JP2008170346A - Mass analyzing system - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、ペプチド、糖鎖などの生体高分子、薬品分子、ダイオキシン、爆発物含有のイオン等の質量分析に好適なタンデム型質量分析システムに関し、特に、微量な成分を検出するのに好適なタンデム型質量分析システムに関する。 The present invention relates to a tandem mass spectrometry system suitable for mass spectrometry of biopolymers such as peptides and sugar chains, chemical molecules, dioxins, ions containing explosives, and the like, and particularly suitable for detecting trace components. The present invention relates to a tandem mass spectrometry system.
一般的な質量分析法では、測定対象の試料をイオン化し、生成された様々なイオンを質量分析装置に送り込む。質量分析装置では、イオンの質量数 m、価数zの比である質量対電荷比 m/z毎に、イオン強度を測定し、マススペクトルを生成する。マススペクトルは、横軸が質量対電荷比 m/z、縦軸がイオン強度のピーク(イオンピーク)のスペクトルである。このように、試料をイオン化したものをそのまま質量分析することをMS1質量分析と呼ぶ。 In general mass spectrometry, a sample to be measured is ionized and various generated ions are sent to a mass spectrometer. In the mass spectrometer, the ion intensity is measured for each mass-to-charge ratio m / z, which is the ratio of the mass number m of ions to the valence number z, and a mass spectrum is generated. In the mass spectrum, the horizontal axis represents the mass-to-charge ratio m / z, and the vertical axis represents the ion intensity peak (ion peak). Thus, mass analysis of an ionized sample as it is is called MS 1 mass spectrometry.
タンデム型質量分析法では、MS1質量分析にて検出されたイオンピークのうち、ある特定の質量対電荷比 m/zの値を有するイオンピークを選定し、そのイオンを、ガス分子との衝突等により解離分解させる。こうして、生成した解離イオン種に対して、質量分析を行い、同様にマススペクトルを生成する。このように選択したイオン種を親イオン又は前駆イオンと呼ぶ。また、この質量分析をMS2質量分析と呼ぶ。 In tandem mass spectrometry, an ion peak having a specific mass-to-charge ratio m / z value is selected from the ion peaks detected by MS 1 mass spectrometry, and the ion collides with a gas molecule. Dissociate and decompose by, for example. Thus, mass analysis is performed on the generated dissociated ion species, and a mass spectrum is similarly generated. The ionic species selected in this way is called a parent ion or a precursor ion. This mass spectrometry is called MS 2 mass spectrometry.
タンデム型質量分析法では、このように、親イオンの選択及び解離、解離したイオンの質量分析を繰返し行い、マススペクトルを生成する。以下に、n段目の質量分析をMSn+1質量分析と呼び、MSn+1質量分析にて得られたマススペクトルをMSn+1マススペクトルと呼ぶこととする。 In the tandem mass spectrometry, the selection and dissociation of the parent ion and the mass analysis of the dissociated ions are repeatedly performed to generate a mass spectrum. Hereinafter, the mass analysis of the n-th stage is referred to as MS n + 1 mass spectrometry, the mass spectrum obtained by the MS n + 1 mass spectrometry will be referred to as the MS n + 1 mass spectra.
タンデム型質量分析法を用いて、タンパク質に含まれるペプチドのアミノ酸の配列を解析することができる。MS2マススペクトルよりアミノ酸の配列を読み取る手法には、データベース検索による方法、de novo法等が知られている。病気に起因する未知タンパク質は通常にデータベースに存在しない場合が多い。そこで、このようなタンパク質に由来するペプチドを解析する場合には、de novo法が利用される。de novo法は、マススペクトルのピーク及び質量対電荷比 m/zに基づいてアミノ酸配列を同定する技術であり、当業者により既知であり、ここでは詳細な説明は省略する。また、de novo法を実現するコンピュータソフトウエアは市販されている。 Tandem mass spectrometry can be used to analyze the amino acid sequence of a peptide contained in a protein. Known methods for reading amino acid sequences from MS 2 mass spectra include database search methods and de novo methods. In many cases, an unknown protein resulting from a disease is not usually present in a database. Therefore, when analyzing peptides derived from such proteins, the de novo method is used. The de novo method is a technique for identifying an amino acid sequence based on a mass spectrum peak and a mass-to-charge ratio m / z, and is known by those skilled in the art, and detailed description thereof is omitted here. Computer software that realizes the de novo method is commercially available.
通常のパーソナルコンピュータを用いてde novo法による解析を行う場合、1ケース当たり数秒かかる。そのため、MS2マススペクトルよりde novo法を用いてアミノ酸配列を同定する処理は、通常、全ての分析が終了した後に行われる。そのため、後処理と称される。即ち、de novo法による解析をリアルタイムで実行するのは困難である。例えば、特許文献1に記載された方法でも、全ての分析終了後に後処理を実施している。
When analyzing by the de novo method using a normal personal computer, it takes several seconds per case. Therefore, the process of identifying the amino acid sequence from the MS 2 mass spectrum using the de novo method is usually performed after all the analyzes are completed. Therefore, it is called post-processing. That is, it is difficult to execute the analysis by the de novo method in real time. For example, even in the method described in
上述のように、de novo法による解析では、1ケース当たりのイオンの分析時間は一定である。従って、MS2質量分析において、親イオンとして選択できるイオン数には限度がある。通常、親イオンを選択する場合、MS1マススペクトルよりイオン強度の高い順に選択する。そのため、MS1マススペクトルにおけるピーク強度が小さいイオン、即ち、微量イオンを選択することができないことになる。即ち、後処理データとして入手できるのは、多量に含まれる成分のデータのみとなる。 As described above, in the analysis by the de novo method, the analysis time of ions per case is constant. Therefore, there is a limit to the number of ions that can be selected as parent ions in MS 2 mass spectrometry. Usually, when selecting parent ions, they are selected in order of higher ion intensity than the MS 1 mass spectrum. Therefore, ions having a small peak intensity in the MS 1 mass spectrum, that is, trace ions cannot be selected. That is, only the data of components contained in a large amount can be obtained as post-processing data.
従来の方法は、試料中に多量に含まれる成分を分析する場合に好適であるが、試料中に微量に含まれる成分を分析する場合には利用できない。試料中に多量に含まれる成分は通常、既知のペプチドである場合が多いが、微量成分は未知ペプチドである場合が多い。 The conventional method is suitable for analyzing a component contained in a large amount in a sample, but cannot be used for analyzing a component contained in a trace amount in a sample. The component contained in a large amount in the sample is usually a known peptide in many cases, but the trace component is often an unknown peptide.
従来の方法では、試料中に微量に含まれる未知のペプチドを分析する場合には、再計測を行うか、又は、1ケース当たりのイオンの分析時間を延長する必要である。 In the conventional method, when analyzing an unknown peptide contained in a trace amount in a sample, it is necessary to perform remeasurement or to extend the analysis time of ions per case.
本発明の目的は、再計測を行うことなく、且つ、1ケース当たりのイオンの分析時間を延長することなく、試料中に含まれる微量成分を分析することができる質量分析システムを提供することにある。 An object of the present invention is to provide a mass spectrometry system capable of analyzing a trace component contained in a sample without performing remeasurement and without extending the analysis time of ions per case. is there.
本発明のタンデム型質量分析システムによると、MS1マススペクトルのピークのイオンからMS2質量分析のための親イオンの候補が選択されるとき、データベースを検索し、データベースに格納されていない成分、又は、データベースに格納されているが所定数N以上の分子の配列が同定されていない成分が親イオンとして選択され、該選択された親イオンの各々に対して、所定数N以上の分子列が同定されるまで、MS2質量分析が行われる。 According to the tandem mass spectrometry system of the present invention, when a candidate for a parent ion for MS 2 mass analysis is selected from ions in a peak of the MS 1 mass spectrum, the database is searched and components not stored in the database are selected. Alternatively, a component that is stored in the database but for which a sequence of molecules of a predetermined number N or more has not been identified is selected as a parent ion, and a molecule sequence of a predetermined number N or more is selected for each of the selected parent ions. MS 2 mass spectrometry is performed until identified.
本発明により、計測時間の無駄がなく、ユーザの欲する微量な未知タンパク質由来のペプチドの定性分析が可能な質量分析装置を実現することができる。 According to the present invention, it is possible to realize a mass spectrometer capable of performing qualitative analysis of a peptide derived from a small amount of unknown protein desired by a user without waste of measurement time.
図1を参照して本発明のタンデム型質量分析システムの第1の例を説明する。本発明のタンデム型質量分析システムは、ペプチド、糖鎖などの生体高分子、薬品分子、ダイオキシン、爆発物含有のイオン等を質量分析が可能であるが、ここでは、タンパク質の質量分析を行う場合について説明する。 A first example of the tandem mass spectrometry system of the present invention will be described with reference to FIG. The tandem mass spectrometry system of the present invention is capable of mass spectrometry of biopolymers such as peptides and sugar chains, drug molecules, dioxins, ions containing explosives, etc. Will be described.
本例のタンデム型質量分析システムは、同定したタンパク質由来のペプチドに関するデータを格納する内部データベース10、試料であるタンパク質をポリペプチドの大きさに分解し分画する前処理系11、ペプチドをイオン化するイオン化部12、イオンを質量対電荷比 m/z に応じて分離する質量分析部13、分離されたイオンを検出しマススペクトルを生成するイオン検出部14、マススペクトル等のデータを整理及び処理するデータ処理部15、分析結果である質量分析データを表示する表示部16、これらの構成部の処理を制御する制御部17、及び、ユーザがデータ及び命令を入力するための入力部18を有する。
The tandem mass spectrometry system of this example has an
試料であるタンパク質は、先ず、前処理系11に導入される。前処理系11は、液体クロマトグラフ(LC)を有する。前処理系11では、タンパク質を消化酵素によりポリペプチドの大きさに分解し、液体クロマトグラフ(LC)の吸着力の差異に従って、時間的に分離及び分画する。液体クロマトグラフ(LC)の代わりにガスクロマトグラフが用いられてよい。
MS1質量分析では、ペプチドはイオン化部12によってイオン化され、質量分析部13に送られる。イオン化部12は、ESI(Electro Spray Ionization)又はMALDI(Matrix Assisted Laser Desorption Ionization)であってよい。イオンは質量分析部13によって、質量対電荷比 m/z に応じて分離される。ここで、mはイオン質量、zはイオンの帯電価数である。イオン検出部14によって、MS1マススペクトルが生成される。
A protein as a sample is first introduced into the
In MS 1 mass spectrometry, the peptide is ionized by the
MS2質量分析では、MS1マススペクトルから選択された親イオンを解離する。本例では、親イオンの解離方法として、親イオンをヘリウムなどのバッファーガスに衝突させて解離させる衝突解離(Collision Induced Dissociation)法を用いる。本例では、内部に中性ガスを充填したコリジョンセル (collision cell) 13Aが設けられている。
In MS 2 mass spectrometry, the parent ion selected from the MS 1 mass spectrum is dissociated. In this example, as a method for dissociating the parent ion, a collision dissociation method is used in which the parent ion collides with a buffer gas such as helium to dissociate. In this example, a
質量分析部13は、特定の質量対電荷比(m/z)又は特定の質量対電荷比(m/z)の領域の親イオンを捕獲し、それをまとめてコリジョンセル13Aに投入する。特定の親イオンを捕獲するには、例えば、排除すべきイオンが共鳴状態となるように、所定の周波数の共鳴電圧をトラップ電圧に重畳印加させる。
The
親イオンは、コリジョンセル13Aに内の中性ガスと衝突し、解離する。親イオンを中性ガスと衝突させるには、親イオンに共鳴する周波数の電圧を印加する。尚、質量分析部13に中性ガスを充満させて、質量分析部13内で親イオンを中性ガスに衝突させ、解離させてもよい。その場合、コリジョンセル13Aは不要になる。
The parent ions collide with the neutral gas in the
親イオンの解離方法として、親イオンに低エネルギーの電子を照射し、多量の低エネルギー電子を捕獲させることにより解離させる電子捕獲解離(Electron Capture Dissociation)法、親イオンにイオンビームを照射し、電子を移動させることにより解離させる電子移動解離(Electron Transfer Dissociation)法等を用いてもよい。 As a method of dissociating the parent ion, an electron capture dissociation method in which the parent ion is irradiated with low-energy electrons and a large amount of low-energy electrons are captured, the parent ion is irradiated with an ion beam, and electrons are emitted. Alternatively, an electron transfer dissociation method for dissociating the metal by moving it may be used.
コリジョンセル13Aによって解離された親イオンは質量分析部13によって、質量対電荷比 m/z に応じて分離される。分離されたイオンは、イオン検出部14によって検出され、MS2マススペクトルが生成される。MS2マススペクトルは、データ処理部15によって処理され、その分析結果である質量分析データは表示部16にて表示される。データ処理部15による処理は後処理と称される。
The parent ions dissociated by the
この一連の質量分析過程、即ち、試料のイオン化、イオン化した試料の質量分析部13への輸送及び入射、親イオンの解離及び分離、親イオン検出、データ処理等の処理は、制御部17が制御する。
The
MS2マススペクトルからアミノ酸配列を同定するには高速de novo法が用いられてよい。de novo法は周知であり、ここでは詳細に説明しない。また、市販の高速de novo法のソフトウエアを用いてよい。 A fast de novo method may be used to identify amino acid sequences from MS 2 mass spectra. The de novo method is well known and will not be described in detail here. Commercially available high-speed de novo software may be used.
図2を参照して、本発明によるタンデム型質量分析方法の概念を説明する、ここでは、従来のタンデム型質量分析方法と比較しながら説明する。タンデム型質量分析方法では、先ず、試料のタンパク質をペプチドに分解し、MS1質量分析を行い、MS1マススペクトル200を得る。図示のように、MS1マススペクトル200は、横軸が質量対電荷比 m/z、縦軸がイオン強度のグラフであり、質量対電荷比 m/z毎のピークとして現れる。 The concept of the tandem mass spectrometry method according to the present invention will be described with reference to FIG. 2. Here, the concept will be described in comparison with a conventional tandem mass spectrometry method. In the tandem mass spectrometry method, first, a sample protein is decomposed into peptides, and MS 1 mass spectrometry is performed to obtain an MS 1 mass spectrum 200. As shown in the figure, the MS 1 mass spectrum 200 is a graph in which the horizontal axis represents the mass-to-charge ratio m / z and the vertical axis represents the ion intensity, and appears as a peak for each mass-to-charge ratio m / z.
図示の例では、MS1マススペクトル200は、ペプチドAを表わすピーク201、ペプチドBを表わすピーク202、ペプチドCを表わすピーク203を含むものとする。MS1マススペクトル200のピーク201、202、203の高さは、各ペプチドA、B、Cの含有量の相対的な比を表わす。本例では、ペプチドBの含有量が最も高く、次に、ペプチドAの含有量が高く、ペプチドCの含有量は最も低い。
In the illustrated example, the MS 1 mass spectrum 200 includes a
一方、内部データベース10には、試料に対する質量分析結果が格納されている。ペプチドAを親イオンとして選択した場合のMS2マススペクトル211、ペプチドBを親イオンとして選択した場合のMS2マススペクトル212、ペプチドCを親イオンとして選択した場合のMS2マススペクトル213が既に得られている。更に、内部データベース10には、MS2マススペクトル211から1個のアミノ酸配列が同定されたこと、MS2マススペクトル212から5個のアミノ酸配列が同定されたこと、MS2マススペクトル213からアミノ酸配列が同定されなかったこと、の情報が格納されている。
On the other hand, the
同定されたアミノ酸配列数が多いほど、ペプチド及びタンパク質を正確に同定することができる。 The greater the number of amino acid sequences identified, the more accurately peptides and proteins can be identified.
そこで、本例では、少なくとも5つのアミノ酸を同定することができれば、ペプチド及びタンパク質を相当な精度にて同定することができる判定する。アミノ酸の種類は約20種類ある。従って、5つのアミノ酸を同定することができれば、20の5乗の数(約10万)のペプチド又はタンパク質の同定が可能であると考えられる。図2の例では、ペプチドBから5つのアミノ酸が同定されているため、ペプチドBに関するデータが十分な精度にて得られていると判定する。尚、ここでは、5つのアミノ酸が同定されていることを条件としたが、これは単なる例であり、例えば、6つのアミノ酸が同定されていることを条件としてもよく、4つのアミノ酸が同定されていることを条件としてもよい。 Therefore, in this example, if at least five amino acids can be identified, it is determined that peptides and proteins can be identified with considerable accuracy. There are about 20 kinds of amino acids. Therefore, if five amino acids can be identified, it is considered possible to identify 20 to the fifth power (about 100,000) of peptides or proteins. In the example of FIG. 2, since five amino acids have been identified from peptide B, it is determined that the data regarding peptide B is obtained with sufficient accuracy. Here, the condition is that five amino acids have been identified, but this is merely an example. For example, six amino acids may be identified, and four amino acids are identified. It is good also as a condition.
従来の技術では、MS1マススペクトル200のピークの中から、ピークの高い順に所定の数の親イオンを選択する。近年では、全てのピークを親イオンとして選択する場合もある。従来の技術では、内部データベース10にどのようなデータが格納されているかとは無関係に、親イオンを選択する。図2の例では、ピーク202が最も強度が高い。従って、最初にペプチドBを、親イオンとして選択し、MS2質量分析を行う。MS2マススペクトルが得られたら、それによりアミノ酸を同定する。しかしながら、内部データベース10には、既に、ペプチドBに由来する5つのアミノ酸配列が格納されている。そのため、ペプチドBに関して重複したデータが得られる可能性がある。
In the conventional technique, a predetermined number of parent ions are selected from the peaks of the MS 1 mass spectrum 200 in descending order of the peaks. In recent years, all peaks may be selected as parent ions. In the conventional technique, a parent ion is selected regardless of what data is stored in the
そこで、本発明によると、内部データベース10に格納されているペプチドのうち、5つ以上のアミノ酸配列が同定されているペプチドは、親イオンとして選択しない。従って、内部データベース10には格納されていないペプチドであるか、又は、内部データベース10には格納されているが、同定されているアミノ酸が5つ未満であるペプチドを親イオンとして選択する。このようにデータ不足のペプチドを順に親イオンとして選択し、MS2質量分析を行い、MS2マススペクトルを得る。得られたMS2マススペクトルは、内部データベース10に蓄積される。内部データベース10に既に同一のペプチドのデータがある場合には、それに積算する。こうして、5つ以上のアミノ酸を同定することができるまで、MS2質量分析を繰り返す。これを全てのデータ不足のペプチドについて行うと、最終的には、内部データベース10の格納されている全てのペプチドに対して、少なくとも5つのアミノ酸が同定される。こうして本発明によると、試料であるタンパク質に含まれる微量のペプチドについても、アミノ酸配列を同定することができるから、未知のタンパク質に含まれる微量のペプチドを同定することができる。
Therefore, according to the present invention, a peptide in which five or more amino acid sequences are identified among peptides stored in the
図2の例では、ペプチドA、Cが親イオンとなる。ペプチドA、Cのうち、どちらを先に親イオンとして選択し、MS2質量分析を行うかは、特に限定されない。ペプチドA、Cのうち、ピークの高さが高い順にMS2質量分析を行ってもよい。また、MS2分析のイオン解離手法としては、CIDのほかにECD,ETDを選択しても良い。 In the example of FIG. 2, peptides A and C are parent ions. Which of peptides A and C is selected as the parent ion first and MS 2 mass spectrometry is performed is not particularly limited. Among peptides A and C, MS 2 mass spectrometry may be performed in order of increasing peak height. Further, as an ion dissociation method for MS 2 analysis, ECD or ETD may be selected in addition to CID.
図3を参照して本発明によるタンデム型質量分析方法の第1の例を説明する。ステップS11にて、データ処理部15は、MS1質量分析によって得られたMS1マススペクトルを得る。ステップS12にて、データ処理部15は、MS1マススペクトルからピーク判定を行う。即ち、MS1マススペクトルに含まれる全てのピークの強度及び質量対電荷比 m/zを検出する。こうして得られたピークの総数をNpとする。ステップS13にて、同位体ピーク判定を行う。同位体ピーク判定では、質量数は同一であるが価数数が異なるため、質量対電荷比 m/zが異なるものを検出する。即ち、ピークの総数Npより同位体数を減算する。こうして得られたピークの総数Npiには、同位体数が含まれない。尚、Npi≦Npである。
A first example of the tandem mass spectrometry method according to the present invention will be described with reference to FIG. In step S11, the
ステップS14にて、MS1マススペクトルから得られた総数Npiのピークの各々に対して、内部データベース10に格納されたデータと比較する。ここで比較するデータは、試料中の予め指定したタンパク質を酵素分解したときに生成されると予想される全ペプチドの質量数m及び価数z、液体クロマトグラフ(LC)のリテンションタイム(保持時間)、MS1マススペクトルの全てのピークの強度値、等である。これらの情報を、ここではピーク情報と称する。
In step S14, each of the total number Npi peaks obtained from the MS 1 mass spectrum is compared with the data stored in the
ステップS141にて、各ピークの質量数 m及び価数zを算出し、ステップS142にて、各ピークのリテンションタイム(保持時間)を算出する。ステップS143にて、算出したデータを、内部データベース10に格納されているデータと比較し、一致するものがあるか否かを判定する。一致するものが無い場合には、ステップS146に進み、一致するものが有る場合には、ステップS144に進む。ステップS144にて、内部データベース10より、データが一致するペプチドに関する情報を読出し、そのペプチドに対して5つ以上のアミノ酸配列が同定されているか否かを判定する。5つ以上のアミノ酸配列が同定されている場合には、ステップS145に進み、そのペプチドをMS2質量分析用の親イオンの対象から除外する。5つ以上のアミノ酸配列が同定されていない場合には、ステップS146に進む。この場合の、イオン解離手法としては、CIDのほかにECD,ETDを選択しても良い。
In step S141, the mass number m and valence z of each peak are calculated, and in step S142, the retention time (holding time) of each peak is calculated. In step S143, the calculated data is compared with the data stored in the
ステップS146にて、MS2質量分析用の親イオンの候補を選定する。ここで、MS2質量分析用の親イオンの候補となるのは、内部データベース10に格納されていないペプチド、又は、内部データベース10に格納されているが、5つ以上のアミノ酸配列が同定されていないペプチドである。
In step S146, parent ion candidates for MS 2 mass spectrometry are selected. Here, a candidate for a parent ion for MS 2 mass spectrometry is a peptide that is not stored in the
ステップS15にて、MS2質量分析用の親イオンを選択する。ステップS146にて用意された親イオンの候補から親イオンを選択する。ステップS16にて、MS2質量分析を実行する。この場合の、イオン解離手法としては、CIDのほかにECD,ETDを選択しても良い。ステップS17にて、MS2マススペクトルのピークの強度を、内部データベース10に格納する。既に、内部データベース10に、同一の親イオンに対するMS2マススペクトルのピーク情報が格納されている場合には、それに積算する。ステップS18にて、MS2マススペクトルのピーク情報を分析して、アミノ酸配列を同定する。アミノ酸配列の同定は、de novo法によって行う。ステップS19にて、同定されたアミノ酸配列数の総計が5つ以上であるか否かを判定する。
In step S15, a parent ion for MS 2 mass spectrometry is selected. A parent ion is selected from the parent ion candidates prepared in step S146. In step S16, MS 2 mass spectrometry is executed. In this case, as an ion dissociation method, ECD or ETD may be selected in addition to CID. In step S17, the peak intensity of the MS 2 mass spectrum is stored in the
5つ以上のアミノ酸配列が同定されない場合には、ステップS20に進む。ステップS20にて、同一の親イオンに対して、MS2質量分析を再度実行する。尚、この場合、前回のMS2質量分析とは異なる条件にて実行する。例えば、積算回数を増加させてもよいが、解離時間を延ばしてもよい。こうして、解離時間を延ばすことにより、より多くのアミノ酸配列を同定することができる。解離時間を延ばす例は、後に、図5を参照して説明する。ここで、MS1マススペクトルのピークの強度が最大値の20%まで減少した場合には、別の親イオンに変更して、MS2質量分析を行う。これについては、後に、図7を参照して説明する。 If five or more amino acid sequences are not identified, the process proceeds to step S20. In step S20, MS 2 mass spectrometry is performed again on the same parent ion. In this case, the measurement is performed under conditions different from the previous MS 2 mass spectrometry. For example, the number of integrations may be increased, but the dissociation time may be extended. Thus, more amino acid sequences can be identified by extending the dissociation time. An example of extending the dissociation time will be described later with reference to FIG. Here, when the intensity of the peak of the MS 1 mass spectrum decreases to 20% of the maximum value, MS 2 mass spectrometry is performed by changing to another parent ion. This will be described later with reference to FIG.
以下、同様に、MS2マススペクトルのピーク情報を、内部データベース10に格納されている同一の親イオンに対するMS2マススペクトルのピーク情報に積算する。これを繰り返すことにより、ステップS19にて、5つ以上のアミノ酸配列が同定される。
Hereinafter, likewise, the peak information of MS 2 mass spectrum, integrating the peak information of MS 2 mass spectrum for the same parent ions stored in the
5つ以上のアミノ酸配列が同定された場合には、ステップS15に戻り、次の親イオンを選択する。この親イオンに対して、ステップS16からステップS19を繰り返す。こして本例によると、内部データベース10には、ステップS146に得られたMS2質量分析用の全ての親イオンの各々に対して、少なくとも5つのアミノ酸配列が得られる。従って、総数Npiのピークの各々に対して、少なくとも5つのアミノ酸配列が得られる。
If five or more amino acid sequences have been identified, the process returns to step S15 to select the next parent ion. Steps S16 to S19 are repeated for this parent ion. Thus, according to this example, at least 5 amino acid sequences are obtained in the
図4を参照して本発明によるタンデム型質量分析方法の第1の例の変形例を説明する。ここでは、図3の処理と異なる部分のみを説明する。本例では、ステップS19にて、同定されたアミノ酸配列数の総計が5つ以上であり、且つ、MS2マススペクトルのピークの強度の積算値が所定値より大きいか否かを判定する。 A modified example of the first example of the tandem mass spectrometry method according to the present invention will be described with reference to FIG. Here, only a different part from the process of FIG. 3 is demonstrated. In this example, in step S19, it is determined whether or not the total number of identified amino acid sequences is 5 or more and the integrated value of the peak intensity of the MS 2 mass spectrum is greater than a predetermined value.
図5A及び図5Bを参照して説明する。ここでは、本発明のタンデム型質量分析方法において、図3に示した処理を実時間にて実行することを説明する。 This will be described with reference to FIGS. 5A and 5B. Here, in the tandem mass spectrometry method of the present invention, the execution of the processing shown in FIG. 3 in real time will be described.
図5Aは、図3のタンデム型質量分析方法のタイムチャートを示し、縦軸が質量分析部13にて印加される電圧、横軸が時間のグラフである。先ず、時点t1〜t2まで、MS1質量分析を行い、時点t2〜t3までの準備時間ΔTpにて、ステップS11からステップS14までの処理を行う。時点t3〜t4まで親イオンAに対してMS2質量分析を行う。時点T4〜t5までの準備時間ΔTpにて、de novo法を用いて。MS2マススペクトルよりアミノ酸配列を同定する。本例では、少なくとも5つの親アミノ酸配列を同定することができたものとする。時点t5〜t6まで、次の親イオンBに対してMS2質量分析を行う。
FIG. 5A shows a time chart of the tandem mass spectrometry method of FIG. 3, in which the vertical axis is a voltage applied by the
図5Bは、図3のタンデム型質量分析方法のタイムチャートを示し、縦軸が質量分析部13にて印加される電圧、横軸が時間のグラフである。先ず、時点t1〜t2まで、MS1質量分析を行い、時点t2〜t3までの準備時間ΔTpにて、ステップS11からステップS14までの処理を行う。時点t3〜t4まで親イオンAに対してMS2質量分析を行う。時点t4〜t5までの準備時間ΔTpにて、MS2マススペクトルよりアミノ配列を同定する。本例では、3つの親イオンを同定することができた。即ち、少なくとも5つの親イオンを同定することができなかった。そこで、時点t5〜t6まで、同一の親イオンAに対してMS2質量分析を繰り返す。この場合、前回のMS2質量分析の場合と比較してより長い解離時間が設定されている。
FIG. 5B shows a time chart of the tandem mass spectrometry method of FIG. 3, in which the vertical axis is a voltage applied by the
準備時間ΔTpは、例えば、約30msecである。図3に示す一連の処理は、データ処理部15が実行する。データ処理部15における処理を測定の実時間にて実行するためには、上述のように、図3に示す一連の処理を、この準備時間ΔTp内で完了する必要がある。このような高速処理を実現するために、データ処理部15にキャッシュメモリやハードディスクを設けてよく、必要であれば、並列計算機を用いてもよい。本例によると、測定の実時間内に高速de novo法によってMS2マススペクトルからアミノ酸配列を同定し、同定したアミノ酸の数が5個以上か否かを判定する。こうして、微量のペプチドに対しても、タンデム質量分析が可能となる。さらに、高速de novoの処理と運転シーケンスを別々にする方法を採用しても良い。
The preparation time ΔTp is, for example, about 30 msec. The series of processing shown in FIG. 3 is executed by the
図6は、内部データベース10に格納されているデータの例を示す。内部データベース10には、同定されたペプチドの質量数 m 、液体クロマトグラフ(LC)の保持時間τ、一定期間毎のMS1マススペクトルのピーク強度、MS2マススペクトルのピークのm,zと強度の積算値、アミノ酸配列とその数、着目するペプチドに関するMS2解離イオンの強度和が格納される。これらのデータは、計測後、自動的に内部データベース10に格納される。これらのデータの内部データベース10への格納処理は、測定の実時間内で実施するのが望ましいが、処理量が多い場合、例えば、タンパク質由来のペプチドの導出などが発生する場合、測定の実時間内で実施しなくても良い。
FIG. 6 shows an example of data stored in the
図7は、MS1マススペクトルのピーク強度の時間変化を示す図であり、縦軸は、MS1マススペクトルのピーク強度、横軸は時間である。上述のように、図3のステップS19にて、MS2マススペクトルから5つ以上のアミノ酸配列を同定することができなかった場合には、図3のステップS20にて、同一の親イオンに対して、MS2質量分析を繰り返す。しかしながら、MS1マススペクトルのピーク強度は、最大値を過ぎると、時間と共に減少する。そこで、MS1マススペクトルのピークの強度が最大値の20%まで減少した場合には、別の親イオンに変更して、MS2質量分析を行う。 FIG. 7 is a diagram showing the time change of the peak intensity of the MS 1 mass spectrum, where the vertical axis represents the peak intensity of the MS 1 mass spectrum and the horizontal axis represents the time. As described above, when it is not possible to identify five or more amino acid sequences from the MS 2 mass spectrum in step S19 in FIG. 3, in step S20 in FIG. Repeat MS 2 mass spectrometry. However, the peak intensity of the MS 1 mass spectrum decreases with time beyond the maximum value. Therefore, when the intensity of the peak of the MS 1 mass spectrum decreases to 20% of the maximum value, MS 2 mass spectrometry is performed by changing to another parent ion.
図8及び図9を参照して、本発明のタンデム型質量分析方法の第2の例を説明する。本例のタンデム型質量分析方法は、図3に示した第1の例と比較して、ステップS20の動作が異なり、それ以外は、図3の第1の例と同一であってよい。ステップS20にて、同一の親イオンに対して、MS2質量分析を実行する。このMS2質量分析は、前回のMS2質量分析とは異なる条件にて実行する。本例では、解離電圧を前回のMS2質量分析の場合と比べて、増加させる。例えば、1秒間のみ50%増加させる。 A second example of the tandem mass spectrometry method of the present invention will be described with reference to FIGS. The tandem mass spectrometry method of this example is different from the first example shown in FIG. 3 in the operation of step S20, and other than that, it may be the same as the first example of FIG. In step S20, MS 2 mass spectrometry is performed on the same parent ion. This MS 2 mass analysis is performed under different conditions from the previous MS 2 mass analysis. In this example, the dissociation voltage is increased compared to the previous MS 2 mass spectrometry. For example, it is increased by 50% only for 1 second.
図9は、図8のタンデム型質量分析方法のタイムチャートを示し、縦軸が質量分析部13にて印加される電圧、横軸が時間のグラフである。本例のタイムチャートは、図5に示した例と比較して、2回目のMS2質量分析が異なり、MS1質量分析及び1回目のMS2質量分析は、図5の例と同一である。1回目のMS2質量分析にて、少なくとも5つの親イオンを同定することができなかった。そこで、時点t5〜t6まで、同一の親イオンAに対してMS2質量分析を繰り返す。この場合、前回のMS2質量分析の場合と比較してより高い解離電圧が設定されている。例えば、時点t5〜t6のうちの1秒間だけ、解離電圧を50%増加させる。こうして解離電圧を増加させることにより、より多くのアミノ酸配列を同定することができる。
FIG. 9 is a time chart of the tandem mass spectrometry method of FIG. 8, in which the vertical axis is a voltage applied by the
次に、本発明のタンデム型質量分析方法の第3の例を説明する。上述の第1の例及び第2の例では、ステップS18にて、高速de novo法を用いて、アミノ酸配列の同定を行った。しかしながら、本例では、アミノ酸配列の同定を行う代わりに、MS2マススペクトルと同一のデータが内部データベース10に格納されているか否かを判定する。同一であるか否かは、例えば、一致度を所定の閾値と比較することによって判定してよい。一致度が、所定の閾値以上である場合には、同一であると判定し、所定の閾値未満である場合には、同一でないと判定する。
Next, a third example of the tandem mass spectrometry method of the present invention will be described. In the first example and the second example described above, the amino acid sequence was identified using the high-speed de novo method in step S18. However, in this example, instead of identifying the amino acid sequence, it is determined whether or not the same data as the MS 2 mass spectrum is stored in the
MS2マススペクトルと同一のデータが内部データベース10に格納されている場合には、ステップS15に戻り、次の親イオンに対して、MS2質量分析を行う。MS2マススペクトルと同一のデータが内部データベース10に格納されていない場合には、ステップS20に進み、同一の親イオンに対して、MS2質量分析を行う。この場合、上述の例のように、積算回数、解離時間、又は、解離電圧のいずれかを増加させてよい。
If the same data as the MS 2 mass spectrum is stored in the
図10を参照して、本発明のタンデム型質量分析方法の第4の例を説明する。MS1マススペクトル1001のピークから、MS2質量分析のための親イオンを選択する。この場合、親イオンの質量m又は質量対電荷比m/zは、横軸上にて所定の幅、即ち、質量範囲(マスウインドウ)を有する。この質量範囲に1種類のペプチドしか含まれない場合には、問題は無い。しかしながら、2種類以上のペプチドが含まれる場合には、問題となる。この場合、MS2質量分析によって得られたMS2マススペクトル1002は、2種類以上のペプチドに関するピークを含むことになる。このような場合、MS2マススペクトルからアミノ酸配列を同定するのは困難である。 A fourth example of the tandem mass spectrometry method of the present invention will be described with reference to FIG. From the MS 1 mass spectrum 1001 peak, select the parent ion for MS 2 mass analysis. In this case, the mass m or the mass-to-charge ratio m / z of the parent ion has a predetermined width on the horizontal axis, that is, a mass range (mass window). There is no problem if only one type of peptide is included in this mass range. However, it becomes a problem when two or more types of peptides are included. In this case, MS 2 mass spectrum 1002 obtained by the MS 2 mass spectrometry will include the peak for two or more peptides. In such a case, it is difficult to identify the amino acid sequence from the MS 2 mass spectrum.
そこで本例では、de novo法によって、MS2マススペクトル1002から2つ以上のペプチドのアミノ酸配列が読み取れる場合は、次回のMS2質量分析のための親イオンの選択にて、前回とは異なる質量範囲(マスウインドウ)を選択する。それによって、1つの質量範囲(マスウインドウ)に2種類以上のペプチドが含まれる場合であっても、高精度にてアミノ酸配列を同定することができる。 Therefore, in this example, when the amino acid sequence of two or more peptides can be read from the MS 2 mass spectrum 1002 by the de novo method, the mass different from the previous one is selected in the selection of the parent ion for the next MS 2 mass analysis. Select the range (mass window). Thereby, even when two or more kinds of peptides are included in one mass range (mass window), the amino acid sequence can be identified with high accuracy.
次に、本発明のタンデム型質量分析方法の第5の例を説明する。本例では、血液、尿、痰等の生体試料、糖鎖、修飾付のペプチドに対して、MS1質量分析及びMS2質量分析を行い、得られたデータを内部データベース10に格納する。本例によれば、病変の可能性のあるタンパク質由来のペプチドや、糖鎖を自動的に判定し、詳細に構造解析することが可能となる。
Next, a fifth example of the tandem mass spectrometry method of the present invention will be described. In this example, MS 1 mass spectrometry and MS 2 mass spectrometry are performed on biological samples such as blood, urine, sputum, sugar chains, and modified peptides, and the obtained data is stored in the
図11を参照して、本発明のタンデム型質量分析装置の第2の例を説明する。本例のタンデム型質量分析装置は、図1の第1の例と比較して、質量分析部13及びコリジョンセル13Aの代わりに、イオントラップを備えたイオントラップ型質量分析部20を用いる点が異なる。それ以外の構成は、図1の第1の例と同様であってよい。質量分析部20のイオントラップは、コリジョンセルの機能を有する。そのため、本例では、コリジョンセルを別途設ける必要が無い。イオントラップは、n段(n≧3)のタンデム型分析、即ち、MSn質量分析を行うことができるため、本発明のように、自動的に次の親イオンを判定するシステムは非常に有効である。
A second example of the tandem mass spectrometer of the present invention will be described with reference to FIG. The tandem mass spectrometer of this example is different from the first example of FIG. 1 in that an ion
図12を参照して、本発明のタンデム型質量分析装置の第3の例を説明する。本例のタンデム型質量分析装置は、図1の第1の例と比較して、質量分析部13及びコリジョンセル13Aの代わりに、イオントラップ22、及び、飛行時間型(TOF)質量分析部21を用いる点が異なる。それ以外の構成は、図1の第1の例と同様であってよい。イオントラップ22は、イオンの蓄積、及び、親イオンの選択の機能を有し、更に、コリジョンセルの機能を有する。イオントラップ22からのイオンは、飛行時間型(TOF)質量分析部21TOF部にて高分解能にて質量分析される。
A third example of the tandem mass spectrometer of the present invention will be described with reference to FIG. Compared with the first example of FIG. 1, the tandem type mass spectrometer of this example has an
MS2質量分析の場合には、イオントラップ22にて親イオンを選択及び解離し、飛行時間型(TOF)質量分析部21にて、MS2質量分析する。MS1質量分析の場合には、イオン化部12からのイオンは、イオントラップ22を通過し、飛行時間型(TOF)質量分析部21にて、MS1質量分析される。従って、本例によれば、タンデム分析の必要性を自動的に判定できる為、非常に高効率に分析が可能となる。
When the MS 2 mass spectrometry, select and dissociate parent ions at the
図13を参照して、本発明のタンデム型質量分析装置の第4の例を説明する。本例のタンデム型質量分析装置は、図12の第3の例と比較して、イオントラップ22の代わりにリニアトラップ23を用いる点が異なる。それ以外の構成は、図12の第3の例と同様であってよい。リニアトラップは、ポール状の四重極電極からなり、四重極電極間に中性ガスが充填される。リニアトラップは、イオンの蓄積、及び、親イオンの選択の機能を有し、更に、コリジョンセルの機能を有する。リニアトラップを用いると、イオンのトラップ率が大幅(約8倍)に向上する。従って、本例によれば、高感度データに基づいて、次の分析内容を決定する為、非常に高精度に、判定を実施することが可能となる。
A fourth example of the tandem mass spectrometer of the present invention will be described with reference to FIG. The tandem mass spectrometer of this example is different from the third example of FIG. 12 in that a
図14を参照して、本発明のタンデム型質量分析装置の第5の例を説明する。本例のタンデム型質量分析装置は、図12の第3の例と比較して、イオントラップ22の代わりに四重極(Qポール)24及びコリジョンセル25を用いる点が異なる。それ以外の構成は、図12の第3の例と同様であってよい。本例の飛行時間型(TOF)質量分析部21では、基本的には、MS2質量分析までしか実施できない。しかし、1回目のMS2質量分析によって得られたMS2マススペクトルのピーク数が不十分でも、別の親イオンに代えることによって(特に質量数が同じで価数が異なるピークに代えることによって)、MS2質量分析を繰り返し実行することができる。また、その必要性の判定を測定の実時間で実施できる為、本実施例の質量分析部で、従来不可能であった、更に解離して分析することが可能となる。
A fifth example of the tandem mass spectrometer of the present invention will be described with reference to FIG. The tandem mass spectrometer of this example is different from the third example of FIG. 12 in that a quadrupole (Q pole) 24 and a
以上のように、本発明によるタンデム型質量分析装置は、リニアトラップ型(LIT)、リニアトラップ(LIT)−飛行時間型(TOF)、四重極(Qポール)−飛行時間型(TOF)、飛行時間(TOF)−飛行時間型(TOF)、Orbital-Trap型の何れかであってよい。 As described above, the tandem mass spectrometer according to the present invention includes a linear trap type (LIT), a linear trap (LIT) —time of flight type (TOF), a quadrupole (Q pole) —time of flight type (TOF), Time of flight (TOF) —Time of flight (TOF) or Orbital-Trap type.
本発明のタンデム型質量分析方法において、分析データの質量補正方法について、説明する。タンパク質のショットガン解析などでは、質量分析結果に基づいて、遺伝子やタンパク質などのデータを格納した外部データベース検索し、生体高分子の化学構造などを最終的に同定する。この場合、分析されたイオンの質量精度が高いほど、高精度かつ効率的に生体高分子の同定を行うことができる。そのため、このような解析には、比較的質量精度の高い飛行時間型(TOF)質量分析計やフーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴(FTICR)質量分析計を用いる。 In the tandem mass spectrometry method of the present invention, a mass correction method for analysis data will be described. In protein shotgun analysis and the like, an external database storing data such as genes and proteins is searched based on mass spectrometry results, and the chemical structure of biopolymers is finally identified. In this case, the higher the mass accuracy of the analyzed ions, the more accurately and efficiently the biopolymer can be identified. For this reason, a time-of-flight (TOF) mass spectrometer or a Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectrometer with relatively high mass accuracy is used for such analysis.
ところが、例えば、飛行時間型(TOF)質量分析計の質量精度は、設置されている場所の室温などに影響されることがある。そして、何らかの理由で質量精度が予想外に変動した場合、外部データベースを検索しても、正確に生体高分子を同定できなくなる。 However, for example, the mass accuracy of a time-of-flight (TOF) mass spectrometer may be affected by the room temperature of the place where it is installed. If the mass accuracy fluctuates unexpectedly for some reason, the biopolymer cannot be accurately identified even if an external database is searched.
そこで、分析直前に予め検出イオンのm/zが分かっている内部標準物質を分析し、この分析結果に基づき、質量分析計のm/zを校正することがしばしば行われる。しかし、何時間も連続して分析を行う液体クロマトグラフ(LC)型質量分析システムでは、予想外に質量精度が変動する可能性がある。そこで、質量分析で検出されるイオンの中で、質量対電荷比m/zが予め分かっている既知イオンが検出されると、その情報に基づき他の検出イオンの質量対電荷比m/zの補正を行えばよい。 Therefore, it is often performed to analyze an internal standard material whose m / z of detection ions is known in advance immediately before the analysis, and to calibrate the m / z of the mass spectrometer based on the analysis result. However, in a liquid chromatograph (LC) type mass spectrometry system that continuously analyzes for many hours, mass accuracy may fluctuate unexpectedly. Therefore, when a known ion whose mass-to-charge ratio m / z is known in advance is detected among the ions detected by mass spectrometry, the mass-to-charge ratio m / z of other detected ions is determined based on that information. Correction may be performed.
複数の既知イオンが検出されると、補正後の検出イオンの質量対電荷比m/zは非常に高精度となる。この方法の問題点は、分析データを一種のマニュアル操作により補正するため、煩雑性が要求される点である。しかし、内部データベース10に予め検出され得るイオンの質量mや質量対電荷比m/z、液体クロマトグラフ(LC)の保持時間τなどの情報が格納されている場合には、それを用いてMS1質量分析によって検出される既知イオンを同定することができる。
When a plurality of known ions are detected, the corrected detection ion mass-to-charge ratio m / z becomes very accurate. The problem with this method is that the analysis data is corrected by a kind of manual operation, so that complexity is required. However, if the
そして、複数の既知イオンを同定することにより、質量対電荷比m/zの時間的な変動も情報処理技術により推測することができ、解析イオンの質量対電荷比m/zを自動的に補正することができる。このことは、質量分析計の質量精度が予想外に変動した場合でも、高い質量精度のデータを容易に取得することができることを意味する。また、このような情報処理技術を有する質量分析計を用いる場合には、必ずしも分析開始前に既知物質を分析する必要がなく、ユーザの負担を低減することができる。このように、内部データベース10の情報は、実時間タンデム質量分析の制御のみならず、分析データの質量対電荷比m/z校正や補正に利用することが実質的に有効である。
By identifying multiple known ions, temporal fluctuations in the mass-to-charge ratio m / z can be estimated by information processing technology, and the mass-to-charge ratio m / z of the analyzed ions is automatically corrected. can do. This means that even when the mass accuracy of the mass spectrometer fluctuates unexpectedly, data with high mass accuracy can be easily acquired. Further, when using a mass spectrometer having such an information processing technique, it is not always necessary to analyze a known substance before starting analysis, and the burden on the user can be reduced. As described above, it is practically effective to use the information in the
以上本発明の例を説明したが本発明は上述の例に限定されるものではなく、特許請求の範囲に記載された発明の範囲にて様々な変更が可能であることは当業者に容易に理解されよう。 Although the example of the present invention has been described above, the present invention is not limited to the above-described example, and various modifications can be easily made by those skilled in the art within the scope of the invention described in the claims. It will be understood.
10:内部データベース、11:前処理系、12:イオン化部、13:質量分析部、14:イオン検出部、15:データ処理部、16:表示部、17:制御部、18:ユーザ入力部、19:質量分析システム全体、20:イオントラップ型質量分析部、21:飛行時間型質量分析部、22:イオントラップ、23:リニアトラップ、24:四重極(Qポール)、25:コリジョンセル、 10: Internal database, 11: Pre-processing system, 12: Ionization unit, 13: Mass spectrometry unit, 14: Ion detection unit, 15: Data processing unit, 16: Display unit, 17: Control unit, 18: User input unit, 19: Overall mass spectrometry system, 20: Ion trap mass spectrometer, 21: Time of flight mass analyzer, 22: Ion trap, 23: Linear trap, 24: Quadrupole (Q pole), 25: Collision cell,
Claims (23)
MS1マススペクトルのピークのイオンからMS2質量分析のための親イオンの候補が選択されるとき、上記データベースを検索し、上記データベースに格納されていない成分、又は、上記データベースに格納されているが所定数N以上の分子の配列が同定されていない成分が親イオンとして選択され、該選択された親イオンの各々に対して、所定数N以上の分子列が同定されるまで、MS2質量分析が行われることを特徴とするタンデム型質量分析システム。 A database storing mass analysis results for the substance to be measured, a chromatograph for preprocessing the substance, an ionization part for ionizing components contained in the substance, an ion dissociation part for dissociating the ionized components, and ions Obtained by the mass analyzer, the ion detector for detecting the ions separated at the mass-to-charge ratio m / z and generating a mass spectrum, and the ion detector. A data processing unit for identifying a molecular sequence included in the component from the obtained mass spectrum, and separating the ions from the ionization unit for each mass-to-charge ratio m / z by the mass analysis unit, and MS 1 mass spectrometry to obtain the MS 1 mass spectrum by the detecting unit, select a parent ion peak of the MS 1 mass spectrum, the parent ion is dissociated by the ion dissociation unit The該解away ions separated for each mass-to-charge ratio m / z by the mass analyzer performs, and MS 2 mass spectrometry to obtain an MS 2 mass spectrum by the ion detector, it repeated a given stage of the mass analysis Tandem Type mass spectrometry system,
When a candidate for a parent ion for MS 2 mass analysis is selected from the ions of a peak of MS 1 mass spectrum, the database is searched, and components not stored in the database or stored in the database Is selected as a parent ion, and a sequence of MS 2 masses until a predetermined number N or more of molecular sequences are identified for each of the selected parent ions. A tandem mass spectrometry system characterized in that analysis is performed.
MS1マススペクトルのピークからMS2質量分析のための親イオンの候補が選択されるとき、上記データベースを検索し、上記データベースに格納されていないペプチド、又は、上記データベースに格納されているが所定数N以上のアミノ酸の配列が同定されていないペプチドが親イオンとして選択され、該選択された親イオンの各々に対して、所定数N以上のアミノ酸配列が同定されるまで、MS2質量分析が行われることを特徴とするタンデム型質量分析システム。 The tandem mass spectrometry system according to claim 1, wherein the substance to be measured is a protein,
When a candidate for a parent ion for MS 2 mass spectrometry is selected from the MS 1 mass spectrum peak, the database is searched, or a peptide not stored in the database or stored in the database but predetermined A peptide whose amino acid sequence of several N or more is not identified is selected as a parent ion, and MS 2 mass spectrometry is performed until a predetermined number N or more of amino acid sequences are identified for each of the selected parent ions. A tandem mass spectrometry system characterized by being performed.
MS1マススペクトルのピークのイオンからMS2質量分析のための親イオンの候補が選択されるとき、タンパク質に関する質量分析結果が格納されたデータベースを検索し、上記データベースに格納されていないペプチド、又は、上記データベースに格納されているが所定数N以上のアミノ酸配列が同定されていないペプチドが親イオンとして選択され、該選択された親イオンの各々に対して、所定数N以上のアミノ酸配列が同定されるまで、MS2質量分析が行われることを特徴とするタンデム型質量分析方法。 The peptides contained in protein ionized, separated the ions for each mass-to-charge ratio m / z, the MS 1 mass spectrometry to obtain the MS 1 mass spectrum by detecting ions said separated, the MS 1 mass spectrum selecting a parent ion peak, to dissociate parent ions, separating the該解away ions per mass-to-charge ratio m / z, performed, and MS 2 mass spectrometry to obtain an MS 2 mass spectrum, from the mass spectrum In the tandem mass spectrometry method for identifying the amino acid sequence contained in the peptide,
When a parent ion candidate for MS 2 mass spectrometry is selected from the ions of the MS 1 mass spectrum peak, a database storing mass analysis results for proteins is searched, and peptides not stored in the above database, or A peptide that is stored in the database but whose amino acid sequence of a predetermined number N or more has not been identified is selected as a parent ion, and a predetermined number N or more of amino acid sequences are identified for each of the selected parent ions A tandem mass spectrometry method, characterized in that MS 2 mass spectrometry is performed until it is performed.
MS1マススペクトルのピークのイオンからMS2質量分析のための親イオンの候補が選択されるとき、タンパク質に関する質量分析結果が格納されたデータベースを検索し、上記データベースに格納されていないペプチド、又は、上記データベースに格納されているが所定数N以上のアミノ酸配列が同定されていないペプチドが親イオンとして選択され、該選択された親イオンの各々に対して、所定数N以上のアミノ酸配列が同定されるまで、MS2質量分析が行われることを特徴とするタンデム型質量分析システム。 A database that stores data on peptides derived from proteins identified by mass spectrometry, a chromatograph that preprocesses proteins, an ionization unit that ionizes peptides contained in proteins, and an ion dissociation unit that dissociates ionized peptides A mass analyzer that separates ions for each mass-to-charge ratio m / z, an ion detector that detects ions separated for each mass-to-charge ratio m / z and generates a mass spectrum, and the ion detector A data processing unit for identifying the amino acid sequence contained in the peptide from the mass spectrum obtained by the above, and separating the ions from the ionization unit for each mass-to-charge ratio m / z by the mass analysis unit, Select the parent ion from the MS1 mass spectrum obtained from the MS1 mass spectrum obtained by the ion detector and the MS1 mass spectrum. The parent ion is dissociated by the ion dissociation unit, the該解away ions separated for each mass-to-charge ratio m / z by the mass analyzer, and MS 2 mass spectrometry to obtain an MS 2 mass spectrum by the ion detector, In a tandem mass spectrometry system that repeats the mass spectrometry by a predetermined stage,
When a parent ion candidate for MS 2 mass spectrometry is selected from the ions of the MS 1 mass spectrum peak, a database storing mass analysis results for proteins is searched, and peptides not stored in the above database, or A peptide that is stored in the database but whose amino acid sequence of a predetermined number N or more has not been identified is selected as a parent ion, and a predetermined number N or more of amino acid sequences are identified for each of the selected parent ions A tandem mass spectrometry system, characterized in that MS 2 mass spectrometry is performed until
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