【発明の詳細な説明】
遺伝子組成物および方法
関連出願に対する相互参照
本出願は、1997年３月７日に出願した米国特許出願第08/813,159号および1997
年３月28日に出願した米国特許出願第60/042,125の一部継続出願であり、これら
は、全ての目的のために本明細書中でその全体が参考として援用される。
発明の背景
全ての生物のゲノムは、生物の継続する進化の過程において、自発的な変異を
受け、祖先配列の改変体形態を生成する(Gusella、Ann．Rev．Biochem．55:831-
854(1986))。改変体形態は、祖先形態に関連して、進化的な利益または不利益を
付与し得るか、または中立(neutral)であり得る。いくつかの例においては、改
変体形態は、致死的な不利益を付与し得、そして生物の次の世代に伝わらない。
他の例においては、改変体形態は、その種に進化的な利益を付与し、そして最終
的に、その種の多くまたは大部分のメンバーのDNAに取り込まれる。そして実際
上、祖先形態になる。多くの例においては、祖先形態および改変体形態の両方は
生存し、そして種の集団中で同時に存在する。配列の複数の形態が同時に存在す
ることによって、多型性が生じる。
多型性のいくつかの異なる型が報告されている。制限フラグメント長多形(RFL
P)とは、Botsteinら、Am．J．Hum．Genet．32，314-331(1980)に記載されるよう
に、制限フラグメントの長さを改変するDNA配列における変動を意味する。この
制限フラグメント長多形は、制限部位を作製するかまたは欠失させ得、従って、
制限フラグメント長が変化する。RFLPは、ヒトおよび動物の遺伝的分析において
広範に用いられている(WO90/13668；WO90/11369：Donis-Keller、Cell 51,319-3
37(1987)；Landerら、Genetics 121,85-99(1989)を参照のこと)。遺伝的形質が
特定のRFLPに関連され得る場合、個体におけるRFLPの存在は、動物がまた、その
形質を示す尤度を予測するために用いられ得る。
他の多型性は、短タンデム反復(STR)の形態をとり、これには、タンデムジ、
トリ、およびテトラヌクレオチド反復モチーフが含まれる。これらのタンデム反
復は、可変数タンデム反復(variable number tandem repeat)(VNTR)多型性とも
いわれる。VNTRは、同一性分析および父性分析(米国特許第5,075,217号；Armour
ら、FEBS Lett．307,113-115(1992)；Hornら、WO91/14003；Jeffreys、EP370,71
9)ならびに多数の遺伝子マッピング研究において用いられてきた。
他の多型性は、同じ種の個体の間で単一のヌクレオチド変動の形態を取る。こ
のような多型性は、RFLP、STRおよびVNTRよりはるかにより頻繁である。いくつ
かの単一ヌクレオチド多型性がタンパク質コード配列に生じ、この場合には、多
型性形態のうちのあるものは、欠損または他の改変体タンパク質の発現および潜
在的には遺伝的疾患を増加し得る。コード配列内の多型性が遺伝的疾患を増加す
る遺伝子の例には、βグロビン(鎌状赤血球貧血)およびCFTR(嚢胞性線維症)が含
まれる。他の単一ヌクレオチド多型性は、非コード領域に生じる。これらの多型
性のいくつかはまた、(例えば、欠損スプライシングの結果として)欠損タンパク
質発現を生じる。他の単一ヌクレオチド多型性は、表現型効果を有さない。
単一ヌクレオチド多型性は、RFLPと同様に同じ様式で使用され得る。そしてVN
TRは、いくつかの利点を提供する。単一のヌクレオチド多型性は、より多い頻度
で起こり、そして多型性についての他の形態よりゲノム全体を通してより均一に
間隔を開けて配置される。より高頻度かつ均質な単一ヌクレオチド多型性とは、
このような多型性が、他の多型性についての場合よりも目的の遺伝子座に対して
近傍で見出される可能性がより高いことを意味する。また、特徴づけられた単一
ヌクレオチド多型性の異なる形態は、しばしば(例えば、対立遺伝子特異的ハイ
ブリダイゼーションプローブまたはプライマーを用いるアッセイの使用により)
他の型の多型性と区別することがより容易である。
近年において作製されたヌクレオチド配列データの量の増加にもかかわらず、
ヒトおよび他の生物における多型性の合計の蓄積の詳しい割合のみが、これまで
同定されている。これまでに同定された、多型性の不足は、多量の研究が、従来
の方法によるそれらの検出のために必要であったことに起因する。例えば、多型
性を同定するための従来のアプローチは、ジデオキシ(didoxy)配列決定により個
体集団におけるオリゴヌクレオチドの同じストレッチを配列決定することであり
得る。このタイプのアプローチにおいて、研究の量は、配列の長さおよび集団に
おける個体数の両方に対する割合において増加し、そしてDNAの大きなストレッ
チまたは多数の個体について非実用的になる。
発明の要旨
本発明は、多型性部位を含む表１の第１列に示されるフラグメントからの10塩
基と100塩基との間の核酸セグメントを提供する。これらのセグメントの相補物
もまた含まれる。これらのセグメントは、DNAまたはRNAであり得、そして２本鎖
または一本鎖であり得る。いくつかのセグメントは、10〜20塩基長または10〜50
塩基長である。好ましいセグメントには、二重対立遺伝子(diallelic)多型性部
位が含まれる。セグメントにおける多型性部位を占有するこの塩基は、参照塩基
(表１、第３列)または別の塩基(表１、第５列)であり得る。
本発明はさらに、表１、第８列に示されるフラグメントのセグメントまたはそ
の相補物にハイブリダイズする対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを提供する
。これらのオリゴヌクレオチドは、プローブまたはプライマーであり得る。表１
、第８列の配列に含まれる単離された核酸またはそれに対する相補物もまた提供
される。ここで、配列内の多型性部位は、表１、第３列に示される参照塩基以外
の塩基によって占有される。
本発明はさらに、個体からの核酸を分析する方法を提供する。この方法は、ど
の塩基が表１に示される多型性部位のうちのいずれか１つに存在するかを決定す
る。必要に応じて、表１に示される１セットの多型性部位を占有する１セットの
塩基が決定される。この型の分析は、疾患表現型の存在について試験される複数
の個体において実施され得る。次いで、疾患表現型の存在または非存在は、試験
された個体における多型性部位に存在する塩基または塩基のセットと相関関係に
あり得る。
定義
オリゴヌクレオチドは、DNAまたはRNA、そして一本鎖または二本鎖であり得る
。
オリゴヌクレオチドは、天然に存在するかまたは合成であり得るが、代表的には
合成手段によって調製される。本発明の好ましいオリゴヌクレオチドは、表１に
示される多型性部位のいずれか１つを含むDNAセグメント、またはその相補物を
含む。このセグメントは、通常、５塩基と100塩基との間であり、そしてしばし
ば、５〜10塩基、５〜20塩基、10〜20塩基、10〜50塩基、20〜50塩基、または20
〜100塩基の間である。多型性部位は、セグメントの任意の位置内に存在し得る
。このセグメントは、表１に示されるDNAの対立遺伝子形態のいずれかに由来し
得る。
ハイブリダイゼーションプローブは、塩基特異的様式において、核酸の相補鎖
に結合し得るオリゴヌクレオチドである。このようなプローブとしては、ペプチ
ド核酸が挙げられ、これらは、Nielsenら、Science 254,1497-1500(1991)に記載
される。
用語プライマーとは、適切な緩衝液および適切な温度において、適切な条件下
（すなわち、４つの異なるヌクレオシド三リン酸および重合試薬（例えば、DNA
ポリメラーゼもしくはRNAポリメラーゼまたは逆転写酵素）の存在下）で、テン
プレート特異的DNA合成の開始点として作用し得る、一本鎖オリゴヌクレオチド
をいう。プライマーの適切な長さは、プライマーの意図される使用に依存するが
、代表的には、１５〜３０ヌクレオチドの範囲である。短いプライマー分子は、
一般的に、テンプレートと充分に安定なハイブリッド複合体を形成するために、
より低い温度を必要とする。プライマーは、テンプレートの正確な配列を反映し
なくても良いが、ハイブリダイズするに充分、テンプレートと相補的でなければ
ならない。用語プライマー部位とは、プライマーがハイブリダイズする標的DNA
の領域をいう。用語プライマー対とは、DNA配列の５’末端とハイブリダイズし
て増幅される５’上流プライマー、および配列の３’末端の相補体とハイブリダ
イズして増幅される３’下流プライマーを含むプライマーのセットを意味する。
連鎖は、遺伝子、対立遺伝子、遺伝子座、または遺伝子マーカーの、同じ染色
体におけるそれらの位置の結果として共に遺伝される傾向を記載し、そして２つ
の遺伝子、２つの対立遺伝子、２つの遺伝子座、または２つの遺伝子マーカーの
間の組換え率によって測定され得る。
多型性とは、１つの集団における、２つ以上の遺伝的に決定された別の配列ま
たは対立遺伝子の存在をいう。多型マーカーまたは部位は、多様性が生じる遺伝
子座である。好ましいマーカーは、少なくとも２つの対立遺伝子を有し、各々が
、選択された集団の１％より大きな頻度、およびより好ましくは10％または20％
より大きな頻度で生じる。多型遺伝子座は、１塩基対ほどであり得る。多型マー
カーとしては、制限フラグメント長多型性、可変数タンデム反復（VNTR）、超可
変領域、ミニサテライト、ジヌクレオチド反復、トリヌクレオチド反復、テトラ
ヌクレオチド反復、単純配列反復、およびAluのような挿入エレメントが挙げら
れる。最初に同定された対立遺伝子形態は、任意に、参照形態と命名し、そして
他の対立遺伝子形態を、別の対立遺伝子または改変体対立遺伝子と命名する。選
択された集団において最も頻繁に生じる対立遺伝子形態は、時々、野生型形態と
いわれる。二倍体生物は、対立遺伝子形態にホモ接合体またはヘテロ接合体であ
り得る。二重対立遺伝子多型性は、２つの形態を有する。三重対立遺伝子（tria
llelic）多型性は、３つの形態を有する。
単一ヌクレオチド多型性は、単一のヌクレオチドによって占められる多型部位
で生じ、これは、対立遺伝子配列の間の変動の部位である。この部位は、通常、
対立遺伝子の高度に保存された配列（例えば、集団の1/100または1/1000未満の
メンバーにおいて変動する配列）が先行および後続する。
単一ヌクレオチド多型性は、通常、多型部位での、あるヌクレオチドから別の
ヌクレオチドへの置換に起因して生じる。塩基遷移は、あるプリンの別のプリン
による、またはあるピリミジンの別のピリミジンによる置換である。塩基転換は
、ピリミジンによるプリンの置換またはその逆である。単一ヌクレオチド多型性
はまた、参照対立遺伝子に関連する１つのヌクレオチドの欠失または１つのヌク
レオチドの挿入から生じ得る。
ハイブリダイゼーションは、通常、ストリンジェントな条件下で、例えば、１
Mを超えない塩濃度および少なくとも25℃の温度で行われる。例えば、5×SSPE(7
50mM NaCl、50mMリン酸Na、5mM EDTA(pH7.4))および25〜30℃の温度の条件が、対
立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーションに適切である。
単離された核酸とは、存在する優性種である本発明の種を意味する（すなわち
、
モルベースで、その組成物中で任意の他の個々の種より豊富である）。好ましく
は、単離された核酸は、存在する全ての高分子種の(モルベースで)少なくとも約
50、80、または90パーセントで含む。最も好ましくは、本発明の種は、本質的に
均一（夾雑種が、組成中に、従来の方法によって検出され得ない）まで精製され
る。
連鎖不均衡または対立遺伝子の関連とは、集団における任意の特定の対立遺伝
子頻度について、偶然によって期待されるより、より頻繁に付近の染色体位置で
の、特定の対立遺伝子または遺伝子マーカーの特定の対立遺伝子または遺伝子マ
ーカーとの好ましい関連を意味する。例えば、遺伝子座Ｘが対立遺伝子ａおよび
ｂ（これらは、等しい頻度で存在する）を有し、そして連鎖遺伝子座Ｙが対立遺
伝子ｃおよびｄ（これらは、等しい頻度で存在する）を有する場合、組合せａｃ
は、0.25の頻度で存在することが期待される。ａｃがより頻繁に生じる場合、次
いで、対立遺伝子ａおよびｃは、連鎖不均衡にある。連鎖不均衡は、対立遺伝子
の特定の組合せの自然選択からか、または対立遺伝子が、あまりにも最近に集団
に導入されたので、連鎖対立遺伝子との平衡に達していないことから生じ得る。
連鎖不均衡におけるマーカーは、このマーカーが疾患を引き起こさないにもか
かわらず、疾患（または他の表現型）に対する感受性を検出することにおいて特
に有効であり得る。例えば、それ自身は疾患の原因要素ではないが、表現型の原
因エレメントである遺伝子（Ｙ）（調節配列を含む）との連鎖不均衡にあるマー
カー（Ｘ）は、遺伝子Ｙが同定され得ていないかまたは容易に検出可能であり得
ない環境における疾患に対する感受性を示すための検出に使用され得る。
本発明は、このような多型性形態と連鎖不均衡にある対立遺伝子またはマーカ
ーから生じる表現型に対する感受性を決定するための手段として、表１に示され
る任意の多型性形態の使用を含む。
発明の詳細な説明
１．本発明の新規の多型性
本発明の新規の多型性は、表１に列挙される。表の第１列は、多型性が生じる
フラグメントに割り当てられた名称を列挙する。このフラグメントは、全てヒト
ゲノムフラグメントである。SGC、TIGRおよびWIは、それぞれ、Stanford Genome
Center、The Institute for Genome ResearchおよびWhitehead Instituteを表
す。各々のフラグメントの１つの対立遺伝子形態の配列(任意に原型形態または
参照形態といわれる)は、以前に決定されている。これらの配列の多くは、http:
//www-genome.wi.mit.edu/；http://shgc.stanford.edu；またはhttp://www．ti
gr.org/に列挙される。このウェブサイトはまた、フラグメントの増幅のための
プライマー、およびフラグメントのゲノム位置を列挙する。いくつかのフラグメ
ントは、配列タグを発現し、そしていくつかはランダムなゲノムフラグメントで
ある。表１に列挙されるフラグメントに関するウェブサイトにおける全ての情報
は、全ての目的のために本明細書中にその全体が参考として援用される。
第２列は、多型性部位が見出されているフラグメントの位置を列挙する。位置
は、番号１と割り当てられる上記のデータベースの番号に列挙されるフラグメン
ト配列の第１の塩基に連続して、番号付けされる。第３列は、データベースの配
列において多型性部位を占有する塩基を列挙する。この塩基は、参照型または原
型形態と任意に称されるが、この参照または原型形態は、必ずしも最も頻繁に生
じる形態でなくともよい。表の第５列は、多型性部位の別の塩基を列挙する。表
の第８列は、各フラグメントの多型性部位のいずれかの側の配列の約15塩基を列
挙する。示される配列は、DNAまたはRNAのいずれかであり得る。後者においては
、表に示されるＴが、Ｕに置き換えられる。多型性部位を占有する塩基は、EVPA
C-IUB多義性コードに示される。表の第４列および第６列は、参照および別の対
立遺伝子が多型性部位で生じる頻度を示す。表の第７列は、多型性部位のヘテロ
接合型の集団頻度を示す。 多型性の分析
Ａ．サンプルの調製
多型性を、分析される個体からの標的核酸において検出する。ゲノムＤＮＡの
アッセイのためには、実質的に任意の生物学的サンプル（純粋な赤血球以外）が
適切である。例えば、都合の良い組織サンプルとしては、全血、精液、唾液、涙
液、尿、糞便、汗、口腔粘膜（buccal）、皮膚、および頭髪が挙げられる。ｃＤ
ＮＡまたはｍＲＮＡのアッセイのためには、組織サンプルは、標的核酸が発現さ
れる器官から得られなければならない。例えば、標的核酸が、チトクロームP450
である場合、肝臓は、適切な供給源である。
以下に記載される多くの方法は、標的サンプルからのDNAの増幅を必要とする
。これは、例えば、ＰＣＲによって達成され得る。一般的には、PCR Technology
:Principles and Applications for DNA Amplification(H.A.Erlich編、Freeman
Press,NY,NY,1992);PCR Protocols:A Guide to Methods and Applications(Inn
isら編、Academic Press,San Diego,CA,1990);Mattilaら、Nucleic Acids Res.1
9,4967(1991);Eckertら、PCR Methods and Applications 1,17(1991);PCR(McPhe
rsonら編、IRL Press,Oxford)；および米国特許第4,683,202号（これらの各々を
、あらゆる目的のために参考として援用する）を参照のこと。
他の適切な増幅方法としては、リガーセ連鎖反応(LCR)(WuおよびWallace,Geno
mics 4,560(1989)、Landegrenら、Science 241,1077(1988)を参照のこと)、転写
増幅(Kwohら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86,1173(1989))、および自己維持的(sel
f-sustained)配列複製(Guatelliら、Proc.Nat.Acad.Sci.USA,87,1874(1990))、
および核酸に基づく配列増幅(NASBA)が挙げられる。後者の２つの増幅方法は、
等温転写に基づく等温反応を含み、これらは、一本鎖RNA(ssRNA)および二本鎖DN
A(dsDNA)の両方を、それぞれ約30対のまたは100対1の比の増幅産物として産生す
る。
Ｂ．標的DNAにおける多型性検出
問題の多型性がすでに特徴づけられたか否かに応じて２つの異なる分析タイプ
がある。分析の第一のタイプは、時にデノボ(de novo)特徴付けとして言及され
る。この分析は、異なる個体において標的配列を比較して、変化の点すなわち多
型性部位を同定する。ヒト間で最も大きな人種多様性および植物および動物にお
いて最も多い品種および種の変種を代表する個体のグループを分析することによ
って、遺伝子座の最も一般的な対立遺伝子／ハプロタイプの特徴のパターンを同
定し得、そして、集団におけるこのような集合頻度が、決定され得る。さらなる
対立遺伝子頻度は、地理、人種(race)、または性別のような判定基準によって特
徴づけられた亜集団について決定され得る。本発明の多型性のデノボの同定は、
実施例の節において記載される。分析の第２のタイプは、どの特徴付けされた多
型性の形態が、試験されている個体に存在するかを決定することである。適切な
手順は種々あり、次に議論される。
１．対立遺伝子特異的プローブ
多型性を分析するための対立遺伝子特異的プローブの設計および使用は、例え
ば、Saikiら、Nature 324，163-166(1986);Dattagupta、EP 235,726、Saiki,WO
89/11548によって記載される。ある個体からの標的DNAのセグメントにハイブリ
ダイズするが、別の個体からの対応セグメントにはハイブリダイズしない（その
２つの個体からのそれぞれのセグメントにおける異なる多型形態の存在に起因す
る）対立遺伝子特異的プローブを設計し得る。ハイブリダイゼーション条件は、
対立遺伝子間のハイブリダイゼーション強度において有意な差（好ましくは本質
的に二成分性の応答）が存在し、このことによりプローブが、対立遺伝子の１つ
のみにハイブリダイズするよう十分にストリンジェントであるべきである。いく
つかのプローブを、標的ＤＮＡのセグメントにハイブリダイズし、その結果、多
型性部位が、プローブの中心位置（例えば、15マーでは７位；16マーでは８また
は９位置のいずれか）に整列するように設計する。プローブのこの設計は、異な
る対立遺伝子形態間のハイブリダイゼーションにおいて良好な判別を達成する。
対立遺伝子特異的プローブは、しばしば、対で使用される。対の一方のメンバ
ーは標的配列の参照形態への完全なマッチを示し、そして他方のメンバーは、改
変体形態への完全なマッチを示す。次いで、プローブのいくつかの対を、同じ標
的配列内の複数の多型性の同時分析のために同じ支持体に固定化し得る。
２．タイル状のアレイ
多型性はまた、核酸アレイへのハイブリダイゼーションによって同定され得、
このいくつかの例は、WO 95/11995（あらゆる目的のためにその全体を参考とし
て援用する）によって記載される。このようなアレイの１つの形態は、多型性の
デノボ同定に関連して、実施例の節に記載される。同じアレイまたは異なるアレ
イは、特徴付けられた多型性の分析のために使用され得る。WO 95/11995はまた
、予め特徴付けられた多型性の改変体形態の検出に至適化されているサブアレイ
を記載する。このようなサブアレイは、第２の参照配列（これは、第１の参照配
列の対立遺伝子改変体である）に相補的であるように設計されたプローブを含む
。プローブの第２の群を、プローブが第２の参照配列に相補性を示すことを除い
て、実施例に記載した同様の原理で設計する。第２の群（または、さらなる群）
を含むことは、複数の変異が、プローブの長さと等しい短い距離内で生じること
（すなわち、９〜21塩基内で２以上の変異）が予測される一次参照配列の短いサ
ブ配列を分析するのに特に有用であり得る。
３．対立遺伝子特異的プライマー
対立遺伝子特異的プライマーは、多型性に重複する標的ＤＮＡの部位にハイブ
リダイズし、そして対立遺伝子形態（これに対してプライマーは完全な相補性を
示す）の増幅をプライムするのみである。Gibbs、Nucleic Acid Res.17,2427-24
48(1989)を参照のこと。このプライマーを、遠位部位にハイブリダイズする第２
プライマーと組み合わせて使用する。増幅は、特定の対立遺伝子形態が存在する
ことを意味する検出可能な産物を導く、２つのプライマーから始まる。コントロ
ールを、通常、第２の対のプライマーを用いて行う。この対の一方は、多型性部
位での１塩基のミスマッチを示し、そして他方は、遠位部位との完全な相補性を
示す。１塩基のミスマッチは増幅を妨げ、そして検出可能な産物が形成されない
。この方法は、ミスマッチが、この多型と整列されたオリゴヌクレオチドの最も
３’側の位置に含まれる場合、最良に作用する。なぜなら、この位置は、プライ
マーからの伸長に対して最も不安定化しているからである。例えば、WO 93/2245
6を参照のこと。
４．直接配列決定
本発明の多型性の配列の直接分析を、ジデオキシチェーンターミネーション法
またはMaxam-Gilbert法のいずれかを用いて達成し得る(Sambrookら、Molecular
Cloning,A Laboratory Manual(第2版、CSHP,New York 1989);Zyskindら、Recomb
inant DNA Laboratory Manual,(Acad.Press,1988)を参照のこと)。
５．変性勾配ゲル電気泳動
ポリメラーゼ連鎖反応を用いて作製される増幅産物を、変性勾配ゲル電気泳動
の使用によって分析し得る。異なる対立遺伝子を、溶液におけるDNAの異なる配
列依存性溶融特性および電気泳動移動度に基づいて同定し得る。Erlich編、PCR
Technology,Principles and Applictions for DNA Amplification(W.H.Freeman
and Co,New York,1992)、第７章。
６．一本鎖コンホメーション多型性分析
標的配列の対立遺伝子を、一本鎖コンホメーション多型性分析を用いて区分し
得る。この方法は、Oritaら、Proc.Nat.Acad.Sci.86,2766-2770(1989)に記載さ
れるように、一本鎖PCR産物の電気泳動移動度における変化によって塩基差異を
同定する。増幅したPCR産物を、上記のように生成し得、そして、加熱するか、
またはそうでなければ変性させて、一本鎖増幅産物を形成させ得る。一本鎖核酸
は、再び折り畳み得るか、または塩基配列に部分的に依存する二次構造を形成し
得る。一本鎖増幅産物の異なる電気泳動移動度は、標的配列の対立遺伝子間の塩
基配列の差に関連し得る。
ＩＩＩ．使用の方法
個体に１つ以上の多型性部位で存在する多型形態を決定した後、この情報を、
多数の方法において使用し得る。
Ａ．法医学
個体における一組の多型性部位を占める多型形態の決定は、個体を区別する一
組の多型形態を同定する。一般的には、National Research Council,The Evalua
tion of Forensic DNA Evidence(Pollardら編、National Academy Press,DC,199
6)を参照。より多くの部位を分析するほど、ある個体における一組の多型形態が
、関連のない個体におけるものと同じである確率はより低くなる。好ましくは、
複数の部位を分析する場合、その部位は連鎖していない。従って、本発明の多型
性を、しばしば、遠位遺伝子における多型性と組み合わせて使用する。法医学に
使用するための好ましい多型性は、二重対立遺伝子である。なぜなら、２つの多
型形態の集団頻度を、通常、複数の対立遺伝子座での複数の多型形態のものより
も高い正確さで決定し得るからである。
個体における個別または独特の組の法医学用マーカーを同定する能力は、法医
学分析に有用である。例えば、容疑者からの血液サンプルが、犯罪現場からの血
液または他の組織サンプルと一致するかどうかを、選択された多型性部位を占め
る組の多型形態が、容疑者とこのサンプルとにおいて同じであるかどうかを決定
することによって、決定し得る。この組の多型マーカーが、容疑者とサンプルと
の間で一致しない場合、容疑者はサンプルの供給源ではなかったと結論付けられ
得る(実験的誤りがなければ)。この組のマーカーが一致する場合、容疑者からの
DNAが、犯罪現場で見いだされたものと一致すると結論付けられ得る。試験した
遺伝子座での多型形態の頻度が、決定されている場合(例えば、個体の適切な集
団の分析によって)、統計学的分析を行って、容疑者と犯罪現場のサンプルの一
致が偶然に生じる確率を決定し得る。
p(ID)は、ランダムに選ばれた２つの個体が、同じ多型性または所定の多型性
部位での対立遺伝子形態を有する確率である。二重対立遺伝子座において、４つ
の遺伝子型が可能である：AA、AB、BA、およびBB。対立遺伝子ＡおよびＢが頻度
ｘおよびｙを有する生物の一倍体ゲノムに生じる場合、二倍体生物における各遺
伝子型の確率は以下の通りである(WO 95/12607を参照のこと)：
ホモ接合体：p(AA)=x2
ホモ接合体：p(BB)=y2=(1-x)2
単一ヘテロ接合体：p(AB)=p(BA)=xy=x(1-x)
両ヘテロ接合体：p(AB+BA)=2xy=2x(1-x)。
１つの遺伝子座での同一性の確率(すなわち、一つの集団からランダムに選ば
れる２つの個体が、所定の遺伝子座で同一の多型形態を有する確率)は、以下の
式によって与えられる：
p(ID)=(x2)2+(2xy)2+(y2)2。
これらの計算を、所定の遺伝子座での任意の数の多型形態について拡張し得る
。例えば、対立遺伝子が、その集団において、それぞれｘ、ｙおよびｚの頻度を
有する３対立遺伝子系の同一性の確率p(ID)は、遺伝子型頻度の二乗総和に等し
い：
p(ID)=x4+(2xy)2+(2yz)2+(2xz)2+z4+y4。
ｎ個の対立遺伝子の遺伝子座において、適切な二項展開を使用して、p(ID)お
よびp(exc)を計算する。
複数の非連鎖遺伝子座の各々についての同一性の累積確率(ｃｕｍ ｐ(ＩＤ))
を、各遺伝子座によって提供される確率を乗じることによって決定する： cum
p(ID)=p(ID1)p(ID2)p(ID3).....p(IDn)。
ｎ個の遺伝子座について非同一性の累積確率(すなわち、ランダムに選ばれた
２つの個体が１つ以上の遺伝子座で異なる確率)は、以下の式によって与えられ
る：
cum p(nonID)=1-cum p(ID)。
いくつかの多型遺伝子座を試験する場合、ランダムに選ばれた個体についての
非同一性の累積確率は、非常に高くなる(例えば、１０億対１(訳注：すなわち99
.9999999％))。このような確率を、容疑者の有罪または無罪を決定する他の証拠
とともに、評価に入れ得る。
Ｂ．父系試験
父系試験の目的は、通常、男性が子供の父親であるかどうかを決定することで
ある。ほとんどの場合、子供の母親は既知であり、従って、子供の遺伝子型への
母親の寄与を、追跡し得る。父系試験は、母親に起因しない子供の遺伝子型の部
分が、推定の父親の遺伝子型と一致するかどうかを調査する。父系試験は、推定
の父親および子供における多型性のセットを分析することによって実施し得る。
父親に起因し得る、子供における多型性のセットが推定の父親に一致しない場
合、実験的誤差がなければ、推定の父親は、本当の父親ではないと結論付け得る
。父親に起因し得る子供における多型性のセットが推定の父親の多型性のセット
に一致した場合、統計学的計算を行って、偶然一致の確率を決定し得る。
親子排除の確率(ランダムに選ばれた男性が、その男性を父親として不適合に
させる所定の多型性部位で多型形態を有する確率を示す)は、以下の式によって
与えられる(WO 95/12607を参照)：
p(exc)=xy(1-xy)
ここでｘおよびｙは、二重対立遺伝子多型性部位の対立遺伝子ＡおよびＢの集
団頻度である。
(三重対立遺伝子部位では、p(exc)=xy(1-xy)+yz(1-yz)+xz(1-xz)+3xyz(1-xyz))
、ここでx,y、およびzは、対立遺伝子A,B、およびCそれぞれの集団頻度である)
。
非排除確率は
p(非exc)=1-p(exc)であり
非排除の累積確率(ｎ個の遺伝子座を使用する場合に得られる値を示す)は、従
って以下である：
cum p(非exc)=p(非exc1)p(非exc2)p(非exc3)....p(非excn)
ｎ個の遺伝子座についての排除の累積確率(ランダムに選ばれた男性が排除さ
れる確率を示す)
cum p(exc)=1-cum p(非exc)。
いくつかの多型遺伝子座が、分析に含まれる場合、ランダムに選ばれた男性の
排除の累積確率は、非常に高い。この確率は、子供の父親に起因し得る子供の多
型マーカーセットに多型マーカーセットが一致する推定の父親の負担を評価する
ことにおいて考慮され得る。
Ｃ．多型と表現型形質との相関
本発明の多型は、異なる方法で生物体の表現型に寄与し得る。いくつかの多型
は、タンパク質コード配列内に生じ、そしてタンパク質構造に影響を与えること
により表現型に寄与する。その効果は、状況に依存して、中性な、有益な、また
は有害な、あるいは有益および有害の両方であり得る。例えば、ヘテロ接合体の
鎌状赤血球変異はマラリア耐性を与えるが、ホモ接合体の鎌状赤血球変異は通常
致死的である。他の多型は、非コード領域に生じるが、複製、転写および翻訳へ
の影響を介して間接的に表現型へ影響を及ぼし得る。１つの多型は、１つより多
い表現型形質に影響を及ぼし得る。同様に、１つの表現型形質は、異なる遺伝子
の多型により影響を受け得る。さらに、いくつかの多型は、個体に対して、特定
の表現型の原因として関係する異なる変異の素因を与える。
表現型形質は、公知であるが、今までに遺伝的成分がマッピングされていない
疾患を含む（例えば、無ガンマグロブリン血症、尿崩症、レッシュ-ナイハン症
候群、筋ジストロフィー、ヴィスコット−オールドリッチ症候群、ファブリー病
、家族性高コレステロール血症、多発性嚢胞腎病、遺伝性球状赤血球症、フォン
−ヴィレブランド病、結節硬化症、遺伝性出血性毛細管拡張症、家族性結腸ポリ
ープ症、エーレルス−ダンロー症候群、骨形成不全症、および急性間欠性ポルフ
ィリン症）。表現型形質はまた、構成成分が遺伝的であるまたは遺伝的であり得
る多因子性疾患（例えば、自己免疫疾患、炎症、ガン、神経系疾患、および病原
性微生物の感染）の症状または感受性を含む。自己免疫疾患のいくつかの例とし
ては、慢性関節リウマチ、多発性硬化症、糖尿病（インシュリン依存性およびイ
ンシュリン非依存性）、全身性エリテマトーデスおよびグレーヴズ病が挙げられ
る。ガンのいくつかの例としては、膀胱ガン、脳ガン、乳ガン、大腸ガン、食道
ガン、腎臓ガン、白血病、肝ガン、肺ガン、口腔ガン、卵巣ガン、膵臓ガン、前
立腺ガン、皮膚ガン、胃ガン、および子宮ガンが挙げられる。表現型形質として
はまた、長寿、外観（例えば、ハゲ、肥満）、強さ、スピード、持久力、受胎能
、および特定の薬物または治療処置に対する感受性または受容性のような特徴が
挙げられる。
相関は、目的の表現型形質の存在または非存在および多型マーカーセットにつ
いて試験を受けた個体の集団について行われる。そのような分析をするために、
多型のセット（すなわち、多型セット）の存在または非存在は、個体のセット（
個体のうちのいくつかは特定の形質を示し、そして個体のうちのいくつかは形質
を欠損する）について決定される。次に、セットの各多型の対立遺伝子は、特
定の対立遺伝子の存在または非存在が目的の形質と関連するか否かを決定するた
めに、考察される。相関は、κ二乗検定のような標準的な統計学的方法により行
われ、そして多型形態と表現型特徴との間の統計学的に有意な相関が、注目され
る。例えば、多型Ａでの対立遺伝子Ａ１の存在が心臓疾患に相関することが見出
され得る。さらなる例として、多型Ａでの対立遺伝子Ａ１および多型Ｂでの対立
遺伝子Ｂ１の組合せの存在が家畜の乳産生の増加に相関することが見出され得る
。
そのような相関関係は、いくつかの方法で開発され得る。１つ以上の多型形態
のセットおよび処置が利用可能な疾患との間の相関が強い場合、ヒトまたは動物
患者における多型形態セットの検出は、即時の処置の投与、または少なくとも患
者の規則的なモニタリングの設定の理由づけとなり得る。家族を意図するカップ
ルにおいて、重篤な疾患と関連する多型形態の検出はまた、そのカップルの生殖
の決定にとって有用であり得る。例えば、女性のパートナーは、彼女の夫から彼
女の子孫にそのような多型が伝達する可能性を避けるために、試験管受精を行う
ことを選択し得る。多型セットとヒト疾患との間の相関が弱いが、いまだ統計学
的に有意である場合、即時の治療的介入またはモニタリングの理由づけとはなら
ないかもしれない。それにもかかわらず、患者は、患者にとってほとんどコスト
をかけずに達成され得るが、改変体対立遺伝子により患者の感受性が増加し得る
という状態の危険度を減少させる潜在的な利点を与え得る単純なライフスタイル
の変更（例えば、ダイエット、運動）を始める動機づけをされ得る。疾患につい
てのいくつかの処置養生法のうちの１つに対する増強された受容性と相関する患
者の多型セットの同定は、この処置養生法がこの後に続くべきであることを示す
。
動物および植物について、特徴と表現型との相関は所望の特徴を育種するため
に有用である。例えば、Beitzら（米国特許第5,292,639号）は、ウシにおける牛
乳産生の改善のための育種計画における、ウシミトコンドリア多型の使用を考察
する。mtDNA Dループ配列多型の牛乳産生への効果を評価するために、各ウシは
、考慮された17各々の部位の原型のミトコンドリアDNA配列に関し、改変体であ
れば１を、野生型であれば０を、割り当てられた。各産生の形質は、以下の動物
モデルを用いて個別に分析された：
Yijkpn=μ+YSi+Pj+Xk+β1+..．β17+PEn+an+ep
ここでYijknpは、牛乳、脂肪、脂肪パーセンテージ、SNF、SNFパーセンテージ、
エネルギー濃度、または乳汁分泌エネルギーの記録であり；μは、全体の平均値
であり；YSiは、年−季節において子ウシを産む全ての牛への共通する影響であ
り；Xkは、高選択線または平均選択線のいずれかにおけるウシへの共通する影響
であり；β1〜β17は、mtDNA Dループ配列多型における産生記録の二項回帰であ
り；PEnは、ウシnの全ての記録に共通する永続性環境効果であり；anは、動物n
の効果であり、そして父畜および母畜の育種価値の加算性の遺伝的寄与およびメ
ンデルのサンプリング効果より構成される；ならびにepは、無作為な残余である
。17のうち11の試験した多型は、少なくとも１つの産生形質に影響を与えること
が見出された。これら11の遺伝子座で牛乳産生のための最も良好な多型形態を有
するウシは、家畜の次世代の育種の親として用いられた。
Ｄ．表現型形質の遺伝子マッピング
前節は、表現型形質とこれらの形質に直接的または間接的に寄与する多型との
間の相関の同定に関する。本節は、目的の形質と関係する遺伝子座と、その形質
と無関係だがその形質を担う遺伝子座と物理的に近く、その遺伝子座と共分離す
る多型マーカーとの間の物理的連鎖の同定を述べる。このような分析は、染色体
位置に対して表現形形質と関連する遺伝子座をマッピングするのに有用であり、
それにより、その形質を担う遺伝子をクローニングする。Landerら、Proc.Natl.
Acad.Sci．(USA)83,7353-7357(1986)；Landerら、Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)84,
2363-2367(1987)；Donis-Kellerら、Cell 51,319-337(1987)；Landerら、Geneti
cs 121,185-199(1989)を参照のこと。連鎖によって位置決めされた遺伝子を、指
向性クローニング(directional cloning)として公知であるプロセスによってク
ローン化し得る。Wainwright,Med.J.Australia 159,170-174(1993);Collins,Nat
ure Genetics 1,3-6(1992)（全ての目的について、各々をその全体において参考
として援用する）を参照。
連鎖研究を、代表的に、家族の構成員において行う。家族の利用可能な構成員
を、表現型形質の存在または非存在について、そして多型マーカーのセットにつ
いて特徴づける。次いで、情報を与える減数分裂における多型マーカーの分布を
分析して、どの多型マーカーが、表現型形質と共分離するかを決定する。例えば
、Keremら、Science 245,1073-1080(1989)：Monacoら、Nature 316,842(1985)；
Yamokaら、Neurology 40，222−226(1990)；Rossiterら、FASEB Journal 5,21-2
7(1991)を参照。
連鎖を、ロッド(LOD：可能性の対数)値の計算によって分析する。ロッド値は
、マーカーおよび遺伝子座の２つが連鎖しない、従って独立して分離する状況に
対して、この２つが組換え比θで位置する場合に、マーカーおよび遺伝子座につ
いて観察される分離データを得る相対尤度である(ThompsonおよびThompson,Gene
tics in Medicine(第5版、W.B.Saunders Company,Philadelphia,1991)；Stracha
n,「Mapping the human genome」、The Human Genome(BIOS Scientific Publisher
s Ltd,Oxford)、第４章)。一連の尤度比を、種々の組換え比(θ)(θ=0.0(一致遺
伝子座)からθ=0.50(連鎖なし)の範囲)で計算する。従って、θの所定値での尤
度は、遺伝子座が連鎖しなかった場合のデータの確率に対する、遺伝子座がθで
連鎖した場合のデータの確率である。計算した尤度は、通常、この比のlog10(す
なわち、ロッドスコア)として示される。例えば、３のロッドスコアは、一致し
た見かけの観察連鎖に対する1000:1の可能性を示す。対数の使用は、異なる家族
から収集したデータが、単純な加算により合わされることを可能にする。コンピ
ュータープログラムは、θの異なる値についてのロッドスコアの計算に利用可能
である(例えば、LIPED,MLINK(Lathrop,Proc.Nat.Acad.Sci.(USA)81,3443-3446(1
984))。任意の特定のロッドスコアについて、組換え比を、数表から決定し得る
。Smithら、Mathematical tables for research workers in human genetics(Ch
urchill,London,1961)；Smith,Ann.Hum．Genet.32,127-150(1968)を参照のこと
。ロッドスコアが最大であるθの値を、組換え比の最良の推定値であると考える
。
正のロッドスコア値は、２つの遺伝子座が連鎖することを示唆し、一方、負の
値は、２つの遺伝子座が連鎖していない確率よりも連鎖の可能性が(そのθの値
で)低いことを示唆する。慣習的に、＋３以上の合わせたロッドスコア(連鎖の方
を選んでの1000:1の可能性より大きな確率と等しい)は、２つの遺伝子座が連鎖
するという決定的な証拠であると考えられる。同様に、慣習的に、−２以下の負
のロッドスコアは、比較される２つの遺伝子座の連鎖に対する決定的な証拠と解
釈される。負の連鎖データは、染色体またはそのセグメントを考察から除外する
のに有用である。探索は、残りの除外されない染色体位置に集中する。
ＩＶ．改変したポリペプチドおよび遺伝子配列
本発明はさらに、核酸および対応するタンパク質の改変体形態を提供する。こ
の核酸は、表１の第８列に記載される配列の１つを含み、ここで多型位置は、そ
の位置について別の塩基の１つによって占められる。いくつかの核酸は、タンパ
ク質の全長改変体形態をコードする。同様に、改変体タンパク質は、表１に示さ
れる多型位置のうちの１つを含むコドンによってコードされるアミノ酸を除いて
(それが成分である全長コード配列とインフレームであるように読む)、表１の第
８列に示される核酸配列によってコードされる、原型アミノ酸配列を有する。そ
の位置は、表１に示される任意の別の形熊の対応するコドンによってコードされ
るアミノ酸によって占められる。
改変体遺伝子を、改変体遺伝子が、天然または他のプロモーターに作動可能に
連結される発現ベクターにおいて発現させ得る。通常、このプロモーターは、哺
乳動物細胞における発現のための真核生物プロモーターである。転写調節配列は
、代表的には、異種プロモーター、および必要に応じて、宿主によって認識され
るエンハンサーを含む。適切なプロモーター(例えば、trp、lac、ファージプロ
モーター、解糖酵素プロモーター、およびtRNAプロモーター)の選択は、選択し
た宿主に依存する。市販の発現ベクターを使用し得る。ベクターは、宿主に認識
される複製系、増幅可能な遺伝子、選択マーカー、宿主ゲノムへの挿入に有用な
宿主配列などを含み得る。
発現構築物を宿主細胞に導入する手段は、特定の構築物および標的宿主に依存
して変化する。適切な手段としては、Sambrook(前出)に記載されるような、融合
、結合(conjugation)、トランスフェクション、形質導入、エレクトロポレーシ
ョン、または注入が挙げられる。広範な種々の宿主細胞を、(原核生物性および
真核生物性の両方の)改変体遺伝子の発現のために使用し得る。適切な宿主細胞
としては、E.coliのような細菌、酵母、糸状菌、昆虫細胞、哺乳動物細胞(代表
的には、不死化された、例えば、マウス、CH0、ヒトおよびサルの細胞株)、なら
び
にそれらの誘導体が挙げられる。好ましい宿主細胞は、改変体遺伝子産物をプロ
セシングして、適切な成熟ポリペプチドを産生し得る。プロセシングとしては、
グリコシル化、ユビキチン化、ジスルフィド結合形成、一般的な翻訳後修飾など
が挙げられる。
タンパク質を、Jacoby，Methods in Enzymology第104巻，Academic Press,New
York(1984);Scopes,Protein Purification,Principles and Practice,第2版、S
pringer-Verlag,New York(1987)；およびDeutscher(編)、Guide to Protein Pur
ification,Methods in Enzymology，第182巻(1990)に記載のように、タンパク質
生化学および精製の従来の手段によって単離し得、実質的に純粋な産物(すなわ
ち、細胞成分夾雑物を80、95、または99％含まない)を入手し得る。タンパク質
を分泌させる場合、宿主細胞が増殖する上清からタンパク質を単離し得る。分泌
されない場合、タンパク質を、宿主細胞の溶解産物から単離し得る。
本発明はさらに、外因性改変体遺伝子を発現し得、そして/または不活化され
る内因性改変体遺伝子の対立遺伝子の一方または両方を有し得る、トランスジェ
ニック非ヒト動物を提供する。外因性改変体遺伝子の発現は、通常、遺伝子をプ
ロモーター、および必要に応じてエンハンサーに作動可能に連結し、そして構築
物を接合体にマイクロインジェクションすることによって達成され得る。Hogan
ら、「Manipulating the Mouse Embryo,A Laboratory Manual」Cold Spring Har
bor Laboratoryを参照。内因性改変体遺伝子の不活化を、クローン化改変体遺伝
子が、陽性選択マーカーの挿入によって不活化される導入遺伝子を形成すること
によって達成し得る。Capecchi,Science 244,1288-1292(1989)を参照。次いで、
導入遺伝子を、胚幹細胞に導入し、ここで、導入遺伝子は、内因性改変体遺伝子
との相同組換えを受ける。マウスおよび他の齧歯類が、好ましい動物である。こ
のような動物は、有用な薬物スクリーニング系を提供する。
改変体遺伝子によって発現される実質的に全長のポリペプチドに加えて、本発
明は、ポリペプチドの生物学的に活性なフラグメント、またはそのアナログを含
み、これは、ペプチドの相互作用を刺激する有機分子を含む。生物学的に活性な
フラグメントは、改変体遺伝子産物に生物学的機能を付与する全長ポリペプチド
の任意の部分を含み、生物学的機能は、リガンド結合および抗体結合を含む。リ
ガンド結合としては、核酸、タンパク質もしくはポリペプチド、生物学的に活性
な低分子、または大きな細胞構造による結合が挙げられる。
改変体遺伝子産物に特異的に結合するが、対応する原型遺伝子産物には結合し
ない、ポリクローナルおよび/またはモノクローナル抗体もまた提供される。抗
体を、マウスまたは他の動物に改変体遺伝子産物またはその合成ペプチドフラグ
メントを注射することによって産生し得る。モノクローナル抗体を、例えば、Ha
rlowおよびLane，Antibodies,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press,
New York(1988);Goding,Monoclonal antibodies,Principles and Practice(第２
版)Academic Press,New York(1986)に記載されるように、スクリーニングする。
モノクローナル抗体を、改変体遺伝子産物との特異的免疫反応性、および対応す
る原型遺伝子産物への免疫反応性の欠如について試験する。これらの抗体は、改
変体形熊の検出のための診断アッセイにおいて、または薬学的組成物における活
性成分として有用である。
Ｖ．キット
本発明はさらに、上記のような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドの少なく
とも１つを含むキットを提供する。しばしば、キットは、多型性の異なる形態に
ハイブリダイズする、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドの１つ以上の対を含
む。いくつかのキットにおいて、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、基材
に固定化されて提供される。例えば、同じ基材は、表１に示される少なくとも10
、100、または全ての多型性を検出するための対立遺伝子特異的オリゴヌクレオ
チドプローブを含み得る。キットの随意のさらなる成分としては、例えば、制限
酵素、逆転写酵素またはポリメラーゼ、基質ヌクレオシド三リン酸、標識するた
めに使用される手段(例えば、アビジン−酵素結合体および酵素基質、ならびに
標識がビオチンである場合の色素体)、および逆転写、PCR、またはハイブリダイ
ゼーション反応に適切な緩衝液が挙げられる。通常、キットはまた、この方法を
行うための説明書を含む。
実施例
表１に示す多型性を、微細に作製されたアレイに固定化したプローブへのハイ
ブリダイゼーションによって、多様な人種的および地域的背景の８つの関連して
いない個体からの標的配列を再配列決定することによって同定した。このような
アレイの設計および使用のためのストラテジーおよび原理は、WO95/11995に一般
的に記載されている。このストラテジーは、表１の第１列に示すフラグメントの
参照配列に対して高度の配列同一性を示す標的配列の分析のためのプローブのア
レイを提供する。参照配列は、ヒトゲノムプロジェクトの経過において開発され
た配列タグ化部位（STS）であった（例えば、Science 270，1945-1954(1995);Na
ture 80，152-154(1996)を参照)。ほとんどのSTSは、サイズが100bp〜300bpまで
の範囲にある。
この分析において使用される代表的なプローブアレイは、参照配列の両鎖をそ
れぞれタイル状にしたプローブの４セットの２つの群を有する。第１のプローブ
セットは、参照配列の１つとの完全な相補性を示す複数のプローブを含む。第１
のプローブセットにおける各プローブは、参照配列におけるヌクレオチドに対応
するインターロゲイション位置を有する。すなわち、プローブおよび参照配列が
２つの間での相補性を最大にするように整列される場合、インターロゲイション
位置は、参照配列において対応するヌクレオチドと整列される。第１のセットに
おける各プローブについて、３つのさらなるプローブセット由来の３つの対応す
るプローブが存在する。従って、参照配列において、各ヌクレオチドに対応する
４つのプローブが存在する。３つのさらなるプローブセット由来のプローブは、
インターロゲイション位置（これは、４つのプローブセット由来の４つの対応す
るプローブの各々において、同じ位置に存在する）を除いて、第１のプローブセ
ット由来の対応するプローブに同一であり、そして４つのプローブセットにおい
て、異なるヌクレオチドによって占められる。本分析において、プローブは、25
ヌクレオチド長であった。複数の異なる参照配列についてタイル状であるアレイ
を、同じ基材に含ませた。
列挙されたウェブサイトに示されるフラグメントについてのプライマーを使用
して、個体からの複数の標識配列をヒトゲノムDNAから増幅した。増幅した標的
配列をPCRの間またはその後に蛍光標識した。標識した標的配列を、プローブの
固定化したアレイを保有する基材を用いてハイブリダイズした。プローブに結合
した標識の量を測定した。標識のパターンの分析は、標的と参照配列との間で異
なる性質および位置を明らかにした。例えば、４つの対応するプローブの強度の
比較により、プローブのインターロゲイション部位と整列した標的配列における
対応するヌクレオチドの同一性が明らかになる。対応するヌクレオチドは、最も
高い強度を示すプローブのインターロゲイション部位を占有するヌクレオチドの
相補体である(WO95/11995を参照のこと)。多型性の存在はまた、プローブを異な
る個体からの対応する標的にハイブリダイズした場合、多型性に隣接するプロー
ブに対して正規化したハイブリダイゼーション強度における差異によって明らか
になる。例えば、多型性に隣接するプローブの「フットプリント」のハイブリダ
イゼーション強度の相対的な損失は、標的と参照との間の差異を示す（すなわち
、多型性）（本明細書中でその全体がすべての目的のために援用される、EP717,
113を参照のこと）。さらに、異なる個体からの対応する標的のハイブリダイゼ
ーション強度は、所与のクラスターにおける単離体が類似である傾向にあり、そ
して異なるクラスターにおける単離体が非類似である傾向にあるように、データ
によって示唆される（アプリオリには規定されない）グループまたはクラスター
に分類され得る。1997年２月７日に出願されたWO97/29212を参照のこと（本明細
書中で参考としてその全体が全ての目的のために援用される）。異なる個体由来
のサンプルに対するハイブリダイゼーションを、別々に行った。表１は、８個の
試験された個体についての参照配列との比較における標的配列について得られた
データを要約する。
前述から、本発明は、以下のように簡潔に表現され得る多くの一般的な使用を
包含することが明らかである。本発明は、疾患（例えば、ガン、炎症、心疾患、
CNSの疾患、および微生物による感染に対する感受性）の診断またはモニタリン
グにおける上記の任意の核酸セグメントの使用を提供する。本発明はさらに、こ
のような疾患の処置または予防のための医薬の製造における任意の核酸セグメン
トの使用を提供する。本発明はさらに、医薬としての任意のDNAセグメントの使
用を提供する。
上記で引用された全ての刊行物および特許出願は、その全体が全ての目的で
個々の刊行物または特許出願が、参考として援用されことが特別にそして個々に
示されているのと同じ程度まで本明細書中で参考として援用される。本発明は、
明確性および理解の目的のために説明および例示によって、いくらか詳細に記載
されているが、特定の変化および改変が添付の請求の範囲内で実施され得ること
が明らかである。
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＤＥ，
ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，Ｌ
Ｕ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＪＰ，ＵＳ
(72)発明者 チー，マーク
アメリカ合衆国 カリフォルニア 94306,
パロ アルト，ウェイバリー ストリート
3199
(72)発明者 ファン，ジャン−ビン
アメリカ合衆国 カリフォルニア 94306,
パロ アルト，ベンチュラ アベニュー
ナンバー20 275
(72)発明者 ベルノ，アンソニー
アメリカ合衆国 カリフォルニア 95112,
サン ホセ，サウス 12ティーエイチ ス
トリート 570