HK1069205B - Conformation -activity relationship of apoptosis-inducing phosphodiester oligonucleotides - Google Patents
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- Computergestütztes Verfahren zur Vorhersage biologischer Aktivität einer Oligonukleotidsequenz, wobei die biologische Aktivität Hemmung der zellulären Proliferation, Induktion einer Hemmung des Zellzyklus oder Apoptose ist, umfassend eine Analyse der Oligonukleotidsequenz um zu bestimmen, ob die Oligonukleotidsequenz wenigstens ein Zentrum enthält, wobei ein Zentrum in der Sequenz vorliegt, wenn Y gleich oder zwischen 780 bis 2200 pm ist; Z gleich oder zwischen 400 bis 1300 pm ist; alpha gleich oder zwischen 900 bis 1500 pm ist; beta gleich oder zwischen 300 bis 1700 pm ist; und X zwischen 700 bis 1360 pm ist, wobei X der interatomare Abstand zwischen mit dem Zentrum verknüpften Phosphoratomen ist, Y der längste Abstand zwischen dem Phosphatrückgrat und dem entferntesten Atom einer beteiligten Base ist, Z der Abstand von Vorderseite zu der Rückseite des Zentrums ist, alpha der weiteste umrahmende Abstand der Amino-/Amidogruppe von den Phosphatgruppen ist und beta der weiteste interatomare Abstand der Amino-/Amidogruppen ist, und ferner umfassend das Testen der Sequenz auf biologische Aktivität.
- Verfahren nach Anspruch 1, worin die Analyse ein Untersuchen der Sequenz hinsichtlich Elektronegativität, Elektropositivität, intramolekularen Wasserstoffbrückenbindungen und interatomaren Abständen umfasst.
- Verfahren nach Anspruch 1 umfassend, Zeichnen der Sequenz unter Verwendung chemischer Zeichensoftware; Überprüfen der gezeichneten Sequenz nach Fehlern, Erzeugen eines dreidimensionalen Models der gezeichneten Sequenz; Minimieren der Energie des dreidimensionalen Models; Berechnen molekularer Dynamik unter Verwendung chemischer Analysesoftware; Darstellen einer lösungsmittelzugänglichen Oberfläche des dreidimensionalen Models auf einem Darstellungsmittel; Identifizieren kugelförmiger und linearer Domänen in dem dreidimensionalen Model; Identifizieren intramolekularer Wasserstoffbrückenbindungen; Identifizieren von Phosphatgruppen, welche fähig sind ein efektronegatives Zentrum zu bilden; Berechnen der räumlichen Orientierung der Basen in dem dreidimensionalen Model für eine elektropositive Umrahmung im Bezug auf die Phosphatgruppen im elektronegativen Zentrum; Messen interatomarer Abstände von Amino-/Amidogruppen und 3' und 5'-Hydroxylgruppen von Phosphatgruppen; und Vorhersagen, ob die Sequenz biologische Aktivität besitzt.
- Verfahren nach Anspruch 3, worin das Messen interatomarer Abstände von Amino-/Amidogruppen und 3' und 5'-Hydroxylgruppen von Phosphatgruppen umfasst: Messen eines ersten interatomaren Abstands X zwischen mit dem Zentrum verknüpften Phosphoratomen; Messen eines zweiten interatomaren Abstands alpha zwischen Phosphaten und einem entferntesten Atom in einer beteiligten Base; Messen eines dritten interatomaren Abstands beta als der weiteste interatomare Abstand beta zwischen Amdio- oder Aminogruppen; Messen eines vierten interatomaren Abstands Z zwischen einer Vorderseite des Zentrums zu einer Rückseite des Zentrums; und Messen eines fünften interatomaren Abstands Y als längster Abstand zwischen einem Phosphatrückgrat und dem entferntesten Atom in einer beteiligten Base.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US31329001P | 2001-08-17 | 2001-08-17 | |
| US60/313,290 | 2001-08-17 | ||
| PCT/IB2002/003324 WO2003016567A2 (en) | 2001-08-17 | 2002-08-19 | Conformation-activity relationship of apoptosis-inducing phosphodiester oligonucleotides |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| HK1069205A1 HK1069205A1 (en) | 2005-05-13 |
| HK1069205B true HK1069205B (en) | 2007-03-16 |
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