ES2674327B2 - CES: un índice quimioendocrino basado en PAM50 para el cáncer de mama con receptores hormonales positivos con un riesgo intermedio de recidiva - Google Patents

Abstract

CES: un índice quimioendocrino basado en PAM50 para cáncer de mama con receptores hormonales positivos con un riesgo intermedio de recidiva.#Este nuevo método hace referencia al desarrollo de un índice quimioendocrino (CES), basándose en el conocido análisis PAM50 para predecir si una paciente con cáncer de mama responde a quimioterapia o a terapia endocrina, concretamente en una paciente con cáncer de mama HR+/HER2- por encima del riesgo de recidiva (ROR) y de los subtipos intrínsecos de PAM50. Concretamente, la utilidad clínica de este predictor de CES se basa en el grupo de ROR intermedio de PAM50, donde la proporción de cada grupo CES (sensible a la terapia endocrina, intermedio y sensible a la quimioterapia) es superior al 25%.

Description

5 CES: un índice guimioendocrino basado en PAM50 para el cáncer de mama con receptores hormonales positivos con un riesgo intermedio de recidiva DESCRIPCiÓN El nuevo método está relacionado con el campo de la predicción de la eficacia del tratamiento en pacientes con cáncer de mama. Concretamente, este nuevo método está relacionado con la predicción de la eficacia de quimioterapia o de terapia endocrina en pacientes con cáncer de mama con receptores hormonales positivos 10 (HR+, "Hormone Receptors +") y HER2 negativo (HR+/HER2-), independientemente del subtipo intrínseco y del riesgo de recidiva (ROR, "Risk Of Relapse"), preferentemente en el caso en el que clasifica a la paciente como paciente con riesgo intermedio de recidiva. 15 ESTADO DE LA TÉCNICA Aproximadamente un 70 % de los cánceres de mama invasivos en el momento del diagnóstico son HR+/HER2-(TCGA: Comprehensive molecular portraits of human breast tumours. Nature 2012; 490:61-70; Prat A, et al. Journal of Clinical Oncology. 20 2013, 31:203-209). Sin embargo, la enfermedad HR+/HER2-es clínica y biológicamente heterogénea y son necesarias otras subclasificaciones para adaptar mejor los tratamientos actuales y futuros (Ades F., et al. Journal of Clinical Oncology. 2014, 32:2794-2803; Prat A, et al. Mol Oncol. 2011, 5:5-23, Prat A, et al. Nat Rev Clin Oncol 2012, 9:48-57). 25 Durante la última década, estudios de caracterización molecular han identificado e investigado de forma exhaustiva los dos principales subtipos moleculares en la enfermedad HR+/HER2-(es decir, Luminal A y B) (The Cancer Genome Atlas (TCGA): Comprehensive molecular portraits of human breast tumours. Nature. 2012, 30 490:61-70; Prat A, et al. Journal of Clinical Oncology. 2013.31 :203-209; Perou CM, et al. Nature. 2000, 406:747-752). Los tumores del subtipo Luminal A tienen un mejor pronóstico a los 5 y 10 años de seguimiento en comparación con los tumores del subtipo Luminal B independientemente de las variables clínico-patológicas clásicas (p. ej., el tamaño del tumor y el estado ganglionar) y el tratamiento (neo)adyuvante (es 35 decir, terapia endocrina y quimioterapia) ((The Cancer Genome Atlas (TCGA): Comprehensive molecular portraits of human breast tumours. Nature 2012; 490:61-70; Prat A, et al. Journal of Clinical Oncology. 2013, 31 :203-209, Martín M, et al. Breast Cancer Research and Treatment. 2013, 138:457-466, Prat A, et al. Journal of the National Cancer Institute. 2014, 106). En términos de sensibilidad al tratamiento, los tumores del subtipo Luminal A alcanzan tasas de respuesta patológica completa 5 (RpC) significativamente inferiores a las de los tumores del subtipo Luminal B después de quimioterapia neoadyuvante con varios fármacos (Usary J, et al. Clinical Cancer Research. 2013, 19:4889-4899; von Minckwitz G, et al. Journal of Clinical Oncology. 2012, 30:1796-1804; Prat A, et al. Breast Cancer Research and Treatment. 2012, 135:301-306; Prat A, et al. BMC Medicine. 2015,13:1-11). Sin embargo, menos clara 10 es la diferencia de sensibilidad a la terapia endocrina entre los dos subtipos luminales (Ellis MJ, et al. Journal of Clinical Oncology. 2011, 29:2342-2349; Dunbier AK, et al. Steroids. 2011,76:736-740). Actualmente se recomienda la terapia endocrina adyuvante durante 5-10 años en 15 todas las pacientes con cáncer de mama temprano HR+/HER2-, mientras que la quimioterapia se recomienda en pacientes con tumores de riesgo intermedio y alto (Goldhirsch A, et al. Personalizing the treatment of women with early breast cancer: highlights of the St Gallen International Expert Con sen sus on the Primary Therapy of Early Breast Cancer 2013. Annals of Oncology). Sin embargo, la relación entre terapia 20 y riesgo justifica la continuación de la investigación teniendo en cuenta que el riesgo está asociado a los dos factores relacionados con la biología tumoral y las características clínico-patológicas como el tamaño del tumor y el estado ganglionar, mientras que la capacidad de respuesta al tratamiento suele considerarse independiente de los factores clínico-patológicos. 25 30 En consecuencia, persiste la necesidad de herramientas para identificar los subgrupos heterogéneos con cáncer de mama HR+/HER2-con diferente pronóstico y diferente sensibilidad al tratamiento con el fin de seleccionar el tipo y el grado de tratamiento más adecuados para la paciente. DESCRIPCiÓN DE LA INVENCiÓN El cáncer de mama con receptores hormonales positivos (HR+) es clínica y biológicamente heterogéneo y es necesario identificar los subgrupos con diferente 35 pronóstico y sensibilidad al tratamiento. Aquí presentamos el desarrollo y la validación clínica en múltiples estudios de un predictor basado en la expresión génica, que utiliza el conocido análisis PAM50, que se asocia con la respuesta a quimioterapia y a terapia endocrina en cáncer de mama temprano más allá del riesgo de recidiva (ROR) y de los subtipos intrínsecos de PAM50. La utilidad clínica de este índice predictor quimioendocrino basado en PAM50 (CES, "Chemo Endocrine Scoren) se encuentra en 5 el grupo con ROR intermedio de PAM50, donde la proporción de cada grupo CES (sensible a la terapia endocrina, intermedio y sensible a la quimioterapia) es superior al 25%. CES es una firma genética única capaz de medir la sensibilidad a quimioterapia y a terapia endocrina en cáncer de mama HR+/HER2-, más allá del subtipo intrínseco, de 10 otras firmas genéticas y de variables patológicas estándar. CES podría tener un valor clínico considerable en pacientes con enfermedad HR+/HER2-de riesgo intermedio en la que no se puede determinar el beneficio de la quimioterapia multiagente adyuvante. Cuando el valor CES es igualo superior a 0,7 indica que dicha paciente responde al tratamiento endocrino (CES-E), y donde el CES es igualo inferior a 0,3 15 indica que dicha paciente responde a la quimioterapia (CES-C). Cabe destacar que también hay un grupo CES-U que parece estar muy poco definido y las decisiones relativas a la necesidad de quimioterapia podrían ser difíciles. 20 Nuestros resultados son los primeros en confirmar, en casos aleatorizados, una relación inversa entre sensibilidad a terapia endocrina y a quimioterapia en cáncer de mama receptor de estrógenos positivos (ER+). Pruebas anteriores han evidenciado una relación inversa entre proliferación y los procesos biológicos relacionados con RE (Receptor Estrógeno) en lo que respecta a sensibilidad a terapia endocrina y a 25 químioterapia en cáncer de mama ER+. Por ejemplo, dos estudios independientes demostraron una correlación inversa entre un índice de 200 genes relacionado con ER, o entre la expresión de TAU, un gen relacionado con ER, y la sensibilidad a terapia endocrina y a quimioterapia (Symmans WF, et al. Journal of Clinical Oncology. 2010, 28:4111-4119; Andre F, et al. Clinical Cancer Research. 2007, 13:2061-2067). 30 Asimismo, el alto índice de recurrencia medido por Oncotype DX (Genomic Health, Inc., Redwood, CA) predijo poco o ningún beneficio del tratamiento adyuvante con tamoxifeno en el ensayo NSABP-B14, pero al mismo tiempo también predijo un beneficio considerable de la quimioterapia adyuvante con CMF (Ciclofosfamida Metotrexato Fluoracil) (en el ensayo NSABP-B20 (Paik S, et al. New England Journal 35 of Medicine. 2004, 351:2817-2826; Paik S, et al. Journal of Clinical Oncology. 2006, 24:3726-3734). Estos resultados coinciden con nuestros resultados, que muestran que prácticamente todas las pacientes con enfermedad con ROR alto se identifican como CES-C. Sin embargo, este nuevo método destaca también que, en la enfermedad con ROR alto/CES-C, no todas las muestras de ER+/HER2-son luminales (es decir, Luminal A o B) dado que también puede identificarse la enfermedad no luminal (es 5 decir, Basal-like y HER2 enriched). Según nuestros resultados, el beneficio de la quimioterapia en tumores con ROR alto/no luminales en la enfermedad HR+/HER2-es probablemente aún mayor que en tumores con ROR alto/luminales B. Los resultados de este nuevo método también indican que el principal impulsor de la 10 sensibilidad a terapia endocrina ya la quimioterapia en la enfermedad RE+/HER2-es la biología intrínseca Basal-like frente a Luminal A. Para reflejar ambos estados biológicos en cada muestra, se han calculado los coeficientes de correlación de cada una de las muestras a ambos centroides PAM50 (es decir, Luminal A y Basal-like) y, a continuación, se restan ambos coeficientes (el coeficiente de correlación delluminal A 15 (CC Luminal A) frente al coeficiente de correlación de Basal-like (CC Basal-Like)). Por consiguiente, en lugar de elegir un perfil genético (p. ej., un perfil basado en la proliferación) de los numerosos perfiles que se pueden distinguir entre ambos subtipos de una forma u otra, se decidió para cada tumor incorporar en un índice el estado intrínseco Basal-like frente a luminal A de cada tumor identificado por el predictor de 20 subtipo PAM50. Cabe destacar que los genes de PAM50 se seleccionaron originalmente por su capacidad de reflejar la biología intrínseca mostrada por 1900 genes (la denominada lista de genes intrínsecos). De hecho, en el TCGA, el subtipo intrínseco definido por PAM50 reflejó la inmensa mayoría de la diversidad biológica mostrada por el conjunto de datos moleculares analizados (TCGA: Comprehensive 25 molecular portraits of human breast tumours. Nature. 2012, 490:61-70). Desde una perspectiva clínica, los datos de este nuevo método corroboran las guías actuales para el tratamiento sistémico del cáncer de mama temprano HR+/HER2-. Por un lado, se recomienda a las pacientes con un índice ROR bajo y una carga tumoral 30 baja (es decir, <10 % de riesgo de recidiva distante a 10 años) que solo reciban terapia endocrina (Harris LN, et al. Journal of Clinical Oncology. 2016). En efecto, los resultados mostrados con este nuevo método indican que estas pacientes tienen tumores con una alta sensibilidad a terapia endocrina y baja sensibilidad a quimioterapia. Por otro lado, se recomienda a las pacientes con enfermedad 35 HR+/HER2 de alto riesgo que reciban tratamiento con terapia endocrina y quimioterapia. Según los datos de este nuevo método, este grupo es el único con un beneficio alto de quimioterapia y bajo de terapia endocrina. Con respecto a la terapia endocrina en este grupo, el principal problema es que no disponemos de datos de supervivencia que indiquen que los tumores CES-C no se benefician en absoluto de la terapia endocrina. Por tanto, a día de hoy no se recomienda la retirada de una 5 estrategia de tratamiento potencialmente eficaz como la terapia endocrina en una paciente con un tumor ER+ (según lo definido por las guías de la ASCO/CAP [American Society of Clinical Oncology / College of American Pathologist]) que se identifica como CES-C o ROR alto, aunque en pacientes cuyos tumores contengan niveles bajos de ER (del 1 % al 10 %), la ASCO/CAP recomienda debatir las ventajas 10 Y los inconvenientes de la terapia endocrina. Es poco probable que se lleve a cabo un ensayo adyuvante aleatorizado de gran tamaño en el que participen miles de pacientes para responder a esta pregunta en particular. Aunque las implicaciones clínicas de CES en una enfermedad HR+/HER2-de riesgo 15 bajo y alto son mínimas, la observación de que una enfermedad HR+/HER2-de riesgo intermedio, que representa -30 % de los cánceres de mama con un diagnóstico reciente, sea biológicamente heterogénea y con una amplia gama de sensibilidades a quimioterapia podría tener implicaciones en la interpretación de dos ensayos clínicos prospectivos en curso. En el ensayo de fase 111 TailorX, 4500 pacientes con cáncer de 20 mama temprano HR+/HER2-con ganglios negativos y con un índice de recurrencia intermedio han sido aleatorizadas para recibir quimioterapia adyuvante o no recibir quimioterapia. Según nuestro análisis, este grupo intermedio podría estar compuesto por un mínimo de 3 grupos con diferentes sensibilidades a quimioterapia. Cabe destacar que el grupo CES-U parece estar muy poco definido y las decisiones 25 relativas a la necesidad de quimioterapia podrían ser difíciles. Una situación similar podría producirse en el ensayo clínico de fase 111 RxPONDER en el que se está aleatorizando a pacientes con cáncer de mama temprano HR+/HER2-, y entre 1 y 3 ganglios linfáticos positivos, con riesgo bajo o intermedio, para recibir quimioterapia adyuvante o no. Una posible explicación es que el índice de recurrencia de Oncotype 30 DX, así como otras pruebas pronosticas basadas en expresión génica, tales como PAM50 ROR o MammaPrint43, se han diseñado u obtenido específicamente para predecir los resultados y no la biología tumoral intrínseca ni la sensibilidad al tratamiento. Aunque se observa una alta correlación negativa entre ROR (riesgo) y CES (sensibilidad a los medicamentos), existen diferencias considerables entre ellos a 35 nivel individual (discordancia de -40 %). Existen varias salvedades en nuestro estudio. En primer lugar, se trata de un estudio retrospectivo en poblaciones de pacientes heterogéneas y los resultados deben ser confirmados en uno o varios ensayos clinicos prospectivos. En segundo lugar, aunque los datos aquí presentados validan CES desde una perspectiva clínica, será necesario 5 realizar una validación analítica posterior, dado que en la mayoría de conjuntos de datos, excepto el conjunto de Málaga, se ha utilizado la versión de PAM50 para investigación. Sin embargo, el hecho de que el CES (como variable continua y con los 2 puntos de corte) predijera la RpC en el conjunto de Málaga indica que la validación analítica de este biomarcador es factible. En tercer lugar, no podemos evaluar la 10 asociación de CES con los datos de supervivencia de un ensayo clínico aleatorizado de quimioterapia adyuvante frente a la ausencia de quimioterapia adyuvante, o la terapia endocrina adyuvante frente a la ausencia de terapia endocrina adyuvante. Por tanto, el valor predictivo de estos perfiles solo se evaluó en terapia neoadyuvante donde se evaluaron las distintas variables de respuesta del tumor, la mayoría de las 15 cuales se han relacionado con la supervivencia del paciente (Ogston KN, et al. The Breast. 2003, 12:320-327; Cortazar P, et al. The Lancet. 2014, 384:164-172). En cuarto lugar, algunos de los perfiles evaluados en el conjunto de datos basado en MDACC, como el índice de recurrencia de Oncotype DX o el índice de grado genómico, procedían de datos basados en microarrays y, por lo tanto, no se trata de 20 las versiones comercializadas. En quinto lugar, no hemos podido demostrar una asociación constante de CES con la respuesta endocrina en la enfermedad HR+ después de excluir los casos HER2-positivo. En el conjunto de datos Edinburgh, el estado de HER2 no estaba disponible en todas las pacientes. Aunque derivamos una definición subrogada basada en la expresión de ERBB2 del estado de HER2, que 25 demostró que el CES está asociado de manera independiente a la respuesta, esto no estaba pre-especificado y no cumplía las guías REMARK ("REporting recommendations for tumour MARKer prognostic studies", McShane LM et al. Br J Cancer. 2005 Aug 22; 93(4): 387-391). Además, la asociación de CES con la respuesta endocrina no alcanzó una significatividad estadística (p = 0,09) en las 30 pacientes con enfermedad HR+/HER2-en el conjunto de datos Marsden. Finalmente, las pacientes de cada uno de los conjuntos de datos recibieron diferentes regímenes, programas y dosis de quimioterapia basada en antraciclinas/taxanos y, por lo tanto, no se pudo evaluar la capacidad de los perfiles para predecir la respuesta a determinados fármacos quimioterapéuticos o pautas de tratamiento. 35 Otra consideración importante de este nuevo método es que no hemos intentado identificar uno o varios puntos de corte óptimos para CES, sino que nos hemos centrado en la asociación de la expresión continua de CES con cada variable. La razón principal es que en cada cohorte se utilizaron diferentes plataformas y 5 protocolos basados en expresión génica y, por tanto, la normalización de un punto de corte de un biomarcador habría sido difícil de alcanzar y probablemente poco fiable. En cualquier caso, el hecho de que los cuatro grupos de contraste presentaran asociaciones muy similares que se encontraron independientemente de la plataforma/protocolo utilizado, aboga en favor de una conclusión sólida. 10 Para concluir, CES es una firma genética única capaz de medir la sensibilidad a quimioterapia y a terapia endocrina en cáncer de mama HR+/HER2-, más allá del subtipo intrínseco, de otras firmas genéticas y de variables patológicas estándar. CES podría tener un valor clínico considerable en pacientes con enfermedad HR+/HER2-15 de riesgo intermedio en la que no se puede determinar el beneficio de la quimioterapia multiagente adyuvante. Según la información que figura en relación con este nuevo método, un primer aspecto hace referencia a un método in vitro para predecir si una paciente con cáncer 20 de mama responde a quimioterapia o a terapia endocrina en una muestra aislada de HR+/HER2-de la paciente clasificada en el grupo de ROR intermedio mediante el kit PAM50, cuyo método consiste en: 25 30 a) obtener con el kit PAM50, el coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo intrínseco Luminal A y el coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo intrínseco Basal-like, en la muestra aislada, y b) obtener el índice quimioendocrino (CES) restando el coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo Basal-like del coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo Luminal A (CES=CC Luminal A -CC Basal-Like); donde el CES igualo superior a 0,7 indica que dicha paciente responde al tratamiento endocrino (CES-E), y donde el CES igualo inferior a 0,3 indica que dicha paciente responde a la quimioterapia (CES-C). 35 En una representación preferente del primer aspecto de este nuevo método, la muestra aislada es una muestra de biopsia. En un segundo aspecto de este nuevo método, hace referencia al uso in vitro del CES para predecir si una paciente con cáncer de mama responde a la quimioterapia o a la terapia endocrina en una muestra aislada HR+/HER2-de la paciente clasificada en el 5 grupo de ROR intermedio mediante el kit PAM50. En una representación preferente, el CES se obtiene restando el coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo Basal-like del coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo 10 Luminal A mediante el kit PAM50. En otra representación preferente de este aspecto del nuevo método, cabe señalar que un CES igual o superior a 0,7 indica que dicha paciente es CES-E. En otra representación preferente, un CES igualo inferior a 0,3 indica que dicha paciente es 15 CES-C. En otra representación preferente, la muestra aislada es una muestra de biopsia. Salvo que se indique lo contrario, todos los términos técnicos y científicos utilizados 20 aquí tienen el mismo significado que suele entender un experto en la disciplina a la que corresponde este nuevo método. En la práctica de este nuevo método pueden utilizarse métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos en este documento. En la descripción y las afirmaciones, la palabra «incluir» y sus variaciones no tienen por objeto excluir otras características técnicas, aditivos, componentes o 25 pasos. Otros objetos, ventajas y características del nuevo método se pondrán de manifiesto para los expertos en la materia una vez analizada la descripción o podrán conocerse mediante la práctica del nuevo método. Los siguientes ejemplos e imágenes se proporcionan a modo de ilustración y no pretenden ser restrictivos de este nuevo método. 30 DESCRIPCiÓN DE LAS FIGURAS 35 Fig 1. Asociación de la expresión génica con la sensibilidad a quimioterapia o a terapia endocrina: asociación entre la expresión de cada gen (n = 542) Y la respuesta según el índice de Miller y Payne en cada grupo del ensayo GEICAM 2006-03. En la derecha figuran determinados genes principales cuya expresión está altamente asociada a la respuesta. Fig 2. Asociación de la expresión génica con la sensibilidad a quimioterapia o a 5 terapia endocrina: expresión media de los 50 genes principales asociados a la sensibilidad a terapia endocrina (panel superior) y quimioterapia (panel inferior) en el ensayo GEICAM 2006-03 en los distintos subtipos intrínsecos de cáncer de mama. Los datos de expresión génica basada en la secuencia del ARN se han obtenido del portal de datos del proyecto de cáncer de mama The Caneer Genome Atlas 10 (https://tcgadata.nci.nih.gov/tcga/). Fig 3. Asociación de la expresión génica con la sensibilidad a quimioterapia o a terapia endocrina: significado y puntuación de CES. Fig 4. Asociación de CES (como variable continua) con respuesta a quimioterapia o a terapia endocrina en los 4 conjuntos de datos de validación. 15 Fig 5. Asociación de CES con el índice de Miller y Payne tras quimioterapia en enfermedad HR+/HER2-de la cohorte de Málaga. Fig. 6. Asociación de CES con sensibilidad a terapia endocrina en el conjunto de datos Edinburgh (n = 120): cambios en el volumen tumoral de cada paciente y clasificación de respuesta. 20 Fig 7. Asociación de CES con sensibilidad a terapia endocrina en el conjunto de datos Edinburgh (n = 120): asociación de CES y otras variables de respuesta (definidas como una disminución de al menos el 70 % en 90 dias) en la población global. Fig 8. Asociación de CES con sensibilidad a terapia endocrina en el conjunto de datos Edinburgh (n = 120): Asociación de CES y otras variables de respuesta en la 25 enfermedad HER2-negativa. Fig 9. Pronóstico (ROR PAM50), subtipo intrínseco y CES en 6007 cánceres de mama primarios: se muestra un diagrama de dispersión de índice CES e índice ROR, coloreado por subtipo. Las dos líneas horizontales indican los puntos de corte de cada grupo de CES. Las dos líneas verticales indican los puntos de corte de cada grupo de 30 ROR PAM50. Fig 10. Número de pacientes en cada grupo de CES basándose en ROR. Cada barra está coloreada según el subtipo. Fig 11. Resultados de supervivencia en el cáncer de mama temprano HR+ con ROR intermedio: enfermedad con ganglios negativos tratada sin terapia sistémica 35 adyuvante. Fig 12. Resultados de supervivencia en el cáncer de mama temprano HR+ con ROR intermedio: enfermedad con ganglios negativos y con ganglios positivos tratada solo con tamoxifeno adyuvante. Fig 13. Resultados de supervivencia en el cáncer de mama temprano HR+ con ROR 5 intermedio: enfermedad con ganglios positivos tratada con quimioterapia adyuvante y terapia endocrina en el ensayo clínico GEICAM/9906. 10 Fig 14. Resultados de supervivencia en el cáncer de mama temprano HR+ con ROR intermedio: enfermedad con ganglios negativos y con ganglios positivos tratada con quimioterapia neoadyuvante y terapia endocrina adyuvante. EJEMPLOS Métodos y materiales 15 Ensayo clínico GEICAM/2006-03 Se evaluaron muestras de biopsia pre-tratamiento obtenidas con aguja gruesa en pacientes reclutadas de la cohorte luminal del ensayo clínico de fase 11 con terapia neoadyuvante GEICAM/2006-03 (NCT00432172) (Alba E, et al. Annals of Oncology. 20 2012). En este estudio, 95 pacientes que presentaban cáncer de mama receptor de estrógenos (ER, "Estrogen Receptor") positivo (Allred 3-8), receptor de progesterona (PR, *Progesteron Receptor") positivo (Allred 3-8), HER2-(según las guías de la ASCO/CAP (Wolff AC, et al. Journal of Clinical Oncology 25:118-145, 2006)), y citoqueratinas 8/18 positivas, fueron aleatorizadas para recibir quimioterapia 25 neoadyuvante o terapia endocrina durante 24 semanas. La quimioterapia constaba de epirrubicina 90 mg/m2 por vía intravenosa (i.v.) en combinación con ciclofosfamida 600 mg/m2 i.v. cada 21 días, durante 4 ciclos, seguida de docetaxel 100 mg/m2 administrado i.v. cada 21 días durante 4 ciclos. La terapia endocrina constaba de exemestano 25 mg administrado por vía oral una vez al día. Las pacientes 30 premenopáusicas recibieron goserelina 3,6 mg por vía subcutánea cada 28 días en 6 dosis. Después del tratamiento neoadyuvante, las pacientes se sometieron a una mastectomía o cirugía de conservación más disección de ganglios linfáticos axilares (salvo biopsia previa del ganglio linfático centinela con un resultado negativo). 35 Punto final de respuesta patológica en el ensayo GEICAM 2006-03 Se utilizó el sistema de clasificación histológica de Miller y Payne con escala de 5 puntos (Ogston KN, et al. The Breast. 2003, 12:320-327) para medir la respuesta del tumor. Este sistema de clasificación consiste en una escala de 5 puntos que se centra en la reducción de la celularidad tumoral en el tumor de mama tratado (en la cirugía) 5 en comparación con las muestras previas al tratamiento. Grado 1: sin cambios en la celularidad global. Grado 2: hasta un 30 % de reducción de la celularidad. Grado 3: entre un 30 % Y un 90% estimados de reducción en las células tumorales. Grado 4: más de un 90 % de reducción de células tumorales. Grado 5: respuesta patológica completa (RpC). Puede haber un carcinoma ductal in situ. En este estudio, el índice 10 de Miller y Payne se redujo a una escala de 3 puntos para tener un buen número de casos en cada categoría y grupo: ausencia de respuesta (grados 1 y 2), respuesta intermedia (grado 3) y respuesta elevada (grados 4 y 5). 15 Análisis de expresión génica en GEICAM 2006-03 Se dispuso de 63 de las 95 muestras tumorales previas al tratamiento para los análisis de expresión génica. Para cada muestra, una sección de tejido mamario fijado en formalina y embebido en parafina (FFPE, "Formalin-Fixed Paraffin-Embedded") se examinó en primer lugar con tinciones de hematoxilina y eosina para confirmar el 20 diagnóstico y determinar el área del tumor. Se obtuvieron dos núcleos de 1 mm enriquecidos con tejido tumoral del bloque del tumor original y se purificó un mínimo de -100 ng de ARN total para medir la expresión de 543 genes relacionados con el cáncer de mama mediante la plataforma nCounter (Nanostring Technologies, Seattle, WA, EE. UU.). Se hizo una transformación logarítmica en base 2 de los datos y se 25 normalizaron mediante 5 genes constitutivos (ACTB, MRPL 19, PSMC4, RPLPO y SF3A 1) Y 14 controles negativos y positivos mediante la plataforma nCounter (Nanostring Technologies, Seattle, WA, EE. UU.) (GK Geiss, et al. Nat Biotech. 2008, 26:317 -325). 30 Conjuntos de datos independientes/de contraste Se evaluaron los datos de expresión génica y de respuesta a partir de 4 conjuntos de datos independientes de terapia neoadyuvante (Dunbier AK, et al. Steroids. 2011, 35 76:736-740; Hatzis C, et al. Jama. 2011,305:1873-1881; Prat A, et al. Clinical Cancer Research. 2015; Dunbier AK, et al. Journal of Clinical Oncology. 2010, 28:1161-1167; Smith lE, et al. Journal of Clínical Oncology. 2007, 25:3816-3822; Turnbull AK, et al. Journal of Clinical Oncology. 2015). Se evaluaron los datos de expresión génica y de supervivencia a partir de 4 conjuntos de datos independientes de pacientes con cáncer de mama temprano (Prat A, et al. Journal of Clinical Oncology. 2013, 31 :203-5 209; Hatzis C, et al. Jama. 2011, 305:1873-1881; Fan C, et al. BMC Medical Genomics. 2011, 4: 1-15; Prat A, et al. Annals of Oncology. 2012, 23:2866-2873). Conjunto de datos independiente Hatzis 10 Evaluamos el conjunto de datos, accesible al público, basado en la expresión genética de microarrays (GSE25066) notificado por Hatzis et al. (Hatzis C, et al. Jama. 2011, 305: 1873-1881) que incluye 508 pacientes (272 con enfermedad HR+/HER2-) tratadas con quimioterapia neoadyuvante multiagente en diversos protocolos de investigación: LAB99-402, USO-02-103, 2003-0321 e I-SPY -1. La gran mayoría de las pacientes 15 (96,4 %) recibieron pautas secuenciales basadas en antraciclinas/taxanos. Se analizó la expresión génica de las muestras previas al tratamiento y se dispuso de datos de respuesta tumoral después de la quimioterapia (es decir, RpC en la mama o axila frente a la ausencia de respuesta) para 488 pacientes (260 con enfermedad HR+/HER2-). 20 Conjunto de datos independiente Málaga Como previamente descrito (Prat A, et al. Clinical Cancer Research, 2015), se seleccionó un total de 216 muestras tumorales HR+/HER2-conservadas en biobanco 25 y evaluadas localmente de una cohorte multicéntrica independiente española de pacientes con cáncer de mama. A todas las pacientes se les prescribió un régimen de quimioterapia neoadyuvante estándar que constaba de 8-10 ciclos de antraciclinas y taxanos. Las muestras tumorales previas al tratamiento se evaluaron mediante el análisis PAM50 estándar (PROSIGNA®) a través de la plataforma de diagnóstico 30 nCounter. La expresión génica de las muestras previas al tratamiento se analizó en el Hospital Universitario de Málaga, Nanostring Technologies normalizó los datos y el CES se aplicó en el VHIO ("Vall d'Hebron Institute of Oncology", Barcelona) de forma enmascarada respecto a los datos clínicos. Se dispuso de datos de respuesta del tumor (es decir, RpC en la mama/axila frente a ausencia de respuesta) de 180 35 pacientes. Además, se dispuso de datos de respuesta según el índice de Miller y Payne de 171 pacientes. Conjunto de datos independiente Marsden Evaluamos los perfiles de ARN (HumanWG-6 v2 Expression BeadChips [lIlumina, San 5 Diego, CA]) obtenidos de biopsias tumorales con aguja gruesa pre-tratamiento de 103 pacientes postmenopáusicas con cáncer de mama primario ER+ tratadas con anastrozol neoadyuvante durante 16 semanas en un ensayo clínico de fase 11 (Dunbier AK, et al. Steroids. 2011, 76:736-740; Dunbier AK, et al. Journal of Clinical Oncology. 2010, 28:1161-1167; Smith lE, et al. Journal of Clinical Oncology, 2007, 25:3816-10 3822). Un subgrupo de pacientes recibió gefitinib durante las primeras 2 semanas; sin embargo, la adición de gefitinib a anastrozol no presentó ningún efecto clínico ni biológico adicional en Ki67. La respuesta tumoral clínica (respuesta completa y parcial frente a enfermedad estable y progresiva) se utilizó como variable. El CES se calculó en el IDIBAPS (Institut d'lnvestigacions Biomédiques August Pi i Sunyer, Barcelona) 15 de forma enmascarada respecto a los datos clínicos. Conjunto de datos independiente Edinburgh Evaluamos los perfiles de ARN (HumanWG-6 v2 Expression BeadChips [llIumina, San 20 Diego, CA]) y Affymetrix U133A 2.0 [Santa Clara, California, EE. UU.]) obtenidos de biopsias tumorales con aguja gruesa pre-tratamiento de 120 pacientes postmenopáusicas con cáncer de mama primario ER+ tratadas con anastrozol neoadyuvante durante al menos 12 semanas (Turnbull AK, et al. Journal of Clinical Oncology, 2015). La respuesta se evaluó mediante ecografía. La respuesta tumoral 25 clínica se definió como una reducción en el volumen tumoral de al menos el 70 % durante 90 días de tratamiento. Los datos de expresión génica sin procesar se encuentran en Gene Expression Omnibus (GSE55374 y GSE20181). Se dispuso del estado clínico de HER2 en 45 casos. Los casos de HER2+ mostraron mayor expresión de ERBB2 en comparación con los casos de HER2-. Utilizamos el percentil 30 80 como punto de corte para definir la positividad de HER2 en aquellos casos sin estado clínico de HER2. Un total de 89 casos resultaron ser HER2-. Asignación de subtipos intrínsecos 35 Todos los tumores fueron asignados a un subtipo molecular intrínseco de cáncer de mama (Luminal A, Lt.II'J1iJ'W S, HER2 enriched, Basal-like) y el grupo normal mediante el predictor de subtipo de PAM50 para investigación (Parker JS, et al. J Clin Onco\. 2009, 27:1160-1167; Nielsen TO, et al. Clin Cancer Res. 2010, 16:5222-5232), excepto para la cohorte Málaga en la que se utilizó un análisis estándar y comercializado de PAM50 basado en nCounter. Antes de la subtipificación se 5 normalizó cada conjunto de datos de acuerdo con lo notificado anteriormente (Prat A, et al. Br J Cancer. 2014, 111: 1532-1541, 2014), excepto para la cohorte de Málaga que se normalizó mediante Nanostring de acuerdo con su algoritmo. Cabe destacar que el conjunto de datos Edinburgh basado en microarrays solo consta de muestras ER+ y no fue posible centrar adecuadamente la denominada subtipificación intrínseca 10 (Prat A, et al. Nat Rev Clin Onco\. 2012, 9). En este conjunto de datos, el CES se evaluó como una variable continua, ya que no se veía afectada por el centrado. Conjunto de datos adyuvantes 15 Se evaluaron datos de expresión génica y de supervivencia a partir de 4 conjuntos de datos independientes de pacientes con cáncer de mama temprano con ROR intermedio (Wolff AC, et al. Journal of Clinical Oncology, 2006, 25:118-145; Hatzis C, et al. Jama. 2011,305:1873-1881; Fan C, et al. BMC Medical Genomics. 2011,4:1-15; Prat A, el al. Annals of Oncology. 2012, 23:2866-2873). El primero es el conjunto de 20 datos basado en MDACC (MD Anderson Cancer Center) descrito anteriormente, en el que se registró una supervivencia sin recidiva distante (Hatzis C, et al. Jama. 2011, 305:1873-1881,2011). Todas las pacientes recibieron quimioterapia neoadyuvante y terapia endocrina. El segundo es una cohorte combinada y publicada anteriormente de 1318 pacientes con enfermedad HR+ tratada solo con tamoxifeno adyuvante (Prat 25 A, el al. Annals of Oncology. 2012, 23:2866-2873). El tercero es una cohorte combinada y publicada anteriormente de pacientes que no recibieron ninguna terapia sistémica adyuvante (Fan C, el al. BMC Medical Genomics. 2011, 4:3). Por último, analizamos las muestras, tal como se ha descrito anteriormente (Prat A, et al. Br J Cancer. 2014; 111:1532-1541), del ensayo clínico GEICAM/9906, en el que todas las 30 pacientes recibieron quimioterapia adyuvante multiagente y terapia endocrina (Prat A, et al. J Clin Onco\. 2013, 31 :203-9). Cohorte combinada de cáncer de mama primario 35 Para evaluar la relación entre los subtipos de PAM50, pronóstico (ROR-P, ROR-Pronóstico) y CES, hemos combinado los datos de PAM50 de 7 cohortes independientes y descritas anteriormente (TCGA: Comprehensive molecular portraits of human breast tumours. Nature, 2012 490:61-70; Prat A, et al. Journal of Clinical Oncology. 2013, 31:203-209; Prat A, et al. Breast Cancer Research and Treatment. 2012, 135:301-306; Hatzis C, et al. Jama. 2011, 305:1873-1881; Curtis C, et al. 5 Nature. 2012, 486:346-352; Horak CE, et al. Clinical Cancer Research. 2013,19:1587-1595; Fan C, et al. BMC Medical Genomics. 2011, 4:3), que representan un total de 6007 muestras de tumor primario. Se evaluó el CES en cada cohorte, y se creó una matriz combinada. 10 Análisis estadistico El análisis biológico de las listas de genes se realizó con la herramienta de anotación DAVID 6.7 (Dennis G, et al. Genome Biol. 2003, 4:R60-543), utilizando la lista de 543 genes como referencia. Se evaluó la asociación entre la expresión de cada gen y la 15 respuesta según el indice de Miller y Payne (3 categorías) mediante un análisis de significación de microarrays cuantitativo (SAM, "Significance Analysis of Microarray") (Tusher VG, et al. Proc Natl Acad Sci USA. 2001, 98:5116-5121). En ambos conjuntos de datos de contraste se evaluó la asociación entre cada variable y la RpC o respuesta clínica/radiológica mediante análisis de regresión logística simple y 20 multivariante. Se evaluó el rendimiento predictivo del CES mediante el análisis de la curva «característica operativa del receptor» (ROC, "Receiver Operating Characteristic"). Las estimaciones de supervivencia se obtuvieron a partir de las curvas de Kaplan-Meier y la existencia de diferencias se comprobó mediante el test de log rank. Se utilizaron modelos de Cox simples y multivariantes para determinar la 25 significatividad del carácter pronóstico independiente de cada variable. Los p-valores notificados son bilaterales. 30 Resultados Conjunto de datos de GEICAM/2006-03 63 pacientes premenopáusicas y postmenopáusicas fueron evaluadas en este estudio (Tabla 1). La mayoría de las pacientes presentaban carcinomas ductales (83 %), 35 tumores de un tamaño de 2-5 cm (76 %), tumores histológicos de grado 3 (59 %), ganglios negativos (54 %) Y subtipo luminal por PAM50 (84 %). Tras quimioterapia, los tumores del subtipo Luminal B mostraron una respuesta según el índice de Miller y Payne más elevada que los tumores del subtipo Luminal A (media de 2,0 frente a 1,4, P = 0,048). Sin embargo, no se observó ninguna diferencia en la respuesta entre los dos subtipos luminales después de la terapia endocrina (P = 0,407). Además, no se 5 observó ninguna interacción estadísticamente significativa (P = 0,429) entre el subtipo y el tratamiento (terapia endocrina frente a quimioterapia) en la respuesta tumoral. Cabe destacar que la única paciente que alcanzó una RpC (es decir, grado 5 según el índice de Miller y Payne) tenía un tumor Basal-like y estaba incluida en el grupo de quimioterapia. 10 Tabla 1. Características clínico-patológicas y distribución de subtipos en el estudio GEICAM 2006-03*. QT % TE % P-valor Num. 32 31 Edad (media) 53.7 -52.3 0.596 Estado menopáusico Pre-menopáusica 14 44% 14 45% 1.000 Post-menopáusica 18 56% 17 55% Estadio tumoral T1 1 3% 2 6% T2 23 72% 25 81% 0.420 T3 8 25% 4 13% Tamaño medio tumoral (cm) 4.2 3.8 0.278 Ganglios NO 15 47% 19 61% N1 16 50% 11 35% 0.501 N2 3% 1 3% Grado G1 O 0% O 0% G2 8 25% 6 19% G3 18 56% 19 61% 0.862 G4 6 19% 6 19% Típo histológico Ductal 26 81% 26 84% Lobular 2 6% 2 6% 1.000 Otros 4 13% 3 10% Ki-67 IHQ (media) 31.1 33.5 0.720 índice Miller-Payne (media) 2.6 2.2 0.124 PAM50 Luminal A 16 50% 13 42% 0.564 5 Luminal B 11 34% 13 42% HER2-E O 0% 1 3% Basal-like 2 6% O 0% Normal-like 3 9% 4 13% *QT, brazo quimioterapéutico; TE, brazo terapia endocrina Asociación de la expresión génica con la sensibilidad al tratamiento Para comprender la biología asociada a la sensibilidad a quimioterapia o a terapia endocrina en la enfermedad HR+/HER2-, investigamos la asociación entre la expresión de 543 genes relacionados con el cáncer de mama y la respuesta según el índice de Miller y payne en cada grupo de tratamiento. La alta expresión de 70 10 (12,9 %) Y 17 (3,1 %) genes estaba significativamente relacionada (P < 0,05 no corregido para múltiples comparaciones) con la respuesta después de terapia endocrina y quimioterapia, respectivamente. La lista de genes asociados a la respuesta a la terapia endocrina se enriqueció en los siguientes procesos biológicos: vascularización (p. ej., AKT1 y catenina beta 1), desarrollo de los conductos (p. ej., 15 FOXA 1 y gremlin 1) Y crecimiento celular (p. ej., receptor de andrógenos y receptor del factor de crecimiento de fibroblastos 1). Por otro lado, la lista de genes asociados a la respuesta a la quimioterapia se enriqueció en el ciclo celular (p. ej., EX01 y MK167) Y la matriz extracelular (p. ej., netrina 4 y trombospondina 1). A continuación, se evaluó la interacción entre las expresiones de cada gen con la respuesta a la terapia (terapia 20 endocrina frente a quimioterapia). Cabe destacar que 41 de los 70 genes asociados a la respuesta a la terapia endocrina y 8 de los 17 genes asociados a la respuesta a la quimioterapia mostraron una interacción significativa con el tratamiento (P < 0,05 no corregido en múltiples comparaciones). Por consiguiente, los factores biológicos asociados a la sensibilidad endocrina parecían estar asociados también a la 25 resistencia a quimioterapia, y viceversa. De hecho, se observó un patrón inverso global entre la expresión de la mayoría de los genes y la respuesta al tratamiento (Fig. 1 ). Para comprender mejor los factores biológicos asociados a la respuesta al 30 tratamiento, evaluamos la media de la expresión de los genes asociados a una alta sensibilidad a terapia endocrina, pero baja a quimioterapia o una baja sensibilidad a terapia endocrina, pero alta a quimioterapia, en 1034 tumores primarios que representan todos los subtipos moleculares intrínsecos del cáncer de mama (Fig. 2). Los resultados revelaron que la biología asociada a la sensibilidad a la quimioterapia y a la terapia endocrina se basa principalmente en la biología Luminal A (es decir, alta sensibilidad a la terapia endocrina, pero baja a la quimioterapia) frente a la biología Basal-like (es decir, baja sensibilidad a terapia endocrina, pero alta a quimioterapia). 5 Desarrollo de un CES basado en PAM50 Reflejar las diferencias relativas entre la biología Luminal A y la Basal-like en HR+/HER2-podría ayudar a predecir mejor la sensibilidad a terapia endocrina y a quimioterapia. Para reflejar este estado biológico en cada tumor, hemos obtenido, a 10 partir del algoritmo de clasificación de PAM50, los coeficientes de correlación (CC) de cada muestra a los centroides PAM50 del subtipo Luminal A y al Basal-like y, a continuación, hemos restado los 2 valores para obtener el índice quimioendocrino (CES = CC a Luminal A -CC a Basal-like). De tal manera, las muestras con una puntuación positiva presentaban una mayor sensibilidad a la terapia endocrina que a 15 quimioterapia, mientras que las muestras con una puntuación negativa presentaban una mayor sensibilidad a la quimioterapia (CES-C, "CES-Chemo") que a la terapia endocrina (CES-E, "CES-Endocrine") (Fig. 3). A partir de los resultados con muestras del ensayo GEICAM 2006-03 se determinaron puntos de corte basados en terciles (grupo CES-E frente a CES incierto [CES-U, "CES-Undetermined"], punto de corte = 20 0,70; grupo CES-U frente a CES-C, punto de corte = 0,30). La interacción del índice CES (como variable continua) con el tratamiento en el ensayo GEICAM 2006-03 proporciona cierta evidencia de asociación (P = 0,059). 25 Conjunto de datos basado en MDACC 30 35 Evaluamos un conjunto de datos combinados de 272 pacientes con enfermedad HR+/HER2-tratada con quimioterapia neoadyuvante basada en antraciclinas/taxanos en varios ensayos con terapias neoadyuvantes (Fig. 4, Tabla 2). Tabla 2. Características clínico-patológícas y distribución de subtipos en los 4 grupos de contraste*. MDACC Malaga Marsden Edinburgh N % N % N % N % Tratamiento QT QT TE TE N 272 180 103 120 HER2 statusl!< HER2-negativo 272 100% 180 100% 89 86% 31 69% HER2-posítivo O 0% O 0% 14 14% 14 31% Edad (media) 50.1 50.0 53.7 76.1 Estado menopáusico Pre-menopáusico NO 108 60% O 0% O 0% Post-menopáusíco NO 72 40% 103 100% 120 100% Estadio tumoral TO-T1 19 7% 18 10% 10 9% T2 142 52% 115 67% 60 58% 42 36% T3-T4 111 41% 39 23% 43 42% 63 55% Ganglios NO 96 35% 67 37% 61 59% 86 72% N1 133 49% 61 34% 39 38% N2-N3 43 16% 52 29% 3 3% 34 28% Grado G1 28 11% 27 16% 15 15% 13 11% G2 136 53% 96 57% 63 62% 82 68% G3 91 36% 46 27% 24 23% 25 21% TE indice de respuesta§ NO NO 53% 72% QT indice de respuesta RpC mama/axila 8.8% 6.7% NO NO PAM50 Luminal A 141 52% 54 30% 37 36% Luminal B 102 38% 105 58% 20 19% HER2-E 6 2% 7 4% 12 12% Basal-Iíke 7 2% 14 8% 4 4% Normal-like 16 6% 30 29% *, TE, Terapia Endocrina; QT, Quimioterapia. '1(., En el conjunto de datos Edinburgh hay 75 pacientes sin determinación del estado clínico de Her2. § La defínición de 5 respuesta a TE es distinta entre los conjuntos Marsden y Edinburgh. La respuesta clinica tumoral (respuesta complete y parcial frente a una enfermedad estable y progresiva) se ha utilizado como punto final en el conjunto Marsden. La respuesta se evaluó mediante ecografía en el conjunto Edinburgh. La respuesta clinica tumoral se definió como disminución del volumen tumoral por lo menos del 70% tras 90 días de 10 tratamiento. En este conjunto de datos, el 51,5 %, 25,8 % Y 22,7 % de las muestras fueron identificadas como CES-E, CES-U y CES-C, respectivamente. Las tasas de RpC en 5 los grupos CES-E, CES-U y CES-C fueron del 2,4 %, 9,0 % Y 23,7 %, respectivamente (P < 0,0001), y se observó que eran similares, aunque se elimiran los tumores no luminales (2,2 %, 8,8 % Y 25,0 %). La capacidad predictiva de la quimioterapia neoadyuvante del CES fue independiente de las variables clínico-patológicas y del subtipo intrínseco (Tabla 3-4). Se obtuvieron resultados similares 10 cuando se utilizó la carga tumoral residual como variable (Tablas 5-6). 15 20 25 30 35 Análisis Univariante Análisis Multivariante g ~ (J) C" Q) -el. 111 F. N Indice Inferior Superior p. Inferior Superior p. o w ,"nas OR OR (1) • RpC 95% 95% valor 95% 95% valor :::J» Edad (variable con!.) r 1.0 0.93 1.02 0.251 1.0 0.92 1.02 0.205 e5 g Tamaño tumoral f) ~: TO-T2 153 8% 1.0 -1.0 0 §l' T3-T4 107 9% 1.10.47 2.63 0.813 0.6 0.22 1.70 0.341 g. Ganglios () NO 96 7% 1.0 -1.0 m N1 125 9% 1.2 0.46 3.29 0.685 0.9 0.30 2.78 0.882 8 N2-3 39 13% 1.9 0.56 6.29 0.312 1,0 0.24 4.51 0.965 ~ Grado ~ 1 26 4% 1.0 1.0 6: 2 130 4% 1.0 0.11 8.93 1.000 0.7 0.07 6.88 0.753 6: 3 89 17% 5.10.64 40.34 0.125 1.8 0.18 18.42 0.608 ~ PAM50 ~ LuminalA 134 3% 1.0 -1.0 S. Luminal B 99 15% 5.8 1.86 18.08 0.002 1.2 0.25 6.28 0.792 §. HER2-E 6 0% 0.0 -0.989 0.0 0.991 ~ Q) Basal-like 7 29% 13.0 1.91 88.50 0.009 0.4 0.02 9.97 0.586 ~. Normal-like 14 14% 5.4 0.90 32.69 0.065 1.7 0.23 12.75 0.602 ~ CES ~ CES-E 134 2% 1.0 -8 CES-U 67 9% 4.3 1.04 17.75 0.044 ~. :::J CES-C 59 24% 13.6 3.73 49.46 <0.001 o el. (1) CES (variable con!.) 0.2 0.08 0.40 <0.001 0.2 0.03 0.77 0.022 el. Q) o (J) Análisis Unívariante Análisis Multivariante CD -1 -1» \) C'" o -:::J 1» N Indice OR Inferior Superior p-OR Inferior Superior p-c' ~ Firmas :::J RpC 95% 95% valor 95% 95% valor -» o C/l Edad (variable con!.) 1.0 0.93 1.02 0.251 1.0 0.91 1.01 0.776 c. o CD \) Tamaño tumoral c. o.r ID \) -o; TO-T2 153 8% 1.0 1.0 o -C/l :::J T3-T4 107 9% 1.1 0.47 2.63 0.813 0.7 0.26 1.99 0.540 C'" c. ID CD C/l () Ganglios ID c. m NO 96 7% 1.0 -1.0 o en CD \) N1 125 9% 1.2 0.46 3.29 0.685 0.9 0.31 2.70 0.861 :::J o !S: :::J N2-3 39 13% 1.9 0.56 6.29 0.312 0.9 0.20 3.81 0.846 o C/l Grado » ~ () ~. 1 26 4% 1.0 1.0 o g a: 2 130 4% 1.0 0.11 8.93 1.000 0.8 0.09 7.91 0.866 ID c. 3 89 17% 5.1 0.64 40.34 0.125 2.43 0.25 24.13 0.447 ID ROR-P .o c: Bajo 75 5% 1.0 1.0 3' -o' Med 133 6% 1.1 0.33 3.91 0.840 0.5 0.11 2.08 0.333 -CD ..... High 52 21% 4.8 1.42 15.93 0.011 0.7 0.12 3.61 0.642 ID 'O CES Di' ........ CES-E 134 2% 1.0 3 -CD CES-U 67 9% 4.3 1.04 17.75 0.044 c. a: ID CES-C 59 24% 13.6 3.73 49.46 <0.001 \) o 3 o CES (variable con!.) 0.2 0.08 0.40 <0.001 0.2 0.07 0.68 0.008 ;;o 'O .Q CD :::J Análisis Univariante Análisis Multivariante .-+ -t e 3 DI C" o iii .., Indice Inferior Superior p-Inferior Superior p-~ ~ Firmas N OR OR .., RpC 95% 95% valor 95% 95% valor (1) » (J) Edad (variable cont.) 0.93 c: (J) 1.0 1.02 0.251 1.0 0.91 1.01 0.776 o e (") T amaño tumoral ~ ¡¡j' ~ (") TO-12 153 8% 1.0 1.0 o: -() ::J 13-T4 107 9% 1.1 0.47 2.63 0.813 0.7 0.26 1.99 0.540 ~ c. ~ (1) Ganglios (1) () ::J NO 96 7% 1.0 1.0 ~ m -(j) N1 125 9% 1.2 0.46 3.29 0.685 0.9 0.31 2.70 0.861 (") (") o .2. o N2-3 39 13% 1.9 0.56 6.29 0.312 0.9 0.20 3.81 0.846 e ::J ::J Grado .-+ (J) o (1) 1 26 4% 1.0 1.0 c. ::J -(1) (J) 2 130 4% 1.0 0.11 8.93 1.000 0.8 0.09 7.91 0.866 c. g Ql c: .-+ 3 89 17% 5.1 0.64 40.34 0.125 2.43 0.25 24.13 0.447 o Ql (J) c. ROR-P C" Ql Ql (J) .o Bajo 75 5% 1.0 1.0 Ql -C. e Med 133 6% 1.1 0.33 3.91 0.840 0.5 0.11 2.08 0.333 O 3' (1) o' High 52 21% 4.8 1.42 15.93 0.011 0.7 0.12 3.61 0.642 ::J ro 5: .., CES O ~ CES-E 134 2% 1.0 » _. -() Ql CES-U 67 9% 4.3 1.04 17.75 0.044 ()~ . 3 5: (1) c. CES-C 59 24% 13.6 3.73 49.46 <0.001 O c: c. (1) Ql O" (") CES (variable cont.) 0.2 0.08 0.40 <0.001 0.2 0.07 0.68 0.008 » o 3 o (") Ql .., te Ql Análisis Univariante Análisis Multivariante e -1 3 DI C" o ¡¡¡ ..., Indice Inferior Superior Inferior Superior p-~ !'l Firmas N OR OR ..., CTR 0/1 95% 95% p-valor 95% 95% valor ro » Ul c: Ul Edad (variable cont.) 1.0 0.94 1.01 0.166 1.0 0.92 1.0 0.078 o e n [l) ID' Tamaño tumoral -;a n TO-T2 127 18% 1.0 1.0 o: -O ::l T3-T4 82 13% 0.7 0.0.34 1.58 0.424 0.6 0.25 1.60 0.330 OJ c. ::::::: ro Ganglios ro O ::l m NO 82 22% 1.0 -1.0 ~ en Nl 105 12% 0.5 0.23 1.1 0.084 0.3 0.13 0.81 0.016 n QJ o 2. al N2-3 32 13% 0.5 0.16 1.6 0.260 0.3 0.06 1.16 0.078 e Ul ::l ro Grado o ::l C. Ul 1 24 4% 1.0 -1.0 ro g 2 102 14% 3.3 0.41 26.0 0.266 3.0 0.35 25.90 0.314 c. c: QJ QJ '* 3 71 24% 7.2 0.91 57.6 0.061 5.6 0.60 51.47 0.130 o c. Ul QJ Subtipo C" [l) al LuminalA 115 10% 1.0 1.0 Ul -QJ .o c. e Luminal B 80 21% 2.3 1.04 5.17 0.040 0.6 0.16 2.48 0.537 O ~r ro o' HER2-E 6 17% 1.7 0.18 15.94 0.635 004 0.02 7.71 0.566 ::l ro Basal-like 4 25% 2.9 0.28 29.73 0.380 0.4 0.02 8.40 0.522 s:: ..., O QJ Normal·like 14 29% 3.4 0.93 12.70 0.064 lA 0.28 7.01 0.687 » ~. O QJ CES O""'" . 3 CES-E 115 10% 1.0 s:: ro -O c. CES-U 48 15% 1.5 0.61 3.91 0.358 c. c: ro QJ CES-C 45 31% 3.9 1.63 9.25 0.002 O n OJ o 3 CES (variable cont.) 0.34 0.16 0.71 0.004 0.2 0.05 0.88 0.032 o n QJ tO QJ En este conjunto de datos se describieron anteriormente siete firmas genéticas basadas en la expresión (es decir, índice de proliferación de PAM50, ROR-P, índice de grado genómico, índice SET [Sensitivity to Endocrine Therapy], quimiopredictor, 5 DLDA-30 ["Diagonal Linear Discriminant Analysis-30"] y predictor de carga tumoral residual [RCS, "Residual Cancer Surden"]) (Hatzis C, el al. Jama. 2011, 305:1873-1881). Además, hemos aplicado una versión basada en microarrays del índice de recurrencia Oncotype DX (Fan C, el al. New England Journal of Medicine. 2006, 355:560-569; Paik S, el al. New England Journal of Medicine. 2004, 351:2817-2826). 10 Aquí, evaluamos la capacidad de CES en predecir RpC en la enfermedad HR+/HER2-en comparación con estas siete firmas genéticas. Curiosamente, el CES proporcionó la mayor aROC (área-ROC) (Tabla 7-15) bien como variable continua (aROC = 0,770) o como categorías de grupo (aROC = 0,765). El segundo perfil más predictivo fue el predictor RCS (aROC = 0,740). Cabe señalar que el predictor RCS se obtuvo 15 utilizando 165 de 272 muestras (60,7 %) HR+/HER2-de este conjunto de datos (es decir, el conjunto de datos de entrenamiento). Cuando no se consideraron estas muestras de entrenamiento, CES mostró un mayor rendimiento, bien como variable continua (aROC = 0,805) o como categorías de grupo (aROC = 0,786) que el predictor RCS (aROC = 0,640). 20 25 30 35 Tabla 7. Asociación univariante de CES y varias firmas con sensibilidad a quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-en el conjunto de datos basado en MDACC (AUC = "Area Under Curve", GGI = "Genomic Grade Index", RCBPRED = "Residual Cancer Burden Predictor"). Análisis Univariante Firmas N Indice AUC OR Inferior Superior p-valor RpC 95% 95% CES' CES-E 134 2% 1.0 CES-U 67 9% 0.765 4.3 1.04 17.75 0.044 CES-C 59 24% 13.6 3.73 49.46 <0.001 CES 0.770 0.17 0.08 0.40 <0.001 GHI 0.648 1.31 1.06 1.63 0.013 GHI PROLlF 0.663 1.33 1.08 1.62 0.007 ROR-P Bajo 75 5% 1.0 Med 133 6% 0.659 1.1 0.33 3.91 0.840 Alto 52 21% 4.8 1.42 15.93 0.011 PAM50 PROLlF 0.700 0.2 0.08 0.40 <0.001 CHEMOPRED Rxlnsensitive 159 6% 0.597 1.0 RxSensitive 101 13% 2.2 0.93 5.23 0.074 GGI Bajo 126 3% 0.670 1.0 Alto 134 14% 5.0 1.66 15.26 0.004 SET ALTO 21 5% 1.0 INTERM 35 9% 0.525 1.9 0.18 19.29 0.597 BAJO 204 9% 2.1 0.26 16.16 0.494 RCBPRED RCB 11/111 159 3% 0.740 1.0 RCB 0/1 101 19% 9.0 2.96 27.27 <0.001 DLDA30 RD 254 2% 0.511 1.0 RpC 6 17% 2.1 0.24 18.87 0.504 5 10 15 Tabla 8. Asociación de CES y del perfil de proliferación de PAM50 con sensibilidad a la quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-del conjunto de datos basado en MDACC. Análisis Bivariante Firmas N Indice OR Inferior Superior p-RpC 95% 95% valor CES CES-E 134 2% 1.0 CES-U 67 9% 4.6 1.02 20.99 0.047 CES-C 59 24% 15.8 2.93 85.36 0.001 PAM50 PROLlF 0.82 0.21 3.28 0.783 Tabla 9. Asociación de CES y del perfil CHEMOPRED con sensibilidad a la quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-del conjunto de datos basado en MDACC. Firmas N Indice RpC CES CES-E 134 2% CES-U 67 9% CES-C 59 24% CHEMOPRED Rxlnsensitive 159 6% RxSensitive 101 13% OR 1.0 5.0 15.3 1.00 2.73 Análisis Bivariante Inferior 95% 1.18 4.12 1.09 Superior 95% 20.83 56.72 6.87 p-valor 0.029 <0.001 0.032 5 10 15 Tabla 10. Asociación de CES y del componente de proliferación del Genomic Health Index (GHI; índice de recurrencia Oncotype DX) con sensibilidad a quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-del conjunto de datos basado en MDACC. Análisis Bivariante Firmas N Indice OR Inferior Superior p-RpC 95% 95% valor CES CES-E 134 2% 1.0 CES-U 67 9% 5.5 1.19 25.18 0.029 CES-C 59 24% 22.7 3.93 131.45 <0.001 GHI 0.87 0.65 1.18 0.387 Proliferation Tabla 11. Asociación de CES y del perfil del Genomic Grade Index (GGI) con sensibilidad a quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-del conjunto de datos basado en MDACC. Análisis Bivariante Firmas N Indice OR Inferior Superior p-RpC 95% 95% valor CES CES-E 134 2% 1.0 CES-U 67 9% 3.7 0.79 17.16 0.097 CES-C 59 24% 10.6 2.15 52.00 0.004 GGI Bajo 126 3% 1.00 Alto 134 14% 1.43 0.35 5.77 0.615 5 10 15 Tabla 12. Asociación de CES y del SET Index Signature con sensibilidad a quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-del conjunto de datos basado en MDACC. Análisis Bivariante Firmas N Indice OR Inferior Superior p-valor RpC 95% 95% CES CES-E 134 2% 1.0 CES-U 67 9% 4.7 1.09 19.85 0.038 CES-C 59 24% 15.3 3.99 59.02 <0.001 SET ALTO 21 5% 1.00 INTERM 35 9% 2.37 0.20 27.94 0.494 BAJO 204 9% 1.20 0.14 10.62 0.868 Tabla 13. Asociación de CES y de la firma RCBPRED con sensibilidad a quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-del conjunto de datos basado en MDACC. Análisis Bivariante Firmas N Indice OR Inferior Superior p-valor RpC 95% 95% CES CES-E 134 2% 1.0 CES-U 67 9% 4.3 1.01 18.35 0.048 CES-C 59 24% 11.8 3.14 44.47 <0.001 CTRPRED CTR 11/111 159 3% 1.00 CTR 0/1 101 19% 7.97 2.55 24.94 <0.001 5 10 Tabla 14. Asociación de CES y de la firma DLDA30 con sensibilidad a quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-del conjunto de datos basado en MDACC. Análisis Bivariante Firmas N Indice OR Inferior Superior p-valor RpC 95% 95% CES CES-E 134 2% 1.0 CES-U 67 9% 4.3 1.04 17.83 0.044 CES-C 59 24% 13.9 3.79 51.25 <0.001 DLDA30 RD 254 2% 1.00 RpC 6 17% 0.72 0.08 6.75 0.773 Tabla 15. Asociación de CES y de la firma ROR-P con sensibilidad a quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-del conjunto de datos basado en MDACC. Análisis Bivariante Firmas N Indice OR Inferior Superior p-valor RpC 95% 95% CES CES-E 134 2% 1.0 CES-U 67 9% 5.38 1.15 25.06 0.032 CES-C 59 24% 17.29 3.22 92.88 <0.001 ROR-P Bajo 75 5% 1.00 Med 133 6% 0.44 0.10 1.86 0.264 Alto 52 21% 0.60 0.12 3.12 0.546 Conjunto de datos Málaga Evaluamos un conjunto de datos de 180 pacientes con enfermedad HR+/HER2-tratadas con quimioterapia neoadyuvante basada en antraciclinas/taxanos (Tabla 2). 15 En este conjunto de datos, el 46,1%, 16,1% Y 37,8% de las muestras fueron identificadas como CES-E, CES-U y CES-C, respectivamente. Las tasas de RpC y RCS 0/1 en los grupos de CES-E, CES-U y CES-C fueron del 2,4 %/9,6 %, 3,4 %/17,2 % Y 13,2 %/30,9 %, respectivamente (P = 0,022 Y 0,004). Para evaluar la capacidad del CES para predecir la respuesta a quimioterapia, independientemente de las variables clínico-patológicas conocidas y del subtipo 5 intrínseco, realizamos un análisis de regresión logística multivariante utilizando RCS (0/1 frente a 2/3) como variable, ya que solo 12 muestras alcanzaron una RCS O (es decir, RpC) en este conjunto de datos. Los resultados revelaron que el CES proporcionaba información predictiva independiente, por encima del subtipo intrínseco (Tabla 16), de Ki-67 determinado por IHa (InmunoHistoauímica) (Tabla 17) y del 10 índice de ROR PAM50 (Tabla 18). El aROC de CES para predecir una RCS 0/1 fue 0,746. Por último, se observó una asociación significativa entre el CES y los datos de respuesta según el índice de Miller y payne (Fig. 5). 15 20 25 30 35 Análísis Univariante Análisis Multivariante !i: -i 0)-DI Q) C' te 1ii índice Inferior Superior p-Inferior Superior I !ll .... Firmas N OR 95% OR 95% 95% p-va or !'l RpC 95% valor » rJl Edad (variable cont.) -1.0 0.95 1.02 0.331 1.0 0.96 1.07 0.599 o (") Qi' Tamaño tumoral (") o: ::J TO-T2 133 22% 1.0 1.0 c. co O T3-T4 39 10% 0.4 0.13 1.25 0.116 0.4 0.09 1.90 0.260 m (f) Grado (") o 1 27 7% 1.0 1.0 ::J rJl 2 96 16% 2.3 0.50 10.82 0.286 1.6 0.26 9.31 0.625 co ::J 3 46 35% 6.7 1.40 31.82 0.017 3.0 0040 23.34 0.283 rJl g PAM50 c: LuminalA 54 9% 1.0 1.0 O) c. O) Luminal B 105 20% 2.4 0.87 6.91 0.090 0.9 0.19 4.34 0.905 ..o c: HER2-E 7 14% 1.6 0.16 16.43 0.677 0.1 0.00 3.19 0.188 3' o' ... Basal-Iike 14 50% 9.8 2043 39.51 0.001 0.1 0.00 3.40 0.214 co .., O) CES "O Qi' CES-E 83 10% 1.0 co ::J CES-U 29 17% 2.0 0.58 6.54 0.277 ~ CES-C 68 31 % 4.2 1.72 10.22 0.002 (") o 2. CES ((variable cont.) -0.2 0.09 0.44 <0.001 0.2 0.07 0.76 0.016 c: ::J o C. co c. O) ... o rJl 5 10 Tabla 17. Asociación de CES y Ki-67 determinado mediante IHQ con sensibilidad a quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-del conjunto de datos Málaga. Análisis Bivariante Firmas N Indice OR Inferior Superior p-CTR 0/1 95% 95% valor CES 0.46 0.23 0.89 0.022 Ki671HQ 1.02 0.99 1.04 0.194 Tabla 18. Asociación de CES y del ROR PAM50 con sensibilidad a la quimioterapia en la enfermedad HR+/HER2-del conjunto de datos de Málaga. Firmas N CES PAM50 ROR Indice CTR 0/1 OR 0.27 0.98 Análisis Bivariante Inferior Superior p-95% 95% valor 0.14 0.51 <0.001 0.95 1.02 0.308 Conjunto de datos basado en Marsden: CES y sensibilidad a terapia endocrina 15 Evaluamos un conjunto de datos de 103 pacientes postmenopáusicas con enfermedad HR+ tratada con anastrozol durante 16 semanas con terapia neoadyuvante (Tabla 2). En este conjunto de datos, el 23,5 %, 34,3 % Y 42,2 % de las muestras fueron identificadas como CES-E, CES-U y CES-C, respectivamente. La respuesta tumoral clinica (respuesta completa y parcial frente a enfermedad estable y 20 progresiva) se utilizó como variable. En este conjunto de datos no se observó ninguna RpC. Las tasas de respuesta tumoral clínica en los grupos de CES-E, CES-U y CES-C fueron del 75,0 %, 48,6 % Y 44,2 %, respectivamente (P = 0,043). CES fue la única variable con una asociación significativa a la respuesta (Tabla 19), independientemente del estado de HER2 (Tablas 19-20) 25 Análisis Univariante Análisis Bivariante c. -1 Q) QI ...... C' o índice lJl Di Firmas N OR Inferior Superior OR Inferior Superior p-valor s:: ~ respuesta 95% 95% p-valor 95% 95% Q) ~ ... lJl :f> Edad (variable c. 103 1.0 0.95 1.04 0.865 (1) lJl cont.) :::J o --------() Tamaño tumoral S (ir 11 () TO-T2 60 52% 1.0 5: ...... :::J T3-T4 43 55% 1.0 0.47 2.29 0.925 o c. BRAZO ~ (1) Brazo B 46 48% 1.0 (") m BrazoC 57 56% 1.3 0.53 2.95 0.467 en -'-'---" () Grado o 1 15 53% 1.0 :::J lJl 2 63 52% 1.0 0.32 3.20 0.965 (1) :::J 3 24 46% 0.8 0.21 2.97 0.740 lJl HER2 status _ ••.. ~_ ~ ."_.R g NegaUvo 89 56% 1.0 1.0 a: Q) Positivo 25 28% 0.3 0.07 0.98 0.058 0.4 0.10 1.40 0.170 c. Q) PAM50 ...... Basal-like 4 50% 1.0 (1) ... Q) Luminal A 37 65% 2.0 0.22 18.41 0.510 " ¡¡j' Luminal B 20 40% 0.67 0.07 6.50 0.710 (1) :::J c. HER2-E 12 25% 0.38 0.03 3.78 0.361 o () :::l. Normal-Iike 30 57% 1.31 0.14 12.12 0.801 :::J Q) CES (variable (1) 103 2.9 1.34 6.55 0.009 2.4 1.08 5.50 0.036 :::J con!.) ~ () o 2. e :::J ...... O C. (1) Tabla 20. Asociación de CES con sensibilidad a terapia endocrina en el conjunto de datos de Marsden en la enfermedad HER2-(n = 89). Análisis Univariante Firmas N Indice OR Inferior Superior p-valor Respuesta 95% 95% Edad (variable 89 1.0 0.18 293 0.38 cont.) Tamaño tumoral TO-T2 54 60% 1.0 T3-T4 35 54% 0.8 0.35 2.00 0.697 BRAZO Brazo B 38 50% 1.0 Brazo C 51 60% 1.5 0.62 3.48 0.379 Grado 1 14 57% 1.0 2 54 59% 1.1 0.32 3.57 0.886 3 20 45% 0.7 0.16 2.69 0.579 PAM50 Basal-like 4 50% 1.0 Luminal A 35 66% 2.09 0.23 19.39 0.489 Luminal B 17 41% 0.70 0.07 7.00 0.750 HER2-E 7 29% 0.40 0.03 5.32 0.480 Normal-like 26 61% 1.60 0.17 15.16 0.660 CES (variable 89 2.00 0.90 4.89 0.090 cont.) 5 Conjunto de datos basado en Edinburqh: CES y sensibilidad a terapia endocrina Evaluamos un conjunto de datos de 120 pacientes postmenopáusicas con enfermedad HR+ tratada con letrozol durante al menos 12 semanas con terapia neoadyuvante (Fig. 6). Dos pacientes de 120 alcanzaron una respuesta completa. De 10 forma similar a anteriores resultados, CES como variable continua resultó ser la única variable con una asociación significativa a una reducción ~70 % del volumen tumoral antes de 90 dias (Fig. 7), incluso en la enfermedad HER2-(Fig. 8). 15 Pronóstico, subtipo intrínseco y sensibilidad a quimioterapia y a terapia endocrina Para comprender mejor la relación entre el pronóstico, la biología intrínseca y la sensibilidad a quimioterapia y a terapia endocrina, agrupamos los datos de PAM50 de numerosos conjuntos de datos diferentes para obtener un total de 6007 cánceres de mama primarios que representan todos los subtipos (Fig.9 -10). Los resultados revelaron que en el grupo de ROR bajo, el 94,9 % de los casos se identificaron como CES-E y el 100 % fueron de subtipo Luminal A. En el grupo de ROR alto, el 92,1 % de las muestras se identificaron como CES-C; los subtipos no luminal y Luminal B 5 representaban el 64,3 % Y el 35,7 % de los casos de ROR alto/CES-C, respectivamente. En el grupo de ROR intermedio se observó una alta heterogeneidad. En términos de biología intrínseca, los subtipos Luminal A, Luminal B y no luminal representaban el 10 44,4 %, 31,5 % Y 24,1 %, respectivamente. En términos de sensibilidad a quimioterapia y a terapia endocrina, CES-E, CES-U y CES-C representaban el 40,6 %,30,3 % Y 29,1 %, respectivamente. Según lo previsto, la inmensa mayoría de muestras de ROR intermedio/CES-E (77,3 %) eran de subtipo Luminal A. 15 Resultados de supervivencia de CES en la enfermedad HR+/ROR intermedio Para continuar estudiando el valor de CES en la enfermedad HR+/ROR intermedio, hemos evaluado la asociación de CES con los resultados de supervivencia en el cáncer de mama temprano HR+/ROR intermedio en 4 conjuntos de datos 20 independientes de pacientes tratadas sin ninguna terapia sistémica adyuvante (n = 189), solo con tamoxifeno adyuvante (n = 846) o con quimioterapia y terapia endocrina adyuvantes (n = 322 Y n = 148). En pacientes con enfermedad con ganglios negativos tratada sin terapia sistémica adyuvante, CES (como variable continua o como categorías de grupo) resultó tener una asociación significativa con la 25 supervivencia sin recidiva distante (Fig. 11). El hazard ratio entre los grupos CES-C y CES-E fue 2,68 (intervalo de confianza al 95 % de 0,163-0,858). Se obtuvieron resultados similares en el conjunto de datos donde las pacientes fueron tratadas solo con tamoxifeno adyuvante (Fig. 12). 30 Sin embargo, el CES (como variable continua o como categorías de grupo) no resultó tener una asociación significativa a los resultados de supervivencia en 2 cohortes independientes de pacientes tratadas con quimioterapia (neo)adyuvante y terapia endocrina (Fig. 13 -14). 35

Claims (7)

1. 5 10 15 20 25 30 35 1.
2. 2.
3. 3.
4. 4.
5. 5. REIVINDICACIONES Un método in vitro para predecir si una paciente con cáncer de mama responde a quimioterapia o a terapia endocrina en una muestra aislada de HR+/HER2-de la paciente clasificada en el grupo de ROR intermedio mediante el kit PAM50, cuyo método comprende en: (a) obtener el kit PAM50, el coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo intrínseco Luminal A y el coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo intrínseco Basal-like, en la muestra aislada, y (b) obtener el índice quimioendocrino (CES) restando el coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo Basal-like del coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo Luminal A; donde el CES igualo superior a 0,7 indica que dicha paciente responde al tratamiento endocrino (CES-E), y donde el CES igualo inferior a 0,3 indica que dicha paciente responde a la quimioterapia (CES-C). Un método in vitro según la reivindicación 1 en el que la muestra aislada es una muestra de biopsia. El uso in vitro del CES para predecir si una paciente con cáncer de mama responde a la quimioterapia o al tratamiento endocrino en una muestra aislada de HR+/HER2-de la paciente clasificada en el grupo de ROR intermedio mediante el kit PAM50. El uso in vitro según la reivindicación 3 en el que el CES se obtiene restando el coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo Basal-like del coeficiente de correlación correspondiente a la muestra clasificada como de subtipo Luminal A, mediante el kit PAM50. El uso in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 3 o 4 en el que un CES igualo superior a 0,7 indica que dicha paciente es CES-E.
6. 6. El uso in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 3 o 4 en el que un CES igualo inferior a 0,3 indica que dicha paciente es CES-C.
7. 7. El uso in vitro según cualquiera de las reivindicaciones 3 a 6 en el que la muestra aislada es una muestra de biopsia.