JP2010268690A - Method for determining sensitivity of compound having anti-tumor activity - Google Patents

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Shigehide Kagatani
重英 加々谷
Yuichi Akatsu
裕一 赤津
Kuniko Masuda
久仁子 増田
Sakiko Maruyama
佐起子 丸山
Shunsuke Kuroiwa
俊介 黒岩
Takamichi Sato
学道 佐藤
Keiko Sekine
啓子 関根
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Nippon Kayaku Co Ltd
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Abstract

<P>PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a method for simply and surely determining the sensitivity of an anti-cancer agent of AhR agonist, because it has been impossible to preliminarily predict the sensitivity of the anti-cancer agent of AhR agonist, although it has been found that cancers to which the anti-cancer agent of AhR agonist is effective and cancers to which the anti-cancer agent of AhR agonist is not effective are clearly divided. <P>SOLUTION: There is provided the method for clearly distinguishing cancers having sensitivity to the anti-cancer agent of AhR agonist and cancers not having the sensitivity by hierarchical cluster analyses using 266 genes each having a significant gene expression level difference (P<1.0×10<SP>-5</SP>) between cells having sensitivity and cells not sensitivity to the anti-cancer agent of AhR agonist, thereby predicting the therapeutic effect of the compound. <P>COPYRIGHT: (C)2011,JPO&INPIT

Description

本発明は抗腫瘍活性を示す化合物に対する原発癌組織の感受性を予測するための遺伝子セットによる感受性の判定方法に関する。本発明の判定方法は、癌患者の前記化合物若しくはその誘導体又は薬理学的に許容できるその塩による治療効果を判定する場合等に有用である。   The present invention relates to a method for determining sensitivity using a gene set for predicting the sensitivity of a primary cancer tissue to a compound exhibiting antitumor activity. The determination method of the present invention is useful when determining the therapeutic effect of the above-mentioned compound or derivative thereof or pharmacologically acceptable salt thereof for cancer patients.

日本における女性乳がん罹患数は顕著に増加し、1998年には胃癌を抜いて女性がんのトップとなっている。罹患数は2005年で41500人、2010年で45600人、2015年時点で48500人と今後も増加することが予想されている。乳がんの薬物治療としては術前化学療法、術後補助療法及び再発乳癌に対する薬物療法が行われる。その中でもエストロゲンレセプター陽性〔ER(+)〕患者は、抗ホルモン剤治療の適応となっているが、そのうちの半数(全乳癌患者の約3割)にしか有効でないことから、より広いスペクトルを持つ乳癌治療薬が望まれていた。   The number of female breast cancer cases in Japan has increased remarkably, and in 1998, it surpassed gastric cancer and became the top female cancer patient. The number of affected cases is expected to increase to 41500 in 2005, 45600 in 2010, and 48500 in 2015. Drug therapy for breast cancer includes preoperative chemotherapy, postoperative adjuvant therapy, and drug therapy for recurrent breast cancer. Among them, estrogen receptor positive [ER (+)] patients are indicated for antihormonal treatment, but only half of them (about 30% of all breast cancer patients) are effective, so they have a wider spectrum. A breast cancer drug was desired.

そのような状況の中、(5S,7S)−7−メチル−3−(3−トリフルオロメチルフェニル)−5,6,7,8−テトラヒドロシンノリン−5−オール(以下150460という)が、既存内分泌療法剤に反応しないER(+)乳癌細胞や、抗エストロゲン剤治療で再発した乳癌細胞、更に一部のER(−)乳癌細胞に対して広い抗腫瘍効果スペクトラムを示すことが明らかとなった(特許文献1)。また、150460にコハク酸を付加して溶解性を向上させたプロドラッグ(以下150460−Pという)も開発されている(特許文献2)。このプロドラッグは生体内の加水分解酵素の働きにより150460を生成すると推定されている。   Under such circumstances, (5S, 7S) -7-methyl-3- (3-trifluoromethylphenyl) -5,6,7,8-tetrahydrocinnolin-5-ol (hereinafter referred to as 150460) It has become clear that ER (+) breast cancer cells that do not respond to existing endocrine therapy agents, breast cancer cells that have relapsed with anti-estrogen treatment, and a broad spectrum of antitumor effects against some ER (-) breast cancer cells. (Patent Document 1). Further, a prodrug (hereinafter referred to as 150460-P) in which solubility is improved by adding succinic acid to 150460 has been developed (Patent Document 2). This prodrug is presumed to produce 150460 by the action of hydrolase in vivo.

150460と同様の抗腫瘍スペクトルを示す化合物として、2−(4−アミノ−3−メチルフェニル)−5−フルオロベンゾチアゾール(以下5F−203という)が見出されている(図1)。5F−203は、アリルハイドロカーボン受容体アゴニスト(以下AhR agonistという)として作用し、下流遺伝子であるCYP1A1を誘導する。さらにその抗腫瘍効果にそのCYP1A1活性が必要であることが報告されている(非特許文献1、非特許文献2)。CYPの分子種は各組織に発現しているが、特に肝臓に多く発現しており、その役割として体内に入り込んできた低分子を水酸化し、親水性を増すことで異物の体外排出を促進すると考えられている。また一方で、一部の薬物の活性化にも関与して、薬効に寄与することが一般的に知られている。また、5F−203と同様の機構で作用する化合物として、(5−アミノ−2,3−フルオロフェニル)−6,8−ジフルオロ−7−メチル−4H−1−ベンゾピラン−4−オン(以下NSC686288という)なども見出されている(非特許文献3)。さらに、AhRの下流には、CYP1A2やCYP1B1といった分子種も存在し、薬剤代謝に関わることが知られている。従って、AhR agonistとして作用し、CYP1A2やCYP1B1によって活性化されて抗腫瘍効果を示す化合物も、150460や5F−203、NSC686288が効果を示す細胞と同様の細胞に作用すると考えられる。   2- (4-Amino-3-methylphenyl) -5-fluorobenzothiazole (hereinafter referred to as 5F-203) has been found as a compound showing an antitumor spectrum similar to 150460 (FIG. 1). 5F-203 acts as an allyl hydrocarbon receptor agonist (hereinafter referred to as AhR agonist) and induces CYP1A1, which is a downstream gene. Furthermore, it has been reported that the CYP1A1 activity is necessary for the antitumor effect (Non-patent Document 1, Non-patent Document 2). Although the molecular species of CYP is expressed in various tissues, it is often expressed particularly in the liver. As a role of this, the low molecule that has entered the body is hydroxylated to increase the hydrophilicity, thereby promoting extracorporeal elimination of foreign substances. It is considered to be. On the other hand, it is generally known that it contributes to the medicinal effect by participating in the activation of some drugs. In addition, (5-amino-2,3-fluorophenyl) -6,8-difluoro-7-methyl-4H-1-benzopyran-4-one (hereinafter referred to as NSC686288) is a compound that acts by the same mechanism as 5F-203. Etc.) have also been found (Non-Patent Document 3). Furthermore, molecular species such as CYP1A2 and CYP1B1 exist downstream of AhR, and are known to be involved in drug metabolism. Therefore, a compound that acts as an AhR agonist and is activated by CYP1A2 or CYP1B1 to exhibit an antitumor effect is considered to act on cells similar to those in which 150460, 5F-203, and NSC686288 are effective.

5F−203については、3種類の感受性乳癌であるBG1、ZR−75−1及びMCF−7、また非感受性の乳癌であるHs0578T及びMDA−MB−231を用いて、SAGE ライブラリで各遺伝子の発現頻度について解析し、更に定量的PCRによって確認した感受性細胞と非感受性細胞間で発現量に有意差のある遺伝子についての報告がなされている(非特許文献4)。しかしながら、AhR agonist作用を持つ抗癌剤の効果を確実に予見できるものではなかった。   For 5F-203, expression of each gene in the SAGE library using BG1, ZR-75-1 and MCF-7 which are three types of sensitive breast cancers, and Hs0578T and MDA-MB-231 which are non-sensitive breast cancers. A report has been made on genes having a significant difference in expression level between sensitive cells and non-sensitive cells analyzed by frequency and confirmed by quantitative PCR (Non-patent Document 4). However, the effect of an anticancer agent having an AhR agonist action cannot be reliably predicted.

国際公開第2004/052866号パンフレットInternational Publication No. 2004/052866 Pamphlet 国際公開第2005/121105号パンフレットInternational Publication No. 2005/121105 Pamphlet 国際公開第2001/014354号パンフレットInternational Publication No. 2001/014354 Pamphlet 国際公開第1996/024592号パンフレットInternational Publication No. 1996/024592 Pamphlet Loaiza−P▲e▼rez AI,Trapani V et al.,Mol.Pharmacol.61(1):13−19(2002)Loaiza-P <e> rez AI, Trapani V et al. Mol. Pharmacol. 61 (1): 13-19 (2002) Loaiza−P▲e▼rez AI,Kenney S et al.,Mol.Cancer Ther.3(6):715−725(2004)Loaiza-P <e> rez AI, Kenney S et al. Mol. Cancer Ther. 3 (6): 715-725 (2004) Kuffel MJ,Schroeder JC,Pobst LJ et al.,Mol.Pharmacol.62(1):143−153(2002)Kuffel MJ, Schroeder JC, Pobst LJ et al. Mol. Pharmacol. 62 (1): 143-153 (2002) Wallqvist A,Connelly J et al.,Mol.Pharmacol.69(3):737−748.(2006)Wallqvist A, Connelly J et al. Mol. Pharmacol. 69 (3): 737-748. (2006)

これらAhR agonistである抗癌剤を患者に投与する場合、薬剤投与の前に感受性の有無を判別する手法はなく大きな問題となっていた。培養癌細胞株の研究から、AhR agonistである抗癌剤は効果を示す細胞と示さない細胞がはっきりと分かれており(図1)、効果を示さない患者への投与を避けるため、事前の診断法の確立が強く望まれていた。   When these anti-cancer agents, which are AhR agonists, are administered to patients, there is no method for determining the presence or absence of sensitivity before drug administration, which has been a big problem. From the study of cultured cancer cell lines, the anti-cancer drugs that are AhR agonist are clearly separated into cells that do not show the effect and cells that do not show (Fig. 1). Establishment was strongly desired.

本発明の目的は、AhR agonistである抗癌剤に対しての簡便かつ確実な、癌細胞の感受性の判定方法を提供することである。すなわちAhR agonistである抗癌剤が、治療に有効か否かを、予測する方法を提供することである。   An object of the present invention is to provide a simple and reliable method for determining the sensitivity of cancer cells to an anticancer agent which is AhR agonist. That is, it is to provide a method for predicting whether or not an anticancer agent which is AhR agonist is effective for treatment.

本願発明者らは、癌細胞における特定の遺伝子の発現量を測定することによって、AhR agonistであって抗腫瘍活性を有する化合物の癌細胞に対する感受性の有無が明確に区別されることを見出した。更に150460の感受性が不明なヒト乳癌由来のヌードラット皮下移植腫瘍のクラスター解析を行うことで感受性を判定出来ることを証明し、本発明を完成させた。   The inventors of the present application have found that by measuring the expression level of a specific gene in a cancer cell, the presence or absence of sensitivity to a cancer cell of a compound having AhR agonist and antitumor activity can be clearly distinguished. Further, it was proved that sensitivity could be determined by performing cluster analysis of nude transplanted subcutaneous tumor derived from human breast cancer whose sensitivity of 150460 is unknown, and the present invention was completed.

すなわち、本発明は、
(1)配列番号1〜266で表される遺伝子266種からなる遺伝子群から選択される1以上の遺伝子の発現量を測定する工程を含む、AhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物、その誘導体、又は薬理学的に許容できるその塩に対する癌細胞の感受性の判定方法、
(2)化合物が(5S,7S)−7−メチル−3−(3−トリフルオロメチルフェニル)−5,6,7,8−テトラヒドロシンノリン−5−オール、2−(4−アミノ−3−メチルフェニル)−5−フルオロベンゾチアゾール、(5−アミノ−2,3−フルオロフェニル)−6,8−ジフルオロ−7−メチル−4H−1−ベンゾピラン−4−オン又はこれらの薬理学的に許容できるその塩である前記(1)に記載の判定方法、
(3)遺伝子群が配列番号1〜25で表される遺伝子25種からなる遺伝子群である前記(1)又は(2)に記載のAhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物、その誘導体、又は薬理学的に許容できるその塩に対する癌細胞の感受性の判定方法、
(4)癌細胞が乳癌細胞、肝癌細胞又は卵巣癌細胞である前記(1)ないしは(3)のいずれか一項に記載の方法、
(5)前記(3)に記載の25種の遺伝子からなる群より選択される1種以上の遺伝子全長またはその部分配列と相補的なオリゴDNAが固定された、AhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物、その誘導体、又は薬理学的に許容できるその塩に対する癌細胞の感受性を判定するためのマイクロアレイ、
(6)前記(5)に記載のマイクロアレイを含む、AhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物その誘導体、乃至は薬理学的に許容できるその塩に対する感受性の判定方法に用いられるキット、
(7)前記(1)に記載の遺伝子群から選択される1以上の遺伝子の発現量を測定するためのプライマーセット、
(8)前記(1)に記載の遺伝子群から選択される1以上の遺伝子の細胞内タンパク質量を定量するための抗体セット、
に関する。
That is, the present invention
(1) AhR agonist and a compound exhibiting antitumor activity, comprising a step of measuring the expression level of one or more genes selected from a gene group consisting of 266 genes represented by SEQ ID NOs: 1 to 266, A method for determining the sensitivity of a cancer cell to a derivative, or a pharmacologically acceptable salt thereof,
(2) The compound is (5S, 7S) -7-methyl-3- (3-trifluoromethylphenyl) -5,6,7,8-tetrahydrocinnolin-5-ol, 2- (4-amino-3) -Methylphenyl) -5-fluorobenzothiazole, (5-amino-2,3-fluorophenyl) -6,8-difluoro-7-methyl-4H-1-benzopyran-4-one or their pharmacologically The determination method according to the above (1), which is an acceptable salt thereof,
(3) The AhR agonist described in (1) or (2) above, wherein the gene group is a gene group consisting of 25 genes represented by SEQ ID NOs: 1 to 25, a compound exhibiting antitumor activity, a derivative thereof, Or a method for determining the sensitivity of a cancer cell to a pharmacologically acceptable salt thereof,
(4) The method according to any one of (1) to (3), wherein the cancer cells are breast cancer cells, liver cancer cells, or ovarian cancer cells,
(5) An AhR agonist having anti-tumor activity to which an oligo DNA complementary to the full length of one or more genes selected from the group consisting of 25 genes described in (3) above or a partial sequence thereof is fixed. A microarray for determining the sensitivity of cancer cells to a compound, a derivative thereof, or a pharmacologically acceptable salt thereof,
(6) A kit for use in a method for determining sensitivity to a compound or derivative thereof having antitumor activity, or a pharmacologically acceptable salt thereof, comprising the microarray according to (5).
(7) A primer set for measuring the expression level of one or more genes selected from the gene group described in (1) above,
(8) An antibody set for quantifying the amount of intracellular protein of one or more genes selected from the gene group described in (1) above,
About.

癌患者から分離された癌組織から抽出したmRNAを用いて、その遺伝子発現様式から感受性細胞及び非感受性細胞との遺伝子発現様式を比較することで、AhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物に対する感受性を予測することを可能とする。   By using mRNA extracted from cancer tissue isolated from a cancer patient and comparing the gene expression pattern between sensitive and non-sensitive cells based on the gene expression pattern, AhR agonist and a compound exhibiting anti-tumor activity It makes it possible to predict sensitivity.

150460と5F−203の乳癌における作用スペクトラムが一致することを示す図である。It is a figure which shows that the action spectrum in breast cancer of 150460 and 5F-203 corresponds. 150460感受性乳癌においてCYP1A1mRNAが誘導され、非感受性乳癌においては誘導されないことを示す図である。It is a figure which shows that CYP1A1 mRNA is induced | guided | derived in a 150460 sensitivity breast cancer, and is not induced | guided | derived in an insensitive breast cancer. 150460感受性乳癌においてCYP1A1蛋白質が誘導され、非感受性乳癌においては誘導されないことを示す図である。It is a figure which shows that CYP1A1 protein is induced | guided | derived in a 150460 sensitivity breast cancer, and is not induced | guided | derived in an insensitive breast cancer. 150460感受性乳癌SK−BR−3においてAhRならびにCYP1A1をノックダウンすることによって、150460の細胞増殖抑制効果がキャンセルされることを示す図である。0、2、10μMの150460を処理し、48時間培養を行った後の各群の細胞数を、150460無処理群の細胞数を100として相対標記した。It is a figure which shows that the cell growth inhibitory effect of 150460 is canceled by knocking down AhR and CYP1A1 in 150460 sensitivity breast cancer SK-BR-3. The number of cells in each group after treatment with 0, 2, 10 μM 150460 and culturing for 48 hours was relative to the number of cells in the 150460 untreated group as 100. 150460が肝癌細胞株に増殖抑制効果を示す図である。FIG. 150460 shows the growth inhibitory effect on the hepatoma cell line. 本発明において選択された266種の遺伝子のうち30種を示す。感受性細胞、非感受性細胞のいずれに発現が多いかについても合わせて記載した。30 of the 266 genes selected in the present invention are shown. Whether sensitive cells or non-sensitive cells are highly expressed is also described. 本発明において選択された266種の遺伝子のうち30種を示す。感受性細胞、非感受性細胞のいずれに発現が多いかについても合わせて記載した。30 of the 266 genes selected in the present invention are shown. Whether sensitive cells or non-sensitive cells are highly expressed is also described. 本発明において選択された266種の遺伝子のうち30種を示す。感受性細胞、非感受性細胞のいずれに発現が多いかについても合わせて記載した。30 of the 266 genes selected in the present invention are shown. Whether sensitive cells or non-sensitive cells are highly expressed is also described. 本発明において選択された266種の遺伝子のうち30種を示す。感受性細胞、非感受性細胞のいずれに発現が多いかについても合わせて記載した。30 of the 266 genes selected in the present invention are shown. Whether sensitive cells or non-sensitive cells are highly expressed is also described. 本発明において選択された266種の遺伝子のうち30種を示す。感受性細胞、非感受性細胞のいずれに発現が多いかについても合わせて記載した。30 of the 266 genes selected in the present invention are shown. Whether sensitive cells or non-sensitive cells are highly expressed is also described. 本発明において選択された266種の遺伝子のうち30種を示す。感受性細胞、非感受性細胞のいずれに発現が多いかについても合わせて記載した。30 of the 266 genes selected in the present invention are shown. Whether sensitive cells or non-sensitive cells are highly expressed is also described. 本発明において選択された266種の遺伝子のうち30種を示す。感受性細胞、非感受性細胞のいずれに発現が多いかについても合わせて記載した。30 of the 266 genes selected in the present invention are shown. Whether sensitive cells or non-sensitive cells are highly expressed is also described. 本発明において選択された266種の遺伝子のうち30種を示す。感受性細胞、非感受性細胞のいずれに発現が多いかについても合わせて記載した。30 of the 266 genes selected in the present invention are shown. Whether sensitive cells or non-sensitive cells are highly expressed is also described. 本発明において選択された266種の遺伝子のうち26種を示す。感受性細胞、非感受性細胞のいずれに発現が多いかについても合わせて記載した。26 of the 266 genes selected in the present invention are shown. Whether sensitive cells or non-sensitive cells are highly expressed is also described. 150460の感受性細胞と非感受性細胞が、任意に選択した25種類の遺伝子によるクラスター解析で明確に分けることができることを示す図である。It is a figure which shows that the sensitive cell of 150460 and an insensitive cell can be clearly divided by the cluster analysis by 25 types of genes selected arbitrarily. 任意に選択した25種類の遺伝子によるクラスター解析で感受性の不明なヌードラット皮下移植ヒト乳癌細胞KPL−1が感受性細胞であると示唆されることを示す図である。It is a figure which shows that the nude rat subcutaneous transplant human breast cancer cell KPL-1 with unknown sensitivity is suggested to be a sensitive cell by the cluster analysis by 25 types of genes selected arbitrarily. ヌードラット皮下に移植したヒト乳癌細胞KPL−1が150460に感受性を示す図である。横軸に投与開始日からの日数、縦軸に相対腫瘍体積を示す。コントロール群を◆のシンボル、150460−P 60mg/kg 28日間連続経口投与群を■のシンボル、150460−P 30mg/kg 28日間連続経口投与群を▲のシンボル、150460−P 15mg/kg 28日間連続経口投与群を●のシンボルで示す。It is a figure in which human breast cancer cell KPL-1 transplanted subcutaneously into nude rats is sensitive to 150460. The horizontal axis represents the number of days from the start date of administration, and the vertical axis represents the relative tumor volume. The control group is the symbol ◆, 150460-P 60 mg / kg 28 days continuous oral administration group is the symbol ■, 150460-P 30 mg / kg The 28 day continuous oral administration group is the symbol ▲, 150460-P 15 mg / kg 28 days continuous The oral administration group is indicated by the symbol ●.

各種細胞の3万種類以上の遺伝子に対するDNAマイクロアレイ解析の結果、AhR agonistであってCYP1A1により活性化される化合物に感受性のある細胞と感受性のない細胞において、発現量に統計学的な有意差(P<1.0×10-5)が存在する遺伝子が266種あることが明らかとなった。感受性の判定においては、癌患者から分離された癌組織から抽出したmRNAの発現量を遺伝子チップ等の手段を用いて解析する。次いで、前記266種の遺伝子から任意に選ばれた20以上の遺伝子の発現量に基づいて、AhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物に対する癌細胞の感受性を判定する。 As a result of DNA microarray analysis of more than 30,000 genes in various cells, there is a statistically significant difference in the expression level between cells that are AhR agonists and cells that are not sensitive to CYP1A1 activated compounds ( It was revealed that there are 266 genes having P <1.0 × 10 −5 ). In the determination of sensitivity, the expression level of mRNA extracted from a cancer tissue isolated from a cancer patient is analyzed using means such as a gene chip. Next, based on the expression levels of 20 or more genes arbitrarily selected from the 266 genes, the sensitivity of cancer cells to a compound that is an AhR agonist and exhibits antitumor activity is determined.

これら266種の遺伝子の中から任意の遺伝子の発現量を測定することで、AhR agonistであってCYP1A1により活性化される化合物に対する感受性を判定することができる。さらに、266種の遺伝子から任意に選ばれた20以上の遺伝子の発現量だけでも、感受性の判定が可能である。以下に本発明の詳細を述べる。   By measuring the expression level of any gene among these 266 genes, it is possible to determine the sensitivity to a compound that is an AhR agonist and is activated by CYP1A1. Furthermore, the sensitivity can be determined only by the expression levels of 20 or more genes arbitrarily selected from 266 genes. Details of the present invention will be described below.

本発明で用いられる266種の遺伝子は以下の方法により得られる。なお、ここで、「発現量」とは絶対量である必要はなく相対量でよい。また、必ずしも数値的に表現される必要はなく、例えば、標識に蛍光標識等の可視的な標識を用いて目視により判定する場合等も「発現量の測定」にあたる。   The 266 genes used in the present invention can be obtained by the following method. Here, the “expression amount” does not need to be an absolute amount but may be a relative amount. In addition, it is not always necessary to express numerically. For example, a case where a visual label such as a fluorescent label is used as a label to make a visual determination or the like corresponds to “measurement of expression level”.

−DNAマイクロアレイの作製−
合成DNAを用いてDNAマイクロアレイを作製する。なお、DNAマイクロアレイとは、シリコン基板やスライドガラス上に目的遺伝子の部分配列からなる一本鎖オリゴDNAを固定したものであり、DNAチップと呼ばれることもある。固定される一本鎖オリゴDNA配列と相補的な遺伝子の発現量を網羅的に解析するためのツールとして用いられており、1から数十万の遺伝子発現量を一度に解析することが可能となっている。また、ここでいう合成DNAとは、既知の遺伝子に相補的な一本鎖オリゴDNAであり、細胞内の遺伝子発現量を測定するために用いる。合成DNAとしては、例えば25〜100塩基長の長さのものが用いられるが、必ずしもこれに限定されるものではない。マイクロアレイの作製方法としては、例えば合成DNAをアレイヤーを用いてスライドガラス上にスポットした後、気相恒温器内にて80℃で1時間静置した状態で保温し、更にUVクロスリンカーを用いて120mJの紫外線を照射し、スポットした合成DNAをスライドガラス表面に固定化して作製する、などの方法が挙げられるが、必ずしもこれに限定されるものではない。
-Production of DNA microarray-
A DNA microarray is prepared using the synthetic DNA. The DNA microarray is obtained by fixing a single-stranded oligo DNA consisting of a partial sequence of a target gene on a silicon substrate or a slide glass, and is sometimes called a DNA chip. It is used as a tool to comprehensively analyze the expression level of a gene complementary to a fixed single-stranded oligo DNA sequence, and it is possible to analyze 1 to several hundred thousand gene expression levels at once. It has become. The synthetic DNA here is a single-stranded oligo DNA complementary to a known gene, and is used for measuring the gene expression level in a cell. For example, synthetic DNA having a length of 25 to 100 bases is used, but is not necessarily limited thereto. As a method for producing a microarray, for example, synthetic DNA is spotted on a slide glass using an arrayer and then kept at 80 ° C. for 1 hour in a gas-phase incubator, and further using a UV crosslinker. Examples include, but are not necessarily limited to, a method of irradiating 120 mJ ultraviolet rays and immobilizing the spotted synthetic DNA on the surface of the slide glass.

−全RNAの抽出−
次いで、癌細胞から全RNAを抽出する。全RNAの抽出は例えば、(Chomczynski,P.and Mackey,K.,BioTechniques 19(6):942−945(1995))に記載の方法に従って行うことができるが、これに限られるものではない。本発明において全RNAを抽出する癌細胞としては、AhR agonistであってCYP1A1により活性化される化合物に対して感受性を有する細胞と感受性を持たない細胞をそれぞれ1種以上選択する必要がある。AhR agonistであってCYP1A1により活性化される化合物に対して感受性を有する癌細胞としては、例えば、HCC1419、MDA−MB−175VII、MDA−MB−361、MDA−MB−453、MCF−7、R27、ZR−75−1、CAMA1、SK−BR−3、ZR−75−30、T−47D及びMDA−MB−468などの乳癌細胞、HepG2及びHep3B等の肝癌細胞などを挙げることができる。AhR agonistであってCYP1A1により活性化される化合物に対して感受性を持たない細胞としては、例えば、MDA−MB−157、MDA−MB−231、MDA−MB−134IV、UACC812、Hs0578T、MDA−MB−435s及びHCC1937等の乳癌細胞、SK−Hep−1、HLF、HLE、PLC/PRF/5及びLi7等の肝癌細胞、AdrR等の卵巣癌細胞を挙げることができる。しかし、ここに挙げられた癌細胞に限定されるものではない。
-Extraction of total RNA-
Next, total RNA is extracted from the cancer cells. Extraction of total RNA can be performed according to the method described in (Chomczynski, P. and Mackey, K., BioTechniques 19 (6): 942-945 (1995)), but is not limited thereto. In the present invention, it is necessary to select one or more types of cells that are sensitive to a compound activated by CYP1A1 and one or more cells that are not sensitive as cancer cells from which total RNA is extracted. Examples of cancer cells that are sensitive to a compound activated by CYP1A1 that are AhR agonists include HCC1419, MDA-MB-175VII, MDA-MB-361, MDA-MB-453, MCF-7, R27. , ZR-75-1, CAMA1, SK-BR-3, ZR-75-30, T-47D and MDA-MB-468 and other breast cancer cells, and HepG2 and Hep3B hepatoma cells. Examples of cells that are not sensitive to a compound activated by CYP1A1 as AhR agonist include, for example, MDA-MB-157, MDA-MB-231, MDA-MB-134IV, UACC812, Hs0578T, MDA-MB Breast cancer cells such as -435s and HCC1937, liver cancer cells such as SK-Hep-1, HLF, HLE, PLC / PRF / 5 and Li7, and ovarian cancer cells such as AdrR. However, it is not limited to the cancer cells listed here.

−検体用mRNAの精製−
癌細胞から抽出された全RNAからの検体用mRNAを精製する。mRNAの精製方法・条件に限定はないが、例えば、(Goss TA,Bard M,Jarrett HW.,J.Chromatogr.,588(1−2):157−164(1991))に記載の精製方法等が挙げられる。
-Purification of sample mRNA-
Specimen mRNA is purified from total RNA extracted from cancer cells. Although there are no limitations on the mRNA purification method and conditions, for example, the purification method described in (Goss TA, Bard M, Jarret HW., J. Chromatogr., 588 (1-2): 157-164 (1991)), etc. Is mentioned.

−標識cDNAの作製−
得られた検体用mRNAを鋳型として、任意の標識分子をつけた核酸を用いることで、標識cDNAを作製することができる。標識分子としては、例えばCyanine 5− deoxyuridinetriphosphate(Cy5−dUTP)、Cyanine 3−deoxyuridinetriphosphate(Cy3−dUTP)等を本発明においては用いることができる。標識cDNAの作成方法・条件は、例えば(Richter,A.et al.,BioTechniques,33(3):620−630(2002))に記載の方法に従って行うことができるが、これに限定されるものではない。
-Preparation of labeled cDNA-
Using the obtained mRNA for specimen as a template, a labeled cDNA can be prepared by using a nucleic acid with an arbitrary labeled molecule. As the labeling molecule, for example, cyanine 5-deoxyuridine phosphate (Cy5-dUTP), cyanine 3-deoxyuridine phosphate (Cy3-dUTP) and the like can be used in the present invention. Methods and conditions for producing labeled cDNA can be performed according to the method described in (Richter, A. et al., BioTechniques, 33 (3): 620-630 (2002)), but are not limited thereto. is not.

−ハイブリダイゼーション−
得られた標識cDNAを検出用プローブとして、作製したDNAマイクロアレイとハイブリダイゼーションする。これによって、サンプル中に含まれる標識cDNAがDNAマイクロアレイ上の相補的なオリゴDNAと特異的に水素結合する。続いて、洗浄操作によって、DNAマイクロアレイ上のオリゴDNAと特異的にハイブリダイズした標識cDNA以外を除去する。ハイブリダイゼーション操作、洗浄操作の条件は適宜決定されるものであるが、例えば、(Schena,M.et al.,Science,270(5235):467−470(1995))に記載の方法に従って行うことができる。
-Hybridization-
The obtained labeled cDNA is used as a detection probe to hybridize with the prepared DNA microarray. As a result, the labeled cDNA contained in the sample specifically hydrogen bonds with the complementary oligo DNA on the DNA microarray. Subsequently, other than labeled cDNA that specifically hybridized with the oligo DNA on the DNA microarray is removed by a washing operation. The conditions for the hybridization operation and the washing operation are appropriately determined. For example, the conditions described in (Schena, M. et al., Science, 270 (5235): 467-470 (1995)) are performed. Can do.

−遺伝子発現量の測定−
ハイブリダイゼーション操作、洗浄操作を行った後、DNAマイクロアレイ上に固定された各合成DNAと結合した標識cDNAの蛍光強度を測定することで、各遺伝子の発現量を見積もることができる。また、1または複数からなる任意の細胞をコントロール細胞とすることで、目的の細胞中の相対的な遺伝子発現量を算出することができる。
-Measurement of gene expression level-
After performing the hybridization operation and the washing operation, the expression level of each gene can be estimated by measuring the fluorescence intensity of the labeled cDNA bound to each synthetic DNA immobilized on the DNA microarray. Moreover, the relative gene expression level in the target cell can be calculated by using one or a plurality of arbitrary cells as control cells.

−統計学的処理−
各遺伝子の遺伝子発現量を統計学的処理により解析し、感受性細胞群と非感受性細胞群で有意に発現量の差がある遺伝子を抽出する。統計学的処理の方法としては、スチューデントのt検定法を用い、統計学的な有意差のあるものを本発明の判定方法において用いる。ここでいう統計学的な有意差とは、感受性群と非感受性群との間で、P<1.0×10-5であるものであり、本発明においてはP<1.0×10-7のものが好ましく、更にはP<1.0×10-9が好ましい。
-Statistical processing-
The gene expression level of each gene is analyzed by statistical processing, and genes having a significant difference in expression level between the sensitive cell group and the insensitive cell group are extracted. As a statistical processing method, Student's t-test method is used, and a statistically significant method is used in the determination method of the present invention. Here, the statistical significance referred, between the sensitive group and insensitive group, and those wherein P <1.0 × 10 -5, in the present invention P <1.0 × 10 - 7 is preferable, and P <1.0 × 10 −9 is more preferable.

−感受性の判定方法−
癌患者から手術、またはバイオプシー等により採取された癌細胞中における前記遺伝子のうち少なくとも1種以上の発現量を測定する。測定する遺伝子の数は1以上であればいくつでもよく、また、前記266種の遺伝子のいずれかであればよい。中でも前記遺伝子のうち配列番号1〜30のいずれか1以上の遺伝子の発現量を用いることが好ましい。これらのうち、20種以上の遺伝子の発現量を測定することがさらに好ましい。
-Method for judging sensitivity-
The expression level of at least one of the genes in a cancer cell collected from a cancer patient by surgery or biopsy is measured. The number of genes to be measured may be any number as long as it is 1 or more, and any of the 266 genes may be used. Among these genes, it is preferable to use the expression level of any one or more of SEQ ID NOs: 1 to 30. Of these, it is more preferable to measure the expression levels of 20 or more genes.

細胞中の各遺伝子の発現量は、細胞中の各遺伝子のmRNA量を測定することにより測定することができ、mRNA量の測定は周知の方法により行うことができる。例えば、本発明の判定方法で用いられるいずれかの遺伝子と相補的なオリゴDNAを固定化したDNAマイクロアレイを作製する。一方、検体のmRNAを元に、前記標識cDNAの作製と同様の方法で、標識cDNAを合成する。得られた標識cDNAを前記DNAマイクロアレイと反応させ、標識cDNAとDNAマイクロアレイ上のオリゴDNAとをハイブリダイズさせる。ハイブリダイズ後洗浄し、DNAマイクロアレイ上の各スポットの標識量を測定することにより遺伝子の発現量を測定することができる。なお、検体中の各遺伝子の発現量を測定する方法は、この方法に限定されるものではなく、遺伝子の発現量を測定できる方法であれば他のいずれの方法をも採用することができる。例えば、リアルタイム検出逆転写PCR法やノーザンブロット法等によっても検体中の各RNAを測定することが可能である。好ましい様態としては、検体から調製した標識cDNAを、マイクロアレイ上に固定化された各オリゴDNAとハイブリダイズさせてその標識量を測定する方法が挙げられる。   The expression level of each gene in the cell can be measured by measuring the mRNA level of each gene in the cell, and the mRNA level can be measured by a well-known method. For example, a DNA microarray in which an oligo DNA complementary to any gene used in the determination method of the present invention is immobilized is prepared. On the other hand, labeled cDNA is synthesized based on the mRNA of the specimen by the same method as the preparation of the labeled cDNA. The obtained labeled cDNA is reacted with the DNA microarray, and the labeled cDNA and the oligo DNA on the DNA microarray are hybridized. The expression level of the gene can be measured by washing after hybridization and measuring the labeling amount of each spot on the DNA microarray. The method for measuring the expression level of each gene in the specimen is not limited to this method, and any other method can be adopted as long as the expression level of the gene can be measured. For example, it is possible to measure each RNA in a specimen also by a real-time detection reverse transcription PCR method or a Northern blot method. A preferred embodiment includes a method in which labeled cDNA prepared from a specimen is hybridized with each oligo DNA immobilized on a microarray and the amount of the label is measured.

次に、測定された検体の各遺伝子の発現量を、AhR agonistであってCYP1A1により活性化される化合物に対する感受性を有する細胞及び有さない細胞における前記各遺伝子の発現量と比較する。感受性を有する細胞及び有さない細胞は、培養癌細胞株でも良いし、既知の応答者及び非応答者由来の検体でもよい。   Next, the expression level of each gene of the measured specimen is compared with the expression level of each gene in cells having and not sensitive to a compound activated by CYP1A1, which is an AhR agonist. The cells with and without sensitivity may be cultured cancer cell lines, or specimens from known responders and non-responders.

感受性を有する細胞及び有さない細胞におけるこれら遺伝子の発現量を指標に各検体を階層的にクラスタリングすることができる。階層的クラスター解析は、「cluster」や「treeview」などのソフトウェアを用いて行うことができる。感受性群と非感受性群で発現量の有意差が十分高い遺伝子発現量を指標にして構築されるクラスターは感受性細胞群と非感受性細胞群に明瞭に区別できる。そのため、感受性を判定したいサンプルをさらに加えた階層的クラスター解析を行って、サンプルが感受性細胞群のクラスターに分布するか非感受性細胞群のクラスターに分布するか判別することによって、サンプルの薬剤感受性を判定することができる。   Each specimen can be hierarchically clustered using the expression levels of these genes in cells with and without sensitivity as an index. Hierarchical cluster analysis can be performed using software such as “cluster” or “treeview”. Clusters constructed using gene expression levels with sufficiently high differences in expression levels between sensitive and insensitive groups can be clearly distinguished from sensitive and insensitive cell groups. Therefore, by performing a hierarchical cluster analysis with additional samples for which sensitivity is to be determined, it is possible to determine the drug sensitivity of the sample by determining whether the sample is distributed in a cluster of sensitive cells or a cluster of insensitive cells. Can be determined.

上記の方法により、検体がAhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物に対する感受性を有するか否か、すなわち、AhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物による治療の応答者であるか非応答者であるかを判定することができる。   According to the above method, whether the specimen is AhR agonist and sensitive to a compound exhibiting antitumor activity, that is, whether it is a responder or non-responder of treatment with a compound that is AhR agonist and exhibits antitumor activity. Can be determined.

なお、上記した本発明の方法により、感受性を判定できる化合物はAhR agonistであって抗腫瘍効果を示すものであれば限定されないが、具体例としては(5S,7S)−7−メチル−3−(3−トリフルオロメチルフェニル)−5,6,7,8−テトラヒドロシンノリン−5−オール(150460)、2−(4−アミノ−3−メチルフェニル)−5−フルオロベンゾチアゾール(5F−203)又は(5−アミノ−2,3−フルオロフェニル)−6,8−ジフルオロ−7−メチル−4H−1−ベンゾピラン−4−オン(NSC686288)等が挙げられる。なお、本発明においては、AhR agonistであってCYP1A1、CYP1A2またはCYP1B1により活性化される化合物と同一の作用機序・作用効果を有する化合物及びそれらの誘導体、乃至は薬理学的に許容できるその塩等であればいずれも本発明の判定方法によって、感受性を判定でき、治療効果を予測することができる。ここで、誘導体とは、ある化合物を構成する一つ又は複数の任意の置換基が、任意の異なる置換基または原子で置換された化合物であって、同様の性質の薬効を示すものである。ここで置換基の数は特に限定されないが、5個以下が好ましく、また、置換基としては炭素数1〜6の低級アルキル基、ハロゲン、アミノ基、水酸基、ニトロ基及びカルボキシル基等、特に炭素数1〜6の低級アルキル基を挙げることができるがこれらに限定されるものではない。また、薬理学的に許容できる塩としては、メシル酸塩、塩酸塩、硫酸塩、硝酸塩等を挙げることができるがこれらに限定されるものではない。   The compound whose sensitivity can be determined by the above-described method of the present invention is not limited as long as it is an AhR agonist and exhibits an antitumor effect, but specific examples include (5S, 7S) -7-methyl-3-. (3-Trifluoromethylphenyl) -5,6,7,8-tetrahydrocinnolin-5-ol (150460), 2- (4-amino-3-methylphenyl) -5-fluorobenzothiazole (5F-203) ) Or (5-amino-2,3-fluorophenyl) -6,8-difluoro-7-methyl-4H-1-benzopyran-4-one (NSC 686288). In the present invention, AhR agonist, compounds having the same mechanism of action and action as compounds activated by CYP1A1, CYP1A2, or CYP1B1, and derivatives thereof, or pharmacologically acceptable salts thereof Etc., the sensitivity can be determined and the therapeutic effect can be predicted by the determination method of the present invention. Here, the derivative is a compound in which one or a plurality of arbitrary substituents constituting a certain compound are substituted with arbitrary different substituents or atoms, and exhibits a medicinal effect of similar properties. Here, the number of substituents is not particularly limited, but is preferably 5 or less, and examples of the substituent include lower alkyl groups having 1 to 6 carbon atoms, halogens, amino groups, hydroxyl groups, nitro groups, carboxyl groups, etc. Although the lower alkyl group of Formula 1-6 can be mentioned, it is not limited to these. Examples of pharmacologically acceptable salts include, but are not limited to, mesylate, hydrochloride, sulfate, nitrate, and the like.

本発明のマイクロアレイとは、本発明の判定方法において用いられる遺伝子全長、またはその部分配列と相補的なオリゴDNAを1つ以上固定化したDNAマイクロアレイをいう。前記遺伝子のうち配列番号1〜30のいずれか1以上の遺伝子全長、またはその部分配列と相補的なオリゴDNAを固定化したものが好ましく、20種以上を固定化したものがさらに好ましい。ここでいう相補的なオリゴDNAは一般的に25〜100塩基の長さのものが用いられるが、必ずしもこれに限定されるものではない。   The microarray of the present invention refers to a DNA microarray in which one or more oligo DNAs complementary to the full length of a gene or a partial sequence thereof used in the determination method of the present invention are immobilized. Among the above genes, those obtained by immobilizing any one or more of SEQ ID NOS: 1 to 30 or oligo DNA complementary to a partial sequence thereof are preferred, and those comprising 20 or more species are more preferred. As used herein, complementary oligo DNA having a length of 25 to 100 bases is generally used, but is not necessarily limited thereto.

本発明のキットとは、本発明のAhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物、その誘導体、又は薬理学的に許容できるその塩に対する癌細胞の感受性判定のためのマイクロアレイを含むものであって、ハイブリダイゼーションのための試薬、反応液、洗浄液等を含みうる。   The kit of the present invention is an AhR agonist of the present invention and includes a microarray for determining the sensitivity of cancer cells to a compound exhibiting antitumor activity, a derivative thereof, or a pharmacologically acceptable salt thereof. , Reagents for hybridization, reaction solutions, washing solutions, and the like.

本発明のプライマーセットとは、本発明のAhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物、その誘導体、又は薬理学的に許容できるその塩に対する癌細胞の感受性判定のために用いられる遺伝子をPCR法によって増幅するためのオリゴDNAである。一般的には、17〜40塩基長のオリゴDNAが用いられるが、必ずしもこれに限定されるものではない。これらオリゴDNAはホスホロアミダイト法など公知の方法で合成することが可能である。検体由来のmRNAから逆転写反応で合成したcDNAを鋳型として、プライマーを用いたリアルタイムPCR法で目的遺伝子量を定量することができる。該リアルタイムPCR法を行う場合には、PCR産物の生成量を測定するためにサイバーグリーンなどのDNAインターカレーター蛍光色素を用い、測定装置として例えばMX3000P(ストラタジーン社製)を用いることができる。但し、これらの条件は、実験が再現できる限り、適宜変更できる。その変更した条件で発明が実施される場合も、本発明の範囲に含まれるものとする。この方法で目的遺伝子の定量を行うことができるので、以下前記の方法に従って感受性の判別を行うことができる。   The primer set of the present invention refers to the AhR agonist of the present invention, a gene used for determining the sensitivity of cancer cells to a compound exhibiting antitumor activity, a derivative thereof, or a pharmacologically acceptable salt thereof by PCR. Oligo DNA for amplification by In general, oligo DNA having a length of 17 to 40 bases is used, but is not necessarily limited thereto. These oligo DNAs can be synthesized by a known method such as a phosphoramidite method. The amount of the target gene can be quantified by real-time PCR using primers using cDNA synthesized by reverse transcription reaction from mRNA derived from the specimen as a template. When the real-time PCR method is performed, a DNA intercalator fluorescent dye such as Cyber Green is used to measure the amount of PCR product produced, and MX3000P (manufactured by Stratagene) can be used as a measuring device. However, these conditions can be appropriately changed as long as the experiment can be reproduced. Cases where the invention is carried out under the changed conditions are also included in the scope of the present invention. Since the target gene can be quantified by this method, sensitivity can be determined according to the method described above.

本発明の抗体セットとは、本発明のAhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物、その誘導体、又は薬理学的に許容できるその塩に対する癌細胞の感受性判定のために用いられる遺伝子産物を免疫染色するために用いられる抗体を指す。抗体はモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体など、特異的に抗原を認識できるものであれば何でもよい。また、これら抗体はマウス、ウサギ、ヤギなどを抗原で免疫して得ることができる。この抗原は目的遺伝子産物の全長でも良いし、その一部でも良い。これら抗体で腫瘍組織を免疫染色することによって、目的遺伝子の発現量を知ることが可能となるので、以下前記の方法に従って感受性の判別を行うことができる。   The antibody set of the present invention refers to the AhR agonist of the present invention, which immunizes a gene product used for determining the sensitivity of cancer cells to a compound exhibiting antitumor activity, a derivative thereof, or a pharmacologically acceptable salt thereof. Refers to the antibody used to stain. The antibody may be anything, such as a monoclonal antibody or a polyclonal antibody, as long as it can specifically recognize the antigen. These antibodies can also be obtained by immunizing mice, rabbits, goats and the like with antigens. This antigen may be the full length of the target gene product or a part thereof. By immunostaining the tumor tissue with these antibodies, it becomes possible to know the expression level of the target gene, so that sensitivity can be discriminated in accordance with the method described below.

以下、本発明を実施例に基づき、より具体的に説明する。もっとも、本発明は下記実施例に限定されるものではない。   Hereinafter, the present invention will be described more specifically based on examples. However, the present invention is not limited to the following examples.

実施例1 150460のAhR agonist作用が抗腫瘍効果に必要であることの証明 Example 1 Demonstration that 150460 AhR agonist action is required for anti-tumor effect

1.150460によるCYP1A1mRNAの誘導
150460感受性の乳癌細胞株MCF−7,T−47D,SK−BR−3,MDA−MB−453,ならびに150460非感受性の乳癌細胞株MDA−MB−435S,Hs0578T,MDA−MB−231をそれぞれ100万個ずつ直径90mmの培養ディッシュに播種し、10%FBSを含むRPMI1640培地中で終夜培養した後、終濃度0及び2.5μMの150460を処理し、3時間培養した。続いて、培養液を除去後、Phosphate Buffered Saline(PBS)で洗浄し、1mLのISOGEN溶液(ニッポンジーン社製)を加えて、細胞を溶解した。溶解した細胞に250μLのクロロホルムを加え、激しく攪拌した後、15,000rpmで3分間,4℃にて遠心し、蛋白質を除去した。上清を500μL回収し、等量のイソプロパノールを加え、室温で10分間保温後、12,000rpmで10分間、4℃にて遠心しRNAを沈降させた。沈降させたRNAを1mLの75%エタノールで洗浄後、エタノールを除去し、水を加えることによってRNA溶液とした。RNA溶液は吸光度を用いて濃度と純度の検定を行った。
1. Induction of CYP1A1 mRNA by 150460 150460 sensitive breast cancer cell lines MCF-7, T-47D, SK-BR-3, MDA-MB-453, and 150460 insensitive breast cancer cell lines MDA-MB-435S, Hs0578T, MDA -MB-231 was seeded in a culture dish having a diameter of 90 mm each with 1 million MB-231, cultured overnight in RPMI 1640 medium containing 10% FBS, treated with 150460 at a final concentration of 0 and 2.5 μM, and cultured for 3 hours. . Subsequently, after removing the culture solution, the cells were washed with Phosphate Buffered Saline (PBS), and 1 mL of ISOGEN solution (manufactured by Nippon Gene) was added to lyse the cells. 250 μL of chloroform was added to the lysed cells, and the mixture was vigorously stirred and centrifuged at 15,000 rpm for 3 minutes at 4 ° C. to remove proteins. 500 μL of the supernatant was collected, an equal amount of isopropanol was added, and the mixture was incubated at room temperature for 10 minutes, and then centrifuged at 12,000 rpm for 10 minutes at 4 ° C. to precipitate RNA. The precipitated RNA was washed with 1 mL of 75% ethanol, ethanol was removed, and water was added to obtain an RNA solution. The RNA solution was assayed for concentration and purity using absorbance.

それぞれ1μgのRNAを用いてcDNA合成を行った。すなわち、1μgのRNAと2μLの50μMオリゴ(dT)20溶液(インビトロジェン社製)を65℃で5分間保温したのち、1μLのSuperscriptIII逆転写酵素(インビトロジェン社製)、4μLの5倍濃度バッファー(SuperScriptIII逆転写酵素に添付のもの)、1μLのRNアーゼインヒビター(インビトロジェン社製)、1μLの0.1Mジチオトレイトール、4μLの2.5mMdNTPを加え、さらに全量が20μLとなるように水を加え、穏やかにピペッティングで攪拌した後、50℃で50分間保温し、cDNAを合成した。   CDNA synthesis was performed using 1 μg of RNA each. Specifically, 1 μg of RNA and 2 μL of 50 μM oligo (dT) 20 solution (Invitrogen) were incubated at 65 ° C. for 5 minutes, and then 1 μL of Superscript III reverse transcriptase (Invitrogen), 4 μL of 5 × concentration buffer (SuperScript III) (Attached to reverse transcriptase) 1 μL RNase inhibitor (Invitrogen), 1 μL 0.1 M dithiothreitol, 4 μL 2.5 mM dNTP, and water to make a total volume of 20 μL, gently After pipetting, the mixture was kept at 50 ° C. for 50 minutes to synthesize cDNA.

続いてcDNA中に含まれるCYP1A1遺伝子発現量の定量を行った。得られたcDNA1μLに、15μLのTaqMan Universal PCR Master Mix(アプライドバイオシステムズ社製)、1.5μLのCYP1A1定量用TaqManプローブ(アプライドバイオシステムズ社製)、12.5μLの水を加え、穏やかに攪拌した後、リアルタイムPCR装置MX3000P(ストラタジーン社製)を用い、95℃15秒、60℃1分のサイクルを40サイクル行うことによって、遺伝子の増幅を行った。それぞれの細胞について、遺伝子が対数的に増幅されている点を選択し、Ct値を求めた。コントロール遺伝子としては、グリセルアルデヒド三リン酸デヒドロゲナーゼ(以下GAPDHという)遺伝子を用い、同様の方法でCt値を求めた。各細胞の150460処理群と非処理群について、CYP1A1遺伝子のCt値から、GAPDHのCt値を引いた値を△Ct値として求め、相互に比較することによって、各群中におけるCYP1A1の相対的な発現量を見積もった。150460非処理群におけるCYP1A1遺伝子発現量を100とした時の、150460処理群の発現量を図2に示した。この結果、150460感受性癌においては、CYP1A1遺伝子発現の誘導が認められるが、150460非感受性癌には認められないことが明らかとなった。   Subsequently, the expression level of CYP1A1 gene contained in the cDNA was quantified. To 1 μL of the obtained cDNA, 15 μL of TaqMan Universal PCR Master Mix (Applied Biosystems), 1.5 μL of CYP1A1 quantification TaqMan probe (Applied Biosystems), 12.5 μL of water were added and gently stirred. Thereafter, the gene was amplified by performing 40 cycles of 95 ° C. for 15 seconds and 60 ° C. for 1 minute using a real-time PCR apparatus MX3000P (manufactured by Stratagene). For each cell, the point where the gene was logarithmically amplified was selected and the Ct value was determined. As a control gene, a glyceraldehyde triphosphate dehydrogenase (hereinafter referred to as GAPDH) gene was used, and the Ct value was determined by the same method. For the 150460-treated group and the non-treated group of each cell, the value obtained by subtracting the CPD value of GAPDH from the Ct value of the CYP1A1 gene was obtained as a ΔCt value and compared with each other, thereby comparing the relative CYP1A1 in each group. The expression level was estimated. FIG. 2 shows the expression level of the 150460 treatment group when the expression level of the CYP1A1 gene in the 150460 non-treatment group is defined as 100. As a result, it was revealed that induction of CYP1A1 gene expression was observed in 150460-sensitive cancer but not in 150460-insensitive cancer.

2.150460によるCYP1A1蛋白質の誘導
続いて、150460により、CYP1A1の蛋白質が誘導されているかどうか検討した。150460、感受性の乳癌細胞株MCF−7、T−47D,SK−BR−3、MDA−MB−453、ならびに150460非感受性の乳癌細胞株MDA−MB−435S、Hs0578T、MDA−MB−231をそれぞれ100万個ずつ直径90mmの培養ディッシュに播種し、10%FBSを含むRPMI1640培地中で終夜培養した後、終濃度0及び1μMの150460を処理し、6時間培養した。培地を取り除いた後、10mLのPBSにて洗浄を行い、スクレイパーで細胞を回収した。それぞれの細胞に、200μLの細胞溶解液(50mM トリス−塩酸(pH7.5)、300mM 塩化ナトリウム、0.5% トライトンX−100)を加え、ピペッティングで攪拌した後、氷上にて30分間保温した。続いて、15000rpm、30分間、4℃で遠心し、上清を蛋白質画分として回収した。蛋白質画分はBCA蛋白質アッセイキット(ピアス社製)を用いて、蛋白質定量を行い濃度を決定した。20μgずつの蛋白質を10%SDSポリアクリルアミドゲル電気泳動により分画し、ブロッティング装置を用いて、PVDF膜に転写した。5%のスキムミルクを含むTBS−T溶液(20mM トリス−塩酸(pH7.5)、150mM 塩化ナトリウム、0.05% Tween20)で室温にて1時間ブロッキングした後、0.2μg/mLの抗CYP1A1抗体(sc−20772、サンタクルズ社製)を加えて、4℃にて終夜反応した。TBS−Tで3回の洗浄を行った後、二次抗体としてHRP結合抗ウサギIgG抗体(GEヘルスケア社製)を加え、室温で1時間反応した。TBS−Tで3回の洗浄を行った後、ECLウエスタンブロッティングディテクションシステム(GEヘルスケア社製)を用いて化学発光を行い、X線フィルムを感光させた。ウエスタンブロッティングの結果を図3に示す。この結果より、150460感受性細胞においては、CYP1A1蛋白質の誘導が起こり、非感受性細胞では起こらないことが明らかとなった。
2. Induction of CYP1A1 protein by 150460 Subsequently, whether CYP1A1 protein was induced by 150460 was examined. 150460, sensitive breast cancer cell lines MCF-7, T-47D, SK-BR-3, MDA-MB-453, and 150460 insensitive breast cancer cell lines MDA-MB-435S, Hs0578T, MDA-MB-231, respectively. One million pieces were seeded in a culture dish having a diameter of 90 mm and cultured overnight in RPMI1640 medium containing 10% FBS, and then treated with 150460 at a final concentration of 0 and 1 μM and cultured for 6 hours. After removing the medium, the cells were washed with 10 mL of PBS, and the cells were collected with a scraper. To each cell, 200 μL of cell lysate (50 mM Tris-HCl (pH 7.5), 300 mM sodium chloride, 0.5% Triton X-100) was added, stirred by pipetting, and incubated on ice for 30 minutes. did. Subsequently, the mixture was centrifuged at 15000 rpm for 30 minutes at 4 ° C., and the supernatant was recovered as a protein fraction. The protein fraction was subjected to protein quantification using a BCA protein assay kit (Pierce) to determine the concentration. 20 μg of each protein was fractionated by 10% SDS polyacrylamide gel electrophoresis, and transferred to a PVDF membrane using a blotting apparatus. After blocking for 1 hour at room temperature with a TBS-T solution (20 mM Tris-HCl (pH 7.5), 150 mM sodium chloride, 0.05% Tween 20) containing 5% skim milk, 0.2 μg / mL anti-CYP1A1 antibody (Sc-20772, manufactured by Santa Cruz) was added and the reaction was carried out at 4 ° C. overnight. After washing 3 times with TBS-T, an HRP-conjugated anti-rabbit IgG antibody (manufactured by GE Healthcare) was added as a secondary antibody and reacted at room temperature for 1 hour. After washing three times with TBS-T, chemiluminescence was performed using an ECL western blotting detection system (manufactured by GE Healthcare) to expose the X-ray film. The results of Western blotting are shown in FIG. From this result, it was clarified that induction of CYP1A1 protein occurred in 150460-sensitive cells and not in insensitive cells.

3.150460の抗腫瘍効果にAhR、CYP1A1が必要であることの証明
続いて、150460の抗腫瘍効果にCYP1A1ならびにAhRが必要であるかどうか検討した。150460感受性の乳癌細胞株SK−BR−3を5万個ずつ24ウエル培養プレートに播種し、10%FBSを含むRPMI1640培地中で終夜培養した後、AhRsiRNA(インビトロジェン社製)、CYP1A1siRNA(インビトロジェン社製)、ネガティブコントロールとしてノンサイレンシングsiRNA(インビトロジェン社製)を以下の方法で導入した。また、AhRsiRNAとCYP1A1siRNAは各3種類ずつを用いた。すなわち、20pmolのsiRNAを1μLのリポフェクタミン2000(インビトロジェン社製)、100μLのOPTI−MEM(インビトロジェン社製)と混合し、室温で20分間保温した後、各培養ウエルに投与した。投与後24時間培養を行い、各遺伝子をノックダウンした後、終濃度0、2、10μMの150460を処理し、さらに48時間培養を行った。続いて、培養液を抜き取り、メタノール固定後、メチレンブルー染色を行うことによって、細胞数を測定し、150460による細胞増殖抑制効果と各siRNAがその作用をキャンセルできるかどうか調べた。その結果を図4に示す。AhRならびにCYP1A1のsiRNAはいずれも150460の細胞増殖抑制効果を強く抑制したことから、150460の細胞増殖抑制作用にAhRとその下流のCYP1A1が必要であることが明らかとなった。
3. Proof that AhR and CYP1A1 are required for the anti-tumor effect of 150460 Subsequently, whether CYP1A1 and AhR were required for the anti-tumor effect of 150460 was examined. 150,000-sensitive breast cancer cell line SK-BR-3 was seeded on a 24-well culture plate at a rate of 50,000 cells and cultured overnight in RPMI1640 medium containing 10% FBS, and then AhRsiRNA (Invitrogen), CYP1A1 siRNA (Invitrogen) ) As a negative control, non-silencing siRNA (manufactured by Invitrogen) was introduced by the following method. Three types of AhRsiRNA and CYP1A1 siRNA were used. That is, 20 pmol of siRNA was mixed with 1 μL of Lipofectamine 2000 (manufactured by Invitrogen) and 100 μL of OPTI-MEM (manufactured by Invitrogen), incubated at room temperature for 20 minutes, and then administered to each culture well. After administration, the cells were cultured for 24 hours, and after knocking down each gene, 150460 at a final concentration of 0, 2, 10 μM was treated, and further cultured for 48 hours. Subsequently, the culture broth was extracted, fixed with methanol, and then stained with methylene blue to measure the number of cells. It was examined whether the cell growth inhibitory effect by 150460 and each siRNA could cancel the action. The result is shown in FIG. Since both AhR and CYP1A1 siRNA strongly suppressed the cell growth inhibitory effect of 150460, it was revealed that AhR and its downstream CYP1A1 are necessary for the cell growth inhibitory action of 150460.

実施例2 150460の抗腫瘍効果
150460は、複数の乳癌細胞株に細胞増殖抑制作用を示すが、それ以外の細胞種においてもそのような作用が認められるかどうか肝癌細胞株を用いて検討した。肝癌細胞株HLE、HLF、HuH6、HuH7、PLC/PRF/5、SK−Hep1、HT17、Hep3B、HepG2株を96ウエルの培養ディッシュに播種し、10%FBSを含むRPMI1640培地中で終夜培養した。続いて、終濃度0、0.016、0.08、0.4、2、10μMの150460を処理し、さらに72時間培養を行った。続いて、培養液を抜き取り、メタノール固定後、メチレンブルー染色を行うことによって、細胞数を測定し、150460による細胞増殖抑制効果を調べた。その結果を図5に示す。HuH6、HT17、Hep3B、HepG2株は150460に感受性を示し、乳癌以外の細胞株においても150460は増殖抑制効果を示すことが明らかとなった。
Example 2 Anti-tumor effect of 150460 150460 shows a cell growth inhibitory action on a plurality of breast cancer cell lines, and whether or not such an action was observed in other cell types was examined using a liver cancer cell line. Liver cancer cell lines HLE, HLF, HuH6, HuH7, PLC / PRF / 5, SK-Hep1, HT17, Hep3B, and HepG2 strains were seeded in a 96-well culture dish and cultured overnight in RPMI1640 medium containing 10% FBS. Subsequently, 150460 having a final concentration of 0, 0.016, 0.08, 0.4, 2, 10 μM was treated and further cultured for 72 hours. Subsequently, the culture solution was extracted, fixed with methanol, and then stained with methylene blue to measure the number of cells, and the cell growth inhibitory effect of 150460 was examined. The result is shown in FIG. It was revealed that the HuH6, HT17, Hep3B, and HepG2 strains were sensitive to 150460, and that 150460 had a growth inhibitory effect in cell lines other than breast cancer.

実施例3 マイクロアレイの作製
ヒト遺伝子断片ライブラリ(マイクロダイアグノスティック社)を超微量分注装置(マイクロダイアグノスティック社製、GeneMatrixMaker−R)を用いてスライドガラス(松浪硝子工業社製、S9115)上にスポットし、マイクロアレイを作製した。該マイクロアレイスライドガラスをスライド染色バスケット(松浪ガラス社製、B−60)に挿入し、気相恒温器(Stoval Life Science社製、Hybridization Oven)内にて80℃で1時間静置した状態で保温し、更にUVクロスリンカー(Hoefer社製、UVC500)を用いて120mJの紫外線を照射し、スポットした合成DNAをスライドガラス表面に固定化した。
Example 3 Production of Microarray A human gene fragment library (Microdiagnostic) was placed on a slide glass (Matsunami Glass Kogyo, S9115) using an ultra-small volume dispensing device (MicroDiagnostic, GeneMatrixMaker-R). To make a microarray. The microarray slide glass was inserted into a slide staining basket (manufactured by Matsunami Glass Co., Ltd., B-60) and kept warm in a gas-phase incubator (manufactured by Stabil Life Science Co., Hybridization Oven) at 80 ° C. for 1 hour. Further, 120 mJ of ultraviolet light was irradiated using a UV crosslinker (Hoefer, UVC500), and the spotted synthetic DNA was immobilized on the surface of the slide glass.

1.判定に使用するための遺伝子の選択
−全RNAの調製−
解析には150460の感受性癌細胞のうち乳癌としてMCF−7、MDA−MB−361、SK−BR−3、T−47D、MDA−MB−453、MDA−MB−175−VII、ZR−75−1、R27、HCC1419、ZR−75−30及びCAMA1の11種類を用いた。また、150460の非感受性細胞のうち、乳癌として、MDA−MB−435S、MDA−MB−134IV、Hs0578T、MDA−MB−231、MDA−MB−157及びUACC812を用い、肝癌として、HLE、SK−Hep−1、PLC/PRF/5、HLF及びLi7、卵巣癌としてAdrRの12種類を用いた。これら細胞については、底面積が175cm2の培養フラスコにて10%FBSを含有するRPMI1640培地で培養し、細胞密度が80〜90%になった時点で、培地を速やかに除去し、10.5mLのISOGENreagent(ニッポンジーン社製)を加えて細胞を溶解後、添付のマニュアルに従って、全RNAを抽出した。プロトコルに準じて得られた100?g以上の全RNAは分光光度計で260nm、280nmの吸光度を測定することで、純度の確認を行った。さらに、変性アガロースゲル電気泳動によって、RNA分解の有無の確認を行った後、以下の実験に進んだ。
1. Selection of genes to be used for determination-Preparation of total RNA-
For analysis, among the 150460 sensitive cancer cells, MCF-7, MDA-MB-361, SK-BR-3, T-47D, MDA-MB-453, MDA-MB-175-VII, ZR-75- 1, R27, HCC1419, ZR-75-30, and 11 types of CAMA1 were used. Among 150460 insensitive cells, MDA-MB-435S, MDA-MB-134IV, Hs0578T, MDA-MB-231, MDA-MB-157 and UACC812 are used as breast cancer, and HLE, SK- 12 types of AdrR were used as Hep-1, PLC / PRF / 5, HLF and Li7, and ovarian cancer. These cells were cultured in an RPMI1640 medium containing 10% FBS in a culture flask having a bottom area of 175 cm 2 , and when the cell density reached 80-90%, the medium was quickly removed and 10.5 mL After lysing cells by adding ISOGENreagent (manufactured by Nippon Gene), total RNA was extracted according to the attached manual. The purity of 100 g or more of total RNA obtained according to the protocol was confirmed by measuring absorbance at 260 nm and 280 nm with a spectrophotometer. Furthermore, after confirming the presence or absence of RNA degradation by denaturing agarose gel electrophoresis, the inventors proceeded to the following experiment.

−標識cDNAの合成−
検体用mRNAは各細胞から抽出した全RNAから、Poly(A)Pureキット(Ambion社製)を用いてポリアデニル酸[ポリ(A)]+RNAを抽出して得た。このmRNAをそれぞれ2.0μg分取し、ラベリング&ハイブリダイゼーションキット(マイクロダイアグノスティック社製)、逆転写酵素SuperScript II(インビトロジェン社製)、及びCyanine 5−deoxyuridinetriphosphate(Cyanine5−dUTP)(PerkinElmer社製)を用い、各細胞検体の標識cDNAを作製した。またコントロールとして、使用した全細胞のmRNAの等量混合サンプルをCyanine 3−deoxyuridinetriphosphate(Cyanine3−dUTP)(PerkinElmer社)で標識したcDNAを作製した。
-Synthesis of labeled cDNA-
Sample mRNA was obtained by extracting polyadenylic acid [poly (A)] + RNA from total RNA extracted from each cell using a Poly (A) Pure kit (Ambion). 2.0 μg of each mRNA was collected and labeled and hybridized kit (manufactured by Microdiagnostic), reverse transcriptase SuperScript II (manufactured by Invitrogen), and cyanine 5-deoxyuridinetriphosphate (Cyanine5-dUTP) (manufactured by PerkinElmer) ) To prepare labeled cDNA for each cell specimen. As a control, cDNA was prepared by labeling a mixed sample of equal amounts of mRNA of all cells used with Cyanine 3-deoxyuridine triphosphate (Cyanine 3-dUTP) (PerkinElmer).

−標識プローブの作製−
これらの標識cDNA、すなわち、Cyanine5で標識された各細胞検体およびCyanine3で標識されたコントロールを、同一試験管内で混合し、Microcon YM30(ミリポア社製)によって精製し、最終的に核酸標識・ハイブリダイゼーション試薬(マイクロダイアグノスティック社製)付属のハイブリダイゼーションバッファーおよび純水を用いて15μLに調製した。
-Preparation of labeled probe-
These labeled cDNAs, that is, each cell specimen labeled with Cyanine5 and a control labeled with Cyanine3 are mixed in the same test tube, purified by Microcon YM30 (Millipore), and finally labeled with nucleic acid / hybridization. It was prepared to 15 μL using a hybridization buffer and pure water attached to the reagent (manufactured by Microdiagnostic).

−ハイブリダイゼーション−
この溶液を99℃で5分間加熱して熱変性させ、室温で5分間放置した後、マイクロアレイスライドガラスのDNAがスポットされている領域上に滴下し、24mm×40mmのカバーガラス(松浪硝子工業社製、NEOカバーガラス)を被せ、ハイブリダゼーションカセット(マイクロダイアグノスティック社製)に格納した。このマイクロアレイを格納したハイブリダゼーションカセットを、気相恒温器(三洋電機バイオメディカ社製、MIR262)に入れ、42℃で20時間、静置した状態で保温した。
-Hybridization-
This solution was heat denatured by heating at 99 ° C. for 5 minutes, and allowed to stand at room temperature for 5 minutes. Then, the solution was dropped on the DNA spotted area of the microarray slide glass, and a cover glass of 24 mm × 40 mm (Matsunami Glass Industrial Co., Ltd.) Made of NEO cover glass) and stored in a hybridization cassette (manufactured by Micro Diagnostics). The hybridization cassette storing the microarray was placed in a gas-phase thermostat (manufactured by Sanyo Biomedica Co., Ltd., MIR262) and kept warm at 42 ° C. for 20 hours.

−洗浄−
該ハイブリダゼーションカセットを気相保温器からとりだし、核酸標識・ハイブリダイゼーション試薬(マイクロダイアグノスティック社製)付属のハイブリダイゼーション洗浄溶液を用い、同社推奨のプロトコルに従ってスライドガラスを洗浄した。
-Washing-
The hybridization cassette was taken out of the vapor phase incubator, and the slide glass was washed using a hybridization washing solution attached to a nucleic acid labeling / hybridization reagent (manufactured by Microdiagnostic) according to the protocol recommended by the company.

−ハイブリダイゼーションの検出および数値化−
このようにしてハイブリダイゼーションと洗浄を行ったマイクロアレイスライドガラスを、スキャナ(Axon Instrument社製、GenePix4000B)を用いて波長635nmおよび532nmの蛍光シグナルを同時測定した。スキャナ付属の解析ソフトウェア(Axon Instrument社製、GenePix Pro)を用いて光学的に評価し、各試料についてのCyanine3:Cyanine5比からコントロールに対する相対的発現量を算出した。
-Detection and quantification of hybridization-
The microarray slide glass thus hybridized and washed was simultaneously measured for fluorescence signals at wavelengths of 635 nm and 532 nm using a scanner (Axon Instrument, GenePix 4000B). Optical evaluation was performed using analysis software (Axon Instrument, GenePix Pro) attached to the scanner, and the relative expression level relative to the control was calculated from the Cyanine3: Cyanine5 ratio for each sample.

−統計学的処理−
次いで、感受性細胞と非感受性細胞の判別分離に有用な遺伝子を選択するために、感受性細胞及び非感受性細胞間において、各遺伝子の対数変換相対的発現量に対して、スチューデントのt分布の確率を返すTDIST関数を実施してP値を算出した。
-Statistical processing-
Next, in order to select genes useful for discriminating and separating sensitive cells from insensitive cells, the probability of Student's t-distribution is expressed with respect to the logarithmically converted relative expression level of each gene between sensitive cells and non-sensitive cells. The returned TDIST function was implemented to calculate the P value.

その結果、順列のP値が1.0×10-5未満である266種類の遺伝子が候補として抽出された(図6〜14)。これら266種類の遺伝子のうち、144の遺伝子は、感受性細胞に比べて非感受性細胞において発現レベルが増大しており、122の遺伝子は発現レベルが減少していた。 As a result, 266 genes having permutation P values of less than 1.0 × 10 −5 were extracted as candidates (FIGS. 6 to 14). Of these 266 genes, 144 genes had increased expression levels in insensitive cells compared to sensitive cells, and 122 genes had decreased expression levels.

2.有意差の大きい遺伝子によるクラスタリング
配列番号1〜25の25種類の遺伝子を用いて、階層的クラスター解析を行った。階層的クラスター解析は、M. Eisenにより開発され、インターネットのウェブから利用できるソフトウェアである「cluster」及び「treeview」(http://genome−www5/stanford.edu/MicroArray/SMD/restech.html)を用いて行った。クラスター分割アルゴリズムを適用する前に、各スポットについての蛍光比を対数変換し、次いで、各試料についてのデータをメジアン中央化して実験的なバイアスを除去した。その結果、これらの遺伝子セットを用いた解析により、細胞が感受性と非感受性の2つに明瞭に分離された(図15) 。
2. Clustering by Genes with Large Significant Differences Hierarchical cluster analysis was performed using 25 genes of SEQ ID NOs: 1-25. Hierarchical cluster analysis is Software developed by Eisen and available from the web on the Internet, “cluster” and “treeview” (http: //genome-www5/stanford.edu/MicroArray/SMD/retech.html). Prior to applying the clustering algorithm, the fluorescence ratio for each spot was log transformed, and then the data for each sample was median centered to remove experimental bias. As a result, the cells were clearly separated into sensitive and insensitive cells by analysis using these gene sets (FIG. 15).

実施例4 150460感受性が未知である腫瘍の150460感受性の予測
150460感受性が不明な腫瘍の感受性を判定できるかどうか検討する目的で、ヌードラットに移植した乳癌細胞株KPL−1から全RNAを取得し、マイクロアレイプロファイリングを行った。図15で作ったクラスター解析に、KPL−1を加えることによって、KPL−1は150460感受性であることが予想された(図16)。続いて、ヌードラットに移植したKPL−1細胞に150460−Pを投与し、150460感受性であることが確認された(図17)。このことより、この感受性判定方法を用いることによって、感受性が未知の腫瘍であっても、前もって感受性を判定することが出来ることが明らかとなった。以下に具体的実験例を示す。
Example 4 Prediction of 150460 Sensitivity of Tumor with Unknown 150460 Sensitivity Total RNA was obtained from breast cancer cell line KPL-1 transplanted into nude rats for the purpose of examining whether the sensitivity of tumors with unknown 150460 sensitivity can be determined. Microarray profiling was performed. By adding KPL-1 to the cluster analysis made in FIG. 15, it was predicted that KPL-1 was sensitive to 150460 (FIG. 16). Subsequently, 150460-P was administered to KPL-1 cells transplanted into nude rats, and 150460 sensitivity was confirmed (FIG. 17). From this, it became clear that by using this sensitivity determination method, it is possible to determine the sensitivity in advance even for a tumor whose sensitivity is unknown. Specific experimental examples are shown below.

1.in vivo腫瘍からの全RNAの調製とマイクロアレイ解析
150460の感受性が不明なヒト乳癌株KPL−1を、当施設にてヌードマウス(BALB/cAJcl−nu/nu雌性;日本クレア株式会社製)の背側部皮下に移植して継代維持した。そして継代維持したKPL−1をヌードラット(F344/NJcl−rnu/run雌性;日本クレア株式会社製)の皮下に移植して増殖したものを摘出し、液体窒素にて凍結した腫瘍を、予めISOGEN reagent(ニッポンジーン社製)を加えた15mLのチューブに入れた。チューブに入れた凍結腫瘍はポリトロン(KINEMATICA社製)を用いてよく破砕した後、プロトコルに準じて全RNAを抽出した。得られた全RNAは分光光度計で260nm、280nmの吸光度を測定することで、純度と濃度の確認を行った。さらに、変性アガロースゲル電気泳動によって、RNA分解の有無の確認を行った後、以下の実験に進んだ。
1. Preparation and microarray analysis of total RNA from in vivo tumors Human breast cancer strain KPL-1 with unknown sensitivity of 150460 was obtained from nude mice (BALB / cAJcl-nu / nu female; manufactured by CLEA Japan, Inc.) at our facility. Transplanted and maintained subcutaneously on the side. Then, the KPL-1 maintained for subculture was transplanted subcutaneously into nude rats (F344 / NJcl-rnu / run female; manufactured by CLEA Japan, Inc.) and the proliferated tumor was extracted and frozen in liquid nitrogen in advance. It was put in a 15 mL tube to which ISOGEN reagent (manufactured by Nippon Gene) was added. The frozen tumor placed in the tube was thoroughly crushed using Polytron (manufactured by KINEMATICA), and then total RNA was extracted according to the protocol. The total RNA obtained was checked for purity and concentration by measuring absorbance at 260 nm and 280 nm with a spectrophotometer. Furthermore, after confirming the presence or absence of RNA degradation by denaturing agarose gel electrophoresis, the inventors proceeded to the following experiment.

実施例3の実験例2と同様に、ヌードラットの皮下に移植したKPL−1についてマイクロアレイによる遺伝子発現解析を実施した。そこで得られたデータのうち、配列番号1〜25の25種類の遺伝子発現量を選択した。解析する対象には、感受性癌細胞のうち乳癌としてMCF−7、MDA−MB−361、SK−BR−3、T−47D、MDA−MB−453、MDA−MB−175−VII、ZR−75−1、R27、HCC1419、ZR−75−30及びCAMA1の11種類を用いた。また、150460の非感受性細胞のうち、乳癌として、MDA−MB−435S、MDA−MB−134IV、Hs0578T、MDA−MB−231、MDA−MB−157及びUACC812を用い、肝癌として、HLE、SK−Hep−1、PLC/PRF/5、HLF及びLi7、卵巣癌としてAdrRの12種類を用いた。これらの選択された25種類の遺伝子の発現量に関する11種類の感受性細胞及び12種類の非感受性細胞のデータを元に、KPL−1について階層的クラスター解析を行った。階層的クラスター解析は、実験例2と同様、「cluster」及び「treeview」を用いて行った。クラスター分割アルゴリズムを適用する前に、各スポットについての蛍光比を対数変換し、次いで、各試料についてのデータをメジアン中央化して実験的なバイアスを除去した。その結果、これらの遺伝子セットを用いた解析により、KPL−1が感受性の腫瘍であることが示唆された(図16) 。   In the same manner as in Experimental Example 2 of Example 3, gene expression analysis by microarray was performed on KPL-1 implanted subcutaneously in nude rats. Of the data obtained there, 25 gene expression levels of SEQ ID NOs: 1 to 25 were selected. The subjects to be analyzed include MCF-7, MDA-MB-361, SK-BR-3, T-47D, MDA-MB-453, MDA-MB-175-VII, ZR-75 as sensitive breast cancer cells. -11, R27, HCC1419, ZR-75-30, and CAMA1 were used. Among 150460 insensitive cells, MDA-MB-435S, MDA-MB-134IV, Hs0578T, MDA-MB-231, MDA-MB-157 and UACC812 are used as breast cancer, and HLE, SK- 12 types of AdrR were used as Hep-1, PLC / PRF / 5, HLF and Li7, and ovarian cancer. Based on the data of 11 types of sensitive cells and 12 types of insensitive cells regarding the expression levels of these 25 selected genes, hierarchical cluster analysis was performed for KPL-1. Hierarchical cluster analysis was performed using “cluster” and “treeview” as in Experimental Example 2. Prior to applying the clustering algorithm, the fluorescence ratio for each spot was log transformed, and then the data for each sample was median centered to remove experimental bias. As a result, analysis using these gene sets suggested that KPL-1 is a sensitive tumor (FIG. 16).

2.in vivo腫瘍の150460感受性の評価
KPL−1の150460感受性を判断するために、ヌードラット皮下に移植したKPL−1に対する抗腫瘍試験を行った。KPL−1を移植したヌードラットは、投与開始日に腫瘍体積及び体重を基に無作為に各群に振り分けた。腫瘍はデジタルノギスを用いて長径(Lmm)と短径(Wmm)を用いて、腫瘍体積(TV(mm))を以下の式から算出した。
2. Evaluation of 150460 sensitivity of in vivo tumors To determine the sensitivity of KPL-1 to 150460, an antitumor test was conducted against KPL-1 implanted subcutaneously in nude rats. Nude rats transplanted with KPL-1 were randomly assigned to each group based on tumor volume and body weight on the day of administration. The tumor volume (TV (mm 3 )) was calculated from the following formula using a digital caliper, using a major axis (Lmm) and a minor axis (Wmm).

Figure 2010268690
Figure 2010268690

腫瘍体積を算出し、腫瘍の形状、生着位置から不良なものを除外し、腫瘍体積及び体重を用いて多変数による個体の除去を行った後、多変数によるブロック化割付け(SASシステム前臨床パッケージVer.5.0、SASインスティチュートジャパン社製)を行い、1群6匹で4群に割付けた。150460−P非投与群及び150460−Pを一日一回28日間、それぞれ60mg/kg、30mg/kg及び15mg/kgの経口投与を行う群に分けた。投与開始日の腫瘍体積を1とした相対腫瘍体積から、経時的な腫瘍増殖曲線を作成した。その結果、KPL−1は150460に対して感受性を示すことが示された(図17)。このことより、上記遺伝子セットを用いた感受性判定によって、感受性未知の細胞の150460感受性が判定できることが示された。   Tumor volume is calculated, defective ones are excluded from the tumor shape and engraftment position, individuals are removed by multivariable using tumor volume and body weight, and then block assignment by multivariable (SAS system preclinical) Package Ver.5.0 (manufactured by SAS Institute Japan Co., Ltd.) was performed, and 6 groups were assigned to 4 groups. The 150460-P non-administered group and 150460-P were divided into groups in which 60 mg / kg, 30 mg / kg and 15 mg / kg were orally administered once a day for 28 days, respectively. A tumor growth curve over time was prepared from the relative tumor volume with the tumor volume on the day of administration as 1. As a result, KPL-1 was shown to be sensitive to 150460 (FIG. 17). From this, it was shown that 150460 sensitivity of cells with unknown sensitivity can be determined by sensitivity determination using the above gene set.

本発明の判定方法ならびにキットによって、手術又はバイオプシー等の手段によって癌患者から分離された癌細胞より抽出したmRNAをサンプルとして、その遺伝子発現様式を遺伝子チップ等を用いて解析し、感受性細胞及び非感受性細胞との遺伝子発現様式を比較することで、薬剤に対する感受性を予測することできる。   Using the determination method and kit of the present invention, mRNA extracted from cancer cells isolated from cancer patients by means of surgery or biopsy, etc. is used as a sample, and its gene expression pattern is analyzed using a gene chip or the like to detect sensitive cells and non-sensitive cells. By comparing gene expression patterns with sensitive cells, the sensitivity to drugs can be predicted.

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: CDNA sequence of FLJ30869 SEQ ID NO: 142: cDNA sequence of TAP2 SEQ ID NO: 143: cDNA sequence of BAG2 SEQ ID NO: 144: cDNA sequence of FLJ11232 SEQ ID NO: 145: cDNA sequence of EXT1 SEQ ID NO: 146: cDNA sequence of PPA2 SEQ ID NO: 147: HSD17B11 CDNA sequence SEQ ID NO: 148: MYL9 cDNA sequence SEQ ID NO: 149: MAP4K4 cDNA sequence SEQ ID NO: 150: ABCA2 cDNA sequence sequence No. 151: TFPI cDNA sequence SEQ ID NO: 152: INADL cDNA sequence SEQ ID NO: 153: LYPD3 cDNA sequence SEQ ID NO: 154: GLS cDNA sequence SEQ ID NO: 155: PATZ1 cDNA sequence SEQ ID NO: 156: FLJ21175 cDNA sequence SEQ ID NO: 157 : CDNA sequence of FLJ10500 SEQ ID NO: 158: cDNA sequence of C14orf147 SEQ ID NO: 159: cDNA sequence of CORO1C SEQ ID NO: 160: cDNA sequence of FLJ22131 SEQ ID NO: 161: cDNA sequence of NPDC1 SEQ ID NO: 162: cDNA sequence of FOXO3 SEQ ID NO: 163: ALDH3B2 CDNA sequence SEQ ID NO: 164: COMT cDNA sequence SEQ ID NO: 165: EPCAM cDNA sequence SEQ ID NO: 166: CFL2 cDNA sequence SEQ ID NO: 67: cDNA 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SPTBN2 cDNA sequence SEQ ID NO: 195: EPHA1 cDNA sequence SEQ ID NO: 196: cDNA sequence of FLJ33892 SEQ ID NO: 197: COL6A2 cDNA sequence SEQ ID NO: 198: TLN1 cDNA sequence SEQ ID NO: 199: IFI44 cDNA sequence sequence Column number 200: cDNA sequence of MAP7D1 SEQ ID NO: 201: cDNA sequence of SOAT1 SEQ ID NO: 202: cDNA sequence of FLJ32204 SEQ ID NO: 203: cDNA sequence of IGFBP7 SEQ ID NO: 204: cDNA sequence of CNTNAP1 SEQ ID NO: 205: cDNA sequence of C9orf30 206: cDNA sequence of SLC44A2 SEQ ID NO: 207: cDNA sequence of HADH SEQ ID NO: 208: cDNA sequence of ZNF385A SEQ ID NO: 209: cDNA sequence of FLJ32108 SEQ ID NO: 210: cDNA sequence of FLJ11417 SEQ ID NO: 211: cDNA sequence of TIMP1 SEQ ID NO: 212: CDNA sequence of NAV2 SEQ ID NO: 213: cDNA sequence of TAP1 SEQ ID NO: 214: cDNA sequence of ECHDC1 SEQ ID NO: 215: cDN of RAB3D SEQ ID NO: 216: cDNA sequence of FAM126A SEQ ID NO: 217: cDNA sequence of KIAA0754 SEQ ID NO: 218: cDNA sequence of COL6A1 SEQ ID NO: 219: cDNA sequence of CTNND1 SEQ ID NO: 220: cDNA sequence of ARGGAP23 SEQ ID NO: 221: cDNA sequence of AURKB No. 222: LOC151361 cDNA sequence SEQ ID NO: 223: TIMP2 cDNA sequence SEQ ID NO: 224: FAM57A cDNA sequence SEQ ID NO: 225: SPRY2 cDNA sequence SEQ ID NO: 226: CD44 cDNA sequence SEQ ID NO: 227: TGFBI cDNA sequence SEQ ID NO: 228 : CDNA sequence of FSCN1 SEQ ID NO: 229: cDNA sequence of PIK3R3 SEQ ID NO: 220: cDNA sequence of DHTKD1 SEQ ID NO: 231: C10orf 16 cDNA sequence SEQ ID NO: 232: CCDC50 cDNA sequence SEQ ID NO: 233: MGC16291 cDNA sequence SEQ ID NO: 234: TRIP10 cDNA sequence SEQ ID NO: 235: MACF1 cDNA sequence SEQ ID NO: 236: AKT3 cDNA sequence SEQ ID NO: 237: KIRREL cDNA sequence SEQ ID NO: 238: VCL cDNA sequence SEQ ID NO: 239: F2R cDNA sequence SEQ ID NO: 240: SCHIP1 cDNA sequence SEQ ID NO: 241: ADM cDNA sequence SEQ ID NO: 242: EPS8L1 cDNA sequence SEQ ID NO: 243: ADAM15 cDNA sequence SEQ ID NO: 244: cDNA sequence of FLJ10768 SEQ ID NO: 245: cDNA sequence of NRP1 SEQ ID NO: 246: cDNA sequence of FLJ31090 SEQ ID NO: 247: cDN of ARL4C A sequence SEQ ID NO: 248: cDNA sequence of FLJ90460 SEQ ID NO: 249: cDNA sequence of CCDC88A SEQ ID NO: 250: cDNA sequence of SLC41A3 SEQ ID NO: 251: cDNA sequence of NFE2L3 SEQ ID NO: 252: cDNA sequence of FLJ14044 SEQ ID NO: 253: cDNA sequence of SGK1 SEQ ID NO: 254: ABCG1 cDNA SEQ ID NO: 255: PARVA cDNA sequence SEQ ID NO: 256: FLJ45204 cDNA sequence SEQ ID NO: 257: FLJ34580 cDNA sequence SEQ ID NO: 258: GLT25D1 cDNA sequence SEQ ID NO: 259: UBE2E3c DNA sequence SEQ ID NO: 260: SLC25A1 cDNA sequence number 261: FLJ41966 cDNA sequence number 262: FLJ32235 cDNA sequence number 263: PPP2R5A cDNA sequence SEQ ID NO 264: HIG2 cDNA sequence SEQ ID NO 265: RNF208 cDNA sequence SEQ ID NO 266: TMEM141 cDNA sequences

Claims (8)

配列番号1〜266で表される遺伝子266種からなる遺伝子群から選択される1以上の遺伝子の発現量を測定する工程を含む、AhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物、その誘導体、又は薬理学的に許容できるその塩に対する癌細胞の感受性の判定方法。 A compound, derivative thereof, which is an AhR agonist and has antitumor activity, comprising a step of measuring the expression level of one or more genes selected from a gene group consisting of 266 genes represented by SEQ ID NOs: 1 to 266, or A method for determining the sensitivity of a cancer cell to a pharmacologically acceptable salt thereof. 化合物が(5S,7S)−7−メチル−3−(3−トリフルオロメチルフェニル)−5,6,7,8−テトラヒドロシンノリン−5−オール、2−(4−アミノ−3−メチルフェニル)−5−フルオロベンゾチアゾール、(5−アミノ−2,3−フルオロフェニル)−6,8−ジフルオロ−7−メチル−4H−1−ベンゾピラン−4−オン又はこれらの薬理学的に許容できるその塩である請求項1に記載の判定方法。 The compound is (5S, 7S) -7-methyl-3- (3-trifluoromethylphenyl) -5,6,7,8-tetrahydrocinnolin-5-ol, 2- (4-amino-3-methylphenyl) ) -5-fluorobenzothiazole, (5-amino-2,3-fluorophenyl) -6,8-difluoro-7-methyl-4H-1-benzopyran-4-one or their pharmacologically acceptable The determination method according to claim 1, wherein the determination method is a salt. 遺伝子群が配列番号1〜25で表される遺伝子25種からなる遺伝子群である請求項1又は請求項2に記載のAhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物、その誘導体、又は薬理学的に許容できるその塩に対する癌細胞の感受性の判定方法。 The gene group is a gene group consisting of 25 kinds of genes represented by SEQ ID NOs: 1 to 25. AhR agonist according to claim 1 or 2, which exhibits antitumor activity, a derivative thereof, or a pharmacological agent Of determining the sensitivity of cancer cells to an acceptable salt thereof. 癌細胞が乳癌細胞、肝癌細胞又は卵巣癌細胞である請求項1ないしは請求項3のいずれか一項に記載の方法。 The method according to any one of claims 1 to 3, wherein the cancer cells are breast cancer cells, liver cancer cells or ovarian cancer cells. 請求項3に記載の25種の遺伝子からなる群より選択される1種以上の遺伝子が固定されたAhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物、その誘導体、又は薬理学的に許容できるその塩に対する癌細胞の感受性を判定するためのマイクロアレイ。 A compound, derivative thereof, or pharmacologically acceptable salt thereof, which is an AhR agonist to which one or more genes selected from the group consisting of 25 genes according to claim 3 are immobilized, and exhibits antitumor activity A microarray for determining the sensitivity of cancer cells to. 請求項5に記載のマイクロアレイを含む、AhR agonistであって抗腫瘍活性を示す化合物、その誘導体、乃至は薬理学的に許容できるその塩に対する感受性の判定方法に用いられるキット。 A kit used for a method for determining sensitivity to an AhR agonist, a compound showing antitumor activity, a derivative thereof, or a pharmacologically acceptable salt thereof, comprising the microarray according to claim 5. 請求項1の遺伝子群から選択される1以上の遺伝子の発現量を測定するためのプライマーセット。 A primer set for measuring the expression level of one or more genes selected from the gene group of claim 1. 請求項1の遺伝子群から選択される1以上の遺伝子の細胞内タンパク質量を定量するための抗体セット。 An antibody set for quantifying the amount of intracellular protein of one or more genes selected from the gene group of claim 1.
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