JP2016535983A5 - - Google Patents

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  1. 核酸中の構造データを検出するための方法であって、
    (a)化学的修飾を有することが疑われる核酸を提供する段階、
    (b)ポリメラーゼ及びテンプレートとして段階(a)で提供される核酸を用いて、核酸を合成する段階であって、この合成が、該ポリメラーゼが段階(a)で提供される核酸中の化学修飾を読み取り、その結果合成された核酸において該化学修飾部位に、テンプレートヌクレオチドに非相補的なヌクレオチド又は欠失(但し、相補的なヌクレオチドがあったサイトの欠失も含む。)を生じるような条件下で行われる段階、
    (c)該テ非相補的なヌクレオチド又は該欠失を検出する段階、及び
    (d)段階(a)で提供される核酸の構造データから成る出力ファイルを生成する段階、
    から成る方法。
  2. 前記核酸がRNAである請求項に記載の方法。
  3. 二又はそれ以上の化学修飾を検出する請求項に記載の方法。
  4. 前記ポリメラーゼが、複数の化学修飾を読み取り、複数の不正確なヌクレオチド又は欠失を生成し、前記検出が各不正確なヌクレオチド又は欠失を検出することを含む、請求項に記載の方法。
  5. 前記核酸が化学修飾をもたらす試薬に曝露されていた、又は前記核酸中に前記化学修飾が予め存在していた、請求項のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記核酸が化学修飾をもたらす2種の試薬に曝露され、これら2つの試薬に対する反応プロファイルの違いを利用することにより、RNA構造内の構造独特の相互作用に関与するヌクレオチドを同定する、請求項のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記試薬が求電子剤を含む請求項5又は6に記載の方法。
  8. 前記求電子剤が前記RNA中の非拘束ヌクレオチドを選択的に修飾し、共有結合性リボース2'−O−付加物を形成する、請求項に記載の方法。
  9. 前記試薬が、1M7、1M6、NMIA、DMS又はそれらの組み合わせである、請求項5又は6に記載の方法。
  10. 前記2種の試薬が1M6及びNMIAである請求項6に記載の方法
  11. 前記段階(a)で提供される核酸が、生物学的試料中に存在する、又は生物学的試料に由来する、請求項10のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記ポリメラーゼが逆転写酵素である、請求項11のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記ポリメラーゼが、天然ポリメラーゼ又は変異型ポリメラーゼである、請求項12のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記(c)段階が、前記核酸の配列を決定する段階を含む、請求項11のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記決定された核酸配列が前記段階(a)で提供される核酸配列に整列される、請求項14に記載の方法。
  16. 前記(c)不正確なヌクレオチドを検出する段階が、前記核酸の超並列配列決定法(MPS)を用いることを含む、請求項14のいずれか一項に記載の方法。
  17. 更に、正規化し、比較し、及び/又は、RNA構造情報のような(但し、これに限定されさない)核酸構造情報を含む別のデータセットと結合する、段階を含む請求項又はに記載の方法。
  18. 前記構造が、プライマー結合部位、タンパク質結合部位、小分子結合部位、又はそれらの組合せを含む、請求項17のいずれか一項に記載の方法。
  19. プライマー、タンパク質、小分子又はそれらの組み合わせの存在下及び不存在下で核酸構造を解析し、プライマー結合部位、タンパク質結合部位、小分子結合部位又はそれらの組み合わせを同定することを含む、請求項18のいずれか一項に記載の方法。
  20. 請求項1〜19のいずれか一項に記載の方法のいずれかの段階を含む段階を実行する、コンピュータ可読媒体に具現化されたコンピュータ実行可能命令を含むコンピュータプログラム製品。
  21. 請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法を実施することから成る、核酸ライブラリの製法
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