FR3075223A1 - METHOD FOR RAPID DETERMINATION OF SENSITIVITY OR RESISTANCE TO POLYMYXINS IN BACTERIA OF PSEUDOMONADACEAE AND MORAXELLACEAE FAMILIES (NON-FERMENTATIVE GRAM NEGATIVE BACTERIA) - Google Patents
METHOD FOR RAPID DETERMINATION OF SENSITIVITY OR RESISTANCE TO POLYMYXINS IN BACTERIA OF PSEUDOMONADACEAE AND MORAXELLACEAE FAMILIES (NON-FERMENTATIVE GRAM NEGATIVE BACTERIA) Download PDFInfo
- Publication number
- FR3075223A1 FR3075223A1 FR1771398A FR1771398A FR3075223A1 FR 3075223 A1 FR3075223 A1 FR 3075223A1 FR 1771398 A FR1771398 A FR 1771398A FR 1771398 A FR1771398 A FR 1771398A FR 3075223 A1 FR3075223 A1 FR 3075223A1
- Authority
- FR
- France
- Prior art keywords
- bacteria
- liquid composition
- resistance
- family
- polymyxin
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
- C12Q1/18—Testing for antimicrobial activity of a material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
- C12Q1/04—Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
Procédé pour la détermination rapide de la se ou de a résistance aux antibiotiques de la famille des polymyxines, des bactéries gram négatives non fermentatives des familles Pseudomonadaceae et Moraxellaceae, caractérisé en ce qu'il comprend : - une étape d'inoculum desdites bactéries dans un milieu liquide comprenant au moins : ▪ un extrait de levures et du polyéthylène glycol sorbitan monooleate, et ▪ un indicateur coloré de pH le tout constituant une composition liquide, puis : - une étape de mise en contact par tous moyens appropriés de ladite composition liquide avec un composé antibiotique de la famille des polymyxines, puis - l'incubation de l'ensemble composition liquide-composé antibiotique, pendant une période de 2 à 4 h, puis l'observation ainsi que l'évaluation pendant cette même période ou à l'issue de celle-ci, du changement de couleur dudit ensembleA method for the rapid determination of resistance or resistance to antibiotics of the polymyxin family, gram-negative non-fermentative bacteria of the Pseudomonadaceae and Moraxellaceae families, characterized in that it comprises: - an inoculum step of said bacteria in a liquid medium comprising at least: ▪ a yeast extract and polyethylene glycol sorbitan monooleate, and ▪ a colored pH indicator all constituting a liquid composition, then: - a step of contacting by any suitable means of said liquid composition with an antibiotic compound of the family of polymyxins, then - the incubation of the entire composition-liquid antibiotic compound, for a period of 2 to 4 hours, then the observation and evaluation during this same period or at the resulting from it, the color change of said set
Description
PROCEDE DE DETERMINATION RAPIDE DE LA SENSIBILITE OU DE LA RESISTANCE AUX NADACEAE ET MORAXELLACEAE (bactéries gram négatives non fermentatlvesjMETHOD FOR THE QUICK DETERMINATION OF SENSITIVITY OR RESISTANCE TO NADACEAE AND MORAXELLACEAE (non-fermentative gram-negative bacteria)
La présente invention se rapporte à un procédé pour la détermination de la sensibilité ou de la résistance aux polymyxlnes chez les bactéries gram négatives non fermentatlves.The present invention relates to a method for the determination of the sensitivity or resistance to polymyxlnes in non-fermented gram negative bacteria.
La résistance aux wtlmîcrobiens est une des menaces les plus gravi^· pour la 1 <nté publique. >> infections à bactéries résistantes sont désormais fréquentes et certains agents pathogènes sont même devenus résistants à plusieurs classes d’antibiotiques, ce qui retarde la mise en place de traitements efficaces chez l'homme comme chez l'animal ctéries multirésistantes dénommées MDR pour Multl Drug Résistant représentent la plupart des Infections nosocomiales dans te monde tîer (affectant par exemple aux Etats-Unis 2 millions de personnes et causant chaque année 25 000 décès).Wtlmîcrobiens resistance is one of the most climbed threats · ^ for 1 <public Healthline. >> infections with resistant bacteria are now frequent and certain pathogens have even become resistant to several classes of antibiotics, which delays the implementation of effective treatments in humans as in animals multi-resistant series called MDR for Multl Drug Resistant represent most of the nosocomial Infections in the world to kill (affecting for example in the United States 2 million people and causing each year 25 000 deaths).
Il n'est d'ailleurs pas étonnant que de nombreux organismes publics nationaux et internationaux comme l'OMS (Organisation Mondiale de la Santé) tes CDC (Center for Dlseases Control) de 20 Stockholm en Europe et d'Atlanta aux Etats-Unis ont soulevé un signal d'alarme sur la propagation rapide des bactéries MD uit l'établissement de règles d'utilisation des antibiotiques avec la création de centres de suivi et de détection des résistances aux antibiotiques.It is therefore not surprising that many national and international public bodies such as the WHO (World Health Organization) and the CDC (Center for Dlseases Control) of 20 Stockholm in Europe and Atlanta in the United States have raised an alarm signal about the rapid spread of MD bacteria through the establishment of rules for the use of antibiotics with the creation of centers for monitoring and detection of antibiotic resistance.
Ainsi il n'est pas étonnant que, ces dernières années, un regain d'intérêt pour d'anciennes classes 25 d'antibiotiques comme les polymyxlnes a été observé dans le monde entier. Cette famille d'antibiotiques Polymyxlnes i 1950 présente de gros problèmes de toxicité et c'est la raison principale de leur non utilisation pendant de nombreuses années.Thus it is not surprising that, in recent years, a revival of interest in old classes of antibiotics such as polymyxlnes has been observed worldwide. This family of Polymyxlnes i 1950 antibiotics presents major toxicity problems and this is the main reason for their non-use for many years.
Depuis quelques années et notamment face aux problèmes d’apparitions nombreuses de résistance 30 aux B lactamlnes (résistances par la production de carbapénémases), les cliniciens ont recours aux polymyxlnes et particulièrement à la polymyxine E ou colistlne.In recent years, and in particular in the face of the problems of numerous appearances of resistance to B lactams (resistances by the production of carbapenemases), clinicians have used polymyxlnes and in particular polymyxin E or colistlne.
Les principales espèces bactériennes dans ce processus d'apparition de résistance aux antibiotiques sont les entérobactéries avec les espèces Escherichla coli et Klebsiella pneumoniae qui sont des 35 bactéries gram négatives fermentatlves mais également des bactéries gram négatives non fermentatives tell bces Pseudomonas aeruglnosa (famille des Pseudomonadaceae) etThe main bacterial species in this process of appearance of antibiotic resistance are the enterobacteria with the species Escherichla coli and Klebsiella pneumoniae which are 35 gram negative fermentative bacteria but also gram negative non fermentative bacteria tell bces Pseudomonas aeruglnosa (Pseudomonadaceae family) and
Aclnetobacter baumannii (famille des Moraxellaceae).Aclnetobacter baumannii (family of Moraxellaceae).
Les diverses bactéries sont responsabl infections bactériennes majeures telles les infections urinaires, les infections systémiques (infection de la circulation générale), les infections intraabdominales et respiratoires.The various bacteria are responsible for major bacterial infections such as urinary tract infections, systemic infections (general circulation infection), intra-abdominal and respiratory infections.
Les bactéries non fermentatives sont des pathogènes opportunistes, responsables non seulement de surinfections graves comme citées précédemment mais également responsables d'infections cutanées complexes à traiter dans les unités des grands brûlés et des maniaco-déprimés, sans oublier l'impact de telles espèces opportunistes dans la population âgée qui ne fait que croître.Non-fermentative bacteria are opportunistic pathogens, responsible not only for serious secondary infections as mentioned above, but also responsible for complex skin infections to be treated in the burn victims and manic-depressed units, without forgetting the impact of such opportunistic species in the elderly population which is only growing.
Bien que les taux de résistance aux polymyxlnes restent relativement faibles dans les pays développés sauf en Italie (1) en Espagne (2) et en Grèce (3), et face aux nouvelles études faisant état de l'augmentation de telles résistances acquises à la collstine, les spécialistes s'avèrent pessimistes.Although the resistance rates to polymyxlnes remain relatively low in the developed countries except in Italy (1) in Spain (2) and in Greece (3), and faced with the new studies reporting the increase of such acquired resistances to collstine, the specialists are pessimistic.
En effet, l'utilisation croissante des polymyxlnes en médecine humaine conduit à des phénomènes de résistance divers. D'abord, il faut noter tes mutations chromosomiques qui correspondent à des modifications des LPS (Lipopoly saccharldes) qui sont les cibles des polymyxlnes. Récemment un mécanisme de résistance par transfert de plasmide a été détecté (4) chez les entérobactéries.Indeed, the increasing use of polymyxlnes in human medicine leads to various resistance phenomena. First, note your chromosomal mutations which correspond to modifications of LPS (Lipopoly saccharides) which are the targets of polymyxlnes. Recently, a mechanism of resistance by plasmid transfer has been detected (4) in enterobacteria.
Concerne érles gram négatif non fermentatif, Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannil présentent des résistances de type mutation chromosomique et chez ces familles de bactéries les publications faisant mention de résistance à h collstine apparaissent depuis 2 à 3 ans (5,6).Concerning non-fermentative gram negative, Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannil show resistance of the chromosomal mutation type and in these families of bacteria the publications mentioning resistance to h collstine appear for 2 to 3 years (5,6).
Ainsi, la détermination rapide de h sensibilité et de te résistance aux polymyxlnes est devenue récemment un besoin important. Ces systèmes de détection ont été listés dans une revue récente de 2017 (7).Thus, the rapid determination of sensitivity and resistance to polymyxines has recently become an important need. These detection systems were listed in a recent review in 2017 (7).
Plusieurs techniques ont été proposées pour déterminer la sensibilité aux polymyxines In vitro, nous pouvons citer les techniques de diffusion en gélose à partir de disques de papiers imbibés d'antibiotiques et la technique E-test qui consiste à utiliser une bande en plastique avec un gradient de concentration de polymyxîne diffusant dans une gélose d'agar. Ces techniques permettent d'avoir les résultats en 18 heures mais ne sont pas fiables (8). La technique de référence est une technique de dilution en bouillon standardisée qui permet d'avoir les résultats des CMI (Concentrations Minimales Inhibitrices) en 18 heures. Cette technique recommandée par FEUCAST (Européen Committee on Antimicroblal Susceptibility Testing) et le CISI (Clinical Laboratories Standards Instityte) est une technique laborieuse réclamant du temps. Les recommandations pour la colrstine sont les suivantes: sensibilité sî CMI <2mg/litre et résistance si CMI >2 mg/litre pour les entera bacteriaceae et Acinetobacter baumannil.Several techniques have been proposed to determine the sensitivity to polymyxins In vitro, we can cite the agar diffusion techniques from paper discs soaked in antibiotics and the E-test technique which consists in using a plastic strip with a gradient of concentration of polymyxin diffusing in an agar agar. These techniques allow the results to be obtained in 18 hours but are not reliable (8). The reference technique is a standardized broth dilution technique which allows you to have the results of MICs (Minimum Inhibitory Concentrations) in 18 hours. This technique recommended by FEUCAST (European Committee on Antimicroblal Susceptibility Testing) and CISI (Clinical Laboratories Standards Instityte) is a laborious technique requiring time. The recommendations for colrstine are as follows: sensitivity if MIC <2 mg / liter and resistance if MIC> 2 mg / liter for enteric bacteria and Acinetobacter baumannil.
Il existe les techniques moléculaires qui sont très rapides mais ces techniques ne sont pas adaptables dans ce cas pour deux raisons essentielles: nous commença h j Orcrrendre et démontrer ces mécanismes (4) et d'autre part ces méthodes génotypiques ne détectent qu'un potentiel de résistance alors que les méthodes phénotypiques (culture en présence des antibiotiques) permettent d'obtenir la sensibilh< < > l * c Tine, ce qui est beaucoup plus adapté à une décision thérapeutique.There are molecular techniques which are very fast but these techniques are not adaptable in this case for two essential reasons: we started hj Orcrrendre and demonstrate these mechanisms (4) and on the other hand these genotypic methods only detect a potential of resistance whereas phenotypic methods (culture in the presence of antibiotics) make it possible to obtain the sensitiveness <<> l * c Tine, which is much more adapted to a therapeutic decision.
Par conséquent, un test rapide obtenu en 3 ou 4 heures, simple d'utilisation et correspondant aux normes de l'EUCAST (c'est-à· dire donnant les mêmes résultats que la technique de microdilution en bouillon préconisée par l'EUCAST) apparat nécessaire.Consequently, a rapid test obtained in 3 or 4 hours, easy to use and corresponding to EUCAST standards (ie giving the same results as the broth microdilution technique recommended by EUCAST) appears necessary.
Ainsi récemment un brevet basé sur un test rapide de la détection de la senslbillté/réslstance à la collstlne chez tes entérobactéries bactéries gram négatives fermentatlves a conduit à la mise sur le marché du test « Rapld Polymyxin NP » développé par la Société Elltech Mlcroblo (Var, France).Thus recently a patent based on a rapid test for the detection of sensibility / resistance to collstlne in your enterobacteria Gram negative fermentative bacteria has led to the placing on the market of the test "Rapld Polymyxin NP" developed by the company Elltech Mlcroblo (Var , France).
Le brevet déposé le 20 mars 2015 EP 15305409 « Test for determining susceptibility or résistance to polymyxlns in Enterobacteriaceae » a été accompagné d'un autre brevet portant sur la mise au point d'un milieu sélectif pour l'isolement des bactéries gram négatives résistant aux polymyxines (déposé te 25 mars 2015 EP 15160765 « Selectîvw Culture Medium for Polymyxin-Reslstant gram négative bacteria »)·The patent filed on March 20, 2015 EP 15305409 “Test for determining susceptibility or resistance to polymyxlns in Enterobacteriaceae” was accompanied by another patent relating to the development of a selective medium for the isolation of gram negative bacteria resistant to polymyxins (filed on March 25, 2015 EP 15160765 "Selectîvw Culture Medium for Polymyxin-Reslstant gram negative bacteria") ·
Mais à l'apparition des résistances aux polymyxines chez les bactéries gram négatives non fermentatlves des familles Pseudomonadaceae (espèce Pseudomonas aeruginosa) et Moraxellaceae, (espèce Acinetobacterbaumannii), te besgjntfunj ' testmn,! iBut the appearance of resistance to polymyxins in non-fermentative gram negative bacteria of the families Pseudomonadaceae (species Pseudomonas aeruginosa) and Moraxellaceae, (species Acinetobacterbaumannii), te besgjntfunj 'testmn ,! i
Pour cela, les inventeurs se sont basés sur les techniques de référence de l'EUCAST et sur le brevet test rapide pour enterobacteriaceae cité précédemment.For this, the inventors based themselves on the reference techniques of EUCAST and on the rapid test patent for enterobacteriaceae cited above.
L'objet de la présente invention est d'éliminer les inconvénients des procédés de la référence et de mettre au point un test rapide, facile d'utilisation et de lecture pour les bactéries gram négatives non fermentatlves.The object of the present invention is to eliminate the drawbacks of the reference methods and to develop a rapid, easy to use and read test for non-fermented gram negative bacteria.
En effet, pour des raisons détaillées ci-après, il apparaît Impossible d'utiliser te système de lecture par utilisation/fermentation des aldohexoses précon r le brevet EP 15305409 pour des bactéries fermentatlves. D'autre part, les exigences nutritionnelles des bactéries non fermentatlves sont particulières et différentes de celtes des entérobactéries.Indeed, for reasons detailed below, it appears impossible to use the reading system by use / fermentation of aldohexoses recommended by patent EP 15305409 for fermenting bacteria. On the other hand, the nutritional requirements of non-fermentative bacteria are specific and different from those of enterobacteria.
Ainsi, l'invention se propose de fournir un détermination rapide de la sensibilité ou de 1a résistance à un antibiotique de type polymyxine des bactéries gram négatives non fermentatlves des familles Pseudomonadaceae et Moraxellaceae, comprenant :Thus, the invention proposes to provide a rapid determination of the sensitivity or resistance to a polymyxin type antibiotic of non-fermentative gram negative bacteria of the families Pseudomonadaceae and Moraxellaceae, comprising:
• des Ingrédien „ fiques pour une croissance rapide, • un indicateur de pH donnant une couleu mpositlon liquide, • un antibiotique de type polymyxine à une concentration définie pour Inhiber les Pseudomonadaceae et Moraxellaceae sensibles à cet antibiotique.• Ingredients „fiques for a fast growth, • a pH indicator giving a liquid couleu mpositlon, • an antibiotic of polymyxine type at a defined concentration to Inhibit Pseudomonadaceae and Moraxellaceae sensitive to this antibiotic.
et présentant :and presenting:
• une standardisation de l'inocolum de départ pour une croissance entre 2 et 4 heures d'incubation à 37C • la possibilité de tester directement un échantillon de sang • une lecture aisée du test par un simple changement de couleur de la composition liquide.• standardization of the initial inocolum for growth between 2 and 4 hours of incubation at 37C • the possibility of directly testing a blood sample • easy reading of the test by a simple change of color of the liquid composition.
Les principaux objets de te présente invention seront de définir les milieux adaptés ainsi que les inoculums de départ (inoculum de 105 bactéries/ml préconisé par l'EUCAST pour le système de prédilytion en bouillon) et les indicateurs colorés adaptés aux deux espèces de bactéries gram négatives non fermentatives : Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannii.The main objects of the present invention will be to define the appropriate media as well as the starting inocula (inoculum of 10 5 bacteria / ml recommended by EUCAST for the broth predilytion system) and the colored indicators adapted to the two species of bacteria. gram negative non-fermentation: Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii.
Pour cela dans un premier temps, nous avons testé te milieu du brevet EP15305409 quI n'a pas du tout donné satisfaction pour Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannii. Cet obstacle primordial a nécessité, pour être surmonté, une réflexion particulière dont l'aboutissement constitue la présente invention.For this to begin with, we tested the middle of patent EP15305409 which did not give satisfaction at all for Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii. This primordial obstacle required, to be overcome, a particular reflection, the outcome of which constitutes the present invention.
De nombreux essais avec diw.^ '.imposés nutritifs sent révélés négatifs (notamment les composés utilisés pour l'identification des bactéries gram négatives non fermentatives par système d'assimilation ou auxanogramme : cas de l'acide malique, acide caprique, citrate...). Nous nous sommes tenus à 3 ingrédients décrits dans certaines publications, ces Ingrédients étant utilisés de façon séparée et dans un but différent (9, 10, 11). Il s'agit de l'extrait de levure, do chlorure de magnésium (Mg Cl2) et du polyéthylène glycol sorbitan monooleate Ces 3 Ingrédients ne donnent aucune amélioration de croissance si utilisés de façon séparée.Many tests with diw. ^ '. Nutrient imposed felt negative (including compounds used for the identification of non-fermentative gram negative bacteria by assimilation system or auxanogram: case of malic acid, capric acid, citrate .. .). We have kept to the 3 ingredients described in certain publications, these Ingredients being used separately and for a different purpose (9, 10, 11). These are yeast extract, magnesium chloride (Mg Cl 2 ) and polyethylene glycol sorbitan monooleate These 3 ingredients do not give any improvement in growth if used separately.
Mais de manière inattendue, H a été relevé un effet synergique notamment de 2 de ces 3 nouveaux additifs. Cet effet n'a jamais été démontré précédemment, alors qu'il nous permet d'atteindre notre objectif principal ,< rwolr une culture rapide de Pseudomonas aeruginosa et d'Acinetobacter baumannii.But unexpectedly, H was noted a synergistic effect in particular of 2 of these 3 new additives. This effect has never been demonstrated previously, whereas it allows us to achieve our main objective, <rwolr a rapid culture of Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii.
Ainsi, nous avons observé :Thus, we observed:
- une synergie des 2 ingrédients : extrait de levure et polyéthylène glycol sorbitan monooléate pour une croissance d'Acinetobacter baumannii et de Pseudomonas aeruginosa en 3 heures et si nous ajoutons à cette nouvelle base commune aux 2 espèces du MgClj, une amélioration encore plus gram e n Ln jlture de l'espèce Pseudomonas aeruginosa- a synergy of the 2 ingredients: yeast extract and polyethylene glycol sorbitan monooleate for growth of Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa in 3 hours and if we add to this new common base for the 2 species of MgClj, an improvement even more gram in Ln jlture of the species Pseudomonas aeruginosa
EXPOSE DETAILLE ;DETAILED PRESENTATION;
la polymyxine étudiée sera la polymyxlne E ou colistine ! >s < >!t final verra comporter les éléments suivants :the polymyxin studied will be polymyxlne E or colistin! > s <>! t final will have the following elements:
. ndedih, ·. ndedih, ·
Contenant 3 ml de milieu liquide ayant 0,85 g/lltre de NaCIContaining 3 ml of liquid medium having 0.85 g / l of NaCl
ElgcondemllElgcondemll
Contenant on milieu de culture permettant la culture en 3 heures des bactéries gram négatives non ferme ntatîves.Containing on culture medium allowing the culture in 3 hours of non-firm gram negative bacteria ntatîves.
Ce milieu de culture est à base de bouillon Mueller-HInton (25 g/l) ajusté en cations (normes EUCAST)This culture medium is based on Mueller-HInton broth (25 g / l) adjusted in cations (EUCAST standards)
-> Pas d'aspect innovant-> No innovative aspect
-> Aspect innovant à définir avec notamment 2 aspects :-> Innovative aspect to be defined with in particular 2 aspects:
• Trouver les ingrédients de culture optimale pour les 2 espèces bactériennes • Trouver l'indicateur < teoré, ie pH adaptés à ces 2 espèces bactériennes.• Find the optimal culture ingredients for the 2 bacterial species. • Find the indicator <tinted, ie pH adapted to these 2 bacterial species.
Galerlgide collstlBg :Galerlgide collstlBg:
Galeries contenant :Galleries containing:
- Un puits de contrôle négatif- A negative control well
- Un puits test collstîne à 2 mg/ml • Un puits test collstîne à 4 mg/ml- A collstine test well at 2 mg / ml • A collstine test well at 4 mg / ml
Un puits contrôle de croissance bactérienne ispect Innovant lîémoindÊturbMIté.:A well-designed bacterial growth control well Innovative the city:
·· Flacon de 3 ml de solution de sulfate de baryum.·· 3 ml bottle of barium sulfate solution.
BaildesJleuxBaildesJleux
-> Besoin de définir ta concentration pour chacune des 2 espèces bactériennes d'aspect innovant-> Need to define your concentration for each of the 2 innovative bacterial species
L'objet de l'invention est d'établir non seulement une bonne croissance rapide des bactéries gram négatives non fermentatives avec un indicateur coloré permettant une lecture visuelle aisée, mais également de trouver la concentration de bactéries de l'Inoculum de départ pour cette bonne croissance et d'obtenir une parfaite corrélation avec le système de microdilution en bouillon (référence EUCAST) sur les concentrations de colisi isées en travaillant sur des souches des 2 espèces bactériennes dont les CMI envers la colistine sont connues.The object of the invention is to establish not only good rapid growth of non-fermentative gram negative bacteria with a colored indicator allowing easy visual reading, but also to find the concentration of bacteria from the starting Inoculum for this good growth and obtain a perfect correlation with the broth microdilution system (EUCAST reference) on the concentrations of parcel by working on strains of the 2 bacterial species whose MICs towards colistin are known.
igflIfNCiligflIfNCil
Détermination de ta composition des milieux pour l'obtention d’une croissance en 3 heures des 2 espèces :Determination of your composition of the media for obtaining a growth in 3 hours of the 2 species:
• Pseudomonas aeruglnosa (Pseudomonadaceae) • Acinetobacter baumannii (Moraxellaceae)• Pseudomonas aeruglnosa (Pseudomonadaceae) • Acinetobacter baumannii (Moraxellaceae)
Le milieu du brevet EP 15305409 prévu pour un test rapide de senslbilité/résistance chez les entérobactéries ne donne pas de résultats corrects de croissance après 3 heures d'incubation, ni aucun virage correct des milieux (lecture difficile).The medium of patent EP 15305409 intended for a rapid sensitivity / resistance test in enterobacteria does not give correct growth results after 3 hours of incubation, nor any correct shift in the media (difficult reading).
Ainsi, à ce milieu de base dont la composition est la suivante :So, to this basic medium whose composition is as follows:
Tableau 1 : MilleTable 1: Thousand
nous devons trouver des ingrédients permettant une belle croissance des 2 espèces en 3 heures d'incubation à 37' C. Pour cela, comme tes 2 espèces ne fermentent pas le glucose, nous décidons de retirer te rouge de phénol pour ces essais, tout en gardant le glucose qui est une source de carbone pour l'aspect énergétique, ces espèces au contraire des entérobact» nentent pas te glucose mais l'assimilent.we must find ingredients allowing a beautiful growth of the 2 species in 3 hours of incubation at 37 'C. For this, as your 2 species do not ferment glucose, we decide to remove the phenol red for these tests, while keeping glucose which is a source of carbon for the energetic aspect, these species on the contrary of enterobact "do not deceive glucose but assimilate it.
Ainsi dans un premier temps nous comparons le milieu avec rouge de phénol au milieu sans rouge de phénol. A ce milieu, nous ajoutons 3 ingrédients nouveaux : l'extrait de levures, le chlorure de magnésium (Mg CIJ et le polyéthylène glycol sorbitan monooleate (polysorbate 80 Tween® 80).So first we compare the medium with phenol red to the medium without phenol red. To this medium, we add 3 new ingredients: yeast extract, magnesium chloride (Mg CIJ and polyethylene glycol sorbitan monooleate (polysorbate 80 Tween® 80).
Tableau 2 ! Produits utilisés pour les expériencesTable 2! Products used for the experiments
Pour l'ensemble des expérienr. s, ,<n·; Ingrédients util < nt :For all experiences. s,, <n ·; Useful ingredients:
ches utilisées pour ces essaisches used for these tests
Pour l’ensemble des essais, nous suivons toujours le même protocole d'essai (basé sur te protocole d'essai du test rapide entérobactéries) :For all tests, we always follow the same test protocol (based on the test protocol for the rapid enterobacteriaceae test):
· Reprise des souches sur gélose la veille des expériences (incubation 24 heures à 37’C).· Resumption of the strains on agar the day before the experiments (incubation 24 hours at 37’C).
• A partir des souches sur gélose : dilution dans le flacon de milieu liquide pour obtenir une concentration proche de 3 à 3,5 McFarland • Distribution dans la microgalerie et Incubation • Lecture de la croissance par évaluation visuelle après 2, puis 3 et 4 heures d'incubation (nous comparons les milieux en présence de rouge de phénol au milieu sans rouge de phénol).• From the strains on agar: dilution in the flask of liquid medium to obtain a concentration close to 3 to 3.5 McFarland • Distribution in the microgallery and Incubation • Reading of the growth by visual evaluation after 2, then 3 and 4 hours incubation (we compare the media in the presence of phenol red to the medium without phenol red).
Les conclusions pour ces expériences sont les suivantes :The conclusions for these experiments are as follows:
La lecture est difficile car le virage du rouge de phénol n'est pas assez net et la lecture visuelle du trouble est délicate, mais ces premiers essais permettent de confirmer les points suivants :Reading is difficult because the change in phenol red is not clear enough and the visual reading of the disorder is delicate, but these first tests make it possible to confirm the following points:
L'addition d’un Ingrédient à la fois :Adding one Ingredient at a time:
• l'addition de Mg Cl2 seul n'apporte aucune amélioration de croissance pour les 2 espèces • l'addition de polyéthylène glycol sorbitan monooléate seul n'Indult une légère amélioration de culture que pour Pseudomonas aeruginosa.• the addition of Mg Cl 2 alone brings no improvement in growth for the two species • the addition of polyethylene glycol sorbitan monooleate alone does not induce a slight improvement in culture for Pseudomonas aeruginosa.
• l'addition de l'extrait de levure seul n'induit une amélioration de culture que pour Acinetobacter baumannri.• the addition of the yeast extract alone induces an improvement in culture only for Acinetobacter baumannri.
- L'addition de couples d'ingrédients (2 sur 3) donne des renseignements Intéressants :- The addition of pairs of ingredients (2 of 3) gives interesting information:
• le couple Extrait de levure et Mg Cl2 améliore la culture de Pseudomonas aeruginosa • le couple Extrait de levure et polyéthylène glycol sorbitan monooléate améliore la culti imment une nette amélioration de la croissance pour• the yeast extract and Mg Cl 2 couple improves the culture of Pseudomonas aeruginosa • the yeast extract and polyethylene glycol sorbitan monooleate couple improves the culture a marked improvement in growth for
Acinetobacter baumaniiAcinetobacter baumanii
La combinaison des 3 ingrédients est surprenante. Cette combinaison permet une nette amélioration de culture de Pseudomonas aeruginosa.The combination of the 3 ingredients is surprising. This combination allows a marked improvement in the culture of Pseudomonas aeruginosa.
Aussi de ces nombreuses expériences effectuées, l'effet Inattendu obtenu pour la croissance des 2 espèces se résume de te façon suivante :Also from these numerous experiments carried out, the Unexpected effect obtained for the growth of the 2 species can be summarized as follows:
- Synergie de 2 Ingrédients : extrait de levure et polyéthylène glycol sorbitan monooléate pour une croissance d'Acinetobacter baumannil et de Pseudomonas aeruginosa en 3 heures- Synergy of 2 Ingredients: yeast extract and polyethylene glycol sorbitan monooleate for growth of Acinetobacter baumannil and Pseudomonas aeruginosa in 3 hours
- SI nous ajoutons à cette nouvelle base commune aux 2 espèces du MgCh la culture de l'espèce Pseudomonas aeruginosa s'améliore.- IF we add to this new common base for the 2 MgCh species the culture of the Pseudomonas aeruginosa species improves.
Simplification de la lecture de la croissance par addition d'un indicateur coloré approprié.Simplification of the reading of growth by adding an appropriate colored indicator.
Le J» phénol testé dans l'expérience 1 ne nous donne pas satisfaction. Le système de métabolisme de ces bactéries non fermentatives doit faire varier le pH du milieu après croissance. Pour cela, nous suivons exactement le protocole de l'expérience 1 en utilisant le milieu de base avec les 3 nouveaux Ingrédients à pH 5,5 avec du Bromocrésol pourpre (jaune à pH 5,5} ou BCP. Le BCP vire au violet après croissance et alcalinisation du milieu.The phenol tested in experiment 1 does not give us satisfaction. The metabolism system of these non-fermentative bacteria must vary the pH of the medium after growth. For this, we follow exactly the protocol of experiment 1 using the base medium with the 3 new Ingredients at pH 5.5 with purple Bromocresol (yellow at pH 5.5} or BCP. The BCP turns purple after growth and alkalization of the medium.
L'utilisation du BCP permet l'obtention d'une lecture visuelle simplifiée après 3 heures d'incubation pour l'espèce Pseudomonas aeruginosa.The use of BCP allows a simplified visual reading to be obtained after 3 hours of incubation for the species Pseudomonas aeruginosa.
Aucun résultat net n'est obtenu avec les Acinetobacter baumannii. Ainsi, pour cette espèce bactérienne il est décidé de revenir à l'indicateur coloré rouge de phénol ottltsé pour le test rapide enterobacteries, maïs afin d'obtenir on contraste net après 3 heures d'incubation, différents pH pour le milieu sont testées avec l'ensemble des souches d'Acinetobacter baumannil détenues par Elitech Mlcroblo (voir tableau 4) sort 15 souches.No net result is obtained with Acinetobacter baumannii. Thus, for this bacterial species it is decided to return to the red colored indicator of ottled phenol for the rapid enterobacteria, corn test in order to obtain a clear contrast after 3 hours of incubation, different pHs for the medium are tested with l all strains of Acinetobacter baumannil held by Elitech Mlcroblo (see Table 4) released 15 strains.
Tableau 4 ; Nombre de souches d'EUtech Mlcroblo utilisées dans 1« expériencesTable 4; Number of EUtech Mlcroblo strains used in 1 "experiments
Un résultat correct apparaît après 3 heures d'incubation pour les 15 souches.A correct result appears after 3 hours of incubation for the 15 strains.
Des expériences 1 et 2, U en découle une conclusion Importante : LES 2 ESPECES PRESENTENT UNE TRES NETTE AMELIORATION DE CULTURE SI LE MILIEU DE CROISSANCE COMPORTE AU MOINS 2 INGREDIENTS COMPLEMENTAIRES ESSENTIELS : l'extrait de levure et le polyéthylène glycol sorbitan monooléate.From Experiments 1 and 2, U draws an Important conclusion: THE 2 SPECIES HAVE A VERY SIGNIFICANT IMPROVEMENT IN CULTURE IF THE GROWTH MEDIUM CONSISTS OF AT LEAST 2 ESSENTIAL COMPLEMENTARY INGREDIENTS: the yeast extract and the polyethylene glycol sorbitan monooleate.
Toutefois, pour une meilleure compréhension, nous distinguerons dans les expériences ci-après décrites, les 2 produits suivants · r les bactéries gram négatives non fermentatlves de la famille des Pseudomonadaceae (Pseudomonas aeruglnosalHowever, for a better understanding, we will distinguish in the experiments described below, the following 2 products · r non-fermentative gram negative bacteria of the Pseudomonadaceae family (Pseudomonas aeruglnosal
Produit 2: Pour les bactéries gram négatives non fermentatlves de la famille des Moraxellaceae (Acinetobacter baumannll).Product 2: For non-fermentative gram negative bacteria of the Moraxellaceae family (Acinetobacter baumannll).
BÇPERJENÇEJBÇPERJENÇEJ
Standardisation de l'inoculum de Jépuî* les produits l et 2, essais sur puits de colistine (collstlne séchée dans les puits de galerie).Standardization of Jepui's inoculum * products 1 and 2, tests on colistin wells (dried collstlne in gallery wells).
Les expériences 1 et 2 ont été effectuées en utilisant toujours un inoculum de départ élevé de 3 à 3,5 McFarland (basé sur le protocole d'essai du test rapide entérobactéries).Experiments 1 and 2 were carried out using always a high starting inoculum of 3 to 3.5 McFarland (based on the test protocol of the rapid enterobacteriaceae test).
Il nous faut tester ces milieux définis avec divers Inoculums de départ afin de standardiser l'inoculum des produits 1 et 2 pour obtenir un résultat de CMI (Concentration Minimale Inhibitrice) envers la colistine semblable à la méthode de référence en dilution en milieu Mueller-Hinton catloné (méthode EUCAST en 24 heures).We need to test these defined media with various starting inoculums in order to standardize the inoculum of products 1 and 2 to obtain a CMI (Minimum Inhibitory Concentration) result for colistin similar to the reference method in dilution in Mueller-Hinton medium. catloned (EUCAST method in 24 hours).
.gmtfgftl : Il est réalisé une galerie de concentration en collstlne de 64 pg/ml à 0,125 pg/ml (dilution de 2 en 2). Les souches de Pseudomonas sont testées I plusieurs inoculums différents : Farland (McFd)..gmtfgftl: A gallery of collstlne concentration is produced from 64 pg / ml to 0.125 pg / ml (2 in 2 dilution). The Pseudomonas strains are tested on several different inocula: Farland (M c Fd).
' ' . , üéttrmlnatlon de l'Inoculum 4* . i McFarland en comparant CMI de référence aux CMI sur galerie collstlne séchée.'' , üéttrmlnatlon of the Inoculum 4 *. i McFarland by comparing CMI of reference to CMI on dried collstlne gallery.
Une diminution de la charge bactérienne permet d'obtenir sur les galeries de colistine séchée des CM! semblables aux CMI de référence (méthode EUCAST). L'Inoculum de dé|W m A misé pour le produit 1 est de 1,5 McFarland.A reduction in the bacterial load makes it possible to obtain CM on the dried colistin galleries! similar to the reference MICs (EUCAST method). The Inoculum de | W m A bet for product 1 is 1.5 McFarland.
Produit 2: Concernant l'espèce Acînetobacter baumannii, Il est réalisé exactement la même expérience que celte effectuée pour le produit 1.Product 2: Concerning the species Acînetobacter baumannii, It is carried out exactly the same experiment as that carried out for product 1.
m : üèterrrdnation de Hnoculum de départ en McFarland en comparant CMI de référence aux CMI sur galerie collstlne séchée (résultats en 3 heures d'incubation)m: üèterrrdnation of Hnoculum starting in McFarland by comparing CMI of reference to CMI on dried collstlne gallery (results in 3 hours of incubation)
/ = Pas de lecture possible après 3 heures d'incubation (par rapport aux capsules témoin négatif et témoin positif qui présentent une culture insuffisante)./ = No reading possible after 3 hours of incubation (compared to the negative control and positive control capsules which have an insufficient culture).
Il faut une concentration suffisante de l'inoculur part (3 McFarland) pour atteindre un résultat de croissance correct apréï 3 heures d'incubation. Cet inoculum de départ assez élevé de 3 McFarland ne gêne pas trop la corrélation entre ta CMI de référence et la CMI obtenue sur galerie colistine séchée (CMI très proches).A sufficient concentration of inoculur part (3 McFarland) is required to achieve a correct growth result after 3 hours of incubation. This fairly high starting inoculum of 3 McFarland does not interfere too much with the correlation between your reference MIC and the MIC obtained on dried colistin gallery (MIC very close).
Les produits 1 et 2 sont donc définis. Ils ont une base commune de 2 ingrédients complémentaires et indispensables pour obtenir un effet synergique : l'extrait de levure et le polyéthylène glycol sorbitan monoléate.Products 1 and 2 are therefore defined. They have a common base of 2 complementary and essential ingredients to obtain a synergistic effect: yeast extract and polyethylene glycol sorbitan monoleate.
Le procédé selon l'invention comprend alors :The method according to the invention then comprises:
- une première étape d'Inoculum des bactéries gram négatives non fermentatlves des familles Pseudomonadaceae et Moraxellaceae dans un milieu liquide comprenant au moins :a first step of inoculum of non-fermentative gram negative bacteria of the families Pseudomonadaceae and Moraxellaceae in a liquid medium comprising at least:
un extrait de levures et du polyéthylène glycol sorbitan monooleate, et un indicateur coloré de pH le tout constituant une composition liquide dont le pH est ajusté (de 5.4 à 7.4), pois :a yeast extract and polyethylene glycol sorbitan monooleate, and a colored pH indicator, all constituting a liquid composition whose pH is adjusted (from 5.4 to 7.4), peas:
- une seconde étape de mise en contact par tous moyens appropriés de ladite composition liquide avec un composé antibiotique de la famille des polymyxinesa second step of bringing said liquid composition into contact by any appropriate means with an antibiotic compound of the polymyxin family
Comme vu précédemment, l'indicateur coloré est soit du Rouge de phénol, soit du Bromocrésol pourpre ou BMP. Le composé antibiotique de 1a famille des polymyxines est soit de la polymyxine E ou collstine, soit de la polymyxine B.As seen above, the colored indicator is either phenol red or purple bromocresol or BMP. The antibiotic compound of the polymyxin family is either polymyxin E or collstin, or polymyxin B.
Les bactéries gram négatives non fermentatives des familles Pseudomonadaceae et Moraxellaceae testées proviennent d'un milieu biologique infecté. Celui-ci est de type milieu urinaire infecté ou milieu sanguin Infecté.The non-fermentative gram negative bacteria of the Pseudomonadaceae and Moraxellaceae families tested come from an infected biological medium. This is of the infected urinary medium or infected blood medium type.
Le procédé selon l'invention est suivi d'une troisième étape pendant laquelle l'ensemble composition liquide-composé antibiotique est mis en Incubation pendant une période de 2 à 4 h, de préférence à 37’C. Pendant cette période ou à l'issue de celle-ci, on peut observer le changement de couleur (ou non) dudit ensemble et ainsi évaluer et déterminer la sensibilité ou la résistance des bactéries testées aux polymyxines E ou B,The method according to the invention is followed by a third step during which the entire liquid composition-antibiotic compound is incubated for a period of 2 to 4 hours, preferably at 37 ° C. During this period or at the end of it, one can observe the change in color (or not) of said set and thus evaluate and determine the sensitivity or resistance of the bacteria tested to polymyxins E or B,
De manière préférée, la composition liquide comprend, pour 1 litre :Preferably, the liquid composition comprises, for 1 liter:
De manière plus détaillée, tes compositions liquides de croissance sont définies comme ci-après :In more detail, your liquid growth compositions are defined as below:
* Inæutamdejéiart : 1,5 McFarland ' >' · /’ · ” ilsijfii - ·' y ' >’ -- · 1 ' ·'·«’ ' » ·> f » l • >! V -IrnH’.i '< ·>!· menas aeruglnosa (famille des Pseudomonadaceae), Le produit 1, à la différence du produit 2, comporte un Ingrédient supplémentaire qui est le MgCI2.* Inæutamdejéiart: 1,5 McFarland '>' · / '· ”ilsijfii - ·' y '>' - · 1 '·' · ''''·> f» l •>! V -IrnH'.i '<·>! · Menas aeruglnosa (Pseudomonadaceae family), Product 1, unlike product 2, has an additional ingredient which is MgCI 2 .
Prodult2‘.Prodult2.
l ' produ,T ' ' préconisé pour la détermination rapide en 3 heures de la résistance et de la sensibilité à la collstlne ou Polymyxlne E particulièrement, et à la polymyxine B, pour l'espèce Acînetobacter baumannli (famille des Moraxellaceae).the product , T '' recommended for the rapid determination in 3 hours of resistance and sensitivity to collstlne or Polymyxlne E in particular, and to polymyxin B, for the species Acînetobacter baumannli (family of Moraxellaceae).
EXPERIENCE 4EXPERIENCE 4
Les produits 1 et 2 étant définis, des tests sur un nombre de souches des espèces Pseudomonas aeruglnosa et Acînetobacter baumannli résistantes et se stine (souches présentant desThe products 1 and 2 being defined, tests on a number of strains of the species Pseudomonas aeruglnosa and Acînetobacter baumannli resistant and stin (strains with
CMI différentes) sont effectués pour vérifie justesse et la reproductibilité de tels nouveaux produits, comparativement à la méthode de référence EUCAST/CLSI. ouches résistantes et sensibles ont été obtenues auprès de divers centres spécialisés extérieurs.Different MICs) are performed to verify the accuracy and reproducibility of such new products, compared to the EUCAST / CLSI reference method. Resistant and sensitive ouches have been obtained from various specialized external centers.
ΒλΛΛΙ* ' Ιι> '< Ε<ι>, >mparative du produit ί (Pseudom > > << Η méthode de référenceΒλΛΛΙ * 'Ιι>' <Ε <ι>,> comparison of product ί (Pseudom>> << Η reference method
EUCAST/CLSI. Utilisation de souches bactériennes provenait << < * W’EUCAST / CLSI. Use of bacterial strains originated from << <* W ’
OétalgMT^OétalgMT ^
- Université de Frlboi ifesseur Nordmann Unité d’émergence aux ATB Microbiologie Médicale et moléculaire département de médecine Suisse- University of Frlboi ifesseur Nordmann Emerging Unit at ATB Medical and Molecular Microbiology Department of Medicine Switzerland
- CHU Besançon : laboratoire de bactériologie centre national de la résistance aux antibiotiques Pseudomonas et Aclnetobacter Université de Franche comté CHRU hôpital Jean Minjoz France • CHU Henry Monder : Laboratoire bactériologie CRETEIL France- CHU Besançon: bacteriology laboratory national center for resistance to antibiotics Pseudomonas and Aclnetobacter University of Franche county CHRU hospital Jean Minjoz France • CHU Henry Monder: Bacteriology laboratory CRETEIL France
- Serbie : Laboratoire Serbie Gennevllllers France merican type culture collection- Serbia: Serbia Gennevllllers France laboratory merican type culture collection
- Chromagar : société de fabrication de milieux de culture chromogéniques Paris France- Chromagar: company manufacturing chromogenic culture media Paris France
- Asqualab : Assurance qualité des laboratoires de biologie médicale Paris France- Asqualab: Quality assurance of medical biology laboratories in Paris France
- Université de Louvain : pharmacologie cellulaire et moléculaire Bruxelles Belgique fife®ï®«5dsBsiis»esi dm = divergence mineure :- University of Louvain: cellular and molecular pharmacology Brussels Belgium fife®ï® “5dsBsiis” esi dm = minor discrepancy:
• pour te PYO1075 II s'agit d'une souche classé intermédiaire par la méthode de référence f.LSI et rendu résistante par le test • pour ELPA16 II s'agit d’une souche classé résistante par la méthode de référence CLSI est rendu intermédiaire par le test.• for you PYO1075 It is a strain classified as intermediate by the reference method f.LSI and made resistant by the test • for ELPA16 It is a strain classified as resistant by the reference method CLSI is made intermediate by the test.
DTM = divergence très majeureDTM = very major discrepancy
- pour ELPA 128a, une souche classé résistante par la méthode de référence CLSi/EUCAST et rendu sensible par la galerie. Soit un résultat faussement négatif.- for ELPA 128a, a strain classified as resistant by the reference method CLSi / EUCAST and made sensitive by the gallery. Or a false negative result.
Tableau 8; Résultats finaux obtenus avec le produit 1, comparativement à la méthode de référence EUCAST/CLSITable 8; Final results obtained with product 1, compared to the reference method EUCAST / CLSI
Ces études comparatives permettent de confirmer que le produit 1, comme défini en conclusion de l'expérience 3, donne des résultats similaires à la méthode de référence EUCAST/CLSI avec une spécificité de 100 % et une sensibilité de 85,7 %.These comparative studies make it possible to confirm that product 1, as defined at the conclusion of experiment 3, gives results similar to the reference method EUCAST / CLSI with a specificity of 100% and a sensitivity of 85.7%.
^Sensibilité » (Vrai positifs / (Vrai positifs + Faux négatifs)) *100^ Sensitivity ”(True positive / (True positive + False negative)) * 100
Vrai positif : souche résistante rendu résistante par le testTrue positive: resistant strain made resistant by the test
Faux négatif : souche résistante rendu sensible par le testFalse negative: resistant strain made sensitive by the test
Sur les 3 divergences, deux sont minevi &s et n'impacte pas le rendu de résultat, une est majeure et entraîne un résultat faussement négatif.Of the 3 discrepancies, two are minevi & s and do not affect the rendering of results, one is major and results in a false negative result.
On a donc 7 vrais positifs sur les 8 souches R et 1 Faux positif (la souche DTM)We therefore have 7 true positives out of the 8 R strains and 1 False positive (the DTM strain)
Soit % Sensibilité = (7 / ( 7 +1 )) *100 «Sensibilité = 87.5% ^Spécificité = ((Vrais négatifs) / (feux positifs + Vrais négatlfs))*100Either% Sensitivity = (7 / (7 +1)) * 100 "Sensitivity = 87.5% ^ Specificity = ((True negative) / (positive light + Real negative)) * 100
Vrai négatif : souche sensible rendu sensible par le testTrue negative: sensitive strain made sensitive by the test
Faux positif : souche sensible rendu résistante par le testFalse positive: sensitive strain made resistant by the test
On a 17 souches sensibles et toutes sont correctement Interprétées ^Spécificité = 17 / (0+17) %Spéciflcit < i< (, > t *> , ti i1 , , ,·. ,> tniai 1 ' > ‘ <' éthc 1 · >' ®We have 17 sensitive strains and all are correctly interpreted ^ Specificity = 17 / (0 + 17)% Speciflcit <i < ( ,> t *>, ti i 1 ,,, ·.,> Tniai 1 '>'<'éthc 1 ·>'®
EUCAST/CL5I. Utilisation de souches bactériennes provenant de centres spécialisés.EUCAST / CL5I. Use of bacterial strains from specialized centers.
• Université de Fribourg ; Professeur Nordmann Unité d'émergence aux ATB Microbiologie Médicale et moléculaire département de médecine Suisse• University of Friborg; Professor Nordmann Emergence Unit at ATB Medical and Molecular Microbiology Department of Medicine Switzerland
- CHU Besancon : laboratoire de bactériologie centre national de la résistance aux antibiotiques Pseudomonas et Acinetobacter Université de franche comté CHRU hôpital Jean Minjoz France • Serbie : Laboratoire Serbie Gennevllllers France- CHU Besancon: bacteriology laboratory, national center for resistance to antibiotics Pseudomonas and Acinetobacter Université de franche county CHRU Jean Minjoz hospital France • Serbia: Serbia Gennevllllers France laboratory
ATCC : American type culture collectionATCC: American type culture collection
- Chromagar : société de fabrication de milieux de culture chromogéniques Paris France- Chromagar: company manufacturing chromogenic culture media Paris France
- Asqualab : Assurance qualité des laboratoires de biologie médicale Paris France- Asqualab: Quality assurance of medical biology laboratories in Paris France
Université de Louvain : pharmacologie cellulaire et moléculaire Bruxelles BelgiqueUniversity of Louvain: cellular and molecular pharmacology Brussels Belgium
CCi.lN : centre de ^ordination et de lutte contre les infections nosocomiales FranceCCi.lN: center of ordination and fight against nosocomial infections France
- ANSM : agence nationale de la sécurité du médicament et des produits de santés- ANSM: national agency for the safety of medicines and health products
- AFSSAPS : Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé- AFSSAPS: French agency for the health safety of health products
DlvergençœdesAdnetobaçtenDlvergençœdesAdnetobaçten
DM : Divergence MajeureDM: Major Divergence
Pour Aba 1F8, il s'agit d'une souche classé sensible par la méthode de référence CLSI/EUCAST et rendu résistante par le test. Soit un résultat faussement positif.For Aba 1F8, it is a strain classified as sensitive by the CLSI / EUCAST reference method and made resistant by the test. Either a false positive result.
Tableau 10; Résultats finaux obtenus avec le produit 2 comparativement à h méthode référence EUCAST/CLSITable 10; Final results obtained with product 2 compared to h reference method EUCAST / CLSI
Ces études comparatives permettent de confirmer que te produit 2, comme défini en conclusion de l'expérience 3, dorme > ültats similaires à la m< H h- ·ι ,ι, < ! u IST/CLSI avec une s| une sensibilité de 100 96.These comparative studies make it possible to confirm that the product 2, as defined at the conclusion of experiment 3, sleeps> ültats similar to the m <H h- · ι, ι, < ! u IST / CLSI with a s | a sensitivity of 100 96.
%Senslblllté « (Vrai positifs / (Vrai positifs + Faux négatifs)) *100% Senslblllté “(True positive / (True positive + False negative)) * 100
Vrai positif : souche résistante rendu résistante par le testTrue positive: resistant strain made resistant by the test
Faux négatif : souche résistante rendu sensible par te restFalse negative: resistant strain made sensitive by you rest
On a 7 souches résistantes qui sont correctement classé.We have 7 resistant strains which are correctly classified.
On a donc 7 vrais positifs sut tes 7 touches Résistantes et 0 Faux positif (la souche DTM)So we have 7 true positives on your 7 Resistant keys and 0 False positive (the DTM strain)
Soit % Sensibilité = (7 / ( 7 + 0 )) *100 «Sensibilité = 100%Either% Sensitivity = (7 / (7 + 0)) * 100 "Sensitivity = 100%
KSpédfldté ((frais négatifs) / (faux positifs + Vrais nég atfc)|*100KSpédfldté ((negative charges) / (false positives + True neg atfc) | * 100
Vrai négatif : souche sensible rendu sensible par le testTrue negative: sensitive strain made sensitive by the test
Faux positif : souche sensible rendu résistante par le testFalse positive: sensitive strain made resistant by the test
On a 16 souches sensibles, 15 sont correctement classés soit 15 vrai négatifs. Une divergence majeure, une souche sensible rendue résistante par le test soit un faux positif.We have 16 sensitive strains, 15 are correctly classified or 15 true negatives. A major divergence, a sensitive strain made resistant by the test is a false positive.
^Spécificité = 15/(1+15) ^Spécificité = 93.75%^ Specificity = 15 / (1 + 15) ^ Specificity = 93.75%
Enfin, l'invention se rapporte également à un kit de diagnostic pour la détermination de ta sensibilité ou ia zéilsrance à h ^obstine et à la polymyxine B des bactéries de la famille des Pseudomonadaceae dont Pseudomonas aeruginosa comportant :Finally, the invention also relates to a diagnostic kit for determining your sensitivity or zeilsrance to h ^ obstin and to polymyxin B of bacteria of the Pseudomonadaceae family including Pseudomonas aeruginosa comprising:
on flacon de 1,5 ml de composition liquide (produit 1), pH 5,4 à 5,6 avec du bromocrésol pourpre « un flacon témoin de 3 ml de sulfate de baryum servant de témoin de turbidlmétrle correspondant à on inoculum de 1 à 1,5 McFarland • un flacon de 3 mi d'eau distillée contenant 0,85 g/l de NaCI pour la préparation de l'Inoculum • une galerie comportant des cupules contenant diverses concentrations de colistlne ou de polymyxine B1.5 ml of liquid composition (product 1), pH 5.4 to 5.6, are flasked with purple bromocresol "a 3 ml control flask of barium sulphate serving as a turbidimetric control corresponding to an inoculum of 1 to 1.5 McFarland • a 3 ml bottle of distilled water containing 0.85 g / l of NaCI for the preparation of the Inoculum • a gallery containing wells containing various concentrations of colistlne or polymyxin B
Elle ' > rapporte par ailleurs à un kit de diagnostic pour la détermination de la sensibilité ou la résistance à i» colistine ou polymyxine E des bactéries de la famille des Moraxsllacpoe dontIt also relates to a diagnostic kit for determining the sensitivity or resistance to colistin or polymyxin E of bacteria of the Moraxsllacpoe family, of which
Acinetobacter baumannil comportant :Acinetobacter baumannil comprising:
- un flacon de 1,5 ml de composition liquide (produit 2) pH 7,4 avec du rouge de phénol- a 1.5 ml bottle of liquid composition (product 2) pH 7.4 with phenol red
- un flacon témoin de 3 ml de sulfate 'de baryum servant de témoin de turbidimétrie correspondant à un inoculum de 3 McFarland • un flacon de 3 ml d'eau distillée contenant 0,85 g/l de NaCI pour la préparation de l’inoculum.- a control bottle of 3 ml of barium sulfate serving as a turbidimetry control corresponding to an inoculum of 3 McFarland • a bottle of 3 ml of distilled water containing 0.85 g / l of NaCl for the preparation of the inoculum .
- Une galerie comportant des copules contenant diverses concentrations de colistlne ou polymyxine E.- A gallery with copulas containing various concentrations of colistlne or polymyxin E.
BIBLIOGRAPHIE (1) Mammina C, Bonura C, Bernardo F, Aleo A, Fasclana T, Sodano C, Saporito MA, Verte MS, Tetano R and Palma DMBIBLIOGRAPHY (1) Mammina C, Bonura C, Bernardo F, Aleo A, Fasclana T, Sodano C, Saporito MA, Verte MS, Tetano R and Palma DM
Ongoing spread of colîstln résistant klebslella pneumoniae in different wards of an acute general hospital, Italy, June to December 2011Ongoing spread of colîstln resistant klebslella pneumoniae in different wards of an acute general hospital, Italy, June to December 2011
2012-2011 EuroSurveill 17:20248 (2) Pena I, Picazo JJ, Rodriguez-Avlal C, Rodrrguez-Avlal I2012-2011 EuroSurveill 17: 20248 (2) Pena I, Picazo JJ, Rodriguez-Avlal C, Rodrrguez-Avlal I
Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae In tertlary hospital in Madrid, Spaln : hîgh percentage of colistin résistance among VIM-1 producing klebsiella pneumoniae ST11 violâtes Int J Antlmicrob Agents, 2014,43:460-464 (3) Kentopoulou K, Protonotarion E, Vasilakos K, Krlti M, Koteli A, Antoniadon E, Sofianou D Hospital outbreak caused by klebsiella pneumoniae producing KPC-2 beta-lactamase résistant to colistinCarbapenemase-producing Enterobacteriaceae In tertlary hospital in Madrid, Spaln: hîgh percentage of colistin resistance among VIM-1 producing klebsiella pneumoniae ST11 violâtes Int J Antlmicrob Agents, 2014,43: 460-464 (3) Kentopoulou K, Protonotarion E, Vasilakos K, Krlti M, Koteli A, Antoniadon E, Sofianou D Hospital outbreak caused by klebsiella pneumoniae producing KPC-2 beta-lactamase resistant to colistin
J Hosp Infect 2010,76:70-73 (4) Un W, Wang Y, Walsh TR, Yi LX, Chang R, Spencer J, Doi Y, Tlan G, Dany B, Huang X, Yn LFI, GnJ Hosp Infect 2010,76: 70-73 (4) Un W, Wang Y, Walsh TR, Yi LX, Chang R, Spencer J, Doi Y, Tlan G, Dany B, Huang X, Yn LFI, Gn
D, Ren H, Chen X, Lv L, Me D, Zhou H, Liang Z, Un JH, Shen J.D, Ren H, Chen X, Lv L, Me D, Zhou H, Liang Z, Un JH, Shen J.
Emergence of plasmid-medlated colistin résistance mechanism MCR-1 in animais and human beïngs in China : a microbiological and molecular biological studyEmergence of plasmid-medlated colistin resistance mechanism MCR-1 in animais and human beïngs in China: a microbiological and molecular biological study
Lancet Infect Dis, 2016,16:161-168 (5) Lee JY, Ko KSLancet Infect Dis, 2016.16: 161-168 (5) Lee JY, Ko KS
Mutations and expression of PmrAB and Pho PQ related with colistin résistance in Pseudomonas aeruglnosa dinicate isolâtesMutations and expression of PmrAB and Pho PQ related with colistin resistance in Pseudomonas aeruglnosa dinicate isolâtes
Diagn Mlcrobiol Infect 2014,78:271-276 (6) Nhu NTK, Rividan DW, Nhu TDM, Thanh DP, Twoutes G, Lan NPH, wren BW, Baker S, Stabler RA «The induction and Identification of novel colistin résistance mutations in Acinetobacter Baumannii and thelr implications ».Diagn Mlcrobiol Infect 2014,78: 271-276 (6) Nhu NTK, Rividan DW, Nhu TDM, Thanh DP, Twoutes G, Lan NPH, wren BW, Baker S, Stabler RA "The induction and Identification of novel colistin resistance mutations in Acinetobacter Baumannii and thelr implications ”.
Scientïfic Reports, 2016,6:2 8291 (7) Porïel L, Jayol A, Nordmann P « Polymyxins :antimicrobial activlty, susceptlbllfty testlng and résistance mechanisms encoded by plasmides or chromosomes »Scientïfic Reports, 2016,6: 2 8291 (7) Porïel L, Jayol A, Nordmann P "Polymyxins: antimicrobial activlty, susceptlbllfty testlng and resistance mechanisms encoded by plasmids or chromosomes"
Clin Microbrology Revlews, 2017,30:557-596 (8) Humphries RM « Les tests de sensibilité des polymyxines : où en sommes-nous ?Clin Microbrology Revlews, 2017.30: 557-596 (8) Humphries RM “Polymyxin sensitivity tests: where are we?
Pharmacotherapy, 2015, 35 :22-27 (9) Mulcahy H. and Lewenza S.Pharmacotherapy, 2015, 35: 22-27 (9) Mulcahy H. and Lewenza S.
« Magnésium limitation 1s an environmental trigger of the Pseudomonas aeruginosa biofilm lïfestyle »"Magnesium limitation 1s an environmental trigger of the Pseudomonas aeruginosa biofilm lïfestyle"
PLOS ONE, August 2011, 6-8, e 23307,1-11 (10) Toutain-Kidd CM, Kadlvar SC, Bramante CT, Bobin-SA and Zegans ME « Polysorbate 80 inhibition of Pseudomonas aeruginosa biofilm formation and its cleavage by the secreted lipase LipA »PLOS ONE, August 2011, 6-8, e 23307,1-11 (10) Toutain-Kidd CM, Kadlvar SC, Bramante CT, Bobin-SA and Zegans ME “Polysorbate 80 inhibition of Pseudomonas aeruginosa biofilm formation and its cleavage by the secreted lipase LipA »
Antlmlcrobial agents and chemotherapy, 2009,53-1,136-145 (11) Elitech GroupAntlmlcrobial agents and chemotherapy, 2009,53-1,136-145 (11) Elitech Group
Référence catalogue urifast ® ABG V2Catalog reference urifast ® ABG V2
Extrait de levure dans le milieuYeast extract in the middle
Claims (16)
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FR1771398A FR3075223A1 (en) | 2017-12-20 | 2017-12-20 | METHOD FOR RAPID DETERMINATION OF SENSITIVITY OR RESISTANCE TO POLYMYXINS IN BACTERIA OF PSEUDOMONADACEAE AND MORAXELLACEAE FAMILIES (NON-FERMENTATIVE GRAM NEGATIVE BACTERIA) |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FR1771398A FR3075223A1 (en) | 2017-12-20 | 2017-12-20 | METHOD FOR RAPID DETERMINATION OF SENSITIVITY OR RESISTANCE TO POLYMYXINS IN BACTERIA OF PSEUDOMONADACEAE AND MORAXELLACEAE FAMILIES (NON-FERMENTATIVE GRAM NEGATIVE BACTERIA) |
| FR1771398 | 2017-12-20 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| FR3075223A1 true FR3075223A1 (en) | 2019-06-21 |
Family
ID=61873516
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| FR1771398A Pending FR3075223A1 (en) | 2017-12-20 | 2017-12-20 | METHOD FOR RAPID DETERMINATION OF SENSITIVITY OR RESISTANCE TO POLYMYXINS IN BACTERIA OF PSEUDOMONADACEAE AND MORAXELLACEAE FAMILIES (NON-FERMENTATIVE GRAM NEGATIVE BACTERIA) |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| FR (1) | FR3075223A1 (en) |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101519640A (en) * | 2008-11-10 | 2009-09-02 | 江南大学 | Method for increasing yield of producing D-mannose isomerase through pseudomonas |
| CN102154166A (en) * | 2011-01-05 | 2011-08-17 | 浙江大学 | Pseudomonas alcaligenes, method for preparing 1-menthol by pseudomonas alcaligenes and application of pseudomonas alcaligenes |
| WO2015118516A1 (en) * | 2014-02-10 | 2015-08-13 | Biofil Mikrobiológiai, Géntechnológiai És Biokémiai Kft. | Soil bacteria for inoculating stress soils |
| EP3072956A1 (en) * | 2015-03-25 | 2016-09-28 | Université de Fribourg | Selective culture medium for polymyxin-resistant, gram-negative bacteria |
| WO2016150871A1 (en) * | 2015-03-20 | 2016-09-29 | Universite De Fribourg | Test for determining susceptibility or resistance to polymyxins in enterobacteriaceae |
-
2017
- 2017-12-20 FR FR1771398A patent/FR3075223A1/en active Pending
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101519640A (en) * | 2008-11-10 | 2009-09-02 | 江南大学 | Method for increasing yield of producing D-mannose isomerase through pseudomonas |
| CN102154166A (en) * | 2011-01-05 | 2011-08-17 | 浙江大学 | Pseudomonas alcaligenes, method for preparing 1-menthol by pseudomonas alcaligenes and application of pseudomonas alcaligenes |
| WO2015118516A1 (en) * | 2014-02-10 | 2015-08-13 | Biofil Mikrobiológiai, Géntechnológiai És Biokémiai Kft. | Soil bacteria for inoculating stress soils |
| WO2016150871A1 (en) * | 2015-03-20 | 2016-09-29 | Universite De Fribourg | Test for determining susceptibility or resistance to polymyxins in enterobacteriaceae |
| EP3072956A1 (en) * | 2015-03-25 | 2016-09-28 | Université de Fribourg | Selective culture medium for polymyxin-resistant, gram-negative bacteria |
Non-Patent Citations (4)
| Title |
|---|
| L. PHEE ET AL: "In vitro activity of daptomycin in combination with low-dose colistin against a diverse collection of Gram-negative bacterial pathogens", EUROPEAN JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY & INFECTIOUS DISEASES, vol. 32, no. 10, 23 April 2013 (2013-04-23), pages 1291 - 1294, XP055202128, ISSN: 0934-9723, DOI: 10.1007/s10096-013-1875-z * |
| MOUNA BOULARES ET AL: "Characterisation and identification of spoilage psychotrophic Gram-negative bacteria originating from Tunisian fresh fish", ANNALS OF MICROBIOLOGY, vol. 63, no. 2, 29 August 2012 (2012-08-29), IT, pages 733 - 744, XP055485539, ISSN: 1590-4261, DOI: 10.1007/s13213-012-0527-3 * |
| NICOLAS KIEFFER ET AL: "ABSTRACT", ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, vol. 61, no. 6, 20 March 2017 (2017-03-20), US, pages e00129 - 17, XP055484621, ISSN: 0066-4804, DOI: 10.1128/AAC.00129-17 * |
| SHEKHAR NAUTIYAL C: "An efficient microbiological growth medium for screening phosphate solubilizing microorganisms", FEMS MICROBIOLOGY LETTERS, WILEY-BLACKWELL PUBLISHING LTD, GB, vol. 170, no. 1, 1 January 1999 (1999-01-01), pages 265 - 270, XP002511358, ISSN: 0378-1097, DOI: 10.1111/J.1574-6968.1999.TB13383.X * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Fiore et al. | Pathogenicity of enterococci | |
| Robino et al. | Intracellular bacteria in the pathogenesis of Escherichia coli urinary tract infection in children | |
| Koo et al. | Inhibition of Streptococcus mutans biofilm accumulation and polysaccharide production by apigenin and tt-farnesol | |
| Bogomolnaya et al. | The ABC-type efflux pump MacAB protects Salmonella enterica serovar typhimurium from oxidative stress | |
| Castillo Pedraza et al. | Extracellular DNA and lipoteichoic acids interact with exopolysaccharides in the extracellular matrix of Streptococcus mutans biofilms | |
| Perumal et al. | Role for cell density in antifungal drug resistance in Candida albicans biofilms | |
| Shemi et al. | Phosphorus starvation induces membrane remodeling and recycling in Emiliania huxleyi | |
| Chauhan et al. | A morphogenetic regulatory role for ethyl alcohol in Candida albicans | |
| Jackson et al. | Anr and its activation by PlcH activity in Pseudomonas aeruginosa host colonization and virulence | |
| Liu et al. | Nicotine enhances interspecies relationship between Streptococcus mutans and Candida albicans | |
| Huang et al. | Mitochondrial complex I bridges a connection between regulation of carbon flexibility and gastrointestinal commensalism in the human fungal pathogen Candida albicans | |
| Uittamo et al. | Xylitol inhibits carcinogenic acetaldehyde production by Candida species | |
| Beukema et al. | Pectins that structurally differ in the distribution of methyl‐esters attenuate Citrobacter rodentium‐induced colitis | |
| Espinel et al. | Multiple roles of putrescine and spermidine in stress resistance and virulence of Salmonella enterica serovar Typhimurium | |
| Li et al. | Teasaponin suppresses Candida albicans filamentation by reducing the level of intracellular cAMP | |
| Mayumi et al. | Potential of prebiotic D-tagatose for prevention of oral disease | |
| Nouraei et al. | Potential pathogenicity of Candida species isolated from oral cavity of patients with diabetes mellitus | |
| Short et al. | Investigating the transcriptome of Candida albicans in a dual-species Staphylococcus aureus biofilm model | |
| Foulke-Abel et al. | Phosphodiesterase 5 (PDE5) restricts intracellular cGMP accumulation during enterotoxigenic Escherichia coli infection | |
| Salvatori et al. | Bacteria modify Candida albicans hypha formation, microcolony properties, and survival within macrophages | |
| Meurman et al. | Prevalence and antifungal drug sensitivity of non‐albicans Candida in oral rinse samples of self‐caring elderly | |
| Tavares et al. | Adaptation and survival of Burkholderia cepacia and B. contaminans during long-term incubation in saline solutions containing benzalkonium chloride | |
| Jaswal et al. | Neglected gut microbiome: interactions of the non-bacterial gut microbiota with enteric pathogens | |
| Verspecht et al. | Potential prebiotic substrates modulate composition, metabolism, virulence and inflammatory potential of an in vitro multi-species oral biofilm | |
| Lu et al. | Roles of Streptococcus mutans-Candida albicans interaction in early childhood caries: a literature review |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| RX | Complete rejection |
Effective date: 20200312 |