ES2960914T3 - Métodos para la detección personalizada de la reaparición del cáncer o de la metástasis y/o evaluación de la respuesta al tratamiento - Google Patents

Métodos para la detección personalizada de la reaparición del cáncer o de la metástasis y/o evaluación de la respuesta al tratamiento Download PDF

Info

Publication number
ES2960914T3
ES2960914T3 ES19768559T ES19768559T ES2960914T3 ES 2960914 T3 ES2960914 T3 ES 2960914T3 ES 19768559 T ES19768559 T ES 19768559T ES 19768559 T ES19768559 T ES 19768559T ES 2960914 T3 ES2960914 T3 ES 2960914T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
cancer
subject
mutations
genetic
liquid biopsy
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
ES19768559T
Other languages
English (en)
Inventor
Jim Lu
Zhongmin Guo
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Gopath Laboratories LLC
Original Assignee
Gopath Laboratories LLC
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Gopath Laboratories LLC filed Critical Gopath Laboratories LLC
Application granted granted Critical
Publication of ES2960914T3 publication Critical patent/ES2960914T3/es
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N1/00—Sampling; Preparing specimens for investigation
    • G01N1/28—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
    • G01N1/30—Staining; Impregnating ; Fixation; Dehydration; Multistep processes for preparing samples of tissue, cell or nucleic acid material and the like for analysis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N1/00—Sampling; Preparing specimens for investigation
    • G01N1/28—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
    • G01N1/30—Staining; Impregnating ; Fixation; Dehydration; Multistep processes for preparing samples of tissue, cell or nucleic acid material and the like for analysis
    • G01N2001/305—Fixative compositions

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

La divulgación proporciona métodos para la detección personalizada de la recurrencia de un cáncer o la metástasis de un cáncer en un sujeto. Dichos métodos pueden comprender detectar una o más mutaciones genéticas en el cáncer de un sujeto antes del tratamiento con una terapia contra el cáncer y analizar si esas una o más mutaciones están presentes en una biopsia líquida obtenida del sujeto después del tratamiento con la terapia contra el cáncer. La detección de una o más mutaciones en la biopsia líquida se puede usar para evaluar que el cáncer ha recurrido o ha hecho metástasis en el sujeto, o evaluar la eficacia de un tratamiento. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

DESCRIPCIÓN
Métodos para la detección personalizada de la reaparición del cáncer o de la metástasis y/o evaluación de la respuesta al tratamiento
Referencia cruzada a solicitudes relacionadas
La presente solicitud reivindica la prioridad respecto a la solicitud de patente no provisional de EE.UU. n.° 16/356693, presentada el 18 de marzo de 2019, que reivindica prioridad respecto a la solicitud provisional de patente ser. n.° 62/643.827, presentada el 16 de marzo de 2018.
Campo de la invención
La presente invención se refiere en general a métodos de detección personalizados de la reaparición del cáncer o de la metástasis, particularmente en sus estadios tempranos. La presente divulgación también proporciona métodos para evaluar la eficacia de una terapia anticancerígena.
Antecedentes
La reaparición y la metástasis son preocupaciones importantes para los sujetos que se tratan contra el cáncer y para los sujetos que están en remisión. De hecho, los sujetos suelen tener el mayor riesgo de reaparición dentro de los primeros dos años después del tratamiento. Understanding the Risk of Late Recurrence of Breast Cancer, Cancer.net, disponible en http://www.cancer.net/blog/2017-05/understanding-risklate-recurrence-breast-cancer, publicado el 25 de mayo de 2017, consultado el 24 de octubre de 2017. Desafortunadamente, un número considerable de sujetos experimentarán reaparición o metástasis.
Los estudios han demostrado que para los cánceres sólidos, la propagación metastásica del cáncer es responsable de más de un 90 % de las muertes asociadas al cáncer. Adicionalmente, los estudios han demostrado que la reaparición se produce en una serie de sujetos para una variedad de cánceres comunes. Por ejemplo, un estudio ha demostrado que aproximadamente un 30 % de los sujetos con cáncer colorrectal que están en remisión después del tratamiento inicial desarrollarán reaparición. De forma similar, existe una probabilidad de reaparición de por vida de un 10 % a un 30% en sujetos con cáncer de próstata después de que se hayan sometido a una prostatectomía por cáncer localizado. Para el cáncer de pulmón no microcítico, la reaparición se produce en aproximadamente un 50 % de los sujetos. La tasa de reaparición en sujetos femeninos diagnosticados con cáncer de ovario es incluso mayor, aproximadamente un 70 %.
Además, la enfermedad residual mínima (ERM), que se refiere a pequeñas cantidades de células cancerosas que permanecen en un sujeto durante o después del tratamiento (incluso cuando el sujeto está en remisión), contribuye considerablemente a la reaparición o a la metástasis de cánceres o neoplasias malignas hematológicas. La detección de la ERM es fundamental para el tratamiento de cánceres o neoplasias malignas hematológicas. Detectar la ERM es extremadamente difícil y requiere del uso de pruebas altamente sensibles, capaces de detectar niveles mínimos de cáncer (por ejemplo, células cancerosas) en muestras de tejido. Debido a las dificultades asociadas con la detección de la ERM, con frecuencia no se controla a los sujetos con cáncer hematológico para detectar ERM y no se detecta reaparición o metástasis hasta que el sujeto presenta síntomas asociados con su cáncer hematológico o malignidad original. Además, generalmente no se somete a exámenes de detección de rutina a los sujetos con ERM para determinar si su ERM es estable o si está progresando. Como resultado, estos sujetos deben esperar para ver si los síntomas reaparecen, sabiendo que su ERM podría provocar una reaparición.
Con frecuencia, la reaparición de un cáncer o de una metástasis no se detecta hasta que el cáncer ha crecido hasta un tamaño que es detectable mediante una exploración por imágenes, tal como una tomografía computarizada. Esperar hasta que el cáncer sea detectable mediante imágenes puede complicar el tratamiento, reducir las opciones de tratamiento de un sujeto y aumentar la probabilidad de que sean necesarios procedimientos invasivos. Además, el retraso en el diagnóstico de reaparición o de metástasis puede dar como resultado un peor pronóstico para el sujeto. Esto aumenta la ansiedad del sujeto después del tratamiento e incluso después de la remisión. En los documentos WO 2016/141324, WO 2006/047787, WO 2008/151031 y WO 2014/089241, se divulgan métodos ilustrativos para el seguimiento de la progresión del cáncer después del inicio de un régimen de tratamiento, mediante la comparación de perfiles genéticos tomados en diferentes momentos. Por tanto, existe la necesidad de métodos que puedan detectar la reaparición o metástasis más rápidamente que los métodos tradicionales y que sean menos incómodos e invasivos para los sujetos.
Sumario
La presente invención se refiere a métodos para detectar la reaparición de un cáncer o de una metástasis.
La presente invención proporciona un método para detectar la reaparición de un cáncer en un sujeto como se especifica en la reivindicación 1. Por ejemplo, es posible que al sujeto femenino o masculino se le haya diagnosticado que su cáncer está en remisión. El método comprende obtener una muestra de tejido (por ejemplo, una o más células de un cáncer) a partir de una biopsia de tumor del sujeto antes de la administración de una terapia anticancerígena; detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra biológica, incluyendo, por ejemplo, generar un perfil genético para el sujeto; obtener una biopsia líquida del sujeto después de que se le administre una terapia anticancerígena; y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde el cáncer ha reaparecido, cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en la muestra de tejido, incluyendo, por ejemplo, el perfil genético generado a partir de la muestra de tejido. Como alternativa, el cáncer no ha reaparecido, cuando dichas una o más mutaciones en el perfil genético no se detectan en la biopsia líquida. En realizaciones preferidas, la biopsia líquida se obtiene del sujeto después de que se haya diagnosticado que el sujeto está libre de cáncer (por ejemplo, que está en remisión). De esta manera, el método divulgado en el presente documento puede usarse para controlar un sujeto durante la reaparición de un cáncer que previamente había entrado en remisión. Adicionalmente, el método puede usarse para controlar la eficacia (por ejemplo, eficacia terapéutica) de una terapia contra el cáncer determinando si el cáncer ha reaparecido después del tratamiento con una terapia anticancerígena.
En algunas realizaciones de cada o de cualquiera de las realizaciones mencionadas anteriormente o a continuación, se determina que el cáncer ha reaparecido, cuando una de las mutaciones en el perfil genético está presente en la biopsia líquida. En otras realizaciones, se determina que el cáncer ha reaparecido, cuando dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez o más de las mutaciones en el perfil genético están presentes en la biopsia líquida. En otras realizaciones, se determina que el cáncer ha reaparecido, cuando se detectan todas las mutaciones del perfil genético en la biopsia líquida.
Como se divulga en el presente documento, la muestra de tejido es de un cáncer. En algunas realizaciones, la muestra de tejido es una muestra de tejido nuevo. En otras realizaciones, la muestra de tejido proviene de una biopsia de tumor. En aún otra realización, la muestra de tejido es una muestra de tejido fijada con formalina e incluida en parafina (FFPE, por sus siglas en inglés).
Como se divulga en el presente documento, la muestra de tejido puede comprender una o más áreas con diferentes morfologías patológicas. En algunas realizaciones, la muestra de tejido se obtiene de una o más de las áreas con la morfología patológica más agresiva.
En algunas realizaciones de cada o de cualquiera de las realizaciones mencionadas anteriormente o a continuación, se detectan una o más mutaciones en la muestra de tejido mediante secuenciación de última generación. En algunas realizaciones, dichas una o más mutaciones detectadas en la muestra de tejido, usando secuenciación de última generación, se utilizan para generar un perfil genético para el sujeto.
En algunas realizaciones de cada o de cualquiera de las realizaciones mencionadas anteriormente o a continuación, la biopsia líquida es un aspirado, sangre, plasma, suero, esputo, orina o saliva. En una realización preferida, la biopsia líquida es una muestra de sangre. En algunas realizaciones, la biopsia líquida se obtiene del sujeto después de que se le administre una terapia anticancerígena, incluyendo, por ejemplo, un período de tiempo predeterminado después de que se administre al sujeto la terapia anticancerígena, tal como después de que se haya diagnosticado el cáncer del sujeto como en remisión. La biopsia líquida se puede obtener del sujeto cada mes o cada dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez, once, doce, trece, catorce, quince, dieciséis, diecisiete, dieciocho, diecinueve, veinte, veintiuno, veintidós, veintitrés, veinticuatro o más meses. Aún en otras realizaciones, la biopsia líquida se obtiene del sujeto cada año o cada dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez o más años. En otras realizaciones, la biopsia líquida se obtiene del sujeto en uno o más períodos de tiempo predeterminados, incluyendo, por ejemplo, uno o más períodos de tiempo predeterminados establecidos por un personal médico. En algunas realizaciones, la biopsia líquida se obtiene del sujeto una vez cada tres meses (por ejemplo, trimestralmente). En otras realizaciones, la biopsia líquida se obtiene del sujeto aproximadamente una vez cada tres meses, durante un período de dos años consecutivos.
En algunas realizaciones de cada o de cualquiera de las realizaciones mencionadas anteriormente o a continuación, la etapa de detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido se realiza usando PCR digital en gotas o secuenciación de última generación.
En algunas realizaciones de cada o de cualquiera de las realizaciones mencionadas anteriormente o a continuación, la detección de dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida se utiliza para generar un perfil genético para el sujeto.
En algunas realizaciones de cada o de cualquiera de las realizaciones mencionadas anteriormente o a continuación, el perfil genético se genera determinando una frecuencia de dichas una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido y seleccionando dichas una o más mutaciones genéticas para su inclusión en el perfil genético, en donde la frecuencia de dichas una o más mutaciones genéticas está por encima de una cantidad umbral. En algunas realizaciones, el perfil genético se genera determinando una localización de dichas una o más mutaciones genéticas en un cromosoma y seleccionando dichas una o más mutaciones genéticas para su inclusión en el perfil genético, en donde dichas una o más mutaciones genéticas se sitúan en diferentes cromosomas.
En algunas realizaciones de cada o de cualquiera de las realizaciones mencionadas anteriormente o a continuación, el cáncer se selecciona del grupo que consiste en cáncer gastrointestinal, cáncer de próstata, cáncer de ovario, cáncer de mama, cáncer de cabeza y cuello, cáncer de pulmón, cáncer de pulmón no microcítico, cáncer del sistema nervioso, cáncer de riñón, cáncer de retina, melanoma maligno, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer genitourinario, cáncer colorrectal, cáncer renal, cáncer hematológico, enfermedad hematológica, neoplasia hematológica, enfermedad residual mínima y cáncer de vejiga.
En algunas realizaciones de cada o de cualquiera de las realizaciones mencionadas anteriormente o a continuación, dichas una o más mutaciones se seleccionan entre las mutaciones expuestas en la Figura 1.
El método para detectar la reaparición de un cáncer en un sujeto, como se divulga en el presente documento, puede comprender obtener una muestra de tejido (por ejemplo, una o más células de un cáncer) de un sujeto antes de la administración de una terapia contra el cáncer; detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto; obtener una biopsia líquida del sujeto después de que se le administre una terapia anticancerígena; y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde el cáncer ha reaparecido, cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético. Como alternativa, el cáncer no ha reaparecido cuando dichas una o más mutaciones en el perfil genético no se detectan en la biopsia líquida. En realizaciones preferidas, la biopsia líquida se obtiene del sujeto después de que se haya diagnosticado que el sujeto está libre de cáncer (por ejemplo, que está en remisión).
El método para detectar la reaparición de un cáncer en un sujeto, como se divulga en el presente documento, puede comprender obtener una muestra de tejido (por ejemplo, una o más células de un cáncer) de un sujeto antes de la administración de una terapia contra el cáncer; detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto; obtener una biopsia líquida del sujeto después de que se le administre una terapia anticancerígena cada tres meses durante dos años consecutivos; y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde el cáncer ha reaparecido, cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético. Como alternativa, el cáncer no ha reaparecido cuando dichas una o más mutaciones en el perfil genético no se detectan en la biopsia líquida. En realizaciones preferidas, la biopsia líquida se obtiene del sujeto después de que se haya diagnosticado que el sujeto está libre de cáncer (por ejemplo, que está en remisión).
El método para detectar la reaparición de un cáncer en un sujeto, como se divulga en el presente documento, puede comprender obtener una muestra de tejido (por ejemplo, una o más células de un cáncer) de un sujeto antes de la administración de una terapia contra el cáncer; detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto; obtener una biopsia líquida del sujeto después de que se le administre una terapia anticancerígena cada tres meses durante dos años consecutivos; y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde el cáncer ha reaparecido, cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético. Como alternativa, el cáncer no ha reaparecido, cuando dichas una o más mutaciones en el perfil genético no se detectan en la biopsia líquida. En realizaciones preferidas, la biopsia líquida se obtiene del sujeto después de que se haya diagnosticado que el sujeto está libre de cáncer (por ejemplo, que está en remisión).
El método divulgado en el presente documento también puede aplicarse para detectar una metástasis en un sujeto. El método comprende obtener una muestra de tejido (por ejemplo, una o más células de un cáncer) de un sujeto (por ejemplo, antes de la administración de una terapia anticancerígena); detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto; obtener una biopsia líquida del sujeto (por ejemplo, después de que se le administre al sujeto una terapia anticancerígena); y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde se ha producido metástasis, cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético. Como alternativa, no se ha producido metástasis, cuando dichas una o más mutaciones en el perfil genético no se detectan en la biopsia líquida. Preferentemente, la biopsia líquida se obtiene del sujeto después de que se haya diagnosticado que el sujeto está libre de cáncer (por ejemplo, que está en remisión). De esta manera, el método divulgado en el presente documento puede usarse para controlar a un sujeto en busca de una metástasis. Adicionalmente, el método puede usarse para controlar la eficacia (por ejemplo, eficacia terapéutica) de una terapia contra el cáncer determinando si se ha formado una metástasis después del tratamiento con una terapia contra el cáncer.
El método divulgado en el presente documento también se puede aplicar para detectar un cáncer residual mínimo en un sujeto. El método comprende obtener una muestra de tejido (por ejemplo, una o más células de un cáncer) de un sujeto (por ejemplo, antes de la administración de una terapia anticancerígena); detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto; obtener una biopsia líquida del sujeto (por ejemplo, después de que se le administre al sujeto una terapia anticancerígena); y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde se ha producido un cáncer residual mínimo, cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético. Como alternativa, no se ha producido un cáncer residual mínimo, cuando dichas una o más mutaciones en el perfil genético no se detectan en la biopsia líquida. Preferentemente, la biopsia líquida se obtiene del sujeto después de que se haya diagnosticado que el sujeto está libre de cáncer (por ejemplo, que está en remisión). De esta manera, el método divulgado en el presente documento se puede utilizar para controlar a un sujeto para detectar una enfermedad residual mínima. Adicionalmente, el método puede usarse para controlar la eficacia (por ejemplo, eficacia terapéutica) de una terapia contra el cáncer determinando si se ha formado una enfermedad residual mínima después del tratamiento con una terapia anticancerígena.
El método divulgado en el presente documento también se puede aplicar para controlar a un sujeto con cáncer residual mínimo. El método comprende además obtener una primera biopsia líquida del sujeto, generar un primer perfil genético de uno o más genes a partir de la primera biopsia líquida, obtener una segunda biopsia líquida del sujeto después de un período de tiempo predeterminado (por ejemplo, un mes, dos meses, tres meses, cuatro meses, cinco meses, seis meses, siete meses, ocho meses, nueve meses, diez meses, once meses, doce meses, dos años, tres años, cuatro años, cinco años, seis años, siete años, ocho años, nueve años, diez años, once años, doce años, trece años, catorce años, quince años, dieciséis años, diecisiete años, dieciocho años, diecinueve años, veinte años) y generar un segundo perfil genético de dichos uno o más genes a partir de la segunda biopsia líquida, en donde el sujeto ha recaído (por ejemplo, ha reaparecido un cáncer para la que se había tratado al sujeto en el pasado), cuando una o más mutaciones no detectadas en el primer perfil genético se detectan en el segundo perfil genético. Como alternativa, el sujeto no ha recaído, cuando las mutaciones no detectadas en el primer perfil genético no se detectan en el segundo perfil genético. En realizaciones preferidas, la biopsia líquida se obtiene del sujeto después de que se haya diagnosticado que el sujeto está libre de cáncer (por ejemplo, que está en remisión). Adicionalmente, el método puede usarse para controlar la eficacia (por ejemplo, eficacia terapéutica) de una terapia contra el cáncer determinando si se ha formado una enfermedad residual mínima después del tratamiento con una terapia anticancerígena.
En algunas realizaciones de cada o de cualquiera de las realizaciones mencionadas anteriormente o a continuación, el método comprende además la etapa de determinar una serie de una o más mutaciones en dichos uno o más genes de la primera biopsia líquida para generar un valor inicial para dichas una o más mutaciones detectadas. En algunas realizaciones, el método comprende además determinar una serie de una o más mutaciones en dichos uno o más genes de la segunda biopsia líquida para compararlos con el valor inicial, en donde el sujeto ha recaído si el número de una o más mutaciones en dichos uno o más genes de la segunda biopsia líquida ha aumentado con respecto al valor inicial. En otras realizaciones, el sujeto tenía una neoplasia hematológica.
Los métodos para tratar un cáncer en un sujeto (NO ES PARTE DE LA PRESENTE INVENCIÓN) pueden comprender obtener una muestra de tejido de un cáncer del sujeto antes de que se le administre al sujeto una primera terapia anticancerígena; detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto antes de que se le administre al sujeto la primera terapia anticancerígena; administrar la primera terapia anticancerígena al sujeto; obtener una biopsia líquida del sujeto después de que se le administrara la primera terapia anticancerígena; detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde el cáncer ha reaparecido, cuando dichas una o más mutaciones en el perfil genético se detectan en la biopsia líquida; y administrar una segunda terapia anticancerígena al sujeto cuando el cáncer ha reaparecido.
Los métodos para administrar una terapia anticancerígena a un sujeto con cáncer (NO ES PARTE DE LA PRESENTE INVENCIÓN) pueden comprender obtener una biopsia líquida del sujeto después de que al sujeto se le haya administrado una primera terapia anticancerígena (por ejemplo, después de que el cáncer del sujeto haya pasado en remisión); detectar una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde se ha producido la reaparición del cáncer, cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en un perfil genético obtenido del sujeto antes del tratamiento con la terapia anticancerígena; y administrar una segunda terapia anticancerígena al sujeto una vez se detecte la reaparición del cáncer.
La primera terapia anticancerígena puede ser la misma que la segunda terapia anticancerígena. Como alternativa, la primera terapia anticancerígena puede ser diferente de la segunda terapia anticancerígena.
El método divulgado en el presente documento también se puede aplicar para evaluar la eficacia de una terapia anticancerígena. El método comprende obtener una muestra de tejido del cáncer del sujeto antes de que se le administre al sujeto una terapia anticancerígena, detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto, administrar la terapia anticancerígena al sujeto, obtener una biopsia líquida del sujeto después de que se le haya administrado la terapia anticancerígena y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde la terapia anticancerígena no es eficaz, cuando dichas una o más mutaciones en el perfil genético se detectan en la biopsia líquida.
Breve descripción de las figuras
La Figura 1 es una lista ilustrativa de mutaciones que pueden detectarse en una muestra biológica o en una biopsia líquida.
Descripción detallada
La detección de la reaparición del cáncer o de la metástasis es fundamental para garantizar un tratamiento eficaz inmediato contra el cáncer. La detección temprana también reduce la invasividad de dicho tratamiento, minimiza el número de tratamientos necesarios para abordar la reaparición o metástasis, reduce los costes generales del tratamiento y disminuye la ansiedad del paciente sobre la posibilidad de reaparición o de metástasis. Los métodos actuales para detectar la reaparición del cáncer o de la metástasis dependen en gran medida de exploraciones por imágenes. Como resultado, el cáncer recurrente o metastásico debe haber progresado hasta un punto en el que pueda observarse en tal exploración para que sea detectado. Normalmente, esto significa que los tumores deben haberse desarrollado y crecido hasta un tamaño suficiente para permitir un diagnóstico claro. En este punto, las opciones de tratamiento pueden ser más complicadas, largas y más costosas. Peor aún, es posible que ciertas opciones de tratamiento ya no sean opciones viables y el pronóstico del sujeto puede ser peor que el diagnóstico inicial. Adicionalmente, las decisiones sobre qué terapias contra el cáncer utilizar pueden depender de la detección de mutaciones genéticas en muestras o especímenes de tejidos tumorales. Sin embargo, muchos sujetos tienen cánceres que son inoperables o que aparte de esto, no permiten la recogida de muestras de tejido, tal como el caso con cáncer en estadio avanzado o los sujetos con tumores recurrentes. Esto evita que estos sujetos reciban un tratamiento dirigido para su cáncer. Por tanto, son deseables los métodos que puedan usarse para detectar la reaparición del cáncer o de la metástasis de forma temprana y antes del desarrollo de tumores u otros crecimientos que puedan observarse en las exploraciones por imágenes tradicionales. Tales métodos que sean mínimamente invasivos y que puedan usarse para controlar rutinariamente a un sujeto son deseables también. Además, tales métodos que puedan detectar mutaciones genéticas en muestras líquidas son deseables para usarlos en la determinación de qué terapia o terapias se deberían usar contra el cáncer, así como para usarlos en la determinación de la eficacia de una terapia anticancerígena.
En el presente documento se proporcionan métodos para detectar la reaparición del cáncer. Tales métodos detectan mutaciones genéticas (por ejemplo, mutaciones asociadas con el cáncer) en un espécimen biológico, que incluye, por ejemplo, un espécimen de base líquida, tal como sangre, plasma y orina, etc. En consecuencia, los métodos pueden superar la limitación clínica de las tecnologías basadas en tejidos. Adicionalmente, las mutaciones detectadas con los métodos proporcionados en el presente documento se pueden usar para informar y seleccionar un régimen de tratamiento apropiado (por ejemplo, terapia dirigida) para un sujeto con cáncer.
La presente divulgación proporciona métodos para detectar la reaparición de un cáncer en un sujeto. El método comprende: obtener una muestra de tejido (por ejemplo, una muestra de tejido FFPE) del sujeto antes de la administración de una terapia anticancerígena; detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto; obtener una biopsia líquida (por ejemplo, una muestra de sangre) del sujeto después de que se le haya administrado al sujeto una terapia anticancerígena (por ejemplo, una vez cada tres meses); y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde se ha producido la reaparición del cáncer, cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético. Se pueden utilizar tales métodos, entre otros, para controlar la reaparición de un cáncer en un paciente o para evaluar la eficacia (por ejemplo, eficacia terapéutica o capacidad de respuesta) de una terapia anticancerígena.
Los métodos descritos en el presente documento también se pueden aplicar para detectar una metástasis en un sujeto. El método comprende obtener una muestra de tejido (por ejemplo, una muestra de tejido FFPE) del sujeto antes de la administración de una terapia anticancerígena; detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto; obtener una biopsia líquida (por ejemplo, una muestra de sangre) del sujeto después de que se le haya administrado al sujeto una terapia anticancerígena (por ejemplo, una vez cada tres meses); y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde se ha producido metástasis, cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético. Se pueden utilizar tales métodos, entre otros, para controlar a un paciente en busca de metástasis o usarse para evaluar la eficacia (por ejemplo, eficacia terapéutica o capacidad de respuesta) de una terapia contra el cáncer.
Los métodos descritos en el presente documento también se pueden aplicar para controlar a un sujeto con un cáncer mínimo. El método comprende además obtener una primera biopsia líquida del sujeto, generar un primer perfil genético de uno o más genes a partir de la primera biopsia líquida, obtener una segunda biopsia líquida del sujeto después de un período de tiempo predeterminado (por ejemplo, un mes, dos meses, tres meses, cuatro meses, cinco meses, seis meses, siete meses, ocho meses, nueve meses, diez meses, once meses, doce meses, dos años, tres años, cuatro años, cinco años, seis años, siete años, ocho años, nueve años, diez años, once años, doce años, trece años, catorce años, quince años, dieciséis años, diecisiete años, dieciocho años, diecinueve años, veinte años) y generar un segundo perfil genético de dichos uno o más genes a partir de la segunda biopsia líquida, en donde el sujeto ha recaído, cuando una o más mutaciones no detectadas en el primer perfil genético se detectan en el segundo perfil genético. Como alternativa, el sujeto no ha recaído cuando las mutaciones no detectadas en el primer perfil genético no se detectan en el segundo perfil genético. En realizaciones preferidas, la biopsia líquida se obtiene del sujeto después de que se haya diagnosticado que el sujeto está libre de cáncer (por ejemplo, que está en remisión). Adicionalmente, los métodos pueden usarse para controlar la eficacia (por ejemplo, eficacia terapéutica) de una terapia contra el cáncer, determinando si se ha formado una enfermedad residual mínima después del tratamiento con una terapia anticancerígena.
En algunas realizaciones de cada o de cualquiera de las realizaciones mencionadas anteriormente o a continuación, el método comprende además determinar una serie de una o más mutaciones en dichos uno o más genes de la primera biopsia líquida para generar un valor inicial (por ejemplo, una serie de referencia de mutaciones) para dichas una o más mutaciones detectadas. En algunas realizaciones, el método comprende además determinar una serie de una o más mutaciones en dichos uno o más genes de la segunda biopsia líquida para compararlos con el valor inicial, en donde el sujeto ha recaído (por ejemplo, ha vuelto a desarrollar su cáncer) si el número de una o más mutaciones en dichos uno o más genes de la segunda biopsia líquida ha aumentado con respecto al valor inicial (por ejemplo, el número de mutaciones en la segunda biopsia líquida es mayor que el número de mutaciones en la primera biopsia líquida). En otras realizaciones, el sujeto tenía una neoplasia hematológica.
Los métodos para tratar el cáncer en un sujeto (NO ES PARTE DE LA PRESENTE INVENCIÓN) pueden comprender obtener una muestra biológica de un cáncer del sujeto antes de que se le administre al sujeto una terapia anticancerígena; detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra biológica para generar un perfil genético para el sujeto antes de que se le administre una terapia anticancerígena; administrar una terapia anticancerígena al sujeto; obtener una biopsia líquida del sujeto después de que se le haya administrado una terapia anticancerígena; detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde el cáncer ha reaparecido, cuando dichas una o más mutaciones se detectan en la biopsia líquida; y administrar una terapia anticancerígena al sujeto cuando el cáncer ha reaparecido. En algunas realizaciones, la terapia anticancerígena administrada una vez se detecte la reaparición del cáncer es diferente de la terapia anticancerígena administrada al sujeto antes de la reaparición del cáncer.
Los métodos para administrar una terapia anticancerígena a un sujeto con cáncer (NO ES PARTE DE LA PRESENTE INVENCIÓN) pueden comprender obtener una biopsia líquida del sujeto después de que se le administre una terapia anticancerígena; detectar una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde el cáncer ha reaparecido cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en un perfil genético generado a partir del cáncer antes de la administración de la terapia anticancerígena (por ejemplo, una o más de las mutaciones genéticas están presentes en el perfil genético); y administrar una terapia anticancerígena al sujeto tras la detección de la reaparición del cáncer. En algunas realizaciones, la terapia anticancerígena administrada después de la detección de la reaparición del cáncer es diferente a cualquier terapia anticancerígena administrada previamente al sujeto.
Los métodos descritos en el presente documento también se pueden aplicar para evaluar la eficacia de una terapia anticancerígena. El método comprende obtener una muestra de tejido del cáncer del sujeto antes de que se le administre al sujeto una terapia anticancerígena, detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto, administrar la primera terapia anticancerígena al sujeto, obtener una biopsia líquida del sujeto después de que se le haya administrado la terapia anticancerígena y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde la terapia anticancerígena no es eficaz cuando dichas una o más mutaciones en el perfil genético se detectan en la biopsia líquida.
Detección de la reaparición o de la metástasis de un cáncer
Los presentes inventores han descubierto que un cáncer está asociado con una firma genética única (por ejemplo, un perfil genético único) que puede usarse para determinar la reaparición de ese cáncer y/o controlar la eficacia o la capacidad de respuesta a una terapia anticancerígena. Sorprendentemente, un cáncer que reaparece a menudo se asocia con una firma genética que es similar, si no idéntica, a la firma genética del cáncer que se trató inicialmente con un agente anticancerígeno. Por tanto, se puede usar un patrón de mutaciones genéticas identificadas en una muestra biológica, tal como una muestra de tejido FFPE (por ejemplo, una muestra de tejido canceroso FFPE) obtenida de un sujeto antes del tratamiento con un agente anticancerígeno para crear un perfil genético específico para el cáncer del sujeto. Posteriormente, el perfil genético puede utilizarse para determinar si el cáncer ha reaparecido mediante la detección de mutaciones genéticas, incluyendo el mismo patrón de mutaciones genéticas, en una muestra de sangre obtenida del sujeto después del tratamiento con un agente anticancerígeno, incluyendo, por ejemplo, después de que el sujeto haya entrado en remisión. De esta manera, los métodos descritos en el presente documento proporcionan un enfoque personalizado para determinar si un cáncer ha reaparecido en un sujeto y opcionalmente, utilizar esa información para trazar el tratamiento o la intervención médica.
La presente divulgación proporciona métodos para detectar la reaparición de un cáncer en un sujeto. Los métodos pueden comprender obtener una muestra de tejido (por ejemplo, una muestra de tejido FFPE) de un sujeto antes de la administración de una terapia anticancerígena; detectar una o más mutaciones genéticas, incluyendo, por ejemplo, mutaciones somáticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto; obtener una biopsia líquida, tal como una muestra de sangre del sujeto, después de que al sujeto se le haya administrado la terapia anticancerígena, que incluye, por ejemplo, después de que el sujeto haya entrado en remisión; y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde el cáncer ha reaparecido cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético.
Los métodos descritos en el presente documento también se pueden aplicar para detectar metástasis en un sujeto. Los métodos comprenden obtener una muestra de tejido de un sujeto antes de la administración de una terapia anticancerígena; detectar una o más mutaciones genéticas, incluyendo, por ejemplo, mutaciones somáticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto; obtener una biopsia líquida del sujeto, incluyendo, por ejemplo, después de que al sujeto se le administrara la terapia anticancerígena; y detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde se ha producido metástasis cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético.
En algunas realizaciones, la detección de dichas una o más mutaciones genéticas en la muestra biológica o en la biopsia líquida se utiliza para generar un perfil genético para el sujeto. El perfil genético puede contener información sobre la identidad, número de copias y/o nivel de expresión de las mutaciones genéticas detectadas.
El perfil genético del sujeto puede generarse antes de que se le administre una terapia anticancerígena, para determinar las mutaciones genéticas que son atribuibles al cáncer antes de que se haya expuesto a terapias anticancerígenas que podrían afectar su composición genética y a la expresión de sus genes. La información contenida en el perfil genético de un sujeto es única, tanto para el sujeto como para el cáncer del sujeto y permite un control altamente sensible personalizado de la reaparición o de la metástasis en un sujeto.
Se puede seleccionar una mutación para su inclusión en un perfil genético basándose en varios criterios que incluyen, aunque no de forma limitativa, la frecuencia de la mutación en la muestra biológica, el cromosoma representado por la mutación y/o la morfología patológica representada por la mutación.
Se puede seleccionar una mutación para su inclusión en un perfil genético en función de su frecuencia de aparición dentro de una muestra biológica, dado que puede que no todas las células de la muestra biológica contengan la mutación. En cambio, una mutación puede aparecer solo en una parte de la muestra biológica (por ejemplo, algunas células de la muestra biológica). Por tanto, se puede seleccionar una mutación para su inclusión en un perfil genético cuando su frecuencia en la muestra biológica esté por encima de una cantidad umbral que incluye, por ejemplo, un porcentaje basado en las células que contienen la mutación en comparación con el número total (o un total estimado) de células en la muestra biológica. Por ejemplo, una mutación puede seleccionarse para su inclusión en un perfil genético cuando la frecuencia de la mutación sea al menos de un 5 %, un 10 %, un 15 %, un 20 %, un 25 %, un 30 %, un 35 %, un 40 %, un 45 %, un 50 %, un 55 %, un 60 %, un 65 %, un 70 %, un 75 %, un 80 %, un 85 %, un 90 %, un 95 % o un 100 % del número total de células (por ejemplo, número total estimado de células) en la muestra biológica.
Adicionalmente, una mutación puede incluirse en un perfil genético cuando representa un cromosoma no representado (o infrarrepresentado) por otras mutaciones en el perfil genético. De esta manera, las mutaciones se seleccionan preferentemente para que el perfil genético proporcione una representación de varios cromosomas, incluyendo, por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, o 23 cromosomas.
Además, dichas una o más mutaciones incluidas en el perfil genético pueden seleccionarse para representar una morfología patológica particular. Las muestras biológicas pueden comprender diferentes morfologías patológicas en diferentes localizaciones dentro de la muestra. Algunas áreas pueden tener morfologías patológicas indicativas de una forma agresiva de cáncer o neoplasias malignas. Otras áreas pueden mostrar morfologías patológicas menos agresivas. En algunas realizaciones, las mutaciones se seleccionan para representar las morfologías patológicas más agresivas en la muestra biológica. En otras realizaciones, se seleccionan mutaciones que representan diferentes morfologías patológicas (por ejemplo, incluyéndolas todas).
Los métodos para la selección de una o más mutaciones para su inclusión en un perfil genético pueden incluir uno o más de: obtener una muestra biológica, detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra biológica, determinar la frecuencia de dichas una o más mutaciones genéticas, determinar los cromosomas representados por dichas una o más mutaciones genéticas (por ejemplo, identificar los cromosomas que contienen las mutaciones genéticas) y determinar la morfología patológica de la muestra biológica o de la porción de la muestra biológica a partir de la cual se originaron las mutaciones. Una mutación puede seleccionarse para la inclusión en un perfil genético cuando: su frecuencia es al menos un 5 %, un 10 %, un 15 %, un 20 %, un 25 %, un 30 %, un 35 %, un 40 %, un 45 %, un 50 %, un 55 %, un 60 %, un 65 %, un 70 %, un 75 %, un 80 %, un 85 %, un 90 %, del número total de células (por ejemplo, número total estimado de células) en la muestra biológica; el cromosoma representado por la mutación no está representado (o está infrarrepresentado) por otras mutaciones en la muestra biológica y/o la mutación está presente en una porción de la muestra biológica asociada con una morfología patológica particular (por ejemplo, la mutación está presente en células de la porción más agresiva de la muestra biológica).
También se puede generar un perfil genético para el sujeto después de que se le administre una terapia anticancerígena. Este perfil genético puede basarse en cualquier mutación detectada en la biopsia líquida. Si se genera un perfil genético a partir de los resultados de la detección de mutaciones en la biopsia líquida, se puede comparar con el perfil genético generado a partir de la detección de mutaciones en la muestra biológica. Los cambios en las mutaciones detectadas y los niveles de expresión de esas mutaciones se pueden utilizar para determinar si se ha producido una reaparición o una metástasis del cáncer.
Se crea un ensayo altamente sensible personalizado para un sujeto, basándose en su perfil genético. El ensayo personalizado se desarrolla para detectar las mutaciones genéticas específicas que se detectaron en la muestra biológica utilizando el análisis de biopsia líquida. El ensayo personalizado se desarrolla utilizando técnicas bien conocidas, tales como las analizadas anteriormente respecto a la detección y cuantificación de mutaciones genéticas.
Se puede utilizar cualquier método conocido para establecer un nivel umbral adecuado, por encima del cual se determina que una mutación está presente y por debajo del cual se determina que una mutación no está presente en una muestra biológica. Por ejemplo, el umbral puede establecerse en un cierto número de copias de una mutación. Como alternativa, el umbral se puede establecer como un cierto número de lecturas que detectan la mutación, incluida la secuenciación de última generación (por ejemplo, 10 o más lecturas). El umbral también puede fijarse en un nivel de expresión de la mutación.
El umbral puede establecerse por encima del número de copias de una mutación presente en una muestra de control (por ejemplo, una muestra que no contiene la mutación). El umbral también puede establecerse en un nivel de expresión presente en una muestra de control que no contiene la mutación genética. En algunas realizaciones, el nivel de expresión de una mutación genética debe ser al menos de un 10 %, un 20 %, un 30 %, un 40 %, un 50 %, un 60 %, un 70 %, un 80 %, un 90 %, un 100 % o superior a una muestra de control para determinar que la mutación genética existe en la muestra biológica o en la biopsia líquida.
En algunas realizaciones, dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida se utilizan para generar un perfil genético. El perfil genético obtenido de la biopsia líquida se puede comparar por cualquier medio conocido en la técnica con el perfil genético generado a partir de la muestra biológica obtenida del sujeto antes del tratamiento con el agente anticancerígeno.
En algunas realizaciones, se determina que el cáncer ha reaparecido cuando 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más, de las mutaciones identificadas en la biopsia líquida se encuentran en el perfil genético generado a partir de la muestra biológica. En otras realizaciones, se determina que el cáncer ha reaparecido cuando todas las mutaciones identificadas en el perfil genético de la biopsia líquida se encuentran en el perfil genético generado a partir de la muestra biológica.
La muestra biológica (muestra de tejido), como se utiliza en el presente documento, puede ser cualquier tejido biológico obtenido de un sujeto, incluido un sujeto humano. Preferentemente, la muestra biológica es de un cáncer. La muestra biológica puede ser de una biopsia de tumor. Adicionalmente, la muestra biológica puede ser una muestra recién recogida. La muestra biológica también puede ser una muestra de tejido embebida en parafina fijada con formalina. La muestra biológica puede incluir tejidos, células, fluidos biológicos y sus aislados, incluyendo, aunque no de forma limitativa, células o células tumorales aisladas de muestras corporales, tales como, aunque no de forma limitativa, frotis, esputo, biopsias, secreciones, saliva, líquido cefalorraquídeo, bilis, sangre, plasma sérico, líquido linfático, orina y heces o tejido que se haya extraído de órganos, tales como de mama, pulmón, intestino, piel, cuello uterino, próstata y estómago.
La muestra biológica (muestra de tejido) puede comprender una o más áreas con diferentes morfologías patológicas. Las muestras biológicas pueden comprender diferentes morfologías patológicas en diferentes localizaciones dentro de la muestra. Algunas áreas pueden tener morfologías patológicas indicativas de una forma agresiva de cáncer o neoplasias malignas. Otras áreas pueden mostrar morfologías patológicas menos agresivas. La muestra biológica puede obtenerse de una o más áreas con la morfología patológica más agresiva. La muestra biológica también puede obtenerse de una o más áreas con la morfología patológica menos agresiva. La selección de morfologías patológicas específicas permite el análisis dirigido de una muestra biológica. Como alternativa, la muestra biológica puede comprender varias muestras obtenidas de una o más de las diferentes morfologías patológicas. De hecho, las muestras para cada morfología patológica diferente presente en una muestra se pueden incluir en la muestra biológica, lo que garantizaría un análisis completo de todas las posibles fuentes de mutaciones.
La muestra biológica (muestra de tejido) se puede obtener usando métodos conocidos, incluyendo biopsia con aguja, aspiración con aguja fina, biopsia de núcleo, biopsia guiada por imágenes, Biopsia guiada por TC, biopsia guiada por ultrasonido, biopsia guiada por IRM, biopsia por aspiración, biopsia quirúrgica, biopsia por escisión, biopsia por incisión, biopsia por punción, biopsia asistida por vacío, biopsia ósea, biopsia hepática, biopsia de riñón, biopsia de próstata, biopsia de piel, biopsia endoscópica, biopsia laparoscópica, biopsia toracoscópica, biopsia mediastinoscópica, laparotomía, toracotomía o mapeo y biopsia del ganglio linfático centinela.
Una vez obtenida una muestra biológica (muestra de tejido), se puede conservar para análisis posteriores utilizando métodos conocidos. Por ejemplo, la muestra biológica se puede incrustar en parafina fijada con formalina para crear un bloque de tejido. La muestra biológica también se puede congelar o fijar en un portaobjetos.
Se puede utilizar una serie de métodos para detectar la presencia de mutaciones genéticas en la muestra biológica (muestra de tejido) y/o para cuantificar la expresión de esas mutaciones. Las mutaciones genéticas pueden incluir mutaciones conocidas de genes específicos, incluidos los genes enumerados en la Tabla 1, así como la presencia o ausencia de una amplificación de determinados genes. La detección de mutaciones genéticas se puede realizar al nivel de proteína y/o al nivel de ácido nucleico. Los expertos en la técnica apreciarán que los métodos indicados a continuación representan algunas de las formas preferidas en las que la presencia de mutaciones genéticas, incluyendo el nivel de expresión de esas mutaciones genéticas, puede detectarse y/o cuantificarse y que de ninguna manera limitan el alcance de los métodos que pueden emplearse. Los expertos en la técnica también podrán determinar las condiciones de ensayo operativas y óptimas para cada determinación empleando la experimentación de rutina. Dichos métodos pueden incluir, pero no se limitan a, hibridaciónin situ(ISH, por sus siglas en inglés), transferencias Western, ELISA, inmunoprecipitación, inmunofluorescencia, citometría de flujo, transferencias Northern, reacción en cadena de la polimerasa (PCR), PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR), PCR digital en gotas, inmunocitoquímica (IHC, por sus siglas en inglés) y secuenciación de última generación.
El nivel de expresión de las mutaciones genéticas detectadas se puede determinar al nivel de proteína o al de ácido nucleico. Para evaluar la expresión, se pueden utilizar técnicas bien conocidas basadas en ácidos nucleicos, incluyendo la determinación del nivel de ARNm de un gen que contiene una mutación en la muestra biológica, cuyo método puede utilizar ARN aislado. Se puede utilizar cualquier técnica de aislamiento de ARN que no seleccione contra el aislamiento de ARNm. También se pueden utilizar técnicas bien conocidas para aislar ARN. El ARNm aislado de una muestra biológica se puede utilizar en ensayos de hibridación o de amplificación, incluyendo, aunque no de forma limitativa, análisis de Southern o de Northern, análisis de PCR y ensayos de sondas.
Un método alternativo para determinar el nivel de ARNm de un gen de interés en una muestra biológica o biopsia líquida implica el proceso de amplificación de ácidos nucleicos, por ejemplo, mediante RT-PCR (la realización experimental expuesta en Mullis, 1987, patente de Estados Unidos n.° 4.683.202) o PCR digital, reacción en cadena de ligasa (Barany (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:189-193), replicación de secuencia autosostenida (Guatelliet al.(1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1874-1878 ), sistema de amplificación transcripcional (Kwohet al.(1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173-1177), replicasa Q-beta (Lizardiet al.(1988) Bio/Technology 6:1197), replicación en círculo rodante (Lizardiet al.,patente de Estados Unidos n.° 5.854.033) o cualquier otro método de amplificación de ácido nucleico, seguido por la detección de las moléculas amplificadas usando técnicas bien conocidas por los expertos en la materia. Los métodos de detección descritos anteriormente son útiles para la detección de moléculas de ácido nucleico que están presentes en cantidades muy bajas. Como se utiliza en el presente documento, los cebadores de amplificación se definen como un par de moléculas de ácido nucleico que pueden hibridarse con las regiones 5' o 3' de un gen (cadenas más y menos, respectivamente y viceversa) y contienen una breve región intermedia. En general, los cebadores de amplificación tienen una longitud de aproximadamente 10 a 30 nucleótidos y flanquean una región de aproximadamente 50 a 200 nucleótidos de longitud. En condiciones adecuadas y con reactivos adecuados, tales cebadores permiten la amplificación de una molécula de ácido nucleico que comprende la secuencia de nucleótidos flanqueada por los cebadores.
Adicionalmente, se pueden utilizar micromatrices para detectar la expresión de un gen de interés. En particular, las micromatrices de ADN permiten la medición simultánea de los niveles de expresión de grandes números de genes. Cada ensayo consiste en un patrón reproducible de sondas de captura unidas a un soporte sólido. El ADN o el ARN marcado puede hibridarse con las sondas complementarias sobre la matriz y a continuación, se detecta mediante escáner láser. Las intensidades de hibridación se determinan para cada sonda sobre la matriz y se convierten a un valor cuantitativo que representa niveles de expresión relativa de los genes (véase, por ejemplo, las patentes de Estados Unidos n.° 6.040.138, 5.800.992, 6.020.135, 6.033.860 y 6.344.316). Las matrices de oligonucleótidos de alta densidad son particularmente útiles para determinar el perfil de expresión génica para un gran número de ARN en una muestra.
Se pueden utilizar ensayos basados en amplificación para medir el número de copias de un gen de interés. En tales ensayos basados en amplificación, la secuencia de ácido nucleico correspondiente de un gen de interés actúa como molde en una reacción de amplificación (por ejemplo, PCR). En una amplificación cuantitativa, la cantidad de producto de amplificación será proporcional a la cantidad de molde en la muestra original. La comparación con controles adecuados proporciona una medida del número de copias del gen de interés, correspondiente a la sonda específica utilizada. La presencia de un mayor nivel de producto de amplificación, en comparación con un control, es indicativa de un gen amplificado de interés.
Los métodos de amplificación "cuantitativa" son bien conocidos por los expertos en la materia. Por ejemplo, la PCR cuantitativa implica amplificar conjunta y simultáneamente una cantidad conocida de una secuencia de control utilizando los mismos cebadores. Esto proporciona un estándar interno que puede usarse para calibrar la reacción de PCR. Se proporcionan protocolos detallados para la PCR cuantitativa, por ejemplo, en Inniset al.(1990) PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, Academic Press, Inc. Nueva York.
La PCR en tiempo real (RT-PCR) es otra técnica de amplificación que se puede utilizar para determinar los niveles de copia de genes o los niveles de expresión de ARNm de un gen de interés. (Véanse, por ejemplo, Gibsonet al.,Genome Research 6:995-1001, 1996; Heidet al.,Genome Research 6:986-994, 1996). La PCR en tiempo real evalúa el nivel de acumulación del producto de la PCR durante la amplificación. Esta técnica permite la evaluación cuantitativa de los niveles de ARNm en múltiples muestras. Para los niveles de copia de genes, el ADN genómico total se aísla de una muestra. Para los niveles de ARNm, el ARNm se extrae del tumor y del tejido normal y el ADNc se prepara utilizando técnicas estándar. Se puede realizar PCR en tiempo real, por ejemplo, utilizando un instrumento Prism 7700 de Perkin Elmer/Applied Biosystems (Foster City, California). Se pueden diseñar cebadores y sondas fluorescentes coincidentes para genes de interés utilizando, por ejemplo, el programa Primer express proporcionado por Perkin Elmer/Applied Biosystems (Foster City, California). Las concentraciones óptimas de cebadores y de sondas pueden determinarse inicialmente por los expertos en la técnica y los cebadores y las sondas de control (por ejemplo, betaactina) pueden obtenerse comercialmente, por ejemplo, de Perkin Elmer/Applied Biosystems (Foster City, California). Para cuantificar la cantidad del ácido nucleico específico de interés en una muestra, se genera una curva patrón utilizando un control. Las curvas patrón se pueden generar utilizando los valores de Ct determinados en la PCR en tiempo real, que están relacionados con la concentración inicial del ácido nucleico de interés utilizado en el ensayo. Generalmente, son suficientes las diluciones estándar que varían de 10-106 copias del gen de interés. Además, se genera una curva patrón para la secuencia de control. Esto permite la estandarización del contenido inicial del ácido nucleico de interés en una muestra de tejido con respecto a la cantidad de control con fines de comparación.
La PCR digital en gotas es otra técnica de amplificación que se puede utilizar para determinar los niveles de copia de genes o los niveles de expresión de ARNm de un gen de interés. Esta técnica es un método de PCR digital que utiliza un sistema de gotas de emulsión de agua y aceite. Se utiliza una emulsión de agua y aceite para formar miles de gotas del tamaño de nanolitros que separan las moléculas de ADN molde. La amplificación por PCR tiene lugar dentro de cada gota individual. Esto permite medir miles de amplificaciones individuales dentro de una sola muestra y también reduce el tamaño de muestra requerido. La PCR digital en gotas utiliza reactivos y flujos de trabajo similares a los utilizados para la mayoría de los ensayos basados en sondas TaqMan, que se analizan a continuación. Después de la PCR, cada gota se analiza o se lee para determinar la cantidad de gotas que contienen un producto de PCR en la muestra original. Esa información se analiza utilizando estadísticas de Poisson para determinar la concentración del molde diana en la muestra original.
Los métodos de PCR cuantitativa en tiempo real y de PCR digital en gotas utilizando sondas TaqMan son bien conocidos en la técnica. Se proporcionan protocolos detallados para PCR cuantitativa en tiempo real, por ejemplo, para ARN en Gibsonet al.,1996, A novel method for real time quantitative RT-PCR. Genome Res., 10:995-1001; y para el ADN en Heidet al.,1996, Real time quantitative PCR. Genome Res., 10:986-994.
También se puede utilizar un ensayo basado en TaqMan para cuantificar una región genómica particular. Los ensayos basados en TaqMan utilizan una sonda de oligonucleótido fluorogénico que contiene un colorante fluorescente en 5' y un agente inactivador en 3'. La sonda se hibrida con un producto de PCR, pero no puede prolongarse en sí debido a un agente bloqueador en el extremo 3'. Cuando el producto de la PCR se amplifica en ciclos posteriores, la actividad nucleasa 5' de la polimerasa, por ejemplo, AmpliTaq, da como resultado la escisión de la sonda TaqMan. Esta escisión separa el colorante fluorescente 5' y el agente inactivador 3', dando como resultado de este modo un aumento de la fluorescencia en función de la amplificación.
Otros métodos de amplificación adecuados incluyen, pero no se limitan a, la reacción en cadena de la ligasa (LCR) (véanse Wu y Wallace (1989) Genomics 4:560, Landegrenet al.(1988) Science 241:1077 y Barringeret al.(1990) Gene 89:117), amplificación de la transcripción (Kwohet al.(1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173), replicación de secuencia autosostenida (Guatelliet al.(1990) Proc. Nat. Acad. Sci. USA 87:1874), PCR de punto (en inglés, dot PCR) y PCR del adaptador enlazador (en inglés, linker adapter PCR), etc.
La hibridación fluorescentein situ(FISH, por sus siglas en inglés) también se puede utilizar para determinar el número de copias de un gen de interés en una muestra. FISH es conocida por los expertos en la técnica (véase Angerer, 1987 Meth. Enzymol., 152: 649). Generalmente, la hibridaciónin situcomprende las siguientes etapas principales: (1) fijación del tejido o de la estructura biológica a analizar; (2) tratamiento de prehibridación de la estructura biológica para aumentar la accesibilidad del ADN diana y reducir la unión no específica; (3) hibridación de la mezcla de ácidos nucleicos con el ácido nucleico en la estructura biológica o tejido; (4) lavados tras la hibridación para eliminar fragmentos de ácido nucleico no unidos en la hibridación; y (5) detección de los fragmentos de ácido nucleico hibridados.
En un ensayo típico de hibridaciónin situ, las células o secciones de tejido se fijan a un soporte sólido, normalmente a un portaobjetos de vidrio. Si se va a probar un ácido nucleico, las células normalmente se desnaturalizan con calor o álcali. A continuación, las células se ponen en contacto con una solución de hibridación a una temperatura moderada para permitir la hibridación de sondas marcadas específicas para la secuencia de ácido nucleico que codifica la proteína. A continuación, las dianas (por ejemplo, células) normalmente se lavan con una rigurosidad predeterminada o con una rigurosidad creciente hasta que se obtiene una relación de señal respecto al ruido adecuada.
Las sondas utilizadas en tales aplicaciones normalmente están marcadas, por ejemplo, con radioisótopos o indicadores fluorescentes. Las sondas preferidas son suficientemente largas, por ejemplo, de aproximadamente 50, 100 o 200 nucleótidos a aproximadamente 1000 o más nucleótidos, para permitir la hibridación específica con el ácido nucleico diana en condiciones rigurosas.
En algunas aplicaciones es necesario bloquear la capacidad de hibridación de secuencias repetitivas. Por tanto, en algunas realizaciones, se utiliza el ARNt, el ADN genómico humano o ADN de Cot-1 para bloquear la hibridación no específica. Por tanto, en una realización de la presente invención, la presencia o ausencia de amplificación de RAS se determina mediante FISH.
La reaparición o metástasis del cáncer del sujeto se puede controlar mediante la obtención de una biopsia líquida. La biopsia líquida se puede obtener un período de tiempo predeterminado después de que al sujeto se le haya administrado una terapia anticancerígena. Este período de tiempo predeterminado puede ser cualquier período de tiempo deseado, tal como uno o más días, meses o años. En otras realizaciones, la biopsia líquida se obtiene del sujeto cada mes o cada dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez, once, doce, trece, catorce, quince, dieciséis, diecisiete, dieciocho, diecinueve, veinte, veintiuno, veintidós, veintitrés, veinticuatro o más meses. Aún en otras realizaciones, la biopsia líquida se obtiene del sujeto cada año o cada dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve o diez años. En otras realizaciones, la biopsia líquida se obtiene del sujeto en períodos de tiempo predeterminados que comprenden cualquier número deseado de meses o años. En algunas realizaciones, la biopsia líquida se obtiene del sujeto una vez cada tres meses (por ejemplo, trimestralmente). En otras realizaciones, la biopsia líquida se obtiene del sujeto una vez cada tres meses, durante un período de dos años. En una realización, la biopsia líquida se obtiene una vez que el sujeto ha entrado en remisión. En otra realización, la biopsia líquida se obtiene una vez que el sujeto ha completado su tratamiento terapéutico anticancerígena.
La biopsia líquida puede ser un aspirado, sangre, plasma sérico, esputo, orina o saliva. Preferentemente, la biopsia líquida es una muestra de sangre. La biopsia líquida se puede obtener usando métodos conocidos, incluyendo, aunque no de forma limitativa, el uso de técnicas, procedimientos y métodos de flebotomía conocidos. En una realización, la biopsia líquida son 10 ml de una muestra de sangre que se recoge en tubos con EDTA.
La biopsia líquida se analiza para determinar si las mutaciones genéticas contenidas en el perfil genético del sujeto están presentes. El ensayo personalizado desarrollado a partir del perfil genético del sujeto se utiliza para detectar la presencia de mutaciones genéticas. Si se detectan las mutaciones genéticas del perfil genético del sujeto, a continuación, se ha producido una reaparición del cáncer o de la metástasis. Si no se detectan mutaciones genéticas en el perfil genético del sujeto, a continuación, no se ha producido una reaparición del cáncer o de la metástasis. En una realización, se genera un segundo perfil genético a partir de la detección de mutaciones genéticas en la biopsia líquida. Este perfil genético puede incluir opcionalmente información sobre el nivel de expresión de genes que contienen las mutaciones de interés. El perfil genético basado en la biopsia líquida se puede comparar con el perfil genético basado en la muestra biológica, para determinar cualquier diferencia o cambio en las mutaciones genéticas detectadas y opcionalmente, puede determinar cualquier diferencia en los niveles de expresión de los genes asociados con las mutaciones genéticas. Esta información puede proporcionar información adicional sobre si se ha producido reaparición o metástasis y si es el caso, puede proporcionar información sobre si comparte las mismas características que el cáncer inicial.
En una realización, el cáncer puede seleccionarse del grupo que consiste en cáncer oral, cáncer de próstata, cáncer de recto, cáncer de pulmón no microcítico, cáncer de labios y de la cavidad oral, cáncer de hígado, cáncer de pulmón, cáncer de ano, cáncer de riñón, cáncer de vulva, cáncer de mama, cáncer orofaríngeo, cáncer de la cavidad nasal y del seno paranasal, cáncer nasofaríngeo, cáncer de uretra, cáncer del intestino delgado, cáncer del conducto biliar, cáncer de vejiga, cáncer de ovario, cáncer de laringe, cáncer hipofaríngeo, cáncer de vesícula biliar, cáncer de colon, cáncer colorrectal, cáncer de cabeza y cuello, glioma, cáncer paratiroideo, cáncer de pene, cáncer de vagina, cáncer de tiroides, cáncer de páncreas, cáncer esofágico, linfoma de Hodgkin, trastornos relacionados con leucemia, micosis fungoide, cáncer hematológico, enfermedad hematológica, neoplasia hematológica, enfermedad residual mínima y síndrome mielodisplásico.
En otra realización, el cáncer se selecciona del grupo que consiste en cáncer gastrointestinal, cáncer de próstata, cáncer de ovario, cáncer de mama, cáncer de cabeza y cuello, cáncer de pulmón, cáncer de pulmón no microcítico, cáncer del sistema nervioso, cáncer de riñón, cáncer de retina, melanoma maligno, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer genitourinario, cáncer colorrectal, cáncer de riñón y cáncer de vejiga.
En otra realización, el cáncer puede ser cáncer de pulmón no microcítico, cáncer de páncreas, cáncer de mama, cáncer de ovario, cáncer de colorrectal o cáncer de cabeza y cuello. En aún otra realización, el cáncer puede ser un carcinoma, un tumor, una neoplasia, un linfoma, un melanoma, un glioma, un sarcoma o un blastoma.
En una realización, el carcinoma puede seleccionarse del grupo que consiste en carcinoma, adenocarcinoma, carcinoma adenoideo quístico, carcinoma adenoescamoso, carcinoma adrenocortical, carcinoma bien diferenciado, carcinoma epidermoide, carcinoma seroso, carcinoma microcítico, carcinoma de células escamosas invasivas, carcinoma macrocítico, carcinoma de células de los islotes, carcinoma de células en avena, carcinoma escamoso, carcinoma indiferenciado, carcinoma verrugoso, carcinoma de células renales, adenocarcinoma seroso papilar, carcinoma de células de Merkel, carcinoma hepatocelular, carcinomas de tejidos blandos, carcinomas de glándulas bronquiales, carcinoma capilar, carcinoma de glándula de Bartolino, carcinoma de células basales, carcinosarcoma, papiloma/carcinoma, carcinoma de células claras, adenocarcinoma endometrioide, carcinoma mesotelial, carcinoma metastásico, carcinoma mucoepidermoide, colangiocarcinoma, queratosis actínica, cistadenoma y adenomatosis hepática.
En otra realización, el tumor puede seleccionarse del grupo que consiste en tumores astrocíticos, tumores mesoteliales malignos, tumores de células germinales ováricas, tumores neuroectodérmicos primitivos supratentoriales, tumores de Wilms, tumores de hipófisis, tumores de células germinales extragonadales, gastrinoma, tumores de células germinales, tumores trofoblásticos gestacionales, tumores cerebrales, tumores pineales y neuroectodérmicos primitivos supratentoriales, tumores de hipófisis, tumores secretores de somatostatina, tumores del seno endodérmico, carcinoides, astrocitoma cerebral central, glucagonoma, adenoma hepático, insulinoma, meduloepitelioma, plasmacitoma, vipoma y feocromocitoma.
En aún otra realización, la neoplasia puede seleccionarse del grupo que consiste en neoplasia intraepitelial, mieloma múltiple/neoplasia de células plasmáticas, neoplasia de células plasmáticas, neoplasia de células escamosas interepiteliales, hiperplasia endometrial, hiperplasia nodular focal, hemangioendotelioma y timoma maligno. En una realización adicional, el linfoma puede seleccionarse del grupo que consiste en linfoma del sistema nervioso, linfoma relacionado con SIDA, linfoma cutáneo de linfocitos T, linfoma no Hodgkin, linfoma y macroglobulinemia de Waldenstrom. En otra realización, el melanoma puede seleccionarse del grupo que consiste en melanoma lentiginoso acral, melanoma de diseminación superficial, melanoma maligno uveal, melanoma lentigo maligno, melanoma, melanoma intraocular, adenocarcinoma, melanoma nodular y hemangioma. En aún otra realización, el sarcoma puede seleccionarse del grupo que consiste en adenomas, adenosarcoma, condosarcoma, sarcoma del estroma endometrial, sarcoma de Ewing, sarcoma de Kaposi, leiomiosarcoma, rabdomiosarcoma, sarcoma, sarcoma uterino, osteosarcoma y pseudosarcoma. En una realización, el glioma puede seleccionarse del grupo que consiste en glioma, glioma de tronco encefálico y glioma de vías visuales e hipotalámicas. En otra realización, el blastoma puede seleccionarse del grupo que consiste en blastoma pulmonar, blastoma pleuropulmonar, retinoblastoma, neuroblastoma, meduloblastoma, glioblastoma y hemangiblastomas.
Métodos de tratamiento (NO ES PARTE DE LA PRESENTE INVENCIÓN)
Los métodos para tratar el cáncer en un sujeto pueden comprender obtener una muestra biológica (por ejemplo, una muestra de tejido FFPE) de un cáncer del sujeto antes de que se le administre al sujeto una primera terapia anticancerígena; detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra biológica para generar un perfil genético para el sujeto, antes de que se le administre al sujeto la primera terapia anticancerígena; administrar la primera terapia anticancerígena al sujeto; obtener una biopsia líquida del sujeto después de que se le administrara la primera terapia anticancerígena; detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde el cáncer ha reaparecido cuando las mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético; y administrar una segunda terapia anticancerígena al sujeto después de la reaparición del cáncer.
Como se utiliza en el presente documento, "tratar" o "tratamiento" de una enfermedad, un trastorno o una afección incluye, al menos parcialmente, (1) prevenir la enfermedad, trastorno o afección, es decir, provocar que los síntomas clínicos de la enfermedad, trastorno o afección, no se desarrollen en un mamífero que está expuesto o predispuesto a la enfermedad, trastorno o afección, pero que todavía no experimenta o muestra síntomas de la enfermedad, trastorno o afección; (2) inhibir la enfermedad, trastorno o afección, es decir, detener o reducir el desarrollo de la enfermedad, trastorno o afección o sus síntomas clínicos; o (3) aliviar la enfermedad, trastorno o afección, es decir, provocar la regresión de la enfermedad, trastorno o afección o sus síntomas clínicos. El que se trate o el tratamiento de una enfermedad o trastorno puede incluir el tratamiento del cáncer.
La expresión "tratamiento del cáncer" se refiere a la administración a un mamífero que padece una afección cancerosa y se refiere a un efecto que alivia la afección cancerosa matando las células cancerosas, pero también a un efecto que da como resultado la inhibición del crecimiento y/o de la metástasis del cáncer.
La segunda terapia anticancerígena puede ser diferente a la primera terapia anticancerígena.
La terapia anticancerígena puede incluir cualquier terapia bien conocida para tratar el cáncer, incluyendo extirpación quirúrgica del cáncer, administración de quimioterapia, administración de radiación, administración de terapias con anticuerpos y administración de fármacos anticancerígena.
El término "quimioterapia" se refiere al tratamiento del cáncer o de una enfermedad o trastorno causado por un virus, bacteria, otro microorganismo o una respuesta inmunitaria inapropiada, utilizando agentes químicos, fármacos o agentes radiactivos específicos, que son selectivamente tóxicos y destructivos para células y tejidos, virus, bacterias u otros microorganismos malignos. Se prefieren los agentes quimioterapéuticos o fármacos, tales como un antifolato (por ejemplo, metotrexato) o cualquier otro agente o fármaco útil en el tratamiento del cáncer, una enfermedad inflamatoria o una enfermedad autoinmunitaria. Los agentes y fármacos quimioterapéuticos adecuados incluyen actinomicina D, adriamicina, altretamina, azatioprina, bleomicina, busulfán, capecitabina, carboplatino, carmustina, clorambucilo, cisplatino, cladribina, crisantaspasa, ciclofosfamida, citarabina, dacarbazina, daunorrubicina, doxorrubicina, epirrubicina, etopósido, fludarabina, fluorouracilo, gemcitabina, hidroxiurea, idarrubicina, ifosfamida, irinotecán, doxorrubicina liposómica, lomustina, melfalán, mercaptopurina, metotrexato, mitomicina, mitozantrona, oxaliplatino, paclitaxel, pentostatina, procarbazina, raltitrexed, esteroides, estreptozocina, taxol, taxotere, temozolomida, tioguanina, tiotepa, tomudex, topotecán, treosulfano, uft (uracilotegufur), vinblastina, vincristina, vindesina y vinorelbina.
Los métodos para administrar una terapia anticancerígena a un sujeto con cáncer pueden comprender obtener una biopsia líquida del sujeto después de un período de tiempo predeterminado, después de que al sujeto se le haya administrado una primera terapia contra el cáncer (por ejemplo, después de que el cáncer del sujeto haya entrado en remisión); detectar una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida, en donde se ha producido la reaparición del cáncer, cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en un perfil genético creado a partir de información obtenida del sujeto antes del tratamiento con la primera terapia anticancerígena; y administrar una segunda terapia anticancerígena al sujeto después de que se detecte la reaparición del cáncer.
Esta divulgación se ilustra con más detalle mediante los siguientes ejemplos que se proporcionan para facilitar la práctica de los métodos divulgados.
Ejemplos
Ejemplo 1: Detección de la reaparición de cáncer de ovario
Se obtuvo una muestra de tejido FFPE de un tumor de ovario en un sujeto femenino de 42 años. La muestra de tejido FFPE se analizó como se ha descrito en el presente documento para detectar mutaciones genéticas, mediante paneles de secuenciación de última generación definidos y utilizados para crear un perfil genético para el sujeto. Se detectaron mutaciones en los genesTP53, BRCA1yBRCA2.La detección de estas mutaciones y/o los niveles de expresión de estos genes se utilizaron para generar un perfil genético del sujeto antes de que se le administrara una terapia anticancerígena. A continuación, se administró al sujeto una terapia anticancerígena que comprendía una combinación de un compuesto de platino, tal como cisplatino o carboplatino y un taxano, tal como paclitaxel (Taxol®) o docetaxel (Taxotere®) y una terapia dirigida. Posteriormente, después del tratamiento, se obtuvo una muestra de sangre del sujeto. La muestra de sangre se tomó tres meses después de que el sujeto recibiera la terapia anticancerígena. Se detectaron mutaciones genéticas deTP53, BRCA1yBRCA2en la biopsia líquida, estableciendo que el cáncer del sujeto había reaparecido. Como resultado, al sujeto se le administró nuevamente una terapia anticancerígena. En este caso, la terapia contra el cáncer fue diferente a la administrada anteriormente.

Claims (9)

REIVINDICACIONES
1. Un método para detectar la reaparición de un cáncer en un sujeto, el método que comprende antes de la administración de una terapia anticancerígena:
(a) obtener una muestra de tejido a partir de una biopsia de tumor del sujeto; y
(b) detectar una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido para generar un perfil genético para el sujeto;
y el método que comprende después de la administración de una terapia anticancerígena:
(c) determinar que el cáncer está en remisión;
(d) obtener una biopsia líquida del sujeto en un período de tiempo predeterminado después de administrar la terapia anticancerígena; y
(e) detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la biopsia líquida,
en donde el cáncer ha reaparecido cuando dichas una o más mutaciones detectadas en la biopsia líquida están presentes en el perfil genético.
2. El método de la reivindicación 1, en donde la muestra de tejido es una muestra de tejido fijada con formalina e incluida en parafina.
3. El método de la reivindicación 1, en donde la muestra de tejido comprende una o más áreas con diferentes morfologías patológicas y particularmente, en donde la muestra de tejido se obtiene de una o más de las áreas con la morfología patológica más agresiva.
4. El método de la reivindicación 1, en donde la biopsia líquida es un aspirado, sangre, plasma sérico, esputo, orina o saliva y particularmente, en donde la biopsia líquida es sangre.
5. El método de la reivindicación 1, en donde la etapa de detectar dichas una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido se realiza usando PCR digital en gotas o secuenciación de última generación.
6. El método de la reivindicación 1, en donde la biopsia líquida se obtiene del sujeto cada mes, cada dos o cada tres meses; o en donde la biopsia líquida se obtiene del sujeto cada tres meses durante dos años consecutivos.
7. El método de la reivindicación 1, en donde dichas una o más mutaciones se seleccionan del grupo que consiste en: A1CF, ABl1, ABL1.ABL2, ACKR3, ACSL3, ACSL6, ACVR1, ACVR2A, AFF1, AFF3, AFF4, AKAP9, AKT1, AKT2, AKT3, ARHGEF12, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARNT, APSCR1, ASKL1, ASXL2, ATF1, ATF2, ATIC, ATM, ATP1A1, ATP2B3, ATR, ATRX, AXIN1, BCL9, BCL9L, BCLAF1, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BIRC6, BLM, BMP5, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD3, BRD4, ALDH2, ALK, AMER1, ANK1, APC, APOBEC3B, AR, ARAF, ARHGAP26, ARHGAP5, CARD11, CARS, CASC5, CCDC6, CCNB11 P1, AXIN2, B2M, BAP1, BARD1, BCL10, BCL11A, BCL11B, BCL2, BCL2L12, BCL3, CASP8, CBFA2T3, CBFB, ZNF278, ZNF198, BRIP1, BTG1, BTK, BUB1B, C15ORF65, C2ORF44, CACNA1D, CALR, CAMTA1, CANT1, CBL, CBLB, CBLC, WHSC1, WAS, CCCN, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CCR4, CCR7, CD209, ZRSR2, ZNRF3, ZNF521, ZNF479, ZNF384, ZNF311, TRD, TRB, ZMYM3, ZFHX3, ZEB1, ZCCHC8, ZBTB16, YWHAE, XPO1, XPC, XPA, WWTR1, WT1, WRN, WNK2, WIF1, WHSCIL1, TLX3, TLX1, VT11A, VHL, VAV1, USP8, USP6, UBR5, U2AF1, TSHR, TSC2, TSC1, TRRAP, TRIP11, TRIM33, TRIM 27, TRIM 24, TCF12, TCEA1, TRAF7, TRA, TPR, TPM4, TPM3, TP63, TP53, TOP1, TNFRSF17, TNFRSF14, TNFAIP3, TNC, TMPRSS2, TMEM127, STAG2, STAG1, THRAP3, TGFBR2, TFRC, TFPT, TFG, TFEB, TFE3, TET2, TET1,TERT,TEC, TCL1A, TCF7L2, TCF3, SRSF2, SRGAP3, TBX3, TBL1XR1, TAL2, TAL1, TAF15, SYK, SUZ12, SUFU, STRN, STK11, STIL, STAT6, STAT5B, STST3, SBD1, SMO, SSX4, SSX2, SSX1, SS18L1, SS18, SRSF3, SMAD3, SMAD2, SLC45A3, SLC34A2, SK1, SIRPA, SH3GL1, SH2B3, SRC, SPOP, SPEN, SPECC1, SOX2, SOCS1, SGK1, SFRP4, SFPQ, SF3B1, SETD2, SETBP1, SET, SEPT9, SMC1A, SMARCEI, SMARCD1, SMARCB1, SMARCA4, SMAD4, SEPT6, SEPT5, SDHD, SDHC, SDHB, SDHAF2, SDHA, SDC4, SBDS, SALL4, S100A7, RUNX1T1, RUNX1, RUNDC2A, RSPO3, RSPO2, RPM1, RA RA, RAP1GDS1, RANBP2, RALGDS, RAF1, RAD51B, RAD21, RAC1, RPL5, RPL22, RPL10, ROS1, ROBO2, RNF43, RNF213, RM12, RHOH, PWWP2A, PTPRT, PTPRK, PTPRC, PTPRB, PTPN6, PTPN13, PTPN11, RHOA, RGS7, RGPD3, RET, REL, RECQL4, RBM15, RBM10, RB1, PTCH1, PSIP1, PRRX1, PRPF40B, PRKCB, PRKAR1A, PRKACA, PRF1, RABEP1, QKI, PRDM16, PRDM1, PRCC, PPP6C, PPP2R1A, PPM1D, PPFIBP1, PIK3R1, PIK3CB, PIK3CA, PI-CALM, PHOX2B, PHF6, PTK6, PTEN, PPARG, POU5F1, POU2AF1, POT1, POLO, POLG, POLE, PDE4DIP, PDCD1LG2, PCM1, PCBP1, PBX1, PBRM1, PREX2, PRDM2, POLD1, PMS2, PMS1, PML, PLCG1, PLAG1, PIM1, PALB2, PAFAH1B2, PABPC1, P2RY8, OMD, OLIG2, PER1, PDGFRB, PDGFRA, PDGFB, NUP214, NUMA1, NTRK3, NTRK1, NTHL1, NT5C2, NSD1, NRG1, NRAS, NCOA2, NCOA1, NCKIPSD, NBN, PAX8, PAX7, PAX5, PAX3, NR4A3, NPM1, NOTCH2, NOTCH1, NONO, NKX2-1, NIN, NFKB1E, NFKB2, MYH9, MYH11, MYD88, MACN, NUTM2B, NUTM2A, NUTM1, NUP98, NFIB, NFE2L2, NFATC2, NF2, NF1, NDRG1, NCOR2, NCOR1, NCOA4, MUC1, MTOR, MTCP1, NBEA, NACA, NAB2, MYOD1, MYO5A, MNX1, MN1, MLLT6, MLLT4, MET, MEN1, MED12, MECOM, MDS2, MYCL, MYC, MYB, MU-TYH, MUC4, MLLT3, MLLT11, MLLT10, MLLT1, MAP3K13, MAP3K1, MAP2K4, MAP2K2, MAP2K1, MSN, MS12, MSH6, MSH2, MPL, MLH1, MLF1, MKL1, MITF, LZTRI, LYL1, LSM14A, LRP1B, LRIG3, MDM4, MDM2, MB21D2, MAX, MAPK1, LH-FP, LEF1, LCP1, LCK, LASP1, LARP4B, KTN1, KRAS, KDM5A, KCN15, KAT7, MAML2, MALT1, MALAT1, MAFB, MAF, KNSTRN, KMT2D, KMT2C, KMT2A, KLK2, KLF6, KLF4, KIT, IRS4, IRF4, IL7R, LPP, LMO2, LMO1, LMNA, LIFR, KIF5B, KIAA1598, KIAA1549, KEAP1, KDSR, KDR, KDM6A, KDMSC, ID3, HSP90AB1, HSP90AA1, KAT6A, JUN, JAZF1, JAK3, JAK2, JAK1, ITK, ITGAV, ISX, HNFIA, HMGN2P46, HMGA2, HMGA1, HLF, HLA-A, HIST1H4I, HIST1 H3B, HIP1, IL6ST, IL21R, IL2, IKZF1, IKBKB, IGL, IGK, IGH, IDH2, IDH1, HEY1, HERPUD1, H3F3B, H3F3A, GRM3, GRIN2A, GPHN, GPC3, GOPC, HRAS, HOXD13, HOXD11, HOXC13, HOXC11, HOXA9, HOXA13, HOXA11, HOOK3, HNRNPA2B1, GNAS, GNAQ, GNA11, GMPS, GL11, GATA3, GATA2, GATA1, GAS7, HIF1A, FUBP1, FSTL3, FOXR1, FOXP1, FOXO4, FOXO3, FOXO1, FOXL2, FOXA1, FNBP1, FLT4, FLT3, FLNA, FANCD2, FANCC, FANCA, FAM47C, FAM46C, ETV1, GOLGA5, FL11, FLCN, FKBP9, FIP1L1, FHIT, FH, FGFR4, FGFR3, FGFR2, FGFR10P, FGFR1, FEV, FES, FAM135B, FAM 131B, ESR, EZH2, EXT2, ESR1, FUS, FEN1, FCRL4, FCGR2B, FBXW7, FBXO11, FBLN2, FAT4, FAT3, FAT1, FAS, FANCG, FANCF, FANCE, EXT1, EWSR1, ETV6, ETV5, ETV4, ERCC5, ETNK1, ERCC3, ERCC2, ERC1, EPAS1, EP300, EML4, ELN, ELL, ELK4, ELF4, ERG, ERBB4, ERBB3, ERBB2, EIF1AX, EGFR, EED, ECT2L, EBF1, DUX4L1, DROSHA, ERCC4, EPS15, EPHA7, EPHA3, DICER1, DGCR8, DEK, DDX6, DDX5, DDX3X, DDX10, ELF3, EIF4A2, EIF3E, DCTN1, DCC, DCAF12L2, DAXX, CYSLTR2, CYP2C8, CYLD, CXCR4, CUX1, CUL3, CTNND2, CTNND1, CTNNB1, CIITA, CIC, CHST11, DNMT3A, DNM2, DAAJB1, CTNNA2, CTCF, CSMD3, CSF3R, CSF1R, CRTC3, CRTC1, CRNKL1, CRLF2, CREB-PB, CREB3L2, CREB3L1, CREB1, CHCHD7, CEP89, CEBPA, DDR2, DDIT3, DDB2, COX6C, COL3A1, COL2A1, COL1A1, CNTRL, CNTNAP2, CNOT3, CNBP, CNBD1, CLTCL1, CLTC, CLP1, CLIP1, CDKN1A, CDK6, CDK4, CHIC2, CHEK2, CHD4, CHD2, CHD11, CDC73, CD79B, CD79A, CD74, CD28, CD274, GNA13, IKZF3, LUC7L2, P2PR8, PRPF8, SF1, U2AF2, CDX2, CDKN2C, CDKN2A, CDKN1B, BAX, BCL6, BRINP3, CD58, CDKN2B, CEBPG, CHD1, HNRNPK, ITPKB, MEF2B, PAG1, PTK2B, SF3A1, CDK12, CDH17, CDH11, CDH10, DNMT1, DUSP22, EBG1, EIF4A1, ELANE, EPOR, GLIS2, IKZF2, KLF2, MFHAS1, PLCG2, SEMA6A, y SMC3.
8. El método de la reivindicación 1, en donde el cáncer se selecciona del grupo que consiste en: cáncer gastrointestinal, cáncer de próstata, cáncer de ovario, cáncer de mama, cáncer de cabeza y cuello, cáncer de pulmón, cáncer de pulmón no microcítico, cáncer del sistema nervioso, cáncer de riñón, cáncer de retina, melanoma maligno, cáncer de hígado, cáncer de páncreas, cáncer genitourinario, cáncer colorrectal, cáncer renal, cáncer hematológico, enfermedad hematológica, neoplasia hematológica, enfermedad residual mínima y cáncer de vejiga.
9. El método de la reivindicación 1, en donde el perfil genético se genera mediante:
(a) la determinación de una frecuencia de dichas una o más mutaciones genéticas en la muestra de tejido; y (b) la selección de dichas una o más mutaciones genéticas para su inclusión en el perfil genético, en donde la frecuencia de dichas una o más mutaciones genéticas está por encima de una cantidad umbral;
o en donde el perfil genético se genera mediante:
(a) la determinación de una localización de dichas una o más mutaciones genéticas en un cromosoma; y (b) la selección de dichas una o más mutaciones genéticas para su inclusión en el perfil genético, en donde dichas una o más mutaciones genéticas se sitúan en diferentes cromosomas.
ES19768559T 2018-03-16 2019-03-18 Métodos para la detección personalizada de la reaparición del cáncer o de la metástasis y/o evaluación de la respuesta al tratamiento Active ES2960914T3 (es)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201862643827P 2018-03-16 2018-03-16
PCT/US2019/022801 WO2019178606A1 (en) 2018-03-16 2019-03-18 Methods for personalized detection of the recurrence of cancer or metastasis and/or evaluation of treatment response

Publications (1)

Publication Number Publication Date
ES2960914T3 true ES2960914T3 (es) 2024-03-07

Family

ID=67903933

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES19768559T Active ES2960914T3 (es) 2018-03-16 2019-03-18 Métodos para la detección personalizada de la reaparición del cáncer o de la metástasis y/o evaluación de la respuesta al tratamiento

Country Status (5)

Country Link
US (1) US20190285518A1 (es)
EP (1) EP3752604B1 (es)
CN (1) CN112119156A (es)
ES (1) ES2960914T3 (es)
WO (1) WO2019178606A1 (es)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10801064B2 (en) 2018-05-31 2020-10-13 Personalis, Inc. Compositions, methods and systems for processing or analyzing multi-species nucleic acid samples
US11814750B2 (en) 2018-05-31 2023-11-14 Personalis, Inc. Compositions, methods and systems for processing or analyzing multi-species nucleic acid samples
CN111261226B (zh) * 2020-03-12 2020-10-27 江苏先声医学诊断有限公司 基于ngs的微小残留病变自动化测序分析方法及装置

Family Cites Families (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US6040138A (en) 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
US5854033A (en) 1995-11-21 1998-12-29 Yale University Rolling circle replication reporter systems
EP0880598A4 (en) 1996-01-23 2005-02-23 Affymetrix Inc RAPID EVALUATION OF NUCLEIC ACID ABUNDANCE DIFFERENCE, WITH A HIGH-DENSITY OLIGONUCLEOTIDE SYSTEM
EP1027456B1 (en) 1997-10-31 2005-03-16 Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) Expression profiles in adult and fetal organs
US6020135A (en) 1998-03-27 2000-02-01 Affymetrix, Inc. P53-regulated genes
US9109256B2 (en) * 2004-10-27 2015-08-18 Esoterix Genetic Laboratories, Llc Method for monitoring disease progression or recurrence
WO2008151031A1 (en) * 2007-05-30 2008-12-11 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Detecting mutated gene sequences by mutant-enriched sequencing
US20130197056A1 (en) * 2010-04-22 2013-08-01 British Columbia Cancer Agency Branch Novel biomarkers and targets for ovarian carcinoma
ES2667547T3 (es) * 2010-12-09 2018-05-11 Biotheranostics, Inc. Pronóstico de cáncer de mama después del tratamiento
WO2014089241A2 (en) * 2012-12-04 2014-06-12 Caris Mpi, Inc. Molecular profiling for cancer
TWI665305B (zh) * 2013-06-11 2019-07-11 美商唐娜 法柏癌症研究所公司 癌症中基因組改變之基於非侵入性血液的檢測
CN107407626B (zh) * 2014-09-26 2020-10-30 加利福尼亚大学董事会 评估癌症的疾病状况的方法
US20180087114A1 (en) * 2015-03-05 2018-03-29 Trovagene, Inc. Early assessment of mechanism of action and efficacy of anti-cancer therapies using molecular markers in bodily fluid

Also Published As

Publication number Publication date
EP3752604B1 (en) 2023-10-04
EP3752604A1 (en) 2020-12-23
WO2019178606A1 (en) 2019-09-19
CN112119156A (zh) 2020-12-22
WO2019178606A8 (en) 2020-04-09
EP3752604A4 (en) 2021-04-21
US20190285518A1 (en) 2019-09-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN103667254B (zh) 目标基因片段的富集和检测方法
AU2016326742B2 (en) Method, apparatus, and computer program product for analyzing biological data
ES2960914T3 (es) Métodos para la detección personalizada de la reaparición del cáncer o de la metástasis y/o evaluación de la respuesta al tratamiento
US20220290252A1 (en) Method of isolating circulating nucleosomes
ES2961464T3 (es) Combinación de sondas para la detección del cáncer
WO2016140974A1 (en) Process for measuring tumor response to an initial oncology treatment
US20230091151A1 (en) Compositions and Methods for Targeted NGS Sequencing of cfRNA and cfTNA
US20220356533A1 (en) Biomarker composition for diagnosing or predicting prognosis of thyroid cancer, comprising preparation capable of detecting mutation in plekhs1 gene, and use thereof
US12013397B2 (en) Compositions and methods for determining cancer prognosis
US20170251973A1 (en) Process for Measuring Tumor Response to an Initial Oncology Treatment
CN118302537A (zh) 作为用于体外诊断的参考材料的血液基质
Silverwood et al. Evaluation of a Patient With Non-Myoinvasive Uterine Serous Carcinoma Confined to a Polyp and Positive Peritoneal Washings With Somatic ARHGAP35 and KRAS Mutations
Kassab et al. Science Repository
Coysh Bioinformatics pipeline development for analyses of data generated by target capture-based Next-Generation Sequencing, to characterise mutations and the utility of using off-target sequences to detect genomic imbalances in Multiple Myeloma patients.
JP2024528707A (ja) ｉｎ‐ｖｉｔｒｏ診断のための参照材料としての血液マトリックス
JP2024054187A (ja) 多能性幹細胞バイオマーカーを分析するための方法およびその実施
KR20240039656A (ko) 액체생검 기반 자궁내막암 진단용 바이오마커 및 이의 용도
EP3353639A1 (en) Method, apparatus, and computer program product for analyzing biological data
Bai Online-Only Supplement Supplement to: Y. Bai, et al. Efficacy and potential predictive biomarkers of immunotherapy in Epstein-Barr Virus-associated gastric cancer