FR2774686A1 - Oligonucleotides permettant l'identification de precurseurs d'hormones polypeptidiques amidees - Google Patents
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Abstract
L'invention a pour objet de nouveaux oligonucléotides et leur application comme sondes pour l'identification des ARNm codant pour les précurseurs d'hormones polypeptidiques amidées et, ainsi, l'identification de nouvelles hormones polypeptidiques amidées. L'invention concerne également des oligonucléotides de séquence nucléotidique décrite et une méthode d'identification des précurseurs d'hormones amidées.
Description
4. 2774686
Oligonucléotides permettant l'identification de précurseurs d'hormones polypeptidiques amidées La présente invention a pour objet de nouveaux oligonucléotides et leur application comme sondes pour l'identification des ARNm codant pour les précurseurs d'hormones polypeptidiques amidées et, ainsi, l'identification de nouvelles hormones polypeptidiques amidées. L'invention concerne donc des oligonucléotides dont la séquence nucléotidique est décrite ci-après et une méthode d'identification des précurseurs d'hormones amidées. Les hormones polypeptidiques amidées sont synthétisées sous forme d'un précurseur qui
subit une maturation. Cette maturation consiste en une réaction d'amidation.
La réaction d'amidation de l'extrémité C-terminale est une réaction caractéristique des hormones polypeptidiques amidées. Cette réaction, qui intervient sur le précurseur d'une ou plusieurs hormones, permet la maturation de l'hormone et assure également sa biostabilité dans le milieu physiologique: le groupement amide formé est moins vulnérable que la fonction acide libre. L'hormone est alors plus résistante aux carboxypeptidases, elle reste active plus longtemps dans la cellule et garde une affinité
optimale avec son site récepteur.
L'amidation a été largement décrite (" Peptide amidation ", Alan F. Bradbury et Derek G. Smyth, TIBS 16 112-115, March 1991 et "Functional and structural characterization of peptidylamidoglycolate lyase, the enzym catalyzing the second step in peptide amidation ", A.G. Katopodis, D.S. Ping, C.E. Smith and S.W. May, Biochemistry, 30(25): 6189-6194, June 1991), son mécanisme est le suivant: 1- clivage de la chaîne polypeptidique précurseur de l'hormone par une endoprotéase au niveau de deux acides aminés basiques qui sont l'arginine et/ou la lysine, 2 ensuite, se produisent deux clivages par la carboxypeptidase qui conduisent à l'intermédiaire glycine étendu, 3 - l'enzyme PAM (Peptidyl-glycine-ct-Amidating Monooxygenase) comprend deux activités enzymatiques distinctes: dans un premier temps, elle convertit l'intermédiaire glycine étendu en dérivé t-hydroxyglycine, la sous unité de l'enzyme PAM qui intervient est la PHM (Peptidyl-glycine-cxHydrolylating Monooxygenase). Le dérivé obtenu sert de substrat à la deuxième sous unité de la PAM (notée PAL: Peptydil-aot-hydroxyglycine ctAmidating Lyase) qui fixe la fonction amine de la glycine sur l'acide aminé
immédiatement adjacent du coté N-terminal et libère le glyoxylate.
-2 - Cette réaction impose la présence d'un site de reconnaissance sur le précurseur de ou des hormones, site qui comporte toujours la séquence: glycine et deux acides aminés
basiques (arginine ou lysine).
Les hormones polypeptidiques amidées qui sont destinées à être sécrétées hors du réticulum endoplasmique sont connues pour comporter une séquence consensus signal d'une quinzaine à une trentaine d'acides aminés, cette séquence est présente à l'extrémité N-terminale de la chaîne polypeptidique. Elle est coupée plus tard par une enzyme signal
peptidase, de sorte qu'on ne la retrouve plus dans la protéine une fois sécrétée.
A l'heure actuelle, la découverte d'une nouvelle protéine n'est pas une chose aisée.
L'isolement et la purification des protéines peuvent se faire par des techniques diverses: précipitation au point isoélectrique, extraction sélective par certains solvants, puis purification par cristallisation, distribution à contre courant, chromatographie d'adsorption, de partage ou par échange d'ions, électrophorèse... Cependant ces techniques sousentendent la connaissance des propriétés de la protéine à isoler. Par ailleurs, lorsqu'on dispose d'un échantillon pur d'une nouvelle protéine intéressante sur
le plan thérapeutique, il reste encore de nombreuses étapes avant de disposer d'un micro-
organisme génétiquement modifié capable de la synthétiser.
La méthode proposée par la présente invention offre l'avantage, par l'utilisation d'une particularité de la séquence peptidique du précurseur de toutes hormones amidées connues à ce jour, de permettre la mise en évidence simultanée de plusieurs nouvelles hormones de cette catégorie. Cette recherche se fait par l'identification directe de la séquence nucléotidique codant pour lesdits précurseurs dans des banques d'ADNc préparées à partir de tissus dans lesquels les précurseurs de ces hormones sont
susceptibles d'être synthétisés.
La recherche par cette méthode est beaucoup moins contraignante que les techniques classiques de biochimie citées précédemment car: - elle peut conduire à isoler, suivant le même principe, plusieurs précurseurs distincts présents dans le même tissu; - elle permet de mettre en évidence, dans les mêmes conditions techniques, des précurseurs correspondant à des hormones ayant des propriétés biochimiques et biologiques très différentes; - elle autorise l'identification concomitante de toutes les hormones peptidiques pouvant
être contenues dans le même précurseur.
-3- De ce fait, cette invention permet un gain de temps et d'argent non négligeable dans un secteur o les dépenses de Recherche et Développement représentent une proportion très
importante du chiffre d'affaires.
La présente invention permettra également l'étude pharmacologique de substances actives ayant un rôle physiologique fondamental dans l'organisme des mammifères: les
hormones et plus particulièrement les neurohormones polypeptidiques amidées.
Disposant en premier lieu des ADNc correspondant aux substances actives, il sera alors possible d'introduire par génie génétique le vecteur cloné pour mener la synthèse des
hormones ayant une application thérapeutique par des micro-organismes.
L'invention a d'abord pour objet un oligonucléotide OX simple brin pouvant s'hybrider dans des conditions douces avec un oligonucléotide OY de séquence Y 1-Y2-Y3-Y4-Y5, dans laquelle Y1 représente une séquence nucléotidique de 1 à 12 nucléotides ou Y1 est supprimé, Y2 représente un trinucléotide codant pour Gly, Y3 et Y4 représentent indépendamment un trinucléotide codant pour Arg ou Lys, et Y5 représente une séquence
nucléotidique de 1 à 21 nucléotides ou Y5 est supprimé.
On entend par nucléotide une unité monomère de 'ARN ou de l'ADN ayant la structure chimique d'un ester phosphorique de nucléoside. Un nucléoside résulte de la liaison d'une base purique (purine, adénine, guanine ou analogues) ou d'une base pyrimidique (pyrimidine, cytosine, uracile ou analogues) avec le ribose ou le désoxyribose. Un oligonucléotide est un polymère de nucléotides désignant une séquence amorce, une
sonde ou un fragment d'ARN ou d'ADN.
Les oligonucléotides cités peuvent être obtenus par synthèse, il existe une méthode automatisée de référence qui est décrite dans les publications suivantes: "DNA synthesis" de S.A. Narang, Tetrahedron, 39, 3 (1983) et "Synthesis and use of synthetic oligonucleotides" de K. Itakura, J.J. Rossi et R.B. Wallace, Annu. Rev. Biochem., 53,
323 (1984).
De préférence, OX peut shybrider dans des conditions stringentes avec OY.
De façon plus préférentielle, OX peut s'hybrider avec un oligonucléotide OY de séquence
Y2-Y3-Y4-YS.
De façon encore plus préférentiellement, OX peut s'hybrider avec un oligonucléotide OY
de séquence Yl-Y2-Y3-Y4 ou Y2-Y3-Y4.
Particulièrement, OX peut s'hybrider avec un oligonucléotide OY tel que Y5 représente une séquence nucléotidique Y6-Y7-Y8-Y9 dans laquelle Y6 représente un trinucléotide -4- codant pour Ser, Thr, ou Tyr, Y7 représente un trinucléotide codant pour un acide aminé quelconque, Y8 représente un trinucléotide codant pour Glu ou Asp et Y9 représente une séquence nucléotidique comprenant de 1 à 12 nucléotides. Plus particulièrement, OX peut
s'hybrider avec un oligonucléotide OY tel que Y1 et Y9 sont supprimés.
Tout particulièrement, OX peut s'hybrider avec un oligonucléotide OY dans lequel Y2 représente un trinucléotide codant pour Gly, Y3 représente un trinucléotide codant pour Lys, Y4 un trinucléotide codant pour Arg et Y5 une séquence de 3 trinucléotides codant
pour Ser-Ala-Glu.
Cette séquence a été déterminée grâce à une étude statistique sur 27 sites d'amidation
connus et a conduit à définir sur 6 positions un motif donné d'acides aminés: Gly-Lys-
Arg-Ser-Ala-Glu. En raison de la dégénérescence du code génétique et du nombre élevé de codons correspondant à la Gly (4 codons), à l'Arg (6 codons) et à la Ser (6 codons), la séquence de l'oligonucléotide a été construite à l'aide de deux procédés permettant de prendre en compte cette dégénérescence: - utilisation à certaines positions de l'inosine, nucléotide dont la base azotée, l'hypoxanthine, s'apparie indifféremment avec les 4 bases azotées constitutives de l'ADN, - variation, à certaines positions, de la nature de la base azotée incorporée générant ainsi un nombre de combinaison d'oligonucléotides proportionnel au nombre de
bases différentes introduites.
La présente invention a également pour objet un oligonucléotide OY comportant de 9 à 42 nucléotides de séquence Y1-Y2-Y3-Y4-Y5, dans laquelle Y1 représente une séquence nucléotidique de 1 à 12 nucléotides ou Y1 est supprimé, Y2 représente un trinucléotide codant pour Gly, Y3 et Y4 représentent indépendamment un trinucléotide codant pour Arg ou Lys, et Y5 représente une séquence nucléotidique de 1 à 21 nucléotides ou Y5 est supprimé. De préférence, l'invention a pour objet un oligonucléotide OY tel que Y1 est supprimé ou
tel que Y5 est supprimé.
L'invention a particulièrement pour objet un oligonucléotide OY tel que Y5 représente une séquence nucléotidique Y6-Y7-Y8-Y9, dans laquelle Y6 représente un trinucléotide codant pour Ser, Thr ou Tyr, Y7 représente un trinucléotide codant pour un acide aminé -5- quelconque, Y8 représente un trinucléotide codant pour Glu ou Asp et Y9 représente une
séquence nucléotidique comprenant 1 à 12 nucléotides.
L'invention a plus particulièrement pour objet un oligonucléotide OY tel que Y1 et Y9
sont supprimés.
L'invention a tout particulièrement pour objet un oligonucléotide OY, caractérisé en ce que Y1 est supprimé, Y2 représente un trinucléotide codant pour Gly, Y3 représente un trinucléotide codant pour Lys, Y4 un trinucléotide codant pour Arg et Y5 une séquence de
trois trinucléotides codant pour Ser-Ala-Glu.
La présente invention concemrne aussi un oligonucléotide simple brin OZ, caractérisé en ce qu'il comprend de 15 à 39 nucléotides et est capable de s'hybrider avec une séquence consensus signal caractéristique des hormones polypeptidiques amidées, ladite séquence ayant pour formule Z1Z2-Z3-Z4-Z5-Z6-Z7 dans laquelle Z1 représente une séquence nucléotidique de 1 à 12 nucléotides ou Z1 est supprimé, Z2 et Z3 représentent deux trinucléotides codant pour Leu, Z4 et Z5 représentent deux trinucléotides codant pour deux acides aminés quelconques, Z6 représente un trinucléotide codant pour Leu, et Z7
représente une séquence nucléotidique de 1 à 12 nucléotides ou Z7 est supprimé.
Dans cette invention, on entendra par hormone, les hormones polypeptidiques amidées
du système endocrinien, et plus particulièrement les neurohormones.
La séquence consensus signal est une séquence portée par les précurseurs des protéines
qui sont sécrétées par les cellules après leur maturation.
La présente invention concerne enfin un ensemble d'oligonucléotides OX ou OZ tel qu'il
constitue une librairie combinatoire.
Dans l'invention décrite, on entend par librairie combinatoire un ensemble d'oligonucléotides synthétisés en prenant pour modèle une séquence nucléotidique codant pour une séquence d'acides aminés dont certains peuvent être variables. Du fait de la dégénérescence du code génétique, on obtiendra un ensemble d'oligonucléotides différents. Un autre objet de l'invention est une méthode d'identification du précurseur d'un peptide ayant une extrémité C-terminale amidée, caractérisée par les étapes successives suivantes: 1 - obtention d'une banque d'ADN; -6- 2 hybridation d'un ou plusieurs oligonucléotides OX avec ladite banque d'ADN; 3 - identification de la ou les séquences d'ADN de ladite banque qui s'hybride avec un oligonucléotide OX; 4 - identification dans cette ou ces séquences d'un ou plusieurs peptides
avec une possible extrémité C-terminal amidée.
On préférera une méthode telle que la banque d'ADN est une banque d'ADNc.
L'ADN complémentaire (ADNc) est une chaîne nucléotidique dont la séquence est complémentaire de celle d'un ARNm, la réaction conduisant aux ADNc monocaténaire est catalysée par la transcriptase inverse. L'ADNc bicaténaire peut être obtenu par action de l'ADN polymérase, il est ensuite inséré à l'aide d'une ligase dans un plasmide ou un vecteur dérivé du bactériophage X. Une banque d'ADNc regroupe les ADNc correspondant aux ARNm cytoplasmiques extrait d'une cellule donnée. La banque est dite complète lorsqu'elle comprend au moins
un clone bactérien pour chaque ARNm de départ.
L'hybridation a lieu lorsque deux oligonucléotides ont des séquences nucléotidiques substantiellement complémentaires, ils peuvent s'associer sur leur longueur par
établissement de liaisons hydrogène entre bases complémentaires.
On préférera particulièrement une méthode telle que l'oligonucléotide OX est détectable à
l'aide d'un agent de marquage, tel que le 32p ou la digoxygénine.
Les agents de marquage radioactif des nucléotides les plus couramment utilisés sont les
éléments qui émettent des rayons [5, par exemple, 3H, 12C, 32p, 33p et 35S.
Le marquage de l'oligonucléotide se fait par l'addition à son extrémité 5' d'un groupement phosphate apporté par le (y-32P)-ATP, cette réaction est catalysée par l'enzyme T4-polynucléotide kinase. Le marquage par la digoxygénine est immunoenzymatique, la digoxygénine est associée à une base azotée et incorporée à l'oligonucléotide. Sa présence est révélée par l'utilisation d'un anticorps dirigé contre la digoxygénine et couplé à une phosphatase alcaline. La révélation utilise la couleur
développée par un substrat hydrolysé par la phosphatase alcaline.
D'autres techniques de marquage peuvent être employées: oligonucléotides modifiés chimiquement pour qu'ils contiennent un agent de complexation des métaux (on utilise -7- souvent des complexes du lanthanide), un groupe contenant de la biotine ou ester
d'acridine, un composé fluorescent (fluorescine, rhodamine, Texas red) ou autre.
On préférera tout particulièrement une méthode d'identification de précurseur d'hormone polypeptidique amidée telle que l'étape d'hybridation utilise une librairie combinatoire d'oligonucléotides OX. L'invention a encore pour objet une méthode d'identification du précurseur d'un peptide ayant une extrémité C-terminale amidée, qui comprend les étapes suivantes: 1 - obtention d'une banque d'ADN; 2 - utilisation de la technique PCR pour amplifier le fragment d'intérêt à l'aide d'un ensemble d'oligonucléotides OX et un autre ensemble d'oligonucléotides OZ; 3 - identification de la séquence d'ADN de ladite banque qui s'hybride avec l'oligonucléotide OX et qui a été amplifiée par la réction de PCR; 4 - identification dans cette séquence d'un ou plusieurs peptides avec
une possible extrémité C-termninale arnidée.
On entend par fragment d'intérêt la séquence d'ADNc codant pour le précurseur d'une ou
plusieurs hormones polypeptidiques amidées.
La réaction d'amplification de l'ADN par PCR (Polymerase Chain Reaction) nécessite une préparation d'ADN dénaturé par chauffage à 95 C. Ensuite, cette préparation est appariée à un excès de deux oligonucléotides complémentaires aux brins opposés de 1'ADN, de part et d'autre de la séquence à amplifier. Chaque oligonucléotide sert ensuite d'amorce à une DNA polymérase (extraite de bactéries thermophiles du type Thermus aquatitus: Taq polymérase) pour la copie de chacun des brins de l'ADN. Ce cycle peut
être répété, de manière automatisée, par dénaturations-renaturations successives.
Il existe de nombreuses références détaillant les protocoles du PCR: Brevets US n 4.683.192, 4.683.202, 4.800.159 et 4.965.188, "PCR technology principles and applications for DNA amplification", H. Erlich, ed. Stockton Press, New York (1989) et "PCR protocols: a guide to methods and applications", Innis et al., eds. Academic Press,
San Diego, California (1990).
De préférence, ladite banque d'ADN est une banque d'ADNc.
Plus préférentiellement, ledit oligonucléotide OX est détectable à l'aide d'un agent de
marquage tel que le 32p ou la digoxygénine.
-8 - On préférera particulièrement une méthode d'identification de précurseur d'hormone polypeptidique amidée telle que l'étape d'amplification utilise une librairie combinatoire
d'oligonucléotides OX et une autre librairie combinatoire d'oligonucléotides OZ.
Un autre objet de l'invention est une méthode d'identification du précurseur d'un peptide ayant une extrémité C-terminale amrnidée, qui comprend les étapes suivantes: 1 - obtention d'une banque d'ADN; 2 utilisation de la technique PCR pour amplifier le fragment d'intérêt à l'aide d'un ensemble d'oligonucléotides OX; 3 - identification de la séquence d'ADN de ladite banque qui s'hybride avec l'oligonucléotide OX et qui a été amplifiée par la réction de PCR; 4 - identification dans cette séquence d'un ou plusieurs peptides avec
une possible extrémité C-terminale amrnidée.
Le but de cette méthode est de caractériser les séquences nucléotidiques codant pour des
précurseurs présentant plus d'un site d'amidation.
De préférence, ladite banque d'ADN est une banque d'ADNc.
Plus préférentiellement, ledit oligonucléotide OX est détectable à l'aide d'un agent de
marquage tel que le 32p ou la digoxygénine.
On préférera particulièrement une méthode d'identification de précurseur d'hormone polypeptidique amidée telle que l'étape d'amplification utilise une librairie combinatoire
d'oligonucléotides OX.
Une autre méthode proposée par la présente invention pour l'identification du précurseur d'un polypeptide ayant une extrémité C- terminale amidée, est caractérisée par les étapes suivantes: 1 - obtention d'une banque d'ADN; 2 - utilisation de la technique PCR pour amplifier le fragment d'intérêt à l'aide d'un oligonucléotide OX et un autre oligonucléotide simple brin capable de s'hybrider en conditions douces ou stringentes avec une séquence consensus universelle contenue dans la séquence du vecteur plasmidique dans lequel sont clonés les ADN de la dite banque d'ADN, tels que les primers T3, T7, KS, SK, M13, Reverse; -9- 3 - identification de la séquence d'ADN de ladite banque qui s'hybride avec un oligonucléotide OX; 4 - identification dans cette séquence d'un ou plusieurs peptides avec
une possible extrémité C-terminale amidée.
La séquence consensus universelle est une séquence portée par le vecteur dans lequel est cloné l'ADN de la banque. Cette séquence peut servir d'amorce pour le séquençage. Les séquences nucléotidiques de ces primers sont disponibles dans: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., "Molecular cloning, a laboratory manual", 2nd edition, 1989, Colel
Spring Harbor Laboratory Press.
]O La réaction du PCR nécessite que deux oligonucléotides se fixent sur l'ADNc cloné dans un vecteur pour que son amplification ait lieu. Dans le cas o l'on ne connaît qu'une seule séquence propre au fragment d'ADN à amplifier, une solution pour contourner ce problème est d'utiliser un oligonucléotide qui pourra s'hybrider avec une séquence nucléotidique propre au vecteur dans lequel a été cloné l'ADNc, telle qu'une séquence
consensus universelle.
De préférence, ladite banque d'ADN est une banque d'ADNc.
On préférera un oligonucléotide OY détectable à l'aide d'un agent de marquage tel que le
32p ou la digoxygénine.
On préférera plus particulièrement une étape d'amplification utilisant une librairie
combinatoire d'oligonucléotides OX.
- 10-
EXEMPLE:
La méthode décrite par l'invention a été validée par son application sur une hormone déjà isolée. La neurohormone choisie est la cholécystokinine (CCK) qui est le neuromédiateur
quantitativement le plus important représenté dans le cerveau.
1.1. Préparation de la matrice d'ADN servant aux réactions de PCR à partir d'une banque commerciale Lambda Zapp II (Rat Brain cDNA Library Vector. réf. 936 501) de
STRATAGENE (Lafolla. U.S.A.).
Cette banque d'ADNc Stratagene contient le clonage des ADNc de cellules de cerveau de rat. 1.1.1. Libération des ADNc clonés sous forme de phagemides Bluescript (Stratagene,
Lajolla, U.S.A.).
Elle se fait en suivant le protocole suivant: on met en contact pendant 15 minutes à 37 C, 250 pl de la banque d'ADNc à 2.108 PFU/ml, 200 pl de bactéries XL1 blue (génotype: recAl endAl gyrA96 thi-1 hsdR17 supE44 relAl lac [F' proAB lacIqZAM15 TnlO s (Tetr)]c - cf. Bullock, Fernandez, Short, Biotechniques, 5, 376-379 (1987) - densité optique à 600 nm: D.O. = 2,5) et 1 gl de phage ExAssistTM (cf. Hay, B., Short, J., Strategies, 5, 16-18 (1992)) à 1010 PFU/ml. Puis l'ensemble est incubé sur 50 ml de milieu LB (composition: pour 1 litre d'eau physiologique stérile, on mélange 10 g de NaCI, 5 g d'extrait de levure et 10 g de Bactotryptone) pendant 3 heures sous agitation à 37 C. Le bouillon de culture est centrifugé puis le surnageant est inactivé par chauffage à
C pendant 20 nminutes.
1.1.2. Obtention des ADNc sous forme d'une banque de plasmides double brin.
Cette étape nécessite 15 minutes d'incubation à 37 C de 100 gl du surnageant inactivé et pl de bactéries SOLRM (génotype: el14-(McrA-) A(mcrCB-hsdSMR-mrr)171 sbcC recB recJ uvrC umuC::Tn5 (Kanr) lac gyrA96 relAl thi-l endAl XR [F' proAB lacIqZAM15]c Su- (nonsuppressing) - cf. Hay, B., Short, J.M., Strategies, 5(1), 16-18 (1992) - D.O. = 1 à 600 nm). Après addition de 50 gl d'ampicilline (à 100 mg/ml) et de mi de milieu LB, le tout est mis à incuber à 37 C sous agitation pendant une nuit. Les plasmides sont préparés à partir de 50 ml de culture avec le protocole et les colonnes QIAGEN Plasmid Midi Kit de QIAGEN (les colonnes QIAGEN contiennent une résine d'échange anionique possédant à sa surface des groupes diéthylaminoéthanol chargés positivement, lesquels interagissent avec les phosphates du squelette de l'ADN). On a
ainsi obtenu une solution d'ADN à 1,37 jgg/gl.
- 11 -
1.2. Amplification d'une portion du précurseur de la CCK à partir de la banque de
plasmides ainsi préparée.
1.2.1. Etablissement des séquences des deux oligonucléotides nécessaires à la réaction de PCR. L'un de ces deux nucléotides contiendra la séquence complémentaire à celle codant pour
le site d'amidation de la CCK, ce site est connu et a pour séquence GlyArg-Arg-Ser-Ala-
Glu. Cet oligonucléotide, que l'on nommera oligo CCK amid, a pour séquence nucléotidique:
' CTCAGCACTGCGCCGGCC 3'
Le second oligonucléotide, noté oligo CCK 5', correspond à la séquence consensus signal:
' GTGTGTCTGTGCGTGGTG 3'
La taille du produit d'amplification attendu est de 315 paires de bases, c'est la distance existant entre les séquences correspondant à ces deux oligonucléotides sur la séquence précurseur de la CCK.
1.2.2. Réaction de PCR.
On prépare une dilution D1 contenant 1 tl d'enzyme Taq polymérase Goldstar 5 U/gl (cf. Reynier, P., Pellissier, J.F., Harle, J.R., Malthiéry, Y., Biochemical and Biophysical Research Communications, 205(1), 375-380 (1994)), 1 gl d'un tampon 10
fois concentré en Taq polymérase standard et 8 pl d'eau.
Puis on mélange 1 gl d'oligo CCK 5' à 250 ng/pl, 1 gl d'oligo CCK amid à 250 ng/gl, 1 pl dNTP à 10 mM chacun, 1 FIl d'ADN banque ADNc à 250 ng/gl, 5 tl de tampon fois concentré de l'enzyme Taq polymérase, 2 pl MgCl2 à 25 mM, 1 pl de la dilution
D1 et 37 gl d'eau.
Les conditions d'amplification sont les suivantes: on effectue d'abord un traitement thermique de 5 minutes à 95 C, puis on renouvelle 30 cycles. Les dénaturations se font pendant 45 secondes à 95 C, l'hybridation pendant 30 secondes à 60 C et l'élongation pendant 1 minute à 72 C. Enfmin, un cycle supplémentaire est mené avec une élongation de
minutes à 72 C.
- 12 -
1.2.3. Résultats.
Les résultats sont lus par migration sur gel d'agarose à 0,8% de 1/10 du produit de la
réaction de PCR. En présence de bromure de 3,8-diamino-5-éthyl-6-
phénylphénanthridinium (bromure d'éthydium), on visualise sur le gel une bande unique, intense, de taille légèrement supérieure au marqueur de poids moléculaire 300.
1.3. Sous clonage du produit PCR dans un vecteur permettant le séquençage.
Le vecteur utilisé est le pGEM T-easy Vector (commercialisé par PROGEMA Corporation, Madison, U.S.A., réf. A 1380 - séquence donnée en annexe I). Les étapes sont les suivantes: l0 - purification de la bande correspondante au produit PCR par électroélution, - ligation durant une nuit à 16 C avec 1 W de vecteur pGEM T-easy à ng/pl, 1 pl de tampon ligase concentré 10 fois, - 3 gl de produit extrait de la bande purifié estimée à 20 ng/pl,
- on complète avec de l'eau jusqu'à 10 i.
Les bactéries JM 109 (génotype: e14-(McrA-) recAl endAl gyrA96 thi-l hsdR17(rK_ mK+) supE44 relAl A(lac-proAB) [F traD36 proAB lacIqZAM15] cf. Yanish-Perron, C., Viera, J., Messing, J., Gene, 33, 103-199 (1985)) sont rendues compétentes par un traitement préalable au CaCl2 puis transformées par un choc thermique de 45 secondes à
42 C avec 1/5 de la ligation. Les cellules sont ensuite mises en culture sur le milieu LB-
ampicilline en boite de Pétri pendant toute une nuit à 37 C.
On prépare l'ADN plasmidique de quelques clones recombinant. Puis le sous'clonage est
vérifié par la digestion enzymatique avec Eco RI.
1.4. Séquençage.
Il est effectué par la technique classique des didésoxynucléotides de SANGER sur le vecteur pGEM T-easy Vector ayant incorporé le produit PCR de 315 paires de bases (préparé à grande échelle par le kit QIAGEN tip 100). L'amorce utilisée pour le séquençage est l'oligonucléotide universel T7 présent sur le plasmide pGEM T-easy Vector.
- 13 -
1.5. Résultat.
Le séquence brute suivante est obtenue:
GTG TGT CTG TGC GTG GTG ATG GCA GTC CTG GCA GCA GGC GCC CTG
GCG CAG CCG GTA GTC CCT GTA GAA GCT GTG GAC CCT ATG GAG CAG
CGG GCG GAG GAG GCG CCC CGA AGG CAG CTG AGG GCT GTG CTC CGA
CCG GAC AGC GAG CCC CGA GCG CGC CTG GGC GCA CTG CTA GCC CGA
TAC ATC CAG CAG GTC CGC AAA GCT CCC TCT GGC CGC ATG TCC GTT
CTr AAG AAC CTG CAG GGC CTG GAC CCT AGC CAC AGG ATA AGT GAC
CGG GAC TAC ATG GGC TGG ATG GAT TTC GGC CGG CGC AGT GCT GAG
La traduction en acides aminés de la séquence obtenue aboutit à:
VCLCVV MAVLAAGALA QPVVPVEAVD PMEQRAEEAP
RRQLRAVLRP DSEPRARLGA LLARYIQQVR KAPSGRMSVL
KNLQGLDPSH RISDRDYMGW MDFGRRSAE
et permet bien de retrouver la séquence nucléotidique du précurseur de la CCK (dont la
séquence a été fournie par la banque de données Swiss Prot n p01355).
L'abréviation des acides aminés est la suivante: Alanine A Leucine LArgine R Lysine K Acide aspartiqueD Méthionine M Asparagine N Phénylalanine F Cystéine C Proline P Acide glutamniqueE Sérine S Glutamine Q Thréonine T Glycine G Tryptophane W Histidine H Tyrosine Y Isoleucine I Valine V - 14-
Claims (2)
1. Oligonucléotide simple brin OZ, caractérisé en ce qu'il comprend de 15 à 39 nucléotides et est capable de s'hybrider en conditions douces ou stringentes avec une séquence consensus signal caractéristique des hormones polypeptidiques amidées, ladite séquence a pour formule Z1-Z2Z3-Z4-Z5-Z6-Z7 dans laquelle Z1 représente une séquence nucléotidique de 1 à 12 nucléotides ou Zl est supprimé, Z2 et Z3 représentent deux trinucléotides codant pour Leu, Z4 et Z5 représentent deux trinucléotides codant pour deux acides aminés quelconques, Z6 représente un trinucléotide codant pour Leu, et
Z7 représente une séquence nucléotidique de 1 à 12 nucléotides ou Z7 est supprimé.
2. Ensemble d'oligonucléotides OZ selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'il
constitue une librairie combinatoire.
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Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FR9803033A FR2774686B1 (fr) | 1998-03-12 | 1998-03-12 | Oligonucleotides permettant l'identification de precurseurs d'hormones polypeptidiques amidees |
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-
1998
- 1998-03-12 FR FR9803033A patent/FR2774686B1/fr not_active Expired - Fee Related
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| A.G.KATOPODIS ET AL.: "Functional and Structural Characterization of Peptidylamidoglycolate Lyase, the Enzyme Catalyzing the Second Step in Peptide Amidation.", BIOCHEMISTRY., vol. 30, no. 25, 25 June 1991 (1991-06-25), EASTON, PA US, pages 6189 - 6194, XP002074069 * |
| S.A.NARANG: "dna synthesis", TETRAHEDRON., vol. 39, no. 1, 1983, OXFORD GB, pages 3 - 22, XP002074070 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
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| FR2774686B1 (fr) | 2000-05-05 |
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