【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリペプチドをコードするヒトまたはヒト以外の霊長類のポリヌクレオチド配列を同定する方法であって、該ポリペプチドはヒトまたはヒト以外の霊長類において生理的状態と関連し、以下の工程：
（ａ）ヒトまたはヒト以外の霊長類の蛋白質をコードするポリヌクレオチド配列と、それぞれヒト以外の霊長類またはヒトの蛋白質をコードするポリヌクレオチド配列を比較し、該ヒト以外の霊長類またはヒトは生理的状態を有さない工程；および
（ｂ）ヒト以外の霊長類またはヒトの対応する配列と比較して、ヌクレオチド変化を包含する、それぞれヒトまたはヒト以外の霊長類のポリヌクレオチド配列を選択し、ここにおいて、該変化が進化的に有意である工程、
を含んでなる前記方法。
【請求項２】
前記ポリヌクレオチド配列がヒト以外の霊長類のポリヌクレオチド配列である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ポリヌクレオチド配列がヒトのポリヌクレオチド配列である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記生理的状態がＡＩＤＳである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ヒト以外のまたはヒトの蛋白質をコードする配列が生理的状態の進行（ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）と関連する、請求項２または３のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
ヒト脳の蛋白質をコードするポリヌクレオチド配列において進化的に有意な変化を同定する方法であって、以下の工程：
（ａ）ヒト脳の蛋白質をコードするポリヌクレオチド配列とヒト以外の霊長類の対応する配列を比較する工程；および
（ｂ）ヒト以外の霊長類の対応する配列と比較して、ヌクレオチド変化を包含するヒトのポリヌクレオチド配列を選択し、ここにおいて該変化が進化的に有意である工程；
を含んでなる前記方法。
【請求項７】
前記ヒト以外の霊長類がチンパンジー、コビトチンパンジー、ゴリラ、およびオランウータンからなる群より選択される、請求項２、３または６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記ヌクレオチド変化の進化的有意性がヌクレオチド配列の同義率（ＫＳ）に対する非同義置換率（ＫＡ）の比によって決定される、請求項２、３または６のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
前記ＫＡ／ＫＳ比が少なくとも約１．００である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記生理的状態が脳機能である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記ヒト脳の蛋白質をコードするヌクレオチド配列がヒト脳のｃＤＮＡに対応する、請求項６に記載の方法。
【請求項１２】
ヒト蛋白質をコードするポリヌクレオチド配列とヒト以外の霊長類由来の蛋白質をコードするポリヌクレオチド配列間の大規模な配列比較の方法であって、以下の工程：
（ａ）ヒトのポリヌクレオチド配列を、配列相同性に従ってヒト以外の霊長類由来の対応するポリヌクレオチド配列と並べる工程；および
（ｂ）ヒト以外の霊長類由来の相同配列と比較して、ヒトの配列中のいかなるヌクレオチドの変化をも同定し、ここにおいてその変化が進化的に有意である工程；
を含んでなる前記方法。
【請求項１３】
前記蛋白質をコードする配列が脳由来である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
生理的状態を調節する剤を同定する方法であって、該方法は、請求項２または３のいずれかで同定したポリヌクレオチド配列でトランスフェクトした細胞に、試験されるべき少なくとも１つの剤を接触させることを含んでなり、ここにおいて剤がポリヌクレオチド配列の機能を調節するその能力によって同定される、前記方法。
【請求項１５】
生理的状態を調節する剤を同定する方法であって、該方法は、請求項２または３のいずれかで同定したポリヌクレオチド配列内にコードされたポリペプチド、または該ポリペプチドを含む組成物に対して、試験されるべき少なくとも１つの剤を接触させることを含んでなり、ここにおいて剤がポリペプチド配列の機能を調節するその能力によって同定される、前記方法。
【請求項１６】
請求項１４または１５のいずれかに記載の方法によって同定された、剤。
【請求項１７】
進化的に有意なヒトのヌクレオチド変化をヒトにおける生理的状態に相関させる方法であって、適したモデルシステムにおいて、もしあれば請求項２または３のいずれかで同定したポリヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチド、あるいは請求項２または３のいずれかで同定したポリヌクレオチド配列の機能的効果を解析し、ここにおいて機能的効果の存在が進化的に有意なヌクレオチド変化と生理的状態間の相関性を示す、ことを含んでなる前記方法。
【請求項１８】
治療介入に適当である標的部位を同定する方法であって、請求項３の方法によって同定されたポリヌクレオチド配列にコードされるヒト以外のポリペプチドと、対応するヒトポリペプチドと比較し、あるいは請求項２の方法によって同定されたポリヌクレオチド配列にコードされるヒトのポリペプチドと対応するヒト以外のポリペプチドと比較し、ここにおいてもしあれば分子相違の位置が標的部位を示す、ことを含んでなる前記方法。
[Claims]
(1)
A method for identifying a human or non-human primate polynucleotide sequence encoding a polypeptide, wherein the polypeptide is associated with a physiological condition in a human or non-human primate, comprising the steps of:
(A) comparing a polynucleotide sequence encoding a human or non-human primate protein with a polynucleotide sequence encoding a non-human primate or human protein, respectively; (B) selecting a polynucleotide sequence of a human or non-human primate, respectively, comprising nucleotide changes compared to the corresponding sequence of a non-human primate or human, Wherein the change is evolutionarily significant;
The method comprising:
(2)
2. The method of claim 1, wherein the polynucleotide sequence is a non-human primate polynucleotide sequence.
(3)
2. The method of claim 1, wherein said polynucleotide sequence is a human polynucleotide sequence.
(4)
2. The method of claim 1, wherein said physiological condition is AIDS.
(5)
4. The method of any of claims 2 or 3, wherein the sequence encoding a non-human or human protein is associated with development of a physiological condition.
6.
A method for identifying an evolutionarily significant change in a polynucleotide sequence encoding a human brain protein, comprising the following steps:
(A) comparing the polynucleotide sequence encoding the protein of the human brain with the corresponding sequence of a non-human primate; and (b) comparing the corresponding sequence of the non-human primate with nucleotide changes. Selecting a human polynucleotide sequence wherein the changes are evolutionarily significant;
The method comprising:
7.
7. The method of any of claims 2, 3 or 6, wherein the non-human primate is selected from the group consisting of a chimpanzee, a cockpit chimpanzee, a gorilla, and an orangutan.
8.
7. The method of any of claims 2, 3 or 6, wherein the evolutionary significance of the nucleotide change is determined by the ratio of the non-synonymous substitution rate (KA) to the synonymous rate (KS) of the nucleotide sequence.
9.
9. The method of claim 8, wherein said KA / KS ratio is at least about 1.00.
10.
2. The method of claim 1, wherein said physiological condition is brain function.
11.
7. The method of claim 6, wherein the nucleotide sequence encoding the human brain protein corresponds to a human brain cDNA.
12.
A method for large-scale sequence comparison between a polynucleotide sequence encoding a human protein and a polynucleotide sequence encoding a protein derived from a non-human primate, comprising the following steps:
(A) aligning the human polynucleotide sequence with the corresponding polynucleotide sequence from a non-human primate according to sequence homology; and (b) comparing the human polynucleotide sequence with a homologous sequence from a non-human primate. Identifying any nucleotide changes in the sequence, wherein the changes are evolutionarily significant;
The method comprising:
Claim 13
13. The method of claim 12, wherein the sequence encoding the protein is derived from brain.
14.
A method for identifying an agent that modulates a physiological condition, comprising contacting a cell transfected with a polynucleotide sequence identified in any of claims 2 or 3 with at least one agent to be tested. Wherein the agent is identified by its ability to modulate the function of the polynucleotide sequence.
15.
A method for identifying an agent that modulates a physiological condition, said method comprising providing a polypeptide encoded within the polynucleotide sequence identified in any of claims 2 or 3, or a composition comprising said polypeptide. In contrast, the method comprising contacting at least one agent to be tested, wherein the agent is identified by its ability to modulate the function of a polypeptide sequence.
16.
An agent identified by the method according to claim 14.
17.
A method of correlating an evolutionarily significant human nucleotide change to a physiological condition in a human, encoded by a polynucleotide sequence identified in any of claims 2 or 3, if any, in a suitable model system. Analyzing the functional effect of the polypeptide or the polynucleotide sequence identified in either claim 2 or claim 3, wherein the presence of the functional effect determines the correlation between evolutionarily significant nucleotide changes and physiological states. Showing the method.
18.
A method for identifying a target site suitable for therapeutic intervention, comprising comparing a non-human polypeptide encoded by the polynucleotide sequence identified by the method of claim 3 with a corresponding human polypeptide, or Comparing the human polypeptide encoded by the polynucleotide sequence identified by the method of paragraph 2 with the corresponding non-human polypeptide, wherein the location of the molecular difference, if any, indicates the target site. Said method.