞画分から選択されることが好ましい。さらに好ましくは、血液サンプルは、赤血球、白血球および血小板を含む血液細胞画分である。
本願発明の第1および第2の局面による該参照発現プロフィールが同じ対象の前の時点によって得られることが好ましい。
好ましくは、本願発明の第1および第2の局面による健康状態の変化は健康状態の改善または悪化である。
好ましくは、本願発明の第1または第2の局面による方法において、全血サンプルに由来する血球サンプル中の発現プロフィールを決定するとき、少なくとも2つのmiRNA、すなわち(配列番号:1〜26を有する図1に列挙されたmiRNAから選択される1つ以上のmiRNAの第1の所定のセットの)1つの疾患調節miRNAおよび(配列番号:27〜59を有する図2に列挙されたmiRNAから選択される1つ以上のmiRNAの第2の所定のセットの)1つの疾患保存miRNAの核酸配列は、配列番号:1および配列番号:27を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:1および配列番号:28を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:1および配列番号:29を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:1および配列番号:30を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:1および配列番号:31を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:1および配列番号:32を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:1および配列番号:33を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:1および配列番号:34を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:1および配列番号:35を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:2および配列番号:27を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:2および配列番号:28を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:2および配列番号:29を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:2および配列番号:30を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:2および配列番号:31を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:2および配列番号:32を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:2および配列番号:33を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:2および配列番号:34を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:3および配列番号:27を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:3および配列番号:28を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:3および配列番号:29を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:3および配列番号:30を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:3および配列番号:31を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:3および配列番号:32を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:3および配列番号:33を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:4および配列番号:27を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:4および配列番号:28を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:4および配列番号:29を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:4および配列番号:30を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:4および配列番号:31を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:4および配列番号:32を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:5および配列番号:27を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:5および配列番号:28を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:5および配列番号:29を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:5および配列番号:30を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:5および配列番号:31を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:6および配列番号:27を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:6および配列番号:28を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:6および配列番号:29を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:6および配列番号:30を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:7および配列番号:27を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:7および配列番号:28を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:7および配列番号:29を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:8および配列番号:27を有し、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:8および配列番号:29を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:9および配列番号:27を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:7および配列番号:28を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:7および配列番号:27を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:9および配列番号:28を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:6および配列番号:28を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:6および配列番号:35を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:6および配列番号:27を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:24および配列番号:28を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:6および配列番号:38を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:24および配列番号:41を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:6および配列番号:41を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:5および配列番号:59を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:8および配列番号:28を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:10および配列番号:35を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:10および配列番号:28を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:7および配列番号:37を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:13および配列番号:28を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:8および配列番号:35を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:7および配列番号:35を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:13および配列番号:35を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:21および配列番号:34を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:7および配列番号:29を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:15および配列番号:35を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:6および配列番号:29を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:24および配列番号:38を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:24および配列番号:35を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:21および配列番号:54を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:5および配列番号:29を有し、または、少なくとも2つのmiRNAの核酸配列は配列番号:5および配列番号:55を有する。
発現プロフィールは、工程:
(a)健康状態について診断される対象の全血サンプルを提供すること
(b)該全血サンプルから血球サンプルを得ること
(c)該血球サンプルから全RNAを抽出すること
(d)抽出された全RNAから(配列番号:1〜26を有する図1に列挙されたmiRNAから選択される)1つ以上の疾患調節miRNAの第1のセットおよび(配列番号:27〜59を有する図2に列挙されたmiRNAから選択される)の1つ以上の疾患保存miRNAの第2のセットの発現プロフィールを決定すること
を含んで決定されることが好ましい。
好ましくは、血球サンプルは、遠心分離によってなし遂げられ得る、全血サンプルの残存部分から血球を分離することによって全血サンプルに由来し、ここで、(赤血球、白血球および血小板を含む)血球は回収することができるペレットを形成する(実施例1参照)。当業者は、全血サンプルの残存部分から血球を分離する代替方法(例えば、サイズ排除、サイズ分布、誘電泳動、陽性または陰性の抗体選択など)を認識している。
発現プロフィールを決定することは、cDNA(相補的DNA)へのセットに含まれる少なくとも1つのmiRNA、好ましくは少なくとも2つのmiRNAのヌクレオチド配列の逆転写を含むことがさらに好ましい。ここに、RNA配列は、該miRNAの発現プロフィールの決定の前に、(例えば逆転写酵素の使用によって)DNAに逆転写される。好ましくは、セットに含まれる少なくとも1つのmiRNA、好ましくは少なくとも2つのmiRNAのヌクレオチド配列は、核酸増幅(PCR、RT−PCR)、シーケンシング(次世代シーケンシング、サンガーシーケンシング)またはハイブリダイゼーションに基づく技術がmiRNA発現プロフィールの決定において使用されるとき、cDNAに逆転写される。さらに、全RNAは、発現プロフィールが決定されるcDNAに転写されることが好ましい。
本願発明の第1および第2の局面による本願発明のさらなる態様において、疾患調節miRNAは、図3に列挙されたmiRNAから選択される癌調節miRNAであり、疾患保存miRNAは、図4に列挙されたmiRNAから選択される癌保存miRNAである。
第3の局面において、本願発明は、本願発明の第1および第2の局面による方法の使用に関する。
本願発明の第3の局面による使用は、本願発明の第1および第2の局面による方法における詳細な局面を包含および/または含むことが理解される。
該本願発明の第3の局面は、
(i.)1つ以上の対象間の健康状態を比較すること
(ii.)対象において健康状態をモニターすること
(iii.)対象において免疫系の状態をモニターすること
(iv.)対象において治療処置、好ましくは薬物処置に対する応答をモニターすること
のための、本願発明の第1および第2の局面による方法の使用に関する。
第4の局面において、本願発明は、
(i.)対象の血液サンプルにおいて配列番号:1〜26からなる群から選択される少なくとも1つのmiRNAおよび配列番号:27〜59からなる群から選択される少なくとも1つのmiRNAを含むセットの発現プロフィールを決定するための手段、および
(ii.)少なくとも1つの参照
を含む、対象の健康状態を診断するためのキットに関する。
本願発明の第4の局面によるキットは、本願発明の第1および第2の局面による方法における詳細な局面、第3の局面による使用における詳細な局面を包含および/または含むことが理解される。
好ましくは、該発現プロフィールを決定するための手段は、
(i.)対象の血液サンプルにおいて配列番号:1〜26からなる群から選択される少なくとも1つのmiRNAおよび配列番号:27〜59からなる群から選択される少なくとも1つのmiRNAを含むセットを決定するための少なくとも2つのポリヌクレオチドのセット、および
(ii.)マイクロアレイ、RT−PCTシステム、PCRシステム、フローサイトメーター、ビーズに基づく多重システムまたは次世代シーケンシングシステム
を含む。
キットは、本願発明の第1の局面において概説される本願発明による少なくとも1つの参照を含む。好ましい態様において、参照はキットのデータキャリアに含まれ得る。さらなる好ましい態様において、参照は、キットに含まれ、例えば発現プロフィールの決定において、キットを行うとき使用される、参照サンプルおよび/または参照標準であり得る。
所望により、キットはデータキャリアを含む。好ましくは、データキャリアは、電子または非電子データキャリアであり、さらに好ましくは、電子データキャリア、例えば記憶媒体である。キットは、所望により、所望により参照および/または健康状態の診断において発現プロフィールおよび参照の適用方法についてのこの指示を含み得る、データキャリアを含む。発現プロフィールおよび参照の適用方法についてのこの指示は、健康状態の診断に関与する医師および/または診断研究のための指示を含み得る。データキャリアは決定された発現プロフィールの分析および評価のためのツールをさらに含むことが好ましい。これらのツールは、健康状態の診断において医師および/または診断研究を支援するあらゆるツールであり得る。含まれる指示はアルゴリズムまたはソフトウェアであることが好ましい。好ましくは、これらのツールは、決定された発現プロフィールの分析において支援する、および/または次の診断において支援するソフトウェアツールである。分析および評価のためのツールは、本願発明による参照を含み得る。
キットは、所望により、好ましくはEDTA−、Na−citrate−、ACD−、Heparin−、PAXgene Blood RNA−、Tempus Blood RNA−チューブからなる群から選択される全血回収チューブを含み、所望により、RNA画分を安定化させるための添加物を含む。
キットは、所望により、全血サンプルから血球サンプルを得るための手段を含む。これらの手段は、好ましくは、全血サンプルの残存部分からそれぞれの血球サンプル(例えば、白血球、赤血球または血小板を含む血球サンプル、白血球、赤血球および血小板を含む血球サンプル、血小板調製物)を分離および/または単離するためである。これらの手段は、それぞれの血球画分を単離/分離するための試薬または消耗品および/または適当な器具(例えば遠心機、特別な回収チューブ)を含み得る。
さらなる局面において、本願発明者らは、赤血球、白血球および/または血小板を含む血液サンプル、好ましくは全血サンプルまたは血液細胞画分中に、特定のmiRNA(癌調節miRNA、図3)が健常対照と癌対象との間に有意に異常調節されるが、他の特定のmiRNA(癌保存miRNA、図4)が健常対照と癌対象との間に有意に異常調節されないことを見いだした。本願発明のさらなる態様において、該癌調節miRNA(図3)および該癌保存miRNA(図4)は、対象において健康状態を診断するための本願発明の第1、第2、第3および第4の局面による疾患調節miRNAおよび疾患保存miRNAにおける詳細と同じように使用され得、健康状態の変化は該対象の癌の非存在または存在に関することが理解される。
さらなる局面において、本願発明は、対象において健康状態をモニターするための方法であって、工程:
(a)第1および第2の局面による方法を実施することにより、最初の時点で対象において健康状態を診断すること
(b)第1および第2の局面による方法を実施することにより、1つ以上の後の時点で対象において健康状態を診断すること、および
(c)工程(a)において診断された健康状態を工程(b)において診断された健康状態と比較し、それにより対象において健康状態をモニターすること
を含む、方法を提供する。
1つの態様において、対象において健康状態は時間とともに改善または悪化する。
1つの他の態様において、モニターされる対象において健康状態は該対象の免疫系の状態を含む。
1つの他の態様において、対象は、最初の時点から1つ以上の後の時点の間で治療処置を受けている。該処置は薬物処置であり得、すなわち薬物の投与を含み得る。該薬物は、対象において疾患および/または癌を処置するための薬物であり得る。該処置は、あるいは、および/またはさらに、外科処置、化学療法、放射線療法、および/または免疫療法を含み得る。
要約すれば、本願発明は、以下の項目から構成される:
1.対象において健康状態を診断するための方法であって、工程:
(f)対象からの血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAは図1および/または図3に列挙されたmiRNAから選択される
(g)該対象からの該血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第2の所定のセットに含まれるmiRNAは図2および/または図4に列挙されたmiRNAから選択される
(h)該miRNAの第2の所定のセットに対して該miRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを正規化すること
(i)工程(c)の正規化された発現プロフィールを参照と比較すること
(j)該参照との比較が変更されたとき、該対象において健康状態の変化を診断すること
を含み、
該血液サンプルは、全血、血球、赤血球、白血球および血小板からなる血液細胞画分、赤血球、白血球および血小板を含む血液細胞画分、または、赤血球、白血球または血小板を含む血液細胞画分から選択される、方法。
2.工程(c)において正規化することが該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAのそれぞれに対して相対発現レベルを生成する、項目1に記載の方法。
3.該参照が、得られた正規化された参照発現プロフィールである、項目2に記載の方法であって、工程:
(i.)1つ以上の参照対象からの血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAは図1および/または図3に列挙されたmiRNAから選択される
(ii.)1つ以上の参照対象からの該血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第2の所定のセットに含まれるmiRNAは図2および/または図4に列挙されたmiRNAから選択される
(iii.)該1つ以上の参照対象からの該miRNAの第2の所定のセットに対して該miRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを正規化すること
を含む、方法。
4.工程(iii)において正規化することが該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAのそれぞれに対して相対参照発現レベルを生成する、項目3に記載の方法。
5.工程(d)において比較することが、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAのそれぞれに対して、該対象からの相対発現レベルを相対参照発現レベルと比較することによる、項目1から4のいずれかに記載の方法。
6.相対発現レベルが、図1に列挙された(疾患調節)miRNAおよび図2に列挙された(疾患保存)miRNAからの比率を計算することにより得られる、項目2、4または5のいずれかに記載の方法。
7.相対発現レベルが図7に列挙された比率の群から選択される、項目6に記載の方法。
8.工程(e)において、相対参照発現レベルに対する該対象からの相対発現レベルの比較が該セットに含まれる該1つ以上の所定のmiRNAに対する閾値を超えるとき、健康状態の変化が診断される、項目1から7のいずれかに記載の方法。
9.該閾値が3標準偏差に設定され、好ましくは5標準偏差に設定され、さらに好ましくは7標準偏差に設定される、項目1から8のいずれかに記載の方法。
10.対象において健康状態を診断するための方法であって、工程:
(e)対象からの血液サンプル中のmiRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること
(f)該対象からの該血液サンプル中のmiRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること
(g)該工程(a)の発現プロフィールおよび該工程(b)の発現プロフィールを参照発現プロフィールと比較すること
(h)該第1の参照発現プロフィールに対する比較が変更され、該第2の参照発現プロフィールに対する比較が変更されなかったとき、該対象において健康状態の変化を診断すること
を含み、
ここで、
(i.)該所定のmiRNAの第1のセットに含まれる該miRNAおよび該第1の参照発現プロフィールに含まれるmiRNAは図1および/または図3に列挙されたmiRNAから選択され、
(ii.)該所定のmiRNAの第2のセットに含まれる該miRNAは図2および/または図4に列挙されたmiRNAから選択され、
(iii.)該血液サンプルは、全血、血球、赤血球、白血球および血小板からなる血液細胞画分、赤血球、白血球および血小板を含む血液細胞画分、または、赤血球、白血球または血小板を含む血液細胞画分から選択される
方法。
11.該参照発現プロフィールが同じ対象の前の時点によって得られる、項目3から10のいずれかに記載の方法。
12.健康状態の変化が健康状態の改善または悪化である、項目1から11のいずれかに記載の方法。
13.(i.)1つ以上の対象間の健康状態を比較すること、
(ii.)対象において健康状態をモニターすること、
(iii.)対象において免疫系の状態をモニターすること、
(iv.)対象において治療処置、好ましくは薬物処置に対する応答をモニターすること
のための、項目1から12のいずれかに記載の方法の使用。
14.(疾患調節)miRNAの該第1のセットのさらなるmiRNAが図3に列挙されたmiRNAから選択され、(疾患保存)miRNAの該第2のセットのさらなるmiRNAが図3に列挙されたmiRNAから選択され、健康状態の変化は該対象の癌の非存在または存在に関する、項目1から13のいずれかに記載の方法、使用またはキット。
赤血球、白血球および血小板を含むPAXgene Blood RNAチューブに回収された全血サンプルに由来する血球サンプル中の決定された疾患調節miRNA(配列番号:1〜26)の要約。ここで、血液サンプルをPAXgene Blood RNAチューブに入れ、血球のmiRNA画分を含む血球の全RNAをmiRNeasyキットの使用によって単離し(http://www.qiagen.com)、miRBaseバージョン12を代表するdna−マイクロアレイ(febit biomed)にて分析した(実験的詳細:配列番号:配列識別番号;miRNA:miRBaseバージョン12によるmiRNA注釈;中央g1(健常対照)=健常対照患者の中央発現レベル;中央g2(疾患)=疾患対象の中央発現レベル;q中央=中央g1(健常対照)および中央g2(疾患)の比率;ttest_adjp=ttestに従って計算されたBenjamini−Hochberg−調整p値;AUC=曲線下面積統計値)。
赤血球、白血球および血小板を含むPAXgene Blood RNAチューブに回収された全血サンプルに由来する血球サンプル中の決定された疾患保存miRNA(配列番号:27〜59)の要約。ここで、血液サンプルをPAXgene Blood RNAチューブに入れ、血球のmiRNA画分を含む血球の全RNAをmiRNeasyキットの使用によって単離し(http://www.qiagen.com)、miRBaseバージョン12を代表するdna−マイクロアレイ(febit biomed)にて分析した(実験的詳細:配列番号:配列識別番号;miRNA:miRBaseバージョン12によるmiRNA注釈;中央g1(健常対照)=健常対照患者の中央発現レベル;中央g2(疾患)=疾患対象の中央発現レベル;q中央=中央g1(健常対照)および中央g2(疾患)の比率;ttest_adjp=ttestに従って計算されたBenjamini−Hochberg−調整p値;AUC=曲線下面積統計値)。
赤血球、白血球および血小板を含むPAXgene Blood RNAチューブに回収された全血サンプルに由来する血球サンプル中の決定された癌調節miRNAの要約。ここで、血液サンプルをPAXgene Blood RNAチューブに入れ、血球のmiRNA画分を含む血球の全RNAをmiRNeasyキットの使用によって単離し(http://www.qiagen.com)、miRBaseバージョン12を代表するdna−マイクロアレイ(febit biomed)にて分析した(実験的詳細:配列番号:配列識別番号;miRNA:miRBaseバージョン12によるmiRNA注釈;中央g1(健常対照)=健常対照患者の中央発現レベル;中央g2(癌)=疾患(癌)対象の中央発現レベル;q中央=中央g1(健常対照)および中央g2(癌)の比率;ttest_adjp=ttestに従って計算されたBenjamini−Hochberg−調整p値;AUC=曲線下面積統計値)。
赤血球、白血球および血小板を含むPAXgene Blood RNAチューブに回収された全血サンプルに由来する血球サンプル中の決定された癌保存miRNAの要約。ここで、血液サンプルをPAXgene Blood RNAチューブに入れ、血球のmiRNA画分を含む血球の全RNAをmiRNeasyキットの使用によって単離し(http://www.qiagen.com)、miRBaseバージョン12を代表するdna−マイクロアレイ(febit biomed)にて分析した(実験的詳細:配列番号:配列識別番号;miRNA:miRBaseバージョン12によるmiRNA注釈;中央g1(健常対照)=健常対照患者の中央発現レベル;中央g2(癌)=疾患(癌)対象の中央発現レベル;q中央=中央g1(健常対照)および中央g2(癌)の比率;ttest_adjp=ttestに従って計算されたBenjamini−Hochberg−調整p値;AUC=曲線下面積統計値)。
(a)本願発明の第2の局面および(b)本願発明の第1の局面による方法の概略図。
本願発明による対象において健康状態をモニターするための方法の使用のためのグラフ図。
miRNAの第2の所定のセット(図2から選択される疾患保存miRNA)に対して1つ以上のmiRNAの第1の所定のセット(図1から選択される疾患調節miRNA)の発現プロフィールを正規化することから得られる相対発現レベルを描写するボックスプロット。ここで、左側の灰色のボックスプロットは健常対照対象(n=67)内で相対発現レベルを示し、右側の白色のボックスプロットは疾患対象(n=713)内で相対発現レベルを示す;pval=ttestに従って計算されたBenjamini−Hochberg−調整p値。ここで、全てのサンプルを回収し、赤血球、白血球および血小板を含む血液細胞画分に由来するmiRNAを使用する実施例1−5にしたがって処理した。図7−1:hsa−miR−144*/hsa−miR−16;図7−2:hsa−miR−144*/hsa−miR−92a;図7−3:hsa−miR−126/hsa−miR−16;図7−4:hsa−miR−20b/hsa−miR−16;図7−5:hsa−miR−20b/hsa−miR−140−3p;図7−6:hsa−miR−20b/hsa−miR−92a;図7−7:hsa−miR−363/hsa−miR−16;図7−8:hsa−miR−20b/hsa−miR−22;図7−9:hsa−miR−363/hsa−miR−192;図7−10:hsa−miR−20b/hsa−miR−192;図7−11:hsa−miR−720/hsa−miR−874;図7−12:hsa−miR−17/hsa−miR−16;図7−13:hsa−miR−20a/hsa−miR−140−3p;図7−14:hsa−miR−20a/hsa−miR−16;図7−15:hsa−miR−144*/hsa−miR−30b;図7−16:hsa−miR−106a/hsa−miR−16;図7−17:hsa−miR−17/hsa−miR−140−3p;図7−18:hsa−miR−144*/hsa−miR−140−3p;図7−19:hsa−miR−106a/hsa−miR−140−3p;図7−20:hsa−miR−93*/hsa−miR−27b;図7−21:hsa−miR−144*/hsa−miR−19a;図7−22:hsa−miR−222/hsa−miR−140−3p;図7−23:hsa−miR−20b/hsa−miR−19a;図7−24:hsa−miR−363/hsa−miR−22;図7−25:hsa−miR−363/hsa−miR−140−3p;図7−26:hsa−miR−93*/hsa−miR−99b;図7−27:hsa−miR−720/hsa−miR−19a;図7−28:hsa−miR−720/hsa−miR−361−3p。(グラフ内で、視覚化の制約のために、miRNA識別子の注釈を切断する;ここで、相対発現値は上記のとおりである)
miRNAの第2の所定のセット(図2から選択される疾患保存miRNA)に対して1つ以上のmiRNAの第1の所定のセット(図1から選択される疾患調節miRNA)の発現プロフィールを正規化することから得られる相対発現レベルの要約(実験的詳細:miRNA=miRBaseバージョン12によるmiRNA注釈;中央比率r/p(健常対照)=健常対照群内で疾患調節miRNA(r)および疾患保存miRNA(p)の発現レベルの比率から計算された中央を有する健常対照群の中央相対発現レベル;中央比率r/p(疾患)=疾患群内で疾患調節miRNA(r)および疾患保存miRNA(p)の発現レベルの比率から計算された中央を有する疾患群の中央相対発現レベル;倍数変化=健常対照および疾患群間の中央相対発現レベルの中央倍数変化;Wilcoxon Mann Whitney Test調整p値=WMW−testに従って計算された調整p値;t−Test調整p値=ttestに従って計算されたBenjamini−Hochberg−調整p値;AUC=曲線下面積統計値)。
miRNAの第2の所定のセット(図4から選択される癌保存miRNA)に対して1つ以上のmiRNAの第1の所定のセット(図3から選択される癌調節miRNA)の発現プロフィールを正規化することから得られる相対発現レベルの要約(実験的詳細:miRNA=miRBaseバージョン12によるmiRNA注釈;中央比率r/p(健常対照)=健常対照群内で癌調節miRNA(r)および癌保存miRNA(p)の発現レベルの比率から計算された中央を有する健常対照群の中央相対発現レベル;中央比率r/p(癌)=癌群内で癌調節miRNA(r)および癌保存miRNA(p)の発現レベルの比率から計算された中央を有する癌群の中央相対発現レベル;倍数変化=健常対照および癌群間の中央相対発現レベルの中央倍数変化;Wilcoxon Mann Whitney Test調整p値=WMW−testに従って計算された調整p値;t−Test調整p値=ttestに従って計算されたBenjamini−Hochberg−調整p値;AUC=曲線下面積統計値)。
対象において健康状態を診断するための5つの疾患調節および5つの疾患保存miRNAの所定のセットの分類能力。5つの正規化された発現プロフィールからなるセットは、0.78のAUCで健康状態(健常対照 対 疾患)を分類する。分類は、hsa−miR−194/hsa−miR−223、hsa−miR−192/hsa−miR−223、hsa−miR−19a/hsa−miR−223、hsa−miR−99b/hsa−miR−484およびhsa−miR−99b/hsa−miR−19bから計算された5つの正規化された発現プロフィールを用いてであった。
実施例は、本願発明をさらに説明し、より良い理解を提供するために設計されている。それらは、決して本願発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきでない。
実施例1:全血サンプルから血球サンプルを得ること
健常対照および疾患対象 PAXgene Blood RNAチューブ(PreAnalytix)の血液。各血液ドナーについて、PAXgene Blood RNAチューブ中に2.5ml。血球調製物は、遠心分離による全血サンプルの処理に由来する/から得られる。ここで、該血液回収チューブに回収された全血からの血球を10分、5000xg遠心分離によって遠心した。血球ペレット(赤血球、白血球および血小板を含む細胞血液分画)をさらなる処理のために回収したが、上清(細胞外血液分画を含む)は捨てた。低分子RNA(miRNA画分)を含む全RNAを、miRNeasy Miniキット(Qiagen GmbH、Hilden、Germany)を使用して回収された血球から抽出した;詳細には実施例2参照。
実施例2:microRNAを含む全RNAの単離
低分子RNA(miRNA画分)を含む全RNAの単離を、miRNeasy Miniキット(Qiagen GmbH、Hilden、Germany)の使用によって行った。ここで、血球ペレット(実施例1において概説されるとおりに得られた)を、上下のピペッティングによって700μlのQIAzol溶解試薬に完全に再懸濁し、懸濁液を新たな1,5mlのEppendorfチューブに即座に移した。次に、140μlのクロロホルムを加え、完全にボルテックスし、室温で2−3分インキュベートし、次に4℃で15分12,000gで遠心分離した。その後、上部の水相を、他の2つの相に触れることなく、細心の注意を払って新たな2mlチューブに移した。次に、1.5容量の100%エタノールを移された水相に加え、完全な混合をピペッティングにより行った。次に、700μlのサンプルをカラムに移し、RTで15秒13,000rpmで遠心し、流出液を捨てた。その後、700μlのBuffer RWTを各カラムに加え、RTで15秒13,000rpmで再び遠心し、流出液を捨てた。次に、500μlのBuffer RPEをカラムに加え、RTで15秒13,000rpmで遠心し、流出液を捨てた。その後、別の500μlのBuffer RPEをカラムに加え、RTで2分13,000rpmで遠心し、流出液を捨てた。次に、カラムを新たな2ml回収チューブに置き、RTで1分13,000rpmで遠心し、それを乾燥した。カラムを新たな1.5ml回収チューブに移した。microRNAを含む全RNAの溶離のため、40μlのRNase非含有水をカラム上にピペッティングし、1分インキュベートし、RTで1分13.000rpm遠心した。次に、溶出液を同じカラムに戻し、RTで1分インキュベートし、1分再び遠心した。溶出したmicroRNAを含む全RNAをNanoDrop 1000を使用して定量し、発現プロファイリング実験の使用前に−20℃で貯蔵した。全RNAの品質管理のために、1μlの全RNAを、NanoDrop測定によって決定されるRNA濃度に依存してAgilent’s nanoまたはpico RNA Chipのいずれかを選択してAgilent’s Bioanalyzerに付した。
実施例3:発現プロフィールのマイクロアレイベースの決定
miRNA画分を含む全RNAサンプル(実施例2のプロトコールによって得られた)を、Geniom Biochip miRNAホモサピエンスを使用するGeniom Realtime Analyzer(febit biomed GmbH、Heidelberg、Germany)にてマイクロアレイハイブリダイゼーションを使用して分析した。各マイクロ流体マイクロアレイは、Sanger miRBase 12.0に注釈されるとおり866個のmiRNAおよびmiRNA*(それぞれ、7つの複製によって表される)の相補的dna−probeを含む。ビオチンでのサンプル標識化は、febitのMPEAアッセイを使用するmiRNAの酵素的オンチップ標識化によって行われた。42℃で16時間のハイブリダイゼーション後、バイオチップを自動的に洗浄し、シグナル増強のためのプログラムをGeniom Realtime Analyzerで処理した。得られた検出画像を、Geniom Wizard Softwareを使用して評価した。各アレイについて、それぞれのmiRNAについて、アレイ上のmiRBaseのそれぞれの複製コピーに対応して7つの強度値が計算されるように、中央シグナル強度を生データファイルから抽出した。バックグラウンド補正後、それぞれのmiRNAの7つの複製強度値を、それらの中央値によって要約した。異なるアレイ間でデータを正規化するために、分位正規化を適用し、正規化されたバックグラウンド減算強度値を使用して全てのさらなる分析を行った。中央g1および中央g2から、発現の倍数変化(=q中央)を比率g1/g2として計算した。
実施例4:統計分析
測定されたデータの正規分布を検証した後、パラメトリックt−test(不対、両側)をそれぞれのmiRNAごとに別々に実施し、血液ドナーの異なる群において異なる挙動を示すmiRNAを検出した。得られた生のp値を、Benjamini−Hochberg調整(=ttest_adj)によって複数の試験のために調整した。さらに、本願発明者らは、それぞれのmiRNAごとに別々にlimma−testを適用し、Benjamini−Hochberg(=limma_adj)にしたがって補正した。さらに、本願発明者らは、受信者動作特性を適用し、「曲線下面積」値(=AUC)を計算した。ttest−、limma−test−およびAUC−値は、それぞれのmiRNAに対する統計的有意性に基づいて、群1(g1対象)および群2(g2対象)間で発現される差異があると判断することを可能にする。
実施例5:疾患調節および疾患保存miRNAの決定
この試験の目的は、種々の疾患および健常対照において有意に変更された発現を示すmiRNAおよび対照的に疾患および対照において非常に低い発現変動を示すmiRNAを同定することであった。miRNAの2つの群は「疾患調節」または「疾患保存」miRNAと称される。合計で、miRNAプロフィールは1,049の血液サンプルから得られ、それら全ては同じプロトコールを使用してPAXgene Blood RNAチューブに回収された。それぞれの場合において、プロフィールは、マイクロアレイ分析によって記録される848個のmiRNAの発現値から生成した。「疾患調節」または「疾患保存」miRNAを同定するために、本願発明者らはt−testおよびAUC値を使用した。p値またはAUC値について20個の異なる閾値を使用して、本願発明者らは「疾患調節」(図1)または「疾患保存」miRNA(図2)の異なるセットを得た。

Claims (19)

  1. 対象において健康状態を診断するための方法であって、工程:
    (a)対象からの血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAは図1および/または図3に列挙されたmiRNAから選択される
    (b)該対象からの該血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第2の所定のセットに含まれるmiRNAは図2および/または図4に列挙されたmiRNAから選択される
    (c)該miRNAの第2の所定のセットに対して該miRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを正規化すること
    (d)工程(c)の正規化された発現プロフィールを参照と比較すること
    (e)該参照との比較が変更されたとき、該対象において健康状態の変化を診断すること
    を含み、
    該血液サンプルは赤血球、白血球および血小板を含む血液細胞画分である、方法。
  2. 工程(c)において正規化することが該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAのそれぞれに対して相対発現レベルを生成する、請求項1に記載の方法。
  3. 該参照が、得られた正規化された参照発現プロフィールである、請求項2に記載の方法であって、工程:
    (i.)1つ以上の参照対象からの血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAは図1および/または図3に列挙されたmiRNAから選択される
    (ii.)1つ以上の参照対象からの該血液サンプル中の1つ以上のmiRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること、ここで、該miRNAの第2の所定のセットに含まれるmiRNAは図2および/または図4に列挙されたmiRNAから選択される
    (iii.)該1つ以上の参照対象からの該miRNAの第2の所定のセットに対して該miRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを正規化すること
    を含む、方法。
  4. 工程(iii)において正規化することが該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAのそれぞれに対して相対参照発現レベルを生成する、請求項3に記載の方法。
  5. 工程(d)において比較することが、該miRNAの第1の所定のセットに含まれるmiRNAのそれぞれに対して、該対象からの相対発現レベルを相対参照発現レベルと比較することによる、請求項1から4のいずれかに記載の方法。
  6. 相対発現レベルが、図1に列挙された(疾患調節)miRNAおよび図2に列挙された(疾患保存)miRNAからの比率を計算することにより得られる、請求項2、4または5のいずれかに記載の方法。
  7. 相対発現レベルが図7に列挙された比率の群から選択される、請求項6に記載の方法。
  8. 工程(e)において、相対参照発現レベルに対する該対象からの相対発現レベルの比較が該セットに含まれる該1つ以上の所定のmiRNAに対する閾値を超えるとき、健康状態の変化が診断される、請求項1から7のいずれかに記載の方法。
  9. 該閾値が3標準偏差に設定され、好ましくは5標準偏差に設定され、さらに好ましくは7標準偏差に設定される、請求項1から8のいずれかに記載の方法。
  10. 対象において健康状態を診断するための方法であって、工程:
    (a)対象からの血液サンプル中のmiRNAの第1の所定のセットの発現プロフィールを決定すること
    (b)該対象からの該血液サンプル中のmiRNAの第2の所定のセットの発現プロフィールを決定すること
    (c)該工程(a)の発現プロフィールおよび該工程(b)の発現プロフィールを参照発現プロフィールと比較すること
    (d)該第1の参照発現プロフィールに対する比較が変更され、該第2の参照発現プロフィールに対する比較が変更されなかったとき、該対象において健康状態の変化を診断すること
    を含み、
    ここで、
    (i.)該所定のmiRNAの第1のセットに含まれる該miRNAおよび該第1の参照発現プロフィールに含まれるmiRNAは図1および/または図3に列挙されたmiRNAから選択され、
    (ii.)該所定のmiRNAの第2のセットに含まれる該miRNAは図2および/または図4に列挙されたmiRNAから選択され、
    (iii.)該血液サンプルは赤血球、白血球および血小板を含む血液細胞画分である、
    方法。
  11. 該参照発現プロフィールが同じ対象の前の時点によって得られる、請求項3から10のいずれかに記載の方法。
  12. 健康状態の変化が健康状態の改善または悪化である、請求項1から11のいずれかに記載の方法。
  13. (i.)1つ以上の対象間の健康状態を比較すること
    (ii.)対象において健康状態をモニターすること
    (iii.)対象において免疫系の状態をモニターすること
    (iv.)対象において治療処置、好ましくは薬物処置に対する応答をモニターすること
    のための、請求項1から12のいずれかに記載の方法の使用。
  14. 対象において健康状態をモニターするための方法であって、工程:
    (a)請求項1から12のいずれかに記載の方法を実施することにより、最初の時点で対象において健康状態を診断すること
    (b)請求項1から12のいずれかに記載の方法を実施することにより、1つ以上の後の時点で対象において健康状態を診断すること、および
    (c)工程(a)において診断された健康状態を工程(b)において診断された健康状態と比較し、それにより対象において健康状態をモニターすること
    を含む、方法。
  15. 対象において健康状態が時間とともに改善または悪化する、請求項14に記載の方法。
  16. モニターされる対象において健康状態が該対象の免疫系の状態を含む、請求項14または15に記載の方法。
  17. 対象が最初の時点から1つ以上の後の時点の間で治療処置を受けている、請求項14から16のいずれかに記載の方法。
  18. 治療処置が薬物の投与を含む、請求項17に記載の方法。
  19. 治療処置が外科処置、化学療法、放射線療法および/または免疫療法を含む、請求項17または18に記載の方法。
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