JP2009507227A - メラノーマを診断するための方法及びプローブ組み合わせ - Google Patents
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Abstract
Description
本願は言及により本明細書に組込む米国仮出願第60/713,799号(出願日2005年9月2日)の優先権を主張する。
a)6番染色体計数プローブ、10番染色体計数プローブ、染色体領域6p(例えば6p25)を標的とするプローブ、染色体領域6q(例えば6q23)を標的とするプローブ、染色体領域7q(例えば7q34)を標的とするプローブ、染色体領域11q(例えば11q13)を標的とするプローブ、染色体領域17q(例えば17q25)を標的とするプローブ、染色体領域1q(例えば1q31)を標的とするプローブ、及び染色体領域20q(例えば20q13)を標的とするプローブから構成される群から選択される少なくとも2個のプローブの組み合わせとサンプルを接触させる段階と;
b)各プローブがその標的染色体又は染色体領域上のポリヌクレオチド配列と選択的に結合して安定なハイブリダイゼーション複合体を形成する条件下でセットの各プローブをサンプルと共にインキュベートする段階と;
c)プローブ組み合わせのハイブリダイゼーションパターンをメラノーマの有無について検出及び分析する段階を含む。ハイブリダイゼーションパターンがプローブの標的染色体領域に少なくとも1カ所の増加又は減少又はアンバランスを示す場合にはメラノーマであると判定する。プローブ組み合わせは一般に0.29以下の理想との差(DFI)値をもつ。所定態様では、DFI値は約0.20以下である。本発明の方法で使用するプローブ組み合わせとしては、約0.29以下のDFI値をもつ表6に記載の2個、3個、及び4個のプローブの組み合わせが挙げられる。
a)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域6q23を標的とするプローブと、6番染色体計数プローブ;
b)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
c)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
d)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
e)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
f)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
g)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブ;
h)染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
i)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域7q34を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
j)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
k)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブ;
l)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域6q23を標的とするプローブ;
m)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
n)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域7q34を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;及び
o)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブから構成される群から選択される。
a)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブと、10番染色体計数プローブ;
b)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
c)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
d)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
e)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
f)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
g)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
h)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
i)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
j)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
k)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
l)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
m)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
n)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
o)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
p)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ;
q)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ;
r)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
s)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
t)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
u)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
v)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;及び
x)染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブから構成される群から選択することができる。
本発明はメラノーマを選択的に検出するために使用することができる感度と特異性の高い染色体プローブセットの同定を一因とする。プローブセットは個々のプローブよりも高い感度と特異性が得られる。従って、本発明はこのようなプローブセットを使用するための方法及び組成物を提供する。プローブとは遺伝子座特異的プローブと、一般にセントロメア領域にハイブリダイズする染色体計数プローブを包含する。
本発明で使用するプローブはある程度メラノーマの疑いのあるメラニン細胞性腫瘍をもつ患者からの生体サンプルに存在する核酸とのハイブリダイゼーションに使用される。本発明の方法では通常、in situハイブリダイゼーションを使用する。典型的態様では、プローブは蛍光ラベルで標識される。
染色体計数プローブは細胞中の特定染色体数を計数することが可能な任意プローブである。染色体計数プローブは一般に反復DNA配列である特定染色体のセントロメア又はその近傍(「ペリセントロメア」と言う)の領域を一般に認識し、これと結合する。染色体のセントロメアは細胞分裂中の忠実な分離に必要であるため、一般に該当染色体実体に相当するとみなされる。特定遺伝子座に対応するFISHシグナル数(コピー数)を対応するセントロメアのシグナル数と比較することにより、特定染色体領域が通常存在する完全染色体の減少又は増加(数的異常)からこの領域の欠失又は増幅を区別することができる。この比較を実施するための1つの方法は遺伝子座に相当するシグナル数をセントロメアに相当するシグナル数で割る方法である。比が1未満の場合には遺伝子座か減少又は欠失していると判断され、比が1よりも大きい場合には遺伝子座が増加又は増幅していると判断される。同様に、染色体内の増加又は減少のアンバランスを判定するために、同一染色体上(例えば染色体の2本の異なるアーム上)の2個の異なる遺伝子座を比較することもできる。
本発明で使用することができるプローブとしては、染色体領域(例えば1q、6p、6q、7q、11q、17q、及び20q)又は染色体領域のサブ領域(例えば1q23、1q31、6p25、6q23、7q34、11q13、17q25、又は20q13)と選択的にハイブリダイズするプローブが挙げられる。このようなプローブを遺伝子座特異的プローブとも言う。遺伝子座特異的プローブターゲットは少なくとも100,000ヌクレオチドを含むことが好ましい。遺伝子座特異的プローブはメラノーマが増加又は減少していることが分かっている染色体領域の特定遺伝子座と選択的に結合する。プローブはエキソン、イントロン、及び/又は調節配列(例えばプロモーター配列等)を含むコーディング領域又は非コーディング領域又はその両者を標的とすることができる。
単にメラノーマを検出することができるプローブセットを選択してもよいが、一般にはメラノーマと他の良性メラニン細胞性病変を区別できるものを選択する。従って、一般にはメラノーマと良性母斑を区別するための各種プローブセットのDFI値を測定するようにプローブセットの分析を実施する。
プローブをその核酸ターゲットに特異的にハイブリダイズさせるための条件は一般に特定ハイブリッドを作製するための所与ハイブリダイゼーション法で利用可能な条件の組み合わせを含み、その条件は当業者が容易に決定することができる。このような条件は一般に制御下の温度、液相、及び染色体プローブとターゲットの接触を含む。ハイブリダイゼーション条件はプローブ濃度、ターゲット長、ターゲット及びプローブG−C含量、溶媒組成、温度、並びにインキュベーション時間等の多数の因子によって異なる。プローブをターゲットと接触させる前に少なくとも1段階の変性段階が必要である。あるいは、プローブと核酸ターゲットの両者を相互接触中に変性条件に付してもよいし、変性後にプローブを生体サンプルと接触させてもよい。その後、例えば2〜4×SSCとホルムアミドの約50:50容量比混合物の液相中で約25〜約55℃の温度で例えば約0.5〜約96時間、又はより好ましくは約32〜約40℃の温度で約2〜約16時間プローブ/サンプルをインキュベートすることによりハイブリダイゼーションを実施することができる。特異性を増すために、その開示内容を言及により本明細書に組込む米国特許第5,756,696号に記載されているような未標識ブロッキング核酸等のブロッキング剤を本発明の方法と併用してもよい。当業者に自明の通り、プローブをサンプル中に存在するその核酸ターゲットと特異的にハイブリダイズさせるために他の条件も容易に利用することができる。
ハイブリダイゼーションプローブは当分野で公知の任意手段を使用して検出することができる。ラベル含有部分を染色体プローブと直接又は間接的に会合させることができる。「ラベル含有部分」又は「検出部分」なる用語は一般にそのターゲットとのハイブリダイゼーション後に該当プローブを検出できるように、染色体プローブと直接又は間接的に会合した1又は複数の分子群を意味する。ハイブリダイズした各プローブが検出時に相互に目視区別されるように、特定セット内のプローブ毎に異なるラベル含有部分を選択する。蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)を利用し、染色体プローブを異なる蛍光ラベル含有部分で標識することが好ましい。特定波長の放射線を照射すると蛍光発光する有機分子であるフルオロフォアを染色体プローブに直接結合するのが一般的である。多数のフルオロフォアがDNAに適した反応形態で市販されている。
本発明の検出方法はメラノーマをもつか又はメラノーマをもつ疑いのある対象から生体サンプルを採取する段階を含む。生体サンプルは一般にメラニン細胞性病変を含む組織サンプルである。多くの場合に、生体サンプルはホルマリン固定パラフィン包埋サンプルである。サンプルを染色体プローブと接触させ、サンプル中にメラノーマが存在する場合には、サンプルに存在するその核酸ターゲットとプローブを特異的にハイブリダイズさせる条件下でメラノーマを選択的に検出する。セットのプローブは同時にハイブリダイズさせてもよいし、順次ハイブリダイズさせてもよく、各ハイブリダイゼーションの結果をディジタル画像化し、プローブを除去した後、サンプルを残りのプローブとハイブリダイズさせることができる。複数のプローブセットをこのようにサンプルにハイブリダイズさせることもできる。
検出に先立ち、その開示内容を言及により本明細書に組込む米国特許第6,174,681号に開示されているような見かけの細胞学的異常に基づいて場合により細胞サンプルを予備選択してもよい。予備選択は疑わしい細胞を識別することにより、スクリーニングをこれらの細胞に絞ることができる。予備選択はスクリーニングを迅速にすることができ、陽性結果を見落とさない確率が増加する。予備選択中には、生体サンプルからの細胞を顕微鏡スライドに載せ、一般に形成異常細胞及び新生細胞に関連する細胞学的異常を目視検査する。このような異常としては、核寸法、核形状、及び核染色の異常が挙げられ、通常はプローブとそのターゲットDNAのハイブリダイゼーション後にヨウ化プロピジウムや4,6−ジアミジノ−2−フェニルインドール二塩酸塩(DAPI)等の核酸染色試薬又は色素による核の対比染色により評価される。一般に、新生細胞は核が拡大し、不規則形状となり、及び/又は斑状染色パターンを示す。ヨウ化プロピジウムは一般に約0.4μg/ml〜約5μg/mlの濃度で使用され、614nmの発光ピーク波長で観測可能な赤色蛍光DNA特異的色素である。DAPIは一般に約125ng/ml〜約1000ng/mlの濃度で使用され、452nmの発光ピーク波長で観測可能な青色蛍光DNA特異的染色試薬である。この場合には、検出に予備選択された細胞のみの染色体減少及び/又は増加を計数する。染色体減少及び/又は増加を評価するためには、少なくとも20個、より好ましくは少なくとも30〜40個のオーダーの予備選択細胞を選択することが好ましい。組織切片上の疑わしい領域の予備選択はH&EやPAP染色等の従来手段により染色した連続切片で実施することができ、疑わしい領域に病理学者又は他の熟練技術者が印を付けることができる。その後、同一領域をFISHで染色した連続切片上で位置付けし、この領域内で核を計数する。印を付けた領域内で、計数は上記のような異常特徴を示す核に限定することができる。
「ターゲット領域」又は「核酸ターゲット」なる用語はその減少及び/又は増加がメラノーマの存在の指標となる特定染色体位置に存在するヌクレオチド配列を意味する。「ターゲット領域」又は「核酸ターゲット」は本発明のプローブにより特異的に認識され、本発明の方法で本発明のプローブとハイブリダイズする。
本発明はメラノーマを検出するために使用することができる特異性と感度の高いプローブ組み合わせと、診断、研究、及び予後用キットを含む。これらのプローブ組み合わせは一般に約0.29未満、多くの場合には約0.20未満のDFIをもつ。キットはプローブセットを含み、更に緩衝液等の試薬を含むことができる。キットは本発明の方法を実施するための手順(即ちプロトコール)を含む説明書を含むことができる。説明書は一般に文書又は印刷物を含むが、これらに限定されない。このような説明書を記憶し、エンドユーザーに伝達することが可能な任意媒体が本発明により意図される。このような媒体としては限定されないが、電子記憶媒体(例えば磁気ディスク、テープ、カートリッジ、チップ)、光学媒体(例えばCDROM)等が挙げられる。このような媒体はこのような説明書を提供するインターネットサイトのアドレスを含むものでもよい。
CGHデータベース。プローブ選択の基準としたCGHデータはUniversity of California,San Franciscoで取得し、先に文献に記載している(Bastianら,Am J Pathol.163:1765−70,2003)。データは原発性皮膚メラノーマ検体136個(表在拡大型メラノーマ(SSM)63個、悪性黒子型メラノーマ(LMM)30個、末端黒子型メラノーマ(ALM)23個、結節型メラノーマ(NM)4個、分類不能(NC)10個、及び神経内に発生するメラノーマ6個)と、良性母斑検体53個(青色母斑19個、先天性母斑7個、スピッツ母斑27個)から取得した。(染色体X及びYを除く)1pテロメア〜22qテロメアのゲノムを染色体のギムザバンドパターンに従って571個の「ビン」に分割し、各ビンに対応するCGH比(腫瘍と対照の蛍光強度比)が染色体増加(比>1.2)及び減少(比<0.8)を反映するものと解釈した。これらの閾値は先に文献に記載したように正常DNA間のハイブリダイゼーション比に基づいて決定した(Bastianら,Cancer Res.;58:2170−5,1998)。増減によりメラノーマを識別するビン毎に、母斑とメラノーマを区別するための感度、特異性及びDFI値を計算した。母斑をメラノーマから区別するための最良のビン組み合わせを決定するために、4個までの組み合わせでビンを試験し、組み合わせ毎に感度、特異性及びDFI値を計算した。
8個のユニークなプローブセットでFISHを実施した。各プローブセットはCGHデータ解析(上記参照)から性能良好と判定されたプローブ組み合わせ(低DFI値)で優勢であった染色体のセントロメアもしくは特異的遺伝子座に特異的な遺伝子座特異的識別子又は染色体計数プローブ3又は4個から構成した(表1)。染色体計数プローブはこれらの染色体(例えば9番染色体の9p21)上の対応する遺伝子座特異的識別子の対立遺伝子増減又はこれらの染色体の数的異常を判定するために加えた。
試験はマイクロ組織アレイに集約したメラノーマ86個及び良性母斑31個の検体と、メラノーマ94個及び良性母斑95個のFFPE皮膚生検検体に由来する切片で実施した。
作製した検体スライドをHYBrite(登録商標)自動共変性オーブン(Abbott Molecular Inc)でFISHプローブ溶液とハイブリダイズさせた。スライドをオーブン表面に載せ、プローブ溶液を組織切片(一般に10μl)に添加し、カバースリップをプローブ溶液に被せ、カバースリップの縁部をラバーセメントでスライドにシールした。オーブン共変性/ハイブリダイゼーションサイクルを73℃で5分間変性及び37℃で16〜18時間ハイブリダイゼーションに設定した。ハイブリダイゼーション後、スライドをHYBriteから取り出し、ラバーセメントを除去した。スライドを室温の2×SSC(SSC=0.3M NaCl,15mMクエン酸ナトリウム)/0.3% Nonidet P40(NP40;Abbott Molecular Inc.)に2〜10分間浸し、カバースリップを除去した。次にスライドを73℃ 2×SSC/0.3% NP40に2分間浸し、非特異的に結合したプローブを除去し、暗所で乾燥させた。DAPI I褪色防止液(Abbott Molecular Inc.)を検体に加え、核を可視化した。
DAPI対比染色剤、SpectrumAqua(登録商標)、SpectrumGold(登録商標)、SpectrumGreen(登録商標)、SpectrumOrange(登録商標)、及びSpectrumRed(登録商標)の単一帯域フィルターを装着したエピ蛍光顕微鏡でスライドを分析した。患者の臨床又は組織学的所見を知らされずにFISHシグナル計数を実施した。プローブセットI〜Vは組織マイクロアレイとハイブリダイズさせ、1検体当たり40個の細胞を分析した。プローブセットVI〜VIIIは検体切片とハイブリダイズさせ、1検体当たり30個の細胞を分析した。細胞密度の低い検体では、データ解析に最低20個の核を使用する必要があった。
検体内の各細胞核に記録されたシグナルのFISH数を使用して対応する遺伝子座を正常(常染色体上の遺伝子座に2シグナル)、減少による異常(1又は0シグナル)、又は増加による異常(>2シグナル)に分類することができる。数個のパラメーターを検体内の異常遺伝子座増減の尺度として定義した。
検体内で計数された細胞の百分率に基づくパラメーター:
%増加:1)単一遺伝子座では、%増加はこの遺伝子座に対応する>2シグナルの細胞の百分率である。
2)ある遺伝子座(遺伝子座1)が別の遺伝子座(遺伝子座2)に比較して増加している場合には、増加は遺伝子座1シグナルが遺伝子座2シグナルよりも多い細胞の百分率である。
%減少:1)単一遺伝子座では、%減少はこの遺伝子座に対応する<2シグナルの細胞の百分率である。
2)ある遺伝子座(遺伝子座1)が別の遺伝子座(遺伝子座2)に比較して減少している場合(例えばMYB/CEP6)には、減少は遺伝子座1(例えばMYB)シグナルが遺伝子座2(例えばCEP6)シグナルよりも少ない細胞の百分率である。
%異常:1)単一遺伝子座では、%異常はこの遺伝子座に対応する>2シグナル又は<2シグナルの細胞の百分率である。
2)2個の遺伝子座(遺伝子座1と遺伝子座2)のバランスが異常である場合には、異常は遺伝子座1シグナル数が遺伝子座2シグナル数と等しくない細胞の百分率である。
単一検体内で計数された全細胞の平均に基づくパラメーター:
平均遺伝子座コピー数:単一遺伝子座では、平均コピー数はこの遺伝子座に対応するシグナル数を全計数細胞で合計し、計数細胞数で割った値である。
平均遺伝子座比:2個の遺伝子座の比(遺伝子座1/遺伝子座2)(例えば表6に示すMYB/CEP6)では、平均遺伝子座比は全計数細胞の遺伝子座1(例えばMYB)シグナル数の合計を全計数細胞の遺伝子座2(例えばCEP6)シグナル数の合計で割った値である。
CGHデータベース解析とFISH用プローブの選択。CGHデータを使用してFISHプローブ開発用遺伝子座を同定した。遺伝子座を同定する第1段階は、メラノーマ検体136個と良性母斑検体56個に関して1p〜22qのゲノムの571個のビンの各々で感度、特異性及びDFI値を計算することであった。特異性はほぼ全遺伝子座で100%であったので、感度のみをビン数に対して図1A(減少)、B(増加)及びC(増幅)にプロットする。メラノーマ検出感度が最高の遺伝子座としては、減少については1p21、3q29、6q25.3、8p23、9p21、9q21.1、10p15、10q23.3、11q25、13q34、16q24、及び17pterが挙げられ、増加については1q22、3p21.3、6p25.3、7p21、7q33、8q24.2、15q26、17q25、及び20q13.3が挙げられ、増幅については5p15.3、11q13.2、及び22q13.1が挙げられる。増加及び減少領域は染色体全体又は染色体アームを含む時点で広いことが多く、FISHプローブ配置は重要ではないこと、即ち隣接バンドのFISHプローブでも異常の検出に通常は類似の効率が得られることが分かった。
良性母斑検体群とメラノーマ検体群で試験した各遺伝子座の各種パラメーターの平均と標準偏差を比較することにより、各FISHプローブがメラノーマをもつ患者群と良性母斑をもつ患者群を区別する能力をまず試験した。組織マイクロアレイハイブリダイゼーション及び各遺伝子座又は遺伝子座比について、表2は良性母斑検体群の該当データとして、評価した検体数(N)、増加(%増加)又は減少(%減少)を示す細胞の百分率の平均、平均遺伝子座コピー数(単一遺伝子座)又は平均遺伝子座比(2個の遺伝子座の比)、及び対応する標準偏差を示す。メラノーマ検体群の平均と標準偏差を計算し、組織マイクロアレイについて表3に示す。表3は特定プローブ又はプローブ比がメラノーマ検体と正常検体を区別する能力を反映する値であるDVとp値も示す。DVとp値は一貫してp値が低いほどDVが高かった。DVとp値に関する表3のNAなる記載はメラノーマ群の平均が良性母斑群よりも低かった場合を示す。
一定範囲のカットオフ値で切片にハイブリダイズさせた個々のプローブについて感度、特異性及びDFI値を計算し、表6に示す。メラノーマと母斑を比較すると、最低から最高DFIの順で6p25、1q31、7q34及び20q13で最良のDFI値(即ち最低DFI値)が得られた(表6)。これらのプローブのうちで、6p25の増加はDV値、スチューデントのt検定比較とフィッシャーの両側正確確率検定によるp値、及びDFI値を含む単一プローブ性能の各種評価方法により一貫して最高性能であることが分かった。
どのプローブが組み合わせで最良に機能するかを判定するために、相補性分析を実施した。1〜4個のプローブの可能な全プローブ組み合わせについて良性母斑からメラノーマを区別するための感度、特異性及びDFI値を計算した。4個のプローブの組み合わせを分析したのは、4個のプローブから顕微鏡で観察するのに適した多色プローブセット(可視光発光ラベル)を構成し易いためである。最高性能プローブ組み合わせで得られたデータを表6に示す。
試験したカットオフ値範囲で計算した感度と特異性を使用してROCプロットを作成した。表6でDFI値が低いことから性能良好と判断したプローブ組み合わせの数例のROC曲線を図2A、2B及び2Cにプロットする。図2A、2B及び2CのROC曲線は遺伝子座の増減の双方を検出するプローブを使用して母斑検体集合群に対してメラノーマ検体を検出するための感度と特異性の関係を示す。プローブの組み合わせにより得られる改善(相補性)を示すために、4個の最良性能の単一プローブのROC曲線をプロットする(図2C)。表6の項目はプロットの左上角(0,1)に最も近接する各曲線上の点に対応する。これらのプロット又は表6のデータから明らかなように、6p25の増加はメラノーマと良性母斑を区別するためにCEP(登録商標)10欠損(0シグナル/細胞)、11q13の増加、又は6q23の増加により相補される。単一プローブで0.2905(6p25増加)という低いDFIが得られたので、プローブ組み合わせではアッセイにプローブを追加する費用の追加とプローブを計数するために必要な時間の追加に見合うようにDFI<0.2905となることが望ましい。2個のプローブの組み合わせを表す図2BのROC曲線では各々DFI<0.2905が得られ、3個のプローブの組み合わせではDFI<0.2622(図2B)が得られ、4個のプローブの組み合わせではDFI<0.1937(図2C)が得られる。
本プローブ選択試験に記載する4色プローブセット6p25、17q25、6q23、及びCEP(登録商標)6と、6p25、6q23、CEP(登録商標)6及び11q13はメラノーマの診断に一致する染色体異常をもつ細胞の存在についてホルマリン固定パラフィン包埋皮膚生検サンプルを評価するために使用することができる。FISHハイブリダイゼーション用にサンプルを作製し、プローブ選択試験に記載したようにプローブセットとハイブリダイズさせる。プローブ選択試験に記載したように20〜200個の連続細胞を計数することにより各サンプルからの細胞を評価する。6p25の比増加、6p25異常、17q25の増加又は6q23とセントロメア6シグナルの合計数の比≧1.1を示す細胞の百分率が夫々カットオフ値2.0%、66%、14%又は26%よりも大きいサンプルをメラノーマ陽性とみなす。6p25の比増加、6p25異常、11q13の増加又は6q23とセントロメア6シグナルの合計数の比≧1.1を示す細胞の百分率が夫々カットオフ値2.0、66%、13%及び26%よりも大きいサンプルをメラノーマ陽性とみなす。メラノーマの検出に有用な他のプローブセットのハイブリダイゼーションパターンを表6に示す。
メラノーマの検出に有用であると思われるプローブセットは上記CGH試験からのDFI値(例えば0.15未満)に基づいて選択することもできる。
a)9番染色体計数プローブと、染色体サブ領域9p21に対するプローブ;
b)染色体サブ領域9p21に対するプローブと、20q13に対するプローブ;
c)8番染色体計数プローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブ;
d)6番染色体計数プローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブ;
e)6番染色体計数プローブと、8番染色体計数プローブ;
f)染色体サブ領域20q13に対するプローブと、6p25に対するプローブ;
g)染色体サブ領域9p21に対するプローブと、6p25に対するプローブ;
h)8番染色体計数プローブと、染色体サブ領域6p25を標的とするプローブ;
i)6番染色体計数プローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブ;
j)染色体サブ領域9p21を標的とするプローブと、17q25を標的とするプローブ;
k)8番染色体計数プローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブ;
l)染色体サブ領域9p21を標的とするプローブと、7q34を標的とするプローブ;
m)染色体サブ領域9p21を標的とするプローブと、1q23を標的とするプローブ;
n)染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、1q23を標的とするプローブ;及び
o)9番染色体計数プローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブである。
a)染色体サブ領域20q13に対するプローブと、9p21に対するプローブと、7q34に対するプローブ;
b)9番染色体計数プローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブ;
c)9番染色体計数プローブと、8番染色体計数プローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブ;
d)9番染色体計数プローブと、染色体サブ領域7q34を標的とするプローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブ;
e)8番染色体計数プローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域6p25を標的とするプローブ;
f)6番染色体計数プローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブ;
g)6番染色体計数プローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブ;
h)8番染色体計数プローブと、10番染色体計数プローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブ;
i)8番染色体計数プローブと、染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブ;並びに
j)染色体サブ領域9p21、6p25、及び7q34を標的とする3個のプローブである。
a)染色体サブ領域9p21、6p25、7q34、及び20q13に対するプローブ;
b)染色体サブ領域1q23、6p25、7q34、及び20q13に対するプローブ;
c)6番染色体計数プローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域7q34を標的とするプローブ;並びに
d)10番染色体計数プローブと、染色体サブ領域9p21を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域7q34を標的とするプローブである。
a)9番染色体計数プローブと、染色体領域9pに対するプローブ;
b)染色体領域9pを標的とするプローブと、染色体領域20qを標的とするプローブ;
c)8番染色体計数プローブと、染色体領域9pを標的とするプローブ;
d)6番染色体計数プローブと、染色体領域20qを標的とするプローブ;
e)染色体領域20qを標的とするプローブと、染色体領域6pを標的とするプローブ;
f)染色体領域9pを標的とするプローブと、染色体領域6pを標的とするプローブ;
g)8番染色体計数プローブと、染色体領域6pを標的とするプローブ;
h)6番染色体計数プローブと、染色体領域9pを標的とするプローブ;
i)染色体領域9pを標的とするプローブと、染色体領域17qを標的とするプローブ;
j)8番染色体計数プローブと、染色体領域20qを標的とするプローブ;
k)染色体領域9pを標的とするプローブと、染色体領域7qを標的とするプローブ;
l)染色体領域9pを標的とするプローブと、染色体領域1qを標的とするプローブ;
m)染色体領域20qを標的とするプローブと、染色体領域1qを標的とするプローブ;及び
n)9番染色体計数プローブと、染色体領域20qを標的とするプローブが挙げられる。
a)染色体領域20qを標的とするプローブと、染色体領域9pを標的とするプローブと、染色体領域7qを標的とするプローブ;
b)9番染色体計数プローブと、染色体領域20qを標的とするプローブと、染色体領域9pを標的とするプローブ;
c)9番染色体計数プローブと、8番染色体計数プローブと、染色体領域9pを標的とするプローブ;
d)9番染色体計数プローブと、染色体領域7qを標的とするプローブと、染色体領域9pを標的とするプローブ;
e)8番染色体計数プローブと、染色体領域20qを標的とするプローブと、染色体領域6pを標的とするプローブ;
f)6番染色体計数プローブと、染色体領域20qを標的とするプローブと、染色体領域9pを標的とするプローブ;
g)6番染色体計数プローブと、染色体領域20qを標的とするプローブと、染色体領域9pを標的とするプローブ;
h)8番染色体計数プローブと、10番染色体計数プローブと、染色体領域9pを標的とするプローブ;
i)8番染色体計数プローブと、染色体領域6pを標的とするプローブと、染色体領域9pを標的とするプローブ;及び
j)染色体領域9pを標的とするプローブと、染色体領域6pを標的とするプローブと、染色体領域7qを標的とするプローブが挙げられる。
a)染色体領域9pを標的とするプローブと、染色体領域6pを標的とするプローブと、染色体領域7qを標的とするプローブと、染色体領域20qを標的とするプローブ;
b)染色体領域1qを標的とするプローブと、染色体領域6pを標的とするプローブと、染色体領域7qを標的とするプローブと、染色体領域20qを標的とするプローブ;
c)6番染色体計数プローブと、染色体領域9pを標的とするプローブと、染色体領域20qを標的とするプローブと、染色体領域7qを標的とするプローブ;及び
d)10番染色体計数プローブと、染色体領域9pを標的とするプローブと、染色体領域20qを標的とするプローブと、染色体領域7qを標的とするプローブが挙げられる。
以上、本発明を詳細な説明に関連して記載したが、当然のことながら、上記記載は本発明の例証を目的とし、その範囲を限定するものではない。本発明の他の側面、利点、及び変形も特許請求の範囲に含まれる。
Claims (37)
- 患者からの生体サンプルにおけるメラノーマ細胞の存在の検出方法であって、
a)6番染色体計数プローブ、10番染色体計数プローブ、染色体領域6pを標的とするプローブ、染色体領域6qを標的とするプローブ、染色体領域7qを標的とするプローブ、染色体領域11qを標的とするプローブ、染色体領域17qを標的とするプローブ、染色体領域1qを標的とするプローブ、及び染色体領域20qを標的とするプローブから構成される群から選択される少なくとも2個のプローブの組み合わせとサンプルを接触させる段階と;
b)各プローブがその標的染色体又は染色体領域上のポリヌクレオチド配列と選択的に結合して安定なハイブリダイゼーション複合体を形成する条件下でセットの各プローブをサンプルと共にインキュベートする段階と;
c)プローブ組み合わせのハイブリダイゼーションパターンを検出し、ハイブリダイゼーションパターンがプローブの標的染色体領域に少なくとも1カ所の増加又は減少又はアンバランスを示す場合にはメラノーマであると判定する段階を含む前記方法。 - 少なくとも2個のプローブの組み合わせが0.29以下の理想との差(DFI)値をもつ請求項1に記載の方法。
- 少なくとも2個のプローブの組み合わせが約0.20以下のDFI値をもつ請求項1に記載の方法。
- 少なくとも2個のプローブ組み合わせにおけるプローブの1個が染色体サブ領域6p25を標的とするプローブである請求項1に記載の方法。
- 少なくとも2個のプローブの組み合わせにおける第2のプローブが10番染色体計数プローブ、サブ領域11q13を標的とするプローブ、及び染色体サブ領域6q23を標的とするプローブから構成される群から選択される請求項4に記載の方法。
- 組み合わせが請求項1に記載の群から選択される少なくとも3個のプローブの組み合わせである請求項1に記載の方法。
- 3個のプローブのうちの1個が染色体サブ領域6p25を標的とするプローブである請求項6に記載の方法。
- 少なくとも3個のプローブの組み合わせが、
a)染色体サブ領域6q23を標的とするプローブと、6番染色体計数プローブ;
b)染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
c)染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
d)染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
e)染色体サブ領域17q25を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
f)染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
g)染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブ;
h)染色体サブ領域7q34を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
i)染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
j)染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブ;
k)染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域6q23を標的とするプローブ;
l)染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
m)染色体サブ領域7q34を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;及び
n)染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブから構成される2個のプローブの群から選択される2個のプローブをもつ請求項7に記載の方法。 - 少なくとも3個のプローブの組み合わせが染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブをもつ請求項6に記載の方法。
- プローブの組み合わせが請求項1に記載の群から選択される少なくとも4個のプローブの組み合わせである請求項1に記載の方法。
- 4個のプローブのうちの1個が染色体サブ領域6p25に対するプローブである請求項10に記載の方法。
- 更に、4個のプローブの組み合わせが、
a)染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブと、10番染色体計数プローブ;
b)染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
c)染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
d)染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
e)染色体サブ領域6q23に対するプローブと、色体サブ領域1q31に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
f)染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
g)染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
h)染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
i)染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
j)染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
k)染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
l)染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
m)染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
n)染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
o)染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
p)染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ;
q)染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ;
r)染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
s)染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
t)染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
u)染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;及び
v)染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ10番染色体計数プローブから構成される3個のプローブの群から選択される3個のプローブをもつ請求項11に記載の方法。 - 少なくとも4個のプローブの組み合わせが染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブをもつ請求項10に記載の方法。
- 生体サンプルが皮膚生検である請求項1に記載の方法。
- 生体サンプルがホルマリン固定パラフィン包埋サンプルである請求項14に記載の方法。
- プローブが蛍光標識されている請求項1に記載の方法。
- 患者からの生体サンプルにおけるメラノーマ細胞の有無の検出方法であって、
a)6番染色体計数プローブ、10番染色体計数プローブ、染色体領域6pを標的とするプローブ、染色体領域6qを標的とするプローブ、染色体領域7qを標的とするプローブ、染色体領域11qを標的とするプローブ、染色体領域17qを標的とするプローブ、染色体領域1qを標的とするプローブ、及び染色体領域20qを標的とするプローブから構成される群から選択される少なくとも2個のプローブの組み合わせとサンプルを接触させる段階と;
b)各プローブがその標的染色体又は染色体領域上のポリヌクレオチド配列と選択的に結合して安定なハイブリダイゼーション複合体を形成する条件下でセットの各プローブをサンプルと共にインキュベートする段階と;
c)プローブ組み合わせのハイブリダイゼーションパターンをメラノーマの有無について検出及び分析する段階を含む前記方法。 - 請求項1に記載の群から選択される少なくとも2個のプローブを含み、メラノーマに関して約0.29未満の理想との差(DFI)値をもつプローブ組み合わせ。
- プローブ組み合わせが約0.20未満のDFI値をもつ請求項18に記載のプローブ組み合わせ。
- 2個のプローブが、
a)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
b)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ;及び
c)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブから構成される群から選択される請求項18に記載のプローブ組み合わせ。 - 請求項1に記載の群から選択される少なくとも3個のプローブを含み、メラノーマに関して約0.29未満の理想との差(DFI)値をもつプローブ組み合わせ。
- 3個のプローブが、
a)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域6q23を標的とするプローブと、6番染色体計数プローブ;
b)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
c)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
d)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
e)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
f)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
g)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブ;
h)染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
i)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域7q34を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
j)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
k)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブ;
l)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域6q23を標的とするプローブ;
m)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
n)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域7q34を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;及び
o)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブから構成される群から選択される請求項21に記載のプローブ組み合わせ。 - 請求項1に記載の群から選択される少なくとも4個のプローブを含み、メラノーマに関して約0.29未満の理想との差(DFI)値をもつプローブ組み合わせ。
- 4個のプローブが、
a)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブと、10番染色体計数プローブ;
b)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
c)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
d)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
e)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
f)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
g)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
h)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
i)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
j)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
k)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
l)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
m)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
n)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
o)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
p)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ;
q)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ;
r)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
s)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
t)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
u)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
v)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;及び
x)染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブから構成される群から選択される請求項23に記載のプローブ組み合わせ。 - 6番染色体計数プローブ、10番染色体計数プローブ、染色体領域6pを標的とするプローブ、染色体領域6qを標的とするプローブ、染色体領域7qを標的とするプローブ、染色体領域11qを標的とするプローブ、染色体領域17qを標的とするプローブ、染色体領域1qを標的とするプローブ、及び染色体領域20qを標的とするプローブから構成される群から選択される2個のプローブの組み合わせ。
- 請求項25に記載の群から選択される3個のプローブの組み合わせ。
- 請求項25に記載の群から選択される4個のプローブの組み合わせ。
- 請求項1に記載の群から選択される少なくとも2個のプローブの組み合わせを含むキットであって、プローブ組み合わせがメラノーマに関して約0.29未満の理想との差(DFI)値をもつ前記キット。
- プローブ組み合わせが約0.20未満のDFI値をもつ請求項28に記載のキット。
- 2個のプローブが、
a)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
b)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ;及び
c)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブから構成される群から選択される請求項28に記載のキット。 - 請求項1に記載のプローブ群から選択される少なくとも3個のプローブの組み合わせを含むキット。
- 3個のプローブが、
a)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域6q23を標的とするプローブと、6番染色体計数プローブ;
b)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
c)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
d)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
e)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
f)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
g)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブ;
h)染色体サブ領域1q31を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
i)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域7q34を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
j)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域17q25を標的とするプローブ;
k)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブ;
l)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、染色体サブ領域6q23を標的とするプローブ;
m)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域11q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;
n)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域7q34を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブ;及び
o)染色体サブ領域6p25を標的とするプローブと、染色体サブ領域20q13を標的とするプローブと、10番染色体計数プローブから構成される群から選択される請求項31に記載のキット。 - 請求項1に記載のプローブ群から選択される少なくとも4個のプローブの組み合わせを含むキット。
- 4個のプローブが、
a)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブと、10番染色体計数プローブ;
b)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
c)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
d)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
e)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
f)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
g)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
h)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
i)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブ;
j)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
k)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域1q31に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
l)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
m)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
n)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
o)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
p)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ;
q)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブ;
r)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
s)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
t)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域20q13に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブ;
u)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;
v)染色体サブ領域6p25に対するプローブと、染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域11q13に対するプローブと、10番染色体計数プローブ;及び
x)染色体サブ領域17q25に対するプローブと、染色体サブ領域7q34に対するプローブと、染色体サブ領域6q23に対するプローブと、6番染色体計数プローブから構成される群から選択される請求項33に記載のキット。 - メラノーマ診断用プローブセットを含むキットであって、プローブセットが6番染色体計数プローブ、10番染色体計数プローブ、染色体領域6pを標的とするプローブ、染色体領域6qを標的とするプローブ、染色体領域7qを標的とするプローブ、染色体領域11qを標的とするプローブ、染色体領域17qを標的とするプローブ、染色体領域1qを標的とするプローブ、及び染色体領域20qを標的とするプローブから構成される群から選択される2個のプローブの組み合わせである前記キット。
- メラノーマ診断用プローブセットを含むキットであって、プローブセットが請求項35に記載のプローブ群から選択される3個のプローブの組み合わせである前記キット。
- メラノーマ診断用プローブセットを含むキットであって、プローブセットが請求項35に記載のプローブ群から選択される4個のプローブの組み合わせである前記キット。
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