JP2009525053A

JP2009525053A - 光の透過による水性のサンプルの分析

Info

Publication number: JP2009525053A
Application number: JP2008553399A
Authority: JP
Inventors: ライジング，ピーター，イー．
Original assignee: ライジング，ピーター，イー．
Priority date: 2006-02-03
Filing date: 2007-02-05
Publication date: 2009-07-09
Also published as: US20100305867A1; WO2007092388A3; EP2021494A2; BRPI0706901A2; MX2008009751A; WO2007092388A2; CA2640698A1

Abstract

【課題】
【解決手段】水性のサンプルを分析する方法が、サンプルの第１のリードを測定するステップと、前記第１のリードを第１のリードインデックスを比較して、第１のリードの可能性を判定するステップとを備え、前記第１のリードの可能性が、前記サンプルの陽性又は陰性の結果を提供する。前記方法が、前記サンプルの第２のリードを測定するステップと、前記第２のリードを第２のリードインデックスと比較するステップを備え、第２のリードの可能性が、前記リード及び前記第２のリードインデックスにより判断される。第２のリードの可能性が、前記サンプルの陽性又は陰性の結果のいずれかを提供する。前記第１及び第２のリードから、種及び当該種の生存段階が判断される。
【選択図】図１Ａ

Description

関連出願のクロスリファレンス
本出願は、２００６年２月３日に出願された米国暫定出願第６０／７６４，９５７及び２００６年６月１７日に出願された６０／８３１，５２７の優先権を主張し、これらは、参照によりその全体がここに組み込まれている。

本発明は、アンプルの中身を分析するシステム及び方法に関し、特に、アンプルの中身を分析するために、コンピュータにより実行される命令のプログラムに関する。

生物学者は、テストされる特定のサンプルの微生物濃度レベルを測定する際に、化学指示薬を用いて微生物のコロニーの特定を促進及び加速する。このような化学指示薬を用いて特定することの問題の一つは、これらが、治療薬や薬などの非細菌性の刺激物に対して反応することである。これは特に、サンプルに存在する好気性微生物の列挙で使用されるＴＴＣや他のＯＲＰ化学指示薬などの広範囲の微生物指標に当てはまる。この化学的な陽性反応は特に、限定ではないが、水試験マトリックス（aqueous testing matrix）を使用する微生物テストに当てはまる。還元的な化学物質の存在により、ＴＴＣ指標が微生物が存在するか否かを示す赤色の色相検査の通常の終了に変わる。この状況は、微生物試験結果が偽陽性、または誤った微生物濃度レベルの判断を招来する。尿サンプルの培養などのいくつかの微生物の試験の応用例では、誤った見解は、抗酸化治療（例えば、ビタミンＣ等）又は特定の種類の抗生物質に起因する。生物学的に陽性でない化学的な陽性の結果を取り除くことは、試験が２次的な試験により遅延することがないため、微生物の試験分析に好ましい効果を与える。このような化学的な陽性／生物学的に陰性の試験結果の発生は、一の試験的応用から別の試験的応用で、予測できない方法又は既知の方法で大きく変化し得る。同様の好ましくない試験の変動は、サンプルの環境が変化するため、応用例の一のサンプルから別のサンプルで発生する。人間の尿検査の例として、尿サンプルを提供する抗酸化治療を受けている人は、生物学的に陽性ではない化学的に陽性のテストサンプルを午前中に提供できるが、午後では化学的に陽性で生物学的に陰性を提供できない。これは、酸化物質の残尿が、取得される抗酸化物質の量、投薬の時間、及びサンプリングの時間における個人の相対的な化学的健康に応じて高いときに起こる。同じような問題は、閉ループ水冷却システムから取得されるサンプルで起こり得る。この結果は特に、医薬の進歩の応用が早くなされ、投薬による抗生物質の事例が生じない医学的応用に当てはまる。

微生物群の列挙及び種分化は、様々な種類の培養プレート、スラント及び／又は寒天培養基綿棒（agar swab）の使用を含む。これらの分析技術は、これ自体では微生物群の成長期を生じさせない。周知技術は微生物の存在、レベル及び種類を判断するだけである。生物学的なアナリストが、サンプリング時間における微生物群の成長段階を判断したい場合、一連の時間を要する試験及び計算を、微生物群の成長段階を見積もる特定の目的により行う必要がある。例えば、試験は完了するのに数日を要し、古くなったサンプルによる更なるエラーの結果を受ける。さらに、患者が死亡し、条件が根本的に変化したときに、結果は調整的な使用と無関係になりやすい。微生物群の成長段階は、多くの微生物群の分析及び制御における重要な定義特性である、

混合された微生物群を有するサンプルの種分化の方法は困難である。例えば、混合群では、感染症の原因である特定の種類、例えば、最も高い濃度の種を判断する試みは、検出技術により複雑である。通常、混合した微生物群を含むサンプルは、解読できない陰性のサンプルとして破棄される。他の事例では、サンプル内の種を判断するために、サンプルが培養基で培養される。このように、サンプル内の総ての種は、成長の機会が与えられる。したがって、関心のある種、例えば感染症の原因を判断することは困難である。

したがって、アンプルの中身を分析するために、コンピュータにより実行される命令のプログラムの必要性がある。

本開示の実施例によると、水性の微生物のサンプルを分析する方法が、サンプルの第１のリードを測定するステップと、前記第１のリードを第１のリードインデックスと比較して、第１のリードの可能性を判断するステップとを備え、前記第１のリードの可能性が、前記サンプルの陽性又は陰性の結果のいずれかを提供する。前記方法は、前記サンプルの第２のリードを測定するステップと、前記第２のリードを第２のリードインデックスと比較するステップとを備え、第２のリードの可能性は、前記リード及び前記第２のリードインデックスにより決定される。前記第２のリードの可能性は、前記サンプルの陽性又は陰性の結果のいずれかを提供する。前記第１及び第２のリードから、種及び当該種の生存段階（life phase）が判断される。

本開示の実施例によると、サンプル内の細菌集団を特定する方法が、前記細菌集団を含むサンプルを提供するステップと、前記サンプルを通る光の第１の波長の第１の透過率を測定するステップと、前記サンプルを通る光の第２の波長の第２の透過率を測定するステップと、前記第２の透過率に対する前記第１の透過率の割合を決定するステップと、前記割合を特定の細菌種の既知の割合と比較するステップと、当該比較により前記細菌集団の種類を決定するステップと、を備えている。

本開示の実施例によると、サンプル内の細菌の生存段階を判断する方法が、各領域が遅滞期の生存の可能性と対数増殖期の生存の可能性を有する複数の領域を備えるグリッドマップであって、光の２つの波長の光の透過のデータを備えるグリッドマップを提供するステップと、前記サンプルのために光の２つの波長の第１の光の透過データを判断するステップと、前記サンプルの第１の光の透過データを前記グリッドマップにプロットするステップと、前記サンプル内の細菌の生存段階の可能性を判断するステップとを備えている。

本発明の好適な実施例は、添付図面を参照して以下により詳細に説明する。

本開示の一実施例によると、アンプルに含まれるサンプルが、ＩＭＥ．ＴＥＳＴ（登録商標）アナライザで行うように、サンプルを通過する光の特定を測定することにより分析できる。

本開示の一実施例によると、生物活動の所定の成長曲線は、第１のリード測定（例えば、存在の陽性／陰性）、濃度分析までの時間における遅滞期／対数増殖期の測定、微生物の特定で利用される。これらの成長曲線は、１以上の異なる可視光の波長と組み合わせた赤外線（ＩＲ）測定を用いて測定される。

分光光度計を用いて、水性サンプルを通過する光の透過率をリードして記録し、測定値がテスト記録に記録される。サンプルが取得され、第１のリード分析用の波長が選択され、テストのためのこれらの波長は、様々な光源を備える分光光度計により利用できる。潜在的に陽性のサンプルの判断は、第１のリード分析を用いて行われる。サンプル、例えば潜在的に陽性のサンプルは培養してもよく、第２のリードが、第１のリードの各波長ごとに行われる。サンプルを通過する光の透過率の長時間に亘る変化が、例えば、第１及び第２のリードを用いて測定される。例えば、可視波長（微生物の呼吸を示す）とＩＲ波長（微生物の増殖を示す）の吸光度の増加及び／又は透過率の減少が測定されると、サンプルは陽性であると確認される。陰性のサンプルは、第１のリード分析及び除去のときに、即座に（約１０から２０秒）高い信頼度で、即ち約９０％またはそれ以上で判断される。さらに、長時間に及ぶ光の透過率の曲線を所定の種の既知の曲線と比較することにより、サンプルの種が判断できる。

例えば、２時間の培養で５８０ｎｍ及び８００ｎｍを用いた１０^６の微生物濃度の人間の尿分析は、５８０ｎｍが１０％Ｔ以下（透過率）に低下し、８００ｎｍのリードが２０Ｔ以下に低下したときに陽性であると判断される。所定のスペクトルの変化情報を用いて、サンプルが培養から取り出され、分光光度法で２回目のリードが行われる。次に、スペクトルの出力の変化が所定の変化の値と比較され、陽性又は陰性に分類される。光の透過率の変化が陽性のサンプルの所定の値を満たす場合、サンプルが陽性であり、サンプリング時において対数増殖期であると考えられる。光の透過率の変化が陰性のサンプルの所定の値を満たす場合、サンプルは、テストされた光の波長と微生物の存在が遅滞期であるため陰性であると考えられる。

図１Ａを参照すると、サンプルの第１のリード（例えば、サンプルを通過する１以上の波長の光の透過率）が測定される１０１。リードがサンプルに対する第１のリードであるとき１０２、リードが第１のリードインデックスと比較される１０３。第１のリードの可能性が、リード及び第１のリードインデックスにより判断される１０４。第１のリードの可能性は、サンプルの陽性又は陰性の結果のいずれかを与える１０５。陽性又は陰性の結果はサンプルと関連している。第２のリードが、第１のリードの後の所定の時間に測定される。リードが第２のリードインデックスと比較される１０７。第２のリードの可能性が、リード及び第２のリードインデックスにより判断される１０７。第２のリードの可能性は、サンプルについて陽性又は陰性の結果のいずれかを与える１０８。この結果（例えば、陽性又は陰性）に応じてサンプルは別々に処理され、陽性のサンプルの場合、第１及び第２のリードの値は、種及び生存段階（life phase）インデックスと比較され、サンプル内の微生物の種と生存段階を判断する１０９。この結果、例えば、サンプルが陰性又は陽性であり、特定の生存段階を有する特定の種に関連するという結果が、ファイルに書き込まれる１１０。サンプルの群が終了したか否かが判定される１１１。

図１Ｂを参照すると、一群が終了した場合にサンプルが閉じられ、履歴が更新される１１２。任意でレポートをプリントし、データリンクを更新してもよい。データリンクは、複数のテストを通じて所定のアンプルの関連である。更新された履歴は、陽性及び陰性の判断と、種及び生存段階の特定に用いられるインデックスを再び判断し、更新するために利用してもよい（ブロック１０３と１０９を参照）１１４。したがって、追加のサンプルが処理されると、インデックスの信頼性が高まる。さらに、インデックッスを更新することにより、長期に亘る微生物の進化における変化に対応する。各インデックスが更新され１１５、ルーチンが終了する。

本開示の一実施例によると、特定の微生物の存在の結果は、例えば、ディスプレイ、プリントアウト、データベースに自動的に返却される。リーディング及び結果（例えば、存在の陽性／陰性及びライフサイクル）それぞれは、オペレータ、日付、時間、群番号を含む情報とともに符号化される。符号化された情報は、インデックスを更新し、及び／又はデータベースに格納するために利用してもよい。

本発明は、ハードウェア、ソフトウェア、ファームウェア、特定用途のプロセッサ、又はこれらの組み合わせの様々な形態で実現してもよい。一実施例では、本発明は、確実にプログラムストレージデバイスに組み込まれるアプリケーションプログラムのようなソフトウェアで実施してもよい。アプリケーションプログラムは、好適な構造を備えるマシンにアップロードされ、これにより実行される。

図２を参照すると、本発明の一実施例により、アンプルの中身を分析する命令のプログラムを実行するコンピュータシステム２０１は、特に、中央処理ユニット（ＣＰＵ）２０２と、メモリ２０３と、入力／出力（Ｉ／Ｏ）インタフェース２０４とを備えている。コンピュータシステム２０１は通常、Ｉ／Ｏインタフェース２０４を介してディスプレイ２０５や、マウス及びキーボードなどの様々な入力装置２０６に接続される。サポート回路は、キャッシュなどの回路と、電源と、クロック回路と、通信バスとを備えることができる。メモリ２０３は、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、読み出し専用メモリ（ＲＯＭ）、ディスクドライブ、テープドライブ等、又はこれらの組み合わせを備えることができる。本発明は、メモリ２０３に格納されるルーチン２０７として実現でき、ＣＰＵ２０２により実行されて、信号源２０８からの信号を処理する。このため、コンピュータシステム２０１は、本発明のルーチン２０７を実行するときに特定用途のコンピュータシステムになる汎用のコンピュータシステムである。

また、コンピュータプラットホーム２０１は、オペレーティングシステムと、マイクロ命令コードとを備えている。ここに記載する様々な処理及び機能は、オペレーティングシステムにより実行されるマイクロ命令コードの一部か、又はアプリケーションプログラムの一部（あるいはこれらの組み合わせ）でもよい。さらに、様々な他の周辺装置を、付加的なデータストレージ装置やプリント装置などのコンピュータプラットホームに接続してもよい。

さらに、添付図面に示されている構成システムの構成要素の一部がソフトウェアで実現されるため、システム構成要素（又は処理ステップ）間の実際の接続は、本発明がプログラムされた方法により異なる。ここで提供されている本発明の教示を考慮することにより、当業者は、本発明のこれらの又は同様の実装又は構成を想到できるであろう。

図３Ａ及びＢは、本発明の開示に係る実施例水性サンプルを分析する方法のフローチャートの例である。

本開示の実施例によると、液体サンプルは細菌集団を含んでおり、長時間に亘る光の透過率を追跡するために５８０ｎｍと８００ｎｍの波長の光を用いて自動シーケンス分光光度計により分析される。

図４を参照すると、２以上の異なる光の波長間の光の透過率により特定される。例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）は約２．４の透過率である４０１。時間をかけてサンプルを通過する光の透過率は、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉを通過する８００ｎｍの光の透過の場合、５８０ｎｍの光の約２．４倍である。逆数の比、例えば５８０ｎｍ／８００ｎｍを用いてもよい。様々な細菌が異なる反応を示しており、例えば、図４に示すように、クレブシエラ菌４０２とシュードモナス菌４０３が異なる透過率を示しており、それぞれがＥ．ｃｏｌｉ４０１とは異なる。具体的には、様々な細菌が様々な質量と呼吸の比を有する。例えば、相対的にＥ．ｃｏｌｉは質量が小さくて呼吸が速い一方、腸球菌は、質量が大きくて呼吸がゆっくりである。これらの特徴は比を特定することで判明し、特定する方法で用いられる。

様々な種の所定の比を用いることにより、種の判断は、ある時点における光の透過率を実質的に瞬時に計算することにより実現される。例えば、長い時間に及ぶ透過率の判断は、特定に必要ではない。

特定の細菌の種は、クレブシエラ菌の事例のように変動割合（variable ratio）を示しており、曲線が時間をかけて種を特定するのに用いられ、所定の判断を確かにする。

既知の割合、例えば、Ｅ．ｃｏｉｌの場合は２．４からの偏差は、培養の純度を示している。当業者であれば、偏差や純度の測定は実験を通して判断されることは分かるであろう。既知の割合からの変化は種の純度を示しており、複数の種のサンプルを特定する手段を提供する。

マイクロ生物学の基準によると、２以上の種を有するサンプルは汚染されているとみなされ、中間尿分析の事例のように、解読できな陰性のサンプルとして破棄される。これらのサンプルの更なる分析は、１以上の種の対数増殖期を示すとともに、サンプルが汚染されているとして破棄することにより見逃される可能性のある活動性感染を示す。複数の種のサンプルは、既知の割合からの偏差として容易に検出される。

図５を参照すると、本開示の実施例に係る方法は、２つの光の波長の透過率を測定するステップを備え、細菌集団を含むサンプルを用いて、微生物活動の様々な様子（例えば、呼吸及び増殖）を測定する５０１。測定された透過率が、様々な細菌集団の所定の透過率と比較され５０２、種の判断が適合度に基づいて行われる５０３。

さらに、透過率が時間をかけて測定される５０４。時間をかけた透過率の測定の場合、測定の信頼性が増加し、測定が確認される５０５。例えば、時間により透過率が変化するクレブシエラ菌などの種の場合、サンプルの透過率が実質的に同じようなプロットに沿ってトラックするため、判明していないサンプルがクレブシエラ菌を含むことが推定できる。

ボックス５０２を参照すると、測定した透過率を既知の透過率と比較するステップが、測定した透過率を調整する。異なる波長の光の透過率の値は、例えば、光路長により変化する。したがって、各波長の既知の値は、様々な光路長の透過率を読み取り又は測定する特定の装置により標準化してもよい。

本開示に係る実施例は、ＩＭＥ．ＴＥＳＴ（登録商標）アンプルとＩＭＥ．ＴＥＳＴ（登録商標）自動培養器／自動分析装置を使用することにより、又は標準的な実験用の培養器及び分光光度計を組み合わせて使用することにより説明されている。

再び図２を参照すると、本発明の実施例では、コンピュータシステム３０１が、サンプルを通過する様々な波長を有する光の透過率の組み合わせ測定により細菌を特定するために設けてもよい。

本開示に係る実施例によると、可視ＩＲリーディングをセクション、例えば四つの四分円に分割するグリッドマップが作成され、陽性／陰性の判断は、観測用プロットにより行われる（例えば、８Ａ及びＢを参照）。例えば、可視ＩＲそれぞれの特定の値は、測定のために最適化される。例えば、図８Ａ及びＢは陽性及び陰性のサンプルを示しており、赤外線で約９００を超えるサンプルは陰性の傾向があり、左下の四分円は陽性の傾向がある。図９及び１０はそれぞれ、陰性及び陽性のサンプルを示している。図９からは、１時間における（第１のｖｉｓ）サンプルの７１％が左下の四分円の外側にあることが分かり、これの測定は２時間（第２のｖｉｓ）でも実質的に変わらない。図１０の陽性のサンプルでは、１時間（リード１）では６９％のサンプルが左下の四分円にあり、２時間（リード２）では９５％の陽性のサンプルが左下の四分円にある。３時間の結果が図９（第３のｖｉｓ）と図１０（リード３）に示されている。

図９及び１０の可能性を用いることにより、グリッド分析は、第１のリード分析を用いて判定するように、陽性又は陰性の可能性を洗練するのに用いられ、例えば、図１Ａ及びＢを参照、サンプルが陰性又は陽性である可能性は、サンプルを通過する測定された光の透過率と所定の種の既知の値とを比較することにより与えられる。例えば、図６Ａ及びＢを用いて、サンプルが対数増殖期に該当する可能性を増加させることにより、信頼性をさらに高めることができ、例えば、遅延期／対数増殖期の陽性／陰性の判定の信頼性が約９８％になる。

図８Ａ及びＢから選択した陽性の例が長い時間に及ぶ図６ＡからＣに示されており、この図では、領域６０１及び６０３は、長時間の腸球菌のサンプルに特有であり、領域６０２及び６０４は、長時間のクレブシエラ菌のサンプルに特有である。微生物の成長に対して陰性である領域を選択することは、通常の陽性分布を有する数多くのサンプル、例えば５００の微生物の位置の全体配置に基づいて判断してもよい。実際の可視ＩＲの位置のプロットは、総てのサンプルに対して特定の時間間隔で行われ、例えば、第１のリードを３０分に行い、第２のリードを１２０分に行い、第３のリードを１８０分に行う（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ（系／ＥＣ）、腸球菌（系２／ＥＮ）、及びクレブシエラ菌（系３／Ｋ）の結果を示す図６ＡからＣを参照）。リードの時間は様々であり、例えば、第１のリードは１５分に行われる。判定用計算手段（例えば、コンピュータソフトウェア）にロードされる生成されるチャートに基づいて、判明していないサンプルは、履歴を有するグリッドと正確な第１のリードと比較され（例えば、約９５％の以上の信頼度）、陽性対陰性の選択が行われる（例えば、図８Ａ及びＢを参照）。さらに、第２のリードの後、開始位置に対する新しい位置と、変化の方向を比較することにより、微生物の種を予測できる（例えば、７０１が開始位置であり７０２が新しい位置である図７を参照）。

Ｐ（陽性）の数学的な割合％と種は、陰性のサンプルの選択と種の迅速な予測を改良する。

可視ＩＲ信号に関して、ＩＲ信号は対数増殖期の可視の未成物の成長を確認するだけでなく、遅滞期に対する対数増殖期の度合を示す。標準的な性能曲線と比較した場合に１００％の呼吸を有する微生物は対数増殖期であり、または対数増殖期でないことがある。ＩＲ信号出力の同じような標準的な性能曲線と比較することにより、テストされる微生物が対数増殖期であるのか判断できる。対数増殖期の程度を判断するこの能力は、尿の分析について重要であるだけでなく、例えば、対数増殖期の微生物活動が下水消化処理に必要とされる排水を含む他の分野にも展開できる。

図８Ａ及びＢは、ＧｏｌｄＳｔａｎｄａｒｄＣｕｌｔｕｒｅとＱｕｉｋｉＣｕｌｔスクリーンテストが可視赤外線座標を用いて陽性及び陰性と認めたサンプルのＱｕｉｋｉＣｕｌｔスクリーンテスト可視赤外線（ＩＲ）反応の散布図である。ＱｕｉｋｉＣｕｌｔスクリーンテストは、陽性及び陰性（例えば、呼吸及び増殖により判断するように）ＱｕｉｋｉＣｕｌｔテストが非常に様々な位置で開始することを示している。３時間後の陽性の同じような散布図は、総ての陽性が散布図の左下の四分円８０１に位置する（可視＜２００、赤外線＜９００）。３時間後の陰性は、散布図の開始と同じ位置に残っている。ＱｕｉｋｉＣｕｌｔのスタートリードに基づく微生物の陰性の重要な統計的な表示がある（例えば、図６Ａを参照）。陽性の例は、左下の四分円８０１に存在する傾向がある。陰性の例は、上側の２つの四分円８０２に存在する傾向がある。したがって、サンプルの判断は、グリッドにおける位置に基づいて行ってもよく、陽性及び陰性の例の領域は、特定の種についてのデータに従って変更する。さらに、４以上の領域を使用してもよい。

アンプルの中身を分析ためにコンピュータにより実行される命令のプログラムと、サンプルを通過する様々な波長の光の透過率の組み合わせの測定により細菌を特定する装置及び方法の実施例が説明されているが、当業者であれば、前述の教示を考慮して修正及び改良が可能である。したがって、開示した本発明の特定の実施例を変更してもよいと理解すべきである。

図１Ａは、本開示の一実施例に係る水性サンプルを分析する方法のフローチャートである。図１Ｂは、本開示の一実施例に係る水性サンプルを分析する方法のフローチャートである。図２は、本開示の一実施例に係るシステムの図である。図３Ａは、本開示の一実施例に係る水性サンプルを分析する方法のフローチャートである。図３Ｂは、本開示の一実施例に係る水性サンプルを分析する方法のフローチャートである。図４は、本開示の一実施例に係る様々な種の光の透過率のグラフである。図５は、本開示の一実施例に係る方法のフローチャートである。図６ＡからＣは、本開示の一実施例に係る第１、第２及び第３のリードのプロットを示している。図７は、本開示の一実施例に係る長時間に及ぶ平均値の動きのプロットである。図８Ａ及びＢは、本開示の一実施例に係るサンプルの視覚的な赤外線（ＩＲ）反応の散布図である。図９は、本開示の一実施例に係る１、２及び３時間における陰性のサンプルを示すグラフ経過である。図１０は、本開示の一実施例に係る１、２及び３時間における陽性のサンプルを示すグラフ経過である。

Claims

水性の微生物のサンプルを分析する方法であって、
サンプルの第１の光の透過率を測定するステップと、
前記第１の光の透過率を第１のリードインデックスと比較して、第１のリードの可能性を判断し、前記第１のリードの可能性が、前記サンプルの陽性又は陰性の結果のいずれかを提供するステップと、
前記サンプルの第２の光の透過率を測定するステップと、
前記第２の光の透過率を第２のリードインデックスと比較して、第２のリードの可能性が、リード及び前記第２のリードインデックスにより判断され、前記第２のリードの可能性が、前記サンプルの陽性又は陰性の結果のいずれかを提供するステップと、
前記第１及び第２のリードから、種及び当該種の生存段階（life phase）を判断するステップと、を備えることを特徴とする方法。
サンプル内の細菌集団を特定する方法であって、
前記細菌集団を含むサンプルを提供するステップと、
前記サンプルを通る光の第１の波長の第１の透過率を測定するステップと、
前記サンプルを通る光の第２の波長の第２の透過率を測定するステップと、
前記第２の透過率に対する前記第１の透過率の割合を決定するステップと、
前記割合を特定の細菌種の既知の割合と比較するステップと、
当該比較により前記細菌集団の種を決定するステップと、を備えていることを特徴とする方法。
請求項２に記載の方法がさらに、
時間をかけて前記割合の曲線を測定するステップと、
当該曲線を前記特定の細菌種の既知の曲線と比較するステップと、
前記細菌集団の種を決定するステップと、を備えることを特徴とする方法。
請求項２に記載の方法がさらに、
前記既知の割合からの前記割合の偏差を測定するステップと、
前記偏差により前記サンプルの純度の測定値を判断するステップと、を備えていることを特徴とする方法。
請求項２に記載の方法がさらに、前記特定の細菌種の既知の割合を提供するステップを備えることを特徴とする方法。
請求項２に記載の方法がさらに、前記既知の割合の測定に用いられる光路長により、前記測定された割合を前記既知の割合に較正するステップを備えることを特徴とする方法。
請求項２に記載の方法がさらに、
前記既知の割合の測定に用いられる光路長を提供するステップと、
前記既知の割合の測定に用いられる光路長により、測定された割合を前記既知の割合に較正するステップと、を備えることを特徴とする方法。
サンプル内の細菌の生存段階を判断する方法であって、
各領域が遅滞期の生存の可能性と対数増殖期の生存の可能性を有する複数の領域を備えるグリッドマップであって、光の２つの波長の光の透過データを備えるグリッドマップを提供するステップと、
前記サンプルのために光の２つの波長の第１の光の透過データを測定するステップと、
前記サンプルの第１の光の透過データを前記グリッドマップにプロットするステップと、
前記サンプル内の細菌の生存段階の可能性を判断するステップとを備えていることを特徴とする方法。
請求項８に記載の方法において、前記第１の波長が微生物の呼吸の表れであり、前記第２の波長が微生物の増殖の表れであることを特徴とする方法。
請求項８に記載の方法がさらに、光の２つの波長の光の透過データの時間制限を提供するステップを備えることを特徴とする方法。
請求項８に記載の方法がさらに、
前記第１の光の透過データと異なる時間に取得された前記サンプルの第２の光の透過データをプロットするステップと、
前記種の既知のプロットにしたがって前記第１及び第２の光の透過データにより規定されるベクトルにより種を判断するステップと、を備えることを特徴とする方法。