FR3116340A1 - Detection of Viral Nucleic Acids from Soiled Disposable Tissues - Google Patents
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Classifications
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- A61B10/0045—Devices for taking samples of body liquids
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Abstract
Détection d’Acides Nucléiques Viraux à partir de Mouchoirs Jetables Souillés L’invention concerne une méthode d’auto-collecte d’échantillons biologiques par mouchage et/ou crachat pour la détection d’acides nucléiques viraux et le diagnostic d’infections respiratoires virales. L’invention concerne également une méthode de détection d’acides nucléiques d’un virus respiratoire à partir d’un mouchoir souillé et une méthode de diagnostic d’une infection respiratoire virale chez un individu ayant fourni l’échantillon biologique par mouchage et/ou crachat. L’invention concerne aussi un kit pour la collecte d’un échantillon biologique.Detection of Viral Nucleic Acids from Soiled Disposable Tissues The invention relates to a method for self-collection of biological samples by blowing and/or spitting for the detection of viral nucleic acids and the diagnosis of viral respiratory infections. The invention also relates to a method for detecting nucleic acids of a respiratory virus from a soiled handkerchief and a method for diagnosing a viral respiratory infection in an individual who has provided the biological sample by blowing his nose and/or sputum. The invention also relates to a kit for collecting a biological sample.
Description
La présente invention concerne le domaine de la détection des virus respiratoires. Elle fournit en particulier une méthode de collecte d’échantillons biologiques pour le diagnostic d’infections respiratoires virales.The present invention relates to the field of the detection of respiratory viruses. In particular, it provides a method for collecting biological samples for the diagnosis of viral respiratory infections.
Contexte de l’InventionBackground of the Invention
Les virus respiratoires sont les agents pathogènes les plus fréquents chez l’homme. Les infections virales des voies respiratoires concernent des millions de personnes annuellement et représentent une cause majeure de morbidité et de mortalité, en particulier chez les personnes à risque – les jeunes enfants, les personnes âgées, les patients immunodéprimés et ceux souffrant d’une maladie pulmonaire ou cardiaque sous-jacente. Ainsi par exemple, chaque année, la grippe entraîne des infections des voies respiratoires chez 5 à 15% de la population mondiale avec des maladies graves chez environ 5 millions de personnes et 290 000 à 650 000 décès (who.int/fr/news-room/fact-sheets/detail/influenza-(seasonal)). De même, le virus respiratoire syncytial (VRS), qui est la cause la plus fréquente, dans le monde, d’infections respiratoires des jeunes enfants, cause près de 34 millions d’épisodes par an (Ducharme, BMJ, 2011, 342: d1658). La caractéristique commune des infections respiratoires virales est leur grande contagiosité, ce qui explique le risque de survenue d’épidémies sévères. La lutte contre les virus respiratoires est donc devenue un enjeu majeur en termes de santé publique, et ce d’autant plus que, de manière inquiétante, de nouveaux pathogènes respiratoires font leur apparition. En effet, les épidémies de Syndrome Respiratoire Aigu Sévère en 2002-2003 (due à un coronavirus, le virus SARS-CoV), de grippe aviaire A (H5N1) en 2004, de grippe A (H1N1) en 2009-2010, du Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient (dû au coronavirus MERS-CoV) en 2012, et de grippe aviaire A (H7N9) en 2013-2014, ainsi que la pandémie qui a débuté en Chine en 2019 et qui est causée par un nouveau coronavirus, le coronavirus 2 du Syndrome Respiratoire Aigu Sévère ou SARS-CoV-2, ont rappelé et continuent de rappeler la fréquence et la gravité des infections respiratoires aiguës dans le monde.Respiratory viruses are the most common pathogens in humans. Viral respiratory tract infections affect millions of people annually and are a major cause of morbidity and mortality, especially among those at risk – young children, the elderly, immunocompromised patients and those with lung disease. or underlying cardiac. For example, each year, influenza causes respiratory tract infections in 5 to 15% of the world's population with serious illness in about 5 million people and 290,000 to 650,000 deaths (who.int/fr/news- room/fact-sheets/detail/influenza-(seasonal)). Similarly, respiratory syncytial virus (RSV), which is the most common cause of respiratory infections in young children worldwide, causes nearly 34 million episodes per year (Ducharme, BMJ, 2011, 342: d1658). The common characteristic of viral respiratory infections is their high contagiousness, which explains the risk of occurrence of severe epidemics. The fight against respiratory viruses has therefore become a major issue in terms of public health, all the more so since, worryingly, new respiratory pathogens are emerging. Indeed, the epidemics of Severe Acute Respiratory Syndrome in 2002-2003 (due to a coronavirus, the SARS-CoV virus), avian influenza A (H5N1) in 2004, influenza A (H1N1) in 2009-2010, Syndrome Middle East respiratory disease (due to coronavirus MERS-CoV) in 2012, and avian influenza A (H7N9) in 2013-2014, as well as the pandemic that began in China in 2019 and is caused by a new coronavirus, the Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus 2 or SARS-CoV-2, have reminded and continue to remind of the frequency and severity of acute respiratory infections around the world.
Les cliniciens et les virologues sont maintenant convaincus qu’il est important de faire le diagnostic précis des infections respiratoires virales. Or, ces infections sont actuellement mal diagnostiquées car il s’agit d’infections communautaires pour lesquelles l’attentisme est généralement l’attitude diagnostique et thérapeutique la plus répandue. Le problème majeur auquel est confronté le praticien réside dans la multiplicité des pathogènes respiratoires susceptibles d’être responsables d’une même symptomatologie (Brunsteinet al., Diagn. Mol. Pathol., 2006, 15: 169-173). La disponibilité d’un test permettant d’identifier très rapidement le virus en cause est essentielle pour plusieurs raisons. Les traitements curatifs, lorsqu’ils sont disponibles, ne sont efficaces qu’à un stade précoce de l’infection respiratoire virale. Bien détecter les infections virales est également primordial dans le cadre de la lutte contre l’antibiorésistance, car pouvoir confirmer que l’infection n’est pas d’origine bactérienne permet de limiter la prescription inutile d’antibiotiques (Byingtonet al., Arch. Pediatr. Adolesc. Med., 2002, 156: 1230-1234; Henrickson, Pediatr., 2005, 34: 24-31; Gonzaleset al., Clin. Infect. Dis., 2001, 33: 757-762; Keskeet al., Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis., 2018, 37: 779-783; Mahonyet al., J. Clin. Microbiol., 2009, 47: 2812-2817; Roganet al., J. Mol. Diagn., 2017, 19: 460-467). L’identification précise et opportune des virus respiratoires est également essentielle pour l’adoption de mesures de santé publique et pour le contrôle d’éventuelles flambées.Clinicians and virologists are now convinced of the importance of making an accurate diagnosis of viral respiratory infections. However, these infections are currently misdiagnosed because they are community infections for which a wait-and-see attitude is generally the most widespread diagnostic and therapeutic attitude. The major problem facing the practitioner lies in the multiplicity of respiratory pathogens likely to be responsible for the same symptomatology (Brunstein et al. , Diagn. Mol. Pathol., 2006, 15: 169-173). The availability of a test that can very quickly identify the virus in question is essential for several reasons. Curative treatments, when available, are only effective at an early stage of viral respiratory infection. Properly detecting viral infections is also essential in the context of the fight against antibiotic resistance, because being able to confirm that the infection is not of bacterial origin makes it possible to limit the unnecessary prescription of antibiotics (Byington et al. , Arch Pediatr.Adolesc.Med., 2002, 156: 1230-1234; Henrickson, Pediatr., 2005, 34: 24-31; Gonzales et al. , Clin. Infect. Dis., 2001, 33: 757-762; Keske et al. , Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis., 2018, 37: 779-783; Mahony et al. , J. Clin. Microbiol., 2009, 47: 2812-2817; Rogan et al. , J. Mol. Diagn., 2017, 19: 460-467). The accurate and timely identification of respiratory viruses is also essential for the adoption of public health measures and for the control of possible outbreaks.
Le diagnostic de l’infection respiratoire virale repose généralement sur un prélèvement nasopharyngé obtenu par écouvillonnage et transporté dans un milieu de transport viral vers un laboratoire d’analyses biologiques. À réception, le laboratoire peut choisir d’appliquer différentes technologies, telles que la détection sensible d’antigènes viraux (par immunofluorescence ou immunochromatographie) et la détection d’acides nucléiques viraux (basée sur une PCR en temps réel précédée ou non d’une transcription inverse). La qualité du prélèvement est la condition indispensable pour tout diagnostic virologique fiable. Cependant, un écouvillonnage nasopharyngé nécessite l’intervention d’un personnel médical qualifié car l’écouvillon doit être introduit profondément dans les narines jusqu’au nasopharynx. Un écouvillonnage inadéquat peut conduire à des résultats faussement négatifs.The diagnosis of viral respiratory infection is usually based on a nasopharyngeal sample obtained by swab and transported in a viral transport medium to a biological analysis laboratory. Upon receipt, the laboratory may choose to apply different technologies, such as sensitive detection of viral antigens (by immunofluorescence or immunochromatography) and detection of viral nucleic acids (based on real-time PCR with or without preceded reverse transcription). The quality of the sample is the essential condition for any reliable virological diagnosis. However, a nasopharyngeal swab requires the intervention of qualified medical personnel because the swab must be inserted deep into the nostrils up to the nasopharynx. Inadequate swabbing can lead to false negative results.
Il existe donc un besoin de nouvelles stratégies simplifies mais fiables de collecte d’échantillons biologiques pour le diagnostic d’infections respiratoires virales.There is therefore a need for new simplified but reliable strategies for collecting biological samples for the diagnosis of viral respiratory infections.
La présente invention fournit une méthode alternative comprenant l’auto-collecte d’un échantillon biologique pour la détection de virus respiratoires. Plus spécifiquement, dans la méthode proposée, l’individu à tester collecte l’échantillon en se mouchant et/ou en crachant dans un mouchoir jetable. Le mouchoir souillé est inséré dans un récipient, qui est ensuite acheminé vers un laboratoire d’analyses, où il est utilisé pour détecter des acides nucléiques viraux à l’aide d’une méthode moléculaire sensible. Les résultats expérimentaux présentés ci-dessous et obtenus, aussi bien dans une crèche au cours d’une année que dans deux classes de petite et grande sections d’une école maternelle, montrent que la méthode décrite ici permet la détection efficace de virus respiratoires saisonniers et de virus à transmission respiratoire. De plus, des résultats expérimentaux obtenus en utilisant des mouchoirs souillés par des adultes se présentant pour un diagnostic de COVID-19 par un prélèvement standard naso-pharyngé ont mis en évidence les performances prometteuses de l’approche de la présente invention dans la détection du SARS-CoV-2. La collecte de l’échantillon biologique proposée ici est un acte simple, rapide, et non-invasif. Elle ne nécessite aucune compétence médicale et rend le patient autonome. Elle diminue les possibilités de contamination externe et élimine tout risque de contamination d’une tierce personne (en supprimant tout déplacement du patient et/ou tout contact avec un professionnel de santé au moment de la collecte de l’échantillon). De plus, comparée à d’autres méthodes de collecte d’échantillons biologiques, la méthode proposée ici est peu onéreuse.The present invention provides an alternative method comprising the self-collection of a biological sample for the detection of respiratory viruses. More specifically, in the proposed method, the individual to be tested collects the sample by blowing his nose and/or spitting into a disposable handkerchief. The soiled tissue is inserted into a container, which is then transported to an analysis laboratory, where it is used to detect viral nucleic acids using a sensitive molecular method. The experimental results presented below and obtained, both in a crèche over the course of a year and in two classes of small and large sections of a nursery school, show that the method described here allows the effective detection of seasonal respiratory viruses. and respiratory viruses. Moreover, experimental results obtained using soiled tissues by adults presenting for a diagnosis of COVID-19 by a standard nasopharyngeal swab have highlighted the promising performance of the approach of the present invention in the detection of the SARS-CoV-2. The collection of the biological sample proposed here is a simple, rapid, and non-invasive act. It does not require any medical skills and makes the patient autonomous. It reduces the possibilities of external contamination and eliminates any risk of contamination from a third party (by eliminating any movement of the patient and/or any contact with a healthcare professional at the time of sample collection). In addition, compared to other methods for collecting biological samples, the method proposed here is inexpensive.
En conséquence, la présente invention concerne une méthode de collecte d’un échantillon biologique pour la détection d’un virus respiratoire humain chez un individu à tester, la méthode comprenant les étapes suivantes dans lesquelles :
- l’individu à tester se mouche et/ou crache dans un mouchoir à usage unique ;
- l’individu introduit le mouchoir souillé dans un récipient et ferme le récipient ; et
- le récipient contenant le mouchoir souillé est acheminé vers un laboratoire d’analyses biologiques.Accordingly, the present invention relates to a method for collecting a biological sample for the detection of a human respiratory virus in an individual to be tested, the method comprising the following steps in which:
- the individual to be tested blows his nose and/or spits into a disposable handkerchief;
- the individual introduces the soiled handkerchief into a container and closes the container; And
- the container containing the soiled handkerchief is taken to a biological analysis laboratory.
Dans les modes de réalisation où l’échantillon biologique est recueilli en crachant, l’individu a préférablement une toux productive.In embodiments where the biological sample is collected by spitting, the individual preferably has a productive cough.
Dans certains modes de réalisation, le virus respiratoire destiné à être détecté est un virus respiratoire choisi parmi le groupe constitué des virus grippaux, des virus parainfluenza, du virus respiratoire syncytial (hRSV), des métapneumovirus (hMPV), des adénovirus, des rhinovirus, et des coronavirus. Par exemple, le virus respiratoire peut être choisi parmi le groupe constitué des virus de la grippe A, notamment les sous-types H1N1, H3N2, A(H5N1), A(H7N7), A(H9N2), et A(H7N9), les virus de la grippe B, les virus parainfluenza de type 1, de type 2, de type 3 et de type 4, le virus respiratoire syncytial (hRSV) du sous-groupe A, le virus respiratoire syncytial (hRSV) de sous-groupe B, les métapneumovirus de sous-type A, les métapneumovirus de sous-type B, les adénovirus responsables d’infections respiratoires, et les coronavirus 229E, NL63, OC43, HKU1, B814, SARS-CoV, MERS-CoV, et SARS-CoV-2.In some embodiments, the respiratory virus to be detected is a respiratory virus selected from the group consisting of influenza viruses, parainfluenza viruses, respiratory syncytial virus (hRSV), metapneumoviruses (hMPV), adenoviruses, rhinoviruses, and coronaviruses. For example, the respiratory virus can be chosen from the group consisting of influenza A viruses, in particular the H1N1, H3N2, A(H5N1), A(H7N7), A(H9N2), and A(H7N9) subtypes, influenza B viruses, parainfluenza viruses type 1, type 2, type 3 and type 4, respiratory syncytial virus (hRSV) subgroup A, respiratory syncytial virus (hRSV) subgroup B, metapneumoviruses subtype A, metapneumoviruses subtype B, adenoviruses responsible for respiratory infections, and coronaviruses 229E, NL63, OC43, HKU1, B814, SARS-CoV, MERS-CoV, and SARS- CoV-2.
Dans certains modes de réalisation, l’individu à tester est suspecté d’être infecté par un virus respiratoire ou est à risque d’être infecté par un virus respiratoire.In some embodiments, the individual to be tested is suspected of being infected with a respiratory virus or is at risk of being infected with a respiratory virus.
Dans certains modes de réalisation, l’individu à tester n’est pas un patient pédiatrique.In some embodiments, the individual to be tested is not a pediatric patient.
Dans certains modes de réalisation, le mouchoir souillé est introduit seul dans le récipient.In certain embodiments, the soiled tissue is introduced alone into the container.
Dans certains modes de réalisation, le récipient a un volume de 50 mL.In some embodiments, the container has a volume of 50 mL.
Dans certains modes de réalisation, le récipient est un tube à centrifuger en plastique ou une seringue sans aiguille en plastique.In some embodiments, the container is a plastic centrifuge tube or a plastic needleless syringe.
Dans certains modes de réalisation, le récipient contenant le mouchoir souillé est acheminé vers un laboratoire d’analyses biologiques à température ambiante.In some embodiments, the container containing the soiled handkerchief is transported to a biological analysis laboratory at ambient temperature.
Dans certains modes de réalisation, le récipient contenant le mouchoir souillé est inséré dans une enveloppe et acheminé vers un laboratoire d’analyses biologiques par courrier ou par transport médical spécialisé.In some embodiments, the container containing the soiled tissue is inserted into an envelope and transported to a biological analysis laboratory by mail or by specialized medical transport.
La présente invention concerne également l’utilisation d’un échantillon biologique obtenu par une méthode de collecte décrite plus haut, pour la détection d’acides nucléiques d’un virus respiratoire et/ou pour le diagnostic d’une infection respiratoire virale chez l’individu ayant fourni l’échantillon biologique.The present invention also relates to the use of a biological sample obtained by a collection method described above, for the detection of nucleic acids of a respiratory virus and/or for the diagnosis of a viral respiratory infection in individual who provided the biological sample.
La présente invention concerne aussi une méthode de détection d’acides nucléiques d’un virus respiratoire à partir d’un mouchoir souillé, la méthode comprenant les étapes suivantes :
- récupérer l’échantillon biologique contenu dans un mouchoir souillé, le mouchoir souillé ayant été obtenu par une méthode de collecte d’un échantillon biologique telle que définie dans l’une quelconque des revendications 1 à 10 ;
- détecter la présence d’acides nucléiques viraux dans l’échantillon biologique récupéré ; et
- si des acides nucléiques viraux ont été détectés, conclure à la présence du virus respiratoire dans l’échantillon biologique et éventuellement diagnostiquer une infection respiratoire virale chez l’individu ayant collecté l’échantillon biologique.The present invention also relates to a method for detecting nucleic acids of a respiratory virus from a soiled handkerchief, the method comprising the following steps:
- recovering the biological sample contained in a soiled handkerchief, the soiled handkerchief having been obtained by a method for collecting a biological sample as defined in any one of claims 1 to 10;
- detecting the presence of viral nucleic acids in the biological sample recovered; And
- if viral nucleic acids have been detected, conclude that the respiratory virus is present in the biological sample and possibly diagnose a viral respiratory infection in the individual who collected the biological sample.
Dans certains modes de réalisation, l’échantillon biologique est récupéré à partir du mouchoir souillé à l’aide d’une solution physiologique, notamment un tampon phosphate salin.In certain embodiments, the biological sample is recovered from the soiled handkerchief using a physiological solution, in particular a saline phosphate buffer.
Dans certains modes de réalisation, détecter la présence d’acides nucléiques viraux dans l’échantillon biologique récupéré est réalisé par une technique d’amplification d’acides nucléiques, notamment une technique choisie parmi les techniques de PCR, RT-PCR, NASBA, TMA, LAMP, SDA, LCR et MLPA.In certain embodiments, detecting the presence of viral nucleic acids in the recovered biological sample is carried out by a nucleic acid amplification technique, in particular a technique chosen from the techniques of PCR, RT-PCR, NASBA, TMA , LAMP, SDA, LCR and MLPA.
La présente invention concerne enfin un kit de collecte d’un échantillon biologique par mouchage et/ou crachat pour la détection d’un virus respiratoire chez un individu à tester, le kit comprenant :
- un récipient destiné à recueillir un mouchoir souillé par mouchage et/ou crachat de l’individu à tester ; et
- un élément d’identification de l’échantillon biologique.The present invention finally relates to a kit for collecting a biological sample by blowing and/or spitting for the detection of a respiratory virus in an individual to be tested, the kit comprising:
- a receptacle intended to collect a handkerchief soiled by blowing the nose and/or spitting of the individual to be tested; And
- an element of identification of the biological sample.
Dans certains modes de réalisation, le récipient est un tube à centrifuger en plastique ou une seringue sans aiguille en plastique.In some embodiments, the container is a plastic centrifuge tube or a plastic needleless syringe.
Dans certains modes de réalisation, le kit comprend en outre au moins un composant choisi parmi : un mouchoir papier contenu dans un sachet plastique individuel, une enveloppe d’envoi ou de transport vers un laboratoire d’analyses biologiques, une notice d’instructions du kit selon une méthode décrite plus haut, et une liste d’adresses de laboratoires d’analyses biologiques appropriés.In certain embodiments, the kit also comprises at least one component chosen from: a tissue paper contained in an individual plastic bag, an envelope for sending or transporting to a biological analysis laboratory, an instruction leaflet for the kit according to a method described above, and a list of addresses of appropriate biological analysis laboratories.
Une description plus détaillée de certains modes de réalisation préférés de l’invention est fournie ci-dessous.A more detailed description of certain preferred embodiments of the invention is provided below.
Fig. 1Fig. 1
Fig. 2Fig. 2
Fig. 3Fig. 3
Description Détaillée de l’InventionDetailed Description of the Invention
Comme mentionné ci-dessus, la présente invention propose une nouvelle stratégie de collecte d’échantillons biologiques pour la détection d’acides nucléiques viraux et le diagnostic d’infections respiratoires virales.As mentioned above, the present invention provides a new strategy for collecting biological samples for the detection of viral nucleic acids and the diagnosis of viral respiratory infections.
I - Méthode de Collecte d’Echantillons BiologiquesI - Method for Collecting Biological Samples
La présente invention concerne plus spécifiquement une méthode de collecte d’un échantillon biologique pour la détection d’un virus respiratoire chez un individu à tester, la méthode comprenant les étapes suivantes : (a) l’individu à tester se mouche dans un mouchoir à usage unique, (b) l’individu introduit le mouchoir souillé dans un récipient ; et (c) le récipient contenant le mouchoir souillé est acheminé vers un laboratoire d’analyses biologiques. Dans certains modes de réalisation, lorsque l’individu a une toux productive, l’individu peut déposer un crachat dans le même mouchoir ou encore associer un crachat dans le mouchoir utilisé pour se moucher.The present invention relates more specifically to a method for collecting a biological sample for the detection of a respiratory virus in an individual to be tested, the method comprising the following steps: (a) the individual to be tested blows his nose in a handkerchief to single use, (b) the individual places the soiled handkerchief in a container; and (c) the container containing the soiled handkerchief is taken to a biological analysis laboratory. In some embodiments, when the individual has a productive cough, the individual can deposit a sputum into the same tissue or even associate a sputum into the tissue used to blow their nose.
A. Les Virus RespiratoiresA. Respiratory Viruses
Par “ virus respiratoire ” ou “ virus à transmission respiratoire ”, on entend ici tout virus qui, lors de l’infection, utilise principalement les voies respiratoires comme point d’entrée et/ou cible principalement les voies respiratoires (cavité orale, nasopharynx, gorge, larynx, trachée, bronches, bronchioles, etc.) et provoque des maladies respiratoires chez l’être humain allant de simples rhumes à des pneumonies et des syndromes de détresse respiratoire aiguë (SDRA) pouvant parfois entraîner la mort. Dans le contexte de la présente invention, le terme virus respiratoire désigne un virus respiratoire humain (c’est-à-dire un virus respiratoire pathogène pour l’être humain). Les termes “ virus respiratoire ” et “ virus respiratoire humain ” sont donc utilisés ici de manière interchangeable. Chez l’homme, la transmission de ces virus se fait par des aérosols ou des gouttelettes émises soit directement par la toux ou l’éternuement soit indirectement par contactviales mains contaminées au contact de sécrétions.By “ respiratory virus ” or “ virus with respiratory transmission ”, we mean here any virus which, during infection, mainly uses the respiratory tract as a point of entry and/or mainly targets the respiratory tract (oral cavity, nasopharynx, throat, larynx, trachea, bronchi, bronchioles, etc.) and causes respiratory diseases in humans ranging from common colds to pneumonia and acute respiratory distress syndrome (ARDS) which can sometimes lead to death. In the context of the present invention, the term respiratory virus designates a human respiratory virus (that is to say a respiratory virus pathogenic for human beings). The terms “ respiratory virus ” and “ human respiratory virus ” are therefore used here interchangeably. In humans, these viruses are transmitted by aerosols or droplets emitted either directly by coughing or sneezing or indirectly by contact via contaminated hands in contact with secretions.
Les virus respiratoires auxquels la présente invention peut s’appliquer incluent, sans limitation, les virus grippaux, les virus parainfluenza, le virus respiratoire syncytial, les métapneumovirus, les adénovirus, les rhinovirus, et les coronavirus.Respiratory viruses to which the present invention may be applied include, without limitation, influenza viruses, parainfluenza viruses, respiratory syncytial virus, metapneumoviruses, adenoviruses, rhinoviruses, and coronaviruses.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention est appliquée à la détection d’un virus grippal. Les virus grippaux (influenza) sont des virus enveloppés à ARN appartenant à la famille desOrthomyxoviridæ. Il existe trois types de virus influenza qui infectent l’homme: les virus de la grippe A, les virus de la grippe B, et le virus de la grippe C. Les virus de type A infectent l’homme et de nombreuses espèces animales : les espèces aviaires qui constituent le réservoir ainsi que différentes espèces de mammifères, notamment le porc. Les virus de type A (les plus fréquents et les plus virulents) sont encore plus finement caractérisés et différenciés en sous-types sur la base de leurs antigènes de surface: l’hémagglutinine (H1 à H18) et la neuraminidase (N1 à N11). Chez l’homme, il existe des virus à H1, H2, H3 et N1 ou N2 responsables de la grippe annuelle. Les sous-types H1N1 et H3N2 sont ceux qui circulent le plus fréquemment ces dernières années. La pathogénicité de ces virus est variable d’une année à l’autre et dépend de nombreux facteurs dont l’âge de la personne infectée, de son statut vaccinal et de la capacité de son système immunitaire. Ces dernières décennies, des cas d’infection par des virus de la grippe aviaire ou porcine, dont les sous-types A(H5N1), A(H7N7), A(H9N2), et A(H7N9), ont été signalés chez l’homme. Les cas humains d’infection avec ces sous-types sont majoritairement associés à des contacts directs avec des animaux ou des environnements contaminés, mais ils n’entraînent pas de transmission interhumaine efficace. Les virus de la grippe B infectent quasi-exclusivement l’homme. On distingue deux lignages de virus de type B : la lignée B/Yamagata et la lignée B/Victoria. Les cas d’infection au virus de grippe B sont généralement moins fréquents que ceux liés au virus de la grippe A. Les virus de types A et B sont responsables des épidémies saisonnières, mais seuls les virus grippaux de type A ont été à l’origine de pandémies. Le virus de la grippe C semble lié à des cas sporadiques et donne le plus souvent une grippe d’expression modérée.In certain embodiments, the present invention is applied to the detection of an influenza virus. Influenza (influenza) viruses are enveloped RNA viruses belonging to the Orthomyxoviridae family. There are three types of influenza virus that infect humans: influenza A viruses, influenza B viruses, and influenza C virus. Type A viruses infect humans and many animal species: the avian species that make up the reservoir as well as different species of mammals, in particular the pig. Type A viruses (the most frequent and the most virulent) are even more finely characterized and differentiated into subtypes on the basis of their surface antigens: hemagglutinin (H1 to H18) and neuraminidase (N1 to N11) . In humans, there are H1, H2, H3 and N1 or N2 viruses responsible for the annual flu. The H1N1 and H3N2 subtypes have been circulating most frequently in recent years. The pathogenicity of these viruses varies from year to year and depends on many factors including the age of the infected person, their vaccination status and the capacity of their immune system. In recent decades, cases of infection with avian and swine influenza viruses, including subtypes A(H5N1), A(H7N7), A(H9N2), and A(H7N9), have been reported in 'male. Human cases of infection with these subtypes are mostly associated with direct contact with animals or contaminated environments, but they do not result in effective human-to-human transmission. Influenza B viruses infect almost exclusively humans. There are two lineages of type B viruses: the B/Yamagata lineage and the B/Victoria lineage. Cases of influenza B virus infection are generally less frequent than those associated with influenza A virus. Types A and B viruses are responsible for seasonal epidemics, but only influenza type A viruses have been reported. origin of pandemics. The influenza C virus seems to be linked to sporadic cases and most often gives moderate flu expression.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention est appliquée à la détection d’un virus parainfluenza. Les virus parainfluenza sont des virus enveloppés à ARN, qui appartiennent à la famille desParamyxoviridæ. Chez l’homme, on retrouve quatre représentants de ces virus dans le cadre des infections virales communautaires : les virus parainfluenza de type 1 et de type 3 (qui se classent dans le genre Respirovirus) et de type 2 et de type 4 (qui se classent dans le genre Rubulavirus). Les virus parainfluenza sont transmis par voie aérienne et entrainent une réaction fébrile après 3 à 5 jours d’incubation. Les virus parainfluenza de type 1 et 2 se limitent à une atteinte laryngée et l’infection survient chez les enfants de moins de 6 ans. Le virus parainfluenza de type 3 diffuse dans les bronches et bronchioles. L’infection est précoce et apparaît avant l’âge de deux ans. Le parainfluenza de type 4 est peu virulent. L’infection par les virus parainfluenza n’étant pas immunisante, les réinfections sont fréquentes tout au long de la vie. Elles peuvent provoquer des pneumopathies chez les adultes, notamment chez les sujets immunodéprimés.In certain embodiments, the present invention is applied to the detection of a parainfluenza virus. Parainfluenza viruses are enveloped RNA viruses that belong to the Paramyxoviridae family. In humans, four representatives of these viruses are found in the context of community viral infections: parainfluenza viruses type 1 and type 3 (which are classified in the genus Respirovirus) and type 2 and type 4 (which classify in the genus Rubulavirus). Parainfluenza viruses are transmitted by air and cause a feverish reaction after 3 to 5 days of incubation. Type 1 and 2 parainfluenza viruses are limited to laryngeal involvement and infection occurs in children under 6 years of age. Type 3 parainfluenza virus spreads through the bronchi and bronchioles. The infection is early and appears before the age of two years. Type 4 parainfluenza is not very virulent. Since infection with parainfluenza viruses is not immunizing, reinfections are frequent throughout life. They can cause pneumonia in adults, especially in immunocompromised subjects.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention est appliquée à la détection d’un virus respiratoire syncytial (VRS ou hRSV pour human Respiratory Syncytial Virus). Le hRSV est un virus à ARN classé parmi les pneumovirus. Deux sous-groupes A et B ont été identifiés. Le hRSV est la cause la plus fréquente, dans le monde, d’infections respiratoires des jeunes enfants. Très contagieux, ce virus infecte principalement les nourrissons âgés de moins de deux ans. Une infection par le hRSV chez le jeune enfant peut se compliquer et devenir une bronchiolite, qui peut entraîner l’hospitalisation dans des cas exceptionnels. Les réinfections sont fréquentes. Chez l’adulte, l’infection à hRSV est rare, bénigne (sauf chez le sujet âgé), et est responsable d’une rhinite ou d’un syndrome pseudogrippal.In certain embodiments, the present invention is applied to the detection of a respiratory syncytial virus (VRS or hRSV for human Respiratory Syncytial Virus). hRSV is an RNA virus classified as a pneumovirus. Two subgroups A and B have been identified. hRSV is the most common cause of respiratory infections in young children worldwide. Highly contagious, this virus mainly infects infants under the age of two. An hRSV infection in young children can become complicated and become bronchiolitis, which can lead to hospitalization in exceptional cases. Reinfections are common. In adults, hRSV infection is rare, benign (except in the elderly), and is responsible for rhinitis or a flu-like syndrome.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention est appliquée à la détection d’un métapneumovirus human (hMPV). Ce virus est unPneumovirinæidentifié en 2001, et dont le génome est proche de celui du virus respiratoire syncytial human. L’analyse phylogénétique de hMPV a démontré l’existence de deux grandes lignées génétiques appelées sous-type A et B, qui contiennent respectivement les sous-groupes A1, A2 et B1, B2. Le métapneumovirus humain est responsable d’infections respiratoires hautes et basses chez les jeunes enfants, mais également chez les adultes sains et les sujets immunodéprimés. Ce virus provoque principalement des bronchiolites infantiles, des pneumonies et des otites et serait responsable de 5% à 10% des hospitalisations pédiatriques pour infection respiratoire. La primo-infection par le hMPV a lieu dans la petite enfance et est suivie de réinfections multiples à l’âge adulte.In certain embodiments, the present invention is applied to the detection of a human metapneumovirus (hMPV). This virus is a Pneumovirinae identified in 2001, and whose genome is close to that of the human respiratory syncytial virus. Phylogenetic analysis of hMPV demonstrated the existence of two major genetic lineages called subtype A and B, which contain subgroups A1, A2 and B1, B2 respectively. The human metapneumovirus is responsible for upper and lower respiratory infections in young children, but also in healthy adults and immunocompromised subjects. This virus mainly causes infantile bronchiolitis, pneumonia and otitis and is thought to be responsible for 5% to 10% of pediatric hospitalizations for respiratory infections. Primary hMPV infection occurs in early childhood and is followed by multiple reinfections in adulthood.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention est appliquée à la détection d’un adénovirus, en particulier un adénovirus humain causant une infection respiratoire. Les adénovirus sont des virus à ADN. Il existe 7 espèces d’adénovirus humains (A à G) et 57 sérotypes. Différents sérotypes sont associés à différentes pathologies. Les maladies respiratoires sont principalement associées aux espèces B et C, et en particulier aux sérotypes C1, C2, B3, C5, B7, B14, et B55 (pneumonie et autres maladies respiratoires aiguës), aux sérotypes C1, B3, C5 et B7 (infections des voies respiratoires supérieures), et aux sérotypes B3, E4, B7, et B21 (infection des voies respiratoires inférieures). Les infections à adénovirus symptomatiques surviennent majoritairement chez l’enfant. Chez les patients immunocompétents, la plupart des infections sont asymptomatiques. Cependant, les infections adénovirales sont de plus en plus reconnues comme des causes de maladies respiratoires graves chez les adultes immunodéprimés.In certain embodiments, the present invention is applied to the detection of an adenovirus, in particular a human adenovirus causing a respiratory infection. Adenoviruses are DNA viruses. There are 7 species of human adenoviruses (A to G) and 57 serotypes. Different serotypes are associated with different pathologies. Respiratory diseases are mainly associated with species B and C, and in particular with serotypes C1, C2, B3, C5, B7, B14, and B55 (pneumonia and other acute respiratory diseases), with serotypes C1, B3, C5 and B7 ( upper respiratory tract infections), and serotypes B3, E4, B7, and B21 (lower respiratory tract infection). Symptomatic adenovirus infections occur mainly in children. In immunocompetent patients, most infections are asymptomatic. However, adenoviral infections are increasingly recognized as causes of serious respiratory disease in immunocompromised adults.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention est appliquée à la détection d’un rhinovirus. Les rhinovirus sont une espèce de virus appartenant à la famille des Picornavirus. Ils sont l’agent causal principal du rhume et de la rhinite chez l’humain.In certain embodiments, the present invention is applied to the detection of a rhinovirus. Rhinoviruses are a species of virus belonging to the Picornavirus family. They are the main causative agent of colds and rhinitis in humans.
Dans certains modes de réalisation, la présente invention est appliquée à la détection d’un coronavirus. Les coronavirus (CoV) sont des virus enveloppés à ARN qui constituent la sous-familleOrthocoronavirinæde la famille desCoronaviridæ. Les chauve-souris et les oiseaux, en tant que vertébrés volants à sang chaud, sont les hôtes idéaux pour les coronavirus assurant l’évolution et la dissémination du coronavirus. Les coronavirus sont normalement spécifiques à un taxon animal comme hôte, mais ces virus peuvent parfois changer d’hôte à la suite d’une mutation. Leur transmission interhumaine se produit principalement par contacts étroitsviades gouttelettes respiratoires générées par les éternuements et la toux ou plus rarement par contact indirect (manuportage). Sept principaux coronavirus sont généralement cités comme pouvant contaminer l’humain (CDC, “Coronavirus – Human Coronavirus Types”, 27 février 2020). Un huitième a été identifié : le B814 (Kapikian, Developments in Biological Standardization, 1975, 28: 42-64) – le premier coronavirus humain identifié – mais cette souche semble ne plus circuler. Quatre coronavirus en circulation sont considérés sans gravité : 229E, NL63, OC43 et HKU1, qui seraient la cause de 15 à 30 des rhumes courants. Plus récemment ont été identifiés trois types de coronavirus responsables de graves pneumopathies : le SARS-CoV, agent pathogène du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) qui est apparu en 2002, le MERS-CoV, agent pathogène du syndrome respiratoire du Moyen-Orient à partir de 2012, et le SARS-CoV-2, l’agent pathogène de la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) apparue en Chine en 2019 et responsable d’une sévère pandémie en 2020.In certain embodiments, the present invention is applied to the detection of a coronavirus. Coronaviruses (CoV) are enveloped RNA viruses that make up the Orthocoronavirinae subfamily of the Coronaviridae family. Bats and birds, as warm-blooded flying vertebrates, are the ideal hosts for coronaviruses ensuring the evolution and dissemination of the coronavirus. Coronaviruses are normally specific to an animal taxon as a host, but sometimes these viruses can switch hosts as a result of mutation. Their human-to-human transmission occurs mainly by close contact via respiratory droplets generated by sneezing and coughing or more rarely by indirect contact (hand-carrying). Seven main coronaviruses are generally cited as being able to infect humans (CDC, “Coronavirus – Human Coronavirus Types”, February 27, 2020). An eighth has been identified: B814 (Kapikian, Developments in Biological Standardization, 1975, 28: 42-64) – the first human coronavirus identified – but this strain seems to no longer be circulating. Four circulating coronaviruses are considered not serious: 229E, NL63, OC43 and HKU1, which are thought to be the cause of 15 to 30 of common colds. More recently, three types of coronavirus responsible for severe pneumonia have been identified: SARS-CoV, the pathogen of severe acute respiratory syndrome (SARS) which appeared in 2002, MERS-CoV, the pathogen of the Middle East respiratory syndrome in from 2012, and SARS-CoV-2, the pathogen of coronavirus disease 2019 (Covid-19) which appeared in China in 2019 and caused a severe pandemic in 2020.
Comme le reconnaîtra l’homme du métier, la présente invention peut s’appliquer à tout autre virus respiratoire humain qui n’est pas spécifiquement listé ici, en particulier les virus transmissibles par voie respiratoire tels que le cytomegalovirus (CMV), le virus varicelle-zona (VZV), l’Epstein-Barr virus (EBV), le parvovirus B19, le virus de la rougeole, des oreillons ou de la rubéole.As will be recognized by those skilled in the art, the present invention can be applied to any other human respiratory virus which is not specifically listed here, in particular viruses transmissible by the respiratory route such as cytomegalovirus (CMV), varicella virus -shingles (VZV), Epstein-Barr virus (EBV), parvovirus B19, measles, mumps or rubella virus.
B. Les Patients ConcernésB. The Patients Concerned
Dans une méthode selon l’invention, le patient collecte l’échantillon biologique. Les termes “ personne ”, “ individu ”, et “ patient ” sont utilisés ici de manière interchangeable et désignent un être humain qui peut être infecté par un virus respiratoire, mais qui n’est pas nécessairement infecté par ce virus. Ces termes ne désignent pas un âge particulier et englobent donc les nourrissons, les enfants, les adolescents, et les adultes, y compris les personnes âgées. Dans certains modes de réalisation, la présente invention s’applique à un individu qui n’est pas un patient pédiatrique (c’est-à-dire qui n’est pas un enfant, l’enfant étant défini en droit comme tout sujet âgé de moins de 18 ans selon l’article 1erde la Convention Relative aux Droits de l’Enfant).In a method according to the invention, the patient collects the biological sample. The terms “ person ”, “ individual ”, and “ patient ” are used interchangeably herein to refer to a human being who may be infected with a respiratory virus, but who is not necessarily infected with that virus. These terms do not designate a particular age and therefore include infants, children, adolescents, and adults, including the elderly. In certain embodiments, the present invention applies to an individual who is not a pediatric patient (i.e. who is not a child, the child being defined in law as any elderly subject under 18 according to article 1 of the Convention on the Rights of the Child).
Dans certains modes de réalisation, l’individu est suspecté d’être infecté par un virus respiratoire ou est à risque d’être infecté par un virus respiratoire. Une personne peut être “ suspectée d’être infectée par un virus respiratoire ” si la personne présente des symptômes cliniquesa prioriattribuables à une infection respiratoire virale. Les symptômes d’une infection des voies respiratoires comprennent, sans limitation: la fièvre, l’inflammation de la muqueuse respiratoire, la toux, les éternuements, les écoulements nasaux, la congestion nasale, la gorge irritée ou douloureuse, les maux de tête, les douleurs musculaires, les douleurs thoraciques, une respiration sifflante, de la fatigue, etc. Une personne peut être considérée comme “ à risque d’être infectée par un virus respiratoire ” s’il y a des cas d’infection (voire une épidémie) dans la région, la ville, ou l’endroit où elle vit, ou encore parce qu’elle a été en contact avec un individu qui a été diagnostiqué comme étant infecté par le virus respiratoire, ou bien encore parce que dans le cas de cette personne l’exposition au virus respiratoire a une probabilité plus élevée de conduire à une infection et en outre d’entraîner des symptômes, conditions et/ou complications graves (par ex. les nourrissons, les jeunes enfants, les personnes âgées, et les personnes immunodéprimées). Dans certains contextes, par exemple sans limitation, dans les institutions telles que les hôpitaux, les écoles, les garderies, les installations militaires, les maisons de soins infirmiers, les maisons de convalescence, les établissements d’hébergement de personnes âgées dépendantes, les bateaux et les avions, une personne est déterminée comme étant à risque en raison du temps passé à proximité d’au moins une autre personne qui peut être infectée. Dans certaines situations, parce que les virus respiratoires sont omniprésents, généralement tout individu peut être à risque d’exposition au virus respiratoire. Le terme “ exposition ” signifie une rencontre avec un virus respiratoire (ex. par contact avec un individu infecté ou un endroit/surface contaminé(e)) qui permet une infection.In some embodiments, the individual is suspected of being infected with a respiratory virus or is at risk of being infected with a respiratory virus. A person may be ' suspected of being infected with a respiratory virus ' if the person has clinical symptoms a priori attributable to a viral respiratory infection. Symptoms of a respiratory tract infection include, but are not limited to: fever, inflammation of the respiratory lining, coughing, sneezing, runny nose, stuffy nose, scratchy or sore throat, headache, muscle pain, chest pain, wheezing, fatigue, etc. A person can be considered “ at risk of being infected with a respiratory virus ” if there are cases of infection (or even an epidemic) in the region, city, or place where they live, or even because they have been in contact with an individual who has been diagnosed with the respiratory virus, or because in this person's case exposure to the respiratory virus has a higher probability of leading to infection and further cause serious symptoms, conditions and/or complications (eg, infants, young children, the elderly, and immunocompromised individuals). In some settings, for example, without limitation, in institutions such as hospitals, schools, day care centres, military installations, nursing homes, convalescent homes, residential facilities for dependent elderly people, boats and airplanes, a person is determined to be at risk based on time spent near at least one other person who may be infected. In some situations, because respiratory viruses are ubiquitous, generally any individual can be at risk of respiratory virus exposure. The term “ exposure ” means an encounter with a respiratory virus (eg through contact with an infected individual or a contaminated place/surface) that allows infection.
C. Echantillon Biologique et Mouchoirs JetablesC. Biological Sample and Disposable Tissues
1. Collecte par Mouchage1. Collection by Nosing
Dans une méthode selon l’invention, la collecte de l’échantillon biologique se fait par mouchage dans un mouchoir jetable. Le terme “ échantillon biologique ”, tel qu’utilisé ici, désigne donc une mouchure, à savoir : la mucosité nasale ou sécrétion nasale extraite en se mouchant. Dans la plupart des cas, la collecte de l’échantillon biologique selon une méthode de l’invention est une auto-collecte (c’est-à-dire que l’individu recueille lui-même l’échantillon en se mouchant vigoureusement). Mais il est également envisagé que le patient (par exemple un nourrisson ou un jeune enfant) bénéficie d’une aide pour se moucher (par exemple de la part d’un parent ou d’un assistant maternel). Cela peut également être le cas des personnes handicapées par la maladie, l’âge avancé ou un handicap physique ou mental qui peuvent se faire aider par une personne de leur entourage ou un auxiliaire de vie. Ainsi, les expressions “ collecter un échantillon biologique en se mouchant ” et “ se moucher ”, telles qu’utilisées ici de manière interchangeable, signifient aussi bien une auto-collecte qu’une collecte assistée, à condition que l’assistance ne soit pas délivrée par un professionnel de santé qualifié. Généralement, la collecte de l’échantillon se fait au domicile, au lieu de résidence ou au lieu de vie de l’individu à tester.In a method according to the invention, the biological sample is collected by blowing its nose in a disposable handkerchief. The term “ biological sample ”, as used here, therefore designates a speck, namely: nasal mucus or nasal secretion extracted by blowing one's nose. In most cases, the collection of the biological sample according to a method of the invention is a self-collection (that is to say that the individual collects the sample himself by blowing his nose vigorously). But it is also envisaged that the patient (for example an infant or a young child) receives help in blowing his nose (for example from a parent or a caregiver). This may also be the case for people disabled by illness, advanced age or a physical or mental disability who can get help from a person close to them or a carer. Thus, the expressions “ collecting a biological sample by blowing one's nose ” and “ blowing one's nose ”, as used interchangeably herein, mean both self-collection and assisted collection, provided that the assistance is not delivered by a qualified healthcare professional. Generally, the collection of the sample is done at home, at the place of residence or at the place of life of the individual to be tested.
Le mouchage est effectué de manière classique et le plus correctement possible, par exemple en suivant la recommandation de ne pas moucher les deux narines en même temps mais plutôt d’en vider une après l’autre, en gardant la tête bien droit, le tout en soufflant raisonnablement et efficacement. Dans certains cas, il peut être conseillé de se laver les mains avant de se moucher ou d’aider un tiers à se moucher.The blowing is done in a classic way and as correctly as possible, for example by following the recommendation not to blow both nostrils at the same time but rather to empty one after the other, keeping the head straight, all blowing reasonably and efficiently. In some cases, it may be advisable to wash your hands before blowing your nose or helping someone else to blow their nose.
La collecte de l’échantillon se fait préférablement le plus tôt possible après l’apparition de symptômes ou après un délai défini après contact avec une personne diagnostiquée comme étant infectée par un virus respiratoire, le délai avant la collecte sera dicté par le type de virus retrouvé chez la personne ou la population infectée.Specimen collection is preferably done as soon as possible after the onset of symptoms or after a defined time after contact with a person diagnosed with a respiratory virus, the time before collection will be dictated by the type of virus found in the infected person or population.
2. Collecte d’un Crachat2. Collection of a Spit
Dans une méthode selon l’invention, lorsque l’individu à tester a une toux productive, la collecte de l’échantillon biologique se fait en crachant et plus précisément en déposant un crachat dans un mouchoir jetable. Les termes “ toux productive ” et “ toux encombrée ” sont utilisés ici de manière interchangeable et désignent une toux, connue sous le nom de “ toux grasse ”, qui est accompagnée d’une production abondante de glaires et mucosité et encombrement des voies respiratoires. Ainsi, le terme “ échantillon biologique ”, tel qu’utilisé ici, désigne également un crachat, encore appelé expectoration. Dans certains modes de réalisation, le crachat est ajouté au mouchoir utilisé par l’individu pour se moucher. L’expression “ collecter un échantillon biologique par crachat ”, telle qu’utilisée ici, signifie aussi bien une auto-collecte qu’une collecte assistée, à condition que l’assistance ne soit pas délivrée par un professionnel de santé qualifié. Comme pour la collection par mouchage, généralement, la collecte de l’échantillon par crachat se fait au domicile, au lieu de résidence ou au lieu de vie de l’individu à tester, et préférablement le plus tôt possible après l’apparition de symptômes ou après un délai défini après contact avec une personne diagnostiquée comme étant infectée par un virus respiratoire.In a method according to the invention, when the individual to be tested has a productive cough, the collection of the biological sample is done by spitting and more precisely by depositing a sputum in a disposable handkerchief. The terms ' productive cough ' and ' congested cough ' are used interchangeably herein and refer to a cough, known as a ' wet cough ', which is accompanied by profuse production of mucus and phlegm and congestion of the airways. Thus, the term “ biological sample ”, as used here, also designates sputum, also called sputum. In some embodiments, the spit is added to the tissue used by the individual to blow the nose. The expression “ collecting a biological sample by sputum ”, as used herein, means both self-collection and assisted collection, provided that the assistance is not provided by a qualified healthcare professional. As with the collection by blowing, generally, the collection of the sample by sputum is done at the home, place of residence or place of life of the individual to be tested, and preferably as soon as possible after the onset of symptoms. or after a defined time after contact with a person diagnosed with a respiratory virus.
3. Mouchoirs Jetables3. Disposable tissues
Le mouchoir utilisé pour recueillir l’échantillon biologique peut être tout mouchoir papier bien connu à usage unique, jetable ou éphémère (de type Kleenex®commercialisé par Kimberly-Clark Corporation ou similaire). La taille de ces mouchoirs varie généralement de 18 à 22 cm de longueur et de 18 à 22 cm de largeur. Bien entendu, des mouchoirs papier plus grands ou plus petits que ceux décrits ci-dessus sont également appropriés à la mise en œuvre de la méthode de collecte de la présente invention. Les mouchoirs papier sont généralement constitués de papier recyclé, fibre de bois, et/ou cellulose (en particulier ouate de cellulose), et peuvent être monocouches ou multicouches (par exemple double ou triple épaisseur). Ils peuvent être blancs ou colorés, unis ou à motifs. Dans certains modes de réalisation préférés, le mouchoir utilisé pour recueillir l’échantillon biologique est blanc et sans motif. Les mouchoirs en papier jetables peuvent être parfumés (par exemple par de l’eucalyptus et/ou du menthol, ou tout autre parfum). Dans la mise en œuvre de la présente invention, le mouchoir utilisé pour recueillir l’échantillon biologique est préférablement non-parfumé. Certains mouchoirs papier jetables peuvent également comprendre des baumes protecteurs enrichis au calendula, à l’aloe vera et à la vitamine E pour apaiser et protéger le nez des irritations. Dans certains modes de réalisation préférés, le mouchoir utilisé pour recueillir l’échantillon biologique ne contient pas de baumes protecteurs. Enfin, le mouchoir utilisé pour recueillir l’échantillon biologique ne doit pas contenir d’agents antimicrobiens, comme l’acide citrique, le laurylsulfate de sodium ou autres qui sont des agents antiseptiques et antiviraux (et qui sont par exemple présents dans les mouchoirs Kleenex®Anti-Viral™ vendus aux Etats-Unis et au Canada).The tissue used to collect the biological sample can be any well-known single-use, disposable or ephemeral paper tissue (such as Kleenex®marketed by Kimberly-Clark Corporation or similar). The size of these handkerchiefs usually ranges from 18 to 22 cm in length and 18 to 22 cm in width. Of course, tissues larger or smaller than those described above are also suitable for implementing the collection method of the present invention. Paper handkerchiefs are generally made of recycled paper, wood fiber, and/or cellulose (in particular cellulose wadding), and can be monolayer or multilayer (for example double or triple thickness). They can be white or colored, plain or patterned. In some preferred embodiments, the tissue used to collect the biological sample is white and unpatterned. Disposable tissues can be scented (e.g. eucalyptus and/or menthol, or any other scent). In the implementation of the present invention, the handkerchief used to collect the biological sample is preferably unscented. Some disposable tissues may also include protective balms enriched with calendula, aloe vera and vitamin E to soothe and protect the nose from irritation. In certain preferred embodiments, the handkerchief used to collect the biological sample does not contain protective balms. Finally, the tissue used to collect the biological sample must not contain antimicrobial agents, such as citric acid, sodium lauryl sulphate or others which are antiseptic and antiviral agents (and which are for example present in Kleenex tissues®Anti-Viral™ sold in the United States and Canada).
D. Récipient d’Envoi ou de TransportD. Shipping or Transport Container
Une fois l’échantillon recueilli, l’individu à tester introduit le mouchoir souillé dans un récipient. Par “ mouchoir souillé ”, on entend ici le mouchoir dans lequel l’individu s’est mouché et/ou a craché, et qui contient donc l’échantillon biologique. Le récipient est ensuite fermé à l’aide d’un bouchon, ou de tout autre système de fermeture approprié, pour éviter toute contamination supplémentaire. Préférablement le récipient destiné à recueillir l’échantillon biologique est stérile.Once the sample has been collected, the individual to be tested introduces the soiled handkerchief into a container. By “ dirty handkerchief ”, we mean here the handkerchief in which the individual has blown his nose and/or has spat, and which therefore contains the biological sample. The container is then closed with a stopper, or any other suitable closure system, to avoid any additional contamination. Preferably, the container intended to collect the biological sample is sterile.
Le récipient doit être d’un volume adéquat pour contenir le mouchoir. Par exemple, le récipient peut avoir un volume de 20 mL, 30 mL ou 50 mL. Préférablement, le récipient a un volume de 50 mL. Le récipient est préférablement en plastique (par exemple : polypropylène (PP), polyéthylène (PE), polytéréphtalate d’éthylène (PET) ou similaires). Le récipient doit également avoir une forme adéquate pour contenir le mouchoir. Le récipient peut par exemple avoir une forme allongée, comme celle d’un tube cylindrique ou conique ayant un diamètre suffisant, par exemple un diamètre compris entre 2 et 5 cm.The container must be of adequate volume to hold the handkerchief. For example, the container can have a volume of 20 mL, 30 mL or 50 mL. Preferably, the container has a volume of 50 mL. The container is preferably made of plastic (for example: polypropylene (PP), polyethylene (PE), polyethylene terephthalate (PET) or the like). The container must also have an adequate shape to contain the handkerchief. The container may for example have an elongated shape, such as that of a cylindrical or conical tube having a sufficient diameter, for example a diameter of between 2 and 5 cm.
Dans certains modes de réalisation, le récipient est un tube à centrifuger, par exemple un tube à centrifuger en plastique de 50 mL, comme les tubes à centrifuger coniques FalconTMde 50 ml de CorningTM, les tubes de centrifugeuse en polypropylène Easy ReaderTMde 50 mL de FisherbrandTM, les tubes à centrifuger coniques et stériles en polypropylène NuncTMde 50 mL de Thermo ScientificTM, et similaires.In some embodiments, the container is a centrifuge tube, for example a 50 mL plastic centrifuge tube, such as Corning TM 50 mL Falcon TM Conical Centrifuge Tubes, Easy Reader TM Polypropylene Centrifuge Tubes 50 mL from Fisherbrand TM , Nunc TM 50 mL Sterile Conical Polypropylene Centrifuge Tubes from Thermo Scientific TM , and the like.
Dans d’autres modes de réalisation, le récipient est une seringue sans aiguille en plastique de 50 mL, comme par exemple les seringues Plastipak de 50 mL à embout Luer-Lock de la marque BD Medical, et similaires. Dans ce cas, après la collecte de l’échantillon par mouchage et/ou par crachat, le mouchoir souillé est introduit dans le corps de la seringue et la seringue est fermée avec le piston correspondant pour éviter toute contamination supplémentaire.In other embodiments, the container is a 50 mL plastic needleless syringe, such as BD Medical brand 50 mL Luer-Lock Plastipak syringes, and the like. In this case, after collecting the sample by blowing and/or spitting, the soiled tissue is introduced into the body of the syringe and the syringe is closed with the corresponding plunger to avoid any further contamination.
Il est important de noter ici, que le mouchoir souillé est introduit seul dans le récipient (c’est-à-dire en particulier en l’absence de tout milieu de transport, comme une solution de transport viral (VTM)).It is important to note here that the soiled tissue is introduced alone into the container (i.e. in particular in the absence of any transport medium, such as a viral transport solution (VTM)).
E. Envoi ou Transport vers un Laboratoire d’Analyses BiologiquesE. Sending or Transport to a Biological Analysis Laboratory
Dans une méthode selon l’invention, le récipient fermé contenant le mouchoir souillé est ensuite acheminé vers le lieu d’analyse. L’acheminement peut se faire par n’importe quel moyen approprié. Par exemple, le récipient fermé peut être inséré dans une enveloppe et envoyé par courrier standard à un laboratoire d’analyses biologiques. Alternativement, il peut être acheminé par transport médical spécialisé. Durant l’acheminement vers le laboratoire d’analyses, le récipient fermé ne nécessite pas une conservation à une température inférieure à la température ambiante. Par “ température ambiante ”, on désigne une température comprise entre environ 15oC et environ 35oC, par exemple entre 20oC et 30oC.In a method according to the invention, the closed container containing the soiled handkerchief is then transported to the place of analysis. Delivery may be by any suitable means. For example, the closed container can be inserted into an envelope and sent by standard mail to a biological analysis laboratory. Alternatively, it can be transported by specialized medical transport. During transport to the analysis laboratory, the closed container does not require storage at a temperature below ambient temperature. “ Room temperature ” means a temperature between about 15 o C and about 35 o C, for example between 20 o C and 30 o C.
II - Analyse d’Acides Nucléiques Viraux à partir d’un Mouchoir SouilléII - Analysis of Viral Nucleic Acids from a Soiled Handkerchief
La présente invention concerne également l’utilisation d’un mouchoir souillé obtenu comme décrit précédemment pour la détection d’acides nucléiques d’un virus respiratoire, et/ou pour le diagnostic d’une infection respiratoire virale chez l’individu ayant fourni l’échantillon biologique par mouchage ou crachat. La présente invention concerne aussi une méthode de détection d’acides nucléiques viraux à partir d’un mouchoir souillé, et une méthode de diagnostic d’une infection respiratoire virale chez l’individu ayant fourni l’échantillon biologique par mouchage ou crachat. De telles méthodes sont généralement mises en œuvre par un laboratoire d’analyses biologiques, mais il est envisagée qu’elles puissent être réalisées par un laboratoire de recherche ou un laboratoire clinique ou hospitalier convenablement équipé. Les termes “ laboratoire d’analyses biologiques ”, “ laboratoire d’analyses médicales ”, et “ laboratoire de biologie médicale ” sont utilisés ici de manière interchangeable et désignent un lieu où sont analysés divers fluides biologiques d’origine humaine sous la responsabilité de biologistes médicaux, qui interprètent les résultats dans le but de participer au diagnostic et au suivi de certaines maladies. Dans le contexte de la présente invention, le laboratoire d’analyses biologiques doit être équipé pour réaliser des tests diagnostiques permettant de déterminer la présence ou l’absence d’un virus respiratoire dans un échantillon, en particulier la présence ou l’absence d’acides nucléiques de ce virus dans des conditions requises de sécurité microbiologique.The present invention also relates to the use of a soiled handkerchief obtained as described previously for the detection of nucleic acids of a respiratory virus, and/or for the diagnosis of a viral respiratory infection in the individual having provided the biological sample by blowing or spitting. The present invention also relates to a method for detecting viral nucleic acids from a soiled handkerchief, and a method for diagnosing a viral respiratory infection in the individual who provided the biological sample by blowing his nose or spitting. Such methods are generally implemented by a biological analysis laboratory, but it is envisaged that they can be carried out by a research laboratory or a suitably equipped clinical or hospital laboratory. The terms “ biological analysis laboratory ”, “ medical analysis laboratory ”, and “ medical biology laboratory ” are used here interchangeably and designate a place where various biological fluids of human origin are analyzed under the responsibility of biologists. doctors, who interpret the results in order to participate in the diagnosis and monitoring of certain diseases. In the context of the present invention, the biological analysis laboratory must be equipped to carry out diagnostic tests making it possible to determine the presence or absence of a respiratory virus in a sample, in particular the presence or absence of nucleic acids of this virus under the required conditions of microbiological safety.
Plus spécifiquement, une méthode selon l’invention pour la détection d’acides nucléiques d’un virus respiratoire à partir d’un mouchoir souillé comprend les étapes suivantes consistant à : (a) récupérer l’échantillon biologique à partir du mouchoir souillé (le mouchoir souillé ayant été obtenu comme décrit plus haut) ; (b) détecter la présence d’acides nucléiques viraux dans l’échantillon biologique récupéré et, (c) si des acides nucléiques viraux ont été détectés, conclure à la présence du virus respiratoire dans l’échantillon biologique et éventuellement diagnostiquer une infection respiratoire d’origine virale chez l’individu ayant collecté l’échantillon biologique.More specifically, a method according to the invention for the detection of nucleic acids of a respiratory virus from a soiled handkerchief comprises the following steps consisting in: (a) recovering the biological sample from the soiled handkerchief (the soiled handkerchief having been obtained as described above); (b) detecting the presence of viral nucleic acids in the recovered biological sample and, (c) if viral nucleic acids have been detected, concluding that the respiratory virus is present in the biological sample and possibly diagnosing a respiratory infection d viral origin in the individual who collected the biological sample.
A. Récupération de l’Echantillon Biologique contenu dans le Mouchoir SouilléA. Recovery of the Biological Sample contained in the Soiled Handkerchief
D’une manière générale, à son arrivée au laboratoire d’analyses biologiques, le récipient est manipulé dans des conditions adéquates de biosécurité visant à prévenir le risque accidentel d’exposition du personnel à des agents pathogènes. Un laboratoire d’analyses biologiques sait appliquer les mesures de confinement adaptées au risque identifié. Ces mesures de confinement sont de type architectural (présence d’un sas, filtration de l’air extrait, etc…) et organisationnel (matériel dédié à la pièce technique, rangement des vêtements de protection, nettoyage des locaux, etc….).In general, on arrival at the biological analysis laboratory, the container is handled under appropriate biosafety conditions aimed at preventing the accidental risk of personnel exposure to pathogens. A biological analysis laboratory knows how to apply containment measures adapted to the identified risk. These confinement measures are of the architectural type (presence of an airlock, filtration of the extracted air, etc.) and organizational (dedicated equipment for the technical room, storage of protective clothing, cleaning of the premises, etc.).
Après réception, la première étape de la méthode selon l’invention consiste à récupérer l’échantillon biologique à partir du mouchoir souillé. Dans le contexte de la présente invention, le terme “ récupérer ” signifie isoler, séparer ou dissocier l’échantillon biologique du mouchoir souillé. Ces isolations, séparations ou dissociations peuvent être effectuées par n’importe quelle méthode appropriée à condition que cette méthode ne dénature pas l’échantillon biologique.After receipt, the first step of the method according to the invention consists in recovering the biological sample from the soiled handkerchief. In the context of the present invention, the term “ recover ” means to isolate, separate or dissociate the biological sample from the soiled tissue. These isolations, separations or dissociations can be carried out by any appropriate method provided that this method does not denature the biological sample.
Dans certains modes de réalisation, l’échantillon biologique est récupéré à l’aide d’une solution aqueuse, préférablement une solution physiologique. Tel qu’utilisé ici, le terme “ solution physiologique ” désigne toute solution tampon isotonique. Des exemples de solutions physiologiques appropriées incluent, sans limitation, les solutions physiologiques couramment utilisées en recherche biologique ou biochimique comme : le liquide physiologique (composé d’eau distillée et de chlorure de sodium (NaCl) dilué à 9 pour 1000) ; le liquide de Ringer ; la solution de Krebs-Henseleit ; les tampons phosphate salins (PBS), les solutions salines tamponnées au Tris (TBS) ; les solutions salines équilibrées de Hank (HBSS) ; les solutions salines équilibrées de Earle (EBSS) ; les solutions salines de citrate de sodium (SSC) ; les solutions salines tamponnées HEPES (HBS) ; et les solutions salines équilibrées de Gey (GBSS). Dans certains modes de réalisation, l’échantillon biologique est récupéré à l’aide de PBS.In certain embodiments, the biological sample is recovered using an aqueous solution, preferably a physiological solution. As used herein, the term " physiological solution " means any isotonic buffer solution. Examples of suitable saline solutions include, without limitation, saline solutions commonly used in biological or biochemical research such as: saline (composed of distilled water and sodium chloride (NaCl) diluted 9:1000); Ringer's fluid; the Krebs-Henseleit solution; phosphate buffered saline (PBS), Tris buffered saline (TBS); Hank's Balanced Salt Solutions (HBSS); Earle's balanced salt solutions (EBSS); saline solutions of sodium citrate (SSC); HEPES buffered saline solutions (HBS); and Gey's Balanced Salt Solutions (GBSS). In some embodiments, the biological sample is recovered using PBS.
La récupération de l’échantillon biologique à partir du mouchoir souillé se fait par « lavage » ou par « mouillage » du mouchoir souillé avec une solution physiologique. L’échantillon biologique est fluidifié par la solution physiologique, et se retrouve donc dans la phase aqueuse, ce qui permet une séparation de l’échantillon biologique (liquide) du mouchoir (solide). Il est possible d’effectuer un seul lavage ou mouillage, mais préférablement, plusieurs lavages ou mouillages sont effectués successivement. Plus préférablement encore, les lavages ou mouillages sont réalisés avec une seule et même aliquote de solution physiologique utilisée plusieurs fois. Le volume de solution physiologique utilisé pour récupérer l’échantillon biologique est choisi de telle sorte qu’il permet de récupérer l’échantillon biologique avec le plus grand rendement possible tout en évitant une trop grande dilution de l’échantillon biologique. Un volume de solution physiologique (par exemple de PBS) approprié est généralement compris entre environ 2 et environ 8 mL, par exemple environ 2 mL, environ 3 mL, environ 4 mL, environ 5 mL, environ 6 mL, environ 7 mL, ou environ 8 mL. L’étape de lavage ou mouillage peut être réalisée dans le récipient d’envoi ou de transport où le patient a placé le mouchoir souillé. Alternativement, à l’arrivée au laboratoire d’analyses biologiques, le mouchoir souillé est retiré du récipient d’envoi ou de transport et introduit dans un autre récipient pour l’étape de récupération de l’échantillon biologique.The recovery of the biological sample from the soiled handkerchief is done by “washing” or by “wetting” the soiled handkerchief with a physiological solution. The biological sample is fluidized by the physiological solution, and is therefore found in the aqueous phase, which allows a separation of the biological sample (liquid) from the handkerchief (solid). It is possible to carry out a single washing or wetting, but preferably several washings or wettings are carried out successively. Even more preferably, the washings or wettings are carried out with one and the same aliquot of physiological solution used several times. The volume of physiological solution used to recover the biological sample is chosen in such a way that it makes it possible to recover the biological sample with the greatest possible yield while avoiding excessive dilution of the biological sample. A suitable volume of physiological solution (eg PBS) is generally between about 2 and about 8 mL, for example about 2 mL, about 3 mL, about 4 mL, about 5 mL, about 6 mL, about 7 mL, or about 8ml. The washing or wetting step can be carried out in the shipping or transport container where the patient placed the soiled handkerchief. Alternatively, upon arrival at the biological analysis laboratory, the soiled handkerchief is removed from the shipping or transport container and introduced into another container for the biological sample recovery step.
Pour séparer l’échantillon biologique extrait dans la phase aqueuse du mouchoir, on peut utiliser n’importe quelle méthode appropriée. Par exemple, si le récipient d’envoi ou de transport utilisé est un tube à centrifuger, il est possible de verser la phase aqueuse dans un nouveau récipient tout en conservant le mouchoir dans le tube à centrifuger. Le mouchoir peut, en outre, être pressé au fond du tube pour optimiser le volume de phase aqueuse recueillie. Alternativement, on peut aspirer la phase aqueuse et l’introduire dans un nouveau récipient. Si le récipient d’envoi ou de transport utilisé est une seringue sans aiguille, l’échantillon biologique dans la phase aqueuse est recueilli dans un autre récipient en activant le piston, ce qui expulse la phase aqueuse du corps de la seringue. L’homme du métier est en mesure de modifier ou d’adapter ces méthodes en fonction du type de récipient utilisé.To separate the biological sample extracted from the aqueous phase of the handkerchief, any suitable method can be used. For example, if the shipping or transport container used is a centrifuge tube, it is possible to pour the aqueous phase into a new container while keeping the tissue in the centrifuge tube. The tissue can also be pressed to the bottom of the tube to optimize the volume of aqueous phase collected. Alternatively, the aqueous phase can be aspirated and introduced into a new container. If the shipping or transport container used is a needleless syringe, the biological sample in the aqueous phase is collected in another container by activating the plunger, which expels the aqueous phase from the body of the syringe. Those skilled in the art are able to modify or adapt these methods depending on the type of container used.
Un exemple particulier de récupération de l’échantillon biologique à partir d’un mouchoir souillé contenu dans une seringue en plastique sans aiguille comprend les étapes suivantes :
(a) Ouvrir la seringue en retirant le piston tout en gardant le mouchoir souillé en bas de la seringue ;
(b) Disposer la seringue au-dessus d’un tube vide de 5 à 10 mL ;
(c) Ajouter 6 mL de solution saline tamponnée au phosphate (PBS) dans le corps de la seringue pour tremper correctement le mouchoir, et conserver le mouchoir ainsi imbibé, dans la seringue, pendant 1 minute ;
(d) Mettre le piston dans la seringue pour collecter, dans le tube vide, tout le liquide sortant de la seringue ;
(e) Enlever le piston de la seringue, et introduire le liquide collecté dans le corps de la seringue ; et
(f) Répéter les étapes (d) et (e) deux fois.A particular example of recovery of the biological sample from a soiled tissue contained in a needleless plastic syringe comprises the following steps:
(a) Open the syringe by withdrawing the plunger while keeping the soiled tissue at the bottom of the syringe;
(b) Place the syringe over an empty 5-10 mL tube;
(c) Add 6 mL of phosphate-buffered saline (PBS) to the barrel of the syringe to properly soak the handkerchief, and keep the soaked handkerchief in the syringe for 1 minute;
(d) Put the plunger in the syringe to collect, in the empty tube, all the liquid coming out of the syringe;
(e) Remove the plunger from the syringe, and introduce the collected liquid into the barrel of the syringe; And
(f) Repeat steps (d) and (e) twice.
Cette méthode permet de récupérer un volume final d’environ 2 à environ 5 mL de PBS contenant l’échantillon biologique.This method makes it possible to recover a final volume of about 2 to about 5 mL of PBS containing the biological sample.
B. Détection d’Acides Nucléiques VirauxB. Detection of Viral Nucleic Acids
L’étape suivante de la méthode selon l’invention inclut la détection d’acides nucléiques viraux dans l’échantillon biologique récupéré à partir du mouchoir souillé. Tel qu’utilisée ici, l’expression “ détection d’acides nucléiques viraux ” désigne globalement un processus de détermination de la présence ou de l’absence d’acides nucléiques viraux dans l’échantillon biologique et/ou de détermination d’une quantité ou d’un niveau d’acides nucléiques viraux dans l’échantillon biologique. Ainsi, la détection peut être qualitative, quantitative, ou semi-quantitative. La détection qualitative et la détection semi-quantitative comprennent une comparaison avec une valeur prédéterminée.The next step of the method according to the invention includes the detection of viral nucleic acids in the biological sample recovered from the soiled handkerchief. As used herein, the term " viral nucleic acid detection " generally refers to a process of determining the presence or absence of viral nucleic acids in the biological sample and/or determining an amount or a level of viral nucleic acids in the biological sample. Thus, the detection can be qualitative, quantitative, or semi-quantitative. Qualitative detection and semi-quantitative detection include comparison with a predetermined value.
Dans le contexte de la présente invention, la détection peut être réalisée en utilisant n’importe quelle technique moléculaire connue dans l’art et permettant de détecter, au moins en partie, le génome viral (ADN ou ARN). On entend par “ technique d’amplification d’acides nucléiques ” (TAAN ou NAATs en anglais pour Nucleic Acid Amplification Tests) une technique qui utilise l’extraction d’infimes quantités d’ADN ou d’ARN et les réplique de très nombreuses fois, permettant de détecter des traces minimes d’un microorganisme dans un échantillon biologique, sans avoir à recourir à une culture. La mise en œuvre des techniques d’amplification des acides nucléiques a révolutionné le diagnostic des infections virales des voies respiratoires en raison de leur haute sensibilité et spécificité, de l’identification rapide du virus et de la possibilité de détecter des agents pathogènes qui ne pouvaient pas être identifiés par des méthodes de diagnostic conventionnelles (Ginocchioet al., J. Clin. Microbiol., 2011, 49(9): S44-S48; Charltonet al., Clin. Microbiol. Rev., 2018, 32: e00042-18). De plus, des techniques TAAN commerciales rapides et entièrement automatisées, qui permettent la détection d’un large panel de virus respiratoires, ont été développées. Avec ces techniques « multiplex », il est possible d’analyser un nombre variable d’échantillons et d’appliquer des algorithmes de diagnostic (Charltonet al., Clin. Microbiol. Rev., 2018, 32: e00042-18) prenant en compte des paramètres tels que les caractéristiques des patients (immunosuppression, maladies respiratoires basales, etc.) et la saisonnalité des virus.In the context of the present invention, the detection can be carried out using any molecular technique known in the art and making it possible to detect, at least in part, the viral genome (DNA or RNA). “ Nucleic Acid Amplification Tests” (NAATs) means a technique that uses the extraction of minute quantities of DNA or RNA and replicates them many times. , making it possible to detect minimal traces of a microorganism in a biological sample, without having to resort to a culture. The implementation of nucleic acid amplification techniques has revolutionized the diagnosis of viral infections of the respiratory tract due to their high sensitivity and specificity, the rapid identification of the virus and the possibility of detecting pathogens that could not not be identified by conventional diagnostic methods (Ginocchio et al. , J. Clin. Microbiol., 2011, 49(9): S44-S48; Charlton et al. , Clin. Microbiol. Rev., 2018, 32: e00042 -18). In addition, rapid and fully automated commercial NAAT techniques, which allow the detection of a wide panel of respiratory viruses, have been developed. With these “multiplex” techniques, it is possible to analyze a variable number of samples and to apply diagnostic algorithms (Charlton et al. , Clin. Microbiol. Rev., 2018, 32: e00042-18) taking into account takes into account parameters such as patient characteristics (immunosuppression, basal respiratory diseases, etc.) and virus seasonality.
Ainsi, dans certains modes de réalisation, la détection d’acides nucléiques viraux dans l’échantillon biologique récupéré à partir du mouchoir souillé est réalisée par une technique d’amplification d’acides nucléiques. Les techniques d’amplification d’acides nucléiques comprennent, en particulier, la PCR (amplification en chaîne par polymérase ou Polymerase Chain Reaction en anglais), notamment la PCR en temps réel après transcription inverse (RT-PCR) ; la technique NASBA (nucleic acid sequence-based amplification) ; la technique TMA (transcription-mediated amplification) ; la technique LAMP (loop-mediated isothermal amplification) ; la technique SDA (strand displacement amplification) ; la technique LCR (ligase chain reaction), la technique MLPA (multiplex ligation-dependent amplification) et similaires. La PCR (qui quantifie l’ADN, en temps réel, au cours de la réaction d’amplification) et la RT-PCR (qui quantifie l’ARN en effectuant la transcription inverse de l’ARN message (ARNm) et en amplifiant l’ADN complémentaire résultant (ADNc)) sont de nos jours devenues des références dans la détection des virus respiratoires. Ainsi, dans certains modes de réalisation, la détection d’acides nucléiques viraux dans l’échantillon biologique récupéré à parti d’un mouchoir souillé est réalisée à l’aide d’une technique de PCR ou de RT-PCR.Thus, in certain embodiments, the detection of viral nucleic acids in the biological sample recovered from the soiled handkerchief is carried out by a nucleic acid amplification technique. Nucleic acid amplification techniques include, in particular, PCR (Polymerase Chain Reaction), in particular real-time PCR after reverse transcription (RT-PCR); the NASBA technique (nucleic acid sequence-based amplification); the TMA (transcription-mediated amplification) technique; the LAMP (loop-mediated isothermal amplification) technique; the SDA (strand displacement amplification) technique; the LCR (ligase chain reaction) technique, the MLPA (multiplex ligation-dependent amplification) technique and the like. PCR (which quantifies DNA, in real time, during the amplification reaction) and RT-PCR (which quantifies RNA by reverse transcribing message RNA (mRNA) and amplifying The resulting complementary DNA (cDNA)) have now become benchmarks in the detection of respiratory viruses. Thus, in certain embodiments, the detection of viral nucleic acids in the biological sample recovered from a soiled tissue is carried out using a PCR or RT-PCR technique.
Il existe de nombreux kits, tests et automates pour détecter, par amplification, les acides nucléiques de virus respiratoires (Hanson et Couturier, Clin. Infect. Dis., 2016, 63: 1361-1367) qui peuvent être utilisés dans la pratique d’une méthode selon la présente invention. Les analyses peuvent être simples (détection d’un seul virus respiratoire), multiplexes (détection et différenciation simultanées d’au moins deux (types ou sous-types de) virus respiratoires) ou en panel (détection et différenciation simultanée d’une large gamme de virus respiratoires et éventuellement de bactéries responsables d’infections respiratoires). Il existe en effet des tests sur panel multiplex à haute complexité, qui permettent de détecter simultanément et rapidement jusqu’à 20 virus respiratoires (Mahonyet al., J. Clin. Microbiol., 2007, 45: 2965-2970), 18 virus respiratoires et 2 ou 3 bactéries atypiques (Gonsalveset al., Methods, 2019, 158: 61-68), 18 virus et 4 bactéries respiratoires (Beckmann et Hirsch, J. Med. Virol., 2016, 88: 1319-1324) et un total de 33 agents pathogènes respiratoires (Fast Track Diagnostic, 2018, site internet : fast-trackdiagnostics.com/human-line/products/ftd-respiratory-pathogens-33).There are many kits, tests and machines for detecting, by amplification, the nucleic acids of respiratory viruses (Hanson and Couturier, Clin. Infect. Dis., 2016, 63: 1361-1367) which can be used in the practice of a method according to the present invention. Assays can be single (detection of a single respiratory virus), multiplex (simultaneous detection and differentiation of at least two (types or subtypes of) respiratory viruses) or panel (simultaneous detection and differentiation of a wide range respiratory viruses and possibly bacteria responsible for respiratory infections). There are in fact high complexity multiplex panel tests, which allow the simultaneous and rapid detection of up to 20 respiratory viruses (Mahony et al. , J. Clin. Microbiol., 2007, 45: 2965-2970), 18 viruses respiratory and 2 or 3 atypical bacteria (Gonsalves et al. , Methods, 2019, 158: 61-68), 18 viruses and 4 respiratory bacteria (Beckmann and Hirsch, J. Med. Virol., 2016, 88: 1319-1324) and a total of 33 respiratory pathogens (Fast Track Diagnostic, 2018, website: fast-trackdiagnostics.com/human-line/products/ftd-respiratory-pathogens-33).
Des exemples de panels respiratoires appropriés qui peuvent être utilisés dans la pratique de la présente invention comprennent, sans limitation, ceux commercialisés par bioMérieux : le panel respiratoire BIOFIRE®FILMARRAY®(qui permet d’analyser simultanément 17 virus et 3 bactéries à l’origine de maladies respiratoires), le panel respiratoire 2 BIOFIRE®FILMARRAY®(RP2) (qui permet de détecter 21 pathogènes (17 virus et 4 bactéries) responsables de maladies respiratoires), et le panel respiratoire 2 plus BIOFIRE®FILMARRAY®(RP2plus) (qui détecte 22 pathogènes (18 virus et 4 bactéries) responsables d’infections respiratoires). D’autres panels respiratoires sont commercialisés par Qiagen, comme par exemple le QIAstatDx®Respiratory Panel (qui détecte 18 virus et 3 bactéries causant des maladies respiratoires) et les tests ResPlex I et II ; ou par Luminex Molecular Diagnostics, comme par exemple le xTAGTMRespiratory Viral Panel (RVP) Fast v 2.0 (qui permet de détecter 19 types et sous-types de virus respiratoires) ; ou par Fast Track Diagnostics, comme par exemple les Fast Track Diagnostics Respiratory Pathogen 21 et 33 (FTD®-RP21 et FTD®-RP33) (qui détectent respectivement 21 et 33 pathogènes respiratoires) ; ou par Genomica, comme par exemple le CLART©PneumoVir (qui permet la détection de 17 virus respiratoires) ; ou encore par Eurogentec, comme par exemple les RespiFinder 19 et SMART 22 (qui permettent respectivement la détection de 19 et 22 pathogènes respiratoires). D’autres exemples de tests et panels qui peuvent être utilisés dans la pratique de la présente invention incluent, sans limitation, le MultiCode-PLx RVP (EraGen Biosciences, Etats-Unis), les Seeplex®RV, RV-12 et RV-15 (Seegene Inc., République de Corée), le Magicplex RV Panel Real-Time Test (Seegene Inc., République de Corée), le Panther Fusion®(Hologic Inc., Etats-Unis), le NGENTMRVA ASR (Nanogen Inc., Etats-Unis), le Pro-FLu+ et le Pro-Flu ST (Prodesse GenProbe, Etats-Unis), le Infiniti®RVP Plus (AutoGenomics, Etats-Unis), le SimplexaTMFlu A/B/RSV/FluA/H1N1 (Focus Diagnostics, Etats Unis), le eSensor Respiratory Viral Panel (Gen-Mark Dx, Etats-Unis), le Easyplex respiratory pathogen 12 kit (Ausdiagnostics, Australia), le Verigene® Respiratory Virus Plus (Nanosphere Inc., Etats-Unis) et les panels AllplexTMRV1, RV2 et RV3 de Seegene (République de Corée).Examples of appropriate respiratory panels which can be used in the practice of the present invention include, without limitation, those marketed by bioMérieux: the BIOFIRE ® FILMARRAY ® respiratory panel (which makes it possible to analyze simultaneously 17 viruses and 3 bacteria at the origin diseases), the BIOFIRE ® FILMARRAY ® respiratory panel 2 (RP2) (which detects 21 pathogens (17 viruses and 4 bacteria) responsible for respiratory diseases), and the BIOFIRE ® FILMARRAY ® respiratory panel 2 plus (RP2plus) ( which detects 22 pathogens (18 viruses and 4 bacteria) responsible for respiratory infections). Other respiratory panels are marketed by Qiagen, such as the QIAstatDx ® Respiratory Panel (which detects 18 viruses and 3 bacteria causing respiratory diseases) and the ResPlex I and II tests; or by Luminex Molecular Diagnostics, such as for example the xTAG TM Respiratory Viral Panel (RVP) Fast v 2.0 (which makes it possible to detect 19 types and subtypes of respiratory viruses); or by Fast Track Diagnostics, such as for example the Fast Track Diagnostics Respiratory Pathogen 21 and 33 (FTD ® -RP21 and FTD ® -RP33) (which respectively detect 21 and 33 respiratory pathogens); or by Genomica, such as CLART © PneumoVir (which allows the detection of 17 respiratory viruses); or by Eurogentec, such as the RespiFinder 19 and SMART 22 (which respectively allow the detection of 19 and 22 respiratory pathogens). Other examples of tests and panels that may be used in the practice of the present invention include, without limitation, MultiCode-PLx RVP (EraGen Biosciences, USA), Seeplex ® RV, RV-12 and RV-15 (Seegene Inc., Republic of Korea), Magicplex RV Panel Real-Time Test (Seegene Inc., Republic of Korea), Panther Fusion ® (Hologic Inc., USA), NGEN TM RVA ASR (Nanogen Inc. ., United States), Pro-FLu+ and Pro-Flu ST (Prodesse GenProbe, United States), Infiniti ® RVP Plus (AutoGenomics, United States), Simplexa TM Flu A/B/RSV/FluA /H1N1 (Focus Diagnostics, United States), the eSensor Respiratory Viral Panel (Gen-Mark Dx, United States), the Easyplex respiratory pathogen 12 kit (Ausdiagnostics, Australia), the Verigene® Respiratory Virus Plus (Nanosphere Inc., United United States) and Allplex TM RV1, RV2 and RV3 panels from Seegene (Republic of Korea).
Des kits ont même été développés pour la détection, par amplification PCR ou RT-PCR, du coronavirus SARS-CoV-2, qui est responsable de la covid 19. Ces kits incluent, sans limitation, TaqPath COVID-19 CE-IVD RT-PCR kit (de Life Technologies Thermofisher Scientific), AllplexTM2019 nCoV Assay (de Seegene), Cobas SARS-CoV-2 (de Roche Molecular Systems), Standard M nCoV Real-Time Detection kit (de SD Biosensor), VIASURE SARS-CoV-2 Real Time PCR Detection (de Certest), GeneFinder COVID-19 PLUS RealAmp Kit (de Osang HealthCare), PRESTO 2019-nCoV Direct qPCR kit (de AAZ), Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic acid diagnostic kit (PCR Fluorescence probing) (de Sansure Biotech), AmoyDx Novel Coronavirus (2019-nCoV) Detection kit (de Amoy Diagnostics), Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic acid detection kit (Fluorescence PCR method) (de Suzhou Tianlong Biotechnology), Bosphore Novel Coronavirus (2019-nCoV) Detection kit v2 (1 mastermix) (de Anatolia Geneworks), Bosphore Novel Coronavirus (2019-nCoV) Detection kit (2 mastermix) (de Anatolia Geneworks), Vitassay qPCR SARS-CoV-2 (de Vitassay Healthcare), Detection Kit for 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) RNA (PCR-Fluorescence Probing (de DAAN Gene), EurobioPlex SARS-CoV-2 Multiplex/RT-PCR en temps réel (de Eurobio Scientific), Abbott RealTime SARS-CoV-2 (de Abbott), COVID-19 Nucleic acid detection kit (de Wuhan Healthcare Biotechnology), Test de détection du coronavirus PCR en temps réel Quantivirus (SARS-CoV-2) (de Diacarta), Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real Time Multiplex RT-PCR Kit (Detection for 3 Genes), (de Liveriver), VitaPCR SARS-CoV-2 Assay (de Credo Biomedical/Trenton Biomedical), LabGun™ COVID-19 Assay (de Labgenomics), QIASTAT-DX Respiratory SARS-CoV-2 panel (de Qiagen), COVID-19 Coronavirus Real Time PCR kit (de Jiangsu Bioperfectus Technologies), PerkinElmer®SARS-CoV-2 Real-time RT-PCR Assay (de Perkin Elmer), VIRELLA SARS-CoV-2 seqc real time RT-PCR kit (de Gerbion), Novel Coronavirus (2019-nCoV) RT-PCR Detection Kit - Fosun 2019-nCoV qPCR (de Shanghai Fosun Long March Medical Science), Xpert® Xpress SARS-CoV-2 ou SARS-CoV-2/Flu/RSV (de Cepheid) et Multiple Real-Time PCR Kit Detection 2019-nCoV (de XABT Beijing Applied Biological Technologies).Kits have even been developed for the detection, by PCR or RT-PCR amplification, of the coronavirus SARS-CoV-2, which is responsible for covid 19. These kits include, without limitation, TaqPath COVID-19 CE-IVD RT- PCR kit (from Life Technologies Thermofisher Scientific), AllplexTM2019 nCoV Assay (from Seegene), Cobas SARS-CoV-2 (from Roche Molecular Systems), Standard M nCoV Real-Time Detection kit (from SD Biosensor), VIASURE SARS-CoV-2 Real Time PCR Detection (from Certaint), GeneFinder COVID-19 PLUS RealAmp Kit (from Osang HealthCare), PRESTO 2019-nCoV Direct qPCR kit (from AAZ), Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic acid diagnostic kit (PCR Fluorescence probing) (from Sansure Biotech ), AmoyDx Novel Coronavirus (2019-nCoV) Detection kit (by Amoy Diagnostics), Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic acid detection kit (Fluorescence PCR method) (by Suzhou Tianlong Biotechnology), Bosphorus Novel Coronavirus (2019-nCoV) Detection kit v2 (1 mastermix) (from Anatolia Geneworks), Bosphorus Novel Coronavirus (2019-nCoV) Detection kit (2 mastermix) (from Anatolia Geneworks), Vitassay qPCR SARS-CoV-2 (from Vitassay Healthcare), Detection Kit for 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) RNA (PCR-Fluorescence Probing (from DAAN Gene), EurobioPlex SARS-CoV-2 Multiplex/ Real-time RT-PCR (from Eurobio Scientific), Abbott RealTime SARS-CoV-2 (from Abbott), COVID-19 Nucleic acid detection kit (from Wuhan Healthcare Biotechnology), Quantivirus real-time PCR (SARS) coronavirus detection test -CoV-2) (from Diacarta), Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real Time Multiplex RT-PCR Kit (Detection for 3 Genes), (from Liveriver), VitaPCR SARS-CoV-2 Assay (from Credo Biomedical/Trenton Biomedical ), LabGun™ COVID-19 Assay (from Labgenomics), QIASTAT-DX Respiratory SARS-CoV-2 panel (from Qiagen), COVID-19 Coronavirus Real Time PCR kit (from Jiangsu Bioperfectus Technologies), PerkinElmer®SARS-CoV-2 Real-time RT-PCR Assay (from Perkin Elmer), VIRELLA SARS-CoV-2 seqc real time RT-PCR kit (from Gerbion), Novel Coronavirus (2019-nCoV) RT-PCR Detection Kit - Fosun 2019-nCoV qPCR (from Shanghai Fosun Long March Medical Science), Xpert® Xpress SARS-CoV-2 or SARS-CoV-2/Flu/RSV (from Cepheid) and Multiple Real-Time PCR Kit Detection 2019-nCoV (from XABT Beijing Applied Biological Technologies).
Avant l’analyse par amplification, il est nécessaire d’extraire les acides nucléiques viraux de l’échantillon biologique récupéré. Cette extraction requiert la lyse cellulaire, l’inactivation des nucléases cellulaires et la séparation de l’acide nucléique souhaité de débris cellulaires et de protéines. Les méthodes d’extraction d’acides nucléiques viraux sont connues dans l’art. De nombreux kits peuvent être utilisés pour l’extraction de l’ADN ou de l’ARN viral à partir de fluides corporels ou de tissus humains et sont disponibles dans le commerce, par exemple, chez ThermoFischer Scientific (Etats-Unis), Qiagen (Allemagne), Macherey-Nagel (Allemagne), Roche (Suisse), Promega (Etats-Unis), PerkinElmer (Etats-Unis), MGI (Chine). Des guides d’utilisation, qui décrivent en détail le protocole à suivre sont généralement inclus dans tous ces kits. La sensibilité, le temps de traitement et le coût peuvent être différents d’un kit à l’autre. Les biologistes médicaux des laboratoires d’analyses savent sélectionner le ou les kits les plus appropriés à une situation particulière. De plus, les kits d’analyse par amplification contiennent parfois les réactifs nécessaires à l’extraction des acides nucléiques viraux.Before amplification analysis, it is necessary to extract the viral nucleic acids from the recovered biological sample. This extraction requires cell lysis, inactivation of cellular nucleases, and separation of the desired nucleic acid from cellular debris and proteins. Methods for extracting viral nucleic acids are known in the art. Many kits can be used for the extraction of viral DNA or RNA from human body fluids or tissues and are commercially available, for example, from ThermoFischer Scientific (USA), Qiagen ( Germany), Macherey-Nagel (Germany), Roche (Switzerland), Promega (United States), PerkinElmer (United States), MGI (China). User guides, which describe in detail the protocol to be followed, are generally included in all these kits. Sensitivity, processing time and cost may vary from kit to kit. Medical biologists in analytical laboratories know how to select the most appropriate kit(s) for a particular situation. Additionally, amplification assay kits sometimes contain the reagents needed to extract viral nucleic acids.
Une méthode, selon la présente invention, pour la détection d’acides nucléiques d’un virus respiratoire à partir d’un mouchoir souillé obtenu comme décrit ici, peut fournir au moins l’un des résultats suivants : présence ou absence d’un virus respiratoire dans l’échantillon biologique testé, identité du virus respiratoire présent dans l’échantillon testé, et quantité ou niveau de virus respiratoire présent dans l’échantillon testé. La quantité de virus respiratoire peut par exemple correspondre à une charge virale ou un titre viral. Les termes “ charge virale ” et “ titre viral ” sont utilisés ici de manière interchangeable. Ils désignent une expression numérique de la quantité de virus rapporté au nombre de cellules recueillies sur le mouchoir. Cette quantité de cellules reflète approximativement la qualité du mouchage ou du crachat déposé sur le mouchoir.A method, according to the present invention, for the detection of nucleic acids of a respiratory virus from a soiled tissue obtained as described herein, can provide at least one of the following results: presence or absence of a virus in the biological sample tested, identity of the respiratory virus present in the sample tested, and amount or level of respiratory virus present in the sample tested. The quantity of respiratory virus can for example correspond to a viral load or a viral titer. The terms “ viral load ” and “ viral titer ” are used interchangeably herein. They designate a numerical expression of the quantity of virus related to the number of cells collected on the handkerchief. This quantity of cells roughly reflects the quality of the blowing or spitting deposited on the handkerchief.
C. Présence d’un Virus Respiratoire dans l’Echantillon Biologique et Diagnostic d’une Infection Respiratoire ViraleC. Presence of a Respiratory Virus in the Biological Sample and Diagnosis of a Respiratory Viral Infection
Dans une méthode selon l’invention, si des acides nucléiques viraux ont été détectés lors de l’analyse de l’échantillon biologique par une technique d’amplification, il est conclu à la présence d’un virus respiratoire dans l’échantillon biologique récupéré du mouchoir souillé. Dans certains modes de réalisation, la méthode comprend, en outre dans ce cas, le diagnostic d’une infection respiratoire virale chez l’individu ayant collecté l’échantillon biologique. Tel qu’utilisé ici, l’expression “ diagnostic d’une infection respiratoire virale ” désigne une conclusion basée sur l’identification du virus respiratoire et éventuellement la détermination de la charge virale (ou de tout autre expression numérique de la quantité ou du niveau de virus dans l’échantillon biologique). La quantité des cellules obtenues sur le mouchoir permettra, si nécessaire d’attester de la bonne réalisation de l’auto-prélèvement. Cependant, les résultats d’une méthode selon l’invention doivent être interprétés dans le contexte de toutes les données cliniques pertinentes. Ainsi, il revient au praticien de poser le diagnostic médical définitif.In a method according to the invention, if viral nucleic acids have been detected during the analysis of the biological sample by an amplification technique, it is concluded that a respiratory virus is present in the biological sample recovered. soiled handkerchief. In some embodiments, the method further includes diagnosing a viral respiratory infection in the individual who collected the biological sample. As used herein, the phrase “ diagnosis of a viral respiratory infection ” means a conclusion based on the identification of the respiratory virus and possibly the determination of the viral load (or any other numerical expression of the amount or level virus in the biological sample). The quantity of cells obtained on the handkerchief will allow, if necessary, to certify the successful completion of the self-sampling. However, the results of a method according to the invention should be interpreted in the context of all relevant clinical data. Thus, it is up to the practitioner to make the definitive medical diagnosis.
Les résultats d’une méthode selon l’invention peuvent permettre d’administrer un traitement adéquat à l’individu qui a fourni l’échantillon biologique par mouchage et/ou crachat et/ou d’imposer une quarantaine ou un isolement à cet individu et/ou d’initier une identification des cas contacts, en fonction de la nature du virus respiratoire. Le terme “ traitement ” est utilisé ici pour caractériser une méthode ou un processus qui vise (1) à ralentir ou stopper la progression ou l’aggravation de l’infection respiratoire virale, et/ou (2) à améliorer au moins un symptôme de l’infection respiratoire virale (par exemple en réduisant la gravité ou la durée du symptôme), et/ou (3) à prévenir au moins un symptôme de l’infection respiratoire virale, et/ou (4) à supprimer l’infection respiratoire virale et/ou (5) à limiter la transmission de l’infection respiratoire à l’entourage Tel qu’utilisés ici, les termes “ quarantaine ” et “ isolement ” désignent une mesure-barrière qui consiste à isoler une personne durant un certain temps, en cas de diagnostic d’infection respiratoire virale, pour empêcher la contagion de tiers et la propagation du virus.The results of a method according to the invention can make it possible to administer an adequate treatment to the individual who provided the biological sample by blowing his nose and/or spitting and/or to impose a quarantine or an isolation on this individual and /or initiate identification of contact cases, depending on the nature of the respiratory virus. The term “ treatment ” is used here to characterize a method or process that aims (1) to slow or stop the progression or worsening of viral respiratory infection, and/or (2) to improve at least one symptom of viral respiratory infection (eg, by reducing the severity or duration of the symptom), and/or (3) preventing at least one symptom of the viral respiratory infection, and/or (4) suppressing the respiratory infection viral infection and/or (5) to limit the transmission of the respiratory infection to those around As used here, the terms “ quarantine ” and “ isolation ” designate a barrier measure which consists of isolating a person for a certain period , in case of diagnosis of viral respiratory infection, to prevent the contagion of third parties and the spread of the virus.
En outre, les méthodes fournies ici ont une variété d'autres utilisations, y compris, sans limitation, (1) dans la détection d’individus qui ont été exposés à un virus respiratoire et qui ont une infection imminente mais non symptomatique (par exemple dans le cas d’une épidémie) ; (2) dans la surveillance de la réponse à un vaccin ou à un médicament, soit dans le cadre d’un essai clinique, soit pour surveiller l’immunité d’une population ; et (3) dans le dépistage d’une infection respiratoire virale imminente avant un déploiement (par exemple un déploiement militaire ou civil tel que l’embarquement sur un navire de croisière).In addition, the methods provided herein have a variety of other uses, including, without limitation, (1) in the detection of individuals who have been exposed to a respiratory virus and who have an impending but non-symptomatic infection (e.g. in the event of an epidemic); (2) in monitoring the response to a vaccine or drug, either as part of a clinical trial or to monitor population immunity; and (3) in screening for impending viral respiratory infection prior to deployment (e.g., military or civilian deployment such as boarding a cruise ship).
III - Kits de Collecte d’Echantillons Biologiques pour la Détection de Virus RespiratoiresIII - Biological Sample Collection Kits for the Detection of Respiratory Viruses
Dans un autre aspect, la présente invention propose des kits comprenant du matériel utile dans la mise en œuvre d’une méthode de collecte d’au moins un échantillon biologique selon l’invention.In another aspect, the present invention provides kits comprising material useful in the implementation of a method for collecting at least one biological sample according to the invention.
Ainsi, par exemple, un kit selon l’invention peut comprendre un récipient destiné à recueillir un mouchoir souillé, et un élément d’identification de l’échantillon. Le récipient, par exemple un tube à centrifuger ou une seringue sans aiguille comme décrits ci-dessus, peut être contenu dans une pochette d’emballage en plastique, à retirer avant utilisation. On entend ici par “ élément d’identification ” tout moyen permettant de relier, sans aucune ambiguïté, l’échantillon au patient ayant fourni cet échantillon. Dans certains modes de réalisation, l’élément d’identification permet de renseigner, par exemple de manière manuscrite, les informations concernant l’identité du patient ayant fourni l’échantillon biologique (par exemple : nom, prénom, date de naissance et sexe). Dans d’autres modes de réalisation, l’élément d’identification peut comporter un numéro unique d’identification ou un code-barres spécifiquement assigné au patient qui a préalablement fourni son identité ou qui fournit son identité sur une fiche ou un formulaire, qui est également inclus dans le kit et qui comporte ce même numéro unique d’identification ou code-barres. Cet élément d’identification peut se trouver sous n’importe quelle forme appropriée, par exemple sous forme d’une étiquette autocollante, qui peut être collée sur le récipient avant envoi, ou sous la forme d’une fiche ou d’un formulaire à insérer dans l’enveloppe avant envoi. L’élément d’identification ou un autre élément de renseignements peut permettre de fournir d’autres informations utiles comme par exemple, la date et l’heure du prélèvement de l’échantillon biologique, l’adresse d’envoi des résultats, le nom du médecin traitant, l’état de santé du patient, le(s) traitement(s) médicamenteux suivi(s) par le patient, etc.Thus, for example, a kit according to the invention may comprise a container intended to collect a soiled handkerchief, and an element for identifying the sample. The container, for example a centrifuge tube or a needleless syringe as described above, may be contained in a plastic packaging pouch, to be removed before use. “ Identification element ” is understood here to mean any means making it possible to link, without any ambiguity, the sample to the patient who provided this sample. In some embodiments, the identification element makes it possible to enter, for example in a handwritten manner, the information concerning the identity of the patient who provided the biological sample (for example: surname, first name, date of birth and sex) . In other embodiments, the identification element may comprise a unique identification number or a barcode specifically assigned to the patient who has previously provided his identity or who provides his identity on a sheet or a form, which is also included in the kit and has this same unique identification number or barcode. This identification element can be in any suitable form, for example in the form of a self-adhesive label, which can be stuck on the container before dispatch, or in the form of a card or a form to insert in the envelope before sending. The identification element or another piece of information can make it possible to provide other useful information such as, for example, the date and time of the collection of the biological sample, the address for sending the results, the name of the attending physician, the patient's state of health, the drug treatment(s) followed by the patient, etc.
Dans certains modes de réalisation, un kit selon l’invention comprend, en outre, un mouchoir contenu dans un sachet plastique individuel.In certain embodiments, a kit according to the invention further comprises a handkerchief contained in an individual plastic bag.
Un kit selon l’invention peut également comprendre une enveloppe pour l’envoi ou le transport vers un laboratoire d’analyse.A kit according to the invention can also comprise an envelope for sending or transporting to an analysis laboratory.
Un kit selon la présente invention peut aussi comprendre une notice d’instructions d'utilisation du kit selon une méthode de collecte d’échantillon décrite ici et/ou une liste d’adresses de laboratoires d’analyses biologiques appropriés.A kit according to the present invention may also include an instruction manual for the use of the kit according to a sample collection method described here and/or a list of addresses of appropriate biological analysis laboratories.
Un kit selon l’invention permet généralement la collecte d’un seul échantillon biologique d’un seul individu. Cependant, il est envisagé qu’un kit contienne assez de récipients et d’éléments d’identification pour permettre la collecte de plusieurs échantillons biologiques de plusieurs individus (par exemple pour une famille, ou pour une communauté).A kit according to the invention generally allows the collection of a single biological sample from a single individual. However, it is envisaged that a kit contains enough containers and identification elements to allow the collection of several biological samples from several individuals (for example for a family, or for a community).
Un kit selon l’invention peut éventuellement contenir un avis ou une notice sous la forme prescrite par une agence gouvernementale réglementant la fabrication, l’utilisation ou la vente de produits pharmaceutiques ou biologiques, cette notification reflétant l’approbation, par l’agence, de la fabrication, de l’utilisation ou de la vente pour usage humain.A kit according to the invention may optionally contain a notice or notice in the form prescribed by a governmental agency regulating the manufacture, use or sale of pharmaceutical or biological products, such notice reflecting the approval, by the agency, manufacture, use or sale for human use.
Les composants individuels du kit sont de préférence maintenus en confinement étroit pour la vente commerciale.The individual components of the kit are preferably kept in close containment for commercial sale.
Un identifiant, par exemple, un code à barres, une fréquence radio, etc., peut être présent dans ou sur le kit. L’identifiant peut être utilisé, par exemple, pour identifier de manière unique le kit à des fins de contrôle qualité, de contrôle des stocks, de suivi des mouvements entre les postes de travail, etc.An identifier, for example, barcode, radio frequency, etc., may be present in or on the kit. The identifier can be used, for example, to uniquely identify the kit for the purposes of quality control, inventory control, tracking movement between workstations, etc.
D’autres aspects et avantages de la présente invention sont décrits dans les figures et les exemples suivants, qui doivent être considérés comme illustratifs et ne limitant pas la portée de l’invention.Other aspects and advantages of the present invention are described in the following figures and examples, which should be considered as illustrative and not limiting the scope of the invention.
ExemplesExamples
Les exemples suivants décrivent certains modes de réalisation de la présente invention. Cependant, il est entendu que les exemples et les figures ne sont présentés qu’à titre illustratif et ne limitent en aucun cas la portée de l’invention.The following examples describe some embodiments of the present invention. However, it is understood that the examples and figures are presented for illustrative purposes only and in no way limit the scope of the invention.
ExpériencesExperiences
Plusieurs expériences ont été menées. Elles ont permis de valider l’approche de l’analyse de mouchoirs pour la détection de virus respiratoires. La validation a été effectuée pour trois situations différentes :
1. La détection de virus respiratoires après collecte de mouchoirs dans une crèche au cours d’une année ;
2. La détection de virus respiratoires après collecte de mouchoirs dans une école maternelle ; et
3. Détections et diagnostics individuels chez des personnes symptomatiques.Several experiments were carried out. They made it possible to validate the approach of analyzing handkerchiefs for the detection of respiratory viruses. Validation was performed for three different situations:
1. The detection of respiratory viruses after collecting handkerchiefs in a crèche over the course of a year;
2. Detection of respiratory viruses after collection of tissues in a nursery school; And
3. Individual detections and diagnoses in symptomatic individuals.
1.1. DD ée tection de Virus Respiratoires Après Collecte de Mouchoirs dans une Crèche Durant une AnnéeDetection of Respiratory Viruses After Collection of Handkerchiefs in a Nursery for a Year
Une opération a été menée dans une crèche accueillant des enfants de septembre 2018 à septembre 2019. Les enfants ont été séparés structurellement en "petits" (<18 mois) et en "grands" (>18 mois) et accueillis dans des pièces indépendantes au sein de la même crèche. Chaque semaine, les mouchoirs de tous les enfants étaient collectés de façon groupée et non individuelle afin de détecter, selon la présente invention, les virus qui pouvaient circuler au fil du temps au sein de la structure d’accueil.An operation was carried out in a crèche welcoming children from September 2018 to September 2019. The children were structurally separated into "little ones" (<18 months) and "big ones" (>18 months) and welcomed in independent rooms in the within the same nursery. Each week, the handkerchiefs of all the children were collected in a group and not individually in order to detect, according to the present invention, the viruses which could circulate over time within the reception structure.
La
Cette étude démontre la faisabilité de l’approche de détection des virus sur des mouchoirs collectés de façon hebdomadaire. Elle a donné une vision objective de l’écologie virale sur une année complète dans une crèche recevant deux populations enfantines d’âges différents. Cette étude révèlent également que les virus semblent ainsi circuler différemment à partir du moment où les enfants sont physiquement séparés dans des pièces différentes et les règles d’hygiène sont respectées.This study demonstrates the feasibility of the virus detection approach on tissues collected weekly. It gave an objective view of the viral ecology over a full year in a crèche receiving two child populations of different ages. This study also reveals that the viruses thus seem to circulate differently from the moment the children are physically separated in different rooms and the rules of hygiene are respected.
Les conséquences pratiques ont été d’informer les parents de la circulation de certains virus tout au long de l’année et d’expliquer ainsi certains symptômes qu’ils pouvaient observer sur leurs enfants, ou sur eux-mêmes, tout en les rassurant sur l’étiologie de ces manifestations cliniques généralement bénignes. La généralisation de cette démarche pourrait à terme conduire à une moindre utilisation des antibiotiques puisque l’identification d'un virus apporte un argument majeur pour la non-utilisation des antibiotiques, inefficaces sur les virus.The practical consequences were to inform the parents of the circulation of certain viruses throughout the year and thus to explain certain symptoms which they could observe on their children, or on themselves, while reassuring them on the etiology of these generally benign clinical manifestations. The generalization of this approach could ultimately lead to less use of antibiotics since the identification of a virus provides a major argument for the non-use of antibiotics, which are ineffective on viruses.
2.2. Détection de Virus Respiratoires Après Collecte de Mouchoirs dans une Ecole MaternelleDetection of Respiratory Viruses After Collection of Tissues in a Nursery School
Dans une deuxième étude, un protocole assez semblable a été mené en collectant les mouchoirs usagés dans deux classes de maternelle de petite et grande sections. Chaque semaine, les mouchoirs utilisés par les écoliers étaient collectés et analysés pour la présence de virus respiratoires selon le protocole de la présente invention.In a second study, a fairly similar protocol was carried out by collecting used tissues in two kindergarten classes in small and large sections. Each week, handkerchiefs used by school children were collected and analyzed for the presence of respiratory viruses according to the protocol of the present invention.
La
Cette seconde étude a permis de valider l’approche expérimentale et démontre la possibilité de détecter des virus sur des mouchoirs selon le protocole de la présente invention. Il a été constaté à nouveau une circulation souvent dissociée des virus entre les deux groupes d’écoliers. Cela est à mettre en lien avec les phénomènes d’immunisation tout au cours de la vie. Les jeunes élèves contaminés par un virus dans les premières années s’infectent moins par ces mêmes virus les années suivantes.This second study made it possible to validate the experimental approach and demonstrates the possibility of detecting viruses on handkerchiefs according to the protocol of the present invention. Again, an often dissociated circulation of viruses was observed between the two groups of schoolchildren. This is to be linked to the phenomena of immunization throughout life. Young students infected with a virus in the early years become less infected with these same viruses in subsequent years.
3.3. Détections et Diagnostics Individuels chez des Personnes SymptomatiquesIndividual Detections and Diagnoses in Symptomatic People
Une autre étude a été menée dans le but de comparer la fiabilité du dépistage du SARS-CoV-2 selon la méthode de la présente invention et celle de la méthode de référence. Cette dernière est définie par l’état de l’art et les recommandations de l’HAS, à savoir un écouvillonnage nasopharyngé pour le diagnostic de la COVID-19.Another study was conducted with the aim of comparing the reliability of screening for SARS-CoV-2 according to the method of the present invention and that of the reference method. The latter is defined by the state of the art and the recommendations of the HAS, namely a nasopharyngeal swab for the diagnosis of COVID-19.
Il a été proposé à 17 personnes adultes se présentant pour un diagnostic de COVID et bénéficiant d’un prélèvement nasopharyngé selon l’état de l’art, de se moucher selon le protocole décrit ici. Les prélèvements analysés selon la procédure classique de détection du SARS-CoV-2 au laboratoire sur les écouvillons nasopharyngés ont révélés 9 cas positifs. Les mouchoirs de toutes ces personnes (n=17) ont été analysés selon la procédure décrite ici et 6 se sont révélés positifs. On notera que les 6 prélèvements présentant une charge virale compatible avec un risque de transmission du virus (soit un signal de RT-PCR <30 Ct) ont tous été détectés positifs sur les mouchoirs. Il n’a pas été noté de signaux faussement positifs après analyse des mouchoirs sur les échantillons nasopharyngés négatifs.It was proposed to 17 adults presenting for a diagnosis of COVID and benefiting from a nasopharyngeal swab according to the state of the art, to blow their nose according to the protocol described here. The samples analyzed according to the classic procedure for detecting SARS-CoV-2 in the laboratory on nasopharyngeal swabs revealed 9 positive cases. The handkerchiefs of all these people (n=17) were analyzed according to the procedure described here and 6 were found to be positive. It should be noted that the 6 samples presenting a viral load compatible with a risk of transmission of the virus (i.e. an RT-PCR signal <30 Ct) were all detected positive on the handkerchiefs. No false positive signals were noted after analysis of the tissues on the negative nasopharyngeal samples.
La
Ces résultats sont conformes à ce qui était attendu, à savoir une sensibilité moindre de la détection du SARS-CoV-2 sur les mouchoirs, comparativement à l’écouvillon nasopharyngé. Plusieurs études récentes travaillant sur des matrices différentes que celles recommandées, en particulier la salive ou des écouvillons oro-pharyngés, indiquent des résultats comparables avec une sensibilité moindre que la méthode standard (écouvillonnage nasopharyngé). Les discussions actuelles portent sur le fait qu’une technique moins sensible serait néanmoins le meilleur reflet d’un risque de contagiosité de l’individu. Une analyse des mouchoirs permettrait donc d’identifier correctement les personnes à risque de transmettre le SARS-CoV-2.These results are in line with what was expected, namely a lower sensitivity for the detection of SARS-CoV-2 on tissues, compared to the nasopharyngeal swab. Several recent studies working on different matrices than those recommended, in particular saliva or oropharyngeal swabs, indicate comparable results with less sensitivity than the standard method (nasopharyngeal swab). Current discussions focus on the fact that a less sensitive technique would nevertheless be the best reflection of an individual's risk of contagiousness. An analysis of the handkerchiefs would therefore make it possible to correctly identify people at risk of transmitting SARS-CoV-2.
Des travaux ont été également réalisés ponctuellement sur des mouchoirs adressés au laboratoire et analysés à titre gracieux et expérimental pour des personnes présentant des symptômes cliniques évocateurs d’une infection virale respiratoire. Les mouchoirs ont pu être acheminés par la poste ou directement au laboratoire par les personnes elles-mêmes en sachet plastique. L’analyse de ces mouchoirs selon le protocole décrit ici a permis d’identifier des virus influenza B, des métapneumovirus, des rhinovirus ou du SARS-CoV-2. Ces expériences ponctuelles indiquent la faisabilité d’analyser à titre individuel des mouchoirs, même à distance du mouchage, et d’établir un diagnostic étiologique expliquant les symptômes ressentis.Work has also been carried out from time to time on handkerchiefs sent to the laboratory and analyzed free of charge and experimentally for people with clinical symptoms suggestive of a viral respiratory infection. The tissues could be sent by post or directly to the laboratory by the people themselves in a plastic bag. The analysis of these tissues according to the protocol described here made it possible to identify influenza B viruses, metapneumoviruses, rhinoviruses or SARS-CoV-2. These occasional experiments indicate the feasibility of analyzing handkerchiefs individually, even at a distance from the blowing, and of establishing an etiological diagnosis explaining the symptoms experienced.
ConclusionConclusion
L’ensemble des études menées indique que les mouchages collectés sont de bonnes matrices pour la détection des virus respiratoires ou à transmission respiratoire. L’analyse des mouchoirs utilisés fournit des indications sur les virus qui circulent durant une période donnée et dans une population définie. Sachant qu’il n'existe que de très rares traitements antiviraux efficaces sur ces virus saisonniers, analyser les mouchoirs et apporter l’information sur les virus circulants permet de renseigner la population et d’éviter la prise inutile d’antibiotiques tout en renforçant la mise en place de mesures barrières pour éviter la dissémination virale.All of the studies carried out indicate that the collected sniffles are good matrices for the detection of respiratory or respiratory-transmitted viruses. The analysis of used tissues provides information on the viruses circulating during a given period and in a defined population. Knowing that there are only very few antiviral treatments that are effective on these seasonal viruses, analyzing the tissues and providing information on the circulating viruses makes it possible to inform the population and avoid the unnecessary use of antibiotics while strengthening the implementation of barrier measures to prevent viral dissemination.
A l’échelon individuel, l’analyse des mouchoirs permet de porter un diagnostic chez les personnes présentant des symptômes évocateurs d’une infection virale. La sensibilité clinique de la détection de génomes viraux sur les mouchoirs n’est pas parfaitement établie par rapport à l’état de l’art reposant sur un prélèvement nasopharyngé mais un test positif signe de façon certaine une infection en cours.At the individual level, the analysis of handkerchiefs makes it possible to make a diagnosis in people presenting symptoms suggestive of a viral infection. The clinical sensitivity of the detection of viral genomes on handkerchiefs is not fully established compared to the state of the art based on a nasopharyngeal swab, but a positive test is a sure sign of an ongoing infection.
L’intérêt du dépistage sur mouchoir est la possibilité de réaliser un auto-prélèvement, de ne pas exposer ainsi un éventuel préleveur et de pouvoir envoyer simplement le mouchoir sans précaution particulière de stockage dans un laboratoire habilité pour la détection des génomes viraux.The advantage of handkerchief screening is the possibility of carrying out a self-sample, thus not exposing a possible sampler and simply being able to send the handkerchief without any special storage precautions to a laboratory authorized for the detection of viral genomes.
Claims (18)
- l’individu à tester se mouche et/ou crache dans un mouchoir à usage unique ;
- l’individu introduit le mouchoir souillé dans un récipient et ferme le récipient ; et
- le récipient contenant le mouchoir souillé est acheminé vers un laboratoire d’analyses biologiques.
- the individual to be tested blows his nose and/or spits into a disposable handkerchief;
- the individual introduces the soiled handkerchief into a container and closes the container; And
- the container containing the soiled handkerchief is taken to a biological analysis laboratory.
- récupérer l’échantillon biologique contenu dans un mouchoir souillé, le mouchoir souillé ayant été obtenu par une méthode de collecte d’un échantillon biologique telle que définie dans l’une quelconque des revendications 1 à 10 ;
- détecter la présence d’acides nucléiques viraux dans l’échantillon biologique récupéré ; et
- si des acides nucléiques viraux ont été détectés, conclure à la présence du virus respiratoire dans l’échantillon biologique et éventuellement diagnostiquer une infection respiratoire virale chez l’individu ayant collecté l’échantillon biologique.A method for detecting nucleic acids of a respiratory virus from a soiled handkerchief, the method comprising the following steps:
- recovering the biological sample contained in a soiled handkerchief, the soiled handkerchief having been obtained by a method for collecting a biological sample as defined in any one of claims 1 to 10;
- detecting the presence of viral nucleic acids in the biological sample recovered; And
- if viral nucleic acids have been detected, conclude that the respiratory virus is present in the biological sample and possibly diagnose a viral respiratory infection in the individual who collected the biological sample.
- un récipient destiné à recueillir un mouchoir souillé par mouchage et/ou crachat de l’individu à tester ; et
- un élément d’identification de l’échantillon biologique.Kit for collecting a biological sample by blowing and/or spitting for the detection of a respiratory virus in an individual to be tested, the kit comprising:
- a receptacle intended to collect a handkerchief soiled by blowing the nose and/or spitting of the individual to be tested; And
- an element of identification of the biological sample.
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Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1994018891A1 (en) * | 1993-02-23 | 1994-09-01 | Trinity Research Limited | Apparatus for the collection and recovery of saliva for use in diagnostic assays |
EP0734684A1 (en) * | 1995-03-30 | 1996-10-02 | Ortho Pharmaceutical Corporation | In home oral fluid sample collection device and package for mailing of such device |
EP1892515A1 (en) * | 2005-06-03 | 2008-02-27 | Nichirei Biosciences Inc. | Method of collecting biological excretory substance |
WO2011091473A1 (en) * | 2010-01-28 | 2011-08-04 | Respirio Pty Ltd | Sampling and testing device for the human or animal body |
WO2012177656A2 (en) * | 2011-06-19 | 2012-12-27 | Abogen, Inc. | Devices, solutions and methods for sample collection |
WO2017008228A1 (en) * | 2015-07-13 | 2017-01-19 | Coyote Bioscience Co., Ltd. | Device and method for sample collection |
US20190219565A1 (en) * | 2016-02-29 | 2019-07-18 | eNano Health Limited | Personalized Healthcare P4 Drug Monitoring System and Method |
CN111537722A (en) * | 2020-05-07 | 2020-08-14 | 北京国科融智生物技术有限公司 | Respiratory tract virus sample collecting and detecting integrated device |
-
2020
- 2020-11-13 FR FR2011647A patent/FR3116340A1/en active Pending
-
2021
- 2021-11-15 WO PCT/EP2021/081662 patent/WO2022101466A1/en active Application Filing
Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1994018891A1 (en) * | 1993-02-23 | 1994-09-01 | Trinity Research Limited | Apparatus for the collection and recovery of saliva for use in diagnostic assays |
EP0734684A1 (en) * | 1995-03-30 | 1996-10-02 | Ortho Pharmaceutical Corporation | In home oral fluid sample collection device and package for mailing of such device |
EP1892515A1 (en) * | 2005-06-03 | 2008-02-27 | Nichirei Biosciences Inc. | Method of collecting biological excretory substance |
WO2011091473A1 (en) * | 2010-01-28 | 2011-08-04 | Respirio Pty Ltd | Sampling and testing device for the human or animal body |
WO2012177656A2 (en) * | 2011-06-19 | 2012-12-27 | Abogen, Inc. | Devices, solutions and methods for sample collection |
WO2017008228A1 (en) * | 2015-07-13 | 2017-01-19 | Coyote Bioscience Co., Ltd. | Device and method for sample collection |
US20190219565A1 (en) * | 2016-02-29 | 2019-07-18 | eNano Health Limited | Personalized Healthcare P4 Drug Monitoring System and Method |
CN111537722A (en) * | 2020-05-07 | 2020-08-14 | 北京国科融智生物技术有限公司 | Respiratory tract virus sample collecting and detecting integrated device |
Non-Patent Citations (17)
Title |
---|
"Coronavirus - Human Coronavirus Types", 27 February 2020, CDC |
BECKMANNHIRSCH, J. MED. VIROL., vol. 88, 2016, pages 1319 - 1324 |
BRUNSTEIN ET AL., DIAGN. MOL. PATHOL., vol. 15, 2006, pages 169 - 173 |
BYINGTON ET AL., ARCH. PEDIATR. ADOLESC. MED., vol. 156, 2002, pages 1230 - 1234 |
CHARLTON ET AL., CLIN. MICROBIOL. REV., vol. 32, 2018, pages e00042 - 18 |
DUCHARME, BMJ, vol. 342, 2011, pages d1658 |
FAST TRACK DIAGNOSTIC, 2018, Retrieved from the Internet <URL:fast-track-diagnostics.com/human-line/products/ftd-respiratory-pathogens-33> |
GINOCCHIO ET AL., J. CLIN. MICROBIOL., vol. 49, no. 9, 2011, pages S44 - S48 |
GONSALVES ET AL., METHODS, vol. 158, 2019, pages 61 - 68 |
GONZALES ET AL., CLIN. INFECT. DIS., vol. 33, 2001, pages 757 - 762 |
HANSONCOUTURIER, CLIN. INFECT. DIS., vol. 63, 2016, pages 1361 - 1367 |
HENRICKSON, PEDIATR., vol. 34, 2005, pages 24 - 31 |
KAPIKIAN, DEVELOPMENTS IN BIOLOGICAL STANDARDIZATION, vol. 28, 1975, pages 42 - 64 |
KESKE ET AL., EUR. J. CLIN. MICROBIOL. INFECT. DIS., vol. 37, 2018, pages 779 - 783 |
MAHONY ET AL., J. CLIN. MICROBIOL., vol. 45, 2007, pages 2965 - 2970 |
MAHONY ET AL., J. CLIN. MICROBIOL., vol. 47, 2009, pages 2812 - 2817 |
ROGAN ET AL., J. MOL. DIAGN., vol. 19, 2017, pages 460 - 467 |
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