EP2324115A1 - Method for isolating and purifying nucleic acids - Google Patents

Method for isolating and purifying nucleic acids

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Publication number
EP2324115A1
EP2324115A1 EP09811122A EP09811122A EP2324115A1 EP 2324115 A1 EP2324115 A1 EP 2324115A1 EP 09811122 A EP09811122 A EP 09811122A EP 09811122 A EP09811122 A EP 09811122A EP 2324115 A1 EP2324115 A1 EP 2324115A1
Authority
EP
European Patent Office
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volume
nucleic acids
butanediol
buffer
nacl
Prior art date
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Withdrawn
Application number
EP09811122A
Other languages
German (de)
French (fr)
Inventor
Ralf Himmelreich
Sabine Werner
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Qiagen GmbH
Original Assignee
Qiagen GmbH
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Publication date
Application filed by Qiagen GmbH filed Critical Qiagen GmbH
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Publication of EP2324115A1 publication Critical patent/EP2324115A1/en
Withdrawn legal-status Critical Current

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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • C12N15/1006Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers

Abstract

The present invention relates to a method for isolating and purifying nucleic acids through elution of the nucleic acids from samples containing nucleic acids and from biological materials. The present invention further relates to a kit for carrying out the method according to the invention.

Description

Verfahren zum Isolieren und Reinigen von Nukleinsäuren Method for isolating and purifying nucleic acids
Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zürn Isolieren und Reinigen von Nukleinsäuren durch Separation der Nukleinsäuren von Nukl einsäurehaltigen Proben, sowie biologischen Materialien. Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin ein Kit zur Durchführung des erfindungsgemäßen Verfahrens.The present invention relates to a method for isolating and purifying nucleic acids by separating the nucleic acids of nucleated acidic samples, as well as biological materials. The present invention further relates to a kit for carrying out the method according to the invention.
Ein Verfahren zum Isolieren und Reinigen von Nukleinsäuren, welches im Stand der Technik bereits bekannt ist, basiert auf der Adsorption von Nukleinsäuren auf Glas- oder Silicapartikeln in Anwesenheit von chaotropen Salzen, gefolgt von der Wiedergewinnung der adsorbierten Nukleinsäuren (Vogelstein, B. und Gillespie, D. (1979); „Preparative and analytical purification of DNA from Agarose", Proc. Natl. Acad. Sei. USA 76: 615-619). Gemäß diesem Verfahren wird unter Verwendung von hohen Konzentrationen an chaotropen Salzen, wie beispielsweise Natriumiodid, Natriumperchlorat oder Guanidiniumthiocyanat, DNA isoliert und über Agarose gereinigt. Die RNA oder DNA kann auch aus verschiedenen Mischungen isoliert oder gereinigt werden (Boom, R1, 1990; „Rapid and simple method for purification of nucleic aeids", J. Clin. Microbiol. 28; 495-503).A method for isolating and purifying nucleic acids, which is already known in the prior art, is based on the adsorption of nucleic acids on glass or silica particles in the presence of chaotropic salts, followed by the recovery of the adsorbed nucleic acids (Vogelstein, B. and Gillespie, D. (1979) "Preparative and analytical purification of DNA from Agarose", Proc Natl Acad, U.S.A. 76: 615-619.) According to this method, using high concentrations of chaotropic salts, such as, for example, sodium iodide, Sodium perchlorate or guanidinium thiocyanate, DNA isolated and purified by agarose The RNA or DNA can also be isolated or purified from various mixtures (Boom, R 1 , 1990: "Rapid and Simple Method for Purification of Nucleic Acids", J. Clin. Microbiol. 28, 495-503).
Nach erfolgter Nukleinsäurereinigung werden Nukleinsäuren häufig in der Polymerasekettenreaktion (PCR) verwendet. Die PCR amplifiziert Nukleinsäuren in einer Sequenz-spezifischen Weise und wird deshalb breit in der Gen- oder DNA-Diagnose angewendet. Die Anwendung der PCR-Technik in klinischen Routineverfahren bringt mehrere Probleme mit sich. Es ist bekannt, dass inhibitorische Substanzen, die nicht aus dem Nukleinsäurereinigungsschritt entfernt worden sind, die PCR inhibieren können. Solche inhibitorischen Substanzen sind beispielsweise Hämoglobin und Tenside, die im Nukleinsäureextraktionsprozess verwendet wurden. Aus diesem Hintergrund wird ersichtlich, dass die Verfahren zum Extrahieren und Reinigen von Nukleinsäuren sehr wichtig und relevant sind (Oshima et al., JJCL A, 22(2) 145-150 (1997)).After nucleic acid purification, nucleic acids are often used in the polymerase chain reaction (PCR). The PCR amplifies nucleic acids in a sequence-specific manner and is therefore widely used in gene or DNA diagnosis. The application of the PCR technique in routine clinical procedures poses several problems. It is known that inhibitory substances that have not been removed from the nucleic acid purification step can inhibit the PCR. Such inhibitory substances are, for example, hemoglobin and surfactants used in the nucleic acid extraction process. From this background, it can be seen that the methods for extracting and purifying nucleic acids are very important and relevant (Oshima et al., JJCL A, 22 (2) 145-150 (1997)).
Verfahren zur Extraktion und Reinigung von Nukleinsäuren werden sehr häufig automatisiert. Es gibt bereits im Stand der Technik automatisierte Nukleinsäureextraktϊons verfahren, solche sind beschrieben in JP-A-107854/1999 und in JP-A-266864/1999. In den meisten Verfahren zur Isolation und Reinigung von Nukleinsäuren wird eine Lösung, die in hoher Konzentration Salze enthält und in hoher Konzentration Alkohol enthält, und in welcher sich die Nukleinsäuren befinden, in Kontakt mit einer Adsorptionsoberfläche gebracht. Die Adsorptionsoberfläche kann in Form eines Harzes in einer Säule vorliegen. Dann werden die Nukleinsäuren an diese Oberfläche adsorbiert und später mit Hilfe von Lösungen eluiert, die weniger hoch konzentrierte Salzlösungen enthalten.Methods for extraction and purification of nucleic acids are very often automated. There are already automated nucleic acid extraction methods in the prior art, such as described in JP-A-107854/1999 and JP-A-266864/1999. In most procedures For the isolation and purification of nucleic acids, a solution which contains salts at high concentration and contains alcohol at a high concentration, and in which the nucleic acids are present, is brought into contact with an adsorption surface. The adsorption surface may be in the form of a resin in a column. Then, the nucleic acids are adsorbed to this surface and later eluted with the aid of solutions containing less highly concentrated saline solutions.
Das Problem der meisten Verfahren zur Isolation und Reinigung von Nukleinsäuren ist, dass die Ausbeute der Nukleinsäuren relativ gering ist. Ein weiteres Problem ist, dass Ethanol- haltige Lösungen gemäß den Regularien der IATA (International Air Transport Association) als gefährliche Materialien eingestuft werden (HAZMAT; Hazardous Materials). Gemäß den IATA Regularien werden alle Produkte, Materialien und Güter in neun Hauptklassen klassifiziert. Durch die Einstufung als gefährliche Güter werden beim Transport durch Flugzeuge zusätzliche Gebühren und Steuern fällig. Aufgabe der vorliegende n Erfindung war es daher, Ethanol (oder Isopropanol) im Verfahren zur Reinigung und Extraktion von Nukleinsäuren weitgehend zu ersetzen, um die Isolation und Reinigung von Nukleinsäuren zu erleichtern, ein Ethanolfreies Verfahren bereitzustellen und den Luftfrachttransport zu erleichtern.The problem with most nucleic acid isolation and purification procedures is that the yield of nucleic acids is relatively low. Another problem is that ethanol-containing solutions are classified as hazardous materials (HAZMAT) in accordance with IATA regulations (International Air Transport Association). According to the IATA regulations, all products, materials and goods are classified into nine main classes. Classification as dangerous goods will incur additional charges and taxes for air transport. It was therefore an object of the present invention to substantially replace ethanol (or isopropanol) in the process for purifying and extracting nucleic acids in order to facilitate the isolation and purification of nucleic acids, to provide an ethanol-free process and to facilitate air freight transport.
Aus dem Stand der Technik sind Substitute für Alkohol in Verfahren zur Reinigung von Nukleinsäuren bekannt, die jedoch die oben besprochen Probleme nur teilweise lösen (US 2004/0167324). Die Mehrheit der hierin beschriebenen Substanzen fallen entweder in die HAZMAT IATA Regularien oder weisen einen stechenden Geruch auf, der eine Präparation nur im Abzug erlaubt.Substitutes for alcohol in processes for the purification of nucleic acids are known from the prior art, which, however, only partially solve the problems discussed above (US 2004/0167324). The majority of the substances described herein either fall into the HAZMAT IATA regulations or have a pungent odor that permits preparation only in the print.
Überraschenderweise wurden im Rahmen der vorliegenden Erfindung Lösungsmittel für Waschpuffer zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren gefunden, die es erlauben, dass der Waschpuffer im Wesentlichen frei von Alkohol, das heißt Ethanol ist.Surprisingly, in the context of the present invention, solvents for wash buffers have been found for washing surface-immobilized nucleic acids which allow the wash buffer to be substantially free of alcohol, ie ethanol.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist somit ein Verfahren zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren, wobei an Oberflächen immobilisierte Nukleinsäuren in Kontakt mit einem Waschpuffer gebracht werden und der Waschpuffer im Wesentlichen frei von Ethanol ist. Im Wesentlichen frei von Etlianol bedeutet im Rahmen der vorliegenden Erfindung, dass Ethanol in einer Konzentration von weniger als 24 Vol%, bevorzugt von weniger als 16 Vol% und am meisten bevorzugt gar nicht im Waschpuffer vorliegt.The present invention thus relates to a method for washing nucleic acids immobilized on surfaces, wherein nucleic acids immobilized on surfaces are brought into contact with a washing buffer and the washing buffer is substantially free from ethanol. Substantially free of etanianol in the context of the present invention means that ethanol is present in a concentration of less than 24% by volume, preferably less than 16% by volume and most preferably not at all in the wash buffer.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist insbesondere ein Verfahren zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren, wobei der Waschpuffer Lösungsmittel enthält weiche ausgewählt sind aus der Gruppe enthaltend C3- bis C5 Alkyldiole, sowie kurzkettige Ethylengylcol-Derivate und diverse wasserlösliche polyrnere Verbindungen, wobei der Waschpuffer im wesentlichen frei von Ethanol ist.In particular, the present invention relates to a method for washing nucleic acids immobilized on surfaces, wherein the wash buffer contains solvents selected from the group comprising C3 to C5 alkyldiols, and short chain ethylene glycol derivatives and various water soluble polymeric compounds, wherein the wash buffer substantially is free of ethanol.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist Gegenstand der vorliegenden Erfindung ein Verfahren zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren, wobei der Waschpuffer Lösungsmittel enthält welche ausgewählt sind aus der Gruppe enthaltend 1,2- Butandiol, 1,2-Propandiol, 1,3-Butandiol, l-Methoxy-2-propanolacetat, 3-Methyl~l,3}5- pentantriol, DBE-2 dibasische Ester, DBE-3 dibasische Ester, DBE-4 dibasische Ester, DBE- 5 dibasische Ester, DBE-6 Dimethyladipat, Diethylenglycolmonoethylether (DGME), Dietliylenglycolmonoethyletheracetat (DGMEA), Ethyllactat, Ethylenglycol, Poly(2-ethyl-2- oxazolin), Poly(4-styrolsulfonsäure-co-maleinsäure)-Natrium-Salzlösung, Tetraethylenglycol (TEG), Tetraglycol (Tetrahydrofurfurylpolyethylenglycolether), Tetrahydrofurfurylpoly- ethylenglycol 200, Tri(ethylenglycol)divinylether, wasserfreies Triethylenglycol, Triethyl englycolmonoethylether .In a preferred embodiment, the present invention is a process for washing surface-immobilized nucleic acids, wherein the washing buffer contains solvents which are selected from the group comprising 1,2-butanediol, 1,2-propanediol, 1,3-butanediol, l -methoxy-2-propanol, 3-methyl ~ l, 3} 5-pentanetriol, DBE-2 dibasic ester, DBE dibasic ester-3, DBE-4 dibasic ester, DBE dibasic ester 5, DBE-6 dimethyl adipate, diethylene glycol monoethyl ether ( DGME), diethylene glycol monoethyl ether acetate (DGMEA), ethyl lactate, ethylene glycol, poly (2-ethyl-2-oxazoline), poly (4-styrenesulfonic acid-co-maleic acid) sodium salt solution, tetraethylene glycol (TEG), tetraglycol (tetrahydrofurfuryl polyethylene glycol ether), tetrahydrofurfuryl poly- ethylene glycol 200, tri (ethylene glycol) divinyl ether, anhydrous triethylene glycol, triethyl englycol monoethyl ether.
Besonders bevorzugt ist der Waschpuffer ausgewählt aus der Gruppe enthaltend Tetraglykol, Tetraethylenglykol, 1,3-Butandiol, 1,2-Butandiol und Diethylenglycol monoethylether.The washing buffer is particularly preferably selected from the group comprising tetraglycol, tetraethylene glycol, 1,3-butanediol, 1,2-butanediol and diethylene glycol monoethyl ether.
Des Weiteren ist Gegenstand der vorliegenden Erfindung ein Verfahren zur Extraktion von Nukleinsäuren aus einer Lösung umfassend die Schritte:Furthermore, the subject matter of the present invention is a method for extracting nucleic acids from a solution comprising the steps:
(a) Hinzufügen eines Bindungsmediators zu der Nukleinsäure enthaltenden Lösung(a) Adding a binding mediator to the nucleic acid-containing solution
(b) in Kontakt bringen der Lösung enthaltend den Bindungsmediator und die Nukleinsäuren mit einer Oberfläche unter chaotropen und/oder Hoch-Salz- Bedingungen(b) contacting the solution containing the binding mediator and the nucleic acids having a surface under chaotropic and / or high salt conditions
(c) Bindung bzw. Adsorption der Nukleinsäuren an die Oberfläche,(c) binding or adsorption of the nucleic acids to the surface,
(d) Waschen der Oberfläche gemäß dem erfindungsgemäßen Verfahren zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren (e) Wiedergewinnung der Nukleinsäuren, welche an die Oberfläche gebunden oder adsorbiert sind, durch Elution.(d) washing the surface according to the method of the invention for washing surface-immobilized nucleic acids (e) recovering the nucleic acids bound or adsorbed to the surface by elution.
Chaotrope Bedingungen werden durch die Zugabe von chaotropen Substanzen erreicht. Als chaotrop werden chemische Substanzen bezeichnet, die geordnete Wasserstoff- Brückenbindungen in wässrigen Lösungen auflösen. Sie vermindern damit den hydrophoben Effekt und wirken denaturierend auf Proteine, da die treibende Kraft der Proteinfaltung die Zusammenlagerung der hydrophoben Aminosäuren im Wasser ist. Beispiele für chaotrope Substanzen sind Bariumsalze, Guanidiniumhydrochlorid, Thiocyanate wie Guanidiniumthiocyanat, Perchlorate oder auch Natriumchlorid. Chaotrope Salze können gemäß ihres Löslichkeitsproduktes in Konzentrationsbereichen zwischen 1 M und 8 M eingesetzt werden.Chaotropic conditions are achieved by the addition of chaotropic substances. As chaotropic chemical substances are referred to dissolve the ordered hydrogen bonds in aqueous solutions. They thus reduce the hydrophobic effect and have a denaturing effect on proteins, since the driving force of protein folding is the assembly of the hydrophobic amino acids in the water. Examples of chaotropic substances are barium salts, guanidinium hydrochloride, thiocyanates such as guanidinium thiocyanate, perchlorates or sodium chloride. Chaotropic salts can be used according to their solubility product in concentration ranges between 1 M and 8 M.
Hoch-Salz Bedingungen bedeutet hochkonzentrierte Salzlösungen, wobei die Konzentration der Salze in der Lösung mindestens 1 Mbeträgt, bevorzugt WMbeträgt.High salt conditions means highly concentrated salt solutions, the concentration of salts in the solution being at least 1 M, preferably WM.
Es können jedoch auch alternative Maßnahmen zu chaotropen oder Hoch-Salz-Bedingungen getroffen werden, die den gleichen Effekt erzielen, nämlich die Bindung der zu reinigenden Nukleinsäuren an die Oberfläche.However, alternative measures to chaotropic or high-salt conditions can be made, which achieve the same effect, namely the binding of the nucleic acids to be purified to the surface.
Bevorzugterweise wird der Bindungsmediator ausgewählt aus der Gruppe enthaltend Diethylenglycolmonoethylether, Dietliylenglycolmonoethyletheracetat, Furfurylalkohol, PoIy(I -vinylpyrrolidon-co-2-dimethylaminoethylmethacrylat), Poly(2-ethyl-2-oxazolin), Poly(4-ammonium-styrol-sulfonsäure)J Tetraethylenglycoldimethylether, Tetraethylenglycol, Tetrahydrofurfurylpolyethylenglycol 200 und Triethylenglycolmonoethylether.Preferably, the binding mediator is selected from the group consisting of diethylene glycol monoethyl ether, diethylene glycol monoethyl ether acetate, furfuryl alcohol, poly (I -vinylpyrrolidone-co-2-dimethylaminoethyl methacrylate), poly (2-ethyl-2-oxazoline), poly (4-ammonium-styrenesulfonic acid) J Tetraethylene glycol dimethyl ether, tetraethylene glycol, tetrahydrofurfuryl polyethylene glycol 200 and triethylene glycol monoethyl ether.
Der Fachmann kann auch durch Gemische der genannten Bindungsmediatoren erfolgreich Ethanol im Bindungsprozess bei der Nukleinsäurepräparation ersetzen. Da Ethanol-haltige Lösungen bis 24% (vol/vol) nicht als HAZMAT klassifiziert werden, können auch Gemische der Bindungsmediatoren mit Ethanol eingesetzt werden.The person skilled in the art can also successfully replace ethanol in the binding process in the nucleic acid preparation by mixtures of said binding mediators. Since ethanol-containing solutions up to 24% (vol / vol) are not classified as HAZMAT, mixtures of the binding mediators can be used with ethanol.
Die Bindungsmediatoren liegen bevorzugt in folgenden Konzentrationen vor;The binding mediators are preferably present in the following concentrations;
Dietliylenglycolmonoetliyl etiler (DGME) [CAS 111-90-0] - Konzentrationsbereich 70- 99 Vol%, bevorzugte Konzentration 99,0%; in Kombination mit Ethanol; 60-80 Vol% DGME und 16-24 Vol% Ethanol Diethylenglycolmonoetiiyletheracetat (DGMEA) [CAS 112-15-] -Diethylene glycol monoethyl ether (DGME) [CAS 111-90-0] - Concentration range 70-99% by volume, preferred concentration 99.0%; in combination with ethanol; 60-80% by volume of DGME and 16-24% by volume of ethanol Diethylene glycol monoethyl ether acetate (DGMEA) [CAS 112-15-] -
Konzentrationsbereich 70-99Vol%, bevorzugte Konzentration 99,0Vol%; inConcentration range 70-99% by volume, preferred concentration 99.0% by volume; in
Kombination mit Ethanol: 60-80Vol% DGMEA und lό-24Vol% Ethanol Furfurylalkohol [CAS 98-00-] - Konzentrationsbereich 20-30Vol%, bevorzugte Konzentration 30Vol%Combination with ethanol: 60-80Vol% DGMEA and lό-24Vol% ethanol furfuryl alcohol [CAS 98-00-] - Concentration range 20-30% by volume, preferred concentration 30% by volume
PoIy(I -vinylpyrrolidon-co-2~dimethylammoethylmethacrylat) [CAS 30581-59-0) -Poly (I -vinylpyrrolidone-co-2-dimethylammoethylmethacrylate) [CAS 30581-59-0] -
Konzentrationsbereich 3~5Vol%, bevorzugte Konzentration 5Vol% Poly(2-ethyl-2-oxazolin) [CAS 25805-17-] - Konzentrationsbereich 9-15Vol% (w/v), bevorzugte Konzentration 12Vol%; in Kombination mit Ethanol: 22,5 Vol% (w/v) und 16-24Vol% (v/v) EthanolConcentration range 3 ~ 5Vol%, preferred concentration 5Vol% poly (2-ethyl-2-oxazoline) [CAS 25805-17-] - Concentration range 9-15Vol% (w / v), preferred concentration 12Vol%; in combination with ethanol: 22.5% (w / v) and 16-24% (v / v) ethanol
Poly(4-ammoniumstyrolsulfonsäure) [CAS 29965-34-] - Konzentrationsbereich 8-Poly (4-ammoniumstyrenesulfonic acid) [CAS 29965-34-] - Concentration range 8-
22Vol% (w/v), bevorzugte Konzentration 12Vol%; in Kombination mit Ethanol: 8-22% by volume (w / v), preferred concentration 12% by volume; in combination with ethanol: 8-
22 (w/v) und 24Vol% (v/v) Ethanol22 (w / v) and 24 vol% (v / v) ethanol
Tetraethylenglycoldimethylether [CAS 143-24-] - Konzentrationsbereich 70-98Vol%, bevorzugte Konzentration 98Vol%; in Kombination mit Ethanol: 73,5Vol% undTetraethylene glycol dimethyl ether [CAS 143-24-] - Concentration range 70-98% by volume, preferred concentration 98% by volume; in combination with ethanol: 73.5Vol% and
24Vol% Ethanol Tetraglycol (Tetrahydrofarfurylpolyethylenglycolether)[CAS 9004-76-] - bevorzugte24Vol% ethanol tetraglycol (tetrahydrofurfuryl polyethylene glycol ether) [CAS 9004-76-] - preferred
Konzentration mit Ethanol: 75Vol% und 16-24Vol% Ethanol Tetrahydrofurfurylpolyethylenglycol 200 [CAS 31692-85-0] - Konzentrationsbereich 70- 100Vol%, bevorzugte Konzentration 100Vol%Concentration with ethanol: 75% by volume and 16-24% by volume of ethanol Tetrahydrofurfurylpolyethylene glycol 200 [CAS 31692-85-0] - Concentration range 70-100% by volume, preferred concentration 100% by volume
Triethylenglycolmonoethylether [CAS 112-50-5] - Konzentrationsbereich 70-90Vol%, bevorzugte Konzentration 90Vol%Triethylene glycol monoethyl ether [CAS 112-50-5] - Concentration range 70-90% by volume, preferred concentration 90% by volume
Elutionspuffer sind in der Regel gepufferte Niedrigsalzlösungen mit neutralem bis leicht alkalischem pH Wert (zB: Puffer TE 10 mM Tris/Cl pH 8, 1 raM EDTA). Der Fachmann benutzt zum Teil auch destilliertes Wasser,Elution buffers are generally buffered low salt solutions with a neutral to slightly alkaline pH (eg buffer TE 10 mM Tris / Cl pH 8, 1 mM EDTA). The skilled artisan partly also uses distilled water,
In einer besonders bevorzugten Variante des erfindungsgemäßen Verfahrens ist der Waschpuffer Tetraglykol in einer Konzentration von 45Vol% bis 80Vol%, vorzugsweise 52Vol% bis 72Vol%; Bei Anwesenheit von 2 bis 4 M, vorzugsweise 2,5 M an Chaotrop, wie z.B. Guanidiniurnhydrochlorid liegt die bevorzugte Konzentration an Tetraglykol bei 45 bis 55 Vol%, vorzugsweise bei 50Vol%.In a particularly preferred variant of the method according to the invention, the washing buffer is tetraglycol in a concentration of 45% by volume to 80% by volume, preferably 52% by volume to 72% by volume; In the presence of 2 to 4 M, preferably 2.5 M of chaotrope, e.g. Guanidiniurnhydrochlorid is the preferred concentration of tetraglycol at 45 to 55 vol%, preferably at 50 vol%.
In einer anderen besonders bevorzugten Variante des erfindungsgemäßen Verfahrens ist der Waschpuffer Tetraethylenglykol in einer Konzentration von 45 bis 80Vol%, vorzugsweise von 50Vol% bis 70Vol%. Bei Anwesenheit von 2 bis 4 M, vorzugsweise 2,5 M an Chaotrop, wie z.B. Guanidinium Hydrochlorid liegt die bevorzugte Konzentration an Tetraethylenglykol bei 45 bis 55Vol%, vorzugsweise bei 50Vol%.In another particularly preferred variant of the method according to the invention is the Washing buffer tetraethylene glycol in a concentration of 45 to 80 vol%, preferably from 50 vol% to 70 vol%. In the presence of 2 to 4 M, preferably 2.5 M of chaotrope, such as guanidinium hydrochloride, the preferred concentration of tetraethylene glycol is 45 to 55% by volume, preferably 50% by volume.
In einer anderen besonders bevorzugten Variante des erfindungsgemäßen Verfahrens ist der Waschpuffer 1,3-Butandiol in einer Konzentration von 45 bis 85Vol%, vorzugsweise von 51Vol% bis 80VoI%. Bei Anwesenheit von 2 bis 4 M3 vorzugsweise 2,5 M an Chaotrop, wie z.B. Guanidinium Hydrochlorid liegt die bevorzugte Konzentration an 1,3-Butandiol bei 45 bis 55Vol%, vorzugsweise bei 49Vol%.In another particularly preferred variant of the process according to the invention, the washing buffer is 1,3-butanediol in a concentration of 45 to 85% by volume, preferably of 51% to 80% by volume. In the presence of 2 to 4 M 3, preferably 2.5 M of chaotrope such as guanidinium hydrochloride, the preferred concentration of 1,3-butanediol is 45 to 55% by volume, preferably 49% by volume.
In einer anderen besonders bevorzugten Variante des erfindungsgemäßen Verfahrens ist der Waschpuffer 1,2-Butandiol in einer Konzentration von 41Vol% bis 71Vol%. Bei Anwesenheit von 2 bis 4 M, vorzugsweise von 2,5 M an Chaotrop, wie z.B. Guanidinium Hydrochlorid liegt die bevorzugte Konzentration an 1 ,2-Butandiol bei 41 bis 55Vol%, vorzugsweise bei 49Vol%.In another particularly preferred variant of the process according to the invention, the washing buffer is 1,2-butanediol in a concentration of 41% by volume to 71% by volume. In the presence of 2 to 4 M, preferably 2.5 M of chaotrope, e.g. Guanidinium hydrochloride is the preferred concentration of 1, 2-butanediol at 41 to 55Vol%, preferably 49Vol%.
In einer anderen besonders bevorzugten Variante des erfindungsgemäßen Verfahrens ist der Waschpuffer in einer Konzentration von 38 bis 98Vol%, vorzugsweise von 60Vol% bis 98Vol%. Bei Anwesenheit von 2 bis 4 M, vorzugsweise von 2,5 M an Chaotrop, wie z.B. Guanidmium Hydrochlorid liegt die bevorzugte Konzentration an 1 ,2-Butandiol bei 38 bis 45 Vol%, vorzugsweise bei 42Vol%.In another particularly preferred variant of the process according to the invention, the washing buffer is present in a concentration of 38 to 98% by volume, preferably of 60% to 98% by volume. In the presence of 2 to 4 M, preferably 2.5 M of chaotrope, e.g. Guanidmium hydrochloride is the preferred concentration of 1, 2-butanediol at 38 to 45% by volume, preferably 42% by volume.
Die Oberfläche, an welche die Nukleinsäuren adsorbiert werden, können auf Materialien basieren, die aus der folgenden Gruppe ausgewählt sein können: Silica-Materialien, carboxylierte Oberflächen, Zeolithe und Titaniumdioxid.The surface to which the nucleic acids are adsorbed may be based on materials which may be selected from the group consisting of silica materials, carboxylated surfaces, zeolites, and titanium dioxide.
Bei dem erfindungsgemäßen Verfahren zur Extraktion von Nukleinsäuren aus einer Lösung werden die chaotropen und oder Hoch- Salz-Bedingungen des Reaktionsschrittes b) bevorzugt durch den Zusatz von chaotropen Salzen wie Kaliumiodid, Guanidinhydrochlorid, Guanidinthiocyanat oder Natriumchlorid zu der Nukleinsäure enthaltenden Lösung erreicht.In the method according to the invention for the extraction of nucleic acids from a solution, the chaotropic and or high-salt conditions of reaction step b) are preferably achieved by the addition of chaotropic salts such as potassium iodide, guanidine hydrochloride, guanidine thiocyanate or sodium chloride to the nucleic acid-containing solution.
Die Nukleinsäure kann DNA wie beispielsweise genomische DNA sein. Die Nukleinsäure kann auch RNA wie beispielsweise Gesamt-RNA sein. Bei der Nukleinsäure kann es sich um einzelsträngige oder doppelsträngige Nukleinsäure, beispielsweise urn kurze doppelsträngige DNA Fragmente, handeln.The nucleic acid may be DNA such as genomic DNA. The nucleic acid may also be RNA, such as total RNA. The nucleic acid may be single-stranded or double-stranded nucleic acid, for example short double-stranded DNA fragments.
Die Nukleinsäure-enthaltende Lösung kann durch einen Lysevorgang aus einem Nukleinsäure enthaltenden Material gewonnen werden.The nucleic acid-containing solution can be obtained by a lysis process from a nucleic acid-containing material.
Das Nukleinsäure enthaltende Material kann ausgewählt sein aus der Gruppe umfassend Blut, Gewebe, Abstrichpräparate, Bakterienkulturen, Urin, Zellsuspensionen und adherierende Zellen, PCR-Reaktionsgernische und in vzYrσ-Nukleinsäuremodifikationsreaktionsgemische. Das Nukleinsäure enthaltende Material kann menschliches, tierisches oder pflanzliches Material enthalten.The nucleic acid-containing material may be selected from the group consisting of blood, tissue, swabs, bacterial cultures, urine, cell suspensions and adherent cells, PCR reaction mixtures, and in vzYrσ nucleic acid modification reaction mixtures. The nucleic acid-containing material may include human, animal or plant material.
Die Nukleinsäure-enthaltende Lösung kann aus einer biochemischen Nukleinsäuremodifizierungsreaktion gewonnen sein.The nucleic acid-containing solution may be derived from a biochemical nucleic acid modification reaction.
Es ist bevorzugt, dass der Nukleinsäure enthaltenden Lösung Tenside zugesetzt werden. Diese Tenside werden bevorzugt in Konzentrationsbereichen von 0,1 Vol% bis 10 Vol% eingesetzt. Des Weiteren können eine Schaumbildung verhindernde Agentien (Anti-Foams) zugesetzt werden, bevorzugt in einem Bereich von 0,01 bis 1 Gew%.It is preferred that surfactants are added to the nucleic acid-containing solution. These surfactants are preferably used in concentration ranges from 0.1% by volume to 10% by volume. Further, anti-foaming agents may be added, preferably in a range of 0.01 to 1% by weight.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist ebenfalls ein Reagenzienkit zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren umfassend eine Lösung 1 umfassend einen Waschpuffer, wobei der Waschpuffer im Wesentlichen frei von Ethanol ist.The present invention also provides a reagent kit for washing surface-immobilized nucleic acids comprising a solution 1 comprising a washing buffer, wherein the washing buffer is substantially free of ethanol.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist insbesondere ein Reagenzienkit zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren umfassendThe present invention particularly relates to a reagent kit for washing nucleic acids immobilized on surfaces
- eine Lösung 1 umfassend den Waschpuffer ausgewählt aus der Gruppe enthaltend C3~ und C4 Alkyldiole, sowie kurzkettige Ethylengylcol-Derivate und diverse wasserlösliche polymere Verbindungen und wobei der Waschpuffer im Wesentlichen frei von Ethanol ist.a solution 1 comprising the wash buffer selected from the group consisting of C3- and C4-alkyldiols, as well as short-chain ethylene glycol derivatives and various water-soluble polymeric compounds and wherein the wash buffer is substantially free of ethanol.
In einer bevorzugten Ausführungsform des Reagenzienkits zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren umfasst der Reagenzienkit - eine Lösung 1 umfassend den Waschpuffer ausgewählt aus der Gruppe enthaltend 1 ,2- Butandiol, 1,2-Propandiol, 1,3-Butandiol, l-Methoxy-2-propanolacetat, 3-Methyl-In a preferred embodiment of the reagent kit for washing surface-immobilized nucleic acids, the reagent kit comprises a solution 1 comprising the wash buffer selected from the group consisting of 1, 2-butanediol, 1,2-propanediol, 1,3-butanediol, 1-methoxy-2-propanol acetate, 3-methyl
" 1,3,5-pentantriol, DBE-2 dibasischer Ester, DBE-3 dibasischer Ester, DBE-4 dibasischer Ester, DBE-5 dibasischer Ester, DBE-6 dimethyladipat, " 1,3,5-pentanetriol, DBE-2 dibasic ester, DBE-3 dibasic ester, DBE-4 dibasic ester, DBE-5 dibasic ester, DBE-6 dimethyl adipate,"
Diethyl englycolmonoethyl ether (D GME), Diethylenglyco lmono ethyletheracetatDiethyl glycol monoethyl ether (D GME), diethylene glycol monoethyl ether acetate
(DGMEA), Ethyllactat, Ethylenglykol, Pory(2-ethyl-2-oxazolm), Poly(4- styrolsulfonsäure-co-maleinsäure)-Natriumsalz-Lösung, Tetraethylenglycol (TEG),(DGMEA), ethyl lactate, ethylene glycol, pory (2-ethyl-2-oxazolm), poly (4-styrenesulfonic acid-co-maleic acid) sodium salt solution, tetraethylene glycol (TEG),
Tetraglycol (Tetrahydrofurfurylpolyethylenglycol ether) , Tetrahydro furfurylpol y- ethylenglycol 200, Tri (ethylenglycol)divinyl ether, wasserfreies Triethylenglycol,Tetraglycol (tetrahydrofurfuryl polyethylene glycol ether), tetrahydrofurfuryl-pol y-ethylene glycol 200, tri (ethylene glycol) divinyl ether, anhydrous triethylene glycol,
Triethylenglycolmono ethyl ether.Triethylene glycol monoethyl ether.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform des Reagenzienkits zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren umfasst der ReagenzienkitIn a particularly preferred embodiment of the reagent kit for washing surface-immobilized nucleic acids, the reagent kit comprises
- eine Lösung 1 umfassend den Waschpuffer ausgewählt aus der Gruppe umfassend Tetraglykol, Tetraethylenglykol, 1,3-Butandiol, 1 ,2-Butandiol und Diethyl englycolmonoethyl ether .- A solution 1 comprising the wash buffer selected from the group comprising tetraglycol, tetraethylene glycol, 1,3-butanediol, 1, 2-butanediol and diethyl englycol monoethyl ether.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist auch ein Reagenzienkit zur Extraktion von Nukleinsäuren aus einer Lösung umfassend den vorstehend genannten Reagenzienkit und zusätzlich umfassend ein Gemisch 2 umfassend Bindungsmediator, undThe present invention also provides a reagent kit for the extraction of nucleic acids from a solution comprising the abovementioned reagent kit and additionally comprising a mixture 2 comprising binding mediator, and
- ein Gemisch 3 umfassend ein Elutionsmittel.a mixture 3 comprising an eluent.
Bevorzugt wird der Bindungsmediator ausgewählt aus der Gruppe umfassend Diethylenglycolmonoethylether, Diethylenglycolmonoethyletheracetat, Furfurylalkohol, Poly( 1 -vinylpyrrolidon-co-2-dimethylaminoethylmethacrylat), Poly(2-ethyl-2-oxazolin),Preferably, the binding mediator is selected from the group comprising diethylene glycol monoethyl ether, diethylene glycol monoethyl ether acetate, furfuryl alcohol, poly (1-vinylpyrrolidone-co-2-dimethylaminoethyl methacrylate), poly (2-ethyl-2-oxazoline),
Poly(4-ammonium-styrol-sulfonsäure), Tetraethylenglycol-dimethyl ether, Tetraethylenglycol, Tetrahydrofurfuryl-polyethylenglycol 200 und Triemylenglycolmonoethylether.Poly (4-ammonium styrenesulfonic acid), tetraethylene glycol dimethyl ether, tetraethylene glycol, tetrahydrofurfuryl polyethylene glycol 200 and triemylene glycol monoethyl ether.
Der Fachmann kann auch durch Gemische der genannten Bindungsmediatoren erfolgreich Ethaiiol in Bindungsprozess bei der Nukleinsäurepräparation ersetzen. Da Ethanol-haltige Lösungen bis 24% (vol/vol) nicht als HAZMAT klassifiziert werden können auch Gemische der Bindungsmediatoren mit Ethanol eingesetzt werden.The person skilled in the art can also replace mixtures of the binding mediators mentioned successfully with ethaiol in the binding process in the nucleic acid preparation. Since ethanol-containing solutions can not be classified as HAZMAT up to 24% (vol / vol), mixtures can also be classified the binding mediators are used with ethanol.
Die Bindungsmediatoren liegen bevorzugt in folgenden Konzentrationen vor:The binding mediators are preferably present in the following concentrations:
Diethylenglycolmonoethylether (DGME) [CAS 111-90-0] - Konzentrationsbereich 70- 99Vol%, bevorzugte Konzentration 99,0Vol%; in Kombination mit Ethanol: 60-Diethylene glycol monoethyl ether (DGME) [CAS 111-90-0] - Concentration range 70-99% by volume, preferred concentration 99.0% by volume; in combination with ethanol: 60-
80Vol% DGME und 16-24Vol% Ethanol Diethylenglycolmonoethyletheracetat (DGMEA) [CAS 112-15-] -80Vol% DGME and 16-24Vol% ethanol diethylene glycol monoethyl ether acetate (DGMEA) [CAS 112-15-] -
Konzentrationsbereich 70-99Vol%, bevorzugte Konzentration 99,0Vol%; in Kombination mit Ethanol: 60-80Vol% DGMEA und 16-24Vol% Ethanol Furfurylalcohol [CAS 98-00-] - Konzentrationsbereich 20-30Vol%, bevorzugteConcentration range 70-99% by volume, preferred concentration 99.0% by volume; in combination with ethanol: 60-80Vol% DGMEA and 16-24Vol% ethanol Furfurylalcohol [CAS 98-00-] - Concentration range 20-30Vol%, preferred
Konzentration 30Vol% Poly(l-vinylpyrrolidon-co-2-dimethylaminoethylmetliacrylat) [CAS 30581-59-0) -Concentration 30% by volume of poly (1-vinylpyrrolidone-co-2-dimethylaminoethyl methacrylate) [CAS 30581-59-0] -
Konzentrationsbereich 3-5Vol%, bevorzugte Konzentration 5Vol% Poly(2-ethyl-2-oxazolin) [CAS 25805-17-] - Konzentrationsbereich 9-15Vol% (w/v), bevorzugte Konzentration 12Vol%; in Kombination mit Ethanol: 22,5 Vol% (w/v) und 16-24Vol% (v/v) EthanolConcentration range 3-5Vol%, preferred concentration 5Vol% poly (2-ethyl-2-oxazoline) [CAS 25805-17-] - Concentration range 9-15Vol% (w / v), preferred concentration 12Vol%; in combination with ethanol: 22.5% (w / v) and 16-24% (v / v) ethanol
Poly(4-ammonium styrolsulfonsäure) [CAS 29965-34-] - Konzentrationsbereich 8- 22Vol% (w/v), bevorzugte Konzentration 12Vol%; in Kombination mit Ethanol: 8- 22 (w/v) und 24Vol% (v/v) Ethanol Tetraethylenglycoldimethylether [CAS 143-24-] - Konzentrationsbereich 70-98Vol%, bevorzugte Konzentration 98Vol%; in Kombination mit Ethanol: 73,5Vol% und 24Vol% Ethanol Tetraglycol [CAS 9004-76-] - bevorzugte Konzentration mit Etlianol: 75Vol% und 16-Poly (4-ammonium styrenesulfonic acid) [CAS 29965-34-] - Concentration range 8-22% by volume (w / v), preferred concentration 12% by volume; in combination with ethanol: 8-22 (w / v) and 24% (v / v) ethanol tetraethylene glycol dimethyl ether [CAS 143-24-] concentration range 70-98% by volume, preferred concentration 98% by volume; in combination with ethanol: 73.5% by volume and 24% by volume ethanol tetraglycol [CAS 9004-76] - preferred concentration with etlianol: 75% by volume and 16% by weight
24Vol% Ethanol Tetrahydrofurfurylpolyethylenglycol 200 [CAS 31692-85-0] - Konzentrationsbereich24Vol% Ethanol Tetrahydrofurfurylpolyethylene glycol 200 [CAS 31692-85-0] - Concentration range
70-100Vol%, bevorzugte Konzentration 100Vol%70-100 vol%, preferred concentration 100 vol%
Triethylenglycolrnonoethylether [CAS 112-50-5] - Konzentrationsbereich 70-90Vol%, bevorzugte Konzentration 90Vol%Triethylene glycol monoethyl ether [CAS 112-50-5] - Concentration range 70-90% by volume, preferred concentration 90% by volume
Elutionspuffer sind in der Regel gepufferte Niedrigsalzlösungen mit neutralem bis leicht alkalischem pH Wert (zB: Puffer TE der Fa. QIAGEN GmbH, Hilden). Der Fachmann benutzt zum Teil auch destilliertes Wasser.Elution buffer are usually buffered low salt solutions with neutral to slightly alkaline pH (eg: buffer TE Fa. QIAGEN GmbH, Hilden). The skilled artisan sometimes also uses distilled water.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist des Weiteren ein Reagenzienkit zur Extraktion von Nukleinsäuren aus einer Lösung umfassend den vorstehend genannten Reagenzienkit und umfassend eine weitere Lösung 4 umfassend einen Lysepuffer und eine Protease.The present invention furthermore relates to a reagent kit for extracting nucleic acids from a solution comprising the abovementioned reagent kit and comprising a further solution 4 comprising a lysis buffer and a protease.
Bei dem erfindungsgemäßen Verfahren zur Extraktion von Nukleinsäuren aus einer Lösung werden die chaotropen und/oder Hoch- Salz-Bedingungen des Reaktionsschrittes b) wie oben bereits dargelegt bevorzugt durch den Zusatz von chaotropen Salzen wie Kaliumiodid, Guanidinhydrochlorid, Guanidintliiocyanat oder Natriumchlorid zu der Nukleinsäure enthaltenden Lösung erreicht.In the method according to the invention for the extraction of nucleic acids from a solution, the chaotropic and / or high-salt conditions of reaction step b) are, as already explained above, preferably by the addition of chaotropic salts such as potassium iodide, guanidine hydrochloride, guanidine thiocyanate or sodium chloride to the nucleic acid-containing solution reached.
D aller ist Gegenstand der vorliegenden Erfindung auch ein erfindungsgemäßer Reagenzienkit zur Extraktion von Nukleinsäuren aus einer Lösung, wobei eine der Lösungen ein chaotropes Salz enthält oder Hoch-Salz-Bedingungen aufweist.D all is the subject of the present invention, a reagent kit according to the invention for the extraction of nucleic acids from a solution, wherein one of the solutions contains a chaotropic salt or high-salt conditions.
Bevorzugt wird das chaotrope Salz ausgewählt aus einer Gruppe enthaltend Kaliumiodid, Guanidinhydrochlorid, Guanidinthiocyanat und Natriumchϊorid,The chaotropic salt is preferably selected from a group comprising potassium iodide, guanidine hydrochloride, guanidine thiocyanate and sodium chloride,
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist auch die Verwendung eines erfindungsgemäßen Reagenzienkits für die Extraktion von Nukleinsäuren aus biologischen Materialien wie Blut, Gewebe, Abstrichpräparate, Bakterien, Zellsuspensionen und adherierende Zellen.The present invention also relates to the use of a reagent kit according to the invention for the extraction of nucleic acids from biological materials such as blood, tissue, smear preparations, bacteria, cell suspensions and adhering cells.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist auch die Verwendung eines erfindungsgemäßen Reagenzienkits für die Aufreinigung von Nukleinsäuren aus biochemischen Reaktionsgemischen, PCR-Reaktionsgemischen und in vitro-The present invention also provides the use of a reagent kit according to the invention for the purification of nucleic acids from biochemical reaction mixtures, PCR reaction mixtures and in vitro
Nukleinsäuremodifikationsreaktionsgemischen.Nucleic acid modification reaction mixtures.
Bei den in der vorliegenden Anmeldung beschriebenen Produkten, Puffern und Protokollen (Verfahrens anleitungen) handelt es sich um publizierte Dokumente und kommerziell erhältliche Produkte der Firma QIAGEN GmbH, Hilden, Deutschland, wenn nicht anders gekennzeichnet. Figurenb eschreibungThe products, buffers and protocols described in the present application (process instructions) are published documents and commercially available products of QIAGEN GmbH, Hilden, Germany, unless otherwise indicated. Figure description
Fig l:Fig. 1:
Verhalten von Tetraethylenglycol und Tetraglycol, verwendet im QIAamp® 96 Spin BlutBehavior of tetraethylene glycol and tetraglycol used in QIAamp ® spin 96 blood
Protokollprotocol
Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch ß-actin qPCR; rechts: Agarosegel mit den verschiedenen Proben Al: TetraethylenglycolLeft: Normalized yields, determined by β-actin qPCR; right: agarose gel with the different samples Al: tetraethylene glycol
Erster Waschpuffer: WBl 0: 4S,5Vol% Tetraethylenglycol ; 2,5 M GuHClFirst Wash Buffer: WBl 0: 4S, 5Vol% tetraethylene glycol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB6: 69,8 Vol% Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pHSecond wash buffer: WB6: 69.8% by volume tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH
7.57.5
Zweiter Waschpuffer :WB7: 50,4Vol%Tetraβthylenglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB7: 50.4 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
A2: TetraglycolA2: tetraglycol
Erster Waschpuffer: WB 1 1 : 50,0Vol% Tetraglycol ; 2,5 M GuHClFirst wash buffer: WB 1 1: 50.0% by volume tetraglycol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB6: 72,0Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB6: 72.0% by volume tetraglycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Zweiter Waschpuffer: WB 7: 52,0Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB 7: 52.0% by volume tetraglycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Fig 2:Fig. 2:
Verhalten von 1,3- Butandiol und 1,2- Butandiol, verwendet im QIAamp® 96 Spin Blut- Protokoll Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch ß-actin qPCR; rechts: Agarosegel mit den verschiedenen ProbenBehavior of 1,3-butanediol and 1,2-butanediol used in the QIAamp ® 96 spin blood protocol Links: Normalized yield, as determined by ß-actin qPCR; right: agarose gel with the different samples
Al : 1,3- ButandiolAl: 1,3-butanediol
Erster Waschpuffer: WBlO: 49,0Vol% 1 ,3- Butandiol ; 2,5 M GuHClFirst washing buffer: WB10: 49.0% by volume 1, 3-butanediol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB5: 80,0Vol% 1,3 -Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB5: 80.0 vol% 1,3-butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Zweiter Waschpuffer: WB7: 51,0Vol% 1,3- Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pHSecond wash buffer: WB7: 51.0 vol% 1,3-butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH
7.57.5
A2: ' 1,2- ButandiolA2: '1,2-butanediol
Erster Waschpuffer: WB 10: 49,0Vol% 1 ,2-Butandiol ; 2,5 M GuHCl Zweiter Waschpuffer: WB6: 71,0Vol% 1 ,2-Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pHFirst washing buffer: WB 10: 49.0% by volume 1, 2-butanediol; 2.5 M GuHCl Second wash buffer: WB6: 71.0% by volume 1, 2-butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH
7.57.5
Fig 3:Fig. 3:
Verhalten von Diethylenglycolmonoethylether, verwendet im QIAamp® 96 Spin Blut- ProtokollBehavior of diethylene used in QIAamp ® 96 Spin Blood Protocol
Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch ß-Actin qPCR; rechts: Agarosegel mit den verschiedenen Proben Erster Waschpuffer: QIAGEN Puffer AWlLeft: Normalized yields, determined by β-actin qPCR; right: agarose gel with the different samples First wash buffer: QIAGEN buffer AWl
Erster Waschpuffer: WB 11 : 42 Vol% Diethylenglycolmonoethylether; 2,5 M GuHCl Zweiter Waschpuffer: WB 1. 98 Vol% Diethylenglycolmonoethylether Zweiter Waschpuffer: WB6: 71Vol% Diethylenglycolmonoethylether; 10OmM NaCl; First Wash Buffer: WB 11:42 by volume diethylene glycol monoethyl ether; 2.5 M GuHCl Second wash buffer: WB 1. 98% by volume diethylene glycol monoethyl ether Second wash buffer: WB6: 71% by volume diethylene glycol monoethyl ether; 10 mM NaCl;
Fig 4:Fig. 4:
Verhalten von Tetraethylenglycol und Tetraglycol, verwendet im BioSprint® 96 DNA Blut- Protokoll Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch ß-aActin qPCR; rechts: Agarosegel mit den verschiedenen ProbenBehavior of tetraethylene glycol and tetraglycol used in BioSprint ® 96 DNA Blood protocol Links: Normalized yield, as determined by ß-aActin qPCR; right: agarose gel with the different samples
Al : TetraethylenglycolAl: tetraethylene glycol
Erster Waschpuffer: WB 10: 48,5 Vol% Tetraethylenglycol ; 2,5 M GuHClFirst wash buffer: WB 10: 48.5% by volume tetraethylene glycol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB6: 69,8Vol% Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB6: 69.8 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Zweiter Waschpuffer: WB7: 50,4Vol%Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pHSecond wash buffer: WB7: 50.4 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH
7.57.5
A2: TetraglycolA2: tetraglycol
Erster Waschpuffer: WBl 1 : 50,0 Vol% Tetraglycol ; 2,5 M GuHCl Zweiter Waschpuffer: WB6: 72,0Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5First wash buffer: WB1 1: 50.0% by volume tetraglycol; 2.5 M GuHCl Second wash buffer: WB6: 72.0 vol% tetraglycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
Zweiter Waschpuffer: WB7: 5230Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5 Fig S:Second wash buffer: WB7: 52 3 0Vol% tetraglycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5 Fig S:
Verhalten von 1,3- Butandiol (Al), verwendet im BioSprint® 96 DNA Blut-Protokoll Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch ß-actin qPCR; rechts: Agarosegel mit den verschiedenen ProbenBehavior of 1,3-butanediol (Al), used in BioSprint ® 96 DNA Blood protocol Links: Normalized yield, as determined by ß-actin qPCR; right: agarose gel with the different samples
Erster Waschpuffer: WB 10: 49Vol% 1,3 Butandiol ; 2.5M GuHCl Zweiter Waschpuffer: WB2: 74Vol% 1,3 ButandiolFirst washing buffer: WB 10: 49% by volume 1,3 butanediol; 2.5M GuHCl Second wash buffer: WB2: 74 vol% 1.3 butanediol
Zweiter Waschpuffer: WB5: 80Vol% 1,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5 Zweiter Waschpuffer: WB7: 51 Vol% 1,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB5: 80% by volume 1,3 butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5 Second wash buffer: WB7: 51% by volume 1.3 butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Fig 5:Fig. 5:
Verhalten von Diethylenglykolmonoethylether, verwendet im BioSprint® 96 DNA Blut- Protokoll Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch ß-actin qPCR; rechts: Agarosegel mit den verschiedenen ProbenBehavior of diethylene glycol monoethyl ether used in the BioSprint® 96 DNA Blood Protocol Left: Normalized yields determined by β-actin qPCR; right: agarose gel with the different samples
Erster Waschpuffer: QIAGEN Puffer AWlFirst wash buffer: QIAGEN buffer AWl
Erster Waschpuffer: WB 11 : 42Vol% Diethylenglykolmonoethylether; 2,5 M GuHCl Zweiter Waschpuffer: WB 1. 98Vol% Diethylenglykolmonoethylether Zweiter Waschpuffer: WB6: 71Vol% Diethylenglykolmonoethylether; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5First Wash Buffer: WB 11: 42% by volume diethylene glycol monoethyl ether; 2.5 M GuHCl Second wash buffer: WB 1. 98% by volume diethylene glycol monoethyl ether Second wash buffer: WB6: 71% by volume diethylene glycol monoethyl ether; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Fig o:Fig o:
QI Aquick® Aufreinigung der Gel Pilot lkb-Leiter. Dargestellt sind die normalisiertenQI Aquick® Purification of the Gel Pilot lkb ladder. Shown are the normalized
Ausbeuten. Die besten Waschpuffer als Ersatz für den kommerziell erhältlichen Puffer PE enthalten 48-64Vol% Tetraetliylenglykol; 24Vol% Ethanol; 100 mM NaCl; 10 mM Tris pH 7,5Exploit. The best wash buffers to replace the commercially available buffer PE contain 48-64% by volume tetraethylene glycol; 24% ethanol; 100 mM NaCl; 10 mM Tris pH 7.5
Fig 7:Fig. 7:
Verhalten von 1,3- Butandiol und 1,2- Butandiol, verwendet im BioSprint® 96 Tissue-Behavior of 1,3-butanediol and 1,2-butanediol used in BioSprint ® 96 Tissue
Protokollprotocol
Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch Mouse-GapDH qPCR; rechts: Agarosegel Al : 1,3- ButandiolLeft: Normalized yields, determined by Mouse-GapDH qPCR; right: agarose gel Al: 1,3-butanediol
Erster Waschpuffer: WB 10: 49,0Vol% 1 ,3- Butandiol ; 2,5 M GuHClFirst washing buffer: WB 10: 49.0 vol% 1, 3-butanediol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB5 : 80,0Vol% 1 ,3 -Butandiol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 Zweiter Waschpuffer: WB7: 51 ,0Vol% 1 ,3- Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB5: 80.0 vol% 1,3-butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 Second wash buffer: WB7: 51, 0% vol 1, 3-butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
A2: 1,2- ButandiolA2: 1,2-butanediol
Erster Waschpuffer: WBl 0: 49,0Vol% 1 ,2-ButandioI ; 2,5 M GuHClFirst wash buffer: WBl 0: 49.0% by volume 1, 2-butanediol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB6: 71,0Vol% 1 ,2-Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB6: 71.0% by volume 1, 2-butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Fig 8:Fig. 8:
Verhalten von Tetraethylenglycol und Tetraglycol, verwendet im BioSprint 96 Tissue- ProtokollBehavior of tetraethylene glycol and tetraglycol used in the BioSprint 96 Tissue Protocol
Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch Mouse-GapDH qPCR; rechts: AgarosegelLeft: Normalized yields, determined by Mouse-GapDH qPCR; right: agarose gel
Al : TetraethylenglycolAl: tetraethylene glycol
Erster Waschpuffer: WBlO: 48,5Vol% Tetraethylenglycol ; 2,5 M GuHClFirst wash buffer: WB10: 48.5% by volume tetraethylene glycol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB6: 69,8Vol% Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB6: 69.8 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Zweiter Waschpuffer: WB7: 50,4Vol% Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB7: 50.4 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
A2: TetraglycolA2: tetraglycol
Erster Waschpuffer: WBl 1 : 50,0Vol% Tetraglycol ; 2,5 M GuHCl Zweiter Waschpuffer: WB6: 72,0Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5First wash buffer: WB1 1: 50.0% by volume tetraglycol; 2.5 M GuHCl Second wash buffer: WB6: 72.0 vol% tetraglycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
Zweiter Waschpuffer: WB7: 52,0Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB7: 52.0 vol% tetraglycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
Fig 9:Fig. 9:
Verhalten von Diethyl engl ycolmonoetliyl etiler, verwendet im BioSprint 96 Tissue-Protokoll Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch Mouse-GapDH qPCR; rechts: Agarosegel Erster Waschpuffer: WB 11 : 42Vol% Diethylenglycolmonoethylether; 2,5 M GuHCl Erster Waschpuffer: Puffer AWl Zweiter Waschpuffer: WB 1 : 98 Vol% Diethylenglycolmonoethylether Zweiter Waschpuffer: WB6; 71Vol% Diethylenglycolmonoethylether; 10OmM NaCl; 10mM Tris-Cl pH 7.5Behavior of Diethyl engl ycolmonoetylyl etiler, used in the BioSprint 96 Tissue Protocol Left: Normalized yields, determined by Mouse-GapDH qPCR; right: agarose gel First Wash Buffer: WB 11: 42% by volume diethylene glycol monoethyl ether; 2.5 M GuHCl First Wash Buffer: Buffer AW1 Second Wash Buffer: WB 1: 98% by volume diethylene glycol monoethyl ether Second wash buffer: WB6; 71% by volume of diethylene glycol monoethyl ether; 10 mM NaCl; 10mM Tris-Cl pH 7.5
Fig 10:Fig. 10:
Verhalten von Tetraethylenglycol und Tetraglycol, verwendet im DNeasy® 96 Tissue-Behavior of tetraethylene glycol and tetraglycol used in DNeasy ® 96 Tissue
Protokollprotocol
Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch Mouse-GapDH qPCR; rechts: AgarosegelLeft: Normalized yields, determined by Mouse-GapDH qPCR; right: agarose gel
Al : Tetraethylenglycol Erster Waschpuffer: WB 10: 48 ,5Vol% Tetraethylenglycol ; 2,5 M GuHClAl: tetraethylene glycol First Wash Buffer: WB 10: 48, 5% by volume tetraethylene glycol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB6: 69,8Vol% Tetraetliylenglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB6: 69.8 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Zweiter Waschpuffer: WB7: 50,4Vol% Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5 A2: TetraglycolSecond wash buffer: WB7: 50.4 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5 A2: tetraglycol
Erster Waschpuffer: WB 11 : 50,0Vol% Tetraglycol ; 2,5 M GuHCIFirst wash buffer: WB 11: 50.0% by volume tetraglycol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB6: 72,0Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB6: 72.0% by volume tetraglycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
Zweiter Waschpuffer; WB7: 52,0Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer; WB7: 52.0% by volume tetraglycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Fig 11:Fig. 11:
Verhalten von 1,3- Butandiol und 1,2- Butandiol, verwendet im BioSprint® 96 Tissue-Behavior of 1,3-butanediol and 1,2-butanediol used in BioSprint ® 96 Tissue
Protokollprotocol
Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch Mouse-GapDH qPCR; rechts: Agarosegel Al: 1,3- ButandiolLeft: Normalized yields, determined by Mouse-GapDH qPCR; right: agarose gel Al: 1,3-butanediol
Erster Waschpuffer: WBlO: 49,0Vol% 1,3- Butandiol ; 2,5 M GuHClFirst wash buffer: WB10: 49.0% by volume 1,3-butanediol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB5 : 80,0Vol% 1 ,3 -Butandiol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pHSecond wash buffer: WB5: 80.0 vol% 1,3-butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH
7.57.5
Zweiter Waschpuffer: WB7: 51,0Vol% 1,3- Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: WB7: 51.0 vol% 1,3-butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
A2: 1,2- ButandiolA2: 1,2-butanediol
Erster Waschpuffer: WBlO: 49,0Vol% 1 ,2-Butandiol ; 2,5 M GuHClFirst washing buffer: WB10: 49.0% by volume of 1,2-butanediol; 2.5 M GuHCl
Zweiter Waschpuffer: WB6: 71 ,0Vol% 1 ,2-Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pHSecond wash buffer: WB6: 71, 0% vol 1, 2-butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH
7.5 Fig 12:7.5 Fig. 12:
Verhalten von Tetraethylenglycol und 1,3- Butandiol, verwendet im RNeasy® 96-Protokoll Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch Lamm RT- qPCR; verwendet wurden"293"-ZellenBehavior of tetraethylene glycol and 1,3-butanediol used in the RNeasy ® 96 protocol Normalized Yields determined by Lamm RT- qPCR; used were "293" cells
Fig l3:Fig. L3:
Verhalten von verschiedenen Ethanol-ersetzenden Chemikalien, verwendet im RNeasy® 96- ProtokollBehavior of various ethanol-replacing chemicals used in the RNeasy ® 96- Protocol
Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch Mouse-GapDH qPCR; rechts: AgarosegelLeft: Normalized yields, determined by Mouse-GapDH qPCR; right: agarose gel
Bindungszusatzadditional bond
"1" 98Vol% TetraGIyme "2" 73,5Vol% TetraGIyme; 24Vol% Ethanol"1" 98Vol% TetraGIyme "2" 73.5Vol% TetraGIyme; 24% ethanol
Waschkombination "a":Washing combination "a":
Erster Waschpuffer: 20Vol% Tetraethylenglycol; 900 mM GTC; 10 rnM Tris/CL pH 7.5;First wash buffer: 20% by volume tetraethylene glycol; 900mM GTC; 10 mM Tris / CL pH 7.5;
Zweiter Waschpuffer: 70Vol% Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: 70% by volume tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Waschkombination"b": Erster Waschpuffer: 20Vol% 1 ,3- Butandiol; 900 mM GTC; 10 mM Tris/CL pH 7.5Washing combination "b": First washing buffer: 20% by volume 1, 3-butanediol; 900mM GTC; 10 mM Tris / CL pH 7.5
Zweiter Waschpuffer: 80Vol% 1,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Second wash buffer: 80% by volume 1,3 butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Fig 14:Fig. 14:
Fragmentgröße- Ausschluss-ExperimentFragment size exclusion experiment
RNeasy® schließt kleine RNAs (5,8 S; tRNA; miRNA; ...) während der Aufreinigung aus.RNeasy® excludes small RNAs (5.8S, tRNA, miRNA, ...) during purification.
Die Grenzgröße sind circa 150 Basen. Dieses Experiment zeigt, dass der Größen- Ausschluss der getesteten Chemikalien vergleichbar mit Ethanol als Referenz ist.The limit size is about 150 bases. This experiment shows that the size exclusion of the tested chemicals is comparable to ethanol as a reference.
Wa: 20Vol% 1,3- Butandiol; 900 mM GTC; 10 mM Tris/CL pH 7.5 Wb: 60Vol% 1 ,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 Fig 15:Wa: 20% by volume 1,3-butanediol; 900mM GTC; 10 mM Tris / CL pH 7.5 Wb: 60% by volume 1, 3 butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 Fig. 15:
Verhalten von verschiedenen Ethanol-ersetzenden Chemikalien, verwendet im EpiTect Aufreini gungsprotoko 11. Links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch CFFl qPCR; rechts: "Delta Delta Ct"- Analyse von unterschiedlichen Probenvolumina. Die Berechnung vergleicht die gemessenen Delta Ct- Werte mit den theoretischen Delta Ct- Werten, was einen numerischen Wert für den Grad der PCR-Inhibition ergibt.Behavior of various ethanol-replacing chemicals used in the EpiTect Recovery Protocol 11. Left: Normalized yields, as determined by CFFI qPCR; right: "Delta Delta Ct" - analysis of different sample volumes. The calculation compares the measured Delta Ct values with the theoretical Delta Ct values, giving a numerical value for the degree of PCR inhibition.
B 90Vol% Tetraethylenglycol; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 H 72Vol% 1 ,3 Butandiol; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5B 90% by volume tetraethylene glycol; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 H 72% by volume 1, 3 butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
M 60Vol% Diethylenglycolmonoethylether; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5M 60% by volume diethylene glycol monoethyl ether; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
Fig 16:Fig. 16:
Kartuschenanordnungcartridge assembly
Puffer ML mlD 4,5 M GTC; 50 mM NH4C1; 45 mM Tris pH 7,5; 20 mM EDTA; 2.0Vol% Triton-X- 100 ml9 4,5 M GTC; 1,0 M NaCl; 50 mM NH4C1; 45 mM Tris pH 7,5; 20 mM EDTA; 2.0Vol% Triton-X-100Buffer ML mlD 4.5 M GTC; 50 mM NH 4 Cl; 45 mM Tris pH 7.5; 20 mM EDTA; 2.0 vol% Triton-X 100 ml 9 4.5 M GTC; 1.0 M NaCl; 50 mM NH 4 Cl; 45 mM Tris pH 7.5; 20 mM EDTA; 2.0Vol% Triton-X-100
MWl Ersatz-Puffer gemäß der vorliegenden Erfindung 2 49Vol% 1,3- Butandiol ; 2.5 MGuHClMWl replacement buffer according to the present invention 2 49% by volume 1,3-butanediol; 2.5 mg / hl
MW2 Ersatz-Puffer gemäß der vorliegenden ErfindungMW2 replacement buffer according to the present invention
B 60Vol% 1,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5B 60% by volume 1,3 butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Fig 17:Fig. 17:
Verhalten von verschiedenen Ethanol-ersetzenden Chemikalien, verwendet im EZl ® DNA Blut 200μl ProtokollBehavior of various ethanol-replacing chemicals used in EZl ® DNA Blood 200 ul protocol
Links oben: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch ß-actin qPCR; rechts: "Delta Delta Ct"- Analyse von unterschiedlichen Probenvolumina. Die Berechnung vergleicht die gemessenen Delta Ct- Werte mit den theoretischen Delta Ct-Werten, was einen numerischen Wert für den Grad der PCR-Inhibition ergibt. Links unten: AgarosegelTop left: Normalized yields, determined by β-actin qPCR; right: "Delta Delta Ct" - analysis of different sample volumes. The calculation compares the measured Delta Ct values with the theoretical delta Ct values, giving a numerical value for the degree of PCR inhibition. Bottom left: agarose gel
Fig 18:Fig. 18:
Verhalten von verschiedenen Ethanol-ersetzenden Chemikalien, verwendet im zweitenBehavior of various ethanol-replacing chemicals used in the second
Waschschritt (nach dem DNase- Verdau) des EZ 1® - RNA ProtokollsWashing step (after DNase digestion) of the EZ 1 ® - RNA Protocol
Links: Kartuschenanordnung; links unten: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch MapK2Left: Cartridge arrangement; bottom left: Normalized yields, determined by MapK2
RT qPCR; rechts unten: Agarosegel MWl Ersatz-Puffer gemäß der vorliegenden ErfindungRT qPCR; bottom right: agarose gel MWl replacement buffer according to the present invention
"C" 56Vol% l,3- Butandiol; 3 M GuHCl"C" 56% by volume, 3-butanediol; 3 M GuHCl
"D-65"65Vol% 1,3- Butandiol; 1.75 M GuHCl"D-65" 65 vol% 1,3-butanediol; 1.75 M GuHCl
"D-55"55Vol% 1,3- Butandiol; 1.75 M GuHCl"D-55" 55% by volume 1,3-butanediol; 1.75 M GuHCl
"D~50"50Vol% 1,3- Butandiol; 1.75 M GuHCl "D-45"45Vol% 1 ,3- Butandiol; 1.75 M GuHCl"D ~ 50" 50% by volume 1,3-butanediol; 1.75 M GuHCl "D-45" 45% by volume 1, 3-butanediol; 1.75 M GuHCl
Puffer RPE Ersatz-Puffer gemäß der vorliegenden Erfindung "2-60" 60Vol% 1,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5 "2-55" 55Vol% 1,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5 "2-50" 50Vol% 1,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5 "2-45" 45Vol% 1,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Buffer RPE Replacement buffer according to the present invention "2-60" 60% by volume 1,3 butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5 "2-55" 55% by volume 1,3 butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5 "2-50" 50% by volume 1,3 butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5 "2-45" 45% by volume 1,3 butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Fig 19:Fig 19:
Verhalten von verschiedenen Ethanol-ersetzenden Chemikalien, verwendet im ersten und zweiten Waschschritt des EZl ® - RNA ProtokollsBehavior of different ethanol replacing chemicals used the EZl ® in the first and second washing step - RNA Protocol
Oben: Kartuschenanordnung; links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch MapK2 RT qPCR; rechts unten: AgarosegelAbove: Cartridge arrangement; left: Normalized yields, determined by MapK2 RT qPCR; bottom right: agarose gel
MWl Ersatz-Puffer gemäß der vorliegenden Erfindung "C 56Vol% 1,3- Butandiol; 3 M GuHClMWl replacement buffer according to the present invention "C 56% by volume 1,3-butanediol; 3 M GuHCl
"D-55"55Vol% 1,3- Butandiol; 1.75 M GuHCl"D-55" 55% by volume 1,3-butanediol; 1.75 M GuHCl
Puffer RPE Ersatz-Puffer gemäß der vorliegenden ErfindungBuffer RPE replacement buffer according to the present invention
"2" 60Vol% 1 ,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5"2" 60% by volume 1, 3 butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
"2-50" 50Vol% 1,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5 Fig 20:"2-50" 50% by volume 1,3 butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5 Fig. 20:
Verhalten von verschiedenen Ethanol-ersetzenden Chemikalien, verwendet im ersten und zweiten Waschscliritt des EZl ® - RNA Protokolls. Oben: Kartuschenanordnung; links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch MapK2 RT qPCR; rechts unten: AgarosegelBehavior of different ethanol replacing chemicals used the EZl ® in the first and second Waschscliritt - RNA Protocol. Above: Cartridge arrangement; left: Normalized yields, determined by MapK2 RT qPCR; bottom right: agarose gel
Fig 21:Fig. 21:
Verhalten von verschiedenen Ethanol-ersetzenden Chemikalien, verwendet im ersten und zweiten Waschscliritt des EZl - RNA Protokolls. Oben: Kartuschenanordnung; links: Normalisierte Ausbeuten, ermittelt durch MapK2 RT qPCR; rechts unten: Agarosegel Behavior of various ethanol-replacing chemicals used in the first and second wash cycles of the EZl-RNA protocol. Above: Cartridge arrangement; left: Normalized yields, determined by MapK2 RT qPCR; bottom right: agarose gel
Die folgenden Beispiele sollen die Erfindung näher erläutern:The following examples are intended to explain the invention in more detail:
1. Chemikalien und Testkits/T estprotokolϊe mit erfindungsgemäßen Waschpuffern1. Chemicals and test kits / T estprotokolϊe with washing buffers according to the invention
1.1 Chemikalien (zusammengefasste Aufstellung):1.1 Chemicals (summary listing):
1.2 Testkits/Testprotokolle1.2 test kits / test protocols
1.2.1 "BioSprint® 96 DNA Blut1 1.2.1 "BioSprint® 96 DNA Blood 1
BioSprint® 96 mit Protokoll-Datei; "BS96_DNA_Blut_200"BioSprint ® 96 with log file; "BS96_DNA_Blut_200"
Lyse β 200 μl Blut » 200 μl Puffer ALLysis β 200 μl blood »200 μl buffer AL
* 20 μl QIAGEN Protease* 20 μl QIAGEN protease
* 15 min bei 56°C und 1400 rpm auf einem Thermomixer inkubieren Bindung β 200 μl Isopropanol zugeben o 30 μl MagAttract® Suspension G (QIAGEN GmbH) zugeben* 15 min Incubate on a Thermomixer at 56 ° C and 1400 rpm binding β 200 ul of isopropanol to admit o 30 ul MagAttract ® Suspension G (QIAGEN GmbH) to admit
Waschlösungenwashings
Referenzprotokoll β Ix Puffer AWl (650 μl)Reference protocol β Ix Buffer AWI (650 μl)
« Ix Puffer AWl (500 μl) « 2x Puffer AW2 (500 μl)«Ix Buffer AWl (500 μl) «2x buffer AW2 (500 μl)
Puffer AWl Ersatz-Puffer gemäß der vorliegenden ErfindungBuffer AW1 Replacement buffer according to the present invention
« 50Vol% Tetraglykol ; 2.5M GuHCl * 48,5Vol% Tetraethylenglycol ; 2.5M GuHCl«50% by volume tetraglycol; 2.5M GuHCl * 48.5V% tetraethylene glycol; 2.5M GuHCl
• 49Vol% 1 ,3-Butandiol ; 2.5M GuHCl• 49% by volume 1, 3-butanediol; 2.5M GuHCl
• 49Vol% 1,2-Butandiol ; 2.5M GuHCl• 49% by volume 1,2-butanediol; 2.5M GuHCl
« 42Vol% Diethylenglycolmonoethyletlier ; 2.5M GuHCl«42% by volume of diethylene glycol monoethyl ether; 2.5M GuHCl
Puffer AW2 Ersatz-Puffer gemäß der vorliegenden ErfindungBuffer AW2 replacement buffer according to the present invention
• 52Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5• 52% by volume tetraglycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
• 69,8Vol% Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.569.8 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
• 80Vol% 1 ,3-Butandiol; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.580% by volume 1, 3-butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
• 71 Vol% 1 ,2-Butandiol; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 » 71Vol% Diethylenglycolmonoethylether ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-71% by volume of 1,2-butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 »71% by volume diethylene glycol monoethyl ether; 10 mM NaCl; 1mM Tris
Cl pH 7.5Cl pH 7.5
Wasserspülung: 0,02Vol% Tween 20Water rinse: 0.02% by volume Tween 20
Elution; 200 μl μl RNase-freies Wasser in MicroTubePacl-MicroPlateelution; 200 μl μl of RNase-free water in MicroTubePacl-MicroPlate
1.2.2 QIAamp® 96 Spin Blut-Protokoll1.2.2 QIAamp ® 96 Spin Blood Protocol
LyseLyse
• 200 μl Blut • 200 μl Puffer AL• 200 μl blood • 200 μl buffer AL
• 20 μl QIAGEN Protease β Inkubation 15 min bei 56°C Bindung β 200 μl Ethanol zugeben » in S-Block mischen und in QIAamp® 96-Platte transferieren• 20 ul QIAGEN Protease "mix β incubation for 15 min at 56 ° C β binding add 200 ul of ethanol in S block and transfer in QIAamp ® 96 plate
Waschlösungen • Referenzverfahren o Ix Puffer AWl (650 μl) o Ix Puffer AW2 (500 μl) Puffer AWl -Ersatzlösungen gemäß der vorliegenden ErfindungWash solutions • Reference method o Ix Buffer AWI (650 μl) o Ix Buffer AW2 (500 μl) Buffer AWl replacement solutions according to the present invention
• 49Vol% 1 ,3-Butandiol ; 2.5M GuHCl• 49% by volume 1, 3-butanediol; 2.5M GuHCl
• 49Vol% 1 ,2-Butaπdiol ; 2.5M GuHCl β 42Vol% Diethyleπglycolmonoethylether ; 2.5M GuHCl• 49% by volume of 1,2-butanediol; 2.5M GuHCl β 42% by volume diethyleglycol monoethyl ether; 2.5M GuHCl
• 50Vol% Tetraglycol ; 2.5M GuHCl• 50% by volume tetraglycol; 2.5M GuHCl
« 48,5Vol% Tetraethylenglycol ; 2.5M GuHCl«48.5% by volume of tetraethylene glycol; 2.5M GuHCl
Puffer AW2-Ersatzlösungen gemäß der vorliegenden Erfindung o 80VoI% 1 ,3-Butandiol; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5Buffer AW2 replacement solutions according to the present invention o 80% by volume of 1,3-butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
* 71 Vol% 1,2-Butandiol; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5* 71% by volume 1,2-butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
* 71Vol% Diethylenglycolmonoethylether ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris- Cl pH 7.6* 71% by volume diethylene glycol monoethyl ether; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.6
* 52Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 • 50,4Vol% Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5* 52% by volume tetraglycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 • 50.4 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
Elution: 200 μl μl RNase-freies Wasser im Elutions-Microtube RackElution: 200 μl μl of RNase-free water in Elution Microtube Rack
1.2.3 "BioSprint® 96 DNA Tissue"1.2.3 "BioSprint ® 96 DNA Tissue"
BϊoSprint®-96 Protokoll-Datei; "BS96_DNA_Blut_200"BϊoSprint ® -96 log file; "BS96_DNA_Blut_200"
LyseLyse
• 200 μl Lysat ( 25 mg Gewebe + 180 μl Puffer ATL + 20μl Proteinase K, über Nacht Inkubation 56°C)200 μl lysate (25 mg tissue + 180 μl buffer ATL + 20 μl proteinase K, overnight incubation 56 ° C)
• + 200 μl Puffer AE Bindung• + 200 μl buffer AE binding
« 200 μl Isopropanol zugeben β + 30 μl MagAttract® Suspension G Waschlösungen o Ix Puffer AWl (650 μl) o Ix Puffer AWl (500 μl) o 2x Puffer AW2 (500 μl) Puffer AWl -Ersatzlösungen gemäß der vorliegenden Erfindung«Add 200 μl isopropanol β + 30 μl MagAttract ® Suspension G wash solutions o Ix Buffer AWI (650 μl) o Ix Buffer AWI (500 μl) o 2x buffer AW2 (500 μl) Buffer AWl replacement solutions according to the present invention
* 48,5Vol% Tetraethylenglycol ; 2.5M GuHCl* 48.5% by volume tetraethylene glycol; 2.5M GuHCl
• 50Vol% 1,2-Butandiol ; 2.5M GuHCl " 50Vol% Tetraglycol ; 2.5M GuHCl • 49Vol% l,3-Butandiol ; 2.5M GuHCl• 50% by volume 1,2-butanediol; 2.5M GuHCl "50Vol% tetraglycol; 2.5M GuHCl • 49Vol% l, 3-butanediol; 2.5M GuHCl
* 42Vol% Diethylenglycolmonoethylether ; 2.5M GuHCl Puffer AW2 -Ersatzlösungen gemäß der vorliegenden Erfindung β 50,4Vol% Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7,5* 42% by volume diethylene glycol monoethyl ether; 2.5M GuHCl buffer AW2 replacement solutions according to the present invention β 50.4 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
« 52Vol% 1 ,2-Butandiol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 • 52Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5«52Vol% 1, 2-butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 • 52% by volume tetraglycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
• 80Vol% 1 ,3-Butandiol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 β 98Vol% Diethylenglycolmonoethylether, reine Lösung80% by volume 1, 3-butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 β 98% by volume diethylene glycol monoethyl ether, pure solution
Wasserspülung: 0,02Vol% Tween® 20 ( 500 μl) Elution: 200 μl RNase-freies Wasser in Microtube-PlatteWater rinse: 0.02% by volume Tween® 20 (500 μl) Elution: 200 μl of RNase-free water in microtube plate
1.2.4 "DNeasy® 96 Tissue"1.2.4 "DNeasy ® 96 Tissue"
Lyse « 200 μl Lysat ( 25mg Gewebe + 180 μl Puffer ATL + 20μl Proteinase K, ÜberLysis «200 μl lysate (25 mg tissue + 180 μl buffer ATL + 20 μl proteinase K, sup
Nacht inkubieren 560C)Incubate night 56 0 C)
• + 200 μl Puffer AE Bindung• + 200 μl buffer AE binding
» 200 μl Ethanol zugeben β im S -Block mischen und in QIAamp® 96-Platte transferieren»Add 200 μl of ethanol β in the S block and transfer to QIAamp ® 96 plate
Waschlösungenwashings
• Ix Puffer AWl (650 μl)• Ix Buffer AWI (650 μl)
• 1 x Puffer AW2 (500 μl)• 1 x buffer AW2 (500 μl)
Puffer AWl -Ersatzlösungen gemäß der vorliegenden ErfindungBuffer AWl replacement solutions according to the present invention
• 48,5Vol% Tetraethylenglycol ; 2.5M GuHCl β 49Vol% 1,2-Butandiol ; 2.5M GuHCI β 49Vol% 1,3-Butandiol ; 2.5M GuHCI β 50VoI% Tetraglycol ; 2.5M GuHCl Puffer AW2-Ersatzlösungen gemäß der vorliegenden Erfindung48.5% by volume tetraethylene glycol; 2.5M GuHCl β 49Vol% 1,2-butanediol; 2.5M GuHCl β 49Vol% 1,3-butanediol; 2.5M GuHCl β 50% by volume tetraglycol; 2.5M GuHCl Buffer AW2 replacement solutions according to the present invention
• 69,8Vol% Tetraethylenglycol ; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.569.8 vol% tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
• 71 Vol% 1 ,2-Butandiol ; 1 OOrnM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 « 80Vol% 1,3-ButandioI ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.571% by volume of 1,2-butanediol; 1 normal NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 "80% by volume 1,3-butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
« 52Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5"52% by volume tetraglycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Elution: 200 μl RNase-freies Wasser in Elution Micro TubesElution: 200 μl of RNase-free water in Elution Micro Tubes
1.2.5 RNeasy® 961.2.5 RNeasy ® 96
Bindungbinding
• 350 μl Puffer RLT - Lysat ( "293 " Zellen; 2x105 Zellen/Probe) « 350 μl Ethanol zugeben * im S-Block mischen und in RNeasy® 96-Platte transferieren• 350 μl buffer RLT lysate ("293" cells, 2x10 5 cells / sample) "Add 350 μl ethanol * mix in S block and transfer to RNeasy ® 96 plate
Waschlösungenwashings
• 2x Puffer RWl (650 μl)• 2x buffer RWl (650 μl)
• 2x Puffer RPE (500 μl)• 2x Buffer RPE (500 μl)
Puffer RWl -Ersatzlösungen gemäß der vorliegenden ErfindungBuffer RWl replacement solutions according to the present invention
« 20Vol% 1 ,3- Butandiol; 900 mM GTC; 10 mM Tris/CL pH 7.5«20Vol% 1, 3-butanediol; 900mM GTC; 10 mM Tris / CL pH 7.5
• 20Vol% Tetraethylenglycol; 900 mM GTC; 10 mM Tris/CL pH 7.5 Puffer RPE-Ersatzlö sungen gemäß der vorliegenden Erfindung β 80Vol% 1 ,3 Butandiol; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 β 60Vol% Tetraethylenglycol; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5• 20% by volume tetraethylene glycol; 900mM GTC; 10 mM Tris / CL pH 7.5 buffer RPE replacement solutions according to the present invention β 80% by volume 1,3 butanediol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5 β 60% by volume tetraethylene glycol; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
Elution: 100 μl RNase-freies Wasser in Elution Micro TubesElution: 100 μl of RNase-free water in Elution Micro Tubes
1.2.6 QIAquick® 1.2.6 QIAquick ®
Bindungbinding
- * 1 Volumenprobe β 5 Volumen Puffer PM zugeben (Standard-Referenzprotokoll) β auf QIAamp® MinElute Säule laden; I1 @ 8000rpm Waschlösung- * 1 volume of sample β 5 volumes of buffer PM admit (standard reference protocol) β on QIAamp MinElute ® column load; I 1 @ 8000rpm wash solution
• 1 x Waschlösung : A; 1 ' @ 8000rρm• 1 x wash solution: A; 1 '@ 8000rρm
Puffer PM-Ersatzlösung gemäß der vorliegenden Erfindung • 64Vol% Tetraethylenglycol; 24Vol% Ethanol; 100 mM NaCl; 10 mM « trocken zentrifugierenBuffer PM Replacement Solution According to the Present Invention • 64% by volume tetraethylene glycol; 24% ethanol; 100 mM NaCl; 10mM «Centrifuge dry
• Eluieren 40μl RNase-freies Wasser; I1 @ 8000rpm• Elute 40μl RNase-free water; I 1 @ 8000rpm
1.2.7 Kein Gefahrgut - modifiziertes EpiTect® Bisulfit-Protokoll1.2.7 Not Dangerous Goods - Modified EpiTect ® Bisulfite Protocol
1) Bisulfit-DNA-Konversion nach Handbuch EpiTect® Bisulfit-Kit der Fa QIAGEN GmbH1) Bisulfite-DNA conversion according to manual EpiTect ® Bisulfite-Kit from QIAGEN GmbH
2) Aufreinigimg von Bisulfit-konvertierter DNA Schritt #:2) Purification of Bisulfite-converted DNA Step #:
6. Die vollständigen Bisulfit-Reaktionen in saubere 1.5 ml-Mikrozentrifugenröhrchen transferieren. Fällungsmittel in der Lösung beeinflussen nicht die Leistung oder Ausbeute der Reaktion.6. Transfer the complete bisulfite reactions to clean 1.5 ml microcentrifuge tubes. Precipitants in the solution do not affect the performance or yield of the reaction.
7. 560 μl frisch präparierten Puffer BL, enthaltend 10 μg/ml Träger-RNA, zugeben. Die Lösung durch Vortexen mischen.7. Add 560 μl of freshly prepared buffer BL containing 10 μg / ml of carrier RNA. Mix the solution by vortexing.
Anmerkung: Träger-RNA ist nicht erforderlich bei Verwendung von >100 ng DNA.Note: Carrier RNA is not required when using> 100 ng of DNA.
8. Die gesamte Mischung in die EpiTect® Schleudersäule transferieren.8. Transfer the entire mixture to the EpiTect® spin column.
9. Die Säule bei Maximalgeschwindigkeit 1 min lang zentrifugieren. Durchfiuss verwerfen und Schleudersäule wieder in das Sammelgefäß stellen. 10. 500 μl Puffer BW (Waschpuffer) in die Schleudersäule geben und bei9. Centrifuge the column at maximum speed for 1 min. Discard the flow and return the ejector column to the collection vessel. 10. Add 500 μl buffer BW (wash buffer) to the spin column and at
Maximalgeschwindigkeit 1 min zentrifugieren. Durchfiuss verwerfen und Schleudersäule wieder in das Sammelgefäß stellen.Centrifuge maximum speed for 1 min. Discard the flow and return the ejector column to the collection vessel.
11. 500 μl Puffer BD (Desulfonierungspuffer) in die Schleudersäule geben und 15 min bei Raumtemperatur inkubieren. Wenn Präzipitate im Puffer BD vorhanden sind, vermeiden Sie es, diese in die Schleudersäule zu transferieren. Anmerkung: Es ist wichtig, den11. Add 500 μl buffer BD (desulfonation buffer) to the spin column and incubate for 15 min at room temperature. If precipitates are present in buffer BD, avoid transferring them to the spin column. Note: It is important that
Säulendeckel vor der Inkubation zu schließen.Close the column lid before incubation.
12. Die Säule bei Maximalgeschwindigkeit 1 min zentrifugieren. Den Durchfiuss verwerfen und die Schleudersäule zurück in das Sammelgefaß stellen. 13. 500 μl Puffer BW zugeben und bei Maximalgeschwindigkeit 1 min zentrifugieren. Den Durchfluss verwerfen und die Schleudersäule zurück in das Sammelgefäß stellen.12. Centrifuge the column at maximum speed for 1 min. Discard the flow and place the ejector column back into the collection vessel. 13. Add 500 μl buffer BW and centrifuge for 1 min at maximum speed. Discard the flow and place the ejector column back into the receptacle.
14. Schritt 13 einmal wiederholen.14. Repeat step 13 once.
15. Die Schleudersäule in ein neues 2 ml- Sammelgefäß stellen und die Schleudersäule bei Maximalgeschwindigkeit 1 min zentrifugieren, um verbleibende Flüssigkeitsreste zu entfernen. Anmerkung: Wenn die aufgereinigte DNA für Verwendung in einer Echtzeit- PCR bestimmt ist, die Zentrifugierzeit auf 5 min verlängern.15. Place the spin column in a new 2 ml collection vessel and centrifuge the spin column at maximum speed for 1 min to remove any remaining fluid. Note: If the purified DNA is intended for use in a real-time PCR, increase the centrifugation time to 5 min.
16. Die Schleudersäule in ein sauberes 1.5 ml-Mikrozentrifugierröhrchen stellen. 20 μl Puffer EB auf die Mitte der Membran geben. Die aufgereinigte DNA durch Zentrifugation für 1 min bei circa 15,000 x g (12,000 rpm) eluieren.16. Place the spin column in a clean 1.5 ml microcentrifuge tube. Add 20 μl buffer EB to the middle of the membrane. Purify the purified DNA by centrifugation for 1 min at approximately 15,000 x g (12,000 rpm).
Puffer BW-Ersatzlösungen gemäß der vorliegenden Erfindung für Protokollschritt 13 « 60Vol% Diethylenglycolmonoethylether; 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7-5 • 72Vol% 1,3 Butandiol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Buffer BW replacement solutions according to the present invention for protocol step 13 "60% by volume diethylene glycol monoethyl ether; 10 mM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7-5 • 72% by volume 1,3 butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
1.2.8 EZ1® DNA Blut 200uI-ProtokolI EZ1 Kartuschen-Belegungsplan (til) Wechselposition1.2.8 EZ1 ® DNA Blood 200uI-ProtokolI EZ1 Cartridge allocation schedule (til) Change position
^ 1.2.9 EZr - RNA-Protokoll^ 1.2.9 EZr - RNA protocol
EZ1 KartiischefiBelegungsplan (ul) I Wechselposifioπ + 100 « +456 * — , +640 «EZ1 Cardiofile Assignment Plan (ul) I Interchangeable position + 100 "+456 * -, +640"
+785 «+785 «
2. Ergebnis beispiele2. Result examples
Die Ergebnisse der erfindungsgemäßen Testkits/Testprotokolle werden in den Figuren 1-21 dargestellt.The results of the test kits / test protocols according to the invention are shown in FIGS. 1-21.
Die hier dargestellten Untersuchungen konzentrierten sich auf die Ethanol- ersetzenden Chemikalien in Waschpuffern für die Silica-vermittelte Präparation von Nukleinsäuren. Das getestete Probenmaterial reichte von Blut bis zu Geweben sowie Nukleinsäure- Modifizierungsreaktions-Aufreimgungsprodukten. Zusätzlich wurde die Aufreinigung verschiedener Typen von Nukleinsäuren getestet (genomische DNA; Total-RNA, kleine doppelsträngige DNA-Fragmente). Die identifizierten Chemikalien wurden mit Verfahren getestet, bei denen Säulen mit Silica-basierten Membranen oder Silica-urnhüllte Magnetpartikel verwendet wurden. Chemikalie CASThe studies presented here focused on the ethanol-replacing chemicals in wash buffers for the silica-mediated preparation of nucleic acids. The sample material tested ranged from blood to tissues as well as nucleic acid modification reaction-upregulation products. In addition, the purification of various types of nucleic acids was tested (genomic DNA, total RNA, small double-stranded DNA fragments). The identified chemicals were tested by methods using columns with silica-based membranes or silica-coated magnetic particles. Chemical CAS
Konzentration / Pufferzusammensetzungeπ der in den Beispielen eingesetzten Ersatzlösungen gemäß der vorliegenden ErfindungConcentration / Buffer Compositions of Replacement Solutions Used in the Examples According to the Present Invention
1.2- Butanediol [1 ,2-Butandiol] 584-03-21,2-butanediol [1,2-butanediol] 584-03-2
49Vol% 1,2-Butandiol ; 2.5M GuHCl 71Vol% 1,2-Butandiol; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.549% by volume 1,2-butanediol; 2.5M GuHCl 71Vol% 1,2-butanediol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
1,2-Propandiol 57-55-61,2-propanediol 57-55-6
99Vol% 1,2-Propandiol 74Vol% 1 ,2-Propandiol, 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.599% by volume 1,2-propanediol 74% by volume 1, 2-propanediol, 10 μm NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
1.3- Butanediol [1,3-Butandiol] 107-88-01,3-butanediol [1,3-butanediol] 107-88-0
49Vol% 1,3-Butandiol ; 2.5M GuHCl 56Vol% 1,2-Butandiol ; 3 M GuHCl49% by volume of 1,3-butanediol; 2.5M GuHCl 56Vol% 1,2-butanediol; 3 M GuHCl
20Vol% 1,3- Butandiol; 900 mM GTC; 10 mM Tris/CLpH 7.520% by volume 1,3-butanediol; 900mM GTC; 10 mM Tris / CLpH 7.5
72 - 80Vol% 1,3-Butandiol; 30 - 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.572-80% by volume 1,3-butanediol; 30-10 μm NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
l-Methoxy-2-propanol acetate [2-Methoxy-l-methylethylacetat] 108-65-61-Methoxy-2-propanol acetate [2-methoxy-1-methylethyl acetate] 108-65-6
100Vol% 1 -Methoxy-2-propanolacetat100% by volume of 1-methoxy-2-propanol acetate
3 -Methyl- 1,3, 5-pentantriol 7564-64-9 80 - 40Vol% 3-Methyl-l ,3,5-pentantriol3-methyl-1,3,5-pentanetriol 7564-64-9 80-40vol% 3-methyl-1,3,5-pentanetriol
60Vol% 3-Methyl-l,3,5-pentantriol, 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.560% by volume of 3-methyl-1,3,5-pentanetriol, 10 mM of NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
DBE-2 dibasic ester [dibasischer Ester] MFCD00191969 100 - 50 Vol% DBE-2DBE-2 dibasic ester [dibasic ester] MFCD00191969 100-50 vol% DBE-2
DBE-3 dibasic ester [dibasisclier Ester] MFCD00191969 100 - 50 Vol% DBE-3DBE-3 dibasic ester [dibasic ester] MFCD00191969 100-50% by volume DBE-3
DBE-4 dibasic ester [dibasischer Ester; Dimetliylsuccinat] 106-65-0DBE-4 dibasic ester [dibasic ester; Dimethlylic succinate] 106-65-0
100 - 50 Vol% DBE-4100-50 vol% DBE-4
DBE-5 dibasic ester [dibasischer Ester; Dimethylglutarat]DBE-5 dibasic ester [dibasic ester; dimethyl]
1119-40-01119-40-0
100 - 50 Vol% DBE-5100-50 vol% DBE-5
DBE-6 dimethyl adipate [dibasischer Ester; Dimethyladipat] 627-93-0 100 - 50 Vol% DBE-5DBE-6 dimethyl adipate [dibasic ester; Dimethyl adipate] 627-93-0 100-50% by volume DBE-5
Diethylene glycol monoethyl ether (DGME) [Diethylenglycolmonoethylether, Ethyldiglykol] 111-90-0Diethylene glycol monoethyl ether (DGME) [diethylene glycol monoethyl ether, ethyl diglycol] 111-90-0
42Vol% DGME ; 2.5M GuHCl42% by volume of DGME; 2.5M GuHCl
71Vol% DGME ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.571% by volume of DGME; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Diethylenglycolmonoetliyletheracetat (DGMEA) [Ethyldiglykolacetat] 112-15-2Diethylene glycol monoethyl ether acetate (DGMEA) [ethyl diglycol acetate] 112-15-2
99,0Vol% DGMEA99.0% by volume of DGMEA
50-80Vol% DGMEA ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.550-80% by volume of DGMEA; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Ethyl lactate [Ethyllactat] 97-64-3Ethyl lactate [ethyl lactate] 97-64-3
100Vol% Ethyllactat100% by volume ethyl lactate
75Vol% Ethyllactat, 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.575% by volume of ethyl lactate, 10 mM of NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Ethylene glycol [Ethyl englycol] 107-21-1Ethylene glycol [ethyl englycol] 107-21-1
100Vol% Ethylenglycol100 vol% ethylene glycol
Poly(2~etliyl~2-oxazoline) [2-EthyI-4,5-dihydro- 1 ,3-oxazol] 25805-17-8Poly (2-ethyl-2-oxazolines) [2-ethyl-4,5-dihydro-1,3-oxazol] 25805-17-8
23Vol% Poly(2-ethyl-2-oxazoline), 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.523% by volume poly (2-ethyl-2-oxazoline), 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
P oly(4-styrolsulfonsäure- co-maleinsäure) 68037-40-1 25VoI% Po ly(4~styrolsulfonsäure- co-maleinsäure) 19Vol%Poly(4-styrolsulfonsäure-co-maleinsäure) 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.5Poly (4-styrenesulfonic acid-co-maleic acid) 68037-40-1 25% by volume poly (4-styrenesulfonic acid-co-maleic acid) 19% by volume of poly (4-styrenesulfonic acid-co-maleic acid) 10M NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Tetraethylene glycol (TEG) [Tetraethylenglycol] 112-60-7Tetraethylene glycol (TEG) [tetraethylene glycol] 112-60-7
4835VoI% TEG ; 2.5M GuHCl48 3 5VoI% TEG; 2.5M GuHCl
20 - 65Vol% TEG; 900 mM GTC; 10 mM Tris/Cl pH 7.520-65% by volume TEG; 900mM GTC; 10 mM Tris / Cl pH 7.5
50,4 - 60Vol% TEG ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.550.4-60% by volume TEG; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
64Vol% TEG, 24Vol% Ethanol; 50Vol% TEG, 50Vol% Poly(propylenglycol), MW -725 (CAS 25322-69-4)64% by volume TEG, 24% by volume ethanol; 50% by volume TEG, 50% by volume poly (propylene glycol), MW -725 (CAS 25322-69-4)
Tetraglycol 9004-76-6Tetraglycol 9004-76-6
50Vol% Tetraglycol ; 2.5M GuHCl 52Vol% Tetraglycol ; 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.550% by volume tetraglycol; 2.5M GuHCl 52Vol% tetraglycol; 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Tetrahydrofurfϊirylpol yethyl englycol 200 31692-85-0 100 Vol% (purum) 75Vol% Tetrahydrofurfuryl PEG 200, 10OmM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5Tetrahydrofurfurylpol yethylglycol 200 31692-85-0 100% by volume (pur.) 75% by vol. Tetrahydrofurfuryl PEG 200, 10 μM NaCl; 1 OmM Tris-Cl pH 7.5
Tri(ethylene glycol) divinyl ether [Triethylenglycoldivinylether]Tri (ethylene glycol) divinyl ether [triethylene glycol divinyl ether]
765-12-8765-12-8
75 - 98Vol% Tri(ethyleneglycol)divinylether Triethylene glycol anhydrous [Triethylenglycol, wasserfrei]75-98% by volume of tri (ethylene glycol) divinyl ether Triethylene glycol anhydrous [triethylene glycol, anhydrous]
112-27-6112-27-6
97Vol% Triethylenglycol, wasserfrei,97% by volume triethylene glycol, anhydrous,
75Vol% Triethylenglycol, wasserfrei, 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.575% by volume triethylene glycol, anhydrous, 10 mM NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Triethylene glycol monoethyl ether [Triethylenglycolmonoetliylether]Triethylene glycol monoethyl ether [triethylene glycol monoethyl ether]
112-50-5112-50-5
90Vol% Triethylenglycolmonoetliyletlier,90% by volume triethylene glycol monoetliyletlier,
68Vol% Trietliylenglycolmonoethylether, 10OmM NaCl; 1OmM Tris-Cl pH 7.568% by volume triethylene glycol monoethyl ether, 10 μm NaCl; 10 mM Tris-Cl pH 7.5
Tabelle 1 kommerziell erhältliche Produkte der Fa. QIAGEN, im Rahmen der Beispiele eingesetztTable 1 commercially available products from. QIAGEN, used in the examples

Claims

ANSPRUCHE
1. Verfahren zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren, wobei die Nukleinsäuren mit einem Waschpuffer in Kontakt gebracht werden, welcher weniger als 24 VoI % Alkohol mit 1-3 C-Atomen und mindestens ein weiteres Lösungsmittel enthält, welches ausgewählt ist aus Alkandiolen und -Molen mit 2-6 C-Atomen, Monocarbonsäureestern und Dicarbonsäurediestern mit 2-6 C-Atomen im Säureteil und 1-4 C-Atomen im Alkoholteil; (Poly)Ethylenglykole und Ether- und Esterderivate davon, wobei „poly" 2-200 repetitive Ethylenglykol-Einheiten bezeichnet; Poly-(2-Ethyl-2-oxazolin); Poly(4-Styrolsulfonsäure-co-Malemsäure) Natriumsalzlösung.A method of washing surface-immobilized nucleic acids wherein the nucleic acids are contacted with a wash buffer containing less than 24% by volume of 1-3 C-C alcohols and at least one further solvent selected from alkanediols and Moles having 2-6 C atoms, monocarboxylic acid esters and dicarboxylic acid diesters having 2-6 C atoms in the acid moiety and 1-4 C atoms in the alcohol moiety; (Poly) ethylene glycols and ether and ester derivatives thereof, wherein "poly" denotes 2-200 ethylene glycol repeating units; poly (2-ethyl-2-oxazoline); poly (4-styrenesulfonic acid-co-malic acid) sodium salt solution.
2. Verfahren zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren gemäß Anspruch 1 oder 2, wobei der Waschpuffer Lösungsmittel enthält welche ausgewählt sind aus der Gruppe enthaltend 1 ,2-Butandiol, 1,2-Propandiol, 1,3-Butandiol, 1- Methoxy-2-propanolacetat, 3-Methyl-l,3,5-pentantriol, DBE-2, DBE-3, DBE-4, DBE-5, DBE-6, Diethylenglykolmonoethylether (DGME), Diethylenglykol- monoethyletheracetat (DGMEA), Ethyllactat, Ethylenglykol, Poly(2-etliyl-2- oxazolin), Poly(4-styroIsulfonsäure-co-Maleinsäure) Natriumsalzlösung, Tetraethylen- glykol (TEG), Tetraglykol, Tetrahydrofurfurylpolyethylenglykol 200. Tri(ethylen- glykol)divinyl-ether, Triethylenglykol wasserfrei, Triethylenglykolmonoetliylether.2. A method for washing surface-immobilized nucleic acids according to claim 1 or 2, wherein the washing buffer contains solvents which are selected from the group comprising 1, 2-butanediol, 1,2-propanediol, 1,3-butanediol, 1-methoxy 2-propanol acetate, 3-methyl-l, 3,5-pentanetriol, DBE-2, DBE-3, DBE-4, DBE-5, DBE-6, diethylene glycol monoethyl ether (DGME), diethylene glycol monoethyl ether acetate (DGMEA), ethyl lactate, Ethylene glycol, poly (2-etyl-2-oxazoline), poly (4-styrene-co-maleic acid) sodium salt solution, tetraethylene glycol (TEG), tetraglycol, tetrahydrofurfuryl polyethylene glycol 200. tri (ethylene glycol) divinyl ether, triethylene glycol anhydrous, Triethylenglykolmonoetliylether.
3. Verfaliren zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren gemäß einem der Ansprüche 1 bis 3, wobei der Waschpuffer Lösungsmittel enthält welche ausgewählt sind aus der Gruppe enthaltend Tetraglykol, Tertraethylenglykol, 1,3- Butandiol, 1 ,2-Butandiol und Triethylenglykolmonoethylether.3. Verfaliren for washing surface-immobilized nucleic acids according to any one of claims 1 to 3, wherein the washing buffer contains solvents which are selected from the group containing tetraglycol, tetraethylene glycol, 1,3-butanediol, 1, 2-butanediol and triethylene glycol monoethyl ether.
4. Verfahren zur Extraktion von Nukleinsäuren aus einer Lösung umfassend die Schritte: (a) Hinzufügen eines Bindungsmediators zu der Nukleinsäure enthaltenden LösungA method of extracting nucleic acids from a solution comprising the steps of: (a) adding a binding mediator to the nucleic acid-containing solution
(b) in Kontakt bringen der Lösung den Bindungsmediator und die Nukleinsäuren enthaltenden Lösung mit einer Oberfläche unter chaotropen und/oder Hoch-Salz- Bedingungen(b) contacting the solution with the binding mediator and the nucleic acid-containing solution having a surface under chaotropic and / or high salt conditions
(c) Bindung bzw. Adsorption der Nukleinsäuren an eine Oberfläche, (d) Waschen der Oberfläche gemäß einem Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4.(c) binding or adsorption of the nucleic acids to a surface, (d) washing the surface according to a method according to any one of claims 1 to 4.
(e) Wiedergewinnung der Nukleinsäuren, welche an die Oberfläche adsorbiert sind, durch Elution.(e) recovering the nucleic acids adsorbed to the surface by elution.
5. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 1-4, wobei die Nukleinsäure genomische DNA ist.5. The method according to any one of claims 1-4, wherein the nucleic acid is genomic DNA.
6. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 1-4, wobei die Nukleinsäure Gesarnt-RNA ist.6. The method according to any one of claims 1-4, wherein the nucleic acid is total RNA.
7. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 1-4, wobei die Nukleinsäuren kurze doppel strängige DNA Fragmente sind.7. The method according to any one of claims 1-4, wherein the nucleic acids are short double-stranded DNA fragments.
8. Reagenzienkit zum Waschen von an Oberflächen immobilisierten Nukleinsäuren umfassend8. Reagent kit for washing nucleic acids immobilized on surfaces comprising
- eine Lösung 1 umfassend einen Waschpuffer, wobei der Waschpuffer wie in Anspruch 1-4 definiert ist.a solution 1 comprising a wash buffer, wherein the wash buffer is as defined in claims 1-4.
9. Reagenzienkit gemäß Anspruch 8 zusätzlich umfassend9. Reagent kit according to claim 8 additionally comprising
- eine Lösung 2 umfassend Bindungsmediator, unda solution 2 comprising binding mediator, and
- eine Lösung 3 umfassend ein Elutionsmittel.a solution 3 comprising an eluent.
10. Reagenzienkit gemäß Anspruch 9, umfassend eine weitere Lösung 4 umfassend einen Lysepuffer und eine Protease.10. reagent kit according to claim 9, comprising a further solution 4 comprising a lysis buffer and a protease.
11. Verwendung eines Reagenzienkits gemäß einem der Ansprüche 8 bis 10 für die Extraktion von Nukleinsäuren aus biologischen Materialien wie Blut, Gewebe, Abstrichpräparaten, Bakterien, Zellsuspensionen und adheri er enden Zellen.11. Use of a reagent kit according to any one of claims 8 to 10 for the extraction of nucleic acids from biological materials such as blood, tissue, smear preparations, bacteria, cell suspensions and adheri he ends cells.
12. Verwendung gemäß Anspruch 11 für die Aufreinigung von Nukleinsäuren aus biochemischen Reaktionen, PCR-Reaktionen und in vitro- Nukleinsäuremodifikationsreaktionen. 12. Use according to claim 11 for the purification of nucleic acids from biochemical reactions, PCR reactions and in vitro nucleic acid modification reactions.
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