JP2003228565A - 生物学的物質の配列情報の記録方法及び装置、前記配列情報の供給方法、並びに前記配列情報を記録した記録媒体 - Google Patents

生物学的物質の配列情報の記録方法及び装置、前記配列情報の供給方法、並びに前記配列情報を記録した記録媒体

Info

Publication number
JP2003228565A
JP2003228565A JP2002114176A JP2002114176A JP2003228565A JP 2003228565 A JP2003228565 A JP 2003228565A JP 2002114176 A JP2002114176 A JP 2002114176A JP 2002114176 A JP2002114176 A JP 2002114176A JP 2003228565 A JP2003228565 A JP 2003228565A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
information
data
sequence
biological substance
parity
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2002114176A
Other languages
English (en)
Inventor
Satoshi Omori
聡 大森
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Individual
Original Assignee
Individual
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from EP01921886A external-priority patent/EP1313225A1/en
Application filed by Individual filed Critical Individual
Priority to JP2002114176A priority Critical patent/JP2003228565A/ja
Publication of JP2003228565A publication Critical patent/JP2003228565A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Abstract

(57)【要約】 【課題】 ヌクレオチド又はアミノ酸などの生物学的物
質の配列情報を少ないデータ量で近似的に記録する。 【解決手段】 標準試料ＥのＤＮＡを構成する一列のヌ
クレオチドの配列を示すテキストデータを所定の変換規
則に従ってバイナリーデータに変換し、このバイナリー
データを複数行で複数列のｍビットの部分データＡ
（ｉ，ｊ）に分割する。各行の部分データＡ（ｉ，ｊ）
を非配列方向にガロア体ＧＦ（２m)上で演算してパリテ
ィＢ１（ｉ）〜Ｂ３（ｉ）を求め、各列の部分データＡ
（ｉ，ｊ）を配列方向にガロア体ＧＦ（２m)上で演算し
てパリティＣ１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ）を求め、これらのパ
リティ情報によってヌクレオチドの配列を近似的に表
す。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、例えばＤＮＡ（デ
オキシリボ核酸：deoxyribonucleic acid)、ＲＮＡ（リ
ボ核酸：ribonucleic acid）、若しくは遺伝子等の核酸
の少なくとも一部を構成する一列のヌクレオチド又はタ
ンパク質の少なくとも一部を構成する一列のアミノ酸な
どの生物学的物質の配列情報の記録方法及び装置に関す
る。更に本発明は、その配列情報を供給するためのビジ
ネスモデルとして好適な配列情報の供給方法、及びその
配列情報を記録するコンピュータ読み取り可能な記録媒
体に関する。
【０００２】
【従来の技術】人間、及び他の生物（動物、植物、微生
物等）のＤＮＡを構成する１対のヌクレオチドの鎖（又
は塩基の鎖）の配列情報の解読が世界的に行われてい
る。この場合、従来よりＤＮＡを構成する４種類のヌク
レオチドは、塩基としてアデニンを含むヌクレオチド、
グアニンを含むヌクレオチド、シトシンを含むヌクレオ
チド、及びチミンを含むヌクレオチドにそれぞれ文字
Ａ，Ｇ，Ｃ，及びＴを割り当てることによって、それぞ
れ１バイト（＝８ビット）のテキストデータで表わされ
ている。その結果として一つのＤＮＡの配列は、それを
構成する１対の重合体の鎖の内の一方の鎖のヌクレオチ
ド（ｎ個とする）の配列を順次文字Ａ，Ｇ，Ｃ，Ｔ（又
はａ，ｇ，ｃ，ｔ）の何れかで表すことによって、ｎバ
イトのテキストデータで表されていた。同様に、一つの
ＲＮＡを構成する１本のｎ個のヌクレオチドの配列は、
チミンを含むヌクレオチドの代わりにウラシルを含むヌ
クレオチドに文字Ｕ（又はｕ）を割り当てることによっ
て、ｎバイトのテキストデータで表されていた。
【０００３】これに関して、例えば人間の最も大きい第
１染色体中のＤＮＡの配列は、約２億５千万個のヌクレ
オチドの配列であり、最も小さい第２２染色体中のＤＮ
Ａの配列は、約５０００万個のヌクレオチドの配列であ
るため、人間の各染色体中のＤＮＡの配列は、約２５０
Ｍバイト〜５０Ｍバイトのテキストデータで表すことが
できる。更に、一人の人間の全部のＤＮＡ情報（ゲノ
ム）は、約３０億個のヌクレオチドの配列で表すことが
できるため、そのゲノムは、約３Ｇバイトのテキストデ
ータで記録することができる。なお、それらのテキスト
データに対して通常のファイル圧縮技術を適用すること
によって、それらのテキストデータは、例えば元のデー
タの５０％程度の圧縮ファイルとしても記録、又は送信
することができる。
【０００４】また、ＤＮＡの配列の解読に続いて、ＤＮ
Ａ中の多数の遺伝子の情報に基づいてそれぞれ合成され
るタンパク質の機能の研究も広く行われている。この場
合、タンパク質を構成する２０種類のアミノ酸は、三文
字表記（3-Letter Code）ではそれぞれ３文字（例えば
Ａｌａ，Ｃｙｓ，Ｇｌｕ等）のテキストデータで表さ
れ、一文字表記（1-Letter Code）ではそれぞれ１文字
のテキストデータ（例えばＡ，Ｃ，Ｅ等）で表されるた
め、ｎ個のアミノ酸よりなるタンパク質の配列は、ｎバ
イトのテキストデータで表すことができる。そして、種
々のタンパク質は、それらのアミノ酸が約２０個〜約１
０００個程度所定の順序で配列されたものであるため、
それらのタンパク質の配列は、最大でも約１ｋバイト程
度のテキストデータで記録することができる。また、例
えば人間の遺伝子の総数は約３万個と言われており、タ
ンパク質は理論的なものも含めて約１０万種類の存在が
可能であると言われている。
【０００５】
【発明が解決しようとする課題】上記の如く例えば一人
の人間のＤＮＡ情報をテキストデータで記録するために
は、全部で３Ｇバイト程度の記憶容量が必要であり、仮
に通常の圧縮ファイルの技術を適用しても１Ｇバイト程
度の記憶容量が必要である。また、人間以外の大腸菌や
各種ウィルス等のＤＮＡ情報も解析されて次第に公開さ
れるようになっているが、これらのＤＮＡ情報をテキス
トデータの形で多く集めると、数１００Ｇバイト程度の
記憶容量が必要である。これはＲＮＡの配列情報につい
ても同様である。
【０００６】このように人間又は他の生物のＤＮＡ情報
をテキストデータ、又はこの通常の圧縮ファイルの形で
記録するものとすると、例えば１枚の記憶容量が５Ｇバ
イト程度のＤＶＤ−ＲＯＭ(digital video disc-ROM)デ
ィスクのように膨大な記憶容量を持つ記録媒体が必要で
ある。更に、そのＤＮＡ情報を利用する場合にその記録
媒体からの読み出し時間が長くなり、処理時間が長くな
るという不都合がある。
【０００７】また、現状の一般の通信回線の通信速度
は、最大で５Ｍｂｐｓ程度であるため、例えば１Ｇバイ
ト程度のＤＮＡ情報をその通信回線を介して送信するも
のとすると、送信時間は最短でも約３０分程度となる。
特に最近はそのＤＮＡ情報をデジタルの携帯電話システ
ムを介して送信する場合も考えられるが、現在の携帯電
話システムの通信速度はせいぜい１Ｍｂｐｓ程度である
ため、少なくとも人間のＤＮＡ情報の伝送で使用するこ
とは現状ではあまり実用的ではない。
【０００８】次に、例えば或る微生物のＤＮＡ中の遺伝
子について複数の研究者が並行して研究するような場合
に、複数の研究者が保有している標準となるＤＮＡのヌ
クレオチドの配列の同一性をどのように保証するのかと
いう問題がある。即ち、そのＤＮＡのヌクレオチドの配
列が例えば数Ｍバイト（文字数で数１００万文字）程度
のテキストデータで記録されている場合に、複数の研究
者が互いに自分のテキストデータと他人のテキストデー
タとの同一性（完全一致性）を短時間に確認するのは必
ずしも容易ではない。
【０００９】これに関連して、例えば人間又は他の生物
のＤＮＡ情報の利用方法としては、標準的なＤＮＡの配
列と、検査対象のＤＮＡの配列との間の相違する部分を
サーチする場合が考えられる。これは、いわゆるＳＮＰ
（一塩基変位多型：Single Nucleotide Polymorphism)
の可能性を検査するような場合に必要になると考えられ
る。しかしながら、両方のＤＮＡのヌクレオチドの配列
がそれぞれ膨大なテキストデータで表わされている場合
に、それら２つのテキストデータを比較して相違点を検
出するにはかなりの長い時間が必要となり、検査時間が
長くなるという不都合がある。
【００１０】更に、人間又は他の生物のＤＮＡ情報を製
薬会社の研究者等のユーザに提供するビジネスも行われ
つつあるが、この場合に、情報供給者が例えば通信回線
を介してＤＮＡ情報をユーザに提供する場合には、でき
るだけ少ない情報量で、即ち短い送信時間で必要な情報
をユーザに提供できるビジネスモデルが必要である。ま
た、ユーザ側では、提供されたＤＮＡ情報に伝送エラー
等が無いかどうかを容易に確認できることが望ましい。
上記の各課題はＲＮＡのヌクレオチドの配列情報につい
ても同様に当てはまるものである。
【００１１】更に、一つのタンパク質のアミノ酸の配列
は、最大でも約１ｋバイト程度のテキストデータで記録
することができるが、タンパク質の種類は理論的に約１
０万個程度にもなるため、全部のタンパク質の配列情報
をテキストデータで表すと、全部のＤＮＡの配列情報程
度の膨大な量となる。従って、個々のタンパク質の配列
は、できるだけ少ない情報量で記録できることが望まし
い。また、２つのタンパク質の配列情報の相違部を容易
に確認できるシステムも必要である。
【００１２】本発明は斯かる点に鑑み、核酸中の一列の
ヌクレオチド、又はタンパク質中の一列のアミノ酸など
の生物学的物質の配列情報を近似的に少ないデータ量で
記録できる記録方法及び装置を提供することを第１の目
的とする。また、本発明は、２つの生物学的物質の配列
情報同士の相違する部分を少ないデータ量で容易に検出
できると共に、必要に応じてその相違する部分の情報を
復元できる記録方法及び装置を提供することを第２の目
的とする。
【００１３】また、本発明は、一列のヌクレオチド、又
は一列のアミノ酸などの生物学的物質の配列情報をユー
ザに提供する場合に、ユーザが提供された配列情報と情
報供給者が保持している配列情報との相違する部分を少
ないデータ量で容易に確認できるビジネスモデル（情報
供給方法）を提供することを第３の目的とする。また、
本発明は、生物学的物質の配列情報が少ないデータ量で
近似的に記録されたコンピュータ読み取り可能な記録媒
体を提供することを第４の目的とする。
【００１４】
【課題を解決するための手段】本発明による第１の生物
学的物質の配列情報の記録方法は、その生物学的物質の
配列に対応するテキストデータ、又はこのテキストデー
タを所定の規則に従って変換して得られる数値データ
を、その生物学的物質の配列方向に複数行で、かつその
配列方向に交差する非配列方向に複数列の長さがｍビッ
ト（ｍは１６以上の整数）の部分データ（Ａ（ｉ，
ｊ））に分割し、複数行のその部分データに各行毎にそ
の非配列方向にガロア体ＧＦ（２m ）上の第１の演算を
施して第１組のパリティ情報（Ｂ１（ｉ），Ｂ２
（ｉ），Ｂ３（ｉ））を求めると共に、複数列のその部
分データに各列毎にその配列方向にガロア体ＧＦ
（２m ）上の第２の演算を施して第２組のパリティ情報
（Ｃ１（ｊ），Ｃ２（ｊ），Ｃ３（ｊ））を求め、その
第１組及び第２組のパリティ情報でその生物学的物質の
配列を表すものである。
【００１５】斯かる本発明によれば、その生物学的物質
としては、例えば一列のヌクレオチド又は一列のアミノ
酸が考えられる。前者の一列のヌクレオチドは、例えば
或るＤＮＡ（deoxyribonucleic acid）を構成する１対
の重合体の鎖の一方の鎖の少なくとも一部、或るＲＮＡ
（ribonucleic acid）を構成する１列の重合体の鎖の少
なくとも一部、又は或る遺伝子の少なくとも一部であ
る。その一列のヌクレオチドの配列は、各ヌクレオチド
に含まれる塩基の配列ともみなすことができる。一方、
後者の一列のアミノ酸は、例えば或るタンパク質を構成
するアミノ酸の配列の少なくとも一部である。
【００１６】その生物学的物質の全体の個数をＮＴとし
て、各生物学的物質をそれぞれ１文字（例えばアルファ
ベット）で表すものとすると、その生物学的物質の配列
に対応するテキストデータの全体の量は、例えばアスキ
ーコード（ASCII code）（ＡＮＳＩ形式）ではＮＴバイ
トになり、ユニコード（Unicode)では２・ＮＴバイトに
なる。なお、配列を見易くするためのスペース、数字、
及び改行などのコードは無視している。そして、例えば
図７の例において、テキストデータを配列方向にＮ個
（ｉ＝１〜Ｎ）で、非配列方向にＭ個（ｊ＝１〜Ｍ）の
部分テキストデータＴ（ｉ，ｊ）に分割し、図８に示す
ように、各部分テキストデータＴ（ｉ，ｊ）をそれぞれ
ｍビットの部分データＡ（ｉ，ｊ）に変換する。ｍビッ
トの部分データＡ（ｉ，ｊ）は、それぞれｎ個（図８の
例ではｎ＝１６）の連続する生物学的物質の配列を表し
ている。
【００１７】この場合、最も簡単な方法としては、部分
データＡ（ｉ，ｊ）として部分テキストデータＴ（ｉ，
ｊ）そのものを数値データとみなしたデータを使用すれ
ばよい。即ち、テキストデータがアスキーコードで記録
されている場合には、部分データＡ（ｉ，ｊ）としては
そのアスキーコードを使用すればよい。また、テキスト
データがユニコードで記録されている場合には、各文字
をそれぞれの２バイトのコードの上位１バイトで表した
ものを部分データＡ（ｉ，ｊ）としてもよい。但し、処
理対象のデータ量を少なくするためには、各生物学的物
質を表す文字を例えば６ビット以下の数値データに変換
する変換テーブル（所定の規則）を用いて、部分テキス
トデータＴ（ｉ，ｊ）を変換して得られる数値データを
部分データＡ（ｉ，ｊ）とすることが望ましい。
【００１８】次に、ｍビットの各部分データＡ（ｉ，
ｊ）を非配列方向、及び配列方向に演算することによっ
て、各行及び各列の配列情報を近似的に表すデータを算
出する。このためには、ｍビットのデータを加減乗除の
対象にできる体（Field)が必要であり、本発明ではその
ために第１の方法としてガロア体（拡大ガロア体）ＧＦ
（２m ）を用いる。ガロア体ＧＦ（２m ）を用いた場合
には、各行又は各列毎にｍビットの部分データＡ（ｉ，
ｊ）、及び必要に応じてｍビットの係数を用いて所定の
加減乗除演算（第１又は第２の演算）を行ったときに得
られる一つの情報（これを本発明では「パリティ情報」
と呼ぶ。）がｍビットであるため、配列情報を少ないデ
ータ量で簡潔に記録できる利点がある。
【００１９】２を法とする数（０及び１）で表される体
をＺ2 とすると、ガロア体ＧＦ（２ m ）上の演算は、体
Ｚ2 上の係数を持つｍ次の既約多項式ＧＦ（Ｘ）を用い
て定義することができる。即ち、２つのｍビットの部分
データＡ（ｉ，ｊ），Ａ（ｉ’，ｊ’）をそれぞれ２進
数表示で（ａm-1 ａm-2 ・・・ ａ1 ａ0 ），（ｂm-1 ｂ
m-2 ・・・ ｂ1 ｂ0 ）とすると（ａk,ｂk は０又は１）、
これらをそれぞれ次のように（ｍ−１）次以下の多項式
ＡＦ（Ｘ），ＢＦ（Ｘ）に変換する。
【００２０】 ＡＦ（Ｘ）＝ａm-1・Ｘm-1 ＋ａm-2・Ｘm-2 ＋・・・ ＋ａ1・Ｘ ＋ａ0 …（１） ＢＦ（Ｘ）＝ｂm-1・Ｘm-1 ＋ｂm-2・Ｘm-2 ＋・・・ ＋ｂ1・Ｘ ＋ｂ0 …（２） この場合、ガロア体ＧＦ（２m ）上でＡＦ（Ｘ）とＢＦ
（Ｘ）とを加算する場合には、Ｘの各次数ｋ（ｋ＝０〜
（ｍ−１））において、係数ａk と係数ｂk とを体Ｚ2
上で加算すればよい。体Ｚ2 上では加算と減算とは同じ
結果になる。この結果、得られた多項式の係数を２進数
表示で表したもの（ベクトル表示）が、部分データＡ
（ｉ，ｊ），Ａ（ｉ’，ｊ’）をガロア体ＧＦ（２m ）
上で加算した結果になる。これは、ビット毎に排他的論
理和演算を行うのと同じ結果である。
【００２１】次に、ガロア体ＧＦ（２m ）上でＡＦ
（Ｘ）にＢＦ（Ｘ）を乗算する場合には、先ず通常の乗
算を行って積を求めた後、この積を既約多項式ＧＦ
（Ｘ）で除算した後の余りの多項式ＣＦ（Ｘ）を次のよ
うに求める（ｃk は０又は１）。これを既約多項式ＧＦ
（Ｘ）を法（modulus)とする乗算と呼ぶ。この際にもＸ
の各次数での係数の加算（減算）は体Ｚ2 上で行われ
る。
【００２２】 ＣＦ（Ｘ）＝ｃm-1・Ｘm-1 ＋ｃm-2・Ｘm-2 ＋・・・ ＋ｃ1・Ｘ ＋ｃ0 …（３） この多項式ＣＦ（Ｘ）の係数を２進数表示で表したもの
（ｃm-1 ｃm-2 ・・・ ｃ 1 ｃ0 ）が、部分データＡ（ｉ，
ｊ），Ａ（ｉ’，ｊ’）をガロア体ＧＦ（２m）上で乗
算した結果になる。また、任意のｍビットの係数をβと
すると、係数βも（２）式と同様の（ｍ−１）次以下の
多項式ＤＦ（Ｘ）で表される。従って、例えば部分デー
タＡ（ｉ，ｊ）に係数βを乗算する場合には、（１）式
の多項式ＡＦ（Ｘ）と多項式ＤＦ（Ｘ）との積を既約多
項式ＧＦ（Ｘ）を法として計算すればよい。また、例え
ば部分データＡ（ｉ，ｊ）を係数βで除算する場合に
は、部分データＡ（ｉ，ｊ）にβの逆元β-1を乗算すれ
ばよい。
【００２３】従って、ｍビットの全てのデータ（全ての
部分データＡ（ｉ，ｊ）が含まれる）は、ガロア体ＧＦ
（２m ）上のベクトル表示での元とみなすことができ、
ｍビットのデータは、多項式表示では、（１）式のよう
な（ｍ−１）次以下の多項式で表すことができる。ま
た、生物学的物質の配列（文字列）を部分データＡ
（ｉ，ｊ）に対応させる変換テーブル（所定の規則）の
逆変換を用いて、必要に応じてそのベクトル表示のｍビ
ットのデータを文字列に変換することによって、そのデ
ータに対応する生物学的物質の配列が得られる。
【００２４】そして、本発明では、例えば図８に示すよ
うに、部分データＡ（ｉ，ｊ）が配列方向にＮ個（ｉ＝
１〜Ｎ）で、非配列方向にＭ個（ｊ＝１〜Ｍ）で配列さ
れ、各行毎に第１組のパリティ情報（Ｂ１（ｉ），Ｂ２
（ｉ），Ｂ３（ｉ））が得られ、各列毎に第２組のパリ
ティ情報（Ｃ１（ｊ），Ｃ２（ｊ），Ｃ３（ｊ））が得
られる。これら２組のパリティ情報の内の１つのパリテ
ィ情報（例えばＢ１（１））はそれぞれ１つの部分デー
タＡ（ｉ，ｊ）と同じｍビットのデータで表される。
【００２５】この場合の部分データＡ（ｉ，ｊ）の全体
のデータ量ＤＴ１は、以下のようになる。 ＤＴ１＝ｍ・Ｎ・Ｍ（ビット） …（４） また、第１組及び第２組のパリティ情報が、それぞれｅ
個（ｅは１以上の整数）のパリティ情報を含むとする
と、パリティ情報全体のデータ量ＤＳ１は、以下のよう
になる。なお、ｅ個のパリティ情報を含む場合には、各
行及び各列において、それぞれｅ個までの部分データＡ
（ｉ，ｊ）を復元できる。
【００２６】 ＤＳ１＝ｍ・ｅ・（Ｎ＋Ｍ）（ビット） …（５） 従って、例えば生物学的物質がＤＮＡを構成するヌクレ
オチドであるとして、仮にＮ＝６４，Ｍ＝１２８，ｅ＝
２とすると、（４）式及び（５）式よりデータ量ＤＴ
１，ＤＳ１は以下のようになる。 ＤＴ１＝ｍ・８１９２（ビット） …（６） ＤＳ１＝ｍ・３８４（ビット）≒ＤＴ１／２０ …（７） 従って、パリティ情報のデータ量は、部分データＡ
（ｉ，ｊ）全体のデータ量のほぼ１／２０程度に少なく
できる。この場合、例えば人間の１本の染色体のＤＮＡ
の配列は、５０Ｍバイト〜２５０Ｍバイト程度のテキス
トデータで表されるため、予めそのテキストデータを５
００個〜２５００個程度のブロックに分割し、各ブロッ
ク毎に２組のパリティ情報を求めることによって、全部
のパリティ情報のデータ量はそのテキストデータのほぼ
１／２０程度、即ち２．５Ｍバイト〜１２．５Ｍバイト
程度に少なくできる。また、その部分データＡ（ｉ，
ｊ）が、例えばテキストデータを１／ｆに小さくしたデ
ータ量である場合には、パリティ情報も更に１／ｆだけ
少なくすることができる。
【００２７】本発明によれば、元の生物学的物質の配列
情報を近似的に表す情報（パリティ情報）を、元のテキ
ストデータよりも少ないデータ量のファイルに記録する
ことができる。従って、記録媒体として、ＤＶＤ−ＲＯ
Ｍのような大容量の媒体の他に、ＣＤ−ＲＯＭ、及びフ
ラッシュＲＯＭのような小容量でも通常のコンピュータ
で手軽に再生できる媒体を使用できる。更に、少ないデ
ータ量の配列情報であれば、通信回線を介して短時間に
送信できるため、そのパリティ情報は、例えば携帯電話
システムなどを介してユーザに安価に供給することも可
能となる。
【００２８】そして、第１組のパリティ情報、及び第２
組のパリティ情報を用いることによって、ユーザ側で
は、２つの生物学的物質の配列の相違する部分を容易に
特定することができると共に、相違する部分の個数が各
行、又は各列でｅ個以下である場合には、パリティ情報
を用いて相違する部分の配列の復元を行うことも可能と
なる。
【００２９】なお、テキストデータが記録されたファイ
ルが通常の圧縮技術（ＺＩＰファイル、ＬＨＡファイル
等）で圧縮できるように、本発明のパリティ情報が記録
されたファイルも更に通常の圧縮技術を用いて圧縮して
記録できることは言うまでもない。但し、圧縮されたフ
ァイルを使用する場合には、解凍作業が必要になり、最
終的には元のファイルを復元する必要があるため、元の
ファイル自体のデータ量を減らしておくことは極めて有
効である。
【００３０】次に、上記の本発明において、そのガロア
体ＧＦ（２m ）上の生成元をαとしたとき、一例とし
て、その第１組のパリティ情報は、複数行の各行のその
部分データ（Ａ（ｉ，ｊ））にそれぞれその非配列方向
に順次αsp，αs(p+1)，αs(p+ 2)，…，αs(p+dp)（ｓ
は０以上の整数、ｐは０以上の整数、ｄｐは１以上の整
数）を乗算した後、この演算で得られた複数の積につい
て各行毎に求められた和を含み、その第２組のパリティ
情報は、複数列の各列のその部分データ（Ａ（ｉ，
ｊ））にそれぞれその配列方向に順次αtq，αt(q+1)，
αt(q+2)，…，αt(q+ dq)（ｔは０以上の整数、ｑは０
以上の整数、ｄｑは１以上の整数）を乗算した後、この
演算で得られた複数の積について各列毎に求められた和
を含むものである。
【００３１】この場合、ｐ＝ｑ＝０とすると、第１組の
パリティ情報Ｂ１（ｉ）、及び第２組のパリティ情報Ｃ
１（ｊ）は、それぞれガロア体ＧＦ（２m ）上の次の演
算によって計算される。（８）式のΣはｊについて１〜
Ｍまでの和を表し、（９）式のΣはｉについて１〜Ｎま
での和を表している。 Ｂ１（ｉ）＝Σαs(j-1)・Ａ（ｉ，ｊ）＝Ａ（ｉ，１）＋αs・Ａ（ｉ，２） ＋α2s・Ａ（ｉ，３）＋…＋α(M-1)s・Ａ（ｉ，Ｍ） …（８） Ｃ１（ｊ）＝Σαt(i-1)・Ａ（ｉ，ｊ）＝Ａ（１，ｊ）＋αt・Ａ（２，ｊ） ＋α2t・Ａ（３，ｊ）＋…＋α(N-1)t・Ａ（Ｎ，ｊ） …（９） そして、（８）式、（９）式でｓ＝ｔ＝０とすると、パ
リティ情報Ｂ１（ｉ），Ｃ１（ｊ）は、それぞれ部分デ
ータＡ（ｉ，ｊ）のガロア体ＧＦ（２m ）上の和、即ち
各行又は各列で部分データＡ（ｉ，ｊ）に排他的論理和
演算を施して得られる値を示す。従って、簡単な演算
で、各行及び各列の配列の近似的な情報を求めることが
できる。但し、この場合には、各行又は各列で２つの部
分データＡ（ｉ，ｊ）が入れ替わったような配列に対し
ても、パリティ情報Ｂ１（ｉ），Ｃ１（ｊ）は同じ値に
なってしまう。
【００３２】次に、ｓ＝ｔ＝１とすると、パリティ情報
Ｂ１（ｉ），Ｃ１（ｊ）は、それぞれ各行又は各列で部
分データＡ（ｉ，ｊ）に１，α，α2 ，α3 ，…を乗算
して得られる積の和を示す。この場合、各行又は各列で
２つの部分データＡ（ｉ，ｊ）が入れ替わったような配
列に対しても、パリティ情報Ｂ１（ｉ），Ｃ１（ｊ）は
異なった値となるため、例えば２つの生物学的物質の配
列間の相違する部分をより正確に特定することができ
る。そして、或るｓ（≠０）（又はｔ（≠０））の値に
おいて、そのように各行又は各列で２つの部分データに
常に異なる係数を乗ずるためには、係数αs(j-1)（又は
αt(i-1)）は互いに異なる必要がある。そのためには、
αをガロア体ＧＦ（２m ）上の生成元として、各行及び
各列の部分データＡ（ｉ，ｊ）の個数を（２m −１）／
ｓ（又は（２m −１）／ｔ）以下とすればよい。即ち、
αを生成元とすることによって、扱う生物学的物質の配
列を最も大きくすることができる。
【００３３】また、各行及び各列において、それぞれ１
つのパリティ情報を用いることによって、２つの生物学
的物質の配列を比較する場合に、各行及び各列における
１つの部分データＡ（ｉ，ｊ）の相違部を正確に復元す
ることができる。従って、例えば遺伝子中の一つの塩基
（ヌクレオチド）だけが異なるＳＮＰ（一塩基変位多
型：Single Nucleotide Polymorphism) は本発明によっ
て容易に検出できると共に、それに対応する正常な配列
も容易に復元できる。
【００３４】更に、各行及び各列における複数個ｓ’及
びｔ’の部分データＡ（ｉ，ｊ）の相違部を正確に復元
するためには、その第１組のパリティ情報（Ｂ１
（ｉ），Ｂ２（ｉ），Ｂ３（ｉ））は、その複数行の各
行毎にその整数ｓについて互いに異なる複数（ｓ’個）
の値で求めた複数の和を含み、その第２組のパリティ情
報（Ｃ１（ｊ），Ｃ２（ｊ），Ｃ３（ｊ））は、その複
数列の各列毎にその整数ｔについて互いに異なる複数
（ｔ’個）の値で求めた複数の和を含むようにすればよ
い。その相違部を復元するためには、ガロア体ＧＦ（２
m ）上でｓ’元（ｔ’元）の１次連立方程式を解けばよ
い。
【００３５】また、本発明においては、その部分データ
のその配列方向の個数を、その部分データのその非配列
方向の個数よりも少なくして、その第２組のパリティ情
報の個数を、その第１組のパリティ情報の個数よりも少
なくしてもよい。特に本発明によって得られるパリティ
情報をディスプレイに表示するような場合には、その部
分データの配列方向の個数をそのディスプレイの横幅に
対応する数に制限し、その部分データの非配列方向の個
数を大きくすることによって、その非配列方向のデータ
は、その表示画面上での上下方向へのスクロールによっ
て容易に表示できるため、配列情報を効率的に、且つ分
かり易く表示できる。
【００３６】但し、このように部分データの配列方向の
個数が非配列方向の個数よりも少ないときには、その第
１組及び第２組のパリティ情報を同じ量にすると、パリ
ティ情報の情報量が全体として多くなる。そこで、配列
方向のパリティ情報（第２組のパリティ情報）の個数を
非配列方向のパリティ情報（第１組のパリティ情報）の
個数よりも少なくすることによって、パリティ情報を少
なくして、且つ２つの配列間の相違部の復元を効率的に
行うことができる。
【００３７】また、その部分データの前記非配列方向の
個数を、（２m −１）／４ 以下にすることが望まし
い。これによって、その非配列方向において４つの異な
る係数（αk ，α2k，α3k，α4k）を乗ずることができ
るため、２つの配列間の各行の相違部（非配列方向の相
違部）を４個まで正確に復元することができる。これは
通常のＳＮＰの検出などには十分であると思われる。
【００３８】また、本発明において、そのガロア体ＧＦ
（２m ）を規定する整数ｍは６４の倍数であることが望
ましい。最近のコンピュータにはデータの処理単位が６
４ビットであるタイプが増加しているため、整数ｍを６
４の倍数とすることによって、効率的にパリティ情報を
算出することができる。また、本発明において、その生
物学的物質の配列を基準配列として、この基準配列のそ
の２組のパリティ情報に対応させて、検査対象の生物学
的物質の配列についてその２組のパリティ情報を求め、
その４組のパリティ情報よりその基準配列に対するその
検査対象の生物学的物質の配列の相違部を求めるように
してもよい。このように基準配列の２組のパリティ情報
と、検査対象の２組のパリティ情報とを比較するのみ
で、相違部の位置を容易に検出できると共に、相違部が
各行及び各列で所定個数以下であれば、４組のパリティ
情報と検査対象の生物学的物質の配列とから、連立方程
式を解くことによって、基準配列の相違部のデータを正
確に復元することもできる。
【００３９】次に、本発明の生物学的物質の配列情報の
記録装置は、その生物学的物質の配列情報を読み取る配
列読み取り装置（４）と、その生物学的物質の配列に対
応するテキストデータ、又はこのテキストデータを所定
の規則に従って変換して得られる数値データを、その生
物学的物質の配列方向に複数行で、かつその配列方向に
交差する非配列方向に複数列の長さがｍビット（ｍは１
６以上の整数）の部分データ（Ａ（ｉ，ｊ））に分割す
るデータ配列手段（１０，ステップ１０５）と、複数行
のその部分データに各行毎にその非配列方向にガロア体
ＧＦ（２m ）上の第１の演算を施して第１組のパリティ
情報を求めると共に、複数列のその部分データに各列毎
にその配列方向にガロア体ＧＦ（２m ）上の第２の演算
を施して第２組のパリティ情報を求める演算手段（１
０，ステップ１０６）と、その第１組及び第２組のパリ
ティ情報を記録媒体に記録する記録手段（１５）とを有
するものである。これによって、本発明のヌクレオチド
やアミノ酸などの生物学的物質の配列情報の記録方法が
実施できる。
【００４０】この本発明の記録装置において、そのガロ
ア体ＧＦ（２m ）上の生成元をαとしたとき、一例とし
てその第１組のパリティ情報は、複数行の各行のその部
分データ（Ａ（ｉ，ｊ））にそれぞれその非配列方向に
順次αsp，αs(p+1)，αs(p+ 2)，…，αs(p+dp)（ｓは
０以上の整数、ｐは０以上の整数、ｄｐは１以上の整
数）を乗算した後、この演算で得られた複数の積につい
て各行毎に求められた和を含み、その第２組のパリティ
情報は、複数列の各列のその部分データにそれぞれその
配列方向に順次αtq，αt(q+1)，αt(q+2)，…，α
t(q+dq)（ｔは０以上の整数、ｑは０以上の整数、ｄｑ
は１以上の整数）を乗算した後、この演算で得られた複
数の積について各列毎に求められた和を含むものであ
る。この場合、部分データ（Ａ（ｉ，ｊ））に乗ずる係
数は、生成元αだけから計算できるため、演算が単純化
される。
【００４１】また、本発明の記録媒体は、生物学的物質
の配列情報を記録したコンピュータ読み取り可能な記録
媒体（１６）であって、その生物学的物質の配列に対応
するテキストデータ、又はこのテキストデータを所定の
規則に従って変換して得られる数値データを、その生物
学的物質の配列方向に複数行で、かつその配列方向に交
差する非配列方向に複数列の長さがｍビット（ｍは１６
以上の整数）の部分データに分割し、複数行のその部分
データに各行毎にその非配列方向にガロア体ＧＦ
（２m ）上の第１の演算を施して第１組のパリティ情報
を求めると共に、複数列のその部分データに各列毎にそ
の配列方向にガロア体ＧＦ（２m ）上の第２の演算を施
して第２組のパリティ情報を求め、その生物学的物質の
配列に関する情報を、その第１組及び第２組のパリティ
情報として記録したものである。
【００４２】本発明によれば、ヌクレオチドやアミノ酸
などの生物学的物質の配列情報を近似的に表すパリティ
情報を少ないデータ量でその記録媒体に記録できるた
め、記録媒体としてＣＤ−ＲＯＭ，ＣＤ−Ｒ、フラッシ
ュＲＯＭなどの記録容量は比較的少ないが、使い勝手の
良い媒体をも使用できる。この場合、その生物学的物質
の配列に対応するそのテキストデータ、又はこのテキス
トデータに対応するその数値データの４０ビット以上の
長さの数学的な要約値（message digest）を更にその記
録媒体に記録することが望ましい。
【００４３】その数学的な要約値は、その生物学的物質
の配列に対応するテキストデータ又は数値データに例え
ばＭＤ５ハッシュ関数（要約値は１２８ビット）、又は
ＳＨＳ（Secure Hash Standard）ハッシュ関数（要約値
は１６０ビット）などのハッシュ関数の演算を施して得
られるものである。その要約値を用いることによって、
比較対象の２つの生物学的物質の膨大な配列が一致する
かどうかを高い確率で極めて容易に確認することができ
る。また、パリティ情報を用いて相違する部分データの
復元を行った後に、要約値を比較することによって、デ
ータが完全に復元できたかを確認することができる。そ
の要約値が４０ビット以上であれば、例えば全人類のＤ
ＮＡのヌクレオチドの配列情報をほぼ互いに衝突するこ
となく表すことができる。
【００４４】この場合、ガロア体ＧＦ（２m ）を決定す
る整数ｍが６４の倍数であるときには、要約値が６４ビ
ットの倍数となるハッシュ関数（例えばＭＤ５ハッシュ
関数）を用いることが望ましい。演算を効率的に実行で
きるからである。次に、本発明の第１の生物学的物質の
配列情報の供給方法は、その生物学的物質の配列に対応
するテキストデータ、又はこのテキストデータを所定の
規則に従って変換して得られる数値データを保持する供
給者（２Ａ）が、そのテキストデータ、又はこれに対応
するその数値データを第１ファイル（１９）に記録して
保持する第１ステップ（ステップ１０４）と、その第１
ファイルに記録されているそのテキストデータ、又はこ
のテキストデータに対応するその数値データを、その生
物学的物質の配列方向に複数行で、かつその配列方向に
交差する非配列方向に複数列の長さがｍビット（ｍは１
６以上の整数）の部分データに分割し、複数行のその部
分データに各行毎にその非配列方向にガロア体ＧＦ（２
m ）上の第１の演算を施して第１組のパリティ情報（Ｂ
１（ｉ）〜Ｂ３（ｉ））を求めると共に、複数列のその
部分データに各列毎にその配列方向にガロア体ＧＦ（２
m ）上の第２の演算を施して第２組のパリティ情報（Ｃ
１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ））を求める第２ステップ（ステッ
プ１０５，１０６）と、その供給者が、その第１組及び
第２組のパリティ情報を第２ファイル（２０）に記録し
て保持する第３ステップ（ステップ１０７）と、その生
物学的物質の配列情報のユーザ（２Ｂ）が、通信回線
（１）を介してその供給者よりその第２ファイルに記録
されているその２組のパリティ情報を受け取る第４ステ
ップ（ステップ１１０，１２９）とを有するものであ
る。
【００４５】この供給方法は、上記の本発明の生物学的
物質の配列情報の記録方法を、その配列情報を供給（販
売）する際のビジネスモデルに適用したものである。即
ち、本発明のビジネスモデルでは、或る生物ＸのＤＮＡ
のヌクレオチド、又はタンパク質のアミノ酸などの生物
学的物質の配列を最初に解読した供給者は、その配列の
テキストデータ（又はこれを変換した数値データ）よ
り、その配列情報を少ないデータ量で近似するパリティ
情報を算出し、これをその通信回線を介してユーザに供
給する。上述のように、一例としてパリティ情報は、元
のテキストデータの１／２０程度のデータ量であるた
め、そのパリティ情報はその通信回線を介して短時間で
受信することができる。
【００４６】本発明の供給方法においては、更にそのユ
ーザが、その２組のパリティ情報に基づいて検査対象の
生物学的物質の配列情報の内のその供給者の生物学的物
質の配列情報との相違部を特定する第５ステップ（ステ
ップ１３０，１３１）と、この相違部の配列の復元がで
きない場合に、そのユーザがその通信回線を介してその
供給者よりその第１ファイルに記録されているそのテキ
ストデータ、又はその数値データの内のその配列の復元
ができない部分の配列情報を受け取る第６ステップ（ス
テップ１３５）とを有することが望ましい。
【００４７】このようにユーザ側で、パリティ情報だけ
で検査対象の配列内の供給者の配列との相違部の特定、
及び復元ができる場合には、それ以上の配列情報を購入
する必要が無い。一方、相違部が多く存在し、パリティ
情報のみでは全部の正確なデータが復元できない場合に
は、例えば復元できない部分のテキストデータ（又は数
値データ）のみを購入することによって、通信回線を介
して必要な配列情報を短時間に購入できる。従って、通
信回線として、携帯電話システムのような比較的低速の
通信回線も使用できる。
【００４８】また、本発明の供給方法においては、その
ガロア体ＧＦ（２m ）上の生成元をαとしたとき、一例
として、その第１組のパリティ情報は、複数行の各行の
その部分データにそれぞれその非配列方向に順次αsp，
αs(p+1)，αs(p+2)，…，α s(p+dp)（ｓは０以上の整
数、ｐは０以上の整数、ｄｐは１以上の整数）を乗算し
た後、この演算で得られた複数の積について各行毎に求
められた和を含み、その第２組のパリティ情報は、複数
列の各列のその部分データにそれぞれその配列方向に順
次αtq，αt(q+1)，αt(q+2)，…，αt(q+dq)（ｔは０
以上の整数、ｑは０以上の整数、ｄｑは１以上の整数）
を乗算した後、この演算で得られた複数の積について各
列毎に求められた和を含むものである。
【００４９】これらのパリティ情報を用いることによっ
て、そのユーザは、ＳＮＰ（一塩基変位多型）などを容
易に検出することができる。また、その供給方法におい
ては、その供給者は、その生物学的物質の配列の長さの
情報、及びその配列を表すテキストデータ又はその数値
データの数学的な要約値の情報をその通信回線を介して
閲覧可能な状態にしておき、そのユーザは、その第４ス
テップの前にその通信回線を介してその配列の長さの情
報及びその数学的な要約値の情報を閲覧する（ステップ
１２１）ことが望ましい。
【００５０】この場合、その供給者は、その生物Ｘの生
物学的物質の配列のテキストデータ（又はこれを変換し
た数値データ）よりハッシュ関数によって算出した要約
値（message digest）を例えばインターネット上で閲覧
可能にする。これによって、その供給者は、そのテキス
トデータ自体を公開することなく、最初にその生物Ｘの
生物学的物質の配列を解読したことを主張できる。更
に、ユーザが同じ配列情報を異なる供給者から誤って購
入することも防止できる。
【００５１】また、或るユーザが、その供給者よりその
生物学的物質の配列情報を購入した後、購入した配列情
報よりそのハッシュ関数によって要約値を算出し、その
配列の長さも求める。そして、この配列の長さ、及び要
約値をインターネット上で公開されている値と比較する
ことによって、購入した配列情報が正確なものであるか
どうかを極めて高い確率で確認できる。
【００５２】この場合、一例として、その数学的な要約
値は、４０ビット以上で１９２ビット以下のデータであ
り、その供給者は、更にその生物学的物質の所定の一部
の配列の情報をその通信回線を介して閲覧可能な状態に
しておくことが望ましい。その要約値、及びその配列の
長さの他に、そのように例えばその配列の先頭の８個程
度、及び後端の８個程度の配列を比較することによっ
て、同一性の確認をより高精度に行うことができる。
【００５３】次に、本発明による第２の生物学的物質の
配列情報の記録方法は、その生物学的物質の配列に対応
するテキストデータ、又はこのテキストデータを所定の
規則に従って変換して得られる数値データを、その生物
学的物質の配列方向に複数行で、かつその配列方向に交
差する非配列方向に複数列の長さがｍビット（ｍは１６
以上の整数）の部分データ（Ａ（ｉ，ｊ））に分割し、
その部分データの最大値をＮｍａｘ、この最大値Ｎｍａ
ｘよりも大きい素数をＰとして、複数行のその部分デー
タに各行毎にその非配列方向にガロア体ＧＦ（Ｐ）上の
第１の演算を施して第１組のパリティ情報を求めると共
に、複数列のその部分データに各列毎にその配列方向に
ガロア体ＧＦ（Ｐ）上の第２の演算を施して第２組のパ
リティ情報を求め、その第１組及び第２組のパリティ情
報でその生物学的物質の配列を表すものである。
【００５４】斯かる本発明によれば、その生物学的物質
としては、例えば一列のヌクレオチド又は一列のアミノ
酸が考えられる。前者の一列のヌクレオチドは、例えば
或るＤＮＡの一方の鎖の少なくとも一部、或るＲＮＡを
構成する１列の重合体の鎖の少なくとも一部、又は或る
遺伝子の少なくとも一部である。そして、例えば図７の
例において、その生物学的物質の配列情報を示すテキス
トデータを配列方向にＮ個（ｉ＝１〜Ｎ）で、非配列方
向にＭ個（ｊ＝１〜Ｍ）の部分テキストデータＴ（ｉ，
ｊ）に分割し、図８に示すように、各部分テキストデー
タＴ（ｉ，ｊ）をそれぞれｍビットの部分データＡ
（ｉ，ｊ）に変換する。ｍビットの部分データＡ（ｉ，
ｊ）は、それぞれｎ個（図８の例ではｎ＝１６）の連続
する生物学的物質の配列を表している。
【００５５】次に、ｍビットの各部分データＡ（ｉ，
ｊ）を非配列方向、及び配列方向に演算することによっ
て、各行及び各列の配列情報を近似的に表すデータを算
出する。このためには、ｍビットのデータを加減乗除の
対象にできる体（Field)が必要であり、本発明ではその
ために第２の方法としてガロア体ＧＦ（Ｐ）を用いる。
ガロア体ＧＦ（Ｐ）を用いた場合、その部分データＡ
（ｉ，ｊ）の最大値が（２ m −１）であると、その素数
Ｐは（ｍ＋１）ビットの値となり、各行及び各列の部分
データにガロア体ＧＦ（Ｐ）上の所定の演算を施して得
られる一つの情報（これを本発明では「パリティ情報」
と呼ぶ。）も（ｍ＋１）ビットで表されるため、各パリ
ティ情報のデータ量が１ビットだけ大きくなる。しかし
ながら、全体として見ると、ガロア体ＧＦ（２m ）を用
いる場合とほぼ同程度に少ないパリティ情報で、元の配
列情報を近似することができる。更に本発明によれば、
そのパリティ情報を求めるための演算はガロア体ＧＦ
（２m ）での演算に比べると簡単である。
【００５６】本発明においても、２つの配列の比較を行
う際にそのパリティ情報を比較することによって、相違
部の特定、及び相違部の或る程度の復元を行うことがで
きる。本発明においては、その部分データの最大値Ｎｍ
ａｘは（２m −１）よりも小さい値であることが望まし
い。これを実現する最も簡単な方法は、部分データＡ
（ｉ，ｊ）として、この部分データに対応する配列を表
すテキストデータそのもの（数値データとみなす）を使
用することである。このとき、その素数Ｐは、次の関係
を満たすように選択できることが望ましい。
【００５７】２m ＞Ｐ＞Ｎｍａｘ …（Ａ１） これは、その素数Ｐをその最大値Ｎｍａｘよりも大きい
ｍビットの数とすることを意味する。これによって、パ
リティ情報もｍビットのデータとなるため、ガロア体Ｇ
Ｆ（２m ）よりも簡単な演算でよいことと、ガロア体Ｇ
Ｆ（２m ）を用いる場合と同じデータ量でパリティ情報
を表すこととを両立できる。
【００５８】この場合、そのガロア体ＧＦ（Ｐ）上の生
成元をδとしたとき、一例としてその第１組のパリティ
情報は、複数行の各行のその部分データにそれぞれその
非配列方向に順次δsp，δs(p+1)，δs(p+2)，…，δ
s(p+dp)（ｓは０以上の整数、ｐは０以上の整数、ｄｐ
は１以上の整数）を乗算した後、この演算で得られた複
数の積について各行毎に求められた和を含み、その第２
組のパリティ情報は、複数列の各列のその部分データに
それぞれその配列方向に順次δtq，δt(q+1)，
δ t(q+2)，…，δt(q+dq)（ｔは０以上の整数、ｑは０
以上の整数、ｄｑは１以上の整数）を乗算した後、この
演算で得られた複数の積について各列毎に求められた和
を含むものである。その整数ｓ，ｔの値を調整すること
によって、容易に各行及び各列で複数のパリティ情報を
求めることができる。
【００５９】次に、本発明の第２の生物学的物質の配列
情報の供給方法は、その生物学的物質の配列に対応する
テキストデータ、又はこのテキストデータを所定の規則
に従って変換して得られる数値データを保持する供給者
（２Ａ）が、そのテキストデータ、又はこれに対応する
その数値データを第１ファイル（１９）に記録して保持
する第１ステップ（ステップ１０４）と、その第１ファ
イルに記録されているそのテキストデータ、又はこのテ
キストデータに対応するその数値データを、その生物学
的物質の配列方向に複数行で、かつその配列方向に交差
する非配列方向に複数列の長さがｍビット（ｍは１６以
上の整数）の部分データに分割し、その部分データの最
大値をＮｍａｘ、この最大値Ｎｍａｘよりも大きい素数
をＰとして、複数行のその部分データに各行毎にその非
配列方向にガロア体ＧＦ（Ｐ）上の第１の演算を施して
第１組のパリティ情報を求めると共に、複数列のその部
分データに各列毎にその配列方向にガロア体ＧＦ（Ｐ）
上の第２の演算を施して第２組のパリティ情報を求める
第２ステップと、その供給者が、その第１組及び第２組
のパリティ情報を第２ファイル（２０）に記録して保持
する第３ステップと、その生物学的物質の配列情報のユ
ーザ（２Ｂ）が、通信回線（１）を介してその供給者よ
りその第２ファイルに記録されているその２組のパリテ
ィ情報を受け取る第４ステップとを有するものである。
【００６０】この供給方法は、上記の本発明の第２の生
物学的物質の配列情報の記録方法を、その配列情報を供
給（販売）する際のビジネスモデルに適用したものであ
る。即ち、本発明のビジネスモデルでは、或る生物Ｘの
ＤＮＡのヌクレオチド、又はタンパク質のアミノ酸など
の生物学的物質の配列を最初に解読した供給者は、その
配列のテキストデータ（又はこれを変換した数値デー
タ）より、その配列情報を少ないデータ量で近似するパ
リティ情報を算出し、これをその通信回線を介してユー
ザに供給する。本発明においても、ガロア体ＧＦ
（２m ）を用いる場合とほぼ同程度にそのパリティ情報
は、元のテキストデータに比べて少なくできるため、そ
のパリティ情報はその通信回線を介して短時間で受信す
ることができる。
【００６１】本発明の供給方法においても、更にそのユ
ーザが、その２組のパリティ情報に基づいて検査対象の
生物学的物質の配列情報の内のその供給者の生物学的物
質の配列情報との相違部を特定する第５ステップと、こ
の相違部の配列の復元ができない場合に、そのユーザが
その通信回線を介してその供給者よりその第１ファイル
に記録されているそのテキストデータ、又はその数値デ
ータの内のその配列の復元ができない部分の配列情報を
受け取る第６ステップとを有することが望ましい。
【００６２】このようにユーザ側で、パリティ情報だけ
で検査対象の配列内の供給者の配列との相違部の特定、
及び復元ができる場合には、それ以上の配列情報を購入
する必要が無い。一方、相違部が多く存在し、パリティ
情報のみでは全部の正確なデータが復元できない場合に
は、例えば復元できない部分のテキストデータ（又は数
値データ）のみを購入することによって、通信回線を介
して必要な配列情報を短時間に購入できる。従って、通
信回線として、携帯電話システムのような比較的低速の
通信回線も使用できる。
【００６３】
【発明の実施の形態】以下、本発明の実施の形態の一例
につき図面を参照して説明する。本例は、所定のＤＮＡ
（デオキシリボ核酸：deoxyribonucleic acid)のヌクレ
オチド（生物学的物質）の配列情報をコンピュータシス
テムで処理する場合に、本発明を適用したものである。
【００６４】図１は、本例のコンピュータシステム２Ａ
の概略構成を示し、この図１において、コンピュータシ
ステム２Ａの中心は、ＣＰＵ（中央演算処理ユニッ
ト）、ＲＡＭ，ＲＯＭ等のメモリ、及びハードディスク
装置等の記憶装置等からなる情報処理装置１０である。
情報処理装置１０には、ビデオＲＡＭ（ＶＲＡＭ）１１
を介してＣＲＴディスプレイよりなる表示装置１２が接
続されると共に、Ｉ／Ｏユニット（入出力装置）１４を
介して、記録可能なＣＤ−Recordableディスク（以下、
「ＣＤ−Ｒ」と言う）１６に対するデータの書き込み、
及びＣＤ−ＲやＣＤ−ＲＯＭからのデータの読み込みを
行うことができるＣＤ−Ｒ／ＲＷドライブ１５が接続さ
れている。情報処理装置１０には、Ｉ／Ｏユニット１４
を介して更に大容量の記憶装置としての記憶容量が数１
００Ｇバイト程度の磁気ディスク装置１７が接続されて
いる。
【００６５】本例の情報処理装置１０中のハードディス
ク装置には、予めＣＤ−Ｒ／ＲＷドライド１５を介して
オペレーティングシステム、及び後述のようにＤＮＡの
配列情報を処理するためのアプリケーション・プログラ
ムがインストールされている。また、ＣＤ−Ｒ１６が本
発明の記録媒体に対応しているが、記録媒体としては、
ＣＤ−ＲやＣＤ−ＲＯＭの他に、フラッシュＲＯＭ、フ
レキシブルディスク、光磁気ディスク（ＭＯ）、デジタ
ルビデオディスク（ＤＶＤ）、又はハードディスク装置
（例えばインターネットを介して接続できるサーバに備
えられたもの）等を使用することができる。
【００６６】情報処理装置１０には更に、文字情報の入
力装置としてのキーボード１３、ポインティング・デバ
イス（入力装置）としての光学式のマウス２０４、及び
ルータ（又はモデム等でもよい）よりなる通信制御ユニ
ット１８が接続されている。マウス２０４は、表示装置
１２の表示画面上のカーソルの位置を指定する信号を発
生する変位信号発生部２０７、選択すべき情報を指定す
る信号や各種コマンド等を発生するための左スイッチ２
０４ａ及び右スイッチ２０４ｂ（信号発生装置）を備え
ている。情報処理装置１０、ＶＲＡＭ１１、表示装置１
２、キーボード１３、マウス２０４、Ｉ／Ｏユニット１
４、ＣＤ−Ｒ／ＲＷドライブ１５、磁気ディスク装置１
７、及び通信制御ユニット１８等よりコンピュータシス
テム２Ａが構成されている。オペレーティングシステム
として本例ではＷｉｎｄｏｗｓ（Microsoft Corporatio
n の登録商標）を使用している。なお、オペレーティン
グシステムとして、それ以外のＵＮＩＸ（X/Open の登
録商標）、ＯＳ／２（IBM Corporatin の登録商標）、
ＭａｃＯＳ（Apple Computer の登録商標）、又はＬｉ
ｎｕｘ（Linus Torvalds の商標又は登録商標）等を使
用する場合にも本発明が適用できることは言うまでもな
い。
【００６７】そして、コンピュータシステム２Ａ（情報
処理装置１０）は、通信制御ユニット１８を介して一般
電話回線よりなる通信ネットワーク１に接続され、通信
ネットワーク１には各種コンテンツのプロバイダ３、及
び別のコンピュータシステム２Ｂ、及び不図示の多くの
サーバやコンピュータシステムが接続されている。ま
た、本例のコンピュータシステム２Ａ，２Ｂ及びプロバ
イダ３は、通信ネットワーク１を介するインターネット
によって相互に接続されている。この場合、コンピュー
タシステム２Ａの所有者がＤＮＡ情報の供給者（販売
者）であり、コンピュータシステム２Ｂの所有者がその
ＤＮＡ情報のユーザ（購入者）である。そして、後者の
コンピュータシステム２Ｂには、予め前者のコンピュー
タシステム２Ａと同様のＤＮＡの配列情報を処理するた
めのアプリケーション・プログラムがインストールされ
ている。
【００６８】さて、本例のコンピュータシステム２Ａの
情報処理装置１０には、Ｉ／Ｏユニット１４を介して、
生物学的物質としてのＤＮＡ中の一列のヌクレオチドの
配列（又は塩基の配列）を読み取るための配列読み取り
装置としてのシーケンサー（DNA Sequencer)４が接続さ
れている。シーケンサー４は、一例としてサンガーの方
法（Sanger method)によってＤＮＡを構成する１対の重
合体の鎖の一方の鎖のヌクレオチドの配列を読み取る。
サンガーの方法は、例えば文献１（Maxim D. Frank-Kam
enetskii: Unraveling DNA (the most important molec
ule of life, revised and updated),translated by Le
v Liapin, Chapter 6(pp.59-70)(Perseus Books,1997)
）に開示されている。シーケンサー４は、読み取った
一列のヌクレオチドの配列をテキストデータ形式で内部
の大容量の記憶装置に記憶すると共に、情報処理装置１
０からの要求に応じて、その記憶装置中の所定のヌクレ
オチドの配列のテキストデータをＩ／Ｏユニット１４を
介して情報処理装置１０に供給する。これに対して情報
処理装置１０は、ＤＮＡの配列情報を処理するためのア
プリケーション・プログラムに基づいて以下の処理を行
う。なお、シーケンサー４の代わりに、ＤＮＡ及びＲＮ
Ａ（リボ核酸：ribonucleic acid）等の核酸を構成する
一列のヌクレオチドの配列（又は塩基の配列）の情報の
データベースを接続してもよい。
【００６９】先ず、本例の情報処理装置１０の第１の基
本的な処理動作につき説明する。情報処理装置１０は、
シーケンサー４から供給される所定のＤＮＡのヌクレオ
チドの配列を示すテキストデータ（本例ではアスキーコ
ード（ＡＮＳＩ形式）を用いる）を磁気ディスク装置１
７中のマスターファイル１９にそのまま記録すると共
に、そのテキストデータをよりデータ量の少ない数値デ
ータに変換し、この変換後の数値データを磁気ディスク
装置１７中のワーキングファイル２０に記録する。な
お、以下の説明において、２進数表示の数ｋは bin(k)
で、１６進数表示の数ｋは hex(k) で表すものとする。
【００７０】この場合、ＤＮＡは４種類のヌクレオチド
より構成されており、シーケンサー４から供給されるテ
キストデータ中では、塩基としてアデニン（adenine）
を含むヌクレオチド、グアニン（guanine）を含むヌク
レオチド、シトシン（cytosine）を含むヌクレオチド、
及びチミン（thymine）を含むヌクレオチドがそれぞれ
文字Ａ，Ｇ，Ｃ，及びＴで表されている。そして、文字
Ａ，Ｇ，Ｃ，及びＴには、データ上ではそれぞれhex(4
1),hex(47),hex(43),hex(54)よりなる１バイト（８ビッ
ト）のアスキーコードが割り当てられている。また、Ｒ
ＮＡの場合には、チミンを含むヌクレオチドの代わりに
ウラシル（uracil）を含むヌクレオチドが、文字Ｕ（he
x(55))で表されている。従って、ｎ個のヌクレオチドの
配列を示すテキストデータのデータ量はｎバイトとな
る。なお、それらのｎ個のヌクレオチドの配列は、ｎ個
の塩基（アデニン、グアニン、シトシン、チミン（又は
ウラシル））の配列ともみなすことができる。
【００７１】本例ではそのテキストデータを、情報量を
少なくすることなく最も少ないデータ量で表すために、
ＤＮＡ中の４種類のヌクレオチドを互いに異なる２ビッ
トのデータで表す。この際に、ＤＮＡにおいては、１対
の塩基（アデニン及びチミン）が互いに相補的であり、
別の１対の塩基（グアニン及びシトシン）が互いに相補
的である。そこで、相補的な塩基を含む１対のヌクレオ
チドを互いに相補的であるとして、１対の互いに相補的
なヌクレオチド、即ちアデニンを含むヌクレオチド及び
チミンを含むヌクレオチドに、互いにビット反転の関係
にある１対のデータを割り当て、別の１対の互いに相補
的なヌクレオチド、即ちグアニンを含むヌクレオチド及
びシトシンを含むヌクレオチドに、互いにビット反転の
関係にある別の１対のデータを割り当てる。本例ではそ
のデータの割り当てとして表１（変換テーブル）を用い
る。なお、表１は、ヌクレオチドの配列を示すテキスト
データ中の文字Ａ，Ｔ（又はＵ），Ｇ，Ｃ，をそれぞれ
bin(00),bin(11),bin(01),bin(10) で置換することを意
味している。
【００７２】 《表１》 ヌクレオチド ２ビットのデータ アデニンを含むヌクレオチド（Ａ） bin(00) チミン（ウラシル）を含むヌクレオチド（Ｔ又はＵ） bin(11) グアニンを含むヌクレオチド（Ｇ） bin(01) シトシンを含むヌクレオチド（Ｃ） bin(10) 。
【００７３】なお、本例では各ヌクレオチドを２ビット
のデータで表しているが、これは各塩基を２ビットのデ
ータで表すのと等価である。また、データの割り当ては
表１には限定されず、例えばチミンを含むヌクレオチド
をbin(00) 、アデニンを含むヌクレオチドをbin(11) と
するか、又はグアニンを含むヌクレオチドをbin(10)、
シトシンを含むヌクレオチドをbin(01) としてもよい。
それ以外に、アデニンを含むヌクレオチド及びチミンを
含むヌクレオチドに、１対のデータbin(01),bin(10) を
割り当て、グアニンを含むヌクレオチド及びシトシンを
含むヌクレオチドに１対のデータbin(00),bin(11) を割
り当てるようにしてもよい。また、ＲＮＡの場合には、
チミンを含むヌクレオチドに割り当てられているデータ
をウラシルを含むヌクレオチドに割り当てて、それ以外
のヌクレオチドにはＤＮＡのヌクレオチドと同じデータ
を割り当てればよい。
【００７４】本例では図２に示すＤＮＡ分子５のヌクレ
オチドの配列情報を扱うものとする。その配列情報は、
ＮＣＢＩ（The National Center for Biotechnology In
formation ）より提供されているウェブサイト１（ftp:
//ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/bacteria/）より
入手した大腸菌（Escherichia coli: E. coli）のＤＮ
Ａの一列のヌクレオチドの配列の一部である。
【００７５】図２において、ＤＮＡ分子５は、１対の重
合体の鎖６Ａ，６Ｂ（二重らせん）より構成され、一方
の重合体の鎖６Ａは、アデニンを含むヌクレオチド７
Ａ、グアニンを含むヌクレオチド７Ｇ、シトシンを含む
ヌクレオチド７Ｃ、及びチミンを含むヌクレオチド７Ｔ
よりなる４種類のヌクレオチドの配列であり、他方の重
合体の鎖６Ｂは、鎖６Ａに対して相補的なヌクレオチド
の配列である。この際に、図１の情報処理装置１０には
一方の重合体の鎖６Ａの配列を示すテキストデータ、即
ち”ＡＧＣＴＴＴ・・・”の文字列のデータが供給され
る。それに対して、情報処理装置１０は、そのテキスト
データ中の文字Ａ，Ｇ，Ｃ，Ｔを表１の変換テーブルに
基づいて順次２ビットのデータに変換することによっ
て、数値データとしてのバイナリーデータＢＮＡ（＝bi
n(0001101111・・・)）を得る。そして、このバイナリーデ
ータＢＮＡが図１の磁気ディスク装置１７のワーキング
ファイル２０に記録される。そのバイナリーデータＢＮ
Ａのデータ量は、元のテキストデータの１／４となって
いる。
【００７６】この場合、そのワーキングファイル２０の
先頭の所定数のバイトの領域に、例えばその配列がＤＮ
Ａ又はＲＮＡのどちらかを示すデータ（即ち、bin(11)
を文字Ｔ又は文字Ｕの何れに解釈するかを示すデー
タ）、ヌクレオチドの個数を示すデータ、及びその他の
必要なデータを記録しておけばよい。また、そのワーキ
ングファイル２０の長さが１バイト（８ビット）単位で
規定されている場合に、バイナリーデータＢＮＡの末尾
で１バイトの端数のデータが生じたときには、予め定め
ておいたダミーデータを付加すればよい。これでもデー
タ量は殆ど増加しない。そして、一例としてユーザ（コ
ンピュータシステム２Ｂの所有者）から供給者（コンピ
ュータシステム２Ａの所有者）に対して図２のＤＮＡ分
子５の配列情報の購入希望が届いたときに、ワーキング
ファイル２０のデータが通信ネットワーク１及び不図示
のプロバイダを介して、電子メールの添付ファイルとし
てコンピュータシステム２Ｂ側に供給される。この際
に、そのワーキングファイル２０のデータを更に圧縮フ
ァイル（ＺＩＰファイル、又はＬＨＡファイル等）とし
て送信してもよい。この際に、ワーキングファイル２０
のデータ量はもとのテキストデータのほぼ１／４である
ため、元のテキストデータ（更に圧縮ファイルとした場
合も同様）自体を送信する場合に比べて送信時間はほぼ
１／４となり、供給者側及びユーザ側双方の通信コスト
が低減できる。
【００７７】そして、ユーザ側で、その受信したワーキ
ングファイル２０のデータから図２の一方の重合体の鎖
６Ａの配列のテキストデータを復元する場合には、コン
ピュータシステム２Ｂにおいて、ワーキングファイル２
０中のバイナリーデータＢＮＡを、表１を用いて文字
Ａ，Ｇ，Ｃ，Ｔ（又はＵ）の何れかに順次逆変換すれば
よい。また、その際に例えば図２の他方の相補的な重合
体の鎖６Ｂのヌクレオチドの配列を示すテキストデータ
が必要になった場合には、コンピュータシステム２Ｂに
おいて、図２に示すように、バイナリーデータＢＮＡの
ビット毎の反転操作を行って反転バイナリーデータNOT
(BNA)（＝bin(1110010000・・・)）を得る。この反転バイ
ナリーデータNOT(BNA)は、他方の重合体の鎖６Ｂのヌク
レオチドの配列を示すテキストデータ（文字列”ＴＣＧ
ＡＡＡ・・・”）を表１に従って変換したバイナリーデ
ータＢＮＢと同一である。従って、その反転バイナリー
データNOT(BNA)を、表１を用いて文字Ａ，Ｇ，Ｃ，Ｔ
（又はＵ）の何れかに順次逆変換するのみで、極めて高
速に相補的な重合体の鎖６Ｂの配列のテキストデータを
得ることができる。この際に、通常のコンピュータにお
いては、ビット毎の反転操作は、極めて高速に実行する
ことができる。なお、そのビット毎の反転操作は、例え
ばbin(111111・・・)との排他的論理和演算で代用してもよ
い。
【００７８】なお、ワーキングファイル２０のデータを
通信ネットワーク１を介してユーザ側に送信する代わり
に、ワーキングファイル２０の内容をＣＤ−Ｒ／ＲＷド
ライブ１５によってＣＤ−Ｒ１６に記録し、このＣＤ−
Ｒ１６を郵送等によってユーザ側に供給してもよい。例
えば一人の人間の全部のＤＮＡの配列情報（ゲノム）
は、テキストデータでは３Ｇバイト程度になるが、これ
を表１を用いて本例の数値データとしてのバイナリーデ
ータに変換すると、３／４Ｇバイト程度、即ち７５０Ｍ
バイト程度になる。現在のＣＤ−Ｒ，ＣＤ−ＲＯＭの容
量は約６５０Ｍバイトであるため、その７５０Ｍバイト
程度のバイナリーデータは例えば一部又は全部を圧縮フ
ァイルとすることによって、余裕を持ってＣＤ−Ｒ１６
に記録することができる。これに対して、その７５０Ｍ
バイト程度のデータを通信ネットワーク１を介して送信
しようとすると、現状でも送信時間がかかり過ぎる場合
がある。
【００７９】また、一つのアミノ酸の種類は一列の３個
のヌクレオチドの配列、即ち一つの遺伝子コドン（codo
n ）によって決定される。そこで、１つのアミノ酸に対
応する３個のヌクレオチドをそれぞれ２ビットのデータ
で表したときに得られる６ビットのデータの内で、最も
小さいデータでそのアミノ酸を表すようにしてもよい。
この際に、個々のデータは、１バイト単位が扱い易いた
め、その６ビットのデータの前後に２ビットの識別デー
タを付加して得られる１バイトのデータで１つのアミノ
酸を表すようにしてもよい。これによって、ヌクレオチ
ドとアミノ酸とで共通のコードを使用できる利点があ
る。
【００８０】次に、本例の情報処理装置１０の第２の基
本的な処理動作につき説明する。本例では、ヌクレオチ
ドの配列を示す膨大な量のテキストデータ（又はこれを
表１に基づいて変換して得られる数値データ）より、所
定のハッシュ関数を用いて数学的な要約値（message di
gest）を算出する。本例ではそのハッシュ関数として、
ライベスト（R. Rivest)によって提案されたＭＤ５ハッ
シュ関数を使用する。ＭＤ５ハッシュ関数のアルゴリズ
ムについては、ネットワークワーキンググループ及びラ
イベストによって開設されているウェブサイト２(http:
//www.kleinscmidt.com/edi/md5.htm)に開示されてい
る。また、そのＭＤ５ハッシュ関数のアルゴリズムは、
国際公開公報ＷＯ01/80431 A1 にも開示されている。或
るテキストデータ（テキストファイル）にそのＭＤ５ハ
ッシュ関数を施すことによって、１２８ビットの要約値
が得られる。通常のコンピュータでも今後は処理単位が
６４ビットのＣＰＵが使用されるようになると考えられ
るが、この場合に１２８（＝２・６４）ビットの要約値
は非常に扱い易い長さである。この場合には、１９２
（＝３・６４）ビットの要約値も比較的扱い易いと考え
られる。
【００８１】また、本例では、そのＭＤ５ハッシュ関数
のプログラムとして、そのウェブサイト２において公開
されている、ＲＳＡデータセキュリティー社（RSA Data
Security Inc.）によって開発されたプログラムを使用
した。その要約値の使用方法の一例として、ＤＮＡの配
列情報の供給者（情報処理装置１０）は、所定の生物の
ＤＮＡのヌクレオチドの配列を読み取り、これに対応す
るテキストデータより、上記のハッシュ関数を用いて要
約値を算出し、この要約値をその生物の名称、及びＤＮ
Ａの位置を示す情報と共にインターネット上で閲覧可能
にする。これによって、その供給者は、そのテキストデ
ータ自体を公開することなく、その生物のＤＮＡの配列
情報を最先に解読したことを主張できると考えられる。
その後、或るユーザからのその配列情報の購入希望が来
たときに、その供給者は、そのヌクレオチドの配列のテ
キストデータを表１を用いてバイナリーデータに変換
し、このバイナリーデータを例えば通信ネットワーク１
を介して電子メールの形でそのユーザに送信する。これ
に対してユーザ側では、そのバイナリーデータを表１を
用いてテキストデータに逆変換し、この逆変換されたテ
キストデータに上記のハッシュ関数を施して要約値を求
める。
【００８２】そして、この要約値とその供給者によって
公開されている要約値とが等しいときには、購入した配
列情報が、供給の保持している配列情報と等しいことが
極めて高い確率で保証される。更に、ユーザ側では、複
数の供給者が公開している要約値を比較することによっ
て、同じ配列情報を異なる複数の供給者から重複して購
入することを防止することができる。これらの際に、ヌ
クレオチドの配列の長さ、及び先端部や末尾の一部の短
い配列の比較を行うことによって、その配列情報の同一
性を高めることができる。
【００８３】なお、ハッシュ関数としては、例えば文献
２(FIPS Publication 180, 1993)で開示されているよう
に、ＮＢＳ(National Bureau of Standards)によって提
案されたＳＨＳ（Secure Hash Standard）ハッシュ関数
を使用してもよい。ＳＨＳハッシュ関数は、ＭＤ５ハッ
シュ関数よりも複雑な演算を行うと共に、１６０ビット
の要約値が得られる。これに関して、例えばタンパク質
を構成するアミノ酸の配列数は２０個〜１０００個程度
であり、特に一文字表記を使用する際にはそれに対応す
るテキストデータも２０バイト〜１ｋバイト程度に短く
なるため、要約値から元のテキストデータが推定し易い
と考えられる。そこで、アミノ酸の配列情報の要約値を
求める際には、ＳＨＳハッシュ関数を使用する方が望ま
しいことがある。
【００８４】また、例えばヌクレオチドの配列を示す２
つの膨大な長さのテキストデータの同一性を確認するた
めに、ハッシュ関数の要約値を算出するような場合に
は、それ程複雑な計算を繰り返して行う必要は無いと考
えられる。そこで、このような用途では、例えば文献３
（R. L. Rivest:"The MD4 message digest algorithm",
Lecture Notes in Computer Science, 537,303-311(199
1))で開示されているＭＤ４ハッシュ関数を使用しても
よいと考えられる。また、そのように単に同一性を確認
する用途では、要約値の長さも４０ビット〜１２８ビッ
ト程度でよい場合がある。
【００８５】次に、本例のＤＮＡ情報の供給者（コンピ
ュータシステム２Ａ）と、ユーザ（コンピュータシステ
ム２Ｂ）との間でＤＮＡの配列情報を受け渡す際のビジ
ネスモデルの一例につき図３〜図６のフローチャートを
参照して詳細に説明する。先ず、ＤＮＡ情報の供給者側
では、図３のステップ１０１において、シーケンサー４
を使用して標準となる試料（標準試料Ｅとする）のＤＮ
Ａ中の一方の一列のヌクレオチドの配列を読み取り、読
み取った配列を表すテキストデータＴＸ１を情報処理装
置１０に供給する。本例では、その標準試料Ｅを大腸菌
として、そのテキストデータＴＸ１として、図７に示す
ように、上記のウェブサイト１から入手した大腸菌のＤ
ＮＡの配列情報の内の、最初から２０４８個までのヌク
レオチドの配列を示すテキストデータを使用する。
【００８６】標準試料ＥのＤＮＡ配列は配列番号１に示
されている。図７のテキストデータは、配列番号１の配
列から数字データを除いて、ａ，ｇ，ｃ，ｔの文字をそ
れぞれＡ，Ｇ，Ｃ，Ｔで置き換えたものに相当する。次
のステップ１０２において、情報処理装置１０は、供給
されたテキストデータＴＸ１に上記のＭＤ５ハッシュ関
数を施して１２８ビットの要約値ＡＢ１を求めると共
に、そのヌクレオチドの配列の数ＮＡ１、及び先頭と末
尾との８個ずつのヌクレオチドの配列ＳＴ１，ＳＢ１を
求める。テキストデータＴＸ１に対する具体的な値は下
記の通りである。
【００８７】 ＡＢ１＝hex(849339ac244cde42b5346ab5989aab61) …（１１） ＮＡ１＝２０４８ ＳＴ１＝ＡＧＣＴＴＴＴＣ，ＳＢ１＝ＣＧＣＧＡＡＧＧ 次のステップ１０３において、情報処理装置１０は、テ
キストデータＴＸ１を逆方向に並べ替えたテキストデー
タＴＸＲ１（＝ＧＧＡＡＧＣ・・・・ＴＴＴＣＧＡ）を
求め、このテキストデータＴＸＲ１のＭＤ５ハッシュ関
数による要約値ＡＢＲ１、及びこのテキストデータＴＸ
Ｒ１の先頭と末尾との８個ずつのヌクレオチドの配列Ｓ
ＴＲ１，ＳＢＲ１を求める。配列ＳＴＲ１，ＳＢＲ１
は、上記の配列ＳＢ１，ＳＴ１をそれぞれ逆方向に並べ
替えることによって容易に求めることができる。これら
の具体的な値は以下の通りである。
【００８８】 ＡＢＲ１＝hex(4eb1feae30f522642b912ce3ea09652b) …（１２） ＳＴＲ１＝ＧＧＡＡＧＣＧＣ，ＳＢＲ１＝ＣＴＴＴＴＣＧＡ 次のステップ１０４において、情報処理装置１０は、標
準試料Ｅの名前の情報（試料を特定する情報）、配列の
数ＮＡ１、テキストデータＴＸ１、配列ＳＴ１，ＳＢ
１、要約値ＡＢ１、逆方向の配列ＳＴＲ１，ＳＢＲ１、
及び逆方向の要約値ＡＢＲ１を磁気ディスク装置１７の
マスターファイル１９に記録する。この際に、マスター
ファイル１９を複数のファイルとして、テキストデータ
ＴＸ１と、それ以外のデータとを別のファイルに記録し
てもよい。また、テキストデータＴＸ１が例えば１００
Ｍバイト程度以上になる場合には、テキストデータＴＸ
１を複数のマスターファイルに分割して記録してもよ
い。
【００８９】次のステップ１０５において、情報処理装
置１０は、図７に示すように、標準試料Ｅのテキストデ
ータＴＸ１を配列方向（ヌクレオチドの配列方向）にＮ
行で、その配列方向に直交する方向（以下、「非配列方
向」という）にＭ列の１６文字の長さの部分テキストデ
ータＴ（ｉ，ｊ）（ｉ＝１〜Ｎ，ｊ＝１〜Ｍ）に分割す
る。なお、Ｎ，Ｍはそれぞれ２以上の任意の整数であ
り、（４）式、（５）式を用いて既に説明したように、
テキストデータＴＸ１が１００ｋバイト程度（又はこの
整数倍）であるときに、このテキストデータＴＸ１に対
して１／２０程度のデータ量のパリティ情報を得たい場
合には、例えばＮの値が６４、Ｍの値が１２８に設定さ
れる。以下では説明を簡単にするために、図７に示すよ
うにテキストデータＴＸ１を４行で、かつ３２列に分割
した場合を想定する。即ち、Ｎ＝４，Ｍ＝３２とする。
この場合、本例では端数は生じないが、例えば図７にお
いて、最後の部分テキストデータＴ（４，３２）中の文
字が１６個より少ない場合には、足りない部分には予め
定めた文字（例えば文字Ａ）をダミーデータとして付加
すればよい。また、部分テキストデータＴ（ｉ，ｊ）の
長さは、１６文字以外の任意の長さでよいが、処理速度
を高めるためには、８文字の倍数が効率的である。
【００９０】更に、情報処理装置１０は、図７の１６文
字分の各部分テキストデータＴ（ｉ，ｊ）をそれぞれ所
定の変換テーブルに従って１２８（＝１６×８）ビット
のバイナリーデータ（数値データ）よりなる部分データ
Ａ（ｉ，ｊ）に変換する。本例ではその変換テーブルと
して、次のように部分テキストデータＴ（ｉ，ｊ）を単
にアスキーコードに変換する関数ａｓｃ（Ｔ（ｉ，
ｊ））を用いる。
【００９１】 Ａ（ｉ，ｊ）＝ａｓｃ（Ｔ（ｉ，ｊ）） …（１３） なお、図７にＴ（３，１１）の変換例で示すように、関
数ａｓｃ（Ｔ（ｉ，ｊ））は、部分テキストデータＴ
（ｉ，ｊ）の先頭の文字のコードが最下位桁となり、末
尾の文字のコードが最上位桁となるように変換を行う。
この際に、例えば最後の列の部分データＡ（ｉ，３２）
が１２８ビットにならないときには、その上位に予め定
めた文字コード、又は数値データの０（hex(000・・・))な
どのダミーデータが付加される。この結果、図８に示す
４行で、３２列の部分データＡ（ｉ，ｊ）が得られる。
また、部分データＡ（ｉ，ｊ）を対応するヌクレオチド
の配列方向に連続して配列したときの集合体（数値デー
タ）をバイナリーデータＢＮ１とする。図７の部分テキ
ストデータＴ（ｉ，ｊ）と図８の部分データＡ（ｉ，
ｊ）とは実質的に同じデータ量である。
【００９２】次に、本例では、部分データＡ（ｉ，ｊ）
をガロア体(Galois field)ＧＦ（２ m ）上の元のベクト
ル表示とみなして、部分データＡ（ｉ，ｊ）に対してガ
ロア体ＧＦ（２m ）上の所定の演算を施す。本例の部分
データＡ（ｉ，ｊ）は１２８ビットであるため、ｍの値
は１２８（６４の２倍）となり、ガロア体ＧＦ（２12 8)
が使用される。また、本例ではガロア体ＧＦ（２128)上
の既約多項式ＧＦ（Ｘ）及び生成元αとして次の式を使
用する。なお、ガロア体ＧＦ（２m ）は、拡大ガロア体
とも呼ばれることがある。
【００９３】 ＧＦ（Ｘ）＝１＋Ｘ121 ＋Ｘ126 ＋Ｘ127 ＋Ｘ128 …（１４） α＝Ｘ …（１５） ガロア体ＧＦ（２128)上のベクトル表示では、ＧＦ
（Ｘ）はbin(1110000100・・・01)となり、αはbin(00・・・0
010)となる。なお、生成元αとしては、（１＋Ｘ）など
も使用できる。また、ガロア体ＧＦ（２128)上の既約多
項式としては、例えば次の既約多項式ＧＦ’（Ｘ）も使
用でき、この既約多項式ＧＦ’（Ｘ）に対する生成元と
しては次のα’などを使用できる。
【００９４】 ＧＦ’（Ｘ）＝１+ Ｘ11+ Ｘ124+Ｘ125+Ｘ126+Ｘ127+Ｘ128 …（１４Ａ） α’＝１＋Ｘ＋Ｘ2 …（１５Ａ） また、多項式ＧＦ（Ｘ）が既約であることは、例えば文
献４（Van der Waerden, B. L. (1953), Modern Algebr
a(2 vols.), p.77，Ungar, New York）に記載してある
「Kroneckerの方法」で確認することができる。また、
ＧＦ（Ｘ）が既約であることは、実用的には、ウェブサ
イト３(http://archives.math.utk.edu/software/msdos
/number.theory/ubasic/.html)、又はウェブサイト４(h
ttp://www.rkmath.rikkyo.ac.jp/~kida/ubasic.htm )に
開示されている整数論研究用のソフトウェアである「UB
ASIC」中の組み込み関数「POLFACT2」を用いても確認す
ることができる。
【００９５】また、ガロア体ＧＦ（２m ）上の生成元α
は、ｋ＝２m −１ とおくと、既約多項式ＧＦ（Ｘ）を
法として、次の関係を満たす。 αk ＝１（ｍｏｄ ＧＦ（Ｘ）） …（１６） αk'≠１（ｍｏｄ ＧＦ（Ｘ））（１≦ｋ’＜ｋ） …（１７） そこで、素数ｐ１，ｐ２，…，ｐｒ及び整数ｎ１，ｎ
２，…，ｎｒを用いて、ｋが次のように因数分解できる
ものとする。
【００９６】 ｋ＝２m −１＝ｐ１n1・ｐ２n2・…・ｐｒnr …（１８） このとき、生成元αとは、既約多項式ＧＦ（Ｘ）を法と
して、αの（ｐ１n1-1・ｐ２n2・…・ｐｒnr）乗、（ｐ
１n1・ｐ２n2-1・…・ｐｒnr）乗、…、（ｐ１ n1・ｐ２
n2・…・ｐｒnr-1）乗が何れも１とならないものであれ
ばよい。また、ガロア体ＧＦ（２m ）上の任意の０以外
の元βについても（１６）式が成立するため、ｋ（＝２
m −１）を用いてβの逆元β-1は次のように計算するこ
とも可能である。
【００９７】 β-1＝βk-1 （ｍｏｄ ＧＦ（Ｘ）） …（１６Ｒ） 従って、例えば部分データＡ（ｉ，ｊ）をβで除算する
場合には、部分データＡ（ｉ，ｊ）にβk-1 を乗算すれ
ばよい次のステップ１０６において、情報処理装置１０
は、図８の各行（ｉ＝１〜４）の部分データＡ（ｉ，
ｊ）に対してガロア体ＧＦ（２128)上で、非配列方向
（ｊ＝１〜３２）に対する和である第１パリティ(Parit
y)Ｂ１（ｉ）、Σα(j-1)・Ａ（ｉ，ｊ）である第２パリ
ティＢ２（ｉ）、及びΣα2(j-1)・Ａ（ｉ，ｊ）である
第３パリティＢ３（ｉ）を計算する。これらの非配列方
向のパリティＢ１（ｉ）〜Ｂ３（ｉ）（第１組のパリテ
ィ情報）は、生成元αを用いて、かつ既約多項式ＧＦ
（Ｘ）を法として以下のように表すことができる。パリ
ティＢ１（ｉ）〜Ｂ３（ｉ）における記号（Σ）は係数
ｊに対する１〜３２の和を意味しており、以下の式は係
数ｉの１〜４の範囲で計算される。
【００９８】 Ｂ１（ｉ）＝ΣＡ（ｉ，ｊ）＝Ａ（ｉ，１） ＋Ａ（ｉ，２）＋…＋Ａ（ｉ，３２） …（１９） Ｂ２（ｉ）＝Σα(j-1)・Ａ（ｉ，ｊ）＝Ａ（ｉ，１） ＋α・Ａ（ｉ，２）＋…＋α31・Ａ（ｉ，３２） …（２０） Ｂ３（ｉ）＝Σα2(j-1)・Ａ（ｉ，ｊ）＝Ａ（ｉ，１） ＋α2・Ａ（ｉ，２）＋…＋α62・Ａ（ｉ，３２） …（２１） この場合、（１９）式のパリティＢ１（ｉ）のベクトル
表示は、部分データＡ（ｉ，ｊ）についてビット毎に排
他的論理和演算を行って得られる結果と同じである。ま
た、（２０）式、（２１）式のパリティＢ２（ｉ），Ｂ
３（ｉ）は、それぞれ部分データＡ（ｉ，ｊ）を（１）
式のように１２７次（ｍ＝１２８）以下の多項式で表し
て、既約多項式ＧＦ（Ｘ）を法として演算を行うことに
よって計算することができる。
【００９９】更に、情報処理装置１０は、図８の各列
（ｊ＝１〜３２）の部分データＡ（ｉ，ｊ）に対してガ
ロア体ＧＦ（２128)上で、配列方向（ｉ＝１〜４）に対
する和である第１パリティＣ１（ｊ）、Σα(i-1)・Ａ
（ｉ，ｊ）である第２パリティＣ２（ｊ）、及びΣα
2(i-1)・Ａ（ｉ，ｊ）である第３パリティＣ３（ｊ）を
計算する。これらの配列方向のパリティＣ１（ｊ）〜Ｃ
３（ｊ）（第２組のパリティ情報）は、生成元αを用い
て、かつ既約多項式ＧＦ（Ｘ）を法として以下のように
表すことができる。パリティＣ１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ）に
おける記号（Σ）は係数ｉに対する１〜４の和を意味し
ており、以下の式は係数ｊの１〜３２の範囲で計算され
る。
【０１００】 Ｃ１（ｊ）＝ΣＡ（ｉ，ｊ）＝Ａ（１，ｊ） ＋Ａ（２，ｊ）＋…＋Ａ（４，ｊ） …（２２） Ｃ２（ｊ）＝Σα(i-1)・Ａ（ｉ，ｊ）＝Ａ（１，ｊ） ＋α・Ａ（２，ｊ）＋…＋α3・Ａ（４，ｊ） …（２３） Ｃ３（ｊ）＝Σα2(i-1)・Ａ（ｉ，ｊ）＝Ａ（１，ｊ） ＋α2・Ａ（２，ｊ）＋…＋α6・Ａ（４，ｊ） …（２４） 部分データＡ（ｉ，ｊ）に対して実際にパリティＢ１
（ｉ）〜Ｂ３（ｉ）、及びパリティＣ１（ｊ）〜Ｃ３
（ｊ）を計算した結果のベクトル表示が、図８に１６進
数表示で示されている。この例においては、各行のパリ
ティＢ１（ｉ）〜Ｂ３（ｉ）、及び各列のパリティＣ１
（ｊ）〜Ｃ３（ｊ）はそれぞれ３個であるため、２つの
ヌクレオチドの配列の比較を行う場合に、各行及び各列
において、それぞれ３個までの部分データＡ（ｉ，ｊ）
の相違部の復元を正確に行うことができる。従って、各
行及び各列において、部分データＡ（ｉ，ｊ）の相違部
の位置の検出（特定）だけを行うと共に、相違部の復元
を１個だけ行えばよい場合には、パリティ情報として、
Ｂ１（ｉ）及びＣ１（ｊ）、又はＢ２（ｉ）及びＣ２
（ｊ）だけを使用（計算）するだけでもよい。後者のパ
リティＢ２（ｉ），Ｃ２（ｊ）だけを使用する場合に
は、例えば或る行又は列で２つの部分データＡ（ｉ，
ｊ）が入れ替わったような配列であっても、配列の相違
部の位置を検出できる利点がある。
【０１０１】また、各行及び各列において、それぞれ２
個までの部分データＡ（ｉ，ｊ）の相違部の復元を正確
に行うことができればよい場合には、第１組のパリティ
情報としてＢ１（ｉ），Ｂ２（ｉ），Ｂ３（ｉ）の何れ
か２つ、及び第２組のパリティ情報としてＣ１（ｊ），
Ｃ２（ｊ），Ｃ３（ｊ）の何れか２つだけを使用（計
算）するだけでもよい。また、各行と各列とで復元でき
る部分データの個数が違ってもよい場合には、第１組の
パリティ情報と第２組のパリティ情報とでパリティの個
数が違ってもよい。更に、各行又は各列において、それ
ぞれ４個以上の相違部の復元を正確に行うためには、例
えばΣαs(j-1)・Ａ（ｉ，ｊ）であるパリティＢｓ
（ｉ）（ｓ＝４，５，…）、又はΣαt(i-1)・Ａ（ｉ，
ｊ）であるパリティＣｔ（ｊ）（ｔ＝４，５，…）を計
算すればよい。
【０１０２】また、図８の部分データＡ（ｉ，ｊ）の配
列が実際には、６４行×１２８列であるとすると、図８
の例のように、各行及び各列で３個までの相違部の復元
を行う場合には、パリティＢ１（ｉ）〜Ｂ３（ｉ），Ｃ
１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ）はそれぞれ１２８ビット（１６バ
イト）であるため、全部のパリティ情報のデータ量は、
５７６・１６（＝（６４＋１２８）・３・１６）バイト
となる。一方、部分データＡ（ｉ，ｊ）のデータ量は、
８１９２・１６（＝６４・１２８・１６）バイトとな
る。従って、全部のパリティ情報のデータ量は、全部の
部分データ（ｉ，ｊ）に対してほぼ１／１４程度に減少
している。
【０１０３】次に図４のステップ１０７において、情報
処理装置１０は、標準試料Ｅの名前の情報、配列の数Ｎ
Ａ１、バイナリーデータＢＮ１、パリティＢ１（ｉ）〜
Ｂ３（ｉ），Ｃ１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ）を磁気ディスク装
置１７のワーキングファイル２０に記録する。この際
に、ワーキングファイル２０を複数のファイルとして、
バイナリーデータＢＮ１と、パリティＢ１（ｉ）〜Ｂ３
（ｉ），Ｃ１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ）とを別のファイルに記
録してもよい。更に、バイナリーデータＢＮ１と共に、
ステップ１０２で算出した要約値ＡＢ１をワーキングフ
ァイル２０に記録してもよい。
【０１０４】また、バイナリーデータＢＮ１が長いとき
には、バイナリーデータＢＮ１を複数のファイルに分割
して記録してもよい。更に、図７のテキストデータＴＸ
１（ひいては図８のバイナリーデータＢＮ１）がかなり
長い場合には、テキストデータＴＸ１を例えば数１００
ｋバイト程度を単位として複数のデータ群に分割し、各
データ群毎にパリティＢ１（ｉ）〜Ｂ３（ｉ），Ｃ１
（ｊ）〜Ｃ３（ｊ）を求めるようにしてもよい。
【０１０５】更に、ステップ１０７において、ＤＮＡ情
報の供給者は、ワーキングファイル２０に記録した情
報、即ち標準試料Ｅの名前の情報、配列の数ＮＡ１、バ
イナリーデータＢＮ１、パリティＢ１（ｉ）〜Ｂ３
（ｉ），Ｃ１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ）と、マスターファイル
１９に記録した要約値ＡＢ１，ＡＢＲ１の情報とを、Ｃ
Ｄ−Ｒ／ＲＷドライブ１５を介してＣＤ−Ｒ１６に記録
してもよい。このＣＤ−Ｒ１６から、更に多数のＣＤ−
ＲＯＭを作製してもよく、これらの記録媒体が郵送等に
よってユーザに販売される。
【０１０６】次の、ステップ１０８において、情報処理
装置１０は、標準試料Ｅの名前の情報、配列の数ＮＡ
１、配列ＳＴ１，ＳＢ１、要約値ＡＢ１、逆方向の配列
ＳＴＲ１，ＳＢＲ１、及び逆方向の要約値ＡＢＲ１を磁
気ディスク装置１７のコンテンツファイル２１に記録す
る。図７のテキストデータＴＸ１が仮に１００Ｍバイト
程度の膨大なものであっても、コンテンツファイル２１
に記録されるデータは５００バイト程度の僅かなもので
ある。更に、情報処理装置１０は、コンテンツファイル
２１中の情報を通信ネットワーク１を介してコンテンツ
のプロバイダ３に送信する。これによって、コンテンツ
ファイル２１中の情報はプロバイダ３のサーバ内の閲覧
可能なコンテンツファイル３１に記録されて、第３者が
インターネットを介して自由に閲覧できるようになる。
【０１０７】次のステップ１０９において、ＤＮＡ情報
の供給者は、ユーザから購入要求が来るのを待つ状態と
なる。そして、（ａ）ユーザから標準試料Ｅに対する簡
易データの要求があったときには、ステップ１１０に移
行して、情報処理装置１０は、磁気ディスク装置１７の
ワーキングファイル２０の中のパリティ情報（パリティ
Ｂ１（ｉ）〜Ｂ３（ｉ），Ｃ１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ））を
例えば電子メールの添付ファイルとしてそのユーザに送
信する。一方、ステップ１０９において、（ｂ）ユーザ
から完全データの要求があったときには、ステップ１１
１に移行して、情報処理装置１０は、ワーキングファイ
ル２０中のバイナリーデータＢＮ１をＺＩＰファイル等
の形式で圧縮し、この圧縮されたデータを例えば電子メ
ールの添付ファイルとしてそのユーザに送信する。この
際に必要に応じて、ハッシュ関数による要約値ＡＢ１を
同時に送信してもよい。本例によれば、簡易データ（パ
リティ情報）はデータ量が少ないために短時間で送信す
ることができる。
【０１０８】また、ステップ１０９において、ユーザ
は、必要に応じて部分データ、即ち図８の全部の部分デ
ータＡ（ｉ，ｊ）の内の所望のデータ、例えば２つの部
分データＡ（４，１６）及びＡ（１，１７）のみをその
供給者から購入するようにしてもよい。これによって、
必要な正確なデータのみを短時間に入手することができ
る。
【０１０９】次に、ＤＮＡ情報のユーザ（図１のコンピ
ュータシステム２Ｂの所有者とする）側では、図５のス
テップ１２１において、図１の通信ネットワーク１（イ
ンターネット）を介してプロバイダ３のサーバ内のコン
テンツファイル３１の内容を閲覧し、その中からステッ
プ１０８で供給者（図１のコンピュータシステム２Ａ）
から送信された情報、即ち標準試料Ｅの名前の情報、ヌ
クレオチドの配列の数ＮＡ１、配列ＳＴ１，ＳＢ１、要
約値ＡＢ１、逆方向の配列ＳＴＲ１，ＳＢＲ１、及び逆
方向の要約値ＡＢＲ１を読み取り、読み取った情報をコ
ンピュータシステム２Ｂ内の記憶装置の一時ファイルに
記録する。
【０１１０】次の、ステップ１２２において、そのユー
ザは、不図示のＤＮＡのシーケンサーを用いて、標準試
料Ｅと同じ種類で検査対象の試料ＦのＤＮＡ中の一方の
一列のヌクレオチドの配列を読み取り、読み取られた配
列を示すテキストデータＴＸ２（アスキーコードとす
る）をコンピュータシステム２Ｂ内の情報処理装置に取
り込む。その検査対象の試料Ｆとは、例えば突然変異を
起こしていると思われる大腸菌であり、そのテキストデ
ータＴＸ２は、標準試料ＥのテキストデータＴＸ１と同
様に最初から２０４８個までのヌクレオチドの配列を示
すものとする。
【０１１１】試料ＦのＤＮＡ配列は配列番号２に示され
ている。後述の図９のテキストデータは、配列番号２の
配列から数字データを除いて、ａ，ｇ，ｃ，ｔの文字を
それぞれＡ，Ｇ，Ｃ，Ｔで置き換えたものに相当する。
図９は、その試料ＦのＤＮＡのヌクレオチドの配列に対
応するテキストデータＴＸ２を示し、この図９の配列の
内のアンダーラインを付した部分のみが、図７の標準試
料Ｅの配列と異なっている。即ち、試料Ｆの配列は、標
準試料Ｅの部分テキストデータＴ（４，１６），Ｔ
（１，１７）の部分だけが以下のように異なっている。
なお、この段階では、ユーザは、試料Ｆの配列と標準試
料Ｅの配列とのどの部分が相違しているのかは分からな
い。
【０１１２】 そして、ユーザのコンピュータシステム２Ｂ側の情報処
理装置においても、ＤＮＡの配列情報を処理するための
アプリケーション・プログラムが起動されている。そし
て、その情報処理装置は、ステップ１２３において、読
み取られたテキストデータＴＸ２に上記のＭＤ５ハッシ
ュ関数を施して１２８ビットの要約値ＡＢ２を求めると
共に、そのヌクレオチドの配列の数ＮＡ２、及び先頭と
末尾との８個ずつのヌクレオチドの配列ＳＴ２，ＳＢ２
を求め、これらを内部の記憶装置の第１データファイル
に記録する。テキストデータＴＸ２（図９）に対する具
体的な値は下記の通りである。
【０１１３】 ＡＢ２＝hex(1457b51222a83c3222e87cb4d4e63305) …（２５） ＮＡ２＝２０４８ ＳＴ２＝ＡＧＣＴＴＴＴＣ，ＳＢ２＝ＣＧＣＧＡＡＧＧ 次のステップ１２４において、情報処理装置は、試料Ｆ
の配列数ＮＡ２と標準試料Ｅの配列数ＮＡ１とが等しい
かどうかを調べ、両者が異なっている場合には、ユーザ
はステップ１２５に移行して、別のＤＮＡ情報を検索
し、ＮＡ２と同じ配列数のＤＮＡ情報をサーチする。本
例では、ステップ１２４において、ＮＡ２＝ＮＡ１であ
るため、動作はステップ１２６に移行して、試料Ｆの先
頭と末尾との一部の配列ＳＴ２，ＳＢ２が、標準試料Ｅ
の配列ＳＴ１，ＳＢ１と等しいかどうか、更に試料Ｆの
要約値ＡＢ２が標準試料Ｅの要約値ＡＢ１（ステップ１
２１で一時ファイルに記録されている）と等しいかどう
かを調べる。これらが共に等しい場合には、試料Ｆの配
列と標準試料Ｅの配列とは非常に高い確率（ほぼ１／２
128 ≒１／１０38程度の確率）で一致しているとみなす
ことができる。従って、ステップ１２７に移行して、コ
ンピュータシステム２Ｂの情報処理装置は、その第１デ
ータファイルに「試料ＦのＤＮＡ構造は、標準試料Ｅの
ＤＮＡ構造と同一である。」との情報を記録する。
【０１１４】但し、本例では、ＳＴ２＝ＳＴ１，ＳＢ２
＝ＳＢ１が成立するが、（１１）式及び（２５）式より
ＡＢ２≠ＡＢ１であるため、動作はステップ１２６から
ステップ１２８に移行して、その情報処理装置は、試料
Ｆの先頭と末尾との一部の配列ＳＴ２，ＳＢ２が、標準
試料Ｅを逆に並べた配列の一部の配列ＳＴＲ１，ＳＢＲ
１と等しいかどうか、更に試料Ｆの要約値ＡＢ２が標準
試料Ｅを逆に並べた配列の要約値ＡＢＲ１と等しいかど
うかを調べる。これらが共に等しい場合には、試料Ｆの
配列と標準試料Ｅを逆に並べた配列とは非常に高い確率
で一致しているとみなすことができる。従って、ステッ
プ１３９に移行して、コンピュータシステム２Ｂの情報
処理装置は、その第１データファイルに「試料ＦのＤＮ
Ａ構造は、標準試料ＥのＤＮＡ構造に対して回文（pali
ndrome）の関係にある。」との情報を記録する。
【０１１５】本例では、ＳＴ２≠ＳＴＲ２，ＳＢ２≠Ｓ
ＢＲ２、かつ（１２）式及び（２５）式よりＡＢ２≠Ａ
ＢＲ１であるため、動作はステップ１２８からステップ
１２９に移行して、そのユーザは、通信ネットワーク１
（インターネット）を介してＤＮＡ情報の供給者から上
記の簡易データ、即ち標準試料Ｅのパリティ情報（Ｂ１
（ｉ）〜Ｂ３（ｉ），Ｃ１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ））（図８
の情報）を購入し、購入した情報をコンピュータシステ
ム２Ｂ（情報処理装置）内の記憶装置の第２データファ
イルに記録する。
【０１１６】次に、図６のステップ１３０において、コ
ンピュータシステム２Ｂの情報処理装置は、図９に示す
ように、試料ＦのテキストデータＴＸ２を配列方向（ヌ
クレオチドの配列方向）にＮ行で、非配列方向にＭ列の
１６文字の長さの部分テキストデータＴＦ（ｉ，ｊ）
（ｉ＝１〜Ｎ，ｊ＝１〜Ｍ）に分割する。分割数Ｎ，Ｍ
は標準試料Ｅの分割数と同じであり、本例では、Ｎ＝
４，Ｍ＝３２である。更に、情報処理装置は、図９の各
部分テキストデータＴＦ（ｉ，ｊ）を次のようにテキス
トデータを単にアスキーコードに変換する関数ａｓｃ
（ＴＦ（ｉ，ｊ））を用いて、１２８（＝１６・８）ビ
ットのバイナリーデータ（数値データ）よりなる部分デ
ータＡＦ（ｉ，ｊ）に変換する。この場合にも、部分テ
キストデータＴＦ（ｉ，ｊ）の文字列は反転してアスキ
ーコード列に変換される。
【０１１７】 ＡＦ（ｉ，ｊ）＝ａｓｃ（ＴＦ（ｉ，ｊ）） …（２６） この結果、図１０に示す４行で、３２列の部分データＡ
Ｆ（ｉ，ｊ）が得られる。また、部分データＡＦ（ｉ，
ｊ）を連続して配列した集合体（数値データ）をバイナ
リーデータＢＮ２とする。次に、情報処理装置は、ステ
ップ１０６の動作と同様にして、図１０の各行（ｉ＝１
〜４）の部分データＡＦ（ｉ，ｊ）に対してガロア体Ｇ
Ｆ（２128)上で、非配列方向（ｊ＝１〜３２）に対する
和である第１パリティ(Parity)Ｂ１Ｆ（ｉ）、Σα
(j-1)・ＡＦ（ｉ，ｊ）である第２パリティＢ２Ｆ
（ｉ）、及びΣα2(j- 1)・ＡＦ（ｉ，ｊ）である第３パ
リティＢ３Ｆ（ｉ）を計算する。これらの非配列方向の
パリティＢ１Ｆ（ｉ）〜Ｂ３Ｆ（ｉ）（第１組のパリテ
ィ情報）は、（１５）式の生成元αを用いて、かつ（１
４）式の既約多項式ＧＦ（Ｘ）を法として（１９）式〜
（２１）式と同様に、係数ｉについて１〜４の範囲で計
算される。
【０１１８】次に、その情報処理装置は、図１０の各列
（ｊ＝１〜３２）の部分データＡＦ（ｉ，ｊ）に対して
ガロア体ＧＦ（２128)上で、配列方向（ｉ＝１〜４）に
対する和である第１パリティＣ１Ｆ（ｊ）、Σα(i-1)・
ＡＦ（ｉ，ｊ）である第２パリティＣ２Ｆ（ｊ）、及び
Σα2(i-1)・ＡＦ（ｉ，ｊ）である第３パリティＣ３Ｆ
（ｊ）を計算する。これらの配列方向のパリティＣ１
（ｊ）〜Ｃ３（ｊ）（第２組のパリティ情報）も、（１
５）式の生成元αを用いて、かつ（１４）式の既約多項
式ＧＦ（Ｘ）を法として（２２）式〜（２４）式と同様
に、係数ｊについて１〜３２の範囲で計算される。
【０１１９】部分データＡＦ（ｉ，ｊ）に対して実際に
パリティＢ１Ｆ（ｉ）〜Ｂ３Ｆ（ｉ）、及びパリティＣ
１Ｆ（ｊ）〜Ｃ３Ｆ（ｊ）を計算した結果のベクトル表
示が、図１０に１６進数表示で示されている。次に、ス
テップ１３１において、その情報処理装置は、供給者か
ら購入した簡易データの２組のパリティ、即ち図８（標
準試料Ｅ）の２組のパリティＢ１（ｉ）〜Ｂ３（ｉ），
Ｃ１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ）と、図１０（試料Ｆ）の２組の
パリティＢ１Ｆ（ｉ）〜Ｂ３Ｆ（ｉ），Ｃ１Ｆ（ｊ）〜
Ｃ３Ｆ（ｊ）とを比較して、相違するパリティをサーチ
する。本例では、図８（標準試料Ｆ）に対して図１０
（試料Ｆ）のｉ＝１，４の非配列方向のパリティＢ１Ｆ
（１）〜Ｂ３Ｆ（１），Ｂ１Ｆ（４）〜Ｂ３Ｆ（４）
と、ｊ＝１６，１７の配列方向のパリティＣ１Ｆ（１
６）〜Ｃ３Ｆ（１６），Ｃ１Ｆ（１７）〜Ｃ３Ｆ（１
７）とが異なっている。なお、各行のパリティＢ１Ｆ
（ｉ）〜Ｂ３Ｆ（ｉ）、又は各列のパリティＣ１Ｆ
（ｊ）〜Ｃ３Ｆ（ｊ）において、１つでもパリティが異
なっていれば、その行又は列のパリティが異なっている
とみなすことができる。
【０１２０】従って、図１０（試料Ｆ）の部分データＡ
Ｆ（ｉ，ｊ）において、ｉ＝１，４の行とｊ＝１６，１
７の列との交点に位置する４つの部分データＡＦ（１，
１６），ＡＦ（４，１６），ＡＦ（１，１７），ＡＦ
（４，１７）が図８（標準試料Ｅ）と相違すると特定で
きる。また、これ以外の試料Ｆの部分データＡＦ（ｉ，
ｊ）は標準試料Ｅの部分データＡ（ｉ，ｊ）とほぼ同一
であるとみなすことができる。
【０１２１】また、図１１は、主に図１０の試料Ｆのデ
ータ中から図８と異なるパリティＢ１Ｆ（１）〜Ｂ３Ｆ
（１），Ｂ１Ｆ（４）〜Ｂ３Ｆ（４），Ｃ１Ｆ（１６）
〜Ｃ３Ｆ（１６），Ｃ１Ｆ（１７）〜Ｃ３Ｆ（１７）を
取り出して表示したものである。また、図１１において
図８と異なる部分データＡＦ（１，１６），ＡＦ（４，
１６），ＡＦ（１，１７），ＡＦ（４，１７）の位置
に、復元すべきデータＸ１，Ｘ２，Ｙ１，Ｙ２を表示し
ている。この復元すべきデータＸ１，Ｘ２，Ｙ１，Ｙ２
はそれぞれ図８（標準試料Ｅ）の部分データＡ（１，１
６），Ａ（４，１６），Ａ（１，１７），Ａ（４，１
７）である。
【０１２２】次のステップ１３２において、その情報処
理装置は、図１０の部分データＡＦ（ｉ，ｊ）中で図８
の部分データＡ（ｉ，ｊ）と相違する部分データ（ＡＦ
（ｉ’，ｊ’）とする）は、各行、又は各列に多くとも
３つかどうかを調べる。これが成立する場合には、その
部分データＡＦ（ｉ’，ｊ’）に対応する標準試料Ｅの
部分データＡ（ｉ’，ｊ’）は、ガロア体ＧＦ（２128)
上で連立方程式を解くことによって正確に求める（復元
する）ことができる。本例では、それが成立する、即ち
相違する変換データは、第１行、第４行に２つずつで、
かつ第１６列、第１７列に２つずつであるため、動作は
ステップ１３３に移行する。そして、その情報処理装置
は、２組の相違するパリティ、及び試料Ｆの相違する部
分データＡＦ（ｉ’，ｊ’）を用いて、図１２のフロー
チャートに従って対応する標準試料Ｅの部分データＡ
（ｉ’，ｊ’）（Ｘ１，Ｘ２，Ｙ１，Ｙ２）を復元す
る。図１２の計算は、全てガロア体ＧＦ（２128)上で実
行される。
【０１２３】この場合、図１１において、第１６列の未
知数Ｘ１，Ｘ２は２つであるため、第１６列の２つのパ
リティＣ１Ｆ（１６），Ｃ２Ｆ（１６）と、対応する図
８の２つのパリティＣ１（１６），Ｃ２（１６）と、未
知数Ｘ１，Ｘ２に対応する試料Ｆの部分データＡＦ
（１，１６），ＡＦ（４，１６）とを用いて２元１次連
立方程式を組み立てる。即ち、パリティＣ１（１６），
Ｃ１Ｆ（１６）に対する計算式は図１２のステップ１４
１の（Ｇ１）式、（Ｇ２）式となる。また、（１５）式
の生成元αを用いて、パリティＣ２（１６），Ｃ２Ｆ
（１６）に対する計算式はステップ１４２の（Ｇ３）
式、（Ｇ４）式となる。
【０１２４】次に、（Ｇ１）式から（Ｇ２）式を引き、
（Ｇ３）式から（Ｇ４）式を引くことで、それぞれステ
ップ１４３の（Ｇ５）式、（Ｇ６）式が得られる。（Ｇ
５）式、（Ｇ６）式の右辺をそれぞれＣ１Ｘ，Ｃ２Ｘと
することで、２元１次連立方程式が得られる。そこで、
これを解くことによって、未知数Ｘ１，Ｘ２はそれぞれ
ステップ１４４の（Ｇ７）式で表すことができる。これ
を実際に解いた結果、Ｘ１，Ｘ２は次のようになる（図
１１参照）。なお、未知数が３個であれば、第３パリテ
ィＣ３（１６），Ｃ３Ｆ（１６）なども用いて、３元１
次連立方程式を解けばよく、未知数が１個であれば、例
えば第１パリティＣ１（１６），Ｃ１Ｆ（１６）などを
用いるだけでよい。
【０１２５】 Ｘ１＝hex(43475447474347544347544354434154) …（２７） Ｘ２＝hex(47545447434147474341474754545441) …（２８） 更に、アスキーコード列を文字列に変換する関数ｃｈｒ
（）を用いて、この数値データを文字列に変換すると次
のようになる（図１１参照）。この関数ｃｈｒ（）は、
上記の関数ａｓｃ（）と対称に、アスキーコード列を１
バイト単位で最大桁のコードが末尾の文字となり、最小
桁のコードが先頭の文字になるように反転して文字列に
変換する。
【０１２６】 ｃｈｒ（Ｘ１）＝TACTCTGCTGCGGTGC ＝Ｔ（１，１６）＝ＴＦ（１，１６） …（２９） ｃｈｒ（Ｘ２）＝ATTTGGACGGACGTTG＝Ｔ（４，１６） …（３０） これより、標準試料Ｅの部分テキストデータＴ（１，１
６）と試料Ｆの部分テキストデータＴＦ（１，１６）と
は等しく、部分テキストデータＴ（４，１６）だけが部
分テキストデータＴＦ（４，１６）（図９参照）と異な
ることが分かる。
【０１２７】次に、図１１において、第１７列の未知数
Ｙ１，Ｙ２についても、第１７列の２つのパリティＣ１
Ｆ（１７），Ｃ２Ｆ（１７）と、対応する図８の２つの
パリティＣ１（１７），Ｃ２（１７）と、未知数Ｙ１，
Ｙ２に対応する試料Ｆの部分データＡＦ（１，１７），
ＡＦ（４，１７）とを用いて、図１２のステップ１４５
の（Ｇ８）式、（Ｇ９）式よりなる２元１次連立方程式
が得られる。これを解くことによって、未知数Ｙ１，Ｙ
２はそれぞれステップ１４６の（Ｇ１０）式で表すこと
ができる。これを実際に解いた結果、Ｙ１，Ｙ２は次の
ようになる（図１１参照）。
【０１２８】 Ｙ１＝hex(47544343415441544354474747474341) …（３１） Ｙ２＝hex(41544343544754414743544741414754) …（３２） 更に、この数値データ（アスキーコード列）を文字列に
変換すると次のようになる（図１１参照）。 ｃｈｒ（Ｙ１）＝ACGGGGTCTATACCTG＝Ｔ（１，１７） …（３３） ｃｈｒ（Ｙ２）＝TGAAGTCGATGTCCTA ＝Ｔ（４，１７）＝ＴＦ（４，１７） …（３４） これより、標準試料Ｅの部分テキストデータＴ（４，１
７）と試料Ｆの部分テキストデータＴＦ（４，１７）と
は等しく、部分テキストデータＴ（１，１７）だけが部
分テキストデータＴＦ（１，１７）（図９参照）と異な
ることが分かる。また、本例の方法によって未知数Ｘ
１，Ｘ２，Ｙ１，Ｙ２、即ち標準試料Ｅの部分データＡ
（１，１６），Ａ（４，１６），Ａ（１，１７），Ａ
（４，１７）が正確に復元できていることが分かる。な
お、部分データＡ（１，１６），Ａ（４，１７）は、そ
れぞれ部分データＡＦ（１，１６），ＡＦ（４，１７）
と同一であるため、復元されたデータとみなす必要はな
い。
【０１２９】次のステップ１３４において、その情報処
理装置は、復元された部分データＡ（ｉ’，ｊ’）、即
ちＡ（４，１６），Ａ（１，１７）で、図１０の試料Ｆ
のバイナリーデータＢＮ２中の対応する部分データＡＦ
（４，１６），ＡＦ（１，１７）を置き換えた後、この
置き換えによって得られるバイナリーデータＢＮ２をテ
キストデータＴＸ１’に逆変換する。更に情報処理装置
は、そのテキストデータＴＸ１’よりＭＤ５ハッシュ関
数を用いて１２８ビットの要約値ＡＢ１’を算出し、こ
の要約値ＡＢ１’が標準試料Ｅの要約値ＡＢ１（ステッ
プ１２１で一時ファイルに記録されている）と等しいか
どうかを確認する。本例では、ＡＢ１’＝ＡＢ１が成立
するが、例えば図１０の試料Ｆの部分データＡＦ（ｉ，
ｊ）中の相違する部分のデータの状態によって、その相
違がパリティ情報に反映されないような場合には、その
相違する部分の位置がステップ１３２で正確に検出され
ない可能性がある。このような場合に、ＡＢ１’≠ＡＢ
１となったときには、ステップ１３５に移行すればよ
い。通常は、ＡＢ１’＝ＡＢ１が成立して、動作はステ
ップ１３８に移行して、情報処理装置は、上記の第１デ
ータファイルに「試料Ｆの配列と標準試料Ｅの配列との
内で相違する部分の位置（ｉ’，ｊ’）、及び相違する
部分テキストデータの対」の情報を記録する。本例で
は、位置（ｉ’，ｊ’）として位置（４，１６），
（１，１７）が、相違する部分テキストデータの対とし
てＡ（４，１６），ＡＦ（４，１６）及びＡ（１，１
７），ＡＦ（１，１７）が記録される。
【０１３０】一方、ステップ１３２において、相違する
部分データＡＦ（ｉ’，ｊ’）の個数が４個以上の行、
又は列が存在する場合には、その行又は列での部分デー
タの正確な復元は困難である。そこで、動作はステップ
１３５に移行して、そのユーザはそのＤＮＡ情報の供給
者から標準試料Ｅの完全データ、即ち図８のバイナリー
データＢＮ１を通信ネットワーク１（インターネット）
を介して購入し、コンピュータシステム２Ｂの情報処理
装置は、そのバイナリーデータＢＮ１を記憶装置の第３
データファイルに記録する。
【０１３１】次のステップ１３６において、その情報処
理装置は、そのバイナリーデータＢＮ１をテキストデー
タＴＸ１’に逆変換し、そのテキストデータＴＸ１’よ
りＭＤ５ハッシュ関数を用いて１２８ビットの要約値Ａ
Ｂ１’を算出し、この要約値ＡＢ１’が標準試料Ｅの要
約値ＡＢ１（ステップ１２１で一時ファイルに記録され
ている）と等しいかどうかを確認する。通常は、ＡＢ
１’＝ＡＢ１が成立するが、例えば通信エラー等によっ
て送信されたバイナリーデータＢＮ１の中にエラーが生
じている場合には、ＡＢ１’≠ＡＢ１となる。このとき
には、例えば供給者に完全データの再送信を要請する等
の対処を行う。そして、ステップ１３６でＡＢ１’＝Ａ
Ｂ１が成立するときには、ステップ１３７に移行して情
報処理装置は、標準試料ＥのバイナリーデータＢＮ１中
で、試料Ｆの相違している部分データＡＦ（ｉ’，
ｊ’）に対応する部分データＡ（ｉ’，ｊ’）を求め
る。その後、動作はステップ１３８に移行する。
【０１３２】なお、上記のステップ１３５では、ユーザ
はＤＮＡ情報の供給者から完全データ（バイナリーデー
タＢＮ１）を購入しているが、別の方法として、ステッ
プ１３１で特定された相違する部分データＡＦ（ｉ’，
ｊ’）に対応する標準試料Ｅの部分データＡ（ｉ’，
ｊ’）のみを購入してもよい。これによって、通信コス
トを大幅に低減できる。
【０１３３】このように本例のビジネスモデルによれ
ば、第１段階として標準試料Ｅのパリティ情報（Ｂ１
（ｉ）〜Ｂ３（ｉ），Ｃ１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ））を購入
している。次に、このパリティ情報と試料Ｆのパリティ
情報（Ｂ１Ｆ（ｉ）〜Ｂ３Ｆ（ｉ），Ｃ１Ｆ（ｊ）〜Ｃ
３Ｆ（ｊ））とを比較して、相違する部分データＡＦ
（ｉ，ｊ）の個数が少ない場合には、対応する標準試料
Ｅの部分データＡ（ｉ，ｊ）を復元することとして、相
違する部分データの個数が多い場合に、完全データ、又
は相違する部分データのみを購入している。従って、初
めから膨大な完全データを購入する必要がなく、通信時
間を短縮できると共に、情報処理コストを低減できる。
【０１３４】また、本例のパリティ情報を用いれば、Ｓ
ＮＰ（一塩基変位多型：Single Nucleotide Polymorphi
sm) のように所定の範囲内で１つのヌクレオチド（塩
基）だけが異なっているような異常は、容易にその位置
の検出、及び復元を行うことができる。なお、上記の実
施の形態では、ＤＮＡ情報のユーザは、ステップ１２１
において、コンテンツファイルより標準試料Ｅの配列Ｓ
Ｔ１，ＳＢ１、要約値ＡＢ１、及び配列ＳＴＲ１，ＳＢ
Ｒ１、要約値ＡＢＲ１を読み取って、ステップ１２２〜
１２８において、標準試料Ｅと試料Ｅとの同一性の判定
を行って、両者が異なる場合に標準試料Ｅのパリティ情
報（簡易データ）を購入している。しかしながら、標準
試料Ｅと試料Ｆとは通常はいくらかは異なっていると考
えられるため、このような要約値ＡＢ１等の読み取りか
ら２つの試料の同一性の判定までの動作を省略して、す
ぐにステップ１２９に移行して、ＤＮＡ情報の供給者か
ら標準試料Ｅのパリティ情報（簡易データ）を購入する
ようにしてもよい。
【０１３５】なお、上記の実施の形態では、図８に示す
ように、第１組のパリティ情報（Ｂ１（ｉ）〜Ｂ３
（ｉ））と第２組のパリティ情報（Ｃ１（ｊ）〜Ｃ３
（ｊ））とは同じ個数である。しかしながら、図８の例
のように部分データＡ（ｉ，ｊ）の配列方向の個数（４
個）が非配列方向の個数（３２個）よりも少ない場合に
は、パリティ情報の全体の情報量を少なくするために、
配列方向のパリティ情報として例えばＣ１（ｊ）、Ｃ２
（ｊ）、又はＣ１（ｊ）及びＣ２（ｊ）のみを使用する
というように、第２組のパリティ情報を第１組のパリテ
ィ情報よりも少なくしてもよい。このようにしても、標
準試料Ｅと試料Ｆとの相違部は正確に検出できると共
に、ＳＮＰのような部分的に生じる相違部は正確に復元
することができる。
【０１３６】また、図８（図７）の例のように部分デー
タＡ（ｉ，ｊ）の配列方向の個数が非配列方向の個数よ
りも少ない場合には、その配列方向をディスプレイの横
方向（水平方向）に合わせて表示し、非配列方向にスク
ロールすることによって、部分データＡ（ｉ，ｊ）及び
パリティ情報を作業性の良好な状態で表示することがで
きる。この場合でも、部分データＡ（ｉ，ｊ）をｍビッ
トとすると、その非配列方向の個数は、（２m −１）／
４ 以下であることが望ましい。これによって、非配列
方向のパリティ情報として異なる４個のパリティ情報を
計算できるため、通常の部分的に生じる相違部は正確に
復元することができる。
【０１３７】次に、上記の実施の形態では、ステップ１
０５において、図７の標準試料ＥのテキストデータＴＸ
１を図８の同じデータ量の部分データＡ（ｉ，ｊ）の配
列に変換し、この配列からパリティ情報を求めている。
その代わりに、データ量を減少させるために、図７の標
準試料ＥのテキストデータＴＸ１を表１の変換テーブル
（１つのヌクレオチドを２ビットのデータで表すテーブ
ル）を用いてデータ量が１／４のバイナリーデータ（数
値データ）に変換し、このバイナリーデータを配列方
向、及び非配列方向に分割して、部分データの配列を作
成してもよい。
【０１３８】図１３は、そのようにして得られたヌクレ
オチドの配列方向に５行で、非配列方向に１３列の６４
ビット（８バイト）ずつの部分データＢ（ｉ，ｊ）（ｉ
＝１〜５，ｊ＝１〜１３）の配列を１６進数表示で示
し、この図１３の各部分データＢ（ｉ，ｊ）は、それぞ
れ図７の標準試料Ｅ中の３２個のヌクレオチドの配列に
対応している。なお、この配列では、最後の部分データ
Ｂ（５，１３）に対応する図７の標準試料Ｅは存在しな
いため、その部分データＢ（５，１３）にはhex(000・・・
000)よりなるダミーデータが付加されている。
【０１３９】この場合には、ステップ１０６に対応し
て、図１３の６４ビットの各部分データＢ（ｉ，ｊ）を
ガロア体ＧＦ（２64）（ｍ＝６４）上の元のベクトル表
示とみなして、部分データＢ（ｉ，ｊ）に対してガロア
体ＧＦ（２64）上の所定の演算を施す。ガロア体ＧＦ
（２64）上の既約多項式ＧＦ（Ｘ）及び生成元αとして
は次の式を使用することができる。
【０１４０】 ＧＦ（Ｘ）＝１＋Ｘ5 ＋Ｘ23＋Ｘ43＋Ｘ64 …（３５） α＝Ｘ …（３６） また、ガロア体ＧＦ（２64）上の既約多項式としては、
例えば次の既約多項式ＧＦ’（Ｘ）も使用でき、この既
約多項式ＧＦ’（Ｘ）に対する生成元としては次のα’
などを使用できる。
【０１４１】 ＧＦ’（Ｘ）＝１＋Ｘ7 ＋Ｘ62＋Ｘ63＋Ｘ64 …（３５Ａ） α’＝１＋Ｘ …（３６Ａ） そして、図１の情報処理装置１０は、図１３の各行（ｉ
＝１〜５）の部分データＢ（ｉ，ｊ）に対してガロア体
ＧＦ（２64）上で、非配列方向（ｊ＝１〜１３）に対す
る和である第１パリティ(Parity)Ｂ１Ｂ（ｉ）、Σα
(j-1)・Ｂ（ｉ，ｊ）である第２パリティＢ２Ｂ（ｉ）、
及びΣα2(j-1)・Ｂ（ｉ，ｊ）である第３パリティＢ３
Ｂ（ｉ）を計算する。これらの計算式は、（１９）式〜
（２１）式に対応しており、この第１組のパリティ情報
（Ｂ１Ｂ（ｉ）〜Ｂ３Ｂ（ｉ））はそれぞれ６４ビット
である。
【０１４２】更に、情報処理装置１０は、図１３の各列
（ｊ＝１〜１３）の部分データＢ（ｉ，ｊ）に対してガ
ロア体ＧＦ（２64）上で、配列方向（ｉ＝１〜５）に対
する和である第１パリティＣ１Ｂ（ｊ）、Σα(i-1)・Ｂ
（ｉ，ｊ）である第２パリティＣ２Ｂ（ｊ）、及びΣα
2(i-1)・Ｂ（ｉ，ｊ）である第３パリティＣ３Ｂ（ｊ）
を計算する。これらの計算式は、（２２）式〜（２４）
式に対応しており、この第２組のパリティ情報（Ｃ１Ｂ
（ｊ）〜Ｃ３Ｂ（ｊ））もそれぞれ６４ビットである。
【０１４３】この場合、２組のパリティ情報（Ｂ１Ｂ
（ｉ）〜Ｂ３Ｂ（ｉ），Ｃ１Ｂ（ｊ）〜Ｃ３Ｂ（ｊ））
のデータ量は、図８のパリティ情報（Ｂ１（ｉ）〜Ｂ３
（ｉ），Ｃ１（ｊ）〜Ｃ３（ｊ））に比べてほぼ１／４
に少なくできる。従って、パリティ情報を通信回線を介
して更に短時間で送信することができると共に、記録媒
体に記録する場合にも、低容量の記録媒体を使用でき
る。
【０１４４】この場合には、ユーザ側で図９の試料Ｆの
パリティ情報を計算する場合にも、同様にその試料Ｆの
テキストデータを表１に従って１／４のデータ量の部分
データの配列に変換した後、ガロア体ＧＦ（２64）上の
演算によって第１組及び第２組のパリティ情報を計算す
ればよい。この後の相違するデータの位置の特定、及び
元のデータの復元は上記の実施の形態と同様に行うこと
ができる。
【０１４５】なお、上記の実施の形態では、ＤＮＡ又は
ＲＮＡを構成するヌクレオチドは４種類であるため、テ
キストデータＴＸ１を少ないデータ量のバイナリーデー
タに変換する際に、表１に示すように各ヌクレオチドを
２ビットのデータで表している。これに対して、ヌクレ
オチド（又は塩基）を表すテキストデータとして、以下
のような１６種類の文字ａ〜ｎ（８ビットのアスキーデ
ータ）が使用されることがある。
【０１４６】 《表２》 ａ アデニン（アデニンを含むヌクレオチドと同義、以下同様） ｃ シトシン ｇ グアニン ｔ チミン ｕ ウラシル ｍ アデニン、又はシトシン ｒ グアニン、又はアデニン ｗ アデニン、又はチミン（若しくはウラシル） ｓ グアニン、又はシトシン ｙ チミン（若しくはウラシル）、又はシトシン ｋ グアニン、又はチミン（若しくはウラシル） ｖ アデニン、グアニン、又はシトシン ｈ アデニン、シトシン、又はチミン（若しくはウラシル） ｄ アデニン、グアニン、又はチミン（若しくはウラシル） ｂ グアニン、シトシン、又はチミン（若しくはウラシル） ｎ （アデニン、シトシン、グアニン、又はチミン（若しくはウラシル）） 又は（不明若しくは他の塩基）。
【０１４７】この場合には、これら１６種類の文字を互
いに異なる４ビットのコードに変換し、このコードを用
いてテキストデータを数値データ（バイナリーデータ）
に変換してもよい。これによって、データ量を１／２に
することができる。また、将来的にヌクレオチド（塩
基）の種類が増加したような場合には、これらのヌクレ
オチドを５ビット、又は６ビットのデータで表現するよ
うにしてもよい。
【０１４８】また、上記の実施の形態では、図７及び図
９のヌクレオチドの配列を示すテキストデータよりハッ
シュ関数によって要約値を算出しているが、情報量とし
ては、それらのテキストデータは例えば表１に従って変
換したバイナリーデータ（数値データ）と等価である。
従って、これらの変換後のバイナリーデータよりハッシ
ュ関数によってそれぞれ要約値を算出し、これらの算出
結果同士を比較するようにしてもよい。そのバイナリー
データのデータ量はテキストデータに対して１／４程度
であるため、要約値を算出する時間が短縮できる利点が
ある。
【０１４９】なお、上記の実施の形態では、ＤＮＡ又は
ＲＮＡ中のヌクレオチドの配列（又は塩基の配列）の情
報を処理対象としているが、本発明は、遺伝子を形成す
るヌクレオチドの配列の情報を処理する場合にも適用で
きることは言うまでもない。次に、本発明の実施の形態
の他の例につき説明する。本例は、タンパク質又はペプ
チドを構成するアミノ酸（生物学的物質）の配列情報を
処理する場合に本発明を適用したものである。
【０１５０】本例でも基本的に図１のコンピュータシス
テム２Ａを使用できるが、ＤＮＡのシーケンサー４の代
わりに、タンパク質のアミノ酸の配列を決定する配列読
み取り装置としてのタンパク質用のシーケンサー（prot
ein Sequencer)が情報処理装置１０に接続される点が異
なっている。なお、その配列読み取り装置としては、ア
ミノ酸の配列のデータベースも使用できる。本例でも、
例えば新規の試料Ｇのタンパク質のアミノ酸の配列をそ
のシーケンサーで解読した場合に、その配列を示すテキ
ストデータ（ＴＸ３とする）が情報処理装置１０に供給
される。本例では一文字表記を採用するものとして、ｎ
個のアミノ酸の配列に対応するテキストデータ（アスキ
ーコードとする）は、ｎバイトの長さである。本例で
は、その試料Ｇを大腸菌として、そのテキストデータＴ
Ｘ３として、図１４に示すように、上記のウェブサイト
１から入手した大腸菌の或るタンパク質の８２０個のア
ミノ酸の配列を示すテキストデータを使用する。
【０１５１】試料Ｇのアミノ酸配列は配列番号３に示さ
れている。図１４のテキストデータは、配列番号３の配
列から数字データを除いて、その配列を一文字表記で表
したものに相当する。また、図１４においては、そのテ
キストデータが配列方向（アミノ酸の配列方向）に４行
で、その配列方向に直交する非配列方向に２６列の８文
字の長さの部分テキストデータＴＧ（ｉ，ｊ）に分割さ
れており、８２１番以上のアミノ酸を示すデータの位置
にはダミーデータとして０が付加されている。
【０１５２】次に、情報処理装置１０は、供給されたテ
キストデータＴＸ３に上記のＭＤ５ハッシュ関数を施し
て１２８ビットの要約値ＡＢ３を求めると共に、そのア
ミノ酸の配列の数ＮＡ３、及び先頭と末尾との８個ずつ
のアミノ酸の配列ＳＴ３，ＳＢ３を求める。テキストデ
ータＴＸ３に対する具体的な値は下記の通りである。 ＡＢ３＝hex(0f66dc2b3024a9739d0e912fde12b8ba) …（４１） ＮＡ３＝８２０ ＳＴ３＝ＭＲＶＬＫＦＧＧ，ＳＢ３＝ＴＬＳＷＫＬＧＶ 次に、情報処理装置１０は、テキストデータＴＸ３を逆
方向に並べ替えたテキストデータＴＸＲ３（＝ＶＧＬＫ
ＷＳ・・・・ＦＫＬＶＲＭ）を求め、このテキストデー
タＴＸＲ３のＭＤ５ハッシュ関数による要約値ＡＢＲ
３、及びこのテキストデータＴＸＲ３の先頭と末尾との
８個ずつのアミノ酸の配列ＳＴＲ３，ＳＢＲ３を求め
る。配列ＳＴＲ３，ＳＢＲ３は、上記の配列ＳＢ３，Ｓ
Ｔ３をそれぞれ逆方向に並べ替えることによって容易に
求めることができる。これらの具体的な値は以下の通り
である。テキストデータＴＸＲ３の配列は、テキストデ
ータＴＸ３の配列に対して回文（palindrome）の関係に
あると言うことができる。
【０１５３】 ＡＢＲ３＝hex(e895f433e1e77f84b3cadeead1a52380) …（４２） ＳＴＲ３＝ＶＧＬＫＷＳＬＴ，ＳＢＲ３＝ＧＧＦＫＬＶＲＭ 次に、情報処理装置１０は、試料Ｇの名前の情報（試料
を特定する情報）、配列の数ＮＡ３、テキストデータＴ
Ｘ３、配列ＳＴ３，ＳＢ３、要約値ＡＢ３、逆方向の配
列ＳＴＲ３，ＳＢＲ３、及び逆方向の要約値ＡＢＲ３を
磁気ディスク装置１７のマスターファイル１９に記録す
る。この際に、マスターファイル１９を複数のファイル
として、テキストデータＴＸ３と、それ以外のデータと
を別のファイルに記録してもよい。続いて、情報処理装
置１０は、例えば図７と同様に図１４に示すように、試
料ＧのテキストデータＴＸ３を配列方向（アミノ酸の配
列方向）にＮ行で、その配列方向に直交する非配列方向
にＭ列の８文字（６４ビット）の長さの部分テキストデ
ータＴＧ（ｉ，ｊ）に分割する。Ｎ，Ｍはそれぞれ２以
上の任意の整数である。本例ではテキストデータＴＸ３
に例えば１２文字分のダミーデータ（本例では０である
が、それ以外に例えば文字Ａなども使用できる）を付加
して得られる８３２（＝８・４・２６）バイトのテキス
トデータ（これをＴＸ３’と呼ぶ）を作成し、テキスト
データＴＸ３’をＮ＝４，Ｍ＝２６で分割する。本例で
は、その８文字分の部分テキストデータＴＧ（ｉ，ｊ）
を、次のようにテキストデータを単にアスキーコード
（数値データ）に変換する関数ａｓｃ（）を用いて、そ
のまま６４ビットの部分データＡＧ（ｉ，ｊ）として扱
う。
【０１５４】 ＡＧ（ｉ，ｊ）＝ａｓｃ（ＴＧ（ｉ，ｊ）） …（４３） なお、図１４にＴＧ（３，１１）の変換例で示すよう
に、関数ａｓｃ（ＴＧ（ｉ，ｊ））は、部分テキストデ
ータＴＧ（ｉ，ｊ）の先頭の文字のコードが最下位桁と
なり、末尾の文字のコードが最上位桁となるように反転
して変換を行う。なお、この際に、各アミノ酸を６ビッ
トのデータで表してもよいが、データ量は３／４程度に
なるだけであるため、本例では部分テキストデータ（ア
スキーコード列）をそのまま部分データ（数値データ）
として扱う。
【０１５５】図１５は、試料Ｇの部分データＡＧ（ｉ，
ｊ）の配列を示している。それに続いて図１３の例と同
様に、情報処理装置１０は、その図１５の４行で２６列
の６４ビットの部分データＡＧ（ｉ，ｊ）をガロア体Ｇ
Ｆ（２64）（ｍ＝６４）上の元のベクトル表示とみなし
て、部分データＡＧ（ｉ，ｊ）に対してガロア体ＧＦ
（２64）上の所定の演算を施す。ガロア体ＧＦ（２64）
上の既約多項式ＧＦ（Ｘ）及び生成元αとしては、（３
５）式（又は（３５Ａ）式）、及び（３６）式（又は
（３６Ａ）式）などを使用できる。
【０１５６】具体的に、情報処理装置１０は、図１５の
各行（ｉ＝１〜４）の部分データＡＧ（ｉ，ｊ）に対し
てガロア体ＧＦ（２64）上で、非配列方向（ｊ＝１〜２
６）に対する和である第１パリティ(Parity)Ｂ１Ｇ
（ｉ）、Σα(j-1)・ＡＧ（ｉ，ｊ）である第２パリティ
Ｂ２Ｇ（ｉ）、及びΣα2(j-1)・ＡＧ（ｉ，ｊ）である
第３パリティＢ３Ｇ（ｉ）を計算する。これらの計算式
は、（１９）式〜（２１）式に対応しており、この第１
組のパリティ情報（Ｂ１Ｇ（ｉ）〜Ｂ３Ｇ（ｉ））はそ
れぞれ６４ビットである。
【０１５７】更に、情報処理装置１０は、図１５の各列
（ｊ＝１〜２６）の部分データＡＧ（ｉ，ｊ）に対して
ガロア体ＧＦ（２64）上で、配列方向（ｉ＝１〜４）に
対する和である第１パリティＣ１Ｇ（ｊ）、Σα(i-1)・
ＡＧ（ｉ，ｊ）である第２パリティＣ２Ｇ（ｊ）、及び
Σα2(i-1)・ＡＧ（ｉ，ｊ）である第３パリティＣ３Ｇ
（ｊ）を計算する。これらの計算式は、（２２）式〜
（２４）式に対応しており、この第２組のパリティ情報
（Ｃ１Ｇ（ｊ）〜Ｃ３Ｇ（ｊ））もそれぞれ６４ビット
である。このように計算して得られたパリティＢ１Ｇ
（ｉ）〜Ｂ３Ｇ（ｉ），Ｃ１Ｇ（ｊ）〜Ｃ３Ｇ（ｊ）
が、図１５に１６進数表示で示されている。
【０１５８】この例においては、各行、各列で３つのパ
リティを計算しているが、アミノ酸の配列はヌクレオチ
ドの配列に比べるとデータ量がかなり少ないため、実用
的には、パリティ情報は各行（非配列方向）、及び各列
（配列方向）においてそれぞれ１つ（例えばＢ２Ｇ
（ｉ）とＣ２Ｇ（ｊ））としてもよい。図１５の例にお
いて、パリティＢ２Ｇ（ｉ），Ｃ２Ｇ（ｊ）のみを使用
するものとすると、パリティはそれぞれ６４ビット（８
バイト）であるため、全部のパリティのデータ量は、２
４０（＝８・３０）バイトとなる。従って、全部のパリ
ティのデータ量は、全体の元のテキストデータＴＸ３
（８２０バイト）に対してほぼ１／３に減少している。
【０１５９】次に、情報処理装置１０は、試料Ｇの名前
の情報、配列の数ＮＡ３、テキストデータＴＸ３、要約
値ＡＢ３，ＡＢＲ３、及びパリティ情報を磁気ディスク
装置１７のワーキングファイル２０に記録する。この際
に、ワーキングファイル２０を複数のファイルとしても
よい。その後、情報処理装置１０は、試料Ｇの名前の情
報、配列の数ＮＡ３、配列ＳＴ３，ＳＢ３、要約値ＡＢ
３、逆方向の配列ＳＴＲ３，ＳＢＲ３、及び逆方向の要
約値ＡＢＲ３を磁気ディスク装置１７のコンテンツファ
イル２１に記録する。更に、情報処理装置１０は、コン
テンツファイル２１中の情報を通信ネットワーク１を介
してコンテンツのプロバイダ３に送信する。これによっ
て、コンテンツファイル２１中の情報はプロバイダ３の
サーバ内の閲覧可能なコンテンツファイル３１に記録さ
れて、第３者がインターネットを介して自由に閲覧でき
るようになる。この結果、第３者は、公開されている試
料Ｇの配列の数ＮＡ３、及び要約値ＡＢ３（又は必要に
応じてＡＢＲ３）を自分の保有するアミノ酸の配列の配
列数、及び要約値と比較することによって、その試料Ｇ
が自分にとって新規かどうかを判定できる。また、ユー
ザは、その試料Ｇの配列情報を複数の供給者から誤って
重複して購入することを回避することができる。
【０１６０】その後、コンピュータシステム２Ａの所有
者（アミノ酸情報の供給者）は、ユーザから購入要求が
来るのを待つ状態となる。そして、ユーザから試料Ｇに
対する簡易データの要求があったときには、情報処理装
置１０は、磁気ディスク装置１７のワーキングファイル
２０の中の試料Ｇのパリティ情報（例えばその中のＢ２
Ｇ（ｉ），Ｃ２Ｇ（ｊ））を例えば電子メールの添付フ
ァイルとしてそのユーザに送信する。パリティの情報を
購入したユーザは、試料Ｇと同じ種類の自分で解読した
試料のアミノ酸の配列のパリティと、その購入したパリ
ティとを比較することによって、相違する部分の検出及
び復元を或る程度行うことができる。
【０１６１】一方、ユーザから完全データの要求があっ
たときには、情報処理装置１０は、ワーキングファイル
２０中のテキストデータＴＸ３をＺＩＰファイル等の形
式で圧縮し、この圧縮されたデータを例えば電子メール
の添付ファイルとしてそのユーザに送信する。この際に
必要に応じて、ハッシュ関数による要約値ＡＢ３を同時
に送信してもよい。本例によれば、簡易データ（パリテ
ィ情報）はデータ量を少なくできるために短時間で送信
することができる。
【０１６２】更に、そのアミノ酸の配列情報の供給者
は、ワーキングファイル２０に記録した情報、即ち試料
Ｇの名前の情報、配列の数ＮＡ３、テキストデータＴＸ
３、要約値ＡＢ３，ＡＢＲ３、及びパリティ情報をＣＤ
−Ｒ／ＲＷドライブ１５を介してＣＤ−Ｒ１６に記録し
てもよい。このＣＤ−Ｒ１６から、更に多数のＣＤ−Ｒ
ＯＭを作製してもよく、これらの記録媒体が郵送等によ
ってユーザに販売される。
【０１６３】なお、上記の実施の形態では、生物学的物
質の配列に対応するテキストデータ、又は該テキストデ
ータを所定の規則に従って変換して得られる数値データ
を、前記生物学的物質の配列方向に複数行で、かつ前記
配列方向に交差する非配列方向に複数列の長さがｍビッ
ト（ｍは１６以上の整数）の部分データに分割し、複数
行の前記部分データに各行毎に前記非配列方向にガロア
体ＧＦ（２m ）上の第１の演算を施して第１組のパリテ
ィ情報を求めると共に、複数列の前記部分データに各列
毎に前記配列方向にガロア体ＧＦ（２m ）上の第２の演
算を施して第２組のパリティ情報を求めている。
【０１６４】これに関して、ｍが１６より小さい場合に
は、各部分データは、例えば１〜７個程度のヌクレオチ
ド、又は１〜２個程度のアミノ酸の配列に対応するた
め、１つの生物学的物質の配列に対して計算すべきパリ
ティ情報の数が多くなり過ぎて好ましくない。また、最
近のコンピュータの計算能力を活かしきれないという不
都合もある。特に、コンピュータの処理単位が６４ビッ
トの倍数である場合には、パリティ情報の計算効率を高
めるために、そのｍの値も６４，１２８，１９２，２５
６などの６４の倍数とすることが望ましい。
【０１６５】また、例えば図１３の実施の形態では、ｍ
ビットを超える素数をＰ（＞２m ）とすると、この素数
Ｐを法とするガロア体ＧＦ（Ｐ）を用いてパリティ情報
を計算することも可能である。しかしながら、このガロ
ア体ＧＦ（Ｐ）を用いた場合には、ｍビットの部分デー
タに演算を施して得られる個々のパリティ情報がｍビッ
トを超える場合があるため、パリティ情報がガロア対Ｇ
Ｆ（２m ）を用いた場合に比べて（ｍ＋１）／ｍ倍程度
に長くなるという不都合がある。即ち、ガロア体ＧＦ
（Ｐ）には演算が容易であるという利点があるが、ガロ
ア体ＧＦ（２m ）を用いた場合には、個々のパリティ情
報をｍビットにできるため、パリティ情報を簡潔に記録
できる利点がある。
【０１６６】２m （ｍ≧１６）を超える、又は２m より
僅かに小さい程度の大きい値の素数Ｐを求めるには、例
えば ミラー・ラビン（Miller-Rabin)の素数判定法（例
えばM.O.Rabin: "Probabilistic algorithms for testi
ng primality", Journal ofNumber Theory, 12, pp.128
-138(1980)参照）を使用することができる。また、生成
元を求めるために大きい数の因数分解を行うためには、
例えば２次ふるい法(quadratic sieve) （例えば C.Pom
erance: "Factoring",In Cryptology and Computationa
l Number Theory, pp.27-47,American Mathematical So
ciety (1990)参照）を使用することができる。また、実
際に大きい数の素数Ｐの決定、及び大きい数の因数分解
を行うためには、上記の「UBASIC」中の組み込み関数
「ECM」を使用してもよい。
【０１６７】そして、素数Ｐを用いるガロア体ＧＦ
（Ｐ）は、（０，１，…，Ｐ−１）のＰ個の元より構成
され、加減乗除の演算はＰを法として実行される。これ
を上記の実施の形態に適用する場合には、ｍビットの部
分データ（Ａ（ｉ，ｊ）等）をそのガロア体ＧＦ（Ｐ）
の何れかの元に対応させればよい。そして、パリティ情
報を容易に算出するためには、ガロア体ＧＦ（Ｐ）の生
成元δを使用するとよい。ガロア体ＧＦ（Ｐ）上の生成
元δは、ｋ＝Ｐ−１ とおくと、Ｐを法として、次の関
係を満たす。
【０１６８】 δk ＝１（ｍｏｄ Ｐ） …（Ａ２） δk'≠１（ｍｏｄ Ｐ）（１≦ｋ’＜ｋ） …（Ａ３） そこで、素数ｐ１，ｐ２，…，ｐｒ及び整数ｎ１，ｎ
２，…，ｎｒを用いて、ｋが次のように因数分解できる
ものとする。 ｋ＝Ｐ−１＝ｐ１n1・ｐ２n2・…・ｐｒnr …（Ａ４）
【０１６９】このとき、生成元δとは、Ｐを法として、
δの（ｐ１n1-1・ｐ２n2・…・ｐｒ nr）乗、（ｐ１n1・
ｐ２n2-1・…・ｐｒnr）乗、…、（ｐ１n1・ｐ２n2・…
・ｐｒnr-1）乗が何れも１とならないものであればよ
い。また、ガロア体ＧＦ（Ｐ）上の任意の０以外の元ε
についても（Ａ２）式が成立するため、ｋ（＝Ｐ−１）
を用いてεの逆元ε-1は次のように計算することも可能
である。
【０１７０】 ε-1＝εk-1 （ｍｏｄ Ｐ） …（Ａ５） 従って、例えば或る部分データをεで除算する場合に
は、その部分データにε k-1 を乗算すればよい。そし
て、ガロア体ＧＦ（Ｐ）を用いる場合にも、図３〜図６
のＤＮＡ情報の供給者の動作、及びＤＮＡ情報のユーザ
の動作は、ガロアＧＦ（２m ）上の演算をガロア体ＧＦ
（Ｐ）上の演算に変えるだけで全て同様に適用すること
ができる。
【０１７１】具体的に図１３（例えば標準試料とす
る。）の実施の形態において、ガロア体ＧＦ（Ｐ）上で
パリティ情報を計算する場合には、部分データＢ（ｉ，
ｊ）は６４ビットの全ての値を取る可能性があるため、
素数Ｐとしては２64（ｍ＝６４）を超える範囲で６５
（＝ｍ＋１）ビット以下の素数（例えば最も小さい素
数）を選択すればよい。このような素数Ｐは１６進数表
示で次のようになる。また、この素数Ｐに対する生成元
δとしては、例えば次の値を使用できる。なお、この場
合、例えば３も生成元であるため、生成元として２のべ
き乗以外の数を使用したいときには、生成元δとして例
えば３を使用してもよい。 Ｐ＝hex(1000000000000000d) …（Ａ６） δ＝２ …（Ａ７）
【０１７２】この条件で、図３のステップ１０６に対応
して、図１３の６４ビットの各部分データＢ（ｉ，ｊ）
をガロア体ＧＦ（Ｐ）上の元のとみなして、部分データ
Ｂ（ｉ，ｊ）に対して生成元δを用いてガロア体ＧＦ
（Ｐ）上の所定の演算を施す。一例として、図１３の各
行（ｉ＝１〜５）の部分データＢ（ｉ，ｊ）に対してガ
ロア体ＧＦ（Ｐ）上で、非配列方向（ｊ＝１〜１３）に
対する和である第１パリティＢ１Ｂ（ｉ）’、Σδ
(j-1)・Ｂ（ｉ，ｊ）である第２パリティＢ２Ｂ
（ｉ）’、及びΣδ2(j-1)・Ｂ（ｉ，ｊ）である第３パ
リティＢ３Ｂ（ｉ）’を計算する。これらの計算式は、
（１９）式〜（２１）式に対応しており、この第１組の
パリティ情報（Ｂ１Ｂ（ｉ）’〜Ｂ３Ｂ（ｉ）’）はそ
れぞれ最大で（６４＋１）ビットである。
【０１７３】更に、図１３の各列（ｊ＝１〜１３）の部
分データＢ（ｉ，ｊ）に対してガロア体ＧＦ（Ｐ）上
で、配列方向（ｉ＝１〜５）に対する和である第１パリ
ティＣ１Ｂ（ｊ）’、Σδ(i-1)・Ｂ（ｉ，ｊ）である第
２パリティＣ２Ｂ（ｊ）’、及びΣδ2(i-1)・Ｂ（ｉ，
ｊ）である第３パリティＣ３Ｂ（ｊ）’を計算する。こ
れらの計算式は、（２２）式〜（２４）式に対応してお
り、この第２組のパリティ情報（Ｃ１Ｂ（ｊ）’〜Ｃ３
Ｂ（ｊ）’）もそれぞれ最大で（６４＋１）ビットであ
る。
【０１７４】同様に図６のステップ１３０に対応して、
比較対象の試料の部分データの配列に対してもガロア体
ＧＦ（Ｐ）上で非配列方向の第１組のパリティ情報、及
び配列方向の第２組のパリティ情報を計算する。そし
て、本例でも図６のステップ１３１〜１３８に対応し
て、２つの試料のパリティ情報の比較、相違する部分デ
ータの特定、及び相違する部分データの復元を行うこと
ができる。なお、部分データが１２８ビット（ｍ＝１２
８）で全ての値を取る場合に、ガロア体ＧＦ（Ｐ）上で
パリティ情報を計算する場合には、２128 を超えて１２
９ビット以下の素数Ｐ、及びこれに対応する生成元δの
一例としては、次の値を使用することができる。 Ｐ＝２128 ＋５１ …（Ａ８） δ＝２ …（Ａ９）
【０１７５】次に、図７、図８の実施の形態のように部
分データＡ（ｉ，ｊ）がテキストデータそのものである
場合には、ｍビットの部分データＡ（ｉ，ｊ）の最大値
Ｎｍａｘは（２m −１）よりも小さくなる。具体的に図
７のテキストデータとしてＡＳＣＩＩコードを使用する
場合、アルファベットのＡＳＣＩＩコードはhex(41)〜h
ex(7a) であるため、最大値Ｎｍａｘは次のようにな
る。 Ｎｍａｘ＝hex(7a7a7a7a・・・・・7a7a7a)＜２m −１ …（Ａ１０）
【０１７６】この場合には、ガロア体ＧＦ（Ｐ）を構成
するための素数Ｐを次のように、部分データＡ（ｉ，
ｊ）の最大値Ｎｍａｘより大きく、且つｍビットの数と
して選択することができる。 ２m ＞Ｐ＞Ｎｍａｘ …（Ａ１１） 具体的に、ｍ＝１２８で（Ａ１０）式が成立する場合に
は、（Ａ１１）式を満たす範囲で最も小さい素数Ｎ及び
これに対する生成元δの一例は次のようになる。 Ｐ＝hex(7a7a7a7a7a7a7a7a7a7a7a7a7a7a7a7f) …（Ａ１２） δ＝５ …（Ａ１３）
【０１７７】この素数Ｎ及び生成元δを用いるガロア体
ＧＦ（Ｐ）上で図７、図８の部分データＡ（ｉ，ｊ）に
対して第１組のパリティ情報、及び第２組のパリティ情
報を計算すると、得られる各パリティはそれぞれｍビッ
トである。従って、演算が簡単であると共に、ガロア体
ＧＦ（２m ）を用いたときと同じ長さの簡潔なパリティ
情報を得ることができる。同様に、図１４、図１５の実
施の形態においても、テキストデータとしてＡＳＣＩＩ
コードを使用する場合、ｍビット（図１４ではｍ＝６
４）の部分データＡＧ（ｉ，ｊ）の最大値Ｎｍａｘは次
のようになる。 Ｎｍａｘ＝hex(7a7a7a7a7a7a7a7a)＜２m −１ …（Ａ１４）
【０１７８】この場合にも、ガロア体ＧＦ（Ｐ）を構成
するための素数Ｐを（Ａ１１）式が成立するように選択
することができる。具体的に、ｍ＝６４で（Ａ１４）式
が成立する場合には、（Ａ１１）式を満たす範囲で最も
小さい素数Ｎ及びこれに対する生成元δの一例は次のよ
うになる。なお、この場合、生成元δとしては例えば５
も使用できるため、２の代わりに５などの２のべき乗以
外の数を使用するようにしてもよい。 Ｐ＝hex(7a7a7a7a7a7a7ad5) …（Ａ１５） δ＝２ …（Ａ１６）
【０１７９】また、パリティ情報をガロア体ＧＦ（Ｐ）
上で計算する場合にも、部分データの配列方向の個数
を、その部分データの非配列方向の個数よりも少なくし
て、配列方向（第２組）のパリティ情報の個数を、非配
列方向（第１組）のパリティ情報の個数よりも少なくし
てもよい。これによって、パリティ情報をディスプレイ
に表示し易いと共に、パリティ情報の情報量が必要以上
に大きくなるのを避けることができる。この場合、生成
元δを用いて非配列方向で４個までの相違部を正確に復
元するためには、非配列方向の部分データの個数を（Ｐ
−１）／４以下にすればよい。
【０１８０】なお、上記の実施の形態では、各部分デー
タに所定の係数を乗じてパリティ情報を求めているが、
パリティ情報としては、例えばＢＣＨ符号（Bose-Chaud
hari-Hocquenghem Codes）（例えば J.L.Massey: "Shif
t Register Synthesis and BCH Decoding", IEEE Tran
s.,IT-15, pp.122-127(1969) 参照）を用いてもよい。
但し、従来のＢＣＨ符号は小さい値ｍ'（ｍ’≦１６程
度）のガロア体ＧＦ（２m '）で考えられているため、こ
れを本発明で使用されている大きい値ｍ（ｍ≧１６）の
ガロア体ＧＦ（２m ）上で構築し直す必要がある。
【０１８１】ここで、上記の実施の形態で使用するハッ
シュ関数に関して説明する。通常の暗号理論で使用され
るハッシュ関数は、テキストデータ中のスペースコード
及び改行コード等も全て演算処理対象としているが、ヌ
クレオチド及びアミノ酸の配列情報については見やすく
するために、例えば配列番号１〜３で示すように、途中
にスペースコード、順序を示す数字コード、及び改行コ
ードを挿入する場合がある。そこで、ヌクレオチドやア
ミノ酸などの生物学的物質の配列情報を演算処理対象と
するハッシュ関数においては、テキストデータ中の所定
コードとしてのスペースコード、数字コード、及び改行
コードを無視する機能を付加することが望ましい。ま
た、隣接する文字を”−”（ハイフン）で分けることも
考えられるが、この場合には、更に”−”記号も無視す
る必要がある。また、例えばファイルの最後に「データ
の終わりを示すコード」が付加されるような場合には、
そのコードも無視するようにしてもよい。
【０１８２】また、例えばヌクレオチドの配列が、通常
は小文字で表されるような場合には、ハッシュ関数に、
選択的に大文字を小文字に変換して要約値を計算する機
能を持たせるようにしてもよい。逆に、例えばアミノ酸
の配列が、通常は大文字で表されるような場合には、ハ
ッシュ関数に、選択的に小文字を大文字に変換して要約
値を計算する機能を持たせるようにしてもよい。
【０１８３】更に、原ファイルを複数の分割ファイルに
分割する際には、複数の分割ファイルの順序等を示すデ
ータ（以下、「コメントデータ」と言う）を各分割ファ
イルに付加することが望ましいことがある。このように
分割ファイル、又は１つの原ファイルにコメントデータ
を付加する場合にも、コメントデータはハッシュ関数で
無視する必要がある。そのため、例えばコメントデータ
は所定の開始記号（例えば ／＊ ）及び終了記号（例
えば ＊／）の間に記録し、ハッシュ関数で処理する際
に開始記号から終了記号までのデータは無視するように
すればよい。
【０１８４】また、上記の実施の形態では、例えば生物
のＤＮＡのヌクレオチドの配列（又はタンパク質のアミ
ノ酸の配列）内の先頭の一部、及び末尾の一部の配列、
並びにその配列のテキストデータの要約値をインターネ
ット上で公開することがある。この場合には、その公開
されている一部の配列と、その要約値とからそのテキス
トデータの内容が推定される可能性もある。これを回避
するために、そのテキストデータをハッシュ関数で処理
する際に、その公開されている配列を除いた部分につい
てのみ、そのハッシュ関数を施して要約値を求めるよう
にしてもよい。
【０１８５】なお、本発明は上述の実施の形態に限定さ
れず、本発明の要旨を逸脱しない範囲で種々の構成を取
り得ることは勿論である。
【０１８６】
【発明の効果】本発明によれば、核酸や遺伝子中のヌク
レオチド、又は又はタンパク質やペプチド中のアミノ酸
などの生物学的物質の配列情報を、それらの配列を示す
テキストデータよりも少ないデータ量のパリティ情報と
して近似的に記録することができる。従って、そのパリ
ティ情報は、低容量の記録媒体にも記録できると共に、
通信回線を介して短時間に送信することが可能となる。
また、ガロア体ＧＦ（２ m ）上の演算を行うことによっ
て、個々のパリティ情報を部分データと同じｍビットの
情報量で簡潔に記録できる利点がある。
【０１８７】一方、そのパリティ情報を求める場合に、
素数Ｐのガロア体ＧＦ（Ｐ）上の演算を行うことによっ
て、パリティ情報の情報量は（ｍ＋１）／ｍ倍程度に多
くなるが、演算を単純化することができる。特に、部分
データの最大値Ｎｍａｘが（２m −１）よりも小さい値
であり、その素数Ｐを、（２m ＞Ｐ＞Ｎｍａｘ）の関係
を満たすように選択できる場合には、演算を単純化した
上で、各パリティ情報を部分データと同じｍビットの情
報量で簡潔に記録できる利点がある。
【０１８８】また、２つの生物学的物質の配列のパリテ
ィ情報を比較することによって、２つの配列間の相違部
の位置を少ないデータ量で容易に特定（検出）できると
共に、必要に応じてその相違部の情報を復元することが
できる。従って、例えばＳＮＰ（一塩基変位多型：Sing
le Nucleotide Polymorphism）を少ないデータ量で容易
に発見することができる。
【０１８９】また、本発明によれば、ヌクレオチド又は
アミノ酸などの生物学的物質の配列情報を近似する情報
（パリティ情報）を少ないデータ量でユーザに供給でき
るビジネスモデルを提供することができる。この場合
に、更に数学的な要約値を用いることによって、ユーザ
が提供された配列情報と情報供給者が保持している配列
情報との同一性の確認などを容易に行うことができる。
また、同一の複数の配列情報を誤って購入することも防
止できる。
【図面の簡単な説明】
【図１】 本発明の実施の形態の一例で使用されるコン
ピュータシステムを示す概略構成図である。
【図２】 その実施の形態の一例で処理対象とするＤＮ
Ａ、及びそのヌクレオチドの配列のバイナリーデータに
よる表現の例を示す図である。
【図３】 その実施の形態の一例におけるＤＮＡ情報の
供給者の動作の一部を示すフローチャートである。
【図４】 図３の動作に続くＤＮＡ情報の供給者の動作
を示すフローチャートである。
【図５】 その実施の形態の一例におけるＤＮＡ情報の
ユーザの動作の一部を示すフローチャートである。
【図６】 図５の動作に続くＤＮＡ情報のユーザの動作
を示すフローチャートである。
【図７】 標準試料Ｅ（ＤＮＡ）のヌクレオチド（２０
４８個）の配列を表すテキストデータを４行で３２列の
部分テキストデータＴ（ｉ，ｊ）に分割した状態を示す
図である。
【図８】 標準試料Ｅの部分データＡ（ｉ，ｊ）、及び
これらから算出されるパリティＢ１（ｉ）〜Ｃ３（ｊ）
を示す図である。
【図９】 試料Ｆ（ＤＮＡ）のヌクレオチド（２０４８
個）の配列を表すテキストデータを４行で３２列の部分
テキストデータＴＦ（ｉ，ｊ）に分割した状態を示す図
である。
【図１０】 試料Ｆの部分データＡＦ（ｉ，ｊ）、及び
これらから算出されるパリティＢ１Ｆ（ｉ）〜Ｃ３Ｆ
（ｊ）を示す図である。
【図１１】 標準試料Ｅのパリティと異なる試料Ｆのパ
リティ、及び復元された部分データを示す図である。
【図１２】 未知数Ｘ１，Ｘ２，Ｙ１，Ｙ２をガロア体
ＧＦ（２128)上で求める場合の計算を示すフローチャー
トである。
【図１３】 図７の標準試料Ｅのヌクレオチドの配列を
表すテキストデータをバイナリーデータに変換した後、
５行で１３列の部分データＢ（ｉ，ｊ）に分割した状態
を示す図である。
【図１４】 試料Ｇ（タンパク質）のアミノ酸（８２０
個）の配列を表すテキストデータを４行で２６列の部分
テキストデータに分割した状態を示す図である。
【図１５】 図１４のアミノ酸の配列に対して計算され
たパリティＢ１Ｇ（ｉ）〜Ｃ３Ｇ（ｊ）を示す図であ
る。
【符号の説明】
１…通信ネットワーク、２Ａ，２Ｂ…コンピュータシス
テム、３…コンテンツのプロバイダ、４…ＤＮＡのシー
ケンサー、１０…情報処理装置、１５…ＣＤ−Ｒ／ＲＷ
ドライブ、１６…ＣＤ−Ｒ、１７…磁気ディスク装置、
１９…マスターファイル、２０…ワーキングファイル、
２１…コンテンツファイル、３１…コンテンツファイル
【配列表】 SEQUENCE LISTING <110> Omori, Satoshi <120> Method and apparatus for recording information on sequence of biological compounds <130> 2002A05 <140> <141> <150> EP 01921886.6 <151> 2001-04-18 <150> JP 2001-368002 <151> 2001-11-30 <160> 3 <170> PatentIn Ver. 2.1 <210> 1 <211> 2048 <212> DNA <213> Escherichia coli <400> 1 agcttttcat tctgactgca acgggcaata tgtctctgtg tggattaaaa aaagagtgtc 60 tgatagcagc ttctgaactg gttacctgcc gtgagtaaat taaaatttta ttgacttagg 120 tcactaaata ctttaaccaa tataggcata gcgcacagac agataaaaat tacagagtac 180 acaacatcca tgaaacgcat tagcaccacc attaccacca ccatcaccat taccacaggt 240 aacggtgcgg gctgacgcgt acaggaaaca cagaaaaaag cccgcacctg acagtgcggg 300 cttttttttt cgaccaaagg taacgaggta acaaccatgc gagtgttgaa gttcggcggt 360 acatcagtgg caaatgcaga acgttttctg cgtgttgccg atattctgga aagcaatgcc 420 aggcaggggc aggtggccac cgtcctctct gcccccgcca aaatcaccaa ccacctggtg 480 gcgatgattg aaaaaaccat tagcggccag gatgctttac ccaatatcag cgatgccgaa 540 cgtatttttg ccgaactttt gacgggactc gccgccgccc agccggggtt cccgctggcg 600 caattgaaaa ctttcgtcga tcaggaattt gcccaaataa aacatgtcct gcatggcatt 660 agtttgttgg ggcagtgccc ggatagcatc aacgctgcgc tgatttgccg tggcgagaaa 720 atgtcgatcg ccattatggc cggcgtatta gaagcgcgcg gtcacaacgt tactgttatc 780 gatccggtcg aaaaactgct ggcagtgggg cattacctcg aatctaccgt cgatattgct 840 gagtccaccc gccgtattgc ggcaagccgc attccggctg atcacatggt gctgatggca 900 ggtttcaccg ccggtaatga aaaaggcgaa ctggtggtgc ttggacgcaa cggttccgac 960 tactctgctg cggtgctggc tgcctgttta cgcgccgatt gttgcgagat ttggacggac 1020 gttgacgggg tctatacctg cgacccgcgt caggtgcccg atgcgaggtt gttgaagtcg 1080 atgtcctacc aggaagcgat ggagctttcc tacttcggcg ctaaagttct tcacccccgc 1140 accattaccc ccatcgccca gttccagatc ccttgcctga ttaaaaatac cggaaatcct 1200 caagcaccag gtacgctcat tggtgccagc cgtgatgaag acgaattacc ggtcaagggc 1260 atttccaatc tgaataacat ggcaatgttc agcgtttctg gtccggggat gaaagggatg 1320 gtcggcatgg cggcgcgcgt ctttgcagcg atgtcacgcg cccgtatttc cgtggtgctg 1380 attacgcaat catcttccga atacagcatc agtttctgcg ttccacaaag cgactgtgtg 1440 cgagctgaac gggcaatgca ggaagagttc tacctggaac tgaaagaagg cttactggag 1500 ccgctggcag tgacggaacg gctggccatt atctcggtgg taggtgatgg tatgcgcacc 1560 ttgcgtggga tctcggcgaa attctttgcc gcactggccc gcgccaatat caacattgtc 1620 gccattgctc agggatcttc tgaacgctca atctctgtcg tggtaaataa cgatgatgcg 1680 accactggcg tgcgcgttac tcatcagatg ctgttcaata ccgatcaggt tatcgaagtg 1740 tttgtgattg gcgtcggtgg cgttggcggt gcgctgctgg agcaactgaa gcgtcagcaa 1800 agctggctga agaataaaca tatcgactta cgtgtctgcg gtgttgccaa ctcgaaggct 1860 ctgctcacca atgtacatgg ccttaatctg gaaaactggc aggaagaact ggcgcaagcc 1920 aaagagccgt ttaatctcgg gcgcttaatt cgcctcgtga aagaatatca tctgctgaac 1980 ccggtcattg ttgactgcac ttccagccag gcagtggcgg atcaatatgc cgacttcctg 2040 cgcgaagg 2048 <210> 2 <211> 2048 <212> DNA <213> Escherichia coli <400> 2 agcttttcat tctgactgca acgggcaata tgtctctgtg tggattaaaa aaagagtgtc 60 tgatagcagc ttctgaactg gttacctgcc gtgagtaaat taaaatttta ttgacttagg 120 tcactaaata ctttaaccaa tataggcata gcgcacagac agataaaaat tacagagtac 180 acaacatcca tgaaacgcat tagcaccacc attaccacca ccatcaccat taccacaggt 240 aacggtgcgg gctgacgcgt acaggaaaca cagaaaaaag cccgcacctg acagtgcggg 300 cttttttttt cgaccaaagg taacgaggta acaaccatgc gagtgttgaa gttcggcggt 360 acatcagtgg caaatgcaga acgttttctg cgtgttgccg atattctgga aagcaatgcc 420 aggcaggggc aggtggccac cgtcctctct gcccccgcca aaatcaccaa ccacctggtg 480 gcgatgattg aaaaaaccat tagcggccag gatgctttac ccaatatcag cgatgccgaa 540 cgtatttttg ccgaactttt gacgggactc gccgccgccc agccggggtt cccgctggcg 600 caattgaaaa ctttcgtcga tcaggaattt gcccaaataa aacatgtcct gcatggcatt 660 agtttgttgg ggcagtgccc ggatagcatc aacgctgcgc tgatttgccg tggcgagaaa 720 atgtcgatcg ccattatggc cggcgtatta gaagcgcgcg gtcacaacgt tactgttatc 780 gatccggtcg aaaaactgct ggcagtgggg cattacctcg aatctaccgt cgatattgct 840 gagtccaccc gccgtattgc ggcaagccgc attccggctg atcacatggt gctgatggca 900 ggtttcaccg ccggtaatga aaaaggcgaa ctggtggtgc ttggacgcaa cggttccgac 960 tactctgctg cggtgctggc tgcctgttta cgcgccgatt gttgcgagat ttggacatta 1020 tggcggccaa cttatacctg cgacccgcgt caggtgcccg atgcgaggtt gttgaagtcg 1080 atgtcctacc aggaagcgat ggagctttcc tacttcggcg ctaaagttct tcacccccgc 1140 accattaccc ccatcgccca gttccagatc ccttgcctga ttaaaaatac cggaaatcct 1200 caagcaccag gtacgctcat tggtgccagc cgtgatgaag acgaattacc ggtcaagggc 1260 atttccaatc tgaataacat ggcaatgttc agcgtttctg gtccggggat gaaagggatg 1320 gtcggcatgg cggcgcgcgt ctttgcagcg atgtcacgcg cccgtatttc cgtggtgctg 1380 attacgcaat catcttccga atacagcatc agtttctgcg ttccacaaag cgactgtgtg 1440 cgagctgaac gggcaatgca ggaagagttc tacctggaac tgaaagaagg cttactggag 1500 ccgctggcag tgacggaacg gctggccatt atctcggtgg taggtgatgg tatgcgcacc 1560 ttgcgtggga tctcggcgaa attctttgcc gcactggccc gcgccaatat caacattgtc 1620 gccattgctc agggatcttc tgaacgctca atctctgtcg tggtaaataa cgatgatgcg 1680 accactggcg tgcgcgttac tcatcagatg ctgttcaata ccgatcaggt tatcgaagtg 1740 tttgtgattg gcgtcggtgg cgttggcggt gcgctgctgg agcaactgaa gcgtcagcaa 1800 agctggctga agaataaaca tatcgactta cgtgtctgcg gtgttgccaa ctcgaaggct 1860 ctgctcacca atgtacatgg ccttaatctg gaaaactggc aggaagaact ggcgcaagcc 1920 aaagagccgt ttaatctcgg gcgcttaatt cgcctcgtga aagaatatca tctgctgaac 1980 ccggtcattg ttgactgcac ttccagccag gcagtggcgg atcaatatgc cgacttcctg 2040 cgcgaagg 2048 <210> 3 <211> 820 <212> PRT <213> Escherichia coli <400> 3 Met Arg Val Leu Lys Phe Gly Gly Thr Ser Val Ala Asn Ala Glu Arg 1 5 10 15 Phe Leu Arg Val Ala Asp Ile Leu Glu Ser Asn Ala Arg Gln Gly Gln 20 25 30 Val Ala Thr Val Leu Ser Ala Pro Ala Lys Ile Thr Asn His Leu Val 35 40 45 Ala Met Ile Glu Lys Thr Ile Ser Gly Gln Asp Ala Leu Pro Asn Ile 50 55 60 Ser Asp Ala Glu Arg Ile Phe Ala Glu Leu Leu Thr Gly Leu Ala Ala 65 70 75 80 Ala Gln Pro Gly Phe Pro Leu Ala Gln Leu Lys Thr Phe Val Asp Gln 85 90 95 Glu Phe Ala Gln Ile Lys His Val Leu His Gly Ile Ser Leu Leu Gly 100 105 110 Gln Cys Pro Asp Ser Ile Asn Ala Ala Leu Ile Cys Arg Gly Glu Lys 115 120 125 Met Ser Ile Ala Ile Met Ala Gly Val Leu Glu Ala Arg Gly His Asn 130 135 140 Val Thr Val Ile Asp Pro Val Glu Lys Leu Leu Ala Val Gly His Tyr 145 150 155 160 Leu Glu Ser Thr Val Asp Ile Ala Glu Ser Thr Arg Arg Ile Ala Ala 165 170 175 Ser Arg Ile Pro Ala Asp His Met Val Leu Met Ala Gly Phe Thr Ala 180 185 190 Gly Asn Glu Lys Gly Glu Leu Val Val Leu Gly Arg Asn Gly Ser Asp 195 200 205 Tyr Ser Ala Ala Val Leu Ala Ala Cys Leu Arg Ala Asp Cys Cys Glu 210 215 220 Ile Trp Thr Asp Val Asp Gly Val Tyr Thr Cys Asp Pro Arg Gln Val 225 230 235 240 Pro Asp Ala Arg Leu Leu Lys Ser Met Ser Tyr Gln Glu Ala Met Glu 245 250 255 Leu Ser Tyr Phe Gly Ala Lys Val Leu His Pro Arg Thr Ile Thr Pro 260 265 270 Ile Ala Gln Phe Gln Ile Pro Cys Leu Ile Lys Asn Thr Gly Asn Pro 275 280 285 Gln Ala Pro Gly Thr Leu Ile Gly Ala Ser Arg Asp Glu Asp Glu Leu 290 295 300 Pro Val Lys Gly Ile Ser Asn Leu Asn Asn Met Ala Met Phe Ser Val 305 310 315 320 Ser Gly Pro Gly Met Lys Gly Met Val Gly Met Ala Ala Arg Val Phe 325 330 335 Ala Ala Met Ser Arg Ala Arg Ile Ser Val Val Leu Ile Thr Gln Ser 340 345 350 Ser Ser Glu Tyr Ser Ile Ser Phe Cys Val Pro Gln Ser Asp Cys Val 355 360 365 Arg Ala Glu Arg Ala Met Gln Glu Glu Phe Tyr Leu Glu Leu Lys Glu 370 375 380 Gly Leu Leu Glu Pro Leu Ala Val Thr Glu Arg Leu Ala Ile Ile Ser 385 390 395 400 Val Val Gly Asp Gly Met Arg Thr Leu Arg Gly Ile Ser Ala Lys Phe 405 410 415 Phe Ala Ala Leu Ala Arg Ala Asn Ile Asn Ile Val Ala Ile Ala Gln 420 425 430 Gly Ser Ser Glu Arg Ser Ile Ser Val Val Val Asn Asn Asp Asp Ala 435 440 445 Thr Thr Gly Val Arg Val Thr His Gln Met Leu Phe Asn Thr Asp Gln 450 455 460 Val Ile Glu Val Phe Val Ile Gly Val Gly Gly Val Gly Gly Ala Leu 465 470 475 480 Leu Glu Gln Leu Lys Arg Gln Gln Ser Trp Leu Lys Asn Lys His Ile 485 490 495 Asp Leu Arg Val Cys Gly Val Ala Asn Ser Lys Ala Leu Leu Thr Asn 500 505 510 Val His Gly Leu Asn Leu Glu Asn Trp Gln Glu Glu Leu Ala Gln Ala 515 520 525 Lys Glu Pro Phe Asn Leu Gly Arg Leu Ile Arg Leu Val Lys Glu Tyr 530 535 540 His Leu Leu Asn Pro Val Ile Val Asp Cys Thr Ser Ser Gln Ala Val 545 550 555 560 Ala Asp Gln Tyr Ala Asp Phe Leu Arg Glu Gly Phe His Val Val Thr 565 570 575 Pro Asn Lys Lys Ala Asn Thr Ser Ser Met Asp Tyr Tyr His Gln Leu 580 585 590 Arg Tyr Ala Ala Glu Lys Ser Arg Arg Lys Phe Leu Tyr Asp Thr Asn 595 600 605 Val Gly Ala Gly Leu Pro Val Ile Glu Asn Leu Gln Asn Leu Leu Asn 610 615 620 Ala Gly Asp Glu Leu Met Lys Phe Ser Gly Ile Leu Ser Gly Ser Leu 625 630 635 640 Ser Tyr Ile Phe Gly Lys Leu Asp Glu Gly Met Ser Phe Ser Glu Ala 645 650 655 Thr Thr Leu Ala Arg Glu Met Gly Tyr Thr Glu Pro Asp Pro Arg Asp 660 665 670 Asp Leu Ser Gly Met Asp Val Ala Arg Lys Leu Leu Ile Leu Ala Arg 675 680 685 Glu Thr Gly Arg Glu Leu Glu Leu Ala Asp Ile Glu Ile Glu Pro Val 690 695 700 Leu Pro Ala Glu Phe Asn Ala Glu Gly Asp Val Ala Ala Phe Met Ala 705 710 715 720 Asn Leu Ser Gln Leu Asp Asp Leu Phe Ala Ala Arg Val Ala Lys Ala 725 730 735 Arg Asp Glu Gly Lys Val Leu Arg Tyr Val Gly Asn Ile Asp Glu Asp 740 745 750 Gly Val Cys Arg Val Lys Ile Ala Glu Val Asp Gly Asn Asp Pro Leu 755 760 765 Phe Lys Val Lys Asn Gly Glu Asn Ala Leu Ala Phe Tyr Ser His Tyr 770 775 780 Tyr Gln Pro Leu Pro Leu Val Leu Arg Gly Tyr Gly Ala Gly Asn Asp 785 790 795 800 Val Thr Ala Ala Gly Val Phe Ala Asp Leu Leu Arg Thr Leu Ser Trp 805 810 815 Lys Leu Gly Val 820

Claims (25)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 生物学的物質の配列情報の記録方法であ
    って、 前記生物学的物質の配列に対応するテキストデータ、又
    は該テキストデータを所定の規則に従って変換して得ら
    れる数値データを、前記生物学的物質の配列方向に複数
    行で、かつ前記配列方向に交差する非配列方向に複数列
    の長さがｍビット（ｍは１６以上の整数）の部分データ
    に分割し、 複数行の前記部分データに各行毎に前記非配列方向にガ
    ロア体ＧＦ（２m ）上の第１の演算を施して第１組のパ
    リティ情報を求めると共に、 複数列の前記部分データに各列毎に前記配列方向にガロ
    ア体ＧＦ（２m ）上の第２の演算を施して第２組のパリ
    ティ情報を求め、 前記第１組及び第２組のパリティ情報で前記生物学的物
    質の配列を表すことを特徴とする生物学的物質の配列情
    報の記録方法。
  2. 【請求項２】 請求項１に記載の記録方法であって、 前記ガロア体ＧＦ（２m ）上の生成元をαとしたとき、 前記第１組のパリティ情報は、複数行の各行の前記部分
    データにそれぞれ前記非配列方向に順次αsp，
    αs(p+1)，αs(p+2)，…，αs(p+dp)（ｓは０以上の整
    数、ｐは０以上の整数、ｄｐは１以上の整数）を乗算し
    た後、 該演算で得られた複数の積について各行毎に求められた
    和を含み、 前記第２組のパリティ情報は、複数列の各列の前記部分
    データにそれぞれ前記配列方向に順次αtq，αt(q+1)，
    αt(q+2)，…，αt(q+dq)（ｔは０以上の整数、ｑは０
    以上の整数、ｄｑは１以上の整数）を乗算した後、 該演算で得られた複数の積について各列毎に求められた
    和を含むことを特徴とする生物学的物質の配列情報の記
    録方法。
  3. 【請求項３】 請求項１又は２に記載の記録方法であっ
    て、 前記部分データの前記配列方向の個数は、前記部分デー
    タの前記非配列方向の個数よりも少なく、 前記第２組のパリティ情報の個数は、前記第１組のパリ
    ティ情報の個数よりも少ないことを特徴とする生物学的
    物質の配列情報の記録方法。
  4. 【請求項４】 請求項３に記載の記録方法であって、 前記部分データの前記非配列方向の個数は、（２m −
    １）／４ 以下であることを特徴とする生物学的物質の
    配列情報の記録方法。
  5. 【請求項５】 請求項２に記載の記録方法であって、 前記整数ｓ及びｔは０であることを特徴とする生物学的
    物質の配列情報の記録方法。
  6. 【請求項６】 請求項２に記載の記録方法であって、 前記整数ｓ及びｔは１であることを特徴とする生物学的
    物質の配列情報の記録方法。
  7. 【請求項７】 請求項２に記載の記録方法であって、 前記第１組のパリティ情報は、前記複数行の各行毎に前
    記整数ｓについて互いに異なる複数の値で求めた複数の
    和を含み、 前記第２組のパリティ情報は、前記複数列の各列毎に前
    記整数ｔについて互いに異なる複数の値で求めた複数の
    和を含むことを特徴とする生物学的物質の配列情報の記
    録方法。
  8. 【請求項８】 請求項１〜７の何れか一項に記載の記録
    方法であって、 前記生物学的物質の配列中の各生物学的物質をそれぞれ
    ６ビット以下の数値データで表して得られる数値データ
    を前記演算の対象とすることを特徴とする生物学的物質
    の配列情報の記録方法。
  9. 【請求項９】 請求項１〜８の何れか一項に記載の記録
    方法であって、 前記ガロア体ＧＦ（２m ）を規定する整数ｍは６４の倍
    数であることを特徴とする生物学的物質の配列情報の記
    録方法。
  10. 【請求項１０】 請求項１〜９の何れか一項に記載の記
    録方法であって、 前記生物学的物質の配列を基準配列として、該基準配列
    の前記２組のパリティ情報に対応させて、検査対象の生
    物学的物質の配列について前記２組のパリティ情報を求
    め、 前記４組のパリティ情報より前記基準配列に対する前記
    検査対象の生物学的物質の配列の相違部を求めることを
    特徴とする生物学的物質の配列情報の記録方法。
  11. 【請求項１１】 請求項１〜１０の何れか一項に記載の
    記録方法であって、 前記生物学的物質は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又は遺伝子の少
    なくとも一部を構成するヌクレオチドであることを特徴
    とする生物学的物質の配列情報の記録方法。
  12. 【請求項１２】 請求項１〜１０の何れか一項に記載の
    記録方法であって、 前記生物学的物質は、一つのタンパク質の少なくとも一
    部を構成するアミノ酸であることを特徴とする生物学的
    物質の配列情報の記録方法。
  13. 【請求項１３】 生物学的物質の配列情報の記録装置で
    あって、 前記生物学的物質の配列情報を読み取る配列読み取り装
    置と、 前記生物学的物質の配列に対応するテキストデータ、又
    は該テキストデータを所定の規則に従って変換して得ら
    れる数値データを、前記生物学的物質の配列方向に複数
    行で、かつ前記配列方向に交差する非配列方向に複数列
    の長さがｍビット（ｍは１６以上の整数）の部分データ
    に分割するデータ配列手段と、 複数行の前記部分データに各行毎に前記非配列方向にガ
    ロア体ＧＦ（２m ）上の第１の演算を施して第１組のパ
    リティ情報を求めると共に、複数列の前記部分データに
    各列毎に前記配列方向にガロア体ＧＦ（２m ）上の第２
    の演算を施して第２組のパリティ情報を求める演算手段
    と、 前記第１組及び第２組のパリティ情報を記録媒体に記録
    する記録手段とを有することを特徴とする生物学的物質
    の配列情報の記録装置。
  14. 【請求項１４】 請求項１３に記載の記録装置であっ
    て、 前記ガロア体ＧＦ（２m ）上の生成元をαとしたとき、 前記第１組のパリティ情報は、複数行の各行の前記部分
    データにそれぞれ前記非配列方向に順次αsp，
    αs(p+1)，αs(p+2)，…，αs(p+dp)（ｓは０以上の整
    数、ｐは０以上の整数、ｄｐは１以上の整数）を乗算し
    た後、 該演算で得られた複数の積について各行毎に求められた
    和を含み、 前記第２組のパリティ情報は、複数列の各列の前記部分
    データにそれぞれ前記配列方向に順次αtq，αt(q+1)，
    αt(q+2)，…，αt(q+dq)（ｔは０以上の整数、ｑは０
    以上の整数、ｄｑは１以上の整数）を乗算した後、 該演算で得られた複数の積について各列毎に求められた
    和を含むことを特徴とする生物学的物質の配列情報の記
    録装置。
  15. 【請求項１５】 生物学的物質の配列情報を記録したコ
    ンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、 前記生物学的物質の配列に対応するテキストデータ、又
    は該テキストデータを所定の規則に従って変換して得ら
    れる数値データを、前記生物学的物質の配列方向に複数
    行で、かつ前記配列方向に交差する非配列方向に複数列
    の長さがｍビット（ｍは１６以上の整数）の部分データ
    に分割し、 複数行の前記部分データに各行毎に前記非配列方向にガ
    ロア体ＧＦ（２m ）上の第１の演算を施して第１組のパ
    リティ情報を求めると共に、複数列の前記部分データに
    各列毎に前記配列方向にガロア体ＧＦ（２m ）上の第２
    の演算を施して第２組のパリティ情報を求め、 前記生物学的物質の配列に関する情報が、前記第１組及
    び第２組のパリティ情報として記録されたことを特徴と
    するコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
  16. 【請求項１６】 請求項１５に記載の記録媒体であっ
    て、 前記生物学的物質の配列に対応する前記テキストデー
    タ、又は該テキストデータに対応する前記数値データの
    ４０ビット以上の長さの数学的な要約値が更に前記記録
    媒体に記録されたことを特徴とするコンピュータ読み取
    り可能な記録媒体。
  17. 【請求項１７】 生物学的物質の配列情報の供給方法で
    あって、 前記生物学的物質の配列に対応するテキストデータ、又
    は該テキストデータを所定の規則に従って変換して得ら
    れる数値データを保持する供給者が、前記テキストデー
    タ、又はこれに対応する前記数値データを第１ファイル
    に記録して保持する第１ステップと、 前記第１ファイルに記録されている前記テキストデー
    タ、又は該テキストデータに対応する前記数値データ
    を、前記生物学的物質の配列方向に複数行で、かつ前記
    配列方向に交差する非配列方向に複数列の長さがｍビッ
    ト（ｍは１６以上の整数）の部分データに分割し、 複数行の前記部分データに各行毎に前記非配列方向にガ
    ロア体ＧＦ（２m ）上の第１の演算を施して第１組のパ
    リティ情報を求めると共に、複数列の前記部分データに
    各列毎に前記配列方向にガロア体ＧＦ（２m ）上の第２
    の演算を施して第２組のパリティ情報を求める第２ステ
    ップと、 前記供給者が、前記第１組及び第２組のパリティ情報を
    第２ファイルに記録して保持する第３ステップと、 前記生物学的物質の配列情報のユーザが、通信回線を介
    して前記供給者より前記第２ファイルに記録されている
    前記２組のパリティ情報を受け取る第４ステップとを有
    することを特徴とする生物学的物質の配列情報の供給方
    法。
  18. 【請求項１８】 請求項１７に記載の供給方法であっ
    て、 前記ユーザが、前記２組のパリティ情報に基づいて検査
    対象の生物学的物質の配列情報の内の前記供給者の生物
    学的物質の配列情報との相違部を特定する第５ステップ
    と、 該相違部の配列の復元ができない場合に、前記ユーザが
    前記通信回線を介して前記供給者より前記第１ファイル
    に記録されている前記テキストデータ、又は前記数値デ
    ータの内の前記配列の復元ができない部分の配列情報を
    受け取る第６ステップとを有することを特徴とする生物
    学的物質の配列情報の供給方法。
  19. 【請求項１９】 請求項１７又は１８に記載の供給方法
    であって、 前記ガロア体ＧＦ（２m ）上の生成元をαとしたとき、 前記第１組のパリティ情報は、複数行の各行の前記部分
    データにそれぞれ前記非配列方向に順次αsp，
    αs(p+1)，αs(p+2)，…，αs(p+dp)（ｓは０以上の整
    数、ｐは０以上の整数、ｄｐは１以上の整数）を乗算し
    た後、 該演算で得られた複数の積について各行毎に求められた
    和を含み、 前記第２組のパリティ情報は、複数列の各列の前記部分
    データにそれぞれ前記配列方向に順次αtq，αt(q+1)，
    αt(q+2)，…，αt(q+dq)（ｔは０以上の整数、ｑは０
    以上の整数、ｄｑは１以上の整数）を乗算した後、 該演算で得られた複数の積について各列毎に求められた
    和を含むことを特徴とする生物学的物質の配列情報の供
    給方法。
  20. 【請求項２０】 請求項１７、１８、又は１９に記載の
    供給方法であって、 前記供給者は、前記生物学的物質の配列の長さの情報、
    及び前記配列を表すテキストデータ又は前記数値データ
    の数学的な要約値の情報を前記通信回線を介して閲覧可
    能な状態にしておき、 前記ユーザは、前記第４ステップの前に前記通信回線を
    介して前記配列の長さの情報及び前記数学的な要約値の
    情報を閲覧することを特徴とする生物学的物質の配列情
    報の供給方法。
  21. 【請求項２１】 生物学的物質の配列情報の記録方法で
    あって、 前記生物学的物質の配列に対応するテキストデータ、又
    は該テキストデータを所定の規則に従って変換して得ら
    れる数値データを、前記生物学的物質の配列方向に複数
    行で、かつ前記配列方向に交差する非配列方向に複数列
    の長さがｍビット（ｍは１６以上の整数）の部分データ
    に分割し、 前記部分データの最大値をＮｍａｘ、この最大値Ｎｍａ
    ｘよりも大きい素数をＰとして、 複数行の前記部分データに各行毎に前記非配列方向にガ
    ロア体ＧＦ（Ｐ）上の第１の演算を施して第１組のパリ
    ティ情報を求めると共に、 複数列の前記部分データに各列毎に前記配列方向にガロ
    ア体ＧＦ（Ｐ）上の第２の演算を施して第２組のパリテ
    ィ情報を求め、 前記第１組及び第２組のパリティ情報で前記生物学的物
    質の配列を表すことを特徴とする生物学的物質の配列情
    報の記録方法。
  22. 【請求項２２】 請求項２１に記載の記録方法であっ
    て、 前記部分データの最大値Ｎｍａｘは（２m −１）よりも
    小さい値であり、 前記素数Ｐは、 ２m ＞Ｐ＞Ｎｍａｘ の関係を満たすことを特徴とする生物学的物質の配列情
    報の記録方法。
  23. 【請求項２３】 請求項２１又は２２に記載の記録方法
    であって、 前記ガロア体ＧＦ（Ｐ）上の生成元をδとしたとき、 前記第１組のパリティ情報は、複数行の各行の前記部分
    データにそれぞれ前記非配列方向に順次δsp，
    δs(p+1)，δs(p+2)，…，δs(p+dp)（ｓは０以上の整
    数、ｐは０以上の整数、ｄｐは１以上の整数）を乗算し
    た後、 該演算で得られた複数の積について各行毎に求められた
    和を含み、 前記第２組のパリティ情報は、複数列の各列の前記部分
    データにそれぞれ前記配列方向に順次δtq，δt(q+1)，
    δt(q+2)，…，δt(q+dq)（ｔは０以上の整数、ｑは０
    以上の整数、ｄｑは１以上の整数）を乗算した後、 該演算で得られた複数の積について各列毎に求められた
    和を含むことを特徴とする生物学的物質の配列情報の記
    録方法。
  24. 【請求項２４】 生物学的物質の配列情報の供給方法で
    あって、 前記生物学的物質の配列に対応するテキストデータ、又
    は該テキストデータを所定の規則に従って変換して得ら
    れる数値データを保持する供給者が、前記テキストデー
    タ、又はこれに対応する前記数値データを第１ファイル
    に記録して保持する第１ステップと、 前記第１ファイルに記録されている前記テキストデー
    タ、又は該テキストデータに対応する前記数値データ
    を、前記生物学的物質の配列方向に複数行で、かつ前記
    配列方向に交差する非配列方向に複数列の長さがｍビッ
    ト（ｍは１６以上の整数）の部分データに分割し、 前記部分データの最大値をＮｍａｘ、この最大値Ｎｍａ
    ｘよりも大きい素数をＰとして、 複数行の前記部分データに各行毎に前記非配列方向にガ
    ロア体ＧＦ（Ｐ）上の第１の演算を施して第１組のパリ
    ティ情報を求めると共に、複数列の前記部分データに各
    列毎に前記配列方向にガロア体ＧＦ（Ｐ）上の第２の演
    算を施して第２組のパリティ情報を求める第２ステップ
    と、 前記供給者が、前記第１組及び第２組のパリティ情報を
    第２ファイルに記録して保持する第３ステップと、 前記生物学的物質の配列情報のユーザが、通信回線を介
    して前記供給者より前記第２ファイルに記録されている
    前記２組のパリティ情報を受け取る第４ステップとを有
    することを特徴とする生物学的物質の配列情報の供給方
    法。
  25. 【請求項２５】 請求項２４に記載の供給方法であっ
    て、 前記ユーザが、前記２組のパリティ情報に基づいて検査
    対象の生物学的物質の配列情報の内の前記供給者の生物
    学的物質の配列情報との相違部を特定する第５ステップ
    と、 該相違部の配列の復元ができない場合に、前記ユーザが
    前記通信回線を介して前記供給者より前記第１ファイル
    に記録されている前記テキストデータ、又は前記数値デ
    ータの内の前記配列の復元ができない部分の配列情報を
    受け取る第６ステップとを有することを特徴とする生物
    学的物質の配列情報の供給方法。
JP2002114176A 2001-04-18 2002-04-17 生物学的物質の配列情報の記録方法及び装置、前記配列情報の供給方法、並びに前記配列情報を記録した記録媒体 Pending JP2003228565A (ja)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2002114176A JP2003228565A (ja) 2001-04-18 2002-04-17 生物学的物質の配列情報の記録方法及び装置、前記配列情報の供給方法、並びに前記配列情報を記録した記録媒体

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP01921886.6 2001-04-18
EP01921886A EP1313225A1 (en) 2000-04-19 2001-04-18 Nucleotide sequence information, and method and device for recording information on sequence of amino acid
JP2001368002 2001-11-30
JP2001-368002 2001-11-30
JP2002114176A JP2003228565A (ja) 2001-04-18 2002-04-17 生物学的物質の配列情報の記録方法及び装置、前記配列情報の供給方法、並びに前記配列情報を記録した記録媒体

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2003228565A true JP2003228565A (ja) 2003-08-15

Family

ID=27761059

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2002114176A Pending JP2003228565A (ja) 2001-04-18 2002-04-17 生物学的物質の配列情報の記録方法及び装置、前記配列情報の供給方法、並びに前記配列情報を記録した記録媒体

Country Status (1)

Country Link
JP (1) JP2003228565A (ja)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004240975A (ja) * 2003-02-03 2004-08-26 Samsung Electronics Co Ltd Ｄｎａ配列符号化装置及び方法
US7756645B2 (en) 2003-12-16 2010-07-13 Samsung Electronics Co., Ltd. Methods of storing, aligning, and retrieving haplotype data

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004240975A (ja) * 2003-02-03 2004-08-26 Samsung Electronics Co Ltd Ｄｎａ配列符号化装置及び方法
JP4608221B2 (ja) * 2003-02-03 2011-01-12 三星電子株式会社 Ｄｎａ配列符号化装置及び方法
US7756645B2 (en) 2003-12-16 2010-07-13 Samsung Electronics Co., Ltd. Methods of storing, aligning, and retrieving haplotype data

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Lopez et al. DNA assembly for nanopore data storage readout
Organick et al. Probing the physical limits of reliable DNA data retrieval
De Silva et al. New trends of digital data storage in DNA
Pritt et al. FORGe: prioritizing variants for graph genomes
Ong et al. Vaxign2: the second generation of the first Web-based vaccine design program using reverse vaccinology and machine learning
Pride et al. Evolutionary implications of microbial genome tetranucleotide frequency biases
Li et al. PatternHunter II: Highly sensitive and fast homology search
Liberles et al. The adaptive evolution database (TAED)
Farrer et al. De novo assembly of the Pseudomonas syringae pv. syringae B728a genome using Illumina/Solexa short sequence reads
US10956806B2 (en) Efficient assembly of oligonucleotides for nucleic acid based data storage
Faure et al. Comparative genomics and evolution of trans-activating RNAs in Class 2 CRISPR-Cas systems
US20210104298A1 (en) Secure communication of nucleic acid sequence information through a network
Ran et al. Coupling between protein level selection and codon usage optimization in the evolution of bacteria and archaea
Löchel et al. Fractal construction of constrained code words for DNA storage systems
Akhmetov et al. A highly parallel strategy for storage of digital information in living cells
Hormozdiari et al. Privacy preserving protocol for detecting genetic relatives using rare variants
Hallast et al. Assembly of 43 human Y chromosomes reveals extensive complexity and variation
US20040086861A1 (en) Method and device for recording sequence information on nucleotides and amino acids
US20060121493A1 (en) DNA computer and a computation method using the same
Wang et al. Mainstream encoding–decoding methods of DNA data storage
Liu et al. NullSeq: a tool for generating random coding sequences with desired amino acid and GC contents
WO2002086761A1 (fr) Procede et appareil d&#39;enregistrement de donnees sequentielles de substances biologiques
JP2003228565A (ja) 生物学的物質の配列情報の記録方法及び装置、前記配列情報の供給方法、並びに前記配列情報を記録した記録媒体
Volles et al. A computer program for the estimation of protein and nucleic acid sequence diversity in random point mutagenesis libraries
Habib et al. Modified HuffBit compress algorithm–an application of R

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Written amendment

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20050408

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20050408

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20080805

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20081209