EP0626387A1 - Nucleosides and oligonucleotides with 2'-ether groups - Google Patents
Nucleosides and oligonucleotides with 2'-ether groups Download PDFInfo
- Publication number
- EP0626387A1 EP0626387A1 EP94810255A EP94810255A EP0626387A1 EP 0626387 A1 EP0626387 A1 EP 0626387A1 EP 94810255 A EP94810255 A EP 94810255A EP 94810255 A EP94810255 A EP 94810255A EP 0626387 A1 EP0626387 A1 EP 0626387A1
- Authority
- EP
- European Patent Office
- Prior art keywords
- alkyl
- formula
- hydrogen
- oligonucleotides
- radical
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title claims description 78
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims description 66
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 title claims description 36
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 title claims description 28
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims abstract description 113
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims abstract description 99
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims abstract description 74
- 150000002431 hydrogen Chemical group 0.000 claims abstract description 42
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 35
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 claims abstract description 34
- 125000001997 phenyl group Chemical class [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 claims abstract description 33
- 125000000008 (C1-C10) alkyl group Chemical group 0.000 claims abstract description 30
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 19
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N Purine Natural products N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 11
- 125000000561 purinyl group Chemical group N1=C(N=C2N=CNC2=C1)* 0.000 claims abstract description 11
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 10
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 claims abstract description 10
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 claims abstract description 10
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 9
- 125000000714 pyrimidinyl group Chemical group 0.000 claims abstract description 8
- -1 purine radical Chemical class 0.000 claims description 144
- 150000003254 radicals Chemical group 0.000 claims description 55
- 125000004178 (C1-C4) alkyl group Chemical group 0.000 claims description 42
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 36
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 claims description 32
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 claims description 32
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 claims description 29
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 claims description 29
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 claims description 25
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 23
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 20
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 claims description 20
- 125000004400 (C1-C12) alkyl group Chemical group 0.000 claims description 19
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 19
- 239000000178 monomer Substances 0.000 claims description 19
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 claims description 18
- 125000002768 hydroxyalkyl group Chemical group 0.000 claims description 17
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 17
- 125000000467 secondary amino group Chemical group [H]N([*:1])[*:2] 0.000 claims description 17
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 claims description 16
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 claims description 16
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- 125000004169 (C1-C6) alkyl group Chemical group 0.000 claims description 15
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 14
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 claims description 12
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 claims description 11
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 11
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 claims description 11
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims description 11
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 11
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 claims description 10
- 125000004103 aminoalkyl group Chemical group 0.000 claims description 9
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 claims description 9
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 claims description 8
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 claims description 8
- 125000004181 carboxyalkyl group Chemical group 0.000 claims description 8
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 125000000717 hydrazino group Chemical group [H]N([*])N([H])[H] 0.000 claims description 8
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 8
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 claims description 8
- 125000000882 C2-C6 alkenyl group Chemical group 0.000 claims description 7
- 125000000043 benzamido group Chemical group [H]N([*])C(=O)C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 claims description 7
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 7
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims description 7
- 125000004642 (C1-C12) alkoxy group Chemical group 0.000 claims description 6
- 125000003903 2-propenyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])=C([H])[H] 0.000 claims description 6
- 229910003204 NH2 Inorganic materials 0.000 claims description 6
- 125000004414 alkyl thio group Chemical group 0.000 claims description 6
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 claims description 6
- 125000000051 benzyloxy group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])O* 0.000 claims description 6
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims description 6
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 5
- 239000012442 inert solvent Substances 0.000 claims description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 5
- 239000000825 pharmaceutical preparation Substances 0.000 claims description 5
- OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 5,6-dihydrouracil Chemical compound O=C1CCNC(=O)N1 OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical compound NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 claims description 4
- PMPVIKIVABFJJI-UHFFFAOYSA-N Cyclobutane Chemical compound C1CCC1 PMPVIKIVABFJJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims description 4
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims description 4
- 125000004177 diethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 claims description 4
- 125000000118 dimethyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 4
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 239000012279 sodium borohydride Substances 0.000 claims description 4
- 229910000033 sodium borohydride Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 125000006527 (C1-C5) alkyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims description 3
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 claims description 3
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000002877 alkyl aryl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000003710 aryl alkyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 claims description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 3
- 125000005059 halophenyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 claims description 3
- 125000001453 quaternary ammonium group Chemical group 0.000 claims description 3
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 3
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 claims description 3
- 125000006710 (C2-C12) alkenyl group Chemical group 0.000 claims description 2
- CFIBTBBTJWHPQV-UHFFFAOYSA-N 2-methyl-n-(6-oxo-3,7-dihydropurin-2-yl)propanamide Chemical compound N1C(NC(=O)C(C)C)=NC(=O)C2=C1N=CN2 CFIBTBBTJWHPQV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- FXGXEFXCWDTSQK-UHFFFAOYSA-N 2-methylsulfanyl-7h-purin-6-amine Chemical compound CSC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 FXGXEFXCWDTSQK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 5-bromouracil Chemical compound BrC1=CNC(=O)NC1=O LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- ZFTBZKVVGZNMJR-UHFFFAOYSA-N 5-chlorouracil Chemical compound ClC1=CNC(=O)NC1=O ZFTBZKVVGZNMJR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- QQJXZVKXNSFHRI-UHFFFAOYSA-N 6-Benzamidopurine Chemical compound N=1C=NC=2N=CNC=2C=1NC(=O)C1=CC=CC=C1 QQJXZVKXNSFHRI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- RYYIULNRIVUMTQ-UHFFFAOYSA-N 6-chloroguanine Chemical compound NC1=NC(Cl)=C2N=CNC2=N1 RYYIULNRIVUMTQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- CKOMXBHMKXXTNW-UHFFFAOYSA-N 6-methyladenine Chemical compound CNC1=NC=NC2=C1N=CN2 CKOMXBHMKXXTNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- YEGKYFQLKYGHAR-UHFFFAOYSA-N 6-methylthioguanine Chemical compound CSC1=NC(N)=NC2=C1NC=N2 YEGKYFQLKYGHAR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N Fluorouracil Chemical compound FC1=CNC(=O)NC1=O GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000007818 Grignard reagent Substances 0.000 claims description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 2
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical group [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 claims description 2
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical group [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims description 2
- 229960002949 fluorouracil Drugs 0.000 claims description 2
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 claims description 2
- 150000004795 grignard reagents Chemical class 0.000 claims description 2
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 150000002367 halogens Chemical group 0.000 claims description 2
- 125000002816 methylsulfanyl group Chemical group [H]C([H])([H])S[*] 0.000 claims description 2
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 claims description 2
- 125000006501 nitrophenyl group Chemical group 0.000 claims description 2
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 claims description 2
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 claims description 2
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 claims description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 2
- 229910052717 sulfur Chemical group 0.000 claims description 2
- 239000011593 sulfur Chemical group 0.000 claims description 2
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims description 2
- 150000002118 epoxides Chemical class 0.000 claims 4
- 125000003837 (C1-C20) alkyl group Chemical group 0.000 claims 1
- 125000003358 C2-C20 alkenyl group Chemical group 0.000 claims 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 claims 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 claims 1
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 138
- HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N Trichloro(2H)methane Chemical compound [2H]C(Cl)(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N 0.000 description 84
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 68
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 50
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 42
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 40
- 239000000047 product Substances 0.000 description 38
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 37
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 36
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 29
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 28
- 238000005160 1H NMR spectroscopy Methods 0.000 description 25
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 23
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 23
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 23
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 23
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 23
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 21
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 21
- 229910052943 magnesium sulfate Inorganic materials 0.000 description 21
- 235000019341 magnesium sulphate Nutrition 0.000 description 21
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 20
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 17
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 15
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical class [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 14
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 12
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 12
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000004992 fast atom bombardment mass spectroscopy Methods 0.000 description 9
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- WQDUMFSSJAZKTM-UHFFFAOYSA-N Sodium methoxide Chemical compound [Na+].[O-]C WQDUMFSSJAZKTM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 125000001436 propyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 8
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 1-[chloro-(4-methoxyphenyl)-phenylmethyl]-4-methoxybenzene Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(Cl)(C=1C=CC(OC)=CC=1)C1=CC=CC=C1 JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 229910015900 BF3 Inorganic materials 0.000 description 7
- 0 CN(C=C(*)C(N1*S)=O)C1=O Chemical compound CN(C=C(*)C(N1*S)=O)C1=O 0.000 description 7
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 7
- 239000012074 organic phase Substances 0.000 description 7
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- LADPCMZCENPFGV-UHFFFAOYSA-N chloromethoxymethylbenzene Chemical compound ClCOCC1=CC=CC=C1 LADPCMZCENPFGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 6
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 5
- 239000002585 base Substances 0.000 description 5
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 5
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 5
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 5
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 5
- SCYULBFZEHDVBN-UHFFFAOYSA-N 1,1-Dichloroethane Chemical compound CC(Cl)Cl SCYULBFZEHDVBN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 4-Dimethylaminopyridine Chemical compound CN(C)C1=CC=NC=C1 VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- OFBQJSOFQDEBGM-UHFFFAOYSA-N Pentane Chemical compound CCCCC OFBQJSOFQDEBGM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- YQVISGXICTVSDQ-UHFFFAOYSA-O [c-]1nn[nH]n1.CC(C)[NH2+]C(C)C Chemical compound [c-]1nn[nH]n1.CC(C)[NH2+]C(C)C YQVISGXICTVSDQ-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 4
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 4
- 125000000484 butyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 4
- 239000005289 controlled pore glass Substances 0.000 description 4
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 4
- 125000006182 dimethyl benzyl group Chemical group 0.000 description 4
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 4
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 4
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 4
- YDCHPLOFQATIDS-UHFFFAOYSA-N methyl 2-bromoacetate Chemical compound COC(=O)CBr YDCHPLOFQATIDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000006178 methyl benzyl group Chemical group 0.000 description 4
- 125000004108 n-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 4
- 150000002924 oxiranes Chemical class 0.000 description 4
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 4
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 4
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 4
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- FYSNRJHAOHDILO-UHFFFAOYSA-N thionyl chloride Chemical compound ClS(Cl)=O FYSNRJHAOHDILO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FTVLMFQEYACZNP-UHFFFAOYSA-N trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate Chemical compound C[Si](C)(C)OS(=O)(=O)C(F)(F)F FTVLMFQEYACZNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000004209 (C1-C8) alkyl group Chemical group 0.000 description 3
- ONIKNECPXCLUHT-UHFFFAOYSA-N 2-chlorobenzoyl chloride Chemical compound ClC(=O)C1=CC=CC=C1Cl ONIKNECPXCLUHT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical compound CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical class C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 3
- 229910003849 O-Si Inorganic materials 0.000 description 3
- 229910003872 O—Si Inorganic materials 0.000 description 3
- 229910021627 Tin(IV) chloride Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 3
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 125000003187 heptyl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 3
- 125000004051 hexyl group Chemical class [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 3
- 125000000959 isobutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 125000004123 n-propyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 3
- 125000002347 octyl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 3
- 125000001147 pentyl group Chemical class C(CCCC)* 0.000 description 3
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 3
- 125000001501 propionyl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 3
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 3
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 3
- HPGGPRDJHPYFRM-UHFFFAOYSA-J tin(iv) chloride Chemical compound Cl[Sn](Cl)(Cl)Cl HPGGPRDJHPYFRM-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 3
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 3
- 125000002948 undecyl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 3
- 125000000229 (C1-C4)alkoxy group Chemical group 0.000 description 2
- 125000006656 (C2-C4) alkenyl group Chemical group 0.000 description 2
- CRPTXKKKIGGDBX-UHFFFAOYSA-N (z)-but-2-ene Chemical group [CH2]C=CC CRPTXKKKIGGDBX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SCZNXLWKYFICFV-UHFFFAOYSA-N 1,2,3,4,5,7,8,9-octahydropyrido[1,2-b]diazepine Chemical compound C1CCCNN2CCCC=C21 SCZNXLWKYFICFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WODLURYTHKQUET-UHFFFAOYSA-N 1-[2-(2-chloroethoxy)ethoxy]-2-methoxyethane Chemical compound COCCOCCOCCCl WODLURYTHKQUET-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YZUPZGFPHUVJKC-UHFFFAOYSA-N 1-bromo-2-methoxyethane Chemical compound COCCBr YZUPZGFPHUVJKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XTIGGAHUZJWQMD-UHFFFAOYSA-N 1-chloro-2-methoxyethane Chemical compound COCCCl XTIGGAHUZJWQMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IRSVDHPYXFLLDS-UHFFFAOYSA-N 2,4-dichloro-1-(chloromethyl)benzene Chemical compound ClCC1=CC=C(Cl)C=C1Cl IRSVDHPYXFLLDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000004201 2,4-dichlorophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(*)=C(Cl)C([H])=C1Cl 0.000 description 2
- IUVCFHHAEHNCFT-INIZCTEOSA-N 2-[(1s)-1-[4-amino-3-(3-fluoro-4-propan-2-yloxyphenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]ethyl]-6-fluoro-3-(3-fluorophenyl)chromen-4-one Chemical compound C1=C(F)C(OC(C)C)=CC=C1C(C1=C(N)N=CN=C11)=NN1[C@@H](C)C1=C(C=2C=C(F)C=CC=2)C(=O)C2=CC(F)=CC=C2O1 IUVCFHHAEHNCFT-INIZCTEOSA-N 0.000 description 2
- 125000000022 2-aminoethyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])N([H])[H] 0.000 description 2
- OLXZPDWKRNYJJZ-UHFFFAOYSA-N 5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(CO)O1 OLXZPDWKRNYJJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KZMGYPLQYOPHEL-UHFFFAOYSA-N Boron trifluoride etherate Chemical compound FB(F)F.CCOCC KZMGYPLQYOPHEL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M Bromide Chemical compound [Br-] CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 2
- IAZDPXIOMUYVGZ-WFGJKAKNSA-N Dimethyl sulfoxide Chemical compound [2H]C([2H])([2H])S(=O)C([2H])([2H])[2H] IAZDPXIOMUYVGZ-WFGJKAKNSA-N 0.000 description 2
- SNRUBQQJIBEYMU-UHFFFAOYSA-N Dodecane Chemical class CCCCCCCCCCCC SNRUBQQJIBEYMU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 2
- 229910006124 SOCl2 Inorganic materials 0.000 description 2
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M Sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 2
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 2
- 125000004423 acyloxy group Chemical group 0.000 description 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N aldehydo-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 2
- 125000005036 alkoxyphenyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000002490 anilino group Chemical group [H]N(*)C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 2
- 125000001231 benzoyloxy group Chemical group C(C1=CC=CC=C1)(=O)O* 0.000 description 2
- 125000001584 benzyloxycarbonyl group Chemical group C(=O)(OCC1=CC=CC=C1)* 0.000 description 2
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 2
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 2
- 125000006278 bromobenzyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000004063 butyryl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 125000002057 carboxymethyl group Chemical group [H]OC(=O)C([H])([H])[*] 0.000 description 2
- 230000004700 cellular uptake Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 2
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 2
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 2
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 2
- 125000002704 decyl group Chemical class [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 2
- 125000005805 dimethoxy phenyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000005982 diphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])(*)C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 2
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 2
- 125000003438 dodecyl group Chemical class [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 2
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 2
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 2
- BXWNKGSJHAJOGX-UHFFFAOYSA-N hexadecan-1-ol Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCO BXWNKGSJHAJOGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003104 hexanoyl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 238000005984 hydrogenation reaction Methods 0.000 description 2
- 125000004029 hydroxymethyl group Chemical group [H]OC([H])([H])* 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N methane Natural products C VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VTACLVUOTMPORB-UHFFFAOYSA-N n,n-bis(trimethylsilyl)acetamide Chemical compound CC(=O)N([Si](C)(C)C)[Si](C)(C)C VTACLVUOTMPORB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001400 nonyl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 2
- UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N phenylmethyl ester of formic acid Natural products O=COCC1=CC=CC=C1 UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 2
- 239000008363 phosphate buffer Substances 0.000 description 2
- XHXFXVLFKHQFAL-UHFFFAOYSA-N phosphoryl trichloride Chemical compound ClP(Cl)(Cl)=O XHXFXVLFKHQFAL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 2
- 229920005862 polyol Polymers 0.000 description 2
- 150000003077 polyols Chemical class 0.000 description 2
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 2
- 238000012552 review Methods 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 150000003462 sulfoxides Chemical class 0.000 description 2
- ILMRJRBKQSSXGY-UHFFFAOYSA-N tert-butyl(dimethyl)silicon Chemical group C[Si](C)C(C)(C)C ILMRJRBKQSSXGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WHRNULOCNSKMGB-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran thf Chemical compound C1CCOC1.C1CCOC1 WHRNULOCNSKMGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003944 tolyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000026 trimethylsilyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si]([*])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 125000003774 valeryl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 125000000391 vinyl group Chemical class [H]C([*])=C([H])[H] 0.000 description 2
- 229920002554 vinyl polymer Chemical class 0.000 description 2
- IXDZFGATLNCIOI-NGJCXOISSA-N (3r,4r,5r)-3,4,5,6-tetrahydroxyhexan-2-one Chemical compound CC(=O)[C@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO IXDZFGATLNCIOI-NGJCXOISSA-N 0.000 description 1
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 1,2-Dichloroethane Chemical compound ClCCCl WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YKBGVTZYEHREMT-KVQBGUIXSA-N 2'-deoxyguanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](CO)O1 YKBGVTZYEHREMT-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- YKBGVTZYEHREMT-UHFFFAOYSA-N 2'-deoxyguanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1CC(O)C(CO)O1 YKBGVTZYEHREMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CKTSBUTUHBMZGZ-SHYZEUOFSA-N 2'‐deoxycytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 CKTSBUTUHBMZGZ-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- 125000000453 2,2,2-trichloroethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C(Cl)(Cl)Cl 0.000 description 1
- IWVFFVBJTCPIIG-UHFFFAOYSA-N 2,2-dimethoxy-1-methylpyrrolidine Chemical compound COC1(OC)CCCN1C IWVFFVBJTCPIIG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 2-(chloromethyl)pyridine-3-carbonitrile Chemical compound ClCC1=NC=CC=C1C#N FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004974 2-butenyl group Chemical class C(C=CC)* 0.000 description 1
- 125000004182 2-chlorophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(Cl)=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 1
- WADSJYLPJPTMLN-UHFFFAOYSA-N 3-(cycloundecen-1-yl)-1,2-diazacycloundec-2-ene Chemical compound C1CCCCCCCCC=C1C1=NNCCCCCCCC1 WADSJYLPJPTMLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RKVHNYJPIXOHRW-UHFFFAOYSA-N 3-bis[di(propan-2-yl)amino]phosphanyloxypropanenitrile Chemical compound CC(C)N(C(C)C)P(N(C(C)C)C(C)C)OCCC#N RKVHNYJPIXOHRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- APYLVKKFBMCJNQ-UHFFFAOYSA-N 4-[[di(propan-2-yl)amino]-dihydroxy-propan-2-yl-lambda5-phosphanyl]-4-methylpentanenitrile Chemical compound CC(C)N(C(C)C)P(C(C)C)(C(C)(C)CCC#N)(O)O APYLVKKFBMCJNQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NSPMIYGKQJPBQR-UHFFFAOYSA-N 4H-1,2,4-triazole Chemical compound C=1N=CNN=1 NSPMIYGKQJPBQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091027075 5S-rRNA precursor Proteins 0.000 description 1
- WDYVUKGVKRZQNM-UHFFFAOYSA-N 6-phosphonohexylphosphonic acid Chemical compound OP(O)(=O)CCCCCCP(O)(O)=O WDYVUKGVKRZQNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N Ammonium acetate Chemical compound N.CC(O)=O USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005695 Ammonium acetate Substances 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020000948 Antisense Oligonucleotides Proteins 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N Bromine atom Chemical compound [Br] WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- 125000006577 C1-C6 hydroxyalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003601 C2-C6 alkynyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004648 C2-C8 alkenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004649 C2-C8 alkynyl group Chemical group 0.000 description 1
- GAWIXWVDTYZWAW-UHFFFAOYSA-N C[CH]O Chemical group C[CH]O GAWIXWVDTYZWAW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 108020004394 Complementary RNA Proteins 0.000 description 1
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CKTSBUTUHBMZGZ-UHFFFAOYSA-N Deoxycytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1OC(CO)C(O)C1 CKTSBUTUHBMZGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OKKJLVBELUTLKV-MZCSYVLQSA-N Deuterated methanol Chemical compound [2H]OC([2H])([2H])[2H] OKKJLVBELUTLKV-MZCSYVLQSA-N 0.000 description 1
- 239000004593 Epoxy Substances 0.000 description 1
- 239000012448 Lithium borohydride Substances 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- BZLVMXJERCGZMT-UHFFFAOYSA-N Methyl tert-butyl ether Chemical compound COC(C)(C)C BZLVMXJERCGZMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005524 O6-benzylguanine Drugs 0.000 description 1
- 102000043276 Oncogene Human genes 0.000 description 1
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 229910019213 POCl3 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- NOQXXYIGRPAZJC-SECBINFHSA-N [(2r)-oxiran-2-yl]methyl 4-methylbenzenesulfonate Chemical compound C1=CC(C)=CC=C1S(=O)(=O)OC[C@@H]1OC1 NOQXXYIGRPAZJC-SECBINFHSA-N 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 239000008186 active pharmaceutical agent Substances 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- 229910000102 alkali metal hydride Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000008046 alkali metal hydrides Chemical class 0.000 description 1
- 125000004453 alkoxycarbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003282 alkyl amino group Chemical group 0.000 description 1
- 125000006177 alkyl benzyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005037 alkyl phenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004202 aminomethyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N ammonia Natural products N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000019257 ammonium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 229940043376 ammonium acetate Drugs 0.000 description 1
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O ammonium group Chemical group [NH4+] QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 229940040526 anhydrous sodium acetate Drugs 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 230000001028 anti-proliverative effect Effects 0.000 description 1
- 230000000840 anti-viral effect Effects 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 1
- 229940041181 antineoplastic drug Drugs 0.000 description 1
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 description 1
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 239000007900 aqueous suspension Substances 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WGQKYBSKWIADBV-UHFFFAOYSA-O benzylaminium Chemical compound [NH3+]CC1=CC=CC=C1 WGQKYBSKWIADBV-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- 230000000975 bioactive effect Effects 0.000 description 1
- 229920001222 biopolymer Polymers 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N bromine Substances BrBr GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000309466 calf Species 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 150000004649 carbonic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 150000003857 carboxamides Chemical class 0.000 description 1
- 239000012876 carrier material Substances 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 229960000541 cetyl alcohol Drugs 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 1
- 238000010411 cooking Methods 0.000 description 1
- 238000002425 crystallisation Methods 0.000 description 1
- 230000008025 crystallization Effects 0.000 description 1
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 1
- 238000003795 desorption Methods 0.000 description 1
- VGONTNSXDCQUGY-UHFFFAOYSA-N desoxyinosine Natural products C1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 VGONTNSXDCQUGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- UXGNZZKBCMGWAZ-UHFFFAOYSA-N dimethylformamide dmf Chemical compound CN(C)C=O.CN(C)C=O UXGNZZKBCMGWAZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000005066 dodecenyl group Chemical class C(=CCCCCCCCCCC)* 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000009510 drug design Methods 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000007071 enzymatic hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006047 enzymatic hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 150000002170 ethers Chemical class 0.000 description 1
- 125000002534 ethynyl group Chemical class [H]C#C* 0.000 description 1
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 1
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 1
- 125000006277 halobenzyl group Chemical group 0.000 description 1
- 150000008282 halocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 229930195733 hydrocarbon Natural products 0.000 description 1
- 150000002430 hydrocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 150000004679 hydroxides Chemical class 0.000 description 1
- CBOIHMRHGLHBPB-UHFFFAOYSA-N hydroxymethyl Chemical group O[CH2] CBOIHMRHGLHBPB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 239000003978 infusion fluid Substances 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 150000003951 lactams Chemical class 0.000 description 1
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 1
- 238000012792 lyophilization process Methods 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 159000000003 magnesium salts Chemical class 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 125000002960 margaryl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 125000002757 morpholinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001421 myristyl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000001624 naphthyl group Chemical group 0.000 description 1
- 150000002825 nitriles Chemical class 0.000 description 1
- 125000001196 nonadecyl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000005064 octadecenyl group Chemical class C(=CCCCCCCCCCCCCCCCC)* 0.000 description 1
- 125000004365 octenyl group Chemical class C(=CCCCCCC)* 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 125000001181 organosilyl group Chemical group [SiH3]* 0.000 description 1
- 230000003204 osmotic effect Effects 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 1
- 125000003854 p-chlorophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(*)=C([H])C([H])=C1Cl 0.000 description 1
- 125000000636 p-nitrophenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1*)[N+]([O-])=O 0.000 description 1
- 125000000913 palmityl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000002958 pentadecyl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000002255 pentenyl group Chemical class C(=CCCC)* 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N phosphorous acid Chemical compound OP(O)O OJMIONKXNSYLSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004193 piperazinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003386 piperidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- DPHNFNNQYGVCLQ-UHFFFAOYSA-N propylaminooxyphosphonamidous acid Chemical compound CCCNOP(N)O DPHNFNNQYGVCLQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000425 proton nuclear magnetic resonance spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 150000003290 ribose derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 230000009834 selective interaction Effects 0.000 description 1
- 239000001632 sodium acetate Substances 0.000 description 1
- 235000017281 sodium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 125000004079 stearyl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 1
- 229940014800 succinic anhydride Drugs 0.000 description 1
- 150000003457 sulfones Chemical class 0.000 description 1
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
- 238000001269 time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 125000005270 trialkylamine group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004665 trialkylsilyl group Chemical group 0.000 description 1
- 150000003852 triazoles Chemical class 0.000 description 1
- 125000002889 tridecyl group Chemical class [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- SIOVKLKJSOKLIF-HJWRWDBZSA-N trimethylsilyl (1z)-n-trimethylsilylethanimidate Chemical compound C[Si](C)(C)OC(/C)=N\[Si](C)(C)C SIOVKLKJSOKLIF-HJWRWDBZSA-N 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
- 238000010626 work up procedure Methods 0.000 description 1
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Definitions
- the invention relates to ribo-nucleoside analogs whose 2'-OH group is etherified with polyol derivatives, a process for their preparation, oligonucleotides with these nucleosides and the use of the nucleosides for the production of oligonucleotides with the same or different nucleoside units in the molecule.
- Nucleosides and oligonucleotides have found broad interest as antiviral agents or because of their ability to interact with nucleic acids ("antisense” oligonucleotides) and the biological activity associated with them, see for example Uhlmann, E., Peyman, A., Chemical Reviews 90: 543-584 (1990).
- nucleosides with new properties or to improve the interaction of antisense oligonucleotides with natural nucleic acids and their stability towards nucleases
- sugar residues of nucleosides or the nucleotide units in oligonucleotides
- internucleotide phosphate bond in oligonucleotides have been modified in a wide variety of ways, see, for example, Marquez, VE, Lim, MI, Medicinal Research Reviews 6: 1-40 (1986), Hélène, C., Toulmé, JJ, Biochimica et Biophysica Acta 1049: 99-125 (1990), English, U., Gauss, DH, Angewandte Chemie 103: 629-646 (1991), Matteucci, MD, Bischofberger, N., Annual Reports in Medicinal Chemistry 26: 87-296 (1991).
- the compounds according to the invention are also distinguished by a striking nuclease resistance.
- R4 is hydrogen, C1-C21-alkyl, C2-C21-alkenyl or C2-C21-alkynyl. In a more preferred embodiment, R4 is H, C1-C8-alkyl, C2-C8-alkenyl or C2-C8-alkynyl. In a particularly preferred embodiment, R4 is H or C1-C4alkyl.
- R4 are methyl, ethyl, n- or i-propyl, n, i- and t-butyl, the isomers of pentyl, hexyl, heptyl, octyl, nonyl, decyl, undecyl, dodecyl, tridecyl, tetradecyl, pentadecyl, hexadecyl , Heptadecyl, octadecyl, nonadecyl, undecyl, vinyl, allyl, but-3-en-1-yl, but-2-en-1-yl, pentenyl, octenyl, dodecenyl, octadecenyl, ethinyl, prop-1-in-1 -yl, prop-1-in-3-yl, but-1-in-1- or-4-yl.
- Particularly preferred R4 radicals are H, methyl
- R5 is hydrogen, C1-C5-alkyl or -CH2-O-R6, particularly preferably hydrogen, methyl or -CH2-OH, -CH2-O-C1-C22-alkyl or -CH2-O - [( CH2) 2-O] m -C1-C10-alkyl, where m is a number from 1 to 4.
- R1 and R2 represent hydrogen.
- Protective groups and methods for derivatizing the hydroxyl groups with such protective groups are generally known in sugar and nucleotide chemistry and are described, for example, by Greene, BT, Protective Groups in Organic Synthesis, Wiley Interscience, New York (1991), by Sonveaux, E., Bioorganic Chemistry 14: 274-325 (1986) or by Beaucage, SL, Iyer, R., Tetrahedron 48: 2223-2311 (1992).
- Examples of such protective groups are: benzyl, methylbenzyl, dimethylbenzyl, methoxybenzyl, dimethoxybenzyl, bromobenzyl, 2,4-dichlorobenzyl; Diphenylmethyl, Di (methylphenyl) methyl, Di (dimethylphenyl) methyl, Di (methoxyphenyl) methyl, Di (dimethoxyphenyl) methyl, Triphenylmethyl, Tris-4,4 ', 4''- tert.butylphenylmethyl, Di-p-anisylphenylmethyl, Tri (methylphenyl) methyl, tri (dimethylphenyl) methyl, methoxyphenyl (diphenyl) methyl, di (methoxyphenyl) phenylmethyl, tri (methoxyphenyl) methyl, tri (dimethoxyphenyl) methyl; Triphenylsilyl, alkyldiphenylsilyl, dialkylpheny
- R1 and / or R2 are alkyl, it can be substituted with F, Cl, Br, C1-C4alkoxy, phenyloxy, chlorophenyloxy, methoxyphenyloxy, benzyloxy, methoxybenzyloxy or chlorophenyloxy.
- R1 and R2 in formula I can be the same or different protecting groups.
- R1 and R2 represent benzyl, methylbenzyl, dimethylbenzyl, methoxybenzyl, dimethoxybenzyl, halogenated benzyl, especially bromobenzyl; Diphenylmethyl, di (methylphenyl) methyl, di (dimethylphenyl) methyl, di (methoxyphenyl) methyl, di (methoxyphenyl) (phenyl) methyl, triphenylmethyl, tris-4,4 ', 4' '- tert.butylphenylmethyl, di-p anisylphenylmethyl, tri (methylphenyl) methyl, tri (dimethylphenyl) methyl, tri (methoxyphenyl) methyl, tri (dimethoxyphenyl) methyl; Trimethylsilyl, triethylsilyl, tri-n-propylsilyl, i-propyldimethylsilyl, t-butyl-
- R2 can as a phosphorus containing a nucleotide bridge group forming radical of the formula P1 or P2 correspond in which Y a is hydrogen, C1-C12-alkyl, C6-C12-aryl, C7-C20-aralkyl, C7-C20-alkaryl, -OR b , -SR b , -NH2, primary amino, secondary amino , O ⁇ M ⁇ or S ⁇ represents M ⁇ ; X a represents oxygen or sulfur; R a is hydrogen, M ⁇ , C1-C12-alkyl, C2-C12-alkenyl, C6-C12-aryl, or the group R a O- for N-heteroaryl-N-yl with 5 ring members and 1 to 3 N atoms stands; R b represents hydrogen, C1-C12 alkyl or C6-C12 aryl; and M ⁇ represents Na ⁇ , K ⁇ , Li ⁇ , NH4
- Y a preferably contains 1 to 12 and particularly preferably 1 to 6 carbon atoms as primary amino, and preferably 2 to 12 and particularly preferably 2 to 6 carbon atoms as secondary amino.
- the primary amino and secondary amino can be, for example, radicals of the formula R c R d N, in which R c is H or independently has the meaning of R d , and R d is C1-C20-, preferably C1-C12- and particularly preferably C1-C6-alkyl, C1-C20-, preferably C1-C12- and particularly preferably C1-C6-aminoalkyl, C1-C20-, preferably C1-C12- and particularly preferably C1-C6-hydroxyalkyl; Carboxyalkyl or carbalkoxyalkyl, the carbalkoxy group containing 2 to 8 carbon atoms and the alkyl group 1 to 6, preferably 1 to 4 carbon atoms; C2-C20-, preferably C2-C12- and particularly preferably C2-C6-alkenyl; Phenyl, mono- or di- (C1-C4 alkyl or alkoxy) phenyl, benzyl, mono- or di-
- R f C1-C20-, preferably C1-C12- and particularly preferably C1-C6-alkyl, -aminoalkyl, -hydroxyalkyl; Carboxyalkyl or carbalkoxyalkyl, the carbalkoxy group containing 2 to 8 carbon atoms and the alkyl group 1 to 6, preferably 1 to 4 carbon atoms; C2-C20-, preferably C2-C12- and particularly preferably C2-C6-alkenyl; Phenyl, mono- or di- (C1-C4 alkyl or alkoxy) phenyl, benzyl, mono- or di- (C1-C4 alkyl or alkoxy) benzyl; or 1,2-, 1,3- or 1,4-imidazoly
- Examples of carboxyalkyl are carboxymethyl, carboxyethyl, carboxypropyl and carboxybutyl, and examples of carbalkoxyalkyl are these carboxyalkyl groups esterified with methyl or ethyl.
- Examples of alkenyl are allyl, but-1-en-3-yl or -4-yl, pent-3- or 4-en-1-yl or -2-yl, hex-3- or -4- or -5 -en-1-yl or -2-yl.
- alkyl- and alkoxyphenyl or -benzyl are methylphenyl, dimethylphenyl, ethylphenyl, diethylphenyl, methylbenzyl, dimethylbenzyl, ethylbenzyl, diethylbenzyl, methoxyphenyl, dimethoxyphenyl, ethoxyphenyl, diethoxyphenyl, methoxybenzyl, dimethoxybenzyl, ethoxybenzyl, ethoxybenzyl, ethoxybenzyl.
- imidazolylalkyl in which the alkyl group preferably contains 2 to 4 carbon atoms, are 1,2-, 1,3- or 1,4-imidazolylethyl or -n-propyl or -n-butyl.
- R19 preferably represents H, methyl or ethyl.
- Preferred examples of primary amino and secondary amino are methyl, ethyl, dimethyl, diethyl, di-i-propyl, mono- or di- (1-hydroxy-eth-2-yl) -, phenyl- and benzylamino, acetylamino and Benzoylamino and piperidinyl, piperazinyl and morpholinyl.
- Preferred examples of primary and secondary ammonium are methyl, ethyl, dimethyl, diethyl, di-i-propyl, mono- or di- (1-hydroxy-eth-2-yl), phenyl and benzylammonium.
- Preferred substituents are chlorine, bromine, methoxy, -NO2, -CN, 2,4-dichlorophenyl and 4-nitrophenyl.
- R b are 2,2,2-trichloroethyl, 4-chlorophenyl, 2-chlorophenyl and 2,4-dichlorophenyl; and examples of R b O- as N-heteroaryl are pyrrol-N-yl, triazol-N-yl and benzotriazol-N-yl.
- R a is ⁇ -cyanoethyl and Y a is di (i-propylamino).
- protecting groups have been mentioned previously.
- Preferred protecting groups are C1-C8 acyl groups, such as acetyl, propionyl, butyroyl and benzoyl.
- R b6 preferably represents H or methyl.
- the primary amino preferably contains 1 to 12 and particularly preferably 1 to 6 carbon atoms, and the secondary amino preferably 2 to 12 and particularly preferably 2 to 6 carbon atoms.
- alkyl, alkoxy, alkylthio, hydroxyalkyl and aminoalkyl which preferably contain 1 to 6 carbon atoms, are methyl, ethyl and the isomers of propyl, butyl, pentyl, hexyl, heptyl, octyl, nonyl, decyl, undecyl and dodecyl , as well as corresponding alkoxy, alkylthio, hydroxyalkyl and aminoalkyl radicals.
- the alkyl, alkoxy, alkylthio, hydroxyalkyl and aminoalkyl particularly preferably contains 1 to 4 carbon atoms.
- Preferred alkyl, alkoxy, alkylthio, hydroxyalkyl and aminoalkyl radicals are methyl, ethyl, n- and i-propyl, n-, i- and t-butyl, methoxy, ethoxy, methylthio and ethylthio, aminomethyl, aminoethyl, Hydroxymethyl and hydroxyethyl.
- the primary amino and secondary amino can be, for example, radicals of the formula R a1 R a2 N, in which R a1 is H or independently has the meaning of R a2 , and R a2 is C1-C20-, preferably C1-C12- and particularly preferably C1-C6 alkyl, aminoalkyl, hydroxyalkyl; Carboxyalkyl or carbalkoxyalkyl, the carbalkoxy group containing 2 to 8 carbon atoms and the alkyl group 1 to 6, preferably 1 to 4 carbon atoms; C2-C20-, preferably C2-C12- and particularly preferably C2-C6-alkenyl; Phenyl, mono- or di- (C1-C4 alkyl or alkoxy) phenyl, benzyl, mono- or di- (C1-C4 alkyl or alkoxy) benzyl; or 1,2-, 1,3- or 1,4-imidazolyl-C1-C6-alkyl, or
- alkyl examples have been given previously.
- Examples of aminoalkyl are aminomethyl, aminoethyl, 1-aminoprop-2-yl or -3-yl, 1-amino-but-2-yl or -3-yl or -4-yl, N-methyl- or N, N- Dimethyl or N-ethyl or N, N-diethyl or N-2-hydroxyethyl or N, N-di-2-hydroxyethylaminomethyl or -aminoethyl or -aminopropyl or -aminobutyl.
- Examples of hydroxyalkyl are hydroxymethyl, 1-hydroxy-eth-2-yl, 1-hydroxy-prop-2- or -3-yl, 1-hydroxy-but-2-yl, -3-yl or -4-yl.
- Examples of carboxyalkyl are carboxymethyl, carboxyethyl, carboxypropyl and carboxybutyl, and examples of carbalkoxyalkyl are these carboxyalkyl groups esterified with methyl or ethyl.
- Examples of alkenyl are allyl, but-1-en-3-yl or -4-yl, pent-3-or 4-en-1-yl or -2-yl, hex-3- or -4- or -5 -en-1-yl or -2-yl.
- alkyl and alkoxyphenyl or benzyl are methylphenyl, dimethylphenyl, ethylphenyl, diethylphenyl, methylbenzyl, dimethylbenzyl, ethylbenzyl, diethylbenzyl, methoxyphenyl, dimethoxyphenyl, ethoxyphenyl, diethoxyphenyl, methoxybenzyl, dimethoxybenzyl, ethoxybenzyl, ethoxybenzyl.
- imidazolylalkyl in which the alkyl group preferably contains 2 to 4 carbon atoms, are 1,2-, 1,3- or 1,4-imidazolylethyl or -n-propyl or -n-butyl.
- R a3 preferably represents H, methyl or ethyl.
- Preferred examples of primary amino and secondary amino are methyl, ethyl, dimethyl, diethyl, allyl, mono- or di- (1-hydroxy-eth-2-yl) -, phenyl- and benzylamino, acetylamino, isobutyrylamino and benzoylamino .
- R b1 represents hydrogen.
- R b5 represents hydrogen.
- R b2 and R b3 independently of one another denote H, F, Cl, Br, OH, SH, NH2, NHOH, NHNH2, methylamino, dimethylamino, benzoylamino, isobutyrylamino, methoxy, ethoxy and methylthio.
- xanthine, hypoxanthine, adenine, N-methyladenine, N-benzoyladenine, 2-methylthioadenine, 2-aminoadenine, 6-hydroxypurine, 2-amino-6-chloropurine, 2-amino-6-methylthiopurine are some examples of analogs of the purine series , Guanine, N-isobutyrylguanine.
- Adenine, 2-aminoadenine and guanine and their base-protected derivatives are particularly preferred.
- R b8 in formula III is preferably H, C1-C6 alkyl or hydroxyalkyl, C2-C6 alkenyl or alkynyl, F, Cl, Br, NH2, benzoylamino, mono- or di-C1-C6-alkylamino.
- Preferred R b8 in formula IIIb and IIIc represents H, C1-C6-alkyl or alkoxy or -hydroxyalkyl, C2-C6-alkenyl or -alkynyl, F, Cl, Br, NH2, benzoylamino, mono- or di-C1-C6- alkylamino.
- R b6 preferably represents H or methyl.
- R b8 in formula III preferably denotes H, F, Cl, Br, NH2, NHCH3, N (CH3) 2, C1-C4-alkyl, C2-C4-alkenyl or C2-C4-alkyn-1-yl.
- R b8 in formula IIIb and IIIc is preferably H, C1-C4-alkyl, especially methyl, C2-C4-alkenyl, especially vinyl or C2-C4-alkyn-1-yl, especially 1-propin-1-yl, or NH2 , NHCH3 or (CH3) 2N.
- pyrimidine analogs are uracil, thymine, cytosine, 5-fluorouracil, 5-chlorouracil, 5-bromouracil, dihydrouracil, 5-methylcytosine, 5-propinthymine and 5-propynecytosine.
- Inert solvents are, for example, hydrocarbons, halogenated hydrocarbons, alkylated carboxamides and lactams, ethers, nitriles such as acetonitrile, dialkyl sulfones or sulfoxides or cyclic sulfones and sulfoxides.
- reaction temperatures in process steps (a) to (g) are between -50 to 200 ° C, preferably between 0 to 90 ° C.
- the reactions are advantageously carried out in the presence of bases, for example alkali metal hydrides, alcoholates, hydroxides, carbonates, trialkylamines or diazabicycloundecene.
- bases for example alkali metal hydrides, alcoholates, hydroxides, carbonates, trialkylamines or diazabicycloundecene.
- the reduction can be carried out, for example, catalytically or using borohydrides.
- Oligonucleotides can be built up from the compounds of formula I, which, because of their interaction with nucleic acids, have valuable biological activities and can be used as active pharmaceutical ingredients or as diagnostics.
- the invention further relates to the use of the compounds of the formula I for the preparation of oligonucleotides which contain the same or different monomer units of compounds of the formula I, but at least one monomer unit of compounds of the formula I in combination with monomer units of other natural or synthetic nucleosides, wherein the oligonucleotides contain 2 to 200 monomer units.
- the oligonucleotides preferably contain 2 to 100, particularly preferably 2 to 50, and particularly preferably 4 to 30, monomer units. Oligonucleotides which contain the same or different monomer units of compounds of the formula I are preferred. Oligonucleotides which additionally contain monomer units of synthetic or natural nucleosides which are derived from D-ribose or 2-deoxyribose are also preferred.
- the invention further relates to oligonucleotides of the formula V. 5'-U- (OYOV-) x OYOW-3 '(V), wherein x is a number from 0 to 200 and Y is a nucleotide bridge group, U, V and W each represent the same or different radicals of natural or synthetic nucleosides and at least one of the radicals U, V and / or W is a radical of the formula VI means, and B and R3 have the meanings given for the compounds of formula I including the preferences and examples.
- a preferred bridging group Y is the group -P (O) O ⁇ - occurring in natural oligonucleotides.
- further bridging groups are -P (O) S ⁇ -, -P (S) S ⁇ -, -P (O) R16-, P (O) NR17R18, or -CH2-, where R16 is H or C1-C6- Represents alkyl and R17 and R18 independently of one another have the meaning of R16.
- x preferably stands for a number from 0 to 100, particularly preferably for a number from 1 to 50 and particularly preferably for a number from 3 to 29.
- radicals of the formula VI can be bound at the end or in the nucleotide sequence, all of which or several, for example 2 to 5, residues of the formula VI can follow one another, or the residues of the formula VI can be bound between residues of natural or synthetic nucleosides, or there can be mixed forms of these distributions in the nucleotide sequence.
- a very particularly preferred embodiment is oligonucleotides of the formula V, in which x represents a number from 2 to 50, preferably 2 to 30, Y represents the group -P (O) O ⁇ -, U, V and W are each the same or mean different residues of a natural nucleoside and at least one of the residues U, V or W corresponds to formula VI.
- Suitable natural nucleosides are adenosine, cytidine, guanosine, uridine, 2-aminoadenine, 5-methylcytosine, 2'-deoxyadenosine, 2'-deoxycytidine, 2'-deoxyguanosine and thymidine.
- Adenine, cytosine, guanine, thymine and uracil are particularly worth mentioning as natural nucleoside bases.
- the residues of the formula VI can be bonded terminally or in the nucleotide sequence, it being possible for all or more, for example 2 to 5, identical or different residues of the formula VI to follow one another, or identical or different residues of the formula VI are bound between residues of natural nucleosides , or mixed forms of these distributions in the nucleotide sequence.
- all radicals U, V and W correspond to the same or different radicals of the formula VI.
- X preferably represents a number from 3 to 29 and preferably contains a total of 1 to 12 radicals of the formula VI.
- the oligonucleotides according to the invention can be prepared in a manner known per se by various methods in optionally automated DNA synthesizers which can be purchased together with procedural instructions.
- the bridging group -P (O) O ⁇ - for example, the phosphortriester process, the phosphite triester process or the H-phosphonate process can be used, which are familiar to the person skilled in the art.
- nucleosides of the formula I in which R1 and R2 each denote H, are reacted with a protective group agent, for example 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl chloride, to give a nucleoside of the formula D. and binds the compound of formula D to a solid support material, for example to Controlled Pore Glass (CPG), which contains long-chain alkylamino groups, using a "linker", for example succinic anhydride.
- CPG Controlled Pore Glass
- the hydroxyl group of the compound of formula D is derivatized, for example to a phosphoramidite using R'OP [N (i-propyl) 2)] 2 to a compound of formula E.
- the compounds of formula I according to the invention in which R1 and R2 each denote H, have antiviral and antiproliferative properties and can accordingly be used as medicaments.
- the oligonucleotides according to the invention also have a high stability against degradation by nucleases. Their excellent pairing with complementary nucleic acid strands, especially of the RNA type, is particularly surprising. In addition, they show an unexpectedly high cellular uptake.
- the oligonucleotides according to the invention are therefore particularly suitable for antisense technology, ie for inhibiting the expression of undesired protein products by binding to suitable complementary nucleotide sequences of mRNA (EP 266,099, WO 87/07300 and WO 89/08146).
- oligonucleotides according to the invention are also suitable as diagnostics and can be used as gene probes for the detection of viral infections or genetically caused diseases be used by selective interaction at the level of single or double stranded nucleic acids ("gene probes").
- gene probes for example single or double stranded nucleic acids
- a diagnostic application is possible not only in vitro but also in vivo (for example tissue samples, blood plasma and blood serum). Such possible uses are described, for example, in WO 91/06556.
- Another object of the invention relates to the use of the oligonucleotides according to the invention as diagnostics for the detection of viral infections or genetically caused diseases.
- Another object of the invention also relates to the nucleosides of the formula I and the oligonucleotides of the formula V for use in a therapeutic method for the treatment of diseases in warm-blooded animals, including humans, by inactivating nucleotide sequences in the body.
- the dose when administered to warm-blooded animals of approximately 70 kg body weight can be, for example, 0.01 to 1000 mg per day.
- Administration is preferably in the form of pharmaceutical preparations parenterally, for example intravenously or intraperitoneally.
- the invention further relates to a pharmaceutical preparation containing an effective amount of a nucleoside of the formulas I or an oligonucleotide of the formulas V alone or together with other active ingredients, a pharmaceutical carrier material preferably in a significant amount and optionally auxiliaries.
- the pharmacologically active nucleosides and oligonucleotides according to the invention can be used in the form of parenterally administrable preparations or infusion solutions.
- solutions are preferably isotonic aqueous solutions or suspensions, these being able to be prepared before use, for example in the case of lyophilized preparations which contain the active substance alone or together with a carrier material, for example mannitol.
- the pharmaceutical preparations can be sterilized and / or contain auxiliaries, for example preservatives, stabilizers, wetting agents and / or emulsifiers, solubilizers, salts for regulating the osmotic pressure and / or buffers.
- the pharmaceutical preparations which, if desired, can contain further pharmacologically active substances such as, for example, antibiotics, are produced in a manner known per se, for example by means of conventional solution or lyophilization processes, and contain about 0.1% to 90%, in particular about 0 , 5% to about 30%, for example 1% to 5% active substance (s).
- connection (A5) 85 g of the product prepared in Example A4 are suspended in 850 ml of acetonitrile. 24.2 g DBU and 24.9 g BOM-Cl are added dropwise at room temperature. After stirring for 20 hours, the reaction mixture is poured into water and with ethyl acetate extracted. The extract is dried with MgSO4 and evaporated. The connection (A5) is obtained.
- Example A12 330 mg of the product obtained in Example A12 are added to a template of 110 mg of diisopropylammonium tetrazolide, 178 mg of 2-cyanoethyl-N, N, N ', N'-tetraisopropylphosphorodiamidite and 6 ml of methylene chloride.
- the reaction mixture is stirred for 17 hours at room temperature and then poured onto a saturated aqueous NaHCO3 solution.
- the organic phase is dried with MgSO4 and evaporated.
- the residue is chromatographed on silica gel (ethanol / ethyl acetate 4: 1 with 1% addition of triethylamine).
- the foam obtained is dissolved in 1 ml of methyl t-butyl ether and added dropwise at 0 ° C. in pentane.
- Compound (A13) (diastereoisomers, 1: 1) is obtained.
- Example A6 5.0 g of the product prepared in Example A6 are dissolved in 50 ml of THF. After adding 0.21 g of NaH, the reaction mixture is heated to 60 ° C. for 45 minutes, then mixed with 1.57 g of diethylene glycol chloroethyl methyl ether and finally stirred at 60 ° C. for a total of 54 hours. After the 8th and 42nd hour, 0.05 g of NaH and 0.4 g of diethylene glycol chloroethyl methyl ether are added again. After the mixture has cooled, it is poured onto water and extracted with ethyl acetate. After drying over MgSO4 and evaporation of the extract, the compound (A17) is obtained, which is still chromatographed on silica gel with hexane / ethyl acetate (1: 1).
- Example A17 3.2 g of the product prepared in Example A17 is hydrogenated in 35 ml of tetrahydrofuran over 0.6 g of Pd / C (5%) at normal pressure and 22 ° C. After 1 hour (H2 uptake: 96%), the hydrogenation mixture is filtered clear and evaporated. The residue is dissolved in 30 ml of methanol and mixed with 3.5 ml of a 30% solution of NaOCH3 in methanol. After stirring at 20 ° C. for 24 hours, the reaction solution is poured onto water and extracted with ethyl acetate. After drying over MgSO4 and evaporation of the extract, compound (A18) is obtained.
- Example A19 400 mg of the product prepared in Example A19 are dissolved in 8 ml of absolute pyridine. At 20 ° C., 0.34 g of DMTCl is added and the mixture is stirred for 20 hours. Then it is diluted with 30 ml of methylene chloride and poured onto water. The organic phase is washed a second time with water and then dried (MgSO4) and evaporated. The residue is chromatographed on silica gel with ethyl acetate / triethylamine (97: 3). Compound (A20) is obtained.
- Example A28 0.83 g of the product prepared in Example A28 are dissolved in 50 ml of pyridine and evaporated. The residue is mixed with 8 ml of pyridine and 0.6 g of DMT chloride and stirred for 44 hours at room temperature. The solution is poured onto H2O and extracted with ethyl acetate. The evaporated residue is chromatographed on silica gel (toluene / ethyl acetate 1: 1 + 1% NEt3 addition). Compound (A28) is obtained.
- Example A28 0.95 g of the product prepared in Example A28 are mixed with 10 ml of CH2Cl2, 0.245 g of diisopropylammonium tetrazolide and 0.39 g of cyanethyltetraisopropylphosphorodiamidite. After 3 days of stirring at room temperature, the reaction mixture is poured onto saturated NaHCO3 solution and extracted with CH2Cl2. The evaporated residue is chromatographed on silica gel (toluene / ethyl acetate 2: 1 + 1% NEt3 addition). Compound (A29) is obtained.
- Example A30 3.8 g of the product prepared in Example A30 are placed in 150 ml of CH2Cl2. A mixture of 4.8 ml SOCl2 and 2.4 ml DMF is added dropwise while cooking. After 3 hours of boiling again 1.2 ml SOCl2 and 0.6 ml DMF are added. After a total of 5.5 hours of boiling, the reaction mixture is reduced to a saturated NaHCO3 solution entered. After stirring for 20 minutes, the mixture is extracted with CH2Cl2. The extract is dried over MgSO4 and evaporated. Compound (A31) is obtained.
- Example A33 2.2 g of the product prepared in Example A33 is hydrogenated in 45 ml of methanol with 0.66 g of Pd / C (10%) and with the addition of 402 ml of MgO. After 13 hours (H2 intake: 485.5 ml H2), the mixture is filtered clear and evaporated. Chromatography is carried out on silica gel to remove magnesium salts (ethyl acetate / methanol 9: 1). Compound (A34) is obtained.
- Example A35 0.48 g of the product obtained in Example A35 are dissolved in 5 ml of methanol and 0.28 g of N-methyl-2,2-dimethoxypyrrolidine is added. After stirring for 18 hours, the mixture is evaporated. The residue is mixed twice with pyridine and evaporated. The remaining residue is dissolved in 10 ml of pyridine and stirred with 0.5 g of DMT chloride for 40 hours at room temperature. Then it is poured onto H2O and extracted with CH2Cl2. The evaporated extract is chromatographed on silica gel (ethyl acetate / methanol 9: 1). Compound (A36) is obtained.
- Example A23 7.1 g of the epoxide prepared in Example A23 is dissolved in 70 ml of THF, mixed with 0.43 g of NaBH4 and stirred at room temperature. For this, 0.5 g of BF3 ⁇ OEt2 are added. After a total of 26 hours, the mixture is poured onto water and extracted with ethyl acetate. After evaporation, compound (A38) is obtained.
- Example A38 6.9 g of the alcohol obtained in Example A38 are methylated with 1.56 g NaH (100%) and 1.56 g MeJ in 70 ml THF (60 ° C., 5 hours). After the usual work-up, the compound (A39) is obtained.
- N2-isobutyryl-O6-benzylguanine prepared according to the analogous procedure by Jenny, TF, Schneider, KC, Benner, SA, Nucleosides and Nucleotides 11: 1257-1261 (1992)] and 34.8 g of N, O- Bis- (trimethylsilyl) acetamide are suspended in 130 ml of toluene and heated to 100 ° C. until solution occurs. 13.0 g of the ribose derivative prepared according to Example A3 and 6.33 g of trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate are added at 50 ° C. The colorless solution is stirred for 4 hours at 100 ° C.
- oligonucleotides are bound to a solid support (controlled pore glass, CPG) and the synthesis was carried out on a DNA synthesizer (Applied Biosystems, Model 380 B, standard phosphoramidite chemistry and iodine oxidation) according to the manufacturer's standard protocols [see also "Oligonucleotide synthesis a practical approach” MJ Gait; IRL Press 1984 (Oxford-Washington DC)].
- the 5'-protected oligonucleotide is detached from the support by simultaneous cleavage of all other protective groups by treatment with concentrated aqueous ammonia and then purified using "reverse phase" HPLC using 50 mM ammonium acetate buffer (pH 7) / acetonitrile .
- the 5'-dimethoxytrityl protective group is then removed by treatment with 80% aqueous acetic acid for 20 minutes, the oligonucleotide is precipitated with ethanol and isolated by centrifugation.
- the purity of the oligonucleotide is checked by gel electrophoresis (polyacrylamide) and its identity by means of matrix-assisted laser desorption time-of-flight mass spectroscopy (MALDI-TOF MS).
- Example C1 Affinity; Interaction of the oligonucleotides (antisense) with complementary oligoribonucleotide sequences (sense)
- the interaction of the oligonucleotides with the corresponding base-complementary oligomers of the natural ribonucleotides is characterized by the recording of UV melting curves and the T m values determined therefrom. This standard method is described, for example, by Marky, LA, Breslauer, KJ, Biopolymers 26: 1601-1620 (1987).
- the T m value is determined from the melting curves obtained (Table 3).
- Example D2 Specificity; Interaction of the oligonucleotide with base-complementary oligoribonucleotides, in which a wrong nucleoside (Y) was incorporated
- Example C3 Nuclease stability; Enzymatic hydrolysis of various oligonucleotides of sequence d (TCC AGG TGT CCG ttt C)
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
Description
Die Erfindung betrifft Ribo-Nukleosidanaloge, deren 2'-OH Gruppe mit Polyol-Derivaten verethert ist, ein Verfahren zu deren Herstellung, Oligonukleotide mit diesen Nukleosiden und die Verwendung der Nukleoside zur Herstellung von Oligonukleotiden mit gleichen oder verschiedenen Nukleosideinheiten im Molekül.The invention relates to ribo-nucleoside analogs whose 2'-OH group is etherified with polyol derivatives, a process for their preparation, oligonucleotides with these nucleosides and the use of the nucleosides for the production of oligonucleotides with the same or different nucleoside units in the molecule.
Nukleoside und Oligonukleotide haben als antivirale Wirkstoffe bzw. wegen ihrer Fähigkeit zur Wechselwirkung mit Nukleinsäuren ("Antisense"-Oligonukleotide) und der damit verbundenen biologischen Aktivität breites Interesse gefunden, siehe zum Beispiel Uhlmann, E., Peyman, A., Chemical Reviews 90:543-584 (1990). Zur Bereitstellung von Nukleosiden mit neuen Eigenschaften oder zur Verbesserung der Wechselwirkung von Antisense-Oligonukleotiden mit natürlichen Nukleinsäuren sowie ihrer Stabilität gegenüber Nukleasen sind die Zuckerreste von Nukleosiden (bzw. der Nukleotideinheiten in Oligonukleotiden), oder die internukleotidische Phosphatbindung in Oligonukleotiden in unterschiedlichster Weise modifiziert worden, siehe zum Beispiel Marquez, V.E., Lim, M.I., Medicinal Research Reviews 6:1-40 (1986), Hélène, C., Toulmé, J.J., Biochimica et Biophysica Acta 1049:99-125 (1990), Englisch, U., Gauss, D.H., Angewandte Chemie 103:629-646(1991), Matteucci, M.D., Bischofberger, N., Annual Reports in Medicinal Chemistry 26:87-296(1991). In Cook, P.D., Anti-Cancer Drug Design 6:585-607 (1991) und WO 91/06556 werden Nukleoside beschrieben, die an der 2'-OH-Gruppe des Zuckers modifiziert sind. Die beschriebenen Modifikationen führen zu erhöhter Nukleaseresistenz; je länger der Alkylrest wird, umso höher wird die Nukleaseresistenz. Dabei wird mit kleinen Alkylresten wie Methyl, Ethyl oder Propyl eine schwache Erhöhung der Bindungsaffinität beobachtet, bei längeren Ketten sinkt die Bindungsaffinität aber drastisch ab. Nukleoside mit Polyol-Derivaten als Seitenketten an der 2'-OH Gruppe sind unbekannt und wurden bis anhin nie in Oligonukleotide eingebaut. Überraschenderweise erhöhen die erfindungsgemässen Modifikationen die Bindungsaffinität zur komplementären RNA nicht nur bei kürzeren sondern auch bei längeren Ketten. Dieses Ergebnis war aufgrund der publizierten Daten nicht zu erwarten. In Analogie zu den 2'-OH-modifizierten Oligoribonukleotiden zeichnen sich die erfindungsgemässen Verbindungen ebenfalls durch eine markante Nukleaseresistenz aus. Zusätzlich weisen Oligonukleotide, welche die erfindungsgemässen Nukleoside enthalten, eine erhöhte zelluläre Aufnahme auf und verfügen demzufolge über eine verbesserte Bio-Verfügbarkeit und Aktivität in vivo.Nucleosides and oligonucleotides have found broad interest as antiviral agents or because of their ability to interact with nucleic acids ("antisense" oligonucleotides) and the biological activity associated with them, see for example Uhlmann, E., Peyman, A., Chemical Reviews 90: 543-584 (1990). To provide nucleosides with new properties or to improve the interaction of antisense oligonucleotides with natural nucleic acids and their stability towards nucleases, the sugar residues of nucleosides (or the nucleotide units in oligonucleotides) or the internucleotide phosphate bond in oligonucleotides have been modified in a wide variety of ways, see, for example, Marquez, VE, Lim, MI, Medicinal Research Reviews 6: 1-40 (1986), Hélène, C., Toulmé, JJ, Biochimica et Biophysica Acta 1049: 99-125 (1990), English, U., Gauss, DH, Angewandte Chemie 103: 629-646 (1991), Matteucci, MD, Bischofberger, N., Annual Reports in Medicinal Chemistry 26: 87-296 (1991). Cook, PD, Anti-Cancer Drug Design 6: 585-607 (1991) and WO 91/06556 describe nucleosides which are modified on the 2'-OH group of the sugar. The modifications described lead to increased nuclease resistance; the longer the alkyl radical, the higher the nuclease resistance. A small increase in binding affinity is observed with small alkyl residues such as methyl, ethyl or propyl, but with longer chains the binding affinity drops drastically. Nucleosides with polyol derivatives as side chains on the 2'-OH group are unknown and have never been incorporated into oligonucleotides. Surprisingly, the modifications according to the invention increase the binding affinity for the complementary RNA not only with shorter chains but also with longer chains. Based on the published data, this result was not to be expected. In analogy to the 2'-OH-modified oligoribonucleotides, the compounds according to the invention are also distinguished by a striking nuclease resistance. In addition, oligonucleotides which the nucleosides according to the invention contain an increased cellular uptake and consequently have an improved bioavailability and activity in vivo.
Ein Gegenstand der Erfindung sind Verbindungen der Formel I
worin R₁ und R₂ unabhängig voneinander für Wasserstoff oder eine Schutzgruppe stehen oder R₁ diese Bedeutungen hat und R₂ für einen eine phosphorhaltige Nukleotid-Brückengruppe bildenden Rest steht; B einen Purin- oder Pyrimidinrest oder ein Analoges davon bedeutet; und R₃ einen Rest der Formel Ia, Ib oder Ic bedeutet
worin
- R₄
- Wasserstoff, C₁-C₂₁-Alkyl, C₂-C₂₁-Alkenyl, C₂-C₂₁-Alkinyl oder -C(=O)-Alkyl;
- R₅
- Wasserstoff, C₁-C₁₀-Alkyl, -CH₂-O-R₆ oder einen Rest der Formel Ib;
- R₆
- Wasserstoff, C₁-C₂₂-Alkyl, C₃-C₂₁-Alkenyl, teilweise oder vollständig mit Fluor substituiertes C₁-C₁₀-Alkyl oder -[(CH₂)₂-O]m-R₇;
- R₇
- Wasserstoff oder C₁-C₂₁-Alkyl;
- Z
- -(CH₂)p- oder -(CH₂-CH₂-O)q-CH₂CH₂-, wobei Z im Fall von -CH₂- unsubstituiert oder mit einem oder mehreren C₁-C₁₀-Alkyl, C₅-C₆-Cycloalkyl oder unsubstituiertem oder mit C₁-C₄-Alkyl substituiertem Phenyl unabhängig voneinander substituiert sein kann;
- n
- eine Zahl von 1 bis 12;
- m
- eine Zahl von 1 bis 4;
- p
- eine Zahl von 1 bis 10; und
- q
- eine Zahl von 1 bis 4 bedeuten;
wobei R₄ für den Fall n=1 und R₅=Wasserstoff nicht Wasserstoff bedeutet.The invention relates to compounds of the formula I.
wherein R₁ and R₂ independently represent hydrogen or a protecting group or R₁ has these meanings and R₂ stands for a residue forming a phosphorus-containing nucleotide bridge group; B represents a purine or pyrimidine residue or an analog thereof; and R₃ represents a radical of formula Ia, Ib or Ic
wherein
- R₄
- Hydrogen, C₁-C₂₁ alkyl, C₂-C₂₁ alkenyl, C₂-C₂₁ alkynyl or -C (= O) alkyl;
- R₅
- Hydrogen, C₁-C₁₀ alkyl, -CH₂-O-R₆ or a radical of the formula Ib;
- R₆
- Hydrogen, C₁-C₂₂-alkyl, C₃-C₂₁-alkenyl, partially or completely fluorine-substituted C₁-C₁₀-alkyl or - [(CH₂) ₂-O] m -R₇;
- R₇
- Hydrogen or C₁-C₂₁ alkyl;
- Z.
- - (CH₂) p - or - (CH₂-CH₂-O) q -CH₂CH₂-, where Z in the case of -CH₂- is unsubstituted or with one or more C₁-C₁₀ alkyl, C₅-C₆ cycloalkyl or unsubstituted or with C₁ -C₄-alkyl substituted phenyl may be independently substituted;
- n
- a number from 1 to 12;
- m
- a number from 1 to 4;
- p
- a number from 1 to 10; and
- q
- represent a number from 1 to 4;
where R₄ for the case n = 1 and R₅ = hydrogen is not hydrogen.
In einer bevorzugten Ausführungsform bedeutet R₄ Wasserstoff, C₁-C₂₁-Alkyl, C₂-C₂₁-Alkenyl oder C₂-C₂₁-Alkinyl. In einer bevorzugteren Ausführungsform bedeutet R₄ H, C₁-C₈-Alkyl, C₂-C₈-Alkenyl oder C₂-C₈-Alkinyl. In einer besonders bevorzugten Ausführungsform bedeutet R₄ H oder C₁-C₄-Alkyl. Beispiele für R₄ sind Methyl, Ethyl, n- oder i-Propyl, n, i- und t-Butyl, die Isomeren von Pentyl, Hexyl, Heptyl, Octyl, Nonyl, Decyl, Undecyl, Dodecyl, Tridecyl, Tetradecyl, Pentadecyl, Hexadecyl, Heptadecyl, Octadecyl, Nonadecyl, Undecyl, Vinyl, Allyl, But-3-en-1-yl, But-2-en-1-yl, Pentenyl, Octenyl, Dodecenyl, Octadecenyl, Ethinyl, Prop-1-in-1-yl, Prop-1-in-3-yl, But-1-in-1- oder-4-yl. Besonders bevorzugte Reste R₄ sind H, Methyl, Ethyl, n- oder i-Propyl oder n-Butyl. Die Zahlenwerte n betragen bevorzugt 1 bis 8, besonders bevorzugt 1 bis 6, insbesondere 1 bis 3.In a preferred embodiment, R₄ is hydrogen, C₁-C₂₁-alkyl, C₂-C₂₁-alkenyl or C₂-C₂₁-alkynyl. In a more preferred embodiment, R₄ is H, C₁-C₈-alkyl, C₂-C₈-alkenyl or C₂-C₈-alkynyl. In a particularly preferred embodiment, R₄ is H or C₁-C₄alkyl. Examples of R₄ are methyl, ethyl, n- or i-propyl, n, i- and t-butyl, the isomers of pentyl, hexyl, heptyl, octyl, nonyl, decyl, undecyl, dodecyl, tridecyl, tetradecyl, pentadecyl, hexadecyl , Heptadecyl, octadecyl, nonadecyl, undecyl, vinyl, allyl, but-3-en-1-yl, but-2-en-1-yl, pentenyl, octenyl, dodecenyl, octadecenyl, ethinyl, prop-1-in-1 -yl, prop-1-in-3-yl, but-1-in-1- or-4-yl. Particularly preferred R₄ radicals are H, methyl, ethyl, n- or i-propyl or n-butyl. The numerical values n are preferably 1 to 8, particularly preferably 1 to 6, in particular 1 to 3.
In einer bevorzugten Ausführungsform bedeutet R₅ Wasserstoff, C₁-C₅-Alkyl oder -CH₂-O-R₆, besonders bevorzugt Wasserstoff, Methyl oder -CH₂-OH, -CH₂-O-C₁-C₂₂-Alkyl oder -CH₂-O-[(CH₂)₂-O]m-C₁-C₁₀-alkyl, worin m eine Zahl von 1 bis 4 bedeutet.In a preferred embodiment, R₅ is hydrogen, C₁-C₅-alkyl or -CH₂-O-R₆, particularly preferably hydrogen, methyl or -CH₂-OH, -CH₂-O-C₁-C₂₂-alkyl or -CH₂-O - [( CH₂) ₂-O] m -C₁-C₁₀-alkyl, where m is a number from 1 to 4.
In einer bevorzugten Ausführungsform stellen R₁ und R₂ Wasserstoff dar.In a preferred embodiment, R₁ and R₂ represent hydrogen.
Schutzgruppen und Verfahren zur Derivatisierung der Hydroxylgruppen mit solchen Schutzgruppen sind in der Zucker- und Nukleotidchemie allgemein bekannt und zum Beispiel von Greene, B.T., Protective Groups in Organic Synthesis, Wiley Interscience, New York (1991), von Sonveaux, E., Bioorganic Chemistry 14:274-325 (1986) oder von Beaucage, S.L., Iyer, R., Tetrahedron 48:2223-2311(1992) beschrieben. Beispiele für solche Schutzgruppen sind: Benzyl, Methylbenzyl, Dimethylbenzyl, Methoxybenzyl, Dimethoxybenzyl, Brombenzyl, 2,4-Dichlorbenzyl; Diphenylmethyl, Di(methylphenyl)methyl, Di(dimethylphenyl)methyl, Di(methoxyphenyl)methyl, Di(dimethoxyphenyl)methyl, Triphenylmethyl, Tris-4,4',4''-tert.butylphenylmethyl, Di-p-anisylphenylmethyl, Tri(methylphenyl)methyl, Tri(dimethylphenyl)methyl, Methoxyphenyl(diphenyl)methyl, Di(methoxyphenyl)phenylmethyl, Tri(methoxyphenyl)methyl, Tri(dimethoxyphenyl)methyl; Triphenylsilyl, Alkyldiphenylsilyl, Dialkylphenylsilyl und Trialkylsilyl mit 1 bis 20, bevorzugt 1 bis 12 und besonders bevorzugt 1 bis 8 C-Atomen in den Alkylgruppen, zum Beispiel Trimethylsilyl, Triethylsilyl, Tri-n-propylsilyl, i-Propyl-dimethylsilyl, t-Butyl-dimethylsilyl, t-Butyl-diphenylsilyl, n-Octyl-dimethylsilyl, (1,1,2,2-Tetramethylethyl)-dimethylsilyl; -(C₁-C₈-Alkyl)₂Si-O-Si(C₁-C₈-Alkyl)₂-, worin Alkyl zum Beispiel Methyl, Ethyl n- und i-Propyl, n-, i- oder t-Butyl bedeutet; C₂-C₁₂-, besonders C₂-C₈-Acyl, wie zum Beispiel Acetyl, Propanoyl, Butanoyl, Pentanoyl, Hexanoyl, Benzoyl, Methylbenzoyl, Methoxybenzoyl, Chlorbenzoyl und Brombenzoyl; RS1-SO₂-, worin RS1 C₁-C₁₂-Alkyl, besonders C₁-C₆-Alkyl, C₅- oder C₆-Cycloalkyl, Phenyl, Benzyl, C₁-C₁₂- und besonders C₁-C₄-Alkylphenyl, oder C₁-C₁₂- und besonders C₁-C₄-Alkylbenzyl, oder Halogenphenyl oder Halogenbenzyl bedeutet, zum Beispiel Methyl-, Ethyl-, Propyl-, Butyl-, Phenyl-, Benzyl-, p-Brom-, p-Methoxy- und p-Methylphenylsulfonyl; unsubstituiertes oder mit F, Cl, Br, C₁-C₄-Alkoxy, Tri-(C₁-C₄-Alkyl)silyl oder C₁-C₄-Alkylsulfonyl substituiertes C₁-C₁₂-, bevorzugt C₁-C₈-Alkoxycarbonyl, zum Beispiel Methoxy-, Ethoxy-, n- oder i-Propoxy- oder n-, i- oder t-Butoxycarbonyl, 2-Trimethylsilylethoxycarbonyl, 2-Methylsulfonylethoxycarbonyl, Allyloxycarbonyl oder unsubstituiertes oder wie für Alkoxycarbonyl substituiertes Phenyloxycarbonyl oder Benzyloxycarbonyl, zum Beispiel Methyl- oder Methoxy- oder Chlorphenyloxycarbonyl oder -benzyloxycarbonyl, sowie 9-Fluorenylmethyloxycarbonyl. Sofern R₁ und/oder R₂ Alkyl bedeuten, kann es mit F, Cl, Br, C₁-C₄-Alkoxy, Phenyloxy, Chlorphenyloxy, Methoxyphenyloxy, Benzyloxy, Methoxybenzyloxy oder Chlorphenyloxy substituiert sein. Bei R₁ und R₂ in Formel I kann es sich um gleiche oder verschiedene Schutzgruppen handeln.Protective groups and methods for derivatizing the hydroxyl groups with such protective groups are generally known in sugar and nucleotide chemistry and are described, for example, by Greene, BT, Protective Groups in Organic Synthesis, Wiley Interscience, New York (1991), by Sonveaux, E., Bioorganic Chemistry 14: 274-325 (1986) or by Beaucage, SL, Iyer, R., Tetrahedron 48: 2223-2311 (1992). Examples of such protective groups are: benzyl, methylbenzyl, dimethylbenzyl, methoxybenzyl, dimethoxybenzyl, bromobenzyl, 2,4-dichlorobenzyl; Diphenylmethyl, Di (methylphenyl) methyl, Di (dimethylphenyl) methyl, Di (methoxyphenyl) methyl, Di (dimethoxyphenyl) methyl, Triphenylmethyl, Tris-4,4 ', 4''- tert.butylphenylmethyl, Di-p-anisylphenylmethyl, Tri (methylphenyl) methyl, tri (dimethylphenyl) methyl, methoxyphenyl (diphenyl) methyl, di (methoxyphenyl) phenylmethyl, tri (methoxyphenyl) methyl, tri (dimethoxyphenyl) methyl; Triphenylsilyl, alkyldiphenylsilyl, dialkylphenylsilyl and trialkylsilyl with 1 to 20, preferably 1 to 12 and particularly preferably 1 to 8 C atoms in the alkyl groups, for example trimethylsilyl, triethylsilyl, tri-n-propylsilyl, i-propyldimethylsilyl, t-butyl -dimethylsilyl, t-butyl-diphenylsilyl, n-octyl-dimethylsilyl, (1,1,2,2-tetramethylethyl) -dimethylsilyl; - (C₁-C₈-alkyl) ₂Si-O-Si (C₁-C₈-alkyl) ₂-, wherein alkyl means, for example, methyl, ethyl n- and i-propyl, n-, i- or t-butyl; C₂-C₁₂-, especially C₂-C₈ acyl, such as acetyl, propanoyl, butanoyl, pentanoyl, hexanoyl, benzoyl, methylbenzoyl, methoxybenzoyl, chlorobenzoyl and bromobenzoyl; R S1 -SO₂-, wherein R S1 is C₁-C₁₂-alkyl, especially C₁-C₆-alkyl, C₅- or C₆-cycloalkyl, phenyl, benzyl, C₁-C₁₂- and especially C₁-C₄-alkylphenyl, or C₁-C₁₂- and especially C₁-C₄ alkylbenzyl, or halophenyl or halobenzyl, for example methyl, ethyl, propyl, butyl, phenyl, benzyl, p-bromo, p-methoxy and p-methylphenylsulfonyl; unsubstituted or substituted by F, Cl, Br, C₁-C₄-alkoxy, tri- (C₁-C₄-alkyl) silyl or C₁-C₄-alkylsulfonyl-substituted C₁-C₁₂-, preferably C₁-C₈-alkoxycarbonyl, for example methoxy, ethoxy -, n- or i-Propoxy- or n-, i- or t-butoxycarbonyl, 2-trimethylsilylethoxycarbonyl, 2-methylsulfonylethoxycarbonyl, allyloxycarbonyl or unsubstituted or substituted for alkoxycarbonyl or phenyloxycarbonyl or benzyloxycarbonyl, for example methyl- or methoxy- or chlorophenyloxycarbonyl -benzyloxycarbonyl, and 9-fluorenylmethyloxycarbonyl. If R₁ and / or R₂ are alkyl, it can be substituted with F, Cl, Br, C₁-C₄alkoxy, phenyloxy, chlorophenyloxy, methoxyphenyloxy, benzyloxy, methoxybenzyloxy or chlorophenyloxy. R₁ and R₂ in formula I can be the same or different protecting groups.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform stellen R₁ und R₂ als Schutzgruppen Benzyl, Methylbenzyl, Dimethylbenzyl, Methoxybenzyl, Dimethoxybenzyl, halogeniertes Benzyl, insbesondere Brombenzyl; Diphenylmethyl, Di(methylphenyl)methyl, Di(dimethylphenyl)methyl, Di(methoxyphenyl)methyl, Di(methoxyphenyl)(phenyl)-methyl, Triphenylmethyl, Tris-4,4',4''- tert.butylphenylmethyl, Di-p-anisylphenylmethyl, Tri(methylphenyl)methyl, Tri(dimethylphenyl)methyl, Tri(methoxyphenyl)methyl, Tri(dimethoxyphenyl)methyl; Trimethylsilyl, Triethylsilyl, Tri-n-propylsilyl, i-Propyldimethylsilyl, t-Butyl-dimethylsilyl, t-Butyl-diphenylsilyl, n-Octyl-dimethylsilyl, (1,1 ,2,2-Tetramethylethyl)-dimethylsilyl, -(CH₃)₂Si-O-Si(CH₃)₂-, -(i-C₃H₇)₂Si-O-Si(i-C₃H₇)₂-; Acetyl, Propanoyl, Butanoyl, Pentanoyl, Hexanoyl, Benzoyl, Methylbenzoyl, Methoxybenzoyl, Chlorbenzoyl und Brombenzoyl; Methyl-, Ethyl-, Propyl-, Butyl-, Phenyl-, Benzyl-, p-Brom-, p-Methoxy- und p-Methylphenylsulfonyl; Methoxy-, Ethoxy-, n- oder i-Propoxy- oder n-, i- oder t-Butoxycarbonyl, oder Phenyloxycarbonyl, Benzyloxycarbonyl, Methyl- oder Methoxy- oder Chlorphenyloxycarbonyl oder -benzyloxycarbonyl oder 9-Fluorenylmethyloxycarbonyl dar. Dabei bedeuten R₁ und R₂ vorteilhafterweise gleiche Schutzgruppen.In a particularly preferred embodiment, R₁ and R₂ represent benzyl, methylbenzyl, dimethylbenzyl, methoxybenzyl, dimethoxybenzyl, halogenated benzyl, especially bromobenzyl; Diphenylmethyl, di (methylphenyl) methyl, di (dimethylphenyl) methyl, di (methoxyphenyl) methyl, di (methoxyphenyl) (phenyl) methyl, triphenylmethyl, tris-4,4 ', 4' '- tert.butylphenylmethyl, di-p anisylphenylmethyl, tri (methylphenyl) methyl, tri (dimethylphenyl) methyl, tri (methoxyphenyl) methyl, tri (dimethoxyphenyl) methyl; Trimethylsilyl, triethylsilyl, tri-n-propylsilyl, i-propyldimethylsilyl, t-butyl-dimethylsilyl, t-butyl-diphenylsilyl, n-octyl-dimethylsilyl, (1,1, 2,2-tetramethylethyl) -dimethylsilyl, - (CH₃) ₂Si-O-Si (CH₃) ₂-, - (i-C₃H₇) ₂Si-O-Si (i-C₃H₇) ₂-; Acetyl, propanoyl, butanoyl, pentanoyl, hexanoyl, benzoyl, methylbenzoyl, methoxybenzoyl, chlorobenzoyl and bromobenzoyl; Methyl, ethyl, propyl, butyl, phenyl, benzyl, p-bromo, p-methoxy and p-methylphenylsulfonyl; Methoxy-, ethoxy-, n- or i-propoxy- or n-, i- or t-butoxycarbonyl, or phenyloxycarbonyl, benzyloxycarbonyl, methyl- or methoxy- or chlorophenyloxycarbonyl or -benzyloxycarbonyl or 9-fluorenylmethyloxycarbonyl. R₁ and R₂ mean advantageously the same protective groups.
R₂ kann als phosphorhaltiger eine Nukleotid-Brückengruppe bildender Rest der Formel P1 oder P2
entsprechen, worin Ya Wasserstoff, C₁-C₁₂-Alkyl, C₆-C₁₂-Aryl, C₇-C₂₀-Aralkyl, C₇-C₂₀-Alkaryl, -ORb, -SRb, -NH₂, Primäramino, Sekundäramino, O⊖M⊕ oder S⊖M⊕ darstellt; Xa Sauerstoff oder Schwefel bedeutet; Ra Wasserstoff, M⊕, C₁-C₁₂-Alkyl, C₂-C₁₂-Alkenyl, C₆-C₁₂-Aryl, oder die Gruppe RaO- für N-Heteroaryl-N-yl mit 5 Ringgliedern und 1 bis 3 N-Atomen steht; Rb Wasserstoff, C₁-C₁₂-Alkyl oder C₆-C₁₂-Aryl bedeutet; und M⊕ für Na⊕, K⊕, Li⊕, NH₄⊕ steht oder Primär-, Sekundär-, Tertiär- oder Quartenärammonium darstellt; wobei Alkyl, Aryl, Aralkyl und Alkaryl in Ya, Ra und Rb unsubstituiert oder mit Alkoxy, Alkylthio, Halogen, -CN, -NO₂, Phenyl, Nitrophenyl, oder Halogenphenyl substituiert ist.R₂ can as a phosphorus containing a nucleotide bridge group forming radical of the formula P1 or P2
correspond in which Y a is hydrogen, C₁-C₁₂-alkyl, C₆-C₁₂-aryl, C₇-C₂₀-aralkyl, C₇-C₂₀-alkaryl, -OR b , -SR b , -NH₂, primary amino, secondary amino , O ⊖ M ⊕ or S ⊖ represents M ⊕ ; X a represents oxygen or sulfur; R a is hydrogen, M ⊕ , C₁-C₁₂-alkyl, C₂-C₁₂-alkenyl, C₆-C₁₂-aryl, or the group R a O- for N-heteroaryl-N-yl with 5 ring members and 1 to 3 N atoms stands; R b represents hydrogen, C₁-C₁₂ alkyl or C₆-C₁₂ aryl; and M ⊕ represents Na ⊕ , K ⊕ , Li ⊕ , NH₄ ⊕ or represents primary, secondary, tertiary or quaternary ammonium; wherein alkyl, aryl, aralkyl and alkaryl in Y a , R a and R b are unsubstituted or substituted with alkoxy, alkylthio, halogen, -CN, -NO₂, phenyl, nitrophenyl, or halophenyl.
Ya enthält als Primäramino bevorzugt 1 bis 12 und besonders bevorzugt 1 bis 6 C-Atome, und als Sekundäramino bevorzugt 2 bis 12 und besonders bevorzugt 2 bis 6 C-Atome.Y a preferably contains 1 to 12 and particularly preferably 1 to 6 carbon atoms as primary amino, and preferably 2 to 12 and particularly preferably 2 to 6 carbon atoms as secondary amino.
Bei dem Primäramino und Sekundäramino kann es sich zum Beispiel um Reste der Formel RcRdN handeln, worin Rc für H steht oder unabhängig die Bedeutung von Rd hat, und Rd C₁-C₂₀-, bevorzugt C₁-C₁₂- und besonders bevorzugt C₁-C₆-Alkyl, C₁-C₂₀-, bevorzugt C₁-C₁₂- und besonders bevorzugt C₁-C₆-Aminoalkyl, C₁-C₂₀-, bevorzugt C₁-C₁₂- und besonders bevorzugt C₁-C₆-Hydroxyalkyl; Carboxyalkyl oder Carbalkoxyalkyl, wobei die Carbalkoxygruppe 2 bis 8 C-Atome enthält und die Alkylgruppe 1 bis 6, bevorzugt 1 bis 4 C-Atome; C₂-C₂₀-, bevorzugt C₂-C₁₂- und besonders bevorzugt C₂-C₆-Alkenyl; Phenyl, Mono- oder Di-(C₁-C₄-Alkyl- oder -Alkoxy)phenyl, Benzyl, Mono- oder Di-(C₁-C₄-Alkyl- oder -Alkoxy)benzyl; oder 1,2-, 1,3- oder 1,4-Imidazolyl-C₁-C₆-Alkyl darstellt, oder Rc und Rd zusammen Tetra- oder Pentamethylen, 3-Oxa-1,5-pentylen, -CH₂-NRe-CH₂CH₂- oder -CH₂CH₂-NR₁₉-CH₂CH₂- darstellen, worin Re für H oder C₁-C₄-Alkyl steht. Die Aminogruppe im Aminoalkyl kann mit ein oder zwei C₁-C₄-Alkyl oder -Hydroxyalkylgruppen substituiert sein. Die Hydroxylgruppe im Hydroxyalkyl kann mit C₁-C₄-Alkyl verethert sein.The primary amino and secondary amino can be, for example, radicals of the formula R c R d N, in which R c is H or independently has the meaning of R d , and R d is C₁-C₂₀-, preferably C₁-C₁₂- and particularly preferably C₁-C₆-alkyl, C₁-C₂₀-, preferably C₁-C₁₂- and particularly preferably C₁-C₆-aminoalkyl, C₁-C₂₀-, preferably C₁-C₁₂- and particularly preferably C₁-C₆-hydroxyalkyl; Carboxyalkyl or carbalkoxyalkyl, the carbalkoxy group containing 2 to 8 carbon atoms and the alkyl group 1 to 6, preferably 1 to 4 carbon atoms; C₂-C₂₀-, preferably C₂-C₁₂- and particularly preferably C₂-C₆-alkenyl; Phenyl, mono- or di- (C₁-C₄ alkyl or alkoxy) phenyl, benzyl, mono- or di- (C₁-C₄ alkyl or alkoxy) benzyl; or 1,2-, 1,3- or 1,4-imidazolyl-C₁-C₆-alkyl, or R c and R d together tetra- or pentamethylene, 3-oxa-1,5-pentylene, -CH₂-NR e represent -CH₂CH₂- or -CH₂CH₂-NR₁₉-CH₂CH₂-, wherein R e represents H or C₁-C₄-alkyl. The amino group in the aminoalkyl can be substituted with one or two C₁-C₄ alkyl or hydroxyalkyl groups. The hydroxyl group in the hydroxyalkyl can be etherified with C₁-C₄-alkyl.
Unter Primär-, Sekundär-, Tertiär- und Quartärammonium ist für Ya im Zusammenhang mit der Definition von M⊕ ein Ion der Formel RfRgRhRiN⊕ zu verstehen, bei dem Rf C₁-C₂₀-, bevorzugt C₁-C₁₂- und besonders bevorzugt C₁-C₆-Alkyl, -Aminoalkyl, -Hydroxyalkyl; Carboxyalkyl oder Carbalkoxyalkyl, wobei die Carbalkoxygruppe 2 bis 8 C-Atome enthält und die Alkylgruppe 1 bis 6, bevorzugt 1 bis 4 C-Atome; C₂-C₂₀-, bevorzugt C₂-C₁₂- und besonders bevorzugt C₂-C₆-Alkenyl; Phenyl, Mono- oder Di-(C₁-C₄-Alkyl- oder -Alkoxy)phenyl, Benzyl, Mono- oder Di-(C₁-C₄-Alkyl- oder -Alkoxy)benzyl; oder 1,2-, 1,3- oder 1,4-Imidazolyl-C₁-C₆-Alkyl darstellt, und Rg, Rh und Ri unabhängig voneinander Wasserstoff sind oder die Bedeutung von Rf haben, oder Rf und Rg zusammen Tetra- oder Pentamethylen, 3-Oxa-1,5-pentylen, -CH₂-NRe-CH₂CH₂- oder -CH₂CH₂-NR₂-CH₂CH₂-darstellen, worin Re für H oder C₁-C₄-Alkyl steht, und Rh und Ri unabhängig voneinander die Bedeutung von Rf haben. Die Aminogruppe im Aminoalkyl kann mit ein oder zwei C₁-C₄-Alkyl oder -Hydroxyalkylgruppen substituiert sein. Die Hydroxylgruppe im Hydroxyalkyl kann mit C₁-C₄-Alkyl verethert sein.Primary, secondary, tertiary and quaternary ammonium means for Y a in connection with the definition of M ⊕ an ion of the formula R f R g R h R i N ⊕ , in which R f C₁-C₂₀-, preferably C₁-C₁₂- and particularly preferably C₁-C₆-alkyl, -aminoalkyl, -hydroxyalkyl; Carboxyalkyl or carbalkoxyalkyl, the carbalkoxy group containing 2 to 8 carbon atoms and the alkyl group 1 to 6, preferably 1 to 4 carbon atoms; C₂-C₂₀-, preferably C₂-C₁₂- and particularly preferably C₂-C₆-alkenyl; Phenyl, mono- or di- (C₁-C₄ alkyl or alkoxy) phenyl, benzyl, mono- or di- (C₁-C₄ alkyl or alkoxy) benzyl; or 1,2-, 1,3- or 1,4-imidazolyl-C₁-C₆-alkyl, and R g , R h and R i are independently hydrogen or have the meaning of R f , or R f and R g together represent tetra- or pentamethylene, 3-oxa-1,5-pentylene, -CH₂-NR e -CH₂CH₂- or -CH₂CH₂-NR₂-CH₂CH₂-, wherein R e represents H or C₁-C₄-alkyl, and R h and R i independently of one another have the meaning of R f . The amino group in the aminoalkyl can be substituted with one or two C₁-C₄ alkyl or hydroxyalkyl groups. The hydroxyl group in the hydroxyalkyl can be etherified with C₁-C₄-alkyl.
Beispiele für Carboxyalkyl sind Carboxymethyl, Carboxyethyl, Carboxypropyl und Carboxybutyl, und Beispiele für Carbalkoxyalkyl sind diese mit Methyl oder Ethyl veresterten Carboxyalkylgruppen. Beispiele für Alkenyl sind Allyl, But-1-en-3-yl oder -4-yl, Pent-3- oder 4-en-1-yl oder -2-yl, Hex-3- oder -4- oder -5-en-1-yl oder -2-yl. Beispiele für Alkyl- und Alkoxyphenyl beziehungsweise -benzyl sind Methylphenyl, Dimethylphenyl, Ethylphenyl, Diethylphenyl, Methylbenzyl, Dimethylbenzyl, Ethylbenzyl, Diethylbenzyl, Methoxyphenyl, Dimethoxyphenyl, Ethoxyphenyl, Diethoxyphenyl, Methoxybenzyl, Di-methoxybenzyl, Ethoxybenzyl, Diethoxybenzyl. Beispiele für Imidazolylalkyl, in dem die Alkylgruppe bevorzugt 2 bis 4 C-Atome enthält, sind 1,2-, 1,3- oder 1,4-Imidazolylethyl oder -n-propyl oder -n-butyl. R₁₉ stellt bevorzugt H, Methyl oder Ethyl dar.Examples of carboxyalkyl are carboxymethyl, carboxyethyl, carboxypropyl and carboxybutyl, and examples of carbalkoxyalkyl are these carboxyalkyl groups esterified with methyl or ethyl. Examples of alkenyl are allyl, but-1-en-3-yl or -4-yl, pent-3- or 4-en-1-yl or -2-yl, hex-3- or -4- or -5 -en-1-yl or -2-yl. Examples of alkyl- and alkoxyphenyl or -benzyl are methylphenyl, dimethylphenyl, ethylphenyl, diethylphenyl, methylbenzyl, dimethylbenzyl, ethylbenzyl, diethylbenzyl, methoxyphenyl, dimethoxyphenyl, ethoxyphenyl, diethoxyphenyl, methoxybenzyl, dimethoxybenzyl, ethoxybenzyl, ethoxybenzyl, ethoxybenzyl. Examples of imidazolylalkyl, in which the alkyl group preferably contains 2 to 4 carbon atoms, are 1,2-, 1,3- or 1,4-imidazolylethyl or -n-propyl or -n-butyl. R₁₉ preferably represents H, methyl or ethyl.
Bevorzugte Beispiele für Primäramino und Sekundäramino sind Methyl-, Ethyl-, Dimethyl-, Diethyl-, Di-i-Propyl, Mono- oder Di-(1-hydroxy-eth-2-yl)-, Phenyl- und Benzylamino, Acetylamino und Benzoylamino sowie Piperidinyl, Piperazinyl und Morpholinyl.Preferred examples of primary amino and secondary amino are methyl, ethyl, dimethyl, diethyl, di-i-propyl, mono- or di- (1-hydroxy-eth-2-yl) -, phenyl- and benzylamino, acetylamino and Benzoylamino and piperidinyl, piperazinyl and morpholinyl.
Bevorzugte Beispiele für Primär- und Sekundärammonium sind Methyl-, Ethyl-, Dimethyl-, Diethyl-, Di-i-Propyl-, Mono- oder Di-(1-hydroxy-eth-2-yl)-, Phenyl- und Benzylammonium.Preferred examples of primary and secondary ammonium are methyl, ethyl, dimethyl, diethyl, di-i-propyl, mono- or di- (1-hydroxy-eth-2-yl), phenyl and benzylammonium.
Beispiele für Ya, Ra und Rb als Alkyl sind Methyl, Ethyl und die Isomeren von Propyl, Butyl, Pentyl, Hexyl, Heptyl und Octyl; Beispiele für Ya, Ra und Rb als Aryl sind Phenyl und Naphthyl; Beispiele für Ra als Alkenyl sind Allyl und (C₁-C₄-Alkyl)CH=CH-CH₂-; Beispiele für Ya als Aralkyl sind Phenyl-CnH2n- mit n gleich einer Zahl von 1 bis 6, besonders Benzyl; Beispiele für Ya als Alkaryl sind Mono-, Di- und Tri(C₁-C₄-alkyl)phenyl. Bevorzugte Substituenten sind Chlor, Brom, Methoxy, -NO₂, -CN, 2,4-Dichlorphenyl und 4-Nitrophenyl. Beispiele für Rb sind 2,2,2-Trichlorethyl, 4-Chlorphenyl, 2-Chlorphenyl und 2,4-Dichlorphenyl; und Beispiele für RbO- als N-Heteroaryl sind Pyrrol-N-yl, Triazol-N-yl und Benztriazol-N-yl.Examples of Y a , R a and R b as alkyl are methyl, ethyl and the isomers of propyl, butyl, pentyl, hexyl, heptyl and octyl; Examples of Y a , R a and R b as aryl are phenyl and naphthyl; Examples of R a as alkenyl are allyl and (C₁-C₄-alkyl) CH = CH-CH₂-; Examples of Y a as aralkyl are phenyl-C n H 2n - with n equal to a number from 1 to 6, particularly Benzyl; Examples of Y a as alkaryl are mono-, di- and tri (C₁-C₄-alkyl) phenyl. Preferred substituents are chlorine, bromine, methoxy, -NO₂, -CN, 2,4-dichlorophenyl and 4-nitrophenyl. Examples of R b are 2,2,2-trichloroethyl, 4-chlorophenyl, 2-chlorophenyl and 2,4-dichlorophenyl; and examples of R b O- as N-heteroaryl are pyrrol-N-yl, triazol-N-yl and benzotriazol-N-yl.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform bedeutet Ra β-Cyanoethyl und stellt Ya Di(i-propylamino) dar.In a particularly preferred embodiment, R a is β-cyanoethyl and Y a is di (i-propylamino).
Wenn B einen Purinrest oder ein Analoges davon darstellt, so kann es sich um einen Rest der Formel II, IIa, IIb, IIc, IId, IIe oder IIf handeln,
worin Rb1 für H, Cl, Br, OH oder -O-C₁-C₁₂-Alkyl steht, und Rb2, Rb3 und Rb5 unabhängig voneinander H, OH, SH, NH₂, NHNH₂, NHOH, NHO-C₁-C₁₂-Alkyl, -N=CH-N(C₁-C₁₂-Alkyl)₂, -N=CH-N-Cycloalkyl, F, Cl, Br, C₁-C₁₂-Alkyl,- Hydroxy-C₁-C₁₂-alkyl, Amino-C₁-C₁₂-alkyl, C₁-C₁₂-Alkoxy, Benzyloxy, C₁-C₁₂-Alkylthio, wobei die Hydroxyl- und Aminogruppen unsubstituiert oder mit einer Schutzgruppe substituiert sind, Phenyl, Benzyl, Primäramino mit 1 bis 20 C-Atomen oder Sekundäramino mit 2 bis 30 C-Atomen bedeuten, Rb4 Wasserstoff, CN oder -C≡C-Rb7, Rb6 und Rb7 Wasserstoff oder C₁-C₄-Alkyl darstellen.If B represents a purine residue or an analogue thereof, it can be a residue of the formula II, IIa, IIb, IIc, IId, IIe or IIf,
wherein R b1 is H, Cl, Br, OH or -O-C₁-C₁₂-alkyl, and R b2 , R b3 and R b5 independently of one another H, OH, SH, NH₂, NHNH₂, NHOH, NHO-C₁-C₁₂ -Alkyl, -N = CH-N (C₁-C₁₂-alkyl) ₂, -N = CH-N-cycloalkyl, F, Cl, Br, C₁-C₁₂-alkyl, - hydroxy-C₁-C₁₂-alkyl, amino- C₁-C₁₂-alkyl, C₁-C₁₂-alkoxy, benzyloxy, C₁-C₁₂-alkylthio, where the hydroxyl and amino groups are unsubstituted or substituted with a protective group, phenyl, benzyl, primary amino with 1 to 20 C atoms or secondary amino with 2 to 30 carbon atoms, R b4 are hydrogen, CN or -C≡CR b7 , R b6 and R b7 are hydrogen or C₁-C₄-alkyl.
Geeignete Schutzgruppen sind zuvor erwähnt worden. Bevorzugte Schutzgruppen sind C₁-C₈-Acylgruppen, wie zum Beispiel Acetyl, Propionyl, Butyroyl und Benzoyl. Rb6 steht bevorzugt für H oder Methyl.Suitable protecting groups have been mentioned previously. Preferred protecting groups are C₁-C₈ acyl groups, such as acetyl, propionyl, butyroyl and benzoyl. R b6 preferably represents H or methyl.
Das Primäramino enthält bevorzugt 1 bis 12 und besonders bevorzugt 1 bis 6 C-Atome, und das Sekundäramino bevorzugt 2 bis 12 und besonders bevorzugt 2 bis 6 C-Atome.The primary amino preferably contains 1 to 12 and particularly preferably 1 to 6 carbon atoms, and the secondary amino preferably 2 to 12 and particularly preferably 2 to 6 carbon atoms.
Einige Beispiele für Alkyl, Alkoxy, Alkylthio, Hydroxyalkyl und Aminoalkyl, die bevorzugt 1 bis 6 C-Atome enthalten, sind Methyl, Ethyl und die Isomeren von Propyl, Butyl, Pentyl, Hexyl, Heptyl, Octyl, Nonyl, Decyl, Undecyl und Dodecyl, sowie entsprechende Alkoxy-, Alkylthio-, Hydroxyalkyl- und Aminoalkylreste. Das Alkyl, Alkoxy, Alkylthio, Hydroxyalkyl und Aminoalkyl enthält besonders bevorzugt 1 bis 4 C-Atome. Bevorzugte Alkyl-, Alkoxy-, Alkylthio-, Hydroxyalkyl- und Aminoalkylreste sind Methyl, Ethyl, n- und i-Propyl, n-, i- und t-Butyl, Methoxy, Ethoxy, Methylthio und Ethylthio, Aminome-thyl, Aminoethyl, Hydroxymethyl und Hydroxyethyl.Some examples of alkyl, alkoxy, alkylthio, hydroxyalkyl and aminoalkyl, which preferably contain 1 to 6 carbon atoms, are methyl, ethyl and the isomers of propyl, butyl, pentyl, hexyl, heptyl, octyl, nonyl, decyl, undecyl and dodecyl , as well as corresponding alkoxy, alkylthio, hydroxyalkyl and aminoalkyl radicals. The alkyl, alkoxy, alkylthio, hydroxyalkyl and aminoalkyl particularly preferably contains 1 to 4 carbon atoms. Preferred alkyl, alkoxy, alkylthio, hydroxyalkyl and aminoalkyl radicals are methyl, ethyl, n- and i-propyl, n-, i- and t-butyl, methoxy, ethoxy, methylthio and ethylthio, aminomethyl, aminoethyl, Hydroxymethyl and hydroxyethyl.
Bei dem Primäramino und Sekundäramino kann es sich zum Beispiel um Reste der Formel Ra1Ra2N handeln, worin Ra1 für H steht oder unabhängig die Bedeutung von Ra2 hat, und Ra2 C₁-C₂₀-, bevorzugt C₁-C₁₂- und besonders bevorzugt C₁-C₆-Alkyl, -Aminoalkyl, -Hydroxyalkyl; Carboxyalkyl oder Carbalkoxyalkyl, wobei die Carbalkoxygruppe 2 bis 8 C-Atome enthält und die Alkylgruppe 1 bis 6, bevorzugt 1 bis 4 C-Atome; C₂-C₂₀-, bevorzugt C₂-C₁₂- und besonders bevorzugt C₂-C₆-Alkenyl; Phenyl, Mono- oder Di-(C₁-C₄-Alkyl- oder -Alkoxy)phenyl, Benzyl, Mono- oder Di-(C₁-C₄-Alkyl- oder -Alkoxy)benzyl; oder 1,2-, 1,3- oder 1,4-Imidazolyl-C₁-C₆-Alkyl darstellt, oder Ra1 und Ra2 zusammen Tetra- oder Pentamethylen, 3-Oxa-1,5-pentylen, -CH₂-NRa3-CH₂CH₂- oder -CH₂CH₂-NRa3-CH₂CH₂- darstellen, worin Ra3 für H oder C₁-C₄-Alkyl steht. Die Aminogruppe im Aminoalkyl kann mit ein oder zwei C₁-C₄-Alkyl oder -Hydroxyalkylgruppen substituiert sein. Die Hydroxylgruppe im Hydroxyalkyl kann mit C₁-C₄-Alkyl verethert sein.The primary amino and secondary amino can be, for example, radicals of the formula R a1 R a2 N, in which R a1 is H or independently has the meaning of R a2 , and R a2 is C₁-C₂₀-, preferably C₁-C₁₂- and particularly preferably C₁-C₆ alkyl, aminoalkyl, hydroxyalkyl; Carboxyalkyl or carbalkoxyalkyl, the carbalkoxy group containing 2 to 8 carbon atoms and the alkyl group 1 to 6, preferably 1 to 4 carbon atoms; C₂-C₂₀-, preferably C₂-C₁₂- and particularly preferably C₂-C₆-alkenyl; Phenyl, mono- or di- (C₁-C₄ alkyl or alkoxy) phenyl, benzyl, mono- or di- (C₁-C₄ alkyl or alkoxy) benzyl; or 1,2-, 1,3- or 1,4-imidazolyl-C₁-C₆-alkyl, or R a1 and R a2 together tetra- or pentamethylene, 3-oxa-1,5-pentylene, -CH₂-NR represent a3 -CH₂CH₂- or -CH₂CH₂-NR a3 -CH₂CH₂-, wherein R a3 represents H or C₁-C₄-alkyl. The amino group in the aminoalkyl can have one or two C₁-C₄ alkyl or hydroxyalkyl groups be substituted. The hydroxyl group in the hydroxyalkyl can be etherified with C₁-C₄-alkyl.
Beispiele für Alkyl sind zuvor angegeben worden. Beispiele für Aminoalkyl sind Aminomethyl, Aminoethyl, 1-Aminoprop-2-yl oder -3-yl, 1-Amino-but-2-yl oder -3-yl oder -4-yl, N-Methyl- oder N,N-Dimethyl- oder N-Ethyl- oder N,N-Diethyl- oder N-2-Hydroxyethyl- oder N,N-Di-2-hydroxyethylaminomethyl oder -aminoethyl oder -aminopropyl oder -aminobutyl. Beispiele für Hydroxyalkyl sind Hydroxymethyl, 1-Hydroxy-eth-2-yl, 1-Hydroxy-prop-2- oder -3-yl, 1-Hydroxy-but-2-yl, -3-yl oder -4-yl. Beispiele für Carboxyalkyl sind Carboxymethyl, Carboxyethyl, Carboxypropyl und Carboxybutyl, und Beispiele für Carbalkoxyalkyl sind diese mit Methyl oder Ethyl veresterten Carboxyalkylgruppen. Beispiele für Alkenyl sind Allyl, But-1-en-3-yl oder -4-yl, Pent-3-oder 4-en-1-yl oder -2-yl, Hex-3- oder -4- oder -5-en-1-yl oder -2-yl. Beispiele für Alkylund Alkoxyphenyl beziehungsweise -benzyl sind Methylphenyl, Dimethylphenyl, Ethylphenyl, Diethylphenyl, Methylbenzyl, Dimethylbenzyl, Ethylbenzyl, Diethylbenzyl, Methoxyphenyl, Dimethoxyphenyl, Ethoxyphenyl, Diethoxyphenyl, Methoxybenzyl, Dimethoxybenzyl, Ethoxybenzyl, Diethoxybenzyl. Beispiele für Imidazolylalkyl, in dem die Alkylgruppe bevorzugt 2 bis 4 C-Atome enthält, sind 1,2-, 1,3- oder 1,4-Imidazolylethyl oder -n-propyl oder -n-butyl. Ra3 stellt bevorzugt H, Methyl oder Ethyl dar.Examples of alkyl have been given previously. Examples of aminoalkyl are aminomethyl, aminoethyl, 1-aminoprop-2-yl or -3-yl, 1-amino-but-2-yl or -3-yl or -4-yl, N-methyl- or N, N- Dimethyl or N-ethyl or N, N-diethyl or N-2-hydroxyethyl or N, N-di-2-hydroxyethylaminomethyl or -aminoethyl or -aminopropyl or -aminobutyl. Examples of hydroxyalkyl are hydroxymethyl, 1-hydroxy-eth-2-yl, 1-hydroxy-prop-2- or -3-yl, 1-hydroxy-but-2-yl, -3-yl or -4-yl. Examples of carboxyalkyl are carboxymethyl, carboxyethyl, carboxypropyl and carboxybutyl, and examples of carbalkoxyalkyl are these carboxyalkyl groups esterified with methyl or ethyl. Examples of alkenyl are allyl, but-1-en-3-yl or -4-yl, pent-3-or 4-en-1-yl or -2-yl, hex-3- or -4- or -5 -en-1-yl or -2-yl. Examples of alkyl and alkoxyphenyl or benzyl are methylphenyl, dimethylphenyl, ethylphenyl, diethylphenyl, methylbenzyl, dimethylbenzyl, ethylbenzyl, diethylbenzyl, methoxyphenyl, dimethoxyphenyl, ethoxyphenyl, diethoxyphenyl, methoxybenzyl, dimethoxybenzyl, ethoxybenzyl, ethoxybenzyl. Examples of imidazolylalkyl, in which the alkyl group preferably contains 2 to 4 carbon atoms, are 1,2-, 1,3- or 1,4-imidazolylethyl or -n-propyl or -n-butyl. R a3 preferably represents H, methyl or ethyl.
Bevorzugte Beispiele für Primäramino und Sekundäramino sind Methyl-, Ethyl-, Dimethyl-, Diethyl-, Allyl-, Mono- oder Di-(1-hydroxy-eth-2-yl)-, Phenyl- und Benzylamino, Acetylamino, Isobutyrylamino und Benzoylamino.Preferred examples of primary amino and secondary amino are methyl, ethyl, dimethyl, diethyl, allyl, mono- or di- (1-hydroxy-eth-2-yl) -, phenyl- and benzylamino, acetylamino, isobutyrylamino and benzoylamino .
In einer bevorzugten Ausführungsform stellt Rb1 Wasserstoff dar. In einer anderen bevorzugten Ausführungsform stellt Rb5 Wasserstoff dar. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform bedeuten Rb2 und Rb3 unabhängig voneinander H, F, Cl, Br, OH, SH, NH₂, NHOH, NHNH₂, Methylamino, Dimethylamino, Benzoylamino, Isobutyrylamino, Methoxy, Ethoxy und Methylthio.In a preferred embodiment, R b1 represents hydrogen. In another preferred embodiment, R b5 represents hydrogen. In a further preferred embodiment, R b2 and R b3 independently of one another denote H, F, Cl, Br, OH, SH, NH₂, NHOH, NHNH₂, methylamino, dimethylamino, benzoylamino, isobutyrylamino, methoxy, ethoxy and methylthio.
Einige Beispiele für Analoge der Purinreihe sind neben Purin Xanthin, Hypoxanthin, Adenin, N-Methyladenin, N-Benzoyladenin, 2-Methylthioadenin, 2-Aminoadenin, 6-Hydroxypurin, 2-Amino-6-chlorpurin, 2-Amino-6-methylthiopurin, Guanin, N-Isobutyrylguanin. Besonders bevorzugt sind Adenin, 2-Aminoadenin und Guanin, sowie deren basengeschützte Derivate.In addition to purine, xanthine, hypoxanthine, adenine, N-methyladenine, N-benzoyladenine, 2-methylthioadenine, 2-aminoadenine, 6-hydroxypurine, 2-amino-6-chloropurine, 2-amino-6-methylthiopurine are some examples of analogs of the purine series , Guanine, N-isobutyrylguanine. Adenine, 2-aminoadenine and guanine and their base-protected derivatives are particularly preferred.
Wenn B in Formel I einen Pyrimidinrest darstellt, so handelt es sich bevorzugt um einen Uracil-, Thymin- oder Cytosinrest der Formel III, IIIa, IIIb oder IIIc
worin Rb6 H oder C₁-C₄-Alkyl und Rb8 H, OH, SH, NH₂, NHNH₂, NHOH, NHO-C₁-C₁₂-Alkyl, -N=CH-N(C₁-C₁₂-Alkyl)₂, -N=CH-N-Cycloalkyl, F, Cl, Br, C₁-C₁₂-Alkyl, Hydroxy-C₁-C₁₂-alkyl, Amino-C₁-C₁₂-alkyl, C₁-C₁₂-Alkoxy, Benzyloxy, C₁-C₁₂-Alkylthio, wobei die Hydroxyl- und Aminogruppen unsubstituiert oder mit einer Schutzgruppe substituiert sind, Phenyl, Benzyl, Primäramino mit 1 bis 20 C-Atomen, Sekundäramino mit 2 bis 30 C-Atomen, C₁-C₁₂-Alkenyl oder C₁-C₁₂-Alkinyl bedeuten, und die NH₂-Gruppe in Formel IIIb unsubstituiert oder mit C₁-C₆-Alkyl, Benzoyl oder einer Schutzgruppe substituiert ist, sowie die Dihydroderivate der Reste der Formeln III, IIIa, IIIb und IIIc. Bevorzugt stellt Rb8 in Formel III H, C₁-C₆-Alkyl oder -Hydroxyalkyl, C₂-C₆-Alkenyl oder -Alkinyl, F, Cl, Br, NH₂, Benzoylamino, Mono- oder Di-C₁-C₆-alkylamino dar. Bevorzugt stellt Rb8 in Formel IIIb und IIIc H, C₁-C₆-Alkyl oder -Alkoxy oder -Hydroxyalkyl, C₂-C₆-Alkenyl oder -Alkinyl, F, Cl, Br, NH₂, Benzoylamino, Mono- oder Di-C₁-C₆-alkylamino dar.If B in formula I represents a pyrimidine residue, it is preferably an uracil, thymine or cytosine residue of the formula III, IIIa, IIIb or IIIc
wherein R b6 H or C₁-C₄-alkyl and R b8 H, OH, SH, NH₂, NHNH₂, NHOH, NHO-C₁-C₁₂-alkyl, -N = CH-N (C₁-C₁₂-alkyl) ₂, -N = CH-N-cycloalkyl, F, Cl, Br, C₁-C₁₂-alkyl, hydroxy-C₁-C₁₂-alkyl, amino-C₁-C₁₂-alkyl, C₁-C₁₂-alkoxy, benzyloxy, C₁-C₁₂-alkylthio, where the hydroxyl and amino groups are unsubstituted or substituted by a protective group, phenyl, benzyl, primary amino having 1 to 20 carbon atoms, secondary amino having 2 to 30 carbon atoms, C₁-C₁₂ alkenyl or C₁-C₁₂ alkynyl, and the NH₂ group in formula IIIb is unsubstituted or substituted by C₁-C₆-alkyl, benzoyl or a protective group, and the dihydro derivatives of the radicals of the formulas III, IIIa, IIIb and IIIc. R b8 in formula III is preferably H, C₁-C₆ alkyl or hydroxyalkyl, C₂-C₆ alkenyl or alkynyl, F, Cl, Br, NH₂, benzoylamino, mono- or di-C₁-C₆-alkylamino. Preferred R b8 in formula IIIb and IIIc represents H, C₁-C₆-alkyl or alkoxy or -hydroxyalkyl, C₂-C₆-alkenyl or -alkynyl, F, Cl, Br, NH₂, benzoylamino, mono- or di-C₁-C₆- alkylamino.
Rb6 steht bevorzugt für H oder Methyl. Rb8 in Formel III bedeutet bevorzugt H, F, Cl, Br, NH₂, NHCH₃, N(CH₃)₂, C₁-C₄-Alkyl, C₂-C₄-Alkenyl oder C₂-C₄-Alkin-1-yl. Rb8 in Formel IIIb und IIIc stellt bevorzugt H, C₁-C₄-Alkyl, besonders Methyl, C₂-C₄-Alkenyl, besonders Vinyl oder C₂-C₄-Alkin-1-yl, besonders 1-Propin-1-yl, oder NH₂, NHCH₃ oder (CH₃)₂N dar.R b6 preferably represents H or methyl. R b8 in formula III preferably denotes H, F, Cl, Br, NH₂, NHCH₃, N (CH₃) ₂, C₁-C₄-alkyl, C₂-C₄-alkenyl or C₂-C₄-alkyn-1-yl. R b8 in formula IIIb and IIIc is preferably H, C₁-C₄-alkyl, especially methyl, C₂-C₄-alkenyl, especially vinyl or C₂-C₄-alkyn-1-yl, especially 1-propin-1-yl, or NH₂ , NHCH₃ or (CH₃) ₂N.
Einige Beispiele für Pyrimidinanaloge sind Uracil, Thymin, Cytosin, 5-Fluoruracil, 5-Chloruracil, 5-Bromuracil, Dihydrouracil, 5-Methylcytosin, 5-Propinthymin und 5-Propincytosin.Some examples of pyrimidine analogs are uracil, thymine, cytosine, 5-fluorouracil, 5-chlorouracil, 5-bromouracil, dihydrouracil, 5-methylcytosine, 5-propinthymine and 5-propynecytosine.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein Verfahren zur Herstellung von Verbindungen der Formel I,
worin R₁ und R₂ unabhängig voneinander für Wasserstoff oder eine Schutzgruppe stehen oder R₁ diese Bedeutungen hat und R₂ für einen eine phosphorhaltige Nukleotid-Brückengruppe bildenden Rest steht; B einen Purin- oder Pyrimidinrest oder ein Analoges davon bedeutet; und
- (a) R₃ einen Rest der Formel Ia bedeutet
R₅ Wasserstoff, C₁-C₁₀-Alkyl, -CH₂-O-R₆ oder einen Rest der Formel Ib; R₆ Wasserstoff, C₁-C₂₂-Alkyl, C₃-C₂₁-Alkenyl, teilweise oder vollständig mit Fluor substituiertes C₁-C₁₀-Alkyl oder -[(CH₂)₂-O]m-R₇; R₇ Wasserstoff oder C₁-C₂₁-Alkyl; n eine Zahl von 1 bis 12; und m eine Zahl von 1 bis 4 bedeuten; wobei R₄ für den Fall n=1 und R₅=Wasserstoff nicht Wasserstoff ist,
das dadurch gekennzeichnet ist, dass man eine Verbindung der Formel IVa - (b) R₃ einen Rest der Formel Ic bedeutet
- (c) R₃ einen Rest der Formel Ib bedeutet
das dadurch gekennzeichnet ist, dass man das in (b) erhaltene Epoxid in Gegenwart von H₂O und BF₃ öffnet und mit einer Verbindung der Formel X'-(CH₂)q-X' oder X'-(CH₂-CH-O)r-X', worin X' Cl, Br, I, Tosyl-O oder Mesyl-O bedeutet, zu einem neuen Ring schliesst; - (d) R₃ einen Rest der Formel Ia darstellt,
das dadurch gekennzeichnet ist, dass man das in (b) erhaltene Epoxid in Gegenwart von R₆OH und BF₃ umsetzt und gegebenenfalls die freiwerdende Hydroxylgruppe in einen Ether oder Ester überführt; - (e) R₃ einen Rest der Formel Ia darstellt,
das dadurch gekennzeichnet ist, dass man das in (b) erhaltene Epoxid in Gegenwart von BF₃ und beispielsweise NaBH₄ hydriert und gegebenenfalls die freiwerdende Hydroxylgruppe in einen Ether oder Ester überführt; - (f) R₃ einen Rest der Formel Ia darstellt,
das dadurch gekennzeichnet ist, dass man das in (b) erhaltene Epoxid mit einem entsprechenden Grignard-Reagenz umsetzt und gegebenenfalls die freiwerdende Hydroxylgruppe in einen Ether oder Ester überführt; oder - g) R₃ einen Rest der Formel Ia, Ib oder Ic bedeutet,
das dadurch gekennzeichnet ist, dass man eine Verbindung der Formel IVb
wherein R₁ and R₂ independently represent hydrogen or a protecting group or R₁ has these meanings and R₂ stands for a residue forming a phosphorus-containing nucleotide bridge group; B represents a purine or pyrimidine residue or an analog thereof; and
- (a) R₃ is a radical of the formula Ia
R₅ is hydrogen, C₁-C₁₀ alkyl, -CH₂-O-R₆ or a radical of the formula Ib; R₆ is hydrogen, C₁-C₂₂-alkyl, C₃-C₂₁-alkenyl, partially or completely fluorine-substituted C₁-C₁₀-alkyl or - [(CH₂) ₂-O] m -R₇; R₇ is hydrogen or C₁-C₂₁ alkyl; n is a number from 1 to 12; and m represents a number from 1 to 4; where R₄ is not hydrogen for the case n = 1 and R₅ = hydrogen,
which is characterized in that a compound of formula IVa - (b) R₃ is a radical of the formula Ic
- (c) R₃ is a radical of the formula Ib
which is characterized in that the epoxy obtained in (b) in the presence of H₂O and BF₃ opens and with a compound of the formula X '- (CH₂) q -X' or X '- (CH₂-CH-O) r -X', where X 'Cl, Br, I, tosyl-O or mesyl -O means closes to a new ring; - (d) R₃ represents a radical of the formula Ia,
which is characterized in that the epoxide obtained in (b) is reacted in the presence of R₆OH and BF₃ and optionally the released hydroxyl group is converted into an ether or ester; - (e) R₃ represents a radical of the formula Ia,
which is characterized in that the epoxide obtained in (b) is hydrogenated in the presence of BF₃ and, for example, NaBH₄ and optionally the released hydroxyl group is converted into an ether or ester; - (f) R₃ represents a radical of the formula Ia,
which is characterized in that the epoxide obtained in (b) is reacted with a corresponding Grignard reagent and, if appropriate, the hydroxyl group released is converted into an ether or ester; or - g) R₃ is a radical of the formula Ia, Ib or Ic,
which is characterized in that a compound of formula IVb
Verbindungen der Formel I mit R₅ gleich Wasserstoff und n=1 erhält man auch durch Umsetzen einer Verbindung der Formel IVa mit einer Verbindung der Formel X-CH₂-CO-OR, wenn man anschliessend die CO-Gruppe zu einer CH₂OH-Gruppe reduziert und diese dann alkyliert.Compounds of the formula I with R₅ equal to hydrogen and n = 1 are also obtained by reacting a compound of the formula IVa with a compound of the formula X-CH₂-CO-OR if the CO group is subsequently reduced to a CH₂OH group and this then alkylated.
Die Verbindungen der Formeln IVa und IVb, A und B sind bekannt, teilweise käuflich oder nach bekannten beziehungsweise analogen Verfahren herstellbar.The compounds of the formulas IVa and IVb, A and B are known, some are commercially available or can be prepared by known or analogous processes.
Inerte Lösungsmittel sind zum Beispiel Kohlenwasserstoffe, Halogenkohlenwasserstoffe, alkylierte Carbonsäureamide und Lactame, Ether, Nitrile wie Acetonitril, Dialkylsulfone oder -sulfoxide oder cyclische Sulfone und Sulfoxide.Inert solvents are, for example, hydrocarbons, halogenated hydrocarbons, alkylated carboxamides and lactams, ethers, nitriles such as acetonitrile, dialkyl sulfones or sulfoxides or cyclic sulfones and sulfoxides.
Die Reaktionstemperaturen bei den Verfahrensstufen (a) bis (g) liegen zwischen -50 bis 200°C, bevorzugt zwischen 0 bis 90°C.The reaction temperatures in process steps (a) to (g) are between -50 to 200 ° C, preferably between 0 to 90 ° C.
Die Umsetzungen werden vorteilhaft in Gegenwart von Basen durchgeführt, zum Beispiel Alkalimetallhydriden, -alkoholaten, -hydroxiden, -carbonaten, Trialkylaminen oder Diazabicycloundecen.The reactions are advantageously carried out in the presence of bases, for example alkali metal hydrides, alcoholates, hydroxides, carbonates, trialkylamines or diazabicycloundecene.
Die Reduktion kann zum Beispiel katalytisch oder mit Borhydriden vorgenommen werden.The reduction can be carried out, for example, catalytically or using borohydrides.
Die Isolierung der Verbindungen der Formel I und deren Reinigung erfolgt nach an sich bekannten Verfahren wie zum Beispiel Fällung oder Kristallisation und Filtration und chromatographischen Methoden.The isolation of the compounds of formula I and their purification is carried out by methods known per se, such as precipitation or crystallization and filtration, and chromatographic methods.
Aus den Verbindungen der Formel I können Oligonukleotide aufgebaut werden, die auf Grund ihrer Wechselwirkung mit Nukleinsäuren wertvolle biologische Aktivitäten aufweisen, und als pharmazeutische Wirkstoffe oder als Diagnostika verwendet werden können.Oligonucleotides can be built up from the compounds of formula I, which, because of their interaction with nucleic acids, have valuable biological activities and can be used as active pharmaceutical ingredients or as diagnostics.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist die Verwendung der Verbindungen der Formel I zur Herstellung von Oligonukleotiden, die gleiche oder verschiedene Monomereinheiten von Verbindungen der Formel I enthalten, jedoch mindestens eine Monomereinheit von Verbindungen der Formel I in Kombination mit Monomereinheiten von anderen natürlichen oder synthetischen Nukleosiden, wobei die Oligonukleotide 2 bis 200 Monomereinheiten enthalten. Bevorzugt enthalten die Oligonukleotide 2 bis 100, besonders bevorzugt 2 bis 50, und insbesondere bevorzugt 4 bis 30 Monomereinheiten. Bevorzugt sind Oligonukleotide, die gleiche oder verschiedene Monomereinheiten von Verbindungen der Formel I enthalten. Bevorzugt sind ferner Oligonukleotide, die zusätzlich Monomereinheiten von synthetischen oder natürlichen Nukleosiden enthalten, die sich von D-Ribose oder 2-Desoxyribose ableiten.The invention further relates to the use of the compounds of the formula I for the preparation of oligonucleotides which contain the same or different monomer units of compounds of the formula I, but at least one monomer unit of compounds of the formula I in combination with monomer units of other natural or synthetic nucleosides, wherein the oligonucleotides contain 2 to 200 monomer units. The oligonucleotides preferably contain 2 to 100, particularly preferably 2 to 50, and particularly preferably 4 to 30, monomer units. Oligonucleotides which contain the same or different monomer units of compounds of the formula I are preferred. Oligonucleotides which additionally contain monomer units of synthetic or natural nucleosides which are derived from D-ribose or 2-deoxyribose are also preferred.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung sind Oligonukleotide der Formel V
5'-U-(O-Y-O-V-)xO-Y-O-W-3' (V),
worin x eine Zahl von 0 bis 200 und Y eine Nukleotid-Brückengruppe bedeuten, U, V und W je für sich gleiche oder verschiedene Reste von natürlichen oder synthetischen Nukleosiden darstellen und mindestens einer der Reste U, V und/oder W einen Rest der Formel VI
bedeutet, und B und R₃ die für die Verbindungen der Formel I angegebenen Bedeutungen haben einschliesslich der Bevorzugungen und Beispiele.The invention further relates to oligonucleotides of the formula V.
5'-U- (OYOV-) x OYOW-3 '(V),
wherein x is a number from 0 to 200 and Y is a nucleotide bridge group, U, V and W each represent the same or different radicals of natural or synthetic nucleosides and at least one of the radicals U, V and / or W is a radical of the formula VI
means, and B and R₃ have the meanings given for the compounds of formula I including the preferences and examples.
Eine bevorzugte Brückengruppe Y ist die in natürlichen Oligonukleotiden vorkommende Gruppe -P(O)O⊖-. Beispiele für weitere Brückengruppen sind -P(O)S⊖-, -P(S)S⊖-, -P(O)R₁₆-, P(O)NR₁₇R₁₈, oder -CH₂-, worin R₁₆ H oder C₁-C₆-Alkyl darstellt und R₁₇ und R₁₈ unabhängig voneinander die Bedeutung von R₁₆ haben. In Formel V steht x bevorzugt für eine Zahl von 0 bis 100, besonders bevorzugt für eine Zahl von 1 bis 50 und insbesondere bevorzugt für eine Zahl von 3 bis 29. Die Reste der Formel VI können endständig oder in der Nukleotidsequenz gebunden sein, wobei alle oder mehrere, zum Beispiel 2 bis 5 Reste der Formel VI aufeinander folgen können, oder die Reste der Formel VI können zwischen Resten von natürlichen oder synthetischen Nukleosiden gebunden sein, oder es können Mischformen dieser Verteilungen in der Nukleotidsequenz vorliegen.A preferred bridging group Y is the group -P (O) O ⊖ - occurring in natural oligonucleotides. Examples of further bridging groups are -P (O) S ⊖ -, -P (S) S ⊖ -, -P (O) R₁₆-, P (O) NR₁₇R₁₈, or -CH₂-, where R₁₆ is H or C₁-C₆- Represents alkyl and R₁₇ and R₁₈ independently of one another have the meaning of R₁₆. In formula V, x preferably stands for a number from 0 to 100, particularly preferably for a number from 1 to 50 and particularly preferably for a number from 3 to 29. The radicals of the formula VI can be bound at the end or in the nucleotide sequence, all of which or several, for example 2 to 5, residues of the formula VI can follow one another, or the residues of the formula VI can be bound between residues of natural or synthetic nucleosides, or there can be mixed forms of these distributions in the nucleotide sequence.
Eine ganz besonders bevorzugte Ausführungsform sind Oligonukleotide der Formel V, worin x eine Zahl von 2 bis 50, bevorzugt 2 bis 30 darstellt, Y für die Gruppe -P(O)O⊖- steht, U, V und W je für sich gleiche oder verschiedene Reste eines natürlichen Nukleosids bedeuten und mindestens einer der Reste U, V oder W der Formel VI entspricht. Als natürliche Nukleoside kommen Adenosin, Cytidin, Guanosin, Uridin, 2-Aminoadenin, 5-Methylcytosin, 2'-Desoxyadenosin, 2'-Desoxycytidin, 2'-Desoxyguanosin und Thymidin in Frage. Als natürliche Nukleosidbasen sind besonders Adenin, Cytosin, Guanin, Thymin und Uracil zu nennen. Die Reste der Formel VI können endständig oder in der Nukleotidsequenz gebunden sein, wobei alle oder mehrere, zum Beispiel 2 bis 5 gleiche oder verschiedene Reste der Formel VI aufeinander folgen können, oder gleiche oder verschiedene Reste der Formel VI zwischen Resten von natürlichen Nukleosiden gebunden sind, oder Mischformen dieser Verteilungen in der Nukleotidsequenz vorliegen. In einer anderen bevorzugten Ausführungsform von Oligonukleotiden der Formel V entsprechen sämtliche Reste U, V und W gleichen oder verschiedenen Resten der Formel VI. Bevorzugt stellt x eine Zahl von 3 bis 29 dar und bevorzugt sind insgesamt 1 bis 12 Reste der Formel VI enthalten.A very particularly preferred embodiment is oligonucleotides of the formula V, in which x represents a number from 2 to 50, preferably 2 to 30, Y represents the group -P (O) O ⊖ -, U, V and W are each the same or mean different residues of a natural nucleoside and at least one of the residues U, V or W corresponds to formula VI. Suitable natural nucleosides are adenosine, cytidine, guanosine, uridine, 2-aminoadenine, 5-methylcytosine, 2'-deoxyadenosine, 2'-deoxycytidine, 2'-deoxyguanosine and thymidine. Adenine, cytosine, guanine, thymine and uracil are particularly worth mentioning as natural nucleoside bases. The residues of the formula VI can be bonded terminally or in the nucleotide sequence, it being possible for all or more, for example 2 to 5, identical or different residues of the formula VI to follow one another, or identical or different residues of the formula VI are bound between residues of natural nucleosides , or mixed forms of these distributions in the nucleotide sequence. In another preferred embodiment of oligonucleotides of the formula V, all radicals U, V and W correspond to the same or different radicals of the formula VI. X preferably represents a number from 3 to 29 and preferably contains a total of 1 to 12 radicals of the formula VI.
Die Herstellung der erfindungsgemässen Oligonukleotide kann in an sich bekannter Weise nach verschiedenen Verfahren in gegebenenfalls automatisierten und zusammen mit Verfahrensvorschriften käuflichen DNA-Synthesizern erfolgen. Im Falle der Brückengruppe -P(O)O⊖- kann zum Beispiel das Phosphortriesterverfahren, das Phosphittriesterverfahren oder das H-Phosphonatverfahren angewendet werden, die dem Fachmann geläufig sind. Beim Phosphittriesterverfahren kann man zum Beispiel so vorgehen, dass man die Nukleoside der Formel I, worin R₁ und R₂ je H bedeuten, mit einem Schutzgruppeure agenz, zum Beispiel 4,4'-Dimethoxytriphenylmethyl-chlorid zu einem Nukleosid der Formel D umsetzt
und die Verbindung der Formel D mit Hilfe eines "linkers", zum Beispiel Bernsteinsäureanhydrid, an ein festes Trägermaterial bindet, zum Beispiel an Controlled Pore Glass (CPG), das langkettige Alkylaminogruppen enthält. In einem separaten Verfahren wird die Hydroxylgruppe der Verbindung der Formel D derivatisiert, zum Beispiel zu einem Phosphoramidit unter Verwendung von R'OP[N(i-Propyl)₂)]₂ zu einer Verbindung der Formel E
wobei R' zum Beispiel β-Cyanoethyl darstellt.The oligonucleotides according to the invention can be prepared in a manner known per se by various methods in optionally automated DNA synthesizers which can be purchased together with procedural instructions. In the case of the bridging group -P (O) O ⊖ -, for example, the phosphortriester process, the phosphite triester process or the H-phosphonate process can be used, which are familiar to the person skilled in the art. In the phosphite triester process, for example, one can proceed in such a way that the nucleosides of the formula I, in which R₁ and R₂ each denote H, are reacted with a protective group agent, for example 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl chloride, to give a nucleoside of the formula D.
and binds the compound of formula D to a solid support material, for example to Controlled Pore Glass (CPG), which contains long-chain alkylamino groups, using a "linker", for example succinic anhydride. In a separate process, the hydroxyl group of the compound of formula D is derivatized, for example to a phosphoramidite using R'OP [N (i-propyl) ₂)] ₂ to a compound of formula E.
where R 'represents, for example, β-cyanoethyl.
Nach dem Abspalten der Schutzgruppe wie zum Beispiel der DMT-Gruppe des an den Träger gebundenen Materials koppelt man unter Abspaltung von -N(i-C₃H₇)₂ mit der Verbindung der Formel D, blockiert eventuell vorhandene freie Hydroxylgruppen (capping) und oxidiert dann das gebildete Phosphit zum Phosphat. Nach dem Entschützen des Dimeren wiederholt man den Reaktionszyklus mit einer Verbindung der Formel E, bis man ein Oligomer mit der gewünschten Anzahl an Monomereinheiten synthetisiert hat, und löst das Produkt vom Trägermaterial ab. Auf diese Weise erhält man Oligonukleotide, in denen sämtliche Reste U, V und W gemäss Formel V aus Resten der Formel VI bestehen. Auf diese Weise sind auch Oligonukleotide mit beliebigen Monomereinheiten in beliebiger Sequenz herstellbar, je nach Verwendung synthetischer, natürlicher und erfindungsgemässer Nukleosidbausteine in den einzelnen Reaktionszyklen.After splitting off the protective group, such as the DMT group of the material bound to the support, coupling -N (i-C₃H₇) ₂ is coupled with the compound of the formula D, blocking any free hydroxyl groups (capping) and then oxidizing the formed phosphite to phosphate. After deprotection of the dimer, the reaction cycle is repeated with a compound of the formula E until an oligomer with the desired number of monomer units has been synthesized, and the product is detached from the support material. In this way, oligonucleotides are obtained in which all residues U, V and W according to formula V consist of residues of formula VI. In this way it is also possible to produce oligonucleotides with any monomer units in any sequence, depending on the use of synthetic, natural and nucleoside building blocks according to the invention in the individual reaction cycles.
Die erfindungsgemässen Verbindungen der Formel I, worin R₁ und R₂ je H bedeuten, weisen antivirale und antiproliferative Eigenschaften auf und können demgemäss als Arzneimittel Verwendung finden. Die erfindungsgemässen Oligonukleotide weisen zudem eine hohe Stabilität gegenüber einem Abbau durch Nukleasen auf. Besonders überraschend ist ihre ausgezeichnete Paarung mit komplementären Nukleinsäuresträngen, vor allem vom RNA-Typ. Zusätzlich zeigen sie eine unerwartet hohe zelluläre Aufnahme. Die erfindungsgemässen Oligonukleotide eignen sich daher besonders für die Antisense-Technologie, das heisst zur Inhibition der Expression unerwünschter Proteinprodukte durch die Bindung an geeignete komplementäre Nukleotidsequenzen von mRNA (EP 266,099, WO 87/07300 und WO 89/08146). Sie können zur Behandlung von Infektionen und Krankheiten zum Beispiel durch die Blockierung der Expression von bioaktiven Proteinen auf der Stufe der Nukleinsäuren (zum Beispiel Onkogene) eingesetzt werden. Die erfindungsgemässen Oligonukleotide eignen sich auch als Diagnostika und können als Gensonden zum Nachweis von viralen Infektionen oder genetisch bedingten Krankheiten durch selektive Interaktion auf der Stufe von einzel- oder doppelsträngigen Nukleinsäuren verwendet werden ("gene probes"). Im besonderen - bedingt durch die erhöhte Stabilität gegenüber Nukleasen - ist eine diagnostische Anwendung nicht nur in vitro sondern auch in vivo (zum Beispiel Gewebeproben, Blutplasma und Blutserum) möglich. Solche Verwendungsmöglichkeiten sind zum Beispiel in der WO 91/06556 beschrieben.The compounds of formula I according to the invention, in which R₁ and R₂ each denote H, have antiviral and antiproliferative properties and can accordingly be used as medicaments. The oligonucleotides according to the invention also have a high stability against degradation by nucleases. Their excellent pairing with complementary nucleic acid strands, especially of the RNA type, is particularly surprising. In addition, they show an unexpectedly high cellular uptake. The oligonucleotides according to the invention are therefore particularly suitable for antisense technology, ie for inhibiting the expression of undesired protein products by binding to suitable complementary nucleotide sequences of mRNA (EP 266,099, WO 87/07300 and WO 89/08146). They can be used to treat infections and diseases, for example by blocking the expression of bioactive proteins at the nucleic acid level (for example oncogenes). The oligonucleotides according to the invention are also suitable as diagnostics and can be used as gene probes for the detection of viral infections or genetically caused diseases be used by selective interaction at the level of single or double stranded nucleic acids ("gene probes"). In particular - due to the increased stability towards nucleases - a diagnostic application is possible not only in vitro but also in vivo (for example tissue samples, blood plasma and blood serum). Such possible uses are described, for example, in WO 91/06556.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft die Verwendung der erfindungsgemässen Oligonukleotide als Diagnostika zum Nachweis von viralen Infektionen oder genetisch bedingten Krankheiten.Another object of the invention relates to the use of the oligonucleotides according to the invention as diagnostics for the detection of viral infections or genetically caused diseases.
Ein anderer Gegenstand der Erfindung betrifft auch die erfindungsgemassen Nukleoside der Formeln I sowie der Oligonukleotide der Formel V zur Anwendung in einem therapeutischen Verfahren zur Behandlung von Krankheiten bei Warmblütern einschliesslich des Menschen durch Inaktivierung von Nukleotidsequenzen im Körper. Die Dosierung bei Verabreichung an Warmblüter von etwa 70 kg Körpergewicht kann zum Beispiel 0,01 bis 1000 mg pro Tag betragen. Die Verabreichung erfolgt vorzugsweise in Form pharmazeutischer Präparate parenteral, zum Beispiel intravenös oder intraperitoneal.Another object of the invention also relates to the nucleosides of the formula I and the oligonucleotides of the formula V for use in a therapeutic method for the treatment of diseases in warm-blooded animals, including humans, by inactivating nucleotide sequences in the body. The dose when administered to warm-blooded animals of approximately 70 kg body weight can be, for example, 0.01 to 1000 mg per day. Administration is preferably in the form of pharmaceutical preparations parenterally, for example intravenously or intraperitoneally.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung betrifft ein pharmazeutisches Präparat, enthaltend eine wirksame Menge eines Nukleosids der Formeln I oder eines Oligonukleotids der Formeln V alleine oder zusammen mit anderen Wirkstoffen, ein pharmazeutisches Trägermaterial vorzugsweise in einer signifikanten Menge und gegebenenfalls Hilfsstoffe.The invention further relates to a pharmaceutical preparation containing an effective amount of a nucleoside of the formulas I or an oligonucleotide of the formulas V alone or together with other active ingredients, a pharmaceutical carrier material preferably in a significant amount and optionally auxiliaries.
Man kann die pharmakologisch wirksamen erfindungsgemässen Nukleoside und Oligonukleotide in Form von parenteral verabreichbaren Präparaten oder von Infusionslösungen verwenden. Solche Lösungen sind vorzugsweise isotonische wässrige Lösungen oder Suspensionen, wobei diese zum Beispiel bei lyophilisierten Präparaten, welche die Wirksubstanz allein oder zusammen mit einem Trägermaterial, zum Beispiel Mannit, enthalten, vor Gebrauch hergestellt werden können. Die pharmazeutischen Präparate können sterilisiert sein und/oder Hilfsstoffe, zum Beispiel Konservier- Stabilisier-, Netz- und/oder Emulgiermittel, Löslichkeitsvermittler, Salze zur Regulierung des osmotischen Drucks und/oder Puffer enthalten. Die pharmazeutischen Präparate, die gewünschtenfalls weitere pharmakologisch wirksame Stoffe wie zum Beispiel Antibiotka enthalten können, werden in an sich bekannter Weise, zum Beispiel mittels konventioneller Lösungs- oder Lyophilisierungsverfahren, hergestellt, und enthalten etwa 0,1 % bis 90 %, insbesondere von etwa 0,5 % bis etwa 30 %, zum Beispiel 1 % bis 5 % Aktivstoff(e).The pharmacologically active nucleosides and oligonucleotides according to the invention can be used in the form of parenterally administrable preparations or infusion solutions. Such solutions are preferably isotonic aqueous solutions or suspensions, these being able to be prepared before use, for example in the case of lyophilized preparations which contain the active substance alone or together with a carrier material, for example mannitol. The pharmaceutical preparations can be sterilized and / or contain auxiliaries, for example preservatives, stabilizers, wetting agents and / or emulsifiers, solubilizers, salts for regulating the osmotic pressure and / or buffers. The pharmaceutical preparations, which, if desired, can contain further pharmacologically active substances such as, for example, antibiotics, are produced in a manner known per se, for example by means of conventional solution or lyophilization processes, and contain about 0.1% to 90%, in particular about 0 , 5% to about 30%, for example 1% to 5% active substance (s).
Die nachfolgenden Beispiele erläutern die Erfindung. Den ¹H-NMR-Spektren liegt die Nummerierung der Kohlenstoffatome in den folgenden cyclischen Kohlenstoffgerüsten zu Grunde:The following examples illustrate the invention. The 1 H-NMR spectra are based on the numbering of the carbon atoms in the following cyclic carbon skeletons:
Verwendete Abkürzungen im Text und in den Formeln:
- DMF
- Dimethylformamid
- ClBnCl₂
- 2,4-Dichlorbenzylchlorid
- Bn
- Benzyl
- Ac
- Acetyl
- φ
- Phenyl
- BSA
- N,N-Bistrimethylsilylacetamid
- DBU
- Diazabicyclo[5.4.0]undec-7-en
- BOM-Cl
- Benzyloxymethylchlorid
- DMTCl
- 4,4'-Dimethoxytritylchlorid
- THF
- Tetrahydrofuran
- DMF
- Dimethylformamide
- ClBnCl₂
- 2,4-dichlorobenzyl chloride
- Bn
- Benzyl
- Ac
- Acetyl
- φ
- Phenyl
- BSA
- N, N-bistrimethylsilylacetamide
- DBU
- Diazabicyclo [5.4.0] undec-7-ene
- BOM-Cl
- Benzyloxymethyl chloride
- DMTCl
- 4,4'-dimethoxytrityl chloride
- THF
- Tetrahydrofuran
Zu einer Vorlage von 13,5 g NaH in 130 ml DMF werden bei 60°C 28,0 g 1-Methylribose zugetropft. Nach Ende der H₂-Entwicklung werden 110,0 g ClBnCl₂ zugetropft. Das Reaktionsgemisch wird 16 Stunden bei 25°C weitergerührt. Um noch vorhandenes NaH zu zerstören tropft man vorsichtig Methanol zu und giesst das Reaktions-gemisch dann auf Eis/Wasser. Der klumpige Niederschlag wird abfiltriert und mit Acetonitril gut nachgewaschen. Man erhält die Verbindung (A1).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): Das H-C(1)-Proton erscheint bei 5,0 ppm als Singulett.
MS: 638 (M⁺)1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): The HC (1) proton appears as a singlet at 5.0 ppm.
MS: 638 (M⁺)
65,9 g des in Beispiel A1 hergestellten Produktes werden in 600 ml Methylenchlorid gelöst und auf 0°C gekühlt. Dann tropft man 121 ml SnCl₄ in 800 ml Methylenchlorid zu und lässt bei 3°C stehen. Nach 26 Stunden werden nochmals 2 ml SnCl₄ zugegeben. Nach total 35 Stunden wird die Reaktionslösung vorsichtig auf 700 ml einer gesättigten NaHCO₃-Lösung gegossen. Nach Verdünnung mit 400 ml Methylenchlorid wird der Sn-haltige Niederschlag abfiltriert. Die organische Phase des Filtrats wird mit MgSO₄ getrocknet und zur Verbindung (A2) eingedampft.
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): Das H-C(1)-Proton erscheint bei 4,90 ppm als Doublett mit J=5 Hz.1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): The H-C (1) proton appears at 4.90 ppm as a doublet with J = 5 Hz.
125,9 g des in Beispiel A2 erhaltenen Produktes werden in 1 l Pyridin gelöst. Bei 20°C werden 25,5 g Acetanhydrid und 1 g 4-Dimethylaminopyridin zugegeben. Anschliessend wird 17 Stunden gerührt. Das Reaktionsgemisch wird in 1 l Wasser aufgenommen, mit konzentrierter Salzsäure angesäuert und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der Extrakt wird mit MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Schliesslich wird der Rückstand mit Hexan zur Kristallisation gebracht. Man erhält die Verbindung (A3).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 5,15 [d, J=4,5 Hz,H-C(1)]; 3,50 (s,OCH₃); 2,17 (s, OCOCH₃);
MS: 522 (M⁺)
[α]Na(D)=87,4±1,0°, CHCl₃ (0,998%)1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 5.15 [d, J = 4.5 Hz, H -C (1)]; 3.50 (s, OC H ₃); 2.17 (s, OCOC H ₃);
MS: 522 (M⁺)
[α] Na (D) = 87.4 ± 1.0 °, CHCl₃ (0.998%)
24 g Thymin werden in 100 ml 1,2-Dichlorethan aufgeschlämmt. Nach Zugabe von 116,4 g BSA wird unter Rückfluss erhitzt bis eine klare Lösung entsteht. Danach wird auf 50°C abgekühlt und es werden 50 g des in Beispiel A3 hergestellten Produktes sowie 27,5 g Trifluormethansulfonsäuretrimethylsilylester zugegeben. Es wird während 20 Stunden bei 70°C gerührt und anschliessend auf 300 ml NaHCO₃-Lösung gegossen und gerührt. Nach Extraktion mit Dichlorethan wird mit MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Schliesslich wird der Rückstand mit Methanol zur Kristallisation gebracht. Man erhält die Verbindung (A4).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 8,25 (s, NH; 6,10 [d, J=4,5 Hz, H-C(1')]; 2,13 (s,OCOCH₃); 1,66 (s,CH₃)
MS: 616 (M⁺)1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 8.25 (s, N H ; 6.10 [d, J = 4.5 Hz, H -C (1 ')]; 2.13 (s, OCOC H ₃ ); 1.66 (s, C H ₃)
MS: 616 (M⁺)
85 g des in Beispiel A4 hergestellten Produktes werden in 850 ml Acetonitril suspendiert. Es werden bei Raumtemperatur 24,2 g DBU und 24,9 g BOM-Cl zugetropft. Nach 20 Stunden Rühren wird das Reaktionsgemisch auf Wasser gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der Extrakt wird mit MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Man erhält die Verbindung (A5).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 6,05 [d, J=4,5 Hz, H-C(1')]; 5,5 (AB, CH₂); 5,37 [dd, H-C(2')]; 2,13 (s, OCOCH₃); 1,55 (s, CH₃)
MS: 736 (M⁺)1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 6.05 [d, J = 4.5 Hz, H -C (1 ')]; 5.5 (AB, C H₂ ); 5.37 [dd, HC (2 ')]; 2.13 (s, OCOC H ₃); 1.55 (s, C H ₃)
MS: 736 (M⁺)
106 g des in Beispiel A5 hergestellten Produktes werden in 1 l THF suspendiert. Es werden 26 g einer 30 %igen NaOCH₃/CH₃OH-Lösung zugetropft. Nach 2,5 Stunden Rühren wird die Reaktionslösung auf Wasser gegossen, mit gesättigter wässriger Kochsalzlösung versetzt und mit Essigsäureethylester extrahiert. Nach Trocknung mit MgSO₄ wird der Extrakt eingedampft. Man erhält die Verbindung (A6).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 5,93 [d, J=5 Hz, H-C(1')]; 5,5 (AB, CH₂); 3,03 (d, J=6,5 Hz, OH); 1,72 (s, CH₃)
MS: 694 (M⁺)1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 5.93 [d, J = 5 Hz, H -C (1 ')]; 5.5 (AB, C H₂ ); 3.03 (d, J = 6.5 Hz, O H ); 1.72 (s, C H ₃)
MS: 694 (M⁺)
20,3 g des in Beispiel A6 erhaltenen Produktes werden in 200 ml THF gelöst. Nach Zugabe von 0,73 g NaH wird 30 min gekocht. Anschliessend werden 2,89 g 2-Chlorethylmethylether zugegeben und es wird 24 Stunden weitergekocht. Anschliessend werden nochmals 0,5 g NaH und 1,7 g 2-Chlorethylmethylether zugegeben und weitergekocht. Nach insgesamt 32 Stunden wird das Reaktionsgemisch auf Wasser gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der Extrakt wird mit MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Der Rückstand wird an Kieselgel mit Toluol/Essigsäureethylester (4:1) chromatographiert. Man erhält die Verbindung (A7).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 7,65 [s, H-C(6)]; 5,93 [s,H-C(1')]; 5,5 (s, CH₂); 3,33 (s, OCH₃); 1,6 (s, CH₃).
MS: 752 (M⁺).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 7.65 [s, H -C (6)]; 5.93 [s, H -C (1 ')]; 5.5 (s, C H₂ ); 3.33 (s, OC H ₃); 1.6 (s, C H ₃).
MS: 752 (M⁺).
79,4 g des in Beispiel A6 erhaltenen Produktes werden in 800 ml THF gelöst. Nach Zugabe von 3,3 g NaH wird kurz aufgekocht und anschliessend werden bei 40°C 21 g Bromessigsäuremethylester zugetropft. Das Reaktionsgemisch wird insgesamt 27 Stunden bei 60°C gerührt, wobei nach 16 Stunden und nach 20 Stunden je 1 g NaH und 2 ml Bromessigsäuremethylester zugegeben werden. Schliesslich wird das Reaktionsgemisch auf Wasser gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der Extrakt wird mit MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Dabei erhält man die Verbindung (A8).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 7,70 [s, H-C(6)]; 5,92 [s, H-C(1')]; 5,48 (AB, CH₂); 3,75 (s, OCH₃); 1,58 (s, CH₃).
MS: 766 (M⁺).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 7.70 [s, H -C (6)]; 5.92 [s, H -C (1 ')]; 5.48 (AB, C H₂ ); 3.75 (s, OC H ₃); 1.58 (s, C H ₃).
MS: 766 (M⁺).
-
a) 37 g des gemäss Beispiel A8 gewonnenen Produktes werden in 400 ml THF gelöst. Man gibt bei 20°C portionsweise 1,5 g LiBH₄ zu und rührt 1 Stunde lang. Danach giesst man das Reaktionsgemisch vorsichtig auf 500 ml Wasser und neutralisiert mit 32 ml 2 N wässriger Salzsäure. Nach Extraktion mit Essigsäureethylester und Eindampfen erhält man die Verbindung (A9).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 7,65 [s,H-C(6)]; 5,96 [s,H-C(1')]; 5,50 (AB, CH₂); 2,57 (breites s, OH); 1,60 (s, CH₃).
MS: 738 (M⁺). a) 37 g of the product obtained according to Example A8 are dissolved in 400 ml of THF. 1.5 g of LiBH₄ are added in portions at 20 ° C. and the mixture is stirred for 1 hour. The reaction mixture is then carefully poured onto 500 ml of water and neutralized with 32 ml of 2N aqueous hydrochloric acid. After extraction with ethyl acetate and evaporation, compound (A9) is obtained.
1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 7.65 [s, H -C (6)]; 5.96 [s, H -C (1 ')]; 5.50 (AB, C H₂ ); 2.57 (broad s, O H ); 1.60 (s, C H ₃).
MS: 738 (M⁺). - b) Die Verbindung (A9) wird mit CH₃J in Gegenwart von NaH in THF bei 70°C methyliert. Nach 8 Stunden wird wie in Beispiel A7 beschrieben aufgearbeitet. Man erhält die Verbindung (A7).b) The compound (A9) is methylated with CH₃J in the presence of NaH in THF at 70 ° C. After 8 hours the mixture is worked up as described in Example A7. Compound (A7) is obtained.
20,0 g des in Beispiel A7 hergestellten Produktes werden in 200 ml THF gelöst und über 2 g Pd/C (5%) bei 25°C und unter Normaldruck 4,5 Stunden hydriert (H₂-Aufnahme 102 %). Nach Filtration und Eindampfen des Filtrats wird der Rückstand in 170 ml Methanol gelöst und mit einer 30%igen NaOCH₃/CH₃OH-Lösung auf einen pH-Wert von 11 eingestellt. Nach 24 Stunden giesst man auf 250 ml Wasser, säuert mit 2 N wässriger Salzsäure an und extrahiert mit Essigsäureethylester. Der Extrakt wird mit MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Man erhält die Verbindung (A10).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 8,75 (s, NH); 7,65 [s, H-C(6)]; 5,97 [s, H-C(1')]; 3,33 (s, OCH₃); 1,60 (s, CH₃).
MS: 632 (M⁺).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 8.75 (s, N H ); 7.65 [s, H -C (6)]; 5.97 [s, H -C (1 ')]; 3.33 (s, OC H ₃); 1.60 (s, C H ₃).
MS: 632 (M⁺).
15 g des in Beispiel A10 hergestellten Produktes werden in 250 ml Methanol in Gegenwart von 9,25 g wasserfreiem Natriumacetat über 5 g Pd/C (5%) bei 50°C und unter Normaldruck hydriert. Nach 46 Stunden wird das Hydriergemisch filtriert und eingedampft. Der Rückstand wird zur Entfernung von Salzen über eine kleine Fritte mit Kieselgel chromatographiert (Essigsäureethylester/Methanol 9:1). Man erhält die Verbindung (A11).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 11,5 (s, NH); 7,95 [s, H-C(6)]; 6,00 [d, J=6 Hz, H-C(1')]; 5,33 (breites s, OH); 5,20 (d, OH); 3.32 (s, OCH₃); 1,92 (s, CH₃).
MS: 316 (M⁺).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 11.5 (s, N H ); 7.95 [s, H -C (6)]; 6.00 [d, J = 6 Hz, H -C (1 ')]; 5.33 (broad s, O H ); 5.20 (d, O H ); 3.32 (s, OC H ₃); 1.92 (s, C H ₃).
MS: 316 (M⁺).
0,45 g des in Beispiel A11 hergestellten Produktes werden zweimal in Pyridin aufgenommen und eingedampft. Man nimmt erneut in 18 ml Pyridin auf und gibt nun der Reihe nach zu: 0,2 g Triethylamin, 0,55 g DMTCl und 25 mg 4-Dimethylamino-pyridin. Nach 16 Stunden Rühren bei Raumtemperatur wird das Reaktionsgemisch mit 50 ml Essigsäureethylester verdünnt und auf 50 ml Wasser gegossen. Die organische Phase wird mit MgSO₄ getrocknet und eingeengt. Den Rückstand chromatographiert man über Kieselgel (Hexan/Essigsäureethylester/Triethylamin 86:10:4). Man erhält die Verbindung (A12).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 7,62 [s, H-C(6)]; 6,02 [d, J=4 Hz,H-C(1')]; 3.38 (s, OCH₃); 1,36 (s, CH₃).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 7.62 [s, H -C (6)]; 6.02 [d, J = 4 Hz, H -C (1 ')]; 3:38 (s, OC H ₃); 1.36 (s, C H ₃).
330 mg des in Beispiel A12 erhaltenen Produktes werden zu einer Vorlage aus 110 mg Diisopropylammoniumtetrazolid, 178 mg 2-Cyanoethyl-N,N,N',N'-tetraisopropylphosphordiamidit und 6 ml Methylenchlorid gegeben. Das Reaktionsgemisch wird 17 Stunden bei Raumtemperatur gerührt und danach auf eine gesättigte wässrige NaHCO₃-Lösung gegossen. Die organische Phase wird mit MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Den Rückstand chromatographiert man über Kieselgel (Ethanol/Essigsäureethylester 4:1 mit 1 % Zusatz von Triethylamin). Der erhaltenen Schaum wird in 1 ml Methyl-t-butylether gelöst und bei 0°C in Pentan getropft. Man erhält die Verbindung (A13) (Diastereoisomere, 1:1).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 7,70 [s, H-C(6)] und 7,63 [s, H-C(6)]; 6,08 [d, J=4 Hz, H-C(1)]; 6,02 [d, J=4 Hz, H-C(1')].1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 7.70 [s, H -C (6)] and 7.63 [s, H -C (6)]; 6.08 [d, J = 4 Hz, H -C (1)]; 6.02 [d, J = 4 Hz, H -C (1 ')].
24,2 g des in Beispiel A2 erhaltenen Produktes werden in 250 ml THF gelöst. Es werden 8,76 g Bromessigsäuremethylester und 1,38 g NaH zugegeben, und nun rührt man das Reaktionsgemisch 3,5 Stunden bei 60°C. Nach erneuter Zugabe von 0,14 g NaH und 0,53 ml Bromessigsäuremethylester wird weiter 3 Stunden bei 60°C gerührt. Danach giesst man die Suspension auf 300 ml Wasser, neutralisiert mit 2 N wässriger Salzsäure und extrahiert mit Essigsäureethylester. Der Extrakt wird über MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Man erhält die Verbindung (A14).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 5,05 [d, J=4 Hz, H-C(1')]; 3,50 [s, OCH₃] und 3,75 [s, OCH₃].
MS: 552 (M⁺).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 5.05 [d, J = 4 Hz, H -C (1 ')]; 3.50 [s, OC H ₃] and 3.75 [s, OC H ₃].
MS: 552 (M⁺).
5,0 g des in Beispiel A14 erhaltenen Produktes werden in 60 ml Acetonitril gelöst. Nun gibt man 4,88 g bisilyliertes Thymin zu und tropft unter Rühren bei 60°C 2,6 g Trifluormethansulfonsäuretrimethylsilylester ein. Nach 3,5 Stunden Rühren wird die Reaktionslösung abgekühlt, auf eine gesättigte wässrige NaHCO₃-Lösung gegossen und verrührt. Nun wird mit Essigsäureethylester extrahiert, die organische Phase mit MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Der Rückstand wird über Kieselgel chromatographiert (Toluol/Essigsäureethylester 1:1). Man erhält die Verbindung (A15).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 8,36 (s, NH); 7,70 [s, H-C(6)]; 5,94 [d, J=1,5Hz, H-C(1')]; 3,73 (s, OCH₃); 1,58 [s, CH₃].
MS: 646 (M⁺).
b) Die Umsetzung mit Benzyloxymethylchlorid ergibt die Verbindung (A8).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 8.36 (s, N H ); 7.70 [s, H -C (6)]; 5.94 [d, J = 1.5 Hz, H -C (1 ')]; 3.73 (s, OC H ₃); 1.58 [s, C H ₃].
MS: 646 (M⁺).
b) The reaction with benzyloxymethyl chloride gives compound (A8).
Analog der vorstehenden Arbeitsvorschriften werden weitere 2'-OH-Modifikationen vorgenommen und in Tabelle 1 aufgeführt.
5,0 g des in Beispiel A6 hergestellten Produktes werden in 50 ml THF gelöst. Nach Zugabe von 0,21 g NaH wird das Reaktionsgemisch während 45 Minuten auf 60°C erwärmt, dann mit 1,57 g Diethylenglykol-chlorethyl-methylether versetzt und schliesslich total 54 Stunden bei 60°C weitergerührt. Nach der 8. und 42. Stunde gibt man erneut 0,05 g NaH und 0,4 g des Diethylenglykol-chlorethyl-methylethers zu. Nach dem Abkühlen des Gemisches wird auf Wasser gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Nach Trocknen über MgSO₄ und Eindampfen des Extraktes erhält man die Verbindung (A17), welche noch an Kieselgel mit Hexan/Essigsäureethylester (1:1) chromatographiert wird.
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 1,60(s, CH₃); 3,33 (s, OCH₃); 5,47 (AB, CH₂); 5,93 [d, H-C(1')]; 7,65 [s, H-C(6)].
MS: 840 (M⁻).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.60 (s, C H ₃); 3.33 (s, OC H ₃); 5.47 (AB, C H₂ ); 5.93 [d, H -C (1 ')]; 7.65 [s, H -C (6)].
MS: 840 (M⁻).
3,2 g des in Beispiel A17 hergestellten Produktes wird in 35 ml Tetrahydrofuran über 0,6 g Pd/C (5%) bei Normaldruck und 22°C hydriert. Nach 1 Stunde (H₂-Aufnahme: 96%) wird das Hydriergemisch klarfiltriert und eingedampft. Der Rückstand wird in 30 ml Methanol gelöst und mit 3,5 ml einer 30%igen Lösung von NaOCH₃ in Methanol versetzt. Nach 24 Stunden Rühren bei 20°C wird die Reaktionslösung auf Wasser gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Nach Trocknen über MgSO₄ und Eindampfen des Extraktes erhält man die Verbindung (A18).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 1,60 (s, CH₃); 3,55 (s, OCH₃); 5,96 [d, J=2 Hz, H-C(1')]; 7,62 [s, H-C(6)]; 8,96 (s, NH).
MS: 720/722/724 (M⁺).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.60 (s, C H ₃); 3.55 (s, OC H ₃); 5.96 [d, J = 2 Hz, H -C (1 ')]; 7.62 [s, H -C (6)]; 8.96 (s, NH ).
MS: 720/722/724 (M⁺).
2,3 g des in Beispiel A18 hergestellten Produktes werden in 75 ml Methanol gelöst und unter Zugabe von 1,15 g Natriumacetat und 1,0 g Pd/C (5%) bei 35°C hydriert. Nach 43 Stunden wird der Katalysator abfiltriert und das Filtrat eingeengt. Der Rückstand wird zur Entfernung von Salzen mit Essigsäureethylester/Methanol (4:1) über Kieselgel filtriert. Man erhält die Verbindung (A19).
¹H-NMR [250 MHz, Methanol (D₄)]: 1,72 (s, CH₃); 3,22 (s, OCH₃); 5,80 [d, J=5Hz,H-C(1')]; 7,78 [s, H-C(6)].
MS: 404 (M).1 H-NMR [250 MHz, methanol (D₄)]: 1.72 (s, C H ₃); 3.22 (s, OC H ₃); 5.80 [d, J = 5Hz, HC (1 ')]; 7.78 [s, H -C (6)].
MS: 404 (M).
400 mg des in Beispiel A19 hergestellten Produktes werden in 8 ml absolutem Pyridin gelöst. Bei 20°C gibt man 0.34 g DMTCl zu und rührt 20 Stunden lang. Dann wird mit 30 ml Methylenchlorid verdünnt und auf Wasser gegossen. Die organische Phase wird ein zweitesmal mit Wasser gewaschen und anschliessend getrocknet (MgSO₄) und eingedampft. Der Rückstand wird an Kieselgel mit Essigsäureethylester/Triethylamin (97:3) chromatographiert. Man erhält die Verbindung (A20).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃; alle Signale sind breit): 1,40 (s, CH₃); 3,35 (s, OCH₃); 3,70 (s, 2 x OCH₃); 6,02 (s, H-C(1'); 7,66 [s, H-C(6)].
MS: 705 (M-H).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃; all signals are broad): 1.40 (s, C H ₃); 3.35 (s, OC H ₃); 3.70 (s, 2 x OC H ₃); 6.02 (s, HC (1 '); 7.66 [s, H -C (6)].
MS: 705 (MH).
Zur Vorlage von 0,12 g Diisopropylammoniumtetrazolid und 0,20 g Cyanoethyltetraisopropylphosphoramidit in 2,5 ml absolutem Methylenchlorid werden 0,39 g des in Beispiel A20 hergestellten Produktes in 2,5 ml Methylenchlorid zugetropft. Nach 28 Stunden Rühren bei 20°C wird die Reaktionslösung auf eine gesättigte wässrige NaHCO₃-Lösung gegossen und mit Methylenchlorid extrahiert. Der eingedampfte Rückstand wird an Kieselgel mit Essigsäureethylester/Triethylamin (97:3) chromatographiert. Man erhält die Verbindung (A21).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): Die Protonen von H-C(1') erscheinen als Doublett bei 6,02 und 6,07 ppm.
³¹P-NMR (CDCl₃): 149,95 und 149,88 ppm1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): The protons of HC (1 ') appear as doublets at 6.02 and 6.07 ppm.
31 P NMR (CDCl3): 149.95 and 149.88 ppm
21,4 g Uracil werden in 250 ml Dichlorethan suspendiert. Nach Zugabe von 116 g BSA wird auf 80° erwärmt. Nach 30 Minuten tritt Lösung ein. Man kühlt auf 40°C ab und gibt 50,0 g des in Beispiel A3 hergestellten Produktes, gelöst in 350 ml Dichlorethan, sowie 27,4 g SnCl₄ zu. Anschliessend wird die Lösung 5 Stunden auf 80°C gehalten. Nach dem Abkühlen wird auf gesättigte NaHCO₃-Lösung gegossen, die entstehende, 2-phasige Suspension filtriert und die organische Phase abgetrennt. Die wässrige Phase wird nochmals mit CH₂Cl₂ exträhiert. Die gesammelten Extrakte werden über MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Der Rückstand wird in Acetonitril digeriert. Man erhält die Verbindung (A22).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 2.22 (s, OAc), 5.35 (t, H-C(2')), 6,07 (d, J=4 Hz, H-C(1')), 5.53 und 7.23 (je d, J=8 Hz, H-C(5) und H-C(6)), 8.57 (s, NH).
MS: 602NMR (250 MHz, CDCl₃): 2.22 (s, OAc), 5.35 (t, HC (2 ')), 6.07 (d, J = 4 Hz, HC (1')), 5.53 and 7.23 (each , J = 8 Hz, HC (5) and HC (6)), 8.57 (s, NH).
MS: 602
Zur Vorlage von 60 ml THF und 1,47 g NaH (100 %) werden bei 60°C 35,6 g des in Beispiel A4 hergestellten Produktes, in 300 ml THF gelöst, gegeben und 1 Stunde weiter erwärmt. Dann werden 14,0 g R-(-)Glycidyltosylat portionenweise eingetragen. Nach 2,5 Stunden werden erneut 0,1 g NaH zugegeben. Nach 4 Stunden Erwärmen wird abgekühlt, auf Eis gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der eingedampfte Extrakt wird chromatographiert (Kieselgel, Toluol/Essigsäureethylester 9:1). Man erhält Verbindung (A23).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.59 (s, CH₃), 5.48 (AB, CH₂), 5.92 (s, 1,5 Hz, H-C(1')), 7.62 (s, H-C(6)).
FAB-MS: 751 (M+H)NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.59 (s, CH₃), 5.48 (AB, CH₂), 5.92 (s, 1.5 Hz, HC (1 ')), 7.62 (s, HC (6)).
FAB-MS: 751 (M + H)
5,1 g des in Beispiel A23 hergestellten Produktes und 4,93 g 1-Hexadecanol werden in 50 ml CH₂Cl₂ gelöst. Dazu werden 0,96 g Bortrifluoriddiethyletherat (d = 1,13 g/ml) zugegeben. Diese Lösung wird 19 Stunden bei Raumtemperatur gerührt, dann auf H₂O gegossen und mit CH₂Cl₂ extrahiert. Der eingedampfte Extrakt wird über Kieselgel chromatographiert (Essigsäureethylester/Hexan 1:1). Man erhält die Verbindung (A24).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.60 (s, CH₃), 5.47 (AB, CH₂), 5.93 (d, J=1,5 Hz, H-C(1')), 7,63 (s, H-C(6)).
FAB-MS: 1027 (M+Cl)⁻NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.60 (s, CH₃), 5.47 (AB, CH₂), 5.93 (d, J = 1.5 Hz, HC (1 ')), 7.63 (s, HC (6) ).
FAB-MS: 1027 (M + Cl) ⁻
3,45 g des in Beispiel A24 hergestellten Produktes werden in 35 ml THF mit 0,15 g NaH (100 %) 45 Minuten auf 60°C erwärmt. Dann werden 0,63 g MeI zugegeben und 1,5 Stunden weiter erwärmt. Nach dem Abkühlen wird das Reaktionsgemisch auf Wasser gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der eingedampfte Rückstand wird in Toluol über eine kurze Kieselgel-Säule filtriert. Man erhält die Verbindung (A25).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.59 (s, CH₃), 5.45 (AB, CH₂), 5.93 (d, J=1,5 Hz, H-C(1')), 7.63 (s, H-C(6)).
MS (DCl): 1024 (M+NH₄)⁺NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.59 (s, CH₃), 5.45 (AB, CH₂), 5.93 (d, J = 1.5 Hz, HC (1 ')), 7.63 (s, HC (6)).
MS (DCl): 1024 (M + NH₄) ⁺
3,3 g des in Beispiel A25 hergestellten Produktes werden in 70 ml THF über 0,7 g Pd/C hydriert (33 Stunden, H₂-Aufnahme 104 %). Das Reaktionsgemisch wird filtriert und eingedampft. Der Rückstand wird in 10 ml THF und 10 ml Methanol gelöst und mit NaOCH₃/HOCH₃-Lösung (30 %) versetzt. Nach 24 Stunden Rühren bei Raumtemperatur wird ca. bis zur Hälfte des Volumens eingeengt, dann auf Wasser gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der eingedampfte Extrakt wird über Kieselgel chromatographiert (Essigsäureethylester/Toluol 1:2). Man erhält die Verbindung (A26).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.62 (s, CH₃), 3.40 (s, OCH₃), 5.98 (d, J=2 Hz, H-C(1')), 7.62 (s, H-C(6)), 8.57 (s, NH).
MS (DCl): 886NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.62 (s, CH₃), 3.40 (s, OCH₃), 5.98 (d, J = 2 Hz, HC (1 ')), 7.62 (s, HC (6)), 8.57 ( s, NH).
MS (DCl): 886
1,21 g des in Beispiel A26 hergestellten Produktes werden mit 50 ml Methanol und 5 ml Toluol über 0,2 g Pd/C (10%) und 0,258 g MgO hydriert (2 Stunden, H₂-Aufnahme 220 ml). Das Reaktionsgemisch wird filtriert, eingedampft und über Kieselgel filtriert (Entfernung von Mg-Salzen). Man erhält die Verbindung (A27).
NMR (250 MHz, DMSO-D₆): 1.72 (s, CH₃), 5.05 (d, OH), 5.18 (t, OH), 5.84 (d, J=6 Hz, H-C(1')), 7.77 (s, H-C(6)).
FAB-MS: 569 (M-H).NMR (250 MHz, DMSO-D₆): 1.72 (s, CH₃), 5.05 (d, OH), 5.18 (t, OH), 5.84 (d, J = 6 Hz, HC (1 ')), 7.77 (s , HC (6)).
FAB-MS: 569 (MH).
0,83 g des in Beispiel A28 hergestellten Produktes werden in 50 ml Pyridin gelöst und eingedampft. Der Rückstand wird mit 8 ml Pyridin und 0,6 g DMT-Chlorid versetzt und 44 Stunden bei Raumtemperatur gerührt. Die Lösung wird auf H₂O gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der eingedampfte Rückstand wird über Kieselgel chromatographiert (Toluol/Essigsäureethylester 1:1 + 1 % NEt₃-Zusatz). Man erhält die Verbindung (A28).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.35 (s, CH₃), 3.47 (s, OCH₃), 3.80 (s, OCH₃), 6.03(d, J=4 Hz, H-C(1')), 7.64 (s, H-C(6)), 8.20 (s, NH).
FAB-MS: 873 (M+H).NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.35 (s, CH₃), 3.47 (s, OCH₃), 3.80 (s, OCH₃), 6.03 (d, J = 4 Hz, HC (1 ')), 7.64 (s, HC (6)), 8.20 (s, NH).
FAB-MS: 873 (M + H).
0,95 g des in Beispiel A28 hergestellten Produktes werden mit 10 ml CH₂Cl₂, 0,245 g Diisopropylammoniumtetrazolid und 0,39 g Cyanethyltetraisopropylphosphordiamidit versetzt. Nach 3 Tagen Rühren bei Raumtemperatur wird das Reaktionsgemisch auf gesättigte NaHCO₃-Lösung gegossen und mit CH₂Cl₂ extrahiert. Der eingedampfte Rückstand wird über Kieselgel chromatographiert (Toluol/Essigsäureethylester 2:1 + 1 % NEt₃-Zusatz). Man erhält die Verbindung (A29).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 5.97 und 6.05 (je d, J=4 Hz, je H-C(1)), 7.62 und 7.70 (je s, je H-C(6)).
P-NMR (250 MHz, CDCl₃): 150,012 und 150,102.
FAB-MS: 1071 (M-H).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 5.97 and 6.05 (each d, J = 4 Hz, each HC (1)), 7.62 and 7.70 (each s, each HC (6)).
P-NMR (250 MHz, CDCl₃): 150.012 and 150.102.
FAB-MS: 1071 (MH).
15,6 g Hypoxanthin und 46,6 g BSA werden in 300 ml Dichlorethan unter Rückfluss erhitzt. Nach 30 Minuten tritt Lösung ein. Es werden 30,0 g des in Beispiel A3 hergestellten Produktes sowie 16,5 g TMS-Triflat zugegeben und weitere 16 Stunden gekocht. Nach dem Abkühlen wird das Reaktionsgemisch auf gesättigte NaHCO₃-Lösung gegossen und die entstehende Suspension filtriert. Das Filtrat wird mit CH₂Cl₂ extrahiert. Die organische Phase wird über MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Der Rückstand wird chromatographiert (Methanol/Essigsäureethylester 1:1). Man erhält die Verbindung (A30).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 6.22 (d, 3 Hz, H-C(1')), 8.14 und 8.37 (je s, H-C(2) und H-C(8)).
FAB-MS: 625 M-H1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 6.22 (d, 3 Hz, HC (1 ')), 8.14 and 8.37 (each s, HC (2) and HC (8)).
FAB-MS: 625 MH
3,8 g des in Beispiel A30 hergestellten Produktes werden in 150 ml CH₂Cl₂ vorgelegt. Unter Kochen wird dazu ein Gemisch aus 4,8 ml SOCl₂ und 2,4 ml DMF getropft. Nach 3 Stunden Weiterkochen werden erneut 1,2 ml SOCl₂ und 0,6 ml DMF zugegeben. Nach insgesamt 5,5 Stunden Kochen wird das Reaktionsgemisch auf eine gesättigte NaHCO₃-Lösung eingetragen. Nach 20 Minuten Rühren wird mit CH₂Cl₂ extrahiert. Der Extrakt wird über MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Man erhält die Verbindung (A31).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 5.83 (dd, H-C(2')), 6.33 (d, J=3 Hz, H-C(1')), 8.47 und 8.73 (je s, H-C(2) und H-C(8)).
MS: 664NMR (250 MHz, CDCl₃): 5.83 (dd, HC (2 ')), 6.33 (d, J = 3 Hz, HC (1')), 8.47 and 8.73 (each s, HC (2) and HC (8 )).
MS: 664
30,4 g des in Beispiel A31 hergestellten Produktes werden in 200 ml Methanol und 100 ml THF gelöst. Dazu werden 16,9 g 30%-ige NaOMe/Methanol getropft. Nach 3 Stunden Rühren wird auf H₂O gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der Extrakt wird über MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Man erhält die Verbindung (A32).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 4.20 (s, OCH₃), 6.10 (d, J=6 Hz, H-C(1')), 8.17 und 8.48 (je s, H-C(2) und H-C(8)).
MS: 598NMR (250 MHz, CDCl₃): 4.20 (s, OCH₃), 6.10 (d, J = 6 Hz, HC (1 ')), 8.17 and 8.48 (each s, HC (2) and HC (8)).
MS: 598
Zu 25,4 g des in Beispiel A32 hergestellten Produktes in 250 ml THF werden 1,17 g NaH (100 %) gegeben. Unter Kochen werden 6,76 g 2-Bromethylmethylether zugetropft. Nach 6 Stunden Weiterkochen werden erneut 0,5 g NaH und 1,9 ml Bromid zugegeben. Nach 23 Stunden wird das Reaktionsgemisch abgekühlt und auf H₂O gegossen. Nach Extraktionen mit Essigsäureethylester wird eingedampft und der Rückstand chromatographiert. (Kieselgel, Hexan/Aceton 2:1). Man erhält die Verbindung (A33).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 3.27 (OCH₃), 4.20 (OCH₃), 6.27 (d, J=5 Hz, H-C(1')), 8.24 und 8.52 (je s, H-C(2) und H-C(8)).
MS(DCI): 6561 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 3.27 (OCH₃), 4.20 (OCH₃), 6.27 (d, J = 5 Hz, HC (1 ')), 8.24 and 8.52 (each s, HC (2) and HC ( 8th)).
MS (DCI): 656
2,2 g des in Beispiel A33 hergestellten Produktes wird in 45 ml Methanol mit 0,66 g Pd/C (10 %) und mit Zusatz von 402 ml MgO hydriert. Nach 13 Stunden (H₂-Aufnahme: 485,5 ml H₂) wird das Gemisch klarfiltriert und eingedampft. Zur Entfernung von Magnesiumsalzen wird über Kieselgel chromatographiert (Essigsäureethylester/Methanol 9:1). Man erhält die Verbindung (A34).
NMR (250 MHz, DMSO(-d₆)): 4.4 (t, OH), 5.23 (OH), 5.94 (d, J=6,5 Hz, H-C(1')), 8.40 und 8.55 (je s, H-C(2) und H-C(8)).
FAB MS: 339 (M-H)⁻.NMR (250 MHz, DMSO (-d₆)): 4.4 (t, OH), 5.23 (OH), 5.94 (d, J = 6.5 Hz, HC (1 ')), 8.40 and 8.55 (each s, HC (2) and HC (8)).
FAB MS: 339 (MH) ⁻.
2,46 g des in Beispiel A34 hergestellten Produktes werden in 80 ml Methanol gelöst und in einen Autoklaven verbracht. Es werden 20 g NH₃ aufgepresst und die Apparatur 12 Stunden auf 120°C gehalten (Innendruck: 17 bar). Das Reaktionsgemisch wird eingedampft und an Kieselgel chromatographiert (Essigsäureethylester/Methanol). Man erhält die Verbindung (A35).
NMR (250 MHz, DMSO-D₆): 5.32 (d, OH), 5.60 (t, OH), 6.15 (d, J=6 Hz, H-C(1')), 8.33 und 8.57 (je s, H-C(2) und H-C(8)).
MS (DCI): 326 (M+H).NMR (250 MHz, DMSO-D₆): 5.32 (d, OH), 5.60 (t, OH), 6.15 (d, J = 6 Hz, HC (1 ')), 8.33 and 8.57 (each s, HC (2 ) and HC (8)).
MS (DCI): 326 (M + H).
0,48 g des in Beispiel A35 erhaltenen Produktes werden in 5 ml Methanol gelöst und mit 0,28 g N-Methyl-2,2-dimethoxypyrrolidin versetzt. Nach 18-stündigem Rühren wird eingedampft. Der Rückstand wird zweimal mit Pyridin versetzt und eingedampft. Der verbliebene Rückstand wird in 10 ml Pyridin gelöst und mit 0,5 g DMT-chlorid 40 Stunden bei Raumtemperatur gerührt. Dann wird auf H₂O gegossen und mit CH₂Cl₂ extrahiert. Der eingedampfte Extrakt wird über Kieselgel chromatographiert (Essigsäureethylester/Methanol 9:1). Man erhält die Verbindung (A36).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 3.09 (s, NMe), 3.72 (s, OCH₃), 6.08 (d, J=6 Hz, H-C(1')), 7.98 und 8.43 (je s, H-C(2) und H-C(8)).
FAB MS: 709 (M+H)NMR (250 MHz, CDCl₃): 3.09 (s, NMe), 3.72 (s, OCH₃), 6.08 (d, J = 6 Hz, HC (1 ')), 7.98 and 8.43 (each s, HC (2) and HC (8)).
FAB MS: 709 (M + H)
Zu 0,38 g Cyanethyltetraisopropylphosphordiamidit und 0,24 g Diisopropylammoniumtetrazolid in 6 ml CH₂Cl₂ werden 0,63 g des in Beispiel A36 erhaltenen Tritylderivates in 6 ml CH₂Cl₂ gegeben. Nach 40-stündigem Rühren wird das Reaktionsgemisch auf gesättigte NaHCl₃-Lösung gegossen und mit CH₂Cl₂ extrahiert. Der eingedampfte Extrakt wird chromatographiert (Essigsäureethylester + 1 % NEt₃). Man erhält die Verbindung (A37).
³¹P-NMR (250 MHz, CDCl₃): 149.8 und 150.4.
FAB-MS: 909 (M+H)31 P NMR (250 MHz, CDCl3): 149.8 and 150.4.
FAB-MS: 909 (M + H)
7,1 g des in Beispiel A23 hergestellten Epoxids wird in 70 ml THF gelöst, mit 0,43 g NaBH₄ versetzt und bei Raumtemperatur gerührt. Dazu werden 0,5 g BF₃·OEt₂ zugegeben. Nach insgesamt 26 Stunden wird auf Wasser gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Nach Eindampfen erhält man die Verbindung (A38).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.16 (d, J=7,5 Hz, CH₃), 1.61 (s, CH₃), 5.48 (AB, CH₂), 5.92 (d, J=1 Hz, H-C(1')), 7.69 (s, H-C(6)).
FAB-MS: 787 (M+Cl)⁻.NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.16 (d, J = 7.5 Hz, CH₃), 1.61 (s, CH₃), 5.48 (AB, CH₂), 5.92 (d, J = 1 Hz, HC (1 ') ), 7.69 (s, HC (6)).
FAB-MS: 787 (M + Cl) ⁻.
6,9 g des in Beispiel A38 erhaltenen Alkohols werden mit 1,56 g NaH (100 %) und 1,56 g MeJ in 70 ml THF methyliert (60°C, 5 Stunden). Nach dem üblichen Aufarbeiten erhält man die Verbindung (A39).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.13 (d, J=7,5 Hz, CH₃), 1.60 (s, CH₃), 3.33 (s, OCH₃), 5.49 (AB, CH₂), 5.95 (A, J=2 Hz, H-C(1')), 7.64 (s, H-C(6)).
MS (DCI): 766 (M⁻).NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.13 (d, J = 7.5 Hz, CH₃), 1.60 (s, CH₃), 3.33 (s, OCH₃), 5.49 (AB, CH₂), 5.95 (A, J = 2 Hz, HC (1 ')), 7.64 (s, HC (6)).
MS (DCI): 766 (M⁻).
14,4 g des nach Beispiel A4 hergestellten Derivates werden in 150 ml THF und 0,65 g NaH (100 %) 30 Minuten auf 60°C erwärmt. Dann wird auf 25°C abgekühlt und es werden 5,92 g D-α,β-Isopropylidenglycerin-γ-tosylat zugegeben. Nach 1,5 Stunden wird noch 3 Stunden bei 60°C weitergerührt. Das abgekühlte Reaktionsgemisch wird auf Wasser gegossen, mit Essigsäureethylester extrahiert und eingedampft. Der Rückstand wird über Kieselgel (Toluol/Essigsäureethylester 4:1) chromatographiert. Man erhält die Verbindung (A40).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.34 und 1.41 (je s, je CH₃), 1.58 (s, CH₃), 5.48 (AB, CH₂), 5.92 (d, J=1,5 Hz, H-C(1')), 7.68 (s, H-C(6)).
MS (DCI): 843 (M+Cl)⁻.NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.34 and 1.41 (each s, each CH₃), 1.58 (s, CH₃), 5.48 (AB, CH₂), 5.92 (d, J = 1.5 Hz, HC (1 ')) , 7.68 (s, HC (6)).
MS (DCI): 843 (M + Cl) ⁻.
3,13 g des nach Beispiel A13 hergestellten Phosphoramidites werden in 50 ml Acetonitril gelöst. Dazu werden 9,4 ml NEt₃ und 6,17 g 1,2,4-Triazol gegeben. Unter Rühren werden anschliessend 1,53 g POCl₃ derart zugetropft, dass 30°C nicht überschritten werden. Nach 4 Stunden Weiterrühren bei Raumtemperatur wird das Reaktionsgemisch auf 1 N NaHCO₃ (150 ml) gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der eingedampfte Extrakt wird in wenig CH₂Cl₂ gelöst und in 100 ml n-Pentan eingerührt. Dabei fällt die Verbindung (A41) aus.
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 6.02 und 6.06 (je d, J=1,5 Hz, H-C(1')), 8.44 und 8.47 (je s, H-C(6)), 8.07 und 9.35 (je s, triazole H).
³¹P-NMR (250 MHz, CDCl₃): 149,433 und 150,253
MS (DCI): 869 (M⁻)1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 6.02 and 6.06 (each d, J = 1.5 Hz, HC (1 ')), 8.44 and 8.47 (each s, HC (6)), 8.07 and 9.35 (each s , triazole H).
31 P NMR (250 MHz, CDCl3): 149.433 and 150.253
MS (DCI): 869 (M⁻)
8,88 g N²-Isobutyryl-O⁶-benzylguanin [hergestellt nach analoger Vorschrift von Jenny, T.F., Schneider, K.C., Benner, S.A., Nucleosides and Nucleotides 11:1257-1261 (1992)] und 34,8 g N,O-Bis-(trimethylsilyl)acetamid werden in 130 ml Toluol suspendiert und auf 100°C erhitzt bis Lösung eintritt. Bei 50°C werden 13,0 g des nach Beispiel A3 hergestellten Ribosederivates sowie 6,33 g Trifluormethansulfonsäuretrimethylsilylester zugegeben. Die farblose Lösung wird 4 Stunden bei 100°C gerührt und nach dem Abkühlen auf 200 ml gesättigte NaHCO₃-Lösung gegossen. Nach dem Extrahieren mit Essigsäureethylester wird über MgSO₄ getrocknet und eingedampft. Der Rückstand wird über 1,2 kg Kieselgel chromatographiert (Toluol/Essigsäureethylester 4:1). Man erhält die Verbindung (A42).
¹H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.26 (d, J=7,5 Hz, CH₃), 2.23 (s, OAc), 5.61 (AB, OCH₂), 5.78 (dd, H-C(2')), 6.19 (d, J=3 Hz, H-C(1')), 7.83 (s, NH), 8.00 (s, H-C(8)).
MS (DCI): 801 (M⁻).1 H-NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.26 (d, J = 7.5 Hz, CH₃), 2.23 (s, OAc), 5.61 (AB, OCH₂), 5.78 (dd, HC (2 ')), 6.19 (d, J = 3 Hz, HC (1 ')), 7.83 (s, NH), 8.00 (s, HC (8)).
MS (DCI): 801 (M⁻).
7,4 g des im Beispiel A42 hergestellten Derivates, in 80 ml Methanol gelöst, werden mit 0,83 g einer 30%igen NaOMe/Methanol-Lösung versetzt und 30 Minuten bei Raumtemperatur gerührt. Die Lösung wird auf H₂O gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der Extrakt wird nach Trocknen über MgSO₄ eingedampft. Man erhält die Verbindung (A43).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.29 (d, J=7,5 Hz, CH₃), 5.61 (AB, OCH₂), 5.99 (d, J=6 Hz, H-C(1')), 7.97 (s, NH), 8.04 (s, H-C(8)).
MS (DCI): 760 (M+H)⁺NMR (250 MHz, CDCl₃): 1.29 (d, J = 7.5 Hz, CH₃), 5.61 (AB, OCH₂), 5.99 (d, J = 6 Hz, HC (1 ')), 7.97 (s, NH ), 8.04 (s, HC (8)).
MS (DCI): 760 (M + H) ⁺
Zu 9,0 g der nach Beispiel A43 hergestellten Verbindung in 100 ml THF werden 630 mg NaH (100 %) gegeben und 15 Minuten gerührt. Dann werden 1,97 g 2-Bromethyl-methylether zugespritzt. Nach 25 Stunden werden erneut 2,0 g Bromid zugegeben. Nach total 48 Stunden Rühren wird auf Wasser gegossen und mit Essigsäureethylester extrahiert. Der eingedampfte Extrakt wird über Kieselgel chromatographiert (Toluol/Essigsäureethylester 4:1). Man erhält die Verbindung (A44).
NMR (250 MHz, CDCl₃): 3.28 (s, OCH₃), 5.56 (AB, OCH₂), 6.10 (d, J=5 Hz, H-C(1')), 7.90 (s, H-C(8)).
FAB-MS: 748 (M+H)⁺.NMR (250 MHz, CDCl₃): 3.28 (s, OCH₃), 5.56 (AB, OCH₂), 6.10 (d, J = 5 Hz, HC (1 ')), 7.90 (s, HC (8)).
FAB-MS: 748 (M + H) ⁺.
Ausgehend von Verbindung (A3) werden weitere Basen eingeführt. Die Produkte sind in Tabelle 2 aufgeführt.
Oligonukleotide werden unter Verwendung der erfindungsgemässen dimethoxytritylierten und 3'-aktivierten [3'-(β-Cyanoethoxy-di(i-propylamino)phosphoramidit)] Nukleoside bzw. solchen natürlichen aktivierten Nukleosiden an einen festen Träger gebunden (Controlled Pore Glas, CPG) und die Synthese auf einem DNA-Synthesiser (Applied Biosystems, Modell 380 B, Standard Phosphoramiditchemie und Iodoxidation) gemäss den Standardprotokollen des Herstellers durchgeführt [vergleiche auch "Oligonucleotide synthesis a practical approach" M.J Gait; IRL Press 1984 (Oxford-Washington DC)]. Nach der Kopplung des letzten Nukleosidbausteins wird das 5'-geschützte Oligonukleotid unter gleichzeitiger Abspaltung aller übrigen Schutzgruppen durch Behandlung mit konzentriertem wässrigem Ammoniak über Nacht vom Träger abgelöst und anschliessend unter Verwendung von 50 mM Ammoniumacetatpuffer (pH 7)/Acetonitril durch "reverse-phase" HPLC gereinigt. Anschliessend wird die 5'-Dimethoxytrityl-Schutzgruppe durch 20-minütige Behandlung mit 80 %-iger wässriger Essigsäure abgespalten, das Oligonukleotid mit Ethanol ausgefällt und durch Zentrifugation isoliert. Die Reinheit des Oligonukleotids wird durch Gelelektrophorese (Polyacrylamid), seine Identität mittels matrixunterstützter Laserdesorptions-Time-of-flight Massenspektroskopie (MALDI-TOF MS) überprüft.Using the dimethoxytritylated and 3'-activated [3 '- (β-cyanoethoxy-di (i-propylamino) phosphoramidite)] nucleosides or such naturally activated nucleosides, oligonucleotides are bound to a solid support (controlled pore glass, CPG) and the synthesis was carried out on a DNA synthesizer (Applied Biosystems, Model 380 B, standard phosphoramidite chemistry and iodine oxidation) according to the manufacturer's standard protocols [see also "Oligonucleotide synthesis a practical approach" MJ Gait; IRL Press 1984 (Oxford-Washington DC)]. After Coupling of the last nucleoside building block, the 5'-protected oligonucleotide is detached from the support by simultaneous cleavage of all other protective groups by treatment with concentrated aqueous ammonia and then purified using "reverse phase" HPLC using 50 mM ammonium acetate buffer (pH 7) / acetonitrile . The 5'-dimethoxytrityl protective group is then removed by treatment with 80% aqueous acetic acid for 20 minutes, the oligonucleotide is precipitated with ethanol and isolated by centrifugation. The purity of the oligonucleotide is checked by gel electrophoresis (polyacrylamide) and its identity by means of matrix-assisted laser desorption time-of-flight mass spectroscopy (MALDI-TOF MS).
Die Wechselwirkung der Oligonukleotide mit den entsprechenden basenkomplementären Oligomeren der natürlichen Ribonukleotide wird durch das Aufzeichnen von UV-Schmelzkurven und den daraus ermittelten Tm-Werten charakterisiert. Diese Standardmethode ist zum Beispiel von Marky, L.A., Breslauer, K.J., Biopolymers 26:1601-1620 (1987) beschrieben.
Es wird eine Lösung der Oligonukleotide und der entsprechenden basenkomplementären natürlichen Oligoribonukleotide in 10 mM Phosphatpuffer, 100 mM NaCl, 0,1 mM EDTA, pH = 7,0 (c = 4·10⁻⁶ M/Oligonukleotid) hergestellt und die Änderung der Extinktion bei 260 nm in Abhängigkeit von der Temperatur (15 bis 95°C) aufgezeichnet. Aus den erhaltenen Schmelzkurven wird der Tm-Wert ermittelt (Tabelle 3).
A solution of the oligonucleotides and the corresponding base-complementary natural oligoribonucleotides is prepared in 10 mM phosphate buffer, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, pH = 7.0 (c = 4 × 10 / M / oligonucleotide) and the change in absorbance recorded at 260 nm depending on the temperature (15 to 95 ° C). The T m value is determined from the melting curves obtained (Table 3).
Man stellt Lösungen des Oligonukleotids mit den entsprechenden basenkomplementären Oligonukleotiden der Sequenzen r(GGA CCG GAA YGG TAC GAG) in 10 mM Phosphatpuffer, 100 mM NaCl, 0,1 mM EDTA, pH 7, (c = 4·10⁻⁶ M/Oligonukleotid) her und misst die Änderung der Extinktion bei 260 nm in Abhängigkeit von der Temperatur (15°C bis 95°C). Aus den Kurven wird der Tm-Wert ermittelt. Die Ergebnisse sind in der Tabelle 4 angegeben.
Je 14 µg des synthetischen Oligonukleotids beziehungsweise des entsprechenden natürlichen Oligomers werden in 200 µl 10%-igem Hitze-inaktivierten Serum aus Kalbsföten bei 37°C inkubiert (c = 70 µg/ml). Nach 0,5; 1; 2; 4; 6, 24 und 48 Stunden werden jeweils 15 µl der Reaktionslösung durch Zugabe zu 25 µl 9 M Harnstoff und Trisborat-Puffer (pH 7) gequencht und bis zur Messung bei -20°C gelagert. Die gequenchten Reaktionslösungen werden mittels Polyacrylamid-Gelelektophorese aufgetrennt und die Spaltprodukte über den Phosphorgehalt bestimmt (Phospho-imagers-Methode). Das Verhältnis R der Summe der Konzentrationen des völlig intakten Oligonukleotids (cn (t)) und des durch Abspaltung des natürlichen C-Bausteins vom 3'-Ende entstehenden Fragments (cn-1 (t)) zu einer gegebenen Zeit t zur Ausgangskonzentration des völlig intakten Oligonukleotids zum Zeitpunkt t = 0 (cn (0)) R = (cn (t) + cn-1 (t))/cn (0) wird gegen die Zeit graphisch aufgetragen. Die dabei ermittelten Halbwertszeiten τ1/2 - das sind jene Zeiten, für die R=0,5 - betragen
Claims (62)
Xa Sauerstoff oder Schwefel bedeutet; Ra Wasserstoff, M⊕, C₁-C₁₂-Alkyl, C₂-C₁₂-Alkenyl, C₆-C₁₂-Aryl, oder die Gruppe RaO- für N-Heteroaryl-N-yl mit 5 Ringgliedern und 1 bis 3 N-Atomen steht; Rb Wasserstoff, C₁-C₁₂-Alkyl oder C₆-C₁₂-Aryl bedeutet; und M⊕ für Na⊕, K⊕, Li⊕, NH₄⊕ steht oder Primär-, Sekundär-, Tertiär- oder Quatenärammonium darstellt; wobei Alkyl, Aryl, Aralkyl und Alkaryl in Ya, Ra und Rb unsubstituiert oder mit Alkoxy, Alkylthio, Halogen, -CN, -NO₂, Phenyl, Nitrophenyl, oder Halogenphenyl substituiert ist.Compounds according to Claim 1, characterized in that R₂ as a phosphorus-containing radical of the formula P1 or P2 forming a nucleotide bridge group
X a represents oxygen or sulfur; R a is hydrogen, M ⊕ , C₁-C₁₂-alkyl, C₂-C₁₂-alkenyl, C₆-C₁₂-aryl, or the group R a O- for N-heteroaryl-N-yl with 5 ring members and 1 to 3 N atoms stands; R b represents hydrogen, C₁-C₁₂ alkyl or C₆-C₁₂ aryl; and M ⊕ represents Na ⊕ , K ⊕ , Li ⊕ , NH₄ ⊕ or represents primary, secondary, tertiary or quaternary ammonium; where alkyl, aryl, aralkyl and alkaryl in Y a , R a and R b is unsubstituted or substituted with alkoxy, alkylthio, halogen, -CN, -NO₂, phenyl, nitrophenyl, or halophenyl.
dadurch gekennzeichnet, dass man eine Verbindung der Formel IVa
dadurch gekennzeichnet, dass man das in (b) erhaltene Epoxid in Gegenwart von H₂O und BF₃ öffnet und mit einer Verbindung der Formel X'-(CH₂)q-X' oder X'-(CH₂-CH-O)r-X', worin X' Cl, Br, I, Tosyl-O oder Mesyl-O bedeutet, zu einem neuen Ring schliesst;
dadurch gekennzeichnet, dass man das in (b) erhaltene Epoxid in Gegenwart von R₆OH und BF₃ umsetzt und gegebenenfalls die freiwerdende Hydroxylgruppe in einen Ether oder Ester überführt;
dadurch gekennzeichnet, dass man das in (b) erhaltene Epoxid in Gegenwart von BF₃ und beispielsweise NaBH₄ hydriert und gegebenenfalls die freiwerdende Hydroxylgruppe in einen Ether oder Ester überführt;
dadurch gekennzeichnet, dass man das in (b) erhaltene Epoxid mit einem entsprechenden Grignard-Reagenz umsetzt und gegebenenfalls die freiwerdende Hydroxylgruppe in einen Ether oder Ester überführt; oder
dadurch gekennzeichnet, dass man eine Verbindung der Formel IVb
characterized in that a compound of formula IVa
characterized in that the epoxide obtained in (b) is opened in the presence of H₂O and BF₃ and with a compound of the formula X '- (CH₂) qX' or X '- (CH₂-CH-O) r -X', wherein X 'denotes Cl, Br, I, Tosyl-O or Mesyl-O, closes to a new ring;
characterized in that the epoxide obtained in (b) is reacted in the presence of R₆OH and BF₃ and optionally the released hydroxyl group is converted into an ether or ester;
characterized in that the epoxide obtained in (b) is hydrogenated in the presence of BF₃ and, for example, NaBH₄ and, if appropriate, the hydroxyl group released is converted into an ether or ester;
characterized in that the epoxide obtained in (b) is reacted with a corresponding Grignard reagent and, if appropriate, the hydroxyl group released is converted into an ether or ester; or
characterized in that a compound of formula IVb
5'-U-(O-Y-O-V-)xO-Y-O-W-3' (V),
worin x eine Zahl von 0 bis 200 und Y eine Nukleotid-Brückengruppe bedeuten; U, V und W je für sich gleiche oder verschiedene Reste von natürlichen oder synthetischen Nukleosiden darstellen und mindestens einer der Reste U, V und/oder W einen Rest der Formel VI bedeutet
5'-U- (OYOV-) x OYOW-3 '(V),
wherein x is a number from 0 to 200 and Y is a nucleotide bridge group; U, V and W each represent the same or different radicals of natural or synthetic nucleosides and at least one of the radicals U, V and / or W represents a radical of the formula VI
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CH1467/93 | 1993-05-12 | ||
CH146793 | 1993-05-12 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
EP0626387A1 true EP0626387A1 (en) | 1994-11-30 |
EP0626387B1 EP0626387B1 (en) | 1999-03-10 |
Family
ID=4211171
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
EP94810255A Expired - Lifetime EP0626387B1 (en) | 1993-05-12 | 1994-05-03 | Nucleosides and oligonucleotides with 2'-ether groups |
Country Status (11)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US5969116A (en) |
EP (1) | EP0626387B1 (en) |
JP (1) | JP4012579B2 (en) |
CN (1) | CN1100728A (en) |
AT (1) | ATE177430T1 (en) |
AU (1) | AU687796B2 (en) |
CA (1) | CA2123241C (en) |
DE (1) | DE59407895D1 (en) |
DK (1) | DK0626387T3 (en) |
ES (1) | ES2128535T3 (en) |
IL (3) | IL109605A (en) |
Cited By (20)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0679657A2 (en) * | 1994-04-27 | 1995-11-02 | Ciba-Geigy Ag | Nucleosides and oligonucleotides containing 2'-ether groups |
WO1997030067A1 (en) * | 1996-02-14 | 1997-08-21 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Sugar-modified gapped oligonucleotides |
WO1997046569A2 (en) * | 1996-06-06 | 1997-12-11 | Novartis Ag | 2'-substituted nucleosides and oligonucleotide derivatives |
EP0813539A1 (en) * | 1995-03-06 | 1997-12-29 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Improved process for the synthesis of 2'-o-substituted pyrimidines and oligomeric compounds therefrom |
EP0918787A1 (en) * | 1996-05-24 | 1999-06-02 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for antisense inhibition of protein translation |
EP0979309A1 (en) * | 1997-04-30 | 2000-02-16 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Oligonucleotides for enhanced bioavailability |
US8029579B2 (en) | 2006-06-28 | 2011-10-04 | COH Inc. | Fatty acid blends and uses therefor |
US8039477B2 (en) | 2002-08-23 | 2011-10-18 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Substituted pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one compounds as phosphodiesterase inhibitors |
US8044060B2 (en) | 2003-05-09 | 2011-10-25 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-cyclylmethyl- and 6-alkylmethyl pyrazolo[3,4-D]pyrimidines, methods for their preparation and methods for their use to treat impairments of perception, concentration learning and/or memory |
US8088769B2 (en) | 2004-01-14 | 2012-01-03 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Cyanopyrimidinones |
US8158633B2 (en) | 2002-08-23 | 2012-04-17 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Phenyl-substituted pyrazolopyrimidines |
US8455502B2 (en) | 2002-08-23 | 2013-06-04 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Selective phosphodiesterase 9A inhibitors as medicaments for improving cognitive processes |
US8623901B2 (en) | 2009-03-31 | 2014-01-07 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Compounds for the treatment of CNS disorders |
US8623879B2 (en) | 2008-04-02 | 2014-01-07 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 1-heterocyclyl-1,5-dihydro-pyrazolo[3,4-D] pyrimidin-4-one derivates and their use as PDE9A modulators |
US8648085B2 (en) | 2007-11-30 | 2014-02-11 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 1, 5-dihydro-pyrazolo (3, 4-D) pyrimidin-4-one derivatives and their use as PDE9A mudulators for the treatment of CNS disorders |
US8809348B2 (en) | 2003-05-09 | 2014-08-19 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-arylmethyl substituted pyrazolo[3,4-d]pyrimidines |
US8809345B2 (en) | 2011-02-15 | 2014-08-19 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-cycloalkyl-pyrazolopyrimidinones for the treatment of CNS disorders |
WO2014178082A1 (en) * | 2013-05-03 | 2014-11-06 | Council Of Scientific & Industrial Research | Novel 2'/3'/5'-(r/s)-serinyl functionalized oligonucleotides |
US8912201B2 (en) | 2010-08-12 | 2014-12-16 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-cycloalkyl-pyrazolopyrimidinones for the treatment of CNS disorders |
US9079905B2 (en) | 2008-09-08 | 2015-07-14 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Compounds for the treatment of CNS disorders |
Families Citing this family (51)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6166197A (en) * | 1995-03-06 | 2000-12-26 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Oligomeric compounds having pyrimidine nucleotide (S) with 2'and 5 substitutions |
US20110028350A1 (en) * | 1995-12-15 | 2011-02-03 | Affymetrix, Inc. | Photocleavable protecting groups |
US6147205A (en) * | 1995-12-15 | 2000-11-14 | Affymetrix, Inc. | Photocleavable protecting groups and methods for their use |
US7812149B2 (en) | 1996-06-06 | 2010-10-12 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | 2′-Fluoro substituted oligomeric compounds and compositions for use in gene modulations |
US9096636B2 (en) | 1996-06-06 | 2015-08-04 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Chimeric oligomeric compounds and their use in gene modulation |
US5898031A (en) | 1996-06-06 | 1999-04-27 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Oligoribonucleotides for cleaving RNA |
US20040186071A1 (en) | 1998-04-13 | 2004-09-23 | Bennett C. Frank | Antisense modulation of CD40 expression |
US20040063618A1 (en) * | 2002-09-30 | 2004-04-01 | Muthiah Manoharan | Peptide nucleic acids having improved uptake and tissue distribution |
US6093807A (en) * | 1999-03-19 | 2000-07-25 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Sugar-modified 7-deaza-7-substituted oligonucleotides |
WO2002020150A2 (en) * | 2000-09-11 | 2002-03-14 | Affymetrix, Inc. | Photocleavable protecting groups |
US20030027169A1 (en) * | 2000-10-27 | 2003-02-06 | Sheng Zhang | One-well assay for high throughput detection of single nucleotide polymorphisms |
EP1560840B1 (en) | 2002-11-05 | 2015-05-06 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions comprising alternating 2'-modified nucleosides for use in gene modulation |
US8569474B2 (en) | 2004-03-09 | 2013-10-29 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Double stranded constructs comprising one or more short strands hybridized to a longer strand |
US8394947B2 (en) | 2004-06-03 | 2013-03-12 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Positionally modified siRNA constructs |
US7884086B2 (en) | 2004-09-08 | 2011-02-08 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Conjugates for use in hepatocyte free uptake assays |
US7297686B2 (en) * | 2004-11-16 | 2007-11-20 | Hwang David L | Chromium complex with insulin-like activity |
US8338093B2 (en) * | 2004-12-31 | 2012-12-25 | Affymetrix, Inc. | Primer array synthesis and validation |
US7547775B2 (en) | 2004-12-31 | 2009-06-16 | Affymetrix, Inc. | Parallel preparation of high fidelity probes in an array format |
PL1877070T3 (en) | 2005-05-05 | 2009-06-30 | Antisense Pharma Gmbh | Therapeutic use of tgf-beta2 antisense oligonucleotides |
US7820810B2 (en) | 2007-03-19 | 2010-10-26 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Process for the synthesis of 2′-O-substituted purine nulceosides |
US8916531B2 (en) | 2007-11-20 | 2014-12-23 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Modulation of CD40 expression |
EP2247729B1 (en) | 2008-02-11 | 2019-05-01 | Phio Pharmaceuticals Corp. | Modified rnai polynucleotides and uses thereof |
US8815818B2 (en) | 2008-07-18 | 2014-08-26 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Phagocytic cell delivery of RNAI |
US8796443B2 (en) | 2008-09-22 | 2014-08-05 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Reduced size self-delivering RNAi compounds |
EP2358398A2 (en) | 2008-10-24 | 2011-08-24 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Oligomeric compounds and methods |
CN102264374B (en) | 2008-10-24 | 2015-01-07 | Isis制药公司 | 5' and 2' bis-substituted nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom |
WO2010059226A2 (en) | 2008-11-19 | 2010-05-27 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Inhibition of map4k4 through rnai |
US9493774B2 (en) | 2009-01-05 | 2016-11-15 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Inhibition of PCSK9 through RNAi |
WO2010090762A1 (en) | 2009-02-04 | 2010-08-12 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Rna duplexes with single stranded phosphorothioate nucleotide regions for additional functionality |
TW201118099A (en) * | 2009-08-12 | 2011-06-01 | Boehringer Ingelheim Int | New compounds for the treatment of CNS disorders |
EP2550000A4 (en) | 2010-03-24 | 2014-03-26 | Advirna Inc | Reduced size self-delivering rnai compounds |
KR102453078B1 (en) | 2010-03-24 | 2022-10-11 | 피오 파마슈티칼스 코프. | Rna interference in dermal and fibrotic indications |
WO2011119871A1 (en) | 2010-03-24 | 2011-09-29 | Rxi Phrmaceuticals Corporation | Rna interference in ocular indications |
EP3091027B1 (en) | 2010-04-28 | 2018-01-17 | Ionis Pharmaceuticals, Inc. | 5' modified nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom |
US9156873B2 (en) | 2010-04-28 | 2015-10-13 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Modified 5′ diphosphate nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom |
JP6005628B2 (en) | 2010-04-28 | 2016-10-12 | アイオーニス ファーマシューティカルズ, インコーポレーテッドIonis Pharmaceuticals,Inc. | Modified nucleosides, analogs thereof, and oligomeric compounds prepared therefrom |
US20130156845A1 (en) | 2010-04-29 | 2013-06-20 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Lipid formulated single stranded rna |
EP2453017A1 (en) | 2010-11-12 | 2012-05-16 | Antisense Pharma GmbH | Oligonucleotides for use in prophylaxis and/or treatment of TGF-beta1 and TGF-beta2, TGF-beta2 and TGF-beta3, TGF-beta1 and TGF-beta3, or TGF-beta1, TGF-beta2, and TGF-beta3 mRNA overexpressing diseases |
CN102993255B (en) * | 2011-09-19 | 2016-02-10 | 上海兆维科技发展有限公司 | The preparation of 2 '-O-(2-methoxyethyl)-5-methyl-uridin and 2 '-O-(2-methoxyethyl)-5-methylcytidine and derivative thereof and purification process thereof |
AU2014284152B2 (en) | 2013-06-21 | 2020-01-23 | Ionis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for modulation of target nucleic acids |
RU2744194C2 (en) | 2013-12-02 | 2021-03-03 | Фио Фармасьютикалс Корп | Cancer immunotherapy |
EP3137119B1 (en) | 2014-04-28 | 2020-07-01 | Phio Pharmaceuticals Corp. | Methods for treating cancer using a nucleic acid targeting mdm2 |
US10900039B2 (en) | 2014-09-05 | 2021-01-26 | Phio Pharmaceuticals Corp. | Methods for treating aging and skin disorders using nucleic acids targeting Tyr or MMP1 |
US10808247B2 (en) | 2015-07-06 | 2020-10-20 | Phio Pharmaceuticals Corp. | Methods for treating neurological disorders using a synergistic small molecule and nucleic acids therapeutic approach |
US11001845B2 (en) | 2015-07-06 | 2021-05-11 | Phio Pharmaceuticals Corp. | Nucleic acid molecules targeting superoxide dismutase 1 (SOD1) |
CA3002744A1 (en) | 2015-10-19 | 2017-04-27 | Rxi Pharmaceuticals Corporation | Reduced size self-delivering nucleic acid compounds targeting long non-coding rna |
JP6853537B2 (en) | 2016-02-17 | 2021-03-31 | 国立大学法人東京工業大学 | Artificial nucleosides and artificial nucleotides and artificial oligonucleotides |
CA3087266A1 (en) | 2018-01-09 | 2019-07-18 | Cibus Us Llc | Shatterproof genes and mutations |
MX2020009765A (en) | 2018-03-20 | 2021-01-08 | Tokyo Inst Tech | Antisense oligonucleotide having reduced toxicity. |
KR20240050303A (en) | 2021-08-24 | 2024-04-18 | 닛산 가가쿠 가부시키가이샤 | Method for producing 2’ modified guanosine compounds |
CN118076620A (en) | 2021-09-30 | 2024-05-24 | 日产化学株式会社 | Process for producing 2' -modified pyrimidine nucleoside |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1991006556A1 (en) * | 1989-10-24 | 1991-05-16 | Gilead Sciences, Inc. | 2' modified oligonucleotides |
Family Cites Families (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4806463A (en) * | 1986-05-23 | 1989-02-21 | Worcester Foundation For Experimental Biology | Inhibition of HTLV-III by exogenous oligonucleotides |
EP0266099A3 (en) * | 1986-10-28 | 1990-09-19 | The Johns Hopkins University | Oligonucleoside alkyl or arylphosphonate derivatives capable of crosslinking with or cleaving nucleic acids |
DE68925278T2 (en) * | 1988-02-26 | 1996-09-19 | Worcester Found Ex Biology | INHIBITION OF HTLV-III BY EXOGENE OLIGONUCLEOTIDES |
AU651569B2 (en) * | 1990-01-11 | 1994-07-28 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for detecting and modulating RNA activity and gene expression |
US5212295A (en) * | 1990-01-11 | 1993-05-18 | Isis Pharmaceuticals | Monomers for preparation of oligonucleotides having chiral phosphorus linkages |
ES2259177T3 (en) * | 1990-08-13 | 2006-09-16 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | MODIFIED OLIGONUCLEOTIDES IN SUGAR THAT DETECT AND MODULATE GENE EXPRESSION. |
DK1695979T3 (en) * | 1991-12-24 | 2011-10-10 | Isis Pharmaceuticals Inc | Gapped modified oligonucleotides |
DE69333344T2 (en) * | 1992-07-23 | 2004-10-07 | Isis Pharmaceutical Inc | New 2'-0-alkyl nucleosides and phosphoramidites, processes for their preparation and their use |
-
1994
- 1994-05-03 DE DE59407895T patent/DE59407895D1/en not_active Expired - Lifetime
- 1994-05-03 ES ES94810255T patent/ES2128535T3/en not_active Expired - Lifetime
- 1994-05-03 DK DK94810255T patent/DK0626387T3/en active
- 1994-05-03 EP EP94810255A patent/EP0626387B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1994-05-03 AT AT94810255T patent/ATE177430T1/en active
- 1994-05-10 IL IL10960594A patent/IL109605A/en not_active IP Right Cessation
- 1994-05-10 IL IL12333094A patent/IL123330A/en not_active IP Right Cessation
- 1994-05-10 CA CA002123241A patent/CA2123241C/en not_active Expired - Lifetime
- 1994-05-11 AU AU63044/94A patent/AU687796B2/en not_active Expired
- 1994-05-11 CN CN94105715A patent/CN1100728A/en active Pending
- 1994-05-12 JP JP12295794A patent/JP4012579B2/en not_active Expired - Lifetime
-
1995
- 1995-06-02 US US08/459,434 patent/US5969116A/en not_active Expired - Fee Related
-
1998
- 1998-02-17 IL IL12333098A patent/IL123330A0/en unknown
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1991006556A1 (en) * | 1989-10-24 | 1991-05-16 | Gilead Sciences, Inc. | 2' modified oligonucleotides |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
CHEMICAL ABSTRACTS, vol. 64, no. 3, 31 January 1966, Columbus, Ohio, US; abstract no. 3659a, S.M. ZHENODAROVA: "Isolation and properties of pyridinium and barium salts of O-butoxyethylidene derivatives of uridine 3'-phosphate" * |
IZV. AKAD. NAUK SSSR, SER. KHIM., 1965, pages 1667 - 9 * |
P.D.COOK: "Medicinal chemistry of antisense oligonucleotides", ANTI-CANCER DRUG DESIGN, vol. 6, 1991, pages 585 - 607 * |
Cited By (39)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN1066456C (en) * | 1994-04-27 | 2001-05-30 | 诺瓦提斯公司 | Nucleosides and oligonucleotides having 2'-ether groups |
EP0679657A3 (en) * | 1994-04-27 | 1996-04-10 | Ciba Geigy Ag | Nucleosides and oligonucleotides containing 2'-ether groups. |
AU682576B2 (en) * | 1994-04-27 | 1997-10-09 | Novartis Ag | Nucleosides and oligonucleotides having 2'-ether groups |
EP0679657A2 (en) * | 1994-04-27 | 1995-11-02 | Ciba-Geigy Ag | Nucleosides and oligonucleotides containing 2'-ether groups |
EP0813539A1 (en) * | 1995-03-06 | 1997-12-29 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Improved process for the synthesis of 2'-o-substituted pyrimidines and oligomeric compounds therefrom |
EP0813539A4 (en) * | 1995-03-06 | 2002-01-23 | Isis Pharmaceuticals Inc | Improved process for the synthesis of 2'-o-substituted pyrimidines and oligomeric compounds therefrom |
WO1997030067A1 (en) * | 1996-02-14 | 1997-08-21 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Sugar-modified gapped oligonucleotides |
US6451991B1 (en) | 1996-02-14 | 2002-09-17 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Sugar-modified gapped oligonucleotides |
EP0918787A1 (en) * | 1996-05-24 | 1999-06-02 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for antisense inhibition of protein translation |
EP0918787A4 (en) * | 1996-05-24 | 2001-10-04 | Isis Pharmaceuticals Inc | Compositions and methods for antisense inhibition of protein translation |
WO1997046569A3 (en) * | 1996-06-06 | 1998-02-19 | Ciba Geigy Ag | 2'-substituted nucleosides and oligonucleotide derivatives |
WO1997046569A2 (en) * | 1996-06-06 | 1997-12-11 | Novartis Ag | 2'-substituted nucleosides and oligonucleotide derivatives |
EP0979309A4 (en) * | 1997-04-30 | 2000-10-18 | Isis Pharmaceuticals Inc | Oligonucleotides for enhanced bioavailability |
EP0979309A1 (en) * | 1997-04-30 | 2000-02-16 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Oligonucleotides for enhanced bioavailability |
US8158633B2 (en) | 2002-08-23 | 2012-04-17 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Phenyl-substituted pyrazolopyrimidines |
US8455502B2 (en) | 2002-08-23 | 2013-06-04 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Selective phosphodiesterase 9A inhibitors as medicaments for improving cognitive processes |
US9067945B2 (en) | 2002-08-23 | 2015-06-30 | Boehringer Ingehleim International GmbH | Selective phosphodiesterase 9A inhibitors as medicaments for improving cognitive processes |
US8039477B2 (en) | 2002-08-23 | 2011-10-18 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Substituted pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one compounds as phosphodiesterase inhibitors |
US8741907B2 (en) | 2002-08-23 | 2014-06-03 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Alkyl-substituted pyrazolopyrimidines |
US8809348B2 (en) | 2003-05-09 | 2014-08-19 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-arylmethyl substituted pyrazolo[3,4-d]pyrimidines |
US8044060B2 (en) | 2003-05-09 | 2011-10-25 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-cyclylmethyl- and 6-alkylmethyl pyrazolo[3,4-D]pyrimidines, methods for their preparation and methods for their use to treat impairments of perception, concentration learning and/or memory |
US8822479B2 (en) | 2003-05-09 | 2014-09-02 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-cyclylmethyl-and 6-alkylmethyl-substituted pyrazolepyrimidines |
US8642605B2 (en) | 2003-05-09 | 2014-02-04 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-cyclylmethyl-and 6-alkylmethyl-substituted pyrazolepyrimidines |
US8431573B2 (en) | 2004-01-14 | 2013-04-30 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Cyanopyrimidinones |
US8088769B2 (en) | 2004-01-14 | 2012-01-03 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Cyanopyrimidinones |
US9796938B2 (en) | 2006-06-28 | 2017-10-24 | Nucelis Inc. | Fatty acid blends and uses therefor |
US8029579B2 (en) | 2006-06-28 | 2011-10-04 | COH Inc. | Fatty acid blends and uses therefor |
US8361173B2 (en) | 2006-06-28 | 2013-01-29 | Nucelis Inc. | Fatty acid blends and uses therefor |
US8648085B2 (en) | 2007-11-30 | 2014-02-11 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 1, 5-dihydro-pyrazolo (3, 4-D) pyrimidin-4-one derivatives and their use as PDE9A mudulators for the treatment of CNS disorders |
US8623879B2 (en) | 2008-04-02 | 2014-01-07 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 1-heterocyclyl-1,5-dihydro-pyrazolo[3,4-D] pyrimidin-4-one derivates and their use as PDE9A modulators |
US9096603B2 (en) | 2008-04-02 | 2015-08-04 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 1-heterocyclyl-1,5-dihydro-pyrazolo[3,4-D] pyrimidin-4-one derivatives and their use as PDE9A modulators |
US9079905B2 (en) | 2008-09-08 | 2015-07-14 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Compounds for the treatment of CNS disorders |
US9102679B2 (en) | 2009-03-31 | 2015-08-11 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Compounds for the treatment of CNS disorders |
US8623901B2 (en) | 2009-03-31 | 2014-01-07 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | Compounds for the treatment of CNS disorders |
US8912201B2 (en) | 2010-08-12 | 2014-12-16 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-cycloalkyl-pyrazolopyrimidinones for the treatment of CNS disorders |
US9328120B2 (en) | 2010-08-12 | 2016-05-03 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-cycloalkyl-pyrazolopyrimidinones for the treatment of CNS disorders |
US8809345B2 (en) | 2011-02-15 | 2014-08-19 | Boehringer Ingelheim International Gmbh | 6-cycloalkyl-pyrazolopyrimidinones for the treatment of CNS disorders |
WO2014178082A1 (en) * | 2013-05-03 | 2014-11-06 | Council Of Scientific & Industrial Research | Novel 2'/3'/5'-(r/s)-serinyl functionalized oligonucleotides |
US9920319B2 (en) | 2013-05-03 | 2018-03-20 | Council Of Scientific & Industrial Research | 2′/3′/5′-(R/S)-serinyl functionalized oligonucleotides |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP0626387B1 (en) | 1999-03-10 |
ES2128535T3 (en) | 1999-05-16 |
DK0626387T3 (en) | 1999-09-27 |
CN1100728A (en) | 1995-03-29 |
US5969116A (en) | 1999-10-19 |
IL109605A (en) | 1999-12-31 |
IL123330A (en) | 1999-12-31 |
JP4012579B2 (en) | 2007-11-21 |
CA2123241A1 (en) | 1994-11-13 |
JPH072889A (en) | 1995-01-06 |
IL109605A0 (en) | 1994-08-26 |
AU687796B2 (en) | 1998-03-05 |
IL123330A0 (en) | 1998-09-24 |
CA2123241C (en) | 2007-02-13 |
AU6304494A (en) | 1994-11-17 |
DE59407895D1 (en) | 1999-04-15 |
ATE177430T1 (en) | 1999-03-15 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
EP0626387B1 (en) | Nucleosides and oligonucleotides with 2'-ether groups | |
EP0679657B1 (en) | Nucleosides and oligonucleotides containing 2'-ether groups | |
EP0538194B1 (en) | Bicyclic nucleosides, oligonucleotides, their method of preparation and intermediates therein | |
EP0577558A2 (en) | Carbocyclic nucleosides having bicyclic rings, oligonucleotides therefrom, process for their preparation, their use and intermediates | |
EP0710667B1 (en) | Modified oligonucleotides, their preparation and their use | |
EP0152459B1 (en) | Process for producing oligonucleotides | |
DE69719220T2 (en) | NEW NUCLEOTID ANALOG | |
EP0524997B1 (en) | 2'-o-alkyl nucleotides and polymers containing them | |
EP0680969B1 (en) | Modified oligonucleotides, their preparation and their use | |
US5547941A (en) | Cyclic dinucleoside diphosphorothioates, related compounds and pharmaceutical compositions | |
EP0624161B1 (en) | 2'-desoxy-isoguanosines, isoster analogues and isoguanosine derivates and their use | |
DE60101223T2 (en) | ANTIVIRAL PYRIMIDINE NUCLEOSIDE DERIVATIVES | |
EP0707591B1 (en) | Methylphosphonic acid ester, process for preparing the same and its use | |
EP0818460B1 (en) | Synthesis of Oligonucleotides on a solid support. | |
HU220423B (en) | Modified oligonucleotides | |
DE69724768T2 (en) | OLIGONUCLEOTIDE ANALOG | |
DD255351A5 (en) | PROCESS FOR THE PREPARATION OF CARBOCYCLIC PURE NUCLEOSIDES | |
EP0644196B1 (en) | TTTr as a protecting group in nucleotide synthesis | |
EP0530614A1 (en) | Novel antisense oligonucleotider with continuous phosphoramidate internucleotide linkage | |
EP0542681A1 (en) | Process for the preparation of carbocyclic nucleosides and its intermediates | |
Herdewijn et al. | Nucleotides. Part XXXIV Synthesis of Modified Oligomeric 2′–5′ A Analogues: Potential Antiviral Agents | |
DE60007848T2 (en) | PREPARATION OF 2'-SUBSTITUTED RNS | |
EP0459176B1 (en) | Oligophosphates with antiviral activity | |
Kisakürek | Perspectives in nucleoside and nucleic acid chemistry | |
EP0611373B1 (en) | Oligo-2'-deoxynucleotides and their use as drugs with an antiviral action |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PUAI | Public reference made under article 153(3) epc to a published international application that has entered the european phase |
Free format text: ORIGINAL CODE: 0009012 |
|
AK | Designated contracting states |
Kind code of ref document: A1 Designated state(s): AT BE CH DE DK ES FR GB IE IT LI LU NL PT SE |
|
17P | Request for examination filed |
Effective date: 19950523 |
|
17Q | First examination report despatched |
Effective date: 19950808 |
|
RAP1 | Party data changed (applicant data changed or rights of an application transferred) |
Owner name: NOVARTIS AG |
|
GRAG | Despatch of communication of intention to grant |
Free format text: ORIGINAL CODE: EPIDOS AGRA |
|
GRAG | Despatch of communication of intention to grant |
Free format text: ORIGINAL CODE: EPIDOS AGRA |
|
GRAH | Despatch of communication of intention to grant a patent |
Free format text: ORIGINAL CODE: EPIDOS IGRA |
|
GRAH | Despatch of communication of intention to grant a patent |
Free format text: ORIGINAL CODE: EPIDOS IGRA |
|
GRAA | (expected) grant |
Free format text: ORIGINAL CODE: 0009210 |
|
RAP1 | Party data changed (applicant data changed or rights of an application transferred) |
Owner name: NOVARTIS-ERFINDUNGEN VERWALTUNGSGESELLSCHAFT M.B.H |
|
RAP1 | Party data changed (applicant data changed or rights of an application transferred) |
Owner name: NOVARTIS-ERFINDUNGEN VERWALTUNGSGESELLSCHAFT M.B. Owner name: NOVARTIS AG |
|
AK | Designated contracting states |
Kind code of ref document: B1 Designated state(s): AT BE CH DE DK ES FR GB IE IT LI LU NL PT SE |
|
REF | Corresponds to: |
Ref document number: 177430 Country of ref document: AT Date of ref document: 19990315 Kind code of ref document: T |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: CH Ref legal event code: EP |
|
REF | Corresponds to: |
Ref document number: 59407895 Country of ref document: DE Date of ref document: 19990415 |
|
ET | Fr: translation filed | ||
GBT | Gb: translation of ep patent filed (gb section 77(6)(a)/1977) |
Effective date: 19990325 |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: IE Ref legal event code: FG4D Free format text: GERMAN |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: ES Ref legal event code: FG2A Ref document number: 2128535 Country of ref document: ES Kind code of ref document: T3 |
|
ITF | It: translation for a ep patent filed |
Owner name: BARZANO' E ZANARDO MILANO S.P.A. |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: PT Ref legal event code: SC4A Free format text: AVAILABILITY OF NATIONAL TRANSLATION Effective date: 19990602 |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: DK Ref legal event code: T3 |
|
PLBE | No opposition filed within time limit |
Free format text: ORIGINAL CODE: 0009261 |
|
STAA | Information on the status of an ep patent application or granted ep patent |
Free format text: STATUS: NO OPPOSITION FILED WITHIN TIME LIMIT |
|
26N | No opposition filed | ||
REG | Reference to a national code |
Ref country code: GB Ref legal event code: IF02 |
|
PGFP | Annual fee paid to national office [announced via postgrant information from national office to epo] |
Ref country code: ES Payment date: 20120607 Year of fee payment: 19 |
|
PGFP | Annual fee paid to national office [announced via postgrant information from national office to epo] |
Ref country code: AT Payment date: 20120426 Year of fee payment: 19 |
|
PGFP | Annual fee paid to national office [announced via postgrant information from national office to epo] |
Ref country code: CH Payment date: 20130514 Year of fee payment: 20 Ref country code: IE Payment date: 20130510 Year of fee payment: 20 Ref country code: DK Payment date: 20130513 Year of fee payment: 20 Ref country code: GB Payment date: 20130501 Year of fee payment: 20 Ref country code: LU Payment date: 20130528 Year of fee payment: 20 Ref country code: DE Payment date: 20130515 Year of fee payment: 20 Ref country code: SE Payment date: 20130513 Year of fee payment: 20 |
|
PGFP | Annual fee paid to national office [announced via postgrant information from national office to epo] |
Ref country code: IT Payment date: 20130515 Year of fee payment: 20 Ref country code: FR Payment date: 20130531 Year of fee payment: 20 Ref country code: NL Payment date: 20130510 Year of fee payment: 20 Ref country code: BE Payment date: 20130531 Year of fee payment: 20 Ref country code: PT Payment date: 20130503 Year of fee payment: 20 |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: DE Ref legal event code: R082 Ref document number: 59407895 Country of ref document: DE |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: DK Ref legal event code: EUP Effective date: 20140503 |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: DE Ref legal event code: R071 Ref document number: 59407895 Country of ref document: DE |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: PT Ref legal event code: MM4A Free format text: MAXIMUM VALIDITY LIMIT REACHED Effective date: 20140503 |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: NL Ref legal event code: V4 Effective date: 20140503 |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: CH Ref legal event code: PL |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: GB Ref legal event code: PE20 Expiry date: 20140502 |
|
BE20 | Be: patent expired |
Owner name: *NOVARTIS A.G. Effective date: 20140503 |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: AT Ref legal event code: MK07 Ref document number: 177430 Country of ref document: AT Kind code of ref document: T Effective date: 20140503 |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: SE Ref legal event code: EUG |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: IE Ref legal event code: MK9A |
|
PG25 | Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo] |
Ref country code: GB Free format text: LAPSE BECAUSE OF EXPIRATION OF PROTECTION Effective date: 20140502 Ref country code: IE Free format text: LAPSE BECAUSE OF EXPIRATION OF PROTECTION Effective date: 20140503 |
|
PG25 | Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo] |
Ref country code: PT Free format text: LAPSE BECAUSE OF EXPIRATION OF PROTECTION Effective date: 20140513 Ref country code: DE Free format text: LAPSE BECAUSE OF EXPIRATION OF PROTECTION Effective date: 20140506 |
|
REG | Reference to a national code |
Ref country code: ES Ref legal event code: FD2A Effective date: 20140926 |
|
PG25 | Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo] |
Ref country code: ES Free format text: LAPSE BECAUSE OF EXPIRATION OF PROTECTION Effective date: 20140504 |