HK40017618B - Methods for analyzing massively parallel sequencing data for noninvasive prenatal diagnosis - Google Patents

Claims (13)

1. Computer-implementiertes Verfahren zur Bestimmung einer Klassifizierung einer Amplifikation oder einer Deletion in einer chromosomalen Region in einer biologischen Probe, umfassend:

   Identifizieren einer ersten chromosomalen Region eines Referenzgenoms;

   Bestimmen der ersten chromosomalen Region, die einen ersten GC-Gehalt in dem Referenzgenom aufweist;

   Zusammensetzen eines künstlichen Referenzchromosoms aus einer Vielzahl von disjunkten Regionen des Referenzgenoms, so dass bestimmt wird, dass das künstliche Referenzchromosom den ersten GC-Gehalt innerhalb eines bestimmten Prozentsatzes aufweist, wobei die Vielzahl der disjunkten Regionen eine normale Kopienzahl aufweist oder von einem oder mehreren Chromosomen stammt, die eine normale Kopienzahl aufweisen;

   Ausrichten jedes einer Vielzahl von Sequenz-Tags mit der ersten chromosomalen Region und mit dem künstlichen Referenzchromosom, wobei die Sequenz-Tags durch Sequenzierung von Nukleinsäuren in der biologischen Probe, die zellfreie Nukleinsäuren aus einem ersten Gewebe und einem zweiten Gewebe umfasst, erhalten worden sind;

   Bestimmen einer ersten Menge von Sequenz-Tags, die mit der ersten chromosomalen Region übereinstimmen;

   Bestimmen einer Referenzmenge von Sequenzmarkierungen, die mit dem künstlichen Referenzchromosom übereinstimmen;

   Bestimmen eines Parameters durch Berechnen eines Verhältnisses oder einer Differenz unter Verwendung der ersten Menge und der Referenzmenge;

   Vergleichen des Parameters mit einem Grenzwert, wobei der Grenzwert angibt, ob sich der Parameter statistisch von einem Referenzwert unterscheidet, wobei der Referenzwert von einer gesunden Person bestimmt oder theoretisch ermittelt wird, dadurch Bestimmen einer Klassifizierung der ersten chromosomalen Region als eine Amplifikation aufweisend oder nicht aufweisend oder als eine Deletion aufweisend oder nicht aufweisend.
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei das erste Gewebe von einem Fötus und das zweite Gewebe von einer mit dem Fötus schwangeren Frau stammt.
3. Verfahren nach Anspruch 1, wobei das erste Gewebe von einem Tumor und das zweite Gewebe von gesunden Zellen eines Patienten stammt, der den Tumor aufweist.
4. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, wobei die erste chromosomale Region eine Vielzahl von disjunkten Unterregionen enthält.
5. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, wobei die Vielzahl der disjunkten Regionen von demselben Chromosom stammt.
6. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, wobei die Vielzahl der disjunkten Regionen von verschiedenen Chromosomen stammt.
7. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, wobei bestimmt wird, dass das künstliche Referenzchromosom den ersten GC-Gehalt aufweist, wenn der durchschnittliche GC-Gehalt der Vielzahl disjungierter Regionen des künstlichen Referenzchromosoms innerhalb eines bestimmten Prozentsatzes des ersten GC-Gehalts liegt.
8. Verfahren nach Anspruch 7, wobei jede der disjunkten Regionen den ersten GC-Gehalt innerhalb des spezifizierten Prozentsatzes aufweist.
9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, wobei die biologische Probe mütterliches Plasma ist.
10. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 9, wobei das Genom menschlich ist, wobei die erste chromosomale Region Teil eines Chromosoms ist, das aus Chromosom 13, Chromosom 18 oder Chromosom 21 ausgewählt ist, und wobei die Klassifizierung Trisomie des Chromosoms ist.
11. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 10, wobei der Parameter ein Wahrscheinlichkeitswert ist, dass die erste Menge und die Referenzmenge statistisch unterschiedlich sind, so dass der Grenzwert 0,05 beträgt.
12. Computerprogrammprodukt, umfassend ein greifbares, computerlesbares Medium, das eine Vielzahl von Befehlen zur Steuerung eines Prozessors zur Durchführung einer Operation speichert, wobei die Befehle ein Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11 umfassen.
13. System, das einen oder mehrere Prozessoren umfasst, die so konfiguriert sind, dass sie ein Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11 ausführen.