EA046294B1 - HETEROTANDEM BICYCLIC PEPTIDE COMPLEX - Google Patents

HETEROTANDEM BICYCLIC PEPTIDE COMPLEX Download PDF

Info

Publication number
EA046294B1
EA046294B1 EA202290418 EA046294B1 EA 046294 B1 EA046294 B1 EA 046294B1 EA 202290418 EA202290418 EA 202290418 EA 046294 B1 EA046294 B1 EA 046294B1
Authority
EA
Eurasian Patent Office
Prior art keywords
peptide
bcy13272
bicyclic peptide
heterotandem
heterotandem bicyclic
Prior art date
Application number
EA202290418
Other languages
Russian (ru)
Inventor
Кевин Макдоннелл
Пунит Упадхиайа
Джоанна Лехденрента
Джемма Мадд
Original Assignee
Байсиклтэкс Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Байсиклтэкс Лимитед filed Critical Байсиклтэкс Лимитед
Publication of EA046294B1 publication Critical patent/EA046294B1/en

Links

Description

Область техники, к которой относится изобретениеField of technology to which the invention relates

Настоящее изобретение относится к гетеротандемному бициклическому пептидному комплексу, который включает первый пептидный лиганд, который связывается с EphA2, конъюгированный через линкер с двумя вторыми пептидными лигандами, которые связываются с CD137. Изобретение также относится к применению указанных гетеротандемным бициклических пептидных комплексов для предотвращения, подавления или лечения рака. Изобретение также относится к применению указанных гетеротандемным бициклических пептидных комплексов для предотвращения, подавления или лечения рака.The present invention relates to a heterotandem bicyclic peptide complex that includes a first peptide ligand that binds EphA2 conjugated through a linker to two second peptide ligands that bind CD137. The invention also relates to the use of said heterotandem bicyclic peptide complexes for the prevention, suppression or treatment of cancer. The invention also relates to the use of said heterotandem bicyclic peptide complexes for the prevention, suppression or treatment of cancer.

Уровень техникиState of the art

Циклические пептиды могут связываться с высокой аффинностью и специфичностью с белкамимишенями и, вследствие этого, они представляют собой перспективный класс молекул для разработки терапевтических средств. В действительности, несколько циклических пептидов уже успешно используются в клинической практике, например, антибактериальный пептид ванкомицин, иммунодепрессант циклоспорин или противораковый препарат октреотид (Driggers et al. (2008), Nat Rev Drug Discov 7 (7), 608-24). Высокая способность к связыванию обусловлена относительно большой поверхностью взаимодействия, образующейся между пептидом и мишенью, а также пониженной конформационной гибкостью циклических структур. Обычно макроциклы связываются с поверхностями площадью несколько сотен квадратных ангстрем, как, например, циклический пептидный антагонист CXCR4-CVX15 (400 А2; Wu et al. (2007), Science 330, 1066-71), циклический пептид с мотивом Arg-Gly-Asp, связывающийся с интегрином aVb3 (355 А2) (Xiong et al. (2002), Science 296 (5565), 151-5) или циклический пептидный ингибитор упаин-1, связывающийся с активатором плазминогена урокиназного типа (603 А2; Zhao et al. (2007), J Struct Biol 160 (1), 1-10).Cyclic peptides can bind with high affinity and specificity to target proteins and, as a result, they represent a promising class of molecules for the development of therapeutics. In fact, several cyclic peptides are already successfully used in clinical practice, for example the antibacterial peptide vancomycin, the immunosuppressant cyclosporine or the anticancer drug octreotide (Driggers et al. (2008), Nat Rev Drug Discov 7 (7), 608-24). The high binding ability is due to the relatively large interaction surface formed between the peptide and the target, as well as the reduced conformational flexibility of the cyclic structures. Typically, macrocycles bind to surfaces of several hundred square angstroms, such as the cyclic peptide antagonist CXCR4-CVX15 (400 A 2 ; Wu et al. (2007), Science 330, 1066-71), a cyclic peptide with an Arg-Gly- motif Asp binding to integrin aVb3 (355 A 2 ) (Xiong et al. (2002), Science 296 (5565), 151-5) or the cyclic peptide inhibitor upain-1 binding to urokinase-type plasminogen activator (603 A 2 ; Zhao et al (2007), J Struct Biol 160 (1), 1-10).

Вследствие своей циклической конфигурации, пептидные макроциклы являются менее гибкими, чем линейные пептиды, что приводит к меньшей потере энтропии при связывании с мишенями и обуславливает более высокую аффинность связывания. Пониженная гибкость также приводит к блокированию мишень-специфичных конформаций, повышая специфичность связывания по сравнению с линейными пептидами. Этот эффект был продемонстрирован на высокоактивном и селективном ингибиторе матриксной металлопротеиназы-8 (MMP-8), который терял свою селективность относительно других MMP при раскрытии его кольца (Cherney et al. (1998), J Med Chem 41 (11), 1749-51). Достигаемая за счет макроциклизации высокая способность к связыванию еще более выражена у полициклических пептидов, имеющих более одного пептидного кольца, как, например, у ванкомицина, низина и актиномицина.Due to their cyclic configuration, peptide macrocycles are less flexible than linear peptides, resulting in less entropy loss upon binding to targets and resulting in higher binding affinities. Reduced flexibility also leads to blocking of target-specific conformations, increasing binding specificity compared to linear peptides. This effect was demonstrated with a highly active and selective inhibitor of matrix metalloproteinase-8 (MMP-8), which lost its selectivity over other MMPs upon ring opening (Cherney et al. (1998), J Med Chem 41 (11), 1749-51 ). The high binding capacity achieved through macrocyclization is even more pronounced in polycyclic peptides having more than one peptide ring, such as vancomycin, nisin and actinomycin.

Ранее, различные группы исследователей проводили связывание полипептидов с остатками цистеина с синтетической молекулярной структурой (Kemp and McNamara (1985), J. Org. Chem; Timmerman et al. (2005), ChemBioChem). Meloen с соавторами использовали трис(бромметил)бензол и родственные молекулы для быстрой и количественной циклизации множества пептидных петель на синтетических каркасах для структурной имитации поверхности белков (Timmerman et al. (2005), ChemBioChem). Способы получения перспективных лекарственных соединений, в которых указанные соединения получают путем связывания цистеинсодержащих полипептидов с молекулярным каркасом, таким как, например, 1,1',1''-(1,3,5-триазинан-1,3,5-триил)трипроп-2-ен-1-он (TATA), раскрыты в патентных документах WO 2019/122860 and WO 2019/122863.Previously, various groups of researchers have linked polypeptides with cysteine residues to synthetic molecular structures (Kemp and McNamara (1985), J. Org. Chem; Timmerman et al. (2005), ChemBioChem). Meloen and co-workers used tris(bromomethyl)benzene and related molecules to rapidly and quantitatively cyclize multiple peptide loops on synthetic scaffolds to structurally mimic protein surfaces (Timmerman et al. (2005), ChemBioChem). Methods for preparing promising medicinal compounds, in which said compounds are obtained by coupling cysteine-containing polypeptides to a molecular scaffold, such as, for example, 1,1',1''-(1,3,5-triazinan-1,3,5-triyl) triprop-2-en-1-one (TATA), disclosed in patent documents WO 2019/122860 and WO 2019/122863.

Для создания и скрининга больших библиотек бициклических пептидов на связывание с представляющими интерес мишенями были разработаны комбинаторные подходы на основе фагового дисплея (Heinis et al. (2009), Nat Chem Biol 5 (7), 502-7 и патентный документ WO 2009/098450). Вкратце, комбинаторные библиотеки линейных пептидов, содержащих три остатка цистеина и две области из шести случайно выбранных аминокислот (Cys-(Xaa)6-Cys-(Xaa)6-Cys), представляли на фаге и подвергали циклизации путем ковалентного связывания боковых цепей цистеина с малой молекулой (трис(бромметил)бензолом).Combinatorial approaches based on phage display have been developed to generate and screen large libraries of bicyclic peptides for binding to targets of interest (Heinis et al. (2009), Nat Chem Biol 5 (7), 502-7 and patent document WO 2009/098450) . Briefly, combinatorial libraries of linear peptides containing three cysteine residues and two regions of six randomly selected amino acids (Cys-(Xaa)6-Cys-(Xaa)6-Cys) were presented on phage and subjected to cyclization by covalently linking cysteine side chains to small molecule (tris(bromomethyl)benzene).

Сущность изобретенияThe essence of the invention

Согласно первому аспекту изобретения, предлагается гетеротандемный бициклический пептидный комплекс, включающий:According to a first aspect of the invention, there is provided a heterotandem bicyclic peptide complex comprising:

(a) первый пептидный лиганд, который связывается с EphA2 и который имеет последовательность A-[HArg]-D-C1[HyP]LVNPLC11LEP[d1Nal]WTC111 (SEQ ID NO: 1; BCY13118), конъюгированный через линкер N-(кислота-PEGз)-N-бис(PEGз-азuд) с (b) вторыми пептидными лигандами, которые связываются с CD137, оба из которых имеют последовательность Ac-C1[tBuAla]PE[D-Lys(PYA)]PYC11FADPY[Nle]C111-A (SEQ ID NO: 2; BCY8928);(a) the first peptide ligand that binds to EphA2 and which has the sequence A-[HArg]-DC 1 [HyP]LVNPLC 11 LEP[d1Nal]WTC 111 (SEQ ID NO: 1; BCY13118) conjugated through the N-( linker acid-PEG3)-N-bis(PEG3-az) with (b) second peptide ligands that bind to CD137, both of which have the sequence Ac-C 1 [tBuAla]PE[D-Lys(PYA)]PYC 11 FADPY [Nle]C 111 -A (SEQ ID NO: 2; BCY8928);

где каждый из указанных пептидных лигандов включает полипептид, содержащий три реакционноспособные цистеиновые группы (Ci, Cii и Ciii), разделенных двумя петлевыми последовательностями, и молекулярный каркас, который представляет собой 1,1',1''-(1,3,5-триазинан-1,3,5-триил)трипроп-2-ен-1он (TATA) и который образует ковалентные связи с реакционно-способными цистеиновыми группами полипептида, вследствие чего на молекулярном каркасе образуются две полипептидных петли, где Ac представляет ацетил, HArg представляет гомоаргинин, HyP представляет транс-4-гидроксиL-пролин, d1Nal представляет D-1-нафтилаланин, tBuAla представляет третбутил-аланин, PYA представляет 4-пентиноевую кислоту и Nle представляет норлейцин.wherein each of said peptide ligands comprises a polypeptide containing three reactive cysteine groups (Ci, Cii and Ciii) separated by two loop sequences, and a molecular scaffold that is 1,1',1''-(1,3,5- triazinan-1,3,5-triyl)triprop-2-en-1one (TATA) and which forms covalent bonds with the reactive cysteine groups of the polypeptide, resulting in the formation of two polypeptide loops on the molecular framework, where Ac represents acetyl, HArg represents homoarginine, HyP is trans-4-hydroxyL-proline, d1Nal is D-1-naphthylalanine, tBuAla is tert-butyl-alanine, PYA is 4-pentinoic acid and Nle is norleucine.

- 1 046294- 1 046294

Согласно дополнительному аспекту изобретения, предлагается фармацевтическая композиция, включающая указанный в изобретении гетеротандемный бициклический пептидный комплекс в комбинации с одним или более фармацевтически приемлемыми вспомогательными веществами.According to a further aspect of the invention, a pharmaceutical composition is provided comprising a heterotandem bicyclic peptide complex as defined herein in combination with one or more pharmaceutically acceptable excipients.

Согласно дополнительному аспекту изобретения, предлагается фармацевтическая композиция, включающая указанный в изобретении гетеротандемный бициклический пептидный комплекс для применения с целью предотвращения, подавления или лечения рака.According to a further aspect of the invention, there is provided a pharmaceutical composition comprising a heterotandem bicyclic peptide complex as defined herein for use in the prevention, suppression or treatment of cancer.

Краткое описание чертежейBrief description of drawings

Фиг. 1. Анализ гетеротандемного EphA2/CD137 бициклического пептидного комплекса BCY13272 путем проведения анализа репортерного гена люциферазы на CD137 фирмы Promega в присутствии экспрессирующих EphA2 клеток A549, PC-3 и HT29 (n=3). BCY13626 представляет собой гетеротандемный бициклический пептидный комплекс, аналогичный BCY13272 но который включает D-аминокислоты и не связывается с EphA2 или CD 137.Fig. 1. Analysis of the heterotandem EphA2/CD137 bicyclic peptide complex BCY13272 by performing a Promega CD137 luciferase reporter gene assay in the presence of EphA2-expressing A549, PC-3 and HT29 cells (n=3). BCY13626 is a heterotandem bicyclic peptide complex similar to BCY13272 but which includes D-amino acids and does not bind EphA2 or CD 137.

Фиг. 2. Кривая зависимости концентрации BCY13272 в плазме от времени при внутривенном введении дозы 5,5 мг/кг мышам CD1 (n=3), при внутривенной инфузии дозы 3,6 мг/кг (15 мин) крысам SD (n=3) и при внутривенной инфузии дозы 8,9 мг/кг (15 мин) яванским макакам (n=2). Фармакокинетический профиль для BCY13272 характеризуется конечным периодом полувыведения 2,9 ч в случае мышей CD-1, 2,5 ч в случае крыс SD и 8,9 ч в случае яванских макаков.Fig. 2. Plasma concentration-time curve of BCY13272 following intravenous administration of a dose of 5.5 mg/kg to CD1 mice (n=3), intravenous infusion of a dose of 3.6 mg/kg (15 min) to SD rats (n=3) and with an intravenous infusion of a dose of 8.9 mg/kg (15 min) to cynomolgus monkeys (n=2). The pharmacokinetic profile for BCY13272 has a terminal half-life of 2.9 hours in CD-1 mice, 2.5 hours in SD rats, and 8.9 hours in cynomolgus monkeys.

Фиг. 3. Противоопухолевая активность BCY13272 в модели сингенной опухоли MC38. (A) Объемы опухолей MC38 в процессе лечения и после лечения с помощью BCY13272. Число мышей с полным ответом (CR) на день D28 (и сколько остается мышей с полным ответом на день D62) указано в скобках. BIW: дозирование два раза в неделю; IV: внутривенное введение. (B) Кривые роста опухоли в случае животных с полным ответом на лечение с помощью BCY13272 и в случае наивных соответствующих возрастной группе контрольных животных после имплантации им клеток опухоли MC38. CR: животное с полным ответом.Fig. 3. Antitumor activity of BCY13272 in the MC38 syngeneic tumor model. (A) Volumes of MC38 tumors during and after treatment with BCY13272. The number of mice with a complete response (CR) on day D28 (and how many mice remain with a complete response on day D62) is indicated in parentheses. BIW: dosing twice a week; IV: intravenous administration. (B) Tumor growth curves of complete responders to BCY13272 and naïve age-matched controls after implantation with MC38 tumor cells. CR: complete response animal.

Фиг. 4. BCY13272 индуцирует секрецию цитокина IFN-γ при проведении анализа совместной культуры (A) PBMC/MC38 и (B) PBMC/HT29. BCY12762 представляет собой гетеротандемный бициклический пептидный комплекс, который связывается с EphA2, но не связывается с CD137. BCY13692 представляет собой гетеротандемный бициклический пептидный комплекс, который связывается с CD137, но не связывается с EphA2. (C) Графическая зависимость между величинами EC50 (нМ) для BCY13272 и индуцированной секрецией IL-2 и IFN-γ при проведении анализа в совместной культуре PBMC с клеточной линией MC38 (мышь) в случае 5 доноров PBMC и с клеточной линией HT1080 (человек) в случае 4 доноров PBMC.Fig. 4. BCY13272 induces secretion of the cytokine IFN-γ in a coculture assay of (A) PBMC/MC38 and (B) PBMC/HT29. BCY12762 is a heterotandem bicyclic peptide complex that binds to EphA2 but does not bind to CD137. BCY13692 is a heterotandem bicyclic peptide complex that binds to CD137 but does not bind to EphA2. (C) Graphical relationship between EC 50 (nM) values for BCY13272 and induced IL-2 and IFN-γ secretion in a PBMC co-culture assay with the MC38 cell line (mouse) for 5 PBMC donors and with the HT1080 cell line (human) ) in case of 4 PBMC donors.

Фиг. 5. Данные исследования методом поверхностного плазмонного резонанса (SPR) связывания BCY13272 с иммобилизированными (A) EphA2 и (B) CD137.Fig. 5. Data from surface plasmon resonance (SPR) studies of the binding of BCY13272 to immobilized (A) EphA2 and (B) CD137.

Подробное описание изобретенияDetailed Description of the Invention

Согласно первому аспекту изобретения, предлагается гетеротандемный бициклический пептидный комплекс, включающий:According to a first aspect of the invention, there is provided a heterotandem bicyclic peptide complex comprising:

(a) первый пептидный лиганд, который связывается с EphA2 и который имеет последовательность A-[HArg]-D-C1[HyP]LVNPLC11LEP[d1Nal]WTC111 (SEQ ID NO: 1; BCY13118), конъюгированный через линкер N-(кислота-PEGз)-N-бис(PEGз-азид) с (b) вторыми пептидными лигандами, которые связываются с CD137, оба из которых имеют последовательность Ac-C1[tBuAla]PE[D-Lys(PYA)]PYC11FADPY[Nle]C111-A (SEQ ID NO: 2; BCY8928), где каждый из указанных пептидных лигандов включает полипептид, содержащий три реакционноспособные цистеиновые группы (C1, C11 и C111), разделенных двумя петлевыми последовательностями, и молекулярный каркас, который представляет собой 1,1',1''-(1,3,5-триазинан-1,3,5-триил)трипроп-2-ен-1он (TATA) и который образует ковалентные связи с реакционно-способными цистеиновыми группами полипептида, вследствие чего на молекулярном каркасе образуются две полипептидных петли, где Ac представляет ацетил, HArg представляет гомоаргинин, HyP представляет транс-4-гидроксиL-пролин, d1Nal представляет D-1-нафтилаланин, tBuAla представляет третбутил-аланин, PYA представляет 4-пентиноевую кислоту и Nle представляет норлейцин.(a) the first peptide ligand that binds to EphA2 and which has the sequence A-[HArg]-DC 1 [HyP]LVNPLC 11 LEP[d1Nal]WTC 111 (SEQ ID NO: 1; BCY13118) conjugated through the N-( linker acid-PEG3)-N-bis(PEG3-azide) with (b) second peptide ligands that bind to CD137, both of which have the sequence Ac-C 1 [tBuAla]PE[D-Lys(PYA)]PYC 11 FADPY [Nle]C 111 -A (SEQ ID NO: 2; BCY8928), wherein each of said peptide ligands comprises a polypeptide containing three reactive cysteine groups (C 1 , C 11 and C 111 ) separated by two loop sequences, and a molecular framework , which is 1,1',1''-(1,3,5-triazinan-1,3,5-triyl)triprop-2-en-1one (TATA) and which forms covalent bonds with reactive cysteines groups of the polypeptide, resulting in the formation of two polypeptide loops on the molecular framework, where Ac represents acetyl, HArg represents homoarginine, HyP represents trans-4-hydroxyL-proline, d1Nal represents D-1-naphthylalanine, tBuAla represents tert-butyl-alanine, PYA represents 4- pentinoic acid and Nle represents norleucine.

Упоминание в изобретении линкера N-(кислота-PEGз)-N-бис(PEGз-азиg) включает:Mention in the invention of the linker N-(acid-PEG3)-N-bis(PEG3-azig) includes:

К-(кислота-РЕОз)-Ы-бис(РЕОз-азид).K-(acid-PEO3)-N-bis(PEO3-azide).

В одном варианте осуществления, гетеротандемный бициклический пептидный комплекс представляет собой BCY13272:In one embodiment, the heterotandem bicyclic peptide complex is BCY13272:

- 2 046294- 2 046294

Подробные сведения по BCY13272 приведены в табл. A ниже.Details for BCY13272 are given in Table. A below.

Таблица ATable A

Композиция BCY13272Composition BCY13272

№ комплекса Complex No. № BCY для EphA2 BCY No. for EphA2 Точка присоединен ИЯ The point is attached to the IA Линкер Linker №BCY для CD137 No.BCY For CD137 Точка присоединен ИЯ The point is attached to the IA BCY13272 BCY13272 BCY13118 BCY13118 N-конец N-terminus ЕЦкислотаPEG3)-N6nc(PEG3азид) EC acidPEG 3 )-N6nc(PEG 3 azide) BCY8928, BCY8928 BCY8928, BCY8928 dLys (PYA)4 dLys(PYA)4

На фиг. 3 представлены данные, которые демонстрируют, что BCY13272 вызывает значительный противоопухолевый эффект в модели опухоли MC38 на мышах.In fig. Figure 3 presents data that demonstrates that BCY13272 produces a significant antitumor effect in the MC38 tumor mouse model.

В изобретении упоминаются конкретные аналоги (то есть модифицированные производные) и метаболиты BCY13272, каждый из которых образуют дополнительные аспекты изобретения, и данные по которым приведены в табл. B ниже.The invention refers to specific analogs (ie, modified derivatives) and metabolites of BCY13272, each of which form additional aspects of the invention, and data for which are shown in table. B below.

Таблица BTable B

Композиция меченых аналогов и возможных метаболитов BCY13272Composition of labeled analogues and possible metabolites of BCY13272

№ комплекса Complex No. № BCY для EphA2 BCY No. for EphA2 Точка присоединен ИЯ The point is attached to the IA Линкер Linker №BCY для CD 137 No.BCY for CD 137 Точка присоединен!! я Point joined!! I Модифик атор Modific ator BCY14414 BCY14414 BCY13118 BCY13118 N-конец N-terminus N-(xncnoTa- PEG3)-N- 6nc(PEG3азид) N-(xncnoTa-PEG 3 )-N-6nc(PEG 3 azide) BCY8928 BCY13389 BCY8928 BCY13389 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 N/A N/A BCY14417 BCY14417 BCY13118 BCY13118 N-конец N-terminus N-(xncnoTa- PEG3)-N- 6nc(PEG3азид) N-(xncnoTa-PEG 3 )-N-6nc(PEG 3 azide) BCY8928 BCY13389 BCY8928 BCY13389 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 Peg12- Биотин Peg12- Biotin

- 3 046294- 3 046294

азид) azide) BCY14418 BCY14418 BCY13118 BCY13118 N-конец N-terminus N-(KiicnomaPEG3)-N6hc(PEGjазид) N-(KiicnomaPEG 3 )-N6hc(PEGjazide) BCY8928 BCY13389 BCY8928 BCY13389 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 Alexa Fluor® 488 Alexa Fluor® 488 BCY15217 BCY15217 BCY13118 BCY13118 N-конец N-terminus N-(KiicnomaPEG.0-N6iic(PEGjазид) N-(KiicnomaPEG.0-N6iic(PEGjazide) BCY14601 BCY14601 BCY14601 BCY14601 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 N/A N/A BCY15218 BCY15218 BCY13118 BCY13118 N-конец N-terminus N-(Kncnoma- PEG.0-N- 6iic(PEGsазид) N-(Kncnoma- PEG.0-N- 6iic(PEGsazide) BCY8928 BCY14601 BCY8928 BCY14601 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 dLys(PYA)4 N/A N/A

где BCY14601 представляет бициклический пептидный лиганд, имеющий последовательность C1[tBuAla]PE[D-Lys(PYA)]PYC11FADPY[Nle]C111-A (SEQ ID NO: 3), с TATA в качестве молекулярного каркаса;where BCY14601 is a bicyclic peptide ligand having the sequence C 1 [tBuAla]PE[D-Lys(PYA)]PYC 11 FADPY[Nle]C 111 -A (SEQ ID NO: 3), with TATA as the molecular framework;

и где BCY13389 представляет бициклический пептидный лиганд, имеющий последовательность [Ac]C1[tBuAla]PE[D-Lys(PYA)]PYC11FADPY[Nle]C111-K (SEQ ID NO: 4), с TATA в качестве молекулярного каркаса.and where BCY13389 is a bicyclic peptide ligand having the sequence [Ac]C 1 [tBuAla]PE[D-Lys(PYA)]PYC 11 FADPY[Nle]C 111 -K (SEQ ID NO: 4), with TATA as the molecular frame.

Если не указано иное, то все технические и научные термины, используемые в настоящем изобретении, имеют те же значения, которые являются общепринятыми для специалистов в данной области, например в области химии пептидов, культуры клеток и фагового дисплея, химии нуклеиновых кислот и биохимии. Используются стандартные методы молекулярной биологии, генетических и биохимических исследований (смотрите монографии Sambrook et al., Molecular Cloning: А Laboratory Manual, 3rd ed., 2001, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY; Ausubel et al., Short Protocols in Molecular Biology (1999) 4th ed., John Wiley & Sons, Inc.), содержание которых включены в настоящее изобретение путем ссылки на них.Unless otherwise noted, all technical and scientific terms used in the present invention have the same meanings as commonly understood by those skilled in the art, for example, peptide chemistry, cell culture and phage display, nucleic acid chemistry, and biochemistry. Standard methods of molecular biology, genetic and biochemical studies are used (see monographs Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed., 2001, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY; Ausubel et al., Short Protocols in Molecular Biology (1999) 4th ed., John Wiley & Sons, Inc.), the contents of which are incorporated herein by reference.

Номенклатура.Nomenclature.

Нумерация.Numbering.

При указании положений аминокислотного остатка в соединениях по изобретению, для остатков цистеина (Ci, C11 и C1i1) нумерация не приводится, поскольку они являются инвариантными, поэтому нумерация аминокислотных остатков в SEQ 1D NO: 1 является такой, как показано ниже:When specifying amino acid residue positions in the compounds of the invention, cysteine residues (Ci, C 11 and C 1i 1 ) are not numbered because they are invariant, so the numbering of amino acid residues in SEQ 1D NO: 1 is as shown below:

Ci-HyP1-L2-V3-N4-P5-L6-Cii-L7-E8-P9-d1Nal10-W11-T12-Ciii (SEQ ID NO: 1).Ci-HyP1-L2-V3-N4-P5-L6-Ci i -L 7 -E8-P 9 -d1Nal10-W11-T1 2 -Ciii (SEQ ID NO: 1).

Применительно к настоящему изобретению, предполагается, что все бициклические пептиды циклизованы с помощью 1,1',1-(1,3,5-триазинан-1,3,5-триил)трипроп-2-ен-1-она (TATA) с образованием тризамещенной структуры. Циклизация с помощью TATA происходит по C1, С11и C111.For purposes of the present invention, it is assumed that all bicyclic peptides are cyclized with 1,1',1-(1,3,5-triazinan-1,3,5-triyl)triprop-2-en-1-one (TATA) with the formation of a trisubstituted structure. Cyclization with TATA occurs at C1 , C11 and C111 .

Молекулярный формат.Molecular format.

N- или C-концевые удлинения для коровой последовательности бицикла добавляются к левой или правой стороне последовательности и отделяются дефисом. Например, N-концевой eAla-Sar10-Ala хвост будет обозначаться как:N- or C-terminal extensions for the bicycle core sequence are added to the left or right side of the sequence and separated by a hyphen. For example, the N-terminal eAla-Sar10-Ala tail would be designated as:

eAla-Sar10-A-(SEQ ID NO: X).eAla-Sar10-A-(SEQ ID NO: X).

Обратные пептидные последовательности.Reverse peptide sequences.

В свете публикации Nair et al (2003) J Immunol 170(3), 1362-1373, предполагается, что раскрытые в изобретении пептидные последовательности могут также найти применение в их ретро-инверсной форме. Например, порядок последовательности изменяют на обратный (то есть N-конец становится Cконцом и наоборот), и ее стереохимия таким же образом становится обратной (то есть D-аминокислоты становятся L-аминокислотами и наоборот). Во избежание неправильного толкования, предполагается, что при указании аминокислот, либо в виде их полного названия, либо в виде их буквенного кода из одной или трех букв, в изобретении они представляются как L-аминокислоты, если не заявлено иное. Если предполагается, что такая аминокислота должна быть представлена в изобретении как D-аминокислота, то, в этом случае, перед обозначением аминокислоты будет стоять строчная буква d и все обозначение будет взято в квадратные скобки, например, [dA], [dD], [dE], [dK], [d1Nal], [dNle], и так далее.In light of Nair et al (2003) J Immunol 170(3), 1362-1373, it is believed that the peptide sequences disclosed herein may also find use in their retro-inverse form. For example, the order of a sequence is reversed (that is, the N-terminus becomes the C-terminus and vice versa), and its stereochemistry is likewise reversed (that is, D-amino acids become L-amino acids and vice versa). To avoid misinterpretation, when amino acids are specified, either by their full name or by their one- or three-letter letter code, they are intended to be L-amino acids in the invention unless otherwise stated. If it is intended that such an amino acid should be represented in the invention as a D-amino acid, then, in this case, the amino acid designation will be preceded by a lowercase letter d and the entire designation will be placed in square brackets, for example, [dA], [dD], [ dE], [dK], [d1Nal], [dNle], and so on.

Преимущества пептидных лигандов.Advantages of peptide ligands.

Конкретные гетеротандемные бициклические пептидные комплексы по настоящему изобретению имеют ряд предпочтительных свойств, благодаря которым они могут рассматриваться в качестве подходящих молекул, подобных лекарственным средствам, для инъекционного, ингаляционного, назального,The particular heterotandem bicyclic peptide complexes of the present invention have a number of advantageous properties that make them suitable drug-like molecules for injection, inhalation, nasal,

- 4 046294 глазного, перорального или местного введения. Такие предпочтительные свойства включают:- 4 046294 ophthalmic, oral or topical administration. Such preferred properties include:

межвидовую перекрестную реактивность. Она является обычным требованием для проведения преклинических фармакодинамических и фармакокинетических исследований;interspecies cross-reactivity. It is a common requirement for preclinical pharmacodynamic and pharmacokinetic studies;

устойчивость к воздействию протеаз. Гетеротандемные бициклические пептидные комплексы должны, в идеальном варианте, проявлять устойчивость к воздействию протеаз плазмы, эпителиальных (заякоренных в мембране) протеаз, желудочных и кишечных протеаз, протеаз на поверхности легких, внутриклеточных протеаз и других подобных протеаз. Устойчивость к воздействию протеаз должна сохраняться между различными видами, благодаря чему на животных моделях может быть разработан перспективный гетеротандемный бициклический пептид, который затем с высокой степенью достоверности может применяться на людях;resistance to proteases. Heterotandem bicyclic peptide complexes should ideally exhibit resistance to plasma proteases, epithelial (membrane-anchored) proteases, gastric and intestinal proteases, lung surface proteases, intracellular proteases and other similar proteases. Resistance to proteases should be maintained between different species, so that a promising heterotandem bicyclic peptide can be developed in animal models, which can then be used in humans with a high degree of confidence;

требуемый профиль растворимости. Он зависит от отношения заряженных и гидрофильных остатков к гидрофобным остаткам и от внешних/внутренних молекулярных водородных связей, что является важным с точки зрения приготовления и абсорбции лекарственного препарата;required solubility profile. It depends on the ratio of charged and hydrophilic residues to hydrophobic residues and on external/internal molecular hydrogen bonds, which are important from the point of view of drug preparation and absorption;

селективность. Конкретные гетеротандемные бициклические пептидные комплексы по изобретению проявляют высокую селективность в присутствии других мишеней;selectivity. Specific heterotandem bicyclic peptide complexes of the invention exhibit high selectivity in the presence of other targets;

оптимальный период полувыведения из плазмы в кровотоке. В зависимости от клинических показаний и схемы лечения, может потребоваться разработка гетеротандемного бициклического пептидного комплекса с кратковременным воздействием в случае лечения острого заболевания, или разработка гетеротандемного бициклического пептидного комплекса с повышенным временем нахождения в кровотоке, что, вследствие этого, является оптимальным при лечении хронического течения заболеваний. Другими факторами, определяющими требуемый период полувыведения из плазмы, являются требования при пролонгированном воздействии достижения максимальной терапевтической эффективности с учетом сопровождающего токсического действия, обусловленного пролонгированным воздействием лекарственного средства.optimal half-life from plasma in the bloodstream. Depending on the clinical indications and treatment regimen, it may be necessary to develop a heterotandem bicyclic peptide complex with a short-term effect in the case of treatment of an acute disease, or the development of a heterotandem bicyclic peptide complex with an increased residence time in the bloodstream, which is therefore optimal for the treatment of chronic diseases . Other factors that determine the required plasma half-life include the requirement for prolonged exposure to achieve maximum therapeutic efficacy, taking into account the accompanying toxicity associated with prolonged exposure to the drug.

Важно отметить, что в изобретении представлены данные, согласно которым выбранные гетеротандемные бициклические пептидные комплексы демонстрируют противоопухолевую активность при их дозировании с частотой, при которой не поддерживаются концентрации соединения в плазме выше его величины EC50 in vitro. Это отличается от методов применения более крупных по размеру биологических препаратов (то есть на основе антител) для агонизма CD137 или биспецифического агонизма CD137 (Segal et al., Clin Cancer Res., 23(8):1929-1936 (2017), Claus et al., Sci Trans Med., 11(496): eaav5989, 1-12 (2019), Hinner et al., Clin Cancer Res., 25(19):5878-5889 (2019)). Не приводя в качестве обоснования какую-либо теорию, тем не менее, можно предположить, что наблюдаемое явление обусловлено тем, что гетеротандемные бициклические комплексы имеют относительно низкую молекулярную массу (как правило <15 кДа), они являются полностью синтетическими продуктами и они представляют собой нацеленные на опухоль агонисты CD137. В качестве таковых, они характеризуются относительно короткими периодами полувыведения из плазмы, но высокой проницаемостью в опухоль и продолжительным временем нахождения в опухоли. В изобретении приведены данные, которые полностью поддерживают наличие этих преимуществ. Например, противоопухолевая активность в моделях сингенной опухоли на мышах с гуманизированным CD137 проявляется либо ежедневно, либо на каждый третий день. Кроме того, фармакокинетические данные, полученные в случае интраперитонеального введения, показывают, что период полувыведения из плазмы составляет <3 ч, что позволяет предположить стабильное падение циркулирующей концентрации комплекса ниже величины in vitro EC50 в промежутках времени между введениями доз. Кроме того, фармакокинетические данные для опухоли показывают, что уровни гетеротандемного бициклического комплекса в опухолевой ткани могут быть более высокими и более устойчивыми по сравнению с уровнями в плазме.Importantly, the invention provides evidence that selected heterotandem bicyclic peptide complexes demonstrate antitumor activity when dosed at a frequency that does not maintain plasma concentrations of the compound above its in vitro EC50 value. This is in contrast to larger biologic (i.e. antibody) approaches for CD137 agonism or bispecific CD137 agonism (Segal et al., Clin Cancer Res., 23(8):1929-1936 (2017), Claus et al. al., Sci Trans Med., 11(496): eaav5989, 1-12 (2019), Hinner et al., Clin Cancer Res., 25(19):5878-5889 (2019)). Without being bound by any theory, it can be assumed that the observed phenomenon is due to the fact that heterotandem bicyclic complexes have a relatively low molecular weight (typically <15 kDa), they are completely synthetic products, and they are targeted CD137 agonists on tumors. As such, they are characterized by relatively short plasma half-lives but high tumor permeability and long tumor residence time. The invention provides data that fully supports these advantages. For example, antitumor activity in syngeneic tumor mouse models with humanized CD137 occurs either daily or every third day. In addition, pharmacokinetic data obtained with intraperitoneal administration indicate a plasma half-life of <3 hours, suggesting a steady decline in circulating concentrations of the complex below the in vitro EC 50 value between dosing administrations. In addition, tumor pharmacokinetic data indicate that levels of the heterotandem bicyclic complex in tumor tissue may be higher and more sustained compared to plasma levels.

Следует отметить, что этот вывод образует важный дополнительный аспект изобретения. Так, согласно дополнительному аспекту изобретения, в изобретении предлагается способ лечения рака, который включает введение описанного в изобретении гетеротандемного бициклического пептидного комплекса при частоте введения доз, при которой не поддерживаются концентрации указанного комплекса в плазме выше величины in vitro EC50 для указанного комплекса.It should be noted that this finding forms an important additional aspect of the invention. Thus, according to an additional aspect of the invention, the invention provides a method of treating cancer that includes administering the heterotandem bicyclic peptide complex described herein at a dosing frequency that does not maintain plasma concentrations of said complex above the in vitro EC 50 value for said complex.

Иммунологическая память.Immunological memory.

Сочетание связывающегося с раковой клеткой бициклического пептидного лиганда со связывающимся с иммунной клеткой бициклическим пептидным лигандом обеспечивает синергетический положительный эффект для иммунологической памяти. Предполагается, что гетеротандемный бициклический пептидный комплекс по изобретению позволяют не только уничтожать опухоли, но при повторном введении вызывающего образование опухоли средства, ни у одной из инокулированных мышей с полным ответом не развивались опухоли. Это указывает на то, что лечение с помощью выбранных гетеротандемных бициклических пептидных комплексов по изобретению вызывало иммунологическую память у мышей с полным ответом. Это является значительным клиническим преимуществом с точки зрения предотвращения повторного возникновения указанной опухоли, после того как она первоначально была подвергнута противоопухолевой терапии и уничтожена.The combination of a cancer cell-binding bicyclic peptide ligand with an immune cell-binding bicyclic peptide ligand provides a synergistic beneficial effect on immunological memory. The heterotandem bicyclic peptide complex of the invention is believed to not only kill tumors, but upon repeated administration of the tumor-inducing agent, none of the inoculated mice with a complete response developed tumors. This indicates that treatment with the selected heterotandem bicyclic peptide complexes of the invention induced immunological memory in mice with a complete response. This is a significant clinical advantage in terms of preventing the recurrence of the tumor after it has initially been treated with antitumor therapy and destroyed.

Пептидные лиганды.Peptide ligands.

- 5 046294- 5 046294

Упоминаемый в изобретении пептидный лиганд относится к пептиду, ковалентно связанному с молекулярным каркасом. Как правило, такие пептиды включают две или более реакционно-способных групп (то есть остатки цистеина), которые способны образовывать ковалентные связи с каркасом, и последовательность, находящуюся между указанными реакционно-способными группами, которую называют петлевой последовательностью, так как она образует петлю при связывании пептида с каркасом. В данном случае, пептиды включают, по меньшей мере, три реакционно-способные группы, выбранные из цистеина, 3-меркаптопропионовой кислоты и/или цистеамина, и образуют, по меньшей мере, две петли на каркасе.A peptide ligand referred to in the invention refers to a peptide covalently linked to a molecular framework. Typically, such peptides include two or more reactive groups (i.e., cysteine residues) that are capable of forming covalent bonds with the backbone, and a sequence located between these reactive groups, which is called a loop sequence because it forms a loop when binding of the peptide to the scaffold. Here, the peptides include at least three reactive groups selected from cysteine, 3-mercaptopropionic acid and/or cysteamine, and form at least two loops on the framework.

Фармацевтически приемлемые соли.Pharmaceutically acceptable salts.

Следует иметь в виду, что в объем настоящего изобретения входят солевые формы, и упоминания пептидных лигандов включают и солевые формы указанных лигандов.It should be understood that salt forms are included within the scope of the present invention, and references to peptide ligands include salt forms of said ligands.

Соли по настоящему изобретению могут быть синтезированы из исходного соединения, которое содержит фрагмент с основными или кислотными свойствами, обычными химическими методами, такими как методы, описанные в монографии Pharmaceutical Salts: Properties, Selection, and Use, P. Heinrich Stahl (Editor), Camille G. Wermuth (Editor), ISBN: 3-90639-026-8, Hardcover, 388 pages, August 2002. Как правило, такие соли можно получить реакцией этих соединений в форме свободной кислоты или свободного основания с подходящим основанием или кислотой в воде или в органическом растворителе, или в их смеси.The salts of the present invention can be synthesized from a starting compound that contains a moiety with basic or acidic properties by conventional chemical methods, such as those described in the monograph Pharmaceutical Salts: Properties, Selection, and Use, P. Heinrich Stahl (Editor), Camille G. Wermuth (Editor), ISBN: 3-90639-026-8, Hardcover, 388 pages, August 2002. In general, such salts can be prepared by reacting these compounds in the free acid or free base form with a suitable base or acid in water or in an organic solvent, or a mixture thereof.

Соли присоединения кислот (моно- или дисоли) могут быть образованы с широким спектром кислот, как неорганических, так и органических. Примеры солей включают моно- или дисоли, образованные с кислотой, выбранной из группы, состоящей из уксусной, 2,2-дихлоруксусной, адипиновой, альгиновой, аскорбиновой (например, L-аскорбиновой), L-аспарагиновой, бензолсульфоновой, бензойной, 4ацетамидобензойной, бутановой, (+)-камфорной, камфорносульфоновой, (+)-(Щ)-камфора-10сульфоновой, каприновой, капроновой, каприловой, коричной, лимонной, цикламовой, додецилсерной, этан-1,2-дисульфоновой, этансульфоновой, 2-гидроксиэтансульфоновой, муравьиной, фумаровой, слизевой, гентизиновой, глюкогептоновой, D-глюконовой, глюкуроновой (например, D-глюкуроновой), глутаминовой (например, L-глутаминовой), α-оксоглутаровой, гликолевой, гиппуровой, гидрогалогеновых кислот (например, бромистоводородной, хлористоводородной, йодистоводородной), изетионовой, молочной (например, (+)-Ь-молочной, (±)-DL-молочной), лактобионовой, малеиновой, яблочной,(-)-Ьяблочной, малоновой, (±)-DL-миндальной, метансульфоновой, нафталин-2-сульфоновой, нафталин-1,5дисульфоновой, 1-гидрокси-2-нафтойной, никотиновой, азотной, олеиновой, оротовой, щавелевой, пальмитиновой, памовой, фосфорной, пропионовой, пировиноградной, L-пироглутаминовой, салициловой, 4амино-салициловой, себациновой, стеариновой, янтарной, серной, дубильной, (+)-Г-винной. тиоциановой, п-толуолсульфоновой, ундециленовой и валериановой кислот, а также ацилированных аминокислот и катионообменных смол.Acid addition salts (mono- or di-salts) can be formed with a wide range of acids, both inorganic and organic. Examples of salts include mono- or di-salts formed with an acid selected from the group consisting of acetic, 2,2-dichloroacetic, adipic, alginic, ascorbic (eg, L-ascorbic), L-aspartic, benzenesulfonic, benzoic, 4-acetamidobenzoic, butane , (+)-camphor, camphorsulfonic, (+)-(U)-camphor-10sulfonic, capric, capronic, caprylic, cinnamic, citric, cyclamic, dodecylsulfuric, ethane-1,2-disulfonic, ethanesulfonic, 2-hydroxyethanesulfonic, formic , fumaric, mucus, gentisic, glucoheptonic, D-gluconic, glucuronic (e.g. D-glucuronic), glutamic (e.g. L-glutamic), α-oxoglutaric, glycolic, hippuric, hydrohalic acids (e.g. hydrobromic, hydrochloric, hydroiodic) , isethionic, lactic (for example, (+)-b-lactic, (±)-DL-lactic), lactobionic, maleic, apple, (-)-apple, malonic, (±)-DL-almond, methanesulfonic, naphthalene- 2-sulfonic, naphthalene-1,5-disulfonic, 1-hydroxy-2-naphthoic, nicotinic, nitric, oleic, orotic, oxalic, palmitic, pamic, phosphoric, propionic, pyruvic, L-pyroglutamine, salicylic, 4-amino-salicylic, sebacic, stearic, succinic, sulfuric, tannic, (+)-G-tartaric. thiocyanic, p-toluenesulfonic, undecylenic and valeric acids, as well as acylated amino acids and cation exchange resins.

Одна конкретная группа солей состоит из солей, образованных из уксусной, хлористоводородной, йодистоводородной, фосфорной, азотной, серной, лимонной, молочной, янтарной, малеиновой, яблочной, изетионовой, фумаровой, бензолсульфоновой, толуолсульфоновой, серной, метансульфоновой (мезилат), этансульфоновой, нафталинсульфоновой, валериановой, пропановой, бутановой, малоновой, глюкуроновой и лактобионовой кислот. Одной конкретной солью является гидрохлорид. Другой конкретной солью является ацетат.One particular group of salts consists of salts formed from acetic, hydrochloric, hydroiodic, phosphoric, nitric, sulfuric, citric, lactic, succinic, maleic, malic, isethionic, fumaric, benzenesulfonic, toluenesulfonic, sulfuric, methanesulfonic (mesylate), ethanesulfonic, naphthalene sulfonic , valeric, propane, butanoic, malonic, glucuronic and lactobionic acids. One particular salt is the hydrochloride. Another specific salt is acetate.

Если соединение является анионным или имеет функциональную группу, которая может быть анионной (например, -СООН может находиться в форме аниона -СОО-), то соль может быть образована с органическим или неорганическим основанием, генерирующим подходящий катион. Примеры подходящих неорганических катионов включают, но этим не ограничивая, ионы щелочных металлов, такие как Li+, Na+ и K+, катионы щелочно-земельных металлов, такие как Ca2+ и Mg2+, и другие катионы, такие как Al3+ или Zn+. Примеры подходящих органических катионов включают, но этим не ограничивая, ион аммония (то есть, NH4+) и ионы замещенного аммония (например, NH3R+, NH2R2+, NHR3+, NR4+). Примерами некоторых подходящих замещенных ионов аммония являются ионы, которые образованы из метиламина, этиламина, диэтиламина, пропиламина, дициклогексиламина, триэтиламина, бутиламина, этилендиамина, этаноламина, диэтаноламина, пиперазина, бензиламина, фенилбензиламина, холина, меглумина и трометамина, а также аминокислот, таких как лизин и аргинин. Примером типичного иона четвертичного аммония является N(CH3)4 +.If the compound is anionic or has a functional group that can be anionic (for example, -COOH can be in the form of the anion -COO-), then the salt can be formed with an organic or inorganic base generating a suitable cation. Examples of suitable inorganic cations include, but are not limited to, alkali metal ions such as Li + , Na + and K + , alkaline earth metal cations such as Ca 2+ and Mg2 + , and other cations such as Al 3+ or Zn + . Examples of suitable organic cations include, but are not limited to, ammonium ion (ie, NH4 + ) and substituted ammonium ions (eg, NH3R + , NH2R2+, NHR3 + , NR4 + ). Examples of some suitable substituted ammonium ions are those formed from methylamine, ethylamine, diethylamine, propylamine, dicyclohexylamine, triethylamine, butylamine, ethylenediamine, ethanolamine, diethanolamine, piperazine, benzylamine, phenylbenzylamine, choline, meglumine and tromethamine, as well as amino acids such as lysine and arginine. An example of a typical quaternary ammonium ion is N(CH 3 ) 4 + .

Когда соединения по изобретению содержат аминную функциональность, они могут образовывать четвертичные аммониевые соли, например, путем реакции с алкилирующим агентом в соответствии с методами, хорошо известными специалисту в данной области. Такие соединения четвертичного аммония входят в объем изобретения.When the compounds of the invention contain amine functionality, they can form quaternary ammonium salts, for example, by reaction with an alkylating agent in accordance with methods well known to one skilled in the art. Such quaternary ammonium compounds are within the scope of the invention.

Модифицированные производные.Modified derivatives.

Следует иметь в виду, что описанные в изобретении модифицированные производные пептидных лигандов входят в объем настоящего изобретения. Примеры таких подходящих модифицированных производных включают одну или более модификаций, выбранных из N-концевых и/или С-концевых модиIt should be understood that the modified peptide ligand derivatives described herein are within the scope of the present invention. Examples of such suitable modified derivatives include one or more modifications selected from N-terminal and/or C-terminal modi

- 6 046294 фикаций; замены одного или более аминокислотных остатков одним или более неприродными аминокислотными остатками (например, замены одного или более полярных аминокислотных остатков одной или более изостерическими или изоэлектронными аминокислотами; замены одного или более неполярных аминокислотных остатков другими неприродными изостерическими или изоэлектронными аминокислотами); добавления спейсерной группы; замены одного или более чувствительных к окислению аминокислотных остатков одним или более устойчивыми к окислению аминокислотными остатками; замены одного или более аминокислотных остатков на аланин, замены одного или более Lаминокислотных остатков одним или более D-аминокислотными остатками; N-алкилирования одной или более амидных связей внутри бициклического пептидного лиганда; замены одной или более пептидных связей суррогатной связью; модификации длины главной цепи пептида; замены водорода на альфауглероде одного или нескольких аминокислотных остатков другой химической группой, модификации аминокислот, таких как цистеин, лизин, глутамат/аспартат и тирозин, подходящими аминами, тиолами, карбоновой кислотой и реагентами, взаимодействующими с фенолом, для функционализации указанных аминокислот, и введения или замены на аминокислоты, которые вводят ортогональные реакционноспособные группы, которые подходят для функционализации, например, аминокислоты, несущие азидные или алкиновые группы, которые позволяют функционализировать с помощью алкиновых или несущих азид фрагментов, соответственно.- 6 046294 fications; replacing one or more amino acid residues with one or more unnatural amino acid residues (for example, replacing one or more polar amino acid residues with one or more isosteric or isoelectronic amino acids; replacing one or more non-polar amino acid residues with other unnatural isosteric or isoelectronic amino acids); adding a spacer group; replacing one or more oxidation-sensitive amino acid residues with one or more oxidation-resistant amino acid residues; replacing one or more amino acid residues with alanine, replacing one or more L-amino acid residues with one or more D-amino acid residues; N-alkylation of one or more amide bonds within the bicyclic peptide ligand; replacing one or more peptide bonds with a surrogate bond; modification of the length of the peptide main chain; replacing the hydrogen on the alpha carbon of one or more amino acid residues with another chemical group, modifying amino acids such as cysteine, lysine, glutamate/aspartate, and tyrosine with suitable amines, thiols, carboxylic acids, and phenol-reactive reagents to functionalize said amino acids, and introducing or substitutions with amino acids that introduce orthogonal reactive groups that are suitable for functionalization, for example, amino acids bearing azide or alkyne groups, which allow functionalization with alkyne or azide-bearing moieties, respectively.

В одном варианте осуществления, модифицированное производное включает N-концевую и/или Cконцевую модификацию. В дополнительном варианте осуществления, в котором модифицированное производное включает N-концевую модификацию с использованием подходящих химических реакций с аминогруппой, и/или C-концевую модификацию с использованием подходящих химических реакций с карбоксильной группой. В дополнительном варианте осуществления, указанная N-концевая или Cконцевая модификация включает введение эффекторной группы, включая, но этим не ограничивая, цитотоксическое средство, радиоактивное хелатирующее вещество или хромофор.In one embodiment, the modified derivative includes an N-terminal and/or C-terminal modification. In a further embodiment, wherein the modified derivative comprises N-terminal modification using suitable chemistry with an amino group, and/or C-terminal modification using suitable chemistry with a carboxyl group. In a further embodiment, said N-terminal or C-terminal modification includes the introduction of an effector group, including, but not limited to, a cytotoxic agent, a radiochelating agent, or a chromophore.

В дополнительном варианте осуществления, модифицированное производное включает Nконцевую модификацию. В дополнительном варианте осуществления, N-концевая модификация включает N-концевую ацетильную группу. В этом варианте осуществления, N-концевую цистеиновую группу (группу, обозначаемую в изобретении как Ci) блокируют с помощью уксусного ангидрида или других подходящих реагентов в процессе синтеза пептида, что приводит к образованию молекулы с ацетилированным N-концом. В этом варианте осуществления обеспечивается преимущество, связанное с удалением потенциальной точки распознавания аминопептидаз и предотвращением возможной деградации бициклического пептида.In a further embodiment, the modified derivative includes an N-terminal modification. In a further embodiment, the N-terminal modification includes an N-terminal acetyl group. In this embodiment, the N-terminal cysteine group (a group referred to herein as Ci) is blocked with acetic anhydride or other suitable reagents during peptide synthesis, resulting in the formation of a molecule with an acetylated N-terminus. This embodiment provides the advantage of removing a potential aminopeptidase recognition site and preventing possible degradation of the bicyclic peptide.

В альтернативном варианте осуществления, N-концевая модификация включает введение молекулярной спейсерной группы, которая облегчает конъюгацию эффекторных групп и способствует сохранению активности бициклического пептида в отношении его мишени.In an alternative embodiment, the N-terminal modification includes the introduction of a molecular spacer group that facilitates the conjugation of effector groups and helps maintain the activity of the bicyclic peptide towards its target.

В дополнительном варианте осуществления, модифицированное производное включает Cконцевую модификацию. В дополнительном варианте осуществления, C-концевая модификация включает амидную группу. В этом варианте осуществления, C-концевую цистеиновую группу (обозначаемая в изобретении как Ciii) синтезирую в форме амида в процессе синтеза пептида, что приводит к образованию молекулы с амидированным C-концом. В этом варианте осуществления обеспечивается преимущество, связанное с удалением потенциальной точки распознавания карбоксипептидазы и снижением вероятности протеолитической деградации бициклического пептида.In a further embodiment, the modified derivative includes a C-terminal modification. In a further embodiment, the C-terminal modification includes an amide group. In this embodiment, the C-terminal cysteine group (referred to in the invention as C iii ) is synthesized in the amide form during peptide synthesis, resulting in the formation of a molecule with an amidated C-terminus. This embodiment provides the benefit of removing a potential carboxypeptidase recognition site and reducing the likelihood of proteolytic degradation of the bicyclic peptide.

В одном варианте осуществления, модифицированное производное включает замену одного или более аминокислотных остатков одним или более остатками неприродных аминокислот. В этом варианте осуществления, могут быть выбраны неприродные аминокислоты, имеющие изостерические/изоэлектронные боковые цепи, которые не распознаются деградирующими протеазами и не оказывают никакого неблагоприятного воздействия на эффективность в отношении мишени.In one embodiment, the modified derivative includes replacing one or more amino acid residues with one or more unnatural amino acid residues. In this embodiment, unnatural amino acids may be selected having isosteric/isoelectronic side chains that are not recognized by degradative proteases and do not have any adverse effect on target efficacy.

В качестве варианта, могут быть использованы неприродные аминокислоты, имеющие стерически затрудненные аминокислотные боковые цепи, в результате чего конформационно и стерически затруднен протеолитический гидролиз соседней пептидной связи. В частности, они относятся к аналогам пролина, объемным боковым цепям, Ca-дизамещенным производным (например, аминоизомасляной кислоте, Aib) и циклическим аминокислотам, простым производным которых является аминоциклопропилкарбоновая кислота.Alternatively, unnatural amino acids may be used that have sterically hindered amino acid side chains, resulting in conformationally and sterically hindering proteolytic hydrolysis of the adjacent peptide bond. In particular, they refer to proline analogues, bulky side chains, Ca-disubstituted derivatives (eg aminoisobutyric acid, Aib) and cyclic amino acids, the simple derivative of which is aminocyclopropylcarboxylic acid.

В одном варианте осуществления, модифицированное производное включает добавление спейсерной группы. В дополнительном варианте осуществления, модифицированное производное включает добавление спейсерной группы к N-концевому цистеину (Ci) и/или к C-концевому цистеину (Ciii).In one embodiment, the modified derivative includes the addition of a spacer group. In a further embodiment, the modified derivative includes the addition of a spacer group to the N-terminal cysteine (Ci) and/or to the C-terminal cysteine (Ciii).

B одном варианте осуществления, модифицированное производное включает замену одного или более чувствительных к окислению аминокислотных остатков одним или более устойчивыми к окислению аминокислотными остатками. В другом варианте осуществления, модифицированное производное включает замену остатка триптофана остатком нафтилаланина или аланина. Этот вариант осуществления обеспечивает преимущество, связанное с улучшением профиля фармацевтической стабильности полученного бициклического пептидного лиганда.In one embodiment, the modified derivative includes replacing one or more oxidation-sensitive amino acid residues with one or more oxidation-stable amino acid residues. In another embodiment, the modified derivative includes replacing the tryptophan residue with a naphthylalanine or alanine residue. This embodiment provides the benefit of improving the pharmaceutical stability profile of the resulting bicyclic peptide ligand.

- 7 046294- 7 046294

В одном варианте осуществления, модифицированное производное включает замену одного или более заряженных аминокислотных остатков одним или более гидрофобными аминокислотными остатками. В альтернативном варианте осуществления, модифицированное производное включает замену одного или более гидрофобных аминокислотных остатков одним или более заряженными аминокислотными остатками. Благоприятный баланс между заряженными и гидрофобными аминокислотными остатками является важной характеристикой бициклических пептидных лигандов. Например, гидрофобные аминокислотные остатки влияют на степень связывания с белками плазмы и, таким образом, на концентрацию доступной свободной фракции в плазме, в то время как заряженные аминокислотные остатки (в частности, аргинин) могут влиять на взаимодействие пептида с фосфолипидными мембранами на поверхности клеток. Эти два типа остатков в комбинации могут влиять на период полувыведения, объем распределения и воздействие пептидного лекарственного средства, и могут быть подобраны в соответствии с требуемым клиническим результатом. Кроме того, благоприятная комбинация и число заряженных аминокислотных остатков относительно гидрофобных аминокислотных остатков могут снижать раздражение в месте инъекции (при подкожном введении пептидного лекарственного средства).In one embodiment, the modified derivative includes replacing one or more charged amino acid residues with one or more hydrophobic amino acid residues. In an alternative embodiment, the modified derivative includes replacing one or more hydrophobic amino acid residues with one or more charged amino acid residues. A favorable balance between charged and hydrophobic amino acid residues is an important characteristic of bicyclic peptide ligands. For example, hydrophobic amino acid residues influence the degree of binding to plasma proteins and, thus, the concentration of the available free fraction in plasma, while charged amino acid residues (in particular, arginine) can influence the interaction of the peptide with phospholipid membranes on the cell surface. These two types of residues in combination can influence the half-life, volume of distribution and exposure of the peptide drug, and can be selected according to the desired clinical outcome. In addition, the favorable combination and number of charged amino acid residues relative to hydrophobic amino acid residues can reduce irritation at the injection site (when the peptide drug is administered subcutaneously).

В одном варианте осуществления, модифицированное производное включает замену одного или более остатков L-аминокислоты одним или более остатками D-аминокислоты. В этом варианте осуществления предполагается, что такая замена позволяет повысить протеолитическую устойчивость за счет стерических затруднений и за счет способности D-аминокислоты стабилизировать конформационную изомерию (Tugyi et al (2005) PNAS, 102(2), 413-418).In one embodiment, the modified derivative includes replacing one or more L-amino acid residues with one or more D-amino acid residues. In this embodiment, it is believed that such a substitution allows for increased proteolytic stability due to steric hindrance and due to the ability of the D-amino acid to stabilize conformational isomerism (Tugyi et al (2005) PNAS, 102(2), 413-418).

В одном варианте осуществления, модифицированное производное включает удаление любых аминокислотных остатков и замену их аланинами. В этом варианте осуществления обеспечивается преимущество, связанное с удалением потенциального места (мест) протеолитической атаки.In one embodiment, the modified derivative includes removing any amino acid residues and replacing them with alanines. This embodiment provides the benefit of removing potential site(s) of proteolytic attack.

Следует отметить, что каждая из упомянутых выше модификаций предназначена для планируемого повышения активности или стабильности пептида. Дополнительное повышение активности путем модификаций может быть достигнуто на основе следующих механизмов:It should be noted that each of the modifications mentioned above is intended to increase the activity or stability of the peptide in a intended manner. Additional increases in activity through modifications can be achieved based on the following mechanisms:

введение гидрофобных фрагментов, которые обеспечивают гидрофобный эффект и приводят к более низким скоростям диссоциации, в результате чего достигаются более высокие степени аффинности;introduction of hydrophobic moieties, which provide a hydrophobic effect and lead to lower dissociation rates, resulting in higher degrees of affinity;

введение заряженных групп, которые обеспечивают ионные взаимодействия дальнего порядка, что приводит к более высоким скоростям ассоциации и к более высоким степеням аффинности (смотрите, например, Schreiber et al, Rapid, electrostatically assisted association of proteins (1996), Nature Struct. Biol. 3, 427-31); и введение в пептид дополнительных ограничений степеней свободы путем, например, правильного выбора ограничения степеней свободы боковых цепей аминокислоты, благодаря чему минимизируется потеря энтропии при связывании с мишенью, ограничения степеней свободы торсионных углов основной цепи, благодаря чему минимизируется потеря энтропии при связывании с мишенью, и путем введения дополнительных циклов в молекулу по тем же самым причинам (обзорную информацию можно найти в публикациях Gentilucci et al, Curr. Pharmaceutical Design, (2010), 16, 3185-203, и Nestor et al, Curr. Medicinal Chem (2009), 16, 4399-418).introduction of charged groups that provide long-range ionic interactions, resulting in higher rates of association and higher degrees of affinity (see, for example, Schreiber et al, Rapid, electrostatically assisted association of proteins (1996), Nature Struct. Biol. 3 , 427-31); and introducing additional degrees of freedom restrictions into the peptide by, for example, properly selecting the degrees of freedom restrictions of the amino acid side chains, thereby minimizing the loss of entropy upon binding to the target, limiting the degrees of freedom of the torsion angles of the main chain, thereby minimizing the loss of entropy upon binding to the target, and by introducing additional rings into the molecule for the same reasons (for a review, see Gentilucci et al, Curr. Pharmaceutical Design, (2010), 16, 3185-203, and Nestor et al, Curr. Medicinal Chem (2009), 16, 4399-418).

Изотопные варианты.Isotopic options.

Настоящее изобретение включает все фармацевтически приемлемые (радиоактивно)изотопномеченые пептидные лиганды по изобретению, в которых один или более атомов заменены атомами, имеющими тот же атомный номер, но атомную массу или массовое число, отличное от атомной массы или массового числа, обычно встречающихся в природе, и пептидные лиганды по изобретению, к которым присоединены хелатирующие металлы группы (называемые эффекторными), которые способны удерживать соответствующие (радиоактивные)изотопы, и пептидные лиганды по изобретению, в которых некоторые функциональные группы ковалентно заменены соответствующими (радиоактивными)изотопами или изотопно-мечеными функциональными группами.The present invention includes all pharmaceutically acceptable (radio)isotopically labeled peptide ligands of the invention in which one or more atoms are replaced by atoms having the same atomic number, but an atomic mass or mass number different from the atomic mass or mass number typically found in nature, and peptide ligands of the invention to which are attached metal chelating groups (called effectors) that are capable of retaining the corresponding (radioactive) isotopes, and peptide ligands of the invention in which certain functional groups are covalently replaced by the corresponding (radioactive) isotopes or isotopically labeled functional groups .

Примеры изотопов, подходящих для введения в пептидные лиганды по изобретению, включают изотопы водорода, такие как 2H (D) и 3H (T), углерода, такие как 11C, 13C и 14C, хлора, такие как 36Cl, фтора, такие как 18F, йода, такие как 123I, 125I и 131I, азота, такие как 13N и 15N, кислорода, такие как 15O, 17O и 18O, фосфора, такие как 32P, серы, такие как 35S, меди, такие как 64Cu, галлия, такие как 67Ga или 68Ga, иттрия, такие как 90Y, и лютеция, такие как 177Lu, и висмута, такие как 213Bi.Examples of isotopes suitable for inclusion in the peptide ligands of the invention include isotopes of hydrogen such as 2 H (D) and 3 H (T), carbon such as 11 C, 13 C and 14 C, chlorine such as 36 Cl, fluorine such as 18F, iodine such as 123 I, 125 I and 131 I, nitrogen such as 13 N and 15 N, oxygen such as 15 O, 17 O and 18 O, phosphorus such as 32 P, sulfur , such as 35 S, copper, such as 64 Cu, gallium, such as 67 Ga or 68 Ga, yttrium, such as 90 Y, and lutetium, such as 177 Lu, and bismuth, such as 213 Bi.

Конкретные изотопно-меченые пептидные лиганды по изобретению, например, те, в которые введен радиоактивный изотоп, могут применяться в исследованиях распределения лекарственных соединений и/или субстратов в тканях, а также для клинической оценки присутствия и/или отсутствия мишени нектина-4 в пораженных тканях. Пептидные лиганды по изобретению могут дополнительно обладать ценными диагностическими свойствами, в силу чего они могут применяться для детекции или идентификации образования комплекса между меченым соединением и другими молекулами, пептидами, белками, ферментами или рецепторами. В методах детекции или идентификации могут использоваться соединения, которые мечены с помощью наносящих метку средств, таких как радиоизотопы, ферменты, флуоресцирующие вещества, люминесцирующие вещества (например, люминол, производные люминола, люциферин, экворин и люцифераза), и так далее. В частности, с этой целью могут применяться раThe specific isotopically labeled peptide ligands of the invention, such as those incorporated with a radioactive isotope, may be used in tissue distribution studies of drug compounds and/or substrates, as well as for clinical assessment of the presence and/or absence of the nectin-4 target in diseased tissues . The peptide ligands of the invention may additionally have valuable diagnostic properties whereby they can be used to detect or identify the formation of a complex between a labeled compound and other molecules, peptides, proteins, enzymes or receptors. Detection or identification methods may use compounds that are labeled with labeling agents such as radioisotopes, enzymes, fluorescent substances, luminescent substances (eg, luminol, luminol derivatives, luciferin, aequorin and luciferase), and so on. In particular, for this purpose the following can be used:

- 8 046294 диоактивные изотопы тритий, то есть 3H (T), и углерод-14, то есть 14C, в виду простоты их введения и доступности средств для их детекции.- 8 046294 dioactive isotopes of tritium, that is, 3 H (T), and carbon-14, that is, 14 C, due to the ease of their administration and the availability of means for their detection.

Замещение с помощью более тяжелых изотопов, таких как дейтерий, то есть 2H (D), может давать определенные терапевтические преимущества, обусловленные более высокой метаболической стабильностью, например, повышение in vivo периода полувыведения или снижение величины необходимой дозы, и, следовательно, может быть предпочтительным при некоторых обстоятельствах.Substitution with heavier isotopes such as deuterium, i.e. 2H (D), may provide certain therapeutic benefits due to greater metabolic stability, such as increased in vivo half-life or reduced dose requirement, and may therefore be preferable in some circumstances.

Замещение с помощью позитрон-активных изотопов, таких как 11C, 18F, 15O и 13N, может применяться при проведении исследований методом позитронно-эмиссионная томография (PET) с целью определения степени занятости мишени.Substitution with positron-active isotopes such as 11C, 18F , 15O and 13N can be used in positron emission tomography (PET) studies to determine the degree of target occupancy.

Меченые изотопами соединения пептидных лигандов по изобретению, могут быть получены, как правило, обычными методами, известными специалистам в данной области, или методами, аналогичными методам, которые описаны в приводимых в изобретении примерах, путем использования соответствующего меченого изотопом реагента вместо применяемого ранее немеченого реагента.The isotope-labeled peptide ligand compounds of the invention can generally be prepared by conventional methods known to those skilled in the art, or by methods similar to those described in the examples herein, by using an appropriate isotope-labeled reagent in place of the previously used unlabeled reagent.

Синтез.Synthesis.

Пептиды по настоящему изобретению могут быть получены синтетическим путем стандартными методами с последующей реакцией с молекулярным каркасом in vitro. После завершения этого процесса, могут быть использованы стандартные методы химии. Это позволяет быстро получать в большом количестве растворимый материал для проведения последующих экспериментов или валидации. Такие методы могут быть осуществлены с использованием традиционных химических методик, таких как описанные в упомянутой выше публикации Timmerman et al.The peptides of the present invention can be prepared synthetically by standard methods followed by reaction with a molecular scaffold in vitro. Once this process is complete, standard chemistry techniques can be used. This allows you to quickly obtain large quantities of soluble material for subsequent experiments or validation. Such methods can be carried out using traditional chemical techniques, such as those described in the above-mentioned publication by Timmerman et al.

Поэтому, изобретение также относится к получению полипептидов или конъюгатов, выбранных как указано в изобретении, где получение включает необязательные дополнительные стадии, разъясняемые ниже. В одном варианте осуществления, эти стадии проводят на конечном продукте полипептид/конъюгат, полученном химическим синтезом.Therefore, the invention also relates to the production of polypeptides or conjugates selected as specified in the invention, where the production includes optional additional steps explained below. In one embodiment, these steps are carried out on the final polypeptide/conjugate product obtained by chemical synthesis.

Аминокислотные остатки в представляющем интерес полипептиде могут быть необязательно замещены при получении конъюгата или комплекса.Amino acid residues in the polypeptide of interest may optionally be substituted to form a conjugate or complex.

Пептиды могут быть также удлинены, например, для того чтобы ввести еще одну петлю и, следовательно, для достижения множественной специфичности.Peptides can also be extended, for example to introduce another loop and therefore achieve multiple specificities.

Чтобы удлинить пептид, его можно просто удлинить химическими методами по его N-концу или Сконцу или внутри петель с использованием ортогонально защищенных лизинов (и их аналогов) с использованием стандартных методов твердофазного синтеза или методов синтеза в растворе. Для введения активированного или активируемого N- или С-конца могут быть использованы стандартные методики (био)конъюгации. В качестве варианта, добавления могут быть осуществлены фрагментарной конденсацией или нативным химическим лигированием, например, как описано в публикации Dawson et al. 1994. Synthesis Proteins by Native Chemical Ligation. Science 266:776-779, или с помощью ферментов, например, используя субтилигазу, как это описано в публикациях Chang et al. Proc Natl Acad Sci USA. 1994 Dec 20; 91(26):12544-8 или Hikari et al Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters Volume 18, Issue 22, 15 November 2008, Pages 6000-6003.To extend a peptide, it can simply be extended chemically at its N-terminus or C-terminus or within loops using orthogonally protected lysines (and their analogues) using standard solid-phase or solution synthesis methods. Standard (bio)conjugation techniques can be used to introduce an activated or activated N- or C-terminus. Alternatively, additions can be made by fragmentary condensation or native chemical ligation, for example, as described in Dawson et al. 1994. Synthesis of Proteins by Native Chemical Ligation. Science 266:776-779, or by enzymes, for example using subtiligase as described in Chang et al. Proc Natl Acad Sci USA. 1994 Dec 20; 91(26):12544-8 or Hikari et al Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters Volume 18, Issue 22, 15 November 2008, Pages 6000-6003.

В качестве варианта, пептиды могут быть удлинены или модифицированы путем дальнейшей конъюгации за счет использования дисульфидных связей. Этот подход имеет дополнительное преимущество, обусловленное тем, что он позволяет разъединение друг от друга первого и второго пептидов сразу после попадания в восстановительную среду клетки. В этом случае, молекулярный каркас (например, TATA) может быть добавлен в процессе химического синтеза первого пептида, для того чтобы прореагировать с тремя цистеиновыми группами; затем к N- или С-концу первого пептида может быть присоединен дополнительный цистеин или тиол, вследствие чего этот цистеин или тиол реагирует только со свободным цистеином или тиолом вторых пептидов, образуя связанный дисульфидной связью бициклический конъюгат пептид-пептид.Alternatively, the peptides can be extended or modified by further conjugation through the use of disulfide bonds. This approach has the additional advantage that it allows the first and second peptides to be separated from each other immediately after entering the reducing environment of the cell. In this case, a molecular scaffold (eg TATA) can be added during the chemical synthesis of the first peptide in order to react with the three cysteine groups; an additional cysteine or thiol can then be attached to the N- or C-terminus of the first peptide, whereby this cysteine or thiol reacts only with the free cysteine or thiol of the second peptides, forming a disulfide-linked bicyclic peptide-peptide conjugate.

Аналогичные методы в равной степени применимы к синтезу/связыванию двух бициклических и биспецифичных макроциклов, что позволяет создавать тетраспецифичные молекулы.Similar methods are equally applicable to the synthesis/linking of two bicyclic and bispecific macrocycles, allowing the creation of tetraspecific molecules.

Кроме того, аналогичным образом может быть осуществлено добавление других функциональных групп или эффекторных групп, путем использования соответствующих химических реакций, присоединения на N- или C-концах или через боковые цепи. В одном варианте осуществления, присоединение осуществляют таким образом, что оно не блокирует активность ни одного объекта.In addition, the addition of other functional groups or effector groups can be accomplished in a similar manner by using appropriate chemistry, addition at the N- or C-termini, or through side chains. In one embodiment, the attachment is carried out in such a way that it does not block the activity of any entity.

Фармацевтические композиции.Pharmaceutical compositions.

Согласно дополнительному аспекту изобретения, предлагается фармацевтическая композиция, включающая определенный в изобретении пептидный лиганд в комбинации с одним или более фармацевтически приемлемыми вспомогательными веществами.According to a further aspect of the invention, there is provided a pharmaceutical composition comprising a peptide ligand as defined herein in combination with one or more pharmaceutically acceptable excipients.

Как правило, пептидные лиганды по настоящему изобретению должны использоваться в очищенной форме вместе с фармакологически приемлемыми вспомогательными веществами или носителями. Обычно, эти вспомогательные вещества или носители включают водный или спиртовые/водные растворы, эмульсии или суспензии, в том числе физиологический раствор и/или забуференные среды. Среды для парентерального введения включают раствор хлорида натрия, раствор Рингера с декстрозой, растворIn general, the peptide ligands of the present invention will be used in purified form together with pharmacologically acceptable excipients or carriers. Typically, these excipients or carriers include aqueous or alcohol/aqueous solutions, emulsions or suspensions, including saline and/or buffered media. Media for parenteral administration include sodium chloride solution, Ringer's dextrose solution,

- 9 046294 декстрозы и хлорида натрия и раствор Рингера с лактатом. Подходящие физиологически приемлемые вспомогательные вещества, если необходимо поддерживать полипептидный комплекс в форме суспензии, могут быть выбраны из загустителей, таких как карбоксиметилцеллюлоза, поливинилпирролидон, желатин и альгинаты.- 9 046294 dextrose and sodium chloride and lactated Ringer's solution. Suitable physiologically acceptable excipients, if it is necessary to maintain the polypeptide complex in the form of a suspension, can be selected from thickening agents such as carboxymethylcellulose, polyvinylpyrrolidone, gelatin and alginates.

Среды для внутривенного введения включают жидкость и средства для восполнения питательных веществ и средства для восстановления содержания электролитов, такие как растворы Рингера с декстрозой. Также могут присутствовать консерванты и другие добавки, такие как противомикробные средства, антиоксиданты, хелатирующие средства и инертные газы (Mack (1982) Remington's Pharmaceutical Sciences, 16th Edition).IV media include fluid and nutrient replenishment agents and electrolyte replenishment agents, such as dextrose Ringer's solutions. Preservatives and other additives such as antimicrobials, antioxidants, chelating agents and inert gases may also be present (Mack (1982) Remington's Pharmaceutical Sciences, 16th Edition).

Пептидные лиганды по настоящему изобретению могут быть использованы в форме отдельно вводимых композиций или в сочетании с другими лекарственными средствами. Они могут включать антитела, фрагменты антител и различные иммунотерапевтические препараты, такие как циклоспорин, метотрексат, адриамицин или цисплатин, а также иммунотоксины. Фармацевтические композиции могут включать коктейли из различных цитотоксических или других лекарственных средств в сочетании с белковыми лигандами по настоящему изобретению или даже в комбинации с выбранными полипептидами по настоящему изобретению, обладающими различной специфичностью, такими как полипептиды, выбранные с использованием различных целевых лиганд, независимо от того, объединят ли их или не объединяют перед введением.The peptide ligands of the present invention can be used in the form of separately administered compositions or in combination with other drugs. These may include antibodies, antibody fragments and various immunotherapy drugs such as cyclosporine, methotrexate, adriamycin or cisplatin, as well as immunotoxins. Pharmaceutical compositions may include cocktails of various cytotoxic or other drugs in combination with protein ligands of the present invention or even in combination with selected polypeptides of the present invention having different specificities, such as polypeptides selected using different target ligands, regardless of whether they are combined or not combined before administration.

Способ введения фармацевтических композиций по изобретению может представлять собой любой из способов, хорошо известных специалистам в данной области. С целью проведения терапии, пептидные лиганды по изобретению могут быть введены любому пациенту стандартными способами. Введение может быть осуществлено любым подходящим способом, включая парентеральный, внутривенный, внутримышечный, интраперитонеальный, трансдермальный способы введения, путем ингаляции или, в случае необходимости, путем прямой инфузии через катетер. Предпочтительно вводить фармацевтические композиции по изобретению путем ингаляции. Доза и частота введения будут зависеть от возраста, пола и состояния пациента, одновременного введения других лекарственных средств, противопоказаний и других параметров, которые должны учитываться лечащим врачом.The method of administration of the pharmaceutical compositions of the invention may be any of the methods well known to those skilled in the art. For the purpose of therapy, the peptide ligands of the invention can be administered to any patient by standard methods. Administration may be by any suitable route, including parenteral, intravenous, intramuscular, intraperitoneal, transdermal, inhalation, or, if necessary, direct infusion through a catheter. It is preferable to administer the pharmaceutical compositions of the invention by inhalation. The dose and frequency of administration will depend on the age, gender and condition of the patient, simultaneous administration of other drugs, contraindications and other parameters that must be taken into account by the attending physician.

Пептидные лиганды по настоящему изобретению могут быть лиофилизированы для хранения и затем диспергированы в подходящей среде перед использованием. Было показано, что этот подход является эффективным, и могут быть использованы известные в данной области методы лиофилизации и диспергирования. Для специалистов в данной области является очевидным, что лиофилизация и диспергирование могут приводить к потере в различной степени активности, и что может потребоваться корректировка уровней в сторону увеличения для компенсации этих потерь.The peptide ligands of the present invention can be lyophilized for storage and then dispersed in a suitable medium before use. This approach has been shown to be effective and lyophilization and dispersion techniques known in the art can be used. It will be apparent to those skilled in the art that lyophilization and dispersion may result in varying degrees of loss of activity, and that levels may need to be adjusted upward to compensate for these losses.

Композиции, содержащие пептидные лиганды по настоящему изобретению или их коктейль, могут быть введены с целью профилактического и/или терапевтического лечения. В некоторых вариантах терапевтического применения, количество, достаточное для достижения, по меньшей мере, частичного ингибирования, подавления, модуляции, уничтожения или какого-либо другого измеримого параметра популяции выбранных клеток, определяется как терапевтически эффективная доза. Количества, необходимые для достижения этой дозы, будут зависеть от тяжести заболевания и общего состояния собственной иммунной системы пациента, и они обычно изменяются в диапазоне от 0,005 до 5,0 мг выбранного пептидного лиганда на килограмм массы тела, причем чаще всего используют дозы от 0,05 до 2,0 мг/кг/доза. Для профилактических целей, композиции, содержащие пептидные лиганды по настоящему изобретению или их смеси, могут быть также введены в аналогичных или чуть более низких дозах.Compositions containing the peptide ligands of the present invention or a cocktail thereof can be administered for the purpose of prophylactic and/or therapeutic treatment. In some therapeutic applications, an amount sufficient to achieve at least partial inhibition, suppression, modulation, killing, or some other measurable parameter of the population of selected cells is defined as a therapeutically effective dose. The amounts required to achieve this dose will depend on the severity of the disease and the general condition of the patient's own immune system, and they usually range from 0.005 to 5.0 mg of the selected peptide ligand per kilogram of body weight, with doses of 0.0. 05 to 2.0 mg/kg/dose. For prophylactic purposes, compositions containing the peptide ligands of the present invention or mixtures thereof may also be administered in similar or slightly lower doses.

Композиция, содержащая пептидный лиганд по настоящему изобретению, может быть использована в профилактических и терапевтических целях для содействия изменению, инактивации, уничтожению или удалению выбранной популяции клеток-мишеней у млекопитающего. Кроме того, описанные в изобретении пептидные лиганды могут быть использованы экстракорпорально или селективно in vitro для уничтожения, истощения или иного эффективного удаления популяции клеток-мишеней из гетерогенного набора клеток. Кровь млекопитающего может быть экстракорпорально объединена с выбранными пептидными лигандами, в результате чего нежелательные клетки уничтожаются или иным образом удаляются из крови, которую затем возвращают млекопитающему, используя стандартные методы.A composition containing a peptide ligand of the present invention can be used for prophylactic and therapeutic purposes to promote the modification, inactivation, destruction or removal of a selected population of target cells in a mammal. In addition, the peptide ligands described herein can be used in vitro or selectively in vitro to kill, deplete, or otherwise effectively remove a population of target cells from a heterogeneous set of cells. The mammal's blood can be combined extracorporeally with selected peptide ligands, causing unwanted cells to be killed or otherwise removed from the blood, which is then returned to the mammal using standard methods.

Терапевтическое применение.Therapeutic use.

Согласно дополнительному аспекту изобретения, предлагается фармацевтическая композиция, включающая указанный в изобретении гетеротандемный бициклический пептидный комплекс для применения с целью предотвращения, подавления или лечения рака.According to a further aspect of the invention, there is provided a pharmaceutical composition comprising a heterotandem bicyclic peptide complex as defined herein for use in the prevention, suppression or treatment of cancer.

Примеры видов рака (и их доброкачественных аналогов), которые могут быть подвергнуты лечению (или подавлены) включают, но этим не ограничивая, опухоли эпителиального происхождения (аденомы и карциномы различных типов, включая аденокарциномы, плоскоклеточный рак, переходные клеточные карциномы и другие карциномы), такие как карциномы мочевого пузыря и мочевых путей, молочной железы, желудочно-кишечного тракта (включая карциномы пищевода, желудка (желудочные), тонкой кишки, толстой кишки, прямой кишки и заднего прохода), печени (гепатоцеллюлярную карциному), желчного пузыря и желчевыделительной системы, экзокринной части поджелудочной железы, поExamples of cancers (and their benign counterparts) that may be treated (or suppressed) include, but are not limited to, tumors of epithelial origin (adenomas and carcinomas of various types, including adenocarcinomas, squamous cell carcinomas, transitional cell carcinomas and other carcinomas), such as carcinomas of the bladder and urinary tract, breast, gastrointestinal tract (including carcinomas of the esophagus, stomach (gastric), small intestine, colon, rectum and anus), liver (hepatocellular carcinoma), gallbladder and biliary system , exocrine part of the pancreas, by

- 10 046294 чек, легких (например, аденокарциномы, мелкоклеточные карциномы легких, немелкоклеточные карциномы легких, бронхоальвеолярные карциномы и мезотелиомы), карциномы головы и шеи (например, рак языка, ротовой полости, гортани, глотки, носоглотки, миндалин, слюнных желез, полости носа и околоносовых пазух), яичников, маточных труб, брюшной полости, влагалища, вульвы, пениса, шейки матки, миометрия, эндометрия, щитовидной железы (например, фолликулярную карциному щитовидной железы), надпочечников, предстательной железы, кожи и прилежащих органов (например, меланому, базальноклеточную карциному, плоскоклеточную карциному, кератоакантому, диспластический невус); гематологические злокачественные опухоли (например, лейкозы, лимфомы) и предраковые гематологические нарушения и нарушения с пограничной злокачественностью, включая гематологические злокачественные заболевания и связанные с ними состояния клеток лимфоидного ряда (например, острый лимфолейкоз [ALL], хронический лимфолейкоз [CLL], В-клеточные лимфомы, такие как диффузная В-клеточная крупноклеточная лимфома [DLBCL], фолликулярная лимфома, лимфома Беркитта, лимфома клеток мантийной зоны, Т- клеточные лимфомы и лейкозы, лимфомы натуральных клеток-киллеров [NK], лимфомы Ходжкина, лейкоз ворсистых клеток, моноклональную гаммапатию неясного генеза, плазмоцитому, множественную миелому и лимфопролиферативные нарушения после трансплантации), а также гематологические злокачественные и родственные состояния клеток миелоидного ряда (например, острый миелолейкоз [AML], хронический миелолейкоз [CML], хронический миеломоноцитарный лейкоз [CMML], гиперэозинофильный синдром, миелопролиферативные расстройства, такие как полицитемия вера, эссенциальная тромбоцитемия и первичный миелофиброз, миелопролиферативный синдром, синдром миелодисплазии и промиелоцитарный лейкоз); опухоли мезенхимального происхождения, например, саркомы мягких тканей, кости или хряща, такие как остеосаркомы, фибросаркомы, хондросаркомы, рабдомиосаркомы, лейомиосаркомы, липосаркомы, ангиосаркомы, саркому Капоши, саркому Юинга, синовиальную саркому, эпителиоидные саркомы, желудочно-кишечные стромальные опухоли, доброкачественные и злокачественные гистоцитомы и дерматофибросаркому протуберанс; опухоли центральной или периферической нервной системы (например, астроцитомы, глиомы и глиобластомы, менингиомы, эпендимомы, опухоли эпифиза и шванномы); эндокринные опухоли (например, опухоли гипофиза, опухоли надпочечников, опухоли островковых клеток, опухоли паращитовидных желез, карциноидные опухоли и медуллярную карциному щитовидной железы); опухоли глаз и их придатков (например, ретинобластому); опухоли зародышевых клеток и трофобласта (например, тератомы, семиномы, дисгерминомы, пузырный занос и хориокарциному); и педиатрические и эмбриональные опухоли (например, медуллобластомы, нейробластомы, опухоль Вильмса и примитивные нейроэктодермальные опухоли); или синдромы, врожденные или иные, которые делают больного восприимчивым к возникновению злокачественного новообразования (например, пигментной ксеродермы).- 10 046294 check, lung (for example, adenocarcinomas, small cell lung carcinomas, non-small cell lung carcinomas, bronchoalveolar carcinomas and mesotheliomas), head and neck carcinomas (for example, cancer of the tongue, oral cavity, larynx, pharynx, nasopharynx, tonsils, salivary glands, cavity nose and paranasal sinuses), ovaries, fallopian tubes, abdomen, vagina, vulva, penis, cervix, myometrium, endometrium, thyroid (eg, follicular thyroid carcinoma), adrenal glands, prostate, skin and adjacent organs (eg, melanoma, basal cell carcinoma, squamous cell carcinoma, keratoacanthoma, dysplastic nevus); hematologic malignancies (eg, leukemias, lymphomas) and premalignant and borderline hematologic disorders, including hematologic malignancies and associated lymphoid cell conditions (eg, acute lymphocytic leukemia [ALL], chronic lymphocytic leukemia [CLL], B-cell lymphomas such as diffuse large B cell lymphoma [DLBCL], follicular lymphoma, Burkitt lymphoma, mantle cell lymphoma, T cell lymphomas and leukemias, natural killer cell [NK] lymphomas, Hodgkin lymphomas, hairy cell leukemia, monoclonal gammopathy unknown origin, plasmacytoma, multiple myeloma, and lymphoproliferative disorders after transplantation), as well as hematologic malignancies and related myeloid cell conditions (eg, acute myeloid leukemia [AML], chronic myeloid leukemia [CML], chronic myelomonocytic leukemia [CMML], hypereosinophilic syndrome, myeloproliferative disorders such as polycythemia vera, essential thrombocythemia and primary myelofibrosis, myeloproliferative syndrome, myelodysplasia syndrome and promyelocytic leukemia); tumors of mesenchymal origin, for example, sarcomas of soft tissue, bone or cartilage, such as osteosarcoma, fibrosarcoma, chondrosarcoma, rhabdomyosarcoma, leiomyosarcoma, liposarcoma, angiosarcoma, Kaposi's sarcoma, Ewing's sarcoma, synovial sarcoma, epithelioid sarcoma, gastrointestinal stromal tumors, benign and malignant histocytomas and dermatofibrosarcoma protuberance; tumors of the central or peripheral nervous system (eg, astrocytomas, gliomas and glioblastomas, meningiomas, ependymomas, pineal tumors and schwannomas); endocrine tumors (eg, pituitary tumors, adrenal tumors, islet cell tumors, parathyroid tumors, carcinoid tumors and medullary thyroid carcinoma); tumors of the eyes and their appendages (for example, retinoblastoma); germ cell and trophoblast tumors (eg, teratomas, seminomas, dysgerminomas, hydatidiform mole and choriocarcinoma); and pediatric and embryonal tumors (eg, medulloblastomas, neuroblastomas, Wilms tumor, and primitive neuroectodermal tumors); or syndromes, congenital or otherwise, that make the patient susceptible to the development of a malignancy (eg, xeroderma pigmentosum).

В дополнительном варианте осуществления, рак выбирают из злокачественных гематологических заболеваний, таких как неходжкинская лимфома (NHL), лимфома Беркитта (BL), множественная миелома (ММ), В-клеточный хронический лимфолейкоз (B-CLL), В- и Т-клеточный острый лимфолейкоз (ALL), Т-клеточная лимфома (TCL), острый миелолейкоз (AML), лейкоз ворсистых клеток (HCL), лимфома Ходжкина (HL) и хронический миелолейкоз (CML).In a further embodiment, the cancer is selected from hematological malignancies such as non-Hodgkin's lymphoma (NHL), Burkitt's lymphoma (BL), multiple myeloma (MM), B-cell chronic lymphocytic leukemia (B-CLL), B-cell and T-cell acute lymphocytic leukemia (ALL), T-cell lymphoma (TCL), acute myeloid leukemia (AML), hairy cell leukemia (HCL), Hodgkin lymphoma (HL) and chronic myeloid leukemia (CML).

Используемый в изобретении термин предотвращение включает введение защищающей композиции до возникновения заболевания. Подавление относится к введению композиции после события, приводящего к возникновению заболевания, но до клинического проявления заболевания. Лечение включает введение защищающей композиции после проявления симптомов заболевания.As used herein, the term prevention includes administration of the protective composition before the onset of disease. Suppression refers to the administration of the composition after the event leading to the onset of the disease, but before the clinical manifestation of the disease. Treatment involves administering the protective composition after the onset of symptoms of the disease.

Известны и доступны системы экспериментальных моделей на животных, которые могут быть использованы для скрининга эффективности пептидных лигандов для предотвращения или лечения заболевания. Настоящее изобретение позволяет облегчить использование систем моделей на животных, что дает возможность разрабатывать полипептидные лиганды, которые могут перекрестно реагировать с мишенями у человека и животных, что и позволяет использовать модели на животных.Animal model systems are known and available that can be used to screen for the effectiveness of peptide ligands in preventing or treating disease. The present invention facilitates the use of animal model systems, allowing the development of polypeptide ligands that can cross-react with human and animal targets, thereby enabling the use of animal models.

Далее изобретение дополнительно описано с помощью представленных ниже примеров.The invention is further described below using the examples below.

ПримерыExamples

В большинстве случаев, гетеротандемный бициклический пептидный комплекс по изобретению может быть получен следующим общим методом:In most cases, the heterotandem bicyclic peptide complex of the invention can be prepared by the following general method:

- 11 046294- 11 046294

Все растворители дегазируют и продувают с помощью N2 3 раза. Раствор BP-23825 (1,0 экв), HATU (1,2 экв) и DIEA (2,0 экв) в DMF смешивают в течение 5 мин, затем добавляют Бицикл 1 (1,2 экв). Реакционную смесь перемешивают при 40°C в течение 16 ч. Реакционную смесь затем концентрируют при пониженном давлении с удалением растворителя и очищают препаративной HPLC с получением промежуточного соединения 2.All solvents are degassed and purged with N2 3 times. A solution of BP-23825 (1.0 eq), HATU (1.2 eq) and DIEA (2.0 eq) in DMF was mixed for 5 min, then Bicycle 1 (1.2 eq) was added. The reaction mixture was stirred at 40°C for 16 hours. The reaction mixture was then concentrated under reduced pressure to remove the solvent and purified by preparative HPLC to obtain intermediate 2.

Смесь промежуточного соединения 2 (1,0 экв) и бицикла 2 (2,0 экв) растворяют в t-BuOH/H2O (1:1), и затем добавляют CuSO4 (1,0 экв), VcNa (4,0 экв) и THPTA (2,0 экв). И наконец, добавляют 0,2 M NH4HCO3 для доведения величины pH до 8. Реакционную смесь перемешивают при 40°C в течение 16 ч в атмосфере N2. Реакционную смесь непосредственно очищают препаративной HPLC.A mixture of intermediate 2 (1.0 eq) and bicycle 2 (2.0 eq) was dissolved in t-BuOH/H 2 O (1:1), and then CuSO 4 (1.0 eq), VcNa (4, 0 equiv) and THPTA (2.0 equiv). Finally, 0.2 M NH 4 HCO 3 is added to adjust the pH to 8. The reaction mixture is stirred at 40°C for 16 hours under N2. The reaction mixture is directly purified by preparative HPLC.

Более подробные описания экспериментов по получению гетеротандемного бициклического пептидного комплекса по изобретению приведены ниже.More detailed descriptions of experiments for the preparation of the heterotandem bicyclic peptide complex of the invention are given below.

Пример 1. Синтез BCY13272.Example 1. Synthesis of BCY13272.

- 12 046294- 12 046294

Методика получения BCY14964.Method for obtaining BCY14964.

Смесь BP-23825 (155,5 мг, 249,40 мкмоль, 1,2 экв) и HATU (95,0 мг, 249,92 мкмоль, 1,2 экв) растворяли в NMP (1,0 мл), затем величину рН этого раствора доводили до 8 путем добавления по каплям DIEA (64,6 мг, 499,83 мкмоль, 87,0 мкл, 2,4 экв), и затем раствор перемешивали при 25°C в течение 5 мин. BCY13118 (500,0 мг, 207,83 мкмоль, 1,0 экв) растворяли в NMP (5,0 мл), и затем добавляли к реакционному раствору, величину pH полученного раствора доводили до 8 путем добавления по каплям DIEA. Реакционную смесь перемешивали при 25°C в течение 45 мин. Анализ методом LC-MS показывал, что BCY13118 полностью прореагировало, и был обнаружен один основной пик с требуемой величиной m/z. Реакционную смесь концентрировали при пониженном давлении с удалением растворителя и получали остаток. Остаток затем очищали препаративной HPLC с получением BCY14964 (1,35 г, 403,46 мкмоль, 64,7% выход, 90% чистота) в виде белого твердого вещества. Рассчитанная величина MW: 3011,53, наблюдаемые величины m/z: 1506,8 ([M+2H]2+), 1005,0 ([M+3H]3+).A mixture of BP-23825 (155.5 mg, 249.40 µmol, 1.2 eq) and HATU (95.0 mg, 249.92 µmol, 1.2 eq) was dissolved in NMP (1.0 ml), then The pH of this solution was adjusted to 8 by dropwise addition of DIEA (64.6 mg, 499.83 µmol, 87.0 µl, 2.4 eq), and then the solution was stirred at 25°C for 5 min. BCY13118 (500.0 mg, 207.83 μmol, 1.0 eq) was dissolved in NMP (5.0 ml), and then added to the reaction solution, the pH of the resulting solution was adjusted to 8 by dropwise addition of DIEA. The reaction mixture was stirred at 25°C for 45 minutes. LC-MS analysis indicated that BCY13118 was completely reacted and one major peak was detected at the desired m/z value. The reaction mixture was concentrated under reduced pressure to remove the solvent to leave a residue. The residue was then purified by preparative HPLC to give BCY14964 (1.35 g, 403.46 μmol, 64.7% yield, 90% purity) as a white solid. Calculated MW value: 3011.53, observed m/z values: 1506.8 ([M+2H]2+), 1005.0 ([M+3H] 3+ ).

Методика получения BCY13272.Method for obtaining BCY13272.

Ν3^ -О.Ν 3 ^ -O.

Ό'Ό'

Ν· •С.Ν· •S.

.N.N

О ,Ο. Л. ,BCY13118Oh, Ο. L.,BCY13118

ΗΗ

CuSO4-6H2O VcNa THPTACuSO 4 -6H 2 O VcNa THPTA

RC Υ892 8 ----------------------t-BuOH/O 2 M NH4HCO3(1:1)RC Υ892 8 ----------------------t-BuOH/O 2 M NH 4 HCO 3 (1:1)

BCY14964BCY14964

BCY8928 ,О.BCY8928 ,O.

Ν-^ο·Ν-^ ο ·

-О.-ABOUT.

ОABOUT

А..всУ131-1в Ν н θ Ο BCY13272A..vsU131-1v Ν n θ Ο BCY13272

Смесь BCY8928 (644,0 мг, 290,55 мкмоль, 2,5 экв), THPTA (50,5 мг, 116,22 мкмоль, 1,0 экв), CuSO4 (0,4 M, 145,0 мкл, 0,5 экв) и аскорбата натрия (82,0 мг, 464,89 мкмоль, 4,0 экв) растворяли в t-BuOH/0,2 M NH4HCO3 (1:1, 6,0 мл). Величину рН этого раствора доводили до 7,5 путем добавления по каплям 0,2 M NH4HCO3 (в 1:1 t-BuOH/0,2 M NH4HCO3), и затем раствор перемешивали при 25°C в течение 3 мин. BCY14964 (350,0 мг, 116,22 мкмоль, 1,0 экв) растворяли в t-BuOH/0,2 M NH4HCO3 (1:1, 11,0 мл), и затем по каплям добавляли к перемешиваемому раствору. Все растворители предварительно дегазировали и продували с помощью N2. Величину рН этого раствора доводили до 7,5 путем добавления по каплям 0,2 M NH4HCO3 (в 1:1 t-BuOH/0,2 M NH4HCO3), и раствор приобретал желтый цвет. Реакционную смесь перемешивали при 25°C в течение 6 ч в атмосфере N2. Анализ методом LC-MS показывал, что был обнаружен основной пик продукта с требуемой величиной m/z. Реакционную смесь фильтровали и концентрировали при пониженном давлении с получением остатка. Неочищенный продукт очищали препаративной HPLC, и получали BCY13272 (1,75 г, 235,01 мкмоль, 67,40% выход, 94% чистота) в виде белого твердого вещества. Рассчитанная величина MW: 7446,64, наблюдаемые величины m/z: 1242,0 ([M+6H]6+), 1491,0 ([M+5H]5+).Mixture of BCY8928 (644.0 mg, 290.55 µmol, 2.5 eq), THPTA (50.5 mg, 116.22 µmol, 1.0 eq), CuSO 4 (0.4 M, 145.0 µl, 0.5 equiv) and sodium ascorbate (82.0 mg, 464.89 µmol, 4.0 equiv) were dissolved in t-BuOH/0.2 M NH4HCO 3 (1:1, 6.0 ml). The pH of this solution was adjusted to 7.5 by adding dropwise 0.2 M NH 4 HCO 3 (in 1:1 t-BuOH/0.2 M NH4HCO3), and then the solution was stirred at 25°C for 3 minutes. BCY14964 (350.0 mg, 116.22 µmol, 1.0 eq) was dissolved in t-BuOH/0.2 M NH4HCO3 (1:1, 11.0 ml), and then added dropwise to the stirred solution. All solvents were previously degassed and purged with N2. The pH of this solution was adjusted to 7.5 by adding dropwise 0.2 M NH4HCO3 (in 1:1 t-BuOH/0.2 M NH4HCO3) and the solution turned yellow. The reaction mixture was stirred at 25°C for 6 h under N2 atmosphere. LC-MS analysis indicated that a major product peak at the desired m/z value was detected. The reaction mixture was filtered and concentrated under reduced pressure to obtain a residue. The crude product was purified by preparative HPLC to give BCY13272 (1.75 g, 235.01 µmol, 67.40% yield, 94% purity) as a white solid. Calculated MW value: 7446.64, observed m/z values: 1242.0 ([M+6H]6+), 1491.0 ([M+5H] 5+ ).

- 13 046294- 13 046294

Пример 2. Синтез BCY14414.Example 2. Synthesis of BCY14414.

CuSO4-5H2O VcNa THPTA t-BuOH/O.2 M NH4HCO3(1:1)CuSO 4 -5H 2 O VcNa THPTA t-BuOH/O.2 M NH 4 HCO 3 (1:1)

Методика получения BCY14798.Method for obtaining BCY14798.

N3 N 3

Смесь BCY14964 (55,0 мг, 18,26 мкмоль, 1,0 экв), BCY8928 (32,4 мг, 14,61 мкмоль, 0,8 экв) и THPTA (39,8 мг, 91,32 мкмоль, 5,0 экв) растворяли в смеси t-BuOH/0,2 M NH4HCO3 (1:1, 0,5 мл, предварительно дегазированной и продутой с помощью N2), и затем добавляли CuSO4 (0,4 M, 23,0 мкл, 0,5 экв) и аскорбат натрия (72,0 мг, 365,27 мкмоль, 20,0 экв) в атмосфере N2. Величину рН этого раствора доводили до 7,5 путем добавления по каплям 0,2 M NH4HCO3 (в 1:1 t-BuOH/0,2 M NH4HCO3), и раствор приобретал светло-желтый цвет. Реакционную смесь перемешивали при 25°C в течение 1,5 ч в атмосфере N2. Анализ методом LC-MS показывал, что BCY14964 оставалось, соединение BCY8928 полностью прореагировало, и был обнаружен один основной пик с требуемой величиной m/z. Реакционную смесь фильтровали и концентрировали при пониженном давлении с получением остатка. Неочищенный продукт очищали препаративной HPLC, и получали BCY14798 (51 мг, 9,17 мкмоль, 33,37% выход, 94% чистота) в виде белого твердого вещества. Рассчитанная величина MW: 5229,07, наблюдаемые величины m/z: 1308,3 ([M+4H]4+), 1046,7 ([M+5H]5+).A mixture of BCY14964 (55.0 mg, 18.26 µmol, 1.0 eq), BCY8928 (32.4 mg, 14.61 µmol, 0.8 eq) and THPTA (39.8 mg, 91.32 µmol, 5 .0 eq) was dissolved in t-BuOH/0.2 M NH4HCO3 (1:1, 0.5 ml, previously degassed and purged with N2), and then CuSO 4 (0.4 M, 23.0 µl) was added , 0.5 eq) and sodium ascorbate (72.0 mg, 365.27 µmol, 20.0 eq) under N 2 atmosphere. The pH of this solution was adjusted to 7.5 by adding dropwise 0.2 M NH4HCO3 (in 1:1 t-BuOH/0.2 M NH4HCO3), and the solution turned light yellow. The reaction mixture was stirred at 25°C for 1.5 h under N2 atmosphere. LC-MS analysis indicated that BCY14964 remained, BCY8928 was fully reacted, and one major peak was detected at the desired m/z value. The reaction mixture was filtered and concentrated under reduced pressure to obtain a residue. The crude product was purified by preparative HPLC to give BCY14798 (51 mg, 9.17 µmol, 33.37% yield, 94% purity) as a white solid. Calculated MW value: 5229.07, observed m/z values: 1308.3 ([M+4H]4+), 1046.7 ([M+5H] 5+ ).

- 14 046294- 14 046294

Методика получения BCY14414.Method for obtaining BCY14414.

Смесь BCY14798 (21,0 мг, 4,02 мкмоль, 1,0 экв), BCY13389 (10,0 мг, 4,42 мкмоль, 1,1 экв) и THPTA (1,8 мг, 4,02 мкмоль, 1,0 экв) растворяли в смеси t-BuOH/0,2 M NH4HCO3 (1:1, 0,5 мл, предварительно дегазированной и продутой с помощью N2), и затем добавляли CuSO4 (0,4 M, 5,0 мкл, 0,5 экв) и аскорбат натрия (2,8 мг, 16,06 мкмоль, 4,0 экв) в атмосфере N2. Величину рН этого раствора доводили до 7,5 путем добавления по каплям 0,2 M NH4HCO3 (в 1:1 t-BuOH/0,2 M NH4HCO3), и раствор приобретал светложелтый цвет. Реакционную смесь перемешивали при 25°C в течение 2 ч в атмосфере N2. Анализ методом LC-MS показывал, что BCY14798 полностью прореагировало, оставалось некоторое количество BCY13389, и был обнаружен один основной пик с требуемой величиной m/z. Реакционную смесь фильтровали и концентрировали при пониженном давлении с получением остатка. Неочищенный продукт очищали препаративной HPLC, и получали BCY14414 (20 мг, 2,40 мкмоль, 59,73% выход, 90,9% чистота) в виде белого твердого вещества. Рассчитанная величина MW: 7503,74, наблюдаемая величина m/z: 1251,5 ([M+5H]5+), 1072,9 ([M+7H]7+).A mixture of BCY14798 (21.0 mg, 4.02 µmol, 1.0 eq), BCY13389 (10.0 mg, 4.42 µmol, 1.1 eq) and THPTA (1.8 mg, 4.02 µmol, 1 .0 eq) was dissolved in t-BuOH/0.2 M NH 4 HCO 3 (1:1, 0.5 ml, previously degassed and purged with N2), and then CuSO 4 (0.4 M, 5 .0 µl, 0.5 equiv) and sodium ascorbate (2.8 mg, 16.06 µmol, 4.0 equiv) under N2 atmosphere. The pH of this solution was adjusted to 7.5 by adding dropwise 0.2 M NH4HCO3 (in 1:1 t-BuOH/0.2 M NH4HCO3), and the solution turned light yellow. The reaction mixture was stirred at 25°C for 2 hours under N2 atmosphere. LC-MS analysis indicated that BCY14798 was completely reacted, some BCY13389 remained, and one major peak was detected at the desired m/z value. The reaction mixture was filtered and concentrated under reduced pressure to obtain a residue. The crude product was purified by preparative HPLC to give BCY14414 (20 mg, 2.40 µmol, 59.73% yield, 90.9% purity) as a white solid. Calculated MW: 7503.74, observed m/z: 1251.5 ([M+5H] 5+ ), 1072.9 ([M+7H] 7+ ).

Пример 3. Синтез BCY14417.Example 3. Synthesis of BCY14417.

- 15 046294- 15 046294

Методика получения BCY14417,Method for obtaining BCY14417,

Смесь BCY14414 (13,0 мг, 1,73 мкмоль, 1,0 экв) и 6uotuh-PEG12-NHS эфира (CAS 365441-71-0, 4,2 мг, 4,50 мкмоль, 2,6 экв) растворяли в DMF (0,5 мл). Величину рН этого раствора доводили до 8 путем добавления по каплям DIEA. Реакционную смесь перемешивали при 25°C в течение 0,5 ч. Анализ методом LC-MS показывал, что BCY14414 полностью прореагировало, и был обнаружен один основной пик с требуемой величиной m/z. Реакционную смесь фильтровали и концентрировали при пониженном давлении с получением остатка. Неочищенный продукт очищали препаративной HPLC, и получали BCY14417 (9,0 мг, 1,07 мкмоль, 80,49% выход, 90,8% чистота) в виде белого твердого вещества. Рассчитанная величина MW: 8329,74, наблюдаемые величины m/z: 1389,6 ([M+6H]6+), 1191,9 ([M+7H]7+).A mixture of BCY14414 (13.0 mg, 1.73 µmol, 1.0 eq) and 6uotuh-PEG12-NHS ester (CAS 365441-71-0, 4.2 mg, 4.50 µmol, 2.6 eq) was dissolved in DMF (0.5 ml). The pH of this solution was adjusted to 8 by adding dropwise DIEA. The reaction mixture was stirred at 25°C for 0.5 h. LC-MS analysis indicated that BCY14414 was completely reacted and one major peak was detected at the desired m/z value. The reaction mixture was filtered and concentrated under reduced pressure to obtain a residue. The crude product was purified by preparative HPLC to give BCY14417 (9.0 mg, 1.07 µmol, 80.49% yield, 90.8% purity) as a white solid. Calculated MW value: 8329.74, observed m/z values: 1389.6 ([M+6H] 6+ ), 1191.9 ([M+7H] 7+ ).

Пример 4. Синтез BCY14418.Example 4. Synthesis of BCY14418.

- 16 046294- 16 046294

Методика получения BCY14418.Method for obtaining BCY14418.

Смесь BCY14414 (5,6 мг, 0,75 мкмоль, 1,0 экв) и Alexa fluor® 488 (0,9 мг, 1,49 мкмоль, 2,0 экв) растворяли в DMF (0,3 мл). Затем величину pH этого раствора доводили до 8 путем добавления по каплям DIEA. Реакционную смесь перемешивали при 25°C в течение 1,0 ч. Анализ методом LC-MS показывал, что BCY14414 полностью прореагировало, и был обнаружен один основной пик с требуемой величиной m/z. Реакционную смесь фильтровали и концентрировали при пониженном давлении с получением остатка. Неочищенный продукт очищали препаративной HPLC, и получали BCY14418 (2,3 мг, 0,25 мкмоль, 32,89% выход, 85,6% чистота) в виде красного твердого вещества. Рассчитанная величина MW: 8020,19, наблюдаемая величина m/z: 1337,2 ([M+6H]6+).A mixture of BCY14414 (5.6 mg, 0.75 µmol, 1.0 eq) and Alexa fluor® 488 (0.9 mg, 1.49 µmol, 2.0 eq) was dissolved in DMF (0.3 ml). The pH of this solution was then adjusted to 8 by adding DIEA dropwise. The reaction mixture was stirred at 25°C for 1.0 h. LC-MS analysis indicated that BCY14414 was completely reacted and one major peak was detected at the desired m/z value. The reaction mixture was filtered and concentrated under reduced pressure to obtain a residue. The crude product was purified by preparative HPLC to give BCY14418 (2.3 mg, 0.25 μmol, 32.89% yield, 85.6% purity) as a red solid. Calculated MW: 8020.19, observed m/z: 1337.2 ([M+6H] 6+ ).

Пример 5. Синтез BCY15217.Example 5. Synthesis of BCY15217.

- 17 046294- 17 046294

Методика получения BCY15217.Method for obtaining BCY15217.

Смесь BCY14964 (20,0 мг, 6,64 мкмоль, 1,0 экв), BCY14601 (30,5 мг, 13,95 мкмоль, 2,1 экв) и THPTA (2,9 мг, 6,64 мкмоль, 1,0 экв) растворяли в смеси t-BuOH/0,2 M NH4HCO3 (1:1, 0,5 мл, предварительно дегазированной и продутой с помощью N2), и затем добавляли CuSO4 (0,4 M, 16,6 мкл, 1,0 экв) и аскорбат натрия (4,7 мг, 26,56 мкмоль, 4,0 экв) в атмосфере N2. Величину рН этого раствора доводили до 8, и раствор приобретал светло-желтый цвет. Реакционную смесь перемешивали при 25°C в течение 2 ч в атмосфере N2. Анализ методом LC-MS показывал, что оставался BCY14964, и был обнаружен один основной пик с требуемой величиной m/z. Реакционную смесь фильтровали и концентрировали при пониженном давлении с получением остатка. Неочищенный продукт очищали препаративной HPLC, и получали BCY15217 (19,7 мг, 2,41 мкмоль, 36,26% выход, 96,2% чистота) в виде белого твердого вещества. Рассчитанная величина MW: 7362,5, наблюдаемые величины m/z: 1473,5 ([M+5H]5+), 1228,2 ([M+6H]6+), 1052,8 ([M+7H]7+).A mixture of BCY14964 (20.0 mg, 6.64 µmol, 1.0 eq), BCY14601 (30.5 mg, 13.95 µmol, 2.1 eq) and THPTA (2.9 mg, 6.64 µmol, 1 .0 eq) was dissolved in a mixture of t-BuOH/0.2 M NH4HCO3 (1:1, 0.5 ml, previously degassed and purged with N 2 ), and then CuSO 4 (0.4 M, 16.6 µl, 1.0 equiv) and sodium ascorbate (4.7 mg, 26.56 µmol, 4.0 equiv) under N2 atmosphere. The pH value of this solution was adjusted to 8, and the solution acquired a light yellow color. The reaction mixture was stirred at 25°C for 2 hours under N2 atmosphere. LC-MS analysis indicated that BCY14964 remained and one major peak was detected at the desired m/z value. The reaction mixture was filtered and concentrated under reduced pressure to obtain a residue. The crude product was purified by preparative HPLC to give BCY15217 (19.7 mg, 2.41 μmol, 36.26% yield, 96.2% purity) as a white solid. Calculated MW: 7362.5, observed m/z: 1473.5 ([M+5H]5+), 1228.2 ([M+6H] 6+ ), 1052.8 ([M+7H]7 +).

Пример 6. Синтез BCY15218.Example 6. Synthesis of BCY15218.

- 18 046294- 18 046294

Методика получения BCY15218.Method for obtaining BCY15218.

CuSO4-5H2O VcNa ΤΗΡΤΑCuSO 4 -5H 2 O VcNa ΤΗΡΤΑ

BCY14601 ----------------------t-BuOH/O 2 Μ NH4HCOj(1 1)BCY14601 ----------------------t-BuOH/O 2 Μ NH 4 HCOj(1 1)

Смесь BCY14798 (30,0 мг, 5,74 мкмоль, 1,0 экв), BCY14601 (15,0 мг, 6,88 мкмоль, 1,2 экв) и THPTA (2,5 мг, 5,74 мкмоль, 1,0 экв) растворяли в смеси t-BuOH/0,2 M NH4HCO3 (1:1, 0,5 мл, предварительно дегазированной и продутой с помощью N2), и затем добавляли CuSO4 (0,4 M, 14,0 мкл, 1,0 экв) и аскорбат натрия (4,0 мг, 22,95 мкмоль, 4,0 экв) в атмосфере N2. Величину рН этого раствора доводили до 7,5 путем добавления по каплям 0,2 M NH4HCO3 (в 1:1 t-BuOH/0,2 M NH4HCO3), и раствор приобретал желтый цвет. Реакционную смесь перемешивали при 25°C в течение 2 ч в атмосфере N2. Анализ методом LC-MS показывал, что BCY14798 полностью прореагировало, оставалось BCY14601, и был обнаружен один основной пик с требуемой величиной m/z. Реакционную смесь фильтровали и концентрировали при пониженном давлении с получением остатка. Неочищенный продукт очищали препаративной HPLC, и получали BCY15218 (22 мг, 2,67 мкмоль, 46,61% выход, 95,0% чистота) в виде белого твердого вещества. Рассчитанная величина MW: 7404,6, наблюдаемая величина m/z: 1234,8 ([M+6H]6+).A mixture of BCY14798 (30.0 mg, 5.74 µmol, 1.0 eq), BCY14601 (15.0 mg, 6.88 µmol, 1.2 eq) and THPTA (2.5 mg, 5.74 µmol, 1 .0 eq) was dissolved in a mixture of t-BuOH/0.2 M NH 4 HCO 3 (1:1, 0.5 ml, previously degassed and purged with N 2 ), and then CuSO 4 (0.4 M, 14.0 µl, 1.0 equiv) and sodium ascorbate (4.0 mg, 22.95 µmol, 4.0 equiv) under N2 atmosphere. The pH of this solution was adjusted to 7.5 by adding dropwise 0.2 M NH4HCO3 (in 1:1 t-BuOH/0.2 M NH4HCO3) and the solution turned yellow. The reaction mixture was stirred at 25°C for 2 hours under N2 atmosphere. LC-MS analysis indicated that BCY14798 was completely reacted, leaving BCY14601, and one major peak was detected at the desired m/z value. The reaction mixture was filtered and concentrated under reduced pressure to obtain a residue. The crude product was purified by preparative HPLC to give BCY15218 (22 mg, 2.67 µmol, 46.61% yield, 95.0% purity) as a white solid. Calculated MW: 7404.6, observed m/z: 1234.8 ([M+6H]6+).

Данные анализаAnalysis data

Проводили анализ гетеротандемного бициклического пептидного комплекса по изобретению методами масс-спектрометри и высокоэффективной жидкостной хроматографии (HPLC). Анализы методом высокоэффективной жидкостной хроматографии проводили при указанных ниже условиях:The heterotandem bicyclic peptide complex according to the invention was analyzed by mass spectrometry and high performance liquid chromatography (HPLC). High performance liquid chromatography analyzes were performed under the following conditions:

Подвижная фаза: A: 0,1%TFA в H2O B: 0,1%TFA в ACNMobile phase: A: 0.1%TFA in H 2 OB: 0.1%TFA in ACN

Расход: 1,0 мл/минFlow: 1.0 ml/min

Колонка: Kintex 1,7 мкм C18 100A 2,1 мм х 150 ммColumn: Kintex 1.7 µm C18 100A 2.1 mm x 150 mm

Прибор: Agilent UPLC 1290Instrument: Agilent UPLC 1290

Использовали градиент 30-60% B в течение 10 мин, и были получены следующие данные.A 30-60% B gradient was used over 10 min and the following data were obtained.

№ комплекса Complex No. Данные анализа методом масс-спектроскопии Mass spectroscopy analysis data Время удерживания (мин) методом HPLC Retention time (min) by HPLC BCY13272 BCY13272 Рассчитанная величина MW: 7102,28, наблюдаемые величины m/z: 1776,4 [M+4HJ4+, 1421,3 [М+5Н]+ Calculated MW: 7102.28, observed m/z: 1776.4 [M+4HJ4+, 1421.3 [M+5H]+ 7,07 7.07

Данные исследования биологической активностиBiological activity data

1. Репортерный анализ на CD137 в совместной культуре с опухолевыми клетками.1. Reporter analysis for CD137 in co-culture with tumor cells.

Культуральную среду, называемую средой R1, готовят путем добавления 1% FBS к RPMI-1640 (компонент набора Promega CS196005). Серийные разведения испытуемых образцов в R1 готовят в стерильном 96-луночном планшете. Добавляют 25 мкл на лунку исследуемых образцов или R1 (в качестве фонового контроля) в указанные лунки в планшете белого цвета для культивирования клеток. Опухолевые клетки* собирают и ресуспендируют в среде R1 при концентрации 400000 клеток/мл. Двадцать пять (25) мкл/лунка опухолевых клеток добавляют в планшет белого цвета для культивирования клеток. Клетки Jurkat (набор Promega CS196005, 0,5 мл) размораживают на водяной бане и затем добавляют к 5 мл предварительно подогретой среды R1. Двадцать пять (25) мкл/лунка клеток Jurkat затем добавляют в планшет белого цвета для культивирования клеток. Инкубируют клетки и испытуемые образцы в течение 6 ч при 37°C, 5% CO2. По истечении 6 ч, добавляют 75 мкл/лунка реагента Bio-Glo™ (Promega) и инкубируют в течение 10 мин, затем считывают люминесценцию на планшет-ридере (Clariostar, BMG). Рассчитывают кратность изменения по отношению к взятым отдельно клеткам (клетки Jurkat+клеточная линия, используемая при совместном культивировании) и строят графическую зависимость ответа от логарифма концентрации (агониста) с использованием программного обеспечения GraphPad Prism для определения величины EC50 (нМ) и кратности индукции относительно фона (Max).Culture medium, called R1 medium, is prepared by adding 1% FBS to RPMI-1640 (promega kit component CS196005). Serial dilutions of test samples in R1 are prepared in a sterile 96-well plate. Add 25 µl per well of test samples or R1 (as background control) to the indicated wells in a white cell culture plate. Tumor cells* are collected and resuspended in R1 medium at a concentration of 400,000 cells/ml. Twenty-five (25) µl/well of tumor cells is added to a white cell culture plate. Jurkat cells (Promega kit CS196005, 0.5 ml) are thawed in a water bath and then added to 5 ml of prewarmed R1 medium. Twenty-five (25) µl/well of Jurkat cells is then added to a white cell culture plate. Incubate cells and test samples for 6 hours at 37°C, 5% CO 2 . After 6 hours, add 75 μl/well of Bio-Glo™ reagent (Promega) and incubate for 10 minutes, then read the luminescence on a plate reader (Clariostar, BMG). Calculate the fold change relative to individual cells (Jurkat cells + cell line used in co-culture) and plot the response versus the logarithm of the concentration (agonist) using GraphPad Prism software to determine the EC 50 value (nM) and the fold induction relative background (Max).

Опухолевые клетки, используемые в совместной культуре для EphA2, представляют собой A549, PC-3 и HT29.The tumor cells used in co-culture for EphA2 were A549, PC-3 and HT29.

Данные, представленные на фиг. 1, показывают, что EphA2/CD137 гетеротандем BCY13272 индуцирует сильную активацию CD137 в репортерном анализе на CD137 в присутствии EphA2 экспрессиThe data presented in Fig. 1 show that the EphA2/CD137 heterotandem BCY13272 induces strong activation of CD137 in a CD137 reporter assay in the presence of EphA2 expression

- 19 046294 рующей линии клеток (A549), тогда как несвязывающая контрольная молекула (BCY13626) не вызывает активации CD137.- 19 046294 binding cell line (A549), while the non-binding control molecule (BCY13626) does not activate CD137.

Данные, представленные на фиг. 1 и в табл. 1 ниже, показывают, что BCY13272 индуцирует высокую активацию CD137 activation в репортерном анализе на CD137. Активация зависит от связывания гетеротандема как с CD137, так и с EphA2, что продемонстрировано отсутствием активации в случае несвязывающего контроля (BCY13626), который не связывает EphA2 или CD137.The data presented in Fig. 1 and in table. 1 below show that BCY13272 induces high CD137 activation in a CD137 reporter assay. Activation is dependent on heterotandem binding to both CD137 and EphA2, as demonstrated by the lack of activation in the case of a nonbinding control (BCY13626), which does not bind EphA2 or CD137.

Данные по величине EC50 (нМ) и кратности индукции, вызываемой BCY13272, полученные при репортерном анализе на CD137 в совместной культуре с EphA2-экспрессирующей линией опухолевых клеток, приведены в табл. 1 ниже.Data on the EC 50 value (nM) and the fold of induction caused by BCY13272, obtained from a reporter assay for CD137 in a co-culture with an EphA2-expressing tumor cell line, are given in Table. 1 below.

Таблица 1Table 1

Активность EphA2/CD137 гетеротандемных бициклических пептидных комплексов в репортерном анализе на CD137Activity of EphA2/CD137 heterotandem bicyclic peptide complexes in CD137 reporter assay

№ комплекса Complex No. Клеточная линия, экспрессирующая EphA2 Cell line expressing EphA2 ЕСзо (нМ) ECzo (nM) Етах Etah Средняя геометрическая величина ЕС50/клеточная линия Geometric mean value EC50/cell line BCY13272 BCY13272 РС-3 RS-3 0,245 0.245 44,5 44.5 0,117 0.117 0,0805 0.0805 44,2 44.2 0,0898 0.0898 53 53 А549 A549 0,1468 0.1468 25,7 25.7 0,127 0.127 0,107 0.107 23,6 23.6 0,132 0.132 30,2 30.2 НТ-29 NT-29 0,567 0.567 36,5 36.5 0,279 0.279 0,187 0.187 26 26 0,205 0.205 36,4 36.4

2. Исследование фармакокинетики гетеротандемного комплекса BCY13272 на крысах SD.2. Study of the pharmacokinetics of the heterotandem complex BCY13272 in SD rats.

Самцам крыс SD вводили каждому гетеротандемный бициклический пептидный комплекс, приготовленный в 25 мМ гистидина HCl, 10% сахарозы, pH 7, путем внутривенного струйного введения или внутривенного капельного введения (15 минут). Проводили последовательный отбор крови (приблизительно 80 мкл крови/ момент времени) из подчелюстной или подкожной вены в каждый момент времени. Все образцы крови незамедлительно переносили в предварительно охлажденные микроцентрифужные пробирки, содержащие 2 мкл K2-EDTA (0,5M) в качестве антикоагулянта, и помещали на натуральный лед. Образцы крови незамедлительно подвергали обработки с получением плазмы путем центрифугирования при приблизительно 4°C при 3000 g. В плазму быстро добавляли осадитель, содержащий внутренний стандарт, хорошо смешивали и центрифугировали при 12000 об/мин, при 4°C в течение 10 минут. Надосадочную жидкость переносили в предварительно маркированные полипропиленовые микроцентрифужные пробирки, и затем быстро замораживали на сухом льду. Образцы хранили при -70°C или ниже в необходимом количестве до проведения анализа. Образцы надосадочной жидкости объемом 7,5 мкл непосредственно вводили в прибор для проведения жидкостной хроматографии с тандемной массспектрометрией (LC-MS/MS) Orbitrap Q Exactive в режиме детекции положительно заряженных ионов для определения концентраций в анализируемом образце. Проводили анализ зависимости концентрации в плазме от времени в соответствии с некомпартментными методиками, используя программное обеспечение Phoenix WinNonlin 6.3. Регистрировали C0, Cl, Vdss, T/2, AUC(0-last), AUC(0-inf), MRT(0-last), MRT(0-inf) и строили кривые зависимости концентрации в плазме от времени. Фармакокинетические параметры, полученные в этом эксперименте, приведены в табл. 2.Male SD rats were each administered a heterotandem bicyclic peptide complex prepared in 25 mM histidine HCl, 10% sucrose, pH 7, by intravenous bolus or intravenous drip (15 min). Sequential blood sampling (approximately 80 μl of blood/time point) was taken from the submandibular or saphenous vein at each time point. All blood samples were immediately transferred to pre-chilled microcentrifuge tubes containing 2 μl of K2-EDTA (0.5 M) as an anticoagulant and placed on natural ice. Blood samples were immediately processed to obtain plasma by centrifugation at approximately 4°C at 3000 g. The precipitant containing the internal standard was quickly added to the plasma, mixed well and centrifuged at 12,000 rpm, 4°C for 10 minutes. The supernatant was transferred to pre-labeled polypropylene microcentrifuge tubes and then quickly frozen on dry ice. Samples were stored at -70°C or below in required quantities until analysis. 7.5 μL supernatant samples were directly injected into an Orbitrap Q Exactive liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) instrument in positive ion mode to determine concentrations in the sample being analyzed. Plasma concentration-time analysis was performed according to non-compartmental methods using Phoenix WinNonlin 6.3 software. C0, Cl, Vdss, T/ 2 , AUC(0-last), AUC(0-inf), MRT(0-last), MRT(0-inf) were recorded and plasma concentration versus time curves were plotted. The pharmacokinetic parameters obtained in this experiment are given in table. 2.

Таблица 2table 2

Фармакокинетические параметры на крысах SDPharmacokinetic parameters in SD rats

С оединение Connection Способ дозирования Dosing method Т1/2(ч) T1/2(h) Vdss (л/кг) Vdss (l/kg) С1р (мл/мин/кг) С1р (ml/min/kg) BCY13272 BCY13272 внутривенно intravenously 2,5 2.5 1,0 1.0 7,4 7.4

3. Исследование фармакокинетики гетеротандемного комплекса BCY13272 на яванских макаках3. Study of the pharmacokinetics of the heterotandem complex BCY13272 in cynomolgus macaques

Ненаивным яванским макакам вводили путем внутривенной инфузии (15 или 30 мин) в подкожную вену 1 мг/кг гетеротандемного комплекса BCY13272, приготовленный в 25 мМ гистидина HCl, 10% сахарозы, pH 7. Проводили последовательный отбор крови (приблизительно 1,2 мл крови/момент времени)Naive cynomolgus monkeys were administered by intravenous infusion (15 or 30 min) into the saphenous vein with 1 mg/kg heterotandem complex BCY13272, prepared in 25 mM histidine HCl, 10% sucrose, pH 7. Serial blood samples were collected (approximately 1.2 ml blood/ moment of time)

- 20 046294 из периферического кровеносного сосуда обездвиженных, не подвергнутых воздействию седативных средств животных, в каждый момент времени в выпускаемые промышленностью пробирки, содержащие соль калий (K2) EDTA*2H2O (0,85-1,15 мг), на натуральном льду и подвергали обработке с целью получения плазмы. Образцы центрифугировали (3000 х g в течение 10 мин при температуре от 2 до 8°C) сразу после отбора образцов. Плазму в объеме 0,1 мл переносили в маркированные полипропиленовые микроцентрифужные пробирки. В плазму быстро добавляли 5-кратное количество осадителя, включающего внутренний стандарт 100 нг/мл лабеталол+100 нг/мл дексаметазон+100 нг/мл толбутамид+100 нг/мл верапамил+100 нг/мл глибурид+100 нг/мл целекоксиб в растворе плазмы в MeOH, хорошо смешивали и центрифугировали при 12000 об/мин в течение 10 мин при температуре от 2 до 8°C. Образцы надосадочной жидкости переносили в предварительно маркированные полипропиленовые микроцентрифужные пробирки и замораживали на сухом льду. Образцы хранили при -60°C или ниже до проведения анализа методом LC-MS/MS. Аликвоту 40 мкл калибровочного стандарта, контроля качества, одиночного холостого и двойного холостого образцов добавляли в пробирку объемом 1,5 мл. Каждый образец (за исключением двойного холостого) гасили с помощью 200 мкл IS1, соответственно (двойной холостой образец гасили с помощью 200 мкл MeOH с 0,5% triton X-100), и затем смесь хорошо смешивали с помощью смесителя Vortex (по меньшей мере, 15 с) и центрифугировали в течение 15 мин при 12000 g при 4°C. Образцы надосадочной жидкости объемом 10 мкл вводили в прибор для проведения жидкостной хроматографии с тандемной масс-спектрометрией (LC-MS/MS) Orbitrap Q Exactive в режиме детекции положительно заряженных ионов для определения концентраций в анализируемом образце. Проводили анализ зависимости концентрации в плазме от времени в соответствии с некомпартментными методиками, используя программное обеспечение Phoenix WinNonlin 6.3. Регистрировали C0, Cl, Vdss, T/2, AUC(0-last), AUC(0-inf), MRT(0-last), MRT(0-inf) и кривые зависимости концентрации в плазме от времени. Фармакокинетические параметры для BCY13272 приведены в табл. 3.- 20 046294 from the peripheral blood vessel of immobilized animals not exposed to sedatives, at each time into commercially produced test tubes containing potassium salt (K2) EDTA*2H2O (0.85-1.15 mg), on natural ice and subjected processing to obtain plasma. Samples were centrifuged (3000 x g for 10 min at 2 to 8°C) immediately after sampling. Plasma in a volume of 0.1 ml was transferred into labeled polypropylene microcentrifuge tubes. A 5-fold amount of precipitant was quickly added to the plasma, including an internal standard of 100 ng/ml labetalol + 100 ng/ml dexamethasone + 100 ng/ml tolbutamide + 100 ng/ml verapamil + 100 ng/ml glyburide + 100 ng/ml celecoxib in solution plasma in MeOH, mixed well and centrifuged at 12,000 rpm for 10 min at a temperature of 2 to 8°C. Supernatant samples were transferred to pre-labeled polypropylene microcentrifuge tubes and frozen on dry ice. Samples were stored at -60°C or lower until LC-MS/MS analysis. A 40 µl aliquot of the calibration standard, quality control, single blank and double blank samples was added to a 1.5 ml tube. Each sample (except the double blank) was quenched with 200 µl IS1, respectively (the double blank was quenched with 200 µl MeOH with 0.5% triton X-100), and the mixture was then mixed well using a Vortex mixer (at least , 15 s) and centrifuged for 15 min at 12000 g at 4°C. 10 μL samples of the supernatant were injected into an Orbitrap Q Exactive liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) instrument in positive ion mode to determine concentrations in the sample being analyzed. Plasma concentration-time analysis was performed according to non-compartmental methods using Phoenix WinNonlin 6.3 software. C0, Cl, Vdss, T/ 2 , AUC(0-last), AUC(0-inf), MRT(0-last), MRT(0-inf) and plasma concentration versus time curves were recorded. Pharmacokinetic parameters for BCY13272 are shown in Table. 3.

Таблица 3Table 3

Фармакокинетические параметры на яванском макакеPharmacokinetic parameters in the cynomolgus monkey

Соединение Compound Способ дозирования Dosing method Т1/2(4) T1/2(4) С1р (мл/мин/кг) С1р (ml/min/kg) Vdss (л/к) Vdss (l/c) BCY13272 BCY13272 внутривенная инфузия (15 мин) intravenous infusion (15 min) 8,9 8.9 4,1 4.1 0,82 0.82

На фиг. 2 приведена кривая зависимости концентрации в плазме от времени для BCY13272 после внутривенной инфузии 3,6 мг/кг (15 мин) крысам SD (n=3) и внутривенной инфузии 9,2 мг/кг (15 мин) яванским макакам (n=3). BCY13272 имеет объем распределения в равновесном состоянии (Vdss) 1,0 л/кг и клиренс 7,5 мл/мин/кг у крыс, что дает в результате конечный период полувыведения 2,9 ч. BCY13272 имеет объем распределения в равновесном состоянии (Vdss) 0,82 л/кг и клиренс 4,1 мл/мин/кг у яванских макаков, что дает в результате конечный период полувыведения 8,9 ч.In fig. Figure 2 shows the plasma concentration-time curve for BCY13272 following an intravenous infusion of 3.6 mg/kg (15 min) in SD rats (n=3) and an intravenous infusion of 9.2 mg/kg (15 min) in cynomolgus monkeys (n=3). ). BCY13272 has a steady-state volume of distribution (Vdss) of 1.0 L/kg and a clearance of 7.5 mL/min/kg in rats, resulting in a terminal half-life of 2.9 hours. BCY13272 has a steady-state volume of distribution (Vdss ) 0.82 L/kg and a clearance of 4.1 ml/min/kg in cynomolgus monkeys, resulting in a terminal half-life of 8.9 hours.

4. Исследование фармакокинетики гетеротандемного комплекса BCY13272 на мышах CD1.4. Study of the pharmacokinetics of the BCY13272 heterotandem complex in CD1 mice.

Шести самцам мышей CD-1 вводили каждому интраперитонеально или внутривенно 15 мг/кг гетеротандемного комплекса BCY13272, приготовленного в 25 мМ гистидина HCl, 10% сахарозы, pH 7. Проводили последовательный отбор крови (приблизительно 80 мкл крови/ момент времени) из подчелюстной или подкожной вены в каждый момент времени. Все образцы крови незамедлительно переносили в предварительно охлажденные микроцентрифужные пробирки, содержащие 2 мкл K2-EDTA (0,5M) в качестве антикоагулянта, и помещали на натуральный лед. Образцы крови незамедлительно подвергали обработки с получением плазмы путем центрифугирования при приблизительно 4°C при 3000 g. В плазму быстро добавляли осадитель, содержащий внутренний стандарт, хорошо смешивали и центрифугировали при 12000 об/мин, при 4°C в течение 10 мин. Надосадочную жидкость переносили в предварительно маркированные полипропиленовые микроцентрифужные пробирки, и затем быстро замораживали на сухом льду. Образцы хранили при -70°C или ниже в необходимом количестве до проведения анализа. Образцы надосадочной жидкости объемом 7,5 мкл непосредственно вводили в прибор для проведения жидкостной хроматографии с тандемной масс-спектрометрией (LC-MS/MS) Orbitrap Q Exactive в режиме детекции положительно заряженных ионов для определения концентраций в анализируемом образце. Проводили анализ зависимости концентрации в плазме от времени в соответствии с некомпартментными методиками, используя программное обеспечение Phoenix WinNonlin 6.3. Регистрировали C0, Cl, Vdss, T/2, AUC(0-last), AUC(0-inf), MRT(0-last), MRT(0-inf) и строили кривые зависимости концентрации в плазме от времени.Six male CD-1 mice were each administered intraperitoneally or intravenously with 15 mg/kg heterotandem complex BCY13272 prepared in 25 mM histidine HCl, 10% sucrose, pH 7. Serial blood samples (approximately 80 μl of blood/time point) were collected from the submandibular or subcutaneous veins at any given time. All blood samples were immediately transferred to pre-chilled microcentrifuge tubes containing 2 μl of K2-EDTA (0.5 M) as an anticoagulant and placed on natural ice. Blood samples were immediately processed to obtain plasma by centrifugation at approximately 4°C at 3000 g. The precipitant containing the internal standard was quickly added to the plasma, mixed well and centrifuged at 12,000 rpm, 4°C for 10 min. The supernatant was transferred to pre-labeled polypropylene microcentrifuge tubes and then quickly frozen on dry ice. Samples were stored at -70°C or below in required quantities until analysis. 7.5 μL supernatant samples were directly injected into an Orbitrap Q Exactive liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) instrument in positive ion mode to determine concentrations in the sample being analyzed. Plasma concentration-time analysis was performed according to non-compartmental methods using Phoenix WinNonlin 6.3 software. C0, Cl, Vdss, T/ 2 , AUC(0-last), AUC(0-inf), MRT(0-last), MRT(0-inf) were recorded and plasma concentration versus time curves were plotted.

На фиг. 2 представлены кривые зависимости концентрации в плазме от времени для BCY13272 при внутривенном введении 5,5 мг/кг мышам CD1 (n=3); объем распределения в равновесном состоянии (Vdss) для BCY13272 составляет 1,1 л/кг с клиренсом 7,5 мл/мин/кг, что дает в результате конечный период полувыведения 2,9 ч.In fig. Figure 2 shows plasma concentration-time curves for BCY13272 when administered intravenously at 5.5 mg/kg to CD1 mice (n=3); the steady-state volume of distribution (Vdss) for BCY13272 is 1.1 L/kg with a clearance of 7.5 mL/min/kg, resulting in a terminal half-life of 2.9 hours.

5. EphA2/CD137 гетеротандемный бициклический пептидный комплекс BCY13272 индуцирует сек5. EphA2/CD137 heterotandem bicyclic peptide complex BCY13272 induces sec

- 21 046294 рецию цитокина IFN-γ при проведении анализа в совместной культуре с MC38.- 21 046294 reaction of the cytokine IFN-γ when performing an analysis in a co-culture with MC38.

Клетки линии MC38 и HT1080 культивировали в соответствии с рекомендованными протоколами. Замороженные PBMC, полученные от здоровых людей-доноров, оттаивали и промывали один раз при комнатной температуре с помощью PBS с бензоназой и затем ресуспендировали в среде RPMI, дополненной 10% термоинактивированной фетальной бычьей сывороткой (FBS), 1x пенициллин/стрептомицин, 10 мМ HEPES и 2 мМ L- глутамина (называемой средой R10). Высевали 100 мкл PBMC (1000000 PBMC/мл) и 100 мкл опухолевых клеток (100000 опухолевых клеток/мл) (отношение эффектор:клетка-мишень (E:T) 10:1) в каждой лунке 96-луночного планшета с плоским дном для проведения анализа в совместной культуре. На день 0, добавляли в культуру 100 нг/мл растворимого моноклонального антитела (mAb) против CD3 (клон OKT3) для стимуляции PBMC человека. Испытуемые соединения, контрольные соединения или среды в качестве плацебо разбавляли в среде R10, и добавляли 50 мкл в соответствующие лунки с доведением конечного объема лунки до 250 мкл. Планшеты накрывали воздухопроницаемой пленкой и инкубировали в увлажненной камере при 37°C с 5% CO2 в течение двух дней. Собирали надосадочные жидкости через 24 и 48 ч после стимуляции и проводили анализ на IFN-γ на анализаторе Luminex. Вкратце, стандарты и образцы добавляли в 96-луночный планшет черного цвета. Добавляли и встряхивали в течение 2 часов при комнатной температуре коктейль из микрочастиц (предоставляется в комплекте Luminex, R&D Systems). Планшет промывали 3 раза с использованием магнитного держателя. Затем в планшет добавляли коктейль с биотином и встряхивали в течение 1 ч при комнатной температуре. Планшет промывали 3 раза с использованием магнитного держателя. Добавляли в планшет коктейль из стрептавидина и встряхивали в течение 30 мин при комнатной температуре. Планшеты промывали 3 раза с использованием магнитного держателя, ресуспендировали в 100 мкл промывочного буфера, встряхивали в течение 2 мин при комнатной температуре и считывали с помощью анализатора Luminex 2000. Проводили анализ полученных исходных данных с использованием встроенного программного обеспечения Luminex для построения стандартных кривых и интерполяции концентраций белка, все остальные анализы данных и построение графиков проводили с использованием программного обеспечения Excel и Prism. Данные относятся к одному исследованию с тремя независимыми донорскими РВМС, подвергнутых испытанию в двух параллельных экспериментах.MC38 and HT1080 cells were cultured according to recommended protocols. Frozen PBMCs obtained from healthy human donors were thawed and washed once at room temperature with PBS with benzonase and then resuspended in RPMI medium supplemented with 10% heat-inactivated fetal bovine serum (FBS), 1x penicillin/streptomycin, 10 mM HEPES, and 2 mM L-glutamine (called R10 medium). Seed 100 μl PBMC (1,000,000 PBMC/ml) and 100 μl tumor cells (100,000 tumor cells/ml) (effector:target cell (E:T) ratio 10:1) in each well of a 96-well flat-bottom plate for analysis in a shared culture. On day 0, 100 ng/ml soluble anti-CD3 monoclonal antibody (mAb) (clone OKT3) was added to the culture to stimulate human PBMCs. Test compounds, control compounds, or placebo media were diluted in R10 medium, and 50 μl was added to the appropriate wells to bring the final well volume to 250 μl. The plates were covered with breathable film and incubated in a humidified chamber at 37°C with 5% CO 2 for two days. Supernatants were collected at 24 and 48 h post-stimulation and analyzed for IFN-γ on a Luminex analyzer. Briefly, standards and samples were added to a black 96-well plate. A microparticle cocktail (provided in the Luminex kit, R&D Systems) was added and shaken for 2 hours at room temperature. The plate was washed 3 times using a magnetic holder. The biotin cocktail was then added to the plate and shaken for 1 hour at room temperature. The plate was washed 3 times using a magnetic holder. The streptavidin cocktail was added to the plate and shaken for 30 min at room temperature. The plates were washed 3 times using a magnetic holder, resuspended in 100 µl wash buffer, shaken for 2 min at room temperature and read using a Luminex 2000 analyzer. The resulting raw data was analyzed using the built-in Luminex software to generate standard curves and interpolate concentrations protein, all other data analyzes and graphing were performed using Excel and Prism software. Data are from one study with three independent donor PBMCs tested in two parallel experiments.

Данные, представленные на фиг. 2 и в табл. 4 ниже, показывают, что BCY13272 индуцирует сильную активацию CD137, что подтверждается секрецией IFN-γ и IL-2 после стимуляции CD3. Активация зависит от связывания гетеротандема как с CD137, так и с EphA2, о чем свидетельствует отсутствие активности несвязывающих контрольных соединений BCY12762 и BCY13692, когда связывающие CD137 и EphA2 соответственно включают D-аминокислоту, которая дает в результате несвязывающий аналог.The data presented in Fig. 2 and in table. 4 below show that BCY13272 induces strong activation of CD137, as evidenced by the secretion of IFN-γ and IL-2 after CD3 stimulation. Activation is dependent on heterotandem binding to both CD137 and EphA2, as evidenced by the lack of activity of the nonbinding controls BCY12762 and BCY13692 when the CD137 and EphA2 binders, respectively, include a D-amino acid that results in a nonbinding analogue.

Таблица 4Table 4

Величины EC50 секреции цитокина IL-2, индуцированной EphA2/CD137 гетеротандемным бициклическим комплексом BCY13272 в анализе совместной культуры человеческие PBMC-MC38/HT-1080EC 50 values of IL-2 cytokine secretion induced by EphA2/CD137 heterotandem bicyclic complex BCY13272 in human PBMC-MC38/HT-1080 co-culture assay

№ комплекса Complex No. Клеточная линия Cell line ЕС50 (нМ) EC 50 (nM) N = N= BCY13272 BCY13272 МСЗ 8 MSZ 8 0,79± 0,24 0.79±0.24 5 5 BCY13272 BCY13272 НТ-1080 NT-1080 0,55± 0,47 0.55±0.47 4 4

6. Противоопухолевая активность BCY13272 в модели сингенной опухоли MC386. Antitumor activity of BCY13272 in the MC38 syngeneic tumor model

Самкам мышей линии C57BL/6J-hCD137 [мыши B-hTNFRSF9(CD137); Biocytogen] в возрасте 6-8 недель имплантировали подкожно 1x106 клеток MC38. Мышей рандомизировали по группам лечения, когда средние объемы опухолей достигали приблизительно 80 мм3, и проводили лечение путем внутривенного введения плацебо (25 мМ гистидин, 10% сахароза, pH 7), внутривенного введения 8 мг/кг BCY13272, 0,9 мг/кг BCY13272 и 0,1 мг/кг BCY13272. Все лечебные процедуры проводили с частотой два раза в неделю (BIW) суммарно для 6 доз. Рост опухоли постоянно контролировали вплоть до дня 28 от начала лечения. За животными с полным ответом (n=7) проводили наблюдения вплоть до дня 62 от начала лечения и повторно имплантировали им 2x106 опухолевых клеток MC38, и рост опухоли постоянно контролировали в течение 28 дней. Одновременно, наивным соответствующим возрастной группе контрольным мышам линии huCD137 C57Bl/6 (n=5) имплантировали 2x106 опухолевых клеток MC38 и проводили наблюдения в течение 28 дней.Female C57BL/6J-hCD137 mice [B-hTNFRSF9(CD137) mice; Biocytogen] at 6-8 weeks of age were implanted subcutaneously with 1x106 MC38 cells. Mice were randomized to treatment when mean tumor volumes reached approximately 80 mm 3 and treated with IV placebo (25 mM histidine, 10% sucrose, pH 7), IV 8 mg/kg BCY13272, 0.9 mg/kg BCY13272 and 0.1 mg/kg BCY13272. All treatment procedures were carried out twice a week (BIW) for a total of 6 doses. Tumor growth was continuously monitored until day 28 from the start of treatment. Animals with a complete response (n=7) were followed up to day 62 from the start of treatment and were re-implanted with 2x106 MC38 tumor cells, and tumor growth was continuously monitored for 28 days. At the same time, naïve age-matched control huCD137 C57Bl/6 mice (n=5) were implanted with 2x106 MC38 tumor cells and observed for 28 days.

Результаты этого эксперимента представлены на фиг. 3, на которой можно увидеть, что BCY13272 приводит к значительной противоопухолевой активности с полными ответами, наблюдаемыми при уровнях доз 0,9 мг/кг (2 из 6 полных ответов) и 8 мг/кг (5 из 6 полных ответов) (фиг. 3A). В отличие от наивных соответствующих возрастной группе контрольных мышей линии huCD137 C57Bl/6 (показатель приживления имплантированной опухоли 100%), не обнаруживалось возобновления роста опухоли у животных с полным ответом после лечения с помощью BCY13272 (фигура 3B). Эти данные указывают на то, что BCY13272 обладает значительной противоопухолевой активностью и что лечение с помощью BCY13272 может вызывать иммунологическую память у животных с полным ответом.The results of this experiment are presented in Fig. 3, in which it can be seen that BCY13272 leads to significant antitumor activity with complete responses observed at dose levels of 0.9 mg/kg (2 of 6 complete responses) and 8 mg/kg (5 of 6 complete responses) (Fig. 3A). In contrast to naïve age-matched control huCD137 C57Bl/6 mice (100% engraftment rate), there was no tumor regrowth in complete response animals following treatment with BCY13272 (Figure 3B). These data indicate that BCY13272 has significant antitumor activity and that treatment with BCY13272 can induce immunological memory in complete response animals.

7. Связывание BCY13272 с EphA2 и CD137, измеряемое методом поверхностного плазмонного ре7. Binding of BCY13272 to EphA2 and CD137 measured by surface plasmon spectroscopy

- 22 046294 зонанса (SPR).- 22 046294 zonans (SPR).

(a) CD137.(a) CD137.

Проводили эксперименты с использованием анализатора Biacore для определения величин ka (M-1 с-1), kd (с-1), KD (нМ) для гетеротандемных пептидов, связывающихся с человеческим белком CD137. Рекомбинантный человеческий CD137 (R&D systems) ресуспендировали в PBS и биотинилировали, используя реагент EZ-Link™ Sulfo-NHS-LC-LC-Biotin (Thermo Fisher) в соответствии с протоколом, предлагаемым фирмой-производителем. Белок обессоливали с удалением несвязанного биотина, использую центрифужные колонки, в PBS.Experiments were carried out using a Biacore analyzer to determine the values of ka (M -1 s -1 ), kd (s -1 ), KD (nM) for heterotandem peptides binding to the human CD137 protein. Recombinant human CD137 (R&D systems) was resuspended in PBS and biotinylated using EZ-Link™ Sulfo-NHS-LC-LC-Biotin reagent (Thermo Fisher) according to the manufacturer's protocol. The protein was desalted to remove unbound biotin using spin columns in PBS.

Для анализа пептидного связывания, использовали прибор Biacore T200 или Biacore 3000 с чипом XanTec CMD500D. Стрептавидин иммобилизировали на чипе, используя стандартные химические реакции сочетания с амином при 25°C с HBS-N (10 мМ HEPES, 0,15 M NaCl, pH 7,4) в качестве подвижного буфера. B Вкратце, поверхность карбоксиметилдекстрана активировали с помощью инъекции в течение 7 мин смеси 1:1 0,4 M 1-этил-3-(3-диметиламинопропил)- карбодиимида гидрохлорид (EDC)/0,1 M Nгидроксисукцинимид (NHS) при расходе 10 мкл/мин. Для захвата стрептавидина, белок разбавляли до 0,2 мг/мл в 10 мМ ацетате натрия (pH 4,5) и захватывали путем инъекции 120 мкл на активированную поверхность чипа. Остаточные активированные группы блокировали путем инъекции в течение 7 мин 1 M этаноламина (pH 8,5), и биотинилированный CD137 захватывали до уровня 270-1500 RU (резонансных единиц). Буфер заменяли на PBS/0,05% Tween 20, и приготавливали последовательные разбавления пептидов в этом буфере с конечной концентрацией DMSO 0,5%. Наивысшая концентрация пептида составляла 500 нМ с 6 дополнительными 2-кратными или 3-кратными разбавлениями. Анализ методом поверхностного плазмонного резонанса (SPR) проводили при 25°C при расходе 90 мкл/мин с ассоциацией 60 секунд и диссоциацией 900 с. После каждого цикла использовали стадию регенерации (10 мкл 10 мМ глицина pH 2). В случае необходимости, проводили коррекцию данных с учетом эффектов исключенного объема DMSO. Все данные дважды сверяли с холостыми инъекциями и референсной поверхностью с использованием стандартных методик обработки, и проводили обработку данных и аппроксимацию кинетических данных, используя программное обеспечение Scrubber software, version 2.0c (BioLogic Software). Данные аппроксимировали, используя модель простого связывания 1:1, допускающую, в соответствующих случаях, эффекты массопереноса.For peptide binding analysis, a Biacore T200 or Biacore 3000 instrument with a XanTec CMD500D chip was used. Streptavidin was immobilized on the chip using standard amine coupling chemistry at 25°C with HBS-N (10 mM HEPES, 0.15 M NaCl, pH 7.4) as running buffer. B Briefly, the carboxymethyldextran surface was activated by injection over 7 min of a 1:1 mixture of 0.4 M 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)-carbodiimide hydrochloride (EDC)/0.1 M Nhydroxysuccinimide (NHS) at a flow rate of 10 µl/min. For streptavidin capture, the protein was diluted to 0.2 mg/mL in 10 mM sodium acetate (pH 4.5) and captured by injecting 120 μL onto the activated chip surface. Residual activated groups were blocked by injection of 1 M ethanolamine (pH 8.5) for 7 min, and biotinylated CD137 was captured to 270-1500 RU (resonance units). The buffer was replaced with PBS/0.05% Tween 20, and serial dilutions of the peptides were prepared in this buffer with a final DMSO concentration of 0.5%. The highest peptide concentration was 500 nM with 6 additional 2-fold or 3-fold dilutions. Surface plasmon resonance (SPR) analysis was performed at 25°C at a flow rate of 90 μL/min with 60 s association and 900 s dissociation. After each cycle, a regeneration step was used (10 μl of 10 mM glycine pH 2). If necessary, data were adjusted to account for the effects of excluded volume of DMSO. All data were double-checked against blank injections and a reference surface using standard processing techniques, and data processing and kinetic data fitting were performed using Scrubber software, version 2.0c (BioLogic Software). Data were fitted using a 1:1 simple binding model allowing for mass transfer effects where appropriate.

(b) EphA2.(b) EphA2.

Проводили эксперименты с использованием анализатора Biacore для определения величин ka (M-1 с-1), kd (с-1), KD (нМ) для связывания BCY13272 с человеческим белком EphA2.Experiments were carried out using a Biacore analyzer to determine the values of ka (M -1 s -1 ), kd (s -1 ), KD (nM) for the binding of BCY13272 to the human EphA2 protein.

EphA2 биотинилировали с помощью EZ-Link™ Sulfo-NHS-LC- Biotin в течение 1 ч в 4 мМ ацетата натрия, 100 мМ NaCl, pH 5,4 при 3x молярном избытке биотина по отношению к белку. Степень введения метки определяли с помощью набора для количественного определения биотина флуоресцентным методом Fluorescence Biotin Quantification Kit (Thermo) после диализа реакционной смесь в PBS. Для анализа пептидного связывания, использовали прибор Biacore T200 с чипом XanTec CMD500D. Стрептавидин иммобилизировали на чипе, используя стандартные химические реакции сочетания с амином при 25°C с HBS-N (10 мМ HEPES, 0,15 M NaCl, pH 7,4) в качестве подвижного буфера. Вкратце, поверхность карбоксиметилдекстрана активировали с помощью инъекции в течение 7 мин смеси 1:1 0,4 M 1-этил-3(3-диметиламинопропил)карбодиимида гидрохлорид (EDC)/0,1 M N-гидроксисукцинимид (NHS) при расходе 10 мкл/мин. Для захвата стрептавидина, белок разбавляли до 0,2 мг/мл в 10 мМ ацетате натрия (pH 4,5) и захватывали путем инъекции 120 мкл на активированную поверхность чипа. Остаточные активированные группы блокировали путем инъекции в течение 7 мин смеси 1 M этаноламина (pH 8,5):HBSN (1:1). Буфер заменяли на PBS/0,05% Tween 20, и биотинилированный EphA2 захватывали до уровня 500-1500 RU, используя разбавление белка до 0,2 мкМ в буфере. Приготавливали последовательные разбавления пептидов в этом буфере с конечной концентрацией DMSO 0,5%, наивысшая концентрация пептида составляла 50 или 100 нМ с 6 дополнительными 2-кратными разбавлениями. Анализ методом поверхностного плазмонного резонанса (SPR) проводили при 25°C при расходе 90 мкл/мин с ассоциацией 60 с и диссоциацией 900-1200 секунд. Проводили коррекцию данных с учетом эффектов исключенного объема DMSO. Все данные дважды сверяли с холостыми инъекциями и референсной поверхностью с использованием стандартных методик обработки, и проводили обработку данных и аппроксимацию кинетических данных, используя программное обеспечение Scrubber software, version 2.0c (BioLogic Software). Данные аппроксимировали, используя модель простого связывания 1:1, допускающую, в соответствующих случаях, эффекты массопереноса.EphA2 was biotinylated using EZ-Link™ Sulfo-NHS-LC-Biotin for 1 h in 4 mM sodium acetate, 100 mM NaCl, pH 5.4 at 3x molar excess of biotin to protein. The degree of label introduction was determined using a kit for quantitative determination of biotin using the fluorescent method Fluorescence Biotin Quantification Kit (Thermo) after dialysis of the reaction mixture in PBS. For peptide binding analysis, a Biacore T200 instrument with a XanTec CMD500D chip was used. Streptavidin was immobilized on the chip using standard amine coupling chemistry at 25°C with HBS-N (10 mM HEPES, 0.15 M NaCl, pH 7.4) as running buffer. Briefly, the carboxymethyldextran surface was activated by injecting a 1:1 mixture of 0.4 M 1-ethyl-3(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide hydrochloride (EDC)/0.1 M N-hydroxysuccinimide (NHS) over 7 min at a flow rate of 10 μL. /min. For streptavidin capture, the protein was diluted to 0.2 mg/mL in 10 mM sodium acetate (pH 4.5) and captured by injecting 120 μL onto the activated chip surface. Residual activated groups were blocked by injection of 1 M ethanolamine (pH 8.5):HBSN (1:1) for 7 min. The buffer was changed to PBS/0.05% Tween 20, and biotinylated EphA2 was captured to 500–1500 RU using protein dilution to 0.2 μM in buffer. Serial dilutions of the peptides were prepared in this buffer with a final DMSO concentration of 0.5%, the highest peptide concentration being 50 or 100 nM with 6 additional 2-fold dilutions. Surface plasmon resonance (SPR) analysis was performed at 25°C at a flow rate of 90 μL/min with association of 60 s and dissociation of 900–1200 s. The data were adjusted to account for the effects of the excluded volume of DMSO. All data were double-checked against blank injections and a reference surface using standard processing techniques, and data processing and kinetic data fitting were performed using Scrubber software, version 2.0c (BioLogic Software). Data were fitted using a 1:1 simple binding model allowing for mass transfer effects where appropriate.

На фиг. 5A представлена сенсограмма, которая показывает, что BCY13272 связывается с EphA2 (человека) с аффинностью 2,0 нМ. На фиг. 5B представлена сенсограмма, которая показывает, что BCY13272 связывается с CD137 (человека) с высокой аффинностью. Вследствие присутствия в BCY13272 двух CD137 связывающих бициклов, скорость диссоциации из иммобилизированного белка CD137 является очень медленной, и приведенная величина KD может быть завышенной (фиг. 4B).In fig. 5A is a sensorgram showing that BCY13272 binds to EphA2 (human) with an affinity of 2.0 nM. In fig. 5B is a sensorgram showing that BCY13272 binds to (human) CD137 with high affinity. Due to the presence of two CD137 binding bicycles in BCY13272, the rate of dissociation from immobilized CD137 protein is very slow and the reported KD value may be overestimated (Fig. 4B).

--

Claims (6)

ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯCLAIM 1. Гетеротандемный бициклический пептидный комплекс, включающий:1. Heterotandem bicyclic peptide complex, including: (а) первый пептидный лиганд, который связывается с EphA2 и который имеет последовательность A-[HArg]-D-C1[HyP]LVNPLC11LEP[d1Nal]WTC111 (SEQ ID NO:1; BCY13118), конъюгированный через линкер N-(кuслота-PEG3)-N-бис(PEG3-азид) с (b) вторыми пептидными лигандами, которые связываются с CD137, оба из которых имеют последовательность Ac-Ci[tBuAla]PE[D-Lys(PYA)]PYCuFADPY[Nle]CUi-A (SEQ ID NO: 2; BCY8928), где каждый из указанных пептидных лигандов включает полипептид, содержащий три реакционноспособные цистеиновые группы (Ci, Cii и Ciii), разделенные двумя петлевыми последовательностями, и молекулярный каркас, который представляет собой 1,1',1-(1,3,5-триазинан-1,3,5-триил)трипроп-2-ен-1он (ТАТА) и который образует ковалентные связи с реакционно-способными цистеиновыми группами полипептида, вследствие чего на молекулярном каркасе образуются две полипептидных петли;(a) the first peptide ligand that binds to EphA2 and which has the sequence A-[HArg]-DC 1 [HyP]LVNPLC 11 LEP[d1Nal]WTC 111 (SEQ ID NO:1; BCY13118), conjugated through the N-( linker acid-PEG 3 )-N-bis(PEG 3 -azide) with (b) second peptide ligands that bind to CD137, both of which have the sequence Ac-Ci[tBuAla]PE[D-Lys(PYA)]PYC u FADPY[Nle]C U iA (SEQ ID NO: 2; BCY8928), wherein each of said peptide ligands comprises a polypeptide containing three reactive cysteine groups (Ci, Cii and Ciii) separated by two loop sequences, and a molecular framework that represents is 1,1',1-(1,3,5-triazinan-1,3,5-triyl)triprop-2-en-1one (TATA) and which forms covalent bonds with the reactive cysteine groups of the polypeptide, resulting two polypeptide loops are formed on the molecular framework; где Ас представляет ацетил, HArg представляет гомоаргинин, НуР представляет транс-4-гидроксиL-пролин, d1Nal представляет D-1-нафтилаланин, tBuAla представляет третбутил-аланин, PYA представляет 4-пентиноевую кислоту и Nle представляет норлейцин.where Ac is acetyl, HArg is homoarginine, HuP is trans-4-hydroxyL-proline, d1Nal is D-1-naphthylalanine, tBuAla is tert-butyl-alanine, PYA is 4-pentinoic acid and Nle is norleucine. 2. Гетеротандемный бициклический пептидный комплекс по п.1, который представляет собой BCY13272:2. Heterotandem bicyclic peptide complex according to claim 1, which is BCY13272: BCY13272BCY13272 3. Гетеротандемный бициклический пептидный комплекс по п.1 или 2, где фармацевтически приемлемую соль выбирают из свободной кислоты или натриевой, калиевой, кальциевой, аммониевой соли.3. Heterotandem bicyclic peptide complex according to claim 1 or 2, where the pharmaceutically acceptable salt is selected from the free acid or sodium, potassium, calcium, ammonium salt. 4. Фармацевтическая композиция, которая включает гетеротандемный бициклический пептидный комплекс по любому одному из пп.1-3 в комбинации с одним или более фармацевтически приемлемыми вспомогательными веществами.4. A pharmaceutical composition which comprises a heterotandem bicyclic peptide complex according to any one of claims 1 to 3 in combination with one or more pharmaceutically acceptable excipients. 5. Применение гетеротандемного бициклического пептидного комплекса по любому одному из пп.1-3 для предотвращения, подавления или лечения рака.5. Use of a heterotandem bicyclic peptide complex according to any one of claims 1 to 3 for the prevention, suppression or treatment of cancer. 6. Способ лечения рака, который включает введение гетеротандемного бициклического пептидного комплекса по любому одному из пп.1-3 при частоте дозирования, при которой не поддерживаются концентрации указанного комплекса в плазме выше величины in vitro EC50 для указанного комплекса.6. A method of treating cancer, which includes administering a heterotandem bicyclic peptide complex according to any one of claims 1-3 at a dosing frequency that does not maintain plasma concentrations of said complex above the in vitro EC 50 value for said complex. --
EA202290418 2019-07-30 2020-07-30 HETEROTANDEM BICYCLIC PEPTIDE COMPLEX EA046294B1 (en)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US62/880,191 2019-07-30
US62/910,088 2019-10-03
US62/931,442 2019-11-06
US63/022,667 2020-05-11
US63/024,715 2020-05-14

Publications (1)

Publication Number Publication Date
EA046294B1 true EA046294B1 (en) 2024-02-22

Family

ID=

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US11312749B2 (en) Heterotandem bicyclic peptide complex
US20220213145A1 (en) Bicyclic peptide ligands specific for cd137
JP7404241B2 (en) Bicyclic peptide ligand specific for EphA2
JP2024023291A (en) Multimeric bicyclic peptide ligand
BR112020020349A2 (en) BICYCLIC PEPTIDE COMPLEXES IN HETEROTANDEM
CA3154672A1 (en) Bicyclic peptide ligand drug conjugates
CN113474046A (en) IL-17 specific bicyclic peptide ligands
CN113507960A (en) PSMA-specific bicyclic peptide ligands
EA046294B1 (en) HETEROTANDEM BICYCLIC PEPTIDE COMPLEX
EA046193B1 (en) HETEROTANDEM BICYCLIC PEPTIDE COMPLEX
CN113383007A (en) CAIX-specific bicyclic peptide ligands
CN113543813B (en) CD38 specific bicyclic peptide ligands
EA045834B1 (en) HETEROTANDEM BICYCLIC PEPTIDE COMPLEXES
WO2023057758A1 (en) Bicyclic peptide ligand drug conjugates