JP2015508657A - ゲノムプロファイリングのシステムおよび方法 - Google Patents
ゲノムプロファイリングのシステムおよび方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2015508657A JP2015508657A JP2014557856A JP2014557856A JP2015508657A JP 2015508657 A JP2015508657 A JP 2015508657A JP 2014557856 A JP2014557856 A JP 2014557856A JP 2014557856 A JP2014557856 A JP 2014557856A JP 2015508657 A JP2015508657 A JP 2015508657A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cancer
- sample
- genetic material
- carcinoma
- nuclei
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Abstract
Description
図面に本発明の例示的で代表的な実施態様を示す。
図面および発明の詳細な説明で、本明細書に記載される発明の形態および適用を説明する。具体的に述べられていない限り、明細書および特許請求の範囲内の文言および成句は、適用可能な技術分野における当業者にとって、そのものの一般的な慣習通りの意味を有するものとする。
複数の実施態様によれば、FFPEサンプルは、フローソーティング用に調製される。いくつかの実施において、両側からそれぞれ40〜60μmのスクロール(例えば、40〜60μmのスクロール)で過量のパラフィンをメスで除去し、次いでこれを組織のサイズに応じてそれぞれ3または4つの小片に断片化する。サンプルを断片化することにより、ソート過程中の死細胞片の蓄積が少なくなる。切断された各小片を個々のマイクロ遠沈管に回収して、例えばキシレン(例えば、1mL)で約5分、3回洗浄して、残りのパラフィンを除去する。例えば、連続的なエタノール洗浄(100%のエタノールで5分間で2回洗浄し、次いで95%、70%、50%、および30%のエタノールで洗浄する)で各サンプルを再水和する。
いくつかの実施において、例えばキアゲン(Qiagen)(カリフォルニア州バレンシア)製のQIAamp(登録商標)DNAマイクロキットの補正プロトコールなどのプロトコールを使用して、ソートされた核からのDNAを抽出する。一例として、この補正プロトコールを簡単に説明すると、各ソートされたサンプルを180μlの緩衝液ATLと20μlのプロテイナーゼKに再懸濁し、次いで完全に溶解させるために56℃で3時間インキュベートする。サンプルを合わせて、QIAamp(登録商標)DNAマイクロキットの説明書に従って洗浄し、50μlのddH2Oに溶出させ、次いで5μlの酢酸ナトリウムと180μlの100%EtOHで一晩沈殿させる。次いで各サンプルを20,000×gで30分遠心分離して、1mLの70%EtOH中で30分、20,000×gで洗浄する。サンプルをデカントして、素早く真空にすることによりDNAペレットを乾燥させ、次いで少量(例えば、10〜50μL)のH2Oに再懸濁して正確な量子化に好適な最終濃度にする。
複数の実施態様によれば、ソートされたFFPEサンプルからのゲノムDNAは、例えば単一プライマー等温増幅によって増幅される。例えば、いくつかの実施において、NuGEN(登録商標)テクノロジーズ(カリフォルニア州サンカルロス)製のオベーション(Ovation)(登録商標)WGAのFFPEシステムが使用される。オベーション(登録商標)WGAのFFPE標準プロトコールに従って断片化工程と交互にDNAを処理する。いくつかの実施において、その結果得られた増幅産物を、aCGH分析用テンプレートとして使用する。いくつかの実施において、次世代配列決定に好適なライブラリー用の投入材料として二本鎖の末端が修復されたDNAを作製するために、例えば、NuGENエンコア(Encore)ds−DNAモジュールを用いて結果得られた増幅産物を供給元の説明書に従って処理する。
複数の実施態様によれば、比較用ゲノムハイブリダイゼーション分析が行われる。いくつかの実施において、クレノーベースの標識付けの前に、新鮮凍結phi29増幅DNAおよびFFPE未増幅DNAを、DNアーゼ1で処置する。いくつかの実施において、高分子量phi29テンプレートを30分消化し、一方で、それより小さい断片化したFFPEサンプルを1分だけ消化する。いずれの場合においても、7μlのDNAサンプルに1μlの10×DNアーゼ1反応緩衝液および2μlのDNアーゼI希釈緩衝液を添加し、室温でインキュベートし、次いで30分かけて70℃にして、DNアーゼIを失活させる。それに対して、増幅したFFPE由来のDNAは、クレノーベースの標識付けの前に、DNアーゼ1処置をしなくてもよい。例えば、バイオプライム(BioPrime)標識キット(インビトロジェン(Invitrogen)、カリフォルニア州カールスバッド)を公開プロトコールに従って使用して、サンプルおよび参照テンプレートをそれぞれCy−5dUTPおよびCy−3dUTPで標識する。
複数の実施態様によれば、エキソームライブラリーが調製される。いくつかの実施において、260/280比が1.8〜2.1の高品質ゲノムDNA(3μg)を、例えばコバリス(Covaris)E210システム(ウォバーン(Woburn)、マサチューセッツ州)で150〜200bpの目標サイズに断片化する。いくつかの実施において、2%TAEゲルで断片化を検証し、断片化したサンプルを、例えば、ニューイングランド・バイオラボ(New England Biolab)(マサチューセッツ州イプスウィッチ)のNEBネクスト(NEB Next)キットを使用して末端修復する。いくつかの実施において、修復されたサンプルを、例えば、NEBネクストキットを使用して3’末端でアデニル化する。いくつかの実施において、例えばイルミナ(Illumina)(カリフォルニア州サンディエゴ)のインデックス付きのアダプターなどのアダプターをアデニル化末端処理産物にライゲートする。例えばヘラクレスII(Herculase II)ポリメラーゼを使用してサンプルをPCRで増幅し、精製する。次いで、いくつかの実施において、例えばアジレント・バイオアナライザーにサンプルを流し、増幅を検証しサンプルを定量する。いくつかの実施において、一例として、エキソン含有RNAプローブに24時間ハイブリダイズさせるために、例えば、202,124種のエキソンを標的とする561,823種のプローブを含有するアジレントのシュアセレクト・オール・エキソン50Mbプラスキット(SureSelect All Exon 50Mb Plus kit)を使用して、サンプルを147ng/μlに調節する。次に捕捉された産物をPCR用に選択して、精製し、PCRで増幅する。例えばアジレント・バイオアナライザーを使用して、最終的なライブラリーを検証し、定量する。
複数の実施態様によれば、全ゲノムライブラリーが調製される。いくつかの実施において、260/280比が1.8〜2.1の高品質ゲノムDNA(1μg)を、例えば、コバリスE210システムで300〜400bpの目標サイズに断片化する。いくつかの実施において、2%TAEゲルで断片化を検証する。断片化したサンプルを、例えば、イルミナのTruSeq DNAサンプル・プレップキット−A(TruSeq DNA Sample Prep Kit-A)を使用して処理する。いくつかの実施において、断片化したサンプルを3’末端で末端修復し、アデニル化し、例えばイルミナアダプターなどのペアエンドアダプターにライゲートする。ライゲーション産物を精製し、400および450bpのサイズで選択し、PCRで増幅し精製する。例えばアジレント・バイオアナライザーでライブラリーを確認する。
いくつかの実施において、例えば2NのNaOHを使用してライブラリーを変性させ、例えばHT2緩衝液(イルミナ)で希釈する。いくつかの実施において、各レーンに1%の変性させて希釈したphiXを加えて、エラー率を報告させるようにすることができる。いくつかの実施において、例えば、イルミナのcBotおよびHiSeqペアエンドクラスター作製キットを使用して、クラスター作製を行う。例えば、イルミナのHiSeq2000で、イルミナのHiSeq配列決定キットを使用して、フローセルをペアエンド配列決定する。
以下の結果は、保管FFPEサンプルの腫瘍集団からのフローソーティングに関するものであり、これは単に一例として示したものであって限定ではない。
複数の実施態様によれば、並列配列決定などの次世代配列決定を使用して、エキソームおよび/またはゲノム配列を確認した。一例として、以下に次世代配列決定が使用される実例を示す。
様々な組織サンプルを用いたFFPEアッセイの万能な有用性を判定するために、TNBC、膀胱の癌腫、神経膠芽細胞腫、および卵巣小細胞癌(SCCO)を分析し(図19〜23)、FISH(蛍光インサイチュハイブリダイゼーション)によって選択された異常を検証した(図24)。蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)は、これまでにRuizら(2011)Proc Natl Acad Sci USA 108:12054によって述べられたようにして行われた。ハイブリダイゼーションとハイブリダイゼーション後の洗浄は、「LSI法」(バイシス(Vysis)、イリノイ州アボットパーク)に従って行われた。9p21(ZytoLight SPEC p16/CEN9デュアルプローブ、ザイトビジョン(Zytovision))およびサイクリンD1(ZytoLight SPEC CCND1/CEN11デュアルプローブ、ザイトビジョン)FISHプローブを用いたハイブリダイゼーションを、加湿したチャンバー中で、37℃で一晩行った。全てのFISH分析を2人で独立して評価した。63倍の対物レンズとアクシオカム(Axiocam)MRmカメラ(ツァイス(Zeiss))とを備えたアクシオスコップ(Axioskop)40蛍光顕微鏡(ツァイス、オーバーコッヘン、ドイツ)の使用によって画像を得た。
腫瘍内の多様性は、単一の腫瘍生検サンプルから描かれる腫瘍ゲノミクスの特徴の過小評価を引き起こす可能性があることから、個別化された医療やバイオマーカーの開発に大きな課題を示しているといえる(Ruiz、Cら(2011)PNAS 108:12054)。腫瘍内の多様性は、異種タンパク質の機能に関連して、ダーウィン淘汰により腫瘍の適応と治療の失敗を促進する可能性がある(Gerlingerら(2012)N Engl J Med 366:883)。これはさらに、それに続く母親およびその母親の乳児で診断された黒色腫の分析で例示されている。
Claims (38)
- 正常および異常細胞を含む癌性腫瘍サンプルを得ること;
フローソーティングに好適な脱凝集した細胞核の懸濁液を作製すること;
少なくとも核中の遺伝物質の定量化に基づいて、複数の画分に核をソートすること;
ソートされた核の少なくとも一部から遺伝物質を抽出すること;
抽出された遺伝物質と参照サンプルとを差次的に標識すること;
特徴比較用のゲノムハイブリダイゼーションアレイで、標識され抽出された遺伝物質と参照サンプルとをハイブリダイズすること;および
標識され抽出された遺伝物質と標識された参照サンプルとを比較して、標識され抽出された遺伝物質に独特な異常を推測すること
を含む、多様な癌細胞のゲノムサンプルにおける異常を同定する方法。 - 癌性腫瘍サンプルが、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)癌性腫瘍サンプルを含む、請求項1に記載の方法。
- 異常が、単一の患者の診断の過程で、異常検出アルゴリズムを使用して検出されるか;または遺伝物質が抽出されるソートされた核の一部が、少なくとも2つの画分を含む、請求項1に記載の方法。
- 複数の画分からの遺伝物質における異常の間の比較および患者の処置歴に基づき、ゲノムレベルの腫瘍進展を推測することをさらに含む、請求項4に記載の方法。
- 抽出された遺伝物質を、
抽出された遺伝物質からの全ゲノムライブラリーおよび/またはエキソームライブラリーを含む断片化ライブラリーを調製すること;
断片化ライブラリーから、複数のフラグメント由来の複数のペアエンドクラスターを作製することによって、断片化ライブラリーを増幅すること;および
並列配列決定により複数のフラグメントの配列を決定すること
によって配列決定することをさらに含む、請求項1に記載の方法。 - 前記癌性腫瘍が、乳癌、大腸癌、肺癌、小細胞肺癌、胃癌、肝臓癌、血液の癌、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭部または頚部癌、皮膚黒色腫または眼内黒色腫、子宮肉腫、卵巣癌、直腸または結腸直腸癌、肛門癌、結腸癌、ファロピウス管の癌腫、子宮内膜癌、子宮頚癌、外陰癌、膣の癌腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、食道癌、小腸癌、内分泌癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、慢性または急性白血病、軟部組織腫瘍、尿道癌、陰茎癌、前立腺癌、リンパ球性リンパ腫、膀胱の癌腫、腎臓癌、尿管癌、腎臓の癌腫、腎盂の癌腫、中枢神経腫瘍、中枢神経系原発リンパ腫、骨髄腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、睾丸癌、口腔癌、咽頭癌、およびブドウ膜黒色腫からなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記癌性腫瘍が、前立腺腺癌、膵臓腺癌、乳房の癌腫、膀胱の癌腫、神経膠芽細胞腫、卵巣の癌腫、および黒色腫からなる群より選択される、請求項6に記載の方法。
- 核をソートすることが、フローサイトメーターの使用をさらに含む、請求項1に記載の方法。
- フローサイトメーターの使用が、約50〜約1500イベント/秒;約100〜約1000イベント/秒;または約300〜約700イベント/秒の流速の使用を含む、請求項8に記載の方法。
- フローサイトメーターの使用が、約0.1〜約1.0;約0.4〜約1.0;または約0.6〜約1.0のフローストリームの差次的な圧力(シース/サンプル)の使用を含む、請求項8に記載の方法。
- 少なくとも約60%;少なくとも約70%;または少なくとも約80%の許容できるソート効率を達成することをさらに含む、請求項8に記載の方法。
- サンプルからパラフィンを取り除くこと;
サンプルを再水和すること;
サンプルを処理して、フローソーティングに好適な脱凝集した核の懸濁液を得ること;および
少なくとも核中の遺伝物質の定量化に基づいて、複数の画分に核をソートすること
を含む、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)癌性腫瘍サンプルから取り出された多様な癌細胞のゲノムにおける異常を同定する方法。 - 核の倍数体画分と細胞周期画分とをプロファイリングすること;
ソートされた核の少なくとも一部から遺伝物質を抽出すること;
単一プライマー等温増幅により遺伝物質を増幅すること;および
エンドヌクレアーゼで実質的に均一になるように遺伝物質を消化すること
をさらに含む、請求項12に記載の方法。 - 消化された遺伝物質と参照サンプルとを差次的に標識すること;
特徴比較用のゲノムハイブリダイゼーションアレイ上で、標識された消化された遺伝物質と参照サンプルとをハイブリダイズすること;および
異常検出アルゴリズムを用いて、標識された消化された遺伝物質と標識された参照サンプルとを比較して、標識された消化された遺伝物質に独特な異常を推測すること
をさらに含む、請求項13に記載の方法。 - 消化された遺伝物質から、抽出された遺伝物質からの全ゲノムライブラリーまたはエキソームライブラリーを含む断片化ライブラリーを調製すること;
断片化ライブラリーから、複数のフラグメント由来の複数のペアエンドクラスターを作製することによって、断片化ライブラリーを増幅すること;および
並列配列決定により複数のフラグメントの配列を決定すること
をさらに含む、請求項14に記載の方法。 - サンプルを処理することが、EDTA、コラゲナーゼ、およびヒアルロニダーゼでサンプルを加工処理することを含む、請求項13に記載の方法。
- ソートされた核の数が、約50,000個よりも大きいか;少なくとも10,000個であるか;少なくとも25,000個であるか;または少なくとも50,000個である、請求項13に記載の方法。
- 核をソートする前に、4’,6−ジアミジノ−2−フェニルインドールで核を染色することをさらに含み、および/または前記エンドヌクレアーゼが、DNアーゼ1である、請求項13に記載の方法。
- 前記癌性腫瘍が、乳癌、大腸癌、肺癌、小細胞肺癌、胃癌、肝臓癌、血液の癌、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭部または頚部癌、皮膚黒色腫または眼内黒色腫、子宮肉腫、卵巣癌、直腸または結腸直腸癌、肛門癌、結腸癌、ファロピウス管の癌腫、子宮内膜癌、子宮頚癌、外陰癌、膣の癌腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、食道癌、小腸癌、内分泌癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、慢性または急性白血病、軟部組織腫瘍、尿道癌、陰茎癌、前立腺癌、リンパ球性リンパ腫、膀胱の癌腫、腎臓癌、尿管癌、腎臓の癌腫、腎盂の癌腫、中枢神経腫瘍、中枢神経系原発リンパ腫、骨髄腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、睾丸癌、口腔癌、咽頭癌、およびブドウ膜黒色腫からなる群より選択される、請求項13に記載の方法。
- 前記癌性腫瘍が、前立腺腺癌、膵臓腺癌、乳房の癌腫、膀胱の癌腫、神経膠芽細胞腫、卵巣の癌腫、および黒色腫からなる群より選択される、請求項19に記載の方法。
- 参照サンプルが、プールされた46,XX参照サンプルである、請求項15に記載の方法。
- アレイが、少なくとも400マイクロリットルのハイブリダイゼーション体積を必要とする、請求項15に記載の方法。
- 抽出された遺伝物質における異常区間は、オーバーラップが約0.5を超える場合、標識された参照サンプルにおける異常区間と類似しているとみなされ、ここで2つの異常区間のオーバーラップは、それらが重なる部分のゲノムの長さを、それら全体のゲノムの長さで割った値である、請求項15に記載の方法。
- ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)癌性腫瘍サンプルから取り出された多様な癌細胞のゲノムにおける異常を同定するキットであって、該キットは:
サンプルの切断された小片を入れるように設計されたマイクロ遠沈管;
サンプルからパラフィンを除去するための溶媒;
サンプルを再水和するためのアルコール;
サンプル中に存在するタンパク質架橋の除去を容易にするための配位化合物;
リン酸緩衝食塩水;
サンプルからの核を取り除くための、コラゲナーゼ、ヒアルロニダーゼ、および緩衝液を含む酵素カクテル;
ウシ胎児血清緩衝液;
ウシ胎児血清緩衝液に核を再懸濁するためのかきまぜ機;
フィルター;
4’,6−ジアミジノ−2−フェニルインドール;
核からデオキシリボ核酸(DNA)を抽出するためのデオキシリボ核酸抽出キット;
単一プライマー等温増幅キット;および
単一プライマー等温増幅中に抽出されたDNAを断片化するためのエンドヌクレアーゼ
を含む、上記キット。 - デオキシウリジン三リン酸標識キット;
参照サンプル;および
比較用ゲノムハイブリダイゼーションアレイ
をさらに含む、請求項24に記載のキット。 - DNA剪断機;
末端修復および3’アデニル化キット;
剪断されたDNAのアデノシンを末端に有する鎖にライゲートするように設計されたインデックス付きのアダプター;
インデックス付きのアダプターにライゲートした剪断されたDNAを増幅するためのDNAポリメラーゼ;および
ペアエンドクラスター作製キット
をさらに含む、請求項24に記載のキット。 - ハイブリダイゼーションによって、増幅したエキソンを含むDNA部分を選択的に捕獲するように設計された、エキソンのリボ核酸プローブをさらに含む、請求項26に記載のキット。
- 前記かきまぜ機が、注射器と組み合わされたニードルであり、該ニードルは、およそ25のゲージを有する、請求項24に記載のキット。
- ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)癌性腫瘍サンプルから取り出された多様な癌細胞のゲノムにおける異常を同定すること、および同定された異常を有する癌細胞を処置するのに有効な治療剤を選択することを含む、癌を有する対象のための療法を選択する方法。
- ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)癌性腫瘍サンプルから取り出された多様な癌細胞のゲノムにおける異常を同定することが、
サンプルからパラフィンを取り除くこと;
サンプルを再水和すること;
サンプルを処理して、フローソーティングに好適な脱凝集した核の懸濁液を得ること;
少なくとも核中の遺伝物質の定量化に基づいて、複数の画分に核をソートすること;
核の倍数体画分と細胞周期画分とをプロファイリングすること;
ソートされた核の少なくとも一部から遺伝物質を抽出すること;
単一プライマー等温増幅により遺伝物質を増幅すること;および
エンドヌクレアーゼで実質的に均一になるように遺伝物質を消化すること
を含む、請求項29に記載の方法。 - ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)癌性腫瘍サンプルから取り出された多様な癌細胞のゲノムにおける異常を同定することは、
消化された遺伝物質と参照サンプルとを差次的に標識すること;
特徴比較用のゲノムハイブリダイゼーションアレイ上で、標識された消化された遺伝物質と参照サンプルとをハイブリダイズすること;および
異常検出アルゴリズムを用いて、標識された消化された遺伝物質と標識された参照サンプルとを比較して、標識された消化された遺伝物質に独特な異常を推測すること
をさらに含む、請求項30に記載の方法。 - ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)癌性腫瘍サンプルから取り出された多様な癌細胞のゲノムにおける異常を同定することは、
消化された遺伝物質から、抽出された遺伝物質からの全ゲノムライブラリーまたはエキソームライブラリーを含む断片化ライブラリーを調製すること;
断片化ライブラリーから、複数のフラグメント由来の複数のペアエンドクラスターを作製することによって、断片化ライブラリーを増幅すること;および
並列配列決定により複数のフラグメントの配列を決定すること
をさらに含む、請求項30に記載の方法。 - 前記癌性腫瘍が、乳癌、大腸癌、肺癌、小細胞肺癌、胃癌、肝臓癌、血液の癌、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭部または頚部癌、皮膚黒色腫または眼内黒色腫、子宮肉腫、卵巣癌、直腸または結腸直腸癌、肛門癌、結腸癌、ファロピウス管の癌腫、子宮内膜癌、子宮頚癌、外陰癌、膣の癌腫、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、食道癌、小腸癌、内分泌癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、慢性または急性白血病、軟部組織腫瘍、尿道癌、陰茎癌、前立腺癌、リンパ球性リンパ腫、膀胱の癌腫、腎臓癌、尿管癌、腎臓の癌腫、腎盂の癌腫、中枢神経腫瘍、中枢神経系原発リンパ腫、骨髄腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、睾丸癌、口腔癌、咽頭癌、およびブドウ膜黒色腫からなる群より選択される、請求項29に記載の方法。
- 前記癌が、前立腺腺癌、膵臓腺癌、乳房の癌腫、膀胱の癌腫、神経膠芽細胞腫、卵巣の癌腫、および黒色腫からなる群より選択される、請求項33に記載の方法。
- 前記癌が、黒色腫である、請求項34に記載の方法。
- 異常が、染色体の1p32〜p31領域またはc−jun遺伝子にマッピングされる、請求項29に記載の方法。
- 異常が、ベムラフェニブに耐性を有する癌の指標であり;腫瘍遺伝子の発現に影響を与える、請求項36に記載の方法。
- 腫瘍遺伝子が、増殖因子、受容体チロシンキナーゼ、細胞質チロシンキナーゼ、細胞質セリン/スレオニンキナーゼ、細胞質セリン/スレオニンキナーゼの調節サブユニット、調節GTPアーゼ、および転写因子からなる群より選択される、請求項37に記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201261599317P | 2012-02-15 | 2012-02-15 | |
US61/599,317 | 2012-02-15 | ||
PCT/US2013/026532 WO2013123463A1 (en) | 2012-02-15 | 2013-02-15 | A system and method of genomic profiling |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2015508657A true JP2015508657A (ja) | 2015-03-23 |
JP2015508657A5 JP2015508657A5 (ja) | 2016-03-24 |
Family
ID=48984799
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2014557856A Pending JP2015508657A (ja) | 2012-02-15 | 2013-02-15 | ゲノムプロファイリングのシステムおよび方法 |
Country Status (4)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US9663826B2 (ja) |
EP (1) | EP2814987A4 (ja) |
JP (1) | JP2015508657A (ja) |
WO (1) | WO2013123463A1 (ja) |
Families Citing this family (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2016081885A2 (en) * | 2014-11-20 | 2016-05-26 | Massachusetts Eye And Ear Infirmary | Panel-based genetic diagnostic testing for inherited eye diseases |
WO2016172623A1 (en) | 2015-04-22 | 2016-10-27 | Berkeley Lights, Inc. | Manipulation of cell nuclei in a micro-fluidic device |
US11359192B1 (en) | 2016-11-04 | 2022-06-14 | Genopeaks Co., Ltd. | Method for preparing DNA library derived from FFPE tissue using endonuclease |
CN108251515A (zh) * | 2016-12-27 | 2018-07-06 | 安诺优达基因科技(北京)有限公司 | 一种构建ffpe样本dna文库的方法 |
NZ755835A (en) | 2017-01-17 | 2023-12-22 | Heparegenix Gmbh | Protein kinase inhibitors for promoting liver regeneration or reducing or preventing hepatocyte death |
JP7021791B2 (ja) | 2017-04-03 | 2022-02-17 | ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー | 細胞系譜の多重定量分析のための組成物及び方法 |
US11183270B2 (en) | 2017-12-07 | 2021-11-23 | International Business Machines Corporation | Next generation sequencing sorting in time and space complexity using location integers |
WO2023277763A1 (en) * | 2021-06-28 | 2023-01-05 | Chen Xingqi | Method of preparing dna from formalin-fixed-paraffin-embedded (ffpe) tissue samples |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2009055366A1 (en) * | 2007-10-22 | 2009-04-30 | Translational Genomics Research Institute (Tgen) | Method and kit used in performing high resolution genomic profiling of clonal cell populations in heterogeneous tissues |
WO2011104027A1 (en) * | 2010-02-26 | 2011-09-01 | Qiagen Gmbh | Process for parallel isolation and/or purification of rna and dna |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20040175717A1 (en) | 2002-06-20 | 2004-09-09 | North Carolina State University | Methods and kits for labeling and hybridizing cDNA for microarray analysis |
DK2309245T3 (en) | 2003-03-28 | 2016-01-04 | Inguran Llc | Methods for providing sex-sorted animal semen |
JP5166250B2 (ja) * | 2005-05-25 | 2013-03-21 | エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッド | 組織病理学的に処理した生物学的試料からのプロテオームの適用範囲を増加させるための、液体組織標品を用いたマルチプレックス方法 |
US20070238121A1 (en) | 2006-04-06 | 2007-10-11 | Ballif Blake C | Methods and apparatuses for comparative genomic microarray analysis |
CA2729633A1 (en) | 2008-06-30 | 2010-01-14 | Caritas St. Elizabeth Medical Center Of Boston, Inc. | Tumor-initiating cells and methods of use |
CA2786564A1 (en) | 2010-01-19 | 2011-07-28 | Verinata Health, Inc. | Identification of polymorphic sequences in mixtures of genomic dna by whole genome sequencing |
-
2013
- 2013-02-15 US US14/378,650 patent/US9663826B2/en active Active
- 2013-02-15 EP EP13749864.8A patent/EP2814987A4/en not_active Withdrawn
- 2013-02-15 WO PCT/US2013/026532 patent/WO2013123463A1/en active Application Filing
- 2013-02-15 JP JP2014557856A patent/JP2015508657A/ja active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2009055366A1 (en) * | 2007-10-22 | 2009-04-30 | Translational Genomics Research Institute (Tgen) | Method and kit used in performing high resolution genomic profiling of clonal cell populations in heterogeneous tissues |
WO2011104027A1 (en) * | 2010-02-26 | 2011-09-01 | Qiagen Gmbh | Process for parallel isolation and/or purification of rna and dna |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US9663826B2 (en) | 2017-05-30 |
EP2814987A4 (en) | 2015-10-14 |
EP2814987A1 (en) | 2014-12-24 |
US20150031556A1 (en) | 2015-01-29 |
WO2013123463A1 (en) | 2013-08-22 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US9663826B2 (en) | System and method of genomic profiling | |
US20220010385A1 (en) | Methods for detecting inactivation of the homologous recombination pathway (brca1/2) in human tumors | |
US20220195530A1 (en) | Identification and use of circulating nucleic acid tumor markers | |
AU2021202766B2 (en) | Method of preparing cell free nucleic acid molecules by in situ amplification | |
EP3377647B1 (en) | Nucleic acids and methods for detecting methylation status | |
US20190309352A1 (en) | Multimodal assay for detecting nucleic acid aberrations | |
EP2513330B1 (en) | Diagnostic methods based on somatically acquired rearrangement | |
EP3541934B1 (en) | Methods for preparing dna reference material and controls | |
Holley et al. | Deep clonal profiling of formalin fixed paraffin embedded clinical samples | |
TW202012636A (zh) | 用於測量游離(cell-free)混合物之特性之經尺寸標記之偏好末端及取向感知分析 | |
US20150126379A1 (en) | Long insert-based whole genome sequencing | |
US20200239966A1 (en) | Method to diagnose malignant melanoma in the domestic dog | |
Hedayat et al. | Evaluating melanocytic lesions with single nucleotide polymorphism (SNP) chromosomal microarray | |
KR102236717B1 (ko) | 조혈모세포 이식 후 혈액암 예후 예측을 위한 정보 제공 방법 | |
Kondo et al. | A comprehensive method for detecting fusion genes in paediatric brain tumours | |
WO2023125787A1 (en) | Biomarkers for colorectal cancer treatment | |
US20160051702A1 (en) | Systems and methods for preclinical models of metastases | |
Cheng et al. | ctDNA and Lung Cancer | |
Rodriguez et al. | Special Techniques |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20160203 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20160203 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20161118 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170220 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20170522 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20171211 |