IT202000006931A1 - INIBITORI DELL’INTERAZIONE DEI RECETTORI uPAR/FPRs - Google Patents
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Description
Descrizione dell?invenzione avente per titolo:
?INIBITORI DELL?INTERAZIONE DEI RECETTORI uPAR/FPRs?
Descrizione
Campo della tecnica
La presente invenzione si riferisce al settore medico ed in particolare a quello dell?immunologia. Pi? in dettaglio la presente invenzione concerne una peculiare classe di composti, opportunamente selezionati, per l?uso nel trattamento di patologie insorgenti in seguito a fenomeni mediati dall?interazione dei recettori uPAR/FPRs e tipicamente, ma non limitatamente, per l?uso nel trattamento della Sclerosi sistemica. La presente invenzione si riferisce altres? a composizioni farmaceutiche comprendenti i detti composti nonch? al loro utilizzo nel trattamento delle dette patologie e segnatamente nel trattamento della Sclerosi sistemica.
Arte nota
La Sclerosi Sistemica (SSc), conosciuta anche come Sclerodermia, ? una malattia infiammatoria cronica, multisistemica, del tessuto connettivo. Si caratterizza per un?alterata risposta immunitaria, produzione di autoanticorpi, danno diffuso microvascolare e fibrosi. Il deposito di collagene interessa non solo la cute ma anche gli organi interni creando alterazioni anatomiche ed importanti deficit funzionali. Questa patologia rivela altres? importanti problematiche per il paziente che, con il progredire della malattia, assiste a fenomeni come l?alterazione dei lineamenti del suo viso, la diminuzione della capacit? funzionale delle mani, la comparsa di ulcere cutanee dolorose e necrotiche, oltre che ad alterazioni di importanti funzioni degli organi.
Risulta pertanto evidente come la progressiva limitazione dell?autosufficienza del paziente renda la SSc una patologia che compromette decisamente l?autonomia e, complessivamente, la sua qualit? della vita. Il tutto incidendo inoltre sulla sfera emotiva e sul benessere psicofisico del soggetto.
Pi? specificatamente si tratta di una patologia che si esprime con progressivo ispessimento e fibrosi della cute e con precisi quadri di interessamento degli organi interni (in particolare cuore, polmoni, tratto gastrointestinale e reni).
La patogenesi della SSc ? ad oggi in larga parte ancora sconosciuta. Negli ultimi decenni sono stati fatti notevoli progressi nella comprensione di alcuni aspetti fondamentali della malattia come l?identificazione dell?abnorme produzione di collagene da parte dei fibroblasti; l?estesa alterazione del microcircolo, il danno endoteliale e l?anomala attivazione del sistema immunitario. Vi sono numerosi dati che confermano le anomalie in ognuno dei suddetti aspetti, tuttavia non sono state ancora chiarite n? le sottostanti basi della malattia, n? l?evento anomalo scatenante iniziale. Ne consegue che ad oggi non esiste una terapia univoca. Inoltre, i farmaci attualmente utilizzati per il suo trattamento mirano alla prevenzione o al trattamento delle complicanze dell?organo <(1)>.
Gli studi di questi ultimi anni sulla patogenesi hanno assegnato un ruolo molto importante ai segnali molecolari mediati dal recettore per l?urochinasi (uPAR) e dai recettori per peptidi formilati (FPRs) <(2)>.
L?uPAR ? un recettore di membrana ad ?ncora di tipo GPI coinvolto in tutti i processi fisiologici e patologici che comportano rimodellamento della matrice extra cellulare (ECM), come l?embriogenesi, l?infiammazione, la riparazione tissutale, l?invasione tumorale e le metastasi. Il ruolo tradizionale dell?uPAR ? quello di legare una potente serin-proteasi, l?urochinasi (uPA), e di focalizzare la sua attivit? proteolitica sulla superficie cellulare; tuttavia, gli sono state attribuite anche altre funzioni. Infatti, l?uPAR, lega anche la vitronectina (VN), una glicoproteina a sintesi epatica, presente nel plasma e abbondante nell?ECM associata a tumori e a processi infiammatori. Questo legame conferisce all?uPAR la possibilit? di ?fare presa? sull?ECM, permettendo quindi l?adesione richiesta per la migrazione cellulare. La stimolazione dell?uPAR, sia con uPA che con VN, regola l?adesione, la migrazione e la proliferazione cellulare, protegge dall?apoptosi e induce la transazione epitelio-mesenchimale (EMT). Per espletare tali attivit?, l?uPAR, privo di un dominio transmembrana e citosolico, deve interagire con altri recettori di membrana in grado di attivare vie di segnalazione intracellulare. ? generalmente accettato che i principali co-recettori dell?uPAR siano le integrine, recettori di fattori di crescita, come l?EGFR e il PDGFR, la famiglia dei recettori per gli N-formil-peptidi (fMLF), gli FPRs <(3)>.
Gli FPRs sono una famiglia di recettori dell?immunit? innata accoppiati a proteine G (GPCR) e coinvolti nella difesa dell?ospite contro i patogeni. La funzione degli FPRs ? molto conosciuta nei leucociti fagocitici (ad es. neutrofili e monociti) che migrano e si accumulano nei siti di infezione, dove rilasciano ROS e altri fattori per combattere i microorganismi invasori. La famiglia degli FPRs ? costituita da tre membri: FPR1, FPR2/ALX e FPR3, che presentano una elevata omologia di sequenza. Gli FPRs, tuttavia, sono espressi anche in altri tipi cellulari e nei tessuti epiteliali. Recentemente, il coinvolgimento degli FPRs ? stato descritto nella proliferazione e riparazione degli epiteli di tipo intestinale, gastrico e nasale, dopo processi infiammatori <(4)>.
Riguardo la SSc, i dati ottenuti dai test eseguiti in laboratorio nel corso della definizione della presente invenzione, hanno indicato che l?uPAR esercita funzioni profibrotiche attraverso un?interazione strutturale e funzionale con gli FPRs, regolando processi importanti come migrazione, proliferazione e produzione di specie reattive dell?ossigeno in fibroblasti cutanei ottenuti da pazienti affetti da SSc. Segnatamente gli studi svolti hanno consentito una maggiore comprensione delle basi molecolari della malattia, dimostrando che l?inibizione strutturale e funzionale di uPAR con gli FPRs, mediante nuovi composti, possa rappresentare una nuova strategia per la terapia della SSc <(5)>. A tal proposito gli studi che hanno condotto alla definizione della presente invenzione, qui di seguito dettagliatamente descritta, sono stati incentrati sulla individuazione di piccole molecole solubili in grado di inibire l?interazione uPAR/FPRs per la preparazione di peculiari farmaci. A tal proposito ? di interesse puntualizzare cha attualmente le piccole molecole solubili costituiscono una delle opzioni terapeutiche pi? attraenti sia per la bio-disponibilit? per via orale sia per i relativamente bassi costi di produzione.
Descrizione dell?invenzione
La presente descrizione concerne una peculiare classe di composti, che nel settore di applicazione dell?invenzione rientrano nella categoria delle cosiddette ?piccole molecole?, per uso come medicamento.
Pi? in dettaglio la presente descrizione si riferisce ad una classe di composti selezionati per un nuovo uso medico e segnatamente per l?uso nel trattamento di patologie insorgenti in seguito all?instaurarsi di specifici eventi mediati dall?interazione uPAR/FPRs.
Ancor pi? dettagliatamente la presente descrizione si riferisce ad una classe di 27 composti, specificatamente selezionati da un elenco preesistente, per l?uso nel trattamento di patologie correlate all?interazione tra i suddetti recettori. A titolo esemplificativo e non limitativo i composti secondo la presente invenzione sono stati eletti per l?uso nel trattamento di patologie quali: la Sclerosi sistemica, la Morfea, la Fascite eosinofila, la Fibrosi polmonare idiopatica, le Glomerulonefriti, la Sarcoidosi, la Policondrite recidivante, l?Artrite reumatoide, il Lupus eritematoso sistemico, la Sindrome di Sjogren, il Morbo di Crohn, la rettolite ulcerosa, la Gastrite trofica antrale, la Cirrosi biliare primitiva, la Polimiosite, la Dermatomiosite, la Psoriasi, l?Artrite psoriasica, il Pemfigo, le Vasculiti cutanee e sistemiche, le Uveiti, la Malattia di Behcet, l?Amiloidosi.
La presente descrizione si riferisce altres? a peculiari composizioni e formulazioni farmaceutiche, caratterizzate dal fatto di comprendere i detti composti, ed al loro utilizzo nel trattamento di patologie legate a stati infiammatori indotti a monte dall?interazione strutturale e funzionale di uPAR con gli FPRs. A titolo esemplificativo e non limitativo, per l?uso nel trattamento delle suddette patologie ed in particolare nel trattamento della Sclerosi Sistemica. Al fine di giungere all?individuazione dei composti selezionati, le ricerche svolte sono state focalizzate sul dominio funzionale dell?uPAR, importante per le interazioni con gli FPRs e responsabile di numerose risposte biologiche, tra cui adesione, migrazione, produzione di ROS <(5,6)>.
Specificatamente sono stati individuati 27 nuovi composti mediante ricerca per similarit? basata su 2D fingerprint e scaffold analysis, nel National Cancer Institute (NCI) Open Database, diretti contro la sequenza SRSY.
Gli inibitori selezionati sono stati caratterizzati in vitro mediante saggi di interazione proteina-proteina e adesione cellulare sulla linea di fibroblasti cutanei BJ (ATCC ? CRL-2522?).
Descrizione delle figure
L?invenzione verr? qui di seguito dettagliatamente descritta anche in riferimento alle figure annesse in cui:
FIGURA 1 mostra la formula generale comune ai 27 composti selezionati secondo la presente invenzione per l?uso nel trattamento delle patologie legate all?interazione uPAR/FPRs.
FIGURA 2 mostra i risultati rilevati per la valutazione dell?attivit? inibitoria dei 27 composti selezionati sul legame di uPAR purificato alla VN in saggi ELISA (Fig. 2(A)) e in saggi di adesione cellulare alla VN su cellule BJ (Fig. (2B)). Specificatamente la figura 2(A) mostra la percentuale di legame alla VN di uPAR, biotinilato in presenza dei composti alla concentrazione di 50 ?M (colonna nera) o del solo veicolo DMSO (colonna bianca), come controllo. La quantit? di uPAR che si lega a VN in assenza di composti ? stata stabilita al 100%. I valori rappresentano la media (? S.D.) di tre esperimenti eseguiti in triplicato (*p<0,05). La figura 2(B) mostra invece la percentuale di adesione alla VN di cellule BJ trattate con i composti alla concentrazione di 50?M (colonna nera) o con il solo veicolo DMSO (colonna bianca). I dati rappresentano la media (?DS) di tre esperimenti indipendenti, ciascuno eseguito in triplicato. Gli asterischi indicano il significato statistico dell?adesione cellulare alla VN in presenza dei composti rispetto all?adesione in presenza del solo DMSO, considerato pari al 100%, determinato dal test t di Student (*p<0,05).
Descrizione dettagliata dell?invenzione
Al fine di individuare possibili composti strutturalmente e funzionalmente adatti all?inibizione di specifiche attivit? mediate dall?interazione dei recettori uPAR/FPRs, ? stato effettuato uno screening in silico (ricerca per similarit? basata su 2D fingerprint e scaffold analysis) nel National Cancer Institute (NCI) Open Database, liberamente accessibile e contenente le coordinate tridimensionali di oltre un quarto di milione di piccole molecole bioattive druglike. Il tutto al fine di identificare nuovi analoghi strutturali del composto lead, 4,4?-dimetil[1,1?-bifenil]-2,2?,5,5?-tetraolo, oggetto di un precedente studio svolto dal medesimo team di ricerca coinvolto nella definizione dell?invenzione in oggetto, ma dotati di una migliore attivit? inibitoria e in grado di interferire con le interazioni proteina-proteina dei complessi uPAR-VN o uPAR-FPRs.
? dunque di interesse puntualizzare che la ricerca per similarit? in genere mira a rilevare piccole molecole con attivit? biologica simile, e fornisce importanti spunti sulle relazioni struttura-attivit? (SAR), diventando cos? fondamentale per condurre studi di ottimizzazione strutturale <(7)>.
Poich? ? fondamentale stimare i requisiti della farmaco-somiglianza (?druglikeness?) nella fase iniziale di progettazione dei farmaci (8), la pre-elaborazione dell?NCI Open Database ? stata condotta utilizzando il programma FILTER che ha ridotto il database iniziale a un sottogruppo di 164.085 composti sulla base delle propriet? chimico-fisiche e dei gruppi funzionali. Quindi, il sottoinsieme di composti ?drug-like? ottenuto ? stato sottoposto ad una ricerca di similarit? basata su 2D-fingerprint con il software Canvas (Schrodinger software), utilizzando la struttura del composto lead, 4,4?-dimetil[1,1?-bifenil]-2,2?,5,5?-tetraolo, come query. Nel passaggio successivo, una scaffold analysis ha permesso di selezionare solo i composti che avevano lo stesso scaffold molecolare del detto composto. Inoltre, con l?obiettivo di espandere il numero di chemiotipi considerati, sono stati anche inclusi scaffold strutturalmente correlati che hanno mantenuto il farmacoforo chiave di 4,4?-dimetil[1,1?-bifenil]-2,2?,5,5?-tetraolo.
La strategia computazionale adottata nel corso della definizione dell?oggetto dell?invenzione ha portato all?identificazione di 27 piccole molecole (Tabella 1), che sono state valutate per la loro capacit? di inibire: il legame di uPAR a VN, l?adesione di cellule mediate da uPAR a VN e la migrazione di cellule mediata da uPAR.
Tabella1. Elenco dei sostituenti per i 27 composti selezionati e relativi codici di accesso all?NCI Open Database.
Tabella 2. Nomenclatura dei 27 composti selezionati
Cpd Nome chimico
1 [1,1?-bifenil] -3,4-diolo
2 3,3?-dimetil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo
3 6,6?- (propan-2,2-diil)bis(3-metilfenolo)
4 (4-clorofenil)(4-idrossi-3-metilfenil)metanone
5 4-benzil-2-metilfenolo
6 2,2??,3,3??,4??,6,6??-eptametil-[1,1?:4?,1??-terfenil]-2?,4,5?-triolo 7 o-(p-idrossibenzil)fenolo
8 [1,1?-bifenil]-2,2?-diolo
9 3,3?-diterz-butil-5,5?-dimetil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo 10 3,3?,5,5?-tetrametil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo
11 3,3?-dietil-5,5?-dimetil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo
12 [1,1?-bifenil]-2,5-diolo
13 4,4?-(propan-2,2-diil)bis(2-metilfenolo)
14 [1,1?-bifenil]-2,3?,4,5?,6-pentolo
15 [1,1?-bifenil]-2,2?,4,4?-tetrolo
16 3,3?,5,5?-tetrametossi[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo
17 [1,1?-bifenil]-3,3?,4,4?-tetrolo
18 [1,1?-bifenil]-3,3?,4,4?,5,5?-esolo
19 3,3?-dipropil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo
20 6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-metilfenolo)
21 6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-etilfenolo)
22 2,2??,4,4??-tetrametil-[1,1?:4?,1??-terfenile]-2?,5?-diolo
23 6,6?-metilenebis(4-(terz-butil)-2-clorofenolo)
24 3,3?-diallil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo
25 4,4?-metilenebis(2-(terz-butil)-6-metilfenolo)
26 2?,4,4?,6?-tetrametil[1,1?-bifenil]-2,5-diolo
27 4,4-difluoro-2,2?-dimetossi-1,1?-bifenile
Secondo la presente invenzione ? stato dunque individuato un composto di formula generale come quella indicata in figura 1, i.e. composto di formula 1, in cui differenti possibili sostituenti in esso presenti, opportunamente individuati, conferiscono al detto composto la suddetta attivit? inibitoria ricercata.
Specificatamente i possibili sostituenti sono tali che per R1, R2, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R9 e R10, essi siano scelti nel gruppo costituito da: H, Me, OH, t-Bu, Et, OMe, Pr, Allyl, Cl, F.
Preferibilmente possibili sostituenti per R1 sono scelti nel gruppo costituito da: H, Me, OH; per R2 sono scelti nel gruppo costituito da: H, OH, Me, t-Bu, Et, OMe, Pr, Allil; per R3 sono scelti nel gruppo costituito da: H, OH, Me, Cl, F; per R4 sono scelti nel gruppo costituito da: H, Me, OMe, t-Bu, Cl; per R5 sono scelti nel gruppo costituito da: H, OH, Me, OMe, per R6 sono scelti nel gruppo costituito da: H, Me, OH, OMe; per R7 sono scelti nel gruppo costituito da: H, Me, OMe, t-Bu, Cl, per R8 sono scelti nel gruppo costituito da: OH, Me, H, F; per R9 sono scelti nel gruppo costituito da; OH, Me, H, t-Bu, Et, OMe, Pr, Allil; per R10 sono scelti nel gruppo costituito da: H, Me, OH; e in X il detto
sostituente ?: o assente oppure ? scelto nel gruppo costituito da:
Ancor pi? preferibilmente la seguente combinazione e selezione dei sostituenti ha portato alla definizione di 27 composti selezionati corrispondenti ai 27 composti elencati in tabella 1. Specificatamente i composti d?elezione sono quelli aventi formula 1 ed in cui specifici sostituenti sono assegnati per R1, R2, R3, R4, R5, R6, R7, R8, R9, R10, mentre per X pu? essere presente un sostituente scelto tra quelli sopra elencati oppure il detto sostituente pu? essere assente (indicazione corrispondente ad X = 0 in tabella 1).
Con riferimento alla figura 2 e alle tabelle 1 e 2, i composti individuati come pi? idonei nel trattamento delle patologie che conseguono ad eventi mediati dall?interazione uPAR/FPRs, sono i seguenti: i composti 3, 11, 13, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26 indicati nelle tabelle 1 e 2, ovvero i composti:
6,6?- (propan-2,2-diil)bis(3-metilfenolo);
3,3?-dietil-5,5?-dimetil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo;
4,4?-(propan-2,2-diil)bis(2-metilfenolo);
3,3?,5,5?-tetrametossi[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo;
[1,1?-bifenil]-3,3?,4,4?-tetrolo;
[1,1?-bifenil]-3,3?,4,4?,5,5?-esolo;
3,3?-dipropil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo;
6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-metilfenolo);
6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-etilfenolo);
2,2??,4,4??-tetrametil-[1,1?:4?,1??-terfenile]-2?,5?-diolo;
6,6?-metilenebis(4-(terz-butil)-2-clorofenolo);
3,3?-diallil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo;
4,4?-metilenebis(2-(terz-butil)-6-metilfenolo);
2?,4,4?,6?-tetrametil[1,1?-bifenil]-2,5-diolo.
? di interesse puntualizzare che la maggior parte dei detti composti selezionati sono disponibili commercialmente o comunque sintetizzabili con procedure e metodologie note al tecnico del ramo.
Sempre con riferimento alla figura 2, le sperimentazioni condotte hanno rivelato che tra i detti composti quelli che hanno mostrato maggiore attivit? inibitoria nei confronti dell?interazione dell?uPAR alla VN in vitro e nei confronti della sua adesione cellulare alla VN, sono i composti 3, 19, 20, 23 indicati nelle dette tabelle 1 e 2. In particolare quelli pi? promettenti sono risultati i composti 19, 20 e 23 per i quali si ? riscontrato uno spiccato contributo alla suddetta inibizione all?adesione cellulare.
I detti composti sono specificatamente 3,3?-dipropil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo; 6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-metilfenolo); 6,6?-metilenebis(4-(terz-butil)-2-clorofenolo).
Ancor pi? specificatamente la struttura dei detti composti corrisponde a quella del composto di formula 1
- in cui: X = 0; R1 = H; R2 = Pr; R3 = OH; R4 = 4; R5 = H; R6 =H; R7 = H; R8 = OH; R9 = Pr: R10 = H; oppure
- X = CH2; R1 = OH R2 = t-Bu R3 = H; R4 = Me; R5 = H; R6 = OH; R7 = t-Bu; R8 = H R9 = Me; R10 = H; oppure
- X = CH2; R1 = H; R2 = t-Bu; R3 = H; R4 = Cl; R5 = OH; R6 = OH; R7 = Cl; R8 =H; R9 = t-Bu; R10 = H.
Materiali e metodi
Chimica Computazionale
Preparazione del database di ligandi
L?NCI Open Database, contenente 265.242 ligandi, ? stato processato con il software Filter (release 3.1.1.2, OpenEye Scientific Software Inc., Santa Fe, USA, http://www.eyesopen.com/) per rimuovere molecole con propriet? chimico fisiche indesiderate quali scarsa biodisponibilit? orale, elementi chimici nonstandard, gruppi funzionali eccessivamente reattivi. Il database risultante ? risultato costituito da 164.085 strutture con caratteristiche ?drug-like?.
Ricerca per similarit? basata su 2D fingerprint e scaffold analysis
Il fingerprint MACCS <(9)>, implementato nel software Canvas (Schr?dinger Release 2019-3: Canvas, Schr?dinger, LLC, New York, NY, 2019.) ? stato impiegato per codificare le caratteristiche strutturali dei composti contenuti nel database. Il fingerprint MACCS ? costituito da un dizionario di frammenti strutturali predefiniti. Il coefficiente di Tanimoto (Tc), che ? ampiamente utilizzato nell?ambito della ricerca per similarit? <(10), >? stato scelto per quantificare la similarit? tra il composto lead, 4,4?-dimetil[1,1?-bifenil]-2,2?,5,5?-tetraolo, ed i composti presenti nel database, assegnando un punteggio compreso tra 0 (se i composti non presentano frammenti in comune) ed 1 (se i composti presentano frammenti identici). Successivamente, i composti del database sono stati ordinati in ordine decrescente in riferimento al punteggio ed i primi 1640 composti (che rappresentano l?1% dell?intero database) sono stati selezionati per ulteriori indagini. ? stato infatti riportato in precedenti studi che la pre-selezione di un sottoinsieme di strutture di tale ordine di grandezza (?1%) da un database consente di recuperare in media il 25% degli scaffold e quindi di ottenere un maggior numero di hit strutturalmente diverse <(11)>. Successivamente, le hit sono state analizzate mediante il modulo ?scaffold decomposition? implementato in Canvas. Sono stati selezionati 100 composti contenenti lo scaffold bifenile del composto lead 4,4?-dimetil[1,1?-bifenil]-2,2?,5,5?-tetraolo, compresi anche alcuni congeneri che contenevano questo motivo strutturale. Infine, sulla base dell?intuizione chimica e della disponibilit? dei composti, abbiamo selezionato e ordinato 27 molecole per i test biologici.
Preparazione della proteina
Le coordinate della struttura cristallina del complesso ternario tra il recettore uPAR, il frammento N-terminale (ATF) dell?urokinasi (uPA) ed il dominio ?somatomedina B? (SMB) della vitronectina sono state scaricate dalla Protein Data Bank (codice PDB: 3BT1) <(12)>. Il segmento non risolto compreso tra i residui 82-85 ? stato costruito mediante l?interfaccia grafica del software MODELLER in Chimera 1.6.1 <(13)>. La struttura della proteina ? stata poi preparata mediante il modulo ?Protein Preparation? dell?interfaccia grafica di Maestro. Gli atomi di idrogeno sono stati aggiunti alla proteina considerando il pH fisiologico (7.0). La struttura ottenuta ? stata poi minimizzata energeticamente mediante 2500 iterazioni utilizzando il metodo del gradiente coniugato Polak-Ribiere ed il campo di forza OPLS3, implementati in Macromodel, per eliminare eventuali inconsistenze nelle geometrie di legame. I composti, identificati mediante la ricerca per similarit? ed i successivi saggi biologici, sono stati costruiti con il modulo Molecular Builder in Maestro e preparati per il docking mediante il software LigPrep (LigPrep, Schr?dinger, LLC, New York, NY, 2019). Le strutture risultanti sono state ottimizzate con Macromodel (Schr?dinger, LLC, New York, NY, 2019), utilizzando il campo di forza MMFF con il metodo ?steepest descent? (1000 steps) seguito da 500 steps con il metodo del gradiente coniugato di tipo Newton-troncato. Le cariche atomiche parziali sono state assegnate con il campo di forza OPLS-AA.
Docking Molecolare
Le simulazioni di docking dei composti identificati per similarit? nel sito di legame della VN su uPAR sono state effettuate con l?algoritmo genetico implementato in GOLD 5.5 (CCDC Software Limited, Cambridge, UK, 2008) <(14)>. Per le simulazioni di docking ? stata calcolata una griglia centrata sui residui coinvolti nel legame con la VN entro un raggio di 10 ?, adottando i parametri di default del programma. La sequenza chemiotattica SRSRY (compresa tra i residui 88-92), situata sul loop mobile che collega i domini DI e DII di uPAR, ? stata considerata flessibile. La mobilit? di tali residui ? stata impostata mediante un?opzione specifica in GOLD, che implementa la libreria di rotameri di Lovell
<(15)>. Le pose ottenute sono state classificate in base alle funzioni di scoring ChemPLP e ChemScore <(16)>. Il complesso ligando-recettore finale per ciascun composto ? stato scelto selezionando la posa con il punteggio migliore, consistente con le informazioni derivate sperimentalmente.
Sulla scorta dei risultati ottenuti sono state pensate e preparate composizioni farmaceutiche, e loro possibili formulazioni, comprendenti i composti selezionati per l?uso nel trattamento di patologie correlate all?interazione uPAR/FPRs, a titolo esemplificativo e non limitativo per l?uso nel trattamento di patologie quali: Sclerosi sistemica, la Morfea, la Fascite eosinofila, la Fibrosi polmonare idiopatica, le Glomerulonefriti, la Sarcoidosi, la Policondrite recidivante, l?Artrite reumatoide, il Lupus eritematoso sistemico, la Sindrome di Sjogren, il Morbo di Crohn, la rettocolite ulcerosa, la Gastrite atrofica antrale, la Cirrosi biliare primitiva, la Polimiosite, la Dermatomiosite, la Psoriasi, l?Artrite psoriasica, il Pemfigo, le Vasculiti cutanee e sistemiche, le Uveiti, la Malattia di Behcet, l?Amiloidosi, e segnatamente per l?uso nel trattamento della Sclerosi sistemica.
Oggetto della presente descrizione, conformemente a quanto indicato nelle annesse rivendicazioni, ? altres? una composizione farmaceutica comprendente a scelta almeno uno dei seguenti composti:
6,6?- (propan-2,2-diil)bis(3-metilfenolo);
3,3?-dietil-5,5?-dimetil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo;
4,4?-(propan-2,2-diil)bis(2-metilfenolo);
3,3?,5,5?-tetrametossi[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo;
[1,1?-bifenil]-3,3?,4,4?-tetrolo;
[1,1?-bifenil]-3,3?,4,4?,5,5?-esolo;
3,3?-dipropil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo;
6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-metilfenolo);
6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-etilfenolo);
2,2??,4,4??-tetrametil-[1,1?:4?,1??-terfenile]-2?,5?-diolo;
6,6?-metilenebis(4-(terz-butil)-2-clorofenolo);
3,3?-diallil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo;
4,4?-metilenebis(2-(terz-butil)-6-metilfenolo);
2?,4,4?,6?-tetrametil[1,1?-bifenil]-2,5-diolo;
o loro combinazioni, ed il suo utilizzo in medicina ed in particolare nel trattamento delle dette patologie, a titolo esemplificativo e non limitativo: la Sclerosi sistemica, la Morfea, la Fascite eosinofila, la Fibrosi polmonare idiopatica, le Glomerulonefriti, la Sarcoidosi, la Policondrite recidivante, l?Artrite reumatoide, il Lupus eritematoso sistemico, la Sindrome di Sjogren, il Morbo di Crohn, la rettocolite ulcerosa, la Gastrite atrofica antrale, la Cirrosi biliare primitiva, la Polimiosite, la Dermatomiosite, la Psoriasi, l?Artrite psoriasica, il Pemfigo, le Vasculiti cutanee e sistemiche, le Uveiti, la Malattia di Behcet, l?Amiloidosi e, tipicamente, ma non limitatamente, nel trattamento della Sclerosi sistemica. Preferibilmente la detta composizione comprende a scelta: 3,3?-dipropil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo; 6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-metilfenolo); 6,6?-metilenebis(4-(terz-butil)-2-clorofenolo), o loro combinazioni, ed eccipienti farmaceuticamente accettabili, a titolo esemplificativo e non limitativo solventi come alcoli o solventi organici, eventualmente in combinazione, paraffina liquida leggera dispersa in un mezzo acquoso per mezzo di surfattanti, olio minerale, cera. La detta composizione pu? essere formulata come: soluzioni, sospensioni, polveri, granuli, compresse, pillole, capsule, ciroppi, supposte, spray, aerosol o sistemi a rilascio controllato, crema, unguento o gel, lubrificanti, paste, sciroppi, fiale, gocce, colliri, aerosol accettabili per uso medico. Le composizioni possono essere somministrate per diverse vie, in particolare per via orale, transdermica, sottocutanea, endovenosa, intramuscolare, rettale e intranasale.
Inibitori chimici
I composti selezionati sono stati ottenuti dall?Open Chemical Repository of the Developmental Therapeutics Program (DTP) presso il National Cancer Institute (NCI) (http://dtp.cancer.gov). Successivamente, i composti liofilizzati sono stati risospesi in dimetilsolfossido (DMSO) ad una concentrazione di 0,01 mol/L e conservati a -20 ? C.
Colture cellulari
La linea cellulare BJ (ATCC CRL2522) ? stata utilizzata come modello di fibroblasti cutanei umani. Le cellule sono state coltivate nel terreno Eagle modificato di Dulbecco (DMEM) contenente siero bovino fetale al 10% (FBS) a 37? C con CO2 al 5%.
Biotinilazione di uPAR ?
uPAR ricombinante solubile (suPAR; R&D System, Minneapolis, MN, USA) ? stato biotinilato e purificato con il modulo di biotinilazione delle proteine ECL Amersham secondo le istruzioni del produttore (GE Healthcare, Buckinghamshire, UK).
Legame di uPAR solubile a VN immobilizzata
Le piastre (high-binding) a 96 pozzetti (Corning, New York, USA) sono state rivestite con 0,5 ?g/pozzetto di VN (Becton Dickinson Biosciences, Franklin Lakes, NJ, USA) diluito in PBS (0,08 M NaCl, 0,002 M KCl, 0,0115 M Na2HPO4, 0,002 M KH2PO4, pH 7,2) o albumina sierica bovina (BSA), come controllo negativo, e incubata a 4? C per tutta la notte. Dopo un lavaggio in PBS, i siti di legame residui sono stati bloccati con 200 ?L di BSA all?1% in PBS, per 1 ora a temperatura ambiente. 25 nmol/L di s-uPAR biotinilato (diluito in PBS, 1 mg/mL di BSA), da soli o in presenza di composti selezionati, sono stati posti nei pozzetti rivestiti. Le piastre sono state mantenute a 4? C per 1 ora, lavate con PBS contenente lo 0,1% di Tween 20 e quindi avidina marcata con perossidasi (Amersham), diluita 1:1.500 in PBS contenente 10 mg/mL di BSA. Dopo ulteriori lavaggi, ? stato aggiunto il substrato di perossidasi o-fenilendiammina (Sigma, St. Louis, MO, USA) e lasciato reagire per 3 minuti. Le reazioni sono state arrestate con 1 mol/L H2SO4 e il prodotto ? stato misurato a 492 nm utilizzando un lettore di piastre automatizzato (Bio-Rad, M?nchen, Germania). Saggio di adesione cellulare
Le piastre da 96 pozzetti (Nunc, Roskilde, Danimarca) sono state rivestite con VN (1 ?g) o con 100 ?l di BSA 1% inattivata con il calore in PBS, come controllo negativo, e incubate durante tutta la notte a 4? C. Le piastre sono state quindi bloccate 1 ora a temperatura ambiente con 1% di BSA inattivato al calore all?1% in PBS. Le cellule sono state staccate con PBS contenente 2 mM di EDTA e lavate con DMEM privo di siero, contate, piastrate nei pozzetti con una densit? di 10<5 >cellule/pozzetto e incubate per 1 ora a 37? C in presenza o in assenza dei composti selezionati. Le cellule sono state poi fissate con paraformaldeide al 3% in PBS per 10 minuti e quindi incubate con metanolo al 2% per 10 minuti. Le cellule sono state infine colorate per 10 minuti con 0,5% di crystal violet in 20% di metanolo, eluite con 0,1 mol/l di citrato di sodio nel 50% di etanolo (pH 4,2) e l?assorbanza ? stata misurata a 540 nm con uno spettrofotometro.
Claims (34)
- Rivendicazioni 1. Composto di formula (1)in cui R1 ? scelto nel gruppo costituito da: H, Me, OH; R2 ? scelto nel gruppo costituito da: H, OH, Me, t-Bu, Et, OMe, Pr, Allile; R3 ? scelto nel gruppo costituito da: H, OH, Me, Cl, F; R4 ? scelto nel gruppo costituito da: H, Me, Ome, t-Bu, Cl; R5 ? scelto nel gruppo costituito da: H, OH, Me, OMe; R6 ? scelto nel gruppo costituito da: H, Me, OH, OMe; R7 ? scelto nel gruppo costituito da: H, Me, OMe, t-Bu, Cl; R8 ? scelto nel gruppo costituito da: OH, Me, H, F; R9 ? scelto nel gruppo costituito da; OH, Me, H, t-Bu, Et, OMe, Pr, Allile; R10 ? scelto nel gruppo costituito da: H, Me, OH; e X ? o assente oppure ? scelto nel gruppo costituito da: CO, CH2, per l?uso in un metodo di trattamento di patologie mediate dall?interazione dei recettori uPAR/FPRs.
- 2. Composto di formula (1), come definito nella rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Sclerosi sistemica.
- 3. Composto di formula (1), come definito nella rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Morfea.
- 4. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Fascite eosinofila.
- 5. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Fibrosi polmonare idiopatica.
- 6. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento delle Glomerulonefriti.
- 7. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Sarcoidosi.
- 8. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1 per l?uso nel trattamento della Policondrite recidivante.
- 9. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Artrite reumatoide.
- 10. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione1, per l?uso nel trattamento del Lupus eritematoso sistemico.
- 11. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Sindrome di Sjogren.
- 12. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento del Morbo di Crohn.
- 13. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della rettocolite ulcerosa.
- 14. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Gastrite atrofica antrale.
- 15. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Cirrosi biliare primitiva.
- 16. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Polimiosite.
- 17. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento della Dermatomiosite.
- 18. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1per l?uso nel trattamento della Psoriasi.
- 19. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1 per l?uso nel trattamento della Artrite psoriasica.
- 20. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento del Pemfigo.
- 21. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento delle Vasculiti cutanee e sistemiche.
- 22. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso nel trattamento delle Uveiti.
- 23. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1 per l?uso nel trattamento della Malattia di Behcet.
- 24. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1 per l?uso nel trattamento della Amiloidosi.
- 25. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso secondo una qualsiasi delle precedenti rivendicazioni in cui: X = 0; R1 = H; R2 = Pr; R3 = OH; R4 = 4; R5 = H; R6 =H; R7 = H; R8 = OH; R9 = Pr: R10 = H.
- 26. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso secondo una qualsiasi delle rivendicazioni 1-24 in cui: X = CH2; R1 = OH; R2 = t-Bu; R3 = H; R4 = Me; R5 = H; R6 = OH; R7 = t-Bu; R8 = H; R9 = Me; R10 = H.
- 27. Composto di formula (1), come definito in rivendicazione 1, per l?uso secondo una qualsiasi delle rivendicazioni 1-24 in cui: X = CH2; R1 = H; R2 = t-Bu; R3 = H; R4 = Cl; R5 = OH; R6 = OH; R7 = Cl; R8 = H; R9 = t-Bu; R10 = H.
- 28. Composizione farmaceutica comprendente almeno un composto scelto nel gruppo costituito da: 6,6?- (propan-2,2-diil)bis(3-metilfenolo); 3,3?-dietil-5,5?-dimetil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo; 4,4?-(propan-2,2-diil)bis(2-metilfenolo); 3,3?,5,5?-tetrametossi[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo; [1,1?-bifenil]-3,3?,4,4?-tetrolo; [1,1?-bifenil]-3,3?,4,4?,5,5?-esolo; 3,3?-dipropil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo; 6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-metilfenolo); 6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-etilfenolo); 2,2??,4,4??-tetrametil-[1,1?:4?,1??-terfenile]-2?,5?-diolo; 6,6?-metilenebis(4-(terz-butil)-2-clorofenolo); 3,3?-diallil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo; 4,4?-metilenebis(2-(terz-butil)-6-metilfenolo); 2?,4,4?,6?-tetrametil[1,1?-bifenil]-2,5-diolo, e loro combinazioni, ed eccipienti farmaceuticamente accettabili.
- 29. Composizione farmaceutica secondo la precedente rivendicazione comprendente almeno un composto scelto nel gruppo costituito da: 3,3?-dipropil[1,1?-bifenil]-4,4?-diolo; 6,6?-metilenebis(2-(terz-butil)-4-metilfenolo); 6,6?-metilenebis(4-(terz-butil)-2-clorofenolo), o loro combinazioni, ed eccipienti farmaceuticamente accettabili.
- 30. Composizione farmaceutica secondo una qualsiasi delle rivendicazioni 28 e 29 in forma di soluzioni, sospensioni, polveri, granuli, compresse, pillole, capsule, sciroppi, supposte, spray, aerosol o sistemi a rilascio controllato, crema, unguento o gel, lubrificanti, paste, sciroppi, fiale, gocce, colliri, aerosol accettabili.
- 31. Composizione farmaceutica secondo la precedente rivendicazione per uso medico.
- 32. Composizione farmaceutica, definita secondo una qualsiasi delle rivendicazioni 28-30 per l?uso nel trattamento di patologie mediate dall?interazione dei recettori uPAR/FPRs.
- 33. Composizione farmaceutica come definita secondo una qualsiasi delle rivendicazioni 28-30 per l?uso nel trattamento di patologie scelte tra: Sclerosi sistemica, la Morfea, la Fascite eosinofila, la Fibrosi polmonare idiopatica, le Glomerulonefriti, la Sarcoidosi, la Policondrite recidivante, l?Artrite reumatoide, il Lupus eritematoso sistemico, la Sindrome di Sjogren, il Morbo di Crohn, la rettocolite ulcerosa, la Gastrite atrofica antrale, la Cirrosi biliare primitiva, la Polimiosite, la Dermatomiosite, la Psoriasi, l?Artrite psoriasica, il Pemfigo, le Vasculiti cutanee e sistemiche, le Uveiti, la Malattia di Behcet, l?Amiloidosi.
- 34. Composizione farmaceutica per l?uso secondo la precedente rivendicazione da somministrarsi per via orale, transdermica, sottocutanea, endovenosa, intramuscolare, rettale e intranasale.
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