JP2018201492A - モモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法 - Google Patents
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Abstract
【課題】それぞれの被験者について、モモアレルギーの発症のしやすさを網羅的に把握できる方法の提供を課題とする。【解決手段】被験者由来のDNA含有試料において、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている３種の群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型、並びにHLAの遺伝型のいずれか一種以上を検出する工程を含むことにより、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを網羅的に把握できる方法を提供する。【選択図】なし
Description
本発明は、遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法に関する。さらに詳しくは、被験者由来のDNA含有試料において特定の遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法に関する。
食物アレルギーは、食物に含まれるタンパク質等の成分が十分に分解されずに体内に吸収されることにより、蕁麻疹、嘔吐、呼吸困難やアナフィラキシーショック等の症状を起こすことを指す。
食物アレルギーは遺伝や食生活等の様々な原因が考えられており、近年では、遺伝子多型の関与も示唆されている。たとえば、特許文献１では、NLRP3遺伝子の多型を調べることにより、食物アナフィラキシーを伴うアレルギー疾患を検査する方法が開示されている。
本発明者らは食物アレルギーの中でも、特にモモアレルギーに着目し、このアレルギーに関与する複数の遺伝型を特定することにより、モモアレルギーの発症のしやすさを網羅的に把握できる方法の提供を試みた。
食物アレルギーは遺伝や食生活等の様々な原因が考えられており、近年では、遺伝子多型の関与も示唆されている。たとえば、特許文献１では、NLRP3遺伝子の多型を調べることにより、食物アナフィラキシーを伴うアレルギー疾患を検査する方法が開示されている。
本発明者らは食物アレルギーの中でも、特にモモアレルギーに着目し、このアレルギーに関与する複数の遺伝型を特定することにより、モモアレルギーの発症のしやすさを網羅的に把握できる方法の提供を試みた。
それぞれの被験者について、モモアレルギーの発症のしやすさを網羅的に把握できる方法の提供を課題とする。
本発明者らは、前記課題を解決するために鋭意研究を行い、複数のヒトのモモアレルギーの発症のしやすさと遺伝型との関連を調べた結果、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜３に示される群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型、並びにHLAの遺伝型のいずれか一種以上を対象として解析することにより、網羅的に被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定することができることを見出し、本発明を完成するに至った。
さらに本発明者らは、HLAタイピングによってHLA-B遺伝子、HLA-DRB1遺伝子、HLA-DQB1遺伝子又はHLA-DPB1遺伝子がモモアレルギーの発症のしやすさに関連することを特定するに至った。そして、これらの遺伝子の発現を制御することや、合成されたタンパク質の作用を抑制することが、モモアレルギーの予防又は治療に有用であることを見出した。
すなわち、本発明は次の（１）〜（９）の被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法等に関する。
（１）被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法であって、検出する遺伝型が米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜３に示される群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型、並びにHLAの遺伝型のいずれか一種以上である、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法。
（２）被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法であって、検出の対象となる一塩基多型が rs28359884、rs28383241、rs28383242、rs28752516、rs28383223、rs28383224、rs28752514、rs28752515、rs3129755、rs28383233、rs28383236、rs28383221、rs28383230、rs28383231、rs685244、rs28752527、rs34028938、rs35940802、rs36124427、rs34136174、rs35542934、rs34341095、rs6931044、rs3129754、rs35484705、rs35558953、rs3129756、rs35534739、rs34341844、rs34599306、rs34077986、rs34537691、rs4959106、rs3129752、rs4959103、rs4959104、rs34850435、rs35128369、rs35029150、rs35928237、rs34985232、rs35656642、rs34656207、rs35186928、rs9275329、rs9275474、rs3104415、rs9275399、rs7764856、rs9275507、rs35139284、rs13207945、及びrs536810からなる群から選択される一以上の一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型である、上記（１）に記載の方法。
（３）rs28359884のアレルCを保有する遺伝型、rs28383241のアレルCを保有する遺伝型、rs28383242のアレルAを保有する遺伝型、rs28752516のアレルAを保有する遺伝型、rs28383223のアレルCを保有する遺伝型、rs28383224のアレルAを保有する遺伝型、rs28752514のアレルTを保有する遺伝型、rs28752515のアレルGを保有する遺伝型、rs3129755のアレルAを保有する遺伝型、rs28383233のアレルGを保有する遺伝型、rs28383236のアレルTを保有する遺伝型、rs28383221のアレルAを保有する遺伝型、rs28383230のアレルTを保有する遺伝型、rs28383231のアレルCを保有する遺伝型、rs685244のアレルAを保有する遺伝型、rs28752527のアレルCを保有する遺伝型、rs34028938のアレルCを保有する遺伝型、rs35940802のアレルAを保有する遺伝型、rs36124427のアレルTを保有する遺伝型、rs34136174のアレルAを保有する遺伝型、rs35542934のアレルTを保有する遺伝型、rs34341095のアレルAを保有する遺伝型、rs6931044のアレルGを保有する遺伝型、rs3129754のアレルAを保有する遺伝型、rs35484705のアレルCを保有する遺伝型、rs35558953のアレルCを保有する遺伝型、rs3129756のアレルAを保有する遺伝型、rs35534739のアレルAを保有する遺伝型、rs34341844のアレルGを保有する遺伝型、rs34599306のアレルCを保有する遺伝型、s34077986のアレルTを保有する遺伝型、rs34537691のアレルAを保有する遺伝型、rs4959106のアレルTを保有する遺伝型、rs3129752のアレルGを保有する遺伝型、rs4959103のアレルTを保有する遺伝型、rs4959104のアレルTを保有する遺伝型、rs34850435のアレルCを保有する遺伝型、rs35128369のアレルAを保有する遺伝型、rs35029150のアレルTを保有する遺伝型、rs35928237のアレルCを保有する遺伝型、rs34985232のアレルAを保有する遺伝型、rs35656642のアレルCを保有する遺伝型、rs34656207のアレルCを保有する遺伝型、rs35186928のアレルGを保有する遺伝型、rs9275329のアレルGを保有する遺伝型、rs9275474のアレルCを保有する遺伝型、rs3104415のアレルAを保有する遺伝型、rs9275399のアレルAを保有する遺伝型、rs7764856のアレルTを保有する遺伝型、rs9275507のアレルGを保有する遺伝型、rs35139284のアレルCを保有する遺伝型、rs13207945のアレルTを保有する遺伝型、又はrs536810のアレルCを保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定する工程を含む、上記（２）に記載の方法。
（４）被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法であって、検出の対象となる挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型がrs113991537及びrs113083535からなる群から選択される一以上の挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型である、上記（１）に記載の方法。
（５）rs113991537のアレルCを保有する遺伝型、又は、rs113083535のアレルGを保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定する工程を含む、上記（４）に記載の方法。
（６）上記（１）〜（５）のいずれかに記載の一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を検出するためのプローブ又はプライマーとして用いることができる、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用ポリヌクレオチド。
（７）上記（６）に記載のポリヌクレオチドからなるプローブ及び／又はプライマーを含む、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用キット。
（８）検出の対象となるHLAの遺伝型が次の（A）〜（I）のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定する上記（１）に記載の方法。
（A）HLA-Bのアレル15:11を保有する遺伝型、（B）HLA-DRB1のアレル04:05を保有する遺伝型、（C）HLA-DRB1のアレル09:01を保有する遺伝型、（D）HLA-DRB1のアレル14:05を保有する遺伝型、（E）HLA-DQB1のアレル03:03を保有する遺伝型、（F）HLA-DQB1のアレル04:01を保有する遺伝型、（G）HLA-DQB1のアレル05:03を保有する遺伝型、（H）HLA-DPB1のアレル09：01を保有する遺伝型、（I）HLA-DPB1のアレル14：01を保有する遺伝型
（９）HLA-B遺伝子、HLA-DRB1遺伝子、HLA-DQB1遺伝子又はHLA-DPB1遺伝子の発現を制御し、又は該タンパク質の作用を抑制するモモアレルギーの予防又は治療のための組成物。
（１）被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法であって、検出する遺伝型が米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜３に示される群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型、並びにHLAの遺伝型のいずれか一種以上である、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法。
（２）被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法であって、検出の対象となる一塩基多型が rs28359884、rs28383241、rs28383242、rs28752516、rs28383223、rs28383224、rs28752514、rs28752515、rs3129755、rs28383233、rs28383236、rs28383221、rs28383230、rs28383231、rs685244、rs28752527、rs34028938、rs35940802、rs36124427、rs34136174、rs35542934、rs34341095、rs6931044、rs3129754、rs35484705、rs35558953、rs3129756、rs35534739、rs34341844、rs34599306、rs34077986、rs34537691、rs4959106、rs3129752、rs4959103、rs4959104、rs34850435、rs35128369、rs35029150、rs35928237、rs34985232、rs35656642、rs34656207、rs35186928、rs9275329、rs9275474、rs3104415、rs9275399、rs7764856、rs9275507、rs35139284、rs13207945、及びrs536810からなる群から選択される一以上の一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型である、上記（１）に記載の方法。
（３）rs28359884のアレルCを保有する遺伝型、rs28383241のアレルCを保有する遺伝型、rs28383242のアレルAを保有する遺伝型、rs28752516のアレルAを保有する遺伝型、rs28383223のアレルCを保有する遺伝型、rs28383224のアレルAを保有する遺伝型、rs28752514のアレルTを保有する遺伝型、rs28752515のアレルGを保有する遺伝型、rs3129755のアレルAを保有する遺伝型、rs28383233のアレルGを保有する遺伝型、rs28383236のアレルTを保有する遺伝型、rs28383221のアレルAを保有する遺伝型、rs28383230のアレルTを保有する遺伝型、rs28383231のアレルCを保有する遺伝型、rs685244のアレルAを保有する遺伝型、rs28752527のアレルCを保有する遺伝型、rs34028938のアレルCを保有する遺伝型、rs35940802のアレルAを保有する遺伝型、rs36124427のアレルTを保有する遺伝型、rs34136174のアレルAを保有する遺伝型、rs35542934のアレルTを保有する遺伝型、rs34341095のアレルAを保有する遺伝型、rs6931044のアレルGを保有する遺伝型、rs3129754のアレルAを保有する遺伝型、rs35484705のアレルCを保有する遺伝型、rs35558953のアレルCを保有する遺伝型、rs3129756のアレルAを保有する遺伝型、rs35534739のアレルAを保有する遺伝型、rs34341844のアレルGを保有する遺伝型、rs34599306のアレルCを保有する遺伝型、s34077986のアレルTを保有する遺伝型、rs34537691のアレルAを保有する遺伝型、rs4959106のアレルTを保有する遺伝型、rs3129752のアレルGを保有する遺伝型、rs4959103のアレルTを保有する遺伝型、rs4959104のアレルTを保有する遺伝型、rs34850435のアレルCを保有する遺伝型、rs35128369のアレルAを保有する遺伝型、rs35029150のアレルTを保有する遺伝型、rs35928237のアレルCを保有する遺伝型、rs34985232のアレルAを保有する遺伝型、rs35656642のアレルCを保有する遺伝型、rs34656207のアレルCを保有する遺伝型、rs35186928のアレルGを保有する遺伝型、rs9275329のアレルGを保有する遺伝型、rs9275474のアレルCを保有する遺伝型、rs3104415のアレルAを保有する遺伝型、rs9275399のアレルAを保有する遺伝型、rs7764856のアレルTを保有する遺伝型、rs9275507のアレルGを保有する遺伝型、rs35139284のアレルCを保有する遺伝型、rs13207945のアレルTを保有する遺伝型、又はrs536810のアレルCを保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定する工程を含む、上記（２）に記載の方法。
（４）被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法であって、検出の対象となる挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型がrs113991537及びrs113083535からなる群から選択される一以上の挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型である、上記（１）に記載の方法。
（５）rs113991537のアレルCを保有する遺伝型、又は、rs113083535のアレルGを保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定する工程を含む、上記（４）に記載の方法。
（６）上記（１）〜（５）のいずれかに記載の一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を検出するためのプローブ又はプライマーとして用いることができる、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用ポリヌクレオチド。
（７）上記（６）に記載のポリヌクレオチドからなるプローブ及び／又はプライマーを含む、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用キット。
（８）検出の対象となるHLAの遺伝型が次の（A）〜（I）のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定する上記（１）に記載の方法。
（A）HLA-Bのアレル15:11を保有する遺伝型、（B）HLA-DRB1のアレル04:05を保有する遺伝型、（C）HLA-DRB1のアレル09:01を保有する遺伝型、（D）HLA-DRB1のアレル14:05を保有する遺伝型、（E）HLA-DQB1のアレル03:03を保有する遺伝型、（F）HLA-DQB1のアレル04:01を保有する遺伝型、（G）HLA-DQB1のアレル05:03を保有する遺伝型、（H）HLA-DPB1のアレル09：01を保有する遺伝型、（I）HLA-DPB1のアレル14：01を保有する遺伝型
（９）HLA-B遺伝子、HLA-DRB1遺伝子、HLA-DQB1遺伝子又はHLA-DPB1遺伝子の発現を制御し、又は該タンパク質の作用を抑制するモモアレルギーの予防又は治療のための組成物。
本発明の方法により、対象となるヒトそれぞれのモモアレルギーの発症のしやすさを網羅的に把握することができる。また、判定用ポリヌクレオチドや判定用キットの使用により、モモアレルギーの発症のしやすさを簡便に把握することも可能となる。
本発明の「被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法」とは、被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法のことをいう。本発明の方法はさらに、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定するために有用なその他の工程を含むものであっても良い。
ここで検出する一塩基多型とは、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜３に示される群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型のことを指す。
なお、表１〜３において“他のrs番号”とは“rs番号”で特定されるある遺伝子多型を他の番号で示したものであり、実質的に同一な遺伝子多型を示すもののことをいう。例えば遺伝子多型がrs28359884である場合、“他のrs番号”に示されるrs113321059も同じ遺伝子多型を示すものである。
ここで検出する一塩基多型とは、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜３に示される群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型のことを指す。
なお、表１〜３において“他のrs番号”とは“rs番号”で特定されるある遺伝子多型を他の番号で示したものであり、実質的に同一な遺伝子多型を示すもののことをいう。例えば遺伝子多型がrs28359884である場合、“他のrs番号”に示されるrs113321059も同じ遺伝子多型を示すものである。
なお、本発明における一塩基多型(Single Nucleotide Polymorphism、SNP)とは、ヒトのゲノム配列において、国際標準配列と比較して母集団中１％以上の頻度で存在する、一つの塩基が他の塩基に置換変異したものを指す。
また、本発明において連鎖不平衡にある一塩基多型とは、rs番号で特定される本発明のいずれかの一塩基多型との間の連鎖不平衡係数(r2)が0.8以上である一塩基多型をいう。
また、本発明において連鎖不平衡にある一塩基多型とは、rs番号で特定される本発明のいずれかの一塩基多型との間の連鎖不平衡係数(r2)が0.8以上である一塩基多型をいう。
検出の対象となる一塩基多型として、例えば、表１、２に示されるrs28359884（rs1133
21059）、rs28383241（rs79750376、rs111582346或いはrs115937315）、rs28383242（rs113150435或いはrs189250866）、rs28752516（rs35039629）、rs28383223（rs113508636）、rs28383224（rs113175152或いはrs113423908）、rs28752514（rs113476266或いはrs115026288）、rs28752515（rs34603060、rs112783681或いはrs116211935）、rs3129755（rs4959101、rs7756578、rs80094643或いはrs115350014）、rs28383233（rs112605168或いはrs114815556）、rs28383236（rs74381390或いはrs115847568）、rs28383221（rs113512716）、rs28383230（rs116071069）、rs28383231（rs115378169）、rs685244（rs12174477、rs74889237、rs112343390或いはrs116659014）、rs28752527（rs35036871、rs113879940或いはrs115134322）、rs34028938（rs112555490或いはrs114863543）、rs35940802（rs112023795或いはrs115410572）、rs36124427（rs111342811或いはrs111689962）、rs34136174（rs113369410或いはrs113511492）、rs35542934（rs113275679）、rs34341095（rs34857500）、rs6931044（rs75389496、rs111583663或いはrs112644728）、rs3129754（rs6912795或いはrs112562246）、rs35484705（rs115836120）、rs35558953（rs114297998）、rs3129756（rs4959102、rs6912803或いはrs112975181）、rs35534739（rs111554777或いはrs113343065）、rs34341844（rs112575792或いはrs113658667）、rs34599306（rs113897246或いはrs115406094）、rs34077986（rs113504286或いはrs114859129）、rs34537691（rs112919105或いはrs116039922）、rs4959106（rs111242185或いはrs113866753）、rs3129752（rs113291251）、rs4959103（rs111230696）、rs4959104（rs111769561或いはrs112367544）、rs34850435（rs113826586）、rs35128369（rs113276105）、rs35029150（rs111673793）、rs35928237（rs112474195）、rs34985232（rs114212926）、rs35656642（rs35820432或いはrs544840894）、rs34656207（rs116624621）、rs35186928（rs114663732）、rs9275329（rs112774177或いはrs116608809）、rs9275474（rs77948764或いはrs114902856）、rs3104415（rs75836287或いはrs111871874）、rs9275399（rs17499579、rs78735238或いはrs114683640）、rs7764856（rs17212895、rs17427936、rs60165789、rs75803392、rs111374592、rs111542167或いはrs116687380）、rs9275507（rs113040659或いはrs114476416）、rs35139284（rs35884885或いはrs57721364）、rs13207945（rs77005575）、及びrs536810（rs35970111或いはrs386598482）等が挙げられる。
21059）、rs28383241（rs79750376、rs111582346或いはrs115937315）、rs28383242（rs113150435或いはrs189250866）、rs28752516（rs35039629）、rs28383223（rs113508636）、rs28383224（rs113175152或いはrs113423908）、rs28752514（rs113476266或いはrs115026288）、rs28752515（rs34603060、rs112783681或いはrs116211935）、rs3129755（rs4959101、rs7756578、rs80094643或いはrs115350014）、rs28383233（rs112605168或いはrs114815556）、rs28383236（rs74381390或いはrs115847568）、rs28383221（rs113512716）、rs28383230（rs116071069）、rs28383231（rs115378169）、rs685244（rs12174477、rs74889237、rs112343390或いはrs116659014）、rs28752527（rs35036871、rs113879940或いはrs115134322）、rs34028938（rs112555490或いはrs114863543）、rs35940802（rs112023795或いはrs115410572）、rs36124427（rs111342811或いはrs111689962）、rs34136174（rs113369410或いはrs113511492）、rs35542934（rs113275679）、rs34341095（rs34857500）、rs6931044（rs75389496、rs111583663或いはrs112644728）、rs3129754（rs6912795或いはrs112562246）、rs35484705（rs115836120）、rs35558953（rs114297998）、rs3129756（rs4959102、rs6912803或いはrs112975181）、rs35534739（rs111554777或いはrs113343065）、rs34341844（rs112575792或いはrs113658667）、rs34599306（rs113897246或いはrs115406094）、rs34077986（rs113504286或いはrs114859129）、rs34537691（rs112919105或いはrs116039922）、rs4959106（rs111242185或いはrs113866753）、rs3129752（rs113291251）、rs4959103（rs111230696）、rs4959104（rs111769561或いはrs112367544）、rs34850435（rs113826586）、rs35128369（rs113276105）、rs35029150（rs111673793）、rs35928237（rs112474195）、rs34985232（rs114212926）、rs35656642（rs35820432或いはrs544840894）、rs34656207（rs116624621）、rs35186928（rs114663732）、rs9275329（rs112774177或いはrs116608809）、rs9275474（rs77948764或いはrs114902856）、rs3104415（rs75836287或いはrs111871874）、rs9275399（rs17499579、rs78735238或いはrs114683640）、rs7764856（rs17212895、rs17427936、rs60165789、rs75803392、rs111374592、rs111542167或いはrs116687380）、rs9275507（rs113040659或いはrs114476416）、rs35139284（rs35884885或いはrs57721364）、rs13207945（rs77005575）、及びrs536810（rs35970111或いはrs386598482）等が挙げられる。
このうち一塩基多型がrs28359884の場合ではアレルがAかCであり、リスクアレルがCである。従って、遺伝型がC/C＞A/C＞A/Aの順番で被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定される。また、rs28383241の場合ではアレルがAかCであり、リスクアレルがCである。従って、遺伝型がC/C＞A/C＞A/Aの順番で被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定される。
なお、対応するアレルがGかCまたはAかTである一塩基多型については、リスクアレルを判定するための配列情報を表４に示した。本発明において“rs番号”で特定される遺伝子多型で記載しているアレルのストランドはいずれもNCBI SNPデータベースのバージョンGRCh37または米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校（UCSC）データベースのバージョンhg19のリファレンスストランドに等しい。
なお、対応するアレルがGかCまたはAかTである一塩基多型については、リスクアレルを判定するための配列情報を表４に示した。本発明において“rs番号”で特定される遺伝子多型で記載しているアレルのストランドはいずれもNCBI SNPデータベースのバージョンGRCh37または米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校（UCSC）データベースのバージョンhg19のリファレンスストランドに等しい。
即ち、本発明の検出対象が次の一塩基多型である場合、１）〜５３）のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者であればモモアレルギーを有すると判定されることになる。
１）rs28359884のアレルCを保有する遺伝型、２）rs28383241のアレルCを保有する遺伝型、３）rs28383242のアレルAを保有する遺伝型、４）rs28752516のアレルAを保有する遺伝型、５）rs28383223のアレルCを保有する遺伝型、６）rs28383224のアレルAを保有する遺伝型、７）rs28752514のアレルTを保有する遺伝型、８）rs28752515のアレルGを保有する遺伝型、９）rs3129755のアレルAを保有する遺伝型、１０）rs28383233のアレルGを保有する遺伝型、１１）rs28383236のアレルTを保有する遺伝型、１２）rs28383221のアレルAを保有する遺伝型、１３）rs28383230のアレルTを保有する遺伝型、１４）rs28383231のアレルCを保有する遺伝型、１５）rs685244のアレルAを保有する遺伝型、１６）rs28752527のアレルCを保有する遺伝型、１７）rs34028938のアレルCを保有する遺伝型、１８）rs35940802のアレルAを保有する遺伝型、１９）rs36124427のアレルTを保有する遺伝型、２０）rs34136174のアレルAを保有する遺伝型、２１）rs35542934のアレルTを保有する遺伝型、２２）rs34341095のアレルAを保有する遺伝型、２３）rs6931044のアレルGを保有する遺伝型、２４）rs3129754のアレルAを保有する遺伝型、２５）rs35484705のアレルCを保有する遺伝型、２６）rs35558953のアレルCを保有する遺伝型、２７）rs3129756のアレルAを保有する遺伝型、２８）rs35534739のアレルAを保有する遺伝型、２９）rs343418
44のアレルGを保有する遺伝型、３０）rs34599306のアレルCを保有する遺伝型、３１）rs34077986のアレルTを保有する遺伝型、３２）rs34537691のアレルAを保有する遺伝型、３３）rs4959106のアレルTを保有する遺伝型、３４）rs3129752のアレルGを保有する遺伝型、３５）rs4959103のアレルTを保有する遺伝型、３６）rs4959104のアレルTを保有する遺伝型、３７）rs34850435のアレルCを保有する遺伝型、３８）rs35128369のアレルAを保有する遺伝型、３９）rs35029150のアレルTを保有する遺伝型、４０）rs35928237のアレルCを保有する遺伝型、４１）rs34985232のアレルAを保有する遺伝型、４２）rs35656642のアレルCを保有する遺伝型、４３）rs34656207のアレルCを保有する遺伝型、４４）rs35186928のアレルGを保有する遺伝型、４５）rs9275329のアレルGを保有する遺伝型、４６）rs9275474のアレルCを保有する遺伝型、４７）rs3104415のアレルAを保有する遺伝型、４８）rs9275399のアレルAを保有する遺伝型、４９）rs7764856のアレルTを保有する遺伝型、５０）rs9275507のアレルGを保有する遺伝型、５１）rs35139284のアレルCを保有する遺伝型、５２）rs13207945のアレルTを保有する遺伝型、又は５３）rs536810のアレルCを保有する遺伝型。
１）rs28359884のアレルCを保有する遺伝型、２）rs28383241のアレルCを保有する遺伝型、３）rs28383242のアレルAを保有する遺伝型、４）rs28752516のアレルAを保有する遺伝型、５）rs28383223のアレルCを保有する遺伝型、６）rs28383224のアレルAを保有する遺伝型、７）rs28752514のアレルTを保有する遺伝型、８）rs28752515のアレルGを保有する遺伝型、９）rs3129755のアレルAを保有する遺伝型、１０）rs28383233のアレルGを保有する遺伝型、１１）rs28383236のアレルTを保有する遺伝型、１２）rs28383221のアレルAを保有する遺伝型、１３）rs28383230のアレルTを保有する遺伝型、１４）rs28383231のアレルCを保有する遺伝型、１５）rs685244のアレルAを保有する遺伝型、１６）rs28752527のアレルCを保有する遺伝型、１７）rs34028938のアレルCを保有する遺伝型、１８）rs35940802のアレルAを保有する遺伝型、１９）rs36124427のアレルTを保有する遺伝型、２０）rs34136174のアレルAを保有する遺伝型、２１）rs35542934のアレルTを保有する遺伝型、２２）rs34341095のアレルAを保有する遺伝型、２３）rs6931044のアレルGを保有する遺伝型、２４）rs3129754のアレルAを保有する遺伝型、２５）rs35484705のアレルCを保有する遺伝型、２６）rs35558953のアレルCを保有する遺伝型、２７）rs3129756のアレルAを保有する遺伝型、２８）rs35534739のアレルAを保有する遺伝型、２９）rs343418
44のアレルGを保有する遺伝型、３０）rs34599306のアレルCを保有する遺伝型、３１）rs34077986のアレルTを保有する遺伝型、３２）rs34537691のアレルAを保有する遺伝型、３３）rs4959106のアレルTを保有する遺伝型、３４）rs3129752のアレルGを保有する遺伝型、３５）rs4959103のアレルTを保有する遺伝型、３６）rs4959104のアレルTを保有する遺伝型、３７）rs34850435のアレルCを保有する遺伝型、３８）rs35128369のアレルAを保有する遺伝型、３９）rs35029150のアレルTを保有する遺伝型、４０）rs35928237のアレルCを保有する遺伝型、４１）rs34985232のアレルAを保有する遺伝型、４２）rs35656642のアレルCを保有する遺伝型、４３）rs34656207のアレルCを保有する遺伝型、４４）rs35186928のアレルGを保有する遺伝型、４５）rs9275329のアレルGを保有する遺伝型、４６）rs9275474のアレルCを保有する遺伝型、４７）rs3104415のアレルAを保有する遺伝型、４８）rs9275399のアレルAを保有する遺伝型、４９）rs7764856のアレルTを保有する遺伝型、５０）rs9275507のアレルGを保有する遺伝型、５１）rs35139284のアレルCを保有する遺伝型、５２）rs13207945のアレルTを保有する遺伝型、又は５３）rs536810のアレルCを保有する遺伝型。
また、本発明の検出の対象には挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型も含まれる。このような多型が例えば、例えば、表３に示されるrs113991537(rs147897287)及びrs113083535(rs142947518或いはrs577142567)等が挙げられる。
このうち、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型がrs113991537の場合では、アレルがCAAかCであり、リスクアレルがCである。従って、遺伝型がC/C＞CAA/C＞CAA/CAAの順番で被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定される。また、rs113083535の場合ではアレルがGATGTかGであり、リスクアレルがGである。従って、遺伝型がG/G＞GATGT/G＞GATGT/GATGTの順番で被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定することになる。
即ち、本発明の検出対象が次の挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型である場合、１）〜２）のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者であればモモアレルギーを発症しやすいと判定されることになる。
１）rs113991537のアレルCを保有する遺伝型、又は２）rs113083535のアレルGを保有する遺伝型。
１）rs113991537のアレルCを保有する遺伝型、又は２）rs113083535のアレルGを保有する遺伝型。
本発明の方法の判定対象となる被験者はヒトであれば良く、アジア人種、特に東アジア人、さらには日本人であることが好ましく、性別は問わない。
また「被験者由来のDNA試料」とは、ゲノムDNA、cDNA、又はmRNAのいずれであっても良く、モモアレルギーになり易さを判定する対象の被験者から得られるものであれば良く、例えば、唾液、唾、髪の毛、血液、リンパ液、骨髄液、精液、腹腔液、尿等の体液、髪の毛等を由来として調製される試料等が挙げられる。
また「被験者由来のDNA試料」とは、ゲノムDNA、cDNA、又はmRNAのいずれであっても良く、モモアレルギーになり易さを判定する対象の被験者から得られるものであれば良く、例えば、唾液、唾、髪の毛、血液、リンパ液、骨髄液、精液、腹腔液、尿等の体液、髪の毛等を由来として調製される試料等が挙げられる。
本発明の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型の検出にあたり、従来知られているいずれの方法を用いても良く、例えばTaqMan（登録商標）PCR、LAMP法等のPCRによってこれらの遺伝子多型を含む断片を増幅する方法やDNAシーケンサー等で塩基配列を直接決定し、これらの遺伝子多型を検出する方法等が挙げられる。また、DNAチップやGeneチップ等のマイクロアレイによる検出方法を使用しても良い。
本発明の「被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用ポリヌクレオチド」とは、本発明の検出対象として特定されている一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型の塩基配列を含み得るポリヌクレオチドを指す。
例えば検出対象となる遺伝子多型が一塩基多型であるrs28359884の場合は、C/C＞A/C＞A/Aのいずれに該当するか検出するために、その箇所の塩基配列を含むポリヌクレオチドとなる。このポリヌクレオチドは検出対象となる一塩基多型及びこれに連続する少なくとも15〜30塩基対からなる塩基配列であることが好ましく、これに相補的な塩基配列も本発明の「被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用ポリヌクレオチド」に該当し得る。
そして、この「被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用ポリヌクレオチド」は、一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型を検出するためのプローブ又はプライマーとして用いることができる。
例えば検出対象となる遺伝子多型が一塩基多型であるrs28359884の場合は、C/C＞A/C＞A/Aのいずれに該当するか検出するために、その箇所の塩基配列を含むポリヌクレオチドとなる。このポリヌクレオチドは検出対象となる一塩基多型及びこれに連続する少なくとも15〜30塩基対からなる塩基配列であることが好ましく、これに相補的な塩基配列も本発明の「被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用ポリヌクレオチド」に該当し得る。
そして、この「被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用ポリヌクレオチド」は、一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型を検出するためのプローブ又はプライマーとして用いることができる。
本発明の「被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用キット」とは、「被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用ポリヌクレオチド」からなるプローブ及び／又はプライマーを少なくとも含むキットのことをいう。このキットはさらに、一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を検出する各方法に適した試薬等を含むものであってもよく、支持体に固定化されたマイクロアレイ等としてキットに含まれてもよい。
本発明の「モモアレルギーの予防又は治療のための組成物」とは、モモアレルギーの発症を予防したり、発症したモモアレルギーの症状を治療により和らげたりするための組成物のことをいう。この組成物はHLA-B遺伝子、HLA-DRB1遺伝子、HLA-DQB1遺伝子又はHLA-DPB1遺伝子の発現を制御することでこのタンパク質の合成を抑制したり、合成されたタンパク質の作用を抑制したりすることができる。
このような組成物は、モモアレルギーの予防又は治療のための医薬品等の有効成分とすることができ、この医薬品等は全身又は局所的に投与することが可能である。
このような組成物は、モモアレルギーの予防又は治療のための医薬品等の有効成分とすることができ、この医薬品等は全身又は局所的に投与することが可能である。
以下、実施例をあげて本発明をさらに詳細に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。
１．DNAサンプル
株式会社エムティーアイの女性のヘルスケアに関するウェブサイト及びアプリの使用者であり、かつ、任意に募集したモモアレルギーの発症のしやすさ（形質）に関するアンケートに回答した者をDNAサンプル提供の対象者とした。この対象者は2回の募集によって集められ、1回目のステージ(以下、LL01と示す場合がある)では12085名、2回目のステージ(以下、LL02と示す場合がある)では14407名が集まった。
このうち、eメールアドレス、個人情報等によるスクリーニングを経て、LL01では7000名、LL02では9321名がサンプル提供の対象者となった。
なお、モモアレルギーの発症のしやすさに関するアンケートはSurvey Monkey（http://www.surveymonkey.com）によって作成され、オンラインにより対象者から回答を受けた。
株式会社エムティーアイの女性のヘルスケアに関するウェブサイト及びアプリの使用者であり、かつ、任意に募集したモモアレルギーの発症のしやすさ（形質）に関するアンケートに回答した者をDNAサンプル提供の対象者とした。この対象者は2回の募集によって集められ、1回目のステージ(以下、LL01と示す場合がある)では12085名、2回目のステージ(以下、LL02と示す場合がある)では14407名が集まった。
このうち、eメールアドレス、個人情報等によるスクリーニングを経て、LL01では7000名、LL02では9321名がサンプル提供の対象者となった。
なお、モモアレルギーの発症のしやすさに関するアンケートはSurvey Monkey（http://www.surveymonkey.com）によって作成され、オンラインにより対象者から回答を受けた。
LL01の対象者のDNAサンプルは、唾液採取キット（OraGene(登録商標） DNA；DNA Genotek社）により2015年3月から6月まで郵送にて集められた（nLL01=5882）。また、LL02の対象者のサンプルは同様に2015年9月から2016年4月の間に集められた（nLL02=5783）。
本発明にあたり、同意書、アンケート項目、及び遺伝型判定について、つくば国際臨床薬理クリニックの倫理審査委員会によって承認を受けた。同意書のサインにて同意を受けたサンプル提供者よりサンプル収集を行い、遺伝型判定、モモアレルギーの発症のしやすさについてのアンケート、及びゲノムワイド関連解析による形質分析を行った。
本発明にあたり、同意書、アンケート項目、及び遺伝型判定について、つくば国際臨床薬理クリニックの倫理審査委員会によって承認を受けた。同意書のサインにて同意を受けたサンプル提供者よりサンプル収集を行い、遺伝型判定、モモアレルギーの発症のしやすさについてのアンケート、及びゲノムワイド関連解析による形質分析を行った。
２．遺伝型の決定
サンプル提供の対象者から得た唾液サンプルはタカラバイオ株式会社によって処理された。
LL01及びLL02のサンプルはそれぞれ、エバージーン株式会社によって東アジア人を対象とするようにカスタムされたAxiom（登録商標）アレイ（EverGen1）によって遺伝型の決定が行われた。
このEverGen1チップは合計610093の多型を含む。そのうち569104多型は1000 Genomesプロジェクトの日本人系統サンプルにおいてMAF≧0.01を有したAxiom CHB-1チップのSNPから選ばれ、疾患上又は表現型上の既知の関連性を有する40989多型を追加したものである。
LL01及びLL02について、それぞれAffymetrix（登録商標） Analysis Suite 1.1.0616によって遺伝型データを得た。
サンプル提供の対象者から得た唾液サンプルはタカラバイオ株式会社によって処理された。
LL01及びLL02のサンプルはそれぞれ、エバージーン株式会社によって東アジア人を対象とするようにカスタムされたAxiom（登録商標）アレイ（EverGen1）によって遺伝型の決定が行われた。
このEverGen1チップは合計610093の多型を含む。そのうち569104多型は1000 Genomesプロジェクトの日本人系統サンプルにおいてMAF≧0.01を有したAxiom CHB-1チップのSNPから選ばれ、疾患上又は表現型上の既知の関連性を有する40989多型を追加したものである。
LL01及びLL02について、それぞれAffymetrix（登録商標） Analysis Suite 1.1.0616によって遺伝型データを得た。
３．IBD解析によるサンプルQC
LL01及びLL02から解析対象として適したサンプルを選択した。
遺伝型データを利用して同一個体及び近縁関係にある2個体を抽出した。PLINK2 ver. 1.90p（2016年8月16日リリース）｛Purcell et al.、2007、 #42652｝を利用して、総当りの2個体のPIHAT値を算出し、0.5以上のペアを11組検出した。それぞれの11ペアについて、個体Call Rate値の悪い個体を解析対象から除外した。
LL01及びLL02から解析対象として適したサンプルを選択した。
遺伝型データを利用して同一個体及び近縁関係にある2個体を抽出した。PLINK2 ver. 1.90p（2016年8月16日リリース）｛Purcell et al.、2007、 #42652｝を利用して、総当りの2個体のPIHAT値を算出し、0.5以上のペアを11組検出した。それぞれの11ペアについて、個体Call Rate値の悪い個体を解析対象から除外した。
４．PCA解析によるサンプルQC
PCA解析を利用してLL01及びLL02から日本人由来の個体を選択した。
1000 GenomesプロジェクトのPhase 3サンプル集団から2504個体のサンプルの遺伝型データ（ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/release/20130502/）をダウンロードし、人種の教師データとした。
教師データとLL01及びLL02の遺伝型データを結合し、PCA解析を行なった。PCA解析に利用したSNPは121595座位で、これらはPLINK2 v1.90pにより連鎖不平衡の低いSNPとして選択した。選択基準はr2<0.2とした{Purcell et al.,2007,#42652;Chang et al.,2015,#66208}。
第1主成分得点、第２主成分得点をそれぞれ横軸、縦軸にとった散布図を描画し、日本人教師データの近傍にあるLL01及びLL02の個体を解析対象として選択した{Yamaguchi-Kabata et al.,2008,#51107;Tian et al.,2008,#28781}。
モモアレルギーに関するアンケートデータと遺伝型データの両方を有するサンプルで、IBD解析及びPCA解析により解析対象として選択した個体数は、LL01が5750個体、LL02は5628個体であった。
PCA解析を利用してLL01及びLL02から日本人由来の個体を選択した。
1000 GenomesプロジェクトのPhase 3サンプル集団から2504個体のサンプルの遺伝型データ（ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/release/20130502/）をダウンロードし、人種の教師データとした。
教師データとLL01及びLL02の遺伝型データを結合し、PCA解析を行なった。PCA解析に利用したSNPは121595座位で、これらはPLINK2 v1.90pにより連鎖不平衡の低いSNPとして選択した。選択基準はr2<0.2とした{Purcell et al.,2007,#42652;Chang et al.,2015,#66208}。
第1主成分得点、第２主成分得点をそれぞれ横軸、縦軸にとった散布図を描画し、日本人教師データの近傍にあるLL01及びLL02の個体を解析対象として選択した{Yamaguchi-Kabata et al.,2008,#51107;Tian et al.,2008,#28781}。
モモアレルギーに関するアンケートデータと遺伝型データの両方を有するサンプルで、IBD解析及びPCA解析により解析対象として選択した個体数は、LL01が5750個体、LL02は5628個体であった。
５．SNPのQC
LL01及びLL02それぞれの集団を対象に、解析対象SNPを選択した。選択基準は、1) SNPコールレート≧99%以上、2) MAF≧0.01、3) HWE P値≧1x10-6とした。
さらにLL01とLL02には329個体の重複サンプルが存在する。本研究では、これら重複個体についてLL01とLL02で決定されたSNPの遺伝型の一致率を算出し、一致率が90%以上のSNPを解析対象とした。
その結果、536506個のSNPが解析対象として選択された。そのうち2417個は挿入-欠失多型（INDEL）であった。
LL01及びLL02それぞれの集団を対象に、解析対象SNPを選択した。選択基準は、1) SNPコールレート≧99%以上、2) MAF≧0.01、3) HWE P値≧1x10-6とした。
さらにLL01とLL02には329個体の重複サンプルが存在する。本研究では、これら重複個体についてLL01とLL02で決定されたSNPの遺伝型の一致率を算出し、一致率が90%以上のSNPを解析対象とした。
その結果、536506個のSNPが解析対象として選択された。そのうち2417個は挿入-欠失多型（INDEL）であった。
６．表現型データの処理
モモアレルギーの発症のしやすさの形質についてのアンケート項目は、「食物アレルギーのうち、軽い症状(かゆみ、じんましん、唇や瞼の腫れ、嘔吐)がでるものを全てお選びください」及び「食物アレルギーのうち、重篤な症状(意識障害、血圧低下などのアナフィラキシーショック)がでるものを全てお選びください」という二つの質問に対して、それぞれ複数の食品から当てはまるものを選択するものであり、二つの質問のいずれか又は両方で「モモ」を選択した場合を“モモアレルギーを発症しやすい”ケースとし、それ以外をコントロールとした。
モモアレルギーの発症のしやすさの形質についてのアンケート項目は、「食物アレルギーのうち、軽い症状(かゆみ、じんましん、唇や瞼の腫れ、嘔吐)がでるものを全てお選びください」及び「食物アレルギーのうち、重篤な症状(意識障害、血圧低下などのアナフィラキシーショック)がでるものを全てお選びください」という二つの質問に対して、それぞれ複数の食品から当てはまるものを選択するものであり、二つの質問のいずれか又は両方で「モモ」を選択した場合を“モモアレルギーを発症しやすい”ケースとし、それ以外をコントロールとした。
７．統計解析及び遺伝型予測
マイナーアレルに傾向性様式を仮定し、関連性の有無をロジスティック回帰分析法を用いて評価した。ソフトウェアはPLINK2 v1.90pを利用した。
１つのサンプル集団で探索解析を行ない関連候補遺伝子多型を選択し、もう1つの独立サンプルで検証解析を行った{Zeng et al.,2016,#85331}。実際にはLL01及びLL02それぞれで関連解析を実施し、一方を探索解析、もう一方を検証解析とした。
探索解析における有意水準をPdiscovery≦1x10-4とし、検証解析における有意水準をPevaluation<0.05とした。
検証解析ではBenjamini-HochbergのFDR値による評価も行った。FDR値に対する基準はPevaluation<0.2とした。
2つの解析結果を統合するためにオッズ比に対するメタ解析を実施した。メタ解析によるP値に対する有意水準はPMeta-analysis<5x10-8とした。
マイナーアレルに傾向性様式を仮定し、関連性の有無をロジスティック回帰分析法を用いて評価した。ソフトウェアはPLINK2 v1.90pを利用した。
１つのサンプル集団で探索解析を行ない関連候補遺伝子多型を選択し、もう1つの独立サンプルで検証解析を行った{Zeng et al.,2016,#85331}。実際にはLL01及びLL02それぞれで関連解析を実施し、一方を探索解析、もう一方を検証解析とした。
探索解析における有意水準をPdiscovery≦1x10-4とし、検証解析における有意水準をPevaluation<0.05とした。
検証解析ではBenjamini-HochbergのFDR値による評価も行った。FDR値に対する基準はPevaluation<0.2とした。
2つの解析結果を統合するためにオッズ比に対するメタ解析を実施した。メタ解析によるP値に対する有意水準はPMeta-analysis<5x10-8とした。
８．ゲノムインピュテーションによる評価
探索解析と検証解析によって関連候補遺伝子多型を決定し、その周辺の未観測遺伝子多型の遺伝型を擬似的に推定した。先ずBEAGLE 4.1{Browning and Browning、 2007、 #74753}を用いてLL01/LL02遺伝型判定データセットをプレフェージング（pre-phasing）し、次にBEAGLE 4.1を用い、1000Genomes Phase 3の参照ハプロタイプを用いて遺伝型をインピュテーションした{Browning and Browning,2016,#55674}。
ゲノムインピュテーションにより擬似的に推定された遺伝型を用いて、関連解析を行った。同様にLL01及びLL02にそれぞれについて関連解析を行ない、メタ解析により2つの解析結果を統合し評価した。
探索解析と検証解析によって関連候補遺伝子多型を決定し、その周辺の未観測遺伝子多型の遺伝型を擬似的に推定した。先ずBEAGLE 4.1{Browning and Browning、 2007、 #74753}を用いてLL01/LL02遺伝型判定データセットをプレフェージング（pre-phasing）し、次にBEAGLE 4.1を用い、1000Genomes Phase 3の参照ハプロタイプを用いて遺伝型をインピュテーションした{Browning and Browning,2016,#55674}。
ゲノムインピュテーションにより擬似的に推定された遺伝型を用いて、関連解析を行った。同様にLL01及びLL02にそれぞれについて関連解析を行ない、メタ解析により2つの解析結果を統合し評価した。
９．機能解析(In Silico)
HaploReg 4.1{Ward and Kellis,2012,#42668}を用いて多型のアノテーション付けを行った。これは、転写因子結合部位（TFBS）についての制御系アノテーション、DNase高感受性部位（DHS）、DNAメチル化、進化的な保存度のスコア（GERP）、遺伝子オーバーラップ、及びeQTL アノテーションを含むものであった。
HaploReg 4.1{Ward and Kellis,2012,#42668}を用いて多型のアノテーション付けを行った。これは、転写因子結合部位（TFBS）についての制御系アノテーション、DNase高感受性部位（DHS）、DNAメチル化、進化的な保存度のスコア（GERP）、遺伝子オーバーラップ、及びeQTL アノテーションを含むものであった。
１０．HLAタイピング
上記１．〜９．の解析の結果から、HLA領域に有意な関連性が見られたため、より詳細なHLA遺伝型との関連を調べるため、アンケート結果から“モモアレルギーを発症しやすい”ケースとした検体のDNA試料を用いて、HLAタイピングを行った。
HLAタイピングはアルゴリズムHIBAGを用いて推定した。HIBAGは複数のSNP座位の遺伝型データからHLA遺伝型を推定するアルゴリズムである。推定のためには事前にHIBAGに学習させることが必要で、本解析では東京大学医学部人類遺伝学研究室保有の日本人データを学習したHIBAGを用いて、HLA-A, B, C, DRB1, DQB1, DPB1の6座位について4桁表示のHLA遺伝型を推定した。
上記１．〜９．の解析の結果から、HLA領域に有意な関連性が見られたため、より詳細なHLA遺伝型との関連を調べるため、アンケート結果から“モモアレルギーを発症しやすい”ケースとした検体のDNA試料を用いて、HLAタイピングを行った。
HLAタイピングはアルゴリズムHIBAGを用いて推定した。HIBAGは複数のSNP座位の遺伝型データからHLA遺伝型を推定するアルゴリズムである。推定のためには事前にHIBAGに学習させることが必要で、本解析では東京大学医学部人類遺伝学研究室保有の日本人データを学習したHIBAGを用いて、HLA-A, B, C, DRB1, DQB1, DPB1の6座位について4桁表示のHLA遺伝型を推定した。
１１．結果
上記１．〜９．の解析の結果、ヒトのモモアレルギーの発症のしやすさを判定するために有用な遺伝子多型として、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１、２に示される一塩基多型を特定した。また、表３に示される挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を特定した。
また、上記１０．の解析の結果、HLA-Bのアレル15:11を保有する遺伝型、HLA-DRB1のアレル04:05、アレル09：01或いはアレル14：05を保有する遺伝型、HLA-DQB1のアレル03：03、アレル04:01或いはアレル05：03を保有する遺伝型又はHLA-DPB1のアレル09：01或いはアレル14：01を保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいことも見出した。さらにHLA-B遺伝子、HLA-DRB1遺伝子、HLA-DQB1遺伝子及びHLA-DPB1遺伝子もモモアレルギーの発症のしやすさに関連し得る遺伝子と推定された。
上記１．〜９．の解析の結果、ヒトのモモアレルギーの発症のしやすさを判定するために有用な遺伝子多型として、米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１、２に示される一塩基多型を特定した。また、表３に示される挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を特定した。
また、上記１０．の解析の結果、HLA-Bのアレル15:11を保有する遺伝型、HLA-DRB1のアレル04:05、アレル09：01或いはアレル14：05を保有する遺伝型、HLA-DQB1のアレル03：03、アレル04:01或いはアレル05：03を保有する遺伝型又はHLA-DPB1のアレル09：01或いはアレル14：01を保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいことも見出した。さらにHLA-B遺伝子、HLA-DRB1遺伝子、HLA-DQB1遺伝子及びHLA-DPB1遺伝子もモモアレルギーの発症のしやすさに関連し得る遺伝子と推定された。
表１、２に示される一塩基多型及び表３に示される挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型において、リスクアレルを含む遺伝型ほど“モモアレルギーを発症しやすい”と判定され得た。即ち、一塩基多型であれば次の１）〜５３）に示される遺伝型である場合に“モモアレルギーを発症しやすい”と判定され得た。また、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型であれば次の１）、２）に示される遺伝型である場合に“モモアレルギーを発症しやすい”と判定され得た。
＜一塩基多型＞
１）rs28359884のアレルCを保有する遺伝型、２）rs28383241のアレルCを保有する遺伝型、３）rs28383242のアレルAを保有する遺伝型、４）rs28752516のアレルAを保有する遺伝型、５）rs28383223のアレルCを保有する遺伝型、６）rs28383224のアレルAを保有する遺伝型、７）rs28752514のアレルTを保有する遺伝型、８）rs28752515のアレルGを保有する遺伝型、９）rs3129755のアレルAを保有する遺伝型、１０）rs28383233のアレルGを保有する遺伝型、１１）rs28383236のアレルTを保有する遺伝型、１２）rs28383221のアレルAを保有する遺伝型、１３）rs28383230のアレルTを保有する遺伝型、１４）rs28383231のアレルCを保有する遺伝型、１５）rs685244のアレルAを保有する遺伝型、１６）rs28752527のアレルCを保有する遺伝型、１７）rs34028938のアレルCを保有する遺伝型、１８）rs35940802のアレルAを保有する遺伝型、１９）rs36124427のアレルTを保有する遺伝型、２０）rs34136174のアレルAを保有する遺伝型、２１）rs35542934のアレルTを保有する遺伝型、２２）rs34341095のアレルAを保有する遺伝型、２３）rs6931044のアレルGを保有する遺伝型、２４）rs3129754のアレルAを保有する遺伝型、２５）rs35484705のアレルCを保有する遺伝型、２６）rs35558953のアレルCを保有する遺伝型、２７）rs3129756のアレルAを保有する遺伝型、２８）rs35534739のアレルAを保有する遺伝型、２９）rs34341844のアレルGを保有する遺伝型、３０）rs34599306のアレルCを保有する遺伝型、３１）rs34077986のアレルTを保有する遺伝型、３２）rs34537691のアレルAを保有する遺伝型、３３）rs4959106のアレルTを保有する遺伝型、３４）rs3129752のアレルGを保有する遺伝型、３５）rs4959103のアレルTを保有する遺伝型、３６）rs4959104のアレルTを保有する遺伝型、３７）rs34850435のアレルCを保有する遺伝型、３８）rs35128369のアレルAを保有する遺伝型、３９）rs35029150のアレルTを保有する遺伝型、４０）rs35928237のアレルCを保有する遺伝型、４１）rs34985232のアレルAを保有する遺伝型、４２）rs35656642のアレルCを保有する遺伝型、４３）rs34656207のアレルCを保有する遺伝型、４４）rs35186928のアレルGを保有する遺伝型、４５）rs9275329のアレルGを保有する遺伝型、４６）rs9275474のアレルCを保有する遺伝型、４７）rs3104415のアレルAを保有する遺伝型、４８）rs9275399のアレルAを保有する遺伝型、４９）rs7764856のアレルTを保有する遺伝型、５０）rs9275507のアレルGを保有する遺伝型、５１）rs35139284のアレルCを保有する遺伝型、５２）rs13207945のアレルTを保有する遺伝型、又は５３）rs536810のアレルCを保有する遺伝型
１）rs28359884のアレルCを保有する遺伝型、２）rs28383241のアレルCを保有する遺伝型、３）rs28383242のアレルAを保有する遺伝型、４）rs28752516のアレルAを保有する遺伝型、５）rs28383223のアレルCを保有する遺伝型、６）rs28383224のアレルAを保有する遺伝型、７）rs28752514のアレルTを保有する遺伝型、８）rs28752515のアレルGを保有する遺伝型、９）rs3129755のアレルAを保有する遺伝型、１０）rs28383233のアレルGを保有する遺伝型、１１）rs28383236のアレルTを保有する遺伝型、１２）rs28383221のアレルAを保有する遺伝型、１３）rs28383230のアレルTを保有する遺伝型、１４）rs28383231のアレルCを保有する遺伝型、１５）rs685244のアレルAを保有する遺伝型、１６）rs28752527のアレルCを保有する遺伝型、１７）rs34028938のアレルCを保有する遺伝型、１８）rs35940802のアレルAを保有する遺伝型、１９）rs36124427のアレルTを保有する遺伝型、２０）rs34136174のアレルAを保有する遺伝型、２１）rs35542934のアレルTを保有する遺伝型、２２）rs34341095のアレルAを保有する遺伝型、２３）rs6931044のアレルGを保有する遺伝型、２４）rs3129754のアレルAを保有する遺伝型、２５）rs35484705のアレルCを保有する遺伝型、２６）rs35558953のアレルCを保有する遺伝型、２７）rs3129756のアレルAを保有する遺伝型、２８）rs35534739のアレルAを保有する遺伝型、２９）rs34341844のアレルGを保有する遺伝型、３０）rs34599306のアレルCを保有する遺伝型、３１）rs34077986のアレルTを保有する遺伝型、３２）rs34537691のアレルAを保有する遺伝型、３３）rs4959106のアレルTを保有する遺伝型、３４）rs3129752のアレルGを保有する遺伝型、３５）rs4959103のアレルTを保有する遺伝型、３６）rs4959104のアレルTを保有する遺伝型、３７）rs34850435のアレルCを保有する遺伝型、３８）rs35128369のアレルAを保有する遺伝型、３９）rs35029150のアレルTを保有する遺伝型、４０）rs35928237のアレルCを保有する遺伝型、４１）rs34985232のアレルAを保有する遺伝型、４２）rs35656642のアレルCを保有する遺伝型、４３）rs34656207のアレルCを保有する遺伝型、４４）rs35186928のアレルGを保有する遺伝型、４５）rs9275329のアレルGを保有する遺伝型、４６）rs9275474のアレルCを保有する遺伝型、４７）rs3104415のアレルAを保有する遺伝型、４８）rs9275399のアレルAを保有する遺伝型、４９）rs7764856のアレルTを保有する遺伝型、５０）rs9275507のアレルGを保有する遺伝型、５１）rs35139284のアレルCを保有する遺伝型、５２）rs13207945のアレルTを保有する遺伝型、又は５３）rs536810のアレルCを保有する遺伝型
＜挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型＞
１）rs113991537のアレルCを保有する遺伝型、又は２）rs113083535のアレルGを保有する遺伝型
１）rs113991537のアレルCを保有する遺伝型、又は２）rs113083535のアレルGを保有する遺伝型
本発明の方法により、対象となるヒトそれぞれのモモアレルギーの発症のしやすさを網羅的に把握することができる。また、判定用ポリヌクレオチドや判定用キットの使用により、モモアレルギーの発症のしやすさを簡便に把握することも可能となる。
Claims (9)
- 被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法であって、検出する遺伝型が米国バイオテクノロジー情報センター（NCBI）SNPデータベースに登録されている表１〜３に示される群から選択される一以上の一塩基多型及び／或いは該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型、並びにHLAの遺伝型のいずれか一種以上である、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法。
- 被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法であって、検出の対象となる一塩基多型がrs28359884、rs28383241、rs28383242、rs28752516、rs28383223、rs28383224、rs28752514、rs28752515、rs3129755、rs28383233、rs28383236、rs28383221、rs28383230、rs28383231、rs685244、rs28752527、rs34028938、rs35940802、rs36124427、rs34136174、rs35542934、rs34341095、rs6931044、rs3129754、rs35484705、rs35558953、rs3129756、rs35534739、rs34341844、rs34599306、rs34077986、rs34537691、rs4959106、rs3129752、rs4959103、rs4959104、rs34850435、rs35128369、rs35029150、rs35928237、rs34985232、rs35656642、rs34656207、rs35186928、rs9275329、rs9275474、rs3104415、rs9275399、rs7764856、rs9275507、rs35139284、rs13207945、及びrs536810からなる群から選択される一以上の一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型である、請求項１に記載の方法。
- rs28359884のアレルCを保有する遺伝型、
rs28383241のアレルCを保有する遺伝型、
rs28383242のアレルAを保有する遺伝型、
rs28752516のアレルAを保有する遺伝型、
rs28383223のアレルCを保有する遺伝型、
rs28383224のアレルAを保有する遺伝型、
rs28752514のアレルTを保有する遺伝型、
rs28752515のアレルGを保有する遺伝型、
rs3129755のアレルAを保有する遺伝型、
rs28383233のアレルGを保有する遺伝型、
rs28383236のアレルTを保有する遺伝型、
rs28383221のアレルAを保有する遺伝型、
rs28383230のアレルTを保有する遺伝型、
rs28383231のアレルCを保有する遺伝型、
rs685244のアレルAを保有する遺伝型、
rs28752527のアレルCを保有する遺伝型、
rs34028938のアレルCを保有する遺伝型、
rs35940802のアレルAを保有する遺伝型、
rs36124427のアレルTを保有する遺伝型、
rs34136174のアレルAを保有する遺伝型、
rs35542934のアレルTを保有する遺伝型、
rs34341095のアレルAを保有する遺伝型、
rs6931044のアレルGを保有する遺伝型、
rs3129754のアレルAを保有する遺伝型、
rs35484705のアレルCを保有する遺伝型、
rs35558953のアレルCを保有する遺伝型、
rs3129756のアレルAを保有する遺伝型、
rs35534739のアレルAを保有する遺伝型、
rs34341844のアレルGを保有する遺伝型、
rs34599306のアレルCを保有する遺伝型、
rs34077986のアレルTを保有する遺伝型、
rs34537691のアレルAを保有する遺伝型、
rs4959106のアレルTを保有する遺伝型、
rs3129752のアレルGを保有する遺伝型、
rs4959103のアレルTを保有する遺伝型、
rs4959104のアレルTを保有する遺伝型、
rs34850435のアレルCを保有する遺伝型、
rs35128369のアレルAを保有する遺伝型、
rs35029150のアレルTを保有する遺伝型、
rs35928237のアレルCを保有する遺伝型、
rs34985232のアレルAを保有する遺伝型、
rs35656642のアレルCを保有する遺伝型、
rs34656207のアレルCを保有する遺伝型、
rs35186928のアレルGを保有する遺伝型、
rs9275329のアレルGを保有する遺伝型、
rs9275474のアレルCを保有する遺伝型、
rs3104415のアレルAを保有する遺伝型、
rs9275399のアレルAを保有する遺伝型、
rs7764856のアレルTを保有する遺伝型、
rs9275507のアレルGを保有する遺伝型、
rs35139284のアレルCを保有する遺伝型、
rs13207945のアレルTを保有する遺伝型、
又はrs536810のアレルCを保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定する工程を含む、請求項２に記載の方法。 - 被験者由来のDNA含有試料において遺伝型を検出する工程を含む被験者のモモアレルギーの発症のしやすさを判定する方法であって、検出の対象となる挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型がrs113991537及びrs113083535からなる群から選択される一以上の挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型である、請求項１に記載の方法。
- rs113991537のアレルCを保有する遺伝型、又は、rs113083535のアレルGを保有する遺伝型のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定する工程を含む、請求項４に記載の方法。
- 請求項１〜５のいずれかに記載の一塩基多型及び／又は該一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型、又は塩基繰り返し多型を検出するためのプローブ又はプライマーとして用いることができる、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用ポリヌクレオチド。
- 請求項６に記載のポリヌクレオチドからなるプローブ及び／又はプライマーを含む、被験者のモモアレルギーの発症のしやすさの判定用キット。
- 検出の対象となるHLAの遺伝型が次の（A）〜（I）のいずれか１以上の遺伝型を示す被験者はモモアレルギーを発症しやすいと判定する請求項１に記載の方法。
（A）HLA-Bのアレル15:11を保有する遺伝型
（B）HLA-DRB1のアレル04:05を保有する遺伝型
（C）HLA-DRB1のアレル09:01を保有する遺伝型
（D）HLA-DRB1のアレル14:05を保有する遺伝型
（E）HLA-DQB1のアレル03:03を保有する遺伝型
（F）HLA-DQB1のアレル04:01を保有する遺伝型
（G）HLA-DQB1のアレル05:03を保有する遺伝型
（H）HLA-DPB1のアレル09：01を保有する遺伝型
（I）HLA-DPB1のアレル14：01を保有する遺伝型 - HLA-B遺伝子、HLA-DRB1遺伝子、HLA-DQB1遺伝子又はHLA-DPB1遺伝子の発現を制御し、又は該タンパク質の作用を抑制するモモアレルギーの予防又は治療のための組成物。
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Cited By (2)
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|---|---|---|---|---|
| JP2020178550A (ja) * | 2019-04-23 | 2020-11-05 | ジェネシスヘルスケア株式会社 | 食物アレルギーのリスクを判定する方法 |
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