JP2007535672A - 質量分析計 - Google Patents
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Abstract
【選択図】図2B
Description
第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質および第2の物理化学的性質を決定するステップであって、前記第1の物理化学的性質は、質量または質量電荷比を含み、前記第2の物理化学的性質は、溶出時間、疎水性、親水性、移動時間、またはクロマトグラフィー保持時間を含むステップと、
前記第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料に関連するデータを、前記第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料に関連するデータと確率的に関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するステップとを含む質量分析方法が提供される。
第2の異なるサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質および第2の物理化学的性質を決定するように構成された手段であって、前記第1の物理化学的性質は質量または質量電荷比を含み、前記第2の物理化学的性質は溶出時間、疎水性、親水性、移動時間、またはクロマトグラフィー保持時間を含む手段と、
前記第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料を、前記第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料と確率的に関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するように構成された手段とを備える質量分析計が提供される。
第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質および第2の物理化学的性質を決定するステップと、
前記第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料を、前記第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料と確率的に関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するステップとを含む質量分析方法が提供される。
第2の異なるサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質を決定するように構成された手段と、
前記第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料を、前記第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料と確率的に関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するように構成された手段とを備える質量分析計が提供される。
異なる実験的取得における関連するサンプルからの複数のイオンの保持時間および質量を測定するステップと、
前記質量および保持時間を含むデータセットを、各測定に固有の不確実性の予測とともに生成するステップと、
質量および保持時間を用いて、異なる取得間でデータを関連付けるステップと、
前記関連付けが各実験的取得からの唯一の代表値を有するクラスタを生じさせる平均保持時間を計算するステップと、
前記平均保持時間を基準点として用いて、各取得に対する保持時間を較正するステップと、
質量および保持時間を用いて、クロマトグラフィーの精度および較正の質によって保証されるのと同程度にデータを強く関連付けるステップとを含む方法が提供される。
図1Aは、元の保持時間に対する質量のグラフを示すとともに、質量測定値に関するエラーバーを示し、図1Bは、図1Aに示したものと同一のデータに関する、元の保持時間に対する質量の関連したグラフを示すが、保持時間測定値に関するエラーバーを示しており、
図2Aは、保持時間がリアライメントされた、好ましい実施形態による保持時間に対する質量のグラフを示すとともに、図1Aの質量測定値に関するエラーバーを示しており、図2Bは、図2Aに示したものと同一のデータに関する保持時間に対する質量の関連するグラフを示すが、好ましい実施形態から得られた保持時間測定値に関する著しく低減されたエラーバーを示す。
Claims (116)
- 第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質および第2の物理化学的性質を決定するステップであって、前記第1の物理化学的性質は、質量または質量電荷比を含み、前記第2の物理化学的性質は、溶出時間、疎水性、親水性、移動時間、またはクロマトグラフィー保持時間を含むステップと、
第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質および第2の物理化学的性質を決定するステップであって、前記第1の物理化学的性質は、質量または質量電荷比を含み、前記第2の物理化学的性質は、溶出時間、疎水性、親水性、移動時間、またはクロマトグラフィー保持時間を含むステップと、
前記第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料に関連するデータを、前記第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料に関連するデータと確率的に関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するステップと
を含む質量分析方法。 - 1つ以上のさらなるサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質および第2の物理化学的性質を決定するステップであって、前記第1の物理化学的性質は、質量または質量電荷比を含み、前記第2の物理化学的性質は、溶出時間、疎水性、親水性、移動時間、またはクロマトグラフィー保持時間を含むステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第1の物理化学的性質の起こりそうな誤差を決定するステップをさらに含む請求項1または2に記載の方法。
- 前記第2の物理化学的性質の起こりそうな誤差を決定するステップをさらに含む請求項1、2または3に記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料は、液体クロマトグラフィーによって分離される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料が、(i)高速液体クロマトグラフィー(「HPLC」)、(ii)陰イオン交換、(iii)陰イオン交換クロマトグラフィー、(iv)陽イオン交換、(v)陽イオン交換クロマトグラフィー、(vi)イオン対逆相クロマトグラフィー、(vii)クロマトグラフィー、(vii)一次元電気泳動法、(ix)多次元電気泳動法、(x)サイズ排除、(xi)アフィニティー、(xii)逆相クロマトグラフィー、(xiii)キャピラリー電気泳動クロマトグラフィー(「CEC」)、(xiv)電気泳動法、(xv)イオン移動度分離法、(xvi)電界非対称性イオン移動度分離法(Field Asymmetric Ion Mobility Separation)(「FAIMS」)、または(xvi)キャピラリー電気泳動法によってその他の成分、分子または被分析試料から分離される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプルに関連するデータおよび/または前記第2のサンプルに関連するデータおよび/またはさらなるサンプルに関連するデータから単一のデータセットを形成するステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記単一のデータセット中のデータにサンプル番号を割り当てるステップをさらに含む請求項7に記載の方法。
- 前記第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料に関連するデータを、前記第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料に関連するデータと確率的に関連付ける、クラスタリングする、またはグループ化するステップが、試行錯誤法を使用または採用し、データの最も確からしい関連付け、クラスタリングまたはグループ化を決定するステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータポイントを、前記第2のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータポイントおよび/またはさらなるサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータポイントと比較するステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 各データポイントは、前記第1の物理化学的性質の値および/または前記第2の物理化学的性質の値を含む請求項10に記載の方法。
- 前記データポイントは、xダルトンの幅を有する質量または質量電荷比ビンに分割または分離される請求項10または11に記載の方法。
- xが、(i)1.0000〜1.0001、(ii)1.0001〜1.0002、(iii)1.0002〜1.0003、(iv)1.0003〜1.0004、(v)1.0004〜1.0005、(vi)1.0005〜1.0006、(vii)1.0006〜1.0007、(viii)1.0007〜1.0008、(ix)1.0008〜1.0009、(x)1.0009〜1.0010、(xi)<1.0000、(xii)>1.0010、および(xiii)1.0005からなる群より選択される、請求項12に記載の方法。
- 前記データを1つ以上の第1のデータポイントクラスタにクラスタリングするステップをさらに含む請求項10〜13のいずれかに記載の方法。
- 前記データポイントを1つ以上の第1のデータポイントクラスタにクラスタリングする前記ステップが、前記データポイントを確率的にクラスタリングするステップを含む、請求項14に記載の方法。
- データポイントの近似性をペアワイズ(on a pairwise basis)で評価するステップをさらに含む請求項14または15に記載の方法。
- データポイントの近似性をペアワイズで評価する前記ステップが、決定された質量誤差または質量電荷比誤差が与えられた場合の質量または質量電荷比ビン中のデータポイントの近似性をペアワイズで評価するステップを含む、請求項16に記載の方法。
- 2つのデータポイントが同一の成分、分子または被分析試料に関連する尤度を確率的に計算するステップをさらに含む請求項14〜17のいずれかに記載の方法。
- 2つのデータポイントが同一の成分、分子または被分析試料に関連するペアワイズ確率pijを決定するステップをさらに含む請求項14〜18のいずれかに記載の方法。
- 前記ペアワイズ確率pijをマトリックス状に配列するステップをさらに含む請求項14〜19のいずれかに記載の方法。
- 前記マトリックスに1つ以上の試みの真理値表を割り当てるステップをさらに含む請求項20に記載の方法。
- 前記マトリックスが推移特性(transivity property)に従っているかどうかを決定することにより、前記マトリックスがセルフコンシステントであるかどうかを調べるステップをさらに含む、請求項21に記載の方法。
- 前記マトリックスが前記推移特性に従っていない場合、前記方法は、前記試みの真理値表を棄却するステップをさらに含む、請求項22または23に記載の方法。
- 前記マトリックスが前記推移特性に従っている場合、前記方法が、前記試みの真理値表に確率を割り当てるステップをさらに含む、請求項22、23または24のいずれかに記載の方法。
- 前記マトリックスにさらなる試みの真理値表を割り当てるステップをさらに含む請求項21〜25のいずれかに記載の方法。
- 前記マトリックスが推移特性に従っているかどうかを決定することにより、前記マトリックスがセルフコンシステントであるかどうかを調べるステップをさらに含む請求項26に記載の方法。
- 前記マトリックスが前記推移特性に従っていない場合、前記方法が、前記さらなる試みの真理値表を棄却するステップをさらに含む、請求項27または28に記載の方法。
- 前記マトリックスが前記推移特性に従っている場合、前記方法が、前記さらなる試みの真理値表に確率を割り当てるステップをさらに含む、請求項27、28または29のいずれかに記載の方法。
- 最も確からしい真理値表を決定するステップをさらに含む請求項21〜30のいずれかに記載の方法。
- 前記データを1つ以上の第1のデータポイントクラスタにクラスタリングする前記ステップが、k−平均クラスタリングを使用するステップを含む、請求項14に記載の方法。
- 前記データポイントを1つ以上の第2のデータポイントクラスタに確率的にクラスタリングするステップをさらに含む請求項14〜32のいずれかに記載の方法。
- 前記1つ以上の第2のデータポイントクラスタの全体的な確率または等価性(equivalently)を最大化するステップをさらに含む請求項33に記載の方法。
- データポイントを新たなデータポイントクラスタ内に移動させるかまたは入れるステップをさらに含む、請求項33または34に記載の方法。
- 各データポイントが、最も近接するより高いまたはより低い前記第1の物理化学的性質および/または前記第2の物理化学的性質の値を有するデータポイントと同一のクラスタ内に移動させられるかまたは入れられる、請求項33、34または35に記載の方法。
- 各データポイントが、隣接するデータポイントと同一のクラスタ内に最初にあった場合、自身のクラスタ内に移動させられるかまたは入れられる、請求項33〜36のいずれかに記載の方法。
- 1つのまたは各データポイントが最初に属すると考えられるクラスタを、さらなる改善が実質的に見出されなくなるまで反復的に変更するステップをさらに含む、請求項33〜37のいずれかに記載の方法。
- 1つのまたは各データポイントが最初に属すると考えられるクラスタを、予め割り当てられた反復限度に達するまで反復的に変更するステップをさらに含む、請求項33〜38のいずれかに記載の方法。
- 前記1つ以上の第2のデータポイントクラスタを問い合わせて、前記第1のサンプル、前記第2のサンプルおよび任意のさらなるサンプルからの分子、被分析試料またはイオンを表す唯一のデータポイントを含む1つ以上の第3のデータポイントクラスタを決定するステップをさらに含む、請求項33〜39のいずれかに記載の方法。
- 前記1つ以上の第2のデータポイントクラスタを問い合わせて、前記第1のサンプル、前記第2のサンプルおよび任意のさらなるサンプルからの分子、被分析試料またはイオンを表す1つのデータポイントを通常含む1つ以上の第3のデータポイントクラスタを決定するステップをさらに含む、請求項33〜39のいずれかに記載の方法。
- 前記第3のデータポイントクラスタに関連する前記データポイントが、高レベルの確実性を有すると仮定されるかもしくは割り当てられているか、または、真もしくは1の値を有すると仮定されるかもしくは割り当てられている、請求項40または41に記載の方法。
- 前記1つ以上の第3のデータポイントクラスタの少なくとも一部またはそれぞれにおける分子、被分析試料またはイオンの前記第2の物理化学的性質に関連するデータを平均して、前記第2の物理化学的性質に対する平均値を生成する、請求項33〜42のいずれかに記載の方法。
- 前記第3のデータポイントクラスタを生成するためにクラスタリングされた前記1つ以上のデータポイントのデータが、前記平均値が前記データポイントに対する前記第2の物理化学的性質の値になるように調整される、請求項43に記載の方法。
- 観測された第2の物理化学的性質に関連するデータを、前記第2の物理化学的性質に対する前記平均値に相関させるかまたは修正するための較正関数を決定するステップをさらに含む、請求項43または44に記載の方法。
- 前記較正関数が、三次スプライン関数、多項式関数または確率的な較正関数を含む請求項45に記載の方法。
- 各サンプルからの、または全サンプルからのデータポイントを調整し、すべてのデータセットに対する第2の物理化学的性質をアライメントする、再較正する、修正する、または再割り当てするステップをさらに含む、請求項45または46に記載の方法。
- 前記第2の物理化学的性質に対する誤差を決定するかまたは割り当てるステップをさらに含む請求項47に記載の方法。
- 前記第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料に関連する調整済みのデータポイントを、前記第2のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連する調整済みのデータポイントおよび/またはさらなるサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連する調整済みのデータポイントと比較するステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 各調整済みのデータポイントが、前記第1の物理化学的性質の未調整の値および/または前記第2の物理化学的性質の調整済みの値を含む請求項49に記載の方法。
- 前記調整済みのデータポイントが、xダルトンの幅を有する質量または質量電荷比ビンに分割または分離される、請求項49または50に記載の方法。
- xが、(i)1.0000〜1.0001、(ii)1.0001〜1.0002、(iii)1.0002〜1.0003、(iv)1.0003〜1.0004、(v)1.0004〜1.0005、(vi)1.0005〜1.0006、(vii)1.0006〜1.0007、(viii)1.0007〜1.0008、(ix)1.0008〜1.0009、(x)1.0009〜1.0010、(xi)<1.0000、(xii)>1.0010、および(xiii)1.0005からなる群より選択される、請求項51に記載の方法。
- 前記調整済みのデータポイントを1つ以上の第4のデータポイントクラスタにクラスタリングするステップをさらに含む請求項49〜52のいずれかに記載の方法。
- 前記調整済みのデータポイントを1つ以上の第4のデータポイントクラスタにクラスタリングする前記ステップが、前記データポイントを確率的にクラスタリングするステップを含む、請求項53に記載の方法。
- 調整済みのデータポイントの近似性をペアワイズで評価するステップをさらに含む請求項53または54に記載の方法。
- 調整済みのデータポイントの近似性をペアワイズで評価する前記ステップが、決定された質量誤差または質量電荷比誤差が与えられた場合の質量または質量電荷比ビン中の調整済みのデータポイントの近似性をペアワイズで評価するステップを含む請求項55に記載の方法。
- 2つの調整済みのデータポイントが同一の成分、分子または被分析試料に関連する尤度を確率的に計算するステップをさらに含む請求項53〜56のいずれかに記載の方法。
- 2つの調整済みのデータポイントが同一の成分、分子または被分析試料に関連するペアワイズ確率を決定するステップをさらに含む、請求項53〜57のいずれかに記載の方法。
- 前記ペアワイズ確率pijを第2のマトリックス状に配列するステップをさらに含む請求項53〜58のいずれかに記載の方法。
- 前記第2のマトリックスに1つ以上の第2の真理値表を割り当てるステップをさらに含む請求項59に記載の方法。
- 前記第2のマトリックスが推移特性に従っているかどうかを決定することにより、前記第2のマトリックスがセルフコンシステントであるかどうかを調べるステップをさらに含む、請求項60に記載の方法。
- 前記第2のマトリックスが前記推移特性に従っていない場合、前記方法が、前記第2の試みの真理値表を棄却するステップをさらに含む、請求項61または62に記載の方法。
- 前記第2のマトリックスが前記推移特性に従っている場合、前記方法が、前記第2の試みの真理値表に確率を割り当てるステップをさらに含む、請求項61、62または63のいずれかに記載の方法。
- 前記第2のマトリックスにさらなる第2の試みの真理値表を割り当てるステップをさらに含む請求項61〜64のいずれかに記載の方法。
- 前記第2のマトリックスが推移特性に従っているかどうかを決定することにより、前記第2のマトリックスがセルフコンシステントであるかどうかを調べるステップをさらに含む、請求項65に記載の方法。
- 前記第2のマトリックスが前記推移特性に従っていない場合、前記方法が、前記さらなる第2の試みの真理値表を棄却するステップをさらに含む、請求項66または67に記載の方法。
- 前記第2のマトリックスが前記推移特性に従っている場合、前記方法が、前記第2のさらなる試みの真理値表に確率を割当てるステップをさらに含む、請求項66、67または68のいずれかに記載の方法。
- 最も確からしい第2の真理値表を決定するステップをさらに含む請求項66〜69のいずれかに記載の方法。
- 前記データを1つ以上の第4のデータポイントクラスタにクラスタリングする前記ステップが、k−平均クラスタリングを用いるステップを含む、請求項53に記載の方法。
- 前記調整済みのデータポイントを1つ以上の第5のデータポイントクラスタに確率的にクラスタリングするステップをさらに含む請求項53〜71のいずれかに記載の方法。
- 前記1つ以上の第5のデータポイントクラスタの全体的な確率または等価性を最大化するステップをさらに含む請求項72に記載の方法。
- データポイントを新たなデータポイントクラスタ内に移動させるかまたは入れるステップをさらに含む、請求項72または73に記載の方法。
- 各データポイントが、最も近接するより高いまたはより低い前記第1の物理化学的性質および/または前記第2の物理化学的性質の値を有するデータポイントと同一のクラスタ内に移動させられるかまたは入れられる、請求項72、73または74に記載の方法。
- 各データポイントが、隣接するデータポイントと同一のクラスタ内に最初にあった場合、自身のクラスタ内に移動させられるかまたは入れられる、請求項72〜75のいずれかに記載の方法。
- 1つのまたは各データポイントが最初に属すると考えられるクラスタを、さらなる改善が実質的に見出されなくなるまで反復的に変更するステップをさらに含む、請求項72〜76のいずれかに記載の方法。
- 1つのまたは各データポイントが最初に属すると考えられるクラスタを、予め割り当てられた反復限度に達するまで反復的に変更するステップをさらに含む、請求項72〜77のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプル中の第1の成分、分子もしくは被分析試料および/または前記第2のサンプル中の第1の成分、分子もしくは被分析試料および/またはさらなるサンプル中の第1の成分、分子もしくは被分析試料の強度を決定するステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプル中の前記第1の成分、分子もしくは被分析試料の強度を、前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプル中の対応する第1の成分、分子もしくは被分析試料と比較するステップをさらに含み、前記第1の成分、分子もしくは被分析試料が、データの同一の関連付け、クラスタリングまたはグループ化に属する、請求項79に記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプルが、複数の異なるバイオポリマー、タンパク質、ペプチド、ポリペプチド、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、アミノ酸、炭水化物、糖、脂質、脂肪酸、ビタミン、ホルモン、DNAの部分もしくは断片、cDNAの部分もしくは断片、RNAの部分もしくは断片、mRNAの部分もしくは断片、tRNAの部分もしくは断片、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、リボヌクレアーゼ、酵素、代謝産物、多糖類、リン酸化ペプチド、リン酸化タンパク質、糖ペプチド、糖タンパク質またはステロイドを含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプルが、異なるアイデンティティを有する、少なくとも2、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000、4500、または5000の成分、分子または被分析試料を含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプルが、モル濃度の等しくない異種からなる複合混合物を含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプル中の前記成分、分子もしくは被分析試料が、前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプル中の前記成分、分子もしくは被分析試料と実質的に同一である、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記成分、分子または被分析試料が、前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプルに対して内因性または外因性である、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- (i)前記第1のサンプルが罹患生体からとられ、前記第2のサンプルが非罹患生体からとられる、(ii)前記第1のサンプルが処置生体からとられ、前記第2のサンプルが非処置生体からとられる、または(iii)前記第1のサンプルが変異生体からとられ、前記第2のサンプルが野生型生体からとられる、のいずれかである、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプル中の前記成分、分子もしくは被分析試料のうち1つ以上を同定するステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプル中の1つ以上の成分、分子もしくは被分析試料および/または前記第2のサンプル中の1つ以上の成分、分子もしくは被分析試料および/またはさらなるサンプル中の1つ以上の成分、分子もしくは被分析試料が、前記第1のサンプル中の1つ以上の成分、分子もしくは被分析試料の強度と前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプル中の1つ以上の成分、分子もしくは被分析試料の強度との違いが所定量より大きい場合にのみ同定される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプル中の1つ以上の成分、分子もしくは被分析試料および/または前記第2のサンプル中の1つ以上の成分、分子もしくは被分析試料および/またはさらなるサンプル中の1つ以上の成分、分子もしくは被分析試料が、前記第1のサンプル中の複数の異なる成分、分子もしくは被分析試料の平均強度と前記第2のサンプルおよび/またはさらなるサンプル中の複数の異なる成分、分子もしくは被分析試料の平均強度との違いが所定量より大きい場合にのみ同定される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
- 前記所定量が、(i)1%、(ii)2%、(iii)5%、(iv)10%、(v)20%、(vi)50%、(vii)100%、(viii)150%、(ix)200%、(x)250%、(xi)300%、(xii)350%、(xiii)400%、(xiv)450%、(xv)500%、(xvi)1000%、(xvii)5000%、および(xviii)10000%からなる群より選択される、請求項88または89に記載の方法。
- 第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質および第2の物理化学的性質を決定するように構成された手段であって、前記第1の物理化学的性質は質量または質量電荷比を含み、前記第2の物理化学的性質は溶出時間、疎水性、親水性、移動時間、またはクロマトグラフィー保持時間を含む手段と、
第2の異なるサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質および第2の物理化学的性質を決定するように構成された手段であって、前記第1の物理化学的性質は質量または質量電荷比を含み、前記第2の物理化学的性質は溶出時間、疎水性、親水性、移動時間、またはクロマトグラフィー保持時間を含む手段と、
前記第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料を、前記第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料と確率的に関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するように構成された手段と
を含む質量分析計。 - 液体クロマトグラフをさらに備える請求項91に記載の質量分析計。
- 1つ以上の質量フィルタおよび/または1つ以上の質量分析器をさらに備える請求項91または92に記載の質量分析計。
- 前記1つ以上の質量フィルタおよび前記1つ以上の質量分析器が、(i)直交加速飛行時間質量分析器、(ii)軸方向加速飛行時間質量分析器、(iii)ポール(Paul)三次元四重極イオントラップ質量分析器、(iv)二次元またはリニア四重極イオントラップ質量分析器、(v)フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析器、(vi)扇形磁場質量分析器、(vii)四重極質量分析器、および(viii)ペニングトラップ質量分析器からなる群より選択される、請求項93に記載の質量分析計。
- イオン源をさらに備える請求項91〜94のいずれかに記載の質量分析計。
- 前記イオン源が、パルス状イオン源をさらに備える請求項95に記載の質量分析計。
- 前記イオン源が、連続イオン源を備える請求項95に記載の質量分析計。
- (i)エレクトロスプレーイオン化(「ESI」)イオン源、(ii)大気圧光イオン化(「APPI」)イオン源、(iii)大気圧化学イオン化(「APCI」)イオン源、(iv)マトリックス支援レーザー脱離イオン化(「MALDI」)イオン源、(v)レーザー脱離イオン化(「LDI」)イオン源、(vi)大気圧イオン化(「API」)イオン源、(vii)シリコン上脱離イオン化(「DIOS」)イオン源、(viii)電子衝撃(「EI」)イオン源、(ix)化学イオン化(「CI」)イオン源、(x)電界イオン化(「FI」)イオン源、(xi)電界脱離(「FD」)イオン源、(xii)誘導結合プラズマ(「ICP」)イオン源、(xiii)高速原子衝撃(「FAB」)イオン源、(xiv)液体二次イオン質量分析(「LSIMS」)イオン源、(xv)脱離エレクトロスプレーイオン化(「DESI」)イオン源、および(xvi)ニッケル63放射性イオン源(Nickel-63 radioactive ion source)からなる群より選択されるイオン源をさらに備える、請求項91〜97のいずれかに記載の質量分析計。
- 第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質および第2の物理化学的性質を決定するステップと、
第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質および第2の物理化学的性質を決定するステップと、
前記第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料を、前記第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料と確率的に関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するステップと
を含む質量分析方法。 - 前記第1の物理化学的性質が、(i)質量または質量電荷比、(ii)アイソトピックもしくは脱電荷状態(decharged)質量または質量電荷比、または(iii)モノアイソトピックもしくは脱同位体化(deisotoped)質量または質量電荷比を含む、請求項99に記載の方法。
- 前記第2の物理化学的性質がクロマトグラフィー保持時間を含む請求項99または100に記載の方法。
- 前記第2の物理化学的性質が、(i)溶解度、(ii)分子体積またはサイズ、(iii)正味電荷、荷電状態(charge state)、イオン電荷、または複合的な実測荷電状態、(iv)等電点(pI)、(v)解離定数(pKa)、(vi)抗体親和力、(vii)電気泳動移動度、(viii)イオン化ポテンシャル、(ix)双極子モーメント、(x)水素結合可能性(hydrogen-bonding capability)または水素結合能力(hydrogen-bonding capacity)、および(xi)気相中におけるイオン移動度からなる群より選択される、請求項99、100または101に記載の方法。
- 第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質を決定するように構成された手段と、
第2の異なるサンプル中の成分、分子または被分析試料の第1の物理化学的性質を決定するように構成された手段と、
前記第1のサンプル中の成分、分子または被分析試料を、前記第2のサンプル中の成分、分子または被分析試料と確率的に関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するように構成された手段と
を含む質量分析計。 - 異なる取得からの液体クロマトグラフィー質量分析ペプチドデータをクラスタリングする確率的方法であって、
異なる実験的取得における関連するサンプルからの複数のイオンの保持時間および質量を測定するステップと、
前記質量および保持時間を含むデータセットを、各測定に固有の不確実性の予測とともに生成するステップと、
質量および保持時間を用いて、異なる取得間でデータを関連付けるステップと、
前記関連付けが各実験的取得からの唯一の代表値を有するクラスタを生じさせる平均保持時間を計算するステップと、
前記平均保持時間を基準点として用いて、各取得に対する保持時間を較正するステップと、
質量および保持時間を用いて、クロマトグラフィーの精度および較正の質によって保証されるのと同程度にデータを強く関連付けるステップと
を含む方法。 - データの前記関連付けが、データを1.0005ダルトンの質量ビンに分割することによってなされる、請求項104に記載の方法。
- 各質量ビンに対して、その質量ビン中の各データ対の関連付けのペアワイズ確率を決定するステップをさらに含む、請求項105に記載の方法。
- 前記ペアワイズ確率を組み合わせることにより、前記質量ビン中のデータの任意の試みのクラスタリングに対する確率を決定するステップをさらに含む、請求項106に記載の方法。
- 前記ペアワイズ確率を閾値化することにより、質量および保持時間におけるデータの尤もらしい最初のクラスタリングを見出すステップをさらに含む、請求項107に記載の方法。
- 前記尤もらしい最初のクラスタリングを出発点として局所探索を行なうことにより、最も確からしいクラスタリングを見出すステップをさらに含む、請求項108に記載の方法。
- 質量および保持時間を用いて、異なる取得間でデータを関連付ける前記ステップが、質量よりも弱い制約として保持時間を用いるステップを含む、請求項104〜109のいずれかに記載の方法。
- 第1のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料または第1のサンプ中の成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータを、第2のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料または第2のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータと確率的に関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するステップを含む質量分析方法。
- 第1のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料または第1のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータを、第2のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料または第2のサンプルの成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータと確率的に関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するように構成された手段を含む質量分析計。
- 第1のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料または第1のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータを、第2のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料または第2のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータと関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するステップを含む質量分析方法。
- 第1のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料または第1のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータを、第2のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料または第2のサンプル中の成分、分子もしくは被分析試料に関連するデータと関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するように構成された手段を含む質量分析計。
- データを関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するステップを含む質量分析方法。
- データを関連付ける、クラスタリングするまたはグループ化するように構成された手段を含む質量分析計。
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