FR2655990A1 - VIRAL AGENT RESPONSIBLE FOR NON-A NON-B HEPATITIS AND POLYPEPTIDES DERIVED THEREFROM FOR USE IN DIAGNOSIS AND VACCINATION. - Google Patents
VIRAL AGENT RESPONSIBLE FOR NON-A NON-B HEPATITIS AND POLYPEPTIDES DERIVED THEREFROM FOR USE IN DIAGNOSIS AND VACCINATION. Download PDFInfo
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Abstract
L'invention a trait au polypeptide viral de l'hépatite non-A non-B post-transfusionnelle, aux séquences d'ADN encodant ce polypeptide viral, aux vecteurs d'expression contenant ces séquences d'ADN et aux hôtes transformés par ces vecteurs d'expression. L'invention a également trait à l'utilisation de tels peptides dans les essais de diagnostic et les formulations de vaccin.The invention relates to the post-transfusion hepatitis non-A non-B viral polypeptide, the DNA sequences encoding this viral polypeptide, the expression vectors containing these DNA sequences and the hosts transformed by these vectors. expression. The invention also relates to the use of such peptides in diagnostic assays and vaccine formulations.
Description
Agent viral responsable de l'hépatite non-A non-B et polypeptidesViral agent responsible for non-A non-B hepatitis and polypeptides
dérivés de celui-ci utiles pour le diagnostic et la vaccination. derivatives thereof useful for diagnosis and vaccination.
____________________________
La présente invention a trait à la séparation et à la The present invention relates to separation and
caractérisation de l'agent viral responsable de l'hé- characterization of the viral agent responsible for the
patite non-A non-B post-transfusionnelle (PT-NANBH) et en particulier aux polypeptides viraux PT-NANBH, aux séquences d'ADN encodant ces polypeptides viraux, aux vecteurs d'expression contenant ces séquences d'ADN, et aux cellules hôtes transformées par ces vecteurs non-A non-B post-transfusional patella (PT-NANBH) and in particular to PT-NANBH viral polypeptides, to the DNA sequences encoding these viral polypeptides, to the expression vectors containing these DNA sequences, and to the cells hosts transformed by these vectors
d'expression Elle se rapporte également à l'utilisa- of expression It also refers to the use of
tion d'une séquence d'ADN dans un essai d'hybridation d'acide nucléique pour le diagnostic de la PT-NAN Bi H. of a DNA sequence in a nucleic acid hybridization assay for the diagnosis of PT-NAN Bi H.
Elle a trait, en outre, à l'utilisation de polypepti- It also relates to the use of polypeptides
des viraux PT-NANBH ou d'anticorps polyclonaux ou mo- PT-NANBH viral or polyclonal antibodies or
noclonaux contre ces polypeptides dans une immuno- against these polypeptides in an immunological
analyse pour le diagnostic de PT-NANBH ou dans un vac- analysis for the diagnosis of PT-NANBH or in a vac-
cin pour sa prévention.for his prevention.
L'hépatite non-A, non-B (NANBH) est par définition un diagnostic d'exclusion et a généralement été utilisée pour décrire des cas d'infection hépatique virale chez Non-A, non-B hepatitis (NANBH) is by definition an exclusion diagnosis and has generally been used to describe cases of viral hepatitis
l'être humain qui ne sont pas dus à des virus d'hépa- the human being who are not due to hepatitis viruses
tite A ou B Dans la majorité de ces cas, la cause de l'infection n'a pas été identifiée bien que pour des raisons cliniques et épidémiologiques, on ait pensé à In most cases, the cause of infection has not been identified, although for clinical and epidemiological reasons it has been
un certain nombre d'agents qui pourraient être respon- a number of agents who could be responsible for
sables, cfr Shih et al (Proq Liver Dis, 1986, 8, 433-452) Rien qu'aux Etats-Unis d'Amérique, jusqu'à % des transfusions sanguines peuvent avoir une NANBH sables, see Shih et al (Proq Liver Dis, 1986, 8, 433-452) In the United States alone, up to% of blood transfusions may have a NANBH
comme conséquence, ce qui en fait un problème d'impor- as a consequence, making it an important problem.
tance Même pour la PT-NANBH, il peut y avoir au moins plusieurs agents viraux responsables de l'infection et Even for PT-NANBH, there may be at least several viral agents responsible for the infection and
au fil des années, les revendications quant à l'iden- over the years, the claims of identity
tification de l'agent n'ont pas manqué, mais aucune tification of the agent did not fail, but no
n'a été établie.has not been established.
La demande de brevet européen 88310922 5 tend à décri- European patent application 88310922 5 tends to describe
re la séparation et la caractérisation de ll'agent é- the separation and characterization of the
thiologique responsable de la PT-NANBH que l'on appel- responsible for PT-NANBH, which is called
le également virus de l'hépatite C (HCV) Uine biblio- also hepatitis C virus (HCV) Uine biblio-
thèque d'AD Nc a été préparée à partir d'acide nucléi- library of AD Nc was prepared from nucleic acid
que viral obtenu d'un chimpanzé atteint de PT-NANBH et a été sélectionnée au moyen d'antisérums humains Uine série de clones ont été isolés et mis en séquence Les données de séquence d'acide nucléique et d'acide aminé Viral obtained from a chimpanzee PT-NANBH and was selected using human antisera Uine series of clones were isolated and sequenced Nucleic acid and amino acid sequence data
en résultant et qui sont décrites dans la demande, re- resulting from it and which are described in the application,
présentent approximativement 70 % du génome viral 10 kb present approximately 70% of the 10 kb viral genome
et sont entièrement dérivées de son extrémité 3 ' cor- and are entirely derived from its 3 'end cor-
respondant à la région de programmation non structu- corresponding to the non-structural programming region
rée. -2- Les inventeurs ont à présent isolés et caractérisés les polypeptides viraux de la PT-NANBH par le clonage SOE. The inventors have now isolated and characterized the viral polypeptides of PT-NANBH by cloning.
et l'expression de séquences d'ADN encodant ces poly- and the expression of DNA sequences encoding these poly-
peptides viraux D'une manière surprenante, les don- viral peptides Surprisingly, the data
nées de séquence d'acide nucléique et d'acide aminé born of nucleic acid and amino acid sequence
présentent des différences considérables avec les don- have considerable differences with the data
nées correspondantes rapportées dans la demande de corresponding figures reported in the application for
brevet européen 88310922 5 Dans l'ensemble, ces dit- European patent 88310922 5 On the whole, these
férences sont d'environ 20 % au niveau de l'acide nu- ferences are about 20% at the level of the nu-
cléique et de 15 % au niveau de l'acide aminé, mais certaines régions des séquences présentent même des 15% at the amino acid level, but some regions of the sequences even show
différences plus importantes Le niveau global de dif- larger differences The overall level of differences
férence est plus important que ce que l'on attendrait is more important than we would expect
pour deux isolats du même virus, même en tenant comp- for two isolates of the same virus, even taking into account
te de facteurs géographiques, et peut s'expliquer par geographical factors, and can be explained by
l'une des deux raisons suivantes.one of two reasons.
Tout d'abord, les inventeurs de la présente invention et ceux de la demande de brevet européen susmentionnée First, the inventors of the present invention and those of the aforementioned European patent application
ont utilisé des sources différentes pour l'acide nu- used different sources for the nu-
cléique utilisé dans le clonage du c ADN En particu- key used in the cloning of c DNA In particular
lier la demande de brevet européen décrit l'utilisa- linking the European patent application describes the use of
tion de plasma de chimpanzé comme source du matériel de départ de l'acide nucléique viral, le virus ayant chimpanzee plasma as a source of the starting material for the viral nucleic acid, the virus having
été transmis à un chimpanzé à deux occasions La PT- been transmitted to a chimpanzee on two occasions.
NANBH est, bien sfûr, une maladie humaine et le passage du virus dans un hôte étranger, même s'il est proche parent de l'homme, se traduira vraisemblablement par une mutation intensive de l'acide nucléique viral De NANBH is, of course, a human disease and the passage of the virus into a foreign host, even if it is closely related to humans, is likely to result in an intensive mutation of the viral nucleic acid.
ce fait les données de séquence que contient la deman- this is the sequence data contained in the application
de de brevet européen 8831022 5 peuvent ne pas être of European patent 8831022 5 may not be
exactement représentatives de l'agent viral réel res- exactly representative of the actual viral agent
ponsable de la PT-NANBH chez l'homme Par contraste, les inventeurs de la présente invention ont utilisé l'acide nucléique viral d'une source de plasma humain comme matériel de départ pour le clonage du c ADN Les In contrast, the inventors of the present invention have used viral nucleic acid from a source of human plasma as starting material for the cloning of cDNA.
données de séquence ainsi obtenues sont plus suscepti- sequence data thus obtained are more likely
bles de correspondre aux séquences natives d'acide nu- to correspond to the native sequences of nu-
cléique et d'acide aminé de la PT-NANBH. key and amino acid of PT-NANBH.
Deuxièmement, il peut se faire que l'agent viral exis- Secondly, it can happen that the viral agent
te sous la forme de plus d'un sous-type et que les données de séquence décrites dans la demande de brevet européen et celles élucidées par les inventeurs de la présente correspondent à des sous-types séparés et distincts du même agent viral Alternativement il peut se faire que le niveau de différence entre les deux in the form of more than one subtype and that the sequence data described in the European patent application and those elucidated by the inventors herein correspond to separate and distinct subtypes of the same viral agent Alternatively it may to be done that the level of difference between the two
groupes de données de séquences soit d à une combi- groups of sequence data either d to a combination
naison de ces deux facteurs.of these two factors.
La présente invention donne un polypeptide viral PT- The present invention provides a PT-4 viral polypeptide
NANBH comprenant un antigène ayant une séquence d'aci- NANBH comprising an antigen having an acid sequence
-3--3-
de aminé qui est pour au moins 90 % homologue à la sé- amine, which is at least 90% homologous to the
quence d'acide aminé indiquée dans les SEQ ID NO: 314, ,18,19,20,21 ou 22, ou en est un fragment antigéni- que. Les SEQ ID NO 3,4,5,18,19,20,21 ou 22 indiquent la sé- amino acid number indicated in SEQ ID NOS: 314,18,19,20,21 or 22, or an antigenic fragment thereof. SEQ ID Nos. 3,4,5,18,19,20,21 or 22 indicate the sequence of
quence d'acide aminé telle qu'on la déduit de la sé- the amount of amino acid as deduced from the
quence d'acide nucléique La séquence d'acide aminé sera de préférence homologue à au moins 95 % ou même 98 % avec la séquence d'acide aminé indiquée en SEQ ID NO 3,4,5,18,19,20,21 ou 22 Facultativement l'antigène Nucleic acid sequence The amino acid sequence will preferably be at least 95% or even 98% homologous with the amino acid sequence indicated in SEQ ID NO 3,4,5,18,19,20,21 or 22 Optionally antigen
peut être fondu avec un polypeptide hétérologue. can be fused with a heterologous polypeptide.
Deux antigènes ou plus peuvent facultativement être utilisés soit en combinaison soit fondus en un seul polypeptide L'utilisation de deux antigènes ou plus de cette manière dans un essai de diagnostic donne des résultats plus fiables que l'utilisation de l'essai de criblage du sang pour le virus PT-NANBH On obtiendra Two or more antigens may optionally be used in combination or fused to a single polypeptide. The use of two or more antigens in this manner in a diagnostic assay provides more reliable results than the use of the blood screening assay. for the PT-NANBH virus We will get
de préférence un antigène dans la région de programma- preferably an antigen in the program region.
tion structurée (l'extrémité 5 ') et un autre dans la région de programmation non structurée (J'extrémité (the 5 'end) and another in the unstructured programming region (I end
3 ') La préférence est donnée en particulier à la fu- 3 ') Preference is given in particular to the
sion des antigènes entre eux pour donner un polypep- antigens with each other to give a polyp.
tide résultant de la recombinaison Cette dernière ap- tide resulting from recombination.
proche présente une série d'avantages en ce sens que les antigènes individuels peuvent être combinés dans un rapport fixe déterminé à l'avance (habituellement équimolaire) et qu'il ne faut produire, purifier et A series of advantages can be achieved by having the individual antigens combined in a fixed ratio determined in advance (usually equimolar) and not producing, purifying and
caractériser qu'un seul polypeptide. characterize only one polypeptide.
0 Un fragment antigénique d'un antigène ayant une sé- An antigenic fragment of an antigen having a
quence d'acide aminé homologue à au moins 90 % avec ce qui est indiqué dans les SEQ ID N O 3,4,5,18,19,20,21 ou 22 contiendra de préférence un minimum de cinq, six, sept, huit, neuf ou dix, quinze, vingt, trente, quarante ou cinquante acides aminés Les emplacements antigéniques de ces antigènes peuvent être identifiés at least 90% homologous amino acid with that indicated in SEQ ID NO: 3,4,5,18,19,20,21 or 22 will preferably contain a minimum of five, six, seven, eight, nine or ten, fifteen, twenty, thirty, forty or fifty amino acids The antigenic locations of these antigens can be identified
au moyen de procédures type Celles-ci peuvent impli- using standard procedures. These may imply
quer la fragmentation du polypeptide lui-même au moyen d'enzymes protéolyptiques ou d'agents chimiques et la détermination subséquente de l'aptitude de chaque fragment à se lier aux anticorps ou à provoquer une réponse immune en cas d'inoculation à un animal ou fragmentation of the polypeptide itself by means of proteolytic enzymes or chemical agents and subsequent determination of the ability of each fragment to bind to the antibodies or to elicit an immune response when inoculated with an animal or
dans un système de modèle in vitro approprié (Stroh- in an appropriate in vitro model system (Stroh-
maier et al, J Gen Virol, 1982, 59, 205-306) Al- maier et al., J Gen Virol, 1982, 59, 205-306).
ternativement l'ADN encodant le polypeptide peut être fragmenté par digestion par des enzymes réducteurs ou d'autres techniques réputées et ensuite introduit dans un système d'expression pour produire des fragments (facultativement fondus en un polypeptide généralement d'origine bactérienne) T Les fragments qui en résultent sont évalués comme décrit précédemment (Spence et al, J Gen Virol, 1989, 70, 2843-51; Smith et al, Gene, Alternatively, the DNA encoding the polypeptide may be fragmented by digestion with reducing enzymes or other reputable techniques and then introduced into an expression system to produce fragments (optionally fused to a polypeptide generally of bacterial origin). The resulting results are evaluated as previously described (Spence et al., J Gen Virol, 1989, 70, 2843-51, Smith et al.
1984, 29, 263-9) Une autre approche consiste à syn- 1984, 29, 263-9) Another approach is to
thétiser chimiquement de courts fragments de peptides (longueur de 3-20 acides aminés; conventionnellement longueur de 6 acides aminés) qui couvrent la totalité de la séquence du polypeptide long avec chaque peptide chevauchant le peptide adjacent (Ce chevauchement peut être à partir de I-10 acides aminés, mais l'idéal chemically synthesize short peptide fragments (length of 3-20 amino acids, conventionally 6 amino acids long) which cover the entire long polypeptide sequence with each peptide overlapping the adjacent peptide (This overlap can be from I- 10 amino acids, but the ideal
est n-i acides aminés, o N est la longueur du pepti- is n-i amino acids, where N is the length of the pepti-
de; Geysen et al, Proc Natl Acad Sc, 1984, 81, of; Geysen et al, Proc Natl Acad Sc, 1984, 81,
3998-4002) Chaque peptide est alors évalué comme dé- 3998-4002) Each peptide is then evaluated as de-
crit précédemment, si ce n'est qu'il est généralement d'abord couplé à une molécule porteuse pour faciliter l'induction d'une réponse immune Enfin il y a des méthodes de prédiction qui comportent l'analyse de la previously written, except that it is usually first coupled to a carrier molecule to facilitate the induction of an immune response Finally there are prediction methods that include the analysis of the
séquence du point de vue de caractéristiques particu- sequence from the point of view of particular characteristics
lières, par ex, l'hydrophilicité, dont on pense such as hydrophilicity, which is thought to be
qu'elles ont un rapport avec des emplacements impor- that they relate to important locations
tants immunologiquement parlant (Hopp et Woods, Proc. Natl Acad Sc, 1981, 78, 3824-8; Berzofsky, Science, 1985, 229, 932-40) Ces prédictions peuvent alors être testées par les approches du polypeptide ou du peptide Immunologically speaking (Hopp and Woods, Proc Natl Acad Sc, 1981, 78, 3824-8, Berzofsky, Science, 1985, 229, 932-40) These predictions can then be tested by the polypeptide or peptide approaches.
résultant de la recombinaison décrites précédemment. resulting from the recombination previously described.
Le polypeptide viral sera, de préférence, fourni sous une forme pure, c à d avec une pureté supérieure à The viral polypeptide will preferably be provided in a pure form, ie with a purity higher than
%, voire 95 %.%, even 95%.
Le polypeptide viral PT-NANBH de la présente invention peut être obtenu au moyen d'un synthétiseur d'acide aminé, s'il s'agit d'un antigène n'ayant pas plus d'environ trente résidus ou par la technologie de The PT-NANBH viral polypeptide of the present invention may be obtained by means of an amino acid synthesizer, if it is an antigen having not more than about thirty residues or by the
l'ADN résultant de la recombinaison. the DNA resulting from the recombination.
La présente invention fournit également une séquence d'ADN encodant un polypeptide viral PT-NANBH tel que The present invention also provides a DNA sequence encoding a PT-NANBH viral polypeptide as
défini ici.defined here.
Ta séquence d'ADN de la présente invention peut être Your DNA sequence of the present invention can be
synthétique ou clonée La séquence d'ADN sera, de pré- synthetic or cloned The DNA sequence will be
férence, telle qu'indiquée dans la SEQ ID n 3,4,5,18, as indicated in SEQ ID NO: 3,4,5,18,
19,20,2 l ou 22.19.20.2 l or 22.
Pour obtenir un polypeptide viral PT-NANBH comprenant de multiples antigènes, il est préférable de fondre les séquences de programmation individuelles en un seul cadre de lecture ouvert La fusion devra, bien To obtain a PT-NANBH viral polypeptide comprising multiple antigens, it is preferable to melt the individual programming sequences into a single open reading frame.
snr, se faire de manière à ce que l'activité antigéni- to be carried out in such a way that the antigenic activity
que de chaque antigène ne soit pas compromise de ma- that each antigen is not compromised by
nière importante par sa position par rapport à un au- important by its position in relation to a
tre antigène On accordera, bien entendu, une atten- antigen will be granted, of course,
-5--5-
tion particulière à la nature des séquences à l'en- particular to the nature of the sequences in the
droit de la jonction entre les antigènes Les méthodes d'obtention de tels polypeptides simples sont bien right of the junction between the antigens The methods of obtaining such simple polypeptides are well
connues dans ce domaine.known in this field.
La présente invention fournit également un vecteur d'expression contenant une séquence d'ADN telle que The present invention also provides an expression vector containing a DNA sequence such that
définie ici, et capable, en présence d'un hôte appro- defined here, and capable, in the presence of an appropriate host
prié, d'exprimer la séquence d'ADN pour produire un requested, to express the DNA sequence to produce a
polypeptide viral PT-NANBH.viral polypeptide PT-NANBH.
Le vecteur d'expression contient normalement des élé- The expression vector normally contains elements
ments de contrôle de l'ADN qui réalisent l'expression DNA control elements that express
de la séquence d'ADN dans un hôte approprié Ces élé- of the DNA sequence in a suitable host
ments peuvent varier en fonction de l'hôte, mais com- may vary depending on the host, but
prennent généralement un activateur, un site de liai- usually take an activator, a link site
son aux ribosomes, des sites de démarrage et d'arrêt ribosome sound, start and stop sites
transcriptionnel, et un site d'arrêt de la transcrip- transcriptional site, and a transcription stop site.
tion Des exemples de tels vecteurs sont les plasmides et les virus Les vecteurs d'expression de la présente Examples of such vectors are plasmids and viruses. Expression vectors of the present invention.
invention comprennent à la fois des vecteurs extra- invention include both extra-vector
chromosomiques et des vecteurs qui sont intégrés dans le chromosome de la cellule hôte Pour utilisation dans des E coli, le vecteur d'expression peut contenir chromosomes and vectors that are integrated into the chromosome of the host cell For use in E. coli, the expression vector may contain
la séquence d'ADN de la présente invention facultati- the DNA sequence of the present invention optionally
vement sous forme dle fusion liée soit à i 'extrémité 5 ' ou 3 ' de la séquence d'ADN encodant, par exemple, la g-galactosidase ou à l'extrémité 3 ' de la séquence as the 5 'or 3' end of the encoding DNA sequence, e.g., β-galactosidase or at the 3 'end of the sequence
d'ADN encodant, par exemple, le gène trp E Pour uti- DNA encoding, for example, the trp E gene.
lisation dans le système de bacillovirus de l'insecte (Ac NPV), la séquence d'ADN est facultativement fondue in the insect bacillovirus system (Ac NPV), the DNA sequence is optionally
avec la séquence de programmation de la polyhédrine. with the programming sequence of polyhedrin.
La présente invention fournit également une cellule hôte transformée avec un vecteur d'expression tel que The present invention also provides a host cell transformed with an expression vector such as
défini i ci.defined i ci.
Des exemples de cellules hôte utilisées avec la pré- Examples of host cells used with the pre-
sente invention comprennent les cellules procaryoti- invention include prokaryotic cells
ques et eucaryotiques, telles que cellules bactérien- and eukaryotic, such as bacterial cells
nes, de levure, de mammifères et d'insectes Des exem- natives, yeast, mammals and insects.
ples particuliers de telles cellules sont les E coli, peculiarities of such cells are E coli,
les S cerevisiae, les P pastoris, des cellules d'ovai- S cerevisiae, P pastoris, ovarian
re de hamster chinois et de souris, et la Spodoptera Chinese hamster and mouse, and Spodoptera
fruqiperda et la Tricoplusia ni Le choix de la cellu- fruqiperda and Tricoplusia ni The choice of cellulose
le hôte peut dépendre d'une série de facteurs, mais si la modification post-translationnelle du polypeptide the host may depend on a variety of factors, but whether the post-translational modification of the polypeptide
viral PT-NANBH est importante, on choisira de préfé- Viral PT-NANBH is important, we will choose
rence un hôte eucaryotique.a eukaryotic host.
-6- La présente invention fournit également un procédé The present invention also provides a method of
pour préparer le polypeptide viral PT-NANBH qui com- to prepare the PT-NANBH viral polypeptide which
prend le clonage ou la synthèse d'une séquence d'ADN encodant le polypeptide viral PT-NANBH, tel que défini ici, insérant la séquence d'ADN dans un vecteur cloning or synthesizing a DNA sequence encoding the PT-NANBH viral polypeptide, as defined herein, inserting the DNA sequence into a vector
d'expression capable, dans un hôte approprié, de s'ex- of expression capable, in a suitable host, of
primer, de transformer une cellule hôte avec le vec- primer, to transform a host cell with the vec-
teur d'expression, de faire une culture de la cellule expression, to cultivate the cell
hôte transformée et d'isoler le polypeptide viral. host transformed and isolate the viral polypeptide.
Le clonage de la séquence d'ADN peut être effectué aul Cloning of the DNA sequence can be performed aul
moyen de procédures type bien connues dans ce domaine. standard procedures well known in this field.
Par ailleurs, il est particulièrement avantageux dans Moreover, it is particularly advantageous in
ces procédures d'utiliser les données de séquence ré- these procedures to use the sequence data re-
vélées ici de manière à faciliter l'identification et here to facilitate identification and
la séparation des séquences d'ADN clonées souhaitées. separation of the desired cloned DNA sequences.
T,'ARN sera isolé, de préférence, en pastillant le vi- The RNA will preferably be isolated by pelletizing the
rus à partir du plasma d'humains contaminés identifiés rus from the plasma of infected humans identified
par implication dans la transmission de PT-NANBH. by implication in the transmission of PT-NANBH.
L'ARN isolé fait 1 'objet d'une transcriptase inverse The isolated RNA is subject to reverse transcriptase
dans l'AD Nc par amorçage sélectif ou par oligo-d T Fa- in the selective priming NCD or by oligo-d T Fa-
cultativement l'ARN peut être soumis à une étape de culturally the RNA can be subjected to a step of
pré-traitement pour en retirer toute structure secon- pre-treatment to remove any secondary structure
daire qui pourrait interférer avec lla synthèse AD Nc, par exemple, par chauffage ou par réaction avec de which could interfere with AD Nc synthesis, for example, by heating or reacting with
l'hydroxyde mercurique de méthyle L'AD Nc est habi- Methyl mercuric hydroxide The AD Nc is usually
tuellement modifié par addition de linkers suivie d'une digestion avec un enzyme réducteur Il est alors inséré dans un vecteur de clonage, tel que le p BR 322 ou un dérivé de celui-ci ou les vecteurs lambda gtl O et gtll (Huynh et al, DNA Cloning, 1985, Vol 1: A Practical Approach, Oxford, IRC Press), conditionné en It is then modified by addition of linkers followed by digestion with a reducing enzyme. It is then inserted into a cloning vector, such as BR 322 or a derivative thereof or lambda gt1 O and gtll vectors (Huynh et al. , DNA Cloning, 1985, Vol 1: A Practical Approach, Oxford, IRC Press), packaged in
virions le cas échéant, et les molécules d'ADN résul- virions where appropriate, and the resultant DNA molecules
tant de la recombinaison utilisées pour transformer both of the recombination used to transform
les E coli et donc générer la bibliothèque souhaitée. E coli and thus generate the desired library.
La bibliothèque peut être examinée de manière sélecti- The library can be examined selectively
ve en utilisant une stratégie de sélection type S'il s'agit d'une bibliothèque d'expression, elle peut être using a typical selection strategy If it's an expression library, it can be
examinée sélectivement aul moyen d'une méthode immuno- selectively examined by means of an immunological
logique avec des antisérums obtenus à partir de la mê- logic with antisera obtained from the same
me source de plasma que le matériel de départ de l'ARN et également avec des antisérums provenant de sources humaines supplémentaires supposées positives pour des me source of plasma as the starting material for RNA and also with antisera from additional human sources believed to be positive for
anticorps contre la PT NANBH Etant donné que les an- anti-PT NANBH antibodies.
tisérums humains contiennent généralement des anti- human serum usually contains anti-
corps contre les E coli qui peuvent donner lieu à un important mouvement propre pendant la sélection, il est préférable de les traiter d'abord avec un lysat body against E coli that can give rise to a large clean movement during selection, it is best to treat them first with a lysate
d'E coli non transformé de manière à retirer ces anti- untransformed E. coli so as to remove these
corps Il est avantageux d'avoir recours à un contrôle négatif au moyen d'antisérums provenant de donneurs 7 - humains accrédités, c à d des donneurs humains ayant été soumis à des tests répétés et ne présentant pas d'anticorps contre l'hépatite virale Une stratégie de It is advantageous to use a negative control with antisera from accredited human donors, ie human donors who have been repeatedly tested and do not have antibodies against viral hepatitis. A strategy of
sélection alternative serait d'utiliser un ou plu- alternative selection would be to use one or more
sieurs oligonucléotides marqué(s) comme sondes d'hy- bridation TL'utilisation d'oligonucléotides dans oligonucleotides labeled as hybridization probes The use of oligonucleotides in
J'examen sélectif d'une bibliothèque c ADN est généra- I selectively examine a library c DNA is usually
lement plus simple et plus fiable que la sélection easier and more reliable than the selection
avec des anti sérums Les oligonucléotides seront syn- with anti sera Oligonucleotides will be syn-
thétisés de préférence en utilisant les informations de la séquence d'ADN contenues ici Un ou plusieurs tours de criblage supplémentaires d'une sorte ou de l'autre peuvent être effectués pour caractériser et preferably, using the information of the DNA sequence contained herein. One or more additional screening rounds of one kind or the other can be performed to characterize and
identifier les clones positifs.identify positive clones.
Après avoir identifié un premier clone positif, la bi- After identifying a first positive clone, the bi-
bliothèque peut être réexaminée sélectivement pour dé- library may be reconsidered selectively to
tecter des clones positifs supplémentaires en utili- detect additional positive clones using
sant le premier clone comme sonde d'hybridation Al- the first clone as a hybridization probe Al-
ternativement ou en sus, d'autres bibliothèques peu- other or additional, other libraries may
vent être préparées et celles-ci peuvent être sélec- can be prepared and these can be selected
tionnées au moyen d'immuno-sélecteurs ou de sondes immuno-selectors or probes
d'hybridation De cette manière, on peut obtenir d'au- In this way, one can obtain from
tres séquences d'ADN.very DNA sequences.
Alternativement, la séquence d'ADN encodant le poly- Alternatively, the DNA sequence encoding the poly-
peptide viral PT-NANBH peut être synthétisée au moyen PT-NANBH viral peptide can be synthesized using
de procédures type et cette solution peut être préfé- standard procedures and this solution may be preferable
rée au clonage de l'ADN dans certaines circonstances DNA cloning in certain circumstances
(Gait Oligonucleotide Synthesis: A Practical AP- (Gait Oligonucleotide Synthesis: A Practical AP-
proach, 1984, Oxford, IRL Press).proach, 1984, Oxford, IRL Press).
Donc clonée ou synthétisée, la séquence d'ADN souhai- So cloned or synthesized, the desired DNA sequence
tée peult être insérée dans un vecteur d'expression utilisant des techniques type connues T Le vecteur d'expression est normalement coupé au moyen d'enzymes réducteurs et la séquence d'ADN insérée au moyen d'une ligature à extrémité émoussée ou en zigzag La coupure est généralement réalisée en un site de restriction It can be inserted into an expression vector using known standard techniques. The expression vector is normally cleaved by means of reducing enzymes and the inserted DNA sequence by blunt-ended or zigzag ligation. cleavage is usually performed at a restriction site
dans une position adéquate dans le vecteur d'expres- in an appropriate position in the expression vector
sion de manière à ce qu'une fois insérée, la séquence d'ADN soit sous le contrôle des éléments fonctionnels so that once inserted, the DNA sequence is under the control of the functional elements
de l'ADN qui réalisent son expression. of DNA that realize its expression.
La transformation d'une cellule hôte peut être effec- The transformation of a host cell can be effected
tuée par des techniques type Un marqueur phénotypique est habituellement utilisé pour faire la distinction entre les transformants qui ont repris avec succès le vecteur d'expression et les autres La mise en culture killed by standard techniques A phenotypic marker is usually used to distinguish between transformants that have successfully resumed the expression vector and others that are cultured.
de la cellule hôte transformée et la séparation du po- of the transformed host cell and the separation of the
lypeptide viral PT-NANBH peut également se faire par The PT-NANBH viral polypeptide can also be
des techniques type.typical techniques.
8 - L'anticorps spécifique d'un polypeptide viral PT-NANBH de la présente invention peut être obtenu au moyen du 8 - The specific antibody of a PT-NANBH viral polypeptide of the present invention can be obtained by means of the
polypeptide Il peut être polyclonal ou monoclonal. polypeptide It may be polyclonal or monoclonal.
L'anticorps peut être utilisé pour les essais de con- The antibody can be used for
trôle de qualité de lots de polypeptides viraux PT- NANBH; la purification d'un polypeptide viral PT-NANBH quality control of batches of PT-NANBH viral polypeptides; the purification of a PT-NANBH viral polypeptide
ou du lysat viral; la topographie des épitopes; lors- or viral lysate; the topography of epitopes; lors-
qu'il est marqué, comme élément conjugué dans un essai type compétitif, pour la détection des anticorps; et that it is labeled as a conjugate element in a competitive standard assay for the detection of antibodies; and
dans les essais de détection des antigènes. in antigen detection assays.
L'anticorps polyclonal contre un polypeptide viral PT- The polyclonal antibody against a PT-viral polypeptide
NANBH de la présente invention peut être obtenu en in- NANBH of the present invention can be obtained in
jectant un polypeptide viral PT-NANBH, facultativement injecting a PT-NANBH viral polypeptide, optionally
couplé à un support pour promouvoir une réponse immu- coupled with a support to promote an immune response
ne, dans une cellule de mammifère: souris, rat, mouton in a mammalian cell: mouse, rat, sheep
ou lapin, et en récupérant l'anticorps ainsi produit. or rabbit, and recovering the antibody thus produced.
Le polypeptide viral PT-NANBH est généralement admi- The PT-NANBH viral polypeptide is usually administered
nistré sous forme d'une formulation injectable dans in the form of an injectable formulation in
laquelle Je polypeptide est mélangé à un diluant phy- which polypeptide is mixed with a physiological diluent
siologiquement acceptable Des adjuvants tels que siologically acceptable Adjuvants such as
l'adjuvant complet de Freund (FCA) ou l'adjuvant in- Freund's complete adjuvant (FCA) or adjuvant
complet de Freund (FIA) peuvent être inclus dans la formulation La formulation est normalement injectée dans l'hôte sur une période de temps appropriée, des échantillons de plasma étant prélevés à intervalles Complete Freund (FIA) can be included in the formulation The formulation is normally injected into the host over an appropriate period of time, with plasma samples being taken at intervals
réguliers pour essai relatif aux anticorps viraux an- regular tests for testing viral antibodies
ti-PT-NANBH Lorsqu'un niveau d'activité approprié est obtenu, l'hôte fuit L'anticorps est alors extrait du plasma sanguin et purifié par des procédures type, par When an appropriate level of activity is achieved, the host leaks. The antibody is then extracted from the blood plasma and purified by standard procedures, by
exemple, par protéine A ou par chromatographie en ré- protein A or by
sine échangeuse des ions.ion exchange resin.
L'anticorps monoclonal contre un polypeptide viral PT-NANBH de la présente invention peut être obtenu en The monoclonal antibody against a PT-NANBH viral polypeptide of the present invention can be obtained by
fusionnant des cellules d'une lignée cellulaire immorta- merging cells from an immortal cell line
lisante avec des cellules produisant des anticorps contre le polypeptide viral et en faisant une culture de la lignée cellulaire fusionnée rendue immortelle De manière typique, on inocule à un hâte mammifère non lysing cells producing antibodies against the viral polypeptide and culturing the immortal fused cell line. Typically, a non-mammalian hast is inoculated.
humain, tel que souris ou rat, le polypeptide viral. human, such as mouse or rat, the viral polypeptide.
Après un temps suffisant pour que l'hôte ait pu élabo- After sufficient time for the host to
* rer une réponse anticorps, des cellules produisant des anticorps, telles que les splénocytes, sont retirées Les cellules d'une lignée cellulaire immortalisante, telle qu'une lignée cellulaire de myélome de souris ou de rat, sont fusionnéesavec les cellules produisant des anticorps et les fusions en résultant examinées deAs an antibody response, antibody-producing cells, such as splenocytes, are removed. The cells of an immortalizing cell line, such as a mouse or rat myeloma cell line, are fused with the antibody-producing cells. the resulting mergers examined from
manière sélective pour identifier une lignée cellulai- selectively to identify a cell line
re, telle'qu'un hydridome, sécrétant l'anticorns mono- re, such as a hydridome, secreting the monocular anticorns
clonal souhaité La lignée cellulaire fusionnée peut être mise en culture et l'anticorps monoclonal purifié du 9 - The fused cell line can be cultured and the purified monoclonal antibody of the
milieu de culture de manière similaire à la purifica- culture medium in a manner similar to purifying
tion de l'anticorps polyclonal.polyclonal antibody.
Les essais de diagnostic basés sur la présente inven- Diagnostic tests based on the present invention
tion peuvent être utilisés pour déterminer la présence ou l'absence d'infection PT-NANBH Ils peuvent égale- ment être utilisés pour contrôler le traitement de can be used to determine the presence or absence of PT-NANBH infection. They can also be used to
cette infection, par exemple dans une thérapie d'in- this infection, for example in
terféron.terféron.
Dans un essai pour le diagnostic d'une infection vi- In an attempt to diagnose an infection
rale, il y a fondamentalement trois approches distinc- There are basically three distinct approaches to
tes quii peuvent être adoptées impliquant la détection which may be adopted involving the detection of
de l'acide nucléique viral, l'antigène viral ou l'an- viral nucleic acid, viral antigen or
ticorps viral L'acide nucléique viral est générale- viral ticbody The viral nucleic acid is generally
ment considéré comme le meilleur indicateur de la pré- regarded as the best indicator of the pre-
sence du virus lui-même et identifierait des substan- of the virus itself and identify substances
ces susceptibles d'être infectieuses Par ailleurs, la détection de l'acide nucléique n'est généralement pas these likely to be infectious Moreover, the detection of nucleic acid is generally not
aussi directe que-la détection d'antigènes ou d'anti- as direct as the detection of antigens or anti-
corps puisque le niveau cible peut être très bas. body since the target level can be very low.
L'antigène viral est utilisé comme marqueur pour la The viral antigen is used as a marker for the
présence du virus et comme indicateur de l'infecti- presence of the virus and as an indicator of
vité En fonction du virus, la quantité d'antigènes présente dans un échantillon peut être très faible et Depending on the virus, the amount of antigen present in a sample may be very small and
difficile à détecter La détection d'anticorps est re- difficult to detect The detection of antibodies is
lativement directe car, en effet, le système immunitaire de directly because, in fact, the immune system of
l'hôte amplifie la réponse à une infection en produi- the host amplifies the response to infection with
sant d'importantes quantités d'anticorps qui circu- high amounts of antibodies that circulate
lent La nature de la réponse des anticorps peut sou- The nature of the antibody response can often be
vent être cliniquement utile, par exemble des anti- may be clinically useful, eg
corps de catégorie Ig M plutôt qu'Ig G indiquent une in- Ig M body rather than IgG indicate a
fection récente, ou la réponse à un antigène viral particulier associé à la clairance du virus Donc recent infection, or the response to a particular viral antigen associated with virus clearance
l'approche exacte adoptée pour le diagnostic d'une in- the exact approach adopted for the diagnosis of a
fection virale dépend des circonstances particulières viral fection depends on the particular circumstances
et de l'information recherchée Dans le cas du PT- and information sought In the case of the PT-
NANRH, une analyse de diagnostic peut incorporer n'im- NANRH, a diagnostic analysis may incorporate any
porte laquelle de ces trois approches. which of these three approaches.
Dans un essai pour le diagnostic de PT-NANBH impli- In a test for the diagnosis of PT-NANBH impli-
quant la détection d'acide nucléique viral, la méthode peut comprendre l'hybridation de l'ARN viral présent dans un échantillon ou de l'AD Nc synthétisé à partir as for the detection of viral nucleic acid, the method may comprise the hybridization of the viral RNA present in a sample or the AD Nc synthesized from
de cet ARN viral, avec une séquence d'ADN correspon- of this viral RNA, with a corresponding DNA sequence
dant à la séquence de nucléotide de la SEQ ID n O 3,4, ,J 8,19,20,21 ou 22 et la sélection des hybrides d'a- cide nucléique en résultant pour identifier tout acide to the nucleotide sequence of SEQ ID No. 3,4, 8,19,20,21 or 22 and the selection of the resulting nucleic acid hybrids to identify any acid
nucléique viral PT-NANBH L'application de cette mé- viral nucleic acid PT-NANBH The application of this
thode est habituellement limitée à un échantillon d'un thode is usually limited to a sample of one
tissu approprié, tel que biopsie du foie, o l'ARN vi- appropriate tissue, such as liver biopsy, or RNA vi
ral est susceptible d'être présent dans de fortes pro- ral is likely to be present in strong
--
portions La séquence d'ADN correspondant à la séquen- portions The DNA sequence corresponding to the sequence
ce de nucléotide de la SEQ ID n 3,4,5,18,19, 20,2 l ou 22 peut prendre la forme d'un oligonucléotide ou d'une nucleotide of SEQ ID No. 3,4,5,18,19, 20,21 or 22 may take the form of an oligonucleotide or a
séquence AD Nc contenant facultativement un plasmide. AD Nc sequence optionally containing a plasmid.
La sélection des hybrides d'acide nucléique sera, de préférence, effectuée au moyen d'une séquence d'ADN The selection of the nucleic acid hybrids will preferably be carried out by means of a DNA sequence
marquée Un ou plusieurs tours de sélection supplémen- marked One or more additional selection rounds
taires d'un type ou de l'autre peuvent être effectués pour mieux caractériser l'hybride et donc identifier tout acide nucléique viral PTNANBH Les étapes de of one type or the other can be carried out in order to better characterize the hybrid and thus identify any PTNANBH viral nucleic acid.
l'hybridation et de la sélection sont effectuées sui- hybridization and selection are carried out
vant des procédures connues.known procedures.
Par suite de l'application limitée de cette méthode dans l'essai de l'acide nucléique viral, une méthode privilégiée et plus pratique implique la synthèse As a result of the limited application of this method in the viral nucleic acid assay, a preferred and more practical method involves the synthesis of
d'AD Nc à partir de l'ARN viral présent dans un échan- AD Nc from the viral RNA present in a sample of
tillon, l'amplification d'une séquence d'ADN présélec- the amplification of a preselected DNA sequence
tionnée correspondant à une sous-séquence de la sé- corresponding to a subsequence of the sequence
quence de nucléotide de la SEQ ID n 3,4,5,18,19,20,21 nucleotide sequence of SEQ ID No. 3,4,5,18,19,20,21
ou 22, et l'identification de la séquence d'ADN présé- or 22, and the identification of the DNA sequence
lectionnée L'échantillon pour essai peut être prélevé dans tout tissu approprié ou fluide physiologique et sera de préférence concentré pour tout l'ARN viral présent Un exemple de tissu approprié est une biopsie The test sample may be taken from any suitable tissue or physiological fluid and will preferably be concentrated for all the viral RNA present. An example of a suitable tissue is a biopsy.
du foie Des exemples de fluide physiologique appro- Examples of physiological fluid suitable for
prié sont: l'urine, le plasma, le sang, le sérum, le are: urine, plasma, blood, serum,
sperme, Jes larmes, la salive ou le fluide cérébrospi- sperm, tears, saliva or cerebrospinal fluid
nal Les exemples de premier choix sont le sérum et le plasma. La synthèse de l'AD Nc s'effectue normalement par The first choice examples are serum and plasma. The synthesis of AD Nc is normally carried out by
transcription inverse amorcée au moyen d'amorces sé- reverse transcription primed with separate primers
lectives, définies ou oligo-d T L'amorce la plus avan- lective, defined or oligo-d T The most advanced primer
tageuse est un oligonucléotide correspondant à la sé- tageuse is an oligonucleotide corresponding to the sequence
quence nucléotide de SEQ ID n 3,4,5,18,19,20,21 ou 22 et conçu pour enrichir en AD Nc contenant la séquence présélectionnée. L'amplification de la séquence d'ADN présélectionnée est de préférence effectuée au moyen d'une technique de réaction en chaîne de polymérase (PCR) (Saiki et al, Science, 1985, 230, 1350-4) Dans cette technique, on utilise une paire d'amorces oligonucléotides dont nucleotide sequence of SEQ ID No. 3,4,5,18,19,20,21 or 22 and designed to enrich in AD Nc containing the preselected sequence. The amplification of the preselected DNA sequence is preferably performed by means of a polymerase chain reaction (PCR) technique (Saiki et al., Science, 1985, 230, 1350-4). a pair of oligonucleotide primers whose
l'une correspond à une portion de la séquence de nu- one corresponds to a portion of the sequence of nu-
cléotide de SEQ ID n 3,4,5,18,19,20,21 ou 22 et dont cleotide of SEQ ID No. 3,4,5,18,19,20,21 or 22 and
l'autre se trouve du côté 3 ' de la première et corres- the other is on the 3 'side of the first and corresponds to
pond à une portion de la séquence complémentaire, la to a portion of the complementary sequence, the
paire définissant entre elles la séquence d'ADN présé- pair defining between them the DNA sequence
lectionnée Les oligonucléotides ont généralement une longueur d'au moins 15, de manière optimale de 20 à 26 il - Oligonucleotides generally have a length of at least 15, optimally from 20 to 26 it -
bases et bien que quelques erreurs puissent être tolé- bases and although some errors may be tolerated
rées en variant les conditions de la réaction, l'ex- by varying the conditions of the reaction, the ex-
trémité 3 ' des oligonucléotides devrait être parfaite- tremity 3 'of the oligonucleotides should be perfect-
ment complémentaire pour pouvoir amorcer de manière efficace La distance entre les extrémités 3 ' des oli- gonucléotides peut être d'environ 100 à environ 2000 bases Pratiquement l'un des oligonucléotides de la paire utilisée dans cette technique sert également pour amorcer la synthèse d'ADNc La technique ACP elle-même est effectuée sur l'AD Nc sous forme d'une seule chaine utilisant un enzyme tel que la polymérase Taq, et un surplus d'amorceurs oligonucléotides de The distance between the 3 'ends of the oligonucleotides can be from about 100 to about 2000 bases. Practically one of the oligonucleotides of the pair used in this technique is also used to initiate the synthesis of oligonucleotides. CDNA The PCR technique itself is performed on AD Nc as a single chain using an enzyme such as Taq polymerase, and a surplus of oligonucleotide primers.
plus de 20-40 cycles conformément aux protocoles pu- more than 20-40 cycles according to public protocols
bliés (Saiki et al, Science, 1988, 239, 487-491). (Saiki et al., Science, 1988, 239, 487-491).
Pour raffiner la technique, il peut y avoir plusieurs tours d'amplification, chaque tour étant amorcé par une autre paire d'oligonucléotides Donc, après le To refine the technique, there may be several rounds of amplification, each round being initiated by another pair of oligonucleotides.
premier tour d'amplification, une paire interne d'oli- first round of amplification, an internal pair of oli-
gonucléotides définissant une séquence d'ADN plus courte (disons, de 50 à 500 bases) peut être utilisée gonucleotides defining a shorter DNA sequence (say, 50 to 500 bases) can be used
pour un deuxième tour d'amplification Dans ce raffi- for a second round of amplification In this refining
nement quelque peu plus fiable, auquel on se réfère sous le nom de "Nested ACP", c'est bien entendu, la somewhat more reliable, which is referred to as "Nested ACP", it is of course the
séquence d'ADN amplifiée finale qui constitue la sé- final amplified DNA sequence which constitutes the
quence présélectionnée (Kemp et al, Proc Natl Acad. Sc., 1989, 86 ( 7), 2423-7 et Mullis et al, Methods in preselected quence (Kemp et al, Proc Natl Acad Sc, 1989, 86 (7), 2423-7 and Mullis et al, Methods in
Enzymoloqy, 1987, 155, 335 350).Enzymoloqy, 1987, 155, 335-350).
L'identification de la séquence d'ADN présélectionnée peut se faire par analyse des produits ACP sur un gel agarose La présence d'une bande au poids moléculaire The identification of the preselected DNA sequence can be done by analysis of the PCR products on an agarose gel The presence of a molecular weight band
calculé pour la séquence présélectionnée est une indi- calculated for the preselected sequence is an indi-
cation positive de la présence d'acide nucléique viral positive cation of the presence of viral nucleic acid
dans l'échantillon Des méthodes alternatives d'iden- in the sample Alternative methods of identifying
tification comprennent celles basées sur le transfert include those based on the transfer
Southern, le transfert de points, la restriction oli- Southern, the transfer of points, the restriction of
gomère et mise en séquence de l'ADN. gomer and sequencing of DNA.
La présente invention fournit également un kit d'essai pour la détection de l'acide nucléique viral PT-NANBH, qui comprend i) une paire d'amorces oligonucléotides dont l'une The present invention also provides a test kit for the detection of PT-NANBH viral nucleic acid, which comprises i) a pair of oligonucleotide primers, one of which
correspond à une portion de la séquence de nuclé- corresponds to a portion of the nucleotide sequence
otides de SEQ ID n 3,4,5,18,19,20,21 ou 22 et dont l'autre se trouve du côté 3 ' de la première otides of SEQ ID No. 3,4,5,18,19,20,21 or 22 and the other of which is on the 3 'side of the first
et correspond à une portion de la séquence com- and corresponds to a portion of the sequence
plémentaire, la paire définissant entre elles une séquence d'ADN présélectionnée; 12 - complementarily, the pair defining between them a preselected DNA sequence; 12 -
ii) un enzyme de transcriptase inverse pour la syn- ii) a reverse transcriptase enzyme for the syn-
thèse de l'AD Nc à partir de l'ARN de l'échantil- AD Nc thesis from the RNA of the sample
lon en amont de l'amorce correspondant à la sé- lon upstream of the primer corresponding to the se-
quence de nucléotides complémentaire de SEQ ID NO 3,4,5,18,19,20,21 ou 22; iii) un enzyme capable d'amplifier la séquence d'ADN présélectionnée; et facultativement nucleotide sequence complementary to SEQ ID NO: 3,4,5,18,19,20,21 or 22; iii) an enzyme capable of amplifying the preselected DNA sequence; and optionally
iv) des solutions de lavage et tampons de réaction. iv) washing solutions and reaction buffers.
Avantageusement le kit d'essai contient également un Advantageously, the test kit also contains a
échantillon de contrôle positif pour faciliter l'iden- positive control sample to facilitate the identification
tification de l'acide nucléique viral. of the viral nucleic acid.
T Les caractéristiques des amorces et des enzymes seront de préférence celles indiquées ci-dessus en rapport The characteristics of the primers and enzymes will preferably be those indicated above in relation to
avec la technique ACP.with the ACP technique.
Dans un essai pour le diagnostic de la PT-NANBH impli - In a test for the diagnosis of PT-NANBH impli -
quant la détection d'antigènes viraux ou d'anticorps viraux, la méthode peut comprendre la mise en contact d'un échantillon avec un polypeptide viral PT-NANBH de la présente invention ou un anticorps polyclonal ou monoclonal contre ce polypeptide, et la détermination when detecting viral antigens or viral antibodies, the method may comprise contacting a sample with a PT-NANBH viral polypeptide of the present invention or a polyclonal or monoclonal antibody against that polypeptide, and determining
de l'existence ou non d'une liaison antigènes-anti- the existence or not of an antigen-anti-
corps contenue dans l'échantillon L'échantillon peut être prélevé dans tout tissu ou fluide physiologique approprié mentionné ci-dessus pour la détection de body contained in the sample The sample may be taken from any suitable tissue or physiological fluid mentioned above for the detection of
l'acide nucléique viral Si on obtient un fluide phy- viral nucleic acid If we obtain a physiological fluid
siologique, il pourra être concentré de manière opti- ifological, it could be optimally
male pour détecter tout antigène ou anticorps viral. male to detect any antigen or viral antibody.
présent.present.
Une série de formats d'analyse peuvent être utilisés. A series of analysis formats can be used.
Le polypeptide viral PT-NANBH peut être utilisé pour The PT-NANBH viral polypeptide can be used to
capturer les anticorps de manière sélective par rap- capture the antibodies selectively
port à la PT-NANBH dans la solution, pour marquer de manière sélective les anticorps déjà capturés ou à la fois pour capturer et pour marquer les anticorps De plus, le polypeptide viral peut être utilisé dans une variété de formats d'analyse homogènes dans lesquels l'anticorps réagissant avec l'antigène est détecté port to PT-NANBH in the solution, to selectively label the antibodies already captured or both to capture and label the antibodies. Additionally, the viral polypeptide can be used in a variety of homogeneous assay formats in which the antibody reacting with the antigen is detected
dans la solution sans séparation de phases. in the solution without phase separation.
Les types d'essai dans lesquels on utilise le polypep- The types of tests in which the polyp
tide viral PT-NANBH pour capturer les anticorps dans la solution impliquent l'immobilisation du polypeptide sur une surface solide Cette surface devrait pouvoir être lavée d'une manière ou d'une autre Des exemples de surfaces adéquates sont des polymères de différents types (moulées dans des cupules de microtitrage; des perles; des tigettes de différents types; des pipettes 13 - PT-NANBH viral tide to capture the antibodies in the solution involve the immobilization of the polypeptide on a solid surface This surface should be able to be washed in one way or another Examples of suitable surfaces are polymers of different types (molded in microtiter wells, beads, pipettes of different types, pipettes 13 -
de Pasteur; des électrodes; et des appareils opti- Pasteur; electrodes; and optical devices
ques), des particules (par ex, latex; érythrocytes particles) (eg latex, erythrocytes
stabilisés; cellules bactériennes ou fongiques; spo- stabilized; bacterial or fungal cells; spo-
res; sols contenant contenant de l'or ou d'autres mé- res; containing soils containing gold or other
taux; et gels protéinacés), la dimension habituelle de la particule étant de 0,02 à 5 microns, des membranes (par ex, de nitrocellulose; papier; acétocellulose; rate; and protein gels), the usual particle size being from 0.02 to 5 microns, membranes (eg, nitrocellulose, paper, acetocellulose;
et des membranes haute porosité/haute surface d'un ma- and high porosity / high surface membranes of a
tériau organique ou inorganique).organic or inorganic material).
La fixation du polypeptide viral PT-NANBH à la surface peut se faire par adsorption passive d'une solution de composition optimale contenant des tensio-actifs, des The attachment of the PT-NANBH viral polypeptide to the surface can be by passive adsorption of an optimal composition solution containing surfactants,
solvants, des sels et/ou des chaotropes; ou par liai- solvents, salts and / or chaotropes; or by
son chimique active La liaison active peut être ef- its active chemical The active connection can be ef-
fectuée au moyen d'une variété de groupes fonctionnels réactif ou activables qui peuvent être exposés à la surface (par exemple agents de condensation; esters made by a variety of reactive or activatable functional groups that may be exposed on the surface (eg condensing agents;
acides actifs, halogénures et anhydrides; groupes ami- active acids, halides and anhydrides; groups
nés, oxhydrile ou carboxyle;-groupes sulfydrylef grou- oxhydrile or carboxyl-groups sulfydrylef grou-
pes carbonyle; groupes diazo; ou groupes insaturés). pes carbonyl; diazo groups; or unsaturated groups).
Facultativement la liaison active peut se faire via Optionally the active connection can be done via
une protéine (elle-même attachée à la surface passive- a protein (itself attached to the passive surface-
ment ou par liaison active), telle l'albumine ou la caséine, à laquelle le polypeptide viral peut être lié or active binding), such as albumin or casein, to which the viral polypeptide may be bound
chimiquement par toute une série de méthodes. chemically by a whole series of methods.
L'utilisation d'une protéine de cette manière peut Using a protein in this way can
conférer des avantages par suite d'un point isolélec- confer advantages as a result of an isolated point
trique, d'une charge, de l'hydrophilicité ou de toute autre propriété physico-chimique Le polypeptide viral cation, charge, hydrophilicity or any other physicochemical property The viral polypeptide
peut également être attaché à la surface (générale- can also be attached to the surface (general-
ment, mais pas nécessairement, une membrane) suite à not necessarily a membrane) following
la séparation électrophorétique d'un mélange réaction- electrophoretic separation of a reaction mixture
nel, tel que la précipitation immune. such as immune precipitation.
Après avoir mis en contact (avoir fait réagir) la sur- After contacting (having reacted) the sur-
face supportant le polypeptide viral PT-NANBH avec un échantillon, en laissant le temps nécessaire pour qu'il y ait réaction, et le cas échéant, en retirant le surplus d'échantillon par l'un des nombreux moyens the PT-NANBH viral polypeptide-bearing side with a sample, allowing sufficient time for reaction, and where appropriate, removing excess sample by one of several means
disponibles (lavage, centrifugation, filtration, ma- available (washing, centrifugation, filtration,
gnétisme ou action capillaire), l'anticorps capturé est détecté par n'importe quel moyen qui donnera un signal détectable On peut, par exemple, y arriver en utilisant une molécule ou une particule marquée comme indiqué ci-dessus qui réagira avec l'anticorps capturé (eg, gnatism or capillary action), the captured antibody is detected by any means that will give a detectable signal. For example, it can be achieved by using a labeled molecule or particle as indicated above that will react with the antibody. capture
(par exemple, protéine A, protéine G, etc; anti-espè- (eg, protein A, protein G, etc.;
ce ou sous-type d'anti-immoglobuline; facteur rhuma- this or subtype of anti-immunoglobulin; rheumatic factor
toïde; ou anticorps de l'antigène utilisé de manière compétitive ou bloquante), ou toute molécule contenant toïde; or antigen of the antigen used competitively or blocking), or any molecule containing
un épitope contenu dans le pojypeptide. an epitope contained in the polypeptide.
14 - Le signal détectable peut être optique, radioactif ou physicochimique et peut être fourni directement en 14 - The detectable signal can be optical, radioactive or physicochemical and can be supplied directly
marquant la molécule ou la particule avec, par exem- marking the molecule or particle with, for example
ple, un colorant, un marqueur radioactif, une espèce électroactive, une espèce magnétiquement résonante ou fluorogène, ou indirectement en marquant la molécule ou la particule au moyen d'un enzyme capable luimême de donner lieu à un changement mesurable de n'importe quel type Alternativement le signal détectable peut être obtenu, par exemple, par agglutination ou par un effet de diffraction ou de biréfringence si la surface ple, a dye, a radioactive label, an electroactive species, a magnetically resonant or fluorogenic species, or indirectly by marking the molecule or particle by means of an enzyme capable of giving rise to a measurable change of any type Alternatively, the detectable signal can be obtained, for example, by agglutination or by a diffraction or birefringence effect if the surface
est sous forme de particules.is in the form of particles.
Des essais dans lesquels un polypeptide viral PT-NANRH est utilisé luimême pour marquer un anticorps déjà capturé demandent une certaine forme de marquage de l'antigène qui permettra sa détection Le marquage Assays in which a PT-NANRH viral polypeptide is used itself to label an already captured antibody require some form of labeling of the antigen that will allow its detection.
peut être direct en attachant chimiquement ou passive- can be direct by attaching chemically or passively
ment, par exemple, un marqueur radioactif, une espèce magnétiquement résonante, un marqueur sous forme de particule ou d'enzyme au polypeptide; ou indirect en for example, a radioactive label, a magnetically resonant species, a marker in the form of a particle or enzyme to the polypeptide; or indirect
attachant toute forme de marque à une molécule qui ré- attaching any form of brand to a molecule that
agira elle-même avec le polypeptide La chimie de liaison d'une marque au polypeptide viral PT-NANBH peut se faire directement via une moitié déjà présente dans le polypeptide, telle qu'un groupe aminé, ou par will itself act with the polypeptide The brand-binding chemistry to the PT-NANBH viral polypeptide can be done directly via a half already present in the polypeptide, such as an amino group, or by
le biais d'une moitié intermédiaire, telle qu'un grou- through an intermediate half, such as a group
pe de maléimides La capture de l'anticorps peut se The capture of the antibody can be
faire sur n'importe laquelle des surfaces déjà men- on any of the surfaces already mentioned.
tionnées par n'importe quel réactif y compris l'ad- by any reagent including ad-
sorption passive ou activée qui se traduira par la passive or activated sorption that will result in the
liaison de complexes spécifiques d'anticorps ou im- binding of specific complexes of antibodies or
munes En particulier, la capture de l'anticorps pour- In particular, the capture of the antibody
rait se faire par une anti-espèce ou un sous-type would be done by an anti-species or a subtype
d'anti-immoglobuline, par facteur rhumatoïde, protéi- of anti-immunoglobulin, by rheumatoid factor, protein
nes A, G, etc ou par toute molécule contenant un épi- A, G, etc., or any molecule containing an epi
tope contenu dans le polypeptide.tope contained in the polypeptide.
Le polypeptide PT-NANBH marqué peut être utilisé dans The labeled PT-NANBH polypeptide can be used in
une liaison compétitive o la liaison à toute molécu- a competitive bond or the binding to any molecule
le spécifique sur n'importe Laquelle des surfaces don- the specific on any of the surfaces
nées comme exemple ci-dessus est bloquée par l'anti- as an example above is blocked by the anti-
gène dans J'échantillon Alternativement, il peut être utilisé d'une manière non-compétitive dans laquelle J'antigène dans l'échantillon est lié spécifiquement ou non spécifiquement à l'une des surfaces ci-dessus et est également lié à une molécule spécifique bi ou Alternatively, it can be used in a non-competitive manner in which the antigen in the sample is specifically or non-specifically bound to one of the above surfaces and is also bound to a specific molecule. bi or
polyvalente (par ex, un anticorps), ses autres valen- versatile (eg, an antibody), its other
ces étant, utilisées pour capturer le polypeptide mar- these being used to capture the polypeptide
qué. - Souvent, dans des analyses homogènes, le polypeptide viral PTNANBH et un anticorps sont marqués séparément de manière à ce que lorsque l'anticorps réagit avec le polypeptide viral en solution libre, les deux marques interagissent pour permettre, par exemple, le trans- fert non rayonnant d'énergie capturée par une marque vers l'autre marque avec détection appropriée de la deuxième marque excitée ou de la première marque than. Often, in homogeneous assays, the PTNANBH viral polypeptide and an antibody are labeled separately so that when the antibody reacts with the viral polypeptide in free solution, the two tags interact to allow, for example, the transfer of non-radiating energy captured by a mark towards the other mark with appropriate detection of the second excited mark or the first mark
éteinte (par ex, par fluorimétrie, résonance magnéti- extinguished (eg by fluorimetry, magnetic resonance
que ou mesure des enzymes) L'addition de polypeptide viral ou d'anticorps dans un échantillon se traduit that or measurement of enzymes) The addition of viral polypeptide or antibody in a sample is reflected
par une restriction de l'interaction de la paire mar- by a restriction of the interaction of the mar-
quée et donc par un niveau différent du signal dans le détecteur. and therefore by a different level of the signal in the detector.
Un format d'essai convenant pour la détection de l'an- A suitable test format for the detection of
ticorps PT-NANBH est le format de l'immuno-dosage avec PT-NANBH is the format of the immunoassay with
enzyme en sandwich (EIA) Un polypeptide viral PT- sandwich enzyme (EIA) A viral polypeptide PT-
NANBH est appliqué sur des cupules de microtitrage Un échantillon et un polypeptide viral PT-NANBH auxquels NANBH is applied to microtiter wells A sample and a PT-NANBH viral
sont couplés un enzyme, sont ajoutés simultanément. are coupled an enzyme, are added simultaneously.
Tout anticorps PT-NANBH présent dans l'échantillon se lie à Ja fois avec le polypeptide viral recouvrant la Any PT-NANBH antibody present in the sample binds with the virus polypeptide
cupule et avec le polypeptide viral couplé à l'enzyme. cup and with the viral polypeptide coupled to the enzyme.
De manière typique le même polypeptide viral est uti- Typically the same viral polypeptide is used
lisé des deux côtés du sandwich Après lavage, l'enzy- on both sides of the sandwich After washing, the enzyme
me lié est détecté au moyen d'un substrat spécifique impliquant un changement de couleur Un kit d'essai pour utilisation dans un tel EIA comprend: ( 1) un polypeptide viral PT-NANBH marqué d'un enzyme; ( 2) un substrat pour l'enzyme; ( 3) un moyen procurant une surface sur laquelle un polypeptide PT-NANBH est immobilisé; et ( 4) facultativement, des solutions de lavage et/ou tampons. Bindery is detected by means of a specific substrate involving a color change. A test kit for use in such an EIA comprises: (1) an enzyme labeled PT-NANBH viral polypeptide; (2) a substrate for the enzyme; (3) means providing a surface on which a PT-NANBH polypeptide is immobilized; and (4) optionally, washing solutions and / or buffers.
Les polypeptides viraux de la présente invention peu- The viral polypeptides of the present invention can
vent être incorporés dans une formulation de vaccin be incorporated into a vaccine formulation
pour induire l'immunité contre le PT-NANBH chez l'hom- to induce immunity against PT-NANBH in homosexual
me A cette fin, le polypeptide viral peut être pré- To this end, the viral polypeptide may be
senté en association avec un support acceptable du in association with an acceptable carrier of
point de vue pharmaceutique.pharmaceutical point of view.
Pour son utilisation dans une formulation de vaccin, For its use in a vaccine formulation,
le polypeptide viral peut facultativement être présen- the viral polypeptide may optionally be presented
té comme un élément d'une particule née de la fusion as an element of a particle born of fusion
du noyau de l'hépatite B, telle que décrite dans Clar- of the hepatitis B nucleus, as described in
ke et al (Nature, 1987, 330, 381-384), ou un polymère à base de polylysine, tel que décrit dans Tam (PNAS, 1988, 85, 5409-5413) Alternativement, le polypeptide 16 - ke et al (Nature, 1987, 330, 381-384), or a polylysine-based polymer, as described in Tam (PNAS, 1988, 85, 5409-5413). Alternatively, the polypeptide 16-
viral peut facultativement être attaché à une structu- viral can optionally be attached to a
re particulaire telle que liposomes ou ISCOMS. particulate matter such as liposomes or ISCOMS.
Les supports acceptables du point de vue pharmaceuti- Acceptable carriers from the pharmaceutical point of view
que sont, entre autres, des milieux liquides pouvant être utilisés pour véhiculer le polypeptide viral dans l'organisme d'un patient Un exemple de tels milieux liquides est la solution saline Le polypeptide viral luimême peut être dissous ou mis en suspension sous Among other things, these are liquid media that can be used to convey the viral polypeptide in the body of a patient. An example of such liquid media is saline. The viral polypeptide itself can be dissolved or suspended in suspension.
forme de solide dans le support.solid form in the support.
La formulation de vaccin peut également contenir un The vaccine formulation may also contain a
adjuvant pour stimuler la réponse immune et ainsi, ac- adjuvant to stimulate the immune response and thus, ac-
centuer l'effet du vaccin Des exemples d'adjuvants sont, entre autres: l'hydroxyde d'aluminium et le Percentage of vaccine effect Examples of adjuvants are, among others: aluminum hydroxide and
phosphate d'aluminium.aluminum phosphate.
La formulation de vaccin peut contenir une concentra- The vaccine formulation may contain a concentration
tion finale du polypeptide viral allant de 0,01 à 5 mg/ml, de préférence de 0,03 à 2 mg/ml La formulation final concentration of the viral polypeptide ranging from 0.01 to 5 mg / ml, preferably from 0.03 to 2 mg / ml. The formulation
de vaccin peut être incorporée dans un conteneur sté- vaccine can be incorporated in a sterile container.
rile qui est alors scellé et stocké à basse températu- which is then sealed and stored at low temperatures
re, par exemple, à 40 C, ou peut être lyophilisée. e, for example, at 40 ° C, or can be lyophilized.
Pour introduire l'immunité contre le PT-NANBH chez l'homme, on peut administrer une ou plusieurs doses de la formulation du vaccin Chaque dose peut être de 0,1 à 2 ml, de préférence de 0,2 à 1 ml Une méthode pour induire l'immunité contre le PT-NANBH chez l'homme To introduce immunity against PT-NANBH in humans, one or more doses of the vaccine formulation may be administered. Each dose may be from 0.1 to 2 ml, preferably from 0.2 to 1 ml. to induce immunity against PT-NANBH in humans
consiste à administrer une quantité efficace de formu- involves administering an effective amount of
lation du vaccin comme il a été dit précédemment. the vaccine as previously stated.
La présente invention fournit également l'utilisation d'un polypeptide viral PT-NANBH dans la préparation The present invention also provides the use of a PT-NANBH viral polypeptide in the preparation
d'un vaccin pour utilisation dans l'induction de l'im- of a vaccine for use in the induction of
munité contre le PT-NANBH chez l'homme. munity against PT-NANBH in humans.
Les vaccins de la présente invention peuvent être ad- The vaccines of the present invention may be
ministrés par toute méthode appropriée pour l'adminis- by any method appropriate to the administration
tration de vaccins, y compris l'injection orale et pa- of vaccines, including oral and
rentérale (ex, intraveineuse, sous-cutanée ou intra- (eg, intravenous, subcutaneous or intravenous).
musculaire) Le traitement peut consister en une seule dose de vaccin ou en plusieurs doses réparties dans le temps. Les souches de E coli transformées suivantes ont été Muscle) Treatment may consist of a single dose of vaccine or in divided doses over time. The following transformed E. coli strains were
déposées auprès de la National Collection of Type Cul- deposited with the National Collection of Cultiv-
tures (NCTC), Central Public Health T Laboratory, 61, (NCTC), Central Public Health Laboratory, 61,
Colinda Je Avenue, Londres, NW 9 5 HT aux dates indi- Colinda I Avenue, London, NW 9 5 HT on the dates indicated
quées: 17 - i) E coli TG 1 transformés par p DX 113 (WDOO 1); Dépôt : 17 - i) E coli TG 1 transformed with p DX 113 (WDOO 1); Deposit
n NCTC 12369; 7 décembre 1989.n NCTC 12369; December 7, 1989.
ii) E coli TG 1 transformés par p DX 128 (WD 002); Dépôt ii) E. coli TG 1 transformed with p DX 128 (WD 002); Deposit
n NCTC 12382; 23 février 1990.n NCTC 12382; February 23, 1990.
iii) E coli TG 1 transformés par p 136/155 (WD 003); Dé- iii) E coli TG 1 transformed with p 136/155 (WD 003); Of-
pôt n NCTC 12428; 28 novembre 1990. PO NCTC 12428; November 28, 1990.
(iv) E coli TG 1 transformés par p 156/92 (WD 004): Dé- (iv) E. coli TG 1 transformed with p 156/92 (WD 004):
* pôt n NCTC 12429; 28 novembre 1990.* deposit NCTC 12429; November 28, 1990.
(v) E coli TG 1 transformés par p 129/l 64 (WD 005); Dé- (v) E coli TG 1 transformed with p 129/164 (WD 005); Of-
pôt N O NCTC 12430; 28 novembre 1990. deposit N O NCTC 12430; November 28, 1990.
(vi) E coli TGl transformés par p DXl 36 (WD 006); Dépôt (vi) E. coli TG1 transformed with p DXI 36 (WD 006); Deposit
n NCTC 12431; 28 novembre 1990.n NCTC 12431; November 28, 1990.
Dans les figures, la figure 1 représente la production In the figures, Figure 1 shows the production
de p DX 122 décrite à l'Exemple 7, la figure 2 représen- of DX 122 described in Example 7, FIG.
te deux séquences fondues alternatives décrites à l'Exemple 17, et la figure 3 représente des cartes de the two alternative melts described in Example 17, and FIG.
restriction, de SEQ ID n 21 et 22.restriction, of SEQ ID Nos. 21 and 22.
Dans la liste de séquences, il y a des listes SEQ ID In the sequence list, there are SEQ ID lists
n 1 à 25 auxquelles référence est faite dans la des- No 1 to 25 to which reference is made in the
cription et dans les revendications. and in the claims.
Les exemples suivants servent à illustrer l'invention. The following examples serve to illustrate the invention.
EXEMPLE 1 Synthèse de l'AD NcEXAMPLE 1 Synthesis of AD Nc
Le plasma regroupé ( 160 mls) de deux personnes (appe- The pooled plasma (160 mls) of two people (called
lées A et L) connues pour avoir transmis la NANBH via des transfusions a été dilué ( 1:2,5) avec une solution A and L) known to have transfected NANBH via transfusions was diluted (1: 2.5) with a solution
saline tamponnée au phosphate (PBS) et ensuite centri- phosphate-buffered saline (PBS) and then
fugé à 190 000 g (par ex, 30 000 t/min dans un rotor MSE 8 x 50) pendant 5 heures à 4 C Ce qui surnageait a été retenu comme source des anticorps spécifiques pour la sélection ultérieure des bibliothèques d'AD Nc I,a pastille a été remise en suspension dans 2 mls de 20 m M trischlorhydrate, 2 m M EDTA 3 % SDS, 0,2 M Na Cl ( 2 x PK) extrait 3 fois avec un volume égal de phénol, 3 fois avec du chloroforme, une fois avec de l'éther, et leaked at 190,000 g (eg, 30,000 rpm in an 8 × 50 MSE rotor) for 5 hours at 4 ° C. Supernatant was retained as a source of specific antibodies for subsequent selection of AD Nc I libraries. The pellet was resuspended in 2 ml of 20 m M trichlorohydrate, 2 mM EDTA 3% SDS, 0.2 M NaCl (2 x PK) extracted 3 times with an equal volume of phenol, 3 times with 10 ml. chloroform, once with ether, and
ensuite précipité avec 2,5 volumes d'éthanol à -20 C. then precipitated with 2.5 volumes of ethanol at -20 ° C.
Le précipité a été remis en suspension dans 10 ul de The precipitate was resuspended in 10 μl of
J.10 m M tris-chlorhydrate, lm M EDTA à p H 8 0 (TE). 10 mM tris-hydrochloride, 1 m M EDTA at pH 8.0 (TE).
L'acide nucléique a été utilisé comme modèle dans un kit de synthèse d'AD Nc (Amersham International plc, The nucleic acid was used as a template in an AD Nc synthesis kit (Amersham International plc,
Amersham, Royaume-Uni) avec amorçage oligo-d T et hexa- Amersham, United Kingdom) with oligo-d T priming and hexa-
nucléotide sélectif Les conditions de la réaction étaient telles que recommandées par le fournisseur du 18 - selective nucleotide The reaction conditions were as recommended by the supplier of the 18 -
kit Spécifiquement lul d'acide nucléique a été utili- Specifically, lul of nucleic acid was used.
sé pour une première réaction de synthèse de brin qui se for a first strand synthesis reaction which
a été marquée ( 4 _-32 P) d CTP (Amersham; activité spé- has been labeled (4 _-32 P) d CTP (Amersham;
cifique 3000 Ci/mmol) dans un volume final de 20 ul et incubé à 42 C pendant 1 heure La totalité de première 3000 Ci / mmol) in a final volume of 20 μl and incubated at 42 ° C. for 1 hour.
réaction de brin a ensuite été utilisée pour la deu- strand reaction was then used for the second
xième réac tion de synthèse du brin, contenant E co- twelfth synthesis reaction of the strand, containing E co-
li R Nase H ( 0,8 U) et de la polymérase ADN I ( 23 U) dans un volume final de 100 ul, incubé à 12 C pendant R Nase H (0.8 U) and DNA polymerase I (23 U) in a final volume of 100 μl, incubated at 12 ° C for
60 minutes, ensuite à 22 C pendant 60 minutes L'en- 60 minutes, then at 22 C for 60 minutes
semble de la réaction a ensuite été incubé à 700 C pen- The reaction appears to have been incubated at 700 C
dant 10 minutes, placé sur glace, 1 U de polymérase d'ADN T 4 y a été ajoutée et ensuite il a été incubé à 37 C pendant 10 minutes La réaction a été arrêtée en After 10 minutes, placed on ice, 1 U of T 4 DNA polymerase was added and then incubated at 37 ° C for 10 minutes.
ajoutant 5 ul de 0,2 M EDTA p H 8.adding 5 μl of 0.2 M EDTA p H 8.
Les nucléotides non incorporés ont été enlevés en pas- Unincorporated nucleotides were removed in step
sant la réaction dans une colonne NICK (Pharmacia Ltd, the reaction in a NICK column (Pharmacia Ltd,
Milton Keynes, Royaume-Uni) L'AD Nc a ensuite été ex- Milton Keynes, United Kingdom) The AD Nc was then ex-
trait deux fois avec du phénol, trois fois avec du chloroforme, une fois avec de l'éther et ensuite 20 ug de dextran ont été ajoutés avant précipitation avec run twice with phenol, three times with chloroform, once with ether and then 20 μg of dextran was added before precipitation with
2,5 volumes d'éthanol 100 %.2.5 volumes of 100% ethanol.
EXEMPLE 2 Production de bibliothèques d'expression La pastille d'AD Nc séchée a été remise en suspension dans 5 ul de TE stérile et ensuite incubée avec 500 ng de linkers Eco RI (Pharmacia, GGATTCC phosphorylé) et EXAMPLE 2 Production of expression libraries The dried AD Nc pellet was resuspended in 5 μl of sterile TE and then incubated with 500 ng of Eco RI linkers (Pharmacia, GGATTCC phosphorylated) and
0,5 U de Jigase d'ADN T 4 (New England Bio Labs, Bever- 0.5 U of T 4 DNA Jigase (New England Bio Labs, Beverley
ley, MA, USA) dans un volume final de 10 ul contenant m M de tris-H Cl p H 7,5, 10 m M Mg C 12, 10 m M DTT, lm M ley, MA, USA) in a final volume of 10 μl containing m M tris-HCl p H 7.5, 10 m M Mg C 12, 10 m M DTT, 1 m M
ATP pendant 3 heures à 15 C La ligase a été neutrali- ATP for 3 hours at 15 ° C. The ligase was neutralized
sée en chauffant à 65 C pendant 10 minutes et l'AD Nc a été digéré avec 180 U d'Eco RI (BCL, Lewes, UIJ K) dans un volume final de 100 Oul à 37 C pendant 1 heure De l'EDTA a été ajouté à une concentration finale de 10 m M et l'ensemble de la réaction chargé sur une colonne Ac A 34 (LKB) Des fractions ( 50 ul) ont été collectées et comptées Le pic d'AD Nc dans le volume exclu ( 980 cpm) a été regroupé, extrait deux fois avec du phénol, on heating at 65 ° C for 10 minutes and AD Nc was digested with 180 U of Eco RI (BCL, Lewes, UIJ K) in a final volume of 100 μl at 37 ° C for 1 hour. was added to a final concentration of 10 mM and the entire reaction loaded on an Ac A 34 (LKB) column. Fractions (50 μl) were collected and counted. The peak of AD Nc in the excluded volume (980 cpm) was pooled, extracted twice with phenol,
trois fois avec du chloroforme, une fois avec de l'é- three times with chloroform, once with
ther et ensuite précipité à l'éthanol. ther and then precipitated with ethanol.
L'AD Nc ds a été remis en suspension dans 5 ul de TE et AD Nc ds was resuspended in 5 μl of TE and
ligaturé sur des bras lambda gtll Eco RI (Gibco, Pais- ligated on arms lambda gtll Eco RI (Gibco, Poland).
ley, Ecosse) dans une réaction de lOul contenant 0,5 U de ligase d'ADN T 4, 66 m M de tris-hydrochlorate, 10 m M ley, Scotland) in an ul reaction containing 0.5 U T 4 DNA ligase, 66 m M tris-hydrochlorate, 10 m M
de Mg C 12, 35 m M de DTT p H 7,6 à 15 C pendant la nuit. Mg C 12, 35mM DTT p H 7.6 at 15C overnight.
Apres neutralisation de la ligase par chauffage à 65 C pendant l 0 minutes, 5 ul de la réaction ont été ajoutés à une réaction de repliage d'Amersham et incubés à 19 - 22 C pendant 2 heures Le matériel replié a été titré After neutralization of the ligase by heating at 65 ° C. for 10 minutes, 5 μl of the reaction was added to an Amersham refolding reaction and incubated at 19 ° C. for 2 hours. The folded material was titrated
sur le brin Y 1090 E coli (Huynh et al 1985) et conte- on the strand Y 1090 E coli (Huynh et al 1985) and contains
nait un total de 2,6 x 104 résultant de la recombinai- a total of 2.6 x 104 resulting from the recombin-
son.his.
Des cellules pour monocouches (Y 0190) ont été prépa- Monolayer cells (Y 0190) were prepared
rées en inoculant 10 mis de bouillon-L avec une seule colonie d'une plaque d'agar et en agitant pendant la nuit à 37 C Le jour suivant, 0,5 mls de la culture de la nuit ont été dilués avec 10 mls de bouillon-L frais et 0,lml IM Mg SO 4 et 0,lml 20 % (p/v) de maltose ont été ajoutés La culture a été agitée pendant 2 heures à 37 C, les bactéries récoltées par centrifugation à 5.000 g pendant 10 minutes et remises en suspension dans 5 mis de l Om M Mg SO 4 pour produire le stock de 10 ml of L-broth was inoculated with a single colony of agar plate and shaken overnight at 37 ° C. The next day, 0.5 ml of the overnight culture was diluted with 10 ml of Fresh L-broth and 0.1 ml IM Mg SO 4 and 0.1 ml 20% (w / v) maltose were added. The culture was stirred for 2 hours at 37 ° C., the bacteria harvested by centrifugation at 5.000 g for 10 minutes. minutes and resuspended in 5 ml Om M Mg SO 4 to produce the stock of
cellules pour monocouches Une portion (lul) du maté- cells for monolayers A portion (lul) of the material
riel replié a été mélangée avec 0,2 ml de cellules pour monocouches, incubée à 37 C pendant 20 minutes avant d'ajouter 3 mis de gélose de couverture et l'ensemble du mélange versé sur une plaque L-agar de 90 min Après incubation pendant la nuit à 47 C, les plaques ont été comptées et le nombre total de phages résultant de la recombinaison a été déterminé Le matériel replié folded was mixed with 0.2 ml of monolayer cells, incubated at 37 ° C for 20 minutes before adding 3 μl of cover agar and the whole mixture poured onto a 90-min L-agar plate After incubation overnight at 47 C, the plates were counted and the total number of phages resulting from recombination was determined. The folded material
restant ( 500 ul) a été stocké à 4 C. remaining (500 μl) was stored at 4 ° C.
Des bibliothèques supplémentaires ont été préparées de Additional libraries have been prepared for
manière substantiellement similaire. substantially similar way.
EXEMPLE 3 Sélection des bibliothèques d'expression La bibliothèque initiale décrite à l'Exemple 2 a été EXAMPLE 3 Selection of Expression Libraries The initial library described in Example 2 was
plaquée sur le brin Y 1090 E coli à une densité d'envi- plated on yarn Y 1090 E coli at a density of about
ron 5 x 103 pfu par plaque de 140 mm et incubée à 37 C 5 x 103 pfu per 140 mm plate and incubated at 37 ° C
pendant 2 heures jusqu'à ce que les plaques soient vi- for 2 hours until the plates are visible
sibles Des filtres de nitrocellulose stériles ayant été imprégnés d'IPTG (isopropyl-thiogalactoside) ont été laissés en contact avec la plaque pendant 3 heures sterile nitrocellulose filters impregnated with IPTG (isopropyl-thiogalactoside) were left in contact with the plate for 3 hours
et ensuite retirés Les filtres ont d'abord été blo- and then removed The filters were first
qués par incubation avec une solution de blocage ( 3 %(p/v)BSA/TBSTwee(lOm M Tris-H Cl p H 8, 150 m M Na Cl, 0,05 %(v/v) Tween 20) contenant 0,05 % bronidox) ( 20 mls/ filtre) et ensuite transférés vers la solution tampon by incubation with blocking solution (3% (w / v) BSA / TBSTwee (10 mM Tris-HCl p H 8, 150 mM NaCl, 0.05% (v / v) Tween 20) containing 0 , 05% bronidox) (20 mls / filter) and then transferred to the buffer solution
de liaison (l%(p/v)BSA/TBS/Tween contenant 0,05 % bro- binding (1% (w / v) BSA / TBS / Tween containing 0.05% bro-
nidox) contenant des anticorps purifiés (par chromato- nidox) containing purified antibodies (by chromato-
graphie en résine échangeuse des ions) provenant du plasma regroupé de A & L ( 20 ug/ml) Après incubation à température ambiante pendant 2 heures, les filtres ont été lavés trois fois avec TBS-Tween et ensuite incubés dans la solution tampon de liaison contenant un sérum anti-humain de mouton biotinylé (l:250) Après I heure à température ambiante, les filtres ont été lavés 3 Ion exchange resin graphy) from pooled A & L plasma (20 μg / ml). After incubation at room temperature for 2 hours, the filters were washed three times with TBS-Tween and then incubated in the binding buffer solution. containing an anti-human serum of biotinylated sheep (1: 250) After 1 hour at room temperature, the filters were washed 3
fois avec TBS/Tween et ensuite incubés dans la solu- twice with TBS / Tween and then incubated in the
tion tampon de liaison contenant un complexe de strep- binding buffer containing a streptococcal
- tavidine/peroxydase ( 1:100) Le signal s'est développé avec DAB Les signaux positifs sont apparus ous forme - tavidin / peroxidase (1: 100) Signal developed with DAB Positive signals appeared in form
de plaques (colorées).of plates (colored).
Sur un total de 2,6 x 104 plaques sélectionnées, 8 signaux positifs ont été obtenus lors du premier tour de sélection En utilisant les filtres comme calibre, les régions des plaques originales correspondant à ces Out of a total of 2.6 x 104 selected plates, 8 positive signals were obtained in the first round of selection Using the filters as the template, the regions of the original plates corresponding to these
signaux positifs ont été cueillies au moyen d'une pi- positive signals were picked by means of a
pette de Pasteur stérile Les bouchons agar ont été Sterile Pasteur Pette The agar plugs have been
mis en suspension dans 0,1 ml de tampon SM et les pha- suspended in 0.1 ml of SM buffer and the phage
ges ont pu se diffuser Le titre de phages de chaque bouchon a été déterminé sur le brin Y 1090 E coli Le The phage titer of each cap was determined on the strand Y 1090 E. coli
stock de phages de chaque bouchon a ensuite été réexa- phage stock of each cork was then re-examined
miné de manière sélective comme auparavant sur des plaques séparées de 90 mm à une densité d'environ 1 x 103 pfu par plaque Sur les 8 signaux positifs du premier tour, un était clairement positif au second tour, c à d > 1 % de plaques positives, il a été appelé JG 2 Cela correspond à un taux positif de 40/106 Selectively mined as before on separate 90 mm plates at a density of about 1 x 103 pfu per plate Of the 8 positive signals of the first round, one was clearly positive in the second round, ie> 1% plates positive it was called JG 2 This corresponds to a positive rate of 40/106
dans la bibliothèque.in the library.
Ceci et d'autres phages positifs identifiés de façon similaire dans d'autres bibliothèques d'AD Nc décrites à l'Exemple 2 ont ensuite été purifiés par des tours répétés d'examen sélectif de plaques à faible densité (I-200 pfu/plaque de 90 mm) jusqu'à ce que 100 % des plaques soient positives avec la sélection d'anticorps A&L Trois phages résultant de cette recombinaison This and other positive phages similarly identified in other AD Nc libraries described in Example 2 were then purified by repeated rounds of selective examination of low density plates (I-200 pfu / plate 90 mm) until 100% of the plates are positive with the selection of antibodies A & L Three phages resulting from this recombination
sont JGI, JG 2 et JG 3.are JGI, JG 2 and JG 3.
EXEMPLE 4 Sélection secondaire de JG 1, JG 2 et JG 3 avec un échantillonnage de sérum Chacun des phages résultant de la recombinaison, JG 1, JG 2 et JG 3, ont été purifiés sur plaque et stockés sous forme de stocks titrés dans un tampon SM à 40 C. Ces phages ont été mélangés ( 1:1) avec un stock de phages identifiés comme étant négatifs dans l'Exemple 3 et le mélange utilisé pour contaminer le brin Y 1090 EXAMPLE 4 Secondary Selection of JG 1, JG 2 and JG 3 with Serum Sampling Each of the phages resulting from recombination, JG 1, JG 2 and JG 3, were plaque purified and stored as titrated stocks in a buffer. MS at 40 C. These phages were mixed (1: 1) with a pool of phages identified as negative in Example 3 and the mixture used to contaminate Y strand 1090
E.coli à 1000 pfu par plaque Des décollements de pla- E. coli at 1000 pfu per plate Plant detachments
que ont été effectués et traités comme décrit à l'Ex- that were carried out and treated as described in the Ex-
emple 3, si ce n'est que les filtres ont été divisés en quadrants et que chaque quadrant a été incubé avec un anticorps différent; il s'agissait des anticorps A&L ( 20 ug/ml); du plasma de A ( 1:500); du plasma de L Example 3, except that the filters were divided into quadrants and each quadrant was incubated with a different antibody; these were A & L antibodies (20 μg / ml); A plasma (1: 500); L plasma
( 1:500) et d'Ig G de H ( 20 mg/ml) H est un patient pro- (1: 500) and IgG of H (20 mg / ml) H is a patient
bablement positif pour les anticorps PT-NANBH car il s'agissait d'un hémophile qui avait reçu un Facteur VIII n'ayant pas subi de traitement thermique A la fin de la réaction, chaque filtre a été jugé à l'insu comme étant positif (lorsqu'il y avait manifestement deux types de signal) ou négatif (lorsque toutes les plaques donnaient le même signal) Ce pouvait être un positive for PT-NANBH antibodies because it was a hemophiliac that had received a Factor VIII that had not been heat treated. At the end of the reaction, each filter was blinded to positive (when there were obviously two types of signal) or negative (when all the plates gave the same signal) It could be a
jugement subjectif et les résultats ont donc été com- subjective judgment and the results were therefore
parés et seuls les filtres pour lesquels un acord é- tait atteint à la majorité ont été considérés comme only those filters for which an acord was reached by the majority were considered
positifs Les résultats sont présentés au tableau 1. positive The results are presented in Table 1.
TABLEAU 1TABLE 1
A&L A L HA & L A L H
JG 1 + +JG 1 + +
JG 2 + + + +JG 2 + + + +
JG 3 + + + +JG 3 + + + +
JG 1 est apparu comme réagissant uniquement avec des anticorps du patient A et non de I ou H; ce n'est pas JG 1 appeared to react only with antibodies of patient A and not of I or H; it's not
ce qu'on attendrait d'un véritable polypeptide résul- what would be expected of a true polypeptide
tant de la recombinaison lié à PT-NANBH et donc JG 1 a été écarté de l'analyse Par ailleurs, JG 2 et JG 3 ont montré des réactions positives nettes avec les trois both PT-NANBH-linked recombination and hence JG 1 was excluded from the assay. Moreover, JG 2 and JG 3 showed clear positive reactions with all three.
sérums PT-NANBH A, L et H; on a poursuivi leur analy- PT-NANBH serums A, L and H; we continued their analysis
se. Le type d'analyse décrit ci-dessus a été répété pour is. The type of analysis described above was repeated for
JG 2 et JG 3, si ce n'est que les filtres ont été divi- JG 2 and JG 3, except that the filters were divided
sés en portions plus petites et que celles-ci ont été in smaller portions and that these have been
incubées avec des panneaux de sérums positifs et néga- incubated with positive and negative serum panels
tifs L'échantillonnage de sérums positifs comprenait les sérums de 10 hémophiles et de 9 drogués utilisant la voie intraveineuse (IVDA) Ceux-ci représentaient la meilleure source de sérums positifs même si le taux Samples of positive sera included sera from 10 haemophiliacs and 9 intravenous drug users (IVDA). These were the best source of positive sera even though
positif réel était inconnu L'échantillonnage de sé- actual positive was unknown The sampling of
rums négatifs a été obtenu de donneurs accrédités étroitement contrôlés pendant de nombreuses années par le North London Blood Transfusion Centre, Deansbrook negative rums was obtained from accredited donors closely controlled for many years by the North London Blood Transfusion Center, Deansbrook
Road, Edgware, Middlesex, U K et n'ont jamais présen- Road, Edgware, Middlesex, U K and have never presented
té aucun signe d'infection pour toute une série d'a- no sign of infection for a whole series of
gents y compris PT-NANBH Les résultats sont présentés including PT-NANBH The results are presented
aux tableaux 2 et 3.in Tables 2 and 3.
22 -22 -
TABLEAU 2TABLE 2
I.D.I.D.
V 19146V 19146
V 27083V 27083
V 29779V 29779
V 12561V 12561
V 15444V 15444
V 18342V 18342
V 8403V 8403
V 20001V 20001
V 21213V 21213
Hémophileshemophiliacs
M 1582M 1582
M 1581M 1581
M 1575M 1575
M 1579M 1579
M 1585M 1585
M 1576M 1576
M 1580M 1580
M 1578M 1578
M 1587M 1587
MI 577MI 577
JG 2 4/4 2/4 0/4 0/5 3/4 4/4 3/4 4/4 3/4 4/4 /5 3/5 /5 3/5 1/5 1/5 1/5 1/5 2/5 JG 3 0/5 0/5 0/5 4/5 /5 0/5 0/5 0/5 0/5 4/5 /5 0/5 /5 0/5 1/5 0/5 0/5 3/5 1/5 JG 2 4/4 2/4 0/4 0/5 3/4 4/4 3/4 4/4 3/4 4/4 / 5 3/5 / 5 3/5 1/5 1/5 1 / 5 1/5 2/5 JG 3 0/5 0/5 0/5 4/5 / 5 0/5 0/5 0/5 0/5 4/5 / 5 0/5 / 5 0/5 1 / 5 0/5 0/5 3/5 1/5
Les positifs sont soulignés.The positives are underlined.
TABLEAU 3TABLE 3
IVDA JG 2 JG 3IVDA JG 2 JG 3
JG 2 +JG 3JG 2 + JG 3
JG 2 ou JG 3JG 2 or JG 3
6/9 ( 66 %)6/9 (66%)
2/9 ( 22 %)2/9 (22%)
1/9 ( 11 %)1/9 (11%)
7/9 ( 77 %)7/9 (77%)
HémophileHaemophiliac
/10 ( 50 %)/ 10 (50%)
4/10 ( 40 %)4/10 (40%)
3/10 ( 30 %)3/10 (30%)
6/10 ( 60 %)6/10 (60%)
Donneur ac-Donor
créditécredited
0/10 ( 0 %)0/10 (0%)
0/J O ( 0 %)0 / Y O (0%)
0/10 ( 0 %)0/10 (0%)
0/10 ( 0 %)0/10 (0%)
Ces données sont compatibles avec l'hypothèse selon laquelle les deux résultats de la recombinaison ex- These data are consistent with the hypothesis that the two results of recombination ex-
priment des polypeptides associés avec un agent res- prefer polypeptides associated with a
ponsable du PT-NANBH et que ces polypeptides ne sont pas identiques mais pellvent partager certains sites antigéniques. EXEMPLE 5 Cartographie de la restriction et mise en séquence de l'ADN de JG 2 et JG 3 Une portion ( 10 ul) des stocks de phages de JG 2 et JG 3 a été bouillie pour dénaturer les phages et exposer l'ADN Cet ADN a alors été utilisé comme modèle dans une amplification PCR en utilisant la polymérase Taq; chaque réaction contenait ce qui suit dans un volume final de 50 ul: l Om MTris-H Cl, 50 m MKC 1, 3,5 m M Mg C 12, 0,01 % de gélatine, p H 8,3 à 25 C plus des IVD As amorces oligonucléotides d 19 et D 20 (SEQ ID n 1 et 2 responsible for PT-NANBH and that these polypeptides are not identical but they can share some antigenic sites. EXAMPLE 5 Restriction Mapping and Sequencing of JG 2 and JG 3 DNA A portion (10 μl) of phage stocks of JG 2 and JG 3 was slurried to denature the phages and expose the DNA This DNA was then used as a template in a PCR amplification using Taq polymerase; each reaction contained the following in a final volume of 50 μl: Om MTris-HCl, 50 m MKC 1, 3.5 mM Mg C 12, 0.01% gelatin, pH 8.3 at 25 ° C plus IVD As oligonucleotide primers d 19 and D 20 (SEQ ID Nos. 1 and 2)
respectivement; 200 ng chacun); ces amorces sont si- respectively; 200 ng each); these primers are so-
tuées dans les séquences lambda flanquant le site de clonage Eco RI et amorcent donc l'amplification de tout killed in the lambda sequences flanking the Eco RI cloning site and thus priming the amplification of everything
ce qui est cloné dans cette région. what is cloned in this region.
Une portion de la réaction a été analysée sur un gel A portion of the reaction was analyzed on a gel
agarose à l% et comparée aux marqueurs L'amplifica- agarose at 1% and compared to the markers
tion de JG 2 a produit un fragment d'environ 2 Kb; JG 3 un d'environ l Kb Le reste du mélange de la réaction a été extrait avec du phénol/chloroforme en présence de JG 2 produced a fragment of about 2 Kb; The remainder of the reaction mixture was extracted with phenol / chloroform in the presence of
m M EDTA et de SDS à 1 % et l'ADN récupéré par préci- m EDTA and 1% SDS and the DNA recovered by
pitation par l'éthanol Le matériel amplifié a alors été digéré avec 201 J d'Eco RI pendant 60 minutes à 37 C et séparé sur un gel agarose 1 % LGT dans TAE Les fragments ont diminué de taille comme prévu et ont été The amplified material was then digested with 201 μl of Eco RI for 60 minutes at 37 ° C. and separated on a 1% LGT agarose gel in TAE. The fragments decreased in size as expected and were
élués et purifiés au moyen d'Elutips (S&S) Les in- eluted and purified by means of Elutips (S & S).
serts JG 2 et JG 3 ont été ligaturés avec p UC 13 digéré serts JG 2 and JG 3 were ligated with p UC 13 digested
par Eco RI et transformés en brin TG 1 E coli Les élé- by Eco RI and transformed into strand TG 1 E coli
ments résultant de la recombinaison ont été identifiés comme colonies blanches sur des plaques X-gal/L-Amp (plaques L-agar complétées par 10 Oug/ml d'ampicilline, recombination were identified as white colonies on X-gal / L-Amp plates (L-agar plates supplemented with 10 μg / ml ampicillin,
0,5 mg/ml X-gal) et ont été vérifiés par des prépara- 0.5 mg / ml X-gal) and have been verified by prepara-
tions de plasmide à petite échelle et digestion d'en- small-scale plasmid and digestion
zymes réducteurs Eco RI pour déterminer la taille de Eco RI reducing zymes to determine the size of
l'insert ADN Le plasmide résultant de la recombinai- the DNA insert The plasmid resulting from the recombinant
son contenant l'insert JG 2 a été appelé DM 415 et celui its containing the insert JG 2 was called DM 415 and the one
contenant JG 3, DM 416.containing JG 3, DM 416.
La séquence de l'insert JG 2 a été déterminée par mise The sequence of the JG 2 insert was determined by placing
en séquence bicaténaire de l'ADN plasmide et par sous- double-stranded sequence of the plasmid DNA and by sub-
clonage en vecteurs de mise en séquence M 13 tels que mp 18 et mp 19 suivi d'une mise en séquence monobrin La séquence de l'insert JG 3 a été déterminée de la même manière L'ADN en résultant et les séquences d'acides aminés qui en résultent sont indiqués dans SEQ ID n 3 et 4. EXEMPLE 6 Expression du polypeptide PT-NANBH dans les E.coli Le plasmide p DM 416 ( 5 ug) a été digéré avec Eco RI ( 20 U) dans un volume final de 20 ul et l'insert l Kb récupéré par élution dans un gel agarose 1 % LGT Ce matériel a alors été "poli" en utilisant un fragment de Klenow et cloning into M 13 sequencing vectors such as mp 18 and mp 19 followed by single-strand sequencing The sequence of the JG 3 insert was determined in the same manner The resulting DNA and acid sequences The resultant amines are shown in SEQ ID Nos. 3 and 4. EXAMPLE 6 Expression of the PT-NANBH polypeptide in E. coli The plasmid p DM 416 (5 μg) was digested with Eco RI (20 U) in a final volume of 20 μl and the 1 Kb insert recovered by elution in a 1% LGT agarose gel. This material was then "polished" using a Klenow fragment and
un mélange d NTP pour remplir les extrémités en sur- a mixture of NTP to fill the ends
plomb de l'Eco RI L'ADN a été récupéré par précipita- lead of EcoRI The DNA was recovered by precipitation
tion à l'éthanol après extraction avec du phénol/ chloroforme Le fragment à bord émoussé a été ligaturé ethanol extraction after extraction with phenol / chloroform The blunt-edge fragment was ligated
en p DEV 107 clivé/phosphatasé Sma I (un vecteur qui per- in p 107 cleaved / phosphatased Sma I (a vector that allows
met le clonage à l'extrémité 3 ' de lac Z) et ensuite clone at the 3 'end of Lake Z) and then
transformé en cellules TG 1 E coli Il y a eu une aug- transformed into TG 1 E coli cells There has been an increase
mentation de l'ordre de 30 fois des colonies pendant un contrôle vecteur seul Les transformants contenant le plasmide requis résultant de la recombinaison ont été identiés par hybridation au moyen d'une sonde radioactive produite par amplification ACP du produit de recombinaison JG 3 Douze colonies ont été analysées par digestion avec des enzymes réducteurs (Sal I) des The transformants containing the required plasmid resulting from the recombination were identified by hybridization using a radioactive probe produced by PCR amplification of the JG 3 recombinant product. were analyzed by digestion with reducing enzymes (Sal I)
mini-préparations de plasmide pour déterminer l'orien- mini-plasmid preparations to determine the orientation
tation de l'insert Un quart de ces produits de recom- One-quarter of these prescription products are
binaison étaient correctement orientés pour exprimer pairing were correctly oriented to express
la séquence PT-NANBH sous forme d'une fusion avec 5- the PT-NANBH sequence as a fusion with 5-
galactosidase L'un de ceux-ci (p DX 113) a été pris galactosidase One of these (p DX 113) was taken
pour continuer l'analyse.to continue the analysis.
Une colonie de p DX 113 a été utilisée pour inoculer 50 mis de bouillon de L, incubé à 37 C et agité jusqu'à A colony of p DX 113 was used to inoculate 50 μl of L broth, incubated at 37 ° C. and stirred until
la phase "mid-log" et poussée à s'exprimer par addi- the "mid-log" phase and pushed to express itself by
tion de 20 m M IPTG Après 3 heures, les cellules ont été récoltées par centrifugation à 5 000 g pendant 20 After 3 hours the cells were harvested by centrifugation at 5000 g for 20 minutes.
minutes, remises en suspension dans 50 mls PBS et re- minutes, resuspended in 50 ml PBS and
pastillées T Les cellules pastillées ont été remises en The pelleted cells were put back into
suspension dans 5 mis de solution tampon ( 25 m M Tris- suspension in 5 ml of buffer solution (25 m
HC, lm M EDTA, lmg/ml lysozyme, 0,2 %(v/v) Nonidet-P 40, HC, 1mM EDTA, 1mg / ml lysozyme, 0.2% (v / v) Nonidet-P 40,
p H 8,0) par gramme de pastille et incubées à O C pen- p H 8.0) per gram of lozenge and incubated at 0 C
dant 2 heures T,'ADN bactérien émis a été digéré par addition de D Nase I et de Mg SO 4 pour atteindre des At 2 hours, the bacterial DNA emitted was digested by the addition of D Nase I and MgSO 4 to achieve
concentrations finales de 40 ug/ml et 2 m M respective- final concentrations of 40 μg / ml and 2 m M respectively
ment pour réduire la viscosité.to reduce viscosity.
Ce lysat brut a été analysé par PAGE et le modèle des This crude lysate was analyzed by PAGE and the model of
protéines coloré au bleu Coomassie Une protéine d'en- Coomassie blue stained protein A protein from
viron 150 k D a été induite dans p DX 113 contenant des viron 150 k D was induced in p DX 113 containing
bactéries et on a estimé que cette protéine représen- bacteria and it has been estimated that this protein represents
tait 10-15 % de la protéine totale Des gels similai- was 10-15% of the total protein Similar gels
res ont été transférés à la membrane PVDF (GRI, Dun- res were transferred to the PVDF membrane (GRI, Dun-
mow, Essex, Royaume-Uni) et les membranes incubées mow, Essex, UK) and incubated membranes
avec des sérums PT-NANBH positifs et négatifs; la pro- with positive and negative PT-NANBH sera; the pro-
téine 150 k D a réagi avec les sérums A et L mais pas avec le sérum humain normal Des traces de contrôle 150 k D reacted with sera A and L but not with normal human serum Control traces
contenant du lysat des E coli exprimant la g-galacto- containing lysate of E. coli expressing β-galacto-
sidase n'ont pas réagi avec les sérums A, L ou avec le sidase did not react with the A, L or
sérum humain normal.normal human serum.
On a ajouté de l'urée au lysat brut pour avoir une concentration finale de 6 M et le matériel insoluble a été récupéré par centrifugation L'extrait d'urée 6 M a été utilisé pour recouvrir directement les cupules de microtitrage pendant 1 heures à 37 C Les cupules ont été lavées trois fois avec de l'eau distillée double et ensuite bloquées par addition de 0, 25 ml de BSA à Urea was added to the crude lysate to have a final concentration of 6M and the insoluble material was recovered by centrifugation. The 6M urea extract was used to directly cover the microtiter wells for 1 hour at 37.degree. The wells were washed three times with double distilled water and then blocked by addition of 0.25 ml BSA to
0,2 % par cupule contenant 0,02 % Na N 3 pendant 20 mi- 0.2% per well containing 0.02% NaN 3 for 20 minutes.
nutes à 37 C Ta plaque a alors été aspirée Des pla- at 37 C Your plate was then sucked up
ques de contrôle recouvertes d'un lysat brut d'un brin E coli produisant de la g-galactosidase (p XY 461) ont été produites de la même façon Ces plaques ont été utilisées dans des analyses ELISA comme décrit à Control plates coated with a crude lysate of an E. coli strand producing β-galactosidase (p XY 461) were produced in the same way. These plates were used in ELISA assays as described in FIG.
l'exemple 10.example 10.
EXEMPLE 7 Expression du polypeptide PT-NANBH dans des cellules d'insectes EXAMPLE 7 Expression of the PT-NANBH Polypeptide in Insect Cells
TL'insert PT-NANBH de JG 3, isolé comme décrit à l'Exem- The PT-NANBH insert of JG 3, isolated as described in Example
ple 5, a été cloné en châssis avec les 34 premiers nu- ple 5, was cloned in chassis with the first 34 nu-
cléotides de polyhédrine dans le vecteur p Ac 360 (Tuck- polyhedrin cleotides in the vector p Ac 360 (Tuck-
ow et Summers, Biotechnology, 1988, 6, 47-55), en uti- ow and Summers, Biotechnology, 1988, 6, 47-55), in use
lisant notre connaissance du cadre de lecture du gène lac Z dans le vecteur gtll Des oligonucléotides ont été synthétisés qui ont été en mesure de s'hybrider en séquences gtll flanquant le site de clonage Eco RI et reading our knowledge of the lac Z gene reading frame in the gtll vector. Oligonucleotides were synthesized which were able to hybridize to gtll sequences flanking the Eco RI cloning site and
qui permettraient l'amplification de l'insert par PCR. which would allow amplification of the insert by PCR.
Ces oligonucléotides comprenaient des sites de res- These oligonucleotides included sites of
triction Bam HI convenablement placés pour permettre le Bam HI triction properly placed to allow the
clonage direct dans le site Bam HI de p Ac 360, en pla- direct cloning into the Bam HI site of p Ac 360, using
çant le gène inséré en châssis avec les séquences ter- the gene inserted in the frame with the ter-
minales aminées de la polyhédrine. amino acids of polyhedrin.
Une petite quantité de produit de recombinaison gtll A small amount of gtll construct
JG 3 a été bouillie pour exposer l'ADN et ensuite uti- JG 3 was boiled to expose the DNA and then used
lisée dans une amplification PCR contenant les amorces oligonucléotides d 75 et d 76 (SEQ ID n O 6 ry 7; 200 mg) in a PCR amplification containing oligonucleotide primers d 75 and 76 (SEQ ID NO: 6), 200 mg)
et 0,5 U de polymérase Taq.and 0.5 U Taq polymerase.
Après amplification, la réaction a été extraite avec un volume égal de phénol/chloroforme, précipitée avec After amplification, the reaction was extracted with an equal volume of phenol / chloroform, precipitated with
de l'éthanol et digérée avec 10 U de Bam HI dans un vo- ethanol and digested with 10 U Bam HI in one
lume final de 30 ul Le fragment amplifié a été résolu dans un gel agarose à 1 %, élué et ligaturé dans le p Ac 360 digéré avec le Bam HI pour produire le construct 30 μl final lipid The amplified fragment was resolved in a 1% agarose gel, eluted and ligated into Bam HI digested p Ac 360 to produce the construct.
de transfert p D Xl 19 Le plasmide résultant de la re- The plasmid resulting from the reaction is
combinaison ( 2 ug) et l'ADN de type sauvage Ac NPV (tug) ont été cotransfectés dans des cellules d'insectes par précipitation du phosphate de calcium Te virus négatif d'inclusion résultant de la recombinaison a été choisi par sélection visuelle Apres trois tours de purification de plaque, le virus résultant de la recombinaison (BHC-5) a foisonné et l'expression de la combination (2 μg) and wild-type Ac NPV (tug) DNA were cotransfected into insect cells by precipitation of calcium phosphate Te negative inclusion virus resulting from recombination was selected by visual selection After three rounds of plaque purification, the virus resulting from recombination (BHC-5) abounded and the expression of the
protéine résultant de la recombinaison dans les cellu- protein resulting from recombination in cells
* les d'insectes a été évaluée par SDS-PAGE, transfert Western et ELISA Une protéine abondamment exprimée* the insect was evaluated by SDS-PAGE, Western blot and ELISA A protein abundantly expressed
d'environ 70 k D est produite dans les cellules contami- about 70 kD is produced in the contami-
nées Cette protéine réagit avec les sérums PT-NANBH This protein reacts with PT-NANBH sera
suivant transfert Western et ELISA.next Western blot and ELISA.
Un autre produit de recombinaison du bacillovirus (BHC-7) a été construit pour inclure des séquences JG 2 Another Bacillovirus (BHC-7) recombinant was constructed to include JG 2 sequences
en sus des séquences JG 3 présentes en BHC-5, comme dé- in addition to the JG 3 sequences present in BHC-5, as
26 - crit à la figure 1 Les séquences PT-NANBH présentes dans JG 2 ont été amplifiées et clonées dans le vecteur p Ac 360 comme dit ci-dessus pour produire p D X 118 et les fragments appropriés de Bam HI/Sal I de p DX 119 et p DX 118 ont été liés ensemble dans cet ordre dans Figure 1 The PT-NANBH sequences present in JG 2 were amplified and cloned in the vector p Ac 360 as above to produce p DX 118 and the appropriate Bam HI / Sal I fragments of p DX. 119 and p DX 118 were linked together in that order in
p Ac 360 pour produire le construct de transfert p DX 122. p Ac 360 to produce the transfer construct p DX 122.
Les plasmides résultant de la recombinaison ont été identifés par hybridation et l'orientation de 1 'ADN Plasmids resulting from recombination were identified by hybridization and orientation of the DNA
inséré déterminée par analyse des enzymes réducteurs. inserted determined by analysis of reducing enzymes.
Le virus résultant de la recombinaison a été produit The resulting virus from recombination was produced
comme décrit ci-dessus et la protéine exprimée analy- as described above and the protein expressed analy-
sée par SDS-PAGE, transfert Western et ELISA Un poly- by SDS-PAGE, Western blot and ELISA A poly-
peptide très abondant ( 40 % du total de la protéine de la cellule) 95 k Da réagissant avec les sérums PT-NANBH very abundant peptide (40% of total cell protein) 95 k Da reacting with PT-NANBH sera
a été trouvé dans les cellules infectées. was found in infected cells.
EXEMPLE 8 Purification du pol Ypeptide DX 113 EXAMPLE 8 Purification of Pol Ypeptide DX 113
Le brin TGA E coli contenant le plasmide p DX 113 (ap- The E. coli TGA strand containing the plasmid p DX 113 (app.
pelé brin WDL 001) a été incubé et induit dans un fer- peeled strand WDL 001) was incubated and induced in a
menteur de 1,5 litres (modèle SET 002, SGT, Newhaven, East Sussex, Royaume-Uni) à 37 C pendant 5 heures Les cellules ont été récoltées par centrifugation à 5 000 g 1.5 liter liar (Model SET 002, SGT, Newhaven, East Sussex, UK) at 37 ° C. for 5 hours. The cells were harvested by centrifugation at 5,000 g.
pendant 20 minutes et traitées comme suit. for 20 minutes and processed as follows.
a) Extraction.a) Extraction.
L,es cellules humides sont remises en suspension ( 1:20, p/v) dans la solution tampon A ( 50 m M Tris-H Cl, 5 Om M Na CI, Am M EDTA, 5 m M DTT, 10 %(v/v) glycérol, p H 8,0) Un lysozyme est ajouté à 5 mg solide par ml de suspension et le mélange est laissé à 4 C Après 15 minutes, le méllange était soniqué ( 6 um amplitude crête à crête) sur de la glace pendant 3 minutes au total (poussées de 6 x 30 sec) De la D Nase I a été ajoutée à raison de 4 ug par ml de suspension et le mélange abandonné pendant 30 minutes La suspension a été centrifugée pendant 20 minutes à 18 000 g(max) et le surnageant The wet cells are resuspended (1:20, w / v) in buffer solution A (50mM Tris-HCl, OmM NaCl, AmM EDTA, 5mMDTT, 10% ( v / v) glycerol, pH 8.0) Lysozyme is added to 5 mg solid per ml of suspension and the mixture is left at 4 ° C. After 15 minutes, the mixture is sonicated (6 μm peak-to-peak amplitude) over ice for a total of 3 minutes (6 x 30 sec pushes) D Nase I was added at 4 μg per ml of suspension and the mixture was left for 30 minutes The suspension was centrifuged for 20 minutes at 18,000 g (max) and the supernatant
écarté.discarded.
La pastille a été remise en suspension dans la solu- The pellet was resuspended in solution
tion tampon B ( 25 m M Hepes, 4 m M urée, 5 m M DTT, ph 8,0) Buffer B (25 m Hepes, 4 m M urea, 5 m M DTT, ph 8.0)
dans un rapport de 1:6 (p/v) pour obtenir une suspen- in a ratio of 1: 6 (w / v) to obtain a suspen-
sion fine Celle-ci a été centrifugée à 18 000 g(max) This was centrifuged at 18,000 g (max)
pendant 20 minutes et le surnageant écarté La pas- for 20 minutes and the supernatant spread out
tille a été remise en suspension dans la solution tampon C ( 25 m M Hepes, 8 M urée, 2 m M DTT, p H 8,0) dans un rapport de 1:6 (p/v); avant la mise en suspension, The sample was resuspended in buffer solution C (25 mM Hepes, 8 M urea, 2 mM DTT, pH 8.0) in a ratio of 1: 6 (w / v); before suspending,
on a ajouté: de la leupeptine (lug/mil), de la pep- leupeptin (lug / mil), pep-
statine (lug/ ml) et E 64 (lug/ml) La suspension a été centrifugée à 18 000 g(max) pendant 30 minutes et le statin (lug / ml) and E 64 (μg / ml). The suspension was centrifuged at 18,000 g (max) for 30 minutes and the
surnageant décanté et conservé La pastille a été re- supernatant decanted and preserved The lozenge was
27 -27 -
mise en suspension dans 25 m M Hepes, SDS à 1 % p H 8,0. suspended in 25 m Hepes, 1% SDS p H 8.0.
b) Chromatographie.b) Chromatography.
Le surganeant de la fraction de 8 M d'urée a été dilué 1:5 (v/v) dans 25 m M Hepes, 8 M urée, 2 m M DTT, p H 8,0 et fractionnée sur une colonne de 7 ml Q-Sépharose Les protéines ont été éluées via un gradient de sel de 0- l M Na CI La chromatographie et la manipulation des données ont été contrôlées par un FPLC_(Pharmacia) Le DX 113 élue à environ 500 m M Na Cl et est virtuellement homogène suivant analyse SDS Page et transfert Western. EXEMPLE 9 Purification du polypeptide BHC-5 Des cellules Sf 9 ( 2 xl 09) ont été contaminées par un stock de virus BHC-5 résultant de la recombinaison (moi 5) Après incubation à 28 C pendant 2 jours, les The supernatant of the 8 M urea fraction was diluted 1: 5 (v / v) in 25 m Hepes, 8 M urea, 2 m M DTT, p H 8.0 and fractionated on a 7 ml column. Q-Sepharose The proteins were eluted via a 0-1 M Na CI salt gradient. Chromatography and data manipulation were monitored by FPLC (Pharmacia). DX 113 eluted at about 500 mM NaCl and was virtually homogeneous following SDS Page analysis and Western blotting. EXAMPLE 9 Purification of the BHC-5 Polypeptide Sf 9 cells (2 × 10 9) were contaminated with a stock of BHC-5 virus resulting from the recombination (moi 5). After incubation at 28 ° C. for 2 days, the
cellules ont été récoltées par centrifugation et en- cells were harvested by centrifugation and
suite traitées comme suit:continued treated as follows:
a) Extraction.a) Extraction.
La masse de cellules humides ( 1,2 g) a été remise en suspension dans 6 msl de solution tampon A ( 25 m M Hepes, m M DTT, lug/ml de leupeptine, lug/ml de pepstatine, The wet cell mass (1.2 g) was resuspended in 6 msl of buffer solution A (25 mM Hepes, mM DTT, 1 μg / ml leupeptin, 1 μg / ml pepstatin,
Jug/mo d'E 64 p H 8,0) Les cellules remises en suspen- Jug / mo of E 64 p H 8.0) Cells put back into suspension
sion ont été placées sur de la glace et soniquées par 3 secousses de 15 secondes (amplitude crête à crête 6 were placed on ice and sonicated by 3 shocks of 15 seconds (peak-to-peak amplitude
um) séparées par des périodes de repos de 30 secondes. um) separated by periods of rest of 30 seconds.
La suspension soniquée a été centrifugée à 18 000 g (max) pendant 20 minutes et le surnageant écarté La pastille a été remise en suspension dans la solution tampon A plus 4 M d'urée ( 6 mls) et centrifugée à l 8 000 g(max) pendant 20 minutes Le surnageant a été écarté et la pastille ré-extraite avec la solution tampon A plus 8 M d'urée ( 6 ml) Après centrifugation à 18.00 Og (max) pendant 30 minutes, le surnageant a été retenu et dilué 1:6 dans la solution tampon plus 8 M The sonicated suspension was centrifuged at 18,000 g (max) for 20 minutes and the supernatant discarded. The pellet was resuspended in buffer solution A plus 4 M urea (6 ml) and centrifuged at 8000 g ( max) for 20 minutes The supernatant was discarded and the pellet re-extracted with buffer solution A plus 8 M urea (6 ml) After centrifugation at 18.00 g (max) for 30 minutes, the supernatant was retained and diluted 1: 6 in the buffer solution plus 8 M
urée Cet extrait a été chromatographié sur une colon- urea This extract was chromatographed on a
ne mono-Q équilibrée dans la même solution tampon La mono-Q balanced in the same buffer solution
colonne a été élulée au moyen d'un gradient de sel ( 0- column was eluted by means of a salt gradient (0-
1 M Na Cl) sur l 2 volumes de colonne Le BHC-5 a élué à environ 0,45-0,55 M Na CI et avait une pureté supérieure à 90 % suivant l'estimation de SDSPAGE Le rendement 1 M NaCl) on 1 column volume BHC-5 eluted at about 0.45-0.55 M NaCl and had a purity greater than 90% as estimated by SDSPAGE.
était d'environ 70 %.was about 70%.
EXEMPLE 10.EXAMPLE 10
Performance de DX 113 et des polypeptides BHC-5 et 7 dans une ELISA Performance of DX 113 and BHC-5 and 7 polypeptides in an ELISA
Les plaques Microelisa ( 96 well, Nunc) ont été direc- Microelisa plates (96 well, Nunc) were directly
tement recouvertes de 50 mm de solution tampon de bi- covered with 50 mm buffer solution of
carbonate ( 50 m M bicarbonate de sodium et 50 m M carbona- carbonate (50 m M sodium bicarbonate and 50 m M carbona
28 -28 -
te de sodium, titrés à un p H de 9,5) avec soit un ly- of sodium, titrated to a pH of 9.5) with either a
sat brut de BHC-5 de 6 M urée ou avec du p DXI 13 puri- BHC-5 crude sat of 6 M urea or with p DXI 13 puri
fié Les plaques ont été bloquées avec BSA à 0,2 % et ensuite incubées pendant 30 minutes à 37 C avec des sérums dilués dans un rapport de 1:20 (bacille) ou 1:100 (E coli) Après lavage dans une solution saline Tween ( 0,85 % saline, 0,05 % Tween 20, 0,01 % Bronidox), The plates were blocked with 0.2% BSA and then incubated for 30 minutes at 37 ° C. with sera diluted 1:20 (bacillus) or 1: 100 (E coli) after washing in saline. Tween (0.85% saline, 0.05% Tween 20, 0.01% Bronidox),
les plaques ont été incubées avec de l'immuno-giobuli- the plates were incubated with immunoglobulins
ne anti-humaine de chèvre en conjonction avec la péro- anti-human goat in conjunction with the peregrine
xydase ( 1:2000) pendant 30 minutes à 37 C Les plaques ont alors été lavées dans une solution saline Tween et colorées en ajoutant le substrat chromogénique TMB xydase (1: 2000) for 30 minutes at 37 ° C. The plates were then washed in Tween saline and stained by adding the TMB chromogenic substrate.
(tétraméthyl-benzidine-H Cl) ( 100 Oul/cupule) et en incu- (tetramethyl-benzidine-HCl) (100ul / cup) and incubated
bant pendant 20 minutes à température ambiante La ré- for 20 minutes at room temperature.
action a été arrêtée avec 50 ul d'acide sulfurique 2 M action was stopped with 50 μl of 2 M sulfuric acid
et l'OD 450 déterminée (Tableau 4). and OD 450 determined (Table 4).
TABLEAU 4TABLE 4
Format ELISA Iq anti-humain indirect pour la détection des anticorps NANB Bacille E coli BHC-5 (phase DXl 13 (phase solide) solide) Indirect anti-human IQ ELISA format for the detection of NANB Bacillus E. coli BHC-5 antibodies (solid phase DXl 13 solid phase)
> 2 1,670> 1.670
1,855 1,5311,855 1,531
1,083 3,0151,083 3,015
Sérums de patients 1,842 1,558 à haut risque posi 0,526 0,638 tifs dans l'essai > 2 1,516 Patients' sera 1,842 1,558 at high risk posi 0,526 0,638 tifs in the test> 2 1,516
1,823 1,6021,823 1,602
1,779 1,3181,779 1,318
1,122 0,6161,122 0.616
1,686 1,4411,686 1,441
0,259 0,2050.259 0.205
0,158 0,1200.158 0.120
0,298 0,2090.298 0.209
Sérums de patients 0,194 0,111 à haut risque néga 0,282 0,181 tifs dans l'essai 0,263 0,165 Serums of patients 0.194 0.111 high risk nega 0.282 0.181 tifs in test 0.263 0.165
0,184 0,1630.184 0.163
0,121 0,0990.121 0.099
0,243 0,1040.243 0.104
Donneur accrédité 0,224 0,119Accredited donor 0.224 0.119
Les sérums de patients à haut risque d'infection PT- Sera from patients at high risk of PT-infection
NANBH (IVDA's, hémophiles) ont été essayés comme dé- NANBH (IVDA's, hemophiliacs) have been tried as
crit; toutes les données sont exprimées sous forme de lectures O D 450, avec le donneur accrédité comme contrôle négatif Dans ce groupe particulier de sérums, 10/19 writing; all data are expressed as O D 450 readings, with the accredited donor as the negative control In this particular group of sera, 10/19
sont positifs dans les deux phases solides- - are positive in both solid phases-
En outre, le DX 113 a été conjugé à une phosphatase al- In addition, DX 113 was conjugated to a phosphatase
caline au moyen d'une réduction SATA/maléimide et une analyse immunométrique a été réalisée Les sérums NANB caline by means of SATA / maleimide reduction and immunometric analysis was performed NANB sera
positifs et négatifs connus ont été dilués comme indi- positive and negative data have been diluted as
qué dans le sérum du donneur accrédité et ajoutés à in the serum of the accredited donor and added to
une phase solide recouverte de BHC-7 Soit simultané- a solid phase covered with BHC-7 Either
ment ou après incubation ( 30 minutes à 37 C), on a after incubation (30 minutes at 37 ° C),
ajouté le conjugué DX 11 13 ( 50 l-1, 1:2000) Après incuba- added the conjugate DX 11 13 (50 l-1, 1: 2000) After incubation
tion à 37 C pendant 30 minutes, les plaques ont été lavées avec une solution tampon de 50 m M de bicarbonate et colorées au moyen d'un système d'amplification IQ at 37 ° C. for 30 minutes, the plates were washed with a 50 mM solution of bicarbonate buffer and stained using an IQ amplification system.
Bio et l'OD 492 déterminé (Tableau 5). Bio and the determined OD 492 (Table 5).
TABLEAU 5TABLE 5
ELISA immunométrique (polypeptide marqué) pour la détection d'anticorps NANB Immunometric ELISA (labeled polypeptide) for the detection of NANB antibodies
Positifs Négatifs Donneur ac-Positive Negative Acquiring Donor
dans l'essai dans l'essai? crédité in the test in the test? credited
> 2 0,217 0,234> 0.217 0.234
0,821 0,2520.821 0.252
> 2 0,214> 0.214
0,542 0,2570.542 0.257
0,876 0,3080.876 0.308
1,583 0,2781,583 0,278
> 2 0,296> 0.296
> 2 0,273> 0.273
1,830 0,2621,830 0,262
> 2 0,251> 0.251
Je Ainsi, que ce soit dans l'essai format-antiglobuline ou dans l'essai immunométrique, tous les patients à haut risque donnent So, whether in the format-antiglobulin assay or in the immunometric assay, all high-risk patients give
des résultats concordants.concordant results.
EXEMPLE 11 Formulation de vaccin Une formulation de vaccin peut être préparée par des techniques conventionnelles au moyen des constituants suivants dans les quantités indiquées: Polypeptide viral PT-NANBH > 0,36 mg Thiomersal 0,04-0,2 mg Chlorure de sodium < 8,5 mg EXAMPLE 11 Vaccine formulation A vaccine formulation may be prepared by conventional techniques using the following components in the amounts indicated: Viral polypeptide PT-NANBH> 0.36 mg Thiomersal 0.04-0.2 mg Sodium chloride <8 , 5 mg
Eau 1 mi.Water 1 mi.
--
EXEMPLE 12.EXAMPLE 12
Production d'anticorps monoclonaux contre les polypep- Production of monoclonal antibodies against polyps
tides PT-NANBH L'insert ADN du DM 415 a été sous-cloné dans le vecteur p 36 C de transfert du bacillovirus et le virus résul- The DNA insert of DM 415 was subcloned into the bacillovirus transfer vector p 36 C and the resulting virus.
tant de la recombinaison produit par une méthode es- both the recombination produced by a method es-
sentiellement similaire à celle décrite à l'Exemple 7. substantially similar to that described in Example 7.
Te virus résultant de la recombinaison a été appelé Te virus resulting from recombination has been called
BHC-l et présentait de très faibles niveaux de protéi- BHC-1 and had very low levels of protein
ne spécifique à PT-NANBH Des cellules Sf-9 ( 5 x 107 cellules/ml) contaminées avec BHC-l ont été lysées dans du PBS contenant 1 % (v/v) NP 40 et centrifugées à 13000 g pendant 2 minutes Le surnageant a été passé sur Extractigel-D (Pierce Chemicals) pour retirer le détergent et ensuite mélangé sous forme d'émulsion 1:3 avec un adjuvant complet de Freund On a effectué une injection sous-cutanée de 0,1 ml d'émulsion (équivalent PT-NANBH-specific Sf-9 cells (5 × 10 7 cells / ml) contaminated with BHC-1 were lysed in PBS containing 1% (v / v) NP 40 and centrifuged at 13000 g for 2 minutes. The supernatant was passed on Extractigel-D (Pierce Chemicals) to remove the detergent and then mixed as a 1: 3 emulsion with Freund's complete adjuvant. Subcutaneous injection of 0.1 ml of emulsion (equivalent
à 5 x 106 cellules) à des souris 14 et 28 jours sui- at 5 x 10 6 cells) to 14 and 28 day old mice followed by
vant l'injection, on a fait aux souris une injection Before the injection, the mice were injected
intrapéritonéale de 0,lml (équivalant à 5 x 106 cellu- 0.1 ml intraperitoneal (equivalent to 5 × 10 6 cells).
l.es) d'un extrait exempt de détergent de cellules Sf-9 contaminées par BHC-7; le BHC-7 contient un insert ADN l.es) of a detergent-free extract of Sf-9 cells contaminated with BHC-7; BHC-7 contains a DNA insert
produit en ligaturant ensemble les régions de chevau- produced by ligating together the regions of
chement de DM 415 et DM 416 (Exemple 7) Elles ont subi DM 415 and DM 416 (Example 7)
une ablation de la rate trois jours plus tard. removal of the spleen three days later.
Les cellules de rate ont été fondues avec des cellules de myélome N So en présence de PEG 1500 en utilisant des techniques type Les cellules d'hybridome en résultant ont été choisies par croissance dans un milieu HAT (hypoxanthine, aminoptérine, thymidine) 10-14 jours The spleen cells were melted with N S myeloma cells in the presence of PEG 1500 using standard techniques. The resulting hybridoma cells were selected by growth in HAT medium (hypoxanthine, aminopterin, thymidine) 10-14. days
après la fusion, le surnageant a été examiné de maniè- after the fusion, the supernatant was examined in a manner
re sélective par ELISA pour constater l'activité anti- re-selective by ELISA to detect anti-
PT-NANBH Les cupules qui montraient une réactivité à la fois aux antigènes DX 113 et BHC-7 (Exemple 10) ont été identifiées et les colonies individuelles ont été PT-NANBH The wells that showed reactivity to both the DX 113 and BHC-7 antigens (Example 10) were identified and the individual colonies were
transférées dans d'autres cupules, incubées et re-tes- transferred to other wells, incubated and re-tested
tées Les cupules présentant une réactivité spécifique à ce stade ont été re-clonés à une dilution limitée Cups with specific reactivity at this stage were re-cloned at a limited dilution
pour assurer la monoclonalité.to ensure monoclonality.
EXEMPLE 13 Détection de l'acide nucléique viral PT- EXAMPLE 13 Detection of the viral nucleic acid PT-
NANBH chez des patients séropositifs Sérums: Les échantillons de 1400 donneurs enrôlés dans NANBH in seropositive patients Serums: The samples of 1400 donors enrolled in
une étude prospective sur l'hépatite post-transfu- a prospective study on post-transfusion hepatitis
sionnelle ont été congelés à -20 C Des échantillons avant transfusion et après transfusion sériels des 260 récipients ont été stockés de la même manière Les échantillons d'après la transfusion ont été prélevés tous les quinze jours pendant 3 mois, une fois par 31 - mois pendant 6 mois et 6 mois plus tard, jusqu'à 18 mois Les sérums gelés du donneur et du récipient relatifs à trois incidents de PT-NANBH survenus en 1981 étaient également disponibles pour étude Le diagnostic de la PT-NANBH était basé sur une augmenta- were transfused at -20 ° C. Specimens before transfusion and after serial transfusion of the 260 vessels were stored in the same way. Transfusion samples were collected every two weeks for 3 months, once per 31 months. for 6 months and 6 months later, up to 18 months Donor and container frozen sera for three PT-NANBH events in 1981 were also available for study The diagnosis of PT-NANBH was based on an increase in -
tion de la transférase de l'acide aminé alanine du sé- transferase of the amino acid alanine of the
rum (ALT), dépassant 2,5 fois la limite supérieure à la normale dans au moins deux échantillons séparés après transfusion D'autres virus hépatotropes ont été exclus par des essais sérologiques et les causes non virales de lésion hépatocellulaire ont été exclues par rum (ALT), exceeding 2.5 times the upper limit of normal in at least two separate samples after transfusion Other hepatotropic viruses were excluded by serologic testing and non-viral causes of hepatocellular injury were excluded by
des études conventionnelles cliniques et en laboratoi- conventional clinical and laboratory studies
re.re.
Immuno-dosage: Des échantillons de sérum ont été tes- Immunoassay: Serum samples were tested
tés rétrospectivement afin de détecter la présence d'anticorps contre 1 'HCV (antigène C 100) aul moyen du retrospectively to detect the presence of antibodies against HCV (C 100 antigen)
kit Ortho Diagnostics ELISA utilisé d'après les ins- Ortho Diagnostics ELISA kit used according to the
tructions du fabricant Des sérums réactifs à plu- manufacturer's instructions Reactive sera at several
sieurs reprises ont été titrés jusqu'au point final several times were titrated to the end point
dans un sérum humain négatif pour 1 'anti-C 100. in a human serum negative for anti-C 100.
Détection des séquences virales PT-NANBH: L'ARN du sé- Detection of PT-NANBH viral sequences: the RNA of the
rum ou du plasma a été extrait, soumis à transcriptase inverse et amplifié comme dit ci-dessous Les amorces oligonucléotides de la transcriptase inverse/PCR ont été dérivées de la séquence de nucléotide du clone JG 2 rum or plasma was extracted, subjected to reverse transcriptase and amplified as said below The oligonucleotide primers of the reverse transcriptase / PCR were derived from the nucleotide sequence of clone JG 2
isolé dans l'EXEMPTE 3, et synthétisées-sur un synthé- isolated in EXEMPT 3, and synthesized on a synthetic
tiseur Applied Biosystems 3831 A Les séquences des qua- Applied Biosystems 3831 A Scanners
tre amorces oligonulcléotides ont été les suivantes: Désignation SEQ ID N Dimension du produit d 94 sens 8 829 bp d 95 anti-sens 9 Ni sens 10 402 bp N 2 anti-sens 11 (i) Extraction ARN -50 ul de sérum (ou de plasma) ont été portés à 200 ul en ajoutant de J'eau distillée stérile L'échantillon de 200 ul a été ajouté à un volume égal de solution tampon 2 x PK ( 2 x PK = 0 2 M Tris Cl, p H 7,5, 25 m M EDTA, 0,3 M Na Cl, 2 % w/v SDS, protéinase K 200 ug/ml), Oligonucleotide primers were as follows: Designation SEQ ID N Product size d 94 sense 8 829 bp d 95 antisense 9 Nonsense 10 402 bp N 2 antisense 11 (i) Extraction RNA -50 μl serum (or Plasma) was added to 200 μl by adding sterile distilled water. The 200 μl sample was added to an equal volume of buffer solution 2 × PK (2 × PK = 0 2 M Tris Cl, p H 7). 0.5mM EDTA, 0.3M NaCl, 2% w / v SDS, proteinase K 200 μg / ml),
mélangé et incubé à 37 C pendant 40 minutes Les pro- mixed and incubated at 37 ° C. for 40 minutes.
téines ont été enlevées en extrayant deux fois avec du phénol/chloroforme et une fois avec du chloroforme seulement On a ajouté 20 ug de glycogène à la phase aqueuse et l'ARN a alors été précipité en ajoutant 3 volumes d'éthanol absolu glacé Après stockage à -70 C 32 - The teens were removed by extracting twice with phenol / chloroform and once with chloroform only. 20 μg of glycogen was added to the aqueous phase and the RNA was then precipitated by adding 3 volumes of ice cold absolute ethanol. at -70 C 32 -
pendant 1 heure, l'ARN a été pastillé dans une centri- for 1 hour, the RNA was pelletized in a centrifuge
fugeuse Eppendorf ( 15 minutes, 14000 t/min, 4 C) La pastille a été lavée une fois dans de l'éthanol à 95 %, séchée sous vide et dissoute dans l Oul d'eau distillée stérile Les solutions d'ARN ont été stockées à -70 C. (ii) Synthèse AD Nc Un mélange de 10 ul contenant 2 ul de solution d'ARN, ng d'oligonucléotide synthétique d 95, 10 m M Hepes-H Cl p H 6,9 et 0,2 m M EDTA p H 8,0 a été préparé Ce mélange de O 10 ul a été recouvert de 2 gouttes d'huile minérale, chauffé pendant 2 minutes dans un bain d'eau à 90 C et rapidement refroidi sur de la glace La synthèse de l'AD Nc s'est effectuée après ajustement de la réaction de manière à ce qu'elle contienne 50 m M Tris-HCl p H 7,5, 75 m M Kl CI, 3 m M Mg C 12, 10 m M DTT,0,5 m M de d ATP, d CTP, d GTP et d TTP, 20 unités d'inhibiteur R Nase (Pharmacia) Eppendorf flask (15 minutes, 14000 rpm, 4 C) The pellet was washed once in 95% ethanol, dried under vacuum and dissolved in 10 ml of sterile distilled water. The RNA solutions were stored at -70 ° C. (ii) Synthesis AD Nc A mixture of 10 μl containing 2 μl of RNA solution, ng of synthetic oligonucleotide of 95, 10 m M Hepes-H Cl p H 6.9 and 0.2 This mixture of 10 μl was coated with 2 drops of mineral oil, heated for 2 minutes in a water bath at 90 ° C. and rapidly cooled on ice. of the AD Nc was carried out after adjusting the reaction so that it contained 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 75 mM ClCl, 3 mM Mg C 12, 10 mM DTT, 0.5 mM d ATP, d CTP, d GTP and d TTP, 20 units R Nase inhibitor (Pharmacia)
et 15 unités de transcriptase inverse MIV cloné (Phar- and 15 units of cloned MIV reverse transcriptase (Phar-
macia) dans un volume final de 20 ul Le mélange de ul a été incubé à 37 C pendant 90 minutes Après macia) in a final volume of 20 μl The mixture of μl was incubated at 37 ° C. for 90 minutes.
synthèse, l'AD Nc a été stocké à -20 C. synthesis, the AD Nc was stored at -20 C.
(iii) "Nested" PCR(iii) "Nested" PCR
Tout au long de cette étude, des résultats de PCR po- Throughout this study, PCR results
sitifs erronés ont été évités en appliquant stricte- incorrect measures have been avoided by strict application
ment les mesures de prévention de la contamination de measures to prevent contamination of
Kwok et Higuchi (Nature, 1989, 339, 237-238). Kwok and Higuchi (Nature, 1989, 339, 237-238).
a) Tour I La réaction en chaîne de polymérase s'est effectuée dans un mélange de 50 ul contenant 10 m M Tris-H Cl p H 8,3, m M KC 1, 1,5 m M Mg Clz, de la gélative à 0,1 % p/v, 1 a) Tour I Polymerase chain reaction was carried out in a mixture of 50 μl containing 10 m M Tris-HCl p H 8.3, m M KC 1, 1.5 m M Mg Clz, of the gélative at 0.1% w / v, 1
unité de polymérase ADN Taq résultant de la recombi- Taq DNA polymerase unit resulting from the recombinant
naison (Perkin Elmer Cetus), 200 u M de d NTP, 30 ng de chaque amorce "externe" (d 94 et d 95; SEQ ID n 8 et 9 respectivement) et 5 ul de solution d'AD Nc Après une première dénaturation de 5 minutes à 94 C, 35 cycles de 95 C pendant 1,2 minutes, 560 C pendant l minute, 72 C pendant 1 minute ont été effectués, suivis d'une extension finale de 7 minutes à 72 C (Techne PHC-l (Perkin Elmer Cetus), 200 μM d NTP, 30 ng of each "outer" primer (d 94 and 95, SEQ ID Nos. 8 and 9 respectively) and 5 μl of AD Nc solution After a first denaturation 5 minutes at 94 ° C., 35 cycles of 95 ° C. for 1.2 minutes, 560 ° C. for 1 minute, 72 ° C. for 1 minute were carried out, followed by a final extension of 7 minutes at 72 ° C. (Techne PHC-1).
Automated Thermal Cycler).Automated Thermal Cycler).
b) Tour 2 Le mélange réactionnel était comme décrit ci-dessus b) Turn 2 The reaction mixture was as described above
pour le Tour I, mais 125 ng de chaque amorce "inter- for Round I, but 125 ng of each primer "inter-
ne", NI et N 2 (SEQ ID n 10 et 11 respectivement) ont été utilisés au lieu des amorces "externes" d 94 et d 95 Un petit échantillon d'lul des produits PCR du Tour I a été transféré dans le mélange réactionnel de ul du Tour 2 25 cycles de 95 C pendant 1,2 minutes, 46 C pendant 1 minute, 72 C pendant 1 minute, ont été 33 - effectués, suivis d'une extension à 72 C pendant 7 minutes. c) Analyse Ml des produits PCR du Tour 1 et du Tour 2 ont été analysés par électrophorèse sur un gel agarose à 2 %. ## EQU1 ## and N 2 (SEQ ID No. 10 and 11 respectively) were used instead of the "outer" primers d 94 and 95. A small sample of 1 μl of the PCR products of Tour I was transferred to the reaction mixture. of 25 cycles of 95 ° C. for 1.2 minutes, 46 ° C. for 1 minute, 72 ° C. for 1 minute, followed by extension at 72 ° C. for 7 minutes. PCR products of Tour 1 and Tour 2 were analyzed by electrophoresis on a 2% agarose gel.
Des bandes ont été visualisées par coloration au bro- Strips were visualized by staining with
mure d'éthidium et photographiées à 302 nm. mildew of ethidium and photographed at 302 nm.
Valeur de prédiction de la sérologie anti-CI 00 et PCR dans l'étude prospective: Six des 1400 donneurs ( 0,43 %) enrôlés dans l'étude prospective ont présenté des anticorps contre le C 100 dans leur sérum Parmi ces six donneurs aux anticorps positifs, un seulement (le donneur D 6) s'est avéré être contaminé comme on a Predictive value of anti-CI 00 and PCR serology in the prospective study: Six of 1400 donors (0.43%) enrolled in the prospective study presented antibodies against C 100 in their serum. positive antibodies, only one (donor D 6) was found to be contaminated as
pu l'apprécier par le développement de la séroconver- could appreciate it by the development of seroconver-
sion PT-NANBH et HCV dans un receveur (receveur R 6) PT-NANBH and HCV in a recipient (recipient R 6)
cfr tableau 6 ci-dessous.see table 6 below.
Les séquences virales ont été détectées par PCR dans le sérum du donneur D 6 mais pas dans les sérums des cinq autres donneurs séropositifs Le receveur R 6 o s'est développé la p T-NANBH avait également reçu du sang de sept autres donneurs (D 7 à D 13) Les sérums de ces donneurs ont été testés et se sont avérés négatifs The viral sequences were detected by PCR in the serum of the D 6 donor but not in the sera of the other five seropositive donors. The R 6 o recipient developed the p T-NANBH had also received blood from seven other donors (D 7 to D 13) The sera from these donors were tested and found to be negative
à la fois pour les anticorps et pour le ACP. for both antibodies and for PCR.
TABLEAU 6TABLE 6
RESUME DES DONNEES DONNEUR/RECEVEURSUMMARY OF DATA DONOR / RECEIVER
ETUDE PROSPECTIVEPROSPECTIVE STUDY
Donneur Dni D 2 D 3 D 4 D 5 D 6 D 7 D 8 D 9 D 10 Dll D 12 D 13 Donator Dni D 2 D 3 D 4 D 5 D 6 D 7 D 8 D 9 D 10 D 11 D 12 D 13
DONNEURSDONORS
anti-HCV + + + + + +anti-HCV + + + + + +
RECEVEUR:RECIPIENT:
PCR Récipient PT-NANBH Séro-PCR PT-NANBH Serial Container
conver-conversion
sion anti- HCV Rl Non Non R 2 Non Non R 3 Non Non R 4 Non Non R 5 Non Non + R 6 Oui* Oui * * Période d'incubation 1 mois + Séroconversion 5 mois après la transfusion 34 - anti-HCV R1 No No R 2 No No R 3 No No R 4 No No R 5 No No + R 6 Yes * Yes * * Incubation period 1 month + Seroconversion 5 months after transfusion 34 -
EXEMPLE 14.EXAMPLE 14
Isolement et Expression de Séquences d'ADN PT-NANBH supplémentaires Les bibliothèques lambda gtll préparées à l'Exemple 2 ont également été sélectionnées avec les sérums de pa- tients à haut risque pour le PTNANBH mais qui n'ont pas réagi aux antigènes viraux, DX 113, BHC-5 et BHC7, le raisonnement étant qu'ils pourraient bien contenir Isolation and Expression of Additional PT-NANBH DNA Sequences The lambda gtll libraries prepared in Example 2 were also selected with the high-risk patient sera for PTNANBH but which did not react with the viral antigens, DX 113, BHC-5 and BHC7, the reasoning being that they might well contain
des anticorps qui reconnaissent différents antigènes. antibodies that recognize different antigens.
Ies sérums PJ-5 (The Newcastle Royal Infirmary, New- PJ-5 sera (The Newcastle Royal Infirmary, New-
castle), Bi rm-64 (Queen Elizabeth Medical Centre, Bir- castle), Bi-rm-64 (Queen Elizabeth Medical Center, Bir-
mingham), PG et Le (University College and Middlesex mingham), PG and Le (University College and Middlesex
School of Medicine, Londres) satisfaisaient à ce cri- School of Medicine, London) met this challenge.
tère et ont été utilisés pour sélectionner les biblio- and were used to select library
thèques suivant une procédure identique à celle décri- following a procedure identical to that described
te dans les Exemples 3 et 4 Une série d'éléments ré- in Examples 3 and 4 A series of elements
sultant de la recombinaison ont, donc été identifiées, dont aucun ne s'est croisé avec des sondes de JG 2 et resulting from recombination have therefore been identified, none of which have crossed paths with JG 2 probes and
JG 3 L'un des produits de recombinaison, BR 1 l, iden- JG 3 One of the recombinant products BR 1 1, identical to
tifié par réaction avec PJ-5, a été choisi pour pour- by reaction with PJ-5, was chosen to
suivre l'analyse.follow the analysis.
T Le clone, BR 11, contenait un insert d'environ 900 bp qui a été ampl ifié par PCR au moyen des amorces d 75 et d 76 (SEQ ID n 6 et 7) comme décrit à l'Exemple 7 La séquence amplifiée a été directement clonée dans le vecteur bacillovirus p Ac 360 pour former du p DX 128 con- The clone, BR 11, contained an insert of approximately 900 bp which was amplified by PCR using primers d 75 and d 76 (SEQ ID Nos. 6 and 7) as described in Example 7. was directly cloned into the bacillovirus vector p Ac 360 to form p DX 128 con-
tenant un cadre de lecture ouvert en phase avec les 11 premiers acides aminés de la polyhédrine Les stocks de bacillovirus résultant de la recombinaison (appelés BHC-9) ont été produits suivant la procédure décrite à holding an open reading frame in phase with the first 11 amino acids of polyhedrin Bacillovirus stocks resulting from recombination (called BHC-9) were produced according to the procedure described in
l'Exemple 7 Des cellules d'insectes ont été contami- Example 7 Insect cells were contaminated
nées avec un virus résultant de la recombinaison puri- with a virus resulting from purified recombination
fié et un polypeptide d'environ 22 k D a été obtenu dans and a polypeptide of about 22 kD was obtained in
des extraits de cellule marqués radioactivement. radioactively labeled cell extracts.
L'insert amplifié de B Ril a également été cloné dans le vecteur phage p UC 13 et M 13 pour mise en séquence; l'ADN et les données de séquence des acides aminés sont présentés en SEQ ID n 5 L'insert contient 834 The amplified insert of B Ril was also cloned into the phage vector p UC 13 and M 13 for sequencing; DNA and amino acid sequence data are presented in SEQ ID No. 5 The insert contains 834
bp plus les linkers Eco RI ajoutés pendant Je clonage. bp plus Eco RI linkers added during cloning.
EXEMPLE 15.EXAMPLE 15
Performance du polypeptide BHC-9 dans une ELISA Performance of the BHC-9 polypeptide in an ELISA
Une ELISA a été établie au moyen de cupules de micro- An ELISA was established using micronutrient cups
titrage revêtues d'un extrait de cellule infectée BHC- assays coated with an infected cell extract BHC-
9 et d'un système de détection de conjugué Ig antj- 9 and an anti-Ig Ig conjugate detection system.
humain suivant la procédure décrite à l'Exemple 10. following the procedure described in Example 10.
- Une panoplie de sérums à haut risque a été testée en - A variety of high-risk sera were tested in
parallèle avec BHC-7 et BHC-9 et a également été exa- parallel with BHC-7 and BHC-9 and was also reviewed
minée par PCR au moyen de la méthode décrite à l'Exem- PCR method using the method described in Exem-
ple 13 Les résultats sont indiqués au Tableau 7 dans lequel les échantillons positifs sont soulignés. The results are shown in Table 7 in which the positive samples are underlined.
TABLEAU 7TABLE 7
Numéro PCR BHC-7 BHC-9 l + 2,09 2,0 PCR number BHC-7 BHC-9 l + 2.09 2.0
2 + 2,09 2,02 + 2.09 2.0
3 + 1,89 1,373 + 1.89 1.37
4 + 1,57 0,274 + 1.57 0.27
+ 1,26 2,00+ 1.26 2.00
6 + 0,91 2,06 + 0.91 2.0
7 0900,517 0900.51
8 + 0,84 1,198 + 0.84 1.19
9 0,53 0,439 0.53 0.43
0,45 2,00.45 2.0
11 + 0,37 1,0711 + 0.37 1.07
12 0,32 2,0012 0.32 2.00
13 0,23 0,3013 0.23 0.30
14 0,15 0,4314 0.15 0.43
+ 0,16 0,76+ 0.16 0.76
16 0,09 1,7416 0.09 1.74
17 0,27 2,0017 0.27 2.00
18 0,15 2,0018 0.15 2.00
19 0,12 2,0019 0.12 2.00
0,08 0,050.08 0.05
*coupure 0,27 0,29* 0.27 0.29 cutoff
De ces 20 échantillons, 50 % sont manifestement posi- Of these 20 samples, 50% are clearly posi-
ti Es avec le BHC-7 alors que 85 % sont positifs avec le ti Es with the BHC-7 while 85% are positive with the
BHC-9 Deux échantillons ( 11 & 12) qui sont à la limi- BHC-9 Two samples (11 & 12) that are at the limit
te du positif avec le BHC-7 sont clairement positifs te positive with the BHC-7 are clearly positive
avec le BHC-9 et certains échantillons qui sont au ni- with BHC-9 and some samples that are
veau de la coupure ou en-dessous avec le BHC-7 sont positifs avec le BHC9 De plus, deux échantillons ( 13 calf of the cut or below with the BHC-7 are positive with the BHC9 In addition, two samples (13
& 15) qui étaient à la limite ou négatifs avec le BHC- & 15) that were borderline or negative with the BHC-
7 mais positifs avec le BHC-9 sont PCR positifs. 7 but positive with BHC-9 are PCR positive.
Dans l'ensemble il n'y a que deux échantillons ( 1 3 & 20) qui sont négatifs avec les deux polypeptides et l e PCR. Overall there are only two samples (13 & 20) that are negative with both polypeptides and PCR.
EXEMPLE 16.EXAMPLE 16
Isolation des séquences d'ADN PT-NANBH chevauchant des clones existants Isolation of PT-NANBH DNA sequences overlapping existing clones
La sélection immunologique des bibliothèques d'expres- Immunological selection of expression libraries
sion AD Nc décrites aux Exemples 3,4 et 14 ne peut identifier que les clones qui contiennent une région immuno-réactive du virus Une autre approche de la 36 - production de clones spécifiques à la PT-NANBH est d'utiliser le ACP pour amplifier les molécules d'AD Nc AD Dc described in Examples 3,4 and 14 can only identify clones that contain an immunoreactive region of the virus. Another approach to producing PT-NANBH specific clones is to use PCR to amplify the molecules of AD Nc
qui chevauchent les clones existants Des jeux d'a- that overlap existing clones Games of
morces peuvent être préparés lorsqu'un membre de la paire se trouve dans des séquences clonées existantes et l'autre en-dehors; cette approche peut être étendue Morces can be prepared when one member of the pair is in existing cloned sequences and the other outside; this approach can be extended
aux paires d'amorces "nichées" également. to "nested" primer pairs as well.
L'AD Nc préparé comme à l'Exemple 1 a été amplifié par ACP, avec des paires d'amorces simples ou "nichées", AD Nc prepared as in Example 1 was amplified by PCR, with single or "nested" pairs of primers,
au moyen des conditions de réaction décrites à l'Exem- using the reaction conditions described in the Exem-
ple 13 L'approche est illustrée par l'utilisation des paires d'amorces suivantes: d 164 (SEA ID n : 12) et d 137 (SEQ ID n 16); d 136 (SEQ ID n : 14) et d 355 (SEQ ID n : 15); d 156 (SEQ ID n 16) et d 92 (SEQ n 17) Un membre de chaque paire est conçu pour amorcer dans les séquences clonées existantes (d 137 et d 136 amorcent respectivement dans les extrémités 5 ' et 3) de BRII, d 92 amorce l'extrémité 5 ' de JG 3) Les autres amorces The approach is illustrated by the use of the following primer pairs: d 164 (SEA ID No. 12) and d 137 (SEQ ID No. 16); d 136 (SEQ ID NO: 14) and d 355 (SEQ ID NO: 15); d 156 (SEQ ID No. 16) and 92 (SEQ ID No. 17) A member of each pair is designed to prime in existing cloned sequences (d 137 and d 136 prime respectively in the 5 'and 3 ends) of BRII, d 92 primer the 5 'end of JG 3) The other primers
sont basées sur des séquences disponibles pour d'au- are based on sequences available for
tres agents PT-NANBH I,'amorce d 164 correspond aux agents PT-NANBH I, primer d 164 corresponds to the
bases 10 à 33 de la figure 2 dans Okamoto et al, Ja- bases 10 to 33 of Figure 2 in Okamoto et al, Ja-
pan, J Exp Med, 1990, 60, 167-177) l Ies amorces d 155 et d 156 correspondent aux positions 462 à 489 et Pan, J Exp Med, 1990, 60, 167-177) The primers d 155 and d 156 correspond to positions 462 to 489 and
3315 à 3337 respectivement de la figure 47 de la de- 3315 to 3337 respectively of Figure 47 of the
mande de brevet européen 88330922 5 Une ou plusieurs European patent application 88330922 5 One or more
substitutions de nucléotides peuvent se faire pour in- substitutions of nucleotides can be made for
troduire un site de reconnaissance Eco RI près de J'ex- to build an Eco RI recognition site near J'ex-
trémité 5 ' des amorces, sauf pour d 164 o un site de reconnaissance Bg 12 a été introduit; ces changements 5 'end of the primers, except for d 164 o a recognition site Bg 12 was introduced; these changes
facilitent le clonage ultérieur du produit amplifié. facilitate subsequent cloning of the amplified product.
Les produits ACP ont été digérés par l'enzyme/les enzymes réducteur(s) approprié(s), décomposés par électrophorèse sur gel agarose et des bandes de la dimension attendue ont été excisées et clonées en vecteurs plasmides et bactériophages tels que décrits à l'Exemple 5 Les séquences des ADN amplifiés 164/137 (SEQ ID n 38), 136/355 (SEQ ID n 19) et 156/92 (SEQ The PCR products were digested with the appropriate reducing enzyme (s), decomposed by agarose gel electrophoresis, and bands of the expected size were excised and cloned into plasmid and bacteriophage vectors as described in US Pat. Example 5 Amplified DNA Sequences 164/137 (SEQ ID No. 38), 136/355 (SEQ ID No. 19) and 156/92 (SEQ ID NO.
ID n 20) sont présentées dans la liste des séquences. ID No. 20) are presented in the sequence listing.
Ces nouvelles séquences étendent la couverture du gé- These new sequences extend the coverage of
nome PT-NANBH au-delà de celle obtenue par immuno- PT-NANBH beyond that obtained by immuno-
sélection (SEQ ID n 3,4 & 5) Ces séquences, ainsi que d'autres qui se trouvent dans les régions déjà selection (SEQ ID NOS 3,4 & 5) These sequences, as well as others that are in regions already
décrites, peuvent être combinées en une séquence con- described, can be combined into a sequence
tinue à l'extrémité 5 ' (SEQ TD n 21) et à l'extrémité at the 5 'end (SEQ TD # 21) and at the end
3 ' (SEQ ID n 22) du génome PT-NANBH. 3 '(SEQ ID NO: 22) of the PT-NANBH genome.
EXEMPLE 17.EXAMPLE 17
Fusion de différents antiqènes PT-NANBH en un seul polypeptide résultant de la recombinaison Les données présentés au Tableau 7 indiquent qu'alors qu'on détecte plus d'échantillons de sérum anticorps positifs en utilisant BHC-9 comme antigène cible ( 17/20) plutôt que BHC-7 ( 10/20), il y a certains Fusion of different PT-NANBH antigens into a single polypeptide resulting from recombination The data presented in Table 7 indicate that while more serum antibody positive samples were detected using BHC-9 as the target antigen (17/20) rather than BHC-7 (10/20), there are some
échantillons (par ex, #4) qui ne sont positifs qu'a- samples (eg, # 4) that are only positive
vec BHC-7 Cette image est confirmée par la poursuite with BHC-7 This image is confirmed by the continuation
des essais De même, un construct de fusion a été in- In the same way, a fusion construct was in-
duit au moyen de la séquence à partir de BHC-7 'et dubit using the sequence from BHC-7 'and
BHC-9.BHC-9.
Les séquences de BHC-7 et B Hi C-9 peuvent être combinées de toute une série de manières: chaque séquence peut être positionnée all terminal de l'acide aminé de la The sequences of BHC-7 and B Hi C-9 can be combined in a variety of ways: each sequence can be positioned all-terminal to the amino acid of the
fusion résultante et la nature de la séquence de liai- resulting fusion and the nature of the binding sequence
son peut également varier La figure 2 illustre deux sound can also vary Figure 2 illustrates two
manières possibles de combiner ces séquences. possible ways to combine these sequences.
Les fragments de restriction appropriés portant des sites d'enzymes réducteurs appropriés et des séquences Appropriate restriction fragments carrying appropriate reducing enzyme sites and sequences
de liaison ont été générés soit par ACP au moyen d'a- linkages were generated either by PCR by means of a-
morces spécifiques ou par digestion des plasmides ex- specific or by digestion of the plasmids ex-
istants par les enzymes de digestion Le vecteur de transfert DWl 43 consiste en un fragment Bam Hl/Pstl de DX 122 (figure 1; le site Pst est à la position 1504 JG 2, SEQ ID n 3) lié à l'extrémité 5 ' de l'ensemble de la région de programmation de B Rul (SEQ ID n 7) qui a été amplifiée en tant que fragment de Pstl/Bam Hl utilisant des amorces d 24 (SEQ ID n 23) et d 126 (SEQ ID n 24); la région de liaison consiste en six acides aminés dérivés de l'amorce d 126 et en séquences lambda bactériophages résiduelles Le vecteur de transfert DX 136 diffère de DX 143 en ce que le fragment BR 11 a été généré au moyen de d 24 (SEQ ID n 23) et d 132 (SEQ ID n 25) et ainsi la région de liaison contient cinq lysines Ces vecteurs de transfert ont été utilisés pour co-transfecter des cellules Sf-9 d'insectes en culture avec l'ADN Ac NPV et des stocks purifiés de plaques de bacillovirus résultant de la recombinaison ont été produits comme décrit à l'Exemple 7 BHC-10 a été produit comme résultat de la transfection avec DX 143; BHC-11 comme résultat de la transfection avec The transfer vector DW1 43 consists of a Bam HI / PstI fragment of DX 122 (Figure 1, the Pst site is at position 1504 JG 2, SEQ ID No. 3) linked to the 5 'end. of the entire B Rul programming region (SEQ ID No. 7) which was amplified as a PstI / BamHl fragment using primers d 24 (SEQ ID No. 23) and d 126 (SEQ ID No. 24) ); the binding region consists of six amino acids derived from primer d 126 and residual bacteriophage lambda sequences. The DX transfer vector 136 differs from DX 143 in that the BR 11 fragment was generated using d 24 (SEQ ID No. 23) and d 132 (SEQ ID NO: 25) and thus the binding region contains five lysines. These transfer vectors were used to co-transfect insect Sf-9 cells in culture with NPV Ac DNA and Purified stocks of bacillovirus plaques resulting from recombination were produced as described in Example 7 BHC-10 was produced as a result of transfection with DX 143; BHC-11 as a result of transfection with
DX 136 -DX 136 -
38 -38 -
Les polypeptides résultant de la recombinaison expri- The polypeptides resulting from the experimental recombination
més par ces deux virus ont été analysés par SDS-PAGE These two viruses were analyzed by SDS-PAGE
et transfert Western Le BHC-10 a produit un polypep- and Western blotting The BHC-10 produced a polyp
tide avec un poids moléculaire apparent de 118 k Da Le tide with an apparent molecular weight of 118 k Da
BHC-11 a produit un polypeptide avec un poids molécu- BHC-11 produced a polypeptide with a molecular weight
laire apparent de 96 k Da Les deux polypeptides ont ré- The two polypeptides were
agi avec des sérums connus pour réagir dans ELISA uni- acted with sera known to react in a single ELISA
quement avec RHC-7 (par ex, sérum A) ou uniquement only with RHC-7 (eg serum A) or only
avec BHC-9 (sérum B 64, exemple 14) Les deux polypep- with BHC-9 (serum B 64, example 14) Both polyps
tides ne diffèrent que dans la séquence de liaison et ceci peut affecter soit leur mobilité sur SDS-PAGE ou la manière dont ils sont traités dans les cellules infectées. tides differ only in the binding sequence and this may affect either their mobility on SDS-PAGE or the way they are treated in infected cells.
EXEMPLE 18.EXAMPLE 18
Performance des antiqènes de fusion PT-NANBH dans une ELISA Performance of PT-NANBH fusion antigen in an ELISA
Une ELISA a été établie au moyen de cupules de micro- An ELISA was established using micronutrient cups
titrage recouvertes d'extraits de cellule infectées au Titration coated with cell extracts infected with
BHC-9 et d'un conjugué Ig anti-humain suivant la pro- BHC-9 and an anti-human Ig conjugate according to the
cédure décrite à l'Exemple 10 Le tableau 8 présente described in Example 10 Table 8 presents
les données à partir d'une comparaison des deux fu- data from a comparison of the two fu-
sions avec les autres antigènes PT-NANBH résultant de la recombinaison BHC-7 et BHC-9 ainsi que la protéine with the other PT-NANBH antigens resulting from recombination BHC-7 and BHC-9 as well as the protein
résultant de la recombinaison HCV, C-100-3 (Ortho Dia- resulting from the recombination HCV, C-100-3 (Ortho Dia-
gnostic Systems, Raritan, New Jersey) Les sérums sont groupés par modèle de réaction avec-BHC-7, BHC-9 et C-100-3 Les sérums du Groupe I réagissent violemment Gnostic Systems, Raritan, New Jersey) Serums are grouped by reaction pattern with BHC-7, BHC-9 and C-100-3 Group I sera react violently
avec les trois antigènes; le Groupe II réagit violem- with the three antigens; Group II reacts violently
ment avec BHC-7 uniquement; le Groupe III réagit vio- only with BHC-7; Group III reacts violently
lemment avec BHC-9 uniquement et le Groupe IV réagit only with BHC-9 and Group IV reacts
violemment avec seulement deux des trois antigènes. violently with only two of the three antigens.
eawsuel aied 8 rib S 9 ?sal uu U, Y+ Y+ eawsual aied 8 rib S 9? sal uu U, Y + Y +
O ' Z<O 'Z <
O 'ZE<O 'ZE <
O'g<O'g <
O ' Z <O 'Z <
0 'g< O'Z< 58 '1 Y+ ++ + Oiz<0 'g <O'Z <58' 1 Y + ++ + Oiz <
O ' Z<O 'Z <
++ Y+ Y+ O 'Z< O'Z< ++ Y + Y + O 'Z <O'Z <
O ' Z<O 'Z <
O'Z< O'Z< O'g 6 '1 0 Z'< 0 Z'< 0 Z'< 58 '1 6 'C LS'I LúE' l 8 L'I O'Z< O ' z< O'Z< O'Z <O'Z <O'g 6 '1 0 Z' <0 Z '<0 Z' <58 '1 6' C LS'I LúE 'l 8 The I O'Z <O' z < O'Z <
O ' Z<O 'Z <
O'g< 0 ' < T It-D Hg O t-DH 9O'g <0 '<T It-D Hg O t-DH 9
89 Z'089 Z'0
Lú'0 O'ZCLú'0 O'ZC
O ' Z<O 'Z <
0 'g<0 'g <
Z O 'OZ O 'O
Zr'O g'0Zr'O g'0
SZ ' OSZ 'O
LO'0LO'0
O 80 '0O 80 '0
ZC'0 l'O 0 'Z<ZC'0 O 0 'Z <
O ' Z<O 'Z <
O ' Z<O 'Z <
O ' Z<O 'Z <
0 'Z< s S ' r 6 '00 'Z <s S' r 6 '0
O ' Z<O 'Z <
LZ'0 O Jz< 1 >'0 O'g<LZ'0 O Jz <1> '0 O'g <
SL 9 '1SL 9 '1
ZLZ'IZLZ'I
ú O 'Iú O 'I
O'Z<O'Z <
181 '0181 '0
ú:Ot ', O O' < 0 '< O'g< 0 'Z<ú: Ot ', O O' <0 '<O'g <0' Z <
O'Z< 1O'Z <1
O'g< 6 ú 6-ú O úO'g <6 ú 6-ú O ú
O'Z< úC 6-C O úO'Z <úC 6-C O ú
Eg I ' srd ZSI'0 aqEg I 'srd ZSI'0 aq
LS'I XLS'I X
O'Z< y AI adn Oi D LZ'0 irdO'Z <y AI adn Oi D LZ'0 ird
ú 9:'O 6-908ú 9: 'O 6-908
911 '0 Z 8-908911 '0 Z 8-908
690 '0 LS-908690 '0 LS-908
Zú'0 sr III acdno JDZú'0 sr III acdno JD
O'Z< 67 I-908O'Z <67 I-908
O' Z< Lt-508O 'Z <Lt-508
O'Z< 9-908O'Z <9-908
II adno-i 0 'g Z< LLII adno-i 0 'g Z <LL
O'Z< LSO'Z <LS
0 'Z< DV0 'Z <DV
O'Z< HYO'Z <HY
I adnoifI adnoif
ú-001-Dú-001-D
Nlnuss 8 f Vsi LNlnuss 8 f Vsi L
066999 Z066999 Z
o' S il-DHU arts uiqqsam quou suolliqueq Dg Se D 4 Ces données montrent qu'à la fois BHC-10 et BHC-lt ont une réactivité similaire avec ces sérums et, ce qui These data show that both BHC-10 and BHC-lt have a similar reactivity with these sera and, which
est plus important, que les deux activités antigéni- is more important than the two antigenic activities
ques semblent avoir été retenues par les fusions Tous les sérums des Groupes II & III qui ne réagissent res- seem to have been retained by the mergers All sera from Groups II & III which do not react
pectivement qu'avec BHC-7 ou BHC-9, donnent une réac- pectively with BHC-7 or BHC-9, give a reaction
tion claire avec les fusions En outre il semblerait qu'avoir les deux antigènes ensemble donne un essai plus sensible Par exemple, l'échantillon KT donne des OD de 1,57 et 0,27 avec BHC-7 et BHC-9 respectivement, In addition it would seem that having both antigens together gives a more sensitive assay. For example, the KT sample gives ODs of 1.57 and 0.27 with BHC-7 and BHC-9 respectively,
alors qu'avec les fusions, l'OD est > 2,0. while with mergers, the OD is> 2.0.
41 -41 -
SEQ ID N : 1SEQ ID N: 1
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 21 BASESLENGTH SEQUENCE: 21 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthéti que ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: bactériophage lambda gtli STATE IN STRENGTH: single strand TOPOLOGY: linear TYPE MOLECULE: DNA synthetics that ORGANISM SOURCE OF ORIGIN: bacteriophage lambda gtli
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 19nucleotide; oligo d 19
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 21 bases homologues à la partie amont du gène lac Z flanquant le site Eco R 1 dans le bactériophage lambda gtll PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN à partir du from 1 to 21 bases homologous to the upstream part of the lac Z gene flanking the Eco R 1 site in bacteriophage lambda gtll PROPERTIES: initiates the synthesis of DNA from the
vecteur phage dans l'AD Nc inséré au site d'Eco R 1 - phage vector in the AD Nc inserted at the Eco R site 1 -
GGTGGCGACG ACTCCTGGAG CGGTGGCGACG ACTCCTGGAG C
42 -42 -
SEQ ID N : 2SEQ ID N: 2
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 21 BASESLENGTH SEQUENCE: 21 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: bactériophage lambda gtll STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: bacteriophage lambda gtll
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 20nucleotide; oligo d 20
CARACTERISTIQIJES:CARACTERISTIQIJES:
de 1 à 21 bases homologues à la partie amont du gène lac Z flanquant le site Eco Rl dans le bactériophage lambda gtll PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN à partir du from 1 to 21 bases homologous to the upstream part of the lac Z gene flanking the Eco Rl site in bacteriophage lambda gtll PROPERTIES: initiates the synthesis of DNA from the
vecteur phage dans l'AD Nc inséré au site d'Eco Rl. phage vector in the AD Nc inserted at the Eco Rl site.
TTGACACCAG ACCAACTGGT ATTGACACCAG ACCAACTGGT A
43 -43 -
SEQ ID N : 3SEQ ID N: 3
TYPE SEQUENCE: Nucléotide avec protéine correspondante TYPE SEQUENCE: Nucleotide with corresponding protein
LONGUEUR SEQUENCE: 1770 PAIRES DE BASES LENGTH SEQUENCE: 1770 BASE PAIRS
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: AD Nc à ARN génomique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULAR TYPE: AD Nc to genomic RNA ORGANISM SOURCE OF ORIGIN: human; serum infected with non-A, non-B post-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: clone JG 2 de biblio- SOURCE IMMEDIATE EXPERIMENTATION: JG 2 library clone
thèque AD Nc dans lambda gtllthèque AD Nc in lambda gtll
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 1770 bp portion de la polyprotéine PT-NANBH PROPRIETES: encode structurelles from 1 to 1770 bp portion of the polyprotein PT-NANBH PROPERTIES: structural encoding
CAA AAT GAC TTC CCACAA AAT GAC TTC CCA
Gln Asn Asp Phe ProGln Asn Asp Phe Pro
CGG CAT GAG ATG GGCCGG CAT GAG ATG GGC
Arg His Glu Met GlyArg His Glu Met Gly
GTA GTA ATC CTG GACGTA GTA ATC CTG GAC
Val Val Ile Leu AspVal Val Island Leu Asp
CGG GAA GTG TCC GTCCGG GAA GTG TCC GTC
Arg Glu Val Ser ValArg Glu Val Ser Val
CCA CCA GCG ATG CCCCCA CCA GCG ATG CCC
Pro Pro Ala Met ProPro Pro Ala Met Pro
CTG GAG TCC TGG AAGCTG GAG TCC TGG AAG
Leu Glu Ser Trp Lys probablement protéines virales non Leu Glu Ser Trp Lys Probably No Viral Proteins
GAC GCT GAC CTC ATC GAG GCC AAC CTC CTG TGG GAC GCT GAC CTC ATC GAG GCC AAC CTC CTG TGG
Asp Ala Asp Leu Ile Glu Ala Asn Leu Leu Trp t O 15 Asp Ala Asp Leu Glu Ala Asn Leu Leu Trp t O 15
GGG GAC ATT ACC CGC GTG GAG TCA GAG AAC AAG GG GAC ACC ACC CGC GTG GAG TCA GAG AAC AAG
Gly Asp lle Thr Arg Val Glu Ser Glu Asn Lys Gly Asp lle Thr Arg Glu Glu Ser Glu Asn Lys
3030
TCT TTC GAC CCG CTC CGA GCG GAG GAG GAT GAG TCT TTC GAC CCG CTC CGA GCG GAG GAG GAT GAG
Ser Phe Asp Pro Leu Arg Ala Glu Gl u Asp Glu Ser Phe Asp Pro Leu Arg Ala Glu Gl u Asp Glu
4545
CCG GCG GAG ATC CTG CGG AAA TCC AAG AAA TTC CGC GCG GAG ATC CTG CGG AAA TCC AAA AAA TTC
Pro Ala Glu Ile Leu Arg Lys Ser Lys Lys Phe Pro Ala Glu Island Leu Arg Lys Ser Lys Lys Phe
6060
GCA TGG GCA CGC CCG GAT TAC AAC CCT CCG CTG GCA TGG GCA CGC CCG GAT TAC AAC CCT CCG CTG
Ala Trp Ala Arg Pro Asp Tyr Asn Pro Pro Leu Ala Trp Ala Pro Arg Asp Asn As Pro Pro Leu
75 8075 80
GCC CCG GAC TAC GTC CCT CCA GTG GTA CAT GGG GCC CCG GAC TAC GTC TCC CCA GTG GTA CAT GGG
Ala Pro Asp Tyr Val Pro Pro Val Val His Gly Ala Pro Asp Val Pro Pro Val Val His Gly
9595
TGC CCA CTG CCA CCT ACT AAG ACC CCT CCT ATA CCA CCT CCA CGG AGA TGC CCA CTG CCA ACT CCT AAG ACC CCT ACT CCA CCT CCA CGG AGA
Cys Pro I Leu Pro Pro Thr Lys Thr Pro Pro Ile Pro Pro Pro Arg Arg Cys Pro I Pro Pro Pro L Thr Thr Pro Pro Pro Pro Pro Arg
105 110105,110
AAG AGG ACA GTT GTT CTG ACA GAA TCC ACC GTG TCT TCT GCC CTG GCG AAG AGG ACA GTT GTT CTG ACA GAA TCC ACC GTG TCT TCT GCC CTG GCG
Lys Arg Thr Val Val Teu Thr Glu Ser Thr Val Ser Ser Ala l,eu Ala 1 ll 5 120 l 25 al I O d a L, n ID Lys Arg Thr Val Teu Thr Glu Ser Thr Ser Ser Ala, Ala 1 ll 5 120 l 25 al I O d a L, n ID
8001,LY V VD 3 YDV YVO8001, LY V VD 3 YDV YVO
S.FH us V al I el 096 DVD DYV L Lj V DDD O AID a qd s AV -15 Zg 6 DDD, LLL, L r D. aq L dsy S.FH us V al I el 096 DVD DYV L Lj V DDD O AID a qd s AV -15 Zg 6 DDD, LLL, L r D. aq L dsy
IDY DYDIDY DYD
SÀVr I l SSÀVr I l S
DYV D O VDYV D O V
00 E SAX' ski Oúú n ID naq naq dsy VVD DOL O Ak DV O aa S naq usy Bay DDI VID Dtyf ODDD e LY ea S 00 E SAX 'ski Where na ID naq naq dsy VVD DOL O Ak DV O aa S naq usy Bay DDI VID Dtyf ODDD e LY ea S
D O D O D 3D O D O D 3
56 Z STH Oad Oad56 Z STH Oad Oad
IVD V D DDDIVD V D DDD
SZú nl D dal Ie A Ja SSZú nl D dal Ie A Ja S
DYO D 00 DAD DD 3DYO D 00 DAD DD 3
1 e A D< 10 dsy s Ar e IV1st A D <10 dsy s Ar e IV
D.D DVV YDDD.D DVV YDD
jq,1 I naq SI SADjq, 1 I naq SI SAD
D 3 V DA 3 D DVV D;OD 3 V DA 3 D D DVV
Bay a IIBay II
DOD DI DOD DI
KID JAIKID JAI
DDD MIDDD MI
06 Z06 Z
DD 9 ODD 9 O
h 9 a V O V L 8 Z n 1 f) IPA Je S naql t 9 g Y)VID YLE) Y;) YD 918 so V s Y 918 DVY 9 't Y OLZ nariq IA h 9 a V O V L 8 Z n 1 f) IPA I S naql t 9 g Y) VID YLE) Y;) YD 918 so V s Y 918 DVY 9 't Y OLZ nariq IA
D 3 D DDLD 3 D DDL
neq s Aq elyneq s Aq ely
LD DYV L 3 DDLD DYV L 3 DD
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DYD DVD D 3 VDYD DVD D 3 V
S Ar Ie 1 A jth LS Ar Ie 1 A jth L
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DVD IVD DYDDVD IVD DYD
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DJ,9 O YYDJ, 9 O YY
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DDL YDY DDY;:)0DDL YDY DDY; :) 0
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<q I a LI naq ely V 3 DDY DIV Di D DD d.l q 14 <q I a LI naq ely V 3 DDY DIV Di D DD d.l q 14
PZ 9 DDú VDVPZ 9 DDú VDV
s O u AL leass O u AL leas
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qae ao S SADqae ao S SAD
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47 -47 -
SEQ ID N : 4SEQ ID N: 4
TYPE SEQUENCE: Nucléotide avec protéine correspondante TYPE SEQUENCE: Nucleotide with corresponding protein
LONGUEUR SEQUENCE: 1035 PAIRES DE BASES LENGTH SEQUENCE: 1035 BASE PAIRS
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: AD Nc à ARN génomique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULAR TYPE: AD Nc to genomic RNA ORGANISM SOURCE OF ORIGIN: human; serum infected with non-A, non-B post-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: clone JG 3 de biblio- SOURCE IMMEDIATE EXPERIMENTATION: JG 3 library clone
thèque AD Nc dans lambda gtllthèque AD Nc in lambda gtll
CARACTER I STIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 1035 bp portion de la polyprotéine PT-NANBH PROPRIETES: encode probablement protéines virales non structurelles from 1 to 1035 bp portion of the PT-NANBH polyprotein PROPERTIES: probably encodes non-structural viral proteins
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49 -49 -
SEQ ID N : 5SEQ ID N: 5
TYPE SEQUENCE: Nucléotide avec protéine correspondante TYPE SEQUENCE: Nucleotide with corresponding protein
LONGUEUR SEQUENCE: 834 PAIRES DE BASES LENGTH SEQUENCE: 834 BASE PAIRS
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECUILE: AD Nc à ARN génomique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear TYPE MOLECUILE: AD Nc to genomic RNA ORGANISM SOURCE OF ORIGIN: human; serum infected with non-A, non-B post-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: clone BR 11 de bibli- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: clone BR 11 of Bible
othèque AD Nc dans lambda gtlllibrary AD Nc in lambda gtll
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 834 bp portion de la polyprotéine PT-NANBH from 1 to 834 bp portion of the PT-NANBH polyprotein
PROPRIETES:PROPERTIES:
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1010
CCG GGC GGT GGT CAG ATC GTT GGT GGA GTT TAC CTG TTG CCG GGC GGT GGT CAG ATC GTT GGT GGA GTT TAC CTG TTG
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2525
GGC CCC AGG TTG GGT GTG CGC GCG ACT AGG AAG ACT TCC GGC CCC AGG TTG GGT GTG GCG GCG ACT AGG AAG ACT CBT
Gly Pro Arg Leu Gly Val Arg Ala Thr Arg Lys Thr Ser Gly Pro Arg Leu Gly Val Arg Ala Thr Arg Lys Thr Ser
40 4540 45
CAA CCT CGT GGA AGG CGA CAA CCT ATC CCC AAG GCT CGC CAA CCT CGT GGA AGG CGA CAA CCT ATC CCC AGC GCT CGC
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55 6055 60
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le A IAI la W IV Ja 8 S Ja S aqd el YV el V el AID Te A nrarl DID DVL DLV LYD DXDL OXDD D Jl DDD IDD DDD DDD LLL DLD si H 6 Ey by al I Lqj, e IV' 3 j 1 L otad a lI jas ery dsy s A r JYD DJDD YVD) V'LY YV)Y t)t) LLJY J) LV ')OY D)D DYD DY Yv i SZ OEZ SZZ x L od t LL naq ely Te A dij, s AD aiy jas aa S usy AID DDY D)DD a DV DLD D 9 YVLD 9 o L DDL DOD DZ Zl DDL i VV ILDD OZZ 71 SgIZ OIZ SAD oid IPA SKD AID o j qj AL sl H qa W ar I 1 a W dsy ely À DJ DDD DO JD D 3 9 DD Dx DDY DYD 9 LY DIY DOY DYD DDD A IAI W IV Ja 8 S Ja S aqd el YV el V el AID Te A nrarl DID DVL DLV LYD DXDL OXDD DDD IDD DDD DDD LLL DLD if H 6 Ey by al I Lqj, e IV '3 j 1 L otad has already been dsy s YYYDJDD YVD) V'LY YV) Y) Y) D) YY D) DY Yv YZZZZZZZZ LL NQTZ LY dd, s AD aiy jas aa S usy AID DDY D) DD a DV DLD D 9 YVLD 9 o L DDL DOD ZL DDL i VV ILDD OZZ 71 SgIZ OIZ SAD oid IPA SKD AID oj qj AL sl H qa W ar I 1 a W dsy ely TO DJ DDD DO JD D 3 9 DD Dx DYY DDY 9 LY DIY DOY DYD DDD
SOZ 00 61SOZ 00 61
le A ali as Ja S usy eas s AD dsy USV T 4,L IA SIRH 1 À DJI DI DDY VDI DVV DDL Df XL 1 VD DVV DDV DLD JYD DVIL the A ali as Ja S usy eas s AD dsy USV T 4, L IA SIRH 1 TO DJI DI DDY VDI DVV DDL Df XL 1 VD DVV DDV DLD JYD DVIL
Y 81 OWIY 81 OWI
1 e A usy 1 y te A n ID 1 AI ely ia S e Iv oaid a'1 T 4 q L naq DID D Y DDD DLD V D LYL LDD DD DL OD DD LLY J V Dl l S Lt OL 1 591 s D a Sas naq' a I naq y na naq aqd 8 la LI a S aqd a S s AD Al) Oald naq 8 ZSY D DA DD I L D Dl IDD DJLL DLD DJLL DAY JDI DML YDI D LDD X V LLJ 091 Y 51 O l Yil usy AID Jq JL elr -1 A us V Iu A AID dsy n ID noaq 'lA 5 1 Ie A Af)s s TH 08 LVY DDD YDY YDD Y Lv DY ' DAD DDD DVD DYD DLD LLD DDD LDD DDD JYD 0-Pl GúT O ú 1 e IV nao e IV 56 y ely ely AID 6 bay nauq ja S 5 Jy 5 Iy 651 y ely a S s BH Uú DD Di 3 D DDD DOV D;DD ID DOD Do 9 LV D DD; DDD X ODD IIDD ADD DD 2 LYVD os - 1 e A usy 1 y te A n ID 1 AI ely ia S e Iv oaid a'1 T 4 q L naq DID DY DDD DLD VD LYL LDD DD OD OD LLY JV Dl l S Lt OL 1,591 s Das Sas naq 'a I naq y na naq aqd 8 the LI a S aqd a S s AD Al) Oald naq 8 ZSY D DA DDDDD DJDD DJLL DAY JDDD YDD LDD XV LLJ 091 Y 51 O l Yil usy AID Jq JL elr -1 A us V Iu A AID dsy n ID noaq 'lA 5 1 Ie A Afs s TH 08 LVY DDD YDY YDD Y DY' DAD DDD DVD DYD DLD LDD DDD LDD DDD JYD 0-P G UT O ú 1 e IV nao e IV 56 y ely ely AID 6 bay nauq ja S 5 Jy 5 Iy 651 y ely a S s BH Uu DD Di 3 D DDD DOV D; DD ID DOD Do 9 LV D DD; DDD X ODD IIDD ADD DD 2 LYVD bone -
066999 Z066999 Z
51 -51 -
SEQ ID N : 6SEQ ID N: 6
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 31 BASESLENGTH SEQUENCE: 31 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECUILE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: bactériophage lambda gt 13 STRENGTH STATE: single-strand TOPOLOGY: linear MOLECULAR TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: bacteriophage lambda gt 13
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 75nucleotide; oligo d 75
CARACTERISTIQUES: de 4 à 9 bases site Bam Hl de 10 à 31 bases homologues à la portion amontCHARACTERISTICS: from 4 to 9 bases Bam HI site from 10 to 31 bases homologous to the upstream portion
du gène lac Z flanquant le site Eco R 1 dans le bactériophage lambda gtll de 26 à 31 bases site Eco R 1 PROPRIETES: amorce la synthèse à partir du vecteur phage dans l'AD Nc inséré au site d'Eco R 1 et introduit un site Bam Hl approprié pour le clonage ultérieur en of the lac Z gene flanking the Eco R 1 site in the bacteriophage lambda gtII from 26 to 31 bases Eco R 1 site PROPERTIES: initiates synthesis from the phage vector in the AD Nc inserted at the Eco R 1 site and introduces a appropriate Bam Hl site for subsequent cloning into
vecteurs d'expression.expression vectors.
TAAGGATCCC CCGTCAGTAT CGGCGGAATT CTAAGGATCCC CCGTCAGTAT CGGCGGAATT C
52 -52 -
SEQ ID N : 7SEQ ID N: 7
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 30 BASESLENGTH SEQUENCE: 30 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: bactériophage lambda gtll STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: bacteriophage lambda gtll
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 76nucleotide; oligo d 76
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 4 à 9 bases site Bam Hl de 10 à 30 bases homologues à la portion aval du gène lac Z flanquant le site Eco Ri dans le bactériophage lambda gtll PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN à partir du vecteur phage dans l'AD Nc inséré au site d'Eco Rl et introduit un site Bam Hl approprié pour le clonage from 4 to 9 bases BamHI site of 10 to 30 bases homologous to the downstream portion of the lac Z gene flanking the Eco RI site in bacteriophage lambda gtll PROPERTIES: primer the synthesis of DNA from the phage vector in AD Nc inserted at the Eco Rl site and introduced a Bam Hl site suitable for cloning
ultérieur en vecteurs d'expression. subsequent expression vectors.
TATGGATCCG TAGCGACCGG CGCTCAGCTGTATGGATCCG TAGCGACCGG CGCTCAGCTG
53 -53 -
SEQ ID N : 8SEQ ID N: 8
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 19 BASESSEQUENCE LENGTH: 19 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, nonB post-transfusionelle STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: human; serum infected with non-A, non-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 94nucleotide; oligo d 94
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 19 bases homologues aux bases 914 à 932 du brin de sens de JG 2 (SEQ ID n 31 PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN sur le brin from 1 to 19 bases homologous to the bases 914 to 932 of the sense strand of JG 2 (SEQ ID No. 31 PROPERTIES: initiates the synthesis of the DNA on the strand
négatif de l'ARN/ADN génomique de la PT-NANBH. negative of the genomic RNA / DNA of PT-NANBH.
ATGGGGCAAA GGACGTCC Gq 54 -ATGGGGCAAA GGACGTCC Gq 54 -
SEQ ID N : 9SEQ ID N: 9
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 24 BASESSEQUENCE LENGTH: 24 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECUILE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle STRENGTH STATE: single-strand TOPOLOGY: linear MOLECULAR TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: human; serum infected with non-A, non-B post-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 95nucleotide; oligo d 95
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 24 bases homologues aux bases 1620 à 1643 du brin anti-sens de JG 2 (SEQ ID n 3) PROPRIETES: amorce la synthèse d(le l'ADN sur le brin from 1 to 24 bases homologous to bases 1620 to 1643 of the antisense strand of JG 2 (SEQ ID No. 3) PROPERTIES: initiates the synthesis of DNA on the strand
positif de l'ARN/ADN génomique de la PT-NANBH. positive RNA / genomic DNA from PT-NANBH.
TACCTAGTCA TAGCCTCCGT GAAGTACCTAGTCA TAGCCTCCGT GAAG
--
SEQ ID NO: 10SEQ ID NO: 10
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 17 BASESLENGTH SEQUENCE: 17 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECUILE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle STRENGTH STATE: single-strand TOPOLOGY: linear MOLECULAR TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: human; serum infected with non-A, non-B post-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo NInucleotide; oligo NI
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 17 bases homologues aux bases 1033 à 1049 du brin du sens de JG 2 (SEQ ID no 3) PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN sur le brin from 1 to 17 bases homologous to bases 1033 to 1049 of the sense strand of JG 2 (SEQ ID No. 3) PROPERTIES: initiates the synthesis of DNA on the strand
négatif de l'ARN/ADN génomique de la PT-NANBH. negative of the genomic RNA / DNA of PT-NANBH.
GAGGTTTTCT GCGTCCAGAGGTTTTCT GCGTCCA
56 -56 -
SEQ ID N : 11SEQ ID N: 11
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 17 BASESLENGTH SEQUENCE: 17 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECUJLE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear TYPE MOLECUJLE: synthetic DNA ORGANISM SOURCE OF ORIGIN: human; serum infected with non-A, non-B post-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo N 2nucleotide; oligo N 2
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 17 bases homologues aux bases 1421 à 1437 du brin anti-sens de JG 2 (SEQ ID n 3) PROPRIETES: amorce la synthèse de 1 'ADN sur le brin from 1 to 17 bases homologous to the bases 1421 to 1437 of the antisense strand of JG 2 (SEQ ID No. 3) PROPERTIES: initiates the synthesis of the DNA on the strand
positif de l'ARN/ADN génomique de la PT-NANBH. positive RNA / genomic DNA from PT-NANBH.
GCGATAGCCG CAGTTCTGCGATAGCCG CAGTTCT
57 -57 -
SEQ ID N : 12SEQ ID N: 12
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 22 BASESLENGTH SEQUENCE: 22 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, nonB post-transfusionelle STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: human; serum infected with non-A, non-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 164nucleotide; oligo d 164
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 22 bases homologues aux bases 10 à 31 de la from 1 to 22 bases homologous to the bases 10 to 31 of the
séquence à la fig 2 d'Okamoto et al, Japan, J Exp. sequence in Fig. 2 of Okamoto et al, Japan, J Exp.
Med, 1990, 60, 166-167, base 22 changée de A en T pour introduire un site de reconnaissance du Bg 12 de 8 à 13 bases du site de reconnaissance Bg 12 PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN sur le brin Med, 1990, 60, 166-167, base 22 changed from A to T to introduce a Bg 12 recognition site from 8 to 13 bases of the recognition site Bg. PROPERTIES: initiates the synthesis of DNA on the strand
négatif de l'ARN/ADN génomique de la PT-NANBH et in- RNA / genomic DNA negative for PT-NANBH and
troduit un site Bg 12.troduced a site Bg 12.
CCACCATAGA TCTCTCCCCT GTCCACCATAGA TCTCTCCCCT GT
58 -58 -
SEQ ID N : 13SEQ ID N: 13
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 30 BASESLENGTH SEQUENCE: 30 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétiqule ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORGANISM SOURCE OF ORIGIN: human; serum infected with non-A, non-B post-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo dl 37nucleotide; oligo dl 37
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 30 bases homologues aux bases 154 à 183 du brin négatif de B Rll (SEQ ID n 5); bases 174, 177 et 178 modifiées pour introduire un site de reconnaissance from 1 to 30 bases homologous to bases 154 to 183 of the negative strand of B R11 (SEQ ID No. 5); bases 174, 177 and 178 modified to introduce a recognition site
d'Eco R 1.of Eco R 1.
de 5 à 10 bases de site de reconnaissance d'Eco R 1. from 5 to 10 bases of recognition site of Eco R 1.
PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN sur le brin PROPERTIES: initiates the synthesis of DNA on the strand
positif de l'ARN/ADN génomique de la PT-NANBH et in- RNA / genomic DNA positive from PT-NANBH and
troduit un site Eco R 1 pour clonage. produces an Eco R 1 site for cloning.
GCGAGAATTC GGGATAGGTT GTCGCCTTCCGCGAGAATTC GGGATAGGTT GTCGCCTTCC
59 -59 -
SEQ ID N : 14SEQ ID N: 14
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 27 BASESLENGTH SEQUENCE: 27 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, nonB post-transfusionelle STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: human; serum infected with non-A, non-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 136nucleotide; oligo d 136
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 27 bases homologues aux bases 672 à 698 du brin positif de B Rll (SEQ ID n 5); base 675 changée en G from 1 to 27 bases homologous to bases 672 to 698 of the positive strand of B R11 (SEQ ID No. 5); base 675 changed to G
pour introduire un site de reconnaissance d'Eco Rl. to introduce an Eco Rl recognition site.
de 5 à 10 bases de site de reconnaissance d'Eco Rl. from 5 to 10 bases of Eco Rl recognition site.
PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN sur le brin PROPERTIES: initiates the synthesis of DNA on the strand
négatif de 1 'ARN/ADN génomique de la PT-NANBH et in- RNA / genomic DNA negative for PT-NANBH and
troduit un site Eco Rl pour clonage. produces an Eco Rl site for cloning.
GGGGAATTCC TCCCGCTGCT GGGTAGCGGGGAATTCC TCCCGCTGCT GGGTAGC
--
SEQ ID N : 15SEQ ID N: 15
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 28 BASESLENGTH SEQUENCE: 28 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: chimpanzé; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle STATE IN STRAND: single strand TOPOLOGY: linear TYPE MOLECULE: synthetic DNA ORGANISM SOURCE OF ORIGIN: chimpanzee; serum infected with non-A, non-B post-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 155nucleotide; oligo d 155
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 28 bases homologues aux bases 462 à 489 du brin négatif de la figure 47, demande de brevet européen 88310922 5; bases 483 et 485 modifiées pour introduire un site de reconnaissance Eco Rl from 1 to 28 bases homologous to bases 462 to 489 of the negative strand of FIG. 47, European patent application 88310922 5; bases 483 and 485 modified to introduce an Eco Rl recognition site
de 5 à 10 bases site de reconnaissance d'Eco R 1. from 5 to 10 bases Eco R 1 recognition site.
PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN sur le brin PROPERTIES: initiates the synthesis of DNA on the strand
positif de l'ARN/ADN génomique de la PT-NANBH et in- RNA / genomic DNA positive from PT-NANBH and
troduit un site Eco Ri pour clonage. produces an Eco Ri site for cloning.
ACGGGAATTC GACCAGGCAC CTGGGTGTACGGGAATTC GACCAGGCAC CTGGGTGT
61 -61 -
*SEQ ID N : 16* SEQ ID N: 16
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 23 BASESLENGTH SEQUENCE: 23 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: chimpanzé; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle STATE IN STRAND: single strand TOPOLOGY: linear TYPE MOLECULE: synthetic DNA ORGANISM SOURCE OF ORIGIN: chimpanzee; serum infected with non-A, non-B post-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 156nucleotide; oligo d 156
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 23 bases homologues aux bases 3315 à 3337 du from 1 to 23 bases homologous to bases 3315 to 3337 of
brin positif de la figure 47, demande de brevet euro- positive strand of Figure 47, European patent application
péen 88310922 5; base 323 changée en C pour introduire un site de reconnaissance Eco R 1 88310922 5; base 323 changed to C to introduce an Eco R recognition site 1
de 4 à 9 bases site de reconnaissance d'Eco R 1. from 4 to 9 bases Eco R 1 recognition site.
PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN sur le br Jn PROPERTIES: initiates the synthesis of DNA on br
négatif de l'ARN/ADN génomique de la PT-NANBH et in- RNA / genomic DNA negative for PT-NANBH and
troduit un site Eco R 1 pour clonage. produces an Eco R 1 site for cloning.
CTTGAATTCT GGGAGGGCGT CTTCTTGAATTCT GGGAGGGCGT CTT
62 -62 -
SEQ ID N : 17SEQ ID N: 17
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 29 BASESLENGTH SEQUENCE: 29 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, nonB post-transfusionelle STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: human; serum infected with non-A, non-transfusional hepatitis
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 92nucleotide; oligo d 92
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 29 bases homologues aux bases 36 à 64 du brin from 1 to 29 bases homologous to bases 36 to 64 of the strand
négatif de JG 2 (SEQ ID N 3); bases 57, 58 et 60 chan- negative of JG 2 (SEQ ID N 3); bases 57, 58 and 60 chan-
gées pour introduire un site de reconnaissance Eco R 1 to introduce an Eco R recognition site 1
de 5 à 10 bases site de reconnaissance d'Eco Rl. from 5 to 10 bases Eco Rl recognition site.
PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN sur le brin PROPERTIES: initiates the synthesis of DNA on the strand
positif de l'ARN/ADN génomique de la PT-NANBH et in- RNA / genomic DNA positive from PT-NANBH and
troduit un site Eco R 1 pour clonage. produces an Eco R 1 site for cloning.
CGCCGAATTC ATGCCGCCAC AGGAGGTTGCGCCGAATTC ATGCCGCCAC AGGAGGTTG
63 -63 -
SEQ ID N : 18SEQ ID N: 18
TYPE SEQUENCE: Nucléotide avec protéine correspondante TYPE SEQUENCE: Nucleotide with corresponding protein
LONGUEUR SEQUENCE: 504 PAIRES DE BASES LENGTH SEQUENCE: 504 BASE PAIRS
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, nonB post-transfusionelle SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: clone 164/137 STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: human; serum infected with non-A, non-transfusion hepatitis SOURCE IMMEDIATE EXPERIMENTATION: clone 164/137
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
à partir de 308 à 504 bp, début de la poloyprotéine from 308 to 504 bp, beginning of poloyprotein
PT-NANBH.PT-NANBH.
PROPRIETES: encode probablement des protéines virales PROPERTIES: probably encodes viral proteins
structurel es.Structural es.
GATCACTCCC CTGTGAGGAA CTACTGTCTT CACGCAGAAA GCGTCTAGCC ATGGCGTTAG 60 GATCACTCCC CTGTGAGGAA CTACTGTCTT CACGCAGAAA GCGTCTAGCC ATGGCGTTAG 60
TATGAGTGTC GTGCAGCCTC CAGGACCCCC CCTCCCGGGA GAGCCATAGT GGTCTGCGGA 120 TATGAGTGTC GTGCAGCCTC CAGGACCCCC CCTCCCGGGA GAGCCATAGT GGTCTGCGGA 120
ACCGGTGAGT ACACCGGAAT TGCCAGGACG ACCGGGTCCT TTCTTGGATT AACCCGCTCA 180 ACCGGTGAGT ACACCGGAAT TGCCAGGACG ACCGGGTCCT TTCTTGGATT AACCCGCTCA 180
ATGCCTGGAG ATTTGGGCGT GCCCCCGCAA GACTGCTAGC CGAGTAGTGT TGGGTCGCGA 240 ATGCCTGGAG ATTTGGGCGT GCCCCCGCAA GACTGCTAGC CGAGTAGTGT TGGGTCGCGA 240
AAGGCCTTGT GGTACTGCCT GATAGGGTGC TTGCGAGTGC CCCGGGAGGT CTCGTAGACC 300 AAGGCCTTGT GGTACTGCCT GATAGGGTGC TTGCGAGTGC CCCGGGAGGT CTCGTAGACC 300
GTGCACC ATG AGC ACG AAT CCT AAA CCT CAA AGA AAA ACC AAA CGT AAC 349 GTGCACC ATG AGC ACG AAT CCT AAA CCT CAA AGA AAA ACC AAA CGT AAC 349
Met Ser Thr Asn Pro Lys Pro Gln Arg Lys Thr Lys Arg Asn Met Ser Thr Asn Pro Lys Pro Gln Arg Lys Thr Lys Arg Asn
1010
ACC AAC CGC CGC CCA CAG GAC GTC AAG TTC CCG GGC GGT GGT CAG ATC 397 ACC AAC CGC CGC CCA AGC GAC GTC AGC TTC GGC GGT GGT AGC ATC 397
Thr Asn Pro Arg Pro Gln Asp Val Lys Phe Pro Gly Gly Gly Gln Ile Thr Asn Pro Pro Arg Gln Asp Val Lys Pro Phe Gly Gly Gly Gln Ile
20 25 3020 25 30
GTT GGT GGA GTT TAC CTG TTG CCG CGC AGG GGC CCC AGG TTG GGT GTG 445 GTT GGT GGA GTT TAC CTG TTG CCG CGC AGG GGC CCC AGG TTG GGT GTG 445
Val Gly Gly Val Tyr T,eu Leu Pro Arg Arg Gly Pro Arg Leu Gly Val Val Gly Gly Val Tyr T, had Leu Pro Arg Arg Gly Pro Arg Leu Gly Val
40 4540 45
CGC GCG ACT AGG AAG ACT TCC GAG CGG TCG CAA CCT CGT GGA AGG CGA 493 CGC GCG ACT AGG AAG ACT TCC GAG CGG TCG CAA CCT CGT GGA AGG CGA 493
Arg Ala Thr Arg Lys Thr Ser Glu Arg Ser Gln Pro Arg Gly Arg Arg Arg Ala Thr Arg Lys Thr Ser Glu Arg Ser Pro Gln Arg Gly Arg Arg
55 6055 60
CAA CCT ATC CC 504CAA CCT ATC CC 504
Gln Pro Ile Pro 64 -Gln Pro Pro Island 64 -
SEQ ID N : 19SEQ ID N: 19
TYPE SEQUENCE: Nucléotide avec protéine correspondante TYPE SEQUENCE: Nucleotide with corresponding protein
LONGUEUR SEQUENCE: 1107 PAIRES DE BASES LENGTH SEQUENCE: 1107 BASE PAIRS
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, nonB post-transfusionelle SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: clone 136/1355 STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: human; serum infected with non-A, non-transfusion hepatitis SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: clone 136/1355
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de I à 1107 bp portion de la poloyprotéine PT-NANBH. from 1 to 1107 bp portion of the poloyprotein PT-NANBH.
PROPRIETES: encode probablement des protéines virales structurelles. PROPERTIES: probably encodes structural viral proteins.
TCC TCCTCC TCC
Ser SerSer Ser
GCC AGCGCC AGC
Ala SerAla Ser
GGG GCGGGG GCG
Gly AlaGly Ala
CGC TGC TGG GTA GCG CTC ACT CCC ACG CTC GCG GCC CGC TGC TGG GTA GCG CTC ACT CCC ACG CTC GCG GCC
Arg Cys Trp Val Ala Leu Thr Pro Thr Leu Ala Ala Arg Cys Trp Ala Leu Leu Thr Pro Leu Ala Ala
1010
ATC CCC ACT GCG ACA ATA CGA CGC CAC GTC GAT TTG ATC CCC ACT GCG ACA CGA ATA CGC CAC GTC TTG GAT
Ile Pro Thr Ala Thr Ile Arg Arg His Val Asp Leu Ile Pro Thr Ala Thr Ile Arg Arg His Val Asp Leu
25 3025 30
GCT GCC TTC TGC TCC GCT ATG TAC GTG GGG GAT CTC GCT GCC TTC TGC TCC GCT ATG GTG TAC GGG GAT CTC
Ala Ala Phe Cys Ser Ala Met Tyr Val Gly Asp Leu Ala Ala Phe Ser Cys Ala Met Val Val Vally Asp Leu
40 4540 45
AAG GACAAG GAC
Lys AspAsp lilies
CTC GTTCTC GTT
Leu ValLeu Val
TGC GGATGC GGA
Cys GlyCys Gly
TCT GTT TTC CTC GTC TCT CAG CTG TTC ACC TTC TCG CCT CGC CGA CAT TCT GTT TTC CTC GTC TCT CAG CTG TTC ACC TTC TCG CCT CGC CGA CAT
Ser Val Phe leu Val Ser Gln Leu Phe Thr Phe Ser Pro Arg Arg His Ser Val Phe Leu Val Ser Gln Leu Phe Thr Phe Ser Pro Arg Arg His
55 6055 60
CAG ACGCAG ACG
Gln ThrGln Thr
GGT CACGGT CAC
Gly HisGly His
GCC CTAGCC CTA
Ala LeuAla Leu
ATG GTGATG GTG
Met ValMet Val
GTA CAG GAC TGC AAT TGT TCA ATC TAT CCC GGC CAC GTA TCA GTA CAG GAC TGC AAT TGT TCA ATC TAT CCC GGC CAC GTA TCA
Val Gln Asp Cys Asn Cys Ser Ile Tyr Pro Gly His Val Ser Val Gln Asp Cys Asn Cys Ser Tire Island Pro Gly His Val Ser
75 S 8075 S 80
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355 360 365355 360 365
TTG Leu 67 -TTG Leu 67 -
SEQ ID N : 20SEQ ID N: 20
TYPE SEQUENCE: Nucléotide avec protéine correspondante TYPE SEQUENCE: Nucleotide with corresponding protein
LONGUEUR SEQUENCE: 2043 PAIRES DE BASES LENGTH SEQUENCE: 2043 BASE PAIRS
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOIECUITE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: clone 156/192 STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear TYPE MOIECUITE: synthetic DNA ORGANISM SOURCE OF ORIGIN: human; serum infected with non-A, non-B post-transfusion hepatitis SOURCE IMMEDIATE EXPERIMENTATION: clone 156/192
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 2043 bp portion de la poloyprotéine PT-NANBH. from 1 to 2043 bp portion of the poloyprotein PT-NANBH.
PROPRIETES: encode probab 3 ement des protéines virales PROPERTIES: probably encodes 3 viral proteins
non structurelles.non-structural.
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GGC GGG GTC CTT GCA GCTGGC GGG GTC CTT GCT GCT
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066999 Z066999 Z
71 -71 -
SEQ ID N : 21SEQ ID N: 21
TYPE SEQUENCE: Nucléotide avec protéine correspondante TYPE SEQUENCE: Nucleotide with corresponding protein
LONGUEUR SEQUENCE: 2116 PAIRES DE BASES LENGTH SEQUENCE: 2116 BASE PAIRS
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLFECUJTF: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: contig formé par des clones d'AD Nc à partir de l'extrémité 5 ' du génome STRENGTH STATE: single strand TOPOLOGY: linear TYPE MOLFECUJTF: synthetic DNA ORGANISM SOURCE OF ORIGIN: human; serum infected with non-A, non-B post-transfusion SOURCE IMMEDIATE EXPERIMENTATION: contig formed by AD Nc clones from the 5 'end of the genome
CARACTERISTIQIJES:CARACTERISTIQIJES:
de 308 à 2116 bp début de la poloyprotéine PT-NANBH. from 308 to 2116 bp beginning of poloyprotein PT-NANBH.
PROPRIETES: protéines virales structurelles et non structurelles. PROPERTIES: Structural and non-structural viral proteins.
GATCACTCCC CTGTGAGGAA CTACTGTCTT CACGCAGAAA GCGTCTAGCC ATGGCGTTAG 60 GATCACTCCC CTGTGAGGAA CTACTGTCTT CACGCAGAAA GCGTCTAGCC ATGGCGTTAG 60
TATGAGTGTC GTGCAGCCTC CAGGACCCCC CCTCCCGGGA GAGCCATAGT GGTCTGCGGA 120 TATGAGTGTC GTGCAGCCTC CAGGACCCCC CCTCCCGGGA GAGCCATAGT GGTCTGCGGA 120
ACCGGTGAGT ACACCGGAAT TGCCAGGACG ACCGGGTCCT TTCTTGGATT AACCCGCTCA 180 ACCGGTGAGT ACACCGGAAT TGCCAGGACG ACCGGGTCCT TTCTTGGATT AACCCGCTCA 180
ATGCCTGGAG ATTTGGGCGT GCCCCCGCAA GACTGCTAGC CGAGTAGTGT TGGGTCGCGA 240 ATGCCTGGAG ATTTGGGCGT GCCCCCGCAA GACTGCTAGC CGAGTAGTGT TGGGTCGCGA 240
AAGGCCTTGT GGTACTGCCT GATAGGGTGC TTGCGAGTGC CCCGGGAGGT CTCGTAGACC 300 AAGGCCTTGT GGTACTGCCT GATAGGGTGC TTGCGAGTGC CCCGGGAGGT CTCGTAGACC 300
GTGCACC ATG AGC ACG AAT CCT AAA CCT CAA AGA AAA ACC AAA CGT AAC 349 GTGCACC ATG AGC ACG AAT CCT AAA CCT CAA AGA AAA ACC AAA CGT AAC 349
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ACC AAC CGC CGC CCA CAG GAC GTC AAG TTC CCG GGC GGT GGT CAG ATC 397 ACC AAC CGC CGC CCA AGC GAC GTC AGC TTC GGC GGT GGT AGC ATC 397
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20 25 3020 25 30
GTT GGT GGA GTT TAC CTG TTG CCG CGC AGG GGC CCC AGG TTG GGT GTG 445 GTT GGT GGA GTT TAC CTG TTG CCG CGC AGG GGC CCC AGG TTG GGT GTG 445
Val Gly Gly Val Tyr Leu rleu Pro Arg Arg Gly Pro Arg Teu Gly Val Val Gly Gly Val Tyr Leu rl Pro Arg Arg Gly Pro Arg Teu Gly Val
40 -4540 -45
CGC GCG ACT AGG AAG ACT TCC GAG CGG TCG CAA CCT CGT GGA AGG CGA 493 CGC GCG ACT AGG AAG ACT TCC GAG CGG TCG CAA CCT CGT GGA AGG CGA 493
Arg Ala Thr Arg Lys Thr Ser Glu Arg Ser Gln Pro Arg Gly Arg Arg Arg Ala Thr Arg Lys Thr Ser Glu Arg Ser Pro Gln Arg Gly Arg Arg
55 6055 60
CAA CCT ATC CCC AAG GCT CGC CAG CCC GAG GGC AGG GCC TGG GCT CAG 541 CAA CCT ATC CCC AAG GCT CGC CAG CCC GAG GGC AGG GCC TGG GCT CAG 541
Gln Pro Ile Pro Lys Ala Arg Gln Pro Glu Gly Arg Ala Trp Ala Gln Gln Pro Ile Pro Lys Ala Arg Gln Pro Glu Gly Arg Ala Trp Ala Gln
70 7570 75
CCC GGG TAC CCT TGG CCC CTC TAT GGC AAC GAG GGC ATG GGG TGG GCA 589 CCC GGG TAC CCT TGG CCC CTC TAT GGC AAC GAG GGC ATG GGG TGG GCA 589
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85 9085 90
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06655999 Z06655999 Z
--
SEQ ID N : 22SEQ ID N: 22
TYPE SEQUENCE: Nucléotide avec protéine correspondante TYPE SEQUENCE: Nucleotide with corresponding protein
LONGUEUR SEQUENCE: 3750 PAIRES DE BASES LENGTH SEQUENCE: 3750 BASE PAIRS
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECUILE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: humain; sérum infecté par hépatite non-A, non-B post-transfusionelle SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: contig formé par des clones d'AD Nc à partir de l'extrémité 3 ' du génome STRENGTH STATE: single-strand TOPOLOGY: linear MOLECULAR TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: human; serum infected with non-A, non-B post-transfusion SOURCE IMMEDIATE EXPERIMENTATION: contig formed by AD clones from the 3 'end of the genome
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 3750 bp portion de la poloyprotéine PT-NANBH. from 1 to 3750 bp portion of the PT-NANBH poloyprotein.
PROPRIETES: protéines virales non structurelles. PROPERTIES: non-structural viral proteins.
TGG GAG GGC GTC TTC ACA GGC CTC ACC CAC GTG GAT GCC CAC TTC CTG 48 TGG GAG GGC GTC TTC ACA GGC CTC ACC GAC GTG GAT GCC CAC TTC CTG 48
Trp Glu Gly Val Phe Thr Gly Leu Thr His Val Asp Ala His Phe Leu Trp Glu Gly Val Phe Thr Gly Leu Thr His Asp Val Ala His Phe Leu
10 1510 15
TCC CAA ACA AAG CAG GCA GGA GAC AAC TTC CCC TAC CTG GTG GCG TAC 96 TCC CAA ACA AAG CAG GCA GGA GAC AAC TTC CCC TAC CTG GTG GCG TAC 96
Ser Gln Thr Tys Gln Ala Gly Asp Asn Phe Pro Tyr Leu Val Ala Tyr Ser Gln Thr Tys Gln Ala Gly Asn Asp Phe Pro Tyr Leu Val Ala Tyr
25 3025 30
CAG GCT ACT GTG TGC GCT AGG GCC CAG GCC CCA CCT CCA TCA TGG GAT 144 CAG GCT ACT GTG TGC GCT AGG GCC CAG GCC CCA CCT CCA TCA TGG GAT 144
Gin Ala Thr Val Cys Ala Arg Ala Gln Ala Pro Pro Pro Ser Trp Asp Gin Ala Thr Val Cys Ala Ala Gln Ala Pro Pro Ser Trp Asp
40 4540 45
CAA ATG TGG AAG TGT CTC ATA CGG CTA AAG CCT ACT CTG CGC GGG CCA 192 CAA ATG TGG AAG TGT CTC ATA CGG CTA AAG CCT ACT CTG CGC GGG CCA 192
Gln Met Trp Lys Cys Leu Ile Arg Leu Lys Pro Thr Leu Arg Gly Pro Gln Met Trp Lys Cys Leu Arg Island Leu Lys Pro Thr Leu Arg Gly Pro
55 6055 60
ACA CCC TTG CTG TAT AGG CTG GGA GCC GTC CAA AAC GAG GTC ACC CTC 240 ACA CCC TTG CTG TAT AGG CTG GGA GCC GTC CAA AAC GAG GTC ACC CTC 240
Thr Pro Leu Leu Tyr Arg Leu Gly Ala Val Gln Asn Glu Val Thr Leu Thr Pro Leu Leu Tyr Arg Leu Gly Ala Gln Gln Asn Glu Val Thr Leu
70 75 8070 75 80
ACA CAC CCC ATA ACC AAA TTC ATC ATG GCA TGC ATG TCA GCC GAC CTG 288 ACA CAC CCC ATA ACC AAA TTC ATC ATG GCA TGC ATG TCA GCC GAC CTG 288
Thr His Pro Ile Thr Lys Phe Ile Met Ala Cys Met Ser Ala Asp Leu Thr His Pro Island Thr Lys Phe Island Met Ala Cys Met Ser Ala Asp Leu
90 9590 95
GAG GTC GTC ACG AGC ACC TGG GTG CTG GTG GGC GGG GTC CTT GCA GCT 336 GAG GTC GTC ACG AGC ACC TGG GTG CTG GTG GGC GGG GTC CTT GCA GCT 336
Glu Val Val Thr Ser Thr Trp Val Leu Val Gly Gly Val Leu Ala Ala Glu Val Val Thr Thr Trp Val Leu Val Val Gly Val Leu Val Ala Ala
105 110105,110
CTG GCT GCG TAT TGC TTG ACA ACA GGC AGC GTG GTC ATT GTG GGT AGG 384 CTG GCT GCG TAT TGC TTG ACA ACG GGC AGC GTG GTC ATT GTG GGT AGG 384
Leu Ala Ala Tyr Cys Leu Thr Thr Gly Ser Val Val Ile Val Gly Arg Leu Ala Ala Tyr Cys Leu Thr Thr Gly Ser Val Val Val Gly Arg
120 125120 125
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06655999 Z06655999 Z
82 -82 -
SEQ ID N : 23SEQ ID N: 23
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 23 BASESLENGTH SEQUENCE: 23 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: baculovirus Autographa californica Nuclear Polydedrosis virus (Ac NPV) STRENGTH STATE: single-strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: Autographa californica baculovirus Nuclear Polydedrosis virus (Ac NPV)
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 24nucleotide; oligo d 24
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 23 bases homologues à la portion de gène poly- from 1 to 23 bases homologous to the portion of poly-
hédrine Ac NPV en aval du site de clonage Bam Hl dans hedrin Ac NPV downstream of the Bam Hl cloning site in
les vecteurs p Ac 360 et similaires. the vectors p Ac 360 and the like.
PROPRIETES: amorce la synthèse de I'ADN à partir des séquences du vecteur de transfert du baculovirus qui PROPERTIES: initiates synthesis of DNA from baculovirus transfer vector sequences which
flanquent 1 'ADN inséré au niveau du site Bam Hl. flank the DNA inserted at the Bam HI site.
CGGGTTTAAC ATTACGGATT TCCCGGGTTTAAC ATTACGGATT TCC
83 -83 -
SEQ ID N : 24SEQ ID N: 24
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 31 BASESLENGTH SEQUENCE: 31 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: baculovirus Autographa californica Nuclear Polydedrosis virus (Ac NPV) STRENGTH STATE: single-strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA ORIGINAL SOURCE ORGANISM: Autographa californica baculovirus Nuclear Polydedrosis virus (Ac NPV)
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 126nucleotide; oligo d 126
CARACTERISTIQUES:CHARACTERISTICS:
de 1 à 31 bases homologues aux séquences de jonction en amont produite lorsque l'AD Nc amplifié par d 75 (SEQ ID n 5) est cloné dans le site de clonage Bam Hl dans des vecteurs p Ac 360 et similaires; des déséquilibres au niveau des bases 13 et 14 introduisent un site Pstl de 3 à 10 bases homologues à la région du site Bam Hl dans des vecteurs p Ac 360 et similaires de 4 à 9 bases site Bam Hl from 1 to 31 bases homologous to the upstream junction sequences produced when the D75 amplified AD nc (SEQ ID No. 5) is cloned into the Bam HI cloning site in p 360 vectors and the like; imbalances at the level of the bases 13 and 14 introduce a PstI site of 3 to 10 bases homologous to the Bam HI site region in p 360 and similar vectors of 4 to 9 bases Bam HI site
de 12 à 17 bases site Pstl.from 12 to 17 bases Pstl site.
PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN à la jonction des séquences du vecteur de transfert du baculovirus et des séquences amplifiées précédemment par l'oligo d 75; introduit un site de reconnaissance Pstl pour le PROPERTIES: initiates DNA synthesis at the junction of baculovirus transfer vector sequences and sequences previously amplified by oligo d 75; introduced a Pstl recognition site for the
travail de clonage ultérieur.subsequent cloning work.
TAAGGATCCC CCT GCA GTA TCG GCG GAA TTC 31 TAAGGATCCC CCT GCA GTA TCG GCG GAA TTC 31
Ser Ala Val Ser Ala Glu Phe 84 -Ser Ala Ser Val Ala Glu Phe 84 -
SEQ ID N : 25SEQ ID N: 25
TYPE SEQUENCE: NucléotideTYPE SEQUENCE: Nucleotide
LONGUEUR SEQUENCE: 45 BASESLENGTH SEQUENCE: 45 BASES
ETAT EN BRIN: monobrin TOPOLOGIE: linéaire TYPE MOLECULE: ADN synthétique STRENGTH STATE: single-strand TOPOLOGY: linear MOLECULE TYPE: synthetic DNA
ORGANISME SOURCE D'ORIGINE: N/AORGANISM SOURCE OF ORIGIN: N / A
SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: synthétiseur oligo- SOURCE EXPERIMENTATION IMMEDIATE: oligomeric synthesizer
nucléotide; oligo d 132nucleotide; oligo d 132
CARACTERISTTQIUES:CARACTERISTTQIUES:
de 5 à 10 bases site de reconnaissance Pstl de 13 à 27 bases codage de liaison pour cinq résidus Lys de 28 à 45 bases homologues alux bases 4 à 21 de B R 11 from 5 to 10 bases PstI recognition site from 13 to 27 bases binding coding for five Lys residues from 28 to 45 homologous bases alux bases 4 to 21 of B R 11
(SEQ ID 7).(SEQ ID 7).
PROPRIETES: amorce la synthèse de l'ADN à l'extrémité ' de BRII et introduit une séquence synthétique qui code 5 lysines ainsi qu'un site de reconnaissance Pstl PROPERTIES: initiates DNA synthesis at the BRII end and introduces a synthetic sequence that encodes lysines as well as a PstI recognition site
pour le travail de clonage ultérieur. for subsequent cloning work.
CTGCCTGCA GTA AAG AAG AAG AAG AAG AAA ACC AAA CGT AAC ACC A 45 CTGCCTGCA GTA AAG AAG AAG AAG AAG AAA ACC AAA CGT AAC ACC A 45
Val Lys Lys Lys Lys Lys Lys Thr Lys Arg Asn Leu Val Lys Lily Lys Lily Lys Lily Lys Thr Lys Arg Asn Leu
1010
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