JP2005055285A - Dna chip and manufacturing method therefor - Google Patents

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Yoshio Hasegawa
吉夫 長谷川
Yoshikazu Takahashi
善和 高橋
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Abstract

<P>PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a DNA chip in which DNA fragments are bonded to a base surface by quick reactions of isocyanato groups and amino groups being introduced into ends of DNAs and which can keep the bonding more stably in comparison with conventional ionic bonds formed in reaction products, and to provide a method for manufacturing the DNA chip. <P>SOLUTION: At least a binder-containing layer which includes a polymer molecule with a structural unit expressed by formula, is formed on the base. In above-mentioned formula, roman letters R, R' represent principal chains of the polymer molecule composed of identical or different groups selected from aliphatic series and aromatic series. <P>COPYRIGHT: (C)2005,JPO&NCIPI

Description

本発明は、遺伝子の発現、遺伝子の変異、遺伝子の多型等の同時解析に有用なDNAチップに関する。   The present invention relates to a DNA chip useful for simultaneous analysis of gene expression, gene mutation, gene polymorphism and the like.

細胞や組織における種々の遺伝子発現の解析は、これまでは細胞や組織からRNAを調製し、そのRNAをメンブレン上に固定し、解析対象の遺伝子の特異的プローブを用いてハイブリダイゼーションを行うノーザンプロット(若しくは、ドットプロット)法や、解析対象の遺伝子に特異的なプライマーを用いたRT−PCR法などによって行われてきた。
一方、遺伝子の研究の進展により解析を必要とする遺伝子の数が急速に増加し、更に、ゲノムプロジェクトの進展や、医療分野への応用などの進行に伴って、遺伝子の発現変動を大量迅速に解析処理する必要性が高まっている。
In the past, analysis of various gene expression in cells and tissues has been done by Northern plots in which RNA is prepared from cells and tissues, the RNA is immobilized on a membrane, and hybridization is performed using a specific probe of the gene to be analyzed. (Or dot plot) method, RT-PCR method using primers specific to the gene to be analyzed, and the like.
On the other hand, the number of genes that need to be analyzed has increased rapidly due to advances in gene research, and gene expression fluctuations have been rapidly and rapidly increased along with progress in genome projects and applications in the medical field. There is a growing need for analysis processing.

このような要望に応えるための技術開発が進んでおり、その解析手段としてDNAチップが利用されている。DNAチップの特徴は、ガラス製の基材上に、互いに異なる数千種類のDNA断片を高密度に整列固定し、この固定DNA断片と極少量の標識されたターゲットDNA断片とのハイブリダイゼーションを行い、高感度でターゲットDNA断片を検出することにある。   Technological development for responding to such a request is progressing, and a DNA chip is used as an analysis means. The feature of the DNA chip is that thousands of different DNA fragments are aligned and fixed on a glass substrate at high density, and hybridization between the fixed DNA fragment and a very small amount of labeled target DNA fragment is performed. It is to detect a target DNA fragment with high sensitivity.

形成されたハイブリッドの検出手段としては、DNA断片試料に予め結合させた蛍光標識若しくは放射性標識を利用する方法や、ハイブリッドに取り込まれる蛍光発生基若しくは導電性基を持つインターカレータを利用する方法などが知られている。
このようなDNAチップを用いることによって、ヒト等のほ乳類や数千個の遺伝子を有する微生物の全遺伝子を迅速に解析処理することができ、標識RNAによる全遺伝子を対象とした発現量の解析を行うこともできる。また、ゲノムDNAを標識することによって遺伝子欠損等の変異の解析も可能である。
As a means for detecting the formed hybrid, a method using a fluorescent label or a radioactive label previously bound to a DNA fragment sample, a method using an intercalator having a fluorogenic group or a conductive group incorporated into the hybrid, etc. Are known.
By using such a DNA chip, it is possible to quickly analyze and analyze all genes of mammals such as humans and microorganisms having thousands of genes, and to analyze the expression level for all genes by labeled RNA. It can also be done. In addition, mutations such as gene defects can be analyzed by labeling genomic DNA.

前記DNAチップの作製方法としては、基材表面において直接DNA断片を合成する方法(オン・チップ法)と、予め別に調製したDNA断片を基材表面に固定する方法とが知られている。
オン・チップ法としては、光照射で選択的に除去される保護基の使用と、半導体製造に利用されるフォトリソグラフィー技術及び固相合成技術とを組み合わせて、微小なマトリックスの所定の領域での選択的合成を行う方法が代表的である。
この方法の使用はオリゴヌクレオチドに限られるため、ひとつのmRNAを検出するのに複数個のオリゴヌクレオチドプローブを用いなければならない。
As a method for producing the DNA chip, a method of directly synthesizing a DNA fragment on the surface of the substrate (on-chip method) and a method of fixing a DNA fragment prepared separately in advance on the surface of the substrate are known.
As an on-chip method, a combination of the use of a protective group that is selectively removed by light irradiation and the photolithography technology and solid-phase synthesis technology used in semiconductor manufacturing can be combined in a predetermined region of a minute matrix. A method of performing selective synthesis is typical.
Since the use of this method is limited to oligonucleotides, a plurality of oligonucleotide probes must be used to detect one mRNA.

一方、予め調製したDNA断片を基材表面に固定する方法としては、まず、複数種類のプローブDNAが入っているマイクロプレートを用意する。また、ガラス板を用意しておき、その表面にpoly-l-Lysine等のDNAとガラスの結合剤をコーティングする。この後、マイクロプレートに入っているプローブDNAをピンに付着させ、表面にDNAとガラスの結合剤(poly-l-Lysine)がコーティングしてあるガラス基材の上に、ピンに付着させたプローブDNAを接触させてスポットする。マイクロプレートに入っている全てのプローブDNAをスポットし終わるまでこの作業を繰り返し、DNAチップを製造する。   On the other hand, as a method for fixing a DNA fragment prepared in advance on the surface of a substrate, first, a microplate containing a plurality of types of probe DNAs is prepared. In addition, a glass plate is prepared, and the surface is coated with a DNA-glass binder such as poly-l-lysine. After this, the probe DNA contained in the microplate is attached to the pin, and the probe is attached to the pin on the glass substrate whose surface is coated with DNA-glass binder (poly-l-Lysine). Spot DNA in contact. This operation is repeated until all the probe DNAs contained in the microplate have been spotted to produce a DNA chip.

このように、従来はガラス基材上に予めDNAとガラスの結合剤を全面コーティングし、その上にDNAをプロットしてDNAチップを製造していた。   Thus, conventionally, a DNA chip is manufactured by previously coating a glass substrate with a DNA / glass binder in advance and plotting the DNA on the glass substrate.

また、DNAチップのハイブリダイゼーション工程は、プローブDNAが結合剤でガラス基材上にスポットされているDNAチップと、蛍光物質で標識したサンプルDNAを、ともにハイブリダイゼーション溶液に入れてハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーション溶液は、ホルムアルデヒド、SSC(NaCl,trisodiumcitrate)、SDS(sodium dodecyl sulfate)、EDTA(ethylenediamidetetraacetic acid)、蒸留水などからなる混合液であり、混合比率は使用するDNAの性質により異なる。 このとき、サンプルDNAとDNAチップ上のプローブDNAが相補鎖DNAであれば、両者は二重らせん構造をとり結合する。一方、両者が相補鎖でなければ結合することはなく、蛍光物質で標識したサンプルDNAは、そのままハイブリダイゼーション溶液に残留するか、そのごく一部はガラス基材上にコーティングされている結合剤と結合し残る場合もある。
その後、ガラス基材上に残った蛍光物質で標識したサンプルDNAを水槽等の中に入れて洗浄すると、プローブDNAと結合していないサンプルDNAは排除される。その後、プローブDNAと結合しているサンプルDNAに標識している蛍光物質を、所定の光源からの光エネルギーで励起させ、蛍光物質が励起して発光する光をCCDなどの光センサーで検出することでハイブリダイゼーションの検出を行う。
In the hybridization step of the DNA chip, the DNA chip in which the probe DNA is spotted on the glass substrate with the binder and the sample DNA labeled with the fluorescent substance are both put in the hybridization solution and hybridized. The hybridization solution is a mixed solution composed of formaldehyde, SSC (NaCl, trisodium citrate), SDS (sodium dodecyl sulfate), EDTA (ethylenediamidetetraacetic acid), distilled water, and the like, and the mixing ratio varies depending on the properties of the DNA used. At this time, if the sample DNA and the probe DNA on the DNA chip are complementary strand DNAs, the two take a double helix structure and bind to each other. On the other hand, if the two are not complementary strands, they will not bind, and the sample DNA labeled with a fluorescent substance will remain in the hybridization solution as it is, or a small part of it will bind to the binder coated on the glass substrate. In some cases, it remains unbound.
Thereafter, when the sample DNA labeled with the fluorescent substance remaining on the glass substrate is placed in a water tank or the like and washed, the sample DNA not bound to the probe DNA is excluded. After that, the fluorescent substance labeled on the sample DNA bound to the probe DNA is excited by light energy from a predetermined light source, and the light emitted by the fluorescent substance is detected by a photosensor such as a CCD. Detect hybridization with.

しかしながら、この方法では、poly-l-Lysine等のDNAとガラスとは、イオン結合をしているために結合力が十分でなく、上記洗浄工程の際、基材とDNAの結合が外れ、ハイブリダイズした試料まで洗い流されてしまう場合があった。このような不十分な結合により、プローブDNA及びサンプルDNAが多大に損失されてしまうという問題があった。
更に、プローブDNAと結合しなかったサンプルDNAが必要以外の部分、即ち、プローブDNAがスポットされていない結合剤部分に非特異的に結合しているサンプルDNAは洗浄によってもガラス基材上から除去されない。それが検出時ノイズとなって現われ、測定精度を低くしてしまっていた。
このため、サンプルDNAの一部がプローブDNAとの特異結合ではなく単に結合剤に張り付いた状態でDNAチップ上に残り、そのサンプルDNAに標識されている蛍光物質も励起されて発光し、ノイズとして検出されてしまうという問題があった。
However, in this method, DNA such as poly-l-Lysine and glass have an ionic bond, so that the binding force is not sufficient. In some cases, the soybean sample was washed away. There is a problem that probe DNA and sample DNA are greatly lost due to such insufficient binding.
In addition, sample DNA that did not bind to the probe DNA is removed from the glass substrate by washing, even if the sample DNA is non-specifically bound to the binder part where the probe DNA is not spotted. Not. It appeared as noise at the time of detection, and the measurement accuracy was lowered.
For this reason, part of the sample DNA remains on the DNA chip in a state where it is not specifically bound to the probe DNA but is simply attached to the binding agent, and the fluorescent substance labeled on the sample DNA is also excited and emits light, resulting in noise. There was a problem of being detected as.

そこで、本発明の目的は、上記のような問題を解消すべく、基材表面に充分な量で安定にDNA断片を固定する材料及び技術の開発にある。
つまり、基材表面にDNA断片を、DNA末端に導入されたアミノ基とイソシアナート基との迅速な反応によって結合させることが可能で、且つ、反応生成物が従来のイオン結合によるものと比べて安定に結合を維持することが可能なDNAチップ及びDNAチップの製造方法を提供することを目的とする。
Therefore, an object of the present invention is to develop a material and a technique for stably fixing a DNA fragment in a sufficient amount on a substrate surface in order to solve the above-described problems.
In other words, DNA fragments can be bound to the substrate surface by a rapid reaction between an amino group and an isocyanate group introduced at the end of the DNA, and the reaction product can be compared with a conventional ionic bond. It is an object of the present invention to provide a DNA chip capable of maintaining stable binding and a method for producing the DNA chip.

前記課題を解決するために、本発明者等は鋭意検討の結果、次のような解決手段を見出した。
即ち、本発明のDNAチップは、請求項1に記載の通り、少なくとも基材上に下記式(化1)で表される構造単位を有する高分子を含有する結合剤含有層が形成されていることを特徴とする。

Figure 2005055285
〔上記式(化1)において、R,R’は、同一又は異なって、脂肪族、芳香族から選ばれる基で構成される高分子の主鎖を表す。〕
また、請求項2に記載のDNAチップは、請求項1に記載のDNAチップにおいて、前記結合剤含有層は、蒸着重合法により形成されたものであることを特徴とする。
また、請求項3に記載のDNAチップは、請求項1又は2に記載のDNAチップにおいて、マスキングにより前記結合剤含有層がパターン形成されたものであることを特徴とする。
また、請求項4に記載のDNAチップは、請求項1又は2に記載のDNAチップにおいて、マスキングを介して予め形成された前記結合剤含有層に紫外線を照射することにより、前記結合剤含有層がパターン形成されたものであることを特徴とする。
また、請求項5に記載のDNAチップは、請求項1乃至4のいずれかに記載のDNAチップにおいて、前記結合剤含有層に、プローブDNAを結合したことを特徴とする。
本発明のDNAチップの製造方法は、請求項6に記載の通り、請求項1に記載のDNAチップの製造方法であって、下記構造式(化2、化3)で表される二種類以上の原料を蒸発させ、基材上に蒸着重合させて高分子の結合剤含有層を形成するようにしたことを特徴とする。
Figure 2005055285
〔上記式(化2)において、Rは、脂肪族又は芳香族で構成されるモノマーの骨格を表す。〕
Figure 2005055285
〔上記式(化3)において、R’は、脂肪族又は芳香族で構成されるモノマーの骨格を表す。〕 In order to solve the above problems, the present inventors have found the following solution as a result of intensive studies.
That is, in the DNA chip of the present invention, as described in claim 1, a binder-containing layer containing a polymer having a structural unit represented by the following formula (Chemical Formula 1) is formed on at least a substrate. It is characterized by that.
Figure 2005055285
[In the above formula (Formula 1), R and R ′ are the same or different and each represents a polymer main chain composed of a group selected from aliphatic and aromatic. ]
The DNA chip according to claim 2 is characterized in that, in the DNA chip according to claim 1, the binder-containing layer is formed by a vapor deposition polymerization method.
The DNA chip according to claim 3 is the DNA chip according to claim 1 or 2, wherein the binder-containing layer is patterned by masking.
The DNA chip according to claim 4 is the DNA chip according to claim 1 or 2, wherein the binder-containing layer is formed by irradiating the binder-containing layer formed in advance through masking with ultraviolet rays. Is characterized in that it is patterned.
A DNA chip according to claim 5 is characterized in that in the DNA chip according to any one of claims 1 to 4, probe DNA is bound to the binder-containing layer.
The method for producing a DNA chip according to the present invention is the method for producing a DNA chip according to claim 1, as described in claim 6, wherein two or more types represented by the following structural formulas (Chemical Formula 2, Chemical Formula 3) are provided. The material is evaporated and vapor-deposited on the substrate to form a polymer binder-containing layer.
Figure 2005055285
[In the above formula (Formula 2), R represents a skeleton of a monomer composed of aliphatic or aromatic. ]
Figure 2005055285
[In the above formula (Formula 3), R ′ represents a skeleton of a monomer composed of an aliphatic group or an aromatic group. ]

以上のように、本発明によれば、その基材表面の反応基とDNA末端に導入した反応基を共有結合させることにより、DNAを効率よく、安定して固定することができる。
また、本発明によれば、基材表面の反応基部分にプローブDNAを結合することにより、プローブDNAとハイブリタイズした試料は、強固に結合されることになり、精度の高い測定が可能となる。更に、必要なプローブDNAや試料を測定の際に失うことがないため、測定のためのコストを抑えることができる。
また、本発明によれば、基材表面への結合剤含有層を蒸着重合法により形成することにより、イソシアナート基を基材表面に均一に分布させることができる。
また、本発明によれば、紫外線照射によりパターン形成することが可能となるためDNAを固定する箇所を特定することができる。
As described above, according to the present invention, DNA can be efficiently and stably immobilized by covalently bonding the reactive group on the surface of the substrate and the reactive group introduced at the end of the DNA.
In addition, according to the present invention, the sample hybridized with the probe DNA is firmly bound by binding the probe DNA to the reactive group portion on the surface of the base material, thereby enabling highly accurate measurement. . Furthermore, since necessary probe DNA and a sample are not lost in the measurement, the cost for the measurement can be suppressed.
Further, according to the present invention, the isocyanate group can be uniformly distributed on the surface of the substrate by forming the binder-containing layer on the surface of the substrate by vapor deposition polymerization.
In addition, according to the present invention, it is possible to form a pattern by irradiation with ultraviolet rays, so that it is possible to specify a location where DNA is fixed.

上記の通り、本発明のDNAチップは、少なくとも基材上に下記式(化1)で表される構造単位を有する高分子を含有する結合剤含有層が形成されたものである。
これにより、基材とプローブDNAとをより確実に結合させることができ、水洗い工程等において、プローブDNA、サンプルDNAが基材から流れ落ちることなく、プローブDNA、サンプルDNAを有効に活用することができるようにしたものである。
As described above, the DNA chip of the present invention is one in which a binder-containing layer containing a polymer having a structural unit represented by the following formula (Formula 1) is formed on at least a substrate.
Thereby, a base material and probe DNA can be combined more reliably, and probe DNA and sample DNA can be used effectively without a probe DNA and sample DNA flowing down from a base material in a washing process etc. It is what I did.

Figure 2005055285
Figure 2005055285

上記式(化1)において、R,R’は、同一又は異なって、脂肪族、芳香族から選ばれる基で構成される高分子の主鎖を表すものであれば特に制限されるものではないが、好ましくは、前記脂肪族及び芳香族に反応基のないものが好ましい。   In the above formula (Formula 1), R and R ′ are the same or different and are not particularly limited as long as they represent a main chain of a polymer composed of a group selected from aliphatic and aromatic. However, those having no reactive group in the aliphatic and aromatic groups are preferable.

また、前記基材の材質は、透明なガラス、シリコン又はポリエチレンテレフタレート、酢酸セルロース、ビスフェノールA等のポリカーボネート、ポリスチレン、ポリメチルメタクリレート等のポリマーであることが好ましい。その中でも、ガラス又はシリコンであることが特に好ましい。これは、表面処理の容易さや蛍光スキャニング装置による解析の容易さによるものである。シリカ表面層を有するガラスも好ましく用いられる。基材の厚さとしては、100〜2000μmの範囲にあることが好ましい。   The material of the substrate is preferably transparent glass, silicon or polyethylene terephthalate, polycarbonate such as cellulose acetate or bisphenol A, polymer such as polystyrene or polymethyl methacrylate. Among these, glass or silicon is particularly preferable. This is due to the ease of surface treatment and the ease of analysis using a fluorescence scanning device. Glass having a silica surface layer is also preferably used. The thickness of the substrate is preferably in the range of 100 to 2000 μm.

また、本発明の結合剤含有層は、好ましくは、原料物質を、蒸着重合法、特にCVD法により、蒸発、分解させて、これを基材上に重合・堆積させることで、ガラス等の基材と良好に接着すると共に、構造式中に存在するアミノ基(NH2)がプローブとなるDNA断片のリン酸基(PO4)と結合して、プローブDNAを基材上に良好に固定することができる。
また、成膜時に所定パターンのマスクを用い、マスク蒸着を行ってもよい。このように、マスク蒸着を行うことにより、精度良く結合剤含有層パターンを形成することができ、不必要な部分にDNAが付着してガーベージとして残り、S/Nの悪化を防止することができる。
また、前記パターンの形成は、前記成膜後において、紫外線照射をすることにより行うことが好ましい。紫外線を照射することにより、イソシアナート基が架橋して存在しなくなるため、紫外線照射部はDNAが固定されなくなる。紫外線を用いるため分子がマスクを回り込んでしまう可能性のあるマスク蒸着よりも、更に、精度良くパターンを形成することができる。
In addition, the binder-containing layer of the present invention is preferably made of a material such as glass by evaporating and decomposing the raw material by a vapor deposition polymerization method, particularly by a CVD method, and polymerizing and depositing the material on a substrate. Adheres well to the material, and the amino group (NH 2 ) present in the structural formula binds to the phosphate group (PO 4 ) of the DNA fragment that serves as the probe, so that the probe DNA is well immobilized on the substrate. be able to.
Further, mask deposition may be performed using a mask having a predetermined pattern during film formation. Thus, by performing mask vapor deposition, a binder-containing layer pattern can be formed with high accuracy, DNA adheres to unnecessary portions and remains as garbage, and S / N deterioration can be prevented. .
The pattern is preferably formed by irradiating with ultraviolet rays after the film formation. By irradiating with ultraviolet rays, the isocyanate group is cross-linked and does not exist, so that DNA is not fixed in the ultraviolet irradiation portion. Since ultraviolet rays are used, a pattern can be formed with higher accuracy than mask vapor deposition in which molecules may wrap around the mask.

本発明の結合剤含有層は、以下の方法により製造することができる。   The binder-containing layer of the present invention can be produced by the following method.

真空槽内で、下記化2、化3の二種類の材料を加熱し、同時に蒸発させ、基板上での重合反応により高分子膜を得る。   In the vacuum chamber, the following two types of materials of Chemical Formula 2 and Chemical Formula 3 are heated and evaporated at the same time, and a polymer film is obtained by a polymerization reaction on the substrate.

Figure 2005055285
Figure 2005055285

Figure 2005055285
Figure 2005055285

その際、化2、化3の蒸気圧が同じになるようにそれぞれの加熱温度を設定すると、モノマー組成比が1:1の高分子膜ができる。化2の加熱温度を上記温度より高くすることにより化2が過剰になり、末端が−N=C=Oである化1ができる。   At that time, if each heating temperature is set so that the vapor pressures of Chemical Formula 2 and Chemical Formula 3 are the same, a polymer film having a monomer composition ratio of 1: 1 can be obtained. By increasing the heating temperature of Chemical Formula 2 above the above temperature, Chemical Formula 2 becomes excessive, and Chemical Formula 1 in which the terminal is -N = C = O can be obtained.

成膜された、高分子膜は、その膜厚が1分子分でもよいが、通常0.3〜10μm程度である。   The formed polymer film may have a film thickness of one molecule, but is usually about 0.3 to 10 μm.

前記結合剤含有層に、プローブDNAを結合することが好ましい。
これにより、水洗い工程等においてもプローブDNAが剥がれ落ちることもなく、原料を有効に活用することができる。
尚、プローブとなるDNA断片は、目的によって二通りに分けることができる。遺伝子の発現を調べるためには、cDNA、cDNAの一部、EST等のポリヌクレオチドを使用することができる。これらのポリヌクレオチドは、その機能が未知であってもよいが、一般的にはデータベースに登録された配列を基にしてcDNAのライブラリー、ゲノムのライブラリー又は全ゲノムをテンプレートとしてPCR法によって増幅して調製する(以下「PCR産物」という。)。或いは、PCR法によって増幅しないものも使用することができる。また、遺伝子の変異や多型を調べるには、標準となる既知の配列をもとにして、変異や多型に対応する種々のオリゴヌクレオチドを合成し、これを使用することが好ましい。更に、塩基配列分析の場合には、4n(nは、塩基の長さ)種のオリゴヌクレオチドを合成し、これを使用することが好ましい。DNA断片の塩基配列は、既知であることが好ましい。
It is preferable to bind probe DNA to the binder-containing layer.
Thus, the raw material can be used effectively without the probe DNA being peeled off even in the water washing step or the like.
In addition, the DNA fragment used as a probe can be divided into two types according to the purpose. In order to examine the expression of a gene, a polynucleotide such as cDNA, a part of cDNA, or EST can be used. The functions of these polynucleotides may be unknown, but are generally amplified by PCR using a cDNA library, genomic library, or whole genome as a template based on sequences registered in a database. (Hereinafter referred to as “PCR product”). Alternatively, those that are not amplified by the PCR method can also be used. In order to examine gene mutations and polymorphisms, it is preferable to synthesize various oligonucleotides corresponding to mutations and polymorphisms based on known standard sequences and use them. Furthermore, in the case of base sequence analysis, it is preferable to synthesize and use 4n (n is the length of the base) type oligonucleotide. The base sequence of the DNA fragment is preferably known.

DNA断片の点着は、DNA断片を水性媒体に溶解又は分散した水性液を、96穴又は384穴プラスチックプレートに分注し、分注された水性液をスポッター装置を用いて基材上に滴下すること等により行われる。   In the spotting of DNA fragments, an aqueous solution in which a DNA fragment is dissolved or dispersed in an aqueous medium is dispensed into a 96-well or 384-well plastic plate, and the dispensed aqueous solution is applied onto a substrate using a spotter device. It is performed by dripping.

また、点着されるDNA断片は、基材表面に対して、102〜105種類/cm2の範囲にあることが好ましい。DNA断片の量は、1〜10-15モルの範囲にあり、重量としては数ng以下であることが好ましい。点着によって、DNA断片の水性液は、基材表面にドットの形状で固定されるが、そのドット間の距離は、0〜1.5mmの範囲にあることが好ましく、特に100〜300μmの範囲にあることが好ましい。1つのドットの大きさは、直径が50〜300μmの範囲にあることが好ましい。点着する量は、100pl〜1μlの範囲にあることが好ましく、特に1〜100nlの範囲にあることが好ましい。 The DNA fragments to be spotted are preferably in the range of 10 2 to 10 5 types / cm 2 with respect to the surface of the base material. The amount of the DNA fragment is in the range of 1 to 10 -15 mol, and the weight is preferably several ng or less. The aqueous solution of DNA fragments is fixed in the form of dots on the substrate surface by spotting, but the distance between the dots is preferably in the range of 0 to 1.5 mm, particularly in the range of 100 to 300 μm. It is preferable that it exists in. The size of one dot is preferably in the range of 50 to 300 μm in diameter. The amount to be spotted is preferably in the range of 100 pl to 1 μl, particularly preferably in the range of 1 to 100 nl.

また、点着後は、必要に応じてインキュベーションを行うことが好ましい。インキュベート後、点着されなかったDNA断片を洗浄して除去することが好ましい。   In addition, after the spotting, it is preferable to perform incubation as necessary. After incubation, it is preferred to wash away the DNA fragments that have not been spotted.

前記基材表面上のドットの形状は、ほとんど円形である。形状に変動がないことは、遺伝子発現の定量的解析や一塩基変異を解析するために重要である。   The shape of the dots on the substrate surface is almost circular. The absence of variation in shape is important for quantitative analysis of gene expression and single nucleotide mutation analysis.

上記のようにして作製されたDNAチップの寿命は、cDNAが固定されたcDNAチップで数週間、オリゴDNAが固定されたオリゴDNAチップでは、更に、長期間である。これらのDNAチップは、遺伝子発現のモニタリング、塩基配列の決定、変異解析、多型解析等に利用される。検出原理は、標識した標的核酸とのハイブリダーゼーションである。   The lifetime of the DNA chip produced as described above is several weeks for the cDNA chip to which the cDNA is immobilized, and is longer for the oligo DNA chip to which the oligo DNA is immobilized. These DNA chips are used for gene expression monitoring, nucleotide sequence determination, mutation analysis, polymorphism analysis, and the like. The detection principle is hybridization with a labeled target nucleic acid.

サンプルである標的核酸としては、その配列や機能が未知であるDNA断片試料又はRNA断片試料等が用いられる。   As a target nucleic acid that is a sample, a DNA fragment sample or an RNA fragment sample whose sequence or function is unknown is used.

標的核酸は、遺伝子発現を調べる目的では、真核生物の細胞や組織サンプルから単離することが好ましい。標的がゲノムならば、赤血球を除く任意の組織サンプルから単離することが好ましい。赤血球を除く任意の組織は、抹消血液リンパ球、皮膚、毛髪、精液等であることが好ましい。標的がmRNAならば、mRNAが発現される組織サンプルから抽出することが好ましい。mRNAは、逆転写反応により標識dNTP(「dNTP」は、塩基がアデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)又はチミン(T)であるデオキシリボヌクレオチドを意味する。)を取り込ませて標識cDNAとすることが好ましい。dNTPとしては、化学的な安定性のため、dCTPを用いることが好ましい。1回のハイブリダイゼーションに必要なmRNA量は、液量や標識方法によって異なるが、数μg以下であることが好ましい。尚、DNAチップ上のDNA断片がオリゴDNAである場合には、標的核酸は低分子化しておくことが望ましい。原核生物の細胞では、mRNAの選択的な抽出が困難なため、全RNAを標識することが好ましい。   For the purpose of examining gene expression, the target nucleic acid is preferably isolated from a eukaryotic cell or tissue sample. If the target is a genome, it is preferably isolated from any tissue sample except red blood cells. Arbitrary tissues other than red blood cells are preferably peripheral blood lymphocytes, skin, hair, semen and the like. If the target is mRNA, it is preferably extracted from a tissue sample in which the mRNA is expressed. mRNA is labeled by incorporating labeled dNTP ("dNTP" means deoxyribonucleotide whose base is adenine (A), cytosine (C), guanine (G) or thymine (T)) by reverse transcription reaction. It is preferable to use cDNA. As dNTP, it is preferable to use dCTP because of chemical stability. The amount of mRNA required for one hybridization depends on the amount of liquid and the labeling method, but is preferably several μg or less. When the DNA fragment on the DNA chip is an oligo DNA, it is desirable to make the target nucleic acid low in molecular weight. In prokaryotic cells, since selective extraction of mRNA is difficult, it is preferable to label total RNA.

標的核酸は、遺伝子の変異や多型を調べる目的では、標識プライマー又は標識dNTPを含む反応系で標的領域のPCRを行って得ることが好ましい。   For the purpose of examining gene mutation and polymorphism, the target nucleic acid is preferably obtained by PCR of the target region in a reaction system containing a labeled primer or labeled dNTP.

標識方法としては、RI法と非RI法とがあるが、非RI法を用いることが好ましい。非RI法としては、蛍光標識法、ビオチン標識法、化学発光法等が挙げられるが、蛍光標識法を用いることが好ましい。蛍光物質としては、核酸の塩基部分と結合できるものであれば何れも用いることができるが、シアニン色素(例えば、CyDyeTMシリーズのCy3、Cy5等)、ローダミン6G試薬、N−アセトキシ−N2−アセチルアミノフルオレン(AAF)、AAIF(AAFのヨウ素誘導体)などを使用することが好ましい。   The labeling method includes an RI method and a non-RI method, but it is preferable to use a non-RI method. Examples of the non-RI method include a fluorescence labeling method, a biotin labeling method, a chemiluminescence method, and the like, but it is preferable to use a fluorescence labeling method. As the fluorescent substance, any substance can be used as long as it can bind to the base portion of the nucleic acid, but cyanine dyes (for example, CyDye ™ series Cy3, Cy5, etc.), rhodamine 6G reagent, N-acetoxy-N2-acetylamino It is preferable to use fluorene (AAF), AAIF (iodine derivative of AAF) or the like.

ハイブリダイゼーションは、96又は384穴プラスチックプレートに分注しておいた、標識した標的核酸が溶解、或いは、分散してなる水性液を、上記で作製したDNAチップ上に点着することによって実施することが好ましい。点着の量は、1〜100nlの範囲にあることが好ましい。ハイブリダイゼーションは、室温〜70℃の温度範囲で、そして、6〜20時間の範囲で実施することが好ましい。ハイブリダイゼーション終了後、界面活性剤と緩衝液との混合溶液を用いて洗浄を行い、未反応の標的核酸を除去することが好ましい。界面活性剤としては、ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)を用いることが好ましい。緩衝液としては、クエン酸緩衝液、リン酸緩衝液、ホウ酸緩衝液、トリス緩衝液、グッド緩衝液等を用いることができるが、クエン酸緩衝液を用いることが好ましい。   Hybridization is performed by spotting an aqueous solution prepared by dissolving or dispersing a labeled target nucleic acid, which has been dispensed in a 96- or 384-well plastic plate, onto the DNA chip prepared above. It is preferable. The amount of spotting is preferably in the range of 1 to 100 nl. Hybridization is preferably carried out in the temperature range of room temperature to 70 ° C. and in the range of 6 to 20 hours. After completion of hybridization, washing with a mixed solution of a surfactant and a buffer is preferably performed to remove unreacted target nucleic acid. As the surfactant, sodium dodecyl sulfate (SDS) is preferably used. As the buffer solution, a citrate buffer solution, a phosphate buffer solution, a borate buffer solution, a Tris buffer solution, a Good buffer solution, or the like can be used, and a citrate buffer solution is preferably used.

DNAチップを用いるハイブリダイゼーションの特徴は、標識した核酸の使用量が非常に少ないことである。そのため、基材に固定するDNA断片の鎖長や標識した標的核酸の種類により、ハイブリダーゼーションの最適条件を設定する必要がある。遺伝子発現の解析には、低発現の遺伝子も十分に検出できるように、低い厳密度で長時間のハイブリダイゼーションを行うことが好ましい。一塩基変異の検出には、高い厳密度で短時間のハイブリダイゼーションを行うことが好ましい。また、互いに異なる蛍光物質によって標識した標的核酸を二種類用意し、これらを同時にハイブリダイゼーションに用いることにより、同一のDNAチップ上で発現量の比較や定量ができる特徴もある。   A feature of hybridization using a DNA chip is that the amount of labeled nucleic acid used is very small. Therefore, it is necessary to set optimum conditions for hybridization according to the chain length of the DNA fragment immobilized on the substrate and the type of the labeled target nucleic acid. For gene expression analysis, it is preferable to perform long-term hybridization with low stringency so that low-expressing genes can be sufficiently detected. For detection of single nucleotide mutations, it is preferable to perform hybridization with high stringency for a short time. In addition, two types of target nucleic acids labeled with different fluorescent substances are prepared, and these are simultaneously used for hybridization, so that the expression level can be compared and quantified on the same DNA chip.

以下に、本発明の一実施例について図面を参照して説明する。
(結合剤含有層の形成)
An embodiment of the present invention will be described below with reference to the drawings.
(Formation of binder-containing layer)

図1は、本発明のDNAチップの製造方法に使用される装置10の構成図を示すものである。
図1に示すように真空排気系1に接続された真空槽2内には、結合剤含有層を形成させるための基材3が基材ホルダー4により下向きに保持される。また、真空槽2の下部には基体3の中心点直下に原料モノマーを蒸発させるための蒸発源噴き出し口5を、その横にもう一方の蒸発源噴き出し口6が設けられ、蒸発源容器7及び8はヒーター(図示せず)と熱電対(図示せず)とによって原料モノマーa,bの蒸発量が一定となる所定温度に制御されている。蒸発源噴き出し口5、6と基体3との間にはシャッター9が形成され、このシャッター9により結合剤含有層の膜厚が調整される。
FIG. 1 shows a configuration diagram of an apparatus 10 used in the method for producing a DNA chip of the present invention.
As shown in FIG. 1, a base material 3 for forming a binder-containing layer is held downward by a base material holder 4 in a vacuum chamber 2 connected to an evacuation system 1. In addition, an evaporation source ejection port 5 for evaporating the raw material monomer is provided immediately below the center point of the substrate 3 at the lower part of the vacuum chamber 2, and another evaporation source ejection port 6 is provided beside it. The heater 8 (not shown) and a thermocouple (not shown) 8 are controlled to a predetermined temperature at which the evaporation amounts of the raw material monomers a and b are constant. A shutter 9 is formed between the evaporation source ejection ports 5 and 6 and the substrate 3, and the thickness of the binder-containing layer is adjusted by the shutter 9.

次に、上記装置10を使用して本発明のDNAチップを製造する方法について説明する。
10cm角のガラス板を基材3とし、蒸発源容器7に40℃における蒸気圧が1×10-5Paである4,4'メチレン・ジアニリン(以下、MDAと略す。)(化4)を、蒸発源容器8には40℃における蒸気圧が5×10-3Paである4,4'ジフェニル・メタン・ジイソシアナート(以下、MDIと略す。)(化5)を充填し、シャッター9を閉じた状態で真空槽2内の雰囲気ガスの全圧が5×10-5Torr以下になるまで、真空排気系1により排気する。尚、基材3の中心点から蒸発源噴き出し口5,6の内径は2cm、蒸発源噴き出し口5,6との間隔は8cmに設定した。次いで、蒸発源容器7及び8のヒーターを制御して、MDAを77℃に、MDIを82℃に加熱した。この時の真空槽2内雰囲気ガスの全圧は4×10-5Torrであった。この状態でシャッター9を30分間開放して基材3上に両原量モノマーの蒸気を差し向けて、厚さ約1μmの結合剤含有層を得た。
Next, a method for producing the DNA chip of the present invention using the apparatus 10 will be described.
A 4 cm methylene-dianiline (hereinafter abbreviated as MDA) having a vapor pressure at 40 ° C. of 1 × 10 −5 Pa (hereinafter abbreviated as MDA) (Chemical Formula 4) is used in the evaporation source container 7 with a 10 cm square glass plate as the base material 3. The evaporation source container 8 is filled with 4,4 ′ diphenyl methane diisocyanate (hereinafter abbreviated as MDI) (chemical formula 5) having a vapor pressure of 5 × 10 −3 Pa at 40 ° C., and a shutter 9 The vacuum exhaust system 1 evacuates until the total pressure of the atmospheric gas in the vacuum chamber 2 becomes 5 × 10 −5 Torr or less in a closed state. The inner diameter of the evaporation source ejection ports 5 and 6 from the center point of the substrate 3 was set to 2 cm, and the distance from the evaporation source ejection ports 5 and 6 was set to 8 cm. Subsequently, the heaters of the evaporation source containers 7 and 8 were controlled to heat the MDA to 77 ° C. and the MDI to 82 ° C. At this time, the total pressure of the atmospheric gas in the vacuum chamber 2 was 4 × 10 −5 Torr. In this state, the shutter 9 was opened for 30 minutes and vapors of both monomers were directed onto the substrate 3 to obtain a binder-containing layer having a thickness of about 1 μm.

導入された原料ガスがガラス基材界面で重合し、下記構造式化6で表される高分子膜が形成された。得られたDNAチップの結合剤含有層の赤外吸収スペクトルを図2に示す。   The introduced source gas was polymerized at the glass substrate interface, and a polymer film represented by the following structural formula 6 was formed. An infrared absorption spectrum of the binder-containing layer of the obtained DNA chip is shown in FIG.

Figure 2005055285
Figure 2005055285

Figure 2005055285
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Figure 2005055285
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図2からも分かるように、イソシアナート(周波数:2270cm-1)の吸収が大きく、イソシアナート基が表面に過剰に存在していることが分かった。 As can be seen from FIG. 2, the absorption of isocyanate (frequency: 2270 cm −1 ) was large, and it was found that the isocyanate group was excessively present on the surface.

この後、マイクロプレートに入っているプローブDNAをピンに付着させ、前記高分子膜が形成されたガラスプレート上に、ピンに付着させたプローブDNAを接触させてスポットした。マイクロプレートに入っている全てのプローブDNAをスポットし終わるまでこの作業を繰り返して、DNAチップを製造した。
このようにして、プローブDNA末端に導入されたアミノ基は、本実施例のDNAチップの高分子を含有する結合剤含有層におけるイソシアナート基と共有結合することになる。
Thereafter, the probe DNA contained in the microplate was attached to the pin, and the probe DNA attached to the pin was contacted and spotted on the glass plate on which the polymer film was formed. This operation was repeated until all the probe DNA contained in the microplate had been spotted to produce a DNA chip.
In this way, the amino group introduced at the end of the probe DNA is covalently bonded to the isocyanate group in the binder-containing layer containing the polymer of the DNA chip of this example.

DNAチップのハイブリダイゼーション工程は、プローブDNAが結合でガラスのプレートにスポットされているDNAチップと、蛍光物質で標識したサンプルDNAを、ともにハイブリダイゼーション溶液に入れてハイブリダイズさせた。ハイブリダイゼーション溶液は、ホルムアルデヒド、SSC(NaCl,trisodiumcitrate)、SDS(sodiumdodecylsulfate)、EDTA(ethylenediamidetetraaceticacid)、蒸留水などからなる混合液であり、混合比率は使用するDNAの性質により異なる。   In the hybridization step of the DNA chip, the DNA chip on which the probe DNA was bound and spotted on a glass plate and the sample DNA labeled with a fluorescent substance were both put in a hybridization solution and hybridized. The hybridization solution is a mixed solution composed of formaldehyde, SSC (NaCl, trisodium citrate), SDS (sodium dodecylsulfate), EDTA (ethylenediamidetetraacetic acid), distilled water, and the like, and the mixing ratio varies depending on the properties of the DNA used.

その後、ガラスのプレート上に残った蛍光物質で標識したサンプルDNAを水槽等の中に入れて洗い流し、プローブDNAと結合していないサンプルDNAを排出した。   Thereafter, the sample DNA labeled with the fluorescent substance remaining on the glass plate was placed in a water bath or the like and washed away, and the sample DNA not bound to the probe DNA was discharged.

このとき、基材上に結合しているプローブDNAはほとんど剥がれ落ちることなく残留し、水洗工程でDNAが剥がれ落ちないことが確認できた。   At this time, it was confirmed that the probe DNA bound on the substrate remained almost without being peeled off, and the DNA was not peeled off in the water washing step.

その後、プローブDNAと結合しているサンプルDNAに標識している蛍光物質を、所定の光源からの光エネルギーで励起させ、蛍光物質が励起して発光する光をCCDなどの光センサーで検出することでハイブリダイゼーションの検出を行った。   After that, the fluorescent substance labeled on the sample DNA bound to the probe DNA is excited by light energy from a predetermined light source, and the light emitted by the fluorescent substance is detected by a photosensor such as a CCD. Hybridization was detected at.

その結果、目的とするハイブリダイゼーションが的確に行われ、S/N比も良好であることが確認できた。   As a result, it was confirmed that the intended hybridization was performed accurately and the S / N ratio was good.

実施例1において、結合剤含有層を形成した後に、スポット部となる位置に開口部を設けたパターンを前記結合剤含有層に被せ、紫外線を10分間照射してDNAチップを作成した。
前記DNAチップの紫外線照射部の赤外線吸収スペクトルを図3に示す。図3を見ると、図2に比べてイソシアナートの吸収(2270cm-1)がなくなり、結合剤含有層においてイソシアナート基が存在しないことが分かる。
上記の結果から、マスキングにより、紫外線照射部と未照射部をパターニングすることによりDNA固定部と非固定部を作製することが可能となった。
In Example 1, after the binder-containing layer was formed, the binder-containing layer was covered with a pattern in which an opening was provided at a position to be a spot portion, and an ultraviolet ray was irradiated for 10 minutes to prepare a DNA chip.
FIG. 3 shows an infrared absorption spectrum of the ultraviolet irradiation portion of the DNA chip. FIG. 3 shows that there is no isocyanate absorption (2270 cm −1 ) compared to FIG. 2, and there is no isocyanate group in the binder-containing layer.
From the above results, it became possible to produce a DNA immobilization part and a non-immobilization part by patterning the ultraviolet irradiation part and the non-irradiation part by masking.

その後、マイクロプレート内のプローブDNAをスポットすることなく、塗布し、その後蒸留水で洗い流した後、乾燥してDNAチップを作製した。その他は実施例1と同様にしてDNAチップを作製した。   Thereafter, the probe DNA in the microplate was applied without spotting, rinsed with distilled water, and dried to prepare a DNA chip. Otherwise, a DNA chip was produced in the same manner as in Example 1.

得られた、DNAチップを実施例1と同様に評価したところ、ガーベージもなくS/Nが向上していることが解った。   When the obtained DNA chip was evaluated in the same manner as in Example 1, it was found that the S / N was improved without garbage.

本発明の一実施例のDNAチップの製造方法に使用される装置の構成図Configuration diagram of an apparatus used in a method of manufacturing a DNA chip according to an embodiment of the present invention 本発明の一実施例の赤外吸収スペクトルを示すグラフThe graph which shows the infrared absorption spectrum of one Example of this invention 本発明の他の実施例の赤外吸収スペクトルを示すグラフThe graph which shows the infrared absorption spectrum of the other Example of this invention

符号の説明Explanation of symbols

1 真空排気系
2 真空槽
3 基材
4 基材ホルダー
5 蒸発源噴き出し口
6 蒸発源噴き出し口
7 蒸発源容器
8 蒸発源容器
9 シャッター
10 DNAチップの製造方法に使用される装置
DESCRIPTION OF SYMBOLS 1 Vacuum exhaust system 2 Vacuum tank 3 Base material 4 Base material holder 5 Evaporation source ejection port 6 Evaporation source ejection port 7 Evaporation source container 8 Evaporation source container 9 Shutter 10 Apparatus used for manufacturing method of DNA chip

Claims (6)

少なくとも基材上に下記式(化1)で表される構造単位を有する高分子を含有する結合剤含有層が形成されていることを特徴とするDNAチップ。
Figure 2005055285
〔上記式(化1)において、R,R’は、同一又は異なって、脂肪族、芳香族から選ばれる基で構成される高分子の主鎖を表す。〕
A DNA chip comprising a binder-containing layer containing a polymer having a structural unit represented by the following formula (Chemical Formula 1) on at least a substrate.
Figure 2005055285
[In the above formula (Formula 1), R and R ′ are the same or different and each represents a polymer main chain composed of a group selected from aliphatic and aromatic. ]
前記結合剤含有層は、蒸着重合法により形成されたものであることを特徴とする請求項1に記載のDNAチップ。   The DNA chip according to claim 1, wherein the binder-containing layer is formed by vapor deposition polymerization. マスキングにより前記結合剤含有層がパターン形成されたものであることを特徴とする請求項1又は2に記載のDNAチップ。   The DNA chip according to claim 1 or 2, wherein the binder-containing layer is patterned by masking. マスキングを介して予め形成された前記結合剤含有層に紫外線を照射することにより、前記結合剤含有層がパターン形成されたものであることを特徴とする請求項1又は2に記載のDNAチップ。   The DNA chip according to claim 1 or 2, wherein the binder-containing layer is patterned by irradiating the binder-containing layer previously formed through masking with ultraviolet rays. 前記結合剤含有層に、プローブDNAを結合したことを特徴とする請求項1乃至4のいずれかに記載のDNAチップ。   5. The DNA chip according to claim 1, wherein probe DNA is bound to the binder-containing layer. 請求項1に記載のDNAチップの製造方法であって、下記構造式(化2、化3)で表される二種類以上の原料を蒸発させ、基材上に蒸着重合させて高分子の結合剤含有層を形成するようにしたことを特徴とするDNAチップの製造方法。
Figure 2005055285
〔上記式(化2)において、Rは、脂肪族又は芳香族で構成されるモノマーの骨格を表す。〕
Figure 2005055285
〔上記式(化3)において、R’は、脂肪族又は芳香族で構成されるモノマーの骨格を表す。〕
The method for producing a DNA chip according to claim 1, wherein two or more kinds of raw materials represented by the following structural formulas (Chemical Formula 2 and Chemical Formula 3) are evaporated and polymerized by vapor deposition on a substrate. A method for producing a DNA chip, wherein an agent-containing layer is formed.
Figure 2005055285
[In the above formula (Formula 2), R represents a skeleton of a monomer composed of aliphatic or aromatic. ]
Figure 2005055285
[In the above formula (Formula 3), R ′ represents a skeleton of a monomer composed of an aliphatic group or an aromatic group. ]
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