JP2018093764A - Method for predicting prognosis of esophageal cancer - Google Patents

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隆弘 森
正朗 長▲崎▼
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正朗 長▲崎▼
洋介 河合
Yosuke Kawai
洋介 河合
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Abstract

PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a method for predicting the prognosis of esophageal cancer, specifically to provide a method of easily and highly accurately predicting the prognosis of esophageal cancer in a patient after chemoradiotherapy.SOLUTION: The method includes analyzing the types of bases in one or more gene polymorphism site using a gene containing sample derived from esophageal cancer patients, and examining the prognosis of the esophageal cancer patients based on the results of analysis. The gene polymorphism site is a site corresponding to base number 26 of a base sequence selected from sequence numbers 1 to 102, or is a site in a relationship of linkage disequilibrium with said site.SELECTED DRAWING: Figure 1

Description

本発明は、食道癌の予後を予測する方法、特に、食道癌患者の化学放射線療法後の予後を予測する方法および該方法に使用される試薬に関する。   The present invention relates to a method for predicting the prognosis of esophageal cancer, in particular, a method for predicting the prognosis after chemoradiotherapy of a patient with esophageal cancer, and a reagent used in the method.

日本における食道癌罹患数は、2012年には男性で18,583名、女性で3,382名が新たに食道癌と診断されている。2014年には、男性で9,629名、女性で1,947名が食道癌で亡くなっている（国立がん研究センターがん対策情報センター）。他の消化器系の胃癌、結腸・直腸癌と比較して難治性であり、食道癌の５年生存率（2006年から2008年診断例）は、男性で36.0％、女性で43.9％であるが、胃癌（65.3％と63.0％）、大腸癌（72.2％と69.6％）や全部位（59.1％と66.0％）に比べて生存率が低い（国立がん研究センターがん対策情報センター）。   In 2012, 18,583 males and 3,382 females were newly diagnosed with esophageal cancer in 2012. In 2014, 9,629 men and 1,947 women died of esophageal cancer (National Cancer Center Research Center for Cancer Control). It is refractory compared to other gastrointestinal cancers and colorectal cancer, and the 5-year survival rate (diagnosed from 2006 to 2008) for esophageal cancer is 36.0% for men and 43.9% for women. However, the survival rate is lower than that of gastric cancer (65.3% and 63.0%), colorectal cancer (72.2% and 69.6%) and all sites (59.1% and 66.0%) (National Cancer Research Center Cancer Control Information Center).

食道癌の治療は、従来は食道切除が唯一の手段であったが、近年では化学放射線療法が進歩し、食道の温存が得られる化学放射線療法はＱＯＬの点からも治療の有望な選択肢の一つとなっている。しかしながら、化学放射線療法を受けた患者の一部では食道癌が再発し、結局は食道切除をせざるを得なくなり、最終的には死に至る場合がある。
このように、もし化学放射線療法が効果を奏しない患者に施された場合には、治療の間に癌が進行し、治癒の機会を逃す可能性もある。従って、治療前に効果が予測でき、あらかじめ、化学放射線療法が効果を奏しない患者を除外することができれば、副作用の問題や無駄な医療費の負担を改善することができ、かつ、その患者個人にあったより有効で最適な別の治療法を選択することが可能となる。それゆえ、化学放射線療法を行う前に、その治療効果を判定しうるバイオマーカーを同定することは、重要な課題である。 For esophageal cancer treatment, esophagectomy has traditionally been the only means, but in recent years chemoradiotherapy has progressed and chemoradiotherapy that preserves the esophagus is one of the promising treatment options from the viewpoint of QOL. It has become one. However, some patients who have undergone chemoradiotherapy have recurrence of esophageal cancer, eventually being forced to have an esophagectomy and eventually fatal.
Thus, if chemoradiotherapy is given to patients who are not effective, the cancer may progress during the treatment and miss the chance of healing. Therefore, if the effect can be predicted before treatment and patients who are not effective with chemoradiotherapy can be excluded in advance, the problem of side effects and the burden of unnecessary medical expenses can be improved. Therefore, it is possible to select another treatment method that is more effective and optimal than the above. Therefore, identifying a biomarker that can determine its therapeutic effect prior to chemoradiotherapy is an important issue.

食道癌に対する化学放射線療法の効果は遺伝的要因が寄与していることが示唆され、これまでにいくつかの遺伝子における一塩基多型（SNPｓ）が食道癌に対する化学放射線療法の効果と相関することが報告されている（非特許文献１〜４）。しかしながら、これらのSNPｓでは相関が十分とは言えず、より高い精度で食道癌に対する化学放射線療法の効果を予測することのできるマーカーの開発が求められていた。   It is suggested that genetic factors contribute to the effects of chemoradiotherapy on esophageal cancer, and single nucleotide polymorphisms (SNPs) in several genes have been correlated with the effects of chemoradiotherapy on esophageal cancer. Have been reported (Non-Patent Documents 1 to 4). However, these SNPs are not sufficiently correlated, and there has been a demand for the development of markers that can predict the effects of chemoradiotherapy on esophageal cancer with higher accuracy.

Kuwahara et al. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research 2010, 29:100Kuwahara et al. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research 2010, 29: 100 Omatsu et al. Int. J. Med. Sci. 2013, Vol. 10(12):1755-1760Omatsu et al. Int. J. Med. Sci. 2013, Vol. 10 (12): 1755-1760 Pan et al. Cancer. 2012 September 1; 118(17)Pan et al. Cancer. 2012 September 1; 118 (17) Michelle et al. J Clin Oncol 2009, 27:857-871Michelle et al. J Clin Oncol 2009, 27: 857-871

本発明は、食道癌の予後を予測する方法、特に、食道癌患者の化学放射線療法後の予後を簡便かつ高精度に予測できる方法及び該方法に使用される試薬を提供することを課題とする。   An object of the present invention is to provide a method for predicting the prognosis of esophageal cancer, in particular, a method capable of easily and accurately predicting the prognosis after chemoradiotherapy of an esophageal cancer patient, and a reagent used in the method. .

本発明者らは上記課題の解決のために鋭意検討した結果、第11染色体上のSBF2遺伝子のイントロン等に該当する位置に存在する遺伝子多型が、食道癌の予後、特に食道癌患者の
化学放射線療法後の予後と有意に相関することを同定した。そして、これらの多型を調べることにより、食道癌の予後を正確に予測することができることを見出し、本発明を完成するに至った。 As a result of intensive studies for solving the above-mentioned problems, the present inventors have found that a gene polymorphism existing at a position corresponding to an intron of the SBF2 gene on chromosome 11 is a prognosis of esophageal cancer, particularly chemistry of esophageal cancer patients. We identified a significant correlation with prognosis after radiation therapy. By examining these polymorphisms, it was found that the prognosis of esophageal cancer can be accurately predicted, and the present invention has been completed.

すなわち、本発明は以下の通りである。
［１］食道癌患者に由来する遺伝子含有試料を用いて１または２種以上の遺伝子多型部位の塩基の種類を分析し、該分析結果に基づいて食道癌患者の予後を検査する方法であって、
該遺伝子多型部位が、配列番号１〜１０２から選ばれる塩基配列の塩基番号２６番目に相当する部位、又は該部位と連鎖不平衡の関係にある部位である、前記方法。
［２］前記食道癌患者の予後が化学放射線療法を受けた後の予後である、［１］に記載の方法。
［３］前記遺伝子多型部位が、下記（１）から（５）より選択される１または２種以上、好ましくは（１）から（５）の全てであり、当該遺伝子多型部位における塩基の種類がリスクアレルである場合には食道癌患者の予後が良くないと判定される、［１］または［２］に記載の方法。
（１）配列番号１７に示す塩基配列における第２６番目に相当する部位
塩基の種類がC（リスクアレル）又はT（非リスクアレル）である一塩基多型
（２）配列番号４３に示す塩基配列の第２６番目に相当する部位
塩基の種類がA（非リスクアレル）又はG（リスクアレル）である一塩基多型
（３）配列番号４５に示す塩基配列の第２６番目に相当する部位
塩基の種類がA（リスクアレル）又はG（非リスクアレル）である一塩基多型
（４）配列番号５５に示す塩基配列の第２６番目に相当する部位
塩基の種類がC（リスクアレル）又はG（非リスクアレル）である一塩基多型
（５）配列番号５９に示す塩基配列の第２６番目に相当する部位
塩基の種類がA（非リスクアレル）又はG（リスクアレル）である一塩基多型
［４］食道癌患者に由来する遺伝子多型部位における塩基の種類を分析可能なポリヌクレオチドを含む、食道癌予後検査用試薬であって、
該遺伝子多型部位が、配列番号１〜１０２から選ばれる塩基配列の塩基番号２６番目に相当する部位であり、前記ポリヌクレオチドが、前記塩基配列における前記遺伝子多型部位を含む連続した１０塩基以上の配列、又はその相補配列を有する、試薬。
［５］前記遺伝子多型部位が、配列番号１７，４３，４５，５５および５９から選ばれる１または２種以上の塩基配列の塩基番号２６番目に相当する部位である、［４］に記載の試薬。 That is, the present invention is as follows.
[1] A method of analyzing the prognosis of an esophageal cancer patient based on the analysis result by analyzing the base type of one or more gene polymorphic sites using a gene-containing sample derived from an esophageal cancer patient. And
The method, wherein the gene polymorphic site is a site corresponding to the 26th base of a base sequence selected from SEQ ID NOs: 1 to 102, or a site in linkage disequilibrium with the site.
[2] The method according to [1], wherein the prognosis of the esophageal cancer patient is a prognosis after receiving chemoradiotherapy.
[3] The gene polymorphism site is one or more selected from the following (1) to (5), preferably all of (1) to (5), and the base of the gene polymorphism site The method according to [1] or [2], wherein when the type is a risk allele, the prognosis of an esophageal cancer patient is determined to be poor.
(1) A site corresponding to the 26th position in the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 17
Single nucleotide polymorphism whose base type is C (risk allele) or T (non-risk allele) (2) A site corresponding to the 26th position of the base sequence shown in SEQ ID NO: 43
Single nucleotide polymorphism whose base type is A (non-risk allele) or G (risk allele) (3) A site corresponding to the 26th position of the base sequence shown in SEQ ID NO: 45
Single nucleotide polymorphism whose base type is A (risk allele) or G (non-risk allele) (4) Site corresponding to the 26th position of the base sequence shown in SEQ ID NO: 55
Single nucleotide polymorphism of base type C (risk allele) or G (non-risk allele) (5) site corresponding to position 26 in the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 59
Single nucleotide polymorphism whose base type is A (non-risk allele) or G (risk allele) [4] Esophageal cancer comprising a polynucleotide capable of analyzing the base type at a gene polymorphism site derived from an esophageal cancer patient A prognostic reagent,
The gene polymorphic site is a site corresponding to the base number 26 in the base sequence selected from SEQ ID NOs: 1 to 102, and the polynucleotide comprises 10 or more consecutive bases including the gene polymorphic site in the base sequence Or a reagent having a sequence complementary thereto.
[5] The gene polymorphism site is a site corresponding to the 26th base number in one or more base sequences selected from SEQ ID NOs: 17, 43, 45, 55 and 59. reagent.

本発明によれば、食道癌患者の予後を正確かつ簡便に予測することができる。特に、治療前に化学放射線療法の効果が予測でき、あらかじめ、化学放射線療法が効かない患者を除外することができるので、副作用や医療費の問題を改善することができ、かつ、その患者個人に合った最適な治療法を選択することが可能となる。   According to the present invention, the prognosis of an esophageal cancer patient can be accurately and easily predicted. In particular, the effects of chemoradiotherapy can be predicted before treatment, and patients who do not respond to chemoradiotherapy can be excluded in advance, so that side effects and medical costs can be improved. It is possible to select the most suitable treatment method.

rs11042574の遺伝子多型による食道癌再発のリスクの解析結果を示すグラフ（化学放射線療法後の無再発生存月数との関係をカプランマイヤー法で検討した）。The graph which shows the analysis result of the risk of the esophageal cancer recurrence by the gene polymorphism of rs11042574 (The relationship with the relapse-free survival months after chemoradiotherapy was examined by the Kaplan-Meier method). rs151269855の遺伝子多型による食道癌死のリスクの解析結果を示すグラフ（化学放射線療法後の食道癌死による生存月数との関係をカプランマイヤー法で検討した）。The graph which shows the analysis result of the risk of the esophageal cancer death by the rs151269855 gene polymorphism (The relationship with the survival month by the esophageal cancer death after a chemoradiotherapy was examined by the Kaplan-Meier method). rs111757012の遺伝子多型による食道癌死のリスクの解析結果を示すグラフ（化学放射線療法後の食道癌死による生存月数との関係をカプランマイヤー法で検討した）。The graph which shows the analysis result of the risk of the esophageal cancer death by the rs111757012 gene polymorphism (The relationship with the survival month by the esophageal cancer death after a chemoradiotherapy was examined by the Kaplan-Meier method). rs56219350の遺伝子多型による食道癌死のリスクの解析結果を示すグラフ（化学放射線療法後の食道癌死による生存月数との関係をカプランマイヤー法で検討した）。The graph which shows the analysis result of the risk of the esophageal cancer death by the gene polymorphism of rs56219350 (The relationship with the survival months by the esophageal cancer death after a chemoradiotherapy was examined by the Kaplan-Meier method). rs11022546の遺伝子多型による食道癌死のリスクの解析結果を示すグラフ（化学放射線療法後の食道癌死による生存月数との関係をカプランマイヤー法で検討した）。The graph which shows the analysis result of the risk of the esophageal cancer death by the gene polymorphism of rs11022546 (The relationship with the survival month by the esophageal cancer death after a chemoradiotherapy was examined by the Kaplan-Meier method).

＜１＞本発明の方法
本発明の方法は、食道癌患者に由来する遺伝子含有試料を用いて１または２種以上の遺伝子多型部位の塩基の種類を分析し、該分析結果に基づいて食道癌患者の予後を検査することを特徴とする。 <1> Method of the Present Invention The method of the present invention analyzes the base type of one or more gene polymorphic sites using a gene-containing sample derived from an esophageal cancer patient, and based on the analysis result, It is characterized by examining the prognosis of cancer patients.

食道癌とは、食道に発生する上皮性由来の腫瘍、例えば、扁平上皮癌、腺癌などを意味する。食道癌は、好ましくは早期食道癌である。早期食道癌とは、原発層の壁深達度が、粘膜層にとどまり、リンパ節転移を認めない食道癌を意味する。   Esophageal cancer means an epithelial-derived tumor that occurs in the esophagus, such as squamous cell carcinoma, adenocarcinoma and the like. The esophageal cancer is preferably early esophageal cancer. Early esophageal cancer means esophageal cancer in which the wall depth of the primary layer remains in the mucosal layer and no lymph node metastasis is observed.

本発明の方法は、いずれの人種の被検者に対しても用いることができるが、特に、日本人等のアジア人の被検者に好適に用いることができる。また、本発明の方法は、いずれの性別の被検者に対しても用いることができる。   Although the method of the present invention can be used for subjects of any race, it can be suitably used for Asian subjects such as Japanese. In addition, the method of the present invention can be used for subjects of any gender.

化学放射線療法とは、化学療法と放射線療法を併用して癌治療を行う、悪性腫瘍に対する治療法を意味する。   Chemoradiation means a treatment for malignant tumors in which cancer is treated with a combination of chemotherapy and radiation therapy.

化学療法とは、抗癌剤を用いた癌を治療する方法を意味する。抗癌剤の種類は特に限定されないが、例えば、ＣＤＤＰ（シスプラチン）、５−ＦＵ（フルオロウラシル）、イリノテカン、塩酸ゲムシタビン、ドセタキセル、パクリタキセル、ドキソルビシン、ＴＳ−１（ＦＴ（テガフール）、ＣＤＨＰ（ギメラシル）及びＯｘｏ（オテラシルカリウム）の３成分を配合）、ニムスチン（ニドラン：登録商標）、ラニムスチン（サイメリン：登録商標）、テモゾロミド（テモダール：登録商標）、カルボプラチン、シクロホスファミド、メトレキサート、ドキソルビシン、オキサリプラチン、テガフール・ウラシル、インターフェロンα、メルファラン（アルケラン：登録商標）、サリドマイド、それらの組み合わせなどが挙げられる。   Chemotherapy means a method of treating cancer using an anticancer agent. Although the kind of anticancer agent is not particularly limited, for example, CDDP (cisplatin), 5-FU (fluorouracil), irinotecan, gemcitabine hydrochloride, docetaxel, paclitaxel, doxorubicin, TS-1 (FT (tegafur), CDHP (gimeracil), and Oxo ( 3 components of Oteracyl Potassium), Nimustine (Nidran: registered trademark), Ranimustine (Cymellin: registered trademark), Temozolomide (Temodar: Registered trademark), Carboplatin, Cyclophosphamide, Metrexate, Doxorubicin, Oxaliplatin, Tegafur -Uracil, interferon alpha, melphalan (Alkeran: registered trademark), thalidomide, combinations thereof and the like.

放射線療法は、放射線を癌に照射して癌を治療する方法を意味する。放射線の種類としては、例えば、Ｘ線、γ線、電子線、陽子線、重粒子線などが挙げられる。   Radiation therapy refers to a method of treating cancer by applying radiation to the cancer. Examples of the type of radiation include X-rays, γ-rays, electron beams, proton beams, and heavy particle beams.

本発明の方法においては、遺伝子多型の分析結果を、食道癌患者の予後と関連付ける。遺伝子多型としては表１に記載の１０２種類の遺伝子多型が挙げられる。   In the method of the present invention, the analysis result of the gene polymorphism is associated with the prognosis of the esophageal cancer patient. Examples of the gene polymorphism include 102 types of gene polymorphism described in Table 1.

表１について説明する。
左側の数字は配列表の配列番号を示す。
左から２つ目の欄はNational Center for Biotechnology InformationのdbSNPデータベース（http//www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/）の登録番号を示す。当該SNPを含む配列情報は、GenBank（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/）等からも入手できる。
左から３，４つ目の欄は各遺伝子多型が存在する染色体と染色体上の位置を示す。
左から５つ目の欄は各遺伝子多型が存在する染色体上の部位にマップされる遺伝子を示
す。
各配列において、第２６番目の塩基が多型塩基であり、例えば、[A/C]はアデニン（A）／シトシン（C）の多型を意味し、右側の塩基シトシン（C）がマイナーアレルである。
[-/T]は第２６番目には塩基は存在しないか、第２６番目はチミン（T）であるという多型（挿入多型）を意味し、チミン（T）がマイナーアレルである。
[-/AAT]は第２６番目には塩基は存在しないか、第２６番目にAATの３塩基が挿入されているという多型（３塩基挿入多型）を意味し、AATがマイナーアレルである。
[A/C/G]はアデニン（A）／シトシン（C）／グアニン（G）の多型を意味し、右側の塩基シトシン（C）およびグアニン（G）がマイナーアレルである。
化学放射線療法後の食道癌再発または食道癌死に関してのリスクアレルは該当塩基多型をボールドと下線により表示した。化学放射線療法後の食道癌再発または食道癌死に関してのリスクアレルは必ずしもマイナーアレルではない。 Table 1 will be described.
The number on the left indicates the SEQ ID No. in the sequence listing.
The second column from the left shows the registration number of the dbSNP database (http // www.ncbi.nlm.nih.gov / projects / SNP /) of National Center for Biotechnology Information. Sequence information including the SNP can also be obtained from GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) and the like.
The third and fourth columns from the left indicate the chromosome where each gene polymorphism exists and the position on the chromosome.
The fifth column from the left shows the gene mapped to the site on the chromosome where each gene polymorphism exists.
In each sequence, the 26th base is a polymorphic base. For example, [A / C] means an adenine (A) / cytosine (C) polymorphism, and the right base cytosine (C) is a minor allele. It is.
[-/ T] means a polymorphism (insertion polymorphism) in which no base exists at the 26th position or thymine (T) at the 26th position, and thymine (T) is a minor allele.
[-/ AAT] means a polymorphism in which no base exists at the 26th position or 3 bases of AAT are inserted at the 26th position (3-base insertion polymorphism), and AAT is a minor allele .
[A / C / G] means a polymorphism of adenine (A) / cytosine (C) / guanine (G), and the right base cytosine (C) and guanine (G) are minor alleles.
The risk alleles related to esophageal cancer recurrence or esophageal cancer death after chemoradiotherapy are indicated by bold and underlined corresponding nucleotide polymorphisms. Risk alleles for esophageal cancer recurrence or esophageal cancer death after chemoradiotherapy are not necessarily minor alleles.

被検者（食道癌患者）由来の遺伝子（ゲノム）含有試料を分析し、被検患者由来の染色体上の配列で、上記いずれかの塩基配列に相当する塩基配列を解析し、第２６番目の部位に相当する部位の塩基の種類がリスクアレルである場合には、食道癌の予後が良くない、化学放射線療法後の食道癌の再発リスクが高いと判定できる。   A sample containing a gene (genome) derived from a subject (esophageal cancer patient) is analyzed, and a nucleotide sequence corresponding to any of the above-described nucleotide sequences is analyzed with a sequence on a chromosome derived from the subject patient. When the type of base at the site corresponding to the site is a risk allele, it can be determined that the prognosis of esophageal cancer is not good and the risk of recurrence of esophageal cancer after chemoradiotherapy is high.

表１に記載の塩基配列は複数の染色体に由来するが、そのうちのいくつかは下記の遺伝子に集中している。
SET Binding Factor 2（SBF2）のイントロン（第１１染色体）・・・配列番号１〜３４，４８〜５３，７４〜９７
Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 2 （APBB2）のイントロン（第４染色体）・・・配列番号５４〜５８、６０〜６３、１０１
TEA Domain Transcription Factor 1（TEAD1）のイントロン（第１１染色体）・・・配列番号５９，９７ The base sequences described in Table 1 are derived from a plurality of chromosomes, some of which are concentrated in the following genes.
SET Binding Factor 2 (SBF2) intron (Chromosome 11) ... SEQ ID NOS: 1-34, 48-53, 74-97
Intron (Chromosome 4) of Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 2 (APBB2) ... SEQ ID NOs: 54-58, 60-63, 101
TEA Domain Transcription Factor 1 (TEAD1) intron (Chromosome 11): SEQ ID NO: 59, 97

以下、代表的な配列について説明する。   Hereinafter, typical arrangements will be described.

rs11042574は、第11染色体の9994795番目の部位（SBF2遺伝子のイントロン上の部位）、すなわち、配列番号１７で表される塩基配列の第２６番目に相当する部位におけるシトシン（C）／チミン（T）の一塩基多型を意味し、この部位の塩基がC（リスクアレル）である場合には、食道癌の予後が良くない、化学放射線療法後の食道癌の再発リスクが高いと判定できる。対立遺伝子も考慮すると、上記リスクアレルのホモ（C/C）である場合に、特に食道癌の予後が良くない、再発の可能性が高いと予測される。これはカプランマイヤー法による治療後の無再発生存月数解析により統計学的有意差を持って裏付けられた。（Logrank p<0.001）（図１）   rs11042574 is cytosine (C) / thymine (T) at the 99994795th site of chromosome 11 (site on the intron of SBF2 gene), that is, the site corresponding to the 26th position of the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 17 When the base at this site is C (risk allele), it can be determined that the prognosis of esophageal cancer is not good and the risk of recurrence of esophageal cancer after chemoradiotherapy is high. Considering alleles, when the risk allele is homozygous (C / C), it is predicted that the prognosis of esophageal cancer is not particularly good and the possibility of recurrence is high. This was supported by statistically significant differences by months of recurrence-free survival after treatment with Kaplan-Meier method. (Logrank p <0.001) (Figure 1)

rs151269855は、第7染色体の97215572番目の部位、すなわち、配列番号４３で表される塩基配列の第２６番目の部位に相当する部位におけるアデニン（A）／グアニン（G）の一塩基多型を意味し、この部位の塩基がG（リスクアレル）である場合には、食道癌の予後が良くない、化学放射線療法後の食道癌の再発リスクが高いと判定できる。対立遺伝子も考慮すると、上記リスクアレルのホモ（G/G）である場合に、特に食道癌の予後が良くない、癌死の可能性が高いと予測される。これはカプランマイヤー法による治療後の食道癌による死亡までの生存月数解析により統計学的有意差を持って裏付けられた。（Logrank p<0.001）（図２）   rs151269855 means a single nucleotide polymorphism of adenine (A) / guanine (G) at the 97215572th site of chromosome 7, that is, the site corresponding to the 26th site of the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 43 When the base at this site is G (risk allele), it can be determined that the prognosis of esophageal cancer is not good and the risk of recurrence of esophageal cancer after chemoradiotherapy is high. Considering alleles, when the risk allele is homozygous (G / G), it is predicted that the prognosis of esophageal cancer is not particularly good and the possibility of cancer death is high. This was supported by a statistically significant difference in the number of months of survival from death to esophageal cancer after treatment with the Kaplan-Meier method. (Logrank p <0.001) (Figure 2)

rs111757012は、第11染色体の38617128番目の部位、すなわち、配列番号４５で表される塩基配列の第２６番目の部位に相当する部位におけるアデニン（A）／グアニン（G）の一塩基多型を意味し、この塩基がA（リスクアレル）である場合には、食道癌の予後が良
くない、化学放射線療法後の食道癌の再発リスクが高いと判定できる。対立遺伝子も考慮すると、上記リスクアレルのホモ（A/A）である場合に、特に食道癌の予後が良くない、食道癌死の可能性が高いと予測される。これはカプランマイヤー法による治療後の食道癌による死亡までの生存月数解析により統計学的有意差を持って裏付けられた。（Logrank p=0.001）（図３） rs111757012 means a single nucleotide polymorphism of adenine (A) / guanine (G) at the 36617128th site of chromosome 11, that is, the site corresponding to the 26th site of the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 45 When this base is A (risk allele), it can be determined that the prognosis of esophageal cancer is not good and the risk of recurrence of esophageal cancer after chemoradiotherapy is high. Considering alleles, when the risk allele is homozygous (A / A), it is predicted that the prognosis of esophageal cancer is particularly poor and that esophageal cancer death is highly likely. This was supported by a statistically significant difference in the number of months of survival from death to esophageal cancer after treatment with the Kaplan-Meier method. (Logrank p = 0.001) (Figure 3)

rs56219350は、第4染色体の41206648番目の部位（APBB2遺伝子のイントロン上の部位）、すなわち、配列番号５５で表される塩基配列の第２６番目の部位に相当する部位におけるシトシン（C）／グアニン（G）の一塩基多型を意味し、この部位の塩基がC（リスクアレル）である場合には、食道癌の予後が良くない、化学放射線療法後の食道癌死の可能性が高いと判定できる。対立遺伝子も考慮すると、上記リスクアレルのホモ（C/C）である場合に、特に食道癌の予後が良くない、食道癌死の可能性が高いと予測される。これはカプランマイヤー法による治療後の食道癌による死亡までの生存月数解析により統計学的有意差を持って裏付けられた。（Logrank p<0.001）（図４）   rs56219350 is a cytosine (C) / guanine (site at 41206648 position on the intron of APBB2 gene), that is, a position corresponding to the 26th position of the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 55. G) Indicates a single nucleotide polymorphism, and if the base at this site is C (risk allele), the prognosis of esophageal cancer is poor, and it is determined that esophageal cancer death is likely after chemoradiotherapy it can. Considering alleles, when the risk allele is homozygous (C / C), the prognosis of esophageal cancer is particularly poor, and the possibility of death of esophageal cancer is predicted to be high. This was supported by a statistically significant difference in the number of months of survival from death to esophageal cancer after treatment with the Kaplan-Meier method. (Logrank p <0.001) (Figure 4)

rs11022546は、第11染色体の12934243番目の部位（TEAD1遺伝子のイントロン上の部位）、すなわち、配列番号５９で表される塩基配列の第２６番目の部位に相当する部位におけるアデニン（A）／グアニン（G）の一塩基多型を意味し、この部位の塩基がG（リスクアレル）である場合には、食道癌の予後がよくない、化学放射線療法後の食道癌の再発リスクおよび食道癌死の可能性が高いと判定できる。対立遺伝子も考慮すると、上記リスクアレルのホモ（G/G）である場合に、特に食道癌の予後が良くない、再発の可能性が高い、および食道癌による死亡の可能性が高いと予測される。これはカプランマイヤー法による治療後の食道癌による死亡までの生存月数解析により統計学的有意差を持って裏付けられた。（Logrank p<0.001）（図５）   rs11022546 is adenine (A) / guanine (12934243 position on the chromosome 11 (site on the intron of TEAD1 gene), that is, a position corresponding to the 26th position of the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 59 G) A single nucleotide polymorphism, and when the base at this site is G (risk allele), the prognosis of esophageal cancer is not good, the risk of recurrence of esophageal cancer after chemoradiotherapy and the death of esophageal cancer It can be determined that the possibility is high. Considering alleles, the risk allele homology (G / G) is predicted to have a particularly poor prognosis for esophageal cancer, a high probability of recurrence, and a high probability of death from esophageal cancer. The This was supported by a statistically significant difference in the number of months of survival from death to esophageal cancer after treatment with the Kaplan-Meier method. (Logrank p <0.001) (Figure 5)

表１の他の多型部位についても同様の説明が適用される。   The same description applies to other polymorphic sites in Table 1.

本発明においては、被検者の染色体上の遺伝子配列において、上記各塩基配列の塩基番号２６番目に相当する部位における多型の種類を解析する。なお、塩基番号２６番目に相当する部位としては、染色体上の遺伝子配列が個体差等によりこれらの塩基配列と完全に一致していなくとも、その前後配列に鑑みれば、当該多型部位であると認定できる部位も含む。   In the present invention, in the gene sequence on the subject's chromosome, the type of polymorphism in the site corresponding to the 26th base number of each base sequence is analyzed. The site corresponding to the 26th base number is a polymorphic site in view of the sequence before and after the gene sequence on the chromosome, even if the gene sequence does not completely match these base sequences due to individual differences or the like. Includes sites that can be certified.

また、本発明において解析する多型部位は、上記１０２種類そのものに限定されず、上記１０２種類の塩基配列の26番目の部位と連鎖不平衡にある部位の多型を分析してもよい。ここで、上記の多型部位と連鎖不平衡にある多型部位とは、上記の多型部位とｒ2（連鎖不平衡係数）＞０．５、好ましくはｒ2＞０．８、さらに好ましくはｒ2＞０．９の関係を満たす多型部位をいう。また、上記の多型部位と連鎖不平衡にある多型部位は、例えば、HapMapデータベース(http://www.hapmap.org/index.html.ja)等を用いて同定することができる。 In addition, the polymorphic sites to be analyzed in the present invention are not limited to the 102 types themselves, and polymorphisms of sites in linkage disequilibrium with the 26th site of the 102 types of base sequences may be analyzed. Here, the polymorphic site in linkage disequilibrium with the above polymorphic site means that the above polymorphic site and r 2 (linkage disequilibrium coefficient)> 0.5, preferably r 2 > 0.8, more preferably Means a polymorphic site satisfying the relationship of r 2 > 0.9. The polymorphic site in linkage disequilibrium with the above polymorphic site can be identified using, for example, the HapMap database (http://www.hapmap.org/index.html.ja).

上記多型部位の塩基の種類を調べ、得られた結果を上記の基準（リスクアレルを有する被検者は予後が良くない）に基づいて食道癌の予後と関連付けることにより、食道癌の予後を検査することができる。なお、いずれの多型部位も、二本鎖ＤＮＡのセンス鎖とアンチセンス鎖のどちらを解析してもよい。   By examining the type of base at the polymorphic site and correlating the obtained results with the prognosis of esophageal cancer based on the above criteria (subjects with risk alleles do not have a good prognosis), Can be inspected. In any polymorphic site, either the sense strand or the antisense strand of double-stranded DNA may be analyzed.

上記多型は単独で解析されてもよいし、上記多型部位の少なくとも１つを含む複数の多型をまとめてハプロタイプ解析してもよい。検査の精度を向上するためには、食道癌の予後と関連する複数の多型をまとめて解析することが好ましい。   The polymorphism may be analyzed alone, or a plurality of polymorphisms including at least one of the polymorphic sites may be collectively analyzed. In order to improve the accuracy of the examination, it is preferable to collectively analyze a plurality of polymorphisms related to the prognosis of esophageal cancer.

遺伝子多型の解析に用いる試料としては、染色体ＤＮＡを含む試料であれば特に制限されない。例えば、血液、尿等の体液、口腔粘膜等の細胞、毛髪等の体毛、及び爪などが挙げられる。遺伝子多型の解析にはこれらの試料を直接使用することもできるが、これらの試料から染色体ＤＮＡを常法により単離したものを用いて解析することが好ましい。   The sample used for gene polymorphism analysis is not particularly limited as long as it is a sample containing chromosomal DNA. Examples include body fluids such as blood and urine, cells such as oral mucosa, body hair such as hair, and nails. Although these samples can be used directly for the analysis of gene polymorphism, it is preferable to analyze them by using chromosomal DNA isolated from these samples by a conventional method.

遺伝子多型の解析は、通常の遺伝子多型解析方法によって行うことができる。例えば、シークエンス解析、ＰＣＲ、ハイブリダイゼーション、インベーダー法などが挙げられるが、これらに限定されない。   The gene polymorphism can be analyzed by a normal gene polymorphism analysis method. Examples include, but are not limited to, sequence analysis, PCR, hybridization, invader method and the like.

シークエンス解析は、通常の方法により行うことができる。具体的には、遺伝子多型部位から数十塩基５’側に離れた位置にプライマーを設定し、そのプライマーを使用してシークエンス反応を行い、その解析結果から、該当する遺伝子多型がどの種類の塩基であるかを決定することができる。なお、シークエンス反応の前に、ＰＣＲなどによって、あらかじめ遺伝子多型部位を含む断片を増幅しておくことが好ましい。   Sequence analysis can be performed by a normal method. Specifically, a primer is set at a position several tens of bases 5 'from the gene polymorphism site, a sequence reaction is performed using the primer, and the type of the corresponding gene polymorphism is determined from the analysis result. Can be determined. In addition, it is preferable to amplify a fragment containing a gene polymorphic site in advance by PCR or the like before the sequencing reaction.

また、遺伝子多型の解析は、ＰＣＲによる増幅の有無を調べることによって行うことができる。例えば、プライマーの３’末端が各遺伝子多型の位置となるように、プライマーを設計する。それぞれのプライマーを使用してＰＣＲを行い、増幅産物の有無によってどのタイプの多型であるかを決定することができる。また、ＬＡＭＰ法（特許第３３１３３５８号明細書）、ＮＡＳＢＡ法（Nucleic Acid Sequence-Based Amplification；特許２８４３５８６号明細書）、ＩＣＡＮ法（特開２００２−２３３３７９号公報）などによっても増幅の有無を調べることができる。   In addition, gene polymorphism can be analyzed by examining the presence or absence of amplification by PCR. For example, the primer is designed so that the 3 'end of the primer is the position of each gene polymorphism. PCR can be performed using each primer, and the type of polymorphism can be determined depending on the presence or absence of the amplification product. Further, the presence or absence of amplification is also examined by the LAMP method (Japanese Patent No. 3313358), NASBA method (Nucleic Acid Sequence-Based Amplification; Japanese Patent No. 2844386), ICAN method (Japanese Patent Laid-Open No. 2002-233379), etc. Can do.

また、遺伝子多型部位を含むＤＮＡ断片を増幅し、増幅産物の電気泳動における移動度の違いによって、どのタイプの多型であるかを決定することもできる。このような方法としては、例えば、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ（single-strand conformation polymorphism）法（Genomics. 1992 Jan 1; 12(1): 139-146.）が挙げられる。具体的には、まず、目的の遺伝子多型部位を含むＤＮＡを増幅し、増幅したＤＮＡを一本鎖ＤＮＡに解離させる。次いで、解離させた一本鎖ＤＮＡを非変性ゲル上で分離し、分離した一本鎖ＤＮＡのゲル上での移動度の違いによってどのタイプの塩基であるかを決定することができる。   It is also possible to amplify a DNA fragment containing a gene polymorphic site and determine which type of polymorphism is based on the mobility of the amplified product in electrophoresis. An example of such a method is a PCR-SSCP (single-strand conformation polymorphism) method (Genomics. 1992 Jan 1; 12 (1): 139-146.). Specifically, first, DNA containing the target gene polymorphism site is amplified, and the amplified DNA is dissociated into single-stranded DNA. Next, the dissociated single-stranded DNA is separated on a non-denaturing gel, and the type of base can be determined based on the difference in mobility of the separated single-stranded DNA on the gel.

さらに、多型を示す塩基が制限酵素認識配列に含まれる場合は、制限酵素による切断の有無によって解析することもできる（ＲＦＬＰ法）。この場合、まず、ＤＮＡ試料を制限酵素により切断する。次いで、ＤＮＡ断片を分離し、検出されたＤＮＡ断片の大きさによってどのタイプの多型であるかを決定することができる。   Furthermore, when a base showing polymorphism is included in the restriction enzyme recognition sequence, it can be analyzed by the presence or absence of cleavage by a restriction enzyme (RFLP method). In this case, first, the DNA sample is cleaved with a restriction enzyme. The DNA fragments can then be separated and the type of polymorphism determined by the size of the detected DNA fragment.

他に、ＤＮＡチップ等によりハイブリダイゼーションの有無を調べることによって、多型の種類を解析することも可能である。すなわち、各塩基に対応するプローブを用意し、いずれのプローブにハイブリダイズするかを調べることによって、遺伝子多型部位がいずれの塩基であるかを調べることもできる。   In addition, the type of polymorphism can be analyzed by examining the presence or absence of hybridization using a DNA chip or the like. That is, by preparing a probe corresponding to each base and examining which probe hybridizes, it is possible to examine which base the gene polymorphic site is.

また、ＤＮＡ三重鎖構造を特異的に認識して切断するクリベース、インベーダーと呼ばれる遺伝子多型を認識するプローブ、及び、蛍光シグナルを発生するよう設計されたプローブを使用するインベーダー法により、多型解析をしてもよい。   In addition, the polybase analysis is carried out by the invader method that uses a probe that recognizes and cleaves a gene polymorphism called invader, and a probe that specifically recognizes and cleaves a DNA triplex structure, and a probe designed to generate a fluorescent signal. You may do.

本発明の方法の具体的態様の一例としては、まず被検者由来の試料を用いて上記遺伝子多型部位の塩基の種類を解析し、被検者における塩基の種類を決定する。次に、当該塩基の種類がリスクアレルである場合には食道がんの予後が良くない、非リスクアレルである場合には食道がんの予後が良いと判定し、検査結果として医師等に情報を提供することができる。食道がんの予後の判定は、被検者の塩基の種類がリスクアレルであるか非リスク
アレルであるか機械的に振り分けるものである。従って、本発明の方法に基づく食道がんの予後の判定及びその情報の提供は、医師等による専門的な判断は要さない。 As an example of a specific embodiment of the method of the present invention, first, the type of base in the gene polymorphic site is analyzed using a sample derived from the subject, and the type of base in the subject is determined. Next, if the base type is a risk allele, the prognosis of esophageal cancer is not good, and if it is a non-risk allele, the prognosis of esophageal cancer is judged to be good, and the results of the test are reported to doctors, etc. Can be provided. Judgment of prognosis of esophageal cancer mechanically sorts whether the type of a subject's base is a risk allele or a non-risk allele. Therefore, determination of the prognosis of esophageal cancer and provision of information based on the method of the present invention do not require professional judgment by a doctor or the like.

本発明における、食道癌患者の予後は化学放射線療法後の食道癌患者の予後であることが好ましく、例えば、化学放射線療法後に食道癌が再発すること、または化学放射線療法後に食道癌の症状が改善しないこと、により患者が死に至る可能性の予測、例えば、化学放射線療法後の５年生存率が当該患者のrs11022546がA/Aなら100％、リスクアレルのホモ（G/G）であれば５０%であることなど、化学放射線療法の効果の有無を予測することができる。   In the present invention, the prognosis of esophageal cancer patients is preferably the prognosis of esophageal cancer patients after chemoradiotherapy, for example, esophageal cancer recurrence after chemoradiotherapy, or esophageal cancer symptoms improve after chemoradiotherapy Not predicting the likelihood of death of the patient, for example, the 5-year survival rate after chemoradiotherapy is 100% if the patient's rs11022546 is A / A and 50 if the risk allele is homozygous (G / G) It is possible to predict the effectiveness of chemoradiotherapy, such as%.

本発明の方法により化学放射線療法の効果がないと予測される場合は、食道癌患者に化学放射線療法を施さず、食道切除等の他の治療法を選択し、化学放射線療法の効果があると予測される場合は、食道癌患者に化学放射線療法を施すことで、患者にあった治療法を選択することができる。   If the method of the present invention is predicted to have no effect of chemoradiotherapy, do not perform chemoradiotherapy for esophageal cancer patients, select another treatment method such as esophagectomy, and have the effect of chemoradiotherapy If predicted, chemoradiotherapy can be given to patients with esophageal cancer to select the treatment appropriate to the patient.

＜２＞本発明の検査用試薬
本発明の検査用試薬は、上記遺伝子多型部位の塩基の種類を検出可能なポリヌクレオチドを含む、食道癌の予後を検査するための検査試薬である。当該ポリヌクレオチドとしては、プライマーやプローブなどが含まれる。また、１つの遺伝子多型を検出可能なポリヌクレオチドを、単独で検査試薬に含めてもよいし、複数の遺伝子多型を検出可能な複数のポリヌクレオチドを検査試薬に含めてもよい。検査の精度を向上するために、複数のポリヌクレオチドにより複数の遺伝子多型部位を検査することが好ましい。 <2> Reagent for test | inspection of this invention The test reagent of this invention is a test reagent for test | inspecting the prognosis of esophageal cancer containing the polynucleotide which can detect the kind of base of the said gene polymorphic site. Such polynucleotides include primers and probes. In addition, a polynucleotide capable of detecting one gene polymorphism may be included alone in the test reagent, or a plurality of polynucleotides capable of detecting a plurality of gene polymorphisms may be included in the test reagent. In order to improve the accuracy of the test, it is preferable to test a plurality of gene polymorphic sites with a plurality of polynucleotides.

上記プローブとしては、上記遺伝子多型部位を含み、ハイブリダイズの有無によって遺伝子多型部位の塩基の種類を判定できるプローブが挙げられる。具体的には、配列番号１〜１０２から選ばれる塩基配列において２６番目の部位を含む連続した１０塩基以上の配列、又はその相補配列を有するプローブが挙げられる。プローブはリスクアレルを含む配列にハイブリダイズして検出するものでもよいし、非リスクアレルを含む配列にハイブリダイズして検出するものでもよいし、その両方でもよい。
プローブの長さは、好ましくは１０〜５０塩基であり、より好ましくは１５〜３５塩基であり、さらに好ましくは２０〜３５塩基である。 Examples of the probe include a probe that includes the gene polymorphic site and can determine the base type of the gene polymorphic site based on the presence or absence of hybridization. Specifically, a probe having a continuous sequence of 10 bases or more including the 26th site in the base sequence selected from SEQ ID NOs: 1 to 102 or a complementary sequence thereof can be mentioned. The probe may be detected by hybridizing to a sequence containing a risk allele, may be detected by hybridizing to a sequence containing a non-risk allele, or both.
The length of the probe is preferably 10 to 50 bases, more preferably 15 to 35 bases, and further preferably 20 to 35 bases.

プライマーとしては、上記遺伝子多型部位を増幅するためのＰＣＲに用いることのできるプライマー、又は上記遺伝子多型部位を配列解析（シークエンシング）するために用いることのできるプライマーが挙げられる。具体的には、配列番号１〜１０２から選ばれる塩基配列の２６番目の部位を含む領域を増幅したりシークエンシングしたりすることのできるプライマーが挙げられる。このようなプライマーの長さは１０〜５０塩基が好ましく、１５〜５０塩基がより好ましく、１５〜３５塩基がさらに好ましく、２０〜３５塩基が特に好ましい。   Examples of the primer include a primer that can be used for PCR for amplifying the gene polymorphic site, or a primer that can be used for sequence analysis (sequencing) of the gene polymorphic site. Specifically, a primer that can amplify or sequence a region containing the 26th site of the base sequence selected from SEQ ID NOs: 1 to 102 can be mentioned. The length of such a primer is preferably 10 to 50 bases, more preferably 15 to 50 bases, further preferably 15 to 35 bases, and particularly preferably 20 to 35 bases.

上記遺伝子多型部位をシークエンシングするためのプライマーとしては、上記遺伝子多型部位５’側領域、好ましくは３０〜１００塩基上流の配列を有するプライマーや、上記遺伝子多型部位の３’側領域、好ましくは３０〜１００塩基下流の領域に相補的な配列を有するプライマーが例示される。ＰＣＲによる増幅の有無で多型を判定するために用いるプライマーとしては、上記塩基を含む配列を有し、上記塩基を３’側に含むプライマーや、上記塩基を含む配列の相補配列を有し、上記塩基の相補塩基を３’側に含むプライマーなどが例示される。   As a primer for sequencing the gene polymorphic site, the gene polymorphic site 5 ′ side region, preferably a primer having a sequence of 30 to 100 bases upstream, the gene polymorphic site 3 ′ side region, Preferably, a primer having a sequence complementary to a region downstream of 30 to 100 bases is exemplified. As a primer used to determine polymorphism based on the presence or absence of amplification by PCR, it has a sequence containing the base, a primer containing the base on the 3 ′ side, a complementary sequence of the sequence containing the base, Examples include a primer containing a base complementary to the above base on the 3 ′ side.

なお、本発明の検査用試薬は、これらのプライマーやプローブに加えて、ＰＣＲ用のポリメラーゼやバッファー、ハイブリダイゼーション用試薬、蛍光色素などを含むものであ
ってもよい。 The test reagent of the present invention may contain PCR polymerase, buffer, hybridization reagent, fluorescent dye and the like in addition to these primers and probes.

以下、本発明を実施例によりさらに具体的に説明する。但し、本発明はこれらの実施例に限定されない。   Hereinafter, the present invention will be described more specifically with reference to examples. However, the present invention is not limited to these examples.

＜遺伝子多型の探索＞
プラチナ製剤を中心とした化学療法を施した９６名の日本人食道癌患者（扁平上皮癌９２名、腺扁平上皮癌患者４名）について、Japonica array（商標）を用いて遺伝子多型の網羅的解析を行い、化学療法後の食道癌の予後（食道癌再発、食道癌死）と相関するSNPを探索した。
１：初期治療後（放射線、抗がん剤）に食道癌の再発の有無で２群に分けP<0.0001で選出されたものが「再発」
２：初期治療後（放射線、抗がん剤）に食道癌による死亡の有無で２群に分けP<0.0001で選出されたものが「食道癌死」
その結果、表２に示すように、食道癌の予後と高い相関性を有する１０２種類のSNPを同定することができた。 <Search for genetic polymorphism>
96 Japanese esophageal cancer patients (92 squamous cell carcinomas, 4 adenosquamous cell carcinoma patients) who received chemotherapy centered on platinum preparations, using Japonica array (TM) We analyzed and searched for SNPs that correlate with prognosis of esophageal cancer after chemotherapy (esophageal cancer recurrence, esophageal cancer death).
1: After initial treatment (radiation, anti-cancer agent), it was divided into 2 groups according to the presence or absence of recurrence of esophageal cancer.
2: After initial treatment (radiation, anti-cancer agent), esophageal cancer death was selected in 2 groups according to the presence or absence of death from esophageal cancer.
As a result, as shown in Table 2, 102 types of SNPs having high correlation with the prognosis of esophageal cancer could be identified.

＜多重ロジスティック回帰分析＞
次に、表２で同定された５種類のSNPｓ（rs111757012，rs56219350，rs151269855, rs11042574, rs11022546）を用い、多重ロジスティック回帰分析によって食道癌の予後と多型の関係を解析した。
多重ロジスティック回帰分析は以下の５段階で行った。
Step 1: rs111757012 (AA or AG vs. GG)
Step 2: rs111757012，rs56219350 (CC or CG vs. GG)
Step 3: rs111757012，rs56219350，rs151269855 (AA or AG vs. GG)
Step 4: rs111757012，rs56219350，rs151269855, rs11042574 (CC or CT vs. TT)
Step 5: rs111757012，rs56219350，rs151269855, rs11042574, rs11022546 (AA or AG vs. GG) <Multiple logistic regression analysis>
Next, using the five types of SNPs identified in Table 2 (rs111757012, rs56219350, rs151269855, rs11042574, rs11022546), the relationship between prognosis and polymorphism of esophageal cancer was analyzed by multiple logistic regression analysis.
Multiple logistic regression analysis was performed in the following five stages.
Step 1: rs111757012 (AA or AG vs. GG)
Step 2: rs111757012, rs56219350 (CC or CG vs. GG)
Step 3: rs111757012, rs56219350, rs151269855 (AA or AG vs. GG)
Step 4: rs111757012, rs56219350, rs151269855, rs11042574 (CC or CT vs. TT)
Step 5: rs111757012, rs56219350, rs151269855, rs11042574, rs11022546 (AA or AG vs. GG)

結果を表３に示す。５種類のSNPｓを用いた多重ロジスティック回帰分析によって９４％の感度、９０％の特異度で食道癌による死亡が予測できることが分かった。
The results are shown in Table 3. Multiple logistic regression analysis using 5 types of SNPs showed that death from esophageal cancer can be predicted with a sensitivity of 94% and a specificity of 90%.

＜Kaplan-Meier analysis＞
次に、rs11022546を用い、Kaplan-Meier analysisによって、食道癌のステージごと（表４でTNMと記載されているのがステージ（進行度）である。進行度の国際標準であるUICC[Union for International Cancer Control]のTNM classification of Malignant Tumors,
7th editionに従った）の予後と多型の相関を調べた。その結果、表４に示すように、ステージ１を除き、Gアレルのホモ個体は食道癌の生存率が有意に低いことが示された。
また、５種類のSNPｓ（rs11042574, rs151269855, rs111757012，rs56219350， rs11022546）を用い、Kaplan-Meier analysisによって、化学放射線療法後の無再発生存月数または食道癌死による生存月数と多型の相関を調べた。その結果、図１〜５に示すように、それぞれのSNPｓは化学放射線療法後の無再発生存月数と有意な相関を示した。 <Kaplan-Meier analysis>
Next, each stage of esophageal cancer is described by Kaplan-Meier analysis using rs11022546 (the stage (degree of progression) is described as TNM in Table 4. UICC [Union for International Cancer Control] TNM classification of Malignant Tumors,
We investigated the correlation of prognosis and polymorphisms 7 th in accordance with the edition). As a result, as shown in Table 4, except for stage 1, the homozygous G allele showed a significantly low survival rate of esophageal cancer.
In addition, using five types of SNPs (rs11042574, rs151269855, rs111757012, rs56219350, rs11022546), Kaplan-Meier analysis was used to correlate polymorphisms with the number of relapse-free survival after chemoradiotherapy or esophageal cancer death. Examined. As a result, as shown in FIGS. 1-5, each SNPs showed a significant correlation with the relapse-free survival months after chemoradiotherapy.

Claims (5)

食道癌患者に由来する遺伝子含有試料を用いて１または２種以上の遺伝子多型部位の塩基の種類を分析し、該分析結果に基づいて食道癌患者の予後を検査する方法であって、
該遺伝子多型部位が、配列番号１〜１０２から選ばれる塩基配列の塩基番号２６番目に相当する部位、又は該部位と連鎖不平衡の関係にある部位である、前記方法。 A method for analyzing a prognosis of an esophageal cancer patient based on a result of analyzing the base type of one or more gene polymorphic sites using a gene-containing sample derived from an esophageal cancer patient,
The method, wherein the gene polymorphic site is a site corresponding to the 26th base of a base sequence selected from SEQ ID NOs: 1 to 102, or a site in linkage disequilibrium with the site. 前記食道癌患者の予後が化学放射線療法を受けた後の予後である、請求項１に記載の方法。 2. The method of claim 1, wherein the prognosis of the esophageal cancer patient is a prognosis after receiving chemoradiotherapy. 前記遺伝子多型部位が、下記（１）から（６）より選択される１または２種以上であり、当該遺伝子多型部位における塩基の種類がリスクアレルである場合には食道癌患者の予後が良くないと判定される、請求項１または２に記載の方法。
（１）配列番号１７に示す塩基配列における第２６番目に相当する部位
塩基の種類がC（リスクアレル）又はT（非リスクアレル）である一塩基多型
（２）配列番号４３に示す塩基配列の第２６番目に相当する部位
塩基の種類がA（非リスクアレル）又はG（リスクアレル）である一塩基多型
（３）配列番号４５に示す塩基配列の第２６番目に相当する部位
塩基の種類がA（リスクアレル）又はG（非リスクアレル）である一塩基多型
（４）配列番号５５に示す塩基配列の第２６番目に相当する部位
塩基の種類がC（リスクアレル）又はG（非リスクアレル）である一塩基多型
（５）配列番号５９に示す塩基配列の第２６番目に相当する部位
塩基の種類がA（非リスクアレル）又はG（リスクアレル）である一塩基多型 When the gene polymorphism site is one or more selected from the following (1) to (6) and the type of base in the gene polymorphism site is a risk allele, the prognosis of an esophageal cancer patient is The method according to claim 1, wherein the method is determined not to be good.
(1) A site corresponding to the 26th position in the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 17
Single nucleotide polymorphism whose base type is C (risk allele) or T (non-risk allele) (2) A site corresponding to the 26th position of the base sequence shown in SEQ ID NO: 43
Single nucleotide polymorphism whose base type is A (non-risk allele) or G (risk allele) (3) A site corresponding to the 26th position of the base sequence shown in SEQ ID NO: 45
Single nucleotide polymorphism whose base type is A (risk allele) or G (non-risk allele) (4) Site corresponding to the 26th position of the base sequence shown in SEQ ID NO: 55
Single nucleotide polymorphism of base type C (risk allele) or G (non-risk allele) (5) site corresponding to position 26 in the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 59
Single nucleotide polymorphism whose base type is A (non-risk allele) or G (risk allele) 食道癌患者に由来する遺伝子多型部位における塩基の種類を分析可能なポリヌクレオチドを含む、食道癌予後検査用試薬であって、
該遺伝子多型部位が、配列番号１〜１０２から選ばれる塩基配列の塩基番号２６番目に相当する部位であり、前記ポリヌクレオチドが、前記塩基配列における前記遺伝子多型部位を含む連続した１０塩基以上の配列、又はその相補配列を有する、試薬。 A esophageal cancer prognostic reagent comprising a polynucleotide capable of analyzing the type of base at a gene polymorphic site derived from an esophageal cancer patient,
The gene polymorphic site is a site corresponding to the base number 26 in the base sequence selected from SEQ ID NOs: 1 to 102, and the polynucleotide comprises 10 or more consecutive bases including the gene polymorphic site in the base sequence Or a reagent having a sequence complementary thereto. 前記遺伝子多型部位が、配列番号１７，４３，４５，５５および５９から選ばれる１または２種以上の塩基配列の塩基番号２６番目に相当する部位である、請求項４に記載の試薬。 The reagent according to claim 4, wherein the gene polymorphism site is a site corresponding to the 26th base number of one or more base sequences selected from SEQ ID NOs: 17, 43, 45, 55 and 59.
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