HK1069205B - Conformation -activity relationship of apoptosis-inducing phosphodiester oligonucleotides - Google Patents
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- Procédé informatisé pour la prévision de l'activité biologique d'une séquence oligonucléotidique, dans lequel l'activité biologique est l'inhibition de la prolifération cellulaire, l'induction de l'arrêt du cycle cellulaire ou apoptose, comprenant l'analyse de la séquence oligonucléotidique pour déterminer si la séquence oligonucléotidique contient au moins un centre, dans lequel un centre est présent dans la séquence si Y est égal à ou entre 780 à 2200 pm ; Z est égal à ou entre 400 à 1300 pm ; alpha est égal à ou entre 900 et 1500 pm ; bêta est égal à ou entre 300 à 1700 pm ; et X est entre 700 à 1360 pm, dans lequel X est la distance interatomique entre les atomes de phosphore associés au centre, Y est la plus grande distance entre l'ossature phosphate et l'atome le plus ' éloigné d'une base participante, Z est la distance entre l'avant et l'arrière du centre, alpha est la distance d'ossature du groupe aminé/amide la plus éloignée des groupes phosphate, et bêta est la distance interatomique la plus éloignée des groupes aminé/amide, et comprenant en outre le test de la séquence pour l'activité biologique.
- Procédé selon la revendication 1, dans lequel l'analyse comprend l'examen de la séquence pour l'électronégativité, l'électroposivité, la liaison hydrogène intramoléculaire et les distances interatomiques.
- Procédé selon la revendication 1, comprenant les opérations consistant à :tracer la séquence en utilisant un logiciel de traçage chimique, vérifier la séquence tracée pour les erreurs ; créer un modèle tridimensionnel de la séquence tracée ; minimiser l'énergie du modèle tridimensionnel ; calculer la dynamique moléculaire en utilisant un logiciel analytique chimique ; afficher une surface accessible au solvant du modèle tridimensionnel sur des moyens d'affichage ; identifier les domaines linéaires et globulaires du modèle tridimensionnel ; identifier les liaisons hydrogène intramoléculaires ; identifier les groupes phosphate capables de former un centre électronégatif; évaluer l'orientation spatiale des bases dans le modèle tridimensionnel pour le cadrage électropositif par rapport aux groupes phosphate dans le centre électronégatif ; mesurer les distances interatomiques des groupes aminé/amide, et les hydroxyles 3' et 5' des groupes phosphate ; et prédire si la séquence possède l'activité biologique.
- Procédé selon la revendication 3, dans lequel la mesure des distances interatomiques des groupes aminé/amide et des hydroxyles 3' et 5' des groupes phosphate comprend : mesurer une première distance interatomique X entre les phosphate associés au centre ; mesurer une seconde distance interatomique alpha entre les phosphates et un atome le plus éloigné dans une base participante ; mesurer une troisième distance interatomique bêta comme distance bêta interatomique la plus éloignée entre les groupes amide ou aminé ; mesurer une quatrième distance interatomique Z entre une zone avant et arrière du centre ; et, mesurer une cinquième distance interatomique Y comme étant la distance la plus longue entre une ossature phosphate et l'atome le plus éloigné dans une base participante.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US31329001P | 2001-08-17 | 2001-08-17 | |
| US60/313,290 | 2001-08-17 | ||
| PCT/IB2002/003324 WO2003016567A2 (fr) | 2001-08-17 | 2002-08-19 | Relation de l'activite de conformation des oligonucleotides phosphodiester induisant l'apoptose |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| HK1069205A1 HK1069205A1 (en) | 2005-05-13 |
| HK1069205B true HK1069205B (en) | 2007-03-16 |
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