FI117078B - Suurten informaatioverkkojen visualisointi - Google Patents

Description

, 1

Suurten informaatioverkkojen visualisointi

Keksinnön tausta

Keksintö liittyy menetelmiin, järjestelmiin ja tietoko tuotteisiin informaatioverkon visualisoimiseksi. informaatioverkko k 5 muja ja niiden välisiä yhteyksiä. Informaatioverkko voi olla tietokone* esitys fyysisestä verkosta, kuten data/tietoliikenneverkosta, tai infon ko voi olla toisiinsa liittyvien informaatioelementtien systemaattinei Esimerkiksi biokemiallinen informaatio tai laaja ohjelmistoprojekti \ jestää informaatioverkoksi. Tässä käytettynä "suuri verkko” tarkoitti 10 jota ei voida visualisoida yhdellä tietokoneen näytöllä. Esimerkiksi sessa tutkimuksessa ei ole epätavallista käsitellä informaatioverkkoj yli miljoona elementtiä (solmuja ja/tai yhteyksiä).

Kuvio 1 näyttää joitakin suuren verkon elementtejä. Verko logia, jonka määrittelevät solmujen ja yhteyksien keskinäiset suhta 15 NO - N93 esittävät joitakin verkon solmuista, ja viivat C1 - C93 esitti sen yhteyksistä. Joissakin konteksteissa yhteyksiä kutsutaan kaa termi "yhteys” korostaa sitä, että useimmissa tosielämän sovelluksia sillä on yksilöllisiä verkkotopologian ulkopuolisia fysikaalisia ominaisi

Keksinnön ensisijainen sovellus on suurten biokemialliste 20 visualisointi. Tässä tapauksessa solmut voivat esittää geenejä ja pr : V: yhteydet voivat esittää solmujen välisiä relaatioita. Esimerkiksi, jos :T: daa proteiinia, geeni ja proteiini voidaan esittää solmuilla ja geenin ·:· proteiinin koodaus esitetään tietyn tyyppisellä yhteydellä. Muita prol ** *· ka aktivoivat tai estävät tällaista koodausta, voidaan esittää lisäsoln • · 25 tivointia tai estämistä muilla yhteystyypeillä.

• · [-.I, Tämä on kuitenkin vain yksi esimerkki, ja suuria informas *** voidaan käyttää suunnittelemaan ja ylläpitämään tietoliikenne- ja sä , . ja, sähköisten piirien kaavioita, kuljetusta, yritysorganisaatioita tai vai * * * :*j : Monet ongelmat vaikeuttavat suurten informaatioverkl 30 alisointia. Ensimmäinen ongelma liittyy siihen, että käyttäjä voi olla k 11 2 sen ryhmän, mutta ryhmät ovat etäällä toisistaan. Yhteys C10 yhd NO ja N90. Osa yhteydestä C10 on näytetty katkoviivalla ja osa νέ solmuista kolmella pisteellä (...) sen havainnollistamiseksi, että ta on etäällä toisistaan. Ensimmäiseen ryhmään zoomaaminen anti 5 nähdä solmut NO - N4 ja niihin liittyvät yhteydet C1 - C4, mutta toinr silloin näytön ulkopuolella.

Toinen ongelma aiheutuu siitä, että joissakin informaa on solmuja ja/tai yhteyksiä, jotka liittyvät hallitsemattomaan mä solmuja ja/tai yhteyksiä. Esimerkiksi biokemiallisissa informaatiove 10 ja ribosomi ovat solmuja, joilla on yhteyksiä käytännöllisesti kats muihin solmuihin. Vaikka tällaiset relaatiot ovat tärkeitä, on vaikea muja, joilla on tuhansia yhteyksiä.

Keksinnön lyhyt selostus

Keksinnön tavoitteena on tuottaa mekanismi suurten 15 verkkojen visualisoimiseksi siten, että yllä mainitut kaksi ongelmaa Keksinnön tavoite saavutetaan järjestelmällä, menetelmällä ja tietc jelmistotuotteella, joille on tunnusomaista se, mitä sanotaan itsenäk tivaatimuksissa. Keksinnön edulliset suoritusmuodot ovat epäitse tenttivaatimusten kohteena.

20 Ensimmäinen ongelma kahden tai useamman etäisen si ;y. näyttämisestä ratkaistaan dynaamisesti regeneroimalla verkon vis joittelu verkon topologian perusteella tarvittaessa. Tämä tarkoittaa, solmuilta ja yhteyksillä ei tarvitse olla kiinteää sijaintia.

Toinen ongelma, että joillakin solmuilla on hallitsematon i .! / 25 yksiä toisiin solmuihin, ratkaistaan käyttäjän asettamilla suotimilla j • · * :a,;* säännöillä. Käyttäjä voi esimerkiksi suodattaa pois solmut, joilla oi : kuin n yhteyttä.

Verkon visuaalinen sijoittelu generoidaan uudelleen, k : navigoi uuteen elementtiin tai sijaintiin verkossa tai vaihtaa yhtä ta : * * *: 30 suod inasetusta.

yhteydet solmujen kautta, joilla on yli Y yhteyttä". Käyttäjän asetett piilotustoiminto on tärkeä joissakin sovelluksissa. Esimerkiksi biol informaatioverkoissa vesi ja ribosomi liittyvät käytännöllisesti kats muihin solmuihin, mikä tarkoittaa, että mitkä tahansa kaksi mielk 5 mua ovat saavutettavissa toisistaan ribosomin tai veden kautta. Sui ronisessa digitaalisessa piirissä tällainen suodatus voisi tilapäisesti tämästä teho- ja järjestelmäkelloiinjoja, koska mitkä tahansa kaksi tia on kytketty toisiinsa teholähteen tai jäijestelmäkellon kautta.

Kuvioiden lyhyt selostus 10 Keksintöä selostetaan nyt lähemmin edullisten suoritusn teydessä, viitaten oheisiin piirroksiin, joista:

Kuvio 1 esittää suuren verkon elementtejä ja havainnoii näyttämiseen liittyviä ongelmia;

Kuvio 2 esittää informaatiojärjestelmää keksinnön toteutt 15 Kuvio 3 esittää solmua ja yhteyttä talletettuna tietokantaa

Kuvio 4 on signalointikaavio, joka havainnollistaa kuvioi tyn järjestelmän toimintaa; ja

Kuvio 5 esittää edullisen käyttöliittymän joitakin elementl tuksen yksityiskohtia.

. . 20 Keksinnön yksityiskohtainen selostus * * * \\Y Kuvio 2 esittää esimerkinomaista informaatiojärjestelmä • * *

**'/ toteuttamiseksi. Solmut ja yhteydet on tallennettu tietokantaan D

····* pääsy yhdeltä tai useammalta päätelaitteelta TE. Päätelaitteet TE

sesti graafisia työasemia tai yleiskäyttöisiä tietokoneita. Kullakin pi ; 25 TE on näyttö Dl verkon visualisoimiseksi. Näytön sisältö tallenne sesti näyttöpuskuriin BF, josta sisältö tuotetaan näytölle Dl. Tämä yhteydessä mielenkiinnon polttopiste on siinä, mitkä solmut ja yhte : taan tietokannasta DB näyttöpuskuriin BF. Tuottamisprosessissa r .***. rista BF näytölle Dl voidaan käyttää mitä tahansa tekniikkaa graa 11 4 käsittää tietokantakyselyn fysikaalisten ominaisuuksien perusteella, olla suhteellinen syöte osoitinlaitteetta navigoida tiettyyn suuntaan.

On myös ennalta määrätty (mutta muutettavissa oleva) sä RS tallentamaan sääntöjä kuten 1) "näytä solmut, jotka ovat saav 5 solmusta X korkeintaan määrällä Z peräkkäisiä yhteyksiä”; ja 2) "pi det solmujen kautta, joilla on yli W yhteyttä”. Tässä esimerkissä s käyttäjän mielenkiinnon polttopiste eli fokus. On myös suotimen ase FS asettamaan sääntöjoukon RS käyttämiä parametreja, kuten yi määrät Z ja W. Suotimen asetusvälineitä FS voidaan ohjata samalle 10 teistolla (hiirellä, näppäimistöllä jne.) kuin se, jolla annetaan navigoi vain käyttöliittymälogiikan tarvitsee olla erilainen. Esimerkiksi käytl giikka voi varata alueen näytöltä tietyille liukusäätimille, jotka ovat hiirellä raahaamiselle.

Hakukone RE noutaa solmuja ja yhteyksiä tietokannasta 15 verkon kulloinkin näytettyyn osuuteen ja käyttäjän navigointisyöttees kä verkon topologiaan. Suodin FR suodattaa tulokset ja päästää lä muja ja yhteyksiä, jotka täyttävät sääntöjoukon RS säännöt, joita suodinasetuksilla FS. Valinnainen välimuisti CA poistaa tarpeen su tietokantahakuoperaatio joka kerran, kun käyttäjä antaa navigointia 20 tai suodinasetukset FS muuttuvat.

(V Laitteistototeutuksen suhteen päätelaitteet TE ovat tyyr 'Hl vanomaisia yleiskäyttöisiä tietokoneita tai graafisia työasemia. Tiel * * » '·'/ toteutetaan tyypillisesti verkkomuistina. Hakukone RE on tyyppisesi *·*:* kannan hallintapakettia, joka tukee kyselykieltä, kuten SQL (Struck 25 Language). Välimuisti CA on osa päätelaitteen muistia (RAM ja/tai ; V Suodin FR voidaan toteuttaa ohjelmistoprosessina, joka noutaa c välimuistista ja tallentaa näyttöpuskuriin BF vain ne elementit, jotk sääntöjoukon RS. Näyttöpuskuri BF on myös osa päätelaitteen mu • sääntöjoukon RS sääntö käsittää kaksi osaa, nimittäin näytettävä !···! 30 säännön näytettäväksi käyttäjälle sekä logiikan säännön totei 11 5 det eksplisiittisesti ja joutaa solmuinformaatio tietokannasta DB ku tyä yhteyttä kohti.

On myös mahdollista asentaa välimuisti hakukoneen ja DB väliin, kuviossa 2 näytetyn sijoituksen asemasta tai sen lisäksi 5 verkkoympäristössä välimuisti CA voidaan toteuttaa verkkopalveli velinperusteinen välimuisti voi tuoda joitakin synergiaetuja orgs jossa useita tutkijoita työskentelee samanaikaisesti informaatioveri osuuksien kanssa. Tässä tapauksessa on todennäköistä, että yf tarvitsemia elementtejä tarvitsevat muutkin. Lisäksi palvelinperu: 10 muisti voi yksinkertaistaa muutosten välittämistä muille. Tarkastella jossa yksi tutkija löytää uuden solmujen välisen relaation, esime biokemiallisen relaation. Tämä uusi relaatio päivitetään tietokanta välimuisti sijaitsee palvelimella, sen päivitetty tilatieto on välittömi käyttäjien käytettävissä. Sen sijaan työasemaperusteisessa välimi 15 taan monimutkaista signalointia palvelimen ja työasemien välillä, a elementit halutaan välittömästi kaikkien käyttäjien käyttöön.

Toisaalta kuviossa 2 näytetyllä välimuistin sijoituksella o tä muutetut suodinasetukset eivät välttämättä Hipaise uutta tietokan

Kuvio 3 esittää esimerkinomaista soimutietuetta 31 ja yh 20 32. Solmu- ja yhteystietueiden 31, 32 jotkut informaatioelementit v< syvästi talletettuina tietokantaan, kun taas jotkut voivat olla tilapäisi . v: jä, joita ylläpidetään vain niin kauan kuin solmu- tai yhteystietue pyi tissa CA (ks. kuviot 2 ja 4). Solmu-ja yhteystietueet voidaan tallent # · f tiomonikkoina tai useita kenttiä sisältävinä tietueina. Kullakin solmu 25 ainakin solmutunnistekenttä 311, ja sillä on tyypillisesti selväkieli / kuvaus 312, joka on ihmisille informatiivisempi kuin pelkkä tunnisti * · · : mu edustaa jotain fyysistä oliota, jonka fysikaaliset parametrit näyfc tiivisesti fysikaalisten parametrien kenttänä 313. Kentät 311 - 313 o tietokantaan DB. Joissakin sovelluksissa, kuten fysikaalisten verkl j.:*· 30 tamisessa, on edullista toteuttaa kenttä (jota ei ole näytetty täi maantieteellisten koordinaattien sisältämiseksi, mutta vaikka tällai; 6 ole keksinnön kannalta oleellisia. Kenttä 314 osoittaa solmusta läht tulevien yhteyksien määrän. Jotkut sääntöjoukon RS säännöt kä määrää (ks. kuviot 2 ja 5). Vaihtoehtona eksplisiittiselle kentälle 31 lähtevien/siihen tulevien yhteyksien määrä voidaan laskea "lennc 5 seen solmuun liittyvien yhteystietueiden 32 perusteella.

Yhteystietueella tai informaatiomonikolla 32 on ainakin tui kenttä 321. Yleensä sillä on myös kenttä yhteyden selväkielistä nim ten. On kaksi kenttää 323 ja 324, jotka osoittavat yhteyden päätys yhteydet ovat suunnattuja, kentistä 323 ja 324 toinen osoittaa läh 10 toinen kenttä osoittaa yhteyden vastaavaa päätysolmua. Suunnattu käsitellään lähemmin alaotsikon "suunnatut yhteydet” alla. Sovellu puen yhteystietue 32 voi käsittää myös fysikaalisia parametreja 325.

Lähtö- ja tulosolmukentät 323, 324 sekä solmun tunnisti määrittelevät kollektiivisesti informaatioverkon topologian.

15 Lähde 1, joka sisältyy tähän viittauksena, selostaa edullis ta tallentaa ja kuvata fysikaalisia parametreja, joita voidaan käytä ja/tal yhteyksien fysikaalisena parametri-informaationa.

Kentät 315 ja 326, joita kutsutaan ”relevanssiksi”, ovat n siä ja valinnaisia kenttiä. Välimuistilogiikka, yhdessä hakukoneen 20 käyttää relevanssikenttiä määrittämään, tuleeko solmu tai yhteys muistissa CA vai ei. Esimerkiksi asteikolla 0-10 käyttäjän mielenkiii : Y; sessa saisi arvosanan 10, siihen tulevat tai siitä lähtevät yhteydet v • m arvosanan 9, solmun välittömät naapurit arvosanan 8 jne. Kun käyt tiettyyn suuntaan, tässä suunnassa olevien solmujen ja yhteyksie 25 siarvosanaa nostetaan ja päinvastoin.

/ Jos yhteinen välimuisti CA palvelee useaa käyttäjää, isti kunaa, solmu- ja yhteystietueiden 31, 32 tulee osoittaa myös käyt • · *···* tai ikkuna, johon tietue liittyy.

Kuvio 4 on signalointikaavio, joka havainnollistaa kuvios * · : 30 tyn järjestelmän toimintaa. Vaiheessa 4-2 käyttäjä antaa navigointi; ·[[[· joka tarkoittaa, että hän haluaa navigoida solmuun X. Käyttäjä voi 7 osoitinlaitteen (hiiren, nuolinäppäinten) liikettä ja muuttujankuvauski lausekkeita.

Vaiheessa 4-4 hakukone RE prosessoi navigointisyöttei taen, että navigointisyöte käsittää solmun selkokielisen nimen 312 5 RE noutaa ensin selkokielistä nimeä vastaavan solmutietueen 31. S vaiheessa 4-6, hakukone noutaa solmusta X lähtevät tai siihen p; teydet (kentät 323 ja 324) ja poimii näiden yhteyksien osoittamat so ovat solmuja, jotka on kytketty solmuun X tasan yhden yhteyden V hempien operaatioiden nopeuttamiseksi tietokantakyselyjen 4-4 ja 10 tallennetaan valinnaiseen välimuistiin CA. Seuraavaksi oletetaan, et on riittävän suuri näyttämään solmuja, jotka ovat korkeintaan kolrm päässä solmusta X. Maksimimäärää yhteyksiä, joka erottaa käytä kiinnon fokuksen ja viimeisen tietokannasta noudetun solmun, kuts syvyydeksi. Syvyys on edullisesti käyttäjän asetettavissa. Voi olla 15 vyysasetukset sille, mitä noudetaan tietokannasta DB välimuistiin mitä todella näytetään näytöllä Dl.

Jotta olisi riittävästi näytettävää, hakukone RE toistaa re vaiheet 4-4 ja 4-6. Tämä rekursio näytetään vaiheena 4-8. Vaiheide rekursiivisen toistamisen jälkeen välimuisti CA sisältää solmuja, jot 20 keintaan 3-5 hypyn päässä solmusta X, rekursiosilmukoiden lu riippuen. Syy hakuprosessin rekursiiviselle toistamiselle kolmen tai •y. sä kolme on näytöllä kulloinkin näytettävien hyppyjen määrä) or muutos navigointisyötteessä, kuten fokuksen muutos välittömään r

Hipaise uuttaa tietokannan hakuprosessia.

25 Vaiheessa 4-10, kun tietokannasta DB on noudettu väli .! / riittävä määrä solmu- ja yhteystietueita 31, 32, ne prosessoidaar • * * yf FR. Vaiheessa 4-12 suodin FR tarkastelee sääntöjoukkoa RS ja su siä FS ja tallentaa näyttöpuskuriin BF vain ne solmu- ja yhteystieti jotka täyttävät suodinasetuksilla säädetyn sääntöjoukon. Näyttöpu: : 30 säftää ne solmut ja yhteydet, jotka todella näytetään näytöllä Dl.

·[[[: Sääntöjä ja suodinasetuksia selostetaan enemmän kuvii

Vaiheessa 4-16, olettaen että välimuisti CA sisältää pyydetyt sola det, ne johdetaan suotimelle FR, ja vaiheessa 4-18 suodin FR talle puskuriin BF sääntöjoukon RS täyttävät solmut ja yhteydet. Jos välii sisällä käyttäjän uutta navigointisyötettä Nl vastaavia solmuja ja yti 5 tokannasta DB on haettava lisää dataa samoin kuin yllä selostetuisi 4-4... 4-8.

Valinnaisessa vaiheessa 4-20 hakukone RE ennakoi kä van liikkeen ja hakee tietokannasta DB lisää dataa välimuistiin CA.

Vaiheessa 4-22 käyttäjä säätää suodinasetuksia FS. h 10 merkiksi pitää näyttöä liian ahtaana ja valitsee joidenkin elementl sen. Suodatusprosessi toistetaan säädetyillä suodinasetuksilla vai ja 4-26.

Säännöt Sääntöjen joukko esitettiin yleisesti sääntöjoukkona RS 15 Kukin sovellusala, kuten mikrobiologia, tietoliikenne tai sähköverko lu, vaatii omat sääntönsä. Seuraavaksi käsitellään joitakin sääntöjä erityisen hyödyllisiä biokemiallisen informaation prosessoimisessa.

Eräs erittäin hyödyllinen sääntö on "jätä huomiotta yhti kyylien (solmujen) kautta, joilla on Y tai useampia naapureita (yhte 20 teyden huomiotta jättäminen tarkoittaa, että kahden molekyylin ei van saavutettavissa toisistaan kahden hypyn kautta, jos nämä ki ,···. ovat solmuun/solmusta, jolla on Y tai useampia naapureita. Syy tali * / on seuraava. Vesi ja ribosomi ovat esimerkkejä molekyyleistä, jotka lähes jokaiseen biokemialliseen reaktioon. Toisin sanoen vesi ja ril a* / 25 käytännöllisesti katsoen kaikkien muiden molekyylien välittömiä • Tästä on seurauksena, että mitkä tahansa kaksi molekyyliä ovat sa sa toisistaan kahden yhteyden ja joko veden tai ribosomin kautta, js purin” käsite menettää merkityksensä.

Samanlainen tilanne esiintyy joissakin elektronisissa pii n 30 teholähdelinjat ja järjestefmäkello ovat käytännöllisesti katsoen kaikl 11 päällä, voimme jättää huomiotta molekyylit, joilla on hyvin pieni m£ siä, ja keskittyä solmuihin, joilla on kohtuullinen määrä yhteyksiä.

Yllä selostetut säännöt liittyvät verkon topologiaan, ts. suhteisiin eri solmujen välillä ja solmujen välisten yhteyksien määrä 5 giaan liittyvien sääntöjen lisäksi tietokannan hakuprosessiin voi ki vanomaisia tietokantakriteerejä, edellyttäen että soimutietueet 31 ji tietueet 32 sisältävät tarpeellista informaatiota. Esimerkiksi käyttäjä valita vain substansseja (solmuja), joille tietokannassa ei ole tallem tallisia sivuvaikutuksia.

10 Valittujen ja suodatettujen elementtien näyttäminen

Kuvioiden 2 ja 4 selostus esitti, että näyttöpuskuri BF sisi tävät elementit (solmut ja yhteydet), mutta kuinka elementit näytetä toistaiseksi avoin kysymys. Sen lisäksi, että solmuille ja yhteyksin* pelkät symbolit, kuten ympyrä kullekin solmulle ja viiva kullekin yh 15 usein välttämätöntä tai hyödyllistä näyttää jotakin tunnistetietoa tai metrejä kunkin solmun ja yhteyden vieressä. (Joissakin sovellu elektronisissa piireissä, yhteyden luonne voi olla itsestään selvä ja nen viiva ilman tunnistetietoja riittää.) Tunnistetiedot, kuten kunkin niste 311 ja/tai selkokielinen nimi 312, on tallennettu solmutietueis 20 sakin suoritusmuodoissa näytettävät parametrit voidaan valita sallin :v. jän valita yksitellen kunkin soimutietueen 31 ja/tai yhteystietueen näyttäminen tai näyttämättä jättäminen.

»Il

On useita strategioita näytön Dl täyttämiseksi näyttöpusk lennetuilla elementeillä. Joissakin sovelluksissa, kuten suuren alue

Ji / 25 sa, voimaverkoissa ja matkasuunnittelussa, kullakin solmulla on si * * * *\ ** maantieteellinen sijainti, ja on käyttäjille intuitiivista lajitella näytett maantieteellisten sijaintien mukaan. Tämä ei kuitenkaan tarkoita, e olevat maantieteelliset sijainnit tulisi toisintaa mittakaavassa, ja ma : nen lento ja junamatka voivat molemmat olla hyppyjä (yhteyksiä), :[[[: 30 tään samanpituisin viivoin.

11 10 lekkäiset yhteydet. Tällaisia algoritmeja käytetään runsaasti pain suunnittelussa.

Solmujen ja yhteyksien tallentaminen biokemian sovelluksissa Lähde 1, joka sisältyy tähän hakemukseen viittauksena, < 5 lisiä tekniikoita biokemiallisen informaation tallentamiseksi. Erityis hakemuksen kuviot 6A ja 6B, yhdessä niihin liittyvän selostuksen vaavat edullisia datajoukkoja biokemiallisen informaation tallentami 7A esittää edullisen tekniikan biokemiallisten polkukaavioiden kuva kuvio 7B näyttää esimerkin kompleksisesti polkukaaviosta, joka sis 10 kertaisempia polkukaavioita. Kuvio 8 näyttää polkukaavion visua; don. Nämä tekniikat hyödyntävät puolestaan edullista entiteetti -re joka selostetaan kuvion 2 yhteydessä. Datajoukot ja entiteetti h käyttävät edullisesti muuttujankuvauskieltä, joka selostetaan kuvioi ja 4 yhteydessä.

15 Käyttöliittymä

Kuvio 5 esittää joitakin elementtejä edullisesta käyttöliitt) osoitetaan yleisesti viitemerkillä UI. Laitteiston kannalta käyttöliittym tavat näyttö Dl ja syöttöväiineet IN, mutta laitteisto voi olla täysin nen. Keksinnön tarkoituksiin käyttöliittymän logiikka on paljon rr ..... 20 sempi.

Kuvio 5 esittää käyttöliittymää, joka sallii käyttäjän valita v.‘ lenkiinnon alueita, vaikka nämä olisivat topologisesti etäällä toisisl ··· ***: esimerkissä on kaksi mielenkiinnon aluetta. Ensimmäinen alue 502 504 ympärillä ja toinen alue 506 solmun 508 ympärillä. Näitä kahta : 25 distää pilvi 510, joka osoittaa, että solmujen 504 ja 508 välisten hyp rä on niin suuri, että normaalisti näitä solmuja ei näytettäisi sams

Mutta näiden solmujen välillä voi olla muita, topologiasta erillisiä j :*: minkä vuoksi käyttäjä voi haluta nähdä nämä solmut ympäristö!nee :***: kaisesti. Käyttäjä voi esimerkiksi ajatella lisätä näiden solmujen v ··· 11 solmun tai yhteyden vieressä. Kuviossa 5 näytetyssä esimerkissä valinnut näytettäväksi kunkin solmun viereen sen selkokielisen ni; sentraation. Viitenumero 522 osoittaa esimerkinomaisesti solmun 5 listä nimeä ja viitenumero 524 on solmun 504 konsentraation graaf 5 Solmu 504 voi edustaa esimerkiksi mannoosia biokemiallisessa p< sa.

Viitemerkki 530 osoittaa yleisesti käyttöliittymäelementti käyttäjän säätää suodinasetuksia, joita kuviossa 2 osoitetaan yleise kiliä FS. Käyttölirttymäelementit 531 ja 532 sallivat käyttäjän valita, 10 ta tasoa solmun naapureita näytetään. Tässä esimerkissä yhteyksii olevan suunnattuja, ja ylä- ja alasuunnan naapureille on erillinen a töliittymäelementti 533 sallii käyttäjän säätää sääntöä piilottamaan i on korkeintaan kaksi yhteyttä, mutta näytetyssä esimerkissä tämä s aktivoituna. Käyttölirttymäelementit 534 ja 535 sallivat käyttäjän säi 15 vasti sääntöä piilottamaan solmut, joilla on ainakin 50 yhteyttä sr piilottamaan yhteydet tällaisten solmujen kautta. Tällaiset solmut vo kaikkialla esiintyviä elementtejä, kuten teholähdettä ja kelloa elekti reissä tai vettä ja ribosomia biokemiallisissa infomnaatioverkoissi kaikkialla esiintyvien elementtien eliminoiminen sallii käyttäjän nähc 20 mielenkiintoisia elementtejä.

, v. Suunnatut yhteydet Tähänastisissa esimerkeissä yhteydet ovat olleet suunt • < \u Lähde 1 selostaa eri tekniikoita biokemiallisten yhteyksien, kuten p den, kuvaamiseksi. Ks. esim. lähteen kuviot 7A, 7B ja 8. Käsitellä* .* / 25 siä suunnattuina riippuu siitä, mitä käyttäjä yrittää saada aikaan ; mekanismilla. Esimerkiksi useimmat elektroniset signaalit ovat sis* nattuja, mutta jos piirikaavioiden ja painopiirisuunnitelmien piirtärr yhteyksiä voidaan käsitellä suuntaamattomina. Kuitenkin, vaikka pa l kuparifolio on suuntaamaton, yhteyksiin liittyvän suuntainformaatioi :***: 30 nen voi olla hyödyllistä syy-seuraussuhteita selvitettäessä. Biokei 12 Lähteet 1. Saman hakijan suomalainen patenttihakemus 20031 4.7.2003, nimeltään "Informaationhallintajärjestelmä biokemiallista i ta varten” esittää edullisia tekniikoita biokemiallisen informaation tai 5 si. Mainitun patenttihakemuksen 20031020 sisältö sisältyy tähän ha viittauksena.

• 1 • · ·

• » I

« · · • · 1

Ml • 1 ·· 1 * ft · • 1 « « • · • ft • »2 • » • · · * I « ·2 ft · 1 « · 2 • ·

Claims (8)

13

1. Järjestelmä informaatioverkon visuafisoimiseksi, kun verkolla on topologia joka käsittää useita solmuja ja useita yhteyksiä tietokanta (DB) sisältämään solmukuvauksia (31) ja yhte] 5 (32), joista kuhunkin solmukuvaukseen (31) kuuluu solmun solmutu ja solmun parametritietoa (313) ja kuhunkin yhteyskuvaukseen kaksi solmutunnistetta (323, 324) kahden solmun identifioimiseksi den parametritietoa (325), missä yhteyskuvausten kaksi solmutunn 324) yhdessä solmukuvauksen solmutunnisteiden kanssa määritti 10 maatioverkon topologian; sääntöjoukko (RS), joka liittyy ainakin informaatioverkc aan; ensimmäiset käyttäjän syöttövälineet (IN) navigointisyd vastaanottamiseksi ja fokussolmujen joukon (NO, N90) määrittämise 15 toiset syöttövälineet (FS) suodinasetusten vastaanottama vatintavälineet (RE, FR) luomaan dynaamisesti yhden tai aliverkon perustuen fokussolmujen joukkoon, informaatioverkon 1 sääntöjoukkoon (RS) ja suodinasetuksiin; ja sijoittelunkehittämisvälineet (BF) kehittämään mainitun 20 useamman aliverkon sijoittelu dynaamisesti; ,a tunnettu siitä, että järjestelmään kuuluu logiikka :. v osoitin (512) sellaisten solmujen vieressä, joilla on ei-näytettyjä naa| • *** » · · Λ

2. Patenttivaatimuksen 1 mukainen järjestelmä, tunn !!!!: että siihen kuuluu välimuisti (CA) ja hakukone (RE) hakemaan solm ·*,». 25 (31) ja yhteyskuvausten (32) ennalta määrätyn alijoukon välimuistiin i · • «

3. Patenttivaatimuksen 2 mukainen järjestelmä, tunn että ennalta määrätty alijoukko määräytyy perustuen informaatiovei : giaan, näytettyyn alijoukkoon ja ainakin yhteen ennalta määrättyyn ***: tukseen. * * * 11 14 määrätty syvyysasetus käsittää erillisen syvyysasetuksen (531, 532) kin suuntaan.

6. Jonkin edellisen patenttivaatimuksen mukainen ji tunnettu siitä, että sääntöjoukko (RS) käsittää säännön (534) pi 5 solmut, joilla on ainakin ennalta määrätty määrä yhteyksiä.

7. Jonkin edellisen patenttivaatimuksen mukainen ji tunnettu siitä, että sääntöjoukko (RS) käsittää säännön (534) pi yhteydet sellaisten solmujen kautta, joilla on ainakin ennalta määri yhteyksiä.

8. Jonkin edellisen patenttivaatimuksen mukainen ji tunnettu siitä, että valintavälineisiin (RE, FR) kuuluu logiikka mä navigaatiosyöte (Nl) perustuen solmun parametritietoa (313) koske' kantakyselyyn.

9. Jonkin edellisen patenttivaatimuksen mukainen ji 15 tunnettu siitä, että näytetty alijoukko käsittää useita solmuryt 506), joista kukin on ennalta määrätyn syvyyden puitteissa vastaava fokussolmusta (504, 508), mutta fokussolmujen (504, 508) keskini syys on suurempi kuin mainittu ennalta määrätty syvyys. • * · I * i • » *99 • 9 ♦ 9 9 9 9 9 999 9 9999 9 9 9 99 9 9 9 9 9 9 9 9 999 9 9 9 9 999 9' m 9 9 9 9 9 9 999 9 999 9 9 9 9 999 15