FR3008317A1 - USE OF MICROORGANISMS TO DECREASE THE TRIMETHYLAMINE RATE IN A HUMAN BODY CAVITY, IN PARTICULAR FOR THE TREATMENT OF TRIMETHYLAMINURIA OR BACTERIAL VAGINOSIS AND THE PREVENTION OF CARDIOVASCULAR DISEASES - Google Patents
USE OF MICROORGANISMS TO DECREASE THE TRIMETHYLAMINE RATE IN A HUMAN BODY CAVITY, IN PARTICULAR FOR THE TREATMENT OF TRIMETHYLAMINURIA OR BACTERIAL VAGINOSIS AND THE PREVENTION OF CARDIOVASCULAR DISEASES Download PDFInfo
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Abstract
Composition contenant un microorganisme, de préférence une Archaea, exprimant une TMA méthyltransférase et une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, capable de métaboliser la triméthylamine (TMA) en présence d'hydrogène dans une cavité humaine tels que l'intestin ou le vagin, pour utilisation comme médicament pour traiter diminuer ou supprimer la TMA au niveau de la cavité humaine. Cette composition est utile pour traiter la triméthylaminurie, pour traiter les fluides vaginaux dans le cas d'une vaginose bactérienne et pour diminuer ou éliminer les odeurs dues à la TMA. Cette composition est également utile pour diminuer le taux de TMAO plasmatique, pour prévenir la formation de plaques d'athérome et/ou pour prévenir les maladies cardiovasculaires.A composition containing a microorganism, preferably an Archaea, expressing a TMA methyltransferase and a TMA methyl acceptor corrinoid protein, capable of metabolizing trimethylamine (TMA) in the presence of hydrogen in a human cavity such as the intestine or vagina , for use as a medicament for treating diminish or suppress TMA at the level of the human cavity. This composition is useful for treating trimethylaminuria, for treating vaginal fluids in the case of bacterial vaginosis, and for decreasing or eliminating TMA odors. This composition is also useful for decreasing the level of plasma TMAO, for preventing the formation of atheroma plaques and / or for preventing cardiovascular diseases.
Description
Utilisation de microorganismes pour diminuer le taux de triméthylamine dans une cavité du corps humain, notamment pour le traitement de la triméthylaminurie ou d'une vaginose bactérienne et la prévention des maladies cardiovasculaires La présente invention a trait à l'utilisation de microorganismes permettant de métaboliser la triméthylamine (TMA) dans au moins une cavité du corps humain (ci-après « cavité humaine ») comprenant une flore microbienne susceptible de produire de la TMA et donc de diminuer le taux de cette TMA au niveau de la cavité humaine. L'invention concerne l'utilisation de ces microorganismes dans l'intestin pour diminuer le taux intestinal de cette TMA. L'invention a notamment pour objectif de permettre le traitement de la triméthylaminurie et/ou de diminuer le taux de triméthylamine N-oxyde (TMAO), ce qui permet de prévenir la formation des plaques d'athérome et de fournir un moyen supplémentaire pour la prévention des maladies cardio-vasculaires. La triméthylaminurie (ou TMAU, urémie à TMA, ou syndrome de l'odeur du poisson pourri ou encore fish-odor syndrome) est une maladie génétique dans laquelle la personne déficiente génétiquement en une enzyme (mono-oxygénase à flavine 3 FM03) ne peut pas efficacement transformer le TMA en TMAO au niveau du foie. Dans certains cas également, la déficience en cette capacité de transformation est sporadique et acquise. La triméthylamine s'accumule alors dans l'organisme et est finalement éliminée par la sueur, l'urine et l'expiration, avec une forte odeur de poisson. Si aucune étude réelle ne montre l'incidence générale de la maladie, le chiffre de 1 % de la population américaine a été cependant avancé. Dans ce qui suit, on désignera une telle personne comme un patient déficient en métabolisme de la TMA. La TMA intestinale a une origine alimentaire et résulte notamment de la conversion du TMAO, de la choline ou de la lécithine apportés par l'alimentation (notamment oeuf, viande, foie, germe de blé, poisson, etc.). Ces composés sont transformés au niveau de l'intestin par le microbiote intestinal. Par ailleurs chez les personnes possédant l'enzyme FM03 active, le TMA est transformée en TMAO dans le foie et ce métabolite se retrouve dans la circulation sanguine. Wang et al. (Nature 2011, 472(7341), 57-63; voir également K. Rak and D.J. Rader, Cardiovascular Disease, News and Views, Nature2011, 472, 40-41) enseignent que la TMAO circulante peut contribuer à un développement des plaques d'athérome dans les artères et donc aux maladies cardiaques. La vaginose bactérienne est une maladie bénigne chez la femme dont la cause est un déséquilibre de la flore microbienne vaginale. Ce déséquilibre proviendrait d'une déplétion de la flore lactobacillienne au profit de l'augmentation d'une flore anaérobie comprenant notamment Gardnerella vaginalis. La vaginose bactérienne est caractérisée par des pertes ou fluides vaginaux grisâtres et odorants. L'odeur de ces pertes ou fluides vaginaux est due à la présence de TMA (VVolrath et al. APMIS 2002, 110, 819-824; voir également VVolrath et al. APMIS 2005, 113, 513-516). L'invention concerne également l'utilisation de ces microorganismes dans le vagin pour diminuer le taux de la TMA dans les fluides vaginaux. L'invention a notamment pour objectif de permettre le traitement des fluides vaginaux dans le cas d'une vaginose bactérienne ou de tout dérèglement ou maladie entraînant une production locale de TMA, ce qui permet de diminuer les fortes odeurs des pertes vaginales ou fluides vaginaux. L'invention a également pour objet un nouveau microorganisme susceptible d'être utilisé dans ces applications. Les Archaea méthanogènes sont des microorganismes qui produisent du méthane dans des conditions anaérobies. On retrouve certaines Archaea dans le système digestif d'animaux tels que les ruminants, ainsi que chez certains individus humains, en particulier les individus âgés. Ainsi, l'équipe de B. Dridi (International Journal of Systematic Evolutionary Microbiology 2012, 62, 1902-1907) présente l'isolement d'un tel microorganisme dénommé Methanomassiiiicoccus luminyensis dont il est décrit que sous une atmosphèreavec H2, cette Archaea peut réduire le méthanol en méthane. Il est également décrit que ce microorganisme est incapable de méthanogenèse à partir de la triméthylamine, ainsi que d'autres substrats, sous atmosphère de 002. Le génome complet de cette Archaea a été publié et mentionné dans A. Gorlas, Journal of Bacteriology, Septembre 2012, Vol. 194, 17, p. 4745, le génome étant accessible dans EMBL sous les références d'accès CAJE01000001 à CAJE01000026. A l'heure actuelle, il n'a pas été décrit, notamment chez l'homme, d'Archaea capable d'utiliser et de métaboliser la TMA in vivo. Les inventeurs ont réussi à identifier une nouvelle espèce d'Archaea méthanogène dans un échantillon de sels d'un individu humain, espèce comprenant un gène codant pour une TMA méthyltransférase et un gène codant pour protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, susceptibles, en présence d'hydrogène et en anaérobie, conditions rencontrées dans certains organes ou les cavités qu'ils délimitent, tels que l'intestin, le colon humain et le vagin, de métaboliser la TMA, de sorte qu'il est proposé ici d'utiliser ces microorganismes pour métaboliser la TMA pour en diminuer le taux, notamment intestinal ou vaginal. Il a en outre été découvert que cette souche d'Archaea présente également un gène de résistance aux sels biliaires, notamment un gène codant pour une hydrolyse des sels biliaires, favorisant ainsi la survie et le maintien du microorganisme au niveau intestinal. Ce microorganisme est dénommé ci-après souche 1 ou Methanomethylophilus alvus. Les inventeurs ont également identifié que la souche d'Archaea Methanomassiliicoccus luminyensis décrite par D. Didri et al. (supra), dénommée parfois ci-après souche 2, possède également les gènes codant pour une TMA méthyltransférase et pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA susceptibles de permettre le métabolisme du TMA en présence de l'hydrogène dans l'intestin. On pense que la TMA est métabolisée avec formation de protéines méthylées (protéines corrinoide méthylées) qui captent les méthyles de la TMA. Cette protéine méthylée est sans doute ensuite entraînée dans la voie de la méthanogénèse, aboutissant à la production de méthane. Par définition, on parlera indifféremment ici d'un organe délimitant une cavité ou de la cavité elle-même, susceptible de contenir une flore microbienne anaérobie susceptible de produire ou produisant de la TMA. On peut aussi définir cette organe ou cavité comme un organe ou cavité contenant de la TMA produite par la flore microbienne. Cette production de TMA est généralement obtenue en présence d'une source d'hydrogène issue du métabolisme microbien. L'invention a donc pour objet une composition contenant un microorganisme exprimant une TMA méthyltransférase. Le microorganisme est capable de métaboliser la triméthylamine (TMA) en présence d'hydrogène dans un organe ou une cavité humaine selon la définition supra. La composition peut être utilisée comme médicament pour traiter, diminuer ou supprimer la TMA au niveau de l'organe ou de la cavité humaine, et/ou traiter toute pathologie, désagrément ou dérèglement caractérisé par la présence de TMA ou dérivé de la présence de TMA. Une composition selon l'invention contient un microorganisme exprimant une TMA méthyltransférase, capable de métaboliser la triméthylamine (TMA) en présence d'hydrogène dans au moins une cavité humaine comprenant une flore microbienne susceptible de produire de la TMA, pour utilisation comme médicament pour traiter, diminuer ou supprimer la TMA au niveau de la cavité humaine. Selon un premier aspect, l'invention concerne une composition contenant un microorganisme exprimant une TMA méthyltransférase, capable de métaboliser la triméthylamine (TMA) en présence d'hydrogène dans l'intestin, pour utilisation comme médicament pour diminuer ou supprimer la TMA au niveau intestinal et/ou dans le foie. Plus précisément, dans un premier mode de réalisation, l'utilisation vise à traiter la triméthylaminurie. Le patient traité a un déficit en capacité à métaboliser la TMA. Notamment, il est déficient en enzyme FM03 active.The present invention relates to the use of microorganisms to reduce the level of trimethylamine in a cavity of the human body, in particular for the treatment of trimethylaminuria or bacterial vaginosis and the prevention of cardiovascular diseases. trimethylamine (TMA) in at least one cavity of the human body (hereinafter "human cavity") comprising a microbial flora capable of producing TMA and thus to reduce the level of this TMA at the level of the human cavity. The invention relates to the use of these microorganisms in the intestine to reduce the intestinal level of this TMA. The object of the invention is in particular to allow the treatment of trimethylaminuria and / or to reduce the level of trimethylamine N-oxide (TMAO), which makes it possible to prevent the formation of atheroma plaques and to provide an additional means for the formation of atheroma plaques. prevention of cardiovascular diseases. Trimethylaminuria (or TMAU, TMA uremia, or rotten fish smell syndrome or fish-odor syndrome) is a genetic disease in which the person genetically deficient in an enzyme (flavo 3 monooxygenase FM03) can not not effectively transform TMA into TMAO in the liver. In some cases also, the deficiency in this transformation capacity is sporadic and acquired. Trimethylamine then accumulates in the body and is eventually eliminated by sweat, urine and exhalation, with a strong fishy odor. If no real study shows the general incidence of the disease, the figure of 1% of the American population has been advanced. In what follows, we will designate such a person as a patient deficient in metabolism of TMA. The intestinal TMA has a food origin and results in particular from the conversion of TMAO, choline or lecithin brought by food (including egg, meat, liver, wheat germ, fish, etc.). These compounds are transformed in the intestine by the intestinal microbiota. Moreover, in people with active FM03 enzyme, TMA is converted into TMAO in the liver and this metabolite is found in the bloodstream. Wang et al. (Nature 2011, 472 (7341), 57-63, see also K. Rak and DJ Rader, Cardiovascular Disease, News and Views, Nature2011, 472, 40-41) teach that circulating TMAO can contribute to plaque development. atheroma in the arteries and therefore to heart disease. Bacterial vaginosis is a benign disease in women whose cause is an imbalance of the vaginal microbial flora. This imbalance comes from a depletion of Lactobacillus flora in favor of the increase of an anaerobic flora including Gardnerella vaginalis. Bacterial vaginosis is characterized by greyish and odorous vaginal discharge or fluid. The odor of these vaginal fluid losses or fluids is due to the presence of TMA (VVolrath et al., APMIS 2002, 110, 819-824, see also VVolrath et al., APMIS 2005, 113, 513-516). The invention also relates to the use of these microorganisms in the vagina to decrease the level of TMA in vaginal fluids. The invention particularly aims to allow the treatment of vaginal fluids in the case of bacterial vaginosis or any disorder or disease resulting in local production of TMA, which reduces the strong odors of vaginal discharge or vaginal fluids. The invention also relates to a new microorganism that can be used in these applications. Methanogenic Archaea are microorganisms that produce methane under anaerobic conditions. Some Archaea are found in the digestive system of animals such as ruminants, as well as in some human individuals, particularly older individuals. Thus, the team of B. Dridi (International Journal of Systematic Evolutionary Microbiology 2012, 62, 1902-1907) presents the isolation of such a microorganism called Methanomassiiiicoccus luminyensis which is described that under an atmosphere with H2, this Archaea can reduce methanol to methane. It is also described that this microorganism is incapable of methanogenesis from trimethylamine, as well as other substrates, under the atmosphere of 002. The complete genome of this Archaea was published and mentioned in A. Gorlas, Journal of Bacteriology, September 2012, Vol. 194, 17, p. 4745, the genome being accessible in EMBL under access references CAJE01000001 to CAJE01000026. At present, it has not been described, particularly in humans, Archaea capable of using and metabolizing TMA in vivo. The inventors have succeeded in identifying a new species of methanogenic archaea in a sample of salts of a human individual, a species comprising a gene coding for a TMA methyltransferase and a gene coding for TMA methyl acceptor corrinoid protein, susceptible, in presence of hydrogen and anaerobically, conditions encountered in certain organs or the cavities they delimit, such as the intestine, the human colon and the vagina, to metabolize the TMA, so that it is proposed here to use these microorganisms to metabolize TMA to reduce the rate, including intestinal or vaginal. It has also been discovered that this strain of Archaea also has a bile salt resistance gene, in particular a gene coding for hydrolysis of bile salts, thus favoring the survival and maintenance of the microorganism at the intestinal level. This microorganism is hereinafter referred to as strain 1 or Methanomethylophilus alvus. The inventors have also identified that the Archaea strain Methanomassiliicoccus luminyensis described by D. Didri et al. (supra), sometimes referred to hereinafter as strain 2, also has the genes coding for a TMA methyltransferase and for a TMA methyl acceptor corrinoid protein likely to allow the metabolism of TMA in the presence of hydrogen in the intestine. TMA is thought to be metabolized with formation of methylated proteins (methylated corrinoid proteins) that capture TMA methyls. This methylated protein is probably then driven into the methanogenesis pathway, resulting in the production of methane. By definition, we will speak indifferently here of a body delimiting a cavity or the cavity itself, likely to contain an anaerobic microbial flora capable of producing or producing TMA. This organ or cavity can also be defined as an organ or cavity containing TMA produced by the microbial flora. This production of TMA is generally obtained in the presence of a hydrogen source derived from microbial metabolism. The subject of the invention is therefore a composition containing a microorganism expressing a TMA methyltransferase. The microorganism is capable of metabolizing trimethylamine (TMA) in the presence of hydrogen in a human organ or cavity as defined above. The composition can be used as a medicament for treating, reducing or suppressing TMA at the organ or the human cavity, and / or treating any pathology, discomfort or disturbance characterized by the presence of TMA or derived from the presence of TMA . A composition according to the invention contains a microorganism expressing a TMA methyltransferase, capable of metabolizing trimethylamine (TMA) in the presence of hydrogen in at least one human cavity comprising a microbial flora capable of producing TMA, for use as a medicament for treating , decrease or eliminate the TMA at the level of the human cavity. According to a first aspect, the invention relates to a composition containing a microorganism expressing a TMA methyltransferase, capable of metabolizing trimethylamine (TMA) in the presence of hydrogen in the intestine, for use as a medicament for reducing or suppressing TMA at the intestinal level. and / or in the liver. More specifically, in a first embodiment, the purpose is to treat trimethylaminuria. The treated patient has a deficit in ability to metabolize TMA. In particular, it is deficient in active FM03 enzyme.
Dans un deuxième mode de réalisation, l'utilisation vise la diminution du taux du métabolite hépatique de la TMA, le TMAO, notamment du TMAO plasmatique. Cette utilisation peut viser la prévention de la formation de plaques d'athérome et/ou la prévention des maladies cardiovasculaires. Le patient visé est soit un patient capable de métaboliser la TMA, soit un patient déficient en métabolisme de la TMA mais traité à l'aide d'un médicament permettant de rétablir un métabolisme de la TMA en TMAO, par exemple avec la composition selon l'invention. La métabolisation de la TMA, en amont, permet alors de limiter la production de TMAO par le foie. L'utilisation de la composition selon l'invention chez un patient déficient en métabolisme de la TMA permet de combiner les deux effets, métabolisme de la TMA ou traitement de la triméthylaminurie et diminution de la TMAO plasmatique, prévention de la formation de plaques d'athérome et/ou prévention des maladies cardiovasculaires. L'invention a aussi pour objet une composition contenant un microorganisme exprimant une TMA méthyltransférase, capable de métaboliser la triméthylamine (TMA) en présence d'hydrogène dans l'intestin, pour traiter la triméthylaminurie. L'invention a donc aussi pour objet une composition contenant un microorganisme exprimant une TMA méthyltransférase, capable de métaboliser la triméthylamine (TMA) en présence d'hydrogène dans l'intestin, pour utilisation comme médicament pour diminuer le taux de TMAO plasmatique, prévenir la formation de plaques d'athérome et/ou prévenir les maladies cardiovasculaires. Selon un deuxième aspect, l'invention concerne une composition contenant un microorganisme exprimant une TMA méthyltransférase, capable de métaboliser la triméthylamine (TMA) en présence d'hydrogène dans le vagin, pour traiter, diminuer ou supprimer la TMA présente dans le vagin ou les fluides vaginaux. En particulier, sans vouloir être lié à la théorie, on pense que la TMA présente dans le vagin ou les fluides vaginaux résulte de la conversion de composés, comprenant un groupement azoté substitué par trois méthyles, par la flore microbienne vaginale. Dans un mode de réalisation, l'utilisation vise à traiter les fluides vaginaux dans le cas d'une vaginose bactérienne et diminuer ou supprimer les odeurs dues à la présence de TMA. Pour assurer la métabolisation de la TMA par les microorganismes selon l'invention, il est préférable que les méthyles de la TMA soient transférés à une autre molécule. Dans un mode de réalisation, le microorganisme exprime également une protéine corrinoide susceptible de jouer ce rôle d'accepteur de méthyle. Cette protéine est en particulier une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA.In a second embodiment, the aim is to reduce the level of the hepatic metabolite of TMA, the TMAO, in particular plasma TMAO. This use may be aimed at preventing the formation of atheroma plaques and / or the prevention of cardiovascular diseases. The target patient is either a patient capable of metabolizing TMA, or a patient deficient in metabolism of TMA but treated with a drug to restore a metabolism of TMA to TMAO, for example with the composition according to the invention. 'invention. The metabolism of TMA, upstream, allows to limit the production of TMAO by the liver. The use of the composition according to the invention in a patient deficient in metabolism of TMA makes it possible to combine the two effects, metabolism of TMA or treatment of trimethylaminuria and decrease of plasma TMAO, prevention of plaque formation. atheroma and / or prevention of cardiovascular diseases. The invention also relates to a composition containing a microorganism expressing a TMA methyltransferase, capable of metabolizing trimethylamine (TMA) in the presence of hydrogen in the intestine, to treat trimethylaminuria. The subject of the invention is therefore also a composition containing a microorganism expressing a TMA methyltransferase, capable of metabolizing trimethylamine (TMA) in the presence of hydrogen in the intestine, for use as a medicament for reducing the level of plasma TMAO, preventing formation of atheroma plaques and / or prevention of cardiovascular diseases. According to a second aspect, the invention relates to a composition containing a microorganism expressing a TMA methyltransferase, capable of metabolizing trimethylamine (TMA) in the presence of hydrogen in the vagina, to treat, reduce or suppress the TMA present in the vagina or vaginal fluids. In particular, without wishing to be bound by the theory, it is believed that TMA present in the vagina or vaginal fluids results from the conversion of compounds, comprising a nitrogenous group substituted by three methyls, by the vaginal microbial flora. In one embodiment, the purpose is to treat vaginal fluids in the case of bacterial vaginosis and to reduce or eliminate odors due to the presence of TMA. To ensure the metabolism of TMA by the microorganisms according to the invention, it is preferable that the methylated TMA are transferred to another molecule. In one embodiment, the microorganism also expresses a corrinoid protein capable of acting as a methyl acceptor. This protein is in particular a TMA methyl acceptor corrinoid protein.
Dans un mode de réalisation, la composition comprend un microorganisme comprenant le gène codant pour une TMA méthyltransférase ayant la séquence SEQ ID NO : 1 ou 2, ou une séquence équivalente (d'une méthyltransférase active sur la TMA) ayant plus de 90% d'identité, notamment ayant 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 ou 99% d'identité, avec la SEQ ID NO: 1 ou 2. Dans un mode de réalisation, la composition comprend un microorganisme comprenant le gène codant pour une TMA méthyltransférase, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 3 ou 4, ou une séquence équivalente (séquence codant pour une méthyltransférase active sur la TMA) ayant plus de 90% d'identité, notamment ayant 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 ou 99% d'identité, avec la SEQ ID NO: 3 ou 4. Dans un mode de réalisation, la composition comprend un microorganisme comprenant le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ayant la séquence SEQ ID NO: 5 ou 6, ou une séquence équivalente (d'une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle capable de capter les méthyles de la TMA en présence d'une méthyltransférase) ayant plus de 90% d'identité, notamment ayant 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 ou 99% d'identité, avec la SEQ ID NO: 5 ou 6. Dans un mode de réalisation, la composition comprend un microorganisme comprenant le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 7 ou 8, ou une séquence équivalente (séquence codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle capable de capter les méthyles de la TMA en présence d'une méthyltransférase) ayant plus de 90% d'identité, notamment ayant 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 ou 99% d'identité, avec la SEQ ID NO: 7 ou 8. Dans un mode de réalisation, la composition comprend un microorganisme comprenant le gène codant pour une TMA méthyltransférase ayant la séquence SEQ ID NO : 1, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ayant la séquence SEQ ID NO : 5, ou séquence équivalente telles que définie supra . Dans un mode de réalisation, la composition comprend un microorganisme comprenant le gène codant pour une TMA méthyltransférase ayant la séquence SEQ ID NO : 2, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ayant la séquence SEQ ID NO : 6, ou séquence équivalente telles que définie supra. Dans un mode de réalisation, la composition comprend un microorganisme comprenant le gène codant pour une TMA méthyltransférase, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 3, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO : 7, ou séquence équivalente telles que définie supra. Dans un mode de réalisation, la composition comprend un microorganisme comprenant le gène codant pour une TMA méthyltransférase, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 4, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO : 8, ou séquence équivalente telles que définie supra. Dans un mode de réalisation, le microorganisme comporte également un gène de résistance aux sels biliaires, de préférence un gène codant pour une hydrolase des sels biliaires, telle qu'une choloylglycine hydrolase. Dans un mode de réalisation, la choloylglycine hydrolase a la séquence SEQ ID NO : 9, ou une séquence équivalente (d'une hydrolase active sur les sels biliaires) ayant plus de 90% d'identité, notamment ayant 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 ou 99% d'identité, avec la SEQ ID NO: 9. Dans un mode de réalisation, la choloylglycine hydrolase est codée par un gène ayant la séquence SEQ ID NO: 10, ou une séquence équivalente (séquence codant pour une hydrolase active sur les sels biliaires) ayant plus de 90% d'identité, notamment ayant 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 ou 99% d'identité, avec la SEQ ID NO: 10. Dans un mode de réalisation, la composition comprend un microorganisme comprenant le gène codant pour une TMA méthyltransférase ayant la séquence SEQ ID NO : 1, ou séquence équivalente telles que définie supra, le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA ayant la séquence SEQ ID NO : 5, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une choloylglycine hydrolase ayant la séquence SEQ ID NO: 9, ou séquence équivalente telles que définie supra. Dans un mode de réalisation, la composition comprend un microorganisme comprenant le gène codant pour une TMA méthyltransférase, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 3, ou séquence équivalente telles que définie supra, le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 7, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une choloylglycine hydrolase, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 10, ou séquence équivalente telles que définie supra. Suivant un mode de réalisation préféré, dans ces compositions, le microorganisme est une Archaea méthanogène, notamment d'origine humaine ou animale, de préférence humaine.In one embodiment, the composition comprises a microorganism comprising the gene encoding a TMA methyltransferase having the sequence SEQ ID NO: 1 or 2, or an equivalent sequence (of a TMA-active methyltransferase) having greater than 90% d identity, especially having 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 or 99% identity, with SEQ ID NO: 1 or 2. In one embodiment, the composition comprises a microorganism comprising the gene coding for a TMA methyltransferase, this gene having the sequence SEQ ID NO: 3 or 4, or an equivalent sequence (sequence coding for a TMA-active methyltransferase) having more than 90% identity, in particular having 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 or 99% identity, with SEQ ID NO: 3 or 4. In one embodiment, the composition comprises a microorganism comprising the gene encoding a protein TMA methyl acceptor corrinoid having the sequence SEQ ID NO: 5 or 6, or a equivalent quantization (of a methyl acceptor corrinoid protein capable of capturing TMA methyls in the presence of a methyltransferase) having more than 90% identity, in particular having 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 or 99% identity, with SEQ ID NO: 5 or 6. In one embodiment, the composition comprises a microorganism comprising the gene coding for a TMA methyl acceptor corrinoid protein, this gene having the sequence SEQ ID NO: 7 or 8, or an equivalent sequence (sequence coding for a methyl acceptor corrinoid protein capable of capturing TMA methyls in the presence of a methyltransferase) having more than 90% identity, especially having 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 or 99% identity, with SEQ ID NO: 7 or 8. In one embodiment, the composition comprises a microorganism comprising the gene coding for a TMA methyltransferase having the sequence SEQ ID NO: 1, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a TMA methyl acceptor corrinoid protein, having the sequence SEQ ID NO: 5, or equivalent sequence as defined above. In one embodiment, the composition comprises a microorganism comprising the gene encoding a TMA methyltransferase having the sequence SEQ ID NO: 2, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a TMA methyl acceptor corrinoid protein. , having the sequence SEQ ID NO: 6, or equivalent sequence as defined above. In one embodiment, the composition comprises a microorganism comprising the gene coding for a TMA methyltransferase, this gene having the sequence SEQ ID NO: 3, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a group accepting corrinoid protein. methyl of TMA, this gene having the sequence SEQ ID NO: 7, or equivalent sequence as defined above. In one embodiment, the composition comprises a microorganism comprising the gene coding for a TMA methyltransferase, this gene having the sequence SEQ ID NO: 4, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a group accepting corrinoid protein. TMA methyl, this gene having the sequence SEQ ID NO: 8, or equivalent sequence as defined above. In one embodiment, the microorganism also comprises a bile salt resistance gene, preferably a gene encoding a bile salt hydrolase, such as a choloylglycine hydrolase. In one embodiment, the choloylglycine hydrolase has the sequence SEQ ID NO: 9, or an equivalent sequence (of a hydrolase active on bile salts) having more than 90% identity, in particular having 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 or 99% identity, with SEQ ID NO: 9. In one embodiment, the choloylglycine hydrolase is encoded by a gene having the sequence SEQ ID NO: 10, or an equivalent sequence (sequence coding for a hydrolase active on bile salts) having more than 90% identity, in particular having 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 or 99% identity, with the SEQ ID NO: 10. In one embodiment, the composition comprises a microorganism comprising the gene coding for a TMA methyltransferase having the sequence SEQ ID NO: 1, or equivalent sequence as defined above, the gene coding for a protein TMA acceptor methyl acceptor corrinoid having the sequence SEQ ID NO: 5, or equivalent sequence tell as defined above, and the gene coding for a choloylglycine hydrolase having the sequence SEQ ID NO: 9, or equivalent sequence as defined above. In one embodiment, the composition comprises a microorganism comprising the gene coding for a TMA methyltransferase, this gene having the sequence SEQ ID NO: 3, or equivalent sequence as defined above, the gene coding for a methyl acceptor corrinoid protein of TMA, this gene having the sequence SEQ ID NO: 7, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a choloylglycine hydrolase, this gene having the sequence SEQ ID NO: 10, or equivalent sequence as defined above. According to a preferred embodiment, in these compositions, the microorganism is a methanogenic Archaea, in particular of human or animal origin, preferably human.
Dans un mode de réalisation, le microorganisme est une Archaea méthanogène dont l'ARN 16S est codé par la séquence ADN SEQ ID NO: 11 (souche 1 identifiée par les inventeurs) ou une séquence ayant plus de 85 %, notamment plus de 90% d'identité, notamment ayant 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 ou 99% d'identité, avec la SEQ ID NO 11. Ce microorganisme comprend le gène codant pour une TMA méthyltransférase ayant la séquence SEQ ID NO: 1, ou séquence équivalente telles que définie supra, le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ayant la séquence SEQ ID NO : 5, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une choloylglycine hydrolase, ayant la séquence SEQ ID NO : 9, ou séquence équivalente telles que définie supra. Ce microorganisme comprend le gène codant pour une TMA méthyltransférase, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 3, ou séquence équivalente telles que définie supra, le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO : 7, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une choloylglycine hydrolase, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 10, ou séquence équivalente telles que définie supra. Le génome de cette souche, dénommée ici Methanomethylophilus alvus, est présenté dans la SEQ ID NO: 13. Dans un mode de réalisation, le microorganisme est une Archaea méthanogène dont l'ARN 16S est codé par la séquence ADN SEQ ID NO: 12 (souche 2 décrite par Dridi supra, souche DSM No. 25720; ou CSUR P135), ou une séquence ayant plus de 85%, de préférence plus de 90% d'identité, notamment ayant 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 ou 99% d'identité, avec la SEQ ID NO 12. Ce microorganisme comprend le gène codant pour une TMA méthyltransférase ayant la séquence SEQ ID NO: 2, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ayant la séquence SEQ ID NO: 6, ou séquence équivalente telles que définie supra. Ce microorganisme comprend le gène codant pour une TMA méthyltransférase, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 4, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 8, ou séquence équivalente telles que définie supra. Dans un mode de réalisation, la composition comprend la souche Methanomassiliicoccus luminyensis DSM No. 25720, disponible auprès de la collection DSMZ (Inhoffenstrafle 7B, 38124 Braunschweig, Allemagne). Dans un mode de réalisation les microorganismes sont vivants. Dans d'autres modes de réalisation, ils peuvent être tués ou inactivés.In one embodiment, the microorganism is a methanogenic archaea whose 16S RNA is encoded by the DNA sequence SEQ ID NO: 11 (strain 1 identified by the inventors) or a sequence having more than 85%, especially more than 90%. of identity, in particular having 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 or 99% identity, with SEQ ID No. 11. This microorganism comprises the gene coding for a TMA methyltransferase having the sequence SEQ ID NO: 1, or equivalent sequence as defined above, the gene coding for a TMA methyl acceptor corrinoid protein, having the sequence SEQ ID NO: 5, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a choloylglycine hydrolase, having the sequence SEQ ID NO: 9, or equivalent sequence as defined above. This microorganism comprises the gene coding for a TMA methyltransferase, this gene having the sequence SEQ ID NO: 3, or equivalent sequence as defined above, the gene coding for a TMA methyl acceptor corrinoid protein, this gene having the sequence SEQ ID NO: 7, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a choloylglycine hydrolase, this gene having the sequence SEQ ID NO: 10, or equivalent sequence as defined above. The genome of this strain, referred to herein as Methanomethylophilus alvus, is presented in SEQ ID NO: 13. In one embodiment, the microorganism is a methanogenic archaea whose 16S RNA is encoded by the DNA sequence SEQ ID NO: 12 ( strain 2 described by Dridi supra, strain DSM No. 25720 or CSUR P135), or a sequence having more than 85%, preferably more than 90% identity, especially having 90, 91, 92, 93, 94, 95 , 96, 97, 98 or 99% identity, with SEQ ID NO 12. This microorganism comprises the gene coding for a TMA methyltransferase having the sequence SEQ ID NO: 2, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a TMA methyl acceptor corrinoid protein, having the sequence SEQ ID NO: 6, or equivalent sequence as defined above. This microorganism comprises the gene coding for a TMA methyltransferase, this gene having the sequence SEQ ID NO: 4, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a TMA methyl acceptor corrinoid protein, this gene having the sequence SEQ ID NO: 8, or equivalent sequence as defined above. In one embodiment, the composition comprises the strain Methanomassiliicoccus luminyensis DSM No. 25720, available from the DSMZ collection (Inhoffenstrafle 7B, 38124 Braunschweig, Germany). In one embodiment, the microorganisms are alive. In other embodiments, they may be killed or inactivated.
Les compositions selon l'invention peuvent comprendre en outre un véhicule ou excipient pharmaceutiquement acceptable. Dans un mode de réalisation, la composition est un extrait de culture, de préférence un extrait concentré. Notamment, un extrait concentré de microorganisme vivant est employé. Dans un mode de réalisation, la composition ou un extrait servant de principe actif dans la composition comprend une population de microorganismes consistant essentiellement ou consistant exclusivement en microorganismes méthanogènes conformes à l'invention. La composition peut en comprendre une espèce ou une souche unique, ou bien en comprendre au moins deux espèces ou souches différentes. Dans un autre mode de réalisation, la composition ou un extrait servant de principe actif dans la composition comprend une population de microorganismes comprenant au moins une espèce ou une souche de microorganisme méthanogène conforme à l'invention, et un ou plusieurs autres microorganismes, notamment venant de culture. La composition peut comprendre une espèce ou une souche unique de microorganisme méthanogène conforme à l'invention, ou bien en comprendre au moins deux espèces ou souches différentes. Dans un mode de réalisation, les microorganismes sont lyophilisés. La lyophilisation est réalisée par une technique standard. La composition peut alors comprendre un excipient et/ou un stabilisant de lyophilisation standard, et tout autre additif utile. La composition se présente sous une forme adaptée à la cavité ou à l'organe à traiter. La composition se présente de préférence sous une forme d'administration par voie orale. Pour l'intestin notamment, cette forme orale peut avantageusement comprendre une forme d'administration entérique, notamment une capsule entérique, une gélule entérique, un comprimé comportant un coating entérique, une encapsulation, e.g. microencapsulation, avec un matériau procurant une protection entérique, la combinaison d'au moins deux de ces moyens dont l'un au moins procure une protection entérique, etc. Le terme entérique signifie que la forme d'administration protège la composition jusqu'à ce qu'elle atteigne l'intestin. Par exemple, la composition, notamment le lyophilisat de microorganismes, peut être revêtu par coating à l'aide d'agents protecteurs, notamment choisis de manière usuelle parmi les protéines, polysaccharides, gommes, et autres agents de coating entériques. Dans un mode de réalisation, un double coating est réalisé suivant l'enseignement de EP 1 514 553.The compositions according to the invention may further comprise a pharmaceutically acceptable carrier or excipient. In one embodiment, the composition is a culture extract, preferably a concentrated extract. In particular, a concentrated extract of live microorganism is used. In one embodiment, the composition or an extract serving as an active ingredient in the composition comprises a population of microorganisms consisting essentially or exclusively of methanogenic microorganisms according to the invention. The composition may comprise a single species or strain, or comprise at least two different species or strains. In another embodiment, the composition or an extract serving as active principle in the composition comprises a population of microorganisms comprising at least one species or a strain of methanogenic microorganism according to the invention, and one or more other microorganisms, in particular from of culture. The composition may comprise a species or a single strain of methanogenic microorganism according to the invention, or comprise at least two different species or strains. In one embodiment, the microorganisms are lyophilized. Lyophilization is carried out by a standard technique. The composition may then comprise a standard excipient and / or lyophilization stabilizer, and any other useful additive. The composition is in a form adapted to the cavity or the organ to be treated. The composition is preferably in an oral dosage form. For the intestine in particular, this oral form may advantageously comprise an enteric form of administration, in particular an enteric capsule, an enteric capsule, a tablet comprising an enteric coating, an encapsulation, eg microencapsulation, with a material providing enteric protection, the combination of at least two of these means of which at least one provides enteric protection, etc. The term enteric means that the form of administration protects the composition until it reaches the intestine. For example, the composition, in particular the lyophilizate of microorganisms, may be coated by means of protective agents, especially chosen in the usual manner from proteins, polysaccharides, gums, and other enteric coating agents. In one embodiment, a double coating is made according to the teaching of EP 1,514,553.
La forme d'administration peut aussi être adaptée à une administration directe dans une cavité du corps telle que le vagin, par exemple sous forme d'ovules. La forme d'administration peut aussi être adaptée à une administration par la voie rectale, par exemple suppositoire ou analogue. Dans ce mode de réalisation, les compositions selon l'invention contiennent de 10 à 1013 microorganismes. La présente invention a aussi pour objet une méthode de traitement destinée à diminuer la teneur en TMA chez un patient qui en a besoin. L'invention a donc pour objet une méthode pour diminuer ou supprimer la TMA au niveau d'une cavité ou d'un organe humain, notamment au niveau intestinal, vaginal et/ou dans le foie, comprenant l'administration à un patient qui en a besoin, d'une quantité suffisante d'une composition contenant un microorganisme exprimant une TMA méthyltransférase. Ce microorganisme est capable de métaboliser la triméthylamine (TMA) en présence d'hydrogène dans la cavité, notamment l'intestin ou le vagin. De préférence, le microorganisme exprime également une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA. De préférence encore, le microorganisme exprime également une hydrolase des sels biliaires, notamment une choloylglycine hydrolase. Dans un mode de réalisation, la composition comprend une Archaea méthanogène, notamment Methanomethylophilus alvus ou Methanomassiliicoccus luminyensis. Dans une premier mode de réalisation, l'invention concerne une méthode de traitement de la triméthylaminurie. Le patient traité a un déficit en capacité à métaboliser la TMA. Notamment, il est déficient en enzyme FM03 active. Dans un deuxième mode de réalisation, l'invention concerne une méthode permettant de diminuer le taux du métabolite hépatique de la TMA, le TMAO, notamment le TMAO plasmatique. Cette méthode peut viser la prévention de la formation de plaques d'athérome et/ou la prévention des maladies cardiovasculaires. Le patient visé est soit un patient capable de métaboliser la TMA, soit un patient déficient en métabolisme de la TMA mais traité à l'aide d'un médicament permettant de rétablir un métabolisme de la TMA en TMAO, par exemple avec la composition selon l'invention. La métabolisation de la TMA, en amont, permet alors de limiter la production de TMAO par le foie. La méthode appliquée chez un patient déficient en métabolisme de la TMA permet de combiner les deux effets, métabolisme de la TMA ou traitement de la triméthylaminurie, et diminution de la TMAO plasmatique, prévention de la formation de plaques d'athérome et/ou prévention des maladies cardiovasculaires.The form of administration may also be adapted for direct administration into a body cavity such as the vagina, for example in the form of ovules. The form of administration may also be adapted for rectal administration, for example suppository or the like. In this embodiment, the compositions according to the invention contain from 10 to 1013 microorganisms. The present invention also relates to a method of treatment for decreasing the TMA content in a patient who needs it. The subject of the invention is therefore a method for reducing or eliminating TMA at the level of a human cavity or organ, in particular at the intestinal, vaginal and / or liver level, comprising the administration to a patient who requires a sufficient amount of a composition containing a microorganism expressing a TMA methyltransferase. This microorganism is able to metabolize trimethylamine (TMA) in the presence of hydrogen in the cavity, including the intestine or vagina. Preferably, the microorganism also expresses a methyl acceptor corrinoid protein of TMA. More preferably, the microorganism also expresses a hydrolase of bile salts, especially a choloylglycine hydrolase. In one embodiment, the composition comprises a methanogenic Archaea, especially Methanomethylophilus alvus or Methanomassiliicoccus luminyensis. In a first embodiment, the invention relates to a method for treating trimethylaminuria. The treated patient has a deficit in ability to metabolize TMA. In particular, it is deficient in active FM03 enzyme. In a second embodiment, the invention relates to a method for reducing the level of the hepatic metabolite of TMA, TMAO, including plasma TMAO. This method may be aimed at preventing the formation of atheroma plaques and / or the prevention of cardiovascular diseases. The target patient is either a patient capable of metabolizing TMA, or a patient deficient in metabolism of TMA but treated with a drug to restore a metabolism of TMA to TMAO, for example with the composition according to the invention. 'invention. The metabolism of TMA, upstream, allows to limit the production of TMAO by the liver. The method applied in a patient with a metabolic deficiency of TMA makes it possible to combine the two effects, metabolism of TMA or treatment of trimethylaminuria, and decrease of plasma TMAO, prevention of the formation of atheroma plaques and / or prevention of cardiovascular illnesses.
Dans un troisième mode de réalisation, l'invention concerne une méthode de traitement des fluides vaginaux dans le cas d'une vaginose bactérienne. La méthode vise notamment à diminuer ou supprimer la TMA et/ou les odeurs associées à la présence de TMA. Dans un mode de réalisation préféré les microorganismes sont vivants. Dans un mode de réalisation, on administre au patient au moins une dose contenant une quantité suffisante de microorganismes pour obtenir l'effet recherché entre diminution du taux de TMA, diminution du taux de TMAO, ou encore combinaison des deux. Des doses supplémentaires peuvent être administrées de manière étalée dans le temps, notamment à intervalles de temps régulier, par exemple à chaque repas, pour maintenir l'effet recherché. Dans un autre mode de réalisation dans lequel le microorganisme est forcément vivant, on administre au patient soit au moins une dose immédiatement efficace pour obtenir l'effet recherché entre diminution du taux de TMA, diminution du taux de TMAO, ou encore combinaison des deux, soit une dose d'ensemencement, le développement intra-intestinal ou intra-vaginal du microorganisme permettant ensuite d'obtenir l'effet recherché. Dans un mode de réalisation, le microorganisme s'implante dans l'intestin sur le long terme. On peut alors envisager une ou plusieurs (e.g. de 1 à 5) doses initiales, par exemple prises au moment des repas, puis des compléments à intervalles de temps régulier, ou après des épisodes de dérangement intestinal (diarrhées ou autres). Dans un autre mode de réalisation, le microorganisme s'implante dans le vagin sur le long terme. On peut alors envisager une ou plusieurs (e.g. de 1 à 5) doses initiales, par exemple prises au lever et/ou au coucher, puis des compléments à intervalles de temps régulier, ou après des épisodes de pertes vaginales odorantes importantes. Les compositions utilisées dans ces méthodes de traitement peuvent avoir les différentes caractéristiques développées supra. La présente invention a aussi pour objet une culture contenant une Archaea méthanogène dont l'ARN 16S est codé par la séquence ADN SEQ ID NO: 11 (souche 1 identifiée par les inventeurs) ou une séquence ayant plus de 90% d'identité, notamment ayant 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 ou 99% d'identité, avec la SEQ ID NO 11. Ce microorganisme comprend le gène codant pour une TMA méthyltransférase ayant la séquence SEQ ID NO: 1, ou séquence équivalente telles que définie supra, le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ayant la séquence SEQ ID NO: 5, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une choloylglycine hydrolase, ayant la séquence SEQ ID NO : 9, ou séquence équivalente telles que définie supra. Ce microorganisme comprend le gène codant pour une TMA méthyltransférase, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 3, ou séquence équivalente telles que définie supra, le gène codant pour une protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO : 7, ou séquence équivalente telles que définie supra, et le gène codant pour une choloylglycine hydrolase, ce gène ayant la séquence SEQ ID NO: 10, ou séquence équivalente telles que définie supra. Le génome de cette souche, dénommée ici Methanomethylophilus alvus, est présenté dans la SEQ ID NO: 13. La culture peut correspondre à un consortium de microorganismes, issu par exemple d'une mise en culture de selles de patient humain ou d'un animal, contenant entre autres Methanomethylophilus alvus, et de préférence, ce microorganisme représente plus de 10 %, de préférence plus de 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 % des microorganismes dans le consortium. Notamment, ce microorganisme représente dans le consortium, plus de 10 %, de préférence plus de 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 % des souches méthanogènes les plus fréquemment rencontrées chez l'homme (Methanobacteriales de type Methanobrevibacter smithii et Methanosphaera stadtmanae). La culture peut aussi être une culture pure de Methanomethylophilus alvus. La culture comprend un véhicule adapté. La culture est maintenue en conditions d'anaérobie. Liste des séquences : SEQ ID Acides aminés Nucléotides NO: TMA méthyltransférase souche 1 TMA méthyltransférase souche 2 Gène codant pour la TMA méthyltransférase souche 1 Gène codant pour la TMA méthyltransférase souche 2 protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA souche 1 protéine corrinoïde acceptrice de roupement méthyle de TMA ouche 2 Gène codant pour la protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA souche 1 Gène codant pour la protéine corrinoïde acceptrice de groupement méthyle de TMA souche 2 9 Hydrolase de sels biliaires souche 1 10 Gène codant pour hydrolase de sels biliaires souche 1 11 ADN codant pour l'ARN 16S souche 1 12 ADN codant pour l'ARN 16S souche 2 13 Génome souche 1 14 Amorce mttb Fw 15 Amorce mttb Rv 16-21 Amorces L'invention va être maintenant décrite plus en détail à l'aide d'exemples de mise en oeuvre non limitatifs. Exemple 1 : Méthode d'isolement et de culture d'une Archaea méthanogène consommatrice de TMA: 1.1. méthode de détection moléculaire : Les méthodes de biologie moléculaire permettent de mettre en évidence et distinguer les Archaea méthanogènes consommatrices de TMA (appelées ici Methanomethylophilales) entre eux. Une première phase peut consister à mettre en évidence des Archaea méthanogènes à l'aide de l'ARN 16S en prenant les ARN 16S des souches 1 et 2 décrites supra, ou des ADN codant pour ces ARN16S, à l'aide des amorces appropriées. Une deuxième phase (ou première phase si la classification a déjà été réalisée) consiste à détecter la présence d'un gène mttb (ou mttB), et éventuellement, en plus, un gène mttc (ou mttC). Des amorces utilisables pour la détection du gène mttb sont les suivantes : Fw: SEQ ID NO: 14: GCACTTCCACCACATCG Rv: SEQ ID NO: 15: AGCTGRGACAGRACGAT Où R correspond à une base purique, A ou G Amplicon: 270-300 pb. 1.2. méthode de culture, d'enrichissement et d'isolement La culture / l'isolement est initialement réalisé à partir de selles fraiches, provenant d'un humain : cet humain peut être une personne chez laquelle préalablement la présence de méthanogènes en général, et de Methanomethylophilales en particulier aura été mise en évidence avec les techniques de détection moléculaire citées ci-dessus (à partir d'ADN extraits de ces selles, selon les méthodologies standards= par le kit QIAGen DNA Stool Kit). Alternativement, la mise en évidence de la présence de Methanomethylophilales pourra être réalisée en parallèle de la mise en culture, selon cette même méthodologie. Toutes les manipulations sont effectuées en conditions stériles et anaérobie stricte (flux de N2). Les selles, une fois récupérées sont traitées immédiatement. Sinon, alternativement, leur conservation peut être réalisée avant emploi, plusieurs heures à 4°C, en pot fermé, dans lequel une anaérobie a été instaurée, sans modification dramatique apparente sur les résultats et la survie des méthanogènes dans l'échantillon. Environ 500 à 600 mg de selles sont récupérés à l'aide d'une seringue 1 ml insuline, dont l'extrémité est coupée (soit environ 0.4 ml). Ils sont placés dans 10 ml de milieu 141 DSMZ (Methanogenium medium) spécifique pour les microorganismes méthanogènes, en atmosphère H2/CO2 (80/20, pression de 2 atm.) en fiole antibiotique de 60 ml. Pour favoriser le développement des Methanomethylophilales, et ainsi enrichir la culture en consortium, on dispose en plus dans le tube : - d'un substrat spécifique de ce groupe = méthanol (à 80 mM final), - ou, alternativement, d'une de ses « sources » naturelles dans le colon humain, à savoir la pectine qui sera hydrolysée par d'autres microbes du consortium (et potentiellement les Methanomethylophilales) de manière à donner entre autres du méthanol. - Divers antibiotiques tels que la bacitracine ou le metronidazole, (100 mg/L) ; Dridi et al (supra) ont proposé divers antibiotiques pour lesquels Methanomassiiiicoccus luminyensis est résistant (bacitracine, metronidazole, ordinazole, squalamine) Cette culture est ensuite réalisée à 37°C, sous agitation légère ; le suivi de la culture est assuré continuellement, par PCR quantitative, de préférence quotidiennement. Selon les types de souches de Methanomethylophilales, divers temps de doublement sont observés, et peuvent varier du simple au triple, voire davantage. A titre d'exemple, le cas de figure rencontré avec des selles d'un patient porteur de Methanomethylophilus alvus est illustré, depuis l'inoculation d'un échantillon de selles. Il s'agit d'un patient présentant 106 nombre de copies de gènes 16S rRNA /ml de culture de Methanobrevibacter smithii (Mbs), 10 fois plus de M. alvus (Mx), et encore 10 fois plus de bactéries (selles au moment de la mise en culture, temps 0). Dans les premiers jours d'une culture en milieu standard, sans apport de pectine ou de méthanol, les Mbs et certaines bactéries se développent beaucoup plus vite et supplantent Mx, avant une stabilisation et un développement retardé de Mx, à des taux se rapprochant de la quantité initiale dans l'échantillon. Ce taux peut être amélioré en ajoutant du méthanol, ou même de la pectine, substrat générateur de méthanol, comme dans ce cas au jour 20: on observe alors une nette amélioration de la proportion de Mx au cours du temps par rapport aux bactéries et à Mbs. Cette méthode peut être répétée : lors du suivi (de préférence quotidien), il est alors possible de déterminer le meilleur moment pour repiquer le consortium ou simplement re-supplémenter la culture en méthanol / pectine (par exemple sur une phase de plateau observée à partir du jour 20). Après un certain nombre de cycle d'enrichissement, on est en mesure de réaliser des isolements d'une souche de Mx à partir de ce mélange, par cultures individualisées d'un clone de ce milieu liquide en consortium. Ceci est effectué par la méthode des Roll-Tubes, méthode qui permet, en anaérobie, d'obtenir des colonies isolées en milieu solide DSMZ 141 + agar, en présence de méthanol (atmosphère anaérobie, contenant au moins de l'H2). Dans cette culture en milieu solide, les premières colonies qui apparaissent (Ière semaine) ne sont pas les Mx recherchés. Les colonies, petites, qui apparaissent par la suite (notamment après 2 ou 3 semaines de culture), sont récupérées et servent à inoculer individuellement, colonie par colonie, des tubes de milieu DSMZ-141. En parallèle, on détermine, par PCR quantitative, si la colonie repiquée est ou non un Mx. Dans le cas positif, l'isolement est alors réalisé, la culture repiquée selon la vitesse de croissance de Mx en milieu liquide 141 supplémenté avec du méthanol, sous atmosphère H2/CO2. La pureté de la souche isolée peut alors être vérifiée, soit en re-isolant, selon la méthode décrite ci- dessus (colonies isolées en milieu solide selon la technique des Roll-Tube), soit en analysant les courbes de dissociation obtenues sur les amplicons des -PCR quantitatives. 1.3. Protocole de quantification rapide de liqnées procaryotiques en culture Ce protocole sert au suivi en parallèle des Methanomethylophilales ou Mmp (Mx=M. alvus, M. luminyensis, autres), des Methanobacteriales (Mbac, telles que Methanobrevibacter smithii ou Methanosphaera stadtmanae) et des bactéries totales (Bac) dans les cultures d'enrichissement afin de définir les meilleures conditions pour la croissance de M. alvus et Mx/. - Principe : Lyse d'un petit aliquote (0,1 à 0,2 ml) de culture à haute température + choc osmotique Réduction de la concentration des inhibiteurs de PCR par centrifugation et dilution du surnageant Quantification des groupes d'intérêts en PCRq Les gammes étalons de quantification sont préparées à l'avance, et consistent en des amplicons PCR, réalisés avec les amorces décrites, purifiées et quantifiées selon les méthodes classiques. - Matériel : Centrifugeuse (mettre à 4°C) Thermomixeur (mettre à 99°C) Thermocycleur - Amorces Mmp, Mbac et Bac: MxF (AS-05_Fw ; 77) : ggg gTA ggg gTA AAA TCC TG (SEQ ID NO: 16) MxR (AS-06_Rv; 78) : Cgg ggT ATC TAA TCC CgT TT (SEQ ID NO: 17) MbacF (MbS-01_Fw; 75) : gCg AAC Cgg ATT AgA TAC CC (SEQ ID NO: 18) MbacR (MbS-02_Rv; 76) : AgT CTT gCg ACC gTA CTT CC (SEQ ID NO: 19) BacF (ES-06_Fw; 71) : ACT CCT ACg ggA ggC Ag (SEQ ID NO : 20) BacR (ES-07_Rv; 72) : gTA TTA CCg Cgg CTg CTg (SEQ ID NO : 21) Note : Les amorces MxF et MxR ciblent à la fois les Methanomethylophilales proches de M. alvus et celles proches de M. luminyensis. Il est possible de déterminer laquelle de ces lignées domine sur l'autre (ou s'il y a codominance), de manière qualitative, par l'observation des courbe de dissociations : les amplicons de M. alvus se dissocient autour de 84°C alors que ceux de M. luminyensis se dissocient autour de 85,5°C. Cette différence de température de dissociation n'a pas été clairement définie pour les Methanobacteriales. - Composition du Mix : Utilisation du kit Eurogentec MESA GREEN qPCR Master Mix Mix Volume (pl) Volume final 18 Master Mix 9 Amorce F 0,8 Amorce R 0,8 H20 5,4 ADNg 2 - Condition de la PCRq avec les amorces ci-dessus : Premier segment : 95°C pendant 10 min Second segment : 95 °C pendant 30 sec 59 °C pendant 20 sec 72 °C pendant 30 sec 80 °C pendant 20 sec lecture de la fluo Troisième segment (courbe de dissociation, défini par l'appareil): 95 °C pendant 1 min 59 °C pendant 30 sec 95 °C pendant 30 sec Note : la lecture se fait à 80°C afin que l'ADN double brin aspécifique soit dénaturé (autour de 76 °C) avant la lecture. - Extraction à la chaleur et préparation de la quantification par PCRq - Annoter tous les tubes avant de sortir les cultures de l'étuve - Transférer un peu plus de 100 pl de culture (avec une seringue 1m1 et une aiguille bleue, traversant le septum du tube de culture anaérobie) dans un tube Eppendorf - Re-transférer 100 pl de ce prélèvement (avec une P100) dans un autre tube - Centrifuger à 16000g; 4°C ; 10 min ; ceci permet de culoter les cellules, et de se débarrasser d'inhibiteurs présents dans le milieu de culture - Pendant la centrifugation, mettre 90 pl d'eau milliQ dans des Eppendorf de 1,5 ml - Remplacer le surnageant par 100 pl d'H20 distillée ; permet d'enlever les ADN libres des cellules mortes, les inhibiteurs de PCR, de créer un choc osmotique qui facilite la lyse car les cellules culotées se retrouvent dans un milieu très peu concentré - Ajouter une pointe de spatule de billes de verre de 0,2 pm, et vortexer 5 s - Placer dans le Thermomixeur ; 99°C sans agitation pendant 3min, avec agitation 1400 tr/min pendant 7 min, sans agitation pendant 10 min ; les cellules sont lysées par la chaleur - Préparer le mix PCR en mélangeant l'eau et les amorces. - Centrifuger à 16000g; 4°C ; 10 min ; les débris cellulaires sont culotés et le contenu dissous des cellules, dont l'ADN, reste dans le surnageant. - Ajouter le master mix dans le mix PCR, et commencer à le répartir sur la plaque. - Reprendre 10 pl de surnageant dans un tube propre et l'ajouter aux 90 pl d'eau milliQ ; - Placer les tubes dans la glace jusqu'à la quantification. - A partir de l'appareil de PCRq, sur l'ordinateur, lancer le logiciel MxPro et choisir « Sybr assay with dissociation curve » pour permettre le préchauffage de la lampe pendant la répartition des ADNg sur la plaque PCR. - Répartir les échantillons d'ADNg sur la plaque. - Vérifier que tous les puits sont bien fermés. - Centrifuger la plaque à 500g max. pendant 5 s pour faire descendre les mix au fond des puits. - Rentrer le programme PCR et le plan de plaque dans le logiciel.In a third embodiment, the invention relates to a method of treating vaginal fluids in the case of bacterial vaginosis. The method aims in particular to reduce or eliminate the TMA and / or odors associated with the presence of TMA. In a preferred embodiment the microorganisms are alive. In one embodiment, the patient is administered at least one dose containing a sufficient amount of microorganisms to achieve the desired effect between decreasing the TMA level, decreasing the TMAO level, or a combination of both. Additional doses may be administered over time, particularly at regular time intervals, for example at each meal, to maintain the desired effect. In another embodiment in which the microorganism is necessarily alive, the patient is administered at least one immediately effective dose to achieve the desired effect between decreasing the level of TMA, decreasing the level of TMAO, or a combination of both, either a seeding dose, the intra-intestinal or intravaginal development of the microorganism then making it possible to obtain the desired effect. In one embodiment, the microorganism implants in the intestine in the long term. One or more (e.g. from 1 to 5) initial doses may be considered, for example taken at mealtimes, then supplements at regular time intervals, or after episodes of intestinal disturbance (diarrhea or other). In another embodiment, the microorganism implants in the vagina in the long term. One or more (e.g. from 1 to 5) initial doses may be considered, for example, taken at sunrise and / or bedtime, then supplements at regular intervals of time, or after episodes of significant odorous vaginal discharge. The compositions used in these methods of treatment may have the different characteristics developed supra. The subject of the present invention is also a culture containing a methanogenic archaea whose 16S RNA is encoded by the DNA sequence SEQ ID NO: 11 (strain 1 identified by the inventors) or a sequence having more than 90% identity, especially having 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 or 99% identity, with SEQ ID NO 11. This microorganism comprises the gene encoding a TMA methyltransferase having the sequence SEQ ID NO: 1 , or equivalent sequence as defined above, the gene coding for a TMA methyl acceptor corrinoid protein, having the sequence SEQ ID NO: 5, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a choloylglycine hydrolase, having the sequence SEQ ID NO: 9, or equivalent sequence as defined above. This microorganism comprises the gene coding for a TMA methyltransferase, this gene having the sequence SEQ ID NO: 3, or equivalent sequence as defined above, the gene coding for a TMA methyl acceptor corrinoid protein, this gene having the sequence SEQ ID NO: 7, or equivalent sequence as defined above, and the gene coding for a choloylglycine hydrolase, this gene having the sequence SEQ ID NO: 10, or equivalent sequence as defined above. The genome of this strain, referred to herein as Methanomethylophilus alvus, is presented in SEQ ID NO: 13. The culture may correspond to a consortium of microorganisms, resulting for example from stool culture of a human patient or an animal. , containing among others Methanomethylophilus alvus, and preferably, this microorganism represents more than 10%, preferably more than 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90% of the microorganisms in the consortium. In particular, this microorganism represents, in the consortium, more than 10%, preferably more than 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90% of the methanogenic strains most frequently encountered in humans (methanobacteriales of the Methanobrevibacter type). smithii and Methanosphaera stadtmanae). The culture can also be a pure culture of Methanomethylophilus alvus. The culture includes a suitable vehicle. The culture is maintained under anaerobic conditions. Sequence Listing: SEQ ID Amino Acid Nucleotides NO: TMA methyltransferase strain 1 TMA methyltransferase strain 2 Gene encoding TMA methyltransferase strain 1 Gene encoding TMA methyltransferase strain 2 TMA methyl acceptor corrinoid protein strain 1 accepting corrinoid protein mutant TMA methyl or 2 Gene encoding TMA methyl acceptor corrinoid protein strain 1 Gene encoding tMA methyl acceptor corrinoid protein strain 2 9 Bile salt hydrolase strain 1 10 Gene encoding bile salt hydrolase strain 1 DNA encoding 16S RNA strain 1 12 DNA encoding 16S RNA strain 2 13 Genome strain 1 14 Mttb primer Fw 15 mttb primer Rv 16-21 Primers The invention will now be described in more detail using examples of non-limiting implementation. EXAMPLE 1 Method of Isolation and Culture of a Methanogenic Archaea Consuming TMA 1.1. Molecular detection method: The methods of molecular biology make it possible to highlight and distinguish methanogenic archaea consuming TMA (here called Methanomethylophilales) between them. A first phase may consist in demonstrating methanogenic archaea using 16S RNA by taking the 16S RNAs of the strains 1 and 2 described above, or the DNAs coding for these 16S RNAs, using the appropriate primers. A second phase (or first phase if the classification has already been performed) consists in detecting the presence of an mttb (or mttB) gene, and optionally, in addition, an mttc (or mttC) gene. Primers usable for the detection of the mttb gene are as follows: Fw: SEQ ID NO: 14: GCACTTCCACCACATCG Rv: SEQ ID NO: 15: AGCTGRGACAGRACGAT Where R corresponds to a purine base, A or G Amplicon: 270-300 bp. 1.2. method of culture, enrichment and isolation The culture / isolation is initially made from fresh stool, from a human: this human can be a person in which beforehand the presence of methanogens in general, and of Methanomethylophilales in particular will have been demonstrated with the molecular detection techniques mentioned above (from DNA extracted from these stools, according to the standard methodologies = by the kit QIAGen DNA Stool Kit). Alternatively, the detection of the presence of Methanomethylophilales may be performed in parallel with the culturing, according to this same methodology. All manipulations are performed under sterile conditions and strict anaerobic (N2 flow). Stool, once recovered are treated immediately. Alternatively, alternatively, their preservation can be carried out before use, several hours at 4 ° C, in closed pot, in which an anaerobic was instituted, without apparent dramatic change in the results and survival of the methanogens in the sample. Approximately 500 to 600 mg of stool is recovered using a 1 ml insulin syringe, the end of which is cut off (approximately 0.4 ml). They are placed in 10 ml of medium 141 DSMZ (Methanogenium medium) specific for methanogenic microorganisms, in H2 / CO2 atmosphere (80/20, pressure of 2 atm.) In a 60 ml antibiotic vial. To promote the development of Methanomethylophilales, and thus enrich the culture in consortium, is additionally available in the tube: - a specific substrate of this group = methanol (at 80 mM final), - or, alternatively, one of its natural "sources" in the human colon, namely pectin which will be hydrolysed by other microbes of the consortium (and potentially Methanomethylophilales) so as to give among others methanol. - Various antibiotics such as bacitracin or metronidazole, (100 mg / L); Dridi et al (supra) have proposed various antibiotics for which Methanomassiiiicoccus luminyensis is resistant (bacitracin, metronidazole, ordinazole, squalamine). This culture is then carried out at 37 ° C., with gentle stirring; the monitoring of the culture is ensured continuously, by quantitative PCR, preferably daily. Depending on the types of strains of Methanomethylophilales, various doubling times are observed, and may vary from one to three times, or more. For example, the case encountered with stool of a patient carrying Methanomethylophilus alvus is illustrated, since the inoculation of a stool sample. This is a patient with 106 copies of 16S rRNA genes / ml of Methanobrevibacter smithii (Mbs) culture, 10 times more M. alvus (Mx), and 10 times more bacteria (stool at the time of cultivation, time 0). In the early days of standard culture, without the addition of pectin or methanol, Mbs and some bacteria grow much faster and supersede Mx, before stabilization and delayed development of Mx, at rates approaching the initial amount in the sample. This level can be improved by adding methanol, or even pectin, methanol generating substrate, as in this case on day 20: there is then a clear improvement in the proportion of Mx over time relative to the bacteria and Mbs. This method can be repeated: during monitoring (preferably daily), it is then possible to determine the best time to transplant the consortium or simply re-supplement the methanol / pectin culture (for example on a plateau phase observed from of day 20). After a number of enrichment cycles, it is possible to carry out isolations of a strain of Mx from this mixture, by individualized cultures of a clone of this liquid medium consortium. This is done by the Roll-Tubes method, which allows, anaerobically, to obtain isolated colonies in solid medium DSMZ 141 + agar, in the presence of methanol (anaerobic atmosphere, containing at least H2). In this culture in solid medium, the first colonies that appear (first week) are not the desired Mx. The small colonies, which appear later (especially after 2 or 3 weeks of culture), are recovered and used to inoculate colony colony individually tubes of DSMZ-141 medium. In parallel, it is determined, by quantitative PCR, whether or not the transplanted colony is an Mx. In the positive case, the isolation is then carried out, the culture subcultured according to the growth rate of Mx in a liquid medium 141 supplemented with methanol, under an H2 / CO2 atmosphere. The purity of the isolated strain can then be verified, either by re-isolating, according to the method described above (colonies isolated in solid medium according to the Roll-Tube technique), or by analyzing the dissociation curves obtained on the amplicons. quantitative -PCRs. 1.3. Rapid Quantification Protocol for Prokaryotic Proteins in Culture This protocol is used for the parallel monitoring of Methanomethylophilales or Mmp (Mx = M, alvus, M. luminyensis, others), Methanobacteriales (Mbac, such as Methanobrevibacter smithii or Methanosphaera stadtmanae) and bacteria. total (Bac) in enrichment cultures to define the best conditions for the growth of M. alvus and Mx /. - Principle: Lysis of a small aliquot (0.1 to 0.2 ml) of culture at high temperature + osmotic shock Reduction of the concentration of PCR inhibitors by centrifugation and dilution of the supernatant Quantification of interest groups in PCRq quantization standard ranges are prepared in advance, and consist of PCR amplicons, made with the primers described, purified and quantified according to conventional methods. - Material: Centrifuge (set to 4 ° C) Thermomixer (set to 99 ° C) Thermocycler - Primers Mmp, Mbac and Bac: MxF (AS-05_Fw; 77): ggg gTA ggg gTA AAA TCC TG (SEQ ID NO: 16 MxR (AS-06_Rv; 78): Cgg ATC GGT TAA TCC CgT TT (SEQ ID NO: 17) MbacF (MbS-01_Fw; 75): gCg AAC Cgg ATT AgA CC TAC (SEQ ID NO: 18) MbacR (MbS -02_Rv; 76): AgT CTT gCg ACC gTA CTT CC (SEQ ID NO: 19) BacF (ES-06_Fw; 71): ACT CCT ACg ggA ggC Ag (SEQ ID NO: 20) BacR (ES-07_Rv; 72) Note: The MxF and MxR primers target both Methanomethylophilales close to M. alvus and those close to M. luminyensis. It is possible to determine which of these lines dominates the other (or if there is codominance), qualitatively, by observing the dissociation curve: the amplicons of M. alvus dissociate around 84 ° C while those of M. luminyensis dissociate around 85.5 ° C. This difference in dissociation temperature has not been clearly defined for Methanobacteriales. - Composition of the Mix: Use of the Eurogentec Kit MESA GREEN qPCR Master Mix Mix Volume (pl) Final Volume 18 Master Mix 9 Primer F 0.8 Primer R 0.8 H20 5.4 ADNg 2 - Condition of the PCRq with the primers ci above: First segment: 95 ° C for 10 min Second segment: 95 ° C for 30 sec 59 ° C for 20 sec 72 ° C for 30 sec 80 ° C for 20 sec reading the fluo Third segment (dissociation curve, defined by the device): 95 ° C for 1 min 59 ° C for 30 sec 95 ° C for 30 sec Note: the reading is at 80 ° C so that the aspecific double-stranded DNA is denatured (around 76 °) C) before reading. - Extraction with heat and preparation of the quantification by PCRq - Annotate all the tubes before exiting the cultures of the oven - Transfer a little more than 100 μl of culture (with a 1m1 syringe and a blue needle, crossing the septum of the anaerobic culture tube) in an Eppendorf tube - Re-transfer 100 μl of this specimen (with one P100) into another tube - Centrifuge at 16000g; 4 ° C; 10 minutes ; this allows to pellet the cells, and to get rid of inhibitors present in the culture medium - During centrifugation, put 90 μl of milliQ water in 1.5 ml Eppendorf - Replace the supernatant with 100 μl of H20 distilled; allows free DNAs to be removed from dead cells, PCR inhibitors, to create an osmotic shock that facilitates lysis as the pelleted cells end up in a very low concentration medium - Add a spatula tip of 0 glass beads, 2 pm, and vortex 5 s - Place in the Thermomixer; 99 ° C without stirring for 3 min, with stirring 1400 rpm for 7 min, without stirring for 10 min; cells are lysed by heat - Prepare PCR mix by mixing water and primers. - Centrifuge at 16000g; 4 ° C; 10 minutes ; the cell debris is pelleted and the dissolved contents of the cells, including the DNA, remain in the supernatant. - Add the master mix in the PCR mix, and start spreading it on the plate. - Take up 10 μl of supernatant in a clean tube and add it to 90 μl of milliQ water; - Place the tubes in ice until quantification. - From the PCRq device, on the computer, launch the MxPro software and choose "Sybr assay with dissociation curve" to allow preheating of the lamp during the distribution of the gDNAs on the PCR plate. - Distribute the gDNA samples on the plate. - Check that all wells are closed. - Centrifuge the plate at 500g max. for 5 seconds to bring the mix down to the bottom of the wells. - Enter the PCR program and the plate plan in the software.
Exemple 2: Préparation d'une composition : La culture finale obtenue à l'exemple 1.1, contenant le microorganisme méthanogène de l'invention, est utilisée pour préparer une composition administrable. Elle est cependant de préférence utilisable comme stock, pour effectuer des cultures en anaérobie et en présence d'hydrogène et d'un substrat contenant du méthanol, propager le microorganisme et préparer des lots pour la fabrication de la composition selon l'invention. Le milieu et les conditions de culture sont alors celles décrites précédemment (milieu DSM 141, supplémenté en méthanol, sous atmosphère anaérobie contenant du H2). Les cultures obtenues, sont éventuellement concentrées, et sont lyophilisées, avant d'être incorporées à des gélules entériques.Example 2 Preparation of a Composition: The final culture obtained in Example 1.1, containing the methanogenic microorganism of the invention, is used to prepare a manageable composition. However, it is preferably used as a stock, to carry out anaerobic cultures and in the presence of hydrogen and of a substrate containing methanol, to propagate the microorganism and to prepare batches for the manufacture of the composition according to the invention. The medium and the culture conditions are then those described previously (DSM 141 medium, supplemented with methanol, under an anaerobic atmosphere containing H2). The cultures obtained are optionally concentrated and lyophilized before being incorporated into enteric capsules.
Exemple 3: Préparation d'une composition : On réalise une culture de la souche DSM No. 25720, et les cultures sont utilisées pour préparer des lots pour la fabrication de la composition selon l'invention. Les cultures sont effectuées en anaérobie et en présence d'hydrogène et d'un substrat contenant du méthanol (par exemple, milieu DSM 141, supplémenté en méthanol, sous atmosphère anaérobie contenant du H2). Les cultures obtenues, sont éventuellement concentrées, et sont lyophilisées, avant d'être incorporées à des gélules entériques. Exemple 4: Préparation d'une composition : On réalise une culture de la souche DSM No. 25720, et les cultures sont utilisées pour préparer des lots pour la fabrication de la composition selon l'invention. Les cultures sont effectuées en anaérobie et en présence d'hydrogène et d'un substrat contenant du méthanol (par exemple, milieu DSM 141, supplémenté en méthanol, sous atmosphère anaérobie contenant du H2). Les cultures obtenues, sont éventuellement concentrées, et sont lyophilisées, avant d'être incorporées à des ovules. Ces ovules sont des formes d'administration adaptées à être placées dans le vagin.Example 3 Preparation of a Composition: A culture of strain DSM No. 25720 is carried out, and the cultures are used to prepare batches for the manufacture of the composition according to the invention. The cultures are performed anaerobically and in the presence of hydrogen and a substrate containing methanol (for example, DSM 141 medium, supplemented with methanol, under an anaerobic atmosphere containing H2). The cultures obtained are optionally concentrated and lyophilized before being incorporated into enteric capsules. EXAMPLE 4 Preparation of a Composition: A culture of strain DSM No. 25720 is carried out, and the cultures are used to prepare batches for the manufacture of the composition according to the invention. The cultures are performed anaerobically and in the presence of hydrogen and a substrate containing methanol (for example, DSM 141 medium, supplemented with methanol, under an anaerobic atmosphere containing H2). The cultures obtained are optionally concentrated and are lyophilized before being incorporated into eggs. These eggs are forms of administration adapted to be placed in the vagina.
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| WO1992020789A1 (en) * | 1991-05-10 | 1992-11-26 | Forschungszentrum Jülich GmbH | Process for obtaining dimethyl amine or trimethyl amine dehydrogenases, dehydrogenases obtained thereby and their use |
| WO2002061425A2 (en) * | 2001-02-01 | 2002-08-08 | Q-Scent Ltd. | Diagnostic method and apparatus for detecting biogenic amines |
-
2013
- 2013-07-15 FR FR1356937A patent/FR3008317B1/en not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1992020789A1 (en) * | 1991-05-10 | 1992-11-26 | Forschungszentrum Jülich GmbH | Process for obtaining dimethyl amine or trimethyl amine dehydrogenases, dehydrogenases obtained thereby and their use |
| WO2002061425A2 (en) * | 2001-02-01 | 2002-08-08 | Q-Scent Ltd. | Diagnostic method and apparatus for detecting biogenic amines |
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| US11523989B2 (en) | 2018-06-22 | 2022-12-13 | Probiotech Llc | Method to improve the health of the microbiome in a human gastrointestinal system and multi-chamber probiotic delivery products therefor |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
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