JP2007024831A - Blocking method for array - Google Patents
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Description
本発明は、ペプチドチップを用いた物質相互作用の解析系において、「HSP70ファミリータンパク質」をブロッキングすることで生体分子の非特異的吸着を抑制することのできるアレイのブロッキング方法に関する。 The present invention relates to an array blocking method capable of suppressing nonspecific adsorption of biomolecules by blocking “HSP70 family proteins” in a substance interaction analysis system using a peptide chip.
近年、生体分子の相互作用解析、発現分子のプロファイリング、もしくは診断に用いるバイオチップが注目を集めている。基板上に生体分子が固定化されることで操作が容易になり、場合によっては非常に多くの物質の相互作用を解析することができる。特に比較的分子量の小さなペプチドを基板上に固定化したペプチドアレイは、蛋白質のような変性の問題が比較的少なく、またコンビナトリアルケミストリーの側面が強いことから、近年酵素の基質探索や、あるいはインヒビターの探索などに広く用いられるようになってきている。 In recent years, biochips used for biomolecule interaction analysis, profiling of expressed molecules, or diagnosis have attracted attention. The operation is facilitated by immobilizing the biomolecule on the substrate, and in some cases, the interaction of a very large number of substances can be analyzed. In particular, peptide arrays in which peptides with relatively small molecular weights are immobilized on a substrate have relatively few problems of denaturation such as proteins, and have strong combinatorial chemistry aspects. It has come to be widely used for searching and the like.
しかしながら、相互作用を観察する際に問題になるのが非特異的吸着による影響である。非特異的吸着とは、本来であれば相互作用しない分子へ対象物質が非特異的に吸着する場合のことを言う。その結果、擬陽性の判定を与えるため好ましくない。非特異的な吸着を抑制するために、デキストラン、ポリエチレングリコール(PEG)などの親水性高分子が表面に固定化されたバイオチップが開発されている。これらの親水性高分子には生体分子の非特異的吸着を抑制する効果があることが知られている。 However, it is the influence of nonspecific adsorption that becomes a problem when observing the interaction. Non-specific adsorption refers to a case where the target substance adsorbs non-specifically to molecules that do not interact with each other. As a result, a false positive determination is given, which is not preferable. In order to suppress nonspecific adsorption, biochips in which hydrophilic polymers such as dextran and polyethylene glycol (PEG) are immobilized on the surface have been developed. These hydrophilic polymers are known to have an effect of suppressing nonspecific adsorption of biomolecules.
バイオセンサー表面に親水性高分子のゲルマトリックスを形成することで非特異的吸着を抑制したバイオセンサーが示されている。この方法ではゲルマトリックスに官能基が導入されており、その官能基を利用し共有結合によって生体分子を固定化している。具体的にはカルボキシメチルデキストランのカルボキシル基を水溶性カルボジイミド(EDC)とN−ヒドロキシスクシンイミド(NHS)で活性化し、形成したスクシンイミド基と生体分子を固定化することに成功している(非特許文献1)。ただし、形成したスクシンイミド基は100%反応しないため、残存したスクシンイミドをブロッキングする必要がある。ここではエタノールアミンを用いて、スクシンイミド基のブロッキングを行っており、ブロッキング材料に親水性高分子を用いる手法は示されていない。 A biosensor in which non-specific adsorption is suppressed by forming a hydrophilic polymer gel matrix on the biosensor surface is shown. In this method, functional groups are introduced into the gel matrix, and biomolecules are immobilized by covalent bonds using the functional groups. Specifically, the carboxyl group of carboxymethyl dextran was activated with water-soluble carbodiimide (EDC) and N-hydroxysuccinimide (NHS), and the formed succinimide group and the biomolecule were successfully immobilized (Non-patent Document). 1). However, since the formed succinimide group does not react 100%, it is necessary to block the remaining succinimide. Here, succinimide groups are blocked using ethanolamine, and a technique using a hydrophilic polymer as a blocking material is not shown.
生体分子を固定化した後に、基板上に親水性高分子を反応させる手段は公知である(特許文献1)。しかし、ここではチップ上のマレイミド基と対象分子が有するチオール基を反応させて、チップ上に対象分子を固定化しているが、その後、マレイミド基をブロッキングする工程は全く含んでいない。そのため、マレイミド基が残存したまま残っており、非特異的吸着の問題を引き起こす心配がある。また、固定化した生体分子と反応しうる親水性高分子を用いるため、生体分子が改質し変性する恐れがある。 A means for reacting a hydrophilic polymer on a substrate after immobilizing a biomolecule is known (Patent Document 1). However, here, the maleimide group on the chip is reacted with the thiol group of the target molecule to immobilize the target molecule on the chip, but the subsequent step of blocking the maleimide group is not included. For this reason, the maleimide group remains and there is a concern of causing nonspecific adsorption problems. Further, since a hydrophilic polymer that can react with the immobilized biomolecule is used, the biomolecule may be modified and denatured.
また、従来免疫測定などで用いられるブロッキング剤としては生体成分から直接抽出したタンパク質が多く使用されてきた。特にウシ由来のアルブミンやカゼインなどが広く使用されてきた歴史がある。しかし近年、狂牛病などの問題から、様々な制限が加えられている現状である。一方、組換え体を用いてそれらを製造する方法は、病原体(物質)を排除できる利点はあるが、生産性などの問題点から実用に至っているものは少ない。 In addition, as a blocking agent used in conventional immunoassays and the like, many proteins directly extracted from biological components have been used. In particular, bovine-derived albumin and casein have been widely used. However, in recent years, various restrictions have been added due to problems such as mad cow disease. On the other hand, methods for producing them using recombinants have the advantage that pathogens (substances) can be eliminated, but few have come to practical use because of problems such as productivity.
よって、大腸菌などに由来するタンパク質を、代替タンパク質として使用するという試みが、生産性という立場からは好ましいと言える。しかし、大量発現できるタンパク質が必ずしもブロッキング効率が良いわけではなく、組換え体で生産できるブロッキング効率に優れたタンパク質を見出さなければならないという問題点があった。
近年、様々な生物の遺伝子配列が明らかとなったが、予想されるアミノ酸配列よりブロッキング効率に優れたタンパク質を見出す法則は未だ知られておらず、そのようなタンパク質を探すには非常な手間が掛かる作業であると思われていた。 このような理由から、組換え体で大量生産できるブロッキング効率に優れた代替タンパク質が求められていた。
Therefore, it can be said that an attempt to use a protein derived from Escherichia coli as an alternative protein is preferable from the standpoint of productivity. However, proteins that can be expressed in large quantities do not necessarily have good blocking efficiency, and there is a problem that a protein with excellent blocking efficiency that can be produced by a recombinant must be found.
In recent years, the gene sequences of various organisms have been clarified, but the law of finding a protein with better blocking efficiency than the predicted amino acid sequence is not yet known, and it takes a lot of trouble to find such a protein. It was thought to be a work to be done. For these reasons, there has been a demand for an alternative protein with excellent blocking efficiency that can be mass-produced with a recombinant.
本発明の課題は、生体分子の非特異的吸着を抑制するためのバイオチップのブロッキング技術を提供することにある。その結果、基板上に固定化された生体分子との相互作用解析に用いた際に、正確に相互作用を評価できるブロッキング手段を得ることにある。 An object of the present invention is to provide a biochip blocking technique for suppressing nonspecific adsorption of biomolecules. As a result, there is a need to obtain a blocking means that can accurately evaluate an interaction when used for analyzing an interaction with a biomolecule immobilized on a substrate.
本発明者は鋭意検討を重ねた結果、以下に示すような手段により、上記課題を解決できることを見出し、本発明に到達した。 As a result of intensive studies, the present inventor has found that the above problems can be solved by the following means, and has reached the present invention.
すなわち本発明は、以下の構成からなる。
1.生体分子が固定化されてなるアレイ上に、ATPaseドメインを除去したHSP70ファミリータンパク質を含む溶液を作用させることを特徴とするアレイのブロッキング方法。
2.ATPaseドメインを除去した「HSP70ファミリータンパク質」がDnaK,Ssa1p,Ssc1p,Kar2p,HSP70,Bip,mHsp70およびHSC70から選択されることを特徴とする1のアレイのブロッキング方法。
3.「HSP70ファミリータンパク質」の基質結合ドメインを用いることを特徴とする1又は2のアレイのブロッキング方法。
4.DnaKタンパク質由来のタンパク質を用いることを特徴とする1〜3のいずれかのアレイのブロッキング方法。
5.DnaKタンパク質の一部のアミノ酸配列を除去したタンパク質を用いることを特徴とする1〜4のいずれかのアレイのブロッキング方法。
6.DnaKタンパク質の一部のアミノ酸配列を除去したタンパク質であって、少なくともN末端から387番目まで、多くとも472番目までのアミノ酸配列を除去したタンパク質を用いることを特徴とする1〜5のいずれかのアレイのブロッキング方法。
7.DnaKタンパク質の一部のアミノ酸配列を除去したタンパク質であって、少なくともN末端から387番目まで、多くとも418番目までのアミノ酸配列を除去したタンパク質を用いることを特徴とする1〜6のいずれかのアレイのブロッキング方法。
8.DnaKタンパク質の419〜607番目までのアミノ酸配列からなるタンパク質を用いることを特徴とする1〜7のいずれかのアレイのブロッキング方法。
9.ATPaseドメインもしくはその一部を除去したDnaKタンパク質の一部の親水性アミノ酸を疎水性アミノ酸に置換したタンパク質を用いることを特徴とする1〜8のいずれかのアレイのブロッキング方法。
10.ATPaseドメインもしくはその一部を除去したDnaKタンパク質の一部のアミノ酸配列を除去したタンパク質であって、アミノ酸番号479と481のアスパラギン酸をバリンに置換したタンパク質を用いることを特徴とする1〜9のいずれかのアレイのブロッキング方法。
11.DnaKタンパク質の384〜607番目のアミノ酸配列からなり、アミノ酸番号479と481のアスパラギン酸をバリンに置換したタンパク質を用いることを特徴とする1〜10のいずれかのアレイのブロッキング方法。
12.アレイ表面が金であることを特徴とする1〜11のいずれかのアレイのブロッキング方法。
13.基板が透明基板であることを特徴とする1〜12のいずれかのアレイのブロッキング方法。
14.基板がガラスであることを特徴とする1〜13のいずれかのアレイのブロッキング方法。
15.アレイが表面プラズモン共鳴(SPR)解析に用いられることを特徴とする1〜14のいずれかのアレイのブロッキング方法。
That is, this invention consists of the following structures.
1. A method for blocking an array, wherein a solution containing an HSP70 family protein from which an ATPase domain has been removed is allowed to act on an array on which a biomolecule is immobilized.
2. A method for blocking one array, wherein the “HSP70 family protein” from which the ATPase domain has been removed is selected from DnaK, Ssa1p, Ssc1p, Kar2p, HSP70, Bip, mHsp70 and HSC70.
3. A method for blocking one or two arrays, wherein the substrate binding domain of “HSP70 family protein” is used.
4). A method for blocking an array according to any one of 1 to 3, wherein a protein derived from DnaK protein is used.
5. A method for blocking an array according to any one of 1 to 4, wherein a protein obtained by removing a part of the amino acid sequence of the DnaK protein is used.
6). Any one of 1 to 5, wherein a protein from which a part of the amino acid sequence of DnaK protein has been removed, wherein at least the amino acid sequence from the N-terminal to the 387th and at most the 472th amino acid sequence has been removed is used Array blocking method.
7). Any one of 1 to 6, wherein a protein from which a part of the amino acid sequence of DnaK protein has been removed, wherein at least the amino acid sequence from the N-terminal to the 387th and at most the 418th amino acid sequence has been removed is used Array blocking method.
8). A method for blocking an array according to any one of 1 to 7, wherein a protein comprising an amino acid sequence from the 419th to 607th amino acids of the DnaK protein is used.
9. The method for blocking an array according to any one of 1 to 8, wherein a protein in which a hydrophilic amino acid in a part of the DnaK protein from which the ATPase domain or a part thereof has been removed is substituted with a hydrophobic amino acid is used.
10. A protein obtained by removing a part of the amino acid sequence of the DnaK protein from which the ATPase domain or part thereof has been removed, wherein the aspartic acid of amino acid numbers 479 and 481 is substituted with valine. Any array blocking method.
11. A method for blocking an array according to any one of 1 to 10, wherein a protein comprising the amino acid sequence of 384 to 607 of the DnaK protein and having aspartic acid at amino acid numbers 479 and 481 substituted with valine is used.
12 The array blocking method according to any one of 1 to 11, wherein the array surface is gold.
13. The method for blocking an array according to any one of 1 to 12, wherein the substrate is a transparent substrate.
14 The method for blocking an array according to any one of 1 to 13, wherein the substrate is glass.
15. The array blocking method according to any one of 1 to 14, wherein the array is used for surface plasmon resonance (SPR) analysis.
本発明におけるアレイのブロッキング方法を採用することにより、非特異的吸着が抑制されたアレイを用いた精度のよい測定系を得ることができる。 By adopting the array blocking method of the present invention, a highly accurate measurement system using an array in which nonspecific adsorption is suppressed can be obtained.
本発明は分子シャペロンとして知られているDnaK,Ssa1p,Ssc1p,Kar2p,HSP70,Bip,mHsp70およびHSC70などから構成される、いわゆる「HSP70ファミリータンパク質」を用いるアレイのブロッキング方法に関する。 The present invention relates to an array blocking method using a so-called “HSP70 family protein” composed of DnaK, Ssa1p, Ssc1p, Kar2p, HSP70, Bip, mHsp70 and HSC70, which are known as molecular chaperones.
なかでも、大腸菌のヒートショックタンパク質の一種であるHSP70(DnaK)の基質結合ドメインが好適に用いられる。このタンパク質は638アミノ酸から構成され、1〜385番目のアミノ酸より構成される「ATPase(ATP結合)ドメイン」と386〜638番目のアミノ酸より構成される「基質結合ドメイン」からなっている(図1)。配列番号1にDnaKのタンパク質の配列を示す。このタンパク質(DnaK384−607)は、既にNMR解析で構造が明らかとなっており、2つの構造的な領域(ドメイン)、すなわちN末端側のβシート領域(ドメイン)とC末端側のαへリックス領域(ドメイン)からなっていることが分かっている。また、配列のN末端側の親水/疎水率が0.5であり、C末端側では0.89で、その差は0.39と高い値を示すことが計算によって明らかにされた。このタンパク質(DnaK384−607)がブロッキングに際して有用なものである。 Among them, the substrate binding domain of HSP70 (DnaK), which is a kind of E. coli heat shock protein, is preferably used. This protein is composed of 638 amino acids, and consists of an “ATPase (ATP binding) domain” composed of amino acids 1 to 385 and a “substrate binding domain” composed of amino acids 386 to 638 (FIG. 1). ). SEQ ID NO: 1 shows the sequence of the DnaK protein. The structure of this protein (DnaK384-607) has already been revealed by NMR analysis, and two structural regions (domains), that is, an N-terminal β-sheet region (domain) and a C-terminal α-helix. It is known that it consists of regions (domains). In addition, the hydrophilicity / hydrophobicity ratio on the N-terminal side of the sequence was 0.5, 0.89 on the C-terminal side, and the difference was as high as 0.39 by calculation. This protein (DnaK384-607) is useful for blocking.
本発明では、HSP70ファミリータンパク質由来のタンパク質が好ましく用いられ、更に好ましくは大腸菌のDnaKタンパク質由来のタンパク質が用いられる。また、好ましくは、ATPaseドメインを除去したHSP70ファミリータンパク質の基質結合ドメインが好ましく用いられ、更に好ましくは大腸菌のATPaseドメインを除去したDnaKタンパク質の基質結合ドメインが用いられる。 In the present invention, proteins derived from HSP70 family proteins are preferably used, and proteins derived from DnaK protein of E. coli are more preferably used. Preferably, the substrate binding domain of the HSP70 family protein from which the ATPase domain has been removed is preferably used, and more preferably the substrate binding domain of the DnaK protein from which the ATPase domain of E. coli has been removed.
本発明に用いるHSP70ファミリーに属するタンパク質としては、特に指定はないが、大腸菌のDnaK、酵母細胞質に存在する Ssa1p、酵母ミトコンドリアに存在する Ssc1p、酵母小胞体に存在するKar2p、哺乳類細胞質に存在するHSP70,哺乳類小胞体に存在する Bip、哺乳類ミトコンドリアに存在する mHsp70 および熱ショックの有無に関わらず恒常的に発現しているHSP70のホモログであるHSC70などから選択される。HSP70ファミリーには数多くのホモログが知られており、上に挙げたものはそのうちの一部であり、上に列挙した以外のホモログにも同様の効果が期待できることは容易に予想可能である。 The protein belonging to the HSP70 family used in the present invention is not particularly specified, but DnaK of E. coli, Ssa1p present in yeast cytoplasm, Ssc1p present in yeast mitochondria, Kar2p present in yeast endoplasmic reticulum, HSP70 present in mammalian cytoplasm. , Bip present in mammalian endoplasmic reticulum, mHsp70 present in mammalian mitochondria, and HSC70, which is a homologue of HSP70 that is constantly expressed regardless of the presence or absence of heat shock. Many homologues are known in the HSP70 family, and the above are some of them, and it can be easily predicted that similar effects can be expected from homologues other than those listed above.
また、DnaKのβシート構造部分に変異を加えて、βシート部分の疎水性を向上させることにより、ブロッキング効率のより優れたタンパク質を得ることができる。すなわち、(1)βシートのN末端の一部を除去することで、βシートのより疎水的な部分を露出させる(βシート構造を破壊して疎水性を向上させる)、(2)βシート上の親水性アミノ酸を疎水性アミノ酸に置換する、というものである。その結果、βシート構造のN末端部分を除去したDnaK419−607と、βシート上の親水性アミノ酸を疎水性アミノ酸に置換したDnaK384−607(D479V,D481V)にブロッキング効率の顕著な向上を認めることができる。特に、DnaK 419−607に顕著なブロッキング効率の向上を認めることが出来る。すなわち、疎水性ドメインの構造が変化することで、疎水性ドメインの構造が変化し、疎水性ドメインの疎水性を向上させることが、ブロッキング能の向上につながるものと考えられる。 Moreover, a protein having a more excellent blocking efficiency can be obtained by adding a mutation to the β sheet structure portion of DnaK to improve the hydrophobicity of the β sheet portion. That is, (1) removing a part of the N-terminal of the β sheet to expose a more hydrophobic portion of the β sheet (destroying the β sheet structure to improve hydrophobicity), (2) β sheet The above hydrophilic amino acid is replaced with a hydrophobic amino acid. As a result, DnaK419-607 from which the N-terminal portion of the β-sheet structure was removed and DnaK384-607 (D479V, D481V) in which the hydrophilic amino acids on the β-sheet were replaced with hydrophobic amino acids were found to have a significant improvement in blocking efficiency. Can do. In particular, a significant improvement in blocking efficiency can be observed in DnaK 419-607. That is, it is considered that the change in the structure of the hydrophobic domain causes the change in the structure of the hydrophobic domain and the improvement in the hydrophobicity of the hydrophobic domain leads to an improvement in the blocking ability.
本発明においては、少なくともN末端から387番目まで、多くとも472番目までのアミノ酸配列を除去したことを特徴とするブロッキング効率の向上したDnaKタンパク質がより好ましい。また、本発明は少なくともN末端から387番目まで、多くとも418番目までのアミノ酸配列を除去したことを特徴とするブロッキング効率の向上したDnaKタンパク質であることが好ましい。特に好ましくは、DnaKタンパク質の419〜607番目までのアミノ酸配列からなるタンパク質である。 In the present invention, a DnaK protein having improved blocking efficiency, characterized by removing amino acid sequences from at least the N-terminal to the 387th and at most the 472th, is more preferable. Further, the present invention is preferably a DnaK protein with improved blocking efficiency, characterized in that the amino acid sequence from at least the N-terminal to the 387th and at most the 418th amino acid sequence is removed. Particularly preferred is a protein consisting of the amino acid sequence from the 419th to 607th amino acid sequence of the DnaK protein.
また、本発明においては、ATPaseドメインもしくはその一部を除去したDnaKタンパク質の一部の親水性アミノ酸を疎水性アミノ酸に置換したタンパク質を用いてもよい。更に詳しくは、ATPaseドメインもしくはその一部を除去したDnaKタンパク質の一部のアミノ酸配列を除去したタンパク質であって、アミノ酸番号479と481のアスパラギン酸をバリンに置換したブロッキング効率の向上したタンパク質である。また更に好ましくは、DnaKタンパク質の384〜607番目のアミノ酸配列からなり、アミノ酸番号479と481のアスパラギン酸をバリンに置換したタンパク質が使用される。 In the present invention, a protein obtained by substituting a part of the hydrophilic amino acid of the DnaK protein from which the ATPase domain or part thereof is removed with a hydrophobic amino acid may be used. More specifically, it is a protein from which a part of the amino acid sequence of the DnaK protein from which the ATPase domain or part thereof has been removed has been removed, wherein the aspartic acid at amino acid numbers 479 and 481 has been replaced with valine, thereby improving the blocking efficiency. . More preferably, a protein comprising the amino acid sequence of the 384th to 607th DnaK protein and having aspartic acid at amino acid numbers 479 and 481 substituted with valine is used.
本発明に用いるタンパク質もしくはタンパク質フラグメントは、本発明の効果を損なわない範囲内であればヒスチジンタグなどのタグを有していても良い。さらに、本発明の効果を損なわない範囲内であれば一般的に知られていないタグや、任意のアミノ酸配列を付加しても良い。 The protein or protein fragment used in the present invention may have a tag such as a histidine tag as long as the effects of the present invention are not impaired. Furthermore, a tag that is not generally known or an arbitrary amino acid sequence may be added as long as the effects of the present invention are not impaired.
本タンパク質の発現方法は特に限定されないが、原核生物を用いて発現させる方法が好ましく、さらには、大腸菌を用いて発現させる方法がさらに好ましい。また、発現ベクターに関しても特に限定はされず、一般的に発現に使用されているものであればよい。 Although the expression method of this protein is not specifically limited, The method of expressing using a prokaryote is preferable, Furthermore, the method of expressing using Escherichia coli is further more preferable. The expression vector is not particularly limited as long as it is generally used for expression.
本発明に用いるHSP70ファミリーに属するタンパク質としては、特に限定はされないが、大腸菌のDnaK,酵母細胞質に存在するSsa1p,酵母ミトコンドリアに存在するSsc1p,酵母小胞体に存在するKar2p,哺乳類細胞質に存在するHSP70,哺乳類小胞体に存在するBip,哺乳類ミトコンドリアに存在するmHsp70および熱ショックの有無に関わらず恒常的に発現しているHSP70のホモログであるHSC70などが例示される。HSP70ファミリーには数多くのホモログが知られており、上に挙げたものはそのうちの一部であり、上に列挙した以外のホモログであってもよい。 Proteins belonging to the HSP70 family used in the present invention are not particularly limited, but include DnaK of E. coli, Ssa1p present in yeast cytoplasm, Ssc1p present in yeast mitochondria, Kar2p present in yeast endoplasmic reticulum, and HSP70 present in mammalian cytoplasm. Bip present in the mammalian endoplasmic reticulum, mHsp70 present in mammalian mitochondria, and HSC70, which is a homologue of HSP70 that is constantly expressed regardless of the presence or absence of heat shock. Numerous homologs are known in the HSP70 family, and those listed above are some of them, and may be homologs other than those listed above.
本発明に用いるHSP70フラグメントはATPaseドメインを除去されていることを特徴としている。但し、十分なブロッキング活性を示すならば、ATPaseドメインの全領域が除去されていなくてもよい。例えば、ATPaseドメインは、DnaKではC末端側の1−383の領域を指し、そのATPase活性を失う程度にATPaseドメインの一部を除去していれば、本発明におけるHSP70フラグメントに含まれる。例えば、DnaKにおいては384−638のフラグメントも使用することができる。 The HSP70 fragment used in the present invention is characterized in that the ATPase domain is removed. However, as long as sufficient blocking activity is exhibited, the entire region of the ATPase domain may not be removed. For example, the ATPase domain refers to the 1-383 region on the C-terminal side in DnaK, and a part of the ATPase domain is removed to such an extent that the ATPase activity is lost. For example, in DnaK, the 384-638 fragment can also be used.
本発明におけるブロッキング方法は様々な用途に応用可能であるが、特に表面プラズモン共鳴(SPR)や和周波発生(SFG)、局在プラズモン共鳴(LPR)、エリプソメトリなどの光学的検出方法に絶大な効果を発揮する。なかでも、SPRによる解析系において特に有用である。一般的なチップ、アレイにおいては、相互作用の検出方法として蛍光物質や放射線同位体によるラベル手段による検出が用いられる。この場合、最終的にラベル物質が結合したかどうかだけを検出することができ、相互作用に関係のない物質が非特異的に吸着しても、誤って検出されることはない。従って、相互作用する対象物質がネガティブコントロールに対して非特異的に吸着しなければ、正確に測定できていると判断することができる。 The blocking method in the present invention can be applied to various applications, and is particularly great for optical detection methods such as surface plasmon resonance (SPR), sum frequency generation (SFG), localized plasmon resonance (LPR), and ellipsometry. Demonstrate the effect. Among these, it is particularly useful in an analysis system using SPR. In a general chip or array, detection by a labeling means using a fluorescent substance or a radioisotope is used as a method for detecting an interaction. In this case, it is possible to detect only whether or not the label substance is finally bound, and even if a substance not related to the interaction is adsorbed non-specifically, it is not erroneously detected. Therefore, if the interacting target substance is not non-specifically adsorbed to the negative control, it can be determined that the measurement is accurate.
SPR、SFG、LPR、エリプソメトリにおいては、金属基板が使用される。本発明において、基板の素材は、酸・アルカリ・有機溶媒などに非常に安定な金が好ましい。実際、金は上記光学的検出方法で多用される物質である。また、金を支持する物質は透明である方が好ましく、透明なガラスであるとより好ましい。透明なガラスは容易に入手できるだけでなく、SPRやLPRの測定に極めて適しているからである。 In SPR, SFG, LPR, and ellipsometry, a metal substrate is used. In the present invention, the material of the substrate is preferably gold which is very stable in acid, alkali, organic solvent and the like. In fact, gold is a material frequently used in the above optical detection method. Further, the material supporting gold is preferably transparent, and more preferably transparent glass. This is because transparent glass is not only easily available, but also very suitable for measuring SPR and LPR.
金属基板を形成する方法としては、金属薄層をコーティングする方法が好ましい。金属をコーティングする方法は特に限定されるものではないが、一般的に蒸着法、スパッタリング法、イオンコーティング法などが選択される。光学的な検出方法に供するために、金属薄層の厚みをナノレベルでコントロールする必要がある。金属薄層の厚みも特に限定されるものではないが、一般的には30nmから80nmの範囲で選択される。金属薄層の剥離を抑制するため、0.5nmから10nmのクロム層やチタン層を予め基板にコーティングしておいてもよい。 As a method of forming the metal substrate, a method of coating a thin metal layer is preferable. A method for coating the metal is not particularly limited, but generally, a vapor deposition method, a sputtering method, an ion coating method, or the like is selected. In order to provide an optical detection method, it is necessary to control the thickness of the thin metal layer at the nano level. The thickness of the thin metal layer is not particularly limited, but is generally selected in the range of 30 nm to 80 nm. In order to suppress peeling of the thin metal layer, a chromium layer or a titanium layer of 0.5 nm to 10 nm may be coated on the substrate in advance.
このSPRを応用したSPRイメージング法は、広範囲に偏光光束を照射し、その反射像を解析することで、物質間の相互作用の様子を、画像処理技術等を駆使することによりモニター化する方法であり、複数の物質を固定化したチップをスクリーニングすることや、表面に吸着する物体のモルホロジーを高感度に観察することが可能である。SPRイメージング法においては、反射像を解析するためにチップに広範囲で偏光光束を照射し、かつ光束の照度を十分に確保するための手段が必要である。図2においてその一例を示した。偏光光束の照度は明るいほどセンサーの感度が上昇してより好ましい。 The SPR imaging method using this SPR is a method of monitoring the state of interaction between substances by irradiating a polarized light beam over a wide range and analyzing the reflected image by making full use of image processing technology or the like. Yes, it is possible to screen a chip on which a plurality of substances are immobilized, and to observe the morphology of an object adsorbed on the surface with high sensitivity. In the SPR imaging method, in order to analyze the reflected image, a means for irradiating the chip with a polarized light beam in a wide range and sufficiently securing the illuminance of the light beam is required. An example is shown in FIG. The brighter the illuminance of the polarized light flux, the more preferable is the sensitivity of the sensor.
光源の種類は特に限定されるものではないが、SPR共鳴角の変化が特に敏感になる近赤外光を含む光を用いるのが好ましい。具体的には、メタルハライドランプ、水銀ランプ、キセノンランプ、ハロゲンランプ、蛍光灯、白熱灯などの広範囲に光を照射することのできる白色光源を用いることができるが、なかでも得られる光の強度が十分に高く、光の電源装置が簡易で安価なハロゲンランプが特に好ましい。 The type of the light source is not particularly limited, but it is preferable to use light including near infrared light that makes the change in the SPR resonance angle particularly sensitive. Specifically, a white light source capable of irradiating light over a wide range such as a metal halide lamp, a mercury lamp, a xenon lamp, a halogen lamp, a fluorescent lamp, and an incandescent lamp can be used. A halogen lamp that is sufficiently high, has a simple light power supply and is inexpensive is particularly preferable.
通常の白色光源はフィラメント部に光の明暗ムラが生じる欠点がある。光源の光をそのまま照射すると、反射して得られる像に明暗ムラが生じ、スクリーニングやモルホロジー変化を評価するのが困難となる。したがって、チップに均一に光を照射する手段として、光をピンホールに通してから平行光にする方法が好ましい。ピンホールを通す手段は、明るさの均一な光束を得る手段としては好ましいが、そのままピンホールに光を通すと照度が低下する欠点がある。そこで、十分な照度を確保する手段として、ピンホールと光源の間に凸レンズを設置し、集光してピンホールを通す方法を用いることが好ましい。 A normal white light source has a defect that light and dark unevenness occurs in the filament portion. If the light from the light source is irradiated as it is, light and dark unevenness occurs in the image obtained by reflection, and it becomes difficult to evaluate screening and morphological changes. Therefore, as a means for uniformly irradiating the chip with light, a method of making the light into parallel light after passing through the pinhole is preferable. The means for passing a pinhole is preferable as a means for obtaining a light beam having a uniform brightness, but there is a drawback that the illuminance decreases when light is passed through the pinhole as it is. Therefore, as a means for ensuring sufficient illuminance, it is preferable to use a method in which a convex lens is installed between the pinhole and the light source, and condensed to pass through the pinhole.
白色光源は放射光であるため、集光する前に凸レンズを用いて平行光にする必要がある。凸レンズの焦点距離近傍に光源を設置することで、平行光を得ることができる。もう一枚凸レンズを設置し、そのレンズの焦点距離近傍にピンホールを設置することで集光した光をピンホールに通すことが可能である。ピンホール内で交差し、通過した光はカメラ用のCCTVレンズで平行光とするが、その際に得られる平行光束の断面面積は10〜1000mm2に調節するのが好ましい。この方法によって広範囲にわたるスクリーニングやモルホロジー観察が可能となる。 Since the white light source is radiated light, it needs to be converted into parallel light using a convex lens before condensing. Parallel light can be obtained by installing a light source near the focal length of the convex lens. By installing another convex lens and installing a pinhole in the vicinity of the focal length of the lens, it is possible to pass the condensed light through the pinhole. The light that intersects and passes through the pinhole is converted into parallel light by the CCTV lens for the camera. The cross-sectional area of the parallel light beam obtained at this time is preferably adjusted to 10 to 1000 mm 2 . This method enables a wide range of screening and morphological observation.
相互作用をモニターする際に、上記偏光光束は物質あるいは物質の集合体が固定化されている金属薄膜の反対面に照射される。上記偏光光束は物質もしくは物質の集合体が固定化されている金属薄膜の反対面に照射され、その反射光束が得られる。金属薄膜からの反射光束は近赤外波長の光干渉フィルターを通し、ある波長付近の光のみを透過させてからCCDカメラで撮影される。 When the interaction is monitored, the polarized light beam is applied to the opposite surface of the metal thin film on which the substance or the substance aggregate is fixed. The polarized light beam is applied to the opposite surface of the metal thin film on which the substance or substance aggregate is fixed, and the reflected light beam is obtained. The reflected light beam from the metal thin film passes through a near-infrared wavelength optical interference filter and transmits only light in the vicinity of a certain wavelength before being photographed by a CCD camera.
光干渉フィルターの中心波長は、SPRの感度が高い600〜1000nmが好ましい。光干渉フィルターの透過率が極大時の半分になる波長の波長幅を半値巾と呼ぶが、半値巾は小さい方が波長の分布がシャープとなり好ましく、具体的には半値巾100nm以下が好ましい。光干渉フィルターを通してCCDカメラで撮影された像はコンピュータに取り込まれ、ある部分の明るさの変化をリアルタイムで評価することや、画像処理により全体像の評価が可能である。こうして複数の物質を固定化したチップをスクリーニングすることや、表面に吸着する物体のモルホロジーを高感度に観察することができる。 The center wavelength of the optical interference filter is preferably 600 to 1000 nm with high SPR sensitivity. The wavelength width of the wavelength at which the transmittance of the optical interference filter is half that at the maximum is called a half-value width, but the smaller the half-value width, the sharper the wavelength distribution is, and more specifically, the half-value width is preferably 100 nm or less. An image photographed by the CCD camera through the optical interference filter is taken into a computer, and a change in brightness of a certain part can be evaluated in real time, and an entire image can be evaluated by image processing. Thus, it is possible to screen a chip on which a plurality of substances are immobilized, and to observe the morphology of an object adsorbed on the surface with high sensitivity.
本発明において用いるSPR用のチップは好ましくは透明な基板上に金属薄膜が形成された金属基板からなり、上記金属薄膜上に直接的もしくは間接的に、化学的もしくは物理的に、物質もしくは物質の集合体が固定化されているスライドが用いられる。基板の素材は特に限定されるものではないが、透明なものを用いるのが好ましい。具体的にはガラス、あるいはポリエチレンテレフタレート(PET)、ポリカーボネート、アクリルなどのプラスチック類が挙げられる。中でもガラスが特に好ましい。 The chip for SPR used in the present invention preferably comprises a metal substrate in which a metal thin film is formed on a transparent substrate, and directly or indirectly, chemically or physically on the metal thin film, a substance or a substance. A slide on which the assembly is fixed is used. The material of the substrate is not particularly limited, but it is preferable to use a transparent material. Specific examples include glass or plastics such as polyethylene terephthalate (PET), polycarbonate, and acrylic. Of these, glass is particularly preferable.
基板の厚さは0.1〜20mm程度が好ましく1〜2mm程度がより好ましい。金属薄膜からの反射像を評価する目的を達成するために、SPR共鳴角はできるだけ小さい方が撮影される画像がひしゃげる恐れがなく解析がしやすい。したがって、透明基板あるいは透明基板とそれに接触するプリズムの屈折率nDは1.5以上であることが好ましい。 The thickness of the substrate is preferably about 0.1 to 20 mm, and more preferably about 1 to 2 mm. In order to achieve the purpose of evaluating the reflection image from the metal thin film, the SPR resonance angle is as small as possible, and the captured image is not likely to be distorted and is easy to analyze. Therefore, the refractive index n D of the transparent substrate or the transparent substrate and the prism in contact with the transparent substrate is preferably 1.5 or more.
本発明において用いられるアレイに固定化される生体分子とは特に限定されるものではなく、一般に生体構成成分の範疇とされている物質は全て包含される。具体的には、蛋白質、ペプチド、DNA、RNA、糖、脂質などが例示される。また、上述したようなSPRアレイのみならず、蛍光、ラジオアイソトープによる検出に用いられるアレイにおいても有用である。この場合には、アレイ表面は必ずしも金でなくてもよい。 The biomolecule immobilized on the array used in the present invention is not particularly limited, and all substances generally included in the category of biological constituents are included. Specifically, protein, peptide, DNA, RNA, sugar, lipid and the like are exemplified. Further, it is useful not only in the SPR array as described above but also in an array used for detection by fluorescence or radioisotope. In this case, the array surface does not necessarily have to be gold.
本発明において、ATPaseドメインを除去したHSP70ファミリータンパク質を含む溶液の濃度は、0.1〜20mg/ml程度が好ましく、好ましくは1〜10mg/ml、より好ましくは2から10mg/mlである。溶解液は特に限定されるものではないが、中性付近の緩衝液が好ましい。pHとしては、6〜8、好ましくは6.5〜7.5の範囲である。緩衝液の種類は特に限定されるものではなく、リン酸緩衝液、トリス緩衝液、HEPES緩衝液など様々なものが適用可能である。 In the present invention, the concentration of the solution containing the HSP70 family protein from which the ATPase domain has been removed is preferably about 0.1 to 20 mg / ml, preferably 1 to 10 mg / ml, more preferably 2 to 10 mg / ml. The lysis solution is not particularly limited, but a neutral buffer solution is preferable. The pH is in the range of 6-8, preferably 6.5-7.5. The type of the buffer solution is not particularly limited, and various types such as a phosphate buffer solution, a Tris buffer solution, and a HEPES buffer solution are applicable.
以下に実施例を示して本発明を具体的に説明するが、本発明は実施例に特に限定されるものではない。 EXAMPLES The present invention will be specifically described below with reference to examples, but the present invention is not particularly limited to the examples.
[実施例1]
(アレイ作製)
末端官能基がチオール基であるPEG3−OHアルカンチオール(SensoPath製;以下、PEGチオールという。)を1mMの濃度で7mlのエタノール:水=6:1の混合溶液に溶解させた。末端のチオール基は、特に金に対する優れた金属結合性を示す。18mm四方、2mm厚のSF15ガラススライドにクロムを3nm蒸着し、金を45nm蒸着した金蒸着スライドを、上記PEGチオール溶液に3時間浸漬させ、金基板全体にPEGチオールを結合させた。
[Example 1]
(Array production)
PEG 3 -OH alkanethiol terminal functional groups is a thiol group; ethanol 7 ml (. Ltd. SensoPath hereinafter referred PEG thiol) at a concentration of 1 mM: water = 6: was dissolved in a mixed solution of 1. The terminal thiol group exhibits particularly excellent metal binding to gold. A gold-deposited slide in which 3 nm of chromium was vapor-deposited on an SF15 glass slide of 18 mm square and 2 mm thick and 45 nm of gold was vapor-deposited was immersed in the PEG thiol solution for 3 hours to bond PEG thiol to the entire gold substrate.
このスライドの上にフォトマスクを載せ、500W超高圧水銀ランプ(ウシオ電機製)で2時間照射し、UV照射部のPEGチオールを除去した。フォトマスクは500μm四方の正方形の穴が96個有し(8個×12個のパターンからなる。)、穴の中心間のピッチは1mmに設計されている。フォトマスクの穴があいている部分はUV光が透過し、スライドに照射されパターン化される。照射されなかった部分は、PEGが残り、チップのバックグラウンド(Background)部分としてレファレンス部として機能する。 A photomask was placed on the slide and irradiated with a 500 W ultra-high pressure mercury lamp (manufactured by USHIO) for 2 hours to remove PEG thiol in the UV irradiation part. The photomask has 96 square holes of 500 μm square (consisting of 8 × 12 patterns), and the pitch between the hole centers is designed to be 1 mm. UV light is transmitted through the holed portion of the photomask, and the slide is irradiated and patterned. PEG remains in the unirradiated portion, and functions as a reference portion as a background portion of the chip.
8−Amino−1−Octanethiol, Hydrochrolide(8−AOT,同仁化学研究所製)の1mMエタノール溶液に1時間浸漬し、UV照射部に8−AOTの自己組織化表面を形成させた。PBS及び水で洗浄した後、末端がビオチンで修飾されてなる、アミノ基との反応性を有するリンカーを作用させた。リンカーとしては、Biotin−AC5 Sulfo−Osu(同仁化学製)及びNHS−dPEG4−OSu(Quanta Biodesign製)の2種類を用いた。それぞれの化学構造を式(I)及び(II)に示した。以下、式(I)をAC5、式(II)をPEGと示す。 It was immersed in a 1 mM ethanol solution of 8-Amino-1-Octanethiol, Hydrochloride (8-AOT, manufactured by Dojindo Laboratories) for 1 hour to form a self-organized surface of 8-AOT on the UV irradiation part. After washing with PBS and water, a linker having reactivity with an amino group whose end was modified with biotin was allowed to act. Two types of linkers, Biotin-AC 5 Sulfo-Osu (manufactured by Dojin Chemical) and NHS-dPEG 4 -OSu (manufactured by Quanta Biodesign), were used. The respective chemical structures are shown in formulas (I) and (II). Hereinafter, Formula (I) is shown as AC5 and Formula (II) is shown as PEG.
AC5、PEGいずれも1mM濃度にPBSに溶解した溶液を調製した。またそれぞれを等量混合した溶液も準備した。これら3種のリンカー溶液を、図3に示したような配置、MultiSPRinter自動スポッター(東洋紡績製)により10nlずつスポッティングを行った。その後、ウェットな環境下で室温、3時間金表面の8−AOTに反応させた。こうして、ビオチンを金表面に導入することができた。 A solution in which both AC5 and PEG were dissolved in PBS to a concentration of 1 mM was prepared. Moreover, the solution which mixed each equal amount was also prepared. These three types of linker solutions were spotted 10 nl at a time as shown in FIG. 3, using a MultiSPRinter automatic spotter (manufactured by Toyobo). Thereafter, it was reacted with 8-AOT on the gold surface at room temperature for 3 hours in a wet environment. In this way, biotin could be introduced onto the gold surface.
上記ビオチン表面チップをPBS及び水で洗浄した後、ストレプトアビジンの固定化を行った。ストレプトアビジンをリン酸緩衝液(20mM リン酸、150mM NaCl、pH7.2)に1mg/mlで溶解して、ビオチンの導入された図3における1,2及び3のスポットに対して、MultiSPRinter自動スポッター(東洋紡績製)により10nlずつスポッティングを行った。その後、ウェットな環境下で室温、30分間静置させて固定化反応を行った。こうして、ストレプトアビジンを表面に固定化することができた。 The biotin surface chip was washed with PBS and water, and then immobilized with streptavidin. Streptavidin was dissolved in phosphate buffer (20 mM phosphate, 150 mM NaCl, pH 7.2) at 1 mg / ml, and the MultiSPRinter automated test was performed on the 1, 2 and 3 spots in FIG. Spotting was performed 10 nl at a time using a potter (manufactured by Toyobo). Then, the immobilization reaction was performed by leaving still for 30 minutes at room temperature in a wet environment. Thus, streptavidin could be immobilized on the surface.
(ブロッキング処理)
ストレプトアビジンを固定化した表面をPBS及び水で洗浄した後、DnaK(419−607)を2mg/mlの濃度でリン酸緩衝液(20mMリン酸、150mM NaCl、pH7.2)に溶解して、300μlをチップ上に注出して室温で1時間反応させた。
(Blocking process)
After washing the surface with immobilized streptavidin with PBS and water, DnaK (419-607) was dissolved in a phosphate buffer (20 mM phosphate, 150 mM NaCl, pH 7.2) at a concentration of 2 mg / ml, 300 μl was poured onto the chip and reacted at room temperature for 1 hour.
(SPRイメージング法による測定)
こうして得られたペプチド固定化チップを、SPRイメージング機器(MultiSPRinter:東洋紡績製)にセットし、ランニングバッファーとして、リン酸緩衝液(20mM リン酸、150mM NaCl、pH7.2)を100μl/minの速度でフローセル内に流した。SPRからのシグナルが安定したのを確認した後に、抗ストレプトアビジン抗体(Vector製)をSPR装置内のセルへ注入して作用させた。抗体は上記のランニングバッファーで10μg/ml濃度に調整して用いた。シグナル上昇がプラトー状態になった時点で再度ランニングバッファーを送液して洗浄を行った。その際のSPRシグナルの変化を観察した。シグナル変化の観察は、各基質のスポット部位に加え、Backgroundにおいても実施した。
(Measurement by SPR imaging method)
The peptide-immobilized chip thus obtained was set in an SPR imaging device (MultiSPRinter: manufactured by Toyobo), and phosphate buffer (20 mM phosphate, 150 mM NaCl, pH 7.2) was used as a running buffer at a rate of 100 μl / min. In the flow cell. After confirming that the signal from the SPR was stabilized, an anti-streptavidin antibody (manufactured by Vector) was injected into the cell in the SPR device to act. The antibody was used by adjusting the concentration to 10 μg / ml with the above running buffer. When the signal rise reached a plateau state, the running buffer was fed again for washing. The change of the SPR signal at that time was observed. In addition to the spot site of each substrate, the signal change was also observed in the background.
上記測定終了後、SPRイメージングによる解析も検討した。上記SPR解析に際して、CCDカメラによりアレイ表面を撮像した画像の取り込みを2秒ごとに行い、抗体反応後における時点で取り込まれた画像から、反応前の時点での画像を画像演算処理ソフトウエアScion Image(Scion Corp.製)を用いて引き算処理を行うことにより、アレイ全体においての抗体が結合している様子を示すことができる。 After the above measurement, analysis by SPR imaging was also examined. At the time of the SPR analysis, an image obtained by imaging the surface of the array with a CCD camera is taken every 2 seconds, and from the image taken at the time after the antibody reaction, the image at the time before the reaction is obtained from the image calculation processing software Scion Image By performing a subtraction process using (made by Scion Corp.), it is possible to show how the antibodies in the entire array are bound.
(観察の結果と考察)
結果を図4に示した。(A)にSPRセンサーグラム、(B)にSPRイメージングを行った結果を示した。いずれのリンカーを用いた場合にも、ストレプトアビジンの固定化された図3の1,2,3のスポットにおいては、抗体のシャープな結合シグナルが確認されている。一方、ストレプトアビジンの固定化されていない図3の4,5,6のブランクスポットに対しては、ほとんど抗体の結合は見られず、非常に特異性に優れた結果が得られている。
(Observation results and discussion)
The results are shown in FIG. (A) shows the SPR sensorgram, and (B) shows the result of SPR imaging. In any of the linkers, a sharp antibody binding signal is confirmed in the spots 1, 2, and 3 in FIG. 3 where streptavidin is immobilized. On the other hand, almost no antibody binding was observed in the blank spots 4, 5, and 6 in FIG. 3 in which streptavidin was not immobilized, and a result with excellent specificity was obtained.
[比較例1]
(アレイ作製)
実施例1と同様に行った。
(ブロッキング処理)
ここではブロッキング操作は行わず、そのまま次のステップに進んだ
(SPRイメージング法による測定)
実施例1と同様に行った。
[Comparative Example 1]
(Array production)
The same operation as in Example 1 was performed.
(Blocking process)
Here, the blocking operation was not performed, and the process proceeded directly to the next step (measurement by SPR imaging method).
The same operation as in Example 1 was performed.
(観察の結果と考察)
結果を図5に示した。(A)にSPRセンサーグラム、(B)にSPRイメージングを行った結果を示した。この場合は、ストレプトアビジンの固定化された図3の1,2,3のスポットのみならず、ストレプトアビジンの固定化されていない図3の4,5,6のブランクスポットにおいても非特異的な抗体の吸着が認められる。特に、AC5を用いた場合に、その傾向が顕著である。また、Background部分においても、シグナルの増加がみられている。以上の結果より、本発明におけるブロッキング処理の優れた効果を確認することができた。
(Observation results and discussion)
The results are shown in FIG. (A) shows the SPR sensorgram, and (B) shows the result of SPR imaging. In this case, not only the spots 1, 2, and 3 in FIG. 3 where streptavidin is immobilized but also the blank spots 4, 5, and 6 in FIG. 3 where streptavidin is not immobilized are not specific. Antibody adsorption is observed. In particular, the tendency is remarkable when AC5 is used. An increase in signal is also observed in the background portion. From the above results, it was possible to confirm the excellent effect of the blocking treatment in the present invention.
本発明のブロッキング方法により処理されたアレイは、非特異的吸着が効果的に抑制され、正確な測定が可能となる。また方法も容易であり、産業界に大きく寄与することが期待される。 Non-specific adsorption is effectively suppressed in the array treated by the blocking method of the present invention, and accurate measurement is possible. The method is also easy and is expected to make a significant contribution to industry.
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Cited By (1)
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JP2009092651A (en) * | 2007-09-20 | 2009-04-30 | Fujifilm Corp | Carrier and its manufacturing method |
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- 2005-07-21 JP JP2005211351A patent/JP2007024831A/en active Pending
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