JP2003502058A - 48個のヒト分泌タンパク質 - Google Patents

48個のヒト分泌タンパク質

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Abstract

(57)【要約】 本発明は、48個の新規なヒト分泌タンパク質、およびそのようなタンパク質をコードする遺伝子のコード領域を含む単離された核酸に関する。ヒト分泌タンパク質を産生するためのベクター、宿主細胞、抗体、ならびにヒト分泌タンパク質を産生するための組換え方法がまた、提供される。本発明はさらに、これらの新規なヒト分泌タンパク質に関する疾患、障害、および/または状態を、診断および処置するために有用な診断方法および治療方法に関する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】 (発明の分野) 本発明は、新規に同定されたポリヌクレオチド、およびこれらのポリヌクレオ
チドによりコードされるポリペプチド、このようなポリヌクレオチドおよびポリ
ペプチドの使用、およびそれらの産生に関する。
【0002】 (発明の背景) 膜によって取り囲まれる単一コンパートメントとして存在する細菌とは異なり
、ヒト細胞および他の真核細胞は、膜によって多くの機能的に異なるコンパート
メントに細分される。それぞれの膜で区切られたコンパートメント、すなわちオ
ルガネラは、そのオルガネラの機能に不可欠な異なるタンパク質を含む。細胞は
、特定の細胞オルガネラにタンパク質を標的化するために、タンパク質内部に位
置するアミノ酸モチーフである「選別シグナル」を使用する。
【0003】 シグナル配列、シグナルペプチド、またはリーダー配列と呼ばれる選別シグナ
ルの1つの型は、小胞体(ER)と呼ばれるオルガネラに1つのクラスのタンパ
ク質を指向させる。ERは、膜で区切られたタンパク質をすべての他の型のタン
パク質から分離する。一旦、ERに局在すると、両方の群のタンパク質とも、ゴ
ルジ装置と呼ばれる別のオルガネラにさらに指向され得る。ここで、ゴルジは、
タンパク質を、分泌小胞を含む小胞、細胞膜、リソソーム、および他のオルガネ
ラに分布させる。
【0004】 シグナル配列によってERに標的化されたタンパク質は、分泌タンパク質とし
て細胞外間隙に放出され得る。例えば、分泌タンパク質を含む小胞は、細胞膜と
融合し得、そして細胞外間隙にその内容物を放出し得る(エキソサイトーシスと
呼ばれるプロセスである)。エキソサイトーシスは、構成的に、または誘発シグ
ナルの受け取りの後に生じ得る。後者の場合には、タンパク質は、エキソサイト
ーシスが誘発されるまで、分泌小胞(または分泌顆粒)に貯蔵される。同様に、
細胞膜上に存在するタンパク質はまた、タンパク質を膜に保持する「リンカー」
のタンパク質分解切断によって、細胞外間隙に分泌され得る。
【0005】 近年大きく進歩したにもかかわらず、ヒトの分泌タンパク質をコードする遺伝
子は少数しか同定されていない。これらの分泌タンパク質としては、商業的価値
のあるヒトインスリン、インターフェロン、第VIII因子、ヒト成長ホルモン
、組織プラスミノーゲンアクチベーター、およびエリスロポエチンが挙げられる
。したがって、ヒトの生理学における分泌タンパク質の広範な役割を考慮すると
、新規のヒトの分泌タンパク質およびそれらをコードする遺伝子を同定および特
徴付けるための必要性がある。この知見は、分泌タンパク質またはそれらをコー
ドする遺伝子を使用することによって、医学的な、疾患、障害および/または状
態を検出、処置、および予防することを可能にする。
【0006】 (発明の要旨) 本発明は、新規ポリヌクレオチドおよびそのコードされたポリペプチドに関す
る。さらに、本発明は、そのポリペプチドおよびポリヌクレオチドを産生するた
めのベクター、宿主細胞、抗体、ならびに組換え方法および合成方法に関する。
このポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関連する疾患、障害および状態を検
出するための診断方法、およびこのような障害および状態を処置するための治療
方法もまた提供される。本発明は、さらに、このポリペプチドの結合パートナー
を同定するためのスクリーニング方法に関する。
【0007】 (詳細な説明) (定義) 以下の定義は、本明細書全体を通して使用される特定の用語の理解を容易にす
るために提供される。
【0008】 本発明において、「単離された(単離した)」とは、その本来の環境(例えば
、それが天然に存在する場合は天然の環境)から取り出された物質をいい、した
がって、その天然の状態から「人間の手によって」変更されている。例えば、単
離されたポリヌクレオチドは、ベクターまたは組成物の一部であり得るか、ある
いは細胞中に含まれ得、そしてなお「単離されている」。なぜなら、そのベクタ
ー、組成物、または特定の細胞は、ポリヌクレオチドの本来の環境ではないから
である。用語「単離された」は、ゲノムライブラリーまたはcDNAライブラリ
ー、丸ごとの細胞全体またはmRNA調製物、ゲノムDNA調製物(電気泳動に
より分離されたものおよびブロットへのトランスファーされたものを含む)、せ
ん断された全細胞ゲノムDNA調製物あるいは、当該分野が本発明のポリヌクレ
オチド/配列の識別する特徴を示せない他の組成物をいわない。
【0009】 本発明において、「分泌」タンパク質とは、ER、分泌小胞、または細胞外間
隙にシグナル配列の結果として指向され得るタンパク質、ならびにシグナル配列
を必ずしも含まないが細胞外間隙に放出されるタンパク質をいう。分泌タンパク
質が、細胞外間隙に放出される場合、この分泌タンパク質は、「成熟」タンパク
質を産生するために細胞外プロセシングを受け得る。細胞外間隙への放出は、エ
キソサイトーシスおよびタンパク質分解切断を含む多くの機構によって生じ得る
【0010】 特定の実施形態において、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも15、少
なくとも30、少なくとも50、少なくとも100、少なくとも125、少なく
とも500または少なくとも1000個連続するヌクレオチドであるが、長さが
300kb、200kb、100kb、50kb、15kb、10kb、7.5
kb、5kb、2.5kb、2.0kbまたは1kb以下である。さらなる実施
形態において、本発明のポリヌクレオチドは、本明細書において開示される場合
、コード配列の一部を含むが、任意のイントロンの全てまたは一部を含まない。
別の実施形態において、コード配列を含むポリヌクレオチドは、ゲノム隣接遺伝
子(すなわち、ゲノムにおける目的の遺伝子に対して5’側または3’側)のコ
ード配列を含まない。他の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、100
0、500、250、100、50、25、20、15、10、5、4、3、2
、または1より多いゲノム隣接遺伝子コード配列を含まない。
【0011】 本明細書中で使用される場合、「ポリヌクレオチド」とは、配列番号X(SE
Q ID NO:X)に含まれる核酸配列を有する分子、またはATCCに寄託
されたクローン内に含まれるcDNAをいう。例えば、このポリヌクレオチドは
、5’および3’非翻訳配列、シグナル配列を含むかもしくは含まないコード領
域、分泌タンパク質コード領域を含む全長cDNA配列のヌクレオチド配列、な
らびにこの核酸配列のフラグメント、エピトープ、ドメイン、および改変体を含
み得る。さらに、本明細書で使用される場合、「ポリペプチド」とは、広く定義
される場合、ポリヌクレオチドから生じた翻訳されたアミノ酸配列を有する分子
をいう。
【0012】 本発明では、配列番号Xとして同定された全長配列は、しばしば、複数のクロ
ーンに含まれる配列を重複させることによって生成された(コンティグ分析)。
配列番号Xについての配列のすべてまたはほとんどを含む代表的クローンを、ア
メリカンタイプカルチャーコレクション(「ATCC」)に寄託した。表1に示
すように、各クローンは、cDNAクローンID(識別子)およびATCC受託
番号によって同定される。ATCCは、10801 University B
oulevard,Manassas,Virginia 20110−220
9,USAに位置する。ATCC寄託は、特許手続目的のための微生物の寄託の
国際的承認に関するブダペスト条約の条項に拠って行われた。
【0013】 本発明の「ポリヌクレオチド」はまた、ストリンジェントなハイブリダイゼー
ション条件下で、配列番号Xに含まれる配列、その相補体、またはATCCに寄
託されたクローン内に含まれるcDNAにハイブリダイズし得るポリヌクレオチ
ドを含む。「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」とは、50%ホ
ルムアミド、5×SSC(750mM NaCl、75mMクエン酸三ナトリウ
ム)、50mMリン酸ナトリウム(pH7.6)、5×デンハルト溶液、10%
硫酸デキストラン、および20μg/ml変性剪断サケ精子DNAを含む溶液中
での42℃での一晩インキュベーション、続いて0.1×SSC中で約65℃に
てフィルターを洗浄することをいう。
【0014】 より低いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件で本発明のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズする核酸分子もまた意図される。ハイブリダイゼー
ションのストリンジェンシーおよびシグナル検出の変化は、主として、ホルムア
ミド濃度(より低い百分率のホルムアミドが、低下したストリンジェンシーを生
じる);塩条件、または温度の操作を通じて達成される。例えば、より低いスト
リンジェンシー条件は、6×SSPE(20×SSPE=3M NaCl;0.
2M NaH2PO4;0.02M EDTA、pH7.4)、0.5% SDS
、30%ホルムアミド、100μg/mlサケ精子ブロッキングDNAを含む溶
液中、37℃で一晩のインキュベーション;次いで1×SSPE、0.1% S
DSを用いた50℃での洗浄を含む。さらに、さらにより低いストリンジェンシ
ーを達成するために、ストリンジェントなハイブリダイゼーション後に行われる
洗浄は、より高い塩濃度(例えば、5×SSC)で行われ得る。
【0015】 上記の条件における変化が、ハイブリダイゼーション実験においてバックグラ
ウンドを抑制するために使用される代替的なブロッキング試薬の含有および/ま
たは置換によって達成され得ることに留意のこと。代表的なブロッキング試薬と
しては、デンハルト試薬、BLOTTO、ヘパリン、変性サケ精子DNA、およ
び市販の特許処方物が挙げられる。特異的ブロッキング試薬の含有は、適合性の
問題に起因して、上記のハイブリダイゼーション条件の改変を必要とし得る。
【0016】 もちろん、ポリA+配列(例えば、配列表に示されるcDNAの任意の3’末
端ポリA+領域(tract))に、またはT(もしくはU)残基の相補的スト
レッチにのみハイブリダイズするポリヌクレオチドは、「ポリヌクレオチド」の
定義に包含されない。なぜなら、このようなポリヌクレオチドは、ポリ(A)ス
トレッチまたはその相補体を含む任意の核酸分子(例えば、プライマーとしてオ
リゴdTを用いて生成される、事実上任意の二本鎖cDNAクローン)にハイブ
リダイズするからである。
【0017】 本発明のポリヌクレオチドは、任意のポリリボヌクレオチドまたはポリデオキ
シリボヌクレオチドから構成され得、これは、非改変RNAもしくは非改変DN
Aまたは改変RNAもしくは改変DNAであり得る。例えば、ポリヌクレオチド
は、一本鎖および二本鎖DNA、一本鎖および二本鎖領域の混合物であるDNA
、一本鎖および二本鎖RNA、ならびに一本鎖および二本鎖領域の混合物である
RNA、一本鎖、またはより代表的には二本鎖もしくは一本鎖および二本鎖領域
の混合物であり得るDNAおよびRNAを含むハイブリッド分子から構成され得
る。さらに、このポリヌクレオチドは、RNAもしくはDNAまたはRNAおよ
びDNAの両方を含む、三本鎖領域から構成され得る。ポリヌクレオチドはまた
、安定性のために、または他の理由のために改変された、1つ以上の改変された
塩基またはDNAもしくはRNA骨格を含み得る。「改変された」塩基としては
、例えば、トリチル化された塩基およびイノシンのような普通でない塩基が挙げ
られる。種々の改変が、DNAおよびRNAに対して行われ得;したがって、「
ポリヌクレオチド」は、化学的、酵素的、または代謝的に改変された形態を含む
【0018】 本発明のポリペプチドは、ペプチド結合または改変されたペプチド結合、すな
わち、ペプチドアイソスター(isostere)によって互いに連結したアミ
ノ酸から構成され得、そして遺伝子がコードする20個のアミノ酸以外のアミノ
酸を含み得る。このポリペプチドは、翻訳後プロセシングのような天然のプロセ
スによって、または当該技術分野で周知の化学修飾技術によってのいずれかで、
改変され得る。このような修飾は、基本テキスト、およびより詳細な研究論文、
ならびに多くの研究文献に十分記載される。改変は、ペプチド骨格、アミノ酸側
鎖、およびアミノ末端またはカルボキシル末端を含む、ポリペプチドのどこにで
も生じ得る。同じ型の修飾が、所定のポリペプチド中のいくつかの部位で同じま
たは種々の程度で存在し得ることが理解される。また、所定のポリペプチドは多
くの型の改変を含み得る。ポリペプチドは、例えば、ユビキチン化の結果として
分枝状であり得、そしてポリペプチドは、分枝を含むかまたは含まない、環状で
あり得る。環状、分枝状および分枝した環状のポリペプチドは、天然の翻訳後プ
ロセスから生じ得るか、または合成方法によって作製され得る。修飾としては、
アセチル化、アシル化、ADP−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、
ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質
または脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトール(phosphot
idylinositol)の共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、
脱メチル化、共有結合架橋の形成、システインの形成、ピログルタミン酸の形成
、ホルミル化、γ−カルボキシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、水酸
化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、ペグ化(pegylatio
n)、タンパク質分解プロセシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノ
イル化、硫酸化、アルギニル化のようなタンパク質へのアミノ酸のトランスファ
ーRNA媒介付加、およびユビキチン化が挙げられる。(例えば、PROTEI
NS−STRUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIE
S,第2版,T.E.Creighton,W.H.Freeman and
Company,New York(1993);POSTTRANSLATI
ONAL COVALENT MODIFICATION OF PROTEI
NS,B.C.Johnson編,Academic Press,New Y
ork,1−12頁(1983);Seifterら,Meth Enzymo
l 182:626−646(1990);Rattanら,Ann NY A
cad Sci 663:48−62(1992)を参照のこと)。
【0019】 「配列番号X(SEQ ID NO:X)」とは、ポリヌクレオチド配列をい
うが、「配列番号Y(SEQ ID NO:Y)」とは、ポリペプチド配列をい
い、両方の配列とも、表1に特定された整数によって同定される。
【0020】 「生物学的活性を有するポリペプチド」とは、特定の生物学的アッセイで測定
した場合、用量依存性を伴なっても伴なわなくても、本発明のポリペプチド(成
熟形態を含む)の活性と類似であるが、必ずしも同一ではない活性を示すポリペ
プチドをいう。用量依存性が存在する場合、このポリペプチドの用量依存性と同
一である必要はないが、むしろ本発明のポリペプチドと比較した場合に、所定の
活性における用量依存性に実質的に類似する(すなわち、候補ポリペプチドは、
本発明のポリペプチドと比較して、より大きな活性を示すか、または約1/25
以上、そして好ましくは約1/10以上の活性、そして最も好ましくは約1/3
以上の活性を示す)。
【0021】 多くのタンパク質(および翻訳されたDNA配列)は、アミノ酸組成が、利用
可能な残基の小さいサブセットに対して非常に片寄る領域を含む。例えば、膜貫
通ドメインおよびシグナルペプチド(これもまた膜貫通である)は、代表的に、
ロイシン(L)、バリン(V)、アラニン(A)、およびイソロイシン(I)が
支配する長いストレッチを含む。cDNAの末端のポリアデノシン領域(ポリA
)は、正方向(forward)翻訳においてポリリジン(ポリ−K)、および
逆相補体(reverse complement)が翻訳される場合、ポリフ
ェニルアラニン(ポリ−F)として現れる。これらの領域は、しばしば「より低
い複雑性」の領域といわれる。
【0022】 このような領域は、BLASTのようなデータベース類似性調査プログラムに
、真の相同性を意味しない、高いスコアの配列一致を見出させ得る。ほとんどの
重量(weight)マトリックス(BLASTによって生じるアライメントを
スコアするために使用される)が、一般的に、特定の低い複雑性の領域において
見出される疎水性アミノ酸(L、VおよびI)の群のいずれかの間での一致に、
正確な一致に対しての高いスコアとほとんど同様の高いスコアを与えるという事
実によって、問題が悪化する。
【0023】 これに対する補正のために、BLASTX.2(バージョン2.0a5MP−
WashU)は、特定の配列においてより低い複雑性を「マスクする(mask
)」2つのフィルター(「seg」および「xnu」)を用いる。これらのフィ
ルターは、このような領域についての配列を分析して、そしてより低い複雑性領
域におけるアミノ酸が文字「X」により置換された新しい配列を作製する。次い
で、これは、BLASTXプログラムへの入力配列(ときどき、本明細書中で「
Query(問い合わせ)」および/または「Q」といわれる)として使用され
る。このレジメンは、高いスコアの一致が真の相同性を表すことを保証するのを
補助する一方、BLASTXプログラムがアライメントを描くためにフィルター
によってマスクされた問い合わせ配列を使用するという点で、ネガティブな結果
が存在する。
【0024】 従って、以下の適用において示されるアライメントにおける「X」のストレッ
チは、下線を引かれたDNA配列または翻訳されたタンパク質配列のいずれかが
、未知または不特定であることを必ずしも示さない。そしてまたこのようなスト
レッチの存在は、この配列が、本発明のアライメントにおいて開示される配列に
対して同一であるか、または同一でないことを示すことを意味されない。このよ
うなストレッチは、上記で定義されるように、このBLASTXプログラムが、
低い複雑性の領域の検出に起因して、その領域におけるアミノ酸をマスクするこ
とを単に示し得る。全ての場合において、本明細書、配列表(表1)、および/
または寄託されたクローンに示される参照(reference)配列(ときど
き、本明細書中で、「対象(Subject)」、「Sbjct」、および/ま
たは「S」という)は、本発明の決定的な実施形態であり、そして本明細書中の
他の箇所で詳細に示さない限り、アライメントにおいて示される部分的配列に対
して、本発明を限定するように解釈されるべきでない。
【0025】 (本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチド) (遺伝子番号1によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|773414(そ
の中で「beta galactosidase [Cloning vect
or pBBR1MCS−2]」として記載される)(引用した登録番号を通し
て利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して利用
可能な配列と配列相同性を共有することを決定した。観察された相同性を実証す
る部分的な整列は、直下に示される。
【0026】
【化1】 上記で「S」として示されるgi|773414のセグメントは、配列番号1
07および配列番号109として配列表において示される。構造的な類似性に基
づいて、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を
共有することが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのい
くつかが、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するため
のアッセイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の
箇所に記載されている。
【0027】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号108および/または配列番号110として配列表において
示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
【0028】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Fetal
Kidney;Stomach cancer(human),re−exc
ision;Human Fetal Brainにおいて主に発現されること
が発見された。
【0029】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号59において残基:Asn−26
〜Thr−33として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0030】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号11に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号11の1〜1275の間の任意の整数であり、bは15〜
1289の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号11に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0031】 (遺伝子番号2によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Cereb
ellumにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、Activat
ed T−cells;Apoptotic T−cell,re−excis
ion;Human Umbilical Vein,Reexcision;
Ulcerative Colitis;Colon Tumor;Human
Fetal Lung III;Human Placenta;Bone
marrow;Human Adult Pulmonary,re−exci
sion;Colon Normal III;NCI_CGAP_GC4;N
CI_CGAP_Lu5;Soares_NbHFB;Human Osteo
clastoma;Human Amygdala;Monocyte act
ivatedおよびSoares_pineal_gland_N3HPGにお
いて発現されることが発見された。
【0032】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号12に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号12の1〜2899の間の任意の整数であり、bは15〜
2913の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号12に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0033】 (遺伝子番号3によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Neutr
ophil;Human Brain,Striatum;Primary D
endritic Cells,lib 1において主に発現されることが発見
された。
【0034】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号13に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号13の1〜1680の間の任意の整数であり、bは15〜
1694の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号13に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0035】 (遺伝子番号4によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Myoloid Pro
genitor Cell Lineにおいて主に発現され、そしてより少ない
程度では、TF−1 Cell Line GM−CSF Treated;H
UMAN JURKAT MEMBRANE BOUND POLYSOMES
;HL−60,PMA 4H,re−excision;Bone Marro
w Cell Line(RS4,11);Soares fetal liv
er spleen 1NFLS;Normal Human Trabecu
lar Bone Cells;Human OB MG63 treated
(10 nM E2)fraction I;Soares retina N
2b4HR;Soares_NhHMPu_S1;Human Umbilic
al Vein,Reexcision;Synovial Fibrobla
sts(control);Human Microvascular End
othelial Cells,fract.A;Human Bone Ma
rrow,treated;Soares ovary tumor NbHO
T;Soares_total_fetus_Nb2HF8_9w;Soare
s_fetal_liver_spleen_1NFLS_S1;Soares
_senescent_fibroblasts_NbHSF;H.hypot
halamus,frac A;H.Frontal Cortex,Epil
eptic;Human epithelioid sarcoma;Huma
n Pituitary,re−excision;HUMAN TONSIL
S,FRACTION 2;Soares retina N2b5HR;Hu
man Primary Breast Cancer;Invasive p
oorly differentiated lung adenocarci
noma,metastatic;Human endometrial st
romal cells−treated with estradiol;H
ealing groin wound,7.5 hours post in
cision;Human Colon,re−excision;Soare
s_total_fetus_Nb2HF8_9w;Healing groi
n wound,6.5 hours post incision;Sple
en metastic melanoma;Breast Cancer C
ell line,angiogenic;NCI_CGAP_GC6;NCI
_CGAP_Ut2;NCI_CGAP_Pan1;Olfactory ep
ithelium,nasalcavity;Human Adipose;M
acrophage(GM−CSF treated);NCI_CGAP_G
C4;NCI_CGAP_Co12;NCI_CGAP_GCB1;NCI_C
GAP_Pr25;Smooth muscle,serum induced
,re−exc;CHME Cell Line,untreated;Smo
oth muscle,serum treated;Normal colo
n;Soares melanocyte 2NbHM;Soares_mul
tiple_sclerosis_2NbHMSP;Primary Dend
ritic cells,frac 2;Human Fetal Lung
III;Activated T−Cell(12hs)/Thiouridi
ne labelledEco;Human adult(K.Okubo);
NCI_CGAP_Brn25;Soares_multiple_scler
osis_2NbHMSP;T Cell helper I;Human E
ndometrial Tumor;Activated T−cell(12
h)/Thiouridine−re−excision;Human 8 W
eek Whole EmbryoおよびPrimary Dendritic
Cells,lib 1において発現されることが発見された。
【0036】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号62において残基:Pro−21
〜Trp−27、Thr−33〜Pro−39、Pro−62〜Trp−78、
Pro−86〜Phe−91、Thr−109〜Ser−114として免疫原性
エピトープを含む。このポリペプチドをコードするポリヌクレオチドはまた本発
明によって包含される。
【0037】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号14に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号14の1〜1214の間の任意の整数であり、bは15〜
1228の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号14に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0038】 (遺伝子番号5によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Old O
vary;H.Epididiymus,cauda;Human Adipo
se Tissue,re−excision;Stratagene liv
er(#937224);Human Gall Bladder;Endot
helial cells−control;Soares_pregnant
_uterus_NbHPU;Human Amygdala;Neutrop
hils IL−1 and LPS induced;Soares fet
al liver spleen 1NFLSにおいて主に発現されることが発
見された。
【0039】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号63において残基:Arg−14
〜Ile−24として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0040】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号15に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号15の1〜874の間の任意の整数であり、bは15〜8
88の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号15に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0041】 (遺伝子番号6によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares infa
nt brain 1NIBにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では
、Stratagene ovary(#937217);NCI_CGAP_
GCB1;Soares ovary tumor NbHOT;Monocy
te activated;Human Cerebellum;Soares
placenta Nb2HP;Soares fetal liver s
pleen 1NFLS;Macrophage−oxLDL;Human H
ypothalmus,Schizophrenia;Human Adipo
se Tissue,re−excision;Soares_senesce
nt_fibroblasts_NbHSF;NCI_CGAP_Brn25;
Human Pancreas Tumor;Soares_NhHMPu_S
1;Soares adult brain N2b5HB55Y;Strat
agene colon(#937204);Human adult tes
tis,large inserts;Stratagene liver(#
937224);Pancreas Islet Cell Tumor;Fe
tal Heart;12 Week Old Early Stage Hu
man;Endothelial−induced;Soares_fetal
_heart_NbHH19W;Stratagene colon(#937
204);Prostate−BPH subtracted II;Lary
nx Tumour;Human Pituitary;HL−60,RA 4
h,Subtracted;Larynx carcinoma III;Hu
man Adult Pulmonary;Human Pancreatic
Carcinoma;Human Pituitary,subtracte
d;H.Epididiymus,cauda;Human Whole Br
ain #2 − Oligo dT > 1.5Kb;Jurkat T−C
ell,S phase;Soares_fetal_heart_NbHH1
9W;H.Kidney Medulla,re−excision;CD34
depleted Buffy Coat(Cord Blood);KMH
2;Human Thymus;NCI_CGAP_Co8;NCI_CGAP
_Lu5;NCI_CGAP_Kid3;NCI_CGAP_Kid5;NCI
_CGAP_Kid6;NCI_CGAP_Br1.1;Monocyte a
ctivated,re−excision;L428;12 Week Ol
d Early Stage Human,II;Human Adult T
estes,Large Inserts,Reexcision;Merke
l Cells;Human Pancreas Tumor,Reexcis
ion;Spinal cord;Ulcerative Colitis;S
oares breast 2NbHBst;Human Adrenal G
land Tumor;Macrophage−oxLDL,re−excis
ion;Human Gall Bladder;Colon Carcino
ma;Colon Normal II;Adipocytes;Dendri
tic cells,pooled;Human Synovial Sarc
oma;Activated T−Cell(12hs)/Thiouridi
ne labelledEco;Soares_testis_NHT;H.F
rontal cortex,epileptic,re−excision;
Hodgkin’s Lymphoma IIおよびOsteoblastsに
おいて発現されることが発見された。
【0042】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号64において残基:Cys−2〜
Leu−8として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0043】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号16に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号16の1〜3225の間の任意の整数であり、bは15〜
3239の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号16に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0044】 (遺伝子番号7によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Adipo
se;Human Fetal Brain,normalized A500
2Fにおいて主に発現されることが発見された。
【0045】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号17に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号17の1〜940の間の任意の整数であり、bは15〜9
54の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号17に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0046】 (遺伝子番号8によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Stratagene
NT2 neuronal precursor 937230において主に発
現され、そしてより少ない程度では、Human Amygdala Depr
ession,re−excision;Human Fetal Epith
elium(Skin);Stratagene hNT neuron(#9
37233);Human Umbilical Vein Endothel
ial Cells,uninduced;Human Fetal Lung
III;Spleen,Chronic lymphocytic leuk
emiaおよびSoares infant brain 1NIBにおいて発
現されることが発見された。
【0047】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号18に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号18の1〜316の間の任意の整数であり、bは15〜3
30の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号18に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0048】 (遺伝子番号9によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Prostate BP
H;Human Amygdalaにおいて主に発現されることが発見された。
【0049】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号19に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号19の1〜1950の間の任意の整数であり、bは15〜
1964の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号19に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0050】 (遺伝子番号10によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Synovial hy
poxia−RSF subtracted;Soares_fetal_he
art_NbHH19W;Spleen,Chronic lymphocyt
ic leukemiaにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、S
pleen/normal;NCI_CGAP_GCB1;Soares_fe
tal_lung_NbHL19W;Soares_parathyroid_
tumor_NbHPA;Soares infant brain 1NIB
;Thalamus;Human White Fat;HUMAN TONS
ILS,FRACTION 2;Frontal lobe,dementia
,re−excision;Human Hypothalamus,schi
zophrenia,re−excision;H.Kidney Corte
x,subtracted;Human Prostate;human ov
arian cancer;Human umbilical vein en
dothelial cells,IL−4 induced;Human R
habdomyosarcoma;Ulcerative Colitis;C
olon Carcinoma;Soares melanocyte 2Nb
HM;Human Amygdala;Human Bone Marrow,
treatedおよびSoares placenta Nb2HPにおいて発
現されることが発見された。
【0051】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号68において残基:His−23
〜Asn−28、Phe−55〜Asp−61として免疫原性エピトープを含む
。このポリペプチドをコードするポリヌクレオチドはまた本発明によって包含さ
れる。
【0052】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号20に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号20の1〜1053の間の任意の整数であり、bは15〜
1067の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号20に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0053】 (遺伝子番号11によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gnl|PID|e12
91794(その中で「X−like 1 protein [Homo sa
piens]」として記載される)(引用した登録番号を通して利用可能な全て
の情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して利用可能な配列と配列
相同性を共有することを決定した。観察された相同性を実証する部分的な整列は
、直下に示される。
【0054】
【化2】 上記で「S」として示されるgnl|PID|e1291794のセグメント
は、配列番号111として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて
、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有す
ることが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつか
が、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッ
セイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に
記載されている。
【0055】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号112として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0056】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares infa
nt brain 1NIB;Monocyte activatedにおいて
主に発現され、そしてより少ない程度では、Ulcerative Colit
is;Human Fetal Brain;Human Amygdalaお
よびHuman Bone Marrow,treatedにおいて発現される
ことが発見された。
【0057】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号69において残基:Met−1〜
Lys−6として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0058】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号21に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号21の1〜860の間の任意の整数であり、bは15〜8
74の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号21に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0059】 (遺伝子番号12によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gnl|PID|e13
60930(その中で「DET1 protein [Lycopersico
n esculentum]」として記載される)(引用した登録番号を通して
利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して利用可
能な配列と配列相同性を共有することを決定した。観察された相同性を実証する
部分的な整列は、直下に示される。
【0060】
【化3】 上記で「S」として示されるgnl|PID|e1360930のセグメント
は、配列番号113として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて
、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有す
ることが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつか
が、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッ
セイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に
記載されている。
【0061】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号114として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0062】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Adult
Heart,re−excision;NCI_CGAP_GCB1;Soa
res_fetal_lung_NbHL19W;Soares_pineal
_gland_N3HPGにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、
Human Prostate;Soares placenta Nb2HP
において発現されることが発見された。
【0063】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号22に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号22の1〜1332の間の任意の整数であり、bは15〜
1346の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号22に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0064】 (遺伝子番号13によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares ovar
y tumor NbHOT;Soares fetal liver spl
een 1NFLSにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、Bon
e Marrow Cell Line(RS4,11);Human end
ometrial stromal cells−treated with
progesterone;Macrophage(GM−CSF treat
ed);Early Stage Human Brain;NCI_CGAP
_GCB1;Soares infant brain 1NIB;Human
Pituitary,subtracted;Amniotic Cells
− Primary Culture;Macrophage−oxLDL,
re−excision;Soares_pregnant_uterus_N
bHPU;Soares breast 3NbHBst;Soares me
lanocyte 2NbHM;Soares placenta Nb2HP
;Soares retina N2b4HR;Human Pituitar
y,subt IX;H Macrophage(GM−CSF treate
d),re−excision;CD34 positive cells(C
ord Blood);Human Cerebellum;Human Ad
ult Heart,subtracted;Smooth muscle−I
Lb induced;Human Pineal Gland;Human
Normal Breast;Human endometrial stro
mal cells−treated with estradiol;Hum
an Fetal Kidney;Human Uterine Cancer
;Hemangiopericytoma;Smooth muscle,se
rum induced,re−exc;Endothelial−induc
ed;Endothelial cells−control;Human M
icrovascular Endothelial Cells,fract
.A;HM1;NCI_CGAP_Kid5;Human 7 Weeks O
ld Embryo,subtracted;NCI_CGAP_Kid3;H
uman Pituitary,re−excision;Human Aor
tic Endothelium;Human Fetal Bone;Smo
oth Muscle− HASTE normalized;Gliobla
stoma;Soares_parathyroid_tumor_NbHPA
;12 Week Old Early Stage Human,II;So
ares_testis_NHT;Soares_parathyroid_t
umor_NbHPA;Human Pancreas Tumor,Reex
cision;Soares_fetal_liver_spleen_1NF
LS_S1;Epithelial−TNFa and INF induce
d;Human Fetal Brain;Human Thymus Str
omal Cells;Human Liver,normal;Smooth
muscle,serum treated;Adipocytes;Hum
an Testes Tumor;Colon Tumor II;Soare
s_fetal_lung_NbHL19W;Human Fetal Kid
ney,Reexcision;Soares_fetal_heart_Nb
HH19W;HUMAN B CELL LYMPHOMA;Human Bo
ne Marrow,treated;Hodgkin’s Lymphoma
II;Human fetal brain(TFujiwara);NCI
_CGAP_Co3;NCI_CGAP_Ew1;NCI_CGAP_Kid6
;NCI_CGAP_Pr22;Osteoblasts;Soares_pr
egnant_uterus_NbHPU;Keratinocyte;Soa
res_fetal_lung_NbHL19W;Soares_parath
yroid_tumor_NbHPA;Soares_senescent_f
ibroblasts_NbHSF;Hl−60,untreated,sub
tracted;Human Cardiomyopathy,RNA rem
ake;HE7,subtracted by hybridization
with E7 cDNA;CAMA1Ee Cell Line;Human
Adult Lymph Node,subtracted;Gessler
Wilms tumor;HM3;Soares_pineal_gland
_N3HPG;Soares_pregnant_uterus_NbHPU;
Soares_total_fetus_Nb2HF8_9w;Colon,n
ormal;WI 38 cells;Human Thymus Tumor
,subtracted;Bone Cancer;LNCAP + 30nM
R1881;NCI_CGAP_GC4;NCI_CGAP_Lu5;NCI
_CGAP_Kid5;NCI_CGAP_Pan1;Normal lung
;LNCAP untreated;Soares retina N2b5H
R;Human Fetal Brain;Human Cerebellum
,subtracted;Human Primary Breast Can
cer,re−excision;Human Cardiomyopathy
,subtracted;Human Adult Retina;Heali
ng Abdomen wound,70&90 min post inci
sion;Human Thyroid;Amniotic Cells −
TNF induced;Human Quadriceps;Soares_
testis_NHT;Lung Carcinoma A549 TNFal
pha activated;Human Skin Tumor;Soare
s_pineal_gland_N3HPG;Soares_pregnant
_uterus_NbHPU;Stratagene corneal str
oma(#937222);Raji Cells,cyclohexamid
e treated;Healing groin wound − zero
hr post−incision(control);Human Syn
ovium;NTERA2 + retinoic acid,14 days
;Synovial hypoxia−RSF subtracted;H.K
idney Cortex,subtracted;Stratagene e
ndothelial cell 937223;Salivary Glan
d,Lib 2;LNCAP prostate cell line;Hum
an endometrial stromal cells;Healing
groin wound,6.5 hours post incision
;wilm’s tumor;Human Manic Depression
Tissue;Human fetal heart,Lambda ZAP
Express;H.Lymph node breast Cancer;
Mo7e Cell Line GM−CSF treated(1ng/ml
);Soares_testis_NHT;Soares_fetal_hea
rt_NbHH19W;Soares_fetal_liver_spleen
_1NFLS_S1;Soares_senescent_fibroblas
ts_NbHSF;TF−1 Cell Line GM−CSF Treat
ed;Breast Cancer Cell line,angiogeni
c;Human Brain,Striatum;Human Activat
ed T−Cells;Macrophage−oxLDL;Spinal c
ord;Soares_fetal_heart_NbHH19W;Human
Thymus;Bone Marrow Stromal Cell,unt
reated;Soares breast 2NbHBst;Soares_
pregnant_uterus_NbHPU;Soares_pregnan
t_uterus_NbHPU;Human Gall Bladder;PC
3 Prostate cell line;Human Ovarian C
ancer Reexcision;Resting T−Cell Libr
ary,II;12 Week Old Early Stage Human
;Human Substantia Nigra;breast lymph
node CDNA library;Colon Normal II;S
oares_parathyroid_tumor_NbHPA;Soares
_placenta_8to9weeks_2NbHP8to9W;Human
Synovial Sarcoma;Human Fetal Lung I
II;12 Week Early Stage Human II,Reex
cision;Bone marrow;Human Primary Bre
ast Cancer Reexcision;CD34 depleted
Buffy Coat(Cord Blood),re−excision;C
olon Normal III;Human Amygdala;Soare
s_fetal_liver_spleen_1NFLS_S1;H.Fron
tal cortex,epileptic,re−excision;NCI
_CGAP_AA1;NCI_CGAP_Co9;NCI_CGAP_Lu6;
NCI_CGAP_Pr9;NCI_CGAP_Co10;NCI_CGAP_
Kid3;NCI_CGAP_Br1.1;NCI_CGAP_Brn23;N
CI_CGAP_Brn25;Soares_fetal_heart_NbH
H19W;Nine Week Old Early Stage Human
およびSoares_placenta_8to9weeks_2NbHP8t
o9Wにおいて発現されることが発見された。
【0065】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号71において残基:Leu−32
〜Gly−46として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0066】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号23に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号23の1〜579の間の任意の整数であり、bは15〜5
93の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号23に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0067】 (遺伝子番号14によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Synovial hy
poxiaにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、human c
orpus colosum;Soares_NhHMPu_S1;Human
Adipose;Ulcerative Colitis;Epitheli
al−TNFa and INF induced;Human Ovaria
n Cancer Reexcision;Human Placenta;N
ormal colon;Human Amygdala;Human 8 W
eek Whole EmbryoおよびSoares infant bra
in 1NIBにおいて発現されることが発見された。
【0068】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号24に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号24の1〜1168の間の任意の整数であり、bは15〜
1182の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号24に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0069】 (遺伝子番号15によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|3002527(
その中で「neuronal thread protein AD7c−NT
P [Homo sapiens]」として記載される)(引用した登録番号を
通して利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して
利用可能な配列と配列相同性を共有することを決定した。観察された相同性を実
証する部分的な整列は、直下に示される。
【0070】
【化4】 上記で「S」として示されるgi|3002527のセグメントは、配列番号
115として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて、これらの相
同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有することが予期
される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書
中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッセイもまた、
当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に記載されてい
る。
【0071】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号116として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0072】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares plac
enta Nb2HPにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、Hu
man Synovium;Soares fetal liver sple
en 1NFLS;Soares_multiple_sclerosis_2
NbHMSP;Larynx tumor;Human brain cDNA
;Human Normal Cartilage,Fraction I;H
uman Normal Cartilage Fraction II;Sy
novial hypoxia;Soares_pregnant_uteru
s_NbHPU;Soares_senescent_fibroblasts
_NbHSF;Stratagene pancreas(#937208);
Human Bone Marrow,re−excision;Strata
gene fetal spleen(#937205);12 Week O
ld Early Stage Human,II;Human Hippoc
ampus;12 Week Old Early Stage Human;
Endothelial cells−control;Monocyte a
ctivatedおよびSoares_fetal_lung_NbHL19W
において発現されることが発見された。
【0073】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号73において残基:Lys−18
〜Gly−23、Arg−25〜Ser−31として免疫原性エピトープを含む
。このポリペプチドをコードするポリヌクレオチドはまた本発明によって包含さ
れる。
【0074】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号25に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号25の1〜862の間の任意の整数であり、bは15〜8
76の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号25に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0075】 (遺伝子番号16によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|3002527(
その中で「neuronal thread protein AD7c−NT
P [Homo sapiens]」として記載される)(引用した登録番号を
通して利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して
利用可能な配列と配列相同性を共有することを決定した。観察された相同性を実
証する部分的な整列は、直下に示される。
【0076】
【化5】 上記で「S」として示されるgi|3002527のセグメントは、配列番号
117および配列番号119として配列表において示される。構造的な類似性に
基づいて、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性
を共有することが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、その
いくつかが、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するた
めのアッセイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他
の箇所に記載されている。
【0077】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号118および/または配列番号120として配列表において
示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
【0078】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Eosin
ophils;Soares fetal liver spleen 1NF
LSにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、Primary De
ndritic cells,frac 2;Human Fetal Hea
rtおよびHuman Adult Pulmonary,re−excisi
onにおいて発現されることが発見された。
【0079】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号26に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号26の1〜1351の間の任意の整数であり、bは15〜
1365の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号26に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0080】 (遺伝子番号17によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号bbs|129340(
その中で「X−linked retinopathy protein {C
−terminal,clone XEH.8c} [human,Pepti
de Partial,100 aa] [Homo sapiens]」とし
て記載される)(引用した登録番号を通して利用可能な全ての情報は、本明細書
中で参考として援用される)を通して利用可能な配列と配列相同性を共有するこ
とを決定した。観察された相同性を実証する部分的な整列は、直下に示される。
【0081】
【化6】 上記で「S」として示されるbbs|129340のセグメントは、配列番号
121として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて、これらの相
同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有することが予期
される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書
中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッセイもまた、
当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に記載されてい
る。
【0082】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号122として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0083】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares infa
nt brain 1NIBにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では
、Soares ovary tumor NbHOT;Soares_tes
tis_NHT;Nine Week Old Early Stage Hu
man;normalized infant brain cDNA;Soa
res breast 2NbHBst;NCI_CGAP_GCB1;Soa
res breast 3NbHBst;Colon Tumor II;So
ares placenta Nb2HP;Human promyelocy
te;Jia bone marrow stroma;Soares_fet
al_liver_spleen_1NFLS_S1;Stratagene
lung carcinoma 937218;Normal lung;hu
man colon cancer;Cem cells cyclohexa
mide treated;Human Colon Cancer,re−e
xcision;Hepatocellular Tumor;Human M
anic Depression Tissue;Human Infant
Brain;H.Kidney Medulla,re−excision;H
uman Umbilical Vein Endothelial Cell
s,uninduced;Human Pancreas Tumor;T−C
ell PHA 24 hrs;Bone Marrow Stromal C
ell,untreated;Human Liver,normal;Pan
creas Islet Cell Tumor;NCI_CGAP_Lu5;
NCI_CGAP_Co10;Colon Tumor;Resting T−
Cell Library,II;Human T−Cell Lymphom
a;KG1−a Lambda Zap Express cDNA libr
ary;Dendritic cells,pooled;Soares me
lanocyte 2NbHM;Primary Dendritic cel
ls,frac 2;human tonsils;Human Adult
Pulmonary,re−excision;Bone Marrow Ce
ll Line(RS4,11);T cell helper IIおよびS
oares fetal liver spleen 1NFLSにおいて発現
されることが発見された。
【0084】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号27に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号27の1〜1366の間の任意の整数であり、bは15〜
1380の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号27に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0085】 (遺伝子番号18によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares adul
t brain N2b4HB55Yにおいて主に発現され、そしてより少ない
程度では、Soares ovary tumor NbHOT;Soares
_testis_NHT;Stratagene fetal spleen(
#937205);Human Synovial Sarcoma;T ce
ll helper II;Human Cerebellum;Gessle
r Wilms tumor;Soares_parathyroid_tum
or_NbHPA;Normal trachea;Resting T−Ce
ll;H.Epididiymus,cauda;NTERA2 + reti
noic acid,14 days;Olfactory epitheli
um,nasalcavity;Soares breast 2NbHBst
;Human Adrenal Gland Tumor;Human adu
lt testis,large inserts;Pancreas Isl
et Cell Tumor;Soares_multiple_sclero
sis_2NbHMSP;Resting T−Cell Library,I
I;Soares_placenta_8to9weeks_2NbHP8to
9W;Human Neutrophil,Activated;CD34 p
ositive cells(Cord Blood);Human Endo
metrial Tumor;Human 8 Week Whole Emb
ryo;NCI_CGAP_GC3;NCI_CGAP_Lu5;NCI_CG
AP_GCB1およびPrimary Dendritic Cells,li
b 1において発現されることが発見された。
【0086】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号76において残基:Lys−11
〜Met−16として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0087】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号28に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号28の1〜1185の間の任意の整数であり、bは15〜
1199の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号28に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0088】 (遺伝子番号19によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、Human Adrenal Gland Tumorにおい
て主に発現されることが発見された。
【0089】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号77において残基:Glu−19
〜Pro−27として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0090】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号29に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号29の1〜1094の間の任意の整数であり、bは15〜
1108の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号29に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0091】 (遺伝子番号20によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares_preg
nant_uterus_NbHPUにおいて主に発現され、そしてより少ない
程度では、Testis,normal;Glioblastoma;Syno
vial Fibroblasts(Il1/TNF),subt;Heman
giopericytomaおよびHuman Adrenal Gland
Tumorにおいて発現されることが発見された。
【0092】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号30に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号30の1〜916の間の任意の整数であり、bは15〜9
30の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号30に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0093】 (遺伝子番号21によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Smooth musc
le,controlにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、Bo
ne Marrow Stromal Cell,untreated;Hum
an Testes;Human Adult Liver,subtract
ed;Human Gall Bladder,fraction II;B
Cell lymphoma;Human Synovium;human c
orpus colosum;H Female Bladder,Adult
;Human Bone Marrow,re−excision;human
ovarian cancer;Human Adrenal Gland
Tumor;Human Placenta;Normal colon;Hu
man Fetal Lung III;Human Adult Pulmo
nary,re−excision;Human Bone Marrow,t
reated;Hodgkin’s Lymphoma IIおよびNine
Week Old Early Stage Humanにおいて発現されるこ
とが発見された。
【0094】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号31に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号31の1〜2083の間の任意の整数であり、bは15〜
2097の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号31に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0095】 (遺伝子番号22によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gnl|PID|e20
6544(その中で「pva1 [Plasmodium vivax]」とし
て記載される)(引用した登録番号を通して利用可能な全ての情報は、本明細書
中で参考として援用される)を通して利用可能な配列と配列相同性を共有するこ
とを決定した。観察された相同性を実証する部分的な整列は、直下に示される。
【0096】
【化7】 上記で「S」として示されるgnl|PID|e206544のセグメントは
、配列番号123および配列番号125として配列表において示される。構造的
な類似性に基づいて、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生
物学的活性を共有することが予期される。このような活性は、当該分野で公知で
あり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を
決定するためのアッセイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明
細書中の他の箇所に記載されている。
【0097】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号124および/または配列番号126として配列表において
示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
【0098】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Primary Den
dritic Cells,lib 1において主に発現され、そしてより少な
い程度では、Tongue carcinoma;H.Whole Brain
#2,re−excision;Human Bone Marrow,re
−excision;Human Adrenal Gland Tumorお
よびPancreas Islet Cell Tumorにおいて発現される
ことが発見された。
【0099】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号32に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号32の1〜1288の間の任意の整数であり、bは15〜
1302の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号32に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0100】 (遺伝子番号23によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Primary Den
dritic Cells,lib 1において主に発現され、そしてより少な
い程度では、Osteoblasts;Activated T−cell(1
2h)/Thiouridine−re−excision;Macropha
ge−oxLDL,re−excision;Epithelial−TNFa
and INF induced;Smooth muscle,serum
treated;Smooth muscle,serum induced
,re−exc;Amniotic Cells − Primary Cul
ture;Stratagene lung(#937210);Primar
y Dendritic cells,frac 2;Macrophage(
GM−CSF treated);HUMAN JURKAT MEMBRAN
E BOUND POLYSOMES;Activated T−Cell(1
2hs)/Thiouridine labelledEco;H Macro
phage(GM−CSF treated),re−excision;Ma
crophage−oxLDL;Human T−Cell Lymphoma
;T cell helper II;Monocyte activated
;Hodgkin’s Lymphoma II;HUMAN B CELL
LYMPHOMA;Human Microvascular Endothe
lial Cells,fract.A;Human 8 Week Whol
e Embryo;Human Fetal Kidney,Reexcisi
on;Nine Week Old Early Stage Human;H
uman Bone Marrow,treated;Human Pancr
eas Tumor,Reexcision;Human Fetal Lun
g III;Human Adult Pulmonary,re−excis
ion;Keratinocyte;human tonsils;Human
Rhabdomyosarcoma;Spleen,Chronic lym
phocytic leukemia;T Cell helper I;Hu
man Umbilical Vein,Reexcision;Bone M
arrow Stromal Cell,untreated;Human T
hymus Stromal Cells;Messangial cell,
frac 2;Human Fetal Kidney;NTERA2,con
trol;Adipocytes;Dendritic cells,pool
ed;Colon Tumor II;Human Cerebellum;B
one marrow;Colon Normal III;Soares f
etal liver spleen 1NFLS;Endothelial−
induced;Bone Marrow Cell Line(RS4,11
);STROMAL −OSTEOCLASTOMA;Jurkat T−Ce
ll,S phase;breast lymph node CDNA li
brary;Amniotic Cells − TNF induced;H
SA 172 Cells;Monocyte activated,re−e
xcision;Ulcerative Colitis;Human Eos
inophils;Activated T−cells;Human Ost
eoclastoma Stromal Cells − unamplifi
ed;Human Endometrial Tumor;Smooth mu
scle,IL1b induced;Human umbilical ve
in endothelial cells,IL−4 induced;PC
3 Prostate cell line;Human Neutrophi
l,Activated;Fetal Heart;Aorta endoth
elial cells + TNF−a;Endothelial cell
s−control;Human Placenta;Stratagene
neuroepithelium(#937231);Human Thymu
s;Human Testes Tumor;Human Pancreas
Tumor;Human Fetal Brain;Human Synovi
al Sarcoma;Human Fetal Heart;Soares
ovary tumor NbHOT;Activated T−Cells,
12 hrs,re−excision;H.Lymph node brea
st Cancer;Human Thymus;T−Cell PHA 24
hrs;Normal colon;Soares placenta Nb
2HP;Human Umbilical Vein,Endo.remake
;Human Fetal Dura Mater;Human Adipos
e;Hemangiopericytoma;Colon Tumor;Col
on Carcinoma;Soares melanocyte 2NbHM
;CD34 depleted Buffy Coat(Cord Blood
),re−excision;wilm’s tumor;Human Act
ivated Monocytes;Colon Normal II;Smo
oth muscle,control;Jia bone marrow s
troma;Human Fetal Brain;Early Stage
Human Lung,subtracted;Human T−cell l
ymphoma,re−excision;Human Umbilical
Vein Endothelial Cells,uninduced;Str
atagene liver(#937224);Activated T−c
ells,24 hrs,re−excision;Human Manic
Depression Tissue;Human Infant Brain
;Human Testes Tumor,re−excision;Huma
n Whole Six Week Old Embryo;Human Am
ygdala;Human Testes;T−Cell PHA 16 hr
s;Human Brain,Striatum;L428;Human Pl
acenta;Human Primary Breast Cancer R
eexcision;Human Bone Marrow,re−excis
ion;Human Osteoblasts II;Human Fetal
Brain;HSC172 cells;Human Prostate C
ancer,Stage C fraction;Stratagene pl
acenta(#937225);Healing groin wound,
7.5 hours post incision;Stratagene c
olon(#937204);Jurkat T−cell G1 phase
;Breast Cancer Cell line,angiogenic;
Human Osteoclastoma;neutrophils cont
rol;Soares infant brain 1NIB;Human L
ung Cancer,re−excision;Human endomet
rial stromal cells−treated with estr
adiol;Human endometrial stromal cell
s−treated with progesterone;Healing
groin wound,6.5 hours post incision;
Prostate BPH;Human Hypothalmus,Schiz
ophrenia;Human Gall Bladder;eosinoph
il−IL5 induced;B Cell lymphoma;Strat
agene pancreas(#937208);Human Adipos
e Tissue,re−excision;Human Osteosarc
oma;Human endometrial stromal cells;
Human Colon,re−excision;Stratagene H
eLa cell s3 937216;Human Neutrophil;
KMH2;Stratagene fetal spleen(#937205
);Liver,Hepatoma;Human Activated T−C
ells,re−excision;Early Stage Human B
rain;NCI_CGAP_Co12;NCI_CGAP_Pr25;Wei
zmann Olfactory Epithelium;Human OB
HOS treated(10 nM E2)fraction I;Huma
n Adult Pulmonary;Smooth Muscle Seru
m Treated,Norm;Smooth muscle−ILb ind
uced;Apoptotic T−cell,re−excision;Hu
man Hypothalamus,schizophrenia,re−ex
cision;H Female Bladder,Adult;TF−1 C
ell Line GM−CSF Treated;Normal Human
Trabecular Bone Cells;Stratagene ov
arian cancer(#937219);Stratagene NT2
neuronal precursor 937230;Human Pre
−Differentiated Adipocytes;Breast Ly
mph node cDNA library;Stratagene pan
creas(#937208);Human Chronic Synovit
is;CD34 depleted Buffy Coat(Cord Blo
od);Human Activated T−Cells;Rejected
Kidney,lib 4;Pancreas Islet Cell Tu
mor;Neutrophils control,re−excision;
Stratagene neuroepithelium(#937231);
Stratagene colon(#937204);Human OB M
G63 treated(10 nM E2)fraction I;H.At
rophic Endometrium;Human Neutrophils
,Activated,re−excision;Soares retina
N2b4HR;Human Tonsils,Lib 2;Stratage
ne ovarian cancer(#937219);Stratagen
e muscle 937209;NCI_CGAP_Kid6;Human
Uterine Cancer;Human Chondrosarcoma;
Synovial Fibroblasts(control);Human
Adrenal Gland Tumor;Gessler Wilms tu
mor;Human Substantia Nigra;Stratagen
e fibroblast(#937212);Stratagene ova
rian cancer(#937219);Smooth muscle−e
dited A;Messangial cell,frac 1;Human
Adult Spleen;Adipocytes,re−excision
;Human Pancreatic Carcinoma;Human Sk
in Tumor;Stratagene ovary(#937217);N
TERA2 teratocarcinoma cell line+reti
noic acid(14 days);Raji Cells,cycloh
examide treated;Human Normal Breast;
HEL cell line;Synovial IL−1/TNF stim
ulated;pBMC stimulated w/ poly I/C;B
reast Cancer cell line,MDA 36;Human
Amygdala,re−excision;Stratagene endo
thelial cell 937223;Stratagene neuro
epithelium NT2RAMI 937234;Synovial h
ypoxia;Stromal cell TF274;Human Ovar
y;Fetal Liver,subtraction II;Ovarian
Tumor 10−3−95;12 Week Old Early Sta
ge Human;Stratagene NT2 neuronal pre
cursor 937230;Human OB HOS control f
raction I;Human Aortic Endothelium;H
uman Primary Breast Cancer;Human Thy
roid;Human Colon Cancer,re−excision;
LNCAP prostate cell line;Human Osteo
clastoma,re−excision;Stratagene colo
n(#937204);Myoloid Progenitor Cell L
ine;Human Prostate;NCI_CGAP_Co12;NCI
_CGAP_Lu1;NCI_CGAP_Pr2;NCI_CGAP_Pr23
;NCI_CGAP_Br1.1;Soares_parathyroid_t
umor_NbHPA;Human Hippocampus;Stratag
ene NT2 neuronal precursor 937230;Hu
man OB HOS treated(1 nM E2)fraction
I;Saos2 Cells,Untreated;A1−CELL LINE
;Human White Adipose;HUMAN STOMACH;S
upt Cells,cyclohexamide treated;Huma
n Fetal Bone;LPS activated derived d
endritic cells;Human Epididymus;Huma
n Fetal Epithelium(Skin);Stratagene
neuroepithelium(#937231);Brain Front
al Cortex,re−excision;H.Kidney Medul
la,re−excision;NCI_CGAP_Co12;Human A
dult Testes,Large Inserts,Reexcision
;Soares_senescent_fibroblasts_NbHSF;
Soares_fetal_heart_NbHH19W;normalize
d infant brain cDNA;Stratagene NT2 n
euronal precursor 937230;NCI_CGAP_Pr
2;NCI_CGAP_Pr3;Human fetal heart,Lam
bda ZAP Express;Soares breast 3NbHBs
t;Human Testes,Reexcision;Soares_sen
escent_fibroblasts_NbHSF;Human Hippo
campus,prescreened;Human Greater Ome
ntum,fract II remake,;Activated T−Ce
lls,8 hrs.;Human Umbilical Vein Endo
thelial cells,frac B,re−excision;HL−
60,RA 4h,Subtracted;NCI_CGAP_Lu1;Hum
an Primary Breast Cancer,re−excision
;Human Colon Carcinoma(HCC)cell line
;Human Umbilical Vein Endothelial Ce
lls,fract.A;Human Fetal Spleen;Human
Placenta;Smooth muscle,control,re−e
xcision;human colon cancer;Human Lun
g;Cem cells cyclohexamide treated;Hu
man adult small intestine,re−excisio
n;Soares adult brain N2b4HB55Y;Stoma
ch cancer(human),re−excision;Hepatoc
ellular Tumor;human corpus colosum;N
TERA2 + retinoic acid,14 days;H.Kidn
ey Cortex,subtracted;Stratagene endo
thelial cell 937223;Human Adult Smal
l Intestine;Mo7e Cell Line GM−CSF tr
eated(1ng/ml);Soares_senescent_fibro
blasts_NbHSF;NCI_CGAP_Br1.1;Apoptoti
c T−cell;Stratagene NT2 neuronal pre
cursor 937230;NCI_CGAP_AA1;Pancreati
c Islet;Hepatocellular Tumor,re−exci
sion;Human Liver,normal;NCI_CGAP_Pr2
5;Soares_total_fetus_Nb2HF8_9w;Human
Ovarian Cancer Reexcision;Resting T
−Cell Library,II;NCI_CGAP_Pr24;NCI_C
GAP_Pr1;CD34 positive cells(Cord Blo
od);H.Frontal cortex,epileptic,re−ex
cision;NCI_CGAP_Kid6;NCI_CGAP_Pr21;C
heek Carcinoma;Pharynx Carcinoma;Col
on Tumor;Human Tonsils,lib I;Human 7
Weeks Old Embryo,subtracted;Human T
onsil,Lib 3;H Umbilical Vein Endothe
lial Cells,frac A,re−excision;Saos2,
Dexamethosome Treated;Human Colon Ca
ncer,subtracted;NCI_CGAP_Co11;Human
Colon,subtraction;Soares retina N2b5
HR;Human Colon;Human colon carcinoma
(HCC)cell line,remake;Hodgkin’s Lymp
homa I;Human Adult Heart,re−excision
;Resting T−Cell,re−excision;Smooth M
uscle− HASTE normalized;Healing groi
n wound − zero hr post−incision(cont
rol);Human Stomach,re−excision;Soare
s_pregnant_uterus_NbHPU;Stratagene f
ibroblast(#937212);Stratagene neuroe
pithelium NT2RAMI 937234;NCI_CGAP_Al
v1;NCI_CGAP_Pr24;Spinal cord;CHME Ce
ll Line,treated 5 hrs;Stratagene col
on(#937204);Barstead spleen HPLRB2;2
2 week old human fetal liver cDNA li
brary;NCI_CGAP_GCB0;NCI_CGAP_GCB1;NC
I_CGAP_Kid6;NCI_CGAP_Pr2;Anergic T−c
ell;NCI_CGAP_Pr25;NCI_CGAP_GC5;NCI_C
GAP_Lar1;Stratagene fibroblast(#9372
12);Soares_fetal_heart_NbHH19W;Strat
agene pancreas(#937208);Stratagene n
euroepithelium(#937231);Human Hippoc
ampus;Hemangiopericytoma;Bone Cancer
,re−excision;Human Adult Spleen,frac
tionII;Sinus piniformis Tumour;Aryep
iglottis Normal;Thyroid Tumour;Ea.hy
.926 cell line;Normal Prostate;CD34+
cells,II,FRACTION 2;Normal Ovary,Pre
menopausal;Human Leukocytes;LNCAP +
o.3nM R1881;Human Uterus,normal;Huma
n epithelioid sarcoma;Whole 6 Week O
ld Embryo;Human OB MG63 control frac
tion I;NCI_CGAP_Co2;Human Fetal Brai
n,random primed;Morton Fetal Cochlea
;Human Gall Bladder,fraction II;L1 C
ell line;HUMAN TONSILS,FRACTION 2;Hu
man Cerebellum,subtracted;CD40 activ
ated monocyte dendridic cells;H.cere
bellum,Enzyme subtracted;H.Epididiym
us,cauda;Stratagene hNT neuron(#9372
33);Human Pineal Gland;H.Whole Brain
#2,re−excision;Glioblastoma;H.Menin
gima,M1;STRATAGENE Human skeletal mu
scle cDNA library,cat.#936215.;Soare
s_parathyroid_tumor_NbHPA;Temporal c
ortex−Alzheizmer,subtracted;NCI_CGAP
_Pr6;NCI_CGAP_Pr22;12 Week Old Early
Stage Human,II;NCI_CGAP_Thy1;Strata
gene schizo brain S11;Chromosome 7 P
lacental cDNA Library;NCI_CGAP_GC3;N
CI_CGAP_Co12;Human adult testis,larg
e inserts;Human fetal heart,Lambda Z
AP Express;CHME Cell Line,untreated;
Neutrophils IL−1 and LPS induced;NCI
_CGAP_Pr25;Chromosome 7 Fetal Brain
cDNA Library;Human fetal heart,Lambd
a ZAP Express;Human pancreatic islet
;HTCDL1;Liver HepG2 cell line.;NCI_C
GAP_Lu5;Stratagene schizo brain S11;
Soares_parathyroid_tumor_NbHPA;Neutr
ophils IL−1 and LPS induced;NCI_CGAP
_GC4;Stratagene muscle 937209;NCI_CG
AP_GC2;NCI_CGAP_HN3;NCI_CGAP_HN4;Soa
res_fetal_lung_NbHL19W;Soares_parath
yroid_tumor_NbHPA;Stratagene hNT neu
ron(#937233);Human Myometrium Leiomy
oma;Human Fetal Heart,Differential(A
dult−Specific);C7MCF7 cell line,estr
ogen treated,Differential;H.Kidney M
edulla,subtracted;H.Striatum Depress
ion,subt II;Human colon carcinoma(HC
C)cell line;KMH2 cell line;Jurkat Ce
lls;Thyroid Thyroiditis;Human Old Ov
ary;Namalwa Cells;Soares_testis_NHT;
Lung Mesothelium;Rectum tumour;Human
Kidney Tumor;Palate normal;Human Bo
ne Marrow;Colon,tumour;Tongue carcin
oma;Pharynx carcinoma;Human Placenta
,subtracted;Larynx Normal;H.hypothal
amus,frac A;Human Prostate BPH,re−ex
cision;Tongue Tumour;Human White Fat
;Activated T−Cells,8 hrs.,ligation 2
;H.Frontal Cortex,Epileptic;H.Adipos
e Tissue;STRIATUM DEPRESSION;Human P
rostate Cancer,Stage B2 fraction;Act
ivated T−Cells,12 hrs.;NCI_CGAP_GC2;
NCI_CGAP_Pr11;Human(Caco−2)cell line
,adenocarcinoma,colon,remake;LNCAP u
ntreated;stomach cancer(human);Human
(HCC)cell line liver(mouse)metastasi
s,remake;H.Epididiymus,caput & corpu
s;Salivary Gland;Human Soleus;CD34 p
ositive cells(cord blood),re−ex;Huma
n Synovium;Soares_total_fetus_Nb2HF8
_9w;Alzheimers,spongy change;Soares_
fetal_lung_NbHL19W;Human Frontal Cor
tex,Schizophrenia;Stratagene pancrea
s(#937208);Stratagene muscle 937209;
Stratagene NT2 neuronal precursor 93
7230;Stratagene pancreas(#937208);St
ratagene lung carcinoma 937218;Strat
agene neuroepithelium(#937231);Human
Pituitary,subt IX;Stratagene endoth
elial cell 937223;Spinal Cord,re−exc
ision;Gessler Wilms tumor;Human panc
reatic islet;Infant brain,Bento Soar
es;b4HB3MA Cot8−HAP−Ft;normalized in
fant brain cDNA;Stratagene NT2 neuro
nal precursor 937230;NCI_CGAP_Co3;NC
I_CGAP_Co4;NCI_CGAP_GC4;NCI_CGAP_Lu1
;NCI_CGAP_Pr5;NCI_CGAP_Pr8;NCI_CGAP_
Alv1;NCI_CGAP_Pr11;NCI_CGAP_Pr21;hum
an ovarian cancer;NCI_CGAP_Br3;NCI_C
GAP_Ew1;NCI_CGAP_Pr1;NCI_CGAP_Pr3;NC
I_CGAP_GCB0;NCI_CGAP_Lar1;NCI_CGAP_P
r22;Human Heart;Merkel Cells;Barstea
d spleen HPLRB2;HTCDL1;Johnston fron
tal cortex;Soares_testis_NHT;Soares
adult brain N2b5HB55Y;Stratagene col
on(#937204);Stratagene pancreas(#937
208);PERM TF274;Human fetal heart,La
mbda ZAP Express;NCI_CGAP_Br2;NCI_CG
AP_GC2;NCI_CGAP_Brn23;Stratagene HeL
a cell s3 937216;Stratagene lung car
cinoma 937218;Soares_NhHMPu_S1;Clont
ech human aorta polyA+ mRNA(#6572);H
uman placenta cDNA(TFujiwara);NCI_CG
AP_Co11;Human pancreatic islet;NCI_C
GAP_Lu5;Soares_pregnant_uterus_NbHPU
;Human heart cDNA(YNakamura);Gessler
Wilms tumor;NCI_CGAP_GC2;Soares_NhH
MPu_S1;Soares_testis_NHT;Soares_feta
l_heart_NbHH19W;Stratagene NT2 neuro
nal precursor 937230;Soares_fetal_li
ver_spleen_1NFLS_S1;Soares_fetal_liv
er_spleen_1NFLS_S1;Soares_fetal_lung
_NbHL19W;Soares_senescent_fibroblast
s_NbHSF;Stratagene neuroepithelium(#
937231);NCI_CGAP_Co12;Stratagene fet
al retina 937202;Human retina cDNA T
sp509I−cleaved sublibrary;NCI_CGAP_G
CB1;Stratagene colon(#937204);Strata
gene colon(#937204);Pancreatic Islet
;Stratagene endothelial cell 937223;
Stratagene neuroepithelium NT2RAMI 9
37234;Human fetal heart,Lambda ZAP E
xpress;Stratagene pancreas(#937208);
Human Whole 7 Week Old Embryo(II);HC
BB’s Subtractive(− mito genes);Human
adult lymph node,subtracted;Human F
etal Brain,subtracted;Jurkat cells,t
hiouridine activated;H.Umbilical Vei
n Endothelial Cells,IL4 induced;Huma
n Adult Spleen,subtracted;Human Acti
vated Macrophage(LPS);Human Thymus T
umor;HL−60,PMA 1d,subtracted;Human L
eukocytes,normalized control #4;Huma
n(Caco−2)cell line,adenocarcinoma,co
lon;Jurkat Cells,cyclohexamide treat
ed,subtraction;H.Kidney Pyramid,subt
racted;H.Leukocytes,control;Poly[I]/
Poly[C] Normal Lung Fibroblasts;Huma
n Pituitary,subtracted VII;Basophil;
Human Activated Macrophage(LPS),thio
ur;FGF enriched mixed library;Human
Brown Fat;LNCAP,differential express
ion;Human Platelets;Cem Cells,cycloh
examide treated,subtra;Human Brain,s
triatum,re−excision;Human Greater Om
entum,fII remake;Human Fetal Brain,n
ormalized A5002F;Human Fetal Kidney;
Human Activated T−Cells(II);Human As
trocyte;Human Adult Lymph Node,subtr
acted;Adrenal Gland,normal;Smooth mu
scle control 2;Kidney Cortex;Human E
osinophils;Activated T−Cells,0hrs,su
btracted;Human Umbilical Vein Endoth
elial Cells,fract.B;H.hypothalamus,f
rac A,re−excision;L428 cell line;Hum
an Macrophage,subtracted;Human Adult
Skeletal Muscle;Brain,normal;Human
Infant Adrenal Gland,Subtracted;Acti
vated T−Cells,4 hrs,subtracted;HM3;L
arynx carcinoma II;Prostate BPH,Lib
2,subtracted;Human Fetal Thymus;Oste
oclastoma−normalized A;Activated T−C
ells,24 hrs.;Larynx Carcinoma;Liver
Tumour Met 5 Tu;7 Week Old Early Sta
ge Human,subtracted;Human Adult Hear
t,subtracted;Human rejected kidney;S
upt cells,cyclohexamide treated,subt
racted;Larynx Tumour;Thyroid Normal(
SDCA2 No);Human Tongue,frac 2;Stomac
h Tumour;Bone marrow stroma,treated;
Tongue Normal;Larynx Tumor;Human Adu
lt Heart;Human Fetal Liver,subtracte
d,neg clone;Human osteoarthritic,fra
ction II;Testis,normal;Duodenum;brai
n stem;Human Membrane Bound Polysome
s− Enzyme Subtraction;Human Microvas
cular Endothelial Cells,fract.B;Pros
tate;HPAS(human pancreas,subtracted)
;Human Whole 6 Week Old Embryo(II),s
ubt;Salivary Gland,Lib 3;CD34+ cell,
I,frac II;Raji cells,cyclohexamide t
reated,subtracted;Human Thymus Tumor
,subtracted;Bone Cancer;Human Prosta
te,subtracted;H.Meniingima,M6;Soares
_placenta_8to9weeks_2NbHP8to9W;Human
Kidney;Human Fetal Lung;Soares_sene
scent_fibroblasts_NbHSF;NCI_CGAP_AA1
;NCI_CGAP_Pr21;NCI_CGAP_Pr4.1;Dermat
ofibrosarcoma Protuberance;Human Pit
uitary,re−excision;Resting T−Cell;Fr
ontal Lobe,Dementia;H.Striatum Depre
ssion,subt;A−14 cell line;Human Card
iomyopathy,subtracted;Human Adult Re
tina;SKIN;Healing Abdomen wound,70&9
0 min post incision;Frontal lobe,dem
entia,re−excision;Human Liver;Jia bo
ne marrow stroma;Soares_fetal_heart_
NbHH19W;Dendritic Cells From CD34 Ce
lls;Pancreas Tumor PCA4 Tu;Hepatocel
lular Tumor,re−excision;Stratagene n
euroepithelium(#937231);Human Whole
Brain #2 − Oligo dT > 1.5Kb;Stratage
ne pancreas(#937208);HL−60,PMA 4H,re
−excision;Pancreas normal PCA4 No;St
ratagene hNT neuron(#937233);Soares_
pregnant_uterus_NbHPU;Spleen metasti
c melanoma;Stratagene muscle 937209;
1−NIB;Soares_fetal_liver_spleen_1NFL
S_S1;b4HB3MA−Cot51.5−HAP−Ft;Human De
rmal Endothelial Cells,untreated;NCI
_CGAP_AA1;NCI_CGAP_Ew1;NCI_CGAP_Lu5;
NCI_CGAP_Pr3;NCI_CGAP_GCB1;NCI_CGAP_
Kid3;NCI_CGAP_Pr10;NCI_CGAP_Pr20;HM1
;NCI_CGAP_Br2;NCI_CGAP_Co2;NCI_CGAP_
GC5;NCI_CGAP_Pr8;NCI_CGAP_SS1;NCI_CG
AP_Co10;NCI_CGAP_Co11;NCI_CGAP_Sch1;
NCI_CGAP_Pr4.1;Soares_total_fetus_Nb
2HF8_9w;Soares_fetal_liver_spleen_1N
FLS_S1;Stratagene hNT neuron(#937233
);Infant brain,Bento Soares;Stratage
ne schizo brain S11;Stratagene lung
carcinoma 937218;Stratagene endothel
ial cell 937223;Pancreatic Islet;BAT
M2;Chromosome 7 Fetal Brain cDNA Lib
rary;Human placenta cDNA(TFujiwara);
Human pancreatic cancer cell line Pa
tu 8988t;KG1−a Lambda Zap Express cD
NA library;NCI_CGAP_Kid3;Soares brea
st 2NbHBst;Soares_NbHFB;Stratagene f
etal retina 937202;Stratagene hNT ne
uron(#937233);Stratagene lung carcin
oma 937218;Stratagene ovarian cancer
(#937219);Soares_NhHMPu_S1;Gessler W
ilms tumor;NCI_CGAP_GCB1;Soares_para
thyroid_tumor_NbHPA;Stratagene fetal
retina 937202;Chromosome 7 Fetal Br
ain cDNA Library;KG1−a Lambda Zap Ex
press cDNA library;NCI_CGAP_GC4;NCI_
CGAP_Co10;NCI_CGAP_Co12;NCI_CGAP_Kid
3;NCI_CGAP_Lei2;Human retina cDNA ra
ndomly primed sublibrary;KG1−a Lambd
a Zap Express cDNA library;Stratagen
e hNT neuron(#937233);Brain frontal
cortex;Human adult(K.Okubo);Human fe
tal heart,Lambda ZAP Express;NCI_CGA
P_GC3;NCI_CGAP_CNS1;NCI_CGAP_Pr16;NC
I_CGAP_Pr25;Stratagene colon(#937204
);Barstead spleen HPLRB2;Soares_NFL_
T_GBC_S1;Soares_fetal_heart_NbHH19W;
Soares_parathyroid_tumor_NbHPA;Soare
s_senescent_fibroblasts_NbHSF;Strata
gene HeLa cell s3 937216;Stratagene
hNT neuron(#937233);Stratagene colon
(#937204);12 Week Early Stage Human
II,Reexcision;NCI_CGAP_GCB1;Pancreat
ic Islet;Infant brain,Bento Soares;N
CI_CGAP_Ov8;NCI_CGAP_CNS1;NCI_CGAP_G
CB1;NCI_CGAP_Pr24;NCI_CGAP_Pr25;Norm
alized infant brain,Bento Soares;Soa
res_multiple_sclerosis_2NbHMSP;Soare
s_placenta_8to9weeks_2NbHP8to9W;NCI_
CGAP_Co10;NCI_CGAP_Kid5;Stratagene e
ndothelial cell 937223;HTCDL1;NCI_CG
AP_AA1;NCI_CGAP_Br7;NCI_CGAP_Lu6;NCI
_CGAP_Ov2;NCI_CGAP_Ov8;NCI_CGAP_Pr2;
NCI_CGAP_Pr3;NCI_CGAP_Kid5;NCI_CGAP_
Lym3;NCI_CGAP_Pr12;NCI_CGAP_Pr22;NCI
_CGAP_Pr24;Soares_fetal_lung_NbHL19W
;Stratagene NT2 neuronal precursor 9
37230;Stratagene pancreas(#937208);S
tratagene corneal stroma(#937222);Pa
ncreatic IsletおよびStratagene colon(#9
37204)において発現されることが発見された。
【0101】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号33に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号33の1〜949の間の任意の整数であり、bは15〜9
63の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号33に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0102】 (遺伝子番号24によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|3851145(
その中で「protein zero related protein;PZ
R [Homo sapiens]」として記載される)(引用した登録番号を
通して利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して
利用可能な配列と配列相同性を共有することを決定した。観察された相同性を実
証する部分的な整列は、直下に示される。
【0103】
【化8】 上記で「S」として示されるgi|3851145のセグメントは、配列番号
127として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて、これらの相
同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有することが予期
される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書
中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッセイもまた、
当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に記載されてい
る。
【0104】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号128として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0105】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Endom
etrial Tumorにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、
HSA 172 Cells;Human Adrenal Gland Tu
mor;Smooth muscle,control;Stratagene
fibroblast(#937212);HUMAN B CELL LY
MPHOMA;Soares_NhHMPu_S1;Activated T−
cell(12h)/Thiouridine−re−excision;So
ares_NhHMPu_S1;Stratagene HeLa cell
s3 937216およびKeratinocyteにおいて発現されることが
発見された。
【0106】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号34に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号34の1〜736の間の任意の整数であり、bは15〜7
50の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号34に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0107】 (遺伝子番号25によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:H.cerebellu
m,Enzyme subtracted;Human Whole Brai
n #2 − Oligo dT > 1.5Kb;Human Cerebe
llumにおいて主に発現されることが発見された。
【0108】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号83において残基:Met−1〜
Ala−7として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチドはまた本発明によって包含される。本発明のポリペプチドおよび
/またはエピトープを結合する抗体はまた本発明によって包含される。
【0109】 K562白血病細胞株に対して試験した場合、この遺伝子を含む細胞から取ら
れた上清は、ISREアッセイを活性化した。従って、この遺伝子は、Jak−
STATシグナル伝達経路を通して白血病細胞を活性化するようである。このイ
ンターフェロン−感受性応答エレメント(interferon−sensit
ive response element)は、Jak−STAT経路に関与
する多くの遺伝子の上流で見出されるプロモーターエレメントである。このJa
k−STAT経路は、細胞の分化および増殖に関与する大きなシグナル伝達経路
である。従って、ISREエレメントの結合に反映されるJak−STAT経路
の活性化を使用して、細胞の増殖および分化に関与するタンパク質を示し得る。
本発明のポリペプチドに結合する抗体およびこの活性を阻害する抗体はまた、本
発明によって包含される。
【0110】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号35に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号35の1〜2029の間の任意の整数であり、bは15〜
2043の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号35に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0111】 (遺伝子番号26によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|2585991(
その中で「stathmin−like−protein RB3 [Ratt
us norvegicus]」として記載される)(引用した登録番号を通し
て利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して利用
可能な配列と配列相同性を共有することを決定した。Stathminファミリ
ーのメンバーは、統合する種々の細胞内シグナル伝達経路をリレーすることを企
てる偏在するリンタンパク質である。観察された相同性を実証する部分的な整列
は、直下に示される。
【0112】
【化9】 上記で「S」として示されるgi|2585991のセグメントは、配列番号
129および配列番号131として配列表において示される。構造的な類似性に
基づいて、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性
を共有することが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、その
いくつかが、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するた
めのアッセイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他
の箇所に記載されている。
【0113】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号130および/または132として配列表において示される
アミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
【0114】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares infa
nt brain 1NIBにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では
、Human Infant Brain;Stratagene hNT n
euron(#937233);Soares_total_fetus_Nb
2HF8_9w;Early Stage Human Brain;Huma
n Fetal Brain,normalized c5−11−26;Hu
man Brain,striatum,re−excision;Strat
agene hNT neuron(#937233);H.hypothal
amus,frac A,re−excision;Human Brain;
STRIATUM DEPRESSION;H.Whole Brain #2
,re−excision;Soares adult brain N2b4
HB55Y;human corpus colosum;4HB3MK;In
fant brain,Bento Soares;NCI_CGAP_GC4
;NCI_CGAP_Lu5;NCI_CGAP_PNS1;Normaliz
ed infant brain,Bento Soares;Soares_
NbHFB;Brain Frontal Cortex,re−excisi
on;Human Fetal Brain;Human Substanti
a NigraおよびHuman Cerebellumにおいて発現されるこ
とが発見された。
【0115】 ラットスタスミンタンパク質に対する相同性、および神経組織における非常に
特異的な組織分布を考慮して、このクローンのタンパク質産物は、神経変性疾患
状態および行動障害(例えば、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチント
ン病、ツレット症候群、精神分裂病、躁病、痴呆、偏執症、強迫性障害、恐慌性
障害、学習障害、ALS、精神病、自閉、および行動変化(栄養補給、睡眠パタ
ーン、平衡、および知覚の障害を含む))の検出/処置のために有用である。さ
らに、この遺伝子または遺伝子産物はまた、発達中の胚、または性的関連障害に
関連する発達障害の処置および/または検出において役割を果たし得る。神経組
織におけるこの遺伝子産物の発現の上昇は、ニューロンの生存;シナプス形成;
コンダクタンス;神経の分化などに関与し得ることを示唆する。このような関係
は、多くのプロセス(例えば、学習および認識)に影響し得る。これはまた、精
神分裂病;ALS;またはアルツハイマー病のような神経変性障害の処置におい
て有用であり得る。タンパク質ならびにこのタンパク質に対する抗体は、上記に
列挙された組織の腫瘍マーカーおよび/または免疫療法標的としての有用性を示
し得る。
【0116】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号36に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号36の1〜1238の間の任意の整数であり、bは15〜
1252の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号36に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0117】 (遺伝子番号27によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares_feta
l_lung_NbHL19W;CAMA1Ee Cell Line;Spl
een,Chronic lymphocytic leukemiaにおいて
主に発現されることが発見された。
【0118】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号37に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号37の1〜1636の間の任意の整数であり、bは15〜
1650の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号37に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0119】 (遺伝子番号28によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Chond
rosarcoma;Human Osteoclastomaにおいて主に発
現されることが発見された。
【0120】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号38に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号38の1〜1032の間の任意の整数であり、bは15〜
1046の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号38に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0121】 (遺伝子番号29によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号pir|S72481|
S72481(その中で「probable transposase − h
uman transposable element MER37」として記
載される)(引用した登録番号を通して利用可能な全ての情報は、本明細書中で
参考として援用される)を通して利用可能な配列と配列相同性を共有することを
決定した。観察された相同性を実証する部分的な整列は、直下に示される。
【0122】
【化10】 上記で「S」として示されるpir|S72481|S72481のセグメン
トは、配列番号133として配列表において示される。構造的な類似性に基づい
て、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有
することが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつ
かが、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのア
ッセイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所
に記載されている。
【0123】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号134として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0124】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:breast lymp
h node CDNA libraryにおいて主に発現され、そしてより少
ない程度では、Spleen metastic melanoma;Merk
el Cells;Spleen,Chronic lymphocytic
leukemiaおよびHuman Cerebellumにおいて発現される
ことが発見された。
【0125】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号39に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号39の1〜1262の間の任意の整数であり、bは15〜
1276の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号39に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0126】 (遺伝子番号30によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|1777577(
その中で「WW−domain binding protein 1 [Mu
s musculus]」として記載される)(引用した登録番号を通して利用
可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して利用可能な
配列と配列相同性を共有することを決定した。観察された相同性を実証する部分
的な整列は、直下に示される。
【0127】
【化11】 上記で「S」として示されるgi|1777577のセグメントは、配列番号
135として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて、これらの相
同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有することが予期
される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書
中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッセイもまた、
当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に記載されてい
る。
【0128】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号136として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0129】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Prima
ry Breast Cancer Reexcisionにおいて主に発現さ
れ、そしてより少ない程度では、Soares adult brain N2
b4HB55Y;NCI_CGAP_Pr22;Soares_testis_
NHT;Soares_fetal_lung_NbHL19W;Soares
adult brain N2b5HB55Y;Epithelial−TN
Fa and INF induced;Soares_total_fetu
s_Nb2HF8_9w;Soares_fetal_lung_NbHL19
W;Activated T−cell(12h)/Thiouridine−
re−excision;Soares infant brain 1NIB
;Stratagene hNT neuron(#937233);Amni
otic Cells − TNF induced;Human Quadr
iceps;Human Uterine Cancer;Human Hyp
othalmus,Schizophrenia;Soares_pineal
_gland_N3HPG;Human Fetal Kidney,Reex
cision;Human Testes;Osteoblasts;Huma
n 8 Week Whole Embryo;Human(Caco−2)c
ell line,adenocarcinoma,colon;Human
Macrophage;Human Infant Adrenal Glan
d,subtracted;Soares_senescent_fibrob
lasts_NbHSF;Prostate,BPH,Lib 2;7 Wee
k Old Early Stage Human,subtracted;S
oares_total_fetus_Nb2HF8_9w;Human No
rmal Cartilage Fraction II;Human Whi
te Fat;H.Striatum Depression,subt;A1
−CELL LINE;Human OB HOS control frac
tion I;Human OB HOS treated(10 nM E2
)fraction I;Smooth muscle,control,re
−excision;NCI_CGAP_Co8;NCI_CGAP_CLL1
;CD40 activated monocyte dendridic c
ells;H.Epididiymus,caput & corpus;H.
cerebellum,Enzyme subtracted;H.Epidi
diymus,cauda;HSA 172 Cells;Resting T
−Cell,re−excision;Human Normal Breas
t;Human Epididymus;Human Synovium;He
patocellular Tumor,re−excision;NTERA
2 + retinoic acid,14 days;Amniotic C
ells − Primary Culture;Human Fetal E
pithelium(Skin);NCI_CGAP_Pr22;Soares
_total_fetus_Nb2HF8_9w;H.Lymph node
breast Cancer;Breast Cancer Cell lin
e,angiogenic;Human Thymus;Human Oste
oblasts II;Human Adult Testes,Large
Inserts,Reexcision;Human Ovary;Ulcer
ative Colitis;Soares_fetal_heart_NbH
H19W;Soares_pregnant_uterus_NbHPU;Hu
man Fetal Brain;Human Adrenal Gland
Tumor;NCI_CGAP_Co8;NCI_CGAP_Lu5;NCI_
CGAP_Kid3;CHME Cell Line,treated 5 h
rs;Stratagene hNT neuron(#937233);Sm
ooth muscle,serum induced,re−exc;Pan
creas Islet Cell Tumor;Human T−Cell
Lymphoma;NCI_CGAP_Ew1;NCI_CGAP_Co12;
NCI_CGAP_GCB1;NCI_CGAP_Pr23;Colon Ca
rcinoma;Colon Normal II;Soares_NFL_T
_GBC_S1;normalized infant brain cDNA
;Human Synovial Sarcoma;Human Testes
,Reexcision;Endothelial−induced;NCI_
CGAP_Ut2;NCI_CGAP_Gas4;NCI_CGAP_Pan1
;NCI_CGAP_Brn25;Soares_testis_NHT;So
ares_fetal_heart_NbHH19W;Soares_preg
nant_uterus_NbHPU;Human Microvascula
r Endothelial Cells,fract.A;Human Bo
ne Marrow,treated;Bone Marrow Cell L
ine(RS4,11);Human Endometrial Tumor;
Hodgkin’s Lymphoma II;Human fetal he
art,Lambda ZAP Express;NCI_CGAP_GC4;
NCI_CGAP_Co10;NCI_CGAP_Kid5;NCI_CGAP
_Kid6;Human CerebellumおよびSoares feta
l liver spleen 1NFLSにおいて発現されることが発見され
た。
【0130】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号88において残基:Leu−30
〜Gly−35として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0131】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号40に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号40の1〜2315の間の任意の整数であり、bは15〜
2329の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号40に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0132】 (遺伝子番号31によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares_feta
l_heart_NbHH19W;Soares placenta Nb2H
Pにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、Human Gastr
ocnemius;Human Colon;Cem cells cyclo
hexamide treated;Human Colon,re−exci
sion;BL29 Burkitt’s lymphoma,Pascali
s Sideras;Human thymus NSTH II;Human
adult(K.Okubo);NCI_CGAP_Co4;NCI_CGA
P_Co11;Stratagene hNT neuron(#937233
);Stratagene lung carcinoma 937218;K
MH2;Soares adult brain N2b5HB55Y;Str
atagene pancreas(#937208);Human Feta
l Brain;Human CerebellumおよびSoares fe
tal liver spleen 1NFLSにおいて発現されることが発見
された。
【0133】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号89において残基:Pro−71
〜Leu−83、Pro−119〜Ser−129として免疫原性エピトープを
含む。このポリペプチドをコードするポリヌクレオチドはまた本発明によって包
含される。
【0134】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号41に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号41の1〜1055の間の任意の整数であり、bは15〜
1069の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号41に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0135】 (遺伝子番号32によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|288145(そ
の中で「Homo sapiens protein」として記載される)(引
用した登録番号を通して利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用
される)を通して利用可能な配列と配列相同性を共有することを決定した。観察
された相同性を実証する部分的な整列は、直下に示される。
【0136】
【化12】 上記で「S」として示されるgi|288145のセグメントは、配列番号1
37として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて、これらの相同
なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有することが予期さ
れる。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中
の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッセイもまた、当
該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に記載されている
【0137】 線維芽細胞株に対して試験した場合、この遺伝子を含む細胞から得られた上清
は、EGR1アッセイを活性化した。従って、この遺伝子は、あるシグナル伝達
経路を介して、線維芽細胞を活性化するようである。初期増殖応答1(EGR1
)は、活性化時に種々の組織および細胞型を誘導する特定の遺伝子に関連するプ
ロモーターであり、これは、細胞の分化および増殖を導く。本発明のポリペプチ
ドを結合する抗体およびこの活性を阻害する抗体はまた、本発明によって包含さ
れる。
【0138】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号138として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0139】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:12 Week Old
Early Stage Human;Human Cerebellumに
おいて主に発現されることが発見された。
【0140】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号90において残基:Ser−15
〜Asp−22、Leu−26〜Ala−33として免疫原性エピトープを含む
。このポリペプチドをコードするポリヌクレオチドはまた本発明によって包含さ
れる。
【0141】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号42に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号42の1〜1411の間の任意の整数であり、bは15〜
1425の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号42に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0142】 (遺伝子番号33によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Cereb
ellumにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、Soares_
fetal_heart_NbHH19W;Soares_total_fet
us_Nb2HF8_9w;Soares fetal liver sple
en 1NFLS;H.Atrophic Endometrium;Brea
st Lymph node cDNA library;Soares_pi
neal_gland_N3HPG;H.Meningima,M1;wilm
’s tumor;Human Infant Brain;Soares_f
etal_lung_NbHL19W;T−Cell PHA 24 hrs;
Human Hypothalmus,Schizophrenia;Soar
es breast 2NbHBst;Human Whole Six We
ek Old Embryo;Human Placenta;Human A
dult Pulmonary,re−excision;NCI_CGAP_
CLL1;NCI_CGAP_Kid6;NCI_CGAP_Brn25;So
ares_testis_NHT;Soares_fetal_heart_N
bHH19W;Stratagene schizo brain S11;S
mooth muscle,controlおよびSoares infant
brain 1NIBにおいて発現されることが発見された。
【0143】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号91において残基:Gly−31
〜Gly−46として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0144】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号43に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号43の1〜1110の間の任意の整数であり、bは15〜
1124の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号43に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0145】 (遺伝子番号34によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares adul
t brain N2b4HB55Yにおいて主に発現され、そしてより少ない
程度では、Human Cerebellum;H.Frontal cort
ex,epileptic,re−excision;Synovial hy
poxia−RSF subtracted;Soares adult br
ain N2b5HB55Y;Soares infant brain 1N
IB;Clontech human aorta polyA+ mRNA(
#6572);Soares_testis_NHT;Human Pitui
tary,subt IX;Soares_fetal_heart_NbHH
19W;Hemangiopericytoma;Human Right H
emisphere of Brain;Human Amygdala De
pression,re−excision;Human Pituitary
;H.Frontal Cortex,Epileptic;Soares_f
etal_lung_NbHL19W;Frontal Lobe,Demen
tia;Human Fetal Brain;H.Epididiymus,
caput & corpus;Gessler Wilms tumor;H
uman retina cDNA Tsp509I−cleaved sub
library;NCI_CGAP_Br7;NCI_CGAP_Lu5;NC
I_CGAP_Brn23;Soares_NFL_T_GBC_S1;Soa
res_pineal_gland_N3HPG;Soares_fetal_
heart_NbHH19W;Soares_parathyroid_tum
or_NbHPA;Stratagene schizo brain S11
;Stratagene hNT neuron(#937233);H.Ep
ididiymus,cauda;Stratagene hNT neuro
n(#937233);Human Whole Brain #2 − Ol
igo dT > 1.5Kb;Human endometrial str
omal cells;Brain Frontal Cortex,re−e
xcision;Human Infant Brain;Soares_fe
tal_lung_NbHL19W;Breast Cancer Cell
line,angiogenic;Human Brain,Striatum
;Human Substantia Nigra;Brain fronta
l cortex;12 Week Early Stage Human I
I,Reexcision;Endothelial cells−contr
ol;Human Amygdala;NCI_CGAP_Brn23およびN
CI_CGAP_Brn25において発現されることが発見された。
【0146】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号92において残基:Gly−42
〜Ala−49として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0147】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号44に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号44の1〜1948の間の任意の整数であり、bは15〜
1962の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号44に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0148】 (遺伝子番号35によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Primary Den
dritic Cells,lib 1において主に発現され、そしてより少な
い程度では、Soares_fetal_heart_NbHH19W;Hum
an Fetal Dura Mater;Human Thymus;Hum
an Whole Six Week Old Embryo;Primary
Dendritic cells,frac 2;human corpus
colosum;Human Synovial Sarcoma;Endo
thelial cells−control;Soares_fetal_h
eart_NbHH19W;Keratinocyte;Human Cere
bellum;Early Stage Human Brain;Human
Fetal Lung III;Soares_fetal_heart_N
bHH19W;Human OB HOS control fraction
I;Stratagene placenta(#937225);Amni
otic Cells − Primary Culture;Human A
dipose Tissue,re−excision;HL−60,PMA
4H,re−excision;Stratagene pancreas(#
937208);Myoloid Progenitor Cell Line
;wilm’s tumor;KMH2;Soares_total_fetu
s_Nb2HF8_9w;L428;Human Pancreas Tumo
r;Human Rhabdomyosarcoma;Hemangioper
icytoma;12 Week Old Early Stage Huma
n;Human Microvascular Endothelial Ce
lls,fract.A;Smooth muscle,control;So
ares_senescent_fibroblasts_NbHSF;Bon
e Marrow Cell Line(RS4,11);Human Bra
in,striatum,re−excision;Soares_pregn
ant_uterus_NbHPU;Messangial cell,fra
c 1;Human epithelioid sarcoma;HL−60,
RA 4h,Subtracted;HUMAN STOMACH;Amnio
tic Cells − TNF induced;Breast Lymph
node cDNA library;Soares adult brai
n N2b4HB55Y;HEL cell line;Human Syno
vium;Human endometrial stromal cells
−treated with estradiol;Smooth muscl
e,IL1b induced;Alzheimers,spongy cha
nge;Human Umbilical Vein,Endo.remake
;H.Kidney Cortex,subtracted;Glioblas
toma;Human endometrial stromal cells
−treated with progesterone;Prostate
BPH;Human Chronic Synovitis;Human Fe
tal Kidney;Stratagene fetal spleen(#
937205);12 Week Old Early Stage Huma
n,II;Epithelial−TNFa and INF induced
;Bone Marrow Stromal Cell,untreated;
Human Fetal Brain;Human Thymus Strom
al Cells;Ovarian Tumor 10−3−95;Soare
s_fetal_heart_NbHH19W;NTERA2,control
;Smooth muscle,serum induced,re−exc;
PC3 Prostate cell line;Human Substan
tia Nigra;breast lymph node CDNA lib
rary;Brain frontal cortex;Human Feta
l Heart;Endothelial−induced;Soares_f
etal_liver_spleen_1NFLS_S1;Soares_pr
egnant_uterus_NbHPU;Monocyte activat
ed;Soares_fetal_lung_NbHL19W;H.Front
al cortex,epileptic,re−excision;Hodg
kin’s Lymphoma IIおよびSoares_pregnant_
uterus_NbHPUにおいて発現されることが発見された。
【0149】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号93において残基:Met−1〜
Leu−7として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0150】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号45に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号45の1〜978の間の任意の整数であり、bは15〜9
92の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号45に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0151】 (遺伝子番号36によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|2104787(
その中で「putative purinergic receptor P2
Y10 [Homo sapiens]」として記載される)(引用した登録番
号を通して利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を通
して利用可能な配列と配列相同性を共有することを決定した。観察された相同性
を実証する部分的な整列は、直下に示される。
【0152】
【化13】 上記で「S」として示されるgi|2104787のセグメントは、配列番号
139として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて、これらの相
同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有することが予期
される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書
中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッセイもまた、
当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に記載されてい
る。
【0153】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号140として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0154】 本発明の非排他的な実施形態としては、本発明のポリペプチドに結合する抗体
が挙げられる。配列番号140のポリペプチドの細胞外部分はまた、本発明の好
ましい実施形態である。
【0155】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:NCI_CGAP_GC
B1において主に発現され、そしてより少ない程度では、Human Plac
enta;Human T−cell lymphoma,re−excisi
on;Cem cells cyclohexamide treated;p
BMC stimulated w/ poly I/C;T−Cell PH
A 16 hrs;Resting T−Cell Library,II;H
uman T−Cell Lymphoma;Normal colon;T
cell helper IIおよびPrimary Dendritic C
ells,lib 1において発現されることが発見された。
【0156】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号46に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号46の1〜1663の間の任意の整数であり、bは15〜
1677の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号46に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0157】 (遺伝子番号37によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:NCI_CGAP_GC
B1において主に発現され、そしてより少ない程度では、Soares_par
athyroid_tumor_NbHPA;Soares_pregnant
_uterus_NbHPU;NCI_CGAP_GCB1;Soares_t
otal_fetus_Nb2HF8_9w;Morton Fetal Co
chlea;NCI_CGAP_GCB1;Human Osteosarco
ma;Soares_parathyroid_tumor_NbHPA;Pa
ncreas Islet Cell Tumor;NCI_CGAP_AA1
;Stratagene HeLa cell s3 937216;Huma
n Osteoarthritic Cartilage Fraction
IV;Human Adult Spleen,fractionII;NCI
_CGAP_Co3;Placenta;Human Tonsil,Lib
3;Human Colon;Human Umbilical Vein E
ndothelial Cells,fract.A;Human Quadr
iceps;Human Hypothalamus,schizophren
ia,re−excision;Human Colon Cancer,re
−excision;H Female Bladder,Adult;Sal
ivary Gland,Lib 2;Synovial Fibroblas
ts(Il1/TNF),subt;T−Cell PHA 16 hrs;H
uman Bone Marrow,re−excision;Human H
ypothalmus,Schizophrenia;Human Rhabd
omyosarcoma;Synovial Fibroblasts(con
trol);Human promyelocyte;Human pancr
eatic islet;Soares_testis_NHT;Soares
_pregnant_uterus_NbHPU;Soares_senesc
ent_fibroblasts_NbHSF;Stratagene lun
g(#937210);normalized infant brain c
DNA;Colon Tumor;12 Week Old Early St
age Human;Human T−Cell Lymphoma;Dend
ritic cells,pooled;Primary Dendritic
cells,frac 2;Bone marrow;Endothelia
l cells−control;Gessler Wilms tumor;
Human fetal heart,Lambda ZAP Express
;Human retina cDNA randomly primed s
ublibrary;NCI_CGAP_Br2;NCI_CGAP_Br3;
NCI_CGAP_Ov2;NCI_CGAP_Co10;Soares_te
stis_NHT;Stratagene hNT neuron(#9372
33);Human Osteoclastoma;Human Microv
ascular Endothelial Cells,fract.A;So
ares_fetal_heart_NbHH19W;Stratagene
fetal retina 937202;Stratagene endot
helial cell 937223;Monocyte activate
d;Spleen,Chronic lymphocytic leukemi
a;NCI_CGAP_Co8;NCI_CGAP_CLL1;NCI_CGA
P_Co14;NCI_CGAP_Pan1;NCI_CGAP_Brn23;
H.Frontal cortex,epileptic,re−excisi
on;Soares placenta Nb2HP;Soares feta
l liver spleen 1NFLSおよびSoares infant
brain 1NIBにおいて発現されることが発見された。
【0158】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号47に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号47の1〜1329の間の任意の整数であり、bは15〜
1343の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号47に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0159】 (遺伝子番号38によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gnl|PID|e13
54980(その中で「Ariadne−2 protein(ARI2)[M
us musculus]」として記載される)(引用した登録番号を通して利
用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して利用可能
な配列と配列相同性を共有することを決定した。観察された相同性を実証する部
分的な整列は、直下に示される。
【0160】
【化14】 上記で「S」として示されるgnl|PID|e1354980のセグメント
は、配列番号141として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて
、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有す
ることが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつか
が、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッ
セイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に
記載されている。
【0161】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号142として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0162】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares infa
nt brain 1NIBにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では
、Stratagene muscle 937209;Soares fet
al liver spleen 1NFLS;NCI_CGAP_GCB1;
Human Pancreas Tumor;normalized infa
nt brain cDNA;Soares_multiple_sclero
sis_2NbHMSP;Stratagene colon(#937204
);Stratagene HeLa cell s3 937216;Fro
ntal lobe,dementia,re−excision;HM3;H
uman pancreatic islet;NCI_CGAP_Co3;N
CI_CGAP_Co9;NCI_CGAP_GC4;Soares_test
is_NHT;Stratagene fetal spleen(#9372
05);Soares_testis_NHT;Soares_NFL_T_G
BC_S1;Soares_fetal_heart_NbHH19W;Hum
an Thymus Stromal Cells;Human Synovi
al Sarcoma;Soares_fetal_heart_NbHH19
W;Soares_pregnant_uterus_NbHPU;Activ
ated T−cell(12h)/Thiouridine−re−exci
sion;Human Cerebellum;Aryepiglottis
Normal;Tongue Normal;Raji cells,cycl
ohexamide treated,subtracted;Activat
ed T−Cells,8 hrs,subtracted;Activate
d T−Cells,8 hrs.,ligation 2;Human Ut
erus,normal;Whole 6 Week Old Embryo;
Human Cerebellum,subtracted;Human Pr
imary Breast Cancer,re−excision;Huma
n Fetal Spleen;Human Placenta;Soares
adult brain N2b4HB55Y;STROMAL −OSTE
OCLASTOMA;Human Synovium;Glioblastom
a;Salivary Gland,Lib 2;Jurkat T−cell
G1 phase;Jurkat T−Cell,S phase;Soar
es_parathyroid_tumor_NbHPA;Soares_fe
tal_liver_spleen_1NFLS_S1;H.Meningim
a,M1;Brain Frontal Cortex,re−excisio
n;Human Adult Small Intestine;Human
Prostate;Human Brain,Striatum;Human
heart cDNA(YNakamura);NCI_CGAP_AA1;N
CI_CGAP_Br2;NCI_CGAP_HN4;NCI_CGAP_Lu
5;NCI_CGAP_CNS1;NCI_CGAP_Co10;NCI_CG
AP_Pr22;Soares_senescent_fibroblasts
_NbHSF;Monocyte activated,re−excisio
n;Apoptotic T−cell;human ovarian can
cer;Human Uterine Cancer;Human pancr
eatic islet;Soares_fetal_heart_NbHH1
9W;Soares_fetal_liver_spleen_1NFLS_S
1;Soares_senescent_fibroblasts_NbHSF
;Human Pancreas Tumor,Reexcision;Hum
an Ovary;Human umbilical vein endoth
elial cells,IL−4 induced;Human Whole
Six Week Old Embryo;Soares_testis_N
HT;Soares_fetal_heart_NbHH19W;Strata
gene lung(#937210);Hepatocellular Tu
mor,re−excision;Macrophage−oxLDL,re−
excision;Human Gall Bladder;12 Week
Early Stage Human II,Reexcision;Huma
n Testes,Reexcision;Human Placenta;H
uman Fetal Heart;Human Primary Breas
t Cancer Reexcision;Soares_placenta_
8to9weeks_2NbHP8to9W;CD34 depleted B
uffy Coat(Cord Blood),re−excision;So
ares_pregnant_uterus_NbHPU;Stratagen
e colon(#937204);Smooth muscle,contr
ol;Monocyte activated;Human Bone Mar
row,treated;Stratagene endothelial c
ell 937223;T Cell helper I;NCI_CGAP_
Brn25;H.Frontal cortex,epileptic,re−
excision;Hodgkin’s Lymphoma II;Kerat
inocyte;Human 8 Week Whole Embryo;St
ratagene HeLa cell s3 937216;T cell
helper IIおよびPrimary Dendritic Cells,
lib 1において発現されることが発見された。
【0163】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号96において残基:Asp−20
〜Ser−29として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0164】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号48に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号48の1〜538の間の任意の整数であり、bは15〜5
52の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号48に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0165】 (遺伝子番号39によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、CD34 positive cells(Cord Blo
od)において主に発現されることが発見された。
【0166】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号49に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号49の1〜2281の間の任意の整数であり、bは15〜
2295の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号49に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0167】 (遺伝子番号40によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Bone
Marrow,treated;Soares fetal liver sp
leen 1NFLSにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、So
ares ovary tumor NbHOT;Weizmann Olfa
ctory Epithelium;Human Pituitary,sub
t IX;Soares breast 2NbHBst;Endotheli
al cells−control;Hodgkin’s Lymphoma
II;Human OB MG63 control fraction I;
Human(Caco−2)cell line,adenocarcinom
a,colon,remake;Human Pineal Gland;Hu
man retina cDNA Tsp509I−cleaved subl
ibrary;Stratagene muscle 937209;Huma
n Adult Testes,Large Inserts,Reexcis
ion;Human Activated Monocytes;Soares
_NFL_T_GBC_S1;Soares_fetal_liver_spl
een_1NFLS_S1;Human Chondrosarcoma;Hu
man Thymus;Human Gall Bladder;Strata
gene pancreas(#937208);Soares melano
cyte 2NbHM;Human Synovial Sarcoma;Hu
man Fetal Lung III;Bone marrow;Endot
helial−induced;Human Primary Breast
Cancer Reexcision;Human Microvascula
r Endothelial Cells,fract.A;Smooth m
uscle,control;Stratagene HeLa cell s
3 937216;Stratagene fibroblast(#9372
12);Primary Dendritic Cells,lib 1;So
ares infant brain 1NIB;HPAS(human pa
ncreas,subtracted);Human Tonsil,Lib
3;Human epithelioid sarcoma;HepG2 Ce
lls,lambda library;L1 Cell line;Huma
n Colon;Human Umbilical Vein Endothe
lial Cells,fract.A;HUMAN STOMACH;Soa
res_pregnant_uterus_NbHPU;Stratagene
fibroblast(#937212);Smooth Muscle S
erum Treated,Norm;Smooth muscle−ILb
induced;Aorta endothelial cells + TN
F−a;Activated T−cells;Salivary Gland
;Human Normal Breast;Pancreas Tumor
PCA4 Tu;Human Hypothalamus,schizophr
enia,re−excision;Human Colon Cancer,
re−excision;NCI_CGAP_GC3;NCI_CGAP_CL
L1;Hepatocellular Tumor,re−excision;
Synovial hypoxia−RSF subtracted;Heal
ing groin wound,7.5 hours post incis
ion;Human Whole Brain #2 − Oligo dT
> 1.5Kb;LNCAP prostate cell line;Hum
an Adipose Tissue,re−excision;Pancre
as normal PCA4 No;Jurkat T−Cell,S ph
ase;H.Meningima,M1;Prostate BPH;Huma
n Bone Marrow,re−excision;Apoptotic
T−cell;human ovarian cancer;12 Week
Old Early Stage Human,II;Human Osteo
blasts II;Human Fetal Dura Mater;T−C
ell PHA 24 hrs;Merkel Cells;NCI_CGAP
_Co8;NCI_CGAP_Br15;NCI_CGAP_CLL1;NCI
_CGAP_Co14;NCI_CGAP_Eso2;NCI_CGAP_Ov
23;NCI_CGAP_Lym12;Human Placenta(re−
excision);Barstead spleen HPLRB2;Hum
an promyelocyte;Infant brain,Bento S
oares;Soares_testis_NHT;Soares_total
_fetus_Nb2HF8_9w;Stratagene hNT neur
on(#937233);Human Activated T−Cells,
re−excision;Bone Marrow Stromal Cell
,untreated;Human Adrenal Gland Tumor
;Rejected Kidney,lib 4;CHME Cell Lin
e,treated 5 hrs;Human adult testis,l
arge inserts;NCI_CGAP_Co10;Hepatocel
lular Tumor,re−excision;Pancreas Isl
et Cell Tumor;Fetal Heart;Stratagene
endothelial cell 937223;Stratagene
ovarian cancer(#937219);Resting T−Ce
ll Library,II;12 Week Old Early Stag
e Human;Neutrophils IL−1 and LPS ind
uced;Human Eosinophils;Smooth muscle
,serum treated;breast lymph node CDN
A library;Human placenta cDNA(TFujiw
ara);Colon Tumor II;Dendritic cells,
pooled;Primary Dendritic cells,frac
2;12 Week Early Stage Human II,Reexc
ision;NCI_CGAP_Co3;NCI_CGAP_Ew1;NCI_
CGAP_GCB1;HUMAN B CELL LYMPHOMA;NCI_
CGAP_Kid6;T Cell helper I;Human Test
es;Human Endometrial Tumor;Osteoblas
ts;Keratinocyte;T cell helper II;Hum
an Cerebellum;Stratagene colon(#9372
04)およびStratagene pancreas(#937208)にお
いて発現されることが発見された。
【0168】 K562白血病細胞株に対して試験した場合、この遺伝子を含む細胞から取ら
れた上清は、ISREアッセイを活性化した。従って、この遺伝子は、Jak−
STATシグナル伝達経路を通して白血病細胞を活性化するようである。このイ
ンターフェロン−感受性応答エレメントは、Jak−STAT経路に関与する多
くの遺伝子の上流で見出されるプロモーターエレメントである。このJak−S
TAT経路は、細胞の分化および増殖に関与する大きなシグナル伝達経路である
。従って、ISREエレメントの結合に反映されるJak−STAT経路の活性
化を使用して、細胞の増殖および分化に関与するタンパク質を示し得る。本発明
のポリペプチドに結合する抗体およびこの活性を阻害する抗体はまた、本発明に
よって包含される。
【0169】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号50に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号50の1〜2078の間の任意の整数であり、bは15〜
2092の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号50に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0170】 (遺伝子番号41によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|2098575(
その中で「F25451_2 [Homo sapiens]」として記載され
る)(引用した登録番号を通して利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考と
して援用される)を通して利用可能な配列と配列相同性を共有することを決定し
た。観察された相同性を実証する部分的な整列は、直下に示される。
【0171】
【化15】 上記で「S」として示されるgi|2098575のセグメントは、配列番号
143および配列番号145として配列表において示される。構造的な類似性に
基づいて、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性
を共有することが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、その
いくつかが、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するた
めのアッセイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他
の箇所に記載されている。
【0172】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号144および/または配列番号146として配列表において
示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
【0173】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares infa
nt brain 1NIBにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では
、NCI_CGAP_Brn25;NCI_CGAP_Co8;Soares_
testis_NHT;Synovial hypoxia−RSF subt
racted;Human Bone Marrow,re−excision
;Hemangiopericytoma;NCI_CGAP_Ov23;NC
I_CGAP_Pr28;Soares melanocyte 2NbHM;
Human Fetal Brain,normalized C500H;G
essler Wilms tumor;Human promyelocyt
e;Infant brain,Bento Soares;NCI_CGAP
_Br2;NCI_CGAP_Br3;NCI_CGAP_Co2;NCI_C
GAP_Co3;NCI_CGAP_Co9;NCI_CGAP_GC2;NC
I_CGAP_GC4;NCI_CGAP_Lu1;NCI_CGAP_GCB
1;NCI_CGAP_Pr25;Soares_NhHMPu_S1;Soa
res ovary tumor NbHOT;H.Meniingima,M
6;Human Aortic Endothelium;Human Adu
lt Retina;Glioblastoma;Human Amygdal
a,re−excision;Breast Cancer Cell lin
e,angiogenic;Liver,Hepatoma;Human ad
ult testis,large inserts;NCI_CGAP_Ut
4;NCI_CGAP_CLL1;NCI_CGAP_Co14;NCI_CG
AP_Eso2;NCI_CGAP_Kid11;Soares_fetal_
heart_NbHH19W;CHME Cell Line,untreat
ed;Soares_fetal_lung_NbHL19W;Primary
Dendritic cells,frac 2;12 Week Earl
y Stage Human II,Reexcision;Bone mar
row;Human Amygdala;Bone Marrow Cell
Line(RS4,11);Activated T−cell(12h)/T
hiouridine−re−excision;Nine Week Old
Early Stage HumanおよびSoares fetal li
ver spleen 1NFLSにおいて発現されることが発見された。
【0174】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号99において残基:Pro−15
〜Cys−32、Pro−48〜Pro−59、Pro−68〜Trp−74と
して免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ドはまた本発明によって包含される。
【0175】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号51に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号51の1〜1667の間の任意の整数であり、bは15〜
1681の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号51に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0176】 (遺伝子番号42によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、Primary Dendritic Cells,lib
1において主に発現されることが発見された。
【0177】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号52に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号52の1〜1632の間の任意の整数であり、bは15〜
1646の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号52に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0178】 (遺伝子番号43によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|2463634(
その中で「monocarboxylate transporter [Ho
mo sapiens]」として記載される)(引用した登録番号を通して利用
可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して利用可能な
配列と配列相同性を共有することを決定した。観察された相同性を実証する部分
的な整列は、直下に示される。
【0179】
【化16】 上記で「S」として示されるgi|2463634のセグメントは、配列番号
147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155お
よび配列番号157として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて
、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有す
ることが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつか
が、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッ
セイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に
記載されている。
【0180】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番
号154、配列番号156および/または配列番号158として配列表において
示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
【0181】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Primary Den
dritic Cells,lib 1において主に発現され、そしてより少な
い程度では、Human Neutrophil,Activated;HL−
60,RA 4h,Subtracted;Epithelial−TNFa
and INF induced;Human Thymus Stromal
Cells;Dendritic cells,pooled;Soares
_placenta_8to9weeks_2NbHP8to9W;Soare
s_fetal_lung_NbHL19W;Soares_senescen
t_fibroblasts_NbHSF;Stratagene pancr
eas(#937208);Soares_fetal_heart_NbHH
19W;Bone Marrow Stromal Cell,untreat
ed;Smooth muscle,serum induced,re−ex
c;Human Placenta;Soares melanocyte 2
NbHM;Primary Dendritic cells,frac 2;
Poly[I]/Poly[C] Normal Lung Fibrobla
sts;Bone Marrow Stroma,TNF&LPS ind;H
uman Tonsil,Lib 3;Activated T−Cells,
12 hrs.;Soares retina N2b5HR;Human O
B MG63 treated(10 nM E2)fraction I;H
uman Aortic Endothelium;Soares_place
nta_8to9weeks_2NbHP8to9W;Human Neutr
ophils,Activated,re−excision;Smooth
muscle−ILb induced;H.Epididiymus,cau
da;Activated T−Cells,12 hrs,re−excis
ion;Stratagene ovary(#937217);Soares
_testis_NHT;Messangial cell,frac 2;p
BMC stimulated w/ poly I/C;Human Ost
eosarcoma;HL−60,PMA 4H,re−excision;H
uman endometrial stromal cells;Strat
agene muscle 937209;Synovial hypoxia
;Human Neutrophil;Human Uterine Canc
er;Human Activated T−Cells;Human Pan
creas Tumor;Soares_pregnant_uterus_N
bHPU;Ovarian Tumor 10−3−95;Human adu
lt testis,large inserts;PC3 Prostate
cell line;H Macrophage(GM−CSF treat
ed),re−excision;Colon Tumor II;Soare
s_NhHMPu_S1;Endothelial−induced;Acti
vated T−Cell(12hs)/Thiouridine label
ledEco;Endothelial cells−control;Hum
an Microvascular Endothelial Cells,f
ract.A;Smooth muscle,control;Human B
one Marrow,treated;T Cell helper I;H
uman Endometrial Tumor;Activated T−c
ell(12h)/Thiouridine−re−excision;Soa
res_pregnant_uterus_NbHPU;Stratagene
pancreas(#937208);OsteoblastsおよびKer
atinocyteにおいて発現されることが発見された。
【0182】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号101において残基:Pro−6
〜Pro−11、Ala−43〜Gly−50、Glu−76〜Cys−92、
Ser−101〜Trp−110、Pro−163〜Ser−169として免疫
原性エピトープを含む。このポリペプチドをコードするポリヌクレオチドはまた
本発明によって包含される。本発明のポリペプチドを結合する抗体はまた、本発
明の好ましい実施形態である。
【0183】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号53に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号53の1〜1976の間の任意の整数であり、bは15〜
1990の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号53に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0184】 (遺伝子番号44によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|3650492(
その中で「proliferation inducing ligand A
PRIL [Homo sapiens]」として記載される)(引用した登録
番号を通して利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援用される)を
通して利用可能な配列と配列相同性を共有することを決定した。このAPRIL
タンパク質は、腫瘍組織の増殖を促進する増殖誘導リガンドであると考えられる
。観察された相同性を実証する部分的な整列は、直下に示される。
【0185】
【化17】 上記で「S」として示されるgi|3650492のセグメントは、配列番号
159として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて、これらの相
同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有することが予期
される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書
中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッセイもまた、
当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に記載されてい
る。
【0186】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号160として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0187】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Spleen,Chro
nic lymphocytic leukemiaにおいて主に発現され、そ
してより少ない程度では、Hodgkin’s Lymphoma II;So
ares fetal liver spleen 1NFLS;Primar
y Dendritic Cells,lib 1;stomach canc
er(human);CD40 activated monocyte de
ndridic cells;Human Neutrophil;Human
Bone Marrow,re−excision;T−Cell PHA
24 hrs;Macrophage−oxLDL;Human Pancre
as Tumor,Reexcision;Primary Dendriti
c cells,frac 2;Neutrophils control,r
e−excision;Soares_fetal_liver_spleen
_1NFLS_S1;12 Week Early Stage Human
II,Reexcision;Bone marrow;CD34 deple
ted Buffy Coat(Cord Blood),re−excisi
on;Smooth muscle,control;HUMAN B CEL
L LYMPHOMA;Stratagene ovarian cancer
(#937219);T Cell helper I;Bone Marro
w Cell Line(RS4,11);Human aorta poly
A+(TFujiwara)およびNCI_CGAP_Lu5において発現され
ることが発見された。
【0188】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号102において残基:Met−2
9〜Tyr−39として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコード
するポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。本発明のポリペプチド
および/またはエピトープに結合する抗体はまた、本発明によって包含される。
本発明のポリペプチドに結合する抗体および活性を阻害する抗体はさらに、本発
明によって包含される。
【0189】 APRILに対するこのタンパク質の相同性に基づいて、このタンパク質に対
するアンタゴニストは、このタンパク質の活性をブロックすることに有用であり
得る。従って、この遺伝子の翻訳産物の一部に特異的に結合する抗体が好ましい
。腫瘍を検出するためのキットがまた提供される。このようなキットは、1つの
実施形態において、固体支持体に結合したこの遺伝子の翻訳産物に特異的な抗体
を含む。個体における腫瘍を検出する方法がまた、提供される。この方法は、こ
の遺伝子の翻訳産物に特異的な抗体を、個体由来の体液(好ましくは、血清)に
接触させる工程、および抗体が、体液において見出される抗原に結合するか否か
を確認する工程を包含する。好ましくは、この抗体は、固体支持体に結合され、
そして体液は血清である。上記の実施形態ならびに他の処置および診断試験(キ
ットおよび方法)は、本明細書中の他の箇所により詳細に記載される。
【0190】 このタンパク質のAPRILに対する相同性および免疫細胞における組織分布
は、この遺伝子に対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチドが、種々の免疫
系の障害の診断および処置のために有用であることを示す。代表的な使用は、以
下の「免疫活性」および「感染症」の節において、実施例11、13、14、1
6、18、19、20、および27ならびに本明細書中の他の箇所において記載
される。簡潔には、発現は、血液幹細胞を含む造血細胞系の増殖;生存;分化;
および/または活性化の調節における役割を示す。サイトカイン産生、抗原提示
、または他の過程の調節への関与は、癌の処置のために有用性を示唆する(例え
ば免疫反応をブーストすることにより)。リンパ球起源の細胞における発現は、
天然の遺伝子産物は、免疫機能に関与することを示す。従って、関節炎、喘息、
AIDSのような免疫不全疾患、白血病、関節リウマチ、肉芽腫症、炎症性腸疾
患、敗血症、挫瘡、好中球減少症、好中球増加症、乾癬、過敏症(例えば、T細
胞媒介細胞毒性);移植器官および組織への免疫反応(例えば、宿主対移植片お
よび移植片体宿主の疾患)、または自己免疫性障害(例えば、自己免疫不妊症)
、水晶体組織傷害、脱髄、全身性エリテマトーデス、薬物誘引溶血性貧血、関節
リューマチ、シェーグレン病、および強皮症を含む免疫学的障害のための薬剤と
してもまた有用である。さらに、このタンパク質は、その他の血液細胞の分化ま
たは性質に影響するか、または傷害の部位に造血細胞を動員する、分泌された因
子に相当し得る。従って、この遺伝子産物は、種々の血液系の幹細胞および方向
付けられた前駆体の増殖において、および種々の細胞型の分化および/または増
殖において、有用であると考えられる。さらに、このタンパク質はまた、その栄
養補給剤としての使用に加えて、生物学的活性を決定するために、抗体を惹起す
るために、組織マーカーとして、同属のリガンドまたはレセプターを単離するた
めに、それらの相互作用を調節する薬剤を同定するために使用され得る。タンパ
ク質ならびにこのタンパク質に対する抗体は、上記に列挙された組織の腫瘍マー
カーおよび/または免疫療法標的としての有用性を示し得る。
【0191】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号54に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号54の1〜540の間の任意の整数であり、bは15〜5
54の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号54に示されるヌクレオ
チド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1つ以
上のポリヌクレオチドが除外される。
【0192】 (遺伝子番号45によってコードされるタンパク質の特徴) この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Soares plac
enta Nb2HPにおいて主に発現され、そしてより少ない程度では、So
ares_pregnant_uterus_NbHPU;NCI_CGAP_
GCB1;Primary Dendritic Cells,lib 1;S
oares infant brain 1NIB;Soares melan
ocyte 2NbHM;Soares_multiple_sclerosi
s_2NbHMSP;Stratagene ovary(#937217);
Stratagene HeLa cell s3 937216;Soare
s_senescent_fibroblasts_NbHSF;Soares
_testis_NHT;Soares_NFL_T_GBC_S1;Colo
n Tumor;Soares_placenta_8to9weeks_2N
bHP8to9W;Human Osteoclastoma;NCI_CGA
P_Br2;NCI_CGAP_Lu5;Nine Week Old Ear
ly Stage Human;Soares_pregnant_uteru
s_NbHPU;Human Pancreas Tumor;Soares
ovary tumor NbHOT;Cheek Carcinoma;Re
ctum tumour;Human Fetal Spleen;Activ
ated T−cells;Early Stage Human Lung,
subtracted;Cem cells cyclohexamide t
reated;normalized infant brain cDNA;
NTERA2 teratocarcinoma cell line+ret
inoic acid(14 days);Human endometria
l stromal cells;Synovial Fibroblasts
(Il1/TNF),subt;Mo7e Cell Line GM−CSF
treated(1ng/ml);Stratagene fetal sp
leen(#937205);Human Heart;Soares_mul
tiple_sclerosis_2NbHMSP;Human umbili
cal vein endothelial cells,IL−4 indu
ced;Ulcerative Colitis;Bone Marrow S
tromal Cell,untreated;Human colorect
al cancer;Soares_pregnant_uterus_NbH
PU;Soares_total_fetus_Nb2HF8_9w;12 W
eek Old Early Stage Human;Human T−Ce
ll Lymphoma;Human Placenta;Endotheli
al−induced;normalized infant brain c
DNA;Anergic T−cell;NCI_CGAP_Co3;NCI_
CGAP_Co8;NCI_CGAP_Kid5;Soares_multip
le_sclerosis_2NbHMSP;Human Bone Marr
ow,treatedおよびStratagene NT2 neuronal
precursor 937230において発現されることが発見された。
【0193】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号55に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号55の1〜1226の間の任意の整数であり、bは15〜
1240の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号55に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0194】 (遺伝子番号46によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gnl|PID|d10
10096(その中で「DOCK180 protein [Homo sap
iens]」として記載される)(引用した登録番号を通して利用可能な全ての
情報は、本明細書中で参考として援用される)を通して利用可能な配列と配列相
同性を共有することを決定した。観察された相同性を実証する部分的な整列は、
直下に示される。
【0195】
【化18】 上記で「S」として示されるgnl|PID|d1010096のセグメント
は、配列番号161として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて
、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有す
ることが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつか
が、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッ
セイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に
記載されている。
【0196】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号162として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0197】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Human Lung
Cancer,subtracted;Human Osteoblasts
II;Primary Dendritic Cells,lib 1において
主に発現されることが発見された。
【0198】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号104において残基:Ser−2
5〜Glu−30として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコード
するポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0199】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号56に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号56の1〜1710の間の任意の整数であり、bは15〜
1724の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号56に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0200】 (遺伝子番号47によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gnl|PID|d10
14087(その中で「KIAA0281 [Homo sapiens]」と
して記載される)(引用した登録番号を通して利用可能な全ての情報は、本明細
書中で参考として援用される)を通して利用可能な配列と配列相同性を共有する
ことを決定した。観察された相同性を実証する部分的な整列は、直下に示される
【0201】
【化19】 上記で「S」として示されるgnl|PID|d1014087のセグメント
は、配列番号163として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて
、これらの相同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有す
ることが予期される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつか
が、本明細書中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッ
セイもまた、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に
記載されている。
【0202】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号164として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0203】 この遺伝子は、Dermatofibrosarcoma Protuber
anceにおいて主に発現されることが発見された。
【0204】 本発明の好ましいポリペプチドは、配列番号105において残基:Gly−2
9〜Lys−49として免疫原性エピトープを含む。このポリペプチドをコード
するポリヌクレオチドはまた本発明によって包含される。
【0205】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号57に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号57の1〜1419の間の任意の整数であり、bは15〜
1433の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号57に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0206】 (遺伝子番号48によってコードされるタンパク質の特徴) コンピューターアルゴリズムBLASTXを使用して、この遺伝子の翻訳産物
が、非限定的な例として、以下のデータベース登録番号gi|1710216(
その中で「Homo sapiens protein」として記載される)(
引用した登録番号を通して利用可能な全ての情報は、本明細書中で参考として援
用される)を通して利用可能な配列と配列相同性を共有することを決定した。観
察された相同性を実証する部分的な整列は、直下に示される。
【0207】
【化20】 上記で「S」として示されるgi|1710216のセグメントは、配列番号
165として配列表において示される。構造的な類似性に基づいて、これらの相
同なポリペプチドは、少なくともいくつかの生物学的活性を共有することが予期
される。このような活性は、当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書
中の他の箇所に記載される。このような活性を決定するためのアッセイもまた、
当該分野で公知であり、そのいくつかが、本明細書中の他の箇所に記載されてい
る。
【0208】 本発明の好ましいポリペプチドは、上記で示される整列(コンピューターによ
って配列に導入されたギャップは、もちろん除去される)において、「Q」配列
に対応する配列番号166として配列表において示されるアミノ酸配列を有する
ポリペプチドを含む。
【0209】 この遺伝子は、以下の組織/cDNAライブラリー:Osteoblasts
;Soares_fetal_heart_NbHH19W;Soares f
etal liver spleen 1NFLSにおいて主に発現され、そし
てより少ない程度では、Soares_fetal_lung_NbHL19W
;stomach cancer(human);Human Whole S
ix Week Old Embryo;Soares_testis_NHT
;NTERA2,control;Hodgkin’s Lymphoma I
IおよびSoares_fetal_liver_spleen_1NFLS_
S1において発現されることが発見された。
【0210】 多くのポリヌクレオチド配列(例えば、EST配列)は、公に利用可能であり
、そして配列データベースを通してアクセス可能である。これらの配列のいくつ
かは、配列番号58に関連し、そして本発明の着想の前に公に利用可能であった
かもしれない。好ましくは、このような関連するポリヌクレオチドは、本発明の
範囲から特に除外される。全ての関連配列を列挙することは煩わしい。従って、
好ましくは、本発明からは、一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(
ここで、aは配列番号58の1〜1253の間の任意の整数であり、bは15〜
1267の整数であり、ここでaおよびbの両方は配列番号58に示されるヌク
レオチド残基の位置に対応し、そしてここでbはa+14以上である)を含む1
つ以上のポリヌクレオチドが除外される。
【0211】
【表1】 表1は、上記の各「遺伝子番号」に対応する情報を要約する。「ヌクレオチド
配列番号X」として同定されるヌクレオチド配列は、表1において同定される「
cDNAクローンID」から、およびいくつかの場合において、さらなる関連の
DNAクローンから得られる部分的に相同な(「重複する」)配列から構築され
た。重複する配列は、高い重複性の単一の連続した配列に構築され(通常、各ヌ
クレオチド部位で3〜5個の重複する配列)、配列番号Xとして同定される最終
的な配列を得た。
【0212】 cDNAクローンIDは、その日付に寄託され、そして「ATCC受託番号Z
および日付」において列挙される対応する受託番号が与えられた。寄託物のいく
つかは、同じ遺伝子に対応する複数の異なるクローンを含む。「ベクター」とは
、cDNAクローンIDにおいて含まれるベクターの型をいう。
【0213】 「総ヌクレオチド配列」は、「遺伝子番号」によって同定されるコンティグに
おけるヌクレオチドの総数をいう。寄託されたクローンは、これらの配列の全て
または大半を含み得、これらは、配列番号Xの「クローン配列の5’ヌクレオチ
ド」および「クローン配列の3’ヌクレオチド」として示されるヌクレオチドの
位置によって反映される。推定開始コドン(メチオニン)の配列番号Xのヌクレ
オチドの位置は、「開始コドンの5’ヌクレオチド」として同定される。同様に
、推定シグナル配列の配列番号Xのヌクレオチドの位置は、「シグナルペプチド
の最初のアミノ酸の5’ヌクレオチド」として同定される。
【0214】 翻訳されたアミノ酸配列は、メチオニンで始まり、「アミノ酸配列番号Y」と
して同定されるが、他のリーディングフレームもまた、公知の分子生物学技術を
使用して容易に翻訳され得る。これらの代替のオープンリーディングフレームに
よって生成されるポリペプチドは、本発明によって特に意図される。
【0215】 推定シグナルペプチドの配列番号Yの最初および最後のアミノ酸の位置は、「
シグナルペプチドの最初のアミノ酸」および「シグナルペプチドの最後のアミノ
酸」として同定される。分泌部分の配列番号Yの推定される最初のアミノ酸の位
置は、「分泌部分の推定される最初のアミノ酸」として同定される。最後に、オ
ープンリーディングフレームにおける最後のアミノ酸の配列番号Yのアミノ酸の
位置は、「ORFの最後のアミノ酸」として同定される。
【0216】 配列番号X(ここでXは、配列表に開示される任意のポリヌクレオチド配列で
あり得る)および翻訳された配列番号Y(ここでYは、配列表に開示される任意
のポリペプチド配列であり得る)は、十分に正確であり、そしてそうでなければ
、当該分野において周知の種々の用途および以下でさらに記載される種々の用途
に適切である。例えば、配列番号Xは、配列番号Xにおいて含まれる核酸配列ま
たは寄託されたクローンに含まれるcDNAを検出する核酸ハイブリダイゼーシ
ョンプローブを設計するために有用である。これらのプローブはまた、生物学的
サンプル中の核酸分子にハイブリダイズし、それによって本発明の種々の法医学
的方法、および診断方法を可能にする。同様に、配列番号Yから同定されるポリ
ぺプチドは、例えば、表1において同定されるcDNAクローンによってコード
されるタンパク質(ポリペプチドおよび分泌タンパク質を含む)に特異的に結合
する抗体を作製するために使用され得る。
【0217】 それにもかかわらず、配列決定反応によって生成されるDNA配列は、配列決
定のエラーを含み得る。このエラーは、誤って同定されたヌクレオチドとして、
または生成されたDNA配列におけるヌクレオチドの挿入もしくは欠失として存
在する。誤って挿入されたか、または欠失されたヌクレオチドは、推定アミノ酸
配列のリーディングフレームにおいてフレームシフトを引き起こす。これらの場
合において、作製されるDNA配列が、実際のDNA配列と99.9%(例えば
、1000塩基を超えるオープンリーディングフレームにおける1塩基の挿入ま
たは欠失)を超えて同一であり得るとしても、推定アミノ酸配列は、実際のアミ
ノ酸配列とは異なる。
【0218】 従って、ヌクレオチド配列またはアミノ酸配列における正確さを必要とするこ
れらの適用のために、本発明は、配列番号Xとして同定される作製されたヌクレ
オチド配列、および配列番号Yとして同定される推定の翻訳されたアミノ酸配列
のみならず、表1において記載されるような、ATCCに寄託された本発明のヒ
トcDNAを含むプラスミドDNAのサンプルもまた提供する。各々の寄託され
たクローンのヌクレオチド配列は、公知の方法に従って、寄託されたクローンを
配列決定することによって容易に決定され得る。次いで、推定アミノ酸配列は、
このような寄託物から証明され得る。さらに、特定のクローンによってコードさ
れるタンパク質のアミノ酸配列はまた、ペプチド配列決定によって、または寄託
されたヒトcDNAを含む適切な宿主細胞中でタンパク質を発現させ、このタン
パク質を収集し、そしてその配列を決定することによって、直接的に決定され得
る。
【0219】 本発明はまた、配列番号X、配列番号Y、または寄託されたクローンに対応す
る遺伝子に関する。対応する遺伝子は、本明細書中に開示される配列情報を使用
して、公知の方法に従って単離され得る。このような方法は、開示された配列か
らプローブまたはプライマーを調製する工程、およびゲノム物質の適切な供給源
から対応する遺伝子を同定または増幅する工程を包含する。
【0220】 本発明においてまた提供されるものは、対立遺伝子改変体、オーソログ(or
tholog)、および/または種ホモログである。当該分野において公知の手
順を使用し、本明細書中に開示される配列またはATCCに寄託されたクローン
からの情報を用いて、配列番号X、配列番号Yまたは寄託されたクローンに対応
する遺伝子の全長遺伝子、対立遺伝子改変体、スプライシング改変体、全長のコ
ード部分、オーソログ、および/または種ホモログを獲得し得る。例えば、対立
遺伝子改変体および/または種ホモログは、本明細書中に提供される配列から適
切なプローブまたはプライマーを作製し、そして対立遺伝子改変体および/また
は所望のホモログについて適切な核酸供給源をスクリーニングすることによって
単離および同定され得る。
【0221】 本発明のポリぺプチドは、任意の適切な様式で調製され得る。このようなポリ
ぺプチドとしては、単離された天然に存在するポリぺプチド、組換え的に生成さ
れたポリぺプチド、合成的に生成されたポリぺプチド、またはこれらの方法の組
合せによって生成されたポリぺプチドが挙げられる。このようなポリぺプチドを
調製するための手段は、当該分野において十分に理解される。
【0222】 ポリぺプチドは、分泌タンパク質の形態(成熟形態を含む)であり得るか、ま
たはより大きいタンパク質(例えば、融合タンパク質)の部分であり得る(以下
を参照のこと)。分泌配列もしくはリーダー配列、プロ配列、精製を補助する配
列(例えば、複数のヒスチジン残基)、または組換え生成の間の安定性のための
さらなる配列を含むさらなるアミノ酸配列を含むことは、しばしば有利である。
【0223】 本発明のポリぺプチドは、好ましくは、単離された形態で提供され、そして好
ましくは実質的に精製される。ポリぺプチド(分泌ポリぺプチドを含む)の組換
え的に生成されたバージョン(version)は、本明細書中に記載される技
術または当該分野で公知のそれ以外の技術(例えば、SmithおよびJohn
son、Gene 67:31−40(1988)に記載される1工程の方法に
よるような)を使用して実質的に精製され得る。本発明のポリぺプチドはまた、
例えば、分泌タンパク質に対して惹起される本発明の抗体のように、本明細書中
に記載される技術または当該分野において公知のそれ以外の技術を使用して、天
然供給源、合成供給源または組換え供給源から精製され得る。
【0224】 本発明は、配列番号Xの核酸配列、および/またはATCC寄託物Z中に含ま
れるcDNAを含むか、あるいはそれらからなるポリヌクレオチドを提供する。
本発明はまた、配列番号Yのポリペプチド配列および/またはATCC寄託物Z
中に含まれるcDNAによりコードされるポリペプチドを含むか、あるいはそれ
らからなるポリペプチドを提供する。配列番号Yのポリペプチド配列および/ま
たはATCC寄託物Z中に含まれるcDNAによりコードされるポリペプチド配
列を含むか、あるいはそれらからなるポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ドもまた、本発明に包含される。
【0225】 (シグナル配列) 本発明はまた、配列番号Yのポリペプチド配列、および/または寄託されたク
ローン中のcDNAによりコードされるポリペプチド配列を有するポリペプチド
の成熟形態を含む。成熟形態をコードするポリヌクレオチド(例えば、配列番号
Xのポリヌクレオチド配列、および/または寄託されたクローンのcDNAに含
まれるポリヌクレオチド配列のような)もまた、本発明に含まれる。シグナル仮
説に従うと、一旦、粗面小胞体を横切る成長中のタンパク質鎖の輸送が開始され
ると、哺乳動物細胞により分泌されるタンパク質は、成熟タンパク質から切断さ
れる、シグナル配列または分泌リーダー配列を有する。ほとんどの哺乳動物細胞
および昆虫細胞でさえも、同じ特異性で分泌タンパク質を切断する。しかし、い
くつかの場合、分泌タンパク質の切断は、完全には、均一ではなく、このことは
、このタンパク質の2つ以上の成熟種を生じる。さらに、分泌タンパク質の切断
特異性は、最終的には、完全なタンパク質の一次構造によって決定される(すな
わち、これは、このポリペプチドのアミノ酸配列に固有である)ことが長い間公
知である。
【0226】 タンパク質が、シグナル配列、ならびにその配列についての切断点を有するか
否かを予測するための方法が、利用可能である。例えば、McGeoch,Vi
rus Res.3:271−286(1985)の方法は、短いN末端荷電領
域およびそれに続く完全な(切断されていない)タンパク質の非荷電領域からの
情報を使用する。von Heinje,Nucleic Acids Res
.14:4683−4690(1986)の方法は、切断部位の周辺の残基(代
表的に−13〜+2残基)からの情報を使用し、ここで、+1は、分泌タンパク
質のアミノ末端を示す。これらの方法のそれぞれについての、公知の哺乳動物分
泌タンパク質の切断点を予測することの正確さは、75〜80%の範囲にある(
von Heinje、前出)。しかし、2つの方法は、所定のタンパク質につ
いて、同じ推定切断点を必ずしも生成するとは限らない。
【0227】 本発明の場合において、分泌されるポリぺプチドの推定アミノ酸配列は、Si
gnalPと呼ばれるコンピュータープログラム(Henrik Nielse
nら、Protein Engineering 10:1−6(1997))
によって分析された。このプログラムは、アミノ酸配列に基づいてタンパク質の
細胞での位置を予測する。この局在化のコンピューター予測の一部として、Mc
Geochおよびvon Heinjeの方法が援用される。このプログラムに
よって、本明細書中に記載される分泌タンパク質のアミノ酸配列の分析は、表1
において示される結果を提供した。
【0228】 しかし、当業者に理解されるように、切断部位は、時折、生物に応じて変化し
、そして絶対的な確実性を伴っては予測され得ない。従って、本発明は、配列番
号Yにおいて示される配列を有する分泌されるポリぺプチドを提供し、これは推
定切断点の5残基(すなわち、+または−5残基)内で始まるN末端を有する。
同様に、いくつかの場合において、分泌タンパク質からのシグナル配列の切断は
、全体的に均一ではなく、1つより多くの分泌される種を生じることもまた認識
される。これらのポリぺプチド、およびこのようなポリぺプチドをコードするポ
リヌクレオチドは、本発明によって意図される。
【0229】 さらに、上述の分析によって同定されるシグナル配列は、天然に存在するシグ
ナル配列を必ずしも予測し得ない。例えば、天然に存在するシグナル配列は、推
定シグナル配列からさらに上流にあり得る。しかし、推定シグナル配列は、分泌
タンパク質をERに指向し得るようである。それにもかかわらず、本発明は、哺
乳動物細胞(例えば、上記のようなCOS細胞)において、配列番号Xのポリヌ
クレオチド配列および/または寄託されたクローンのcDNAに含まれるポリヌ
クレオチド配列の発現により産生される成熟タンパク質を提供する。これらのポ
リぺプチド、およびこのようなポリぺプチドをコードするポリヌクレオチドは、
本発明によって意図される。
【0230】 (ポリヌクレオチドおよびポリぺプチド改変体) 本発明は、配列番号Xに開示されたポリヌクレオチド配列、それに対する相補
鎖、および/または寄託されたクローン中に含まれるcDNA配列の改変体に関
する。
【0231】 本発明はまた、配列番号Yに開示されるポリペプチド配列、および/または寄
託されたクローンによりコードされるポリペプチド配列の改変体を包含する。
【0232】 「改変体」とは、本発明のポリヌクレオチドまたはポリぺプチドとは異なるが
、それらの本質的な特性を保持するポリヌクレオチドまたはポリぺプチドをいう
。一般に、改変体は、全体的に密接に類似し、そして、多くの領域において、本
発明のポリヌクレオチドまたはポリぺプチドに同一である。
【0233】 本発明はまた、例えば、配列番号Xのヌクレオチドをコードする配列またはそ
の相補鎖、寄託されたcDNAクローンに含まれるヌクレオチドをコードする配
列またはその相補鎖、配列番号Yのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
、寄託されたクローンに含まれるcDNAによりコードされるポリペプチドをコ
ードするヌクレオチド配列、および/またはこれらの核酸分子のいずれかのポリ
ヌクレオチドフラグメント(例えば、本明細書中に記載されるフラグメント)に
対して、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%
、または99%同一であるヌクレオチド配列を含むか、あるいはそれらからなる
核酸分子に関する。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件またはより
低いストリンジェントな条件の下で、これらの核酸分子にハイブリダイズするポ
リヌクレオチド、これらのポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドも
また、本発明により包含される。
【0234】 本発明はまた、例えば、配列番号Yに示されるポリペプチド配列、寄託された
クローン中に含まれるcDNAによりコードされるポリペプチド配列、および/
またはこれらのポリペプチドのいずれかのポリペプチドフラグメント(例えば、
本明細書中に記載されるフラグメント)に対して、少なくとも80%、85%、
90%、95%、96%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含
むか、あるいはそれらからなるポリペプチドに関する。
【0235】 本発明の参照ヌクレオチド配列に、例えば、少なくとも95%「同一」である
ヌクレオチド配列を有する核酸によって、核酸のヌクレオチド配列が、ヌクレオ
チド配列がポリぺプチドをコードする参照ヌクレオチド配列の各100ヌクレオ
チドあたり5つまでの点変異を含み得ることを除いて、参照配列に対して同一で
あることを意図する。換言すれば、参照ヌクレオチド配列に対して少なくとも9
5%同一のヌクレオチド配列を有する核酸を得るために、参照配列のヌクレオチ
ドの5%までが、欠失され得るか、または別のヌクレオチドで置換され得るか、
または参照配列中の総ヌクレオチドの5%までの多数のヌクレオチドが参照配列
中に挿入され得る。問い合わせ(query)配列は、表1に示される配列全体
、ORF(オープンリーディングフレーム)、または本明細書中で記載されるよ
うに特定される任意のフラグメントであり得る。
【0236】 実際問題として、任意の特定の核酸分子またはポリぺプチドが、本発明のヌク
レオチド配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、9
7%、98%、または99%同一であるか否かは、公知のコンピュータープログ
ラムを使用して従来的に決定され得る。問い合わせ配列(本発明の配列)と対象
配列との間の最も良好な全体的な適合性(全体的な配列整列としてもまた参照さ
れる)を決定するための好ましい方法は、Brutlagら(Comp.App
. Biosci.6:237−245(1990))のアルゴリズムに基づく
FASTDBコンピュータープログラムを使用して決定され得る。配列整列にお
いて、問い合わせ配列および対象配列は、両方ともにDNA配列である。RNA
配列は、UからTに変換することによって比較され得る。この全体的な配列整列
の結果は、同一性パーセント(%)で示される。同一性パーセントを算定するた
めにDNA配列のFASTDB整列において使用される好ましいパラメーターは
:Matrix=Unitary、k−tuple=4、Mismatch P
enalty=1、Joining Penalty=30、Randomiz
ation Group Length=0、Cutoff Score=1、
Gap Penalty=5、Gap Size Penalty 0.05、
Window Size=500または対象ヌクレオチド配列の長さ(どちらか
より短い方)である。
【0237】 対象配列が、5’または3’欠失のために(内部欠失のためではなく)問い合
わせ配列より短い場合、手動の補正が結果に対してなされなけらばならない。こ
れは、同一性パーセントを計算する場合に、FASTDBプログラムが対象配列
の5’および3’切断を考慮しないからである。5’末端または3’末端で切断
される対象配列について、問い合わせ配列に対して、同一性パーセントは、問い
合わせ配列の総塩基のパーセントとして一致/整列されない対象配列の5’およ
び3’である問い合わせ配列の塩基の数を計算することによって補正される。ヌ
クレオチドが一致/整列されるか否かは、FASTDB配列整列の結果によって
決定される。次いで、このパーセントは、同一性パーセントから差し引かれ、特
定のパラメーターを用いて上記のFASTDBプログラムによって算定され、最
終的な同一性パーセントのスコアに到達する。この補正されたスコアが、本発明
の目的に使用されるものである。FASTDB整列によって示されるように、問
い合わせ配列と一致/整列されない、対象配列の5’および3’塩基の外側の塩
基のみが、同一性パーセントのスコアを手動で調整する目的で算定される。
【0238】 例えば、90塩基の対象配列は、同一性パーセントを決定するために100塩
基の問い合わせ配列に整列される。欠失は、対象配列の5’末端で生じ、従って
、FASTDB整列は、5’末端の最初の10塩基で一致/整列を示さない。1
0個の不対合塩基は、配列の10%(一致していない5’および3’末端での塩
基の数/問い合わせ配列の塩基の総数)を表し、そのため10%は、FASTD
Bプログラムによって算定される同一性パーセントのスコアから差し引かれる。
残りの90塩基が完全に一致する場合は、最終的な同一性パーセントは90%で
ある。別の例では、90塩基の対象配列が、100塩基の問い合わせ配列と比較
される。この場合、欠失は、内部欠失であり、その結果、問い合わせと一致/整
列しない対象配列の5’または3’に塩基が存在しない。この場合、FASTD
Bによって算定される同一性パーセントは手動で補正されない。再び、問い合わ
せ配列と一致/整列しない対象配列の5’または3’の塩基のみが手動で補正さ
れる。他の手動の補正は、本発明の目的のためにはなされない。
【0239】 本発明の問い合わせアミノ酸配列に、例えば、少なくとも95%「同一」であ
るアミノ酸配列を有するポリぺプチドにより、対象ポリペプチドのアミノ酸配列
は、対象ポリぺプチド配列が、問い合わせアミノ酸配列の各100個のアミノ酸
あたり5つまでのアミノ酸の変更を含み得ることを除いて、問い合わせ配列に同
一であることが意図される。換言すれば、問い合わせアミノ酸配列に少なくとも
95%同一であるアミノ酸配列を有するポリぺプチドを得るために、対象配列に
おけるアミノ酸残基の5%までが、挿入、欠失、(消えない(indels))
または別のアミノ酸で置換され得る。参照配列のこれらの改変は、参照アミノ酸
配列のアミノ末端もしくはカルボキシ末端位置で生じ得るか、またはそれらの末
端位置の間のどこにでも生じ得、参照配列中の残基間で個々に、または参照配列
内の1つ以上連続する群においてのいずれかで、散在される。
【0240】 実際問題として、任意の特定のポリぺプチドが、例えば、表1に示されるアミ
ノ酸配列(配列番号Y)に対して、または寄託されたクローンに含まれるcDN
Aによってコードされるアミノ酸配列に対して、少なくとも80%、85%、9
0%、95%、96%、97%、98%、または99%同一であるか否かは、従
来的に、公知のコンピュータープログラムを使用して決定され得る。問い合わせ
配列(本発明の配列)と対象配列との間での最良の全体的な一致(全体的配列整
列としても参照される)を決定するための好ましい方法は、Brutlagら(
Comp.App.Biosci.6:237−245(1990))のアルゴ
リズムに基づくFASTDBコンピュータープログラムを使用して決定され得る
。配列整列において、問い合わせ配列および対象配列は、両方ともヌクレオチド
配列であるかまたは両方ともアミノ酸配列であるかのいずれかである。上記の全
体的配列整列の結果は、同一性パーセントで示される。FASTDBアミノ酸整
列に用いられる好ましいパラメーターは:Matrix=PAM 0、k−tu
ple=2、Mismatch Penalty=1、Joining Pen
alty=20、Randomization Group Length=0
、Cutoff Score=1、Window Size = 配列の長さ、
Gap Penalty=5、Gap Size Penalty = 0.0
5、Window Size=500または対象アミノ酸配列の長さ(どちらか
より短い方)である。
【0241】 対象配列が、N末端またはC末端欠失により(内部の欠失のためではなく)問
い合わせ配列よりも短い場合、手動の補正が結果に対してなされなけらばならな
い。これは、FASTDBプログラムが、全体的な同一性パーセントを算定する
場合に、対象配列のN末端切断およびC末端切断を考慮しないからである。N末
端およびC末端で短縮されている対象配列について、問い合わせ配列に対して、
同一性パーセントは、問い合わせ配列の総塩基のパーセントとして、対応する対
象残基と一致/整列しない、対象配列のN末端およびC末端である問い合わせ配
列の残基の数を計算することによって補正される。残基が一致/整列されている
か否かは、FASTDB配列整列の結果によって決定される。次いで、このパー
セントは、同一性パーセントから差し引かれ、上記のFASTDBプログラムに
よって特定のパラメーターを使用して計算され、最終的な同一性パーセントのス
コアに到達する。この最終的な同一性パーセントのスコアは、本発明の目的で使
用されるものである。問い合わせ配列と一致/整列していない対象配列のN末端
およびC末端側の残基のみが、同一性パーセントのスコアを手動で調整する目的
のために考慮される。すなわち、問い合わせ残基のみが、対象配列の最も遠いN
末端およびC末端残基の外側に位置する。
【0242】 例えば、90アミノ酸残基の対象配列は、同一性パーセントを決定するために
100残基の問い合わせ配列と整列される。欠失が対象配列のN末端で生じ、そ
してそれゆえFASTDB整列は、N末端での最初の10残基の一致/整列を示
さない。10個の不対合残基は、配列の10%(一致していないN末端およびC
末端での残基の数/問い合わせ配列中の残基の総数)を表し、その結果FAST
DBプログラムによって計算される同一性パーセントのスコアから10%が差し
引かれる。残りの90残基が完全に一致した場合、最終的な同一性パーセントは
90%である。別の例において、90残基の対象配列が、100残基の問い合わ
せ配列と比較される。この場合、欠失は、内部欠失であり、そのため問い合わせ
配列と一致/整列しない対象配列のN末端またはC末端の残基は存在しない。こ
の場合、FASTDBによって算定される同一性パーセントは、手動で補正され
ない。再び、FASTDB整列において示される、問い合わせ配列と一致/整列
しない対象配列のN末端およびC末端の外の残基位置のみが手動で補正される。
他の手動の補正は、本発明の目的のためにはなされない。
【0243】 改変体は、コード領域、非コード領域、またはその両方における変化を含み得
る。特に好ましいものは、サイレントな置換、付加、または欠失を生成するが、
コードされるポリぺプチドの特性または活性を変化させない変化を含むポリヌク
レオチド改変体である。遺伝コードの縮重に起因するサイレントな置換によって
生成されるヌクレオチド改変体が、好ましい。さらに、任意の組合せにおいて5
〜10、1〜5、もしくは1〜2アミノ酸が置換、欠失、または付加される改変
体もまた、好ましい。ポリヌクレオチド改変体は、種々の理由(例えば、特定の
宿主についてのコドン発現を至適化する(ヒトmRNAにおけるコドンを、E.
coliのような細菌宿主によって好ましいコドンに変化させる))のために、
生成され得る。
【0244】 天然に存在する改変体は、「対立遺伝子改変体」と呼ばれ、そして生物の染色
体上の所定の遺伝子座を占有する遺伝子のいくつかの代替の形態のうちの1つを
いう。(Genes II、Lewin,B.,編 John Wiley &
Sons,New York(1985))。これらの対立遺伝子改変体は、
ポリヌクレオチドレベルおよび/またはポリぺプチドレベルのいずれかで変化し
得、そして本発明に含まれる。あるいは、天然に存在しない改変体は、変異誘発
技術によってまたは直接的な合成によって生成され得る。
【0245】 タンパク質工学および組換えDNA技術の公知の方法を使用して、改変体は、
本発明のポリぺプチドの特性を改善または変化させるために作製され得る。例え
ば、1つ以上のアミノ酸は、生物学的機能の実質的な欠損を伴わずに、分泌タン
パク質のN末端またはC末端から欠失され得る。Ronら、J.Biol.Ch
em.268:2984−2988(1993)の著者らは、3、8、または2
7個のアミノ末端のアミノ酸残基を欠失させた後でさえもヘパリン結合活性を有
する改変体KGFタンパク質を報告した。同様に、インターフェロンγは、この
タンパク質のカルボキシ末端から8〜10個のアミノ酸残基を欠失させた後、1
0倍までのより高い活性を示した(Dobeliら、J.Biotechnol
ogy 7:199−216(1988))。
【0246】 さらに、豊富な証拠は、改変体が、天然に存在するタンパク質の生物学的活性
に類似する活性をしばしば保持することを実証する。例えば、Gayleおよび
共同研究者ら(J.Biol.Chem 268:22105−22111(1
993))は、ヒトサイトカインIL−1aの広範囲にわたる変異分析を行った
。彼らは、ランダムな変異誘発を使用して、分子の全長にわたって改変体当たり
平均2.5アミノ酸の変化になる、3,500個を超える個々のIL−1a改変
体を作製した。複数の変異が、全ての潜在的なアミノ酸の位置で試験された。こ
の研究者らは、「分子の大部分は、[結合活性または生物学的活性]のいずれに
対してもほとんど影響を伴わないで変化され得る」ことを見出した。(要約を参
照のこと)。実際、試験された3,500個を超えるヌクレオチド配列のうち、
わずか23個の独特なアミノ酸配列が、野生型と活性が有意に異なるタンパク質
を生成した。
【0247】 さらに、ポリぺプチドのN末端またはC末端からの1つ以上のアミノ酸の欠失
が、1つ以上の生物学的機能の改変または欠失を生じたとしても、他の生物学的
活性はなお保持され得る。例えば、分泌される形態を認識する抗体を誘導および
/または結合する、欠失改変体の能力は、分泌される形態の大多数より少ない残
基が、N末端またはC末端から除去される場合に保持されるようである。タンパ
ク質のN末端またはC末端残基を欠損する特定のポリぺプチドが、このような免
疫原性活性を保持するか否かは、本明細書中に記載される慣用的な方法、および
そうでなければ当該分野において公知の慣用的な方法によって容易に決定され得
る。
【0248】 従って、本発明はさらに、実質的な生物学的活性を示すポリぺプチド改変体を
含む。このような改変体としては、活性に対する影響をほとんど有さないように
、当該分野において公知の一般的な法則に従って選択される、欠失、挿入、逆位
、反復、および置換が挙げられる。例えば、表現型的にサイレントなアミノ酸置
換を作製する方法に関する指針は、Bowieら、Science 247:1
306−1310(1990)において提供され、ここで、著者らは変化に対す
るアミノ酸配列の寛容性を研究するための2つの主要なストラテジーがあること
を指摘する。
【0249】 第1のストラテジーは、進化の過程の間の自然の選択によるアミノ酸置換の寛
容を利用する。異なる種におけるアミノ酸配列を比較して、保存されるアミノ酸
が同定され得る。これらの保存されるアミノ酸は、タンパク質の機能について重
要であるようである。対照的に、置換が自然の選択によって寛容されたアミノ酸
の位置は、これらの位置がタンパク質の機能に重要ではないことを示す。従って
、アミノ酸置換を寛容する位置は改変され得るが、タンパク質の生物学的活性を
なおも維持する。
【0250】 第2のストラテジーは、タンパク質機能に重要な領域を同定するために、クロ
ーン化された遺伝子の特定の位置でアミノ酸変化を導入するための遺伝子工学を
使用する。例えば、部位特異的変異誘発またはアラニンスキャニング変異誘発(
分子中の各残基で1つのアラニン変異の導入)が、使用され得る。(Cunni
nghamおよびWells,Science 244:1081−1085(
1989))。次いで、得られた変異分子は生物学的活性について試験され得る
【0251】 著者らが言及するように、これらの2つのストラテジーは、タンパク質がアミ
ノ酸置換に驚くほど寛容であることを明らかにした。著者らはさらに、どのアミ
ノ酸変化が、タンパク質中の特定のアミノ酸位置で許容されるようであるかを示
す。例えば、(タンパク質の三次構造内に)ほとんど埋もれているアミノ酸残基
は、非極性側鎖を必要とするが、表面側鎖の特徴は、一般にほとんど保存されな
い。さらに、寛容される保存的なアミノ酸置換は、脂肪族または疎水性アミノ酸
のAla、Val、Leu、およびIleの置換;ヒドロキシル残基のSerお
よびThrの置換;酸性残基のAspおよびGluの置換;アミド残基のAsn
およびGlnの置換、塩基性残基のLys、Arg、およびHisの置換;芳香
族残基のPhe、Tyr、およびTrpの置換、ならびに小さなサイズのアミノ
酸のAla、Ser、Thr、Met、およびGlyの置換を含む。
【0252】 保存的なアミノ酸置換に加えて、本発明の改変体は、(i)1つ以上の非保存
的なアミノ酸残基との置換、ここでは置換されるアミノ酸残基は、遺伝コードに
よってコードされるアミノ酸残基であってもよく、もしくはそうでなくてもよい
、または(ii)置換基を有する1つ以上のアミノ酸残基での置換、または(i
ii)別の化合物(例えば、ポリぺプチドの安定性および/もしくは可溶性を増
加するための化合物(例えば、ポリエチレングリコール))との成熟ポリぺプチ
ドの融合、または(iv)さらなるアミノ酸(例えば、IgG Fc融合領域ペ
プチド、またはリーダーもしくは分泌配列、または精製を容易にする配列のよう
な)とのポリぺプチドの融合を含む。このような改変体ポリぺプチドは、本明細
書中の教示から、当業者の範囲内であると考えられる。
【0253】 例えば、他の荷電されたアミノ酸または中性のアミノ酸での荷電されたアミノ
酸のアミノ酸置換を含むポリぺプチド改変体は、改善された特性(例えば、より
少ない凝集性)を有するタンパク質を生成し得る。薬学的処方物の凝集は、凝集
体の免疫原活性に起因して、活性の減少およびクリアランスの増加の両方をもた
らす。(Pinckardら、Clin.Exp.Immunol.2:331
−340(1967);Robbinsら、Diabetes 36:838−
845(1987);Clelandら、Crit.Rev.Therapeu
tic Drug Carrier Systems 10:307−377(
1993))。
【0254】 本発明のさらなる実施形態は、少なくとも1つのアミノ酸置換を含むが、50
アミノ酸置換を超えず、さらにより好ましくは、40アミノ酸置換を超えず、な
おより好ましくは、30アミノ酸置換を超えず、そしてなおさらにより好ましく
は、20アミノ酸置換を超えないアミノ酸配列を有する本発明のアミノ酸配列を
含むポリペプチドに関する。もちろん、好ましさの増大する順番に、ペプチドま
たはポリペプチドは、少なくとも1つのアミノ酸置換を含むが、10、9、8、
7、6、5、4、3、2、または1アミノ酸置換を超えない本発明のアミノ酸配
列を含むアミノ酸配列を有することが非常に好ましい。特定の実施形態において
、本発明のアミノ酸配列またはそのフラグメント(例えば、本明細書に記載の成
熟形態および/または他のフラグメント)における付加、置換、および/または
欠失の数は、1〜5、5〜10、5〜25、5〜50、10〜50、または50
〜150であり、保存的アミノ酸置換が好ましい。
【0255】 (ポリヌクレオチドおよびポリペプチドフラグメント) 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドのポリヌクレオチドフラグメントに
関する。
【0256】 本発明において、「ポリヌクレオチドフラグメント」とは、以下である核酸配
列を有する短いポリヌクレオチドをいう:寄託されたクローンに含まれるか、も
しくは寄託されたクローン中のcDNAによりコードされるポリペプチドをコー
ドする核酸配列の一部であるか;配列番号Xもしくはそれらの相補鎖に示される
核酸配列の一部であるか、または配列番号Yのポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド配列の一部である。本発明のヌクレオチドフラグメントは、好ましく
は、少なくとも約15nt、そしてより好ましくは少なくとも約20nt、さら
により好ましくは少なくとも約30nt、そしてなおより好ましくは少なくとも
約40nt、少なくとも約50nt、少なくとも約75nt、または少なくとも
約150ntの長さである。例えば、「少なくとも約20ntの長さ」のフラグ
メントは、寄託されたクローンに含まれるcDNA配列または配列番号Xに示さ
れるヌクレオチド配列由来の20以上連続する塩基を含むことが意図される。こ
の文脈において「約(おおよそ)」は、特に記載された値(いずれかの末端もし
くは両方の末端において、これより数個(5、4、3、2、または1)のヌクレ
オチドだけ大きいかまたは小さな値)を含む。これらのヌクレオチドフラグメン
トは、本明細書中で議論されるように、診断プローブおよびプライマーとしての
使用を含むが、それらに限定されない使用を有する。もちろん、より大きなフラ
グメント(例えば、50、150、500、600、2000ヌクレオチド)は
好ましい。
【0257】 さらに、本発明のポリヌクレオチドフラグメントの代表例としては、例えば、
以下のおおよそのヌクレオチド数の配列を含むか、あるいは以下からなるフラグ
メントが挙げられる:1〜50、51〜100、101〜150、151〜20
0、201〜250、251〜300、301〜350、351〜400、40
1〜450、451〜500、501〜550、551〜600、651〜70
0、701〜750、751〜800、800〜850、851〜900、90
1〜950、951〜1000、1001〜1050、1051〜1100、1
101〜1150、1151〜1200、1201〜1250、1251〜13
00、1301〜1350、1351〜1400、1401〜1450、145
1〜1500、1501〜1550、1551〜1600、1601〜1650
、1651〜1700、1701〜1750、1751〜1800、1801〜
1850、1851〜1900、1901〜1950、1951〜2000、も
しくは2001から配列番号Xの末端、またはそれらの相補鎖、あるいは寄託さ
れたクローンに含まれるcDNA。この文脈において、「約(おおよそ)」は、
特に記載された範囲、およびいずれかの末端もしくは両方の末端において、これ
より数個(5、4、3、2、または1)のヌクレオチドだけ大きいかまたは小さ
な範囲を含む。好ましくは、これらのフラグメントは、生物学的活性を有するポ
リペプチドをコードする。より好ましくは、これらのポリヌクレオチドは、本明
細書中、上記で議論されるようにプローブまたはプライマーとして使用され得る
。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下またはより低いストリンジ
ェンシー条件下でこれらの核酸分子にハイブリダイズするポリヌクレオチドもま
た本発明に含まれ、これらのポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド
も同様に含まれる。
【0258】 本発明において、「ポリペプチドフラグメント」とは、配列番号Yに含まれる
か、または寄託されたクローンに含まれるcDNAによってコードされるアミノ
酸配列の一部である、アミノ酸配列をいう。タンパク質(ポリペプチド)フラグ
メントは、「自立構造(free−standing)」であり得るか、あるい
はより大きなポリぺプチド内(そのフラグメントが、部分または領域を(最も好
ましくは単一の連続した領域として)形成する)に含まれ得る。本発明のポリペ
プチドフラグメントの代表的な例としては、例えば、以下のおおよそのアミノ酸
数を含むか、あるいは以下のおおよそのアミノ酸数からなるフラグメントが挙げ
られる:1〜20、21〜40、41〜60、61〜80、81〜100、10
2〜120、121〜140、141〜160、または161からコード領域の
末端まで。さらに、ポリペプチドフラグメントは、約20、30、40、50、
60、70、80、90、100、110、120、130、140、または1
50アミノ酸の長さであり得る。この文脈において、「約(おおよそ)」とは、
特に記載された範囲または値、およびいずれかの末端もしくは両方の末端におい
て、これより数個(5、4、3、2、または1)のアミノ酸だけ大きいかまたは
小さな範囲または値を含む。これらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ドもまた、本発明に含まれる。
【0259】 好ましいポリペプチドフラグメントとしては、分泌タンパク質および成熟形態
が挙げられる。さらに好ましいポリペプチドフラグメントとしては、アミノ末端
もしくはカルボキシ末端またはその両方から、連続した一連の欠失した残基を有
する分泌タンパク質もしくは成熟形態が挙げられる。例えば、任意の数のアミノ
酸(1〜60の範囲)は、分泌ポリペプチドもしくは成熟形態のいずれかのアミ
ノ末端から欠失され得る。同様に、任意の数のアミノ酸(1〜30の範囲)が、
分泌タンパク質もしくは成熟形態のカルボキシ末端から欠失され得る。さらに、
上記のアミノ末端およびカルボキシ末端の欠失の任意の組み合わせは好ましい。
同様に、これらのポリペプチドフラグメントをコードするポリヌクレオチドもま
た好ましい。
【0260】 構造的または機能的ドメインによって特徴付けられるポリペプチドおよびポリ
ヌクレオチドのフラグメント(例えば、α−へリックスおよびα−へリックス形
成領域、β−シートおよびβ−シート形成領域、ターンおよびターン形成領域、
コイルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、α両親媒性領域、β両
親媒性領域、可撓性領域、表面形成領域、基質結合領域、および高い抗原性指標
領域を含むフラグメント)もまた、好ましい。保存性ドメインの中に含まれる配
列番号Yのポリペプチドフラグメントは、本発明によって特に意図される。さら
に、これらのドメインをコードするポリヌクレオチドもまた、意図される。
【0261】 他の好ましいポリペプチドフラグメントは、生物学的に活性なフラグメントで
ある。生物学的に活性なフラグメントは、類似の活性を示すが本発明のポリペプ
チドの活性とは必ずしも同一ではないフラグメントである。このフラグメントの
生物学的活性は、改善された所望の活性または減少した所望でない活性を含み得
る。これらのポリペプチドフラグメントをコードするポリヌクレオチドもまた、
本発明に含まれる。
【0262】 好ましくは、本発明のポリヌクレオチドフラグメントは、機能的活性を示すポ
リペプチドをコードする。「機能的活性」を示すポリペプチドとは、本発明のタ
ンパク質の全長(完全)ポリペプチドと関連した1つ以上の公知の機能的活性を
示し得るポリペプチドを意味する。このような機能的活性としては、生物学的活
性、抗原性[本発明のポリペプチドに対する抗体に結合する(または結合するこ
とについて、本発明のポリペプチドと競合する)能力]、免疫原性(本発明のポ
リペプチドに結合する抗体を生成する能力)、本発明のポリペプチドと多量体を
形成する能力、および本発明のポリペプチドについてのレセプターまたはリガン
ドに結合する能力が挙げられるが、これらに限定されない。
【0263】 本発明のポリペプチド、ならびにそれらのフラグメント、改変体、誘導体、お
よびアナログの機能的活性は、種々の方法によってアッセイされ得る。
【0264】 例えば、本発明のポリペプチドの抗体への結合について本発明の全長ポリペプ
チドに結合するかまたはそれと競合する能力についてアッセイする、1つの実施
形態では、当該分野で公知の種々の免疫アッセイが、用いられ得る。このような
アッセイとしては、ラジオイムノアッセイ、ELISA(酵素結合免疫吸着アッ
セイ)、「サンドイッチ」免疫アッセイ、免疫放射分析アッセイ、ゲル拡散沈降
反応、免疫拡散アッセイ、インサイチュ免疫アッセイ(例えば、コロイド金、酵
素または放射性同位体標識を用いる)、ウェスタンブロット、沈降反応、凝集ア
ッセイ(例えば、ゲル凝集アッセイ、血球凝集アッセイ)、補体結合アッセイ、
免疫蛍光アッセイ、プロテインAアッセイ、および免疫電気泳動アッセイなどの
ような技術を用いる競合および非競合アッセイ系が挙げられるが、これらに限定
されない。1つの実施形態では、抗体結合が、一次抗体上の標識を検出すること
によって検出される。別の実施形態では、この一次抗体は、この一次抗体に対す
る二次抗体または試薬の結合を検出することによって検出される。さらなる実施
形態では、この二次抗体が標識される。多くの手段が、免疫アッセイにおける結
合の検出について当該分野で公知であり、そして本発明の範囲内である。
【0265】 別の実施形態では、同定された本発明のポリペプチドについてのリガンド、ま
たは本発明のポリペプチドフラグメント、改変体、もしくは誘導体が多量体化す
る能力が評価される場合、結合が、例えば、還元および非還元ゲルクロマトグラ
フィー、タンパク質アフィニティークロマトグラフィー、ならびにアフィニティ
ーブロッティングのような当該分野で周知の手段によって、アッセイされ得る。
一般には、Phizicky,E.ら、1995、Microbiol.Rev
.59:94−123を参照のこと。別の実施形態では、その基質への本発明の
ポリペプチドの結合の生理学的相関(シグナル伝達)がアッセイされ得る。
【0266】 さらに、本明細書中に記載のアッセイ(実施例を参照のこと)および当該分野
で公知の他のアッセイは、本発明のポリペプチドならびにそれらのフラグメント
、改変体、誘導体、およびアナログが、本発明のポリペプチドの生物学的活性に
関連した関連の生物学的活性を(インビトロまたはインビボのいずれかで)誘発
する能力を測定するために、慣用的に適用され得る。他の方法は、当業者に公知
であり、そして本発明の範囲内である。
【0267】 (エピトープおよび抗体) 本発明は、配列番号Yのアミノ酸配列を有するポリペプチドのエピトープ、ま
たはATCC寄託番号Zに含まれるポリヌクレオチド配列によって、もしくは配
列番号Xの配列の相補体にハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコード
されるポリペプチド配列のエピトープ、または上記で規定されたようなストリン
ジェントなハイブリダイゼーション条件下もしくはより低いストリンジェンシー
のハイブリダイゼーション条件下でATCC寄託番号Zに含まれるポリヌクレオ
チド配列によってコードされるポリペプチド配列のエピトープを含むか、あるい
はそれらからなるポリペプチドを含む。本発明はさらに、本発明のポリペプチド
配列(例えば、配列番号Xで開示された配列)のエピトープをコードするポリヌ
クレオチド配列、本発明のエピトープをコードするポリヌクレオチド配列の相補
鎖のポリヌクレオチド配列、および上記で定義されたストリンジェントなハイブ
リダイゼーション条件またはより低いストリンジェンシーのハイブリダイゼーシ
ョン条件で相補鎖にハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を含む。
【0268】 本明細書中で使用される用語「エピトープ」とは、動物、好ましくは哺乳動物
、そして最も好ましくはヒトにおいて抗原性活性または免疫原性活性を有するポ
リペプチドの部分をいう。好ましい実施形態において、本発明は、このポリペプ
チドをコードするエピトープならびにポリヌクレオチドを含むポリペプチドを含
む。本明細書で使用される場合、「免疫原性エピトープ」は、動物における抗体
応答を誘発するタンパク質の一部分として定義され、当該分野で公知の任意の方
法(例えば、以下に記載された抗体作製の方法)によって測定された。(例えば
、Geysenら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:3
998−4002(1983)を参照のこと)。本明細書中で使用される場合、
用語「抗原性エピトープ」とは、当該分野で周知の任意の方法(例えば、本明細
書中に記載されたイムノアッセイ)によって測定されるように、抗体がその抗原
に免疫特異的に結合し得るタンパク質の一部として定義される。免疫特異的な結
合は、非特異的な結合を除外するが、必ずしも他の抗原との交差反応性を除外す
る必要はない。抗原性エピトープは、必ずしも免疫原性を必要とはしない。
【0269】 エピトープとして機能するフラグメントは、任意の従来の手段により作製され
得る。(例えば、Houghten、Proc.Natl.Acad.Sci.
USA 82:5131−5135(1985)(米国特許第4,631,21
1号にさらに記載される)を参照のこと)。
【0270】 本発明において、抗原性エピトープは、好ましくは、少なくとも4個、少なく
とも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、より好ましくは少なくとも8個、
少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少
なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも20個、少
なくとも25個、少なくとも30個、少なくとも40個、少なくとも50個、そ
して最も好ましくは約15〜約30個の間のアミノ酸の配列を含む。好ましいポ
リペプチドは、少なくとも10、15、20、25、30、35、40、45、
50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、または100
アミノ酸残基長の免疫原性エピトープあるいは抗原性エピトープを含む。さらな
る非排他的な好ましい抗原性エピトープは、本明細書で開示された抗原性エピト
ープ、ならびにそれらの一部を含む。抗原性エピトープは、例えば、このエピト
ープに特異的に結合する抗体(モノクローナル抗体を含む)を惹起するために有
用である。好ましい抗原性エピトープは、本明細書に開示された抗原性エピトー
プ、ならびにこれらの抗原性エピトープの2つ、3つ、4つ、5つ以上の任意の
組み合わせを含む。抗原性エピトープは、イムノアッセイの標的分子として使用
され得る。(例えば、Wilsonら、Cell 37:767−778(19
84);Sutcliffeら、Science 219:660−666(1
983)を参照のこと)。
【0271】 同様に、免疫原性のエピトープを使用して、例えば、当該分野で周知の方法に
従って抗体を誘導し得る。(例えば、Sutcliffeら(前出);Wils
onら(前出);Chowら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA
82:910−914;およびBittleら、J.Gen.Virol.6
6:2347−2354(1985)を参照のこと)。好ましい免疫原性エピト
ープは、本明細書で開示された免疫原性エピトープ、ならびにこれらの免疫原性
エピトープの2つ、3つ、4つ、5つ以上の任意の組み合わせを含む。1つ以上
の免疫原性エピトープを含むポリペプチドは、キャリアタンパク質(例えば、ア
ルブミン)とともに動物系(例えば、ウサギまたはマウス)に対する抗体応答を
惹起するために提示され得るか、または、そのポリペプチドが十分に長い場合で
は(少なくとも約25アミノ酸)、このポリペプチドはキャリアなしで提示され
得る。しかし、8〜10程度のわずかなアミノ酸を含む免疫原性エピトープが、
変性されたポリペプチドの直鎖エピトープに(少なくとも)結合し得る抗体を惹
起するのに十分であることが示された(例えば、ウエスタンブロッティングにお
いて)。
【0272】 本発明のエピトープ保有ポリペプチドは、当該分野で周知の方法に従って抗体
を誘導するために使用され得る。この方法としては、インビボ免疫、インビトロ
免疫、およびファージディスプレイ法が挙げられるが、それらに限定されない。
例えば、Sutcliffeら,前出;Wilsonら,前出;およびBitt
leら,J.Gen.Virol.,66:2347−2354(1985)を
参照のこと。インビボ免疫を使用する場合、動物を遊離ペプチドを用いて免疫し
得る;しかし、抗ペプチド抗体力価は、高分子キャリア(例えば、キーホールリ
ンペットヘモシアニン(hemacyanin)(KLH)または破傷風トキソ
イド)にペプチドを結合させることによりブーストされ得る。例えば、システイ
ン残基を含むペプチドは、マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシンイミ
ドエステル(MBS)のようなリンカーを用いてキャリアに結合され得る。その
一方、他のペプチドは、より一般的な結合剤(例えば、グルタルアルデヒド)を
用いてキャリアに結合され得る。ウサギ、ラット、およびマウスのような動物は
、遊離のペプチドまたはキャリア結合ペプチドのいずれかを用いて、例えば、エ
マルジョン(約100μgのペプチドまたはキャリアタンパク質およびフロイン
トアジュバントまたは免疫応答を刺激すると知られる任意の他のアジュバントを
含む)の腹腔内注射および/または皮内注射により免疫される。いくつかのブー
スター注射が、抗ペプチド抗体の有用な力価を提供するために、例えば、約2週
間の間隔で、必要とされ得る。この力価は、例えば、固体表面に吸着した遊離の
ペプチドを用いるELISAアッセイにより検出され得る。免疫した動物由来の
血清中の抗ペプチド抗体の力価は、抗ペプチド抗体の選択(例えば、当該分野で
周知の方法に従う固体支持体上のペプチドの吸着および選択された抗体の溶出に
よる)により上昇し得る。
【0273】 当業者に理解されるように、そして上記で考察されるように、免疫原性エピト
ープまたは抗原性エピトープを含む本発明のポリペプチドは、他のポリペプチド
配列に融合され得る。例えば、本発明のポリペプチドは、免疫グロブリン(Ig
A、IgE、IgG、IgM)の定常ドメインまたはそれらの部分(CH1、C
H2、CH3、またはそれらの任意の組み合わせおよびそれらの部分)と融合さ
れ得、キメラポリペプチドを生じる。このような融合タンパク質は、精製を容易
にし得、そしてインビボでの半減期を増大させ得る。これは、ヒトCD4−ポリ
ペプチドの最初の2つのドメインおよび哺乳動物の免疫グロブリンの重鎖または
軽鎖の定常領域の種々のドメインからなるキメラタンパク質について示されてい
る。例えば、EP 394,827;Trauneckerら、Nature,
331:84〜86(1988)を参照のこと。上皮の障壁を横切る抗原の免疫
系への増強された送達は、IgGまたはFcフラグメントのようなFcRn結合
パートナーへ結合された抗原(例えば、インシュリン)について実証された(例
えば、PCT公開WO96/22024および同WO99/04813を参照の
こと)。IgG部分のジスルフィド結合に起因するジスルフィド結合二量体構造
を有するIgG融合タンパク質はまた、単量体ポリペプチドまたはそれらのフラ
グメント単独よりも、他の分子の結合および中和においてより効果的であること
が見出された。例えば、Fountoulakisら,J.Biochem.,
270:3958−3964(1995)を参照のこと。上記のエピトープをコ
ードする核酸はまた、エピトープタグ(例えば、赤血球凝集素(「HA」)タグ
またはフラッグ(flag)タグ)として目的の遺伝子と組換えられ、発現され
たポリペプチドの検出および精製を補助し得る。例えば、Janknechtら
によって記載される系は、ヒト細胞株中で発現される非変性融合タンパク質の容
易な精製を可能にする(Janknecht ら、1991、Proc.Nat
l.Acad.Sci.USA 88:8972−897)。この系において、
目的の遺伝子はワクシニア組換えプラスミドへサブクローン化され、その結果、
この遺伝子のオープンリーディングフレームが、6つのヒスチジン残基からなる
アミノ末端タグへ翻訳時に融合される。このタグは、融合タンパク質についての
基質結合ドメインとしての機能を果たす。組換えワクシニアウイルスを用いて感
染された細胞からの抽出物は、Ni2+ニトリロ酢酸−アガロースカラム上へロ
ードされ、そしてヒスチジンタグ化タンパク質は、イミダゾール含有緩衝液を用
いて選択的に溶出され得る。
【0274】 本発明のさらなる融合タンパク質は、遺伝子シャッフリング、モチーフシャッ
フリング、エキソンシャッフリング、および/またはコドンシャッフリング(総
称して「DNAシャッフリング」といわれる)の技術を通じて生成され得る。D
NAシャッフリングを利用して、本発明のポリペプチドの活性を調節し得、この
方法を使用することにより、改変された活性を有するポリペプチド、ならびにこ
れらのポリペプチドのアゴニストおよびアンタゴニストを生成し得る。一般には
、米国特許第5,605,793号;同第5,811,238号;同第5,83
0,721号;同第5,834,252号;および同第5,837,458号、
ならびにPattenら、Curr.Opinion Biotechnol.
8:724−33(1997);Harayama,Trends Biote
chnol.16(2):76−82(1998);Hanssonら、J.M
ol.Biol.287:265−76(1999);ならびにLorenzo
およびBlasco,Biotechniques 24(2):308−13
(1998)(これらの特許および刊行物の各々が本明細書によってその全体に
おいて参考として援用される)を参照のこと。1つの実施形態において、配列番
号Xに対応するポリヌクレオチドおよびこれらのポリヌクレオチドによってコー
ドされるポリペプチドの改変は、DNAシャッフリングにより達成され得る。D
NAシャッフリングは、相同組換えまたは部位特異的組換えにより、ポリヌクレ
オチド配列において変化を生じるように2つ以上のDNAセグメントをアセンブ
ルすることを含む。別の実施形態において、本発明のポリヌクレオチドまたはそ
のコードされるポリペプチドは、組換え前に、誤りがちの(error−pro
ne)PCR、ランダムヌクレオチド挿入または他の方法による、ランダム変異
誘発に供されることによって改変され得る。別の実施形態において、本発明のポ
リペプチドをコードするポリヌクレオチドの1つ以上の成分、モチーフ、セクシ
ョン、部分、ドメイン、フラグメントなどは、1つ以上の異種分子の、1つ以上
の成分、モチーフ、セクション、部分、ドメイン、フラグメントなどと組換えら
れ得る。
【0275】 (抗体) さらに、本発明のポリペプチドは、(特異的な抗体抗原結合をアッセイするた
めの当該分野で周知のイムノアッセイによって決定されるような)本発明の、ポ
リペプチド、ポリペプチドフラグメント、または配列番号Yの改変体、および/
またはエピトープに免疫特異的に結合する抗体およびT細胞抗原レセプター(T
CR)に関する。本発明の抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、
多重特異的抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体、単鎖抗体、Fabフ
ラグメント、F(ab’)フラグメント、Fab発現ライブラリーによって産生
されるフラグメント、抗イディオタイプ(抗Id)抗体(例えば、本発明の抗体
に対する抗Id抗体を含む)、および上記のいずれかのエピトープ結合フラグメ
ントを含むが、限定されない。本明細書中で使用される場合、用語「抗体」とは
、免疫グロブリン分子および免疫グロリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわ
ち、免疫特異的に抗原に結合する抗原結合部位を含む分子をいう。本発明の免疫
グロブリン分子は、免疫グロブリン分子の任意の型(例えば、IgG、IgE、
IgM、IgD、IgA、およびIgY)、任意のクラス(例えば、IgG1、
IgG2、IgG3、IgG4、IgA1およびIgA2)または任意のサブク
ラスであり得る。
【0276】 最も好ましくは、この抗体は、本発明のヒト抗原結合抗体フラグメントであり
、これには、Fab、Fab’およびF(ab’)2、Fd、単鎖Fvs(sc
Fv)、単鎖抗体、ジスルフィド結合Fvs(sdFv)ならびにVLまたはV
Hドメインのいずれかを含むフラグメントが挙げられるがこれらに限定されない
。単鎖抗体を含む抗原結合抗体フラグメントは、可変領域を単独で、または以下
の全体もしくは部分と組み合わせて含み得る:ヒンジ領域、CH1ドメイン、C
H2ドメインおよびCH3ドメイン。また、可変領域とヒンジ領域、CH1ドメ
イン、CH2ドメインおよびCH3ドメインとの任意の組み合わせもまた含む抗
原結合フラグメントがまた本発明に含まれる。本発明の抗体は、鳥類および哺乳
動物を含む任意の動物起源由来であり得る。好ましくは、この抗体は、ヒト、ネ
ズミ(murine)(例えば、マウスおよびウサギ)、ロバ、シップウサギ(
ship rabbit)、ヤギ、モルモット、ラクダ、ウマ、またはニワトリ
である。本明細書中で使用される場合、「ヒト」抗体は、ヒト免疫グロブリンの
アミノ酸配列を有する抗体を含み、そしてヒト免疫グロブリンライブラリーまた
は1つ以上のヒト免疫グロブリンについてトランスジェニックであり、そして内
因性免疫グロブリンを発現しない動物から単離さた抗体(下に記載のように、お
よび例えば、Kucherlapatiらによる米国特許第5,939,598
号において記載のような)を含む。
【0277】 本発明の抗体は、一重特異的、二重特異的、三重特異的またはより多くの多重
特異性の抗体であり得る。多重特異的な抗体は、本発明のポリペプチドの異なる
エピトープに対して特異的であり得るか、または本発明のポリペプチドおよび異
種のエピトープ(例えば、異種ポリペプチドもしくは固体支持体物質)、の両方
に特異的であり得る。例えば、PCT公開WO 93/17715;同WO 9
2/08802;同WO 91/00360;同WO 92/05793;Tu
ttら、J.Immunol.147:60−69(1991);米国特許第4
,474,893号、同第4,714,681号、同第4,925,648号、
同第5,573,920号、同第5,601,819号;Kostelnyら、
J.Imunol.148:1547−1553(1992)を参照のこと。
【0278】 本発明の抗体は、これらが認識または特異的に結合する、本発明のポリペプチ
ドのエピトープまたは部分に関して記載または特定化され得る。このエピトープ
またはポリペプチドの部分は、例えば、N末端およびC末端位置によって、連続
するアミノ酸残基におけるサイズによって本明細書中に記載されるように、また
は表および図に列挙されるように、特定化され得る。本発明の任意のエピトープ
またはポリペプチドに特異的に結合する抗体はまた、排除され得る。従って、本
発明は、本発明のポリペプチドを特異的に結合し、そして本発明のポリペプチド
の排除を可能にする抗体を含む。
【0279】 本発明の抗体はまた、その交差反応性について記載または特定化され得る。本
発明のポリペプチドの任意の他のアナログ、オーソログまたはホモログを結合し
ない抗体が、含まれる。本発明のポリペプチドに対して少なくとも95%、少な
くとも90%、少なくとも85%、少なくとも80%、少なくとも75%、少な
くとも70%、少なくとも65%、少なくとも60%、少なくとも55%および
少なくとも50%の同一性(当該分野で公知の方法および本明細書中に記載され
る方法を用いて計算されるように)を有するポリペプチドを結合する抗体もまた
、本発明に含まれる。特定の実施形態において、本発明の抗体は、ヒトタンパク
質の、マウスホモログ、ラットホモログおよび/またはウサギホモログならびに
対応するそれらのエピトープと交差反応する。本発明のポリペプチドに対して9
5%未満、90%未満、85%未満、80%未満、75%未満、70%未満、6
5%未満、60%未満、55%未満および50%未満の同一性(当該分野で公知
の方法および本明細書中に記載される方法を用いて計算されるように)を有する
ポリペプチドを結合しない抗体もまた、本発明に含まれる。特定の実施形態にお
いて、上記の交差反応性は、本明細書中に開示された、任意の単一特異的な抗原
性または免疫原性ポリペプチド、あるいは2、3、4、5以上の特異的抗原性お
よび/または免疫原生ポリペプチドの組み合わせに関する。さらに、ストリンジ
ェントなハイブリダイゼーション条件下(本明細書中で記載されるような)で本
発明のポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードさ
れるポリペプチドを結合する抗体が、本発明に含まれる。本発明の抗体はまた、
本発明のポリペプチドに対するそれらの結合親和性について記載または特定化さ
れ得る。好ましい結合親和性としては、5×10-2M未満、10-2M未満、5×
10-3M未満、10-3M未満、5×10-4M未満、10-4M未満、5×10-5
未満、10-5M未満、5×10-6M未満、10-6M未満、5×10-7M未満、1
-7M未満、5×10-8M未満、10-8M未満、5×10-9M未満、10-9M未
満、5×10-10M未満、10-10M未満、5×10-11M未満、10-11M未満、
5×10-12M未満、10-12M未満、5×10-13M未満、10-13M未満、5×
10-14M未満、10-14M未満、5×10-15M未満または10-15M未満の解離
定数すなわちKdを有する親和性が挙げられる。
【0280】 本発明はまた、競合性結合を決定するための当該分野で公知の任意の方法(例
えば、本明細書中で記載されるイムノアッセイ)によって決定されるような、本
発明のエピトープに対する抗体の結合を競合的に阻害する抗体を提供する。好ま
しい実施形態において、この抗体は、少なくとも95%、少なくとも90%、少
なくとも85%、少なくとも80%、少なくとも75%、少なくとも70%、少
なくとも60%、または少なくとも50%、エピトープへの結合を競合的に阻害
する。
【0281】 本発明の抗体は、本発明のポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストと
して作用し得る。例えば、本発明は、本発明のポリペプチドとのレセプター/リ
ガンド相互作用を部分的または完全にのいずれかで破壊する抗体を含む。好まし
くは、本発明の抗体は、本明細書中で開示された抗原性エピトープ、またはその
部分を結合する。本発明は、レセプター特異的抗体およびリガンド特異的抗体の
両方の特徴を有する。本発明はまた、リガンド結合を妨害しないがレセプター活
性化を妨害するレセプター特異的抗体の特徴を有する。レセプター活性化(すな
わち、シグナル伝達)は、本明細書中に記載の技術、そうでなければ、当該分野
で公知の技術により決定され得る。例えば、レセプター活性化は、レセプターの
リン酸化(例えば、チロシンまたはセリン/トレオニン)、または免疫沈降それ
に続いてウェスタンブロット分析(例えば、上記のような)によってその基質を
検出することにより、決定され得る。特定の実施形態において、この抗体の非存
在下で、リガンド活性またはレセプター活性を、その活性の少なくとも95%、
少なくとも90%、少なくとも85%、少なくとも80%、少なくとも75%、
少なくとも70%、少なくとも60%、または少なくとも50%阻害する抗体が
提供される。
【0282】 本発明はまた、リガンド結合およびレセプター活性化の両方を妨げるレセプタ
ー特異的抗体、ならびにレセプターリガンド複合体を認識し、そして好ましくは
、結合していないレセプターまたは結合していないリガンドを特異的に認識しな
いレセプター特異的抗体の特徴を有する。同様に、本発明は、リガンドと結合し
、そしてレセプターへのリガンドの結合を妨げる中和抗体、およびリガントと結
合し、それによりレセプター活性化を妨げるが、リガンドがレセプターを結合す
ることを妨げない抗体を含む。さらに、本発明は、レセプターを活性化する抗体
を含む。これらの抗体は、レセプターアゴニストとして作用し得、すなわち、例
えば、レセプターの二量化を誘発することによってリガンド媒介レセプター活性
化の生物学的活性化の全てまたはサブセットのいずれかを増強するかまたは活性
化し得る。この抗体は、本明細書中に開示される本発明のペプチドの特異的生物
学的活性を含む生物学的活性についてのアゴニスト、アンタゴニストまたは逆ア
ゴニストとして特定化され得る。上記抗体アゴニストは、当該分野で公知の方法
を用いて作製され得る。例えば、PCT公開WO96/40281;米国特許第
5,811,097号;Dengら、Blood 92(6):1981−19
88(1998);Chenら、Cancer Res.58(16):366
8−3678(1998);Harropら、J.Immunol.161(4
):1786−1794(1998);Zhuら、Cancer Res:58
(15):3209−3214(1998);Yoonら、J.Immunol
.160(7):3170−3179(1998);Pratら、J.Cell
.Sci.111(Pt2):237−247(1998);Pitardら、
J.Immunol.Methods 205(2):177−190(199
7);Liautardら、Cytokine 9(4):233−241(1
997);Carlsonら、J.Biol.Chem.272(17):11
295−11301(1997);Tarymanら、Neuron 14(4
):755−762(1995);Mullerら、Structure 6(
9):1153−1167(1998);Bartunekら、Cytokin
e 8(1):14−20(1996)(上記の文献は、全て、その全体が参考
として本明細書中に援用される)を参照のこと。
【0283】 本発明の抗体は、例えば、これらに限定されないが、本発明のポリペプチドを
精製し、検出し、そして標的化するために使用され得る。これらは、インビトロ
およびインビボの両方での診断方法および治療方法を含む。例えば、この抗体は
、生物学的サンプルにおける本発明のポリペプチドのレベルを定性的におよび定
量的に測定するためのイムノアッセイにおける使用を有する。例えば、Harl
owら,Antibodies:A Laboratory Manual,(
Cold Spring Harbor Laboratory Press,
第2版,1988)(本明細書中でその全体が参照として援用される)を参照の
こと。
【0284】 以下にさらに詳細に議論されるように、本発明の抗体は、単独または他の化合
物との組み合わせのいずれかで使用され得る。この抗体はさらに、ポリペプチド
または他の化合物へN末端でもしくはC末端で異種ポリペプチドに組換え的に融
合され得るか、または化学的に結合(共有結合および非共有結合を含む)され得
る。例えば、本発明の抗体は、検出アッセイにおける標識として有用な分子およ
び異種ポリペプチド、薬剤、放射性核種、または毒素のようなエフェクター分子
へ組換え的に融合または結合され得る。例えば、PCT公開WO92/0849
5;WO91/14438;WO89/12624;米国特許第5,314,9
95号;および欧州特許第396,387号を参照のこと。
【0285】 本発明の抗体は、改変された(すなわち、共有結合性付着(covalent
attachment)が、抗体が抗イディオタイプ応答を産生するのを妨げ
ないような、抗体に対する任意の型の分子の共有結合性付着による)誘導体を含
む。例えば、制限されないが、抗体誘導体には、例えば、グリコシル化、アセチ
ル化、ぺグ化(pegylation)、リン酸化(phosphylatio
n)、アミド化、既知の保護基/ブロック基(blocking group)
による誘導体化、タンパク質分解性切断、細胞性リガンドまたは他のタンパク質
への連結などによって改変された抗体が挙げられる。多数の任意の化学的改変が
、特異的化学切断、アセチル化、ホルミル化、ツニカマイシンの代謝的合成など
を含むが、これらに制限されない公知の技術によって実行され得る。さらに、誘
導体は、1つ以上の非古典的アミノ酸を含み得る。
【0286】 本発明の抗体は、当該分野で公知の任意の適切な方法によって産生され得る。
目的の抗原に対するポリクローナル抗体は、当該分野で周知の種々の手順によっ
て産生され得る。例えば、本発明のポリペプチドが種々の宿主動物(ウサギ、マ
ウス、ラットなどを含むがこれらに限定されない)に投与されて、抗原に対して
特異的なポリクローナル抗体を含む血清の産生を誘導し得る。種々のアジュバン
トが、宿主種に依存して、免疫学的応答を増加させるために使用され得、そして
フロイント(完全および不完全)、水酸化アルミニウムのようなミネラルゲル(
mineral gel)、リゾレシチンのような界面活性物質、プルロニック
(pluronic)ポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油性乳剤、キーホ
ールリンペットヘモシアニン、ジニトロフェノール、ならびにBCG(カルメッ
ト−ゲラン杆菌)およびcorynebacterium parvumのよう
な潜在的に有用なヒトアジュバントを含むが、これらに限定されない。このよう
なアジュバントはまた、当該分野で周知である。
【0287】 モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ、組換え、およびファージディスプレ
イ技術、またはそれらの組み合わせの使用を含む、当該分野で公知の広範な種々
の技術を用いて調製され得る。例えば、モノクローナル抗体は、当該分野で公知
の以下に挙げられるハイブリドーマ技術を使用して産生され得、例えば、Har
lowら、Antibodies:A Laboratory Manual,
(Cold Spring Harbor Laboratory Press
,第2版、1988);Hammerlingら、Monoclonal An
tibodies and T−Cell Hybridomas 563−6
81(Elsevier,N.Y.1981)(上記の参考文献は、その全体が
参考として援用される)に教示される。本明細書中で使用される場合、用語「モ
ノクローナル抗体」とは、ハイブリドーマ技術を通して生成された抗体に限定さ
れない。用語「モノクローナル抗体」とは、任意の真核生物、原核生物、または
ファージクローンを含む単一のクローンに由来する抗体をいい、そしてその生成
される方法に由来する抗体ではない。
【0288】 ハイブリドーマ技術を用いて特異的抗体を産生およびスクリーニングする方法
は、当該分野で慣用的かつ周知であり、そして実施例に詳細に議論される(例え
ば、実施例16)。非限定的な実施例において、マウスは、本発明のポリペプチ
ドまたはそのようなペプチドを発現する細胞を用いて免疫され得る。一旦免疫応
答が検出される(例えば、抗原に特異的な抗体がマウスの血清中に検出される)
と、マウスの脾臓を収集しそして脾細胞を単離する。次に、その脾細胞を周知の
技術によって任意の適切な骨髄腫細胞(例えば、ATCCから入手可能な細胞株
SP20由来の細胞)に融合させる。ハイブリドーマを限界希釈によって選択お
よびクローン化する。次に、ハイブリドーマクローンを、本発明のポリペプチド
に結合し得る抗体を分泌する細胞について、当該分野で公知の方法によってアッ
セイする。一般的に高いレベルの抗体を含む腹水(ascites fluid
)が、陽性ハイブリドーマクローンを用いてマウスを免疫することによって、産
生され得る。
【0289】 従って、本発明は、モノクローナル抗体および本発明の抗体を分泌するハイブ
リドーマ細胞を培養する工程を包含する方法によって産生される抗体を、生成す
る方法を提供し、ここで、好ましくは、このハイブリドーマは、骨髄腫細胞と本
発明の抗原で免疫したマウスから単離された脾細胞とを融合させ、次いで本発明
のポリペプチドと結合し得る抗体を分泌するハイブリドーマクローンについて、
融合物から生じるハイブリドーマをスクリーニングすることによって生成される
【0290】 特定のエピトープを認識する抗体フラグメントは、公知の技術によって生成さ
れ得る。例えば、本発明のFabおよびF(ab’)2フラグメントは、(Fa
bフラグメントを生成するために)パパインまたは(F(ab’)2フラグメン
トを産生するために)ペプシンのような酵素を使用して、免疫グロブリン分子の
タンパク質分解切断によって産生され得る。F(ab’)2フラグメントは、可
変領域、軽鎖定常領域および重鎖のCH1ドメインを含む。
【0291】 例えば、本発明の抗体はまた、当該分野で公知の種々のファージディスプレイ
方法を用いて産生され得る。ファージディスプレイ法において、機能的抗体ドメ
インは、それらをコードするポリヌクレオチド配列を保有するファージ粒子の表
面に提示される。特定の実施形態において、そのようなファージは、レパートリ
ーまたはコンビナトリアル抗体ライブラリー(例えば、ヒトもしくはマウス)か
ら発現される抗原結合ドメインを提示するために利用され得る。目的の抗原に結
合する抗原結合ドメインを発現するファージは、抗原を用いて選択または同定さ
れ得る(例えば、標識した抗体あるいは固体表面またはビーズに結合または捕捉
された抗原を使用する)。これらの方法において用いられるファージは、代表的
には、ファージ遺伝子IIIタンパク質またはファージ遺伝子VIIIタンパク
質のいずれかに組換え的に融合されたFab、Fvまたはジスルフィド安定化さ
れたFvの抗体ドメインを有するファージから発現されたfdおよびM13結合
ドメインを含む糸状ファージ(filamentous phage)である。
本発明の抗体を作製するために用いられ得るファージディスプレイ方法の例とし
ては、以下に開示される方法が挙げられる:Brinkmanら、J.Immu
nol.Methods 182:41−50(1995);Amesら、J.
Immunol.Methods 184:177−186(1995);Ke
ttleboroughら、Eur.J.Immunol.24:952−95
8(1994);Persicら、Gene 187 9−18(1997);
Burtonら、Advances in Immunology 57:19
1−280(1994);PCT出願番号PCT/GB91/01134;PC
T公開WO 90/02809;WO 91/10737;WO 92/010
47;WO 92/18619;WO 93/11236;WO 95/159
82;WO 95/20401;ならびに米国特許第5,698,426号;同
第5,223,409号;同第5,403,484号;同第5,580,717
号;同第5,427,908号;同第5,750,753号;同第5,821,
047号;同第5,571,698号;同第5,427,908号;同第5,5
16,637号;同第5,780,225号;同第5,658,727号;同第
5,733,743号および同第5,969,108号(これらの各々は、本明
細書中でその全体が参考として援用される)。
【0292】 上記参考文献に記載されるように、ファージ選択後、ファージ由来の抗体をコ
ードする領域は、ヒト抗体を含む抗体の全体または任意の他の所望の抗原結合フ
ラグメントを生成するために単離されかつ用いられ得、そして例えば、以下に詳
細が記載されるように、哺乳動物細胞、昆虫細胞、植物細胞、酵母および細菌を
含む任意の所望の宿主において発現され得る。例えば、Fab、Fab’および
F(ab’)2フラグメントを組換え的に産生するための技術はまた、当該分野
で公知の方法を用いて使用され得、このような方法は、以下に開示される:PC
T公開WO 92/22324;Mullinaxら、BioTechniqu
es 12(6):864−869(1992);およびSawaiら、AJR
I 34:26−34(1995);およびBetterら、Science
240:1041−1043(1998)(これらの参考文献は、その全体が参
考として援用される)。
【0293】 単鎖のFvsおよび抗体を産生するために用いられ得る技術の例としては、米
国特許第4,946,778号および同第5,258,498号;Huston
ら、Methods in Enzymology 203:46−88(19
91);Shuら、PNAS 90:7995−7999(1993);および
Skerraら、Science 240:1038−1040(1988)に
記載される技術が挙げられる。ヒトにおける抗体のインビボにおける使用および
インビトロ検出アッセイを含むいくつかの用途のために、キメラ抗体、ヒト化抗
体またはヒト抗体の使用が好ましくあり得る。キメラ抗体とは、抗体の異なる部
分が、異なる動物種に由来する分子(例えば、マウスモノクローナル抗体由来の
可変領域およびヒト免疫グロブリン定常領域を有する抗体)である。キメラ抗体
を産生するための方法は、当該分野において公知である。例えば、Morris
on,Science 229:1202(1985);Oiら、BioTec
hniques 4:214(1986);Gilliesら、(1989)J
.Immunol.Methods 125:191−202;米国特許第5,
807,715号;同第4,816,567号;および同第4,816397号
を参照のこと(これらはそれらの全体が、参考として本明細書中に援用される)
。ヒト化抗体は、非ヒト種由来の1つ以上の相補性決定領域(CDR)およびヒ
ト免疫グロブリン分子由来のフレームワーク領域を有する所望された抗原に結合
する非ヒト種抗体由来の抗体分子である。しばしば、ヒトフレームワーク領域内
のフレームワーク残基は、抗原結合を変化させるため(好ましくは改善させるた
めに)CDRドナー抗体由来の対応残基と置換される。これらフレームワークの
置換は、当該分野で周知の方法によって同定され、例えば、抗原結合に重要なフ
レームワーク残基を同定するためのCDRおよびフレームワーク残基の相互作用
のモデリング、ならびに特定の位置における異常なフレームワーク残基を同定す
るための配列比較による。(例えば、Queenら、米国特許第5,585,0
89号;Riechmannら、Nature 332:323(1988)を
参照のこと(これらはそれらの全体が参考として本明細書中に援用される)。)
抗体は、以下を含む当該分野で公知の種々の技術を用いてヒト化され得る:例え
ば、CDR−移植(欧州特許第239,400号;PCT公開WO 91/09
967;米国特許第5,225,539号;同第5,530,101号および同
第5,585,089号)、ベニヤリング(veneering)またはリサー
フェイシング(resurfacing)(欧州特許第592,106号;同第
519,596号;Padlan、Molecular Immunology
28(4/5):489−498(1991); Studnickaら、P
rotein Engineering 7(6):805−814(1994
);Roguskaら、PNAS 91:969−973(1994))、およ
びチェーンシャッフリング(chain shuffling)(米国特許第5
,565,332号)。
【0294】 完全なヒト抗体は、ヒト患者の治療的処置に対して特に所望される。ヒト抗体
は、ヒト免疫グロブリン配列に由来する抗体ライブラリーを用いた上記のファー
ジディスプレイ法を含む当該分野で公知の種々の方法により作製され得る。米国
特許第4,444,887号、同第4,716,111号;およびPCT公開W
O 98/46645、WO 98/50433、WO 98/24893、W
O 98/16654、WO 96/34096、WO 96/33735、お
よびWO 91/10741;(これらの各々はその全体が参考として本明細書
中に援用される)もまた参照のこと。
【0295】 ヒト抗体はまた、機能的内因性免疫グロブリンの発現は出来ないが、ヒト免疫
グロブリン遺伝子を発現し得るトランスジェニックマウスを用いて産生され得る
。例えば、ヒト重鎖免疫グロブリン遺伝子およびヒト軽鎖免疫グロブリン遺伝子
の複合体は、無作為にまたは相同組換えによってマウス胚性幹細胞に導入され得
る。あるいは、ヒト可変領域、定常領域および多様性領域(diversity
region)は、ヒト重鎖遺伝子およびヒト軽鎖遺伝子に加えて、マウスの
胚性幹細胞に導入され得る。マウス重鎖免疫グロブリン遺伝子およびマウス軽鎖
免疫グロブリン遺伝子は、相同組換えによるヒト免疫グロブリン座の導入と別々
にまたは同時に非機能的にされ得る。特に、JH領域のホモ接合性の欠失は、内
因性抗体の産生を妨げる。改変された胚性幹細胞を増殖させ、そしてキメラマウ
スを産生するために胚盤胞中に微量注入する。次いで、キメラマウスを、ヒト抗
体を発現するホモ接合性の子孫を産生するために繁殖させる。トランスジェニッ
クマウスを、選択された抗原(例えば、本発明のポリペプチドの全体または部分
)を用いて通常の様式で免疫する。抗原に対するモノクローナル抗体は、従来の
ハイブリドーマ技術を用いた免疫したトランスジェニックマウスから得られ得る
。トランスジェニックマウスに保持されたヒト免疫グロブリン導入遺伝子は、B
細胞分化の間に再構成し、そしてその後、クラススイッチングおよび体細胞変異
を受ける。従って、そのような技術の使用によって、治療的に有用なIgG抗体
、IgA抗体、IgM抗体およびIgE抗体の産生が可能である。ヒト抗体を産
生するためのこの技術の概要については、LonbergおよびHuszar、
Int.Rev.Immunol.13:65−93(1995)を参照のこと
。ヒト抗体およびヒトモノクローナル抗体を産生するためのこの技術のならびに
そのような抗体を産生するためのプロトコールの詳細な議論については、例えば
、PCT公開WO98/24893;WO92/01047;WO96/340
96;WO96/33735;欧州特許第0 598 877;米国特許第5,
413,923号;同第5,625,126号;同第5,633,425号;同
第5,569,825号;同第5,661,016号;同第5,545,806
号;同第5,814,318号;同第5,885,793号;同第5,916,
771号;および同第5,939,598号を参照のこと(これらはその全体が
本明細書中に参考として援用される)。さらに、Abgenix,Inc.(F
reemont,CA)およびGenpharm(San Jose,CA)の
ような企業は、上記の技術に類似した技術を用いて選択された抗原に対するヒト
抗体を提供することに従事し得る。
【0296】 選択されたエピトープを完全に認識するヒト抗体を、「ガイドされた(gui
ded)選択」といわれる技術を用いて産生し得る。このアプローチにおいて、
選択された非ヒトモノクローナル抗体(例えば、マウス抗体)は、同じエピトー
プを完全に認識するヒト抗体の選択を導くために使用される。(Jespers
ら、Bio/technology 12:899−903(1988))。
【0297】 さらに、本発明のポリペプチドに対する抗体は、当業者に周知の技術を用いて
本発明のポリペプチドを「模倣する」抗イディオタイプ抗体を産生するために順
々に利用され得る。(例えば、GreenspanおよびBona、FASEB
J.7(5):437−444;(1989)およびNissinoff,J
.Immunol.147(8):2429−2438(1991)を参照のこ
と。)例えば、結合し、そしてポリペプチドの多量体化(multimeriz
ation)および/またはリガンドに対する本発明のポリペプチドの結合を競
合的に阻害する抗体が、ポリペプチドの多量体化ドメインおよび/または結合ド
メインを「模倣する」抗イディオタイプを産生するために使用され得、そして結
果としてポリペプチドおよび/またはそのリガンドに結合し、そして中和する。
このような抗イディオタイプまたはそのような抗イディオタイプのFabフラグ
メントの中和は、ポリペプチドリガンドを中和するための治療的レジメンに使用
され得る。例えば、そのような抗イディオタイプ抗体は、本発明のポリペプチド
に結合するためおよび/またはそのリガンド/レセプターに結合するために使用
され得、そしてそれによってその生物学的活性がブロックされる。
【0298】 (抗体をコードするポリヌクレオチド) 本発明はさらに、本発明の抗体およびそのフラグメントをコードするヌクレオ
チド配列を含むポリヌクレオチドを提供する。本発明はまた、ストリンジェント
な、またはより低いストリジェンシーなハイブリダイゼーション条件下で(例え
ば、上記に定義されるような)抗体(好ましくは、本発明のポリペプチドと特異
的に結合する、好ましくは、配列番号Yのアミノ酸配列を有するポリペプチドに
結合する抗体)をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレ
オチドを含む。
【0299】 ポリヌクレオチドが、当該分野で公知の任意の方法によって得られ得、そして
そのポリヌクレオチドのヌクレオチド配列が決定される。例えば、抗体のヌクレ
オチド配列が知られている場合、この抗体をコードするポリヌクレオチドは、化
学的に合成されたオリゴヌクレオチドから構築され得(例えば、Kutmeie
rら、BioTechniques 17:242(1994)に記載されるよ
うな)、これは、簡単にいうと、以下の工程を包含する:この抗体をコードする
配列の部分を含むオーバーラップするオリゴヌクレオチドの合成、これらのオリ
ゴヌクレオチドのアニーリングおよび連結、次いでPCRによる連結されたオリ
ゴヌクレオチドの増幅。
【0300】 あるいは、抗体をコードするポリヌクレオチドは、適切な供給源からの核酸か
ら生成され得る。特定の抗体をコードする核酸を含むクローンは入手不可能だが
、その抗体分子の配列が既知である場合、その免疫グロブリンをコードする核酸
は、化学的に合成され得るか、あるいは適切な供給源(例えば、抗体cDNAラ
イブラリー、または抗体を発現する任意の組織もしくは細胞(例えば、本発明の
抗体の発現のために選択されたハイブリドーマ細胞)から生成されたcDNAラ
イブラリー、またはそれから単離された核酸(好ましくはポリA+RNA))か
ら、例えば、その抗体をコードするcDNAライブラリーからのcDNAクロー
ンを同定するために、配列の3’末端および5’末端にハイブリダイズ可能な合
成プライマーを使用するPCR増幅によって、または特定の遺伝子配列に特異的
なオリゴヌクレオチドプローブを使用するクローニングによって得られ得る。P
CRによって生成された増幅された核酸は、次いで、当該分野で周知の任意の方
法を用いて、複製可能なクローニングベクターにクローニングされ得る。
【0301】 一旦、抗体のヌクレオチド配列および対応するアミノ酸配列が決定されると、
抗体のヌクレオチド配列は、ヌクレオチド配列の操作について当該分野で周知の
方法(例えば、組換えDNA技術、部位特異的変異誘発、PCRなど(例えば、
Sambrookら、1990,Molecular Cloning,A L
aboratory Manual,第2版、Cold Spring Har
bor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY
およびAusubelら編、1998,Current Protocols
in Molecular Biology,John Wiley&Sons
,NYに記載の技術を参照のこと。これらは両方がその全体において本明細書に
参考として援用される。))を用いて操作され、例えば、アミノ酸の置換、欠失
、および/または挿入を作製するように異なるアミノ酸配列を有する抗体を生成
し得る。
【0302】 特定の実施形態において、重鎖および/または軽鎖の可変ドメインのアミノ酸
配列は、相補性決定領域(CDR)の配列の同定のために、当該分野において周
知の方法によって(例えば、配列超可変性の領域を決定するために、他の重鎖、
および軽鎖の可変領域を既知のアミノ酸配列と比較することによって)調べられ
得る。慣用的な組換えDNA技術を用いて、1つ以上のCDRが、前述のように
フレームワーク領域内に(例えば、非ヒト抗体をヒト化するために、ヒトフレー
ムワーク領域中に)挿入され得る。このフレームワーク領域は天然に存在し得る
か、またはコンセンサスフレームワーク領域であり得、そして好ましくはヒトフ
レームワーク領域であり得る(例えば、列挙したヒトフレームワーク領域につい
ては、Chothiaら、J.Mol.Biol.278:457−479(1
998)を参照のこと)。好ましくは、フレームワーク領域およびCDRの組み
合わせによって生成されたポリヌクレオチドは、本発明のポリペプチドに特異的
に結合する抗体をコードする。好ましくは、上記に議論されるように、1つ以上
のアミノ酸置換は、フレームワーク領域内で作製され得、そして好ましくは、そ
のアミノ酸置換は、抗体のその抗原への結合を改善する。さらに、このような方
法は、1つ以上の鎖内ジスルフィド結合が欠如した抗体分子を生成するように、
鎖内ジスルフィド結合に関与する1つ以上の可変領域のシステイン残基のアミノ
酸置換または欠失を作製するために使用され得る。ポリヌクレオチドへの他の変
更は、本発明によって、および当該分野の技術において包含される。
【0303】 さらに、適切な抗原特異性のマウス抗体分子由来の遺伝子を、適切な生物学的
活性のヒト抗体分子由来の遺伝子と共にスプライシングさせることによって、「
キメラ抗体」を産生するために開発された技術(Morrisonら、Proc
.Natl.Acad.Sci.81:851−855(1984);Neub
ergerら、Nature 312:604−608(1984);Take
daら、Nature 314:452−454(1985))が使用され得る
。上記のように、キメラ抗体は、異なる部分が異なる動物種に由来する分子であ
り、このような分子は、マウスmAbおよびヒト免疫グロブリンの定常領域由来
の可変領域を有する(例えば、ヒト化抗体)。
【0304】 あるいは、単鎖抗体の産生に関する記載された技術(米国特許第4,946,
778号;Bird、Science 242:423−42(1988);H
ustonら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:587
9−5883(1988);およびWardら、Nature 334:544
−54(1989))が、単鎖抗体の産生に適応され得る。単鎖抗体は、Fv領
域の重鎖フラグメントおよび軽鎖フラグメントがアミノ酸架橋を介して連結され
れることによって形成され、単鎖ポリペプチドを生じる。E.coliにおける
機能性Fvフラグメントのアセンブリのための技術もまた、使用され得る(Sk
erraら、Science 242:1038−1041(1988))。
【0305】 (抗体を産生する方法) 本発明の抗体は、抗体を合成するための当該分野で公知の任意の方法によって
、特に、化学合成によって、または、好ましくは、組換え発現技術によって産生
され得る。
【0306】 本発明の抗体、またはそのフラグメント、誘導体もしくはアナログ(例えば、
本発明の抗体の重鎖もしくは軽鎖または本発明の単鎖抗体)の組換え発現は、そ
の抗体をコードするポリヌクレオチドを含有する発現ベクターの構築を必要とす
る。一旦、本発明の抗体分子または抗体の重鎖もしくは軽鎖、あるいはそれらの
部分(好ましくは、重鎖または軽鎖の可変ドメインを含有する)をコードするポ
リヌクレオチドが得られると、抗体分子の産生のためのベクターは、当該分野で
周知の技術を用いる組換えDNA技術によって生成され得る。従って、抗体をコ
ードするヌクレオチド配列を含有するポリヌクレオチドの発現によってタンパク
質を調製するための方法は、本明細書に記載される。当業者に周知の方法は、抗
体をコードする配列ならびに適切な転写制御シグナルおよび翻訳制御シグナルを
含有する発現ベクターの構築のために使用され得る。これらの方法には、例えば
、インビトロの組換えDNA技術、合成技術、およびインビボの遺伝子組換えが
挙げられる。従って、本発明は、プロモーターに作動可能に連結された、本発明
の抗体分子、あるいはその重鎖もしくは軽鎖、または重鎖もしくは軽鎖の可変ド
メインをコードするヌクレオチド配列を含む、複製可能なベクターを提供する。
このようなベクターは、抗体分子の定常領域(例えば、PCT公開 WO86/
05807;PCT公開 WO89/01036;および米国特許第5,122
,464号を参照のこと)をコードするヌクレオチド配列を含み得、そしてこの
抗体の可変ドメインは、重鎖または軽鎖の全体の発現のためにこのようなベクタ
ーにクローニングされ得る。
【0307】 この発現ベクターは、従来技術によって宿主細胞へと移入され、そしてこのト
ランスフェクトされた細胞は、次いで、本発明の抗体を産生するために、従来技
術によって培養される。従って、本発明は、異種プロモーターに作動可能に連結
された、本発明の抗体、あるいはその重鎖もしくは軽鎖、または本発明の単鎖抗
体をコードするポリヌクレオチドを含む宿主細胞を含む。二重鎖抗体の発現につ
いての好ましい実施形態において、重鎖および軽鎖の両方をコードするベクター
は、以下に詳述されるように、免疫グロブリン分子全体の発現のために宿主細胞
中に同時発現され得る。
【0308】 種々の宿主発現ベクター系は、本発明の抗体分子を発現させるために利用され
得る。このような宿主発現系は、目的のコード配列が産生され、かつ続いて精製
され得るビヒクルを表わすが、また、適切なヌクレオチドをコードする配列で形
質転換またはトランスフェクトされる場合に、インサイチュで本発明の抗体分子
を発現し得る細胞を表わす。これらには、以下が挙げられるが、これらに限定さ
れない:抗体をコードする配列を含む組換えバクテリオファージDNA、プラス
ミドDNAまたはコスミドDNA発現ベクターを用いて形質転換された細菌(例
えば、E.coli、B.subtilis)のような微生物;抗体をコードす
る配列を含む組換え酵母発現ベクターで形質転換された酵母(例えば、Sacc
haromyces、Pichia);抗体をコードする配列を含む組換えウイ
ルス発現ベクター(例えば、バキュロウイルス)に感染した昆虫細胞系;組換え
ウイルス発現ベクター(例えば、カリフラワーモザイクウイルス、CaMV;タ
バコモザイクウイルス、TMV)に感染した植物細胞系または抗体をコードする
配列を含む組換えプラスミド発現ベクター(例えば、Tiプラスミド)で形質転
換された植物細胞系;あるいは哺乳動物細胞のゲノムに由来するプロモーター(
例えば、メタロチオネインプロモーター)または哺乳動物のウイルスに由来する
プロモーター(例えば、アデノウイルス後期プロモーター;ワクシニアウイルス
7.5Kプロモーター)を含む組換え発現構築物を保有する哺乳動物細胞系(例
えば、COS、CHO、BHK、293、3T3細胞)。好ましくは、Esch
erichia coliのような細菌細胞、そしてより好ましくは、特に、組
換え抗体分子全体の発現のために真核生物細胞が、組換え抗体分子の発現のため
に使用される。例えば、ヒトサイトメガロウイルス由来の主要即時性初期(ma
jor intermediate early)遺伝子プロモーターエレメン
トのようなベクターと組み合わされた、チャイニーズハムスターの卵巣細胞(C
HO)のような哺乳動物細胞が、抗体のための効果的な発現系である(Foec
kingら、Gene 45:101(1986);Cockettら、Bio
/Technology 8:2(1990))。
【0309】 細菌系において、多くの発現ベクターが、抗体分子の発現を意図する使用に依
存して有利に選択され得る。例えば、多量のこのようなタンパク質が産生される
べき場合、抗体分子の薬学的組成物の生成のために、容易に精製される融合タン
パク質産物の高レベルの発現を指向するベクターが所望され得る。このようなベ
クターには、以下が挙げられるが、これらに限定されない:抗体をコードする配
列がlacZをコードする領域と共にベクターにインフレーム(in fram
e)で個別に連結され得、その結果、融合タンパク質が産生されるE.coli
発現ベクターpUR278(Rutherら、EMBO J.2:1791(1
983));pINベクター(Inouye&Inouye、Nucleic
Acids Res.13:3101−3109(1985);Van Hee
ke&Schuster、J.Biol.Chem.24:5503−5509
(1989))など。pGEXベクターもまた、グルタチオンS−トランスフェ
ラーゼ(GST)との融合タンパク質として、外来性ポリペプチドを発現させる
ために使用され得る。一般に、このような融合タンパク質は可溶性であり、そし
て溶解した細胞から、マトリックスグルタチオン−アガロースビーズへの吸着お
よび結合、それに続く遊離グルタチオン存在化での溶出によって容易に精製され
得る。このpGEXベクターは、トロンビンまたはXa因子プロテアーゼ切断部
位を含むように設計され、その結果、このクローニングされた標的遺伝子産物は
、GST部分から放出され得る。
【0310】 昆虫系においては、Autographa californica核多角体
病ウィルス(AcNPV)は、異種遺伝子を発現するためのベクターとして使用
される。このウィルスは、Spodoptera frugiperda細胞に
おいて増殖する。抗体をコードする配列は、このウィルスの非必須の領域(例え
ばポリヘドリン遺伝子)に個々にクローニングされ得、そしてAcNPVプロモ
ーター(例えばポリヘドリンプロモーター)の制御下に配置され得る。
【0311】 哺乳動物宿主細胞においては、多数のウィルスに基づく発現系が利用され得る
。アデノウィルスが発現ベクターとして使用される場合においては、目的の抗体
をコードする配列は、アデノウィルスの転写/翻訳制御複合体、例えば後期プロ
モーターおよび3つの部分に分かれるリーダー配列、に連結され得る。次いで、
このキメラ遺伝子は、インビトロまたはインビボでの組換えによって、アデノウ
ィルスゲノムに挿入され得る。ウィルスのゲノムの非必須領域(例えば、E1ま
たはE3領域)における挿入は、生存可能で、感染した宿主において抗体分子を
発現する能力のある組換えウィルスを生じる(例えば、Logan&Shenk
、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:355−359(1
984)を参照のこと)。特異的開始シグナルはまた、挿入された抗体をコード
する配列の効率的な翻訳のために必要とされ得る。これらのシグナルは、ATG
開始コドンおよび隣接する配列を含む。さらに、この開始コドンは、挿入部分全
体の翻訳を確実にするために、所望されるコード配列のリーディングフレーム(
reading frame)と相が同じでなければならない。これらの外因性
翻訳制御シグナルおよび開始コドンは、種々の起源、天然および合成の両方であ
り得る。発現の効率は、適切な転写エンハンサー要素、転写ターミネーター、な
どの含有によって高められ得る(Bittnerら、Methods in E
nzymol.153:51−544(1987)を参照のこと)。
【0312】 さらに、宿主細胞系統は、選択され得、これは挿入配列の発現を調節し、また
は、所望される特異的な様式で遺伝子産物を改変し、そしてプロセシングする。
タンパク質産物のこのような改変(例えばグリコシル化)およびプロセシング(
例えば切断)は、タンパク質の機能のために重要であり得る。異なる宿主細胞は
、タンパク質および遺伝子産物の、翻訳後プロセシングおよび改変のための、特
徴的で特異的な機構を有する。適切な細胞株または宿主系は、発現された異種タ
ンパク質の正確な改変およびプロセシングを確実にするように選択され得る。こ
の目的のために、遺伝子産物の、第一の転写、グリコシル化、およびリン酸化の
正確なプロセシングのための細胞機構を有する、真核生物宿主細胞が、使用され
得る。このような哺乳動物宿主細胞は、CHO、VERY、BHK、Hela、
COS、MDCK、293、3T3、WI38、そして特に、例えば、BT48
3、Hs578T、HTB2、BT20およびT47Dのような乳癌細胞株、な
らびに、例えば、CRL7030およびHs578Bstのような正常な乳腺細
胞株を含むが、これらに限定されない。
【0313】 組換えタンパク質の長期間の高収率産生、安定発現が好ましい。例えば、安定
に抗体分子を発現する細胞株が操作され得る。ウィルスの複製起点を含む発現ベ
クターを使用するよりも、宿主細胞は、適切な発現制御要素(例えば、プロモー
ター、エンハンサー、配列、転写ターミネーター、ポリアデニル化部位、など)
、および選択マーカーによって制御されるDNAで形質転換され得る。異種DN
Aの導入に続いて、操作された細胞は、1〜2日間富化培地で増殖させられ得、
次いで、選択培地に切り替えられる。組換えプラスミドにおける選択マーカーは
、選択に対する耐性を与え、そして細胞が、プラスミドをその染色体内に安定に
組み込み、そして増殖して、細胞増殖巣を形成し、これを今度はクローニングし
得、増殖して細胞株になり得ることを可能にする。この方法は、抗体分子を発現
する細胞株を操作するために、有利に使用され得る。このような操作された細胞
株は、直接的または間接的に抗体分子と相互作用する化合物のスクリーニングお
よび評価において、特に有用であり得る。
【0314】 多数の選択系が使用され得、この選択系は、単純ヘルペスウィルスチミジンキ
ナーゼ(Wiglerら、Cell 11:223(1977))、ヒポキサン
チン−グアニン ホスホリボシルトランスフェラーゼ(Szybalska&S
zybalski、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 48:2
02(1992))、およびアデニン ホスホリボシルトランスフェラーゼ(L
owyら、Cell 22:817(1980))の遺伝子を含むが限定されず
、これらの遺伝子は、tk−、hgprt−またはaprt−細胞においてそれ
ぞれ使用され得る。また、代謝拮抗物質耐性は、以下の遺伝子の選択の根拠とし
て使用され得る:dhfr、これはメトトレキサートに対する耐性を与える(W
iglerら、Natl.Acad.Sci.USA 77:357(1980
);O’Hareら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 78:
1527(1981));gpt、これはミコフェノール酸にに対する耐性を与
える(Mulligan&Berg、Proc.Natl.Acad.Sci.
USA 78:2072(1981));neo、これはアミノグリコシドG−
418に対する耐性を与える(Clinical Pharmacy 12:4
88−505;Wu and Wu、Biotherapy 3:87−95(
1991);Tolstoshev、Ann.Rev.Pharmacol.T
oxicol. 32:573−596(1993);Mulligan、Sc
ience 260:926−932(1993);およびMorgan an
d Anderson、Ann.Rev.Biochem.62:191−21
7(1993);1993年5月、TIB TECH 11(5):155−2
15);ならびにhygro、これはハイグロマイシンにに対する耐性を与える
(Santerreら、Gene 30:147(1984))。組換えDNA
技術の分野で周知の方法は、所望の組換えクローンを選択するために、慣用的に
適用され得、そしてこのような方法は、以下に記載されている:例えば、Aus
ubelら(編)、Current Protocols in Molecu
lar Biology、John Wiley&Sons、NY(1993)
;Kriegler、Gene Transfer and Expressi
on、A Laboratory Manual、Stockton Pres
s、NY(1990);ならびに12章および13章、Dracopoliら(
編)、Current Protocols in Human Geneti
cs、John Wiley&Sons、NY(1994);Colberre
−Garapinら、J.Mol.Biol. 150:1(1981)(これ
らはその全体が本明細書中に参考として援用される)。
【0315】 抗体分子の発現レベルは、ベクター増幅によって増大され得る(総説として、
BebbingtonおよびHentschel、The use of ve
ctors based on gene amplification fo
r the expression of cloned genes in
mammalian cells in DNA cloning、Vol.3
.(Academic Press、New York、1987)を参照のこ
と)。抗体を発現するベクター系におけるマーカーが、増幅可能であると、宿主
細胞の培養物に存在するインヒビターのレベルにおける増加は、マーカー遺伝子
のコピーの数を増加する。増幅領域は抗体遺伝子と結合しているので、抗体の産
生もまた増加する(Crouseら、Mol.Cell.Biol.3:257
(1983))。
【0316】 宿主細胞は、本発明の二つの発現ベクター(重鎖由来のポリペプチドをコード
する第一のベクターおよび軽鎖由来のポリペプチドをコードする第二のベクター
)で、同時トランスフェクトされ得る。この二つのベクターは、重鎖および軽鎖
のポリペプチドの等しい発現を可能にする、同一の選択マーカーを含み得る。あ
るいは、単一のベクターが使用され得、これは重鎖および軽鎖両方のポリペプチ
ドをコードし、そして発現することができる。このような状況において、過剰の
毒性の遊離重鎖を避けるために、重鎖の前に軽鎖が配置されるべきである(Pr
oudfoot、Nature 322:52(1986);Kohler、P
roc.Natl.Acad.Sci.USA 77:2197(1980))
。重鎖および軽鎖のためのコード配列はcDNAまたはゲノムDNAを含み得る
【0317】 一旦本発明の抗体分子が、動物によって産生されるか、化学的に合成されるか
、または組換えにより発現されると、当該分野で公知の、免疫グロブリン分子の
精製のための任意の方法、例えば、クロマトグラフィー(例えば、イオン交換、
アフィニティー(特に、プロテインAの後に特異的抗原に対するアフィニティー
による)、およびサイズカラムクロマトグラフィー)、遠心分離、溶解度差、ま
たはタンパク質精製のための任意の他の標準的な技術によって、精製され得る。
さらに、本発明の抗体またはそのフラグメントは、本明細書中に記載されるかま
たはそうでなければ当該分野において公知の、異種ポリペプチド配列に融合され
得、精製を容易にする。
【0318】 本発明は、本発明のポリペプチド(もしくはその部分、好ましくはこのポリペ
プチドの少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、90、
もしくは100個のアミノ酸)に、組換えにより融合されるかまたは化学的に結
合されて(共有結合および非共有結合の両方を含む)、融合タンパク質を生成す
る抗体、を含む。この融合は、直接的である必要はないが、リンカー配列を介し
て起こり得る。この抗体は、本発明のポリペプチド(またはその部分、好ましく
はこのポリペプチドの少なくとも10、20、30、40、50、60、70、
80、90、もしくは100個のアミノ酸)以外の抗原に特異的であり得る。例
えば、インビトロまたはインビボのいずれにおいても、本発明のポリペプチドを
特定の細胞表面のレセプターに特異的な抗体に融合または結合させることによっ
て、特定の細胞のタイプに対して、本発明のポリペプチドを標的にするために、
抗体が使用され得る。本発明のポリぺプチドに融合または結合される抗体はまた
、インビトロ免疫アッセイおよび当該分野で公知の方法を使用する精製方法にお
いて使用され得る。例えば、Harborら、上記、およびPCT公開WO93
/21232;EP439,095;Naramuraら、Immunol.L
ett.39:91−99(1994);米国特許第5,474,981号;G
illiesら、PNAS 89:1428−1432(1992);Fell
ら、J.Immunol.146:2446−2452(1991)を参照のこ
と。これらは、その全体が参考として援用される。
【0319】 本発明はさらに、抗体の可変領域以外のドメインに融合または結合された、本
発明のポリぺプチドを含む組成物を含む。例えば、本発明のポリぺプチドは、抗
体のFc領域、またはその部分に融合または結合され得る。本発明のポリぺプチ
ドに融合されたこの抗体の部分は、定常領域、ヒンジ領域、CH1ドメイン、C
H2ドメイン、およびCH3ドメイン、またはそのドメイン全体もしくは部分の
任意の組合せを含み得る。これらのポリぺプチドはまた、上記の抗体の部分に融
合または結合され得、多量体を形成する。例えば、本発明のポリぺプチドに融合
されたFc部分は、このFc部分の間のジスルフィド結合を通してニ量体を形成
し得る。より高度の多量体形態は、ポリぺプチドをIgAおよびIgMの部分に
融合させることによって作製され得る。本発明のポリぺプチドを抗体部分に融合
または結合させるための方法は、当該分野において公知である。例えば、米国特
許第5,336,603号;同第5,622,929号;同第5,359,04
6号;同第5,349,053号;同第5,447,851号;同第5,112
,946号;EP 307,434;EP 367,166;PCT公開WO9
6/04388;WO91/06570;Ashkenaziら、Proc.N
atl.Acad.Sci.USA 88:10535−10539(1991
);Zhengら、J.Immunol.154:5590−5600(199
5);およびVilら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89
:11337−11341(1992)(前記の参考文献はその全体が参考とし
て援用される)を参照のこと。
【0320】 上で考察されたように、ポリぺプチド、ポリぺプチドフラグメント、または配
列番号Yの改変体に対応するポリぺプチドは、このポリぺプチドのインビボ半減
期を増大させるため、または当該分野で公知の方法を使用する免疫学的アッセイ
において使用するために、上記の抗体部分に融合または結合され得る。さらに、
配列番号Yに対応するポリぺプチドを、上記の抗体部分に融合または結合して、
精製を容易にし得る。1つの報告された例は、ヒトCD4ポリペプチドの最初の
2つのドメイン、および哺乳動物の免疫グロブリンの重鎖または軽鎖の定常領域
の種々のドメインからなるキメラタンパク質を記載している(EP 394,8
27;Trauneckerら、Nature 331:84−86(1988
))。ジスルフィド連結ニ量体構造(IgGに起因する)を有する抗体に融合ま
たは結合される、本発明のポリぺプチドもまた、単量体分泌タンパク質またはタ
ンパク質フラグメント単独よりも、他の分子に結合しそして中和するのにさらに
効率的であり得る(Fountoulakisら、J.Biochem.270
:3958−3964(1995))。多くの場合、融合タンパク質のFc部分
は、治療および診断において有益であり、従って、例えば、改良された薬物動態
学的な特性を生じ得る(EP A 232,262)。あるいは、融合タンパク
質が発現され、検出され、そして精製された後に、Fc部分を欠失させることが
望ましい。例えば、融合タンパク質が免疫化のための抗原として使用される場合
、Fc部分は、治療および診断を妨害し得る。例えば、薬物の発見において、h
IL−5のようなヒトタンパク質は、hIL−5のアンタゴニストを同定するた
めのハイスループットスクリーニングアッセイの目的のためにFc部分と融合さ
れてきた(Bennettら、J.Molecular Recognitio
n 8:52−58(1995);Johansonら、J.Biol.Che
m.270:9459−9471(1995)を参照のこと)。
【0321】 さらに、本発明の抗体またはそのフラグメントは、精製を容易にするペプチド
のような、マーカー配列に融合され得る。好ましい実施形態において、マーカー
アミノ酸配列は、とりわけヘキサ−ヒスチジンペプチド(例えば、pQEベクタ
ー(QIAGEN,Inc.,9259 Eton Avenue,Chats
worth,CA,91311)において提供されるタグ)であり、これらの多
くのマーカーアミノ酸配列が市販されている。例えば、Gentzら、Proc
.Natl.Acad.Sci.USA 86:821−824(1989)に
記載されるように、ヘキサ−ヒスチジンは、融合タンパク質の都合の良い精製を
提供する。精製のために有用な別のペプチドタグは、インフルエンザ赤血球凝集
素タンパク質由来のエピトープに対応する「HA」タグ(Wilsonら、Ce
ll37:767(1984))、および「flag」タグを含むが、これに限
定されない。
【0322】 本発明は、診断剤または治療剤に結合される、抗体またはそのフラグメントを
さらに含む。抗体は、例えば、臨床上の試験手順(例えば、所定の処置レジメン
(regimen)の効力を決定するため)の一部として、腫瘍の発生または進
行をモニターするために、診断的に使用され得る。検出は、抗体を検出可能な物
質と連結させることによって容易にされ得る。検出可能な物質の例としては、種
々の酵素、補欠分子団、蛍光物質、発光物質、生物発光物質、放射性物質、種々
の陽電子放射断層撮影を使用する陽電子放射金属、および非放射性常磁性金属イ
オン、が挙げられる。この検出可能な物質は、抗体(またはそのフラグメント)
に対して、直接的または間接的のいずれかで、当該分野で公知の技術を使用する
媒介物(例えば、当該分野で公知のリンカーなど)を介して、連結または結合さ
れ得る。例えば、本発明に従う診断薬としての使用のための抗体に結合され得る
金属イオンに関しては、米国特許第4,741,900号を参照のこと。適切な
酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β
−ガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼが挙げられ;適切な補
欠分子団複合体の例としては、ストレプトアビジン/ビオチンおよびアビジン/
ビオチンが挙げられ;適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオ
レセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジ
ニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げら
れ;発光物質の例としては、ルミノールが挙げられ;生物発光物質の例としては
、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられ;ならびに、適切
な放射性物質の例としては、125I、131I、111Inまたは99Tcが
挙げられる。
【0323】 さらに、抗体またはそのフラグメントは、治療用部分(例えば細胞毒(例えば
細胞増殖抑制性もしくは細胞殺傷性の薬剤))、治療剤または放射性金属イオン
(例えば、α−エミッタ−(例えば213Bi)など)に結合され得る。細胞毒
または細胞毒性薬剤は、細胞に対して有害な任意の薬剤を含む。例としては、パ
クリタキセル(paclitaxol)、サイトカラシンB、グラミシジンD、
臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テニポシド(ten
oposide)、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン(colch
icin)、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオ
ン(dihydroxy anthracin dione)、ミトキサントロ
ン、ミトラマイシン、アクチノマイシンD、1−デヒドロテストステロン、グル
ココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、
およびピューロマイシン、ならびにそのアナログまたはホモログ、が挙げられる
。治療剤は、代謝拮抗物質(例えば、メトトレキサート、6−メルカプトプリン
、6−チオグアニン、シタラビン、5−フルオロウラシルデカルバジン(5−f
luorouracil decarbazine)、アルキル化剤(例えば、
メクロレタミン、チオエパ(thioepa)クロラムブシル、メルファラン、
カルムスチン(BSNU)およびロムスチン(CCNU)、シクロホスファミド
(cyclothosphamide)、ブスルファン、ジブロモマンニトール
、ストレプトゾトシン、マイトマイシンC、ならびにcis−ジクロロジアミン
白金(II)(DDP)シスプラチン)、アンスラサイクリン(例えば、ダウノ
ルビシン(以前はダウノマイシン)およびドキソルビシン)、抗生物質(例えば
、ダクチノマイシン(以前はアクチノマイシン)、ブレオマイシン、ミトラマイ
シン、およびアンスラマイシン(anthramycin)(AMC))、なら
びに抗有糸分裂剤(例えばビンクリスチンおよびビンブラスチン)、を含むが、
それらに限定されない。
【0324】 本発明の結合体は、所定の生物学的応答を改変するために使用され得、治療剤
または薬物部分は、古典的な化学的治療剤に限定されると解釈されない。例えば
、薬物部分は、所望の生物学的活性を有するタンパク質またはポリぺプチドであ
り得る。このようなタンパク質としては、例えば、毒素(例えばアブリン、リシ
ンA、シュードモナス外毒素、またはジフテリア毒素);タンパク質(例えば、
腫瘍壊死因子、a−インターフェロン、β−インターフェロン、神経発育因子、
血小板由来増殖因子、組織プラスミノゲンアクチベーター、アポトーシス薬(例
えば、TNF−α、TNF−β、AIM I(国際公開第WO97/33899
号を参照のこと)、AIM II(国際公開第WO97/34911号を参照の
こと)、Fasリガンド(Takahashiら、Int.Immunol.6
:1567−1574(1994))、VEGI(国際公開第WO99/231
05号を参照のこと))、血栓症薬もしくは抗脈管形成薬(例えば、アンジオス
タチンもしくはエンドスタチン);または生物学的応答改変剤(例えばリンホカ
イン、インターロイキン−1(「IL−1」)、インターロイキン−2(「IL
−2」)、インターロイキン−6(「IL−6」)、顆粒球マクロファージコロ
ニー刺激因子(「GM−CSF」)、顆粒球コロニー刺激因子(「G−CSF」
)、または他の増殖因子など)、が挙げられ得る。
【0325】 抗体はまた、固体支持体に付着させられ得、この固体支持体は、標的抗原の免
疫アッセイまたは精製に特に有用である。このような固体支持体としては、ガラ
ス、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニ
ルまたはポリプロピレン、が挙げられるがそれらに限定されない。
【0326】 このような治療部分を抗体に結合する技術は周知であり、例えば、Arnon
ら、「Monoclonal Antibodies For Immunot
argeting Of Drugs In Cancer Therapy」
Monoclonal Antibodies And Cancer The
rapy、Reisfeldら(編)、243−56頁(Alan R.Lis
s,Inc.1985);Hellstromら、「Antibodies F
or Drug Delivery」Controlled Drug Del
ivery(第2版)、Robinsonら(編)、623−53頁(Marc
el Dekker,Inc.1987);Thorpe、「Antibody
Carriers Of Cytotoxic Agents In Can
cer Therapy:A Review」Monoclonal Anti
bodies’84:Biological And Clinical Ap
plications、Pincheraら(編)、475−506頁(198
5);「Analysis,Results,And Future Pros
pective Of The Therapeutic Use Of Ra
diolabeled Antibody In Cancer Therap
y」Monoclonal Antibodies For Cancer D
etection And Therapy、Baldwinら(編)、303
−16頁(Academic Press 1985)、およびThorpeら
、「The Preparation And Cytotoxic Prop
erties Of Antibody−Toxin Conjugates」
、Immunol.Rev.62:119−58(1982)を参照のこと。
【0327】 あるいは、抗体は2次抗体に結合され、米国特許第4,676,980号(こ
れは、その全体が本明細書に参考として援用される)におけるSegalによる
記載のような抗体の異種結合体(heteroconjugate)を形成し得
る。
【0328】 単独、あるいは細胞毒性因子および/またはサイトカインと組み合わせて投与
される、抗体に結合する治療部分を有するかまたは有さない抗体が、治療薬とし
て使用され得る。
【0329】 (免疫表現型分類(immunophenotyping)) 本発明の抗体は、細胞株および生物学的サンプルの免疫表現型分類のために利
用され得る。本発明の遺伝子の翻訳生成物は、細胞特異的マーカーとして、ある
いはより詳細には、特定の細胞型の分化および/または成熟の種々の段階で差示
的に発現される細胞マーカーとして有用であり得る。特異的エピトープ、または
エピトープの組み合わせに対して指向されるモノクロナール抗体は、マーカーを
発現する細胞集団のスクリーニングを可能とする。種々の技術が、マーカーを発
現する細胞集団をスクリーニングするために、モノクロナール抗体を用いて利用
され得、そしてその技術には、抗体でコーティングされた磁気ビーズを用いる磁
気分離、固体マトリクス(すなわち、プレート)に付着した抗体を用いる「パン
ニング」、ならびにフローサイトメトリー(例えば、米国特許第5,985,6
60号;およびMorrisonら、Cell,96:737−49(1999
)を参照のこと)が挙げられる。
【0330】 これらの技術は、血液学的悪性腫瘍(すなわち、急性白血病患者における最少
残留疾患(minimal residual disease)(MRD))
および対宿主性移植片病(GVHD)を予防するための移植術における「非自己
」細胞と共に見出され得るような、細胞の特定集団のスクリーニングを可能にす
る。あるいは、これらの技術は、ヒト臍帯血において見出され得るような増殖お
よび/または分化を受け得る、造血幹細胞および先祖細胞のスクリーニングを可
能にする。
【0331】 (抗体結合についてのアッセイ) 本発明の抗体は、当該分野において公知の任意の方法により、免疫特異的結合
についてアッセイされ得る。用いられ得る免疫アッセイとしては、いくつかのも
のについてだけ名称を挙げると、ウエスタンブロット、ラジオイムノアッセイ、
ELISA(酵素結合免疫吸着アッセイ)、「サンドイッチ」免疫アッセイ、免
疫沈降アッセイ、沈降反応、ゲル拡散沈降反応、免疫拡散アッセイ、凝集アッセ
イ、補体結合アッセイ、免疫放射定量アッセイ、蛍光免疫アッセイ、プロテイン
A免疫アッセイのような技術を用いる競合アッセイ系および非競合アッセイ系が
挙げられるが、これらに限定されない。このようなアッセイは慣用的であり、そ
して当該分野において周知である(例えば、その全体が本明細書中に参考として
援用される、Ausubelら編,1994,Current Protoco
ls in Molecular Biology,第1巻、John Wil
ey&Sons,Inc.,New Yorkを参照のこと)。例示的な免疫ア
ッセイが、以下に簡潔に記載される(が、これらは限定を目的とすることが意図
されない)。
【0332】 免疫沈降プロトコルは、一般に、タンパク質ホスファターゼインヒビターおよ
び/またはプロテアーゼインヒビター(例えば、EDTA、PMSF、アプロチ
ニン、バナジン酸ナトリウム)を補充したRIPA緩衝液(1% NP−40ま
たはTriton X−100、1% デオキシコール酸ナトリウム、0.1%
SDS、0.15M NaCl、0.01M リン酸ナトリウム(pH7.2
)、1% Trasylol)のような溶解緩衝液中で、細胞の集団を溶解する
工程、目的の抗体を細胞溶解物に添加する工程、一定時間(例えば、1〜4時間
)4℃でインキュベートする工程、プロテインAセファロースビーズおよび/ま
たはプロテインGセファロースビーズを細胞溶解物に添加する工程、約1時間以
上4℃でインキュベートする工程、溶解緩衝液中でビーズを洗浄する工程、およ
びSDS/サンプル緩衝液中でビーズを再懸濁する工程を包含する。目的の抗体
の、特定の抗原を免疫沈降する能力は、例えば、ウエスタンブロット分析により
、アッセイされ得る。当業者は、抗体の抗原への結合を増加するように、そして
バックグラウンドを減少させるように改変され得るパラメータ(例えば、セファ
ロースビーズを用いて細胞溶解物を事前にきれいにする工程)に関して、知識が
あり得る。免疫沈降プロトコルに関するさらなる考察については、例えば、Au
subelら編,1994、Current Protocols in Mo
lecular Biology,第1巻、John Wiley&Sons、
Inc.,New York,10.16.1を参照のこと。
【0333】 ウエスタンブロット分析は、一般に、タンパク質サンプルを調製する工程、ポ
リアクリルアミドゲル(例えば、抗原の分子量に応じた8%〜20% SDS−
PAGE)中でのそのタンパク質サンプルの電気泳動、そのタンパク質サンプル
をそのポリアクリルアミドゲルからニトロセルロース、PVDFまたはナイロン
のような膜に移す工程、ブロッキング溶液(例えば、3% BSAまたは脱脂粉
乳を有するPBS)中でその膜をブロックする工程、洗浄緩衝液(例えば、PB
S−Tween 20)中でその膜を洗浄する工程、ブロッキング緩衝液中で希
釈された一次抗体(目的の抗体)を用いてその膜をブロックする工程、洗浄緩衝
液中でその膜を洗浄する工程、ブロッキング緩衝液中で希釈された酵素基質(例
えば、西洋ワサビペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼ)あるいは放
射性分子(例えば、32Pまたは125I)に結合した二次抗体(一次抗体を認
識する、例えば、抗ヒト抗体)を用いて、その膜をブロックする工程、洗浄緩衝
液中でその膜を洗浄する工程、ならびにその抗原の存在を検出する工程を包含す
る。当業者は、検出されるシグナルを増加させるように、そしてバックグラウン
ドノイズを減少させるように改変され得るパラメータに関して、知識があり得る
。ウエスタンブロットプロトコルに関するさらなる考察については、例えば、A
usubelら編,1994,Current Protocols in M
olecular Biology,第1巻、John Wiley&Sons
,Inc.,New York,10.8.1を参照のこと。
【0334】 ELISAは、抗原を調製する工程、96ウェルマイクロタイタープレートの
ウェルをその抗原でコーティングする工程、酵素基質(例えば、西洋ワサビペル
オキシダーゼまたはアルカリホスファターゼ)のような検出可能な化合物に結合
した目的の抗体をそのウェルに添加し、そして一定時間インキュベートする工程
、およびその抗原の存在を検出する工程を包含する。ELISAにおいて、目的
の抗体は、検出可能な化合物に結合している必要はない;その代わり、検出可能
な化合物に結合した第二の抗体(目的の抗体を認識する)が、ウェルに添加され
得る。さらに、ウェルを抗原でコーティングする代わりに、抗体がウェルにコー
ティングされ得る。この場合、検出可能な化合物に結合した第二の抗体が、コー
ティングされたウェルへの目的の抗原の添加に続いて、添加され得る。当業者は
、検出されるシグナルを増加させるように改変され得るパラメータ、および当該
分野において公知のELISAの他のバリエーションに関して、知識があり得る
。ELISAに関するさらなる考察については、例えば、Ausubelら編,
1994,Current Protocols in Molecular
Biology,第1巻、John Wiley&Sons,Inc.,New
York,11.2.1を参照のこと。
【0335】 抗原に対する抗体の結合親和性および抗体−抗原相互作用のオフレート(of
f−rate)が、競合結合アッセイにより決定され得る。競合結合アッセイの
一つの例は、ラジオイムノアッセイであり、ラジオイムノアッセイは、標識抗原
(例えば、3Hまたは125I)と、漸増量の非標識抗原の存在下での、目的の
抗体を用いるインキュベーション、および標識抗原に結合した抗体の検出を含む
。特定の抗原に対する目的の抗体の親和性、および結合オフレートは、スキャッ
チャードプロット分析によるデータから決定され得る。第二の抗体との競合はま
た、ラジオイムノアッセイを用いて決定され得る。この場合、抗原は、漸増量の
非標識の第二の抗体の存在下で、標識化合物(例えば、3Hまたは125I)に
結合した目的の抗体とともにインキュベートされる。
【0336】 (治療用途) 本発明はさらに、抗体ベースの治療に関し、この治療は、1つ以上の開示され
た疾患、障害、または状態を処置するために、動物、好ましくは哺乳動物、そし
て最も好ましくはヒトの患者に、本発明の抗体を投与する工程を包含する。本発
明の治療化合物としては、本発明の抗体(本明細書中に記載されるような、それ
らのフラグメント、アナログおよび誘導体を含む)ならびに本発明の抗体をコー
ドする核酸(本明細書中に記載されるような、それらのフラグメント、アナログ
および誘導体ならびに抗イディオタイプ抗体を含む)が挙げられるが、これらに
限定されない。本発明の抗体は、本発明のポリペプチドの異常な発現および/ま
たは活性に関連した疾患、障害または状態(本明細書中に記載される任意の1つ
以上の疾患、障害、または状態を含むがこれらに限定されない)を処置、阻害ま
たは予防するために使用され得る。本発明のポリペプチドの異常な発現および/
または活性に関連した疾患、障害または状態の処置および/または予防は、それ
らの疾患、障害または状態に関連した症状を緩和する工程を含むが、これに限定
されない。本発明の抗体は、当該分野で公知であるか、または本明細書中に記載
されるように、薬学的に受容可能な組成物中に提供され得る。
【0337】 本発明の抗体が治療的に使用され得る方法の要約は、身体内で局所的にまたは
全身的に、あるいは抗体の直接的細胞傷害性(例えば、補体による媒介(CDC
)、またはエフェクター細胞による媒介(ADCC))により、本発明のポリヌ
クレオチドまたはポリペプチドを結合させることを含む。これらのアプローチの
いくつかは、より詳細に以下に記載される。本明細書中で提供される教示を与え
られれば、当業者は、過度の実験なしに、診断上の目的、モニタリングの目的あ
るいは治療上の目的のために、本発明の抗体を使用する方法がわかる。
【0338】 本発明の抗体は、例えば、抗体と相互作用するエフェクター細胞の数または活
性を増加させるために役立つ、他のモノクローナル抗体またはキメラ抗体、ある
いはリンホカインまたは造血増殖因子(例えば、IL−2、IL−3およびIL
−7のような)と組み合わせて有利に利用され得る。
【0339】 本発明の抗体は、単独で、または他の型の処置(例えば、放射線療法、化学療
法、ホルモン治療、免疫治療および抗腫瘍剤)との組み合わせで投与され得る。
一般的に、(抗体の場合には)患者の種と同じ種である種起源または種反応性の
生成物の投与が好ましい。従って、好ましい実施形態においては、ヒトの抗体、
フラグメント誘導体、アナログ、または核酸が、治療または予防のために、ヒト
の患者に投与される。
【0340】 本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチド(そのフラグメントを含む)に
関する免疫アッセイ、およびそれらに関連した障害の治療の両方のために、本発
明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドに対する、高親和性および/または強
力な、インビボでの阻害抗体および/または中和抗体、それらのフラグメント、
またはそれらの領域を使用することが好ましい。このような抗体、フラグメント
、または領域は、好ましくは、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチド(
そのフラグメントを含む)に対して親和性を有する。好ましい結合親和性として
は、5×10-2M、10-2M、5×10-3M、10-3M、5×10-4M、10-4 M、5×10-5M、10-5M、5×10-6M、10-6M、5×10-7M、10-7 M、5×10-8M、10-8M、5×10-9M、10-9M、5×10-10M、10- 10 M、5×10-11M、10-11M、5×10-12M、10-12M、5×10-13
、10-13M、5×10-14M、10-14M、5×10-15M、および10-15Mよ
り小さい解離定数すなわちKdを有する結合親和性が挙げられる。
【0341】 (遺伝子治療) 特定の実施形態において、抗体またはその機能的誘導体をコードする配列を含
む核酸は、本発明のポリペプチドの異常な発現および/または活性に関連した疾
患または障害を処置、阻害または予防するために、遺伝子治療の目的で投与され
る。遺伝子治療とは、発現したか、または発現可能な核酸の、被験体への投与に
より行われる治療をいう。本発明のこの実施形態において、核酸は、それらのコ
ードされたタンパク質を産生し、そのタンパク質は治療効果を媒介する。
【0342】 当該分野で利用可能な遺伝子治療のための任意の方法は、本発明に従って使用
され得る。例示的な方法が以下に記載される。
【0343】 遺伝子治療の方法の一般的な概説については、Goldspielら,Cli
nical Pharmacy 12:488−505(1993);Wuおよ
びWu,Biotherapy 3:87−95(1991);Tolstos
hev,Ann.Rev.Pharmacol.Toxicol.32:573
−596(1993);Mulligan,Science 260:926−
932(1993);ならびにMorganおよびAnderson,Ann.
Rev.Biochem.62:191−217(1993);May,TIB
TECH 11(5):155−215(1993)を参照のこと。使用され得
る、組換えDNA技術分野において一般的に公知である方法は、Ausubel
ら(編),Current Protocols in Molecular
Biology,John Wiley&Sons,NY(1993);および
Kriegler,Gene Transfer and Expressio
n,A Laboratory Manual,Stockton Press
,NY(1990)に記載される。
【0344】 好ましい局面において、化合物は抗体をコードする核酸配列を含有し、上記核
酸配列は、適切な宿主において、抗体、またはそのフラグメントもしくはキメラ
タンパク質、あるいはその重鎖もしくは軽鎖を発現する発現ベクターの一部であ
る。特に、このような核酸配列は、抗体コード領域に作動可能に連結したプロモ
ーターを有し、上記プロモーターは誘導性であるかまたは構成性であり、そして
必要に応じて組織特異的である。別の特定の実施形態においては、抗体をコード
する配列および任意の他の所望の配列がゲノム中の所望の部位での相同組換えを
促進する領域に隣接した核酸分子が使用され、従って抗体をコードする核酸の染
色体内の発現を提供する(KollerおよびSmithies,Proc.N
atl.Acad.Sci.USA 86:8932−8935(1989);
Zijlstraら,Nature 342:435−438(1989))。
特定の実施形態において、発現した抗体分子は単鎖抗体であるか;あるいはこの
核酸配列は、この抗体の重鎖および軽鎖の両方をコードする配列またはそのフラ
グメントを含む。
【0345】 核酸の患者への送達は、直接的(この場合、患者は核酸または核酸保有ベクタ
ーに直接的に曝される)か、または間接的(この場合、細胞は最初にインビトロ
で核酸で形質転換され、次いで患者に移植される)のいずれかであり得る。これ
らの2つのアプローチは、インビボ遺伝子治療として、またはエキソビボ遺伝子
治療としてそれぞれ公知である。
【0346】 特定の実施形態において、核酸配列はインビボで直接的に投与され、そこで核
酸配列は発現されて、コードされた生成物を産生する。これは、当該分野で公知
の多数の方法(例えば、それらを適切な核酸発現ベクターの一部分として構築し
、そしてそれを(例えば、欠損性または弱毒化したレトロウイルスまたは他のウ
イルスベクター(米国特許第4,980,286号を参照のこと)を用いる感染
により)細胞内になるように投与することにより、あるいは、裸のDNAの直接
注射により、あるいは、微粒子ボンバードメント(例えば、遺伝子銃;Biol
istic、Dupont)の使用により、あるいは脂質または細胞表面のレセ
プターでコーティングするか、もしくは薬剤をトランスフェクトすることにより
、あるいは、リポソーム、微粒子、またはマイクロカプセル中へのカプセル化に
より、あるいは、それらを核に入ることが公知であるペプチドと結合させて投与
することにより、レセプター媒介のエンドサイトーシスを受けるリガンドと結合
させて投与することにより(例えば、WuおよびWu,J.Biol.Chem
.262:4429−4432(1987)を参照のこと)(レセプターを特異
的に発現する細胞の型を標的にするために用いられ得る)などのいずれかにより
達成され得る。別の実施形態において、核酸−リガンド複合体が形成され得、こ
こで、このリガンドはエンドソームを破壊するフソジェニック(fusogen
ic)ウイルス性ペプチドを含み、この核酸がリソソーム分解を回避することを
可能にする。さらに別の実施形態において、核酸は、特定のレセプターを標的化
することにより、細胞特異的な取り込みおよび発現についてインビボで標的化さ
れ得る(例えば、PCT公開第WO92/06180号;同第WO92/226
35号;同第WO92/20316号;同第WO93/14188号、同第WO
93/20221号を参照のこと)。あるいは、核酸は、細胞内部に導入され得
、そして相同組換えにより、発現のために宿主細胞DNA中に組み込まれ得る(
KollerおよびSmithies,Proc.Natl.Acad.Sci
.USA 86:8932−8935(1989);Zijlstraら,Na
ture 342:435−438(1989))。
【0347】 特定の実施形態において、本発明の抗体をコードする核酸配列を含むウイルス
ベクターが使用される。例えば、レトロウイルスベクターが用いられ得る(Mi
llerら,Meth.Enzymol.217:581−599(1993)
を参照のこと)。これらのレトロウイルスベクターは、ウイルス性ゲノムの正確
なパッケージングおよび宿主細胞DNAへの正確な組込みのために必要な構成要
素を含む。遺伝子治療において使用される抗体をコードする核酸配列は、一つ以
上のベクター中にクローニングされ、これは、患者内への遺伝子の送達を容易に
する。レトロウイルスベクターに関するさらなる詳細は、Boesenら,Bi
otherapy 6:291−302(1994)(これは、幹細胞を化学療
法に対してより耐性にするために、mdr1遺伝子を造血性幹細胞に送達するた
めの、レトロウイルスベクターの使用を記載する)に見出され得る。遺伝子治療
におけるレトロウイルスベクターの使用を説明する他の参考文献は、以下である
:Clowesら,J.Clin.Invest.93:644−651(19
94);Kiemら,Blood 83:1467−1473(1994);S
almonsおよびGunzberg,Human Gene Therapy
4:129−141(1993);ならびにGrossmanおよびWils
on,Curr.Opin.in Genetics and Devel.3
:110−114(1993)。
【0348】 アデノウイルスは、遺伝子治療において使用され得る他のウイルスベクターで
ある。アデノウイルスは、特に、気道上皮へ遺伝子を送達するための魅力的なビ
ヒクルである。アデノウイルスは、自然に気道上皮に感染し、そこで軽い疾患を
起こす。アデノウイルスベースの送達系の他の標的は、肝臓、中枢神経系、内皮
細胞、および筋肉である。アデノウイルスは、非分裂細胞に感染することができ
るという利点を有する。KozarskyおよびWilson,Current
Opinion in Genetics and Development
3:499−503(1993)は、アデノウイルスベースの遺伝子治療の概
説を示す。Boutら,Human Gene Therapy 5:3−10
(1994)は、アカゲザルの気道上皮に遺伝子を移すためのアデノウイルスベ
クターの使用を示した。遺伝子治療におけるアデノウイルスの使用の他の例は、
Rosenfeldら,Science 252:431−434(1991)
;Rosenfeldら,Cell 68:143−155(1992);Ma
strangeliら,J.Clin.Invest.91:225−234(
1993);PCT公開第WO94/12649号;およびWangら,Gen
e Therapy 2:775−783(1995)に見出され得る。好まし
い実施形態において、アデノウイルスベクターが使用される。
【0349】 アデノ随伴ウイルス(AAV)はまた、遺伝子治療における使用が提案されて
きた(Walshら,Proc.Soc.Exp.Biol.Med.204:
289−300(1993);米国特許第5,436,146号)。
【0350】 遺伝子治療への別のアプローチは、エレクトロポレーション、リポフェクショ
ン、リン酸カルシウム媒介トランスフェクション、またはウイルス感染のような
方法により、組織培養中の細胞へ遺伝子を移入する工程を包含する。通常、移入
の方法は、選択マーカーの細胞への移入を含む。次いで、細胞は、移入された遺
伝子を取り込みそして発現する細胞を単離するために選沢下に置かれる。次いで
、それらの細胞は患者に送達される。
【0351】 この実施形態においては、得られた組換え細胞のインビボ投与の前に、核酸が
細胞に導入される。このような導入は、当該分野において公知の任意の方法によ
り実施され得、それらの方法としては以下が挙げられるが、これらに限定されな
い:トランスフェクション、エレクトロポレーション、マイクロインジェクショ
ン、核酸配列を含むウイルスベクターまたはバクテリオファージベクターでの感
染、細胞融合、染色体媒介の遺伝子移入、マイクロセル媒介の遺伝子移入、スフ
ェロプラスト融合など。外来遺伝子の細胞への導入については、当該分野におい
て多数の技術が公知であり(例えば、LoefflerおよびBehr,Met
h.Enzymol.217:599−618(1993);Cohenら,M
eth.Enzymol.217:618−644(1993);Cline,
Pharmac.Ther.29:69−92m(1985)を参照のこと)、
そしてレシピエント細胞の必要な発生的および生理学的機能が破壊されないなら
ば、本発明に従って使用され得る。この技術は、細胞への核酸の安定した移入を
提供するべきであり、その結果、この核酸は、細胞により発現可能であり、好ま
しくは、遺伝性でかつその細胞の子孫により発現可能である。
【0352】 得られた組換え細胞は、当該分野において公知の様々な方法により、患者へ送
達され得る。組換え血球(例えば、造血幹細胞または造血前駆細胞)は、好まし
くは、静脈内に投与される。使用が考えられる細胞の量は、所望の効果、患者の
状態などに依存し、当業者により決定され得る。
【0353】 遺伝子治療の目的のために核酸が導入され得る細胞は、任意の所望の入手可能
な細胞型を包含し、以下を含むがそれらに限定されない:上皮細胞、内皮細胞、
ケラチノサイト、線維芽細胞、筋肉細胞、肝細胞;Tリンパ球、Bリンパ球、単
球、マクロファージ、好中球、好酸球、巨核球、顆粒球のような血球;様々な幹
細胞または前駆細胞、特に、造血幹細胞または造血前駆細胞(例えば、骨髄、臍
帯血、末梢血、胎児の肝臓などから得られるような細胞)。
【0354】 好ましい実施形態において、遺伝子治療に使用される細胞は、患者に対して自
己である。
【0355】 遺伝子治療において組換え細胞が使用される実施形態において、抗体をコード
する核酸配列は、細胞またはそれらの子孫により核酸配列が発現可能であるよう
に細胞に導入され、そして次いで組換え細胞は、治療的効果のためにインビボで
投与される。具体的な実施形態において、幹細胞または前駆細胞が用いられる。
インビトロで単離され得、そしてインビトロで維持され得る任意の幹細胞および
/または前駆細胞は、本発明のこの実施形態に従って潜在的に使用され得る(例
えば、PCT公開第WO94/08598号:StempleおよびAnder
son,Cell 71:973−985(1992);Rheinwald,
Meth.Cell Bio.21A:229(1980);ならびにPitt
elkowおよびScott,Mayo Clinic Proc.61:77
1(1986)を参照のこと)。
【0356】 特定の実施形態において、遺伝子治療の目的で導入されるべき核酸は、コード
領域に作動可能に連結された誘導性プロモーターを含有し、その結果、核酸の発
現は、適切な転写誘導因子の存在または不在を制御することにより制御可能であ
る。
【0357】 (治療活性または予防活性の証明) 本発明の化合物または薬学的組成物は、好ましくは、ヒトでの使用の前にイン
ビトロで、そして次いでインビボで、所望の治療活性または予防活性について試
験される。例えば、化合物または薬学的組成物の、治療有用性または予防有用性
を証明するためのインビトロアッセイとしては、細胞株または患者組織サンプル
に対する化合物の効果が挙げられる。細胞株および/または組織サンプルに対す
る化合物または組成物の効果は、当業者に公知である技術(ロゼット形成アッセ
イおよび細胞溶解アッセイが挙げられるがこれらに限定されない)を利用して決
定され得る。本発明に従って、特定の化合物の投与が示されるか否かを決定する
ために用いられ得るインビトロアッセイとしては、インビトロ細胞培養アッセイ
が挙げられ、このアッセイでは、患者組織サンプルが培養物において増殖し、そ
して化合物に曝されるか、そうでなければ化合物が投与され、そして、組織サン
プルに対するそのような化合物の効果が観察される。
【0358】 (治療的/予防的な投与および組成物) 本発明は、被験体への有効量の本発明の化合物または薬学的組成物、好ましく
は本発明の抗体の投与による処置、阻害および予防の方法を提供する。好ましい
局面において、化合物は実質的に精製される(例えば、その効果を制限するかま
たは望ましくない副作用を生じる物質は実質的にない)。被験体としては、好ま
しくは、ウシ、ブタ、ウマ、ニワトリ、ネコ、イヌなどの動物が挙げられるがそ
れらに限定されない動物であり、そして好ましくは哺乳動物であり、そして最も
好ましくはヒトである。
【0359】 化合物が核酸または免疫グロブリンを含む場合に使用され得る処方および投与
方法は、上記に記載され;さらなる適切な処方および投与経路は、本明細書中で
以下に記載されたものの中から選択され得る。
【0360】 様々な送達系が公知であり、そして本発明の化合物を投与するために用いられ
得る(例えば、リポソーム、微粒子、マイクロカプセル、この化合物の発現が可
能な組換え細胞中でのカプセル化、レセプター媒介エンドサイトーシス(例えば
、WuおよびWu,J.Biol.Chem.262:4429−4432(1
987)を参照のこと)、レトロウイルスまたは他のベクターの一部としての核
酸の構築など)。導入方法としては、皮内、筋内、腹腔内、静脈内、皮下、鼻腔
内、硬膜外、および経口経路が挙げられるがそれらに限定されない。化合物また
は組成物は、任意の好都合な経路により(例えば、注入またはボーラス注射によ
り、上皮または粘膜内層(例えば、口腔粘膜、直腸粘膜および腸粘膜など)を通
しての吸収により)投与され得、そして他の生物学的に活性な薬剤と一緒に投与
され得る。投与は、全身的または局所的であり得る。さらに、本発明の薬学的化
合物または組成物を、任意の適切な経路(脳室内注射および髄腔内注射を包含し
;脳室内注射は、例えば、Ommayaリザーバのようなリザーバに取り付けら
れた脳室内カテーテルにより容易にされ得る)により中枢神経系に導入すること
が望まれ得る。例えば、吸入器または噴霧器の使用、およびエアゾール化剤を用
いた処方により、肺投与もまた使用され得る。
【0361】 具体的な実施形態において、本発明の薬学的化合物または組成物を、処置の必
要な領域に局所的に投与することが望まれ得る;これは、制限する目的ではない
が、例えば、手術中の局部注入、局所適用(例えば、手術後の創傷包帯との組み
合わせて)により、注射により、カテーテルにより、坐剤により、またはインプ
ラント(このインプラントは、シアラスティック(sialastic)膜のよ
うな膜または繊維を含む、多孔性、非多孔性、または膠様材料である)により達
成され得る。好ましくは、抗体を含む本発明のタンパク質を投与する際、タンパ
ク質が吸収されない材料を使用するために注意が払われなければならない。
【0362】 別の実施形態において、化合物または組成物は、小胞、特に、リポソーム中へ
送達され得る(Langer,Science 249:1527−1533(
1990);Treatら,Liposomes in the Therap
y of Infectious Disease and Cancer,L
opez−BeresteinおよびFidler(編),Liss,New
York,353〜365頁(1989);Lopez−Berestein,
同書317〜327頁を参照のこと;広く同書を参照のこと)。
【0363】 さらに別の実施形態において、化合物または組成物は制御された放出系におい
て送達され得る。1つの実施形態において、ポンプが用いられ得る(Lange
r,(前出);Sefton,CRC Crit.Ref.Biomed.En
g.14:201(1987);Buchwaldら,Surgery 88:
507(1980);Saudekら,N.Engl.J.Med.321:5
74(1989)を参照のこと)。別の実施形態において、高分子材料が用いら
れ得る(Medical Applications of Controll
ed Release,LangerおよびWise(編),CRC Pres
.,Boca Raton,Florida(1974);Controlle
d Drug Bioavailability,Drug Product
Design and Performance,SmolenおよびBall
(編),Wiley,New York(1984);RangerおよびPe
ppas,J.Macromol.Sci.Rev.Macromol.Che
m.23:61(1983)を参照のこと;Levyら,Science 22
8:190(1985);Duringら,Ann.Neurol.25:35
1(1989);Howardら,J.Neurosurg.71:105(1
989)もまた参照のこと)。さらに別の実施形態において、制御された放出系
は、治療標的、即ち、脳の近くに置かれ得、従って、全身用量の一部のみを必要
とする(例えば、Goodson,Medical Applications
of Controlled Release,(前出),第2巻,115〜
138頁(1984)を参照のこと)。
【0364】 他の制御された放出系は、Langerにより総説において議論される(Sc
ience 249:1527−1533(1990))。
【0365】 本発明の化合物がタンパク質をコードする核酸である、具体的な実施形態にお
いて、その核酸は、それを適切な核酸発現ベクターの一部として構成し、そして
それが細胞内になるように投与することにより(例えば、レトロウイルスベクタ
ーの使用により(米国特許第4,980,286号を参照のこと)、または直接
注射により、または微粒子ボンバードメント(例えば、遺伝子銃;Biolis
tic,Dupont)の使用により、または脂質もしくは細胞表面レセプター
もしくはトランスフェクト剤でコーティングすることにより、または核に入るこ
とが公知であるホメオボックス様ペプチドと結合させて投与すること(例えば、
Joliotら,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:18
64−1868(1991)を参照のこと)などにより、そのコードされたタン
パク質の発現を促進するようにインビボで投与され得る。あるいは、核酸は、細
胞内に導入され得、そして、発現のために相同組換えにより宿主細胞DNA内に
組み込まれ得る。
【0366】 本発明はまた、薬学的組成物を提供する。このような組成物は、治療有効量の
化合物、および薬学的に受容可能なキャリアを含む。具体的な実施形態において
、用語「薬学的に受容可能な」とは、動物における、そしてさらに特にヒトにお
ける使用のために、連邦規制当局もしくは米国政府により認められたか、または
米国薬局方もしくは他の一般に認められた薬局方に列挙されたことを意味する。
用語「キャリア」とは、治療剤とともに投与される、希釈剤、アジュバンド、賦
形剤、またはビヒクルをいう。このような薬学的なキャリアは、水および油(石
油起源、動物起源、植物起源、または合成起源の油(例えば、ピーナッツ油、大
豆油、鉱油、ゴマ油など)を含む)のような滅菌した液体であり得る。水は、薬
学的組成物が静脈内に投与される場合に、好ましいキャリアである。生理食塩水
溶液、ならびにデキストロースおよびグリセロールの水溶液はまた、特に注射可
能な溶液のために、液体キャリアとして使用され得る。適切な薬学的賦形剤とし
ては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、イネ
、フラワー、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン
酸グリセロール、滑石、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、グリセロール、プロピレン
、グリコール、水、エタノールなどが挙げられる。組成物はまた、所望されるな
らば、少量の湿潤剤もしくは乳化剤、またはpH緩衝剤を含み得る。これらの組
成物は、液剤、懸濁剤、乳剤、錠剤、丸剤、カプセル剤、散剤、持続放出処方物
などの形態を取り得る。この組成物は、従来の結合剤およびトリグリセリドのよ
うなキャリアとともに、坐剤として処方され得る。経口処方物は、薬学的等級の
マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリン
ナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなどのような標準キャリアを含み得
る。適切な薬学的キャリアの例は、E.W.Martinによる「Reming
ton’s Pharmaceutical Sciences」に記載される
。このような組成物は、治療有効量の化合物を、好ましくは精製された形態で、
適切な量のキャリアとともに含んで、患者への適切な投与のための形態を提供す
る。処方物は、投与形態に適するべきである。
【0367】 好ましい実施形態において、組成物は、慣用手順に従って、ヒトへの静脈内投
与のために採用された薬学的組成物として、処方される。代表的には、静脈内投
与のための組成物は、滅菌等張水性緩衝液の溶液である。必要な場合、組成物は
また、可溶化剤および注射の部位での痛みを緩和するリグノカインのような局部
麻酔を含み得る。一般的には、成分は、別々にかまたは単一投薬形態で一緒に混
合してのどちらかで、例えば、一定量の活性薬剤を示すアンプルまたは小袋(s
achette)のような密封された容器中の凍結乾燥粉末または水を含まない
濃縮物として供給される。組成物が注入により投与されるべき場合には、組成物
は、滅菌した薬学的等級の水または生理食塩水を含む注入ボトルに分配され得る
。組成物が注射により投与される場合、成分が投与の前に混合され得るように、
注射用滅菌水または生理食塩水のアンプルが提供され得る。
【0368】 本発明の化合物は、中性のまたは塩の形態として処方され得る。薬学的に受容
可能な塩としては、塩酸、リン酸、酢酸、シュウ酸、酒石酸などに由来するもの
のようなアニオンとともに形成される塩、およびナトリウム、カリウム、アンモ
ニウム、カルシウム、水酸化第2鉄、イソプロピルアミン、トリエチルアミン、
2−エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどに由来するもののよ
うなカチオンとともに形成される塩が挙げられる。
【0369】 この処置(本発明のポリペプチドの異常な発現および/または活性と関連する
疾患または障害の抑制および予防)において効果的である本発明の化合物の量は
、標準的な臨床技術により決定され得る。さらに、インビトロアッセイは、必要
に応じて、使用して最適な投薬量の範囲を同定するのを助け得る。処方において
使用されるべき正確な用量はまた、投与の経路、および疾患または障害の重篤さ
に依存し、そして開業医の判断および各患者の状況に従って決定されるべきであ
る。有効用量は、インビトロまたは動物モデル試験系から得られた用量反応曲線
から外挿され得る。
【0370】 抗体に関して、患者に投与される投薬量は、代表的に、患者の体重1kgあた
り0.1mg〜100mgである。好ましくは、患者に投与される投薬量は、患
者の体重1kgあたり0.1mgと20mgとの間であり、より好ましくは、患
者の体重1kgあたり1mg〜10mgである。一般に、ヒト抗体は、外来ポリ
ペプチドへの免疫応答に起因して、他種由来の抗体よりもヒト体内で長い半減期
を有する。従って、ヒト抗体の低い投薬量および頻度の低い投与は、しばしば可
能である。さらに、本発明の抗体の投与の投薬量および頻度は、改変(例えば、
脂溶化(lipidation)のような)による抗体の取り込みおよび組織浸
透(例えば、脳への)を増強することにより減少され得る。
【0371】 本発明はまた、本発明の薬学的組成物の一つ以上の成分で満たされている一つ
以上の容器を備える薬学的パックまたはキットを提供する。薬学的製品または生
物学的製品の製造、使用または販売を規制している政府機関により規定される形
式における通告は、このような容器に、必要に応じて伴ない得る。この通告は、
ヒトの投与のための製造、使用または販売のこの機関による認可を反映する。
【0372】 目的のポリペプチドに特異的に結合する標識化抗体、ならびにその誘導体およ
びそのアナログは、診断目的のために使用されて、本発明のポリペプチドの異常
な発現および/または活性に関連する疾患、障害および/または状態を検出、診
断またはモニターし得る。本発明は、目的のポリペプチドの異常な発現の検出に
ついて提供し、これは、(a)目的のポリペプチドに特異的な1つ以上の抗体を
使用して、個体の細胞または体液中の目的のポリペプチドの発現をアッセイする
工程、および(b)この遺伝子発現レベルと標準的な遺伝子発現のレベルを比較
する工程、を包含し、これによって、その標準的な発現レベルと比較されるアッ
セイされたポリペプチド遺伝子発現レベルの増加または減少が、異常な発現を示
す。
【0373】 本発明は、障害を診断するための診断アッセイを提供し、このアッセイは、(
a)目的のポリペプチドに特異的な1つ以上の抗体を使用して、個体の細胞また
は体液中の目的のポリペプチドの発現をアッセイする工程、および(b)この遺
伝子発現レベルと標準的な遺伝子発現のレベルを比較する工程、を包含し、これ
によって、その標準的な発現レベルと比較されるアッセイされたポリペプチド遺
伝子発現レベルの増加または減少が、特定の障害を示す。癌に関して、個体由来
の生検組織における比較的高い量の転写物の存在は、疾患の発生のための素因を
示し得るか、または実際の臨床症状の出現前に疾患を検出するための手段を提供
し得る。この型のより決定的な診断は、保健専門家に予防手段を使用させること
、または早期の積極的な処置を可能にし得、これにより、癌の発生またはさらな
る進行を予防する。
【0374】 本発明の抗体を使用して、当業者に公知の古典的な免疫組織学的方法を使用し
て生物学的サンプル中のタンパク質レベルをアッセイし得る(例えば、Jalk
anenら、J.Cell.Biol.101:976−985(1985);
Jalkanenら、J.Cell.Biol.105:3087−3096(
1987)を参照のこと)。タンパク質遺伝子発現を検出するために有用な、抗
体に基づく他の方法としては、イムノアッセイ(例えば、酵素結合イムノソルベ
ント検定法(ELISA)および放射免疫測定法(RIA))が挙げられる。適
切な抗体アッセイ標識は、当該分野において公知であり、そして酵素標識(例え
ば、グルコースオキシダーゼ);放射性同位体(例えば、ヨウ素(125I、1
21I)、炭素(14C)、硫黄(35S)、トリチウム(3H)、インジウム
(112In)、およびテクネチウム(99Tc));発光標識(例えば、ルミ
ノール);ならびに蛍光標識(例えば、フルオレセインおよびローダミン)、な
らびにビオチンが挙げられる。
【0375】 本発明の1つの局面は、動物、好ましくは哺乳動物、そして最も好ましくはヒ
トにおける、目的のポリペプチドの異常な発現と関連する疾患または障害の検出
および診断である。1つの実施形態において、診断は、a)目的のポリペプチド
に特異的に結合する有効量の標識化分子を被験体に(例えば、非経口的に、皮下
に、または腹腔内に)投与する工程;b)このポリペプチドが発現する被験体内
の部位でこの標識化分子が優先的に濃縮することを可能にするために(および結
合していない標識化分子がバックグラウンドレベルまで除去されるために)投与
後、時間間隔を待つ工程;c)バックグラウンドレベルを決定する工程;および
d)この被験体中の標識化分子を検出する工程、を包含し、その結果、このバッ
クグラウンドレベルを越える標識化分子の検出は、この被験体が目的のポリペプ
チドの異常な発現と関連する特定の疾患または障害を有することを示す。バック
グラウンドレベルは、特定の系について以前に決定された標準的な値と、検出さ
れた標識化分子の量を比較する工程を包含する種々の方法により決定され得る。
【0376】 被験体のサイズおよび用いられる画像化システムは、診断画像を生成するため
に必要な画像化部分の量を決定することが当該分野で理解される。放射性同位体
部分の場合には、ヒト被験体について、注射される放射能の量は、通常、約5〜
20ミリキュリーの99mTcの範囲である。次いで、標識された抗体または抗
体フラグメントは、特定のタンパク質を含む細胞の位置に優先的に蓄積される。
インビボ腫瘍画像化は、S.W.Burchielら、「Immunophar
macokinetics of Radiolabeled Antibod
ies and Their Fragments」(Tumor Imagi
ng:The Radiochemical Detection of Ca
ncerの第13章、S.W.BurchielおよびB.A.Rhodes編
、Masson Publishing Inc.(1982)に記載される。
【0377】 用いられる標識の型および投与の様式を含む、いくつかの可変要素に依存して
、標識された分子が被験体の部位に優先的に濃縮し、そして結合されていない標
識された分子がバックグラウンドレベルまで一掃されることを可能にする、投与
後の時間間隔は、6〜48時間または6〜24時間または6〜12時間である。
別の実施形態においては、投与後の時間間隔は、5〜20日間または5〜10日
間である。
【0378】 1つの実施形態においては、疾患または障害のモニタリングは、その疾患また
は障害を診断するための方法を繰り返すこと(例えば、最初の診断後1ヶ月、最
初の診断後6ヶ月、最初の診断後1年など)により行われる。
【0379】 標識された分子の存在は、インビボ走査について当該分野において公知の方法
を用いて、患者から検出され得る。これらの方法は、用いられる標識の型に依存
する。当業者は、特定の標識を検出するための適切な方法を決定し得る。本発明
の診断方法において用いられ得る方法およびデバイスとしては、限定はされない
が、コンピューター断層撮影(CT)、陽子(position)射出断層撮影
法(PET)のような全身走査、磁気共鳴像(MRI)、および超音波診断法が
挙げられる。
【0380】 特定の実施形態においては、この分子は放射性同位体で標識され、そして放射
線応答性の外科用機器を用いて患者から検出される(Thurstonら、米国
特許第5,441,050号)。別の実施形態においては、この分子は蛍光化合
物で標識され、そして蛍光応答性の走査機器を用いて患者から検出される。別の
実施形態においては、この分子は陽電子放出金属で標識され、そして陽子射出断
層撮影法を用いて患者(patent)から検出される。さらに別の実施形態に
おいては、この分子は常磁性標識で標識され、そして磁気共鳴映像(MRI)を
用いて患者から検出される。
【0381】 (キット) 本発明は、上記の方法において用いられ得るキットを提供する。1つの実施形
態においては、キットは、1以上の容器中に、本発明の抗体(好ましくは精製さ
れた抗体)を備える。特定の実施形態においては、本発明のキットは、このキッ
トに含まれる抗体と特異的に免疫反応性であるエピトープを含む、実質的に分離
されたポリペプチドを備える。好ましくは、本発明のキットは、目的のポリペプ
チドと反応しないコントロール抗体を、さらに備える。別の特定の実施形態にお
いては、本発明のキットは、目的のポリペプチドとの抗体の結合(例えば、この
抗体は、検出可能な基質(例えば、抗体は、蛍光化合物、酵素基質、放射性化合
物または発光化合物)と結合体化され得るか、あるいは第一の抗体を認識する第
二の抗体は、検出可能な基質と結合体化され得る)を検出するための手段を備え
る。
【0382】 本発明の別の特定の実施形態においては、このキットは、増殖性および/また
は癌性のポリヌクレオチドおよびポリペプチドに対して特異的な抗体を含む血清
をスクリーニングする際に用いる診断用キットである。このようなキットは、目
的のポリペプチドと反応しないコントロール抗体を備え得る。このようなキット
は、少なくとも1つの抗ポリペプチド抗原抗体と特異的に免疫反応性であるエピ
トープを含む、実質的に単離されたポリペプチド抗原を備え得る。さらに、この
ようなキットは、この抗体の抗原への結合(例えば、この抗体は、フローサイト
メトリーにより検出され得る、フルオレセインまたはローダミンのような蛍光化
合物と結合体化され得る)を検出するための手段を備える。特定の実施形態にお
いては、このキットは、組換え的に産生されたポリペプチド抗原または化学的に
合成されたポリペプチド抗原を備え得る。このキットのポリペプチド抗原はまた
、固体支持体に付着され得る。
【0383】 より特定の実施形態においては、上記のキットの検出手段は、このポリペプチ
ド抗原が付着される固体支持体を含む。このようなキットはまた、非付着レポー
ター標識抗ヒト抗体を備える。この実施形態においては、抗体のポリペプチド抗
原との結合はこのレポーター標識抗体の結合により検出され得る。
【0384】 さらなる実施形態においては、本発明は、本発明のポリペプチドの抗原を含む
血清をスクリーニングする際に用いる診断用キットを含む。この診断用キットは
、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド抗原と特異的に免疫反応性である、実質
的に単離された抗体、およびこのポリヌクレオチドまたはポリペプチド抗原の抗
体との結合を検出する手段を備える。1つの実施形態においては、この抗体は、
固体支持体に付着される。特定の実施形態においては、この抗体は、モノクロナ
ール抗体であり得る。このキットの検出手段は、第二の標識されたモノクロナー
ル抗体を含み得る。あるいは、またはさらに、この検出手段は、標識された、競
合抗原を含み得る。
【0385】 1つの診断の構成においては、試験血清は、本発明の方法により得られる表面
結合抗原を有する固相試薬と反応する。特異的な抗原抗体をこの試薬と結合させ
、そして結合されない血清成分を洗浄により除去した後、固体支持体上に結合す
る抗抗原抗体の量に応じて、レポーターをこの試薬と結合させるために、この試
薬をレポーター標識抗ヒト抗体と反応させる。この試薬は、結合されない標識抗
体を除去するため、再び洗浄され、そしてこの試薬と会合したレポーターの量が
決定される。代表的には、レポーターは、適切な蛍光測定基質、発光基質または
比色基質(Sigma,St.Louis,MO)の存在下で、この固相をイン
キュベートすることにより検出される酵素である。
【0386】 上記のアッセイにおける固体表面試薬は、タンパク質材料を固体支持体材料(
例えば、高分子ビーズ、計深棒、96ウェルプレートまたは濾過材料)に付着さ
せるための公知の技術により調製される。これらの付着方法としては、一般的に
、支持体へのタンパク質の非特異的な吸着または固体支持体上の化学的に活性な
基(例えば、活性化カルボキシル基、ヒドロキシル基、またはアルデヒド基)と
のタンパク質の共有結合(covalent attachment)(代表的
には、遊離アミン基を介する)が挙げられる。あるいは、ストレプトアビジンで
コートされたプレートが、ビオチン化された抗原と共に使用され得る。
【0387】 従って、本発明は、この診断方法を行うためのアッセイ系またはキットを提供
する。このキットは、一般的に、表面結合された組換え抗原を有する支持体、お
よび表面結合された抗抗原抗体を検出するための、レポーター標識された抗ヒト
抗体を備える。
【0388】 (融合タンパク質) 本発明の任意のポリペプチドは、融合タンパク質を産生するために使用され得
る。例えば、本発明のポリペプチドは、第2のタンパク質と融合される場合、抗
原性タグとして使用され得る。本発明のポリペプチドに対して惹起される抗体は
、ポリペプチドに結合することによって、第2のタンパク質を間接的に検出する
ために使用され得る。さらに、分泌されるタンパク質は、細胞位置を輸送シグナ
ルに基づいて標的化するので、本発明のポリペプチドは、他のタンパク質に一旦
融合されると標的化分子として使用され得る。
【0389】 本発明のポリペプチドと融合され得るドメインの例は、異種シグナル配列のみ
ならず、また他の異種機能性領域をも含む。融合は、必ずしも直接的である必要
はないが、リンカー配列を介して起こり得る。
【0390】 さらに、融合タンパク質はまた、本発明のポリペプチドの特徴を改良するため
に操作され得る。例えば、さらなるアミノ酸、特に荷電アミノ酸の領域が、宿主
細胞からの精製または続く取り扱いおよび貯蔵の間の安定性および持続性を改良
するためにポリペプチドのN末端へ付加され得る。また、ペプチド部分は精製を
容易にするためにポリペプチドへ付加され得る。このような領域は、ポリペプチ
ドの最終調製の前に除去され得る。ポリペプチドの取り扱いを容易にするための
ペプチド部分の付加は、当該分野でよく知られる慣用の技術である。
【0391】 さらに、本発明のポリペプチド(フラグメント、そして特にエピトープを含む
)は、免疫グロブリン(IgA、IgE、IgG、IgM)の定常ドメインまた
はそれらの部分(CH1、CH2、CH3、およびそれらの任意の組み合わせ(
ドメイン全体およびそれらの部分の両方を含む))の一部と組み合わせられ、キ
メラポリぺプチドを生じ得る。これらの融合タンパク質は精製を容易にし、そし
てインビボにおける増大した半減期を示す。1つの報告された例は、ヒトCD4
ポリペプチドの最初の2つのドメイン、および哺乳動物の免疫グロブリンの重鎖
または軽鎖の定常領域の種々のドメインからなるキメラタンパク質を記載してい
る(EP A 394,827;Trauneckerら、Nature 33
1:84−86(1988))。ジスルフィド連結ニ量体構造(IgGに起因す
る)を有する融合タンパク質もまた、単量体分泌タンパク質またはタンパク質フ
ラグメント単独よりも、他の分子に結合しそして中和するのにさらに効率的であ
り得る(Fountoulakisら、J.Biochem.270:3958
−3964(1995))。
【0392】 同様に、EP−A−O 464 533(カナダ国対応特許第2045869
号)は、別のヒトタンパク質またはその部分とともに免疫グロブリン分子の定常
領域の種々の部分を含む融合タンパク質を開示する。多くの場合、融合タンパク
質のFc部分は、治療および診断において有益であり、従って、例えば、改良さ
れた薬物動態学的な特性を生じ得る(EP−A 0232 262)。あるいは
、融合タンパク質が発現され、検出され、そして精製された後に、Fc部分を欠
失させることが望ましい。例えば、融合タンパク質が免疫化のための抗原として
使用される場合、Fc部分は、治療および診断を妨害し得る。例えば、薬物の発
見において、hIL−5のようなヒトタンパク質は、hIL−5のアンタゴニス
トを同定するためのハイスループットスクリーニングアッセイの目的のためにF
c部分と融合されてきた(D.Bennettら、J.Molecular R
ecognition 8:52−58(1995);K.Johansonら
、J.Biol.Chem.270:9459−9471(1995)を参照の
こと)。
【0393】 さらに、本発明のポリペプチドはマーカー配列(例えば、融合されたポリペプ
チドの精製を容易にするペプチド)に融合され得る。好ましい実施形態において
、マーカーアミノ酸配列は、とりわけヘキサ−ヒスチジンペプチド(例えば、p
QEベクター(QIAGEN,Inc.,9259 Eton Avenue,
Chatsworth,CA,91311)において提供されるタグ)であり、
これらの多くのマーカーアミノ酸配列が市販されている。例えば、Gentzら
、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:821−824(1
989)に記載されるように、ヘキサ−ヒスチジンは、融合タンパク質の都合の
良い精製を提供する。精製のために有用な別のペプチドタグである「HA」タグ
は、インフルエンザ赤血球凝集素タンパク質由来のエピトープに対応する(Wi
lsonら、Cell 37:767(1984))。
【0394】 従って、任意のこれら上記の融合物は、本発明のポリヌクレオチドまたはポリ
ペプチドを使用して操作され得る。
【0395】 (ベクター、宿主細胞、およびタンパク質産生) 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドを含むベクター、宿主細胞、および
組換え技術によるポリペプチドの産生に関連する。例えば、ベクターは、ファー
ジベクター、プラスミドベクター、ウイルスベクター、またはレトロウイルスベ
クターであり得る。レトロウイルスベクターは、複製コンピテント、または複製
欠損であり得る。後者の場合、一般的にウイルス増殖は、補完性(comple
menting)宿主細胞にのみ生じる。
【0396】 ポリヌクレオチドは、宿主における増殖のために選択マーカーを含むベクター
に連結され得る。一般に、プラスミドベクターは、リン酸カルシウム沈澱物のよ
うな沈澱物、または荷電脂質との複合体において導入される。ベクターがウイル
スである場合、このベクターは、適切なパッケージング細胞株を使用してインビ
トロでパッケージングされ、次いで宿主細胞に形質導入され得る。
【0397】 ポリヌクレオチド挿入物は、適切なプロモーター(いくつか挙げれば、例えば
、ファージλPLプロモーター、E.coli lacプロモーター、trpプ
ロモーター、phoAプロモーターおよびtacプロモーター、SV40初期プ
ロモーターおよびSV40後期プロモーター、ならびにレトロウイルスLTRの
プロモーター)に作動可能に連結されるべきである。他の適切なプロモーターは
当業者に公知である。発現構築物はさらに、転写開始、転写終結のための部位、
および転写領域において、翻訳のためのリボソーム結合部位を含む。この構築物
によって発現される転写物のコード部分は、好ましくは、始めに翻訳開始コドン
、および翻訳されるべきポリペプチドの末端に適切に位置される終結コドン(U
AA、UGAまたはUAG)を含む。
【0398】 示されるように、発現ベクターは、好ましくは少なくとも1つの選択マーカー
を含む。このようなマーカーは、真核細胞培養のためのジヒドロ葉酸レダクター
ゼ、G418、またはネオマイシン耐性遺伝子、ならびにE.coliおよび他
の細菌において培養するためのテトラサイクリン、カナマイシンまたはアンピシ
リン耐性遺伝子を含む。適切な宿主の代表的な例は、細菌細胞(例えば、E.c
oli、StreptomycesおよびSalmonella typhim
urium細胞);真菌細胞(例えば、酵母細胞(例えば、Saccharom
yces cerevisiaeまたはPichia pastoris(AT
CC受託番号201178)));昆虫細胞(例えばDrosophilia
S2およびSpodoptera Sf9細胞);動物細胞(例えば、CHO細
胞、COS細胞、293細胞、およびBowesメラノーマ細胞);ならびに植
物細胞を含むが、これらに限定されない。上記の宿主細胞のための適切な培養培
地および条件は、当該分野で公知である。
【0399】 細菌における使用のために好ましいベクターの中には、pQE70、pQE6
0およびpQE−9(QIAGEN,Inc.から入手可能);pBluesc
riptベクター、Phagescriptベクター、pNH8A、pNH16
a、pNH18A、pNH46A(Stratagene Cloning S
ystems,Inc.から入手可能);およびptrc99a、pKK223
−3、pKK233−3、pDR540、pRIT5(Pharmacia B
iotech,Inc.から入手可能)を含む。好ましい真核生物ベクターの中
には、pWLNEO、pSV2CAT、pOG44、pXT1およびpSG(S
tratageneから入手可能);ならびにpSVK3、pBPV、pMSG
およびpSVL(Pharmaciaから入手可能)がある。酵母系における使
用のために好ましい発現ベクターとしては、pYES2、pYD1、pTEF1
/Zeo、pYES2/GS、pPICZ、pGAPZ、pGAPZalph、
pPIC9、pPIC3.5、pHIL−D2、pHIL−S1、pPIC3.
5K、pPIC9K、およびPAO815(全てが、Invitrogen,C
arlbad,CAから入手可能)が挙げられるがこれらに限定されない。他の
適切なベクターは、当業者に容易に明らかである。
【0400】 宿主細胞への構築物の導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、DE
AE−デキストラン媒介トランスフェクション、カチオン性脂質媒介トランスフ
ェクション、エレクトロポレーション、形質導入、感染、または他の方法によっ
てもたらされ得る。このような方法は、Davisら、Basic Metho
ds In Molecular Biology(1986)のような多くの
標準的研究室マニュアルに記載される。本発明のポリペプチドは、実際、組換え
ベクターを欠損する宿主細胞によって発現され得ることが特に意図される。
【0401】 本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウム沈澱またはエタノール沈澱、酸抽
出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマ
トグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグ
ラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマト
グラフィーを含む周知の方法によって組換え細胞培養物から回収され得、そして
精製され得る。最も好ましくは、高速液体クロマトグラフィー(「HPLC」)
が精製のために使用される。
【0402】 本発明のポリペプチド、および好ましくは分泌形態はまた、以下から回収され
得る:直接単離されるかまたは培養されるかにかかわらず、体液、組織および細
胞を含む天然の供給源から精製された産物;化学的合成手順の産物;ならびに、
例えば、細菌細胞、酵母細胞、高等植物細胞、昆虫細胞、および哺乳動物細胞を
含む、原核生物宿主または真核生物宿主から組換え技術によって産生された産物
。組換え産生手順に使用される宿主に依存して、本発明のポリペプチドは、グリ
コシル化されてもまたはグリコシル化されていなくてもよい。さらに、本発明の
ポリペプチドはまた、宿主媒介プロセスの結果として、いくつかの場合において
、最初の改変されたメチオニン残基を含み得る。従って、一般に、翻訳開始コド
ンによってコードされるN末端メチオニンが、すべての真核生物細胞における翻
訳後の任意のタンパク質から高い効率で除去されることは当該分野において周知
である。ほとんどのタンパク質においてN末端メチオニンもまた、ほとんどの原
核生物において効果的に除去されるが、いくつかのタンパク質について、この原
核生物除去プロセスは、N末端メチオニンが共有結合するアミノ酸の性質に依存
しており、非効率的である。
【0403】 1つの実施形態において、酵母Pichia pastorisは、真核細胞
系において、本発明のポリペプチドを発現させるために使用される。Pichi
a pastorisは、メタノールをその唯一の炭素供給源として代謝し得る
メチル栄養性(methylotrophic)酵母である。メタノール代謝経
路における主要な工程は、O2を使用してのホルムアルデヒドへのメタノールの
酸化である。この反応は、酵素アルコールオキシダーゼによって触媒される。そ
の唯一の炭素供給源としてメタノールを代謝するために、Pichia pas
torisは、O2に対するアルコールオキシダーゼの比較的低い親和性に部分
的に起因して、高レベルのアルコールオキシダーゼを生成する。結果的に、主要
な炭素供給源としてメタノールに依存する増殖培地において、2つのアルコール
オキシダーゼ遺伝子(AOX1)のうちの1つのプロモーター領域は、非常に活
性である。メタノールの存在下で、AOX1遺伝子から産生されるアルコールオ
キシダーゼは、Pichia pastorisにおける総可溶性タンパク質の
うちのおよそ30%までを含む。Ellis,S.B.ら、Mol.Cell.
Biol.5:1111〜21(1985);Koutz,P.J.ら、Yea
st 5:167〜77(1989);Tschopp,J.F.ら、Nucl
.Acids Res.15:3859〜76(1987)。従って、AOX1
調節配列の全てまたは一部の転写調節下の異種コード配列(例えば、本発明のポ
リヌクレオチドなど)は、メタノールの存在下で増殖したPichia酵母にお
いて、指数関数的に高レベルで発現される。
【0404】 1つの例において、プラスミドベクターpPIC9Kは、「Pichia P
rotocols:Methods in Molecular Biolog
y」,D.R.HigginsおよびJ.Cregg編(The Humana
Press,Totowa,NJ,1998)において本質的に記載されるよ
うに、Pichea酵母系において、本明細書中に示されるように本発明のポリ
ペプチドをコードするDNAを発現させるために使用される。この発現ベクター
は、マルチクローニング部位の上流に位置するPichia pastoris
アルカリホスファターゼ(PHO)分泌シグナルペプチド(すなわち、リーダー
)に連結された強力なAOX1プロモーターによって、本発明のタンパク質の発
現および分泌を可能にする。
【0405】 多くの他の酵母ベクター(例えば、pYES2、pYD1、pTEF1/Ze
o、pYES2/GS、pPICZ、pGAPZ、pGAPZalpha、pP
IC9、pPIC3.5、pHIL−D2、pHIL−S1、pPIC3.5K
、およびPAO815)は、当業者が容易に理解するように、提案された発現構
築物が必要とされる場合インフレームのAUGを含む転写、翻訳、分泌(所望さ
れる場合)などの適切に配置されたシグナルを提供する限り、pPIC9Kの代
わりに使用され得る。
【0406】 別の実施形態において、異種コード配列(例えば、本発明のポリヌクレオチド
など)の高レベルの発現は、本発明の異種ポリヌクレオチドを発現ベクター(例
えば、pGAPZまたはpGAPZalphaなど)中にクローニングし、そし
てメタノールの非存在下で酵母培養物を増殖させることによって達成され得る。
【0407】 本明細書において議論されるベクター構築物を含む宿主細胞を含むことに加え
て、本発明はまた、脊椎動物起源(特に、哺乳動物起源)の一次(primar
y)宿主細胞、二次(secondary)宿主細胞、および不死化宿主細胞を
含む。これらの宿主細胞は、内因性の遺伝物質(例えば、コード配列)を欠失ま
たは置換するように操作されており、そして/または本発明のポリヌクレオチド
と作動可能に連結された遺伝物質(例えば、異種ポリヌクレオチド配列)を含む
ように操作され、そして内因性のポリヌクレオチドを活性化、変更、および/ま
たは増幅する。例えば、当該分野で公知の技術は、相同組換えを介して、異種制
御領域(例えば、プロモーターおよび/またはエンハンサー)ならびに内因性ポ
リヌクレオチド配列を作動可能に連結するために使用され得、その結果、新しい
転写ユニットを形成する(例えば、1997年6月24日に発行された米国特許
第5,641,670号;1998年3月31日に発行された米国特許第5,7
33,761号;1996年9月26日に公開された国際公開第WO 96/2
9411号;1994年8月4日に公開された国際公開第WO 94/1265
0号;Kollerら,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86
:8932−8935(1989);およびZijlstraら,Nature
342:435−438(1989)を参照のこと。これらの開示の各々は、
それら全体において参考として援用される)。
【0408】 さらに、本発明のポリペプチドは、当該分野で公知の技術を用いて化学合成さ
れ得る(例えば、Creighton,1983,Proteins:Stru
ctures and Molecular Principles,W.H.
Freeman & Co.,N.Y.およびHunkapillerら,Na
ture,310:105−111(1984)を参照のこと)。例えば、本発
明のポリペプチド配列のフラグメントに対応するポリペプチドは、ペプチド合成
機の使用により合成され得る。さらに、所望の場合、非古典的アミノ酸または化
学的アミノ酸アナログが、置換または付加としてこのポリペプチド配列に導入さ
れ得る。非古典的アミノ酸としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない
:通常のアミノ酸のD異性体、2,4−ジアミノ酪酸、a−アミノイソ酪酸、4
−アミノ酪酸、Abu、2−アミノ酪酸、g−Abu、e−Ahx、6−アミノ
ヘキサン酸、Aib、2−アミノイソ酪酸、3−アミノプロピオン酸、オルニチ
ン、ノルロイシン、ノルバリン、ヒドロキシプロリン、サルコシン、シトルリン
、ホモシトルリン、システイン酸、t−ブチルグリシン、t−ブチルアラニン、
フェニルグリシン、シクロヘキシルアラニン、b−アラニン、フルオロアミノ酸
、デザイナーアミノ酸(例えば、b−メチルアミノ酸)、Ca−メチルアミノ酸
、Na−メチルアミノ酸、および一般のアミノ酸アナログ。さらに、アミノ酸は
D(右旋性)またはL(左旋性)であり得る。
【0409】 本発明は、翻訳の間または翻訳後に、例えば、グリコシル化、アセチル化、リ
ン酸化、アミド化、公知の保護基/ブロッキング基による誘導体化、タンパク質
分解切断、抗体分子または他の細胞性リガンドへの結合などによって示差的に改
変されるポリペプチドを含む。任意の多数の化学的改変は、以下を含むがこれら
に限定されない公知の技術によって実施され得る:臭化シアン、トリプシン、キ
モトリプシン、パパイン、V8プロテアーゼ、NaBH4による特異的化学的切
断;アセチル化、ホルミル化、酸化、還元;ツニカマイシンの存在下での代謝合
成;など。
【0410】 本発明によって含まれるさらなる翻訳後修飾としては、例えば、以下などが挙
げられる:N結合型もしくはO結合型の炭水化物鎖(N末端またはC末端のプロ
セシング)、アミノ酸骨格への化学部分の結合、N結合型もしくはO結合型の炭
水化物鎖の化学修飾、および原核生物宿主細胞発現の結果としてのN末端メチオ
ニン残基の付加もしくは欠失。このポリペプチドはまた、検出可能な標識(例え
ば、酵素標識、蛍光標識、同位体標識または親和性標識)を用いて改変して、こ
のタンパク質の検出および単離が可能にされ得る。
【0411】 本発明によってまた、さらなる利点(例えば、このポリペプチドの溶解度、安
定性および循環時間の増加、または免疫原性の減少)を提供し得る、本発明のポ
リペプチドの化学修飾誘導体が提供される(米国特許第4,179,337号を
参照のこと)。誘導体化のための化学部分は、水溶性ポリマー(例えば、ポリエ
チレングリコール、エチレングリコール/プロピレングリコールコポリマー、カ
ルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコールなど)から選
択され得る。このポリペプチドは、この分子内のランダムな位置で、またはこの
分子内の所定の位置で改変され得、そして1、2、3以上の結合した化学部分を
含み得る。
【0412】 このポリマーは、任意の分子量のポリマーであり得、そして分枝状であっても
非分枝状であってもよい。ポリエチレングリコールに関しては、好ましい分子量
は、取り扱いおよび製造の容易さのために、約1kDaと約100kDaとの間
(用語「約」は、ポリエチレングリコールの調製において、いくつかの分子は示
した分子量よりも重く、いくつかは示した分子量よりも軽いことを示す)である
。所望の治療的プロフィール(例えば、所望される持続放出の持続時間、ある場
合には生物学的活性に対する効果、取り扱いの容易さ、抗原性の程度または抗原
性がないこと、および治療タンパク質またはアナログに対するポリエチレングリ
コールの他の公知の効果)に依存して、他のサイズが用いられ得る。
【0413】 ポリエチレングリコール分子(または他の化学的部分)は、このタンパク質の
機能的ドメインまたは抗原性ドメインに対する効果を考慮してタンパク質に結合
されるべきである。当業者に利用可能な多数の結合方法が存在する(例えば、本
明細書中に参考として援用される、EP 0 401 384(G−CSFにP
EGを結合する)、Malikら,Exp.Hematol.20:1028−
1035(1992)(塩化トレシルを用いたGM−CSFのペグ化(pegy
lation)を報告する)もまた参照のこと)。例えば、ポリエチレングリコ
ールは、反応性基(例えば、遊離のアミノ基またはカルボキシル基)によってア
ミノ酸残基を介して共有結合され得る。反応性基は、活性化ポリエチレングリコ
ール分子が結合し得る基である。遊離のアミノ基を有するアミノ酸残基としては
、リジン残基およびN末端アミノ酸残基が挙げられ得る;遊離のカルボキシル基
を有するアミノ酸残基としては、アスパラギン酸残基、グルタミン酸残基および
C末端アミノ酸残基が挙げられ得る。スルフヒドリル残基もまた、ポリエチレン
グリコール分子を結合するための反応性基として用いられ得る。治療目的のため
に好ましいのは、アミノ基での結合、例えば、N末端またはリジン基での結合で
ある。
【0414】 N末端で化学修飾されたタンパク質を具体的に所望し得る。ポリエチレングリ
コールを本発明の組成の例示として用いて、種々のポリエチレングリコール分子
から(分子量、分枝などによって)、反応混合物中でのポリエチレングリコール
分子のタンパク質(ポリペプチド)分子に対する比、行われるべきペグ化反応の
型、および選択されたN末端ペグ化タンパク質の獲得方法を選択し得る。N末端
ペグ化調製物の獲得方法(すなわち、必要な場合、この部分を他のモノペグ化部
分から分離すること)は、ペグ化タンパク質分子の集団からの、N末端ペグ化物
質の精製により行われ得る。N末端修飾で化学修飾された選択的タンパク質は、
特定のタンパク質における誘導体化に利用可能な異なる型の第1級アミノ基(リ
ジン対N末端)の示差的反応性を利用する還元的アルキル化によって達成され得
る。適切な反応条件下では、カルボニル基含有ポリマーを用いた、N末端でのタ
ンパク質の実質的に選択的な誘導体化が達成される。
【0415】 本発明のポリペプチドは、単量体または多量体(すなわち、ニ量体、三量体、
四量体およびより高度の多量体)であり得る。従って、本発明は、単量体および
多量体の本発明のポリペプチド、それらの調製ならびにそれらを含む組成物(好
ましくは治療薬)に関する。特定の実施形態では、本発明のポリペプチドは、単
量体、ニ量体、三量体または四量体である。さらなる実施形態では、本発明の多
量体は、少なくともニ量体、少なくとも三量体、または少なくとも四量体である
【0416】 本発明によって含まれる多量体は、ホモマーまたはヘテロマーであり得る。本
明細書中で用いられる場合、用語ホモマーは、配列番号Yのアミノ酸配列に対応
するかまたは寄託されたクローンに含まれるcDNAによってコードされるポリ
ペプチド(本明細書中に記載されるこれらのポリペプチドに対応する、フラグメ
ント、改変体、スプライス改変体および融合タンパク質を含む)のみを含む多量
体をいう。これらのホモマーは、同一または異なるアミノ酸配列を有するポリペ
プチドを含み得る。特定の実施形態では、本発明のホモマーは、同一のアミノ酸
配列を有するポリペプチドのみを含む多量体である。別の特定の実施形態では、
本発明のホモマーは、異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む多量体で
ある。特定の実施形態では、本発明の多量体は、ホモニ量体(例えば、同一また
は異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む)あるいはホモ三量体(例え
ば、同一および/または異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む)であ
る。さらなる実施形態では、本発明のホモマー性多量体は、少なくともホモニ量
体、少なくともホモ三量体または少なくともホモ四量体である。
【0417】 本明細書中で用いられる場合、用語ヘテロマーとは、本発明のポリペプチドに
加えて1以上の異種ポリペプチド(すなわち、異なるタンパク質のポリペプチド
)を含む多量体をいう。特定の実施形態では、本発明の多量体は、ヘテロニ量体
、ヘテロ三量体またはヘテロ四量体である。さらなる実施形態では、本発明のヘ
テロマー性多量体は、少なくともヘテロニ量体、少なくともヘテロ三量体または
少なくともヘテロ四量体である。
【0418】 本発明の多量体は、疎水性、親水性、イオン性および/もしくは共有結合的な
結合の結果であり得、そして/または例えば、リポソーム形成によって間接連結
され得る。従って、1つの実施形態では、本発明の多量体(例えば、ホモニ量体
またはホモ三量体など)は、本発明のポリペプチドが溶液中で互いに接触する場
合に形成される。別の実施形態では、本発明のへテロ多量体(例えば、ヘテロ三
量体またはヘテロ四量体など)は、本発明のポリペプチドが、溶液中で本発明の
ポリペプチドに対する抗体(本発明の融合タンパク質における異種ポリペプチド
配列に対する抗体を含む)と接触した場合に形成される。他の実施形態では、本
発明の多量体は、本発明のポリペプチドとの、および/または本発明のポリペプ
チド間での共有結合によって形成される。このような共有結合は、ポリペプチド
配列(例えば、配列表に記載されるかまたは寄託されたクローンによってコード
されるポリペプチドに含まれる、ポリペプチド配列)中に含まれる1以上のアミ
ノ酸残基を含み得る。1例では、この共有結合は、ネイティブ(すなわち、天然
に存在する)ポリペプチドにおいて相互作用するポリペプチド配列内に存在する
システイン残基間での架橋である。別の例では、この共有結合は、化学的操作ま
たは組換え操作の結果である。あるいは、このような共有結合は、本発明の融合
タンパク質中の異種ポリペプチド配列において含まれる1以上のアミノ酸残基を
含み得る。
【0419】 1例では、共有結合は、本発明の融合タンパク質に含まれる異種配列間にある
(例えば、米国特許第5,478,925号を参照のこと)。特定の例では、こ
の共有結合は、(本明細書中に記載されるような)本発明のFc融合タンパク質
に含まれる異種配列間にある。別の特定の例では、本発明の融合タンパク質の共
有結合は、共有結合した多量体を形成し得る別のタンパク質(例えば、オステオ
プロテゲリン(oseteoprotegerin)など)由来の異種ポリペプ
チド配列間にある(例えば、国際公開番号WO 98/49305号(この内容
はその全体が本明細書中で参考として援用される)を参照のこと)。別の実施形
態では、2以上の本発明のポリペプチドは、ペプチドリンカーを通して連結され
る。例としては、米国特許第5,073,627号(本明細書中に参考として援
用される)に記載されるペプチドリンカーが挙げられる。ペプチドリンカーによ
って隔てられた本発明の複数のポリペプチドを含むタンパク質は、従来の組換え
DNA技術を用いて生成され得る。
【0420】 本発明の多量体ポリペプチドを調製するための別の方法は、ロイシンジッパー
ポリペプチド配列またはイソロイシンジッパーポリペプチド配列に融合された本
発明のポリペプチドの使用を含む。ロイシンジッパードメインおよびイソロイシ
ンジッパードメインは、そのドメインが見出されるタンパク質の多量体形成を促
進するポリペプチドである。ロイシンジッパーは元々、いくつかのDNA結合タ
ンパク質において同定され(Landschulzら,Science 240
:1759、(1988))、そしてそれ以来種々の異なるタンパク質において
見出されている。とりわけ公知のロイシンジッパーは、ニ量体形成または三量体
形成をする、天然に存在するペプチドおよびその誘導体である。本発明の可溶性
多量体タンパク質を生成するために適切なロイシンジッパードメインの例は、本
明細書中に参考として援用されるPCT出願WO 94/10308に記載され
るロイシンジッパードメインである。溶液中でニ量体形成または三量体形成をす
るポリペプチド配列に融合された本発明のポリペプチドを含む組換え融合タンパ
ク質は、適切な宿主細胞中で発現され、そして得られる可溶性多量体融合タンパ
ク質は、当該分野で公知の技術を用いて培養上清から回収される。
【0421】 本発明の三量体ポリペプチドは、増強された生物学的活性という利点を提供し
得る。好ましいロイシンジッパー部分およびイソロイシン部分は、三量体を優先
的に形成する部分である。1例は、本明細書中に参考として援用されるHopp
eら(FEBS Letters 344:191,(1994))および米国
特許出願第08/446,922号に記載される通りの肺サーファクタントプロ
テインD(SPD)に由来するロイシンジッパーである。天然に存在する三量体
タンパク質由来の他のペプチドは、本発明の三量体ポリペプチドの調製において
用いられ得る。
【0422】 別の例では、本発明のタンパク質は、Flag(登録商標)ポリペプチド配列
を含む本発明の融合タンパク質に含まれるFlag(登録商標)ポリペプチド配
列間の相互作用によって会合する。さらなる実施形態では、本発明のタンパク質
の会合は、本発明のFlag(登録商標)融合タンパク質に含まれる異種ポリペ
プチド配列と抗Flag(登録商標)抗体との間の相互作用によって会合する。
【0423】 本発明の多量体は、当該分野で公知の化学技術を用いて生成され得る。例えば
、本発明の多量体に含まれることが所望されるポリペプチドは、当該分野で公知
のリンカー分子およびリンカー分子長最適化技術を用いて化学的に架橋され得る
(例えば、本明細書中にその全体が参考として援用される、米国特許第5,47
8,925号を参照のこと)。さらに、本発明の多量体は、当該分野で公知の技
術を用いて生成されて、多量体に含まれることが所望されるポリペプチドの配列
内に存在するシステイン残基間の1以上の分子間架橋を形成し得る(例えば、本
明細書中にその全体が参考として援用される、米国特許第5,478,925号
を参照のこと)。さらに、本発明のポリペプチドは、ポリペプチドのC末端また
はN末端へのシステインまたはビオチンの付加によって慣用的に改変され得、そ
して当該分野で公知の技術が、1以上のこれらの改変されたポリペプチドを含む
多量体を生成するために適用され得る(例えば、本明細書中にその全体が参考と
して援用される、米国特許第5,478,925号を参照のこと)。さらに、当
該分野で公知の技術は、本発明の多量体に含まれることが所望されるポリペプチ
ド成分を含むリポソームを生成するために適用され得る(例えば、本明細書中に
その全体が参考として援用される、米国特許第5,478,925号を参照のこ
と)。
【0424】 あるいは、本発明の多量体は、当該分野で公知の遺伝子操作技術を用いて生成
され得る。1つの実施形態では、本発明の多量体に含まれるポリペプチドは、本
明細書中に記載されるかさもなくば当該分野で公知の融合タンパク質技術を用い
て組換え生成される(例えば、本明細書中にその全体が参考として援用される、
米国特許第5,478,925号を参照のこと)。特定の実施形態では、本発明
のホモニ量体をコードするポリヌクレオチドは、本発明のポリペプチドをコード
するポリヌクレオチド配列を、リンカーポリペプチドをコードする配列に連結し
、次いでさらに元々のC末端からN末端の方向とは逆方向でポリペプチドの翻訳
産物をコードする合成ポリヌクレオチド(リーダー配列を欠く)に連結すること
によって生成される(例えば、本明細書中にその全体が参考として援用される、
米国特許第5,478,925号を参照のこと)。別の実施形態では、本明細書
中に記載されるかさもなくば当該分野で公知の組換え技術を適用して、膜貫通ド
メイン(または疎水性ペプチドもしくはシグナルペプチド)を含み、そして膜再
構成技術によってリポソームに取り込まれ得る、本発明の組換えポリペプチドを
生成する(例えば、本明細書中にその全体が参考として援用される、米国特許第
5,478,925号を参照のこと)。
【0425】 (ポリヌクレオチドの使用) 本明細書中で同定された各々のポリヌクレオチドは、試薬として多数の方法に
おいて使用され得る。以下の説明は例示的であるとみなされるべきであり、そし
て公知の技術を利用する。
【0426】 本発明のポリヌクレオチドは、染色体同定のために有用である。実際の配列デ
ータ(反復多型性)に基づく染色体マーキング試薬は現在ほとんど利用可能では
ないため、新しい染色体マーカーを同定する必要性が存在するままである。本発
明の各々のポリヌクレオチドは、染色体マーカーとして使用され得る。
【0427】 簡単に言うと、配列は、配列番号Xで示される配列からPCRプライマー(好
ましくは15〜25bp)を調製することによって染色体にマッピングされ得る
。プライマーが、ゲノムDNA中の1つより多くの予測されたエキソンにまたが
らないように、プライマーは、コンピューター分析を使用して選択され得る。次
いで、これらのプライマーは、個々のヒト染色体を含む体細胞ハイブリッドのP
CRスクリーニングのために使用される。配列番号Xに対応するヒト遺伝子を含
むハイブリッドのみが、増幅されたフラグメントを産生する。
【0428】 同様に、体細胞ハイブリッドは、特定の染色体に対してポリヌクレオチドをP
CRマッピングする迅速な方法を提供する。単一のサーマルサイクラーを使用し
て1日あたり3つ以上のクローンが割り当てられ得る。さらに、ポリヌクレオチ
ドの下位位置決定(sublocalization)は、特定の染色体フラグ
メントのパネルを用いて達成され得る。使用され得る他の遺伝子マッピング戦略
は、インサイチュハイブリダイゼーション、標識フローソート(labeled
flow sorted)染色体でのプレスクリーニング、および染色体特異
的cDNAライブラリーを構築するためのハイブリダイゼーションによる前選択
を含む。
【0429】 ポリヌクレオチドの正確な染色体位置はまた、中期染色体スプレッド(spr
ead)の蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH)を使用して獲
得され得る。この技術は500または600塩基ほどの短さのポリヌクレオチド
を使用する;しかし2,000〜4,000bpのポリヌクレオチドが好ましい
。この技術の総説に関しては、Vermaら、「Human Chromoso
mes:a Manual of Basic Techniques」, P
ergamon Press, New York(1988)を参照のこと。
【0430】 染色体マッピングについては、ポリヌクレオチドは、個々に(単一染色体また
はその染色体上の単一部位をマークするために)またはパネルで(複数部位およ
び/または複数染色体をマークするために)使用され得る。好ましいポリヌクレ
オチドは、cDNAの非コード領域に対応する。なぜなら、コード配列は、遺伝
子ファミリー内でより保存される傾向があり、これにより、染色体マッピングの
間の交叉ハイブリダイゼーションの機会が増加するからである。
【0431】 一旦、ポリヌクレオチドが正確な染色体位置にマップされると、ポリヌクレオ
チドの物理的位置は、連鎖分析において使用され得る。連鎖分析は、染色体位置
と特定の疾患の提示との間の同時遺伝(coinheritance)を確立す
る。(疾患マッピングデータは、例えば、V.McKusick,Mendel
ian Inheritance in Man(Johns Hopkins
University Welch Medical Libraryを通し
てオンラインで利用可能である)において見い出される)。1メガベースマッピ
ング解像度および20kbあたり1遺伝子と仮定すると、疾患と関連する染色体
領域に正確に位置決定されるcDNAは、50〜500の潜在的な原因遺伝子の
うちの1つであり得る。
【0432】 従って、一旦、同時遺伝が確立されると、罹患個体と非罹患個体との間でのポ
リヌクレオチドおよび対応する遺伝子における差異が試験され得る。まず、染色
体中の可視的構造変化(例えば、欠失または転座)は染色体スプレッドにおいて
、またはPCRによって試験される。構造的変化が存在しない場合、点変異の存
在が確認される。何人かのまたは全ての罹患個体で観察されたが、正常な個体で
は観察されなかった変異は、この変異がこの疾患を引き起こし得ることを示す。
しかし、いくつかの正常な個体由来のポリペプチドおよび対応する遺伝子の完全
な配列決定は、変異を多型性と区別するために要求される。新しい多型性が同定
される場合、この多型ポリペプチドはさらなる連鎖分析のために使用され得る。
【0433】 さらに、非罹患個体と比較した、罹患個体の遺伝子の増加または減少した発現
が、本発明のポリヌクレオチドを使用して評価され得る。任意のこれらの変化(
変化した発現、染色体再配置、または変異)は、診断マーカーまたは予後マーカ
ーとして使用され得る。
【0434】 従って、本発明はまた、障害の診断の間に有用な診断方法を提供し、この方法
は、個体由来の細胞または体液中の本発明のポリヌクレオチドの発現レベルを測
定する工程、および測定された遺伝子発現レベルをポリヌクレオチド発現レベル
の標準レベルと比較する工程を包含し、これによって、標準と比較して、遺伝子
発現レベルの増加または減少が、障害の指標になる。
【0435】 なお別の実施形態では、本発明は、サンプルを、試験被験体に由来する増殖性
および/または癌性のポリヌクレオチドの存在について分析するためのキットを
含む。一般的実施形態において、このキットは、本発明のポリヌクレオチドと特
異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む少なくとも1つのポリヌクレ
オチドプローブ、および適切な容器を備える。この特定の実施形態では、このキ
ットは、本発明のポリヌクレオチドの内部領域を規定する2つのポリヌクレオチ
ドプローブを含み、ここで各プローブは、この領域に対して内部に31’マー末
端を含む1つの鎖を有する。さらなる実施形態では、このプローブは、ポリメラ
ーゼ連鎖反応増幅のためのプライマーとして有用であり得る。
【0436】 障害の診断が既に従来方法によって行われている場合、本発明は、予後のイン
ジケーター(indicator)として有用であり、それによって増強または
抑制された本発明のポリヌクレオチド発現を示す患者が、標準レベルにより近い
レベルでこの遺伝子を発現する患者と比較して悪い臨床結果を経験する。
【0437】 「本発明のポリヌクレオチドの発現レベルを測定する(こと)」によって、本
発明のポリペプチドのレベルまたはこのポリペプチドをコードするmRNAのレ
ベルを、第1の生物学的サンプルにおいて直接的(例えば、絶対のタンパク質レ
ベルまたはmRNAレベルを決定または評価することによって)または相対的(
例えば、第2の生物学的サンプル中のポリペプチドレベルまたはmRNAレベル
に対して比較することによって)のいずれかで定性的または定量的に測定または
評価することが意図される。好ましくは、第1の生物学的サンプル中のポリペプ
チドレベルまたはmRNAレベルが測定または評価され、そして標準のポリペプ
チドレベルまたはmRNAレベルに対して比較され、この標準は、障害を有さな
い個体から得られる第2の生物学的サンプルから得られるかまたは障害を有さな
い個体の集団由来のレベルを平均することによって決定される。当該分野で認識
されるように、一旦標準的なポリペプチドレベルまたはmRNAレベルが公知に
なれば、これを、比較のための標準として反復して用い得る。
【0438】 「生物学的サンプル」によって、本発明のポリペプチドまたはmRNAを含む
、個体、体液、細胞株、組織培養物または他の供給源から得られる任意の生物学
的サンプルが意図される。示されるように、生物学的サンプルは、本発明のポリ
ペプチドを含む体液(例えば、精液、リンパ、血清、血漿、尿、滑液および髄液
)、および本発明のポリペプチドを発現することが見出された他の組織供給源を
含む。哺乳動物から組織生検および体液を得るための方法は、当該分野で周知で
ある。生物学的サンプルがmRNAを含む場合、組織生検が好ましい供給源であ
る。
【0439】 上記で提供された方法は好ましくは、ポリヌクレオチドおよび/またはポリペ
プチドが固体支持体に結合される、診断方法および/またはキットに適用され得
る。1つの例示的な方法では、この支持体は、米国特許第5,837,832号
、同第5,874,219号および同第5,856,174号に記載される、「
遺伝子チップ」または「生物学的チップ」であり得る。さらに、本発明のポリヌ
クレオチドが結合されたこのような遺伝子チップを用いて、このポリヌクレオチ
ド配列と、試験被験体から単離されたポリヌクレオチドとの間の多型性を同定し
得る。このような多型性の知見(すなわち、それらの位置ならびにそれらの存在
)は、癌性の疾患および状態を含む多くの障害についての疾患の遺伝子座を同定
する際に有益である。このような方法は、米国特許第5,858,659号およ
び同第5,856,104号に記載される。上記に参照した米国特許は、その全
体が本明細書中に参考として援用される。
【0440】 本発明は、化学的に合成された(すなわち、ペプチド核酸(PNA)として再
現された)または当該分野で公知の他の方法に従って合成された、本発明のポリ
ヌクレオチドを包含する。PNAの使用は、ポリヌクレオチドが固体支持体、す
なわち、遺伝子チップに取り込まれる場合、好ましい形態として役立つ。本発明
の目的のために、ペプチド核酸(PNA)は、ポリアミド型のDNAアナログで
あり、そしてアデニン、グアニン、チミンおよびシトシンについての単量体単位
が市販されている(Perceptice Biosystems)。DNAの
特定の成分(例えば、リン、酸化リンまたはデオキシリボース誘導体)は、PN
A中に存在しない。P.E.Nielsen,M.Egholm,R.H.Be
rgおよびO.Buchardt,Science 254,1497(199
7);ならびにM.Egholm,O.Buchardt,L.Christe
nsen,C.Behrens,S.M.Freier,D.A.Driver
,R.H.Berg、S.K.Kim,B.NordenおよびP.E.Nie
lsen,Nature 365,666(1993)によって開示されるよう
に、PNAは、相補的なDNA鎖に対して特異的かつ緊密に結合し、そしてヌク
レアーゼによって分解されない。実際、PNAは、DNA自体が結合するよりも
強力にDNAに結合する。これはおそらく、2つの鎖の間に静電斥力が存在せず
、そしてまたポリアミド骨格がより可撓性が高いことによる。これによって、P
NA/DNA二重鎖は、DNA/DNA二重鎖よりも広範囲のストリンジェンシ
ー条件下で結合し、多重鎖ハイブリダイゼーションを行うのをより容易にする。
強力な結合に起因して、DNAを用いてよりも小さいプローブが用いられ得る。
さらに、おそらく、単一の塩基ミスマッチが、PNA/DNAハイブリダイゼー
ションを用いて決定され得る。なぜなら、PNA/DNAの15マーにおける単
一のミスマッチは、DNA/DNAの15マー二重鎖については4℃〜16℃で
あるのに対して、融点(T.sub.m)を8〜20℃低下させるからである。
また、PNA中に電荷基が存在しないことは、ハイブリダイゼーションが、低い
イオン強度で行われ得、そして分析の間の塩によって可能な妨害を減少させるこ
とを意味する。
【0441】 本発明は、哺乳動物における癌の検出のために有用である。特に、本発明は、
以下を含むがこれらに限定されない、病理学的細胞増殖新形成の診断の間に有用
である:急性骨髄性白血病(急性単球性白血病、急性骨髄芽球性白血病、急性前
骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性赤白血病、急性巨核球性白血病、
および急性未分化白血病などを含む);および慢性骨髄性白血病(慢性骨髄単球
性白血病、慢性顆粒球性白血病などを含む)。好ましい哺乳動物としては、有尾
猿(monkey)、無尾猿(ape)、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、ウマ、ウサ
ギおよびヒトが挙げられる。特に好ましいのは、ヒトである。
【0442】 病理学的細胞増殖性の疾患、障害および/または状態はしばしば、癌原遺伝子
の不適切な活性化に関連する(Gelmann,E.P.ら,「The Eti
ology of Acute Leukemia:Molevular Ge
netics and Viral Oncology」,Neoplasti
c Diseases of the Blood,第1巻,Wiernik、
P.H.ら編,161−182(1985))。新形成は現在、ウイルス配列の
染色体への挿入、より活性に転写される領域への遺伝子の染色体転座、または何
らかの他の機構による、正常な細胞遺伝子産物の定性的変化から、または遺伝子
発現の定量的改変から生じると考えられている(Gelmannら、前出)。特
定の遺伝子の変異または変更された発現が、他の組織および他の細胞型の中でも
、いくつかの白血病の病因と関与するようである(Gelmannら、前出)。
実際、いくつかの動物新形成に関与する癌遺伝子のヒト対応物は、ヒトの白血病
および癌のいくつかの症例において増幅または転座されている(Gelmann
ら、前出)。例えば、c−myc発現は、非リンパ球性白血病細胞株HL−60
において高度に増幅される。HL−60細胞が増幅を止めるように化学的に誘導
される場合、c−mycのレベルは、ダウンレギュレートされることが見出され
る(国際公開番号WO91/15580号)。しかし、c−mycまたはc−m
ybの5’末端に相補的であるDNA構築物へのHL−60細胞の暴露が、c−
mycタンパク質またはc−mybタンパク質の発現をダウンレギュレートする
対応するmRNAの翻訳をブロックし、処理した細胞の細胞増殖および分化の停
止を引き起こすことが示されている(国際公開番号WO91/15580号;W
ickstromら、Proc.Natl.Acad.Sci.85:1028
(1988);Anfossiら、Proc.Natl.Acad.Sci.8
6:3379(1989))。しかし、当業者は、増殖表現型を示すことが公知
である種々の起源の多数の細胞および細胞型を考慮すれば、本発明の有用性が造
血性の細胞および組織の増殖性の疾患、障害および/または状態の処置に限定さ
れないことを認識する。
【0443】 前記に加えて、ポリヌクレオチドは、三重らせん形成またはアンチセンスDN
AもしくはRNAを通して遺伝子発現を制御するために使用され得る。アンチセ
ンス技術は、例えば、Okano,J.Neurochem.56:560(1
991),「Oligodeoxynucleotides as Antis
ense Inhibitors of Gene Expression」,
CRC Press,Boca Raton,FL(1988)において考察さ
れる。三重らせん形成は例えば、Leeら、Nucleic Acids Re
search 6:3073(1979);Cooneyら、Science
241:456(1988);およびDervanら、Science 251
:1360(1991)において考察される。両方の方法は、相補的DNAまた
は相補的RNAへのポリヌクレオチドの結合に依存する。これらの技術に関して
、好ましいポリヌクレオチドは通常、20〜40塩基長のオリゴヌクレオチドで
あり、そして転写に関与する遺伝子領域(三重らせん−Leeら,Nucl.A
cids Res.6:3073(1979);Cooneyら、Scienc
e 241:456(1988);およびDervanら、Science 2
51:1360(1991)を参照のこと)またはmRNA自体(アンチセンス
−Okano,J.Neurochem.56:560(1991);Olig
odeoxy−nucleotides as Antisense Inhi
bitors of Gene Expression,CRC Press,
Boca Raton,FL(1988))のいずれかに相補的である。三重ら
せん形成は、最適にはDNAからのRNA転写の遮断を生じるが、アンチセンス
RNAハイブリダイゼーションは、ポリペプチドへのmRNA分子の翻訳を阻止
する。両方の技術は、モデル系において効果的であり、そして本明細書に開示さ
れる情報は、疾患を処置するための試みにおいて、アンチセンスまたは三重らせ
んポリヌクレオチドを設計するために使用され得る。
【0444】 本発明のポリヌクレオチドはまた、遺伝子治療において有用である。遺伝子治
療の1つの目標は、遺伝欠損を修正する試みにおいて、欠損遺伝子を有する生物
へ正常遺伝子を挿入することである。本発明に開示されるポリヌクレオチドは、
高度に正確な様式でこのような遺伝欠損を標的とする手段を提供する。別の目標
は、宿主ゲノム中には存在しなかった新しい遺伝子を挿入し、それによって宿主
細胞中に新しい形質を生成することである。
【0445】 ポリヌクレオチドはまた、微小な生物学的サンプルから個体を同定するために
有用である。例えば、米国軍は、その職員を同定するために制限フラグメント長
の多型性(RFLP)の使用を考慮している。この技術において、個体のゲノム
DNAは1つ以上の制限酵素で消化され、そして職員を同定するため固有なバン
ドを生じるためのサザンブロットについてプローブされる。この方法は、「認識
票(Dog tag)」(これは、失われたり、交換されたり、または盗まれた
りすることにより、ポジティブな同定を困難にし得る)の現在の限界を受けない
。本発明のポリヌクレオチドは、RFLPのためのさらなるDNAマーカーとし
て使用され得る。
【0446】 本発明のポリヌクレオチドはまた、個体のゲノムの選択された部分の実際の塩
基ごとのDNA配列を決定することによって、RFLPに対する代替物として使
用され得る。これらの配列は、このような選択されたDNAを増幅しそして単離
するためにPCRプライマーを調製するために使用され得、次いで、この選択さ
れたDNAは、配列決定され得る。各個体が固有のセットのDNA配列を有する
ので、この技術を使用して、個体が同定され得る。一旦、固有のIDデータベー
スが個体について確立されると、その個体が生存していようとまたは死亡してい
ようとにかかわらず、その個体のポジティブ同定が、極めて小さな組織サンプル
からなされ得る。
【0447】 法医学生物学もまた、本明細書に開示されるようなDNAに基づく同定技術を
使用して利益を得る。組織(例えば、髪または皮膚)、または体液(例えば、血
液、唾液、精液、滑液、羊水、乳汁、リンパ、肺痰(pulmonary sp
utum)またはサーファクタント、尿、糞便物質など)のような非常に小さな
生物学的サンプルから得られたDNA配列は、PCRを使用して増幅され得る。
ある先行技術において、DQaクラスII HLA遺伝子のような多型性遺伝子
座から増幅された遺伝子配列は、個体を同定するための法医学生物学において使
用される。(Erlich,H.,PCR Technology,Freem
an and Co.(1992))。一旦、これらの特異的多型性遺伝子座が
増幅されると、これらは1つ以上の制限酵素で消化される。これは、DQaクラ
スII HLA遺伝子に対応するDNAでプローブされたサザンブロットについ
てのバンドの同定セットを生じる。同様に、本発明のポリヌクレオチドは、法医
学的目的のための多型性マーカーとして使用され得る。
【0448】 また、特定の組織の供給源を同定し得る試薬についての必要性が存在する。例
えば、未知の起源の組織が提供される場合、法医学においてこのような必要性が
生じる。適切な試薬は、例えば、本発明の配列から調製される、特定の組織に特
異的なDNAプローブまたはプライマーを含み得る。このような試薬のパネルは
、種および/または器官型によって組織を同定し得る。同様の様式で、これらの
試薬は、夾雑物について組織培養物をスクリーニングするために使用され得る。
【0449】 少なくとも、本発明のポリヌクレオチドは、サザンゲルでの分子量マーカーと
して、特定の細胞型における特定のmRNAの存在に関する診断プローブとして
、新規なポリヌクレオチドを発見するプロセスでの公知の配列を「差し引き」す
るためのプローブとして、「遺伝子チップ」または他の支持体に付着させるため
のオリゴマーを選択および作製するため、DNA免疫技術を用いて抗DNA抗体
を惹起させるため、および免疫応答を誘発する抗原として、使用され得る。
【0450】 (ポリペプチドの使用) 本明細書中に同定される各ポリペプチドは、多くの方法に使用され得る。以下
の説明は、例示としてみなされるべきであり、そして公知の技術を利用する。
【0451】 本発明のポリペプチドは、抗体に基づいた技術を使用して生物学的サンプル中
のタンパク質レベルをアッセイするために使用され得る。例えば、組織における
タンパク質発現は、古典的な免疫組織化学法を用いて研究され得る(Jalka
nen,M.ら、J.Cell.Biol.101:976−985(1985
);Jalkanen,M.ら、J.Cell.Biol.105:3087−
3096(1987))。タンパク質遺伝子発現を検出するのに有用である、抗
体に基づいた他の方法には、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)およびラ
ジオイムノアッセイ(RIA)のような免疫アッセイが含まれる。適切な抗体ア
ッセイの標識は、当該技術分野で公知であり、そして例えば、グルコースオキシ
ダーゼのような酵素標識、ならびにヨウ素(125I、121I)、炭素(14
C)、硫黄(35S)、トリチウム(3H)、インジウム(112In)、およ
びテクネチウム(99mTc)のような放射性同位体、ならびにフルオレセイン
およびローダミンのような蛍光標識、ならびにビオチンが挙げられる。
【0452】 生物学的サンプル中の分泌タンパク質レベルをアッセイすることに加えて、タ
ンパク質はまた、画像化によりインビボで検出され得る。タンパク質をインビボ
で画像化するための抗体の標識またはマーカーとしては、X線ラジオグラフィー
、NMRまたはESRにより検出可能なものが挙げられる。X線ラジオグラフィ
ーについては、適切な標識は、検出可能な放射線を発するが、被験体に対して明
白には有害ではないバリウムまたはセシウムのような放射性同位体を含む。NM
RおよびESRに適切なマーカーには、例えば重水素のような検出可能な特徴的
なスピンを有するものが含まれ、これは、関連したハイブリドーマのための栄養
素を標識することにより抗体に取り込まれ得る。
【0453】 放射性同位体(例えば、131I、112In、99mTc)、放射線不透過
性物質、または核磁気共鳴により検出可能な材料のような適切な検出可能な画像
化部分で標識された、タンパク質特異的抗体または抗体フラグメントは、哺乳動
物に(例えば、非経口的、皮下、または腹腔内に)導入される。被験体のサイズ
および用いられる画像化システムは、診断画像を生成するために必要な画像化部
分の量を決定することが当該分野で理解される。放射性同位体部分の場合には、
ヒト被験体について、注射される放射能の量は、通常、99mTcの約5〜20
ミリキュリーの範囲である。次いで、標識された抗体または抗体フラグメントは
、特定のタンパク質を含む細胞の位置に優先的に蓄積される。インビボ腫瘍画像
化は、S.W.Burchielら、「Immunopharmacokine
tics of Radiolabeled Antibodies and
Their Fragments.」(Tumor Imaging:The
Radiochemical Detection of Cancerの第1
3章、S.W.BurchielおよびB.A.Rhodes編、Masson
Publishing Inc.(1982))に記載される。
【0454】 従って、本発明は、障害の診断方法を提供し、この方法は、(a)個体の細胞
または体液中の本発明のポリペプチドの発現をアッセイする工程;(b)この遺
伝子発現レベルを標準の遺伝子発現レベルと比較する工程を包含し、これによっ
て、標準的な発現レベルと比較して、アッセイされたポリペプチドの遺伝子発現
レベルの増加または減少が、障害の指標になる。癌に関しては、個体由来の生検
組織中での比較的多量の転写物の存在は、この疾患の発症の素因を示し得るか、
または実際の臨床症状の出現前にこの疾患を検出するための手段を提供し得る。
この型のより決定的な診断は、保健専門家が、より早期に予防的測定または積極
的処置を用い、それによって癌の発症またはさらなる進行を予防することを可能
にし得る。
【0455】 さらに、本発明のポリペプチドを用いて疾患を処置、予防および/または診断
し得る。例えば、患者には、ポリペプチド(例えば、インスリン)の非存在また
はレベルの減少を置換すること、異なるポリペプチド(例えば、ヘモグロビンB
に対するヘモグロビンS、SOD、カタラーゼ、DNA修復タンパク質)の非存
在またはレベルの減少を補充すること、ポリペプチド(例えば、癌遺伝子または
腫瘍サプレッサー)の活性を阻害すること、ポリペプチドの活性を(例えば、レ
セプターに結合することによって)活性化すること、遊離リガンド(例えば、炎
症を低減させる際に用いられる可溶性TNFレセプター)について、膜結合レセ
プターと競合させることによって膜結合レセプターの活性を減少させること、ま
たは所望の応答(例えば、血管の増殖阻害、増殖細胞または組織に対する免疫応
答の増強)をもたらすことに取り組む際に、本発明のポリペプチドが投与され得
る。
【0456】 同様に、本発明のポリペプチドに対する抗体もまた使用されて疾患を処置、予
防および/または診断し得る。例えば、本発明のポリペプチドに対する抗体の投
与によって、そのポリペプチドに結合して、そしてそのポリペプチドの過剰産生
を低減し得る。同様に、抗体の投与によって、例えば、膜に結合したポリペプチ
ド(レセプター)へ結合することにより、そのポリペプチドを活性化し得る。
【0457】 少なくとも本発明のポリペプチドは、当業者に周知の方法を用いるSDS−P
AGEゲルまたは分子ふるいゲル濾過カラムの分子量マーカーとして使用され得
る。ポリペプチドを用いてもまた、抗体を惹起し得、次いで、この抗体を使用し
て、宿主細胞の形質転換を評価する方法として、組換え細胞からのタンパク質発
現を測定する。さらに、本発明のポリペプチドを使用して、以下の生物学的活性
を試験し得る。
【0458】 (遺伝子治療方法) 本発明の別の局面は、障害、疾患、および状態を処置または予防するための遺
伝子治療方法に関する。この遺伝子治療法は、本発明のポリペプチドの発現を達
成するために、核酸(DNA、RNA、およびアンチセンスDNAまたはRNA
)配列を動物へ導入することに関する。この方法は、プロモーター、および標的
組織によるこのポリペプチドの発現のために必要な任意の他の遺伝的エレメント
に作動可能に連結された、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
を必要とする。このような遺伝子治療および送達の技術は、当該分野で公知であ
り、例えば、本明細書中に参考として援用されるWO90/11092を参照の
こと。
【0459】 従って、例えば、患者由来の細胞は、エキソビボで本発明のポリヌクレオチド
に作動可能に連結されたプロモーターを含むポリヌクレオチド(DNAまたはR
NA)を用いて操作され得、この操作された細胞は次いで、このポリペプチドで
処置されるべき患者に提供される。このような方法は、当該分野で周知である。
例えば、Belldegrunら,J.Natl.Cancer Inst.,
85:207−216(1993);Ferrantiniら,Cancer
Research,53:107−1112(1993);Ferrantin
iら,J.Immunology 153:4604−4615(1994);
Kaido,T.ら,Int.J.Cancer 60:221−229(19
95);Oguraら,Cancer Research 50:5102−5
106(1990);Santodonatoら,Human Gene Th
erapy 7:1−10(1996);Santodonatoら,Gene
Therapy 4:1246−1255(1997);およびZhangら
,Cancer Gene Therapy 3:31−38(1996)を参
照のこと。これらの文献は、本明細書中に参考として援用される。1つの実施形
態では、操作される細胞は、動脈細胞である。この動脈細胞は、動脈、動脈周囲
の組織への直接注射によって、またはカテーテル注射によって患者に再度導入さ
れ得る。
【0460】 以下でより詳細に考察するように、このポリヌクレオチド構築物は、注射可能
な物質を動物の細胞へ送達する任意の方法(例えば、組織(心臓、筋肉、皮膚、
肺、肝臓など)の間隙空間への注射)によって送達され得る。このポリヌクレオ
チド構築物は、薬学的に受容可能な液体または水性キャリアにて送達され得る。
【0461】 1つの実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、裸のポリヌクレオチドと
して送達される。用語「裸の」ポリヌクレオチド、DNAまたはRNAは、細胞
への侵入を補助、促進または容易にするように作用するいかなる送達ビヒクル(
ウイルス配列、ウイルス粒子、リポソーム処方物、リポフェクチン、または沈殿
剤などを含む)も含まない配列をいう。しかし、本発明のポリヌクレオチドはま
た、リポソーム処方物中で送達され得、そしてリポフェクチン処方物などは、当
業者に周知の方法によって調製され得る。このような方法は、例えば、本明細書
中に参考として援用される、米国特許第5,593,972号、同第5,589
,466号および同第5,580,859号に記載される。
【0462】 遺伝子治療方法において使用される本発明のポリヌクレオチドベクター構築物
は好ましくは、宿主ゲノムに組み込まれず、複製を可能にする配列を含まない、
構築物である。適切なベクターとしては、Stratageneから入手可能な
pWLNEO、pSV2CAT、pOG44、pXT1およびpSG;Phar
maciaから入手可能なpSVK3、pBPV、pMSGおよびpSVL;な
らびにInvitrogenから入手可能なpEF1/V5、pcDNA3.1
、およびpRc/CMV2が挙げられる。他の適切なベクターは、当業者に容易
に明白である。
【0463】 当業者に公知の任意の強力なプロモーターは、本発明のポリヌクレオチド配列
の発現を駆動するために用いられ得る。適切なプロモーターとしては、アデノウ
イルスプロモーター(例えば、アデノウイルス主要後期プロモーター);または
異種プロモーター(例えば、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター);
RSウイルス(RSV)プロモーター;誘導性プロモーター(例えば、MMTプ
ロモーター、メタロチオネインプロモーター);熱ショックプロモーター;アル
ブミンプロモーター;ApoAIプロモーター;ヒトグロビンプロモーター;ウ
イルスチミジンキナーゼプロモーター(例えば、単純ヘルペスチミジンキナーゼ
プロモーター);レトロウイルスLTR;b−アクチンプロモーター;およびヒ
ト成長ホルモンプロモーターが挙げられる。このプロモーターはまた、本発明の
ポリヌクレオチドについてネイティブなプロモーターであり得る。
【0464】 他の遺伝子治療技術とは異なり、裸の核酸配列を標的細胞に導入する1つの主
要な利点は、その細胞におけるポリヌクレオチド合成の一過性の性質である。研
究によって、非複製DNA配列が細胞に導入されて、6ヶ月までの期間の間、所
望のポリペプチドの産生を提供し得ることが示された。
【0465】 本発明のポリヌクレオチド構築物は、動物内の組織(筋肉、皮膚、脳、肺、肝
臓、脾臓、骨髄、胸腺、心臓、リンパ、血液、骨、軟骨、膵臓、腎臓、胆嚢、胃
、腸、精巣、卵巣、子宮、直腸、神経系、眼、腺、および結合組織を包含する)
の間隙空間に送達され得る。この組織の間隙空間は、器官組織の細網線維間の、
細胞間の液体ムコ多糖類基質、血管または室の壁における弾性線維、線維性組織
のコラーゲン線維、あるいは結合組織鞘性筋肉細胞(connective t
issue ensheathing muscle cell)内または骨の
裂孔中の同じ基質を包含する。これは、同様に、循環の血漿およびリンパチャン
ネルのリンパ液により占められた空間である。筋肉組織の間隙空間への送達は、
以下で議論される理由のために好ましい。本発明のポリヌクレオチド構築物は、
これらの細胞を含む組織への注射によって、好都合に送達され得る。本発明のポ
リヌクレオチド構築物は、好ましくは、分化した持続性の非分裂細胞に送達され
、そしてその細胞において発現されるが、送達および発現は、非分化細胞または
完全には分化していない細胞(例えば、血液の幹細胞または皮膚線維芽細胞)に
おいて達成され得る。インビボでの筋肉細胞は、ポリヌクレオチドを取り込み、
そして発現する能力において、特に適格である。
【0466】 裸の核酸配列注射のために、DNAまたはRNAの有効投薬量は、約0.05
mg/kg体重から約50mg/kg体重の範囲にある。好ましくは、この投薬
量は、約0.005mg/kgから約20mg/kgであり、そしてより好まし
くは約0.05mg/kgから約5mg/kgである。もちろん、当業者が認識
するように、この投薬量は、注射の組織部位に応じて変化する。核酸配列の適切
かつ有効な投薬量は、当業者によって容易に決定され得、そして処置される状態
および投与経路に依存し得る。
【0467】 好ましい投与経路は、組織の間隙空間への非経口注射経路による。しかし、他
の非経口経路もまた用いられ得、これには、例えば、特に、肺または気管支の組
織、咽喉または鼻の粘膜への送達のためのエアロゾル処方物の吸入が挙げられる
。さらに、裸のDNA構築物が、血管形成術の間にこの手順において用いられる
カテーテルによって動脈に送達され得る。
【0468】 裸のポリヌクレオチドは、送達部位での直接の針注射、静脈内注射、局所投与
、カテーテル注入、およびいわゆる「遺伝子銃」を含むがこれらに限定されない
、当該分野で公知の任意の方法によって送達される。これらの送達方法は、当該
分野で公知である。
【0469】 この構築物はまた、ウイルス配列、ウイルス粒子、リポソーム処方物、リポフ
ェクチン、沈殿剤などのような送達ビヒクルを用いて送達され得る。このような
送達方法は、当該分野で公知である。
【0470】 特定の実施形態において、本発明のポリヌクレオチド構築物は、リポソーム調
製物中で複合体化している。本発明にて使用するためのリポソーム調製物は、カ
チオン性(正に荷電した)、アニオン性(負に荷電した)および中性の調製物を
包含する。しかしながら、カチオン性リポソームとポリアニオン性核酸との間で
強固な荷電複合体を形成し得るので、カチオン性リポソームが特に好ましい。カ
チオン性リポソームは、機能的形態において、プラスミドDNA(本明細書中で
参考として援用される、Felgnerら、Proc.Natl.Acad.S
ci.USA、84:7413〜7416(1987));mRNA(本明細書
中で参考として援用される、Maloneら、Proc.Natl.Acad.
Sci.USA、86:6077〜6081(1989));および精製された
転写因子(本明細書中で参考として援用される、Debsら、J.Biol.C
hem.、265:10189〜10192(1990))の細胞内送達を媒介
することが示されている。
【0471】 カチオン性リポソームは容易に入手可能である。例えば、N[1−2,3−ジ
オレイルオキシ)プロピル]−N,N,N−トリエチルアンモニウム(DOTM
A)リポソームは特に有用であり、そして登録商標Lipofectinのもと
にGIBCO BRL,Grand Island,N.Y.(本明細書中で参
考として援用される、Felgnerら、Proc.Natl.Acad.Sc
i.USA、84:7413〜7416(1987)をもまた参照のこと、)よ
り入手可能である。他の市販のリポソームとしては、トランスフェクテース(t
ransfectace)(DDAB/DOPE)およびDOTAP/DOPE
(Boehringer)が挙げられる。
【0472】 当該分野で周知の技術を使用して、他のカチオン性リポソームを、容易に入手
可能な物質より調製し得る。DOTAP(1,2−ビス(オレオイルオキシ)−
3−(トリメチルアンモニオ)プロパン)リポソームの合成の記述に関して、例
えばPCT公開第WO 90/11092号(本明細書中で参考として援用され
る)を参照のこと。DOTMAリポソームの調製は文献にて説明されており、例
えば、本明細書中で参考として援用される、Felgnerら、Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA、84:7413〜7417を参照のこと。類
似した方法を使用して、他のカチオン性脂質物質よりリポソームを調製し得る。
【0473】 同様に、アニオン性リポソームおよび中性リポソームは、例えば、Avant
i Polar Lipids(Birmingham,Ala.)から容易に
入手可能であり、または容易に入手可能な物質を使用して簡単に調製され得る。
そのような物質としてはとりわけ、ホスファチジルコリン、コレステロール、ホ
スファチジルエタノールアミン、ジオレオイルホスファチジルコリン(DOPC
)、ジオレオイルホスファチジルグリセロール(DOPG)、ジオレオイルホス
ファチジルエタノールアミン(DOPE)が挙げられる。これらの物質はまた、
DOTMA出発物資およびDOTAP出発物質と適切な割合において混合され得
る。これらの物質を使用してリポソームを生成する方法は、当該分野で周知であ
る。
【0474】 例えば、商業的に、ジオレオイルホスファチジルコリン(DOPC)、ジオレ
オイルホスファチジルグリセロール(DOPG)、およびジオレオイルホスファ
チジルエタノールアミン(DOPE)を種々の組み合わせにおいて使用し、コレ
ステロールを添加してもしなくても、従来のリポソームを生成し得る。従って、
例えば、超音波処理バイアル中への窒素ガス流下で、DOPGおよびDOPCの
各50mgを乾燥することにより、DOPG/DOPC小胞を調製し得る。この
サンプルを一晩真空ポンプ下に置き、そして次の日、脱イオン水で水和する。次
いで、浴が、15ECで循環している間、最大設定にて、逆位カップ(浴タイプ
)プローブを装備したHeat Systems モデル350超音波処理器を
使用して、このサンプルを栓をしたバイアル中にて2時間超音波処理する。ある
いは、負に荷電した小胞を、超音波処理なしで調製して多重膜小胞を生成し得る
か、または核孔膜(nucleopore membrane)を通して押し出
すことにより別々の大きさの単膜小胞を生成し得る。他の方法は、当業者に公知
でありそして利用可能である。
【0475】 このリポソームとしては、多重膜リポソーム(MLV)、小さな単膜リポソー
ム(SUV)または大きな単膜リポソーム(LUV)が挙げられ得、SUVが好
ましい。当該分野で周知の方法を使用して、種々のリポソーム−核酸複合体が調
製される。例えば、本明細書中で参考として援用される、Straubinge
rら、Methods of Immunology、101:512〜527
(1983)を参照のこと。例えば、核酸を含有するMLVは、ガラスチューブ
の壁面にリン脂質の薄膜を堆積させ、そしてその後、カプセル化されるべき物質
の溶液で水和することによって調製され得る。SUVはMLVの長期超音波処理
により調製され、単膜リポソームの均質集団を生成する。封入されるべき物質を
、予め形成されたMLVの懸濁液に添加し、次いで、超音波処理する。カチオン
性脂質を含むリポソームを使用する場合、乾燥した脂質膜を、滅菌水または10
mM Tris/NaClのような等張性緩衝溶液のような適切な溶液中に再懸
濁し、超音波処理し、次いで、予め形成されたリポソームをDNAと直接混合す
る。正に荷電したリポソームのカチオン性DNAへの結合に起因して、リポソー
ムおよびDNAは非常に安定な複合体を形成する。SUVは、小核酸フラグメン
トを用いての用途を見出す。LUVは、当該分野で周知の多くの方法により調製
される。一般に使用される方法としては、Ca2+−EDTAキレート化(Pap
ahadjopoulosら、Biochim.Biophys.Acta、3
94:483(1975);Wilsonら、Cell、17:77(1979
));エーテル注入(Deamerら、Biochim.Biophys.Ac
ta、443:629(1976);Ostroら、Biochem.Biop
hys.Res.Commum.、76:836(1977);Fraleyら
、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、76:3348(1979
));界面活性剤透析(Enochら、Proc.Natl.Acad.Sci
.USA、76:145(1979));および逆相エバポレーション(REV
)(Fraleyら、J.Biol.Chem.、255:10431(198
0);Szokaら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、75:
145(1978);Schaefer−Ridderら、Science、2
15:166(1982))が挙げられ、これらの文献は本明細書中で参考とし
て援用される。
【0476】 一般に、DNAのリポソームに対する割合は約10:1から約1:10までで
ある。好ましくは、その割合(ration)は約5:1から約1:5までであ
る。より好ましくは、その割合は約3:1から約1:3までである。さらにより
好ましくは、その割合は約1:1である。
【0477】 米国特許第5,676,954号(本明細書中で参考として援用される)はカ
チオン性リポソームキャリアと複合体化された遺伝物質のマウスへの注入につい
て報告する。米国特許第4,897,355号、同第4,946,787号、同
第5,049,386号、同第5,459,127号、同第5,589,466
号、同第5,693,622号、同第5,580,859号、同第5,703,
055号および国際公開第WO94/9469号(これらは本明細書中で参考と
して援用される)は、DNAを細胞および哺乳動物にトランスフェクトする際に
使用するためのカチオン性脂質を提供する。米国特許第5,589,466号、
同第5,693,622号、同第5,580,859号、同第5,703,05
5号および国際公開第WO94/9469号(これらは本明細書中で参考として
援用される)は、DNA−カチオン性脂質複合体を哺乳動物に送達する方法を提
供する。
【0478】 特定の実施形態において、本発明のポリペプチドをコードする配列を含むRN
Aを含むレトロウイルス粒子を使用して、エキソビボまたはインビボで細胞を操
作する。レトロウイルスプラスミドベクターを誘導し得るレトロウイルスとして
は、モロニーマウス白血病ウイルス、脾臓壊死ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、
ハーベイ肉腫ウイルス、ニワトリ白血病ウイルス、テナガザル白血病ウイルス、
ヒト免疫不全ウイルス、骨髄増殖性肉腫ウイルス、および乳癌ウイルスが挙げら
れるが、これらに限定されない。
【0479】 このレトロウイルスプラスミドベクターを使用して、パッケージング細胞株を
形質導入し、プロデューサー細胞株を形成する。トランスフェクトされ得るパッ
ケージング細胞株の例としては、その全体が本明細書中で参考として援用される
、Miller、Human Gene Theapy、1:5〜14(199
0)にて記載されるようなPE501、PA317、R−2、R−AM、PA1
2、T19−14X、VT−19−17−H2、RCRE、RCRIP、GP+
E−86、GP+envAm12およびDAN細胞株が挙げられるが、これらに
限定されない。このベクターは、当該分野で公知の任意の手段により、パッケー
ジング細胞を形質導入し得る。そのような手段としては、エレクトロポレーショ
ン、リポソームの使用、およびCaPO4沈殿が挙げられるが、それらに限定さ
れない。1つの代替法において、このレトロウイルスプラスミドベクターをリポ
ソームにカプセル化するか、または脂質に結合して、次いで宿主に投与し得る。
【0480】 このプロデューサー細胞株は、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレ
オチドを含む感染性レトロウイルスベクター粒子を産生する。次いで、そのよう
なレトロウイルスベクター粒子を使用して、インビトロまたはインビボのどちら
かにおいて、真核生物細胞を形質導入し得る。この形質導入された真核生物細胞
は、本発明のポリペプチドを発現する。
【0481】 特定の他の実施形態において、アデノウイルスベクター中に含まれる本発明の
ポリヌクレオチドを用いて、エキソビボまたはインビボで細胞を操作する。アデ
ノウイルスは、それが本発明のポリペプチドをコードし、そして発現し、それと
同時に通常の溶解性ウイルス生活環にて複製するその能力に関して不活性化され
るように操作され得る。アデノウイルス発現は、そのウイルスDNAの宿主細胞
染色体への組み込み無しに達成され、その結果、挿入性変異誘発についての心配
が軽減される。さらに、アデノウイルスは、何年もの間、腸の生ワクチンとして
優れた安全側面を伴って使用されている(Schwartzetら、Am.Re
v.Respir.Dis.、109:233−238(1974))。最終的
に、アデノウイルス媒介性遺伝子移入が、コトンラットの肺へのα−1−アンチ
トリプシンおよびCFTRの移入を含む多くの例において実証されている(Ro
senfeldら、Science、252:431〜434(1991);R
osenfeldら、Cell、68:143〜155(1992))。さらに
、ヒト癌における原因物質としてアデノウイルスを確立しようとする広範な研究
は、一様に否定的であった(Greenら Proc.Natl.Acad.S
ci.USA,76:6606(1979))。
【0482】 本発明において有用である適切なアデノウイルスベクターが、例えば、Koz
arskyおよびWilson、Curr.Opin.Genet.Devel
.、3:499〜503(1993);Rosenfeldら、Cell、68
:143〜155(1992);Engelhardtら、Human Gen
et.Ther.、4:759〜769(1993);Yangら、Natur
e Genet、7:362〜369(1994);Wilsonら、Natu
re、365:691〜692(1993);および米国特許第5,652,2
24号に記載されており、これらは本明細書中で参考として援用される。例えば
、アデノウイルスベクターAd2が有用であり、そしてヒト293細胞にて増殖
され得る。これらの細胞は、アデノウイルスのE1領域を含み、そして構成的に
ElaおよびElbを発現し、このことは、このベクターから欠失している遺伝
子の産物を提供することによって欠損アデノウイルスを補完する。Ad2に加え
て、他の多様なアデノウイルス(例えば、Ad3、Ad5、およびAd7)もま
た、本発明において有用である。
【0483】 好ましくは、本発明において使用されるアデノウイルスは、複製欠損性である
。複製欠損アデノウイルスは、感染性粒子を形成するために、ヘルパーウイルス
および/またはパッケージング細胞株の助けを必要とする。得られたウイルスは
、細胞に感染する能力があり、そしてプロモーターに作動可能に連結された目的
のポリヌクレオチドを発現し得るが、ほとんどの細胞にて複製し得ない。複製欠
損アデノウイルスは、次の遺伝子:E1a、E1b、E3、E4、E2aまたは
L1からL5までのすべてまたは一部のうちの1つ以上にて欠失され得る。
【0484】 特定の他の実施形態において、アデノ随伴ウイルス(AAV)を使用して、エ
キソビボまたはインビボでこの細胞を操作する。AAVは、感染性粒子を生成す
るためにヘルパーウイルスを必要とする、天然に存在する欠損ウイルスである(
Muzyczka,Curr.Topics in Microbiol.Im
munol.,158:97(1992))。AAVはまた、非分裂細胞の中に
そのDNAを組み込み得る数少ないウイルスの中の1つである。300塩基対程
度の小さいAAVを含むベクターがパッケージされ得、そして組み込み得るが、
外来性DNAのためのスペースは約4.5kbに限られる。そのようなAAVの
生成および使用の方法は当該分野で公知である。例えば、米国特許第5,139
,941号、同第5,173,414号、同第5,354,678号、同第5,
436,146号、同第5,474,935号、同第5,478,745号およ
び同第5,589,377号を参照のこと。
【0485】 例えば、本発明において使用するために適切なAAVベクターは、DNA複製
、キャプシド形成、および宿主細胞組み込みに必要な配列すべてを含む。Sam
brookら、Molecular Cloning:A Laborator
y Manual、Cold Spring Harbor Press(19
89)において見い出される方法のような、標準的クローニング方法を使用して
、本発明のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド構築物を、このAAVベク
ターに挿入する。次いで、リポフェクション、エレクトロポレーション、リン酸
カルシウム沈殿などを含む、任意の標準的技術を使用して、この組換えAAVベ
クターを、ヘルパーウイルスに感染しているパッケージング細胞にトランスフェ
クトする。適切なヘルパーウイルスとしては、アデノウイルス、サイトメガロウ
イルス、ワクシニアウイルス、またはヘルペスウイルスが挙げられる。一旦パッ
ケージング細胞がトランスフェクトおよび感染されると、それらは本発明のポリ
ヌクレオチド構築物を含む感染性AAVウイルス粒子を生成する。次いで、エキ
ソビボまたはインビボのいずれかで、これらのウイルス粒子を使用して真核生物
細胞を形質導入する。この形質導入細胞は、そのゲノムに組み込まれたポリヌク
レオチド構築物を含み、そして所望される遺伝子産物を発現する。
【0486】 遺伝子治療の別の方法は、相同組換え(例えば、米国特許第5,641,67
0号、1997年6月24日発行;国際公開第WO96/29411号、199
6年9月26日公開;国際公開第WO94/12650号、1994年8月4日
公開;Kollerら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、86
:8932〜8935(1989);およびZijlstraら、Nature
、342:435〜438(1989)を参照のこと)を介して、異種制御領域
および内在性ポリヌクレオチド配列(例えば、目的のポリペプチド配列をコード
している配列)を作動可能に連結する工程を含む。この方法は、標的細胞中に存
在しているが、通常はその細胞中で発現しないかまたは所望するよりも低いレベ
ルで発現する、遺伝子の活性化を含む。
【0487】 当該分野で既知の標準的技術を使用して、ポリヌクレオチド構築物を作製する
。この構築物は、プロモーターを、そのプロモーターに隣接した標的化配列とと
もに含む。適切なプロモーターが、本明細書中に記載されている。標的化配列は
、内在性配列に対して十分に相補的であり、プロモーター−標的化配列と内在性
配列との相同組換えを可能にする。標的化配列は、所望される内在性ポリヌクレ
オチド配列の5’末端の十分近くに存在し、それゆえ、相同組換えに際して、プ
ロモーターは、内在性配列に作動可能に連結される。
【0488】 このプロモーターおよび標的化配列は、PCRを使用して増幅され得る。好ま
しくは、この増幅されたプロモーターは、5’末端および3’末端に別の制限酵
素部位を含む。好ましくは、第1の標的化配列の3’末端は、増幅されたプロモ
ーターの5’末端と同じ制限酵素部位を含み、そして第2の標的化配列の5’末
端は、増幅されたプロモーターの3’末端と同じ制限部位を含む。増幅されたプ
ロモーターおよび標的化配列を消化し、そしてともに連結する。
【0489】 裸のポリヌクレオチドとしてか、もしくは上記により詳細に記載されるような
リポソーム、ウイルス配列、ウイルス粒子、ウイルス全体、リポフェクション、
沈殿剤などのようなトランスフェクション促進剤と一緒にかのいずれかで、この
プロモーター−標的化配列構築物を細胞に送達する。直接針注射、静脈内注射、
局所投与、カテーテル注入、粒子加速器などを含む任意の方法により、Pプロモ
ーター−標的化配列を送達し得る。この方法を、下記により詳細に記載する。
【0490】 プロモーター−標的化配列構築物は、細胞により取り込まれる。この構築物と
内在性配列との間に相同組換えが起こり、その結果、内在性配列は、このプロモ
ーターの制御下に配置される。次いで、このプロモーターは、内在性配列の発現
を駆動する。
【0491】 本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、他の脈管形成タンパ
ク質をコードする他のポリヌクレオチドと一緒に投与され得る。脈管形成タンパ
ク質としては、酸性および塩基性の線維芽細胞増殖因子、VEGF−1、VEG
F−2(VEGF−C)、VEGF−3(VEGF−B)、上皮増殖因子αおよ
びβ、血小板由来の内皮細胞増殖因子、血小板由来増殖因子、腫瘍壊死因子α、
肝細胞増殖因子、インスリン様増殖因子、コロニー刺激因子、マクロファージコ
ロニー刺激因子、顆粒球/マクロファージコロニー刺激因子、および一酸化窒素
シンターゼが挙げられるが、これらに限定されない。
【0492】 好ましくは、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、そのタ
ンパク質の分泌を促進する分泌シグナル配列を含む。代表的に、このシグナル配
列は、ポリヌクレオチドのコード領域の5’末端に向かってかまたは5’末端で
発現される、そのポリヌクレオチドのコード領域に位置する。このシグナル配列
は、目的のポリヌクレオチドに対して同種または異種であり得、そしてトランス
フェクトされる細胞に対して同種または異種であり得る。さらに、当該分野で公
知の方法を使用して、このシグナル配列は化学合成され得る。
【0493】 その投与形態によって、治療効果を提供するのに十分な量にて1つ以上の分子
が発現される限り、上記のポリヌクレオチド構築物のうちのいずれかの任意の投
与形態が使用され得る。これは、直接針注射、全身注射、カテーテル注入、バイ
オリスティック(biolistic)注射器、粒子加速器(すなわち、「遺伝
子銃」)、ゲルフォームスポンジデポー(depot)、他の市販デポー(de
pot)物質、浸透圧ポンプ(例えば、Alzaミニポンプ)、経口用または坐
剤用の固形(錠剤または丸剤)薬学的処方物、および手術中のデカンティングま
たは局所適用を含む。例えば、ラット肝臓およびラット脾臓へのリン酸カルシウ
ム沈澱した裸のプラスミドの直接注射、または門脈へのタンパク質被覆プラスミ
ド直接注射は、ラット肝臓における外来遺伝子の遺伝子発現をもたらした(Ka
nedaら、Science、243:375(1989))。
【0494】 局所投与の好ましい方法は、直接注射によるものである。好ましくは、送達ビ
ヒクルと複合体を形成した本発明の組換え分子は、動脈領域内部に直接注射によ
り投与されるか、または動脈領域内部に局所投与される。動脈領域内部での組成
物の局所投与とは、その組成物を動脈内に数センチメートル、好ましくは数ミリ
メートルで注射することを言う。
【0495】 局所投与の別の方法は、外科的創傷内またはその周辺に本発明のポリヌクレオ
チド構築物を接触させることである。例えば、患者は手術を経験し得、そしてこ
のポリヌクレオチド構築物を創傷内部の組織表面上に被覆され得るか、またはそ
の構築物を創傷内部の組織領域に注射され得る。
【0496】 全身投与に有用な治療組成物は、本発明の標的化された送達ビヒクルと複合体
を形成した本発明の組換え分子を含む。全身投与で使用するために適切な送達ビ
ヒクルは、特定部位に対してそのビヒクルを標的化するリガンドを含むリポソー
ムを含む。
【0497】 全身投与の好ましい方法としては、静脈内注射、エアロゾル、経口および経皮
(局所的)送達が挙げられる。当該分野で標準的な方法を使用して、静脈内注射
が実行され得る。当該分野で標準的な方法を使用して、エアロゾル送達もまた実
行され得る(例えば、本明細書中で参考として援用される、Stribling
ら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、189:11277〜1
1281(1992)を参照のこと)。動物の腸内の消化酵素による分解に耐え
る能力をもつキャリアに対して本発明のポリヌクレオチド構築物が複合体を形成
することにより、経口送達は実行され得る。そのようなキャリアの例としては、
当該分野で公知であるもののような、プラスチックカプセルまたは錠剤が挙げら
れる。皮膚内へ通過可能な親油性試薬(例えば、DMSO)と本発明のポリヌク
レオチド構築物を混合することによって、局所的送達は実行され得る。
【0498】 送達される物質の有効量を決定することは、例えば、その物質の化学構造およ
び生物学的活性、動物の年齢および体重、処置を必要とする正確な状態およびそ
の重症度、ならびに投与経路を含む、多数の因子に依存し得る。処置の頻度は、
1用量あたりの投与されるポリヌクレオチド構築物の量ならびに被験体の健康お
よび病歴のような多くの因子に依存する。正確な量、投薬回数および投薬のタイ
ミングは、主治医または主治獣医により決定される。本発明の治療的組成物は、
任意の動物に、好ましくは哺乳動物および鳥類に投与され得る。好ましい哺乳動
物としては、ヒト、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、ウシ、ウマ
およびブタが挙げられ、特にヒトである。
【0499】 (生物学的活性) 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくは
アンタゴニストをアッセイに使用し、1つ以上の生物学的活性について試験し得
る。これらのポリヌクレオチドおよびポリペプチドが特定のアッセイにおいて活
性を示す場合、これらの分子はその生物学的活性に関連した疾患に関与し得るよ
うである。従って、このポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニ
ストもしくはアンタゴニストを使用し、関連した疾患を処置し得る。
【0500】 (免疫活性) 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくは
アンタゴニストは、免疫細胞の増殖、分化、もしくは動員(走化性)を活性化ま
たは阻害することにより、免疫系の疾患、障害および/または状態の処置、予防
および/または診断において有用であり得る。免疫細胞は、造血と呼ばれるプロ
セスを介して発達し、多能性幹細胞から骨髄性細胞(血小板、赤血球、好中球お
よびマクロファージ)およびリンパ系細胞(Bリンパ球およびTリンパ球)を生
成する。これら免疫の疾患、障害および/または状態の病因は、遺伝的、体細胞
的(somatic)(例えば、癌またはいくつかの自己免疫性の疾患、障害、
および/または状態)、後天的(例えば、化学療法もしくは毒素による)または
感染的であり得る。さらに、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、
またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、特定の免疫系の疾患または障害の
マーカーまたは検出物質(detector)として使用され得る。
【0501】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくは
アンタゴニストは、造血細胞の疾患、障害および/または状態の処置、予防、お
よび/または診断において有用であり得る。本発明のポリヌクレオチドもしくは
ポリペプチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、特定の(または多
くの)型の造血細胞の減少に関連した疾患、障害、および/または状態を処置ま
たは予防する試みにおいて、多能性幹細胞を含む造血細胞の分化および増殖を増
加させるために用いられ得る。免疫不全症候群の例としては、血液タンパク質の
疾患、障害、および/または状態(例えば、無ガンマグロブリン血症、低ガンマ
グロブリン血症)、毛細血管拡張性運動失調、分類不能型免疫不全、ディ・ジョ
ージ症候群、HIV感染、HTLV−BLV感染、白血球接着不全症候群、リン
パ球減少、食細胞殺細菌機能不全、重症複合型免疫不全(SCID)、ヴィスコ
ット−オールドリッチ障害、貧血、血小板減少、またはヘモグロビン尿症が挙げ
られるが、それらに限定されない。
【0502】 さらに、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストをまた使用して、止血性活性(出血を止めること)また
は血栓崩壊活性(血餅形成)を調節し得る。例えば、止血活性または血栓崩壊活
性を増大させることにより、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、
またはアゴニストもしくはアンタゴニストを使用し、血液凝固の疾患、障害、お
よび/または状態(例えば、無線維素原血症、因子欠損症)、血液血小板の疾患
、障害および/または状態(例えば、血小板減少症)、あるいは外傷、手術また
は他の原因から生じる創傷を処置または予防し得る。あるいは、止血活性または
血栓崩壊活性を減少させ得る本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、
またはアゴニストもしくはアンタゴニストを使用し、凝血を阻害または溶解し得
る。心臓発作(梗塞)、発作(stroke)または瘢痕の処置または予防にお
いて、これらの分子は重要であり得る。
【0503】 自己免疫性の疾患、障害および/または状態の処置、予防および/または診断
において、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストはまた、有用であり得る。多くの自己免疫性の疾患、障
害および/または状態は、免疫細胞によって外来性物質として不適切に自己認識
することから生じる。この不適切な認識は、宿主組織の破壊をもたらす免疫応答
を引き起こす。従って、免疫応答、特にT細胞の増殖、分化または走化性を阻害
する本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしく
はアンタゴニストの投与は、自己免疫性の疾患、障害および/または状態の予防
において効果的な治療であり得る。
【0504】 本発明により処置、予防および/または診断され得る自己免疫性の疾患、障害
および/または状態の例としては、アディソン病、溶血性貧血、抗リン脂質症候
群、慢性関節リウマチ、皮膚炎、アレルギー性脳脊髄炎、糸球体腎炎、グッドパ
スチャー症候群、グレーヴズ病、多発性硬化症、重症筋無力症、神経炎、眼炎、
水疱性類天疱瘡、類天疱瘡、多発性内分泌腺症、紫斑病、ライター病、スティッ
フマン症候群、自己免疫性甲状腺炎、全身性エリテマトーデス、自己免疫性の肺
の炎症、ギヤン−バレー症候群、インスリン依存性糖尿病、および自己免疫炎症
性眼疾患が挙げられるが、それらに限定されない。
【0505】 同様に、ぜん息(特にアレルギー性ぜん息)または他の呼吸の問題のような、
アレルギー反応およびアレルギー状態もまた、本発明のポリヌクレオチドもしく
はポリペプチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストにより処置、予防お
よび/または診断され得る。さらに、これらの分子を使用し、抗原性分子に対す
るアナフィラキシー、過敏症または血液型不適合性を処置し得る。
【0506】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくは
アンタゴニストをまた使用して、器官拒絶または対宿主性移植片病(GVHD)
を処置、予防および/または診断し得る。器官拒絶は、免疫応答を介して宿主免
疫細胞による移植組織の破壊によって起こる。同様に、免疫応答はGVHDにも
また関与しているが、この場合、外来性の移植免疫細胞が宿主組織を破壊する。
免疫応答、特にT細胞の増殖、分化または走化性を阻害する、本発明のポリヌク
レオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストの投
与は、器官拒絶またはGVHDの防止において効果的な治療であり得る。
【0507】 同様に、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストをもまた使用し、炎症を調節し得る。例えば、このポリ
ペプチドもしくはポリヌクレオチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニスト
は、炎症応答に関与する細胞の増殖および分化を阻害し得る。これらの分子を使
用して、慢性前立腺炎、肉芽腫性前立腺炎およびマラコプラキア、感染に関連す
る炎症(例えば、敗血症性ショック、敗血症、または全身炎症応答症候群(SI
RS))、虚血再灌流傷害に関連する炎症、内毒素致死に関連する炎症、関節炎
に関連する炎症、補体媒介性超急性拒絶に関連する炎症、腎炎に関連する炎症、
サイトカインまたはケモカインが誘導する肺傷害に関連する炎症、炎症性腸疾患
に関連する炎症、クローン病に関連する炎症またはサイトカイン(例えば、TN
FまたはIL−1)の過剰生成から生じる炎症を含む、慢性および急性の両方の
状態の炎症状態を処置、予防および/または診断し得る。
【0508】 (過増殖障害) 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくは
アンタゴニストを使用して、新生物を含む過増殖性の疾患、障害、および/また
は状態を処置、予防および/または診断し得る。本発明のポリヌクレオチドもし
くはポリペプチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、直接的または
間接的な相互作用を介してこの障害の増殖を阻害し得る。あるいは、本発明のポ
リヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニス
トは、過増殖障害を阻害し得る他の細胞を増殖させ得る。
【0509】 例えば、免疫応答を増大させること、特に過増殖障害の抗原性の質を増大させ
ることによって、またはT細胞を増殖、分化、もしくは動員することによって、
過増殖性の疾患、障害および/または状態を処置、予防および/または診断し得
る。既存の免疫応答を増強するか、または新たな免疫応答を開始するかのいずれ
かによって、この免疫応答を増大させ得る。あるいは、免疫応答を減少させるこ
ともまた、化学療法剤のような、過増殖性の疾患、障害および/または状態を処
置、予防および/または診断する方法であり得る。
【0510】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくは
アンタゴニストによって処置、予防および/または診断され得る過増殖性の疾患
、障害および/または状態の例としては、結腸、腹部、骨、胸、消化系、肝臓、
膵臓、腹膜、内分泌腺(副腎、上皮小体、下垂体、精巣、卵巣、胸腺、甲状腺)
、眼、頭および首、神経(中枢および末梢)、リンパ系、骨盤、皮膚、軟組織、
脾臓、胸郭、ならびに尿生殖器に位置する新生物が挙げられるが、これらに限定
されない。
【0511】 同様に、他の過増殖性の疾患、障害および/または状態もまた、本発明のポリ
ヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニスト
により処置、予防および/または診断され得る。そのような過増殖性の疾患、障
害および/または状態の例としては、高ガンマグロブリン血症、リンパ増殖性の
疾患、障害および/または状態、パラプロテイン血症、紫斑病、類肉腫症、セザ
リー症候群、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、ゴシェ病、組織球増
殖症、ならびに任意の他の過増殖疾患、さらに上記に収載されている器官系に位
置している新生物が挙げられるが、それらに限定されない。
【0512】 1つの好ましい実施形態は、本発明のポリヌクレオチドを利用して、本発明、
および/またはタンパク質融合物もしくはそのフラグメントを用いる遺伝子治療
により、異常な細胞分裂を阻害する。
【0513】 従って、本発明は、異常に増殖している細胞に、本発明のポリヌクレオチドを
挿入することにより細胞増殖性の疾患、障害および/または状態を処置または予
防するための方法を提供する。ここで、上記のポリヌクレオチドは、上記の発現
を抑制する。
【0514】 本発明の別の実施形態は、個体における細胞増殖性の疾患、障害および/また
は状態を処置または予防する方法を提供し、この方法は、異常に増殖している細
胞に本発明の1つ以上の活性な遺伝子コピーを投与する工程を包含する。好まし
い実施形態において、本発明のポリヌクレオチドは、上記のポリヌクレオチドを
コードするDNA配列を発現する際に有効な組換え発現ベクターを含むDNA構
築物である。本発明の別の好ましい実施形態において、本発明のポリヌクレオチ
ドをコードするDNA構築物を細胞に挿入して、レトロウイルス(または、より
好ましくは、アデノウイルスベクター)を利用して処置する(参考として本明細
書中に援用される、G J.Nabelら、PNAS 1999 96:324
−326を参照のこと)。最も好ましい実施形態において、このウイルスベクタ
ーは欠損性であり、そして非増殖細胞を形質転換せず、増殖細胞のみを形質転換
する。さらに、好ましい実施形態において、増殖している細胞に、単独で、また
は他のポリヌクレオチドとともに、もしくは他のポリヌクレオチドと融合して挿
入される本発明のポリヌクレオチドは、次いで、外部刺激(すなわち、磁性、特
定の低分子、化学物質、または薬物投与など)により調節され得る。この刺激は
、上記のポリヌクレオチドの上流にあるプロモーターに作用して、コードされた
タンパク質産物の発現を誘導する。このようにして、本発明の有益な治療効果は
、上記の外部刺激に基づいて、明らかに調節され得る(すなわち、本発明のポリ
ヌクレオチドの発現を増加、減少、または阻害するために)。
【0515】 本発明のポリヌクレオチドは、発癌性遺伝子または抗原の発現を抑制する際に
有用であり得る。「発癌性遺伝子の発現を抑制する」により、遺伝子の転写の抑
制、遺伝子転写物(前メッセンジャー(pre−massage)RNA)の分
解、スプライシングの阻害、メッセンジャーRNAの破壊、タンパク質の翻訳後
修飾の妨げ、タンパク質の破壊、またはタンパク質の正常機能の阻害を意図する
【0516】 異常に増殖する細胞に対する局所的な投与に関しては、本発明のポリヌクレオ
チドは、当業者に公知の任意の方法により投与され得、この方法としては、トラ
ンスフェクション、エレクトロポレーション、細胞のマイクロインジェクション
、例えば、リポソームのようなビヒクルにおいて、リポフェクチン、または裸の
ポリヌクレオチド、または本明細書中全体を通して記載される任意の他の方法が
挙げられるが、これらに限定されない。本発明のポリヌクレオチドは、公知の遺
伝子送達系(例えば、当業者に公知のレトロウイルスベクター(Gilboa,
J.Virology 44:845(1982);Hocke,Nature
320:275(1986);Wilsonら,Proc.Natl.Aca
d.Sci.USA.85:3014);ワクシニアウイルス系(Chakra
bartyら,Mol.Cell Biol.5:3403(1985))また
は他の効率的なDNA送達系(Yatesら,Nature 313:812(
1985))に限定されない)により送達され得る。これらの参考文献は、例示
にすぎず、そして本明細書中に参考として援用される。異常に増殖している細胞
に特異的に送達するか、またはそれをトランスフェクトし、そして非分裂細胞を
残す(spare)ために、当業者に公知のレトロウイルスまたはアデノウイル
ス(例えば、当該分野または本明細書中で記載される)送達系を利用することが
好ましい。宿主DNA複製は組み込むためにレトロウイルスDNAが必要である
ので、このレトロウイルスは、その生活環についての必要とされるレトロウイル
ス遺伝子の欠如に起因して自己複製できない。本発明のポリヌクレオチドのため
に、このようなレトロウイルス送達系を利用して、上記の遺伝子および構築物を
、異常に増殖している細胞に標的化し、そして非分裂性の正常細胞を残す。
【0517】 本発明のポリヌクレオチドは、疾患部位に直接注射針を導くために使用される
画像化デバイスの使用によって、内部器官、体腔などにおける細胞増殖性障害/
疾患部位に直接送達され得る。本発明のポリヌクレオチドはまた、手術介入時に
疾患部位に投与され得る。
【0518】 「細胞増殖性疾患」により、任意のヒトもしくは動物の疾患または障害が、器
官、腔、または身体部分のいずれか1つもしくはいずれかの組み合わせを冒して
いることを意味される。この疾患は、良性または悪性に拘わらず、細胞、細胞群
、もしくは組織の単一または複数の局所的な異常な増殖により特徴づけられる。
【0519】 本発明のポリヌクレオチドの任意の量は、この量が、処置細胞の増殖に対して
生物学的に阻害性の効果を有する限り、投与され得る。さらに、本発明の1つよ
り多くのポリヌクレオチドを、同時に同じ部位に投与することが可能である。「
生物学的に阻害性の」により、部分的または全体的な成長阻害ならびに細胞の増
殖または成長の速度における減少を意味する。生物学的に阻害性の用量は、標的
の悪性または組織培養において異常に増殖している細胞の成長、動物および細胞
培養物における腫瘍成長に対する本発明のポリヌクレオチドの効果を評価するこ
と、あるいは当業者に公知の任意の他の方法により決定され得る。
【0520】 本発明はさらに、抗体に基づく治療に関し、この方法は、記載される疾患、障
害および/または状態の1つ以上を処置、予防および/または診断するために、
哺乳動物(好ましくはヒト)の患者に抗ポリペプチド抗体および抗ポリヌクレオ
チド抗体を投与する工程を包含する。抗ポリペプチド抗体および抗ポリヌクレオ
チド抗体(ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体)を生成するための方
法は、本明細書中の他の箇所に詳細に記載される。このような抗体は、当該分野
で公知のように、または本明細書中に記載されるように薬学的に受容可能な組成
物中に提供され得る。
【0521】 本発明の抗体が治療的に使用され得る方法の概要は、本発明のポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドを、身体において局所的もしくは全身的に、または抗体の
直接的な細胞傷害性(例えば、補体による媒介(CDC)もしくはエフェクター
細胞による媒介(ADCC))により結合させる工程を包含する。これらのアプ
ローチのいくつかは、以下により詳細に記載される。本明細書中に提供される教
示があれば、当業者は、本発明の抗体を、過度の実験なくして、診断、モニタリ
ングまたは治療の目的のために使用する方法を知る。
【0522】 詳細には、本発明の抗体、フラグメントおよび誘導体は、本明細書中に記載さ
れるように、細胞増殖および/または分化の疾患、障害および/または状態を有
するか、または発症している被験体を処置、予防および/または診断するために
有用である。このような処置は、単一用量または複数用量の抗体、あるいはその
フラグメント、誘導体、または結合体を投与する工程を包含する。
【0523】 本発明の抗体は、他のモノクローナル抗体もしくはキメラ抗体と組み合わせて
、またはリンホカインもしくは造血増殖因子(例えば、これは、抗体と相互作用
するエフェクター細胞の数または活性が増加するように作用する)と組み合わせ
て、有利に利用され得る。
【0524】 本発明のポリペプチドもしくはポリヌクレオチド、そのフラグメントもしくは
領域に対して、高親和性および/または強力なインビボ阻害抗体および/または
中和抗体を使用することは、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド(
そのフラグメントを含む)に関する疾患、障害および/または状態に関するイム
ノアッセイおよびその治療の両方のために好ましい。このような抗体、フラグメ
ント、または領域は、好ましくは、ポリヌクレオチドもしくはポリペプチド(そ
のフラグメントを含む)に対する親和性を有する。好ましい結合親和性は、5×
10-6M、10-6M、5×10-7M、10-7M、5×10-8M、10-8M、5×
10-9M、10-9M、5×10-10M、10-10M、5×10-11M、10-11M、
5×10-12M、10-12M、5×10-13M、10-13M、5×10-14M、10- 14 M、5×10-15M、および10-15M未満の解離定数すなわちKdを有する親
和性を含む。
【0525】 さらに、本発明のポリペプチドは、本明細書中の他の箇所に記載されるように
、単独で、融合タンパク質として、または直接的にもしくは間接的に他のポリペ
プチドとの組み合わせでかのいずれかで、増殖性細胞もしくは組織の脈管形成を
阻害する際に有用である。最も好ましい実施形態において、上記の抗脈管形成効
果は、例えば、造血性の腫瘍特異的細胞(例えば、腫瘍関連マクロファージ)の
阻害を通じて、間接的に達成され得る(本明細書中に参考として援用される、J
oseph IBら、J Natl Cancer Inst,90(21):
1648−53(1998)を参照のこと)。本発明のポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドに対する抗体はまた、脈管形成の直接的または間接的な阻害を生じ
得る(本明細書中に参考として援用される、Witte L.ら、Cancer
Metastasis Rev.17(2):155−61(1998)を参
照のこと)。
【0526】 本発明のポリペプチド(タンパク質融合物を含む)、またはそのフラグメント
は、アポトーシスの誘導を通じて増殖性細胞または組織を阻害する際に有用であ
り得る。上記のポリペプチドは、直接的または間接的のいずれかで、増殖性の細
胞および組織のアポトーシスを誘導するように、例えば、死ドメインレセプター
(例えば、腫瘍壊死因子(TNF)レセプター1、CD95(Fas/APO−
1)、TNFレセプター関連アポトーシス媒介タンパク質(TRAMP)ならび
にTNF関連アポトーシス誘導リガンド(TRAIL)レセプター1および2(
本明細書中に参考として援用されるSchulze−Osthoff K,ら、
Eur J Biochem 254(3):439−59(1998)を参照
のこと))の活性化において作用し得る。さらに、本発明の別の好ましい実施形
態において、上記のポリペプチドは、他の機構を通じて(例えば、アポトーシス
を活性化する他のタンパク質の活性化において)あるいは上記タンパク質の発現
を単独でまたは低分子薬物もしくはアジュバント(例えば、アポプトニン、ガレ
クチン、チオレドキシン、抗炎症性タンパク質)と組み合わせてかのいずれかで
刺激することを通じて、アポトーシスを誘導し得る(例えば、本明細書中に参考
として援用される、Mutat Res 400(1−2):447−55(1
998),Med Hypotheses.50(5):423−33(199
8),Chem Biol Interact.Apr 24;111−112
;23−34(1998))、J Mol Med.76(6):402−12
(1998),Int J Tissue React;20(1):3−15
(1998)を参照のこと)。
【0527】 本発明のポリペプチド(それに対するタンパク質融合物を含む)、またはその
フラグメントは、増殖性細胞または組織の転移を阻害する際に有用である。阻害
は、本明細書中他の箇所に記載されるように、ポリペプチドまたは上記ポリペプ
チドに対する抗体を投与する工程の直接的結果として、または間接的に(例えば
、転移を阻害することが公知のタンパク質(例えば、α4インテグリン)の発現
を活性化する)生じ得る(例えば、本明細書中に参考として援用される、Cur
r Top Microbiol Immunol 1998;231:125
−41を参照のこと)。本発明のこのような治療的影響は、単独で、または低分
子薬物もしくはアジュバントと組み合わせてかのいずれかで達成され得る。
【0528】 別の実施形態において、本発明は、本発明のポリペプチド(例えば、ポリペプ
チドまたは異種ポリペプチドに関連するポリペプチド抗体、異種核酸、毒素、ま
たはプロドラッグを含む組成物)を含む組成物を、本発明のポリペプチドを発現
する、標的とされた細胞に送達する方法を提供する。本発明のポリペプチドまた
はポリペプチド抗体は、異種ポリペプチド、異種核酸、毒素、またはプロドラッ
グと、疎水性、親水性、イオン性および/または共有結合的な相互作用を通じて
結合され得る。
【0529】 本発明のポリペプチド、それに対するタンパク質融合物、またはそのフラグメ
ントは、増殖性抗原および免疫原に対して、直接的(例えば、本発明のポリペプ
チドが「ワクチン接種」された場合、上記の抗原および免疫原に対して応答する
ように免疫応答を生じる)または間接的(例えば、免疫応答を増強することが公
知のタンパク質(例えば、ケモカイン)の発現を活性化することにおいて)のい
ずれかで、増殖している細胞または組織の免疫原性および/または抗原性を増強
する際に有用である。
【0530】 (心臓血管障害) 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくは
アンタゴニストを使用して、四肢虚血のような末梢動脈疾患を含む、心臓血管の
疾患、障害および/または状態を処置、予防および/または診断し得る。
【0531】 心臓血管の疾患、障害および/または状態としては、動動脈瘻(arteri
o−arterial fistula)、動静脈瘻、大脳動静脈先天異常、先
天性心欠陥(congenital heart defects)、肺動脈弁
閉鎖症、およびシミター症候群のような心臓血管異常が挙げられる。先天性心欠
陥としては、大動脈縮窄、三房心、冠状脈管奇形(coronary vess
el anomalies)、交差心、右胸心、開存性動脈管(patent
ductus arteriosus)、エブスタイン奇形、アイゼンメンガー
複合体、左心室発育不全症候群、左胸心、ファロー四徴症、大血管転位症、両大
血管右室起始症、三尖弁閉鎖症、動脈管遺残、および心中隔欠損症(heart
septal defects)(例えば、大動脈肺動脈中隔欠損症(aor
topulmonary septal defect)、心内膜床欠損症、リ
ュタンバッシェ症候群、ファロー三徴症、心室心中隔欠損症(ventricu
lar heart septal defects))が挙げられる。
【0532】 心臓血管の疾患、障害および/または状態としてはまた、不整脈、カルチノイ
ド心臓病、高心拍出量(high cardiac output)、低心拍出
量(low cardiac output)、心タンポナーデ、心内膜炎(細
菌性を含む)、心臓動脈瘤、心停止、うっ血性心不全、うっ血性心筋症、発作性
呼吸困難、心臓水腫、心肥大、うっ血性心筋症、左心室肥大、右心室肥大、梗塞
後心破裂(post−infarction heart rupture)、
心室中隔破裂、心臓弁疾患、心筋疾患、心筋虚血、心内膜液浸出、心外膜炎(梗
塞性および結核性を含む)、気心膜症、心膜切開後症候群、右心疾患、リウマチ
性心疾患、心室機能不全、充血、心臓血管妊娠合併症(cardiovascu
lar pregnancy complications)、シミター症候群
、心血管梅毒、および心血管結核(cardiovascular tuber
culosis)のような心臓病が挙げられる。
【0533】 不整脈としては、洞性不整脈、心房性細動、心房粗動、徐脈、期外収縮、アダ
ムズ−ストークス症候群、脚ブロック、洞房ブロック、長QT症候群(long
QT syndrome)、副収縮、ローン−ギャノング−レヴァイン症候群
、マヘーム型早期興奮症候群(Mahaim−type pre−excita
tion syndrome)、ウルフ−パーキンソン−ホワイト症候群、洞不
全症候群、頻拍、および心室性細動が挙げられる。頻拍としては、発作性頻拍、
上室性頻拍、心室固有調律促進、房室結節性再入頻拍(atrioventri
cular nodal reentry tachycardia)、異所心
房性頻拍、異所接合部頻拍、洞房結節性再入頻拍(sinoatrial no
dal reentry tachycardia)、洞性頻拍、トルサード・
ド・ポワント、および心室性頻拍が挙げられる。
【0534】 心臓弁疾患としては、大動脈弁機能不全症、大動脈弁狭窄症、心雑音(hea
r murmurs)、大動脈弁逸脱症、僧帽弁逸脱症、三尖弁逸脱症、僧帽弁
機能不全、僧帽弁狭窄症、肺動脈弁閉鎖症、肺動脈弁機能不全、肺動脈弁狭窄症
、三尖閉鎖症、三尖弁機能不全、および三尖弁狭窄症が挙げられる。
【0535】 心筋疾患としては、アルコール性心筋症、うっ血性心筋症、肥大型心筋症、弁
下部性大動脈狭搾症(、弁下部性肺動脈狭搾症、拘束型心筋症、シャーガス心筋
症、心内膜線維弾性症、心内膜心筋線維症、キーンズ症候群、心筋再灌流障害、
および心筋炎が挙げられる。
【0536】 心筋性虚血としては、狭心症、冠動脈瘤、冠動脈硬化、冠動脈血栓症、冠動脈
血管痙攣、心筋梗塞、および心筋気絶(myocardial stunnin
g)のような冠動脈疾患が挙げられる。
【0537】 心臓血管疾患としてはまた、動脈瘤、血管形成異常、血管腫症、細菌性血管腫
症状、ヒッペル−リンダラ疾患(Hippel−Lindau Disease
)、クリペル−トルノネー−ウェーバー症候群、スタージ−ウェーバー症候群、
血管運動神経性水腫、大動脈疾患、高安動脈炎、大動脈炎、ルリーシュ症候群、
動脈閉塞疾患、動脈炎、動脈内膜炎(enarteritis)、結節性多発性
動脈炎、脳血管の疾患、障害および/もしくは状態、糖尿病性血管障害、糖尿病
性網膜症、塞栓症、血栓症、先端紅痛症、痔、肝静脈閉塞障害、高血圧、低血圧
、虚血、末梢血管障害、静脈炎、肺静脈閉塞疾患、高血圧、低血圧、虚血、末梢
血管疾患、静脈炎、肺静脈閉塞疾患、レーノー病、CREST症候群、網膜静脈
閉塞、シミター症候群、上大静脈症候群、毛細血管拡張症、毛細血管拡張性運動
失調(atacia telangiectasia)、遺伝性出血性毛細管拡
張症、精索静脈瘤、拡張蛇行静脈、静脈瘤性潰瘍、脈管炎、および静脈機能不全
のような血管疾患が挙げられる。
【0538】 動脈瘤としては、解離性動脈瘤、偽動脈瘤、感染した動脈瘤、破裂した動脈瘤
、大動脈性動脈瘤、大脳性動脈瘤、冠動脈瘤、心動脈瘤、および腸骨性動脈瘤が
挙げられる。
【0539】 動脈閉塞疾患としては、動脈硬化症、間欠性跛行、頸動脈狭窄症、線維筋性形
成異常、腸間膜性血管閉塞、モヤモヤ病、腎動脈閉塞、網膜動脈閉塞、および閉
塞性血栓性血管炎が挙げられる。
【0540】 脳血管の疾患、障害および/または状態としては、頸動脈疾患、脳アミロイド
脈管障害、大脳動脈瘤、大脳無酸素症、大脳動脈硬化、大脳動静脈先天異常、大
脳動脈疾患、大脳の塞栓症および血栓症、頸動脈血栓症、洞血栓症、ヴァレンベ
ルク症候群、大脳出血、硬膜上血腫、硬膜下血腫、クモ膜下出血(subara
xhnoid hemorrhage)、大脳梗塞、大脳虚血(一過性を含む)
、鎖骨下動脈盗血症候群、室周白軟化症(periventricular l
eukomalacia)、血管性頭痛、群発性頭痛、片頭痛、および椎骨基部
(vertebrobasilar)機能不全が挙げられる。
【0541】 塞栓症としては、空気塞栓症、羊水塞栓症、コレステロール塞栓症、爪先チア
ノーゼ症候群、脂肪塞栓症、肺動脈塞栓症、および血栓塞栓症が挙げられる。血
栓症としては、冠状動脈血栓症、肝静脈血栓症、網膜静脈閉塞、頸動脈血栓症、
洞血栓症、ヴァレンベルク症候群、および血栓性静脈炎が挙げられる。
【0542】 虚血としては、大脳虚血、虚血性大腸炎、仕切り症候群(compartme
nt syndrome)、前仕切り症候群(anterior compar
tment syndrome)、心筋虚血、再灌流傷害、および末梢四肢虚血
が挙げられる。脈管炎としては、大動脈炎、動脈炎、ベーチェット(Behce
t)症候群、チャーグ−ストラウス症候群、粘膜皮膚リンパ節症候群、閉塞性血
栓性血管炎、過敏性血管炎、シェーンライン−ヘーノホ紫斑病(Schoenl
ein−Henoch purpura)、アレルギー性皮膚血管炎およびヴェ
ーゲナー肉芽腫症が挙げられる。
【0543】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくは
アンタゴニストは、危険な四肢虚血および冠状動脈疾患の処置に対して特に有効
である。
【0544】 ポリペプチドは、当該分野で公知である任意の方法を使用して投与され得、こ
れらの方法としては、送達部位における直接的針注射、静脈内注射、局所投与、
カテーテル注入、微粒子銃(biolistic)注射、粒子加速器、ゲルフォ
ームスポンジデポー、他の市販デポー物質、浸透圧ポンプ、経口または坐剤の固
形薬学的処方物、手術中のデカンティングまたは局所適用、エアロゾル送達が挙
げられるが、これらに限定されない。そのような方法は当該分野で公知である。
本発明のポリペプチドは、下記でより詳細に記載される、治療剤(Therap
eutic)の一部として投与され得る。本発明のポリヌクレオチドを送達する
方法は本明細書中でより詳細に記載される。
【0545】 (抗新脈管形成活性) 新脈管形成の内因性の、刺激因子とインヒビターとの間の天然に存在する平衡
は、阻害影響が優勢である平衡である。Rastinejadら、Cell 5
6:345〜355(1989)。新生血管形成が正常な生理学的条件下におい
て生じるまれな場合(例えば、創傷治癒、器官再生、胚発生、および雌性生殖プ
ロセス)において、新脈管形成は、厳密に調節され、そして空間的および時間的
に定められる。病的な新脈管形成の条件(例えば、固形腫瘍増殖を特徴付ける)
の下において、これらの調節の制御はできない。調節されていない新脈管形成は
病的になり、そして多くの新生物性疾患および非新生物性疾患の進行を維持する
。多くの重篤な疾患は、固形腫瘍の増殖および転移、関節炎、いくつかの型の眼
の疾患、障害および/または状態ならびに乾癬を含む、異常な新生血管形成によ
り支配される。例えば、Mosesら、Biotech.9:630〜634(
1991);Folkmanら、N.Engl.J.Med.、333:175
7〜1763(1995);Auerbachら、J.Microvasc.R
es.29:401〜411(1985);Folkman、Advances
in Cancer Research、KleinおよびWeinhous
e編、Academic Press、New York、175〜203頁(
1985);Patz、Am.J.Opthalmol.94:715〜743
(1982);およびFolkmanら、Science 221:719〜7
25(1983)による概説を参照のこと。多くの病的状態において、新脈管形
成のプロセスは、その疾患状態に寄与する。例えば、固形腫瘍の増殖が新脈管形
成に依存することを示唆する有意なデータが蓄積されている。Folkmanお
よびKlagsbrun、Science 235:442〜447(1987
)。
【0546】 本発明は、本発明のポリヌクレオチドおよび/またはポリペプチド、ならびに
本発明のアゴニストまたはアンタゴニストの投与による新生血管形成に関連する
疾患、障害および/または状態の処置を提供する。本発明のポリヌクレオチドお
よびポリペプチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストを用いて処置し得
る悪性状態および転移性状態には、本明細書に記載の悪性疾患、固形腫瘍、およ
び癌、ならびに当該分野で公知の他のもの(このような障害の総説については、
Fishmanら、Medicine、第2版、J.B.Lippincott
Co.,Philadelphia(1985)を参照のこと)が挙げられる
が、これらに限定されない。従って、本発明は、新脈管形成関連疾患および/ま
たは障害の処置、予防および/または診断の方法を提供し、この方法は、治療有
効量の、本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストおよび/ま
たはアゴニストを、その処置の必要な個体に投与する工程を包含する。例えば、
ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストおよび/またはアゴニストは
、癌または腫瘍を治療的に処置するために、種々のさらなる方法で利用され得る
。ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストおよび/またはアゴニスト
で処置、予防および/または診断され得る癌としては、前立腺癌、肺癌、乳癌、
卵巣癌、胃癌、膵臓癌、喉頭癌、食道癌、精巣癌、肝臓癌、耳下腺癌、胆管癌、
結腸癌、直腸癌、頸部癌、子宮癌、子宮内膜癌、腎臓癌、膀胱癌、甲状腺癌を含
む固形腫瘍;原発性腫瘍および転移;黒色腫;膠芽腫;カポージ肉腫;平滑筋肉
腫;非小細胞肺癌;結腸直腸癌;進行性(advanced)悪性疾患;および
血液から生じる腫瘍(例えば、白血病)が挙げられるが、これらに限定されない
。例えば、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストおよび/またはア
ゴニストは、皮膚癌、頭頸部腫瘍、乳房腫瘍およびカポージ肉腫のような癌を処
置または予防するために、局所送達され得る。
【0547】 なお他の局面において、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストお
よび/またはアゴニストは、例えば膀胱内投与によって膀胱癌の表面形態を処置
するために利用され得る。ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストお
よび/またはアゴニストは、腫瘍に直接的に、または注射もしくはカテーテルを
介して腫瘍部位付近に送達され得る。当然のことながら、当業者が理解するよう
に、適切な投与様式は、処置されるべき癌によって変化する。他の送達様式は本
明細書中において議論される。
【0548】 ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストおよび/またはアゴニスト
は、癌に加えて、新脈管形成に関与する他の疾患、障害および/または状態を処
置、予防および/または診断する際に有用であり得る。これらの疾患、障害およ
び/または状態としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:良性腫
瘍(例えば、血管腫、聴神経腫、神経線維腫、トラコーマ、および化膿性肉芽腫
);動脈硬化プラーク;眼の脈管形成疾患(例えば、糖尿病性網膜症、未熟網膜
症、黄斑変性、角膜移植拒絶、血管新生緑内障、水晶体後線維増殖、ルベオーシ
ス、網膜芽細胞腫、ブドウ膜炎(uvietis)および眼の翼状片(Pter
ygia)(異常な血管増殖));慢性関節リウマチ;乾癬;遅延型創傷治癒;
子宮内膜症;脈管形成;顆粒化;過形成性瘢痕(ケロイド);偽関節骨折;強皮
症;トラコーマ;血管接着;心筋の新脈管形成;冠状側副枝(coronary
collaterals);大脳側副枝;動静脈奇形;虚血性四肢新脈管形成
;オースラー−ウェーバー(Osler−Webber)症候群;プラーク新生
血管形成;毛細血管拡張症;血友病性関節;血管線維腫;線維筋性形成異常;創
傷顆粒化;クローン病;およびアテローム性動脈硬化症。
【0549】 例えば、本発明の1つの局面において、本発明のポリヌクレオチド、ポリペプ
チド、アンタゴニストおよび/またはアゴニストを過形成性瘢痕またはケロイド
に投与する工程を包含する、過形成性瘢痕およびケロイドを処置、予防および/
または診断するための方法が提供される。
【0550】 本発明の1つの実施形態において、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタ
ゴニストおよび/またはアゴニストは、過形成性瘢痕またはケロイドに、これら
の病変の進行を妨げるために直接注射される。この治療は、過形成性瘢痕および
ケロイド(例えば、やけど)の発生を生じることが知られている状態の予防処置
において特に価値があり、そして好ましくは、増殖期が進行する時間(最初の傷
害の約14日後)を有した後であるが、過形成性瘢痕またはケロイドの発生の前
に開始される。上述のように、本発明はまた、眼の新生血管形成疾患(例えば、
角膜新生血管形成、血管新生緑内障、増殖性糖尿病網膜症、水晶体後線維増殖お
よび黄斑変性を含む)を処置、予防および/または診断するための方法を提供す
る。
【0551】 さらに、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチド(アゴニストおよび/
またはアンタゴニストを含む)を用いて処置、予防および/または診断され得る
新生血管形成に関連する眼の疾患、障害および/または状態としては、以下が挙
げられるが、これらに限定されない:血管新生緑内障、糖尿病網膜症、網膜芽細
胞腫、水晶体後線維増殖症、ブドウ膜炎、未熟網膜症、黄斑変性、角膜移植新生
血管形成、ならびに他の眼の炎症性疾患、眼の腫瘍、および脈絡膜または虹彩の
新生血管形成に関連する疾患。例えば、Waltmanら、Am.J.Opht
hal.85:704〜710(1978)およびGartnerら、Surv
.Ophthal.22:291〜312(1978)による総説を参照のこと
【0552】 従って、本発明の1つの局面において、治療有効量の化合物(上記)を患者に
対して、血管の形成が阻害されるように角膜に投与する工程を包含する、角膜新
生血管形成(角膜移植新生血管形成を含む)のような眼の新生血管形成疾患を処
置するための方法が、提供される。簡潔には、角膜は、通常には血管を欠く組織
である。しかし、特定の病的状態において、毛細血管は、縁の角膜周囲脈管叢か
ら角膜に伸長し得る。角膜が血管化されるようになる場合、角膜はまた混濁され
るようになり、患者の視力の衰えを生じる。角膜が完全に不透明になる(opa
citate)場合に、視力喪失が完全になり得る。広範な種々の疾患、障害お
よび/または状態は、例えば、以下を含む角膜新生血管形成を生じ得る:角膜感
染(例えば、トラコーマ、単純ヘルペス角膜炎、リーシュマニア症およびオンコ
セルカ症)、免疫学的プロセス(例えば、移植片拒絶およびスティーヴンズ−ジ
ョンソン症候群)、アルカリやけど、外傷、炎症(任意の原因による)、毒性お
よび栄養欠乏状態、ならびにコンタクトレンズを装着することの合併症として。
【0553】 特に好ましい実施形態において、本発明は、生理食塩水(眼に用いる調製物に
おいて一般に使用される任意の保存剤および抗菌剤と組合せて)中で局所投与の
ために調製され得、そして点眼剤形態で投与され得る。溶液または懸濁液は、そ
の純粋な形態で調製され得、そして1日に数回投与され得る。あるいは、上記の
ように調製される抗脈管形成組成物はまた、角膜に直接投与され得る。好ましい
実施形態において、抗脈管形成組成物は、角膜に結合する粘膜接着性ポリマーと
ともに調製される。さらなる実施形態において、抗脈管形成因子または抗脈管形
成組成物は、従来のステロイド治療に対する補助剤として利用され得る。局所治
療はまた、脈管形成応答(例えば、化学的やけど)を誘導する高い可能性を有す
ることが公知である角膜病変において予防的に有用であり得る。これらの場合に
おいて、処置(おそらくステロイドと組み合わせられる)は、その後の合併症を
予防するのを補助するために直ちに開始され得る。
【0554】 他の実施形態において、上記の化合物は、角膜支質に直接、顕微鏡の案内の下
で眼科医によって注入され得る。好ましい注射部位は、個々の病巣の形態で変化
し得るが、投与の目標は、脈管構造の前進している面に組成物を置くこと(すな
わち、血管と正常な角膜との間に分散される)である。ほとんどの場合において
、これは、前進している血管から角膜を「防御」するための縁周囲(peril
imbic)角膜注射を含む。この方法はまた、角膜新生血管形成を予防的に防
ぐために、角膜傷害の直後に利用され得る。この状況において、この物質は、角
膜病巣とその所望されない潜在的な血液供給の縁との間に分散して縁周囲角膜に
注射され得る。このような方法はまた、類似の様式で、移植された角膜の毛細血
管浸潤を予防するために利用され得る。徐放形態において、注入は、1年に2〜
3回のみ必要とされ得る。ステロイドもまた、注入溶液に添加され、その注射自
体から生じる炎症を低減し得る。
【0555】 本発明の別の局面において、患者に、血管の形成を阻害するように、治療有効
量のポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストおよび/またはアゴニス
トを眼に投与する工程を包含する、血管新生緑内障を処置または予防するための
方法が提供される。1つの実施形態において、化合物は、初期の形態の血管新生
緑内障を処置または予防するために、眼に局所投与され得る。他の実施形態にお
いて、化合物は、前方角(anterior chamber angle)の
領域に注入によって移植され得る。他の実施形態において、化合物はまた、化合
物が眼房水に連続的に放出されるように、任意の位置に置かれ得る。本発明の別
の局面において、患者に、血管の形成が阻害されるように、治療有効量のポリヌ
クレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストおよび/またはアゴニストを眼に投
与する工程を包含する、増殖性糖尿病性網膜症を処置または予防するための方法
が提供される。
【0556】 本発明の特に好ましい実施形態において、増殖性糖尿病性網膜症は、網膜にお
けるポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストおよび/またはアゴニス
トの局所濃度を増加させるために、眼房水または硝子体への注入によって処置さ
れ得る。好ましくは、この処置は、光凝固を必要とする重篤な疾患の獲得の前に
開始されるべきである。
【0557】 本発明の別の局面において、血管の形成が阻害されるように、患者に、治療有
効量のポリヌクレオチド、ポリペプチド、アンタゴニストおよび/またはアゴニ
ストを眼に投与する工程を包含する、水晶体後線維増殖症を処置または予防する
ための方法が、提供される。化合物は、硝子体内注射を介して、および/または
眼内移植を介して局所投与され得る。
【0558】 さらに、このポリヌクレオチド、ポリペプチド、アゴニストおよび/またはア
ゴニストで処置、予防および/または診断され得る疾患、障害および/または状
態としては、以下が挙げられるが、それらに限定されない:血管腫、関節炎、乾
癬、血管線維腫、アテローム性プラーク、遅延型創傷治癒、顆粒化、血友病性関
節、過形成性瘢痕、偽関節骨折、オースラー−ウェーバー(Osler−Web
er)症候群、化膿性肉芽腫、強皮症、トラコーマ、および血管接着。
【0559】 さらに、このポリヌクレオチド、ポリペプチド、アゴニストおよび/またはア
ゴニストで処置、予防および/または診断され得る疾患、障害および/または状
態ならびに/あるいは状況としては、以下が挙げられるが、それらに限定されな
い:固形腫瘍、血液由来の(blood born)腫瘍(例えば、白血病)、
腫瘍転移、カポージ肉腫、良性腫瘍(例えば、血管腫、聴神経腫、神経線維腫、
トラコーマ、および化膿性肉芽腫)、慢性関節リウマチ、乾癬、眼の脈管形成疾
患(例えば、糖尿病性網膜症、未熟網膜症、黄斑変性、角膜移植拒絶、血管新生
緑内障、水晶体後線維増殖症、ルベオーシス、網膜芽細胞腫、およびブドウ膜炎
(uvictis))、遅延型創傷治癒、子宮内膜症、脈管形成、顆粒化、過形
成性瘢痕(ケロイド)、偽関節骨折、強皮症、トラコーマ、血管接着、心筋の新
脈管形成、冠状側副枝(coronary collaterals)、大脳側
副枝、動静脈奇形、虚血性四肢新脈管形成、オースラー−ウェーバー症候群、プ
ラーク新生血管形成、毛細血管拡張症、血友病性関節、血管線維腫、線維筋性形
成異常、創傷顆粒化、クローン病、アテローム性動脈硬化症、産児制限薬剤(月
経を制御する、胎芽着床のために必要な血管新生を予防することによる)、病原
性の結果(例えば、ネコ引っかき病(Rochele minalia qui
ntosa)、潰瘍(Helicobacter pylori)、バルトネラ
症および細菌性血管腫症状)のような新脈管形成を有する疾患。
【0560】 出産を制御する方法の1つの局面において、胎芽着床をブロックするに十分な
化合物の量は、性交および受精が起こる前またはその後に投与され、従って産児
制限の有効な方法、おそらく「事後用(morning after)」方法を
提供する。ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アゴニストおよび/またはアゴニ
ストはまた、月経を制御することにおいて使用され得るか、または子宮内膜症の
処置における腹膜洗浄液として、もしくは腹膜移植のためのいずれかで投与され
得る。
【0561】 本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド、アゴニストおよび/またはアゴニ
ストは、縫合(stitch)肉芽腫を予防するために、外科縫合に組み込まれ
得る。
【0562】 ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アゴニストおよび/またはアゴニストは、
広範な種々の外科手順において利用され得る。例えば、本発明の1つの局面にお
いて、組成物(例えば、スプレーまたはフィルムの形態において)は、悪性組織
から正常な周囲の組織を分離するため、そして/または周囲の組織への疾患の広
がりを予防するために、腫瘍の除去の前に、領域をコートまたはスプレーするた
めに利用され得る。本発明の他の局面において、組成物(例えば、スプレーの形
態において)は、腫瘍をコートするため、または所望の場所において新脈管形成
を阻害するために、内視鏡手順を介して送達され得る。本発明のなお他の局面に
おいて、本発明の抗脈管形成組成物でコートされている外科メッシュが、外科メ
ッシュが利用され得る任意の手順において利用され得る。例えば、本発明の1つ
の実施形態において、抗脈管形成組成物を有した外科メッシュレーデン(lad
en)は、構造に対する支持を提供するため、そして一定の量の抗脈管形成因子
を放出するために、腹部癌切除手術の間(例えば、結腸切除の後)に利用され得
る。
【0563】 本発明のさらなる局面において、癌の局所的再発およびその部位での新しい血
管の形成が阻害されるように、切除後にポリヌクレオチド、ポリペプチド、アゴ
ニストおよび/またはアゴニストを腫瘍の切除縁に投与する工程を包含する、腫
瘍切除部位を処置するための方法が提供される。本発明の1つの実施形態におい
て、抗脈管形成化合物は、腫瘍切除部位に直接投与される(例えば、塗布、ブラ
ッシング(brushing)、または他の方法で抗脈管形成化合物で腫瘍の切
除縁をコートすることによって適用される)。あるいは、抗脈管形成化合物は、
投与前に公知の外科ペーストに組み込まれ得る。本発明の特に好ましい実施形態
において、抗脈管形成化合物は、悪性疾患についての肝切除後および神経外科手
術後に適用される。
【0564】 本発明の1つの局面において、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、アゴニスト
および/またはアゴニストは、広範な種々の腫瘍(例えば、乳房腫瘍、結腸腫瘍
、脳腫瘍および肝腫瘍を含む)の切除縁に投与され得る。例えば、本発明の1つ
の実施形態において、抗脈管形成化合物は、切除後に、神経学的腫瘍の部位に、
その部位での新しい血管の形成が阻害されるように投与され得る。
【0565】 本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド、アゴニストおよび/またはアゴニ
ストはまた、他の抗脈管形成因子とともに投与され得る。他の抗脈管形成因子の
代表的な例としては以下が挙げられる:抗侵襲性因子、レチノイン酸およびその
誘導体、パクリタキセル、スラミン、メタロプロテイナーゼ−1の組織インヒビ
ター、メタロプロテイナーゼ−2の組織インヒビター、プラスミノーゲン活性化
インヒビター−1、プラスミノーゲン活性化インヒビター−2および種々の形態
のより軽い「d群」遷移金属。
【0566】 より軽い「d群」遷移金属には、例えばバナジウム、モリブデン、タングステ
ン、チタン、ニオブおよびタンタル種が挙げられる。そのような遷移金属種は、
遷移金属錯体を形成し得る。上記の遷移金属種の適切な錯体としては、オキソ遷
移金属錯体が挙げられる。
【0567】 バナジウム錯体の代表的な例としては、バナデート錯体およびバナジル錯体の
ようなオキソバナジウム錯体が挙げられる。適切なバナデート錯体としては、例
えばメタバナジン酸アンモニウム、メタバナジン酸ナトリウムおよびオルトバナ
ジン酸ナトリウムのようなメタバナデート錯体およびオルトバナデート錯体が挙
げられる。適切なバナジル錯体としては、例えばバナジルアセチルアセトネート
および硫酸バナジル(硫酸バナジル一水和物および硫酸バナジル三水和物のよう
な硫酸バナジル水和物を含む)が挙げられる。
【0568】 タングステン錯体およびモリブデン錯体の代表的な例としてはまた、オキソ錯
体が挙げられる。適切なオキソタングステン錯体としては、タングステート錯体
およびタングステンオキシド錯体が挙げられる。適切なタングステート錯体とし
ては、タングステン酸アンモニウム、タングステン酸カルシウム、タングステン
酸ナトリウム二水和物およびタングステン酸が挙げられる。適切なタングステン
オキシドとしては、タングステン(IV)オキシドおよびタングステン(VI)
オキシドが挙げられる。適切なオキソモリブデン錯体としては、モリブデート、
モリブデンオキシドおよびモリブデニル錯体が挙げられる。適切なモリブデート
錯体としては、モリブデン酸アンモニウムおよびその水和物、モリブデン酸ナト
リウムおよびその水和物、ならびにモリブデン酸カリウムおよびその水和物が挙
げられる。適切なモリブデンオキシドとしては、モリブデン(VI)オキシド、
モリブデン(VI)オキシドおよびモリブデン酸が挙げられる。適切なモリブデ
ニル錯体としては、例えばモリブデニルアセチルアセトネートが挙げられる。他
の適切なタングステン錯体およびモリブデン錯体としては、例えばグリセロール
、酒石酸および糖由来のヒドロキソ誘導体が挙げられる。
【0569】 広範な種々の他の抗脈管形成因子もまた、本発明の状況において利用され得る
。代表的な例としては、以下が挙げられる:血小板因子4;硫酸プロタミン;硫
酸化キチン誘導体(クイーンクラブ(queen crab)の殻から調製され
る)(Murataら、Cancer Res.51:22〜26、1991)
;硫酸化多糖ペプチドグリカン複合体(SP−PG)(この化合物の機能は、ス
テロイド(例えば、エストロゲン)およびクエン酸タモキシフェンの存在によっ
て、増強され得る);スタウロスポリン;基質代謝の調節因子(例えば、プロリ
ンアナログ、シスヒドロキシプロリン、d,L−3,4−デヒドロプロリン、チ
アプロリン、α,α−ジピリジル,アミノプロピオニトリルフマレートを含む)
;4−プロピル−5−(4−ピリジニル)−2(3H)−オキサゾロン;メトト
レキサート;ミトザントロン;ヘパリン;インターフェロン;2マクログロブリ
ン−血清;ChIMP−3(Pavloffら、J.Bio.Chem.267
:17321〜17326、1992);キモスタチン(Tomkinsonら
、Biochem J.286:475〜480、1992);シクロデキスト
リンテトラデカサルフェート;エポネマイシン;カンプトテシン;フマギリン(
Ingberら、Nature 348:555〜557、1990);チオリ
ンゴ酸金ナトリウム(「GST」;MatsubaraおよびZiff、J.C
lin.Invest.79:1440〜1446、1987);アンチコラゲ
ナーゼ−血清;α2−抗プラスミン(Holmesら、J.Biol.Chem
.262(4):1659〜1664、1987);ビサントレン(Natio
nal Cancer Institute);ロベンザリット二ナトリウム(
N−(2)−カルボキシフェニル−4−クロロアントロニル酸(chloroa
nthronilic acid)二ナトリウム、すなわち「CCA」;Tak
euchiら、Agents Actions 36:312〜316、199
2);サリドマイド;Angostaticステロイド;AGM−1470;カ
ルボキシアミノイミダゾール(carboxynaminolmidazole
);およびメタロプロテイナーゼインヒビター(例えば、BB94)。
【0570】 (細胞レベルでの疾患) 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアンタゴニ
ストもしくはアゴニストによって処置、予防および/または診断され得る細胞生
存の増大あるいはアポトーシスの阻害に関連する疾患には、癌(例えば、濾胞性
リンパ腫、p53変異を有する癌腫、およびホルモン依存性腫瘍、これらは以下
:結腸癌、心臓腫瘍、膵臓癌、黒色腫、網膜芽細胞腫、神経膠芽細胞腫、肺癌、
腸の癌、精巣癌、胃癌、神経芽細胞腫、粘液腫、筋腫、リンパ腫、内皮腫、骨芽
細胞腫、骨巨細胞腫、骨肉腫、軟骨肉腫、腺腫、乳癌、前立腺癌、カポージ肉腫
および卵巣癌を含むが、これらに限定されない);自己免疫性の疾患、障害およ
び/または状態(例えば、多発性硬化症、シェーグレン症候群、橋本甲状腺炎、
胆汁性肝硬変、ベーチェット病(Behcet’s disease)、クロー
ン病、多発性筋炎、全身性エリテマトーデスおよび免疫関連糸球体腎炎ならびに
慢性関節リウマチ)およびウイルス感染(例えば、ヘルペスウイルス、ポックス
ウイルスおよびアデノウイルス)、炎症、対宿主性移植片病、急性移植片拒絶、
ならびに慢性移植片拒絶、が挙げられる。好ましい実施形態において、本発明の
ポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアンタゴニストは、特
に上記に列挙される、癌の増殖、進行、および/または転移(metasis)
を阻害するために使用される。
【0571】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもしくは
アンタゴニストによって処置、予防および/または診断され得る細胞生存の増大
に関連するさらなる疾患または状態には、悪性疾患の進行および/または転移な
らびに以下のような関連する障害が挙げられるが、これらに限定されない:白血
病(急性白血病(例えば、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病(骨髄芽球性
、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性および赤白血病を含む)を含む)ならびに慢
性白血病(例えば、慢性骨髄性(顆粒球性)白血病および慢性リンパ球性白血病
))、真性赤血球増加症、リンパ腫(例えば、ホジキン病および非ホジキン病)
、多発性骨髄腫、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、H鎖病、ならび
に固形腫瘍(肉腫および癌腫(例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉
腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫(endotheliosarc
oma)、リンパ管肉腫、リンパ管内皮腫、骨膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、
平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌腫、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、扁平上
皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌
、髄様癌、気管支原生癌、腎細胞癌、肝細胞癌腫、胆管癌、絨毛癌、セミノーマ
、胎生期癌、ウィルムス腫瘍、頸部癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、
上皮癌、神経膠腫、神経膠星状細胞腫、髄芽細胞腫、頭蓋咽頭腫、脳室上衣細胞
腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起神経膠腫、髄膜腫(menan
gioma)、黒色腫、神経芽細胞腫、および網膜芽細胞腫)を含むが、これら
に限定されない)。
【0572】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストによって処置、予防および/または診断され得るアポト
ーシスの増大に関連する疾患には、以下が挙げられる:AIDS;神経変性疾患
、障害および/または状態(例えば、アルツハイマー病、パーキンソン病、筋萎
縮性側索硬化症、色素性網膜炎、小脳変性および脳腫瘍または以前に関連した疾
患);自己免疫性の疾患、障害および/または状態(例えば、多発性硬化症、シ
ェーグレン症候群、橋本甲状腺炎、胆汁性肝硬変、ベーチェット病(Behce
t’s disease)、クローン病、多発性筋炎、全身性エリテマトーデス
および免疫関連糸球体腎炎ならびに慢性関節リウマチ)、脊髄形成異常症候群(
例えば、再生不良性貧血)、対宿主性移植片病、虚血性傷害(心筋梗塞、発作お
よび再灌流傷害によって生じるようなもの)、肝臓傷害(例えば、肝炎関連肝臓
傷害、虚血/再灌流傷害、胆汁うっ滞(cholestosis)(胆管傷害)
および肝臓癌);毒物誘導性肝臓疾患(アルコールによって引き起こされるよう
なもの)、敗血症性ショック、悪液質ならびに食欲不振。
【0573】 (創傷治癒および上皮細胞増殖) 本発明のなおさらなる局面に従って、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリ
ペプチド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストを、治療目的のた
め、例えば、創傷治癒の目的のために上皮細胞増殖および基底ケラチノサイトを
刺激するため、ならびに毛包産生および皮膚創傷の治癒を刺激するために、利用
するためのプロセスが提供される。本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、以下を含む創傷治
癒を刺激することにおいて臨床的に有用であり得る:外科的創傷、切除の創傷、
深い創傷(真皮および表皮の損傷を含む)、眼組織の創傷、歯の組織の創傷、口
腔の創傷、糖尿病性潰瘍、皮膚の潰瘍、肘の潰瘍、動脈性の潰瘍、静脈うっ滞潰
瘍、熱への曝露または化学物質による熱傷、および他の異常な創傷治癒状態(例
えば、尿毒症、栄養失調、ビタミン欠乏、ならびにステロイド、放射能療法およ
び抗腫瘍性薬物および代謝拮抗物質を用いる全身性処置に関連する合併症)。本
発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニストもし
くはアンタゴニストは、皮膚の欠失後の皮膚の回復を促進するために使用され得
る。
【0574】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストは、創傷床(wound bed)への皮膚移植片の付
着を増大するため、および創傷床からの再上皮形成を刺激するために使用され得
る。以下は、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチド、アゴニストまたは
アンタゴニストが創傷床への付着を増大するために使用され得る、移植片の型で
ある:自家移植片、人工皮膚、同種移植片(allograft)、自己植皮片
、自己表皮移植片(autoepdermic graft)、無血管性(av
acular)移植片、ブレア−ブラウン移植片、骨移植片、胚胎組織移植片、
真皮移植片、遅延移植片、皮膚移植片、表皮移植片、筋膜移植片、全層皮膚移植
片、異種移植片(heterologous graft)、異種移植片(xe
nograft)、同種移植片(homologous graft)、増殖性
移植片、層板状の移植片、網状移植片、粘膜移植片、オリエ−ティールシュ移植
片、大網移植片(omenpal graft)、パッチの移植片、茎状移植片
、全層移植片(penetrating graft)、分層植皮片、分層皮膚
移植片。本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴ
ニストもしくはアンタゴニストは、皮膚の強度を助長するため、および高齢の皮
膚の外見を改善するために使用され得る。
【0575】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストはまた、肝細胞増殖、および肺、乳房、膵臓、胃、小腸
(small intesting)、および大腸における上皮細胞増殖におけ
る変化を生じると考えられる。本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド
、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、上皮細胞(例えば、皮
脂細胞(sebocyte)、毛包、肝実質細胞、肺胞上皮細胞II型(typ
e II pneumocyte)、ムチン産生杯細胞、および他の上皮細胞、
ならびに皮膚、肺、肝臓、および胃腸管内に含まれるそれらの先祖)の増殖を促
進し得る。本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、アゴニストもしく
はアンタゴニストは、内皮細胞、ケラチノサイト、および基底ケラチノサイトの
増殖を促進し得る。
【0576】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストはまた、照射、化学療法処置またはウイルス感染から生
じる腸の毒性の副作用を低減するために使用され得る。本発明のポリヌクレオチ
ドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストは
、小腸粘膜上で細胞保護的な効果を有し得る。本発明のポリヌクレオチドもしく
はポリペプチド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストはまた、化
学療法およびウイルス感染から生じる粘膜炎(mucositis)(口粘膜)
の治癒を刺激し得る。
【0577】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストは、熱傷を含む、完全なおよび部分的な厚さの皮膚欠損
における皮膚の十分な再生(すなわち、毛包、汗腺、および皮脂腺の再増殖)、
乾癬のような他の皮膚欠損の処置においてさらに使用され得る。本発明のポリヌ
クレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴ
ニストは、表皮水疱症、これらの損傷の再上皮形成を促進することによる頻繁な
開放性かつ疼痛性の水疱を生じる内在的な真皮への表皮の接着における欠損を処
置するために使用され得る。本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、
および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストはまた、胃潰瘍および十二指
腸潰瘍を処置し、そして粘膜の内層の瘢痕形成ならびにより迅速な腺の粘膜およ
び十二指腸の粘膜の内層の再生による治癒を助けるために使用され得る。炎症性
腸疾患(例えば、クーロン病および潰瘍性大腸結腸炎)は、それぞれ、小腸また
は大腸の粘膜表面の崩壊を生じる疾患である。従って、本発明のポリヌクレオチ
ドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストは
、粘膜表面の再表面化(resulfacing)を促進して、より迅速な治癒
を助けるため、および炎症性腸疾患の進行を予防するために、使用され得る。本
発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニストもし
くはアンタゴニストを用いる処置は、胃腸管全体の粘膜の産生に対して有意な効
果を有することが予測され、そして腸粘膜を、摂取されたかまたは外科手術後の
有害な物質から保護するために使用され得る。本発明のポリヌクレオチドもしく
はポリペプチド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、本発明
のポリヌクレオチドの発現下に関連する疾患を処置するために使用され得る。
【0578】 さらに、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはア
ゴニストもしくはアンタゴニストは、種々の病的状態に起因する肺への損傷を予
防および治癒するために使用され得る。本発明のポリヌクレオチドもしくはポリ
ペプチド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、急性または慢
性の肺損傷を予防または処置するために、増殖および分化を刺激し得、そして肺
胞および気管支(brochiolar)上皮の修復を促進し得る。例えば、気
管支上皮および肺胞(aveoli)の壊死を生じる、気腫(これは、肺胞の進
行性の損失を生じる)および吸入損傷(すなわち、煙の吸入および熱傷から生じ
る)は、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴ
ニストまたはアンタゴニストを使用して効果的に処置、予防および/または診断
され得る。また、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/ま
たはアゴニストもしくはアンタゴニストは、肺胞上皮細胞II型の増殖および分
化を刺激するために使用され得、これは、未熟な乳児における硝子膜疾患(例え
ば、乳児呼吸窮迫症候群および気管支肺異形成症)のような疾患を処置または予
防することを助け得る。
【0579】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストは、肝実質細胞の増殖および分化を刺激し得、そして従
って、肝臓疾患および病状(例えば、肝硬変により生じる劇症肝不全、肝炎ウイ
ルスおよび毒性物質(すなわち、アセトアミノフェン、四塩化炭素(carbo
n tetraholoride)、および他の当該分野で公知の肝臓毒素)に
より生じる肝臓損傷)を緩和または処置するために使用され得る。
【0580】 さらに、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはア
ゴニストもしくはアンタゴニストは、真性糖尿病の発症を処置または予防するた
めに使用され得る。新たにI型糖尿病およびII型糖尿病と診断された患者にお
いて、いくつかの島細胞機能が残っている場合、本発明のポリヌクレオチドもし
くはポリペプチド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、その
疾患の持続性の発現を緩和、遅延または予防するように、その島機能を維持する
ために使用され得る。また、本発明のポリヌクレオチドもしくポリペプチド、お
よび/またはアゴニストまたはアンタゴニストは、島細胞機能を改善または促進
するための島細胞移植における補助として使用され得る。
【0581】 (神経学的疾患) 本発明の組成物(例えば、ポリペプチド、ポリヌクレオチドおよび/またはア
ゴニストもしくはアンタゴニスト)を用いて処置、予防および/または診断され
得る神経系の疾患、障害および/または状態には、軸索の切断、ニューロンの減
少もしくは変性、または脱髄のいずれかを引き起こす、神経系損傷および、疾患
または障害が挙げられるが、これらに限定されない。本発明に従って、患者(ヒ
ト患者および非ヒト哺乳動物患者を含む)において処置、予防および/または診
断され得る神経系病変には、以下、または中枢神経系(脊髄、脳を含む)もしく
は末梢神経系のいずれかの病変が挙げられるが、これらに限定されない:(1)
虚血病変(ここで、神経系の一部における酸素不足により、ニューロンの損傷ま
たは死が生じ、これには大脳梗塞もしくは虚血、または脊髄梗塞もしくは虚血が
挙げられる);(2)外傷病変(身体的損傷により生じるかまたは手術に関連す
る病変、例えば、神経系の一部分を切断する病変、または圧縮損傷を含む);(
3)悪性病変(ここで、神経系の一部分は、神経系関連悪性疾患もしくは非神経
系組織由来の悪性疾患のいずれかである悪性組織により破壊または損傷される)
;(4)感染性病変(ここで、神経系の一部分は、例えば、膿瘍による感染の結
果として、破壊または損傷されるか、あるいはヒト免疫不全ウイルス、帯状ヘル
ペスもしくは単純ヘルペスウイルスによる感染と関連するか、ライム病、結核、
梅毒に関連する);(5)変性病変(ここで、神経系の一部分は、変性プロセス
の結果として破壊または損傷され、これには、パーキンソン病、アルツハイマー
病、ハンティングトン病または筋萎縮性側索硬化症(ALS)に関連する変性が
挙げられるが、これらに限定されない);(6)栄養性の疾患、障害および/ま
たは状態に関連する病変(ここで、神経系の一部分は、栄養障害または代謝障害
によって破壊または損傷され、これには、ビタミンB12欠乏症、葉酸欠乏症、
ヴェルニッケ病、タバコ−アルコール弱視、マルキアファーヴァ−ビニャーミ病
(脳梁の一次変性)およびアルコール小脳変性が挙げられるが、これらに限定さ
れない);(7)全身性疾患に関連する神経性病変(糖尿病(糖尿病性ニューロ
パシー、ベル麻痺)、全身性エリテマトーデス、癌または類肉腫症が挙げられる
が、これらに限定されない);(8)毒性物質(アルコール、鉛または特定の神
経毒を含む)により生じる病変;ならびに(9)脱髄性病変(ここで、神経系の
一部分は、脱髄性執権によって破壊または損傷され、これには、多発性硬化症、
ヒト免疫不全ウイルス関連脊髄障害、横断脊髄障害または種々の病因、進行性多
病巣性白質脳障害、および橋中央ミエリン溶解が挙げられるが、これらに限定さ
れない)。
【0582】 好ましい実施形態において、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド、また
はアゴニストもしくはアンタゴニストは、大脳底酸素症の損傷効果から神経細胞
を保護するために用いられる。この実施形態によると、本発明の組成物は、大脳
底酸素症に関連する神経細胞損傷を処置、予防および/または診断するために用
いられる。この実施形態の1つの局面において、本発明のポリペプチド、ポリヌ
クレオチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、大脳虚血と関連する
神経細胞損傷を処置、予防および/または診断するために用いられる。この実施
形態の別の局面において、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド、またはア
ゴニストもしくはアンタゴニストは、大脳梗塞に関連する神経細胞損傷を処置、
予防および/または診断するために用いられる。この実施形態の別の局面におい
て本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド、またはアゴニストもしくはアンタ
ゴニストは、発作に関連する神経細胞損傷を処置、予防および/または診断もし
くは予防するために用いられる。この実施形態のさらなる局面において、本発明
のポリペプチド、ポリヌクレオチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニスト
は、心臓発作に関連する神経細胞損傷を処置、予防および/または診断するため
に用いられる。
【0583】 神経系障害を処置または予防するのに有用な本発明の組成物は、ニューロンの
生存または分化の促進における生物学的活性について試験することによって、選
択され得る。例えば、制限する目的ではないが、以下の効果のいずれかを誘発す
る本発明の組成物は、本発明によると有用であり得る:(1)培地におけるニュ
ーロンの生存時間の上昇;(2)培地またはインビボにおけるニューロンの出芽
の増加;(3)培地またはインビボにおけるニューロン関連分子(例えば、運動
ニューロンに関して、コリンアセチルトランスフェラーゼまたはアセチルコリン
ステラーゼ)の産生の増加;あるいは(4)インビボにおけるニューロン機能障
害の症状軽減。このような効果は、当該分野で公知の任意の方法によって測定さ
れ得る。好ましくは、非制限的な実施形態において、ニューロンの増加した生存
時間は、本明細書中に記載される方法、またはそうでなければ当該分野で公知の
方法(例えば、Arakawaら(J.Neurosci.10:3507〜3
515(1990))に記載される方法)を使用して慣用的に測定され得;ニュ
ーロンの増加した出芽は、当該分野で公知の方法(例えば、Pestronkら
(Exp.Neurol.70:65〜82(1980))またはBrownら
(Ann.Rev.Neurosci.4:17〜42(1981))に記載さ
れる方法)によって検出され得;ニューロン関連分子の産生の増加は、当該分野
で公知の技術を使用し、測定されるべき分子に依存してバイオアッセイ、酵素ア
ッセイ、抗体結合、ノーザンブロットアッセイなどによって、測定され得;そし
て運動ニューロンの機能障害は、運動ニューロン障害の物理的発現(例えば、弱
さ、運動ニューロンの伝導速度、または機能障害)を評価することによって、測
定され得る。
【0584】 特定の実施形態において、本発明に従って処置、予防および/または診断され
得る運動ニューロンの疾患、障害および/または状態には、運動ニューロンおよ
び神経系の他の成分に影響を与え得る疾患、障害および/または状態(例えば、
梗塞、感染、毒素への暴露、外傷、外科的損傷、変性疾患、または悪性疾患)、
ならびにニューロンに選択的に影響する疾患、障害および/または状態(例えば
、筋萎縮性側索硬化症)が挙げられるが、これらに限定されず、そしてこれには
、進行性脊髄性筋萎縮症、進行性球延髄麻痺、原発性側索硬化症、小児筋萎縮お
よび若年性筋萎縮、小児期の進行性球麻痺(ファチオ−ロンデ病)、ポリオおよ
びポリオ後症状、ならびに遺伝性運動感覚性神経障害(シャルコー−マリー−ト
ゥース病)が挙げられるが、これらに限定されない。
【0585】 (感染性疾患) 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストは、感染因子を処置、予防および/または診断するため
に用いられ得る。例えば、免疫応答を上昇させることによって、特にB細胞およ
び/またはT細胞の増殖および分化を増加させることによって、感染性疾患が処
置、予防および/または診断され得る。免疫応答は、既存の免疫応答を上昇させ
るか、または新たな免疫応答を開始させるかのいずれかにより上昇され得る。あ
るいは、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴ
ニストもしくはアンタゴニストはまた、必ずしも免疫応答を誘発することなく、
感染因子を直接阻害し得る。
【0586】 ウイルスは、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/また
はアゴニストもしくはアンタゴニストにより処置、予防および/または診断され
得る疾患または症状を引き起こし得る感染因子の一例である。ウイルスの例とし
ては、以下のDNAおよびRNAのウイルスおよびウイルス科が挙げられるがこ
れらに限定されない:アルボウイルス、アデノウイルス科、アレナウイルス科、
アルテリウイルス、ビルナウイルス科、ブンヤウイルス科、カルシウイルス科、
サルコウイルス科(Circoviridae)、コロナウイルス科、デング熱
、EBV、HIV、フラビウイルス科、ヘパドナウイルス科(肝炎)、ヘルペス
ウイルス科(例えば、サイトメガロウイルス、単純ヘルペス、ヘルペス帯状疱疹
)、モノネガウイルス(Mononegavirus)(例えば、パラミクソウ
イルス科、麻疹ウイルス、ラブドウイルス科)、オルソミクソウイルス科(例え
ば、インフルエンザA、インフルエンザB、およびパラインフルエンザ)、パピ
ローマウイルス、パポバウイルス科、パルボウイルス科、ピコルナウイルス科、
ポックスウイルス科(例えば、痘瘡またはワクシニア)、レオウイルス科(例え
ば、ロタウイルス)、レトロウイルス科(HTLV−I、HTLV−II、レン
チウイルス)、およびトガウイルス科(例えば、ルビウイルス属)。これらの科
内に入るウイルスは、以下を含むがこれらに限定されない種々の疾患または症状
を引き起こし得る:関節炎、細気管支炎(bronchiollitis)、呼
吸性シンシチウムウイルス、脳炎、眼性感染症(例えば、結膜炎、角膜炎)、慢
性疲労症候群、肝炎(A型、B型、C型、E型、慢性活動性、デルタ)、日本脳
炎B型、アルゼンチン出血熱、チングニア、リフトバレー熱、黄熱病、髄膜炎、
日和見感染症(例えば、AIDS)、肺炎、バーキットリンパ腫、水痘、出血熱
、麻疹、流行性耳下腺炎、パラインフルエンザ、狂犬病、感冒、ポリオ、白血病
、風疹、性感染症、皮膚病(例えば、カポージ、いぼ)、およびウイルス血症。
本発明のポリペプチドもしくはポリヌクレオチド、またはアゴニストもしくはア
ンタゴニストを用いて、任意のこれらの症状または疾患が処置、予防および/ま
たは診断され得る。特定の実施形態において、本発明のポリヌクレオチド、ポリ
ペプチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、以下の処置、予防およ
び/または診断に使用される:髄膜炎、デング熱、EBV、および/または肝炎
(例えば、B型肝炎)。さらなる具体的な実施形態において、本発明のポリヌク
レオチド、ポリペプチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、1以上
の他の市販の肝炎ワクチンに非応答性の患者を処置するために使用される。さら
に具体的な実施形態において、本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド、また
はアゴニストもしくはアンタゴニストは、AIDSを処置、予防および/または
診断するために使用される。
【0587】 同様に、疾患または症状を引き起こし得、かつ本発明のポリヌクレオチドもし
くはポリペプチド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニストによって
処置、予防および/または診断され得る細菌性因子あるいは真菌性因子は、以下
のグラム陰性およびグラム陽性細菌および細菌科ならびに真菌を含むがこれらに
限定されない:Actinomycetales(例えば、Corynebac
terium、Mycobacterium、Norcardia)、Cryp
tococcus neoformans、Aspergillosis、Ba
cillaceae(例えば、Anthrax、Clostridium)、B
acteroidaceae、Blastomycosis、Bordetel
la、Borrelia(例えば、Borrelia burgdorferi
)、Brucellosis、Candidiasis、Campylobac
ter、Coccidioidomycosis、Cryptococcosi
s、Dermatocycoses、E.coli(例えば、Enteroto
xigenic E.coliおよびEnterohemorrhagic E
.coli)、Enterobacteriaceae(Klebsiella
、Salmonella(例えば、Salmonella typhi、および
Salmonella paratyphi)、Serratia、Yersi
nia)、Erysipelothrix、Helicobacter、Leg
ionellosis、Leptospirosis、Listeria、My
coplasmatales、Mycobacterium leprae、V
ibrio cholerae、Neisseriaceae(例えば、Aci
netobacter、Gonorrhea、Menigococcal)、M
eisseria meningitidis、Pasteurellacea
の感染症(例えば、Actinobacillus、Heamophilus(
例えば、HeamophilusインフルエンザB型)、Pasteurell
a)、Pseudomonas、Rickettsiaceae、Chlamy
diaceae、Syphilis、Shigella spp.、Staph
ylococcal、Meningiococcal、Pneumococca
lならびにStreptococcal(例えば、Streptococcus
pneumoniaeおよびB群Streptococcus)。これらの細
菌または真菌の科は、以下を含むがこれらに限定されない疾患または症状を引き
起こし得る:菌血症、心内膜炎、眼感染症(結膜炎、結核、ブドウ膜炎)、歯肉
炎、日和見感染症(例えば、AIDSに関連した感染症)、爪周囲炎、プロテー
ゼ関連感染症、ライター病、気道感染症(例えば、百日咳または蓄膿症)、敗血
症、ライム病、ネコ引っ掻き病、赤痢、パラチフス熱、食中毒、腸チフス、肺炎
、淋病、髄膜炎(例えば、髄膜炎A型およびB型)、クラミジア、梅毒、ジフテ
リア、ライ病、パラ結核、結核、狼瘡、ボツリヌス中毒、壊疽、破傷風、膿痂疹
、リウマチ熱、猩紅熱、性感染病、皮膚病(例えば、蜂巣炎、皮膚真菌症(de
rmatocycoses))、毒血症、尿路感染症、創傷感染症。本発明のポ
リペプチドもしくはポリヌクレオチド、アゴニストもしくはアンタゴニストを用
いて、任意のこれらの症状もしくは疾患を処置、予防および/または診断し得る
。特定の実施形態において、本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド、アゴニ
ストまたはアンタゴニストは、以下を処置、予防および/または診断するために
使用される:破傷風、ジフテリア、ボツリヅム、および/またはB型髄膜炎。
【0588】 さらに、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはア
ゴニストもしくはアンタゴニストにより処置、予防および/または診断され得る
、寄生生物性因子が引き起こす疾患または症状としては以下のファミリーまたは
クラスが挙げられるがこれらに限定されない:アメーバ症、バベシア症、コクシ
ジウム症、クリプトスポリジウム症、二核アメーバ症(Dientamoebi
asis)、交疫、外部寄生生物性、ジアルジア鞭毛虫症、蠕虫症、リーシュマ
ニア症、タイレリア症、トキソプラスマ症、トリパノソーマ症、およびトリコモ
ナス(Trichomonas)症、ならびに胞子虫症(Sporozoan)
(例えば、Plasmodium virax、Plasmodium fal
ciparium、Plasmodium malariaeおよびPlasm
odium ovale)。これらの寄生生物は、以下を含むがこれらに限定さ
れない種々の疾患または症状を引き起こし得る:疥癬、ツツガムシ病、眼性感染
症、腸疾患(例えば、赤痢、ジアルジア鞭毛虫症)、肝臓疾患、肺疾患、日和見
感染症(例えば、AIDS関連)、マラリア、妊娠合併症、およびトキソプラス
マ症。本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはアゴニストもし
くはアンタゴニストを用いて、任意のこれらの症状または疾患を処置、予防およ
び/または診断し得る。特定の実施形態において、本発明のポリヌクレオチド、
ポリペプチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、マラリアを処置、
予防および/または診断するために使用される。
【0589】 好ましくは、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/また
はアゴニストもしくはアンタゴニストは、患者に有効量のポリペプチドを投与す
るか、または患者から細胞を取り出して、本発明のポリヌクレオチドをこの細胞
に供給し、そして操作した細胞を患者に戻す(エキソビボ治療)かのいずれかに
よるものであり得る。さらに、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドは
ワクチン中の抗原として用いられて、感染性疾患に対する免疫応答を惹起し得る
【0590】 (再生) 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴニスト
もしくはアンタゴニストを用いて、細胞を分化させ、増殖させ、そして誘引して
、組織の再生を導き得る(Science 276:59−87(1997)を
参照のこと)。組織の再生を用いて、先天性欠損、外傷(創傷、熱傷、切開、ま
たは潰瘍)、加齢、疾患(例えば、骨粗鬆症、変形性関節炎(osteocar
thritis)、歯周病、肝不全)、美容形成手術を含む手術、線維症、再灌
流傷害、もしくは全身性サイトカイン損傷により損傷を受けた組織を修復、置換
、または保護し得る。
【0591】 本発明を用いて再生し得る組織としては、以下が挙げられる:器官(例えば、
膵臓、肝臓、腸、腎臓、皮膚、内皮)、筋肉(平滑筋、骨格筋、または心筋)、
血管系(血管およびリンパ管を含む)、神経、造血、および骨格(骨、軟骨、腱
、および靭帯)の組織。好ましくは、再生は、瘢痕なく、または瘢痕が低減され
て生じる。再生はまた、新脈管形成を含み得る。
【0592】 さらに、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはア
ゴニストもしくはアンタゴニストは、治癒するのが困難な組織の再生を増加させ
得る。例えば、腱/靭帯の再生を増大させることによって、損傷後の回復時間が
早まる。本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、および/またはアゴ
ニストもしくはアンタゴニストはまた、損傷を回避する試みにおいて予防的に使
用され得る。処置、予防および/または診断され得る特定の疾患は、腱炎、手根
管症候群、および他の腱欠損または靭帯欠損を含む。非治癒創傷の組織再生のさ
らなる例としては、褥瘡性潰瘍、脈管不全、外科的創傷、および外傷性創傷に関
連する潰瘍が挙げられる。
【0593】 同様に、神経および脳組織はまた、神経細胞を増殖および分化させるために本
発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチドおよび/またはアゴニストもしく
はアンタゴニストを使用することによって再生され得る。本方法を用いて処置、
予防および/または診断され得る疾患としては、中枢神経系疾患および末梢神経
系疾患、神経障害、または機械的および外傷性の疾患、障害および/または状態
(例えば、脊髄障害、頭部外傷、脳血管疾患、および発作(stoke))が挙
げられる。詳細には、末梢神経傷害と関連する疾患、末梢神経障害(例えば、化
学療法または他の医学的療法から生じる)、局在神経障害、および中枢神経系疾
患(例えば、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、筋萎縮性側
索硬化症、およびシャイ−ドレーガー症候群)はすべて、本発明のポリヌクレオ
チドもしくはポリペプチドおよび/またはアゴニストもしくはアンタゴニストを
用いて処置、予防および/または診断され得る。
【0594】 (走化性) 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチドおよび/またはアゴニストも
しくはアンタゴニストは、走化性活性を有し得る。走化性分子は、細胞(例えば
、単球、線維芽細胞、好中球、T細胞、肥満細胞、好酸球、上皮細胞および/ま
たは内皮細胞)を、身体中の特定の部位(例えば、炎症、感染、または過剰増殖
の部位)に誘引または動員する。次いで、動員された細胞は、特定の外傷または
異常性を撃退および/または治癒し得る。
【0595】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチドおよび/またはアゴニストも
しくはアンタゴニストは、特定の細胞の走化性活性を増大し得る。次いで、これ
らの走化性分子を使用して、身体中の特定の位置に標的化した細胞の数を増加さ
せることによって、炎症、感染、過剰増殖性の疾患、障害および/もしくは状態
、または任意の免疫系障害を処置、予防および/または診断し得る。例えば、走
化性分子を使用して、傷害を受けた位置に免疫細胞を誘引することによって、組
織に対する創傷および他の外傷を処置、予防および/または診断し得る。本発明
の走化性分子はまた、線維芽細胞を誘引し得、これは創傷を処置、予防および/
または診断するために使用され得る。
【0596】 本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチドおよび/またはアゴニストも
しくはアンタゴニストが走化性活性を阻害し得ることもまた意図される。これら
の分子はまた、疾患、障害および/または状態を処置、予防および/または診断
するために使用され得る。従って、本発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チドおよび/またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、走化性のインヒビタ
ーとして使用され得る。
【0597】 (結合活性) 本発明のポリペプチドは、このポリペプチドに結合する分子、またはこのポリ
ペプチドが結合する分子についてスクリーニングするために使用され得る。この
ポリペプチドとこの分子との結合は、結合したポリペプチドまたは分子の活性を
活性化(アゴニスト)、増大、阻害(アンタゴニスト)、または減少させ得る。
そのような分子の例としては、抗体、オリゴヌクレオチド、タンパク質(例えば
、レセプター)、または低分子が挙げられる。
【0598】 好ましくは、この分子は、このポリペプチドの天然のリガンド(例えば、リガ
ンドのフラグメント)、または天然の基質、リガンド、構造的模倣物、もしくは
機能的模倣物に密接に関連する(Coliganら、Current Prot
ocols in Immunology 1(2):第5章(1991)を参
照のこと)。同様に、この分子は、このポリペプチドが結合する天然のレセプタ
ー、または少なくとも、このポリペプチドによって結合され得るレセプターのフ
ラグメント(例えば、活性部位)に密接に関連し得る。いずれの場合においても
、この分子は、公知の技術を用いて合理的に設計され得る。
【0599】 好ましくは、これらの分子についてのスクリーニングは、分泌タンパク質とし
てかまたは細胞膜上のいずれかでこのポリペプチドを発現する適切な細胞を産生
する工程を包含する。好ましい細胞としては、哺乳動物、酵母、Drosoph
ila、またはE.coli由来の細胞が挙げられる。次いで、このポリペプチ
ドを発現する細胞(または、発現されたポリペプチドを含む細胞膜)を、好まし
くは、このポリペプチドまたはこの分子のいずれかの結合、活性の刺激、または
活性の阻害を観察するための分子を潜在的に含む試験化合物と接触させる。
【0600】 アッセイは、このポリペプチドへの候補化合物の結合を単純に試験し得、ここ
で結合は、標識によって、または標識された競合物との競合に関するアッセイに
おいて検出される。さらに、アッセイは、候補化合物がこのポリペプチドへの結
合によって生成されるシグナルを生じるか否かを試験し得る。
【0601】 あるいは、アッセイは、無細胞調製物、固体支持体に接着されたポリペプチド
/分子、化学ライブラリー、または天然産物の混合物を用いて実施され得る。ア
ッセイはまた、候補化合物を、ポリペプチドを含む溶液と混合する工程、ポリペ
プチド/分子の活性または結合を測定する工程、およびポリペプチド/分子の活
性または結合を、標準と比較する工程を単純に包含し得る。
【0602】 好ましくは、ELISAアッセイは、モノクローナル抗体またはポリクローナ
ル抗体を用いて、サンプル(例えば、生物学的サンプル)におけるポリペプチド
のレベルまたは活性を測定し得る。抗体は、ポリペプチドへの直接的もしくは間
接的のいずれかの結合、または基質についてのポリペプチドとの競合によって、
ポリペプチドのレベルまたは活性を測定し得る。
【0603】 さらに、本発明のポリペプチドが結合するレセプターは、当業者に公知の多く
の方法(例えば、リガンドパニングおよびFACSソーティング(Coliga
nら、Current Protocols in Immun.,1(2)、
第5章(1991))によって同定され得る。例えば、発現クローニングは、ポ
リアデニル化RNAがこのポリペプチドに応答する細胞から調製される場合に用
いられ、例えば、NIH3T3細胞(これは、FGFファミリータンパク質に対
する複数のレセプターを含むことが公知である)、およびSC−3細胞、および
このRNAから作製されたcDNAライブラリーは、プールに分けられ、そして
このポリペプチドに応答性でないCOS細胞または他の細胞をトランスフェクト
するために使用される。ガラススライド上で増殖しているトランスフェクトされ
た細胞は、それらを標識化した後に、本発明のポリペプチドに曝露される。この
ポリペプチドは、種々の手段(部位特異的プロテインキナーゼに対する認識部位
のヨウ素化または封入を含む)によって標識化され得る。
【0604】 固定化およびインキュベーション後、スライドは、オートラジオグラフィー分
析に供される。陽性プールを同定し、そしてサブプールを、反復性のサププール
化および再スクリーニングプロセスを使用して調製および再びトランスフェクト
して、最終的に推定レセプターをコードする単一のクローンを生じる。
【0605】 レセプター同定のための代替のアプローチとして、標識ポリペプチドは、レセ
プター分子を発現する調製物を、細胞膜と光親和性に連結し得るか、または抽出
し得る。架橋された材料は、PAGE分析によって分離され、そしてX線フィル
ムに曝露される。ポリペプチドのレセプターを含む標識複合体が切り出され得、
ペプチドフラグメントへと分離され得、そしてタンパク質微量配列決定に供され
得る。微量配列決定から得られるアミノ酸配列を使用して、1組の縮重オリゴヌ
クレオチドプローブを設計してcDNAライブラリーをスクリーニングし、推定
レセプターをコードする遺伝子を同定する。
【0606】 さらに、遺伝子シャッフリング、モチーフシャッフリング、エキソンシャッフ
リング、および/またはコドンシャッフリングの技術(集合的に「DNAシャッ
フリング」という)を利用して、本発明のポリペプチドの活性を調節し得、それ
によって本発明のポリペプチドのアゴニストおよびアンタゴニストを効果的に生
成する。一般に、米国特許第5,605,793号、同第5,811,238号
、同第5,830,721号、同第5,834,252号、および同第5,83
7,458号、ならびにPatten,P.A.ら、Curr.Opinion
Biotechnol.8:724〜33(1997);Harayama,
S.Trends Biotechnol.16(2):76〜82(1998
);Hansson,L.O.ら、J.Mol.Biol.287:265〜7
6(1999);ならびにLorenzo,M.M.およびBlasco,R.
Biotechniques 24(2):308〜13(1998)(これら
の特許および刊行物の各々は、本明細書において参考として援用される)を参照
のこと。1つの実施態様において、本発明のポリヌクレオチドおよび対応するポ
リペプチドの変更は、DNAシャッフリングによって達成され得る。DNAシャ
ッフリングは、相同組換えまたは部位特異的な組換えによる、2つ以上のDNA
セグメントの、本発明の分子の所望のポリヌクレオチド配列への構築を含む。別
の実施態様において、本発明のポリヌクレオチドおよび対応するポリペプチドは
、組換えの前に、誤りがちな(error−prone)PCR、ランダムヌク
レオチド挿入または他の方法によるランダム変異誘発に供することによって、変
更され得る。別の実施態様において、本発明のポリペプチドの1つ以上の成分、
モチーフ、切片、部分、ドメイン、フラグメントなどは、1つ以上の異種分子の
1つ以上の成分、モチーフ、切片、部分、ドメイン、フラグメントなどと組換え
られ得る。好ましい実施態様において、この異種分子は、ファミリーのメンバー
である。さらに好ましい実施態様において、この異種分子は、例えば、血小板由
来増殖因子(PDGF)、インスリン様増殖因子(IGF−I)、トランスホー
ミング増殖因子(TGF)−α、表皮増殖因子(EGF)、線維芽細胞増殖因子
(FGF)、TGF−β、骨形成タンパク質(BMP)−2、BMP−4、BM
P−5、BMP−6、BMP−7、アクチビンAおよびアクチビンB、デカペン
タプレジック(decapentaplegic)(dpp)、60A、OP−
2、ドーサリン(dorsalin)、増殖分化因子(GDF)、結節(nod
al)、MIS、インヒビン−α、TGF−β1、TGF−β2、TGF−β3
、TGF−β5、および神経膠由来神経栄養因子(GDNF)のような増殖因子
である。
【0607】 他の好ましいフラグメントは、本発明のポリペプチドの生物学的に活性なフラ
グメントである。生物学的に活性なフラグメントは、このポリぺプチドの活性に
類似の活性を示すが、必ずしも同一ではないフラグメントである。このフラグメ
ントの生物学的活性は、改善された所望の活性、または減少した所望されない活
性を含み得る。
【0608】 さらに、本発明は、本発明のポリペプチドの作用を調節する化合物を同定する
ために化合物をスクリーニングする方法を提供する。このようなアッセイの例は
、哺乳動物線維芽細胞、本発明のポリペプチド、スクリーニングされるべき化合
物および3[H]チミジンを、線維芽細胞が通常増殖する細胞培養条件下で合わ
せる工程を包含する。コントロールアッセイは、スクリーニングされるべき化合
物の非存在下で実施され得、そしてこの化合物の存在下での線維芽細胞の増殖の
量と比較して、各々の場合における3[H]チミジンの取り込みの決定によって
、この化合物が増殖を刺激するか否かを決定し得る。線維芽細胞の増殖の量は、 3 [H]チミジンの取り込みを測定する液体シンチレーションクロマトグラフィ
ーによって測定される。アゴニスト化合物およびアンタゴニスト化合物の両方が
、この手順により同定され得る。
【0609】 別の方法において、本発明のポリペプチドに対するレセプターを発現する哺乳
動物細胞または膜調製物は、この化合物の存在下において標識化した本発明のポ
リペプチドとともにインキュベートされる。次いで、この化合物がこの相互作用
を増強またはブロックする能力が、測定され得る。あるいは、スクリーニングさ
れるべき化合物の相互作用に従う既知のセカンドメッセンジャー系の応答および
レセプターが測定され、そしてこの化合物がこのレセプターに結合し、そしてセ
カンドメッセンジャー応答を誘発する能力を測定して、この化合物が潜在的なア
ゴニストまたはアンタゴニストであるか否かを決定する。このようなセカンドメ
ッセンジャー系には、cAMPグアニル酸シクラーゼ、イオンチャネルまたはホ
スホイノシチド加水分解が挙げられるが、これらに限定されない。
【0610】 これらの上記のアッセイの全ては、診断マーカーまたは予後マーカーとして使
用され得る。これらのアッセイを用いて発見される分子は、ポリペプチド/分子
を活性化または阻害することによって、疾患を処置、予防および/または診断す
るか、あるいは患者に特定の結果(例えば、血管増殖)をもたらすために使用さ
れ得る。さらに、アッセイは、適切に操作された細胞または組織からの本発明の
ポリペプチドの産生を阻害または増強し得る因子を発見し得る。従って、本発明
は、以下の工程を含む本発明のポリペプチドに結合する化合物を同定する方法を
包含する:(a)候補結合化合物を本発明のポリペプチドとともにインキュベー
トする工程;および(b)結合が生じたか否かを決定する工程。さらに、本発明
は、以下の工程を含むアゴニスト/アンタゴニストを同定する方法を包含する:
(a)候補化合物を本発明のポリペプチドとともにインキュベートする工程、(
b)生物学的活性をアッセイする工程、および(b)ポリペプチドの生物学的活
性が改変されているか否かを決定する工程。
【0611】 また、タンパク質のポリペプチド配列に含まれるβプリーツシート領域を使用
することによって、実験的に本発明のポリペプチドを結合する分子を同定し得る
。従って、本発明の特定の実施形態は、開示されたポリペプチド配列中の各々の
βプリーツシート領域のアミノ酸配列を含むか、あるいは開示されたポリペプチ
ド配列中の各々のβプリーツシート領域のアミノ酸配列からなる、ポリペプチド
をコードするポリヌクレオチドに関する。本発明のさらなる実施形態は、本発明
のポリペプチド配列中に含まれる任意の組合せもしくは全てを含むか、または本
発明のポリペプチド配列中に含まれる任意の組合せまたは全てからなる、ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドに関する。本発明のさらなる好ましい実施
形態は、本発明のポリペプチド配列の1つにおけるβプリーツシート領域の各々
のアミノ酸配列を含むか、あるいは本発明のポリペプチド配列の1つにおけるβ
プリーツシート領域の各々のアミノ酸配列からなる、ポリペプチドに関する。本
発明のさらなる実施形態は、本発明のポリペプチド配列の1つにおけるβプリー
ツシート領域の任意の組合せもしくは全てを含むか、または本発明のポリペプチ
ド配列の1つにおけるβプリーツシート領域の任意の組合せもしくは全てからな
る、ポリペプチドに関する。
【0612】 (標的化された送達) 別の実施形態において、本発明は、組成物を、本発明のポリペプチドについて
のレセプターを発現する標的化細胞、または本発明のポリペプチドの細胞結合形
態を発現する細胞に送達する方法を提供する。
【0613】 本明細書中で議論される場合、本発明のポリペプチドまたは抗体は、異種ポリ
ペプチド、異種核酸、毒素またはプロドラッグと、疎水性、親水性、イオン性お
よび/または共有結合性の相互作用を介して会合し得る。1つの実施形態におい
て、本発明は、異種ポリペプチドまたは核酸と会合した本発明のポリペプチド(
抗体を含む)を投与することによる、本発明の組成物の細胞への特異的な送達の
ための方法を提供する。1つの例において、本発明は、治療タンパク質を標的化
細胞中へ送達するための方法を提供する。別の例において、本発明は、一本鎖核
酸(例えば、アンチセンスまたはリボザイム)あるいは二本鎖核酸(例えば、細
胞のゲノムに組み込まれ得るか、またはエピソームにて複製し得、そして転写さ
れ得る、DNA)を、標的化細胞に送達するための方法を提供する。
【0614】 別の実施形態において、本発明は、毒素または細胞傷害性プロドラッグと会合
した本発明のポリペプチド(例えば、本発明のポリペプチドまたは本発明の抗体
)を投与することによる細胞の特異的破壊(例えば、腫瘍細胞の破壊)のための
方法を提供する。
【0615】 「毒素」とは、内因性の細胞傷害性エフェクター系、放射性同位体、ホロ毒素
(holotoxin)、改変型毒素、毒素の触媒サブユニット、または規定の
条件下で細胞死を引き起こす細胞中もしくは細胞表面には通常存在しない任意の
分子もしくは酵素を、結合および活性化する化合物を意味する。本発明の方法に
従って使用され得る毒素としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない
:当該分野で公知の放射性同位体、固有のまたは誘導された内因性の細胞傷害性
エフェクター系を結合する化合物(例えば、抗体(またはその一部を含む補体固
定)、チミジンキナーゼ、エンドヌクレアーゼ、RNAse、α毒素、リシン、
アブリン、Pseudomonas内毒素A、ジフテリア毒素、サポリン、モモ
ルジン(momordin)、ゲロニン(gelonin)、ヨウシュヤマゴボ
ウ抗ウイルスタンパク質、α−サルシン(sarcin)およびコレラ毒素。「
細胞傷害性プロドラッグ」とは、通常細胞内に存在する酵素によって、細胞傷害
性化合物へと変換される非毒性の化合物を意味する。本発明の方法に従って使用
され得る細胞傷害性プロドラッグとしては、安息香酸マスタードアルキル化剤の
グルタミル誘導体、エトポシドまたはマイトマイシンCのリン酸誘導体、シトシ
ンアラビノシド、ダウノルビシン、およびドキソルビシンのフェノキシアセトア
ミド誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。
【0616】 (薬物スクリーニング) 本発明のポリペプチドの活性を改変する分子についてスクリーニングするため
の、本発明のポリペプチド、またはこれらのポリペプチドをコードするポリヌク
レオチドの使用が、さらに意図される。このような方法は、本発明のポリペプチ
ドを、アンタゴニスト活性またはアゴニスト活性を有することが疑われる選択さ
れた化合物と接触させる工程、および結合に続いてこれらのポリペプチドの活性
をアッセイする工程を包含する。
【0617】 本発明は、種々の薬物スクリーニング技術のいずれかにおいて、本発明のポリ
ペプチド、またはそれらの結合フラグメントを使用することによって治療用化合
物をスクリーニングするために特に有用である。このような試験に用いられるポ
リペプチドまたはフラグメントは、固体支持体に固定化され得、細胞表面上に発
現され得、溶液中で遊離であり得、または細胞内に局在化され得る。薬物スクリ
ーニングの1つの方法は、ポリペプチドまたはフラグメントを発現する組換え核
酸を用いて安定に形質転換される真核生物宿主細胞または原核生物宿主細胞を利
用する。薬物は、競合結合アッセイにおいて、このような形質転換細胞に対して
スクリーニングされる。例えば、試験されている薬剤と本発明のポリペプチドと
の間の複合体の形成(formulaton)を測定し得る。
【0618】 従って、本発明は、本発明のポリペプチドによって媒介される活性に影響を及
ぼす薬物または任意の他の薬剤についてのスクリーニング方法を提供する。これ
らの方法は、当該分野で周知の方法によって、このような薬剤を本発明のポリペ
プチドもしくはそのフラグメントと接触させる工程、およびこの薬剤とこのポリ
ペプチドもしくはそのフラグメントとの間の複合体の存在についてアッセイする
工程を包含する。このような競合結合アッセイにおいて、スクリーニングされる
薬剤は、代表的に、標識化される。インキュベーション後に、遊離の薬剤は、結
合形態中に存在する薬剤から分離され、そして遊離または複合体化されていない
標識の量は、特定の薬剤が本発明のポリペプチドに結合する能力の尺度である。
【0619】 薬物スクリーニングについての別の技術は、本発明のポリペプチドに対する適
切な結合親和性を有する化合物に対するハイスループットスクリーニングを提供
し、そして欧州特許出願84/03564(1984年9月13日公開)(これ
は、本明細書中で参考として援用される)に非常に詳細に記載される。簡潔にい
うと、大量の異なる小さなペプチド試験化合物は、固体基材(例えば、プラスチ
ックピンまたはいくつかの他の表面)上で合成される。ペプチド試験化合物を、
本発明のポリペプチドと反応させ、そして洗浄する。次いで、結合したポリペプ
チドは、当該分野で周知の方法によって検出される。精製されたポリペプチドは
、前述の薬物スクリーニング技術での使用のためにプレート上に直接コーディン
グされる。さらに、非中和抗体を使用して、このペプチドを捕捉し得、そして固
体支持体上にそれを固定し得る。
【0620】 本発明はまた、競合薬物スクリーニングアッセイの使用を意図し、ここで、本
発明のポリペプチドを結合し得る中和抗体は、ポリペプチドまたはそのフラグメ
ントに対する結合について試験化合物と特異的に競合する。この様式において、
抗体を使用して、本発明のポリペプチドと1つ以上の抗原性エピトープを共有す
る任意のペプチドの存在を検出する。
【0621】 (アンチセンスおよびリボザイム(アンタゴニスト)) 特定の実施形態において、本発明に従うアンタゴニストは、配列番号Xに含ま
れる配列またはその相補鎖に対応する核酸および/開示されるクローンに含まれ
るヌクレオチド配列に対応する核酸である。1つの実施形態において、アンチセ
ンス配列は、生物体により内部で生成され、別の実施形態において、アンチセン
ス配列は別々に投与される(例えば、O’Connor,Neurochem.
56:560(1991)を参照のこと)。Oligodeoxynucleo
tides as Antisense Inhibitors of Gen
e Expression,CRC Press,Boca Raton,FL
(1988)。アンチセンス技術を使用して、アンチセンスDNAもしくはRN
Aを通してか、または3重らせんの形成を通して遺伝子発現を制御し得る。アン
チセンス技術は、例えば、Okano,Neurochem.56:560(1
991);Oligodeoxynucleotides as Antise
nse Inhibitors of Gene Expression,CR
C Press,Boca Raton,FL(1988)に考察される。3重
らせん形成は、例えば、Leeら、Nucleic Acids Resear
ch 6:3073(1979);Cooneyら、Science、241:
456(1988);およびDervanら、Science、251:130
0(1991)において考察される。これらの方法は、相補的なDNAまたはR
NAへのポリヌクレオチドの結合に基づく。
【0622】 例えば、非リンパ性白血病細胞株HL−60および他の細胞株の増殖を阻害す
るためのc−mycおよびc−mybアンチセンスRNA構築物の使用は、以前
に記載された(Wickstromら(1988);Anfossiら(198
9))。これらの実験は、細胞をオリゴリボヌクレオチドとインキュベーション
することによってインビトロで行われた。インビボ用途のための類似の手順は、
WO91/15580に記載される。簡単には、所定のアンチセンスRNAにつ
いてのオリゴヌクレオチドの対は、以下のように生成される:オープンリーディ
ングフレームの最初の15塩基に相補的な配列を、5末端のEcoRI部位およ
び3末端のHindIII部位に隣接させる。次に、オリゴヌクレオチドの対は
、90℃で1分間加熱され、次いで2×連結緩衝液(20mM TRIS HC
l pH7.5、10mM MgCl2、10mM ジチオスレイトール(DT
T)および0.2mM ATP)中でアニーリングされ、次いで、レトロウイル
スベクターPMV7のEcoR1/HindIII部位に連結される(WO91
/15580)。
【0623】 例えば、本発明の成熟ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの5’コー
ド部分を使用して、約10〜40塩基対長のアンチセンスRNAオリゴヌクレオ
チドを設計し得る。DNAオリゴヌクレオチドは、転写に関与する遺伝子の領域
に相補的であるように設計され、それにより転写およびレセプターの産生を阻害
する。アンチセンスRNAオリゴヌクレオチドは、インビボでmRNAにハイブ
リダイズし、そしてmRNA分子のレセプターポリペプチドへの翻訳をブロック
する。
【0624】 1つの実施形態において、本発明のアンチセンス核酸は、外来の配列からの転
写により細胞内で産生される。例えば、ベクターまたはその一部が転写され、本
発明のアンチセンス核酸(RNA)を産生する。このようなベクターは、本発明
のアンチセンス核酸をコードする配列を含む。このようなベクターは、それが転
写されて所望のアンチセンスRNAを産生し得る限り、エピソームを保持し得る
か、または染色体に組込まれ得る。このようなベクターは、当該分野において標
準的な組換えDNA技術方法により構築され得る。ベクターは、脊椎動物細胞に
おいて複製および発現のために使用される、当該分野で公知のプラスミド、ウイ
ルスなどであり得る。本発明のポリペプチドをコードする配列またはそのフラグ
メントの発現は、脊椎動物、好ましくはヒト細胞において作用する、当該分野で
公知の任意のプロモーターにより得る。そのようなプロモーターは、誘導性また
は構成性であり得る。このようなプロモーターは、SV40初期プロモーター領
域(BernoistおよびChambon、Nature、29:304−3
10(1981))、ラウス肉腫ウイルスの3’長末端反復に含まれるプロモー
ター(Yamamotoら、Cell、22:787−797(1980))、
ヘルペスチミジンプロモーター(Wagnerら、Proc.Natl.Aca
d.Sci.U.S.A.78:1441−1445(1981))、メタロチ
オネイン遺伝子の調節配列(Brinsterら、Nature、296:39
−42(1982))などが挙げられるが、これらに限定されない。
【0625】 本発明のアンチセンス核酸は、少なくとも目的の遺伝子のRNA転写物の一部
に相補的な配列を含む。しかし、完全に相補的であることは好ましいが、必要で
はない。本明細書中で言及される「少なくともRNAの一部に相補的な」配列は
、RNAとハイブリダイズし得るに十分な相補性を有し、安定な二重鎖を形成す
る配列を意味し;従って、本発明の二本鎖アンチセンス核酸の場合において、二
重鎖DNAの一本鎖が試験され得るか、または三重鎖形成がアッセイされ得る。
ハイブリダイズする能力は、相補性の程度およびアンチセンス核酸の長さの両方
に依存する。一般的に、ハイブリダイズする核酸が長いほど、本発明のRNA配
列とのより多くの塩基ミスマッチを含み得、これは、安定な二重鎖(または三重
鎖の場合もあり得る)を含み得、そしてなお形成し得る。当業者は、ハイブリダ
イズ複合体の融点を決定するために標準的な手順を使用することによりミスマッ
チの許容の程度を確認し得る。
【0626】 メッセージの5’末端に相補的であるオリゴヌクレオチド(例えば、AUG開
始コドンまででかつAUG開始コドンを含む5’非翻訳配列)は、翻訳の阻害の
際に最も効率的に働くべきである。しかし、mRNAの3’非翻訳配列に相補的
な配列は、同様にmRNAの翻訳を阻害する際に有効であることが示された。一
般的に、Wagner,R.、Nature 372:333−335(199
4)を参照のこと。従って、本発明のポリヌクレオチド配列の5’−または3’
−の非翻訳非コード領域のいずれかに相補的なオリゴヌクレオチドは、内因性m
RNAの翻訳を阻害するアンチセンスアプローチに使用され得る。mRNAの5
’非翻訳領域に相補的なオリゴヌクレオチドは、AUG開始コドンの相補物を含
むべきである。mRNAコード領域に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド
は、翻訳のあまり効率的でないインヒビターであるが、本発明に従って使用され
得る。mRNAの5’領域、3’領域またはコード領域にハイブリダイズするよ
うに設計されるか否かにかかわらず、アンチセンス核酸は、少なくとも6ヌクレ
オチド長であるべきであり、そして好ましくは6〜約50ヌクレオチド長にわた
るオリゴヌクレオチドである。特定の局面において、このオリゴヌクレオチドは
、少なくとも10ヌクレオチド、少なくとも17ヌクレオチド、少なくとも25
ヌクレオチドまたは少なくとも50ヌクレオチドである。
【0627】 本発明のポリヌクレオチドは、DNA、もしくはRNA、またはキメラ混合物
、あるいはそれらの誘導体もしくは改変バージョン、一本鎖、または二本鎖であ
り得る。このオリゴヌクレオチドは、塩基部分、糖部分、またはリン酸骨格で改
変されて、例えば、分子の安定性、ハイブリダーゼーションなどを改善し得る。
このオリゴヌクレオチドは、ペプチドのような他の付加基(例えば、インビボに
おいて宿主細胞レセプターを標的化するために)、または細胞膜を通した輸送を
促進する因子(例えば、Letsingerら、Proc.Natl.Acad
.Sci.U.S.A.86:6553−6556(1989);Lemait
reら、Proc.Natl.Acad.Sci.84:648−652(19
87);PCT公開番号WO88/09810(1988年12月15日公開)
を参照のこと)、または血液脳関門(例えば、PCT公開番号WO89/101
34(1988年4月25日公開)を参照のこと)、ハイブリダイゼーション誘
引切断剤(hybridization−triggered cleavag
e agent)(例えば、Krolら、BioTechniques、6:9
58−976(1988)を参照のこと)、またはインターカレート剤(例えば
、Zon,Pharm.Res.5:539−549(1988)を参照のこと
)を含み得る。この目的のために、オリゴヌクレオチドは、別の分子(例えば、
ペプチド、ハイブリダーゼーション誘引架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーショ
ン誘引切断剤など)に結合体化され得る。
【0628】 アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの改変された塩基部分を
含み得、この塩基部分は、以下を含むがそれらに限定されない群から選択される
:5−フルオロウラシル、5−ブロモウラシル、5−クロロウラシル、5−ヨー
ドウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、4−アセチルシトシン、5−(カル
ボキシヒドロキシルメチル)ウラシル、5−カルボキシメチルアミノメチル−2
−チオウリジン、5−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシ
ル、β−D−ガラクトシルキューオシン、イノシン、N6−イソペンテニルアデ
ニン、1−メチルグアニン、1−メチルイノシン、2,2−ジメチルグアニン、
2−メチルアデニン、2−メチルグアニン、3−メチルシトシン、5−メチルシ
トシン、N6−アデニン、7−メチルグアニン、5−メチルアミノメチルウラシ
ル、5−メトキシアミノメチル−2−チオウラシル、β−D−マンノシルキュー
オシン、5’−メトキシカルボキシメチルウラシル、5−メトキシウラシル、2
−メチルチオ−N6−イソペンテニルアデニン、ウラシル−5−オキシ酢酸(v
)、ワイブトキソシン(wybutoxosine)、プソイドウラシル、キュ
ーオシン、2−チオシトシン、5−メチル−2−チオウラシル、2−チオウラシ
ル、4−チオウラシル、5−メチルウラシル、ウラシル−5−オキシ酢酸メチル
エステル、ウラシル−5−オキシ酢酸(v)、5−メチル−2−チオウラシル、
3−(3−アミノ−3−N−2−カルボキシプロピル)ウラシル、(acp3)
w、および2,6−ジアミノプリン。
【0629】 アンチセンスオリゴヌクレオチドはまた、以下を含むがそれらに限定されない
群から選択される少なくとも1つの改変された糖部分を含み得る:アラビノース
、2−フルオロアラビノース、キシルロース、およびヘキソース。
【0630】 さらなる別の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下を
含むがそれらに限定されない群から選択される少なくとも1つの改変されたリン
酸骨格を含む:ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロアミドチ
オエート、ホスホロアミデート(phosphoramidate)、ホスホロ
ジアミデート、メチルホスホネート、アルキルホスホトリエステル、およびホル
ムアセタール(formacetal)またはそれらのアナログ。
【0631】 さらに別の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、a−アノ
マーオリゴヌクレオチドである。a−アノマーオリゴヌクレオチドは、相補的な
RNAと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成し、通常のb−ユニットとは反対に
、その鎖は互いに平行にする(Gautierら、Nucl.Acids Re
s.、15:6625−6641(1987))。このオリゴヌクレオチドは、
2−0−メチルリボヌクレオチドであるか(Inoueら、Nucl.Acid
s Res.、15:6131−6148(1987))、またはキメラRNA
−DNAアナログである(Inoueら、FEBS Lett.215:327
−330(1987))。
【0632】 本発明のポリヌクレオチドは当該分野で公知の標準的な方法(例えば、自動D
NA合成機により(このような装置はBiosearch,Applied B
iosystemsなどから市販されている)の使用により)合成され得る。例
えば、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、Steinらの方法(Nuc
l.Acids Res.、16:3209(1988))により合成され得、
メチルホスホネートオリゴヌクレオチドは、コントロールドポアガラス(con
trolled pore glass)ポリマー支持体(Sarinら、Pr
oc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.、85:7448−7451
(1988))などの使用により調製され得る。
【0633】 一方、本発明のコード領域配列に相補的なアンチセンスヌクレオチドが、使用
され得、転写された非翻訳領域に相補的なアンチセンスヌクレオチドが最も好ま
しい。
【0634】 本発明による潜在的なアンタゴニストはまた、触媒RNA、すなわちリボザイ
ムを含む(例えば、PCT国際公開WO90/11364、1990年10月4
日公開;Sarverら、Science、247:1222−1225(19
90)を参照のこと)。一方、部位特異的認識配列でmRNAを切断するリボザ
イムを使用して、本発明のポリヌクレオチドに対応するmRNAを破壊し得るが
、ハンマーヘッド型リボザイムの使用が好ましい。ハンマーヘッド型リボザイム
は、標的mRNAと相補的な塩基対を形成する隣接領域により決定される位置で
、mRNAを切断する。たった1つの必要条件は、標的mRNAが以下の2つの
塩基配列を有することである:5’−UG−3’。ハンマーヘッド型リボザイム
の構築および生成は当該分野で周知であり、そしてHaseloffおよびGe
rlach、Nature、334:585−591(1988)により十分に
記載される。配列表に開示された各ヌクレオチド配列内に多くの潜在的なハンマ
ーヘッド型リボザイム切断部位が存在する。好ましくは、このリボザイムは、切
断認識部位が本発明のポリヌクレオチドに対応するmRNAの5’末端付近に位
置するように;すなわち、効率を増大し、そして非機能的mRNA転写物の細胞
内蓄積を最小化するように、操作される。
【0635】 アンチセンスアプローチの場合、本発明のリボザイムは、改変されたオリゴヌ
クレオチド(例えば、安定性、標的化などについて改良された)から構成され得
、そしてインビボにおいて本発明のポリヌクレオチドを発現する細胞に送達され
るべきである。リボザイムをコードするDNA構築物は、DNAをコードするア
ンチセンスの導入のための上記と同じ様式において細胞中に導入され得る。送達
の好ましい方法は、強力な構成性プロモーター(例えば、pol IIIまたは
pl IIプロモーターのような)の制御下で、リボザイムを「コードする」D
NA構築物を使用することを含み、その結果トランスフェクトした細胞が内因性
メッセージを破壊し、そして翻訳を阻害するに十分な量のリボザイムを生成する
。リボザイムはアンチセンス分子と異なり触媒性であるので、より低い細胞内濃
度が効率のために必要とされる。
【0636】 アンタゴニスト/アゴニスト化合物を利用して、腫瘍性の細胞および組織に対
する本発明のポリペプチドの細胞増殖(growth)および増殖(proli
feration)効果を阻害し得る。すなわち、腫瘍のアゴニストを刺激し、
それにより異常な細胞成長および増殖を(例えば、腫瘍形成または増殖において
)遅延または防止する。
【0637】 アンタゴニスト/アゴニストをまた利用して、血管過多の疾患を阻害し得、そ
して水晶体嚢外白内障(extracapsular cataract)手術
後の上皮レンズ細胞の増殖を防止する。本発明のポリペプチドのマイトジェン活
性の防止はまた、例えば、バルーン血管形成術後の再狭窄のような場合に要求さ
れ得る。
【0638】 アンタゴニスト/アゴニストをまた利用して、創傷治癒の間の瘢痕組織の増殖
防止し得る。
【0639】 アンタゴニスト/アゴニストをまた利用して、本明細書中に記載される疾患を
処置、予防および/または診断し得る。
【0640】 従って、本発明は、疾患、障害および/または状態(本発明のポリヌクレオチ
ドの過剰発現に関連する、本願の全体に渡って列挙される疾患、障害および/ま
たは状態が含まれるが、これらに限定されない)を処置または予防する方法であ
って、(a)本発明のポリヌクレオチドに関するアンチセンス分子、および/ま
たは(b)本発明のポリヌクレオチドに関するリボザイムを、患者に投与するこ
とによって処置または予防する方法を提供する。発明、および/または(b)本
発明のポリヌクレオチドに関するリボザイム。
【0641】 (他の活性) 本発明のポリペプチドは、血管内皮細胞増殖を刺激する能力の結果として、種
々の疾患状態(例えば、血栓症、動脈硬化、および他の心臓血管の状態)に起因
する虚血組織の血管再生を刺激するための処置において利用され得る。これらの
ポリペプチドをまた利用して、上記で議論されるように新脈管形成および肢の再
形成を刺激し得る。
【0642】 このポリペプチドを、傷害、火傷、手術後組織修復、および瘢痕に起因する創
傷の処置にもまた利用し得る。なぜなら、それらは異なる起源の種々の細胞(例
えば、線維芽細胞および骨格筋細胞)に対してマイトジェン性であり、それゆえ
ダメージを受けた組織または疾患組織の修復または置換を促進するからである。
【0643】 本発明のポリペプチドはまた、ニューロンの成長を刺激し、そして特定のニュ
ーロンの障害または神経変性状態(例えば、アルツハイマー病、パーキンソン病
、およびAIDS関連合併症)において生じるニューロンの損傷を処置、予防お
よび/または診断するために用いられ得る。本発明のポリペプチドは、軟骨細胞
増殖を刺激する能力を有し得、それゆえ、骨および歯周の再形成を増強し、そし
て組織移植片または骨の移植片における補助のために利用され得る。
【0644】 本発明のポリペプチドをまた利用して、ケラチノサイト増殖を刺激することに
より、日焼けに起因する皮膚の老化を予防し得る。
【0645】 本発明のポリペプチドをまた、抜け毛を予防するために利用し得る。なぜなら
、FGFファミリーのメンバーは、髪形成細胞を活性化し、そしてメラノサイト
増殖を促進するからである。同じ系列にそって、本発明のポリペプチドを利用し
て、他のサイトカインと組み合わせて使用した場合、造血細胞および骨髄細胞の
増殖および分化を刺激し得る。
【0646】 本発明のポリペプチドをまた利用して、移植前の器官を維持し得るか、または
始原組織の細胞培養を支持するために使用し得る。
【0647】 本発明のポリペプチドはまた、初期胚における分化のための中胚葉起源の組織
を誘導するために利用され得る。
【0648】 本発明のポリペプチドもしくはポリヌクレオチドおよび/またはアゴニストも
しくはアンタゴニストはまた、先に議論されるように造血系統に加えて、胚性幹
細胞の分化もしくは増殖を増加または減少し得る。
【0649】 本発明のポリペプチドもしくはポリヌクレオチドおよび/またはアゴニストも
しくはアンタゴニストはまた、哺乳動物の特徴(例えば、身長、体重、毛の色、
眼の色、皮膚、脂肪組織の割合、色素沈着、大きさ、および形(例えば、美容外
科))を調節するために使用され得る。同様に、本発明のポリペプチドもしくは
ポリヌクレオチドおよび/またはアゴニストもしくはアンタゴニストは、異化作
用、同化作用、プロセシング、利用、およびエネルギーの貯蔵に影響を及ぼす哺
乳動物の代謝を調節するために使用され得る。
【0650】 本発明のポリペプチドもしくはポリヌクレオチドおよび/またはアゴニストも
しくはアンタゴニストは、バイオリズム、カリカディック(caricadic
)リズム、うつ病(抑うつ性の疾患、障害および/または状態を含む)、暴力の
傾向、痛みへの耐性、生殖能力(好ましくは、アクチビンまたはインヒビン様活
性によって)、ホルモンレベルもしくは内分泌レベル、食欲、性欲、記憶、スト
レス、または他の認知の質に影響を及ぼすことによって、哺乳動物の精神状態ま
たは身体状態を変更するために使用され得る。
【0651】 本発明のポリペプチドもしくはポリヌクレオチドおよび/またはアゴニストも
しくはアンタゴニストはまた、例えば、貯蔵能力、脂肪含有量、脂質、タンパク
質、炭水化物、ビタミン、ミネラル、補因子、または他の栄養成分を増加または
減少させるような食品添加物または保存剤として使用され得る。
【0652】 (他の好ましい実施形態) 本願発明の他の好ましい実施形態は、配列番号Xのヌクレオチド配列中の少な
くとも約50個連続したヌクレオチドの配列に、少なくとも95%同一であるヌ
クレオチド配列を含む、単離された核酸分子を含み、ここで、Xは表1に規定さ
れるような任意の整数である。
【0653】 上記連続したヌクレオチドの配列が、表1中の配列番号Xについて規定される
ような、クローン配列のほぼ5’ヌクレオチドの位置のヌクレオチドで始まり、
そしてクローン配列のほぼ3’ヌクレオチドの位置のヌクレオチドで終わる位置
の範囲で、配列番号Xのヌクレオチド配列に含まれる、核酸分子もまた好ましい
【0654】 上記連続したヌクレオチドの配列が、表1中の配列番号Xについて規定される
ような、開始コドンのほぼ5’ヌクレオチドの位置のヌクレオチドで始まり、そ
してクローン配列のほぼ3’ヌクレオチドの位置のヌクレオチドで終わる位置の
範囲で、配列番号Xのヌクレオチド配列に含まれる、核酸分子もまた好ましい。
【0655】 上記連続したヌクレオチドの配列が、表1中の配列番号Xについて規定される
ような、ほぼシグナルペプチドの第1のアミノ酸の5’ヌクレオチドの位置のヌ
クレオチドで始まり、そしてほぼクローン配列の3’ヌクレオチドの位置のヌク
レオチドで終わる位置の範囲で、配列番号Xのヌクレオチド配列に含まれる、核
酸分子も同様に好ましい。
【0656】 配列番号Xのヌクレオチド配列中の少なくとも約150個連続したヌクレオチ
ドの配列に、少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列を含む、単離された
核酸分子もまた好ましい。
【0657】 配列番号Xのヌクレオチド配列中の少なくとも約500個連続したヌクレオチ
ドの配列に、少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列を含む、単離された
核酸分子はさらに好ましい。
【0658】 さらに好ましい実施形態は、表1中の配列番号Xについて規定されるような、
ほぼシグナルペプチドの第1のアミノ酸の5’ヌクレオチドの位置のヌクレオチ
ドで始まり、そしてほぼクローン配列の3’ヌクレオチドの位置のヌクレオチド
で終わる配列番号Xのヌクレオチド配列に少なくとも95%同一であるヌクレオ
チド配列を含む核酸分子である。
【0659】 さらに好ましい実施形態は、配列番号Xの完全なヌクレオチド配列に、少なく
とも95%同一であるヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子である。
【0660】 ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で核酸分子にハイブリダイ
ズする単離された核酸分子もまた好ましく、ここで上記のハイブリダイズする核
酸分子は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、A残基のみま
たはT残基のみからなるヌクレオチド配列を有する核酸分子にハイブリダイズし
ない。
【0661】 表1におけるcDNAクローンIDによって同定されるヒトcDNAクローン
を含むDNA分子を含む物質の組成物もまた好ましく、このDNA分子は、アメ
リカンタイプカルチャーコレクションに寄託された物質中に含まれ、そして上記
のcDNAクローンIDについて表1中に示されるATCC受託番号を与えられ
ている。
【0662】 表1中のcDNAクローンIDによって同定されるヒトcDNAクローンのヌ
クレオチド配列中の少なくとも50個連続したヌクレオチドの配列に少なくとも
95%同一であるヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子もまた好ましく、
このDNA分子は表1において示されるATCC受託番号を付与された寄託物中
に含まれる。
【0663】 上記の少なくとも50個連続したヌクレオチドの配列が、上記ヒトcDNAク
ローンによってコードされる完全なオープンリーディングフレームの配列のヌク
レオチド配列中に含まれる、単離された核酸分子もまた好ましい。
【0664】 上記ヒトcDNAクローンによってコードされるヌクレオチド配列中の少なく
とも150個連続したヌクレオチドの配列に少なくとも95%同一であるヌクレ
オチド配列を含む、単離された核酸分子もまた好ましい。
【0665】 さらに好ましい実施形態は、上記ヒトcDNAクローンによってコードされる
ヌクレオチド配列中の少なくとも500個連続したヌクレオチドの配列に少なく
とも95%同一であるヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子である。
【0666】 さらに好ましい実施形態は、上記ヒトcDNAクローンによってコードされる
完全なヌクレオチド配列に少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列を含む
、単離された核酸分子である。
【0667】 さらに好ましい実施形態は、以下からなる群から選択される配列中の少なくと
も50個連続したヌクレオチドの配列に少なくとも95%同一であるヌクレオチ
ド配列を含む核酸分子を、生物学的サンプルにおいて検出するための方法である
:配列番号Xのヌクレオチド配列であって、ここでXは表1において規定される
ような任意の整数である;および表1中のcDNAクローンIDによって同定さ
れ、そして表1において上記cDNAクローンについて示されるATCC受託番
号を有する寄託物中に含まれるヒトcDNAクローンによってコードされるヌク
レオチド配列;上記の方法は、上記の群から選択される配列と、上記のサンプル
中の少なくとも1つの核酸分子のヌクレオチド配列とを比較する工程、および上
記サンプル中の上記核酸分子の配列が、上記の選択された配列に対して少なくと
も95%同一であるか否かを決定する工程を包含する。
【0668】 上記の配列を比較する工程が、上記サンプル中の核酸分子と、上記の群から選
択される上記の配列を含む核酸分子との間の核酸ハイブリダイゼーションの程度
を決定する工程を包含する、上記方法もまた好ましい。同様に、上記の配列を比
較する工程が、上記サンプル中の核酸分子から決定されるヌクレオチド配列と、
上記の群から選択される配列とを比較する工程によって実施される、上記方法も
また好ましい。核酸分子は、DNA分子またはRNA分子を含み得る。
【0669】 さらに好ましい実施形態は、生物学的サンプルの種、組織、または細胞型を同
定するための方法であって、この方法は、以下からなる群から選択される配列中
の少なくとも50個連続したヌクレオチドの配列に少なくとも95%同一である
ヌクレオチド配列を含む上記サンプル中の核酸分子を(もしあれば)検出する工
程を包含する:配列番号Xのヌクレオチド配列であって、ここでXは表1におい
て規定されるような任意の整数である;および表1中のcDNAクローンIDに
よって同定され、そして表1において上記cDNAクローンについて示されるA
TCC受託番号を有する寄託物中に含まれるヒトcDNAクローンによってコー
ドされるヌクレオチド配列。
【0670】 生物学的サンプルの種、組織、または細胞型を同定するための方法は、少なく
とも2つのヌクレオチド配列のパネル中のヌクレオチド配列を含む核酸分子を検
出する工程を包含し得、ここで上記パネル中の少なくとも1つの配列は、上記の
群から選択される配列中の少なくとも50個連続したヌクレオチドの配列に少な
くとも95%同一である。
【0671】 表1において同定される分泌タンパク質をコードする遺伝子の異常な構造また
は発現と関連する病理学的状態を、被験体において診断するための方法もまた好
ましく、この方法は、以下からなる群から選択される配列中の少なくとも50個
連続したヌクレオチドの配列に少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列を
含む、核酸分子を、(もしあれば)上記被験体から得られる生物学的サンプルに
おいて検出する工程を包含する:配列番号Xのヌクレオチド配列、ここでXは表
1において規定されるような任意の整数である;および表1中のcDNAクロー
ンIDによって同定され、かつ表1中の上記のcDNAクローンについて示され
るATCC受託番号を有する寄託物に含まれるヒトcDNAクローンによってコ
ードされるヌクレオチド配列。
【0672】 病理学的状態を診断するための方法は、少なくとも2つのヌクレオチド配列の
パネル中のヌクレオチド配列を含む核酸分子を検出する工程を包含し得、ここで
、上記パネル中の少なくとも1つの配列は、上記群から選択される配列中の少な
くとも50個連続したヌクレオチドの配列に少なくとも95%同一である。
【0673】 上記の核酸分子のヌクレオチド配列が、少なくとも2つのヌクレオチド配列の
パネルを含む、単離された核酸分子を含む物質の組成物もまた好ましく、ここで
上記のパネル中の少なくとも1つの配列は、以下からなる群から選択される配列
中の少なくとも50個連続したヌクレオチドの配列に少なくとも95%同一であ
る:配列番号Xのヌクレオチド配列、ここでXは表1において規定されるような
任意の整数である;および表1中のcDNAクローンIDによって同定され、か
つ表1中の上記のcDNAクローンについて示されるATCC受託番号を有する
寄託物に含まれるヒトcDNAクローンによってコードされるヌクレオチド配列
。核酸分子は、DNA分子またはRNA分子を含み得る。
【0674】 配列番号Yのアミノ酸配列中の少なくとも約10個連続したアミノ酸の配列に
、少なくとも90%同一のアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチドもまた
好ましく、ここでYは、表1において規定されるような任意の整数である。
【0675】 上記連続したアミノ酸の配列が、表1中の配列番号Yについて示されるような
、分泌部分のほぼ第1のアミノ酸の位置の残基で始まり、そしてオープンリーデ
ィングフレームのほぼ最後のアミノ酸の残基で終わる位置の範囲で、配列番号Y
のアミノ酸配列中に含まれる、ポリペプチドもまた好ましい。
【0676】 配列番号Yのアミノ酸配列中の少なくとも約30個連続したアミノ酸の配列に
少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチドもまた好
ましい。
【0677】 配列番号Yのアミノ酸配列中の少なくとも約100個連続したアミノ酸の配列
に少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチドはさら
に好ましい。
【0678】 配列番号Yの完全なアミノ酸配列に少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含
む、単離されたポリペプチドはさらに好ましい。
【0679】 表1中のcDNAクローンIDによって同定され、かつ表1中の上記のcDN
Aクローンについて示されるATCC受託番号を有する寄託物に含まれるヒトc
DNAクローンによってコードされる分泌タンパク質の完全なアミノ酸配列にお
いて、少なくとも約10個連続したアミノ酸の配列に少なくとも90%同一のア
ミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチドはさらに好ましい。
【0680】 上記の連続したアミノ酸の配列が、表1中のcDNAクローンIDによって同
定され、かつ表1中の上記のcDNAクローンについて示されるATCC受託番
号を有する寄託物に含まれるヒトcDNAクローンによってコードされる分泌タ
ンパク質の分泌部分のアミノ酸配列に含まれる、ポリペプチドもまた好ましい。
【0681】 表1におけるcDNAクローンIDによって同定され、かつ表1のこのcDN
Aクローンについて示されるATCC受託番号を有する寄託物に含まれる、ヒト
cDNAクローンによってコードされるタンパク質の分泌部分のアミノ酸配列中
の少なくとも約30個連続的なアミノ酸の配列に少なくとも95%同一であるア
ミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチドもまた、好ましい。
【0682】 表1におけるcDNAクローンIDによって同定され、かつ表1のこのcDN
Aクローンについて示されるATCC受託番号を有する寄託物に含まれる、ヒト
cDNAクローンによってコードされるタンパク質の分泌部分のアミノ酸配列中
の少なくとも約100個の連続的なアミノ酸の配列に少なくとも95%同一であ
るアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチドもまた、好ましい。
【0683】 表1におけるcDNAクローンIDによって同定され、かつ表1のこのcDN
Aクローンについて示されるATCC受託番号を有する寄託物に含まれるヒトc
DNAクローンによってコードされるタンパク質の分泌部分のアミノ酸配列に少
なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチドもまた
、好ましい。
【0684】 以下からなる群から選択される配列中の、少なくとも10個の連続的なアミノ
酸の配列に少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドに対し
て特異的に結合する単離された抗体は、さらに好ましい:配列番号Yのアミノ酸
配列(ここで、Yは表1で規定される任意の整数である);および表1における
cDNAクローンIDによって同定され、かつ表1のこのcDNAクローンにつ
いて示されるATCC受託番号を有する寄託物に含まれる、ヒトcDNAクロー
ンによってコードされるタンパク質の完全アミノ酸配列。
【0685】 以下からなる群から選択された配列中の、少なくとも10個の連続的なアミノ
酸の配列に少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドを、生
物学的サンプルにおいて検出する方法はさらに好ましい:配列番号Yのアミノ酸
配列(ここで、Yは表1で規定される任意の整数である);および表1における
cDNAクローンIDによって同定され、かつ表1のこのcDNAクローンにつ
いて示されるATCC受託番号を有する寄託物に含まれる、ヒトcDNAクロー
ンによってコードされるタンパク質の完全アミノ酸配列;この方法は、このサン
プル中における少なくとも1つのポリペプチド分子のアミノ酸配列をこの群から
選択された配列と比較する工程およびこのサンプル中におけるこのポリペプチド
分子の配列が、少なくとも10個の連続的なアミノ酸のこの配列と少なくとも9
0%同一であるかどうかを決定する工程を含む。
【0686】 このサンプル中における少なくとも1つのポリペプチド分子のアミノ酸配列を
、この群から選択された配列と比較するこの工程は、このサンプル中のポリペプ
チドの、以下からなる群から選択された配列中の少なくとも10個の連続的なア
ミノ酸の配列に対して、少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むポリペ
プチドと特異的に結合する抗体に対する特異的な結合の程度を決定する工程を含
む、上記の方法もまた、好ましい:配列番号Yのアミノ酸配列(ここで、Yは表
1に規定される任意の整数である);および表1におけるcDNAクローンID
によって同定されかつ表1のこのcDNAクローンについて示されるATCC受
託番号を有する寄託物に含まれるヒトcDNAクローンによってコードされるタ
ンパク質の完全アミノ酸配列。
【0687】 配列を比較する工程が、このサンプル中のポリペプチド分子から決定されたア
ミノ酸配列を、この群から選択されたこの配列と比較することによって行われる
、上記の方法もまた好ましい。
【0688】 生物学的サンプルの種、組織または細胞型を同定する方法もまた好ましく、こ
こでこの方法は、このサンプル中のポリペプチド分子(このポリペプチドは、も
し存在するならば、以下からなる群から選択される配列における少なくとも10
の連続的なアミノ酸の配列と少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む)
を検出する工程を含む:配列番号Yのアミノ酸配列(ここで、Yは表1に規定さ
れる任意の整数である);および表1におけるcDNAクローンIDによって同
定されかつ表1のこのcDNAクローンについて示されるATCC受託番号を有
する寄託物に含まれる、ヒトcDNAクローンによってコードされる、分泌タン
パク質の完全アミノ酸配列。
【0689】 生物学的サンプルの種、組織または細胞型を同定する上記の方法もまた好まし
く、ここでこの方法は、少なくとも2つのアミノ酸配列のパネルにおけるアミノ
酸配列を含むポリペプチド分子を検出する工程を含み、ここでこのパネル中の少
なくとも1つの配列は、上記の群から選択された配列における少なくとも10個
の連続的なアミノ酸の配列と少なくとも90%同一である。
【0690】 被験体において、表1において同定された分泌タンパク質をコードする遺伝子
の異常な構造または発現に関連する病的状態を診断する方法もまた、好ましい。
ここで、この方法は、この被験体から得られた生物学的サンプルにおいて、少な
くとも2つのアミノ酸配列のパネルにおけるアミノ酸配列を含むポリペプチド分
子を検出する工程を含み、ここでこのパネル中の少なくとも1つの配列は、以下
からなる群から選択される配列における少なくとも10個の連続的なアミノ酸の
配列と少なくとも90%同一である:配列番号Yのアミノ酸配列(ここで、Yは
表1に規定される任意の整数である);および表1におけるcDNAクローンI
Dによって同定されかつ表1のこのcDNAクローンについて示されるATCC
受託番号を有する寄託物に含まれる、ヒトcDNAクローンによってコードされ
る分泌タンパク質の完全アミノ酸配列。
【0691】 これらの方法のいずれかにおいて、このポリペプチド分子を検出する工程は、
抗体を使用する工程を包含する。
【0692】 以下からなる群から選択された配列中の、少なくとも10個の連続的なアミノ
酸の配列に少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコー
ドするヌクレオチド配列と、少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列を含
む、単離された核酸分子もまた、好ましい:配列番号Yのアミノ酸配列(ここで
、Yは表1に規定される任意の整数である);および表1におけるcDNAクロ
ーンIDによって同定されかつ表1のこのcDNAクローンについて示されるA
TCC受託番号を有する寄託物に含まれる、ヒトcDNAクローンによってコー
ドされる分泌タンパク質の完全アミノ酸配列。
【0693】 ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、原核生物宿主でのこのポリペ
プチドの発現について最適化されている、単離された核酸分子もまた、好ましい
【0694】 ポリペプチドが以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、単離され
た核酸分子もまた、好ましい:配列番号Yのアミノ酸配列(ここで、Yは表1に
規定される任意の整数である);および表1におけるcDNAクローンIDによ
って同定されかつ表1のこのcDNAクローンについて示されるATCC受託番
号を有する寄託物に含まれる、ヒトcDNAクローンによってコードされる分泌
タンパク質の完全アミノ酸配列。
【0695】 上記の単離された核酸分子のいずれかをベクター中に挿入する工程を含む、組
換えベクターの作製方法はさらに好ましい。この方法によって生成された組換え
ベクターも、好ましい。宿主細胞中にベクターを導入する工程を含む、組換え宿
主細胞を作製する方法、ならびにこの方法によって生成された組換え宿主細胞も
また、好ましい。
【0696】 このポリペプチドが発現されるような条件下でこの組換え宿主細胞を培養する
工程、およびこのポリペプチドを回収する工程を包含する、単離されたポリペプ
チドを作製する方法もまた好ましい。この組換え宿主細胞は真核生物細胞であり
、そしてこのポリペプチドは、以下からなる群から選択されたアミノ酸配列を含
む、ヒト分泌タンパク質の分泌部分である、単離されたポリペプチドを作製する
この方法もまた好ましい:配列番号Yの分泌部分の第1のアミノ酸の位置の残基
で始まる、配列番号Yのアミノ酸配列(ここで、Yは表1に記載される整数であ
り、そして配列番号Yの分泌部分の第1のアミノ酸のこの位置は表1に規定され
る);および表1におけるcDNAクローン識別子(ID)によって同定されか
つ表1のこのcDNAクローンについて示されるATCC受託番号を有する寄託
物に含まれる、ヒトcDNAクローンによってコードされるタンパク質の分泌部
分のアミノ酸配列。この方法によって生成された単離されたポリペプチドもまた
、好ましい。
【0697】 増加したレベルの分泌タンパク質活性を必要とする個体を処置する方法もまた
、好ましい。ここで、この方法は、このような個体に、この個体においてこのタ
ンパク質の活性のレベルを増加させるのに有効な本願発明の単離されたポリペプ
チド、ポリヌクレオチド、または抗体の一定量を含む薬学的組成物を投与する工
程を包含する。
【0698】 上記で引用される適用は、広範な種々の宿主において使用されている。そのよ
うな宿主としては、ヒト、ネズミ、ウサギ、ヤギ、モルモット、ラクダ、ウマ、
マウス、ラット、ハムスター、ブタ、ミニブタ(micro pig)、ニワト
リ、ヤギ、ウシ、ヒツジ、イヌ、ネコ、非ヒト霊長類、およびヒトが挙げられる
が、これらに限定されない。特定の実施形態において、宿主は、マウス、ウサギ
、ヤギ、モルモット、ニワトリ、ラット、ハムスター、ブタ、ヒツジ、イヌまた
はネコである。好ましい実施形態において、宿主は、哺乳動物である。最も好ま
しい実施形態において、宿主は、ヒトである。
【0699】 本発明の特定の実施形態では、表2の4番目の列に列挙される各「コンティグ
ID」について、好ましくは、表2の5番目の列で参照されるヌクレオチド配列
、および一般式a−bにより記載されるヌクレオチド配列(ここでaおよびbは
、表2の列3で参照される対応する配列番号Xについて独自に決定される)を含
むか、またはからなる、1つ以上のポリヌクレオチドが除外される。さらに特定
の実施形態は、表2の5番目の列において参照される特定のポリヌクレオチド配
列の1、2、3、4、またはそれ以上を除外するポリヌクレオチド配列に指向さ
れる。この表は、一般式により除外され得る配列の全てを含むことを決して意味
せず、それは、単に例示的な例である。これらの登録を通じて利用可能な全ての
文献は、本明細書中でその全体が参考として援用される。
【0700】
【表2】 概して、本発明を記載してきたが、例示の目的のために提供され、そして限定
を意図しない、以下の実施例を参照することによって、本発明はより容易に理解
される。
【0701】 (実施例) (実施例1:選択されたcDNAクローンの寄託されたサンプルからの単離) 引用されるATCC寄託物中の各cDNAクローンは、プラスミドベクター中
に含まれる。表1は、各クローンが単離されたcDNAライブラリーを構築する
ために用いられたベクターを同定する。多くの場合において、ライブラリーを構
築するために使用されたベクターは、プラスミドが切り出されたファージベクタ
ーである。すぐ下の表は、cDNAライブラリーを構築する際に使用される各フ
ァージベクターについて関連するプラスミドを相関づける。例えば、特定のクロ
ーンがベクター「Lambda Zap」中に単離されていると表1に同定され
る場合、対応する寄託クローンは、「pBluescript」である。
【0702】
【表3】 ベクターLambda Zap(米国特許第5,128,256号および同第
5,286,636号)、Uni−Zap XR(米国特許第5,128,25
6号および同第5,286,636号)、Zap Express(米国特許第
5,128,256号および同第5,286,636号)、pBluescri
pt(pBS)(Short,J.M.ら、Nucleic Acids Re
s.16:7583−7600(1988);Alting−Mees,M.A
.およびShort,J.M.、Nucleic Acids Res. 17
:9494(1989))ならびにpBK(Alting−Mees,M.A.
ら、Strategies 5:58−61(1992))は、Stratag
ene Cloning Systems,Inc.、11011 N.Tor
rey Pines Road、La Jolla,CA,92037から市販
されている。pBSは、アンピシリン耐性遺伝子を含み、そしてpBKはネオマ
イシン耐性遺伝子を含む。両方とも、E.coli株XL−1 Blue(これ
もまた、Stratageneから入手可能である)に形質転換され得る。pB
Sは、SK+、SK−、KS+およびKSの4形態で入荷する。SおよびKとは
、ポリリンカー領域(「S」とはSacIであり、そして「K」とは、KpnI
のことであり、これらは、リンカーのそれぞれの各末端での最初の部位である)
に隣接するT7およびT3プライマー配列に対するポリリンカーの配向をいう。
「+」または「−」とは 、ある方向においてf1 oriから開始される一本
鎖レスキューがセンス鎖DNAを生成し、そして他方においてアンチセンスであ
るようなf1複製起点(「ori」)の配向をいう。
【0703】 ベクターpSport1、pCMVSport 2.0およびpCMVSpo
rt3.0をLife Technologies、Inc.、P.O.Box
6009、Gaithersburg,MD 20897から入手した。全ての
Sportベクターはアンピシリン耐性遺伝子を含み、そしてE.coli株D
H10B(これもまた、Life Technologiesから入手可能であ
る)に形質転換され得る。(例えば、Gruber,C.E.ら、Focus
15:59(1993)を参照のこと)。ベクターlafmid BA(Ben
to Soares、Columbia University、NY)は、ア
ンピシリン耐性遺伝子を含み、そしてE.coli株XL−1 Blueに形質
転換され得る。ベクターpCR(登録商標)2.1(これはInvitroge
n、1600 Faraday Avenue、Carlsbad、CA 92
008から入手可能である)は、アンピシリン耐性遺伝子を含み、そしてE.c
oli株DH10B(Life Technologiesから入手可能である
)に形質転換され得る(例えば、Clark,J.M.、Nuc.Acids
Res.16:9677−9686(1988)およびMead,D.ら、Bi
o/Technology 9:(1991)を参照のこと)。好ましくは、本
発明のポリヌクレオチドは、表1における特定のクローンについて同定されたフ
ァージベクター配列、ならびに上記に示された対応するプラスミドベクター配列
を含まない。
【0704】 表1に引用される、任意の所定のcDNAクローンについてATCC受託番号
を与えられたサンプルにおける寄託された物質はまた、1つ以上のさらなるプラ
スミド(これは各々、その所定のクローンとは異なるcDNAクローンを含む)
を含み得る。従って、同じATCC受託番号を共有する寄託物は、表1に同定さ
れる各cDNAクローンのためのプラスミドを少なくとも含む。代表的には、表
1に引用される各ATCC寄託物のサンプルは、ほぼ等量(重量で)の約50個
のプラスミドDNA(これは各々、異なるcDNAクローンを含む)の混合物を
含む;しかし、このような寄託サンプルは、50個よりも多いかまたは少ないc
DNAクローン(約500個までのcDNAクローン)のためのプラスミドを含
み得る。
【0705】 表1における特定のクローンについて引用されるプラスミドDNAの寄託サン
プルからそのクローンを単離するために2つのアプローチが使用され得る。第一
に、プラスミドを、配列番号Xに対応するポリヌクレオチドプローブを使用して
、クローンをスクリーニングすることによって直接単離する。
【0706】 特に、30〜40ヌクレオチドを有する特定のポリヌクレオチドを、報告され
ている配列に従って、Applied BiosystemsのDNA合成装置
を使用して合成する。オリゴヌクレオチドを、例えば、32P−γ−ATPで、T
4ポリヌクレオチドキナーゼを用いて標識し、そして慣用的な方法に従って精製
する。(例えば、Maniatisら、Molecular Cloning:
A Laboratory Manual、Cold Spring Harb
or Press、Cold Spring、NY(1982))。プラスミド
混合物を、当業者に公知の技術(例えば、ベクター供給者によって提供される技
術または上記で引用された関連の刊行物もしくは特許において提供される技術)
を用いて、上記のような適切な宿主(例えば、XL−1 Blue(Strat
agene))に形質転換する。形質転換体を1.5%寒天プレート(適切な選
択薬剤、例えば、アンピシリンを含む)に、1プレートあたり約150の形質転
換体(コロニー)の密度でプレーティングする。これらのプレートを、細菌コロ
ニースクリーニングについての慣用的な方法(例えば、Sambrookら、M
olecular Cloning:A Laboratory Manual
、第2版、(1989)、Cold Spring Harbor Labor
atory Press、1.93〜1.104頁)または当業者に公知の他の
技術に従って、ナイロンメンブレンを使用してスクリーニングする。
【0707】 あるいは、配列番号Xの両端(すなわち、表1に規定されるクローンの5’N
Tおよび3’NTによって囲まれる配列番号Xの領域内)に由来する、17〜2
0ヌクレオチドの2つのプライマーを合成し、そしてこれらを使用して、寄託さ
れたcDNAプラスミドをテンプレートとして使用して、所望のcDNAを増幅
する。ポリメラーゼ連鎖反応を、慣用的な条件下で、例えば、0.5μgの上記
cDNAテンプレートとの反応混合物の25μl中で実施する。便利な反応混合
物は、1.5〜5mM MgCl2、0.01%(w/v)ゼラチン、それぞれ
20μMのdATP、dCTP、dGTP、dTTP、25pmolの各プライ
マーおよび0.25ユニットのTaqポリメラーゼである。35サイクルのPC
R(94℃での変性を1分間;55℃でのアニールを1分間;72℃での伸長を
1分間)を、Perkin−Elmer Cetus自動化サーマルサイクラー
を用いて実施する。増幅産物をアガロースゲル電気泳動により分析し、そして予
想される分子量のDNAバンドを切り出し、そして精製する。PCR産物を、D
NA産物をサブクローニングおよび配列決定することによって、選択された配列
であることを確認する。
【0708】 寄託されたクローンに存在しないかもしれない遺伝子の5’非コード部分また
は3’非コード部分の同定のために、いくつかの方法が利用可能である。これら
の方法は、以下を含むがこれらに限定されない:フィルタープローブ探索、特異
的プローブを使用するクローン富化、および当該分野で周知である5’および3
’「RACE」プロトコルと類似するかまたは同一のプロトコル。例えば、5’
RACEに類似する方法は、所望の全長転写物の欠けている5’末端を生成する
ために利用可能である(Fromont−Racineら、Nucleic A
cids Res.21(7):1683−1684(1993))。
【0709】 簡潔には、特定のRNAオリゴヌクレオチドを、全長遺伝子RNA転写物をお
そらく含むRNAの集団の5’末端に連結する。連結されたRNAオリゴヌクレ
オチドに特異的なプライマーおよび目的の遺伝子の公知の配列に特異的なプライ
マーを含むプライマーセットを使用して、所望の全長遺伝子の5’部分をPCR
増幅する。次いで、この増幅した産物を配列決定し得、そしてこれを使用して全
長遺伝子を生成し得る。
【0710】 この上記の方法は、所望の供給源から単離された総RNAを用いて開始するが
、ポリA+RNAをも使用し得る。次いで、RNA調製物を、必要ならばホスフ
ァターゼで処理して、後のRNAリガーゼ工程を妨害し得る分解または損傷RN
Aの5’リン酸基を排除し得る。次いで、ホスファターゼを不活化するべきであ
り、そしてRNAをメッセンジャーRNAの5’末端に存在するキャップ構造を
除去するために、タバコ酸性ピロホスファターゼを用いて処理するべきである。
この反応は、次いでT4 RNAリガーゼを用いてRNAオリゴヌクレオチドに
連結され得る、キャップ切断RNAの5’末端に5’リン酸基を残す。
【0711】 この改変型RNA調製物を、遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドを用いる、第
一鎖cDNA合成のためのテンプレートとして使用する。第一鎖合成反応物を、
連結されたRNAオリゴヌクレオチドに特異的なプライマーおよび目的の遺伝子
の公知の配列に特異的なプライマーを用いる、所望の5’末端のPCR増幅のた
めのテンプレートとして使用する。次いで、得られた生成物を配列決定し、そし
て分析して5’末端配列が所望の遺伝子に属することを確認する。
【0712】 (実施例2:ポリヌクレオチドに対応するゲノムクローンの単離) ヒトゲノムP1ライブラリー(Genomic Systems、Inc.)
を、実施例1に記載される方法に従って、配列番号Xに対応するcDNA配列に
ついて選択されたプライマーを用いるPCRによってスクリーニングする(Sa
mbrookもまた参照のこと)。
【0713】 (実施例3:ポリペプチドの組織分布) 本発明のポリヌクレオチドのmRNA発現の組織分布を、とりわけ、Samb
rookらによって記載されるノーザンブロット分析についてのプロトコルを用
いて決定する。例えば、実施例1に記載される方法によって生成されるcDNA
プローブを、rediprimeTM DNA labeling system
(Amersham Life Science)を用いて、製造者の指示に従
って、P32で標識する。標識後、プローブを、CHROMA SPIN−100 TM カラム(Clontech Laboratories、Inc.)を使用し
て、製造者のプロトコル番号PT1200−1に従って精製する。次いで、精製
した標識プローブを使用して、種々のヒト組織をmRNA発現について試験する
【0714】 種々のヒト組織(H)またはヒト免疫系組織(IM)を含む多重組織ノーザン
(MTN)ブロット(Clontech)を、ExpressHybTMハイブリ
ダイゼーション溶液(Clontech)を用いて、製造者のプロトコル番号P
T1190−1に従って、標識プローブで試験する。ハイブリダイゼーションお
よび洗浄後、ブロットをマウントして、そして−70℃で一晩フィルムに露出し
、そしてフィルムを標準的な手順に従って現像する。
【0715】 (実施例4:ポリヌクレオチドの染色体マッピング) オリゴヌクレオチドプライマーのセットを、配列番号Xの5’末端の配列に従
って設計する。このプライマーは、好ましくは約100ヌクレオチドにわたる。
次いで、このプライマーセットを、以下のセットの条件下でポリメラーゼ連鎖反
応に使用する:95℃で30秒;56℃で1分;70℃で1分。このサイクルを
32回反復し、次いで1回、70℃で5分間のサイクルを行う。個々の染色体ま
たは染色体フラグメントを含む体細胞ハイブリッドパネル(Bios,Inc)
に加えて、ヒト、マウス、およびハムスターのDNAを鋳型として使用する。反
応物を、8%ポリアクリルアミドゲルまたは3.5%アガロースゲルのいずれか
で分析する。染色体マッピングを、特定の体細胞ハイブリッドにおける約100
bpのPCRフラグメントの存在によって決定する。
【0716】 (実施例5:ポリペプチドの細菌性発現) 本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、実施例1に概説する
ように、DNA配列の5’および3’末端に対応するPCRオリゴヌクレオチド
プライマーを使用して増幅して挿入フラグメントを合成する。cDNA挿入物を
増幅するために使用されるプライマーは、発現ベクターに増幅産物をクローニン
グするために、プライマーの5’末端にBamHIおよびXbaIのような制限
部位を好ましくは含むべきである。例えば、BamHIおよびXbaIは、細菌
性発現ベクターpQE−9(Qiagen,Inc.,Chatsworth,
CA)の制限酵素部位に対応する。このプラスミドベクターは、抗生物質耐性(
Ampr)、細菌の複製起点(ori)、IPTGで調節可能なプロモーター/
オペレーター(P/O)、リボソーム結合部位(RBS)、6−ヒスチジンタグ
(6−His)、および制限酵素クローニング部位をコードする。
【0717】 pQE−9ベクターをBamHIおよびXbaIで消化し、そして、増幅され
たフラグメントを細菌性RBSにおいて開始されるリーディングフレームを維持
しながらpQE−9ベクターに連結する。次いで、連結混合物を、lacIリプ
レッサーを発現し、またカナマイシン耐性(Kanr)を与えるプラスミドpR
EP4の多重コピーを含む、E.coli株M15/rep4(Qiagen,
Inc.)を形質転換するために使用する。形質転換体を、LBプレート上で生
育するそれらの能力によって同定し、そしてアンピシリン/カナマイシン耐性コ
ロニーを選択する。プラスミドDNAを単離し、そして制限分析によって確認す
る。
【0718】 所望の構築物を含むクローンを、Amp(100μg/ml)およびKan(
25μg/ml)の両方を補充したLB培地における液体培養で一晩(O/N)
増殖させる。O/N培養物を、1:100〜1:250の比で大量培養物に接種
するために使用する。細胞を、0.4と0.6との間の光学密度600(O.D
600)まで増殖させる。次いで、IPTG(イソプロピル−B−D−チオガラ
クトピラノシド)を最終濃度1mMになるように加える。IPTGは、lacI
リプレッサーの不活化により誘導され、P/Oの障害物を除去し、遺伝子発現の
増加を導く。
【0719】 細胞を、さらに3〜4時間増殖させる。次いで、細胞を遠心分離(6000×
gで20分間)によって収集する。細胞ペレットを、カオトロピック剤である6
MグアニジンHCl中に、4℃で3〜4時間攪拌することによって可溶化させる
。細胞細片を遠心分離によって取り除き、そしてポリペプチドを含む上清を、ニ
ッケル−ニトリロ三酢酸(「Ni−NTA」)アフィニティー樹脂カラム(QI
AGEN,Inc.前出より入手可能)にロードする。6×Hisタグを有する
タンパク質は、Ni−NTA樹脂に高い親和性で結合し、そして単純な1工程手
順で精製され得る(詳細には、The QIAexpressionist(1
995)QIAGEN,Inc.,前出を参照のこと)。
【0720】 手短に言えば、上清を、6Mグアニジン−HCl、pH8のカラムにロードし
、そのカラムを、最初に10容量の6Mグアニジン−HCl、pH8で洗浄し、
次いで10容量の6Mグアニジン−HCl、pH6で洗浄し、最後にポリペプチ
ドを、6Mグアニジン−HCl、pH5で溶出する。
【0721】 次いで、精製したタンパク質を、リン酸緩衝化生理食塩水(PBS)または5
0mM 酢酸ナトリウム、pH6の緩衝液および200mM NaClに対して
透析することにより再生させる。あるいは、タンパク質はNi−NTAカラムに
固定化している間に、首尾よく再折畳みされ得る。推奨条件は以下の通りである
:プロテアーゼインヒビターを含む、500mM NaCl、20%グリセロー
ル、20mM Tris/HCl pH7.4中の6M〜1M尿素の直線勾配を
使用する再生。再生は1.5時間以上の時間をかけて行うべきである。再生後、
タンパク質を250mMイミダゾールの添加によって溶出させる。イミダゾール
を、PBSまたは50mM酢酸ナトリウム pH6の緩衝液および200mM
NaClに対する最終の透析工程によって除去する。精製したタンパク質を、4
℃で保存するか、または−80℃で冷凍する。
【0722】 上記の発現ベクターに加えて、本発明はさらに、本発明のポリヌクレオチドに
作動可能に連結されたファージオペレーターおよびプロモーターエレメントを含
み、pHE4aと呼ばれる発現ベクターを含む(ATCC受託番号209645
、1998年2月25日に寄託)。このベクターは以下を含む:1)選択マーカ
ーとしてのネオマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子、2)E.coli複
製起点、3)T5ファージプロモーター配列、4)2つのlacオペレーター配
列、5)シャイン−ダルガーノ配列、および6)ラクトースオペロンリプレッサ
ー遺伝子(laqIq)。複製起点(oriC)は、pUC19(LTI,Ga
ithersburg,MD)に由来する。プロモーター配列およびオペレータ
ー配列を合成的に作製する。
【0723】 NdeIおよびXbaI、BamHI、XhoI、またはAsp718によっ
てベクターを制限処理し、制限生成物をゲルで泳動し、そしてより大きな方のフ
ラグメント(スタッファー(stuffer)フラグメントは約310塩基対で
あるべきである)を単離することによって、DNAをpHEaに挿入し得る。D
NA挿入物を、NdeI(5’プライマー)およびXbaI、BamHI、Xh
oI、またはAsp718(3’プライマー)に対する制限部位を有するPCR
プライマーを使用して、実施例1に記載のPCRプロトコルに従って生成する。
PCR挿入物を、ゲル精製し、そして適合する酵素で制限処理する。挿入物およ
びベクターを標準的なプロトコルに従って連結する。
【0724】 操作されたベクターは、上記のプロトコルにおいて、細菌系でタンパク質を発
現させるために容易に置換され得る。
【0725】 (実施例6:封入体からのポリペプチドの精製) 以下の別の方法は、ポリペプチドが封入体の形態で存在する場合に、E.co
li中で発現されたポリペプチドを精製するために使用され得る。他に指定され
ない場合には、以下のすべての工程は4〜10℃で行われる。
【0726】 E.coli発酵の生産期の完了後、細胞培養物を4〜10℃に冷却し、そし
て15,000rpmの連続遠心分離(Heraeus Sepatech)に
よって細胞を採集する。細胞ペーストの単位重量あたりのタンパク質の予想され
る収量および必要とされる精製タンパク質の量に基づいて、細胞ペーストの適切
な量(重量による)を、100mM Tris、50mM EDTA、pH7.
4を含む緩衝溶液に懸濁させる。細胞を、高剪断ミキサーを使用して均質な懸濁
液に分散させる。
【0727】 次いで、細胞をマイクロフルイダイザー(microfluidizer)(
Microfluidics,Corp.またはAPV Gaulin,Inc
.)に2回、4000〜6000psiで溶液を通すことによって溶解させる。
次いでホモジネートを、最終濃度0.5M NaClになるようにNaCl溶液
と混合し、続いて7000×gで15分間遠心分離を行う。得られたペレットを
、0.5M NaCl、100mM Tris、50mM EDTA、pH7.
4を使用して再度洗浄する。
【0728】 得られた洗浄した封入体を、1.5M 塩酸グアニジン(GuHCl)で2〜
4時間可溶化する。7000×gで15分間の遠心分離の後、ペレットを廃棄し
、そしてポリペプチドを含む上清を4℃で一晩インキュベートしてさらなるGu
HCl抽出を可能にする。
【0729】 不溶性粒子を除去するための高速遠心分離(30,000×g)に続き、Gu
HCl可溶化タンパク質を、GuHCl抽出物と、50mM ナトリウム、pH
4.5、150mM NaCl、2mM EDTAを含む20容量の緩衝液とを
、激しい攪拌で迅速に混合することによって、再折畳みさせる。再折畳みした希
釈タンパク質溶液を、さらなる精製工程の前の12時間、混合しないで4℃で保
つ。
【0730】 再折畳みされたポリペプチド溶液を清澄にするために、40mM酢酸ナトリウ
ム、pH6.0で平衡化した、適切な表面積を有する0.16μmメンブレンフ
ィルターを備えるあらかじめ準備した接線濾過ユニット(例えば、Filtro
n)を使用する。濾過したサンプルを、カチオン交換樹脂(例えば、Poros
HS−50,Perseptive Biosystems)上にロードする
。このカラムを40mM 酢酸ナトリウム、pH6.0で洗浄し、そして同じ緩
衝液中の250mM、500mM、1000mM、および1500mM NaC
lで、段階的な様式で溶出する。溶出液の280nmにおける吸光度を連続的に
モニターする。画分を収集し、そしてSDS−PAGEによってさらに分析する
【0731】 次いでポリペプチドを含む画分をプールし、そして4容量の水と混合する。次
いで希釈されたサンプルを、あらかじめ準備した強アニオン(Poros HQ
−50,Perseptive Biosystems)交換樹脂および弱アニ
オン(Poros CM−20,Perseptive Biosystems
)交換樹脂の直列カラムのセットにロードする。カラムを40mM 酢酸ナトリ
ウム、pH6.0で平衡化する。両方のカラムを、40mM 酢酸ナトリウム、
pH6.0、200mM NaClで洗浄する。次いでCM−20カラムを10
カラム容量の直線勾配(0.2M NaCl、50mM 酢酸ナトリウム、pH
6.0から1.0M NaCl、50mM 酢酸ナトリウム、pH6.5の範囲
)を用いて溶出させる。画分を、溶出液の定常A280モニタリング下で収集する
。次いで、(例えば、16% SDS−PAGEによって判明した)ポリペプチ
ドを含む画分をプールする。
【0732】 得られたポリペプチドは、上記の再折畳みおよび精製工程の後で95%より高
い純度を示すはずである。5μgの精製タンパク質がロードされる場合、いかな
る主たる混在バンドも、クマシーブルー染色した16% SDS−PAGEゲル
から観察されないはずである。精製タンパク質はまた、エンドトキシン/LPS
混在について試験され得、そして代表的には、LPS含量はLALアッセイに従
って、0.1ng/ml未満である。
【0733】 (実施例7:バキュロウイルス発現系におけるポリペプチドのクローニングお
よび発現) この実施例において、プラスミドシャトルベクターpA2を使用して、ポリヌ
クレオチドをバキュロウイルスに挿入し、ポリペプチドを発現する。この発現ベ
クターは、Autographa californica核多核体ウイルス(
AcMNPV)の強力なポリヘドリンプロモーター、続いてBamHI、Xba
I、およびAsp718のような簡便な制限部位を含む。シミアンウイルス40
(「SV40」)のポリアデニル化部位を、効率的なポリアデニル化のために使
用する。組換えウイルスの容易な選択のために、このプラスミドは、同方向の弱
いDrosophilaプロモーターの制御下で、E.coli由来のβ−ガラ
クトシダーゼ遺伝子、続いてポリヘドリン遺伝子のポリアデニル化シグナルを含
む。挿入された遺伝子は、クローン化したポリヌクレオチドを発現する生存可能
なウイルスを生成する、野生型ウイルスDNAとの細胞媒介性の相同組換えのた
めのウイルス配列と両方の側で隣接する。
【0734】 他の多くのバキュロウイルスベクター(例えば、pAc373、pVL941
、およびpAcIM1)は、当業者が容易に理解するように、構築物が転写、翻
訳、分泌などのために適切に配置されたシグナル(必要とされる場合、シグナル
ペプチドおよびインフレームなAUGを含む)を提供する限りにおいて、上記の
ベクターの代わりに使用され得る。このようなベクターは、例えば、Lucko
wら、Virology 170:31−39(1989)に記載される。
【0735】 具体的には、AUG開始コドンを含み、そして表1に同定されたリーダー配列
に天然に結合した寄託されたクローンに含まれるcDNA配列を、実施例1に記
載されるPCRプロトコルを使用して増幅させる。天然に存在するシグナル配列
を使用して分泌タンパク質を産生する場合、pA2ベクターは第2のシグナルペ
プチドを必要としない。あるいは、Summersら、「A Manual o
f Methods for Baculovirus Vectors an
d Insect Cell Culture Procedures」、Te
xas Agricultural Experimental Statio
n Bulletin NO.:1555(1987)に記載される標準的な方
法を用いて、このベクターを、バキュロウイルスリーダー配列を含むように改変
し得る(pA2GP)。
【0736】 増幅されたフラグメントを、市販のキット(「Geneclean」、BIO
101 Inc.,La Jolla,Ca.)を使用して、1%アガロース
ゲルから単離する。次いで、このフラグメントを適切な制限酵素で消化し、そし
て再び1%アガロースゲル上で精製する。
【0737】 このプラスミドを対応する制限酵素で消化し、そして必要に応じて、当該分野
で公知の慣用の手順を用いて、仔ウシ腸ホスファターゼを用いて脱リン酸し得る
。次いで、このDNAを、市販のキット(「Geneclean」BIO 10
1 Inc.,La Jolla,Ca.)を使用して、1%アガロースゲルか
ら単離する。
【0738】 このフラグメントおよび脱リン酸したプラスミドを、T4 DNAリガーゼを
用いて互いに連結する。E.coli HB101細胞またはXL−1 Blu
e(Stratagene Cloning Systems,La Joll
a,CA)細胞のような他の適切なE.coli宿主を、連結混合液で形質転換
し、そして培養プレート上に拡げる。このプラスミドを含む細菌を、個々のコロ
ニー由来のDNAを消化し、そしてゲル電気泳動によって消化産物を分析するこ
とにより同定する。クローニングしたフラグメントの配列を、DNA配列決定に
よって確認する。
【0739】 このポリヌクレオチドを含む5μgのプラスミドを、Felgnerら、Pr
oc.Natl.Acad.Sci.USA 84:7413−7417(19
87)によって記載されたリポフェクション法を使用して、1.0μgの市販の
線状化バキュロウイルスDNA(「BaculoGoldTM baculovi
rus DNA」,Pharmingen,San Diego,CA)と同時
トランスフェクトする。1μgのBaculoGoldTM ウイルスDNAおよ
び5μgのプラスミドを、50μlの無血清グレース培地(Life Tech
nologies Inc.,Gaithersburg,MD)を含む、マイ
クロタイタープレートの滅菌したウェル中で混合する。その後、10μlのリポ
フェクチンおよび90μlグレース培地を加え、混合し、そして室温で15分間
インキュベートする。次いで、トランスフェクション混合液を、無血清のグレー
ス培地1mlを加えた35mm組織培養プレートに播種したSf9昆虫細胞(A
TCC CRL 1711)に滴下する。次いで、このプレートを27℃で5時
間インキュベートする。次いで、トランスフェクション溶液をこのプレートから
除去し、そして10%ウシ胎仔血清を補充した1mlのグレース昆虫培地を添加
する。次いで、培養を27℃で4日間継続する。
【0740】 4日後上清を収集し、そしてSummersおよびSmith(前出)によっ
て記載されるようにプラークアッセイを行う。「Blue Gal」(Life
Technologies Inc.,Gaithersburg)を含むア
ガロースゲルを使用して、galが発現しているクローン(青色に染色したプラ
ークを生ずる)の容易な同定および単離を可能にする。(この型の「プラークア
ッセイ」の詳細な説明はまた、Life Technologies Inc.
,Gaithersburg,9−10頁によって頒布される、昆虫細胞培養お
よびバキュロウイルス学のための使用者ガイドの中に見出され得る)。適切なイ
ンキュベーションの後、青色に染色したプラークを、マイクロピペッターのチッ
プ(例えば、Eppendorf)で拾う。次いで、組換えウイルスを含む寒天
を、200μlのグレース培地を含む微小遠心分離チューブ中で再懸濁させ、そ
して組換えバキュロウイルスを含む懸濁液を使用して、35mmディッシュに播
種したSf9細胞を感染させる。4日後、これらの培養ディッシュの上清を採集
し、次いで4℃に貯蔵する。
【0741】 ポリペプチドの発現を確認するために、10%熱非働化FBSを補充したグレ
ース培地中で、Sf9細胞を増殖させる。この細胞を、約2の感染効率(「MO
I」)で、このポリヌクレオチドを含む組換えバキュロウイルスで感染させる。
放射性標識したタンパク質を所望する場合には、6時間後に培地を除去し、そし
てメチオニンおよびシステインを含まないSF900 II培地(Life T
echnologies Inc., Rockville, MDから入手可
能)に置き換える。42時間後、5μCiの35S−メチオニンおよび5μCiの 35 S−システイン(Amershamから入手可能)を添加する。細胞をさらに
16時間インキュベートし、次いで遠心分離によって採集する。上清中のタンパ
ク質ならびに細胞内タンパク質を、SDS−PAGEによって、次いでオートラ
ジオグラフィーによって(放射性標識した場合)分析する。
【0742】 精製タンパク質のアミノ末端のアミノ酸配列の微量配列決定法を使用して、産
生されたタンパク質のアミノ末端配列を決定し得る。
【0743】 (実施例8:哺乳動物細胞におけるポリペプチドの発現) 本発明のポリペプチドを、哺乳動物細胞において発現させ得る。代表的な哺乳
動物発現ベクターは、mRNAの転写の開始を媒介するプロモーターエレメント
、タンパク質コード配列、および転写の終結および転写物のポリアデニル化に必
要なシグナルを含む。さらなるエレメントは、エンハンサー、コザック(Koz
ak)配列、ならびに、RNAスプライシングのためのドナー部位およびアクセ
プター部位に隣接する介在配列を含む。非常に効率的な転写は、SV40由来の
初期および後期プロモーター、レトロウイルス(例えばRSV、HTLVI、H
IVI)由来の長末端反復(LTR)、およびサイトメガロウイルス(CMV)
の初期プロモーターを用いて達成される。しかし、細胞内エレメント(例えば、
ヒトアクチンプロモーター)もまた、使用され得る。
【0744】 本発明を実施する際の使用に適切な発現ベクターは、例えば、pSVLおよび
pMSG(Pharmacia,Uppsala,Sweden)、pRSVc
at(ATCC 37152)、pSV2dhfr(ATCC 37146)、
pBC12MI(ATCC 67109)、pCMVSport2.0、ならび
にpCMVSport3.0のようなベクターを含む。使用され得る哺乳動物宿
主細胞としては、ヒトのHela細胞、293細胞、H9細胞およびJurka
t細胞、マウスのNIH3T3細胞およびC127細胞、Cos 1細胞、Co
s 7細胞およびCV1細胞、ウズラのQC1−3細胞、マウスのL細胞、およ
びチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞が挙げられる。
【0745】 あるいは、ポリペプチドは、染色体に組み込まれたポリヌクレオチドを含む、
安定な細胞株中で発現され得る。dhfr、gpt、ネオマイシン、ハイグロマ
イシンのような選択マーカーを用いる同時トランスフェクションは、トランスフ
ェクトされた細胞の同定および単離を可能にする。
【0746】 トランスフェクトされた遺伝子はまた、大量のコードされたタンパク質を発現
するために増幅され得る。DHFR(ジヒドロ葉酸レダクターゼ)マーカーは、
目的の遺伝子の数百または数千さえものコピーを有する細胞株の開発に有用であ
る(例えば、Alt,F.W.ら、J.Biol.Chem.253:1357
−1370(1978);Hamlin,J.L.およびMa,C.,Bioc
hem.et Biophys.Acta、1097:107−143(199
0);Page,M.J.およびSydenham,M.A.ら、Biotec
hnology、9:64−68(1991)を参照のこと)。別の有用な選択
マーカーは、酵素グルタミンシンターゼ(GS)である(Murphyら、Bi
ochem J.227:277−279(1991);Bebbington
ら、Bio/Technology、10:169−175(1992))。こ
れらのマーカーを使用して、哺乳動物細胞を選択培地中で増殖させ、そしてもっ
とも高い耐性を有する細胞を選択する。これらの細胞株は、染色体に組み込まれ
た、増幅した遺伝子を含む。チャイニーズハムスター卵巣(CHO)およびNS
O細胞は、タンパク質の産生のためにしばしば使用される。
【0747】 プラスミドpSV2−dhfr(ATCC受託番号37146)の誘導体であ
る、発現ベクターpC4(ATCC受託番号209646)およびpC6(AT
CC受託番号209647)は、ラウス肉腫ウイルス(Cullenら、Mol
ecular and Cellular Biology、438−447(
1985年3月))の強力なプロモーター(LTR)、およびCMV−エンハン
サー(Boshartら、Cell 41:521−530 (1985))の
フラグメントを含む。例えば、BamHI、XbaI、およびAsp718の制
限酵素切断部位を有するマルチプルクローニングサイトは、目的の遺伝子のクロ
ーニングを容易にする。このベクターはまた、3’イントロン、ラットプレプロ
インスリン遺伝子のポリアデニル化シグナルおよび終結シグナル、ならびに、S
V40初期プロモーターの制御下にあるマウスDHFR遺伝子を含む。
【0748】 具体的には、例えば、プラスミドpC6を、適切な制限酵素を用いて消化し、
次いで当該分野で公知の手順によって、仔ウシ腸ホスファターゼ(phosph
ate)を使用して脱リン酸する。次いで、ベクターを1%アガロースゲルから
単離する。
【0749】 本発明のポリヌクレオチドは、実施例1に概説するプロトコルに従って増幅さ
れる。分泌タンパク質の産生のために天然に存在するシグナル配列が用いられる
場合、このベクターは、第2のシグナルペプチドを含む必要はない。あるいは、
天然に存在するシグナル配列が用いられない場合、このベクターは、異種シグナ
ル配列を含むように改変され得る(例えば、WO96/34891を参照のこと
)。
【0750】 増幅フラグメントを、市販のキット(「Geneclean」、BIO 10
1 Inc.、La Jolla,Ca.)を使用して、1%アガロースゲルか
ら単離する。次いで、このフラグメントを、適切な制限酵素で消化し、そして再
び1%アガロースゲルで精製する。
【0751】 次いで、増幅フラグメントを同じ制限酵素で消化し、そして1%アガロースゲ
ルで精製する。次いで、単離されたフラグメントおよび脱リン酸したベクターを
、T4 DNAリガーゼで連結する。次いで、E.coli HB101細胞ま
たはXL−1 Blue細胞を形質転換し、そしてプラスミドpC6に挿入され
たフラグメントを含む細菌を、例えば、制限酵素分析を用いて同定する。
【0752】 活性なDHFR遺伝子を欠損するチャイニーズハムスター卵巣細胞を、トラン
スフェクションに使用する。5μgの発現プラスミドpC6およびpc4を、リ
ポフェクチンを用いて、0.5μgのプラスミドpSVneoと同時トランスフ
ェクトする(Felgnerら、前出)。プラスミドpSV2−neoは、優性
で選択マーカーであるところの、G418を含む抗生物質の群に対する耐性を付
与する酵素をコードするTn5由来のneo遺伝子を含む。この細胞を、1mg
/mlのG418を補充したαマイナスMEMに播種する。2日後、この細胞を
トリプシン処理し、そして10、25、または50ng/mlのメトトレキサー
トおよび1mg/mlのG418を補充したαマイナスMEM中のハイブリドー
マクローニングプレート(Greiner,Germany)中に播種する。約
10〜14日後、単一のクローンをトリプシン処理し、次いで異なる濃度のメト
トレキサート(50nM、100nM、200nM、400nM、800nM)
を使用して、6ウェルのペトリ皿または10mlのフラスコに播種する。次いで
、最高濃度のメトトレキサートで増殖するクローンを、さらに高い濃度のメトト
レキサート(1μM、2μM、5μM、10mM、20mM)を含む新たな6ウ
ェルプレートに移す。同じ手順を、100〜200μMの濃度で増殖するクロー
ンが得られるまで繰り返す。所望の遺伝子産物の発現を、例えば、SDS−PA
GEおよびウエスタンブロットによって、または逆相HPLC分析によって分析
する。
【0753】 (実施例9:タンパク質融合物) 本発明のポリぺプチドは、好ましくは、他のタンパク質に融合される。これら
の融合タンパク質は、種々の適用に使用され得る。例えば、本発明のポリぺプチ
ドの、Hisタグ、HAタグ、プロテインA、IgGドメイン、およびマルトー
ス結合タンパク質への融合は、精製を容易にする(実施例5を参照のこと;EP
A 394,827もまた参照のこと;Trauneckerら、Natur
e、331:84−86(1988))。同様に、IgG−1、IgG−3、お
よびアルブミンへの融合は、インビボでの半減期を増大させる。本発明のポリぺ
プチドに融合した核局在化シグナルは、タンパク質を特定の細胞内局在に標的化
し得る。一方、共有結合ヘテロニ量体またはホモニ量体は、融合タンパク質の活
性を増大または減少させ得る。融合タンパク質はまた、1つより多い機能を有す
るキメラ分子を作製し得る。最後に、融合タンパク質は、非融合タンパク質と比
較して、融合タンパク質の可溶性および/または安定性を増大させ得る。上記の
融合タンパク質の全ての型は、IgG分子へのポリぺプチドの融合を概説する以
下のプロトコル、または実施例5に記載されるプロトコルを改変することによっ
て作製され得る。
【0754】 簡単には、IgG分子のヒトFc部分は、以下に記載の配列の5’末端および
3’末端にわたるプライマーを使用してPCR増幅され得る。これらのプライマ
ーはまた、発現ベクター(好ましくは、哺乳動物発現ベクター)へのクローニン
グを容易にする都合の良い制限酵素部位を有するべきである。
【0755】 例えば、pC4(受託番号209646)が使用される場合、ヒトFc部分は
、BamHIクローニング部位に連結され得る。3’BamHI部位が破壊され
るべきであることに注意のこと。次に、ヒトFc部分を含有するベクターが、B
amHIを用いて再び制限され、ベクターを線状化し、そして実施例1に記載さ
れるPCRプロトコルによって単離された本発明のポリヌクレオチドが、このB
amHI部位に連結される。ポリヌクレオチドは、終止コドンなしにクローニン
グされ、そうでなければ、融合タンパク質は産生されないことに注意すること。
【0756】 天然に存在するシグナル配列が分泌タンパク質を産生するために使用される場
合、pC4は、第2のシグナルペプチドを必要としない。あるいは、天然に存在
するシグナル配列が使用されない場合、ベクターは、異種シグナル配列を含むよ
うに改変され得る(例えば、WO 96/34891を参照のこと)。
【0757】 ヒトIgG Fc領域: GGGATCCGGAGCCCAAATCTTCTGACAAAACTCACA
CATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAATTCGAGGGTG
CACCGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGG
ACACCCTCATGATCTCCCGGACTCCTGAGGTCACAT
GCGTGGTGGTGGACGTAAGCCACGAAGACCCTGAGG
TCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGC
ATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACA
ACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCC
TGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGT
GCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAACCCCCATCG
AGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAG
AACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCGGGATG
AGCTGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGG
TCAAAGGCTTCTATCCAAGCGACATCGCCGTGGAGT
GGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGA
CCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCT
TCCTCTACAGCAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGGT
GGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGC
ATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGAGCC
TCTCCCTGTCTCCGGGTAAATGAGTGCGACGGCCGC
GACTCTAGAGGAT(配列番号1) (実施例10:ポリペプチドからの抗体の産生) 本発明の抗体は、種々の方法によって調製され得る。(Current Pr
otocols,第2章を参照のこと)。このような方法の1つの例として、本
発明のポリペプチドを発現する細胞は、ポリクローナル抗体を含む血清の産生を
誘導するために動物に投与される。好ましい方法において、分泌されたタンパク
質の調製物が調製され、そして精製されて、天然の夾雑物を実質的に含まないよ
うにされる。次いで、より大きな比活性のポリクローナル抗血清を生成するため
に、このような調製物は、動物に導入される。
【0758】 最も好ましい方法において、本発明の抗体は、モノクローナル抗体(またはそ
のタンパク質結合フラグメント)である。このようなモノクローナル抗体は、ハ
イブリドーマ技術を使用して調製される(Kohlerら、Nature 25
6:495(1975);Kohlerら、Eur.J.Immunol.6:
511(1976);Kohlerら、Eur.J.Immunol.6:29
2(1976);Hammerlingら:Monoclonal Antib
odies and T−Cell Hybridomas,Elsevier
,N.Y.、563−681頁(1981))。一般に、このような手順は、動
物(好ましくはマウス)を、ポリペプチドで、またはより好ましくは分泌ポリペ
プチド発現細胞で免疫する工程を包含する。このような細胞は、任意の適切な組
織培養培地において培養され得る;しかし、好ましくは10%ウシ胎仔血清(約
56℃で非働化した)を補充し、そして約10g/lの非必須アミノ酸、約1,
000U/mlのペニシリン、および約100μg/mlのストレプトマイシン
を補充したEarle改変イーグル培地において培養される。
【0759】 このようなマウスの脾細胞は抽出され、そして適切な骨髄腫細胞株と融合され
る。任意の適切な骨髄腫細胞株は、本発明に従って用いられ得る;しかし、AT
CCから入手可能な親骨髄腫細胞株(SP2O)を用いることが好ましい。融合
後、得られるハイブリドーマ細胞を、HAT培地において選択的に維持し、次い
でWandsら(Gastroenterology 80:225−232(
1981))により記載されるように限界希釈によってクローニングする。次い
で、このような選択を通して得られるハイブリドーマ細胞を、このポリぺプチド
に結合し得る抗体を分泌するクローンを同定するためにアッセイする。
【0760】 あるいは、このポリぺプチドに結合し得るさらなる抗体を、抗イディオタイプ
抗体を使用して2段階工程の手順において生成し得る。このような方法は、抗体
それ自体が抗原であり、それゆえ第二の抗体に結合する抗体を得ることが可能で
あるという事実を利用する。この方法に従って、タンパク質特異的抗体を使用し
て、動物(好ましくは、マウス)を免疫する。次いで、このような動物の脾細胞
を使用して、ハイブリドーマ細胞を産生する。そして、このハイブリドーマ細胞
は、抗体のタンパク質特異的抗体に結合する能力がこのポリペプチドによってブ
ロックされ得る抗体を産生するクローンを同定するためにスクリーニングされる
。このような抗体は、タンパク質特異的抗体に対する抗イディオタイプ抗体を含
み、そして動物を免疫してさらなるタンパク質特異的抗体の形成を誘導するため
に使用される。
【0761】 本発明の抗体のFabおよびF(ab’)2ならびに他のフラグメントは、本
明細書において記載される方法に従って用いられ得ることが明白である。このよ
うなフラグメントは代表的に、(Fabフラグメントを生成するために)パパイ
ンまたは(F(ab’)2フラグメントを産生するために)ペプシンのような酵
素を使用して、タンパク質分解性切断により生成される。あるいは、分泌された
タンパク質−結合フラグメントは、組換えDNA技術の適用または合成化学によ
り生成され得る。
【0762】 ヒトにおける抗体のインビボ使用のために、「ヒト化」キメラモノクローナル
抗体を使用することが好適であり得る。このような抗体は、上記のモノクローナ
ル抗体を産生するハイブリドーマ細胞に由来する遺伝的構築物を使用することに
よって産生され得る。キメラ抗体を産生するための方法は、当該分野で公知であ
る。(総説については、Morrison,Science 229:1202
(1985);Oiら、BioTechniques 4:214(1986)
;Cabillyら、米国特許第4,816,567号;Taniguchiら
、EP 171496;Morrisonら、EP 173494;Neube
rgerら、WO 8601533;Robinsonら、WO 870267
1;Boulianneら、Nature 312:643(1984);Ne
ubergerら、Nature 314:268(1985)を参照のこと)
【0763】 (実施例11:ハイスループットスクリーニングアッセイのための分泌タンパ
ク質の産生) 以下のプロトコルは、試験されるべきポリぺプチドを含有する上清を産生する
。次いで、この上清は、実施例13〜20に記載されるスクリーニングアッセイ
において使用され得る。
【0764】 第一に、ポリ−D−リジン(644 587 Boehringer−Man
nheim)ストック溶液(PBS中に1mg/ml)を、PBS(カルシウム
もマグネシウムも含まない17−516F Biowhittaker)中で1
:20に希釈して、作業溶液50μg/mlにする。200μlのこの溶液を、
各ウェル(24ウェルプレート)に添加し、そして室温で20分間インキュベー
トする。溶液を各ウェルにわたって分配させることを確実にする(注:12チャ
ンネルピペッターは、1つおきのチャンネルにチップをつけて使用され得る)。
ポリ−D−リジン溶液を吸引除去し、そして1ml PBS(リン酸緩衝化生理
食塩水)でリンスする。PBSは、細胞をプレートする直前までウェル中に残す
べきであり、そしてプレートは2週間前までに予めポリリジンでコーティングし
得る。
【0765】 293T細胞(P+20を過ぎて細胞を保有しない)を、2×105細胞/ウ
ェルで、0.5mlのDMEM(Dulbecco改変Eagle培地)(4.
5G/LのグルコースおよびL−グルタミン(12−604F Biowhit
taker)を含む)/10%熱非働化FBS(14−503F Biowhi
ttaker)/1×Penstrep(17−602E Biowhitta
ker)中にプレートする。細胞を一晩増殖させる。
【0766】 翌日、滅菌溶液容器(basin)中で、300μlリポフェクトアミン(1
8324−012 Gibco/BRL)および5ml Optimem I(
31985070 Gibco/BRL)/96ウェルプレートを、一緒に混合
する。小容量のマルチチャンネルピペッターを用いて、実施例8または9に記載
する方法によって産生されたポリヌクレオチド挿入物を含有する約2μgの発現
ベクターを、適切に標識された96ウェルの丸底プレート中にアリコートする。
マルチチャンネルピペッターを用いて、50μlのリポフェクトアミン/Opt
imem I混合物を各ウェルに添加する。ピペットで緩やかに吸い上げたり下
げたりして混合する。室温で15〜45分間インキュベートする。約20分後、
マルチチャンネルピペッターを使用して150μlのOptimem Iを各ウ
ェルに添加する。コントロールとして、挿入物を欠失するベクターDNAの1つ
のプレートは、トランスフェクションの各セットでトランスフェクトされるべき
である。
【0767】 好ましくは、トランスフェクションは、以下の作業をタッグチームを組んで(
tag−teaming)行うべきである。タッグチームを組むことによって、
時間に関する労力は半減され、そして細胞にはPBS上であまり多くの時間を過
ごさせない。まず、Aさんは、培地を細胞の4つの24ウェルプレートから吸引
除去し、次いでBさんが0.5〜1mlのPBSで各ウェルをリンスする。次い
で、Aさんは、PBSリンスを吸引除去し、そしてBさんは、チャンネル1つお
きにチップのついた12チャンネルピペッターを使用して、200μlのDNA
/リポフェクトアミン/Optimem I複合体を、まず奇数のウェルに、次
いで偶数のウェルにと、24ウェルプレート上の各列に添加する。37℃で6時
間インキュベートする。
【0768】 細胞をインキュベートする間に、1×ペンストレップ(penstrep)を
有するDMEM中の1%BSAか、または2mMグルタミンおよび1×ペンスト
レップを含むCHO−5培地(116.6mg/LのCaCl2(無水物);0
.00130mg/L CuSO4−5H2O;0.050mg/LのFe(NO 33−9H2O;0.417mg/LのFeSO4−7H2O;311.80mg
/LのKCl;28.64mg/LのMgCl2;48.84mg/LのMgS
4;6995.50mg/LのNaCl;2400.0mg/LのNaHCO3 ;62.50mg/LのNaH2PO4−H2O;71.02mg/LのNa2HP
4;0.4320mg/LのZnSO4−7H2O;0.002mg/Lのアラ
キドン酸;1.022mg/Lのコレステロール;0.070mg/LのDL−
α−酢酸トコフェロール;0.0520mg/Lのリノール酸;0.010mg
/Lのリノレン酸;0.010mg/Lのミリスチン酸;0.010mg/Lの
オレイン酸;0.010mg/Lのパルミトオレイン酸(palmitric
acid);0.010mg/Lのパルミチン酸;100mg/LのPluro
nic F−68;0.010mg/Lのステアリン酸;2.20mg/LのT
ween80;4551mg/LのD−グルコース;130.85mg/mlの
L−アラニン;147.50mg/mlのL−アルギニン−HCl;7.50m
g/mlのL−アスパラギン−H2O;6.65mg/mlのL−アスパラギン
酸;29.56mg/mlのL−シスチン2HCl−H2O;31.29mg/
mlのL−シスチン−2HCl;7.35mg/mlのL−グルタミン酸;36
5.0mg/mlのL−グルタミン;18.75mg/mlのグリシン;52.
48mg/mlのL−ヒスチジン−HCl−H2O;106.97mg/mlの
L−イソロイシン;111.45mg/mlのL−ロイシン;163.75mg
/mlのL−リジンHCl;32.34mg/mlのL−メチオニン;68.4
8mg/mlのL−フェニルアラニン;40.0mg/mlのL−プロリン;2
6.25mg/mlのL−セリン;101.05mg/mlのL−スレオニン;
19.22mg/mlのL−トリプトファン;91.79mg/mlのL−チロ
シン(Tryrosine)−2Na−2H2O;99.65mg/mlのL−
バリン;0.0035mg/Lのビオチン;3.24mg/LのD−Caパント
テン酸;11.78mg/Lの塩化コリン;4.65mg/Lの葉酸;15.6
0mg/Lのi−イノシトール;3.02mg/Lのナイアシンアミド;3.0
0mg/LのピリドキサールHCl;0.031mg/LのピリドキシンHCl
;0.319mg/Lのリボフラビン;3.17mg/LのチアミンHCl;0
.365mg/Lのチミジン;および0.680mg/LのビタミンB12;25
mMのHEPES緩衝剤;2.39mg/LのNaヒポキサンチン;0.105
mg/Lのリポ酸;0.081mg/Lのプトレシンナトリウム−2HCl;5
5.0mg/Lのピルビン酸ナトリウム;0.0067mg/Lの亜セレン酸ナ
トリウム;20μMのエタノールアミン;0.122mg/Lのクエン酸第二鉄
;41.70mg/Lのリノール酸と複合体化したメチル−B−シクロデキスト
リン;33.33mg/Lのオレイン酸と複合体化したメチル−B−シクロデキ
ストリン;ならびに10mg/Lのレチナールと複合体化したメチル−B−シク
ロデキストリン)のいずれかの適切な培地を調製する。(10%BSAストック
溶液のために、1L DMEM中にBSA(81−068−3 Bayer)1
00gを溶解した)。培地を濾過し、そして50μlを内毒素アッセイのために
15mlポリスチレンコニカル中に収集する。
【0769】 トランスフェクション反応を、好ましくはタッグチームを組んでインキュベー
ション時間の終わりに終結させる。Aさんは、トランスフェクション培地を吸引
除去し、その間Bさんは、1.5mlの適切な培地を各ウェルに添加する。使用
された培地に依存して45時間または72時間、37℃でインキュベートする:
1%BSAは45時間、またはCHO−5は72時間。
【0770】 4日目に、300μlのマルチチャンネルピペッターを使用して、600μl
を1mlの深底ウェルプレート1枚にアリコートし、そして残りの上清を2ml
の深底ウェルにアリコートする。次いで、各ウェルからの上清を実施例13〜2
0に記載するアッセイにおいて使用し得る。
【0771】 活性が、上清を使用して以下に記載する任意のアッセイにおいて得られる場合
、この活性は、ポリぺプチドから直接に(例えば、分泌タンパク質として)か、
または他のタンパク質の発現を誘導するポリぺプチドによって(このタンパク質
は、次いで上清中に分泌される)のいずれかに由来することが特に理解される。
従って、本発明はさらに、特定のアッセイにおける活性によって特徴づけられる
上清中のタンパク質を同定する方法を提供する。
【0772】 (実施例12:GASレポーター構築物の構築) 細胞の分化および増殖に関与する1つのシグナル伝達経路は、Jaks−ST
AT経路と呼ばれる。Jaks−STAT経路において活性化されたタンパク質
は、多くの遺伝子のプロモーターに位置する、γ活性化部位「GAS」エレメン
トまたはインターフェロン感受性応答エレメント(「ISRE」)に結合する。
これらのエレメントに対するタンパク質の結合は、関連する遺伝子の発現を変化
させる。
【0773】 GASエレメントおよびISREエレメントは、転写のシグナルトランスデュ
ーサーおよびアクチベーター、すなわち「STAT」と呼ばれるクラスの転写因
子によって認識される。STATファミリーには6つのメンバーが存在する。S
tat1およびStat3は、Stat2と同様に(IFNαに対する応答が広
範であるように)、多くの細胞型において存在する。Stat4は、より限定さ
れており、そして多くの細胞型には存在しないが、IL−12での処理後のTヘ
ルパークラスI細胞に見出されている。Stat5は、元々は乳房成長因子と呼
ばれたが、骨髄細胞を含む他の細胞においてより高い濃度で見出されている。そ
れは、多くのサイトカインによって組織培養細胞において活性化され得る。
【0774】 STATは活性化されて、Janus Kinase(「Jaks」)ファミ
リーとして知られる1セットのキナーゼによるチロシンリン酸化に際して細胞質
から核へ移動する。Jaksは、可溶性のチロシンキナーゼの独特のファミリー
の代表であり、そしてTyk2、Jak1、Jak2、およびJak3を含む。
これらのキナーゼは、有意な配列類似性を示し、そして一般には休止細胞におい
て触媒的に不活性である。
【0775】 Jaksは、以下の表によって要約されるように広範なレセプターによって活
性化される。(SchidlerおよびDarnell,Ann.Rev.Bi
ochem.64:621−51(1995)による総説から改変)。Jaks
を活性化し得るサイトカインレセプターファミリーは、2つの群に分けられる:
(a)クラス1は、IL−2、IL−3、IL−4、IL−6、IL−7、IL
−9、IL−11、IL−12、IL−15、Epo、PRL、GH、G−CS
F、GM−CSF、LIF、CNTF、およびトロンボポエチンに対するレセプ
ターを含み;そして(b)クラス2は、IFN−a、IFN−g、およびIL−
10を含む。クラス1レセプターは、保存されたシステインモチーフ(4つの保
存されたシステインおよび1つのトリプトファンのセット)、およびWSXWS
モチーフ(Trp−Ser−Xxx−Trp−Ser(配列番号2)をコードす
る膜近接領域)を共有する。
【0776】 従って、リガンドのレセプターへの結合の際に、Jaksは活性化され、これ
は次いでSTATを活性化し、これは、次いで移動し、そしてGASエレメント
に結合する。この全プロセスは、Jaks−STATシグナル伝達経路に包含さ
れる。
【0777】 それゆえ、GASまたはISREエレメントの結合によって反映されるJak
s−STAT経路の活性化は、細胞の増殖および分化に関与するタンパク質を示
すために使用され得る。例えば、増殖因子およびサイトカインは、Jaks−S
TAT経路を活性化することが知られている。(以下の表を参照のこと)。従っ
て、レポーター分子に連結したGASエレメントを使用することにより、Jak
s−STAT経路のアクチベーターが同定され得る。
【0778】
【表4】 実施例13〜14に記載される生物学的アッセイにおいて使用されるプロモー
ターエレメントを含む合成GASを構築するために、PCRに基づいたストラテ
ジーを用いてGAS−SV40プロモーター配列を生成する。5’プライマーは
、IRF1プロモーターにおいて見出され、そして一定の範囲のサイトカインで
の誘導の際にSTATに結合することが以前に実証されたGAS結合部位の4つ
の直列のコピーを含むが(Rothmanら、Immunity 1:457−
468(1994))、他のGASエレメントまたはISREエレメントを代わ
りに使用し得る。5’プライマーはまた、SV40初期プロモーター配列に対し
て相補的な18bpの配列も含み、そしてXhoI部位に隣接する。5’プライ
マーの配列は以下である: 5’:GCGCCTCGAGATTTCCCCGAAATCTAGATTTCC
CCGAAATGATTTCCCCGAAATGATTTCCCCGAAATA
TCTGCCATCTCAATTAG:3’(配列番号3) 下流プライマーはSV40プロモーターに対して相補的であり、そしてHin
d III部位に隣接する:5’:GCGGCAAGCTTTTTGCAAAG
CCTAGGC:3’(配列番号4)。
【0779】 PCR増幅を、Clontechから入手したB−gal:プロモータープラ
スミド中に存在するSV40プロモーターのテンプレートを用いて実施する。得
られたPCRフラグメントをXhoI/Hind IIIを用いて消化し、そし
てBLSK2−(Stratagene)にサブクローニングする。正方向およ
び逆方向のプライマーを用いる配列決定により、挿入物が以下の配列を含むこと
を確認する:
【0780】
【化21】 このGASプロモーターエレメントがSV40プロモーターに結合されると、
次に、GAS:SEAP2レポーター構築物を操作する。ここで、レポーター分
子は、分泌アルカリホスファターゼ、すなわち「SEAP」である。しかし、明
らかに、この実施例または他の実施例のいずれにおいても、任意のレポーター分
子が、SEAPの代わりとなり得る。SEAPの代わりに使用され得る周知のレ
ポーター分子としては、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(C
AT)、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グ
リーン蛍光タンパク質(GFP)、または抗体により検出可能な任意のタンパク
質が挙げられる。
【0781】 上記の配列により確認された合成GAS−SV40プロモーターエレメントを
、GAS−SEAPベクターを作製するために、HindIIIおよびXhoI
を用いて、増幅したGAS:SV40プロモーターエレメントでSV40プロモ
ーターを有効に置換し、Clontechから入手したpSEAP−プロモータ
ーベクターにサブクローニングする。しかし、このベクターはネオマイシン耐性
遺伝子を含まず、それゆえ、哺乳動物の発現系には好ましくない。
【0782】 従って、GAS−SEAPレポーターを発現する哺乳動物の安定な細胞株を作
製するために、GAS−SEAPカセットを、SalIおよびNotIを用いて
GAS−SEAPベクターから取り出し、そしてGAS−SEAP/Neoベク
ターを作製するために、マルチクローニング部位におけるこれらの制限部位を用
いて、ネオマイシン耐性遺伝子を含む骨格ベクター(例えば、pGFP−1(C
lontech))に挿入する。一旦、このベクターを哺乳動物細胞にトランス
フェクトすれば、次いでこのベクターは、実施例13〜14に記載されるように
GAS結合についてのレポーター分子として使用され得る。
【0783】 他の構築物を、上記の説明を使用し、そしてGASを異なるプロモーター配列
で置換して、作製し得る。例えば、NFK−BおよびEGRプロモーター配列を
含むレポーター分子の構築を、実施例15および16に記載する。しかし、多く
の他のプロモーターを、これらの実施例に記載のプロトコルを使用して置換し得
る。例えば、SRE、IL−2、NFAT、またはオステオカルシンのプロモー
ターを単独で、または組み合わせて(例えば、GAS/NF−KB/EGR、G
AS/NF−KB、Il−2/NFAT、またはNF−KB/GAS)置換し得
る。同様に、他の細胞株(例えば、HELA(上皮細胞)、HUVEC(内皮細
胞)、Reh(B細胞)、Saos−2(骨芽細胞)、HUVAC(大動脈細胞
)、または心筋細胞)を、レポーター構築物の活性を試験するために使用し得る
【0784】 (実施例13:T細胞の活性についてのハイスループットスクリーニングアッ
セイ) 以下のプロトコルを使用して、因子を同定すること、および本発明のポリペプ
チドを含有する上清がT細胞を増殖および/または分化するか否かを決定するこ
とによって、T細胞活性を評価する。T細胞の活性を実施例12で作製したGA
S/SEAP/Neo構築物を用いて評価する。従って、SEAP活性を増加さ
せる因子は、Jaks−STATSシグナル伝達経路を活性化する能力を示す。
このアッセイに使用したT細胞は、Jurkat T細胞(ATCC受託番号T
IB−152)であるが、Molt−3細胞(ATCC受託番号CRL−155
2)およびMolt−4細胞(ATCC受託番号CRL−1582)細胞もまた
使用し得る。
【0785】 Jurkat T細胞は、リンパ芽球性CD4+ Th1ヘルパー細胞である
。安定な細胞株を作製するために、およそ200万のJurkat細胞をDMR
IE−C(Life Technologies)を用いて、GAS−SEAP
/neoベクターでトランスフェクトする(以下に記載のトランスフェクション
手順)。トランスフェクトした細胞を、およそ20,000細胞/ウェルの密度
で播種し、そして1mg/mlのジェネティシン(genticin)に対して
耐性であるトランスフェクト体を選択する。耐性コロニーを増殖させ、次いで、
漸増する濃度のインターフェロンγに対するそれらの応答について試験する。選
択したクローンの用量応答を示す。
【0786】 詳細には、以下のプロトコルにより、200μlの細胞を含む75のウェルに
ついて十分な細胞を得る。従って、複数の96ウェルプレートについて十分な細
胞を産生するために、これをスケールアップするか、または複数で実施するかの
いずれかを行う。Jurkat細胞をRPMI+10%血清および1%のPen
−Strep中で維持する。T25フラスコ中で2.5mlのOPTI−MEM
(Life Technologies)と10μgのプラスミドDNAとを組
み合わせる。50μlのDMRIE−Cを含む2.5mlのOPTI−MEMを
添加し、そして、室温で15〜45分間インキュベートする。
【0787】 インキュベート時間の間、細胞濃度をカウントし、必要な細胞数(トランスフ
ェクションあたり107個)をスピンダウンし、そして最終濃度が107細胞/m
lとなるようにOPTI−MEM中で再懸濁する。次いで、OPTI−MEM中
の1×107個の細胞の1mlをT25フラスコに加え、そして37℃で6時間
インキュベートする。インキュベーションの後、10mlのRPMI+15%の
血清を添加する。
【0788】 Jurkat:GAS−SEAP安定レポーター株をRPMI+10%血清、
1mg/mlジェネティシン、および1%のPen−Strep中で維持する。
これらの細胞は、本発明のポリペプチドを含む上清で処理されるか、および/ま
たは実施例11に記載のプロトコールにより産生されるよう本発明のポリペプチ
ドを誘導される。
【0789】 上清での処理日に細胞を洗浄すべきであり、そして1mlあたり500,00
0個の細胞の密度となるように新鮮なRPMI+10%血清中に再懸濁するべき
である。必要な細胞の正確な数は、スクリーニングされる上清の数に依存する。
1枚の96ウェルプレートについて、およそ1000万個の細胞(10枚のプレ
ートについて1億個の細胞)を必要とする。
【0790】 12チャンネルのピペットを用いて96ウェルのディッシュに細胞を分与する
ために、三角のリザーバーボートに細胞を移す。200μlの細胞を、12チャ
ンネルのピペットを用いて、それぞれのウェルに移す(従って、ウェル当たり1
00,000個の細胞を添加する)。
【0791】 全てのプレートに播種した後、50μlの上清を、12チャンネルピペットを
用いて、上清を含む96ウェルプレートから各ウェルに直接的に移す。さらに、
外来性のインターフェロンγの用量(0.1、1.0、10ng)を、ウェルH
9、ウェルH10、およびウェルH11に添加し、アッセイについてのさらなる
陽性コントロールとして使用する。
【0792】 上清で処理したJurkat細胞を含む96ウェルディッシュをインキュベー
ターに48時間置く(注記:この時間は48〜72時間の間で変更可能である)
。次いで、各ウェルから35μlのサンプルを12チャンネルのピペットを用い
て、不透明な96ウェルプレートに移す。不透明なプレートを(セロファンのカ
バーを用いて)覆うべきであり、そして実施例17に記載のSEAPアッセイを
実施するまで、−20℃で保存するべきである。残存する処理した細胞を含むプ
レートを4℃に置き、そして、所望するならば、特定のウェル上でのアッセイを
繰り返すための物質の供給源として供する。
【0793】 陽性コントロールとして、100ユニット/mlのインターフェロンγを使用
し得、これは、Jurkat T細胞を活性化することが公知である。代表的に
は、30倍を超える誘導が、陽性コントロールのウェルにおいて観察される。
【0794】 上述のプロトコルは、一過性および安定性の両方のトランスフェクト細胞の作
製に用いられ得、このことは当業者に明らかである。
【0795】 (実施例14:骨髄性の活性を同定するハイスループットスクリーニングアッ
セイ) 以下のプロトコルを使用して、本発明のポリペプチドが骨髄性細胞を増殖およ
び/または分化させるか否かを決定することにより骨髄性の活性を評価する。骨
髄性細胞の活性を実施例12において産生されたGAS/SEAP/Neo構築
物を用いて評価する。従って、SEAP活性を増加させる因子は、Jaks−S
TATSシグナル伝達経路を活性化させる能力を示す。このアッセイに使用した
骨髄性細胞は、U937(前単球(pre−monocyte)細胞株)である
が、TF−1、HL60、またはKG1も使用し得る。
【0796】 U937細胞を、実施例12において産生されたGAS/SEAP/Neo構
築物で、一過性にトランスフェクトするために、DEAE−Dextran法(
Kharbandaら、1994,Cell Growth & Differ
entiation,5:259−265)を用いる。最初に、2×10e7
のU937細胞を回収し、そしてPBSで洗浄する。U937細胞を、通常、1
00単位/mlのペニシリンおよび100mg/mlのストレプトマイシンを補
充した10%熱非働化ウシ胎仔血清(FBS)を含むRPMI 1640培地中
で増殖させる。
【0797】 次に、0.5mg/ml DEAE−Dextran、8μgのGAS−SE
AP2プラスミドDNA、140mM NaCl、5mM KCl、375μM
Na2HPO4・7H2O、1mM MgCl2、および675μM CaCl2
を含む1mlの20mM Tris−HCl(pH 7.4)緩衝液に細胞を懸
濁する。37℃で45分間インキュベートする。
【0798】 10% FBSを含むRPMI 1640培地で細胞を洗浄し、次いで、10
mlの完全培地に再懸濁し、そして37℃で36時間インキュベートする。
【0799】 GAS−SEAP/U937安定細胞を、400μg/mlのG418中で細
胞を増殖させることにより得る。G418を含まない培地を使用して、慣用的に
増殖させるが、1〜2ヶ月毎に細胞を二継代の間、400μg/ml G418
中で再増殖させるべきである。
【0800】 これらの細胞を1×108個の細胞(これは10枚の96ウェルプレートアッ
セイのために十分である)を回収することにより試験し、そしてPBSで洗浄す
る。上記の200mlの増殖培地中に、5×105細胞/mlの最終密度で細胞
を懸濁する。96ウェルプレートにおいてウェルあたり200μlの細胞(すな
わち、1×105細胞/ウェル)をプレートする。
【0801】 実施例11に記載されるプロトコルにより調製された上清の50μlを添加す
る。37℃で48〜72時間インキュベートする。陽性コントロールとして、1
00単位/mlのインターフェロンγを使用し得、これはU937細胞を活性化
させることが公知である。代表的には、30倍を超える誘導が、陽性コントロー
ルウェルにおいて観察される。実施例17に記載のプロトコルに従って上清をS
EAPアッセイする。
【0802】 (実施例15:ニューロン活性を同定するハイスループットスクリーニングア
ッセイ) 細胞が分化および増殖を経る場合、一群の遺伝子が多くの異なるシグナル伝達
経路を介して活性化される。これらの遺伝子の1つであるEGR1(初期増殖応
答遺伝子1)は、活性化時に種々の組織および細胞型において誘導される。EG
R1のプロモーターはこのような誘導を担う。レポーター分子に結合したEGR
1プロモーターを使用して、細胞の活性化を評価し得る。
【0803】 詳細には、以下のプロトコルをPC12細胞株におけるニューロン活性を評価
するために使用する。PC12細胞(ラット褐色細胞腫(phenochrom
ocytoma)細胞)は、多くのマイトジェン(例えば、TPA(テトラデカ
ノイルホルボールアセテート)、NGF(神経成長因子)、およびEGF(上皮
増殖因子))での活性化により、増殖および/または分化することが公知である
。この処理の間にEGR1遺伝子発現を活性化する。従って、SEAPレポータ
ーに結合したEGRプロモーターを含む構築物でPC12細胞を安定にトランス
フェクトすることにより、PC12細胞の活性化を評価し得る。
【0804】 EGR/SEAPレポーター構築物を以下のプロトコルにより組み立て得る。
EGR−1プロモーター配列(−633〜+1)(Sakamoto Kら、O
ncogene 6:867−871(1991))を以下のプライマーを用い
て、ヒトゲノムDNAからPCR増幅し得る: 5’GCGCTCGAGGGATGACAGCGATAGAACCCCGG−
3’(配列番号6) 5’GCGAAGCTTCGCGACTCCCCGGATCCGCCTC−3
’(配列番号7)。
【0805】 次いで、実施例12において作製したGAS:SEAP/Neoベクターを使
用して、EGR1増幅産物をこのベクターに挿入し得る。制限酵素XhoI/H
indIIIを使用してGAS:SEAP/Neoベクターを直鎖状化し、GA
S/SV40スタッファー(stuffer)を取り除く。これらと同じ酵素を
用いて、EGR1増幅産物を制限処理する。ベクターとEGR1プロモーターと
を連結する。
【0806】 細胞培養のための96ウェルプレートを調製するために、コーティング溶液(
コラーゲンI型(Upstate Biotech Inc.カタログ番号08
−115)の30%エタノール(滅菌濾過)での1:30希釈)を1つの10c
mプレートあたり2ml、または96ウェルプレートのウェルあたり50ml添
加し、そして2時間風乾させる。
【0807】 PC12細胞を、予めコートした10cm組織培養ディッシュ上で、ペニシリ
ン(100単位/ml)およびストレプトマイシン(100μg/ml)を補充
した、10%ウマ血清(JRH BIOSCIENCES、カタログ番号124
49−78P)、5%熱非働化ウシ胎仔血清(FBS)を含むRPMI−164
0培地(Bio Whittaker)中で慣用的に増殖させる。1つから4つ
への分割を3〜4日毎に行う。細胞を掻き取ることによりプレートから取り出し
、そして15回より多く上下にピペッティングして再懸濁する。
【0808】 EGR/SEAP/Neo構築物を、実施例11に記載のLipofecta
mineプロトコルを使用して、PC12にトランスフェクトする。EGR−S
EAP/PC12安定細胞を、300μg/mlのG418中で細胞を増殖させ
ることにより得る。G418を含まない培地を慣用的な増殖のために使用するが
、1〜2ヶ月毎に、細胞を2継代の間、300μg/mlのG418中で再増殖
させるべきである。
【0809】 ニューロン活性をアッセイするために、およそ70〜80%コンフルエントで
細胞を有する10cmプレートを、古い培地を除去することによりスクリーニン
グする。細胞をPBS(リン酸緩衝化生理食塩水)を用いて1回洗浄する。次い
で、細胞を低血清培地(抗生物質とともに1%ウマ血清および0.5% FBS
を含むRPMI−1640)中で一晩、飢餓(starve)させる。
【0810】 翌朝、培地を除去し、そしてPBSで細胞を洗浄する。プレートから細胞を掻
き取り、細胞を2mlの低血清培地中で懸濁する。細胞数をカウントし、そして
より低血清の培地を添加し、5×105細胞/mlの最終細胞密度に到達させる
【0811】 200μlの細胞懸濁液を96ウェルプレートの各ウェルに添加する(1×1
5細胞/ウェルに等しい)。実施例11により産生された50μlの上清を、
37℃で48〜72時間添加する。陽性コントロールとして、EGRを介してP
C12細胞を活性化することが公知の成長因子(例えば、50ng/μlの神経
成長因子(NGF))を使用し得る。代表的には、50倍を超えるSEAP誘導
が陽性コントロールウェルにおいて見られる。実施例17に従って、上清をSE
APアッセイする。
【0812】 (実施例16:T細胞の活性についてのハイスループットスクリーニングアッ
セイ) NF−KB(核因子KB)は、広範な種々の薬剤(炎症性サイトカインである
IL−1およびTNF、CD30およびCD40、リンホトキシン−αおよびリ
ンホトキシン−βを含む)により、LPSまたはトロンビンへの曝露により、な
らびに特定のウイルス遺伝子産物の発現により活性化される転写因子である。転
写因子として、NF−KBは免疫細胞の活性化に関与する遺伝子の発現、アポト
ーシスの制御(NF−KBは、アポトーシスから細胞を保護するようである)、
B細胞およびT細胞の発生、抗ウイルス応答および抗菌応答、ならびに複数のス
トレス応答を調節する。
【0813】 刺激されない条件において、NF−KBは、I−KB(インヒビターKB)を
有する細胞質に保持される。しかし、刺激の際に、I−KBはリン酸化され、そ
して分解され、NF−KBの核への往復(shuttle)を引き起こし、これ
により標的遺伝子の転写を活性化する。NF−KBにより活性化される標的遺伝
子としては、IL−2、IL−6、GM−CSF、ICAM−1およびクラス1
MHCが挙げられる。
【0814】 その中心的な役割および一定の範囲の刺激に応答する能力に起因して、NF−
KBプロモーターエレメントを利用するレポーター構築物を、実施例11におい
て産生された上清をスクリーニングするために使用する。NF−KBのアクチベ
ーターまたはインヒビターは、疾患の処置に有用である。例えば、NF−KBの
インヒビターを、急性または慢性的なNF−KBの活性化に関連する疾患(例え
ば、慢性関節リウマチ)を処置するために使用し得る。
【0815】 NF−KBプロモーターエレメントを含むベクターを構築するために、PCR
に基づいたストラテジーを用いる。上流のプライマーは、NF−KB結合部位(
GGGGACTTTCCC)(配列番号8)の4つの直列のコピー、SV40初
期プロモーター配列の5’末端に対して相補的な18bpの配列を含み、そして
XhoI部位に隣接する: 5’:GCGGCCTCGAGGGGACTTTCCCGGGGACTTTCC
GGGGACTTTCCGGGACTTTCCATCCTGCCATCTCAA
TTAG:3’(配列番号9)。
【0816】 下流プライマーは、SV40プロモーターの3’末端に対して相補的であり、
そしてHindIII部位に隣接する: 5’:GCGGCAAGCTTTTTGCAAAGCCTAGGC:3’(配列
番号4)。
【0817】 PCR増幅を、Clontechから入手したpB−gal:プロモータープ
ラスミドに存在するSV40プロモーターのテンプレートを使用して実施する。
得られたPCRフラグメントをXhoIおよびHindIIIで消化し、そして
BLSK2−(Stratagene)にサブクローニングする。T7およびT
3プライマーを用いる配列決定により、挿入物が以下の配列を含むことを確認す
る: 5’:CTCGAGGGGACTTTCCCGGGGACTTTCCGGGGA
CTTTCCGGGACTTTCCATCTGCCATCTCAATTAGTC
AGCAACCATAGTCCCGCCCCTAACTCCGCCCATCCC
GCCCCTAACTCCGCCCAGTTCCGCCCATTCTCCGCC
CCATGGCTGACTAATTTTTTTTATTTATGCAGAGGC
CGAGGCCGCCTCGGCCTCTGAGCTATTCCAGAAGTA
GTGAGGAGGCTTTTTTGGAGGCCTAGGCTTTTGCAA
AAAGCTT:3’(配列番号10) 次に、XhoIおよびHindIIIを使用して、pSEAP2−プロモータ
ープラスミド(Clontech)に存在するSV40最小プロモーターエレメ
ントをこのNF−KB/SV40フラグメントで置換する。しかし、このベクタ
ーはネオマイシン耐性遺伝子を含まず、そしてそれゆえ哺乳動物の発現系には好
ましくない。
【0818】 安定な哺乳動物細胞株を作製するために、NF−KB/SV40/SEAPカ
セットを制限酵素SalIおよびNotIを使用して上記のNF−KB/SEA
Pベクターから取り出し、そしてネオマイシン耐性を含むベクターに挿入する。
詳細には、SalIおよびNotIでpGFP−1を制限処理した後に、NF−
KB/SV40/SEAPカセットをpGFP−1(Clontech)に挿入
し、GFP遺伝子を置換した。
【0819】 一旦、NF−KB/SV40/SEAP/Neoベクターを作製した後は、実
施例13に記載のプロトコルに従って、安定なJurkat T細胞を作製し、
そして維持する。同様に、これらの安定なJurkat T細胞を含む上清をア
ッセイするための方法がまた、実施例13に記載される。陽性コントロールとし
て、外因性のTNFα(0.1、1、10ng)をウェルH9、H10、および
H11に添加し、代表的には、5〜10倍の活性化が観察される。
【0820】 (実施例17:SEAP活性についてのアッセイ) 実施例13〜16に記載されるアッセイのためのレポーター分子として、SE
AP活性を、以下の一般的な手順に従ってTropix Phospho−li
ght Kit(カタログ番号BP−400)を用いてアッセイする。Trop
ix Phospho−light Kitは、以下で使用される希釈緩衝液、
アッセイ緩衝液、および反応緩衝液を供給する。
【0821】 ディスペンサーに2.5×希釈緩衝液を満たし、そして15μlの2.5×希
釈緩衝液を35μlの上清を含むオプティプレート(Optiplate)に分
与する。プラスチックシーラーでプレートをシールし、そして65℃で30分間
インキュベートする。一様でない加温を避けるためにオプティプレートを離して
おく。
【0822】 サンプルを室温まで15分間冷却する。ディスペンサーを空にし、そしてアッ
セイ緩衝液を満たす。50mlのアッセイ緩衝液を添加し、そして室温で5分間
インキュベートする。ディスペンサーを空にし、そして反応緩衝液を満たす(以
下の表を参照のこと)。50μlの反応緩衝液を添加し、そして室温で20分間
インキュベートする。化学発光シグナルの強度は時間依存的であり、そしてルミ
ノメーターで5つのプレートを読み取るために約10分間を費やすので、1回に
5つのプレートを処理し、10分後に2つ目のセットを開始するべきである。
【0823】 ルミノメーターにおける相対的な光の単位(light unit)を読み取
る。ブランクとしてH12をセットし、そして結果を印字する。化学発光の増加
は、レポーター活性を示す。
【0824】
【表5】 (実施例18:低分子の濃度および膜透過性における変化を同定するハイスル
ープットスクリーニングアッセイ) レセプターへのリガンドの結合は、カルシウム、カリウム、ナトリウムのよう
な低分子およびpHの細胞内レベルを変化させ、ならびに膜電位を変化させるこ
とは公知である。これらの変化を特定細胞のレセプターに結合する上清の同定を
行うアッセイで測定し得る。以下のプロトコルは、カルシウムについてのアッセ
イを記載するが、このプロトコルは、カリウム、ナトリウム、pH、膜電位、ま
たは蛍光プローブにより検出可能な任意の他の低分子における変化を検出するよ
うに容易に改変し得る。
【0825】 以下のアッセイは、蛍光測定画像化プレートリーダー(「FLIPR」)を使
用して低分子と結合する蛍光分子(Molecular Probes)におけ
る変化を測定する。明らかに、低分子を検出する任意の蛍光分子を本明細書で用
いるカルシウム蛍光分子、fluo−4(Molecular Probes,
Inc.;カタログ番号F−14202)の代わりに使用し得る。
【0826】 接着細胞については、細胞を10,000〜20,000細胞/ウェルで、底
が透明なCo−star黒色96ウェルプレートに播種する。プレートをCO2
インキュベーター内で20時間インキュベートする。接着細胞をBiotek洗
浄器内で200μlのHBSS(Hank’s Balanced Salt
Solution)で二回洗浄し、最後の洗浄後、緩衝液100μlを残す。
【0827】 1mg/ml fluo−4のストック溶液を10%プルロン酸(pluro
nic acid)DMSOで作製する。細胞にfluo−4を負荷するため、
12μg/ml fluo−4(50μl)を各ウェルに添加する。このプレー
トをCO2インキュベーター中、37℃で60分間インキュベートする。プレー
トをBiotek洗浄器で、HBSSにより4回洗浄し、緩衝液100μlを残
す。
【0828】 非接着細胞については、細胞を培養培地からスピンダウンする。細胞を、50
mlのコニカルチューブ内でHBSSを用いて2〜5×106細胞/mlに再懸
濁する。細胞懸濁液1mlあたり、1mg/ml fluo−4の10%プルロ
ン酸DMSO溶液4μlを加える。次に、チューブを37℃の水浴中に30〜6
0分間置く。細胞をHBSSで二回洗浄し、1×106細胞/mlに再懸濁し、
そしてマイクロプレートに100μl/ウェルずつ分配する。プレートを100
0rpmで5分間遠心分離する。次に、プレートをDenley CellWa
sh中で200μlで一回洗浄した後、吸引工程により最終容量を100μlに
する。
【0829】 非細胞ベースのアッセイについては、各ウェルは、fluo−4のような蛍光
分子を含有する。上清をウェルに添加し、そして蛍光変化を検出する。
【0830】 細胞内カルシウムの蛍光を測定するため、FLIPRを以下のパラメーターに
ついて設定する:(1)システムゲインは、300〜800mWであり;(2)
曝露時間は、0.4秒間であり;(3)カメラF/ストップは、F/2であり;
(4)励起は488nmであり;(5)発光は530nmであり;そして(6)
サンプル添加は50μlである。530nmにおける発光の増加は、細胞内Ca ++ 濃度の増加を生じる、細胞外シグナル伝達事象を示す。
【0831】 (実施例19:チロシンキナーゼ活性を同定するハイスループットスクリーニ
ングアッセイ) プロテインチロシンキナーゼ(PTK)は、多様な群の膜貫通キナーゼおよび
細胞質キナーゼを表す。レセプタープロテインチロシンキナーゼ(RPTK)群
内に、PDGF、FGF、EGF、NGF、HGFおよびインスリンレセプター
サブファミリーを含む、一定の範囲の有糸分裂促進性(mitogenic)お
よび代謝性成長因子のレセプターがある。さらに、対応するリガンドが未知であ
る大きなRPTKファミリーがある。RPTKのリガンドは、主として分泌され
る低分子量タンパク質を含むが、膜結合型および細胞外マトリックスタンパク質
も含む。
【0832】 リガンドによるRPTKの活性化は、リガンド媒介レセプター二量体化を含み
、これはレセプターサブユニットのトランスリン酸化および細胞質チロシンキナ
ーゼの活性化を生じる。細胞質チロシンキナーゼとしては、srcファミリー(
例えば、src、yes、lck、lyn、fyn)のレセプター関連チロシン
キナーゼ、ならびにJakファミリーのような非レセプター結合型および細胞質
ゾルプロテインチロシンキナーゼが挙げられる。これらのメンバーは、サイトカ
インスーパーファミリー(例えば、インターロイキン、インターフェロン、GM
−CSFおよびレプチン)のレセプターによって誘発されるシグナル伝達を媒介
する。
【0833】 チロシンキナーゼ活性を刺激し得る公知の因子は広範であるため、チロシンキ
ナーゼシグナル伝達経路を活性化し得るこれらの新規なヒト分泌タンパク質の同
定は興味深い。従って、以下のプロトコルを設計して、チロシンキナーゼシグナ
ル伝達経路を活性化し得る新規なヒト分泌タンパク質を同定する。
【0834】 標的細胞(例えば、初代ケラチノサイト)を約25,000細胞/ウェルの密
度で、Nalge Nunc(Naperville,IL)から購入した96
ウェルLoprodyne Silent Screen Plateに播種す
る。プレートを100%エタノールで30分間、二回リンスして滅菌し、水でリ
ンスした後、一晩乾燥させる。幾つかのプレートを、100mlの細胞培養グレ
ードI型コラーゲン(50mg/ml)、ゼラチン(2%)またはポリリジン(
50mg/ml)(これらは全て、Sigma Chemicals(St.L
ouis,MO)から購入し得る)で、またはBecton Dickinso
n(Bedford,MA)から購入した10%Matrigel、あるいは仔
ウシ血清で2時間コートし、PBSでリンスした後、4℃で保存する。増殖培地
に5,000細胞/ウェルを播種し、製造業者のAlamar Bioscie
nces,Inc.(Sacramento,CA)が記載するように、ala
marBlueを使用して48時間後に細胞数を間接定量することにより、これ
らのプレート上の細胞増殖をアッセイする。Becton Dickinson
(Bedford,MA)のFalconプレートカバー#3071を使用し、
Loprodyne Silent Screen Plateを覆う。Fal
con Microtest III細胞培養プレートもまた、いくつかの増殖
実験において使用し得る。
【0835】 抽出物を調製するため、A431細胞をLoprodyneプレートのナイロ
ン膜上に播種し(20,000/200ml/ウェル)、そして完全培地中で一
晩培養する。細胞を無血清基本培地中で24時間インキュベートして静止させる
。EGF(60ng/ml)または実施例11で生成した上清50μlで5〜2
0分間処理した後、培地を除去し、100mlの抽出緩衝液(20mM HEP
ES pH7.5、0.15M NaCl、1%TritonX−100,0.
1%SDS、2mM Na3VO4、2mM Na427およびBoeheri
nger Mannheim(Indianapolis,IN)から入手した
プロテアーゼインヒビターの混合物(#1836170))を各ウェルに添加し
、そしてプレートを回転振盪器上、4℃で5分間振盪する。次に、プレートを真
空トランスファーマニホルド(vacuum transfer manifo
ld)に設置し、そしてハウスバキュームを使用して抽出物を各ウェルの底の0
.45mm膜で濾過する。抽出物をバキュームマニホールドの底の96ウェル捕
獲/アッセイプレートに集め、そして直ちに氷上に置く。遠心分離により明澄化
した抽出物を得るため、界面活性剤で5分間可溶化した後、各ウェルの含有物を
取り出し、4℃、16,000×gで15分間遠心分離する。
【0836】 濾過抽出物をチロシンキナーゼ活性のレベルについて試験する。チロシンキナ
ーゼ活性を検出する多数の方法が公知であるが、本明細書においては方法の一つ
を記載する。
【0837】 一般的に、特定の基質(ビオチン化ペプチド)上のチロシン残基をリン酸化す
る能力を決定することにより、上清のチロシンキナーゼ活性を評価する。この目
的に使用し得るビオチン化ペプチドとしては、PSK1(細胞分裂キナーゼcd
c2−p34のアミノ酸6〜20に相当)およびPSK2(ガストリンのアミノ
酸1〜17に相当)が挙げられる。両ペプチドは、一連のチロシンキナーゼの基
質であり、Boehringer Mannheimから入手可能である。
【0838】 以下の成分を順に添加することにより、チロシンキナーゼ反応を設定する。ま
ず、5μMビオチン化ペプチド10μlを添加した後、順に、ATP/Mg2+
5mM ATP/50mM MgCl2)10μl、5×アッセイ緩衝液(40
mM塩酸イミダゾール、pH7.3、40mM β−グリセロリン酸塩、1mM
EGTA、100mM MgCl2、5mM MnCl2、0.5mg/ml
BSA)10μl、バナジン酸ナトリウム(1mM)5μl、最後に水5μlを
加える。成分を穏やかに混合し、反応混合物を30℃で2分間プレインキュベー
トする。コントロール酵素または濾過上清10μlを加えて反応を開始させる。
【0839】 次に、120mM EDTA 10μlを添加することによりチロシンキナー
ゼアッセイ反応を停止し、その反応物を氷上に置く。
【0840】 反応混合物の50μlのアリコートをマイクロタイタープレート(MTP)モ
ジュールに移し、37℃で20分間インキュベートすることにより、チロシンキ
ナーゼ活性を測定する。これにより、ストレプトアビジン(streptava
din)コーティング96ウェルプレートをビオチン化ペプチドと会合させる。
MTPモジュールを300μl/ウェルのPBSで4回洗浄する。次に、西洋ワ
サビペルオキシダーゼに結合体化した抗ホスホチロシン(phospotyro
sine)抗体(抗P−Tyr−POD(0.5u/ml))75μlを、各ウ
ェルに添加した後、37℃で1時間インキュベートする。ウェルを上記のように
洗浄する。
【0841】 次に、ペルオキシダーゼ基質溶液(Boehringer Mannheim
)100μlを加え、室温で少なくとも5分間(最長30分間)インキュベート
する。ELISAリーダーを使用して、405nmにおけるサンプルの吸光度を
測定する。結合したペルオキシダーゼ活性のレベルをELISAリーダーを使用
して定量し、これは、チロシンキナーゼ活性のレベルを反映する。
【0842】 (実施例20:リン酸化活性を同定するハイスループットスクリーニングアッ
セイ) 実施例19に記載のプロテインチロシンキナーゼ活性アッセイの可能性のある
代替物および/または補完物(compliment)として、主要な細胞内シ
グナル伝達中間体の活性化(リン酸化)を検出するアッセイもまた使用し得る。
例えば、下記のように、一つの特定のアッセイは、Erk−1およびErk−2
キナーゼのチロシンリン酸化を検出し得る。しかし、Raf、JNK、p38M
AP、Mapキナーゼキナーゼ(MEK)、MEKキナーゼ、Src、筋肉特異
的キナーゼ(MuSK)、IRAK、TecおよびJanusのような他の分子
、ならびに他の任意のホスホセリン、ホスホチロシンまたはホスホスレオニン分
子のリン酸化を、以下のアッセイにおいてこれらの分子でErk−1またはEr
k−2を置き換えることにより検出し得る。
【0843】 詳細には、96ウェルELISAプレートのウェルをプロテインG(1μg/
ml)0.1mlにより室温(RT)で2時間コーティングしてアッセイプレー
トを作製する。次に、プレートをPBSでリンスし、3%BSA/PBSにより
RTで1時間ブロックする。次に、プロテインGプレートをErk−1およびE
rk−2に対する二つの市販のモノクローナル抗体(100ng/ウェル)(S
anta Cruz Biotechnology)で処理(RTで1時間)す
る。(他の分子を検出するために、上記の任意の分子を検出するモノクローナル
抗体を交換することにより、この工程を容易に改変し得る)。PBSで3〜5回
リンスした後、使用時まで、プレートを4℃で貯蔵する。
【0844】 A431細胞を20,000/ウェルで96ウェルLoprodyneフィル
タープレートに播種し、増殖培地中で一晩培養する。次に、細胞を基本培地(D
MEM)中で48時間飢餓させた後、EGF(6ng/ウェル)または実施例1
1で得た上清50μlで5〜20分間処理する。次に、細胞を可溶化し、抽出物
を濾過して直接アッセイプレート中に入れる。
【0845】 抽出物を用いてRTで1時間インキュベートした後、ウェルを再度リンスする
。陽性コントロールとして、市販のMAPキナーゼ調製物(10ng/ウェル)
をA431抽出物の代わりに使用する。次に、プレートを、Erk−1およびE
rk−2キナーゼのリン酸化エピトープを特異的に認識する市販のポリクローナ
ル(ウサギ)抗体(1μg/ml)で処理する(RTで1時間)。この抗体を標
準的な手順によりビオチン化する。次に、結合ポリクローナル抗体をユーロピウ
ムストレプトアビジンおよびユーロピウム蛍光増強剤とWallac DELF
IA装置内で連続的にインキュベートする(時間分解性蛍光)ことによって定量
する。バックグラウンドを超える蛍光シグナルの増加は、リン酸化を示す。
【0846】 (実施例21:ポリヌクレオチドに対応する遺伝子における変化の決定方法) 目的の表現型(例えば、疾患)を提示する家族全員または個々の患者から単離
されたRNAを単離する。次に、cDNAをこれらのRNAサンプルから当該分
野で公知のプロトコルを使用して生成する(Sambrookを参照のこと)。
次に、このcDNAを、配列番号Xにおける目的の領域を取り囲むプライマーを
用いるPCRのテンプレートとして使用する。示唆されるPCR条件は、Sid
ransky,D.ら、Science 252:706(1991)に記載の
緩衝溶液を使用し、95℃で30秒間;52〜58℃で60〜120秒間;およ
び70℃で60〜120秒間の35サイクルからなる。
【0847】 次に、PCR産物を、SequiTherm Polymerase(Epi
centre Technologies)を用い、5’末端にT4ポリヌクレ
オチドキナーゼで標識したプライマーを使用して配列決定する。選択したエキソ
ンのイントロン−エキソン境界もまた決定し、ゲノムPCR産物を分析してその
結果を確認する。次に、疑わしい変異を有するPCR産物のクローン化および配
列決定を行い、直接配列決定の結果を確認する。
【0848】 PCR産物を、Holton,T.A.およびGraham,M.W.,Nu
cleic Acids Research,19:1156(1991)に記
載のようにTテールベクターにクローン化し、T7ポリメラーゼ(United
States Biochemical)で配列決定する。罹患個体を、非罹
患個体には存在しない変異により同定する。
【0849】 ゲノム再配置もまた、ポリヌクレオチドに対応する遺伝子における改変を決定
する方法として観察する。実施例2に従って単離したゲノムクローンを、ジゴキ
シゲニンデオキシ−ウリジン5’−三リン酸(Boehringer Manh
eim)を用いてニックトランスレーションし、そしてJohnson, Cg
.ら、Methods Cell Biol. 35: 73−99(1991
)に記載のようにFISHを行う。対応するゲノムの遺伝子座への特異的ハイブ
リダイゼーションのために、大過剰のヒトcot−1 DNAを用いて標識プロ
ーブとのハイブリダイゼーションを行う。
【0850】 染色体を、4,6−ジアミノ−2−フェニリドールおよびヨウ化プロピジウム
で対比染色し、CバンドおよびRバンドの組み合わせを生成する。正確なマッピ
ングのための整列イメージを、三重バンドフィルターセット(Chroma T
echnology,Brattleboro,VT)と冷却電荷結合素子カメ
ラ(Photometrics,Tucson,AZ)および可変励起波長フィ
ルター(Johnson,Cv.ら、Genet.Anal.Tech.App
l.,8:75(1991))とを組み合わせて用いて得る。ISee Gra
phical Program System (Inovision Cor
poration, Durham, NC)を使用して、イメージ収集、分析
および染色体部分長測定を行う。プローブがハイブリダイズしたゲノム領域の染
色体変化を、挿入、欠失および転座として同定する。これらの変化を関連疾患の
診断マーカーとして使用する。
【0851】 (実施例22:生物学的サンプル中のポリペプチドの異常レベルを検出する方
法) 本発明のポリペプチドは生物学的サンプル中で検出され得、そしてポリペプチ
ドレベルの上昇または低下が検出されるなら、このポリペプチドは、特定表現型
のマーカーである。検出方法は数多くあり、そしてそれ故、当業者は以下のアッ
セイをそれらの特定の必要性に適合するように改変し得ることが理解される。
【0852】 例えば、抗体サンドイッチELISAを使用し、サンプル中、好ましくは、生
物学的サンプル中のポリペプチドを検出する。マイクロタイタープレートのウェ
ルを、特異的抗体を最終濃度0.2〜10μg/mlで用いてコーティングする
。この抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルのいずれかであって、実施
例10に記載の方法により産生される。ウェルに対するポリペプチドの非特異的
結合が減少するように、このウェルをブロックする。
【0853】 次に、コーティングしたウェルを、ポリペプチド含有サンプルを用いてRTで
2時間を超えてインキュベートする。好ましくは、サンプルの系列希釈を使用し
て結果を確認すべきである。次に、プレートを脱イオン水または蒸留水で三回洗
浄し、非結合ポリペプチドを除去する。
【0854】 次に、特異的抗体−アルカリホスファターゼ結合体50μlを25〜400n
gの濃度で加え、室温で2時間インキュベートする。プレートを再び脱イオン水
または蒸留水で三回洗浄し、未結合の結合体を除去する。
【0855】 4−メチルウンベリフェリルリン酸(MUP)またはp−ニトロフェニルリン
酸(NPP)基質溶液75μlを各ウェルに添加し、そして室温で1時間インキ
ュベートする。反応物をマイクロタイタープレートリーダーにより測定する。コ
ントロールサンプルの系列希釈を使用して標準曲線を作成し、そしてX軸(対数
スケール)にポリペプチド濃度を、そしてY軸(直線スケール)に蛍光または吸
光度をプロットする。標準曲線を用いてサンプル中のポリペプチド濃度を補間す
る。
【0856】 (実施例23:処方) 本発明はまた、有効量の治療剤を被験体に投与することによって、疾患、障害
および/または状態(例えば、本明細書中に開示される任意の1以上の疾患など
)を処置および/または予防する方法を提供する。治療剤は、薬学的に受容可能
なキャリア型(例えば、滅菌キャリア)と組み合わせた、本発明のポリヌクレオ
チドもしくはポリペプチド(フラグメントおよび改変体を含む)、それらのアゴ
ニストまたはアンタゴニスト、ならびに/あるいはそれらに対する抗体を意味す
る。
【0857】 治療剤を、個々の患者の臨床状態(特に、分泌ポリペプチド単独処置の副作用
)、送達部位、投与方法、投与計画および当業者に公知の他の因子を考慮に入れ
、医療実施基準(good medical practice)を遵守する方
式で処方および投薬する。従って、本明細書において目的とする「有効量」は、
このような考慮を行って決定される。
【0858】 一般的提案として、用量当り、非経口的に投与される治療剤の合計薬学的有効
量は、患者体重の、約1μg/kg/日〜10mg/kg/日の範囲にあるが、
上記のようにこれは治療的裁量に委ねられる。さらに好ましくは、このホルモン
について、この用量は、少なくとも0.01mg/kg/日、最も好ましくはヒ
トに対して約0.01mg/kg/日と約1mg/kg/日との間である。連続
投与する場合、代表的には、治療剤を約1μg/kg/時間〜約50μg/kg
/時間の投薬速度で1日に1〜4回の注射かまたは連続皮下注入(例えばミニポ
ンプを用いる)のいずれかにより投与する。静脈内用バッグ溶液もまた使用し得
る。変化を観察するために必要な処置期間および応答が生じる処置後の間隔は、
所望の効果に応じて変化するようである。
【0859】 治療剤を、経口的、直腸内、非経口的、槽内(intracistemall
y)、膣内、腹腔内、局所的(粉剤、軟膏、ゲル、点滴剤、または経皮パッチに
よるなど)、口内あるいは経口または鼻腔スプレーとして投与する。「薬学的に
受容可能なキャリア」とは、非毒性の固体、半固体または液体の充填剤、希釈剤
、被包材または任意の型の製剤補助剤をいう。本明細書で用いる用語「非経口的
」とは、静脈内、筋肉内、腹腔内、胸骨内、皮下および関節内の注射および注入
を含む投与の様式をいう。
【0860】 本発明の治療剤はまた、徐放性系により適切に投与される。治療剤は、経口的
、直腸内、非経口的、槽内(intracistemally)、膣内、腹腔内
、局所的(粉剤、軟膏、ゲル、点滴剤、または経皮パッチによるなど)、口内あ
るいは経口または鼻腔スプレーとして投与される。「薬学的に受容可能なキャリ
ア」とは、非毒性の固体、半固体または液体の充填剤、希釈剤、被包材または任
意の型の製剤補助剤をいう。本明細書で用いる用語「非経口的」とは、静脈内、
筋肉内、腹腔内、胸骨内、皮下および関節内の注射および注入を含む投与の様式
をいう。
【0861】 本発明の治療剤はまた、徐放性系により適切に投与される。徐放性治療剤の適
切な例は、適切なポリマー物質(例えば、成形品(例えば、フィルムまたはマイ
クロカプセル)の形態の半透過性ポリマーマトリックス)、適切な疎水性物質(
例えば、許容品質油中のエマルジョンとして)またはイオン交換樹脂、および貧
可溶性誘導体(例えば、貧可溶性塩)を包含する。
【0862】 徐放性マトリックスとしては、ポリラクチド(米国特許第3,773,919
号、EP58,481)、L−グルタミン酸およびγ−エチル−L−グルタメー
トのコポリマー(Sidmanら、Biopolymers 22:547−5
56(1983))、ポリ(2−ヒドロキシエチルメタクリレート)(Lang
erら、J.Biomed.Mater.Res.15:167−277(19
81)、およびLanger,Chem.Tech.12:98−105(19
82))、エチレンビニルアセテート(Langerら、同書)またはポリ−D
−(−)−3−ヒドロキシ酪酸(EP133,988)が挙げられる。
【0863】 徐放性治療剤はまた、リポソームに包括された本発明の組成物を包含する(一
般に、Langer,Science 249:1527−1533(1990
);Treatら,Liposomes in the Therapy of
Infectious Disease and Cencer,Lopez
−Berestein and Fidler(編),Liss,New Yo
rk,317−327頁および353−365(1989)を参照のこと)。治
療剤を含有するリポソームは、それ自体が公知である方法により調製され得る:
DE3,218,121;Epsteinら、Proc.Natl.Acad.
Sci.USA 82:3688−3692(1985);Hwangら、Pr
oc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4030−4034(19
80);EP52,322;EP36,676;EP88,046;EP143
,949;EP142,641;日本国特許出願第83−118008号;米国
特許第4,485,045号および同第4,544,545号ならびにEP第1
02,324号。通常、リポソームは、小さな(約200〜800Å)単層型で
あり、そこでは、脂質含有量は、約30モル%コレステロールよりも多く、選択
された割合が、最適な治療剤のために調整される。
【0864】 なおさらなる実施形態において、本発明の治療剤は、ポンプにより送達される
(Langer、前出;Sefton、CRC Crit.Ref.Biome
d.Eng.14:201(1987);Buchwaldら、Surgery
88:507(1980);Saudekら、N.Engl.J.Med.3
21:574(1989)を参照のこと)。
【0865】 他の制御放出系は、Langer(Science 249:1527−15
33(1990))による総説において議論される。
【0866】 非経口投与のために、1つの実施形態において、一般に、治療剤は、それを所
望の程度の純度で、薬学的に受容可能なキャリア、すなわち用いる投薬量および
濃度でレシピエントに対して毒性がなく、かつ処方物の他の成分と適合するもの
と、単位投薬量の注射可能な形態(溶液、懸濁液または乳濁液)で混合すること
により処方される。例えば、この処方物は、好ましくは、酸化剤、および治療剤
に対して有害であることが知られている他の化合物を含まない。
【0867】 一般に、治療剤を液体キャリアまたは微細分割固体キャリアあるいはその両方
と均一および緊密に接触させて処方物を調製する。次に、必要であれば、生成物
を所望の処方物に成形する。好ましくは、キャリアは、非経口的キャリア、より
好ましくはレシピエントの血液と等張である溶液である。このようなキャリアビ
ヒクルの例としては、水、生理食塩水、リンゲル溶液およびデキストロース溶液
が挙げられる。不揮発性油およびオレイン酸エチルのような非水性ビヒクルもま
た、リポソームと同様に本明細書において有用である。
【0868】 キャリアは、等張性および化学安定性を高める物質のような微量の添加剤を適
切に含有する。このような物質は、用いる投薬量および濃度でレシピエントに対
して毒性がなく、このような物質としては、リン酸塩、クエン酸塩、コハク酸塩
、酢酸および他の有機酸またはその塩類のような緩衝剤;アスコルビン酸のよう
な抗酸化剤;低分子量(約10残基より少ない)ポリペプチド(例えば、ポリア
ルギニンまたはトリペプチド);血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリ
ンのようなタンパク質;ポリビニルピロリドンのような親水性ポリマー;グリシ
ン、グルタミン酸、アスパラギン酸またはアルギニンのようなアミノ酸;セルロ
ースまたはその誘導体、ブドウ糖、マンノースまたはデキストリンを含む、単糖
類、二糖類、および他の炭水化物;EDTAのようなキレート剤;マンニトール
またはソルビトールのような糖アルコール;ナトリウムのような対イオン;およ
び/またはポリソルベート、ポロキサマーもしくはPEGのような非イオン性界
面活性剤が挙げられる。
【0869】 治療剤は、代表的には約0.1mg/ml〜100mg/ml、好ましくは1
〜10mg/mlの濃度で、約3〜8のpHで、このようなビヒクル中に処方さ
れる。前記の特定の賦形剤、キャリアまたは安定化剤を使用することにより、ポ
リペプチド塩が形成されることが理解される。
【0870】 治療的投与に用いられる任意の治療剤は無菌状態であり得る。滅菌濾過膜(例
えば0.2ミクロンメンブレン)で濾過することにより無菌状態は容易に達成さ
れる。一般に、治療剤は、滅菌アクセスポートを有する容器、例えば、皮下用注
射針で穿刺可能なストッパー付の静脈内用溶液バッグまたはバイアルに配置され
る。
【0871】 治療剤は、通常、単位用量または複数用量容器、例えば、密封アンプルまたは
バイアルに、水溶液または再構成するための凍結乾燥処方物として貯蔵される。
凍結乾燥処方物の例として、10mlのバイアルに、滅菌濾過した1%(w/v
)ポリペプチド水溶液5mlを充填し、そして得られる混合物を凍結乾燥する。
凍結乾燥したポリペプチドを、注射用静菌水を用いて再構成して注入溶液を調製
する。
【0872】 本発明はまた、本発明の治療剤の1つ以上の成分を満たした一つ以上の容器を
備える薬学的パックまたはキットを提供する。医薬品または生物学的製品の製造
、使用または販売を規制する政府機関が定めた形式の通知が、このような容器に
付属し得、この通知は、ヒトへの投与に対する製造、使用または販売に関する政
府機関による承認を表す。さらに、治療剤を他の治療用化合物と組み合わせて使
用し得る。
【0873】 本発明の治療剤は、単独で、またはアジュバントと組み合わせて投与され得る
。本発明の治療剤とともに投与され得るアジュバントとしては、以下が挙げられ
るが、それらに限定されない:ミョウバン、ミョウバンおよびデオキシコール酸
(ImmunoAg)、MTP−PE(Biocine Corp.)、QS2
1(Genentech,Inc.)、BCG、ならびにMPL。特定の実施形
態において、本発明の治療剤は、ミョウバンと組み合わせて投与される。別の特
定の実施形態において、本発明の治療剤は、QS21と組み合わせて投与される
。本発明の治療剤とともに投与され得るさらなるアジュバントとしては、以下が
挙げられるが、これらに限定されない:モノホスホリル脂質免疫調節剤、Adj
uVax 100a、QS−21、QS−18、CRL1005、アルミニウム
塩、MF−59、およびVirosomalアジュバント技術。本発明の治療剤
とともに投与され得るワクチンとしては、以下が挙げられるが、これらに限定さ
れない:MMR(麻疹、流行性耳下腺炎,風疹)、ポリオ(polio)、水痘
、破傷風/ジフテリア、A型肝炎、B型肝炎、B型インフルエンザ、百日咳(w
hooping cough)、肺炎、インフルエンザ、ライム病、ロタウイル
ス、コレラ、黄熱病、日本脳炎、灰白髄炎(poliomyelitis)、狂
犬病、腸チフス、および百日咳(pertussis)に対する防御に指向する
ワクチン。組み合わせは、付随的にか(例えば、混合物として、別々であるが同
時にもしくは並行して);または逐次的にかのいずれかで投与され得る。これは
、組み合わされた薬剤が治療混合物としてともに投与されるプレゼンテーション
(presentation)を含み、そして組み合わせた薬剤が、別々である
が同時に(例えば、同じ個体へ別々の静脈ラインを通じての場合)投与される手
順もまた含む。「組み合わせ」投与は、第1に、続いて第2に与えられる化合物
または薬剤のうちの1つを別々に投与することをさらに含む。
【0874】 本発明の治療剤(Therapeutic)は、単独で、または他の治療的薬
剤と組み合わせて投与され得る。本発明の治療剤とともに投与され得る治療的薬
剤としては、以下が挙げられるが、それらに限定されない:TNFファミリーの
他のメンバー、化学療法剤、抗生物質、ステロイド性および非ステロイド性の抗
炎症剤、従来の免疫療法剤、サイトカインならびに/または増殖因子。組み合わ
せは、例えば、混合物として同時に、別々であるが同時にもしくは並行して;ま
たは逐次的にかのいずれかで投与され得る。これは、組み合わされた薬剤が、治
療混合物としてともに投与される提示を含み、そして組み合わせた薬剤が、別々
であるが同時に(例えば、同じ個体へ別々の静脈ラインを通じての場合)投与さ
れる手順もまた含む。「組み合わせ」投与は、第1に与えられ、続いて第2に与
えられる化合物または薬剤のうちの1つを別々に投与することをさらに含む。1
つの実施形態において、本発明の治療剤は、TNFファミリーのメンバーと組み
合わせて投与される。本発明の治療剤とともに投与され得るTNF分子、TNF
関連分子、またはTNF様分子としては、以下が挙げられるが、これらに限定さ
れない:可溶性形態のTNF−α、リンホトキシン−α、(LT−α、TNF−
βとしても公知)、LT−β(複合ヘテロ三量体LT−α2−βの状態で見出さ
れた)、OPGL、FasL、CD27L、CD30L、CD40L、4−1B
BL、DcR3、OX40L、TNF−γ(国際公開番号WO96/14328
)、AIM−I(国際公開番号WO97/33899)、エンドカイン(end
okine)−α(国際公開番号WO98/07880)、TR6(国際公開番
号WO98/30694)、OPG、およびニュートロカイン(neutrok
ine)−α(国際公開番号WO98/18921)、OX40、および神経成
長因子(NGF)、ならびに可溶性形態のFas、可溶性形態のCD30、可溶
性形態のCD27、可溶性形態のCD40および可溶性形態の4−IBB、TR
2(国際公開番号WO96/34095)、DR3(国際公開番号WO97/3
3904)、DR4(国際公開番号WO98/32856)、TR5(国際公開
番号WO98/30693)、TR6(国際公開番号WO98/30694)、
TR7(国際公開番号WO98/41629)、TRANK、TR9(国際公開
番号WO98/56892)、TR10(国際公開番号WO98/54202)
、312C2(国際公開番号WO98/06842)、およびTR12、ならび
に可溶性形態のCD154、可溶性形態のCD70、および可溶性形態のCD1
53。
【0875】 特定の実施形態において、本発明の治療剤は、抗レトロウイルス薬剤、ヌクレ
オシド逆転写酵素阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤および/またはプロ
テアーゼインヒビターと組み合わせて投与される。本発明の治療剤と組み合わせ
て投与され得るヌクレオシド逆転写酵素阻害剤としては、以下が挙げられるが、
これらに限定されない:RETROVIRTM(ジドブジン/AZT)、VIDE
TM(ジダノシン/ddI)、HIVIDTM(ザルシタビン/ddC)、ZER
ITTM(スタブジン/d4T)、EPIVIRTM(ラミブジン/3TC)、およ
びCOMBIVIRTM(ジドブジン/ラミブジン)。本発明の治療剤と組み合わ
せて投与され得る非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤としては、以下が挙げられる
が、これらに限定されない:VIRAMUNETM(ネビラピン)、RESCRI
PTORTM(デラビルジン)、およびSUSTIVATM(エファビレンツ)。本
発明の治療剤と組み合わせて投与され得るプロテアーゼインヒビターとしては、
以下が挙げられるが、これらに限定されない:CRIXIVANTM(インディナ
ビル)、NORVIRTM(リトナビル)、INVIRASETM(サキナビル))
、およびVIRACEPTTM(ネルフィナビル)。特定の実施形態において、抗
レトロウイルス薬剤、ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、非ヌクレオシド逆転写酵
素阻害剤、および/またはプロテアーゼインヒビターは、AIDSを処置するた
め、および/またはHIV感染を予防もしくは処置するために、本発明の治療剤
との任意の組み合わせで使用され得る。
【0876】 他の実施形態において、本発明の治療剤は、抗日和見感染症薬剤と組み合わせ
て投与され得る。本発明の治療剤と組み合わせて投与され得る抗日和見感染症薬
剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:TRIMETHOP
RIM−SULFAMETHOXAZOLETM、DAPSONETM、PENTA
MIDINETM、ATOVAQUONETM、ISONIAZIDTM、RIFAM
PINTM、PYRAZINAMIDETM、ETHAMBUTOLTM、RIFAB
UTINTM、CLARITHROMYCINTM、AZITHROMYCINTM
GANCICLOVIRTM、FOSCARNETTM、CIDOFOVIRTM、F
LUCONAZOLETM、ITRACONAZOLETM、KETOCONAZO
LETM、ACYCLOVIRTM、FAMCICOLVIRTM、PYRIMETH
AMINETM、LEUCOVORINTM、NEUPOGENTM(フィルグラスチ
ム/G−CSF)、およびLEUKINETM(サルグラモスチン(sargra
mostim)/GM−CSF)。特定の実施形態において、本発明の治療剤は
、日和見Pneumocystis carinii肺炎感染を予防的に処置ま
たは予防するために、TRIMETHOPRIM−SULFAMETHOXAZ
OLETM、DAPSONETM、PENTAMIDINETM、および/またはAT
OVAQUONETMとの任意の組み合わせで使用される。別の特定の実施形態に
おいて、本発明の治療剤は、日和見Mycobacterium avium複
合感染を予防的に処置または予防するために、ISONIAZIDTM、RIFA
MPINTM、PYRAZINAMIDETM、および/またはETHAMBUTO
TMとの任意の組み合わせで使用される。別の特定の実施形態において、本発明
の治療剤は、日和見Mycobacterium tuberculosis感
染を予防的に処置または予防するために、RIFABUTINTM、CLARIT
HROMYCINTM、および/またはAZITHROMYCINTMとの任意の組
み合わせで使用される。別の特定の実施形態において、本発明の治療剤は、日和
見サイトメガロウイルス感染を予防的に処置または予防するために、GANCI
CLOVIRTM、FOSCARNETTM、および/またはCIDOFOVIRTM との任意の組み合わせで使用される。別の特定の実施形態において、本発明の治
療剤は、日和見真菌感染を予防的に処置または予防するために、FLUCONA
ZOLETM、ITRACONAZOLETM、および/またはKETOCONAZ
OLETMとの任意の組み合わせで使用される。別の特定の実施形態において、本
発明の治療剤は、日和見単純ヘルペスウイルスI型および/またはII型感染を
予防的に処置または予防するために、ACYCLOVIRTMおよび/またはFA
MCICOLVIRTMとの任意の組み合わせで使用される。別の特定の実施形態
において、本発明の治療剤は、日和見Toxoplasma gondii感染
を予防的に処置または予防するために、PYRIMETHAMINETMおよび/
またはLEUCOVORINTMとの任意の組み合わせで使用される。別の特定の
実施形態において、本発明の治療剤は、日和見細菌感染を予防的に処置または予
防するために、LEUCOVORINTMおよび/またはNEUPOGENTMとの
任意の組み合わせで使用される。
【0877】 さらなる実施形態において、本発明の治療剤は、抗ウイルス薬剤との組み合わ
せで投与される。本発明の治療剤とともに投与され得る抗ウイルス薬剤としては
、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、およびレマンチジン(reman
tidine)が挙げられるが、これらに限定されない。
【0878】 さらなる実施形態において、本発明の治療剤は、抗生物質とともに投与される
。本発明の治療剤とともに投与され得る抗生物質としては、アモキシシリン、β
−ラクタマーゼ、アミノ配糖体、β−ラクタム(グリコペプチド)、β−ラクタ
マーゼ、クリンダマイシン、クロラムフェニコール、セファロスポリン、シプロ
フロキサシン、シプロフロキサシン、エリスロマイシン、フルオロキノロン類、
マクロライド系抗生物質、メトロニダゾル、ペニシリン、キノロン類、リファン
ピン、ストレプトマイシン、スルホンアミド、テトラサイクリン、トリメトプリ
ム、トリメトプリム−スルファメトキサゾール、およびバンコマイシンが挙げら
れるが、これらに限定されない。
【0879】 本発明の治療剤とともに投与され得る従来の非特異的免疫抑制剤としては、ス
テロイド類、シクロスポリン、シクロスポリンアナログ、シクロホスファミドメ
チルプレドニゾン、プレドニゾン、アザチオプリン、FK−506、15−デオ
キシスペルグアリン(15−deoxyspergualin)、および応答T
細胞の機能を抑制することによって作用する他の免疫抑制剤が挙げられるが、こ
れらに限定されない。
【0880】 特定の実施形態において、本発明の治療剤は、免疫抑制剤と組み合わせて投与
される。本発明の治療剤と共に投与され得る免疫抑制剤調製物としては、ORT
HOCLONETM(OKT3)、SANDIMMUNETM/NEORALTM/S
ANGDYATM(シクロスポリン)、PROGRAFTM(タクロリムス)、CE
LLCEPTTM(ミコフェノール酸塩)、アザチオプリン、グルコルチコステロ
イド類(glucorticosteroids)、およびRAPAMUNETM (シロリムス)が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態におい
て、免疫抑制剤は、器官または骨髄の移植の拒絶を予防するために使用され得る
【0881】 さらなる実施形態において、本発明の治療剤は、単独でかまたは1以上の静脈
内免疫グロブリン調製物と組み合わせて投与される。本発明の治療剤と組み合わ
せて投与され得る静脈内免疫グロブリン調製物としては、GAMMARTM、IV
EEGAMTM、SANDOGLOBULINTM、GAMMAGARD S/DTM およびGAMIMUNETMが挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施
形態において、本発明の治療剤は、移植治療(例えば、骨髄移植)において静脈
内免疫グロブリン調製物と組み合わせて投与される。
【0882】 さらなる実施形態において、本発明の治療剤は、単独でかまたは抗炎症剤と組
み合わせて投与される。本発明の治療剤とともに投与され得る抗炎症剤としては
、グルココルチコイドおよび非ステロイド抗炎症剤、アミノアリールカルボン酸
誘導体、アリール酢酸誘導体、アリール酪酸誘導体、アリールカルボン酸、アリ
ールプロピオン酸誘導体、ピラゾール類、ピラゾロン類、サリチル酸誘導体、チ
アジンカルボキサミド類、e−アセトアミドカプロン酸、S−アデノシルメチオ
ニン、3−アミノ−4−ヒドロキシ酪酸、アミキセトリン(amixetrin
e)、ベンダザック、ベンジダミン、ブコローム、ジフェンピラミド、ジタゾー
ル、エモルファゾン、グアイアズレン、ナブメトン、ニメスリド、オルゴテイン
、オキサセプロール、パラニリン(paranyline)、ペリソキサール、
ピフオキシム、プロカゾン、プロキサゾール、およびテニダプが挙げられるが、
これらに限定されない。
【0883】 別の実施形態において、本発明の組成物は、化学療法剤と組み合わせて投与さ
れる。本発明の治療剤とともに投与され得る化学療法剤としては、抗生物質誘導
体(例えば、ドキソルビシン、ブレオマイシン、ダウノルビシン、およびダクチ
ノマイシン);抗エストロゲン(例えば、タモキシフェン);抗代謝物(例えば
、フルオロウラシル、5−FU、メトトレキサート、フロクスウリジン、インタ
ーフェロンα−2b、グルタミン酸、プリカマイシン(plicamycin)
、メルカプトプリン、および6−チオグアニン);細胞傷害剤(例えば、カルム
スチン、BCNU、ロムスチン、CCNU、シトシンアラビノシド、シクロホス
ファミド、エストラムスチン、ヒドロキシウレア、プロカルバジン、マイトマイ
シン、ブスルファン、シス−プラチン、および硫酸ビンクリスチン);ホルモン
(例えば、メドロキシプロゲステロン、エストラムスチンリン酸ナトリウム、エ
チニルエストラジオール、エストラジオール、酢酸メゲストロール、メチルテス
トステロン、ジエチルスチルベストロールジホスフェート、クロロトリアニセン
、およびテストラクトン);ナイトロジェンマスタード誘導体(例えば、メファ
レン(mephalen)、クロランブシル(chlorambucil)、メ
クロレタミン(ナイトロジェンマスタード)およびチオテパ);ステロイド類お
よび組み合わせ(例えば、ベタメタゾンリン酸ナトリウム);ならびにその他(
例えば、ジカルバジン(dicarbazine)、アスパラギナーゼ、ミトー
テン、硫酸ビンクリスチン、硫酸ビンブラスチン、およびエトポシド)が挙げら
れるが、これらに限定されない。
【0884】 特定の実施形態において、本発明の治療剤は、CHOP(シクロフォスファミ
ド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、およびプレドニゾン)と組み合わせて投
与されるか、CHOPの成分の任意の組み合わせで投与される。別の実施形態に
おいて、本発明の治療剤は、Rituximabと組み合わせて投与される。さ
らなる実施形態において、本発明の治療剤は、RituxmabおよびCHOP
と共に、またはRituxmabおよびCHOPの成分の任意の組み合わせと共
に投与される。
【0885】 さらなる実施形態において、本発明の治療剤は、サイトカインと組み合わせて
投与される。本発明の治療剤とともに投与され得るサイトカインとしては、IL
2、IL3、IL4、IL5、IL6、IL7、IL10、IL12、IL13
、IL15、抗CD40、CD40L、IFN−γおよびTNF−αが挙げられ
るが、これらに限定されない。別の実施形態において、本発明の治療剤は、任意
のインターロイキン(IL−1α、IL−1β、IL−2、IL−3、IL−4
、IL−5、IL−6、IL−7、IL−8、IL−9、IL−10、IL−1
1、IL−12、IL−13、IL−14、IL−15、IL−16、IL−1
7、IL−18、IL−19、IL−20およびIL−21を含むが、これらに
限定されない)と共に投与され得る。
【0886】 さらなる実施形態において、本発明の治療剤は、脈管形成タンパク質と組み合
わせて投与される。本発明の治療剤とともに投与され得る脈管形成タンパク質と
しては、欧州特許番号EP−399816に開示されるようなグリオーム由来増
殖因子(GDGF);欧州特許番号EP−682110に開示されるような血小
板由来増殖因子A(PDGF−A);欧州特許番号EP−282317に開示さ
れるような血小板由来増殖因子B(PDGF−B);国際公開番号WO92/0
6194号に開示されるような胎盤増殖因子(PIGF);Hauserら、G
orwth Factors、4:259−268(1993)に開示されるよ
うな胎盤増殖因子2(PIGF−2);国際公開番号WO90/13649号に
開示されるような血管内皮増殖因子(VEGF);欧州特許番号EP−5064
77に開示されるような血管内皮増殖因子A(VEGF−A);国際公開番号W
O96/39515号に開示されるような血管内皮増殖因子2(VEGF−2)
;血管内皮増殖因子B(VEGF−3);国際公開番号WO96/26736号
に開示されるような血管内皮増殖因子B−186(VEGF−B186);国際
公開番号WO98/02543号に開示されるような血管内皮増殖因子D(VE
GF−D);国際公開番号WO98/07832号に開示されるような血管内皮
増殖因子D(VEGF−D);およびドイツ国特許番号DE19639601に
開示されるような血管内皮増殖因子E(VEGF−E)が挙げられるが、これら
に限定されない。上記の参考文献は、本明細書で参考として援用される。
【0887】 さらなる実施形態において、本発明の治療剤は、造血増殖因子と組み合わせて
投与される。本発明の治療剤と共に投与され得る造血増殖因子としては、LEU
KINETM(SARGRAMOSTIMTM)およびNEUPOGENTM(FIL
GRASTIMTM)が挙げられるが、これらに限定されない。
【0888】 さらなる実施形態において、本発明の治療剤は、線維芽細胞増殖因子と組み合
わせて投与される。本発明の治療剤とともに投与され得る線維芽細胞増殖因子と
しては、FGF−1、FGF−2、FGF−3、FGF−4、FGF−5、FG
F−6、FGF−7、FGF−8、FGF−9、FGF−10、FGF−11、
FGF−12、FGF−13、FGF−14、およびFGF−15が挙げられる
が、これらに限定されない。
【0889】 さらなる実施形態において、本発明の治療剤は、他の治療レジメまたは予防レ
ジメ(例えば、放射線治療)と組み合わせて投与される。
【0890】 (実施例24:ポリペプチドのレベル低下を処置する方法) 本発明は、体内における本発明のポリペプチドのレベルを増大させる必要のあ
る個体を処置するための方法に関し、この方法は、治療有効量の本発明のアゴニ
スト(本発明のポリペプチドを含む)を含む組成物をそのような個体に投与する
工程を包含する。さらに、個体における分泌タンパク質の標準の発現レベルまた
は正常発現レベルの低下により引き起こされる状態は、本発明のポリペプチドを
、好ましくは分泌形態で投与することにより処置し得ることが理解される。従っ
て、本発明はまた、このポリペプチドのレベルの増加が必要な個体の処置方法を
提供する。この方法は、このような個体に、このような個体でこのポリペプチド
の活性レベルを増加させる量のこのポリペプチドを含む治療剤を投与する工程を
包含する。
【0891】 例えば、ポリペプチドのレベルが低下した患者は、そのポリペプチドを、1日
用量0.1〜100μg/kgで6日続けて服用する。好ましくは、このポリペ
プチドは分泌形態である。投与および処方物に基づく投薬計画の正確な詳細は、
実施例23に提供されている。
【0892】 (実施例25:ポリペプチドのレベル上昇を処置する方法) 本発明はまた、体内における本発明のポリペプチドのレベルを減少させる必要
のある個体を処置するための方法に関し、この方法は、治療有効量の本発明のア
ンタゴニスト(本発明のポリペプチドおよび抗体を含む)を含む組成物をそのよ
うな個体に投与する工程を包含する。
【0893】 1つの例において、アンチセンス技術を使用して本発明のポリペプチドの産生
を阻害する。この技術は、癌のような様々な病因に起因するポリペプチド(好ま
しくは分泌形態のポリペプチド)のレベルを低下させる方法の1つの例である。
例えば、ポリペプチドのレベルが異常に上昇したと診断された患者に、アンチセ
ンスポリヌクレオチドを、0.5、1.0、1.5、2.0および3.0mg/
kg/日で21日間、静脈内投与する。この処置に対して十分に寛容化された場
合は、7日間の休薬期間後に、この処置を繰り返す。このアンチセンスポリヌク
レオチドの処方は、実施例23に提供されている。
【0894】 (実施例26:遺伝子治療を使用する処置方法−エキソビボ) 遺伝子治療の1つの方法は、ポリペプチドを発現し得る線維芽細胞を患者に移
植する。一般に、線維芽細胞は、皮膚生検により被験者から得られる。得られた
組織を組織培養培地中に配置し、小片に分割する。組織の小塊を組織培養フラス
コの湿潤表面に置き、約10片を各フラスコに置く。このフラスコを倒置し、し
っかりと閉めた後、室温で一晩放置する。室温で24時間後、フラスコを反転さ
せ、組織塊をフラスコの底に固定させたままにし、そして新鮮な培地(例えば、
10%FBS、ペニシリンおよびストレプトマイシンを含有するHamのF12
培地)を添加する。次に、フラスコを37℃で約1週間インキュベートする。
【0895】 この時点で、新鮮な培地を添加し、次いで数日ごとに取り換える。さらに二週
間培養した後に、単層の線維芽細胞が出現する。この単層をトリプシン処理し、
さらに大きなフラスコにスケールアップする。
【0896】 モロニーマウス肉腫ウイルスの長末端反復が隣接するpMV−7(Kirsc
hmeier,P.T.ら、DNA,7:219−25(1988))をEco
RIおよびHindIIIで消化した後、仔ウシ腸ホスファターゼで処理する。
線状ベクターをアガロースゲル上で分画し、そしてガラスビーズを使用して精製
する。
【0897】 本発明のポリペプチドをコードするcDNAを、必要な場合、プライマーを用
いそして適切な制限部位および開始/終止コドンを有する、実施例1に記載のそ
れぞれ5’ 末端配列および3’末端配列に対応するPCRプライマーを使用し
て増幅し得る。好ましくは、この5’プライマーはEcoRI部位を含み、そし
てこの3’プライマーはHindIII部位を含む。等量の、モロニーマウス肉
腫ウイルスの線状骨格および増幅したEcoRIおよびHindIIIフラグメ
ントを、T4 DNAリガーゼの存在下で一緒に加える。得られた混合物を、こ
の2つのフラグメントを連結するのに適した条件下で維持する。次に、連結混合
物を使用し、細菌HB101を形質転換する。次に、それを、カナマイシンを含
む寒天上にプレーティングし、ベクターが正確に挿入された目的の遺伝子を有す
ることを確認する。
【0898】 アンホトロピックpA317またはGP+am12パッケージング細胞を、1
0%仔ウシ血清(CS)、ペニシリンおよびストレプトマイシンを含むダルベッ
コ改変イーグル培地(DMEM)中、組織培養でコンフルエントな密度まで増殖
させる。次に、その目的の遺伝子を含むMSVベクターを培地に加え、そしてパ
ッケージング細胞をこのベクターで形質導入する。このとき、このパッケージン
グ細胞は、その遺伝子を含む感染性ウイルス粒子を産生する(ここで、このパッ
ケージング細胞をプロデューサー細胞という)。
【0899】 形質導入されたプロデューサー細胞に新鮮な培地を添加し、次いでこの培地を
10cmプレートのコンフルエントなプロデューサー細胞から採取する。感染性
ウイルス粒子を含む使用済み培地を、ミリポアーフィルターを通して濾過し、は
がれたプロデューサー細胞を除去した後、この培地を使用して、線維芽細胞を感
染させる。線維芽細胞のサブコンフルエントなプレートから培地を除去し、そし
てプロデューサー細胞からの培地で速やかに置き換える。この培地を除去し、そ
して新鮮な培地と置き換える。ウイルスの力価が高ければ、実質的にすべての線
維芽細胞が感染され、選択は必要ではない。力価が非常に低ければ、neoまた
はhisのような選択マーカーを有するレトロウイルスベクターを使用すること
が必要である。一旦、線維芽細胞が効率的に感染したなら、その線維芽細胞を分
析し、タンパク質が産生されているか否かを決定する。
【0900】 次に、操作された線維芽細胞を、単独で、またはサイトデックス3マイクロキ
ャリアビーズ上でコンフルエントに増殖させた後のいずれかで、宿主に移植する
【0901】 (実施例27:本発明のポリヌクレオチドに対応する内因性遺伝子を使用する
遺伝子治療) 本発明に従う遺伝子治療の別の方法は、本発明の内因性ポリヌクレオチド配列
を、例えば、米国特許番号5,641,670(1997年6月24日発行);
国際公開番号WO 96/29411(1996年9月26日公開);国際公開
番号WO 94/12650(1994年8月4日公開);Kollerら、P
roc.Natl.Acad.Sci.USA,86:8932〜8935(1
989);およびZijlstraら、Nature,342:435〜438
(1989)に記載されるように、相同組換えを介してプロモーターに作動可能
に結合する工程を包含する。この方法は、その標的細胞中に存在するが、その細
胞中では発現されないかまたは所望されるよりも低いレベルで発現される、遺伝
子の活性化を包含する。
【0902】 プロモーターおよび標的化配列を含むポリヌクレオチド構築物を作製する。こ
の標的配列は、プロモーターに隣接する、内因性ポリヌクレオチド配列の5’非
コード配列に相同である。この標的化配列は、このポリヌクレオチド配列の5’
末端に十分に近く、その結果、このプロモーターは、相同組換えの際にこの内因
性配列に作動可能に連結される。このプロモーターおよび標的化配列を、PCR
を使用して増幅し得る。好ましくは、この増幅したプロモーターは、5’末端お
よび3’末端上に異なる制限酵素部位を含む。好ましくは、第1の標的化配列の
3’末端は、増幅したプロモーターの5’末端と同じ制限酵素部位を含み、そし
て第2の標的化配列の5’末端は、増幅したプロモーターの3’末端と同じ制限
部位を含む。
【0903】 この増幅したプロモーターおよび増幅した標的化配列を、適切な制限酵素で消
化し、続いてウシ腸ホスファターゼで処理する。消化したプロモーターおよび消
化した標的化配列を、T4 DNAリガーゼの存在下でともに加える。生じた混
合物を、これら2つのフラグメントの連結に適切な条件下で維持する。この構築
物をアガロースゲル上でサイズ分画し、次いでフェノール抽出およびエタノール
沈殿により精製する。
【0904】 この実施例において、このポリヌクレオチド構築物を、エレクトロポレーショ
ンを介して裸のポリヌクレオチドとして投与する。しかし、このポリヌクレオチ
ド構築物はまた、トランスフェクション促進剤(例えば、リポソーム、ウイルス
配列、ウイルス粒子、沈殿剤など)とともに投与され得る。送達のこのような方
法は、当該分野で公知である。
【0905】 一旦、細胞をトランスフェクトすると、相同組換えが生じて、このプロモータ
ーがこの内因性ポリヌクレオチド配列に作動可能に連結される。これは、この細
胞中におけるこのポリヌクレオチドに対応するポリヌクレオチドの発現を生じる
。発現は、免疫学的染色または当該分野で公知の他の任意の方法により、検出さ
れ得る。
【0906】 線維芽細胞を、皮膚生検により被験者から得る。得られた組織を、DMEM+
10%ウシ胎仔血清中に配置する。対数増殖期または定常期初期の線維芽細胞を
、トリプシン処理し、そしてプラスチックの表面から栄養培地でリンスする。細
胞懸濁液のアリコートを、計数のために取り出し、そして残りの細胞を遠心分離
に供する。上清を吸引し、そしてペレットを5mlのエレクトロポレーション緩
衝液(20mM HEPES pH7.3、137mM NaCl、5mM K
Cl、0.7mM Na2HPO4、6mMデキストロース)に再懸濁する。この
細胞を再遠心分離し、上清を吸引し、そして細胞をアセチル化ウシ血清アルブミ
ン1mg/mlを含むエレクトロポレーション緩衝液に再懸濁する。この最終細
胞懸濁物は、約3×106細胞/mlを含む。エレクトロポレーションを、再懸
濁直後に実施すべきである。
【0907】 プラスミドDNAを、標準的技術に従って調製する。例えば、本発明のポリヌ
クレオチドに対応する遺伝子座に標的化するためのプラスミドを構築するために
、プラスミドpUC18(MBI Fermentas、Amherst、NY
)をHindIIIで消化する。CMVプロモーターを、5’末端にXbaI部
位および3’末端にBamHI部位を備えてPCRにより増幅する。2つの非コ
ード配列をPCRを介して増幅する:一方の非コード配列(フラグメント1)を
、5’末端にHindIII部位および3’末端にXbaI部位を備えて増幅す
る;他方の非コード配列(フラグメント2)を、5’末端にBamHI部位およ
び3’末端にHindIII部位を備えて増幅する。このCMVプロモーターお
よびこれらのフラグメント(1および2)を、適切な酵素(CMVプロモーター
−XbaIおよびBamHI;フラグメント1−XbaI;フラグメント2−B
amHI)で消化し、そしてともに連結する。生じた連結生成物をHindII
Iで消化し、そしてHindIIIで消化したpUC18プラスミドと連結する
【0908】 プラスミドDNAを、0.4cmの電極ギャップを備える滅菌キュベット(B
io−Rad)に添加する。最終DNA濃度は、一般的に、少なくとも120μ
g/mlである。次いで、この細胞懸濁液の0.5ml(約1.5×106細胞
を含む)をこのキュベットに添加し、そしてこの細胞懸濁液およびDNA溶液を
、穏やかに混合する。エレクトロポレーションを、Gene−Pulser装置
(Bio−Rad)を用いて実施する。キャパシタンスおよび電圧を、それぞれ
、960μFおよび250〜300Vに設定する。電圧が増加すると、細胞の生
存が減少するが、導入されたDNAをそのゲノム中に安定に組込む生存細胞の割
合が劇的に増加する。これらのパラメーターを与えると、パルス時間約14〜2
0mSecが観察されるはずである。
【0909】 エレクトロポレーションした細胞を、室温で約5分間維持し、次いで、このキ
ュベットの中身を、滅菌した移動ピペットを用いて穏やかに取り出す。この細胞
を、10cmのディッシュ中の、予め温めた栄養培地(15%ウシ血清を含むD
MEM)10mlに直接加え、そして37℃でインキュベートする。翌日、この
培地を吸引し、そして10mlの新鮮な培地で置換し、そしてさらに16〜24
時間インキュベートする。
【0910】 次いで、操作された線維芽細胞を、宿主中に、単独か、またはサイトデックス
(cytodex)3マイクロキャリア(microcarrier)ビーズ上
でコンフルエントになるまで増殖させた後かのいずれかで、注入する。ここで、
この線維芽細胞は、タンパク質産物を生成する。次いで、この線維芽細胞を、上
記のような患者に導入し得る。
【0911】 (実施例28:遺伝子治療を使用する処置方法−インビボ) 本発明の別の局面は、障害、疾患、および状態を処置するためにインビボ遺伝
子治療方法を使用することである。この遺伝子治療法は、ポリペプチドの発現を
増大または減少させるための、動物への裸の核酸(DNA、RNA、およびアン
チセンスDNAまたはRNA)配列の導入に関する。本発明のポリヌクレオチド
は、プロモーター、または標的組織によるそのポリペプチドの発現に必要な任意
の他の遺伝子エレメントに、作動可能に連結され得る。このような遺伝子治療お
よび送達の技術および方法は、当該分野で公知であり、例えば、WO90/11
092、WO98/11779;米国特許第5693622号、同第57051
51号、同第5580859号;Tabataら、Cardiovasc.Re
s.35(3):470−479(1997);Chaoら、Pharmaco
l.Res.35(6):517−522(1997);Wolff、Neur
omuscul.Disord.7(5):314−318(1997)、Sc
hwartzら、Gene Ther. 3(5):405−411(1996
);Tsurumiら、Circulation 94(12):3281−3
290(1996)(本明細書中に参考として援用される)を参照のこと。
【0912】 ポリヌクレオチド構築物は、注入可能な物質を動物の細胞に送達する任意の方
法(例えば、組織(心臓、筋肉、皮膚、肺、肝臓、腸など)の間隙空間への注入
)によって送達され得る。このポリヌクレオチド構築物は、薬学的に受容可能な
液体または水性キャリア中で送達され得る。
【0913】 用語「裸の」ポリヌクレオチド、DNAまたはRNAは、細胞への侵入を補助
、促進、または容易にするように作用するいかなる送達ビヒクル(ウイルス配列
、ウイルス粒子、リポソーム処方物、リポフェクチン、または沈澱剤などを含む
)も含まない配列をいう。しかし、本発明のポリヌクレオチドはまた、当業者に
周知の方法によって調製され得るリポソーム処方物(例えば、Felgner
P.L.ら(1995)Ann.NY Acad.Sci.772:126−1
39およびAbdallah B.ら(1995)Biol.Cell 85(
1):1−7で教示されたもの)中で送達され得る。
【0914】 この遺伝子治療方法において使用されるポリヌクレオチドベクター構築物は、
好ましくは、宿主ゲノムに組み込まれず、複製を可能にする配列も含まない構築
物である。当業者に公知の任意の強力なプロモーターが、DNAの発現を駆動す
るために用いられ得る。他の遺伝子治療技術とは異なり、裸の核酸配列を標的細
胞に導入する1つの主要な利点は、その細胞におけるポリヌクレオチド合成の一
過性の性質である。研究によって、非複製DNA配列が細胞に導入されて、6ヶ
月までの間の期間、所望のポリペプチドの産生を提供し得ることが示された。
【0915】 このポリヌクレオチド構築物は、動物内の組織(筋肉、皮膚、脳、肺、肝臓、
脾臓、骨髄、胸腺、心臓、リンパ、血液、骨、軟骨、膵臓、腎臓、胆嚢、胃、腸
、精巣、卵巣、子宮、直腸、神経系、眼、腺、および結合組織を包含する)の間
隙空間に送達され得る。この組織の間隙空間は、細胞間液、ムコ多糖基質(器官
組織の細網線維、血管または腔(chamber)の壁における弾性線維、線維
性組織のコラーゲン線維に間にある)、あるいは結合組織鞘性筋肉細胞内または
骨の裂孔中の同じ基質を包含する。これは、同様に、循環の血漿およびリンパチ
ャンネルのリンパ液により占められた空間である。筋肉組織の間隙空間への送達
は、以下に考察する理由のために好ましい。それらは、これらの細胞を含む組織
への注入によって、好都合に送達され得る。それらは、好ましくは、分化した持
続性の非分裂細胞に送達され、そしてその細胞において発現されるが、送達およ
び発現は、非分化細胞または完全には分化していない細胞(例えば、血液の幹細
胞または皮膚線維芽細胞)において達成され得る。インビボで、筋肉細胞は、ポ
リヌクレオチドを取り込み、そして発現するそれらの能力において、特に適格で
ある。
【0916】 裸のポリヌクレオチド注入のために、DNAまたはRNAの有効投薬量は、約
0.05g/kg体重から約50mg/kg体重の範囲にある。好ましくは、こ
の投薬量は、約0.005mg/kgから約20mg/kgであり、そしてより
好ましくは、約0.05mg/kgから約5mg/kgである。もちろん、当業
者が認識するように、この投薬量は、注入の組織部位に従って変化する。核酸配
列の適切かつ有効な投薬量は、当業者によって容易に決定され得、そして処置さ
れる状態および投与経路に依存し得る。好ましい投与経路は、組織の間隙空間へ
の非経口注入経路によってである。しかし、他の非経口経路もまた用いられ得、
これには、例えば、特に肺または気管支組織、咽喉、または鼻の粘膜への送達の
ためのエアロゾル処方物の吸入が挙げられる。さらに、裸のポリヌクレオチド構
築物が、血管形成術の間に、この手順において用いられるカテーテルによって動
脈に送達され得る。
【0917】 インビボでの筋肉における注入ポリヌクレオチドの用量応答効果を、以下のよ
うにして決定する。本発明のポリペプチドをコードするmRNAの生成のための
適切な鋳型DNAを、標準的な組換えDNA方法論に従って調製する。鋳型DN
A(これは環状または線状のいずれかであり得る)を裸のDNAとして使用する
か、またはリポソームと複合体化するかのいずれかである。次いで、マウスの四
頭筋に、種々の量の鋳型DNAを注入する。
【0918】 5〜6週齢の雌性および雄性のBalb/Cマウスに、0.3mlの2.5%
Avertinを腹腔内注射することにより麻酔する。1.5cmの切開を大腿
前部で行い、そして四頭筋を直接可視化する。鋳型DNAを、0.1mlのキャ
リアに入れて、1cc注射器で27ゲージ針を通して1分間にわたって、筋肉の
遠位挿入部位から約0.5cmのところで膝に、約0.2cmの深さで注入する
。縫合を、将来の位置決定のために注入部位の上で行い、そしてその皮膚をステ
ンレス鋼クリップで閉じる。
【0919】 適切なインキュベーション時間(例えば、7日)後、筋肉抽出物を、四頭全体
を切り出すことによって調製する。個々の四頭筋の5枚毎の15μm切片を、タ
ンパク質発現について組織化学的に染色する。タンパク質発現についてのタイム
コースを、異なるマウスからの四頭を異なる時間で採取すること以外は、同様な
様式で行い得る。注入後の筋肉中のDNAの持続性を、注入したマウスおよびコ
ントロールマウスからの全細胞性DNAおよびHIRT上清を調製した後、サザ
ンブロット分析によって決定し得る。マウスにおける上記実験の結果を、裸のD
NAを用いて、ヒトおよび他の動物において適切な投薬量および他の処置パラメ
ーターを外挿するために使用し得る。
【0920】 (実施例29:トランスジェニック動物) 本発明のポリペプチドはまた、トランスジェニック動物において発現され得る
。マウス、ラット、ウサギ、ハムスター、モルモット、ブタ、ミニブタ、ヤギ、
ヒツジ、ウシおよびヒト以外の霊長類(例えば、ヒヒ、サルおよびチンパンジー
)を含むがこれらに限定されない任意の種の動物は、トランスジェニック動物を
作製するために用いられ得る。特定の実施形態において、本明細書に記載される
かまたはさもなければ当該分野で公知の技術が、遺伝子治療プロトコルの一部と
して、ヒトにおける本発明のポリペプチドの発現のために用いられる。
【0921】 当該分野で公知の任意の技術を、導入遺伝子(すなわち、本発明のポリヌクレ
オチド)の動物への導入に用いて、トランスジェニック動物の創始系統(fou
nder line)を生成し得る。このような技術は、前核マイクロインジェ
クション(Patersonら、Appl.Microbiol.Biotec
hnol.40:691−698(1994);Carverら、Biotec
hnology(NY)11:1263−1270(1993);Wright
ら、Biotechnology(NY)9:830−834(1991);お
よびHoppeら、米国特許第4,873,191号(1989));生殖細胞
系へのレトロウイルス媒介遺伝子移入(Van der Puttenら、Pr
oc.Natl.Acad.Sci.USA 82:6148−6152(19
85))、胚盤胞または胚;胚性幹細胞における遺伝子標的化(Thompso
nら、Cell 56:313−321(1989));細胞または胚のエレク
トロポレーション(Lo、1983、Mol Cell.Biol.3:180
3−1814(1983));遺伝子銃を用いた本発明のポリヌクレオチドの導
入(例えば、Ulmerら、Science 259:1745(1993)を
参照のこと);胚性多能性(pleuripotent)幹細胞への核酸構築物
の導入および胚盤胞へのこの幹細胞の移入;ならびに精子媒介遺伝子移入(La
vitranoら、Cell 57:717−723(1989));などを含
むがこれらに限定されない。このような技術の総説については、本明細書中にそ
の全体が参考として援用される、Gordon、「Transgenic An
imals」、Intl.Rev.Cytol.115:171−229(19
89)を参照のこと。
【0922】 当該分野で公知の任意の技術を用いて、本発明のポリヌクレオチドを含むトラ
ンスジェニッククローンを生成し得る(例えば、培養された、静止状態に誘導さ
れた胚細胞、胎児細胞または成体の細胞由来の除核した卵母細胞の核への核移入
(Campellら、Nature 380:64−66(1996);Wil
mutら、Nature 385:810−813(1997)))。
【0923】 本発明は、その全ての細胞に導入遺伝子を有するトランスジェニック動物、な
らびにいくつかの細胞(しかしその全ての細胞ではない)に導入遺伝子を有する
動物(すなわち、モザイク動物またはキメラ)を提供する。導入遺伝子は、1つ
の導入遺伝子としてまたはコンカテマー(例えば、頭−頭タンデム型または頭−
尾タンデム型)のような複数のコピーとして組み込まれ得る。この導入遺伝子は
また、例えば、Laskoらの教示(Laskoら、Proc.Natl.Ac
ad.Sci.USA 89:6232−6236(1992))に従って特定
の細胞型に選択的に導入され得、そして活性化され得る。このような細胞型特異
的活性化に必要とされる調節配列は、目的の特定の細胞型に依存し、そしてそれ
らは当業者に明らかである。ポリヌクレオチド導入遺伝子が、内在性遺伝子の染
色体部位に組み込まれることが所望される場合、遺伝子の標的化が好ましい。手
短に言えば、このような技術が利用される場合、内在性遺伝子に対して相同ない
くつかのヌクレオチド配列を含むベクターが、染色体配列との相同な組換えを介
して内在性遺伝子のヌクレオチド配列に組み込まれ、そのヌクレオチド配列の機
能を破壊することを目的として設計される。導入遺伝子はまた、特定の細胞型に
選択的に導入され得、従って、例えば、Guら(Guら、Science 26
5:103−106(1994))の教示に従って、導入された細胞型において
のみ内在性遺伝子が不活化される。そのような細胞型特異的不活化に必要とされ
る調節配列は、目的の特定の細胞型に依存し、そしてそれらは当業者に明らかで
ある。
【0924】 一旦トランスジェニック動物が作製されると、その組換え遺伝子の発現は、標
準的な技術を利用してアッセイされ得る。最初のスクリーニングは、サザンブロ
ット分析またはPCR技術によって達成されて、導入遺伝子の組み込みが起きた
ことを動物組織の分析により確認し得る。トランスジェニック動物の組織におけ
る導入遺伝子のmRNA発現レベルはまた、動物から得た組織サンプルのノーザ
ンブロット分析、インサイチュハイブリダイゼーション分析および逆転写酵素P
CR(rt−PCR)を含むがこれらに限定されない技術を用いて評価され得る
。トランスジェニック遺伝子発現組織のサンプルはまた、導入遺伝子産物に特異
的な抗体を用いて免疫細胞化学的または免疫組織化学的に評価され得る。
【0925】 一旦、創始動物が生成されると、それらは、交配され、同系交配され、異系交
配されるかまたは交雑されて、特定の動物のコロニーを生成し得る。そのような
交配戦略の例は、以下を含むがそれらに限定されない:別の系統を樹立するため
の1つより多くの組み込み部位を有する創始動物の異系交配;各導入遺伝子の相
加的発現効果によって、より高いレベルで導入遺伝子を発現する複合トランスジ
ェニックを生成するための別々の系統の同系交配;発現の増強およびDNA分析
による動物のスクリーニングの必要性の排除の両方のための、所定の組み込み部
位に対してホモ接合性の動物を生成するヘテロ接合性トランスジェニック動物の
交雑;複合ヘテロ接合性またはホモ接合性系統を生成するための別々のホモ接合
系統の交雑;ならびに目的の実験モデルに適切な異なるバックグラウンド上に導
入遺伝子を配置するための交配。
【0926】 本発明のトランスジェニック動物は、本発明のポリペプチドの生物学的機能の
詳述、異常な発現に関連する状態および/または障害の研究、ならびにこのよう
な状態および/または障害の改善に有効な化合物についてのスクリーニングに有
用な動物モデル系を含むがこれらに限定されない用途を有する。
【0927】 (実施例30:ノックアウト動物) 内因性遺伝子発現もまた、標的化された相同組換えを使用して遺伝子および/
またはそのプロモーターを不活性化あるいは「ノックアウトする」ことによって
減少し得る(例えば、Smithiesら、Nature 317:230−2
34(1985);ThomasおよびCapecchi、Cell 51:5
03−512(1987);Thompsonら、Cell 5:313−32
1(1989)を参照のこと;これらの各々は、本明細書中でその全体が参考と
して援用される)。例えば、内因性ポリヌクレオチド配列(この遺伝子のコード
領域または調節領域のいずれか)と相同性のDNAに隣接される、本発明の改変
体、非機能的なポリヌクレオチド(または完全に関連のないDNA配列)を、選
択マーカーおよび/またはネガティブ選択マーカーを用いてまたは用いずに使用
し、インビボで本発明のポリペプチドを発現する細胞をトランスフェクトし得る
。別の実施形態において、当該分野で公知の技術を、目的の遺伝子を含むが、発
現しない細胞中でノックアウトを作製するために使用する。標的化された相同組
換えを介した、このDNA構築物の挿入は、標的化された遺伝子の不活性化を生
じる。このようなアプローチは、胚性幹細胞に対する改変が不活性な標的化され
た遺伝子を有する動物の子孫を作製するために使用され得る研究および農業分野
に特に適する(例えば、ThomasおよびCapecchi 1987および
Thompson 1989、前出を参照のこと)。しかし、このアプローチは
、当業者に明白な適切なウイルスベクターを使用して、組換えDNA構築物がイ
ンビボで要求された部位に直接投与されるか、または標的化される場合、ヒトに
おける使用に慣用的に適合され得る。
【0928】 本発明のさらなる実施形態において、本発明のポリペプチドを発現するために
遺伝子操作される細胞、あるいは本発明のポリペプチドを発現しないように遺伝
子操作された細胞(例えば、ノックアウト)を、インビボで患者に投与する。こ
のような細胞は、患者(すなわち、ヒトを含む動物)またはMHC適合性ドナー
から入手され得、そして線維芽細胞、骨髄細胞、血球(例えば、リンパ球)、脂
肪細胞、筋細胞、内皮細胞などを含み得るが、それらに限定されない。この細胞
を、例えば、形質導入(ウイルスベクターおよび好ましくは細胞ゲノム中に導入
遺伝子を組み込むベクターを使用する)、またはトランスフェクション手順(プ
ラスミド、コスミド、YAC、裸のDNA、エレクトロポレーション、リポソー
ムなどの使用を含むが、これらに限定されない)によって、細胞中に本発明のポ
リペプチドのコード配列を導入するために、あるいはこのコード配列および/ま
たは本発明のポリペプチドに結合している内因性の調節配列を破壊するために、
組換えDNA技術を使用してインビトロで遺伝子操作する。本発明のポリペプチ
ドのコード配列を強力な構成的プロモーターもしくは誘導性プロモーターまたは
プロモーター/エンハンサーの制御下に配置し、本発明のポリペプチドの発現お
よび好ましくは分泌を達成し得る。本発明のポリペプチドを発現および好ましく
は分泌する操作した細胞を、例えば、循環中において、または腹腔内で患者中へ
全身的に導入し得る。
【0929】 あるいは、この細胞をマトリックスに組み込み得、そして身体に移植し得る(
例えば、遺伝子操作した線維芽細胞を皮膚移植片の一部として移植し得る);遺
伝子操作した内皮細胞をリンパ移植片または脈管移植片の一部として移植し得る
(例えば、Andersonら、米国特許第5,399,349号ならびにMu
lliganおよびWilson、米国特許第5,460,959号を参照のこ
と。これらの各々は、本明細書中でその全体が参考として援用される)。
【0930】 投与される細胞が非自己または非MHC適合性細胞である場合、それらを、こ
の導入細胞に対する宿主免疫応答の発生を妨害する周知の技術を使用して投与し
得る。例えば、この細胞をカプセル性の形態で導入し得、この形態は、構成成分
と即時の細胞外環境との交換を可能にしつつ、導入細胞が宿主免疫系によって認
識されることを可能にしない。
【0931】 本発明のトランスジェニックおよび「ノックアウト」動物は、本発明のポリペ
プチドの生物学的機能の詳述、異常な発現に関連する疾患、障害および/または
状態の研究、ならびにこのような疾患、障害および/または状態を寛解させるに
有効な化合物のスクリーニングにおいて有用な動物モデル系を含むが、それらに
限定されない用途を有する。
【0932】 (実施例31:抗体の産生) (a.ハイブリドーマ技術) 本発明の抗体は、種々の方法によって調製され得る。(Current Pr
otocols,第2章を参照のこと)。このような方法の1つの例として、X
XXを発現する細胞は、ポリクローナル抗体を含む血清の産生を誘導するために
動物に投与される。好ましい方法において、XXXタンパク質の調製物が調製さ
れ、そして精製されて、天然の夾雑物を実質的に含まないようにされる。次いで
、より大きな比活性のポリクローナル抗血清を生成するために、このような調製
物は、動物に導入される。
【0933】 タンパク質XXXに対して特異的なモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ技
術を使用して調製される(Kohlerら、Nature 256:495(1
975);Kohlerら、Eur.J.Immunol.6:511(197
6);Kohlerら、Eur.J.Immunol.6:292(1976)
;Hammerlingら:Monoclonal Antibodies a
nd T−Cell Hybridomas,Elsevier,N.Y.、5
63−681頁(1981))。一般に、動物(好ましくはマウス)は、XXX
ポリペプチドで、またはより好ましくは分泌XXXポリペプチド発現細胞で免疫
される。このようなポリペプチド発現細胞は、任意の適切な組織培養培地におい
て、好ましくは10%ウシ胎仔血清(約56℃で非働化した)を補充し、そして
約10g/lの非必須アミノ酸、約1,000U/mlのペニシリン、および約
100μg/mlのストレプトマイシンを補充したEarle改変イーグル培地
において培養される。
【0934】 このようなマウスの脾細胞は抽出され、そして適切な骨髄腫細胞株と融合され
る。任意の適切な骨髄腫細胞株は、本発明に従って用いられ得る;しかし、AT
CCから入手可能な親骨髄腫細胞株(SP2O)を用いることが好ましい。融合
後、得られるハイブリドーマ細胞を、HAT培地において選択的に維持し、次い
でWandsら(Gastroenterology 80:225−232(
1981))により記載されるように限界希釈によってクローニングする。次い
で、このような選択によって得られるハイブリドーマ細胞は、XXXポリペプチ
ドを結合し得る抗体を分泌するクローンを同定するためにアッセイされる。
【0935】 あるいは、XXXポリペプチドに結合し得るさらなる抗体を、抗イディオタイ
プ抗体を使用して2段階工程の手順において生成し得る。このような方法は、抗
体それ自体が抗原であり、それゆえ第二の抗体に結合する抗体を得ることが可能
であるという事実を利用する。この方法に従って、タンパク質特異的抗体を使用
して、動物(好ましくは、マウス)を免疫する。次いで、このような動物の脾細
胞を使用して、ハイブリドーマ細胞を産生する。そして、このハイブリドーマ細
胞は、XXXタンパク質特異的抗体に結合する能力がXXXによってブロックさ
れ得る抗体を産生するクローンを同定するためにスクリーニングされる。このよ
うな抗体は、XXXタンパク質特異的抗体に対する抗イディオタイプ抗体を含み
、そして動物を免疫してさらなるXXXタンパク質特異的抗体の形成を誘導する
ために使用される。
【0936】 ヒトにおける抗体のインビボ使用のために、抗体は、「ヒト化」される。この
ような抗体は、上記のモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞に由来
する遺伝的構築物を使用することによって産生され得る。キメラ抗体およびヒト
化抗体を産生するための方法は当該分野で公知であり、そして本明細書中に議論
される(総説については、Morrison,Science 229:120
2(1985);Oiら、BioTechniques 4:214(1986
);Cabillyら、米国特許第4,816,567号;Taniguchi
ら、EP 171496;Morrisonら、EP 173494;Neub
ergerら、WO 8601533;Robinsonら、WO 87026
71;Boulianneら、Nature 312:643(1984);N
eubergerら、Nature 314:268(1985)を参照のこと
)。
【0937】 (b)scFvsのライブラリーからのXXXに対して指向される抗体フラグ
メントの単離) ヒトPBLから単離した天然に存在するV遺伝子を、ドナーが曝されても、さ
れなくてもよいXXXに対する反応性を含む抗体フラグメントのライブラリーに
構築する(例えば、米国特許第5,885,793号(その全体が参考として本
明細書に援用される)を参照のこと)。
【0938】 ライブラリーのレスキュー。 PCT公開WO 92/01047に記載のよ
うに、ヒトPBLのRNAからscFvsのライブラリーを構築する。抗体フラ
グメントを提示するファージをレスキューするため、ファージミドを保有する約
109個のE.coliを用いて、50mlの2×TY(1%グルコースおよび
100μg/mlのアンピシリンを含有する)(2×TY−AMP−GLU)を
接種し、そして振盪しながら0.8のO.D.まで増殖させる。この培養物の5
mlを用いて50mlの2×TY−AMP−GLUに接種し、2×108TUの
Δ遺伝子3ヘルパー(M13Δ遺伝子III、PCT公開WO92/01047
を参照のこと)を添加し、そして培養物を振盪なしで37℃で45分間インキュ
ベートし、次いで振盪しながら37℃で45分間インキュベートする。この培養
物を10分間4000r.p.m.で遠心分離し、そしてペレットを2リットル
の2×TY(100μg/mlアンピシリンおよび50μg/mlカナマイシン
を含有する)中に再懸濁し、そして一晩増殖させる。ファージをPCT公開WO
92/01047に記載のように調製する。
【0939】 M13Δ遺伝子IIIを以下のように調製する:M13Δ遺伝子IIIヘルパ
ーファージは、遺伝子IIIタンパク質をコードしない。それゆえ、抗体フラグ
メントを提示するファージ(ファージミド)は、抗原に対するより大きい結合ア
ビディティーを有する。ファージ形態形成の間、野生型遺伝子IIIタンパク質
を供給するpUC19誘導体を保有する細胞においてヘルパーファージを増殖さ
せることにより、感染性M13Δ遺伝子III粒子を作製する。培養物を振盪な
しで37℃で1時間インキュベートし、次いで振盪しながら37℃でさらに1時
間インキュベートする。細胞を遠心沈殿(IEC−Centra 8,400r
.p.m./分で10分間)し、100μg/mlのアンピシリンおよび25μ
g/mlのカナマイシンを含有する2×TYブロス(2×TY−AMP−KAN
)300ml中で再懸濁し、そして37℃で振盪しながら一晩増殖させた。ファ
ージ粒子を、2回のPEG沈殿(Sambrookら、1990)により培養培
地から精製および濃縮し、2ml PBSに再懸濁し、そして0.45μmのフ
ィルター(Minisart NML;Sartorius)を通過させ、約1
13形質導入単位/ml(アンピシリン耐性クローン)の最終濃度を得る。
【0940】 ライブラリーのパニング。Immunotubes(Nunc)を、本発明の
ポリペプチドの100μg/mlまたは10μg/mlのいずれかの4mlを用
いてPBS中で一晩被膜する。チューブを2%Marvel−PBSを用いて3
7℃で2時間ブロックし、次いでPBS中で3回洗浄する。約1013TUのファ
ージをチューブに適用し、そして、回転盤上で上下にタンブリングしながら室温
で30分間インキュベートし、次いでさらに1.5時間静置しておく。チューブ
をPBS0.1%Tween−20で10回、そしてPBSで10回洗浄する。
1mlの100mMトリエチルアミンを添加し、そして回転盤上で15分間上下
に回転させることによりファージを溶出し、その後この溶液を0.5mlの1.
0M Tris−HCl,pH7.4で直ちに中和する。次いで、溶出したファ
ージを細菌とともに37℃で30分間インキュベートすることにより、ファージ
を用いて、10mlの対数増殖中期のE.coli TG1に感染させる。次い
で、E.coliを1%グルコースおよび100μg/mlアンピシリンを含有
するTYEプレート上にプレートする。次いで、得られる細菌ライブラリーを、
上記のようにΔ遺伝子3ヘルパーファージでレスキューし、次の回の選択のため
のファージを調製する。次いで、このプロセスを、アフィニティー精製の全4回
について反復し、3回目および4回目にはチューブ洗浄をPBS、0.1%Tw
een−20で20倍、そしてPBSで20倍に増加する。
【0941】 結合剤の特徴付け。第3回目および4回目の選択から溶出したファージを用い
て、E.coli HB 2151を感染させ、そして可溶性scFvをアッセ
イのために単一コロニーから生成する(Marksら、1991)。50mM炭
酸水素塩、pH9.6中の本発明のポリペプチドの10pg/mlのいずれかで
被膜したマイクロタイタープレートを用いてELISAを実行する。ELISA
中の陽性クローンをPCRフィンガープリンティング(例えば、PCT公報WO
92/01047を参照のこと)、次に配列決定することによりさらに特徴付け
る。これらのELISA陽性クローンはまた、当該分野において公知の技術(例
えば、エピトープマッピング、結合親和性、レセプターシグナル形質導入、抗体
/抗原結合をブロックするかまたは競合的に阻害する能力、および競合的アゴニ
スト活性または競合的アンタゴニスト活性など)によりさらに特徴付けられ得る
【0942】 (実施例32:B細胞増殖および分化の刺激または阻害を検出するアッセイ) 機能的体液性免疫応答の生成は、B系列の細胞とそれらの微小環境との間に、
可溶性のシグナル伝達および同族のシグナル伝達の両方を必要とする。シグナル
は、陽性の刺激(B系列の細胞がプログラムされた発生を持続するようにさせる
)、または陰性の刺激(細胞が電流発生経路を阻止するように指示する)を伝え
得る。現在までに、IL−2、IL−4、IL−5、IL−6、IL−7、IL
−10、IL−13、IL−14およびIL−15を含む、多数の刺激シグナル
および阻害シグナルがB細胞応答性に影響することが見出されている。興味深い
ことに、これらのシグナルはそれ自体は弱いエフェクターであるが、種々の同時
刺激タンパク質と組み合わせて、B細胞集団中の活性化、増殖、分化、ホーミン
グ、耐性、および死を誘導し得る。
【0943】 B細胞同時刺激タンパク質の最も研究されたクラスの1つがTNFスーパーフ
ァミリーである。このファミリー内で、CD40、CD27およびCD30は、
そのそれぞれのリガンドである、CD154、CD70およびCD153と共に
種々の免疫応答を調節することが見出されている。これらのB細胞集団およびそ
れらの前駆細胞の増殖および分化の検出および/または観察を可能にするアッセ
イは、種々のタンパク質がこれらのB細胞集団上に、増殖および分化の点で有し
得る効果を決定する際に価値のあるツールである。以下に列挙するのは、B細胞
集団およびそれらの前駆体の分化、増殖、または阻害の検出を可能にするように
設計された2つのアッセイである。
【0944】 (インビトロアッセイ)−本発明の精製されたポリペプチド、またはそれらの
短縮化形態を、B細胞集団およびそれらの前駆体において活性化、増殖、分化も
しくは阻害および/または死を誘導する能力について評価する。精製したヒト扁
桃腺B細胞への本発明のポリペプチドの活性(定性的に0.1〜10,000n
g/mLの用量範囲にわたって測定した)を、標準的なBリンパ球同時刺激アッ
セイにおいて評価する。このアッセイでは、精製した扁桃腺B細胞を、プライミ
ング因子として、ホルマリン固定Staphylococcus aureus
Cowan I(SAC)、または固定した抗ヒトIgM抗体のいずれかの存
在下で培養する。IL−2およびIL−15のような第2のシグナルは、トリチ
ウム化チミジン取り込みにより測定した場合、SACおよびIgM架橋と協同し
てB細胞増殖を誘発する。新規な協同因子を、このアッセイを用いて容易に同定
し得る。このアッセイは、CD3陽性細胞の磁気ビーズ(MACS)枯渇により
ヒト扁桃腺B細胞を単離する工程を包含する。得られる細胞集団は、CD45R
(B220)の発現により評価する場合、95%のB細胞より大きい。
【0945】 種々の希釈のそれぞれのサンプルを96ウェルプレートの個々のウェルに配置
し、ここへ、培養培地(10%FBS、5×10-5M 2ME、100U/ml
ペニシリン、10μg/mlストレプトマイシン、および10-5希釈のSACを
含有するRPMI 1640)中で懸濁した、総量150μl中の、105B細
胞を添加する。増殖または阻害を、因子の添加後72時間から開始して、3H−
チミジン(6.7Ci/mM)で20hパルス(1μCi/ウェル)により定量
する。陽性コントロールおよび陰性コントロールは、それぞれIL2および培地
である。
【0946】 (インビボアッセイ)−BALB/cマウスに、緩衝液のみ、または本発明の
2mg/kgのポリペプチド、またはそれらの短縮形態を、1日2回注射(腹腔
内)する。マウスにこの処置を4日間連続して与え、この時点でそれらを屠殺し
、そして分析のために種々の組織および血清を収集した。正常な脾臓および本発
明のポリペプチドで処理した脾臓由来のH&E切片の比較により、脾臓細胞での
このポリペプチドの活性の結果、例えば、動脈周囲リンパ性鞘の拡散および/ま
たは赤色脾髄領域の有核の細胞充実性の有意な増加(これは、B細胞集団の分化
および増殖の活性化を示し得る)が確認される。B細胞マーカーである、抗CD
45R(B220)を用いる免疫組織化学的研究を用いて、脾臓細胞への任意の
生理的な変化(例えば、脾臓組織崩壊)が、樹立されたT細胞領域に浸潤する漠
然と規定されたB細胞区画内のB細胞提示の増加に起因するか否かを決定する。
【0947】 ポリペプチドで処置したマウス由来の脾臓のフローサイトメトリー分析を用い
て、このポリペプチドが、ThB+であるCD45R(B220)dull B
細胞の比を、コントロールマウスで観察される比よりも特異的に増加するか否か
を示す。
【0948】 さらに、増加した成熟B細胞のインビボでの提示の推定される結果は、血清I
g力価の相対的な増加である。従って、血清IgMおよびIgAレベルを緩衝液
処置マウスとポリペプチド処置マウスとの間で比較する。
【0949】 本実施例において記載する試験は、本発明のポリペプチドの活性を試験した。
しかし、当業者は、本発明のポリペプチドの活性(例えば、遺伝子治療)、本発
明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチドのアゴニスト、および/またはアン
タゴニストを試験するために、例示する研究を容易に改変し得る。
【0950】 (実施例33:T細胞増殖アッセイ) CD3誘導性の増殖アッセイをPBMCで実行し、そして3H−チミジンの取
り込みにより測定する。このアッセイを以下のように実行する。96ウェルプレ
ートを、CD3に対するmAb(HIT3a,Pharmingen)の100
μl/ウェル、またはアイソタイプ適合のコントロールmAb(B33.1)(
0.05M 炭酸水素塩緩衝液、pH9.5中、1μg/ml)で4℃で1晩、
コートし、次いでPBSで3回洗浄する。PBMCをヒト末梢血から、F/H勾
配遠心分離により単離し、そして本発明のポリペプチドの種々の濃度での存在下
で、10%FCSおよびP/Sを含有するRPMI中、mAbでコートしたプレ
ートの4通りのウェル(5×104/ウェル)に添加する(総量200μl)。
関連するタンパク質緩衝液および培地単独がコントロールである。37℃での培
養の48時間後、プレートを1000rpmで2分間回転させ、そして100μ
lの上清を除去し、そして、増殖への効果が観察される場合、IL−2(または
他のサイトカイン)の測定のために−20℃で貯蔵した。ウェルに0.5μCi
3H−チミジンを含有する100μlの培地を補充し、そして37℃で18〜
24時間培養する。ウェルを収集し、そして3H−チミジンの取り込みを増殖の
指標として用いた。抗CD3単独が増殖の陽性コントロールである。IL−2(
100U/ml)をまた、増殖を増強するコントロールとして用いる。T細胞の
増殖を誘導しないコントロール抗体を本発明のポリペプチドの効果についての陰
性コントロールとして用いる。
【0951】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチドの活性を試験した
。しかし、当業者は、本発明のポリペプチドの活性(例えば、遺伝子治療)、本
発明のポリヌクレオチドもしくはポリペプチドのアゴニスト、および/またはア
ンタゴニストを試験するために、例示する研究を容易に改変し得る。
【0952】 (実施例34:MHCクラスII、同時刺激分子および接着分子の発現、なら
びに単球および単球由来ヒト樹状細胞の細胞分化への本発明のポリペプチドの効
果) 樹状細胞を末梢血において見出される増殖前駆体の増殖により生成する:接着
性PBMCまたは清浄化単球画分を、GM−CSF(50ng/ml)およびI
L−4(20ng/ml)とともに7〜10日間培養する。これらの樹状細胞は
、非成熟細胞の特徴的表現型(CD1、CD80、CD86、CD40およびM
HCクラスII抗原の発現)を有する。TNF−αのような活性化因子での処理
は、表面表現形に迅速な変化(MHCクラスIおよびII、同時刺激分子および
接着分子の発現の増加、FCγRIIの下方制御、CD83の上方制御)を生じ
る。これらの変化は抗原提示能力の増加、および樹状細胞の機能的成熟と関連す
る。
【0953】 表面抗原のFACS分析を以下の様に実施する。細胞を、本発明のポリペプチ
ドまたはLPS(陽性コントロール)の漸増する濃度で1〜3日処理し、1%B
SAおよび0.02mMアジ化ナトリウムを含有するPBSで洗浄し、次いで1
:20希釈の適切なFITC標識モノクローナル抗体またはPE標識モノクロー
ナル抗体とともに、4℃で30分間インキュベートする。さらなる洗浄後、標識
した細胞をFACScan(Becton Dickinson)でのフローサ
イトメトリーにより分析する。
【0954】 (サイトカインの生成への効果)樹状細胞により生成されるサイトカイン、特
にIL−12は、T細胞依存性免疫応答の開始において重要である。IL−12
は、Th1ヘルパーT細胞免疫応答の発生に強力に影響し、そして細胞傷害性T
細胞機能およびNK細胞機能を誘導する。ELISAを用いて以下のようにIL
−12放出を測定する。樹状細胞(106/ml)を、本発明のポリペプチドの
漸増する濃度で24時間処理する。LPS(100ng/ml)を、陽性コント
ロールとして細胞培養に添加する。次いで、細胞培養からの上清を収集し、そし
て市販のELISAキット(例えば、R&D Systems(Minneap
olis,MN))を用いてIL−12含量について分析する。キットに提供さ
れる標準的プロトコールを用いる。
【0955】 MHCクラスII、同時刺激分子および接着分子の発現への効果。細胞表面抗
原の3つの主なファミリー:接着分子、抗原提示に関与する分子、およびFcレ
セプター、が、単球上で同定され得る。MHCクラスII抗原および他の同時刺
激分子(例えば、B7およびICAM−1)の発現の調節は、単球の抗原提示能
力、およびT細胞活性化を誘導する能力に変化を生じ得る。Fcレセプターの発
現増加は、単球細胞傷害性活性、サイトカイン放出および食菌作用の改善と相関
し得る。
【0956】 FACS分析は、以下のように表面抗原を試験するために用いられる。単球を
、本発明のポリペプチドまたはLPS(陽性コントロール)の漸増する濃度で1
〜5日処理し、1%BSAおよび0.02mMアジ化ナトリウムを含有するPB
Sで洗浄し、次いで1:20希釈の適切なFITC標識モノクローナル抗体また
はPE標識モノクローナル抗体とともに、4℃で30分間インキュベートする。
さらなる洗浄後、標識した細胞をFACScan(Becton Dickin
son)でのフローサイトメトリーにより分析する。
【0957】 (単球活性化および/または生存の増加)単球を活性化する(あるいは、不活
化する)および/または単球の生存を増加する(あるいは、単球生存を低下させ
る)分子についてのアッセイは、当該分野で公知であり、そして本発明の分子が
単球のインヒビターまたはアクチベーターとして機能するか否かを決定するため
に慣用的に適用され得る。本発明のポリペプチド、アゴニストまたはアンタゴニ
ストは、以下に記載の3つのアッセイを用いてスクリーニングされ得る。これら
のアッセイのそれぞれについて、末梢血単核細胞(PBMC)を、Histop
aque勾配(Sigma)を通じた遠心分離により、単一のドナーleuko
pack(American Red Cross,Baltimore,MD
)から精製する。単球を向流遠心性エルトリエーション(counterflo
w centrifugal elutriation)によりPBMCから単
離する。
【0958】 (単球生存アッセイ)ヒト末梢血単球は、血清または他の刺激の非存在下で培
養した場合、次第に生存度を失う。それらの死は、内部調節されたプロセス(ア
ポトーシス)から生じる。活性化因子、例えばTNFαの培養への添加は、劇的
に、細胞生存を改善し、そしてDNAの断片化を妨げる。プロピジウムヨード(
PI)染色を用いて、以下のようにアポトーシスを測定する。単球を、100n
g/mlのTNF−α(陰性コントロール)の存在下、および試験される種々の
濃度の化合物の存在下で、ポリプロピレンチューブ中の無血清培地(陽性コント
ロール)中で、48時間培養する。細胞を、最終濃度5μg/mlでPIを含有
するPBS中で2×106/mlの濃度に懸濁し、次いでFACScan分析の
前に5分間室温でインキュベートする。PI取り込みは、この試験パラダイムに
おけるDNAの断片化と相関することを示している。
【0959】 (サイトカイン放出への影響)単球/マクロファージの重要な機能は、刺激後
のサイトカインの放出を通じた免疫系の他の細胞集団へのそれらの調節活性であ
る。サイトカイン放出を測定するためのELISAは、以下のように実施する。
ヒト単球を、5×105細胞/mlの密度で、本発明のポリペプチドの漸増する
濃度とともに、および同じ条件下でこのポリペプチドの非存在下で、インキュベ
ートする。IL−12の生成については、この細胞を、本発明のポリペプチドの
存在下でIFN(100U/ml)で1晩プライムする。次いで、LPS(10
ng/ml)を添加する。馴化培地を24時間後に収集し、そして使用するまで
凍結保存する。次いで、TNF−α、IL−10、MCP−1およびIL−8の
測定を市販のELISAキット(例えば、R&D Systems Minne
apolis,MN)を用い、そしてキットに提供される標準的プロトコールを
適用して実施する。
【0960】 (酸化的バースト(Oxidative burst))精製した単球を96
ウェルプレートに2〜1×105細胞/ウェルでプレートする。本発明のポリペ
プチドの漸増濃度をウェルの総量0.2mlの培養培地(RPMI 1640+
10%FCS、グルタミンおよび抗生物質)に添加する。3日間のインキュベー
ション後、このプレートを遠心分離し、そして培地をウェルから除く。マクロフ
ァージの単層に、1ウェルあたり0.2mlのフェノールレッド溶液(140m
M NaCl、10mM リン酸カリウム緩衝液pH7.0、5.5mMデキス
トロース、0.56mMフェノールレッドおよび19U/mlのHRPO)を、
刺激物質(200nM PMA)とともに添加する。このプレートを37℃で2
時間インキュベートし、そして1ウェルあたり20μlの1N NaOHを添加
して反応を停止する。吸収を610nmで読む。マクロファージにより生成され
るH22の量を算出するため、既知のモル濃度のH22溶液の標準曲線をそれぞ
れの実験について実施する。
【0961】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチドの活性を試験した
。しかし、当業者は、本発明のポリペプチドの活性、ポリヌクレオチドの活性(
例えば、遺伝子治療)、アゴニストの活性、および/またはアンタゴニストの活
性を試験するために、例示する研究を容易に改変し得る。
【0962】 (実施例35:本発明のポリペプチドの生物学的効果) (星状細胞および神経アッセイ) 上記のように、Escherichia coliで発現され、そして精製さ
れた本発明の組換えポリペプチドを、皮質ニューロン細胞の生存、神経突起成長
または表現形分化を促進する活性について、およびグリア線維性酸性タンパク質
免疫陽性細胞、星状細胞の増殖の誘導について試験し得る。バイオアッセイのた
めの皮質細胞の選択は、皮質構造中のFGF−1およびFGF−2の広く行き渡
っている発現、ならびにFGF−2処理から生じる皮質ニューロン生存の以前に
報告された増強に基づく。チミジン取り込みアッセイを用いて、例えば、これら
の細胞への本発明のポリペプチドの活性を解明し得る。
【0963】 さらに、インビトロにおける皮質ニューロンまたは海馬ニューロンへのFGF
−2(塩基性FGF)の生物学的効果を記載する以前のレポートは、ニューロン
生存および神経突起成長の両方における増大を実証している(Walickeら
、「Fibroblast growth factor promotes
survival of dissociated hippocampal
neurons and enhances neurite extensi
on」Proc.Natl.Acad.Sci.USA 83:3012〜30
16(1986)、アッセイは、本明細書でその全体が参考として援用される)
。しかし、PC−12細胞で実行される実験からの報告は、これらの2つの応答
が必ずしも同義でないこと、そしてどのFGFを試験しいるかだけでなく、どの
レセプターが標的細胞で発現されているかにも依存し得ることを示唆する。神経
突起成長を誘導する本発明のポリペプチドの能力を、一次の皮質ニューロン培養
パラダイムを用いて、例えば、チミジン取り込みアッセイを用いてFGF−2で
得られた応答と比較し得る。
【0964】 (線維芽細胞および内皮細胞アッセイ) ヒト肺線維芽細胞をClonetics(San Diego,CA)から入
手し、そしてCloneticsからの増殖培地で維持する。真皮性微小血管内
皮細胞をCell Applications(San Diego,CA)か
ら得る。増殖アッセイについては、ヒト肺線維芽細胞および真皮性微小血管内皮
細胞を、96ウェルプレートの増殖培地中で1日間、5,000細胞/ウェルで
培養し得る。次いでこの細胞を0.1%BSA基礎培地中で1日間インキュベー
トする。新鮮な0.1%BSA培地で培地を置換した後、細胞を試験タンパク質
と3日間インキュベートする。Alamar Blue(Almar Bios
ciences,Sacramento,CA)を10%の最終濃度になるよう
に各ウェルに添加する。この細胞を4時間インキュベートする。細胞生存度をC
ytoFluor蛍光リーダーでの読取りにより測定する。PGE2アッセイに
ついては、ヒト肺線維芽細胞を、96ウェルプレート中で1日間、5,000細
胞/ウェルで培養する。0.1%BSA基礎培地に培地を変換した後、細胞をI
L−1αとともに、またはそれをともなわずに、FGF−2または本発明のポリ
ペプチドと24時間インキュベートする。上清を収集し、そしてEIAキット(
Cayman,Ann Arbor,MI)によりPGE2についてアッセイす
る。IL−6アッセイについては、ヒト肺線維芽細胞を、96ウェルプレート中
で1日間、5,000細胞/ウェルで培養する。0.1%BSA基礎培地に培地
を変換した後、細胞を本発明のポリペプチドIL−1αとともに、またはそれを
ともなわずに、FGF−2と24時間インキュベートする。上清を収集し、そし
てELISAキット(Endogen,Cambridge,MA)によりIL
−6についてアッセイする。
【0965】 ヒト肺線維芽細胞をFGF−2または本発明のポリペプチドとともに基礎培地
中で3日間培養し、その後、線維芽細胞の増殖への効果を評価するためAlam
ar Blueを添加する。FGF−2は、本発明のポリペプチドでの刺激に匹
敵して用いられ得る10〜2500ng/mlの刺激を示すはずである。
【0966】 (パーキンソンモデル) パーキンソン病における運動機能の喪失は、黒質線条体のドーパミン作動性投
射ニューロンの変性から生じる線条体ドーパミンの欠乏に起因する。広範に特徴
付けされたパーキンソン病の動物モデルは、1−メチル−4フェニル1,2,3
,6−テトラヒドロピリジン(MPTP)の全身投与を含む。CNSにおいて、
MPTPは、星状細胞に取り込まれ、そしてモノアミンオキシダーゼBにより1
−メチル−4−フェニルピリジン(MPP+)に異化され、そして放出される。
引き続き、MPP+は、ドーパミンの高親和性再取り込みトランスポーターによ
りドーパミン作動性ニューロンに能動的に蓄積する。次いで、MPP+は、電気
化学勾配によりミトコンドリア中で濃縮され、そしてニコチン酸アミド二リン酸
:ユビキノン酸化還元酵素(複合体I)を選択的に阻害し、これにより電子伝達
を妨害し、そして最終的に活性酸素を生成する。
【0967】 FGF−2(塩基性FGF)が黒質のドーパミン作動性ニューロンへの栄養活
性を有することが組織培養パラダイムにおいて実証されている(Ferrari
ら、Dev.Biol.1989)。近年、Unsicker博士のグループは
、線条体のゲル型インプラントでのFGF−2投与がMPTP曝露と関連する毒
性から黒質のドーパミン作動性ニューロンのほぼ完全な防御を生じることを実証
している(OttoおよびUnsicker,J.Neuroscience,
1990)。
【0968】 FGF−2を用いたデータに基づいて、本発明のポリペプチドは、インビトロ
におけるドーパミン作動性ニューロン生存を増強する際において、本発明のポリ
ペプチドがFGF−2の作用と類似の作用を有するか否かを決定するために評価
され得、そして、本発明のポリペプチドはまた、線条体におけるドーパミン作動
性ニューロンを、MPTP処理と関連する損傷からの防御についてインビボで試
験され得る。本発明のポリペプチドの潜在的効果を、まずドーパミン性ニューロ
ン細胞培養パラダイムにおいてインビトロで試験する。妊娠14日のWista
rラット胚由来の中脳底板を解剖することにより、培養物を調製する。組織をト
リプシンで分離し、そしてポリオルチニン−ラミニンでコートしたカバーガラス
に200,000細胞/cm2の密度で播いた。この細胞をダルベッコ改変イー
グル培地およびホルモン補充物(NI)を含有するF12培地中で維持する。イ
ンビトロで8日後培養物をパラホルムアミドで固定し、そしてチロシンヒドロキ
シラーゼ(ドーパミン作動性ニューロンについての特異的マーカー)での免疫組
織化学染色のために処理する。分離した細胞培養物を胚性ラットから調製する。
培養培地を3日ごとに変化させ、そしてこの因子をまたその時点ごとに添加する
【0969】 ドーパミン作動性ニューロンを妊娠14日(この発生時間は、ドーパミン作動
性前駆細胞が増殖する段階を過ぎる)で動物から単離するので、チロシンヒドロ
キシラーゼ免疫陽性ニューロンの数の増加は、インビトロで生存しているドーパ
ミン作動性ニューロンの数の増加を示す。従って、もし本発明のポリペプチドが
ドーパミン作動性の生存を延長するように作用するならば、このポリペプチドが
パーキンソン病に関与し得ることを示唆する。
【0970】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチドの活性を試験した
。しかし、当業者は、本発明のポリヌクレオチドの活性(例えば、遺伝子治療)
、本発明のアゴニスト、および/またはアンタゴニストを試験するために、例示
する研究を容易に改変し得る。
【0971】 (実施例36:血管内皮細胞の増殖への本発明のポリペプチドの効果) 1日目に、ヒト臍静脈内皮細胞(HUVEC)を、4%ウシ胎仔血清(FBS
)、16ユニット/ml ヘパリン、および50ユニット/ml 内皮細胞増殖
補充物(ECGS、Biotechnique,Inc.)を含有するM199
培地中で、35mmシャーレあたり2〜5×104細胞の密度で播種する。2日
目、この培地を、10%FBS、8ユニット/mlヘパリンを含有するM199
で置換する。配列番号Yのアミノ酸配列を有するポリペプチドおよび陽性コント
ロール(例えば、VEGFおよび塩基性FGF(bFGF))を種々の濃度で添
加する。4日目および6日目に、培地を交換する。8日目、Coulter C
ounterを用いて細胞数を決定する。
【0972】 HUVEC細胞数の増加は、本発明のポリペプチドが血管内皮細胞を増殖し得
ることを示す。
【0973】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチドの活性を試験した
。しかし、当業者は、本発明のポリヌクレオチドの活性(例えば、遺伝子治療)
、本発明のアゴニスト、および/またはアンタゴニストを試験するために、例示
する研究を容易に改変し得る。
【0974】 (実施例37:血管内皮細胞の増殖への本発明のポリペプチドの刺激効果) 増殖因子の分裂促進活性の評価のために、電子共役試薬PMS(フェナジンメ
トサルフェート)を用いる、比色分析MTS(3−(4,5−ジメチルチアゾー
ル−2−イル)−5−(3−カルボキシメトキシフェニル)−2−(4−スルフ
ォフェニル)2H−テトラゾリウム)アッセイを実行した(CellTiter
96 AQ,Promega)。細胞を0.1mLの血清補充培地中で96ウ
ェルプレートに播種し(5,000細胞/ウェル)、そして一晩付着させる。0
.5%FBS中、12時間の血清飢餓後、Heparin(8U/ml)を伴う
かまたは伴わない、条件(bFGF、VEGF165または0.5%FBS中の本
発明のポリペプチド)をウェルに48時間添加する。20mgのMTS/PMS
混合物(1:0.05)を1ウェルあたりに添加し、そして37℃で1時間イン
キュベートさせ、その後ELISAプレートリーダーで490nmの吸収を測定
する。コントロールウェル(培地あり、細胞なし)のバックグラウンドの吸収を
差し引きし、そしてそれぞれの条件について7つのウェルを並行して実施する。
Leakら、In Vitro Cell.Dev.Biol.30A:512
〜518(1994)を参照のこと。
【0975】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチドの活性を試験した
。しかし、当業者は、本発明のポリヌクレオチドの活性(例えば、遺伝子治療)
、本発明のアゴニスト、および/またはアンタゴニストを試験するために、例示
する研究を容易に改変し得る。
【0976】 (実施例38:PDGF誘導性血管平滑筋細胞増殖刺激効果の阻害) HAoSMC増殖を、例えば、BrdUrd組み込みにより測定し得る。手短
には、4チャンバスライド上で増殖するコンフルエント未満の静止期細胞を、C
RPまたはFITC標識化AT2−3LPでトランスフェクトする。次いで、こ
の細胞に10%ウシ血清および6mg/mlのBrdUrdをパルスする。24
時間後、BrdUrd染色キット(Zymed Laboratories)を
用いることにより免疫細胞化学を実施する。簡略には、この細胞を、変性溶液へ
の曝露後、ビオチン化マウス抗−BrdUrd抗体と4℃で2時間インキュベー
トし、次いでストレプトアビジン−ペルオキシダーゼおよびジアミノベンジジン
とともにインキュベートする。ヘマトキシリンでの対比染色後、この細胞を顕微
鏡試験のために標本にし、そしてBrdUrd−陽性細胞を計数する。BrdU
rd係数は、総細胞数に対するBrdUrd−陽性細胞の割合として計算される
。さらに、個々の細胞について、明野照明および暗野UV蛍光照明の同時使用に
より、BrdUrd染色(核)およびFITC取り込み(細胞質)の同時検出を
実行する。(Hayashidaら、J.Biol.Chem.6:271(3
6):21985〜21992(1996)を参照のこと)。
【0977】 本実施例において記載した研究は、本発明のポリペプチドの活性を試験した。
しかし、当業者は、本発明のポリヌクレオチドの活性(例えば、遺伝子治療)、
本発明のアゴニスト、および/またはアンタゴニストを試験するために、例示す
る研究を容易に改変し得る。
【0978】 (実施例39:内皮遊走の刺激) 本実施例は、本発明のポリペプチドがリンパ性の内皮細胞遊走を刺激し得る可
能性を探索するために用いられ得る。
【0979】 内皮細胞遊走アッセイは、48ウェルの微小走化性チャンバを用いて実行され
る(Neuroprobe Inc.,Cabin John,MD;Falk
,Wら、J.Immunological Methods 1980;33:
239〜247)。ポリビニルピロリドンを含まないポリカーボネートフィルタ
ー(これは8μmの孔径を備える)(Nucleopore Corp.Cam
bridge,MA)を室温で少なくとも6時間0.1%ゼラチンでコートし、
そして滅菌空気のもとで乾燥する。0.25%ウシ血清アルブミン(BSA)を
補充したM199中で試験物質を適切な濃度に希釈し、そして25μlの最終希
釈を改変Boyden装置の底部チャンバに置く。コンフルエント未満の、早期
継代(2〜6)のHUVECまたはBMEC培養物を洗浄し、そして細胞の脱離
に必要な最小の時間トリプシン処理する。底部チャンバと上部チャンバとの間の
フィルターを配置した後、1%FBSを含有する50μl M199中に懸濁し
た2.5×105細胞を上部コンパートメントに播種する。次いでこの装置を、
5%CO2を用いて湿潤にしたチャンバ中で37℃で5時間インキュベートして
細胞を遊走させた。インキュベーション期間後、このフィルターを取り出し、そ
して非遊走細胞を有するフィルターの上部側をゴム性のポリスマン(polic
eman)でかきとる。このフィルターをメタノールで固定し、そしてGiem
sa溶液で染色する(Diff−Quick,Baxter,McGraw P
ark,IL)。遊走は、それぞれのウェルにおいて、3つの無作為の高出力視
野(40×)の細胞を計数することにより定量する。そしてすべての群を4連で
実行する。
【0980】 本実施例において記載した研究は、本発明のポリペプチドの活性を試験した。
しかし、当業者は、本発明のポリヌクレオチドの活性(例えば、遺伝子治療)、
本発明のアゴニスト、および/またはアンタゴニストを試験するために、例示す
る研究を容易に改変し得る。
【0981】 (実施例40:内皮細胞による一酸化窒素生成の刺激) 血管内皮により放出された一酸化窒素は、血管内皮弛緩の介在物質であると考
えられてる。従って、本発明のポリペプチドの活性は、このポリペプチドに応答
する内皮細胞による一酸化窒素産生を測定することによってアッセイされ得る。
【0982】 一酸化窒素を、24時間の飢餓、次いで、様々なレベルの陽性コントロール(
例えば、VEGF−1)および本発明のポリペプチドへの4時間の曝露の後のコ
ンフルエントな微小血管内皮細胞の96ウェルプレート中で測定する。培地中の
一酸化窒素を、Griess試薬の使用により測定して、硝酸還元酵素による一
酸化硝酸由来の硝酸の還元後の亜硝酸の総量を測定する。一酸化窒素放出に対す
る本発明のポリペプチドの効果を、HUVECにおいて試験する。
【0983】 簡単には、培養したHUVEC単層からのNO放出は、NOメーター(Iso
−NO,World Precision Instruments Inc.
)(1049)に接続したNO特異的なポーラログラフ電極を用いて測定する。
NOエレメントの較正を、以下の式に従って行う: 2KNO2+2KI+2H2SO462NO+I2+2H2O+2K2SO4 検量線を、KIおよびH2SO4を含む較正溶液中に段階的な濃度のKNO2
0、5、10、25、50、100、250、および500nmol/L)を添
加することによって得る。NOに対するIso−NO電極の特異性を、オーセン
ティックなNO気体からのNOを測定することにより、事前に決定する(105
0)。この培養培地を取り除き、そしてHUVECを、Dulbeccoリン酸
緩衝化生理食塩水で2回洗浄する。次いで、細胞を、6ウェルプレート中で5m
lの濾過したKrebs−Henseleit溶液に浸し、そしてこの細胞プレ
ートを、37℃に温度を維持するために、スライドウォーマー(Lab Lin
e Instruments Inc.)で保持する。NOセンサープローブを
ウェルに垂直に挿入して、異なる条件の追加の前に、電極の先端を溶液の表面の
2mm下で保持する。S−ニトロソアセチルペニシラミン(SNAP)を、陽性
コントロールとして用いる。放出したNOの量を、1×106内皮細胞あたりの
ピコモル濃度として表す。全ての報告した値は、各群(細胞培養ウェルの数)に
おける4〜6の測定値の平均である。Leakら、Biochem.and B
iophys.Res.Comm.217:96−105(1995)を参照の
こと。
【0984】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチド活性を試験した。
しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチド
(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性を
試験し得る。
【0985】 (実施例41:新脈管形成における索形成に対する本発明のポリペプチドの効
果) 新脈管形成における別の工程は、内皮細胞の分化により特徴付けられる索(c
ord)形成である。このバイオアッセイは、インビトロで培養した場合に微小
血管内皮細胞の毛細管様構造(中空構造)を形成する能力を測定する。
【0986】 CADMEC(微小血管内皮細胞)を、増殖細胞(2継代目)としてCell
Applications Inc.から購入し、Cell Applica
tions’CADMEC Growth Medium中で培養し、そして5
継代目で使用する。インビトロ新脈管形成アッセイのために、48ウェル細胞培
養プレートのウェルをCell Applications’Attachme
nt Factor Medium(200ml/ウェル)を用いて、37℃に
て30分間コートする。CADMECを、コートしたウェルに7,500細胞/
ウェルで播種し、Growth Medium中で一晩培養する。次いで、この
Growth Mediumを、コントロール緩衝液または本発明のポリペプチ
ド(0.1〜100ng/ml)を含む300mgのCell Applica
tions’Chord Formation Mediumと交換し、そして
この細胞をさらに48時間培養する。毛細管様索の数および長さを、Boeck
eler VIA−170ビデオ画像分析装置の使用を通じて定量する。全ての
アッセイを三連で行なう。
【0987】 市販の(R&D)VEGF(50ng/ml)を、陽性コントロールとして用
いる。β−エストラジオール(1ng/ml)を、陰性コントロールとして用い
る。適切な緩衝液(タンパク質なし)もまた、コントロールとして利用する。
【0988】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチドの活性を試験した
。しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチ
ド(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性
を試験し得る。
【0989】 (実施例42:ニワトリ漿尿膜に対する脈管形成効果) ニワトリ漿尿膜(CAM)は、新脈管形成を試験するために十分に確立した系
である。CAMにおける血管形成は、容易に可視化および定量可能である。本発
明のポリペプチドの、CAMにおける新脈管形成を刺激する能力を試験し得る。
【0990】 White Leghornニワトリ(Gallus gallus)の受精
卵および日本ウズラ(qual)(Coturnix coturnix)を、
37.8℃および湿度80%でインキュベートする。16日齢のニワトリの分化
したCAMおよび13日齢のウズラの胚を以下の方法で研究する。
【0991】 発生の4日目に、ニワトリ卵の卵殻に窓を作る。この胚を正常な発生について
調べ、そしてこの卵をセロテープ(登録商標)で封着する。これらを、さらに1
3日目までインキュベートする。Thermanoxカバーガラス(Nunc,
Naperville,IL)を、直径約5mmのディスクに切る。滅菌かつ無
塩成長因子を蒸留水に溶解し、そして約3.3mg/5mlをディスクにピペッ
トで移す。風乾後、逆さにしたディスクをCAMに適用する。3日後、標本を3
%グルタルアルデヒドおよび2%ホルムアルデヒド中に固定し、そして0.12
Mカコジル酸ナトリウム緩衝液ですすぐ。これらを実体顕微鏡[Wild M8
]を用いて写真撮影し、上記のように半薄層切片化および超薄層切片化のために
包埋する。コントロールを、キャリアディスクのみで行う。
【0992】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチド活性を試験した。
しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチド
(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性を
試験し得る。
【0993】 (実施例43:マウスにおけるMatrigel移植片を用いる新脈管形成ア
ッセイ) 本発明のポリペプチドのインビボ新脈管形成アッセイは、既存の毛細管網様構
造の、マウス細胞外マトリックス物質(Matrigel)の移植したカプセル
中に新しい脈管を形成する能力を測定する。このタンパク質を、4℃で液体Ma
trigelと混合し、次いでこの混合物を、マウスに皮下(ここで、この混合
物は凝固する)注射する。7日後、Matrigelの固体「プラグ」を取り除
き、そして新しい血管の存在について試験する。Matrigelを、Bect
on Dickinson Labware/Collaborative B
iomedical Productsから購入する。
【0994】 4℃で解凍した時、Matrigel物質は液体である。このMatrige
lを、4℃にて150ng/mlで本発明のポリペプチドと混合し、冷3mlシ
リンジ中に入れる。約8週齢の雌性C57Bl/6マウスに、腹部の中腹側面の
2つの部位にMatrigelおよび実験タンパク質の混合物を注射する(0.
5ml/部位)。7日後、このマウスを頚椎脱臼により屠殺し、Matrige
lプラグを取り除きそして洗浄する(すなわち、全ての付着する膜および腺維組
織を取り除く)。複製のプラグ全体を中性緩衝化10%ホルムアミド中で固定し
、パラフィン中に包埋し、そしてMasson’s Trichromeで染色
後、組織学的試験のための切片を作製するために使用する。各プラグの3つの異
なる領域からの切片を、処理する。選択した切片をvWFの存在について染色す
る。このアッセイについての陽性コントロールは、ウシ塩基性FGF(150n
g/ml)である。Matrigel単独を用いて、新脈管形成の基底レベルを
決定する。
【0995】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチド活性を試験した。
しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチド
(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性を
試験し得る。
【0996】 (実施例44:ウサギ下肢モデルにおける虚血の救出) 本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの虚血に対するインビボでの効
果を研究するため、ウサギ後肢虚血モデルを、以前に記載される(Takesh
itaら、Am J.Pathol 147:1649−1660(1995)
)ように1つの大腿動脈の外科的除去により作製する。大腿動脈の切除は、血栓
の逆行性伝播および外腸骨動脈の閉塞を生じる。結果として、虚血肢への血流は
、内腸骨動脈から生じる側副血管に依存する(Takeshitaら、Am J
.Pathol 147:1649−1660(1995))。10日の間隔で
、ウサギの手術後の回復および内因性の側副血管の発達を可能にする。手術後1
0日目(0日目)に、ベースライン血管造影を行った後、虚血肢の内腸骨動脈を
、本発明のポリヌクレオチドを含む500mgの裸の発現プラスミドを用いて、
(Riessenら、Hum Gene Ther.4:749−758(19
93);Leclercら、J.Clin.Invest.90:936−94
4(1992))に記載されるように、ヒドロゲル被覆バルーンカテーテルを用
いる動脈遺伝子移入技術により、トランスフェクトする。本発明のポリペプチド
を処置に用いる場合、500mgの本発明のポリペプチドまたはコントロールの
単回ボーラスを、注入カテーテルを通じて1分間にわたり、虚血肢の内腸骨動脈
中に送達する。30日目に、種々のパラメーターを、これらのウサギで測定する
:(a)BP比−虚血肢の収縮期血圧 対 正常肢の収縮期血圧の比;(b)血
流および逆流−停止FL:非拡張状態の間の血流、および最大FL:完全拡張状
態の間の血流(また、血管量の間接的測定)、そして逆流は、最大FL:停止F
Lの比に反映される;(c)血管造影値(angiographic Scor
e)−これを側副血管の血管造影により測定する。値を、かぶせたグリッド内の
円の百分率(ウサギ大腿の総数mで割った横断不透明化動脈を用いる)により決
定する;(d)毛細管(capillary)密度−後肢から得た光学顕微鏡用
切片において決定した側副毛細血管の数。
【0997】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペ
プチドの活性を試験した。しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、
本発明のアゴニストおよび/またはアンタゴニストを試験し得る。
【0998】 (実施例45:本発明のポリペプチドの血管拡張に対する効果) 血管内皮の拡張は、血圧の低下に重要であるので、自然高血圧ラット(SHR
)において、本発明のポリヌクレオチドが血圧に影響を与える能力を、試験する
。漸増用量(0、10、30、100、300、および900mg/kg)の本
発明のポリペプチドを、13〜14週齢の自然高血圧ラット(SHR)に投与す
る。データを、平均+/−SEMで表す。統計学的分析を、両側t検定を用いて
行い、そして統計的な有意性を、緩衝液単独への応答に対するp<0.05とし
て定義する。
【0999】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチド活性を試験した。
しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチド
(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性を
試験し得る。
【1000】 (実施例46:ラット虚血皮膚弁モデル) 評価パラメーターとして、皮膚の血流、皮膚温度、および第VIII因子の免
疫組織化学または内皮アルカリホスファターゼ反応が挙げられる。皮膚虚血の間
の本発明のポリペプチドの発現を、インサイチュハイブリダーゼーションを用い
て研究する。
【1001】 このモデルにおける研究を、以下の3つの部分に分ける: a)虚血皮膚、 b)虚血皮膚創傷、 c)通常の創傷。
【1002】 実験プロトコルは以下を含む: a)3×4cmの単一茎全層無作為皮膚弁(single pedicle
full−thickness random skin flap)(動物の
背下部におよぶ筋皮弁)を生じさせること、 b)虚血皮膚(皮膚弁)に切除創傷をつくること(直径4〜6mm)、 c)1mg〜100mgの種々の投薬量範囲で本発明のポリペプチドを用いて
、(創傷後の0、1、2、3、4日目に)切除創傷の局所的な処置をすること、 d)組織学的研究、免疫組織化学的研究、およびインサイチュ研究のために、
創傷後の3、5、7、10、14、および21日目に創傷組織を収集すること。
【1003】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチド活性を試験した。
しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチド
(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性を
試験し得る。
【1004】 (実施例47:末梢動脈疾患モデル) 本発明のポリペプチドを用いる新脈管形成治療は、末梢動脈疾患の場合、虚血
周囲の血流の回復を得る新規の治療的ストラテジーである。実験プロトコルは以
下を含む: a)一方の側の大腿動脈を、後肢の虚血筋肉を作製するために結紮し、他方の
側の後肢は、コントロールの役割をする。
【1005】 b)本発明のポリペプチドを、20mg〜500mgの投薬量範囲で、一週間
あたり静脈内および/または筋肉内に3回(おそらくそれより多く)で2〜3週
間、送達する。
【1006】 c)この虚血筋肉組織を、大腿動脈の結紮後、1、2、および3週間目に、本
発明のポリペプチドの発現の分析ならびに組織学のために収集する。生検もまた
、他方の側の対側後肢の正常な筋肉において行う。
【1007】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチドの活性を試験した
。しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチ
ド(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性
を試験し得る。
【1008】 (実施例48:虚血性心筋疾患モデル) 本発明のポリペプチドを、側副血管の発達を刺激し得、かつ冠状動脈閉塞後の
新しい血管を再構成し得る強力なマイトジェンとして評価する。ポリペプチドの
発現の変化を、インサイチュで調査する。実験プロトコルは、以下を含む: a)心臓を、ラットの左側開胸術を介して露出する。直ちに、左冠状動脈を、
細い縫合糸(6−0)を用いて咬合し、そして胸郭を閉じる。
【1009】 b)本発明のポリペプチドを、20mg〜500mgの投薬範囲で、一週間あ
たり静脈内および/または筋肉内に3回(おそらくそれより多く)で2〜4週間
、送達する。
【1010】 c)手術の30日後、この心臓を、形態測定のために取り出しそして横断切片
化し、そしてインサイチュで分析する。
【1011】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチド活性を試験した。
しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチド
(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性を
試験し得る。
【1012】 (実施例49:ラット角膜創傷治癒モデル) この動物モデルは、本発明のポリペプチドの、新生血管形成に対する効果を示
す。実験プロトコルは、以下を含む: a)角膜の中心から支質層へと1〜1.5mmの長さの切開を作ること。
【1013】 b)眼の外側の角に面する切開の唇縁の下にへらを挿入すること。
【1014】 c)ポケットを作ること(その基底は、眼の縁から(form)1〜1.5m
mである)。
【1015】 d)50ng〜5μgの本発明のポリペプチドを含む小丸剤を、ポケット内に
配置すること。
【1016】 e)本発明のポリペプチドでの処置をまた、20mg〜500mgの範囲の投
薬量範囲内で(毎日の処置を5日間)角膜創傷に局所的に適用し得ること。
【1017】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチドの活性を試験した
。しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチ
ド(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性
を試験し得る。
【1018】 (実施例50:糖尿病マウスおよび糖質コルチコイド損傷創傷治癒モデル) (A.糖尿病db+/db+マウスモデル) 本発明のポリペプチドが治癒プロセスを促進することを実証するために、創傷
治癒の遺伝的糖尿病マウスモデルを、使用する。db+/db+マウスにおける
全層(full thickness)創傷治癒モデルは、損傷創傷治癒の十分
に特徴付けられた、臨床的に関連性のある、そして再現可能なモデルである。糖
尿病性創傷の治癒は、収縮よりむしろ肉芽組織の形成および再上皮形成に依存す
る(Gartner,M.H.ら、J.Surg.Res.52:389(19
92);Greenhalgh,D.G.ら、Am.J.Pathol.136
:1235(1990))。
【1019】 この糖尿病動物は、II型真性糖尿病において観察される特徴的な特性の多く
を有する。ホモ接合(db+/db+)マウスは、それらの正常なヘテロ接合(
db+/+m)同腹仔と比較して肥満である。変異糖尿病(db+/db+)マ
ウスは、第4染色体上に単一の常染色体性の劣性変異(db+)を有する(Co
lemanら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:283
−293(1982))。動物は、多食症、多渇症、および多尿症を示す。変異
糖尿病マウス(db+/db+)は、上昇した血中グルコース、増加したまたは
正常なインスリンレベル、および抑制された細胞媒介性免疫を有する(Mand
elら、J.Immunol.120:1375(1978);Debray−
Sachs,M.ら、Clin.Exp.Immunol.51(1):1−7
(1983);Leiterら、Am.J.of Pathol.114:46
−55(1985))。末梢神経障害、心筋合併症、および微小血管損傷、基底
膜肥厚、および糸球体濾過異常は、これらの動物において記載されている(No
rido,F.ら、Exp.Neurol.83(2):221−232(19
84);Robertsonら、Diabetes 29(1):60−67(
1980);Giacomelliら、Lab Invest.40(4):4
60−473(1979);Coleman,D.L.,Diabetes 3
1(補遺):1−6(1982))。これらのホモ接合糖尿病マウスは、高血糖
症を発症し、そしてこれは、ヒトII型糖尿病に類似してインスリンに対して耐
性である(Mandelら、J.Immunol.120:1375−1377
(1978))。
【1020】 これらの動物において観察された特徴は、このモデルにおける治癒が、ヒト糖
尿病において観察される治癒に類似し得ることを示す(Greenhalghら
、Am.J.of Pathol.136:1235−1246(1990))
【1021】 遺伝的糖尿病の雌性C57BL/KsJ(db+/db+)マウス、およびそ
れらの非糖尿病(db+/+m)へテロ接合性同腹仔を、この研究に用いる(J
ackson Laboratories)。これらの動物を6週齢で購入し、
そしてこれらの動物は研究の開始時に8週齢である。動物を個別に飼育し、そし
て自由に食物および水を与える。全ての操作を、無菌技術を用いて行う。この実
験を、Human Genome Sciences,IncのInstitu
tional Animal Care and Use Committee
and the Guidelines for the Care and
Use of Laboratory Animalsの規則およびガイドラ
インに従って行う。
【1022】 創傷プロトコルを、以前に報告された方法(Tsuboi,R.およびRif
kin,D.B.,J.Exp.Med.172:245−251(1990)
)に従って行う。簡単には、創傷させる日に、動物を、脱イオン水に溶解したA
vertin(0.01mg/mL)、2,2,2−トリブロモエタノールおよ
び2−メチル−2−ブタノールの腹腔内注射で麻酔する。この動物の背面領域を
剃毛し、そして皮膚を70%エタノール溶液およびヨウ素で洗浄する。手術範囲
を、創傷させる前に滅菌ガーゼで乾燥させる。次いで、8mmの全層の創傷を、
Keyes組織パンチを用いて作製する。創傷させた直後に、周囲の皮膚を、創
傷の拡大を取り除くために穏やかに伸ばす。実験の間この創傷を開放させる。処
置の適用を、創傷させた日から開始して5日間連続で、局所的に与える。処置の
前に、創傷を、滅菌生理食塩水およびガーゼスポンジを用いて穏やかに洗浄する
【1023】 創傷を視覚的に検査し、そして手術の日およびその後2日間隔で、固定した距
離で写真撮影する。創傷閉鎖を、1〜5日目および8日目の毎日の測定により決
定する。創傷を目盛り付き(Calibrated)Jamesonカリパスを
用いて水平および垂直に測定する。創傷を、肉芽組織がもはや目に見えずかつ創
傷を連続した上皮が覆う場合に治癒したとみなす。
【1024】 本発明のポリペプチドを、ビヒクル中で8日間、異なる用量の範囲(1日あた
り創傷あたり4mg〜500mg)を用いて投与する。ビヒクルコントロール群
には、50mLのビヒクル溶液を与えた。
【1025】 動物を、8日目にペントバルビタールナトリウム(300mg/kg)の腹腔
内注射で安楽死させる。次いで、創傷および周囲の皮膚を、組織学および免疫組
織化学のために収集する。組織標本を、さらなる処理のために、生検スポンジの
間の組織カセット内で10%中性緩衝化ホルマリン中に置く。
【1026】 各々10匹の動物(5匹の糖尿病および5匹の非糖尿病コントロール)の3つ
の群:1)ビヒクルプラシーボコントロール、2)非処置群、および3)処置群
を、評価する。
【1027】 創傷閉鎖を、水平軸および垂直軸で面積を測定すること、および創傷の面積の
合計を得ることにより分析する。次いで、収縮を、最初の創傷の面積(0日)と
処置後(8日)の面積との間の差異を確立することにより評価する。1日目のこ
の創傷面積は、64mm2(皮膚パンチに対応するサイズ)である。計算を以下
の式を用いて行う: [8日目の開放面積]−[1日目の開放面積]/[1日目の開放面積] 標本を10%緩衝化ホルマリン中に固定し、そしてパラフィン包埋塊を、創傷
表面に対して垂直に切り出し(5mm)、そしてReichert−Jungミ
クロトームを用いて切断する。慣用的なヘマトキシリン−エオシン(H&E)染
色を、二等分した創傷の横断切片で行う。創傷の組織学的試験を用いて、修復し
た皮膚の治癒プロセスおよび形態的な外見を、本発明のポリペプチドを用いる処
置によって改変したかどうかを評価する。この評価は、細胞蓄積、炎症細胞、毛
細管、線維芽細胞、再上皮形成、および表皮成熟の存在の検証を含む(Gree
nhalgh,D.G.ら、Am.J.Pathol.136:1235(19
90))。目盛り付きレンズマイクロメーターを盲検観察者(blinded
observer)が用いる。
【1028】 組織切片をまた、ABC Elite検出システムを使用してポリクローナル
ウサギ抗ヒトケラチン抗体で免疫組織化学的に染色する。ヒト皮膚を陽性組織コ
ントロールとして用いる一方、非免疫IgGを陰性コントロールとして用いる。
ケラチノサイト増殖を、目盛り付きレンズマイクロメーターを用いて創傷の再上
皮形成の程度を評価することによって決定する。
【1029】 皮膚標本における増殖細胞核抗原/サイクリン(PCNA)を、ABC El
ite検出システムを用いて抗PCNA抗体(1:50)を使用することにより
実証する。ヒト結腸癌は、陽性組織コントロールとして役割を果たし得、そして
ヒト脳組織を、陰性組織コントロールとして用い得る。各標本は、1次抗体の脱
落および非免疫マウスIgGとの置換を有する切片を含む。これらの切片の順位
は、0〜8のスケール(わずかな増殖を反映するより低い側のスケール〜激しい
増殖を反映するより高い側)の増殖の程度に基づく。
【1030】 実験データを、片側t検定を用いて分析する。<0.05のp値を有意とみな
す。
【1031】 (B.ステロイド障害性ラットモデル) ステロイドによる創傷治癒の阻害は、種々のインビトロおよびインビボ系にお
いて十分に実証されている(Wahl,Glucocorticoids an
d Wound healing:Anti−Inflammatory St
eroid Action:Basic and Clinical Aspe
cts.280−302(1989); Wahlら、J.Immunol.1
15:476−481(1975);Werbら、J.Exp.Med.147
:1684−1694(1978))。糖質コルチコイドは、新脈管形成を阻害
すること、血管透過性(Ebertら、An.Intern.Med.37:7
01−705(1952))、線維芽細胞増殖、およびコラーゲン合成(Bec
kら、Grows Factors.5:295−304(1991);Hay
nesら、J.Clin.Invest.61:703−797(1978))
を低下させること、ならびに循環する単球の一過性の減少を生じること(Hay
nesら、J.Clin.Invest.61:703−797(1978);
Wahl,「Glucocorticoids and wound heal
ing」:Antiinflammatory Steroid Action
:Basic and Clinical Aspects,Academic
Press,New York,280−302頁(1989))によって創
傷治癒を遅延させる。障害性創傷治癒に対するステロイドの全身性投与は、ラッ
トにおいて十分に確立された現象である(Beckら、Growth Fact
ors.5:295−304(1991); Haynesら、J.Clin.
Invest.61:703−797(1978) ;Wahl,「Gluco
corticoids and wound healing」:Antiin
flammatory Steroid Action:Basic and
Clinical Aspects,Academic Press,New
York,280−302頁(1989);Pierceら、Proc.Nat
l.Acad.Sci.USA 86:2229−2233(1989))。
【1032】 本発明のポリペプチドが治癒プロセスを促進し得ることを実証するために、治
癒が、メチルプレドニゾロンの全身性投与により損なわれる、ラットの全層切除
皮膚創傷に対する本発明のポリペプチドの複数の局所適用の効果を評価する。
【1033】 若年成体の雄性Sprague Dawleyラット(体重250〜300g
)(Charles River Laboratories)をこの実験に用
いる。この動物を、8週齢で購入する。研究の開始時は9週齢である。ラットの
治癒応答は、創傷の時点で、メチルプレドニゾロンの全身性投与(17mg/k
g/ラット、筋肉内)により損なわれる。動物を個別に飼育し、そして自由に食
物と水を与える。全ての操作を、無菌技術を用いて行う。この研究を、Huma
n Genome Sciences,IncのInstitutional
Animal Care and Use Committee and th
e Guidelines for the Care and Use of
Laboratory Animalsの規則およびガイドラインに従って行
う。
【1034】 創傷プロトコルは、上記A節に従う。創傷させる日に、動物をケタミン(5m
g/kg)およびキシラジン(5mg/kg)の筋肉内注射で麻酔する。この動
物の背面領域を剃毛し、そして皮膚を70%エタノールおよびヨウ素溶液で洗浄
する。手術範囲を、創傷させる前に滅菌ガーゼで乾燥させる。8mmの全層創傷
をKeyes組織パンチを用いて作製する。実験の間、この創傷の左を開放する
。試験物質の適用を、創傷させ、次いでメチルメチルプレドニゾロン投与した日
から開始して、7日間連続で、1日1回、局所的に与える。処置の前に、創傷を
滅菌生理食塩水およびガーゼスポンジを用いて穏やかに洗浄する。
【1035】 創傷を視覚的に検査し、そして創傷させた日および処置の終りに、固定した距
離で写真撮影する。創傷閉鎖を、1〜5日目の毎日および8日目の測定により決
定する。創傷を目盛り付き(Calibrated)Jamesonノギスを用
いて水平および垂直に測定する。創傷を、肉芽組織がもはや目に見えずかつ創傷
を連続した上皮が覆う場合に、治癒したとみなす。
【1036】 本発明のポリペプチドを、ビヒクル中で8日間、異なる用量の範囲(1日あた
り創傷あたり4mg〜500mg)を用いて投与する。ビヒクルコントロール群
は、50mLのビヒクル溶液を受けた。
【1037】 動物を、8日目にペントバルビタールナトリウム(300mg/kg)の腹腔
内注射で安楽死させる。次いで、創傷および周囲の皮膚を、組織学のために収集
する。組織標本を、さらなるプロセシングのために、生検スポンジの間の組織カ
セット内で10%中性緩衝化ホルマリン中に置く。
【1038】 各々10匹の動物(メチルプレドニゾロンを用いる5匹および糖質コルチコイ
ドを用いない5匹)の4つの群を評価する:1)非処置群、2)ビヒクルプラシ
ーボコントロール、および3)処置群。
【1039】 創傷閉鎖を、垂直軸および水平軸で面積を測定すること、および創傷の面積の
合計を得ることにより分析する。次いで、閉鎖を、最初の創傷の面積(0日)と
処置後(8日)の面積との間の差異を確立することにより評価する。1日目のこ
の創傷面積は、64mm2(皮膚パンチに対応するサイズ)である。計算を以下
の式を用いて行う: [8日目の開放面積]−[1日目の開放面積]/[1日目の開放面積] 標本を10%緩衝化ホルマリン中に固定し、そしてパラフィン包埋塊を、創傷
表面に対して垂直に切り出し(5mm)、そしてOlympusミクロトームを
用いて切断する。慣用的なヘマトキシリン−エオシン(H&E)染色を、二等分
した創傷の横断切片で行う。創傷の組織学的試験は、修復した皮膚の治癒プロセ
スおよび形態的な外見を、本発明のポリペプチドを用いる処置によって改善した
かどうかを評価することを可能にする。目盛り付きレンズマイクロメーターを盲
検観察者(blinded observer)が用いて、創傷の隙間の距離を
決定する。
【1040】 実験データを、片側t検定を用いて分析する。<0.05のp値を有意とみな
す。
【1041】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリヌクレオチド活性を試験し
た。しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリペプチド
(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性を
試験し得る。
【1042】 (実施例51:リンパ水腫(lymphadema)動物モデル) この実験アプローチの目的は、ラット後肢におけるリンパ管形成(lymph
agiogenesis)およびリンパの循環系の再確立における本発明のポリ
ペプチドの治療的効果を試験するための、適切かつ一貫したリンパ水腫モデルを
作製することである。有効性は、罹患した肢の腫脹体積、リンパの脈管の量の定
量、総血漿タンパク質の量、および組織病理学により測定される。急性リンパ水
腫は、7〜10日間観察される。恐らくより重要なことは、水腫の慢性進行は、
3〜4週間まで続く。
【1043】 手術を始める前に、血液サンプルを、タンパク質濃度分析のために採血する。
雄性ラット(体重約350g)に、ペントバルビタールを投薬する。次いで、右
肢を膝から股関節部まで剃毛する。この剃毛した範囲を70%EtOHに浸した
ガーゼで拭く。血液を、血清総タンパク質試験のために採血する。周径測定およ
び体積測定を行った後に、2つの測定レベル(踵の0.5cm上、足背の中間点
)に印をつけた後、足へ色素を注射する。右足背および左足背の両方の内皮に、
0.05mlの1%Evan’s Blueを注射する。次いで、足への色素の
注射の後、周径測定および体積測定を行う。
【1044】 目印として膝関節を用いて、中肢鼡径部切開を、大腿血管の位置を確認できる
ように環状に行う。鉗子および止血剤を用いて、皮膚弁を切開し、そして分離す
る。大腿血管の位置確認後、血管の横に沿ってかつ血管の下に走るリンパ管を位
置確認する。次いで、この範囲の主要なリンパ管を、電気凝固縫合結紮(ele
ctrically suture ligate)する。
【1045】 顕微鏡を用いて、肢の背の筋肉(半腱様筋(semitendinosis)
および内転筋の付近)を平滑に切開する。次いで、膝窩リンパ節の位置を確認す
る。次いで、2つの近位リンパ管および2つの遠位リンパ管、ならびに膝窩節の
遠位血液供給部を縫合糸により結紮する。次いで、膝窩リンパ節および任意の付
随する脂肪組織を、結合組織を切断することによって取り除く。
【1046】 この手順で生じるいかなる軽度の出血をも管理するように注意すること。リン
パ管を咬合した後、皮膚弁を、液体皮膚(Vetbond)(AJ Buck)
を使用することによって密封する。別々の皮膚縁を、その下の筋肉組織に、脚の
周囲に約0.5cmのギャップを残しながら密封する。皮膚はまた、必要なとき
にその下の筋肉に縫合することによって係留してもよい。
【1047】 感染を回避するために、動物を、メッシュを用いて個別に収容する(床敷きな
し)。回復した動物を、最適な水腫ピークを通して毎日チェックする。このピー
クは、代表的には5〜7日まで生じる。次いで、プラトーの水腫ピークを観察す
る。リンパ水腫の強度を評価するために、各肢上の2つの指定した場所の周径お
よび体積を、操作の前および7日間毎日測定する。リンパ水腫に対する血漿タン
パク質の効果を決定し、そしてタンパク質分析が有用な試験周界であるか否かも
また調査する。コントロール肢および水腫肢の両方の重量を、2箇所で評価する
。分析を盲目様式(blind manner)で行う。
【1048】 周径測定:肢の動きを防止するための短期気体麻酔のもとで、布巻尺を使用し
て、肢の周径を測定する。測定を、距骨および背面の足にて、2人の異なる人物
によって行い、次いで、これらの2つの読み取りを平均する。読み取りを、コン
トロールおよび水腫肢の両方から得る。
【1049】 体積測定:手術の日に、動物をペントバルビタールで麻酔し、そして手術の前
に試験する。毎日の体積測定のために、動物を短期ハロタン麻酔(迅速な固定化
およびすばやい回復)のもとにおき、両方の脚を剃毛し、そして耐水性マーカー
を用いて脚に等しく印をつける。脚を、最初に水に漬け、次いで各々印をしたレ
ベルまで装置に漬け、次いでBuxco水腫ソフトウェア(Chen/Vict
or)によって測定する。データを1人の人物によって記録し、一方他者は、脚
をしるしを付けた領域まで漬ける。
【1050】 血液−血漿タンパク質測定:手術の前に血液を取り出し、遠心分離し、そして
血清を分離し、次いで、全タンパク質およびCa2+比較について結論付ける。
【1051】 肢重量比較:血液を取り出した後、この動物を、組織収集のために調製する。
この肢を、キリチン(quillitine)を用いて切断し、次いで、実験用
脚とコントロール脚の両方を、結紮して切断し、そして秤量する。2回目の秤量
を、脛踵(tibio−cacaneal)関節を外し、そして足を秤量して行
う。
【1052】 組織学的調製:膝(膝窩)領域の後ろに位置する横筋を切り出し、そして金属
型に配置し、freezeGelで満たし、冷メチルブタンに漬け、標識したサ
ンプルバッグに切断するまで−80ECにて配置する。切断の際に、筋肉を、蛍
光顕微鏡のもとで、リンパ管について観察する。
【1053】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチド活性を試験した。
しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチド
(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性を
試験し得る。
【1054】 (実施例52:TNFα誘導性接着分子発現の本発明のポリペプチドによる抑
制) 炎症および新脈管形成の領域に対するリンパ球の漸増は、リンパ球上の細胞表
面接着分子(CAM)と血管内皮との間の特異的なレセプター−リガンド相互作
用に関する。この接着プロセスは、通常の設定および病理学的設定の両方におい
て、細胞間接着分子−1(ICAM−1)、血管細胞接着分子−1(VCAM−
1)、および内皮細胞(EC)における内皮白血球接着分子−1(E−セレクチ
ン)発現を含む、多段階カスケードに続く。これらの分子および他の分子の血管
内皮における発現は、白血球が局所血管系に接着し得、そして炎症応答の発生の
間に局所組織に溢出し得る効率を決定する。サイトカインおよび増殖因子の局所
濃度は、これらのCAMの発現の調節に関与する。
【1055】 腫瘍壊死因子α(TNF−α)(強力なプロ炎症性サイトカイン)は、内皮細
胞における3つ全てのCAMの刺激因子であり、そして広範な種々の炎症応答に
関与し得、しばしば病理学的結果をもたらす。
【1056】 TNF−α誘導性CAM発現の抑制を媒介する本発明のポリペプチドの潜在能
力を試験し得る。改変型ELISAアッセイ(これは、固相吸着剤としてECを
使用する)を使用して、FGFファミリーのタンパク質のメンバーを用いて同時
刺激した場合に、TNF−α処理タンパク質ECにおけるCAM発現の量を測定
する。
【1057】 この実験を行うために、ヒト臍静脈内皮細胞(HUVEC)培養物を、プール
した索採取物から得、そして10%FCSおよび1%ペニシリン/ストレプトマ
イシンを補充した増殖培地(EGM−2;Clonetics,San Die
go,CA)中で、5%CO2を含む37℃の加湿インキュベーターにおいて維
持する。HUVECを、EGM培地中1×104細胞/ウェルの濃度で、96ウ
ェルプレート中に、37℃で18〜24時間またはコンフルエントになるまで播
種する。続いて、単層を、100U/mlペニシリンおよび100mg/mlス
トレプトマイシンを補充したRPMI−1640の無血清溶液で3回洗浄し、そ
して所定のサイトカインおよび/または増殖因子を用いて、24時間37℃にて
処理した。インキュベーション後、次いで、この細胞を、CAM発現について評
価する。
【1058】 ヒト臍静脈内皮細胞(HUVEC)を、標準的な96ウェルプレートにおいて
コンフルエントになるまで増殖させる。増殖培地を、細胞から取り除き、そして
90μlの199培地(10%FBS)に置き換える。試験のためのサンプルお
よびポジティブまたはネガティブコントロールを、このプレートに三連で添加す
る(10μl容量)。プレートを、37℃にて、5時間(セレクチンおよびイン
テグリン発現)または24時間(インテグリン発現のみ)のいずれかでインキュ
ベートする。プレートを吸引して、培地を除去し、そして100μlの0.1%
パラホルムアルデヒド−PBS(Ca++およびMg++を有する)を各ウェル
に添加する。プレートを、4℃にて30分間保持する。
【1059】 次いで、固定液をウェルから除去し、そしてウェルをPBS(+Ca、Mg)
+0.5%BSAを用いて1回洗浄し、そして排水する。このウェルを乾燥させ
ないこと。10μlの希釈した一次抗体を、試験ウェルおよびコントロールウェ
ルに添加する。抗ICAM−1−Biotin、抗VACM−1−Biotin
および抗E−セレクチン−Biotinを、10μg/mlの濃度(0.1mg
/mlストック抗体の1:10希釈)で使用する。細胞を、加湿した環境におい
て、37℃にて30分間インキュベートする。ウェルを、PBS(+Ca、Mg
)+0.5%BSAを用いて3回洗浄する。
【1060】 次いで、20μlの希釈したExtrAvidin−Alkaline Ph
osphotase(1:5,000希釈)を各ウェルに添加し、そして37℃
にて30分間インキュベートする。ウェルを、PBS(+Ca、Mg)+0.5
%BSAを用いて3回洗浄する。1錠のp−ニトロフェノールホスフェート(p
NPP)を、5mlのグリシン緩衝液(pH10.4)に溶解させる。グリシン
緩衝液中のpNPP基質100μlを、各試験ウェルに添加する。三連の標準ウ
ェルを、グリシン緩衝液中のExtrAvidin−Alkaline Pho
sphotaseの操作希釈(working dilution)(1:5,
000(100)>10-0.5>10-1>10-1.5)から調製する。5μlの各希
釈物を、三連のウェルに添加し、そして各ウェル中の得られたAP含量は、5.
50ng、1.74ng、0.55ng、0.18ngである。次いで、100
μlのpNPP試薬を、標準ウェルの各々に添加しなければならない。このプレ
ートを、37℃にて4時間インキューベートしなければならない。3M NaO
Hの50μlの容量を全てのウェルに添加する。この結果を、プレートリーダー
において405nmにて定量する。バックグラウンド減算オプションを、グリシ
ン緩衝液のみで満たしたブランクウェルにおいて使用する。このテンプレートを
、各々の標準ウェルにおけるAP結合体の濃度を示すように設定する[5.50
ng;1.74ng;0.55ng;0.18ng]。結果を、各サンプル中の
結合したAP結合体の量として示す。
【1061】 本実施例において記載される研究は、本発明のポリペプチド活性を試験した。
しかし、当業者は、例証した研究を容易に改変して、本発明のポリヌクレオチド
(例えば、遺伝子治療)、アゴニスト、および/またはアンタゴニストの活性を
試験し得る。
【1062】 (実施例53:骨髄CD34+細胞増殖の刺激についてのアッセイ) このアッセイは、ヒトCD34+が、造血増殖因子の存在下で増殖する能力に
基づき、そしてこのアッセイは、哺乳動物細胞において発現された単離されたポ
リペプチドが、CD34+細胞の増殖を刺激する能力を評価する。
【1063】 最も熟成した前駆体は、単一シグナルのみに応答することが以前に示されてい
る。より未熟な前駆体は、応答するために少なくとも2つのシグナルを必要とす
る。従って、ポリペプチドの広範な先祖細胞の造血活性に対する効果を試験する
ために、このアッセイは、他の造血増殖因子の存在下または非存在下において、
所定のポリペプチドを含む。単離された細胞を、試験サンプルと組み合わせて、
幹細胞因子(SCF)の存在下で、5日間培養する。SCFのみは、骨髄(BM
)細胞の増殖に対して、非常に制限された効果を有し、「生存」因子としてのみ
、このような条件下で作用する。しかし、これらの細胞(例えば、IL−3)に
対する刺激効果を示す任意の因子と組み合わせると、SCFは、相乗効果を生じ
る。従って、試験されたポリペプチドが、造血祖先に対する刺激効果を有する場
合、このような活性は、容易に検出され得る。正常なBM細胞は、低レベルの細
胞周期(cycling cell)を有するので、所定のポリペプチド、ある
いはそのアゴニストまたはアンタゴニストのいかなる阻害効果も検出されないよ
うである。従って、先祖に対する阻害効果のためのアッセイが、好ましくは、S
CF+IL+3でのインビトロ刺激に最初に供され、次いで、このような誘起増
殖の阻害のために評価される化合物と接触させられる細胞において試験される。
【1064】 簡潔には、CD34+細胞は、当該分野で公知の方法を使用して単離される。
この細胞は、解凍され、そして、培地(1% L−グルタミンを有するQBSF
60 無血清培地(500ml)(Quality Biological
Inc.,Gaithersburg,MD カタログ番号 160−204−
101))に再懸濁される。200×gでのいくらか穏やかな遠心分離の後、細
胞は、1時間静置される。細胞数を2.5×105細胞/mlに調節する。この
時間の間、100μlの滅菌水を96ウェルプレートの周辺ウェルに添加する。
このアッセイにおいて、所定のポリペプチドで試験され得るサイトカインは、5
0ng/mlのrhSCF(R&D Systems,Minneapolis
,MN,カタログ番号 255−SC)のみであり、そして30ng/mlのr
hSCFとrhIL−3(R&D Systems,Minneapolis,
MN,カタログ番号 203−ML)との組み合わせである。1時間後、10μ
lの調製されたサイトカイン、50μlのSID(1:2希釈での上清=50μ
l)および20μlの希釈された細胞を、培地に添加し、この培地は、100μ
lの最終全容積にするためにすでにウェル中に存在する。次いで、このプレート
を37℃/5% CO2インキュベータに5日間置く。
【1065】 アッセイを行う(harvest)18時間前に、0.5μCi/ウェルの[
3H]チミジンを、各ウェルに10μlの体積で添加し、増殖率を決定する。こ
の実験は、Tomtec Harvester 96を使用して、細胞を、各9
6ウェルプレートからフィルターマットに収集することによって終結される。収
集後、フィルターマットを乾燥し、トリムし、そして1つのOmnifilte
rプレートおよび1つのOmniFilterトレイからなるOmnifilt
erアセンブリに置く。60μlのMicroscintを各ウェルに添加し、
そしてプレートをTopSeal−Aプレスオンフィルムで密閉する。バーコー
ド15ステッカーを計数のために、第1のプレートに固定する。次いで、密閉さ
れたプレートを充填し、そして放射能のレベルを、Parckard Top
Countを介して決定し、プリントされたデータを分析のために収集する。放
射能レベルは、細胞増殖の量を反映する。
【1066】 本実施例に記載される研究は、骨髄CD34+細胞増殖を刺激する、所定のポ
リペプチドの活性を試験する。当業者は、ポリヌクレオチド(例えば、遺伝子治
療)、抗体、アゴニスト、および/またはアンタゴニスト、ならびにそれらのフ
ラグメントおよび改変体の活性を試験するために、例示された実施例を容易に改
変し得る。非限定的な実施例として、このアッセイで試験される可能性のあるア
ンタゴニストは、サイトカインの存在下で細胞増殖を阻害すること、および/ま
たはサイトカインおよび所定のポリペプチドの存在下で細胞増殖の阻害を増加さ
せることが期待される。対照的に、このアッセイで試験される可能性のあるアゴ
ニストは、細胞増殖を増強し、そして/またはサイトカインおよび所定のポリペ
プチドの存在下で、細胞増殖の阻害を減少させることが期待される。
【1067】 骨髄CD34+細胞の増殖を刺激する遺伝子の能力は、この遺伝子に対応する
ポリヌクレオチドおよびポリペプチドが、診断および免疫系および造血に影響す
る障害の処置に有用であることを示す。代表的な用途は、上記の「免疫活性」お
よび「感染疾患」の節、ならびに本明細書中の他の箇所に記載される。
【1068】 (実施例54:細胞外マトリックス増強細胞応答(EMECR)についてのア
ッセイ) 細胞外マトリックス増強細胞応答(EMECR)アッセイの目的は、細胞外マ
トリックス(ECM)誘導シグナルに関連して、造血幹細胞に作用する遺伝子産
物(例えば、単離されたポリペプチド)を同定することである。
【1069】 周囲の微環境から受けるシグナルに関連して、細胞は、調節因子に応答する。
例えば、線維芽細胞、ならびに内皮幹細胞および上皮幹細胞は、ECMからのシ
グナルの非存在下で、複製することができない。造血幹細胞は、骨髄中で自己再
生を起こし得るが、インビトロ懸濁液培養ではそうではない。インビトロで自己
再生を起こす幹細胞の能力は、間質(stromal)細胞およびECMタンパ
ク質フィブロネクチン(fn)とのそれらの相互作用に依存する。細胞のfnへ
の吸着は、α5.β1およびα4.β1インテグリンレセプターによって媒介され、
これらのレセプターは、ヒトおよびマウス造血幹細胞によって発現される。EC
M環境で組み込み、そして幹細胞の自己再生の刺激の原因である因子は未だ同定
されていない。このような因子の発見は、遺伝子治療および脊髄移植適用におけ
る重要な目的である。
【1070】 簡潔には、ポリスチレンの組織培養処理されていない96ウェルプレートは、
0.2μl/cm2のコーティング濃度でfnフラグメントでコートされる。マ
ウス骨髄細胞を、0.2mlの無血清培地にプレートする(1,000細胞/ウ
ェル)。IL−3(5ng/ml)+SCF(50ng/ml)の存在下で培養
された細胞は、幹細胞の自己再生が期待されず、明確な分化が期待される条件で
、ポジティブコントロールとして作用する。遺伝子産物は、SCF(5.0ng
/ml)の存在下、および非存在下で適切なネガティブコントロールとともに試
験され、ここで、試験因子の上清は、全アッセイ体積の10%を示す。次いで、
プレートされた細胞を、低酸素環境(5%CO2、7%O2および88%N2)の
組織培養インキュベータで7日間インキュベートすることによって増殖させる。
次いで、ウェル内の増殖細胞の数を、細胞DNAへのチミジン組込みを測定する
ことによって定量する。アッセイにおけるポジティブヒットの確認は、細胞の表
現型の特徴付けを必要とし、この特徴付けは、培養系をスケールアップし、そし
て細胞表面抗原およびFACScanに対する適切な抗体試薬を使用することに
よって達成され得る。
【1071】 当業者は、ポリヌクレオチド(例えば、遺伝子治療)、抗体、アゴニスト、お
よび/またはアンタゴニストならびにそのフラグメントおよび改変体の活性を試
験するための例示的な研究を容易に改変し得る。
【1072】 特定の遺伝子産物が、造血祖先の刺激薬であることが見出される場合、この遺
伝子に対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、診断、ならびに免疫系
および造血に影響する障害の処置に有用であり得る。代表的な用途は、上記の「
免疫活性」および「感染疾患」の節、ならびに本明細書の他の箇所に記載される
。遺伝子産物はまた、種々の血液連鎖の幹細胞および先駆細胞(committ
ed progenitor)の拡張において、そして種々の細胞の型の分化お
よび/または増殖において有用であり得る。
【1073】 さらに、目的の遺伝子のポリヌクレオチドおよび/またはポリペプチド、なら
びに/またはそのアゴニストおよび/またはアンタゴニストはまた、造血細胞の
増殖および分化を阻害するために使用され得、そしてそれによって、化学療法の
間に、化学療法薬剤から骨髄幹細胞を保護するために使用され得る。この抗増殖
効果は、より高い用量の化学療法薬剤の投与、従って、より有効な化学治療処置
を可能にし得る。
【1074】 さらに、目的の遺伝子に対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチドもまた
、造血関連障害(例えば、貧血、汎血球減少症、白血球減少症、血小板減少症、
または白血病)の処置および診断に有用であり得る。なぜなら、間質細胞は、造
血系列の細胞の生成において重要であるからである。これらの用途としては、骨
髄細胞エキソビボ培養、骨髄移植、骨髄再形成、新形成の放射線療法または化学
療法が、挙げられる。
【1075】 (実施例55:ヒト皮膚線維芽細胞および大動脈平滑筋細胞の増殖) 目的のポリペプチドを、正常なヒト皮膚線維芽細胞(NHDF)およびヒト大
動脈平滑筋細胞(AoSMC)の培養物に添加し、そして2つの同時アッセイを
各サンプルを用いて実施する。第1のアッセイは、正常なヒト皮膚線維芽細胞(
NHDF)または大動脈平滑筋細胞(AoSMC)の増殖に対する、目的のポリ
ペプチドの効果を試験する。線維芽細胞または平滑筋細胞の異常な増殖は、いく
つかの病理学的プロセス(繊維症および再狭窄を含む)の一部である。第2のア
ッセイは、NHDFおよびSMCの両方によるIL6産生を試験する。IL6産
生は、機能的活性化の指標である、活性化細胞は、多数のサイトカインおよび他
の因子の産生の増加を有し、これは、炎症誘発性(proinflammato
ry)または免疫調節性の結果を生じ得る。アッセイは、同時刺激活性または阻
害活性をチェックするために、同時TNFa刺激とともに行い、そして同時TN
F刺激なしで行う。
【1076】 簡単に述べると、1日目に、96ウェルの黒いプレートに、100μl培養培
地中に1000細胞/ウェル(NHDF)または2000細胞/ウェル(AoS
MC)を配置する。NHDF培養培地は、以下:Clonetics FB基礎
培地、1mg/ml hFGF、5mg/mlインスリン、50mg/mlゲン
タマイシン、2% FBSを含み、一方AoSMC培養培地は、Cloneti
cs SM基礎培地、0.5μg/ml hEGF、5mg/mlインスリン、
1μg/ml hFGF、50mg/mlゲンタマイシン、50μg/ml A
mphotericin B、5% FBSを含む。37℃で少なくとも4〜5
時間のインキュベーション後、培養培地を吸引し、そして増殖停止培地で置換す
る。NHFD用の増殖停止培地は、線維芽細胞基礎培地、50mg/mlゲンタ
マイシン、2% FBSを含み、一方ApSMC用の増殖停止培地は、SM基礎
培地、50mg/mlゲンタマイシン、50μg/ml Amphoteric
in B、0.4% FBSを含む。37℃で2日目までインキュベートする。
【1077】 2日目、目的のポリペプチドの系列希釈物およびテンプレートを、それらが常
に、培地コントロールおよび既知のタンパク質コントロールを含むように、設計
する。刺激実験および阻害実験の両方について、タンパク質を増殖停止培地で希
釈する、阻害実験について、TNFaを、最終濃度2ng/ml(NHDF)ま
たは5ng/ml(AoSMC)まで添加する。次いで、コントロールまたは上
清を含む1/3容量の培地を添加し、そして5日目まで、37℃/5% CO2
にてインキュベートする。
【1078】 各ウェルから60μlを別の標識96ウェルプレートに移し、プレートシーラ
ーで覆い、そして6日目まで4℃で(IL6 ELISAのために)保存する。
細胞培養プレート中の残りの100μlに、その培養物容量の10%に等しい量
(10μl)のAlamar Blueを無菌的に添加する。プレートを3〜4
時間の間インキュベーターに戻す。次いで、530nmでの励起および590n
mでの発光で蛍光を、CytoFluorを使用して測定する。これにより、増
殖刺激/阻害のデータを得る。
【1079】 5日目、IL−6 ELISAを、PBS(pH7.4)に希釈した50〜1
00μl/ウェルの抗ヒトIL−6モノクローナル抗体で96ウェルプレートを
コーティングすることによって実施し、室温でONをインキュベートする。
【1080】 6日目、プレートの中身を流しに空け、そしてペーパータオル上で吸い取る。
4% BSAを含むPBSを含むアッセイ緩衝液を調製する。プレートを、PB
S中の200μl/ウェルのPierce Super Blockブロッキン
グ緩衝液で1〜2時間ブロックし、次いで、洗浄緩衝液(PBS,0.05%
Tween−20)でプレートを洗浄する。プレートをペーパータオル上で吸い
取る。次いで、0.50mg/mlに希釈した抗ヒトIL−6モノクローナルビ
オチン標識抗体50μl/ウェルを添加する。IL−6ストックの培地中の希釈
物を作製する(30ng/ml、10ng/ml、3ng/ml、1ng/ml
、0.3ng/ml、0ng/ml)。二連のサンプルをプレートの最上列に添
加する。プレートを覆い、そして振盪機上で室温で2時間インキュベートする。
【1081】 プレートを洗浄緩衝液で洗浄し、ペーパータオル上で吸い取る。EU標識スト
レプトアビジンをアッセイ緩衝液中に1:1000希釈し、そして100μl/
ウェルを添加する。プレートを覆い、そして室温で1時間インキュベートする。
プレートを洗浄緩衝液で洗浄し、そしてペーパータオル上で吸い取る。
【1082】 100μl/ウェルの増強溶液を添加し、そして5分間振盪する。Walla
c DELFIA蛍光測定器でプレートを読み取る。各アッセイでの三連のサン
プルからの読み取りを、表にして平均をとる。
【1083】 このアッセイにおける陽性の結果は、AoSMC細胞増殖を示唆し、そして目
的の遺伝子産物が皮膚線維芽細胞増殖および/または平滑筋細胞増殖に関与し得
ることを示唆する。陽性の結果はまた、目的の遺伝子/遺伝子産物のポリペプチ
ド、ポリヌクレオチド、アゴニストおよび/またはアンタゴニストの多くの潜在
的な使用を示唆する。例えば、本明細書の全体にわたって詳述されるように、炎
症および免疫応答、創傷の治癒、ならびに新脈管形成。特に、遺伝子産物のポリ
ペプチドおよび遺伝子のポリヌクレオチドは、創傷の治癒および皮膚の再生、な
らびに脈管形成(血管およびリンパ管の両方)の促進に使用され得る。脈管の成
長は、例えば、心臓血管疾患の処置において使用され得る。さらに、遺伝子産物
のポリペプチドおよび遺伝子のポリヌクレオチドは、抗脈管(例えば、抗新脈管
形成)として作用することによって、新脈管形成を含む、疾患、障害、および/
または状態を処置する際に有用であり得る。これらの疾患、障害、および/また
は状態、例えば以下:悪性腫瘍、固形腫瘍、良性腫瘍(例えば、血管腫、聴神経
腫、神経線維腫、トラコーマ、および化膿性肉芽腫);関節硬化性斑(arth
eroscleric plaque);眼の脈管形成疾患(例えば、糖尿病性
網膜障害、未熟児の網膜障害、黄斑変性、角膜移植拒絶、血管新生緑内障、水晶
体後線維増殖症、皮膚潮紅、網膜芽細胞腫、ぶどう膜炎、および眼の翼状片(異
常な血管の成長));慢性関節リウマチ;乾癬;遅延性の創傷の治癒;子宮内膜
症;脈管形成;顆粒形成;過形成性瘢痕(ケロイド);非結合性骨折(nonu
nion fracture);強皮症;トラコーマ;脈管接着;心筋新脈管形
成;冠状側副枝;大脳側副枝;動静脈奇形;虚血性の肢の新脈管形成;Osle
r−Webber症候群;斑の新生血管形成;毛細血管拡張症;血友病性関節;
血管線維腫;線維性筋性形成異常症;創傷肉芽化;クローン病;およびアテロー
ム性硬化症などは、当該分野において公知でありそして/または本明細書中で記
載される。さらに、遺伝子産物のポリペプチドのアンタゴニストおよび遺伝子の
ポリヌクレオチドのアンタゴニストは、当該分野において公知でありそして/ま
たは本明細書中で記載される、抗過増殖性疾患および/または抗炎症性疾患を処
置する際に有用であり得る。
【1084】 当業者は、ポリヌクレオチド(例えば、遺伝子治療)、抗体、アゴニスト、お
よび/またはアンタゴニスト、ならびにそのフラグメントおよび改変体の活性を
試験するために例示された研究を容易に改変し得る。
【1085】 (実施例56:内皮細胞上での細胞接着分子(CAM)の発現) リンパ球の、炎症および新脈管形成の領域に対する漸増は、リンパ球上の細胞
表面接着分子(CAM)と脈管内皮との間の特異的なレセプター−リガンド相互
作用を含む。接着プロセスは、通常の環境および病的な環境の両方において、多
段階のカスケードに続き、このカスケードは、内皮細胞(EC)上での細胞内接
着分子1(ICAM−1)、脈管細胞接着分子1(VCAM−1)、および内皮
性白血球接着分子1(E−セレクチン)の発現を含む。脈管内皮上でのこれらの
分子などの発現は、白血球が局所的な脈管構造と接着し、そして炎症性応答の進
行の間に局所的な組織へと溢出し得る効率を決定する。サイトカインおよび増殖
因子の局所的濃度は、これらのCAMの発現の調節に関与する。
【1086】 簡単には、内皮細胞(例えば、ヒト臍静脈内皮細胞(HUVEC))は、標準
96ウェルプレート中でコンフルエンスまで増殖する。増殖培地を、細胞から除
去し、そして100μlの199 Medium(10%ウシ胎児血清(FBS
))で置き換える。試験のためのサンプルおよび陽性または陰性のコントロール
を、三連(10μlの容量ずつ)のプレートに添加する。次いで、プレートを、
37℃で、5時間(セレクチンおよびインテグリンの発現)かまたは24時間(
インテグリンの発現のみ)のいずれかの間インキュベートする。プレートを、培
地を除去するために吸引し、そして100μlの0.1%パラホルムアルデヒド
−PBS(Ca++およびMg++含有)を各ウェルに添加する。プレートを4
℃で30分間保持する。固定剤をウェルから除去し、そしてウェルをPBS(+
Ca、Mg)+0.5%BSAで1回洗浄し、そして水気を切る。10μlの希
釈した1次抗体を、試験ウェルおよびコントロールウェルに添加する。抗ICA
M−1−ビオチン、抗VCAM−1−ビオチン、および抗E−セレクチン−ビオ
チンを、10μg/mlの濃度(0.1mg/mlのストック抗体の1:10希
釈)で使用する。細胞を37℃で30分間、加湿された環境においてインキュベ
ートする。ウェルを、PBS(+Ca、Mg)+0.5%BSAで3回洗浄する
。20μlの希釈されたExtrAvidin−Alkaline Phosp
hotase(1:5,000希釈、本明細書中で作業希釈液といわれる)を各
ウェルに添加し、そして37℃で30分間インキュベートする。ウェルを、PB
S(+Ca、Mg)+0.5%BSAで3回洗浄する。5mlのグリシン緩衝液
(pH10.4)につき1錠のp−ニトロフェノールホスフェート(pNPP)
を溶解する。グリシン緩衝液中の100μlのpNPP基質を各試験ウェルに添
加する。三連の標準ウェルを、グリシン緩衝液中のExtrAvidin−Al
kaline Phosphotase;1:5,000(100)>10-0.5
>10-1>10-1.5の作業希釈液から調製する。各希釈液の5μlを三連のウェ
ルに添加すると、各ウェル中の得られるAP含有量は、5.5ng、1.74n
g、0.55ng、0.18ng、である。次いで、100μlのpNNP試薬
を標準ウェルの各々に添加する。このプレートを、37℃で4時間インキュベー
トする。50μlの容量の3M NaOHを、全てのウェルに添加する。このプ
レートを、グリシン緩衝液のみを充填したブランクウェルでのバックグラウンド
減算オプションを使用して、405nmのプレートリーダーで読む。さらに、テ
ンプレートを、各標準ウェル[5.50ng;1.74ng;0.55ng;0
.18ng]中のAP結合体の濃度を示すようにセットアップする。結果を、各
サンプル中の結合したAP結合体の量として示す。
【1087】 (実施例57:Alamar Blue内皮細胞増殖アッセイ) このアッセイを使用して、ウシリンパ内皮細胞(LEC)、ウシ大動脈内皮細
胞(BAEC)、またはヒト微小血管子宮筋細胞(UTMEC)のbFGF誘導
増殖のタンパク質媒介性阻害を定量的に決定し得る。このアッセイは、代謝活性
の検出に基づいて、蛍光測定用増殖インジケーターを組み込む。標準Alama
r Blue増殖アッセイを、内皮細胞刺激の供給源として添加した10ng/
mlのbFGFを含むEGM−2MV中で調製する。このアッセイは、増殖培地
および細胞濃度がわずかに変化した様々な内皮細胞と共に使用され得る。試験さ
れるべきタンパク質バッチの希釈物を、適切に希釈する。bFGFなしの無血清
培地(GIBCO SFM)を、非刺激コントロールとして使用し、そしてAn
giostatinまたはTSP−1は、既知の阻害コントロールとして含まれ
る。
【1088】 簡単には、LEC、BAECまたはUTMECを、96ウェルプレートに、5
000〜2000細胞/ウェルの密度で、増殖培地に播種し、そして37℃で一
晩放置する。この細胞の一晩のインキュベーションの後、増殖培地を除去し、そ
してGIBCO EC−SFMで置き換える。この細胞を、10ng/mlの濃
度までの追加のbFGFを含む三連のウェル中で、目的のタンパク質またはコン
トロールタンパク質サンプルの適切な希釈物(SFM中で調製)で、処理する。
一旦、細胞をサンプルで処理すると、プレート(単数または複数)を、37℃の
インキュベーターに3日間戻す。3日後、10mlのストックAlamar B
lue(Biosource カタログ番号 DAL1100)を、各ウェルに
添加し、そしてプレート(単数または複数)を、37℃のインキュベーターに4
時間戻す。次いで、このプレート(単数または複数)を、CytoFluor蛍
光リーダーを使用して、530nm励起および590nm発光で読みとる。直接
出力を、相対蛍光単位で記録する。
【1089】 Alamar Blueは、細胞増殖から生じる増殖培地の化学的還元に応答
して、蛍光を発しかつ変色する、酸化−還元指示薬である。培地中で細胞が増殖
するにつれて、生得代謝活性によりすぐ周辺の環境の化学的還元が生じる。増殖
に関する還元により、この指示薬は、酸化(非蛍光性の青色)形態から還元(蛍
光性赤色)形態への変化を生じる。すなわち、刺激された増殖は、より強いシグ
ナルを生成し、そして阻害された増殖は、より弱いシグナルを生成し、そして全
シグナルは細胞の総数ならびにそれらの代謝活性に比例する。活性のバックグラ
ウンドレベルは、飢餓性培地のみを用いて観察される。これを陽性コントロール
サンプル(増殖培地中のbFGF)およびタンパク質希釈物から観察される出力
と比較する。
【1090】 (実施例58:混合リンパ球反応の阻害の検出) このアッセイを使用して、遺伝子産物(例えば、単離されたポリペプチド)に
よる混合リンパ球反応(MLR)の阻害を検出および評価し得る。MLRの阻害
は、細胞増殖および生存度、相互作用する細胞における同時刺激分子の変調、リ
ンパ球と副細胞との間の接着の変調、または副細胞によるサイトカイン産生の変
調に対する直接効果に起因し得る。複数の細胞は、これらのポリペプチドによっ
て標的化され得る。なぜなら、このアッセイで使用される末梢血液単核画分は、
Tリンパ球、Bリンパ球およびナチュラルキラーリンパ球、ならびに単球および
樹状細胞を含むためである。
【1091】 MLRを阻害することが見出された目的のポリペプチドは、リンパ球および単
球の活性化または増殖に関する疾患における用途を提供し得る。これには、喘息
、関節炎、糖尿病、炎症性の皮膚状態、乾癬、湿疹、全身性エリテマトーデス、
多発性硬化症、糸球体腎炎、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、動脈硬
化症、肝硬変、対宿主性移植片病、対移植片性宿主病、肝炎、白血病およびリン
パ腫のような疾患が挙げられるが、これらに限定されない。
【1092】 簡単には、ヒトドナー由来のPBMCを、Lymphocyte Separ
ation Medium(LSM(登録商標)、密度 1.0770g/ml
、Organon Teknika Corporation、West Ch
ester、PA)を使用する密度勾配遠心分離によって精製する。2体のドナ
ー由来のPBMCを、10% FCSおよび2mM グルタミンを補ったRPM
I−1640(Life Technologies、Grand Islan
d、NY)中、2×106細胞/mlに調整する。第3のドナー由来のPBMC
を、2×105細胞/mlに調整する。各ドナー由来の50μlのPBMCを、
96ウェル丸底マイクロタイタープレートのウェルに添加する。試験材料の希釈
物(50μl)を、三連でマイクロタイターウェルに添加する。(目的のタンパ
ク質の)試験サンプル1:4の最終希釈になるまで添加し;rhuIL−2(R
&D Systems、Minneapolis、MN、カタログ番号 202
−IL)を、1μg/mlの最終濃度になるまで添加し;抗−CD4 mAb(
R&D Systems、クローン 34930.11、カタログ番号 MAB
379)を10μg/mlの最終濃度になるまで添加する。細胞を、5% CO 2 中、37℃で7〜8日間培養し、そして1μCの[3H]チミジンを、培養の最
後の16時間でウェルに添加する。細胞を収集し、そしてチミジンの取込みを、
Packard TopCountを使用して決定する。データを、三連の測定
値の平均および標準偏差として表す。
【1093】 目的のタンパク質のサンプルを、別個の実験でスクリーンし、そして陰性コン
トロール処理、抗−CD4 mAb(これはリンパ球の増殖を阻害する)、およ
び陽性コントロール処理、IL−2(組換え物質または上清のいずれかとして)
(これは、リンパ球の増殖を促進する)と比較する。
【1094】 当業者は、例示の研究を容易に改変して、ポリヌクレオチド(例えば、遺伝子
治療)、抗体、アゴニスト、および/またはアンタゴニスト、ならびにそれらの
フラグメントおよび改変体の活性を試験し得る。
【1095】 本発明を、前述の説明および実施例に詳細に記載された以外の方法で実施し得
ることは、明らかである。本発明の多数の改変およびバリエーションが、上記の
教示を考慮して可能であり、従って、それは、添付の特許請求の範囲の範囲内に
ある。
【1096】 発明の背景、詳細な説明および実施例において引用された各文書の全開示(特
許、特許出願、学術文献、要約、実験マニュアル、書籍または他の開示を含む)
は、本明細書によって本明細書中に参考として援用される。さらに、本明細書に
とともに提出された配列表のハードコピーおよび対応するコンピュ−ター読み出
し可能形態は、両方とも本明細書中にその全体が参考として援用される。さらに
、米国仮特許出願第60/138,631号は、その全体が本明細書中によって
参考として援用される。
【1097】
【表6】 ATCC受託番号203979 2頁 (カナダ) 出願人は、出願に基づきカナダ国特許が発行されるか、あるいは同出願が拒絶
または放棄されて回復され得なくなるかもしくは取り下げられるまでは、特許庁
長官(Commissioner of Patents)が、長官により指名
された独立の専門家に対してのみ出願中で言及された寄託済みの生物学的材料の
サンプルの供与を許可する旨を請求し、出願人は、国際出願の公表のための規則
上の準備が完了する前に、書面によりその旨を国際事務局に告知しなければなら
ない。
【1098】 (ノルウェー) 出願人はここにおいて、出願が(ノルウェー特許庁により)公開に付されるか
あるいは公開を経ずにノルウェー特許庁による決定を受けるまでは、サンプルの
供与は当該技術の専門家に対してのみ行われる旨を、請求する。この旨の請求は
、ノルウェー特許法第22条および第33条(3)に基づき出願が公に利用可能
にされる時点以前に、出願人によりノルウェー特許庁に対してなされるものとす
る。そのような請求が出願人によりなされた場合は、第三者によるサンプルの供
与のいかなる請求においても、利用される専門家を表示するものとする。専門家
は、ノルウェー特許庁により作成された公認専門家のリスト(list of
recognized experts)に記載された任意の者か、あるいは、
個々の場合において出願人により承認された任意の者であり得る。
【1099】 (オーストラリア) 出願人はここにおいて、微生物のサンプルの供与は、特許の付与前において、
あるいは出願の放棄(lapsing)、拒絶あるいは取り下げ前において、発
明に対し利害関係を有さない当業者である対象者(skilled addre
ssee)に対してのみ行われる旨を、告知するものである(オーストラリア国
特許法第3.25(3)号規定)。
【1100】 (フィンランド) 出願人はここにおいて、出願が(特許および統制委員会(National
Board of Patents and Regulations)により
)公開に付されるかあるいは公開を経ずに国立特許および法規委員会による決定
を受けるまでは、サンプルの供与は当該技術の専門家に対してのみ行われる旨を
、請求する。
【1101】 (英国) 出願人はここにおいて、微生物のサンプルの供与は専門家に対してのみ利用可
能にされる旨を、請求する。この旨の請求は、出願の国際公表のための規則上の
準備が完了する前に、出願人により国際事務局に対してなされなければならない
【1102】 ATCC受託番号203979 3頁 (デンマーク) 出願人はここにおいて、出願が(デンマーク特許庁により)公開に付されるか
あるいは公開を経ずにデンマーク特許庁による決定を受けるまでは、サンプルの
供与は当該技術の専門家に対してのみ行われる旨を、請求する。この旨の請求は
、デンマーク特許法第22条および第33条(3)に基づき出願が公に利用可能
にされる時点以前に、出願人によりデンマーク特許庁に対してなされるものとす
る。そのような請求が出願人によりなされた場合は、第三者によるサンプルの供
与のいかなる請求においても、利用される専門家を表示するものとする。専門家
は、デンマーク特許庁により作成された公認専門家のリスト(list of
recognized experts)に記載された任意の者か、あるいは、
個々の場合において出願人により承認された任意の者であり得る。
【1103】 (スウェーデン) 出願人はここにおいて、出願が(スウェーデン特許庁により)公開に付される
かあるいは公開を経ずにスウェーデン特許庁による決定を受けるまでは、サンプ
ルの供与は当該技術の専門家に対してのみ行われる旨を、請求する。この旨の請
求は、優先日から16ヶ月が経過するよりも前に、出願人により国際事務局に対
してなされるものとする(好ましくはPCT Applicant’s Gui
deのVolume Iのannex Zに記載された書式PCT/RO/13
4による)。そのような請求が出願人によりなされた場合は、第三者によるサン
プルの供与のいかなる請求においても、利用される専門家を表示するものとする
。専門家は、スウェーデン特許庁により作成された公認専門家のリスト(lis
t of recognized experts)に記載された任意の者か、
あるいは、個々の場合において出願人により承認された任意の者であり得る。
【1104】 (オランダ) 出願人はここにおいて、オランダ特許の発行日まで、あるいは出願が拒絶、取
り下げあるいは放棄(lapsed)される日までは、特許法31F(1)の規
定に基づき、微生物は専門家へのサンプル供与の形でのみ行われる旨を、請求す
る。この旨の請求は、オランダ王国特許法の第22C条または第25条に基づき
出願が公に利用可能にされる日のうちいずれか早い方の日付よりも前に、出願人
によりオランダ工業所有権局に対して提出されるものとする。
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) A61P 9/00 A61P 19/08 4C084 17/02 25/00 4H045 19/08 25/24 25/00 25/28 25/24 37/06 25/28 43/00 107 37/06 C07K 14/47 43/00 107 16/18 C07K 14/47 C12N 1/15 16/18 1/19 C12N 1/15 1/21 1/19 C12P 21/02 C 1/21 C12Q 1/02 5/10 1/68 A C12P 21/02 G01N 33/15 Z C12Q 1/02 33/50 Z 1/68 33/53 D G01N 33/15 M 33/50 33/566 33/53 C12N 15/00 ZNAA 5/00 A 33/566 A61K 37/02 (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GW,ML, MR,NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,K E,LS,MW,MZ,SD,SL,SZ,TZ,UG ,ZW),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD, RU,TJ,TM),AE,AL,AM,AT,AU, AZ,BA,BB,BG,BR,BY,CA,CH,C N,CR,CU,CZ,DE,DK,DM,EE,ES ,FI,GB,GD,GE,GH,GM,HR,HU, ID,IL,IN,IS,JP,KE,KG,KP,K R,KZ,LC,LK,LR,LS,LT,LU,LV ,MA,MD,MG,MK,MN,MW,MX,NO, NZ,PL,PT,RO,RU,SD,SE,SG,S I,SK,SL,TJ,TM,TR,TT,TZ,UA ,UG,US,UZ,VN,YU,ZA,ZW (72)発明者 ローゼン, クレイグ エイ. アメリカ合衆国 メリーランド 20882, レイトンズビル, ローリング ヒル ロード 22400 (72)発明者 ルーベン, スティーブン エム. アメリカ合衆国 メリーランド 20832, オルネイ, ヘリテイジ ヒルズ ドラ イブ 18528 (72)発明者 コマットソウリス, ジョージ エイ. アメリカ合衆国 メリーランド 20901, シルバー スプリング, ギャーウッド ストリート 9518 Fターム(参考) 2G045 AA40 DA12 DA13 DA14 DA36 FB02 FB03 4B024 AA01 AA11 BA44 BA80 CA04 DA02 DA06 EA04 GA11 HA12 HA15 HA17 4B063 QA01 QA17 QA18 QA19 QQ20 QQ42 QR32 QR33 QR40 QR55 QR59 QR80 QS24 QS34 4B064 AG01 AG31 CA02 CA10 CA19 CC24 CE02 CE11 DA01 DA13 4B065 AA26X AA91X AA93X AA93Y AB01 BA02 CA24 CA44 CA46 4C084 AA07 AA13 BA01 BA02 CA62 ZA01 ZA36 ZA67 ZA89 ZA92 ZA96 ZB02 4H045 AA10 AA11 AA20 AA30 BA16 BA17 BA18 BA19 BA20 BA41 CA40 DA76 DA86 EA20 EA50 FA74 GA23

Claims (23)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 単離された核酸分子であって、以下: (a)配列番号Xのポリヌクレオチドフラグメント、または配列番号Xにハイ
    ブリダイズし得るATCC受託番号Zに含まれるcDNA配列のポリヌクレオチ
    ドフラグメント; (b)配列番号Yのポリペプチドフラグメント、または配列番号Xにハイブリ
    ダイズし得るATCC受託番号Zに含まれるcDNA配列によってコードされる
    ポリペプチドフラグメントをコードする、ポリヌクレオチド; (c)配列番号Yのポリペプチドドメイン、または配列番号Xにハイブリダイ
    ズし得るATCC受託番号Zに含まれるcDNA配列によってコードされるポリ
    ペプチドドメインをコードする、ポリヌクレオチド; (d)配列番号Yのポリペプチドエピトープ、または配列番号Xにハイブリダ
    イズし得るATCC受託番号Zに含まれるcDNA配列によってコードされるポ
    リペプチドエピトープをコードする、ポリヌクレオチド; (e)生物学的活性を有する、配列番号Yのポリペプチドをコードするポリヌ
    クレオチド、または配列番号Xにハイブリダイズし得るATCC受託番号Zに含
    まれるcDNA配列; (f)配列番号Xの改変体であるポリヌクレオチド; (g)配列番号Xの対立遺伝子改変体であるポリヌクレオチド; (h)配列番号Yの種相同体をコードするポリヌクレオチド; (i)(a)〜(h)において特定されるポリヌクレオチドのいずれか1つに
    ストリンジェント条件下でハイブリダイズし得るポリヌクレオチドであって、こ
    こで、該ポリヌクレオチドは、A残基のみまたはT残基のみのヌクレオチド配列
    を有する核酸分子に、ストリンジェント条件下でハイブリダイズしない、ポリヌ
    クレオチド、 からなる群より選択される配列に少なくとも95%同一のヌクレオチド配列を有
    するポリヌクレオチドを含む、単離された核酸分子。
  2. 【請求項2】 前記ポリヌクレオチドフラグメントが、分泌タンパク質をコ
    ードするヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離された核酸分子。
  3. 【請求項3】 前記ポリヌクレオチドフラグメントが、配列番号Yとして同
    定される配列、または配列番号Xにハイブリダイズし得るATCC受託番号Zに
    含まれるcDNA配列によってコードされるポリペプチドをコードするヌクレオ
    チド配列を含む、請求項1に記載の単離された核酸分子。
  4. 【請求項4】 前記ポリヌクレオチドフラグメントが、配列番号Xの全体の
    ヌクレオチド配列、または配列番号Xにハイブリダイズし得るATCC受託番号
    Zに含まれるcDNA配列を含む、請求項1に記載の単離された核酸分子。
  5. 【請求項5】 前記ヌクレオチド配列が、C末端またはN末端のいずれかか
    らの連続するヌクレオチド欠失を含む、請求項2に記載の単離された核酸分子。
  6. 【請求項6】前記ヌクレオチド配列が、C末端またはN末端のいずれかから
    の連続するヌクレオチド欠失を含む、請求項3に記載の単離された核酸分子。
  7. 【請求項7】 請求項1に記載の単離された核酸分子を含む、組換えベクタ
    ー。
  8. 【請求項8】 請求項1に記載の単離された核酸分子を含む組換え宿主細胞
    を、作製する方法。
  9. 【請求項9】 請求項8に記載の方法によって産生される、組換え宿主細胞
  10. 【請求項10】 ベクター配列を含む、請求項9に記載の組換え宿主細胞。
  11. 【請求項11】 単離されたポリペプチドであって、以下: (a)配列番号Y、またはATCC受託番号Zに含まれるコードされた配列の
    、ポリペプチドフラグメント; (b)生物学的活性を有する、配列番号Y、またはATCC受託番号Zに含ま
    れるコードされた配列の、ポリペプチドフラグメント; (c)配列番号Y、またはATCC受託番号Zに含まれるコードされた配列の
    、ポリペプチドドメイン; (d)配列番号Y、またはATCC受託番号Zに含まれるコードされた配列の
    、ポリペプチドエピトープ; (e)配列番号Y、またはATCC受託番号Zに含まれるコードされた配列の
    、分泌形態; (f)配列番号Y、またはATCC受託番号Zに含まれるコードされた配列の
    、全長タンパク質; (g)配列番号Yの改変体; (h)配列番号Yの対立遺伝子改変体;または (i)配列番号Yの種相同体、 からなる群より選択される配列に少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む、
    単離されたポリペプチド。
  12. 【請求項12】 前記分泌形態または前記全長タンパク質が、C末端または
    N末端のいずれかからの連続するアミノ酸欠失を含む、請求項11に記載の単離
    されたポリペプチド。
  13. 【請求項13】 請求項11に記載の単離されたポリペプチドに特異的に結
    合する、単離された抗体。
  14. 【請求項14】 請求項11に記載の単離されたポリペプチドを発現する、
    組換え宿主細胞。
  15. 【請求項15】 単離されたポリペプチドを作製する方法であって、 (a)該ポリペプチドが発現されるような条件下で、請求項14に記載の組換
    え宿主細胞を培養する工程;および (b)該ポリペプチドを回収する工程、 を包含する、方法。
  16. 【請求項16】 請求項15に記載の方法によって産生される、ポリペプチ
    ド。
  17. 【請求項17】 医学的状態を予防、処置、または緩和する方法であって、
    請求項11に記載のポリペプチドまたは請求項1に記載のポリヌクレオチドの治
    療有効量を、哺乳動物被験体に投与する工程を包含する、方法。
  18. 【請求項18】 被験体において病理学的状態、または病理学的状態に対す
    る感受性を診断する方法であって、 (a)請求項1に記載のポリヌクレオチドにおいて変異の存在または非存在を
    決定する工程;および (b)該変異の存在または非存在に基づいて病理学的状態、または病理学的状
    態に対する感受性を診断する工程、 を包含する、方法。
  19. 【請求項19】 被験体において病理学的状態、または病理学的状態に対す
    る感受性を診断する方法であって、 (a)生物学的サンプルにおいて請求項11に記載のポリペプチドの発現の存
    在または量を決定する工程、および (b)該ポリペプチドの発現の存在または量に基づいて病理学的状態、または
    病理学的状態に対する感受性を診断する工程、 を包含する、方法。
  20. 【請求項20】 請求項11に記載のポリペプチドに対する結合パートナー
    を同定する方法であって、 (a)請求項11に記載のポリペプチドを結合パートナーと接触させる工程;
    および (b)該結合パートナーが該ポリペプチドの活性をもたらすかどうかを決定す
    る工程、 を包含する、方法。
  21. 【請求項21】 配列番号YのcDNA配列に対応する、遺伝子。
  22. 【請求項22】 生物学的アッセイにおいて活性を同定する方法であって、
    ここで該方法が、以下: (a)細胞において配列番号Xを発現させる工程; (b)その上清を単離する工程; (c)生物学的アッセイにおいて活性を検出する工程;および (d)該活性を有する該上清においてタンパク質を同定する工程、 を包含する、方法。
  23. 【請求項23】 請求項20に記載の方法によって産生される、産物。
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