ES2586153T3 - Predicción de nacimiento prematuro espontáneo mediante la medición de ácidos nucleicos libres de células en sangre materna - Google Patents
Predicción de nacimiento prematuro espontáneo mediante la medición de ácidos nucleicos libres de células en sangre materna Download PDFInfo
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Abstract
Uso de una composición que comprende un ácido nucleico que tiene una secuencia de biomarcador de nacimiento prematuro (PTB) en ARN de plasma libre de células (PLC) que incluye o es complementaria a una o más de las SEQ ID NOs: 5-300 o a una sonda o cebador específicos para ellas, el ácido nucleico que está presente en una cantidad suficiente para su uso en un protocolo de diagnóstico de ácido nucleico en el diagnóstico de susceptibilidad a PTB.
Description
tenido, o tendrán PTB con menos de 32 semanas; y la normalización de las secuencias de ARNm o miARN de PLC con las secuencias conocidas de ARNm o miARN de PLC inalteradas.
En una realización, un método de normalización de secuencias de ARNm o miARN de PLC puede incluir la 5 normalización con una o más de las SEQ ID NOs: 1-4 o un cebador y/o sonda de las mismas o las SEQ ID NOs: 301-303 mediante protocolos de normalización convencionales.
Los métodos descritos también pueden incluir la obtención de muestras que tienen ARN de un sujeto y el procesamiento de la muestra con el fin de obtener ARN de PLC.
Se puede utilizar la cuantificación de ácidos nucleicos biomarcadores de PTB (por ejemplo, ARN) extraídos de una muestra biológica con el fin de determinar si una mujer embarazada es susceptible, o no, de PTB. Por consiguiente, 15 la identificación de biomarcadores de PTB puede ser importante a fin de diagnosticar la susceptibilidad a PTB o predecir PTB. La presente invención en general incluye nuevos biomarcadores de ARN y procesos para identificar biomarcadores de ARN en plasma, y el uso de los biomarcadores de ARN para identificar estados previos a enfermedad relacionados con el PTB. La presente invención puede utilizar biomarcadores de ARN asociados a estados de enfermedad del embarazo con el fin de predecir si una mujer embarazada puede desarrollar o es 20 susceptible de desarrollar un estado de enfermedad particular que pueda causar parto prematuro. En general, los biomarcadores de PTB incluyen ácidos nucleicos que son ARN de PLC como se describe en el presente documento.
Los biomarcadores de ARN de PLC pueden incluir secuencias de ARN derivadas de la madre y del feto. Puesto que la activación del miometrio puede resultar en parto espontáneo, y puesto que la quiescencia del miometrio es un 25 período genómicamente rico, se pueden utilizar los cambios en el transcriptoma de PLC (por ejemplo, transcriptoma de ARN) para predecir PTB espontáneo. Dicho cambio en el transcriptoma de PLC puede ser indicativo de PTB, independientemente de si el estímulo se origina en los compartimentos de la madre o del feto. Ahora se han identificado los biomarcadores de PTB en ARN de PLC y se proporcionan en la Lista de secuencias como SEQ ID NOs: 5-300. Estas secuencias biomarcadoras de PTB en ARN de PLC están involucradas en el proceso biológico y
30 regulador del embarazo, y la modulación de estos biomarcadores de PTB en ARN de PLC puede ser un indicio de enfermedad. Además, la modulación de estos biomarcadores de PTB en ARN de PLC se puede usar para inhibir, prevenir o tratar una enfermedad asociada al ARNm o miARN particular del biomarcador de PTB en ARN de PLC.
Brevemente, se obtuvo ARNm de PLC a las 26-28 semanas de 5 mujeres seleccionadas al azar abocadas a PTB
35 (por ejemplo, nacimiento < 32 semanas) sin rotura prematura de las membranas (es decir, parto prematuro, rotura prematura de las membranas), y de 5 mujeres de control con parto a término. En una 'Fase de descubrimiento' de identificación de ARNm de PLC, el ARN extraído se analizó en la matriz de expresión de un transcrito humano completo Affymetrix Human Whole-Transcript Expression y las secuencias de ARNm alteradas en mujeres abocadas a PTB se identificaron en base a un factor de cambio (por ejemplo, ≥ 1,5x, un límite de corte convencional que se
40 utiliza en ciencia) y el valor p de control (p <0,01). El ARNm de PLC se ordenó por estrechez de la distribución (por ejemplo, el análisis Ingenuity Systems Pathway Analysis) puesto que una distribución estrecha es una característica muy deseable de la prueba para cualquier marcador seleccionado, en el que cuanto más estrecha sea la distribución de la enfermedad y la normal, menor es la superposición en las distribuciones de la población. De las 25.934 secuencias de ARN identificadas a formar parte del transcriptoma de PLC a las 26 semanas, 88 biomarcadores de
45 PTB en ARNm de PLC estaban alterados en mujeres abocadas a PTB; 22 biomarcadores de PTB en ARNm de PLC (SEQ ID NO: 19-41) estaban regulados por aumento y 66 ARNm de PLC (SEQ ID NO: 42-106) estaban regulados por disminución. El mapeo genómico reveló que las secuencias marcadoras de PTB en ARNm de PLC estaban asociadas a la expresión, el crecimiento y la proliferación celular, el ciclo celular, la muerte celular, y el ensamblaje y la organización celular.
50 Los biomarcadores de PTB en ARN de PLC pueden incluir, pero no se limitan a, ARN no codificante, tal como miARN y snARN y snoARN, y otros son ARNm. En una realización, los biomarcadores de PTB en ARN de PLC pueden incluir un biomarcador que indica susceptibilidad a PTB. Estos biomarcadores de PTB en ARN de PLC pueden incluir: (SEQ ID NO: 19) taspasa de Homo sapiens, aspartasa treonina, 1 (TASP1), ARNm, número de
55 acceso NM_017714; (SEQ ID NO: 20) proteína con dedos de zinc 99 de Homo sapiens (ZNF99), ARNm, números de acceso NM_001080409 y XM_001132267; (SEQ ID NO: 21) ADNc FLJ16171 fis de Homo sapiens, clon BRHIP2003272, número de acceso AK131247; (SEQ ID NO: 22) islotes de regeneración de derivadas de gamma 3 de Homo sapiens (REG3G), variante de transcripción 1, ARNm, número de acceso NM_001008387; (SEQ ID NO: 23) receptor olfativo de Homo sapiens, familia 51, subfamilia A, miembro 2 (OR51A2), ARNm, números de acceso
XM_376832; (SEQ ID NO: 70) marco de lectura abierto 95 del cromosoma 10 de Homo sapiens, ARNm (clon de ADNc MGC: 161737 IMAGE: 8992175), cds completos, número de acceso, BC126459; (SEQ ID NO: 71) nicotinamida fosforribosiltransferasa de Homo sapiens (NAMPT), ARNm, número de acceso NM_005746; (SEQ ID NO: 72) receptor 6 asociado a trazas de amina de Homo sapiens (TAAR6), ARNm, número de acceso, NM_175067; 5 (SEQ ID NO: 73) miosina de Homo sapiens, cadena ligera 6, alcalina, músculo liso y no muscular (MYL6), variante de transcripción 1, ARNm, números de acceso NM_021019 y NM_079424; (SEQ ID NO: 74) ATP sintasa de Homo sapiens, transporte de H+, complejo Fo mitocondrial, subunidad C2 (subunidad 9) (ATP5G2), gen nuclear que codifica la proteína mitocondrial, variante de transcripción 2, ARNm, número de acceso NM_005176; (SEQ ID NO: 75) familia 18 con similitud de secuencia de Homo sapiens, miembro B2 (FAM18B2), variante de transcripción 1, 10 ARNm, números de acceso NM_145301 y XM_936923; (SEQ ID NO: 76) factor de transcripción Sp6 de Homo sapiens (SP6), ARNm, números de acceso NM_199262 y XM_292621; (SEQ ID NO: 77) formina invertida de Homo sapiens, dominio que contiene FH2 y WH2 (INF2), variante de transcripción 1, ARNm, número de acceso NM_022489; (SEQ ID NO: 78) inhibidor de la disociación de Rho PIB de Homo sapiens (GDI) alfa (ARHGDIA), variante de transcripción 2, ARNm, número de acceso NM_004309; (SEQ ID NO: 79) dominio OTU que contiene 6A 15 de Homo sapiens (OTUD6A), ARNm, número de acceso NM_207320; (SEQ ID NO: 80) dominio BTB 12 y que contiene dedos de zinc de Homo sapiens (ZBTB12), ARNm, número de acceso NM_181842; (SEQ ID NO: 81) proteína 2B organizadora del huso mitótico de Homo sapiens (MZT2B), ARNm, número de acceso NM_025029; (SEQ ID NO: 82) receptor olfativo de Homo sapiens, familia 52, subfamilia E, miembro 2 (OR52E2), ARNm, número de acceso NM_001005164 y XM_061610; (SEQ ID NO: 83) LOC150622 hipotética de Homo sapiens (LOC150622), 20 ARN no codificante, número de acceso NR_026832, XR_041760, XR_041761, y XR_041762; (SEQ ID NO: 84) selenofosfato sintetasa 1 de Homo sapiens (SEPHS1), variante de transcripción 1, ARNm, número de acceso NM_012247; (SEQ ID NO: 85) barrera para el factor de autointegración 1 de Homo sapiens (BANF1), variante de transcripción 1, ARNm, número de acceso NM_003860; (SEQ ID NO: 86) factor de transcripción general IIB de Homo sapiens (GTF2B), ARNm, número de acceso NM_001514; (SEQ ID NO: 87) familia del dominio RGM de 25 Homo sapiens, miembro A (RGMA), variante de transcripción 4, ARNm, número de acceso NM_020211; (SEQ ID NO: 88) receptor de la hormona de liberación de prolactina de Homo sapiens (PRLHR), ARNm, número de acceso NM_004248 y NM_005287; (SEQ ID NO: 89) pseudogen 2 similar a dpy-19 de Homo sapiens (C. elegans) (DPY19L2P2), variante de transcripción 2, no codificante de ARN, número de acceso NR_003561; (SEQ ID NO: 90) regulador de la diferenciación celular glial, meteorina de Homo sapiens (METRN), ARNm, número de acceso 30 NM_024042; (SEQ ID NO: 91) receptor de ácido graso libre 1 de Homo sapiens (FFAR1), ARNm, número de acceso NM_005303; (SEQ ID NO: 92) péptido natriurético B de Homo sapiens (NPPB), ARNm, número de acceso NM_002521; (SEQ ID NO: 93) proteína 3 de interacción BCL2/adenovirus E1B de 19 kDa de Homo sapiens (BNIP3), gen nuclear que codifica la proteína mitocondrial, ARNm, número de acceso NM_004052; (SEQ ID NO: 94) familia hélice-bucle-hélice básica de Homo sapiens, miembro a15 (BHLHA15), ARNm, número de acceso NM_177455; 35 (SEQ ID NO: 95) virus del sarcoma murino Finkel-Biskis-Reilly de Homo sapiens (FBR-MuSV) expresado ubicuamente (FAU), ARNm, número de acceso NM_001997; (SEQ ID NO: 96) marco de lectura abierto 70 del cromosoma 9 de Homo sapiens (C9orf70), ARN no codificante, número de acceso NR_026663 y XM_001721481 XM_001723928 XM_001724353; (SEQ ID NO: 97) proteína ribosomal L30 de Homo sapiens (RPL30), ARNm, número de acceso NM_000989; (SEQ ID NO: 98) regulador semejante a la diferenciación celular glial, meteorina de 40 Homo sapiens (METRNL), ARNm, número de acceso NM_001004431 y XM_209073; (SEQ ID NO: 99) semejante a la ubiquitina 5 de Homo sapiens (UBL5), variante de transcripción 1, ARNm, número de acceso NM_024292; (SEQ ID NO: 100) canal de rectificación de potasio hacia el interior de Homo sapiens, subfamilia J, miembro 4, (KCNJ4), variante de transcripción 1, ARNm, número de acceso NM_152868; (SEQ ID NO: 101) polipéptido naciente asociado a la subunidad alfa del complejo de Homo sapiens (NACA), variante de transcripción 1, ARNm, número de acceso 45 NM_001113203; (SEQ ID NO: 102) factor 2 rico en EDRK pequeñas de Homo sapiens (SERF2), ARNm, número de acceso NM_001018108; (SEQ ID NO: 103) familia de sulfotransferasa citosólica 1A con preferencia por fenol, miembro 2, de Homo sapiens, (SULT1A2), variante de transcripción 2, ARNm, número de acceso NM_177528; (SEQ ID NO: 104) receptor olfativo de Homo sapiens, familia 51, subfamilia G, miembro 2 (OR51G2), ARNm, número de acceso NM_001005238; (SEQ ID NO: 105) factor de transcripción básico 3 de Homo sapiens (BTF3), variante de
50 transcripción 1, ARNm, número de acceso NM_001037637; y (SEQ ID NO: 106) LSM10 de Homo sapiens, asociado a ARN U7 nuclear pequeño (LSM10), ARNm, número de acceso NM_032881.
En una realización, los biomarcadores de PTB en ARN de PLC pueden incluir un marcador biológico que está regulado por aumento a fin de indicar la susceptibilidad al PTB con las SEQ ID NO: 107-142, en las que el Probeset
55 ID, los números de acceso, los símbolos de genes, y sus secuencias de inicio y detención se incorporan en este documento por referencia específica:
- SEQ ID NO:
- # Probeset ID Símbolo del gen RefSeq (Acceso) Seqname Inicio Detención
- SEQ ID NO:
- 107 2391026 C1orf159 BC008788 chr1 1020631 1020674
- SEQ ID NO:
- 108 2465373 AHCTF1 NM_015446 chr1 247063497 247063521
- SEQ ID NO:
- 109 2321026 C1orf158 NM_152290 chr1 12821062 12821086
- SEQ ID NO:
- 110 2370564 CACNA1E NM_000721 chr1 181705411 181705435
- SEQ ID NO:
- 111 2445415 ASTN1 NM_004319 chr1 176927594 176927618
- SEQ ID NO:
- 112 2383404 ADCK3 NM_020247 chr1 227165195 227165219
- SEQ ID NO:
- 113 3314648 C10orf92 BC034223 chr10 134628211 134628236
- SEQ ID NO:
- 114 3332991 C11orf66 NM_145017 chr11 61257978 61258037
- SEQ ID NO:
- 115 3377201 CDC42BPG NM_017525 chr11 64601758 64601797
- SEQ ID NO:
- 116 3381279 ARAP1 BC056401 chr11 72411090 72411124
- SEQ ID NO:
- 117 3403055 ATN1 NM_001007026 chr12 7045236 7045261
- SEQ ID NO:
- 118 3655114 CD19 NM_001178098 chr16 28943903 28943933
- SEQ ID NO:
- 119 3739970 ABR NM_021962 chr17 913969 913994
- SEQ ID NO:
- 120 3774020 C17orf70 NR_033338 chr17 79518798 79518881
- SEQ ID NO:
- 121 3774725 CCDC57 ENST00000324808 chr17 80109446 80109470
- SEQ ID
- 122 3741735 CAMKK1 AF370377 chr17 3773035 3773059
- NO:
- SEQ ID NO:
- 123 3830886 ARHGAP33 NM_052948 chr19 36273687 36273769
- SEQ ID NO:
- 124 3835887 APOE NM_000041 chr19 45412388 45412412
- SEQ ID NO:
- 125 3866306 AP2S1 NM_004069 chr19 47342008 47342032
- SEQ ID NO:
- 126 2546857 CAPN13 NM_144575 chr2 30993219 30993282
- SEQ ID NO:
- 127 2576644 C2orf27B BC043584 chr2 132552867 132552917
- EQ ID NO:
- 128 2546826 CAPN13 NM_144575 chr2 30961299 ..., 30961323
- SEQ ID NO:
- 129 2708707 C3orf70 NM_001025266 chr3 184870647 .., 184870677
- SEQ ID NO:
- 130 2622179 BSN NM_003458 chr3 49699843 49699867
- SEQ ID NO:
- 131 2870730 BCLAF1 NM_014739 chr5 110285528 110285604
- SEQ ID NO:
- 132 2902959 C4A ENST00000428956 chr6 31949811 31949835
- SEQ ID NO:
- 133 2953468 C6orf130 ENST00000488238 chr6 41043021 41043070
- SEQ ID NO:
- 134 3031798 ABCB8 NM_007188 chr7 150744493 150744517
- SEQ ID NO:
- 135 3039763 ANKMY2 NM_020319 chr7 16666684 16666799
- SEQ ID NO:
- 136 3023426 AHCYL2 NM_001130723 chr7 129008311 129008335
- SEQ ID NO:
- 137 3031951 AGAP3 NM_031946 chr7 150841064 150841088
- SEQ ID NO:
- 138 3031944 AGAP3 AL442089 chr7 150838958 150838982
- SEQ ID NO:
- 139 3206269 ATP5A1 NM_001001937 chr9 41799773 41799797
- SEQ ID NO:
- 140 4001353 BEND2 NM_153346 chrX 18221855 18222031
- SEQ ID NO:
- 141 3969900 CA5B ENST00000479740 chrX 15768063 15768093
- SEQ ID NO:
- 142 3966810 CD99P1 NR_033380 chrX 2541426 2541450
En una realización, los biomarcadores de PTB en ARN de PLC pueden incluir un marcador biológico que está regulado por disminución a fin de indicar la susceptibilidad al PTB.
- SEQ NO
- ID # Probeset ID Símbolo del gen RefSeq (Acceso) Seqname Inicio Detención
- SEQ NO:
- ID 143 2434348 APH1A AK125685 chr1 150239436 150239470
- SEQ NO:
- ID 144 2347527 ABCD3 NM_001122674 chr1 94944215 94944239
- SEQ NO:
- ID 145 2347504 ABCD3 NM_002858 chr1 194884035 94884129
- SEQ NO:
- ID 146 2347024 CCDC18 NM_206886 chr1 193645587 93645967
- SEQ NO:
- ID 147 2383766 ARF1 NM_001024227 chr1 228286406 228286440
- SEQ NO:
- ID 148 2411671 AGBL4 ENST00000411952 chur1 49052585 49052609
- SEQ NO:
- ID 149 2316059 ATAD3A NM_018188 chur1 1469347 1469376
- SEQ NO:
- ID 150 2391349 ACAP3 AB051503 chur1 1240376 1240469
- SEQ NO:
- ID 151 2385702 C1orf57 NM_032324 chur1 233086457 233086481
- SEQ NO:
- ID 152 2393833 C1orf174 NM_207356 chr1 3816811 3816835
- SEQ
- ID 153 2440696 B4GALT3 NM_003779 chr1 161147290 161147314
- NO:
- SEQ NO:
- ID 154 2383363 ADCK3 ENST00000366779 chr1 227096295 227096344
- SEQ NO:
- ID 155 2318458 CAMTA1 NM_015215 chr1 6845541 6845635
- SEQ NO:
- ID 156 2392132 C1orf86 ENST00000378545 chr1 2130199 2130245
- SEQ NO:
- ID 157 2399312 ALDH4A1 NM_003748 chr1 19199312 19199336
- SEQ NO:
- ID 158 3286039 CCNYL2 ENST00000345581 chr10 42965620 42965646
- SEQ NO:
- ID 159 3282296 ACBD5 ENST00000375888 chr10 27529434 27529579
- SEQ NO:
- ID 160 3261217 BTRC NM_033637 chr10 103285926 103285955
- SEQ NO:
- ID 161 3284165 C1D NM_173177 chr10 32800666 32800698
- SEQ NO:
- ID 162 3245187 ANXA8L2 NM_001630 chr10 47747028 47747107
- SEQ NO:
- ID 163 3251356 ANAPC16 NM_173473 chr10 73975872 73975896
- SEQ NO:
- ID 164 3380994 C11orf59 NM_017907 chr11 71814234 71814263
- SEQ NO:
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- ID 256 2604401 ARL4C NM_005737 chr2 235404210 235404234
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- ID 258 3882227 BPIL3 NM_174897 chr20 31625440 31625473
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- ID 259 3894422 ANGPT4 NM_015985 chr20 865725 865751
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- ID 260 3874383 ATRN NM_139321 chr20 3614963 3615036
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- ID 261 3892803 C20orf200 NR_033263 chr20 61142540 61142567
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- ID 262 3914081 ARFRP1 NM_001134758 chr20 62331883 62331908
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- ID 264 3907034 ADA NM_000022 chr20 43280223 43280248
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- ID 268 3918143 C21orf63 AK126660 chr21 33829548 33829572
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- ID 270 3946042 CACNA1l NM_021096 chr22 40081973 40082331
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- ID 271 3955347 C22orf13 ENST00000407973 chr22 24951587 24951829
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- ID 274 2627379 C3orf49 NR_026866 chr3 63830699 63830723
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- ID 275 2624738 CACNA2D3 NM_018398 chr3 54913057 54913081
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- ID 276 2681152 C3orf64 AK304102 chr3 69062765 69062816
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- ID 277 2687780 CD47 NM_001777 chr3 107769425 107769449
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- ID 278 2719502 CC2D2A NM_001080522 chr4 15504114 15504140
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- ID 279 2852783 C1QTNF3 NM_030945 chr5 34033484 34033517
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- ID 280 2881766 ANXA6 NM_001155 chr5 150496698 150496722
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- ID 281 2842463 C5orf25 AK126204 chr5 175721931 175722032
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- ID 282 2878396 APBB3 AK125244 chr5 139943698 139943736
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- ID 283 4047621 BTNL8 NM_024850 chr5 180375920 180375946
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- ID 284 2901692 ABCF1 NM_001025091 chr6 3 30545599 30545665
- SEQ
- ID 285 2973284 C6orf174 NM_001012279 chr61 127837554 127837578
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- ID 286 2937603 C6orf70 NM_018341 chr6 170175406 170175442
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- ID 287 2999777 AEBP1 NM_001129 chr7 44148891 44148940
- SEQ NO:
- ID 288 3001005 ABCA13 NM_152701 chr7 18285460 48285484
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- ID 289 3017084 ARMC10 NM_031905 chr7 102716226 102716250
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- ID 290 3006668 AUTS2 NM_015570 chr7 69599533 69599557
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- ID 291 3158462 C8ORFK29 NR_015428 chr8 145577092 145577180
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- ID 292 3121027 C8orf33 NM_023080 chr8 146278059 146278089
- SEQ NO:
- ID 293 3105606 CA2 ENST00000285379 chr8 86376123 86376148
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- ID 294 3204670 CD72 ENST00000396759 chr9 35618756 35618361
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- ID 295 3221925 AKNA NM_030767 chr9 117103978 117104002
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- ID 296 3223849 C5 NM_001735 chr9 123812463 123812487
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- ID 297 3190991 C9orf106 NM_001012715 chr9 132083295 132083325
- SEQ NO:
- ID 298 3222599 ASTN2 NM_198186 chr9 119449350 119449382
- SEQ NO:
- ID 299 3229062 BRD3 NM_007371 chr9 136905156 136905186
- SEQ NO:
- ID 300 3986675 ATG4A ENST00000457035 chrx 107335082 107335109
Se llevó a cabo una investigación para determinar si los biomarcadores de PTB podrían ser específicos de miARN o no. El mismo ARN total extraído de las muestras de la semana 26-28, descritas anteriormente, se analizó en la matriz de ARN pequeño no codificante Affymetrix GeneChip (por ejemplo, 847 ARN humanos pequeños no
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-
imagen1 imagen2
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