JP2007278712A5 - - Google Patents

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質量分析を利用したアミノ酸配列解析システムAmino acid sequence analysis system using mass spectrometry

本発明は、ペプチド混合物を含む被検試料を質量分析し、これにより得られた質量スペクトルデータを用いて各ペプチドのアミノ酸配列を推定するためのアミノ酸配列解析システムに関する。   The present invention relates to an amino acid sequence analysis system for mass-analyzing a test sample containing a peptide mixture and estimating the amino acid sequence of each peptide using mass spectrum data obtained thereby.

近年、ポストゲノム研究としてタンパク質の構造や機能の解析が急速に進められている。このようなタンパク質の構造・機能解析手法(プロテオーム解析)の一つとして、質量分析装置を用いたタンパク質の発現解析や一次構造解析が広く行われるようになってきており、四重極型イオントラップや衝突誘起分解(CID)などによって特定のピークの捕捉と開裂を行う、いわゆるMS分析(nは2以上の整数)が威力を発揮している。一般にMS2(=MS/MS)分析では、まず、分析対象物から特定の質量厳密にはm/z)を有するイオンをプリカーサイオンとして選別し、該プリカーサイオンをCIDによって開裂させる。その後、開裂によって生成したイオン(プロダクトイオン)を質量分析することによって、目的とするイオンの質量や化学構造についての情報を得ることができる。 In recent years, protein structures and functions have been rapidly analyzed as post-genome research. As one of such protein structure / function analysis methods (proteome analysis), protein expression analysis and primary structure analysis using mass spectrometers have been widely performed. Quadrupole ion traps So-called MS n analysis (n is an integer of 2 or more), which captures and cleaves a specific peak by, for example, collision induced decomposition (CID), is effective. In general, in MS 2 (= MS / MS) analysis, first, an ion having a specific mass ( strictly m / z) is selected from an analysis object as a precursor ion, and the precursor ion is cleaved by CID. Then, information on the mass and chemical structure of the target ion can be obtained by mass analysis of ions (product ions) generated by cleavage.

上記のようなMS分析によってタンパク質のアミノ酸配列を同定する場合には、まず、タンパク質を適当な酵素で消化してペプチド断片の混合物としてから、該ペプチド混合物を質量分析する。このとき、各ペプチドを構成する元素には質量の異なる安定同位体が存在するため、同一のアミノ酸配列から成るペプチドであっても、その同位体組成の違いによって質量の異なる複数のピークを生じる。該複数のピークは、天然存在比が最大の同位体のみで構成されたイオン(主イオン)のピークと、それ以外の同位体を含むイオン(同位体イオン)のピークから成り、これらは1Da間隔で並んだ複数本のピークから成る同位体ピーク群を形成する。 When the amino acid sequence of a protein is identified by MS n analysis as described above, first, the protein is digested with an appropriate enzyme to form a mixture of peptide fragments, and then the peptide mixture is subjected to mass spectrometry. At this time, since stable isotopes having different masses exist in the elements constituting each peptide, a plurality of peaks having different masses are generated even if the peptides have the same amino acid sequence due to the difference in the isotopic composition. The plurality of peaks are composed of peaks of ions (main ions) composed only of isotopes having the maximum natural abundance ratio, and peaks of ions containing other isotopes (isotope ions), which are spaced by 1 Da. An isotope peak group consisting of a plurality of peaks arranged in a row is formed.

続いて、上記のようなペプチド混合物のマススペクトルデータの中から、単一のペプチドに由来する一組の同位体ピーク群をプリカーサイオンとして選択し、該プリカーサイオンを開裂させて得られたイオン(プロダクトイオン)の質量分析(MS分析)を行う。また、1回の開裂操作では十分に小さな断片に開裂しない場合には、開裂操作を複数回行うことも考えられる。 Subsequently, from a mass spectrum data of the peptide mixture as described above, a set of isotope peaks derived from a single peptide is selected as a precursor ion, and ions obtained by cleaving the precursor ion ( Product ion) mass analysis (MS 2 analysis). In addition, when the cleavage operation is not performed into a sufficiently small fragment by one cleavage operation, the cleavage operation may be performed a plurality of times.

以上のようにして得られたプロダクトイオンのマススペクトルパターンや上記プリカーサイオンのマススペクトルパターンを基に、例えばマトリックスサイエンス社が提供しているマスコット(MASCOT)等の検索エンジンを利用してアミノ酸配列同定用データベース検索を実行することにより、被検ペプチドのアミノ酸配列を決定することができる。或いは、デノボ(De Novo)シーケンスと呼ばれる各種の解析用ソフトウエアをコンピュータ上で実行させることでマススペクトルパターンに基づく数理的演算を行って被検ペプチドのアミノ酸配列を推定することもできる。   Based on the mass spectrum pattern of the product ion obtained as described above and the mass spectrum pattern of the precursor ion, amino acid sequence identification is performed using a search engine such as MASCOT provided by Matrix Science. By executing the database search, the amino acid sequence of the test peptide can be determined. Alternatively, the amino acid sequence of the test peptide can be estimated by performing mathematical operations based on the mass spectrum pattern by executing various analysis software called a De Novo sequence on a computer.

前述のようなデノボ・シーケンスを利用したアミノ酸配列推定方法の1つとして、従来、非特許文献1に記載の方法が知られている。これは、MS分析によるマススペクトルとさらに一段の開裂を行ったMS分析によるマススペクトルとを利用するものである。簡単に言えば、MS分析とMS分析の両方で観測されたイオンは同じ末端(C末端又はN末端)を持つフラグメントイオンであることを利用してペプチドの部分配列を推定し、いくつかのMS分析により求めた部分配列を結合してペプチド全体のアミノ酸配列を推定するものである。ただ、MS分析とMS分析の両方で観測されたイオンは、実際のペプチドが開裂して生じたプロダクトイオンの一部でしかなくそれだけでは解析のための情報が十分ではない。そこで、MS分析で得られたマススペクトル(以下単にMSマススペクトルという)をMS分析時のプリカーサイオンの位置を基準に左右反転させることで求めた相補的スペクトル(Complimentary Spectrum)を利用することにより、収集するフラグメントイオンピークの種類を増やす試みがなされている。 As one of the amino acid sequence estimation methods using the de novo sequence as described above, a method described in Non-Patent Document 1 is conventionally known. This utilizes a mass spectrum obtained by MS 2 analysis and a mass spectrum obtained by MS 3 analysis in which one-step cleavage is performed. Briefly, the partial sequence of the peptide is estimated by using the fact that the ions observed in both MS 2 analysis and MS 3 analysis are fragment ions having the same end (C-terminal or N-terminal). and it estimates the amino acid sequence of the entire peptide binds a partial sequence was determined by the MS 3 analysis. However, the ions observed in both the MS 2 analysis and the MS 3 analysis are only part of the product ions generated by cleavage of the actual peptide, and the information for analysis is not sufficient by itself. Therefore, a complementary spectrum obtained by reversing the mass spectrum obtained by MS 3 analysis (hereinafter simply referred to as MS 3 mass spectrum) with respect to the position of the precursor ion at the time of MS 3 analysis is used. Thus, attempts have been made to increase the types of fragment ion peaks to be collected.

特開2004−12355号公報JP 2004-12355 A ジャン(Z.Zhang)ほか1名、「デ・ノボ・ペプチド・シーケンシング・バイ・トゥー・ディメンジョナル・フラグメント・コリレイション・マス・スペクトロメトリー(De Novo Peptide Sequencing by Two-Demensional Fragment Correlation Mass Spectrometry)」、アナリティカル・ケミストリー(Analytical Chemistry)、 Vol.72、No.11、June 1 2000、pp.2337-2350Z. Zhang and one other member, “De Novo Peptide Sequencing by Two-Demensional Fragment Correlation Mass Spectrometry '', Analytical Chemistry, Vol. 72, No. 11, June 1 2000, pp. 2337-2350

しかしながら、上記文献に記載の従来の方法では、収集されたマススペクトル上でのイオンピークは異なる末端(つまりC末端とN末端)を持つフラグメントイオンピークが混在したものとなり、N末端フラグメントイオンとC末端フラグメントイオンとの区別がつかない。そのため、このようなフラグメントイオンに関する質量情報(ピークデータ)をデノボ・シーケンスの解析用ソフトウエアに入力して計算を実行しても、必ずしも高い精度でアミノ酸配列の推定が行えないという問題がある。 However, in the conventional method described in the above document, the ion peak on the collected mass spectrum is a mixture of fragment ion peaks having different ends (that is, C-terminal and N-terminal). Indistinguishable from terminal fragment ions. Therefore, even if mass information (peak data) relating to such fragment ions is input to de novo sequence analysis software and calculation is performed, there is a problem that the amino acid sequence cannot always be estimated with high accuracy.

本発明はこうした課題を解決するために成されたものであり、その目的とするところは、マススペクトルデータに基づくタンパク質やペプチドのアミノ酸配列の推定を容易にしその推定精度を高めることができるアミノ酸配列解析システムを提供することである。   The present invention has been made to solve these problems, and the object of the present invention is to facilitate the estimation of amino acid sequences of proteins and peptides based on mass spectrum data and to increase the accuracy of the estimation. To provide an analysis system.

上記課題を解決するために成された本発明は、質量分析を利用して被検試料のアミノ酸配列を推定するためのアミノ酸配列解析システムであって、
a)被検試料のMSn−1分析(nは2以上の整数)により得られたマススペクトルに現れるピークを選択して該ピークに対応したイオンをプリカーサイオンとしてMS分析を実行してMSマススペクトルを取得するとともに、該MSマススペクトルに現れるピークを選択して該ピークに対応したイオンをプリカーサイオンとしてMSn+1分析を実行してMSn+1マススペクトルを取得する質量分析手段と、
b)前記質量分析手段により得られたMSマススペクトルとMSn+1マススペクトルとに共通に現れるピークを抽出して該ピークに対応するイオンの質量情報を収集するほか、MSn+1マススペクトルに対しMS分析とMSn+1分析のプリカーサイオンの質量差のシフト処理と、MSn+1分析のプリカーサイオンの質量位置を基準とする折返し処理とのいずれか一方又は両方を行った上でその処理後のマススペクトルとMSマススペクトルとに共通に現れるピークを抽出して該ピークに対応するイオンの質量情報を収集し、それら収集した質量情報をアミノ酸配列の末端毎に集約したピークリストを作成するピークリスト作成手段と、
c)前記ピークリスト作成手段によって作成された、アミノ酸配列末端毎に集約されたピークリストを基にアミノ酸配列を推定する配列推定手段と、
を備えることを特徴としている。
The present invention made to solve the above problems is an amino acid sequence analysis system for estimating the amino acid sequence of a test sample using mass spectrometry,
a) A peak appearing in a mass spectrum obtained by MS n-1 analysis (n is an integer of 2 or more) of a test sample is selected, and MS n analysis is performed by using the ion corresponding to the peak as a precursor ion. mass spectrometry means for acquiring an n mass spectrum, selecting a peak appearing in the MS n mass spectrum, performing MS n + 1 analysis using an ion corresponding to the peak as a precursor ion, and obtaining an MS n + 1 mass spectrum;
b) In addition to extracting peaks commonly appearing in the MS n mass spectrum and MS n + 1 mass spectrum obtained by the mass analyzing means and collecting mass information of ions corresponding to the peaks, the MS n + 1 mass spectrum The mass spectrum after performing either or both of the shift processing of the mass difference of the precursor ion of the n analysis and the MS n + 1 analysis and the folding processing based on the mass position of the precursor ion of the MS n + 1 analysis Peak list creation that collects the mass information of ions corresponding to the peaks extracted from both MS and MS n mass spectra, and creates a peak list that aggregates the collected mass information for each end of the amino acid sequence Means,
c) sequence estimation means for estimating an amino acid sequence based on the peak list created by the peak list creation means and aggregated for each amino acid sequence end;
It is characterized by having.

上記「質量分析手段」はとくにその形態や方式を問わないが、典型的な一例として、三次元四重極イオントラップを備えた質量分析装置であって、該イオントラップの内部でプリカーサイオンの開裂を行うものとすることができる。特に単一ピークを選択してMS分析を実行するためには、高い分離能でプリカーサイオンを選択してMS分析を行うことが可能な質量分析装置である必要があるが、三次元四重極イオントラップと飛行時間型質量分離部とを組み合わせたIT−TOF型の構成はこうした条件に適合する。また、質量分析装置のイオン源は例えばマトリックス支援レーザー脱離イオン化(Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization;MALDI)法による試料のイオン化を行うものとするとよい。 The “mass analysis means” is not particularly limited in its form or method, but as a typical example, a mass spectrometer equipped with a three-dimensional quadrupole ion trap, in which precursor ions are cleaved inside the ion trap. Can be performed. In particular, in order to perform MS n analysis by selecting a single peak, it is necessary to be a mass spectrometer capable of performing MS n analysis by selecting a precursor ion with high resolution. The configuration of the IT-TOF type that combines the heavy ion trap and the time-of-flight mass separation unit meets these conditions. Further, the ion source of the mass spectrometer is preferably configured to ionize a sample by, for example, a matrix assisted laser desorption / ionization (MALDI) method.

また上記「配列推定手段」はいわゆるデノボ・シーケンスによるアミノ酸配列推定を行うものとすることができ、所定のソフトウエアをコンピュータ上で実行させることにより、与えられたピークリスト(質量情報の集合)に基づいて数理的な演算処理によりアミノ酸配列を推定するものとすることができる。 In addition, the above “sequence estimation means” can perform amino acid sequence estimation based on a so-called de novo sequence, and by executing predetermined software on a computer, a given peak list (a set of mass information) is displayed. Based on this, the amino acid sequence can be estimated by mathematical calculation processing.

また本発明に係るアミノ酸配列解析システムにおいて、nは2以上の適宜の整数とすることができるが、典型的にはn=2であり、MSはMS(=MS/MS)であり、MSn+1はMSである。 In the amino acid sequence analysis system according to the present invention, n can be an appropriate integer of 2 or more, but typically n = 2, MS n is MS 2 (= MS / MS), MS n + 1 is MS 3 .

本発明に係るアミノ酸配列解析システムにおいて、ピークリスト作成手段は、(1)MSマススペクトルとMSn+1マススペクトルとに共通に現れるピークを抽出して該ピークに対応するイオンの質量情報を収集し、(2)MSn+1マススペクトルに対しMS分析とMSn+1分析のプリカーサイオンの質量差のシフト処理を行った上でその処理後のマススペクトルとMSマススペクトルとに共通に現れるピークを抽出して該ピークに対応するイオンの質量情報を収集し、(3)MSn+1マススペクトルに対しMSn+1分析のプリカーサイオンの質量位置を基準とする折返し処理を行った上でその処理後のマススペクトルとMSマススペクトルとに共通に現れるピークを抽出して該ピークに対応するイオンの質量情報を収集し、さらに(4)MSn+1マススペクトルに対し上記シフト処理と折返し処理とを行った上でその処理後のマススペクトルとMSマススペクトルとに共通に現れるピークを抽出して該ピークに対応するイオンの質量情報を収集する。 In the amino acid sequence analysis system according to the present invention, the peak list creating means (1) extracts peaks that appear in common in the MS n mass spectrum and the MS n + 1 mass spectrum, and collects mass information of ions corresponding to the peaks. (2) The MS n + 1 mass spectrum is subjected to MS n analysis and MS n + 1 analysis by shifting the precursor ion mass difference, and then the peaks that appear in both the mass spectrum and the MS n mass spectrum are extracted. Then, mass information of ions corresponding to the peak is collected, and (3) the MS n + 1 mass spectrum is subjected to a folding process based on the mass position of the precursor ion of the MS n + 1 analysis, and the mass spectrum after the processing is performed. mass information of the corresponding ions to the peak by extracting peaks appearing in common to the MS n mass spectrum and Collected, further (4) MS n + 1 to the mass spectrum by extracting a peak appearing in common to the mass spectrum and the MS n mass spectrum after the treatment after performing the above shift processing and folding processing corresponding to the peak Collect mass information of ions.

上記シフト処理と折返し処理とはいずれもマススペクトル上に現れるピークに対応するフラグメントイオンの末端の系列(つまりN末端又はC末端)を入れ替える作用を有するから、上記(1)及び(4)では元のMSn+1マススペクトルに現れているピークに対応するフラグメントイオンの末端と同じ末端のピークが抽出されて、該ピークに対応するイオンの質量情報が収集される。一方、上記(2)及び(3)では元のMSn+1マススペクトルに現れているピークに対応するフラグメントイオンの末端とは異なる末端のピークが抽出されて、該ピークに対応するイオンの質量情報が収集される。そうして末端毎のフラグメントイオンについての質量情報が収集されるから、これを末端別に分けて2つのピークリストに集約することができる。 Since both the shift process and the folding process have the effect of exchanging the terminal sequence of fragment ions corresponding to the peak appearing on the mass spectrum (that is, the N terminal or C terminal), the above (1) and (4) The peak at the same end as the end of the fragment ion corresponding to the peak appearing in the MS n + 1 mass spectrum is extracted, and the mass information of the ion corresponding to the peak is collected. On the other hand, in the above (2) and (3), a peak at the end different from the end of the fragment ion corresponding to the peak appearing in the original MS n + 1 mass spectrum is extracted, and the mass information of the ion corresponding to the peak is obtained. Collected. Thus, since mass information about fragment ions at each end is collected, it can be divided into ends and aggregated into two peak lists.

このようにして従来よりも多くのフラグメントイオンの質量情報を末端別に収集することができる。デノボ・シーケンスによる配列推定手段では、アミノ酸配列の末端毎に開裂により結合が切断された断片(部分配列)を推定してゆくため、予め末端別にフラグメントイオンの質量情報が与えられれば、それだけ配列推定が容易になり精度も向上する。これにより、本発明に係るアミノ酸配列解析システムによれば、従来よりも高い精度で以てタンパク質やペプチドのアミノ酸配列を推定することが可能となり、解析結果の信頼性が向上する。 In this way, mass information of more fragment ions than before can be collected for each terminal. The de novo sequence estimation means estimates fragments (partial sequences) whose bonds are cleaved by cleavage at each end of the amino acid sequence. Therefore, if mass information of fragment ions is given for each end in advance, the sequence is estimated accordingly. Becomes easier and accuracy is improved. Thereby, according to the amino acid sequence analysis system of the present invention, it is possible to estimate the amino acid sequence of a protein or peptide with higher accuracy than before, and the reliability of the analysis result is improved.

さらにまた、収集する質量情報の数を増やすために、上記ピークリスト作成手段は、さらにMSn+1マススペクトルに対しMSn+1分析のプリカーサイオンの質量位置を基準とする折返し処理を少なくとも実行した上でその処理後のマススペクトルとMSマススペクトルとに共通に現れるピークを抽出した後に、前記折返し処理と逆の変換を行うことで元のMSn+1マススペクトル上に戻したピークを求めて該ピークに対応するイオンの質量情報を収集したものをピークリストに加える構成とすることができる。即ち、上記(3)及び(4)により抽出されたピークについて折返し処理と逆の変換を行うことで元のMSn+1マススペクトル上に戻したピークを求めて、該ピークに対応するイオンの質量情報を収集する。この逆変換もマススペクトル上に現れるピークに対応するフラグメントイオンの末端の系列を入れ替える作用を有するから、末端毎に質量情報を得ることができる。これにより、アミノ酸配列の推定が一層容易になり、推定精度の向上が達成できる。 Its Furthermore, in order to increase the number of mass information to be collected, the peak list creating means, in further has at least perform the folding processing to the MS n + 1 mass spectra relative to the mass position of MS n + 1 analysis of precursor ions After extracting peaks that appear in both the processed mass spectrum and the MS n mass spectrum, the peak returned to the original MS n + 1 mass spectrum is obtained by performing a reverse conversion to the folding process and corresponds to the peak. The mass information of ions to be collected can be added to the peak list. That is, the peak extracted by the above (3) and (4) is converted to the reverse of the folding process to obtain the peak returned to the original MS n + 1 mass spectrum, and the mass information of the ion corresponding to the peak To collect. This inverse transformation also has the effect of switching the terminal sequence of fragment ions corresponding to the peak appearing on the mass spectrum, so that mass information can be obtained for each terminal. Thereby, the estimation of the amino acid sequence is further facilitated, and the estimation accuracy can be improved.

また上記ピークリスト作成手段は、上述のように末端別のピークリストに集約する際に、不要な情報をできるだけ減らすことが好ましいから、例えば末端毎に収集された質量情報について測定質量の許容範囲内で同一とみなせるものを1つにまとめる処理を行うとよい。また、脱塩イオン又は脱水イオンに相当するものを削除するようにするとよい。 In addition, the peak list creation means preferably reduces unnecessary information as much as possible when aggregating the peak list for each terminal as described above. For example, the mass information collected for each terminal is within the allowable range of the measured mass . It is better to perform the process of combining the things that can be regarded as the same in one. Moreover, it is good to delete the thing corresponding to a desalting ion or a dehydration ion.

また、MSn+1分析の際のプリカーサイオンとしてはMSマススペクトル上でピーク強度が最も大きなものを選択するのが一般的であるが、他のピークに対応するイオンをプリカーサイオンとして選択したほうがアミノ酸配列の推定の確度が上がる場合もある。 In addition, as a precursor ion in MS n + 1 analysis, it is common to select a precursor ion having the highest peak intensity on the MS n mass spectrum, but it is better to select an ion corresponding to another peak as a precursor ion. In some cases, the accuracy of sequence estimation may increase.

そこで、本発明に係るアミノ酸配列解析システムでは、前記配列推定手段による配列推定の信頼性を判断する信頼性判定手段をさらに備え、該信頼性判定手段により信頼性が低い場合と判定された場合には、前記質量分析手段は、前記MSマススペクトルに現れるピークの中で別のピークを選択して該ピークに対応したイオンをプリカーサイオンとしてMSn+1分析を実行し、前記ピークリスト作成手段は、その新しいMSn+1マススペクトルと前記MSマススペクトルとに基づいてピークリストを作成する構成とするとよい。 Therefore, the amino acid sequence analysis system according to the present invention further includes a reliability determination unit that determines the reliability of the sequence estimation by the sequence estimation unit, and when the reliability determination unit determines that the reliability is low. The mass analyzing means selects another peak among the peaks appearing in the MS n mass spectrum, performs an MS n + 1 analysis using an ion corresponding to the peak as a precursor ion, and the peak list creating means includes: The peak list may be created based on the new MS n + 1 mass spectrum and the MS n mass spectrum.

この構成によれば、当初選択したプリカーサイオンがアミノ酸配列の推定のために適切でなくても、別のプリカーサイオンを選択してMSn+1分析を行った結果に基づいて、より高い信頼性のアミノ酸配列推定を行うことができる。 According to this configuration, even if the initially selected precursor ion is not suitable for the estimation of the amino acid sequence, a higher reliability amino acid can be obtained based on the result of selecting another precursor ion and performing MS n + 1 analysis. Sequence estimation can be performed.

以下、本発明に係るアミノ酸配列解析システムの一実施例を図面を参照して説明する。   Hereinafter, an embodiment of an amino acid sequence analysis system according to the present invention will be described with reference to the drawings.

図1は本実施例によるアミノ酸配列解析システムの概略構成図である。本実施例のシステムは、大きく分けて質量分析部10と制御/処理部20とから成る。質量分析部10は、MALDI法によってペプチド混合物を含む試料をイオン化するイオン化部11と、所定の質量を有するイオンをプリカーサイオンとして選択すると共に、該プリカーサイオンを開裂させてプロダクトイオンを生成する三次元四重極型のイオントラップ部12と、イオンを質量に基づいて時間方向に分離する飛行時間型の質量分離部13と、分離されたイオンを順次検出するイオン検出器14とを備えている。この質量分析部10は、少なくとも1回の開裂操作を伴うMS分析と2回の開裂操作を伴うMS分析とが行えるようになっている。 FIG. 1 is a schematic configuration diagram of an amino acid sequence analysis system according to this embodiment. The system of the present embodiment is roughly composed of a mass analysis unit 10 and a control / processing unit 20. The mass analysis unit 10 selects an ion having a predetermined mass as a precursor ion by ionizing a sample containing a peptide mixture by the MALDI method, and generates a product ion by cleaving the precursor ion. A quadrupole ion trap unit 12, a time-of-flight mass separation unit 13 that separates ions in the time direction based on mass , and an ion detector 14 that sequentially detects the separated ions are provided. The mass spectrometric unit 10 can perform MS 2 analysis involving at least one cleavage operation and MS 3 analysis involving two cleavage operations.

制御/処理部20は、質量分析部10の各部を制御する制御部21と、イオン検出器14により得られる検出信号を処理してマススペクトル(MSマススペクトル、MSマススペクトル)を作成するMSデータ処理部22と、MS及びMSマススペクトルデータに対し後述するような処理を施すことによりピークリストを作成するピークリスト作成部23と、該ピークリストに基づいてアミノ酸配列の推定処理を行う配列推定処理部24と、その配列推定の際に使用されるデータベース25とから成る。 The control / processing unit 20 creates a mass spectrum (MS 2 mass spectrum, MS 3 mass spectrum) by processing the detection signal obtained by the ion detector 14 and the control unit 21 that controls each unit of the mass analysis unit 10. An MS data processing unit 22, a peak list creation unit 23 for creating a peak list by performing processing as described later on the MS 2 and MS 3 mass spectrum data, and an amino acid sequence estimation process based on the peak list It consists of a sequence estimation processing unit 24 to perform and a database 25 used in the sequence estimation.

配列推定処理部24はいわゆるデノボ・シーケンスと呼ばれる解析用ソフトウエアをコンピュータ上で実行することで達成される機能である。また配列推定処理部24以外の制御/処理部20の機能も、パーソナルコンピュータに搭載した所定のソフトウエアを実行することにより実現することができる。   The sequence estimation processing unit 24 is a function achieved by executing analysis software called a so-called de novo sequence on a computer. The functions of the control / processing unit 20 other than the sequence estimation processing unit 24 can also be realized by executing predetermined software installed in the personal computer.

上記アミノ酸配列解析システムを用いてペプチド混合物のアミノ酸配列を推定する際の手順について、ミオグロビンのトリプシン消化物(GLSDGEWQQVLNVWGK)を解析した場合を例に挙げて説明する。図2はこのアミノ酸配列推定の手順を示すフローチャート、図3はピークリスト作成のためのマススペクトルデータの処理手順を示す模式図である。   The procedure for estimating the amino acid sequence of the peptide mixture using the amino acid sequence analysis system will be described by taking as an example the case where a tryptic digest of myoglobin (GLSDGEWQQVLNVWGK) is analyzed. FIG. 2 is a flowchart showing a procedure for estimating the amino acid sequence, and FIG. 3 is a schematic diagram showing a processing procedure of mass spectrum data for creating a peak list.

まず、制御部21の制御の下に、ペプチド混合物を含む被検試料に対し質量分析部10により、MS分析による結果において質量1815.8Daにピークを持つイオンをプリカーサイオンとしてMS分析を実行する(ステップS1)。これにより、MSデータ処理部22では、横軸を質量、縦軸を強度とするMSマススペクトルが作成される。 First, under the control of the control unit 21, the mass analysis unit 10 performs MS 2 analysis on a test sample containing a peptide mixture, using ions having a peak at a mass of 1815.8 Da as a precursor ion as a result of MS analysis. (Step S1). As a result, the MS data processing unit 22 creates an MS 2 mass spectrum with the horizontal axis representing mass and the vertical axis representing intensity.

次いで、上記MSマススペクトル上で例えば質量1444.4Daにピークを持つイオン(y12イオン(C末端フラグメントイオン);GEWQQVLNVWGK)をプリカーサイオンとして選択し、MS分析を実行する(ステップS2)。 Next, an ion having a peak at a mass of 1444.4 Da (y12 ion (C-terminal fragment ion); GEWQQVLNVWGK) on the MS 2 mass spectrum is selected as a precursor ion, and MS 3 analysis is performed (step S2).

ステップS1で得られたMSマススペクトルとステップS2で得られたMSマススペクトルとにおいて、測定質量の許容誤差Δm/z内で共通に現れるピークを抽出し、それらピークに対応するイオンの質量を集めたピークリストを作成する(ステップS3)。前述のようにMS分析のプリカーサイオンはyイオン(C末端フラグメントイオン)であるから、MSマススペクトルに現れるピークはそのプリカーサイオンと同じ系列(つまりC末端系列)のイオンであり、ステップS3の処理により、MS分析用プリカーサイオンと同じ系列(本例ではC末端系列)であるMSフラグメントイオンの質量情報を集めたピークリストが作成される。ここで作成されるピークリストを共通ピークリストPCと呼ぶこととする(図3(a)参照)。 In the MS 2 mass spectrum obtained in step S1 and the MS 3 mass spectrum obtained in step S2, the peaks that appear in common within the measurement mass tolerance Δm / z are extracted, and the masses of ions corresponding to these peaks are extracted. A peak list is collected (step S3). Since the precursor ion of MS 3 analysis is the y ion (C-terminal fragment ion) as described above, the peak appearing in the MS 3 mass spectrum is an ion of the same series (that is, the C-terminal series) as the precursor ion, and step S3 Through the above process, a peak list in which mass information of MS 2 fragment ions that are the same series as the precursor ion for MS 3 analysis (C-terminal series in this example) is collected is created. The peak list created here is referred to as a common peak list PC (see FIG. 3A).

次に、MS分析のプリカーサイオンの質量(1815.8Da)とMS分析のプリカーサイオンの質量(1444.4Da)との質量差(371.4Da)だけ、MSマススペクトルに現れている各ピークを質量軸上で高質量側にシフトさせる(このシフトされたマススペクトルをMSシフトマススペクトルと呼ぶこととする)。そして、MSマススペクトルとMSシフトマススペクトルとにおいて、上記許容誤差Δm/z内で共通に現れるピークを抽出し、それらピークに対応するイオンの質量情報を集めたピークリストを作成する(ステップS4)。上記シフト処理によりC末端系列はN末端系列に変わるから、ステップS4の処理により、MS分析用プリカーサイオンと異なる系列(本例ではN末端系列)であるMSフラグメントイオンの質量情報を集めたピークリストが作成される。ここで作成されるピークリストを共通ピークリストnotPCと呼ぶこととする(図3(b)参照)。 Then, the mass of the precursor ion of the MS 2 analysis (1815.8Da) the mass difference between the MS 3 analysis of the precursor ion mass (1444.4Da) only (371.4Da), each appearing in MS 3 mass spectrum The peak is shifted to the higher mass side on the mass axis (this shifted mass spectrum will be referred to as the MS 3 shift mass spectrum). Then, in the MS 2 mass spectrum and the MS 3 shift mass spectrum, peaks that appear in common within the tolerance Δm / z are extracted, and a peak list in which mass information of ions corresponding to these peaks is collected (step) S4). Since the C-terminal series is changed to the N-terminal series by the shift process, mass information of MS 2 fragment ions that are different from the precursor ion for MS 3 analysis (N-terminal series in this example) is collected by the process of step S4. A peak list is created. The peak list created here will be referred to as a common peak list notPC (see FIG. 3B).

次に、MS分析のプリカーサイオンの質量(1815.8Da)を基準にMSマススペクトルを左右に折り返す(この折り返されたマススペクトルをMSリバースマススペクトルと呼ぶこととする)。但し、厳密にはプロトン質量(Mproton:1.0073Da)を考慮する必要があるため、MSリバースマススペクトル上の各ピークの質量は次の(1)式により算出される。
M3rev=M2pre+Mproton−M3 …(1)
M3rev:MSリバースマススペクトル上での各ピークの質量
M2pre:MS分析時のプリカーサイオンの質量
M3 :MSマススペクトル上での各ピークの質量
そして、MSマススペクトルとMSリバースマススペクトルとにおいて、上記許容誤差Δm/z内で共通に現れるピークを抽出し、それらピークに対応するイオンの質量情報を集めたピークリストを作成する(ステップS5)。上記折返し処理もC末端フラグメントイオンをペアとなるN末端フラグメントイオンに変換することになるから、ステップS5の処理により、MS分析用プリカーサイオンと異なる系列(本例ではN末端系列)であるMSフラグメントイオンの質量情報を集めたピークリストが作成される。ここで作成されるピークリストをベアピークリストMS2notPCと呼ぶこととする(図3(c)参照)。
Next, the MS 3 mass spectrum is folded left and right based on the mass of the precursor ion (1815.8 Da) of MS 2 analysis (this folded mass spectrum is referred to as an MS 3 reverse mass spectrum). However, strictly speaking, it is necessary to consider the proton mass (Mproton: 1.0073 Da), so the mass of each peak on the MS 3 reverse mass spectrum is calculated by the following equation (1).
M3rev = M2pre + Mproton-M3 (1)
M3rev: MS 3 each peak of mass on the reverse mass spectrum M2pre: MS 3 analysis time of precursor ion mass M3: MS 3 mass of each peak on the mass spectrum <br/> Then, MS 2 mass spectrum and MS In 3 reverse mass spectra, peaks that appear in common within the tolerance Δm / z are extracted, and a peak list in which mass information of ions corresponding to these peaks is collected is created (step S5). Since the folding process also converts the C-terminal fragment ion into a pair of N-terminal fragment ions, the MS in the sequence different from the precursor ion for MS 3 analysis (N-terminal series in this example) is obtained by the process in step S5. A peak list collecting mass information of two fragment ions is created. The peak list created here will be referred to as a bare peak list MS2notPC (see FIG. 3C).

さらに、上記ペアピークリストMS2notPCに集められている質量をそれぞれ(1)式の逆変換により元のMSマススペクトル上の値に戻した際のピークを抽出し、それらピークに対応するイオンの質量情報を集めたピークリストを作成する(ステップS6)。この処理により、MS分析用プリカーサイオンと同じ系列(本例ではC末端系列)のMSフラグメントイオンの質量情報を集めたピークリストが作成される。ここで作成されるピークリストをペアピークリストMS3PCと呼ぶこととする(図3(d)参照)。 Furthermore, the mass that has been collected in the pair peak list MS2notPC extracts peaks when returned by inverse transformation, respectively (1) to the value of the original MS 3 mass spectrum, the ion mass and their corresponding peak A peak list in which information is collected is created (step S6). By this processing, a peak list is created in which mass information of MS 3 fragment ions of the same series (C-terminal series in this example) as the precursor ions for MS 3 analysis is collected. The peak list created here is called a pair peak list MS3PC (see FIG. 3D).

またステップS1で得られたMSマススペクトルと、MSマススペクトルに対しステップS4におけるシフト処理とステップS5における折返し処理とが続けてなされたMSシフト/リバースマスススペクトルとについて、測定質量の許容誤差Δm/z内で共通に現れるピークを抽出し、それらピークに対応するイオンの質量情報を集めたピークリストを作成する(ステップS7) 。この処理により、MS分析用プリカーサイオンと同じ系列(本例では、C末端系列)のMSフラグメントイオンを集めたピークリストが作成される。ここで作成されるピークリストをペアピークリストMS2PCと呼ぶこととする(図3(e)参照)。 Also the MS 2 mass spectrum obtained in step S1, MS 3 for relative mass spectrum and aliasing processing in the shift processing and S5 in the step S4 and the MS 3 shift / reverse mass scan spectrum was made in succession, the allowable measurement mass Peaks that appear in common within the error Δm / z are extracted, and a peak list in which mass information of ions corresponding to these peaks is collected is created (step S7). By this processing, a peak list is created in which MS 2 fragment ions of the same series (in this example, C-terminal series) as the precursor ions for MS 3 analysis are collected. The peak list created here will be referred to as a pair peak list MS2PC (see FIG. 3 (e)).

さらに上記ペアピークリストMS2PCに集められている質量をそれぞれ(1)式の逆変換により、元のMSマススペクトル上の値に戻した際のピークを抽出し、それらピークに対応するイオンの質量情報を集めたピークリストを作成する(ステップS8)。この処理により、MS分析用プリカーサイオンと異なる系列(本例では、N末端系列)のMSフラグメントイオンの質量情報を集めたピークリストが作成される。ここで作成されるピークリストをペアピークリストMS3notPCと呼ぶこととする(図3(f)参照)。 Furthermore, the masses collected in the above pair peak list MS2PC are extracted by returning the values on the original MS 3 mass spectrum by inverse transformation of equation (1), and the masses of ions corresponding to those peaks are extracted. A peak list in which information is collected is created (step S8). By this processing, a peak list is created in which mass information of MS 3 fragment ions of a series different from the precursor ion for MS 3 analysis (N-terminal series in this example) is collected. The peak list created here is referred to as a pair peak list MS3notPC (see FIG. 3F).

以上の処理により6種類のピークリストが得られる。なお、上記ステップS3〜S8はこの順序の通りに処理を進める必要はない。これらは、MS分析用プリカーサイオンと同じ末端系列のピークリスト又は異なる末端系列のピークリストのいずれかであるので、各ピークリストに集められている質量情報を、末端系列別に2つのピークリストに集約する(ステップS9)。 Through the above processing, six types of peak lists are obtained. The steps S3 to S8 do not need to proceed in this order. Since these are either the same peak list of the terminal series as the precursor ion for MS 3 analysis or the peak list of a different terminal series, the mass information collected in each peak list is converted into two peak lists for each terminal series. Aggregate (step S9).

即ち、6種類のピークリストは、共通ピークPC、ペアピークMS2PC、ペアピークMS3PCを含むピークリストと、共通ピークnotPC、ペアピークMS2notPC、ペアピークMS3notPCを含むピークリストとの2種類に集約される。このとき、各ピークリスト内において、上記許容誤差Δm/z内で一致するピークは1つにまとめるものとする。また、ペアピークに対しCO、NH、HO等に相当する質量差を持つピークは削除する。即ち、共通ピークリストにはa/xシリーズのフラグメントイオンや脱塩、脱水イオンも含まれるが、ペアピークにはb/yシリーズのフラグメントイオンのみが集められている。したがって、ペアピークを優先し、a/xシリーズのフラグメントイオンや脱塩・脱水イオンを除去するものとする。 That is, the six types of peak lists are aggregated into two types: a peak list including a common peak PC, a pair peak MS2PC, and a pair peak MS3PC, and a peak list including a common peak notPC, a pair peak MS2notPC, and a pair peak MS3notPC. At this time, in each peak list, the peaks that match within the allowable error Δm / z are combined into one. Moreover, peaks with mass differences corresponding to CO, NH 3, H 2 O or the like to pair of peaks are deleted. That is, the common peak list includes a / x series fragment ions and desalted and dehydrated ions, but the pair peaks collect only the b / y series fragment ions. Therefore, priority is given to the pair peak, and a / x series fragment ions and desalted / dehydrated ions are removed.

以上により、MS分析、MS分析により得られたマススペクトル上に現れる各種ピークの中で必要なピークに対応するイオンの質量が、bシリーズとyシリーズとの2種のピークリストに分類される。このピークリストが配列推定処理部24に引き渡され、配列推定処理部24は、2種類のピークリストに基づきデノボ・シーケンスの解析ソフトウエアを用いたアミノ酸配列推定を行う(ステップS10)。ここではその推定方法については詳しく述べないが、一般に、こうしたソフトウエアでは得られた結果の信頼度を示す指標値も同時に出力される。そこで、この信頼度が所定の閾値以上であるか否かを判定し(ステップS11)、信頼度が閾値未満である場合にはステップS2に戻り、MSマススペクトルに現れているピークの中で別のプリカーサイオンを選択してMS分析を実行してステップS3〜S10の処理を繰り返す。 As described above, the masses of ions corresponding to the necessary peaks among the various peaks appearing on the mass spectrum obtained by MS 2 analysis and MS 3 analysis are classified into two types of peak lists, b series and y series. The This peak list is delivered to the sequence estimation processing unit 24, and the sequence estimation processing unit 24 performs amino acid sequence estimation using de novo sequence analysis software based on the two types of peak lists (step S10). Although the estimation method will not be described in detail here, generally, such software also outputs an index value indicating the reliability of the obtained result at the same time. Therefore, it is determined whether or not the reliability is equal to or higher than a predetermined threshold (step S11). If the reliability is less than the threshold, the process returns to step S2, and among the peaks appearing in the MS 2 mass spectrum. Another precursor ion is selected, MS 3 analysis is performed, and the processes of steps S3 to S10 are repeated.

そして信頼度が閾値以上であると判定されると(ステップS11でYES)、十分に信頼に足るアミノ酸配列推定が行われたと判断して処理を終了して、その結果を表示部等に出力する(ステップS12)。或いは、考えられる全てのピークについてMS分析を実行してそれに基づくアミノ酸配列推定の信頼度を求め、最も高い信頼度が得られたアミノ酸配列推定結果を出力するようにしてもよい。 If it is determined that the reliability is equal to or higher than the threshold value (YES in step S11), it is determined that the amino acid sequence estimation is sufficiently reliable, the process is terminated, and the result is output to the display unit or the like. (Step S12). Alternatively, MS 3 analysis may be performed on all possible peaks to obtain the reliability of amino acid sequence estimation based on the MS 3 analysis, and the amino acid sequence estimation result obtained with the highest reliability may be output.

上記例、つまり質量1815.8Daのプリカーサイオンを用いたMS分析と質量1444.4Daのプリカーサイオンを用いたMS分析とにおいて、従来の方法(非特許文献1による方法)でピークリスト(共通ピークPC)を作成したところ、31個の中で13個のフラグメントイオン(y4/y5/y6/y7/y10/y12/y5−NH/y6−NH/y7−NH/y8−NH/y9−NH/y10−NH/y12−NH)が含まれているにすぎなかった。 Above example, i.e. the MS 3 analysis and using the precursor ion of the MS 2 analysis and mass 1444.4Da with precursor ions of mass 1815.8Da, peaks in a conventional manner (the method according to Non-Patent Document 1) list (common When peak PC) was prepared, 13 fragment ions (y4 / y5 / y6 / y7 / y10 / y12 / y5-NH 3 / y6-NH 3 / y7-NH 3 / y8-NH 3 out of 31) were prepared. / y9-NH 3 / y10- NH 3 / y12-NH 3) was only contains.

これに対し、上述した本発明による手法を用いると、プリカーサイオンと同じC末端系列のピークリストでは、34個中11個のフラグメントイオン(y3/y4/y5/y6/y7/y10/y12/y9−NH/y10−NH/y12−NH/x7)が含まれ、プリカーサイオンと異なるN末端系列のピークリストでは27個中13個のフラグメントイオン(b6/b8/b9/b10/b11/b12/b13/b14/b7−H20/b9−H20/b14−NH/b15−NH/c8)が含まれていた。即ち、従来方法では抽出することができなかったフラグメントイオン(y3/y8イオン及び13個のN末端フラグメントイオン)を抽出することができる。さらに、b/yシリーズフラグメントイオン以外(y5−NH/y6−NH/y7−NH/y10−NH)を除去できる。このように末端系列別に多数のフラグメントイオンの質量情報を集めることができるので、デノボ・シーケンスによるアミノ酸推定が行い易くなり、その推定の信頼性も高いものとすることができる。 On the other hand, when the above-described method according to the present invention is used, 11 fragment ions (y3 / y4 / y5 / y6 / y7 / y10 / y12 / y9) are obtained in the peak list of the same C-terminal series as the precursor ions. -NH 3 / y10-NH 3 / y12-NH 3 / x7) contains, precursor ions with different N-terminal sequences of 27 of 13 amino fragment ion peak lists (b6 / b8 / b9 / b10 / b11 / b12 / b13 / b14 / b7- H 20 / b9-H 20 / b14-NH 3 / b15-NH 3 / c8) were included. That is, fragment ions (y3 / y8 ions and 13 N-terminal fragment ions) that could not be extracted by the conventional method can be extracted. Further, other than b / y-series fragment ions (y5-NH 3 / y6- NH 3 / y7-NH 3 / y10-NH 3) can be removed. Thus, mass information of a large number of fragment ions can be collected for each terminal series, so that amino acid estimation by a de novo sequence can be easily performed, and the reliability of the estimation can be increased.

なお、上記手法の変形例として、ステップS9でピークリストを集約する際に、信頼度の高いピーク(例えば、脱水・脱塩イオンを伴うペアピーク)に対し、アミノ酸最小質量(グリシン57.02Da)の範囲にあるピークを除外する方法も考えられる。   As a modification of the above method, when the peak list is aggregated in step S9, the minimum amino acid mass (glycine 57.02 Da) is compared with a highly reliable peak (for example, a pair peak with dehydration and desalting ions). A method of excluding peaks in the range is also conceivable.

また、上記実施例は本発明の一例にすぎず、本発明の趣旨の範囲で適宜変形、修正、追加等を行っても本願特許請求の範囲に包含されることは当然である。   Further, the above-described embodiment is merely an example of the present invention, and it is obvious that the present invention is encompassed in the scope of the claims of the present application even if appropriate modifications, corrections, additions, etc. are made within the scope of the present invention.

例えば上記実施例ではMSマススペクトルとMSマススペクトルとを基にピークリストを作成したが、さらに開裂の操作回数の多いマススペクトルのピークを利用してピークリストを作成するようにしてもよい。また、上記実施例では6種類のピークリストを作成した上で末端別の2つに集約したが、例えばステップS6、S8で得られるピークリストを除外した4つのピークリストを求めて末端別の2つに集約してもよい。 For example, in the above-described embodiment, the peak list is created based on the MS 2 mass spectrum and the MS 3 mass spectrum. However, the peak list may be created by using the peaks of the mass spectrum having a large number of cleavage operations. . Further, in the above embodiment, six types of peak lists are created and then aggregated into two by end. For example, four peak lists excluding the peak list obtained in steps S6 and S8 are obtained, and two by end are obtained. May be aggregated into one.

本発明の一実施例であるアミノ酸配列解析システムの概略構成図。BRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS The schematic block diagram of the amino acid sequence analysis system which is one Example of this invention. 本実施例のシステムを用いてペプチド混合物のアミノ酸配列を推定する手順を示すフローチャート。The flowchart which shows the procedure which estimates the amino acid sequence of a peptide mixture using the system of a present Example. ピークリスト作成のためのマススペクトルデータの処理手順を示す模式図。The schematic diagram which shows the process sequence of the mass spectrum data for peak list preparation.

符号の説明Explanation of symbols

10…質量分析部
11…イオン化部
12…イオントラップ部
13…質量分離部
14…イオン検出器
20…制御/処理部
21…制御部
22…MSデータ処理部
23…ピークリスト作成部
24…配列推定処理部
25…データベース
DESCRIPTION OF SYMBOLS 10 ... Mass analysis part 11 ... Ionization part 12 ... Ion trap part 13 ... Mass separation part 14 ... Ion detector 20 ... Control / processing part 21 ... Control part 22 ... MS data processing part 23 ... Peak list preparation part 24 ... Sequence estimation Processing unit 25 ... database

Claims (7)

質量分析を利用して被検試料のアミノ酸配列を推定するためのアミノ酸配列解析システムであって、
a)被検試料のMSn−1分析(nは2以上の整数)により得られたマススペクトルに現れるピークを選択して該ピークに対応したイオンをプリカーサイオンとしてMS分析を実行してMSマススペクトルを取得するとともに、該MSマススペクトルに現れるピークを選択して該ピークに対応したイオンをプリカーサイオンとしてMSn+1分析を実行してMSn+1マススペクトルを取得する質量分析手段と、
b)前記質量分析手段により得られたMSマススペクトルとMSn+1マススペクトルとに共通に現れるピークを抽出して該ピークに対応するイオンの質量情報を収集するほか、MSn+1マススペクトルに対しMS分析とMSn+1分析のプリカーサイオンの質量差のシフト処理と、MSn+1分析のプリカーサイオンの質量位置を基準とする折返し処理とのいずれか一方又は両方を行った上でその処理後のマススペクトルとMSマススペクトルとに共通に現れるピークを抽出して該ピークに対応するイオンの質量情報を収集し、それら収集した質量情報をアミノ酸配列の末端毎に集約したピークリストを作成するピークリスト作成手段と、
c)前記ピークリスト作成手段によって作成された、アミノ酸配列末端毎に集約されたピークリストを基にアミノ酸配列を推定する配列推定手段と、
を備えることを特徴とするアミノ酸配列解析システム。
An amino acid sequence analysis system for estimating an amino acid sequence of a test sample using mass spectrometry,
a) A peak appearing in a mass spectrum obtained by MS n-1 analysis (n is an integer of 2 or more) of a test sample is selected, and MS n analysis is performed by using the ion corresponding to the peak as a precursor ion. mass spectrometry means for acquiring an n mass spectrum, selecting a peak appearing in the MS n mass spectrum, performing MS n + 1 analysis using an ion corresponding to the peak as a precursor ion, and obtaining an MS n + 1 mass spectrum;
b) In addition to extracting peaks commonly appearing in the MS n mass spectrum and MS n + 1 mass spectrum obtained by the mass analyzing means and collecting mass information of ions corresponding to the peaks, the MS n + 1 mass spectrum The mass spectrum after performing either or both of the shift processing of the mass difference of the precursor ion of the n analysis and the MS n + 1 analysis and the folding processing based on the mass position of the precursor ion of the MS n + 1 analysis Peak list creation that collects the mass information of ions corresponding to the peaks extracted from both MS and MS n mass spectra, and creates a peak list that aggregates the collected mass information for each end of the amino acid sequence Means,
c) sequence estimation means for estimating an amino acid sequence based on the peak list created by the peak list creation means and aggregated for each amino acid sequence end;
An amino acid sequence analysis system comprising:
前記ピークリスト作成手段は、さらにMSn+1マススペクトルに対しMSn+1分析のプリカーサイオンの質量位置を基準とする折返し処理を少なくとも実行した上でその処理後のマススペクトルとMSマススペクトルとに共通に現れるピークを抽出した後に、前記折返し処理と逆の変換を行うことで元のMSn+1マススペクトル上に戻したピークを求めて該ピークに対応するイオンの質量情報を収集したものをピークリストに加えることを特徴とする請求項1に記載のアミノ酸配列解析システム。 The peak list creating means may further commonly to the MS n + 1 Mass spectrum of the processed after having at least execute the folding processing on mass spectrum relative to the mass position of MS n + 1 analysis of precursor ions and MS n mass spectrum After extracting the appearing peaks, the peak returned to the original MS n + 1 mass spectrum is obtained by performing the reverse conversion to the folding process, and the mass information of the ions corresponding to the peaks is added to the peak list. The amino acid sequence analysis system according to claim 1. n=2であることを特徴とする請求項1又は2に記載のアミノ酸配列解析システム。   The amino acid sequence analysis system according to claim 1 or 2, wherein n = 2. 前記配列推定手段はデノボ・シーケンスによるアミノ酸配列推定を行うものであることを特徴とする請求項1〜3のいずれかに記載のアミノ酸配列解析システム。   The amino acid sequence analysis system according to any one of claims 1 to 3, wherein the sequence estimation means performs amino acid sequence estimation based on a de novo sequence. 前記配列推定手段による配列推定の信頼性を判断する信頼性判定手段をさらに備え、該信頼性判定手段により信頼性が低い場合と判定された場合には、前記質量分析手段は、前記MSマススペクトルに現れるピークの中で別のピークを選択して該ピークに対応したイオンをプリカーサイオンとしてMSn+1分析を実行し、前記ピークリスト作成手段は、その新しいMSn+1マススペクトルと前記MSマススペクトルとに基づいてピークリストを作成することを特徴とする請求項3に記載のアミノ酸配列解析システム。 The apparatus further includes a reliability determination unit that determines the reliability of the sequence estimation by the sequence estimation unit, and when the reliability determination unit determines that the reliability is low, the mass analysis unit includes the MS n mass Another peak is selected from the peaks appearing in the spectrum, MS n + 1 analysis is performed using the ion corresponding to the peak as a precursor ion, and the peak list creating means includes the new MS n + 1 mass spectrum and the MS n mass spectrum. The amino acid sequence analysis system according to claim 3, wherein a peak list is created based on: 前記ピークリスト作成手段は、末端毎に収集された質量情報について測定質量の許容範囲内で同一とみなせるものを1つにまとめることを特徴とする請求項1又は2に記載のアミノ酸配列解析システム。 The amino acid sequence analysis system according to claim 1 or 2, wherein the peak list creation means collects mass information collected for each terminal into one that can be regarded as identical within an allowable range of measured mass . 前記ピークリスト作成手段は、末端毎に収集された質量情報について脱塩イオン又は脱水イオンに相当するものを削除することを特徴とする請求項1又は2に記載のアミノ酸配列解析システム。 3. The amino acid sequence analysis system according to claim 1, wherein the peak list creating unit deletes mass information collected for each terminal and corresponding to desalted ions or dehydrated ions. 4.
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