EP1381675A2 - Procede de replication du virus de l'hepatite c - Google Patents

Procede de replication du virus de l'hepatite c

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EP1381675A2
EP1381675A2 EP02727692A EP02727692A EP1381675A2 EP 1381675 A2 EP1381675 A2 EP 1381675A2 EP 02727692 A EP02727692 A EP 02727692A EP 02727692 A EP02727692 A EP 02727692A EP 1381675 A2 EP1381675 A2 EP 1381675A2
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EP
European Patent Office
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cells
hcv
vero
cell
coding
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EP02727692A
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EP1381675B1 (fr
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Czeslaw Wychowski
Gilles Duverlie
Jean Dubuisson
André PILLEZ
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Centre National de la Recherche Scientifique CNRS
Original Assignee
Centre National de la Recherche Scientifique CNRS
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    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
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    • C12N2770/24222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes

Definitions

  • the invention relates to a method for replicating the hepatitis C virus.
  • the invention also relates to a method for screening for inhibitors of the hepatitis C virus.
  • non-A non-B The hepatitis C virus or HCV, identified in 1989 by the team of Choo (Choo et al., 1989), is the major agent of viral infections long called non-A non-B hepatitis.
  • the terminology "non-A non-B” was introduced in the 1970s to designate hepatitis whose etiological agents, not yet identified, appear to be serologically distinct from hepatitis A and B, thanks to the implementation of immunological tests ( Feinstone et al., 1975; Prince et al., 1974).
  • infection with the hepatitis C virus is characterized by a strong predominance of asymptomatic forms and the frequency of progression to chronicity.
  • Molecular cloning and sequencing of the hepatitis C virus were initially carried out by Choo et al. (1988 and 1989) and confirmed by other teams (Kato et al., 1990; Okamoto et al., 1992; Inchauscher et al., 1991). Sequential analysis of the HCV genome reveals an open unique reading phase, the initiating AUG of which is in position 342 of the genome.
  • the 5 'non-coding region of HCV is involved in the translation initiation process by the presence of an internal ribosome entry site or IRES (Tsukiyama-Kohara et al., 1992; Reynolds et al., 1995).
  • Protein C with a molecular weight of around 21 kDa, containing 173 amino acids, is the capsid protein.
  • This protein is the main constituent of the HCV nucleocapsid.
  • the carboxy-terminal region located between amino acids 174 to 191 constitutes the signal peptide of the glycoprotein E1. This sequence is cleaved by a signalase.
  • the capsid protein C of very basic composition, due to its richness in amino acids argmine and lysine (23.5% of amino acids in the N-terminal region) could be involved in AR-protein interactions.
  • the glycoproteins El and E2 of respective molecular weights 31 and 70 kDa, constitute the envelope glycoproteins. These are type I membrane glycoproteins, they each have a hydrophobic domain at their carboxy-terminal end. In addition, they each have a hydrophobic signal sequence at the N-terminal end allowing a translocation in the endoplasmic reticulum and a maturation of these proteins by cellular signalases.
  • Amino acids between 174-191 and amino acids between 371-383 of the HCV polyprotein correspond to the signal peptides of glycoproteins E1 and E2.
  • the last amino acid of the E2 sequence is located at position 746 of the HCV polyprotein and the last amino acid of the E1 glycoprotein is at position 383 of the polyprotein which implies that the signal peptide of the E2 glycoprotein from El.
  • the NS3 protein is a 70 kDa protein. Located between amino acids 1027 and 1657 of the HCV polyprotein, it has two distinct functional domains: the N-terminal part of the protein codes for a protease and the C-terminal domain for an NTPase / helicase dependent on TARN.
  • the NS4A protein is a protein with an apparent molecular weight of 8 kDa. It is located on the polyprotein between amino acids 1658 and 1711.
  • the HCV NS4B protein with a molecular weight of 27 kDa has no known function to date.
  • the NS4B protein is located between amino acids 1712 and 1972 of the HCV polyprotein.
  • the NS4B protein appears as a basic protein.
  • the HCV NS5A protein with a molecular weight of 56 kDa is a protein which interacts with the NS5B protein and probably participates in the replication of HCV.
  • the NS5A protein is located between amino acids 1973 and 2420 of the HCV polyprotein of genotype la. However, according to the different genotypes observed, this protein can have different amino acid insertions: it thus comprises 466 amino acids for the genotype 2a, 452 amino acids for the genotype 3a whereas it only comprises 466 amino acids for the genotype la . If the main function of this protein is still unknown, it nevertheless has some characteristics. Thus, the expression of a 56 kDa protein and a 58 kDa protein was observed. It corresponds to phosphorylation and hyperphosphorylation of the NS5A protein leading respectively to the production: proteins of 56 and 58 kDa.
  • the NS5B protein with a molecular weight of 68 kDa is positioned between amino acids 2421 and 3011 of the polyprotein.
  • the hepatitis C virus seems to express its pathogenic power exclusively in the liver of infected patients or animals (Negro et al., 1992).
  • attempts at viral propagation on human hepatocytes or coming from chimpanzees have led to abortive cycles (Lanford et al., 1994).
  • Other work reported by Seipp et al. (1997), and concerning the infection of different cell lines (HuH7 and HepG2) or cells of porcine origin (PKI 5) have revealed the possibility of viral infection and replication. It is currently difficult to envisage exploiting these cellular systems for massive viral production.
  • European patent application EP 1 043 399 relates to a system for the cell culture of the hepatitis C virus, which mainly comprises eukaryotic cells containing a specific genetic material of the transfected HCV, characterized in that the eukaryotic cells are cells human hepatoma and that the specific genetic material of the transfected HCV is an HCV RNA construct, which includes the specific HCV RNA segments: 5'NTR, NS3, NS4A, NS4B, NS5A, NS5B and 3'NTR as well as an additional "marker" selection gene (selection gene).
  • the cells concerned are HuH7 cells of human hepatomas and the genotype of the hepatitis C virus used is the genotype lb (Lohmann et al., 1997). However, this replication process is not applicable to the genotype la of HCV.
  • HCV hepatitis C virus
  • one of the aspects of the invention is the use of cells which have particular cellular factors, allowing replication of the genome of the hepatitis C virus in these cells.
  • One of the other aspects of the invention is the use of these cells for replication as well as the multiplication and therefore the production of the hepatitis C virus.
  • One of the other aspects of the invention is to provide a new method of replication and production of the hepatitis C virus genotype la, by transformation of appropriate cells.
  • One of the other aspects of the invention is to provide a novel method for screening for anti-HCV agents and thereby to provide inhibitors of the hepatitis C virus.
  • the invention relates to the use of cells capable of carrying out a process of prenylation of proteins encoded by the hepatitis C virus (HCV) genome, such as the prenylation of the NS5A protein, for replication and, where appropriate. where appropriate, the production of HCV or viable mutants derived therefrom, in an appropriate culture medium.
  • HCV hepatitis C virus
  • a particularly interesting modification is the prenylation which corresponds to the alkylation of a cysteine by a farnesyl (15 carbon atoms) or geranylgeranyl (20 carbon atoms) group, these groups being derived from the polymerization of mevalonic acid.
  • cysteine residues CC
  • NS5A protein The presence of two cysteine residues (CC) at the carboxy-terminal end of the NS5A protein (Grakoui et al, 1993) suggests that this protein can be modified by prenylation (Casey P. J., 1992).
  • the prenyltransferases can add to the cysteine at the C-terminal position a farnesyl or geranylgeranyl group of 15 to 20 carbon atoms, respectively, which are derived from the polymerization of mevalonic acid.
  • the patterns identified and responsible for these modifications are often of the CAAX or CC type, where C is cysteine, A is an aliphatic amino acid and X is an amino acid such as M (Methionine), S (Serine), Q (Glutamine ) or L (Leucine).
  • replication of HCV designates the molecular process or processes leading to the synthesis of a strand of negative polarity which will serve to generate new strands of positive polarity constituting the genomic material of HCV.
  • production of HCV designates the possibility for a given cell to reproduce infectious particles of the hepatitis C virus (viral multiplication cycle).
  • viable mutants derived designates viable variants which can only come from the selection of the HCV replicon under different selection pressures. This selection pressure must generate the selection of mutations in the genome of the
  • HCV HCV which lead to better replication, to a more quantitative expression of the different proteins and consequently to a better resistance of the cells towards the product of selection. Only viable mutations allowing resistance to the selection pressure are observed. The other mutations, which are not viable, cause the death of the cell.
  • the expression "in an appropriate culture medium” designates the medium in which the cell line is most capable of growing.
  • the culture medium may in particular be DMEM / 10% S VF (fetal calf serum) supplemented with the elements necessary for selection, for example neomycin (G418) or hygromycin B.
  • S VF fetal calf serum
  • An advantageous use of the invention is the use, as defined above, of mammalian cells, in particular monkey kidney cells, also designated Vero cells. Vero cells are normal kidney cells from green African monkeys (Cercopithecus aethiops, ATCC: CCL81)
  • the invention also relates to the use as defined above, of Vero cells transformed by a gene for resistance to an antibiotic, such as neomycin, in particular of Vero / G418 cells.
  • the cells used come from the particular cell line Vn5, resulting from the transformation of a Vero cell by the gene for resistance to an antibiotic, such as neomycin.
  • Vn5 or Vero / G418 cells are described by Frese et al. (1995).
  • the antibiotic resistance gene can be chosen from the genes for resistance to bleomycin, phleomycin, zeocin or puromycin.
  • the invention relates to the use as defined above, of cells, such as Vero cells, optionally transformed by a gene for resistance to an antibiotic, such as neomycin, said cells being transformed by a nucleic acid containing all or part of the genome of HCV or mutants derived from HCV.
  • the Vero cells can be transformed by the following antibiotic resistance genes: the genes for resistance to bleomycin, phleomycin or zeocin; or the genes for resistance to puromycin, hygromycin B or neomycin.
  • the ribonucleic acid used comprises the following parts of the HCV genome: the 5 'and 3' non-coding regions, part of the sequences coding for the capsid protein C ( sequence between 50 and 100 nucleotides) and region 1 coding for the non-structural proteins, namely NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A and NS5B or NS3, NS4A,
  • Viable variants of HCV advantageously come from the selection of the replicon under different selection pressures. This pressure then causes the selection of mutations in the genome which lead to better resistance against the selection product.
  • the invention also relates to the use as defined above, characterized in that the nucleic acid is chosen from:
  • HCV is for example the nucleotide sequence SEQ ID NO: 2.
  • a nucleic acid coding for the non-structural proteins of HCV is for example the nucleotide sequence SEQ ID NO: 1.
  • the proteins as mentioned above are understood, namely the proteins C, E1, E2 and p7.
  • non-structural proteins of HCV are the proteins NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A and NS5B.
  • replicon containing a gene for resistance to an antibiotic, in particular hygromycin B, and a nucleotide sequence coding for the non-structural proteins of HCV designates a nucleic acid containing the 5 'and 3' non-coding regions of the genome of the HCV, part of the sequence coding for the capsid protein C of HCV followed by the nucleotide sequences coding for Hygromycin-B- phosphotransferase (HPH) and nucleotide sequences coding for the proteins NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A and NS5B, defined above (see Figure 1).
  • HPH Hygromycin-B- phosphotransferase
  • the invention relates to the use as defined above, characterized in that the cells are transformed with a nucleic acid chosen from the nucleotide sequences SEQ H) NO: 1, SEQ ID NO: 2 and SEQ ID NO: 3.
  • sequence SEQ ID NO: 1 corresponds to the part of the sequence of the HCV of genotype encoding it for the non-structural proteins, namely the proteins NS2, NS3,
  • sequence SEQ ID NO: 2 corresponds to the entire HCV sequence of genotype la (structural and non-structural proteins).
  • sequence SEQ ID NO: 3 corresponds to the replicon obtained by fusion of a gene for resistance to hygromycin B with the part of the sequence of the HCV of genotype coding it for non-structural proteins.
  • the invention relates to the use as defined above, for replication, and where appropriate, the production of HCV type la.
  • the type 1 genotype of HCV is described in particular by Peter Simmonds (2001).
  • the main characteristic of the HCV genotypes is their variability. Indeed, the genomes differ from each other by their nucleotides with a percentage varying from 31 to 34%, which also results in variability in amino acids.
  • the invention relates to the use as defined above, of cells as deposited at the CNCM on April 13, 2001 under the numbers 1-2658 and 1-2659.
  • the strain registered under the number 1-2659, corresponds to the Vero / G418 (Vn5) cells, as defined above.
  • the invention relates to a nucleotide sequence characterized in that it comprises or consists of SEQ ID NO: 1.
  • the invention relates to a nucleotide sequence characterized in that it comprises or consists of SEQ ID NO: 3.
  • the invention relates to a recombinant vector, in particular plasmid, cosmid, phage or virus DNA, containing a nucleotide sequence as defined above.
  • An advantageous vector of the invention is a recombinant vector as defined above, containing the elements necessary for the expression in a host cell of the polypeptides encoded by the nucleic acids as defined above, inserted into said vector.
  • the recombinant vector defined above contains in particular a promoter recognized by the RNA polymerase of the host cell, in particular an inducible promoter and optionally a transcription, termination sequence, and optionally a signal and / or anchor sequence.
  • the recombinant vector contains the elements which allow the expression of a nucleotide sequence, as defined above, as a mature protein or fusion protein.
  • the vector used for the cloning of HCV is the vector pGEM 3Zf (+) (Proméga).
  • This vector contains the ampicillin resistance gene, the origin of replication of the plasmid and the intergenic fragment of phage fl.
  • the HCV fragments are placed under the control of the T7 or SP6 promoter.
  • the invention also relates to a host cell, chosen in particular from bacteria, viruses, yeasts, fungi, plants or mammalian cells, said host cell being transformed, in particular using a recombinant vector such as defined above.
  • the host cell as defined above contains the regulatory elements allowing the expression of one of the nucleotide sequences as defined above.
  • bacteria are used
  • DH5 ⁇ sold by the company Gifco. These bacteria are used to amplify, after transfection, the plasmids pGEM3Zf (Proméga) which have the complementary sequences of the HCV or the sequences of the replicon. All plasmids containing HCV sequences are used for the transformation of DH5 ⁇ bacteria. HCV sequences are stable in this bacterium.
  • the cells used for the viral production of the recombinant vaccine viruses are in particular the Tk- cells (see experimental part, 1-3) or the CV1L cells.
  • the recombinant vaccine viruses are produced from the plasmids pTM1 (Moss et al., 1990) and recombined according to the experimental procedure. These recombinant viruses contain the sequences coding for the NS5A protein or truncated forms in the N-terminal part of the NS5A protein.
  • the CV1 cell strain is a continuous line derived from African green monkey kidney cells (AGMK) and the CV1-L strain is derived from a subcloning of the CV1 strain.
  • the invention relates to any transformed cell constituted by a Vero / G418 cell, comprising a nucleic acid chosen from: - those coding for structural and non-structural proteins of HCV or
  • An advantageous cell according to the invention is a cell as defined above, constituted by a Vero / G418 cell comprising a replicon constituted by a nucleic acid chosen from those containing a gene for resistance to an antibiotic, such as hygromycin B , and a nucleotide sequence encoding the non-structural proteins of HCV, namely NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A and NS5B.
  • An advantageous cell of the invention is a cell as defined above, such as the Vero / G418 cell deposited at the CNCM on April 13, 2001 under the number I-2659.
  • An advantageous cell according to the invention is a cell as defined above, such as the Vero / G418 cell, comprising a nucleic acid containing a gene for resistance to an antibiotic, such as hygromycin B, and a nucleotide sequence encoding for non-structural proteins of HCV, and deposited at the CNCM on April 13, 2001 under the number 1-2658.
  • An advantageous cell according to the invention is a cell as defined above, constituted by a Vero / G418 cell comprising a nucleic acid containing a gene for resistance to an antibiotic, in particular hygromycin B, and a nucleotide sequence coding for the non-structural proteins, and having the property of replicating HCV at a concentration of antibiotic, in particular hygromycin B, of 800 to 1000 ⁇ g / ml.
  • the invention also relates to a method for producing the hepatitis virus.
  • Vero / G418 cells which includes infection of Vero / G418 cells, in particular Vero / G418 cells as deposited at the CNCM on April 13, 2001 under the number 1-2659, by the hepatitis C virus and culturing in appropriate conditions of these infected cells.
  • Vero / G418 + replicon cells are first tested by infection using a titrated HCV viral stock in order to determine whether this cell line can be infected and likely to produce virus.
  • the most functional replicon is advantageously obtained from the cell which resists the highest concentration of hygromycin B.
  • the growth of the cell indicates a greater expression of the gene for resistance to hygromycin B which is linked to the efficiency of replicating the replicon.
  • the infectivity determined here is the infectivity of the complementary DNA of the HCV, that is to say the possibility of reconstituting infectious viral particles after transfection of cells with RNA resulting from the transcription of the cDNA of the HCV. The virus is then able to spread to an appropriate cell culture and to produce viral particles in quantity.
  • the invention also relates to a method for replicating the hepatitis C virus by transformation of Vero / G418 cells with a nucleic acid as defined above, and in particular by transformation of Vero / G418 cells as deposited on April 13, 2001 to the CNCM under the number 1-2659, to obtain transformed Vero / G418 cells, in particular those deposited on April 13, 2001 at the CNCM under the number I-2658, and by culturing these transformed cells under appropriate conditions.
  • HCV replication can only take place in certain cells that are useful to select.
  • a replicon the minimum unit of replication, is used which contains the sequences of the hygromycin B resistance gene, inserted in place of the sequences coding for the structural proteins of HCV.
  • a selective medium for example DMEM / 10% S VF and hygromycin B
  • HCV replication is linked to the selection of resistant cells.
  • This process is therefore based on a method of selecting cells capable of replicating the genome of HCV.
  • the invention also relates to a method for producing the hepatitis C virus by transformation of Vero / G418 cells, in particular Vero / G418 cells as deposited on April 13, 2001 at the CNCM under the number 1-2659, with an acid. nucleic acid coding for structural and non-structural proteins of HCV, by culturing under appropriate conditions the transformed Vero / G418 cells and recovering the particles of HCV virus.
  • RNA is extracted to convert the HCV RNA into DNA.
  • This is then cloned into a vector pGEM 3Zf (Proméga) in which only the sequence coding for the nonstructural proteins of the replicon is reintroduced in place of the complete cDNA of the HCV.
  • pGEM 3Zf Proméga
  • the invention also relates to a method for screening for anti-HCV agents, which comprises the following steps: - bringing the compound tested for its anti-HCV properties into contact with transformed cells, constituted by Vero / G418 cells, comprising a nucleic acid chosen from:
  • Vero / G418 + replicon cells growing at hygromycin B concentrations ranging from 800 to 2000 ⁇ g / ml are subjected to the action of specific inhibitors of 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase, such as mevastatin or lovastatin. Then, RNA extractions are carried out at variable times on cells treated with these inhibitors. The synthesis of HCV RNA is then analyzed by RT-PCR in a single step using a device called LightCycler (Roche) or by hybridization on filters of RNA using radioactive probes specific for HCV.
  • LightCycler Roche
  • the following system which consists in reproducing a replicon also containing the sequences coding for the GFP protein whose property is to fluoresce naturally under a certain wavelength.
  • this protein is chosen with a relatively short half-life. Under these conditions, it is not necessary to fix the cells and the fluorescence can be observed in real time. If an effective HCV inhibitor is brought into contact with the Vero / G418 + replicon cells and an inhibition of the synthesis of HCV RNA is observed, this is also observed at the level of the synthesis of the proteins produced, and therefore on the intensity of fluorescence produced by GFP. The half-life of GFP then being very short, a decrease in the fluorescence of GFP is observed in the cells.
  • the invention relates to the use of cholesterol-lowering agents, in particular statins, and more particularly lovastatin, mevastatin, simvastatin, pravastatin and fluvastatin, for the manufacture of medicaments for the treatment of hepatitis. vs.
  • statins in particular statins, and more particularly lovastatin, mevastatin, simvastatin, pravastatin and fluvastatin, for the manufacture of medicaments for the treatment of hepatitis. vs.
  • Statins are products used for the treatment of high cholesterol. They act on the level of the enzyme hydroxymethylglutaryl
  • HMG HMG CoA synthetase to block the synthesis of mevalonic acid.
  • Mevalonic acid which is involved in the cholesterol biosynthesis pathway, also produces geranyl or farnesyl by polymerization.
  • statins by blocking the synthesis of mevalonic acid, also affect the synthesis of farnesyl or geranyl groups; they therefore have an indirect effect on prenylation.
  • statins can therefore be used in order to verify the anti-HCV screening method as defined above.
  • the invention also relates to the use of prenylation inhibitors for the manufacture of medicaments for the treatment of hepatitis C, where appropriate in combination with an antiviral.
  • the invention relates to a method for preparing Vero / G418 cells comprising a nucleic acid chosen from:
  • the invention relates to cells as obtained by implementing the method as defined above.
  • the invention relates to a pharmaceutical composition, characterized in that it comprises, as active substance, a prenylation inhibitor compound, in combination with an antiviral agent and a pharmacologically acceptable excipient.
  • Prenylation is important for the NS5A protein because it promotes protein-protein interactions; all disturbances of these interactions act on the replication process of HCV and decrease its efficiency.
  • the invention relates to a pharmaceutical composition, characterized in that it comprises, as active substance, a cholesterol-lowering compound, in combination with an antiviral agent and a pharmacologically acceptable excipient.
  • a pharmaceutical composition characterized in that it comprises, as active substance, a cholesterol-lowering compound, in combination with an antiviral agent and a pharmacologically acceptable excipient.
  • a compound acting on the synthesis of mevalonic acid has an action on the rate of prenylation of the NS5A protein of HCV and consequently on the replication of HCV.
  • the combination of a cholesterol-lowering compound, which acts indirectly on the replication of HCV also leads to a reduction in the viral load of HCV in an infected patient. Therefore, the action combined with an antiviral agent should lead to better elimination of the virus in infected patients.
  • the hypercholesterolemic compound used is chosen from lovastatin, mevastatin, simvastatin, pravastatin and fluvastatin.
  • the pharmaceutical compositions according to the invention are in particular in the form of tablets of 20 mg, the daily intake being between 10 and 40 mg.
  • Figure 1 is a diagram of the hepatitis C virus genotype la replicon.
  • Said replicon contains: the 5 ′ and 3 ′ sequences corresponding to the non-coding regions of HCV; the nucleotide sequence coding for part of the capsid protein (C), that is to say the 246 nucleotides (amino acids 1 to 82); the nucleotide sequence coding for the Hygromycin B phosphotransferase gene which is the selection gene (noted Hygromycin in the diagram); the nucleotide sequences coding for the non-structural proteins corresponding to: NS2-NS3-NS4A-NS4B-NS5A-NS5B and noted NS2 - NS5B.
  • the Asp 718 site is one of the restriction sites included in the nucleotide sequence of the capsid protein which was used for the insertion of the sequences coding for the selection gene.
  • the Xbal restriction site is the site that is used to linearize DNA before transcription. This site is then modified according to the method described in the "Materials and Methods" section.
  • FIGS 2A to 2D show immunofluorescence results on Vero / G418 + replicon cells.
  • Vero / G418 cells are cultured on glass slides in the absence of hygromycin B ( Figure 2D) and Vero / G418 + replicon cells in the presence of hygromycin B (800 ⁇ g / ml) ( Figures 2A, 2B and 2C). These cells are then treated according to the methods described in the "Materials and Methods" section.
  • FIG. 2A corresponds to the indirect immunofluorescence obtained on Vero / G418 + replicon cells using a mouse monoclonal antibody directed against the capsid protein C.
  • Figure 2B corresponds to the indirect immunofluorescence obtained on Vero / G418 + replicon cells using a serum from a patient infected with HCV.
  • Figure 2C corresponds to the indirect immunofluorescence obtained on Vero / G418 + replicon cells using a polyclonal antibody produced in rabbits and directed against the NS4 protein.
  • Figure 2D corresponds to the indirect immunofluorescence obtained on Vero / G418 cells (control cells) using a polyclonal antibody produced in rabbits and directed against the NS4 protein.
  • Figures 3A, 3B, 3C and 3D relate to the characterization of the prenylation of the NS5A protein of the hepatitis C virus.
  • Figure 3A represents the result of the immunoprecipitations, obtained using a directed rabbit polyclonal antibody against the NS5A protein, and carried out on cellular extracts originating from Vero / G418 (or Vn5) cells, infected either only by the recombinant vaccinia virus vTF7-3 (line 1), or by the recombinant vaccines viruses vTF7-3 and wNS5A ( lane 2), and labeled either in the presence of mevalonic acid H, or in the presence of methionine S.
  • the immunoprecipitated NS5A protein is indicated by an arrow.
  • FIG. 3B represents the result of the immunoprecipitations obtained using a polyclonal rabbit antibody directed against the NS5A protein and carried out on cellular extracts originating from Vn5 cells (Vero / G418) infected with the recombinant vaccine viruses vTF7-3 alone (line 1), vTF7-3 and wNS5A.la (line 2) and vTF7-3 and wNS2-5B (line 3).
  • the presence of the NS5A protein is indicated by an arrow.
  • FIG. 3C represents the result of the immunoprecipitations obtained using a polyclonal rabbit antibody directed against the NS5A protein and carried out on cellular extracts originating from Vn5 cells (Vero / G418) infected with the recombinant vaccine viruses vTF7-3 alone (line 1), vTF7-3 and vvNS5A.la dll (deletion of amino acids located between positions 1973 and 2100, line 2), vTF7-3 and wNS5A.la dl2 (deletion of amino acids located between positions 1973 and 2073 , line 3), vTF7-3 and wNS5A.la dl3 (deletion of amino acids located between positions 1973 and 2001, line 4), and vTF7-3 and wNS5A.la (line 5), and marked either in the presence of mevalonic acid H 3 , i.e. in the presence of methionine S 35 .
  • the position of the different NS5A proteins. the truncated is indicated by
  • FIG. 3D represents the result of the immunoprecipitations obtained using a polyclonal rabbit antibody directed against the NS5A protein and carried out on cellular extracts originating from Vn5 cells (Vero / G418) infected with the recombinant vaccine viruses vTF7-3 and wNS5A of genotype la, vTF7-3 and wNS5A of genotype lb coming from two different patients (lines 1 and 2), and labeled in the presence mevalonic acid H 3 .
  • the position of the NS5A protein is indicated by an arrow.
  • Vero / G418 cells are cultured in a thin layer in 10 mm dishes and in DMEM medium (Eagle Medium modified by Dulbecco) and containing 10% of fetal calf serum (SVF). The cells can be cultured under neomycin pressure at 300 ⁇ g / ml (maintenance value for these cells).
  • trypsin / versene NaCl 8g / l; KC1 0.4 g / 1; dextrose lg / 1; NaHCO 3 0.58g / l; Trypsin crystallized 0.045 g / 1; Versene 0.2 g / 1) and 1-10 6 cells are transferred to a 100 mm dish, which corresponds to a 1/10 dilution.
  • the medium is changed every two to three days.
  • a cDNA was synthesized according to the method of G ⁇ bler and Hoffmah (G ⁇ bler and Hoffman, 1983). Then, thanks to primers of known sequences, the hepatitis C genome could then be amplified by the so-called "nested primers" method (Mullis and Faloona, 1987). DNA fragments corresponding to different regions of the HCV genome as well as the sequences corresponding to the non-coding ends of the genome of the HCV virus were cloned into a vector pGEM 3Zf (+) (Proméga) at the unique SmaI restriction site.
  • This vector contains the ampicillin resistance gene, the origin of replication of the plasmid and the intergenic fragment of phage fl.
  • the fragments are placed under the control of the T7 promoter at the 5 'end of the HCV or SP6 at the 3' end of the HCV. All of these clones were constructed with overlapping DNA sequences so to facilitate in vitro recombination. After total or partial digestion of the DNA of these different clones, fragments were purified on agarose gel and ligated together so as to reconstitute the genome of the hepatitis C virus. CDNA along 9623 nucleotides to be generated.
  • the recombinant viruses are purified by formation of plaques on 143 B tk- cells (cells deficient in thymidine kinase, ATCC CRL-8303) in the presence of bromodeoxyuridine (50 ⁇ g / ml).
  • 143 B tk- cells cells deficient in thymidine kinase, ATCC CRL-8303
  • bromodeoxyuridine 50 ⁇ g / ml.
  • Each viral stock deriving from an isolated range was amplified on CV1-L cells (strain derived from the subcloning of African green monkey kidney cells) after infection with a multiplicity of infection (me) of 1 unit forming range per cell (UFP / cell) (Fourmillier et al., 1996).
  • Vero / G418 cells Vn5 were infected either with the vTF7.3 virus (Fuerst et al., 1986) alone, or co-infected with this virus and one of the recombinant viruses expressing the HCV NS5A protein, each to a moi of 5 PFU / cell. After one hour at 37 ° C, the inoculum is removed and replaced with DMEM medium containing 5% fetal vow serum.
  • a lysis buffer for cytoplasmic extraction 50 mM Tris-HCl pH 7.5; 150 mM NaCl; lmM EDTA; NP40 (or Igepal) 1 % (Sigma); Na deoxycholate 0.1%; Aprotinin 10 ⁇ g / ml; TPCK (Sigma) and PMSF (Sigma), 20 ⁇ g / ml) or for total extraction with a lysis solution containing: 50 mM Tris-HCl pH 7.5; 150 mM NaCl; lmM EDTA; 0.5% NP40; 0.5% Na deoxycholate; 0.2% SDS; Aprotinin 10 ⁇ g / ml; TPCK and PMSF, 20 ⁇ g / ml.
  • a lysis buffer for cytoplasmic extraction 50 mM Tris-HCl pH 7.5; 150 mM NaCl; lmM EDTA; NP40 (or Igepal) 1 % (Sigma); Na de
  • HCV proteins are then immunoprecipitated from this lysate using polyclonal rabbit sera as described by Wychowski et al. (1985) and the precipitates were analyzed by SDS-PAGE. Marking with mevalonic acid ( 3 H) of proteins: Vero / G418 cells
  • Vn5 were either infected with the vTF7.3 virus (Fuerst et al, 1986) alone, or co-infected with this virus and one of the recombinant viruses expressing the NS5A HCV protein, each at a m.o.i. of 5 PSU / cell. After one hour at 37 ° C, the inoculum is removed and replaced with DMEM medium containing 10% fetal vow serum in the presence of Mevastatin (100 ⁇ g / ml). After 4 hours, 100 mCi / ml of mevalonic acid
  • V TPCK and PMSF 20 ⁇ g / ml.
  • the HCV proteins are then immunoprecipitated from this lysate using polyclonal rabbit sera as described above and the precipitates are analyzed by SDS-PAGE.
  • Neomycin The DNA corresponding to the neomycin gene was introduced between the restriction sites Asp718 (position 579 of the nucleotide sequence of the HCV of genotype la) and the restriction site Eco47III (position 2847 of the sequence HCV nucleotide genotype la).
  • a DNA fragment corresponding to the sequence coding for Neomycin was amplified using primers complementary to the sequence coding for Neomycin and containing in 5 'and 3' the restriction sites Asp718 and Eco47III. The amplified fragment was purified on low melting gel (agarose gel with low melting point), then this fragment was digested with the restriction enzymes mentioned above.
  • This fragment was then integrated into the plasmid pG / HCV 1-9623, deleted from its sequence between Asp718 and Eco47III.
  • the sequences were thus inserted so as to be in phase with a remaining part of the sequences coding for the capsid protein and with the sequences coding for the NS2 protein.
  • the NH2 terminal part of NS2 has been deleted. Consequently, all of the NS2 sequences were reconstituted by amplifying by PCR all of the sequences coding for NS2 and part of the sequence coding for the protein NS3.
  • the primer at the 5 'position of the sequence also contains the Spel restriction site sequences.
  • the DNA fragment was amplified and purified according to the usual procedures, then it was digested with the enzymes Spel and the enzyme Bstl 107I whose position of this site is in position 3640 of the nucleotide sequence of the HCV genotype la. Finally, this fragment was integrated between the SpeI and Bst1107 I restriction sites.
  • the resulting plasmid pG / Neo 2- 5B was obtained. This plasmid contains the 5 ′ and 3 ′ non-coding regions, part of the sequence coding for the Capside C protein, the sequences of the neomycin resistance gene and all the sequences coding for the non-structural protein region of HCV. . It appears in this construction that the capsid part is fused to the resistance gene.
  • neomycin and the NS2 product of HCV will normally be produced by cleavages which will be generated by the two HCV viral proteases.
  • the plasmid pG / Neo 2-5B was used to replace the sequences coding for neomycin by the sequences coding for the gene for resistance to hygromycin B.
  • a DNA fragment containing the sequences of resistance to hygromycin B as well as the sequences of the restriction sites Asp718 and Xbal located respectively at the 5 'and 3' ends was amplified. The Xbal site is compatible with the Spel site, but after hybridization the Spel and Xbal sites will not be generated.
  • DNA preparation the DNA is recovered by ethanol precipitation. Once centrifuged the DNA is taken up in sterile water which has been treated with DEPC
  • DNA can then be transcribed into RNA.
  • 20 ⁇ l of DNA (approximately 5 ⁇ g) are supplemented with: 20 ⁇ l of water treated with DEPC, 20 ⁇ l of 5X transcription buffer (Hepes-KOH (pH 7.5) 400 nM , MgCl 2 120 mM, spermidine 10 mM, DTT 200 mM), 30 ⁇ l of rNTPs (25mM ATP, CTP, GTP, UTP), 10 ⁇ l Enzyme Mix (T7) (Proméga) and the mixture is incubated at 37 ° C for 2 to 4 hours.
  • 5X transcription buffer Hepes-KOH (pH 7.5) 400 nM , MgCl 2 120 mM, spermidine 10 mM, DTT 200 mM
  • rNTPs 25mM ATP, CTP, GTP, UTP
  • T7 10 ⁇ l Enzyme Mix
  • the DNA matrix is degraded by 5 ⁇ l of RQ1 Dnase (Rnase free) (Proméga) for 15 to 30 minutes at 37 ° C.
  • Phenol / cloroform extraction is carried out and the aqueous solution containing the RNA is precipitated by adding 1/10 of 3M sodium acetate and two volumes of ethanol. After one night, centrifugation is carried out to recover the RNA pellet. This is then washed with a 70% ethanol solution, then dried lightly on the bench and finally resolubilized with sterile water treated with DEPC. The RNA thereafter will be stored at -80 ° C.
  • the DNA serving as a template for the production of radioactive RNA comes from DNA amplified by the PCR method and in which the primers in the 5 ′ or 3 ′ position contain the promoter sequences for the T7 or SP6 bacteriophages, which thus makes it possible to produce RNAs of negative or positive polarity depending on whether will seek to characterize respectively RNAs of positive or negative polarity of the replicons.
  • the DNA produced by PCR it is not necessary to linearize with a restriction enzyme since the ends are blunt ends. However, the DNA fragments will be purified on lo ⁇ melting gel (low melting point agarose gel) before being transcribed.
  • 3 ⁇ l of DNA (corresponding to 1-2 ⁇ g) are supplemented with 4 ⁇ l of 5X transcription buffer (Tris-HCl (pH 7.9 at 25 ° C) 200 mM, 50 mM NaCl, 30 mM MgCl 2 , spermidine 10 mM), 2 ⁇ l of a 100 mM DTT solution, 0.5 ⁇ l of RNasin (inhibitor) (40 U / ⁇ l) (Blackburn and Moore, 1982), 4 ⁇ l of a mixture of rNTPs (rATP, rUTP and rGTP, 2 , 5 mM each) in which the rCTP was omitted, 5.5 ⁇ l of water treated with DEPC, l ⁇ l of T7 polymerase enzyme (20 U / ⁇ l) and 50 ⁇ Ci of lyophilized dCTP ⁇ P 32 .
  • 5X transcription buffer Tris-HCl (pH 7.9 at 25 ° C) 200
  • the DNA is transcribed for 1 hour at 37 ° C. Then the DNA is degraded as described above and the RNA is precipitated and then resolubilized in water treated with DEPC.
  • Electroporation technique This technique was carried out according to a procedure described by Liljestrom et al.
  • the device used for electroporations is of the BioRad brand (BioRad Gene Pulsar with Inc controller). Vero / G418 cells were seeded on 100 mm dishes and in DMEM medium supplemented with 10% fetal calf serum (SVF) and they were left in culture until a confluence of 80 to 90 % is reached. It should be noted that 5.10 6 cells are necessary for each electroporation. Consequently, the number of boxes is calculated to have a sufficient quantity of cells. The cells to be electroporated are washed with a PBS solution and are then detached using a trypsin solution containing EDTA.
  • RNA replicon RNA
  • the same tube is placed in the electroporation apparatus which has been calibrated at 1.75 kV and 25 ⁇ FD, while the resistance controller was in the infinite position (button ⁇ of the device).
  • the cells thus received two electric shocks. The percentage of cells that survive these shocks is 20-30% o. After these shocks, the cells are taken up in DMEM 10% FCS medium and they are kept at room temperature for 10 minutes before being reseeded on a 100 mm dish. Then all the boxes are placed in a CO 2 oven and at a temperature of 37 ° C. They are then ready to undergo the selection pressure with hygromycin B.
  • Vero / G418 cells electroporated in the presence of HCV RNA and containing the hygromycin B resistance gene were used for progressive pressure in the presence of hygromycin B. Once electroporated, as described above, the cells are initially placed on 100 mm boxes. After 48 hours, the cells are subjected to a low pressure of 100 ⁇ g / ml of hygromycin B and then to 200 ⁇ g / ml until they reach a confluence. They are then peeled off by the action of the trypsin / versene mixture and they are transferred to 60 mm boxes, while keeping the initial selection pressure. The cells are maintained for five to ten passages (variable) at this concentration to stabilize the cell population.
  • Transplanting is done at the beginning approximately every three weeks with a 1/2 dilution of the cells and a change of medium every three to four days. After stabilization of cell growth (subculturing on average every 10 to 15 days, observations also with the general condition of the cell), these are subjected to increasing pressures in hygromycin B of the order of 50 to 100 ⁇ g / ml depending on the circumstances. Stabilization of the cell is often done after five passages under the defined pressure. Total RNA from cells growing under selection pressure was extracted and subjected to RT-PCR (PCR using retrotranscriptase) in the 5 ′ and 3 ′ non-coding regions. These being positive, the selection pressure was maintained and gradually increased.
  • RT-PCR PCR using retrotranscriptase
  • Véro / G418 / Replicon HCV cells The cells are cultured in a thin layer in 75 cm 2 flasks and in DMEM medium containing 10% fetal calf serum (FFS) and hygromycin B. The concentration of hygromycin B depends on the cell selection. This varies from 200 to 1000 ⁇ g / ml.
  • the 75 cm 2 flasks are usually seeded with 5.10 6 cells which corresponds to a half dilution and they are maintained for 10 to 15 days depending on their density.
  • the medium of these cells is eliminated and the cells are washed twice with a trypsin / versene medium (NaCl 8 g / 1, KC1 0.4 g / 1, dextrose 1 g / 1, NaHCO 0, 58 g / 1, Trypsin crystallized 0.045 g / 1, Versene 0.2 g / 1).
  • the cells detach very quickly after a few minutes (2 to 5 minutes).
  • These cells are then taken up in DMEM medium containing the appropriate concentration of hygromycin B and the cells are distributed in two flasks. The cells are allowed to settle and settle on the flask and the medium is not changed until three to four days later, then both thereafter until the desired cell density (8 to 10.10 6 cells / 75 cm flask 2 ).
  • Vero / G418 cells are cultured on glass slides in the absence of hygromycin B and Vero / G418 + replicon cells in the presence of hygromycin B (800 ⁇ g / ml). After 3 days of culture, the cells are fixed in a PBS solution containing 4% of paraformaldehyde. The cells attached to paraformaldehyde are then treated with a solution of Triton X-100 to promote intracellular labeling. The cells are then brought into contact with specific antibodies directed against various HCV proteins and diluted in TBS (Tris Buffered saline: 20 mM Tris-HCl pH 7.5; 137 mM NaCl; 2 mM EDTA).
  • TBS Tris Buffered saline: 20 mM Tris-HCl pH 7.5; 137 mM NaCl; 2 mM EDTA).
  • antibodies are either monoclonal antibodies directed against the capsid protein, NS3 or NS5 and prepared in mice, or polyclonal antibodies recognizing the protein NS4 or NS5A or B and prepared in rabbits, or anti-HCV antibodies originating from patients infected with HCV.
  • the cells are then incubated with a secondary antibody coupled to rhodamine (anti-mouse immunoglobulins produced in rabbits; DAKO) or to fluorescein (anti-mouse immunoglobulins produced in donkeys; Jackson), or antibodies secondary coupled to rhodamine or fluorescein and recognizing rabbit immunoglobulins or immunoglobulins human.
  • rhodamine anti-mouse immunoglobulins produced in rabbits; DAKO
  • fluorescein anti-mouse immunoglobulins produced in donkeys; Jackson
  • RNA purifications can be carried out on 1.5 ⁇ 10 3 to 5.10 6 cells.
  • the extraction procedures are carried out with the Proméga kit (SV Total RNA Isolation System) and described according to the Proméga manual.
  • the medium is removed and the cells are washed twice with a trypsin / versene solution, once the cells have been detached. These are then taken up in the culture medium and are then centrifuged at 300 g for 5 minutes.
  • the medium is then aspirated and the cells are taken up in a PBS solution and recentrifuged as described above.
  • the medium is aspirated and the cell pellet can either be treated for the rest of the manipulations or stored at -80 ° C.
  • the cell pellet is taken up in 175 ⁇ l of the lysis solution (SV RNA Lysis Buffer, supplied with the Kit: 4M GTC (guanidine isothiocyanate); 10 mM Tris- HCl pH 7.5; 0.97% ⁇ -mercaptoethanol). The pellet is then dispersed by pipetting several times. If the cell concentration is between 1.10 6 and 5.10 6 cells, it is necessary to break the DNA by passing it through a very fine needle. 350 ⁇ l of an SV RNA Dilution Buffer (Proméga) buffer are then added to the 175 ⁇ l of the lysis solution.
  • SV RNA Lysis Buffer supplied with the Kit: 4M GTC (guanidine isothiocyanate); 10 mM Tris- HCl pH 7.5; 0.97% ⁇ -mercaptoethanol.
  • the pellet is then dispersed by pipetting several times. If the cell concentration is between 1.10 6 and 5.10 6 cells, it is necessary to break the DNA by passing it through a
  • RNA washing solution 60 mM potassium acetate, 10 mM Tris-HCl pH 7.5 and 60% Ethanol. Centrifuge at 12,000-14,000 g for one minute. The collection tube is again emptied and replaced as before.
  • the following solution is prepared (and in order): 40 ⁇ l Yellow Buffer (22.5 mM Tris-HCl pH 7.5; 1.125 M NaCl; 0.0025% Yellow dye (Proméga) ( w / v), 5 ⁇ l 0.09M MnCl 2 and 5 ⁇ l DNase I enzyme.
  • the mixture must not be vortexed but must be mixed gently. The whole is kept in ice and if the enzyme must be thawed, leave it in ice.
  • the 50 ⁇ l of this solution is added to the membrane of the Spin Basket. It is necessary to make sure that the solution covers the membrane perfectly. Leave to act for 15 minutes at 20-25 ° C ( bench-top temperature).
  • RNA wash solution 2M guanidine isothiocyanate, 4 mM Tris-HCl pH 7.5 and 57% ethanol
  • RNA solution is contained in the elution tube and is stored at -80 ° C.
  • Proméga kit Total RNA isolation System
  • the values given here are to be used for 1.10 7 cells.
  • the preparation of the cells is done in the same way as described above.
  • the principle of RNA extraction is based on the method described by Chomczynski and Sacchi (1987) and which uses thiocyanate guanidium.
  • the cell pellet is taken up in 1.2 ml of a denaturing solution containing: 26 mM sodium citrate (pH 6.8), 0.5% "N-lauryl sarcosine, 0.125 M ⁇ -mercap ' toethanol and 4M guanidine thiocyanate.
  • the solution is separated in two eppendorf tubes thus containing 600 ⁇ l of the solution. Then add 60 ⁇ l of 2M sodium acetate to each tube and mix gently by inverting the tubes (4 to 5 times). This solution is then extracted with 600 ⁇ l of phenol: chloroform: IAA (isoamyl alcohol) and the tubes are then placed in ice for 15 minutes.
  • RNAs are then stored at -80 ° C. c) Purification of RNAs by Cesium trifluoroacetate: CsTFA TM (Pharmacia product)
  • RNA extracts prepared from cells or in some cases from biopsies by the conventional thiocyanate guanidium method are also purified by centrifugation on Cesium trifluoroacetate (CsTFA) according to the procedure described by Zarlenga and Gamble (1987) . This thus makes it possible to obtain an RNA preparation devoid of DNA, proteins and in certain cases of glycogen for RNAs isolated from hepatocytes.
  • CsTFA Cesium trifluoroacetate
  • RNA is taken up in a solution of CsTFA at a density of 2.0 g / ml to be at the end at a concentration of 1.65 g / ml and containing BET (ethidium bromide) at a concentration of 0 , 5 ⁇ g / ml.
  • BET ethidium bromide
  • RNA is removed and precipitated in a 0.3 M solution of sodium acetate and in 2 volumes of ethanol at -20 ° C overnight. It is then centrifuged to recover the RNA pellet, this pellet is washed with 70% ethanol, the pellet is then dried and the RNA is taken up in water treated with DEPC. Other purifications are no longer necessary.
  • the RNA thus prepared can be used for manipulation of amplifications or for hybridization manipulations on filters. 8. Hybridization of the total RNA of cells containing the replicon by radioactive probes.
  • RNAs are fixed on Nitrocellulose filters by aspiration (Device used, BioDot SF from BioRad).
  • the purified RNAs are treated as follows: 22 ⁇ l of RNA are mixed with 9 ⁇ l of a 100 mM solution of sodium phosphate (pH 7.0), 45 ⁇ l of DMSO (dimethyl sulfoxide (Sigma) ) and 13.2 ⁇ l of a 6M glyoxal solution (Sigma). The whole is mixed and then centrifuged to collect all of the liquid. The mixture formed by the RNA and the denaturing solution is thus incubated for one hour at 50 ° C., then the sample is cooled in ice.
  • Prehybridization and hybridization of the filters The filter is placed inside a plastic bag and the prehybridization solution (10 mM EDTA; 7% SDS; 0.5 M Na 2 HPO 4 , pH 7.2) is added. The plastic bag is sealed and the whole is left in pre-hybridization for 5 minutes at 65 ° C. Then cut a corner of the plastic bag and remove the pre-hybridization solution. The same solution is then added to the bag with the radioactive probe at 10 6 cpm / ml. The content is thus left to hybridize for 4 to 24 hours at 65 ° C.
  • the prehybridization solution 10 mM EDTA; 7% SDS; 0.5 M Na 2 HPO 4 , pH 7.2
  • washing of the filters Various washes are carried out: first of all two washes for 5 to 10 minutes with a mixture containing a 2X SSC solution (0.3 M NaCl; 0.03 M sodium citrate pH 7.0) and SDS 0.1%. Two washes are then carried out at 50 ° C. for 15 minutes each with a mixture containing a 0.1X SSC solution (1.5 ⁇ 10 ⁇ 2 M NaCl; 1.5 ⁇ 10 ⁇ 3 M sodium citrate pH 7.0), SDS 0 , 1%.
  • a 2X SSC solution 0.3 M NaCl; 0.03 M sodium citrate pH 7.0
  • SDS 0.1% Two washes are then carried out at 50 ° C. for 15 minutes each with a mixture containing a 0.1X SSC solution (1.5 ⁇ 10 ⁇ 2 M NaCl; 1.5 ⁇ 10 ⁇ 3 M sodium citrate pH 7.0), SDS 0 , 1%.
  • This method tests whether cells containing the replicon can produce HCV particles by infection.
  • the establishment of cells capable of replicating the genome of the HCV involves the selection of factors which also favor the multiplication of the virus. Once such cells have allowed a viral amplification, one can envisage the purification of the virus as well as the inactivation of this one for vaccination tests.
  • the cells are then infected with viruses as mentioned above.
  • the cells are maintained and studied at different times to determine if there is an amplification of the genetic material of the HCV. To do this, cell samples are taken and the total RNA of these cells is extracted to quantify HCV RNA either by RT-PCR, or by hybridization of the RNA on filters.
  • RNA of these cells are extracted according to the procedures described above.
  • the RNA of the replicons is amplified by RT-PCR in a single step, so that all of the variations correspond to the same replicon molecule.
  • the DNA is sequenced and the RNA resulting from the transcription of the DNA is again transfected to verify its replicative power on the cells.
  • the sequences corresponding to the hygromycin B resistance gene are substituted by the sequences coding for the structural proteins of HCV.
  • These sequences are cloned into a vector in order to be able to produce RNA by transcription from DNA.
  • These cDNAs are used to produce RNA to transfect cells by electroporation (see above)
  • Vero / G418 (or Vn5), Vero / G418 + replicon cells under hygromycin B pressure or Vero / G418 + replicon cells without hygromycin B pressure.
  • the identification tests are then carried out as described above.
  • the Vero / G418 + replicon cells and the Vero / G418 (or Vn5) control cells are subjected in parallel to the action of different antivirals and at variable concentrations. Any action on replication of the replicon necessarily has an impact on the synthesis of HCV RNAs and therefore on protein synthesis.
  • the total RNA of cells subjected to the action of antivirals are extracted, then fixed on filters and finally hybridized with specific probes of the HCV.
  • labeling of proteins is carried out and the expression of different proteins is studied by immunoprecipitation using antibodies to specific HCV proteins.
  • GFP and subjected to the action of anti-viral agents can be observed at different times. Photos can be taken and the immunofluorescence of GFP can then be analyzed. Any decrease or disappearance of GFP immunofluorescence attests to the action of anti-viral HCV.
  • the sequences coding for the NS5A protein were amplified from two patients infected with HCV of genotype lb.
  • Certain constructs of the HCV NS5A protein contain deletions of the protein sequence localized in the amino terminal part of the protein.
  • These different recombinant viruses correspond to: wNS5A.la dll (del 1973-2100 aa), wNS5A.la dl2 (del
  • del 1973-2073 aa and wNS5A.la dl3 (del 1973-2001 aa).
  • parentheses are indicated the amino acids which are deleted in the NS5A protein.
  • the figure corresponding to the position of the amino acid in the HCV polyprotein has been kept.
  • del 1973-2100 aa corresponds to a deletion of the peptide sequence between the amino acids 1973 and 2100 of the HCV polyprotein.
  • This deletion of the protein concerns the amino-terminal part of the NS5A protein.
  • a vaccinia recombinant virus which expresses the NS2 proteins up to the HCV NS5B protein, i.e. NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A and NS5B, was also used.
  • Vero / G418 cells (Vn5) were seeded on 6-well plates (Costar) at 10 6 cells / well and in DMEM medium (Eagle's medium modified by Dubelcco) containing 10% "fetal calf serum (SVF) . These cells are placed in a CO 2 oven at 37 ° C for 24 hours. They are then infected either with the vTF7.3 virus alone (Fuerst et al., 1986), or co-infected with this virus and one of the recombinant viruses expressing the NS5A protein of the HCV previously described, each with a moi of 5 UFP / cell.
  • DMEM medium Eagle's medium modified by Dubelcco
  • SVF fetal calf serum
  • DMEM medium Dulbecco's modified Eagle's medium
  • Mevastatin 100 ⁇ g / ml of Mevastatin for a 4-hour pretreatment after which 100 ⁇ Ci ml of mevalonic acid (H 3 ) are added to the medium.
  • the cells are washed with DMEM medium, the medium is eliminated and the cells are washed with a PBS solution before being lysed with a buffer containing: 50 mM Tris-HCl pH 7.5; 150 mM NaCl; lmM EDTA; 0.5% NP40; 0.5% Na deoxycholate; 0.2% SDS; Aprotinin 10 ⁇ g / ml; TPCK and PMSF, 20 ⁇ g / ml.
  • the HCV NS5A protein is then immunoprecipitated from this lysate using a polyclonal rabbit serum directed against the NS5A protein according to a procedure already described (Wychowski et al., 1985) and the precipitate is analyzed by SDS- PAGE.
  • the result of these markings is shown in Figures 3A, 3B, 3G and 3D.
  • the markings with mevalonic acid are indicated by: Mev.H 3 .
  • lines 1 indicate the result obtained on a lysate originating from cells infected with the recombinant virus vTF7.3. In this case, it is a control measure.
  • S 35 Labeling
  • Vero / G418 (Vn5) cells were infected with the same recombinant viruses as those mentioned above. After one hour of contacting at 37 ° C., the inoculum is removed and replaced with DMEM medium containing 5% fetal vow serum. At 16h post-infection, the cells are washed with DMEM medium without methionine, then incubated in this medium for 1 to 2 hours, then labeled 3 hours with 100 ⁇ Ci / ml of methionine ( 35 S) ( 35 S-Protein Labeling Mix (NEN), labeling solution).
  • 35 S 35 S-Protein Labeling Mix
  • the medium is eliminated and the cells are then washed with PBS, and finally are lysed using a lysis buffer containing: 50 mM Tris-HCl pH 7.5; 150 mM NaCl; lmM EDTA; 0.5% NP40; 0.5% Na deoxycholate; 0.2% SDS; Aprotinin 10 ⁇ g / ml; TPCK and PMSF, 20 ⁇ g / ml.
  • the HCV NS5A protein is then immunoprecipitated from the lysates using a polyclonal rabbit serum as described by Wychowski et al. (1985) and the precipitate is analyzed by SDS-PAGE.
  • the markings with methionine S 35 are indicated in FIGS.
  • lines 1 indicate the result obtained on a lysate originating from cells infected with the recombinant virus vTF7.3 and labeled with methionine S 35 . In this case, it is a control measure.
  • the NS5A protein of the HCV of genotype la or lb is prenylated in the Vero / G418 (Vn5) cells (see FIGS. 3A and 3D). This prenylation takes place when the NS5A protein is expressed alone or in the context of the polyprotein (see FIGS. 3B, lines 2 and 3 respectively). Prenylation is a process of post-translational modification mainly concerning the NS5A protein of HCV of genotype la or lb, and can concern other genotypes.

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Description

PROCÉDÉ DE RÉPLICATION DU VIRUS DE L'HÉPATITE C
L'invention concerne un procédé de réplication du virus de l'hépatite C. L'invention concerne également un procédé de criblage d'inhibiteurs du virus de l'hépatite C.
Le virus de l'hépatite C ou VHC, identifié en 1989 par l'équipe de Choo (Choo et al., 1989), est l'agent majeur des infections virales appelées pendant longtemps hépatites non-A non-B. La terminologie "non-A non-B" a été introduite dans les années 70 pour désigner les hépatites dont les agents étiologiques, non encore identifiés, apparaissent sérologiquement distincts des hépatites A et B, grâce à la mise en place des tests immuno logiques (Feinstone et al., 1975 ; Prince et al., 1974).
Sur le plan clinique, l'infection par le virus de l'hépatite C est caractérisée par une forte prédominance des formes asymptomatiques et la fréquence de l'évolution vers la chronicité. Le clonage moléculaire et le séquençage du virus de l'hépatite C ont été initialement réalisés par Choo et al. (1988 et 1989) et confirmés par d'autres équipes (Kato et al., 1990 ; Okamoto et al., 1992 ; Inchauspé et al., 1991). L'analyse séquentielle du génome du VHC révèle une phase ouverte de lecture unique dont l'AUG initiateur se trouve en position 342 du génome. Comme pour certains virus à ARN positif, la région 5' non codante du VHC est impliquée dans le processus d'initiation de la traduction par la présence d'un site interne d'entrée des ribosomes ou IRES (Tsukiyama-Kohara et al., 1992 ; Reynolds et al., 1995).
La construction d'un ADNc codant pour la totalité de la polyprotéine du virus de l'hépatite C, et son expression dans divers vecteurs procaryotes ou eucaryotes, ont permis de préciser l'organisation du génome, et de caractériser les diverses protéines issues de la maturation de la polyprotéine. Différents processus de clivage de cette polyprotéine, impliquant des proteases virales et cellulaires, génèrent les protéines structurales et non structurales. Des études de traduction in vitro et d'expression in vivo (Grakoui et al., 1993 ; Hijikata et al., 1991) ont permis d'établir l'ordre dans lequel les protéines sont codées par le génome et qui est schématisé comme suit : H2N-C-Eι-E2- p7-NS2-NS3-NS4A-NS4B-NS5A^S5B-COOH. Le premier tiers du génome de l'hépatite C code pour les protéines structurales C, El, E2 et p7. Les différentes protéines de la région structurale sont le résultat de l'implication de proteases d'origine cellulaire.
La protéine C, d'un poids moléculaire d'environ 21 kDa, contenant 173 acides aminés, est la protéine de capside. Cette protéine est le principal constituant de la nucléocapside du VHC. La région carboxy- terminale localisée entre les acides aminés 174 à 191 constitue le peptide signal de la glycoprotéine El. Cette séquence est clivée par une signalase. La protéine de capside C, de composition très basique, en raison de sa richesse en acides aminés argmine et lysine (23,5% des acides aminés dans la région N- terminale) pourrait être impliquée dans les interactions AR -protéines.
Les glycoprotéines El et E2, de poids moléculaires respectifs 31 et 70 kDa, constituent les glycoprotéines d'enveloppe. Ce sont des glycoprotéines membranaires de type I, elles présentent chacune à leur extrémité carboxy-terminale un domaine hydrophobe. En outre elles possèdent chacune une séquence signal hydrophobe à l'extrémité N-terminale permettant une translocation dans le réticulum endoplasmique et une maturation de ces protéines par des signalases cellulaires. Les acides aminés compris entre 174-191 et les acides aminés compris entre 371-383 de la polyprotéine du VHC correspondent aux peptides signaux des glycoprotéines El et E2. Le dernier acide aminé de la séquence de E2 est situé en position 746 de la polyprotéine du VHC et le dernier acide aminé de la glycoprotéine de El est en position 383 de la polyprotéine ce qui implique que le peptide signal de la glycoprotéine E2 fait partie intégrante de El.
Entre E2 et la protéine NS2, on a identifié une petite protéine p7, dont on ignore encore la fonction.
Les deux tiers restants du génome du VHC codent pour les protéines non structurales NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A et NS5B.
La protéine NS2 est une protéine hydrophobe de 23 kDa dont l'acide aminé N- terminal est en position 810 et l'acide aminé C-terminal en position 1026 sur la polyprotéine. La protéine NS2 et le tiers N-terminal de NS3 auraient une fonction de protéase assurant le clivage entre les protéines NS2 et NS3 (Grakoui et al., 1993). Cette protéase serait une métallo-protéase, zinc-dépendante. Cette observation est fondée sur le fait que l'activité de cette protéine serait inhibée par EDTA et stimulée par du ZnCl2. L'histidine en position 952 et la cystéine en position 993 semblent impliquées dans l'activité catalytique de cette enzyme. La protéine NS3 est une protéine de 70 kDa. Localisée entre les acides aminés 1027 et 1657 de la polyprotéine du VHC, elle possède deux domaines fonctionnels distincts : la partie N-terminale de la protéine code pour une protéase et le domaine C- terminal pour une NTPase/hélicase dépendante de TARN. La protéine NS4A est une protéine d'un poids moléculaire apparent de 8 kDa. Elle est localisée sur la polyprotéine entre les acides aminés 1658 et 1711. Sa fonction serait de jouer un rôle de cofacteur pour la protéase NS3 car des études ont montré que le clivage des jonctions NS3/NS4A, NS4A/NS4B et NS4B/NS5A nécessite la protéine NS4A. Cette protéine, sans être indispensable, accélère aussi le clivage NS5A/NS5B. La protéine NS4B du VHC d'un poids moléculaire de 27 kDa n'a pas de fonction connue à ce jour. La protéine NS4B est localisée entre les acides aminés 1712 et 1972 de la polyprotéine du VHC. En outre la protéine NS4B apparaît comme une protéine basique.
La protéine NS5A du VHC d'un poids moléculaire de 56 kDa est une protéine qui interagit avec la protéine NS5B et participe vraisemblablement à la réplication du VHC.
La protéine NS5A est localisée entre les acides aminés 1973 et 2420 de la polyprotéine du VHC du génotype la. Cependant, selon les différents génotypes observés, cette protéine peut comporter différentes insertions en acides aminés : elle comprend ainsi 466 acides aminés pour le génotype 2a, 452 acides aminés pour le génotype 3a alors qu'elle ne comporte que 466 acides aminés pour le génotype la. Si la fonction principale de cette protéine est encore inconnue, celle-ci présente néanmoins quelques caractéristiques. Ainsi l'expression d'une protéine de 56 kDa et d'une protéine 58 kDa a été observée. Elle correspond à une phosphorylation et à une hyperphosphorylation de la protéine NS5A conduisant respectivement à la production: des protéines de 56 et 58 kDa.
La protéine NS5B d'un poids moléculaire de 68 kDa est positionnée entre les acides aminés 2421 et 3011 de la polyprotéine. La présence de motifs peptidiques Gly- Asp-Asp ou motif GDD, analogues à ceux rencontrés dans la séquence polypeptidique des ARN polymérases ARN dépendantes de nombreux virus à ARN, permet de proposer la protéine NS5B comme candidate à la fonction de réplicase.
Le virus de l'hépatite C semble exprimer son pouvoir pathogène exclusivement dans le foie des patients ou animaux infectés (Negro et al., 1992). Cependant des tentatives de propagation virale sur des hépatocytes humains ou provenant de chimpanzé ont aboutit à des cycles abortifs (Lanford et al., 1994). D'autres travaux rapportés par Seipp et al. (1997), et concernant l'infection de différentes lignées cellulaires (HuH7 et HepG2) ou des cellules d'origine porcine (PKI 5) ont laissé apparaître la possibilité d'une infection virale et d'une réplication. Il est actuellement difficile d'envisager d'exploiter ces systèmes cellulaires en vue d'une production virale massive. La réplication du génome viral dans les lymphocytes du sang périphérique de patients atteints d'hépatite C, ou dans une sous population de monocytes/macrophages de PBMC (cellules mononuclées du sang périphérique) a été décrite par différents auteurs (Bouffard et al., 1992). Mais, plus récemment, Shimizu et ses collaborateurs (Shimizu et al., 1992 ; Shimizu et al., 1994) ont montré que la réplication du VHC pouvait s'effectuer soit dans une lignée provenant d'une leucémie lymphoblastique à cellules T (cellules Molt4) soit dans une lignée cellulaire HPB-Ma infectée au préalable par un rétro virus murin (virus de leucémie murine). Un cycle infectieux a également été reproduit dans ces dernières cellules. La capacité de ces cellules à pouvoir répliquer le génome viral du VHC a permis ;la mise en place de test de neutralisation in vitro
(Shimizu et al., 1994). C'est ainsi que la neutralisation du virus après incubation avec certains sérums de patients a été corrélée avec la perte du pouvoir de réplication du VHC sur ces lignées cellulaires. En outre, en utilisant la lignée cellulaire HPB-Ma, les auteurs ont pu également montrer la réinfection des cellules par le VHC et la sensibilité du virus à l'interféron (Shimizu et al., 1994).
Par ailleurs, il a été montré récemment par les groupes de CM. Rice (Kolykhalov et al., 1997) et de R.H. Purcell (Yanagi et al., 1997) qu'il est possible de reconstituer un ADNc infectieux du VHC. En effet, des chimpanzés ayant reçu en injection intrahépatique de TARN transcrit à partir de l'ADNc complet) du VHC, ont été capables de reproduire une infection après quelques semaines.
La demande de brevet européen EP 1 043 399 concerne un système pour la culture cellulaire du virus de l'hépatite C, qui comprend principalement des cellules eucaryotes contenant un matériel génétique spécifique du VHC transfecté, caractérisé par le fait que les cellules eucaryotes sont des cellules d'hépatomes humains et que le matériel génétique spécifique du VHC transfecté est une construction d'ARN du VHC, qui comprend les segments d'ARN spécifiques du VHC : 5'NTR, NS3, NS4A, NS4B, NS5A, NS5B et 3'NTR ainsi qu'un gène "marqueur" additionnel de sélection (gène de sélection). Les cellules concernées sont des cellules HuH7 d'hépatomes humains et le génotype du virus de l'hépatite C utilisé est le génotype lb (Lohmann et al., 1997). Cependant, ce procédé de réplication n'est pas applicable au génotype la du VHC.
Le problème majeur de l'étude du virus de l'hépatite C (VHC) est l'absence d'un système cellulaire susceptible de reproduire le cycle viral du VHC. En effet, il est difficile actuellement d'émettre quelconques hypothèses pour en expliquer les raisons.
Cependant, la possibilité du virus de l'hépatite C de se répliquer sur certaines lignées cellulaires a parfois été mentionnée (Kato and Shimotohno, 2000). Il résulte que toutes les connaissances acquises sur le virus de l'hépatite C, notamment sur sa structure, l'assemblage de ses protéines et son organisation génomique, reposent sur des études de traduction d'ADN complémentaire du VHC effectuées in vitro en système acellulaire et in vivo dans les cellules en culture. Ainsi, les mécanismes de la propagation et de la réplication virale sont peu connus. Des blocages peuvent se produire à différents niveaux moléculaires. Ils peuvent avoir lieu au niveau de l'adsorption de la particule virale et de son récepteur, de la décapsidation de la particule virale, de l'expression du génome ou de la réplication.
Ainsi, l'un des aspects de l'invention est l'utilisation de cellules qui présentent des facteurs cellulaires particuliers, permettant la réplication du génome du virus de l'hépatite C dans ces cellules.
L'un des autres aspects de l'invention est l'utilisation de ces cellules pour la réplication ainsi que la multiplication et donc la production du virus de l'hépatite C.
L'un des autres aspects de l'invention est de fournir un nouveau procédé de réplication et de production du génotype la du virus de l'hépatite C, par transformation de cellules appropriées.
L'un des autres aspects de l'invention est de fournir un nouveau procédé de criblage d'agents anti-VHC et de fournir ainsi des inhibiteurs du virus de l'hépatite C.
L'invention concerne l'utilisation de cellules capables d'effectuer un processus de prenylation de protéines codées par le génome du virus de l'hépatite C (VHC), telle que la prenylation de la protéine NS5A, pour la réplication et, le cas échéant, la production du VHC ou de mutants viables dérivés, dans un milieu de culture approprié. De nombreuses protéines d'origine cellulaire, mais aussi virale, subissent des modifications post-traductionnelles qui orientent leur localisation cellulaire. Certaines de ces protéines portent ainsi des modifications d'acides gras. Une modification particulièrement intéressante est la prenylation qui correspond à l'alkylation d'une cystéine par un groupement farnésyle (15 atomes de carbone) ou géranylgéranyle (20 atomes de carbone), ces groupements étant issus de la polymérisation de l'acide mévalonique.
La présence de deux résidus cystéines (CC) à l'extrémité carboxy-terminale de la protéine NS5A (Grakoui et al, 1993) laisse à penser que cette protéine peut être modifiée par prenylation (Casey P. J., 1992). Les prényltransferases peuvent ajouter à la cystéine en position C-terminale un groupement farnésyle ou géranylgéranyle de 15 à 20 atomes de carbone, respectivement, et qui dérivent de la polymérisation de l'acide mévalonique. Les motifs identifiés^et responsables de ces modifications sont souvent de type CAAX ou CC, où C est la cystéine, A est un acide aminé aliphatique et X est un acide aminé tel que M (Méthionine), S (Serine), Q (Glutamine) ou L (Leucine).
L'expression "réplication du VHC" désigne le ou les processus moléculaires aboutissant à la synthèse d'un brin de polarité négative qui servira à engendrer de nouveaux brins de polarité positive constituant le matériel génomique du VHC. L'expression "production du VHC" désigne la possibilité pour une cellule donnée de reproduire des particules infectieuses du virus de l'hépatite C (cycle de multiplication virale).
L'expression "mutants viables dérivés" désigne des variants viables ne pouvant provenir que de la sélection du réplicon du VHC sous différentes pressions de sélection. Cette pression de sélection doit engendrer la sélection de mutations dans le génome du
VHC qui aboutissent à une meilleure réplication, à une expression plus quantitative des différentes protéines et par conséquent à une meilleure résistance des cellules vis-à-vis du produit de sélection. Seules les mutations viables permettant de résister à la pression de sélection sont observées. Les autres mutations, non viables, entraînent la mort de la cellule.
L'expression "dans un milieu de culture approprié" désigne le milieu dans lequel la lignée cellulaire est la plus apte à pousser. Le milieu de culture peut être notamment le milieu DMEM/10% S VF (sérum de veau fœtal) complémenté par les éléments nécessaires à la sélection, par exemple la néomycine (G418) ou l'hygromycine B. Une utilisation avantageuse de l'invention est l'utilisation, telle que définie ci- dessus, de cellules de mammifères, notamment de cellules de reins de singes, encore désignées cellules Véro. Les cellules Véro sont des cellules de reins normaux provenant de singes verts d'Afrique (Cercopithecus aethiops, ATCC : CCL81)
L'invention concerne également l'utilisation telle que définie ci-dessus, de cellules Véro transformées par un gène de résistance à un antibiotique, tel que la néomycine, notamment de cellules Véro/G418.
Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, les cellules utilisées proviennent de la lignée cellulaire particulière Vn5, issue de la transformation d'une cellule Véro par le gène de résistance à un antibiotique, tel que la néomycine. Ces cellules Vn5 ou Véro/G418 sont décrites par Frese et al. (1995). Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, le gène de résistance à un antibiotique peut être choisi parmi les gènes de résistance à la bléomycine, la phléomycine, la zéocine ou la puromycine.
L'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus, de cellules, telles que les cellules Véro, le cas échéant transformées par un gène de résistance à un antibiotique, tel que la néomycine, lesdites cellules étant transformées par un acide nucléique contenant tout ou partie du génome du VHC ou des mutants dérivés du VHC.
Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, les cellules Véro peuvent être transformées par les gènes de résistance aux antibiotiques suivants : les gènes de résistance à la bléomycine, la phléomycine ou la zéocine ; ou les gènes de résistance à la puromycine, l'hygromycine B ou la néomycine.
Afin de transformer les cellules, et notamment les cellules Véro/G418, l'acide ribonucléique utilisé comporte les parties suivantes du génome du VHC : les régions 5' et 3' non codantes, une partie des séquences codant pour la protéine de capside C (séquence comprise entre 50 et 100 nucléotides) et la région1 codant pour les protéines non structurales, à savoir NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A et NS5B ou NS3, NS4A,
NS4B, NS5A et NS5B.
Les variants viables du VHC proviennent avantageusement de la sélection du réplicon sous différentes pressions de sélection. Cette pression provoque alors la sélection de mutations dans le génome qui aboutissent à une meilleure résistance contre le produit de sélection.
L'invention concerne également l'utilisation telle que définie ci-dessus, caractérisée en ce que l'acide nucléique est choisi parmi :
- ceux codant pour les protéines structurales et non structurales du VHC ou - ceux codant pour les protéines non structurales du VHC ou
- les réplicons contenant un gène de résistance à un antibiotique, notamment l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC. Un acide nucléique codant pour les protéines structurales et non structurales du
VHC est par exemple la séquence nucléotidique SEQ ID NO : 2.
Un acide nucléique codant pour les protéines non structurales du VHC est par exemple la séquence nucléotidique SEQ ID NO : 1.
Parmi les protéines structurales du VHC, on comprend les protéines telles que mentionnées ci-dessus, à savoir les protéines C, El, E2 et p7.
Parmi les protéines non structurales du VHC, on comprend les protéines NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A et NS5B.
L'expression "réplicon contenant un gène de résistance à un antibiotique, notamment l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC" désigne un acide nucléique contenant les régions 5' et 3' non codantes du génome du VHC, une partie de la séquence codant pour la protéine de capside C du VHC suivie des séquences nucléotidiques codant pour l'Hygromycin-B- phosphotransférase (HPH) et des séquences nucléotidiques codant pour les protéines NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A et NS5B, définies ci-dessus (voir Figure 1). La possibilité de remplacer toute ou partie des protéines de structure ayant été réalisée pour d'autres virus à ARN positifs et disposant actuellement d'un cADN complet du VHC, un réplicon du VHC a été construit en gardant une partie des séquences codantes pour la protéine de capside C. En effet, il a été montré par l'équipe du Dr Jackson (Reynolds et al., 1995) que ces séquences jouaient un rôle important dans l'initiation de la traduction du VHC via TIRES (site interne d'entrée des ribosomes).
Afin de maintenir l'intégrité de cet IRES et dans les conditions du VHC, une partie des séquences codant pour la protéine de capside a été conservée. La séquence des protéines de structure a été ainsi substituée par la séquence codant pour le gène de résistance à l'hygromycine B. Par cette approche, il est possible de maintenir les cellules sous pression de sélection par l'hygromycine B afin de sélectionner des clones cellulaires résistants. Ces résultats ne peuvent s'expliquer que par la maintenance du réplicon à l'intérieur de la cellule. Cependant d'autres marqueurs de sélection peuvent être utilisés pour faciliter cette sélection, comme la puromycine, la zéocine ou la bléomycine. L'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus, caractérisée en ce que les cellules sont transformées par un acide nucléique choisi parmi les séquences nucléotidiques SEQ H) NO : 1, SEQ ID NO : 2 et SEQ ID NO : 3.
La séquence SEQ ID NO : 1 correspond à la partie de la séquence du VHC de génotype la codant pour les protéines non structurales, à savoir les protéines NS2, NS3,
NS4A, NS4B, NS5A et NS5B. i
La séquence SEQ ID NO : 2 correspond à la séquence entière du VHC de génotype la (protéines structurales et non structurales).
La séquence SEQ ID NO : 3 correspond au réplicon obtenu par fusion d'un gène de résistance à l'hygromycine B avec la partie de la séquence du VHC de génotype la codant pour les protéines non structurales.
L'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus, pour la réplication, et le cas échéant, la production du VHC de type la.
Le génotype de type la du VHC est notamment décrit par Peter Simmonds (2001).
La caractéristique principale des génotypes du VHC est leur variabilité. En effet, les génomes diffèrent entre eux par leurs nucléotides avec un pourcentage variant de 31 à 34%, ce qui entraîne également une variabilité en acides aminés.
L'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus, de cellules telles que déposées à la CNCM le 13 avril 2001 sous les numéros 1-2658 et 1-2659.
La souche, enregistrée sous le numéro 1-2659, correspond aux cellules Véro/G418 (Vn5), telles que définies ci-dessus.
La souche, enregistrée sous le numéro 1-2658, correspond à des cellules Véro/G418 + réplicon, qui sont des cellules Véro/G418 dans* lesquelles a été insérée la séquence SEQ ID NO : 3, telle que définie ci-dessus.
L'invention concerne une séquence nucléotidique caractérisée en ce qu'elle comprend ou est constituée par SEQ ID NO : 1.
L'invention concerne une séquence nucléotidique caractérisée en ce qu'elle comprend ou est constituée par SEQ ID NO : 3. L'invention concerne un vecteur recombinant, notamment plasmide, cosmide, phage ou ADN de virus, contenant une séquence nucléotidique telle que définie ci- dessus. Un vecteur avantageux de l'invention est un vecteur recombinant tel que défini ci- dessus, contenant les éléments nécessaires à l'expression dans une cellule hôte des polypeptides codés par les acides nucléiques tels que définis ci-dessus, insérés dans ledit vecteur. Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, le vecteur recombinant défini ci-dessus contient notamment un promoteur reconnu par l'ARN polymérase de la cellule hôte, en particulier un promoteur inductible et éventuellement une séquence de transcription, de terminaison, et éventuellement une séquence signal et/ou d'ancrage.
Selon un autre mode de réalisation avantageux de l'invention, le vecteur recombinant, tel que défini ci-dessus, contient les éléments qui permettent l'expression d'une séquence nucléotidique, telle que définie ci-dessus, en tant que protéine mature ou protéine de fusion.
Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, le vecteur utilisé pour le clonage du VHC est le vecteur pGEM 3Zf (+) (Proméga). Ce vecteur contient le gène de résistance à l'ampicilline, l'origine de réplication du plasmide et le fragment intergénique du phage fl. De plus, les fragments du VHC sont placés sous contrôle du promoteur T7 ou SP6.
L'invention concerne également une cellule hôte, choisie notamment parmi les bactéries, les virus, les levures, les champignons, les plantes ou les cellules de mammifères, ladite cellule hôte étant transformée, notamment à l'aide d'un vecteur recombinant tel que défini ci-dessus.
Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, la cellule hôte telle que définie ci-dessus, contient les éléments de régulation permettant l'expression de l'une des séquences nucléotidiques telles que définies ci-dessus. Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, on utilise les bactéries
DH5 α, commercialisées par la société Gifco. Ces bactéries sont utilisées pour amplifier, après transfection, les plasmides pGEM3Zf (Proméga) qui possèdent les séquences complémentaires du VHC ou les séquences du réplicon. Tous les plasmides contenant des séquences du VHC sont utilisés pour la transformation des bactéries DH5α. Les séquences du VHC sont stables dans cette bactérie.
Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, les cellules utilisées pour la production virale des virus vaccines recombinants sont notamment les cellules Tk- (voir partie expérimentale, 1-3) ou les cellules CV1L. Les virus vaccines recombinants sont produits à partir des plasmides pTMl (Moss et al., 1990) et recombinés selon la procédure expérimentale. Ces virus recombinants contiennent les séquences codant pour la protéine NS5A ou des formes tronquées en partie N-terminale de la protéine NS5A. La souche de cellules CV1 est une lignée continue dérivant de cellules de reins de singes verts d'Afrique (AGMK) et la souche CV1-L est issue d'un sous-clonage de la souche de CV1.
L'invention concerne toute cellule transformée constituée par une cellule Véro/G418, comprenant un acide nucléique choisi parmi : - ceux codant pour les protéines structurales et non structurales du VHC ou
- ceux codant pour les protéines non structurales du VHC ou
- les réplicons contenant un gène de résistance à un antibiotique, notamment l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC. Une cellule avantageuse selon l'invention est une cellule telle que définie ci- dessus, constituée par une cellule Véro/G418 comprenant un réplicon constitué par un acide nucléique choisi parmi ceux contenant un gène de résistance à un antibiotique, tel que l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC, à savoir NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A et NS5B. Une cellule avantageuse de l'invention est une cellule telle que définie ci-dessus, telle que la cellule Véro/G418 déposée à la CNCM le 13 avril 2001 sous le numéro I- 2659.
Une cellule avantageuse selon l'invention est une cellule telle que définie ci- dessus, telle que la cellule Véro/G418, comprenant un acide nucléique contenant un gène de résistance à un antibiotique, tel que l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC, et déposée à la CNCM le 13 avril 2001 sous le numéro 1-2658.
Une cellule avantageuse selon l'invention est une cellule telle que définie ci- dessus, constituée par une cellule Véro/G418 comprenant un acide nucléique contenant un gène de résistance à un antibiotique, notamment l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales, et ayant la propriété de répliquer le VHC à une concentration d'antibiotique, notamment d'hygromycine B, de 800 à 1000 μg/ml. L'invention concerne également un procédé de production du virus de l'hépatite
C, qui comprend l'infection de cellules Véro/G418, notamment de cellules Véro/G418 telles que déposées à la CNCM le 13 avril 2001 sous le numéro 1-2659, par le virus de l'hépatite C et la mise en culture dans des conditions appropriées de ces cellules infectées.
Les cellules Véro/G418 + réplicon sont testées dans un premier temps par infection à partir d'un stock viral VHC titré afin de déterminer si cette lignée cellulaire peut être infectée et susceptible de produire du virus.
Ensuite, il est nécessaire de cloner les séquences des réplicons les plus fonctionnels pour les replacer dans l'ADNc complet du VHC, puis de transfecter les cellules Vero/G418 + réplicon ou Véro/G418 pour déterminer s'il y a infectivité et production virale.
Le réplicon le plus fonctionnel est avantageusement obtenu à partir de la cellule qui résiste à la plus forte concentration en hygromycine B. La croissance de la cellule indique une expression plus importante du gène de résistance à l'hygromycine B qui est reliée à l'efficacité de réplication du réplicon.
L'infectivité déterminée ici est l'infectivité de l'ADN complémentaire du VHC, c'est-à-dire la possibilité de reconstituer des particules virales infectieuses après transfection de cellules par de TARN issu de la transcription de l'ADNc du VHC. Le virus est alors capable de se propager sur une culture cellulaire appropriée et de produire des particules virales en quantité.
L'invention concerne également un procédé de réplication du virus de l'hépatite C par transformation de cellules Véro/G418 avec un acide nucléique tel que défini ci- dessus, et notamment par transformation des cellules Véro/G418 telles que déposées le 13 avril 2001 à la CNCM sous le numéro 1-2659, pour obtenir des cellules Véro/G418 transformées, notamment celles déposées le 13 avril 2001 à la CNCM sous le numéro I- 2658, et par mise en culture de ces cellules transformées dans des conditions appropriées.
La réplication du VHC ne peut avoir lieu que dans certaines cellules qu'il est utile de sélectionner. Pour cela, on utilise un réplicon, unité minimale de réplication, qui contient les séquences du gène de résistance à l'hygromycine B, insérées à la place des séquences codant pour les protéines de structure du VHC. La possibilité que certaines cellules ont de pousser en milieu sélectif (par exemple DMEM/10% S VF et hygromycine B) est une indication de la réplication du génome du VHC car le gène de résistance à l'hygromycine B est apporté par le VHC. En sélectionnant des cellules résistantes, on sélectionne également des génomes du VHC capables de se répliquer dans ces cellules. Par conséquent, la réplication du VHC est liée à la sélection des cellules résistantes.
Ce procédé repose donc sur une méthode de sélection de cellules susceptibles de répliquer le génome du VHC.
L'invention concerne également un procédé de production du virus de l'hépatite C par transformation de cellules Véro/G418, notamment de cellules Véro/G418 telles que déposées le 13 avril 2001 à la CNCM sous le numéro 1-2659, avec un acide nucléique codant pour les protéines structurales et non structurales du VHC, par la mise en culture dans des conditions appropriées des cellules Véro/G418 transformées et la récupération des particules de virus VHC.
Dans un premier temps, des cellules poussant sous des pressions de 1,5 à 2,0 mg/ml d'hygromycine B sont sélectionnées, puis l'ARN total de ces cellules est extrait pour convertir TARN du VHC en ADN. Celui-ci est ensuite clone dans un vecteur pGEM 3Zf (Proméga) dans lequel seule la séquence codant pour les protéines non structurales du réplicon est réintroduite en lieu et place de l'ADNc complet du VHC. Ainsi, on introduit toutes les variations nécessaires à une meilleure réplication du VHC sur les cellules utilisées. L'ADN obtenu est ensuite converti en ARN et cet ARN sert à la transfection des cellules Véro/G418 afin de déterminer si une production virale est possible sur ces cellules.
L'invention concerne également un procédé de criblage d'agents anti-VHC, qui comprend les étapes suivantes : - la mise en présence du composé testé pour ses propriétés anti-VHC avec des cellules transformées, constituées par des cellules Véro/G418, comprenant un acide nucléique choisi parmi :
• ceux codant pour les protéines structurales et non structurales du VHC ou
• ceux codant pour les protéines non structurales du VHC ou • les réplicons contenant un gène de résistance à un antibiotique, notamment l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour :les protéines non structurales du VHC, et notamment avec des cellules telles que déposées le 13 avril 2001 à la CNCM sous le numéro 1-2658,
- l'extraction des ARN totaux sur lesdites cellules, et
- l'analyse de l'éventuelle diminution du taux de synthèse de l'ARN du VHC desdites cellules par rapport à une valeur de contrôle correspondant aux taux de synthèse des ARN du VHC des cellules en l'absence dudit composé testé.
Les cellules Véro/G418 + réplicon poussant à des concentrations en hygromycine B comprises de 800 à 2000 μg/ml sont soumises à l'action d'inhibiteurs spécifiques de la 3-hydroxy-3-méthylglutaryl coenzyme A réductase, tels que la mévastatine ou la lovastatine. Puis, des extractions d'ARN sont effectuées à des instants variables sur des cellules traitées par ces inhibiteurs. La synthèse des ARN du VHC est ensuite analysée par RT-PCR en une seule étape à l'aide d'un appareil appelé LightCycler (Roche) ou par hybridation sur filtres des ARN à l'aide de sondes radioactives spécifiques du VHC.
On peut également utiliser le système suivant qui consiste à reproduire un réplicon contenant également les séquences codant pour la protéine GFP dont la propriété est de fluorescer de façon naturelle sous une certaine longueur d'onde. De plus, on choisit cette protéine avec un temps de demi-vie relativement court. Dans ces conditions, il n'est pas nécessaire de fixer les cellules et la fluorescence peut être observée en temps réel. Si un inhibiteur efficace du VHC est mis en contact avec les cellules Véro/G418 + réplicon et qu'on observe une inhibition de la synthèse de l'ARN du VHC, cela s'observe également au niveau de la synthèse des protéines produites, et par conséquent sur l'intensité de fluorescence produite par la GFP. La durée de demi-vie de la GFP étant alors très courte, on observe une diminution de la fluorescence de la GFP dans les cellules. L'invention concerne l'utilisation d'hypocholestérolémiants, notamment des statines, et plus particulièrement de la lovastatine, de la mévastatine, de la simvastatine, de la pravastatine et de la fluvastatine, pour la fabrication de médicaments pour le traitement de l'hépatite C.
Les statines sont des produits utilisés pour le traitement de l'hypercholestérolémie. Ils agissent au niveau de l'enzyme hydroxyméthylglutaryl
(HMG) CoA synthétase afin de bloquer la synthèse de l'acide mévalonique. L'acide mévalonique, .qui intervient dans la voie de biosynthèse du cholestérol, produit également par polymérisation le géranyle ou le farnésyle. Ainsi, les statines, en bloquant la synthèse de l'acide mévalonique, affectent également la synthèse des groupements farnésyle ou géranyle ; ils ont donc un effet indirect sur la prenylation.
Ces statines peuvent donc être utilisées afin de vérifier le procédé de criblage anti- VHC tel que défini ci-dessus.
Formules chimiques de quelques statines :
Lovastatine Pravastatine
Simvastatine Fluvastatine
L'invention concerne également l'utilisation d'inhibiteurs de prenylation, pour la fabrication de médicaments pour le traitement de l'hépatite C, le cas échéant en association avec un antiviral.
L'invention concerne un procédé de préparation de cellules Véro/G418 comprenant un acide nucléique choisi parmi :
- ceux codant pour les protéines structurales et non structurales du VHC ou
- ceux codant pour les protéines non structurales du VHC ou
- les réplicons contenant un gène de résistance à l'hygromycine B et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC, ledit procédé comprenant les étapes suivantes :
* l'insertion d'une des séquences nucléotidiques telles que définies ci-dessus dans les cellules Véro/G418,
* la soumission des cellules ainsi obtenues à des concentrations d'hygromycine B croissantes, notamment de 800 à 1000 μg/ml. L'invention concerne des cellules telles qu'obtenues par mise en œuvre du procédé tel que défini ci-dessus.
L'invention concerne une composition pharmaceutique, caractérisée en ce qu'elle comprend, comme substance active, un composé inhibiteur de prenylation, en association avec un agent antiviral et un excipient pharmacologiquement acceptable. La prenylation est importante pour la protéine NS5A car elle favorise des interactions protéine-protéine ; toutes les perturbations de ces interactions agissent sur le processus de réplication du VHC et diminuent son efficacité.
L'association d'un inhibiteur de prenylation qui diminue le taux de réplication du VHC entraîne également une diminution de la charge virale' du VHC chez un patient infecté. De ce fait, l'action combinée avec un agent antiviral doit conduire à une meilleure élimination du virus chez les patients infectés.
L'invention concerne une composition pharmaceutique, caractérisée en ce qu'elle comprend, comme substance active, un composé hypocholestérolémiant, en association avec un agent antiviral et un excipient pharmacologiquement acceptable. Un composé agissant sur la synthèse de l'acide mévalonique a une action sur le taux de prenylation de la protéine NS5A du VHC et par conséquent sur la réplication du VHC. L'association d'un composé hypocholestérolémiant, qui agit indirectement sur la réplication du VHC, entraîne également une diminution de la charge virale du VHC chez un patient infecté. De ce fait, l'action combinée avec un agent antiviral doit conduire à une meilleure élimination du virus chez les patients infectés.
Le composé hypercholestérolémiant utilisé est choisi parmi la lovastatine, la mévastatine, la simvastatine, la pravastatine et la fluvastatine. Les compositions pharmaceutiques selon l'invention sont notamment sous la forme de comprimés de 20 mg, la prise quotidienne étant comprise entre 10 et 40 mg.
DESCRIPTION DES FIGURES
La Figure 1 est un schéma du réplicon du génotype la du virus de l'hépatite C.
Ledit réplicon contient : les séquences 5' et 3' correspondant aux régions non codantes du VHC ; la séquence nucléotidique codant pour une partie de la protéine de capside (C), c'est-à-dire les 246 nucléotides (acides aminés 1 à 82) ; la séquence nucléotidique codant pour le gène Hygromycine B phosphotransférase qui est le gène de sélection (noté Hygromycine sur le schéma) ; les séquences nucléotidiques codant pour les protéines non structurales correspondant à : NS2-NS3-NS4A-NS4B-NS5A-NS5B et noté NS2 — NS5B. Le site Asp 718 est l'un des sites de restriction compris dans la séquence nucléotidique de la protéine de capside qui a servi à l'insertion des séquences codant pour le gène de sélection. Le site de restriction Xbal est le site qui est utilisé pour linéariser l'ADN avant transcription. Ce site est ensuite modifié selon la méthode décrite dans la partie "Matériels et Méthodes".
Les Figures 2A à 2D représentent des résultats d'immunofluorescence sur les cellules Véro/G418 + réplicon. Les cellules Véro/G418 sont cultivées sur lamelles de verre en absence d'hygromycine B (Figure 2D) et les cellules Véro/G418 + réplicon en présence d'hygromycine B (800 μg/ml) (Figures 2A, 2B et 2C). Ces cellules sont ensuite traitées selon les méthodes décrites dans la partie "Matériels et Méthodes".
La Figure 2A correspond à l'immunofluorescence indirecte obtenue sur des cellules Véro/G418 + réplicon à l'aide d'un anticorps monoclonal de souris dirigé contre la protéine de capside C.
La Figure 2B correspond à l'immunofluorescence indirecte obtenue sur des cellules Véro/G418 + réplicon à l'aide d'un sérum de patient infecté par le VHC. La Figure 2C correspond à l'immunofluorescence indirecte obtenue sur des cellules Véro/G418 + réplicon à l'aide d'un anticorps polyclonal produit chez le lapin et dirigé contre la protéine NS4.
La Figure 2D correspond à rimmunofluorescence indirecte obtenue sur des cellules Véro/G418 (cellules témoins) à l'aide d'un anticorps polyclonal produit chez le lapin et dirigé contre la protéine NS4.
Les Figures 3A, 3B, 3C et 3D concernent la caractérisation de la prenylation de la protéine NS5A du virus de l'hépatite C. La Figure 3 A représente le résultat des immunoprécipitations, obtenues à l'aide d'un anticorps polyclonal de lapin dirigé contre la protéine NS5A, et effectuées sur des extraits cellulaires provenant de cellules Vero/G418 (ou Vn5), infectées soit seulement par le virus vaccine recombinant vTF7-3 (ligne 1), soit par les virus recombinants vaccines vTF7-3 et wNS5A (ligne 2), et marquées soit en présence d'acide mévalonique H , soit en présence de méthionine S . La protéine NS5A immunoprécipitée est indiquée par une flèche.
La Figure 3B représente le résultat des immunoprécipitations obtenues à l'aide d'un anticorps polyclonal de lapin dirigé contre la protéine NS5A et effectuées sur des extraits cellulaires provenant de cellules Vn5 (Vero/G418) infectées par les virus vaccines recombinants vTF7-3 seul (ligne 1), vTF7-3 et wNS5A.la (ligne 2) et vTF7-3 et wNS2-5B (ligne 3). La présence de la protéine NS5A est indiquée par une flèche.
La Figure 3C représente le résultat des immunoprécipitations obtenues à l'aide d'un anticorps polyclonal de lapin dirigé contre la protéine NS5A et effectuées sur des extraits cellulaires provenant de cellules Vn5 (Vero/G418) infectées par les virus vaccines recombinants vTF7-3 seul (ligne 1), vTF7-3 et vvNS5A.la dll (délétion des acides aminés situés entre les positions 1973 et 2100, ligne 2), vTF7-3 et wNS5A.la dl2 (délétion des acides aminés situés entre les positions 1973 et 2073, ligne 3), vTF7-3 et wNS5A.la dl3 (délétion des acides aminés situés entre les positions 1973 et 2001, ligne 4), et vTF7-3 et wNS5A.la (ligne 5), et marqués soit en présence d'acide mévalonique H3, soit en présence de méthionine S35. La position des différentes protéines NS5A. la tronquées est indiquée par un trait sur le côté de la figure.
La Figure 3D représente le résultat des immunoprécipitations obtenues à l'aide d'un anticorps polyclonal de lapin dirigé contre la protéine NS5A et effectuées sur des extraits cellulaires provenant de cellules Vn5 (Vero/G418) infectées par les virus vaccines recombinants vTF7-3 et wNS5A de génotype la, vTF7-3 et wNS5A de génotype lb provenant de deux patients différents (lignes 1 et 2), et marqués en présence d'acide mévalonique H3. La position de la protéine NS5A est indiquée par une flèche.
PARTIE EXPERIMENTALE
I - LA PRENYLATION : MATERIELS ET METHODES
1. Cellules et conditions d'entretien.
Cellules Véro/G418 : Les cellules Véro/G418 (ou Vn5) (Frese et al, 1995) sont cultivées en couche mince dans des boîtes de 10 mm et dans un milieu DMEM (Milieu de Eagle modifié par Dulbecco) et contenant 10% de sérum de veau fœtal (SVF). Les cellules peuvent être cultivées sous pression de Néomycine à 300 μg/ml (valeur d'entretien pour ces cellules). Elles sont décollées tous les 5 ou 6 jours par une solution de trypsine/versène (NaCl 8g/l ; KC1 0,4 g/1 ; dextrose lg/1 ; NaHCO3 0,58g/l ; Trypsine cristallisée 0,045 g/ 1 ; Versène 0,2 g/1) et 1-106 cellules sont transférées dans une boite de 100 mm, ce qui correspond à une dilution 1/10. Le milieu est changé tous les deux à trois jours.
2. Clonage du génome du virus de l'hépatite C.
En utilisant des amorces spécifiques de la séquence du virus de l'hépatite C, on a synthétisé un ADNc selon la méthode de Gϋbler et Hoffmah (Gϋbler and Hoffman, 1983). Puis, grâce à des amorces de séquences connues, le génome de l'hépatite C a pu ensuite être amplifié par la méthode dite "nested primers" (Mullis and Faloona, 1987). Des fragments d'ADN correspondant à différentes régions du génome du VHC ainsi que les séquences correspondant aux extrémités non codantes du génome du virus VHC ont été clones dans un vecteur pGEM 3Zf(+) (Proméga) au site de restriction unique Smal. Ce vecteur contient le gène de résistance à l'ampicilline, l'origine de réplication du plasmide et le fragment intergénique du phage fl. En outre, les fragments sont placés sous contrôle du promoteur T7 à l'extrémité 5' du VHC ou SP6 à l'extrémité 3' du VHC. Tous ces clones ont été construits avec des séquences chevauchantes d'ADN afin de faciliter les recombinaisons in vitro. Après des digestions totales ou partielles de l'ADN de ces différents clones, des fragments ont été purifiés sur gel d'agarose et ligués entre eux de façon à reconstituer le génome du virus de l'hépatite C. C'est ainsi qu'un ADNc long de 9623 nucléotides a'ρu être généré.
3. Construction des plasmides pTMl recombinants et production des virus recombinants de la vaccine correspondante.
Différents fragments d'ADN codant pour les protéines du VHC et notamment de la protéine NS5A du VHC ont été générés par amplification enzymatique à partir du génome du VHC (pG/ HCV 1-9623). Ces ADN ont été insérés au niveau du site de restriction EcoRI dans la région de clonage multiple du plasmide pTMl (Moss et al., 1990). Cette région se situe immédiatement en aval du promoteur de l'ARN polymérase du phage T7 et de l'IRES (site interne d'entrée des ribosomes) du virus EMCV (Encephalomyocarditis virus). Les virus recombinants de la vaccine correspondants ont été générés par recombinaison homologue selon le principe défini par Kieny et al. (1984). Les virus recombinants sont purifiés par formation de plages sur cellules 143 B tk- (cellules déficientes en thymidine kinase, ATCC CRL-8303) en présence de bromodeoxyuridine (50 μg/ml). Chaque stock viral dérivant d'une plage isolée a été amplifié sur cellules CV1-L (souche issue du sous-clonage de cellules de reins de singe vert d'Afrique) après infection à une multiplicité d'infection (m.o.i.) de 1 unité formant plage par cellule (UFP/cellule) (Fourmillier et al., 1996).
4. Analyse des protéines exprimées à l'aide des virus recombinants vaccine- VHC.
Marquage (35S) des protéines : Des cellules Véro/G418 (Vn5) ont été infectées soit avec le virus vTF7.3 (Fuerst et al., 1986) seul, soit co-infectées par ce virus et un des virus recombinants exprimant la protéine NS5A du VHC,chacun à une m.o.i. de 5 UFP/cellule. Après une heure à 37°C, l'inoculum est retiré et remplacé par du milieu DMEM contenant 5% de sérum de vœu fœtal. A 16h post-infection, les cellules sont lavées par du milieu DMEM sans méthionine, puis incubées dans ce milieu pendant 1 à 2 heures, puis, marquées 3 heures avec 100 μCi/ml de méthionine (35S) (35S-Protein Labeling Mix (NEN), solution de marquage). Après ce temps, le milieu est éliminé et les cellules sont ensuite lavées par du PBS, et finalement sont lysées à l'aide d'un tampon de lyse pour extraction cytoplasmique (50 mM Tris-HCl pH 7,5 ; 150 mM NaCl ; lmM EDTA ; NP40 (ou Igepal) 1% (Sigma) ; Na déoxycholate 0,1% ; Aprotinine 10 μg/ml ; TPCK (Sigma) et PMSF (Sigma), 20 μg/ml) ou pour extraction totale par une solution de lyse contenant : 50 mM Tris-HCl pH 7,5 ; 150 mM NaCl ; lmM EDTA ; 0,5% NP40 ; 0,5% Na déoxycholate ; 0,2% SDS ; Aprotinine 10 μg/ml ; TPCK et PMSF, 20 μg/ml. Les protéines du VHC sont ensuite immunoprécipitées à partir de ce lysat à l'aide de sérums polyclonaux de lapin comme décrit par Wychowski et al. (1985) et les précipités ont été analysés par SDS-PAGE. Marquage à l'acide mévalonique (3H) des protéines : Des cellules Véro/G418
(Vn5) ont été infectées soit avec le virus vTF7.3 (Fuerst et al, 1986) seul, soit co- infectées par ce virus et un des virus recombinants exprimant la protéine NS5A du VHC, chacun à une m.o.i. de 5 UFP/cellule. Après une heure à 37°C, l'inoculum est retiré et remplacé par du milieu DMEM contenant 10% de sérum de vœu fœtal en présence de Mévastatine (100 μg/ml). Après 4 heures, 100 mCi/ml d'acide mévalonique
(3H) sont ajoutés au milieu. Après 18h post-infection, les cellules sont lavées par du milieu DMEM, le milieu est éliminé et les cellules sont lavées par une solution PBS avant d'être lysées par un tampon contenant : 50 mM Tris-HCl pH 7,5 ; 150 mM NaCl ; lmM EDTA ; 0,5% NP40 ; 0,5% Na déoxycholate ; 0,2% SDS ; Aprotinine 10 μg/ml ;
• V TPCK et PMSF, 20 μg/ml. Les protéines du VHC sont ensuite immunoprécipitées à partir de ce lysat à l'aide de sérums polyclonaux de lapin comme décrit précédemment et les précipités sont analysés par SDS-PAGE.
II - ANALYSES DU REPLICON DU VHC : MATÉRIELS ET METHODES
1. Construction du réplicon du VHC à partir de l'ADN complémentaire du VHC.
A partir du clone contenant la totalité de la séquence du VHC (pG/ HCV 1-9623), un réplicon du VHC a été initialement construit dans lequel les séquences codant pour les protéines structurales ont été substituées par les séquences codant pour la
Néomycine. L'ADN correspondant au gène de la néomycine a été introduit entre les sites de restriction Asp718 (position 579 de la séquence nucléotidique du VHC de génotype la) et le site de restriction Eco47III (position 2847 de la séquence nucléotidique du VHC de génotype la). Un fragment d'ADN correspondant à la séquence codant pour la Néomycine a été amplifié à l'aide d'amorces complémentaires de la séquence codant pour la Néomycine et contenant en 5' et 3' les sites de restriction Asp718 et Eco47III. Le fragment amplifié a été purifié sur gel low melting (gel d'agarose à faible point de fusion), puis ce fragment a été digéré par les enzymes de restriction ci-dessus mentionnées. Ce fragment a ensuite été intégré dans le plasmide pG/HCV 1-9623, délété de sa séquence entre Asp718 et Eco47III. Les séquences ont été ainsi insérées de façon à être en phase avec une partie restante des séquences codant pour la protéine de capside et avec les séquences codant pour la protéine NS2. Cependant, à cause de la position du site de restriction Eco47III, la partie NH2 terminale de NS2 a été délétée. Par conséquent, l'intégralité des séquences NS2 a été reconstituée en amplifiant par PCR la totalité des séquences codant pour NS2 et une partie de la séquence codant pour la protéine NS3. L'amorce en position 5' de la séquence contient également les séquences du site de restriction Spel. Le fragment d'ADN a été amplifié et purifié selon les procédures habituelles, puis il a été digéré par les enzymes Spel et l'enzyme Bstl l07I dont la position de ce site est en position 3640 de la séquence nucléotidique du VHC de génotype la. Finalement, ce fragment a été intégré entre les sites de restriction Spel et Bstll07 I. Le plasmide résultant pG/Néo 2- 5B a été obtenu. Ce plasmide contient les régions non codantes 5' et 3', une partie de la séquence codant pour la protéine de Capside C, les séquences du gène de résistance à la néomycine et la totalité des séquences codant pour la région des protéines non structurales du VHC. Il apparaît dans cette construction que la partie de capside est fusionnée au gène de résistance à. la néomycine et au produit NS2 du VHC. Les autres protéines du VHC seront normalement produites par des clivages qui seront générés par les deux proteases virales du VHC. Les cellules Véro/G418 étant résistantes à la néomycine, le plasmide pG/Néo 2-5B a été utilisé pour substituer les séquences codant pour la néomycine par les séquences codant pour le gène de résistance à l'hygromycine B. Un fragment d'ADN contenant les séquences de résistance à l'hygromycine B ainsi que les séquences des sites de restriction Asp718 et Xbal localisés respectivement aux extrémités 5' et 3' a été amplifié. Le site Xbal est compatible avec le site Spel, mais après hybridation les sites Spel et Xbal ne seront pas générés. Le site unique Spel disparaît de la séquence. Ce fragment d'ADN a ainsi été intégré entre les sites Asp718 et Spel du plasmide pG/Néo 2-5B. Après transformation et sélection, un plasmide pG/Hygro 2-5B a été obtenu dans lequel les séquences codant pour le gène de résistance à la néomycine ont été remplacées par celles codant pour le gène de résistance à l'hygromycine B et les autres séquences étant en tout point conservées.
2. Transcription de l'ADN complémentaire du VHC en ARN
Transcription pour transfection : Pour de grande production d'ARN le kit de chez Proméga (Ribo MAX ™Large Scale RNA production system-T7) a été utilisé. L'ADN correspondant au réplicon a été au préalable linéarisé et rendu bouts francs. A l'extrémité 3' du génome du VHC, un site de restriction a été placé afin qu'après digestion par l'enzyme de restriction Xbal et traitement à la Mung bean nuclease
(Biolabs)(Kowalski et al., 1976), les bases excédentaires soient digérées, ce qui correspond dès lors à l'extrémité authentique de l'ARN du VHC. Le traitement est réalisé sur 5 μg d'ADN. Après extraction par le phénol et le chloroforme de la
Λ. préparation d'ADN, l'ADN est récupéré par précipitation à l'éthanol. Une fois centrifugé l'ADN est repris par de l'eau stérile qui a été traitée au DEPC
(Diéthylpyrocarbonate), afin d'éviter toute trace de Rnase. L'ADN peut alors être transcrit en ARN. Ainsi, dans un tube eppendorf stérile, 20 μl d'ADN (environ 5 μg) sont complétés par : 20 μl d'eau traitée au DEPC, 20 μl de tampon de transcription 5X (Hepes-KOH (pH 7,5) 400 nM, MgCl2 120 mM, spermidine 10 mM, DTT 200 mM), 30 μl de rNTPs (25mM ATP, CTP, GTP, UTP), 10 μl Enzyme Mix (T7) (Proméga) et le mélange est incubé à 37°C pendant 2 à 4 heures. Une fois l'ADN transcrit par l'ARN polymérase T7, la matrice d'ADN est dégradée par 5 μl de RQ1 Dnase (Rnase free) (Proméga) pendant 15 à 30 minutes à 37°C. Une extraction phénol/cloroforme est réalisée et la solution aqueuse contenant l'ARN est précipitée en ajoutant 1/10 d'acétate de sodium 3M et deux volumes d'éthanol. Après une nuit, on centrifuge pour récupérer le culot d'ARN. Celui-ci est ensuite lavé par une solution d'éthanol à 70%, puis séché légèrement sur la paillasse puis finalement resolubilisé par de l'eau stérile traitée au DEPC. L'ARN par la suite sera conservé à -80°C.
Transcription pour marquage radioactif : On utilise un kit de transcription Proméga. L'ADN servant de matrice pour la production d'ARN radioactif provient d'ADN amplifié par la méthode PCR et dans lequel les amorces en position 5' ou 3' contiennent les séquences des promoteurs pour les bactériophages T7 ou SP6 ce qui permet ainsi de produire des ARN de polarité négative ou positive suivant que l'on recherchera à caractériser respectivement des ARN de polarité positive ou négative des replicons. Pour les ADN produits par PCR, il n'est pas nécessaire de linéariser par une enzyme de restriction puisque les extrémités sont bouts francs. Cependant, les fragments d'ADN seront purifiés sur gel lo^melting (gel d'agarose à faible point de fusion) avant d'être transcrit. 3 μl d'ADN (correspondant à 1-2 μg) sont complémentés par 4μl de tampon de transcription 5X (Tris-HCl (pH 7,9 à 25°C) 200 mM, NaCl 50 mM, MgCl2 30 mM, spermidine 10 mM), 2μl d'une solution de DTT 100 mM, 0,5μl de RNasin (inhibiteur) (40 U/μl) (Blackburn and Moore, 1982), 4μl d'un mélange de rNTPs (rATP, rUTP et rGTP, 2,5 mM chacun) dans lequel le rCTP a été omis, 5,5 μl d'eau traitée au DEPC, lμl d'enzyme polymérase T7 (20 U/μl) et 50 μCi de dCTP αP32 lyophilisé.
L'ADN est transcrit pendant 1 heure à 37°C. Puis l'ADN est dégradé comme décrit précédemment et l'ARN est précipité puis resolubilisé dans de l'eau traitée au DEPC.
3. Technique d'électroporation Cette technique a été réalisée selon une procédure décrite par Liljestrom et al.
(1991). L'appareil ayant servi aux électroporations est de la marque BioRad (BioRad Gène Pulsar with Puise controller). Les cellules Véro/G418 ont été ensemencées sur des boîtes de 100 mm et dans un milieu DMEM complémenté de 10% de sérum de veau fœtal (SVF) et elles ont été laissées en culture jusqu'à ce qu'une confluence de 80 à 90% soit atteinte. Il est à noter que 5.106 cellules sont nécessaires pour chaque électroporation. En conséquence, le nombre de boîtes est calculé pour disposer d'une quantité de cellules suffisantes. Les cellules à électroporer sont lavées par une solution de PBS puis sont décrochées à l'aide d'une solution de trypsine contenant de l'EDTA. Cette solution est éliminée, et après quelques minutes les cellules qui se décrochent sont reprises dans du milieu DMEM 10% de SVF et centrifugées à 800 tpm pendant 6 minutes. Les cellules sont alors reprises et relavées par une solution de PBS puis le culot de cellules, après centrifugation, est repris par un volume de milieu PBS de façon à ce que la concentration finale en cellules soit de 1.107 cellules/ml. Celles-ci sont conservées dans la glace. Dans une cuve à électroporation de 0,2 mm de la marque BioRad, 500 μl de la suspension cellulaire à 1.107 cellules/ml sont mis en contact avec
30 μg d'ARN (ARN du réplicon) et le même tube est placé dans l'appareil à électroporation qui a été étalonné à 1,75 kV et 25 μFD, tandis que le contrôleur de la résistance était sur la position infini (bouton ∞ de l'appareil). Les cellules ont ainsi reçu deux chocs électriques. Le pourcentage de cellules qui survivent à ces chocs est de 20 à 30%o. Après ces chocs, les cellules sont reprises dans du milieu DMEM 10% SVF et elles sont gardées à température de la pièce pendant 10 minutes avant d'être réensemencées sur une boîte de 100 mm. Puis toutes les boîtes sont placées dans une étuve à CO2 et à une température de 37°C. Elles sont ensuite prêtes pour subir la pression de sélection par l'hygromycine B.
4. Sélection des cellules résistantes à l'hygromycine B.
Les cellules Véro/G418 électroporées en présence de l'ARN du VHC et contenant le gène de résistance à l'hygromycine B ont été utilisées pour une pression progressive en présence d'hygromycine B. Une fois électroporées, comme décrit précédemment, les cellules sont initialement déposées sur des boîtes de 100 mm. Après 48 heures, les cellules sont soumises à une faible pression de 100 μg/ml en hygromycine B puis à 200 μg/ml jusqu'à ce qu'elles atteignent une confluence. Elles sont ensuite décollées par action du mélange trypsine/versène et elles sont transférées dans des boîtes de 60 mm, tout en gardant la pression de sélection initiale. Les cellules sont maintenues durant cinq à dix passages (variable) à cette concentration pour stabiliser la population cellulaire. Le repiquage se fait au début environ toutes les trois semaines avec une dilution au 1/2 des cellules et un changement de milieu tous les trois à quatre jours. Après une stabilisation de la croissance cellulaire (repiquage en moyenne tous les 10 à 15 jours, observations également avec l'état général de la cellule), celles-ci sont soumises à des pressions croissantes en hygromycine B de l'ordre de 50 à 100 μg/ml selon les circonstances. La stabilisation de la cellule se faisant souvent après cinq passages sous la pression définie. L'ARN total des cellules poussant sous pression de sélection a été extrait et soumis à une RT-PCR (PCR à l'aide de la rétrotranscriptase) dans les régions 5' et 3' non codantes. Celles-ci s'étant révélées positives, la pression de sélection a été maintenue et élevée progressivement. Cependant les études par immunofluorescence indirecte n'ont pas permis la détection des protéines du VHC. La détection par immunofluorescence n'a été possible que pour des cellules poussant sous des pressions en hygromycine B supérieures à 600 μg/ml. Les cellules ont été également congelées à des pressions de sélection intermédiaires. Actuellement on dispose de cellules poussant sous une pression en hygromycine B de 1000 μg/ml. 5. Cellules et conditions d'entretien.
Cellules Véro/G418 / Réplicon VHC : Les cellules sont cultivées en couche mince dans des flacons de 75 cm2 et dans un milieu DMEM contenant 10% de sérum de veau fœtal (SVF) et de l'hygromycine B. La concentration en hygromycine B dépend de la sélection de la cellule. Celle-ci varie de 200 à 1000 μg/ml. Les flacons de 75 cm2 sont habituellement ensemencés avec 5.106 cellules ce qui correspond à une dilution au demi et elles sont entretenues pendant 10 à 15 jours en fonction de leur densité. Au moment de leur passage, le milieu de ces cellules est éliminé et les cellules sont lavées deux fois par un milieu trypsine/versène (NaCl 8 g/1, KC1 0,4 g/1, dextrose 1 g/1, NaHCO 0,58 g/1, Trypsine cristallisée 0,045 g/1, Versène 0,2 g/1). Les cellules se décollent très rapidement après quelques minutes (2 à 5 minutes). On reprend alors ces cellules par du milieu DMEM contenant la concentration d'hygromycine B adéquate et les cellules sont réparties dans deux flacons. On laisse les cellules se fixer et s'établir sur le flacon et le milieu n'est changé que trois à quatre jours après, puis tous les deux ensuite jusqu'à la densité cellulaire voulue (8 à 10.106 cellules/flacon de 75 cm2).
6. Analyse des protéines par immunofluorescence indirecte.
Les cellules Véro/G418 sont cultivées sur lamelles de verre en absence d'hygromycine B et les cellules Véro/G418 + réplicon en présence d'hygromycine B (800 μg/ml). Après 3 jours de culture les cellules sont fixées dans une solution de PBS contenant 4% de paraformaldéhyde. Les cellules fixées au paraformaldéhyde sont ensuite traitées par une solution de Triton X-100 pour favoriser le marquage intracellulaire. Les cellules sont ensuite mises en contact avec des anticorps spécifiques dirigés contre différentes protéines du VHC et dilués dans' du TBS (Tris Buffered saline : 20 mM Tris-HCl pH 7,5 ; 137 mM NaCl ; 2 mM EDTA). Ces anticorps sont soit des anticorps monoclonaux dirigés contre la protéine de capside, NS3 ou NS5 et préparés chez la souris, soit des anticorps polyclonaux reconnaissant la protéine NS4 ou NS5A ou B et préparés chez le lapin, soit des anticorps anti-VHC provenant de patients infectés par le VHC. Après plusieurs rinçages, les cellules sont ensuite incubées avec un anticorps secondaire couplé à la rhodamine (immunoglobulines anti-souris produites chez le lapin ; DAKO) ou à la fluorescéine (immunoglobulines anti-souris produites chez l'âne ; Jackson), ou des anticorps secondaires couplés à la rhodamine ou à la fluorescéine et reconnaissant les immunoglobulines de lapin ou les immunoglobulines humaines. Les cellules ainsi marquées sont ensuite observées au microscope à fluorescence (Zeiss) et photographiées (voir Figure 2).
7. Purification des ARN. a) Selon la méthode décrite dans le kit Proméga (Kit SV "Total RNA
Isolation System", système d'isolement de l'ARN total).
Les purifications d'ARN peuvent être effectuées sur 1,5.103 à 5.106 cellules. Les procédures d'extraction sont réalisées avec le kit de Proméga (SV Total RNA Isolation System) et décrit selon le manuel de Proméga. Pour les cellules adhérentes, le milieu est enlevé et les cellules sont lavées deux fois par une solution trypsine/versène, une fois que les cellules ont été décrochées. Celles-ci sont ensuite reprises par le milieu de culture puis sont centrifugées à 300g pendant 5 minutes. Le milieu est ensuite aspiré et les cellules sont reprises dans une solution PBS et recentrifugées comme décrit précédemment. Le milieu est aspiré et le culot de cellules peut-être soit traité pour la suite des manipulations soit conservé à -80°C. La suite du protocole correspond à la description de la procédure de Proméga : le culot de cellules est repris par 175 μl de la solution de lyse (SV RNA Lysis Buffer, fourni avec le Kit : 4M GTC (guanidine isothiocyanate) ; 10 mM Tris-HCl pH 7,5 ; 0,97% β-mercaptoéthanol). Le culot est ensuite dispersé en pipettant plusieurs fois. Si la concentration de cellules est comprise entre 1.106 et 5.106 cellules, il est nécessaire de casser l'ADN en le faisant passer au travers d'une aiguille très fine. On ajoute ensuite 350 μl d'un tampon SV RNA Dilution Buffer (Proméga) au 175 μl de la solution de lyse. On mélange en inversant le tube trois à quatre fois et le tube est placé ensuite dans un bain marie porté à 70°C et on laisse incuber pendant 3 minutes (il ne faut pas dépasser ce temps' afin de ne pas risquer de dégrader l'ARN). On centrifuge à 12000-14000 g pendant 10 minutes à 20-25°C et on utilise les tubes qui sont donnés avec le kit, pour la suite de la manipulation. Par ailleurs, il est nécessaire d'identifier chaque tube pour chaque préparation utilisée et de porter des gants pour éviter les contaminations RNases. La solution de lyse est transférée dans un autre tube à centrifuger et il faut éviter de remettre le culot en suspension. 200 μl d'éthanol à 95°C sont ajoutés à la solution aqueuse. On mélange en pipettant trois à quatre fois, puis cette solution est transférée sur une micro-colonne contenue dans le tube à centrifugation et on centrifuge à 12000-14000 g pendant une minute. On retire la micro-colonne du tube, le liquide présent dans le tube de collection est éliminé puis on replace la micro-colonne sur le tube d'origine. On ajoute 600 μl de la solution de lavage des ARN sur la micro-colonne (solution de lavage des ARN : 60 mM acétate de potassium, 10 mM Tris-HCl pH7.5 et 60% Éthanol). On centrifuge à 12 000-14 000 g pendant une minute. Le tube de collection est à nouveau vidé et replacé comme précédemment. Pour chaque préparation à purifier, la solution suivante est préparée (et dans l'ordre) : 40 μl Tampon Yellow (22,5 mM Tris-HCl pH 7,5 ; 1,125 M NaCl ; 0,0025% Yellow dye (Proméga) (w/ v), 5 μl 0,09M MnCl2 et 5 μl DNase I enzyme. Le mélange ne doit pas être vortexé mais doit être mélangé doucement. Le tout est gardé dans la glace et si l'enzyme doit être décongelée, il faut la laisser dans la glace. Les 50 μl de cette solution sont ajoutés sur la membrane de la Spin Basket. Il est nécessaire de s'assurer que la solution couvre parfaitement la membrane. On laisse agir pendant 15 minutes à 20-25°C (température de la paillasse). Après ce temps d'incubation, on ajoute 200 μl d'une solution d'arrêt de l'activité enzymatique (SV DNase stop solution)(2M guanidine isothiocyanate, 4 mM Tris-HCl pH 7,5 et 57 % éthanol). La micro-colonne est centrifugée à 12 000-14 000 g pendant une minute. On ajoute 600 μl d'une solution de lavage des ARN (SV RNA wash solution) et on centrifuge à 12000-14000 g pendant une minute. On ajoute 250 μl de la solution de lavage des ARN. On centrifuge à vitesse maximale pendant deux minutes. On enlève un tube d'élution du kit initial pour chaque préparation et on transfère la micro-colonne dans un autre tube à centrifugation. On ajoute 100 μl d'eau traitée au DEPC sur la membrane de la micro-colonne. On centrifuge à 12000- 14000g pendant une minute. La solution d'ARN est contenue dans le tube d'élution et est conservée à -80°C. b) Pour des quantités d'ARN plus importantes, on utilise le kit Proméga (Total RNA isolation System, système d'isolement d'ARN total). Les valeurs données ici sont à utiliser pour 1.107 cellules. La préparation des cellules se fait de la même façon que décrite précédemment. Le principe d'extraction des ARN est basé sur la méthode décrite par Chomczynski et Sacchi (1987) et qui utilise le guanidium de thiocyanate. Le culot de cellules est repris par 1,2 ml d'une solution de dénaturation contenant : 26 mM de citrate de sodium (pH 6,8), 0,5%» N- lauryl sarcosine, 0,125 M β-mercap'toéthanol et 4M guanidine thiocyanate. La solution est séparée dans deux tubes eppendorf contenant ainsi 600 μl de la solution. On ajoute ensuite dans chaque tube 60 μl d'acétate de sodium 2M et on mélange doucement par retournement des tubes (4 à 5 fois). Cette solution est ensuite extraite par 600 μl de phénol : chloroforme : IAA (alcool isoamylique) et les tubes sont ensuite placés dans la glace pendant 15 minutes. Après ce temps, la solution aqueuse est récupérée en centrifugeant les tubes pendant 30 minutes à 14000 tpm à 4°C dans une machine eppendorf. A la solution aqueuse, il faut ensuite ajouter un volume équivalent d'isopropanol et après avoir mélangé, on laisse le tout à -20°C pendant 15 minutes. On centrifuge à 14000 tpm à 4°C pendant 30 minutes pour récupérer le culot d'ADN qui sera lavé par une solution d'éthanol à 75%. On centrifuge à nouveau, puis on élimine T éthanol, et on laisse sécher légèrement le culot que l'on reprendra dans 50 μl d'eau Rnase free (traitée au DEPC). Les solutions d'ARN purifiés peuvent être rassemblées entre elles. Les ARN sont ensuite conservés à -80°C. c) Purification des ARN par trifluoroacétate de Césium : CsTFA™ (produit Pharmacia)
Des extraits d'ARN totaux préparés à partir de cellules ou dans certains cas à partir de biopsies par la méthode classique au guanidium de thiocyanate sont également purifiés par centrifugation sur trifluoroacétate de Césium (CsTFA) selon la procédure décrite par Zarlenga et Gamble (1987). Cela permet ainsi d'obtenir une préparation d'ARN dépourvue d'ADN, de protéines et dans certains cas de glycogène pour des ARN isolés à partir d'hépatocytes. L'ARN précédemment isolé par guanidium thiocyanate est ensuite purifié sur CsTFA (Pharmacia). L'ARN est repris par une solution de CsTFA à une densité de 2,0 g/ml pour être à la fin à une concentration de 1,65 g/ml et contenant du BET (bromure d'éthidium) à une concentration de 0,5 μg/ml. La solution contenue dans des tubes polyallomer
(Beckman) de 5 ml est ensuite mise à centrifuger dans une SW 55 Ti rotor (Beckman) pendant 44 heures à 15°C et à 200000g. Après ce temps de' centrifugation, l'ARN est prélevé et mis en précipitation dans une solution 0,3 M d'acétate de sodium et dans 2 volumes d'éthanol à -20°C pendant la nuit. On centrifuge ensuite pour récupérer le culot d'ARN, on lave ce culot par de l'éthanol à 70%, on sèche ensuite le culot et on reprend l'ARN par de l'eau traitée au DEPC. D'autres purifications ne sont plus nécessaires. L'ARN ainsi préparé peut-être utilisé pour les manipulations d'amplifications ou pour les manipulations d'hybridation sur filtres. 8. Hybridation de l'ARN total des cellules contenant le réplicon par des sondes radioactives.
Préparation des filtres : La dénaturation de l'ARN se fait par une solution de glyoxal, puis, après dénaturation, les ARN sont fixés sur des filtres de Nitrocellulose par aspiration (Appareil utilisé, BioDot SF de chez BioRad). Les ARN purifiés, comme précédemment décrits, sont traités comme suit : 22 μl d'ARN sont mélangés à 9 μl d'une solution 100 mM de phosphate de sodium (pH 7,0), 45 μl de DMSO (diméthyl sulfoxide (Sigma)) et 13,2 μl d'une solution 6M glyoxal (Sigma). Le tout est mélangé puis centrifugé pour collecter la totalité du liquide. Le mélange formé par l'ARN et la solution dénaturante est ainsi incubé pendant une heure à 50°C, puis l'échantillon est refroidi dans la glace.
Deux volumes d'une solution 20XSSC (3 M NaCl ; 0,3 M citrate de sodium pH 7,0) sont ensuite ajoutés à chaque échantillon avant leur passage sur la membrane de Nitrocellulose qui aura été au préalable traitée dans une solution 10XSSC (1,5 M NaCl ; 0,15 M citrate de sodium pH 7,0). Pour éliminer le restant de glyoxal, le filtre est passé dans une solution chauffée à 95°C : 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 ; 1 mM EDTA et qui est laissée sous faible agitation à température de la pièce. Chaque filtre est ensuite placé dans un four sous vide (à 80°C) pendant une à deux heures.
Préhybridation et hybridation des filtres : On place le filtre à l'intérieur d'un sac plastique et on ajoute la solution de préhybridation (10 mM EDTA ; 7% SDS ; 0,5 M Na2HPO4, pH 7,2). Le sac plastique est scellé et on laisse le tout en pré-hybridation pendant 5 minutes à 65°C. On coupe ensuite un coin du sac plastique et on enlève la solution de pré-hybridation. On ajoute ensuite la même solution dans le sac avec la sonde radioactive à 106 cpm/ml. On laisse ainsi le contenu en hybridation pendant 4 à 24 heures à 65°C. Lavage des filtres : Différents lavages sont effectués : tout d'abord deux lavages pendant 5 à 10 minutes avec un mélange contenant une solution 2X SSC (0,3 M NaCl ; 0,03 M citrate de sodium pH 7,0) et du SDS 0,1%. On effectue ensuite deux lavages à 50°C pendant 15 minutes chacun avec un mélange contenant une solution 0,1X SSC (1,5.10"2 M NaCl ; 1,5.10"3 M citrate de sodium pH 7,0), du SDS 0,1 %. III - Procédé de production du VHC par infection :
Ce procédé permet de tester si les cellules contenant le réplicon peuvent produire des particules de VHC par infection. Actuellement, il n'existe pas de système cellulaire capable de produire le virus de l'hépatite C. La mise en place de cellules capables de répliquer le génome du VHC implique la sélection de facteurs qui favorisent également la multiplication du virus. Une fois que de telles cellules ont permis une amplification virale, on peut envisager la purification du virus ainsi que l'inactivation de celui-ci pour des tests de vaccination. Pour infecter des cellules à partir de stocks de virus de la souche H (Feinstone et al., 1981) (il s'agit de la même souche qui a été utilisée pour cloner l'ADNc complet du VHC), ou à partir de virus provenant de patients infectés, on utilise les cellules d'origine Véro/G418 (ou Vn5), les cellules Véro/G418 + réplicon sous pression d'hygromycine B ou les cellules Véro/G418 + réplicon sans pression d'hygromycine B. Ces cellules sont entretenues dans un milieu normal (DMEM 10% SVF) et sans hygromycine B afin d'atténuer l'action du réplicon. Une RT-PCR est réalisée sur le virus initial, ce qui permet de quantifier le matériel viral (présence d'ARN) sans pour autant déterminer son caractère infectieux. Les cellules sont ensuite infectées par les virus tels que mentionnés ci-dessus. Les cellules sont entretenues et étudiées à différents moments pour déterminer s'il y a amplification du matériel génétique du VHC. Pour cela, des prélèvements de cellules sont effectués et l'ARN total de ces cellules est extrait pour quantifier TARN du VHC soit par RT-PCR, soit par hybridation des ARN sur filtres. Par ailleurs, on cherche à savoir si le virus est capable de lyser les cellules ou s'il persiste dans la cellule. S'il y a lyse cellulaire, il suffit de reprendre les lysats cellulaires pour infecter d'autres cellules. La quantification du virus peut ensuite se faire par diverses méthodes utilisées en virologie. De plus, si l'infection virale ne conduit pas à une lyse des cellules, la multiplication du VHC peut s'observer par immunofluorescence indirecte à l'aide d'anticorps dirigés contre des protéines du VHC. IV - Test d'infectivité de l'ADNc complet du VHC reconstitué avec les séquences du réplicon par transfection de cellules :
Il est indispensable de recloner les séquences des replicons les plus fonctionnels, c'est-à-dire ceux qui ont montré la réplication la plus efficace en permettant à la cellule de résister à des concentrations d'hygromycine B très élevées. Ainsi, les ARN de ces cellules sont extraits selon les procédures décrites ci-dessus. L'ARN des replicons est amplifié par RT-PCR en une seule étape, afin que l'ensemble des variations corresponde à la même molécule de réplicon. L'ADN est séquence et l'ARN issu de la transcription de l'ADN est à nouveau transfecté pour vérifier son pouvoir réplicatif sur les cellules. Dans la séquence d'ADN ainsi obtenue, les séquences correspondant au gène de résistance à l'hygromycine B sont substituées par les séquences codant pour les protéines de structure du VHC. Ces séquences sont clonées dans un vecteur afin d'être capables de produire de l'ARN par transcription à partir d'ADN. Ces ADNc servent à produire de l'ARN pour transfecter par électroporation (voir plus haut) les cellules
Véro/G418 (ou Vn5), les cellules Véro/G418 + réplicon sous pression d'hygromycine B ou les cellules Véro/G418 + réplicon sans pression d'hygromycine B. Les tests d'identification sont ensuite effectues comme décrit ci-dessus.
V - Procédé de criblage d'agents anti-VHC :
La croissance cellulaire sous des pressions élevées d'hygromycine B étant dépendante de l'efficacité de réplication du réplicon du VHC, on a testé différents agents anti-viraux du VHC qui peuvent inhiber soit directeπtent soit indirectement la réplication du VHC.
Les cellules Véro/G418 + réplicon et les cellules témoins Véro/G418 (ou Vn5) sont soumises parallèlement à l'action de différents anti- viraux et à des concentrations variables. Toute action sur la réplication du réplicon a forcément une répercussion sur la synthèse des ARN du VHC et par conséquent sur la synthèse des protéines. Ainsi, les ARN totaux des cellules soumises à l'action des anti-viraux sont extraits, puis fixés sur des filtres et finalement hybrides avec des sondes spécifiques du VHC. Par ailleurs, la synthèse des protéines étant affectée par la diminution de la réplication, un marquage des protéines est effectué et l'expression des différentes protéines est étudiée par immunoprécipitation à l'aide d'anticorps dirigés contre des protéines spécifiques du VHC.
On peut également utiliser un réplicon contenant dans sa séquence les séquences codant pour la GFP. On choisit pour cela une GFP dont le temps de demi-vie est court (Clontech). La régénération de cette protéine dépend du taux de synthèse mais également de la réplication du réplicon. Des inhibiteurs agissant sur la réplication du VHC affectent la synthèse des protéines et par conséquent celle de la protéine GFP. L'avantage de cette approche est αu'il n'est pas nécessaire de fixer les cellules pour détecter par immunofluorescence la GFP car celle-ci a la propriété de fluorescer naturellement sous certaines longueurs d'ondes. Les cellules contenant le réplicon et la
GFP et soumises à l'action d'agents anti-viraux peuvent être observées à différents instants. Des photos peuvent être prises et on peut alors analyser l'immunofluorescence de la GFP. Toute diminution ou disparition de l' immunofluorescence de la GFP atteste de l'action d'anti-viraux du VHC.
VI - Étude de la prenylation de la protéine NS5A du VHC de génotype la et lb :
Pour cette étude, différents virus recombinants vaccines ont été utilisés. Ils expriment la totalité de la protéine NS5A du VHC de génotype la ou de génotype lb.
Pour ce dernier génotype, les séquences codant pour la protéine NS5A ont été amplifiées à partir de deux patients infectés par le VHC de génotype lb. Certaines constructions de la protéine NS5A du VHC contiennent des déletions de la séquence protéique localisée dans la partie amino terminale de la protéine. Ces différents virus recombinants correspondent à : wNS5A.la dll (del 1973-2100 aa), wNS5A.la dl2 (del
1973-2073 aa) et wNS5A.la dl3 (del 1973-2001 aa). Entre les parenthèses sont indiqués les acides aminés qui sont délétés dans la protéine NS5A. Pour plus de précisions, le chiffre qui correspond à la position de l'acide aminé dans la polyprotéine du VHC a été gardé. Ainsi, del 1973-2100 aa correspond à une délétion de la séquence peptidique comprise entre les acides aminés 1973 et 2100 de la polyprotéine du VHC.
Cette délétion de la protéine concerne la partie amino-terminale de la protéine NS5A.
Par ailleurs, un virus recombinant vaccine, wNS2-5B, qui exprime les protéines NS2 jusqu'à la protéine NS5B du VHC, c'est-à-dire NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A et NS5B, a également été utilisé.
Les cellules ainsi infectées sont utilisées pour effectuer des marquages métaboliques soit en présence d'acide mévalonique (H3) soit en présence de méthionine S35. Les procédures utilisées pour ces marquages sont détaillées ci-après. a) Marquage à l'acide mévalonique (H3) des protéines :
Des cellules Véro/G418 (Vn5) ont été ensemencées sur des plaques 6 puits (Costar) à 106 cellules/puits et dans un milieu DMEM (Milieu de Eagle modifié par Dubelcco) contenant 10%» de sérum de veau fœtal (SVF). Ces cellules sont placées dans une étuve à CO2 et à 37°C pendant 24 heures. Elles sont ensuite infectées soit avec le virus vTF7.3 seul (Fuerst et al., 1986), soit co-infectées par ce virus et un des virus recombinants exprimant la protéine NS5A du VHC précédemment décrit, chacun à une m.o.i. de 5 UFP/cellule. Après une heure à 37°C, l'inoculum est retiré et remplacé par du milieu DMEM (Dulbecco's modified Eagle's médium) contenant 10% de sérum de veau fœtal et 100 μg/ml de Mévastatine pour un prétraitement de 4 heures à la suite duquel on ajoute dans le milieu 100 μCi ml d'acide mévalonique (H3). Après 18 heures post-infection, les cellules sont lavées par du milieu DMEM, le milieu est éliminé et les cellules sont lavées par une solution PBS avant d'être lysées par un tampon contenant : 50 mM Tris-HCl pH 7,5 ; 150 mM NaCl ; lmM EDTA ; 0,5% NP40 ; 0,5% Na déoxycholate ; 0,2% SDS ; Aprotinine 10 μg/ml ; TPCK et PMSF, 20 μg/ml. La protéine NS5A du VHC est ensuite immunoprécipitée à partir de ce lysat à l'aide d'un sérum polyclonal de lapin dirigé contre la protéine NS5A selon une procédure déjà décrite (Wychowski et al., 1985) et le précipité est analysé par SDS-PAGE. Le résultat de ces marquages est indiqué dans les figures 3A, 3B, 3G et 3D. Les marquages à l'acide mévalonique sont indiqués par : Mev.H3. Dans les figures 3 A, 3B et 3C, les lignes 1 indiquent le résultat obtenu sur un lysat provenant de cellules infectées par le virus recombinant vTF7.3. Il s'agit dans ce cas-là d'une mesure de contrôle. b) Marquage (S35) des protéines :
Des cellules Véro/G418 (Vn5) ont été infectées avec les mêmes virus recombinants que ceux cités précédemment. Après une heure de mise en contact à 37°C, l'inoculum est retiré et remplacé par du milieu DMEM contenant 5% de sérum de vœu fœtal. A 16h post-infection, les cellules sont lavées par du milieu DMEM sans méthionine, puis incubées dans ce milieu pendant 1 à 2 heures, puis marquées 3 heures avec 100 μCi/ml de méthionine (35S) (35S-Protein Labeling Mix (NEN), solution de marquage). Après ce temps, le milieu est éliminé et les cellules sont ensuite lavées par du PBS, et finalement sont lysées à l'aide d'un tampon de lyse contenant : 50 mM Tris- HCl pH 7,5 ; 150 mM NaCl ; lmM EDTA ; 0,5% NP40 ; 0,5% Na déoxycholate ; 0,2% SDS ; Aprotinine 10 μg/ml ; TPCK et PMSF, 20 μg/ml. La protéine NS5A du VHC est ensuite immunoprécipitée à partir des lysats à l'aide d'un sérum polyclonal de lapin comme décrit par Wychowski et al. (1985) et le précipité est analysé par SDS-PAGE. Les marquages à la méthionine S35 sont indiqués dans les figures 3A et 3C par : Met.S35. Dans les figures 3A et 3C, les lignes 1 indiquent le résultat obtenu sur un lysat provenant de cellules infectées par le virus recombinant vTF7.3 et marquées à la méthionine S35. Il s'agit dans ce cas-là d'une mesure de contrôle.
On remarque que la protéine NS5A du VHC de génotype la ou lb est prénylée dans les cellules Véro/G418 (Vn5) (voir figures 3 A et 3D). Cette prenylation a lieu lorsque la protéine NS5A est exprimée seule ou dans le contexte de la polyprotéine (voir figures 3B, lignes 2 et 3 respectivement). La prenylation est un processus de modification post-traductionnelle concernant principalement la protéine NS5A du VHC de génotype la ou lb, et peut concerner les autres génotypes.
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Claims

REVENDICATIONS
1. Utilisation de cellules capables d'effectuer un processus de prenylation de protéines codées par le génome du virus de l'hépatite C (VHC), telle que la prenylation de la protéine NS5A, pour la réplication et, le cas échéant, la production du VHC ou de mutants viables dérivés, dans un milieu de culture approprié.
2. Utilisation selon la revendication 1, de cellules de mammifères, notamment de cellules de reins de singes, encore désignées cellules Véro.
3. Utilisation selon l'une des revendications 1 à 2, de cellules Véro transformées par un gène de résistance à un antibiotique, tel que la néomycine, notamment de cellules Véro/G418.
4. Utilisation selon l'une des revendications 1 à 3, de cellules, telles que les cellules Véro, le cas échéant transformées par un gène de résistance à un antibiotique, tel que la néomycine, lesdites cellules étant transformées par un acide nucléique contenant tout ou partie du génome du VHC ou des mutants dérivés du VHC.
5. Utilisation selon la revendication 4, caractérisée en ce que l'acide nucléique est choisi parmi :
- ceux codant pour les protéines structurales et non structurales du VHC ou
- ceux codant pour les protéines non structurales du VHC ou - les replicons contenant un gène de résistance à un antibiotique, notamment l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC.
6. Utilisation selon la revendication 4 ou 5, caractérisée en ce que les cellules sont transformées par un acide nucléique choisi parmi les séquences nucléotidiques
SEQ ID NO : 1, SEQ ID NO : 2 et SEQ ID NO : 3.
7. Utilisation selon l'une des revendications 1 à 6, pour la réplication, et le cas échéant, la production du VHC de type la.
8. Utilisation selon l'une des revendications 1 à 7, de cellules telles que déposées à la CNCM le 13 avril 2001 sous les numéros 1-2658 et 1-2659.
9. Séquence nucléotidique caractérisée en ce qu'elle comprend ou est constituée par SEQ ID NO : 1.
10. Séquence nucléotidique caractérisée en ce qu'elle comprend ou est constituée par SEQ ID NO : 3.
11. Vecteur recombinant, notamment plasmide, cosmide, phage ou ADN de virus, contenant une séquence nucléotidique selon la revendication 9 ou 10.
12. Cellule hôte, choisie notamment parmi les bactéries, les virus, les levures, les champignons, les plantes ou les cellules de mammifères, ladite cellule hôte étant transformée, à l'aide d'un vecteur recombinant selon la revendication 11.
13. Cellule transformée constituée par une cellule Véro/G418, comprenant un acide nucléique choisi parmi :
- ceux codant pour les protéines structurales et non structurales du VHC ou
- ceux codant pour les protéines non structurales du VHC ou
- les replicons contenant un gène de résistance à un' antibiotique, notamment l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC.
14. Cellule selon la revendication 13, constituée par une cellule Véro/G418 comprenant un réplicon constitué par un acide nucléique choisi parmi ceux contenant un gène de résistance à un antibiotique, tel que l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC, à savoir NS2, NS3,
NS4A, NS4B, NS5A et NS5B.
15. Cellule selon l'une des revendications 13 ou 14, telle que la cellule Véro/G418 déposée à la CNCM le 13 avril 2001 sous le numéro 1-2659.
16. Cellule selon l'une des revendications 13 à 15, telle que la cellule Véro/G418, comprenant un acide nucléique contenant un gène de résistance à un antibiotique, tel que l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC, et déposée à la CNCM le 13 avril 2001 sous le numéro 1-2658.
17. Cellule selon l'une des revendications 13 à 16, constituée par une cellule
Véro/G418 comprenant un acide nucléique contenant un gène de résistance à un antibiotique, notamment l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales, et ayant la propriété de répliquer le VHC à une concentration d'antibiotique, notamment d'hygromycine B, de 800 à 1000 μg/ml.
18. Procédé de production du virus de l'hépatite C, qui comprend l'infection de cellules Véro/G418, notamment de cellules Véro/G418 telles que déposées à la CNCM le 13 avril 2001 sous le numéro 1-2659, par le virus de l'hépatite C et la mise en culture dans des conditions appropriées de ces cellules infectées.
19. Procédé de réplication du virus de l'hépatite C par transformation de cellules Véro/G418 soit avec un acide nucléique tel que défini dans la revendication 9 ou 10, soit avec un acide nucléique caractérisé en ce qu'il comprend ou est constitué par SEQ ED NO : 2, et notamment par transformation des cellules Véro/G418 telles que déposées le 13 avril 2001 à la CNCM sous le numéro 1-2659, pour obtenir des cellules
Véro/G418 transformées, notamment celles déposées le 13 avril 2001 à la CNCM sous le numéro 1-2658, et par mise en culture de ces cellules transformées dans des conditions appropriées.
20. Procédé de production du virus de l'hépatite C par transformation de cellules Véro/G418, notamment de; cellules Véro/G418 telles que déposées le 13 avril 2001 à la CNCM sous le numéro 1-2659, avec un acide nucléique codant pour les protéines structurales et non structurales du VHC, par la mise en culture dans des conditions appropriées des cellules Véro/G418 transformées et la récupération des particules de virus VHC.
21. Procédé de criblage d'agents anti-VHC, qui comprend les étapes suivantes : - la mise en présence du composé testé pour ses propriétés anti-VHC avec des cellules transformées, constituées par des cellules Véro/G418, comprenant un acide nucléique choisi parmi :
• ceux codant pour les protéines structurales et non structurales du VHC ou
• ceux codant pour les protéines non structurales du VHC ou • les replicons contenant un gène de résistance à un antibiotique, notamment l'hygromycine B, et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC, et notamment avec des cellules telles que déposées le 13 avril 2001 à la CNCM sous le numéro 1-2658, - l'extraction des ARN totaux sur lesdites cellules, et
- l'analyse de l'éventuelle diminution du taux de synthèse de l'ARN du VHC desdites cellules par rapport à une valeur de contrôle correspondant aux taux de synthèse des ARN du VHC des cellules en l'absence dudit composé testé.
22. Procédé de préparation de cellules Véro/G418 comprenant un acide nucléique choisi parmi :
- ceux codant pour les protéines structurales et non structurales du VHC ou
- ceux codant pour les protéines non structurales du VHC ou
- les replicons contenant un gène de résistance à l'hygromycine B et une séquence nucléotidique codant pour les protéines non structurales du VHC, ledit procédé comprenant les étapes suivantes :
* l'insertion d'une des séquences nucléotidiques selon l'une des revendications 9 à 11 dans les cellules Véro/G418,
* la soumission des cellules ainsi obtenues à des concentrations d'hygromycine B croissantes, notamment de 800 à 1000 μg/ml.
23. Cellules telles qu'obtenues par mise en œuvre du procédé selon la revendication 22.
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