JP2001522225A - Reagents and methods useful for detecting lung disease - Google Patents

Reagents and methods useful for detecting lung disease

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JP2001522225A JP53307898A JP53307898A JP2001522225A JP 2001522225 A JP2001522225 A JP 2001522225A JP 53307898 A JP53307898 A JP 53307898A JP 53307898 A JP53307898 A JP 53307898A JP 2001522225 A JP2001522225 A JP 2001522225A
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Abstract

(57)【要約】 LU105と呼ばれるウテログロビン族のタンパク質の新規構成要素が記述される。LU105は、肺組織から転写される一組の連続し、かつ部分的に重複するRNA、及びそれらによってコードされるポリペプチドによって定義される。BU101の最長連続配列を示す、完全に配列決定されたクローンも開示される。これらの配列は、肺ガンのような肺の疾患及び状態の検出、診断、段階付け、監視、予後判定、予防もしくは治療、又は個体の素因の決定に有用である。LU105がコードするポリペプチド、すなわちタンパク質に特定的に結合する抗体、及び組織特異的LU105ポリペプチドの作用を阻止するアゴニストもしくは阻害因子も提供され、これらの分子は肺の疾患、腫瘍又は転移の治療的処置に有用である。 (57) Abstract A novel component of the uteroglobin family protein called LU105 is described. LU105 is defined by a set of contiguous and partially overlapping RNAs transcribed from lung tissue and the polypeptides encoded by them. A fully sequenced clone showing the longest contiguous sequence of BU101 is also disclosed. These sequences are useful for detecting, diagnosing, staging, monitoring, prognosing, preventing or treating lung diseases and conditions, such as lung cancer, or determining the predisposition of an individual. Also provided are polypeptides encoded by LU105, ie, antibodies that specifically bind to the protein, and agonists or inhibitors that block the action of tissue-specific LU105 polypeptides, which molecules are used to treat pulmonary diseases, tumors or metastases. Useful for medical treatment.

Description

【発明の詳細な説明】 肺の疾患の検出に有用な試薬及び方法 発明の背景 本発明は、全般に、肺の疾患の検出に関する。より詳しくは、本発明は、ポリ ヌクレオチド配列及びそれらによってコードされるポリペプチド配列のような試 薬及びこれらの配列を利用する方法に関する。これらのポリヌクレオチド及びポ リペプチド配列は、肺ガンのような肺の疾患又は状態の検出、診断、段階付け、 監視、予後判定、予防もしくは治療、又は素因の決定に有用である。 肺ガンは合衆国において男性及び女性の両方に生じるガンの二番目に多い一般 的なガンである。1997年中に新たに診断された肺ガンは178,100事例 と推定される(米国ガン協会の統計)。肺ガンは、両方の性においてガン死亡の 最も一般的な原因であり、1997年には160,000以上の肺ガン関連の死 亡が予測される。肺ガンは、世界の他の地域でも主な健康に関する問題であり、 EUでは毎年約135,000の新たな事例が発生し、中欧及び東欧では肺ガン の発生が急速に増 大している。Genesis Report,February 1995及び T.Reynolds,J.Natl.Cancer Inst.87:134 8−1349(1995)参照。 初期段階の肺ガンは、胸部レントゲン写真及び喀痰細胞検査によって検出する ことができる。しかしながらこれらの方法は、無症候者のスクリーニングテスト としての日常的使用に対して十分な感度を有していない。胸部レントゲン写真の 感度を制限しうる潜在的な技術的問題には、最適でない技術、不十分な照射、及 び患者の姿勢及び協力が含まれる。T.G.Tape et al.,Ann. Intern.Med.104:663−670(1986)。さらには放射線 技師は、胸部レントゲン写真の解釈に異議を唱えることが多い。これらの異議の 40%以上が有意なものであるか又は潜在的に有意であり、間違った解釈又は否 定的な解釈が大部分の誤診の原因である。P.G.Herman et al. ,Chest 68:278−282(1975)。決定的ではない結果には、 明らかにするために追加の追跡検査が必要である。上記T.G.Tape et al。喀痰細胞検査は、初期肺ガンの検出において胸部レントゲン写真よりも さらに感度が低い。肺ガンの160症例のうち、 レントゲン検査のみで123症例(77%)を検出したが、一方で細胞検査のみ では67症例(42%)を検出した。The National Cancer Institute“Early Lung Cancer Detecti on:Summary and Conclusion”,Am.Rev.Re sp.Dis.130:565−567(1984)。喀痰細胞検査が肺ガンを 診断する能力に影響を与える要因には、患者が十分な痰を出す能力、腫瘍の大き さ、腫瘍の主気道への近接度、腫瘍の組織型、及び細胞病理学者の経験及び訓練 などが含まれる。R.J.Ginsberg et al.“Cancer:P rinciples and Practice of Oncology”, Fourth Edition、V.T.DeVita,S.Hellman, S.A.Rosenburg,pp.673−723,Philadelphi a,PA:J.B.Lippincott Co.(1993)。 大部分の新しい肺ガンは、この病気が肺を越えて広がった時にのみ検出されて いる。合衆国では新しい非小細胞(non−small cell)肺ガンの1 6%のみが、局部段階で検出されている。この段階では5年生存率が最高である (49.7%)。 これに対して、病気がすでに局部的に広がっている(局所疾患)時、あるいは遠 部まで転移している(遠位疾患)時に新しい症例の68%が検出されているが、 これは、5年生存率がそれぞれ18.5%及び1.8%という有意な低さである 。同様に新たに検出された小細胞肺ガンの80%が、局所疾患又は遠位疾患の場 合に発見されており、これらは5年生存率がそれぞれわずかに9.5%及び1. 7%である。Stat Bite,J.Natl.Cancer Inst.8 7:1662,1995。従って現在の方法では、肺ガンの初期の治療可能な段 階でこの病気を検出することに失敗している。従って死亡率を減少させるために は改良された検出方法が必要である。 診断後、患者のガンは段階付けされる。段階付けは、患者のその後の経過を強 力に予測するものであり、この患者の治療法を決定するものである。細胞肺ガン 患者は、リンパ節転移、肺転移、及び肝臓及び副腎転移を検出するために、胸部 及び上腹部の日常的なCTスキャンを受けることができる。このCTスキャンの 結果は決定的でないことが多く、骨スキャンを含むさらなる検査につながる。患 者の段階付けはまた、生検及び肝機能検査のほかに、骨スキャン、気管支洗浄を 伴なう繊維光視気 管支鏡検査を含んでもよい。 最初の治療後に肺ガン患者を監視するために最もよく使用される方法は、受診 (clinic visit)、胸部X線、全血球計算、肝機能検査、及び胸部 CTスキャンである。しかしながらこのような監視技術による再発の検出は、治 療方法及び全体的な生存期間に大きな影響を与えない。このことから、現在の監 視方法は費用効果が悪いという結論につながる。K.S.Naunheim e t al.,Ann.Thorac.Surg.60:1612−1616(1 995)。G.L.Walsh et al.,Ann.Thorac.Sur g.60:1563−1572(1995)。 まず正常な肺組織と比べて、肺腫瘍組織に特異的に発現された細胞成分を同定 することによって、肺ガンの改良された腫瘍マーカーを発見する試みがなされて いる。例えばポリペプチド組成における定量的及び定性的差異の特徴を決定する ために、二次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動が用いられた。T.Hiran o et al.,Br.J.Cancer 72:840−848(1995 );A.T.Endler et al.,J.Clin.Chem Clin .Biochem.24: 981−992(1986)。しかしながらこの技術の感度は、2つの電気泳動 工程のタンパク質分解の程度及び検出工程によって限定されている。この工程は 、ゲル中のタンパク質染色に依るものである。ポリペプチド不安定性は、二次元 パターンに人為変化を発生させることがある。正常な組織と腫瘍組織との遺伝子 発現の差をスクリーニングするために、もう1つの技術である引き算ハイブリダ イゼーションが用いられている。P.S.Steeg et al.,J.Na tl.Cancer Inst.80:200−204(1988)。この技術 は手間がかかり、低量で存在する組織中のmRNA種を検出するには制限がある 。特異的に発現する遺伝子を同定するためのより感度の高い方法は、ディファレ ンシャルディスプレイである。P.Liang et al.,Cancer Res.52:6966−6968(1992)。この方法は、細胞mRNAの cDNAへの逆転写、ついでcDNA二次集団のPCR増幅を含む。正常な組織 と腫瘍肺組織との増幅cDNA二次集団の比較によって、特異的に発現するmR NA種の同定が可能になる。この技術は、低量のmRNAを検出するための引き 算ハイブリダイゼーションよりも感度が高いが、日常的業務を行なう臨床研究所 で実施す るには難しい技術であり、従って研究施設(research setting )に限定される。正常な肺組織よりも肺腫瘍において高いレベルのmRNAを発 現する、N8と名付けられた新規遺伝子が、ディファレンシャルディスプレイに よって最近発見された。S.L.Chen et al.,Oncogene 12:741−751(1996)。しかしながら現在のところ、日常的スクリ ーニング検定技術、例えば免疫検定に用いるのに有効なマーカーはない。試験試 料例えば血液、血漿、又は血清における様々なマーカーの出現に基づく、かつこ のような免疫方法によって検出可能な検査なら、医師がガンの診断を行ない、患 者の段階付けに役立たせ、治療プロトコルを選ぶか、あるいは選ばれた治療法が 正しいかどうかを監視する助けとなるような、低コストで非外科的な診断情報を 与えることができるであろう。 このようなマーカーはいくつかのカテゴリーに分けられた。第一カテゴリーは 、疾患の場合上昇しているマーカーを含むものである。これらの例には、精巣ガ ンの場合上昇している絨毛性ゴナドトロピン(HCG)、及び肝細胞ガン(HC C)の場合上昇しているアルファフェトプロテイン(AFP)が含まれ る。E.L.Jacobs,Curr.Probl.Cancer 15(6) :299−350(1991)。第二カテゴリーは、疾患の場合変わっているマ ーカーを含むものである。これらの例には、膀胱ガンの場合のCD44のスプラ イス変異体:Y.Matsumura et al.,Journal Pat hology 175(Suppl):108A(1995)、及び肺及び結腸 直腸ガンにおけるp53の突然変異が含まれる。W.P.Bennett,Ca ncer Detection and Prevention 19(6): 503−511(1995)。後者の場合、p53突然変異は、結果としてタン パク質を生じ、これは、機能において欠陥があり、機能又は天然タンパク質に対 して向けられる特異的抗体に基づく検定によって検出可能であることもあり、可 能でないこともある。第三カテゴリーは、正常なタンパク質であるが、不適切な 体の区画に現れるマーカーを含むものである。これらの例には前立腺特異的抗原 (PSA)があり、これは精液中に高レベルで分泌される正常なタンパク質であ るが、正常な前立腺の男性の血液中には非常に低レベルで存在するものである。 P.H.Lange et al.,Urology 33(6 Suppl) :13(1989)。 しかしながら良性の前立腺肥大(hyperplasia)(BPH)又は前立腺 ガンを含む前立腺疾患の患者において、PSAのレベルは血液中で顕著に上昇し ており、前立腺疾患の強力な指標である。同様にガン胎児性抗原(CEA)は、 結腸の内面(inner lining)の正常な成分であり、結腸疾患のない 人には低レベルでのみ血中に存在する。上記E.L.Jacobs。しかしなが ら炎症性腸疾患及び結腸腺ガンを含む結腸の疾患において、CEAの濃度は、多 くの患者の血漿又は血清において顕著に上昇しており、この組織の疾患の指標で ある。CEA及びPSAは、それぞれ結腸又は前立腺とは異なるいくつかの組織 で産生されているが、これらのマーカーは、これらの強力な組織選択性によって これらのもとの原発組織の疾患の診断においても有用であると認められている。 さらにマーカーの不適切な区分分けの他の例もある。例えば転移ガンの場合、 リンパ節は多くの場合、原発腫瘍から発し、かつ多くの場合原発腫瘍の免疫組織 化学マーカーを発現する細胞を含んでいる。CEA及びPSAはどちらも転移ガ ンの患者のリンパ節において検出された。正常な遺伝子産物の不適切な出現が疾 患を示しているような他の区画は、全血の形成成分を 含んでいる。これらはこの疾患の転移が広がっている証拠を与えると考えられる 。しかしながら現在のところ、肺疾患、例えば肺ガン、喘息、及び成人の呼吸困 難症候群のスクリーニング又は診断用のこのようなマーカーは存在しない。 従って、肺ガンのような肺の疾患及び状態の検出、診断、段階付け、監視、予 後判定、予防もしくは治療、又は素因の決定のための方法及び試薬を提供するこ とは有利であろう。このような方法には、肺ガンと関連する疾患及び状態におい て過剰発現する遺伝子(又は複数の遺伝子)の産物についての試験試料を検定す ることが含まれよう。このような方法にはまた、肺ガンと関連する疾患及び状態 によって変えられた遺伝子(又は複数の遺伝子)の産物についての試験試料を検 定することが含まれてもよい。さらにはこのような方法にはまた、肺ガンと関連 する疾患及び状態によって、体の様々な組織及び区画間の分布が変えられている 遺伝子(又は複数の遺伝子)の産物についての試験試料を検定することが含まれ てもよい。このような方法は、試験試料においてmRNAからcDNAを作るこ と、(必要であれば)遺伝子又はそれの断片に対応するcDNAのいくつかの部 分を増幅すること、及びこのcDNA産物をガンの存 在の指標として検出すること;又は疾患の存在の指標としての1つ又は複数の遺 伝子配列を含むmRNAの翻訳産物を検出することを含むであろう。これらの試 薬は、例えば逆転写酵素−ポリメラーゼ鎖反応(RT−PCR)、ポリメラーゼ 鎖反応(PCR)、又は生検組織のハイブリダイゼーション検定などの診断方法 に用いることができる1つ又は複数のポリヌクレオチド又はそれらの断片;この ようなmRNAの翻訳産物であるポリペプチド;又はこれらのタンパク質に対し て向けられる抗体を含んでいる。このような方法は、遺伝子の1つ又は複数の産 物のサンプルを検定すること、及びこれらの産物を肺ガンの指標として検出する ことを含むであろう。例えば肺ガンなどの肺疾患の薬物治療又は遺伝子治療は、 これらの同定された遺伝子配列又はそれらの発現されたポリペプチドに基づくこ とが可能であり、ここに開示されている診断方法を用いて、特定の治療法の有効 性を監視することができる。さらには、初期の肺ガンを非侵襲的に検出しうる有 効な代替診断方法を有することは有利であろう。同様に肺疾患の治療を段階付け 及び監視する方法も有益であろう。発明の要約 本発明は、試験試料中の標的LU105ポリヌクレオチドの検出方法であって 、該試験試料を少なくとも1種のLU105−特異的ポリヌクレオチドと接触さ せ、かつ該試験試料中の標的LU105ポリヌクレオチドの存在を検出すること を包含する方法を提供する。このLU105−特異的ポリヌクレオチドは、配列 番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6及びそ れらの断片もしくは相補物からなる群より選択されるポリヌクレオチドとの少な くとも50%の同一性を有する。また、このLU105−特異的ポリヌクレオチ ドは、この方法を実施する前に固相に付着させてもよい。 また、本発明は、試験試料中のLU105 mRNAの検出方法であって、c DNAを生成するために少なくとも1つのプライマーを用いて逆転写(RT)を 行い、そのようにして得られたcDNAをLU105オリゴヌクレオチドをセン ス及びアンチセンスプライマーとして用いて増幅してLU105単位アンプリコ ンを得、かつLU105単位アンプリコンの存在を試験試料中のLU105 m RNAの存在の指標として検出することを包含し、該LU105オリゴヌクレオ チドが配列番号1、 配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、及びそれらの 断片もしくは相補物からなる群より選択される配列との少なくとも50%の同一 性を有する方法も提供する。増幅はポリメラーゼ連鎖反応によって行うことがで きる。また、この方法を行う前、増幅の前又は検出の前に、試験試料を固相と反 応させることもできる。この反応は直接的な反応であっても間接的な反応であっ てもよい。さらに、検出工程は、測定可能な信号を生成することが可能である検 出可能な標識を用いることを包含していてもよい。この検出可能な標識は固相に 付着させることができる。 さらに、本発明は、標的LU105ポリヌクレオチドを含むことが疑われる試 験試料中の標的LU105ポリヌクレオチドの検出方法であって、(a)試験試 料を少なくとも1種のセンスプライマーとしてのLU105オリゴヌクレオチド 及び少なくとも1種のアンチセンスプライマーとしてのLU105オリゴヌクレ オチドと接触させ、これを増幅して第1段階反応生成物を得、(b)該第1段階 反応生成物を少なくとも1種の他のLU105オリゴヌクレオチドと接触させて 第2段階反応生成物を得、ただし、該他のLU105オリゴヌクレオチドは工程 (a)において用いられるLU105オリゴヌクレオチドに対して3’に位置し 、かつ第1段階反応生成物に対して相補的であり、及び(c)該第2段階反応生 成物を試験試料中の標的LU105ポリヌクレオチドの存在の指標として検出す ることを包含する方法を提供する。この方法において試薬として選択されるLU 105オリゴヌクレオチドは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号 4、配列番号5、配列番号6及びそれらの断片もしくは相補物からなる群より選 択される配列との少なくとも50%の同一性を有する。増幅はポリメラーゼ連鎖 反応によって行うことができる。この方法を実施する前、又は増幅の前、又は検 出の前に、試験試料を固相と直接もしくは間接的に反応させることができる。ま た、検出工程は、測定可能な信号を生成することが可能である検出可能な標識を 用いることを包含していてもよく、さらに、この検出可能な標識を固相に付着さ せることも可能である。 また、試験試料中の標的LU105ポリヌクレオチドを検出するのに有用な試 験キットであって、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番 号5、配列番号6及びそれらの断片もしくは相補物からなる群より選択される少 なくとも1 種のLU105−特異的ポリヌクレオチドを収容する容器を含む試験キットも提 供される。これらの試験キットは、試験試料(例えば、血液、尿、唾液及び便) を集めるのに有用な用具を備える容器をさらに含む。このような用具には、血液 を収集して安定化するためのランセット及び吸取紙もしくは布;唾液を収集して 安定化するためのスワブ;並びに尿もしくは便試料を収集して安定化するための カップが含まれる。紙、布、スワブ、カップのような収集素材は、任意に、試料 の変性又は不可逆的な吸着を回避するように処理することができる。また、これ らの収集素材は、検体の完全性の維持を助けるため、保存剤、安定化剤又は抗菌 剤で処理し、もしくはそれらを含んでいてもよい。 本発明はまた、LU105遺伝子に由来する精製ポリヌクレオチド又はそれら の断片を提供する。この精製ポリヌクレオチドはLU105遺伝子の核酸又はそ れらの相補物と選択的にハイブリダイズすることが可能である。このポリヌクレ オチドは、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配 列番号6、及びそれらの断片もしくは相補物からなる群より選択されるポリヌク レオチドとの少なくとも50%の同一 性を有する。さらに、この精製ポリヌクレオチドは、組換え及び/又は合成技術 により生成させることが可能である。精製組換えポリヌクレオチドは組換えベク ター内に含まれていてもよい。本発明は、さらに、このベクターが形質移入され た宿主細胞を包含する。 さらに、本発明は、LU105に由来する開放読取り枠(open reading frame) を含む核酸配列を有する組換え発現系を提供する。この核酸配列は、配列番号1 、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、及びそれら の断片もしくは相補物からなる群より選択される配列との少なくとも50%の同 一性を有する。この核酸配列は所望の宿主に適合する制御配列に作動可能に連結 される。また、この組換え発現系が形質移入された(transfected)細胞も提供 される。 また、本発明はLU105によってコードされるポリペプチドも提供する。こ のポリペプチドは組換え技術によって生成させて純粋な形態で得、又は合成技術 によって生成させることが可能である。このポリペプチドは、配列番号19、配 列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、及び それらの断片からなる群より選択されるアミノ酸配 列との少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。 また、少なくとも1つのLU105エピトープに特異的に結合する抗体も提供 される。この抗体はポリクローナル抗体であってもモノクローナル抗体であって もよい。エピトープは配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号2 2、配列番号23、配列番号24及びそれらの断片からなる群より選択されるア ミノ酸配列に由来するものである。試験試料中のLU105抗原又は抗−LU1 05抗体の存在を決定するための検定キットも含まれる。一態様において、この 検定キットは、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配 列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択されるアミノ 酸配列との少なくとも50%の同一性を有するLU105ポリペプチドの少なく とも1種を収容する容器を含む。さらに、この試験キットは試験試料(例えば、 血液、尿、唾液及び便)を集めるのに有用な用具を備える容器を含んでいてもよ い。このような用具には、血液を収集して安定化するためのランセット及び吸取 紙もしくは布;唾液を収集して安定化するためのスワブ;並びに尿もしくは便試 料を収集して安定化するためのカップが含まれる。紙、布、スワブ、カップのよ う な収集素材は、任意に、試料の変性又は不可逆的な吸着を回避するように処理す ることができる。また、これらの収集素材は、検体の完全性の維持を助けるため 、保存剤、安定化剤又は抗菌剤で処理されていてもよい。これらのポリペプチド を固相に付着させることも可能である。 試験試料中のLU105抗原又は抗−LU105抗体の存在を決定するための 別の検定キットは、LU105がコードするエピトープを少なくとも1つ有する LU105抗原に特異的に結合する抗体を収容する容器を含む。このLU105 抗原は、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号 23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択されるLU105が コードする抗原の配列との少なくとも約60%の配列類似性を有する。これらの 試験キットは、試験試料(例えば、血液、尿、唾液及び便)を集めるのに有用な 用具を備える容器をさらに含んでいてもよい。このような用具には、血液を収集 して安定化するためのランセット及び吸取紙もしくは布;唾液を収集して安定化 するためのスワブ;尿もしくは便試料を収集して安定化するためのカップが含ま れる。紙、布、スワブ、カップのような収集素材は、任意に、試料の変性 又は不可逆的な吸着を回避するように処理することができる。また、これらの収 集素材は、検体の完全性の維持を助けるため、保存剤、安定化剤又は抗菌剤で処 理し、もしくはそれらを含んでいてもよい。この抗体を固相に付着させることも 可能である。 発現ベクターが形質移入されている宿主細胞をインキュベートすることを包含 する、LU105の少なくとも1つのエピトープを有するポリペプチドの生成方 法が提供される。このベクターは、配列番号19、配列番号20、配列番号21 、配列番号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群よ り選択されるLU105アミノ酸配列との少なくとも50%の同一性を有するア ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を有する。 LU105抗原を含むことが疑われる試験試料中のLU105抗原の検出方法 も提供される。この方法は、試験試料をLU105抗原のエピトープの少なくと も1つと特異的に結合する抗体又はそれらの断片と抗体/抗原複合体の形成に十 分な時間及び条件下で接触させ、かつ抗体を含むそのような複合体の存在を試験 試料中のLU105抗原の存在の指標として検出することを包含する。この抗体 は固相に付着させることが可能であり、モノ クローナル抗体又はポリクローナル抗体のいずれであってもよい。さらに、この 抗体は、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号 23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択されるLU105抗 原の少なくとも1つと特異的に結合する。 LU105抗原に特異的に結合する抗体を含むことが疑われる試験試料中にこ れらの抗体を検出する別の方法が提供される。この方法は、試験試料を少なくと も1つのLU105エピトープを有するポリペプチドと接触させることを包含し 、該LU105エピトープはLU105ポリペプチドによってコードされるアミ ノ酸配列との少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列又はそれらの断片 を含む。接触は、抗原/抗体複合体の形成を可能にするのに十分な時間及び条件 下で行われる。この方法は、さらに、このポリペプチドを含む複合体を検出する ことを包含する。このポリペプチドは固相に付着させてもよい。さらに、このペ プチドは、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番 号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択されるアミノ酸配 列との少なくとも50%の同一性を有する組換えタンパク質又は合成ペプチドで あって もよい。 本発明は、LU105抗原の少なくとも1つのエピトープ又はそれらの断片を コードするLU105核酸配列を形質移入した細胞を提供する。この核酸配列は 、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6 、及びそれらの断片もしくは相補物からなる群より選択される。 LU105抗原に対する抗体の生成方法も提供され、この方法は、単離された 免疫原性ポリペプチド又はそれらの断片を個体に投与することを包含し、該単離 された免疫原性ポリペプチドは少なくとも1つのLU105エピトープを免疫応 答を生成するのに十分な量で含む。この単離された免疫原性ポリペプチドは、配 列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列 番号24、及びそれらの断片からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。 LU105抗原に特異的に結合する抗体を生成させるための別の方法が開示さ れ、この方法は、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、 配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択されるアミ ノ酸配列から誘導された少なくとも1つのLU105エピトープをコ ードする核酸配列を含むプラスミドを哺乳類動物に投与することを包含する。 また、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列 番号6、及びそれらの断片もしくは相補物からなる群より選択されるポリヌクレ オチドとの少なくとも50%の同一性を有する、少なくとも約10−12ヌクレ オチドのLU105ポリヌクレオチドを含む物質の組成物も提供される。このL U105ポリヌクレオチドは少なくとも1つのLU105エピトープを有するア ミノ酸配列をコードする。本発明によって提供される物質の別の組成物は、約8 −10アミノ酸の少なくとも1つのLU105エピトープを有するポリペプチド を含む。このポリペプチドは、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配 列番号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選 択されるアミノ酸配列との少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列を含 む。また、配列番号19との少なくとも50%の同一性を有するLU105ポリ ペプチドをコードする遺伝子もしくはそれらの断片、及び配列番号5又は配列番 号6との少なくとも50%の同一性を有するDNAを含む遺伝子もしくはそれら の断片も提供される。図面の簡単な説明 図1は、クローン3353867(配列番号1)、1327836(配列番号 2)、1605935(配列番号3)、811640(配列番号4)、及びそれ らから誘導される共通配列(配列番号5)、及びクローン1327836(クロ ーン1327836IHとしても示されているもの(配列番号6))の完全長配 列のヌクレオチド整列化を示し、 図2は、重複するクローン3353867(配列番号1)、1327836( 配列番号2)、1605935(配列番号3)、811640(配列番号4)、 及び1327836IH(配列番号6)のヌクレオチド整列化からの共通ヌクレ オチド配列の形成を表すコンティグ地図を示し、 図3Aは様々な組織抽出物に由来するRNAのエチジウムブロマイド染色アガ ロースゲルの走査、及びLU105放射標識プローブを用いたRNAの対応する ノーザンブロットを示し、図3Bは様々な肺組織に由来するRNAのエチジウム ブロマイド染色アガロースゲルの走査、及びLU105放射標識プローブを用い たRNAの対応するノーザンブロットを示し、 図4は、肺、前立腺、乳房、及び結腸組織のRNAに由来す るLU105−特異的初回刺激PCR増幅産生物のエチジウムブロマイド染色ア ガロースゲルの走査を表し、 図5は、LU105発現プラスミドで形質移入されたHEK293細胞の2つ の培養物に対して実施されたウェスタンブロット分析の走査を表すものであり、 図6は、LU105合成ペプチドに対する抗血清を用いて組織抽出物パネルに 対して実施されたウェスタンブロット分析の走査を表す。発明の詳細な説明 本発明は、配列番号19との少なくとも約50%の同一性を有するLU105 ポリペプチドをコードする遺伝子又はそれらの断片を提供する。さらに、本発明 は、配列番号5又は配列番号6との少なくとも約50%の同一性を有するDNA を含むLU105遺伝子又はそれらの断片も包含する。 本発明は、LU105と呼ばれる肺組織遺伝子の産生物について試験試料を検 定する方法であって、試験試料中のmRNAからcDNAを作製し、該cDNA を肺組織遺伝子LU105の存在の指標として検出することを包含する方法を提 供する。この方法は、その遺伝子又はそれらの断片に対応するLU105に由 来するmRNAの一部の1以上を増幅する増幅工程を包含していてもよい。また 、LU105の翻訳産生物を検出する方法も提供される。ここに提供される方法 によって検定することができる試料には、組織、細胞、体液及び分泌物が含まれ る。また、本発明は、これらの方法の実施に有用な、オリゴヌクレオチドプライ マー及びポリペプチドのような試薬も提供する。 ここに開示される核酸配列のいくつかの部分は、RNAの逆転写又はcDNA の増幅用のプライマーとして、又は試験試料中の特定のmRNA配列の存在を決 定するためのプローブとして有用である。診断免疫検定における標準もしくは試 薬として、薬学的スクリーニング検定の標的として、及び/又は様々な治療の構 成要素もしくは標的部位として有用なコードされたポリペプチド配列の生成を可 能にする核酸配列も開示される。これらのポリペプチド配列内に含まれるエピト ープの少なくとも1つに対するモノクローナル及びポリクローナル抗体は、LU 105に関連付けられる疾患又は状態、とりわけ肺ガンの診断試験及びスクリー ニングに加えて、治療剤の送達剤として有用である。これらの核酸配列から誘導 されるプローブ又はPCRプライマーを用いて、関心のある遺伝子の他の部分の 配列を単離するこ とができる。これは、関心のあるmRNA又はcDNAのさらなるプローブを、 対応するコードされたポリペプチド配列に加えて、確立することを可能にする。 これらのさらなる分子は、ここに開示されるようにLU105によって特徴づけ られる、肺ガンのような肺の疾患及び状態の検出、診断、段階付け、監視、予後 判定、予防もしくは治療、又は素因の決定において有用である。 アミノ酸配列の「類似性」を決定する技術は当該技術分野において公知である。 一般には、「類似性」は2つ以上のポリペプチドのアミノ酸の比較についての適切 な場所での的確なアミノ酸を意味し、この場合アミノ酸は同一であるか、又は類 似の化学的及び/又は物理的特性、例えば電荷もしくは疎水性を有する。したが って、比較したポリペプチド配列の間でいわゆる「類似パーセント」を決定するこ とができる。核酸及びアミノ酸配列の同一性を決定するための技術も当該技術分 野において公知であり、これには(通常、cDNA中間体を介する)その遺伝子 に対するmRNAのヌクレオチド配列の決定及びそれらによってコードされるア ミノ酸配列の決定、並びにこれと第2のアミノ酸配列との比較が含まれる。一般 には、「同一性」は、それぞれ2 つのポリヌクレオチド又はポリペプチド配列での的確なヌクレオチドとヌクレオ チドとの、又はアミノ酸とアミノ酸との一致を指す。2つ以上のポリヌクレオチ ド配列をそれらの「同一性パーセント」を決定することにより比較することができ る。同様に、2つ以上のアミノ酸配列をそれらの「同一性パーセント」を決定する ことにより比較することができる。Wisconsin Sequence A nalysis Packageバージョン8(Genetics Compu ter Group、Madison、WIから入手可能)において利用可能な プログラム、例えばGAPプログラムは、2つのポリヌクレオチドの間の同一性 並びに2つのポリペプチド配列の間の同一性及び類似性の両者をそれぞれ算出す ることが可能である。配列間の同一性又は類似性を算出するための他のプログラ ムも該技術において知られている。 ここに説明される組成物及び方法は特定のマーカーを肺組織の疾患又は状態を 示すものとして同定することを可能にし、そこから得られる情報は、LU105 に関連付けられる疾患又は状態、とりわけ肺ガンの検出、診断、段階付け、監視 、予後判定、予防もしくは治療、又は決定における助けとなる。試験方 法には、例えば、ここに提供される配列(1つもしくは複数)を用い、かつ核酸 増幅法、例えばポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、リガーゼ連鎖反応(LCR) 、及びハイブリダイゼーションを用いてもよいプローブ検定が含まれる。加えて 、ここに提供されるヌクレオチド配列は、そこから免疫原性エピトープを見出す ことができる開放読取り枠を含む。このエピトープはLU105に関連付けられ る疾患状況又は状態に独自のものであると信じられている。また、LU105遺 伝子によってコードされるポリヌクレオチド又はポリペプチドはマーカーとして 有用であるとも考えられている。このマーカーは、肺ガンのような疾患において 増加し、肺ガンのような疾患において変化し、又は正常なタンパク質として存在 するが不適切な身体の区画に出現する。このエピトープの独自性は、(i)LU 105遺伝子によってコードされるタンパク質及びポリペプチドに対する抗体と のその免疫学的反応性及び特異性、並びに(ii)他のあらゆる組織マーカーと のその非反応性によって決定され得る。免疫学的反応性を決定する方法は公知で あり、これには、例えば、ラジオイムノ検定(RIA)、酵素結合免疫測定法( ELISA)、赤血球凝集(HA)、蛍光偏光免疫検定(FPIA)、化学発 光免疫検定(CLIA)等が含まれるがこれらに限定されるものではない。適切 な方法の幾つかの例がここに説明されている。 他に断らない限り、以下の用語は以下の意味を有する。 指定される配列「から誘導される」又は「に特異的な」ポリヌクレオチドは、その指 定されるヌクレオチド配列の一領域に対応する、すなわち同一であるかもしくは 相補的な、少なくとも約6ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約8ヌクレオチ ド、より好ましくは少なくとも約10−12ヌクレオチド、さらに好ましくは少 なくとも約15−20ヌクレオチドの連続配列を含むポリヌクレオチド配列を指 す。この配列は、当該技術分野において公知の技術によって決定される特定のポ リヌクレオチド配列に独特の配列に対して相補的であっても同一であってもよい 。例えば、データバンク内の配列との比較を指定される配列の独自性を決定する 方法として用いることができる。配列を誘導することが可能な領域には非翻訳及 び/又は非転写領域の他に特異的エピトープをコードする領域が含まれるが、こ れらに限定されるものではない。 誘導されるポリヌクレオチドは必ずしも研究中で関心のあるヌクレオチド配列 から物理的に誘導される必要はないが、その ポリペプチドが誘導される領域(1つもしくは複数)の塩基の配列から得られる 情報に基づくあらゆる方法で生成することが可能であり、これには化学合成、複 製、逆転写又は転写が含まれるがこれらに限定されるものではない。それそのも のは、元のポリヌクレオチドのセンス又はアンチセンス方向のいずれをも表し得 る。加えて、指定される配列に対応する領域の組み合わせを当該技術分野におい て公知の方法で目的とする用途に合致するように改変することができる。 特定のポリヌクレオチドの「断片」は、その特定のヌクレオチド配列の一領域に 対応する、すなわち同一であるかもしくは相補的な、少なくとも約6ヌクレオチ ド、好ましくは少なくとも約8ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも約10 −12ヌクレオチド、さらに好ましくは少なくとも約15−20ヌクレオチドの 連続配列を含むポリヌクレオチド配列を指す。 「プライマー」という用語は標的ヌクレオチド配列に相補的である特定のオリゴ ヌクレオチド配列を意味し、標的ヌクレオチド配列へのハイブリダイズに用いら れる。プライマーは、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ又は逆転写酵素 のいずれかによって触媒されるヌクレオチドの重合の開始点として役立つ。「プローブ」という用語は、相補配列を有する、試料中に存在する特定のポリヌ クレオチドの識別に用いることが可能な定義された核酸セグメント(又はヌクレ オチド類似セグメント、例えば、以下に定義されるPNA)を意味する。 「〜によってコードされる」はポリペプチド配列をコードする核酸配列を指し、 このポリペプチド配列又はそれらの一部はその核酸配列によってコードされるポ リペプチドに由来する少なくとも3ないし5個のアミノ酸、より好ましくは少な くとも8ないし10個のアミノ酸、さらに好ましくは少なくとも15ないし20 個のアミノ酸を有するアミノ酸配列を含む。また、その配列によってコードされ るポリペプチドで免疫学的に識別可能なポリペプチド配列も包含される。したが って、「ポリペプチド」、「タンパク質」又は「アミノ酸」配列は、LU105アミノ 酸配列との少なくとも約50%の同一性、好ましくは約60%の同一性、より好 ましくは約75−85%の同一性、さらに好ましくは約90−95%以上の同一 性を有する。さらに、LU105「ポリペプチド」、「タンパク質」又は「アミノ酸」 配列は、LU105のポリペプチドもしくはアミノ酸配列との少なくとも約60 %の類似性、好ましくは少なくとも約75%の類似性、より好ま しくは約85%の類似性、より好ましくは約95%以上の類似性を有し得る。こ のアミノ酸配列は配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、 配列番号23、配列番号24及びそれらの断片からなる群より選択することがで きる。 「組換えポリペプチド」、「組換えタンパク質」、又は「組換え技術によって生成 したポリペプチド」は、ここでは交換可能に用いることができ、その起源又は操 作によって、天然において随伴しているポリペプチドの全てもしくはその一部を 随伴せず、及び/又は天然において連結しているもの以外のポリペプチドに連結 しているポリペプチドを示す。組換えの、又はコードされるポリペプチドもしく はタンパク質は、必ずしも指定された核酸配列から翻訳される必要はない。これ は、化学合成又は組換え発現系の発現を含むあらゆる方法で生成させることもで きる。 ここで用いられる「合成ペプチド」という用語は、日常処理技術者に公知の方法 によって化学的に合成することが可能な、あらゆる長さのアミノ酸の重合体形態 を意味する。これらの合成ペプチドは様々な用途において有用である。 ここで用いられる「ポリヌクレオチド」という用語は、あらゆる長さのヌクレオ チド、リボヌクレオチド又はデオキシリボヌ クレオチドのいずれかの重合体形態を意味する。この用語はこの分子の一次構造 のみを指す。したがって、この用語は、二本鎖及び一本鎖RNAに加えて、二本 鎖及び一本鎖DNAを含む。また、これは、ポリヌクレオチドの修飾、例えばメ チル化もしくはキャップ形成、及び非修飾形態も含む。「ポリヌクレオチド」、「 オリゴマー」、「オリゴヌクレオチド」及び「オリゴ」という用語はここでは交換可 能に用いられる。 「cDNAに対応する配列」は、指定されたDNA中の配列と同一又は相補的な ポリヌクレオチド配列を含む配列を意味する。cDNAとの同一性又は相補性の 程度(すなわち「パーセント」)は、約50%以上、好ましくは少なくとも約60 −70%以上、より好ましくは少なくとも約90%以上である。同定されたcD NAに対応する配列は少なくとも約50ヌクレオチドの長さ、好ましくは少なく とも約60ヌクレオチドの長さ、より好ましくは少なくとも約70ヌクレオチド の長さである。関心のある遺伝子もしくは遺伝子断片とcDNAとの対応は当該 技術分野において公知の方法によって決定することができ、これには、例えば、 配列決定された物質と既述のcDNAとの直接比較、又はハイブリダイゼーショ ン及び一本鎖ヌクレアーゼ での消化、続く消化された断片のサイズ決定が含まれる。 「精製ポリヌクレオチド」は、そのポリヌクレオチドが天然において随伴してい るタンパク質を必ず含まない、例えば約50%未満、好ましくは約70%未満、 より好ましくは約90%未満のタンパク質を含む、関心のあるポリヌクレオチド 又はそれらの断片を指す。関心のあるポリヌクレオチドを精製するための技術は 当該技術分野において公知であり、これには、例えば、ポリヌクレオチドを含む 細胞カオトロピック剤での破壊並びにイオン交換クロマトグラフィー、親和性ク ロマトグラフィー及び密度での沈降によるポリヌクレオチド(1種もしくは複数 )及びタンパク質の分離が含まれる。 「精製ポリペプチド」又は「精製タンパク質」は、その関心のあるポリペプチドが 天然において随伴している細胞成分を必ず含まない、例えば約50%未満、好ま しくは約70未満、より好ましくは約90%未満の細胞成分を含む、関心のある ポリペプチド又はそれらの断片を意味する。関心のあるポリペプチドを精製する ための方法は当該技術分野において公知である。 「単離された」という用語は、その物質がその本来の環境(例えば、それが天然 に生じる場合には天然環境)から取り除かれ ていることを意味する。例えば、生存する動物の体内に存在する天然のポリヌク レオチド又はポリペプチドは単離されていないが、自然系において共存する物質 の幾つかもしくは全てから分離されている同じポリヌクレオチドもしくはDNA 又はポリペプチドは単離されている。このようなポリヌクレオチドはベクターの 一部であってもよく、及び/又はこのようなポリヌクレオチドもしくはポリペプ チドは組成物の一部であってもよく、このベクター又は組成物は天然環境の一部 ではないので依然として単離されている。 「ポリペプチド」及び「タンパク質」はここでは交換可能に用いられ、共有結合及 び/又は非共有結合によって連結しているアミノ酸の少なくとも1つの分子鎖を 示す。この用語は特定の長さの生成物を指すものではない。したがって、ペプチ ド、オリゴペプチド及びタンパク質はこのポリペプチドの定義に含まれる。この 用語は、ポリペプチドの翻訳後修飾、例えば、グリコシル化、アセチル化、リン 酸化等を含む。加えて、タンパク質断片、類似体、変異もしくは変種タンパク質 、融合タンパク質等がこのポリペプチドの意味に含まれる。 特定のポリペプチドの「断片」は、その特定のポリペプチドか ら誘導される少なくとも約5個のアミノ酸、より好ましくは少なくとも約8−1 0個のアミノ酸、さらに好ましくは少なくとも約15−20個のアミノ酸を含む アミノ酸配列を指す。 単細胞体として培養される微生物もしくは高等真核細胞系を示す「組換え宿主 細胞」、「宿主細胞」、「細胞」、「細胞系」、「細胞培養物」及び他のそのような用語 は、組換えベクター又は他の移行DNAのレシピエントとして用いることが可能 であり、又は用いられている細胞を指し、これには形質移入されている元の細胞 の最初の子孫が含まれる。 ここで用いられる場合、「レプリコン」は、細胞内でのヌクレオチド複製の自律 性単位として挙動するあらゆる遺伝的要素、例えばプラスミド、染色体又はウイ ルスを意味する。 「ベクター」は、別のポリヌクレオチドセグメントが、このセグメントの複製及 び/又は発現が生じるように結合しているレプリコンである。 「制御配列」という用語は、それに連結されているコード配列を発現させるのに 必要なポリヌクレオチド配列を指す。このような制御配列の性質は宿主生物に応 じて異なる。原核生物においては、このような制御配列は一般にはプロモーター 、リボソ ーム結合部位及びターミネーターを含み、真核生物においては、このような制御 配列は一般にはプロモーター、ターミネーター及び、ある場合には、エンハンサ ーを含む。したがって、「制御配列」という用語は、最低でもその存在が発現に必 要な全ての構成要素を含むことが意図されており、その存在が有利であるさらな る構成要素、例えばリーダー配列、を含んでいてもよい。 「作動可能に連結する」は、既述の構成要素が、それらが意図する様式で機能す ることが可能な関係にある状況を指す。したがって、例えば、コード配列に「作 動可能に連結する」制御配列は、この制御配列に適合する条件下でコード配列の 発現が達成されるような様式で連結されている。 「開放読取り枠」もしくは「ORF」という用語は、ポリペプチドをコードするポ リヌクレオチド配列の一領域を指す。この領域はコード配列の一部を表すことも 、全コード配列を表すこともある。 「コード配列」は、適切な調節配列の制御の下に置かれたときにmRNAに転写 され、かつポリペプチドに翻訳されるポリヌクレオチド配列である。コード配列 の境界は5’−末端の翻訳開始コドン及び3’−末端の翻訳終止コドンによって 決定され る。コード配列にはmRNA、cDNA及び組換えポリヌクレオチド配列が含ま れ得るが、これらに限定されるものではない。 「〜で/として免疫学的に識別可能な」という用語は、指定されたポリペプチド (1種もしくは複数)にも存在し、かつそれに独特のエピトープ(1種もしくは 複数)及びポリペプチド(1種もしくは複数)の存在を指す。免疫学的同一性は 抗体の結合及び/又は結合における競合によって決定することができる。これら の技術は日常的処理技術者に公知であり、ここにも説明されている。また、エピ トープの独自性は、そのエピトープをコードするポリヌクレオチド配列について の既知のデータバンク、例えばGenBankのコンピュータ検索、及び他の既 知のタンパク質とのアミノ酸配列の比較によっても決定することができる。 ここで用いられる場合、「エピトープ」はポリペプチドもしくはタンパク質の抗 原決定基を意味する。おそらく、エピトープは3個のアミノ酸をそのエピトープ に特有の空間的立体配座で含むことが可能である。一般には、エピトープは少な くとも5個のそのようなアミノ酸からなり、より一般的には、少なくとも8ない し10個のアミノ酸からなる。空間的立体配座を調べ る方法は当該技術分野において公知であり、これには、例えば、X線結晶学及び 二次元核磁気共鳴が含まれる。 「立体配座的エピトープ」は免疫学的に認識可能な構造をとる特定の並置状態の アミノ酸を含んでなるエピトープであり、これらのアミノ酸は同じポリペプチド 上に連続的もしくは非連続的順序で存在し、又は異なるポリペプチド上に存在す る。 ポリペプチドは、そのペプチドに含まれる特定のエピトープの抗体認識により それが抗体に結合する場合、抗体と「免疫学的に反応性」である。免疫学的反応性 は抗体の結合により、とりわけ抗体結合の動力学により、及び/又は抗体が指向 するエピトープを含む既知のポリペプチド(1種もしくは複数)を競合体(1種 もしくは複数)として用いる結合における競合により決定することができる。ポ リペプチドが抗体と免疫学的に反応性であるかどうかを決定するための方法は当 該技術分野において公知である。 ここで使用する場合、「関心のあるエピトープを含む免疫原性ポリペプチド」 という用語は、目的の天然に生じるポリペプチドまたはその断片、並びに他の手 段、例えば化学的合成、または組換え体生物中のポリペプチドの発現により調製 されるポ リペプチドを意味する。 「形質移入」という用語は、その導入に使用される方法に関係なく、真核また は原核宿主細胞に外因性ポリヌクレオチドを導入することを示す。「形質移入」 という用語は、そのポリペプチドの安定な導入および一過性の導入の両方を示し 、そしてポリヌクレオチドの直接取込み、形質転換、形質導入およびf−交配を 包含する。いったん宿主細胞に導入されると、外因性ポリヌクレオチドは、非組 込みレプリコン、例えばプラスミドとして維持することができるか、またはある いは宿主ゲノムに組込まれてよい。 「処置」は、予防および/または治療を示す。 ここで使用される場合に「個体」の語は、脊椎動物、特に哺乳類の仲間を示し 、そして限定されるものではないが、家畜、競技用動物、霊長類およびヒトが挙 げられる。さらに詳細には、この語は、ヒトを示す。 ここで使用される場合に「センス鎖」または「プラス鎖」(あるいは「+」)は 、そのポリペプチドをコードする配列を含む核酸を表す。「アンチセンス鎖」ま たは「マイナス鎖」(あるいは「−」)という用語は、「プラス」鎖のものに相 補的な配 列を含有する核酸を表す。 「試験試料」という用語は、分析物の源(関心のある抗体または関心のある抗 原のような)である個々の本体の成分を示す。これらの成分は、当分野でよく知 られている。試験試料は、一般に標的配列を含むことが予測される任意のもので ある。試験試料は、個体から標本を得、そして必要であれば、含まれる任意の細 胞を分断し、その結果標的核酸を放出するような当業界でよく知られている方法 論を用いて調製できる。これらの試験試料としては、ここで記載される本発明の 方法によって試験できる生物学的試料が挙げられ、そして全血、血清、血漿、髄 液、喀痰、気管支洗浄液、気管支吸引液、尿、リンパ液および呼吸器、腸および 尿生殖器管の種々の外部分泌物、涙、唾液、乳、白血球細胞、骨髄腫等のような ヒトおよび動物体液;細胞培養上清のような生物学的流体;固定されていてよい 組織標本;そして固定されていてよい細胞標本を包含する。 「精製産物」は、その産物が天然において随伴している細胞構成成分から単離 され、および関心ある試料に存在しうる他の型の細胞から単離された産物の標品 を示す。 「PNA」は、ここで記載される検定のような手段で利用し て標的の存在を測定できる「ペプチド核酸類似体」を表す。「MA」は、ここで 記載される検定のような手段を利用して標的の存在を測定できる「モルフォリン 類似体」を表す。例えば、米国特許第5,378,841号参照。PNAは、中 性に荷電された部分であり、RNA標的またはDNAに指向させることが可能で ある。例えば本発明のDNAプローブの代わりに検定で使用されるPNAプロー ブは、DNAプローブが使用される場合に達成できない利点を提供する。これら の利点としては、製造性、大規模標識性、再現性、安定性、イオン強度の変化に 対する不感受性、およびDNAまたはRNAを利用する方法において存在する酵 素による分解に対する耐性が挙げられる。これらのPNAは、蛍光、放射性ヌク レオチド、化学発光性化合物等のシグナル発生化合物で標識され(に付着され) うる。したがって、PNAまたはMAのような他の核酸類似体は、DNAまたは RNAの代わりに検定法に使用することができる。ここではDNAプローブを利 用する検定が記載されているが、検定試薬に必要であればまたは必要により、適 切な変更と共に、RNAまたはDNAをPNAまたはMAに置きかえることは日 常従事者の範囲内である。 ここで使用される場合に「分析物」は、試験試料に存在しうる検出されるべき 物質である。分析物は、それへの天然に生じる特異的結合構成損(抗体のような )が存在するか、それへのまたは特異的結合構成員が調製されうる、いかなる物 質であってもよい。したがって、分析物は、検定において1つまたはそれ以上の 特異的結合の構成員に結合できる物質である。「分析物」は、任意の抗原性物質 、ハプテン、抗体およびそれらの組合せをも包含する。特異的結合対の構成員と して、分析物は、ビタミンB12の測定のための特異的結合対の構成員として内 性因子タンパク質の使用、葉酸を測定するために葉酸結合タンパク質の使用、ま たは炭水化物を測定するための特異的結合対の構成員としてレクチンの使用等の ように、天然に生じる特異的結合の相手(対)によって検出されうる。分析物と しては、タンパク質、ポリペプチド、アミノ酸、ヌクレオチド標的等が挙げられ る。 「肺の疾患」、「肺疾患」、及び「肺の状態」は、ここでは相互交換可能に用 いられ、下部気道のすべての疾患または状態を示し、これには、肺炎(ウイルス 性、細菌性、及び真菌性を含むあらゆる原因のもの)、喘息、黒色肺病、珪肺、 成人の呼 吸困難症候群、及びガンが含まれるが、これらに限定されるわけではない。 ここで使用される場合に「肺ガン」とは、下部気道の全ての悪性疾患のことを 言い、これには、小細胞ガン、腺ガン、偏平上皮ガン、大細胞ガンが含まれるが 、これらに限定されるわけではない。肺ガンは、小細胞ガンと非小細胞ガンとい うグループに分けられることが多い。 「発現配列タグ」または「EST」は、組織から抽出されたmRNAの逆転写 の後ベクター内に挿入することによって作られたcDNA挿入物の部分配列を示 す。 「転写像」は、ライブラリー中のESTの定量的分布を示す表またはリストを 示し、そしてそのライブラリーが作成された組織内で活性な遺伝子群を表す。 本発明は、特異的結合構成員を利用する検定を提供する。ここで使用される場 合に「特異的結合構成員」は、特異的結合対の構成員である。すなわち、化学的 または物理的手段により、それらの分子の1つが特異的に第二の分子に結合して いる2つの異なる分子である。したがって、通常の免疫検定の抗原と抗体との特 異的結合対に加えて、他の特異的結合対として、ビオ チンおよびアビジン、炭水化物およびレクチン、相補的ヌクレオチド配列、エフ ェクターおよびレセプター分子、補因子および酵素、酵素阻害剤および酵素等が 挙げられる。さらに、特異的結合対は、元の特異的結合構成員の類似体、例えば 分析物類似体、である構成員を包含できる。免疫反応性特異的結合構成員として は、抗原、抗原断片、抗体および抗体断片、モノクローナル抗体およびポリクロ ーナル抗体さらにこれらの複合体等が挙げられ、組換え体DNA分子によって形 成されたものを含む。 ここで使用される場合に「ハプテン」という用語は、抗体に結合する能力はあ るが、担体タンパク質に結合されない限り抗体形成を誘発する能力のない、部分 的抗原または非タンパク質結合構成員を示す。 ここで使用される場合に「捕捉試薬」という用語は、サンドイッチ検定におけ る分析物、拮抗分析における指示試薬または分析物、および間接検定におけるよ うな、それ自体分析物に特異的な補助的特異的結合構成員、のいずれかに特異的 な未標識の特異的結合構成員を示す。捕捉試薬は、検定の実行前または検定の実 行中固相材料に直接または間接的に結合して、その結果、試験試料から固定化複 合体を分離することを可能にする。 「指示試薬」は、外的手段によって検出できる測定可能なシグナルを発生する 能力があるか発生し、かつ特異的結合構成員に結合した(「付着した」)「シグ ナル発生化合物」(「標識」)を包含する。指示試薬は、特異的結合対の構成員 である抗体に加えて、ビオチンまたは抗ビオチン、アビジンまたはビオチン、炭 水化物またはレクチンのようなハプテン−抗ハプテン系、相補的ヌクレオチド配 列、エフェクターまたはレセプター分子、酵素補因子および酵素、酵素阻害剤ま たは酵素等を含め、全ての特異的結合対の構成員であることもできる。免疫反応 性特異的結合構成員は、抗体、抗原、または[サンドイッチ法での関心のあるポ リペプチド、拮抗的検定での捕捉試薬の、および直接検定での補助的特異的結合 構成員のいずれかに結合する能力のある抗体/抗原複合体]でありうる。プロー ブおよびプローブ検定を記述する場合に、「レポーター分子」という用語が使用 できる。レポーター分子は、ここで上に記載されるとおりカルバゾールまたはア ダマンタンのような特異的結合対の特異的結合構成員に結合したシグナル発生化 合物を包含する。 種々の意図される「シグナル発生化合物類」(標識)としては、発色素、酵素 のような触媒、フルオレシンおよびロダミン のような蛍光化合物、ジオキセタン、アクリジニウム、フェナントリジウムおよ びルミノールのような化学蛍光化合物、放射活性元素および直接可視標識が挙げ られる。酵素の例としては、アルカリ性ホスファターゼ、西洋ワサビペルオキシ ダーゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ等が挙げられる。特定の標識の選択は重要で はないが、標識は、それ自身で、または1以上の追加の物質と結合してシグナル を生じる能力がなければならない。 「固相」(「固形支持体」)は、当業者に知られており、反応トレイのウエル の壁、試験管、ポリスチレンビーズ、磁性または非磁性ビーズ、ニトロセルロー ス・ストリップ、膜、ラテックス粒子、ヒツジ(または他の動物)の赤血球細胞 およびデ よびホルムアルデヒトによって「固定化」された赤血球細胞、Abbott L aboratories,Abbott Park ILから入手可能)および その他のような微細粒子を包含する。「固相」は重要ではなく、当業者によって 選択できる。したがって、ラテックス粒子、微細粒子、磁性または非磁性ビーズ 、膜、プラスチック試験管、マイクロタイターウェルの壁、ガラスまたはシリコ ンチップ、ヒツジ(または他の動 は、全て適切な例である。固相上にペプチドを固定化する適切な方法としては、 イオン性、疎水性、共有結合およびその他の相互作用が挙げられる。ここで使用 される場合に「固相」は、不溶性であるかまたは連続反応によって不溶性になり うる全ての材料を示す。固相は、捕捉試薬を引付けそして固定化する固有の能力 により選択できる。代りに、固相は、捕捉試薬を引付けそして固定化する能力を 有する追加のレセプターを保持するものでありうる。追加のレセプターとしては 、捕捉試薬それ自身、または捕捉試薬に結合した荷電物質に関して反対に荷電さ れた荷電物質を挙げることができる。さらに別の代替としては、レセプター分子 は、その固相に固定化(付着)され、そして特異的結合反応を通して捕捉試薬を 固定化する能力を有する全ての特異的結合構成員であってもよい。レセプター分 子は、検定の実行前、または検定の実行中に捕捉試薬を固相材料に間接的に結合 させることを可能にする。得られた固相は、プラスチック、誘導化プラスチック 、磁性または非磁性金属、試験管のガラスまたはシリコン表面、マイクロタイタ ーウエル、シート、ビーズ、微細粒子、チップ、ヒツジ(または他の適切な動物 ) 業者に知られた他の形状でありうる。 固相も、検出抗体によって接触させるのに十分な多孔性、および抗原を結合す るのに適切な表面親和性を示す適切な全ての多孔質材料を包含することが意図さ れ、そして本発明の範囲内にある。微細多孔性構造が、一般に好まれるが、水和 状態にあるゲル構造を示す材料も、同様に使用することができる。このような有 用な固形支持体としては、限定されるものではないが、ニトロセルロースおよび ナイロンが挙げられる。ここに記載されるこのような多孔性固形支持体は、約0 .01〜0.5mm、好ましくは約0.1mmの厚みのシートの形態であるのが 好ましいことが予測される。孔のサイズは、広範な限定の範囲で変化でき、そし て約0.025〜15ミクロン、特に約0.15〜15ミクロンであることが好 ましい。このような支持体の表面は、その支持体への抗原または抗体の共有結合 を起こす化学的方法によって活性化されうる。しかし、抗原または抗体の不可逆 結合が、一般に、ほとんど理解されていない疎水性力によって多孔性材料に吸収 されることによって得られる。他の適切な固形支持体は、当業界で公知である。試薬 本発明は、関心のある肺組織から誘導されたLU105と称されるポリヌクレ オチド配列、それによりコードされたポリペプチドおよびこれらのポリペプチド に特異的な抗体のような試薬を提供する。本発明は、開示されたポリヌクレオチ ドから誘導されるオリゴヌクレオチド断片、これらのポリヌクレオチドに相補的 な核酸配列のような試薬も提供する。本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド または抗体は、ガンのような肺の疾病および症状を検出し、診断し、探り、監視 し、予知し、予防しまたは治療すること、または素因を決定するのにいたる情報 を提供するのに使用することができる。ここに開示される配列は、検定のために 、または遺伝子転写活性の特異的プロフィールを生成するために使用できる独特 のポリヌクレオチドを表す。このような検定は、欧州特許番号0373203B 1号および国際公開番号WO95/11995に開示されている。 選択されたLU105誘導ポリヌクレオチドは、正常なまたは変質遺伝子発現 を検出するために、ここに記載の方法で使用することができる。このような方法 には、LU105ポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド、断片またはそれ らの誘導 体、またはそれに相補的な核酸配列を使用することができる。 ここに開示されるポリヌクレオチド、それらの相補的配列またはいずれかの断 片は、疾病および症状を有する肺組織に関連する遺伝子、核酸、cDNAまたは mRNAを検出、増幅または定量する検定に使用することができる。それらは、 LU105ポリペプチドの全部または部分的コード領域を同定するのにも使用す ることができる。さらにそれらは、検定用のキットの形態で個々の容器で提供す ること、または個々の組成物として提供することもできる。検定用のキットで提 供される場合、緩衝液のような他の適切な試薬、コンジュゲート等が包含されう る。 ポリヌクレオチドは、RNAまたはDNAの形態であってよい。DNA、cD NA、ゲノムDNA、核酸類似体および合成DNAの形態のポリヌクレオチドは 、本発明の範囲内にある。そのDNAは、二本鎖であってもまたは一本鎖であっ てもよいが、一本鎖である場合、コード(センス)鎖または非コード(アンチセン ス)鎖でありうる。ポリペプチドをコードするコード配列は、ここに提供される コード配列と同一であってもよく、またはコード配列が、遺伝子コードの重複性 または縮重の結果 として、ここに提供されるDNAと同じポリペプチドをコードする別のコード配 列であってもよい。 このポリヌクレオチドは、[そのポリペプチドのコード配列のみ]、[そのポ リペプチドのコード配列およびリーダーまたは分泌配列またはプロタンパク質配 列のような追加のコード配列]、または[そのポリペプチドのコード配列(およ び任意に追加のコード配列)および5’および/または3’非コード配列のよう なそのポリペプチドのコード配列の非コード配列]を包含することもできる。 さらに、本発明は、ポリヌクレオチド欠失、置換または付加のような改変を含 む変異体ポリヌクレオチド、およびその変異体ポリヌクレオチド配列から生じる 全てのポリペプチド改変を包含する。本発明のポリヌクレオチドは、ここに供さ れるコード配列の天然に生じる対立変異体であるコード配列を有することもでき る。 さらに、このポリペプチドのコード配列は、同じ読み取り枠で、宿主細胞から のポリペプチドの分泌と発現の助けになるポリヌクレオチド配列と、例えば細胞 からポリペプチドの移行を制御する分泌配列として機能するリーダー配列と、融 合できる。 リーダー配列を有するポリペプチドは、前駆体タンパク質であり、その宿主細胞 によって切断されてそのポリペプチドを形成するリーダー配列を有している。こ のポリヌクレオチドは、このタンパク質および追加の5’アミノ酸残基であるプ ロタンパク質をコードすることもできる。プロ配列を有するタンパク質は、プロ タンパク質であり、ある場合には、不活性形態のタンパク質でありうる。一旦プ ロ配列が切断されると、活性タンパク質が残る。したがって、本発明のポリヌク レオチドは、タンパク質を、またはプロ配列を有するタンパク質を、またはプレ 配列(リーダー配列)とプロ配列の両方を有するタンパク質をコードしていよう 。 本発明のポリヌクレオチドは、本発明のポリペプチドを精製することができる マーカー配列と枠内で融合されたコード配列を有することもできる。このマーカ ー配列は、細菌宿主の場合に、そのマーカーに融合したポリペプチドを精製でき るようになる、pQE−9ベクターによって供給されるヘキサヒスチジン・タグ であってよく、または例えば、そのマーカー配列は、哺乳類宿主例えばCOS− 7細胞株が使用される場合に、ヘマグルタチン(HA)タグであってよい。HA タグは、インフル エンザ・ヘマグルタチニン・タンパク質から誘導されるエピトープに対応する。 例えば、I.Wilson Cell、37:767(1984)参照。 このポリヌクレオチドとあるポリヌクレオチドの配列の間に少なくとも50% 、好ましくは少なくとも70%そしてさらに好ましくは少なくとも90%の相同 性がある場合には、そのポリヌクレオチドは、ここに提供された配列にハイブリ ダイズすると考えられる。 本発明は、ここに提供されたポリヌクレオチドから選択されたLU105ポリ ヌクレオチドによってコードされたポリペプチドの少なくとも一部である精製L U105ポリペプチドを用いることによって産生される抗体をも提供する。これ らの抗体は、試験試料中のLU105抗原を検出するためにここで提供された方 法で使用することができる。試験試料中のLU105抗原の存在は、肺疾病また は症状の存在を示すものである。抗体も、治療の目的に、例えば変質または異常 発現に関連した状態におけるLU105ポリペプチドの活性を中和するために使 用することもできる。 本発明は、さらにここに提供された推定アミノ酸配列を有す るLU105ポリペプチド、並びにそのようなポリペプチドの断片、類似体およ び誘導体に関する。本発明のポリペプチドは、組換え体ポリペプチド、天然の精 製ポリペプチドまたは合成ポリペプチドであってよい。LU105ポリペプチド の断片、誘導体または類似体は、1つまたはそれ以上のアミノ酸残基が、保存ま たは非保存アミノ酸残基(好ましくは保存アミノ酸残基)で置換されているもの であってよく、このような置換アミノ酸残基は、遺伝子コードによってコードさ れていてもされていなくともよく、あるいは、1つまたはそれ以上のアミノ酸残 基が置換基を有するものであってよく、あるいは、そのポリペプチドが、ポリペ プチドの半減期を増加する化合物(例えば、ポリエチレングリコール)のような 別の化合物に融合しているものであってもよく、あるいは、その追加のアミノ酸 が、リーダーまたは分泌配列、またはそのポリペプチドの精製に使用される配列 あるいはプロタンパク質配列のようなポリペプチドに融合しているものでもよい 。このような断片、誘導体および類似体は、本発明の範囲内にある。本発明のポ リペプチドおよびポリヌクレオチドは、好ましくは単離形態で提供され、そして 精製されるのが好ましい。 したがって、本発明のポリペプチドは、天然に生じるポリペプチドのものと同 じであるか、または1つまたはそれ以上のアミノ酸置換による小さな変更によっ て異なっているアミノ酸配列を有することができる。その変更は、典型的には約 1〜5のアミノ酸(ここで、置換アミノ酸は、同様の構造または化学的特性を示 す。)の範囲にある「保存的変化」であってよく、例えば、ロイシンをイソロイ シンに置換すること、またはスレオニンをセリンに置換することである。対照的 に、変更として、非保存的変化、例えばグリシンをトリプトファンに置換するこ とを挙げることができる。同様の小さな変更としては、アミノ酸の欠失または挿 入あるいは両方を包含する。いずれのそしてどのくらいのアミノ酸残基が生物学 上または免疫学上の活性を変化させることなく置換、挿入または欠失されるかを 決定する基準は、当業界でよく知られるコンピュータ・プログラム、例えばDN ASTARソフトウエア(DNASTAR Inc.Madison WI)を 用いて見出すことができる。 本発明のポリヌクレオチド配列により構築されたプローブは、様々な型の分析 を提供する種々の検定法に使用することができる。例えば、このようなプローブ は、蛍光原位置(in situ) ハイブリダイゼーション(FISH)技術で使用して染色体分析を行うことがで き、および、染色体の分布により目視できるかまたはPCR生成プローブおよび /もしくは対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブ(対立遺伝子特異的増 幅あるいは直接シーケンシグ)によって検出できる欠失またはトランスロケーシ ョンのような、染色体中のガン特異的構造変質を同定するのに使用することがで きる。プローブは、放射性同位体、直接的にまたは間接的に検出可能なハプテン 、または蛍光分子で標識することもでき、そして組織標本または細胞中のポリヌ クレオチドを包含する遺伝子のmRNA発現を評価するためにin situハ イブリダイゼーション研究に利用することもできる。 本発明は、ここに供されるポリヌクレオチドおよびポリペプチドを産生するた めの教示をも提供する。 プローブ検定 ここで提供される配列は、試験試料中の核酸を検出するための検定に使用する ことができるプローブを生産するのに使用することができる。プローブは、目的 のポリヌクレオチドの保存ヌクレオチド領域から、または目的のポリヌクレオチ ドの非保 存ヌクレオチド領域から設計できる。検定で最適化するためのこのようなプロー ブの設計は、通常の技術者の技術の範囲内である。一般に、核酸プローブは、最 大の特異性が望まれる場合、非保存または特徴的な領域から生成され、そして核 酸プローブは、様々な構成員の多遺伝子ファミリーに密接に関連するか、または マウスおよびヒトのような相関する種に関連するヌクレオチド領域を検定する場 合には保存領域から生成される。 ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、核酸またはそれらの混合物に含まれる所 望の核酸配列(標的)を増幅する技術である。PCRでは、標的核酸の相補鎖に ハイブリダイズするように一対のプライマーが過剰に使用される。それらのプラ イマーは、鋳型として標的核酸を用いてポリメラーゼにより、各々伸長される。 伸長産物は、それら自身標的配列になり、そして元の標的鎖から分離される。そ の後、新たなプライマーはハイブリダイズされ、ポリメラーゼによって伸長され 、そしてそのサイクルは、繰返されて標的配列分子の数を幾何級数的に増加させ る。PCRは、米国特許第4,683,195号および第4,683,202号 に開示されている。 リガーゼ連鎖反応(LCR)は、核酸増幅の代替法である。 LCRでは、2つの一次(第一および第二)および2つの二次(第三および第四 )プローブを有するプローブ対が使用され、その全てが標的に対し過剰なモル数 で使用される。第一プローブは標的鎖の第一のセグメントにハイブリダイスし、 第二プローブは、標的鎖の第二のセグメントにハイブリダイスし、第一および第 二セグメントは、一次プローブは、5’リン酸−3’水酸基の関係で互いに接し ていてリガーゼにより一次プローブの2つのプローブを融合産物に共有結合的に 融合または連結できるように、隣接している。さらに、第三(二次)プローブは 、第一プローブの一部にハイブリダイズでき、そして第四(二次)プローブは、 同様の隣接状態で第二プローブの一部にハイブリダイズできる。もちろん、標的 が当初二本鎖である場合は、二次プローブは、第一の例に相補的な標的にハイブ リダイズもする。いったん一次プローブの連結鎖が標的鎖から分離されると、そ れは、連結して相補的二次連結産物を形成できる第三および第四プローブとハイ ブリダイズする。連結産物が標的またはその相補物のいずれかと機能的に同等で あることを認識することは重要である。ハイブリダイゼーションおよび連結の反 復サイクルによって、標的配列の増幅が達成される。この技術は、 1989年6月16日に発行されたK.Backmanによる欧州特許A−32 0308号に、そして1991年7月31日に発行されたK.Backmanら による欧州特許出願A−439182号にいっそう完全に記載されている。 mRNAsの増幅のために、mRNAをcDNAに逆転写し、次いでポリメラ ーゼ連鎖反応(RT−PCR)を行うこと、米国特許第5,322,770号に 記載のとおり両方のステップに単一の酵素を使用すること、またはR.L.Ma rshallらのPCR Methods and Applications 4:80−84(1994)に記載されるとおり、mRNAをcDNAに逆転 写し、次いで非対称ギャップリガーゼ連鎖反応(RT−AGLCR)を行うこと は、本発明の範囲内にある。 ここで利用できる他の公知の増幅法としては、限定されるのではないが、ジェ イ.シー.ガテリ(J.C.Guatelli)らのPNAS USA 87: 1874−1878(1990)に記載され、そしてJ.ComptonのNa ture 350(第6313):91−92(1991)によって記載されて いるいわゆる「NASBA」または「3SR」技術;公開された欧 州特許出願(EPA)第4544610号に記載されているQ−ベータ増幅;鎖 置換増幅(strand displacement amplificati on)G.T.WalkerらのClin.Chem.42:9−13(199 6)および欧州特許出願(EPA)第684315号に記載されている);および 国際公開第WO93/22461号に記載のとおりの標的媒介性増幅(targ et mediated amplification)が挙げられる。 LU105の検出は、当業界で現在よく知られているそれらの検出方法並びに 後に展開する検出計略を含む任意の適切な検出方法を用いて達成することができ る。例えば、Caskeyらの米国特許第5,582,989号、Gelfan dらの米国特許第5,210,015号参照。このような検出法の例としては、 標的増幅方法並びにシグナル増幅技術が挙げられる。現在公知の検出方法の例と しては、PCR、LCR、NASBA、SDA、RCRおよびTMAに該当する 核酸増幅技術が挙げられる。例えば、Caskeyらの米国特許第5,582, 989号、Gelfandらの米国特許第5,210,015号参照。検出は、 Snitmanらの米国特許第5,273,882号 に記載されるもののようなシグナル増幅を用いても達成できる。標的またはシグ ナルの増幅が現時点で好まれる一方で、増幅を必要としない超感受性検出方法が ここに利用できることが意図され、本発明の範囲内にある。 増幅されたものおよび増幅されないものの両方の検出は、様々な異種および同 種の検出フォーマットを用いて(組合せて)行うことができる。異種の検出フォ ーマットの例は、Snitmanらの米国特許第5,273,882号、Alb arellaらの欧州特許第84114441.9号、Urdeaらの米国特許 第5,124,246号、Ullmanらの米国特許第5,185,243号お よびKourilskyらの米国特許第4,581,333号に開示されている 。同種の検出フォーマットの例は、Caskeyらの米国特許第5,582,9 89号、Gelfandらの米国特許第5,210,015号に開示されている 。ハイブリダイゼーション検定で、LU105シグナルの感受性および増幅を改 善する多プローブの使用も意図され、本発明の範囲内である。例えば、米国特許 第5,582,989号、及び米国特許第5,210,015号参照。 1つの態様で、本発明は、一般に、標的ポリヌクレオチド配列を含むことが推 測される試験試料を、増幅プライマーおよびアンプリコン配列の内部領域にハイ ブリダイズできる検出プローブを包含する増幅反応試薬に、接触させる段階を包 含する。ここで提供される方法によって使用されるプローブおよびプライマーは 、捕捉および検出標識で標識され、ここで、プローブは、1つの型の標識で標識 され、そしてプライマーは、別の型の標識で標識されている。さらに、プライマ ーおよびプローブは、プローブ配列がプライマー配列より低い融解温度を有する ように選択される。増幅試薬、検出試薬および試験試料が増幅条件下におかれ、 それによって、標的配列の存在下で、標的配列のコピー(アンプリコン)が生産 される。通常の場合、プライマーが標的配列およびその相補鎖を増幅するために 提供されるので、そのアンプリコンは二本鎖である。その後、二本鎖アンプリコ ンが、熱的に変性されて一本鎖アプリコン構成員を産生する。一本鎖アンプリコ ン構成員が形成されると、混合物を冷却して、プローブと一本鎖アンプリコン構 成員の間の複合体を形成させる。 一本鎖アンプリコン配列およびプローブ配列を冷却すると、 プローブ配列は一本鎖アンプリコン構成Dに優先的に結合する。この発見は、プ ローブ配列は一般にプライマー配列より短いように選択され、したがってプライ マーより低い融解温度を有していて、直観に反する。したがって、そのプライマ ーによって産生されたアンプリコンの融解温度は、そのプローブより高い溶解温 度も有する。つまり、その構成員を冷却すると、二本鎖アンプリコンの再形成が 予測される。しかし先に述べたとおり、このようにはならない。プローブは一本 鎖アンプリコン構成員に優先的に結合することが分かっている。さらに、プロー ブ/一本鎖アンプリコン結合のこの優先性は、プライマー配列がプローブに対し 過剰添加される場合でさえ存在する。 プローブ/一本鎖アンプリコン構成員ハイブリッドが形成された後、それらは 検出される。標準異種検定フォーマットは、プライマーおよびプローブ上に存在 する検出標識および捕捉標識を用いてハイブリッドを検出するのに適している。 そのハイブリッドは、捕捉標識によって固相試薬に結合され、そして検出標識に よって検出される。検出標識が直接的に検出できる場合には、固相上のハイブリ ッドの存在が、必要であれば、その標識に検出可能なシグナルを産生させ、およ びシグナルを検出 することによって検出できる。標識が直接的に検出可能でない場合には、捕捉さ れたハイブリッドは、一般に直接検出可能な標識に結合した結合構成員を包含す るコンジュゲートに接触させる。コンジュゲートは、その複合体に結合し、複合 体上に存在するコンジュゲートは、直接検出可能な標識により検出することがで きる。したがって、固相試薬上のハイブリッドの存在は、測定できる。当業者は 、未ハイブリダイズアンプリコンまたはプローブ並びに未結合コンジュゲートを 洗い流すために洗浄段階が使用できることを認識する。 標的配列は一本鎖として記載されているが、標的配列が実際は二本鎖であるが 、増幅プライマー配列とのハイブリダイゼーション前にその相補物から単に分離 されている場合を包含することも意図される。PCRがこの方法に使用される場 合には、標的配列の末端は通常知られている。LCRまたはそれらの改変法が好 ましい方法に使用される場合には、全標的配列は、通常公知である。代表的には 、標的配列は、例えばRNAまたはDNAのような核酸配列である。 ここで提供される方法は、特にPCRおよびギャップLCR(GLCR)での 熱サイクル反応混合物を含めた十分に知られ た増幅反応に使用することができる。増幅反応では、一般にその標的配列が通常 、より大きな核酸配列の小さな領域である、標的核酸配列のコピーを繰返して生 成するプライマーが使用される。プライマーはそれら自身、標的配列の領域に相 補的である核酸配列である。増幅条件下で、これらのプライマーは、標的配列の 相補的領域にハイブリダイズまたは結合する。標的配列のコピーは、一般にポリ メラーゼまたはリガーゼ活性を有する酵素を、別々にまたは組合せて利用し、ヌ クレオチドをハイブリダイズしたプライマーに加えおよび/または隣接プローブ を連結するプライマー伸長プロセスおよび/または連結プロセスによって生成さ れる。単量体または実行オリゴマーとしてプライマーまたはプローブに加えられ たヌクレオチドは、標的配列に相補的でもある。いったんプライマーまたはプロ ーブが十分に伸長および/または連結されたら、それらは、例えば反応混合物を 、相補的核酸鎖が分離する「融解温度」まで加熱することによって、標的配列か ら分離される。したがって、その標的配列に相補的な配列が形成される。 その後、新規増幅サイクルが行われて、すべての二本鎖配列を分離し、プライ マーまたはプローブをそれぞれの標的にハイ ブリダイズさせ、ハイブリダイズしたプライマーまたはプローブを伸長および/ または連結し、そして再分離することによって、さらに多くの標的配列が増幅さ れる。増幅サイクルによって生成された相補的配列は、プライマー伸長のための 、または多くの標的配列をさらに増幅する2つのプライマーのギャップを埋める ための鋳型として働くことができる。一般に、反応混合物は、20と100回の 間で反復され、さらに特には、反応混合物は、25から50回反復される。サイ クルの数は、通常の従事者によって決定することができる。この方法で、標的配 列およびその相補的配列の多数のコピーが産生される。このように、プライマー は、それが増幅条件下で存在する場合に標的配列の増幅を開始する。 一般に、標的鎖およびその相補物の一部に相補的な2つのプライマーがPCR に使用される。LCRについては、そのうち2つは標的配列に相補性があり、そ してそのうちの2つは、標的相補体に同様に相補性であるその4つのプローブが 一般に使用される。核酸増幅反応混合物は、プライマーのセットと先に記載した 酵素に加え、これに限定されないが、マンガン、マグネシウム、塩類、ニコチン アミドアデニンジヌクレオチド (NAD)のような酵素補因子類;例えばデオキシアデニン三リン酸、デオキシ グアニン三リン酸、デオキシシトシン三リン酸およびデオキシチミン三リン酸の ようなデオキシヌクレオチド三リン酸類(dNTPs)を含む、よく知られてい る他の試薬を包含してもよい。 増幅プライマーが標的配列の増幅を開始させる一方、検出(またはハイブリダ イゼーション)プローブは、増幅には関係しない。検出プローブは、一般に、例 えば国際公開番号WO92/20702号に開示されたペプチド核酸;米国特許 第5,185,444号、第5,034,506号および第5,142,047 号に記載されるモルホリノ類似体のような、核酸配列または非荷電核酸類似体等 である。プローブが担持する標識の型によって、プローブは、増幅反応によって 生成されたアンプリコンを捕捉または検出するのに使用される。プローブは、標 的配列の増幅には関与せず、したがって、追加のdNTPsがプローブに加えら れない点で、「非伸長性」とされうる。それら自身においてそしてそれら自身の うち、類似体は、通常非伸長性であり、そして核酸プローブは、水酸基がもはや 拡張に参与できないようにプローブの3’末端を修飾する ことによって非伸長性にさせることができる。例えば、そのプローブの3’末端 は、捕捉または検出標識で官能化してその結果水酸基を消費するかあるいは保護 することができる。あるいは、3’水酸基は、単に切断するか、置換するかまた は修飾することができる。1993年4月19日に出願された米国特許出願連番 第07/049,061号には、プローブを非伸長性にさせるのに使用できる修 飾法が記載されている。 プライマーのプローブに対する比は、重要ではない。したがって、プローブま たはプライマーのいずれかが、過剰に反応混合物に加えられ、それによって一方 の濃度が他方の濃度より大きくなる。あるいは、プライマーおよびプローブは、 等しい濃度で使用することができる。しかし、プライマーは、プローブに対し過 剰に反応混合物に加えることが好ましい。したがって、例えば5:1および20 :1のプライマー対プローブ比が好まれる。 プライマーおよびプローブの長さは変えることができる、プローブ配列は、プ ライマー配列より低い融解温度を示すように選択される。それ故、プライマー配 列は、一般にプローブ配列より長い。特に、プライマー配列は、20から50ヌ クレオチ ド長の範囲、さらに特に20から30ヌクレオチド長の範囲にある。典型的なプ ローブは、10から25ヌクレオチド長の範囲にある。 プライマーおよびプローブを合成する種々の方法が当業界でよく知られている 。同様に、標識をプライマーまたはプローブに付着させる方法も当業界でよく知 られている。例えば、従来のヌクレオチドホスホルアミダイト化学およびApp lied Biosystems,Inc.(Foster City、CA) 、Dupont(Wilmington、DE)、またはMilligen(B edford、MA)から入手できる装置を用いて、所望の核酸プライマーまた はプローブを合成するのは通常のことである。本発明のプライマーまたはプロー ブのようなオリゴヌクレオチドを標識するのに多くの方法が記載されている。E nzo Biochemical(New York、NY)およびClont ech(Palo Alto、CA)の両方に、プローブ標識技術が記載され市 販されている。例えば、3’−Amine−ON CPGTM(Clonteck ,Palo Alto,CA)を用いて、第一級アミンを3’オリゴ末端に付着 さ (Clonteck)を用いて、第一級アミンを5’オリゴ末端を付着させるこ とができる。従来の活性化および結合化学を用いて、アミンを種々のハプテンと 反応させることができる。さらに、同時係続出願中の1990年12月11日出 願の米国特許出願連番第625,566号、および1990年12月20日出願 の米国特許出願連番第630,908号では、それぞれ、それらの5’および3 ’末端でプローブを標識する方法が教示されている。1992年6月25日に発 行された国際公開番号WO92/10505号および1992年7月9日に発行 された国際公開番号WO92/11388号では、それぞれ、それらの5’およ び3’末端でプローブを標識する方法が教示されている。オリゴヌクレオチドを 標識する1つの公知方法によって、標識ホスホルアミダイト試薬を調製し、そし てその合成の間にオリゴヌクレオチドに標識を付けるのに使用する。例えばN. T.ThoungらのTet.Letters 29(46):5905−590 8(1988)、またはJ.S.Cohenらの発行米国特許出願連番第07/ 246,688号(NTISORDER番号PAT−APPL−7−246,6 88)(1989)参照。プローブは、それらの3’および5’末端で 標識されるのが好ましい。 捕捉標識は、プライマーまたはプローブに付着させられ、そして固相試薬の特 異的結合構成員と結合対を形成する特異的結合構成員でありうる。プライマーま たはプローブそれ自身が捕捉標識として働くことが理解できよう。例えば、固相 試薬の結合構成員が核酸配列であれば、捕捉標識は、プライマーまたはプローブ の相補的部分と結合し、その結果固相にプライマーまたはプローブを固定化する ように選択する。プローブがそれ自身結合構成員として働く場合には、当業者は 、そのプローブが一本鎖アンプリコン構成員に相補的ではない配列または「尾部 」を含有することを理解しよう。プライマーそれ自身が捕捉標識として働く場合 には、そのプローブがそのプライマー配列に十分に相補的ではないように選択さ れているので、プライマーの少なくとも一部分は、固相上の核酸とハイブリダイ ズすることから免れる。 一般に、プローブ/一本鎖アンプリコン構成員複合体は、異種免疫検定を行う のに通常使用される技術を用いて検出することができる。好ましくは、この態様 では、市販のAbbott Park、IL)によって、使用されるプロトコールによって検 出が行われる。 ここに開示されるプライマーおよびプローブは、試験試料は一対のプライマー と接触され、増幅が行われ、ハイブリダイゼーションプローブを加え、そして検 出を行う、典型的なPCR検定に有用である。 本発明によって提供される別の方法は、少なくとも1つのポリヌクレオチドが ここに記載されているLU105分子である複数のポリヌクレオチドと試験試料 を接触させること、その複数のポリヌクレオチドと試験試料をハイブリダイズさ せること、およびハイブリダイゼーション複合体を検出することを包含する。ハ イブリダイゼーション複合体を同定し、定量して、肺ガンのような肺組織疾病を 示しているプロフィールを収集する。さらに、発現RNA配列は、逆転写および ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を含めた当業界でよく知られた手段によってD NA産物の増幅をすることによって、検出することができる。 医薬スクリーニングおよび遺伝子治療 本発明は、肺組織疾病または症状、特に肺ガンに関連したポリヌクレオチドの 異常な発現に伴う症状を示す患者に、本発明 のポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドのようなアンチセンスLU105 誘導分子を導入するための遺伝子治療法の使用を包含する。アンチセンスRNA およびDNA断片およびリボザイムを含めたこれらの分子は、LU105−mR NAの翻訳を阻害するように設計され、そしてLU105ポリヌクレオチドの変 質されたおよび異常な発現に関連した症状の処置に治療的に使用することができ よう。 あるいは、上に記載されたオリゴヌクレオチドは、アンチセンスRNAまたは DNAが発現され上述の方法でLU105ポリペプチドの産生を阻害するために in vivoで発現できるように当業界で公知の手段によって細胞に送達され うる。したがって、LU105ポリヌクレオチドに対するアンチセンス構築物は 、LU105転写の作用を逆にし、肺ガンのような肺組織の疾病症状を処置する のに使用できる。これらのアンチセンス構築物は、腫瘍転移を処置するのに使用 することもできる。 本発明は、LU105ポリペプチド(1つまたは複数)またはそのいずれかの 断片に特異的に結合する複数の化合物を選別して、LU105ポリペプチドに特 異的に結合する少なくとも1つの化合物を同定する方法をも提供する。このよう な方法は、 少なくとも1つの化合物を提供すること、結合させるのに十分な回数適切な条件 下でLU105ポリペプチドを各化合物と混合すること、および各化合物に結合 するLU105ポリペプチドを検出することを包含する。 このような試験に使用されるポリペプチドまたはペプチド断片は、溶液中で遊 離であるか、固形支持体に固定されているか、細胞表面に担持されているか、ま たは細胞内に存在するかのいずれかであろう。医薬スクリーニングの一つの方法 は、ポリペプチドまたはペプチド断片を発現できる組換え体核酸を安定に形質移 入された原核または真核宿主細胞を利用する。薬剤、化合物または他の薬物は、 拮抗結合検定でこのような形質移入細胞に対してスクリーニングをすることがで きる。例えば、ポリペプチドと試験されるべき薬剤との複合体の形成を、生存ま たは固定化細胞のいずれかで測定することができる。 このように、本発明は、LU105に関連した疾病を処置するのに使用するこ とができる医薬または任意の他の薬剤をスクリーニングする方法を提供する。こ れらの方法は、薬剤をポリペプチドまたはそれらの断片と接触させること、およ びその薬剤とポリペプチドとの複合体の存在またはポリペプチドと細胞 との複合体の存在について検定することを包含する。拮抗結合検定では、ポリペ プチドは典型的には標識される。適切なインキュベーションの後、遊離(または 未複合形態)ポリペプチドまたはそれらの断片が結合形態で存在するそれから分 離され、そして遊離または未複合標識の量は、特定の薬剤のポリペプチドへの結 合能またはポリペプチド/細胞複合体への阻害能の評価に使用される。 本発明は、ポリペプチドへの結合能を有する中和抗体が標的薬剤とポリペプチ ドまたはその断片との結合について特異的に競合する、拮抗的スクリーニング検 定への使用も含む。この手順において、抗体は、1つまたはそれ以上の抗原決定 基をここで提供されたLU105ポリペプチドと共有する試験試料中の任意のポ リペプチドの存在を検出するのに使用することができる。 医薬スクリーニングのための別の技術は、ここに開示されたLU105の少な くとも1つのポリペプチドに適切な結合親和性を示す化合物についての高効率ス クリーニングを提供する。簡単に説明すると、多量の種々の小ペプチド試験化合 物が、プラスチック製ピンまたはいくつかの他の表面のような固相で合 成される。ペプチド試験化合物をポリペプチドと反応させ、洗浄する。得られた 固相に結合したポリペプチドは、当業界でよく知られた方法によって検出される 。精製ポリペプチドを、ここに記載のスクリーニング技術に使用するためにプレ ート上に直接に被覆することもできる。さらに、非中和抗体は、ポリペプチドを 捕捉し、そして固形支持体上にそれを固定するのに使用することができる。例え ば、1984年9月13日に発行された欧州特許第84/03564号参照。 合理的医薬設計の目標は、相互作用する作動薬、拮抗薬、または阻害剤を含む 、構造的に類似の関心のある生物学的に活性なポリペプチドまたは小分子を製造 することである。このような構造類似体は、より活性なまたは安定な形態のポリ ペプチドである、またはin vivoでポリペプチドの機能を増進するかまた は阻害する医薬を設計するのに使用することができる。J.Hodgson B io/Technology 9:19−21(1991)。 例えば、1つのアプローチとして、ポリペプチドまたはポリペプチド阻害剤複 合体の三次元構造は、x線結晶構造解析により、コンピュータモデルにより、ま たは最も一般的にはその2 つのアプローチの組合せにより測定される。そのポリペプチドの形状および荷電 の両方が、その分子の構造を明らかにすることおよび活性部位(1つまたは複数 )を決定するために確認されなければならない。たまに、ポリペプチドの構造に 関して有用な情報は、同種タンパク質の構造に基づいたモデルによって得ること ができる。両方の場合に、関連の構造上の情報は、類似のポリペプチド様分子を 設計するかまたは有効な阻害剤を同定するのに使用される。 合理的医薬設計の有用な例としては、S.BraxtonらのBiochem istry 31:7796−7801(1992)によって示された活性また は安定性を改善した分子、またはS.B.P.AthaudaらのJ.Bioc hem.(Tokyo)113:(6):742−746(1993)によって 示された天然のペプチドの阻害剤、作動薬、または拮抗薬として作用する分子が 挙げられる。 以前に記載された検定によって選択された標的特異的抗体を単離し、次いでそ の結晶構造を決定することも可能である。原理的には、このアプローチは、その 後の医薬設計の基礎となる医薬基盤を生みだす。さらに、機能性で薬学上活性な 抗体に対する抗イデオタイプの抗体(「抗−ids」)を生成することによって 、全体としてタンパク質結晶構造解析を回避することも可能である。鏡像の鏡像 として、抗−idの結合部位は、元のレセプターの類似体である。次いで、抗− idは、化学的にまたは生物学的に製造されたペプチドのパンクからペプチドを 同定および単離するのに使用することができる。次いで、単離ペプチドは、医薬 基盤化合物(すなわち、プロトタイプの医薬)として作用することができる。 X線結晶構造解析のような解析的研究を行うことができるのに十分な量の本発 明の組換え体ポリペプチドを入手可能にすることができる。さらに、ここに提供 された核酸配列から誘導できるポリペプチドアミノ酸配列の知識は、x線結晶構 造解析の代わりに、またはそれに加えてコンピュータモデル化技術を使用するも のに対する指針を提供しよう。 LU105ポリペプチドに特異的な抗体(例えば、抗−LU105抗体)は、 さらにポリペプチドに結合させることによって、ポリペプチドの生物学的作用を 阻害するのに使用できる。この方法では、抗体は、例えば肺ガンおよびその転移 を含めた肺組織疾病の治療等の治療に使用することができる。 さらに、このような抗体は、試験試料中のLU105ポリペプチドの存在また は不存在を検出することができ、したがって、肺組織疾病または症状、特に肺ガ ンを診断するための診断用マーカーとして有用である。このような抗体は、肺ガ ンのような肺組織疾病または症状についての診断用マーカーとしても機能できる 。 本発明は、本発明のポリペプチドの拮抗薬および阻害剤にも向けられている。 この拮抗剤および阻害剤は、このポリペプチドの機能を阻害または打消すもので ある。したがって、例えば、拮抗剤は、本発明のポリペプチドに結合し、その機 能を阻害または打消すことができよう。例えば、拮抗剤は、LU105ポリペプ チドに結合することによってLU105ポリペプチドの活性を打消すポリペプチ ドに対する抗体であってもよく、またはある場合には、拮抗剤は、オリゴヌクレ オチドであってもよい。小分子阻害剤の例としては、それに限定されるものでは ないが、小ペプチドまたはペプチド様分子が挙げられる。 拮抗剤および阻害剤は、それに限定されるものではないが、生理学的食塩水、 食塩緩衝液、デキストロース、水、グリセロール、エタノールおよびそれらの組 合せを含めた製薬上許容し うる担体を有する組成物として使用できる。LU105ポリペプチド阻害剤の投 与は全身であるのが好ましい。本発明は、そのようなポリペプチドの作用を阻害 する抗体も提供する。 アンチセンス技術は、三重らせん形成またはアンチセンスDNAまたはRNA を介して遺伝子発現を減少させるのに使用することができ、その両方の方法は、 DNAまたはRNAにポリヌクレオチドが結合することに基づいている。例えば 、本発明のポリペプチドをコードするこのポリヌクレオチド配列の5’コード部 分が、長さ10〜40塩基対のアンチセンスRNAオリゴヌクレオチドを設計す るのに使用される。DNAオリゴヌクレオチドは、転写に関与した遺伝子の領域 に相補的になるように設計されて、その結果LU105ポリペプチドの転写およ び産生を防ぐ。三重らせんについて、例えばLeeらのNuc.Acids R es. 6:3073(1979);CooneyらのScience 241:4 56(1988);およびDervanらのサイエンスScience 251 :1360(1991)参照。アンチセンスRNAオリゴヌクレオチドは、in vivo でmRNAにハイブリダイズし、mRNA分子のLU105ポリペプ チドへの翻訳を遮断す る。アンチセンスについては、例えばOkanoのJ.Neurochem.5 6:560(1991);およびOligodeoxynucleotides as Antisense Inhibitor of Gene Expr ession、CRC Press、Boca Raton Fla、(198 8)参照。分子を核酸切断に対して耐性にさせる人工的なヌクレオチド間結合を 含むように改変された場合、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、より有効に作 用する。このような人工的ヌクレオチド間結合としては、それに限定されるもの ではないが、メチルホスホネート、ホスホロチオエートおよびポスホロアミデー トヌクレオチド間結合が挙げられる。 組換え技術 本発明は、宿主細胞および本発明のLU105ポリヌクレオチドを包含する発 現ベクターおよびそれらがコードするポリペプチドの製造方法を提供する。この ような方法は、LU105ポリヌクレオチドの発現に適切な条件下で宿主細胞を 培養すること、およびその細胞培養物からLU105ポリペプチドを回収するこ とを包含する。 本発明は、本発明のLU105ポリヌクレオチドを含むベクター、本発明のベ クターで遺伝子工学的に加工された宿主細胞、および組換え技術によって本発明 のポリペプチドを生産することも提供する。 宿主細胞は、クローニングベクターまたは発現ベクターであってよい本発明の ベクターで遺伝子工学的に加工(形質移入、形質導入または形質転換)される。 ベクターは、プラスミド、ウイルス粒子、ファージ等の形態であってよい。遺伝 子工学的に加工された宿主細胞は、プロモーターを活性化するのに、形質移入さ れた細胞を選択するのに、またはLU105遺伝子(1つまたは複数)を増幅する のに適切なように修飾された従来の栄養培地で培養できる。温度、pH等のよう な培養条件は、発現のために選択された宿主細胞により以前より使用されたもの であり、当業者に明らかである。 本発明のポリヌクレオチドは、組換え体技術によるポリペプチドを産生するの に使用できる。したがって、ポリヌクレオチド配列は、種々の発現ビヒクル、特 にポリペプチドを発現するためのベクターまたはプラスミド、のうちのいずれか 1つ、に導入される。このようなベクターとしては、染色体、非染色体お よび合成DNA配列、例えばSV40の誘導体;細菌プラスミド;ファージDN A;酵母プラスミド;プラスミドおよびファージDNAの組合せから誘導される ベクター;ワクシニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルスおよび仮性狂犬 病のようなウイルス性DNAが挙げられる。しかし、他の全てのプラスミドまた はベクターは、それが宿主中で複製可能で生存可能である限り使用してもよい。 適切なDNA配列は、さまざまな手段によってベクターに挿入できる。一般に DNA配列は、当業界で公知の手段によって適切な制限エンドヌクレアーゼ部位 に挿入される。このような手段および他のものは、当業者の範囲内であると思わ れる。発現ベクター中のDNA配列は、mRNA合成を指示する適切な発現制御 配列(1つまたは複数)(プロモーター)に機能可能に結合される。そのような プロモーターの代表的な例としては、それに限定されるものではないが、LTR またはSV40プロモーター、E.coli lacまたはtrp、ファージラ ムダPサブLプロモーターおよび原核または真核細胞またはそれらのウイルス中 で発現の遺伝子を制御することが知られている他のプロモーターが挙げられる。 発現ベクターは、翻訳開始の ためのリボゾーム結合部位および転写終結も含む。ベクターは、発現を増幅する のに適切な配列も包含できる。さらに、発現ベクターは、真核細胞培養における ジヒドロ葉酸還元酵素またはネオマイシン耐性のような、またはE.coliに おけるテトラサイクリンまたはアンピシリン耐性のような形質導入宿主細胞を選 択するための表現型形質を提供する遺伝子を含むのが好ましい。 上で記載された適切なDNA配列並びに適切なプロモーターまたは制御配列を 含むベクターは、宿主にタンパク質を発現させために適切な宿主を形質移入する のに使用することができる。適切な宿主の代表的な例としては、イー.コリ( .coli )、サルモネラ・トフィムリウム(Salmonella typh imurium)、ストレプトマイセス・エスピー(Streptomyces sp.)のような細菌細胞;酵母のような真菌細胞;ドロソフィリア(Dro sophila)およびSf9のような昆虫細胞;CHO、COSまたはボウエ ス・メラノーマ(Bowes melanoma)のような動物細胞;植物細胞 等が挙げられる。適切な宿主の選択は、ここに提供された教示から当業者の範囲 内にあると思われる。 さらに詳細には、本発明は、上で広範に記載された1つまたはそれ以上の配列 を含む組換え構築物をも包含する。構築物は、本発明の配列がそのなかに順方向 または逆方向に挿入されているプラスミドまたは細菌ベクターのようなベクター を包含する。この実施態様の好ましい側面では、構築物は、さらに例えばその配 列に機能可能に結合されたプロモーターを含めた制御配列を包含する。多数の適 切なベクターおよびプロモーターが当業者に公知であり、そして市販で入手可能 である。以下のベクターが例示として提供される。細菌:pINCY(Incy te Pharmaceuticals、Palo Alto、CA)、pSP ORT1(Life Technologies、Gaithersburg、 MD)、pQE70、pQE60、pQE−9(Qiagen)、pBs、ファ ージスクリプト、psiX174、pBluescript SK、pBsKS 、pNH8a、pNH16a、pNH18a、pNH46a(Stratage ne);pTrc99A、pKK223−3、pKK233−3、pDR540 、pRIT5(Pharmacia);真核細胞:pWLneo、pSV2ca t、pOG44、pXT1、pSG(Stratagene)、 pSVK3、pBPV、pMSG、pSVL(Pharmacia)。しかし、 他のすべてのプラスミドまたはベクターは、複製可能で、そして宿主において生 存可能である限り、使用できる。 プラスミドpINCYは、ポリリンカー(多クローニング部位)に2つの改変 を有する以外は、一般にプラスミドpSPORT1(Life Technol ogies、Gaithersburg、MDから入手可能)と同一である。こ れらの改変は、(1)それがHindTII制限部位を欠くこと、および(2) そのEcoRI制限部位が別の位置にあることである。pINCYは、pSPO RT1をHindIIIおよびEcoRIの両方で切断し、ポリリンカーの切り 出された断片を合成DNA断片(配列番号7および配列番号8)に置換すること によって、pSPORT1から作製される。この置換は、当業者に知られたいず れの方法によってなされてもよい。例えば、2つのヌクレオチド配列、配列番号 7および配列番号8は、5’末端リン酸を用いて合成的に生成され、一緒に混合 され、そしてその後、HindIIIおよびEcoRIで切断されたpSPOR T1プラスミド中に互い違い末端連結を行うための標準条件下で連結される。そ の後、適切な宿主細胞(イー.コリDH5∝細胞の ような)は、連結したDNAを用いて形質移入され、組換えクローンがアンピシ リン耐性について選択される。その後プラスミドDNAは、個々のクローンから 作製され、そして適切な方向での挿入配列の存在を確認するために、制限酵素分 析またはDNA配列決定にかけられる。当業者に公知の他のクローニンク法も使 用できる。 プロモーター領域は、CAT(クロラムフェニコールトランスフェラーゼ)ベ クターまたは選択性マーカーを有する他のベクターを用いて任意の所望の遺伝子 から選択することができる。2つの適切なベクターは、pKK232−8および pCM7である。特に名の知られた細菌プロモーターとしては、lacI、1a cZ、T3、SP6、T7、gpt、ラムダPサブR、PサブLおよびtrpが 挙げられる。真核細胞プロモーターとしては、サイトメガロウイルス(CMV) 即初期、単純性疱疹ウイルス(HSV)チミジンキナーゼ、初期および後期SV 40、レトロウイルスから得られるLTRおよびマウスのメタロチオナイン−I が挙げられる。適切なベクターおよびプロモーターの選択は、十分当業界での通 常の技術のレベル範囲内にある。 別の実施態様では、本発明は、上述の構築物を含有する宿主 細胞を提供する。宿主細胞は、哺乳類細胞のような高等真核細胞、または酵母細 胞のような下等真核細胞でありうるか、または宿主は、細菌細胞のような原核細 胞でありうる。宿主細胞への構築物の導入は、リン酸カルシウム形質移入、DE AE−デキストラン媒介形質移入または電気穿孔法によって実行できる(L.D avisら、Basic Methods in Molecular Bio logy、2版、Appleton and Lang,Paramount Publishing、East Norwalk、CT((1994))。 宿主細胞中の構築物は、組換え配列によってコードされた遺伝子産物を産生す るための従来の方法で使用できる。あるいは、本発明のポリペプチドは、従来の ペプチド合成機によって合成的に生成できる。 組換えタンパク質は、適切なプロモーターの制御下で哺乳類細胞、酵母、細菌 または他の細胞中で発現されうる。無細胞翻訳系も本発明のDNA構築物から誘 導されたRNAを用いてこのようなタンパク質を産生するのに使用することがで きる。原核細胞および真核細胞宿主を使用するための適切なクローニングおよび 発現ベクターは、SambrookらのMolecular Cloning:A Laboratory Manual、2版、(Cold Spring Harbor、N.Y.、1989)、に記載されている。 高等真核生物による本発明のポリペプチド(1つまたは複数)をコードするD NAの転写は、ベクターにエンハンサー配列を挿入することによって増進される 。エンハンサーは、プロモーターに作用して、転写を増加する、通常約10〜3 00bpのDNAのシス作用要素である。例としては、複製起点の後期部分(b p100〜270)上のSV40エンハンサー、シトメガロウイルス初期プロモ ーターエンハンサー、複製起点の後期部位上のポリオマー・エンハンサーおよび アデノウイルス・エンハンサーが挙げられる。 一般に、組換え体発現ベクターは、複製起点および宿主細胞の形質移入をさせ る選択性マーカー、例えばE.coliのアンピシリン耐性遺伝子およびS.c erevisiae TRP1遺伝子、および構造配列下流の転写を指示する、 高度に発現される遺伝子から誘導されるプロモーターが挙げられる。このような プロモーターは、中でも、3−ホスホグリセレートキナーゼ(PGK)、アルフ ァ因子、酸ホスファターゼ、また は熱ショックタンパク質のような解糖酵素をコードするオペロンから誘導するこ とができる。異種構造配列は、翻訳開始および終止配列、および好ましくは翻訳 タンパク質の分泌をペリプラズマ空間または細胞外培地に向ける能力のあるリー ダー配列と、を適切な層で、組立てられる。場合によっては、異種配列は、所望 の特性(例えば発現された組換え産物の安定性または簡潔化された精製)を付与 するN末端同定ペプチドを含む融合タンパク質をコードすることができる。 細菌用途の有用な発現ベクターは、機能性プロモーターを有する機能可能な読 取り相に適切な翻訳開始および終止シグナルを一緒に有する所望のタンパク質を コードする構造DNA配列を挿入することによって構築される。ベクターは、1 つまたはそれ以上の表現型選択性マーカー、およびそのベクターの保守を確実に するため、および必要あれば宿主中での増幅を提供するための複製の起点を包含 する。形質移入のための適切な原核細胞宿主としては、イー.コリ(E.col i)、バシルス・サブチリス(Bacillus subtilis)、サルモ ネラ・チフィムリウム(Salmonella typhimurium)、お よびシュードモナス (Pseudomonas)、ストレプトマイセス(Streptomyces )およびスタフィロコッカス(Staphylococcus)属の範囲内の種 々の種が挙げられるが、その他のものも通常の選択として使用できる。 細菌用途のための有用な発現ベクターは、よく知られたクローニングベクター pBR322(ATCC37017)の遺伝子エレメントを含むプラスミドから 誘導される選択性マーカーおよび複製の細菌起点を包含する。他のベクターは、 それに限定されるものではないが、PKK223−3(Pharmacia F ine Chemicals、Uppsala、Sweden)およびGEM1 (Promega Biotec、Madison、WI)が挙げられる。これ らのpBR322「骨格」画分は、適切なプロモーターおよび発現されるべき構 造配列と組み合わされる。 適切な宿主を形質導入し、宿主を適切な細胞密度に成育させた後、選択性プロ モーターは、適切な手段によって抑制を解除され(例えば、温度変化または化学 的誘導)、そして細胞はさらなる期間培養される。一般に、細胞は、遠心分離に よって回収され、機械的または化学的手段によって分断され、そして得 られた粗抽出物はさらなる精製のために保存される。タンパク質の発現に使用さ れた微生物細胞は、凍結融解サイクル、超音波処理、物理的分断、または細胞溶 解剤の使用を含めた任意の従来の方法によって分断でき、このような方法は、通 常の熟練者に公知である。 種々の哺乳類細胞培養系も、組換え体タンパク質を発現するのに使用できる。 哺乳類発現系の例としては、GluzmanのCell 23:175(198 1)に記載されたサルの腎臓繊維芽細胞のCOS−7ライン、ならびに受容でき るベクターを発現する能力のある他の細胞株(C127、HEK−293、3T 3、CHO、HeLaおよびBHK細胞株のような)が挙げられる。哺乳類の発 現ベクターは、複製の起点、適切なプロモーターおよびエンハンサーを包含し、 そして任意の必要なリボゾーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライス供与 および受容部位、転写停止配列および5’フランキング非転写配列も包含する。 例えばSV40のオリジン、初期プロモーター、エンハンサー、スプライスおよ びポリアデニル化部位などSV40ウイルスゲノムから誘導されるDNA配列が 、要求される非転写遺伝子エレメントを提供するのに使用できる。代表的で 有用なベクターとしては、pRc/CMVおよびpcDNA3(Invitro gen、San Diego、CAから入手可能)が挙げられる。 LU105ポリペプチドは、親和性クロマトグラフィ、硫酸アンモニウムまた はエタノール沈降法、酸抽出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグラフィ、 ホスホセルロースクロマトグラフィ、疎水性相互作用クロマトグラフィ、ヒドロ キシアパタイトクロマトグラフィまたはレクチンクロマトグラフィを含めた公知 方法により、組換え細胞培養物から回収し精製される。精製中に存在するカルシ ウムイオンは低濃度(約0.1−5mM)であることが好ましい(PriceらJ.Biol.Chem. 244:917(1969))。タンパク質再折畳み 段階が、必要ならば、そのポリペプチドの形態を仕上げるのに使用できる。最後 に、高速液体クロマトグラフィ(HPLC)が、最終精製段階に使用できる。 このように、本発明のポリペプチドは、高発現細胞株から発現される天然に精 製される産物、または化学的合成手段の産物、または原核細胞または真核細胞宿 主(例えば、培養中の細菌、酵母、高等植物、昆虫および哺乳類細胞)から組換 え技術に よって製造された産物であってもよい。組換え生成手段に使用される宿主によっ て、本発明のポリペプチドは、哺乳類または他の真核細胞でグリコシル化される か、またはグリコシル化されない。本発明のポリペプチドは、開始メチオニンア ミノ酸残基を包含していてもよい。 出発プラスミドは、公開された公知手段によって入手可能なプラスミドから構 築できる。さらに、記載されたものと同等のプラスミドは当業界で公知であり、 当業者には明らかである。 以下は、cDNAクローンの単離および分析の一般的手順である。ここに開示 される特定の実施形態では、mRNAは、肺組織から単離され、そしてcDNA ライブラリーを作製するのに使用された。肺組織は、外科的切除によってタンパ ク質から得られ、そして病理学者により腫瘍または非腫瘍に分類された。 肺組織ライブラリーのランダム単離物から得られるcDNA挿入物が部分的に 配列決定され、実施例で設定されたとおりに詳細に分析された。そして配列番号 1、配列番号2、配列番号3、および配列番号4として配列表に開示されている 。これらの挿入物の共通配列は、配列番号5として表される。これらのポリヌク レオチドは、特定の遺伝子の制御配列を連結するか、 または連結していない完全な開放読取り枠を含有することもできるか、または目 的の遺伝子の単に一部をコードすることができる。これは、多くの遺伝子が長さ で数百そして時には数千塩基であること、および現在の技術では、ベクターの限 界(第一鎖の不完全な逆転写または第二鎖の不完全な複製)のためそれらを完全 にクローン化することに帰因している。追加のヌクレオチド配列を含む隣接の二 次クローンは、当業者に公知の様々な方法を用いて得ることができる。 DNA配列決定の方法は、当分野でよく知られている。従来の酵素的方法では 、関心のあるDNA鋳型にアニールされたオリゴヌクレオチドプライマーからD NA鎖を伸長するために、DNAポリメラーゼ、クレノー断片、Sequena se(US Biochemical Corp、Cleveland、OH) またはTaqポリメラーゼが使用される。方法は、一本鎖および二本鎖鋳型の両 方を使用するように開発された。鎖終端反応産物は、尿素/ポリアクリルアミド ゲルで電気泳動し、オートラジオグラフィ(放射性ヌクレオチド標識前駆体につ いて)により、または蛍光(蛍光標識前駆体について)のいずれかにより検出す ることができる。機械化された反応準備、配列決 定および、蛍光検出法を用いた分析における最近の改善は、Applied B iosystems 377D、Aシーケンサーズ(Applied Bios ystems、Foster City、CA)のような機械を用いて、1日当 たりに測定できる配列の数を拡大させた。 ヌクレオチド配列の読取り枠は、数種のタイプの分析によって確認することが できる。第一に、コード配列内に含まれる読取り枠は、開始コドンATGおよび 停止コドンTGA、TAAまたはTAGの存在によって分析することができる。 代表的には、1つの読取り枠は、cDNA配列の主要部を通して連続しているの に対し、他の読取り枠は、多くの停止コドンを含む傾向にある。このような場合 に、読取り枠の決定は、直戟的である。他の多くのより難しいケースでは、さら なる分析が必要である。 アルゴリズムが、各推定コドントリプレットで個々のヌクレオチド塩基の存在 を分析するために作製された。例えば、J.W.Fickett Nuc Ac ids Res 10:5303(1982)参照。特定の生物(細菌、植物お よび動物)のためのコードDNAは、第三コドン位置におけるピリミジンについ ての目立った優先性のように、特定のトリプレット 周期性の範囲内で、特定のヌクレオチドを含有する傾向がある。これらの優先性 は、与えられたDNAストレッチのコードポテンシャル(および枠)を測定する のに使用できる広範に入手できるソフトウエアに組込まれている。開始/停止コ ドン情報と組み合わされたアルゴリズムからの誘導の情報は、高度の確実性で適 切な枠を決定するのに使用できる。すなわち、それは、容易に適切な発現ベクタ ーに、正しい読取り枠中に配列をクローン化することができるようにする。 ここで開示された核酸配列を、十分に確立された組換えDNA技術の手順によ って、種々の他のポリヌクレオチド配列および目的のベクターに連結させること ができる。Sambrookらの前出参照。関心のあるベクターとしては、プラ スミド、コスミド、ファージ誘導体、ファージミドのようなクローニングベクタ ー、並びに配列決定、複製および発現ベクター等が挙げられる。一般に、このよ うなベクターは、少なくとも1つの生物において機能する複製起点、使いやすい 制限エンドヌクレアーゼ消化部位および特定の宿主細胞に適切な選択的マーカー を含む。ベクターは、当業者に公知の種々の手段によって宿主細胞に移転でき、 その後所望のDNA、RNAまたはポ リペプチドが生産される。 場合によって、配列決定またはランダム逆転写の誤りが、適切な開放読取り枠 または制御因子の存在を隠してしまう。このような場合、ポリペプチドの発現を 試みて、標準ペプチドマッピングおよび配列決定技術によってアミノ酸配列を決 定することによって、正しい読取り枠を決定することが可能である。F.M.A usubelら、Current Protocols in Molecul ar Biology John Wiley & Sons、New Yor k、NY(1989)。さらに、与えられたヌクレオチド配列の実際の読取り枠 は、3つの可能性ある読取り枠の全部を含むベクターを用いて宿主細胞を形質移 入することによって決定できよう。正確な読取り枠中のヌクレオチド配列を有す る細胞のみが、その推定長のペプチドを生産する。 ここに提供されたヌクレオチド配列は、現在の技術の現状の自動化された方法 によって調製され、そしてこのように未同定のヌクレオチドを含んでもよい。こ れらのことは、本発明を実行したい当業者に問題にならないであろう。Samb rookらの(前出)またはその最新版に記載された標準組換え技術を使 用するいくつかの方法が、不明の配列情報を仕上げるのに使用できる。ここで記 載された、全長配列を得るのに使用された技術と同じ技術が、ヌクレオチド配列 を得るのに使用できよう。 特定のcDNAの発現は、このcDNAを適切な発現ベクターにサブクローニ ングし、このベクターを適切な発現宿主に形質移入することによって達成される 。肺組織cDNAライブラリーを形成するために使用されるクローニングベクタ ーは、特定のcDNAのmRNAを転写するのに使用でき、そしてベータ−ガラ クトシダーゼのプロモーター、アミノ末端metおよびそれに続くベータ−ガラ クトシダーゼの7つのアミノ酸残基を含む。これらの8つの残基の直ぐ後に、人 工的プライミングおよび転写に有用な、遺伝子工学的に製造されたバクテリオフ ァージプロモーター、並びにクローニングのためのEcoRIを含めた多くの特 徴的な制限部位が続く。このベクターは、イー.コリの適切な宿主株に形質移入 されることができる。 標準法を用いるイソプロピルチオガラクトシド(IPTG)による単離細菌株 の誘導により、ベータ−ガラクトシダーゼの最初の7つの残基、約15残基のリ ンカーおよびcDNA内にコードされたペプチドを含む融合タンパク質が生成す る。cDNA クローン挿入物は基本的にランダム法によって生成されるので、含まれているc DNAが適切な翻訳のための正しい枠内に収まっている機会は3つに1つである 。cDNAが適当な読取り枠にない場合には、正しい枠は、in vitro突 然変異誘発、エキソヌルレアーゼIIIもしくはヤエナリ豆のヌクレアーゼを用 いた消化、またはオリゴヌクレオチド・リンカー導入を含めたよく知られた方法 により、適切な数の塩基の欠失または挿入によって得ることができる。 cDNAは、特定の宿主においてタンパク質を発現させるのに有用であること が知られている他のベクターに行き来するようにすることができる。標的cDN Aの両末端で伸張物にハイブリダイズするのに十分なDNAセグメントとクロー ニング部位を有するオリゴヌクレオチド・プライマーは、標準法によって化学的 に合成することができる。次いでこれらのプライマーは、PCRによって所望の 遺伝子セグメントを増幅するのに使用できる。得られる新たな遺伝子セグメント は、標準条件下で適切な制限酵素で消化し、ゲル電気泳動法によって単離できる 。あるいは、同様の遺伝子セグメントは、適切な制限酵素でcDNAを消化し、 失った遺伝子に化学的に合成したオリゴヌクレオ チドを満たすことによって生成できる。1つ以上の遺伝子から得られたコード配 列のセグメントは、互いに連結し、そして適切なベクター中にクローン化し組換 え配列の発現を最適化することができる。 このようなキメラ分子のための適切な発現宿主としては、それに限定されるも のではないが、チャイニーズハムスターの卵巣(CHO)およびヒト胚体腎臓( HEK)293細胞のような哺乳類細胞、Sf9細胞のような昆虫細胞、サッカ ロマイセス・セレビジアエ(Saccharomyces cerevisia )のような酵母細胞およびイー.コリ(E.coli)のような細菌が挙げら れる。これらの細胞系の各々について、有用な発現ベクターは、細菌中で増幅で きる複製起点、および細菌中で選択できるようになるベーターラクタマーゼ抗生 物質耐性遺伝子のような選択性マーカーも含むことができよう。さらに、このベ クターは、形質移入された真核宿主細胞で選択できるようになるネオマイシンホ スホトランスフェラーゼ遺伝子のような第二の選択性マーカーを含むことができ よう。目的の配列がポリAを欠く場合には、真核発現宿主中で使用するベクター は、追加の3’ポリA尾部を必要としよう。 さらに、ベクターは、遺伝子発現を増すプロモーターまたはエンハンサーを含 有してもよい。このようなプロモーターは、宿主特異的であり、それに限定され るものではないが、CHO細胞のためのMMTV、SV40、またはメタロチオ ニンプロモーター;細菌宿主のためのtrp、lac、tacまたはT7プロモ ーター;または酵母のためのアルファ因子、アルコールオキシダーゼまたはPG Hプロモーターが挙げられる。ニワトリ肉腫ウイルス(RSV)エンハンサーの ような、転写エンハンサーを有するかまたは有しないアデノウイルスベクターは 、哺乳類細胞株中でタンパク質発現を誘導するのに使用できよう。いったん組換 え細胞の均一培養物が得られると、大量の組換え生産されたタンパク質が、調整 培地から回収でき、当分野で公知のクロマトグラフィ法を用いて分析できる。大 量の選択されたタンパク質を生産するための代替法には、哺乳類胚を形質移入す ること、およびトランスジェニックウシ、ヤギ、ヒツジなどによって産生された 乳から得られる組換えタンパク質を回収することを含む。ポリペプチドおよび密 接に関連した分子は、タンパク質精製を促進するために、このような方法で組換 え的に発現されてもよい。1つのアプローチは、ヒトポリペプチド に天然には存在しない1つまたはそれ以上の追加のポリペプチド・ドメインを含 むキメラタンパク質を発現することを包含する。このような精製促進ドメインと しては、それに限定されるものではないが、固定化金属で精製することができる ようになるヒシチジン−トリプトファンドメインのような金属キレート・ペプチ ド、固定化免疫グロブリンで精製することができるようになるプロテインAドメ インおよびFLAGS伸張/親和性精製系(Immunex Corp、Sea ttle、WA)で利用されたドメインが挙げられる。ファクターXAまたはI nvitrogen(San Diego、CA)から得られるエンテロキナー ゼのような、ポリペプチド配列と精製ドメインとの間の切断リンカー配列の導入 は、そのポリペプチドを回収するのに有用でありうる。 免疫検定 断片、誘導体およびそれらの類似体を含めたLU105ポリペプチド、または そのようなポリペプチドを発現する細胞は、多くがここに記載されているように 、肺組織に対する抗体を検出するための種々の検定で利用できる。これらはまた 、抗体を生産するための免疫原としても使用できる。これらの抗体は、 例えばポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、一本鎖抗体およ びヒト化抗体、並びにFab断片またはFab発現ライブラリーの産物であって よい。当分野で公知の種々の手順が、このような抗体および断片を産生するのに 使用できる。 例えば、本発明の配列を包含するポリペプチドに対して生成された抗体は、動 物にポリペプチドを直接注入することによって、またはマウス、ウサギ、ヤギま たはヒトのような動物にそのポリペプチドを投与することによって得ることがで きる。マウス、ウサギまたはヤギが好ましい。このポリペプチドは、配列番号1 9、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24 、及びそれらの断片から構成される群から選択される。そのように得られた抗体 は、次いでポリペプチド自身に結合する。この方法で、ポリペプチドの断片のみ をコードする配列でさえ、天然のポリペプチドに結合する抗体を生成するのに使 用できる。このような抗体は、次いで、ポリペプチドを含有していると推測され る組織のような試験試料からポリペプチドを単離するのに使用できる。モノクロ ーナル抗体を調製するのに、継代細胞株培養によって産生された抗体を提供する 全ての技術が使用できる。例としては、Kohlerおよ びMilstein Nature 256:495−497(1975)によ って記載されたハイブリドーマ技術、トリオマ技術、KozborらのImmu n.Today 4:72(1983)によって記載されたヒトB−細胞ハイブ リドーマ技術、およびColeらの(Monoclonal Antibodi es and Cancer Therapy(Alan R.Liss,In c、New York、NY)、77−96頁(1985)に記載されたヒトモ ノクローナル抗体を産生するEBV−ハイブリドーマ技術が挙げられる。一本鎖 抗体を産生することが記載された技術は、本発明の免疫原性ポリペプチド産物に 対する一本鎖抗体を生産するのに適合できる。例えば米国特許第4,946,7 78号参照。 「サンドイッチ」免疫検定およびプローブ検定を含めた種々の検定フォーマッ トが、本発明の抗体を利用できる。例えば、本発明の抗体またはそれらの断片は 、もしあれば、試験試料中のLU105抗原の存在を測定する種々の検定系に使 用できる。例えば、第一の検定フォーマットにおいて、固相に被覆されたポリク ローナル抗体またはモノクローナル抗体もしくはそれらの断片、またはこれらの 抗体の組合せは、試験試料と混合され て、第一の混合物を形成する。この第一の混合物は、抗原/抗体複合体を形成す るのに十分な時間および条件下でインキュベートされる。次いで、シグナル発生 化合物が付着したモノクローナル抗体ポリクローナル抗体もしくはそれらの断片 、またはこれらの抗体の組合せを包含する指示試薬は、抗原/抗体複合体と接触 して、第二の混合物を形成する。次いでこの第二の混合物は、抗体/抗原/抗体 複合体を形成するのに十分な時間および条件下でインキュベートされる。試験試 料中にそして固相に捕捉されたLU105の存在は、もしあれば、シグナル発生 化合物によって発生された測定可能なシグナルを検出することによって測定され る。試験試料中に存在するLU105抗原の量は、発生されたシグナルに比例す る。 代替的検定フォーマットでが、混合物は、(1)ポリクローナル抗体、モノク ローナル抗体もしくはLU105抗原に特異的に結合するそれらの断片、または 固形支持体に結合したそのような抗体の組合せと、(2)試験試料と、および( 3)異なるLU105抗原(またはこれらの抗体の組合せ)に特異的に結合し、 シグナル発生化合物が付着したモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体または それらの断片を包含する指示 試薬とを接触させることによって、形成される。この混合物を抗体/抗原/抗体 複合体を形成するのに十分な時間および条件下でインキュベートする。もしあれ ば、試験試料中の固相に捕捉されたLU105抗原の存在は、シグナル発生化合 物によって発生された測定可能なシグナルを検出することによって測定される。 試験試料に存在するLU105抗原の量は、発生されたシグナルに比例する。 別の検定フォーマットでは、本発明の、1つ、または少なくとも2つのモノク ローナル抗体の組合せが、LU105抗原に対する抗体を検出するための拮抗プ ローブとして使用することができる。例えば、ここに開示された組換え抗原のよ うなLU105ポリペプチドは、単独または組合せで、固相に被覆される。LU 105抗原に対する抗体を含有すると推測される試験試料は、次いで、試験試料 および固相に結合した指示試薬か、または固相に結合した指示試薬のいずれかの 抗原/抗体複合体を形成するのに十分な時間および条件下で、シグナル発生化合 物および本発明の少なくとも1つのモノクローナル抗体を包含する指示試薬と一 緒にインキュベートされる。固相へのモノクローナル抗体の結合の減少が定量的 に測定される。 さらに別の検出法では、本発明のモノクローナルまたはポリクローナル抗体の 各々が、免疫組織化学分析によって、組織画分中並びに細胞中のLU105を検 出する際に使用できる。これらの抗体が直接的に標識されているか(例えば、蛍 光、金コロイド、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼ などで)、または疾病の組織病理学を追跡する(ここに例示された種々の標識で )二次標識された抗−種特異性抗体を用いることによって標識されている、細胞 化学的分析も本発明の範囲内にある。 さらに、これらのモノクローナル抗体は、CNBr−活性化Sepharos eに類似するマトリックスに結合させることができ、例えば組換えおよび天然L U105タンパク質を精製するなど、細胞培養物または生物学的組織から特異的 LU105ポリペプチドの親和性精製に使用できる。 本発明のモノクローナル抗体は、治療用途または他の同様の応用のために、キ メラ抗体を生成させるのに使用することもできる。 モノクローナル抗体またはそれらの断片は、LU105抗原を検出するために 単独で提供することができる。ここに提供さ れるモノクローナル抗体(およびそれらの断片)の組合せは、他のLU105領 域に特異的に結合する抗体と一緒に(ここで各々の抗体は、別の結合特異性を有 する)、少なくとも1つの本発明のLU105抗体の混合物あるいは「カクテル 」中の成分として合せて使用してもよい。したがって、このカクテルは、ここに 開示されたLU105ポリペプチドに向けられた本発明のモノクローナル抗体お よびLU105抗原または他の関連のタンパク質の他の抗原決定基に特異的な他 のモノクローナル抗体を包含できる。 この検定フォーマットに使用できるポリクローナル抗体またはそれらの断片は 、LU105ポリペプチドまたは検定に追加的に使用される他のLU105ポリ ペプチドに特異的に結合しなければならない。使用されるポリクローナル抗体は 、LU105ポリペプチドに結合する、ヒト、ヤギ、ウサギまたはヒツジポリク ローナル抗体のような、哺乳類起源のものであるのが好ましい。最も好ましくは 、ポリクローナル抗体は、ウサギ起源のものである。この検定に使用されるポリ クローナル抗体は、単独、またはポリクローナル抗体のカクテルのいずれかとし て使用できる。この検定フォーマットに使用されるカクテル は、LU105ポリペプチドに対して異なる結合特異性を有するモノクローナル 抗体またはポリクローナル抗体のいずれかから構成されるので、肺ガンのような 肺の疾病および症状を検出し、診断し、段階づけし、追跡し、予知し、予防しま たは治療すること、または素因を決定するのに有用である。 LU105のアミノ酸配列を包含する、組換え抗原を使用することによって、 同様に合成ペプチドまたは精製ペプチドを使用することによって、LU105抗 原が検定で検出できることも本発明の範囲内である。このようなポリペプチドの アミノ酸配列は、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、 配列番号23、配列番号24、およびそれらの断片から構成される群から選択さ れる。LU105の異なるエピトープを同定する異なる合成、組換えまたは精製 ペプチドが、肺ガンのような肺の疾病および症状を検出し、診断し、段階づけし 、追跡し、予知し、予防しまたは治療し、または素因を決定するために検定に組 合せて使用することができることも本発明の範囲内である。この場合、これらの ペプチドの全てが、1つの固相上に被覆できる。または、各々単独のペプチドか 、例えば微細粒子等の単独固相上に被覆されてもよく、次いで混ぜ合わせ て検定に使用できるペプチドの混合物を形成される。さらに、別の抗原からのエ ピトープを定義する複数のペプチドが、肺ガンのような肺の疾病および症状を検 出し、診断し、段階づけし、追跡し、予知し、予防しまたは治療し、または素因 を決定するのに使用してもよいことが企図される。固相に被覆した、または検出 可能な標識で標識したペプチドは、次いで限定された量の抗体について、患者試 料に存在するもの(もしあれば)と競合するようにさせられる。合成、組換えま たは精製ペプチドへの抗体(または抗体類)の結合の減少は、患者試料中のLU 105抗原の存在を示す。LU105抗原の存在は、患者における肺組織疾病、 特に肺ガンの存在を示す。様々な検定フォーマットが当業者に知られており、多 くが以下に説明される。 別の検定フォーマットでは、抗−LU105抗体および/またはLU105抗 原の存在が、以下のとおり、同時検定で検出できる。試験試料は、第一分析物の 捕捉試薬(ここで、その捕捉試薬は、固相に付着した第一の分析物に特異的な第 一の結合構成員を包含している)および第二分析物の捕捉試薬(ここで、その捕 捉試薬は、第二の固相に付着した第二の分析物に特異的な第一の結合構成員を包 含している)で同時に接触させられ、 混合物が形成される。この混合物は、捕捉試薬/第一の分析物および捕捉試薬/ 第二の分析物複合体を形成するのに十分な時間および条件でインキュベートされ る。これらのこのようにして形成された複合体は、次いでシグナル発生化合物で 標識された第一の分析物に特異的な結合対の構成員を包含する指示試薬、および シグナル発生化合物で標識された第二の分析物に特異的な結合対の構成員を包含 する指示試薬と接触されて第二の混合物を形成する。この第二の混合物は、捕捉 試薬/第一分析物/指示試薬複合体、および捕捉試薬/第二分析物/指示試薬複 合体を形成するのに十分な時間および条件下でインキュベートされる。1つまた はそれ以上の分析物の存在が、試験試料中の1つまたはそれ以上の分析物の存在 の指標として、いずれかまたは両方の固相上に形成された複合体に関連して発生 されたシグナルを検出することによって測定される。この検定フォーマットにお いて、ここで開示された発現系から誘導された組換え抗原が、ここで開示された 発現系から誘導されたタンパク質から産生されたモノクローナル抗体と同様に利 用できる。例えば、この検定系では、LU105抗原が第一の分析物でありうる 。このような検定系は、欧州特許公開第0473065号にさらに 詳細に記載されている。 さらに別の検定フォーマットでは、ここに開示されたポリペプチドは、試験試 料中のLU105抗原に対する抗体の存在を検出するのに利用できる。例えば、 試験試料は、組換えタンパク質または合成ペプチドのような少なくとも1つのポ リペプチドを付着している固相とインキュベートされる。このポリペプチドは、 配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配 列番号24、およびそれらの断片から構成される群から選択される。これらは、 時間抗原/抗体複合体を形成するのに十分な時間および条件下で反応させられる 。インキュベーション後、この抗原/抗体複合体が検出される。標識試薬は、選 択された検定系に依存して、検出を促進するのに使用できる。別の検定フォーマ ットで、試験試料は、ここで記載されたとおりに産生された組換えタンパク質を 付着させた固相と接触させられ、このタンパク質に特異的な、好ましくは指示試 薬で標識されているモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体とも接触させ られる。抗原/抗体複合体を形成するのに十分な時間および条件下でインキュベ ートした後、この固相は、遊離相から分離し、標識が、LU105抗原に対する 抗体の存 在の指標として、固体または遊離相で検出される。ここに開示された組換え抗体 を利用する他の検定フォーマットも企図される。これらは、試験試料を第一の源 から得られた少なくとも1つの抗原を付着させた固相と接触させること、抗原/ 抗体複合体を形成するのに十分な時間および条件下で固相および試験試料をイン キュベートすること、および次いで固相を第一の源と異なる第二の源から誘導さ れた標識抗原と接触させることを包含する。例えば、イー.コリのような第一の 源から誘導された組換えタンパク質が、固相上の捕捉抗原として使用され、試験 試料がこのように作製された固相に添加され、および標準のインキュベーション および所望によりまたは必要により洗浄段階後、別の源(例えば、非イー.コリ )から誘導された組換えタンパク質が、続いて検出される指示試薬の一部として 利用される。同様に、固相上の組換え抗原と指示層中の合成ペプチドの組合せも 可能である。第一の源から得られたLU105に特異的な抗原を捕捉抗原として 、および他の第二の源から得られたLU105に特異的な抗原を利用するすべて の検定が意図される。したがって、組換え抗原の種々の組合せ並びに合成ペプチ ド、精製タンパク質等の使用は、本発明の範囲内である。こ の検定および他の検定は、本件と同一所有者による米国特許第5,254,45 8号に記載されている。 種々の他の固相を利用する他の実施形態も意図され、本発明の範囲内にある。 例えば、負に荷電されたポリマー(欧州出願公開0326100および欧州出願 公開0406473に記載されている)を用いて固定化可能反応複合体を固定化 するためのイオン捕捉手段を本発明を、迅速液一相免疫化学反応を行うために使 用することができる。固定化可能免疫複合体は負に荷電されたポリアニオン/免 疫複合体と先に処理された正に荷電された多孔性マトリックスとの間のイオン性 相互作用により反応混合物の残りから分離し、欧州出願公開0273,115号 に記載されている化学発光シグナル測定に記載されたものを含めて先に記載され た種々のシグナル発生系を用いて検出する。 さらに、本発明の方法は、固相が微細粒子(磁性または非磁性)を包含する自 動化または半自動化系を含めた微細粒子技術を利用する系に使用するように適合 できる。このような系としては、例えば欧州出願公開0425633号および欧 州出願公開0424634号にそれぞれ記載されているものが含まれる。 免疫検定のための走査型プローブ顕微鏡(SPM)の使用も、 本発明のモノクローナル抗体が簡単に適合できる技術である。走査型プローブ顕 微鏡においては、特に原子顕微鏡においては、捕捉相(例えば本発明の少なくと も1つのモノクローナル抗体)が固相に付着され、走査型プローブ顕微鏡が固相 の表面に存在しうる抗原/抗体複合体を検出するのに利用される。走査型トンネ ル顕微鏡を使用すると、抗原/抗体複合体を検出する多くの免疫検定系で正常利 用される標識を必要としなくなる。特異的結合反応を監視するためのSPMの使 用は多くの方法で生じうる。一つの実施形態では、特異的結合相手の1つの構成 員(本発明のモノクローナル抗体である分析物特異的物質)が走査するのに適切 な表面に付着される。分析物特異的物質の付着は、当業者に公知の方法により、 プラスチック表面または金属表面の固相を包含する試験片に吸収させる。または 、誘導化プラスチツク、金属、シリコンまたはガラスの固相を包含する試験片に 、特異的結合の相手(分析物特異的物質)を共有結合により付着させることを利 用してもよい。共有結合的付着方法は、当業者に知られており、そして試験片に 特異的結合相手を不可逆的に結合する種々の手段を包含する。試験片がシリコン またはガラスである場合、特異的結合相手を付着する前に表面 を活性化しなければならない。高分子電解質相互作用も、技術および化学を用い て試験片の表面上に特異的結合相手を固定化するのに使用できる。付着の好まし い方法は、共有結合手段である。特異的結合構成員の付着後、この表面は、さら に非特異的結合を最小にする血清、タンパク質または他の遮断剤のような材料で 処理される。この表面は、製造の場でまたは使用の際に、検定目的に適切かどう か確かめるために走査されてもよい。走査プロセスが、試験片の特異的結合特性 を変化させると考えられていない。 本発明は、固相を使用することが好ましいことを開示する一方で、本発明の抗 体、タンパク質およびペプチドのような試薬が非固相検定系に利用できることも 意図される。これらの検定系は、当業者に公知であり、そして本発明の範囲内に あると考えられる。 この検定に使用される試薬は、バイアルまたはビンのような1つまたはそれ以 上の容器を有し、各容器は、この検定に使用される、プローブ、プライマー、モ ノクローナル抗体、モノクローナル抗体のカクテル、または検定に使用されるポ リペプチド(例えば、組換えにより製造され、もしくは合成によりに製造 され、または精製された)のような、別々の試薬を含有する、試験キットの形態 で提供されることが意図される。このポリペプチドは、配列番号19、配列番号 20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、およびそれ らの断片から構成される群から選択される。当業者に公知の緩衝液、対照などの ような他の成分が、このような試験キットに包含される。入手しやすい体液(例 えば血液、尿、唾液および便)を包含する試験試料を収集するための手段を有す る試験キットを提供することも意図する。収集に有用なこのような道具(「収集 材料」)として、血液を収集し安定化するためのランセット、および吸収紙また は布;唾液を収集し安定化するための綿棒;尿または便試料を収集し安定化する ためのカップを含む。収集材料、紙、布、綿棒、カップ等は、所望により、試料 の変性または不可逆吸収を避けるために処理されてもよい。収集材料はまた、標 本の完全性を維持する助けとなる保存剤、安定化剤または抗微生物剤で処理する か、またはこれを含んでいてよい。手術によって得られた試験標本または穿針生 検の収集、安定化および保存用に設計された試験キッドも有用である。全キット は、別々に提供できる2つの構成要素で形成されてもよい ことが意図される。一方は、標本の収集および輸送のための構成要素で、一方は 、標本の分析のための構成要素である。収集用構成要素は例えば、市場ユーザー の誰にも提供できる一方で、分析用構成要素は、分析物の存在、不存在または量 を測定するために、研究員のようなものに提供できる。さらに、試験標本の収集 、安定化および保存のためのキットは、訓練されていない者により使用にも適合 できるようにし、家庭で使用するために開放的市場で入手可能にし次いで試験試 料の分析のために実験室に輸送できるようにしてもよい。 イー.コリ細菌(クローン1327836)は、ブタペスト条約の条件下に1 996年11月20日に12301Parklawn Drive,Rockv i11e,Maryland 20852のAmerican Type Cu lture Collection(A.T.C.C.)に寄託されており、そ して寄託の日付から30年間、または寄託の最後の請求から5年、または米国特 許の有効な期間、いずれか長い間維持される。ここに記載される寄託および他の いかなる寄託物は、便宜のためのみに提供され、ここに提供された教示の観点か ら、本発明を実施するために要求されてはいない。 寄託物の全てのcDNA配列は、引用によりここに組込まれる。クローン132 7836は、ATCC寄託番号98255が付与された。 本発明は、ここに実施例によって記載され、実施例は本発明の範囲を説明する ことを意図するものであって、本発明の範囲を限定することを意図するものでは ない。 実施例 実施例1:肺組織ライブラリーLU105遺伝子特異的クローンの同定 A.発現された配列タグ(EST)または転写像のライブラリー比較 cDNAクローン挿入物の部分的配列、いわゆる「発現配列タグ」(EST) 、肺腫瘍組織、肺非腫瘍組織ならびに他の多くの腫瘍および非腫瘍の両方の組織 から作製されたcDNAライブラリーから誘導され、そして遺伝子転写像として データベース(LIFESEQTMデータベース(Incyte Pharmac euticals、Palo Alto、CAから入手可能)に打ち込まれた。 参照:国際公開第WO95/20681号。(転写像は、与えられた組織ライブ ラリー中に 表れた遺伝子の各の多数のESTのリストである。相互に重複する配列を共有す るEST領域は、クラスターに分類される。クラスターは、代表的5’ESTか らのクローン番号が付される。しばしば、関心あるクラスターは、その共通配列 を、自動クラスター化の基準に合致しなかった他のESTの配列と比較すること によって、拡張されうる。入手可能な全てのクラスターおよび単独ESTの整列 は、共通配列が誘導されるコンティグ(contigを表す)。転写像は、次い で肺組織ライブラリーの一次の代表であるEST配列を同定するために評価され た。これらの標的クローンは、次いで標的ライブラリー中でのそれらの量(存在 )およびバックグラウンドライブラリー中の不在性にしたがって分類された。バ ックグラウンドでの存在が低くかつ高度に豊富なクローンは、高い研究優先性が 与えられた。LU105の共通配列に対応するESTは50%の(36のうち1 8)の肺組織ライブラリーに見いだされた。共通配列配列番号5(またはその断 片)に対応するESTは、他の、非肺の、データベースのライブラリーのわずか 2.2%(539のうち12)しか見いだされなかった。従って、共通配列または その断片は、非肺組織より肺組織で22倍より多く見いだされた。重 複クローン3353867(配列番号1)、1327836(配列番号2)、1 605935(配列番号3)、および811640(配列番号4)は、それぞれ さらなる研究のために同定された。これらは、LU105コンティグを形成する のに必要とされ、ここで提供される共通配列(配列番号5)が誘導されるクロー ンの最小数を代表していた。B.共通配列の生成 ヌクレオチド整列(コンティグマップ)を生成し、次いでこれらの共通配列( 配列番号3)を生成するために、クローン3353867(配列番号1)、クロー ン1327836(配列番号2)、クローン1605935(配列番号3)およ びクローン811640(配列番号4)のクローンヌクレオチド配列が、Seq uencherTMプログラムGene Codes Corporation、 Ann Arbor、MIから入手可能)に入力された。図1は、これらのクロ ーンのヌクレオチド配列の整列、およびその結果得られたヌクレオチド共通配列 (配列番号5)を示す。図2は、LU105の重複領域を形成する、クローン3 353867(配列番号1)、クローン1327836(配列番号2)、クロー ン1605935(配列 番号3)、クローン811640(配列番号4)及びクローン1327836H I(配列番号6)からの配列の整列を示すコンティグマップを表し、およびこれ らのクローンの得られた共通ヌクレオチド配列(配列番号5)を表すグラフィッ ク表示である。これに続いて、共通配列(配列番号5)について、3つの枠翻訳 が行われた。第二番目の順行枠が、配列番号19として示す104残基アミノ酸 配列をコードする開放読取り枠を有することがわかった。実施例2;LU105EST特異的クローンの配列決定 LU105遺伝子コンティグのクローン1327836の完全長DNA配列は 、以下の公知方法F.Sangerら、(PNAS USA 74:5463( 1977))によって、染料停止剤を用いるジデオキシ停止配列決定を使用して 決定された。この完全長配列をここではクローン1327836IH(配列番号 6)と呼ぶ。 pINCYベクター(Incyte Pharmace ruticals, Inc.,Palo Alto,CAから入手可能)は、挿入物の3’および5 ’連結結合点に隣接する万能プライム部位を含有しているので、挿入物のおよそ 300塩基が普遍プライマー(配列番号9および配列番号10 New England Biolabs,Beverly、MA、及びApplied Biosystems Inc,Foster City,CA)を用いてそ れぞれ両方の方向で配列決定された。配列決定反応物は、ポリアクリルアミド変 性ゲル上で泳動され、配列はApplied Biosyotems 377 Sequencer(Applied Biosystems Inc,Fos ter City,CAから入手しうる)によって決定された。さらなる配列決 定プライマー(配列番号11、配列番号12、配列番号13、及び配列番号14 )は、2つのDNA鎖の3’末端の近くの最初の配列決定反応によって決定され た配列情報に基いて設計された。これらのプライマーは、先に記載されたとおり 、各DNA鎖からのクローン化挿入物の残りのDNA配列を決定するのに使用さ れた。実施例3:核酸 A.組織からのRNA抽出 肺組織および非肺組織から全RNAを単離した。Katoら、J.Virol .、61:2182−2191(1987)、およびTRlzolTM(Gibc o−BRL、Grand Island、NY)に述べられていて、この分野に おいて知 られている、それに限定されないが、塩化リチウム/尿素技術を含む種々の方法 が利用された。 簡単に説明すると、組織を、氷上の滅菌円錐管に入れ、10−15量の3ML iCl、6M尿素、5mMEDTA、0.1Mβ−メルカプトエタノール、50 mMトリス−HCl(pH7.5)を加えた。この組織を、氷上で30−50秒 間、 Instruments,Inc.、Westbury、NY)で均質化した。 溶液を15mlプラスチック製遠心管に移し、そして−20℃で一夜放置した。 その管を90分間、9000×gで、0−4℃で遠心し、そしてその上清を直に 分取した。10mlの3MLiClを添加し、その管を5秒間渦巻き撹拌し、そ して45分間11000×gで0−4℃で速心した。分取し、LiClに再懸濁 し、そして遠心を繰返した。最終ペレットを風乾させ、そして2mlの1mM EDTA、0.5%SDS、10mMトリス(pH7.5)に再懸濁させた。2 0μlのProteinaseプロテイナーゼK(20mg/ml)を流加し、 その溶液を30分間37℃で時折混合しながらインキュベートした。10分の1 量(0.22−0.25ml)の 3MNaClを添加し、その溶液を渦巻き撹拌してから、2mlのフェノール/ クロロホルム/イソアミルアルコール(PCI)を含んだ別の管に移した。その 管を1−3秒間渦巻き撹拌し、20分間、3000×g、10℃で遠心した。P CI抽出を繰返し、クロロホルム/イソアミルアルコール(CI)で2回同様の 抽出を行った。最終水溶液を、6mlの無水エタノールを含む予め冷却した15 mlのCorexガラス管に移し、その管をパラフィンで覆い、そして−20℃ で一夜放置した。その管を30分間10000×g、0−4℃で遠心し、そして エタノール上清をすぐに分取した。RNAペレットを10mlの75%氷冷エタ ノールで4回洗浄した。最終ペレットを15分間室温で風乾した。RNAを0. 5mlの10mMTE(pH7.6、1mMEDTA)に懸濁させ、そしてその 濃度を分光光度計により測定した。RNA試料を定量とり、エタノール沈殿物と して−70℃で保存した。 アガロースゲル電気泳動(実施例5参照、ノーザンブロット分析)によってR NAの質を測定し、そして0.5μg/ml臭化エチジウムで1時間染色した。 完全なrRNAsを含まないRNA試料をこの研究から除いた。 代わりに、RT−PCR分析のために、1mlのUltraspec RNA 試薬を2.0ポリプロピレン製マイクロフュージ管中 ジナイザー(Brinkman Instrument、Inc.、Westb ury、NY)で、50秒間均質化し、そして5分間氷上に置いた。その後、0 .2mlのクロロホルムを各試料に加え、15秒間渦巻き撹拌した。試料をもう 5分間氷上に置き、12000×g、4℃で15分間遠心した。上部層を収集し 、そして別のRNaseを含まない2.0mlのマイクロフュージ管に移した。 同量のイソプロパノールを各試料に添加し、そしてその溶液を10分間氷上に放 置した。その試料を12000×g、4℃で10分間遠心し、そしてその上清を 除去した。残りのペレットを冷75%エタノールで2回洗浄し、そして渦巻き撹 拌により再懸濁し、7500×g、4℃で5分間遠心することで再懸濁材料を再 度ペレット化した。最後に、RNAペレットを少なくとも5分間Speedva c(Savant、Farmingdale、NY)で乾燥させ、そしてRNA aseを含まない水中に再構成した。B.血液単核細胞からのRNA抽出 以下のとおりFico1l−Hypaqueを用いて遠心することによって患 者から得られた単核細胞を血液試料から単離する。10ml量の全血を同量のR PMI培地(Gibco−BRL、Grand Island、NY)と混合す る。この混合物を次いで10mlのFicoll−Hypaque(Pharm acia、Piscataway、NJ)で下に敷きそして30分間200×g で遠心する。単核細胞を含む淡黄色コートを除去し、50mlのDulbeco o PBS(Gibco−BRL、Grand Island、NY)で希釈し 、そして混合物を200×gで10分間遠心する。2回洗浄した後、得られたペ レットをDulbecooのPBSに再懸濁して最終量1mlにする。 RNAを、エヌ.カト(N.Kato)ら、J.Virology 61:2 182−2191(1987)によって記載された、単核細胞から単離する。簡 単に説明すると、ペレット化した単核細胞を最終量1mlにし、その後250μ LのPBSに再懸濁し、そして2.5mlの3MLiCl、6M尿素、5mME DTA、0.1M2−メルカプトエタノール、50mMトリス−HCl (pH7.5)と混合する。得られた混合液を均質化し、そして−20℃で一夜 培インキュベートする。均質化物を、90分間0−4℃で、Beckman J 2−21Mローターを用いて8000RPMで遠心する。渦巻き撹拌によりペレ ットを10mlの3MLiCl中に再懸濁させ、そしてその後45分間0−4℃ で、Beckman J2−21Mローターを用いて10000RPMで遠心す る。再懸濁次いでペレット化を繰返した。渦巻き撹拌により、ペレットを2ml の1mMEDTA、0.5%SDS、10mMトリス(pH7.5)および40 0μgプロテイナーゼKに再懸濁させ、振とうしながら、37℃で30分間イン キュベートする。10分の1量の3MNaClを添加し、溶液を渦巻き撹拌する 。フェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール(PCI)と、続いて、ク ロロホルム/イソアミルアルコール(CI)で1回の2サイクルの抽出で、タン パク質を除去する。さらに6mlのエタノールでRNAを沈殿させ、続いて−2 0℃で一夜インキュベートする。RNAを沈殿させた後、遠心で収集し、そのペ レットを4回75%エタノールで洗浄する。ペレットRNAを1mMEDTA、 10mMトリス−HCl(pH7.5)を含む溶液に溶解させる。 非肺組織を陰性対照として使用する。mRNAを、ポリアデニル化RNAを単 離するために、オリゴdTセルローススピンカラム(RediColTM、Pha rmacia、Uppsala、Sweden)のような市販のキットを使用し て、全RNAからさらに精製できる。リボヌクレアーゼ保護検定で分析するため に、全RNAまたはmRNAをリシス緩衝液(5Mグアニジンチオシアネート、 0.1MEDTA、pH7.0)に溶解できる。C.ポリゾームからのRNA抽出 組織を4℃で生理食塩水中で細かく分割し、そして6mM2−メルカプトエタ ノールを含有するTK150M(150mMKCl、5mMMgCl、50mMト リス−HCl、pH7.4)溶液中の2.5量の0.8Mしょ糖と混合する。B .Mechler、Methods in Enzymology 152:2 41−248(1987)に記載のとおりに、その組織を5ストローク、100 −200rpmでTeflon−ガラスのPotterホモジナイザーで均質化 し、続いてDounceホモジナイザーで6ストロークで均質化する。その後、 均質化物を120000×gで、15分間4℃で遠心し て、核を沈殿させる。38mlのポリアロマー管中でTK150M中の2mlの上 清を6mlの2.5Mしょ糖と混合することによってポリゾームを単離する。2 つの追加のしょ糖TK150M溶液を引き続いて、13mlの2.05Mしょ糖の 第一の層、次いで6mlの1.3Mしょ糖の第二の層として、抽出画分上に層形 成する。ポリゾームを90000×g、5時間4℃で、このグラジエントを遠心 することによって単離する。この画分をその後シリコン化パスチュール・ピペッ トを用いて1.3Mしょ糖/2.05Mしょ糖界面から取出し、そして同量のT E(10mMトリス−HCl、pH7.4、1mMEDTA)で希釈する。同量 の90℃ SDS緩衝液(1%SDS、200mMNaCl、20mMトリス− HCl、pH7.4)を添加し、その溶液を2分間、沸騰水浴上でインキュベー トする。次にプロテイナーゼ−K消化(50mg/ml)で、37℃で15分間 タンパク質を消化する。mRNAを3倍量のフェノール−クロロホルム抽出で精 製し、次いで0.1量の2M酢酸ナトリウム(pH5.2)および2量の100 %エタノールを用いて−20℃で一夜沈殿させる。沈殿RNAを12000×g 、10時間4℃で遠心して回収する。RNAを乾燥させ、そしてTE(pH 7.4)または蒸留水に再懸濁させる。再懸濁RNAをスロットブロットハイブ リダイゼーションまたはドットブロットハイブリダイゼーション検定に使用して 、LU105mRNAの存在を調べることができる(実施例6参照)。 核酸およびタンパク質の質は、使用された調製方法依存している。各試料は、 標的分子の単離効率を最大にするために種々の調製技術を必要としよう。これら の調製技術は、通常の技術者の調製技術の範囲内である。実施例4:リボヌクレアーゼ保護検定 A.標識相補的RNA(cRNA)ハイブリダイゼーションプローブおよび非標 識センス鎖の合成 標識アンチセンス及び非標識リボプローブが、例えばSP6又はT7のような 5’RNAポリメラーゼプロモーターを含むLU105遺伝子cDNA配列から 転写される。この配列は、適切なLU105cDNA挿入物を含むベクターから 由来するものであってもよく、5’RNAポリメラーゼプロモーター配列を組込 んでいるPCRプライマーを用いた挿入物のPCR発生産生物から由来するもの であってもよい。例えば、両側に反対のSP6およびT7ポリメラーゼプロモー ターを配置した、 LU105遺伝子cDNA配列を含む、該記載されたプラスミド、クローン13 27836又はこれに匹敵しうる別のクローンを、Qiagen Plasmi d Purification Kit(Qiagen,Chatsuwort h,CA)を用いて精製する。次いで、10μgのプラスミドを10単位Dde I制限酵素で37℃で1時間切断して線状化する。線状化プラスミドをQIA調 製キット(Qiagen、Chatsworth、CA)を用いて精製し、そし て供給者の指示によって記載されたとおりに、6.3μM(アルファ32P)UT P(Amersham Life Sciences,Inc.、Arling ton Heights、IL)又は100−500μMのビオチン化U Transcription System(Promega Corpora tion,Madiosn,WI)を用いた、適切なSP6又はT7プロモータ ーからのアンチセンス転写の合成のために使用する。センス鎖を生成するために 、10μgの精製プラスミドを制限酵素10単位XbaIおよび10単位Not Iで切断し、前記のような適切なSP6又はT7プロモーターから転写する。ス ピン・カラム・クロマトグラフィによ って、センスおよびアンチセンス鎖の両方が単離される。260nmでのUV吸 光度によって非標識センス鎖を定量する。 B.標的への標識プローブのハイブリダイゼーション 凍結組織を液体窒素下で粉末に粉砕し、100−500mgをDirectP rotectTM Lysate RNase Protection Kit( Ambion,Inc.、Austin、TX)の成分として入手可能な1ml の溶解緩衝液に溶解させる。さらに、組織ホモジナイザーを用いて溶解を完了さ せる。加えて、正の対照として使用するためにマウス肝溶解物中で公知量のセン ス鎖を連続希釈させた。最後に、45μlの溶解組織または希釈センス鎖を、5 μlの溶解用緩衝液中で、1)1×105cpmの放射性標識されたプローブと 直接混合するか、あるいは2)250pgの非アイソトープ標識プローブとを直 接混合する。一夜37℃でハイブリダイゼーションを行う。T.Kaabach eら、Anal.Biochem.232:225−230(1995)参照。C.RNase消化 RNaseAおよびRNaseT1の溶液を用いて、30分間37℃で、Di rect ProtectTMプロトコール当 たりとしてプローブにハイブリダイズしていないRNAをその反応液から除去し 、続いてサルコシンナトリウムの存在下でProteinase−K消化によっ てRNaseを除去する。その後、同量のイソプロパノールを添加することによ って、消化から保護したハイブリダイズされた断片を沈殿させ、そして−70℃ で3時間放置する。12000×g、20分で沈殿物を遠心により収集する。D.断片分析 沈殿物を変性染料負荷ゲル(80%ホルムアミド、10mMEDTA(pH8 .0)、1mg/mlキシレンシアノール、1mg/mlブロモフェノールブル ー)中に溶解させ、熱で変性させ、6%ポリアクリルアミドTBE、8M尿素変 性ゲルで電気泳動させる。ゲルを映像化し、STORMTM保存リン光オートラジ オフラフイ系(Molecular Dynamics、Sunnyvale、 CA)を用いて分析する。フェムトグラムズ(fg)で発現された保護断片のバ ンドの定量は、正の対照センス鎖(セクションB、前出参照)の公知希釈物から 得られるものと試験試料から得られたピーク領域を比較することによって達成さ れる。結果は、LU105RNAの分子/細胞で、 イメージ比スコアーとして表示される。非アイソトープ標識が用いられた場合、 ハイブリッドは、ブロッティングによってゲルから膜(ナイロン又はニトロセル ロース)へ移し、ついでストレプトアビジンアルカリホスファターゼコンジュゲ ート及び化学発光又は化学蛍光試薬を用いた検出装置を使用して分析した。 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6 、及びそれらの断片又は相補物からなる群から選択される配列に対応する高いレ ベルのmRNAの発現は、LU105mRNAの存在を示し、これは例えば肺ガ ンのような肺組織の疾患叉は状態の診断を示唆している。実施例5 ノーザンブロット アガロースゲル電気泳動と核酸ハイブリダイゼーションを利用したノーザンブ ロットを用いてRNA複合集団中にある特定の大きさのRNA種を同定した。要 約すると、総RNA5−10μg(実施例3、核酸調製参照)を40mMモルフ ィリノプロパンスルフォン酸(MOPS)(pH7.0)、10mM酢酸ナトリ ウム、1mMEDTA、2.2Mフォルムアルデヒド、50%v/vのフォルム アミドを含む溶液15μl中で15分間、65℃で反応させた。変性RNAを2 μlの負荷緩衝液 (50%グリセロール、1mMEDTA、0.4%ブロモフェノールブルー、0 .4%キシレンシアノール)に混合してから、40mMMOPS(pH7.0) 、10mM酢酸ナトリウム、1mMEDTAと2.2Mフォルムアルデヒドを含 む変性1%アガロースゲルに負荷した。ゲルに60Vで1.5時間電気泳動して から、0.5μg/mlのエチジウムブロマイドで1時間染色し、RNA分解酵 素を含まない水で30−45分間濯いだ。下方向アルカリ毛管移転法(Chom czynski,Anal.Biochem,201;134−139,199 2)を用いて、RNAをゲルからナイロン膜(Brightstar−Plus 、Ambion、Inc.,Austin.TX)に1.5時間の間移した。フ ィルターを1XSSCで濯いでから、RNAをStratalinker(St ratagene,Inc.,LaJolla,CA)を用いてオートクロスリ ンキングモードでフィルターに架橋させ、15分間乾燥した。次いでこの膜を前 もって加熱しておいたプレハイブリダイゼーション液(5XSSC,50%フォ ルアミド、5X Denhardt液、100μg/mlの変性サケ精子DNA )の20mlを含むハイブリダイゼーションチューブに入れ、42℃のハイブリ ダイゼーションオーブン中で少なくとも3時間反応させた。ブロットをプレハイ ブリダイズする一方で、32P標識ランダムプライプローブを、製造業者(Gib co−BRL,Grand Island,NY)の指示に従い、LU105挿 入物を用いて作成した。できたプローブの半分を10分間煮沸してから、氷上で 急冷しハイブリダイゼーションチューブに加えた。ハイブリダイゼーションは4 2℃で少なくとも12時間行った。ハイブリダイゼーション液を捨て、フィルタ ーを30mlの3XSSC,0.1%SDS中42℃で15分間2回洗浄し、次 いで30ml 3XSSC、0.1% SDS中で60℃、15分間2回洗浄を 行った。それからフィルターをサランラップで覆い、KodakXAR−Oma tフィルムに8−120時間感光させ、その後フィルムを現像し、解析した。 肺組織と非肺組織を含むノーザンブロットへのLU105ハイブリダイゼーシ ョンの分析結果を図3AとBに示す。これらはエチジウムブロマイド(EtBr )染色RNAゲルとLU105ノーザンブロツトとを含んでいる。RNAサイズ 標準(kbで)の位置は各パネルの左に示した。図3Aに示されているように、 LU105プローブは、肺試料(レーン6)及び乳房試料(レ ーン2)中の約0.5kbRNAを検出したが、その他の10の非肺RNA試料 (レーン1、3、4及び7−12)中のどれにも検出しなかった。図3Bにおい て、LU105プローブは、5つの正常肺標本のうち4つにおいて、及び5つの 肺ガン標本のうち4つにおいて、約0.5kbRNAを検出した(レーン6及び 10におけるRNAはひどく分解していたので、これらの標本は考慮されなかっ た)。 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6 、およびその断片もしくは相補配列よりなるグループから選択される配列に相当 するmRNAの発現は、例えば肺ガンのような肺組織疾患もしくは状態の診断を 示唆する。実施例6:ドットブロット/スロットブロット ドットブロット及びスロットブロット検定は核酸の混合物中の特定核酸配列の 存在を素早く見いだす方法である。そのような検定を実施するためには、50μ gまでのRNAを50μlの50%フォルムアミド、7%フォルムアルデヒド、 1XSSC液に混合し、68℃で15分間反応させ、それから氷上にて冷却する 。その後100μlの20XSSCをRNA混合液に加え、真空下に調製済みニ トロセルール膜もしくはナイロン 膜を有するマニフォールド装置にかける。この膜を水、20XSSCに1時間浸 し、20XSSCでしめらせておいた2枚のWhatman#3濾紙の上に載せ 、スロットブロットもしくはドツトブロット真空マニフォールド装置にかける。 スロットブロットについては前記実施例4で調製した標識化したプローブを用い て解析した。配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、 配列番号6、およびその断片もしくは相補配列よりなるグループから選択される 配列に相当するmRNAの検出は、LU105の存在を示しており、肺ガンの様 な肺組織疾患もしくは状態の診断を示唆する。 実施例5ならびに6記載の方法で使用できるその他の方法および緩衝液につい ては詳述しないが、当業者に公知であり、前出J.Sambrookらによって も記載されている。実施例7:原位置ハイブイリダイゼーション 本方法は、検出可能な核酸ハイブリダイゼーションプローブを利用して、標的 特異的核酸配列の細胞内での存在を直接検出するのに有用である。 組織はパラフォルムアルデヒドもしくはグルタールアルデヒ ドの様な細胞内RNAを最大限保留する架橋固定剤を用いて調製する。L.An gereら,Methods in Cell Biol.35:37−71( 1991)参照。要約すると、組織をその容積の5倍量より多くの50mMリン 酸ナトリウム、pH7.5溶液1%グルタールアルデヒド中に4℃で30分間置 く。溶液を新しいグルタールアルデヒド溶液(50mMリン酸ナトリウム、pH 7.5溶液中1%グルタールアルデヒド)に交換してさらに30分固定する。こ の固定溶液はおよそ0.375%NaClの浸透圧にしなければならない。組織 を一度等張のNaCl溶液で洗いリン酸を取り除く。 次いで固定された組織を次のようにしてパラフィンに包埋する。組織を一連の 増加濃度のエタノール溶液、50%(2回)、70%(2回)、85%、90% 、それから100%(2回)によりそれぞれ15分間脱水する。次に、組織を室 温で20分間、2回キシレンに浸す。それから組織をキシレンとパラフィンの1 :1の混合液に20分間60℃に2回浸す。最後にパラフィンに3回、それぞれ 15分間浸す。 ついで標準的なミクロトームを用いて組織を5μmの厚さに切断し、前もって 3−アミノプロピルトリエトキシレンの様な 組織接着剤で処理しておいたスライド上にのせる。 10分間キシレンに浸してパラフィンを取り除いてから一連の減少濃度のエタ ノール99%2回、95%、85%、70%、50%、30%そして蒸留水に2 回浸して水和する。切片を0.2M HClで10分間前処理してから2μg/ mlのProteinase−Kを用いて37℃で15分間透過性にする。 LU105遺伝子プラスミドから転写した標識されたリボプローブ(実施例4 参照)を前もって調製しておいた組織切片にハイブリダイズさせ、3×標準生理 食塩水の抽出物と50%フォルムアミド中に56℃で一晩インキュベートする。 過剰のプローブは2×標準食塩水クエン酸と50%フォルムアミドで洗浄して取 り除いた後、これに100μg/mlのRNaseAで37℃で30分間消化す る。蛍光プローブを顕微鏡下で紫外(UV)光を照射して発光させ可視化する。 細胞質中にある蛍光はLU105mRNAの存在を示す。または、切片はオート ラジオグラフィーを用いて可視化することができる。実施例8:逆転写PCR A 1段階RT−PCR検定 前記記載の標的配列を当分野で公知の逆転写PCRにより検出するために、標 的に特異的なプライマーを設計する。1段階RT−PCRはRTとPCRを1つ の反応混合液中で実施する一連の手順である。この手順は50mMの(N,N, −ビス[2−ヒドロキシエチル]グリシン)、pH8.15、81.7mMのK OAc、33.33mMのKOH、0.01mg/mlのウシ血清アルブミン、 0.1mMのエチレンジアミンテトラ酢酸、0.02mg/mlのNaN3、8 %w/vのグリセロール、150μMの各dNTP、0.25μMの各プライマ ー、5UのrThポリメラーゼ、3.24mMのMn(OAc)2と5μlの標 的RNA(実施例3参照)を含む200μlの反応混合液内で行う。RNAとr Thポリメラーゼ酵素はMn(OAc)2の存在下では不安定であるため、Mn (OAc)2は標的RNAを加える直前に添加しなければならない。cDNA合 成と温度サイクルの最適条件は当業者により容易に決定することができる。反応 液はPerkin Elmer社のThermal Cycler480を用い て行なう。cDNA 合成と温度サイクルの最適条件は当業者により容易に決定することができる。有 効と考えられる条件の一つは、60−70℃で15分から45分間のcDNAを 合成、94℃、1分;55−70℃、1分;72℃、2分の増幅サイクルを30 −45回繰り返すものである。1段階RT−PCRは、Taqポリメラーゼと、 MMLVもしくはAMVのRT酵素の様な逆転写酵素との二重酵素手順を利用し ても実施できる。B.従来型RT−PCR K.Q.Huら,Virology 181:721−726(1991)記 載の従来の2段階RT−PCR反応を実施した。要約すると、抽出したmRNA (実施例3参照)0.5μgを、1XのPCRII緩衝液(Perkin−El mer)、5mMのMgCl2、1mMのdNTP、20UのRNasin、2 .5μMのランダムヘキサマー、ならびに50UのMMLV(Moloney murine leukemia virus)逆転写酵素(RT)を含む反応 混合液20μl中で逆転写した。逆転写は、PE−480サーマルサイクラーを 用いて室温で10分、その後42℃で60分行い、さらに95℃で5分間イ ンキュベートしてRTを失活させた。PCRは、2μlのcDNAを用いて10 mMトリス−HCl(pH8.3)、50mMKCl、1.5mMMgCl2、 200μMdNTP、配列番号15および16記載のセンスおよびアンチセンス プライマーをそれぞれ0.4μMと2.5UのTaqポリメラーゼを含む最終容 量50μlのPRC反応液中で行った。反応はMJ Research Mod el PTC−200を用いて以下の様に実施した。94℃で2分間の変性、つ いで増幅サイクル(94℃、45秒、55℃、45秒、72℃、2分)を35回 、最終伸長反応(72℃、5分)、そして4℃での浸漬。C.PCR断片の解析 ゲル電気泳動によるサイズの決定により正しい産物を確認した。ゲルを15分 間エチジウムブロマイド(TBE緩衝液中0.5μg/ml)で染色し、10分 間水中で脱染色した後、UV照明によってこれを視覚化した。図4はエチジウム ブロマイド染色アガロースゲルの走査を示す。特にレーン1は、MWマーカーセ ットを示し、レーン2は胎盤DNAマイナス対照であり、レーン3及び4は、正 常な肺組織RNAからの307bpアンプリコンを示し、レーン5−9は、次の ような前立腺組織RNAから のLU105特異的アンプリコンの存在を示す:レーン5および7(前立腺ガン 組織);レーン6(正常な前立腺組織);およびレーン8および9(BPH前立 腺組織)。染色ゲルの観察に基づいた場合、307bpアンプリコンは、2つの 正常な乳房組織(レーン10および11)から得られたRNAから生じる反応に おいて観察されたが、3つのその他の乳房組織[レーン12(正常な乳房)、レ ーン13(乳ガン)、及びレーン14(乳ガン)]のRNAから生じる反応にお いては観察されなかった。さらには試験を行なった5つの結腸組織[(レーン1 5および17、正常な結腸);(レーン16、18及び19、結腸ガン)]のR NAから生じる反応において307bpアンプリコンの証拠はなかった。レーン 16(結腸ガン)は、2つの高いMW拡散バンドに加えて350bpアンプリコ ン産物を示した。これらのデータはRNA組織標本におけるDNAの存在をしう る。実施例9:OH−PCR A.プローブ選択と標識 前述の標的配列をオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションPCRによって 検出するために、標的特異的プライマーおよび プローブを設計する。1992年6月25日公開の国際公開番号WO92/10 505ならびに1992年7月9日公開のWO92/11388はそれぞれオリ ゴヌクレオチドを5’末端および3’末端で標識するための方法を教示している 。オリゴヌクレオチドを標識するための既知の方法の一つによって、標識−蛍光 アミダイド試薬を調製し、これを用いてオリゴヌクレオチド合成時に標識を付加 する。例えば、N.T.Thoungら,Tet,Letters 29(46 ):5905−5908(1988);もしくはJ.S.Cohenらの公開さ れた米国特許出願第07/246.688(NTIS ORDER No.PA T−APPL−7−246,688)(1989)を参照のこと。プローブはそ の3’末端を標識し、それによってPCRに関与することを防ぎ、さらに不要の 伸長産物ができることを防ぐことが好ましい。1段階OH−PCRではプローブ はTMがプライマーのTMよりも少なくとも15℃より低くなければならない。プ ライマーとプローブは、検出可能な標識の有無に関わらず当業者公知の標準的な 蛍光アミダイド化学および/または合成後標識法を用いて、特異的結合員として 使用される。B.1段階オリゴハイブリダイゼーションPCR 50mM(N,N,−ビス[2−ヒドロキシエチル]グリシン)、pH8.1 5、81.7mMのKOAc、33.33mMのKOH、0.01mg/mlの ウシ血清アルブミン、0.1mMエチレンジアミンテトラ酢酸、0.02mg/ mlのNaN3、8%w/vのグリセロール、150μMの各dNTP、0.2 5μMの各プライマー、3.75nMのプローブ、5UのrThポリメラーゼ、 3.25mMのMn(0Ac)2、及び5μl血液当量の標的配列(実施例3参 照)を含む200μlの反応液について、OH−PCRを行う。RNAとrTh ポリメラーゼ酵素はMn(OAc)2の存在下では不安定であるため、Mn(O Ac)2は標的を加える直前に添加しなければならない。反応液はPerkin Elmer社のThermal Cycler480中でインキュベートする。 cDNA合成と温度サイクルの最適条件は当業者により容易に決定することがで きる。有効と考えられる条件は、cDNA合成(60℃、30分)、30−45 増幅サイクル(94℃)40秒;55℃−70℃、60秒)、オリゴーハイブリ ダイゼーション(97℃、5分;15℃、5分;15℃浸漬)である。正しい反 応産物は、 PCR産物の少なくとも一方の鎖と内部にハイブリダイズしたプローブとを含ん でいる。C.OH−PCR産物解析 増幅反応産物はLCx(R)解析システム(Abbott Laborator ies,Abbott Park,TL)を用いて検出する。要約すると、正し い反応産物を、抗体で標識した微粒子を用いて、PCR産物鎖もしくはハイブリ ダイゼーションプローブのいずれかで捕捉しうる部位で捕捉し、その複合体を、 プローブの検出可能部位もしくはPCR鎖のいずれかと抗体との検出可能なコン ジュゲートの結合によって検出する。内側プローブとハイブリダイズしたPCR 鎖を含む複合体だけが検出できる。この複合体が検出されることはLU105m RNAの存在を示しており、肺ガンの様な肺疾患あるいは状態と診断されること を示している。 当業者により使用でき、および/または改変可能な増幅もしくは非増幅LU1 05由来核酸配列の存在を検出できる、その他の多くの方式があり、ライゲース 鎖反応(LCR、Abbott Laboratories,Abbott P ark,IL);Q−βレプリカーゼ(Gene−TrakTM、Napervi lle, Illinois)、分枝鎖反応(Chiron,Emeryville,CA )や鎖置換法(Becton Dickinson,Research Tri angle Park,NC)があるが、これらに限定されるものではない。実施例10:合成ペプチド製造 合成ペプチドは、LU105ポリベプチド共通配列について推測されるアミノ 酸配列をモデルとし、従ってこれに基づいて調製された(実施例1参照)。特に 配列番号19から誘導されるいくつかのLU105ペプチドを調製した。これに は、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、および配列番 号24のペプチドが含まれる。全てのペプチドはSymphony Pepti de Synthesizer(Rainin Instrument Co. Emeryville CA)を用いて、Fmoc化学、標準サイクル、in situ HBTU活性により合成された。開裂と脱保護条件は以下の通りであ る:2.5mlの切り出し試薬(77.5%v/vトリフルオロ酢酸、15%v /vエタノールジエチオール、2.5%v/v水、5%v/vチオアニソール、 1−2%w/vフェノール)を樹脂に加え、室温で2−4時間攪拌した。それか ら濾 過液を除去し、開裂試薬から冷やしたジエチルエーテルを用いてペプチドを沈殿 させた。各ペプチドを濾過し、水/アセトニトリル/0.1%TFA勾配を用い た逆相調製用HPLCにより精製し、凍結乾燥した。産物は分光測定法で確認し た(実施例12参照)。 精製したペプチドはグルタルアルデヒドを用いてキーホールかさがき貝へモシ アニンに結合してから補助剤と混合し動物に注射した(実施例14参照)実施例11a:プラスミド577を用いた細胞株でのタンパク質発現 A.LU105発現プラスミドの構築 1995年6月7日出願の米国特許出願第08/478,073号記載のプラ スミド577を永久細胞株中での分泌抗原の発現用に構築した。このプラスミド は以下のDNAセグメントを含んでいる:(a)β−ラクタマーゼとDNA複製 開始点を含むpBR322の2.3Kb断片;(b)HSV−1チミジンキナー ゼプロモーターとポリA付加シグナルの制御下にネオマイシン耐性を発現する1 .8Kbのカセット;(c)SV−40プロモーターとポリA付加の制御下にシ グナルジヒド ロ葉酸還元酵素遺伝子を発現する1.9Kbのカセット;(d)Simianウ イルス40T−Agプロモーターと転写エンハンサー、ポリA付加シグナルを提 供するヘルペスシンプレックス−1(HSV−1)が続くB型肝炎ウイルス表面 抗原(HBsAg)エンハンサーIの制御下に、改変されたC型肝炎ウイルス( HCV)E2タンパク質と融合させたウサギ免疫グロブリン重鎖シグナル配列を 発現する3.5Kbのカセット;ならびに(e)プラスミド中で機能しないSi mianウイルス40遺伝子の後期遺伝子域の残りの0.7Kbの断片である。 ベクターのセグメントの全ては分子生物学の当業者に公知の通常の方法で組み立 てた。 分泌型のLU105タンパクの発現用プラスミドはプラスミド577中のC型 肝炎ウイルスE2タンパクコード配列を、次の方法によって配列番号1、配列番 号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、ならびにそれらの断 片もしくはその相補性配列からなるグループより選択されたLU105ポリヌク レオチド配列で交換し作製する。プラスミド577をXbaIで消化することで C型肝炎ウイルスE2遺伝子断片を放出させる。得られたプラスミド骨格にはL U105cDNA 挿入体をウサギ免疫グロブリン重鎖シグナル配列の下流域に挿入することが可能 であり、これによって細胞の分泌経路を利用したタンパク発現かできるようにな る。LU105cDNA断片は通常の方法によるPCRを利用して作製する。セ ンスPCRプライマー配列内に、XbaI部位がコードされ、シグナルプロテア ーゼプロセッシングし、分泌を効率的、最終産物を培養液中で安定化を促進する アミノ酸配列Ser−Asn−Glu−Leu(“SNEL”)をコードする1 2ヌクレオチドが続いている。プライマーは、この12ヌクレオチド配列に続い て、LU105遺伝子のアミノ酸をコードする鋳型配列に相補的なヌクレオチド を含んでいる。アンチセンスプライマーには停止コドンの直前位置に次の8アミ ノ酸をコードする配列が取り込まれている:Asp−Tyr−Lys−Asp− Asp−Asp−Asp−Lys(配列番号24)。該配列中には解析を助けL U105タンパク産物の精製に役立つ認識部位が取り込まれている。認識部位( “FLAG”と命名されている)は市販の抗FLAG M2と命名されたモノク ローナル抗体(Eastman Kodak,Co.,New Haven、C T)によって認識され、他の同様の配列とそれに対する抗体 と同様に利用することができる。例えばPCRをPrkin−Elmer−Ce tusより得たGneAmp試薬を用いて、製造業者の指示に従い実施する。P CRプライマーは最終濃度0.5μMで使用し、PCRは100μlの反応液中 でLU105プラスミドの鋳型を用いて、35サイクル(94℃、30秒;55 ℃、30秒;72℃、90秒)後72℃、10分間の伸長反応を行い実施する。B.ジヒドロ葉酸還元酵素欠損チャイニーズハムスター卵巣細胞の形質移入 前出のプラスミドをCHO/dhfr細胞(DXB−111、Uriacio ら,PNAS77:4451−4466(1980))に形質移入する。これらの 細胞はA.T.C.C.,12301 Parklawn Drive、Roc kville、MD 20852より受託番号CRL9096として入手できる 。形質移入はP.L.Felgnerら.,PNAS84:7413−7417 (1987)記載の陽イオン性リポソーム介在法を用いて行う。特にCHO/d hfr−細胞は10%の胎児ウシ血清、L−グルタミン(1mM)を加えたHa mのF−12培地で培養し、フラスコ当たり5−8×105細胞の密度でフラス コに新たに播く。細胞を形質移入のために60から80%の周密状態まで増殖さ せる。20マイクログラム(20μg)のプラスミドDNAを1.5mlのOp ti−MEMI培地に加え、100μlのリポフェクチン試薬(Gibco−B RL;Grand Island,NY)を別のoPti−MEMI培地1.5 mlに加える。2つの溶液を混合し、室温で20分間インキュベートする。培地 を細胞から除いてから、5mlのOpti−MEMI培地で3回濯ぐ。それから Opti−MEMI−リポフェクション−プラスミドDNA溶液を細胞に上層す る。細胞は37℃で3時間インキュベートし、その後選別24時間前に一度Op ti−MEMI−リポフェクチン−DNA溶液を交換する。C:選別と増幅 形質移入1日後、細胞を1:3に継代してからdhfr/G418選択培地( 以下「F−12マイナス培地G」という)で培養する。選択培地はHamのF−1 2にL−グルタミンを添加し、ヒポキサンチン、チミジン、ならびにグリシンを 除き(JRH Biosciences.Lenexa,Kansas)これに 1ml当たり300μgのG418(Gibco−BRL:Grand Island,NY)を添加したものである。培地容積対面積比は25cm2当 たり5mlを維持した。およそ2週後にDHFR/G418細胞を増殖させ継代 させ、F−12マイナス培地Gで継続して維持する。 形質移入した各LU105cDNA配列はメトトレキセートを用いた2段階の DHFR+、G418+細胞の段階的選別を用いて増幅する(R.Schimke 、Cell 37:705−713(1984)参照)。細胞を150nMのメ トトレキセート(MTX)(Sigma、St Louis,MO)を含むF− 12マイナス培地Gで耐性コロニーがあらわれるまでおよそ2週間培養する。さ らに150nM濃度に適合した細胞から5μMのMTXで選別をかけて遺伝子増 幅を達成する。D.抗原産生 5μMのMTXを添加したF−12マイナス培地Gを集密単層のすぐ上に5% CO2下、37℃で12−24時間重層する。増殖培地を取り除いてから細胞を ダルベッコのリン酸緩衝化生理食塩水(PBS)(カルシウムとマグネシウム添 加)(Gibco−BRL;Grand Island,NY)で 3回濯ぎ、残っている培地/血清を取り除く。それから細胞をVASカスタム培 地(フェノールレッド抜きのHEPES添加L−グルタミンを加えたVASカス タム培地、JRH Bioscience;Lenexa,KSより入手可能, 製品番号52−08678P)で5%CO2下、37℃で1時間インキュベート した。その後産生を目的に、細胞にTフラスコ当たり5mlの割合でVASを重 層した。培養7日後に培地を取り除き、そのまま維持し、収穫2、3、ならびに 4と共に精製するときまで凍結する。さらに3回7日ごとに収穫するために、単 層にVASを重層する。E.肺組織遺伝子LU105抗原発現の解析 LU105タンパクを発現している細胞より得たVAS上清の一部を、当業者 公知の通常の方法と試薬を用いたSDS−ポリアクリルアミドゲル電気泳動(S DS−PAGE)(Laemmli不連続ゲル)もしくは質量分光測定法を利用し て解析する。F.精製 抗FLAGM2モノクローナル抗体をヒドラジン結合を利用してアガロースに 共有結合させた親和性マトリックス(Eastman Kodak Co.,N ew Haven、CT)を用いた免 疫アイフィニティークロマトグラフィーを利用してFLAG配列を含むLU10 5タンパクを精製する。親和性精製する前に、ローラーボトルから集めたVAS 培地中に貯めたタンパクをセファデックスG−25(PharmaciaBio tech Inc.,Uppsala,Sweden)カラムを用いて50mM トリス−HCl(pH7.5)、150mM NaCl緩衝液に交換する。こ の緩衝液中のタンパクを抗FLAG M2抗体親和性カラムにかける。50mM トリス−HCl(pH7.5)、150mM NaCl緩衝液でカラムを洗浄 することにより結合しなかったタンパクを溶出する。結合したタンパクは過剰の FLAGペプチドを含む50mM トリス−HCl(pH7.5)、150mM NaClを用いて溶出する。過剰のFLAGペプチドはゲル電気泳動もしくは HPLCにより精製LU105タンパクから取り除くことができる。 本実施例ではプラスミド577を用いているが、CMVの様なその他の同等の 発現系についても、使用する試薬および/または方法を適当に改変することで利 用可能であり、当分野の通常の技術の範囲である。 LU105遺伝子のコード域を含む最も大きなクローン化挿 入体を(i)タンパク発現および検出に役立つ遺伝子、例えばサイトメガロウイ ルス(CMV)プロモーターおよび/またはタンパク融合可能配列を含む真核生 物発現ベクター、もしくは(ii)スーパーオキサイドージスムターゼ(SOD )とCMP−KDO合成酵素(CKS)あるいはその他のタンパク配列の発現用 タンパク融合遺伝子を含む細菌発現系の中にサブクローニングする。SODの融 合配列を含むポリペプチドの産生に有用な方法とベクターは1986年10月1 日公開のEPO 0196056に記述されており、またCKSの融合配列を含 む例については1989年9月13日公開のEPO公開番号0331961に記 載されている。このように精製されたタンパクは、動物の免疫研究に限定される ことなく、固相免疫測定法等の様々な技術に利用することかできる。実施例11b:pcDNA3.1/Myc−Hisを用いた細胞株でのタンパク 発現 A.LU105発現プラスミドの構築 プラスミドpcDNA3.1/Myc−His(カタログ番号V855−20 、Tnvitrogen,Carlsbad,CA)を各種ほ乳動物細胞株によ る分泌型抗原の発現用に開発 した。発現されたタンパク挿入体はmyc−hisペプチドタッグと融合してい る。myc−hisタッグ(配列番号26)はc−myc発ガンタンパクエピト ープとポリヒスチジンより構成されており、抗mycもしくは抗his親和性カ ラムもしくはメタロプロテイン結合カラムを利用した発現した融合タンパクの精 製に有用である。 分泌可能なLU105タンパクの発現用プラスミドはクローン1327836 IHより得た完全長LU105ポリヌクレオチド配列(配列番号6)をpcDN A3.1/Myc−Hisベクターに挿入して構築された。(このプラスミドは PC 1327836M/Hと呼ばれるものである。)PC1327836M/ Hを構築する前に、LU105cDNA配列をまず次のようにpCR−平滑ベク ター内にクローン化する。LU105cDNA断片は、製造業者の指示に従って 、Stratagne社(La Jolla,CA)の試薬を用いた標準的方法 を使用するPCRにより生成した。PCRプラマーは最終濃度0.5Mで使用し た。pfuポリメラーゼ(Stragagene La Jolla,CA)を5 U用いたPCRを、LU105プラスミドを鋳型(実施例2参照)とし50μlの 反応液中で30サイクル(94℃、 1分:65℃、1.5分;72℃、3分、72℃、10分)行った。センスPC Rプライマー配列、5’CCCAGTCACGACGTTGTAAAACG−3 ’(配列番号17)は、pINCYベクターにおけるLU105挿入部位のすぐ 上流に見られるものと同一である。アンチセンスPCRプライマ−5’−GCG GCCGCCGCCAAACACTGTCAGG−3’(配列番号18)は5’ NotI制限配列と3’−最、枠内停止コドンの直上流にLU105cDNAの 3’末端に相補的な配列を含んでいる。得られた平滑端PCR産物5マイクロリ ッター(5μl)を直鎖状にしたpCR−平滑ベクター(Invitrogen ,Carlsbad,CA)25ng内に連結し、ベクターの致死ccdB遺伝 子を破壊した。得られた連結ベクターをOne ShotTM形質転換キット(I nvitrogen,Carlsbad,CA)を用い、製造業者の指示に従い TOP10大腸菌細胞(Invitrogen,Carlsbad,CA)内に 形質転換した。形質転換細胞をLB−Kanブロス(50μg/mlカナマイシ ン)選択プレート上で37℃で増殖させた。形質転換後に、破壊されたccdB 遺伝子をもったプラスミドを含む細胞だけが増殖する(Grant,PNAS 87;4645 −4649(1990))。形質転換されたコロニーを選び出し、3mlのLB −Kanブロス内で、37℃で増殖させた。プラスミドDNAをQIAprep(R) (Qiagen Inc.,Santa Clarita,CA)を製造業 者の指示に従い単離した。DNAをEcoRIとNotI制限酵素を用いて消化 し、LU105挿入断片を放出した。この断片を ME)/0.5μg/mlエチジウムブロマイド/TEゲルで電気泳動し、紫外 光照射により可視化後、取り出し、製造業者の指示に従いQIAquickTM方 法(Qiagen Inc.,Samta Clarita,CA)を用いて精 製した。 pcDNA3.1/Myc−HisプラスミドDNAをEcoRIとNOtI で消化した。これらの部位は、プラスミドベクターののポリリンカー域内に存在 する。精製LU105断片をCMVプロモーター下流に上記プラスミドDNA骨 格を連結し、DH5TM細胞(GibcoBRL、Gaithersburg,M d)内に製造業者の指示に従い形質転換した。要約すると、10ngのLU10 5挿入体を含むpcDNA3.1/Myc−Hisを50μlの反応能を持つD NAalpfa細胞に加え、成分をゆ っくりと混合した。この混合液を氷上で30分間反応させてから、37℃の温度 ショックを20秒間加え、さらに2分間氷上に置いた。0.95mlのLB培地 を加えてから混合液を37℃で1時間225rpmで攪拌しながら培養した。そ の後、形質転換した細胞を100mmLB/アンピシリン(50μg/ml)プ レート上に播いて、37℃で増殖させた。コロニーを採取し3mlのLB/アン ピシリンブロス中で増殖させた。プラスミドDNAはQIAprepキット(Q iagen・Inc.,Ssnta Clarita,CA)で精製した。挿入 体の存在は制限酵素消化とゲル分析により確認した(J.Sambrookら. ,前出)B.ヒト胚腎臓細胞293細胞の形質移入 前出Aに記載したLU105発現プラスミドをLB/アンピシリン寒天上に播 かれたDH5alpha細胞内に形質転換し、上記10mlのLB/アンピシリ ンブロス内で増殖した。プラスミドはQIAfilterTMMaxiキット(Q iagen,Chatsworth,CA)を用いて精製し、特にHEK293 細胞内に形質移入した(F.L.Grahamら.,J.Gen.Vir.36 :59−72(1977))。これらの細胞はA. T.C.C.,12301 Parklawn Drive、Rockvill e,MD20852より受託番号CRL1573で入手できる。形質移入はP. Hawley−Nelsonら.,Focus 15.73(1993)記載の 陽イオン性リポフェクタミン介在法を用いて行った。HEK293細胞を10% のウシ胎児血清(FBS)、L−グルタミン(2mM)が添加されたDMEM培 地10ml中で培養し、プレート当たり7×106細胞の密度で100mm径の 培養プレートに播いた。細胞は形質移入するために37℃で70%から80%の 間の集密度まで増殖させた。プラスミドDNA8マイクログラム(8μg) Grand Island,NY)に加え、48μlのリポフェクタミンTM試薬 (Gibco−BRL、Grand Island,NY)を別の800μlの OPti−MEMI溶媒に加えた。この二つの液を混合し室温で15−30分間 インキュベートした。細胞から培地を取り除いてから10mlの無血清DMEM で一度洗浄した。Opti−MEMIリポフェクタミンプラスミドDNA液を6 .4mlの無血清DMEMで希釈してから細胞上に重層した。細胞を5時間37 ℃でインキ ュベートしてから、20%FBS添加DMEM8mlをさらに加える。18−2 4時間後、古い培地を吸引してから、細胞の上に新鮮な5%FBSを添加したD MEM5mlを重層した。形質移入後72時間目に上清と細胞抽出物についてL U105遺伝子活性を調べた。C.肺組織遺伝子LU105抗原発現の解析 前出培養上清を凍結チューブに移し、氷上に保管した。HEK293細胞を1 0mlの冷やしたダルベッコのPBS液で2回洗浄し、1.5mlのCAT溶解 緩衝液(Boehringer Mannheim,Indianapolis ,IN)を加えてから室温で30分間インキュベートして溶解し集めた。溶解物 を1.7mlのポリプロピレン製の微量遠心管に移し1000×gで10分間遠 心分離した。上清を新しい冷凍チューブに移しから氷上に保管した。細胞の上清 の一部とLU105タンパクを発現している細胞の溶解物の一部をとって、LU 105組換えタンパクの存在を解析した。 アリコートは当業者公知の通常の方法と試薬を用いたSDSポリアクリルアミ ドゲル電気泳動(SDS−PAGE)にかけた(J.Sambrookら)。S DS−PAGEについては、試 料を等容積の2×Tricine試料緩衝液(Novex,San Diege ,CA)と混合し、100℃で5分間加熱した。ついで試料を、電気泳動のため にNovex10−20%Precast Tricineゲルに加えた。電気 泳動に続いて、試料をゲルから、Novexトリス−グリシントランスファー緩 衝液中のニトロセルロース膜へ移した。ついでWestern Lights Plus又はWester Lightsウエスタンライツ検出キット(Tro pix,Bedford,MA)から提供される試薬および手順を用いて、抗m ycエピトープモノクローナル抗体(Invitrogen,Carlsbad ,CA)で膜をプローブした。基質は、基質緩衝液(Tropix,Bedfo rd,MA)中の5−ブロモ−4−クロロ−3−インドリルホスフェート(BC IP)(Sigma,St.Louis,MO)から構成されているものであっ た。バンドはニトロセルロース上のブルーの沈殿基質によって見ることができた 。 図5は、抗mycエピトープモノクローナル抗体を用いて、LU105プラス ミド、上記pc1327836−M/Hで形質移入されたHEK細胞の2つの培 養物に対して実施されたウ エスタンブロットの結果を示す。レーン1および10は、予め染色された分子量 マーカー(MultiMarkTM 多着色標準、Novex,San Die go、CA)である。レーン2、4、及び6は、それぞれ培養物A、培養物B、 およびマイナスの対照から採取された上澄み液である。レーン3、5、及び7は 、それぞれ培養物A、培養物B、およびマイナスの対照から採取された細胞溶解 物である。レーン8および9は、それぞれ40ngおよび4ngタンパク質負荷 されたプラスの対照である(myc標識組換えタンパク質、Invitroge n,Carlsbad,CA)。約10kDおよび12kDにおける2つのバン ドは、タンパク質サイズマーカーによって測定された場合(レーン1及び10) は、形質移入細胞(培養物AおよびB)において見られるが、マイナスの対照( 形質移入されていない細胞)には存在しなかった。D.精製 myc−his配列を含むLU105組換え体タンパクは、ポリヒスチジン残 基に特異的に結合するニッケル結合アガロー ステム(Invitrongen,Carlsbad,CA) により精製する。前記により調製した10×100mmプレートから上清を集め 、ニッケル結合カラムを通過させる。50mMトリス−HCl(pH7.5)/ 150mMNaCl緩衝液でカラムを洗浄して非結合タンパクを溶出し、myc −his融合タンパクだけを残す。それから過剰のイミダゾールあるいはヒスチ ジンもしくは低pH緩衝液を用いてカラムから結合したLU105組換えタンパ クを溶出する。または、組換えタンパクは、ヒドラジンもしくはその他の結合剤 によりアガロース樹脂に結合させた抗mycもしくは抗ヒスチジンモノクローナ ル抗体にタンパクのmyc−his配列を結合させてからそれぞれ過剰のmyc エピトープあるいはヒツチジンを用いて溶出しても精製できる。 精製された組換えタンパクはN−ヒドロキシサクシンイミド活性化セファロー スカラム(Pharmacia Biotech,Piscataway,NJ )のような固相に、製造業者の指示に従い操作することで共有結合させることが できる。LU105組換え体タンパクが共有結合したこれらのカラムを用いてウ サギやマウス血清から抗LU105抗体を精製することができる(実施例13お よび14参照)。E.LU105発現タンパクを用いたマイクロタイタープレートのコーティング 前出の様にして100mmプレートから得た上清を適当な容量のPBSで1: 3希釈した。それから得られた混合液をReactiBindTM金属キレートマ イクロタイタープレート(Pierce,Rockford,IL)の各ウエルに 100μlづつ加え、揺すりながら室温でインキュベートし、それから各ウエル を0.05%Tween20を含むPBS200μlで4回洗浄した。調製され たマイクロタイタープレートは、LU105抗体の有無についてポリクローナル 抗血清のスクリーニングに利用した。(実施例17参照)。 本実施例ではpcDNA3.1/myc−Hisを用いているが、試薬および /または方法に適当な改良を加えることで他の同等の発現系もここで利用できる ことは当業者に公知であり、当業者の通常の技術の範囲である。LU105遺伝 子のコード域を含む最も大きなクローン化挿入体を(i)タンパク発現および検 出に役立つ、例えばサイトメガロウイルス(CMV)プロモーターおよび/また はタンパク融合可能配列を含む真核生物発現ベクター、もしくは(ii)スーパ ーオキサイド−ジス ムターゼ(SOD)とCMP−KDO合成酵素(CKS)あるいはその他のタン パク配列の発現用タンパク融合遺伝子を含む細菌発現ベクターの中にサブクロー ニングする。SODの融合配列を含むポリペプチドの産生に有用な方法とベクタ ーは、1986年10月1日公開のEP0196056に記載されており、また CKSの融合配列を含むベクターについては1989年9月13日公開のEP0 331961に記載されている。この精製タンパクは、これらに限定されること はないが、動物の免疫研究、固相免疫測定法等の様々な技術に利用することがで きる。実施例12:肺組織タンパクの化学分析 A.MSを使用したのトリプシン消化ペプチド断片の分析 肺ガンの様な肺疾患を有する患者より得た血清ならびに肺疾患を持たない患者 の血清、肺ガンの様な肺疾患を有する患者の肺組織もしくは細胞の抽出物、肺疾 患を有しない患者から得た肺組織もしくは細胞の抽出物ならびに患者の非疾患器 官もしくはその他の疾患器官より得た組織もしくは細胞の抽出物を通常のポリア クリルアミドゲルで電気泳動し、クマシーブルーで染色する。未知のポリペプチ ドを含むと思われるゲル部分を切り 出し、ゲル内で還元し、アセトアミド化後トリプシン消化を行う。P.Jeno ら,Anal.Bio.224:451−455(1995)とJ.Rosen feldら、Anal.Bio203:173−179(1992)。ゲル切片 を100mMNH4HCO3とアセトニトリルで洗浄する。収縮したゲルを消化緩 衝液(50mMのNH4HCO3,5mMCaCl2と12.5μg/mlトリプ シン)中に4℃、45分放置して膨潤させる。上清を吸引し、かわりに5から1 0μlのトリプシンを除いた消化緩衝液を加え37℃で一晩インキュベートする 。5%の蟻酸とアセトニトリルを3回交換しながらペプチドを抽出し、蒸発して 乾燥させる。ペプチドを吸引型ガスクロマトグラフィーの毛管チューブの先端に 装着したおよそ0.1μlのPOROSR2吸着剤(Perseptive B iosystems,Framingham,Massachusetts)に 、10μlの5%蟻酸で溶解し、毛管に通すことにより、吸着する。吸着された ペプチドを水で洗浄してから5%の蟻酸を含む60%メタノール液で溶出する。 溶出液を直接APIIII質量分光測定法(Perkin−Elmer Scie x、Thornhill,Ontario,Canada)のスプレ ー型毛管に直接通し、ナノ−エレクトロスプレー質量分光測定法を用いて解析す る。M.Wilmら.,Int.J.Mass Spectrom,.Ion Process 136:167−180(1994)およびM.Wilmら. ,Anal.Chem,66:1−8(1994)。トリプシン消化ペプチドの マスは最初の4極子より得た質量分光測定法により決定する。予想されたペプチ ドに対応するマスはさらにMS/MSモードを用いて解析し、ペプチドのアミノ 酸配列を分析した。B.LC/MSを用いたペプチド断片分析 過形成性疾患組織に見られたmRNA配列より推測されるポリペプチドの有無 についても液体クロマトグラフィー/タンデム質量分光測定法(LC/MS/M S)を用いて確認できる。D.Hessら.,METHODS、A Compa nion to Mehtods in Enzymology 6:227−2 38(1994)。患者より得た血清試料あるいは癌抽出物をSDSで変性し、 ジチオスレイトール(1.5mg/ml)で90℃、30分間処理して還元して からヨードアセトアミド(4mg/ml)を25℃で15分間作用させてアリキ ル化す る。アクリルアミド電気泳動後ポリペプチドを陽イオン性膜上に電気ブロットし 、クマシーブルーで染色する。染色後、膜を洗浄し、未知ポリペプチドを含んで いると考えられる部分を切り出し、細断する。膜を500μlの微量遠心管に入 れてから10から20μlのタンパク分解消化緩衝液(0.1M NaCl、1 0%アセトニトリル、2mM CaCl2、および5μg/mlのトリプシンを 含む100mM トリス−HCl、pH8.2)(Sigma,St.Loui s,MO)に浸す。37℃15時間後、3μlの飽和尿素と1μlの100μg /mlのトリプシンを加えさらに37℃で5時間インキュベートする。10%ト リフルオロ酢酸を加え消化混合液を酸性化してから遠心分離し上清と膜を分離す る。上清を微小孔逆相HPLCカラムに直接かけて、アセトニトリル勾配をつけ た0.05%トリフルオロ酢酸液を用いて溶出する。試料の容積調整が必要な場 合にはストリームスプリッターを通してから溶出液をエレクトロスプレー質量分 光測定に直接注入する。データは実施例12のAに記載の方法に従い解析する。実施例13:遺伝子免疫手順 A.in vivo抗原発現 遺伝子免疫は適当な発現ベクターを接種した後にin vivoで抗原を直接 発現させることでタンパク精製段階を省略する方法である。またこの方法による 抗原産生ではタンパクがほ乳組織内で作られることから、正確なタンパクの折り 畳みとグリコシレーションが可能になる。本法は、CMVプロモーターを含むプ ラスミド内への遺伝子挿入、プラスミドの拡大、精製、ならびに動物の筋肉組織 内へのプラスミドDNAの注入を利用するものである。好ましい動物にはマウス とウサギがある。例えばH.Davisら.,Human Molecular Genetics 2:1847−1851(1993)を参照。1回あるいは 2回のブースター免疫化後、動物から採血、あるいは腹水を集めるか、あるいは 動物の脾臓を集めてハイブリドーマを作製する。B.プラスミド調製と精製 完全長LU105cDNA挿入体を、LU105cDNA含有クローン132 7836IHから、EcoRIとNotI制限酵素で消化して解放した。消化し たプラスミドDNAを1% ロマイド/TEゲル上で電気泳動し、紫外光照射して可視化した。挿入断片をゲ ルから切り出し、QIAquickTM法(Qiagen Inc.,Santa Clarita,CA)を利用して製造業者の指示に従って精製した。断片を EcoRI+NotIで消化したpcDNA3.1ベクターに連結し、DH5T M細胞内に形質転換した。プラスミドDNAはQiagenプラスミドDNA精 製カラム(Qiagen Inc.,Santa Clarita,CA)を用 いて細菌細胞溶解物から精製した。用いた全ての技術は分子生物分野の当業者に とって一般的なものである。C.免疫手順 麻酔をかけた(Penthrane,Abbott Laboratorie s)マウスに対して、各プラスミドDNA注射の5日前に、後脚の前脛骨筋内に 塩水中10mMのカルジオオキシン(Latoxan,France)100μ lの注射を行なった(0、35、および62日目)。ついでPBS中に希釈され た精製プラスミドDNAの1mg/ml溶液100マイクロリットル(100μ l)を、5、40、および67日 目に同じ前脛骨筋内に注射した。例えばH.Davisら.、Human Ge ne Therapy 4;733−740(1993);ならびにP.W.W olffら、Biotechniques 11:474−485(1991) 参照。D.抗血清の試験と使用 マウスから19、33、48、61、及び76日目に採血し、得られた血清に ついて既知の遺伝子配列(実施例16参照)を基に合成したペプチドを用いて、 及び/又はEIA法の使用によるmyc−hisペプチドtaqを含む、実施例 11bに記載されているLU105組換えタンパク、pc1327836−M/ Hを用いて抗体試験を実施した(実施例11b−Eおよび実施例17参照)。 本法で作製された抗血清は実施例15から18記載の様なELISAあるいは ウエスタンブロット法による患者組織中、あるいは細胞抽出物、もしくは患者血 清中の抗原検出に利用できる。実施例14:LU105に対する抗体の作製 A.ポリクローナル抗血清の作製.LU105に対する抗血清はLU105共 通配列(配列番号5)の推定アミノ酸配列に由来する配列を有するペプチドをウ サギに注射して調製した。ペプチドの合成(配列番号20−24)は実施例10 に記載した。免疫原として用いたペプチドは、以下述べる方法により、キャリア ーであるキーホールカサガイヘモシアニン(KLH)(配列番号10−24)に 結合した。(配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23および 配列番号24)。 1.ペプチド結合.ペプチドはマレイミドで活性化したカサガイヘモシアニン (KLH、Imjectとして市販されておりPierce Chemical Company、Rockford,ILより入手できる)に結合された。I mjec マレイミド基が含まれている。活性化されたKLHはリン酸で 緩衝化された生理食塩水(PBS,pH8.4)中に約7.7mg/mlの濃度 で溶解された。ペプチドはペプチド配列中のシステインで結合されたか、合成ペ プチドに結合部位を提供するために前もって加えられたシステインに結合された 。ペプチドはジメチルスルフォキサイド(DMSO、Sigma Chemic al Company、St.Louis,MO)に溶解し、KLH結合反応性 マレイミド1モル当たりペプチド1.5モルのモル比で活性化KLHと反応させ た。ペプチド(配列番号20)の結合方法は以下に記載する。これらの方法におけ る試薬量、時間、条件を該ペプチド結合に最適化する様に変更しうることは当業 者に公知である。 以下記載の結合反応は、約0.77μmoleの反応マレイミド基を含むKL Hペプチドコンジュゲート(「ペプチドコンジュゲート」)3mgを獲得すること を前提としたものである。このペプチドコンジュゲート量はウサギでポリクロー ナル抗体を作るための1回の初回注射と4回のブースター注射に利用できる量で ある。要約すると各ペプチド(配列番号20)をDMSO中に1.16μmol e/100μlDMSO濃度に溶解する。百マイクロリッター(100μl)の DMSO液を上 記の方法で調製した活性化KLH液380μlに加え、そして20μlPBS( pH8.4)を加えて合計量を500μlとする。この反応液を室温で攪拌しな がら一晩インキュベートする。反応の時間は反応液中の非反応チオールの量を測 定することで決めた。チオールの出発濃度と最終濃度の差は活性化KLHに結合 したペプチドの濃度と考えられる。残ったチオールの量はエルマン試薬(5,5 ’−ジチオビス(2−ニトロ安息香酸)、Pierce Chemical C ompany、Rockford,IL)を用いて測定した。システイン標準は 、塩酸システイン(Pierce Chemical Company、Roc kford,IL)35mgを10mlのPBS(pH7.2)に、0,0.1 ,0.5,2,5ならびに20mMの濃度で溶解し、所望の濃度に希釈して、調 製した。チオール濃度の分光光学的測定は、PBS(pH8.4) (Dynex Technologies,Chantilly,VA)の各ウ エルに加え、行った。次いで標準液あるいは反応混合液10μlを各ウエルに加 えた。最後にPBS(pH8.4)中1mg/mlの濃度のEllman試薬を 各ウエルに20μl づつ加える。ウエルを室温で10分間インキュベートし、そして全てのウエルの 吸光度をマイクロプレート測定器(BioRadモデル3550、BioRad ,Richmond,CA)を用いて415nmで測定した。標準物質の吸光度 から標準曲線を作製し、反応混合液のチオール濃度を標準曲線から決定した。遊 離型チオール濃度が減少することは、結合反応が成功したことを示していた。さ らに、マレイミド活性化KLHを添加する前と反応終了時に、ペプチド溶液中の 遊離型チオールを計算することで、各ペプチド−KLHコンジュゲートのペプチ ドモル/KLHモルの置換比を計算することができた。これらのペプチド置換は 、ペプチド54〜237モル/KLHモルであった。PBS(pH7.2)に対 して室温で6時間透析して未反応のペプチドを取り除いた。コンジュゲートを− 20℃又はそれ以下の温度で保存した。 2.動物への免疫 体重2kg以上の雌のニュージーランド白ウサギを用いて ポリクローナル抗血清を作製した。通常は、一匹のウサギを用いて非結合型ある いはペプチドコンジュゲート(配列番号20、配列番号21、配列番号22、配 列番号23および配列番号24、前記記載の方法で調製する)で免疫した。 最初の免疫の1週間前に、動物から血液の5から10mlを採取して非免疫採血 試料とした。 ペプチドコンジュゲート、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列 番号23、及び配列番号24が、0.5mlの完全フレンドアジュバント(CF A)(Difco,Detroit,MI)を含むPBS液(pH7.2)中2 mg/mlの濃度のコンジュゲート0.5mlを乳化することにより、初回免疫 原を調製するために使用された。該免疫原を動物の複数箇所に皮下、腹膜内、お よび/または筋肉から投与した。初回免疫から4週後に、ブースター免疫を投与 した。ブースター免疫投与に使用した免疫原は、ペプチドを0.5mlの不完全 フレンドアジュバント(IFA)(Difco、Detroit,MI)0.5 mlで1mg/mlの濃度に希釈した事以外は、初回免疫原に使用したものと同 一であるペプチドコンジュゲートの0.5mlを乳化することにより調製した。 それからまた皮下、腹腔内、ならびに筋肉内注射によりブースターを複数箇所に 投与した。ブースター免疫後2週目に動物より採血(5ml)し、得られた血清 について上記ペプチド及び/又はLU105組み換えタンパクに対する免疫反応 性を調べた。このブ ースターおよび採血スケジュールを適当な力価が得られるまで4週間隔で繰り返 した。抗血清の力価あるいは濃度は、以下に示す実施例17記載のマイクロタイ ターEIAにおける非コンジュゲートペプチドを用いて、及び金属キレートマイ クロタイタープレート(実施例11b−E参照)を用いたマイクロタイタープレ ートEIAにおけるmyc−hisペプチドtaq(pc1327836−M/ H)でのLU105組換えタンパクを用いて決定した。1:500以上の抗体力 価を示したものをその後の利用と解析に適したものを判定した。 B.モノクローナル抗体の作製 1.免疫化手順. マウスでのモノクローナル抗体作製に使用する非コンジュゲートあるいはコン ジュゲートペプチドの量をウサギのポリクローナル抗体を作製するときに利用し た量の1/10であること以外は、上記記載の方法と同様にして調製した免疫原 を用いてマウスを免疫する。即ち、初回免疫原は、0.1mlのCFA乳化物中 非コンジュゲートもしくはコンジュゲートペプチド100μgより構成される。 一方ブースター免疫に使用した免疫原は、0.1mlIFA中非コンジュゲート あるいはコンジュゲートペプチド50μgからなる。モノクローナル抗体作製の ためのハイブリドーマを通常の方法を用いて調製しスクリーニングする。モノク ローナル抗体開発に使用した方法はKohlerとMilstein、Natu re 256:494(1975)とJ.G.R.Hurrel,編集.,Mon oclonal Hybridoma Antibodies:Techniq ues and Applications 、CRC Press,Inc., Boca Raton,FL(1982)に詳細記載されている公知方法に従う 。Kohlerと Milstein法を基礎とした別のモノクローナル抗体作製法にはL.T.T immsら.,Virology176:604−619(1990)がある。 免疫計画は初回免疫と追加のブースター免疫から構成される。初回免疫に使用 した初回免疫原は50μlのCFAで前もって乳化したPBS(pH7.2)5 0μl中非コンジュゲートあるいはコンジュゲートペプチド100μg中からな る。ブースター免疫は、初回免疫後およそ2週間目と4週間目に行い、50μl のIFAで乳化したPBS(pH7.2)50μl中非コンジュゲートあるいは コンジュゲートペプチド50μgからなる。本免疫原の総量100μlをそれぞ れのマウスに腹腔内ならびに筋肉内投与される。個々のマウスについてその免疫 反応を、実施例17記載のマイクロタイタープレート酵素免疫検定(EIA)を 用いて3回目の免疫後およそ4週目に調べる。3回目の免疫後およそ15週目に 、PBS液(pH7.2)非コンジュゲートあるいはコンジュゲートペプチド5 0μgをマウスの静脈内、脾臓内、あるいは腹腔内に投与する。 静脈脈内ブースト後3日目に脾臓細胞を例えばSp2/0−1g14ミエロー マ細胞(Milstein Laboratories, England)にポリエチレングリコール(PEG)法を利用して融合する。 融合体を10%のウシ胎児血清(FCS)を含むIscoveの改良型ダルベッ コ培地(IMDM)に1%のヒポキサンチン、アミノプテリンとチミジン(HAT )を加えた培地内で培養する。実施例17に従いマイクロタイタープレートEI Aを用いて全培養物についてスクリーニングする。免疫原に使用したペプチドに 反応しその他のペプチド(すなわち、免疫原に利用しなかったLU105ペプチ ド)に対しては反応しないクローンを最終増殖のために選択する。この様にして 得たクローンを増殖させ、小分けしてから、10%FCSと10%ジメチルスル フォキサイドを含むIMDM中に凍結する。 2.モノクローナル抗体を含む腹水の産生 上記記載の如く調製した凍結ハイブリドーマ細胞を融解してから増幅培地中に プレートする。生育したハイブリドーマ細胞をプリスタン処理したマウスに腹腔 接種する。当該マウスより腹水を取り、集め、0.2μのフィルターで濾過して から免疫グロブリンクラスG(IgG)分析を行い、精製に必要なプロテインA の量を求める。 3.腹水からのモノクローナル抗体の精製 要約すると、濾過して融解した腹水に当量のプロティンAセファローズ結合緩 衝液(1.5Mグリシン、3.0M NaCl、pH8.9)を混合してから0 .2μのフィルターに通す。プトテインAカラムの容積は腹水中に存在するIg G量より決定する。溶出液をPBS(pH7.2)に対して2−8℃で一晩透析 する。透析したモノクローナル抗体を滅菌的に濾過してから小分けする。精製モ ノクローナル抗体の免疫反応性は、実施例17のEIAマイクロタイタープレー ト検定法を用い、免疫原に使用したペプチドへの抗体の特異的結合能によって確 認する。精製モノクローナル抗体の特異性は免疫原に使用していないLU105 ペプチドの様な無関係なペプチドに対する結合性を欠いているかを調べ確認する 。この様にして調製し、特性解析した精製抗LU105モノクローナル抗体は短 期の場合には2−8℃で、長期の場合には−80℃に保管する。 4.モノクローナル抗体の更なる特性化 上記により調製したモノクローナル抗体のイソタイプとサブタイプは、市販の キット(Amersham,Inc.,Arlington Heights, IL)を用いて決める ことができる。モノクローナル抗体の一部を2−8℃に連続保管し、一定時間毎 に光学密度(OD)を測定することでモノクローナル抗体の安定性試験も実施で きる。C.免疫原としての組換えタンパクの使用 本発明の範囲には、上記により調製した組換えタンパクを、必要な当業者公知 の試薬と方法の変更を行いポリクローナル抗体ならびにモノクローナル抗体作製 の免疫原に利用することも含まれている。実施例15:LU105ペプチドに特異的に結合する血清抗体の精製 実施例13および/または14に記載の方法で得た免疫血清は実施例10記載 の方法で調製した固定化した合成ペプチド、もしくは実施例11記載の方法で調 整した組み換えタンパクを用いて親和性精製される。粗血清を希釈しプロテイン Aカラム(Affi−Gelタンパク質A、Bio−Rad、Hercules ,CA)にかけて抗血清のIgG分画を得る。緩衝液(結合緩衝液、製造業者よ り供給)を用いて溶出することで免疫グロブリン以外のほとんど全てのタンパク が除去される。0.1Mの緩衝作用を持たせたグリシン(pH3)で溶出 することで実質的にアルブミンやその他の血清タンパクを含まない免疫グロブリ ンが調製できる。 免疫親和性クロマトグラフィーを行い、より特異的抗原結合性をもった抗体の 分画を調製する。抗血清作製に使用したペプチドをクロマトグラフィー樹脂に固 定化し、そのエピトープに対し特異的な抗体を樹脂上に吸着する。非結合性の成 分を洗い流した後に、特異抗体を0.1Mのグリシン緩衝液(pH2.3)で溶 出する。免疫活性を保存するために抗体分画を1.0Mのトリス緩衝液(pH8 .0)を用いてすぐに中和する。クロマトグラフィー樹脂はペプチドに存在する 活性基の種類の応じて選択する。ペプチドにアミノ基がある場合には、Afi− Gel10あるいはAffi−Gel15の様な樹脂を使用する(Bio−Ra d,Hercules,CA)。ペプチド上のカルボキシル基を利用した結合を 望む場合には、Affi−Gel1102が利用できる(Bio−Rad,He rcules,CA)。ペプチドに遊離型のスルフヒドリル基がある場合にはA ffi−Gel501(Bio−Rad,Hercules,CA)やSulf oLinkTM(Pierce,Rockford,IL)の様な有機水銀系樹脂 が利用できる。 あるいは、前記記載の当業者公知の通常の方法を利用して脾臓を集め、これを 利用してモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマの作製に利用することも できる。実施例16:組織試料のウエスタンブロット 組織試料を0.1Mのトリス−HCl(pH7.5)、15%(w/v)グリ セロール、0.2mMのEDTA、10mMの1,4−ジチオスレイトール、1 0μg/mlのロイペプチンならびに10mMのフェニルメチルスルフォニルフ ロライド中で均質化し、タンパク抽出物を調製した(S.R.Kainら., iotechniques 17;982(1994))。均質化後、ホモジネー トを4℃で5分間遠心分離して上清とデブリスとわけた。タンパク質の定量のた め、3−10μlの上清を1.5mlのビシンクロニック酸試薬(Sigma. St.Louis,MO)に加え、562nmの吸光度を測定した。 SDS−PAGEのために、試料を所望の濃度にTricine緩衝液(No vex,SanDiego、CA)で調整し、等量の2×Tricine試料緩 衝液(Novex,SanDiego、CA)と混合してからサーマルサイクラ ー中で5分間100℃に加熱した。それから試料をNovex10−20% Precast Tricine電気泳動用ゲルにかけた。電気泳動後、試料を ゲルからNovex Tris−Glysine移転緩衝液中のニトロセルロー ス膜に移す。その後、Western LightsPlusもしくはWest ern Lights(Tropix,Bedford,MA)化学発光検出キ ットの形で提供される試薬と方法に従い、膜に特異的抗ペプチド抗体を作用させ た。化学発光するバンドは現像した膜をHyperfilm ECL(Amer sham、Arlington Heights,IL)にさらして可視化した 。 図6にはLU105.1合成ペプチド(配列番号20、実施例14参照)に対 する抗血消を用いて組織抽出物パネルについて行ったウエスタンブロットの結果 を示す。図6の各レーンには異なる組織タンパク抽出物が示されている(レーン 1、腎臓;レーン2、心臓;レーン3、卵巣;レーン4、結腸;レーン5、乳房 ;レーン6、前立腺;レーン7、8、9、肺;レーン10、11、12、肺ガン ;及びレーン13、サイズマーカー)。タンパク分子量マーカー(レーン13) により約6.5kDとした3つのバンド(矢印)は、肺ガン抽出物中の1つに検 出されたが、その他の組織抽出物には見られなかった。 競合実験は次の点を除いて上記と同様にして実施した。一次抗体(抗ペプチド ポリクローナル抗血清)をニトロセルロースフィルターに作用させる前に、様々 な濃度のペプチド免疫原で4℃で一晩前インキュベートさせた。ウエスタンブロ ットは上記と同様にして続けた。6.5kDのバンドへの抗体の結合は、4.2 MのLU105.1合成ペプチド(配列番号20)濃度で阻害された。 フィルム上のバンドを可視化した後、膜上にあるバンドについても5−ブロモ −4−クロロ−3−インドリルリン酸(BCIP)の様な発色基質を加えること で直接可視化した。この発色液は、100mMのNaCl、5mMのMgCl2 ならびに100mMのトリス−HCl、pH9.5を含む液中0.016%のB CIPを含む。フィルターを上記液中、室温でバンドが所望の強さに発色するま でインキュベートする。分子量は前もって染色しておいた分子量マーカー(No vex、SanDiego、CA)あるいはビオチン化分子量マーカー(Tro pix,Bedford,MA)の移動度に基づいて決定する。実施例17;EIAマイクロタイタープレート検定 実施例13または14記載の方法でウサギまたはマウスより得た抗血清の免疫 反応性はマイクロタイタープレートEIA法により以下の決定した。要約すると 、実施例10記載の如く調製した合成ペプチド配列番号20、配列番号21、配 列番号22、配列番号23、配列番号24を最終濃度が2mg/mlになるよう に炭酸緩衝液(50mM、pH9.6)に溶解した。ついでペ ロタイタープレート(Dynex Technologies,Chantil ly,VA)の各ウエルに加えた。プレートを室温で一晩インキュベートしてか ら、脱イオン水で4回洗 (Pierce Chemical Company、Rockford,IL )のような適切なタンパクブロツク剤125μlを加えてウエルをブロックして から、速やかにこの液を捨てた。このブロッキング操作を3回繰り返した。前記 に従い調製した免疫ウサギまたはマウスより得た抗血清を0.05%のTwee n20(モノラウリル酸ポリオキシエチレンエーテル)(Sigma Chem ical Company,St.Louis,MO) と0.05%ナトリウムアジドを含むPBS中タンパク阻害剤 1:2500.1:12,500,および1:62,500に希釈して、被覆し たマイクロタイタープレートの各ウエルに加えた。このウエルを室温で3時間イ ンキュベートした。各ウエルは4回脱イオン水で洗った。0.05%のTwee n20と0.05%ナトリウムアジドを含むリン酸緩衝生理食塩水中 カリフォスファターゼ結合ヤギ抗ウサギIgG抗血清またはヤギ抗マウスIgG 抗血清(Southern Biotech,Birmingham,AL)1 00μlを各ウエルに加えた。このウエルを2時間室温にインキュベートした。 ついで、各ウエルを脱イオン水で4回洗浄した。その後で各ウエルにパラニトロ フェニルリン酸基質(Kirkegaard and Perry Labor atories,Gaithersburg,MD)100μlを加えた。ウエ ルを室温で30分間反応させた。各ウエルの405nmの吸光度を読み取った。 405nmの吸光度が免疫していない血清(陰性対照)の入ったウエルの吸光度 よりも高い値を示したものを陽性と判定した。陽性反応 は検出可能な抗LU105抗体が存在することを示している。抗ペプチド抗血清 の力価を前記の抗血清希釈率より計算し、A405nm=0.50Dを示す希釈率と して規定した。実施例18:固相粒子の被覆 A.LU105抗原に特異的に結合する抗体による微粒子の被覆 LU105に特異的に結合する親和性精製抗体(実施例15参照)で、ポリス チレン、カルボキシル化ポリスチレン、ポリメチルアクリル酸製微粒子もしくは 0.1から20μmの範囲の同様な直径を有する微粒子を被覆する。微粒子は受 動的あるいは能動的に被覆して良い。被覆方法の一つはEDAC(1−(3−ジ メチルアミノプロピル)−3−エチルカフボジイミド塩酸塩(Aldrich Chemical Co.,Milwaukee,WI)により活性化したカル ボキシル化ラッテクス微粒子にLU105に対して特異的に結合する抗体を以下 のようにして被覆するものである。要約すると、洗浄したカルボキシル化ラテッ クス微粒子(Bangs Laboratories,Carmel,INもし くは Serodyn,Indianapolis,INより入手可能)の最終濃度0 .375%の固相縣濁液を適当な容器の中で50mMのMES緩衝液、pH4. 0と親和性精製した抗LU105抗体(実施例14参照)150mg/lを含む 液中で15分間混合する。EDAC結合剤を最終濃度5.5μg/mlに成るよ うに混合液に加え、室温で2.5時間混合した。 それから微粒子を8倍容積のTween20/リン酸ナトリウム洗浄緩衝液( pH7.2)を用いて、0.2μmのMicrogon Filtration モジュールを利用した接線流濾過により洗浄した。洗浄した微粒子は、必要とな るまで、希釈した表面活性剤とブロッキング剤として作用する無関係なタンパク を加えた適当な緩衝液中に保存する。B.1/4インチビーズの被覆 LU105抗原に特異的に結合する抗体は、また当該分野公知の通常の方法( Snitmanら、米国特許出願第5,273,882号)によって1/4イン チのポリスチレン製ビーズ表面に結合させることができ、競合結合あるいはEI Aサンドイッチ検定に利用できる。 まずポリスチレンビーズを15秒間pH8.0の10mMNaH CO3緩衝液中で超音波処理して洗浄する。それからビーズを脱イオン水で全て のゴミが除かれるまで洗浄する。ついでビーズを10mM炭酸緩衝液、pH8か ら9.5中の抗体溶液に浸す。抗体が高い親和性を有するモノクローナル抗体の 場合には抗体液を1μg/mlまで希釈することか、あるいは親和性精製してい ないポリクローナル抗体の場合にはおよそ500μg/mlまで濃縮することが できる。ビーズは室温で少なくとも12時間被覆してから脱イオン水で洗浄する 。ビーズは空気乾燥もしくは湿潤状態(PBS、pH7.4)である。ビーズは さらにタンパク安定剤(ショ糖)や非特異的結合阻止剤としてタンパク阻害剤( 無関係のタンパク、Carnationスキムミル る。実施例19:微粒子酵素免疫検定(MEIA) 通常の抗原競合EIAもしくは抗体サンドイッチEIAと微粒子固相を利用する (MEIA)ことで患者試験試料中のLU (Abbott Laboratories,Abbott Park,IL) の様な自動分析装置を利用して実施できる。A.抗体サンドイッチEIA 要約すると、LU105抗原が含まれると思われる試料を抗LU105抗体コ ート微粒子(実施例17記載の方法で調製)存在下に反応させて抗原/抗体複合 体を形成させる。それから微粒子を洗浄してから、シグナル形成成分(例えばア ルカリフォスファターゼあるいは西洋ワサビペルオキシダーゼの様な酵素)と標 識した抗体からなる指示薬を抗原/抗体複合体もしくは微粒子に加えて反応させ る。微粒子を洗浄後、シグナル形成成分と反応して測定可能なシグナルを発生す る基質(例えば、4−メチルウンベリフェリルリン酸(MUP)あるいはOPD /ペルオキシド)を加えて結合した抗体/抗原/抗体複合体を検出する。陰性コ ントロールに比べて試験試料のシグナルが高いか否かによりLU105抗原の存 在を検出する。試験試料中にLU105抗原が存在することは、肺ガンのような 肺疾患もしくは状態にあることを示している。B.競合結合検定 競合結合試験では標識ペプチドを抗ペプチド抗体を被覆した微粒子に作用させ た時に測定可能なシグナルを発生させるペプ (Abbott Laboratories,Abbott Park,IL) を利用して実施できる。標識されたペプチドをLU105抗原の存在が疑われる 試験試料存在下にLU105抗体被覆微粒子(実施例17記載の方法で調製)に 加え、標識LU105抗原(あるいは標識タンパク)/結合抗体複合体および/ または患者LU105抗原/結合抗体複合体の形成に十分な時間と条件下に培養 せる。試験試料中のLU105抗原は標識LU105ペプチド(あるいはLU1 05タンパク)と微粒子上の結合部位を巡って競合する。試験試料中のLU10 5抗原とLU105ペプチドあるいはLU105タンパクは抗体の結合部位につ いて競合することから、試験では試験試料中のLU105抗原により標識ペプチ ドと微粒子上に被覆された抗体との結合を低下させることになる。シグナルの低 下(対照に比べ)することは試験試料中にLU105が存在することを示してい る。LU105抗原が存在することは、肺ガンのような肺疾患もしくは状態にあ ることを示している。 以上に示し、述べてきたLU105ポリヌクレオチドとそれにコードされたタ ンパクは肺疾患、特に肺ガンのマーカーとして有用である。血液、血漿、あるい は血清の様な試験試料中で の本マーカーの存在を基礎とした試験は安価且つ非侵襲的に癌診断に役立つ診断 情報を医師に提供し、治療プロトコール選択を助け、あるいは選択された治療法 の効果の監視に役立つ。本マーカーは、抗原が疾患組織に由来することから血液 、尿あるいは糞便の様な容易に採取可能な体液中に存在すると考えられ、免疫的 方法により検出可能と考えられる。本マーカーは疾患状態で増加し、疾患状態に 伴って変化し、あるいは不適切な本体部中に現れる肺の正常タンパクの一つと考 えられる。 DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION                    Reagents and methods useful for detecting lung disease Background of the Invention   The present invention relates generally to detecting lung disease. More specifically, the present invention Tests such as nucleotide sequences and the polypeptide sequences encoded by them. Drugs and methods utilizing these sequences. These polynucleotides and The repeptide sequence can be used to detect, diagnose, stage, or detect lung diseases or conditions, such as lung cancer. Useful for monitoring, prognosing, preventing or treating, or determining a predisposition.   Lung cancer is the second most common form of cancer that occurs in both men and women in the United States Is a typical cancer. 178,100 new cases of lung cancer diagnosed during 1997 (American Cancer Society statistics). Lung cancer is a cancer death in both sexes. The most common cause, more than 160,000 lung cancer-related deaths in 1997 Death is expected. Lung cancer is a major health concern in other parts of the world, Approximately 135,000 new cases occur each year in the EU and lung cancer in Central and Eastern Europe. Outbreaks increase rapidly Great. Genesis Report, February 1995 and T. Reynolds, J .; Natl. Cancer Inst. 87: 134 See 8-1349 (1995).   Early stage lung cancer is detected by chest x-ray and sputum cytology be able to. However, these methods are not suitable for asymptomatic screening tests. Does not have sufficient sensitivity for daily use as Chest x-ray pictures Potential technical issues that can limit sensitivity include non-optimal techniques, insufficient illumination, and And patient posture and cooperation. T. G. FIG. Tape et al. , Ann. Intern. Med. 104: 663-670 (1986). And even radiation Engineers often object to interpretation of chest radiographs. Of these objections 40% or more are significant or potentially significant, misinterpreted or not Certain interpretations are responsible for most misdiagnosis. P. G. FIG. Herman et al. , Chest 68: 278-282 (1975). Inconclusive results include: Additional follow-up is needed to clarify. The above T. G. FIG. Tape et   al. Sputum cytology is better than chest x-ray in detecting early lung cancer Further low sensitivity. Of 160 cases of lung cancer, 123 cases (77%) were detected only by X-ray test, but only cell test Detected 67 cases (42%). The National Cancer   Institute “Early Lung Cancer Detective on: Summery and Confusion ", Am. Rev. Re sp. Dis. 130: 565-567 (1984). Sputum cell test for lung cancer Factors affecting the ability to diagnose include the patient's ability to produce sufficient sputum, the size of the tumor Well, the proximity of the tumor to the main airway, the histology of the tumor, and the experience and training of cytopathologists And so on. R. J. Ginsberg et al. "Cancer: P rinciples and Practice of Oncology ", Fourth Edition, V.A. T. DeVita, S.M. Hillman, S. A. See Rosenburg, pp. 139. 673-723, Philadelphi a, PA: J.A. B. Lippincott Co. (1993).   Most new lung cancers are only detected when the disease has spread beyond the lungs I have. One of the newest non-small cell lung cancers in the United States Only 6% is detected at the local stage. The best 5-year survival rate at this stage (49.7%). In contrast, when the disease has already spread locally (local disease) or 68% of new cases have been detected when metastases have spread to the head (distal disease) This is a significantly lower 5-year survival rate of 18.5% and 1.8%, respectively. . Similarly, 80% of newly detected small cell lung cancers are localized or distant disease sites. Were found to have a 5-year survival rate of only 9.5% and 1. 7%. Stat Bite, J.M. Natl. Cancer Inst. 8 7: 1662, 1995. Therefore, current methods do not provide an early cure for lung cancer. The floor has failed to detect this disease. So to reduce mortality Need an improved detection method.   After diagnosis, the patient's cancer is staged. Staging enhances the patient's subsequent course. The power is predictive and will determine how to treat this patient. Cell lung cancer Patients should have a chest check to detect lymph node metastases, lung metastases, and liver and adrenal metastases. And a routine CT scan of the upper abdomen. Of this CT scan The results are often inconclusive and lead to further tests, including bone scans. Suffering Patient staging should also include bone scans and bronchial lavage in addition to biopsy and liver function tests. Accompanied fiber light sight It may include bronchoscopy.   The most commonly used method for monitoring lung cancer patients after initial treatment is (Clinic visit), chest X-ray, complete blood count, liver function test, and chest It is a CT scan. However, detection of recurrence by such monitoring techniques is Does not significantly affect treatment and overall survival. From this, the current supervisor Visual methods lead to the conclusion that they are not cost-effective. K. S. Naunheim e t al. , Ann. Thorac. Surg. 60: 1612-1616 (1 995). G. FIG. L. Walsh et al. , Ann. Thorac. Sur g. 60: 1563-1572 (1995).   First, identify cellular components that are specifically expressed in lung tumor tissue compared to normal lung tissue Attempts have been made to find improved tumor markers for lung cancer I have. For example, to characterize quantitative and qualitative differences in polypeptide composition For this, two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis was used. T. Hiran o et al. , Br. J. Cancer 72: 840-848 (1995) A). T. See Endler et al. , J. et al. Clin. Chem Clin . Biochem. 24: 981-992 (1986). However, the sensitivity of this technique is two electrophoresis The process is limited by the degree of proteolysis and the detection process. This process , Depending on protein staining in the gel. Polypeptide instability is two-dimensional It can cause artificial changes in the pattern. Genes between normal and tumor tissues Another technique for screening for differential expression is subtractive hybrida. An imitation is used. P. S. Steeg et al. , J. et al. Na tl. Cancer Inst. 80: 200-204 (1988). This technology Is laborious and has limitations in detecting mRNA species in tissues present in low amounts . A more sensitive method for identifying specifically expressed genes is the differential It is a partial display. P. Liang et al. , Cancer Res. 52: 6966-6968 (1992). This method is based on cellular mRNA Including reverse transcription to cDNA, followed by PCR amplification of a cDNA subpopulation. Normal organization Comparison of the amplified cDNA subpopulations with tumor lung tissue and differentially expressed mR The identification of NA species becomes possible. This technique provides a means to detect low levels of mRNA. Clinical laboratory that is more sensitive than computational hybridization, but performs daily tasks Perform in This is a difficult technique to perform, and is therefore a research setting. ). Higher levels of mRNA in lung tumors than in normal lung tissue A new gene named N8 appears on the differential display Thus recently discovered. S. L. Chen et al. , Oncogene 12: 741-751 (1996). However, at the moment, There are no markers that are effective for use in screening assays, such as immunoassays. Test Based on the appearance of various markers in blood, plasma, or serum If the test is detectable by an immunization method such as Choose a treatment protocol or choose a treatment to help Provides low-cost, non-surgical diagnostic information to help monitor correctness Could give.   Such markers have been divided into several categories. The first category is , Including markers that are elevated in the case of disease. These examples include testicular gas Gonadotropin (HCG) and hepatocellular carcinoma (HC) C) contains elevated alphafetoprotein (AFP) You. E. FIG. L. Jacobs, Curr. Probl. Cancer 15 (6) : 299-350 (1991). The second category is the unusual Includes the These examples include CD44 spurs for bladder cancer. Chair mutant: Y. Matsumura et al. , Journal Pat holology 175 (Suppl): 108A (1995), and lung and colon Includes p53 mutations in rectal cancer. W. P. Bennett, Ca ncer Detection and Prevention 19 (6): 503-511 (1995). In the latter case, the p53 mutation results in a tan Produces protein, which is defective in function and is not compatible with functional or natural proteins. May be detectable by assays based on specific antibodies directed at It may not work. The third category is normal proteins, but inappropriate It includes markers that appear on compartments of the body. These examples include prostate-specific antigen (PSA), a normal protein secreted at high levels in semen. However, they are present at very low levels in the blood of normal prostate men. P. H. Lang et al. , Urology 33 (6 Suppl) : 13 (1989). However, benign prostatic hyperplasia (BPH) or prostate In patients with prostate disease, including cancer, PSA levels are significantly elevated in the blood. And is a powerful indicator of prostate disease. Similarly, carcinoembryonic antigen (CEA) It is a normal component of the inner lining of the colon and free of colon disease It is present in blood only at low levels in humans. E. above. L. Jacobs. But In inflammatory bowel disease and colon diseases, including colon adenocarcinoma, CEA levels are high. Is significantly elevated in the plasma or serum of many patients, an indicator of disease in this tissue. is there. CEA and PSA are found in several tissues different from the colon or prostate, respectively. , But these markers are due to their strong tissue selectivity. It has also been found useful in the diagnosis of these underlying primary tissue diseases.   In addition, there are other examples of inappropriate classification of markers. For example, in the case of metastatic cancer, Lymph nodes often originate in the primary tumor and often the immune system of the primary tumor Contains cells that express chemical markers. Both CEA and PSA are metastatic Was detected in the lymph nodes of patients with cancer. Improper appearance of normal gene products Other compartments, such as those that are indicative of the disease, contain the constituents of whole blood Contains. These may give evidence that the disease has spread to metastases . However, at present, lung diseases such as lung cancer, asthma, and adult respiratory distress There are no such markers for screening or diagnosis of intractable syndrome.   Therefore, the detection, diagnosis, staging, monitoring, and prognosis of lung diseases and conditions such as lung cancer Provide methods and reagents for post-determination, prevention or treatment, or predisposition. Would be advantageous. Such methods include detecting diseases and conditions associated with lung cancer. Test samples for the product of the gene (or genes) that are overexpressed Will be included. Such methods also include diseases and conditions associated with lung cancer. Test sample for the product of the gene (or genes) altered by May be included. Furthermore, such methods may also be associated with lung cancer. Diseases and conditions alter the distribution between various tissues and compartments of the body Includes testing test samples for the product of the gene (or genes). You may. Such methods involve making cDNA from mRNA in a test sample. And (if necessary) some parts of the cDNA corresponding to the gene or a fragment thereof Amplifying the cDNA product and using this cDNA product Detecting one or more residuals as an indicator of the presence of the disease It would involve detecting the translation product of the mRNA containing the gene sequence. These trials Drugs include, for example, reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), polymerase Diagnostic methods such as chain reaction (PCR) or hybridization assay of biopsy tissue One or more polynucleotides or fragments thereof, which can be used for Polypeptides that are translation products of such mRNA; or Includes antibodies directed against. Such methods involve the production of one or more genes. Testing samples of products and detecting these products as indicators of lung cancer Will include. For example, drug treatment or gene therapy for lung diseases such as lung cancer, Based on these identified gene sequences or their expressed polypeptides And use the diagnostic methods disclosed herein to determine the efficacy of a particular treatment. Sex can be monitored. In addition, it can detect non-invasive lung cancer early. It would be advantageous to have an effective alternative diagnostic method. Stage treatment for lung disease as well And methods of monitoring would also be beneficial.Summary of the Invention   The present invention relates to a method for detecting a target LU105 polynucleotide in a test sample, Contacting said test sample with at least one LU105-specific polynucleotide. And detecting the presence of the target LU105 polynucleotide in the test sample Is provided. This LU105-specific polynucleotide has the sequence No. 1, SEQ ID No. 2, SEQ ID No. 3, SEQ ID No. 4, SEQ ID No. 5, SEQ ID No. 6 and Less than a polynucleotide selected from the group consisting of these fragments or complements. It has at least 50% identity. Also, this LU105-specific polynucleotide The metal may be attached to a solid phase before performing the method.   The present invention also relates to a method for detecting LU105 mRNA in a test sample, comprising: Reverse transcription (RT) using at least one primer to produce DNA Then, the cDNA obtained in this manner was ligated with the LU105 oligonucleotide. LU105 unit amplicon by using as primer and antisense primer And the presence of LU105 unit amplicon in the test sample Detecting as an indicator of the presence of RNA, wherein said LU105 oligonucleotide is The tide is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and their At least 50% identity to a sequence selected from the group consisting of fragments or complements A method having properties is also provided. Amplification can be performed by the polymerase chain reaction. Wear. Prior to performing this method, prior to amplification or prior to detection, the test sample is reacted with the solid phase. You can also respond. This reaction is a direct or indirect reaction. You may. In addition, the detection step is capable of producing a measurable signal. The use of a releasable label may be included. This detectable label is on the solid phase Can be attached.   In addition, the present invention relates to assays suspected of containing the target LU105 polynucleotide. A method for detecting a target LU105 polynucleotide in a test sample, comprising: LU105 oligonucleotide as primer at least one sense primer And LU105 oligonucleotide as at least one antisense primer Contacting with an otide and amplifying it to obtain a first stage reaction product; Contacting the reaction product with at least one other LU105 oligonucleotide A second stage reaction product is obtained, except that the other LU105 oligonucleotide is Located 3 'to the LU105 oligonucleotide used in (a) And complementary to the first stage reaction product; and (c) the second stage reaction product The composition is detected as an indicator of the presence of the target LU105 polynucleotide in the test sample. Providing a method comprising: LU selected as reagent in this method 105 oligonucleotides are SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 and fragments or complements thereof. Has at least 50% identity to the selected sequence. Amplification is the polymerase chain The reaction can be performed. Before performing this method, or before amplification, or Prior to exiting, the test sample can be reacted directly or indirectly with the solid phase. Ma In addition, the detecting step comprises detecting a detectable label capable of producing a measurable signal. And further comprising attaching the detectable label to a solid phase. It is also possible to make it.   In addition, a test useful for detecting a target LU105 polynucleotide in a test sample. Test kit comprising SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: No. 5, SEQ ID NO: 6 and fragments or complements thereof. At least one A test kit comprising a container containing a species of LU105-specific polynucleotide is also provided. Provided. These test kits contain test samples (eg, blood, urine, saliva, and stool) Further comprising a container provided with tools useful for collecting the same. Such equipment includes blood Lancet and blotter or cloth to collect and stabilize; saliva Swabs for stabilization; and for collecting and stabilizing urine or stool samples Cup included. Collected material such as paper, cloth, swabs, cups may optionally be Can be treated to avoid denaturation or irreversible adsorption. Also this These collected materials should be preserved, stabilized, or used to help maintain the integrity of the specimen. Or may contain them.   The present invention also relates to purified polynucleotides derived from the LU105 gene or To provide a fragment. This purified polynucleotide is the nucleic acid of the LU105 gene or its nucleic acid. It is possible to selectively hybridize with these complements. This polynucleus Otides are represented by SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, Polynucleus selected from the group consisting of SEQ ID NO: 6, and fragments or complements thereof At least 50% identical to leotide Has the property. Further, the purified polynucleotide may be obtained using recombinant and / or synthetic techniques. Can be generated. Purified recombinant polynucleotide is a recombinant vector It may be included in the target. The invention further provides that the vector is transfected. Host cells.   Furthermore, the present invention provides an open reading frame derived from LU105. A recombinant expression system having a nucleic acid sequence comprising: This nucleic acid sequence has SEQ ID NO: 1. SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and At least 50% of a sequence selected from the group consisting of Have one nature. The nucleic acid sequence is operably linked to a control sequence compatible with the desired host Is done. We also provide cells transfected with this recombinant expression system. Is done.   The present invention also provides a polypeptide encoded by LU105. This Polypeptides may be produced in pure form by recombinant techniques, or synthesized by synthetic techniques. Can be generated by This polypeptide has SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and Amino acid sequence selected from the group consisting of those fragments An amino acid sequence that has at least 50% identity to the sequence.   Also provided are antibodies that specifically bind to at least one LU105 epitope. Is done. This antibody can be a polyclonal or monoclonal antibody. Is also good. The epitopes are SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 2 2, an antigen selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24 and fragments thereof It is derived from the amino acid sequence. LU105 antigen or anti-LU1 in test sample An assay kit for determining the presence of the 05 antibody is also included. In one aspect, this The assay kit comprises SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, An amino acid selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof Fewer LU105 polypeptides having at least 50% identity to the acid sequence And a container for accommodating one type. In addition, the test kit includes a test sample (eg, Blood, urine, saliva, and stool). No. Such devices include lancets and blotters for collecting and stabilizing blood. Paper or cloth; swab to collect and stabilize saliva; and urine or stool test Includes cup to collect and stabilize ingredients. Paper, cloth, swab, cup U Collection material is optionally treated to avoid denaturation or irreversible adsorption of the sample. Can be In addition, these collected materials are used to help maintain the integrity of the specimen. , Preservatives, stabilizers or antimicrobial agents. These polypeptides Can be attached to a solid phase.   For determining the presence of LU105 antigen or anti-LU105 antibody in a test sample Another assay kit has at least one epitope encoded by LU105 Includes a container containing an antibody that specifically binds to the LU105 antigen. This LU105 The antigen is SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and LU105 selected from the group consisting of fragments thereof Has at least about 60% sequence similarity with the sequence of the encoding antigen. these Test kits are useful for collecting test samples (eg, blood, urine, saliva, and stool). The container may further include a container provided with the utensil. Such equipment collects blood Lancet and blotting paper or cloth to stabilize and collect; saliva is collected and stabilized Swab for cleaning; includes cup to collect and stabilize urine or stool sample It is. Collected material such as paper, cloth, swabs, cups may optionally be Alternatively, it can be processed to avoid irreversible adsorption. In addition, these revenues The collected material should be treated with preservatives, stabilizers, or antibacterial agents to help maintain the integrity of the sample. Or may include them. This antibody can be attached to a solid phase It is possible.   Includes incubating host cells transfected with the expression vector Of producing a polypeptide having at least one epitope of LU105 A law is provided. This vector contains SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21 , SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof. Have at least 50% identity with the selected LU105 amino acid sequence. It has a polynucleotide sequence that encodes a polypeptide that includes a amino acid sequence.   Method for detecting LU105 antigen in a test sample suspected of containing LU105 antigen Is also provided. This method uses a test sample with at least the epitope of the LU105 antigen. Is also suitable for forming an antibody / antigen complex with an antibody or a fragment thereof that specifically binds to one. Contact for an extended period of time and under conditions, and test for the presence of such complexes containing antibodies. Detecting as an indicator of the presence of the LU105 antigen in the sample. This antibody Can be attached to a solid phase, Either a clonal antibody or a polyclonal antibody may be used. Furthermore, this The antibodies are SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and an LU105 antibody selected from the group consisting of fragments thereof. Specifically binds to at least one of the originals.   In test samples suspected of containing antibodies that specifically bind to the LU105 antigen, Another method for detecting these antibodies is provided. This method requires at least a test sample. Also contacting with a polypeptide having one LU105 epitope. The LU105 epitope is an amino acid encoded by the LU105 polypeptide. Amino acid sequence having at least 50% identity with the amino acid sequence or a fragment thereof including. Contacting is carried out for a time and under conditions sufficient to allow formation of the antigen / antibody complex. Done below. The method further comprises detecting a complex comprising the polypeptide. It is included. The polypeptide may be attached to a solid phase. In addition, The peptides are SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: No. 23, SEQ ID NO: 24, and amino acid sequences selected from the group consisting of fragments thereof. A recombinant protein or synthetic peptide having at least 50% identity to the sequence There Is also good.   The present invention provides for the use of at least one epitope of the LU105 antigen or a fragment thereof. Provided are cells transfected with the encoding LU105 nucleic acid sequence. This nucleic acid sequence , SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 And fragments or complements thereof.   Also provided is a method of generating an antibody against the LU105 antigen, the method comprising the steps of: Administering to the individual an immunogenic polypeptide or fragment thereof, wherein said isolating The isolated immunogenic polypeptide immunoreacts with at least one LU105 epitope. Include in an amount sufficient to generate the answer. The isolated immunogenic polypeptide is SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, Sequence No. 24, and amino acid sequences selected from the group consisting of fragments thereof.   Another method for generating antibodies that specifically bind to the LU105 antigen is disclosed. The method comprises the steps of SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, An amino acid selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof At least one LU105 epitope derived from the amino acid sequence Administering a plasmid containing the nucleic acid sequence to be loaded to a mammal.   In addition, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, sequence No. 6, and a polynucleotide selected from the group consisting of fragments or complements thereof At least about 10-12 nucleotides having at least 50% identity to otide A composition of matter comprising the otide LU105 polynucleotide is also provided. This L U105 polynucleotides have at least one LU105 epitope. Encodes a amino acid sequence. Another composition of matter provided by the present invention is about 8 Polypeptide having at least one LU105 epitope of 10 amino acids including. This polypeptide has SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, Selected from the group consisting of SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof. An amino acid sequence having at least 50% identity to the selected amino acid sequence. No. Also, an LU105 polyision having at least 50% identity to SEQ ID NO: 19. A gene encoding a peptide or a fragment thereof, and SEQ ID NO: 5 or SEQ ID NO: Or a gene containing DNA having at least 50% identity to No. 6 Are also provided.BRIEF DESCRIPTION OF THE FIGURES   FIG. 1 shows clones 3353867 (SEQ ID NO: 1), 1327836 (SEQ ID NO: 1). 2), 1605935 (SEQ ID NO: 3), 81640 (SEQ ID NO: 4), and it Consensus sequence (SEQ ID NO: 5) derived from Full-length sequence of that also shown as SEQ ID NO: 1327836IH (SEQ ID NO: 6) Shows the nucleotide alignment of the column,   FIG. 2 shows that the overlapping clones 3353867 (SEQ ID NO: 1), 1327836 ( SEQ ID NO: 2), 1605935 (SEQ ID NO: 3), 81640 (SEQ ID NO: 4), And 1327836 IH (SEQ ID NO: 6) from the nucleotide alignment FIG. 3 shows a contig map showing the formation of an otide sequence,   FIG. 3A shows ethidium bromide stained agar of RNA from various tissue extracts. Loose gel scanning and corresponding of RNA using LU105 radiolabeled probe A northern blot is shown, and FIG. 3B shows ethidium of RNA from various lung tissues. Scanning bromide stained agarose gel and using LU105 radiolabeled probe Shows the corresponding Northern blot of the RNA   FIG. 4 shows RNA from lung, prostate, breast, and colon tissue. Ethidium bromide staining of LU105-specific primed PCR amplification products Represents a scan of a galose gel,   FIG. 5 shows two HEK293 cells transfected with the LU105 expression plasmid. FIG. 9 represents a scan of a Western blot analysis performed on a culture of   FIG. 6 shows a panel of tissue extracts using antisera against the LU105 synthetic peptide. 2 represents a scan of a Western blot analysis performed on the same.Detailed description of the invention   The present invention LU105 having at least about 50% identity to SEQ ID NO: 19 A gene encoding a polypeptide or a fragment thereof is provided. further, The present invention Is DNA having at least about 50% identity to SEQ ID NO: 5 or SEQ ID NO: 6 And the LU105 gene or a fragment thereof.   The present invention A test sample was tested for a product of the lung tissue gene called LU105. Is a method of determining Producing cDNA from the mRNA in the test sample, The cDNA Including detecting as an indicator of the presence of the lung tissue gene LU105. Offer. This method Due to LU105 corresponding to the gene or their fragments An amplification step for amplifying one or more of a portion of the incoming mRNA may be included. Also , Also provided is a method of detecting the translation product of LU105. The method provided here Samples that can be assayed by Organization, cell, Contains body fluids and secretions You. Also, The present invention Useful for performing these methods, Oligonucleotide ply Also provided are reagents such as mer and polypeptides.   Some portions of the nucleic acid sequences disclosed herein are: Reverse transcription of RNA or cDNA As a primer for amplification of Or to determine the presence of a particular mRNA sequence in the test sample. It is useful as a probe for determining Standards or tests in diagnostic immunoassays As a medicine, As a target for pharmaceutical screening assays, And / or various treatment configurations Enables the generation of encoded polypeptide sequences useful as components or target sites Also disclosed are nucleic acid sequences that function. Epitopes contained within these polypeptide sequences Monoclonal and polyclonal antibodies to at least one of the LU A disease or condition associated with 105, In particular, diagnostic tests and screens for lung cancer In addition to Useful as delivery agents for therapeutic agents. Derived from these nucleic acid sequences Using a probe or PCR primer to be Other parts of the gene of interest To isolate the sequence Can be. this is, Additional probes of the mRNA or cDNA of interest In addition to the corresponding encoded polypeptide sequence, Allows you to establish. These additional molecules are Characterized by LU105 as disclosed herein Can be Detection of lung diseases and conditions, such as lung cancer, Diagnosis, Staged, Monitoring, prognosis Judgment, Prevention or treatment, Or it is useful in determining a predisposition.   Techniques for determining amino acid sequence "similarity" are known in the art. Generally, "Similarity" is appropriate for comparing amino acids of two or more polypeptides Meaning the exact amino acid at the right place, In this case the amino acids are identical or Or kind Similar chemical and / or physical properties, For example, it has charge or hydrophobicity. But What Determining the so-called "percent similarity" between the compared polypeptide sequences Can be. Techniques for determining the identity of nucleic acid and amino acid sequences are also known in the art. Is known in the field, This (usually, its gene (via a cDNA intermediate) Of the nucleotide sequence of mRNA for Determination of the amino acid sequence, As well as comparing this to a second amino acid sequence. General In "Identity" 2 each Exact nucleotides and nucleotides in a single polynucleotide or polypeptide sequence With Cide, Alternatively, it refers to the correspondence between amino acids. Two or more polynucleotides Sequence can be compared by determining their "percent identity" You. Similarly, Determining the "percent identity" of two or more amino acid sequences Can be compared. Wisconsin Sequence A analysis Package Version 8 (Genetics Compu ter Group, Madison, Available (available from WI) program, For example, the GAP program Identity between two polynucleotides And calculating both the identity and similarity between the two polypeptide sequences, respectively. It is possible to Other programs to calculate identity or similarity between sequences Systems are also known in the art.   The compositions and methods described herein may be used to identify specific markers for disease or condition of lung tissue. To be identified as indicating The information obtained therefrom, LU105 A disease or condition associated with Especially lung cancer detection, Diagnosis, Staged, Monitoring , Prognosis, Prevention or treatment, Or to help in decisions. Test method In the law, For example, Using the sequence (s) provided here, And nucleic acid Amplification method, For example, polymerase chain reaction (PCR), Ligase chain reaction (LCR) , And probe assays that may use hybridization. in addition , The nucleotide sequence provided herein is: Find immunogenic epitopes from there Includes an open reading frame. This epitope is associated with LU105 Is believed to be unique to a particular disease state or condition. Also, LU105 remains The polynucleotide or polypeptide encoded by the gene can be used as a marker It is also considered useful. This marker is In diseases like lung cancer Increase Change in diseases like lung cancer, Or as a normal protein But appear in inappropriate body compartments. The uniqueness of this epitope is (I) LU Antibodies against proteins and polypeptides encoded by the 105 gene Its immunological reactivity and specificity, And (ii) with any other tissue marker Can be determined by its non-reactivity. Methods for determining immunological reactivity are known. Yes, This includes For example, Radioimmunoassay (RIA), Enzyme-linked immunoassay ( ELISA), Hemagglutination (HA), Fluorescence polarization immunoassay (FPIA), Chemical Examples include, but are not limited to, photoimmunoassay (CLIA). Appropriate Some examples of such methods are described herein.   Unless otherwise noted, The following terms have the following meanings: A polynucleotide `` derived from '' or `` specific for '' a specified sequence is That finger Corresponding to a region of the defined nucleotide sequence, That is, they are the same or Complementary, At least about 6 nucleotides, Preferably at least about 8 nucleoti Do More preferably, at least about 10-12 nucleotides, More preferably, Refers to a polynucleotide sequence comprising at least a contiguous sequence of about 15-20 nucleotides. You. This array is Specific points determined by techniques known in the art. Can be complementary or identical to a sequence unique to the nucleotide sequence . For example, Determine the uniqueness of the sequence given a comparison with the sequence in the databank It can be used as a method. Non-translated and non-translatable regions And / or a region encoding a specific epitope in addition to the non-transcribed region, This It is not limited to these.   Derived polynucleotides are not necessarily nucleotide sequences of interest under study Need not be physically derived from That Obtained from the base sequence of the region (s) from which the polypeptide is derived It can be generated in any informed way, This includes chemical synthesis, Duplicate Made, This includes, but is not limited to, reverse transcription or transcription. It also Is Can represent either sense or antisense orientation of the original polynucleotide You. in addition, The combination of regions corresponding to the specified sequence is Can be modified by known methods to meet the intended use.   A "fragment" of a particular polynucleotide is To a region of that particular nucleotide sequence Corresponding, That is, identical or complementary, At least about 6 nucleoti Do Preferably at least about 8 nucleotides, More preferably at least about 10 -12 nucleotides, More preferably at least about 15-20 nucleotides Refers to a polynucleotide sequence that includes a contiguous sequence.   The term "primer" refers to a specific oligonucleotide complementary to a target nucleotide sequence. Means nucleotide sequence, Used for hybridization to target nucleotide sequence It is. The primer is DNA polymerase, RNA polymerase or reverse transcriptase Serves as a starting point for the polymerization of nucleotides catalyzed by either of The term "probe" Having a complementary sequence, Specific polynus present in the sample Defined nucleic acid segments (or nucleic acids) that can be used to identify nucleotides Otide-like segment, For example, PNA) defined below.   "Encoded by" refers to a nucleic acid sequence that encodes a polypeptide sequence; The polypeptide sequence, or a portion thereof, is a polypeptide encoded by the nucleic acid sequence. At least three to five amino acids derived from the repeptide; More preferably less At least 8 to 10 amino acids, More preferably at least 15 to 20 Includes an amino acid sequence having three amino acids. Also, Coded by that array Also included are polypeptide sequences that are immunologically distinguishable by a given polypeptide. But What "Polypeptide", A “protein” or “amino acid” sequence LU105 amino At least about 50% identity to the acid sequence; Preferably about 60% identity, Better Preferably about 75-85% identity, More preferably about 90-95% or more identical Has the property. further, LU105 "polypeptide", "Protein" or "amino acid" The array is At least about 60 with the polypeptide or amino acid sequence of LU105. % Similarity, Preferably at least about 75% similarity, More preferred Or about 85% similarity, More preferably, it may have about 95% or more similarity. This The amino acid sequence of SEQ ID NO: 19 is SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, Can be selected from the group consisting of SEQ ID NO: 24 and fragments thereof. Wear.   "Recombinant polypeptide", "Recombinant protein", Or "generated by recombinant technology Polypeptide " Here it can be used interchangeably, Its origin or manipulation By work All or part of a naturally associated polypeptide Without accompanying And / or linked to polypeptides other than those naturally linked 1 shows a polypeptide that is Recombinant, Or the encoded polypeptide or Is the protein It need not necessarily be translated from the specified nucleic acid sequence. this Is It can be produced by any method, including chemical synthesis or expression in a recombinant expression system. Wear.   As used herein, the term "synthetic peptide" Methods known to daily processing technicians Can be chemically synthesized by Polymeric forms of amino acids of any length Means These synthetic peptides are useful in various applications.   As used herein, the term "polynucleotide" Nucleos of any length Tide, Ribonucleotide or deoxyribonu It refers to any polymeric form of nucleotide. This term is the primary structure of this molecule Refers only to Therefore, This term is In addition to double- and single-stranded RNA, two Includes strand and single-stranded DNA. Also, this is, Modification of the polynucleotide, For example, Chilling or cap formation, And unmodified forms. "Polynucleotide", " Oligomers ", The terms "oligonucleotide" and "oligo" are interchangeable herein Used for Noh.   "Sequence corresponding to cDNA" Identical or complementary to the sequence in the designated DNA A sequence including a polynucleotide sequence is meant. Identity or complementarity with cDNA The degree (or "percent") About 50% or more, Preferably at least about 60 -70% or more, More preferably at least about 90% or more. Identified cD The sequence corresponding to NA is at least about 50 nucleotides in length; Preferably less Both are about 60 nucleotides in length, More preferably, at least about 70 nucleotides Is the length of The correspondence between the gene or gene fragment of interest and the cDNA Can be determined by methods known in the art, This includes For example, Direct comparison of the sequenced material with the previously described cDNA, Or hybridization And single-stranded nucleases Digestion in the Subsequent sizing of the digested fragments is included.   "Purified polynucleotide" The polynucleotide is naturally associated Does not necessarily contain protein For example, less than about 50%, Preferably less than about 70%, More preferably comprising less than about 90% protein; Polynucleotide of interest Or fragments thereof. Techniques for purifying polynucleotides of interest Is known in the art, This includes For example, Contains polynucleotide Disruption with cell chaotropic agents and ion exchange chromatography, Affinity Polynucleotide (s) by chromatographic and sedimentation at density ) And separation of proteins.   "Purified polypeptide" or "purified protein" The polypeptide of interest is Does not necessarily contain naturally associated cell components, For example, less than about 50%, Like Or less than about 70, More preferably comprising less than about 90% of cellular components, Interested A polypeptide or a fragment thereof is meant. Purify the polypeptide of interest Methods are known in the art.   The term "isolated" The substance is in its natural environment (for example, It is natural Is removed from the natural environment) Means that. For example, Natural polynucles present in living animals Although no reotide or polypeptide has been isolated, Substances that coexist in natural systems The same polynucleotide or DNA separated from some or all of Alternatively, the polypeptide has been isolated. Such polynucleotides are May be part, And / or such a polynucleotide or polypep The tide may be part of a composition, This vector or composition is part of the natural environment Not yet isolated.   "Polypeptide" and "protein" are used interchangeably herein, Covalent bond And / or non-covalently linked at least one molecular chain of amino acids. Show. The term does not refer to a specific length of the product. Therefore, Pepti Do Oligopeptides and proteins are included in the definition of this polypeptide. this The term is Post-translational modification of the polypeptide, For example, Glycosylation, Acetylation, Rin Including oxidation and the like. in addition, Protein fragments, Analogues, Mutant or variant protein , Fusion proteins and the like are included in the meaning of this polypeptide.   A "fragment" of a particular polypeptide is That particular polypeptide? At least about 5 amino acids derived therefrom; More preferably at least about 8-1 0 amino acids, More preferably, it contains at least about 15-20 amino acids Refers to the amino acid sequence.   A "recombinant host" that indicates a microorganism or higher eukaryotic cell line cultured as a unicellular body cell", "Host cells", "cell", "Cell line", "Cell culture" and other such terms Is Can be used as a recipient for recombinant vectors or other transferred DNA And Or refers to the cell being used, This is the original cell that was transfected The first descendants of are included.   When used here, "Replicon" Autonomy of nucleotide replication in cells Any genetic element that behaves as a sexual unit, For example, a plasmid, Chromosome or wi Ruth means.   "Vector" Another polynucleotide segment is A copy of this segment And / or replicons that are linked so that expression occurs.   The term "control sequence" To express the coding sequence linked to it Refers to the required polynucleotide sequence. The nature of such control sequences depends on the host organism. Different. In prokaryotes, Such control sequences are generally promoters , Riboso Including a site binding site and a terminator, In eukaryotes, Such control The sequence is generally a promoter, Terminator and In some cases, Enhancer Including Therefore, The term "control sequence" At least its presence is necessary for expression. It is intended to include all essential components, Furthermore its presence is advantageous Components For example, leader sequence, May be included.   "Operably linked" means The components described above are: Work in the way they intend Refers to situations in which it is possible to Therefore, For example, In the code sequence, The operably linked control sequence Under conditions compatible with this control sequence, They are linked in such a way that expression is achieved.   The term "open reading frame" or "ORF" Polypeptide encoding polypeptide Refers to a region of the nucleotide sequence. This region may represent part of the coding sequence , It may represent the entire coding sequence.   "Code sequence" Transcribed into mRNA when placed under the control of appropriate regulatory sequences And And a polynucleotide sequence translated into a polypeptide. Code array Is defined by a translation initiation codon at the 5'-end and a translation stop codon at the 3'-end. Determined You. The coding sequence includes mRNA, Includes cDNA and recombinant polynucleotide sequences Can be It is not limited to these.   The term “immunologically distinguishable with / as” The specified polypeptide (One or more) And a unique epitope (one or Multiple) and the presence of the polypeptide (s). Immunological identity It can be determined by antibody binding and / or competition in binding. these The technique is well known to routine processing technicians, It is also described here. Also, Epi The uniqueness of the tope is About the polynucleotide sequence encoding the epitope A known databank of For example, GenBank computer search, And other existing It can also be determined by comparing the amino acid sequence with a known protein.   When used here, An "epitope" is a polypeptide or protein Means the original determinant. Perhaps An epitope consists of three amino acids Can be included in a specific spatial conformation. Generally, Few epitopes Consists of at least five such amino acids, More generally, At least 8 And consists of 10 amino acids. Investigate spatial conformation Methods are known in the art, This includes For example, X-ray crystallography and Includes two-dimensional nuclear magnetic resonance.   "Conformational epitopes" are specific juxtapositions that adopt immunologically recognizable structures. An epitope comprising amino acids, These amino acids are the same polypeptide Present in a continuous or discontinuous order on Or on different polypeptides You.   The polypeptide is By antibody recognition of specific epitopes contained in the peptide If it binds to the antibody, It is "immunologically reactive" with an antibody. Immunological reactivity Is due to the binding of the antibody Above all, due to the kinetics of antibody binding, And / or antibody directed A known polypeptide (s) containing the epitope (s) (Or multiple). Po Methods for determining whether a repeptide is immunologically reactive with an antibody are described in It is known in the art.   When used here, "Immunogenic polypeptide containing an epitope of interest" The term A naturally occurring polypeptide of interest or a fragment thereof, As well as other hands Dan, For example, chemical synthesis, Or prepared by expressing the polypeptide in a recombinant organism Po Means a repeptide.   The term "transfection" Regardless of the method used to implement it, Eukaryotic Indicates that the exogenous polynucleotide is introduced into a prokaryotic host cell. "Transfection" The term Shows both stable and transient introduction of the polypeptide , And direct uptake of polynucleotides, Transformation, Transduction and f-mating Include. Once introduced into the host cell, An exogenous polynucleotide is Non-group Embedded replicon, For example, can it be maintained as a plasmid, Or there is Or may be integrated into the host genome.   "Treatment" Indicates prevention and / or treatment.   As used herein, the term “individual” vertebrate, Especially showing mammal mates , And, but not limited to, livestock, Competition animals, Primates and humans I can do it. More specifically, This word is Shows human.   As used herein, “sense strand” or “plus strand” (or “+”) , Represents a nucleic acid comprising a sequence encoding the polypeptide. "Antisense strand" Or the term "minus strand" (or "-") Phase with "plus" chains Complementary distribution Represents a nucleic acid containing a sequence.   The term "test sample" Source of analyte (antibody of interest or anti-antibody of interest (Like the original). These components are: Well-known in the art Have been. The test sample is Anything generally expected to contain the target sequence is there. The test sample is Get a specimen from the individual, And if necessary Any details included Break up the vesicles, Methods well known in the art that result in release of the target nucleic acid It can be prepared using theory. These test samples include: The present invention described herein Biological samples that can be tested by the method, And whole blood, serum, plasma, Pith liquid, sputum, Bronchial lavage fluid, Bronchial aspirate, urine, Lymph and respiratory organs, Intestines and Various external secretions of the genitourinary tract, Tears, saliva, milk, White blood cells, Like myeloma etc. Human and animal body fluids; Biological fluids such as cell culture supernatant; May be fixed Tissue specimen; And a cell specimen that may be fixed.   "Purified product" The product is isolated from naturally associated cellular components And And samples of products isolated from other types of cells that may be present in the sample of interest Is shown.   "PNA" Utilization by means such as the assay described here Represents a "peptide nucleic acid analog" for which the presence of a target can be measured. "MA" here "Morpholine" can be used to determine the presence of the target using means such as the assays described. Analog ". For example, US Patent 5, 378, See No. 841. PNA is During ~ Is the part charged Can be directed to RNA targets or DNA is there. For example, a PNA probe used in an assay instead of the DNA probe of the present invention Is It offers advantages not achievable when DNA probes are used. these The advantages of Manufacturability, Large-scale labeling, Reproducibility, Stability, For changes in ionic strength Insensitivity to And yeast present in a method utilizing DNA or RNA Resistance to elemental degradation. These PNAs are fluorescence, Radioactive nuku Leotide, Labeled with (attached to) a signal generating compound such as a chemiluminescent compound sell. Therefore, Other nucleic acid analogs, such as PNA or MA, DNA or It can be used in assays instead of RNA. Here, a DNA probe is used. The test to use is described, If necessary or necessary for the assay reagent, Suitable With the painful changes, Replacing RNA or DNA with PNA or MA Within the range of regular workers.   "Analyte," as used herein, To be detected which may be present in the test sample Substance. The analyte is A naturally occurring specific binding component loss to it (such as an antibody ) Exists or To which or specific binding members can be prepared, Any thing It may be quality. Therefore, The analyte is One or more A substance that can bind to members of specific binding. "Analyte" Any antigenic substance , Hapten, Also encompasses antibodies and combinations thereof. With members of a specific binding pair do it, The analyte is As a member of a specific binding pair for the determination of vitamin B12 Use of sex factor proteins, Use of folate binding protein to measure folate, Ma Or the use of lectins as members of specific binding pairs to measure carbohydrates like, It can be detected by a naturally occurring specific binding partner. Analyte and Then, protein, Polypeptide, amino acid, Nucleotide targets, etc. You.   "Pulmonary disorders", "Lung disease", And the "pulmonary condition" Here it is used interchangeably I can Indicates any disease or condition of the lower respiratory tract, This includes Pneumonia (virus sex, Bacterial, And any cause, including fungal)), asthma, Black lung disease, Silicosis, Adult call Dysphagia syndrome, And cancer, However, it is not limited to these.   As used herein, "lung cancer" About all malignant diseases of the lower respiratory tract say, This includes Small cell carcinoma, Glandular cancer, Squamous cell carcinoma, Including large cell carcinoma , However, it is not limited to these. Lung cancer is Small cell cancer and non-small cell cancer They are often divided into groups.   "Expressed sequence tag" or "EST" Reverse transcription of mRNA extracted from tissue Shows the partial sequence of the cDNA insert created by inserting it into the vector after You.   "Transfer image" Table or list showing the quantitative distribution of ESTs in the library Show, Then, it represents a group of genes active in the tissue in which the library was created.   The present invention Assays utilizing specific binding members are provided. Places used here The "specific binding member" Member of a specific binding pair. That is, scientific Or by physical means, One of those molecules specifically binds to a second molecule Are two different molecules. Therefore, Characteristics of antigens and antibodies in normal immunoassays In addition to the heterozygous pair, As another specific binding pair, Bio Chin and avidin, Carbohydrates and lectins, A complementary nucleotide sequence, F Vector and receptor molecules, Cofactors and enzymes, Enzyme inhibitors and enzymes No. further, A specific binding pair is An analog of the original specific binding member, For example Analyte analogue, Can be included. As an immunoreactive specific binding member Is antigen, Antigen fragments, Antibodies and antibody fragments, Monoclonal antibodies and polyclones And further includes a complex thereof. Shaped by recombinant DNA molecules Including those made.   As used herein, the term “hapten” Has the ability to bind to antibodies But Incapable of inducing antibody formation unless bound to a carrier protein, part Indicates a target antigen or non-protein binding member.   As used herein, the term "capture reagent" Sandwich certification Analyte, An indicator reagent or analyte in a competitive assay, And in indirect tests Una An auxiliary specific binding member specific for the analyte itself, Specific to any of Unlabeled specific binding members. The capture reagent is Before the test is performed or the test is performed Directly or indirectly bound to the solid phase material in the row, as a result, Immobilization from test sample Allows coalescence to be separated.   "Indicating reagent" Generates a measurable signal that can be detected by external means Ability or emerges, ("Attached") bound to specific binding members Null generating compound "(" label "). The indicator reagent is Specific binding pair members In addition to the antibody Biotin or anti-biotin, Avidin or biotin, Charcoal Hapten-anti-hapten systems such as hydrates or lectins, Complementary nucleotide sequence Columns, Effector or receptor molecule, Enzyme cofactors and enzymes, Enzyme inhibitors Or enzymes, etc. It can also be a member of all specific binding pairs. Immune response Sex-specific binding members antibody, antigen, Or [Positive interest in sandwich method Repeptide, Of capture reagents in competitive assays And specific binding in direct and direct assays Antibody / antigen complex capable of binding to any of the members]. Plow When describing probe and probe assays, Use of the term "reporter molecule" it can. The reporter molecule is Here, carbazole or Signal generation bound to specific binding members of specific binding pairs such as damantane Compounds.   Various intended "signal generating compounds" (labels) include: Coloring, enzyme Catalysts, such as Fluorescin and Lodamine Fluorescent compounds, such as Dioxetane, Acridinium, Phenanthrium and Chemiluminescent compounds such as luminol, Radioactive elements and direct visible labels include Can be Examples of enzymes include Alkaline phosphatase, Horseradish peroxy Daze, Beta-galactosidase and the like. The choice of a particular sign is important Is not The signs are On its own, Or signal by binding to one or more additional substances Must be capable of producing   “Solid phase” (“solid support”) Known to those skilled in the art, Reaction tray wells Wall of, Test tubes, Polystyrene beads, Magnetic or non-magnetic beads, Nitrocellulose Strip, film, Latex particles, Sheep (or other animal) red blood cells And de Red blood cells, Abbott L, "immobilized" by laboratories, available from Abbott Park IL) and And other fine particles. The “solid phase” is not important and is not You can choose. Therefore, latex particles, fine particles, magnetic or non-magnetic beads , Membrane, plastic test tube, microtiter well wall, glass or silicon Tip, sheep (or other animal) Are all suitable examples. Suitable methods for immobilizing peptides on a solid phase include: Ionic, hydrophobic, covalent bonds and other interactions. Used here The "solid phase" is insoluble or becomes insoluble by a continuous reaction Shows all possible materials. The solid phase has the inherent ability to attract and immobilize capture reagents Can be selected. Instead, solid phases have the ability to attract and immobilize capture reagents. It may carry additional receptors. As additional receptors Oppositely charged with respect to the capture reagent itself or a charged substance bound to the capture reagent. Charged substances. In yet another alternative, the receptor molecule Is immobilized (attached) to its solid phase and capture reagents through a specific binding reaction Any specific binding member capable of immobilizing may be used. Receptor Indirectly binds the capture reagent to the solid phase material before or during the assay Make it possible. The resulting solid phase is plastic, derivatized plastic , Magnetic or non-magnetic metal, glass or silicon surface of test tube, microtiter -Wells, sheets, beads, microparticles, chips, sheep (or other suitable animal ) It can be other shapes known to the trader.   The solid phase is also porous enough to be contacted by the detection antibody and binds the antigen It is intended to include all suitable porous materials that exhibit a suitable surface affinity to And are within the scope of the present invention. Microporous structures are generally preferred, but hydrated Materials that exhibit a gel structure in a state can be used as well. Like this Solid supports for use include, but are not limited to, nitrocellulose and Nylon is mentioned. Such a porous solid support described herein has about 0 . It is in the form of a sheet having a thickness of from 0.1 to 0.5 mm, preferably about 0.1 mm. It is expected to be favorable. The size of the holes can vary over a wide range of limitations and About 0.025 to 15 microns, especially about 0.15 to 15 microns. Good. The surface of such a support provides a covalent attachment of the antigen or antibody to the support. Can be activated by chemical methods that cause But irreversible of antigen or antibody Bonds are generally absorbed into porous materials by poorly understood hydrophobic forces It is obtained by being done. Other suitable solid supports are known in the art.reagent   The present invention relates to a polynuclease designated LU105 derived from lung tissue of interest. Otide sequences, polypeptides encoded thereby and these polypeptides And a reagent such as an antibody specific for. The present invention relates to the disclosed polynucleotides. Oligonucleotide fragments derived from these polynucleotides, complementary to these polynucleotides Also provided are reagents such as unique nucleic acid sequences. Polynucleotide and polypeptide of the present invention Or antibodies detect, diagnose, probe, and monitor pulmonary diseases and conditions, such as cancer Information to make, predict, prevent or treat, or determine a predisposition Can be used to provide The sequences disclosed herein can be used for assays. Or unique that can be used to generate a specific profile of gene transcription activity Represents the polynucleotide of Such an assay is described in European Patent No. 0373203B. No. 1 and International Publication No. WO 95/11995.   The selected LU105-derived polynucleotide has normal or altered gene expression. Can be used in the methods described herein. This way A LU105 polynucleotide or oligonucleotide, a fragment or Guidance The body, or a nucleic acid sequence complementary thereto, can be used.   The polynucleotides disclosed herein, their complementary sequences or any fragments thereof The piece may be a gene, nucleic acid, cDNA or a gene associated with diseased and symptomatic lung tissue. It can be used in assays to detect, amplify or quantify mRNA. They are, Also used to identify the entire or partial coding region of the LU105 polypeptide. Can be Furthermore, they are provided in individual containers in the form of a kit for the assay. Or provided as individual compositions. Provided in the assay kit If provided, other suitable reagents, such as buffers, conjugates, etc., may be included. You.   The polynucleotide may be in the form of RNA or DNA. DNA, cD Polynucleotides in the form of NA, genomic DNA, nucleic acid analogs and synthetic DNA , Within the scope of the present invention. The DNA may be double-stranded or single-stranded. However, if it is single-stranded, the coding (sense) strand or non-coding (antisense S) can be a chain. A coding sequence encoding a polypeptide is provided herein. The coding sequence may be identical or the coding sequence Or the result of degeneracy As another coding sequence that encodes the same polypeptide as the DNA provided herein. It may be a row.   The polynucleotide may be [only the coding sequence of the polypeptide], [the Coding sequence and leader or secretory sequence or proprotein sequence of the repeptide Additional coding sequence such as a sequence] or [the coding sequence of the polypeptide (and And optionally additional coding sequences) and 5 'and / or 3' non-coding sequences. Non-coding sequence of the polypeptide coding sequence].   In addition, the invention includes modifications such as polynucleotide deletions, substitutions or additions. Variant polynucleotides, and resulting from the variant polynucleotide sequences Includes all polypeptide modifications. The polynucleotide of the present invention is provided herein. Can also have a coding sequence that is a naturally occurring allelic variant of the coding sequence You.   In addition, the coding sequence for this polypeptide can be transferred from the host cell in the same open reading frame. A polynucleotide sequence that assists in the secretion and expression of A leader sequence that functions as a secretory sequence that controls the translocation of Can be combined. A polypeptide having a leader sequence is a precursor protein and its host cell Has a leader sequence that is cleaved by the enzyme to form the polypeptide. This The polynucleotide of this protein and the additional 5 'amino acid residues It can also encode a roprotein. A protein having a prosequence A protein, and in some cases, an inactive form of the protein. Once When the sequence is cleaved, the active protein remains. Therefore, the polynucle of the present invention Reotide is a protein or protein with a prosequence or Encodes a protein that has both a sequence (leader sequence) and a pro sequence .   The polynucleotide of the present invention can purify the polypeptide of the present invention. It may also have the coding sequence fused in frame with the marker sequence. This marker The sequence can be used to purify the polypeptide fused to the marker in the case of a bacterial host. Hexahistidine tag supplied by pQE-9 vector Or, for example, the marker sequence is a mammalian host such as COS- If a 7 cell line is used, it may be a hemagglutatin (HA) tag. HA Tags are flu Corresponds to an epitope derived from the enza hemagglutinin protein. For example, I. See Wilson Cell, 37: 767 (1984).   At least 50% between the sequence of this polynucleotide and a polynucleotide , Preferably at least 70% and more preferably at least 90% homology If so, the polynucleotide hybridizes to the sequence provided herein. It is thought to soy.   The present invention relates to an LU105 polypeptide selected from the polynucleotides provided herein. Purified L which is at least a part of the polypeptide encoded by the nucleotides Also provided are antibodies produced by using a U105 polypeptide. this These antibodies were used as provided herein for detecting the LU105 antigen in test samples. Can be used in law. The presence of the LU105 antigen in the test sample is indicative of lung disease or Indicates the presence of symptoms. Antibodies can also be used for therapeutic purposes, e.g. Used to neutralize the activity of LU105 polypeptide in expression-related conditions. Can also be used.   The invention further has the deduced amino acid sequence provided herein. LU105 polypeptides, and fragments, analogs and fragments of such polypeptides. And derivatives. The polypeptide of the present invention may be a recombinant polypeptide, a naturally occurring polypeptide. Or a synthetic polypeptide. LU105 polypeptide Fragments, derivatives or analogs have one or more amino acid residues conserved. Or substituted with a non-conserved amino acid residue (preferably a conserved amino acid residue) Such replacement amino acid residues may be encoded by the genetic code. With or without one or more amino acid residues The group may have a substituent, or the polypeptide may be a polypeptide. Compounds that increase the half-life of the peptide (eg, polyethylene glycol) It may be fused to another compound, or may contain additional amino acids Is the leader or secretory sequence, or a sequence used to purify the polypeptide Alternatively, it may be fused to a polypeptide such as a proprotein sequence . Such fragments, derivatives and analogs are within the scope of the present invention. The present invention The polypeptide and polynucleotide are preferably provided in an isolated form; and Preferably, it is purified.   Thus, the polypeptides of the present invention are identical to those of the naturally occurring polypeptide. The same or small changes by one or more amino acid substitutions Have different amino acid sequences. The change is typically about 1-5 amino acids (where the substituted amino acids exhibit similar structural or chemical properties) You. )), For example, leucine to isoleuc Substituting for syn or substituting threonine for serine. Contrast Changes may include non-conservative changes, such as replacing glycine with tryptophan. Can be mentioned. Similar minor changes include deletions or insertions of amino acids. Or both. Which and how many amino acid residues are in biology Substitutions, insertions or deletions without altering the immunological or immunological activity The criteria to be determined are computer programs well known in the art, such as DN ASTAR software (DNASTAR Inc. Madison WI) Can be found using:   Probes constructed with the polynucleotide sequences of the present invention can be used in various types of assays. Can be used in a variety of assays that provide For example, such a probe Is the in situ fluorescence Chromosome analysis can be performed using hybridization (FISH) technology. And visible or PCR generated probes depending on the distribution of the chromosomes and / Or allele-specific oligonucleotide probe (allele-specific increase Deletions or translocations detectable by width or direct sequencing) It can be used to identify cancer-specific structural alterations in the chromosome, such as Wear. The probe can be a radioisotope, a directly or indirectly detectable hapten. Or can be labeled with a fluorescent molecule, and the polynuclease in a tissue specimen or cell. To evaluate mRNA expression of genes including nucleotides in situ It can also be used for hybridization studies.   The present invention provides for producing the polynucleotides and polypeptides provided herein. Instructions are also provided.   Probe test   The sequences provided herein are used in assays to detect nucleic acids in test samples Can be used to produce probes that can be used. Probe aims From the conserved nucleotide region of the polynucleotide or the polynucleotide of interest. Do not keep Can be designed from existing nucleotide regions. Such a procedure for optimizing in tests The design of the hub is within the skill of the ordinary engineer. Generally, nucleic acid probes are If great specificity is desired, it can be generated from non-conserved or characteristic regions and Acid probes are closely related to multigene families of various members, or For testing nucleotide regions related to correlated species such as mouse and human In this case, it is generated from the storage area.   The polymerase chain reaction (PCR) is a process where nucleic acids or mixtures thereof are contained. This is a technique for amplifying a desired nucleic acid sequence (target). In PCR, the complementary strand of the target nucleic acid A pair of primers is used in excess to hybridize. Those plastic The immers are each extended by a polymerase using the target nucleic acid as a template. The extension products themselves become the target sequence and are separated from the original target strand. So After that, the new primer is hybridized and extended by polymerase. And the cycle is repeated to exponentially increase the number of target sequence molecules You. PCR is described in U.S. Patent Nos. 4,683,195 and 4,683,202. Is disclosed.   Ligase chain reaction (LCR) is an alternative to nucleic acid amplification. In LCR, two primary (first and second) and two secondary (third and fourth) 2.) Probe pairs with probes are used, all of which are in molar excess relative to the target Used in. The first probe hybridizes to the first segment of the target strand, The second probe hybridizes to a second segment of the target strand, and the first and second The two segments are such that the primary probe touches each other in a 5 'phosphate-3' hydroxyl group relationship. Ligase covalently couples the two primary probes to the fusion product Adjacent so that they can be fused or joined. In addition, the third (secondary) probe Can hybridize to a portion of the first probe, and the fourth (secondary) probe It can hybridize to a part of the second probe in a similar adjacent state. Of course the target If is initially double-stranded, the secondary probe will hybridize to a target complementary to the first example. We do redistribution. Once the connecting strand of the primary probe is separated from the target strand, It is hybridized with third and fourth probes that can be ligated to form a complementary secondary ligation product. Bridging. The ligation product is functionally equivalent to either the target or its complement It is important to recognize that there is. Antihybridization and ligation By the return cycle, amplification of the target sequence is achieved. This technology is K. was issued on June 16, 1989. European Patent A-32 by Backman No. 0308 and K.K. issued on July 31, 1991. Backman et al. In European Patent Application A-439182.   For amplification of mRNAs, the mRNA is reverse transcribed into cDNA and then polymerized. Performing the polymerase chain reaction (RT-PCR), see US Pat. No. 5,322,770. Using a single enzyme for both steps as described, or L. Ma rshall et al.PCR Methods and Applications   4: Invert mRNA to cDNA as described in 80-84 (1994). Transcription, and then performing an asymmetric gap ligase chain reaction (RT-AGLCR) Is within the scope of the present invention.   Other known amplification methods that can be used here include, but are not limited to, gene amplification. I. C. Gatelli et al.PNAS USA  87: 1874-178 (1990); ComptonNa cure   350 (No. 6313): 91-92 (1991). So-called "NASBA" or "3SR" technology; Europe published Q-beta amplification as described in State Patent Application (EPA) No. 4544610; Displacement amplification (strand amplification) on) G. T. Walker et al.Clin. Chem.42: 9-13 (199 6) and described in European Patent Application (EPA) 684315); and Target-mediated amplification as described in WO 93/22461 (targ) et mediated amplification).   The detection of LU105 is based on those detection methods currently well known in the art as well as Can be achieved using any suitable detection method, including detection strategies that evolve later You. See, for example, Caskey et al., US Pat. No. 5,582,989, Gelfan. See U.S. Pat. No. 5,210,015 to d et al. Examples of such detection methods include: Target amplification methods and signal amplification techniques are included. Examples of currently known detection methods and This corresponds to PCR, LCR, NASBA, SDA, RCR and TMA. Nucleic acid amplification techniques. For example, US Pat. No. 5,582, Caskey et al. No. 989, US Pat. No. 5,210,015 to Gelfand et al. Detection is No. 5,273,882 to Snitman et al. This can also be achieved using signal amplification such as those described in Target or sig While the amplification of nulls is currently preferred, there is a hypersensitive detection method that does not require amplification. It is intended to be available here and is within the scope of the present invention.   Detection of both amplified and non-amplified is heterogeneous and heterogeneous. It can be done (combined) using different detection formats. Heterogeneous detection Examples of mats are described in US Pat. No. 5,273,882 to Sitman et al., Alb. European Patent No. 841144441.9 to arela et al., US Patent to Urdea et al. U.S. Patent No. 5,185,243 to Ullman et al. And Kourilsky et al., US Patent No. 4,581,333. . An example of a similar detection format is described in Caskey et al., US Pat. No. 89, US Pat. No. 5,210,015 to Gelfand et al. . Hybridization assays improve the sensitivity and amplification of the LU105 signal The use of multiple probes to improve is also contemplated and is within the scope of the present invention. For example, US Patent See US Patent No. 5,582,989 and US Patent No. 5,210,015.   In one aspect, the invention generally contemplates including a target polynucleotide sequence. The test sample to be measured is placed on the internal region of the amplification primer and amplicon sequence. Contacting with an amplification reaction reagent that includes a detection probe that can be hybridized. Include. The probes and primers used by the methods provided herein are Labeled with a capture and detection label, wherein the probe is labeled with one type of label And the primer is labeled with another type of label. In addition, the primer Probe and probe have a lower melting temperature than the primer sequence To be selected. The amplification reagent, the detection reagent and the test sample are placed under amplification conditions, This produces a copy (amplicon) of the target sequence in the presence of the target sequence Is done. Usually, primers are used to amplify the target sequence and its complementary strand. As provided, the amplicon is double-stranded. Then double-stranded amplicon Are thermally denatured to produce single-stranded aplicon members. Single-stranded amplico Once formed, the mixture is cooled and the probe and single-stranded amplicon structure are cooled. A complex is formed between the members.   Upon cooling the single-stranded amplicon and probe sequences, The probe sequence preferentially binds to single-stranded amplicon configuration D. This discovery The lobe sequence is generally chosen to be shorter than the primer sequence, It has a lower melting temperature than the mer and is counterintuitive. Therefore, its primer The melting temperature of the amplicon produced by the probe is higher than the melting temperature of the probe. It also has degrees. In other words, when its members are cooled, the double-stranded amplicons reform. is expected. But, as mentioned earlier, this is not the case. One probe It has been found to bind preferentially to strand amplicon members. In addition, This preference for single-stranded amplicon binding is due to the It is present even when over-added.   After the probe / single-stranded amplicon member hybrids are formed, they Is detected. Standard heterogeneous assay format present on primers and probes It is suitable for detecting hybrids using detection and capture labels. The hybrid is bound to the solid phase reagent by a capture label and Therefore, it is detected. If the detectable label can be detected directly, The presence of the label, if necessary, causes the label to produce a detectable signal; and And signal detection Can be detected. If the label is not directly detectable, Hybrids generally include a binding member bound to a directly detectable label. Contact the conjugate. The conjugate binds to the complex and Conjugates present on the body can be detected by directly detectable labels. Wear. Thus, the presence of the hybrid on the solid phase reagent can be measured. Those skilled in the art , Unhybridized amplicon or probe and unbound conjugate Recognize that a wash step can be used to wash away.   Although the target sequence is described as single stranded, the target sequence is actually double stranded, Simply separates from its complement prior to hybridization with amplification primer sequences It is also intended to encompass cases where Where PCR is used in this method In that case, the ends of the target sequence are usually known. LCR or a modification thereof is preferred. When used in a preferred method, the entire target sequence is usually known. Typically The target sequence is, for example, a nucleic acid sequence such as RNA or DNA.   The methods provided herein are particularly useful in PCR and gap LCR (GLCR). Well-known, including thermocycling reaction mixtures Can be used for amplification reactions. In amplification reactions, the target sequence is usually Repeated copies of the target nucleic acid sequence, a small region of the larger nucleic acid sequence The resulting primer is used. Primers by themselves correspond to regions of the target sequence. A nucleic acid sequence that is complementary. Under amplification conditions, these primers Hybridize or bind to a complementary region. A copy of the target sequence is generally Utilizing enzymes having merase or ligase activity separately or in combination, Adding nucleotides to hybridized primers and / or adjacent probes Generated by the primer extension and / or ligation process It is. Added to primers or probes as monomers or running oligomers The additional nucleotide is also complementary to the target sequence. Once the primer or professional Once the tubes have been sufficiently extended and / or joined, they can, for example, By heating to the "melting temperature" at which the complementary nucleic acid strand separates, Separated from Therefore, a sequence complementary to the target sequence is formed.   A new amplification cycle is then performed to separate all double-stranded sequences and Marker or probe to each target The hybridized primer or probe is extended and / or Or by ligation and re-separation, more target sequences are amplified. It is. The complementary sequence generated by the amplification cycle is used for primer extension. Or the gap between two primers that further amplifies many target sequences Can work as a mold for Generally, the reaction mixture is prepared for 20 and 100 times. And more particularly, the reaction mixture is repeated 25 to 50 times. Rhinoceros The number of vehicles can be determined by ordinary personnel. In this way, target distribution Multiple copies of the sequence and its complementary sequence are produced. Thus, the primer Initiates amplification of the target sequence when it is present under amplification conditions.   Generally, two primers complementary to the target strand and a portion of its complement are Used for For LCR, two of which are complementary to the target sequence and And two of them have four probes that are also complementary to the target complement. Commonly used. The nucleic acid amplification reaction mixture was prepared as described above with the primer set. In addition to, but not limited to, enzymes, manganese, magnesium, salts, nicotine Amide adenine dinucleotide Enzyme cofactors such as (NAD); eg, deoxyadenine triphosphate, deoxy Of guanine triphosphate, deoxycytosine triphosphate and deoxythymine triphosphate Well known, including such deoxynucleotide triphosphates (dNTPs) Other reagents may be included.   Amplification primers initiate amplification of the target sequence while detection (or I) The probe is not involved in the amplification. Detection probes are generally For example, peptide nucleic acids disclosed in International Publication No. WO 92/20702; Nos. 5,185,444, 5,034,506 and 5,142,047 Nucleic acid sequences or uncharged nucleic acid analogs, such as the morpholino analogs described in It is. Depending on the type of label carried by the probe, the probe Used to capture or detect the generated amplicon. The probe is Is not involved in the amplification of the target sequence and therefore additional dNTPs are added to the probe. In that respect, it can be considered "non-extensible". In themselves and in their own Analogs are usually non-extendable, and nucleic acid probes are no longer hydroxylated. Modify the 3 'end of the probe so that it cannot participate in expansion This makes it inextensible. For example, the 3 'end of the probe Can be functionalized with capture or detection labels, resulting in consumption or protection of hydroxyl groups can do. Alternatively, the 3 'hydroxyl group can be simply cleaved, replaced, or Can be modified. U.S. Patent Application Serial Numbers filed April 19, 1993 No. 07 / 049,061 describes a modification that can be used to make a probe non-extendable. The decoration method is described.   The ratio of primer to probe is not critical. Therefore, the probe or Or one of the primers is added to the reaction mixture in excess, thereby Becomes higher than the other. Alternatively, primers and probes are Equal concentrations can be used. However, the primers It is preferred to add to the reaction mixture in excess. Thus, for example, 5: 1 and 20 A primer to probe ratio of 1: 1 is preferred.   The length of the primers and probes can vary, the probe sequence It is chosen to show a lower melting temperature than the sequence of the primer. Therefore, primer The rows are generally longer than the probe sequences. In particular, the primer sequence should Cleoch And more particularly in the range of 20 to 30 nucleotides in length. Typical Lobes range from 10 to 25 nucleotides in length.   Various methods for synthesizing primers and probes are well known in the art . Similarly, methods for attaching labels to primers or probes are well known in the art. Have been. For example, conventional nucleotide phosphoramidite chemistry and App lied Biosystems, Inc. (Foster City, CA) , Dupont (Wilmington, DE), or Milligen (B edford, MA) using the desired nucleic acid primer or It is normal to synthesize a probe. The primer or probe of the present invention Many methods have been described for labeling oligonucleotides, such as oligonucleotides. E nzo Biochemical (New York, NY) and Clont ech (Palo Alto, CA) describes probe labeling technology and Sold. For example, 3'-Amine-ON CPGTM(Clontech , Palo Alto, CA) to attach a primary amine to the 3 'oligo end Sa (Clontech) to attach the primary amine to the 5 'oligo end. Can be. Amines can be combined with various haptens using conventional activation and conjugation chemistry. Can react. In addition, a pending co-pending application issued on December 11, 1990 U.S. Patent Application Serial No. 625,566, filed December 20, 1990 U.S. Patent Application Serial No. 630,908 describes their 5 'and 3' Methods of labeling the probe at the 'end are taught. Departs June 25, 1992 Issued International Publication No. WO92 / 10505 and issued on July 9, 1992 Published International Publication No. WO 92/11388 describes their 5 'and And labeling the probe at the 3 'end. Oligonucleotide By one known method of labeling, a labeled phosphoramidite reagent is prepared and Used to label oligonucleotides during their synthesis. For example, N. T. Thong et al.Tet.Letters  29 (46): 5905-590 8 (1988); S. US Patent Application Serial No. 07 / issued by Cohen et al. No. 246,688 (NTISORDER No. PAT-APPL-7-246,6) 88) (1989). Probes at their 3 'and 5' ends Preferably, it is labeled.   The capture label is attached to a primer or probe and features of the solid phase reagent. It can be a specific binding member that forms a binding pair with a heterologous binding member. Primer It will be understood that the probe itself serves as a capture label. For example, solid phase If the binding member of the reagent is a nucleic acid sequence, the capture label can be a primer or a probe. Binds to the complementary part of, thus immobilizing the primer or probe on the solid phase To choose. If the probe itself acts as a binding member, one skilled in the art A sequence whose probe is not complementary to a single-stranded amplicon member or a "tail" ". When the primer itself acts as a capture label Selected so that the probe is not sufficiently complementary to the primer sequence. As a result, at least a portion of the primer hybridizes with the nucleic acid on the solid phase. To avoid   Generally, the probe / single-stranded amplicon member complex performs a heterogeneous immunoassay. Can be detected using commonly used techniques. Preferably, this embodiment Then, the commercially availableAbbott Park, IL), depending on the protocol used. Out is performed.   The primer and the probe disclosed herein are a test sample, a pair of primers. The amplification is performed, the hybridization probe is added, and the Useful for typical PCR assays to perform   Another method provided by the invention provides that at least one polynucleotide comprises A plurality of polynucleotides that are the LU105 molecules described herein and a test sample Contacting the test sample with the plurality of polynucleotides. And detecting the hybridization complex. C Identify and quantify the hybridization complexes to identify lung tissue diseases such as lung cancer Collect the profiles shown. In addition, the expressed RNA sequence can be reverse transcribed and D by means well known in the art, including the polymerase chain reaction (PCR) It can be detected by amplifying the NA product.   Drug screening and gene therapy   The present invention relates to polynucleotides related to lung tissue diseases or conditions, particularly lung cancer. The present invention may be used for patients showing symptoms associated with abnormal expression. Antisense LU105 such as a polynucleotide or oligonucleotide Includes the use of gene therapy to introduce the inducing molecule. Antisense RNA And these molecules, including DNA fragments and ribozymes, are LU105-mR Designed to inhibit translation of NA and alterations of the LU105 polynucleotide Can be used therapeutically in the treatment of symptoms associated with quality and abnormal expression Like.   Alternatively, the oligonucleotide described above can be an antisense RNA or DNA is expressed to inhibit production of LU105 polypeptide in the manner described above. delivered to the cell by means known in the art so that it can be expressed in vivo. sell. Thus, the antisense construct for the LU105 polynucleotide is Reverses the effects of LU105 transcription and treats disease conditions in lung tissue such as lung cancer Can be used for These antisense constructs are used to treat tumor metastasis You can also.   The invention relates to the LU105 polypeptide (s) or any of them. A plurality of compounds that specifically bind to the fragment are selected to be specific for the LU105 polypeptide. Also provided are methods of identifying at least one compound that binds differentially. like this The way is Providing at least one compound, sufficient number of times to allow binding Mixing the LU105 polypeptide with each compound below and binding to each compound Detecting the LU105 polypeptide.   The polypeptides or peptide fragments used in such tests are free in solution. Isolated, fixed to a solid support, carried on the cell surface, or Or present in the cell. One method of drug screening Stably transfect a recombinant nucleic acid capable of expressing a polypeptide or peptide fragment Utilizing the inserted prokaryotic or eukaryotic host cells. Drugs, compounds or other drugs Competitive binding assays can screen for such transfected cells. Wear. For example, the formation of a complex between the polypeptide and the agent to be tested Alternatively, it can be measured on any of the immobilized cells.   Thus, the present invention can be used to treat diseases associated with LU105. A method of screening for a drug or any other drug that can This These methods include contacting the agent with a polypeptide or fragment thereof, and And the presence of a complex of the drug and the polypeptide or the polypeptide and the cell Assaying for the presence of the complex with In a competitive binding assay, The peptides are typically labeled. After appropriate incubation, free (or Uncomplexed form) from which the polypeptide or fragment thereof is present in bound form The amount of free or uncomplexed label released and the amount of free or uncomplexed label Used to evaluate the potency or the ability to inhibit the polypeptide / cell complex.   The present invention provides a neutralizing antibody having the ability to bind to a polypeptide, Competitive screening test that specifically competes for binding to Including the use for the fixed. In this procedure, antibodies are used to determine one or more antigen determinations. Any group in the test sample that shares a group with the LU105 polypeptide provided herein. It can be used to detect the presence of a polypeptide.   Another technique for drug screening is the use of a small number of LU105s disclosed herein. High efficiency screening for compounds that show appropriate binding affinity to at least one polypeptide Provide cleaning. Briefly, large amounts of various small peptide test compounds Objects are solid phase, such as plastic pins or some other surface. Is done. The peptide test compound is reacted with the polypeptide and washed. Got Polypeptides bound to the solid phase are detected by methods well known in the art. . The purified polypeptide is prepared for use in the screening techniques described herein. It can also be coated directly on the sheet. In addition, non-neutralizing antibodies can It can be used to capture and fix it on a solid support. example See, for example, European Patent No. 84/03564, issued September 13, 1984.   Goals of rational drug design include interacting agonists, antagonists, or inhibitors Produces structurally similar biologically active polypeptides or small molecules of interest It is to be. Such structural analogs are more active or stable forms of poly. Is a peptide or enhances the function of a polypeptide in vivo, or Can be used to design inhibitors. J. Hodgson B io / Technology 9: 19-21 (1991).   For example, one approach is to use a polypeptide or polypeptide inhibitor complex. The three-dimensional structure of the coalescence can be determined by x-ray crystal structure analysis, by computer model, or Or most commonly 2 It is measured by a combination of the two approaches. Shape and charge of the polypeptide Both determine the structure of the molecule and the active site (one or more) A) must be confirmed to determine. Sometimes the structure of a polypeptide Useful information about the structure of the homologous protein Can be. In both cases, the relevant structural information may indicate similar polypeptide-like molecules. Used to design or identify effective inhibitors.   Useful examples of rational drug design include: Braxton and othersBiochem istry   31: 7796-7801 (1992). Is a molecule having improved stability, or B. P. J. Athouda et al. Bioc hem. (Tokyo) 113: (6): 742-746 (1993). Molecules that act as inhibitors, agonists, or antagonists of the indicated natural peptides No.   The target-specific antibody selected by the previously described assay is isolated and then It is also possible to determine the crystal structure of In principle, this approach Create a medical foundation that will be the basis for later pharmaceutical design. In addition, functional and pharmaceutically active By generating anti-idiotypic antibodies to antibodies ("anti-ids") However, it is also possible to avoid protein crystal structure analysis as a whole. Mirror image of mirror image As such, the binding site of the anti-id is an analog of the original receptor. Then, anti- id converts peptides from punctures of chemically or biologically produced peptides Can be used to identify and isolate. The isolated peptide is then It can act as a base compound (ie, a prototype drug).   A sufficient amount of the present invention to be able to conduct analytical research such as X-ray crystal structure analysis Light recombinant polypeptides can be made available. Further provided here Knowledge of the polypeptide amino acid sequence that can be derived from the nucleic acid sequence Use computer modeling techniques instead of or in addition to structural analysis Provide guidance for   Antibodies specific to the LU105 polypeptide (eg, anti-LU105 antibodies) In addition, by binding to the polypeptide, the biological action of the polypeptide Can be used to inhibit. In this method, the antibody is used, for example, for lung cancer and its metastases. Can be used for the treatment of pulmonary tissue diseases and the like.   In addition, such antibodies may detect the presence or absence of LU105 polypeptide in the test sample. Can detect the absence and therefore lung tissue disease or condition, especially lung gas. It is useful as a diagnostic marker for diagnosing cancer. Such antibodies are Can also function as a diagnostic marker for lung tissue diseases or conditions such as cancer .   The present invention is also directed to antagonists and inhibitors of the polypeptides of the present invention. The antagonists and inhibitors inhibit or counteract the function of the polypeptide. is there. Thus, for example, an antagonist binds to a polypeptide of the present invention and Noh could be blocked or counteracted. For example, the antagonist is LU105 polypep Polypeptide that counteracts the activity of LU105 polypeptide by binding to tide Or, in some cases, the antagonist may be an oligonucleotide. It may be otide. Examples of small molecule inhibitors include, but are not limited to, But small peptides or peptide-like molecules.   Antagonists and inhibitors include, but are not limited to, physiological saline, Saline buffer, dextrose, water, glycerol, ethanol and their combinations Pharmaceutical tolerance including combination It can be used as a composition with a suitable carrier. Injection of LU105 polypeptide inhibitor Preferably the application is systemic. The present invention inhibits the action of such polypeptides Antibodies are also provided.   Antisense technology is based on triple helix formation or antisense DNA or RNA. Can be used to reduce gene expression, both of which methods It is based on the binding of a polynucleotide to DNA or RNA. For example The 5 'coding portion of this polynucleotide sequence which encodes a polypeptide of the invention Design an antisense RNA oligonucleotide 10-40 base pairs in length Used to DNA oligonucleotides are regions of genes involved in transcription Are designed to be complementary to, thereby resulting in transcription and transcription of the LU105 polypeptide. And production. For triple helices, for example, Lee et al.Nuc. Acids R es. 6: 3073 (1979); Cooney et al.Science  241: 4 56 (1988); and the science of Dervan et al.Science  251 : 1360 (1991). Antisense RNA oligonucleotides arein Vivo Is hybridized to mRNA by using the LU105 polypep of the mRNA molecule. Block translation to tide You. For antisense, for example, Okano'sJ. Neurochem.5 6: 560 (1991); and Oligodeoxynucleotides.   as Antisense Inhibitor of Gene Expr ession, CRC Press, Boca Raton Fla, (198 See 8). Artificial internucleotide linkages that render the molecule resistant to nucleic acid cleavage When modified to include, antisense oligonucleotides To use. Such artificial internucleotide linkages include, but are not limited to: But not methylphosphonate, phosphorothioate and phospholoamidate Internucleotide linkages.   Recombinant technology   The present invention provides a host cell and an expression comprising the LU105 polynucleotide of the present invention. Current vectors and methods for producing the polypeptides they encode are provided. this Such methods involve host cells under conditions suitable for expression of the LU105 polynucleotide. Culturing and recovering the LU105 polypeptide from the cell culture. And   The present invention relates to a vector containing the LU105 polynucleotide of the present invention, Host cells that have been genetically engineered in It also provides for the production of a polypeptide.   The host cell of the present invention may be a cloning vector or an expression vector. The vector is genetically engineered (transfection, transduction or transformation). The vector may be in the form of a plasmid, virus particle, phage, etc. Heredity The engineered host cells are transfected to activate the promoter. To select for isolated cells or to amplify the LU105 gene (s) Cultures can be performed in conventional nutrient media that has been modified as appropriate. Like temperature, pH, etc. The appropriate culture conditions are those previously used by the host cells selected for expression. And will be apparent to those skilled in the art.   The polynucleotides of the present invention can be used to produce polypeptides by recombinant techniques. Can be used for Accordingly, polynucleotide sequences may be used in a variety of expression vehicles, A vector or a plasmid for expressing the polypeptide at One is introduced to. Such vectors include chromosomes, non-chromosomes and And synthetic DNA sequences, such as derivatives of SV40; bacterial plasmids; phage DN A; yeast plasmid; derived from a combination of plasmid and phage DNA Vector; vaccinia virus, adenovirus, fowlpox virus and pseudo-rabies Viral DNA such as disease. However, all other plasmids or The vector may be used as long as it is replicable and viable in the host.   The appropriate DNA sequence can be inserted into the vector by various means. In general The DNA sequence may be ligated to a suitable restriction endonuclease site by means known in the art. Is inserted into. Such means and others are deemed to be within the purview of those skilled in the art. It is. The DNA sequence in the expression vector is used to control the proper expression to direct mRNA synthesis. Operably linked to sequence (s) (promoter). like that Representative examples of promoters include, but are not limited to, LTR Or SV40 promoter,E. FIG. coli  lac or trp, phagela Muda P-subL promoter and in prokaryotic or eukaryotic cells or their viruses And other promoters that are known to control the gene for expression. The expression vector is used to initiate translation. Also includes a ribosome binding site and transcription termination. Vectors amplify expression Suitable sequences may also be included. Furthermore, expression vectors are useful in eukaryotic cell culture. Such as dihydrofolate reductase or neomycin resistance, orE. FIG. coliTo Transduced host cells such as tetracycline or ampicillin resistance in It is preferable to include a gene that provides a phenotypic trait for selection.   Appropriate DNA sequences as described above as well as appropriate promoter or control sequences The containing vector transfects an appropriate host to express the protein in the host Can be used for Representative examples of suitable hosts include e. Kori (E . coli ), Salmonella typhimurium (Salmonella typh) imurium), Streptomyces sp.   sp. ); Fungal cells such as yeast; Drosophila (Dro sophila) and insect cells such as Sf9; CHO, COS or Bowe. Animal cells, such as Bowes melanoma; plant cells And the like. Selection of the appropriate host is within the skill of the art in light of the teachings provided herein. Seems to be within.   More particularly, the invention relates to one or more of the sequences broadly described above. And recombinant constructs comprising The construct is such that the sequence of the invention is forward Or a vector such as a plasmid or bacterial vector inserted in the opposite direction Is included. In a preferred aspect of this embodiment, the construct further comprises, for example, its arrangement. The sequence includes control sequences, including a promoter operably linked. Multiple suits Clear vectors and promoters are known to those of skill in the art and are commercially available It is. The following vectors are provided as examples. Bacteria: pINCY (Incy te Pharmaceuticals, Palo Alto, CA), pSP ORT1 (Life Technologies, Gaithersburg, MD), pQE70, pQE60, pQE-9 (Qiagen), pBs, Script, psiX174, pBluescript SK, pBsKS , PNH8a, pNH16a, pNH18a, pNH46a (Stratage ne); pTrc99A, pKK223-3, pKK233-3, pDR540 , PRIT5 (Pharmacia); eukaryotic cells: pWLneo, pSV2ca t, pOG44, pXT1, pSG (Stratagene), pSVK3, pBPV, pMSG, pSVL (Pharmacia). But, All other plasmids or vectors are replicable and can be produced in the host. Can be used as long as possible.   Plasmid pINCY has two modifications to the polylinker (multicloning site). Except that the plasmid pSPORT1 (Life Technol) ogies, Gaithersburg, MD). This These modifications include (1) it lacks a HindTII restriction site, and (2) The EcoRI restriction site is at another position. pINCY is pSPO RT1 was cut with both HindIII and EcoRI, and the polylinker was cut. Replacing the released fragment with a synthetic DNA fragment (SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8) From pSPORT1. This substitution is known to those skilled in the art. It may be done by these methods. For example, two nucleotide sequences, SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 are synthetically produced using a 5 'terminal phosphate and mixed together And then pSPOR cut with HindIII and EcoRI Ligations are performed under standard conditions to perform alternate end ligation into the T1 plasmid. So Followed by the appropriate host cells (E. coli DH5∝ cells). Is transfected with the ligated DNA and the recombinant clone is Selected for phosphorus resistance. Thereafter, plasmid DNA was obtained from individual clones. To confirm the presence of the inserted sequence in the appropriate orientation, Analysis or DNA sequencing. Other cloning methods known to those skilled in the art may also be used. Can be used.   The promoter region is CAT (chloramphenicol transferase). Any desired gene using a vector or other vector having a selectable marker. You can choose from. Two suitable vectors are pKK232-8 and pCM7. Particularly known bacterial promoters include lacI, 1a cZ, T3, SP6, T7, gpt, lambda P sub R, P sub L and trp No. Eukaryotic promoters include cytomegalovirus (CMV) Immediate early, herpes simplex virus (HSV) thymidine kinase, early and late SV 40, LTR derived from retrovirus and mouse metallothionein-I Is mentioned. Selection of appropriate vectors and promoters is well within the skill of the art. Always within the level of skill.   In another embodiment, the present invention provides a host comprising a construct as described above. Provide cells. Host cells can be higher eukaryotic cells, such as mammalian cells, or yeast cells. The host may be a lower eukaryotic cell, such as a vesicle, or the host may be a prokaryotic cell, such as a bacterial cell. Vesicles. Introduction of the construct into host cells can be accomplished by calcium phosphate transfection, DE It can be performed by AE-dextran-mediated transfection or electroporation (LD avis et al., Basic Methods in Molecular Bio. logy, 2nd edition, Appleton and Lang, Paramount Publishing, East Norwalk, CT ((1994)).   The construct in the host cell produces the gene product encoded by the recombinant sequence. Can be used in a conventional manner. Alternatively, the polypeptides of the present invention can It can be produced synthetically by a peptide synthesizer.   Recombinant proteins can be used in mammalian cells, yeast, and bacteria under the control of appropriate promoters. Or it can be expressed in other cells. A cell-free translation system is also derived from the DNA construct of the present invention. It can be used to produce such proteins using guided RNA. Wear. Proper cloning for use in prokaryotic and eukaryotic hosts and Expression vectors are available from Sambrook et al., Molecular. Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edition, (Cold   Spring Harbor, N.M. Y. , 1989).   D encoding the polypeptide (s) of the invention by higher eukaryotes Transcription of NA is increased by inserting an enhancer sequence into the vector . Enhancers act on a promoter to increase transcription, usually about 10-3. It is a cis-acting element of 00 bp DNA. For example, the late part of the replication origin (b SV40 enhancer on p100-270), cytomegalovirus early promoter Protein enhancer, a polyomer enhancer on a late site of the replication origin, and Adenovirus enhancers are included.   Generally, recombinant expression vectors provide an origin of replication and transfection of host cells. Selectable markers, such asE. FIG. coliAmpicillin resistance gene andS. c erevisiae   Directs transcription downstream of the TRP1 gene and structural sequences, Promoters derived from highly expressed genes are included. like this Promoters include, among others, 3-phosphoglycerate kinase (PGK), alpha Factor, acid phosphatase, Is derived from an operon that encodes glycolytic enzymes such as heat shock proteins. Can be. The heterologous structural sequence comprises translation initiation and termination sequences, and preferably translation Lie capable of directing protein secretion to the periplasmic space or extracellular medium And the dagger arrangement in appropriate layers. In some cases, a heterologous sequence is desired. (Eg, stability of the expressed recombinant product or simplified purification) A fusion protein containing an N-terminal identification peptide can be encoded.   Useful expression vectors for bacterial use are operable readable vectors that have a functional promoter. The desired protein with the appropriate translation start and stop signals together It is constructed by inserting the encoding structural DNA sequence. The vector is 1 Ensure maintenance of one or more phenotypic selectable markers and their vectors Includes an origin of replication to perform and, if necessary, provide amplification in the host I do. Suitable prokaryotic hosts for transfection include e. E. col i), Bacillus subtilis, Salmo Nera typhimurium (Salmonella typhimurium) And Pseudomonas (Pseudomonas), Streptomyces ) And species within the genus Staphylococcus Various species can be mentioned, but others can be used as a normal choice.   Useful expression vectors for bacterial applications are well known cloning vectors From a plasmid containing the genetic element of pBR322 (ATCC37017) Includes selectable markers to be induced and bacterial origin of replication. Other vectors are Although not limited thereto, PKK223-3 (Pharmacia F ine Chemicals, Uppsala, Sweden) and GEM1 (Promega Biotec, Madison, WI). this These pBR322 "backbone" fractions contain the appropriate promoter and construct to be expressed. Combined with the structural arrangement.   After transducing an appropriate host and allowing the host to grow to an appropriate cell density, The motor is de-inhibited by appropriate means (for example, temperature changes or chemical Cells) and the cells are cultured for an additional period. Generally, cells are centrifuged Thus recovered, disrupted by mechanical or chemical means, and The obtained crude extract is saved for further purification. Used for protein expression The isolated microbial cells are subjected to freeze-thaw cycles, sonication, physical disruption, or cell lysis. Disruption can be achieved by any conventional method, including the use of peptizers, It is known to ordinary skilled persons.   Various mammalian cell culture systems can also be used to express the recombinant protein. Examples of mammalian expression systems include Gluzman Cell 23: 175 (198 COS-7 line of monkey kidney fibroblasts described in 1), as well as acceptable Other cell lines capable of expressing the same vector (C127, HEK-293, 3T 3, CHO, HeLa and BHK cell lines). Mammal departure The current vector contains an origin of replication, a suitable promoter and enhancer, And any necessary ribosome binding sites, polyadenylation sites, splice donors And also acceptor sites, transcription termination sequences and 5 'flanking non-transcribed sequences. For example, SV40 origin, early promoter, enhancer, splice and DNA sequences derived from the SV40 virus genome, such as Can be used to provide the required non-transcribed genetic elements. Typical Useful vectors include pRc / CMV and pcDNA3 (Invitro gen, San Diego, CA).   LU105 polypeptide can be purified by affinity chromatography, ammonium sulfate or Is ethanol precipitation, acid extraction, anion or cation exchange chromatography, Phosphocellulose chromatography, hydrophobic interaction chromatography, hydro Known, including xiapatite chromatography or lectin chromatography It is recovered and purified from recombinant cell culture by the method. Calci present during purification It is preferred that the um ions be at a low concentration (about 0.1-5 mM) (Price et al.).J. Biol. Chem. 244: 917 (1969)). Protein refolding Steps can be used to refine the form of the polypeptide, if necessary. last Alternatively, high performance liquid chromatography (HPLC) can be used for the final purification step.   Thus, the polypeptides of the present invention may be naturally purified from highly expressed cell lines. The product produced, or the product of a chemical synthetic means, or a prokaryotic or eukaryotic cell host Recombinant from main (eg, bacteria, yeast, higher plants, insects and mammalian cells in culture) Technology Therefore, it may be a manufactured product. Depending on the host used for the recombinant production means. Thus, the polypeptides of the invention are glycosylated in mammals or other eukaryotic cells Or not glycosylated. The polypeptide of the present invention comprises an initiating methionine A amino acid residue may be included.   The starting plasmid is constructed from plasmids available by published, known means. Can build. In addition, plasmids equivalent to the described are known in the art, It will be clear to those skilled in the art.   The following is a general procedure for isolation and analysis of cDNA clones. Disclosure here In certain embodiments, the mRNA is isolated from lung tissue and the cDNA Used to create libraries. Lung tissue can be tamped by surgical resection. Obtained from tumors and classified by the pathologist as tumor or non-tumor.   CDNA insert from random isolate of lung tissue library partially Sequenced and analyzed in detail as set out in the examples. And the sequence number 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, and SEQ ID NO: 4 are disclosed in the sequence listing . The consensus sequence of these inserts is represented as SEQ ID NO: 5. These polynuks Leotide can link regulatory sequences of a particular gene, Or it can contain a complete open reading frame that is not linked or Can encode only a part of the target gene. This is because many genes are long With hundreds and sometimes thousands of bases in Complete them due to the kingdom (incomplete reverse transcription of the first strand or incomplete replication of the second strand) Attributable to cloning. Flanking two additional nucleotide sequences Subclones can be obtained using various methods known to those skilled in the art.   Methods for DNA sequencing are well known in the art. With traditional enzymatic methods From the oligonucleotide primer annealed to the DNA template of interest DNA polymerase, Klenow fragment, Sequena to extend NA chain se (US Biochemical Corp, Cleveland, OH) Alternatively, Taq polymerase is used. The method uses both single-stranded and double-stranded templates. Developed to use one. Chain termination product is urea / polyacrylamide After electrophoresis on a gel, autoradiography (radionucleotide-labeled precursor ) Or by fluorescence (for fluorescently labeled precursors). Can be Mechanized reaction preparation, sequencing Recent improvements in assays using fluorescence detection methods are described in Applied B iosystems 377D, A Sequencers (Applied Bios) systems, Foster City, CA). The number of measurable sequences has been expanded.   The open reading frame for nucleotide sequences can be confirmed by several types of analysis. it can. First, the open reading frame contained within the coding sequence contains the start codon ATG and It can be analyzed by the presence of the stop codon TGA, TAA or TAG. Typically, one open reading frame is continuous throughout the main body of the cDNA sequence. In contrast, other open reading frames tend to include many stop codons. In this case In addition, the determination of the reading frame is straightforward. In many other more difficult cases, Analysis is needed.   Algorithm detects the presence of individual nucleotide bases in each putative codon triplet Was created to analyze For example, J. W. Fickett Nuc Ac id Res 10: 5303 (1982). Certain organisms (bacteria, plants and And animals), the pyrimidine at the third codon position A particular triplet, like a noticeable priority Within the periodicity, they tend to contain specific nucleotides. These priorities Measures the code potential (and frame) of a given DNA stretch It is built into widely available software that can be used for Start / stop command Information derived from the algorithm combined with don information is highly reliable and appropriate. Can be used to determine a sharp frame. That is, it is easily suitable for expression vectors First, the sequence can be cloned into the correct reading frame.   The nucleic acid sequences disclosed herein can be used by well-established recombinant DNA technology procedures. To various other polynucleotide sequences and vectors of interest. Can be. See Sambrook et al., Supra. Vectors of interest include plastic Cloning vectors such as sumids, cosmids, phage derivatives, phagemids And sequencing, replication and expression vectors, and the like. Generally, this Such vectors are replication origins that function in at least one organism, Restriction endonuclease digestion sites and selectable markers appropriate for specific host cells including. The vector can be transferred to the host cell by various means known to those of skill in the art, Then, the desired DNA, RNA or Lipeptide is produced.   In some cases, errors in sequencing or random reverse transcription may result in an appropriate open reading frame. Or it hides the presence of the regulator. In such cases, expression of the polypeptide Attempt to determine amino acid sequence by standard peptide mapping and sequencing techniques By doing so, it is possible to determine the correct reading frame. F. M. A usbel et al.Current Protocols in Molecul ar Biology   John Wiley & Sons, New York k, NY (1989). In addition, the actual reading frame of a given nucleotide sequence Transfects host cells with a vector containing all three possible reading frames Can be determined by entering Has the nucleotide sequence in the correct reading frame Only those cells that produce the peptide of that estimated length.   The nucleotide sequences provided herein may be used in automated methods of the state of the art. And thus may contain unidentified nucleotides. This These will not be a problem for those skilled in the art who want to practice the invention. Samb Using standard recombination techniques described in Brook et al. (supra) or its latest edition. Several methods can be used to refine unknown sequence information. Write here The same technique that was used to obtain the full-length sequence was used for nucleotide sequence Could be used to get   Expression of a specific cDNA can be performed by subcloning this cDNA into an appropriate expression vector. And transfecting this vector into a suitable expression host. . Cloning vector used to form lung tissue cDNA library Can be used to transcribe the mRNA of a particular cDNA, and Cuctosidase promoter, amino-terminal met followed by beta-gal Contains the seven amino acid residues of custosidase. Immediately after these eight residues, Genetically engineered bacterial bacteria useful for engineered priming and transcription A number of features, including large promoters and EcoRI for cloning A symbolic restriction site follows. This vector contains Transfect appropriate E. coli host strains Can be done.   Isolated bacterial strain by isopropylthiogalactoside (IPTG) using standard methods Of the first seven residues of beta-galactosidase, approximately 15 residues. And a fusion protein containing the peptide encoded in the cDNA You. cDNA Since the clone insert is basically generated by a random method, the c One in three chances that DNA is in the right frame for proper translation . If the cDNA is not in the proper reading frame, the correct frame is:in vitroSudden Natural mutagenesis, using exonuclease III or nuclease from mung bean Well-known methods, including digestion or introduction of oligonucleotide linkers By deletion or insertion of an appropriate number of bases.   cDNA should be useful for expressing proteins in specific hosts Can be moved to and from other known vectors. Target cDN A sufficient DNA segment to hybridize to the extension at both ends of A Oligonucleotide primers with tanning sites can be chemically Can be synthesized. These primers are then Can be used to amplify gene segments. New gene segments obtained Can be digested with appropriate restriction enzymes under standard conditions and isolated by gel electrophoresis . Alternatively, a similar gene segment can be obtained by digesting cDNA with an appropriate restriction enzyme, Oligonucleotides chemically synthesized for lost genes It can be generated by filling the tide. Code sequence obtained from one or more genes Row segments are ligated together and cloned and recombinant into an appropriate vector. Sequence can be optimized for expression.   Suitable expression hosts for such chimeric molecules include, but are not limited to, Not the Chinese hamster ovary (CHO) and human embryonic kidney ( HEK) mammalian cells such as 293 cells, insect cells such as Sf9 cells, suckers Lomyses cerevisiae (Saccharomyces cerevisia e Yeast cells such as) and e. Kori (E. FIG. coliBacteria) like It is. For each of these cell lines, useful expression vectors are suitable for amplification in bacteria. Replication origin, and beta-lactamase antibiotics that allow selection in bacteria A selectable marker such as a substance resistance gene could also be included. In addition, Is a neomycin host that becomes selectable in transfected eukaryotic host cells. Can include a second selectable marker such as a sphotransferase gene Like. Vectors for use in eukaryotic expression hosts if the sequence of interest lacks polyA Would require an additional 3 'poly A tail.   In addition, vectors contain promoters or enhancers to increase gene expression. May have. Such promoters are host-specific and are MMTV, SV40, or metallothiot for CHO cells Nin promoter; trp, lac, tac or T7 promoter for bacterial hosts Or alpha factor, alcohol oxidase or PG for yeast H promoter. Chicken sarcoma virus (RSV) enhancer Adenovirus vectors, with or without transcription enhancers, such as Could be used to induce protein expression in mammalian cell lines. Once recombination Once a homogeneous culture of cells has been obtained, large quantities of recombinantly produced It can be recovered from the culture medium and analyzed using chromatographic methods known in the art. Big An alternative method to produce high amounts of the selected protein is to transfect mammalian embryos Produced by transgenic cattle, goats, sheep, etc. Recovering the recombinant protein obtained from the milk. Polypeptide and dense Related molecules are recombined in this way to facilitate protein purification. Alternatively, it may be expressed. One approach is to use human polypeptides Contains one or more additional polypeptide domains that are not naturally occurring in the Expressing a chimeric protein. With such a purification promoting domain As such, it can be purified with, but not limited to, an immobilized metal Chelating peptides such as histidine-tryptophan domains Protein A domain that can be purified with immobilized immunoglobulin And FLAGS extension / affinity purification systems (Immunex Corp, Sea) tle, WA). Factor XA or I Enterokiners from Nvitrogen (San Diego, CA) Introduction of a cleavage linker sequence between the polypeptide sequence and the purification domain, such as Can be useful for recovering the polypeptide.   Immunoassay   LU105 polypeptide, including fragments, derivatives and analogs thereof, or Cells that express such polypeptides will often be as described herein. Can be used in various assays to detect antibodies to lung tissue. These are also , Can also be used as an immunogen to produce antibodies. These antibodies are For example, polyclonal antibodies, monoclonal antibodies, chimeric antibodies, single-chain antibodies and And humanized antibodies, and Fab fragments or the products of a Fab expression library. Good. Various procedures known in the art may be used to produce such antibodies and fragments. Can be used.   For example, antibodies raised against a polypeptide comprising a sequence of the present invention may be reactive. By injecting the polypeptide directly into the product, or in mice, rabbits, goats Or by administering the polypeptide to an animal such as a human. Wear. Mice, rabbits or goats are preferred. This polypeptide has SEQ ID NO: 1. 9, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24 , And fragments thereof. Antibodies so obtained Will then bind to the polypeptide itself. In this way, only fragments of the polypeptide Even the sequence encoding the A protein can be used to generate antibodies that bind to the native polypeptide. Can be used. Such antibodies are then presumed to contain the polypeptide. Can be used to isolate a polypeptide from a test sample, such as tissue. Monochrome Provide antibodies produced by subculture of cell lines to prepare internal antibodies All techniques can be used. Examples include Kohler and And MilsteinNature  256: 495-497 (1975) Hybridoma technology, trioma technology, Kozbor et al.Immu n. Today   4:72 (1983) Human B-cell hive Ridoma technology, and Cole et al. (Monoclonal Antibodi es and Cancer Therapy (Alan R. Liss, In c, New York, NY), pages 77-96 (1985). EBV-hybridoma technology that produces noclonal antibodies. Single strand The techniques described for producing antibodies are useful for immunogenic polypeptide products of the invention. Can be adapted to produce single chain antibodies. For example, US Pat. No. 4,946,7 See No. 78.   Various assay formats, including "sandwich" immunoassays and probe assays Can utilize the antibodies of the present invention. For example, the antibody of the present invention or a fragment thereof , If any, may be used in various assay systems to determine the presence of LU105 antigen in test samples. Can be used. For example, in the first assay format, polyc Lonal antibodies or monoclonal antibodies or fragments thereof, or these The antibody combination is mixed with the test sample To form a first mixture. This first mixture forms an antigen / antibody complex For a time and under conditions sufficient for Then signal generation Monoclonal antibody polyclonal antibody or fragment thereof with attached compound Or an indicator reagent comprising a combination of these antibodies is contacted with the antigen / antibody complex. To form a second mixture. This second mixture then contains the antibody / antigen / antibody Incubate for a time and under conditions sufficient to form a complex. Test The presence of LU105 trapped in the sample and on the solid phase, if any, generated a signal Measured by detecting a measurable signal generated by the compound You. The amount of LU105 antigen present in the test sample is proportional to the signal generated You.   In an alternative assay format, the mixture contains (1) polyclonal antibodies, monoclonal antibodies. Lonal antibodies or fragments thereof that specifically bind to the LU105 antigen, or A combination of such antibodies bound to a solid support, (2) a test sample, and ( 3) specifically binds to different LU105 antigens (or a combination of these antibodies); Monoclonal antibody, polyclonal antibody or signal-generating compound attached Instructions to include those fragments It is formed by contacting with a reagent. This mixture is used for antibody / antigen / antibody Incubate for a time and under conditions sufficient to form the complex. If that For example, the presence of the LU105 antigen captured on the solid phase in the test sample is a signal generation compound. It is measured by detecting a measurable signal generated by the object. The amount of LU105 antigen present in the test sample is proportional to the signal generated.   In another assay format, one or at least two The combination of lonal antibodies provides an antagonistic strategy for detecting antibodies to the LU105 antigen. Can be used as robe. For example, the recombinant antigens disclosed herein Such LU105 polypeptides, alone or in combination, are coated on a solid phase. LU A test sample suspected of containing an antibody to the 105 antigen is then And either the indicator reagent bound to the solid phase or the indicator reagent bound to the solid phase For a time and under conditions sufficient to form the antigen / antibody complex, And an indicator reagent comprising at least one monoclonal antibody of the present invention. Incubated in the beginning. Quantitative reduction of monoclonal antibody binding to solid phase Is measured.   In yet another detection method, the monoclonal or polyclonal antibodies of the invention Each was tested for LU105 in tissue fractions and cells by immunohistochemical analysis. Can be used when issuing. Whether these antibodies are directly labeled (eg, Light, colloidal gold, horseradish peroxidase, alkaline phosphatase Or track the histopathology of the disease (with various markers exemplified herein) 2.) Cells that have been labeled by using a secondary labeled anti-species specific antibody Chemical analysis is also within the scope of the present invention.   In addition, these monoclonal antibodies are CNBr-activated Sepharose e can be bound to a matrix similar to e. Specific from cell culture or biological tissue, such as purifying U105 protein It can be used for affinity purification of LU105 polypeptide.   The monoclonal antibodies of the invention can be used for therapeutic or other similar applications. It can also be used to generate mela antibodies.   Monoclonal antibodies or fragments thereof are used to detect LU105 antigen. Can be provided alone. Offered here Combinations of monoclonal antibodies (and their fragments) are available in other LU105 regions. Along with antibodies that specifically bind to the region (where each antibody has a different binding specificity). A) a mixture or “cocktail” of at least one LU105 antibody of the invention. "May be used in combination. So this cocktail is here The monoclonal antibodies and the invention of the present invention directed to the disclosed LU105 polypeptide. And other specific for LU105 antigen or other antigenic determinants of other related proteins Can be included.   Polyclonal antibodies or fragments thereof that can be used in this assay format , LU105 polypeptide or other LU105 polypeptide additionally used in the assay Must bind specifically to the peptide. The polyclonal antibodies used Human, goat, rabbit or ovine polymorph which binds to the LU105 polypeptide It is preferably of mammalian origin, such as a lonal antibody. Most preferably , Polyclonal antibodies are of rabbit origin. The poly used for this test Clonal antibodies can be used alone or as a cocktail of polyclonal antibodies. Can be used. Cocktail used for this assay format Is a monoclonal with different binding specificities for the LU105 polypeptide Because it is composed of either antibodies or polyclonal antibodies, Detect, diagnose, stage, track, predict, and prevent lung disease and symptoms. Or to treat or to determine a predisposition.   By using a recombinant antigen comprising the amino acid sequence of LU105, Similarly, by using synthetic or purified peptides, LU105 anti- It is also within the scope of the present invention that the original can be detected in the assay. Of such a polypeptide The amino acid sequence is SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, Selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof. It is. Different synthesis, recombination or purification to identify different epitopes of LU105 Peptides detect, diagnose and stage lung diseases and conditions, such as lung cancer Track, foresee, prevent or treat, or set up tests to determine a predisposition It is also within the scope of the present invention that they can be used together. In this case, these All of the peptides can be coated on one solid phase. Or each single peptide , For example, may be coated on a single solid phase, such as fine particles, and then combined To form a mixture of peptides that can be used in the assay. In addition, the effect of another antigen Multiple peptides that define pitopes detect lung diseases and conditions, such as lung cancer Issue, diagnose, stage, track, foresee, prevent or treat, or predispose It is contemplated that it may be used to determine Solid phase coated or detection Peptides labeled with possible labels can then be used in patient tests for limited amounts of antibody. You are forced to compete with what is in the fee (if any). Synthetic or recombinant Or reduced binding of the antibody (or antibodies) to the purified peptide is due to the LU in the patient sample. Indicates the presence of the 105 antigen. The presence of the LU105 antigen is indicative of lung tissue disease in the patient, In particular, it indicates the presence of lung cancer. Various assay formats are known to those skilled in the art, and This is described below.   In another assay format, anti-LU105 antibodies and / or LU105 antibodies The presence of the original can be detected in a simultaneous assay as follows. The test sample is the first analyte A capture reagent, wherein the capture reagent is a second reagent specific for the first analyte attached to the solid phase. And a capture reagent for the second analyte, wherein the capture reagent contains one binding member. The capture reagent includes a first binding member specific for a second analyte attached to a second solid phase. At the same time) A mixture is formed. This mixture contains the capture reagent / first analyte and capture reagent / Incubated for a time and under conditions sufficient to form a second analyte complex You. These thus formed complexes are then signaled with a signal generating compound. An indicator reagent that includes members of a binding pair specific for the labeled first analyte; and Includes a member of a binding pair specific for a second analyte labeled with a signal generating compound To form a second mixture. This second mixture is trapped Reagent / first analyte / indicator complex and capture reagent / second analyte / indicator complex Incubate for a time and under conditions sufficient to form coalescence. One more Indicates the presence of more analytes, the presence of one or more analytes in the test sample Occurs in relation to complexes formed on one or both solid phases as indicators of It is measured by detecting the applied signal. This test format And a recombinant antigen derived from the expression system disclosed herein is disclosed herein. As well as monoclonal antibodies produced from proteins derived from expression systems. Can be used. For example, in this assay system, the LU105 antigen may be the first analyte . Such an assay system is further described in EP-A-0 473 065. It is described in detail.   In yet another assay format, the polypeptides disclosed herein are used in test assays. It can be used to detect the presence of an antibody against the LU105 antigen in the sample. For example, The test sample contains at least one polypeptide, such as a recombinant protein or a synthetic peptide. Incubate with the solid phase to which the polypeptide is attached. This polypeptide is SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: Selected from the group consisting of column number 24, and fragments thereof. They are, React for a time and under conditions sufficient to form the antigen / antibody complex . After incubation, the antigen / antibody complex is detected. Labeling reagents Depending on the assay system chosen, it can be used to facilitate detection. Another test format The test sample comprises recombinant protein produced as described herein. The protein is contacted with an attached solid phase and is preferably Contact with drug-labeled monoclonal or polyclonal antibodies Can be Incubate for a time and under conditions sufficient to form the antigen / antibody complex. After loading, the solid phase was separated from the free phase and the label was applied to the LU105 antigen. Presence of antibodies As an indicator of presence, it is detected in the solid or free phase. Recombinant antibodies disclosed herein Other assay formats utilizing are also contemplated. These are the first sources of test samples. Contacting with at least one solid phase to which at least one antigen obtained from Inject solid phase and test sample for a time and under conditions sufficient to form antibody complexes. Cubating, and then deriving the solid phase from a second source different from the first source. Contacting with the labeled antigen. For example, e. First like stiff Recombinant protein derived from a source is used as a capture antigen on a solid phase and tested A sample is added to the solid phase thus produced and a standard incubation is performed. And optionally or after a washing step, another source (eg, non-E. Coli) ) As a part of the subsequently detected indicator reagent Used. Similarly, the combination of the recombinant antigen on the solid phase and the synthetic peptide in the indicator layer It is possible. An antigen specific to LU105 obtained from the first source as a capture antigen , And all utilizing LU105-specific antigens obtained from other secondary sources Is intended. Thus, various combinations of recombinant antigens as well as synthetic peptides The use of proteins, purified proteins, etc. is within the scope of the present invention. This And other tests are described in U.S. Pat. No. 8 is described.   Other embodiments utilizing various other solid phases are also contemplated and are within the scope of the invention. For example, negatively charged polymers (EP 0326100 and EP Immobilizable reaction complex (described in Publication 0406473). The present invention uses an ion capturing means for performing a rapid liquid one-phase immunochemical reaction. Can be used. Immobilizable immune complex is a negatively charged polyanion / immune Ionicity between the epidemic complex and the previously treated positively charged porous matrix Separated from the rest of the reaction mixture by interaction and disclosed in EP-A-0 273,115 Described above, including those described in the chemiluminescence signal measurement described in Detection using various signal generation systems.   Further, the method of the present invention provides a method in which the solid phase includes fine particles (magnetic or non-magnetic). Adapted for use with systems utilizing fine particle technology, including automated or semi-automated systems it can. Examples of such a system include, for example, European Patent Application Publication No. No. 4,064,634, respectively.   The use of a scanning probe microscope (SPM) for immunoassays This is a technique to which the monoclonal antibody of the present invention can be easily adapted. Scanning probe microscope In a microscope, particularly in an atomic microscope, a capture phase (for example, at least the present invention) One monoclonal antibody) is attached to the solid phase, and the scanning probe microscope is It is used to detect antigen / antibody complexes that may be present on the surface of the cell. Scanning tunnel The use of a microscope allows normal detection in many immunoassay systems that detect antigen / antibody complexes. Eliminates the need for signs to be used. Use of SPM to monitor specific binding reactions Usage can occur in many ways. In one embodiment, one configuration of the specific binding partner Member (analyte-specific substance that is the monoclonal antibody of the present invention) suitable for scanning Adhered to the surface. The attachment of the analyte-specific substance can be performed by methods known to those skilled in the art. Absorb on a test piece containing a solid phase on a plastic or metal surface. Or Specimens containing solid phase of derivatized plastic, metal, silicon or glass It is advantageous to attach a specific binding partner (analyte-specific substance) by covalent bonding. May be used. Covalent attachment methods are known to those skilled in the art, and Various means for irreversibly binding a specific binding partner are included. Test piece is silicon Or, if glass, the surface before attaching the specific binding partner Must be activated. Polyelectrolyte interactions also use technology and chemistry Can be used to immobilize a specific binding partner on the surface of the test strip. Preference for adhesion Another method is covalent bonding. After attachment of specific binding members, this surface is With materials such as serum, proteins or other blocking agents to minimize non-specific binding to It is processed. This surface must be suitable for verification purposes at the point of manufacture or during use. May be scanned to make sure. The scanning process determines the specific binding properties of the specimen Is not thought to change.   The present invention discloses that the use of a solid phase is preferred, while Reagents such as bodies, proteins and peptides may be available for non-solid phase assays Intended. These assays are known to those skilled in the art and are within the scope of the present invention. It is believed that there is.   The reagents used in this assay may be one or more, such as vials or bottles. Each container has a probe, primer, and model used for this assay. Noclonal antibodies, cocktails of monoclonal antibodies, or the ports used in assays Ripeptides (eg, produced recombinantly or synthetically) Or purified kit) containing separate reagents (eg, purified or purified) It is intended to be provided at This polypeptide has SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and it Selected from the group consisting of these fragments. Buffers, controls, etc. known to those skilled in the art Such other components are included in such test kits. Easily available body fluids (eg Have means for collecting test samples including, for example, blood, urine, saliva and feces) It is also intended to provide a test kit that can be used. Such tools useful for collection ("collection Materials)), lancets for collecting and stabilizing blood, and absorbent paper or Is a cloth; a swab for collecting and stabilizing saliva; collecting and stabilizing urine or stool samples Including a cup for. Collect materials, paper, cloth, cotton swabs, cups, etc. May be treated to avoid denaturation or irreversible absorption. Collected material also Treat with preservatives, stabilizers or antimicrobial agents that help maintain the integrity of the book Or may include this. Test specimens or needles obtained by surgery Test kits designed for collection, stabilization and storage of the test are also useful. All kits May be formed of two components that can be provided separately Is intended. One is the component for specimen collection and transport, the other is , A component for sample analysis. Collection components are, for example, market users Of the analyte, while the presence, absence or amount of the analyte Can be provided to such things as researchers. In addition, collection of test specimens Stabilization and storage kit is also suitable for use by untrained personnel Available in open markets for home use and test trials The material may be transported to a laboratory for analysis.   E. E. coli bacterium (clone 1327836) was isolated under the conditions of the Budapest Treaty 12301 Parklawn Drive, Rockv on November 20, 996 American Type Cu of i11e, Maryland 20852 It has been deposited with the A.Ture Collection (ATCC). 30 years from the date of deposit, or 5 years from the last request for deposit, or US It is maintained for a long period of time, whichever is longer. The deposits described here and other Any deposits are provided solely for convenience and may not be in light of the teachings provided herein. Are not required to practice the invention. The entire cDNA sequence of the deposit is incorporated herein by reference. Clone 132 7836 has been assigned ATCC deposit number 98255.   The invention will now be described by way of example, which illustrates the scope of the invention. It is not intended to limit the scope of the present invention. Absent.                                  Example Example 1: Identification of a lung tissue library LU105 gene-specific clone A. Library comparison of expressed sequence tags (ESTs) or transcripts   Partial sequence of cDNA clone insert, so-called "expressed sequence tag" (EST) , Lung tumor tissue, lung non-tumor tissue and many other tumor and non-tumor tissues Derived from a cDNA library made from Database (LIFESEQ ™ database (Incyte Pharmac) electronics, available from Palo Alto, CA). See: International Publication No. WO 95/20681. (Transfer image given tissue live During the rally 9 is a list of multiple ESTs for each of the genes that appeared. Share overlapping sequences with each other EST regions are classified into clusters. Is the cluster a typical 5 'EST? These clone numbers are assigned. Often, the cluster of interest is To the sequence of other ESTs that did not meet the criteria for automatic clustering Can be extended by Alignment of all available clusters and single ESTs Is a contig from which a consensus sequence is derived. The transferred image is Evaluated to identify EST sequences that are the primary representative of lung tissue libraries in Was. These target clones are then analyzed for their quantity (present ) And the absence in the background library. Ba Clones with low background and high abundance have high research priority. Given the. The EST corresponding to the common sequence of LU105 is 50% (1 out of 36). 8) was found in the lung tissue library. Consensus sequence SEQ ID NO: 5 (or its The EST corresponding to (Sheet) is only a small part of other non-pulmonary, database libraries. Only 2.2% (12 out of 539) were found. Therefore, a common sequence or The fragment was found 22 times more in lung tissue than in non-lung tissue. Heavy Double clones 3353867 (SEQ ID NO: 1), 1327836 (SEQ ID NO: 2), 1 605935 (SEQ ID NO: 3) and 81640 (SEQ ID NO: 4) Identified for further study. These form the LU105 contig From which the consensus sequence provided herein (SEQ ID NO: 5) is derived The minimum number of components.B. Generating a common array   Generate nucleotide alignments (contig maps) and then use these consensus sequences ( To generate SEQ ID NO: 3), clone 3353867 (SEQ ID NO: 1), clone 1327836 (SEQ ID NO: 2), clone 1605935 (SEQ ID NO: 3) and And the clone 81116 (SEQ ID NO: 4) nucleotide sequence is Seq uencherTMProgram Gene Codes Corporation, Ann Arbor, MI). Figure 1 shows these crosses. Alignment of nucleotide sequences and resulting nucleotide consensus sequences (SEQ ID NO: 5) is shown. FIG. 2 shows clone 3 forming the overlapping region of LU105. 353867 (SEQ ID NO: 1), clone 1327836 (SEQ ID NO: 2), claw 1605935 (array No. 3), clone 81640 (SEQ ID NO: 4) and clone 1327836H 1 depicts a contig map showing the alignment of the sequence from I (SEQ ID NO: 6), and Graphic representing the resulting consensus nucleotide sequence of these clones (SEQ ID NO: 5). Display. This was followed by three frame translations of the consensus sequence (SEQ ID NO: 5). Was made. The second forward frame is a 104 residue amino acid sequence shown as SEQ ID NO: 19. It was found to have an open reading frame encoding the sequence.Example 2: Sequencing of LU105EST specific clone   The full-length DNA sequence of clone 1327836 of the LU105 gene contig is The following known method F. Sanger et al., (PNAS USA 74: 5463 ( 1977)), using dideoxy termination sequencing with a dye terminator. It has been determined. This full length sequence is now cloned 1327836IH (SEQ ID NO: 6).   pINCY vector (Incyte Pharmaceuticals, Inc. , Palo Alto, CA) are 3 'and 5 of the inserts. 'Containing a universal prime site adjacent to the junction point, 300 bases are universal primers (SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10 New England Biolabs, Beverly, MA, and Applied   Biosystems Inc, Foster City, CA). Each was sequenced in both directions. The sequencing reaction is a polyacrylamide Run on a condensed gel and the sequence was compared to Applied Biosystems 377. Sequencer (Applied Biosystems Inc, Fos ter City, CA). Further sequencing Constant primers (SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, and SEQ ID NO: 14) ) Is determined by an initial sequencing reaction near the 3 'end of the two DNA strands. It was designed based on the sequence information. These primers are as described above Used to determine the remaining DNA sequence of the cloned insert from each DNA strand. Was.Example 3: Nucleic acid A. RNA extraction from tissue   Total RNA was isolated from lung and non-lung tissues. Kato et al. Virol . 61: 2182-2191 (1987), and TRlzol.TM(Gibc o-BRL, Grand Island, NY). Know Various methods, including but not limited to lithium chloride / urea technology Was used.   Briefly, tissues were placed in sterile conical tubes on ice and 10-15 volumes of 3ML. iCl, 6 M urea, 5 mM EDTA, 0.1 M β-mercaptoethanol, 50 mM Tris-HCl (pH 7.5) was added. The tissue is left on ice for 30-50 seconds. while, Instruments, Inc. , Westbury, NY). The solution was transferred to a 15 ml plastic centrifuge tube and left at −20 ° C. overnight. The tube is centrifuged at 9000 × g for 90 minutes at 0-4 ° C. and the supernatant is immediately I took it out. 10 ml of 3M LiCl was added and the tube vortexed for 5 seconds. Then, the mixture was rapidly centrifuged at 11000 × g at 0-4 ° C. for 45 minutes. Aliquot and resuspend in LiCl And the centrifugation was repeated. The final pellet was air dried and 2 ml of 1 mM Resuspended in EDTA, 0.5% SDS, 10 mM Tris (pH 7.5). 2 Feed 0 μl of Proteinase Proteinase K (20 mg / ml), The solution was incubated for 30 minutes at 37 ° C. with occasional mixing. 1/10 Volume (0.22-0.25 ml) 3M NaCl was added and the solution was vortexed before 2 ml of phenol / Transferd to another tube containing chloroform / isoamyl alcohol (PCI). That The tube was vortexed for 1-3 seconds and centrifuged at 3000 × g, 10 ° C. for 20 minutes. P Repeat the CI extraction and repeat twice with chloroform / isoamyl alcohol (CI) An extraction was performed. The final aqueous solution was mixed with 15 ml of pre-cooled 15 ml transfer to a 20 mL Corex glass tube, cover the tube with paraffin, and And left overnight. The tube is centrifuged at 10000 × g, 0-4 ° C. for 30 minutes, and The ethanol supernatant was immediately collected. Transfer the RNA pellet to 10 ml of 75% ice-cold ethanol. Washed 4 times with knol. The final pellet was air dried for 15 minutes at room temperature. RNA to 0. Suspended in 5 ml of 10 mM TE (pH 7.6, 1 mM EDTA) and the The concentration was measured with a spectrophotometer. Quantify the RNA sample and add ethanol precipitate And stored at -70 ° C.   R by agarose gel electrophoresis (see Example 5, Northern blot analysis) The quality of NA was determined and stained with 0.5 μg / ml ethidium bromide for 1 hour. RNA samples without complete rRNAs were excluded from this study.   Alternatively, for RT-PCR analysis, 1 ml of Ultraspec RNA Reagents in 2.0 polypropylene microfuge tube Geninizer (Brinkman Instrument, Inc., Westb , NY) for 50 seconds and placed on ice for 5 minutes. Then 0 . 2 ml of chloroform was added to each sample and vortexed for 15 seconds. Sample Placed on ice for 5 minutes and centrifuged at 12000 × g at 4 ° C. for 15 minutes. Collect the upper layer And transferred to another 2.0 ml microfuge tube without RNase. An equal volume of isopropanol is added to each sample, and the solution is released on ice for 10 minutes. Was placed. The sample was centrifuged at 12000 × g at 4 ° C. for 10 minutes, and the supernatant was Removed. The remaining pellet is washed twice with cold 75% ethanol and vortexed. Resuspend the material by stirring and resuspend the material by centrifugation at 7500 xg at 4 ° C for 5 minutes. Pelletized. Finally, the RNA pellet is removed from the Speedva for at least 5 minutes. c (Savant, Farmingdale, NY) and dry the RNA Reconstituted in water without ase.B. RNA extraction from blood mononuclear cells   By centrifuging using Fico11-Hypaque as follows, The mononuclear cells obtained from the subject are isolated from a blood sample. 10 ml of whole blood with the same volume of R Mix with PMI medium (Gibco-BRL, Grand Island, NY) You. This mixture is then combined with 10 ml of Ficoll-Hypaque (Pharm (Asia, Piscataway, NJ) and 200 × g for 30 minutes Centrifuge at. The light yellow coat containing the mononuclear cells was removed and 50 ml of Dulbecco o diluted with PBS (Gibco-BRL, Grand Island, NY) And the mixture is centrifuged at 200 xg for 10 minutes. After washing twice, the resulting paper The let is resuspended in Dulbecco's PBS to a final volume of 1 ml.   RNA is transferred to N. N. Kato et al. Virology 61: 2 182-2191 (1987). Simple Briefly, the pelleted mononuclear cells were brought to a final volume of 1 ml and then L of PBS and 2.5 ml of 3 M LiCl, 6 M urea, 5 mM DTA, 0.1 M 2-mercaptoethanol, 50 mM Tris-HCl (PH 7.5). The resulting mixture is homogenized and at -20 ° C overnight Incubate. The homogenate was incubated for 90 minutes at 0-4 ° C in a Beckman J Centrifuge at 8000 RPM using a 2-21M rotor. Pellet by vortexing The pellet is resuspended in 10 ml of 3M LiCl and then 0-4 <0> C for 45 minutes And centrifuge at 10,000 RPM using a Beckman J2-21M rotor. You. Resuspension and subsequent pelletization were repeated. Pellet 2 ml by vortexing Of 1 mM EDTA, 0.5% SDS, 10 mM Tris (pH 7.5) and 40 Resuspend in 0 μg proteinase K and incubate at 37 ° C. for 30 minutes with shaking. Cubate. Add 1/10 volume of 3M NaCl and vortex the solution . Phenol / chloroform / isoamyl alcohol (PCI) followed by phenol In two single extractions with roloform / isoamyl alcohol (CI), the tan Removes protein. The RNA was precipitated with an additional 6 ml of ethanol, followed by -2 Incubate overnight at 0 ° C. After precipitation of the RNA, it is collected by centrifugation and Wash the let 4 times with 75% ethanol. 1 mM EDTA in the pellet RNA, Dissolve in a solution containing 10 mM Tris-HCl (pH 7.5).   Non-lung tissue is used as a negative control. mRNA and polyadenylation RNA For separation, an oligo dT cellulose spin column (RediCol)TM, Pha rmacia, Uppsala, Sweden). Can be further purified from total RNA. For analysis in ribonuclease protection assays First, total RNA or mRNA was lysed in lysis buffer (5M guanidine thiocyanate, 0.1 MEDTA, pH 7.0).C. RNA extraction from polysomes   Tissues were minced at 4 ° C. in saline and 6 mM 2-mercaptoeta TK containing knol150M (150 mM KCl, 5 mM MgCl, 50 mM Squirrel-HCl, pH 7.4) Mix with 2.5 volumes of 0.8M sucrose in solution. B . Mechler, Methods in Enzymology 152: 2 41-248 (1987). Homogenization with Teflon-glass Potter homogenizer at -200 rpm Then, homogenize with Dounce homogenizer in 6 strokes. afterwards, Centrifuge the homogenate at 120,000 × g for 15 minutes at 4 ° C. To precipitate the nuclei. TK in a 38 ml polyallomer tube150Over 2 ml in M Polysomes are isolated by mixing the supernatant with 6 ml of 2.5M sucrose. 2 Two additional sucrose TK150M solution followed by 13 ml of 2.05 M sucrose Layered on the extract fractions as a first layer, then a second layer of 6 ml 1.3M sucrose To achieve. The polysome was centrifuged at 90000 xg for 5 hours at 4 ° C. To isolate. This fraction is then used for siliconized pasteur pipetting. With the 1.3M sucrose / 2.05M sucrose interface and use the same amount of T Dilute with E (10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 1 mM EDTA). Same amount 90 ° C. SDS buffer (1% SDS, 200 mM NaCl, 20 mM Tris- HCl, pH 7.4) and incubate the solution for 2 minutes on a boiling water bath. To Next, proteinase-K digestion (50 mg / ml) at 37 ° C. for 15 minutes Digest protein. The mRNA was purified by extracting three times the amount of phenol-chloroform. And then 0.1 volume of 2M sodium acetate (pH 5.2) and 2 volumes of 100 Precipitate overnight at -20 ° C with% ethanol. 12,000 xg of precipitated RNA Collect by centrifugation at 4 ° C for 10 hours. The RNA is dried and TE (pH 7.4) or resuspend in distilled water. Resuspend RNA in slot blot hive For use in redification or dot blot hybridization assays , LU105 mRNA can be examined (see Example 6).   The quality of the nucleic acids and proteins depends on the preparation method used. Each sample is Different preparation techniques will be required to maximize the efficiency of isolation of the target molecule. these The preparation techniques are within the skill of ordinary technicians.Example 4: Ribonuclease protection assay A. Labeled complementary RNA (cRNA) hybridization probe and unlabeled Synthesis of sense strand   Labeled antisense and unlabeled riboprobes, such as SP6 or T7 From the cDNA sequence of the LU105 gene containing the 5 'RNA polymerase promoter Transcribed. This sequence was obtained from a vector containing the appropriate LU105 cDNA insert. 5 'RNA polymerase promoter sequence Derived from the PCR-generated product of the insert using the PCR primers It may be. For example, the opposite SP6 and T7 polymerase promoters on both sides Place the The described plasmid, clone 13, which contains the LU105 gene cDNA sequence. 27836 or another comparable clone was obtained from Qiagen Plasmi. d Purification Kit (Qiagen, Chatsworth) h, CA). Then, 10 μg of the plasmid was added to 10 units of Dde. Cut with an I restriction enzyme at 37 ° C. for 1 hour to linearize. QIA-like linearized plasmid And purified using a kit (Qiagen, Chatsworth, CA). 6.3 μM (alpha) as described by the supplier's instructions.32P) UT P (Amersham Life Sciences, Inc., Arling) ton Heights, IL) or 100-500 μM biotinylated U Transcription System (Promega Corpora suitable SP6 or T7 promoters using Tion, Madiosn, WI) Used for the synthesis of antisense transcripts from To generate the sense strand And 10 μg of the purified plasmid were ligated with 10 units of XbaI and 10 units of Not And transcribe from an appropriate SP6 or T7 promoter as described above. S Pin-column chromatography Thus, both the sense and antisense strands are isolated. UV absorption at 260 nm The unlabeled sense strand is quantified by luminosity.   B. Hybridization of labeled probe to target   The frozen tissue is ground to a powder under liquid nitrogen and 100-500 mg of DirectP protectTM  Lysate RNase Protection Kit ( Ambion, Inc. 1 ml available as a component of Austin, TX) In lysis buffer. Further, lysis was completed using a tissue homogenizer. Let In addition, a known amount of sensor in mouse liver lysate for use as a positive control. The strands were serially diluted. Finally, 45 μl of lysed tissue or diluted sense strand was added to 5 μl. 1) 1x10 in μl lysis bufferFivecpm radiolabeled probe Mix directly or 2) directly with 250 pg of non-isotopically labeled probe. Intimately mix. Hybridize overnight at 37 ° C. T. Kaabach e et al., Anal. Biochem. 232: 225-230 (1995).C. RNase digestion   Using a solution of RNase A and RNase T1, Di for 30 minutes at 37 ° C. Rect ProtectTMProtocol Remove the RNA not hybridized to the probe from the reaction Followed by Proteinase-K digestion in the presence of sarcosine sodium. To remove RNase. Then add the same amount of isopropanol. To precipitate the hybridized fragment protected from digestion, and And leave for 3 hours. The precipitate is collected by centrifugation at 12000 × g for 20 minutes.D. Fragment analysis   The precipitate was purified with a denaturing dye-loaded gel (80% formamide, 10 mM EDTA (pH 8). . 0) 1 mg / ml xylene cyanol, 1 mg / ml bromophenol blue -), Heat-denatured, 6% polyacrylamide TBE, 8M urea Perform electrophoresis on a hydrophobic gel. Visualize the gel, StormTMPreserved phosphorescent autoradi Off-line systems (Molecular Dynamics, Sunnyvale, Analyze using CA). Protected fragment expressed in femtograms (fg) Quantitation of the compound was determined from a known dilution of the positive control sense strand (see Section B, supra). Achieved by comparing the peak area obtained from the test sample with that obtained. It is. The result is the LU105 RNA molecule / cell, Displayed as an image ratio score. If non-isotopic labels were used, Hybrids can be obtained from gels by blotting or membranes (nylon or nitrocellulose). Loose) and then streptavidin alkaline phosphatase conjugate Analyzes were performed using a detection device using a reagent and a chemiluminescent or chemiluminescent reagent.   SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 And fragments corresponding to sequences selected from the group consisting of fragments or complements thereof. Expression of the bell mRNA indicates the presence of LU105 mRNA, which may be It suggests the diagnosis of a disease or condition of the lung tissue, such as a disease.Example 5 Northern blot   Northern blot using agarose gel electrophoresis and nucleic acid hybridization The lot was used to identify a specific size RNA species in the RNA complex. Required When reduced, 5-10 μg of total RNA (see Example 3, Preparation of Nucleic Acids) was Irinopropanesulfonic acid (MOPS) (pH 7.0), 10 mM sodium acetate Um, 1 mM EDTA, 2.2 M formaldehyde, 50% v / v form The reaction was carried out at 65 ° C. for 15 minutes in 15 μl of a solution containing an amide. Degenerate RNA 2 μl loading buffer (50% glycerol, 1 mM EDTA, 0.4% bromophenol blue, 0 . 4% xylene cyanol), and then mixed with 40 mM MOPS (pH 7.0). Containing 10 mM sodium acetate, 1 mM EDTA and 2.2 M formaldehyde. Was loaded on a denaturing 1% agarose gel. Run the gel at 60V for 1.5 hours Was stained with 0.5 μg / ml ethidium bromide for 1 hour. Rinse with neat water for 30-45 minutes. Downward alkaline capillary transfer method (Chom czynski, Anal. Biochem, 201; 134-139, 199. 2) RNA was converted from gel to nylon membrane (Brightstar-Plus) Ambion, Inc. Austin. TX) for 1.5 hours. H The filter was rinsed with 1 × SSC, and the RNA was washed with Stratalinker (St ratagene, Inc. , LaJolla, CA) The filter was crosslinked in the ink mode and dried for 15 minutes. Then put this membrane in front Pre-hybridization solution (5XSSC, 50% Luamide, 5X Denhardt solution, 100 μg / ml denatured salmon sperm DNA ) Into a hybridization tube containing 20 ml, and hybridized at 42 ° C. The reaction was allowed to proceed for at least 3 hours in a daidization oven. Prehigh blot While bridging,32The P-labeled random ply probe was purchased from the manufacturer (Gib co-BRL, Grand Island, NY). Created using the input. Boil half of the resulting probe for 10 minutes and then on ice It was quenched and added to the hybridization tube. Hybridization is 4 Performed at 2 ° C. for at least 12 hours. Discard hybridization solution and filter Was washed twice in 30 ml of 3 × SSC, 0.1% SDS at 42 ° C. for 15 minutes. Wash twice in 30 ml 3X SSC, 0.1% SDS at 60 ° C for 15 minutes. went. Then cover the filter with Saran wrap and use Kodak XAR-Oma The t film was exposed for 8-120 hours, after which the film was developed and analyzed.   LU105 Hybridization to Northern Blots Including Lung and Non-Lung Tissue The results of the analysis are shown in FIGS. 3A and 3B. These are ethidium bromide (EtBr) ) Contains stained RNA gel and LU105 Northern blot. RNA size The standard (in kb) position is shown to the left of each panel. As shown in FIG. 3A, The LU105 probe was used for lung sample (lane 6) and breast sample (lane 6). Approximately 0.5 kb RNA was detected in the other two non-pulmonary RNA samples. (Lanes 1, 3, 4, and 7-12). FIG. 3B Thus, the LU105 probe was used in four of five normal lung specimens and in five Approximately 0.5 kb RNA was detected in four of the lung cancer specimens (lanes 6 and These specimens were not considered because the RNA at 10 was severely degraded T).   SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 , And a sequence selected from the group consisting of fragments or complementary sequences thereof Expression of mRNA that makes it possible to diagnose lung tissue diseases or conditions such as lung cancer. Suggest.Example 6: dot blot / slot blot   Dot and slot blot assays are used to identify specific nucleic acid sequences in a mixture of nucleic acids. It's a quick way to find out. To perform such an assay, 50 μl up to 50 μl of 50% formamide, 7% formaldehyde, Mix in 1 × SSC solution, react at 68 ° C. for 15 minutes, then cool on ice . Thereafter, 100 μl of 20 × SSC is added to the RNA mixture, and the prepared Trocellel membrane or nylon Apply to the manifold device with the membrane. This membrane was immersed in water, 20 × SSC for 1 hour. Then, place on two Whatman # 3 filter papers that have been tightened with 20XSSC. Apply to a slot blot or dot blot vacuum manifold. For the slot blot, the labeled probe prepared in Example 4 was used. And analyzed. SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, Selected from the group consisting of SEQ ID NO: 6, and fragments or complementary sequences thereof Detection of the mRNA corresponding to the sequence indicates the presence of LU105 and is similar to lung cancer. It suggests a diagnosis of any lung tissue disease or condition.   Other methods and buffers that can be used in the methods described in Examples 5 and 6 Although not described in detail, it is known to those skilled in the art, By Sambrook et al. Are also described.Example 7 In Situ Hybridization   The method utilizes a detectable nucleic acid hybridization probe to target Useful for directly detecting the presence of a specific nucleic acid sequence in a cell.   The tissue is paraformaldehyde or glutaraldehyde Prepared using a cross-linking fixative that retains intracellular RNA to a maximum extent, such as L. An gere et al.Methods in Cell Biol.35: 37-71 ( 1991). In summary, tissues were removed from more than five times their volume by 50 mM phosphate. Sodium acid, pH 7.5 solution 1% glutaraldehyde at 4 ° C for 30 minutes Good. Transfer the solution to a fresh glutaraldehyde solution (50 mM sodium phosphate, pH (1% glutaraldehyde in 7.5 solution) and fix for another 30 minutes. This Must be at an osmotic pressure of approximately 0.375% NaCl. Organization Is washed once with an isotonic NaCl solution to remove phosphoric acid.   The fixed tissue is then embedded in paraffin as follows. Organization Ethanol solution of increasing concentration, 50% (twice), 70% (twice), 85%, 90% And then dehydrate for 15 minutes each with 100% (twice). Next, the organization Soak twice in xylene for 20 minutes at warm. Then, divide the tissue in xylene and paraffin : 2 times at 60 ° C for 20 minutes. Finally three times on paraffin, each Soak for 15 minutes.   The tissue is then cut to a thickness of 5 μm using a standard microtome, and Like 3-aminopropyltriethoxyxylene Place on slides that have been treated with tissue adhesive.   Remove the paraffin by soaking in xylene for 10 minutes and then use a series of decreasing concentrations of ethanol. Knol 99% twice, 95%, 85%, 70%, 50%, 30% and 2 times in distilled water. Hydrate by soaking once. The sections were pre-treated with 0.2 M HCl for 10 minutes and then 2 μg / Permeabilize for 15 minutes at 37 ° C. with ml of Proteinase-K.   Labeled riboprobes transcribed from the LU105 gene plasmid (Example 4 ) To a previously prepared tissue section and 3 × standard physiology Incubate with saline extract and 50% formamide overnight at 56 ° C. Excess probe is washed off with 2x standard saline citric acid and 50% formamide. After digestion, digest with 100 μg / ml RNase A at 37 ° C. for 30 minutes. You. The fluorescent probe is irradiated with ultraviolet (UV) light under a microscope to emit light and is visualized. Fluorescence in the cytoplasm indicates the presence of LU105 mRNA. Or the section is auto It can be visualized using radiography.Example 8: Reverse transcription PCR A One-step RT-PCR assay   To detect the target sequence described above by reverse transcription PCR known in the art, Design specific primers. One-step RT-PCR consists of one RT and one PCR Is a series of procedures carried out in the reaction mixture. This procedure uses 50 mM (N, N, -Bis [2-hydroxyethyl] glycine), pH 8.15, 81.7 mM K OAc, 33.33 mM KOH, 0.01 mg / ml bovine serum albumin, 0.1 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 0.02 mg / ml NaNThree, 8 % W / v glycerol, 150 μM of each dNTP, 0.25 μM of each primer -5 U rTh polymerase, 3.24 mM Mn (OAc)TwoAnd the 5 μl mark Performed in a 200 μl reaction mixture containing the target RNA (see Example 3). RNA and r Th polymerase enzyme is Mn (OAc)TwoIs unstable in the presence of (OAc)TwoMust be added just before adding the target RNA. cDNA synthesis Optimal conditions for formation and temperature cycling can be readily determined by those skilled in the art. reaction The liquid used was Thermal Cycler 480 from Perkin Elmer. Do it. cDNA Optimal conditions for synthesis and temperature cycling can be readily determined by one skilled in the art. Yes One of the conditions considered to be effective is to prepare cDNA for 15 to 45 minutes at 60-70 ° C. Synthesis, 94 ° C., 1 minute; 55-70 ° C., 1 minute; -45 times. One-step RT-PCR consists of Taq polymerase, Utilizing a dual enzyme procedure with a reverse transcriptase, such as the MMLV or AMV RT enzyme It can also be implemented.B. Conventional RT-PCR   K. Q. Hu et al., Virology 181: 721-726 (1991). The conventional two-step RT-PCR reaction described above was performed. In summary, extracted mRNA (See Example 3) 0.5 μg was mixed with 1 × PCRII buffer (Perkin-El) mer), 5 mM MgClTwo, 1 mM dNTP, 20 U RNasin, 2 . 5 μM random hexamer and 50 U MMLV (Moloney reactions involving M. leukemia virus reverse transcriptase (RT) Reverse transcription was performed in 20 μl of the mixture. Reverse transcription uses a PE-480 thermal cycler 10 minutes at room temperature, then 60 minutes at 42 ° C, and a further 5 minutes at 95 ° C. The RT was inactivated by incubation. PCR was performed using 2 μl of cDNA for 10 mM Tris-HCl (pH 8.3), 50 mM KCl, 1.5 mM MgClTwo, 200 μM dNTP, sense and antisense described in SEQ ID NOs: 15 and 16 The primers were prepared in final volumes containing 0.4 μM and 2.5 U of Taq polymerase, respectively. Performed in a 50 μl volume of PRC reaction. Reaction is MJ Research Mod It carried out as follows using el PTC-200. Denaturation at 94 ° C for 2 minutes 35 amplification cycles (94 ° C, 45 seconds, 55 ° C, 45 seconds, 72 ° C, 2 minutes) , Final extension reaction (72 ° C, 5 minutes), and immersion at 4 ° C.C. Analysis of PCR fragments   The correct product was confirmed by size determination by gel electrophoresis. Gel for 15 minutes Stained with ethidium bromide (0.5 μg / ml in TBE buffer) for 10 minutes After destaining in water, this was visualized by UV illumination. Figure 4 shows ethidium Figure 5 shows a scan of a bromide stained agarose gel. In particular, Lane 1 is the MW marker cell. Lanes 2 are placental DNA minus controls, lanes 3 and 4 are positive. 307 bp amplicons from normal lung tissue RNA are shown, lanes 5-9 show the following: From prostate tissue RNA Shows the presence of LU105-specific amplicons in lanes 5 and 7 (prostate cancer) Lanes 6 (normal prostate tissue); and lanes 8 and 9 (BPH prostate). Gland tissue). Based on the observation of the stained gel, the 307 bp amplicon has two Reactions resulting from RNA obtained from normal breast tissue (lanes 10 and 11) Three other breast tissues [lane 12 (normal breast), 13 (breast cancer) and lane 14 (breast cancer)] Was not observed. In addition, the five colon tissues tested [(lane 1 5 and 17, normal colon); (lanes 16, 18 and 19, colon cancer)] There was no evidence of a 307 bp amplicon in reactions arising from NA. lane 16 (colon cancer) has 350 bp amplicon in addition to the two high MW diffusion bands Product. These data indicate the presence of DNA in RNA tissue specimens You.Example 9: OH-PCR A. Probe selection and labeling   The aforementioned target sequence is subjected to oligonucleotide hybridization PCR. To detect, target-specific primers and Design the probe. International Publication Number WO92 / 10 published on June 25, 1992 505 and WO92 / 11388 published on July 9, 1992 are Teaches methods for labeling gonucleotides at the 5 'and 3' ends . Label-fluorescence by one of the known methods for labeling oligonucleotides Prepare an amidite reagent and use it to add a label during oligonucleotide synthesis I do. For example, N. T. Thong et al., Tet, Letters 29 (46 ): 5905-5908 (1988); S. Published by Cohen et al. No. 07 / 246.688 (NTIS ORDER No. PA). T-APPL-7-246,688) (1989). Probe is At the 3 'end, thereby preventing it from participating in PCR and further reducing unnecessary It is preferred to prevent the formation of extension products. Probe in one-step OH-PCR Is TMIs the T of the primerMAt least 15 ° C. Step Primers and probes are standard, known in the art, with or without a detectable label. As a specific binding member using fluorescent amidite chemistry and / or post-synthesis labeling used.B. One-step oligo hybridization PCR   50 mM (N, N, -bis [2-hydroxyethyl] glycine), pH 8.1 5, 81.7 mM KOAc, 33.33 mM KOH, 0.01 mg / ml Bovine serum albumin, 0.1 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 0.02 mg / ml NaNThreeGlycerol, 8% w / v, 150 μM each dNTP, 0.2 5 μM each primer, 3.75 nM probe, 5 U rTh polymerase, 3.25 mM Mn (0Ac)Two, And 5 μl blood equivalent of target sequence (see Example 3) OH-PCR is performed on 200 μl of the reaction solution containing the above-mentioned (C). RNA and rTh The polymerase enzyme is Mn (OAc)TwoIs unstable in the presence of Mn (O Ac)TwoMust be added just before adding the target. Reaction solution is Perkin Incubate in Elmer Thermal Cycler 480. Optimal conditions for cDNA synthesis and temperature cycling can be readily determined by those skilled in the art. Wear. Conditions considered to be effective include cDNA synthesis (60 ° C., 30 minutes), 30-45 Amplification cycle (94 ° C) 40 seconds; 55 ° C-70 ° C, 60 seconds), oligo-hybridization It is a dization (97 ° C, 5 minutes; 15 ° C, 5 minutes; immersion at 15 ° C). Right anti The reaction product is Contains at least one strand of the PCR product and a probe hybridized inside In.C. OH-PCR product analysis   The amplification reaction product is LCx(R)Analysis system (Abbott Laborator) iss, Abbott Park, TL). To summarize, right The reaction product is analyzed using antibody-labeled microparticles to form a PCR product chain or hybrid. Capture at a site that can be captured by any of the dimerization probes, and A detectable site between the antibody and either the detectable site of the probe or the PCR chain Detected by conjugate binding. PCR hybridized with inner probe Only complexes containing chains can be detected. This complex is detected at LU105m Indicates the presence of RNA and is diagnosed as a lung disease or condition such as lung cancer Is shown.   Amplified or unamplified LU1 that can be used and / or modified by those skilled in the art. There are many other formats that can detect the presence of nucleic acid sequences from Chain reaction (LCR, Abbott Laboratories, Abbott P ark, IL); Q-β replicase (Gene-Trak)TM, Napervi lle, Illinois), branched chain reaction (Chiron, Emeryville, CA) ) And the strand displacement method (Becton Dickinson, Research Tri). angle Park, NC), but is not limited thereto.Example 10: Production of synthetic peptide   The synthetic peptide is the amino acid predicted for the LU105 polypeptide consensus sequence. The acid sequence was modeled and therefore prepared based on this (see Example 1). In particular Several LU105 peptides derived from SEQ ID NO: 19 were prepared. to this Are SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, and SEQ ID NO: No. 24 peptide is included. All peptides are Symphony Pepti de Synthesizer (Rainin Instrument Co. Emeryville CA) using Fmoc chemistry, standard cycle, in It was synthesized by situ HBTU activity. Cleavage and deprotection conditions are as follows: 2.5 ml of excision reagent (77.5% v / v trifluoroacetic acid, 15% v / V ethanoldiethiol, 2.5% v / v water, 5% v / v thioanisole, 1-2% w / v phenol) was added to the resin and stirred at room temperature for 2-4 hours. Or that Later Remove the excess and precipitate the peptide from the cleavage reagent using cold diethyl ether. I let it. Filter each peptide and use a water / acetonitrile / 0.1% TFA gradient Purified by reverse phase preparative HPLC and lyophilized. The product is confirmed by spectrophotometry. (See Example 12).   The purified peptide is glued to the keyhole using glutaraldehyde. After binding to anin, it was mixed with adjuvant and injected into animals (see Example 14)Example 11a: Protein expression in cell lines using plasmid 577 A. Construction of LU105 expression plasmid   No. 08 / 478,073, filed Jun. 7, 1995. Sumid 577 was constructed for expression of secreted antigen in a permanent cell line. This plasmid Contains the following DNA segments: (a) β-lactamase and DNA replication 2.3 Kb fragment of pBR322 containing the starting point; (b) HSV-1 thymidine kinase Expressing neomycin resistance under the control of zeo promoter and polyA addition signal 1 . (C) a cassette under the control of the SV-40 promoter and polyA addition. Gunardhid A 1.9 Kb cassette expressing the lofolate reductase gene; (d) Simian Provides the virus 40T-Ag promoter, transcription enhancer and poly-A addition signal. Hepatitis B virus surface followed by herpes simplex-1 (HSV-1) Modified hepatitis C virus (HBsAg) under the control of antigen (HBsAg) enhancer I HCV) a rabbit immunoglobulin heavy chain signal sequence fused to the E2 protein 3.5 Kb cassette to be expressed; and (e) Si not functioning in plasmid The remaining 0.7 Kb fragment of the late gene region of the mian virus 40 gene. All of the segments of the vector are assembled using conventional methods known to those skilled in molecular biology. I was   The plasmid for expressing the secreted LU105 protein is C-type in plasmid 577. The hepatitis virus E2 protein coding sequence was changed to SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: No. 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and fragments thereof LU105 polynucleus selected from the group consisting of a fragment or its complementary sequence It is produced by exchanging with a reotide sequence. By digesting plasmid 577 with XbaI Release the hepatitis C virus E2 gene fragment. The resulting plasmid backbone contains L U105 cDNA Insert can be inserted downstream of the rabbit immunoglobulin heavy chain signal sequence This makes it possible to express proteins using the cell's secretory pathway. You. The LU105 cDNA fragment is prepared by using a conventional PCR. C An XbaI site was encoded in the primer sequence of the Process, facilitates secretion, promotes end product stabilization in culture 1 encoding the amino acid sequence Ser-Asn-Glu-Leu ("SNEL") Two nucleotides follow. Primers follow this 12 nucleotide sequence And a nucleotide complementary to the template sequence encoding the amino acid of the LU105 gene Contains. The antisense primer contains the next 8 amino acids immediately before the stop codon. Nose acid-encoding sequence has been incorporated: Asp-Tyr-Lys-Asp- Asp-Asp-Asp-Lys (SEQ ID NO: 24). In the sequence, L A recognition site useful for purification of the U105 protein product has been incorporated. Recognition site ( (Named "FLAG") is a commercially available anti-FLAG M2 Lonal antibody (Eastman Kodak, Co., New Haven, C T) and other similar sequences and antibodies thereto Can be used as well. For example, PCR is performed using Prkin-Elmer-Ce Perform using GneAmp reagent obtained from tus according to the manufacturer's instructions. P CR primers were used at a final concentration of 0.5 μM, and PCR was performed in 100 μl of the reaction solution. 35 cycles (94 ° C., 30 seconds; 55 (30 ° C., 30 seconds; 72 ° C., 90 seconds) followed by extension at 72 ° C. for 10 minutes.B. Transfection of Chinese hamster ovary cells deficient in dihydrofolate reductase   The plasmid described above was used for CHO / dhfr cells (DXB-111, Uriacio). Et al., PNAS 77: 4451-4466 (1980)). these The cells are A. T. C. C. , 12301 Parklawn Drive, Roc Available from Kville, MD 20852 as accession number CRL9096 . Transfection is performed by P. L. Felgner et al. , PNAS 84: 7413-7417. (1987) using a cationic liposome-mediated method. Especially CHO / d The hfr-cells were Ha-supplemented with 10% fetal bovine serum, L-glutamine (1 mM). mF-12 medium, 5-8 × 10 per flaskFiveFrus at cell density Seed freshly in Ko. Cells are grown to 60-80% confluency for transfection Let Twenty micrograms (20 μg) of plasmid DNA was added to 1.5 ml of Op. In addition to ti-MEMI medium, 100 μl of Lipofectin reagent (Gibco-B RL; Grand Island, NY) in another oPti-MEMI medium 1.5 Add to ml. The two solutions are mixed and incubated at room temperature for 20 minutes. Culture medium Is removed from the cells and rinsed three times with 5 ml of Opti-MEMI medium. then Opti-MEMI-lipofection-Plasmid DNA solution overlays cells You. The cells were incubated at 37 ° C. for 3 hours, then once Op 24 hours before sorting Replace the ti-MEMI-Lipofectin-DNA solution.C: Selection and amplification   One day after transfection, the cells were passaged 1: 3 before dhfr / G418 selection medium ( (Hereinafter referred to as "F-12 minus medium G"). The selection medium was Ham's F-1. L-glutamine was added to 2 and hypoxanthine, thymidine and glycine were added. Except (JRH Biosciences. Lenexa, Kansas) 300 μg of G418 (Gibco-BRL: Grand (Island, NY). Medium volume to area ratio is 25cmTwoThis 5 ml was maintained. DHFR / G418 cells are expanded and passaged approximately 2 weeks later And maintained continuously in F-12 minus medium G.   Each transfected LU105 cDNA sequence was analyzed in two steps using methotrexate. DHFR+, G418+Amplify using stepwise sorting of cells (R. Schimke , Cell 37: 705-713 (1984)). Cells are treated with 150 nM medium. F- containing totrexate (MTX) (Sigma, St Louis, MO) Culture for about 2 weeks in 12 minus medium G until resistant colonies appear. Sa Furthermore, cells were selected from cells adapted to a concentration of 150 nM with 5 μM MTX to increase the gene. Achieve width.D. Antigen production   F-12 minus medium G supplemented with 5 μM MTX was added 5% immediately above the confluent monolayer. COTwoUnderlay at 37 ° C for 12-24 hours. Remove growth medium before removing cells Dulbecco's phosphate buffered saline (PBS) with calcium and magnesium G) (Gibco-BRL; Grand Island, NY) Rinse three times and remove remaining medium / serum. Then cultivate the cells for VAS custom culture Ground (VAS cass without L-glutamine with HEPES without phenol red) Tum's medium, JRH Bioscience; available from Lenexa, KS, 5% CO with product number 52-08678P)TwoIncubate at 37 ° C for 1 hour did. The cells were then loaded with VAS at a rate of 5 ml per T-flask for production. Layered. After 7 days of culture, the medium was removed and kept intact, harvest 2, 3, and Frozen until purification with 4. To harvest three more times every seven days, The layer is overlaid with VAS.E. FIG. Analysis of LU105 antigen expression in lung tissue gene   A part of the VAS supernatant obtained from cells expressing the LU105 protein was obtained by a person skilled in the art. SDS-polyacrylamide gel electrophoresis (S DS-PAGE) (Laemmli discontinuous gel) or mass spectrometry To analyze.F. Purification   Anti-FLAGM2 monoclonal antibody is converted to agarose using hydrazine binding Covalently attached affinity matrices (Eastman Kodak Co., N ew Haven, CT) LU10 containing FLAG sequence using epidemiology affinity chromatography Purify 5 proteins. VAS collected from roller bottles before affinity purification The protein stored in the medium was separated by Sephadex G-25 (PharmaciaBio). tech Inc. , Uppsala, Sweden) column   Replace with Tris-HCl (pH 7.5), 150 mM NaCl buffer. This The protein in the buffer is applied to an anti-FLAG M2 antibody affinity column. 50 mM   Wash column with Tris-HCl (pH 7.5), 150 mM NaCl buffer To elute unbound proteins. Bound protein is in excess 50 mM Tris-HCl (pH 7.5) containing FLAG peptide, 150 mM   Elute with NaCl. Excess FLAG peptide can be removed by gel electrophoresis or It can be removed from the purified LU105 protein by HPLC.   In this example, plasmid 577 is used, but other equivalents such as CMV Expression systems can also be used by appropriately modifying the reagents and / or methods used. And is within the ordinary skill in the art.   Largest cloned insert containing the coding region of the LU105 gene The input is (i) a gene useful for protein expression and detection, such as cytomegaloy Eukaryotic organisms containing a luz (CMV) promoter and / or protein fusible sequence Product expression vector, or (ii) superoxide dismutase (SOD) ) And for expression of CMP-KDO synthase (CKS) or other protein sequences Subcloning into a bacterial expression system containing the protein fusion gene. Melting SOD Methods and vectors useful for the production of polypeptides containing combined sequences are described in Oct. 1, 1986. Described in EPO 0196056 and published with a fusion sequence of CKS. For an example, see EPO Publication No. 0331961 published on September 13, 1989. It is listed. Proteins purified in this way are limited to animal immunity studies Without being applicable to various techniques such as solid-phase immunoassay.Example 11b: Protein in cell line using pcDNA3.1 / Myc-His Expression A. Construction of LU105 expression plasmid   Plasmid pcDNA3.1 / Myc-His (catalog number V855-20) , Tnvitrogen, Carlsbad, CA) with various mammalian cell lines. Developed for expression of secretory antigens did. The expressed protein insert was fused to a myc-his peptide tag. You. myc-his tag (SEQ ID NO: 26) is a c-myc-derived cancer protein epitope. And polyhistidine, which have anti-myc or anti-his affinity Of purified fusion protein using ram or metalloprotein binding columns Useful for manufacturing.   The plasmid for expressing the secretable LU105 protein is clone 1327836. The full length LU105 polynucleotide sequence (SEQ ID NO: 6) obtained from IH was It was constructed by insertion into A3.1 / Myc-His vector. (This plasmid is PC 1327836M / H. ) PC1327836M / Before constructing H, the LU105 cDNA sequence was first ligated into the pCR-smooth vector as follows: Cloned into The LU105 cDNA fragment was prepared according to the manufacturer's instructions. Standard method using reagents from Stratagne (La Jolla, CA) Was generated by PCR using PCR primers were used at a final concentration of 0.5M. Was. pfu polymerase (Stragegene La Jolla, CA) PCR using U105 was performed using the LU105 plasmid as a template (see Example 2). 30 cycles (94 ° C, 1 minute: 65 ° C., 1.5 minutes; 72 ° C., 3 minutes, 72 ° C., 10 minutes). Sense PC R primer sequence, 5'CCCAGTTCACGACGTTGTAAAACG-3 '(SEQ ID NO: 17) is located immediately after the LU105 insertion site in the pINCY vector. Identical to those found upstream. Antisense PCR primer-5'-GCG GCCGCCGCCAAACACTGTCAGG-3 '(SEQ ID NO: 18) is 5' NotI restriction sequence and 3'-most of the LU105 cDNA immediately upstream of the in-frame stop codon It contains a complementary sequence at the 3 'end. 5 μl of the resulting blunt-end PCR product (5 μl) linearized pCR-blunt vector (Invitrogen) , Carlsbad, CA) Ligation within 25 ng, lethal ccdB inheritance of vector Destroyed child. The obtained ligated vector is transformed into One ShotTMTransformation kit (I nvitrogen, Carlsbad, CA) according to the manufacturer's instructions. In TOP10 E. coli cells (Invitrogen, Carlsbad, CA) Transformation. The transformed cells were subjected to LB-Kan broth (50 μg / ml G) Grow on selection plate at 37 ° C. After transformation, the disrupted ccdB Only cells containing the plasmid with the gene proliferate (Grant, PNAS) 87; 4645 -4649 (1990)). A transformed colony was selected and 3 ml of LB was selected. -Grow at 37 ° C in Kan broth. Plasmid DNA was transferred to QIAprep(R) (Qiagen Inc., Santa Clarita, CA) Was isolated according to the manufacturer's instructions. Digest DNA with EcoRI and NotI restriction enzymes This released the LU105 insert. This fragment ME) /0.5 μg / ml ethidium bromide / TE gel After visualization by light irradiation, take out and QIAquick according to the manufacturer's instructionsTMOne Method (Qiagen Inc., Samta Clarita, CA). Made.   The pcDNA3.1 / Myc-His plasmid DNA was ligated with EcoRI and NOTI. Digested. These sites are located within the polylinker region of the plasmid vector. I do. The purified LU105 fragment was placed downstream of the CMV promoter with the above plasmid DNA bone. DH5TMCells (GibcoBRL, Gaithersburg, M In d), the cells were transformed according to the manufacturer's instructions. In summary, 10 ng of LU10 PcDNA3.1 / Myc-His containing 5 inserts was added to D Add components to NAalfa cells Mix well. The mixture was allowed to react for 30 minutes on ice, Shock was applied for 20 seconds and placed on ice for another 2 minutes. 0.95 ml of LB medium Was added, and the mixture was cultured at 37 ° C. for 1 hour at 225 rpm with stirring. So After that, the transformed cells were treated with 100 mmLB / ampicillin (50 μg / ml) Plated and grown at 37 ° C. Colonies were picked and 3 ml LB / A Grow in picilin broth. Plasmid DNA was prepared using the QIAprep kit (Q iagen Inc. , Ssnta Clarita, CA). Insert The presence of the body was confirmed by restriction enzyme digestion and gel analysis (J. Sambrook et al. , Supra)B. Transfection of 293 human embryonic kidney cells   The LU105 expression plasmid described in A above was seeded on LB / ampicillin agar. DH5alpha cells were transformed, and the above 10 ml of LB / ampicillin was transformed. It grew in the broth. The plasmid is QIAfilterTMMaxi kit (Q iagen, Chatsworth, Calif.), especially HEK293. Transfected into cells (FL Graham et al.,J. Gen. Vir.36 : 59-72 (1977)). These cells are A. T. C. C. , 12301 Parklawn Drive, Rockville e, available from MD20852 under accession number CRL1573. Transfection is performed by P. Hawley-Nelson et al. , Focus 15.73 (1993). Performed using the cationic lipofectamine mediated method. 10% of HEK293 cells Culture medium supplemented with fetal bovine serum (FBS) and L-glutamine (2 mM) Culture in 10 ml of soil, 7 x 10 per plate6100 mm diameter at the cell density Seeded on culture plate. Cells are 70% to 80% at 37 ° C. for transfection. Grow to interconfluence. 8 micrograms of plasmid DNA (8 μg) Grand Island, NY) and 48 μl of LipofectamineTMreagent (Gibco-BRL, Grand Island, NY) with another 800 μl Added to OPti-MEMI solvent. Mix the two liquids at room temperature for 15-30 minutes Incubated. 10 ml of serum-free DMEM after removing medium from cells Was washed once. Opti-MEMI lipofectamine plasmid DNA solution . After dilution with 4 ml of serum-free DMEM, it was overlaid on the cells. Cells for 5 hours 37 Ink at ℃ And then add another 8 ml of DMEM with 20% FBS. 18-2 Four hours later, the old medium was aspirated, and D was added to the cells with fresh 5% FBS. 5 ml of MEM was overlaid. 72 hours after transfection, L U105 gene activity was examined.C. Analysis of LU105 antigen expression in lung tissue gene   The culture supernatant was transferred to a freezing tube and stored on ice. HEK293 cells 1 Wash twice with 0 ml of cold Dulbecco's PBS and dissolve 1.5 ml of CAT Buffer (Boehringer Mannheim, Indianapolis) , IN) and then incubated at room temperature for 30 minutes to dissolve and collect. Melt To a 1.7 ml polypropylene microcentrifuge tube and centrifuge at 1000 × g for 10 minutes. Heart isolated. The supernatant was transferred to a new cryotube and stored on ice. Cell supernatant Part of the lysate of cells expressing the LU105 protein The presence of 105 recombinant proteins was analyzed.   Aliquots are made of SDS polyacrylamide using conventional methods and reagents known in the art. The gel was subjected to gel electrophoresis (SDS-PAGE) (J. Sambrook et al.). S About DS-PAGE, Add an equal volume of 2 × Tricine sample buffer (Novex, San Diego) , CA) and heated at 100 ° C for 5 minutes. The sample is then used for electrophoresis. Was added to Novex 10-20% Precast Tricine gel. Electrical Following electrophoresis, samples were run from the gel on Novex Tris-glycine transfer buffer. Transferred to nitrocellulose membrane in impaction. Then Western Lights Plus or Wester Lights Western Lights Detection Kit (Tro ix, Bedford, Mass.) using the reagents and procedures provided by yc epitope monoclonal antibody (Invitrogen, Carlsbad) , CA). The substrate was prepared using a substrate buffer (Tropix, Bedfo) rd, MA) in 5-bromo-4-chloro-3-indolyl phosphate (BC IP) (Sigma, St. Louis, MO). Was. Band was visible by blue precipitation substrate on nitrocellulose .   FIG. 5 shows LU105 plus using anti-myc epitope monoclonal antibody. Mid, two cultures of HEK cells transfected with pc1327836-M / H above. C performed on nutrients The result of an estan blot is shown. Lanes 1 and 10 show prestained molecular weights Marker (MultiMark ™ Multicolored Standard, Novex, San Die go, CA). Lanes 2, 4, and 6 show culture A, culture B, And supernatants taken from negative controls. Lanes 3, 5, and 7 , Cell lysis taken from culture A, culture B, and negative control, respectively Things. Lanes 8 and 9 show 40 ng and 4 ng protein loads, respectively. Positive control (myc-labeled recombinant protein, Invitroge n, Carlsbad, CA). Two vans at about 10 kD and 12 kD Is measured by a protein size marker (lanes 1 and 10) Is found in transfected cells (cultures A and B) but with a negative control ( Untransfected cells).D. Purification   The LU105 recombinant protein containing the myc-his sequence has a polyhistidine residue. -Bonded agarose that binds specifically to groups Stem (Invitrogen, Carlsbad, CA) To purify. Collect the supernatant from the 10 × 100 mm plate prepared above , Through a nickel binding column. 50 mM Tris-HCl (pH 7.5) / The column was washed with 150 mM NaCl buffer to elute unbound proteins, -Keep only the his fusion protein. Then an excess of imidazole or histidine LU105 recombinant protein bound from the column using gin or low pH buffer To elute. Alternatively, the recombinant protein may be hydrazine or another binding agent. Anti-myc or anti-histidine monocloner bound to agarose resin by Binding of the myc-his sequence of the protein to the Purification can also be achieved by elution using an epitope or hittidine.   The purified recombinant protein is N-hydroxysuccinimide-activated Sepharose Scalam (Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ) ) Can be covalently bound to a solid phase by following the manufacturer's instructions. it can. Using these columns to which the LU105 recombinant protein is covalently bound, The anti-LU105 antibody can be purified from heron or mouse serum (Example 13 and Example 13). And 14).E. FIG. Coating microtiter plate with LU105-expressed protein   The supernatant obtained from the 100 mm plate as described above was washed with an appropriate volume of PBS 1: Three dilutions were made. The resulting mixture is then mixed with ReactiBindTMMetal chelator For each well of the microtiter plate (Pierce, Rockford, IL) Add 100 μl each, incubate at room temperature with shaking, then add each well Was washed four times with 200 μl of PBS containing 0.05% Tween20. Prepared Microtiter plates are polyclonal for the presence or absence of the LU105 antibody. Used for antiserum screening. (See Example 17).   In this example, pcDNA3.1 / myc-His was used. Other equivalent expression systems can also be used here with appropriate modifications to the method. This is known to those skilled in the art and is within the ordinary skill of the art. LU105 inheritance The largest cloned insert containing the coding region of the offspring was (i) For example, the cytomegalovirus (CMV) promoter and / or Is a eukaryotic expression vector containing a protein fusible sequence, or (ii) super -Oxide-dis Mutase (SOD) and CMP-KDO synthase (CKS) or other proteins Subclones in bacterial expression vectors containing protein fusion genes for the expression of protein sequences. To synchronize. Methods and vectors useful for producing polypeptides containing fusion sequences of SOD Is described in EP0196056 published October 1, 1986, The vector containing the CKS fusion sequence is described in EP0 published on September 13, 1989. 331961. This purified protein is limited to these However, it can be used for various technologies such as animal immunity research and solid-phase immunoassay. Wear.Example 12: Chemical analysis of lung tissue protein A. Analysis of tryptic peptide fragments using MS   Serum obtained from patients with lung disease such as lung cancer and patients without lung disease Serum, extract of lung tissue or cells of patients with lung disease such as lung cancer, lung disease Extract of lung tissue or cells obtained from unaffected patients and non-diseased organs of patients Tissue or cell extracts from government or other diseased organs Perform electrophoresis on a acrylamide gel and stain with Coomassie blue. Unknown polypepti Cut the gel part that seems to contain Take out, reduce in gel, acetamidation and trypsin digestion. P. Jeno Et al.Anal. Bio. 224: 451-455 (1995); Rosen Feld et al., Anal. Bio 203: 173-179 (1992). Gel slice 100 mM NHFourHCOThreeAnd acetonitrile. Digestion of contracted gel Buffer (50 mM NHFourHCOThree, 5 mM CaClTwoAnd 12.5 μg / ml trip Let it swell for 4 minutes at 4 ° C. Aspirate the supernatant and replace 5 to 1 Add 0 μl of trypsin-free digestion buffer and incubate at 37 ° C. overnight . The peptide was extracted with three exchanges of 5% formic acid and acetonitrile and evaporated. dry. Peptide at the end of capillary tube for aspiration gas chromatography Approximately 0.1 μl of the loaded POROSR2 adsorbent (Perseptive B) iosystems, Framingham, Massachusetts) Dissolve in 10 μl of 5% formic acid and adsorb by passing through a capillary. Adsorbed The peptide is washed with water and eluted with a 60% methanol solution containing 5% formic acid. The eluate was subjected to direct API III mass spectrometry (Perkin-Elmer Scie). x, Thornhill, Ontario, Canada) Through a capillary and analyzed using nano-electrospray mass spectrometry. You. M. Wilm et al. ,Int. J. Mass Spectrom,. Ion Process   136: 167-180 (1994); Wilm et al. ,Anal. Chem, 66: 1-8 (1994). Trypsin digested peptide The mass is determined by mass spectrometry obtained from the first quadrupole. Expected pepti The mass corresponding to the peptide is further analyzed using the MS / MS mode, and the amino acid of the peptide is analyzed. The acid sequence was analyzed.B. Peptide fragment analysis using LC / MS   Presence or absence of polypeptide deduced from mRNA sequence found in hyperplastic disease tissue Also for liquid chromatography / tandem mass spectrometry (LC / MS / M It can be confirmed using S). D. Hess et al. ,METHODS, A Compa Nion to Methods in Enzymology 6: 227-2 38 (1994). The serum sample or cancer extract obtained from the patient is denatured by SDS, Reduce by treating with dithiothreitol (1.5 mg / ml) at 90 ° C for 30 minutes. Was treated with iodoacetamide (4 mg / ml) at 25 ° C for 15 minutes Convert You. After acrylamide electrophoresis, the polypeptide was electroblotted onto a cationic membrane. Stain with Coomassie Blue. After staining, the membrane is washed and contains unknown polypeptides. Cut out the parts that are considered to be present and shred. Transfer membrane to 500 μl microcentrifuge tube 10-20 μl of proteolytic digestion buffer (0.1 M NaCl, 1 0% acetonitrile, 2 mM CaClTwo, And 5 μg / ml trypsin 100 mM Tris-HCl, pH 8.2) (Sigma, St. Louis) s, MO). After 15 hours at 37 ° C., 3 μl of saturated urea and 1 μl of 100 μg / Ml of trypsin and further incubate at 37 ° C. for 5 hours. 10% Acidify the digestion mixture by adding trifluoroacetic acid and centrifuge to separate supernatant and membrane You. Apply the supernatant directly to a microporous reversed-phase HPLC column and apply an acetonitrile gradient. Elution is performed using a 0.05% trifluoroacetic acid solution. When adjustment of sample volume is required If necessary, pass the eluate through a stream splitter and electrospray Inject directly into the light measurement. The data is analyzed according to the method described in Example 12A.Example 13: Gene immunization procedure A. In vivo antigen expression   Gene immunization involves direct injection of antigen in vivo after inoculation of an appropriate expression vector. This is a method of omitting the protein purification step by expressing. Also by this method In antigen production, protein is produced in mammalian tissues, so accurate protein folding Folding and glycosylation are possible. This method involves the use of promoters containing the CMV promoter. Gene Insertion into Rasmid, Plasmid Expansion, Purification, and Animal Muscle Tissue It utilizes the injection of plasmid DNA into the inside. Mouse is the preferred animal There is a rabbit. For example, H. Davis et al. ,Human Molecular Genetics 2: 1847-1851 (1993). Once or After two booster immunizations, blood is collected from the animal, or ascites is collected, or Animal spleens are collected to produce hybridomas.B. Plasmid preparation and purification   The full-length LU105 cDNA insert was cloned into the LU105 cDNA-containing clone 132. 7836IH was released by digestion with EcoRI and NotI restriction enzymes. Digest 1% It was electrophoresed on a romide / TE gel and visualized by ultraviolet light irradiation. Get insert And cut out from QIAquickTMMethod (Qiagen Inc., Santa)   (Clarita, CA) according to the manufacturer's instructions. Fragment It was ligated to pcDNA3.1 vector digested with EcoRI + NotI, and DH5T Transformed into M cells. Plasmid DNA was purified from Qiagen plasmid DNA. Column (Qiagen Inc., Santa Clarita, CA) And purified from bacterial cell lysates. All techniques used are known to those skilled in the field of molecular biology. It is a general thing.C. Immunization procedure   Anesthetized (Penthrane, Abbott Laboratories) s) For mice, 5 days prior to each plasmid DNA injection, into the tibialis anterior muscle of the hind leg. 100 μm of 10 mM cardiooxin (Latoxan, France) in saline One injection was made (days 0, 35, and 62). Then diluted in PBS 100 μl of a 1 mg / ml solution of the purified plasmid DNA (100 μl l) on days 5, 40 and 67 The eye was injected into the same tibialis anterior muscle. For example, H. Davis et al. , Human Ge ne Therapy 4: 733-740 (1993); W. W Olff et al., Biotechniques 11: 474-485 (1991). reference.D. Testing and use of antisera   Mice were bled on days 19, 33, 48, 61, and 76 and the resulting serum Using a peptide synthesized based on a known gene sequence (see Example 16), And / or including the myc-his peptide taq by use of the EIA method LU105 recombinant protein described in 11b, pc1327836-M / Antibody tests were performed using H (see Examples 11b-E and Example 17).  The antiserum prepared by this method was prepared by ELISA as described in Examples 15 to 18 or Western blot method in patient tissue or cell extract or patient blood It can be used for antigen detection in Qing.Example 14: Production of antibody against LU105   A. Preparation of polyclonal antiserum. Antiserum against LU105 is shared with LU105. A peptide having a sequence derived from the deduced amino acid sequence of the common sequence (SEQ ID NO: 5) It was prepared by injection into herons. The synthesis of the peptide (SEQ ID NOS: 20-24) is described in Example 10. It described in. The peptide used as the immunogen can be used as a carrier by the method described below. Keyhole limpet hemocyanin (KLH) (SEQ ID NOS: 10-24) Joined. (SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO: 24).   1. Peptide bond. Peptide is maleimide-activated limpet hemocyanin (KLH, commercially available as Imject and Pierce Chemical   (Available from Company, Rockford, IL). I mjec Contains a maleimide group. Activated KLH is phosphoric acid Concentration of about 7.7 mg / ml in buffered saline (PBS, pH 8.4) Was dissolved. Peptides are linked by cysteines in the peptide sequence or Bound to a cysteine pre-added to provide a binding site for the peptide . The peptide was dimethyl sulfoxide (DMSO, Sigma Chemical) al Company, St. Louis, MO) and KLH binding reactivity Reacting with activated KLH at a molar ratio of 1.5 moles of peptide per mole of maleimide Was. The method for coupling the peptide (SEQ ID NO: 20) is described below. In these methods It is well known in the art that the amount, time, and conditions of reagents can be changed to optimize the peptide bond. Is known to those skilled in the art.   The coupling reaction described below was performed using a KL containing about 0.77 μmole of a reactive maleimide group. Obtaining 3 mg of H-peptide conjugate ("peptide conjugate") It is assumed that. This amount of peptide conjugate is polyclonal in rabbits. The amount available for one initial injection and four booster injections to make null antibodies is there. Briefly, 1.16 μmol of each peptide (SEQ ID NO: 20) in DMSO e / 100 μl Dissolve in DMSO concentration. One hundred microliters (100 μl) DMSO solution up Add 380 μl of activated KLH solution prepared as described above and add 20 μl PBS ( pH 8.4) to make a total volume of 500 μl. Do not stir the reaction at room temperature. Incubate overnight. The reaction time is determined by measuring the amount of unreacted thiol in the reaction solution. Decided. Difference between thiol starting and final concentration binds to activated KLH Is considered to be the concentration of the peptide. The amount of thiol remaining was determined by Ellman's reagent (5,5 '-Dithiobis (2-nitrobenzoic acid), Pierce Chemical C mpany, Rockford, IL). The cysteine standard is , Cysteine hydrochloride (Pierce Chemical Company, Roc kford, IL) in 10 ml PBS (pH 7.2) at 0, 0.1 , 0.5, 2, 5 and 20 mM, and diluted to the desired concentration. Made. Spectrophotometric measurement of thiol concentration was performed using PBS (pH 8.4). (Dynex Technologies, Chantilly, VA) In addition to Ell, went. Then add 10 μl of standard solution or reaction mixture to each well. I got it. Finally, Ellman's reagent at a concentration of 1 mg / ml in PBS (pH 8.4) was added. 20 μl per well Add one by one. The wells were incubated for 10 minutes at room temperature, and all wells were The absorbance was measured using a microplate measuring device (BioRad model 3550, BioRad , Richmond, CA) at 415 nm. Absorbance of standard From the standard curve, and the thiol concentration of the reaction mixture was determined from the standard curve. Play A decrease in the release thiol concentration indicated that the coupling reaction was successful. Sa Furthermore, before the addition of maleimide-activated KLH and at the end of the reaction, By calculating the free thiol, the peptide of each peptide-KLH conjugate was calculated. The substitution ratio of mol / KLH could be calculated. These peptide substitutions And the peptide was 54 to 237 mol / mol KLH. Against PBS (pH 7.2) The mixture was dialyzed at room temperature for 6 hours to remove unreacted peptide. Conjugate Stored at a temperature of 20 ° C. or less.   2. Animal immunity Using female New Zealand white rabbits weighing 2 kg or more A polyclonal antiserum was made. Usually unbound using one rabbit Or peptide conjugates (SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, (SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO: 24, prepared as described above). One week before the first immunization, a non-immune blood sample was obtained by collecting 5 to 10 ml of blood from the animal. A sample was used.   Peptide conjugate, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, sequence No. 23 and SEQ ID NO: 24 are 0.5 ml of complete friend adjuvant (CF A) 2 in a PBS solution (pH 7.2) containing (Difco, Detroit, MI) The initial immunization is achieved by emulsifying 0.5 ml of the conjugate at a concentration of mg / ml. Used to prepare the stock. The immunogen is subcutaneously, intraperitoneally, or And / or administered via muscle. Four weeks after the first immunization, booster immunization is administered did. The immunogen used for booster immunization was 0.5 ml of incomplete peptide. Friend Adjuvant (IFA) (Difco, Detroit, MI) 0.5 The same as that used for the first immunogen, except that it was diluted to a concentration of 1 mg / ml with ml. It was prepared by emulsifying 0.5 ml of one peptide conjugate. Then also booster in multiple locations by subcutaneous, intraperitoneal and intramuscular injection Was administered. Two weeks after the booster immunization, blood was collected from the animal (5 ml), and the obtained serum was obtained. Immune response to the above peptide and / or LU105 recombinant protein The sex was examined. This Repeat the star and blood collection schedule every 4 weeks until the appropriate titer is obtained did. The titer or concentration of the antiserum was determined using the microtiter described in Example 17 shown below. Using unconjugated peptides in the EIA Microtiter plate using crotiter plate (see Example 11b-E) Myc-his peptide taq (pc1327836-M / H) was determined using the LU105 recombinant protein. 1: More than 500 antibodies Those that showed a value were judged as suitable for subsequent use and analysis. B. Production of monoclonal antibodies   1. Immunization procedure.   Unconjugated or conjugated antibodies used to produce monoclonal antibodies in mice Use the amount of conjugate peptide to generate polyclonal rabbit antibodies. Immunogen prepared in the same manner as described above, except that Immunize mice with. That is, the first immunogen was in 0.1 ml of CFA emulsion. Consists of 100 μg of unconjugated or conjugated peptide. On the other hand, the immunogen used for booster immunization was unconjugated in 0.1 ml IFA. Alternatively, it consists of 50 μg of the conjugate peptide. Monoclonal antibody production Is prepared and screened using conventional methods. Monoc The method used for the development of the nal antibody was Kohler and Milstein,Natu re 256: 494 (1975); G. FIG. R. Hurrel, ed. ,Mon oclonal Hybridoma Antibodies: Techniq us and Applications , CRC Press, Inc. , According to a known method described in detail in Boca Raton, FL (1982). . With Kohler Another monoclonal antibody production method based on the Milstein method is described in T. T imms et al. ,Virology176: 604-619 (1990).   The immunization plan consists of a primary immunization and a booster immunization. Used for initial immunization The primed immunogen was pre-emulsified with 50 μl of CFA in PBS (pH 7.2) 5 From 100 μg of unconjugated or conjugated peptide in 0 μl. You. Booster immunization was performed approximately 2 weeks and 4 weeks after the first immunization, and 50 μl Unconjugated in 50 μl of PBS (pH 7.2) emulsified with IFA or Consists of 50 μg of conjugate peptide. 100 μl total volume of the immunogen These mice are administered intraperitoneally and intramuscularly. Immunity of individual mice The reaction was performed using the microtiter plate enzyme immunoassay (EIA) described in Example 17. And used approximately 4 weeks after the third immunization. About 15 weeks after the third immunization , PBS solution (pH 7.2) non-conjugated or conjugated peptide 5 0 μg is administered to mice intravenously, spleen or intraperitoneally.   On day 3 after the intravenous boost, the spleen cells were for example Sp2 / 0-1g14 myelo. Ma cells (Milstein Laboratories, (England) using the polyethylene glycol (PEG) method. The fusion was purified from Iscove's modified Dulbet containing 10% fetal calf serum (FCS). 1% hypoxanthine, aminopterin and thymidine (HAT And cultivation in a medium supplemented with). Microtiter plate EI according to Example 17 Screen for all cultures using A. For peptides used in immunogens React with other peptides (i.e., LU105 peptides not used for immunogen) Clones that do not respond to C) are selected for final expansion. Like this The clones obtained were expanded and subdivided, and then 10% FCS and 10% dimethyl sulfone. Freeze in IMDM containing foxide.   2. Production of ascites fluid containing monoclonal antibodies   Thaw frozen hybridoma cells prepared as described above and place in amplification medium. Plate. Peritoneal cavity in mice treated with pristane with hybridoma cells that grew Inoculate. Collect ascites from the mouse, collect and filter through a 0.2μ filter. Was analyzed for immunoglobulin class G (IgG), and protein A required for purification was analyzed. Find the amount of   3. Purification of monoclonal antibodies from ascites fluid   Briefly, an equivalent amount of protein A sepharose binding buffer was added to the filtered and melted ascites fluid. After mixing the buffer (1.5 M glycine, 3.0 M NaCl, pH 8.9), . Pass through a 2μ filter. The volume of the puttein A column is determined by the amount of Ig present in Determined from the amount of G. The eluate is dialyzed against PBS (pH 7.2) at 2-8 ° C. overnight. I do. The dialyzed monoclonal antibody is sterile filtered and then aliquoted. Purification module The immunoreactivity of the noclonal antibody was determined using the EIA microtiter plate of Example 17. Using the immunoassay method to determine the specific binding ability of the antibody to the peptide used for the immunogen. Admit. The specificity of the purified monoclonal antibody was determined for LU105 not used as immunogen. Check for lack of binding to unrelated peptides, such as peptides . The purified anti-LU105 monoclonal antibody prepared and characterized in this manner is Store at 2-8 ° C for long-term and -80 ° C for long-term.   4. Further characterization of monoclonal antibodies   The isotype and subtype of the monoclonal antibody prepared above are commercially available. Kit (Amersham, Inc., Arlington Heights, IL) be able to. Keep a portion of the monoclonal antibody continuously at 2-8 ° C, and The stability test of monoclonal antibodies can be carried out by measuring the optical density (OD) Wear.C. Use of recombinant proteins as immunogens   Within the scope of the present invention, the recombinant protein prepared as described above can Preparation of polyclonal and monoclonal antibodies by changing reagents and methods It is also used for immunogens.Example 15: Purification of serum antibodies that specifically bind to LU105 peptide   The immune serum obtained by the method described in Example 13 and / or 14 is described in Example 10. Immobilized synthetic peptide prepared by the method of Example 11 or prepared by the method described in Example 11. Affinity purification is performed using the prepared recombinant protein. Dilute crude serum and protein A column (Affi-Gel protein A, Bio-Rad, Hercules , CA) to obtain an IgG fraction of the antiserum. Buffer (binding buffer, manufacturer Eluting with almost all proteins other than immunoglobulins Is removed. Elution with glycine (pH 3) with a buffer action of 0.1 M Immunoglobulin that is substantially free of albumin and other serum proteins Can be prepared.   Perform immunoaffinity chromatography to identify antibodies with more specific antigen binding Prepare fractions. The peptide used for the production of antiserum was immobilized on a chromatography resin. And adsorb an antibody specific for that epitope on the resin. Non-associative After washing away the specific antibody, the specific antibody is dissolved in a 0.1 M glycine buffer (pH 2.3). Put out. To preserve the immunological activity, the antibody fraction was treated with 1.0 M Tris buffer (pH 8). . Neutralize immediately with 0). Chromatography resin is present in peptides The choice is made according to the type of the active group. When the peptide has an amino group, Afi- Use a resin such as Gel10 or Affi-Gel15 (Bio-Ra) d, Hercules, CA). Binding using carboxyl group on peptide If desired, Affi-Gel 1102 is available (Bio-Rad, He rcules, CA). A if the peptide has a free sulfhydryl group ffi-Gel501 (Bio-Rad, Hercules, CA) and Sulf oLinkTM(Mercury based resin such as (Pierce, Rockford, IL) Is available.   Alternatively, the spleen is collected using a usual method known to those skilled in the art, and It can also be used to produce hybridomas that produce monoclonal antibodies it can.Example 16: Western blot of tissue sample   Tissue samples were prepared with 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5), 15% (w / v) Serol, 0.2 mM EDTA, 10 mM 1,4-dithiothreitol, 1 0 μg / ml leupeptin and 10 mM phenylmethylsulfonyl sulfate The protein extract was prepared by homogenization in chloride (SR Kain et al.,B iotechniques 17; 982 (1994)). After homogenization, homogenize The supernatant was separated from the debris by centrifugation at 4 ° C. for 5 minutes. For protein quantification First, 3-10 μl of the supernatant was added to 1.5 ml of the bicinchonic acid reagent (Sigma. St. Louis, MO) and the absorbance at 562 nm was measured.   For SDS-PAGE, samples were brought to the desired concentration in Tricine buffer (No. vex, San Diego, Calif.) and reconstitute an equal volume of 2 × Tricine sample. After mixing with a buffer solution (Novex, San Diego, CA) In a vacuum oven for 5 minutes. Then the sample is Novex 10-20% The gel was applied to Precast Tricine electrophoresis gel. After electrophoresis, remove the sample Nitrocellulose in gel from Novex Tris-Glysine transfer buffer Transfer to membrane. Then, Western LightsPlus or West ern Lights (Tropix, Bedford, MA) chemiluminescence detection key The specific anti-peptide antibody is allowed to act on the membrane according to the reagents and methods provided in the form of a kit. Was. For the chemiluminescent band, the developed film was treated with Hyperfilm ECL (Amer sham, Arlington Heights, IL) .   FIG. 6 shows the results for the LU105.1 synthetic peptide (SEQ ID NO: 20, see Example 14). Western Blot Results Performed on Tissue Extract Panels Using Reducing Anti-Bleeding Is shown. Each lane in FIG. 6 shows a different tissue protein extract (lane 1, kidney; lane 2, heart; lane 3, ovary; lane 4, colon; lane 5, breast Lane 6, prostate; lanes 7, 8, 9, lung; lanes 10, 11, 12, lung cancer ; And lane 13, size marker). Protein molecular weight marker (lane 13) The three bands (arrows) at approximately 6.5 kD were detected in one of the lung cancer extracts. But not found in other tissue extracts.   Competition experiments were performed as described above, with the following exceptions. Primary antibody (anti-peptide Before applying the polyclonal antiserum to the nitrocellulose filter, Preincubation overnight at 4 ° C. with various concentrations of peptide immunogen. Western bro The kit continued as described above. Binding of the antibody to the 6.5 kD band was 4.2 M was inhibited at the LU105.1 synthetic peptide (SEQ ID NO: 20) concentration.   After visualizing the bands on the film, the 5-bromo Adding a chromogenic substrate such as -4-chloro-3-indolyl phosphate (BCIP) Was visualized directly. The coloring solution was 100 mM NaCl, 5 mM MgClTwo And 0.016% B in a solution containing 100 mM Tris-HCl, pH 9.5. Includes CIP. The filter is placed in the above solution at room temperature until the band develops the desired intensity. Incubate with The molecular weight was determined using the molecular weight marker (No. vex, San Diego, CA) or biotinylated molecular weight markers (Tro pix, Bedford, MA).Example 17: EIA microtiter plate assay   Immunization of antiserum obtained from rabbit or mouse by the method described in Example 13 or 14. The reactivity was determined by the microtiter plate EIA method as follows. In summary , A synthetic peptide prepared as described in Example 10, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24 so that the final concentration is 2 mg / ml Was dissolved in a carbonate buffer (50 mM, pH 9.6). Then Rotator plate (Dynex Technologies, Chantil) ly, VA) was added to each well. Incubate the plate at room temperature overnight Wash 4 times with deionized water (Pierce Chemical Company, Rockford, IL Block wells by adding 125 μl of a suitable protein blocking agent such as This liquid was immediately discarded. This blocking operation was repeated three times. Said Antisera obtained from immunized rabbits or mice prepared according to n20 (polyoxyethylene ether monolaurate) (Sigma Chem) ical Company, St. Louis, MO) And protein inhibitor in PBS containing 0.05% sodium azide 1: 2500.1: 12,500 and 1: 62,500 diluted and coated Was added to each well of a microtiter plate. The wells are incubated at room temperature for 3 hours. Incubated. Each well was washed four times with deionized water. 0.05% Tween Phosphate buffered saline containing n20 and 0.05% sodium azide Calyphosphatase-conjugated goat anti-rabbit IgG antiserum or goat anti-mouse IgG Antiserum (Southern Biotech, Birmingham, AL) 1 00 μl was added to each well. The wells were incubated for 2 hours at room temperature. Each well was then washed four times with deionized water. Then add paranitro to each well. Phenyl phosphate substrate (Kirkegaard and Perry Labor) attories, Gaithersburg, MD). Ue The reaction was allowed to react for 30 minutes at room temperature. The absorbance at 405 nm of each well was read. Absorbance at 405 nm Absorbance of well containing non-immunized serum (negative control) Those showing higher values were judged as positive. Positive reaction Indicates that a detectable anti-LU105 antibody is present. Anti-peptide antiserum Was calculated from the above antiserum dilution ratio,405nm= Dilution rate showing 0.50D and Stipulated.Example 18: Coating of solid particles A. Coating of microparticles with an antibody that specifically binds to LU105 antigen   An affinity purified antibody that specifically binds to LU105 (see Example 15); Tylene, carboxylated polystyrene, polymethylacrylic acid fine particles or Coating particles with similar diameters in the range of 0.1 to 20 μm. Fine particles It may be coated dynamically or actively. One of the coating methods is EDAC (1- (3-di Methylaminopropyl) -3-ethylcafvodiimide hydrochloride (Aldrich Chemical Co. , Milwaukee, Wis.) Antibodies that specifically bind to boxylated latex microparticles against LU105 are as follows: The coating is performed as follows. In summary, the washed carboxylated latex Fine particles (Bangs Laboratories, Carmel, IN Kuha (Available from Serodyn, Indianapolis, IN) at a final concentration of 0 . 375% solid phase suspension in 50 mM MES buffer, pH 4. Contains 150 mg / l of an anti-LU105 antibody (see Example 14) which has affinity purification to 0 Mix in the solution for 15 minutes. The EDAC binder will be brought to a final concentration of 5.5 μg / ml. And mixed at room temperature for 2.5 hours.   The microparticles were then washed with 8 volumes of Tween 20 / sodium phosphate wash buffer ( 0.2 μm Microgon Filtration using pH 7.2) Washing was performed by tangential flow filtration using a module. Washed fine particles are necessary Irrelevant proteins that act as blocking agents until diluted Store in an appropriate buffer with.B. 1/4 inch bead coating   Antibodies that specifically bind to the LU105 antigen can also be prepared by conventional methods known in the art ( (Snitman et al., US Patent Application No. 5,273,882). Can bind to the surface of polystyrene beads by competitive binding or EI. It can be used for A sandwich test.   First, polystyrene beads were immersed in 10 mM NaH at pH 8.0 for 15 seconds. COThreeWash by sonication in buffer. Then all the beads with deionized water Wash until all trash is removed. The beads were then added to 10 mM carbonate buffer, pH 8 9.5 in the antibody solution. Monoclonal antibodies with high affinity If necessary, dilute the antibody solution to 1 μg / ml or perform affinity purification. In the case of no polyclonal antibody, it can be concentrated to about 500 μg / ml. it can. Beads are coated at room temperature for at least 12 hours and then washed with deionized water . The beads are air-dried or wet (PBS, pH 7.4). Beads In addition, protein inhibitors (sucrose) and protein inhibitors (non-specific binding inhibitors) Irrelevant protein, Carnation Skimmill You.Example 19: Microparticle enzyme immunoassay (MEIA) Uses normal antigen competition EIA or antibody sandwich EIA and fine particle solid phase (MEIA) allows LU in patient test samples (Abbott Laboratories, Abbott Park, IL) It can be implemented using an automatic analyzer such asA. Antibody sandwich EIA   In summary, samples suspected of containing the LU105 antigen were tested against the anti-LU105 antibody kit. Reaction in the presence of microparticles (prepared by the method described in Example 17) to form an antigen / antibody complex Allows the body to form. The microparticles are then washed and the signal-forming component (eg, Enzyme such as ruca phosphatase or horseradish peroxidase) The indicator consisting of the recognized antibody is added to the antigen / antibody complex or microparticles and reacted. You. After washing the microparticles, react with the signal-forming component to generate a measurable signal Substrate (eg, 4-methylumbelliferyl phosphate (MUP) or OPD) / Peroxide) to detect the bound antibody / antigen / antibody complex. Negative Depending on whether the signal of the test sample is higher than that of the control sample or not. Detect the presence. The presence of the LU105 antigen in the test sample indicates that Indicates a lung disease or condition.B. Competitive binding test   In the competitive binding test, a labeled peptide is allowed to act on microparticles coated with an anti-peptide antibody. A measurable signal when (Abbott Laboratories, Abbott Park, IL) It can be implemented using. Suspected presence of LU105 antigen in labeled peptide LU105 antibody-coated fine particles (prepared by the method described in Example 17) in the presence of a test sample In addition, labeled LU105 antigen (or labeled protein) / bound antibody conjugate and / or Or culturing for a time and under conditions sufficient to form the patient LU105 antigen / binding antibody complex Let The LU105 antigen in the test sample was labeled LU105 peptide (or LU1 05 protein) for the binding site on the microparticles. LU10 in test sample 5 antigen and LU105 peptide or LU105 protein In the test, the labeled peptide was labeled with LU105 antigen in the test sample. The binding of the antibody to the antibody coated on the microparticles. Low signal A down (compared to control) indicates the presence of LU105 in the test sample. You. The presence of the LU105 antigen is associated with lung diseases or conditions such as lung cancer. Which indicates that.   The LU105 polynucleotide described and described above and the tag encoded therefrom. The protein is useful as a marker for lung diseases, particularly lung cancer. Blood, plasma, or Is in a test sample such as serum Test based on the presence of this marker is useful for inexpensive and non-invasive diagnosis of cancer Provide information to the physician, assist in choosing a treatment protocol, or choose a treatment Useful for monitoring the effects of Since this marker is derived from diseased tissue, Is considered to be present in readily available body fluids such as urine or feces, It is considered detectable by the method. This marker increases in disease states and It is considered to be one of the normal proteins of the lung that change with the appearance or appear in the inappropriate body. available.

【手続補正書】 【提出日】平成11年8月20日(1999.8.20) 【補正内容】 請求の範囲 1. 試験試料中の標的LU105ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であ って、 (a)前記試験試料を少なくとも1種のLU105特異的ポリヌクレオチド又 はそれらの相補物と接触させること、及び、 (b)該試験試料中の前記標的LU105ポリヌクレオチドの存在を検出する ことを包含し、 前記LU105特異的ポリヌクレオチドは配列番号1、配列番号2、配列番号 3、配列番号4、配列番号5、配列番号6及びそれらの断片もしくは相補物から なる群より選択されるポリヌクレオチドとの少なくとも50%の同一性を有する 方法。 2. 試験試料中のLU105のmRNAの検出方法であって、 (a)cDNAを生成するために少なくとも1つのプライマーを用いて逆転写 を行うこと、 (b)工程(a)から得られたcDNAを、LU105オリゴヌクレオチドを センス及びアンチセンスプライマーとして用いて増幅してLU105アンプリコ ンを得ること、及び、 (c)試験試料中の前記LU105アンプリコンの存在を検出することを包含 し、 工程(a)及び(b)で用いられるLU105オリゴヌクレオチドが配列番号 1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、及びそれ らの断片もしくは相補物からなる群より選択される配列との少なくとも50%の 同一性を有する方法。 3. 試験試料中のLU105ポリヌクレオチドを検出するのに有用な試験キッ トであって、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、 配列番号6、及びそれらの断片もしくは相補物からなる群より選択される配列と の少なくとも50%の同一性を有するLU105ポリヌクレオチドの少なくとも 1種を収容する容器を含む試験キット。 4. LU105遺伝子から誘導される精製ポリヌクレオチド又はそれらの断片 であって、前記ポリヌクレオチドは前記LU105遺伝子の核酸と選択的にハイ ブリダイズすることが可能であり、かつ配列番号1、配列番号2、配列番号3、 配列番号4、配列番号5、配列番号6、及びそれらの断片もしくは相補物からな る群より選択される配列との少なくとも50%の同一 性を有する精製ポリヌクレオチド又はその断片。 5. 所望の宿主に適合する制御配列に作動可能に連結しているLU105から 誘導されるオープンリーディング枠を含む核酸配列を包含する組換え発現系であ って、前記核酸配列は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列 番号5、配列番号6、及びそれらの断片もしくは相補物からなる群より選択され る配列との少なくとも50%の同一性を有する組換え発現系。 6. 配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号2 3、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択されるアミノ酸配列と の少なくとも50%の同一性を有するLU105ポリペプチド。 7. 少なくとも1つのLU105エピトープに特異的に結合する抗体であって 、LU105エピトープは配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番 号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択さ れるアミノ酸配列との少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列から誘導 されるものである抗体。 8. 試験試料中のLU105抗原又は抗−LU105抗体の 存在を決定するための検定キットであって、配列番号19、配列番号20、配列 番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片から なる群より選択されるアミノ酸配列との少なくとも50%の同一性を有するLU 105ポリペプチドを収容する容器を含む検定キット。 9. 試験試料中のLU105抗原の存在を決定するための検定キットであって 、少なくとも1つのLU105エピトープを含むLU105抗原と特異的に結合 する抗体を収容する容器を含む検定キット。 10. 少なくとも1つのLU105エピトープを含むポリペプチドの生成方法 であって、前記方法は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む 発現ベクターが形質移入されている宿主細胞をインキュベートすることを含んで おり、前記ポリペプチドは配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番 号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択さ れるアミノ酸配列との少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列を含む方 法。 11. LU105抗原を含むことが疑われる試験試料中の前記LU105抗原 の検出方法であって、 (a)試験試料を、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号2 2、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択される LU105抗原のエピトープの少なくとも1つと特異的に結合する抗体又はそれ らの断片と接触させること、ここで前記接触は抗体/抗原複合体の形成に十分な 時間及び条件下で行われ、及び、 (b)前記複合体の存在を、前記LU105抗原の存在の指標として検出する こと、 を包含する方法。 12. LU105抗原に特異的な抗体を含むことが疑われる試験試料中で該抗 体の存在を検出する方法であって、 (a)該試験試料とLU105ポリペプチドとを接触させること、ここで前記 LU105ポリペプチドは配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番 号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択され るアミノ酸配列との少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列もしくはそ れらの断片から誘導されたLU105エピトープを少なくとも1つ含み、さらに 前記接触は抗原/抗体複合体の形成を可能にするのに十分な時間及び条件下で行 われ、及び、 (b)前記複合体の存在を、前記抗体の存在の指標として検出すること、 を包含する方法。 13. 少なくとも1つのLU105エピトープをコードする核酸配列を形質移 入した細胞であって、前記核酸配列は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配 列番号4、配列番号5、配列番号6、及びそれらの断片もしくは相補物からなる 群より選択される細胞。 14. 個体に単離された免疫原性ポリペプチド又はそれらの断片を免疫応答を 誘発するのに十分な量投与することを包含する、LU105抗原に特異的に結合 する抗体の生成方法であって、前記免疫原性ポリペプチドは、少なくとも1つの LU105エピトープを含み、かつ配列番号19、配列番号20、配列番号21 、配列番号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群よ り選択される配列との少なくとも50%の同一性を有する方法。 15. LU105抗原に特異的に結合する抗体の生成方法であって、少なくと も1つのLU105エピトープをコードする配列を含むプラスミドを哺乳類動物 に投与することを包含し、 該LU105エピトープは配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番 号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択さ れるアミノ酸配列を有するポリペプチドから誘導されるものである方法。 16. LU105ポリヌクレオチド又はそれらの断片を含む物質の組成物であ って、前記ポリヌクレオチドが配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号 4、配列番号5、配列番号6、及びそれらの断片もしくは相補物からなる群より 選択されるポリヌクレオチドとの少なくとも50%の同一性を有する組成物。 17. 少なくとも1つのLU105エピトープを含むポリペプチドを含んでい る物質の組成物であって、前記ポリペプチドが配列番号19、配列番号20、配 列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片か らなる群より選択される配列との少なくとも50%の同一性を有する組成物。 18. 配列番号19と少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列を含む LU105タンパク質をコードする遺伝子又はその断片。[Procedure for Amendment] [Date of Submission] August 20, 1999 (August 20, 1999) [Details of Amendment] Claims 1. A method for detecting the presence of a target LU105 polynucleotide in a test sample, comprising: (a) contacting the test sample with at least one LU105-specific polynucleotide or a complement thereof; Detecting the presence of said target LU105 polynucleotide in a test sample, wherein said LU105-specific polynucleotide comprises SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 and A method having at least 50% identity to a polynucleotide selected from the group consisting of fragments or complements thereof. 2. A method for detecting the mRNA of LU105 in a test sample, comprising: (a) performing reverse transcription using at least one primer to generate cDNA; (b) replacing the cDNA obtained from step (a) with: Amplifying the LU105 oligonucleotide using sense and antisense primers to obtain an LU105 amplicon; and (c) detecting the presence of the LU105 amplicon in a test sample, comprising the steps of: The LU105 oligonucleotide used in (b) is a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and fragments or complements thereof. Having at least 50% identity to 3. A test kit useful for detecting LU105 polynucleotide in a test sample, comprising: SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and fragments or complements thereof. A test kit comprising a container containing at least one LU105 polynucleotide having at least 50% identity to a sequence selected from the group consisting of: 4. A purified polynucleotide derived from the LU105 gene or a fragment thereof, wherein the polynucleotide is capable of selectively hybridizing to the nucleic acid of the LU105 gene, and has the sequence of SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3. A purified polynucleotide or a fragment thereof having at least 50% identity to a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and fragments or complements thereof. 5. A recombinant expression system comprising a nucleic acid sequence comprising an open reading frame derived from LU105 operably linked to control sequences compatible with a desired host, said nucleic acid sequence comprising SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 A recombinant expression system having at least 50% identity to a sequence selected from the group consisting of: SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and fragments or complements thereof. 6. An LU105 polyprotein having at least 50% identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof. peptide. 7. An antibody that specifically binds to at least one LU105 epitope, wherein the LU105 epitope comprises SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof. An antibody that is derived from an amino acid sequence that has at least 50% identity to an amino acid sequence that is more selected. 8. An assay kit for determining the presence of an LU105 antigen or an anti-LU105 antibody in a test sample, comprising: SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and An assay kit comprising a container containing an LU105 polypeptide having at least 50% identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of: 9. An assay kit for determining the presence of an LU105 antigen in a test sample, the assay kit comprising a container containing an antibody that specifically binds to an LU105 antigen containing at least one LU105 epitope. 10. A method of producing a polypeptide comprising at least one LU105 epitope, said method comprising incubating a host cell transfected with an expression vector comprising a polynucleotide sequence encoding said polypeptide; The polypeptide has at least 50% identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof. A method comprising an amino acid sequence. 11. A method for detecting the LU105 antigen in a test sample suspected of containing the LU105 antigen, comprising the steps of: (a) testing the test sample with SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23; Contacting with an antibody or a fragment thereof that specifically binds at least one epitope of the LU105 antigen selected from the group consisting of SEQ ID NO: 24 and fragments thereof, wherein said contacting comprises forming an antibody / antigen complex And (b) detecting the presence of the complex as an indicator of the presence of the LU105 antigen. 12. A method for detecting the presence of an antibody in a test sample suspected of containing an antibody specific to the LU105 antigen, comprising: (a) contacting the test sample with an LU105 polypeptide, wherein the LU105 polypeptide An amino acid having at least 50% identity to an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof. Comprising at least one LU105 epitope derived from a sequence or a fragment thereof, and wherein said contacting is performed for a time and under conditions sufficient to allow for the formation of an antigen / antibody complex; and Detecting the presence of the complex as an indicator of the presence of said antibody. 13. A cell transfected with a nucleic acid sequence encoding at least one LU105 epitope, wherein the nucleic acid sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and the like. A cell selected from the group consisting of fragments or complements. 14. A method of generating an antibody that specifically binds to the LU105 antigen, comprising administering to an individual an isolated immunogenic polypeptide or fragment thereof in an amount sufficient to elicit an immune response, comprising: The immunogenic polypeptide comprises at least one LU105 epitope and is selected from the group consisting of SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof. A method having at least 50% identity to a sequence. 15. A method for generating an antibody that specifically binds to the LU105 antigen, comprising administering to a mammal a plasmid comprising a sequence encoding at least one LU105 epitope, wherein the LU105 epitope comprises SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20 , SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof, and methods derived from a polypeptide having an amino acid sequence selected from the group consisting of fragments thereof. 16. A composition of matter comprising a LU105 polynucleotide or a fragment thereof, wherein said polynucleotide comprises SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and fragments thereof or A composition having at least 50% identity to a polynucleotide selected from the group consisting of complements. 17. A composition of matter comprising a polypeptide comprising at least one LU105 epitope, wherein said polypeptide comprises SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and A composition having at least 50% identity to a sequence selected from the group consisting of fragments thereof. 18. A gene encoding the LU105 protein comprising an amino acid sequence having at least 50% identity to SEQ ID NO: 19, or a fragment thereof.

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12N 1/21 C12P 21/02 C 5/10 C12Q 1/68 A C12P 21/02 C12N 15/00 ZNAA C12Q 1/68 5/00 A (72)発明者 コルピツツ,トレイシー・エル アメリカ合衆国、イリノイ・60073、ラウ ウンド・レイク、ノース・サークル・ドラ イブ・34365 (72)発明者 フリードマン,ポーラ・エヌ アメリカ合衆国、イリノイ・60015、デイ アフイールド、カムノー・コート・462 (72)発明者 ゴードン,ジユリアン アメリカ合衆国、イリノイ・60044、レイ ク・ブラフ、イースト・シエリダン・ロー ド・307 (72)発明者 グラナドス,エドワード・エヌ アメリカ合衆国、イリノイ・60061、バー ノン・ヒルズ、モンゴメリー・レイン・19 (72)発明者 ホツジズ,ステイーブン・シー アメリカ合衆国、イリノイ・60089、バツ フアロー・グローブ、ストーンゲート・ロ ード・169 (72)発明者 クラース,マイケル・アール アメリカ合衆国、イリノイ・60048、リバ テイービル、マルベリー・ドライブ・1606 (72)発明者 クラトツクビル,ジヨン・デイー アメリカ合衆国、ウイスコンシン・53143、 ケノーシヤ、フイフス・アベニユー・7101 (72)発明者 ロバーツ−ラツプ,リサ アメリカ合衆国、イリノイ・60031、ガー ニー、ウエストフイールド・ドライブ・ 2090 (72)発明者 ラツセル,ジヨン・シー アメリカ合衆国、ウイスコンシン・53142、 ケノーシヤ、シツクステイーフオース・コ ート・8275 (72)発明者 ストロウプ,ステフアン・デイー アメリカ合衆国、イリノイ・60048、リバ ーテイービル、ウイルシヤー・ドライブ・ 945 【要約の続き】 ──────────────────────────────────────────────────続 き Continued on the front page (51) Int.Cl. 7 Identification symbol FI Theme coat ゛ (Reference) C12N 1/21 C12P 21/02 C5 / 10 C12Q 1/68 A C12P 21/02 C12N 15/00 ZNAA C12Q 1/68 5/00 A (72) Inventor Colpitts, Tracy El, United States of America, Illinois 60073, Loughund Lake, North Circle Drive, 34365 (72) Inventor Friedman, Paula N. United States of America, Illinois. 60015, Day Affeld, Kamno Court 462 (72) Inventor Gordon, Zijulian, United States, Illinois 60044, Lake Bluff, East Sheridan Road 307 (72) Inventor Granados, Edward N. United States, Ili Noi 60061, Vernon Hills, Montgomery Lane 19 (72) Inventors Hotziz, Stephen Sea United States, Illinois 60089, Batu Arrow Globe, Stonegate Road 169 (72) Inventor Klaas, Michael Earl United States of America, Illinois 60048, Libertyville, Mulberry Drive 1606 (72) Inventor Kratoskville, Jillon Day United States of America, 53143, Wisconsin 53143, Kenoshiya, 5 USA, Illinois 60031, Gurney, Westfield Drive, 2090 (72) Inventor Ratsell, Jillon Sea United States, Wisconsin, 53142, Kenoshia, Sixty-Fourth Coat, 8275 (72) Inventor Stroup, Stefan Day The United States, Illinois 60048, Riva Teibiru, [continuation of the summary] Uirushiya drive 945

Claims (1)

【特許請求の範囲】 1. 試験試料中の標的LU105ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であ って、 (a)該試験試料を少なくとも1種のLU105−特異的ポリヌクレオチド又 はそれらの相補物と接触させ、及び、 (b)該試験試料中の該標的LU105ポリヌクレオチドの存在を検出するこ とを包含し、 該LU105−特異的ポリヌクレオチドは配列番号1、配列番号2、配列番号3 、配列番号4、配列番号5、配列番号6及びそれらの断片もしくは相補物からな る群より選択されるポリヌクレオチドとの少なくとも50%の同一性を有する方 法。 2. 前記標的LU105ポリヌクレオチドを工程(a)を実施する前に固相に 付着させる請求の範囲第1項の方法。 3. 試験試料中のLU105のmRNAの検出方法であって、 (a)cDNAを生成するために少なくとも1つのプライマーを用いて逆転写 を行い、 (b)工程(a)から得られたcDNAをLU105オリゴヌクレオチドをセ ンス及びアンチセンスプライマーとして用い て増幅してLU105単位アンプリコンを得、及び、 (c)試験試料中の該LU105アンプリコンの存在を検出することを包含し 、 工程(a)及び(b)で用いられるLU105オリゴヌクレオチドが配列番号1 、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6及びそれらの 断片もしくは相補物からなる群より選択される配列との少なくとも50%の同一 性を有する方法。 4. 前記試験試料を工程(a)、(b)又は(c)のうちの1つを実施する前 に固相と反応させる、請求の範囲第3項の方法。 5. 前記検出工程が測定可能な信号を生成することができる検出可能な標識を 用いることを包含する、請求の範囲第3項の方法。 6. 標的LU105ポリヌクレオチドを含むことが疑われる試験試料中の該標 的を検出する方法であって、 (a)該試験試料をセンスプライマーとしての少なくとも1種のLU105オ リゴヌクレオチド及びアンチセンスプライマーとしての少なくとも1種のLU1 05オリゴヌクレオチドと 接触させ、これを増幅して第1段階反応生成物を得、 (b)該第1段階反応生成物を少なくとも1種の他のLU105オリゴヌクレ オチドと接触させて第2段階反応生成物を得、ただし、該他のLU105オリゴ ヌクレオチドは工程(a)において用いられるLU105オリゴヌクレオチドに 対して3’に位置し、かつ該第1段階反応生成物に対して相補的であり、及び、 (c)該第2段階反応生成物を標的LU105ポリヌクレオチドの存在の指標 として検出することを包含し、 工程(a)及び(b)において用いられるLU105オリゴヌクレオチドは配 列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、及 びそれらの断片もしくは相補物からなる群より選択される配列との少なくとも5 0%の同一性を有する方法。 7. 前記試験試料を工程(a)、(b)又は(c)のうちの1つを実施する前 に固相と反応させる、請求の範囲第6項の方法。 8. 前記検出工程が測定可能な信号を生成することができる検出可能な標識を 用いることを包含する、請求の範囲第6項の方法。 9. 前記検出可能な標識を固相と反応させる、請求の範囲第8項の方法。 10. 試験試料中のLU105ポリヌクレオチドを検出するのに有用な試験キ ットであって、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4及びそれらの 断片もしくは相補物からなる群より選択される配列との少なくとも50%の同一 性を有するLU105ポリヌクレオチドの少なくとも1種を収容する容器を含む 試験キット。 11. LU105遺伝子から誘導される精製ポリヌクレオチド又はそれらの断 片であって、該ポリヌクレオチドは該LU105遺伝子の核酸と選択的にハイブ リダイズすることが可能であり、かつ配列番号1、配列番号2、配列番号3、配 列番号4及びそれらの断片もしくは相補物からなる群より選択される配列との少 なくとも60%の同一性を有する精製ポリヌクレオチド又はその断片。 12. 前記ポリヌクレオチドが組換え技術によって生成される、請求の範囲第 11項の精製ポリヌクレオチド。 13. 前記ポリヌクレオチドが合成技術によって生成される、請求の範囲第1 1項の精製ポリヌクレオチド。 14. 前記ポリヌクレオチドが少なくとも1つのLU105エピトープをコー ドする配列を含む、請求の範囲第11項の精製ヌクレオチド。 15. 所望の宿主に適合する制御配列に作動可能に連結するLU105から誘 導されるオープンリーディング枠を含む核酸配列を包含する組換え発現系であっ て、該核酸配列は配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号 5、配列番号6及びそれらの断片もしくは相補物からなる群より選択される配列 との少なくとも50%の同一性を有する組換え発現系。 16. 請求の範囲第15項の組換え発現系が形質移入されている細胞。 17. 配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号 23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択されるアミノ酸配列 との少なくとも50%の同一性を有するLU105ポリペプチド。 18. 前記ポリペプチドが組換え技術によって生成される、請求の範囲第17 項のポリペプチド。 19. 前記ポリペプチドが合成技術によって生成される、請求の範囲第17項 のポリペプチド。 20. 少なくとも1つのLU105エピトープに特異的に結合する抗体であっ て、該LU105エピトープは、配列番号19、配列番号20、配列番号21、 配列番号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より 選択されるアミノ酸配列との少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列に 由来するものである抗体。 21. 試験試料中のLU105抗原又は抗−LU105抗体の存在を決定する ための検定キットであって、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列 番号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択 されるアミノ酸配列との少なくとも50%の同一性を有するLU105ポリペプ チドを収容する容器を含む検定キット。 22. 前記ポリペプチドが固相に付着する、請求の範囲第21項の検定キット 。 23. 試験試料中のLU105抗原の存在を決定するための検定キットであっ て、少なくとも1つのLU105エピトープを含むLU105抗原と特異的に結 合する抗体を収容する容器を含む検定キット。 24. 前記抗体が固相に付着する、請求の範囲第23項のキ ット。 25. 特定ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む発現ベクタ ーが形質移入されている宿主細胞をインキュベートすることを含んでなる、少な くとも1つのLU105エピトープを含むポリペプチドの生成方法であって、該 特定ポリペプチドは配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22 、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択されるア ミノ酸配列との少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列を含む方法。 26. LU105抗原を含むことが疑われる試験試料中のLU105抗原の検 出方法であって、 (a)試験試料を、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号2 2、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択される LU105抗原のエピトープの少なくとも1つと特異的に結合する抗体又はそれ らの断片と接触させ、ここで該接触は抗体/抗原複合体の形成に十分な時間及び 条件下で行われ、及び、 (b)該複合体の存在をLU105抗原の存在の指標として検出する、 ことを包含する方法。 27. 前記抗体が固相に付着する、請求の範囲第26項の方法。 28. LU105抗原に特異的な抗体を含むことが疑われる試験試料中で該抗 体を検出する方法であって、 (a)該試験試料をLU105ポリペプチドと接触させ、ここで該LU105 ポリペプチドは配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配 列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選択されるアミノ 酸配列との少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列もしくはそれらの断 片から誘導されるLU105エピトープを少なくとも1つ含み、さらに該接触は 抗原/抗体複合体の形成を可能にするのに十分な時間及び条件下で行われ、及び 、 (b)該複合体を検出する、 ことを包含する方法。 29. 前記LU105ポリペプチドが固相に付着する、請求の範囲第28項の 方法。 30. 少なくとも1つのLU105エピトープをコードする核酸配列を形質移 入した細胞であって、該核酸配列は配列番号 1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、及びそれ らの断片もしくは相補物からなる群より選択される細胞。 31. 個体に単離された免疫原性ポリペプチド又はそれらの断片を免疫応答を 誘発するのに十分な量投与することを包含する、LU105抗原に特異的に結合 する抗体の生成方法であって、該免疫原性ポリペプチドは少なくとも1つのLU 105エピトープを含み、かつ配列番号19、配列番号20、配列番号21、配 列番号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片からなる群より選 択される配列との少なくとも50%の同一性を有する方法。 32. LU105抗原に特異的に結合する抗体の生成方法であって、少なくと も1つのLU105エピトープをコードする配列を含むプラスミドを哺乳類動物 に投与することを包含し、該LU105エピトープは配列番号19、配列番号2 0、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの 断片からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチドから誘導され る方法。 33. LU105ポリヌクレオチド又はそれらの断片を含む 物質の組成物であって、該ポリヌクレオチドが配列番号1、配列番号2、配列番 号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、及びそれらの断片もしくは相補物 からなる群より選択されるポリヌクレオチドとの少なくとも60%の同一性を有 する組成物。 34. 少なくとも1つのLU105エピトープを含むポリペプチドを含んでな る物質の組成物であって、該ポリペプチドが配列番号19、配列番号20、配列 番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、及びそれらの断片から なる群より選択される配列との少なくとも50%の同一性を有する組成物。 35. 前記試料の収集に有用な用具を備える容器をさらに含む請求の範囲第1 0項の試験キットであって、該用具がランセット、吸取紙、布、スワブ及びカッ プからなる群より選択される試験キット。 36. 前記試料の収集に有用な用具を備える容器をさらに含む請求の範囲第2 1項の検定キットであって、該用具がランセット、吸取紙、布、スワブ及びカッ プからなる群より選択される検定キット。 37. 前記試料の収集に有用な用具を備える容器をさらに含 む請求の範囲第23項の試験キットであって、該用具がランセット、吸取紙、布 、スワブ及びカップからなる群より選択される試験キット。 38. 配列番号19との少なくとも50%の同一性を有するアミノ酸配列を含 むLU105タンパク質をコードする遺伝子又はそれらの断片。 39. 配列番号5との少なくとも50%の同一性を有するDNAを含む遺伝子 又はそれらの断片。[Claims] 1. A method for detecting the presence of a target LU105 polynucleotide in a test sample What   (A) combining the test sample with at least one LU105-specific polynucleotide or Is brought into contact with their complement, and   (B) detecting the presence of the target LU105 polynucleotide in the test sample. And The LU105-specific polynucleotide comprises SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3 , SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 and fragments or complements thereof. Having at least 50% identity with a polynucleotide selected from the group consisting of Law. 2. The target LU105 polynucleotide is applied to a solid phase before performing step (a). The method of claim 1 wherein said method is applied. 3. A method for detecting LU105 mRNA in a test sample,   (A) Reverse transcription using at least one primer to generate cDNA Do   (B) using the cDNA obtained from step (a) with the LU105 oligonucleotide; Used as primers and antisense primers To amplify to obtain an LU105 unit amplicon, and   (C) detecting the presence of the LU105 amplicon in a test sample. , The LU105 oligonucleotide used in steps (a) and (b) is SEQ ID NO: 1. , SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 and their At least 50% identity to a sequence selected from the group consisting of fragments or complements A method that has character. 4. Before said test sample is subjected to one of the steps (a), (b) or (c) 4. The method according to claim 3, wherein the reaction is carried out with a solid phase. 5. The detectable label is such that the detection step can produce a measurable signal. 4. The method of claim 3 including using. 6. The target in a test sample suspected of containing the target LU105 polynucleotide A method for detecting a target,   (A) using the test sample as at least one LU105 Ligonucleotides and at least one LU1 as antisense primer 05 oligonucleotides Contacting and amplifying this to obtain a first stage reaction product,   (B) separating the first-stage reaction product from at least one other LU105 oligonucleotide; Contact with an otide to obtain a second stage reaction product, except that the other LU105 oligo The nucleotide is added to the LU105 oligonucleotide used in step (a). And is complementary to the first-stage reaction product, and   (C) an indicator of the presence of the target LU105 polynucleotide using the second step reaction product. And detecting as   The LU105 oligonucleotide used in steps (a) and (b) SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and And a sequence selected from the group consisting of fragments and complements thereof. A method with 0% identity. 7. Before said test sample is subjected to one of the steps (a), (b) or (c) 7. The method according to claim 6, wherein the reaction is carried out with a solid phase. 8. The detectable label is such that the detection step can produce a measurable signal. 7. The method of claim 6, including using. 9. 9. The method of claim 8, wherein said detectable label is reacted with a solid phase. 10. A test key useful for detecting LU105 polynucleotide in a test sample. SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4 and At least 50% identity to a sequence selected from the group consisting of fragments or complements Including a container accommodating at least one kind of LU105 polynucleotide having a property Test kit. 11. Purified polynucleotide derived from LU105 gene or fragment thereof The polynucleotide is selectively hybridized with the nucleic acid of the LU105 gene. SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4 and a sequence selected from the group consisting of fragments or complements thereof. A purified polynucleotide or a fragment thereof having at least 60% identity. 12. The claim wherein the polynucleotide is produced by recombinant technology. Item 12. The purified polynucleotide according to item 11. 13. The first claim, wherein the polynucleotide is produced by a synthetic technique. The purified polynucleotide of claim 1. 14. The polynucleotide encodes at least one LU105 epitope; 12. The purified nucleotide of claim 11, comprising a sequence to be loaded. 15. Induced from LU 105 operably linked to control sequences compatible with the desired host. A recombinant expression system comprising a nucleic acid sequence containing an open reading frame to be derived. And the nucleic acid sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 6 and fragments or complements thereof A recombinant expression system having at least 50% identity to 16. 16. A cell transfected with the recombinant expression system of claim 15. 17. SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and an amino acid sequence selected from the group consisting of fragments thereof. LU105 polypeptide having at least 50% identity to 18. Claim 17 wherein said polypeptide is produced by recombinant technology. Term polypeptide. 19. 18. The method of claim 17, wherein said polypeptide is produced by a synthetic technique. Polypeptide. 20. An antibody that specifically binds to at least one LU105 epitope. Thus, the LU105 epitope is SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, From the group consisting of SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof An amino acid sequence having at least 50% identity to the selected amino acid sequence An antibody that is derived. 21. Determining the presence of LU105 antigen or anti-LU105 antibody in the test sample Kits for SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, Selected from the group consisting of SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof LU105 polypep with at least 50% identity to the amino acid sequence An assay kit that includes a container for containing the tide. 22. The assay kit of claim 21, wherein said polypeptide is attached to a solid phase. . 23. An assay kit for determining the presence of LU105 antigen in a test sample. To specifically bind to an LU105 antigen containing at least one LU105 epitope An assay kit comprising a container containing an antibody to be matched. 24. 24. The key of claim 23, wherein said antibody is attached to a solid phase. To 25. Expression vector containing a polynucleotide sequence encoding a specific polypeptide Comprises incubating the host cells that have been transfected. A method for producing a polypeptide comprising at least one LU105 epitope, comprising: The specific polypeptide is SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22 , SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof. A method comprising an amino acid sequence having at least 50% identity to a amino acid sequence. 26. Detection of LU105 antigen in a test sample suspected of containing LU105 antigen The way out,   (A) Test samples were prepared using SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 2. 2, selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof An antibody or a specific antibody that specifically binds to at least one epitope of LU105 antigen These fragments are contacted for a period of time sufficient to form an antibody / antigen complex and Performed under conditions, and   (B) detecting the presence of the complex as an indicator of the presence of the LU105 antigen, A method comprising: 27. 27. The method of claim 26, wherein said antibody is attached to a solid phase. 28. In a test sample suspected of containing an antibody specific for the LU105 antigen, A method of detecting a body,   (A) contacting the test sample with the LU105 polypeptide, wherein the LU105 The polypeptide is SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, An amino acid selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof An amino acid sequence having at least 50% identity to an acid sequence or a fragment thereof Comprising at least one LU105 epitope derived from the piece, Performed for a time and under conditions sufficient to allow formation of the antigen / antibody complex; and ,   (B) detecting the complex; A method comprising: 29. 29. The method of claim 28, wherein said LU105 polypeptide is attached to a solid phase. Method. 30. Transfect a nucleic acid sequence encoding at least one LU105 epitope Cell, wherein the nucleic acid sequence is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and it A cell selected from the group consisting of these fragments or complements. 31. An immunogenic polypeptide or fragment thereof isolated from an individual can be used to generate an immune response. Specifically binds to the LU105 antigen, including administering an amount sufficient to induce A method of producing an antibody, wherein the immunogenic polypeptide comprises at least one LU. SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 21 Selected from the group consisting of SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and fragments thereof. A method having at least 50% identity to the selected sequence. 32. A method for producing an antibody that specifically binds to the LU105 antigen, comprising at least Plasmid containing a sequence encoding one LU105 epitope Wherein the LU105 epitope is SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 2. 0, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, and their Derived from a polypeptide having an amino acid sequence selected from the group consisting of Way. 33. Including LU105 polynucleotides or fragments thereof A composition of matter, wherein said polynucleotide is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: No. 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, and fragments or complements thereof Has at least 60% identity to a polynucleotide selected from the group consisting of Composition. 34. Do not include a polypeptide comprising at least one LU105 epitope. A composition of matter wherein the polypeptide is SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20, No. 21, SEQ ID No. 22, SEQ ID No. 23, SEQ ID No. 24, and fragments thereof A composition having at least 50% identity to a sequence selected from the group consisting of: 35. The container of claim 1, further comprising a tool useful for collecting said sample. The test kit of paragraph 0, wherein said utensil is a lancet, blotter, cloth, swab, and cup. Test kit selected from the group consisting of 36. 2. The container according to claim 2, further comprising a container provided with tools useful for collecting said sample. The assay kit of claim 1, wherein the tool is a lancet, blotter, cloth, swab, and cup. An assay kit selected from the group consisting of 37. Further comprising a container with tools useful for collecting the sample. 24. The test kit of claim 23, wherein the tool is a lancet, blotter, cloth. , A test kit selected from the group consisting of swabs and cups. 38. Contains an amino acid sequence having at least 50% identity to SEQ ID NO: 19. A gene encoding the LU105 protein or a fragment thereof. 39. Gene containing DNA having at least 50% identity to SEQ ID NO: 5 Or fragments thereof.
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