FR2889959A1 - Use of peptides derived from the melanoma antigen MAGE-A1, or their derivatives, as vaccines and reagents for prevention, treatment and diagnosis of MAGE-associated cancers - Google Patents
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Abstract
Description
EPITOPES T CD4+ DES ANTIGENES MAGE-ACD4 + EPITOPES OF MAGE-A ANTIGENS
RESTREINTS A HLA-DP4 ET LEURS APPLICATIONS La présente Invention est relative à des épitopes T CD4+ des antigènes MAGE spécifiques de tumeurs, restreints à HLA-DP4, et à leurs applica-5 tions vaccinales et diagnostiques. HLA-DP4 RESTRICTIONS AND THEIR APPLICATIONS The present invention relates to CD4 + T epitopes of tumor-specific MAGE antigens restricted to HLA-DP4, and to their vaccine and diagnostic applications.
Les cellules tumorales expriment des antigènes qui sont reconnus par les lymphocytes T CD4+ et CD8+ et qui sont spécifiques des tumeurs (pour une revue voir Kirkin et al., Cancer Investigation, 2002, 20, 222-236). Ces antigènes spécifiques de tumeurs, dénommés antigènes CT (Cancer Testis) sont également exprimés dans certains tissus sains (testicules, placenta, ovaires) mais ne sont pas reconnus par les lymphocytes T du fait que ces tissus sont dépourvus de molécules HLA conventionnelles. Les antigènes MAGE-A, MAGE-B et MAGE-C qui sont exprimés dans de nombreuses tumeurs, représentent des cibles particulièrement intéressantes pour la vaccination anti-tumorale. Ces antigènes appartiennent à la superfamille des antigènes MAGE qui inclut également des antigènes ubiquitaires (MAGE- D) ou exprimés spécifiquement dans le cerveau (necdine, MAGEL2). Les antigènes MAGE comprennent 3 domaines (dl, d2 et d3) ; les domaines d2 présentent une forte homologie (> 60 %) alors qu'une homologie plus faible est observée pour certains des domaines dl, notamment ceux des antigènes MAGE spécifiques de tumeurs et en particulier ceux des antigènes MAGE-A et MAGE-B. Les antigènes MAGE-A sont les plus connus et les plus documentés. Ils regroupent 12 antigènes différents, l'antigène MAGE-A 1 (ou MAGE-1) étant le premier antigène tumoral identifié. L'expression de MAGE-AI, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A 12 est retrouvée dans de nombreuses tumeurs alors que celle de MAGE- A5, MAGE-A8, MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-Al 1 n'est retrouvée que dans quelques- unes et celle de MAGE-A7 n'a jamais été détectée. Hormis pour les cellules leucémiques, les lymphomes et les carcinomes du rein, les antigènes MAGE-AI et MAGE-A3 sont retrouvés dans 15 à 50 % des cancers tels que les mélanomes, les sarcomes et les cancers du poumon, du sein, de l'estomac et de la prostate; l'antigène MAGE-Al à lui seul est notamment exprimé dans 80 % des tumeurs hépatiques. L'antigène MAGE-A4 a un profil d'expression différent des autres antigènes MAGE-A et est fréquemment exprimé dans les lymphomes. Tumor cells express antigens that are recognized by CD4 + and CD8 + T cells and that are tumor specific (for review see Kirkin et al., Cancer Investigation, 2002, 20, 222-236). These tumor-specific antigens, called CT (Cancer Testis) antigens, are also expressed in certain healthy tissues (testes, placenta, ovaries) but are not recognized by T cells because these tissues lack conventional HLA molecules. The MAGE-A, MAGE-B and MAGE-C antigens, which are expressed in many tumors, represent particularly interesting targets for anti-tumor vaccination. These antigens belong to the MAGE antigen superfamily which also includes ubiquitous antigens (MAGE-D) or specifically expressed in the brain (necdine, MAGEL2). MAGE antigens comprise 3 domains (d1, d2 and d3); the d2 domains show strong homology (> 60%) whereas a lower homology is observed for some of the d1 domains, in particular those of the tumor-specific MAGE antigens and in particular those of the MAGE-A and MAGE-B antigens. MAGE-A antigens are the best known and most documented. They group together 12 different antigens, the MAGE-A 1 antigen (or MAGE-1) being the first tumor antigen identified. The expression MAGE-AI, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A 12 is found in many tumors, whereas that of MAGE-A5, MAGE-A8, MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-Al 1 is found in only a few and MAGE-A7 has never been detected. Except for leukemic cells, lymphomas and carcinomas of the kidney, MAGE-AI and MAGE-A3 antigens are found in 15 to 50% of cancers such as melanomas, sarcomas and cancers of the lung, breast, breast cancer. stomach and prostate; the MAGE-Al antigen alone is especially expressed in 80% of liver tumors. The MAGE-A4 antigen has a different expression profile from other MAGE-A antigens and is frequently expressed in lymphomas.
I1 a été montré que les lymphocytes T CD4+ jouent un rôle essentiel dans le contrôle des tumeurs. En effet, l'induction de lymphocytes T cytotoxiques (CTL) est dépendante de l'activation des lymphocytes T CD4+ qui interviennent en particulier dans le recrutement et le maintien des CTL. Ainsi, l'immunisation avec des épitopes T CD8+ seuls, induit des lymphocytes T cytotoxiques spécifiques de l'antigène tumoral, avec une fréquence très faible (de l'ordre de 10-4 à 10' des cellules CD8+ ; Zhang et al., Eur. J. Immunol., 2005, 35:). Par l'intermédiaire de contacts cellulaires et la sécrétion de nombreuses cytokines, les lymphocytes T CD4+ induisent l'activation des cellules présentatrices d'antigène (APC pour Antigen Presenting Cell) qui à leur tour recrutent des lymphocytes T CD8+ spécifiques des tumeurs. Ils inter-viennent également dans la maturation des cellules effectrices que sont les lymphocytes T cytotoxiques. En outre, les résultats observés chez des souris n'exprimant pas de molécules du complexe majeur d'histocompatibilité de classe 1, indiquent égale-ment que les lymphocytes T CD4+ exercent un contrôle des tumeurs via des mécanismes indépendants des CTL probablement via l'activation de macrophages. Enfin, les lymphocytes T CD4+ peuvent être eux-mêmes cytotoxiques. CD4 + T lymphocytes have been shown to play a vital role in tumor control. Indeed, the induction of cytotoxic T lymphocytes (CTL) is dependent on the activation of CD4 + T lymphocytes which intervene in particular in the recruitment and maintenance of CTL. Thus, immunization with CD8 + T epitopes alone, induces cytotoxic T lymphocytes specific for the tumor antigen, with a very low frequency (of the order of 10-4 to 10 'of CD8 + cells; Zhang et al., Eur J. Immunol., 2005, 35 :). Through cellular contacts and the secretion of many cytokines, CD4 + T cells induce the activation of antigen presenting cells (APCs) which in turn recruit tumor-specific CD8 + T cells. They also intervene in the maturation of effector cells that are cytotoxic T lymphocytes. In addition, the results observed in mice not expressing major class 1 histocompatibility complex molecules, also indicate that CD4 + T cells exert tumor control via CTL independent mechanisms probably via activation. of macrophages. Finally, CD4 + T lymphocytes may themselves be cytotoxic.
Les lymphocytes T CD4+ reconnaissent les peptides de tumeurs que leur présentent les molécules du complexe majeur d'histocompatibilité de classe II; chez l'homme, elles sont dénommées molécules HLA II pour Human Leucocyte Antigen class H. La reconnaissance peut avoir lieu de manière directe (c'est à dire que la tumeur présente elle-même ces peptides aux lymphocytes T) mais il est vraisemblable que la voie principale d'activation se fasse par l'intermédiaire des cellules dendritiques. Ces cellules sont en effet les principales cellules présentatrices de l'antigène aptes à recruter in vivo les lymphocytes T naïfs. Ces peptides anti- géniques, appelés épitopes T, résultent de la dégradation protéolytique des antigènes par les cellules présentatrices d'antigène. Ils ont des longueurs variables, généralement de 13 à 25 acides aminés et possèdent une séquence qui les rend capables de se lier aux molécules HLA II. Il est bien connu qu'au même titre que l'antigène natif, un peptide comprenant un épitope T CD4+ est capable de stimuler in vitro des cellules T CD4+ qui lui sont spécifiques ou de les recruter in vivo. Il est donc suffisant pour induire une réponse T CD4+. CD4 + T cells recognize the tumor peptides presented to them by the class II major histocompatibility complex molecules; in humans, they are called HLA II molecules for Human Leucocyte Antigen class H. Recognition can take place directly (ie the tumor itself presents these peptides to T cells) but it is likely that the main route of activation is through the dendritic cells. These cells are in fact the main antigen presenting cells capable of recruiting naive T lymphocytes in vivo. These antigenic peptides, termed T epitopes, result from the proteolytic degradation of the antigens by the antigen presenting cells. They have variable lengths, generally from 13 to 25 amino acids and have a sequence that makes them capable of binding to HLA II molecules. It is well known that, like the native antigen, a peptide comprising a CD4 + T epitope is capable of stimulating specific CD4 + T cells in vitro or recruiting them in vivo. It is therefore sufficient to induce a CD4 + T response.
Ces observations sont en faveur de l'utilisation de tels peptides antigéniques spécifiques des antigènes MAGE exprimés par les cellules tumorales comme les antigènes MAGE-A, MAGE-B ou MAGE-C, et capables de stimuler une forte réponse T CD4+, pour la préparation d'une composition vaccinale anti-tumorale chez l'Homme, notamment en association avec des épitopes T CD8+ spécifiques de ces antigènes MAGE spécifiques de tumeurs. These observations are in favor of the use of such antigenic peptides specific for MAGE antigens expressed by the tumor cells, such as the MAGE-A, MAGE-B or MAGE-C antigens, and capable of stimulating a strong CD4 + T response, for the preparation of an anti-tumor vaccine composition in humans, especially in combination with CD8 + T epitopes specific for these tumor-specific MAGE antigens.
En outre, de tels peptides qui sont reconnus par des lymphocytes T CD4+ spécifiques d'antigènes tumoraux sont également utiles comme réactifs dans un test de diagnostic ou de suivi du traitement d'un cancer chez l'Homme, reposant sur la détection desdites cellules T CD4+, soit de manière directe, notamment par cytométrie de flux en présence de multimères de complexes molécules de classe II/peptide, soit de manière indirecte, notamment par un test de prolifération lymphocytaire, ou bien un dosage d'anticorps ou de cytokines. In addition, such peptides which are recognized by CD4 + T lymphocytes specific for tumor antigens are also useful as reagents in a test for diagnosis or monitoring treatment of a cancer in humans, based on the detection of said T cells. CD4 +, either directly, in particular by flow cytometry in the presence of multimers of complex class II molecules / peptide, or indirectly, in particular by a lymphocyte proliferation assay, or an assay of antibodies or cytokines.
Toutefois, alors que de nombreuses séquences d'épitopes T CD8+ aptes à être présentés par des molécules du complexe majeur d'histocompatibilité de classe I, chez l'homme (molécules HLA I ou Human Leucocyte Antigen type 1), ont été identifiées dans les antigènes MAGE (Brevet US 6,063,900; Demande PCT WO 2004/052917; http://wwwv.cancerimmunity. org/peptidedatabase/tumorspecific.htm, le nombre d'épitopes T CD4+ connu est plus restreint. However, while numerous sequences of CD8 + T epitopes capable of being presented by molecules of the major histocompatibility complex of class I, in humans (HLA I molecules or Human Leucocyte Antigen type 1), have been identified in the MAGE antigens (US Patent 6,063,900; PCT Application WO 2004/052917; http: //www.cancerimmunity.org/peptidateatabase/ tumorspecific.htm, the known number of CD4 + T epitopes is smaller.
Un des problèmes majeurs qui limite l'utilisation de ces peptides comme antigène est l'identification des épitopes T CD4+, étant donné que leur séquence varie d'un individu à l'autre en raison du polymorphisme des molécules HLA II. En effet, les molécules HLA II sont des hétérodimères constitués d'une chaîne alpha (a) et d'une chaîne béta 03) polymorphes. Il existe quatre types de molécules HLA II par individu (2 HLA-DR, 1 HLADQ et 1 HLA-DP), dénommées en fonction de l'allèle codant la chaîne béta qui est la plus polymorphe. La molécule HLA-DR est très polymorphe. En effet, alors que sa chaîne alpha ne compte que 3 allèles, la chaîne béta (13) codée par le gène DRB1, qui est la plus exprimée, compte à ce jour 458 allèles. Pour les molécules HLA-DQ et HLA-DP, les deux chaînes (a et (3) qui les constituent sont polymorphes mais elles présentent moins d'allèles. On a dénombré 28 allèles DQA1 (chaîne a de HLA-DQ), 60 allèles DQB1 (chaîne R de HLA-DQ), 22 allèles DPA 1 (chaîne a de HLA-DP) et 116 allèles DPB 1 (chaîne 13 de HLA-DP). One of the major problems limiting the use of these peptides as an antigen is the identification of CD4 + T epitopes, since their sequence varies from one individual to another due to the polymorphism of HLA II molecules. Indeed, the HLA II molecules are heterodimers consisting of a polymorphic chain alpha (a) and chain beta 03). There are four types of HLA II molecules per individual (2 HLA-DR, 1 HLADQ and 1 HLA-DP), named according to the allele encoding the beta chain which is the most polymorphic. The HLA-DR molecule is very polymorphic. Indeed, while its alpha chain has only 3 alleles, the beta chain (13) encoded by the DRB1 gene, which is the most expressed, currently has 458 alleles. For the HLA-DQ and HLA-DP molecules, the two chains (a and (3) that constitute them are polymorphic but have fewer alleles.There were 28 DQA1 alleles (HLA-DQ a-chain), 60 alleles DQB1 (HLA-DQ R chain), 22 DPA 1 alleles (HLA-DP a chain) and 116 DPB 1 alleles (HLA-DP 13 chain).
Cependant, la combinaison entre les deux chaînes a et [3 codées par ces allèles donne naissance à de nombreuses molécules FILA-DO et HLA-DP. However, the combination of the two α and β chains encoded by these alleles gives rise to numerous molecules FILA-DO and HLA-DP.
Du fait de ce polymorphisme, ces isoformes possèdent des propriétés de liaison différentes entre elles, ce qui implique qu'elles peuvent lier des peptides différents d'un même antigène. Ainsi, le mode de liaison des peptides aux molécules HLA II est plus complexe que celui des molécules HLA I et il n'existe pas de programmes fiables de prédiction des peptides capables de se lier aux molécules HLA II. En effet, les molécules HLA possèdent une structure tridimensionnelle très proche mais le site de fixation des molécules FILA II est une gorge ouverte aux deux extré-mités. Pour cette raison, les peptides restreints aux molécules HLA II acceptent des peptides de taille variable, généralement comprise entre 13 et 25 acides aminés. Cette gorge est caractérisée par cinq poches de spécificité (PI, P4, P6, P7 et P9 correspondant aux positions des résidus du peptide qu'elles accommodent) qui abritent des résidus polymorphes. Comme les différences de séquences entre les différentes molécules HLA II sont essentiellement localisées dans les poches du site de fixation des peptides, elles interviennent directement dans le répertoire de peptides qui se lient à chaque molécule. Because of this polymorphism, these isoforms have different binding properties to each other, which implies that they can bind different peptides of the same antigen. Thus, the mode of binding of the peptides to the HLA II molecules is more complex than that of the HLA I molecules and there are no reliable programs for predicting peptides capable of binding to the HLA II molecules. Indeed, the HLA molecules have a very close three-dimensional structure but the binding site of the FILA II molecules is an open groove at both extremities. For this reason, peptides restricted to HLA II molecules accept peptides of variable size, generally between 13 and 25 amino acids. This throat is characterized by five pockets of specificity (PI, P4, P6, P7 and P9 corresponding to the positions of the residues of the peptide that they accommodate) which harbor polymorphic residues. Since the sequence differences between the different HLA II molecules are essentially located in the pockets of the peptide binding site, they intervene directly in the repertoire of peptides that bind to each molecule.
Ainsi, chaque individu reconnaît dans un antigène un ensemble de peptides dont la nature dépend des molécules HLA II qui le caractérisent. Comme il existe un grand nombre d'allèles HLA II, il existe donc dans une séquence donnée un répertoire important d'épitopes T de séquences très différentes, chacun spécifique d'un allèle différent. Un peptide capable de stimuler une réponse T CD4+ spécifique d'un antigène tumoral chez quelques individus peut donc être inactif chez la majorité des autres individus, parce que ces derniers ne reconnaissent pas l'antigène tumoral par les mêmes épitopes. Thus, each individual recognizes in an antigen a set of peptides whose nature depends on the HLA II molecules that characterize it. Since there are a large number of HLA II alleles, there is therefore in a given sequence an important repertoire of T epitopes of very different sequences, each specific for a different allele. A peptide capable of stimulating a CD4 + T-specific response of a tumor antigen in a few individuals may therefore be inactive in the majority of other individuals, because the latter do not recognize the tumor antigen by the same epitopes.
La plupart des épitopes T CD4+ des antigènes MAGE sont restreints à une molécule FILA DR et sont issus de l'antigène MAGE-A3 [http://www. cancerimmunity.org/peptidedatabase/tumorspecific.htm; MAGE-A3 267- 282 restreint à DRI (Demande Internationale PCT WO 02/095051) ; MAGE-A3 149160 restreint à DR4 et DR7 (Kobayashi et al., Cancer Research, 2001, 61, 4773- 4778) ; MAGE-A3 191-205 et 281-295 restreints à DR11 (Consogno et al., Blood, 2003, 101, 1038-1044; Manici et al., J. Exp. Med., 1999, 189, 871-876) et MAGE- A3 121-134 restreint à DR13 (Brevet US 6,716,809) ; MAGE-Al 281-292 restreint à DR15 (Demande Internationale PCT WO 00/78806) ; MAGE-A6 102-116, 121-144, 140-170, 145-160, 150-165 et 246-263 restreints à DR4 (Tatsumi et al., Clinical Cancer Research, 2003, 9, 947954) MAGE-A 1 281-292 restreint à DR 15 (Demande Internationale PCT WO 00/78806) ; MAGE-A6 102-116, 121-144, 140-170, 145-160, 150-165 et 246263 restreints à DR4 (Tatsumi et al., Clinical Cancer Research, 2003, 9, 947-954)]. Most CD4 + T epitopes of MAGE antigens are restricted to a FILA DR molecule and are derived from the MAGE-A3 antigen [http: // www. cancerimmunity.org/peptidedatabase/tumorspecific.htm; MAGE-A3 267-282 restricted to DRI (PCT International Application WO 02/095051); MAGE-A3 149160 restricted to DR4 and DR7 (Kobayashi et al., Cancer Research, 2001, 61, 4773-4778); MAGE-A3 191-205 and 281-295 restricted to DR11 (Consogno et al., Blood, 2003, 101, 1038-1044, Manici et al., J. Exp.Med., 1999, 189, 871-876) and MAGE-A3 121-134 restricted to DR13 (US Patent 6,716,809); MAGE-A1 281-292 restricted to DR15 (PCT International Application WO 00/78806); DR4-restricted MAGE-A6 102-116, 121-144, 140-170, 145-160, 150-165 and 246-263 (Tatsumi et al., Clinical Cancer Research, 2003, 9, 947954) MAGE-A 1,281 -292 restricted to DR 15 (PCT International Application WO 00/78806); MAGE-A6 102-116, 121-144, 140-170, 145-160, 150-165 and 246263 restricted to DR4 (Tatsumi et al., Clinical Cancer Research, 2003, 9, 947-954)].
Toutefois, pour les molécules HLA-DR, une dizaine d'allèles sont nécessaires pour couvrir plus de 60 % de la fréquence génique retrouvée dans la population caucasienne et donc concerner plus de 85 % de cette population. Ainsi, un peptide portant un épitope restreint à HLA-DR n'est généralement pas reconnu par l'ensemble des molécules HLA-DR prépondérantes dans la population. En conséquence, chaque peptide portant un épitope restreint à HLA-DR doit être testé vis-à-vis d'une dizaine de molécules HLA-DR afin de sélectionner les peptides reconnus par la majorité de ces molécules, et il est généralement nécessaire d'utiliser un mélange d'au moins deux ou trois peptides différents pour obtenir un vaccin efficace chez la majorité des individus de la population à vacciner. However, for the HLA-DR molecules, a dozen alleles are necessary to cover more than 60% of the gene frequency found in the Caucasian population and therefore affect more than 85% of this population. Thus, a peptide carrying an HLA-DR restricted epitope is generally not recognized by all predominant HLA-DR molecules in the population. Consequently, each peptide carrying an HLA-DR restricted epitope must be tested against a dozen HLA-DR molecules in order to select the peptides recognized by the majority of these molecules, and it is generally necessary to use a mixture of at least two or three different peptides to obtain an effective vaccine in the majority of individuals in the population to be vaccinated.
Deux molécules HLA-DP4 (DP401 et DP402) qui ne présentent que 3 acides aminés de différence possèdent la particularité d'être très fréquentes, notamment dans la population caucasienne. Ces deux molécules DP4 couvrent à elles seules la majorité de la fréquence allélique d'HLA-DP dans la population caucasienne (de l'ordre de 50 % en Europe et 80 % en Amérique du Nord) et sont également présentes à des fréquences non négligeables dans les autres populations (fréquence allélique de l'ordre de 60 % en Amérique du Sud, 60 % en Inde, 25 % en Afrique et 15 % au Japon). Chacune de ces molécules DP4 comprend une chaîne alpha codée, soit par l'allèle DPAI*0103 qui est le plus fréquent (78,2 %), soit par l'allèle DPA 1 *0201 (20,2 %) et une chaîne béta codée par l'allèle DPB 1 *0401 (molécule HLA-DP401) ou DPB 1 *0402 (molécule HLA-DP402). Les molécules HLA-DP4 sont parfaitement aptes à présenter des peptides aux lymphocytes T dans la mesure où de nombreux clones T ont été isolés à partir d'antigènes très variés tels que la toxine tétanique, le virus de l'hépatite B et l'allergène majeur de Dermatophagoïdes pteronissimus. Two HLA-DP4 molecules (DP401 and DP402) which have only 3 amino acids of difference have the particularity of being very frequent, especially in the Caucasian population. These two DP4 molecules alone cover the majority of the HLA-DP allelic frequency in the Caucasian population (around 50% in Europe and 80% in North America) and are also present at significant frequencies. in other populations (allelic frequency in the order of 60% in South America, 60% in India, 25% in Africa and 15% in Japan). Each of these DP4 molecules comprises an alpha chain coded either by the DPAI * 0103 allele which is the most frequent (78.2%) or by the DPAI * 0201 allele (20.2%) and a beta chain. coded by the allele DPB 1 * 0401 (molecule HLA-DP401) or DPB 1 * 0402 (molecule HLA-DP402). The HLA-DP4 molecules are perfectly capable of presenting peptides to T lymphocytes since many T clones have been isolated from a wide variety of antigens such as tetanus toxin, hepatitis B virus and allergen. major of Dermatophagoides pteronissimus.
Toutefois, un seul épitope T CD4+ restreint à HLA-DP (HLA-DP4) et HLA-DQ (HLA-DQ6) a été identifié, uniquement dans l'antigène MAGE-A3 (MAGE-A3 243-258; Brevet US 6,716,809; Schultz et al., J. Immunol., 2004, 172:13041310), indiquant que ces deux molécules HLA II ne seraient apparemment que faiblement utilisées pour la reconnaissance des tumeurs. However, only one HLA-DP restricted (HLA-DP4) and HLA-DQ (HLA-DQ6) CD4 + T epitope was identified, only in MAGE-A3 antigen (MAGE-A3 243-258; US Patent 6,716,809; Schultz et al., J. Immunol., 2004, 172: 13041310), indicating that these two HLA II molecules would apparently be only weakly used for the recognition of tumors.
Les inventeurs ont identifié d'autres épitopes T CD4+ restreints à HLADP4, dans l'antigène MAGE-A 1; ces épitopes qui sont différents de l'épitope connu de l'antigène MAGE-A3 sont également présents dans d'autres antigènes MAGE spécifiques de tumeur, notamment dans les antigènes MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A9, MAGE-Al 0, MAGE-Al 1 et MAGE-Al2. En outre, ces peptides qui sont aptes à être présentés par une molécule HLA-DP4 et à induire des lymphocytes T CD4+ spécifiques chez des individus naïfs, sont susceptibles d'induire, à eux seuls, une réponse T CD4+ spécifique d'antigène(s) MAGE exprimé(s) par des cellules tumorales, chez la majorité des individus vaccinés. The inventors have identified other CD4 + T epitopes restricted to HLADP4, in the MAGE-A 1 antigen; these epitopes, which are different from the known epitope of the MAGE-A3 antigen, are also present in other tumor-specific MAGE antigens, in particular in the MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4 and MAGE-A9 antigens, MAGE-Al 0, MAGE-Al 1 and MAGE-Al 2. Furthermore, these peptides, which are capable of being presented by an HLA-DP4 molecule and of inducing specific CD4 + T lymphocytes in naive individuals, are capable of inducing, by themselves, an antigen-specific CD4 + T response (s). MAGE expressed by tumor cells, in the majority of vaccinated individuals.
La présente invention a en conséquence pour objet l'utilisation d'un peptide dérivé de l'antigène MAGE-A 1 comprenant un épitope T CD4+ apte à être présenté par une molécule HLA-DP4 et à induire des lymphocytes T spécifiques d'au moins un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales, lequel peptide étant sélectionné dans le groupe constitué par: a) les fragments de 13 à 50 acides aminés consécutifs de l'antigène MAGEAI, de préférence de 13 à 25 acides aminés, comprenant au moins la séquence située entre les positions suivantes: - positions 68-76 (SEQ ID NO:1) ; ces fragments comprennent l'épitope I de MAGE, - positions 93-101 (SEQ ID NO:2) ; ces fragments comprennent l'épitope II de MAGE, positions 107-1 15 (SEQ ID NO:3) ; ces fragments comprennent l'épitope III de MAGE, - positions 123-131 (SEQ ID NO:4) ; ces fragments comprennent 30 l'épitope IV de MAGE, - positions 139-147 (SEQ ID NO:5) ; ces fragments comprennent l'épitope V de MAGE, - positions 150-158 (SEQ ID NO:6) ; ces fragments comprennent l'épitope VI de MAGE, - positions 215-223 (SEQ ID NO:7) ; ces fragments comprennent l'épitope VII de MAGE, - positions 271-279 (SEQ ID NO:8) ; ces fragments comprennent l'épitope VIII de MAGE, - positions 274-282 (SEQ ID NO:9) ; ces fragments comprennent l'épitope IX de MAGE, b) les peptides variants des peptides définis en a), de 13 à 50 acides aminés, de préférence de 13 à 25 acides aminés, qui présentent une activité de liaison à une molécule HLA-DP4 inférieure ou égale à 1000 nM et sont capables d'induire des lymphocytes T CD4+ reconnaissant l'un des épitopes MAGE défini en a), pour la préparation d'un vaccin destiné à la prévention ou au traitement d'un cancer associé à l'expression d'un antigène MAGE, chez un individu porteur d'un allèle DP4, ou pour la préparation d'un réactif de diagnostic de l'état immunitaire dudit individu vis-à-vis de ce cancer. The subject of the present invention is therefore the use of a peptide derived from the MAGE-A 1 antigen comprising a CD4 + T epitope capable of being presented by an HLA-DP4 molecule and to induce T lymphocytes specific for at least a MAGE antigen expressed by the tumor cells, which peptide is selected from the group consisting of: a) the 13 to 50 consecutive amino acid fragments of the MAGEAI antigen, preferably 13 to 25 amino acids, comprising at least the sequence located between the following positions: - positions 68-76 (SEQ ID NO: 1); these fragments include MAGE epitope I, positions 93-101 (SEQ ID NO: 2); these fragments include MAGE epitope II, positions 107-1 (SEQ ID NO: 3); these fragments include MAGE epitope III, positions 123-131 (SEQ ID NO: 4); these fragments include the MAGE epitope IV, positions 139-147 (SEQ ID NO: 5); these fragments include the MAGE epitope V, positions 150-158 (SEQ ID NO: 6); these fragments include the MAGE epitope VI, positions 215-223 (SEQ ID NO: 7); these fragments include MAGE epitope VII, positions 271-279 (SEQ ID NO: 8); these fragments include MAGE epitope VIII, positions 274-282 (SEQ ID NO: 9); these fragments comprise the epitope IX of MAGE, b) the variant peptides of the peptides defined in a), from 13 to 50 amino acids, preferably from 13 to 25 amino acids, which exhibit an activity of binding to an HLA-DP4 molecule less than or equal to 1000 nM and are capable of inducing CD4 + T cells recognizing one of the MAGE epitopes defined in a), for the preparation of a vaccine intended for the prevention or treatment of a cancer associated with the expression of a MAGE antigen, in an individual carrying a DP4 allele, or for the preparation of a reagent for diagnosing the immune status of said individual with respect to this cancer.
On entend par individu porteur d'un allèle DP4, un individu porteur d'un allèle codant pour la chaîne béta d'une molécule DP4, de préférence l'allèle DPB 1 *0401 ou DPB 1 *0402. The term "individual carrying a DP4 allele" means an individual carrying an allele coding for the beta chain of a DP4 molecule, preferably the DPB 1 * 0401 or DPB 1 * 0402 allele.
Les peptides selon l'invention présentent les propriétés suivantes: activité de liaison à HLA-DP4: les peptides selon l'invention possèdent une forte affinité pour HLA-DP4 (activité de liaison < 1000 nM) ; l'activité de liaison peut-être mesurée par un test de liaison HLADP4/peptide, en compétition, avec une révélation immuno-enzymatique, selon le principe décrit dans la Demande Internationale PCT WO 03/040299, immunogénicité : les peptides selon l'invention sont reconnus par des lymphocytes T CD4+ chez la majorité des individus du fait de la prépondérance de la molécule HLA-DP4 dans la population caucasienne mais aussi dans les populations d'Amérique du Sud et d'Inde, et dans une moindre mesure, dans celles d'Afrique et du Japon. Ces peptides sont également capables d'induire des cellules T CD4+ spécifiques d'un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales à partir des précurseurs présents chez la majorité des individus naïfs ou bien de stimuler de telles cellules chez la majorité des individus atteints d'un cancer associé à l'expression d'un antigène MAGE. En outre, les lymphocytes T CD4+ induits par ces peptides reconnaissent l'épitope de l'antigène natif naturellement présenté par les cellules dendritiques. En conséquence, de tels peptides représentent des candidats potentiels pour la vaccination prophylactique ou thérapeutique contre les cancers associés à l'expression d'un antigène MAGE, particulièrement intéressants du fait qu'ils peuvent induire une réponse T CD4+ spécifique d'un antigène MAGE chez la majorité des individus de la population. En outre, les peptides dont la séquence est conservée dans les différents antigènes MAGE ou qui présentent une réaction croisée avec des épitopes T CD4+ présents dans d'autres antigènes MAGE sont capables d'induire une réponse T CD4+ vis-à- vis de plusieurs antigènes MAGE exprimés par les cellules tumorales. L'immunogénicité des peptides peut être déterminée, notamment à partir de cellules mononucléées du sang périphérique (PBMCs), par tout essai approprié connu de l'Homme du métier comme par exemple: un test de prolifération cellulaire, un test ELISPOT (dosage des cellules productrices de cytokines) ou un test de dosage des cytokines intracellulaires (IFN-y. lL-2, IL-4 et IL-10). The peptides according to the invention have the following properties: HLA-DP4 binding activity: the peptides according to the invention have a high affinity for HLA-DP4 (binding activity <1000 nM); the binding activity can be measured by a HLADP4 / peptide binding assay, in competition, with immunoenzymatic revelation, according to the principle described in PCT International Application WO 03/040299, immunogenicity: the peptides according to the invention are recognized by CD4 + T cells in the majority of individuals because of the preponderance of the HLA-DP4 molecule in the Caucasian population but also in the populations of South America and India, and to a lesser extent in those from Africa and Japan. These peptides are also capable of inducing CD4 + T cells specific for a MAGE antigen expressed by tumor cells from the precursors present in the majority of naive individuals or to stimulate such cells in the majority of individuals suffering from cancer associated with the expression of a MAGE antigen. In addition, the CD4 + T cells induced by these peptides recognize the epitope of the native antigen naturally present by the dendritic cells. Consequently, such peptides represent potential candidates for prophylactic or therapeutic vaccination against cancers associated with the expression of a MAGE antigen, which are particularly interesting because they can induce a CD4 + T response specific for a MAGE antigen in the majority of individuals in the population. In addition, peptides whose sequence is conserved in the various MAGE antigens or which cross-react with CD4 + T epitopes present in other MAGE antigens are capable of inducing a CD4 + T response towards several antigens. MAGE expressed by tumor cells. The immunogenicity of the peptides can be determined, in particular from peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), by any appropriate assay known to those skilled in the art, for example: a cell proliferation assay, an ELISPOT assay (cell assay cytokine producers) or an intracellular cytokine assay (IFN-γ. IL-2, IL-4 and IL-10).
La séquence de l'antigène MAGE-Al est disponible dans les bases de données et correspond au numéro d'accès SWISSPROT P43355. The sequence of the MAGE-Al antigen is available in the databases and corresponds to the access number SWISSPROT P43355.
Les peptides selon l'invention comprennent un épitope T CD4+ constitué par une séquence de 9 à 12 acides aminés telle que définie ci-dessus, flanquée à l'une de ses extrémités, de préférence aux deux extrémités, par au moins 2 acides aminés, de préférence 3 acides aminés. La séquence de 9 à 12 acides aminés, généralement de 9 acides aminés, inclut les résidus P1, P4, P6 et P9, d'ancrage à une molécule HLA-DP4 et les résidus en position 1, 4, 6 et 9 de ladite séquence corres- pondent respectivement aux résidus Pl, P4, P6 et P9. Par exemple, dans les peptides comprenant l'épitope II qui inclut la séquence ILESLFRAV (SEQ ID NO: 2), les résidu d'ancrage sont I(Pl), S(P4), F(P6) et V(P9). The peptides according to the invention comprise a CD4 + T epitope consisting of a sequence of 9 to 12 amino acids as defined above, flanked at one of its ends, preferably at both ends, with at least 2 amino acids, preferably 3 amino acids. The sequence of 9 to 12 amino acids, generally 9 amino acids, includes residues P1, P4, P6 and P9, anchoring to an HLA-DP4 molecule and residues in position 1, 4, 6 and 9 of said sequence correspond respectively to residues P1, P4, P6 and P9. For example, in the peptides comprising the epitope II which includes the sequence ILESLFRAV (SEQ ID NO: 2), the anchoring residues are I (P1), S (P4), F (P6) and V (P9).
L'invention englobe également les variants naturels ou synthétiques obtenus à partir des séquences précédentes, par mutation (insertion, délétion, substitu- tion) d'un ou plusieurs acides aminés dans la séquence du peptide, dès lors que ledit variant conserve une forte affinité pour HLA-DP4 (activité de liaison < 1000 nM) et est immunogène. The invention also encompasses natural or synthetic variants obtained from the preceding sequences, by mutation (insertion, deletion, substitution) of one or more amino acids in the peptide sequence, since said variant retains a high affinity for HLA-DP4 (binding activity <1000 nM) and is immunogenic.
Les variants naturels correspondent aux peptides homologues issus d'autres antigènes MAGE exprimés par les cellules tumorales et en particulier des antigènes MAGE-A2, MAGE-A3. MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-AlO, MAGE-Al 1 et MAGE-A l 2. Les séquences des autres antigènes MAGE sont disponibles dans les banques de données; les numéros d'accès des autres antigènes MAGE-A humains dans la base SWISSPROT, sont les suivants: MAGE-A2: P43356; MAGE-A3: P43357; MAGE-A4: P43358; MAGE-A5: P43359; MAGE-A6: P43360; MAGE-A8: P43361; MAGE-A9: P43362; MAGE-AlO: P43363; MAGE-Al l: P43364; MAGE-Al2: P43365. La séquence de ces variants peut être déduite aisément après alignement optimal des séquences des antigènes MAGE exprimés par les cellules tumorales. à l'aide d'un logiciel approprié connu de l'Homme du métier comme CLUSTAL W (Thompson et al., 1994, N.A.R, 22:4673-4680). The natural variants correspond to the homologous peptides derived from other MAGE antigens expressed by the tumor cells and in particular MAGE-A2, MAGE-A3 antigens. MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-A1, MAGE-A1 and MAGE-A 2. The sequences of the other MAGE antigens are available in the databanks; the access numbers of the other human MAGE-A antigens in the SWISSPROT base are as follows: MAGE-A2: P43356; MAGE-A3: P43357; MAGE-A4: P43358; MAGE-A5: P43359; MAGE-A6: P43360; MAGE-A8: P43361; MAGE-A9: P43362; MAGE-AlO: P43363; MAGE-A1: P43364; MAGE-Al2: P43365. The sequence of these variants can be deduced easily after optimal alignment of the MAGE antigen sequences expressed by the tumor cells. using appropriate software known to those skilled in the art such as CLUSTAL W (Thompson et al., 1994, N.A.R., 22: 4673-4680).
En outre, d'autres variants peuvent être aisément construits étant donné que les résidus d'acides aminés impliqués dans la liaison à HLA-DP4 (résidus d'ancrage PI, P4, P6 et P9) et l'effet des modifications de ces résidus sur la liaison à HLA-DP4 sont connus de l'Homme du métier; la Demande Internationale PCT WO 03/040299 enseigne notamment que le résidu en P6 doit être aromatique ou hydrophobe ou consister en un résidu de cystéine (C), et au moins l'un des résidus PI, P9 est tel que PI est aromatique ou hydrophobe et/ou P9 est aromatique ou hydrophobe ou consiste en un résidu C, D, Q, S, T ou E, alors que le résidu en P4 peut être n'importe quel résidu d'acide aminé. In addition, other variants can be easily constructed since the amino acid residues involved in HLA-DP4 binding (PI, P4, P6 and P9 anchor residues) and the effect of modifications of these residues on the binding to HLA-DP4 are known to those skilled in the art; PCT International Application WO 03/040299 teaches in particular that the residue in P6 must be aromatic or hydrophobic or consist of a cysteine residue (C), and at least one of the residues P1, P9 is such that PI is aromatic or hydrophobic and / or P9 is aromatic or hydrophobic or is a C, D, Q, S, T or E residue, while the residue at P4 can be any amino acid residue.
L'invention englobe également les peptides modifiés dérivés des précédents par introduction de toute modification au niveau de résidu(s) d'acide aminé, de la liaison peptidique ou des extrémités des peptides, dès lors que ledit peptide modifié conserve une forte affinité pour HLA- DP4 (activité de liaison < 1000 nM) et est immunogène. Ces modifications qui sont introduites dans les peptides par les méthodes classiques connues de l'Homme du métier, incluent de façon non- limitative: la substitution d'un acide aminé par un acide aminé non- protéinogénique (acide aminé D ou analogue d'acide aminé) ; l'addition de groupement chimique (lipide, oligo ou polysaccharide) au niveau d'une fonction réactive, notamment de la chaîne latérale R; la modification de la liaison peptidique ( CO-NH-), notamment par une liaison du type rétro ou rétro-inverso (-NH-CO-) ou une liaison différente de la liaison peptidique; la cyclisation; la fusion d'un peptide (épitope d'intérêt pour la vaccination; étiquette utile pour la purification du peptide, notamment sous forme clivable par une protéase) ; la fusion de la séquence dudit peptide avec celle d'une protéine, notamment une chaîne a ou d'une molécule HLA-DP4 ou le domaine extracellulaire de ladite chaîne ou bien encore une séquence de ciblage dans l'endosome dérivée notamment de la chaîne invariable Ii ou de la protéine LAMP-1; le couplage à une molécule appropriée, notamment un marqueur, par exemple un fluorochrome. Ces modifications sont destinées en particulier à augmenter la stabilité et plus particulièrement la résistance à la protéolyse, ainsi que la solubilité, l'immunogénicité ou à faciliter la purification ou la détection, soit du peptide selon l'invention, soit de cellules CD4+ spécifiques dudit peptide. The invention also encompasses modified peptides derived from the foregoing by introduction of any modification at amino acid residue (s), peptide bond or peptide ends, as long as said modified peptide retains a high affinity for HLA. DP4 (binding activity <1000 nM) and is immunogenic. These modifications, which are introduced into the peptides by conventional methods known to those skilled in the art, include, without limitation: the substitution of an amino acid by a nonproteinogenic amino acid (amino acid D or the like of an acid amine); adding a chemical group (lipid, oligo or polysaccharide) at a reactive function, in particular the side chain R; modification of the peptide bond (CO-NH-), in particular by a retro-type or retro-inverso bond (-NH-CO-) or a bond different from the peptide bond; cyclization; the fusion of a peptide (epitope of interest for vaccination, label useful for the purification of the peptide, especially in cleavable form with a protease); the fusion of the sequence of said peptide with that of a protein, in particular an α chain or of an HLA-DP4 molecule or the extracellular domain of said chain, or else a targeting sequence in the endosome derived in particular from the invariable chain II or LAMP-1 protein; coupling to a suitable molecule, in particular a marker, for example a fluorochrome. These modifications are intended in particular to increase the stability and more particularly the resistance to proteolysis, as well as the solubility, the immunogenicity or to facilitate the purification or the detection, either of the peptide according to the invention, or of specific CD4 + cells of said peptide.
Selon un mode de réalisation avantageux de ladite utilisation, le peptide défini en a) est un peptide de l'antigène MAGE-Al sélectionné dans le groupe constitué par: SCILESLFRAVITK (positions 90-104; SEQ ID NO:10; épitope II) ; PRALAETSYVKVLEY (positions 268-282: SEQ ID NO:11; épitope VIII) ; 65-79: SEQ ID NO:12; épitope I) ; 104-118: SEQ ID NO:13; épitope III), 120-134: SEQ ID NO:14; épitope IV), 136-150: SEQ ID NO:15; épitope V), 147-161: SEQ ID NO:16; épitope VI) ; PTTINFTRQRQPNEG (positions KKVADLVGFLLLKYR (positions REPVTKAEMLESVIK (positions 20 YKHCFPEIFGKASES (positions ASESLQLVFGIDVKE (positions EEIWEEISVMEVYDG (positions 212-226: SEQ ID NO:17, épitope VII) et LAETSYVKVLEYVIK (positions 271-285: SEQ ID NO: 18; épitope IX). According to an advantageous embodiment of said use, the peptide defined in a) is a peptide of the MAGE-A1 antigen selected from the group consisting of: SCILESLFRAVITK (positions 90-104, SEQ ID NO: 10, epitope II); PRALAETSYVKVLEY (positions 268-282: SEQ ID NO: 11, epitope VIII); 65-79: SEQ ID NO: 12; epitope I); 104-118: SEQ ID NO: 13; epitope III), 120-134: SEQ ID NO: 14; epitope IV), 136-150: SEQ ID NO: 15; epitope V), 147-161: SEQ ID NO: 16; epitope VI); PTTINFTRQRQPNEG (positions KKVADLVGFLLLKYR (positions REPVTKAEMLESVIK (positions YKHCFPEIFGKASES (positions ASESLQLVFGIDVKE (positions EEIWEEISVMEVYDG (positions 212-226: SEQ ID NO: 17, epitope VII) and LAETSYVKVLEYVIK (positions 271-285: SEQ ID NO: 18, epitope IX).
De préférence, ledit peptide est sélectionné dans le groupe constitué 25 par les séquences SEQ ID NO: 10, 11, 13, 14 et 17. Preferably, said peptide is selected from the group consisting of SEQ ID NO: 10, 11, 13, 14 and 17.
Selon un autre mode de réalisation avantageux de ladite utilisation, le peptide variant en b) est un fragment d'un autre antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales, dont la séquence est homologue à celle du fragment en a), de préférence ledit fragment homologue est issu d'un antigène MAGE-A sélectionné parmi: MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-Al 0, MAGE-Al 1 et MAGE-A 12. According to another advantageous embodiment of said use, the variant peptide in b) is a fragment of another MAGE antigen expressed by the tumor cells, whose sequence is homologous to that of the fragment in a), preferably said homologous fragment. is derived from a MAGE-A antigen selected from: MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-A1 0, MAGE-A1 1 and MAGE-A 12.
Selon une disposition avantageuse de ce mode de réalisation, ledit peptide variant est sélectionné dans le groupe constitué par: - les fragments de 13 à 50 acides aminés consécutifs de l'antigène MAGE-A9, de préférence de 13 à 25 acides aminés, comprenant au moins la séquence VYYTLWSQF (positions 71-79: SEQ ID NO:19) ; les peptides incluant cette séquence correspondent à l'épitope I de MAGE, - les fragments de 13 à 50 acides aminés consécutifs des antigènes MAGE-A2, MAGE-A3 ou MAGE-Al2, de préférence de 13 à 25 acides aminés, comprenant au moins la séquence A/VELVHFLLL (positions 114-122: SEQ ID NO:20) ; les peptides incluant cette séquence correspondent à l'épitope III de MAGE, l0 - les fragments de 13 à 50 acides aminés consécutifs des antigènes MAGE-A2, MAGE-A3, MAGEA4. MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-Al 1 ou MAGE-Al2, de préférence de 13 à 25 acides aminés, comprenant au moins la séquence XiTKAEX2LX3X4 dans laquelle XI représente F, V ou I; X2 représente M ou I; X3 représente G ou E et X4 représente S ou R (SEQ ID NO:21). La séquence SEQ ID NO: 21 correspond aux positions suivantes: 130-138 de MAGE-A2, MAGE-A3 et MAGE- Al2, 131-139 de MAGE-A4, 129-138 de MAGE-A9, 155-163 de MAGE-A 10, 133- 141 de MAGE-A 11. Les peptides incluant cette séquence correspondent à l'épitope IV de MAGE, - les fragment de 13 à 50 acides aminés consécutifs de l'antigène 20 MAGE-A2, de préférence de 13 à 25 acides aminés, comprenant au moins la séquence FFPVIFSKA (positions 146-154: SEQ ID NO:22) ; les peptides incluant cette séquence correspondent à l'épitope V de MAGE, - les fragments de 13 à 50 acides aminés consécutifs de l'antigène MAGE-A9, de préférence de 13 à 25 acides aminés, comprenant au moins la séquence 25 FMQVIFGTD (positions 156-164: SEQ ID NO:23) ; les peptides incluant cette séquence correspondent à l'épitope VI de MAGE, - les fragments de 13 à 50 acides aminés consécutifs des antigènes MAGE-A2 et MAGE-A10, de préférence de 13 à 25 acides aminés, comprenant au moins la séquence WEXILX2SMX3X4X5 (SEQ ID NO:24) dans laquelle X1 représente E ou A, X2 représente S ou N, X3 représente L ou M, X4 représente E ou G et X5 représente V ou L. La séquence SEQ ID NO:24 correspond aux positions suivantes: 222 à 230 de MAGE-A2 ou 247 à 253 de MAGE-AlO; les peptides incluant cette séquence correspondent à l'épitope VII de MAGE, et - les fragments de 13 à 50 acides aminés consécutifs de l'antigène MAGE-A10, de préférence de 13 à 25 acides aminés, comprenant au moins la séquence IRKMSLLKF (positions 306-314: SEQ ID NO:25) ; les peptides incluant cette séquence correspondent à l'épitope IX de MAGE. According to an advantageous arrangement of this embodiment, said variant peptide is selected from the group consisting of: the fragments of 13 to 50 consecutive amino acids of the MAGE-A9 antigen, preferably from 13 to 25 amino acids, comprising at least minus the sequence VYYTLWSQF (positions 71-79: SEQ ID NO: 19); the peptides including this sequence correspond to the epitope I of MAGE, the fragments from 13 to 50 consecutive amino acids of the MAGE-A2, MAGE-A3 or MAGE-Al2 antigens, preferably from 13 to 25 amino acids, comprising at least the A / VELVHFLLL sequence (positions 114-122: SEQ ID NO: 20); the peptides including this sequence correspond to the MAGE epitope III, the 13 to 50 consecutive amino acid fragments of the MAGE-A2, MAGE-A3, MAGEA4 antigens. MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-A1 or MAGE-Al2, preferably from 13 to 25 amino acids, comprising at least the sequence XiTKAEX2LX3X4 in which XI represents F, V or I; X2 is M or I; X3 is G or E and X4 is S or R (SEQ ID NO: 21). The sequence SEQ ID NO: 21 corresponds to the following positions: 130-138 of MAGE-A2, MAGE-A3 and MAGE-A1 2, 131-139 of MAGE-A4, 129-138 of MAGE-A9, 155-163 of MAGE-A2. 10, 133-141 of MAGE-A 11. The peptides including this sequence correspond to the MAGE epitope IV, the 13 to 50 consecutive amino acid fragments of the MAGE-A2 antigen, preferably from 13 to 25 amino acids, comprising at least the sequence FFPVIFSKA (positions 146-154: SEQ ID NO: 22); the peptides including this sequence correspond to the epitope V of MAGE, the fragments of 13 to 50 consecutive amino acids of the MAGE-A9 antigen, preferably from 13 to 25 amino acids, comprising at least the sequence FMQVIFGTD (positions 156-164: SEQ ID NO: 23); the peptides including this sequence correspond to the epitope VI of MAGE, the fragments from 13 to 50 consecutive amino acids of the MAGE-A2 and MAGE-A10 antigens, preferably from 13 to 25 amino acids, comprising at least the sequence WEXILX2SMX3X4X5 ( SEQ ID NO: 24) wherein X1 is E or A, X2 is S or N, X3 is L or M, X4 is E or G and X5 is V or L. The sequence SEQ ID NO: 24 corresponds to the following positions: 222 to 230 of MAGE-A2 or 247 to 253 of MAGE-AlO; the peptides including this sequence correspond to the epitope VII of MAGE, and the fragments of 13 to 50 consecutive amino acids of the MAGE-A10 antigen, preferably from 13 to 25 amino acids, comprising at least the sequence IRKMSLLKF (positions 306-314: SEQ ID NO: 25); the peptides including this sequence correspond to the IX epitope of MAGE.
Les positions sont indiquées relativement à la séquence de chacun des différents antigènes MAGE-A, comme précisé dans le Tableau ci-après: Tableau I: Position des épitopes I à IX dans la séquence des antigènes MAGE Antigène Epitope T CD4 restreint à HLA-DP4* The positions are indicated relative to the sequence of each of the different MAGE-A antigens, as specified in the Table below: Table I: Position of Epitopes I to IX in the MAGE Antigen Sequence HLA-DP4-restricted CD4 Epitope T Epitope T *
MAGE I II III IV V VI VII VIII IXMAGE I II III IV V VI VII VIII IX
Al 68-76 93-101 107-115 123-131 139-147 150-158 215-223 271-279 274-282 A2 75-83 100-108 114-122 130-138 146-154 157-165 222-230 278-286 281-289 A3 75-83 100-108 114-122 130-138 146-154 157-165 222-230 278-286 281-289 A4 76-84 101-109 115-123 131-139 147-155 158-166 223-231 279-287 282-290 A5 75-83 100-108 114-122 - - - - _ _ A6 75-83 100-108 114-122 130-138 146154 157-165 222-230 - - A8 75-83 100-111 117-125 133-141 149-157 160-168 225-233 - A9 71-79 96-107 113-121 129-138 145-153 156-164 221-229 277285 280-288 A10 97-105 122-133 139-147 155-163 171-179 182-190 247-253 303-311 306-314 A11 75-83 100-111 114-122 133-141 149-157 160-168 225233 281-289 284-292 Al2 75-83 100-108 114-122 130-138 146-154 157-165 222230 278-286 281-289 tué par: - la séquence SISVYYTLWSQFDEG de l'antigène MAGE-A9 (positions 68-82; SEQ ID NO:26) correspondant à l'épitope I, - la séquence RKMVELVHFLLLKYR de l'antigène MAGE-A2 (positions 111-125: SEQ ID NO:27) correspondant à l'épitope III, la séquence RKVAELVHFLLLKYR de l'antigène MAGE-A3 (positions 111-125: SEQ ID NO:28) correspondant à l'épitope III, - la séquence RKMAELVHFLLLKYR de l'antigène MAGE-Al2, (positions 111-125: SEQ ID NO:29) correspondant à l'épitope III, * les positions sont celles des résidus d'ancrage Pl et P9 sauf pour le séquences de 12 acides aminés ( ) De préférence, ledit fragment est sélectionné dans le groupe consti- - la séquence REPVTKAEMLESVLR del'antigène MAGE-A2 (positions 127-141: SEQ ID NO:30) correspondant à l'épitope IV, - - la séquence KELVTKAEMLERVIK de l'antigène MAGE-A4 (positions 128-142: SEQ ID NO:31) correspondant à l'épitope IV, - la séquence KEPVTKAEMLESVIK de l'antigène MAGE-A9 (positions 126-140: SEQ ID NO:32) correspondant à l'épitope IV, - - la séquence KEPITKAEILESVIK de l'antigène MAGE-AlO (positions 152-166: SEQ ID NO:33) correspondant à l'épitope IV, - la séquence KGLITKAEMLGSVIK de l'antigène MAGE-Al 1 l0 (positions 130-144: SEQ ID NO:34) correspondant à l'épitope IV, - la séquence REPFTKAEMLGSVIR de l'antigène MAGE-Al2 (positions 127-141: SEQ ID NO:35) correspondant à l'épitope IV, - la séquence CQDFFPVIFSKASEY de l'antigène MAGE-A2 (positions 143-157: SEQ ID NO:36) correspondant à l'épitope V, - la séquence ASEFMQVIFGTDVKE de l'antigène MAGE-A9 (positions 153-167: SEQ ID NO:37) correspondant à I'épitope VI, - la séquence EKIWEELSMLEVFEG de l'antigène MAGE-A2 (positions 219-233: SEQ ID NO:38) correspondant à l'épitope VII, - la séquence EVIWEALNMMGLYDG de l'antigène MAGE-A10 20 (positions 244-258; SEQ ID NO:39) correspondant à l'épitope VII, et - la séquence HAEIRKMSLLKFLAK de l'antigène MAGE-AlO (positions 303-317: SEQ ID NO:40) correspondant à l'épitope IX. Al 68-76 93-101 107-115 123-131 139-147 150-158 215-223 271-279 274-282 A2 75-83 100-108 114-122 130-138 146-154 157-165 222-230 278-286 281-289 A3 75-83 100-108 114-122 130-138 146-154 157-165 222-230 278-286 281-289 A4 76-84 101-109 115-123 131-139 147-155 158-166 223-231 279-287 282-290 A5 75-83 100-108 114-122 - - - - _ _ A6 75-83 100-108 114-122 130-138 146154 157-165 222-230 - - A8 75-83 100-111 117-125 133-141 149-157 160-168 225-233 - A9 71-79 96-107 113-121 129-138 145-153 156-164 221-229 277285 280-288 A10 97-105 122-133 139-147 155-163 171-179 182-190 247-253 303-311 306-314 A11 75-83 100-111 114-122 133-141 149-157 160-168 225233 281-289 284-292 Al2 75-83 100-108 114-122 130-138 146-154 157-165 222230 278-286 281-289 killed by: - the sequence SISVYYTLWSQFDEG of the MAGE-A9 antigen (positions 68-82; SEQ ID NO: 26) corresponding to the epitope I, the sequence RKMVELVHFLLLKYR of the MAGE-A2 antigen (positions 111-125: SEQ ID NO: 27) corresponding to the epitope III, the sequestr RKVAELVHFLLLKYR antigen of the MAGE-A3 antigen (positions 111-125: SEQ ID NO: 28) corresponding to the epitope III, - the RKMAELVHFLLLKYR sequence of the MAGE-Al2 antigen, (positions 111-125: SEQ ID NO: 29) corresponding to the epitope III, the positions are those of the anchoring residues P1 and P9 except for the 12 amino acid sequence (). Preferably, said fragment is selected from the group consisting of: MAGE-A2 antigen (positions 127-141: SEQ ID NO: 30) corresponding to the IV epitope, - - the KELVTKAEMLERVIK sequence of the MAGE-A4 antigen (positions 128-142: SEQ ID NO: 31) corresponding to the IV epitope, the KEPVTKAEMLESVIK sequence of the MAGE-A9 antigen (positions 126-140: SEQ ID NO: 32) corresponding to the IV epitope, - the KEPITKAEILESVIK sequence of the MAGE-AlO antigen (positions 152- 166: SEQ ID NO: 33) corresponding to the epitope IV, the KGLITKAEMLGSVIK sequence of the MAGE-A1110 antigen (positions 130-144: SEQ ID NO: 34) correspo ndant to the epitope IV, - the REPFTKAEMLGSVIR sequence of the MAGE-Al2 antigen (positions 127-141: SEQ ID NO: 35) corresponding to the IV epitope, - the CQDFFPVIFSKASEY sequence of the MAGE-A2 antigen (positions 143-157: SEQ ID NO: 36) corresponding to the V epitope, the ASEFMQVIFGTDVKE sequence of the MAGE-A9 antigen (positions 153-167: SEQ ID NO: 37) corresponding to the VI epitope, the sequence EKIWEELSMLEVFEG of the MAGE-A2 antigen (positions 219-233: SEQ ID NO: 38) corresponding to the epitope VII, the sequence EVIWEALNMMGLYDG of the MAGE-A10 antigen (positions 244-258; SEQ ID NO: 39) corresponding to the epitope VII, and the HAEIRKMSLLKFLAK sequence of the MAGE-AlO antigen (positions 303-317: SEQ ID NO: 40) corresponding to the IX epitope.
Selon un autre mode de réalisation avantageux de ladite utilisation, le peptide variant en b) est un variant synthétique obtenu par la substitution d'au moins un des résidus PI, P6 et/ou P9 par un acide aminé aromatique ou hydrophobe, du résidu P6 par une cystéine (C), du résidu P9 par C, D, Q, S, T ou E et/ou du résidu P4 par un autre acide aminé naturel ou synthétique. According to another advantageous embodiment of said use, the peptide variant in b) is a synthetic variant obtained by the substitution of at least one of the residues P1, P6 and / or P9 by an aromatic or hydrophobic amino acid, of the residue P6. by cysteine (C), residue P9 by C, D, Q, S, T or E and / or residue P4 by another natural or synthetic amino acid.
On entend par acide aminé naturel ou synthétique, les 20 a-acides aminés naturels communément trouvés dans les protéines (A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y et V), certains acides aminés rarement rencontrés dans les protéines (hydroxyproline, hydroxylysine, méthyllysine, diméthyllysine..), les acides aminés qui n'existent pas dans les protéines tels que la (3-alanine, l'acide 'y-amino- butyrique, 1'homocystéine, l'ornithine, la citrulline, la canavanine, la norleucine, la cyclohexylalanine..., ainsi que les énantiomères et les diastéréoisomères des acides aminés précédents. The term natural or synthetic amino acid is understood to mean the naturally occurring α-amino acids commonly found in the proteins (A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F). P, S, T, W, Y and V), some amino acids rarely encountered in proteins (hydroxyproline, hydroxylysine, methyllysine, dimethyllysine ..), amino acids that do not exist in proteins such as (3- alanine, y-amino-butyric acid, homocysteine, ornithine, citrulline, canavanine, norleucine, cyclohexylalanine, and the enantiomers and diastereoisomers of the foregoing amino acids.
On entend par acide aminé hydrophobe, un acide aminé sélectionné 5 parmi (code à une lettre) : A, V. L, I, P, W, F et M. On entend par acide aminé aromatique, un acide aminé sélectionné parmi (code à une lettre) : F, W et Y. Selon un autre mode de réalisation avantageux de ladite utilisation, le peptide présente une séquence de 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 ou 24 acides 10 aminés. The term hydrophobic amino acid is understood to mean an amino acid selected from (code to a letter): A, V, I, P, W, F and M. The term aromatic amino acid means an amino acid selected from (code to a letter): F, W and Y. According to another advantageous embodiment of said use, the peptide has a sequence of 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 or 24 acids. 10 amines.
Selon un autre mode de réalisation avantageux de ladite utilisation, le peptide est marqué ou complexé ; il peut être notamment complexé à des molécules HLA-DP4 marquées, par exemple biotinylées, pour former des complexes HLADP4/peptides, en particulier des complexes multimériques comme des tétramères. According to another advantageous embodiment of said use, the peptide is labeled or complexed; it may in particular be complexed with labeled HLA-DP4 molecules, for example biotinylated, to form HLADP4 / peptide complexes, in particular multimeric complexes such as tetramers.
Selon encore un autre mode de réalisation avantageux de ladite utilisation, la molécule DP4 comprend une chaîne (3 codée par l'allèle DPB1 *0401 (molécule HLA-DP401) ou DPBI *0402 (molécule HLA-DP402) ; la chaîne oc étant codée par l'allèle DPA l *0103 ou DPA 1 *0201. According to yet another advantageous embodiment of said use, the DP4 molecule comprises a chain (3 coded by the DPB1 * 0401 allele (HLA-DP401 molecule) or DPBI * 0402 (HLA-DP402 molecule), the oc chain being coded by the DPA l * 0103 or DPA 1 * 0201 allele.
La présente invention a également pour objet l'utilisation d'un fragment polyépitopique comprenant la concaténation d'au moins deux épitopes identiques ou différents dont l'un au moins est un épitope T CD4+ d'un antigène MAGE inclus dans un peptide tel que défini ci-dessus, pour la préparation d'un vaccin destiné à la prévention ou au traitement d'un cancer associé à l'expression d'un antigène MAGE, chez un individu porteur d'un allèle DP4, ou pour la préparation d'un réactif de diagnostic de l'état immunitaire dudit individu vis-à-vis de ce cancer. The present invention also relates to the use of a polyepitopic fragment comprising the concatenation of at least two identical or different epitopes of which at least one is a CD4 + T epitope of a MAGE antigen included in a peptide as defined above, for the preparation of a vaccine for the prevention or treatment of cancer associated with the expression of a MAGE antigen, in an individual carrying a DP4 allele, or for the preparation of a diagnostic reagent for the immune status of said individual with respect to this cancer.
De préférence, ledit fragment polyépitopique présente une longueur de 20 à 1000 acides aminés, de préférence de 20 à 100 acides aminés. Preferably, said polyepitopic fragment has a length of 20 to 1000 amino acids, preferably 20 to 100 amino acids.
Ledit fragment polyépitopique comprend avantageusement une étiquette fusionnée à l'une de ses extrémités, pour la purification ou la détection dudit fragment. L'étiquette, notamment une séquence polyhistidine ou un épitope B d'un antigène, est de préférence séparée de la séquence polyépitopique par un site de clivage d'une protéase de façon à isoler la séquence polyépitopique, à partir de la fusion. Said polyepitopic fragment advantageously comprises a label fused at one of its ends for the purification or detection of said fragment. The tag, particularly a polyhistidine sequence or an epitope B of an antigen, is preferably separated from the polyepitopic sequence by a protease cleavage site so as to isolate the polyepitopic sequence from the fusion.
Selon un mode de réalisation avantageux de ladite utilisation, le fragment polyépitopique comprend la concaténation d'au moins un épitope T CD4+ d'un antigène MAGE inclus dans un peptide tel que défini ci-dessus et d'au moins un épitope sélectionné dans le groupe constitué par: - un épitope T CDS+ d'un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales, présenté par une molécules HLA 1 et reconnu par des lymphocytes T cytotoxiques spécifiques desdits antigènes; de tels épitopes T CD8+ sont notamment décrits sur le site http://www.cancerimmunity. org/peptidedatabase/tumorspecific.htm; de préférence l'épitope T CD8+ est choisi parmi MAGE-Al 96-104, MAGE-A3 168-176, MAGE-Al 0 254-262 et MAGE-A 12 170-178, - un épitope T CD4+ universel naturel ou synthétique tel que le peptide de la toxine tétanique TT 830-846 (O'SULLIVAN et al., J. Immunol., 1991, 147, 2663-2669), le peptide de l'hémagglutinine du virus de la grippe HA 307-319 (O'SULLIVAN et al, précité), le peptide PADRE (KXVAAWTLKAA; Alexander et al., Immunity, 1994, 1, 751-761) et des peptides issus des antigènes de Plasmodium falciparum tels que le peptide CS.T3 (SINIGAGLIA et al., Nature, 1988, 336, 778-780) et les peptides CSP, SSP2, LSA-1 et EXP-1 (DOOLAN et al., J. Immunol., 2000, 165, 1123-1137), un épitope B constitué par un sucre (ALEXANDER et al., précité), ledit épitope B étant de préférence sous la forme d'un glycopeptide, et - un épitope B d'un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales reconnu spécifiquement par des anticorps dirigés contre ledit antigène 25 tumoral. According to an advantageous embodiment of said use, the polyepitopic fragment comprises the concatenation of at least one CD4 + T epitope of a MAGE antigen included in a peptide as defined above and of at least one epitope selected from the group consisting of: - a CDS + T epitope of a MAGE antigen expressed by the tumor cells, presented by an HLA 1 molecule and recognized by cytotoxic T lymphocytes specific for said antigens; such CD8 + T epitopes are described in particular at http: //www.cancerimmunity. org / peptidedatabase / tumorspecific.htm; preferably, the CD8 + T epitope is chosen from MAGE-Al 96-104, MAGE-A3 168-176, MAGE-Al 0 254-262 and MAGE-A 12 170-178, a universal natural or synthetic CD4 + T epitope, such as tetanus toxin peptide TT 830-846 (O'SULLIVAN et al., J. Immunol., 1991, 147, 2663-2669), haemagglutinin peptide of HA 307-319 influenza virus (O Sullivan et al, supra), PADRE peptide (KXVAAWTLKAA, Alexander et al., Immunity, 1994, 1, 751-761) and peptides derived from Plasmodium falciparum antigens such as CS.T3 peptide (SINIGAGLIA et al. , Nature, 1988, 336, 778-780) and the peptides CSP, SSP2, LSA-1 and EXP-1 (DOOLAN et al., J. Immunol., 2000, 165, 1123-1137), an epitope B consisting of a sugar (ALEXANDER et al., supra), said epitope B being preferably in the form of a glycopeptide, and a B epitope of a MAGE antigen expressed by the tumor cells specifically recognized by antibodies directed against said antigen. tumor.
La combinaison de l'épitope T CD4+ avec l'un au moins des épitopes tels que définis ci-dessus permet avantageusement de déclencher ou de moduler une réponse immunitaire anti-tumorale. The combination of the CD4 + T epitope with at least one of the epitopes as defined above advantageously makes it possible to trigger or modulate an anti-tumor immune response.
La présente invention a également pour objet l'utilisation d'un lipopeptide comprenant un peptide ou un fragment polyépitopique tels que définis ci- dessus, pour la préparation d'un vaccin destiné à la prévention ou au traitement d'un cancer associé à l'expression d'un antigène MAGE, chez un individu porteur d'un allèle DP4, ou pour la préparation d'un réactif de diagnostic de l'état immunitaire dudit individu vis-à-vis de ce cancer. The present invention also relates to the use of a lipopeptide comprising a peptide or a polyepitopic fragment as defined above, for the preparation of a vaccine intended for the prevention or treatment of a cancer associated with the expression of a MAGE antigen, in an individual carrying a DP4 allele, or for the preparation of a reagent for diagnosing the immune status of said individual with respect to this cancer.
Ledit lipopeptide est notamment obtenu par addition d'un lipide sur une fonction a-aminée ou sur une fonction réactive de la chaîne latérale d'un acide aminé dudit peptide ou fragment polyépitopique; il peut comprendre une ou plusieurs chaînes dérivées d'acides gras en C4_20, éventuellement ramifiées ou insaturées (acide palmitique, acide oléique, acide linoléique, acide linolénique, acide 2-amino hexadécanoïque, pimélautide, trimétauxide) ou un dérivé d'un stéroïde. La partie lipidique préférée est notamment représentée par un groupe Na-acétyl-lysine Nc(palmitoyl), également dénommé Ac-K(Pam). Said lipopeptide is especially obtained by adding a lipid on an α-amino function or on a reactive function of the side chain of an amino acid of said peptide or polyepitopic fragment; it may comprise one or more chains derived from C4-20 fatty acids, optionally branched or unsaturated (palmitic acid, oleic acid, linoleic acid, linolenic acid, 2-amino hexadecanoic acid, pimelautide, trimetauxide) or a derivative of a steroid. The preferred lipid portion is especially represented by a N-acetyl-lysine Nc (palmitoyl) group, also called Ac-K (Pam).
La présente invention a également pour objet l'utilisation d'une protéine de fusion constituée par une protéine ou un fragment de protéine, fusionnés avec un peptide ou un fragment polyépitopique tels que définis ci-dessus, pour la préparation d'un vaccin destiné à la prévention ou au traitement d'un cancer associé à l'expression d'un antigène MAGE, chez un individu porteur d'un allèle DP4, ou pour la préparation d'un réactif de diagnostic de l'état immunitaire dudit individu vis-à-vis de ce cancer. The present invention also relates to the use of a fusion protein consisting of a protein or a fragment of protein, fused with a peptide or a polyepitopic fragment as defined above, for the preparation of a vaccine intended for the prevention or treatment of a cancer associated with the expression of a MAGE antigen, in an individual carrying a DP4 allele, or for the preparation of a reagent for diagnosing the immune status of said individual vis-à-vis -vis of this cancer.
Le peptide ou le fragment polyépitopique peuvent être fusionnés avec l'extrémité NH2 ou COOH de ladite protéine ou insérés dans la séquence de 20 ladite protéine. The peptide or polyepitope fragment may be fused with the NH 2 or COOH end of said protein or inserted into the sequence of said protein.
Selon un mode de réalisation avantageux de ladite utilisation, la protéine de fusion est constituée par un peptide MAGE tel que défini ci- dessus, fusionné avec une séquence de ciblage dans l'endosome, dérivée de préférence d'une chaîne invariable humaine Ii ou de la protéine LAMP-1. Les séquences de ciblage dans l'endosome et leur utilisation pour le ciblage d'antigènes dans l'endosome sont notamment décrits dans Sanderson et al. (P.N.A.S., 1995, 92: 7217-7222), Wu et al. (P.N.A.S., 1995, 92:11671-11675) et Thompson et al. (J. Virol., 1998, 72:2246-2252). According to an advantageous embodiment of said use, the fusion protein consists of a MAGE peptide as defined above, fused with a targeting sequence in the endosome, preferably derived from a human invariable chain II or LAMP-1 protein. The targeting sequences in the endosome and their use for the targeting of antigens in the endosome are in particular described in Sanderson et al. (P.N.A.S., 1995, 92: 7217-7222), Wu et al. (P.N.A.S., 1995, 92: 11671-11675) and Thompson et al. (J. Virol., 1998, 72: 2246-2252).
Selon un autre mode de réalisation avantageux de ladite utilisation, la protéine de fusion est constituée par un peptide MAGE tel que défini cidessus, fusionné avec l'une des chaînes d'une molécule HLA-DP4, de préférence la chaîne béta, ou bien avec un fragment de celle-ci correspondant à une molécule HLA-DP4 soluble, notamment un fragment correspondant au domaine extracellulaire précédé du peptide signal homologue ou d'un peptide signal hétérologue. Ledit peptide MAGE est avantageusement inséré entre le peptide signal et l'extrémité NH2 du domaine extracellulaire de la chaîne p, comme décrit pour la molécule HLADR ( Kolzin et al., PNAS, 2000, 97, 291-296). According to another advantageous embodiment of said use, the fusion protein consists of a MAGE peptide as defined above, fused with one of the chains of an HLA-DP4 molecule, preferably the beta chain, or with a fragment thereof corresponding to a soluble HLA-DP4 molecule, in particular a fragment corresponding to the extracellular domain preceded by the homologous signal peptide or a heterologous signal peptide. Said MAGE peptide is advantageously inserted between the signal peptide and the NH 2 end of the extracellular domain of the p chain, as described for the HLADR molecule (Kolzin et al., PNAS, 2000, 97, 291-296).
Alternativement, ledit peptide MAGE ou ledit fragment polyépitopique sont fusionnés avec une protéine facilitant leur purification ou leur détection, connue de l'Homme du métier comme notamment la Glutathione STransférase (GST) et les protéines fluorescentes (GFP et dérivées). Dans ce cas, la séquence du peptide ou du fragment polyépitopique d'intérêt est de préférence séparée du reste de la protéine par un site de clivage d'une protéase, pour faciliter la purification dudit peptide ou dudit fragment polyépitopique. Alternatively, said MAGE peptide or said polyepitopic fragment are fused with a protein facilitating their purification or their detection, known to those skilled in the art such as in particular Glutathione STransferase (GST) and fluorescent proteins (GFP and derivatives). In this case, the sequence of the peptide or polyepitopic fragment of interest is preferably separated from the rest of the protein by a protease cleavage site, to facilitate the purification of said peptide or said polyepitopic fragment.
La présente invention a également pour objet l'utilisation d'un vecteur d'expression comprenant un polynucléotide codant pour un peptide, un fragment polyépitopique ou une protéine de fusion tels que définis cidessus, sous le contrôle de séquences régulatrices appropriées, de la transcription et éventuellement de la traduction, pour la préparation d'un vaccin destiné à la prévention ou au traite-ment d'un cancer associé à l'expression d'un antigène MAGE, chez un individu porteur d'un allèle DP4, ou pour la préparation d'un réactif de diagnostic de l'état immunitaire dudit individu vis-à-vis de ce cancer. The present invention also relates to the use of an expression vector comprising a polynucleotide encoding a peptide, a polyepitopic fragment or a fusion protein as defined above, under the control of appropriate regulatory sequences, transcription and possibly for translation, for the preparation of a vaccine intended for the prevention or treatment of cancer associated with the expression of a MAGE antigen, in an individual carrying a DP4 allele, or for the preparation a reagent for diagnosing the immune status of said individual with respect to this cancer.
Conformément à l'invention, la séquence dudit polynucléotide est celle de l'ADNc codant pour ledit peptide ou fragment polyépitopique ou ladite protéine de fusion. Ladite séquence peut avantageusement être modifiée de façon à ce que l'usage des codons soit optimal chez l'hôte dans lequel elle est exprimée. En outre, ledit polynucléotide peut être lié à au moins une séquence hétérologue. According to the invention, the sequence of said polynucleotide is that of the cDNA encoding said peptide or polyepitopic fragment or said fusion protein. Said sequence may advantageously be modified in such a way that codon usage is optimal in the host in which it is expressed. In addition, said polynucleotide may be linked to at least one heterologous sequence.
Au sens de la présente invention, on entend par séquence hétérologue relativement à une séquence d'acide nucléique codant pour un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales, toute séquence d'acide nucléique autre que celles qui, dans la nature, sont immédiatement adjacentes à ladite séquence d'acide nucléique codant ledit peptide de l'antigène MAGE. Within the meaning of the present invention, heterologous sequence is understood to mean a nucleic acid sequence coding for a MAGE antigen expressed by the tumor cells, any nucleic acid sequence other than those which, in nature, are immediately adjacent to said nucleic acid sequence encoding said peptide of the MAGE antigen.
Conformément à l'invention ledit vecteur recombinant comprend une cassette d'expression incluant au moins un polynucléotide tel que défini ci-dessus, sous le contrôle de séquences régulatrices de la transcription et éventuellement de la traduction appropriées (promoteur, activateur, intron, codon d'initiation (ATG), codon stop, signal de polyadénylation), De nombreux vecteurs dans lesquels on peut insérer une molécule d'acide nucléique d'intérêt afin de l'introduire et de la maintenir dans une cellule hôte eucaryote ou procaryote, sont connus en eux-mêmes; le choix d'un vecteur approprié dépend de l'utilisation envisagée pour ce vecteur (par exemple réplication de la séquence d'intérêt, expression de cette séquence, maintien de cette séquence sous forme extrachromosomique, ou bien intégration dans le matériel chromosomique de l'hôte), ainsi que de la nature de la cellule hôte. Par exemple, on peut utiliser entre autres des vecteurs viraux tels que les adénovirus, les rétrovirus, les lentivirus, les AAV et les baculovirus, dans lesquels a été insérée préalablement la séquence d'intérêt; on peut également associer ladite séquence (isolée ou insérée dans un vecteur plasmidique) avec une substance lui permettant de franchir la membrane des cellules hôtes, telle qu'un transporteur comme un nanotransporteur ou une préparation de liposomes, ou de polymères cationiques, ou bien l'introduire dans ladite cellule hôte en utilisant des méthodes physiques telles que l'électroporation ou la micro-injection. En outre, on peut avantageusement combiner ces méthodes, par exemple en utilisant l'électroporation associée à des liposomes. According to the invention said recombinant vector comprises an expression cassette including at least one polynucleotide as defined above, under the control of appropriate transcriptional regulatory and possibly translational sequences (promoter, activator, intron, codon of (ATG), stop codon, polyadenylation signal). Many vectors in which a nucleic acid molecule of interest can be inserted in order to introduce and maintain it in a eukaryotic or prokaryotic host cell are known. in themselves; the choice of an appropriate vector depends on the use envisaged for this vector (for example replication of the sequence of interest, expression of this sequence, maintenance of this sequence in extrachromosomal form, or integration into the chromosomal material of the host), as well as the nature of the host cell. For example, it is possible to use, inter alia, viral vectors such as adenoviruses, retroviruses, lentiviruses, AAVs and baculoviruses, in which the sequence of interest has been inserted beforehand; said sequence (isolated or inserted in a plasmid vector) may also be associated with a substance enabling it to cross the membrane of the host cells, such as a transporter such as a nanotransporter or a preparation of liposomes, or of cationic polymers, or the to introduce into said host cell using physical methods such as electroporation or microinjection. In addition, these methods can advantageously be combined, for example by using electroporation associated with liposomes.
La présente invention a également pour objet un peptide tel que défini cidessus, à l'exclusion des peptides MAGE-A3 111-125, 111-126, 113-126, 113127, 113-128, 114-126, 114-127, 114-128, 146-160, 281-295 et MAGE-A6 121144, 140-170, 150-165 et 219-236, comme antigène pour la vaccination prophylactique ou thérapeutique, le diagnostic ou le suivi thérapeutique d'un cancer 25 associé à l'expression d'un antigène MAGE. The subject of the present invention is also a peptide as defined above, with the exception of the MAGE-A3 peptides 111-125, 111-126, 113-126, 113127, 113-128, 114-126, 114-127, 114 -128, 146-160, 281-295 and MAGE-A6 121144, 140-170, 150-165 and 219-236, as an antigen for prophylactic or therapeutic vaccination, diagnosis or therapeutic follow-up of a cancer associated with the expression of a MAGE antigen.
La présente invention a également pour objet un fragment polyépitopique, une protéine de fusion, un lipopeptide ou un vecteur d'expression tels que définis ci-dessus, à l'exclusion de ceux dérivés des peptides MAGE-A3 111-125, 111-126, 113-126, 113-127, 113-128, 114-126, 114-127, 114-128, 146-160, 281-295 et MAGE-A6 121-144, 140-170, 150-165 et 219-236, comme antigène pour la vaccination prophylactique ou thérapeutique, le diagnostic ou le suivi thérapeutique d'un cancer associé à l'expression d'un antigène MAGE. The present invention also relates to a polyepitopic fragment, a fusion protein, a lipopeptide or an expression vector as defined above, excluding those derived from the MAGE-A3 peptides 111-125, 111-126. , 113-126, 113-127, 113-128, 114-126, 114-127, 114-128, 146-160, 281-295 and MAGE-A6 121-144, 140-170, 150-165 and 219- 236, as an antigen for prophylactic or therapeutic vaccination, diagnosis or therapeutic follow-up of a cancer associated with the expression of a MAGE antigen.
La présente invention a également pour objet une composition immunogène ou vaccinale, caractérisée en ce qu'elle comprend au moins un antigène tel que défini ci-dessus et un véhicule pharmaceutiquement acceptable, une substance porteuse ou un adjuvant. The subject of the present invention is also an immunogenic or vaccinal composition, characterized in that it comprises at least one antigen as defined above and a pharmaceutically acceptable vehicle, a carrier substance or an adjuvant.
La composition immunogene selon l'invention se presente sous une forme galénique adaptée à une administration par voie parentérale (sous-cutanée, intramusculaire, intraveineuse), entérale (orale, sublinguale), ou locale (rectale, vaginale). The immunogenic composition according to the invention is in a dosage form suitable for parenteral (subcutaneous, intramuscular, intravenous), enteral (oral, sublingual) or local (rectal, vaginal) administration.
Les véhicules pharmaceutiquement acceptables, les substances 10 porteuses et les adjuvants sont ceux classiquement utilisés. Pharmaceutically acceptable carriers, carrier substances and adjuvants are those conventionally used.
Les adjuvants sont avantageusement choisis dans le groupe constitué par: des émulsions huileuses, des substances minérales, des extraits bactériens, la saponine, l'hydroxyde d'alumine, le monophosphoryl lipide A et le squalène. The adjuvants are advantageously chosen from the group consisting of: oily emulsions, mineral substances, bacterial extracts, saponin, alumina hydroxide, monophosphoryl lipid A and squalene.
Les substances porteuses sont avantageusement sélectionnées dans le groupe constitué par: les liposomes unilamellaires ou multilamellaires, les ISCOMS, les virosomes, les pseudoparticules virales, les micelles de saponine, les microsphères solides de nature saccharidique (poly(lactideco-glycolide)) ou aurifère, et les nanoparticules. The carrier substances are advantageously selected from the group consisting of: unilamellar or multilamellar liposomes, ISCOMS, virosomes, viral pseudoparticles, saponin micelles, solid microspheres of saccharide nature (poly (lactideco-glycolide)) or auriferous, and nanoparticles.
Selon un mode de réalisation avantageux de ladite composition, elle comprend au moins un peptide MAGE incluant un épitope T CD4+ restreint à HLADP4 tel que défini ci-dessus et un autre peptide MAGE incluant un épitope T CD8+ tel que défini ci-dessus, sous forme d'un mélange de peptides, d'un fragment polyépitopique et/ou d'un vecteur d'expression codant lesdits peptides ou ledit fragment. According to an advantageous embodiment of said composition, it comprises at least one MAGE peptide including a CD4 + T epitope restricted to HLADP4 as defined above and another MAGE peptide including a CD8 + T epitope as defined above, in the form of a mixture of peptides, a polyepitopic fragment and / or an expression vector encoding said peptides or said fragment.
Selon une disposition avantageuse de ce mode de réalisation de ladite composition, l'épitope T CD8+ est choisi parmi MAGE-Al 96-104, MAGE-A3 168-176, MAGE-AlO 254-262 et MAGE-Al2 170-178. According to an advantageous arrangement of this embodiment of said composition, the CD8 + T epitope is chosen from MAGE-Al 96-104, MAGE-A3 168-176, MAGE-AlO 254-262 and MAGE-Al2 170-178.
Selon un autre mode de réalisation avantageux de ladite composition, elle comprend au moins deux peptides MAGE incluant un épitope T CD4+ restreint à HLA-DP4 tels que défini ci-dessus, et notamment l'une des combinaisons suivantes: - les peptides MAGE-Al 90-104, MAGE-A2 111-125 et MAGE- 12 127141, - les peptides MAGE-Al 268-282, MAGE-Al2 127-141, MAGE-A9 68-82 et MAGE-A9 153-167. According to another advantageous embodiment of said composition, it comprises at least two MAGE peptides including a CD4 + T epitope restricted to HLA-DP4 as defined above, and in particular one of the following combinations: the MAGE-A1 peptides 90-104, MAGE-A2 111-125 and MAGE-127141, MAGE-A1 peptides 268-282, MAGE-A112 127-141, MAGE-A9 68-82 and MAGE-A9 153-167.
De telles combinaisons permettent avantageusement d'induire des lymphocytes T CD4+ chez la quasi-totalité des individus vaccinés. Such combinations advantageously make it possible to induce CD4 + T lymphocytes in almost all vaccinated individuals.
Selon encore un autre mode de réalisation avantageux de ladite composition, elle comprend un peptide incluant un épitope T CD4+ universel, tel que défini ci-dessus. According to yet another advantageous embodiment of said composition, it comprises a peptide including a universal CD4 + T epitope, as defined above.
Les peptides selon la présente invention et les produits dérivés (fragment polyépitopique, lipopeptide, vecteur recombinant) peuvent être utilisés en immunothérapie dans le traitement des tumeurs exprimant un antigène MAGE. Lesdits peptides ou produits dérivés sont utilisés, soit comme vaccin, soit en thérapie cellulaire, ou bien encore par une combinaison des deux approches. The peptides according to the present invention and the derived products (polyepitopic fragment, lipopeptide, recombinant vector) can be used in immunotherapy in the treatment of tumors expressing a MAGE antigen. Said peptides or derivatives are used either as a vaccine or in cell therapy, or even by a combination of both approaches.
La thérapie cellulaire comprend, la préparation de cellules présentatrices d'antigènes (cellules dendritiques) par un protocole classique comprenant l'isolement de cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) d'un patient à traiter et la mise en culture des cellules dendritiques en présence de peptide(s). Dans une seconde étape les cellules présentatrices d'antigène chargées avec le peptide sont réinjectées au patient. Cellular therapy comprises, the preparation of antigen presenting cells (dendritic cells) by a conventional protocol comprising isolation of peripheral blood mononuclear cells (PBMC) from a patient to be treated and culturing of the dendritic cells in the presence of peptide (s). In a second step the antigen presenting cells loaded with the peptide are reinjected into the patient.
La présente invention a également pour objet un réactif de diagnostic de l'état immunitaire d'un individu vis-à-vis d'un cancer associé à l'expression d'un antigène MAGE, caractérisé en ce qu'il comprend un antigène tel que défini ci-dessus. De préférence, ledit réactif comprend un peptide ou une protéine de fusion tels que définis ci-dessus, éventuellement marqués ou complexés, notamment complexés à des molécules HLA-DP4 marquées, par exemple biotinylées, sous la forme de complexes multimériques comme des tétramères. The subject of the present invention is also a reagent for diagnosing the immune status of an individual with respect to a cancer associated with the expression of a MAGE antigen, characterized in that it comprises an antigen such as as defined above. Preferably, said reagent comprises a peptide or a fusion protein as defined above, optionally labeled or complexed, in particular complexed with labeled HLA-DP4 molecules, for example biotinylated, in the form of multimeric complexes such as tetramers.
La présente invention a également pour objet une méthode de diagnostic de l'état immunitaire d'un individu vis-à-vis d'un cancer associé à l'expression d'un antigène MAGE, caractérisée en ce qu'elle comprend: - la mise en contact d'un échantillon biologique dudit individu avec un peptide tel que défini ci-dessus, et - la détection de lymphocytes T CD4+ spécifiques d'un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales, in vitro, par tout moyen approprié. The present invention also relates to a method for diagnosing the immune status of an individual with respect to a cancer associated with the expression of a MAGE antigen, characterized in that it comprises: contacting a biological sample of said individual with a peptide as defined above, and the detection of CD4 + T lymphocytes specific for a MAGE antigen expressed by the tumor cells, in vitro, by any appropriate means.
Selon un mode de mise en oeuvre avantageux de ladite méthode, ledit antigène MAGE est sélectionné dans le groupe constitué par: MAGE-AI, MAGEA2, MAGE-A3. MAGE-A4. MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-AlO, MAGE-A11 et MAGE-Al2. According to an advantageous embodiment of said method, said MAGE antigen is selected from the group consisting of: MAGE-AI, MAGEA2, MAGE-A3. MAGE-A4. MAGE-A6, MAGE-A9, MAGE-A1, MAGE-A11 and MAGE-Al2.
La présente invention a également pour objet un kit de détection de l'état immunitaire d'un individu vis-à-vis d'un cancer associé à l'expression d'un anti-gène MAGE, caractérisé en ce qu'il comprend au moins un peptide tel que défini ci-dessus, associé à un moyen de détection de lymphocytes T CD4+ spécifiques d'un antigène exprimé par les cellules tumorales. The present invention also relates to a kit for detecting the immune status of an individual with respect to a cancer associated with the expression of a MAGE antigen, characterized in that it comprises at least one less a peptide as defined above, associated with a means of detecting antigen-specific CD4 + T cells expressed by the tumor cells.
La méthode selon l'invention permet de suivre l'évolution de la réponse T CD4+ dirigée contre un antigène MAGE exprimé par des cellules tumorales au cours d'un cancer ou bien d'un traitement antitumoral, notamment une immunothérapie antitumorale. The method according to the invention makes it possible to follow the evolution of the CD4 + T response directed against a MAGE antigen expressed by tumor cells during a cancer or an antitumor treatment, in particular an antitumor immunotherapy.
La détection est effectuée à partir d'un échantillon biologique 15 contenant des cellules T CD4+, notamment un échantillon de cellules mononucléées isolées à partir d'un prélèvement de sang périphérique (PBMCs). Detection is performed from a biological sample containing CD4 + T cells, including a sample of mononuclear cells isolated from a peripheral blood sample (PBMCs).
Les lymphocytes T CD4+ spécifiques d'un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales sont détectés par tous moyens, connus en eux-mêmes. Par exemple, on peut utiliser des moyens directs comme la cytométrie de flux en présence de complexes multimériques tels que définis ci-dessus, ou bien des moyens indirects comme les tests de prolifération lymphocytaire et les dosages de cytokines telles que l'IL-2, VIL-4, VIL-5, IL-10 et l'IFN-y, notamment par des techniques immunoenzymatiques (ELISA, RIA, ELISPOT) ou par cytométrie de flux (dosage des cytokines intracellulaires). The CD4 + T lymphocytes specific for a MAGE antigen expressed by the tumor cells are detected by any means, known per se. For example, it is possible to use direct means such as flow cytometry in the presence of multimeric complexes as defined above, or indirect means such as lymphocyte proliferation assays and cytokine assays such as IL-2, VIL-4, VIL-5, IL-10 and IFN-γ, in particular by immunoenzymatic techniques (ELISA, RIA, ELISPOT) or by flow cytometry (intracellular cytokine assay).
De manière plus précise: Une suspension de cellules (PBMC, PBMC déplétées en cellules CD8+, lymphocytes T préalablement enrichis par une étape de culture in vitro avec les peptides tels que définis ci-dessus ou des lymphocytes T clonés) est cultivée pendant 3 à 5 jours en présence desdits peptides et au besoin de cellules présentatrices appropriées, telles que des cellules dendritiques, des PBMC autologues ou hété- rologues, des cellules lymphoblastoïdes telles que celles obtenues après infection par le virus EBV ou des cellules génétiquement modifiées. La présence de cellules T CD4+ spécifiques d'un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales, dans la suspension initiale est détectée à l'aide des peptides MAGE, selon l'une des méthodes suivantes: * test de prolifération: La prolifération des cellules T CD4+ spécifiques d'un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales est mesurée par incorporation de thymidine tritiée dans l'ADN des cellules. More specifically: A suspension of cells (PBMC, PBMC depleted in CD8 + cells, T lymphocytes previously enriched by an in vitro culture step with the peptides as defined above or cloned T lymphocytes) is cultured for 3 to 5 hours. days in the presence of said peptides and, if necessary, appropriate presenting cells, such as dendritic cells, autologous or heterologous PBMCs, lymphoblastoid cells such as those obtained after infection with EBV or genetically modified cells. The presence of CD4 + T cells specific for a MAGE antigen expressed by the tumor cells in the initial suspension is detected using the MAGE peptides, according to one of the following methods: Proliferation test: Proliferation of T cells CD4 + specific for a MAGE antigen expressed by the tumor cells is measured by incorporation of tritiated thymidine into the DNA of the cells.
* test ELISPOT: Le test ELISPOT permet de révéler la présence de cellules T sécré- tant des cytokines (IL-2, l'IL-4, l'IL-5, IL-10 et l'IFN-y), spécifiques d'un peptide tel que défini ci-dessus. Le principe de ce test est décrit dans Czerkinsky et al., J. Immunol. Methods, 1983, 65, 109-121 et Schmittel et al., J. Immunol. Methods, 1997, 210, 167-174, et sa mise en oeuvre est illustrée dans la Demande Internationale WO 99/51630 ou Gahéry-Ségard et al., J. Virol., 2000, 74, 1694-1703. * ELISPOT test: The ELISPOT test reveals the presence of secretory cytokine T cells (IL-2, IL-4, IL-5, IL-10 and IFN-γ), which are specific for a peptide as defined above. The principle of this test is described in Czerkinsky et al., J. Immunol. Methods, 1983, 65, 109-121 and Schmittel et al., J. Immunol. Methods, 1997, 210, 167-174, and its implementation is illustrated in International Application WO 99/51630 or Gahéry-Ségard et al., J. Virol., 2000, 74, 1694-1703.
* détection des cytokines: La présence de cellules T spécifiques d'un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales, sécrétant des cytokines telles que l'IL-2, FIL-4, FIL-5, IL-10 et l'IFN-y est détectée, soit par dosage des cytokines présentes dans le surnageant de culture, par un test immunoenzymatique, notamment à l'aide d'un kit commercial, soit par détection des cytokines intracellulaires en cytométrie de flux. Le principe de détection des cytokines intracellulaires est décrit dans Goulder et al. , J. Exp. Med., 2000, 192, 1819-1832 et Maecker et al., J. Immunol. Methods, 2001, 255, 27-40 et sa mise en oeuvre est illustrée dans Draenert et al., J. Immunol. Methods, 2003, 275, 19- 29. cytokine detection: The presence of MAGE antigen-specific T cells expressed by tumor cells, secreting cytokines such as IL-2, FIL-4, IL-5, IL-10 and IFN-γ is detected, either by assaying cytokines present in the culture supernatant, by an immunoenzymatic test, in particular using a commercial kit, or by detecting intracellular cytokines in flow cytometry. The principle of detection of intracellular cytokines is described in Goulder et al. , J. Exp. Med., 2000, 192, 1819-1832 and Maecker et al., J. Immunol. Methods, 2001, 255, 27-40 and its implementation is illustrated in Draenert et al., J. Immunol. Methods, 2003, 275, 19-29.
* complexes multimériques - un échantillon biologique, de préférence des cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC), est mis en contact avec des complexes multimériques marqués, notamment par un fluorochrome, formés par la liaison entre des molécules HLA-DP4 solubles et des peptides MAGE tels que définis ci-dessus, et - les cellules marquées par lesdits complexes multimériques sont analysées, notamment par cytométrie de flux. multimeric complexes - a biological sample, preferably peripheral blood mononuclear cells (PBMC), is brought into contact with marked multimeric complexes, in particular with a fluorochrome, formed by the binding between soluble HLA-DP4 molecules and MAGE peptides. as defined above, and the cells labeled with said multimeric complexes are analyzed, in particular by flow cytometry.
De manière avantageuse, préalablement à la mise en contact de 30 l'échantillon biologique avec lesdits complexes. on l'enrichit en cellules T CD4+, en le mettant en contact avec des anticorps anti-CD4. Advantageously, prior to bringing the biological sample into contact with said complexes. it is enriched in CD4 + T cells, bringing it into contact with anti-CD4 antibodies.
Les complexes multimériques HLA-DP4/peptide peuvent être préparés à partir de molécules natives extraites de cellules exprimant HLA-DP4 ou de molécules recombinantes produites dans des cellules hôte appropriées comme précisé, par exemple dans NOVAK et al. (J. Clin. Investig., 1999, 104, R63-R67) ou dans KURODA et al. (J. Virol., 2000, 74, 18, 8751-8756). Ces molécules HLA-DP4 peuvent notamment être tronquées (délétion du domaine transmembranaire) et leur séquence peut-être modifiée afin de les rendre solubles ou bien de faciliter l'appariement des chaînes alpha et béta (Novak et al., précité). The HLA-DP4 / peptide multimeric complexes can be prepared from native molecules extracted from cells expressing HLA-DP4 or from recombinant molecules produced in appropriate host cells as specified, for example in NOVAK et al. (J. Clin. Investig., 1999, 104, R63-R67) or in KURODA et al. (J. Virol., 2000, 74, 18, 8751-8756). These HLA-DP4 molecules can in particular be truncated (deletion of the transmembrane domain) and their sequence can be modified in order to make them soluble or to facilitate the pairing of alpha and beta chains (Novak et al., Cited above).
Le chargement de molécules HLA-DP4 avec le peptide peut se faire par mise en contact d'une préparation de molécules HLA-DP4 comme ci-dessus, avec le peptide. Par exemple, des molécules HLA-DP4 solubles et biotinylées sont incubées, pendant 72 heures à 37 C, avec un excès d'un facteur 10 de peptides MAGE tels que définis ci-dessus, dans un tampon phosphatecitrate 10 mM, NaCl 0,15 M à un pH compris entre 4,5 et 7. The loading of HLA-DP4 molecules with the peptide can be done by contacting a preparation of HLA-DP4 molecules as above, with the peptide. For example, soluble and biotinylated HLA-DP4 molecules are incubated, for 72 hours at 37 ° C., with a 10-fold excess of MAGE peptides as defined above, in a 10 mM phosphatecitrate buffer, 0.15 NaCl. M at a pH of between 4.5 and 7.
Alternativement, la séquence du peptide peut-être introduite dans l'une des chaînes de la molécule DP4 sous forme d'une protéine de fusion qui permet la préparation de complexes multimériques HLA-DP4/peptides à partir de cellules hôtes appropriées exprimant ladite protéine de fusion. Lesdits complexes peuvent ensuite être marqués, notamment par la biotine. Alternatively, the peptide sequence can be introduced into one of the chains of the DP4 molecule in the form of a fusion protein which allows the preparation of HLA-DP4 / peptide multimeric complexes from appropriate host cells expressing said protein of fusion. Said complexes can then be labeled, in particular with biotin.
Les complexes multimériques de type tétramère sont notamment obtenus en ajoutant aux molécules HLA-DP4 chargées, de la streptavidine marquée par un fluorochrome en quantité quatre fois moindre (mole à mole) par rapport aux molécules HLA-DP4, l'ensemble étant ensuite incubé pendant une durée suffisante, par exemple une nuit à température ambiante. The multimeric complexes of the tetramer type are obtained in particular by adding, to the charged HLA-DP4 molecules, streptavidin labeled with a fluorochrome in a quantity four times lower (mole to mole) relative to the HLA-DP4 molecules, the whole being then incubated during sufficient time, for example one night at room temperature.
Les complexes multimériques peuvent également être formés, soit par incubation de monomères HLA-DP4/peptides avec des billes magnétiques couplées à la streptavidine comme décrit pour les molécules HLA I (Bodinier et al., Nature, 2000, 6, 707-710), soit par insertion de monomères HLA-DP4/peptides dans des vésicules lipidiques comme décrit pour les molécules du CMH de classe II murines (Prakken, Nature Medicine, 2000,6, 1406-1410). The multimeric complexes can also be formed, either by incubation of HLA-DP4 monomers / peptides with streptavidin-coupled magnetic beads as described for the HLA I molecules (Bodinier et al., Nature, 2000, 6, 707-710), or by inserting HLA-DP4 / peptide monomers into lipid vesicles as described for murine class II MHC molecules (Prakken, Nature Medicine, 2000, 6, 1406-1410).
Pour utiliser ces complexes multimériques HLA-DP4/peptide notamment de type tétramère, on met en contact une suspension de cellules (PBMC, PBMC déplétées en cellules CD8+. lymphocytes T préalablement enrichis par une étape de culture in vitro avec des peptides MAGE tels que définis cidessus ou des lymphocytes T clonés) avec des complexes multimériques HLADP4/peptide à une concentration appropriée (par exemple de l'ordre de 10 à 20 11g/m1), pendant une durée suffisante pour permettre la liaison entre les complexes et les lymphocytes T CD4+ spécifiques de l'antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales (par exemple, de l'ordre de 1 à 3 heures). Après lavage, la suspension est analysée par cytométrie de flux: on visualise le marquage des cellules par les complexes multimériques qui sont fluorescents. In order to use these multimeric HLA-DP4 / peptide complexes, especially of the tetramer type, a cell suspension (PBMC, PBMC depleted in CD8 + cells, T cells, previously enriched by an in vitro culture step with MAGE peptides as defined above or cloned T lymphocytes) with HLADP4 / peptide multimeric complexes at a suitable concentration (for example of the order of 10 to 11 g / ml), for a time sufficient to allow the binding between the complexes and the CD4 + T lymphocytes. specific to the MAGE antigen expressed by the tumor cells (for example, of the order of 1 to 3 hours). After washing, the suspension is analyzed by flow cytometry: the labeling of the cells is visualized by the multimeric complexes which are fluorescent.
La cytométrie de flux permet de séparer les cellules marquées par les complexes multimériques HLA-DP4/peptide des cellules non marquées et d'effectuer ainsi un tri cellulaire. Flow cytometry makes it possible to separate the cells labeled with the HLA-DP4 / peptide multimeric complexes from the unlabeled cells and thus perform cell sorting.
La présente invention a ainsi, en outre, pour objet un procédé de tri de lymphocytes T CD4+ spécifiques d'un antigène MAGE exprimé par les cellules tumorales, caractérisé en ce qu'il comprend au moins les étapes suivantes: - la mise en contact, in vitro, d'un échantillon cellulaire avec des complexes multimériques FILA-DP4/peptide marqués, notamment par un fluorochrome, lesdits complexes étant formés par la liaison de molécules HLA-DP4 solubles avec au moins un peptide MAGE tel que défini ci-dessus, et - le tri des cellules liées auxdits complexes HLA- DP4/peptide, notamment en cytométrie de flux. The present invention thus also relates to a method for sorting CD4 + T lymphocytes specific for a MAGE antigen expressed by the tumor cells, characterized in that it comprises at least the following steps: contacting, in vitro, a cell sample with labeled FILA-DP4 / peptide multimeric complexes, in particular with a fluorochrome, said complexes being formed by the binding of soluble HLA-DP4 molecules with at least one MAGE peptide as defined above, and sorting the cells bound to said HLA-DP4 / peptide complexes, in particular in flow cytometry.
La présente invention a également pour objet un peptide tel que défini cidessus, à l'exclusion des peptides MAGE-A2 127-139, MAGE-A3 111-125, 111126, 113-126, 113-127, 113-128, 114-126, 114-127, 114-128, 127-142, 146160, 156-170 et 281-295, MAGE-A6 121-144, 140-158, 140-170, 150-165, 155170 et 219-236. The subject of the present invention is also a peptide as defined above, excluding the peptides MAGE-A2 127-139, MAGE-A3 111-125, 111126, 113-126, 113-127, 113-128, 114- 126, 114-127, 114-128, 127-142, 146160, 156-170 and 281-295, MAGE-A6 121-144, 140-158, 140-170, 150-165, 155170 and 219-236.
La présente invention a en outre pour objet un fragment poly-30 épitopique, un lipopeptide, un polynucléotide, une cassette d'expression, un vecteur recombinant et une cellule hôte procaryote ou eucaryote modifiée, dérivés des peptides précédents. The present invention further relates to a poly-epitopic fragment, a lipopeptide, a polynucleotide, an expression cassette, a recombinant vector and a modified prokaryotic or eukaryotic host cell derived from the foregoing peptides.
L'invention englobe en particulier: a) des cassettes d'expression comprenant au moins un poly-nucléotide tel que défini ci-dessus. sous le contrôle de séquences régulatrices de la transcription et éventuellement de la traduction appropriées (promoteur, activateur, intron, codon d'initiation (ATG), codon stop, signal de polyadénylation), et b) des vecteurs recombinants comprenant un polynucléotide conforme à l'invention. Avantageusement ces vecteurs sont des vecteurs d'expression comprenant au moins une cassette d'expression telle que définie ci-dessus. The invention encompasses in particular: a) expression cassettes comprising at least one polynucleotide as defined above. under the control of appropriate transcriptional regulatory and optionally translational sequences (promoter, enhancer, intron, initiation codon (ATG), stop codon, polyadenylation signal), and b) recombinant vectors comprising a polynucleotide conforming to 'invention. Advantageously, these vectors are expression vectors comprising at least one expression cassette as defined above.
Les polynucléotides, les vecteurs recombinants et les cellules transformées tels que définis ci-dessus, sont utiles notamment pour la production des peptides, fragments polyépitopiques et protéines de fusion selon l'invention. The polynucleotides, the recombinant vectors and the transformed cells as defined above are particularly useful for the production of the peptides, polyepitopic fragments and fusion proteins according to the invention.
Les polynucléotides selon l'invention sont obtenus par les méthodes classiques, connues en elles-mêmes, en suivant les protocoles standardstels que ceux décrits dans Current Protocols in Molecular Biology (Frederick M AUSUBEL, 2000, Wiley and son Inc, Library of Congress, USA). Par exemple, ils peuvent être obtenus par amplification d'une séquence nucléique par PCR ou RT-PCR, par criblage de banques d'ADN génomique par hybridation avec une sonde homologue, ou bien par synthèse chimique totale ou partielle. Les vecteurs recombinants sont construits et introduits dans des cellules hôtes par les méthodes classiques d'ADN recombinant et de génie génétique, qui sont connues en elles-mêmes. The polynucleotides according to the invention are obtained by conventional methods, known per se, following the standard protocols as those described in Current Protocols in Molecular Biology (Frederick M AUSUBEL, 2000, Wiley and his Inc, Library of Congress, USA ). For example, they can be obtained by amplification of a nucleic sequence by PCR or RT-PCR, by screening genomic DNA libraries by hybridization with a homologous probe, or by total or partial chemical synthesis. Recombinant vectors are constructed and introduced into host cells by conventional methods of recombinant DNA and genetic engineering, which are known per se.
Les peptides et leurs dérivés (variants, peptides modifiés, lipopeptides, fragments polyépitopiques, protéines de fusion) tels que définis cidessus, sont préparés par les techniques classiques connues de l'Homme du métier, notamment par synthèse en phase solide ou liquide ou par expression d'un ADN recombi- nant dans un système cellulaire approprié (eucaryote ou procaryote). The peptides and their derivatives (variants, modified peptides, lipopeptides, polyepitopic fragments, fusion proteins) as defined above, are prepared by standard techniques known to those skilled in the art, in particular by solid or liquid phase synthesis or by expression. recombinant DNA in a suitable cellular system (eukaryotic or prokaryotic).
De manière plus précise, - les peptides et leurs dérivés (variants, fragments polyépitopiques) peuvent être synthétisés en phase solide, selon la technique Fmoc, originellement décrite par Merrifield et al. (J. Am. Chem. Soc., 1964, 85: 2149-) et purifiés par chromatographie liquide haute performance en phase inverse, - les lipopeptides peuvent être notamment préparés selon le procédé décrit dans les Demandes Internationales WO 99/40113 ou WO 99/51630. More specifically, the peptides and their derivatives (variants, polyepitopic fragments) can be synthesized in solid phase, according to the Fmoc technique, originally described by Merrifield et al. (J. Am Chem Soc., 1964, 85: 2149-) and purified by reverse phase high performance liquid chromatography, the lipopeptides can be prepared in particular according to the method described in International Applications WO 99/40113 or WO 99 / 51630.
- les peptides et dérivés tels que les variants, les fragments polyépitopiques et les protéines de fusion peuvent également être produits à partir des ADNc correspondants, obtenus par tout moyen connu de l'homme du métier; l'ADNc est cloné dans un vecteur d'expression eucaryote ou procaryote et la protéine ou le fragment produits dans les cellules modifiées par le vecteur recombinant sont purifiés par tout moyen approprié, notamment par chromatographie d'affinité. peptides and derivatives such as variants, polyepitopic fragments and fusion proteins can also be produced from the corresponding cDNAs, obtained by any means known to those skilled in the art; the cDNA is cloned in a eukaryotic or prokaryotic expression vector and the protein or fragment produced in the cells modified with the recombinant vector are purified by any appropriate means, in particular by affinity chromatography.
Outre les dispositions qui précèdent, l'invention comprend encore d'autres dispositions, qui ressortiront de la description qui va suivre, qui se réfère à des exemples de mise en oeuvre de l'objet de la présente invention. In addition to the foregoing, the invention further comprises other provisions, which will emerge from the following description, which refers to examples of implementation of the object of the present invention.
IO EXEMPLE 1: ACTIVITE DE LIAISON DES PEPTIDES DES ANTIGENES MAGE VIS-AVIS DES MOLECULES HLA-DP401 et DP402 1) Matériels et méthodes a) Peptides Des peptides de 15 acides aminés (15-mères) représentatifs de l'antigène MAGE-A1 (SWISSPROT P43355), ainsi que les variants naturels issus des antigènes MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A9 MAGE-A10, MAGE-Al I et MAGEAl2 (SWISSPROT P43356, P43357, P43362, P43363, P43364, P43365) ont été sélectionnés en fonction de la présence de plusieurs résidus aromatiques ou hydrophobes qui sont les principaux résidus d'ancrage pour les molécules HLA-DP. EXAMPLE 1: BINDING ACTIVITY OF ANTIGEN PEPTIDES MAGE VIS-NOTICE OF MOLECULES HLA-DP401 and DP402 1) Materials and Methods a) Peptides Fifteen amino acid peptides (15-mer) representative of the MAGE-A1 antigen ( SWISSPROT P43355), as well as the natural variants derived from the MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A9 MAGE-A10, MAGE-A1 I and MAGEAl2 antigens (SWISSPROT P43356, P43357, P43362, P43363, P43364, P43365 ) were selected according to the presence of several aromatic or hydrophobic residues which are the main anchoring residues for the HLA-DP molecules.
Les peptides ont été synthétisés selon la stratégie Fmoc en synthèse parallèle sur phase solide, purifiés par HPLC et contrôlés par spectrométrie de masse (ES-MS). Les séquences sélectionnées qui ont été synthétisées sont présentées dans le Tableau III et la liste de séquences jointe en annexe. The peptides were synthesized according to the Fmoc strategy in solid phase parallel synthesis, purified by HPLC and controlled by mass spectrometry (ES-MS). The selected sequences that have been synthesized are presented in Table III and the attached sequence listing.
b) Test de liaison HLA-DP4/peptide Les tests de liaison aux molécules HLADP4 codées par les allèles DPBI*0401 et DPB1*0402, dénommées respectivement DP401 et DP402 sont des tests de liaison en compétition avec une révélation immuno-enzymatique décrits dans la Demande Internationale PCT WO 03/040299. b) HLA-DP4 / peptide binding assay The binding assays to the HLADP4 molecules encoded by the DPBI * 0401 and DPB1 * 0402 alleles, designated DP401 and DP402, respectively, are binding tests in competition with an immunoenzymatic revelation described in FIG. PCT International Application WO 03/040299.
De manière plus précise, le peptide Oxy 271-287 (EKKYFAATQFEPLAARL, SEQ ID NO:41) biotinylé au niveau du résidu NH2 terminal, selon le protocole décrit dans Texier et al., J. Immunol., 2000, 164, 3177-3184), est utilisé comme peptide traceur dans les conditions telles que précisées dans le Tableau ci-après. More specifically, the peptide Oxy 271-287 (EKKYFAATQFEPLAARL, SEQ ID NO: 41) biotinylated at the NH2 terminal residue, according to the protocol described in Texier et al., J. Immunol., 2000, 164, 3177-3184. ), is used as a tracer peptide under the conditions as specified in the Table below.
TABLEAU II: Conditions des tests de liaison aux molécules HLA-DP4 Allèles Traceurs Concentration du pH Temps traceur optimal d'incubation (nM) (h) DBP1 *401 Oxy 271-287 10 5 24 DPB1 *402 Oxy 271-287 10 5 24 2) Résultats La majorité (18 sur 19) des peptides se lient avec une bonne affinité (IC50 < 1000 nM) à l'une au moins des molécules DP4 (Tableau III). En outre, l'activité de liaison de certains des variants naturels des peptides MAGE-Al cones-pondant aux peptides MAGE-A2, -A3, -A4, -A9,-A10,A11 et -Al2 qui est comparable à celle des peptides MAGE-A1, comme illustré par l'exemple des variants du peptide MAGE-A1 120-134, indique qu'il existe une réaction croisée entre les peptides MAGE sélectionnés; certains des peptides MAGE-A sélectionnés sont susceptibles d'induire des lymphocytes T CD4+ capables de reconnaître des peptides issus d'un autre antigène MAGE-A MAGE 1120-134*' R E P V T K MAGE2130-144" R E P V T K MAGE3127-141" R E P V T K MAGE4128-142" K E L V T K MAGE9126-140" K E P V T K MAGE 10152-166* K E P I T K A *: variant de magel 104-118 ": variant de magel 120-134 les résidus d'ancrage à DP4 (Pl, P4, P6 et P9) A E M L E S V I K 3500 424 A E M L E S V L R 1600 310 A E M L G S V V G 26458 4183 A E M L E R V I K 1500 414 A E M L E S V I K 1800 639 E I L E S V I K 1500 570 Tableau III: Activités de liaison des peptides MAGE vis-à-vis des molécules HLA-DP4 (IC50 en nM) Al.42 A3 A4 A5 A6 A7 A8 A9 DP401 DP402 T S C I L E S L F R A V I T K 155 100 P R A L A E T S Y V K V L E Y 13 16 R K M V E L V H F L L L K Y R 6 4 C Q D F F P V I F S K A S E Y 335 50 E K I W E E L S M L E V F E G 43 37 MAGE3111-125' R K V A E L V H F L L L K Y R 100 35 MAGE9 68-82 S 1 s V Y Y T L W S Q F D E G 15 30 MAGE9153-167 A S E F M Q V I F G T D V K E 40 21 MAGE10 244-258 E V I W E A L N M M G L Y D G 245 64 MAGE10 303-317 H A E I R K M S L L K F L A K 730 175 MAGE11130-144*' K G L I T K A E M L G S V I K 260 184 MAGE12127-141 R E P F T K A E M L G S V I R 120 47 MAGE 12111-125* R K M A E L V H F L L L K Y R 32 18 Sept peptides présentant une forte affinité pour DP401 et DP402 (MAGE-Al 90-104 et 268-282; MAGE-A2 11-125 et 219-233; MAGE-A9 68-82 et 153-167; MAGE-Al2 127-141) ont été choisis pour les tests d'immunogénicité. EXEMPLE 2: IMMUNOGENICITE DES PEPTIDES MAGE IN VITRO La capacité des peptides ayant une bonne affinité pour les molécules HLA-DP4 à induire in vitro une stimulation de lymphocytes T spécifiques a été évaluée à partir de prélèvements sanguins d'individus sains (non porteurs de tumeur). Il s'agit d'évaluer la capacité à recruter des lymphocytes précurseurs CD4+ alors qu'ils sont chez un individu naïf à une très faible fréquence, c'est-à-dire d'effectuer une immunisation in vitro au moyen de ces peptides. TABLE II: HLA-DP4 binding test conditions Alleles Tracers pH concentration Optimal incubation tracer time (nM) (h) DBP1 * 401 Oxy 271-287 10 5 24 DPB1 * 402 Oxy 271-287 10 5 24 2) Results The majority (18 out of 19) of the peptides bind with a good affinity (IC50 <1000 nM) to at least one of the DP4 molecules (Table III). In addition, the binding activity of some of the natural variants of the MAGE-A1 peptides conies to the MAGE-A2, -A3, -A4, -A9, -A10, A11 and -Al2 peptides which is comparable to that of the peptides. MAGE-A1, as illustrated by the example of MAGE-A1 120-134 peptide variants, indicates that there is a cross-reaction between the selected MAGE peptides; some of the selected MAGE-A peptides are capable of inducing CD4 + T cells capable of recognizing peptides derived from another MAGE-A MAGE 1120-134 antigen MAGE-MAGE3127-141 "REPVTK MAGE4128-142 "KELVTK MAGE9126-140" KEPVTK MAGE 10152-166 * KEPITKA *: variant of magel 104-118 ": varying from magel 120-134 the anchoring residues to DP4 (Pl, P4, P6 and P9) AEMLESVIK 3500 424 AEMLESVLR 1600 310 AEMLGSVVG 26458 4183 AEMLERVIK 1500 414 AEMLESVIK 1800 639 EILESVIK 1500 570 Table III: Binding activities of MAGE peptides with respect to HLA-DP4 molecules (IC50 in nM) Al.42 A3 A4 A5 A6 A7 A8 A9 DP401 DP402 TSCILESLFRAVITK 155 100 PRALAETSYVKVLEY 13 16 RKMVELVHFLLLKYR 6 4 CQDFFPVIFSKASEY 335 50 EKIWEELSMLEVFEG 43 37 MAGE3111-125 'RKVAELVHFLLLKYR 100 35 MAGE9 68-82 S 1 s VYYTLWS QFDEG 15 30 MAGE9153-167 ASEFMQVIFGTDVKE 40 21 MAGE10 244-258 EVIWEALNMMGLYDG 245 64 MAGE10 303-317 HAEIRKMSLLKFLAK 730 175 MAGE11130-144 * 'KGLITKAEMLGSVIK 260 184 MAGE12127-141 REPFTKAEMLGSVIR 120 47 MAGE 12111-125 * RKMAELVHFLLLKYR 32 18 Seven strong peptides affinity for DP401 and DP402 (MAGE-A1 90-104 and 268-282; MAGE-A2 11-125 and 219-233; MAGE-A9 68-82 and 153-167; MAGE-Al2 127-141) were chosen for the immunogenicity tests. EXAMPLE 2 IMMUNOGENICITY OF IN VITRO MAGE PEPTIDES The ability of peptides having a good affinity for HLA-DP4 molecules to induce in vitro stimulation of specific T lymphocytes was evaluated from blood samples from healthy (non-tumor-bearing) individuals. ). It is a question of evaluating the capacity to recruit CD4 + precursor lymphocytes whereas they are in a naïve individual at a very low frequency, that is to say to carry out an in vitro immunization using these peptides.
Peptide MAGE1 90-104 MAGE1 268-282 MAGE2 111-125 MAGE2 143-157 MAGE2 219233 sont indiqués en gras 1) Matériels et méthodes a) individus testés Des prélèvements sanguins ont été effectués sur cinq individus sains exprimant HLA-DP4. Les allèles du gène DPB1 de ces individus sont présentés dans 5 le Tableau IV. Peptide MAGE1 90-104 MAGE1 268-282 MAGE2 111-125 MAGE2 143-157 MAGE2 219233 are indicated in bold 1) Materials and methods a) Individuals tested Blood samples were taken from five healthy individuals expressing HLA-DP4. Alleles of the DPB1 gene of these individuals are shown in Table IV.
Tableau IV: Allèles DPB1 des individus testés individu TYPAGE P78 DPB1*0402 DPB1*1301 P121 DPB1*0401 DPB1*0402 P122 DPB1*0401 P126 DPB1*0401 P129 DPB1*0401 DPB1*0402 P156 DPB1*0401 P158 DPB1*0402 b) Obtention de lignées de lymphocytes T CD4+ spécifiques d'un antigène MAGE- A et restreintes à HLA-DP4 l0 Les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) ont été séparées sur un gradient de Ficoll. Les PBMCs ont ensuite été mises en culture dans du milieu AIM V (LIFE TECHNOLOGIES) et incubées dans des flasques, à l'étuve à 37 C en présence de 5% CO2. Après une nuit d'incubation, les cellules non adhérentes ont été récupérées, déposées sur une colonne LS+ (MYLTENYI), puis les lymphocytes T CD4+ ainsi purifiés ont été congelés. Les cellules adhérentes ont été incubées pendant 5 jours, dans du milieu AIM V contenant 1000U/ml de GM- CSF et 1000U/ml d'IL-4, puis les cellules différenciées en cellules dendritiques ont ensuite été cultivées pendant 2 jours, en présence de 1 g/ml de LPS, 1000 U/mI d'IL-4 et 1000 U/ml de GM-CSF, de manière à induire leur maturation. Table IV: DPB1 Alleles of Individuals Tested Individual TYPAGE P78 DPB1 * 0402 DPB1 * 1301 P121 DPB1 * 0401 DPB1 * 0402 P122 DPB1 * 0401 P126 DPB1 * 0401 P129 DPB1 * 0401 DPB1 * 0402 P156 DPB1 * 0401 P158 DPB1 * 0402 b) How to Obtain CD4 + T cell lines specific for MAGE-A antigen and restricted to HLA-DP4. Peripheral blood mononuclear cells (PBMC) were separated on a Ficoll gradient. The PBMCs were then cultured in AIM V medium (LIFE TECHNOLOGIES) and incubated in flasks in an oven at 37 ° C. in the presence of 5% CO 2. After overnight incubation, the non-adherent cells were recovered, deposited on an LS + column (MYLTENYI), and the purified CD4 + T cells were frozen. The adherent cells were incubated for 5 days, in AIM V medium containing 1000 U / ml of GM-CSF and 1000 U / ml of IL-4, then the cells differentiated into dendritic cells were then cultured for 2 days, in the presence of 1 g / ml of LPS, 1000 U / mI of IL-4 and 1000 U / ml of GM-CSF, so as to induce their maturation.
Les cellules dendritiques matures (100 000 cellules/puits) ont alors été incubées avec un mélange de peptides (10 g de chaque peptide), pendant 4 heures à 37 C. Les cellules dendritiques matures ont ensuite été lavées puis incubées, en présence des lymphocytes T CD4+ (100 000 cellules/puits) préalablement décongelés, dans du milieu contenant 1000 U/ml d'IL-6 et 10 ng/ml d'IL-12. Après 7 jours, la culture a été restimulée une première fois, au moyen de cellules dendritiques matures préalablement décongelées et chargées par le mélange de peptides, dans du milieu contenant de 1'IL2 (10 U/ml) et de FIL-7 (5 ng/ml). Après deux stimulations supplémentaires, dans les conditions précédentes, les cellules ont été testées en ELISPOT. e) Analyse de la spécificité des lignées en ELISPOT Afin de vérifier leur spécificité vis-à-vis de la molécule HLA-DP4, les lymphocytes T ont été testés en présence de cellules HLA-DP4 positives, à savoir une lignée L de fibroblastes transfectés par l'ADNc codant pour une molécule DP402 (Yu et al. Hum. Immunol., 1990, 27, 132-135) ou la lignée HOM2 de lymphocytes B humains transformés par le virus Epstein Barr (DPA1 *0103/ DPB1 *0401, EACC). The mature dendritic cells (100,000 cells / well) were then incubated with a mixture of peptides (10 g of each peptide), for 4 hours at 37 ° C. The mature dendritic cells were then washed and then incubated, in the presence of the lymphocytes. CD4 + T (100,000 cells / well) previously thawed, in medium containing 1000 U / ml of IL-6 and 10 ng / ml of IL-12. After 7 days, the culture was restimulated a first time, using mature dendritic cells previously thawed and loaded with the peptide mixture, in medium containing IL2 (10 U / ml) and FIL-7 (5). ng / ml). After two additional stimulations, under the above conditions, the cells were tested in ELISPOT. e) Analysis of the Specificity of the ELISPOT Lines In order to verify their specificity with respect to the HLA-DP4 molecule, the T lymphocytes were tested in the presence of HLA-DP4 positive cells, namely an L-line of transfected fibroblasts. by the cDNA coding for a DP402 molecule (Yu et al., Hum Immunol., 1990, 27, 132-135) or the HOM2 line of human B lymphocytes transformed with the Epstein Barr virus (DPA1 * 0103 / DPB1 * 0401, EACC).
De manière plus précise, des anticorps anti-IFN--y (1-DIK, MABTECH) dilués à 1 g/ml dans du tampon PBS ont été adsorbés sur des plaques de nitrocellulose (MILLIPORE) pendant 1 heure à 37 C. Les plaques ont ensuite été lavées avec du PBS puis saturées avec du milieu ISCOVE contenant 10 % de sérum humain du groupe AB (100 l/puits), pendant 2 h à 37 C. Des cellules DP4 positives (10 000 cellules/puits) et 5000 lymphocytes à tester ont ensuite été ajoutés dans les plaques et incubées 24 h à 37 C. en présence ou en l'absence d'un seul peptide ou d'un mélange de peptides. Après un lavage avec du tampon PBS Tween 0,05%, puis avec du PBS seul, 100 l d'anticorps secondaire anti-IFN-y conjugué à la biotine (7-B6-1-biotin, MABTECH), dilué à 0.25 g/ml dans du PBS contenant 1% BSA, a été ajouté dans chaque puits. Après une heure d'incubation, les plaques ont été lavées à nouveau et incubées avec 100 l/puits d'Extravidin-AKP (E-2636, SIGMA), diluée au 1/6000. Après lavage des plaques en tampon PBS, 100 l de substrat NBTBCIP (B-5655, SIGMA) dilué dans de l'eau (1 tablette dans 10 ml d'eau) ont été distribués dans chaque puits. La révélation immunoenzymatiqye a été arrêtée après environ 10 minutes, par ringage extensif des plaques dans l'eau, et les spots colorés ont été comptés à l'aide d'un automate (AID). Les lignées sont considérées positives lorsque le nombre de spots est supérieur à trois fois celui obtenu avec le témoin négatif (témoin sans peptides) avec un minimum de 50 spots. Le témoin sans cellules présentatrices permet de vérifier la spécificité de la réponse pour HLA-DP4 (témoin de restriction) . More specifically, anti-IFN-γ (1-DIK, MABTECH) antibodies diluted to 1 g / ml in PBS buffer were adsorbed onto nitrocellulose (MILLIPORE) plates for 1 hour at 37 ° C. Plates were then washed with PBS and then saturated with ISCOVE medium containing 10% human serum AB group (100 l / well), for 2 h at 37 C. DP4 positive cells (10,000 cells / well) and 5000 lymphocytes To be tested were then added to the plates and incubated for 24 h at 37 ° C. in the presence or absence of a single peptide or a mixture of peptides. After washing with 0.05% PBS Tween buffer and then with PBS alone, 100 μl of biotin-conjugated anti-IFN-γ secondary antibody (7-B6-1-biotin, MABTECH), diluted to 0.25 g. / ml in PBS containing 1% BSA, was added to each well. After one hour of incubation, the plates were washed again and incubated with 100 l / well of Extravidin-AKP (E-2636, SIGMA), diluted 1/6000. After washing the plates in PBS buffer, 100 l of NBTBCIP substrate (B-5655, SIGMA) diluted in water (1 tablet in 10 ml of water) was dispensed into each well. Enzyme immunoenzymation was stopped after about 10 minutes, by extensive rinsing of the plates in water, and the colored spots were counted using a PLC (AID). The lines are considered positive when the number of spots is greater than three times that obtained with the negative control (control without peptides) with a minimum of 50 spots. The control without presenting cells makes it possible to check the specificity of the response for HLA-DP4 (restriction control).
2) Résultats 28 lignées spécifiques d'un antigène MAGE-A et restreintes à HLADP4 ont été mises en évidence: ces lignées sont stimulées par le mélange de peptides (mix) présenté par HLA-DP4 mais pas en l'absence du mélange (témoin négatif) ou d'HLA-DP4 (témoin de restriction. Tableau V). 2) Results 28 lines specific for a MAGE-A antigen and restricted to HLADP4 were identified: these lines are stimulated by the mixture of peptides (mix) presented by HLA-DP4 but not in the absence of the mixture (control negative) or HLA-DP4 (restriction control, Table V).
Tableau V: Immunogénicité des peptides (induction avec le mélange des sept peptides) Nombre de spots individu Numéro Témoin controle mélange Mage-2 Mage-9 Mage-1 Mage-9 Mage-12 Mage-1 Mage-2 de la negatif de la de 111.125 153-167 90-104 68-82 127-141 268-282 219-233 lignée restriction peptides P78 13 25 6 88 49 13 92 12 10 9 11 22 37 10 92 65 34 177 16 35 27 24 32 1 4 117 0 0 185 0 0 0 0 P121 6 2 0 92 9 2 123 3 3 2 2 9 3 0 392 2 3 366 0 4 5 1 19 4 0 216 5 3 153 3 280 8 9 21 2 0 106 4 2 147 6 1 0 1 24 19 1 140 23 23 208 21 15 34 19 5 2 171 4 7 329 12 7 10 10 34 5 1 36 23 4 73 9 4 5 3 38 18 0 68 15 13 104 35 8 17 5 1 0 208 4 3 250 6 6 5 2 44 5 1 62 15 8 63 6 110 8 7 48 6 0 225 6 5 253 7 8 9 6 49 2 0 87 5 2 122 2 3 2 1 P122 12 9 2 173 2 6 178 18 12 7 6 26 1 3 12 11 10 65 8 8 5 8 27 5 0 37 4 2 70 1 1 0 0 28 1 0 31 4 3 85 1 0 0 0 29 3 1 85 7 6 196 2 2 1 3 P129 7 5 1 97 3 2 1 2 307 22 6 12 1 1 39 2 1 112 0 2 1 3 14 0 1 23 1 1 97 1 3 2 2 24 2 0 6 21 1 70 0 4 1 1 0 1 28 0 1 86 8 6 7 5 34 3 2 22 115 19 5 2 3 4 1 37 4 0 19 1 2 51 3 3 3 7 39 7 1 23 4 7 93 5 5 2 3 Chaque lignée répond à au moins un des peptides du mélange. Le peptide MAGE-A1 (MAGE-1) est très immunogène puisqu'il induit 26 lignées sur 28. Lorsque l'on utilise le mélange des sept peptides pour l'induction de lymphocytes T CD4+, le peptide MAGE-Al2 127-141 induit 3 lignées, le peptide MAGE-A2 111- 125 induit une lignée et les quatre autres peptides n'induisent pas de lignée. Table V: Immunogenicity of the peptides (induction with the mixture of the seven peptides) Number of individual spots Number Control Control mixture Mage-2 Mage-9 Mage-1 Mage-9 Mage-12 Mage-1 Mage-2 Negative 111.125 153-167 90-104 68-82 127-141 268-282 219-233 line restriction peptides P78 13 25 6 88 49 13 92 12 10 9 11 22 37 10 92 65 34 177 16 35 27 24 32 1 4 117 0 0 185 0 0 0 0 P121 6 2 0 92 9 2 123 3 3 2 2 9 3 0 392 2 3 366 0 4 5 1 19 4 0 216 5 3 153 3 280 8 9 21 2 0 106 4 2 147 6 1 0 1 24 19 1 140 23 23 208 21 15 34 19 5 2 171 4 7 329 12 7 10 10 34 5 1 36 23 4 73 9 4 5 3 38 18 0 68 15 13 104 35 8 17 5 1 0 208 4 3,250 6 6 5 2 44 5 1 62 15 8 63 6 110 8 7 48 6 0 225 6 5 253 7 8 9 6 49 2 0 87 5 2 122 2 3 2 1 P122 12 9 2 173 2 6 178 18 12 7 6 26 1 3 12 11 10 65 8 8 5 8 27 5 0 37 4 2 70 1 1 0 0 28 1 0 31 4 3 85 1 0 0 0 29 3 1 85 7 6 196 2 2 1 3 P129 7 5 1 97 3 2 1 2 307 22 6 12 1 1 39 2 1 112 0 2 1 3 14 0 1 23 1 1 97 1 3 2 2 24 2 0 6 21 1 70 0 4 1 1 0 1 28 0 1 86 8 6 7 5 3 4 3 2 22 115 19 5 2 3 4 1 37 4 0 19 1 2 51 3 3 3 7 39 7 1 23 4 7 93 5 5 2 3 Each line corresponds to at least one of the peptides of the mixture. The peptide MAGE-A1 (MAGE-1) is highly immunogenic since it induces 26 out of 28 lines. When the mixture of the seven peptides for the induction of CD4 + T lymphocytes is used, the induced MAGE-Al2 peptide 127-141 3 lines, the peptide MAGE-A2 111-125 induced a line and the other four peptides do not induce lineage.
Compte tenu de la prépondérance de la réponse pour le peptide MAGE-Al 90104, une expérience d'induction a été réalisée avec un mélange contenant uniquement les six autres peptides (Tableau VI). Given the preponderance of the response for the MAGE-Al 90104 peptide, an induction experiment was performed with a mixture containing only the other six peptides (Table VI).
Tableau VI: Immunogénicité des peptides (induction avec le mélange sans le peptide MAGE-Al 90-104) Nombre de spots individu Numéro Témoin controle de mélange Mage-2 Mage-9 Mage-9 Mage-12 Mage-1 Mage-2 de la negatif la restriction de 111-125 153-167 68-82 127-141 268-282 219-233 lignée peptides P126 21 12 6 85 37 30 27 38 72 38 31 4 5 68 3 5 3 65 14 10 36 11 5 55 9 4 5 6 62 7 42 7 3 61 11 2 3 6 67 10 54 12 13 81 58 21 51 60 45 22 23 23 100 39 107 22 47 30 48 57 30 9 155 33 26 16 20 137 34 59 6 65 121 3 3 125 3 14 7 Dans ce contexte, on observe que les peptides MAGE- Al 268-282, 5 MAGE-A9 968-82 et 153-167 sont également immunogènes étant donné qu'ils induisent respectivement, quatre, deux et une des huit lignées testées. Table VI: Immunogenicity of the peptides (induction with the mixture without the MAGE-Al 90-104 peptide) Number of individual spots Number Mix control indicator Mage-2 Mage-9 Mage-9 Mage-12 Mage-1 Mage-2 negative restriction of 111-125 153-167 68-82 127-141 268-282 219-233 peptide line P126 21 12 6 85 37 30 27 38 72 38 31 4 5 68 3 5 3 65 14 10 36 11 5 55 9 4 5 6 62 7 42 7 3 61 11 2 3 6 67 10 54 12 13 81 58 21 51 60 45 22 23 23 100 39 107 22 47 30 48 57 30 9 155 33 26 16 20 137 34 59 6 65 121 3 3 In this context, it is observed that the MAGE-Al 268-282, MAGE-A9 968-82 and 153-167 peptides are also immunogenic since they induce, respectively, four, two and one of the eight lines. tested.
Ainsi que cela ressort de ce qui précède, l'invention ne se limite nullement à ceux de ses modes de mise en oeuvre, de réalisation et d'application qui viennent d'être décrits de façon plus explicite; elle en embrasse au contraire toutes les variantes qui peuvent venir à l'esprit du technicien en la matière, sans s'écarter du cadre, ni de la portée, de la présente invention. As is apparent from the above, the invention is not limited to those of its modes of implementation, implementation and application which have just been described more explicitly; it encompasses all the variants that may come to the mind of the technician in the field, without departing from the scope or scope of the present invention.
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Also Published As
Publication number | Publication date |
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WO2007026078A2 (en) | 2007-03-08 |
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