JP2003052396A - Method for detecting mutation in test nucleic acid using mismatch-recognition protein - Google Patents

Method for detecting mutation in test nucleic acid using mismatch-recognition protein

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JP2003052396A
JP2003052396A JP2001244782A JP2001244782A JP2003052396A JP 2003052396 A JP2003052396 A JP 2003052396A JP 2001244782 A JP2001244782 A JP 2001244782A JP 2001244782 A JP2001244782 A JP 2001244782A JP 2003052396 A JP2003052396 A JP 2003052396A
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JP
Japan
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nucleic acid
test nucleic
mutation
detecting
mismatch
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Application number
JP2001244782A
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Japanese (ja)
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Naoaki Okamoto
直明 岡本
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Olympus Corp
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Olympus Optical Co Ltd
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Publication date
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  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a method for simply and rapidly detecting a mutation in a test nucleic acid. SOLUTION: This method for detecting the mutation in the test nucleic acid comprises preliminarily labelling at least one selected from the group consisting of the test nucleic acid, a control nucleic acid, and a mismatch-recognition protein with a labelling substance, (1) mixing the test nucleic acid with the control nucleic acid to hybridize the test nucleic acid with the control nucleic acid, (2) reacting the hybridization product obtained in (1) with the mismatch protein, (3) at least measuring the labelled substance as the reaction result with the mismatch-recognition protein described in (2), (4) carrying out such an analysis as at least judging whether the labelled substance is liberated or not, and (5) detecting the mutation in the test nucleic acid on the basis of the analysis result of (4).

Description

【発明の詳細な説明】Detailed Description of the Invention

【0001】[0001]

【発明の属する技術分野】本発明は、被検核酸における
変異を検出する方法に関する。
TECHNICAL FIELD The present invention relates to a method for detecting a mutation in a test nucleic acid.

【0002】[0002]

【従来の技術】核酸塩基における多型および突然変異の
検出は、例えば、変異のない対照核酸と、変異が存在す
ることが疑われる被検核酸とをハイブリダイズし、そこ
にミスマッチ認識蛋白質を反応させることによりミスマ
ッチを検出する方法がある。
2. Description of the Related Art For detecting polymorphisms and mutations in nucleobases, for example, a control nucleic acid having no mutation is hybridized with a test nucleic acid suspected of having a mutation, and a mismatch recognition protein is reacted therewith. There is a method of detecting a mismatch by using the above method.

【0003】ミスマッチ認識蛋白質(一般的にはミスマ
ッチ結合蛋白質とも称される)としては、MutS蛋白
質(特表平9−504699号に記載される)、Mut
M蛋白質(特開2000−300265に記載され
る)、GFP(Green Fluorescence Protein)の結合さ
れたMutS蛋白質(国際出願番号PCT/JP98/
03413に記載される)の使用が報告されている。
As the mismatch recognition protein (generally referred to as a mismatch binding protein), MutS protein (described in Japanese Patent Publication No. 9-504699) and Mut are mentioned.
M protein (described in Japanese Patent Laid-Open No. 2000-300265), MutS protein to which GFP (Green Fluorescence Protein) is bound (International Application No. PCT / JP98 /
The use of (described in 03413) has been reported.

【0004】対照核酸と被検核酸とのミスマッチに結合
したミスマッチ認識蛋白質を検出する手段の例として
は、何れかの核酸またはミスマッチ認識蛋白質を標識物
質により標識し、反応により生じた結合産物に含まれる
標識物質をbound/free分離により支持体に結
合した状態で分離し、その標識物質を検出する方法(特
開2000−300265に記載される)、支持体に固
定化されたミスマッチ認識蛋白質に対してミスマッチを
含む二本鎖核酸を反応させ、それらの何れかに含まれる
標識物質を検出することによりミスマッチを検出する方
法(特表平9−504699号に記載される)、支持体
に固定化されたミスマッチを含む二本鎖核酸に対して標
識されたミスマッチ認識蛋白質を結合させそれを検出す
る方法(国際出願番号PCT/JP98/03413に
記載される)、およびミスマッチを含む二本鎖核酸に対
して標識されたミスマッチ認識蛋白質を結合させ、これ
を基板上に固定し、これを原子間力顕微鏡を用いて観察
し、ミスマッチの検出を行う方法(Tanigawa,M.,et al,
Nucleic Aced Res.28,E38(2000))などが報告されてい
る。
As an example of means for detecting a mismatch recognition protein bound to a mismatch between a control nucleic acid and a test nucleic acid, any nucleic acid or mismatch recognition protein is labeled with a labeling substance and contained in a binding product generated by the reaction. A method for separating a labeled substance to be bound to a support by bound / free separation and detecting the labeled substance (described in JP 2000-300265 A), for a mismatch recognition protein immobilized on the support. By reacting a double-stranded nucleic acid containing a mismatch by detecting a labeling substance contained in any of them (described in Japanese Patent Publication No. 9-50469) and immobilized on a support. A method for binding a labeled mismatch recognition protein to a double-stranded nucleic acid containing the identified mismatch and detecting it (International Application No. PCT / JP98 / 03413), and a mismatch recognition protein labeled to a double-stranded nucleic acid containing a mismatch, which is immobilized on a substrate and observed using an atomic force microscope. Method to detect mismatches (Tanigawa, M., et al,
Nucleic Aced Res. 28, E38 (2000)) has been reported.

【0005】これら従来の方法では、ミスマッチ認識蛋
白質を用いてミスマッチを検出するために、支持体また
は基板への固定や、bound/free分離などの煩
雑な操作が必要である。また、原子間力顕微鏡で観察す
る場合には、煩雑且つ専門的な技術を要する標本の作製
が必要である上に、観察されるミスマッチ蛋白質を複数
同時に使用し、それらを識別しながら検出することは困
難である。
In these conventional methods, in order to detect a mismatch using a mismatch recognition protein, a complicated operation such as fixing to a support or a substrate and bound / free separation is required. In addition, when observing with an atomic force microscope, it is necessary to prepare a complicated sample that requires specialized techniques, and at the same time, use multiple mismatched proteins to be observed and detect them while distinguishing them. It is difficult.

【0006】[0006]

【発明が解決しようとする課題】このような状況に鑑
み、本発明の目的は、簡便且つ迅速に、被検核酸におけ
る変異を検出する方法を提供することである。
In view of such circumstances, an object of the present invention is to provide a method for simply and quickly detecting a mutation in a test nucleic acid.

【0007】[0007]

【課題を解決するための手段】発明者らは鋭意研究の結
果、上記目的を達成する手段を見出した。即ち、被検核
酸における変異を検出する方法であって、ここで、被検
核酸、対照核酸およびミスマッチ認識蛋白質からなる群
より選択された少なくとも1は、予め標識物質によって
標識されており、並びに、(1)被検核酸と対照核酸を
混合し、ハイブリダイゼーションを行うこと;(2)
(1)で得られたハイブリダイゼーション産物とミスマ
ッチ蛋白質を反応すること、(3)少なくとも(2)に
記載のミスマッチ蛋白質による反応結果として標識物質
を測定すること、(4)(3)の標識物質の測定データ
に基づいて、当該標識物質が遊離しているか否かを少な
くとも判断するような解析を行うこと、および(5)
(4)の解析結果に基づいて前記被検核酸における変異
を検出すること、を具備する被検核酸における変異を検
出する検出方法である。
As a result of earnest research, the inventors have found means for achieving the above object. That is, a method of detecting a mutation in a test nucleic acid, wherein at least one selected from the group consisting of a test nucleic acid, a control nucleic acid and a mismatch recognition protein is labeled with a labeling substance in advance, and (1) Mixing a test nucleic acid and a control nucleic acid and performing hybridization; (2)
Reacting the mismatching protein with the hybridization product obtained in (1), (3) measuring a labeling substance as a reaction result of the mismatching protein according to at least (2), (4) labeling substance of (3) An analysis to at least determine whether or not the labeled substance is free based on the measurement data of (5)
A method for detecting a mutation in a test nucleic acid, comprising detecting a mutation in the test nucleic acid based on the analysis result of (4).

【0008】[0008]

【発明の実施の形態】1.概要 本発明に従うと、ミスマッチ認識蛋白質を用いて、被検
核酸における変異を検出する方法が提供される。
BEST MODE FOR CARRYING OUT THE INVENTION 1. Overview According to the present invention, a method for detecting a mutation in a test nucleic acid using a mismatch recognition protein is provided.

【0009】ミスマッチ認識蛋白質とは、一般的にはミ
スマッチ結合蛋白質とも称され、以下のような機能を有
する蛋白質である。生物におけるDNA複製の際に生じ
る誤った塩基対合(即ち、ミスマッチ)のほとんどは複
製装置のもつ校正機能によって校正されるが、更に、生
物は校正後に残った僅かなミスマッチを除去するための
システムを有している。即ち、そのような僅かなミスマ
ッチを除去するためのシステムとしてのミスマッチ修復
において機能するのが、ミスマッチ認識蛋白質である。
本発明で使用可能なミスマッチ認識蛋白質は、二本鎖核
酸におけるミスマッチを認識し、そのミスマッチ部位に
結合することが可能なそれ自身公知の何れかのミスマッ
チ認識蛋白質であればよい。
[0009] The mismatch recognition protein is generally called a mismatch binding protein and is a protein having the following functions. Most of the erroneous base pairing (ie, mismatches) that occur during the replication of DNA in organisms are calibrated by the proofreading function of the replicator, and in addition, the organism is a system for removing the slight mismatches that remain after calibration. have. That is, it is the mismatch recognition protein that functions in mismatch repair as a system for removing such slight mismatches.
The mismatch recognition protein that can be used in the present invention may be any mismatch recognition protein known per se capable of recognizing a mismatch in a double-stranded nucleic acid and binding to the mismatch site.

【0010】本発明の態様では、被検核酸と対照核酸と
の間でハイブリダイゼーションを行い、ハイブリダイゼ
ーションされた被検核酸と対照核酸とからなる二本鎖に
おいて生じたミスマッチに対して、上記のようなミスマ
ッチ認識蛋白質を反応させる。このときに、被検核酸、
対照核酸およびミスマッチ認識蛋白質から選択される少
なくとも1に対して、光学的に検出可能な標識物質によ
る標識が予めなされている。従って、前記標識物質から
の検出可能な光信号を検出することにより、複数の経過
時点での該標識物質の位置変化を測定し、解析すること
によって、前記被検核酸における変異を検出することが
可能となる。
In an embodiment of the present invention, hybridization is performed between a test nucleic acid and a control nucleic acid, and the above-mentioned mismatch generated in the double strand composed of the hybridized test nucleic acid and the control nucleic acid is treated as described above. Such a mismatch recognition protein is reacted. At this time, the test nucleic acid,
At least one selected from the control nucleic acid and the mismatch recognition protein is labeled with an optically detectable labeling substance in advance. Therefore, by detecting a detectable optical signal from the labeling substance, the positional change of the labeling substance at a plurality of elapsed time points can be measured and analyzed to detect a mutation in the test nucleic acid. It will be possible.

【0011】2.用語 ここで使用される「被検核酸」の語は、多型または変異
の有無を検出するべき核酸を示す。ここで使用される
「変異」の語は、種々の多型および突然変異を示す。
2. The term "test nucleic acid" as used herein refers to a nucleic acid whose presence or absence of a polymorphism or mutation is to be detected. The term "mutation" as used herein refers to various polymorphisms and mutations.

【0012】ここで使用される「対照核酸」の語は、あ
る特定の塩基配列に関して、標準的な塩基配列、例え
ば、標準的な遺伝子型、であるとされる野生型(即ち、w
ild type;正常型、normal typeとも称される)の配列を
有する核酸をいう。対照核酸の塩基配列は、被検核酸の
変異部位の配列を除く塩基配列と互いに相補的である。
As used herein, the term "control nucleic acid" refers to a standard base sequence, for example, a standard genotype, to a wild type (ie w
ild type; also referred to as a normal type). The base sequence of the control nucleic acid is complementary to the base sequence of the test nucleic acid excluding the sequence of the mutation site.

【0013】被検核酸および対照核酸を含む「核酸」
は、天然物由来の核酸であっても、人工的に合成された
核酸であってもよい。ここで「核酸」の語は、任意の単
純ヌクレオチド及び/又は修飾ヌクレオチドを含むポリ
ヌクレオチドであってよい。これらの核酸は、典型的に
は、cDNA、ゲノムDNA、及び合成DNAなどのD
NA、並びにmRNA、全RNA、hnRNA、及び合
成RNAなどのRNAである。また、本発明において
「ポリヌクレオチド」とは、便宜的にポリヌクレオチド
およびオリゴヌクレオチド、並びにペプチド核酸、モル
ホリノ核酸、メチルフォスフォネート核酸、S-オリゴ
核酸などの人工合成核酸も指称するものとする被検核酸
および対照核酸は、試験実施者が自由に選択することが
できる。更に、検出を行う際には、これらの核酸が混在
していてもよい。
“Nucleic acid” including test nucleic acid and control nucleic acid
May be a nucleic acid derived from a natural product or an artificially synthesized nucleic acid. Here, the term "nucleic acid" may be a polynucleotide containing any simple and / or modified nucleotides. These nucleic acids are typically D, such as cDNA, genomic DNA, and synthetic DNA.
NA and RNA such as mRNA, total RNA, hnRNA, and synthetic RNA. Further, in the present invention, the term “polynucleotide” refers to polynucleotides and oligonucleotides, and artificially synthesized nucleic acids such as peptide nucleic acid, morpholino nucleic acid, methylphosphonate nucleic acid, and S-oligonucleic acid for convenience. The test nucleic acid and the control nucleic acid can be freely selected by the tester. Furthermore, these nucleic acids may be mixed when performing detection.

【0014】また、被検核酸をヒトを含む動物である対
象から抽出する場合、当該対象からの所望の組織、臓器
および細胞などのサンプルからそれ自身公知の方法によ
り核酸を抽出してもよく、抽出の後に所望に応じて、核
酸断片の大きさおよび精製純度などの条件を適度な状態
に調製してもよく、その後更に、一般的なポリメラーゼ
連鎖反応(即ち、PCR)などによる増幅反応を行って
増幅させてもよい。
When the test nucleic acid is extracted from a subject which is an animal including human, the nucleic acid may be extracted from a desired tissue, organ or cell sample from the subject by a method known per se, After extraction, if necessary, conditions such as size of nucleic acid fragment and purification purity may be adjusted to an appropriate state, and then amplification reaction by general polymerase chain reaction (ie, PCR) is performed. You may make it amplify.

【0015】被検核酸および対照核酸は、一本鎖であっ
ても二本鎖であってもよい。一本鎖の場合は、混合した
後に適切な条件においてハイブリダイゼーションを行え
ばよい。二本鎖の場合には、混合した後に、加熱または
アルカリ処理などの化学処理など、それ自身公知の手段
により変性を行い、一本鎖にした後にハイブリダイゼー
ションを行えばよい。
The test nucleic acid and the control nucleic acid may be single-stranded or double-stranded. In the case of a single strand, hybridization may be carried out under suitable conditions after mixing. In the case of a double strand, after mixing, denaturation may be carried out by a means known per se such as heating or a chemical treatment such as alkali treatment to form a single strand and then hybridization.

【0016】上述の通り、本発明に従って使用できるミ
スマッチ認識蛋白質は、当業者に公知の何れのものも使
用できる。例えば、そのようなミスマッチ認識蛋白質
は、MutM、MutSおよびそれらの類似体などであ
り、以下の文献などに既に開示されている;Radman,M.e
t al.,Annu.Rev.Genet.20:523-538(1986);Radaman,M.et
al.,Sci.Amer.,August 1988,pp40-46;Modrich,P.,J.Bi
ol.Chem.264:6597-6600(1989); Lahue,R.S. et al.,S
cience 245:160-164(1988);Jiricny,J.et al,.Nucl.Aci
ds Res.16:7843-7853(1988);Su,S.S.et al.,J.Biol.Che
m.263;6829-6835(1988);Lahue,R.S.et al.,Mutat.Res.1
98:37-43(1988);Dohet,C.et al.,Mol.Gen.Gent.206:181
-184(1987); Jones,M.et al.,Gentics 115:605-610(19
87); Salmonella typhimuriumのMuts(Lu,A.L.,G
enetics 118:593-600(1988);HaberL.T. et al.,J.Bacte
riol.170:197-202(1988);Pang,P.P.et al.,J.Bacterio
l.163:1007-1015(1985));およびPriebe S.D.et al.,J.
Bacterilo.170:190-196(1988)。
As described above, the mismatch recognition protein that can be used in accordance with the present invention may be any of those known to those skilled in the art. For example, such mismatch recognition proteins include MutM, MutS, and analogs thereof, which have already been disclosed in the following documents; Radman, Me.
t al., Annu. Rev. Genet. 20: 523-538 (1986); Radaman, M.et
al., Sci.Amer., August 1988, pp40-46; Modrich, P., J.Bi
ol.Chem.264: 6597-6600 (1989); Lahue, RS et al., S
cience 245: 160-164 (1988); Jiricny, J. et al ,. Nucl. Aci
ds Res. 16: 7843-7853 (1988); Su, S Set al., J. Biol. Che
m.263; 6829-6835 (1988); Lahue, R Set al., Mutat.Res.1
98: 37-43 (1988); Dohet, C. et al., Mol. Gen. Gent. 206: 181.
-184 (1987); Jones, M. et al., Gentics 115: 605-610 (19
87); Muts of Salmonella typhimurium (Lu, AL, G
enetics 118: 593-600 (1988); Haber L.T. et al., J. Bacte
riol. 170: 197-202 (1988); Pang, PP et al., J. Bacterio.
l.163: 1007-1015 (1985)); and Priebe SD et al., J.
Bacterilo. 170: 190-196 (1988).

【0017】本発明の態様において使用される光学的に
検出可能な標識物質は、レーザー照射またはそれ自身の
エネルギーによって、蛍光または発光などの光信号を生
じる蛍光物質および発光物質などである。
The optically detectable labeling substance used in the embodiment of the present invention includes a fluorescent substance and a luminescent substance which generate an optical signal such as fluorescence or luminescence by laser irradiation or energy of itself.

【0018】本発明の態様において使用される光信号検
出装置は、複数の経過時点での標識物質の位置変化を光
学的に測定可能な装置であればよい。例えば、蛍光物質
を標識物質として使用する場合、蛍光相関分光法(以
下、FCSと略す;Fluorescence Correlation Spectro
scopy)、または蛍光クロス相関分光法(FluorescenceC
ross Correlation Spectroscopy)を使用することが好
ましい。
The optical signal detecting device used in the embodiment of the present invention may be any device capable of optically measuring the positional change of the labeling substance at a plurality of time points. For example, when a fluorescent substance is used as a labeling substance, fluorescence correlation spectroscopy (hereinafter abbreviated as FCS; Fluorescence Correlation Spectroscopy)
scopy), or fluorescence cross-correlation spectroscopy (FluorescenceC
It is preferable to use ross Correlation Spectroscopy).

【0019】3.蛍光相関分光法 本発明に従って使用される蛍光相関分光法(即ち、FC
S)は、蛍光で標識した標的分子の媒質中におけるゆら
ぎ運動を測定し、自己相関関数(Autocorrelation funct
ion)を用いることにより、個々の標的分子の微小運動を
正確に測定する技術である(参照文献:D.Magde and E.
Elson, “Fluorescence correlation spectroscopy. I
I. An experimental realization”, Biopolymers 1974
13(1) 29-61)。
3. Fluorescence Correlation Spectroscopy Fluorescence Correlation Spectroscopy (ie FC
S) is a measurement of the fluctuation motion of a fluorescently labeled target molecule in a medium, and the autocorrelation function
is a technique for accurately measuring the micromotion of individual target molecules by using (ion) (Reference: D. Magde and E.
Elson, “Fluorescence correlation spectroscopy. I
I. An experimental realization ”, Biopolymers 1974
13 (1) 29-61).

【0020】本発明に従って使用されるFCSは、溶液
中の蛍光分子のブラウン運動をレーザー共焦点顕微鏡系
により微小領域で捉えることによって、蛍光強度のゆら
ぎから拡散時間を解析し、物理量(分子の数、大きさ)
を測定することにより実行される。このような微小な領
域で分子ゆらぎを捕えるFCSによる解析は、高感度、
特異的に分子間相互作用を検出する上で有効である。
The FCS used according to the present invention analyzes the Brownian motion of fluorescent molecules in a solution in a minute region by a laser confocal microscope system, analyzes the diffusion time from the fluctuation of the fluorescence intensity, and analyzes the physical quantity (number of molecules). ,size)
Is carried out by measuring Analysis by FCS that captures molecular fluctuations in such a minute region has high sensitivity,
It is effective in specifically detecting intermolecular interactions.

【0021】本発明に従って実行されるFCSによる検
出の原理を更に詳しく説明する。FCSでは、試料中の
微小視野領域から発生する蛍光信号を検出解析する。こ
の時、媒質中の蛍光標識した標的分子は常に運動してい
る(即ち、ブラウン運動)。従って、標的分子がこの微
小視野領域内に進入する頻度および前記領域内に留まる
時間に応じて、検出される蛍光強度が変化する。例え
ば、2量体化が生じて見かけの分子量が増大すれば、標
的分子の運動は遅くなり、見かけの分子数は減少する。
その結果、微小視野領域内に入ってくる頻度は低下し、
観察される蛍光強度が変化する。このような蛍光強度の
変化をモニターすることにより、標的分子の見かけの分
子量変化が追跡できる。
The principle of FCS detection implemented in accordance with the present invention will be described in more detail. The FCS detects and analyzes the fluorescence signal generated from the microscopic field region in the sample. At this time, the fluorescently labeled target molecule in the medium is constantly moving (that is, Brownian motion). Therefore, the detected fluorescence intensity changes depending on the frequency with which the target molecule enters this microscopic visual field region and the time for which the target molecule remains in the microscopic visual field region. For example, if dimerization occurs and the apparent molecular weight increases, the movement of the target molecule slows down and the apparent number of molecules decreases.
As a result, the frequency of entering the microscopic field area decreases,
The observed fluorescence intensity changes. By monitoring such changes in fluorescence intensity, changes in the apparent molecular weight of the target molecule can be tracked.

【0022】4.蛍光相関分析装置 以下、本発明の方法において使用され得る蛍光相関分析
装置の例を、図1を参照して説明する。図1に示すよう
に、蛍光相関分光装置は、レーザー光源1と、前記レー
ザー光源1からの光ビームの強度を減弱する光強度調節
手段(ここでは、NDフィルタ)2と、適切な光強度調
節手段2を設定する光減弱選択装置(ここでは、NDフ
ィルタチェンジャー)3と前記レーザ光源1からの光ビ
ームを前記試料に集光し、共焦点領域を形成する光学系
4、5と、蛍光分子を含有する試料を載せたステージ6
と、前記試料からの蛍光を集光する光学系7〜11と、
集光した蛍光を検出する光検出器12と、蛍光強度の変
化を記録する蛍光強度記録手段とからなる。このよう
に、蛍光相関分析装置は、共焦点レーザ顕微鏡系を応用
したものである。図1において、光源のレーザー(1)
は、アルゴンレーザー、ヘリウム−ネオンレーザー、ク
リプトン、ヘリウム−カドミウムなど、何れであっても
よい。
4. Fluorescence Correlation Analyzer An example of a fluorescence correlation analyzer that can be used in the method of the present invention will be described below with reference to FIG. As shown in FIG. 1, the fluorescence correlation spectroscopy apparatus includes a laser light source 1, a light intensity adjusting means (an ND filter here) 2 for reducing the intensity of a light beam from the laser light source 1, and an appropriate light intensity adjustment. A light attenuation selection device (here, an ND filter changer) 3 for setting the means 2, and optical systems 4 and 5 for converging the light beam from the laser light source 1 on the sample to form a confocal region, and fluorescent molecules 6 with a sample containing
And optical systems 7 to 11 for collecting fluorescence from the sample,
It comprises a photodetector 12 for detecting the collected fluorescence and a fluorescence intensity recording means for recording the change in the fluorescence intensity. As described above, the fluorescence correlation analyzer is an application of the confocal laser microscope system. In FIG. 1, the laser light source (1)
May be an argon laser, a helium-neon laser, a krypton, a helium-cadmium, or the like.

【0023】図1において、レーザー光源からの光ビー
ムを前記試料に集光し、共焦点領域を形成する光学系
4、5は、具体的にはダイクロイックミラー4、および
対物レンズ5を意味する。レーザ光源1からの光ビーム
は、図1中の矢印で示すような経路で、先ず、蛍光強度
調節手段(ここでは、NDフィルタ)2の減弱度に従っ
てその強度が減弱され、次いでダイクロイックミラー4
により入射光に対して90度のステージ方向に屈折し、
対物レンズ5を通ってステージ6上の試料に照射され
る。このようにして光ビームは、微小な1点で前記試料
に集光され共焦点領域が形成される。
In FIG. 1, the optical systems 4 and 5 for converging the light beam from the laser light source on the sample to form a confocal region specifically mean the dichroic mirror 4 and the objective lens 5. The light beam from the laser light source 1 is first attenuated according to the attenuation degree of the fluorescence intensity adjusting means (here, the ND filter) 2 along the path shown by the arrow in FIG. 1, and then the dichroic mirror 4 is used.
Refracts in the direction of the stage at 90 degrees to the incident light,
The sample on the stage 6 is irradiated through the objective lens 5. In this way, the light beam is focused on the sample at one minute point to form a confocal region.

【0024】本発明においてステージ6の試料は、被検
核酸、対照核酸およびミスマッチ認識蛋白質を含む溶液
である。ここで、所望に応じて、被検核酸、対照核酸お
よびミスマッチ認識蛋白質からなる群より選択された少
なくとも1が蛍光標識されている。
In the present invention, the stage 6 sample is a solution containing a test nucleic acid, a control nucleic acid and a mismatch recognition protein. Here, if desired, at least one selected from the group consisting of a test nucleic acid, a control nucleic acid, and a mismatch recognition protein is fluorescently labeled.

【0025】図1において、共焦点領域内の蛍光分子か
ら放射された蛍光を集光する光学系7〜11は、具体的
には、フィルタ7、チューブレンズ8を経て、反射鏡9
により屈折し、ピンホール10に結像した後、レンズ1
1を通過して光検出器12に集光される。
In FIG. 1, the optical systems 7 to 11 for collecting the fluorescence emitted from the fluorescent molecules in the confocal region are, specifically, the filter 7, the tube lens 8 and the reflecting mirror 9.
After being refracted by the lens and focused on the pinhole 10, the lens 1
The light passes through 1 and is focused on the photodetector 12.

【0026】集光された蛍光を検出する光検出器(ここ
では、アバランシャルフォトダイオード)12は、受容
した光信号を電気信号に変換し、蛍光強度記録手段(こ
こでは、コンピュータ)13に送信する。
A photodetector (here, avalanche photodiode) 12 for detecting the collected fluorescence converts the received light signal into an electric signal and sends it to a fluorescence intensity recording means (here, computer) 13. To do.

【0027】蛍光強度の変化を記録する蛍光強度記録手
段13は、伝達された蛍光強度データの記録・解析を行
う。具体的には、この蛍光強度データの解析により自己
相関関数を設定する。蛍光分子(例えば、蛍光標識化被
検核酸、蛍光標識化対照核酸および蛍光標識化ミスマッ
チ認識蛋白質)の動きによる分子量の増大および分子数
の減少、あるいは蛍光分子のDNA特定領域への結合に
よる分子数の減少などは、自己相関関数の変化により検
出することができる。
The fluorescence intensity recording means 13 for recording the change in fluorescence intensity records and analyzes the transmitted fluorescence intensity data. Specifically, the autocorrelation function is set by analyzing the fluorescence intensity data. Increase in molecular weight and decrease in number of molecules due to movement of fluorescent molecules (eg, fluorescent-labeled test nucleic acid, fluorescent-labeled control nucleic acid and fluorescent-labeled mismatch recognition protein), or number of molecules due to binding of fluorescent molecule to specific DNA region Can be detected by a change in the autocorrelation function.

【0028】上述のFCSを行うための装置も本発明の
範囲に含まれる。
An apparatus for performing the above-mentioned FCS is also included in the scope of the present invention.

【0029】5.例 以下、例を示し本発明の態様を説明する。しかしなが
ら、これらの例は、例示を目的するものである。従っ
て、これらの例により本発明が制限されると解釈される
べきではない。
5. EXAMPLES Hereinafter, the embodiments of the present invention will be described with reference to examples. However, these examples are for illustrative purposes. Therefore, these examples should not be construed as limiting the invention.

【0030】例 (1)ミスマッチ認識蛋白質を標識する方法 図2を用いて、本発明の第一の態様を説明する。Example (1) Method for labeling mismatch recognition protein The first aspect of the present invention will be described with reference to FIG.

【0031】まず、サンプルより抽出した対照核酸21
を増幅反応によって大量に調製する(図2(A))。同様
に、サンプルより抽出した被検核酸22を増幅反応によ
って大量に調製する(図2(B))。
First, the control nucleic acid 21 extracted from the sample
Is prepared in a large amount by an amplification reaction (FIG. 2 (A)). Similarly, a large amount of the test nucleic acid 22 extracted from the sample is prepared by an amplification reaction (FIG. 2 (B)).

【0032】対照核酸21と被検核酸22を混ぜ合わせ
た後、加熱または化学処理などによってそれぞれを1本
鎖にする。続いて、冷却、または再び2本鎖を形成する
溶媒に戻すことなどによって、対照核酸21と被検核酸
22のクロスハイブリダイゼーションを行う(図2
(C))。クロスハイブリダイゼーションの結果、対照核
酸と被検核酸に塩基配列の違いがなければミスマッチの
ないハイブリダイゼーション産物23、対照核酸と被検
核酸に塩基配列の違いがあればミスマッチのあるハイブ
リダイゼーション産物24とが生じる(図2(C))。
After the control nucleic acid 21 and the test nucleic acid 22 are mixed, each is made into a single strand by heating or chemical treatment. Subsequently, the control nucleic acid 21 and the test nucleic acid 22 are cross-hybridized by cooling or returning to a solvent that forms a double strand again (FIG. 2).
(C)). As a result of cross-hybridization, if there is no difference in the base sequence between the control nucleic acid and the test nucleic acid, there is no mismatched hybridization product 23; if there is a difference in the base sequence between the control nucleic acid and the test nucleic acid, then there is a mismatched hybridization product 24 Occurs (FIG. 2 (C)).

【0033】FCSによる観察を行いながら、クロスハ
イブリダイゼーションにより生じた産物に対して、予め
蛍光物質26により標識されたミスマッチ認識蛋白質2
5を加え、前述の特許公開公報および文献に記載された
適切な条件またはそれ以外のそれ自身公知の適切な条件
で反応する(図2(D))。例えば、そのような反応は約
25〜約37℃で行われる。その結果、ミスマッチ部位
がある場合には、その部位にミスマッチ認識蛋白質が結
合し、FCSにより観察される蛍光分子の動きに変化が
生じ、被検核酸における変異が検出される。
While observing with FCS, the mismatch recognition protein 2 labeled with the fluorescent substance 26 in advance for the product generated by cross-hybridization
5 is added, and the reaction is carried out under the appropriate conditions described in the aforementioned patent publications and documents or other appropriate conditions known per se (FIG. 2 (D)). For example, such a reaction is conducted at about 25 to about 37 ° C. As a result, when there is a mismatch site, the mismatch recognition protein binds to the site, the movement of the fluorescent molecule observed by FCS is changed, and the mutation in the test nucleic acid is detected.

【0034】(2)標識のバリエーション 図3を用いて、本発明の他の態様を説明する。標識対照
となる分子と反応産物を除いて、(1)に記載の方法と
同様に検出を行うことが可能である。
(2) Variation of Marking Another embodiment of the present invention will be described with reference to FIG. Detection can be performed in the same manner as in the method described in (1), except for the molecule serving as a label control and the reaction product.

【0035】図3(A)から図3(D)には、夫々異な
る態様を示す。それらは、各々、ハイブリダイゼーショ
ンおよびミスマッチ認識蛋白質の結合反応後に得られる
反応溶液中に存在する分子、即ち、a、bおよびcを示
す。
3 (A) to 3 (D) show different modes. They respectively represent the molecules present in the reaction solution obtained after the hybridization and the binding reaction of the mismatch recognition protein, ie a, b and c.

【0036】図3(A)に示す態様では、対照核酸32
に対して蛍光物質34で標識し、被検核酸31およびミ
スマッチ認識蛋白質33には標識を行わない態様であ
る。1つの検出系において、異なる配列を有する対照核
酸32を複数種類存在させ、該対照核酸32の種類毎に
異なる蛍光波長の蛍光物質を標識すれば、それらに関連
する被検核酸の変異を同時に検出することが可能であ
る。また、一種類のミスマッチ認識蛋白質を用いて複数
の項目に対して同時に行うことが可能である。
In the embodiment shown in FIG. 3A, the control nucleic acid 32
On the other hand, the fluorescent substance 34 is used for labeling, and the test nucleic acid 31 and the mismatch recognition protein 33 are not labeled. In one detection system, a plurality of types of control nucleic acids 32 having different sequences are present, and a fluorescent substance having a different fluorescence wavelength is labeled for each type of the control nucleic acids 32, whereby mutations of the test nucleic acid related thereto are detected simultaneously. It is possible to Further, it is possible to simultaneously perform a plurality of items by using one kind of mismatch recognition protein.

【0037】図3(B)に示す態様では、被検核酸31
に対して蛍光物質34で標識し、対照核酸32およびミ
スマッチ認識蛋白質33には標識を行わない態様であ
る。
In the embodiment shown in FIG. 3B, the test nucleic acid 31
However, the control nucleic acid 32 and the mismatch recognition protein 33 are not labeled with the fluorescent substance 34.

【0038】図3(C)に示す態様では、対照核酸32
に対して蛍光物質34で標識し、更に、蛍光物質34と
は異なる蛍光波長を有する蛍光物質35によってミスマ
ッチ認識蛋白質33に対しても標識を行い、被検核酸3
1に対しては標識を行わない態様である。
In the embodiment shown in FIG. 3C, the control nucleic acid 32
With the fluorescent substance 34, and with the fluorescent substance 35 having a fluorescence wavelength different from that of the fluorescent substance 34, the mismatch recognition protein 33 is also labeled.
No. 1 is not labeled.

【0039】図3(D)に示す態様では、被検核酸31
に対して蛍光物質34で標識し、更に、蛍光物質34と
は異なる蛍光波長を有する蛍光物質35によってミスマ
ッチ認識蛋白質33に対しても標識を行い、対照核酸3
2に対しては標識を行わない態様である。
In the embodiment shown in FIG. 3D, the test nucleic acid 31
Is labeled with a fluorescent substance 34, and the mismatch recognition protein 33 is also labeled with a fluorescent substance 35 having a fluorescence wavelength different from that of the fluorescent substance 34.
No. 2 is not labeled.

【0040】これらのように複数の分子に同時に標識を
行うことにより、複数の項目、例えば、異なる遺伝子座
における変異および異なる遺伝子型を同時に解析するこ
とが可能である。また、蛍光クロス相関分光法での解析
も可能である。
By simultaneously labeling a plurality of molecules as described above, it is possible to simultaneously analyze a plurality of items, for example, mutations at different loci and different genotypes. Further, analysis by fluorescence cross correlation spectroscopy is also possible.

【0041】また、以上のように標識して本検出を行っ
た場合に得られる産物は、図3に示す通りである。ミス
マッチが存在しない場合には、図3(A)のaに示す通
り、被検核酸31と対照核酸32との二本鎖が得られ
る。また、ミスマッチが存在していれば、図3(A)の
bに示す通り、被検核酸31と対照核酸32との二本鎖
が得られるミスマッチ部位に対してミスマッチ認識蛋白
質が結合した複合体が得られる。
Further, the products obtained by carrying out the main detection with labeling as described above are as shown in FIG. When no mismatch exists, a double strand of the test nucleic acid 31 and the control nucleic acid 32 is obtained as shown in a of FIG. 3 (A). If a mismatch exists, as shown in FIG. 3 (b), a complex in which a mismatch recognition protein is bound to a mismatch site where a double strand of the test nucleic acid 31 and the control nucleic acid 32 is obtained. Is obtained.

【0042】また、更なる応用として、1つの検出系に
おいて、対照核酸を複数種類用いて、且つその種類毎に
蛍光波長の異なる蛍光物質により標識すれば、複数の変
異部位について同時に検出することが可能である。
As a further application, if a plurality of control nucleic acids are used in one detection system and labeled with fluorescent substances having different fluorescence wavelengths for each type, a plurality of mutation sites can be detected simultaneously. It is possible.

【0043】蛍光相関分光法または蛍光クロス相関分光
法を用いて測定を行えば、洗浄操作および支持体への固
定などの操作を必要とせず、また容器に入った液中のま
まで不可侵の状態を維持しながら試料を扱うことが可能
であり、その測定に要する時間も従来の方法に比較して
短い。
When the measurement is carried out using fluorescence correlation spectroscopy or fluorescence cross-correlation spectroscopy, operations such as washing operation and fixing to a support are not required, and the solution in the container remains inviable. It is possible to handle the sample while maintaining the state, and the time required for the measurement is shorter than that of the conventional method.

【0044】(3)自動検出装置 更に、本発明は、光信号検出装置による被検核酸におけ
る変異をコンピュータの管理の下で、2以上の段階的な
反応に試料を供した状態の各反応試料を得るような各種
流体の反応試料の反応容器46への分注から、継時的且
つ光学的観察で得たデータの解析までを自動で行う自動
検出装置も提供する。
(3) Automatic detection device Furthermore, the present invention provides each reaction sample in a state in which the sample is subjected to two or more stepwise reactions under the control of a computer for mutation in the test nucleic acid by the optical signal detection device. There is also provided an automatic detection device that automatically performs from the dispensing of reaction samples of various fluids into the reaction container 46 to the analysis of data obtained by continuous and optical observation.

【0045】本発明の態様である自動検出装置において
使用される光信号検出装置は、上述した何れの測定すべ
き核酸分子に、標識された標識物質の測定データに基づ
いて、当該標識物質が液相中に遊離しているか、或いは
ハイブリダイズして複合体を形成しているか否かを少な
くとも判断し得るような測定および解析を行うように構
成されていることが重要である。そのような測定装置に
ついては、標識物質の分子量の運動力学的な計測を利用
するのが好ましく、一例としては、複数の装置、即ち、
経過時点での標識物質の位置変化を光学的に測定可能な
装置であればよい。なお、以下の説明においては、FC
Sを用いた例について説明するが、本発明はFCSに限
定されるものではない。
The optical signal detection device used in the automatic detection device according to the embodiment of the present invention is a liquid phase detector in which any of the above-mentioned nucleic acid molecules to be measured is labeled based on the measurement data of the labeled substance. It is important that the measurement and analysis be performed so that it can at least determine whether it is free in the phase or hybridizes to form a complex. For such a measuring device, it is preferable to use kinematic measurement of the molecular weight of the labeling substance, and as an example, a plurality of devices, that is,
Any device can be used as long as it can optically measure the change in the position of the labeling substance at the elapsed time. In the following description, FC
An example using S will be described, but the present invention is not limited to FCS.

【0046】そのような自動検出装置の例は、図4に示
す通りである。即ち、そのような装置は、一般的に使用
される構成要素(例えば、記憶部およびRAMなど各種
メモリ、メモリに収納されたプログラム、キーボードな
どの入力部、並びにCPUなどの制御部など)を備える
とともに結果などを表示するためのモニターなどの表示
部を具備するコンピュータ42と、FCS測定を行うた
めのFCS測定装置41と、前記FCS測定装置41に
より得られたデータを解析するための解析装置と、反応
容器に対して流体の添加を行う分注器45と、反応容器
内で2以上の反応を順次行うことができ、且つFCS測
定の対象となる試料を維持する反応容器46、前記反応
の温度を制御する温度制御装置42を具備し、且つそれ
らの構成要素は互いに接続され、夫々の動作は、コンピ
ュータに記憶されたコンピュータにより利用できる種々
のプログラムに従って制御される。
An example of such an automatic detection device is as shown in FIG. That is, such a device is provided with commonly used components (for example, various memories such as a storage unit and a RAM, programs stored in the memory, an input unit such as a keyboard, and a control unit such as a CPU). A computer 42 having a display unit such as a monitor for displaying results, an FCS measuring device 41 for performing FCS measurement, and an analyzing device for analyzing the data obtained by the FCS measuring device 41. , A dispenser 45 for adding a fluid to a reaction container, a reaction container 46 capable of sequentially performing two or more reactions in the reaction container, and maintaining a sample to be subjected to FCS measurement, A computer having a temperature controller 42 for controlling the temperature, the components of which are connected to each other, and the operation of each is stored in the computer. It is controlled in accordance with various programs more available.

【0047】ここで、温度制御装置は、少なくとも上述
した被検核酸と対照核酸によるハイブリダイゼーション
反応とミスマッチ認識蛋白質による結合反応に適切な温
度を反応容器に対して提供するように制御される。特
に、最初の反応段階であるハイブリダイゼーション反応
(必要に応じて核酸の増幅反応を含む)が複数の異なる
温度によって実行される場合には、温度制御装置は、高
温への加温と低温への冷却の両方を適宜の時間設定にお
いて切り替えて実行するように制御されるとともに、ミ
スマッチ認識蛋白質による結合においては所定の反応温
度に恒温維持するように制御される。一方、最初の反応
段階であるハイブリダイゼーション反応(必要に応じて
核酸の増幅反応を含む)が複数の異なる化学処理液によ
って実行される場合には、温度制御装置は、ハイブリダ
イゼーション反応とミスマッチ認識蛋白質による反応の
それぞれに適した所定の反応温度に恒温維持するように
制御されるとともに、分注装置は、ハイブリダイゼーシ
ョン反応に必要な化学処理用の液体を被検核酸および対
照核酸の混合液に作用するような分注を行うように制御
される。このようにして、2段階の異なる反応を含む核
酸検査を適当な制御の下に簡便且つ迅速に実行すること
ができる。
Here, the temperature control device is controlled so as to provide the reaction container with a temperature suitable for at least the hybridization reaction between the test nucleic acid and the control nucleic acid and the binding reaction due to the mismatch recognition protein. In particular, when the first reaction step, that is, the hybridization reaction (including the nucleic acid amplification reaction if necessary) is carried out at a plurality of different temperatures, the temperature controller controls the heating to a high temperature and the heating to a low temperature. Both the cooling and the cooling are controlled so as to be switched at an appropriate time setting, and the binding by the mismatch recognition protein is controlled to be kept at a predetermined reaction temperature. On the other hand, when the first reaction step, that is, the hybridization reaction (including the nucleic acid amplification reaction if necessary) is performed by a plurality of different chemical treatment solutions, the temperature control device determines that the hybridization reaction and the mismatch recognition protein are different. Is controlled so as to keep the temperature constant at a predetermined reaction temperature suitable for each reaction, and the dispensing device applies the chemical treatment liquid required for the hybridization reaction to the mixture of the test nucleic acid and the control nucleic acid. It is controlled to perform such dispensing. In this way, a nucleic acid test including two different reactions can be conveniently and quickly performed under appropriate control.

【0048】例えば、FCS測定装置41は、図1に示
したFCS測定装置であってよく、且つそのステージ6
に温度制御装置44を備えていてもよい。それによっ
て、そこにおいて実施されるハイブリダイゼーション反
応、ミスマッチ認識蛋白質結合反応を行い、その後、F
CS測定を行うことが可能である。または容器46への
分注操作および所望の反応または処理をFCS測定装置
41の外部で行った後に、当該容器46をFCS測定装
置41の測定部に輸送してもよい。このような自動検出
装置も本発明の範囲に含まれる。
For example, the FCS measuring device 41 may be the FCS measuring device shown in FIG. 1 and its stage 6
Further, the temperature control device 44 may be provided. Thereby, the hybridization reaction and the mismatch recognition protein binding reaction carried out therein are carried out, and then F
It is possible to make CS measurements. Alternatively, after the dispensing operation to the container 46 and the desired reaction or treatment are performed outside the FCS measuring device 41, the container 46 may be transported to the measuring section of the FCS measuring device 41. Such an automatic detection device is also included in the scope of the present invention.

【0049】なお、図4では、当該自動検出装置に1つ
の分注手段が分注器45として具備され、それにより各
反応成分が分注処理される態様が図示されている。しか
しながら、分注器45は2つ以上の分注手段を具備して
いてもよい。例えば、本体用において使用される分注手
段は一般的に使用される如何なる分注手段であってよ
い。例えば、使用される試薬、被検核酸21および3
1、対照核酸22および32、並びにミスマッチ認識蛋
白質25および33に対して、夫々、別個の分注手段を
割り当てれば、コンタミネーションを防止することが可
能であるので好ましい。また、分注処理のために、分注
器45を用いて、容器46において行う2以上の反応に
必要な反応試料を含む流体を順次添加することが可能で
ある。
In FIG. 4, one dispenser is provided as the dispenser 45 in the automatic detection device, and each reaction component is dispensed by the dispenser 45. However, the dispenser 45 may include two or more dispensing means. For example, the dispensing means used in the body may be any commonly used dispensing means. For example, the reagents used, the nucleic acids 21 and 3 to be tested
It is preferable to assign separate dispensing means to 1, the control nucleic acids 22 and 32, and the mismatch recognition proteins 25 and 33, respectively, because it is possible to prevent contamination. Further, for the dispensing process, the dispenser 45 can be used to sequentially add a fluid containing a reaction sample necessary for two or more reactions performed in the container 46.

【0050】また、容器46においては、2以上の反
応、例えば、ハイブリダイゼーション反応、ミスマッチ
認識蛋白質結合反応を、夫々に対して適切な条件(例え
ば、前述した温度)の下で順次行うことが可能である。
Further, in the container 46, two or more reactions, such as a hybridization reaction and a mismatch recognition protein binding reaction, can be sequentially performed under appropriate conditions (for example, the above-mentioned temperature). Is.

【0051】[0051]

【発明の効果】本発明によると、簡便且つ迅速に、被検
核酸における変異を検出する方法が提供される。
Industrial Applicability According to the present invention, there is provided a method for detecting a mutation in a test nucleic acid simply and quickly.

【図面の簡単な説明】[Brief description of drawings]

【図1】本発明で使用され得るFCSの例を示す図。FIG. 1 is a diagram showing an example of an FCS that can be used in the present invention.

【図2】本発明の反応原理を示すスキーム。FIG. 2 is a scheme showing the reaction principle of the present invention.

【図3】本発明の態様を示す図。FIG. 3 is a diagram showing an embodiment of the present invention.

【図4】本発明の測定装置の例を示す図。FIG. 4 is a diagram showing an example of a measuring apparatus of the present invention.

【記号の説明】[Explanation of symbols]

21.対照核酸 22.被検核酸 23.ハイブリ
ダイゼーション産物 24.ハイブリダイゼーション産物 25.ミスマッ
チ認識蛋白質結合 26.蛍光物質 31.被検核
酸 32.対照核酸 33.ミスマッチ認識蛋白質
34.蛍光物質 35.蛍光物質 41.FC
S測定装置 42.コンピュータ 43.反応解析
装置 44.加熱制御部 45.分注手段 4
6.容器
21. Control nucleic acid 22. Test nucleic acid 23. Hybridization product 24. Hybridization product 25. Mismatch recognition protein binding 26. Fluorescent substance 31. Test nucleic acid 32. Control nucleic acid 33. Mismatch recognition protein 34. Fluorescent substance 35. Fluorescent substance 41. FC
S measuring device 42. Computer 43. Reaction analyzer 44. Heating control unit 45. Dispensing means 4
6. container

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) G01N 33/566 G01N 33/566 33/58 33/58 A // C12N 15/09 C12N 15/00 A Fターム(参考) 2G045 AA35 AA40 BA11 BB50 DA12 DA13 DA14 FB02 4B024 AA11 CA04 CA09 CA11 HA12 4B029 AA07 AA23 BB20 FA15 4B063 QA12 QA17 QA18 QQ42 QQ52 QR48 QR56 QS34 QS39 QX02─────────────────────────────────────────────────── ─── Continuation of front page (51) Int.Cl. 7 Identification code FI theme code (reference) G01N 33/566 G01N 33/566 33/58 33/58 A // C12N 15/09 C12N 15/00 AF Terms (reference) 2G045 AA35 AA40 BA11 BB50 DA12 DA13 DA14 FB02 4B024 AA11 CA04 CA09 CA11 HA12 4B029 AA07 AA23 BB20 FA15 4B063 QA12 QA17 QA18 QQ42 QQ52 QR48 QR56 QS34 QS39 QX02

Claims (7)

【特許請求の範囲】[Claims] 【請求項1】 被検核酸における変異を検出する方法で
あって、ここで、被検核酸、対照核酸およびミスマッチ
認識蛋白質からなる群より選択された少なくとも1は、
予め標識物質によって標識されており、並びに、 (1)被検核酸と対照核酸を混合し、ハイブリダイゼー
ションを行うこと; (2)(1)で得られたハイブリダイゼーション産物と
ミスマッチ蛋白質を反応すること、 (3)少なくとも(2)に記載のミスマッチ蛋白質によ
る反応結果として標識物質を測定すること、 (4)(3)の標識物質の測定データに基づいて、当該
標識物質が遊離しているか否かを少なくとも判断するよ
うな解析を行うこと、および(5)(4)の解析結果に
基づいて前記被検核酸における変異を検出すること、を
具備する被検核酸における変異を検出する検出方法。
1. A method for detecting a mutation in a test nucleic acid, wherein at least one selected from the group consisting of a test nucleic acid, a control nucleic acid and a mismatch recognition protein comprises:
Preliminarily labeled with a labeling substance, and (1) mixing a test nucleic acid and a control nucleic acid to carry out hybridization; (2) reacting the mismatching protein with the hybridization product obtained in (1) (3) At least measuring a labeling substance as a reaction result by the mismatch protein according to (2), (4) Whether or not the labeling substance is free based on the measurement data of the labeling substance in (3). A detection method for detecting a mutation in a test nucleic acid, which comprises performing an analysis for determining at least the above, and detecting a mutation in the test nucleic acid based on the analysis results of (5) and (4).
【請求項2】 被検核酸における変異を検出する方法で
あって、ここで、被検核酸、対照核酸およびミスマッチ
認識蛋白質からなる群より選択された少なくとも1は、
予め光学的に検出可能な標識物質によって標識されてお
り、並びに (1)被検核酸と対照核酸を混合し、ハイブリダイゼー
ションを行うこと; (2)(1)で得られたハイブリダイゼーション産物と
ミスマッチ蛋白質を反応すること、 (3)(1)に記載のハイブリダイゼーションおよび
(2)に記載の反応の進行中、または(2)に記載の反
応の進行中に亘り、複数の経過時点で標識物質の変化を
光学的に測定し、解析することによって前記被検核酸に
おける変異を検出すること、 (4)光学的測定データに基づいて少なくとも(2)に
記載のミスマッチ蛋白質による反応において標識物質に
よる測定データが変化したが否かを解析すること、およ
び(5)(4)の解析結果に基づいて前記被検核酸にお
ける変異を検出すること、を具備する被検核酸における
変異を検出する検出方法。
2. A method for detecting a mutation in a test nucleic acid, wherein at least one selected from the group consisting of a test nucleic acid, a control nucleic acid and a mismatch recognition protein comprises:
Preliminarily labeled with an optically detectable labeling substance, and (1) mixing a test nucleic acid and a control nucleic acid to carry out hybridization; (2) mismatch with the hybridization product obtained in (1) Reacting a protein, (3) during the hybridization according to (1) and the reaction described in (2), or during the reaction described in (2), a labeling substance at a plurality of elapsed time points Of the mutation in the test nucleic acid by optically measuring and analyzing the change in (4) the measurement with a labeling substance in the reaction with the mismatch protein according to at least (2) based on the optical measurement data. Analyzing whether or not the data has changed, and detecting a mutation in the test nucleic acid based on the analysis results of (5) and (4). Detection method for detecting a mutation in a test nucleic acid that.
【請求項3】 請求項1または2の何れか1項に記載の
被検核酸における変異を検出する方法であって、前記被
検核酸および対照核酸が二本鎖であり、且つ前記(1)
のハイブリダイゼーションが、前記被検核酸と対照核酸
とを混合した後に、変性され一本鎖にされた前記被検核
酸および対照核酸との間でのクロスハイブリダイゼーシ
ョンである検出方法。
3. A method for detecting a mutation in the test nucleic acid according to claim 1, wherein the test nucleic acid and the control nucleic acid are double-stranded, and (1) above.
The detection method, wherein the hybridization is cross-hybridization between the test nucleic acid and the control nucleic acid that are denatured and single-stranded after mixing the test nucleic acid and the control nucleic acid.
【請求項4】 請求項2または3の何れか1項に記載の
被検核酸における変異を検出する方法であって、前記
(4)における光学的測定および解析が、蛍光相関分光
法および蛍光クロス相関分光法からなる群より選択され
る検出方法。
4. A method for detecting a mutation in the test nucleic acid according to claim 2 or 3, wherein the optical measurement and analysis in (4) above is performed by fluorescence correlation spectroscopy and fluorescence cross A detection method selected from the group consisting of correlation spectroscopy.
【請求項5】 請求項1から4の何れか1項に記載の被
検核酸における変異を検出する方法であって、前記
(1)の標識が複数種類の対照核酸に対して行われてお
り、且つ対照核酸の種類毎に異なる種類の標識物質が標
識されている検出方法。
5. A method for detecting a mutation in the test nucleic acid according to any one of claims 1 to 4, wherein the labeling of (1) is performed on a plurality of types of control nucleic acids. And a detection method in which a different type of labeling substance is labeled for each type of control nucleic acid.
【請求項6】 請求項1から4の何れか1項に記載の被
検核酸における変異を検出する方法であって、更に、前
記(1)以前に、前記被検核酸がサンプルから抽出され
増幅反応されて調製されることを具備する検出方法。
6. A method for detecting a mutation in the test nucleic acid according to any one of claims 1 to 4, further comprising: before the step (1), the test nucleic acid is extracted from a sample and amplified. A detection method comprising reacting and preparing.
【請求項7】 請求項1から6の何れか1項に記載の検
出方法を行うためのコンピュータを利用した自動検査装
置であって、標識物質の光信号検出装置と、反応容器内
で2以上の反応を順次行うことができ且つ前記光信号検
出測定の対象となる試料を維持することができる反応容
器に対して前記2以上の反応を順次行うために必要な2
以上の異なる反応試料を形成するように複数種類の流体
を順次添加する分注装置と、前記反応の温度を制御でき
る温度制御装置と、前記温度制御装置および/または分
注装置を制御する装置と、前記光信号検出装置において
測定されたデータを解析するための解析装置とを具備す
る自動検査装置。
7. An automatic inspection device using a computer for carrying out the detection method according to claim 1, wherein an optical signal detection device for a labeling substance and two or more in a reaction container are provided. 2 required for sequentially performing the two or more reactions in a reaction container capable of sequentially performing the above reactions and capable of maintaining the sample to be subjected to the optical signal detection measurement.
A dispensing device for sequentially adding a plurality of types of fluids so as to form different reaction samples, a temperature control device capable of controlling the temperature of the reaction, and a device controlling the temperature control device and / or the dispensing device. And an analyzer for analyzing the data measured by the optical signal detector.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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EP1932925A1 (en) 2006-12-04 2008-06-18 FUJIFILM Corporation Method for detecting mutation of nucleic acid using single-stranded DNA-binding protein

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