EA045913B1 - TIM-3 ANTAGONISTS FOR TREATMENT AND DIAGNOSIS OF ONCOLOGICAL DISEASES - Google Patents
TIM-3 ANTAGONISTS FOR TREATMENT AND DIAGNOSIS OF ONCOLOGICAL DISEASES Download PDFInfo
- Publication number
- EA045913B1 EA045913B1 EA202090634 EA045913B1 EA 045913 B1 EA045913 B1 EA 045913B1 EA 202090634 EA202090634 EA 202090634 EA 045913 B1 EA045913 B1 EA 045913B1
- Authority
- EA
- Eurasian Patent Office
- Prior art keywords
- tim3
- seq
- antibody
- subject
- cells
- Prior art date
Links
- 102100034458 Hepatitis A virus cellular receptor 2 Human genes 0.000 title claims description 386
- 101710083479 Hepatitis A virus cellular receptor 2 homolog Proteins 0.000 title claims description 122
- 229940126547 T-cell immunoglobulin mucin-3 Drugs 0.000 title claims description 122
- 238000011282 treatment Methods 0.000 title claims description 122
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 title description 48
- 201000010099 disease Diseases 0.000 title description 22
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 title description 22
- 230000000771 oncological effect Effects 0.000 title description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 title 1
- 101001068133 Homo sapiens Hepatitis A virus cellular receptor 2 Proteins 0.000 claims description 364
- 210000003171 tumor-infiltrating lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 228
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 182
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 174
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 141
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 119
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 98
- 102220512684 Ninjurin-2_N60Q_mutation Human genes 0.000 claims description 65
- 239000012636 effector Substances 0.000 claims description 58
- 229940124060 PD-1 antagonist Drugs 0.000 claims description 46
- 229960003301 nivolumab Drugs 0.000 claims description 24
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 claims description 19
- 102100036301 C-C chemokine receptor type 7 Human genes 0.000 claims description 18
- 101000716065 Homo sapiens C-C chemokine receptor type 7 Proteins 0.000 claims description 18
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 18
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 claims description 15
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 claims description 14
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 claims description 14
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 claims description 13
- 229960002621 pembrolizumab Drugs 0.000 claims description 13
- 208000008839 Kidney Neoplasms Diseases 0.000 claims description 12
- 206010038389 Renal cancer Diseases 0.000 claims description 11
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 claims description 11
- 201000010982 kidney cancer Diseases 0.000 claims description 11
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 claims description 10
- 229950009791 durvalumab Drugs 0.000 claims description 10
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 claims description 5
- 229950007213 spartalizumab Drugs 0.000 claims description 4
- 229940123803 TIM3 antagonist Drugs 0.000 description 182
- 101100519207 Mus musculus Pdcd1 gene Proteins 0.000 description 127
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 118
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 113
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 110
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 107
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 106
- 102000049109 human HAVCR2 Human genes 0.000 description 100
- 102100034922 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Human genes 0.000 description 98
- 102100036011 T-cell surface glycoprotein CD4 Human genes 0.000 description 95
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 82
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 75
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 63
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 54
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 50
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 40
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 40
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 40
- 102000008096 B7-H1 Antigen Human genes 0.000 description 36
- 108010074708 B7-H1 Antigen Proteins 0.000 description 36
- 210000001266 CD8-positive T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 36
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 28
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 description 26
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 25
- 239000002955 immunomodulating agent Substances 0.000 description 24
- 244000000231 Sesamum indicum Species 0.000 description 23
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 23
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 20
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 20
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 18
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 18
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 18
- 101000611936 Homo sapiens Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 description 17
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 17
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 17
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 16
- 210000003071 memory t lymphocyte Anatomy 0.000 description 16
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 description 16
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 16
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 15
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 15
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 15
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 15
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 14
- 102220007495 rs267607215 Human genes 0.000 description 14
- 102200067663 rs80358463 Human genes 0.000 description 14
- 108010039224 Amidophosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 13
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 13
- 102000048362 human PDCD1 Human genes 0.000 description 13
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 13
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 12
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 12
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 12
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 12
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 12
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 12
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 11
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 11
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 11
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 11
- 230000004044 response Effects 0.000 description 11
- 101100407308 Mus musculus Pdcd1lg2 gene Proteins 0.000 description 10
- 108700030875 Programmed Cell Death 1 Ligand 2 Proteins 0.000 description 10
- 102100024213 Programmed cell death 1 ligand 2 Human genes 0.000 description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 10
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 10
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 10
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 10
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 10
- 101000581981 Homo sapiens Neural cell adhesion molecule 1 Proteins 0.000 description 9
- 101100328463 Mus musculus Cmya5 gene Proteins 0.000 description 9
- 102100027347 Neural cell adhesion molecule 1 Human genes 0.000 description 9
- 210000000662 T-lymphocyte subset Anatomy 0.000 description 9
- 210000003162 effector t lymphocyte Anatomy 0.000 description 9
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 9
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 9
- 238000000176 thermal ionisation mass spectrometry Methods 0.000 description 9
- 238000013055 trapped ion mobility spectrometry Methods 0.000 description 9
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 9
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 8
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 8
- 101001117317 Homo sapiens Programmed cell death 1 ligand 1 Proteins 0.000 description 8
- 102100040678 Programmed cell death protein 1 Human genes 0.000 description 8
- 208000006265 Renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 8
- 230000006870 function Effects 0.000 description 8
- 102000048776 human CD274 Human genes 0.000 description 8
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 8
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 8
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 8
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 8
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 8
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 8
- 210000000066 myeloid cell Anatomy 0.000 description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 8
- 210000005134 plasmacytoid dendritic cell Anatomy 0.000 description 8
- 241000894007 species Species 0.000 description 8
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 8
- 229910052727 yttrium Inorganic materials 0.000 description 8
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 7
- 108010087819 Fc receptors Proteins 0.000 description 7
- 102000009109 Fc receptors Human genes 0.000 description 7
- 101000917858 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Proteins 0.000 description 7
- 101000917839 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-B Proteins 0.000 description 7
- 101000946889 Homo sapiens Monocyte differentiation antigen CD14 Proteins 0.000 description 7
- 102100029185 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-B Human genes 0.000 description 7
- 102100035877 Monocyte differentiation antigen CD14 Human genes 0.000 description 7
- 210000000447 Th1 cell Anatomy 0.000 description 7
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 7
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 7
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 7
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 7
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 7
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 7
- NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 1-methylethyl 11-methoxy-3,7,11-trimethyl-2,4-dodecadienoate Chemical compound COC(C)(C)CCCC(C)CC=CC(C)=CC(=O)OC(C)C NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 208000003950 B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 6
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 6
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 6
- 102000007346 Hepatitis A Virus Cellular Receptor 2 Human genes 0.000 description 6
- 108010007707 Hepatitis A Virus Cellular Receptor 2 Proteins 0.000 description 6
- 229940076838 Immune checkpoint inhibitor Drugs 0.000 description 6
- 108091008026 Inhibitory immune checkpoint proteins Proteins 0.000 description 6
- 102000037984 Inhibitory immune checkpoint proteins Human genes 0.000 description 6
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 6
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 6
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 6
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 6
- 239000012274 immune-checkpoint protein inhibitor Substances 0.000 description 6
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 6
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 6
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 6
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 6
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 6
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 6
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 6
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 6
- 208000002250 Hematologic Neoplasms Diseases 0.000 description 5
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 5
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 5
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 5
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 5
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 5
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 5
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 5
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 5
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 5
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 5
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 5
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 5
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 5
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 5
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 5
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 5
- TZCPCKNHXULUIY-RGULYWFUSA-N 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoserine Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@H](COP(O)(=O)OC[C@H](N)C(O)=O)OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCCCC TZCPCKNHXULUIY-RGULYWFUSA-N 0.000 description 4
- ZWZWYGMENQVNFU-UHFFFAOYSA-N Glycerophosphorylserin Natural products OC(=O)C(N)COP(O)(=O)OCC(O)CO ZWZWYGMENQVNFU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 101000738771 Homo sapiens Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C Proteins 0.000 description 4
- 108010054477 Immunoglobulin Fab Fragments Proteins 0.000 description 4
- 102000001706 Immunoglobulin Fab Fragments Human genes 0.000 description 4
- 108010067060 Immunoglobulin Variable Region Proteins 0.000 description 4
- 102000017727 Immunoglobulin Variable Region Human genes 0.000 description 4
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 4
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 4
- 208000031422 Lymphocytic Chronic B-Cell Leukemia Diseases 0.000 description 4
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 4
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 4
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 4
- 101710089372 Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 description 4
- 102100037422 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C Human genes 0.000 description 4
- 206010042971 T-cell lymphoma Diseases 0.000 description 4
- 229950002916 avelumab Drugs 0.000 description 4
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 4
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 4
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 4
- 238000002648 combination therapy Methods 0.000 description 4
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 4
- 230000002519 immonomodulatory effect Effects 0.000 description 4
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 4
- 238000011503 in vivo imaging Methods 0.000 description 4
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 4
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 4
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 4
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 4
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 4
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 4
- 238000007799 mixed lymphocyte reaction assay Methods 0.000 description 4
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 4
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 4
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 4
- 108091006024 signal transducing proteins Proteins 0.000 description 4
- 102000034285 signal transducing proteins Human genes 0.000 description 4
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 description 4
- 102100035248 Alpha-(1,3)-fucosyltransferase 4 Human genes 0.000 description 3
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 3
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102100026122 High affinity immunoglobulin gamma Fc receptor I Human genes 0.000 description 3
- 208000017604 Hodgkin disease Diseases 0.000 description 3
- 101001022185 Homo sapiens Alpha-(1,3)-fucosyltransferase 4 Proteins 0.000 description 3
- 101100005713 Homo sapiens CD4 gene Proteins 0.000 description 3
- 101000913074 Homo sapiens High affinity immunoglobulin gamma Fc receptor I Proteins 0.000 description 3
- 208000025205 Mantle-Cell Lymphoma Diseases 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 208000015914 Non-Hodgkin lymphomas Diseases 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 230000006044 T cell activation Effects 0.000 description 3
- 230000006052 T cell proliferation Effects 0.000 description 3
- 208000002495 Uterine Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 3
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 3
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 3
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 3
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 3
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 3
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 3
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 3
- 230000036541 health Effects 0.000 description 3
- 210000002443 helper t lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 3
- 229940121354 immunomodulator Drugs 0.000 description 3
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 3
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 3
- 108091008042 inhibitory receptors Proteins 0.000 description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 3
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 3
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 3
- 238000007912 intraperitoneal administration Methods 0.000 description 3
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 3
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 3
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 3
- 235000019198 oils Nutrition 0.000 description 3
- 238000007911 parenteral administration Methods 0.000 description 3
- 210000004976 peripheral blood cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 3
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 3
- 210000003289 regulatory T cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 3
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 3
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 3
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 3
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 3
- 206010046766 uterine cancer Diseases 0.000 description 3
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 3
- 238000002424 x-ray crystallography Methods 0.000 description 3
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- 206010069754 Acquired gene mutation Diseases 0.000 description 2
- 208000024893 Acute lymphoblastic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000014697 Acute lymphocytic leukaemia Diseases 0.000 description 2
- 206010073478 Anaplastic large-cell lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 208000010839 B-cell chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000032791 BCR-ABL1 positive chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 2
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 2
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 208000011691 Burkitt lymphomas Diseases 0.000 description 2
- 210000005236 CD8+ effector T cell Anatomy 0.000 description 2
- 102000008203 CTLA-4 Antigen Human genes 0.000 description 2
- 229940045513 CTLA4 antagonist Drugs 0.000 description 2
- 102000000844 Cell Surface Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108010001857 Cell Surface Receptors Proteins 0.000 description 2
- 208000010833 Chronic myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 2
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 2
- 208000021519 Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 208000010747 Hodgkins lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 101000797623 Homo sapiens Protein AMBP Proteins 0.000 description 2
- 101000716102 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD4 Proteins 0.000 description 2
- 101000946843 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Proteins 0.000 description 2
- 102000037982 Immune checkpoint proteins Human genes 0.000 description 2
- 108091008036 Immune checkpoint proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 2
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 2
- 108700005091 Immunoglobulin Genes Proteins 0.000 description 2
- 102000006496 Immunoglobulin Heavy Chains Human genes 0.000 description 2
- 108010019476 Immunoglobulin Heavy Chains Proteins 0.000 description 2
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 2
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 2
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- 208000031671 Large B-Cell Diffuse Lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 208000032004 Large-Cell Anaplastic Lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 208000034578 Multiple myelomas Diseases 0.000 description 2
- 208000033761 Myelogenous Chronic BCR-ABL Positive Leukemia Diseases 0.000 description 2
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 2
- 208000006664 Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 102100032859 Protein AMBP Human genes 0.000 description 2
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 2
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 2
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 2
- PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N Sodium azide Chemical compound [Na+].[N-]=[N+]=[N-] PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000000102 Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck Diseases 0.000 description 2
- 208000027585 T-cell non-Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 2
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 2
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 2
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N Tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 2
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 2
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 2
- 230000001270 agonistic effect Effects 0.000 description 2
- -1 aminocarboxyl Chemical group 0.000 description 2
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 2
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 2
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 2
- 210000003169 central nervous system Anatomy 0.000 description 2
- 208000032852 chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- 201000010989 colorectal carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 230000004154 complement system Effects 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- 230000001461 cytolytic effect Effects 0.000 description 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 2
- 206010012818 diffuse large B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 2
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 210000003979 eosinophil Anatomy 0.000 description 2
- 201000003444 follicular lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 2
- 125000003630 glycyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 2
- 210000003714 granulocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 2
- 208000014829 head and neck neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 201000000459 head and neck squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 description 2
- 210000003630 histaminocyte Anatomy 0.000 description 2
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 2
- 230000005965 immune activity Effects 0.000 description 2
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 2
- 230000002584 immunomodulator Effects 0.000 description 2
- 238000013394 immunophenotyping Methods 0.000 description 2
- 229960001438 immunostimulant agent Drugs 0.000 description 2
- 239000003022 immunostimulating agent Substances 0.000 description 2
- 230000003308 immunostimulating effect Effects 0.000 description 2
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 2
- 238000000099 in vitro assay Methods 0.000 description 2
- 210000004969 inflammatory cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000007913 intrathecal administration Methods 0.000 description 2
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 2
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 2
- 238000007837 multiplex assay Methods 0.000 description 2
- 201000005962 mycosis fungoides Diseases 0.000 description 2
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 208000002154 non-small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 230000002611 ovarian Effects 0.000 description 2
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 2
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 2
- 230000000144 pharmacologic effect Effects 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 2
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 230000037439 somatic mutation Effects 0.000 description 2
- 206010041823 squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 2
- 238000012289 standard assay Methods 0.000 description 2
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 2
- 238000013517 stratification Methods 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 2
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 1
- VWEWCZSUWOEEFM-WDSKDSINSA-N Ala-Gly-Ala-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O VWEWCZSUWOEEFM-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- 239000012103 Alexa Fluor 488 Substances 0.000 description 1
- 206010061424 Anal cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000007860 Anus Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 1
- 101100339431 Arabidopsis thaliana HMGB2 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010003908 B-cell small lymphocytic lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 102100024222 B-lymphocyte antigen CD19 Human genes 0.000 description 1
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010005949 Bone cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000018084 Bone neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 206010006143 Brain stem glioma Diseases 0.000 description 1
- 102100027207 CD27 antigen Human genes 0.000 description 1
- 108010021064 CTLA-4 Antigen Proteins 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 206010007953 Central nervous system lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 108010012236 Chemokines Proteins 0.000 description 1
- 102000019034 Chemokines Human genes 0.000 description 1
- 208000017667 Chronic Disease Diseases 0.000 description 1
- 102000007260 Deoxyribonuclease I Human genes 0.000 description 1
- 108010008532 Deoxyribonuclease I Proteins 0.000 description 1
- 241000702421 Dependoparvovirus Species 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 238000012286 ELISA Assay Methods 0.000 description 1
- 238000008157 ELISA kit Methods 0.000 description 1
- 208000001976 Endocrine Gland Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010014733 Endometrial cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010014759 Endometrial neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000000461 Esophageal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108091006020 Fc-tagged proteins Proteins 0.000 description 1
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 1
- 102100021260 Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710121810 Galectin-9 Proteins 0.000 description 1
- 102100031351 Galectin-9 Human genes 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000001398 Granzyme Human genes 0.000 description 1
- 108060005986 Granzyme Proteins 0.000 description 1
- 102000006354 HLA-DR Antigens Human genes 0.000 description 1
- 108010058597 HLA-DR Antigens Proteins 0.000 description 1
- 108700010013 HMGB1 Proteins 0.000 description 1
- 101150021904 HMGB1 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000012981 Hank's balanced salt solution Substances 0.000 description 1
- HTTJABKRGRZYRN-UHFFFAOYSA-N Heparin Chemical compound OC1C(NC(=O)C)C(O)OC(COS(O)(=O)=O)C1OC1C(OS(O)(=O)=O)C(O)C(OC2C(C(OS(O)(=O)=O)C(OC3C(C(O)C(O)C(O3)C(O)=O)OS(O)(=O)=O)C(CO)O2)NS(O)(=O)=O)C(C(O)=O)O1 HTTJABKRGRZYRN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100037907 High mobility group protein B1 Human genes 0.000 description 1
- 101000834898 Homo sapiens Alpha-synuclein Proteins 0.000 description 1
- 101000980825 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD19 Proteins 0.000 description 1
- 101000914511 Homo sapiens CD27 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101100166600 Homo sapiens CD28 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000889276 Homo sapiens Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000894906 Homo sapiens Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001042104 Homo sapiens Inducible T-cell costimulator Proteins 0.000 description 1
- 101001057504 Homo sapiens Interferon-stimulated gene 20 kDa protein Proteins 0.000 description 1
- 101001055144 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000984189 Homo sapiens Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000652359 Homo sapiens Spermatogenesis-associated protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 description 1
- 108010009817 Immunoglobulin Constant Regions Proteins 0.000 description 1
- 102000009786 Immunoglobulin Constant Regions Human genes 0.000 description 1
- 102000013463 Immunoglobulin Light Chains Human genes 0.000 description 1
- 108010065825 Immunoglobulin Light Chains Proteins 0.000 description 1
- 102220617368 Immunoglobulin heavy constant gamma 1_K97R_mutation Human genes 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 102100027268 Interferon-stimulated gene 20 kDa protein Human genes 0.000 description 1
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 1
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 1
- 208000007766 Kaposi sarcoma Diseases 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100025583 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 Human genes 0.000 description 1
- 206010052178 Lymphocytic lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 241000282567 Macaca fascicularis Species 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000032271 Malignant tumor of penis Diseases 0.000 description 1
- 102000012750 Membrane Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108010090054 Membrane Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 description 1
- 208000003445 Mouth Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 206010030155 Oesophageal carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 229940123751 PD-L1 antagonist Drugs 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108090000526 Papain Proteins 0.000 description 1
- 208000000821 Parathyroid Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 235000019483 Peanut oil Nutrition 0.000 description 1
- 208000002471 Penile Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010034299 Penile cancer Diseases 0.000 description 1
- 102000057297 Pepsin A Human genes 0.000 description 1
- 108090000284 Pepsin A Proteins 0.000 description 1
- 208000007913 Pituitary Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 201000005746 Pituitary adenoma Diseases 0.000 description 1
- 206010061538 Pituitary tumour benign Diseases 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 206010065857 Primary Effusion Lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 206010036711 Primary mediastinal large B-cell lymphomas Diseases 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 1
- 208000015634 Rectal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010061481 Renal injury Diseases 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 206010039491 Sarcoma Diseases 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000000453 Skin Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010041067 Small cell lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 108091027967 Small hairpin RNA Proteins 0.000 description 1
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 1
- 208000004346 Smoldering Multiple Myeloma Diseases 0.000 description 1
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 208000021712 Soft tissue sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 208000000277 Splenic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 description 1
- 208000031673 T-Cell Cutaneous Lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 description 1
- 208000020982 T-lymphoblastic lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 208000024313 Testicular Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010057644 Testis cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000024770 Thyroid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010054094 Tumour necrosis Diseases 0.000 description 1
- 108091005906 Type I transmembrane proteins Proteins 0.000 description 1
- 229940127174 UCHT1 Drugs 0.000 description 1
- 208000023915 Ureteral Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010046392 Ureteric cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010046431 Urethral cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010046458 Urethral neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 201000003761 Vaginal carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 206010047741 Vulval cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000033559 Waldenström macroglobulinemia Diseases 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 201000005188 adrenal gland cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000024447 adrenal gland neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 206010002449 angioimmunoblastic T-cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000003042 antagnostic effect Effects 0.000 description 1
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 1
- 230000005875 antibody response Effects 0.000 description 1
- 230000009464 antigen specific memory response Effects 0.000 description 1
- 229940034982 antineoplastic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 description 1
- 201000011165 anus cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000010425 asbestos Substances 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229960003852 atezolizumab Drugs 0.000 description 1
- 230000005784 autoimmunity Effects 0.000 description 1
- 150000001540 azides Chemical class 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000023732 binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 230000008512 biological response Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 238000006664 bond formation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000007975 buffered saline Substances 0.000 description 1
- 239000003560 cancer drug Substances 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 230000020411 cell activation Effects 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 230000003915 cell function Effects 0.000 description 1
- 208000019065 cervical carcinoma Diseases 0.000 description 1
- YRQNKMKHABXEJZ-UVQQGXFZSA-N chembl176323 Chemical compound C1C[C@]2(C)[C@@]3(C)CC(N=C4C[C@]5(C)CCC6[C@]7(C)CC[C@@H]([C@]7(CC[C@]6(C)[C@@]5(C)CC4=N4)C)CCCCCCCC)=C4C[C@]3(C)CCC2[C@]2(C)CC[C@H](CCCCCCCC)[C@]21C YRQNKMKHABXEJZ-UVQQGXFZSA-N 0.000 description 1
- 238000004182 chemical digestion Methods 0.000 description 1
- 210000004978 chinese hamster ovary cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000011260 co-administration Methods 0.000 description 1
- 238000003501 co-culture Methods 0.000 description 1
- 238000011198 co-culture assay Methods 0.000 description 1
- 238000011284 combination treatment Methods 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 230000004940 costimulation Effects 0.000 description 1
- 108091008034 costimulatory receptors Proteins 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- 201000007241 cutaneous T cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 208000035250 cutaneous malignant susceptibility to 1 melanoma Diseases 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- 230000016396 cytokine production Effects 0.000 description 1
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000006735 deficit Effects 0.000 description 1
- 238000002716 delivery method Methods 0.000 description 1
- 229910052805 deuterium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 201000003914 endometrial carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 201000004101 esophageal cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 201000001343 fallopian tube carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000012091 fetal bovine serum Substances 0.000 description 1
- 108010074605 gamma-Globulins Proteins 0.000 description 1
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 1
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- 208000035474 group of disease Diseases 0.000 description 1
- 201000005787 hematologic cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000002489 hematologic effect Effects 0.000 description 1
- 229960002897 heparin Drugs 0.000 description 1
- 229920000669 heparin Polymers 0.000 description 1
- 210000003701 histiocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000000899 immune system response Effects 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 238000003125 immunofluorescent labeling Methods 0.000 description 1
- 230000003259 immunoinhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 230000004957 immunoregulator effect Effects 0.000 description 1
- 230000001506 immunosuppresive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001024 immunotherapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 230000028709 inflammatory response Effects 0.000 description 1
- 230000014828 interferon-gamma production Effects 0.000 description 1
- 230000019734 interleukin-12 production Effects 0.000 description 1
- 238000001361 intraarterial administration Methods 0.000 description 1
- 208000026876 intravascular large B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 208000037806 kidney injury Diseases 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 208000012987 lip and oral cavity carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000006193 liquid solution Substances 0.000 description 1
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 201000010453 lymph node cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000004324 lymphatic system Anatomy 0.000 description 1
- 230000000527 lymphocytic effect Effects 0.000 description 1
- 208000019420 lymphoid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000003563 lymphoid tissue Anatomy 0.000 description 1
- 201000000564 macroglobulinemia Diseases 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 208000029559 malignant endocrine neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000026037 malignant tumor of neck Diseases 0.000 description 1
- 208000026045 malignant tumor of parathyroid gland Diseases 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 208000037819 metastatic cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000011575 metastatic malignant neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 1
- 235000010446 mineral oil Nutrition 0.000 description 1
- 239000002480 mineral oil Substances 0.000 description 1
- 230000009826 neoplastic cell growth Effects 0.000 description 1
- 210000000440 neutrophil Anatomy 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 238000011275 oncology therapy Methods 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 229940055729 papain Drugs 0.000 description 1
- 235000019834 papain Nutrition 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 239000000312 peanut oil Substances 0.000 description 1
- 229940111202 pepsin Drugs 0.000 description 1
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 1
- 239000003208 petroleum Substances 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001766 physiological effect Effects 0.000 description 1
- 208000021310 pituitary gland adenoma Diseases 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000004815 positive regulation of T cell activation Effects 0.000 description 1
- 230000004492 positive regulation of T cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 208000016800 primary central nervous system lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 208000025638 primary cutaneous T-cell non-Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 201000006037 primary mediastinal B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 125000001500 prolyl group Chemical group [H]N1C([H])(C(=O)[*])C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 1
- 230000007420 reactivation Effects 0.000 description 1
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 206010038038 rectal cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000001275 rectum cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 1
- 201000006845 reticulosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 208000029922 reticulum cell sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 229910052895 riebeckite Inorganic materials 0.000 description 1
- 201000000306 sarcoidosis Diseases 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 238000004062 sedimentation Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 125000003607 serino group Chemical group [H]N([H])[C@]([H])(C(=O)[*])C(O[H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000008159 sesame oil Substances 0.000 description 1
- 235000011803 sesame oil Nutrition 0.000 description 1
- 239000002924 silencing RNA Substances 0.000 description 1
- 238000009097 single-agent therapy Methods 0.000 description 1
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 201000000849 skin cancer Diseases 0.000 description 1
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 description 1
- 208000000587 small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000002314 small intestine cancer Diseases 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 208000010721 smoldering plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000003549 soybean oil Substances 0.000 description 1
- 235000012424 soybean oil Nutrition 0.000 description 1
- 208000037959 spinal tumor Diseases 0.000 description 1
- 201000002471 spleen cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010062113 splenic marginal zone lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 229940066453 tecentriq Drugs 0.000 description 1
- 201000003120 testicular cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000002510 thyroid cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000000699 topical effect Effects 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000011830 transgenic mouse model Methods 0.000 description 1
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 1
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 1
- 230000005747 tumor angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000004565 tumor cell growth Effects 0.000 description 1
- 208000029729 tumor suppressor gene on chromosome 11 Diseases 0.000 description 1
- 230000004222 uncontrolled growth Effects 0.000 description 1
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 201000011294 ureter cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 1
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- 201000004916 vulva carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 208000013013 vulvar carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
- 229940055760 yervoy Drugs 0.000 description 1
Description
Ссылка на перечень последовательностей, представленных в электронном виде в EFS-WEBLink to the list of sequences submitted electronically to EFS-WEB
Содержание представленного в электронном виде перечня последовательностей в текстовом файле ASCII (имя: 3338.093PC01_SequenceListing_ST25.txt; размер: 717,820 байт и дата создания: 24 августа 2018 г.), поданного вместе с заявкой, полностью включено в настоящий документ посредством ссылки.The contents of the electronically submitted sequence listing in an ASCII text file (name: 3338.093PC01_SequenceListing_ST25.txt; size: 717,820 bytes and creation date: August 24, 2018) filed with the application are incorporated herein by reference in their entirety.
Уровень техники изобретенияBACKGROUND OF THE INVENTION
Белок 3, содержащий домены Т-клеточного иммуноглобулина и муцина (TIM3), также известный как клеточный рецептор 2 вируса гепатита A (HAVCR2), является трансмембранным белком типа I, который функционирует в качестве ключевого регулятора иммунных ответов. TIM3 был первоначально идентифицирован на активированных IFN-Y-продуцирующих Т-клетках (например, хелперных Т-клетках CD4+ 1 типа и цитотоксических Т-клетках CD8+), и, как было показано, индуцирует гибель или истощение Т-клеток после связывания с одним из его лигандов (то есть фосфатидилсерином, галектином-9, HMGB1, CEACAM-1 и ILT4). Более поздние исследования показали, что экспрессия TIM3 также важна для регуляции активности множества врожденных иммунных клеток (например, макрофагов, моноцитов, дендритных клеток, тучных клеток и естественных клеток-киллеров); см. Han G. et al., Front Immunol. 4: 449 (2013). Как и многие ингибиторные рецепторы (например, PD-1 и CTLA-4), экспрессия TIM3 связана со многими типами хронических заболеваний, включая рак (например, меланому, рак легких, печени, яичника и т.д.). Высокая экспрессия TIM3 была обнаружена на инфильтрирующих опухоль лимфоцитах (TIL) и некоторых опухолях у пациентов с распространенной меланомой, немелкоклеточным раком легкого или фолликулярной В-клеточной неходжкинской лимфомой. А наличие TIM3+ Т-клеток было описано как эффективный индикатор прогрессирования рака легкого с более высокой экспрессией, связанной с неблагоприятным прогнозом; см. Anderson A.C. Cancer Immunol Res. 2: 393-8 (2014). Исследования также показали прямую зависимость между TIM3 и ингибиторным рецептором PD-1. Например, многие опухолеспецифичные Т-клетки экспрессируют как PD-1, так и TIM3, и было показано, что эти Т-клетки более дисфункциональны по сравнению с Т-клетками, которые экспрессируют только PD-1 или TIM3; см. Fourcade J. et al., J Exp Med. 207: 2175-2186 (2010).T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3 (TIM3), also known as hepatitis A virus cellular receptor 2 (HAVCR2), is a type I transmembrane protein that functions as a key regulator of immune responses. TIM3 was originally identified on activated IFN-Y-producing T cells (eg, CD4+ type 1 helper T cells and CD8+ cytotoxic T cells), and was shown to induce T cell death or exhaustion upon binding to one of its ligands (i.e., phosphatidylserine, galectin-9, HMGB1, CEACAM-1, and ILT4). More recent studies have shown that TIM3 expression is also important for regulating the activity of a variety of innate immune cells (eg, macrophages, monocytes, dendritic cells, mast cells, and natural killer cells); see Han G. et al., Front Immunol. 4:449 (2013). Like many inhibitory receptors (eg, PD-1 and CTLA-4), TIM3 expression is associated with many types of chronic diseases, including cancer (eg, melanoma, lung, liver, ovarian, etc.). High expression of TIM3 has been found on tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) and some tumors from patients with advanced melanoma, non-small cell lung cancer, or follicular B-cell non-Hodgkin lymphoma. And the presence of TIM3+ T cells has been described as an effective indicator of lung cancer progression, with higher expression associated with poor prognosis; see Anderson A.C. Cancer Immunol Res. 2: 393-8 (2014). Studies have also shown a direct relationship between TIM3 and the inhibitory receptor PD-1. For example, many tumor-specific T cells express both PD-1 and TIM3, and these T cells have been shown to be more dysfunctional compared to T cells that express only PD-1 or TIM3; see Fourcade J. et al., J Exp Med. 207: 2175-2186 (2010).
Недавняя разработка нескольких ингибиторов пути иммунной контрольной точки (например, YERVOY и OPDIVO) начала обеспечивать новые иммунотерапевтические подходы для лечения многих типов заболеваний, включая рак. Хотя такие ингибиторы имели многообещающие результаты, большая часть пациентов не поддается такому лечению; см. Sharma P. et al., Cell 168: 707-723 (2017). Соответственно, остается необходимость адаптировать схемы лечения к определенным субпопуляциям и, в перспективе, к отдельным пациентам, чтобы повысить эффективность и минимизировать побочные действия.The recent development of several immune checkpoint pathway inhibitors (eg, YERVOY and OPDIVO) has begun to provide new immunotherapeutic approaches for the treatment of many types of diseases, including cancer. Although such inhibitors have had promising results, a large proportion of patients are refractory to such treatment; see Sharma P. et al., Cell 168: 707–723 (2017). Accordingly, there remains a need to tailor treatment regimens to specific subpopulations and, potentially, to individual patients in order to increase effectiveness and minimize side effects.
Сущность изобретенияThe essence of the invention
В настоящем документе представлен способ in vitro для определения того, будет ли пациент, имеющий рак, поддаваться лечению антагонистом TIM-3, включающий определение сывороточного титра растворимого TIM-3 у пациента и, если (i) сывороточный титр растворимого TIM-3 выше, чем у здоровых субъектов контрольной группы, или (ii) сывороточный титр растворимого TIM-3 составляет, по меньшей мере, 2100, 2200, 2300, 2400 или 2500 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в примерах), этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Provided herein is an in vitro method for determining whether a patient having cancer will respond to treatment with a TIM-3 antagonist, comprising determining the patient's serum soluble TIM-3 titer and, if (i) the serum soluble TIM-3 titer is higher than in healthy control subjects, or (ii) the serum titer of soluble TIM-3 is at least 2100, 2200, 2300, 2400 or 2500 pg/ml (as determined, for example, in the method described in the examples), that subject , is likely to respond to treatment with a TIM-3 antagonist.
В настоящем документе представлен способ in vitro для определения того, будет ли пациент, имеющий рак, отвечать на лечение антагонистом TIM-3, включающий определение процентного содержания CD8+ TIL, которые являются TIM-3 позитивными, и если процентное содержание превышает 10% 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70%, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Provided herein is an in vitro method for determining whether a patient having cancer will respond to treatment with a TIM-3 antagonist, comprising determining the percentage of CD8+ TILs that are TIM-3 positive, and if the percentage is greater than 10% 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70%, this subject is likely to respond to treatment with a TIM-3 antagonist.
В настоящем документе представлен способ in vitro для определения того, будет ли пациент, имеющий рак, отвечать на лечение антагонистом TIM-3, включающий определение процентного содержания наивных, центральной памяти (СМ), эффекторной памяти (ЕМ) и эффекторных TIL, которые являются TIM-3 позитивными, и если процентное содержание клеток ЕМ TIL и/или эффекторных TIL, которые являются позитивными для TIM-3, выше, чем процентное содержание наивных TIL и/или CM TIL, которые являются позитивными для TIM-3, то этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3. В настоящем документе представлен способ in vitro для определения того, будет ли пациент, имеющий рак, отвечать на лечение антагонистом TIM-3, включающий определение процентного содержания дендритных клеток, макрофагов и естественных клеток-киллеров (NK), которые являются TIM-3 позитивными TIL пациента, и если процентное содержание выше, чем их процентное содержание у субъектов контрольной группы (например, соответствующих больных раком, которые не отвечают на лечение антагонистом TIM-3), то этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3. В настоящем документе представлен способ in vitro для определения того, будет ли пациент, имеющий рак, отвечать на лечение комбинацией антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3, включающий определение частоты положительной экспрессии PD-1 на инфильтрирующих опухоль лимфоцитах (TIL) и частоты экспрессии TIM-3-позитивных на TIL у субъекта, где коэкспрессия PD-1 и TIM-3, по меньшей мере, на 5% CD8+ TIL субъекта указывает, что субъект, скорее всего, ответит на лечение комбинацией антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3.Provided herein is an in vitro method for determining whether a patient having cancer will respond to treatment with a TIM-3 antagonist, including determining the percentage of naïve, central memory (CM), effector memory (EM), and effector TILs that are TIM -3 positive, and if the percentage of EM TIL cells and/or effector TILs that are positive for TIM-3 is higher than the percentage of naïve TILs and/or CM TILs that are positive for TIM-3, then that subject, most likely to respond to treatment with a TIM-3 antagonist. Provided herein is an in vitro method for determining whether a patient having cancer will respond to treatment with a TIM-3 antagonist, including determining the percentage of dendritic cells, macrophages and natural killer (NK) cells that are TIM-3 positive TILs patient, and if the percentage is higher than their percentage in control subjects (eg, matched cancer patients who do not respond to treatment with a TIM-3 antagonist), then that subject is likely to respond to treatment with a TIM-3 antagonist. Provided herein is an in vitro method for determining whether a patient with cancer will respond to treatment with a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist, comprising determining the frequency of positive PD-1 expression on tumor-infiltrating lymphocytes ( TIL) and the frequency of expression of TIM-3-positive TILs in a subject, where coexpression of PD-1 and TIM-3 on at least 5% of the subject's CD8+ TILs indicates that the subject is likely to respond to treatment with a PD axis antagonist combination -1/PD-L1 and TIM-3 antagonist.
Также в настоящем документе представлен антагонист TIM-3 для применения при лечении субъекта, имеющего рак, где лечение включает: (1) (а) определение сывороточного титра растворимого TIM-3 уAlso provided herein is a TIM-3 antagonist for use in the treatment of a subject having cancer, wherein the treatment includes: (1) (a) determining the serum titer of soluble TIM-3 in
- 1 045913 субъекта и (b) введение антагониста TIM-3 субъекту, если (i) сывороточный титр растворимого TIM-3 выше, чем у здоровых субъектов контрольной группы или (ii) сывороточный титр растворимого TIM-3 составляет, по меньшей мере, 2100, 2200, 2300, 2400 или 2500 пг/мл (как определено, например, способом, описанным в примерах); (2) (а) определение процентного содержания CD8+ TIL, которые являются TIM-3-позитивными, у субъекта, и (b) введение антагониста TIM-3 субъекту, если процентное содержание превышает 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70%; (3) (а) определение процентного содержания наивных, центральной памяти (СМ), эффекторной памяти (ЕМ) и эффекторных TIL, которые являются TIM-3-позитивными, и (b) введение антагониста TIM-3 субъекту, если процентное содержание ЕМ TIL и/или эффекторных TIL, которые являются TIM-3-позитивными, выше, чем процентное содержание наивных TIL и/или СМ TIL, которые являются TIM-3-позитивными; или (4) (а) определение процентного содержания дендритных клеток, макрофагов и естественных клеток-киллеров (NK), которые являются TIM-3-позитивными в TIL субъекта, и (b) введение антагониста TIM-3 субъекту, если процентное содержание выше, чем у субъектов контрольной группы (например, соответствующих больных раком, которые не отвечают на лечение антагонистом TIM-3).- 1 045913 subject and (b) administration of a TIM-3 antagonist to the subject if (i) the serum titer of soluble TIM-3 is higher than that of healthy control subjects or (ii) the serum titer of soluble TIM-3 is at least 2100 , 2200, 2300, 2400 or 2500 pg/ml (as determined, for example, by the method described in the examples); (2) (a) determining the percentage of CD8+ TILs that are TIM-3 positive in the subject, and (b) administering a TIM-3 antagonist to the subject if the percentage exceeds 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% or 70%; (3) (a) determining the percentage of naïve, central memory (CM), effector memory (EM), and effector TILs that are TIM-3 positive, and (b) administering a TIM-3 antagonist to the subject if the percentage is EM TIL and/or effector TILs that are TIM-3 positive are higher than the percentage of naïve TILs and/or CM TILs that are TIM-3 positive; or (4) (a) determining the percentage of dendritic cells, macrophages, and natural killer (NK) cells that are TIM-3 positive in the subject's TILs, and (b) administering a TIM-3 antagonist to the subject if the percentage is higher, than in control subjects (eg, matched cancer patients who do not respond to treatment with a TIM-3 antagonist).
В настоящем раскрытии дополнительно представлена комбинированная терапия, включающая антагонист оси PD-1/PD-L1 и антагонист TIM-3, для применения при лечении субъекта, имеющего рак, где лечение включает (i) определение частоты положительной экспрессии PD-1 на инфильтрирующих опухоль лимфоцитах (TIL) и частоты экспрессии TIM-3-позитивных на TIL у субъекта, и (ii) введение комбинированной терапии, если, по меньшей мере, 5% CD8+ TIL коэкспрессируют PD-1 и TIM-3.The present disclosure further provides a combination therapy comprising a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist for use in treating a subject having cancer, wherein the treatment comprises (i) determining the frequency of positive PD-1 expression on tumor infiltrating lymphocytes (TILs) and the frequency of expression of TIM-3-positive TILs in the subject, and (ii) administration of combination therapy if at least 5% of CD8+ TILs coexpress PD-1 and TIM-3.
В некоторых вариантах осуществления антагонист TIM-3 для применения при лечении субъекта, имеющего рак (например, монотерапии или комбинированной терапии), представляет собой анти-TIM3 антитело.In some embodiments, the TIM-3 antagonist for use in treating a subject having cancer (eg, monotherapy or combination therapy) is an anti-TIM3 antibody.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело содержит (i) вариабельную область тяжелой цепи, содержащую CDR1, CDR2 и CDR3, и (ii) вариабельную область тяжелой цепи, содержащую CDR1, CDR2 и CDR3, где:In some embodiments, an anti-TIM3 antibody comprises (i) a heavy chain variable region comprising CDR1, CDR2 and CDR3, and (ii) a heavy chain variable region comprising CDR1, CDR2 and CDR3, wherein:
(a) тяжелая цепь CDR1 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 23-27;(a) the CDR1 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23-27;
(b) тяжелая цепь CDR2 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 28-38;(b) the CDR2 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 28-38;
(c) тяжелая цепь CDR3 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 39-49;(c) the CDR3 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 39-49;
(d) легкая цепь CDR1 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 50 и 51;(d) the CDR1 light chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 50 and 51;
(e) легкая цепь CDR2 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 52 и 53; и (f) легкая цепь CDR3 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 54-57.(e) the CDR2 light chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 52 and 53; and (f) the CDR3 light chain comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 54-57.
В некоторых вариантах осуществления TIL представляют собой CD4+ TIL.In some embodiments, the TILs are CD4+ TILs.
В некоторых вариантах осуществления TIL представляют собой CD8+ TIL.In some embodiments, the TILs are CD8+ TILs.
В некоторых вариантах осуществления антагонист оси PD-1/PD-L1 содержит анти-PD-1 антитело или анти-PD-L1 антитело.In some embodiments, the PD-1/PD-L1 axis antagonist comprises an anti-PD-1 antibody or an anti-PD-L1 antibody.
В некоторых вариантах осуществления анти-PD-1 антитело содержит ниволумаб, пембролизумаб, MEDI0608, АМР-224, PDR001, BGB-A317 или любую их комбинацию.In some embodiments, the anti-PD-1 antibody comprises nivolumab, pembrolizumab, MEDI0608, AMP-224, PDR001, BGB-A317, or any combination thereof.
В некоторых вариантах осуществления анти-PD-L1 антитело содержит BMS-936559, MPDL3280A, MEDI4736, MSB0010718C или любую их комбинацию.In some embodiments, the anti-PD-L1 antibody comprises BMS-936559, MPDL3280A, MEDI4736, MSB0010718C, or any combination thereof.
В некоторых вариантах осуществления рак включает рак толстой кишки, почки или легких.In some embodiments, the cancer includes colon, kidney, or lung cancer.
Варианты осуществления изобретенияEmbodiments of the Invention
Вариант осуществления 1. Способ определения того, будет ли субъект, имеющий рак, отвечать на лечение антагонистом TIM-3, включающий определение сывороточного титра растворимого TIM-3 у субъекта и, если сывороточный титр растворимого TIM-3 выше, чем у субъектов контрольной группы, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Embodiment 1. A method for determining whether a subject having cancer will respond to treatment with a TIM-3 antagonist, comprising determining a serum soluble TIM-3 titer in the subject and, if the serum soluble TIM-3 titer is higher than that of control subjects, this subject will most likely respond to treatment with a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 2. Способ по варианту осуществления 1, в котором, если сывороточный титр растворимого TIM-3 у субъекта, по меньшей мере, на 10% выше, чем у субъектов контрольной группы, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Embodiment 2. The method of Embodiment 1, wherein if a subject's serum soluble TIM-3 titer is at least 10% higher than that of control subjects, the subject is likely to respond to treatment with a TIM-antagonist. 3.
Вариант осуществления 3. Способ по варианту осуществления 1 или 2, в котором, если сывороточный титр растворимого TIM-3 составляет, по меньшей мере, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или 100% (двукратно) выше у субъекта, чем у субъектов контрольной группы, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Embodiment 3. The method of Embodiment 1 or 2, wherein if the serum titer of soluble TIM-3 is at least 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90 % or 100% (two-fold) higher in a subject than in control subjects, that subject is more likely to respond to treatment with a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 4. Способ по любому из вариантов осуществления 1-3, в котором, если субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, 2100, 2200, 2300, 2400 или 2500 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в примерах), этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Embodiment 4. The method of any one of Embodiments 1-3, wherein if the subject has a serum soluble TIM-3 titer of at least 2100, 2200, 2300, 2400, or 2500 pg/mL (as defined in, e.g., method described in the Examples), the subject is likely to respond to treatment with a TIM-3 antagonist.
- 2 045913- 2 045913
Вариант осуществления 5. Способ по любому из вариантов осуществления 1-4, в котором, если субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, 3000 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в примерах), этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Embodiment 5. The method of any one of embodiments 1-4, wherein if the subject has a serum soluble TIM-3 titer of at least 3000 pg/ml (as determined, for example, in the method described in the examples), the the subject is likely to respond to treatment with a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 6. Способ по любому из вариантов осуществления 1-5, дополнительно включающий введение терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3 субъекту, у которого сывороточный титр растворимого TIM-3 выше, чем у субъектов контрольной группы.Embodiment 6. The method of any one of Embodiments 1-5, further comprising administering a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist to a subject whose serum soluble TIM-3 titer is higher than that of control subjects.
Вариант осуществления 7. Способ лечения субъекта, имеющего рак, включающий введение субъекту, имеющему рак и сывороточный титр растворимого TIM-3, который выше, чем у субъектов контрольной группы, терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.Embodiment 7. A method of treating a subject having cancer, comprising administering to a subject having cancer and a serum soluble TIM-3 titer that is higher than that of control subjects, a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 8. Способ по варианту осуществления 7, в котором субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, который, по меньшей мере, на 10% выше у этого субъекта, чем у субъектов контрольной группы.Embodiment 8. The method of Embodiment 7, wherein the subject has a serum soluble TIM-3 titer that is at least 10% higher in the subject than in the control subjects.
Вариант осуществления 9. Способ по варианту осуществления 7, в котором субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, который, по меньшей мере, на 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или 100% (двукратно) выше у этого субъекта, чем сывороточный титр растворимого TIM-3 у субъектов контрольной группы.Embodiment 9. The method of Embodiment 7, wherein the subject has a serum soluble TIM-3 titer that is at least 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90 % or 100% (twofold) higher in this subject than the serum titer of soluble TIM-3 in control subjects.
Вариант осуществления 10. Способ по любому из вариантов осуществления 7-9, в котором субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, 2500 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в примерах).Embodiment 10. The method of any one of embodiments 7-9, wherein the subject has a serum soluble TIM-3 titer of at least 2500 pg/ml (as determined, for example, in the method described in the examples).
Вариант осуществления 11. Способ по любому из вариантов осуществления 7-10, в котором субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, 3000 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в примерах).Embodiment 11. The method of any one of embodiments 7-10, wherein the subject has a serum soluble TIM-3 titer of at least 3000 pg/ml (as determined, for example, in the method described in the examples).
Вариант осуществления 12. Способ по любому из вариантов осуществления 7-11, дополнительно включающий измерение сывороточного титра растворимого TIM-3 перед введением.Embodiment 12. The method of any one of embodiments 7-11, further comprising measuring a serum titer of soluble TIM-3 prior to administration.
Вариант осуществления 13. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий определение сывороточного титра растворимого TIM-3 у этого субъекта, и, если сывороточный титр растворимого TIM-3 выше, чем у субъектов контрольной группы, введение этому субъекту терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.Embodiment 13. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising determining a serum titer of soluble TIM-3 in the subject and, if the serum titer of soluble TIM-3 is higher than that of control subjects, administering to the subject a therapeutically effective amount of TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 14. Способ по варианту осуществления 13, в котором, если у субъекта сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, на 10% выше, чем у субъектов контрольной группы, этому субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM-3.Embodiment 14. The method of Embodiment 13, wherein if a subject has a serum soluble TIM-3 titer that is at least 10% higher than control subjects, the subject is administered a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 15. Способ по варианту осуществления 13 или 14, в котором, если субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, который, по меньшей мере, на 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или 100% (двукратно) выше, чем у субъектов в контрольной группе, этому субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM-3.Embodiment 15. The method of Embodiment 13 or 14, wherein if the subject has a serum soluble TIM-3 titer that is at least 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, or 100% (two-fold) higher than subjects in the control group, the subject is administered a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 16. Способ по любому из вариантов осуществления 13-15, в котором, если субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, 2100, 2200, 2300, 2400 или 2500 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в Примерах), этому субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM-3.Embodiment 16. The method of any one of embodiments 13-15, wherein if the subject has a serum soluble TIM-3 titer of at least 2100, 2200, 2300, 2400, or 2500 pg/ml (as defined in, e.g., method described in the Examples), the subject is administered a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 17. Способ по любому из вариантов осуществления 13-16, в котором, если субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, 3000 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в примерах), этому субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM-3.Embodiment 17. The method of any one of embodiments 13-16, wherein if the subject has a serum soluble TIM-3 titer of at least 3000 pg/ml (as determined, for example, in the method described in the examples), this the subject is administered a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 18. Способ по любому из вариантов осуществления 1-17, в котором растворимый TIM-3 является дифференциально сплайсированным растворимым TIM-3 и/или слущенным TIM3.Embodiment 18. The method of any one of embodiments 1-17, wherein the soluble TIM-3 is differentially spliced soluble TIM-3 and/or exfoliated TIM3.
Вариант осуществления 19. Способ по любому из вариантов осуществления 1-18, где рак представляет собой солидную опухоль.Embodiment 19. The method as in any one of embodiments 1-18, wherein the cancer is a solid tumor.
Вариант осуществления 20. Способ по любому из вариантов осуществления 1-19, где рак представляет собой рак толстой кишки, почек или легких.Embodiment 20. The method as in any one of embodiments 1-19, wherein the cancer is colon, kidney, or lung cancer.
Вариант осуществления 21. Способ по любому из вариантов осуществления 1-20, где сывороточный титр растворимого TIM-3 у субъектов контрольной группы представляет собой среднеарифметическое или средний титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, у 10, 50 или 100 субъектов.Embodiment 21. The method of any one of embodiments 1-20, wherein the serum titer of soluble TIM-3 in control subjects is the arithmetic mean or mean titer of soluble TIM-3 of at least 10, 50, or 100 subjects.
Вариант осуществления 22. Способ по любому из вариантов осуществления 1-21, в котором антагонистом TIM-3 является TIM-3 антитело.Embodiment 22. The method of any one of embodiments 1-21, wherein the TIM-3 antagonist is a TIM-3 antibody.
Вариант осуществления 23. Способ по варианту осуществления 22, в котором TIM-3 антитело включает вариабельную область тяжелой цепи, содержащую CDR1, CDR2 и CDR3, и вариабельную область легкой цепи, содержащую CDR1, CDR2 и CDR3, где:Embodiment 23. The method of Embodiment 22, wherein the TIM-3 antibody comprises a heavy chain variable region comprising CDR1, CDR2 and CDR3 and a light chain variable region comprising CDR1, CDR2 and CDR3, wherein:
(a) тяжелая цепь CDR1 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 23-27;(a) the CDR1 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23-27;
(b) тяжелая цепь CDR2 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, со(b) the CDR2 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group with
- 3 045913 стоящей из SEQ ID NO: 28-38;- 3 045913 standing from SEQ ID NO: 28-38;
(c) тяжелая цепь CDR3 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 39-49;(c) the CDR3 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 39-49;
(d) легкая цепь CDR1 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 50 и 51;(d) the CDR1 light chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 50 and 51;
(e) легкая цепь CDR2 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 52 и 53; и (f) легкая цепь CDR3 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 54-57.(e) the CDR2 light chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 52 and 53; and (f) the CDR3 light chain comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 54-57.
Вариант осуществления 24. Способ определения, будет ли субъект, имеющий рак, отвечать на лечение комбинацией антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3, включающий определение частоты положительной экспрессии PD-1 на инфильтрирующих опухоль лимфоцитах (TIL) и частоты TIM-3позитивных TIL субъекта, где коэкспрессия PD-1 и TIM-3, по меньшей мере, на 5% от CD8+ TIL субъекта указывает, что этот субъект, скорее всего, ответит на лечение комбинацией антагониста связывания по оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM3.Embodiment 24. A method for determining whether a subject having cancer will respond to treatment with a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist, comprising determining the frequency of positive expression of PD-1 on tumor infiltrating lymphocytes (TILs) and the frequency TIM-3 positive TILs of a subject, where coexpression of PD-1 and TIM-3 on at least 5% of the subject's CD8+ TILs indicates that the subject is likely to respond to treatment with a combination of a PD-1/PD- binding antagonist L1 and TIM3 antagonist.
Вариант осуществления 25. Способ по варианту осуществления 24, при котором коэкспрессия PD-1 и TIM-3, по меньшей мере, на 10%, 20%, 30% или 40% CD8+ TIL субъекта указывает на то, что этот субъект, скорее всего, ответит на лечение комбинацией антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM3.Embodiment 25. The method of Embodiment 24, wherein coexpression of PD-1 and TIM-3 on at least 10%, 20%, 30%, or 40% of the subject's CD8+ TILs indicates that the subject is likely to , will respond to treatment with a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM3 antagonist.
Вариант осуществления 26. Способ по варианту осуществления 24 или 25, дополнительно включающий введение субъекту, у которого коэкспрессия PD-1 и TIM-3, по меньшей мере, на 5% CD8+ TIL, комбинации антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM3.Embodiment 26. The method of Embodiment 24 or 25, further comprising administering to a subject that has PD-1 and TIM-3 coexpression on at least 5% CD8+ TILs a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and an antagonist TIM3.
Вариант осуществления 27. Способ лечения субъекта, имеющего рак, с помощью комбинации антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3, включающий введение субъекту, имеющему коэкспрессию PD-1 и TIM-3, по меньшей мере, на 5% CD8+ TIL, терапевтически эффективного количества комбинации антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3.Embodiment 27. A method of treating a subject having cancer with a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist, comprising administering to a subject having at least 5% coexpression of PD-1 and TIM-3 CD8+ TIL, a therapeutically effective amount of a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 28. Способ по варианту осуществления 27, в котором субъект имеет коэкспрессию PD-1 и TIM3, по меньшей мере, на 10%, 20%, 30%, 40% CD8+ TIL.Embodiment 28. The method of Embodiment 27, wherein the subject has coexpression of PD-1 and TIM3 on at least 10%, 20%, 30%, 40% CD8+ TILs.
Вариант осуществления 29. Способ лечения субъекта, имеющего рак, с помощью комбинации антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3, включающий определение частоты положительной экспрессии PD-1 на инфильтрирующих опухоль лимфоцитах (TIL) и частоты TIM-3-позитивных TIL субъекта, и если PD-1 и TIM-3 коэкспрессируются, по меньшей мере, на 5% CD8+ TIL субъекта, затем введение этому субъекту комбинации антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3.Embodiment 29. A method of treating a subject having cancer with a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist, comprising determining the frequency of positive PD-1 expression on tumor infiltrating lymphocytes (TILs) and the frequency of TIM-3- positive TILs of the subject, and if PD-1 and TIM-3 are coexpressed on at least 5% of the subject's CD8+ TILs, then administering to that subject a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 30. Способ по варианту осуществления 29, в котором, если PD-1 и TIM-3 коэкспрессированы, по меньшей мере, на 10%, 20%, 30%, 40% CD8+ TIL субъекта, этому субъекту вводят комбинацию антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3.Embodiment 30. The method of Embodiment 29, wherein if PD-1 and TIM-3 are coexpressed on at least 10%, 20%, 30%, 40% of the subject's CD8+ TILs, the subject is administered a combination of a PD axis antagonist -1/PD-L1 and TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 31. Способ определения того, будет ли субъект, имеющий рак, отвечать на лечение антагонистом TIM-3, включающий определение процентного содержания CD8+ TIL, которые являются TIM-3-позитивными, и если процентное содержание превышает 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70%, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Embodiment 31. A method for determining whether a subject having cancer will respond to treatment with a TIM-3 antagonist, comprising determining the percentage of CD8+ TILs that are TIM-3 positive and if the percentage is greater than 10%, 20%, 30 %, 40%, 50%, 60%, or 70%, this subject is likely to respond to treatment with a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 32. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий введение субъекту, у которого процентное содержание CD8+ TIL выше 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70%, терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.Embodiment 32. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising administering to the subject whose CD8+ TIL percentage is greater than 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70%, a therapeutically effective amount of TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 33. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий определение процентного содержания CD8+ TIL, которые являются TIM-3-позитивными, и если процентное содержание превышает 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70%, введение этому субъекту терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.Embodiment 33. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising determining the percentage of CD8+ TILs that are TIM-3 positive and if the percentage is greater than 10%, 20%, 30%, 40%, 50% , 60% or 70%, administering to the subject a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 34. Способ определения того, будет ли субъект, имеющий рак, отвечать на лечение антагонистом TIM-3, включающий определение процентного содержания наивных, СМ, ЕМ и Teff TIL, которые являются TIM-3-позитивными, и если процентное содержание TIL эффекторных Тклеток памяти (ЕМ) и/или эффекторных Т-клеток (Teff'), позитивных для TIM-3, выше, чем процентное содержание TIL наивных Т-клеток и/или центральных Т-клеток памяти (СМ Т-клеток), которые являются позитивными для TIM-3, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Embodiment 34. A method for determining whether a subject having cancer will respond to treatment with a TIM-3 antagonist, comprising determining the percentage of naïve, SM, EM, and Teff TILs that are TIM-3 positive and if the percentage of effector TILs Memory T cells (EM) and/or effector T cells (Teff') positive for TIM-3 are higher than the percentage of TILs of naïve T cells and/or central memory T cells (CM T cells), which are positive for TIM-3, this subject is likely to respond to treatment with a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 35. Способ по варианту осуществления 34, где TIL представляют собой CD4+ TIL.Embodiment 35. The method of Embodiment 34, wherein the TILs are CD4+ TILs.
Вариант осуществления 36. Способ по варианту осуществления 34, где TIL представляют собой CD8+ TIL.Embodiment 36. The method of Embodiment 34, wherein the TILs are CD8+ TILs.
Вариант осуществления 37. Способ по варианту осуществления 34, где частоты измеряются в CD4+ и CD8+ Т-клетках, и если более высокий процент наблюдается как в CD4+, так и в CD8+ TIL-клетках, то этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Embodiment 37. The method of Embodiment 34, wherein frequencies are measured in CD4+ and CD8+ T cells, and if a higher percentage is observed in both CD4+ and CD8+ TIL cells, then that subject is more likely to respond to treatment with the antagonist TIM-3.
Вариант осуществления 38. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий введение субъекту, имеющему процентное содержание TIL эффекторных Т-клеток памяти (ЕМ) и/или эффекторных Т-клеток (Teff'), позитивных для TIM-3, выше, чем процентное содержаниеEmbodiment 38. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising administering to the subject having a percentage of TIL effector memory T cells (EM) and/or effector T cells (Teff') positive for TIM-3, higher than percentage
- 4 045913- 4 045913
TIL наивных Т-клеток и/или центральных Т-клеток памяти (СМ Т-клеток), которые являются позитивными для TIM-3, терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.TILs of naive T cells and/or central memory T cells (CM T cells) that are positive for TIM-3, a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 39. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий введение субъекту, имеющему процентное содержание CD4+ TIL эффекторных Т-клеток памяти (ЕМ) и/или CD4+ эффекторных Т-клеток (Teff), позитивных для TIM-3, выше, чем процентное содержание CD4+ TIL наивных Т-клеток и/или CD4+ центральных Т-клеток памяти (СМ Т-клеток), которые являются позитивными для TIM-3, терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.Embodiment 39. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising administering to the subject having a percentage of CD4+ TIL effector memory T cells (EM) and/or CD4+ effector T cells (Teff) positive for TIM-3 , higher than the percentage of CD4+ TIL naïve T cells and/or CD4+ central memory T cells (CM T cells) that are positive for TIM-3, a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 40. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий введение субъекту, имеющему процентное содержание CD8+ TIL эффекторных Т-клеток памяти (ЕМ) и/или CD8+ эффекторных Т-клеток (Teff), позитивных для TIM-3, выше, чем процентное содержание CD8+ TIL наивных Т-клеток и/или CD8+ центральных Т-клеток памяти (СМ Т-клеток), которые являются позитивными для TIM-3, терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.Embodiment 40. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising administering to the subject having a percentage of CD8+ TIL effector memory T cells (EM) and/or CD8+ effector T cells (Teff) positive for TIM-3 , higher than the percentage of CD8+ TIL naïve T cells and/or CD8+ central memory T cells (CM T cells) that are positive for TIM-3, a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 41. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий введение субъекту, имеющему (i) процентное содержание CD4+ TIL эффекторных Т-клеток памяти (ЕМ) и/или CD4+ эффекторных Т-клеток (Teff'), позитивных для TIM-3, выше, чем процентное содержание CD4+ TIL наивных Т-клеток и/или CD4+ центральных Т-клеток памяти (СМ Т-клеток), которые являются позитивными для TIM-3; и (ii) процентное содержание CD8+ TIL эффекторных Тклеток памяти (ЕМ) и/или CD8+ эффекторных Т-клеток (Teff”), позитивных для TIM-3, выше, чем процентное содержание CD8+ TIL наивных Т-клеток и/или CD8+ центральных Т-клеток памяти (СМ Тклеток), которые являются позитивными для TIM-3, терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.Embodiment 41. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising administering to the subject having (i) a percentage of CD4+ TIL effector memory T cells (EM) and/or CD4+ effector T cells (Teff') positive for TIM-3, higher than the percentage of CD4+ TIL naïve T cells and/or CD4+ central memory T cells (CM T cells) that are positive for TIM-3; and (ii) the percentage of CD8+ TIL effector memory (EM) T cells and/or CD8+ effector T cells (Teff”) positive for TIM-3 is higher than the percentage of CD8+ TIL naïve T cells and/or CD8+ central T cells -memory cells (SM T cells) that are positive for TIM-3, a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 42. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий определение процентного содержания наивных, СМ, ЕМ и Teff TIL, которые являются TIM-3позитивными, и если процентное содержание TIL эффекторных Т-клеток памяти (ЕМ) и/или эффекторных Т-клеток (Teff”), позитивных для TIM-3, выше, чем процентное содержание TIL наивных Тклеток и/или центральных Т-клеток памяти (СМ Т-клеток), которые являются позитивными для TIM-3, введение этому субъекту терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.Embodiment 42. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising determining the percentage of naïve, SM, EM, and Teff TILs that are TIM-3 positive, and if the percentage of TIL effector memory (EM) cells and/or or effector T cells (Teff”) that are positive for TIM-3, higher than the percentage of TIL naïve T cells and/or central memory T cells (CM T cells) that are positive for TIM-3 administered to that subject a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 43. Способ по варианту осуществления 42, где TIL представляют собой CD4+ TIL.Embodiment 43. The method of Embodiment 42, wherein the TILs are CD4+ TILs.
Вариант осуществления 44. Способ по варианту осуществления 42, где TIL представляют собой CD8+ TIL.Embodiment 44. The method of Embodiment 42, wherein the TILs are CD8+ TILs.
Вариант осуществления 45. Способ по варианту осуществления 42, где частоты измеряются в CD4+ и CD8+ Т-клетках, и если более высокий процент наблюдается как в CD4+, так и в CD8+ TIL-клетках, введение этому субъекту терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.Embodiment 45. The method of Embodiment 42, wherein frequencies are measured in CD4+ and CD8+ T cells, and if a higher percentage is observed in both CD4+ and CD8+ TIL cells, administering to the subject a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 46. Способ по любому из вариантов осуществления 34-45, в котором разница в уровне TIM-3-положительных клеток составляет, по меньшей мере, 50%.Embodiment 46. The method of any one of embodiments 34-45, wherein the difference in the level of TIM-3 positive cells is at least 50%.
Вариант осуществления 47. Способ по любому из вариантов осуществления 34-46, в котором разница в уровне TIM-3-положительных клеток составляет, по меньшей мере, 100%.Embodiment 47. The method of any one of embodiments 34-46, wherein the difference in the level of TIM-3 positive cells is at least 100%.
Вариант осуществления 48. Способ по любому из вариантов осуществления 34-47, в которм наивные Т-клетки представляют собой CCR7+CD45RO-, Teff-клетки представляют собой CCR7-CD45RO-, СМ Т-клетки представляют собой CCR7+CD45RO+, и ЕМ Т-клетки представляют собой CCR7CD45RO+.Embodiment 48. The method as in any one of Embodiments 34-47, wherein the naïve T cells are CCR7+CD45RO-, the Teff cells are CCR7-CD45RO-, the CM T cells are CCR7+CD45RO+, and EM T -cells are CCR7CD45RO+.
Вариант осуществления 49. Способ определения того, будет ли субъект, имеющий рак, отвечать на лечение антагонистом TIM-3, включающий определение процентного содержания дендритных клеток, макрофагов и естественных киллеров (NK), которые являются TIM-3-позитивными в TIL субъекта, и, если процентное содержание выше, чем у субъектов контрольной группы, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM-3.Embodiment 49. A method for determining whether a subject having cancer will respond to treatment with a TIM-3 antagonist, comprising determining the percentage of dendritic cells, macrophages, and natural killer (NK) cells that are TIM-3 positive in the subject's TILs, and , if the percentage is higher than that of control subjects, that subject is more likely to respond to treatment with a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 50. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий введение субъекту, имеющему процентное содержание дендритных клеток, макрофагов и естественных киллеров (NK), которые являются TIM-3-позитивными в TIL субъекта, терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3, где процентное содержание выше, чем у субъектов контрольной группы.Embodiment 50. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising administering to the subject having a percentage of dendritic cells, macrophages, and natural killer (NK) cells that are TIM-3 positive in the subject's TILs, a therapeutically effective amount of a TIM antagonist. -3, where the percentage is higher than that of control group subjects.
Вариант осуществления 51. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий определение у субъекта процентного содержания дендритных клеток, макрофагов и естественных киллеров (NK), которые являются TIM-3-позитивными в TIL субъекта, и, если процентное содержание выше, чем у субъектов контрольной группы, введение этому субъекту терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3.Embodiment 51. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising determining in the subject the percentage of dendritic cells, macrophages, and natural killer (NK) cells that are TIM-3 positive in the subject's TILs, and if the percentage is higher than control subjects, administering to that subject a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 52. Способ по любому из вариантов осуществления 24-51, в котором TIM-3 антагонист представляет собой TIM-3 антитело.Embodiment 52. The method of any one of embodiments 24-51, wherein the TIM-3 antagonist is a TIM-3 antibody.
- 5 045913- 5 045913
Вариант осуществления 53. Способ по варианту осуществления 52, в котором TIM-3 антитело включает вариабельную область тяжелой цепи, содержащую CDR1, CDR2 и CDR3, и вариабельную область легкой цепи, содержащую CDR1, CDR2 и CDR3, где:Embodiment 53. The method of Embodiment 52, wherein the TIM-3 antibody comprises a heavy chain variable region comprising CDR1, CDR2 and CDR3 and a light chain variable region comprising CDR1, CDR2 and CDR3, wherein:
(a) тяжелая цепь CDR1 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 23-27;(a) the CDR1 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23-27;
(b) тяжелая цепь CDR2 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 28-38;(b) the CDR2 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 28-38;
(c) тяжелая цепь CDR3 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 39-49;(c) the CDR3 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 39-49;
(d) легкая цепь CDR1 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 50 и 51;(d) the CDR1 light chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 50 and 51;
(e) легкая цепь CDR2 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 52 и 53; и (f) легкая цепь CDR3 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 54-57.(e) the CDR2 light chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 52 and 53; and (f) the CDR3 light chain comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 54-57.
Вариант осуществления 54. Способ по варианту осуществления 52, в котором VH содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-18, и VL содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 19-22.Embodiment 54. The method of Embodiment 52, wherein VH contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1-18, and VL contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 19-22 .
Вариант осуществления 55. Способ по любому из вариантов осуществления 24-30, в котором Антагонист оси PD-1/PD-L1 представляет собой анти-PD-1 антитело, анmu-PD-L1 антитело или любую их комбинацию.Embodiment 55. The method as in any one of embodiments 24-30, wherein the PD-1/PD-L1 axis antagonist is an anti-PD-1 antibody, an anti-PD-L1 antibody, or any combination thereof.
Вариант осуществления 56. Способ по варианту осуществления 55, в котором анти-PD-1 антитело включает ниволумаб, пембролизумаб, MEDI0608, АМР-224, PDR001, BGB-A317 или любую их комбинацию.Embodiment 56. The method of Embodiment 55, wherein the anti-PD-1 antibody comprises nivolumab, pembrolizumab, MEDI0608, AMP-224, PDR001, BGB-A317, or any combination thereof.
Вариант осуществления 57. Способ по варианту осуществления 55, в котором анти-PD-L1 антитело включает BMS-936559, MPDL3280A, MEDI4736, MSB0010718C или любую их комбинацию.Embodiment 57. The method of Embodiment 55, wherein the anti-PD-L1 antibody comprises BMS-936559, MPDL3280A, MEDI4736, MSB0010718C, or any combination thereof.
Вариант осуществления 58. Способ оценки эффективности лечения, содержащего антагонист TIM3, субъекта, страдающего онкологическим заболеванием, включающий определение сывороточного титра растворимого TIM-3 у субъекта после введения субъекту лечения, и если сывороточный титр является сопоставимым с сывороточным титром у субъекта контрольной группы, то лечение, скорее всего, будет эффективным лечением у субъекта.Embodiment 58. A method for assessing the effectiveness of a TIM3 antagonist-containing treatment on a subject suffering from cancer, comprising determining a serum titer of soluble TIM-3 in the subject after administration of the treatment to the subject, and if the serum titer is comparable to the serum titer in a control subject, then treating , is likely to be an effective treatment in the subject.
Вариант осуществления 59. Способ по варианту осуществления 58, в котором эффективное лечение уменьшает размер опухоли, по меньшей мере, на около 10%, на около 20%, на около 30%, на около 40% или на около 50% по сравнению с размером опухоли до лечения.Embodiment 59. The method of Embodiment 58, wherein the effective treatment reduces tumor size by at least about 10%, about 20%, about 30%, about 40%, or about 50% compared to size tumors before treatment.
Вариант осуществления 60. Способ по варианту осуществления 58 или 59, в котором успешное лечение эффективно увеличивает общую выживаемость субъекта, по меньшей мере, на около 6 месяцев, по меньшей мере, на 7 месяцев, по меньшей мере, на 8 месяцев, по меньшей мере, на 9 месяцев, по меньшей мере, на 10 месяцев, по меньшей мере, на 11 месяцев, по меньшей мере, на 12 месяцев, по меньшей мере, на 13 месяцев, по меньшей мере, на 14 месяцев, по меньшей мере, на 15 месяцев, по меньшей мере, на 16 месяцев, по меньшей мере, на 17 месяцев, по меньшей мере, на 18 месяцев, по меньшей мере, на 19 месяцев, по меньшей мере, на 20 месяцев, по меньшей мере, на 21 месяц, по меньшей мере, на 22 месяца, по меньшей мере, на 23 месяца, по меньшей мере, на 24 месяца, по меньшей мере, на 25 месяцев, по меньшей мере, на 26 месяцев, по меньшей мере, на 27 месяцев, по меньшей мере, на 28 месяцев, по меньшей мере, на 29 месяцев, по меньшей мере, на 30 месяцев, по меньшей мере, на 3 года, по меньшей мере, на 3.5 года, по меньшей мере, на 4 года, по меньшей мере, на 4.5 года, по меньшей мере, на 5 лет, или, по меньшей мере, на 10 лет.Embodiment 60. The method of Embodiment 58 or 59, wherein successful treatment effectively increases the overall survival of the subject by at least about 6 months, at least 7 months, at least 8 months, at least , for 9 months, for at least 10 months, for at least 11 months, for at least 12 months, for at least 13 months, for at least 14 months, for at least 15 months, at least 16 months, at least 17 months, at least 18 months, at least 19 months, at least 20 months, at least 21 months , at least 22 months, at least 23 months, at least 24 months, at least 25 months, at least 26 months, at least 27 months, according to at least 28 months, at least 29 months, at least 30 months, at least 3 years, at least 3.5 years, at least 4 years, at least , for 4.5 years, for at least 5 years, or for at least 10 years.
Вариант осуществления 61. Способ по любому из вариантов осуществления 58 - 60, в котором успешное лечение увеличивает общую выживаемость субъекта, по меньшей мере, на 1 месяц, по меньшей мере, на 2 месяца, по меньшей мере, на 3 месяца, по меньшей мере, на 4 месяца, по меньшей мере, на 5 месяцев, по меньшей мере, на 6 месяцев, по меньшей мере, на 7 месяцев, по меньшей мере, на 8 месяцев, по меньшей мере, на 9 месяцев, по меньшей мере, на 10 месяцев, по меньшей мере, на 11 месяцев, по меньшей мере, на 1 год, по меньшей мере, на 15 месяцев, по меньшей мере, на 18 месяцев, по меньшей мере, на 2 года, по меньшей мере, на 3 года, по меньшей мере, на 4 года, или, по меньшей мере, на 5 лет.Embodiment 61. The method of any one of embodiments 58 - 60, wherein successful treatment increases the overall survival of the subject by at least 1 month, at least 2 months, at least 3 months, at least , for 4 months, for at least 5 months, for at least 6 months, for at least 7 months, for at least 8 months, for at least 9 months, for at least 10 months, at least 11 months, at least 1 year, at least 15 months, at least 18 months, at least 2 years, at least 3 years for at least 4 years, or at least 5 years.
Вариант осуществления 62. Способ по любому из вариантов осуществления 58 - 61, в котором антагонист TIM-3 представляет собой TIM-3 антитело.Embodiment 62. The method of any one of embodiments 58 to 61, wherein the TIM-3 antagonist is a TIM-3 antibody.
Вариант осуществления 63. Способ по варианту осуществления 62, в котором TIM-3 антитело включает вариабельную область тяжелой цепи, содержащую CDR1, CDR2 и CDR3, и вариабельную область легкой цепи, содержащую CDR1, CDR2 и CDR3, где:Embodiment 63. The method of Embodiment 62, wherein the TIM-3 antibody comprises a heavy chain variable region comprising CDR1, CDR2 and CDR3 and a light chain variable region comprising CDR1, CDR2 and CDR3, wherein:
(a) тяжелая цепь CDR1 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 23-27;(a) the CDR1 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 23-27;
(b) тяжелая цепь CDR2 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 28-38;(b) the CDR2 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 28-38;
- 6 045913 (c) тяжелая цепь CDR3 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 39-49;- 6 045913 (c) the CDR3 heavy chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 39-49;
(d) легкая цепь CDR1 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 50 и 51;(d) the CDR1 light chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 50 and 51;
(e) легкая цепь CDR2 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 52 и 53; и (f) легкая цепь CDR3 содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 54-57.(e) the CDR2 light chain contains an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 52 and 53; and (f) the CDR3 light chain comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 54-57.
Вариант осуществления 64. Способ по варианту осуществления 23 или 53, где TIM-3 антитело содержит:Embodiment 64. The method of Embodiment 23 or 53, wherein the TIM-3 antibody comprises:
(a1 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 23, 28, 39, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(a1) a heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 23, 28, 39, respectively, and a light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 54, respectively;
(а2 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 23, 35, 39, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(a2) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 23, 35, 39, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 54, respectively;
(а3 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 23, 36, 39, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(a3) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 23, 36, 39, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 54, respectively;
(а4 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 23, 37, 39, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(a4) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 23, 37, 39, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 54, respectively;
(а5 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 23, 28, 46, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(a5) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 23, 28, 46, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 54, respectively;
(а6 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 23, 28, 47, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(a6) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 23, 28, 47, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 54, respectively;
(а7 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 23, 28, 48, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(a7) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 23, 28, 48, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 54, respectively;
(а8 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 23, 28, 49, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(a8) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 23, 28, 49, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 54, respectively;
(а9 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 23, 35, 46, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(a9) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 23, 35, 46, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 54, respectively;
(а1 0) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 23, 35, 48, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(a1 0) heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 23, 35, 48, respectively, and light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 54, respectively ;
(b1 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 24, 29, 40, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 55, соответственно;(b1) a heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 24, 29, 40, respectively, and a light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 55, respectively;
(b2 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 24, 38, 40, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 55, соответственно;(b2) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 24, 38, 40, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 55, respectively;
(c) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 25, 30, 41, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 55, соответственно;(c) a heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 25, 30, 41, respectively, and a light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 50, 52, 55, respectively;
(d) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 26, 31, 42, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54, соответственно;(d) a heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 26, 31, 42, respectively, and a light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 50, 52, 54, respectively;
(e) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 27, 32, 43, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 55, соответственно;(e) a heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 27, 32, 43, respectively, and a light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 50, 52, 55, respectively;
(f) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 27, 32, 43, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 57, соответственно;(f) a heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 27, 32, 43, respectively, and a light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 50, 52, 57, respectively;
(g1 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 27, 32, 43, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 51, 53, 56, соответственно;(g1) a heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 27, 32, 43, respectively, and a light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 51, 53, 56, respectively;
(g2 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 27, 32,(g2) heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 27, 32,
- 7 045913- 7 045913
43, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 57, соответственно;43, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 57, respectively;
(g3 ) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 27, 32, 43, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 55, соответственно;(g3) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 27, 32, 43, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 55, respectively;
(h) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 27, 33, 44, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 54 соответственно; или (i) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 27, 34, 45, соответственно, и вариабельную область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3, включающую SEQ ID NO: 50, 52, 55, соответственно;(h) a heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 27, 33, 44, respectively, and a light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 50, 52, 54, respectively; or (i) the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 27, 34, 45, respectively, and the light chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NO: 50, 52, 55, respectively ;
где антитело специфически связывается с TIM-3 человека.where the antibody specifically binds to human TIM-3.
Вариант осуществления 65. Способ по варианту осуществления 23 или 53, где TIM-3 антитело содержит вариабельную область тяжелой цепи (VH) и вариабельную область легкой цепи (VL), в котором VH и VL выбраны из группы, состоящей из:Embodiment 65. The method of Embodiment 23 or 53, wherein the TIM-3 antibody comprises a heavy chain variable region (VH) and a light chain variable region (VL), wherein VH and VL are selected from the group consisting of:
(a) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 1 и 19, соответственно;(a) VH and VL comprising SEQ ID NO: 1 and 19, respectively;
(b) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 2 и 20, соответственно;(b) VH and VL comprising SEQ ID NO: 2 and 20, respectively;
(c) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 3 и 20, соответственно;(c) VH and VL comprising SEQ ID NO: 3 and 20, respectively;
(d) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 4 и 19, соответственно;(d) VH and VL comprising SEQ ID NO: 4 and 19, respectively;
(e) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 5 и 20, соответственно;(e) VH and VL comprising SEQ ID NO: 5 and 20, respectively;
(f) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 5 и 21, соответственно;(f) VH and VL comprising SEQ ID NO: 5 and 21, respectively;
(g) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 5 и 22, соответственно;(g) VH and VL comprising SEQ ID NO: 5 and 22, respectively;
(h) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 6 и 19, соответственно;(h) VH and VL comprising SEQ ID NO: 6 and 19, respectively;
(i) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 7 и 20, соответственно;(i) VH and VL comprising SEQ ID NO: 7 and 20, respectively;
(j) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 17 и 22, соответственно;(j) VH and VL comprising SEQ ID NO: 17 and 22, respectively;
(k) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 16 и 20, соответственно;(k) VH and VL comprising SEQ ID NO: 16 and 20, respectively;
(l) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 8 и 19, соответственно;(l) VH and VL comprising SEQ ID NO: 8 and 19, respectively;
(m) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 9 и 19, соответственно;(m) VH and VL comprising SEQ ID NO: 9 and 19, respectively;
(n) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 10 и 19, соответственно;(n) VH and VL comprising SEQ ID NO: 10 and 19, respectively;
(о) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 11 и 19, соответственно;(o) VH and VL comprising SEQ ID NO: 11 and 19, respectively;
(р) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 12 и 19, соответственно;(p) VH and VL comprising SEQ ID NO: 12 and 19, respectively;
(q) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 13 и 19, соответственно;(q) VH and VL comprising SEQ ID NO: 13 and 19, respectively;
(r) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 14 и 19, соответственно;(r) VH and VL comprising SEQ ID NO: 14 and 19, respectively;
(s) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 15 и 19, соответственно; и (t) VH и VL, включающих SEQ ID NO: 18 и 19, соответственно.(s) VH and VL comprising SEQ ID NO: 15 and 19, respectively; and (t) VH and VL comprising SEQ ID NO: 18 and 19, respectively.
Вариант осуществления 66. Способ по варианту осуществления 23 или 53, где TIM-3 антитело содержит:Embodiment 66. The method of Embodiment 23 or 53, wherein the TIM-3 antibody comprises:
(a1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 136 (или 137) и 190, соответственно;(a1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 136 (or 137) and 190, respectively;
(а2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 68 (или 75) и 190, соответственно;(a2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 68 (or 75) and 190, respectively;
(а3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 82 (или 89) и 190, соответственно;(a3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 82 (or 89) and 190, respectively;
(а4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 138 (или 139) и 190, соответственно;(a4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 138 (or 139) and 190, respectively;
(а5) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 96 (или 106) и 190, соответственно;(a5) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 96 (or 106) and 190, respectively;
(а6) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 116 (или 126) и 190, соответственно;(a6) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 116 (or 126) and 190, respectively;
(а7) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 140 (или 141) и 190, соответственно;(a7) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 140 (or 141) and 190, respectively;
(а8) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 97 (или 107) и 190, соответственно;(a8) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 97 (or 107) and 190, respectively;
(а9) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 117 (или 127) и 190, соответственно;(a9) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 117 (or 127) and 190, respectively;
(а10 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NOs: 142 (или 143) и 190, соответственно;(a10) heavy and light chain sequences representing SEQ ID NOs: 142 (or 143) and 190, respectively;
(a11 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 98 (или 108) и 190, соответственно;(a11) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 98 (or 108) and 190, respectively;
(а12 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 118 (или 128) и 190, соответственно;(a12) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 118 (or 128) and 190, respectively;
(а13 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 144 (или(a13) heavy and light chain sequences representing SEQ ID NO: 144 (or
- 8 045913- 8 045913
145) и 190, соответственно;145) and 190, respectively;
(а14 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 99 (или 109) и 190, соответственно;(a14) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 99 (or 109) and 190, respectively;
(а15 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 119 (или 129) и 190, соответственно;(a15) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 119 (or 129) and 190, respectively;
(а16 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 146 (или 147) и 190, соответственно;(a16) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 146 (or 147) and 190, respectively;
(а17 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 100 (или 110) и 190, соответственно;(a17) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 100 (or 110) and 190, respectively;
(а18 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 120 (или 130) и 190, соответственно;(a18) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 120 (or 130) and 190, respectively;
(а19 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NOs: 148 (или 149) и 190, соответственно;(a19) heavy and light chain sequences representing SEQ ID NOs: 148 (or 149) and 190, respectively;
(а20 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 101 (или 111) и 190, соответственно;(a20) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 101 (or 111) and 190, respectively;
(а21 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 121 (или 131) и 190, соответственно;(a21) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 121 (or 131) and 190, respectively;
(а22 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 150 (или 151) и 190, соответственно;(a22) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 150 (or 151) and 190, respectively;
(а23 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 102 (или 112) и 190, соответственно;(a23) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 102 (or 112) and 190, respectively;
(а24 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 122 (или 132) и 190, соответственно;(a24) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 122 (or 132) and 190, respectively;
(а25 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 152 (или 153) и 190, соответственно;(a25) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 152 (or 153) and 190, respectively;
(а26 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 103 (или 113) и 190, соответственно;(a26) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 103 (or 113) and 190, respectively;
(а27 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 123 (или 133) и 190, соответственно;(a27) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 123 (or 133) and 190, respectively;
(а28 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 154 (или 155) и 190, соответственно;(a28) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 154 (or 155) and 190, respectively;
(а29 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 184 (или 185) и 190, соответственно;(a29) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 184 (or 185) and 190, respectively;
(а30 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 186 (или 187) и 190, соответственно;(a30) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 186 (or 187) and 190, respectively;
(а31 ) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 188 (или 189) и 190, соответственно;(a31) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 188 (or 189) and 190, respectively;
(b1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 156 (или 157) и 191, соответственно;(b1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 156 (or 157) and 191, respectively;
(b2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 69 (или 76) и 191, соответственно;(b2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 69 (or 76) and 191, respectively;
(b3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 83 (или 90) и 191, соответственно;(b3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 83 (or 90) and 191, respectively;
(b4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NOs: 158 (или 159) и 191, соответственно;(b4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NOs: 158 (or 159) and 191, respectively;
(b5) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 104 (или 114) и 191, соответственно;(b5) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 104 (or 114) and 191, respectively;
(b6) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 124 (или 134) и 191, соответственно;(b6) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 124 (or 134) and 191, respectively;
(b7) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 160 (или 161)и 191, соответственно;(b7) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 160 (or 161) and 191, respectively;
(c1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 162 (или 163) и 191, соответственно;(c1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 162 (or 163) and 191, respectively;
(с2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 70 (или 77) и 191, соответственно;(c2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 70 (or 77) and 191, respectively;
(с3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 84 (или 91) и 191, соответственно;(c3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 84 (or 91) and 191, respectively;
(с4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 164 (или 165) и 191, соответственно;(c4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 164 (or 165) and 191, respectively;
(d1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 166 (или 167) и 190, соответственно;(d1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 166 (or 167) and 190, respectively;
(d2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 71 (или 78) и(d2) the heavy and light chain sequences of SEQ ID NO: 71 (or 78) and
- 9 045913- 9 045913
190, соответственно;190, respectively;
(d3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 85 (или 92) и 190, соответственно;(d3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 85 (or 92) and 190, respectively;
(d4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 168 (или 169) и 190, соответственно;(d4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 168 (or 169) and 190, respectively;
(e1. 1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 170 (или 171) и 192, соответственно;(e1. 1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 170 (or 171) and 192, respectively;
(e1. 2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 170 (или 171) и 193, соответственно;(e1. 2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 170 (or 171) and 193, respectively;
(e1. 3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 170 (или 171) и 191, соответственно;(e1. 3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 170 (or 171) and 191, respectively;
(е2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 72 (или 79) и 193, соответственно;(e2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 72 (or 79) and 193, respectively;
(е3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 86 (или 93) и 193, соответственно;(e3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 86 (or 93) and 193, respectively;
(е4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 172 (или 173) и 193, соответственно;(e4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 172 (or 173) and 193, respectively;
(е5) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 105 (или 115) и 193, соответственно;(e5) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 105 (or 115) and 193, respectively;
(е6) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 125 (или 135) и 193, соответственно;(e6) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 125 (or 135) and 193, respectively;
(е7) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 174 (или 175) и 193, соответственно;(e7) the heavy and light chain sequences of SEQ ID NO: 174 (or 175) and 193, respectively;
(f1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 176 (или 177) и 190, соответственно;(f1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 176 (or 177) and 190, respectively;
(f2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 73 (или 80) и 190, соответственно;(f2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 73 (or 80) and 190, respectively;
(f3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 87 (или 94) и 190, соответственно;(f3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 87 (or 94) and 190, respectively;
(f4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 178 (или 179) и 190, соответственно;(f4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 178 (or 179) and 190, respectively;
(g1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 180 (или 181)и 191, соответственно;(g1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 180 (or 181) and 191, respectively;
(g2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 74 (или 81) и 191, соответственно;(g2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 74 (or 81) and 191, respectively;
(g3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 88 (или 95) и 191, соответственно; or (g4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 182 (или 183) и 191, соответственно;(g3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 88 (or 95) and 191, respectively; or (g4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 182 (or 183) and 191, respectively;
где антитело специфически связывается с TIM-3 человека.where the antibody specifically binds to human TIM-3.
Вариант осуществления 67. Способ лечения субъекта, имеющего рак, включающий введение субъекту, имеющему рак и имеющему сывороточный титр растворимого TIM-3, который выше, чем у субъектов контрольной группы, терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3, в котором антагонист TIM-3 представляет собой антитело, которое содержит тяжелую цепь и легкую цепь, где (i) тяжелая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи, содержащие SEQ ID NO: 23, 35 и 46, соответственно, и легкая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, содержащие SEQ ID NO: 50, 52 и 54, соответственно; (ii) тяжелая цепь включает VH, содержащую SEQ ID NO: 18, и легкая цепь включает VL, содержащую SEQ ID NO: 19; или (iii) тяжелая цепь содержит SEQ ID NO: 186 или 187, и легкая цепь содержит SEQ ID NO: 190.Embodiment 67. A method of treating a subject having cancer, comprising administering to a subject having cancer and having a serum titer of soluble TIM-3 that is higher than that of control subjects, a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist, wherein the TIM-3 antagonist is is an antibody that contains a heavy chain and a light chain, wherein (i) the heavy chain includes CDR1, CDR2 and CDR3 of the heavy chain containing SEQ ID NO: 23, 35 and 46, respectively, and the light chain includes CDR1, CDR2 and CDR3 of the light chain containing SEQ ID NO: 50, 52 and 54, respectively; (ii) the heavy chain includes VH containing SEQ ID NO: 18, and the light chain includes VL containing SEQ ID NO: 19; or (iii) the heavy chain contains SEQ ID NO: 186 or 187 and the light chain contains SEQ ID NO: 190.
Вариант осуществления 68. Способ по варианту осуществления 67, в котором субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, который является, по меньшей мере, на 10% выше у субъекта, чем у субъектов контрольной группы.Embodiment 68. The method of Embodiment 67, wherein the subject has a serum soluble TIM-3 titer that is at least 10% higher in the subject than in control subjects.
Вариант осуществления 69. Способ по варианту осуществления 67, в котором субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, который, по меньшей мере, на 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или 100% (двукратно) выше, чем у субъектов контрольной группы.Embodiment 69. The method of Embodiment 67, wherein the subject has a serum soluble TIM-3 titer that is at least 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90 % or 100% (twice) higher than that of control group subjects.
Вариант осуществления 70. Способ по любому из вариантов осуществления 67-69, в котором субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, 2100, 2200, 2300, 2400 или 2500 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в примерах).Embodiment 70. The method of any one of embodiments 67-69, wherein the subject has a serum soluble TIM-3 titer of at least 2100, 2200, 2300, 2400, or 2500 pg/ml (as determined, for example, in the method described in the examples).
Вариант осуществления 71. Способ по любому из вариантов осуществления 67 - 70, в котором субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, 3000 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в примерах).Embodiment 71. The method of any one of embodiments 67 - 70, wherein the subject has a serum soluble TIM-3 titer of at least 3000 pg/ml (as determined, for example, in the method described in the examples).
Вариант осуществления 72. Способ по любому из вариантов осуществления 67-71, дополнительноEmbodiment 72. The method according to any one of embodiments 67-71, additionally
- 10 045913 включающий измерение сывороточного титра растворимого TIM-3 перед введением.- 10 045913 including measurement of serum titer of soluble TIM-3 before administration.
Вариант осуществления 73. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий определение сывороточного титра растворимого TIM-3 у этого субъекта, и если сывороточный титр растворимого TIM-3 выше, чем у субъектов контрольной группы, введение этому субъекту терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3, в котором антагонист TIM-3 представляет собой антитело, которое содержит тяжелую цепь и легкую цепь, где: (i) тяжелая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи, содержащие SEQ ID NO: 23, 35 и 46, соответственно, и легкая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, содержащие SEQ ID NO: 50, 52 и 54, соответственно; (ii) тяжелая цепь включает VH, содержащую SEQ ID NO: 18, и легкая цепь включает VL, содержащую SEQ ID NO: 19; или (iii) тяжелая цепь содержит SEQ ID NO: 186 или 187, и легкая цепь содержит SEQ ID NO: 190.Embodiment 73. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising determining a serum titer of soluble TIM-3 in the subject, and if the serum titer of soluble TIM-3 is higher than that of control subjects, administering to the subject a therapeutically effective amount a TIM-3 antagonist, wherein the TIM-3 antagonist is an antibody that contains a heavy chain and a light chain, wherein: (i) the heavy chain includes heavy chain CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 23, 35 and 46, respectively, and the light chain includes CDR1, CDR2 and CDR3 of the light chain containing SEQ ID NO: 50, 52 and 54, respectively; (ii) the heavy chain includes VH containing SEQ ID NO: 18, and the light chain includes VL containing SEQ ID NO: 19; or (iii) the heavy chain contains SEQ ID NO: 186 or 187 and the light chain contains SEQ ID NO: 190.
Вариант осуществления 74. Способ по варианту осуществления 73, в котором, если у субъекта сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, на 10% выше, чем у субъектов контрольной группы, этому субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM-3.Embodiment 74. The method of Embodiment 73, wherein if a subject has a serum soluble TIM-3 titer that is at least 10% higher than control subjects, the subject is administered a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 75. Способ по варианту осуществления 73 или 74, в котором, если субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, который, по меньшей мере, на 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или 100% (двукратно) выше, чем у субъектов в контрольной группе, этому субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM-3.Embodiment 75. The method of Embodiment 73 or 74, wherein if the subject has a serum soluble TIM-3 titer that is at least 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, or 100% (two-fold) higher than subjects in the control group, the subject is administered a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 76. Способ по любому из вариантов осуществления 73-75, в котором, если субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, 2500 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в примерах), этому субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM-3.Embodiment 76. The method of any one of embodiments 73-75, wherein if the subject has a serum soluble TIM-3 titer of at least 2500 pg/ml (as determined, for example, in the method described in the examples), this the subject is administered a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 77. Способ по любому из вариантов осуществления 73-76, в котором, если субъект имеет сывороточный титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, 3000 пг/мл (как определено, например, в способе, описанном в примерах), этому субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM-3.Embodiment 77. The method of any one of embodiments 73-76, wherein if the subject has a serum soluble TIM-3 titer of at least 3000 pg/ml (as determined, for example, in the method described in the examples), this the subject is administered a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 78. Способ по любому из вариантов осуществления 67-77, в котором растворимый TIM-3 является дифференциально сплайсированным растворимым TIM-3 и/или слущенным TIM-3Embodiment 78. The method of any one of embodiments 67-77, wherein the soluble TIM-3 is differentially spliced soluble TIM-3 and/or desquamated TIM-3
Вариант осуществления 79. Способ по любому из вариантов осуществления 67-78, где рак представляет собой солидную опухоль.Embodiment 79. The method as in any one of embodiments 67-78, wherein the cancer is a solid tumor.
Вариант осуществления 80. Способ по любому из вариантов осуществления 67-79, где рак представляет собой рак толстой кишки, почек или легких.Embodiment 80. The method as in any one of embodiments 67-79, wherein the cancer is colon, kidney, or lung cancer.
Вариант осуществления 81. Способ по любому из вариантов осуществления 67-80, в котором сывороточный титр растворимого TIM-3 у субъектов контрольной группы представляет собой среднее арифметическое или средний титр растворимого TIM-3, по меньшей мере, у 10, 50 или 100 субъектов.Embodiment 81. The method of any one of embodiments 67-80, wherein the serum soluble TIM-3 titer of control subjects is the arithmetic mean or mean soluble TIM-3 titer of at least 10, 50, or 100 subjects.
Вариант осуществления 82. Способ по любому из вариантов осуществления 67-81, в котором TIM-3 антагонист представляет собой TIM-3 антитело.Embodiment 82. The method of any one of embodiments 67-81, wherein the TIM-3 antagonist is a TIM-3 antibody.
Вариант осуществления 83. Способ лечения субъекта, имеющего рак, с помощью комбинации антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3, включающий введение субъекту, имеющему коэкспрессию PD-1 и TIM-3, по меньшей мере, на 5% CD8+ TIL, терапевтически эффективного количества комбинации антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3, в котором антагонист TIM-3 представляет собой антитело, которое содержит тяжелую цепь и легкую цепь, где (i) тяжелая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи, содержащие SEQ ID NO: 23, 35 и 46, соответственно, и легкая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, содержащие SEQ ID NO: 50, 52 и 54, соответственно; (ii) тяжелая цепь включает VH, содержащую SEQ ID NO: 18, и легкая цепь включает VL, содержащую SEQ ID NO: 19; или (iii) тяжелая цепь содержит SEQ ID NO: 186 или 187, и легкая цепь содержит SEQ ID NO: 190; и где антагонист PD-1 представляет собой ниволумаб.Embodiment 83. A method of treating a subject having cancer with a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist, comprising administering to the subject having at least 5% coexpression of PD-1 and TIM-3 CD8+ TIL, a therapeutically effective amount of a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist, wherein the TIM-3 antagonist is an antibody that contains a heavy chain and a light chain, wherein (i) the heavy chain includes CDR1, CDR2 and heavy chain CDR3 comprising SEQ ID NOs: 23, 35 and 46, respectively, and light chain comprising light chain CDR1, CDR2 and CDR3 comprising SEQ ID NOs: 50, 52 and 54, respectively; (ii) the heavy chain includes VH containing SEQ ID NO: 18, and the light chain includes VL containing SEQ ID NO: 19; or (iii) the heavy chain contains SEQ ID NO: 186 or 187 and the light chain contains SEQ ID NO: 190; and wherein the PD-1 antagonist is nivolumab.
Вариант осуществления 84. Способ по варианту осуществления 83, в котором субъект имеет коэкспрессию PD-1 и TIM-3, по меньшей мере, на 10%, 20%, 30%, 40% CD8+ TIL.Embodiment 84. The method of Embodiment 83, wherein the subject has coexpression of PD-1 and TIM-3 in at least 10%, 20%, 30%, 40% CD8+ TILs.
Вариант осуществления 85. Способ лечения субъекта, имеющего рак, с помощью комбинации антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3, включающий определение частоты положительной экспрессии PD-1 на инфильтрирующих опухоль лимфоцитах (TIL) и частоты TIM-3-позитивных TIL субъекта, и если PD-1 и TIM-3 коэкспрессируются, по меньшей мере, на 5% CD8+ TIL субъекта, затем введение этому субъекту комбинации антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3, в котором антагонист TIM-3 представляет собой антитело, которое содержит тяжелую цепь и легкую цепь, где: (i) тяжелая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи, содержащие SEQ ID NO: 23, 35 и 46, соответственно, и легкая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, содержащие SEQ ID NO: 50, 52 и 54, соответственно; (ii) тяжелая цепь включает VH, содержащую SEQ ID NO: 18, и легкая цепь включает VL, содержащую SEQ ID NO: 19; или (iii) тяжелая цепь содержит SEQ ID NO: 186 или 187, и легкая цепь содержит SEQ ID NO: 190; и антагонист PD-1 представляет собой ниволумаб.Embodiment 85. A method of treating a subject having cancer with a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist, comprising determining the frequency of positive PD-1 expression on tumor infiltrating lymphocytes (TILs) and the frequency of TIM-3- positive TILs of the subject, and if PD-1 and TIM-3 are coexpressed on at least 5% of the subject's CD8+ TILs, then administering to that subject a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist, in which the TIM antagonist -3 is an antibody that contains a heavy chain and a light chain, where: (i) the heavy chain includes CDR1, CDR2 and CDR3 of the heavy chain containing SEQ ID NO: 23, 35 and 46, respectively, and the light chain includes CDR1, CDR2 and light chain CDR3 containing SEQ ID NO: 50, 52 and 54, respectively; (ii) the heavy chain includes VH containing SEQ ID NO: 18, and the light chain includes VL containing SEQ ID NO: 19; or (iii) the heavy chain contains SEQ ID NO: 186 or 187 and the light chain contains SEQ ID NO: 190; and the PD-1 antagonist is nivolumab.
Вариант осуществления 86. Способ по варианту осуществления 85, в котором, если PD-1 и TIM-3 коэкспрессируются, по меньшей мере, на 10%, 20%, 30%, 40% CD8+ TIL субъекта, этому субъекту ввоEmbodiment 86. The method of Embodiment 85, wherein if PD-1 and TIM-3 are coexpressed on at least 10%, 20%, 30%, 40% of a subject's CD8+ TILs, the subject is given
- 11 045913 дят комбинацию антагониста оси PD-1/PD-L1 и антагониста TIM-3.- 11 045913 is a combination of a PD-1/PD-L1 axis antagonist and a TIM-3 antagonist.
Вариант осуществления 87. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий введение субъекту, у которого процентное содержание CD8+ TIL выше на 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70%, терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3, в котором антагонист TIM-3 представляет собой антитело, которое содержит тяжелую цепь и легкую цепь, где (i) тяжелая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи, содержащие SEQ ID NO: 23, 35 и 46, соответственно, и легкая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, содержащие SEQ ID NO: 50, 52 и 54, соответственно; (ii) тяжелая цепь включает VH, содержащую SEQ ID NO: 18, и легкая цепь включает VL, содержащую SEQ ID NO: 19; или (iii) тяжелая цепь содержит SEQ ID NO: 186 или 187, и легкая цепь содержит SEQ ID NO: 190.Embodiment 87. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising administering to the subject whose percentage of CD8+ TILs is 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70% higher, therapeutically an effective amount of a TIM-3 antagonist, wherein the TIM-3 antagonist is an antibody that contains a heavy chain and a light chain, wherein (i) the heavy chain includes CDR1, CDR2 and CDR3 of the heavy chain containing SEQ ID NO: 23, 35 and 46 respectively, and the light chain includes light chain CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NO: 50, 52 and 54, respectively; (ii) the heavy chain includes VH containing SEQ ID NO: 18, and the light chain includes VL containing SEQ ID NO: 19; or (iii) the heavy chain contains SEQ ID NO: 186 or 187 and the light chain contains SEQ ID NO: 190.
Вариант осуществления 88. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий определение процентного содержания CD8+ TIL, которые являются TIM-3-позитивными, и если процентное содержание превышает 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70%, введение этому субъекту терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3, в котором антагонист TIM-3 представляет собой антитело, которое содержит тяжелую цепь и легкую цепь, где: (i) тяжелая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи, содержащие SEQ ID NO: 23, 35 и 46, соответственно, и легкая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, содержащие SEQ ID NO: 50, 52 и 54, соответственно; (ii) тяжелая цепь включает VH, содержащую SEQ ID NO: 18, и легкая цепь включает VL, содержащую SEQ ID NO: 19; или (iii) тяжелая цепь содержит SEQ ID NO: 186 или 187, и легкая цепь содержит SEQ ID NO: 190.Embodiment 88. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising determining the percentage of CD8+ TILs that are TIM-3 positive and if the percentage is greater than 10%, 20%, 30%, 40%, 50% , 60% or 70%, administering to the subject a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist, wherein the TIM-3 antagonist is an antibody that contains a heavy chain and a light chain, wherein: (i) the heavy chain includes CDR1, CDR2 and CDR3 of the heavy chains containing SEQ ID NOs: 23, 35 and 46, respectively, and the light chain includes light chain CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52 and 54, respectively; (ii) the heavy chain includes VH containing SEQ ID NO: 18, and the light chain includes VL containing SEQ ID NO: 19; or (iii) the heavy chain contains SEQ ID NO: 186 or 187 and the light chain contains SEQ ID NO: 190.
Вариант осуществления 89. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий введение субъекту, имеющему процентное содержание дендритных клеток, макрофагов и естественных киллеров (NK), которые являются TIM-3-позитивными в TIL субъекта, терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3, в котором процентное содержание выше, чем у субъектов контрольной группы, в котором антагонист TIM-3 представляет собой антитело, которое содержит тяжелую цепь и легкую цепь, где: (i) тяжелая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи, содержащие SEQ ID NO: 23, 35 и 46, соответственно, и легкая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, содержащие SEQ ID NO: 50, 52 и 54, соответственно; (ii) тяжелая цепь включает VH, содержащую SEQ ID NO: 18, и легкая цепь включает VL, содержащую SEQ ID NO: 19; или (iii) тяжелая цепь содержит SEQ ID NO: 186 или 187, и легкая цепь содержит SEQ ID NO: 190.Embodiment 89. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising administering to the subject having a percentage of dendritic cells, macrophages, and natural killer (NK) cells that are TIM-3 positive in the subject's TILs, a therapeutically effective amount of a TIM antagonist. -3, in which the percentage is higher than that of control group subjects, in which the TIM-3 antagonist is an antibody that contains a heavy chain and a light chain, where: (i) the heavy chain includes CDR1, CDR2 and CDR3 of the heavy chain containing SEQ ID NOs: 23, 35 and 46, respectively, and the light chain includes light chain CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52 and 54, respectively; (ii) the heavy chain includes VH containing SEQ ID NO: 18, and the light chain includes VL containing SEQ ID NO: 19; or (iii) the heavy chain contains SEQ ID NO: 186 or 187 and the light chain contains SEQ ID NO: 190.
Вариант осуществления 90. Способ лечения субъекта, имеющего рак, антагонистом TIM-3, включающий определение у субъекта процентного содержания дендритных клеток, макрофагов и естественных киллеров (NK), которые являются TIM-3-позитивными в TIL субъекта, и если процентное содержание выше, чем у субъектов контрольной группы, введение этому субъекту терапевтически эффективного количества антагониста TIM-3, в котором антагонист TIM-3 представляет собой антитело, которое содержит тяжелую цепь и легкую цепь, где: (i) тяжелая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 тяжелой цепи, содержащие SEQ ID NO: 23, 35 и 46, соответственно, и легкая цепь включает CDR1, CDR2 и CDR3 легкой цепи, содержащие SEQ ID NO: 50, 52 и 54, соответственно; (ii) тяжелая цепь включает VH, содержащую SEQ ID NO: 18, и легкая цепь включает VL, содержащую SEQ ID NO: 19; или (iii) тяжелая цепь содержит SEQ ID NO: 186 или 187, и легкая цепь содержит SEQ ID NO: 190.Embodiment 90. A method of treating a subject having cancer with a TIM-3 antagonist, comprising determining in the subject the percentage of dendritic cells, macrophages, and natural killer (NK) cells that are TIM-3 positive in the subject's TILs, and if the percentage is higher, than in control subjects, administering to that subject a therapeutically effective amount of a TIM-3 antagonist, wherein the TIM-3 antagonist is an antibody that contains a heavy chain and a light chain, wherein: (i) the heavy chain includes CDR1, CDR2 and CDR3 of the heavy chain containing SEQ ID NOs: 23, 35 and 46, respectively, and the light chain includes light chain CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52 and 54, respectively; (ii) the heavy chain includes VH containing SEQ ID NO: 18, and the light chain includes VL containing SEQ ID NO: 19; or (iii) the heavy chain contains SEQ ID NO: 186 or 187 and the light chain contains SEQ ID NO: 190.
Краткое описание чертежейBrief description of drawings
На фиг. 1А и 1В показаны частоты TM3+ CD4+ Т-клеток (фиг. 1А) и TIM3+ CD8+ Т-клеток (фиг. 1В) в периферической крови здоровых людей (В норме) и больных раком (то есть толстой кишки, почки или легких). Частоты показаны в процентах от общего количества CD4+ Т-клеток или CD8+ Тклеток. Каждый кружок представляет отдельного пациента, а среднее значение для каждой из групп показано горизонтальной линией.In fig. 1A and 1B show the frequencies of TM3+ CD4+ T cells (Fig. 1A) and TIM3+ CD8+ T cells (Fig. 1B) in the peripheral blood of healthy individuals (Normal) and cancer patients (ie, colon, kidney, or lung). Frequencies are shown as percentages of total CD4+ T cells or CD8+ T cells. Each circle represents an individual patient, and the mean for each group is shown as a horizontal line.
На фиг. 2А-2Е показаны частоты CD4+ Т-клеток и CD8+ Т-клеток, которые экспрессируют TIM3 и/или PD-1 в инфильтрирующих опухоль лимфоцитах (TIL), выделенных от различных больных раком (то есть толстой кишки, почки или легкого). Частоты TIM3+ CD4+ и TIM3+ CD8+ Т-клеток показаны на фиг. 2А и 2В, соответственно. На фиг. 2А и 2В частоты клеток TIM3+ показаны в виде процентного содержания от общего количества CD4+ и CD8+ Т-клеток в TIL, соответственно. Частоты TIM3+ CD4+ и TIM3+ CD8+ Т-клеток, которые также экспрессируют PD-1 в TIL, показаны на фиг. 2С и 2D, соответственно. На фиг. 2С и 2D частоты клеток PD-1+ показаны в процентах от TIM3+ CD4+ и TIM3+ CD8+ Тклеток в TIL соответственно. На фиг. 2Е показано сравнение экспрессии PD-1 на CD8+ Т-клетках в TIL от всех больных ом с низкими частотами TIM3+ CD8+ Т-клеток (<8%) (левый столбец) и высокими частотами TIM3+ CD8+ Т-клеток (правый столбец). Частоты экспрессии позитивного PD-1 представлены в процентах от TIM3+ CD8+ Т-клеток. Показанное значение Р было рассчитано с использованием критерия Манна-Уитни.In fig. 2A-2E show the frequencies of CD4+ T cells and CD8+ T cells that express TIM3 and/or PD-1 in tumor infiltrating lymphocytes (TILs) isolated from various cancer patients (ie, colon, kidney, or lung). The frequencies of TIM3+ CD4+ and TIM3+ CD8+ T cells are shown in Fig. 2A and 2B, respectively. In fig. 2A and 2B the frequencies of TIM3+ cells are shown as percentages of total CD4+ and CD8+ T cells in TILs, respectively. The frequencies of TIM3+ CD4+ and TIM3+ CD8+ T cells that also express PD-1 in TILs are shown in Fig. 2C and 2D, respectively. In fig. 2C and 2D frequencies of PD-1+ cells are shown as percentages of TIM3+ CD4+ and TIM3+ CD8+ T cells in TILs, respectively. In fig. Figure 2E shows a comparison of PD-1 expression on CD8+ T cells in TILs from all OM patients with low frequencies of TIM3+ CD8+ T cells (<8%) (left column) and high frequencies of TIM3+ CD8+ T cells (right column). PD-1 positive expression frequencies are presented as a percentage of TIM3+ CD8+ T cells. The P value shown was calculated using the Mann-Whitney test.
На фиг. 3А-3С показаны частоты различных субпопуляций Т-клеток, которые экспрессируют TIM3 в TIL, от больных различными типами рака: почки, легкого, толстой кишки, печени, яичников, желудка, матки или желудочно-кишечного тракта. На фиг. 3А предоставлена стратегия гейтирования для идентификации различных субпопуляций CD4+ и CD8+ Т-клеток: наивных (CCR7+ CD45RO-), центральной памяти (CCR7+ CD45RO+), эффекторной памяти (CCR7-CD45RO+) и эффектора (CCR7-CD45RO-). НаIn fig. 3A-3C show the frequencies of various T cell subsets that express TIM3 in TILs from patients with various types of cancer: kidney, lung, colon, liver, ovarian, stomach, uterine, or gastrointestinal. In fig. 3A provides a gating strategy to identify different CD4+ and CD8+ T cell subpopulations: naïve (CCR7+ CD45RO-), central memory (CCR7+ CD45RO+), effector memory (CCR7-CD45RO+), and effector (CCR7-CD45RO-). On
- 12 045913 фиг. 3В показаны частоты различных субпопуляций CD4+ (верхняя панель) и CD8+ (нижняя панель) Тклеток, которые экспрессируют TIM3 в TIL (n=27) от больных различными типами рака. Показанные частоты представляют собой процентное содержание клеток TIM3+ в CD4+ или CD8+ субпопуляциях Тклеток, описанных выше. На фиг. 3С показано сравнение частот клеток TIM3+ в различных CD4+ или CD8+ субпопуляциях Т-клеток между TIL и соответствующей кровью.- 12 045913 fig. 3B shows the frequencies of various subsets of CD4+ (upper panel) and CD8+ (lower panel) T cells that express TIM3 in TILs (n=27) from patients with various types of cancer. Frequencies shown are the percentage of TIM3+ cells in the CD4+ or CD8+ T cell subsets described above. In fig. 3C shows a comparison of the frequencies of TIM3+ cells in different CD4+ or CD8+ T cell subsets between TILs and matched blood.
На фиг. 4А и 4В показаны частоты CD8+ Т-клеток, которые экспрессируют TIM3 и/или PD-1 в TIL от больных различными типами рака (то есть раком почки, толстой кишки, матки или легкого). На фиг. 4А показаны частоты CD8+ Т-клеток, которые: (i) экспрессируют только PD-1 (более светлый оттенок серого), (ii) экспрессируют только TIM3 (более темный оттенок серого), и (ii) экспрессируют как PD-1, так и TIM3 (черный ). Ось X представляет отдельных больных раком. На фиг. 4В показаны определенные анализом методом проточной цитометрии частоты CD8+ (левая панель) и CD4+ (правая панель) Тклеток, которые экспрессируют: (i) только PD-1 (верхний левый квадрант в каждой панели), (ii) только TIM3 (нижний правый квадрант в каждой панели), и (ii) оба PD-1 и TIM3 (верхний правый квадрант в каждой панели).In fig. 4A and 4B show the frequencies of CD8+ T cells that express TIM3 and/or PD-1 in TILs from patients with various types of cancer (ie, kidney, colon, uterine, or lung cancer). In fig. 4A shows the frequencies of CD8+ T cells that: (i) express only PD-1 (lighter shade of gray), (ii) express only TIM3 (darker shade of gray), and (ii) express both PD-1 and TIM3 (black). The x-axis represents individual cancer patients. In fig. 4B shows the flow cytometry-determined frequencies of CD8+ (left panel) and CD4+ (right panel) T cells that express: (i) PD-1 only (upper left quadrant in each panel), (ii) TIM3 only (lower right quadrant in each panel), and (ii) both PD-1 and TIM3 (upper right quadrant in each panel).
На фиг. 5А и 5В показаны частоты различных миелоидных клеток (фиг. 5А) и NK-клеток (фиг. 5В) в TIL от больных различными типами рака, которые экспрессируют TIM3. На фиг. 5А частоты: (i) TIM3+ CD15+ гранулоцитов, (ii) TIM3+ плазмоцитоидных дендритных клеток (pDCs), (iii) TIM3+ миелоидных дендритных клеток (mDCs) и (iv) TIM3+ моноцитов/макрофагов (CD14+ CD64+) в TIL от 10 больных раком. На фиг. 5В показаны частоты клеток TIM3+ CD16-CD56++ и CD16+ CD56+ CD3-NK в TIL от 10 больных раком.In fig. 5A and 5B show the frequencies of various myeloid cells (Fig. 5A) and NK cells (Fig. 5B) in TILs from patients with various cancer types that express TIM3. In fig. 5A frequencies of: (i) TIM3+ CD15+ granulocytes, (ii) TIM3+ plasmacytoid dendritic cells (pDCs), (iii) TIM3+ myeloid dendritic cells (mDCs) and (iv) TIM3+ monocytes/macrophages (CD14+ CD64+) in TILs from 10 cancer patients. In fig. Figure 5B shows the frequencies of TIM3+ CD16-CD56++ and CD16+ CD56+ CD3-NK cells in TILs from 10 cancer patients.
На фиг. 6А и 6В показан уровень растворимого белка TIM3 в сыворотке здоровых людей (в норме) и больных раком (толстой кишки, почки и легкого). На фиг. 6А показаны данные для каждого из доноров. На фиг. 6В показаны те же данные, что и на диаграмме. Уровни белка TIM3 измеряли с помощью ELISA с использованием сыворотки от разных пациентов (n=20). Символ **** над точками данных показывает статистически значимое различие (р<0.0001) между здоровыми пациентами и больными раком. Символ ** над точками данных указывает на статистически значимое различие (р<0.01) между здоровыми пациентами и больными раком. Значения р рассчитывали с использованием критерия МаннаУитни.In fig. 6A and 6B show the level of soluble TIM3 protein in the serum of healthy subjects (normal) and cancer patients (colon, kidney and lung). In fig. Figure 6A shows data for each of the donors. In fig. Figure 6B shows the same data as in the diagram. TIM3 protein levels were measured by ELISA using sera from different patients (n=20). The **** symbol above the data points indicates a statistically significant difference (p<0.0001) between healthy patients and cancer patients. The ** symbol above the data points indicates a statistically significant difference (p<0.01) between healthy patients and cancer patients. P values were calculated using the Mann-Whitney test.
Подробное описание изобретенияDetailed Description of the Invention
Определения.Definitions.
Для того чтобы настоящее описание было более понятным, сначала определяются конкретные термины. Дополнительные определения приведены в подробном описании.To make this description clearer, specific terms are first defined. Additional definitions are provided in the detailed description.
Следует отметить, что под термином нуклеотидная последовательность понимают одну или более нуклеотидных последовательностей. Как таковые, термины один или более и по меньшей мере один могут использоваться здесь взаимозаменяемо.It should be noted that the term nucleotide sequence refers to one or more nucleotide sequences. As such, the terms one or more and at least one may be used interchangeably herein.
Кроме того, и/или при использовании в настоящем документе следует понимать как конкретное раскрытие каждого из двух указанных отличительных признаков или компонентов с другим или без него. Таким образом, термин и/или, используемый в выражении, таком как А и/или В, предназначен для включения А и В, А или В, А (отдельно) и В (отдельно). Аналогично, термин и/или, используемый в таком выражении, как А, В и/или С, предназначен для охвата каждого из следующих аспектов: А, В и С; А, В или С; А или С; А или В; В или С; А и С; А и В; В и С; А (отдельно); В (отдельно) и С (отдельно).In addition, and/or when used herein should be understood as specifically disclosing each of the two identified features or components, with or without the other. Thus, the term and/or, when used in an expression such as A and/or B, is intended to include A and B, A or B, A (separately) and B (separately). Likewise, the term and/or when used in an expression such as A, B and/or C is intended to cover each of the following aspects: A, B and C; A, B or C; A or C; A or B; B or C; A and C; A and B; B and C; A (separately); B (separately) and C (separately).
Понятно, что везде, где аспекты описаны в данном документе с формулировкой содержащий, также обеспечиваются аналогичные аспекты, описанные в терминах состоящий из и/или состоящий по существу из.It is understood that wherever aspects are described herein by the terms containing, similar aspects described by the terms consisting of and/or consisting essentially of are also provided.
Если не указано иное, все технические и научные термины, используемые в данном документе, имеют то же значение, которое обычно понимают специалисты в области техники, к которой относится это раскрытие. Например, Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Juo, Pei-Show, 2nd ed., 2002, CRC Press; The Dictionary of Cell and Molecular Biology, 3rd ed., 1999, Academic Press; и Oxford Dictionary Of Biochemistry and Molecular Biology, Revised, 2000, Oxford University Press, обеспечивают специалиста общим словарем многих терминов, используемых в этом раскрытии.Unless otherwise specified, all technical and scientific terms used herein have the same meaning as commonly understood by those skilled in the art to which this disclosure pertains. For example, Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Juo, Pei-Show, 2nd ed., 2002, CRC Press; The Dictionary of Cell and Molecular Biology, 3rd ed., 1999, Academic Press; and the Oxford Dictionary Of Biochemistry and Molecular Biology, Revised, 2000, Oxford University Press, provide one skilled in the art with a general vocabulary of many of the terms used in this disclosure.
Единицы, префиксы и символы обозначаются в форме, принятой согласно Международной системе единиц СИ (Systeme International de Unites (SI)). Числовые диапазоны включают числа, определяющие диапазон Аминокислотные последовательности записываются слева направо в ориентации аминокарбоксил. Если не указано иное, нуклеотидные последовательности пишутся слева направо в 5'-3' ориентации. Заголовки, представленные в данном документе, не являются ограничениями различных аспектов раскрытия, которые могут быть получены путем ссылки на описание в целом. Соответственно, термины, определенные непосредственно ниже, более полно определены посредством ссылки на описание во всей его полноте.Units, prefixes and symbols are designated in the form adopted according to the International System of Units SI (Systeme International de Unites (SI)). Numeric ranges include numbers that define the range. Amino acid sequences are written from left to right in aminocarboxyl orientation. Unless otherwise noted, nucleotide sequences are written from left to right in a 5'-3' orientation. The headings set forth herein are not intended to limit various aspects of the disclosure, which may be obtained by reference to the specification as a whole. Accordingly, the terms defined immediately below are more fully defined by reference to the specification in its entirety.
Термин около используется здесь для обозначения приблизительно, приближенно, примерно или ориентировочно. Когда термин около используется в сочетании с числовым диапазоном, он изменяет этот диапазон, расширяя границы выше и ниже указанных числовых значений. Как правило, терминThe term about is used here to mean about, roughly, about, or approximately. When the term about is used in conjunction with a numeric range, it modifies that range by extending the boundaries above and below the specified numeric values. Typically the term
- 13 045913 около может изменять числовое значение выше и ниже заявленного значения с отклонением, например, на 10 процентов, вверх или вниз (выше или ниже).- 13 045913 about can change the numerical value above and below the declared value with a deviation of, for example, 10 percent, up or down (above or below).
Используемый здесь термин белок 3, содержащий домены Т-клеточного иммуноглобулина и муцина, TIM3 или TIM-3 относится к рецептору, который является членом семейства белков Тклеточного иммуноглобулина и домена муцина (TIM). Первичный лиганд для TIM3 включает фосфатидилсерин (TIM3-L). TIM3 также называют геном клеточного рецептора 2 вируса гепатита A (HAVCR2), рецептором 3 муцинового иммуноглобулина Т-клеток, TIM-3, TIMD3, TIMD-3, молекулой повреждения почек-3, KIM-3 и CD366. Термин TIM3 включает любые варианты или изоформы TIM3, которые естественным образом экспрессируются клетками. Соответственно, антитела, описанные здесь, могут перекрестно реагировать с TIM3 видов, отличных от человека (например, TIM3 Cynomolgus (яванского макака)). Альтернативно, антитела могут быть специфичными для человеческого TIM3 и не проявлять перекрестной реактивности с другими видами. TIM3 или любые его варианты и изоформы либо могут быть выделены из клеток или тканей, которые их естественным образом экспрессируют или могут быть получены рекомбинантным способом с использованием методик, хорошо известных в данной области техники и/или описанных в настоящем документе.As used herein, the term T-cell immunoglobulin-mucin domain-containing protein 3, TIM3, or TIM-3 refers to a receptor that is a member of the T-cell immunoglobulin-mucin (TIM) domain protein family. The primary ligand for TIM3 includes phosphatidylserine (TIM3-L). TIM3 is also called hepatitis A virus cellular receptor 2 (HAVCR2) gene, T cell mucin immunoglobulin receptor 3, TIM-3, TIMD3, TIMD-3, kidney injury molecule-3, KIM-3 and CD366. The term TIM3 includes any variants or isoforms of TIM3 that are naturally expressed by cells. Accordingly, the antibodies described herein may cross-react with TIM3 of non-human species (eg, Cynomolgus TIM3). Alternatively, the antibodies may be specific for human TIM3 and not cross-reactive with other species. TIM3 or any of its variants and isoforms can either be isolated from cells or tissues that naturally express them or can be produced recombinantly using techniques well known in the art and/or described herein.
Были идентифицированы две изоформы человеческого TIM3. Изоформа 1 (номер доступа NP_116171; SEQ ID NO: 194) состоит из 301 аминокислоты и представляет собой каноническую последовательность. Изоформа 2 (номер доступа ААН20843; SEQ ID NO: 195) состоит из 142 аминокислот и является растворимой. В нем отсутствуют аминокислотные остатки 143-301, которые кодируют трансмембранный домен, цитоплазматический домен и часть внеклеточного домена TIM3. Аминокислотные остатки 132-142 также отличаются от канонической последовательности, описанной выше. Ниже приведены аминокислотные последовательности двух известных человеческих изоформ TIM3:Two isoforms of human TIM3 have been identified. Isoform 1 (accession number NP_116171; SEQ ID NO: 194) consists of 301 amino acids and is a canonical sequence. Isoform 2 (accession number AAH20843; SEQ ID NO: 195) consists of 142 amino acids and is soluble. It lacks amino acid residues 143-301, which encode the transmembrane domain, cytoplasmic domain, and part of the extracellular domain of TIM3. Amino acid residues 132-142 also differ from the canonical sequence described above. Below are the amino acid sequences of the two known human isoforms of TIM3:
(А) изоформа 1 TIM3 человека (номер доступа NP_116171; SEQ ID NO: 194; кодируется нуклеотидной последовательностью, имеющей номер доступа NM_032782.4; SEQ ID NO: 196):(A) human TIM3 isoform 1 (accession number NP_116171; SEQ ID NO: 194; encoded by the nucleotide sequence having accession number NM_032782.4; SEQ ID NO: 196):
MFSHLPFDCVLLLLLLLLTRSSEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNWLRTDERDVNYW TSRYWLNGDFRKGDVSLTIENVTLADSGIYCCRIQIPGIMNDEKFNLKLVIKPAKVTPAPTRQRDFTAAFPRMLTTRG HGPAETQTLGSLPDINLTQISTLANELRDSRLANDLRDSGATIRIGIYIGAGICAGLALALIFGALIFKWYSHSKEKI QNLSLISLANLPPSGLANAVAEGIRSEENIYTIEENVYEVEEPNEYYCYVSSRQQPSQPLGCRFAMP (В) изоформа 2 TIM3 человека (номер доступа ААН20843; SEQ ID NO: 195; кодируется нуклеотидной последовательностью, имеющей номер доступа ВС020843.1; SEQ ID NO: 197):MFSHLPFDCVLLLLLLLLTRSSEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNWLRTDERDVNYW TSRYWLNGDFRKGDVSLTIENVTLADSGIYCCRIQIPGIMNDEKFNLKLVIKPAKVTPAPTRQRDFTAAFPRMLTTRG HGPAETQTLGSLPDINLTQISTLANELRDSRLANDLRDSGATIRIGIYIGAGICAGL ALALIFGALIFKWYSHSKEKI QNLSLISLANLPPSGLANAVAEGIRSEENIYTIEENVYEVEEPNEYYCYVSSRQQPSQPLGCRFAMP (B) human TIM3 isoform 2 (accession number AAH20843; SEQ ID NO: 195; encoded by a nucleotide sequence having accession number BC020843.1; SEQ ID NO: 197):
MFSHLPFDCVLLLLLLLLTRSSEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNWLRTDERDVNYWMFSHLPFDCVLLLLLLLLTRSSEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNWLRTDERDVNYW
TSRYWLNGDFRKGDVSLTIENVTLADSGIYCCRIQIPGIMNDEKFNLKLVIKPGEWTFACHLYETSRYWLNGDFRKGDVSLTIENVTLADSGIYCCRIQIPGIMNDEKFNLKLVIKPGEWTFACHLYE
Сигнальная последовательность изоформ 1 и 2 соответствует аминокислотам 1-21 (подчеркнуто). Таким образом, зрелые изоформы 1 и 2 состоят из аминокислот от 22 до 301 или 142, соответственно. Внеклеточный домен зрелого TIM3 человека состоит из аминокислот 22-202 SEQ ID NO: 194 и имеет аминокислотную последовательность:The signal sequence of isoforms 1 and 2 corresponds to amino acids 1-21 (underlined). Thus, mature isoforms 1 and 2 consist of amino acids 22 to 301 or 142, respectively. The extracellular domain of mature human TIM3 consists of amino acids 22-202 SEQ ID NO: 194 and has the amino acid sequence:
SEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNWLRTDERDVNYWTSRYWLNGDFRKGDVSLTIENSEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNWLRTDERDVNYWTSRYWLNGDFRKGDVSLTIEN
VTLADSGIYCCRIQIPGIMNDEKFNLKLVIKPAKVTPAPTRQRDFTAAFPRMLTTRGHGPAETQTLGSLPDINLTQIS TLANELRDSRLANDLRDSGATIRIG (SEQ ID NO: 198).VTLADSGIYCCRIQIPGIMNDEKFNLKLVIKPAKVTPAPTRQRDFTAAFPRMLTTRGHGPAETQTLGSLPDINLTQIS TLANELRDSRLANDLRDSGATIRIG (SEQ ID NO: 198).
Белок TIM3 Cynomolgus состоит из следующей аминокислотной последовательности (включая сигнальную последовательность):The Cynomolgus TIM3 protein consists of the following amino acid sequence (including signal sequence):
MFSHLPFDCVLLLLLLLLTRSSEVEYIAEVGQNAYLPCSYTPAPPGNLVPVCWGKGACPVFDCSNWLRTENRDVNDR TSGRYWLKGDFHKGDVSLTIENVTLADSGVYCCRIQIPGIMNDEKHNLKLWIKPAKVTPAPTLQRDLTSAFPRMLTT GEHGPAETQTPGSLPDVNLTQIFTLTNELRDSGATIRTAIYIAAGISAGLALALIFGALIFKWYSHSKEKTQNLSLIS LANIPPSGLANAVAEGIRSEENIYTIEEDVYEVEEPNEYYCYVSSGQQPSQPLGCRFAMP(SEQ ID NO: 199).MFSHLPFDCVLLLLLLLLTRSSEVEYIAEVGQNAYLPCSYTPAPPGNLVPVCWGKGACPVFDCSNWLRTENRDVNDR TSGRYWLKGDFHKGDVSLTIENVTLADSGVYCCRIQIPGIMNDEKHNLKLWIKPAKVTPAPTLQRDLTSAFPRMLTT GEHGPAETQTPGSLPDVNLTQIFTLTNELRDSGATIRTAIYIAAGISAGLAL ALIFGALIFKWYSHSKEKTQNLSLIS LANIPPSGLANAVAEGIRSEENIYTIEEDVYEVEEPNEYYCYVSSGQQPSQPLGCRFAMP(SEQ ID NO: 199).
Термин антагонист TIM3 или антагонист против TIM3 относится ко всем антагонистам, которые связываются с человеческим белком TIM3 или его лигандом или нуклеиновой кислотой, кодирующей человеческий TIM3 или его лиганд, соответственно, подавляют или ингибируют активность человеческого TIM3. Такой антагонист может представлять собой пептид, нуклеиновую кислоту или соединение. Более конкретно, антагонист может представлять собой антисмысловой олигонуклеотид, миРНК, шРНК, микроРНК, дцРНК, аптамер, ПНК (пептидо-нуклеиновая кислота), нацеленный на человеческий TIM3 или вектор, включающий его. В некоторых вариантах осуществления антагонист может быть антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые специфически связываются с человеческим TIM3 и подавляют или ингибируют активность человеческого TIM3. Термин антитело или антитела относится в некоторых вариантах осуществления к белку, содержащему, по меньшей мере, две тяжелые (Н) цепи и две легкие (L) цепи, взаимосвязанные дисульфидными связями. Каждая тяжелая цепь состоит из вариабельной области тяжелой цепи (сокращенно обозначенной здесь как VH) и константной областиThe term TIM3 antagonist or anti-TIM3 antagonist refers to all antagonists that bind to human TIM3 protein or a ligand thereof or a nucleic acid encoding human TIM3 or a ligand thereof, respectively, suppress or inhibit the activity of human TIM3. Such an antagonist may be a peptide, nucleic acid or compound. More specifically, the antagonist may be an antisense oligonucleotide, siRNA, shRNA, microRNA, dsRNA, aptamer, PNA (peptide nucleic acid) targeting human TIM3 or a vector comprising it. In some embodiments, the antagonist may be an antibody or an antigen-binding fragment thereof that specifically binds to human TIM3 and suppresses or inhibits the activity of human TIM3. The term antibody or antibodies refers in some embodiments to a protein containing at least two heavy (H) chains and two light (L) chains interconnected by disulfide bonds. Each heavy chain consists of a heavy chain variable region (abbreviated here as VH) and a constant region
- 14 045913 тяжелой цепи (сокращенно обозначенной здесь как СН). В некоторых антителах, например, во встречающихся в природе IgG антителах, константная область тяжелой цепи состоит из шарнирного участка и трех доменов, CH1, CH2 и CH3. В некоторых антителах, например во встречающихся в природе IgG антителах, каждая легкая цепь состоит из вариабельной области легкой цепи (сокращенно обозначенной здесь как VL) и константной области легкой цепи. Константная область легкой цепи состоит из одного домена (сокращенно обозначенной здесь как CL). Области VH и VL могут быть дополнительно подразделены на области гипервариабельности, называемые областями, определяющими комплементарность (CDR), перемежающимися с областями, которые являются более консервативными, называемыми каркасными областями (FR). Каждая VH и VL состоит из трех CDR и четырех FR, расположенных от аминоконца до карбоксиконца в следующем порядке: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. Вариабельные области тяжелой и легкой цепей содержат домен связывания, который взаимодействует с антигеном. Константные области антител могут опосредовать связывание иммуноглобулинов с тканями или факторами хозяина, включающими различные клетки иммунной системы (например, эффекторные клетки) и первый компонент (C1q) классической системы комплемента. Тяжелая цепь может иметь С-концевой лизин или нет. Если не указано иное, аминокислоты в вариабельных областях пронумерованы с использованием системы нумерации Kabat, a аминокислоты в константных областях пронумерованы с использованием системы EU. Антитело IgG, например, антитело IgG1, IgG2, IgG3 и IgG4 человека, как используется в данном описании, имеет в некоторых вариантах осуществления структуру встречающегося в природе антитела IgG, то есть имеет одинаковое количество тяжелых и легких цепей и дисульфидные связи, как встречающееся в природе антитело IgG того же подкласса. Например, анmи-TIM3 IgG1, IgG2, IgG3 или IgG4 антитело состоит из двух тяжелых цепей (НС) и двух легких цепей (LC), в которых две тяжелые цепи и легкие цепи связаны одинаковым числом и расположением дисульфидных мостиков, которые встречаются в природных антителах IgG1, IgG2, IgG3 и IgG4, соответственно (если антитело не было подвержено мутации для модификации дисульфидных мостиков).- 14 045913 heavy chain (abbreviated here as CH). In some antibodies, such as naturally occurring IgG antibodies, the heavy chain constant region consists of a hinge region and three domains, CH1, CH2 and CH3. In some antibodies, such as naturally occurring IgG antibodies, each light chain consists of a light chain variable region (abbreviated herein as VL) and a light chain constant region. The light chain constant region consists of a single domain (abbreviated here as CL). The VH and VL regions can be further subdivided into regions of hypervariability, called complementarity determining regions (CDRs), interspersed with regions that are more conserved, called framework regions (FR). Each VH and VL consists of three CDRs and four FRs, located from the amino terminus to the carboxy terminus in the following order: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. The heavy and light chain variable regions contain a binding domain that interacts with the antigen. Antibody constant regions can mediate the binding of immunoglobulins to host tissues or factors, including various cells of the immune system (eg, effector cells) and the first component (C1q) of the classical complement system. The heavy chain may or may not have a C-terminal lysine. Unless otherwise noted, amino acids in the variable regions are numbered using the Kabat numbering system and amino acids in the constant regions are numbered using the EU system. An IgG antibody, such as a human IgG1, IgG2, IgG3, and IgG4 antibody, as used herein, has in some embodiments the structure of a naturally occurring IgG antibody, that is, having the same number of heavy and light chains and disulfide bonds as a naturally occurring one. IgG antibody of the same subclass. For example, an anti-TIM3 IgG1, IgG2, IgG3 or IgG4 antibody consists of two heavy chains (HC) and two light chains (LC), in which the two heavy chains and the light chains are linked by the same number and arrangement of disulfide bridges that are found in natural antibodies IgG1, IgG2, IgG3 and IgG4, respectively (unless the antibody has been mutated to modify disulfide bridges).
Иммуноглобулин может быть из любого из широко известных изотипов, включая, но не ограничиваясь этим, IgA, секреторный IgA, IgG и IgM. Изотип IgG подразделяется на подклассы определенных видов: IgG1, IgG2, IgG3 и IgG4 у людей и IgG1, IgG2a, IgG2b и IgG3 у мышей. В определенных вариантах осуществления анти-TIM3-антитела, описанные здесь, имеют подтип IgG1. Иммуноглобулины, например, IgG1, существуют в нескольких аллотипах, которые отличаются друг от друга не более чем несколькими аминокислотами. Антитело включает, в качестве примера, как встречающиеся в природе, так и не встречающиеся в природе антитела; моноклональные и поликлональные антитела; химерные и гуманизированные антитела; человеческие и нечеловеческие антитела и полностью синтетические антитела.The immunoglobulin can be from any of the commonly known isotypes, including, but not limited to, IgA, secretory IgA, IgG and IgM. The IgG isotype is subclassified into specific species: IgG1, IgG2, IgG3, and IgG4 in humans and IgG1, IgG2a, IgG2b, and IgG3 in mice. In certain embodiments, the anti-TIM3 antibodies described herein are of the IgG1 subtype. Immunoglobulins, such as IgG1, exist in several allotypes that differ from each other by no more than a few amino acids. Antibody includes, by way of example, both naturally occurring and non-naturally occurring antibodies; monoclonal and polyclonal antibodies; chimeric and humanized antibodies; human and non-human antibodies and fully synthetic antibodies.
Термин антигенсвязывающая часть антитела (также называемая антигенсвязывающий фрагмент) в использованном здесь значении обозначает один или более фрагментов антитела, которые сохраняют способность специфически связываться с антигеном (например, TIM3 человека). Было показано, что антигенсвязывающую функцию антитела могут выполнять фрагменты непроцессированного антитела. Примеры связывающих фрагментов, входящих в определение термина антигенсвязывающая часть антитела, например, TIM3 антитела, описанного здесь, включают: (i) Fab-фрагмент (фрагмент расщепления папаином) или аналогичный моновалентный фрагмент, состоящий из VL, VH, CL и СН1 доменов; (ii) F(ab')2-фрагменm (фрагмент расщепления пепсином) или аналогичный двухвалентный фрагмент, включающий два Fab-фрагмента, связанных дисульфидным мостиком в шарнирной области; (iii) Fdфрагмент, состоящий из VH и СН1 доменов; (iv) Fv-фрагмент, состоящий из VL и VH доменов одного плеча антитела; (v) фрагмент dAb (Ward et al., Nature 341:544-546 (1989)), состоящий из VH домена; (vi) выделенную область, определяющую комплементарность (CDR) и (vii) комбинацию двух или более изолированных CDR, которые могут быть необязательно соединены синтетическим линкером. Кроме того, хотя два домена Fv-фрагмента, VL и VH, кодированы разными генами, они могут быть объединены рекомбинантными методами с использованием синтетического линкера, который позволяет получить одиночную белковую цепь, в которой VL и VH области спариваются с образованием одновалентных молекул (известных как одноцепочечный Fv-фрагмент (scFv)); см., например, Bird et al., Science 242:423-426 (1988); и Huston et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883 (1988)). Такие одноцепочечные антитела также входят в определение термина антигенсвязывающая часть антитела. Указанные фрагменты антител получают общепринятыми методами, известными специалистам в данной области, и эти фрагменты исследуют в отношении их пригодности таким же образом, как интактные антитела. Антигенсвязывающие части могут быть получены методами рекомбинантной ДНК или ферментативным или химическим расщеплением интактных иммуноглобулинов. Термин моноклональное антитело, в использованном в данном документе значении, относится к антителу из популяции по существу гомогенных антител, то есть отдельные антитела, содержащиеся в популяции, по существу сходны и связывают один и тот же эпитоп(ы) (например, антитела проявляют специфичность и аффинность единичного связывания), за исключением возможных вариантов, которые могут возникнуть в процессе производства моноклонального антитела, такие варианты обычно присутствуют в незначительных количествах. Определение моноклональный указывает на характер антитела, получаемого из по существу гомогенной популяции антител, иThe term antigen-binding portion of an antibody (also called antigen-binding fragment) as used herein refers to one or more antibody fragments that retain the ability to specifically bind an antigen (eg, human TIM3). It has been shown that the antigen-binding function of antibodies can be performed by fragments of full-length antibodies. Examples of binding fragments included in the definition of the term antigen-binding portion of an antibody, eg, a TIM3 antibody described herein, include: (i) a Fab fragment (papain cleavage fragment) or similar monovalent fragment consisting of VL, VH, CL and CH1 domains; (ii) an F(ab') 2 fragment (pepsin cleavage fragment) or similar divalent fragment comprising two Fab fragments linked by a disulfide bridge at the hinge region; (iii) Fd fragment consisting of VH and CH1 domains; (iv) Fv fragment, consisting of the VL and VH domains of one arm of the antibody; (v) a dAb fragment (Ward et al., Nature 341:544-546 (1989)) consisting of a VH domain; (vi) an isolated complementarity determining region (CDR); and (vii) a combination of two or more isolated CDRs, which may optionally be connected by a synthetic linker. In addition, although the two domains of the Fv fragment, VL and VH, are encoded by different genes, they can be joined recombinantly using a synthetic linker that produces a single protein chain in which the VL and VH regions are paired to form monovalent molecules (known as single-chain Fv fragment (scFv)); see, for example, Bird et al., Science 242:423-426 (1988); and Huston et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883 (1988)). Such single chain antibodies are also included in the definition of the term antigen-binding portion of an antibody. These antibody fragments are prepared by conventional methods known to those skilled in the art, and these fragments are examined for their utility in the same manner as intact antibodies. Antigen-binding moieties can be obtained by recombinant DNA methods or by enzymatic or chemical digestion of intact immunoglobulins. The term monoclonal antibody, as used herein, refers to an antibody from a population of essentially homogeneous antibodies, that is, the individual antibodies contained in the population are substantially similar and bind the same epitope(s) (e.g., the antibodies exhibit specificity and single binding affinity), with the exception of possible variants that may arise during the production of a monoclonal antibody, such variants are usually present in small quantities. The definition of monoclonal indicates the nature of the antibody obtained from an essentially homogeneous population of antibodies, and
- 15 045913 его не следует истолковывать как требующее получения антитела каким-либо конкретным способом. Термин человеческое моноклональное антитело относится к антителу из популяции по существу гомогенных антител, которое проявляет(-ют) специфичность единичного связывания, и которое имеет вариабельные и необязательные константные области, полученные из последовательностей иммуноглобулина зародышевой линии человека. В некоторых вариантах осуществления моноклональные антитела человека продуцируются гибридомой, которая включает В-клетку, полученную от трансгенного животного, не являющегося человеком, например, трансгенной мыши, имеющего геном, содержащий трансген тяжелой цепи человека и трансген легкой цепи, слитую с иммортализованной клеткой.- 15 045913 it should not be construed as requiring the antibody to be produced by any particular method. The term human monoclonal antibody refers to an antibody from a population of essentially homogeneous antibodies that exhibits single binding specificity, and that has variable and optional constant regions derived from human germline immunoglobulin sequences. In some embodiments, the human monoclonal antibodies are produced by a hybridoma that includes a B cell derived from a transgenic non-human animal, such as a transgenic mouse, having a genome comprising a human heavy chain transgene and a light chain transgene fused to an immortalized cell.
Термин рекомбинантное антитело человека, в использованном в данном документе значении, включает все антитела человека, которые получены, экспрессированны, созданы или выделены рекомбинантными способами, такие как (а) антитела, выделенные у животного (например, мыши), которое является трансгенным или трансхромосомным для генов иммуноглобулина человека или полученной из них гибридомы, (b) антитела, выделенные из клетки-хозяина, трансформированной для экспрессии антитела, например, из трансфектомы, (с) антитела, выделенные из рекомбинантной комбинаторной библиотеки антител человека, и (d) антитела, полученные, экспрессированные, созданные или выделенные любыми другими методиками, которые включают сплайсинг последовательностей генов иммуноглобулинов человека с другими последовательностями ДНК.The term recombinant human antibody, as used herein, includes all human antibodies that are produced, expressed, created or isolated by recombinant methods, such as (a) antibodies isolated from an animal (for example, a mouse) that is transgenic or transchromosomal for human immunoglobulin genes or a hybridoma derived therefrom, (b) antibodies isolated from a host cell transformed to express the antibody, for example, from a transfectome, (c) antibodies isolated from a recombinant human antibody combinatorial library, and (d) antibodies obtained , expressed, created or isolated by any other techniques that involve splicing human immunoglobulin gene sequences with other DNA sequences.
Такие рекомбинантные человеческие антитела содержат вариабельные и константные области на основе определенных последовательностей иммуноглобулина зародышевой линии человека, которые кодируются генами зародышевой линии, но включают последующие перестройки и мутации, которые возникают, например, во время созревания антитела. Как известно в данной области (см., например, Lonberg (2005) Nature Biotech. 23(9): 1117-1125), вариабельная область содержит антигенсвязывающий домен, который кодируется различными генами, которые перестраиваются с образованием антитела, специфичного для чужеродного антигена. В дополнение к перегруппировке вариабельная область может быть дополнительно модифицирована путем множественных изменений одной аминокислоты (называемых соматической мутацией или гипермутацией) для увеличения аффинности антитела к чужеродному антигену. Константная область будет изменяться при дальнейшей реакции на антиген (то есть переключение изотипа). Следовательно, перегруппированные и соматически мутированные молекулы нуклеиновой кислоты, которые кодируют полипептиды легкой цепи и тяжелой цепи иммуноглобулина в ответ на антиген, не могут иметь идентичность последовательности с исходными молекулами нуклеиновой кислоты, но вместо этого будут по существу идентичными или сходными (т.е. иметь, по меньшей мере, 80% идентичности).Such recombinant human antibodies contain variable and constant regions based on specific human germline immunoglobulin sequences that are encoded by germline genes but include subsequent rearrangements and mutations that occur, for example, during antibody maturation. As is known in the art (see, for example, Lonberg (2005) Nature Biotech. 23(9): 1117-1125), the variable region contains an antigen binding domain that is encoded by various genes that are rearranged to produce an antibody specific for a foreign antigen. In addition to rearrangement, the variable region can be further modified by multiple changes to a single amino acid (called somatic mutation or hypermutation) to increase the affinity of the antibody for a foreign antigen. The constant region will change with further reaction to the antigen (i.e., isotype switching). Consequently, rearranged and somatically mutated nucleic acid molecules that encode immunoglobulin light chain and heavy chain polypeptides in response to an antigen may not have sequence identity with the original nucleic acid molecules, but will instead be substantially identical or similar (i.e., have , at least 80% identity).
Термин человеческое антитело (HuMAb) относится к антителу, имеющему вариабельные области, в которых как каркасные области, так и CDR области получены из последовательностей иммуноглобулина зародышевой линии человека. Кроме того, если антитело содержит константную область, константная область также получена из последовательностей иммуноглобулина зародышевой линии человека. Анти-Т1МЗ антитела, описанные в данном документе, могут включать аминокислотные остатки, не кодируемые последовательностями иммуноглобулина зародышевой линии человека (например, мутации, введенные при помощи неспецифического или сайт-специфического мутагенеза in vitro или соматической мутации in vivo). Однако термин антитело человека, используемый в данном документе, не предназначен для включения антител, в которых последовательности CDR, полученные из зародышевой линии другого вида млекопитающих, таких как мышь, были привиты на каркасные последовательности человека. Термины человеческие антитела и полностью человеческие антитела используются как синонимы.The term human antibody (HuMAb) refers to an antibody having variable regions in which both framework regions and CDR regions are derived from human germline immunoglobulin sequences. In addition, if the antibody contains a constant region, the constant region is also derived from human germline immunoglobulin sequences. The anti-T1M3 antibodies described herein may include amino acid residues not encoded by human germline immunoglobulin sequences (eg, mutations introduced by nonspecific or site-specific mutagenesis in vitro or somatic mutation in vivo). However, the term human antibody as used herein is not intended to include antibodies in which CDR sequences derived from the germ line of another mammalian species, such as a mouse, have been grafted onto human framework sequences. The terms human antibodies and fully human antibodies are used interchangeably.
Термин гуманизированное антитело относится к антителу, в котором некоторые, большинство или все аминокислоты вне доменов CDR антитела, не принадлежащего человеку, заменены соответствующими аминокислотами, полученными из иммуноглобулинов человека. В некоторых вариантах осуществления гуманизированной формы антитела, некоторые, большинство или все аминокислоты вне доменов CDR были заменены аминокислотами из иммуноглобулинов человека, тогда как некоторые, большинство или все аминокислоты в одной или нескольких областях CDR являются неизменными. Небольшие добавления, делеции, вставки, замены или модификации аминокислот допустимы в том случае, если они не отменяют способность антитела связываться с конкретным антигеном. Гуманизированное антитело сохраняет антигенную специфичность, сходную со специфичностью исходного антитела. Термин химерное антитело относится к антителу, в котором вариабельные области получены из одного вида, а константные области получены из другого вида, такого как антитело, в котором вариабельные области получены из антитела мыши, и константные области получены от антитела человека.The term humanized antibody refers to an antibody in which some, most or all of the amino acids outside the CDR domains of a non-human antibody are replaced with corresponding amino acids derived from human immunoglobulins. In some embodiments of a humanized form of an antibody, some, most, or all of the amino acids outside the CDR domains have been replaced with amino acids from human immunoglobulins, while some, most, or all of the amino acids in one or more CDR regions are unchanged. Minor additions, deletions, insertions, substitutions or modifications of amino acids are acceptable as long as they do not abolish the ability of the antibody to bind to a specific antigen. The humanized antibody retains antigen specificity similar to that of the parent antibody. The term chimeric antibody refers to an antibody in which the variable regions are derived from one species and the constant regions are derived from another species, such as an antibody in which the variable regions are derived from a mouse antibody and the constant regions are derived from a human antibody.
Используемый здесь термин изотип относится к классу антител (например, антитело IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgM, IgA1, IgA2, IgD и IgE), которые кодируются генами константной области тяжелой цепи.As used herein, the term isotype refers to a class of antibodies (eg, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgM, IgA1, IgA2, IgD, and IgE antibody) that are encoded by heavy chain constant region genes.
Термин аллотип относится к встречающимся в природе вариантам в пределах определенной группы изотипов, причем эти варианты отличаются несколькими аминокислотами (см., например, Jefferis et al. (2009) mAbs 1:1). Анти-Т1МЗ антитела, описанные здесь, могут иметь любой аллотип. Используемые здесь антитела, называемые как изотип IgG1f, IgG1.1f или IgG1.3f, представляют собой антиThe term allotype refers to naturally occurring variants within a defined isotype group, where these variants differ by several amino acids (see, for example, Jefferis et al. (2009) mAbs 1:1). The anti-T1M3 antibodies described herein can be of any allotype. The antibodies used here, referred to as IgG1f, IgG1.1f or IgG1.3f isotype, are anti
- 16 045913 тела IgG1, IgG1.1 без эффектора и IgG1.3 без эффектора, соответственно, аллотипа f, т.е. имеющие 214R, 356Е и 358М в соответствии с индексом EU, как в Kabat, как показано, например, в SEQ ID NO: 123.- 16 045913 bodies IgG1, IgG1.1 without an effector and IgG1.3 without an effector, respectively, allotype f, i.e. having 214R, 356E and 358M in accordance with the EU index, as in Kabat, as shown, for example, in SEQ ID NO: 123.
Фразы антитело, распознающее антиген и антитело, специфичное к антигену используются здесь взаимозаменяемо с термином антитело, которое специфически связывается с антигеном.The phrases antigen-recognizing antibody and antigen-specific antibody are used interchangeably herein with the term antibody that specifically binds an antigen.
Термин выделенное антитело, в контексте данного документа, предназначен для обозначения антитела, которое по существу не содержит других белков и клеточного материала.The term isolated antibody, as used herein, is intended to mean an antibody that is substantially free of other proteins and cellular material.
Fc-рецептор или FcR представляет собой рецептор, который связывается с Fc-областью иммуноглобулина. FcR, которые связываются с антителом IgG, включают рецепторы семейства FcyR, включая аллельные варианты и альтернативно сплайсированные формы этих рецепторов. Семейство FcyR состоит из трех активирующих (FcyRI, FcyRIII и FcyRIV у мышей; FcyRIA, FcyRIIA и FcyRIIIA у людей) и одного ингибирующего (FcyRIIB) рецептора. Различные свойства человеческого FcyR известны в данной области. Большинство врожденных типов эффекторных клеток коэкспрессируют один или более активирующих FcyR и ингибирующий FcyRIIB, в то время как природные клетки-киллеры (NK) избирательно экспрессируют один активирующий рецептор Fc (FcyRIII у мышей и FcyRIIIA у людей), но не ингибирующий FcyRIIB у мышей и людей. Человеческий IgG1 связывается с большинством человеческих Fcрецепторов и считается эквивалентным мышиному IgG2a в отношении типов активирующих Fcрецепторов, с которыми он связывается.The Fc receptor or FcR is a receptor that binds to the Fc region of an immunoglobulin. FcRs that bind to IgG antibody include the FcyR family of receptors, including allelic variants and alternatively spliced forms of these receptors. The FcyR family consists of three activating (FcyRI, FcyRIII and FcyRIV in mice; FcyRIA, FcyRIIA and FcyRIIIA in humans) and one inhibitory (FcyRIIB) receptor. Various properties of human FcyR are known in the art. Most innate effector cell types coexpress one or more activating FcyRs and an inhibitory FcyRIIB, while natural killer (NK) cells selectively express one activating Fc receptor (FcyRIII in mice and FcyRIIIA in humans) but not the inhibitory FcyRIIB in mice and humans . Human IgG1 binds to most human Fc receptors and is considered equivalent to mouse IgG2a in the types of activating Fc receptors it binds to.
Fc-область (фрагмент кристаллизующейся области) или домен Fc или Fc относится к Сконцевой области тяжелой цепи антитела, которая опосредует связывание иммуноглобулина с тканями или факторами хозяина, включая связывание с рецепторами Fc, расположенными на различных клетках иммунной системы (например, эффекторных клетках) или на первом компоненте (C1q) классической системы комплемента. Таким образом, Fc-область содержит константную область антитела, исключая первый домен константной области иммуноглобулина (например, СН1 или CL). В изотипах антитела IgG, IgA и IgD область Fc содержит два идентичных фрагмента белка, полученных из второго (СН2) и третьего (CH3) константных доменов двух тяжелых цепей антитела; Fc-области IgM и IgE содержат три константных домена тяжелой цепи (домены СН 2-4) в каждой полипептидной цепи. Для IgG Fc-область содержит иммуноглобулиновые домены СН2 и CH3 и шарнирный участок между доменами СН1 и СН2. Хотя определение границ Fc-области тяжелой цепи иммуноглобулина может варьироваться, как определено в настоящем документе, Fc-область тяжелой цепи человеческого IgG определяется как протяженная от аминокислотного остатка D221 для IgG1, V222 для IgG2, L221 для IgG3 и Р224 для IgG4 к карбоксиконцу тяжелой цепи, в которой нумерация соответствует индексу EU, как в Kabat.The Fc region (fragment of the crystallizable region) or Fc domain or Fc domain refers to the C-terminal region of an antibody heavy chain that mediates binding of immunoglobulin to host tissues or factors, including binding to Fc receptors located on various cells of the immune system (eg, effector cells) or on the first component (C1q) of the classical complement system. Thus, the Fc region contains the antibody constant region excluding the first domain of the immunoglobulin constant region (eg, CH1 or CL). In the IgG, IgA and IgD antibody isotypes, the Fc region contains two identical protein fragments derived from the second (CH2) and third (CH3) constant domains of the two heavy chains of the antibody; The Fc regions of IgM and IgE contain three heavy chain constant domains (CH 2-4 domains) in each polypeptide chain. For IgG, the Fc region contains the immunoglobulin domains CH2 and CH3 and the hinge region between the domains CH1 and CH2. Although the definition of the boundaries of the immunoglobulin heavy chain Fc region may vary, as defined herein, the human IgG heavy chain Fc region is defined as extending from amino acid residue D221 for IgG1, V222 for IgG2, L221 for IgG3, and P224 for IgG4 to the carboxy terminus of the heavy chain , in which the numbering corresponds to the EU index, as in Kabat.
Домен СН2 Fc-области человеческого IgG находится от аминокислоты 237 до аминокислоты 340, и домен CH3 расположен на С-концевой стороне домена СН2 в Fc-области, то есть он находится от аминокислоты 341 до аминокислоты 447 или 446 (если С-концевой остаток лизина отсутствует) или 445 (если С-концевой остаток глицина и лизин отсутствуют) IgG. В контексте данного документа Fc-область может представлять собой нативную последовательность Fc, включая любой аллотипичный вариант или вариант Fc (например, не встречающийся в природе Fc). Fc также может относиться к этой области изолированно или в контексте Fc-содержащего белкового полипептида, такого как связывающий белок, содержащий Fc-область, также упоминаемого как Fc-белок слияния (например, антитело или иммуноадгезия).The CH2 domain of the human IgG Fc region is located from amino acid 237 to amino acid 340, and the CH3 domain is located on the C-terminal side of the CH2 domain in the Fc region, that is, it is from amino acid 341 to amino acid 447 or 446 (if the C-terminal lysine residue absent) or 445 (if the C-terminal glycine residue and lysine are absent) IgG. As used herein, an Fc region may be a native Fc sequence, including any allotype or Fc variant (eg, a non-naturally occurring Fc). Fc may also refer to this region alone or in the context of an Fc-containing protein polypeptide, such as an Fc region-containing binding protein, also referred to as an Fc fusion protein (eg, antibody or immunoadhesion).
Fc-область с нативной последовательностью или Fc с нативной последовательностью включает аминокислотную последовательность, которая идентична аминокислотной последовательности Fcобласти, встречающейся в природе. Fc-области человека с нативной последовательностью включают Fcобласть человеческого IgG1 с нативной последовательностью; Fc-область человеческого IgG2 с нативной последовательностью; Fc-область человеческого IgG3 с нативной последовательностью; и Fc-область человеческого IgG4 с нативной последовательностью, а также их встречающиеся в природе варианты. Fc с нативной последовательностью включает различные аллотипы Fcs (см., например, Jefferis et al. (2009) mAbs 1:1).A native sequence Fc region or native sequence Fc region includes an amino acid sequence that is identical to the amino acid sequence of the Fc region found in nature. Native sequence human Fc regions include native sequence human IgG1 Fc region; Fc region of human IgG2 with native sequence; Fc region of human IgG3 with native sequence; and the native sequence human IgG4 Fc region, as well as naturally occurring variants thereof. Native sequence Fc includes various allotypes of Fcs (see, for example, Jefferis et al. (2009) mAbs 1:1).
Используемый здесь термин встречающийся в природе применительно к объекту относится к тому факту, что объект может быть найтиден в природе. Например, полипептидная или полинуклеотидная последовательность, присутствующая в организме (включая вирусы), которая может быть выделена из источника в природе и которая не была преднамеренно изменена человеком в лаборатории, встречается в природе. Полипептид относится к цепи, содержащей, по меньшей мере, два последовательно связанных аминокислотных остатка без верхнего предела длины цепи. Один или более аминокислотных остатков в белке могут содержать модификацию, такую как, но не ограничиваясь этим, гликозилирование, фосфорилирование или образование дисульфидной связи. Белок может содержать один или более полипептидов.The term naturally occurring in relation to an object as used here refers to the fact that the object can be found in nature. For example, a polypeptide or polynucleotide sequence found in an organism (including viruses) that can be isolated from a source in nature and that has not been intentionally altered by humans in a laboratory occurs in nature. A polypeptide refers to a chain containing at least two consecutively linked amino acid residues with no upper limit on chain length. One or more amino acid residues in a protein may contain a modification, such as, but not limited to, glycosylation, phosphorylation, or disulfide bond formation. A protein may contain one or more polypeptides.
Консервативные аминокислотные замены относятся к заменам аминокислотного остатка на аминокислотный остаток, имеющий сходную боковую цепь. Семейства аминокислотных остатков, имеющих сходные боковые цепи, были определены в данной области. Эти семейства включают аминокислоты сConservative amino acid substitutions refer to replacements of an amino acid residue with an amino acid residue having a similar side chain. Families of amino acid residues having similar side chains have been identified in the field. These families include amino acids with
- 17 045913 основными боковыми цепями (например, лизин, аргинин, гистидин), кислотные боковые цепи (например, аспарагиновая кислота, глутаминовая кислота), незаряженные полярные боковые цепи (например, глицин, аспарагин, глутамин, серин, треонин, тирозин, цистеин, триптофан), неполярные боковые цепи (например, аланин, валин, лейцин, изолейцин, пролин, фенилаланин, метионин), бета-разветвленные боковые цепи (например, треонин, валин, изолейцин) и ароматические боковые цепи (например, тирозин, фенилаланин, триптофан, гистидин). В некоторых вариантах осуществления определенный заменимый аминокислотный остаток в анти-TIM3 антителе заменяется другим аминокислотным остатком из того же семейства боковых цепей. Способы идентификации нуклеотидных и аминокислотных консервативных замен, которые не устраняют связывание антигена, хорошо известны в данной области (см., например, Brummell et al., Biochem. 32: 1180-1187 (1993); Kobayashi et al., Protein Eng. 12(10):879-884 (1999); и Burks et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:412-417 (1997)). Для полипептидов термин значительная степень гомологии указывает на то, что два полипептида или их обозначенные последовательности, при оптимальном выравнивании и сравнении, являются идентичными с соответствующими аминокислотными вставками или делециями, по меньшей мере, на 80% аминокислот, по меньшей мере, на 90-95% или, по меньшей мере, на 98-99,5% аминокислот.- 17 045913 basic side chains (e.g. lysine, arginine, histidine), acidic side chains (e.g. aspartic acid, glutamic acid), uncharged polar side chains (e.g. glycine, asparagine, glutamine, serine, threonine, tyrosine, cysteine, tryptophan), non-polar side chains (e.g. alanine, valine, leucine, isoleucine, proline, phenylalanine, methionine), beta-branched side chains (e.g. threonine, valine, isoleucine) and aromatic side chains (e.g. tyrosine, phenylalanine, tryptophan , histidine). In some embodiments, a specific nonessential amino acid residue in the anti-TIM3 antibody is replaced with another amino acid residue from the same side chain family. Methods for identifying nucleotide and amino acid conservative substitutions that do not abolish antigen binding are well known in the art (see, for example, Brummell et al., Biochem. 32: 1180-1187 (1993); Kobayashi et al., Protein Eng. 12 (10):879-884 (1999); and Burks et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:412-417 (1997)). For polypeptides, the term significant degree of homology indicates that the two polypeptides or their designated sequences, when optimally aligned and compared, are identical with corresponding amino acid insertions or deletions of at least 80% of the amino acids, at least 90-95 % or at least 98-99.5% of amino acids.
Процент идентичности между двумя последовательностями является функцией от числа идентичных позиций, общих для последовательностей (то есть % гомологии=число идентичных позиций/общее число позиций х 100), принимая во внимание число гэпов и длину каждого гэпа, которые необходимо ввести для оптимального выравнивания двух последовательностей. Сравнение последовательностей и определение процента идентичности между двумя последовательностями может быть выполнено с использованием математического алгоритма, как описано в неограничивающих примерах ниже.The percentage identity between two sequences is a function of the number of identical positions shared by the sequences (i.e. % homology = number of identical positions/total number of positions x 100), taking into account the number of gaps and the length of each gap that must be introduced for optimal alignment of the two sequences . Sequence comparison and determination of percent identity between two sequences can be performed using a mathematical algorithm, as described in the non-limiting examples below.
Используемый здесь термин вектор предназначен для обозначения молекулы нуклеиновой кислоты, способной транспортировать другую нуклеиновую кислоту, с которой она связана. Один тип вектора представляет собой плазмиду, которая относится к кольцевой двухцепочечной петле ДНК, в которую могут быть лигированы дополнительные сегменты ДНК. Другим типом вектора является вирусный вектор, в котором дополнительные сегменты ДНК могут быть лигированы в вирусный геном. Некоторые векторы способны к автономной репликации в клетке-хозяине, в которую они интродуцированы (например, бактериальные векторы, имеющие бактериальную точку начала репликации, и эписомные векторы млекопитающих). Другие векторы (например, неэписомные векторы млекопитающих) могут быть интегрированы в геном клетки-хозяина введением в клетку-хозяин и вследствие этого реплицируются вместе с геномом хозяина. Более того, определенные векторы могут направлять экспрессию генов, с которыми они оперативно связаны. Такие векторы называются в контексте заявки рекомбинантные экспрессирующие векторы (или просто экспрессирующие векторы). В основном, экспрессирующие векторы для использования в способах с применением рекомбинантной ДНК часто находятся в форме плазмид. В настоящем описании плазмида и вектор могут быть использованы взаимозаменяемо, поскольку плазмида является наиболее часто применяемой формой вектора. Однако также включены другие формы экспрессирующих векторов, такие как вирусные векторы (например, репликационнодефектные ретровирусы, аденовирусы и аденоассоциированные вирусы), которые выполняют эквивалентные функции.As used herein, the term vector is intended to refer to a nucleic acid molecule capable of transporting another nucleic acid to which it is associated. One type of vector is a plasmid, which refers to a circular double-stranded loop of DNA into which additional DNA segments can be ligated. Another type of vector is a viral vector, in which additional DNA segments can be ligated into the viral genome. Some vectors are capable of autonomous replication in the host cell into which they are introduced (eg, bacterial vectors having a bacterial origin of replication and mammalian episomal vectors). Other vectors (eg, non-episomal mammalian vectors) can be integrated into the host cell genome by insertion into the host cell and thereby replicate along with the host genome. Moreover, certain vectors can direct the expression of genes to which they are operatively linked. Such vectors are referred to in the context of the application as recombinant expression vectors (or simply expression vectors). In general, expression vectors for use in recombinant DNA methods are often in the form of plasmids. In the present description, plasmid and vector can be used interchangeably, since plasmid is the most commonly used form of vector. However, other forms of expression vectors are also included, such as viral vectors (eg, replication-defective retroviruses, adenoviruses, and adeno-associated viruses) that perform equivalent functions.
Термин иммунный ответ является таким, как понимается в данной области техники, и обычно относится к биологическому ответу у позвоночного на чужеродные или аномальные, например, раковые клетки, который защищает организм от этих агентов и болезней, вызванных ими. Иммунный ответ опосредуется действием одной или более клеток иммунной системы (например, Т-лимфоцита, В-лимфоцита, естественной клетки-киллера (NK), макрофага, эозинофила, тучной клетки, дендритной клетки или нейтрофила) и растворимых макромолекул, вырабатываемых любой из этих клеток или печенью (включая антитела, цитокины и комплемент), что приводит к селективному нацеливанию, связыванию, повреждению, уничтожению и/или удалению из тела позвоночных патогенных микроорганизмов, клеток или тканей, инфицированных патогенами, раковыми или другими аномальными клетками или, в случаях аутоиммунитета или патологического воспаления, нормальных клеток или тканей человека. Иммунная реакция включает, например, активацию или ингибирование Т-клетки, например, эффекторной Т-клетки, Thклетки, CD4+ клетки, CD8+ Т-клетки или Treg-клетки или активацию или ингибирование любой другой клетки иммунной системы, например, NK-клетки.The term immune response is as understood in the art and generally refers to the biological response in a vertebrate to foreign or abnormal cells, such as cancer cells, that protects the body from these agents and the diseases caused by them. The immune response is mediated by the action of one or more cells of the immune system (eg, T lymphocyte, B lymphocyte, natural killer (NK) cell, macrophage, eosinophil, mast cell, dendritic cell, or neutrophil) and soluble macromolecules produced by any of these cells or liver (including antibodies, cytokines and complement), resulting in the selective targeting, binding, damage, destruction and/or removal from the body of vertebrate pathogens, cells or tissues infected with pathogens, cancer or other abnormal cells or, in cases of autoimmunity or pathological inflammation, normal human cells or tissues. The immune response includes, for example, activation or inhibition of a T cell, such as an effector T cell, Th cell, CD4+ cell, CD8+ T cell, or Treg cell, or activation or inhibition of any other cell of the immune system, such as an NK cell.
Иммуномодулятор или иммунорегулятор относится к агенту, например, агенту, нацеленному на компонент сигнального пути, который может быть вовлечен в модуляцию, регуляцию или модификацию иммунного ответа. Модулирующий, регулирующий или модифицирующий иммунный ответ относится к любому изменению в клетке иммунной системы или в активности такой клетки (например, эффекторной Т-клетке, такой как Th1-клетка). Такая модуляция включает стимуляцию или подавление иммунной системы, что может проявляться увеличением или уменьшением числа различных типов клеток, увеличением или уменьшением активности этих клеток или любыми другими изменениями, которые могут происходить в иммунной системе. Были идентифицированы как ингибиторные, так и стимулирующие иммуномодуляторы, некоторые из которых могут иметь улучшенную функцию в микроокружении опухоли. В некоторых вариантах осуществления иммуномодулятор нацелен на молекулу на поверхности Т-клетки. Иммуномодулирующая мишень или иммунорегуляторная мишень представляет соAn immunomodulator or immunoregulator refers to an agent, for example an agent, that targets a component of a signaling pathway that may be involved in modulating, regulating or modifying the immune response. A modulating, regulating, or modifying immune response refers to any change in a cell of the immune system or in the activity of such a cell (eg, an effector T cell such as a Th1 cell). Such modulation involves stimulation or suppression of the immune system, which may be manifested by an increase or decrease in the number of different types of cells, an increase or decrease in the activity of these cells, or any other changes that may occur in the immune system. Both inhibitory and stimulatory immunomodulators have been identified, some of which may have improved function in the tumor microenvironment. In some embodiments, the immunomodulator targets a molecule on the surface of the T cell. An immunomodulatory target or an immunoregulatory target is a
- 18 045913 бой молекулу, например, молекулу клеточной поверхности, которая является мишенью для связывания, и чья активность изменяется в результате связывания вещества, агента, фрагмента, соединения или молекулы. Иммуномодулирующие мишени включают, например, рецепторы на поверхности клетки (иммуномодулирующие рецепторы) и лиганды рецептора (иммуномодулирующие лиганды).- 18 045913 combat molecule, for example, a cell surface molecule, which is the target for binding, and whose activity is changed as a result of binding of the substance, agent, fragment, compound or molecule. Immunomodulatory targets include, for example, cell surface receptors (immunomodulatory receptors) and receptor ligands (immunomodulatory ligands).
Иммунотерапия относится к лечению субъекта, страдающего от или подвергающегося риску заражения или рецидива заболевания, способом, включающим индукцию, усиление, подавление или иную модификацию иммунной системы или иммунного ответа. Иммуностимулирующая терапия или иммуностимуляторная терапия относится к терапии, которая приводит к повышению (индукции или усилению) иммунного ответа у субъекта, например, для лечения рака.Immunotherapy refers to the treatment of a subject suffering from, or at risk of contracting or recurrent disease, in a manner involving the induction, enhancement, suppression or other modification of the immune system or immune response. Immunostimulant therapy or immunostimulant therapy refers to therapy that results in enhancement (induction or enhancement) of the immune response in a subject, for example, to treat cancer.
Термин Т-эффекторные (Teff) клетки относится к Т-клеткам (например, CD4+ и CD8+ Тклеткам) с цитолитической активностью, а также к клеткам Т-хелперам (Th), например, клеткам Th1, клетки которых секретируют цитокины и активируют и направляют другие, иммунные клетки, но не включают регуляторные Т-клетки (клетки Treg). Определенные анти-TIM3 антитела, описанные здесь, активируют клетки Teff, например, CD4+ и CD8+ Teff клетки и клетки Th1.The term T effector (Teff) cells refers to T cells (eg, CD4+ and CD8+ T cells) with cytolytic activity, as well as T helper (Th) cells, such as Th1 cells, whose cells secrete cytokines and activate and direct others. , immune cells, but do not include regulatory T cells (Treg cells). Certain anti-TIM3 antibodies described herein activate Teff cells, such as CD4+ and CD8+ Teff cells and Th1 cells.
Повышенная способность стимулировать иммунный ответ или иммунную систему может быть результатом повышенной агонистической активности Т-клеточных костимулирующих рецепторов и/или повышенной антагонистической активности ингибирующих рецепторов. Повышенная способность стимулировать иммунный ответ или иммунную систему может отражаться в кратном увеличении EC50 или максимального уровня активности в анализе, который измеряет иммунный ответ, например, анализе, который измеряет изменения в высвобождении цитокинов или хемокинов, цитолитической активности (определяется непосредственно на клетках-мишенях или опосредованно через обнаружение CD 107а или гранзимов) и пролиферации. Способность стимулировать иммунный ответ или активность иммунной системы может быть повышена, по меньшей мере, на 10%, 30%, 50%, 75%, в 2 раза, в 3 раза, в 5 раз или более.The increased ability to stimulate the immune response or immune system may result from increased agonistic activity of T cell co-stimulatory receptors and/or increased antagonistic activity of inhibitory receptors. An increased ability to stimulate an immune response or immune system may be reflected in a fold increase in EC50 or maximum activity level in an assay that measures immune response, e.g., an assay that measures changes in cytokine or chemokine release, cytolytic activity (determined directly on target cells or indirectly through detection of CD 107a or granzymes) and proliferation. The ability to stimulate an immune response or immune system activity may be increased by at least 10%, 30%, 50%, 75%, 2-fold, 3-fold, 5-fold or more.
Используемый здесь термин связанный относится к ассоциации двух или более молекул. Связь может быть ковалентной или нековалентной. Связь также может быть генетической (то есть рекомбинантно слитой). Такие связи могут быть достигнуты с использованием широкого спектра известных в данной области методик, таких как химическая конъюгация и получение рекомбинантного белка.As used herein, the term associated refers to the association of two or more molecules. The bond may be covalent or non-covalent. The link may also be genetic (that is, recombinantly fused). Such linkages can be achieved using a wide range of techniques known in the art, such as chemical conjugation and recombinant protein production.
Используемый здесь термин введение относится к физическому введению композиции, содержащей терапевтический агент, субъекту с использованием любого из различных способов и систем доставки, известных специалистам в данной области. Различные способы введения анти-TIM3 антител, описанных здесь, включают внутривенный, внутрибрюшинный, внутримышечный, подкожный, спинальный или другие парентеральные пути введения, например, путем инъекции или инфузии. Фраза парентеральное введение в контексте настоящего описания означает способы введения, отличные от энтерального и местного введения, обычно путем инъекции, и включает, без ограничения, внутривенную, внутрибрюшинную, внутримышечную, внутриартериальную, интратекальную, внутрилимфатическую, внутриочаговую, внутрикапсулярную, интраорбитальную, внутрисердечную, интрадермальную, транстрахеальную, подкожную, субкутикулярную, внутрисуставную, субкапсулярную, субарахноидальную, интраспинальную, эпидуральную и интрастернальную инъекцию и инфузию, а также электропорацию in vivo. Альтернативно, антитело, описанное здесь, может быть введено непарентеральным путем, таким как местный, эпидермальный или слизистый путь введения, например, интраназально, перорально, вагинально, ректально, сублингвально или местно. Введение также может быть выполнено, например, один раз, множество раз и/или в течение одного или нескольких продолжительных периодов.As used herein, the term administration refers to the physical administration of a composition containing a therapeutic agent to a subject using any of the various delivery methods and systems known to those skilled in the art. Various routes of administration of the anti-TIM3 antibodies described herein include intravenous, intraperitoneal, intramuscular, subcutaneous, spinal, or other parenteral routes of administration, such as by injection or infusion. The phrase parenteral administration as used herein means methods of administration other than enteral and local administration, typically by injection, and includes, without limitation, intravenous, intraperitoneal, intramuscular, intraarterial, intrathecal, intralymphatic, intralesional, intracapsular, intraorbital, intracardiac, intradermal, transtracheal, subcutaneous, subcuticular, intraarticular, subcapsular, subarachnoid, intraspinal, epidural and intrasternal injection and infusion, as well as in vivo electroporation. Alternatively, the antibody described herein can be administered by a non-parenteral route, such as the topical, epidermal or mucosal route, for example, intranasally, orally, vaginally, rectally, sublingually or topically. Administration may also be performed, for example, once, multiple times and/or over one or more extended periods.
Используемый здесь термин опосредованный Т-клетками ответ относится к ответу, опосредованному Т-клетками, включая эффекторные Т-клетки (например, клетки CD8+) и клетки Т-хелперы (например, клетки CD4+). Ответы, опосредованные Т-клетками, включают, например, цитотоксичность и пролиферацию Т-клеток.As used herein, the term T cell-mediated response refers to a response mediated by T cells, including effector T cells (eg, CD8+ cells) and T helper cells (eg, CD4+ cells). T cell mediated responses include, for example, cytotoxicity and T cell proliferation.
Используемый здесь термин ответ цитотоксических Т-лимфоцитов (CTL) относится к иммунному ответу, индуцированному цитотоксическими Т-клетками. Ответы CTL опосредуются в основном CD8+ Т-клетками.As used herein, the term cytotoxic T lymphocyte (CTL) response refers to the immune response induced by cytotoxic T cells. CTL responses are mediated primarily by CD8+ T cells.
Используемые здесь термины ингибирует или блокирует (например, относящиеся к ингибированию/блокированию связывания лиганда TIM3 (TIM3-L) с TIM3 на клетках) используются взаимозаменяемо и охватывают как частичное, так и полное ингибирование/блокирование. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело ингибирует связывание TIM3-L с TIM3, по меньшей мере, на 50%, например, около 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% или 100%, что определяется, например, как описано далее. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело ингибирует связывание TIM3-L с TIM3 не более чем на 50%, например, примерно на 40%, 30%, 20%, 10%, 5% или 1%, что определяется, например, как далее описано здесь.As used herein, the terms inhibit or block (eg, related to inhibiting/blocking the binding of TIM3 ligand (TIM3-L) to TIM3 on cells) are used interchangeably and cover both partial and complete inhibition/blocking. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody inhibits the binding of TIM3-L to TIM3 by at least 50%, such as about 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99%, or 100%, as determined by , for example, as described below. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody inhibits the binding of TIM3-L to TIM3 by no more than 50%, such as about 40%, 30%, 20%, 10%, 5%, or 1%, as determined by, for example, further described here.
Используемое здесь выражение ингибирует рост опухоли включает любое измеримое уменьшение роста опухоли, например, ингибирование роста опухоли, по меньшей мере, на 10%, например, по меньшей мере, на 20%, по меньшей мере, на 30%, по меньшей мере, на 40%, по меньшей мере, на 50%, по меньшей мере, на 60%, по меньшей мере, на 70%, по меньшей мере, на 80%, по меньшей мере, наAs used herein, the expression inhibits tumor growth includes any measurable reduction in tumor growth, for example, inhibition of tumor growth by at least 10%, for example by at least 20%, by at least 30%, by at least 40%, at least 50%, at least 60%, at least 70%, at least 80%, at least
- 19 045913- 19 045913
90%, по меньшей мере, на 99% или 100%. Используемый здесь термин рак относится к широкой группе заболеваний, характеризующихся неконтролируемым ростом аномальных клеток в организме. Нерегулируемое деление клеток может привести к образованию злокачественных опухолей или клеток, которые проникают в соседние ткани и могут метастазировать в отдаленные части тела через лимфатическую систему или кровоток. Рак или раковая ткань может включать опухоль.90%, at least 99% or 100%. The term cancer as used here refers to a broad group of diseases characterized by the uncontrolled growth of abnormal cells in the body. Unregulated cell division can lead to the formation of malignant tumors or cells that invade nearby tissues and can metastasize to distant parts of the body through the lymphatic system or bloodstream. Cancer or cancerous tissue may include a tumor.
Используемый здесь термин опухоль относится к любой массе ткани, являющейся результатом чрезмерного роста или пролиферации клеток, либо доброкачественной (не раковой), либо злокачественной (раковой), включая предраковые поражения. Инфильтрирующая опухоль воспалительная клетка представляет собой любой тип клетки, которая обычно участвует в воспалительной реакции у субъекта и которая инфильтрирует опухолевую ткань. Такие клетки включают инфильтрирующие опухоль лимфоциты (TIL), макрофаги, моноциты, эозинофилы, гистиоциты и дендритные клетки. Термины TIL или инфильтрирующие опухоль лимфоциты, используемые в данном документе, относятся к инфильтрирующим опухоль лимфоцитам и другим нелимфоцитарным мононуклеарным иммунным клеткам.As used herein, the term tumor refers to any mass of tissue resulting from excessive growth or proliferation of cells, either benign (noncancerous) or malignant (cancerous), including precancerous lesions. A tumor-infiltrating inflammatory cell is any type of cell that is normally involved in the inflammatory response in a subject and that infiltrates tumor tissue. Such cells include tumor-infiltrating lymphocytes (TILs), macrophages, monocytes, eosinophils, histiocytes, and dendritic cells. The terms TIL or tumor-infiltrating lymphocytes as used herein refer to tumor-infiltrating lymphocytes and other non-lymphocytic mononuclear immune cells.
Больной раком, отвечающий на лечение антагонистом TIM3, относится к пациенту, у которого наблюдается улучшение при раке, о чем свидетельствует размер опухолей (например, меньший размер опухоли или отсутствие опухоли после лечения), скорость роста опухолей (например, замедление роста или остановка роста после лечения), количество опухолевых клеток (например, уменьшение количества опухолевых клеток после лечения), активность иммунной системы (например, более высокая активность против чужеродных антигенов и/или снижение истощения Т-клеток) или любую их комбинацию.A cancer patient responding to treatment with a TIM3 antagonist refers to a patient who is experiencing improvement in their cancer, as evidenced by the size of tumors (eg, smaller tumor size or no tumor after treatment), the rate of growth of tumors (eg, slowing or stopping growth after treatment), tumor cell number (eg, decreased number of tumor cells after treatment), immune system activity (eg, greater activity against foreign antigens and/or decreased T cell exhaustion), or any combination thereof.
Термины лечить, лечение и терапия, используемые в данном документе, относятся к любому типу вмешательства или выполняемого процесса или вводимого активного агента субъекту с целью реверсии, облегчения, улучшения, ингибирования или замедления или предотвращения прогрессирования, развития, тяжести или рецидива симптома, осложнения, состояния или биохимических признаков, связанных с заболеванием или повышения общей выживаемости. Лечение может быть у субъекта, имеющего заболевание или у субъекта, у которого нет заболевания (например, для профилактики). Запрограммированная смерть-1 (PD-1) относится к иммуноингибирующему рецептору, принадлежащему к семейству CD28. PD-1 экспрессируется преимущественно на ранее активированных Т-клетках in vivo и связывается с двумя лигандами, PD-L1 и PD-L2. Используемый здесь термин PD-1 включает человеческий PD-1 (hPD-1), варианты, изоформы и видовые гомологи hPD-1, а также аналоги, имеющие, по меньшей мере, один общий эпитоп с hPD-1. Полная последовательность hPD-1 находится в GenBank под номером доступаU64863.The terms treat, treatment and therapy as used herein refer to any type of intervention or process performed or active agent administered to a subject for the purpose of reversing, alleviating, improving, inhibiting or slowing or preventing the progression, development, severity or recurrence of a symptom, complication, condition or biochemical features associated with disease or improved overall survival. The treatment may be in a subject who has the disease or in a subject who does not have the disease (eg, for prophylaxis). Programmed death-1 (PD-1) is an immunoinhibitory receptor belonging to the CD28 family. PD-1 is expressed predominantly on previously activated T cells in vivo and binds to two ligands, PD-L1 and PD-L2. As used herein, the term PD-1 includes human PD-1 (hPD-1), variants, isoforms and species homologs of hPD-1, as well as analogues sharing at least one epitope with hPD-1. The complete sequence of hPD-1 is available in GenBank under accession number U64863.
Лиганд-1 запрограммированной смерти (PD-L1) является одним из двух гликопротеиновых лигандов на клеточной поверхности для PD-1 (другим является PD-L2), которые подавляют активацию Тклеток и секрецию цитокинов при связывании с PD-1. Используемый здесь термин PD-L1 включает человеческий PD-L1 (hPD-L1), варианты, изоформы и видовые гомологи hPD-L1, а также аналоги, имеющие, по меньшей мере, один общий эпитоп с hPD-L1. Полная последовательность hPD-L1 находится в GenBank под номером доступа Q9NZQ7.Programmed death ligand-1 (PD-L1) is one of two cell surface glycoprotein ligands for PD-1 (the other is PD-L2) that inhibit T cell activation and cytokine secretion when bound to PD-1. As used herein, the term PD-L1 includes human PD-L1 (hPD-L1), variants, isoforms and species homologs of hPD-L1, as well as analogues sharing at least one epitope with hPD-L1. The complete sequence of hPD-L1 is available in GenBank under accession number Q9NZQ7.
Используемый здесь термин антагонист оси PD-1/PD-L1 представляет собой агент, который ингибирует взаимодействие между PD-1 и PD-L1. В контексте данного документа антагонист связывания оси PD-1/PD-L1 включает антагонист связывания PD-1 и антагонист связывания PD-L1.As used herein, the term PD-1/PD-L1 axis antagonist is an agent that inhibits the interaction between PD-1 and PD-L1. As used herein, a PD-1/PD-L1 axis binding antagonist includes a PD-1 binding antagonist and a PD-L1 binding antagonist.
Термины TIL эффекторной памяти и Т-клетки эффекторной памяти относятся к Т-лимфоцитам, которые в настоящем раскрытии характеризуются как CCR7-CD45RO+. Термины TIL центральной памяти и Т-клетки центральной памяти относятся к Т-лимфоцитам, которые в настоящем раскрытии характеризуются как CCR7+ CD45RO+. Термины наивные TIL и наивные Т-клетки относятся к Тлимфоцитам, которые в настоящем раскрытии характеризуются как CCR7+ CD45RO-.The terms effector memory TILs and effector memory T cells refer to T lymphocytes, which in the present disclosure are characterized as CCR7-CD45RO+. The terms central memory TILs and central memory T cells refer to T lymphocytes, which in the present disclosure are characterized as CCR7+ CD45RO+. The terms naive TILs and naive T cells refer to T lymphocytes, which in the present disclosure are characterized as CCR7+ CD45RO-.
Термины эффекторные TIL и эффекторные Т-клетки относятся к Т-лимфоцитам, которые в настоящем раскрытии характеризуются как CCR7-CD45RO-. Гематологическое злокачественное образование включает лимфому, лейкоз, миелому или лимфоидное злокачественное новообразование, а также рак селезенки и лимфатических узлов. Типичные лимфомы включают как В-клеточные лимфомы (Вклеточный гематологический рак), так и Т-клеточные лимфомы. В-клеточные лимфомы включают как лимфомы Ходжкина, так и большинство неходжкинских лимфом. Неограничивающие примеры Вклеточных лимфом включают диффузную В-крупноклеточную лимфому, фолликулярную лимфому, лимфому лимфоидной ткани слизистых оболочек, мелкоклеточную лимфоцитарную лимфому (перекрывается с хроническим лимфобластным лейкозом), лимфому из клеток мантийной зоны (MCL), лимфому Беркитта, медиастинальную В-крупноклеточную лимфому, макроглобулинемию Вальденстрема, узловую В-клеточную лимфому из клеток краевой зоны, лимфому маргинальной зоны селезенки, внутрисосудистую В-крупноклеточную лимфому, первичную выпотную лимфому, лимфогранулематоз. Неограничивающие примеры Т-клеточных лимфом включают экстранодальную Т-клеточную лимфому, кожную Т-клеточную лимфому, анапластическую крупноклеточную лимфому и ангиоиммунобластную Тклеточную лимфому. Гематологические злокачественные новообразования также включают лейкоз, такой как, но не ограничиваясь этим, вторичный лейкоз, хронический лимфолейкоз, острый миелогенный лейкоз, хронический миелогенный лейкоз и острый лимфобластный лейкоз. Гематологические злокачеThe terms effector TILs and effector T cells refer to T lymphocytes, which in the present disclosure are characterized as CCR7-CD45RO-. Hematologic malignancies include lymphoma, leukemia, myeloma or lymphoid malignancy, and cancer of the spleen and lymph nodes. Typical lymphomas include both B-cell lymphomas (B-cell hematologic cancers) and T-cell lymphomas. B-cell lymphomas include both Hodgkin lymphomas and most non-Hodgkin lymphomas. Non-limiting examples of B cell lymphomas include diffuse large B cell lymphoma, follicular lymphoma, mucosal lymphoid tissue lymphoma, small cell lymphocytic lymphoma (overlaps with chronic lymphoblastic leukemia), mantle cell lymphoma (MCL), Burkitt lymphoma, mediastinal large B cell lymphoma, macroglobulin emia Waldenström, nodal B-cell lymphoma from marginal zone cells, marginal zone lymphoma of the spleen, intravascular large B-cell lymphoma, primary effusion lymphoma, lymphogranulomatosis. Non-limiting examples of T-cell lymphomas include extranodal T-cell lymphoma, cutaneous T-cell lymphoma, anaplastic large cell lymphoma and angioimmunoblastic T-cell lymphoma. Hematologic malignancies also include leukemia, such as, but not limited to, secondary leukemia, chronic lymphocytic leukemia, acute myelogenous leukemia, chronic myelogenous leukemia, and acute lymphoblastic leukemia. Hematological malignancies
- 20 045913 ственные новообразования также включают миеломы, такие как, но не ограничиваясь ими, множественная миелома и вялотекущая множественная миелома. Другие гематологические и/или В-клеточные или Т -клеточные типы рака охватываются термином гематологические злокачественные новообразования.- 20 045913 natural neoplasms also include myelomas such as, but not limited to, multiple myeloma and smoldering multiple myeloma. Other hematologic and/or B-cell or T-cell cancers are included under the term hematologic malignancies.
Термин эффективная доза или эффективный режим дозирования определяется как количество, достаточное для достижения или, по меньшей мере, частичного достижения целевого эффекта. Терапевтически эффективное количество или терапевтически эффективный режим дозирования лекарственного средства или терапевтического агента представляет собой любое количество лекарственного средства, которое при применении отдельно или в комбинации с другим терапевтическим агентом способствует регрессии заболевания, о чем свидетельствует уменьшение выраженности симптомов заболевания, увеличение частоты и продолжительности бессимптомных периодов заболевания или профилактика патологий или инвалидности вследствие болезни. Терапевтически эффективное количество или режим дозирования лекарственного средства включает профилактически эффективное количество или профилактически эффективный режим дозирования, которое представляет собой любое количество лекарственного средства, которое при введении отдельно или в комбинации с другим терапевтическим агентом субъекту с риском развития заболевания или страдания от рецидива заболевания, приостанавливает развитие или рецидив заболевания. Способность терапевтического агента стимулировать регрессию заболевания или ингибировать развитие или рецидив заболевания может быть оценена с использованием различных методик, известных специалисту в данной области, например, у людей во время клинических испытаний, в системах на животных моделях, прогнозирующих эффективность у людей или путем анализа активности агента в анализах in vitro.The term effective dose or effective dosage regimen is defined as an amount sufficient to achieve or at least partially achieve the target effect. A therapeutically effective amount or therapeutically effective dosage regimen of a drug or therapeutic agent is any amount of a drug that, when administered alone or in combination with another therapeutic agent, promotes regression of the disease, as evidenced by a decrease in the severity of symptoms of the disease, an increase in the frequency and duration of asymptomatic periods of the disease or prevention of pathologies or disability due to illness. A therapeutically effective amount or dosage regimen of a drug includes a prophylactically effective amount or prophylactically effective dosage regimen, which is any amount of a drug that, when administered alone or in combination with another therapeutic agent to a subject at risk of developing a disease or suffering from a recurrence of a disease, arrests the development of or relapse of the disease. The ability of a therapeutic agent to promote disease regression or inhibit disease progression or relapse can be assessed using various techniques known to one of ordinary skill in the art, for example, in humans during clinical trials, in animal model systems predictive of efficacy in humans, or by assaying the activity of the agent. in in vitro assays.
В качестве примера, противораковый агент представляет собой лекарственное средство, которое способствует регрессии рака у субъекта. В некоторых вариантах осуществления терапевтически эффективное количество лекарственного средства способствует регрессии рака вплоть до его ликвидации. Содействие регрессии рака означает, что введение эффективного количества лекарственного средства, отдельно или в комбинации с противоопухолевым средством, приводит к уменьшению роста или размера опухоли, некрозу опухоли, уменьшению тяжести, по меньшей мере, одного симптома заболевания, увеличению частоты и продолжительности бессимптомных периодов заболевания, предотвращению нарушения или нетрудоспособности из-за болезни или иное улучшение симптомов заболевания у пациента. Кроме того, термины эффективный и эффективность в отношении лечения включают как фармакологическую эффективность, так и физиологическую безопасность. Фармакологическая эффективность относится к способности лекарственного средства способствовать регрессии рака у пациента. Под физиологической безопасностью понимается уровень токсичности или других неблагоприятных физиологических воздействий на клеточном уровне, уровне органов и/или организмов (неблагоприятные воздействия), возникающих в результате приема лекарственного средства.By way of example, an anticancer agent is a drug that promotes regression of cancer in a subject. In some embodiments, a therapeutically effective amount of the drug promotes regression of the cancer until it is eradicated. Promoting cancer regression means that administration of an effective amount of a drug, alone or in combination with an antineoplastic agent, results in a decrease in tumor growth or size, tumor necrosis, a decrease in the severity of at least one symptom of the disease, an increase in the frequency and duration of asymptomatic periods of the disease, preventing impairment or disability due to disease or otherwise improving symptoms of a disease in a patient. In addition, the terms effective and treatment efficacy include both pharmacological effectiveness and physiological safety. Pharmacological efficacy refers to the ability of a drug to promote cancer regression in a patient. Physiological safety refers to the level of toxicity or other adverse physiological effects at the cellular, organ and/or organismal level (adverse effects) resulting from the administration of a drug.
Например, для лечения опухолей терапевтически эффективное количество или режим дозирования лекарственного средства ингибирует рост клеток или рост опухоли, по меньшей мере, на 20%, по меньшей мере, на 40%, по меньшей мере, на 60% или, по меньшей мере, на 80% по сравнению с субъектами, не получавшими лечение. В некоторых вариантах осуществления терапевтически эффективное количество или режим дозирования лекарственного средства полностью ингибирует рост клеток или рост опухоли, то есть ингибирует рост клеток или рост опухоли на 100%. Способность соединения ингибировать рост опухоли может быть оценена с использованием анализов, описанных ниже. Альтернативно, это свойство композиции может быть оценено путем изучения способности соединения ингибировать рост клеток, такое ингибирование может быть измерено с помощью анализов in vitro, известных специалисту в данной области. В других вариантах осуществления, описанных здесь, регрессия опухоли может наблюдаться и продолжаться в течение периода, по меньшей мере, 20 дней, по меньшей мере, 40 дней или, по меньшей мере, 60 дней.For example, for the treatment of tumors, a therapeutically effective amount or dosage regimen of a drug inhibits cell growth or tumor growth by at least 20%, at least 40%, at least 60%, or at least 80% compared to untreated subjects. In some embodiments, a therapeutically effective amount or dosage regimen of a drug completely inhibits cell growth or tumor growth, that is, inhibits cell growth or tumor growth by 100%. The ability of a compound to inhibit tumor growth can be assessed using the assays described below. Alternatively, this property of the composition can be assessed by studying the ability of the compound to inhibit cell growth, such inhibition can be measured using in vitro assays known to one skilled in the art. In other embodiments described herein, tumor regression may be observed and continue for a period of at least 20 days, at least 40 days, or at least 60 days.
Термин пациент относится к человеку (или субъекту-человеку).The term patient refers to a person (or human subject).
Используемый здесь термин субъект относится к субъекту-человеку. Субъектом может быть субъект, имеющий рак.The term subject as used here refers to a human subject. The subject may be a subject having cancer.
Термин на основании веса доза или режим дозирования, как упоминается в данном документе, означает, что доза, которая вводится пациенту, рассчитывается на основе веса пациента. Например, когда пациенту с массой тела 60 кг требуется 3 мг/кг анти-TIM3 антитела, можно рассчитать и применять соответствующее количество анти-TIM3 антитела (т.е. 180 мг) для введения.The term weight-based dose or dosage regimen, as referred to herein, means that the dose that is administered to a patient is calculated based on the patient's weight. For example, when a 60 kg patient requires 3 mg/kg anti-TIM3 antibody, the appropriate amount of anti-TIM3 antibody (ie, 180 mg) to administer can be calculated and used.
Использование термина фиксированная доза в отношении способа раскрытия означает, что два или более разных антитела в одной композиции (например, анти-TIM3 антитело и второе антитело, например, PD-1 или PD-L1 антитело) присутствуют в композиции в определенных (фиксированных) соотношениях друг с другом. В некоторых вариантах осуществления фиксированная доза основана на весе (например, мг) антител. В некоторых вариантах осуществления фиксированная доза основана на концентрации (например, мг/мл) антител. В некоторых вариантах осуществления соотношение двух антител (например, анти-TIM3 и анти-PD1 или анти-PD-Lt) составляет, по меньшей мере, 1:1, около 1:2, около 1:3, около 1:4, около 1:5, около 1:6, около 1:7, около 1:8, около 1:9, около 1:10, около 1:15, около 1:20, около 1:30, около 1:40, около 1:50, около 1:60, около 1:70, около 1:80, около 1:90, около 1:100, околоThe use of the term fixed dose in relation to the method of disclosure means that two or more different antibodies in one composition (for example, an anti-TIM3 antibody and a second antibody, for example, PD-1 or PD-L1 antibody) are present in the composition in certain (fixed) ratios together. In some embodiments, the fixed dose is based on the weight (eg, mg) of the antibodies. In some embodiments, the fixed dose is based on the concentration (eg, mg/ml) of the antibodies. In some embodiments, the ratio of the two antibodies (eg, anti-TIM3 and anti-PD1 or anti-PD-Lt) is at least 1:1, about 1:2, about 1:3, about 1:4, about 1:5, about 1:6, about 1:7, about 1:8, about 1:9, about 1:10, about 1:15, about 1:20, about 1:30, about 1:40, about 1:50, about 1:60, about 1:70, about 1:80, about 1:90, about 1:100, about
- 21 045913- 21 045913
1:120, около 1:140, около 1:160, около 1:180, около 1:200, около 200:1, около 180:1, около 160:1, около 140:1, около 120:1, около 100:1, около 90:1, около 80:1, около 70:1, около 60:1, около 50:1, около 40:1, около 30:1, около 20:1, около 15:1, около 10:1, около 9:1, около 8:1, около 7:1, около 6:1, около 5:1, около 4:1, около 3:1 или около 2:1 мг первого антитела (например, анти-Т1М3 антитела) к мг второго антитела. Например, соотношение 2:1 анти-TIM3 антитела и PD-1 антитела, таких как ниволумаб, может означать, что виала или инъекция может содержать около 480 мг янти-ТГМЗ антитела и 240 мг αнтu-PD-1 антитела или около 2 мг/мл aнтu-TIM3 антитела и 1 мг/мл анти-PD-1 антитела. Использование термина фиксированная доза в отношении способов и доз, описанных здесь, означает дозу, которая вводится пациенту без учета веса или площади поверхности тела (BSA) пациента. Следовательно, фиксированная доза предоставляется не в виде дозы мг/кг, а в виде абсолютного количества агента (например, янти-ТГМЗ антитела). Например, человек весом 60 кг и человек весом 100 кг будут получать одинаковую дозу антитела (например, 480 мг анти-TIM3 антитела).1:120, about 1:140, about 1:160, about 1:180, about 1:200, about 200:1, about 180:1, about 160:1, about 140:1, about 120:1, about 100:1, about 90:1, about 80:1, about 70:1, about 60:1, about 50:1, about 40:1, about 30:1, about 20:1, about 15:1, about 10:1, about 9:1, about 8:1, about 7:1, about 6:1, about 5:1, about 4:1, about 3:1 or about 2:1 mg of the first antibody (eg, anti -T1M3 antibody) to mg of the second antibody. For example, a 2:1 ratio of anti-TIM3 antibody to PD-1 antibody, such as nivolumab, would mean that a vial or injection could contain about 480 mg of Yanti-TGMZ antibody and 240 mg of αntu-PD-1 antibody, or about 2 mg/day. ml anti-TIM3 antibody and 1 mg/ml anti-PD-1 antibody. Use of the term fixed dose in relation to the methods and doses described herein means a dose that is administered to a patient without taking into account the weight or body surface area (BSA) of the patient. Therefore, the fixed dose is not provided as a mg/kg dose, but as an absolute amount of the agent (eg, Yanti-TGMZ antibody). For example, a 60 kg person and a 100 kg person would receive the same dose of antibody (eg, 480 mg of anti-TIM3 antibody).
Используемые здесь термины мкг и мкМ используются взаимозаменяемо с мкг и мкМ соответственно.As used herein, the terms μg and μM are used interchangeably with μg and μM, respectively.
Различные аспекты, описанные в настоящем документе, описаны более подробно в следующих подразделах.The various aspects described in this document are described in more detail in the following subsections.
Способы раскрытияDisclosure methods
Настоящее раскрытие направлено на способы идентификации субъекта (например, больного раком человека), подходящего для лечения антагонистом анти-TIM3 (например, анmи-TIM3 антителом) отдельно или в сочетании с другим ингибитором иммунных контрольных точек (например, анти-PD-1 антителом).The present disclosure is directed to methods for identifying a subject (e.g., a human cancer patient) suitable for treatment with an anti-TIM3 antagonist (e.g., an anti-TIM3 antibody) alone or in combination with another immune checkpoint inhibitor (e.g., an anti-PD-1 antibody) .
В некоторых вариантах осуществления раскрытые здесь способы включают измерение или определение концентрации растворимого TIM3 в сыворотке (концентрация TIM3 в сыворотке) субъекта и сравнение этой концентрации с концентрацией TIM3 в сыворотке субъекта контрольной группы (например, здорового пациента). Если концентрация TIM3 в сыворотке у субъекта выше, чем у субъекта контрольной группы, то этот субъект, скорее всего, ответит на лечение янти-ТГМЗ антагонистом. В некоторых вариантах осуществления субъект, который, скорее всего, ответит на лечение анmи-TIM3 антагонистом, имеет концентрацию TIM3 в сыворотке, которая, по меньшей мере, на 10% выше, чем концентрация, наблюдаемая у субъекта контрольной группы. В других вариантах осуществления концентрация TIM3 в сыворотке этого субъекта выше, чем у субъекта контрольной группы, по меньшей мере, на 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или 100% (в 2 раза). В других вариантах осуществления концентрация TIM3 в сыворотке субъекта составляет, по меньшей мере, 2500 пг/мл или, по меньшей мере, 3000 пг/мл. В некоторых вариантах осуществления раскрытые здесь способы включают измерение или определение процента инфильтрирующих опухоль лимфоцитов (TIL) у субъекта, которые являются Т1МЗ-позитивными. В других вариантах осуществления, если, по меньшей мере, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% TIL у субъекта являются ММЗ-положигсльными, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение с помощью антагониста TIM3. В определенных вариантах осуществления способы, раскрытые в данном документе, включают измерение или определение процента CD8+ инфильтрирующих опухоль лимфоцитов (TIL) у субъекта, которые являются Т1МЗ-позитивными. В некоторых вариантах осуществления, если, по меньшей мере, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% TIL CD8+ у субъекта являются Т1МЗ-позитивными, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение с помощью антагониста TIM3. В определенных вариантах осуществления способы, раскрытые в данном документе, включают измерение или определение процента CD4+ инфильтрирующих опухоль лимфоцитов (TIL) у субъекта, которые являются Т1МЗ-позитивыми. В некоторых вариантах осуществления, если, по меньшей мере, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% TIL CD4+ у субъекта являются Т1МЗ-позитивными, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение с помощью антагониста TIM3. В некоторых вариантах осуществления раскрытые здесь способы включают измерение или определение процента CD4+ и CD8+ инфильтрирующих опухоль лимфоцитов (TIL) у субъекта, которые являются Т1МЗ-позитивными. В других вариантах осуществления, если, по меньшей мере, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% TlL CD4+ и/или CD8+ у субъекта являются Т1МЗ-позитивными, этот субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM3. В некоторых вариантах осуществления способ включает измерение или определение процента наивных (CCR7+ CD45RO-), центральной памяти (CM) (CCR7+ CD45RO+), эффекторной памяти (ЕМ) (CCR7-CDRO+) и эффектора (Teff) (CCR7-CD45RO-) TIL, которые являются Т1МЗ-позитивными. Если процент Т1МЗ-позитивных ЕМ и/или Teff TIL выше, чем процент Т1МЗ-позитивных наивных или CM TIL, то субъект, скорее всего, ответит на лечение антагонистом TIM3. В некоторых вариантах осуществления TIL представляют собой CD4+ TIL. В других вариантах осуществления TIL представляют собой CD8+ TIL.In some embodiments, the methods disclosed herein include measuring or determining the concentration of soluble TIM3 in the serum (TIM3 serum concentration) of a subject and comparing this concentration with the concentration of TIM3 in the serum of a control subject (eg, a healthy patient). If a subject's serum TIM3 concentration is higher than that of a control subject, then that subject is likely to respond to treatment with a Yanti-TGMZ antagonist. In some embodiments, a subject most likely to respond to treatment with an anti-TIM3 antagonist has a serum TIM3 concentration that is at least 10% higher than the concentration observed in a control subject. In other embodiments, the TIM3 serum concentration of the subject is greater than that of the control subject by at least 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, or 100% ( 2 times). In other embodiments, the TIM3 concentration in the subject's serum is at least 2500 pg/ml or at least 3000 pg/ml. In some embodiments, the methods disclosed herein include measuring or determining the percentage of tumor infiltrating lymphocytes (TILs) in a subject that are T1M3 positive. In other embodiments, if at least 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70% of the TILs in a subject are MMZ positive, the subject is likely to respond to treatment with TIM3 antagonist. In certain embodiments, the methods disclosed herein include measuring or determining the percentage of CD8+ tumor infiltrating lymphocytes (TILs) in a subject that are T1M3 positive. In some embodiments, if at least 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70% of a subject's CD8+ TILs are T1M3 positive, the subject is likely to respond to treatment with using a TIM3 antagonist. In certain embodiments, the methods disclosed herein include measuring or determining the percentage of CD4+ tumor infiltrating lymphocytes (TILs) in a subject that are T1M3 positive. In some embodiments, if at least 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70% of a subject's CD4+ TILs are T1MZ positive, that subject is likely to respond to treatment with using a TIM3 antagonist. In some embodiments, the methods disclosed herein include measuring or determining the percentage of CD4+ and CD8+ tumor infiltrating lymphocytes (TILs) in a subject that are T1M3 positive. In other embodiments, if at least 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70% of a subject's TlL CD4+ and/or CD8+ are T1M3 positive, that subject is likely will respond to treatment with a TIM3 antagonist. In some embodiments, the method includes measuring or determining the percentage of naive (CCR7+ CD45RO-), central memory (CM) (CCR7+ CD45RO+), effector memory (EM) (CCR7-CDRO+), and effector (Teff) (CCR7-CD45RO-) TILs, which are T1MZ-positive. If the percentage of T1MZ-positive EM and/or Teff TILs is higher than the percentage of T1MZ-positive naïve or CM TILs, then the subject is more likely to respond to treatment with a TIM3 antagonist. In some embodiments, the TILs are CD4+ TILs. In other embodiments, the TILs are CD8+ TILs.
В некоторых вариантах осуществления раскрытые здесь способы позволяют идентифицировать субъекта (например, больного раком человека), подходящего для лечения комбинацией антагониста TIM3 и антагониста PD-1. Такой субъект может быть идентифицирован путем измерения или определения процента инфильтрирующих опухоль лимфоцитов (TIL) у субъекта, которые являются позитивными по PD-1 и позитивными по TIM3, причем, если, по меньшей мере, 5% TIL являются позитивными как дляIn some embodiments, the methods disclosed herein enable the identification of a subject (eg, a human cancer patient) suitable for treatment with a combination of a TIM3 antagonist and a PD-1 antagonist. Such a subject may be identified by measuring or determining the percentage of tumor infiltrating lymphocytes (TILs) in the subject that are PD-1 positive and TIM3 positive, where at least 5% of the TILs are positive for both
- 22 045913- 22 045913
PD-1, так и для TIM3, субъект, скорее всего, ответит на лечение, включающее как антагонист TIM3, так и антагонист PD-1. В некоторых вариантах осуществления наличие коэкспрессии как PD-1, так и TIM3, по меньшей мере, на 10%, 20%, 30% или 40% TIL указывает на то, что субъект, вероятно, ответит на лечение, включающее как антагонист TIM-3, так и антагонист PD-1. В некоторых вариантах осуществления TIL представляют собой CD4+ TIL. В других вариантах осуществления TIL представляют собой CD8+ TIL. В некоторых вариантах осуществления, если, по меньшей мере, 5%, 10%, 20%, 30% или 40% обоих TIL CD4+ и CD8+ являются позитивными как для PD-1, так и для TIM3, субъект, вероятно, ответит на лечение, включающее как антагонист TIM-3, так и антагонист PD-1.PD-1 and TIM3, a subject is likely to respond to treatment that includes both a TIM3 antagonist and a PD-1 antagonist. In some embodiments, the presence of coexpression of both PD-1 and TIM3 on at least 10%, 20%, 30%, or 40% of the TILs indicates that the subject is likely to respond to treatment including both a TIM antagonist 3 and a PD-1 antagonist. In some embodiments, the TILs are CD4+ TILs. In other embodiments, the TILs are CD8+ TILs. In some embodiments, if at least 5%, 10%, 20%, 30%, or 40% of both CD4+ and CD8+ TILs are positive for both PD-1 and TIM3, the subject is likely to respond to treatment , including both a TIM-3 antagonist and a PD-1 antagonist.
Настоящее раскрытие также предоставляет способы лечения субъекта (например, больного раком человека), подходящего для лечения антагонистом TIM3 (например, анти-TIM3 антителом), включающие введение субъекту терапевтически эффективного количества антагониста TIM3. Подходящий субъект для лечения антагонистом TIM3 может быть идентифицирован любым из способов, описанных выше. Субъект может подходить для лечения антагонистом TIM3, отдельно или в сочетании с другим ингибитором иммунных контрольных точек (например, ннти-PD-I антителом).The present disclosure also provides methods of treating a subject (eg, a human cancer patient) suitable for treatment with a TIM3 antagonist (eg, an anti-TIM3 antibody), comprising administering to the subject a therapeutically effective amount of a TIM3 antagonist. A suitable subject for treatment with a TIM3 antagonist can be identified by any of the methods described above. The subject may be eligible for treatment with a TIM3 antagonist, alone or in combination with another immune checkpoint inhibitor (eg, ntti-PD-I antibody).
В некоторых вариантах осуществления концентрация растворимого TIM3 в сыворотке (концентрация сывороточного TIM3) субъекта, подходящего для лечения антагонистом TIM3, выше, чем концентрация растворимого TIM3, наблюдаемая в сыворотке субъекта контрольной группы (например, здорового пациента). В некоторых вариантах осуществления сывороточная концентрация TIM3 субъекта, по меньшей мере, на 10% выше, чем у субъекта контрольной группы. В других вариантах осуществления концентрация TIM3 в сыворотке субъекта выше, чем у субъекта контрольной группы, по меньшей мере, на 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или 100% (в 2 раза). В некоторых вариантах осуществления концентрация TIM3 в сыворотке субъекта составляет, по меньшей мере, 2500 пг/мл или, по меньшей мере, 3000 пг/мл. В некоторых вариантах осуществления сывороточную концентрацию TIM3 субъекта измеряют или определяют до введения, и, если концентрация TIM3 в сыворотке субъекта выше, чем у субъекта контрольной группы, субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM3.In some embodiments, the concentration of soluble TIM3 in the serum (serum TIM3 concentration) of a subject eligible for treatment with a TIM3 antagonist is higher than the concentration of soluble TIM3 observed in the serum of a control subject (eg, a healthy patient). In some embodiments, the subject's serum TIM3 concentration is at least 10% higher than that of the control subject. In other embodiments, the TIM3 concentration in the subject's serum is greater than that of the control subject by at least 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, or 100% (in 2 times). In some embodiments, the concentration of TIM3 in the subject's serum is at least 2500 pg/ml or at least 3000 pg/ml. In some embodiments, the subject's serum TIM3 concentration is measured or determined prior to administration, and if the subject's serum TIM3 concentration is higher than that of the control subject, a therapeutically effective amount of a TIM3 antagonist is administered to the subject.
В некоторых вариантах осуществления субъект, подходящий для лечения антагонистом TIM3, имеет CD8+ TIL, которые, по меньшей мере, на 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% являются TIM3позитивными. В некоторых вариантах осуществления процент Т1МЗ-позитивных CD8+ TIL определяется до введения, и если процентное содержание превышает 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70% от общего CD8+ TIL, то субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM3.In some embodiments, a subject suitable for treatment with a TIM3 antagonist has CD8+ TILs that are at least 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70% TIM3 positive. In some embodiments, the percentage of T1M3-positive CD8+ TILs is determined prior to administration, and if the percentage exceeds 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70% of total CD8+ TILs, then a therapeutically effective amount is administered to the subject TIM3 antagonist.
В некоторых вариантах осуществления субъект, подходящий для лечения антагонистом TIM3, может быть идентифицирован путем измерения или определения процента наивных, центральной памяти (СМ), эффекторной памяти (ЕМ) и эффекторных (Teff) TIL, позитивных по TIM3. Если процент TIM3позитивных ЕМ и/или Teff TIL выше, чем процент Т1МЗ-позитивных наивных или CM TIL, субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM3. В некоторых вариантах осуществления TIL представляют собой CD4+ TIL. В других вариантах осуществления TIL представляют собой CD8+ TIL. В некоторых вариантах осуществления проценты наивных, центральной памяти (СМ), эффекторной памяти (ЕМ) и эффекторных (Teff) TIL, позитивных по TIM3, определяются до введения, и если процент Т1МЗ-позитивных ЕМ и/или Teff TIL выше, чем процент наивных и/или CM TIL, то субъекту вводят терапевтически эффективное количество антагониста TIM3.In some embodiments, a subject suitable for treatment with a TIM3 antagonist can be identified by measuring or determining the percentage of naïve, central memory (CM), effector memory (EM), and effector (Teff) TILs that are TIM3 positive. If the percentage of TIM3-positive EM and/or Teff TILs is higher than the percentage of TIM3-positive naïve or CM TILs, the subject is administered a therapeutically effective amount of a TIM3 antagonist. In some embodiments, the TILs are CD4+ TILs. In other embodiments, the TILs are CD8+ TILs. In some embodiments, the percentages of naive, central memory (CM), effector memory (EM), and effector (Teff) TIM3 positive TILs are determined prior to administration, and if the percentage of T1M3-positive EM and/or Teff TILs is higher than the percentage of naive and/or CM TIL, then the subject is administered a therapeutically effective amount of a TIM3 antagonist.
В настоящем документе также представлены способы лечения субъекта, подходящего для лечения комбинацией антагониста TIM3 и антагониста PD-1, включающие введение такому субъекту терапевтически эффективного количества комбинации антагониста PD-1 и антагониста TIM3. В одном варианте осуществления комбинацию антагониста PD1 и антагониста TIM3 вводят субъекту, если, по меньшей мере, 5% CD8+ TIL субъекта являются позитивными как для экспрессии PD1, так и для TIM3. В некоторых вариантах осуществления процент CD8+ TIL, которые экспрессируют как PD-1, так и TIM3 у субъекта, составляет, по меньшей мере, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70%. В конкретном варианте осуществления процентное содержание CD8+ TIL у субъекта, которые экспрессируют как PD-1, так и TIM3, определяют до введения комбинации антагониста PD-1 и антагониста TIM3.Also provided herein are methods of treating a subject suitable for treatment with a combination of a TIM3 antagonist and a PD-1 antagonist, comprising administering to such subject a therapeutically effective amount of a combination of a PD-1 antagonist and a TIM3 antagonist. In one embodiment, a combination of a PD1 antagonist and a TIM3 antagonist is administered to a subject if at least 5% of the subject's CD8+ TILs are positive for both PD1 and TIM3 expression. In some embodiments, the percentage of CD8+ TILs that express both PD-1 and TIM3 in a subject is at least 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70%. In a specific embodiment, the percentage of CD8+ TILs in a subject that express both PD-1 and TIM3 is determined prior to administration of a combination of a PD-1 antagonist and a TIM3 antagonist.
В одном варианте осуществления комбинацию антагониста TIM3 и антагониста PD-1 вводят субъекту, если, по меньшей мере, 5% CD4+ TIL субъекта являются позитивными как для экспрессии PD-1, так и для TIM3. В некоторых вариантах осуществления процент CD4+ TIL, которые экспрессируют как PD-1, так и TIM3 у субъекта, составляет, по меньшей мере, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70%. В некоторых вариантах осуществления процентное содержание CD4+ TIL у субъекта, которые экспрессируют как PD-1, так и TIM3, определяют до введения комбинации антагониста PD-1 и антагониста TIM3. В некоторых вариантах осуществления пациенту вводят комбинацию антагониста TIM3 и антагониста PD-1, если, по меньшей мере, 5% CD8+ и CD4+ TIL субъекта являются позитивными как для экспрессии PD-1, так и для TIM3. В некоторых вариантах осуществления процент CD8+ и CD4+ TIL, которые экспрессируют как PD-1, так и TIM3 у субъекта, составляет, по меньшей мере, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60% или 70%. В некоторых вариантах осуществления процентное содержание CD4+ и CD8+ TIL у субъекта, которые экспрессируют как PD-1, так и TIM3, определяют до введения комбинации антагонистаIn one embodiment, a combination of a TIM3 antagonist and a PD-1 antagonist is administered to a subject if at least 5% of the subject's CD4+ TILs are positive for both PD-1 and TIM3 expression. In some embodiments, the percentage of CD4+ TILs that express both PD-1 and TIM3 in a subject is at least 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70%. In some embodiments, the percentage of CD4+ TILs in a subject that express both PD-1 and TIM3 is determined prior to administration of a combination of a PD-1 antagonist and a TIM3 antagonist. In some embodiments, a combination of a TIM3 antagonist and a PD-1 antagonist is administered to a patient if at least 5% of the subject's CD8+ and CD4+ TILs are positive for both PD-1 and TIM3 expression. In some embodiments, the percentage of CD8+ and CD4+ TILs that express both PD-1 and TIM3 in a subject is at least 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, or 70%. In some embodiments, the percentage of CD4+ and CD8+ TILs in a subject that express both PD-1 and TIM3 is determined prior to administration of the antagonist combination
- 23 045913- 23 045913
PD-1 и антагониста TIM3.PD-1 and TIM3 antagonist.
В некоторых вариантах осуществления антагонист TIM3 вводят совместно с терапевтически эффективным количеством антагониста PD-1 (например, анти-PD-l антитело или анти-PD-Ll антитело). В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 (например, анти-PD-l антитело или анти-PD-Ll антитело) вводят в фиксированной дозе от около 80 мг до около 1280 мг или в дозе, основанной на массе, от около l мг/кг до около 12 мг/кг.In some embodiments, the TIM3 antagonist is co-administered with a therapeutically effective amount of a PD-1 antagonist (eg, an anti-PD-l antibody or an anti-PD-Ll antibody). In some embodiments, a PD-1 antagonist (eg, an anti-PD-1 antibody or an anti-PD-L1 antibody) is administered at a fixed dose of about 80 mg to about 1280 mg or a weight-based dose of about 1 mg/day. kg to about 12 mg/kg.
В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 (например, анти-PD-l антитело или антиPD-Ll антитело), применяемый в комбинации совместно с антагонистом TIM3, вводят в фиксированной дозе около 100 мг, около 200 мг, около 300 мг, около 400 мг, около 500 мг, около 600 мг, около 700 мг, около 800 мг, около 900 мг, около 1000 мг, около 1100 мг или около 1200 мг.In some embodiments, a PD-1 antagonist (e.g., an anti-PD-1 antibody or an anti-PD-L1 antibody) used in combination with a TIM3 antagonist is administered at a fixed dose of about 100 mg, about 200 mg, about 300 mg, about 400 mg, about 500 mg, about 600 mg, about 700 mg, about 800 mg, about 900 mg, about 1000 mg, about 1100 mg or about 1200 mg.
В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 (например, анти-PD-l антитело или антиPD-Ll антитело), применяемый в комбинации совместно с антагонистом TIM3, вводят в дозе, основанной на массе, около l мг/кг, около 2 мг/кг, около 3 мг/кг, около 4 мг/кг, около 5 мг/кг, около 6 мг/кг, около 7 мг/кг, около 8 мг/кг, около 9 мг/кг, около 10 мг/кг, около ll мг/кг или около 12 мг/кг.In some embodiments, the PD-1 antagonist (eg, anti-PD-1 antibody or anti-PD-L1 antibody) used in combination with a TIM3 antagonist is administered at a weight-based dose of about 1 mg/kg, about 2 mg/kg. kg, about 3 mg/kg, about 4 mg/kg, about 5 mg/kg, about 6 mg/kg, about 7 mg/kg, about 8 mg/kg, about 9 mg/kg, about 10 mg/kg, about ll mg/kg or about 12 mg/kg.
В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 (например, анти-PD-l антитело или антиPD-Ll антитело) для комбинированной терапии совместно с антагонистом TIM3 (например, анти-TIM3 антитело) вводят с интервалом дозирования около l недели, около 2 недель, около 3 недель, около 4 недель, около 5 недель или около 6 недель. В некоторых вариантах осуществления интервал дозирования для антагониста PD-1 (например, анти-PD-l антитело или анти-PD-Ll антитело) составляет около 2 недель. В некоторых вариантах осуществления интервал дозирования антагониста PD-1 (например, антиPD-l антитело или анти-PD-Ll антитело) составляет около 3 недель. В некоторых вариантах осуществления интервал дозирования для антагониста PD-1 (например, анти-PD-l антитело или анти-PD-Ll антитело) составляет около 4 недель.In some embodiments, a PD-1 antagonist (e.g., anti-PD-1 antibody or anti-PD-L1 antibody) for combination therapy with a TIM3 antagonist (e.g., anti-TIM3 antibody) is administered at a dosing interval of about 1 week, about 2 weeks, about 3 weeks, about 4 weeks, about 5 weeks or about 6 weeks. In some embodiments, the dosing interval for a PD-1 antagonist (eg, anti-PD-l antibody or anti-PD-Ll antibody) is about 2 weeks. In some embodiments, the dosing interval of the PD-1 antagonist (eg, anti-PD-l antibody or anti-PD-Ll antibody) is about 3 weeks. In some embodiments, the dosing interval for a PD-1 antagonist (eg, anti-PD-l antibody or anti-PD-Ll antibody) is about 4 weeks.
В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 вводят в дозе, основанной на массе, около 10 мг/кг примерно каждые 2 недели. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 вводят в фиксированной дозе около 240 мг примерно каждые 2 недели. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 вводят в фиксированной дозе около 480 мг примерно каждые 4 недели. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 вводят в дозе, основанной на массе, около 2 мг/кг примерно каждые 3 недели. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 вводят в фиксированной дозе около 1200 мг примерно каждые 3 недели. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 вводят в фиксированной дозе около 200 мг примерно каждые 3 недели.In some embodiments, the PD-1 antagonist is administered at a weight-based dose of about 10 mg/kg approximately every 2 weeks. In some embodiments, the PD-1 antagonist is administered at a fixed dose of about 240 mg approximately every 2 weeks. In some embodiments, the PD-1 antagonist is administered at a fixed dose of about 480 mg approximately every 4 weeks. In some embodiments, the PD-1 antagonist is administered at a weight-based dose of about 2 mg/kg approximately every 3 weeks. In some embodiments, the PD-1 antagonist is administered at a fixed dose of about 1200 mg approximately every 3 weeks. In some embodiments, the PD-1 antagonist is administered at a fixed dose of about 200 mg approximately every 3 weeks.
Настоящее раскрытие дополнительно предоставляет способы оценки эффективности лечения, включающего антагонист TIM3, у субъекта, нуждающегося в этом (например, у больного раком человека), включающие определение или измерение сывороточного титра растворимого TIM3 у субъекта, в котором сывороточный титр растворимого TIM3 у субъекта указывает на ответ субъекта на лечение (например, нормализацию заболевания, например, восстановление иммуннологического надзора). В одном варианте осуществления нормальный сывороточный титр растворимого TIM3 (например, сравнимый с уровнями, наблюдаемыми у субъекта контрольной группы, например, здорового пациента) указывает на то, что лечение является эффективным у этого субъекта. В некоторых сывороточный титр растворимого TIM3, который находится между таковым у субъекта до лечения вариантах осуществления и нормальным сывороточным титром растворимого TIM3 (например, сопоставимым с уровнями, наблюдаемыми у субъекта контрольной группы, например, здорового пациента), указывает на то, что лечение этого субъекта является эффективным.The present disclosure further provides methods for assessing the effectiveness of a treatment comprising a TIM3 antagonist in a subject in need thereof (e.g., a human cancer patient), comprising determining or measuring a serum soluble TIM3 titer in the subject, wherein the serum soluble TIM3 titer in the subject indicates a response subject for treatment (for example, normalization of the disease, for example, restoration of immunological surveillance). In one embodiment, a normal serum titer of soluble TIM3 (eg, comparable to levels observed in a control subject, eg, a healthy patient) indicates that the treatment is effective in that subject. In some embodiments, a serum soluble TIM3 titer that is between that of the subject before treatment and a normal serum soluble TIM3 titer (e.g., comparable to levels observed in a control subject, e.g., a healthy patient) indicates that treatment of that subject is effective.
Настоящее раскрытие предоставляет способы оценки эффективности лечения, включающего антагонист TIM3, у нуждающегося в этом субъекта (например, больного раком человека), включающие определение или измерение сывороточного титра растворимого TIM3 у субъекта, в которых сывороточный титр растворимого TIM3 у субъекта свидетельствует о реакции субъекта на лечение. В некоторых вариантах осуществления пациенту, имеющему рак, вводится первая доза антагониста TIM3, а уровень растворимого TIM3 измеряется в периферической крови субъекта, причем снижение уровня растворимого TIM3 указывает на то, что субъект реагирует на антагонист TIM3, и что субъекту могут быть введены дополнительные дозы. В некоторых вариантах осуществления 2 или более доз антагониста TIM3 вводят субъекту, имеющему рак, и в периферической крови субъекта измеряют уровень растворимого TIM3, где снижение уровня растворимого TIM3 указывает, что субъект отвечает на антагонист TIM3, и что субъекту могут быть введены дополнительные дозы. В некоторых вариантах осуществления 1, 2 или более доз антагониста TIM3 вводят субъекту, имеющему рак, и уровень растворимого TIM3 измеряют в периферической крови субъекта в разное время, в котором доза TIM3, вводимая субъекту, корректируется с учетом уровня снижения растворимого TIM3 в периферической крови субъекта. Например, более высокая доза может быть введена, если уровень растворимого TIM3 значительно не уменьшился после введения данной дозы антагониста TIM3. Таким образом, обычно уровни растворимого TIM3 в крови можно использовать в качестве маркера прогнозирования или стратификации для субъектов, которых лечат антагонистом TIM3. Уменьшение уровня растворимого TIM3, которое указывает, что дальнейшее лечение антагонистом TIM3 обосновано, может быть уменьшением, по меньшей мере, на 5%, 10%, 20%, 25%,The present disclosure provides methods for assessing the effectiveness of a treatment comprising a TIM3 antagonist in a subject in need thereof (e.g., a human cancer patient), comprising determining or measuring a serum soluble TIM3 titer in the subject, wherein the serum soluble TIM3 titer in the subject is indicative of the subject's response to treatment . In some embodiments, a patient having cancer is administered a first dose of a TIM3 antagonist and the level of soluble TIM3 is measured in the subject's peripheral blood, wherein a decrease in the level of soluble TIM3 indicates that the subject is responding to the TIM3 antagonist and that additional doses may be administered to the subject. In some embodiments, 2 or more doses of a TIM3 antagonist are administered to a subject having cancer, and the level of soluble TIM3 is measured in the subject's peripheral blood, where a decrease in the level of soluble TIM3 indicates that the subject is responding to the TIM3 antagonist and that additional doses may be administered to the subject. In some embodiments, 1, 2, or more doses of a TIM3 antagonist are administered to a subject having cancer, and the level of soluble TIM3 is measured in the subject's peripheral blood at different times, at which time the dose of TIM3 administered to the subject is adjusted based on the level of decrease in soluble TIM3 in the subject's peripheral blood . For example, a higher dose may be administered if the level of soluble TIM3 does not decrease significantly after administration of a given dose of TIM3 antagonist. Thus, in general, blood soluble TIM3 levels can be used as a prognostic or stratification marker for subjects treated with a TIM3 antagonist. A decrease in soluble TIM3 levels that indicates that further treatment with a TIM3 antagonist is warranted may be a decrease of at least 5%, 10%, 20%, 25%,
- 24 045913- 24 045913
30%, 50%, 75%, 90% или 100% растворимого TIM3. В некоторых вариантах осуществления уменьшение уровня растворимого TIM3, которое указывает на то, что дальнейшее лечение антагонистом TIM3 обосновано, представляет собой уменьшение, по меньшей мере, на 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 50%, 75%, 90% или 100% растворимой изоформы TIM3. В некоторых вариантах осуществления уменьшение уровня растворимого TIM3, которое указывает на то, что дальнейшее лечение антагонистом TIM3 обосновано, представляет собой уменьшение, по меньшей мере, на 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 50%, 75%, 90% или 100% TIM3, шеддирующегося с поверхности клетки. В некоторых вариантах осуществления уменьшение растворимого TIM3, которое указывает на то, что дальнейшее лечение антагонистом TIM3 обосновано, представляет собой уменьшение, по меньшей мере, на 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 50%, 75%, 90% или 100% растворимой изоформы TIM3 и/или TIM3, шеддирующегося с поверхности клетки (в любом соотношении).30%, 50%, 75%, 90% or 100% soluble TIM3. In some embodiments, the decrease in soluble TIM3 levels that indicates that further treatment with a TIM3 antagonist is warranted is a decrease of at least 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 50%, 75% , 90% or 100% soluble TIM3 isoform. In some embodiments, the decrease in soluble TIM3 levels that indicates that further treatment with a TIM3 antagonist is warranted is a decrease of at least 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 50%, 75% , 90% or 100% TIM3 shedding from the cell surface. In some embodiments, the decrease in soluble TIM3 that indicates that further treatment with a TIM3 antagonist is warranted is a decrease of at least 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 50%, 75%, 90% or 100% soluble isoform of TIM3 and/or TIM3 shed from the cell surface (in any ratio).
В некоторых вариантах осуществления эффективное лечение вылечивает рак (например, уменьшает или поддерживает размер опухоли) и/или уменьшает или облегчает симптомы, связанные с раком. В некоторых вариантах осуществления эффективное лечение уменьшает размер опухоли, по меньшей мере, на 10%, около 20%, около 30%, около 40% или около 50% по сравнению с размером опухоли до лечения.In some embodiments, the effective treatment cures the cancer (eg, reduces or maintains the size of the tumor) and/or reduces or alleviates symptoms associated with the cancer. In some embodiments, effective treatment reduces tumor size by at least 10%, about 20%, about 30%, about 40%, or about 50% compared to the tumor size before treatment.
В некоторых вариантах осуществления эффективное лечение эффективно повышает продолжительность выживания субъекта, например, общую выживаемость субъекта. В некоторых вариантах осуществления эффективное лечение повышает общую выживаемость субъекта, по меньшей мере, на 6 месяцев, по меньшей мере, меньшей меньшей меньшей меньшей меньшей меньшей меньшей мере, на мере, на мере, на мере, на мере, на мере, на мере, на на месяцев, по меньшей мере, на 8 месяцев, по меньшей мере, на 9 месяцев, по месяцев, по месяцев, по месяцев, по месяцев, по месяцев, по месяцев, по меньшей меньшей меньшей меньшей меньшей меньшей меньшей мере, на мере, на мере, на мере, на мере, на мере, на мере, на месяцев, месяцев, месяцев, месяцев, месяцев, месяцев, месяцев, по по по по по по по меньшей меньшей меньшей меньшей меньшей меньшей меньшей мере, мере, мере, мере, мере, мере, мере, на на на на на на на месяцев, по месяцев, по месяцев, по месяцев, по месяцев, по месяцев, по месяцев, по месяцев, по меньшей мере, на 3 года, по меньшей мере, на 3,5 года, по меньшей мере, на 4 года, по меньшей мере, на 4,5 года, по меньшей мере, на 5 лет или, по меньшей мере, на 10 лет.In some embodiments, the effective treatment effectively increases the length of survival of the subject, for example, the overall survival of the subject. In some embodiments, the effective treatment improves the overall survival of the subject by at least 6 months by at least less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less than less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less than less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less than less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less than less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less than less less less less less less less less less less less less less less less less less less less less than less than one for for months, for at least 8 months, for at least 9 months, for months, for months, for months, for months, for months, for months, at least at least at least at least at least at least at least , at least, at least, at least, at least, at least, for months, months, months, months, months, months, months, according to at least at least at least at least at least at least at least at least at least at least , at least, at least, at least, at least, on on on on on for months, for months, for months, for months, for months, for months, for months, for months, for at least 3 years, at least , for 3.5 years, for at least 4 years, for at least 4.5 years, for at least 5 years or for at least 10 years.
В некоторых вариантах осуществления эффективное лечение увеличивает продолжительность безрецидивной выживаемости субъекта. В некоторых вариантах осуществления эффективное лечение увеличивает продолжительность выживаемости субъекта без прогрессирования заболевания, по меньшей мере, на 1 месяц, по меньшей мере, на 2 месяцев, по меньшей мере, на 3 месяца, по меньшей мере, на 4 месяца, по меньшей мере, на 5 месяцев, по меньшей мере, на 6 месяцев, по меньшей мере, на 7 месяцев, по меньшей мере, на 8 месяцев, по меньшей мере, на 9 месяцев, по меньшей мере, на 10 месяцев, по меньшей мере, на 11 месяцев, по меньшей мере, на 1 год, по меньшей мере, на 15 месяцев, по меньшей мере, на 18 месяцев, по меньшей мере, на 2 года, по меньшей мере, на 3 года, по меньшей мере, на 4 года или, по меньшей мере, на 5 лет.In some embodiments, effective treatment increases the duration of disease-free survival of the subject. In some embodiments, the effective treatment increases the duration of progression-free survival of a subject by at least 1 month, at least 2 months, at least 3 months, at least 4 months, at least for 5 months, for at least 6 months, for at least 7 months, for at least 8 months, for at least 9 months, for at least 10 months, for at least 11 months, at least 1 year, at least 15 months, at least 18 months, at least 2 years, at least 3 years, at least 4 years or for at least 5 years.
В других вариантах осуществления определяются частоты подмножеств миелоидной клетки TIM3+ или TIM3+ NK, например, в TIL. Например, частоты клеток TIM3+ могут быть определены в миелоидных клетках pDC, mDC или CD14+ или в клетках CD16-CD56+ или CD16+ CD56+ NK у субъекта, страдающего раком, у которого частоты клеток TIM3+ в одном или нескольких из этих типов клеток прогнозируют ответ на антагонист TIM-3.In other embodiments, the frequencies of TIM3+ or TIM3+ NK myeloid cell subsets are determined, for example, in TILs. For example, TIM3+ cell frequencies may be determined in pDC, mDC, or CD14+ myeloid cells or in CD16-CD56+ or CD16+ CD56+ NK cells in a subject with cancer in which TIM3+ cell frequencies in one or more of these cell types predict response to a TIM antagonist -3.
Измерение экспрессии TIM3 и частоты позитивных клеток TIM3 среди популяций клеток Настоящее раскрытие предоставляет способы идентификации субъекта (например, больного раком человека), подходящего для лечения антагонистом TIM3, отдельно или в комбинации с другим ингибитором иммунных контрольных точек (например, антагонистом PD-1), включающие измерение или определение экспрессии TIM3. в образце ткани, полученном от субъекта. Способы измерения или определения экспрессии TIM3 могут быть выполнены любой из методик, описанных здесь или известных в данной области техники. В некоторых вариантах осуществления образец ткани, полученный от субъекта, включает, но не ограничивается ими, любой клинически значимый образец ткани, такой как биоптат опухоли, образец биоптата ткани, тонкоигольный пунктат или образец физиологической жидкости, такой как кровь, плазма, сыворотка, лимфа, асцитная жидкость, кистозная жидкость или моча. В некоторых вариантах осуществления образец ткани берется из метастаз. В некоторых вариантах осуществления образцы ткани берутся у субъекта в различные моменты времени, например, до лечения, во время лечения и/или после лечения. В некоторых вариантах осуществления образцы ткани берутся из разных мест у субъекта, например, из образца первичной опухоли и образца из метастаза на расстоянии. В некоторых вариантах осуществления определение экспрессии TIM3 может быть осуществлено без получения образца ткани от субъекта. В некоторых вариантах осуществления идентификация подходящего субъекта для лечения антагонистом TIM3 включает (i) необязательное предоставление образца ткани, полученного от субъекта, у которого образец ткани содержит опухолевые клетки и/или инфильтрирующие опухоль воспалительные клетки (например, TIL); и (ii) измерение или определение процента клеток в образце ткани, которые экспрессируют TIM3, с учетом уровней, экспрессируемых у субъекта контрольной группы (например, здо- 25 045913 рового пациента).Measuring TIM3 Expression and Frequency of TIM3 Positive Cells Among Cell Populations The present disclosure provides methods for identifying a subject (e.g., a human cancer patient) suitable for treatment with a TIM3 antagonist, alone or in combination with another immune checkpoint inhibitor (e.g., a PD-1 antagonist), involving measurement or determination of TIM3 expression. in a tissue sample obtained from the subject. Methods for measuring or determining TIM3 expression can be performed by any of the techniques described herein or known in the art. In some embodiments, the tissue sample obtained from the subject includes, but is not limited to, any clinically significant tissue sample, such as a tumor biopsy, a tissue biopsy sample, a fine needle aspiration sample, or a body fluid sample such as blood, plasma, serum, lymph, ascites fluid, cystic fluid or urine. In some embodiments, the tissue sample is taken from the metastasis. In some embodiments, tissue samples are collected from the subject at various points in time, for example, before treatment, during treatment, and/or after treatment. In some embodiments, tissue samples are taken from different locations in the subject, for example, from a sample of the primary tumor and a sample from a distant metastasis. In some embodiments, determination of TIM3 expression can be performed without obtaining a tissue sample from the subject. In some embodiments, identifying a suitable subject for treatment with a TIM3 antagonist includes (i) optionally providing a tissue sample obtained from a subject whose tissue sample contains tumor cells and/or tumor-infiltrating inflammatory cells (eg, TILs); and (ii) measuring or determining the percentage of cells in the tissue sample that express TIM3 based on levels expressed in a control subject (eg, a healthy patient).
В любом из описанных здесь способов, включающих определение или измерение экспрессии TIM3 в образце ткани, следует понимать, что стадия, включающая получение образца ткани от пациента, является необязательной стадией. То есть, в определенных вариантах осуществления способ включает эту стадию, тогда как в других вариантах осуществления эта стадия не включена. Следует также понимать, что в определенных вариантах осуществления стадия измерения или определения экспрессии TIM3 выполняется с помощью трансформативного метода анализа экспрессии TIM3 (например, проточной цитометрии). В других вариантах осуществления не подразумевается никакой стадии преобразования, и экспрессия TIM3 определяется, например, путем просмотра отчета о результатах испытаний из лаборатории. В некоторых вариантах осуществления стадии способов в пределах, и включая, определения или измерения результата экспресии TIM3, обеспечивают промежуточный результат, который может быть предоставлен врачу или другому медицинскому работнику для использования при выборе подходящего кандидата для лечения антагонистом TIM3, отдельно или в сочетании с другим ингибитором иммунных контрольных точек (например, антагонистом TIM3). В некоторых вариантах осуществления стадия, которая обеспечивает промежуточный результат, выполняется практикующим врачом или лицом, действующим под руководством практикующего врача. В других вариантах осуществления эти стадии выполняются независимой лабораторией или независимым лицом, таким как лаборант. В некоторых вариантах осуществления доля клеток, экспрессирующих TIM3, оценивается путем проведения анализа на присутствие РНК TIM3. В других вариантах осуществления присутствие РНК TIM3 определяют с помощью ОТ-ПЦР (RT-PCR), гибридизации in situ или защиты от РНКазы. В некоторых вариантах осуществления присутствие РНК TIM3 обнаруживается с помощью анализа на основе ОТ-ПЦР. В других вариантах осуществления оценка на основе анализа ОТ-ПЦР включает измерение или определение уровня экспрессии РНК TIM3 в образце ткани относительно предварительно определенного уровня (например, наблюдаемого у субъекта контрольной группы).In any of the methods described herein involving detecting or measuring TIM3 expression in a tissue sample, it should be understood that the step of obtaining a tissue sample from a patient is an optional step. That is, in certain embodiments, the method includes this step, while in other embodiments, this step is not included. It should also be understood that in certain embodiments, the step of measuring or determining TIM3 expression is performed using a transformative TIM3 expression assay (eg, flow cytometry). In other embodiments, no conversion step is involved and TIM3 expression is determined, for example, by reviewing a test report from a laboratory. In some embodiments, method steps within and including determining or measuring a TIM3 expression result provide an intermediate result that can be provided to a physician or other health care professional for use in selecting an appropriate candidate for treatment with a TIM3 antagonist, alone or in combination with another inhibitor. immune checkpoints (eg, TIM3 antagonist). In some embodiments, the step that provides the intermediate result is performed by a medical practitioner or a person acting under the direction of a medical practitioner. In other embodiments, these steps are performed by an independent laboratory or an independent person, such as a laboratory technician. In some embodiments, the proportion of cells expressing TIM3 is assessed by assaying for the presence of TIM3 RNA. In other embodiments, the presence of TIM3 RNA is determined by RT-PCR, in situ hybridization, or RNase protection. In some embodiments, the presence of TIM3 RNA is detected using an RT-PCR based assay. In other embodiments, the RT-PCR assay-based assessment includes measuring or determining the level of TIM3 RNA expression in a tissue sample relative to a predetermined level (eg, observed in a control subject).
В некоторых вариантах осуществления доля клеток, экспрессирующих TIM3, оценивается путем проведения анализа на присутствие белка TIM3. В других вариантах осуществления присутствие полипептида TIM3 обнаруживают с помощью IHC (иммуногистохимии), ферментного иммуносорбентного анализа (ELISA), визуализации in vivo или проточной цитометрии. В некоторых вариантах осуществления экспрессия TIM3 анализируется с помощью IHC. В других вариантах осуществления экспрессию TIM3 на клеточной поверхности анализируют с использованием, например, IHC или визуализации in vivo. В некоторых вариантах осуществления доля (или частота) клеток, которые экспрессируют TIM3 в образце ткани, оценивается с помощью проточной цитометрии. В некоторых вариантах осуществления образец ткани, анализируемый с помощью проточной цитометрии, содержит инфильтрирующие опухоль иммунные клетки (например, TIL). В некоторых вариантах осуществления образец ткани, анализируемый с помощью проточной цитометрии, содержит клетки периферической крови. В некоторых вариантах осуществления проточная цитометрия является мультиплексным анализом. В некоторых вариантах осуществления оценки скорость проточной цитометрии включает обнаружение экспрессии маркеров, включающих TIM3, CD4, CD8, CCR7, CD45RO и любую их комбинацию. В некоторых вариантах осуществления оценка проточной цитометрии включает оценку доли CD4+ и CD8+ Т-клеток в образце ткани, которые экспрессируют TIM3. В некоторых вариантах осуществления оценка проточной цитометрии включает оценку доли CD8+ и CD4+ Т-клеток в образце ткани, которые экспрессируют TIM3; и представляют собой (i) CCR7+ CD45RO- (наивные Т-клетки), (ii) CCR7- CD45RO- (Teff клетки), (iii) CCR7+ CD45RO+ (клетки СМ) или (iv) CCR7-CD45RO+ (клетки ЕМ). В некоторых вариантах осуществления растворимый TIM3 измеряется в периферической крови субъектов. Любой агент, который связывается с растворимым TIM3 (например, агент, который связывается с внеклеточным доменом человеческого TIM3, такой как дополнительно описанный в примерах), может быть использован для определения уровня растворимого TIM3. В некоторых вариантах осуществления измеряется уровень как растворимой изоформы TIM3, так и TIM3, выделенного из TIM3-положительных клеток. В некоторых вариантах осуществления измеряется уровень любой из этих форм растворимого TIM3. В некоторых вариантах осуществления уровень каждой растворимой формы TIM3 измеряется отдельно.In some embodiments, the proportion of cells expressing TIM3 is assessed by performing an assay for the presence of TIM3 protein. In other embodiments, the presence of a TIM3 polypeptide is detected using IHC (immunohistochemistry), enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), in vivo imaging, or flow cytometry. In some embodiments, TIM3 expression is analyzed by IHC. In other embodiments, cell surface expression of TIM3 is analyzed using, for example, IHC or in vivo imaging. In some embodiments, the proportion (or frequency) of cells that express TIM3 in a tissue sample is assessed using flow cytometry. In some embodiments, the tissue sample analyzed by flow cytometry contains tumor-infiltrating immune cells (eg, TILs). In some embodiments, the tissue sample analyzed by flow cytometry contains peripheral blood cells. In some embodiments, the flow cytometry is a multiplex assay. In some embodiments, the flow cytometry rate assessment includes detection of expression of markers including TIM3, CD4, CD8, CCR7, CD45RO, and any combination thereof. In some embodiments, the flow cytometry assessment includes assessing the proportion of CD4+ and CD8+ T cells in the tissue sample that express TIM3. In some embodiments, the flow cytometry assessment includes assessing the proportion of CD8+ and CD4+ T cells in the tissue sample that express TIM3; and are (i) CCR7+ CD45RO- (naïve T cells), (ii) CCR7- CD45RO- (Teff cells), (iii) CCR7+ CD45RO+ (SM cells), or (iv) CCR7-CD45RO+ (EM cells). In some embodiments, soluble TIM3 is measured in the peripheral blood of subjects. Any agent that binds to soluble TIM3 (eg, an agent that binds to the extracellular domain of human TIM3, such as further described in the examples) can be used to determine the level of soluble TIM3. In some embodiments, the level of both the soluble isoform of TIM3 and TIM3 isolated from TIM3-positive cells are measured. In some embodiments, the level of any of these forms of soluble TIM3 is measured. In some embodiments, the level of each soluble form of TIM3 is measured separately.
Измерение экспрессии PD-1 и частоты PDI-позитивных клеток среди популяций клеток В некоторых вариантах осуществления идентификация субъекта (например, больного раком человека), подходящего для лечения, включающего как антагонист TIM3, так и антагонист PD-1, включает измерение или определение экспрессии PD-1 в образце ткани, полученном от субъекта. Способы измерения или определения экспрессии PD-1 могут быть осуществлены любой из методик, описанных здесь или известных в данной области техники.Measuring PD-1 Expression and Frequency of PDI-Positive Cells Among Cell Populations In some embodiments, identifying a subject (e.g., a human cancer patient) suitable for treatment comprising both a TIM3 antagonist and a PD-1 antagonist includes measuring or determining PD expression -1 in a tissue sample obtained from a subject. Methods for measuring or determining PD-1 expression can be carried out by any of the techniques described herein or known in the art.
В некоторых вариантах осуществления образец ткани, полученный от субъекта, включает, но не ограничивается ими, любой клинически значимый образец ткани, содержащий CD4+ и/или CD8+ Т-клетки, такой как биоптат опухоли, образец биоптата ткани, тонкоигольный пунктат или образец физиологической жидкости, такой как кровь, плазма, сыворотка, лимфа, асцитная жидкость, кистозная жидкость или моча. В некоторых вариантах осуществления образец ткани берется из метастаза. В некоторых вариантах осуществления образцы ткани берутся у субъекта в различные моменты времени, например, до лечения,In some embodiments, the tissue sample obtained from the subject includes, but is not limited to, any clinically significant tissue sample containing CD4+ and/or CD8+ T cells, such as a tumor biopsy, a tissue biopsy sample, a fine needle aspiration sample, or a body fluid sample, such as blood, plasma, serum, lymph, ascites fluid, cystic fluid or urine. In some embodiments, the tissue sample is taken from the metastasis. In some embodiments, tissue samples are collected from the subject at various points in time, for example, before treatment,
- 26 045913 во время лечения и/или после лечения. В других вариантах осуществления образцы ткани берутся из разных мест у субъекта, например, из образца первичной опухоли и образца из метастаза на расстоянии.- 26 045913 during treatment and/or after treatment. In other embodiments, tissue samples are taken from different locations in the subject, for example, from a sample of the primary tumor and a sample from a distant metastasis.
В некоторых вариантах осуществления определение экспрессии PD-1 может быть осуществлено без получения образца ткани от субъекта. В некоторых вариантах осуществления идентификация подходящего субъекта для лечения комбинацией антагониста TIM3 и антагониста PD-1 включает (i) необязательное предоставление образца ткани, полученного от субъекта, у которого образец ткани содержит CD4+ и/или CD8+ инфильтрирующие опухоль лимфоциты (TIL); и (ii) измерение или определение частоты PD-1+ CD4+ и/или CD8+ TIL в образце ткани, с учетом частот, наблюдаемых в образце ткани у субъекта контрольной группы (например, здорового пациента). В некоторых вариантах осуществления образец ткани, полученный от субъекта, включает, но не ограничивается ими, любой клинически значимый образец ткани, такой как биоптат опухоли, образец биоптата ткани, тонкоигольный пунктат или образец физиологической жидкости, такой как кровь, плазма, сыворотка, лимфа, асцитная жидкость, кистозная жидкость или моча. В некоторых вариантах осуществления образец ткани берется из метастаза. В некоторых вариантах осуществления образцы ткани берутся у субъекта в различные моменты времени, например, до лечения, во время лечения и/или после лечения. В некоторых вариантах осуществления образцы ткани берутся из разных мест у субъекта, например, из образца первичной опухоли и образца из метастаза на расстоянии. В любом из описанных в настоящем документе способов, включающих определение или измерение экспрессии PD-1 в образце ткани, следует понимать, что стадия, включающая получение образца ткани от пациента, является необязательной стадией. То есть, в определенных вариантах осуществления способ включает эту стадию, тогда как в других вариантах осуществления эта стадия не включена. Следует также понимать, что в определенных вариантах осуществления стадия измерения или определения экспрессии PD-1 выполняется с помощью трансформативного метода анализа экспрессии PD-1 (например, проточной цитометрии). В других вариантах осуществления не подразумевается никакой стадии преобразования, и экспрессия PD-1 определяется, например, путем просмотра отчета о результатах испытаний из лаборатории. В некоторых вариантах осуществления стадии способов в пределах, и включая, определения или измерения результата экспресии PD-1, обеспечивают промежуточный результат, который может быть предоставлен врачу или другому медицинскому работнику для использования при выборе подходящего кандидата для лечения с помощью комбинации антагониста TIM3 и антагониста PD-1. В некоторых вариантах осуществления стадия, которая обеспечивает промежуточный результат, выполняется практикующим врачом или лицом, действующим под руководством практикующего врача. В других вариантах осуществления эти стадии выполняются независимой лабораторией или независимым лицом, таким как лаборант. В некоторых вариантах осуществления частоты PD-1+ CD4+ и/или PD-1+ CD8+ TIL оцениваются путем проведения анализа на определение присутствия РНК PD-1. В дополнительных вариантах осуществления присутствие РНК PD-1 определяют с помощью ОТ-ПЦР, гибридизации in situ или защиты от РНКазы. В некоторых вариантах осуществления присутствие РНК PD-1 обнаруживается с помощью анализа на основе ОТ-ПЦР. В других вариантах осуществления оценка на основе анализа ОТ-ПЦР включает измерение или определение частот PD1+ CD4+ и/или PD-1+ CD8+ TIL в образце ткани относительно предварительно определенного уровня частоты (например, наблюдаемого у субъекта контрольной группы).In some embodiments, determination of PD-1 expression can be performed without obtaining a tissue sample from the subject. In some embodiments, identifying a suitable subject for treatment with a combination of a TIM3 antagonist and a PD-1 antagonist includes (i) optionally providing a tissue sample obtained from a subject whose tissue sample contains CD4+ and/or CD8+ tumor infiltrating lymphocytes (TILs); and (ii) measuring or determining the frequency of PD-1+ CD4+ and/or CD8+ TILs in the tissue sample, taking into account the frequencies observed in the tissue sample from a control subject (eg, a healthy patient). In some embodiments, the tissue sample obtained from the subject includes, but is not limited to, any clinically significant tissue sample, such as a tumor biopsy, a tissue biopsy sample, a fine needle aspiration sample, or a body fluid sample such as blood, plasma, serum, lymph, ascites fluid, cystic fluid or urine. In some embodiments, the tissue sample is taken from the metastasis. In some embodiments, tissue samples are collected from the subject at various points in time, for example, before treatment, during treatment, and/or after treatment. In some embodiments, tissue samples are taken from different locations in the subject, for example, from a sample of the primary tumor and a sample from a distant metastasis. In any of the methods described herein involving detecting or measuring PD-1 expression in a tissue sample, it should be understood that the step of obtaining a tissue sample from a patient is an optional step. That is, in certain embodiments, the method includes this step, while in other embodiments, this step is not included. It should also be understood that in certain embodiments, the step of measuring or determining PD-1 expression is performed using a transformative PD-1 expression assay (eg, flow cytometry). In other embodiments, no conversion step is involved and PD-1 expression is determined, for example, by reviewing a test report from a laboratory. In some embodiments, method steps within and including determining or measuring a PD-1 expression result provide an intermediate result that can be provided to a physician or other health care professional for use in selecting an appropriate candidate for treatment with a combination of a TIM3 antagonist and a PD antagonist -1. In some embodiments, the step that provides the intermediate result is performed by a medical practitioner or a person acting under the direction of a medical practitioner. In other embodiments, these steps are performed by an independent laboratory or an independent person, such as a laboratory technician. In some embodiments, the frequencies of PD-1+ CD4+ and/or PD-1+ CD8+ TILs are assessed by performing an assay to determine the presence of PD-1 RNA. In additional embodiments, the presence of PD-1 RNA is determined by RT-PCR, in situ hybridization, or RNase protection. In some embodiments, the presence of PD-1 RNA is detected using an RT-PCR based assay. In other embodiments, the RT-PCR assay-based assessment includes measuring or determining the frequencies of PD1+ CD4+ and/or PD-1+ CD8+ TILs in a tissue sample relative to a predetermined frequency level (eg, observed in a control subject).
В некоторых вариантах осуществления частоты PD1+ CD4+ и/или PD-1+ CD8+ TIL оцениваются путем проведения анализа на присутствие белка PD-1. В дополнительных вариантах осуществления присутствие белка PD-1 обнаруживают с помощью IHC (иммуногистохимии), ферментного иммуносорбентного анализа (ELISA), визуализации in vivo или проточной цитометрии. В некоторых вариантах осуществления экспрессия PD-1 анализируется с помощью IHC. В других вариантах осуществления экспрессию PD-1 на клеточной поверхности анализируют с использованием, например, IHC или визуализации in vivo.In some embodiments, the frequencies of PD1+ CD4+ and/or PD-1+ CD8+ TILs are assessed by assaying for the presence of PD-1 protein. In additional embodiments, the presence of PD-1 protein is detected using IHC (immunohistochemistry), enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), in vivo imaging, or flow cytometry. In some embodiments, PD-1 expression is analyzed by IHC. In other embodiments, cell surface expression of PD-1 is analyzed using, for example, IHC or in vivo imaging.
В некоторых вариантах осуществления доля (или частота) клеток CD4+ и/или CD8+, которые экспрессируют PD-1 в образце ткани, оценивается с помощью проточной цитометрии. В некоторых вариантах осуществления образец ткани, анализируемый с помощью проточной цитометрии, содержит инфильтрирующие опухоль иммунные клетки (например, TIL). В некоторых вариантах осуществления образец ткани, анализируемый с помощью проточной цитометрии, содержит клетки периферической крови. В некоторых вариантах осуществления проточная цитометрия является мультиплексным анализом. В некоторых вариантах осуществления оценки скорость проточной цитометрии включает обнаружение экспрессии маркеров, включающих PD-1, CD4, CD8, CCR7, CD45RO и любую их комбинацию. В некоторых вариантах осуществления оценка проточной цитометрии включает оценку доли CD4+ и CD8+ Тклеток в образце ткани, которые экспрессируют PD-1. В некоторых вариантах осуществления оценка проточной цитометрии включает оценку доли CD8+ и CD4+ Т-клеток в образце ткани, которые экспрессируют PD-1; и представляют собой (i) CCR7+ CD45RO- (наивные Т-клетки), (ii) CCR7- CD45RO(Teff клетки), (iii) CCR7+ CD45RO+ (клетки СМ) или (iv) CCR7-CD45RO+ (клетки ЕМ). В данном документе представлены способы определения: (i) может ли субъект, имеющий рак, отвечать на лечение иммунотерапевтическим агентом, таким как антагонист TIM3 или (ii) отвечает ли субъект, имеющий рак, на лечение иммунотерапевтическим агентом, таким как антагонист TIM3, который вводили субъекту.In some embodiments, the proportion (or frequency) of CD4+ and/or CD8+ cells that express PD-1 in a tissue sample is assessed using flow cytometry. In some embodiments, the tissue sample analyzed by flow cytometry contains tumor-infiltrating immune cells (eg, TILs). In some embodiments, the tissue sample analyzed by flow cytometry contains peripheral blood cells. In some embodiments, the flow cytometry is a multiplex assay. In some embodiments, the flow cytometry rate assessment includes detection of expression of markers including PD-1, CD4, CD8, CCR7, CD45RO, and any combination thereof. In some embodiments, the flow cytometry assessment includes assessing the proportion of CD4+ and CD8+ T cells in the tissue sample that express PD-1. In some embodiments, the flow cytometry assessment includes assessing the proportion of CD8+ and CD4+ T cells in the tissue sample that express PD-1; and are (i) CCR7+ CD45RO- (naïve T cells), (ii) CCR7- CD45RO (Teff cells), (iii) CCR7+ CD45RO+ (SM cells) or (iv) CCR7-CD45RO+ (EM cells). Provided herein are methods for determining: (i) whether a subject having cancer is likely to respond to treatment with an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, or (ii) whether a subject having cancer responds to treatment with an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, that is administered subject.
- 27 045913- 27 045913
Способы включают определение частоты Т1М3-позитивных клеток среди определенных популяций клеток. В некоторых вариантах осуществления способ включает определение частоты Т1МЗ-позитивных клеток в данной популяции клеток у субъекта, имеющего рак, при этом более высокая частота TIM3позитивных клеток данной популяции клеток у субъекта, имеющего рак, по сравнению с субъектом контрольной группы, указывает, что субъект, вероятно, ответит на лечение иммунотерапевтическим агентом, таким как антагонист TIM3. В некоторых вариантах осуществления способ включает определение частоты Т1МЗ-позитивных клеток в данной популяции клеток у субъекта, больного раком, получившего одно или более введений иммунотерапевтического агента, такого как антагонист TIM3, где более низкая частота Т1МЗ-позитивных клеток данной популяции клеток у субъекта, больного раком, после введения иммунотерапевтического агента относительно таковой у субъекта, страдающего раком, до введения иммунотерапевтического агента или до введения предыдущей дозы иммунотерапевтического агента, указывает на то, что субъект, вероятно, ответит на лечение иммунотерапевтическим агентом, таким как антагонист TIM3. Вышеуказанные способы могут включать измерение (например, проточной цитометрией) частоту Т1МЗ-позитивных клеток в следующих популяциях клеток: инфильтрирующие опухоль клетки, такие как инфильтрирующие опухоль лимфоциты и нелимфоидные инфильтрирующие опухоль клетки. В определенных вариантах осуществления способы включают измерение частоты Т1МЗ-позитивных клеток в: CD8+ TIL клетках; CD4+ эффекторной памяти TIL клетках (CD4+ ЕМ клетках; CD4+ CCR7CD45RO+ TIL клетках); CD8+ эффекторной памяти TIL клетках (CD8+ ЕМ клетках; CD8+CCR7CD45RO+ TIL клетках); CD4+ эффекторных TIL клетках (CD4+ Teff клетках; CD4+CCR7-CD45RO- Тклетках); CD8+ эффекторных TIL клетках (CD8+Teff клетках; CD8+CCR7-CD45RO- Т-клетках); инфильтрирующих опухоль клетках миелоидного происхождения, например, pDC, mDC и CD14+ миелоидных клетках; инфильтрирующих опухоль NK клетках, например, CD16-CD56++ NK клетках и CD16+CD56+ NK клетках. Некоторые варианты осуществления включают измерение частоты TIM3позитивных клеток в более чем одной из этих популяций клеток, например, в 2, 3, 4, 5 или более или во всех этих клеточных популяциях, где более высокая частота Т1МЗ-позитивных клеток в одной или более клеточных популяциях указывает, что субъект, вероятно, отвечает на лечение иммунотерапевтическим агентом, например, антагонистом TIM3 или где более низкая частота Т1МЗ-позитивных клеток в одной или более клеточных популяциях у субъекта, получившего дозу иммунотерапевтического агента, такого как антагонист TIM3, относительно его частоты до получения иммунотерапевтического агента, указывает на то, что субъект отвечает на лечение иммунотерапевтическим агентом. В настоящем документе также предлагаются способы лечения субъекта иммунотерапевтическим агентом, таким как антагонист TIM3, включающие введение субъекту, имеющему рак, терапевтически эффективного количества иммунотерапевтического агента, такого как антагонист TIM3, в котором перед введением иммунотерапевтического лекарственного средства у субъекта была более высокая частота Т1МЗ-позитивных клеток в одной или более данных популяций клеток по сравнению с субъектом контрольной группы, в которой одна или более данных популяций клеток выбраны из группы, состоящей из CD8+ TIL клеток; CD4+ эффекторной памяти TIL клеток (CD4+ ЕМ клеток; CD4+ CCR7-CD45RO+ TIL клеток); CD8+ эффекторной памяти TIL клеток (CD8+ ЕМ клеток; CD8+CCR7-CD45RO+ TIL клеток); CD4+ эффекторных TIL клеток (CD4+ Teff клеток; CD4+CCR7-CD45RO- Т-клеток); CD8+ эффекторных TIL клеток (CD8+Teff клеток; CD8+CCR7-CD45RO- Т-клеток); инфильтрирующих опухоль клеток миелоидного происхождения, например, pDC, mDC и CD14+ миелоидных клеток; инфильтрирующих опухоль NK клеток, например, CD16-CD56++ NK клеток и CD16+CD56+ NK клеток.The methods include determining the frequency of T1M3-positive cells among defined cell populations. In some embodiments, the method includes determining the frequency of TIM3 positive cells in a given cell population in a subject having cancer, wherein a higher frequency of TIM3 positive cells in a given cell population in a subject having cancer compared to a control subject indicates that the subject is likely to respond to treatment with an immunotherapeutic agent such as a TIM3 antagonist. In some embodiments, the method includes determining the frequency of T1M3-positive cells in a given cell population in a subject with cancer who has received one or more administrations of an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, wherein the lower frequency of T1M3-positive cells in a given cell population in the subject with cancer cancer, after administration of an immunotherapeutic agent relative to that of a subject suffering from cancer, before administration of an immunotherapeutic agent, or before administration of a previous dose of an immunotherapeutic agent, indicates that the subject is likely to respond to treatment with an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist. The above methods may include measuring (eg, by flow cytometry) the frequency of T1M3-positive cells in the following cell populations: tumor-infiltrating cells, such as tumor-infiltrating lymphocytes, and non-lymphoid tumor-infiltrating cells. In certain embodiments, the methods include measuring the frequency of T1M3-positive cells in: CD8+ TIL cells; CD4+ effector memory TIL cells (CD4+ EM cells; CD4+ CCR7CD45RO+ TIL cells); CD8+ effector memory TIL cells (CD8+ EM cells; CD8+CCR7CD45RO+ TIL cells); CD4+ effector TIL cells (CD4+ Teff cells; CD4+CCR7-CD45RO- T cells); CD8+ effector TIL cells (CD8+Teff cells; CD8+CCR7-CD45RO- T cells); tumor-infiltrating cells of myeloid origin, for example, pDC, mDC and CD14+ myeloid cells; tumor-infiltrating NK cells, for example, CD16-CD56++ NK cells and CD16+CD56+ NK cells. Some embodiments include measuring the frequency of TIM3 positive cells in more than one of these cell populations, such as 2, 3, 4, 5 or more, or all of these cell populations, where the higher frequency of TIM3 positive cells in one or more cell populations indicates that the subject is likely to respond to treatment with an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, or where there is a lower frequency of T1M3-positive cells in one or more cell populations in a subject who has received a dose of an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, relative to its frequency before receiving immunotherapeutic agent, indicates that the subject responds to treatment with the immunotherapeutic agent. Also provided herein are methods of treating a subject with an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, comprising administering to a subject having cancer a therapeutically effective amount of an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, wherein, prior to administration of the immunotherapy drug, the subject had a higher incidence of T1M3-positive cells in one or more given cell populations compared to a control subject, in which one or more given cell populations are selected from the group consisting of CD8+ TIL cells; CD4+ effector memory TIL cells (CD4+ EM cells; CD4+ CCR7-CD45RO+ TIL cells); CD8+ effector memory TIL cells (CD8+ EM cells; CD8+CCR7-CD45RO+ TIL cells); CD4+ effector TIL cells (CD4+ Teff cells; CD4+CCR7-CD45RO- T cells); CD8+ effector TIL cells (CD8+Teff cells; CD8+CCR7-CD45RO- T cells); tumor-infiltrating cells of myeloid origin, for example, pDC, mDC and CD14+ myeloid cells; tumor-infiltrating NK cells, for example, CD16-CD56++ NK cells and CD16+CD56+ NK cells.
В настоящем документе также предлагаются способы лечения субъекта иммунотерапевтическим агентом, таким как антагонист TIM3, включающие введение субъекту, имеющему рак, терапевтически эффективного количества иммунотерапевтического агента, такого как антагонист TIM3, где после введения первой (или нескольких первых) дозы (доз) иммунотерапевтического агента, такого как антагонист TIM3, субъект имел более низкую частоту Т1МЗ-позитивных клеток в одной или нескольких данных популяциях клеток по сравнению с той, что была до введения первой (или нескольких первых) дозы (доз) иммунотерапевтического агента, такого как антагонист TIM3, где одна или более данных популяций клеток выбраны из группы, состоящей из CD8+ TIL клеток; CD4+ эффекторной памяти TIL клеток (CD4+ ЕМ клеток; CD4+ CCR7-CD45RO+ TIL клеток); CD8+ эффекторной памяти TIL клеток (CD8+ ЕМ клеток; CD8+CCR7-CD45RO+ TIL клеток); CD4+ эффекторных TIL клеток (CD4+ Teff клеток; CD4+CCR7CD45RO- Т-клеток); CD8+ эффекторных TIL клеток (CD8+Teff клеток; CD8+CCR7-CD45RO- Т-клеток); инфильтрирующих опухоль клеток миелоидного происхождения, например, pDC, mDC и CD14+ миелоидных клеток; инфильтрирующих опухоль NK клеток, например, CD16-CD56++ NK клеток и CD16+CD56+ NK клеток. Кроме того, в настоящем документе представлены способы лечения субъекта иммунотерапевтическим агентом, таким как антагонист TIM3, включающие сначала определение того, может ли субъект ответить на лечение иммунотерапевтическим агентом, таким как антагонист TIM3, например, как описано в настоящем документе (например, предыдущие абзацы), и если да, то вводится терапевтически эффективное количество иммунотерапевтического агента, такого как антагонист TIM3.Also provided herein are methods of treating a subject with an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, comprising administering to a subject having cancer a therapeutically effective amount of an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, wherein after administration of a first (or first several) dose(s) of the immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, the subject had a lower frequency of T1M3-positive cells in one or more of these cell populations compared to that before administration of the first (or first several) dose(s) of an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, where one or more of these cell populations are selected from the group consisting of CD8+ TIL cells; CD4+ effector memory TIL cells (CD4+ EM cells; CD4+ CCR7-CD45RO+ TIL cells); CD8+ effector memory TIL cells (CD8+ EM cells; CD8+CCR7-CD45RO+ TIL cells); CD4+ effector TIL cells (CD4+ Teff cells; CD4+CCR7CD45RO- T cells); CD8+ effector TIL cells (CD8+Teff cells; CD8+CCR7-CD45RO- T cells); tumor-infiltrating cells of myeloid origin, for example, pDC, mDC and CD14+ myeloid cells; tumor-infiltrating NK cells, for example, CD16-CD56++ NK cells and CD16+CD56+ NK cells. Also provided herein are methods of treating a subject with an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, comprising first determining whether the subject is likely to respond to treatment with an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, for example, as described herein (e.g., preceding paragraphs) and if so, then a therapeutically effective amount of an immunotherapeutic agent, such as a TIM3 antagonist, is administered.
Антагонисты TIM3.TIM3 antagonists.
В одном аспекте настоящее изобретение раскрывает способы применения антагонистов TIM3 дляIn one aspect, the present invention discloses methods of using TIM3 antagonists for
- 28 045913 лечения онкологических заболеваний. Используемые здесь антагонисты TIM3 включают, но не ограничиваются ими, анти-TIM3 антитела и их антигенсвязывающие части и растворимые полипептиды TIM3 (например, слитый белок TIM3-Fc, который способен связываться с лигандом TIM3). Другие антагонисты TIM3 включают агенты, которые связываются с лигандами TIM3 и ингибируют их взаимодействие с TIM3.- 28 045913 treatment of oncological diseases. TIM3 antagonists used herein include, but are not limited to, anti-TIM3 antibodies and antigen-binding portions thereof and soluble TIM3 polypeptides (eg, a TIM3-Fc fusion protein that is capable of binding to a TIM3 ligand). Other TIM3 antagonists include agents that bind to TIM3 ligands and inhibit their interaction with TIM3.
Анти-Т1МЗ антитела.Anti-T1M3 antibodies.
Некоторые аспекты настоящего раскрытия включают введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества анти-TIM3 антитела или его антигенсвязывающей части. Анти-Т1МЗ антитела (или полученные из них домены VH/VL), подходящие для применения в настоящем изобретении, могут быть получены с использованием способов, хорошо известных в данной области. В качестве альтернативы могут быть использованы анти-TIM3 антитела, принятые в данной области.Certain aspects of the present disclosure include administering to a subject in need thereof a therapeutically effective amount of an anti-TIM3 antibody or antigen-binding portion thereof. Anti-T1M3 antibodies (or VH/VL domains derived therefrom) suitable for use in the present invention can be prepared using methods well known in the art. Alternatively, anti-TIM3 antibodies may be used as are known in the art.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела или их антигенсвязывающие части проявляют одно или более из следующих функциональных свойств:In some embodiments, anti-TIM3 antibodies or antigen-binding portions thereof exhibit one or more of the following functional properties:
(а) связывание с растворимым и/или мембраносвязанным человеческим TIM3;(a) binding to soluble and/or membrane-bound human TIM3;
(б) связывание с растворимым и/или мембраносвязанным TIM3 явянского макака;(b) binding to soluble and/or membrane-bound cynomolgus TIM3;
(в) индукция или стимуляция иммунного ответа;(c) induction or stimulation of an immune response;
(d) индукция или стимуляция активации Т-клеток, например, активации Th1-клеток (о чем свидетельствует, например, усиленная секреция и/или пролиферация цитокинов);(d) induction or stimulation of T cell activation, for example, Th1 cell activation (as evidenced, for example, by increased secretion and/or proliferation of cytokines);
(e) индуцирование или стимуляция пролиферации Т-клеток (например, CD4+, CD8+ Т-клеток, Th1клеток или TIL), например, в анализе на совместное культивирование;(e) inducing or stimulating the proliferation of T cells (eg, CD4+, CD8+ T cells, Th1 cells or TILs), for example, in a co-culture assay;
(f) индуцирование или стимуляция продукции IFN-γ Т-клетками, например, Th1-клетками или инфильтрирующими опухоль лимфоцитами (TIL), такими как TIL из злокачественных опухолей почки, легких, поджелудочной железы или молочной железы человека;(f) inducing or stimulating the production of IFN-γ by T cells, for example, Th1 cells or tumor infiltrating lymphocytes (TILs), such as TILs from human kidney, lung, pancreatic or breast cancers;
(g) блокирование или ингибирование связывания человеческого TIM3 с PtdSer;(g) blocking or inhibiting the binding of human TIM3 to PtdSer;
(h) отсутствие интернализации или понижающей регуляции клеточной поверхности TIM3 при связывании с TIM3 на клетках;(h) lack of internalization or cell surface down-regulation of TIM3 upon binding to TIM3 on cells;
(i) связывание с внеклеточным доменом TIM3 человека (i) CPVFECG (SEQ ID NO: 200); (ii) RIQIPGIMND (seq id NO: 202); (iii) CPVFECG и RIQIPGIMND (seq id NO: 200 и 202, соответственно); или (iv) WTSRYWLNGDFR (SEQ ID NO: 201);(i) binding to the extracellular domain of human TIM3 (i) CPVFECG (SEQ ID NO: 200); (ii) RIQIPGIMND (seq id NO: 202); (iii) CPVFECG and RIQIPGIMND (seq id NO: 200 and 202, respectively); or (iv) WTSRYWLNGDFR (SEQ ID NO: 201);
(j) конкуренция или перекрестная блокировка, связывание с человеческим TIM3 антителом, связанным с TIM3, описанным в настоящем документе (например, 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6 или любого из TIM3.2-TIM3.18);(j) competition or cross-blocking binding to a human TIM3 antibody related to TIM3 described herein (eg, 13A3, 3G4, 17C3, 17C8, 9F6 or any of TIM3.2-TIM3.18);
(k) связывание с человеческим TIM3, но не с человеческим TIM3, имеющим аминокислотную замену одного или более из следующих аминокислотных остатков: L48, С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, G64, W78, S80, R81, W83, L84, G86, D87, R89, D104, R111, Q113, G116, M118 и D120, как пронумеровано в SEQ ID NO: 194; и (l) связывание с человеческими областями TIM3 49VPVCWGKGACPVFE62 (SEQ ID NO: 204) и U1RIQIPGIMNDEKFNLKL127 (seq ID NO: 205), как определено HDX-MS;(k) binding to human TIM3, but not to human TIM3 having an amino acid substitution of one or more of the following amino acid residues: L48, C58, P59, V60, F61, E62, C63, G64, W78, S80, R81, W83, L84 , G86, D87, R89, D104, R111, Q113, G116, M118 and D120, as numbered in SEQ ID NO: 194; and (l) binding to human TIM3 49 VPVCWGKGACPVFE 62 (SEQ ID NO: 204) and U1 RIQIPGIMNDEKFNLKL 127 (seq ID NO: 205) regions as determined by HDX-MS;
(m) наличие вариабельных областей тяжелой цепи и/или легкой цепи, взаимодействующих, по меньшей мере, с 5, 10, 15, 20 или всеми следующими аминокислотами человеческого TIM3: Р50, V51, С52, Р59, V60, F61, Е62, С63, G64, N65, V66, V67, L68, R69, D71, Е72, D74, R111, Q113, G116, I117, M118, D120 и, необязательно, Т70 и/или I112, как определено с помощью рентгеновской кристаллографии; и/или (n) конкуренция с или перекрестная блокировка со связыванием с человеческим TIM3 13A3 или TIM3.18.IgG1.3.(m) the presence of heavy chain and/or light chain variable regions interacting with at least 5, 10, 15, 20 or all of the following amino acids of human TIM3: P50, V51, C52, P59, V60, F61, E62, C63 , G64, N65, V66, V67, L68, R69, D71, E72, D74, R111, Q113, G116, I117, M118, D120 and optionally T70 and/or I112, as determined by x-ray crystallography; and/or (n) competition with or cross-blocking with binding to human TIM3 13A3 or TIM3.18.IgG1.3.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела связываются с человеческим TIM3 с высокой аффинностью, например, с KD равной 10-7 М или меньше, 10-8 М или меньше, 10-9М или меньше, 10-10М или меньше, 10-11M или меньше, 10-12М или меньше, от 10-12М до 10-7М, от 10-11M до 10-7М, от 10-10M до 10-7М или от 10-9М до 10-7М. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело связывается с человеческим растворимым TIM3, например, как определено с помощью BIACORE™, с KD равной 10-7М или меньше, 10-8М или меньше, 10-9М (1 нМ) или меньше, 10-10 М или меньше, от 10-12М до 10-7М, от 10-11М до 10-7М, от 10-10М до 10-7М, от 10-9М до 10-7М или от 10-8М до 10-7 М. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело связывается со связью, (например, связь клеточной мембраны) человеческого TIM3, такой как на активированных человеческих CD4+ и CD8+ TIL, например, как определено с помощью проточной цитометрии и графика Скэтчарда, с KD равной 10-7 М или меньше, 10-8М или меньше, 10-9 М (1 пМ) или меньше, 5х10-10М или меньше, 10-10М или меньше, от 10-12М до 10-7М, от 10-11М до 10-8М, от 10-10М до 10-8М, от 10-9М до 10-8М, от 10-11М до 10-9М или от 10-10М до 10-9 М. В других вариантах осуществления анти-ПМ3 антитело связывается со связью (например, связью клеточной мембраны) человеческого TIM3, такой как на активированных человеческих CD4+ и CD8+ TIL, например, как определено с помощью проточной цитометрии с EC50 равной 10 мкг/мл или меньше, 5 мкг/мл или меньше, 1 мкг/мл или меньше, 0.9 мкг/мл или меньше, 0.8 мкг/мл или меньше, 0.7 мкг/мл или меньше, 0.6 мкг/мл или меньше, 0.5 мкг/мл или меньше, 0.4 мкг/мл или меньше, 0.3 мкг/мл илиIn some embodiments, anti-TIM3 antibodies bind to human TIM3 with high affinity, e.g., with a KD of 10 -7 M or less, 10 -8 M or less, 10 -9 M or less, 10 -10 M or less, 10 -11 M or less, 10 -12 M or less, from 10 -12 M to 10 -7 M, from 10 -11 M to 10 -7 M, from 10 -10 M to 10 -7 M or from 10 -9 M to 10 -7 M. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to human soluble TIM3, for example, as determined by BIACORE™, with a KD of 10 -7 M or less, 10 -8 M or less, 10 -9 M (1 nM) or less, 10 -10 M or less, from 10 -12 M to 10 -7 M, from 10 -11 M to 10 -7 M, from 10 -10 M to 10 -7 M, from 10 -9 M to 10 -7 M or 10 -8 M to 10 -7 M. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to a bond (eg, a cell membrane bond) of human TIM3, such as on activated human CD4+ and CD8+ TIL, for example, as determined by flow cytometry and Scatchard plot, with a KD of 10 -7 M or less, 10 -8 M or less, 10 -9 M (1 pM) or less, 5x10 -10 M or less, 10 -10 M or less, from 10 -12 M to 10 -7 M, from 10 -11 M to 10 -8 M, from 10 -10 M to 10 -8 M, from 10 -9 M to 10 -8 M, from 10 -11 M to 10 -9 M or from 10 -10 M to 10 -9 M. In other embodiments, the anti-PM3 antibody binds to a binding (eg, cell membrane binding) of human TIM3, such as on activated human CD4+ and CD8+ TIL, for example, as determined by flow cytometry with an EC 50 of 10 μg/ml or less, 5 μg/ml or less, 1 μg/ml or less, 0.9 μg/ml or less, 0.8 μg/ml or less, 0.7 µg/ml or less, 0.6 µg/ml or less, 0.5 µg/ml or less, 0.4 µg/ml or less, 0.3 µg/ml or
- 29 045913 меньше, 0.2 мкг/мл или меньше, 0.1 мкг/мл или меньше, 0.05 мкг/мл или меньше или 0.01 мкг/мл или меньше.- 29 045913 less, 0.2 µg/ml or less, 0.1 µg/ml or less, 0.05 µg/ml or less or 0.01 µg/ml or less.
В некоторых вариантах осуществления анти-Т1М3 антитела, подходящие для настоящего раскрытия, связываются с TIM3 яванского макака, например, KD равной 10-7 М или меньше, 10-8М или меньше, 10-9М или меньше, 10-10М или меньше, 10-11М или меньше, 10-12М или меньше, от 10-12М до 10-7М, от 10-11М до 10-7М, от 10-10М до 10-7М или от 10-9М до 10-7 М. В некоторых вариантах осуществления антиTIM3 антитела связывается с растворимым TIM3 яванского макака, например, как определено с помощью BIACORE™, с KD равной 10-7М или меньше, 10-8М или меньше, 10-9М (1 нМ) или меньше, 10-10 М или меньше, от 10-12 М до 10-7М, от 10-11М до 10-7М, от 10-10М до 10-7М, от 10-9М до 10-7М или от 10-8М до 10-7М. В других вариантах осуществления анти-TIM3 антитела могут связываться с мембраносвязанным TIM3 яванского макака, например, с EC50 равной 100 нМ или меньше, 10 нМ или меньше, от 100 нМ до 0.01 нМ, от 100 нМ до 0.1 нМ, от 100 нМ до 1 нМ или от 10 нМ до 1 нМ, например, по данным проточной цитометрии. В некоторых вариантах осуществления aнти-TIM3 антитело связывается со связью, (например, связью клеточной мембраны) TIM3 яванского макака, такой как на активированных CD4+ и CD8+ TIL человека, например, как определено с помощью проточной цитометрии и графика Скэтчарда, с KD равной 10-7 М или меньше, 10-8М или меньше, 10-9М (1 нМ) или меньше, 5х10-10М или меньше, 10-10 М или меньше, от 10-12М до 10-7М, от 10-11М до 10-8М, от 10-10М до 10-8М, от 10-9М до 10-8М, от 10-11М до 10-9М или от 10-10М до 10-9М.In some embodiments, anti-T1M3 antibodies suitable for the present disclosure bind to cynomolgus TIM3, e.g., a K D of 10 -7 M or less, 10 -8 M or less, 10 -9 M or less, 10 -10 M or less, 10 -11 M or less, 10 -12 M or less, from 10 -12 M to 10 -7 M, from 10 -11 M to 10 -7 M, from 10 -10 M to 10 -7 M or from 10 -9 M to 10 -7 M. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to soluble cynomolgus TIM3, for example, as determined by BIACORE™, with a KD of 10 -7 M or less, 10 -8 M or less, 10 -9 M (1 nM) or less, 10 -10 M or less, 10 -12 M to 10 -7 M, 10 -11 M to 10 -7 M, 10 -10 M to 10 -7 M , from 10 -9 M to 10 -7 M or from 10 -8 M to 10 -7 M. In other embodiments, anti-TIM3 antibodies may bind to membrane-bound cynomolgus TIM3, for example, with an EC50 of 100 nM or less, 10 nM or less, 100 nM to 0.01 nM, 100 nM to 0.1 nM, 100 nM to 1 nM, or 10 nM to 1 nM, for example, as determined by flow cytometry. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to a junction (e.g., a cell membrane junction) of cynomolgus TIM3, such as on activated human CD4+ and CD8+ TILs, for example, as determined by flow cytometry and a Scatchard plot, with a K D of 10 -7 M or less, 10 -8 M or less, 10 -9 M (1 nM) or less, 5x10 -10 M or less, 10 -10 M or less, from 10 -12 M to 10 -7 M, from 10 -11 M to 10 -8 M, from 10 -10 M to 10 -8 M, from 10 -9 M to 10 -8 M, from 10 -11 M to 10 -9 M or from 10 -10 M to 10 -9 M.
В некоторых вариантах осуществления днти-ТГМЗ антитела стимулируют или усиливают иммунный ответ, например, путем активации Т-клеток, например, в опухоли. Например, днти-ТГМЗ антитела могут активировать или костимулировать клетки, о чем свидетельствует, например, усиленная секреция цитокинов, (например, IFN-γ) и/или усиленная пролиферация, что может быть результатом ингибирования опосредованной TIM3 ингибирующей активности Т-клеток. В некоторых вариантах осуществления активация Т-клеток или костимуляция антителом TIM3 происходит в присутствии стимуляции CD3. В некоторых вариантах осуществления анти-ПМ3 антитело увеличивает секрецию IFN-γ на 50%, 100% (то есть в 2 раза), в 3 раза, в 4 раза, в 5 или более раз, необязательно с максимумом до 10 раз, 30 раз, 100 раз, как измерено, например, на первичных человеческих Т-клетках и/или Т-клетках, экспрессирующих человеческие TIM3, такие как инфильтрирующие опухоль лимфоциты (TIL).In some embodiments, dNTI-TGMZ antibodies stimulate or enhance the immune response, for example, by activating T cells, for example, in a tumor. For example, dNTI-TGMZ antibodies can activate or co-stimulate cells, as evidenced by, for example, increased secretion of cytokines (eg, IFN-γ) and/or increased proliferation, which may result from inhibition of TIM3-mediated T cell inhibitory activity. In some embodiments, T cell activation or TIM3 antibody costimulation occurs in the presence of CD3 stimulation. In some embodiments, the anti-PM3 antibody increases IFN-γ secretion by 50%, 100% (i.e., 2-fold), 3-fold, 4-fold, 5-fold or more, optionally up to a maximum of 10-fold, 30-fold , 100-fold, as measured, for example, on primary human T cells and/or T cells expressing human TIM3, such as tumor infiltrating lymphocytes (TILs).
В некоторых исследованиях анти-ПМ3 антитела ингибируют связывание фосфатидилсерина с человеческим TIM3 на клетках, например, клетках СНО или активированных Т-клетках, экспрессирующих человеческий TIM3, например, с EC50 10 мкг/мл или меньше, 1 мкг/мл или меньше, от 0.01 мкг/мл до 10 мкг/мл, от 0.1 мкг/мл до 10 мкг/мл или от 0.1 мкг/мл до 1 мкг/мл.In some studies, anti-PM3 antibodies inhibit the binding of phosphatidylserine to human TIM3 on cells, e.g., CHO cells or activated T cells expressing human TIM3, e.g., with an EC 50 of 10 μg/ml or less, 1 μg/ml or less, from 0.01 µg/ml to 10 µg/ml, from 0.1 µg/ml to 10 µg/ml or from 0.1 µg/ml to 1 µg/ml.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела, подходящие для настоящего изобретения, связываются с эпитопом, например, конформационным эпитопом, во внеклеточной части человеческого TIM3, например, в Ig-подобном домене внеклеточной области, то есть аминокислотами 22-202 из SEQ ID NO: 194. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело связывается с эпитопом, расположенным в аминокислотах 22-120 внеклеточного домена человеческого TIM3 (SEQ ID NO: 194) или 1-99 зрелого человеческого TIM3 (SEQ ID NO: 198). В некоторых вариантах осуществления антиTIM3 антитело связывается с эпитопом внутри области, состоящей из аминокислот 58-64 человеческого TIM3, имеющей SEQ ID NO: 194, что соответствует аминокислотным остаткам 37-43 зрелого человеческого TIM3 (CPVFECG, SEQ ID NO: 200). В других вариантах осуществления анти-ПМ3 антитело связывается с эпитопом внутри области, состоящей из аминокислот 111-120 человеческого TIM3, имеющей SEQ ID NO: 194, что соответствует аминокислотным остаткам 90-99 зрелого человеческого TIM3 ( RIQIPGIMND, SEQ ID NO: 202). В некоторых вариантах осуществления αнти-TIM3 антитело связывается с эпитопом внутри области, состоящей из области, состоящей из аминокислот 58-64 человеческого TIM3, имеющей SEQ ID NO: 194 (CPVFECG, SEQ ID NO: 200) или с эпитопом внутри области, состоящей из аминокислот 111-120 человеческого TIM3, имеющей SEQ ID NO: 194 (RIQIPGIMND, SEQ ID NO: 202). В некоторых вариантах осуществления анти-ПМ3 антитело связывается с эпитопом внутри области, состоящей из аминокислот 78-89 человеческого TIM3, имеющей SEQ ID NO: 194, что соответствует аминокислотным остаткам 57-83 зрелого человеческого TIM3 (WTSRYWLNGDFR, SEQ ID NO: 201). В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело связывается главным образом с тем же эпитопом, что и 13A3, то есть с эпитопом (или областью человеческого TIM3), содержащим один или более аминокислотных остатков С58, Р59, F61, Е62, С63, R111 и D120 SEQ ID NO: 194. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело связывается с эпитопом (или областью человеческого TIM3), содержащим один или более аминокислотных остатков С58, Р59, F61, Е62, С63, D104, R111, Q113 и D120 SEQ ID NO: 194.In some embodiments, anti-TIM3 antibodies suitable for the present invention bind to an epitope, e.g., a conformational epitope, in the extracellular portion of human TIM3, e.g., in the Ig-like domain of the extracellular region, i.e., amino acids 22-202 of SEQ ID NO: 194. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to an epitope located at amino acids 22-120 of the extracellular domain of human TIM3 (SEQ ID NO: 194) or 1-99 of mature human TIM3 (SEQ ID NO: 198). In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to an epitope within the region consisting of amino acids 58-64 of human TIM3 having SEQ ID NO: 194, which corresponds to amino acid residues 37-43 of mature human TIM3 (CPVFECG, SEQ ID NO: 200). In other embodiments, the anti-PM3 antibody binds to an epitope within the region consisting of amino acids 111-120 of human TIM3 having SEQ ID NO: 194, which corresponds to amino acid residues 90-99 of mature human TIM3 (RIQIPGIMND, SEQ ID NO: 202). In some embodiments, the αanti-TIM3 antibody binds to an epitope within the region consisting of the region consisting of amino acids 58-64 of human TIM3 having SEQ ID NO: 194 (CPVFECG, SEQ ID NO: 200) or to an epitope within the region consisting of amino acids 111-120 of human TIM3 having SEQ ID NO: 194 (RIQIPGIMND, SEQ ID NO: 202). In some embodiments, the anti-PM3 antibody binds to an epitope within the region consisting of amino acids 78-89 of human TIM3 having SEQ ID NO: 194, which corresponds to amino acid residues 57-83 of mature human TIM3 (WTSRYWLNGDFR, SEQ ID NO: 201). In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds substantially to the same epitope as 13A3, that is, an epitope (or region of human TIM3) containing one or more of amino acid residues C58, P59, F61, E62, C63, R111, and D120 SEQ ID NO: 194. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to an epitope (or region of human TIM3) containing one or more amino acid residues C58, P59, F61, E62, C63, D104, R111, Q113, and D120 SEQ ID NO: : 194.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело не связывается в значительной степени или только со значительно сниженной связывающей аффинностью с белком TIM3 человека, в котором один или более аминокислотных остатков С58, Р59, F61, Е62, С63, R111 и D120 SEQ ID NO: 194 заменяется другой аминокислотой, например, при неконсервативной аминокислотной замене. В других вариантах осуществления анти-TIM3 антитело не связывается в значительной степени или только со значительIn some embodiments, the anti-TIM3 antibody does not bind substantially, or only with significantly reduced binding affinity, to the human TIM3 protein, wherein one or more of amino acid residues C58, P59, F61, E62, C63, R111, and D120 SEQ ID NO: 194 is replaced by another amino acid, for example, in a non-conservative amino acid substitution. In other embodiments, the anti-TIM3 antibody does not bind significantly or only to a significant extent.
- 30 045913 но сниженной связывающей аффинностью с белком TIM3 человека, в котором один или несколько аминокислотных остатков С58, Р59, F61, Е62, С63, D104, R111, Q113 и D120 SEQ ID NO: 194 заменен на другую аминокислоту, например, при неконсервативной аминокислотной замене.- 30 045913 but with reduced binding affinity to the human TIM3 protein, in which one or more amino acid residues C58, P59, F61, E62, C63, D104, R111, Q113 and D120 SEQ ID NO: 194 is replaced by another amino acid, for example, with a non-conservative amino acid replacement.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело связывается главным образом с тем же эпитопом, что и 3G4, то есть эпитоп (или область человеческого TIM3), содержащий один или более аминокислотных остатков С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, G116 и M118 SEQ ID NO: 194. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело связывается с эпитопом (или областью человеческого TIM3), содержащим один или более аминокислотных остатков С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, D104, G116 и M118 SEQ ID NO: 194. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело не связывается в значительной степени или только со значительно сниженной связывающей аффинностью с белком TIM3 человека, в котором один или более аминокислотных остатков С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, G116, и M118 SEQ ID NO: 194 заменен другой аминокислотой, например, при неконсервативной аминокислотной замене. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело не связывается в значительной степени или только со значительно сниженной связывающей аффинностью с белком TIM3 человека, в котором один или более аминокислотных остатков С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, D104, G116 и M118 SEQ ID NO: 194 заменен другой аминокислотой, например, при неконсервативной аминокислотной замене.In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds substantially to the same epitope as 3G4, that is, an epitope (or region of human TIM3) containing one or more of amino acid residues C58, P59, V60, F61, E62, C63, G116, and M118 SEQ ID NO: 194. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to an epitope (or region of human TIM3) containing one or more of amino acid residues C58, P59, V60, F61, E62, C63, D104, G116, and M118 SEQ ID NO: 194. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody does not bind significantly, or only with significantly reduced binding affinity, to the human TIM3 protein, in which one or more amino acid residues C58, P59, V60, F61, E62, C63, G116, and M118 SEQ ID NO: 194 is replaced by another amino acid, for example, in a non-conservative amino acid substitution. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody does not bind substantially, or only with significantly reduced binding affinity, to the human TIM3 protein, wherein one or more of amino acid residues C58, P59, V60, F61, E62, C63, D104, G116, and M118 of SEQ ID NO: 194 is replaced by another amino acid, for example, in a non-conservative amino acid substitution.
В некоторых вариантах осуществления анти-TZMS антитело связывается главным образом с тем же эпитопом, что и 17С3, т.е. с эпитопом (или областью человеческого TIM3), содержащим один или более аминокислотных остатков С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, G64 и G116 SEQ ID NO: 194. В некоторых вариантах осуществления анmи-TIM3 антитело связывается с эпитопом (или областью человеческого TIM3), содержащим один или более аминокислотных остатков С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, G64, D104 и G116 SEQ ID NO: 194. В некоторых вариантах осуществления анmи-TIM3 антитело не связывается в значительной степени или только со значительно сниженной связывающей аффинностью с белком TIM3 человека, в котором один или более аминокислотных остатков С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, G64 и G116 SEQ ID NO: 194 заменен на другую аминокислоту, например, при неконсервативной аминокислотной замене. В некоторых вариантах осуществления янти-ТГМЗ антитело не связывается в значительной степени или только со значительно сниженной связывающей аффинностью с белком TIM3 человека, в котором один или более аминокислотных остатков С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, G64, D104 и G116 SEQ ID NO: 194 заменен другой аминокислотой, например, при неконсервативной аминокислотной замене. В некоторых вариантах осуществления анmи-TIM3 антитело связывается главным образом с тем же эпитопом, что и 8В9, то есть с эпитопом (или областью человеческого TIM3), содержащим один или более аминокислотных остатков L48, W78, S80, R81, W83, G86, D87 и R89 SEQ ID NO: 194. В некоторых вариантах осуществления анmи-TIM3 антитело связывается с эпитопом (или областью человеческого TIM3), содержащим один или более аминокислотных остатков L48, W78, S80, R81, W83, L84, G86, D87 и R89 SEQ ID NO: 194. В других вариантах осуществления янти-ТГМЗ антитело связывается с эпитопом (или областью человеческого TIM3), содержащим один или более аминокислотных остатков L48, W78, S80, R81, W83, G86, D87, R89 и D104 SEQ ID NO: 194. В некоторых вариантах осуществления анmи-TIM3 антитело не связывается в значительной степени или только со значительно сниженной связывающей аффинностью с белком TIM3 человека, в котором один или более аминокислотных остатков L48, W78, S80, R81, W83, G86, D87 и R89 SEQ ID NO: 194 заменен на другую аминокислоту, например, при неконсервативной аминокислотной замене. В других вариантах осуществления анmи-TIM3 антитело не связывается в значительной степени или только со значительно сниженной связывающей аффинностью с белком TIM3 человека, в котором один или более аминокислотных остатков L48, W78, S80, R81, W83, L84, G86, D87 и R89 SEQ ID NO: 194 заменен на другую аминокислоту, например, при неконсервативной аминокислотной замене. В некоторых вариантах осуществления ннти-ТГМЗ антитело не связывается в значительной степени или только со значительно сниженной связывающей аффинностью с белком TIM3 человека, в котором один или более аминокислотных остатков L48, W78, S80, R81, W83, G86, D87, R89, и D104 SEQ ID NO: 194 заменен на другую аминокислоту, например, при неконсервативной аминокислотной замене.In some embodiments, the anti-TZMS antibody binds substantially to the same epitope as 17C3, i.e. with an epitope (or region of human TIM3) containing one or more amino acid residues C58, P59, V60, F61, E62, C63, G64 and G116 SEQ ID NO: 194. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to the epitope (or region human TIM3) containing one or more amino acid residues C58, P59, V60, F61, E62, C63, G64, D104 and G116 SEQ ID NO: 194. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody does not bind significantly or only significantly reduced binding affinity to the human TIM3 protein in which one or more amino acid residues C58, P59, V60, F61, E62, C63, G64 and G116 of SEQ ID NO: 194 is replaced by another amino acid, for example, in a non-conservative amino acid substitution. In some embodiments, the yanti-TGMZ antibody does not bind substantially, or only with significantly reduced binding affinity, to the human TIM3 protein, in which one or more amino acid residues C58, P59, V60, F61, E62, C63, G64, D104, and G116 of SEQ ID NO: 194 is replaced by another amino acid, for example, in a non-conservative amino acid substitution. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds substantially to the same epitope as 8B9, i.e., an epitope (or region of human TIM3) containing one or more of amino acid residues L48, W78, S80, R81, W83, G86, D87 and R89 SEQ ID NO: 194. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to an epitope (or region of human TIM3) containing one or more of amino acid residues L48, W78, S80, R81, W83, L84, G86, D87, and R89 of SEQ ID NO: 194. In other embodiments, the yanti-TGMZ antibody binds to an epitope (or region of human TIM3) containing one or more of amino acid residues L48, W78, S80, R81, W83, G86, D87, R89, and D104 SEQ ID NO: 194. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody does not bind substantially, or only with significantly reduced binding affinity, to the human TIM3 protein, wherein one or more of amino acid residues L48, W78, S80, R81, W83, G86, D87, and R89 of SEQ ID NO: 194 is replaced by another amino acid, for example, in a non-conservative amino acid substitution. In other embodiments, the anti-TIM3 antibody does not bind substantially, or only with significantly reduced binding affinity, to the human TIM3 protein, wherein one or more of amino acid residues L48, W78, S80, R81, W83, L84, G86, D87, and R89 of SEQ ID NO: 194 is replaced by another amino acid, for example, in a non-conservative amino acid substitution. In some embodiments, the ntti-TGMZ antibody does not bind significantly, or only with significantly reduced binding affinity, to the human TIM3 protein, in which one or more amino acid residues L48, W78, S80, R81, W83, G86, D87, R89, and D104 SEQ ID NO: 194 is replaced by another amino acid, for example, in a non-conservative amino acid substitution.
В других вариантах осуществления анmи-TIM3-анmитела, подходящие для применения в настоящем раскрытии, конкурируют за связывание с человеческим TIM3 (или ингибируют связывание) с антиTIM3-антиmелами, содержащими CDR или вариабельные области, описанные в настоящем документе, например, антитела антител 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 и любое из TIM3.2-TIM3. 18. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3-антитела ингибируют связывание антител 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 или любого из TIM3.2-TIM3. 18 с человеческим TIM3, по меньшей мере, на 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или на 100%. В некоторых вариантах осуществления 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 или любой из TIM3. 2-TIM3. 18 ингибируют связывание анmи-TIM3-анmител с человеческим TIM3, по меньшей мере, на 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или на 100%. В других вариантах осуществления анти-TIM3-анmитела ингибируют связывание 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 или любого из TIM3.2-TIM3.18 с человеческим TIM3, по меньшей мере, на 50%, 60%, 70%, 80%, 90% или на 100%, и 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 или любой из TIM3.2-TIM3.18 ингибируют связывание анmи-TIM3антител с человеческим TIM3, по меньшей мере, на 50%, 60% 70%, 80%, 90% или на 100%, (например,In other embodiments, anti-TIM3 antibodies suitable for use in the present disclosure compete for binding to human TIM3 with (or inhibit binding of) anti-TIM3 antibodies containing CDRs or variable regions described herein, for example, 13A3 antibody antibodies. 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 and any of TIM3.2-TIM3. 18. In some embodiments, anti-TIM3 antibodies inhibit the binding of antibodies 13A3, 3G4, 17C3, 17C8, 9F6, 8B9, 8C4, or any of TIM3.2-TIM3. 18 with human TIM3 at least 50%, 60%, 70%, 80%, 90% or 100%. In some embodiments, 13A3, 3G4, 17C3, 17C8, 9F6, 8B9, 8C4, or any of TIM3. 2-TIM3. 18 inhibit the binding of anti-TIM3 antibodies to human TIM3 by at least 50%, 60%, 70%, 80%, 90% or 100%. In other embodiments, anti-TIM3 antibodies inhibit the binding of 13A3, 3G4, 17C3, 17C8, 9F6, 8B9, 8C4, or any of TIM3.2-TIM3.18 to human TIM3 by at least 50%, 60%, 70 %, 80%, 90% or 100%, and 13A3, 3G4, 17C3, 17C8, 9F6, 8B9, 8C4 or any of TIM3.2-TIM3.18 inhibit the binding of anti-TIM3 antibodies to human TIM3 by at least 50%, 60% 70%, 80%, 90% or 100% (for example,
- 31 045913 конкурируют в обоих направлениях).- 31 045913 compete in both directions).
В некоторых вариантах осуществления анти-Т1М3-антитела, описанные в данном документе, имеют 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 или все следующие отличительные признаки:In some embodiments, the anti-T1M3 antibodies described herein have 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, or all of the following features :
(1) связывание с растворимым человеческим TIM3, например, с KD 10 нМ или меньше, например, от 0.01 нМ до 10 нМ, например, как измерено с помощью Biacore;(1) binding to soluble human TIM3, for example, with a KD of 10 nM or less, for example, from 0.01 nM to 10 nM, for example, as measured by Biacore;
(2) связывание с растворимым TIM3 яванского макака, например, с KD 100 нМ или меньше, например, от 0.01 нМ до 100 нМ, например, по данным Biacore;(2) binding to soluble cynomolgus TIM3, for example, with a KD of 100 nM or less, for example, from 0.01 nM to 100 nM, for example, according to Biacore;
(3) связывание с мембраносвязанным человеческим TIM3, например, с EC50 от 1 мкг/мл или меньше, например, от 0.01 мкг/мл до 1 мкг/мл, например, как измерено с помощью проточной цитометрии;(3) binding to membrane-bound human TIM3, eg, an EC 50 of 1 μg/ml or less, eg, 0.01 μg/ml to 1 μg/ml, for example, as measured by flow cytometry;
(4) связывание с мембраносвязанным человеческим TIM3, например, с KD 1 нМ или меньше, например, от 0.01 нМ до 10 нМ), например, как измерено путем анализа Скэтчарда;(4) binding to membrane-bound human TIM3, for example, with a KD of 1 nM or less, for example, from 0.01 nM to 10 nM), for example, as measured by the Scatchard assay;
(5) связывание с мембраносвязанным TIM3 яванского макака, например, с EC50 20 мкг/мл или меньше, например, от 0.01 мкг/мл до 20 мкг/мл, например, как измерено с помощью проточной цитометрии;(5) binding to membrane-bound cynomolgus TIM3, for example, with an EC 50 of 20 μg/ml or less, for example, from 0.01 μg/ml to 20 μg/ml, for example, as measured by flow cytometry;
(6) связывание с мембраносвязанным TIM3 яванского макака, например, с KD 1 нМ или меньше, например, от 0.01 нМ до 10 нМ, например, как измерено путем анализа Скэтчарда;(6) binding to membrane-bound cynomolgus TIM3, for example, with a K D of 1 nM or less, for example, from 0.01 nM to 10 nM, for example, as measured by the Scatchard assay;
(7) индуцирование или усиление активации Т-клеток, например, путем блокирования или уменьшения ингибирующего действия TIM3, о чем свидетельствует (i) повышенная продукция IFN-γ в TIM3экспрессирующих Т-клетках, например, Ш-клетках или TIL и/или (ii) усиление пролиферации Т-клеток, экспрессирующих TIM-3, например, клеток Th1 или TIL;(7) inducing or enhancing T cell activation, e.g., by blocking or reducing the inhibitory effect of TIM3, as evidenced by (i) increased production of IFN-γ in TIM3-expressing T cells, e.g., III cells or TILs and/or (ii) ) increased proliferation of T cells expressing TIM-3, such as Th1 cells or TILs;
(8) стимулирование пролиферации Т-клеток в анализе реакции смешанной культуры лимфоцитов (MLR);(8) stimulation of T cell proliferation in a mixed lymphocyte reaction (MLR) assay;
(9) ингибирование связывания фосфатидилсерина с TIM3;(9) inhibition of phosphatidylserine binding to TIM3;
(10) отсутствие интернализации или подавления TIM3 на клеточной поверхности при связывании с TIM3 на клетках;(10) lack of internalization or downregulation of TIM3 at the cell surface upon binding to TIM3 on cells;
(11) связывание с одной из следующих областей внеклеточного домена человеческого TIM3 (SEQ ID NO: 198): (а) CPVFECG (seq id NO: 200); (b) RIQIPGIMND (seq id NO: 202); (с) CPVFECG и RIQIPGIMND (seq id NO: 200 и 202, соответственно) и (d) WTSRYWLNGDFR (SEQ ID NO:201);(11) binding to one of the following regions of the extracellular domain of human TIM3 (SEQ ID NO: 198): (a) CPVFECG (seq id NO: 200); (b) RIQIPGIMND (seq id NO: 202); (c) CPVFECG and RIQIPGIMND (seq id NO: 200 and 202, respectively) and (d) WTSRYWLNGDFR (SEQ ID NO: 201);
(12) уменьшение связывания с человеческим TIM3, где одна или более аминокислот L48, С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, G64, W78, S80, R81, W83, L84, G86, D87, R89, D104 R111, Q113, G116, M118 и D120 (как пронумеровано в SEQ ID NO: 194) замещена другой аминокислотой по сравнению со связыванием с человеческим TIM3 дикого типа;(12) decreased binding to human TIM3, where one or more amino acids L48, C58, P59, V60, F61, E62, C63, G64, W78, S80, R81, W83, L84, G86, D87, R89, D104 R111, Q113 , G116, M118 and D120 (as numbered in SEQ ID NO: 194) is replaced by a different amino acid compared to binding to wild-type human TIM3;
(13) конкурирование либо в одном, либо в обоих направлениях за связывание с человеческим TIM3 с антителом, содержащим домены VH и VL любого из 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 или TIM3.7, TIM3.8, TIM3.10, TIM3.11, TIM3.12, TIM3.13, TIM3.14, TIM3.15, TIM3.16, TIM3.18;(13) competition in either one or both directions for binding to human TIM3 with an antibody containing the VH and VL domains of any of 13A3, 3G4, 17C3, 17C8, 9F6, 8B9, 8C4 or TIM3.7, TIM3.8, TIM3 .10, TIM3.11, TIM3.12, TIM3.13, TIM3.14, TIM3.15, TIM3.16, TIM3.18;
(14) связывание с областями человеческого TIM3 49VPVCWGKGACPVFE62 (seq id NO: 204) и 111RIQIPGIMNDEKFNLKL127 (SEQ ID NO: 205), как определено с помощью HDX-MS (массспектрометрией водородно-дейтериевого обмена);(14) binding to human TIM3 regions 49 VPVCWGKGACPVFE 62 (seq id NO: 204) and 111 RIQIPGIMNDEKFNLKL 127 (SEQ ID NO: 205), as determined by HDX-MS (hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry);
(15) имеющие вариабельные области тяжелой цепи и/или легкой цепи взаимодействуют, по меньшей мере, с 5, 10, 15, 20 или всеми следующими аминокислотами человеческого TIM3: Р50, V51, С52, Р59, V60, F61, Е62, С63, G64, N65, V66, V67, L68, R69, D71, Е72, D74, R111, Q113, G116, I117, M118, D120 и, необязательно, Т70 и/или I112, как определено с помощью рентгеновской кристаллографии (нумерация SEQ ID NO: 194); и/или (16) (а) имеющие пониженное связывание с человеческим TIM3, в котором 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 или 9 аминокислот С58, Р59, F61, Е62, С63, R111, D120 и, необязательно, D104 и Q113 (нумерация SEQ ID NO: 194) замещены другой аминокислотой относительно связывания с человеческим TIM3 дикого типа; (b) связывание с 49VPVCWGKGACPVFE62 (SEQ ID NO:204), 111RIQIPGIMNDEKFNLKL127 (SEQ ID NO: 205) и 119NDEKFNLKL127 (SEQ ID NO: 210), как определено с помощью HDX-MS и/или (с) конкурироваие или перекрестное блокирование со связыванием с человеческим TIM3 13A3 или TIM3.18.IgG1.3.(15) having heavy chain and/or light chain variable regions interact with at least 5, 10, 15, 20 or all of the following amino acids of human TIM3: P50, V51, C52, P59, V60, F61, E62, C63, G64, N65, V66, V67, L68, R69, D71, E72, D74, R111, Q113, G116, I117, M118, D120, and optionally T70 and/or I112, as determined by X-ray crystallography (SEQ ID NO : 194); and/or (16) (a) having reduced binding to human TIM3, in which 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 or 9 amino acids C58, P59, F61, E62, C63, R111, D120 and optionally, D104 and Q113 (SEQ ID NO: 194) are replaced with a different amino acid relative to binding to wild-type human TIM3; (b) binding to 49 VPVCWGKGACPVFE 62 (SEQ ID NO:204), 111 RIQIPGIMNDEKFNLKL 127 (SEQ ID NO: 205) and 119 NDEKFNLKL 127 (SEQ ID NO: 210), as determined by HDX-MS and/or (with ) compete or cross-block with binding to human TIM3 13A3 or TIM3.18.IgG1.3.
Соответственно, антитело, которое проявляет одно или более из этих функциональных свойств (например, биохимическая, иммунохимическая, клеточная, физиологическая или другая биологическая активность или тому подобное), как определено в соответствии с методологиями, известными в данной области техники и описанными в настоящем документе, следует понимать как демонстрирующее статистически значимое различие в конкретной активности по сравнению с тем, что наблюдается в отсутствие антитела, например или когда присутствует контрольное антитело с нерелевантной специфичностью). В некоторых вариантах осуществления индуцированное анти-Т1М3 антителом увеличение измеряемого параметра, (например, пролиферация Т-клеток, продуцирование цитокинов) в данном анализе приводит к статистически значимому увеличению, по меньшей мере, на 10% измеренного параметра, например, по меньшей мере, на 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 100% (т.е. в 2 раза), 3 раза, 5 или 10 раз, и в некоторых вариантах осуществления антитело, описанное здесь, может увеличить измеряемыйAccordingly, an antibody that exhibits one or more of these functional properties (e.g., biochemical, immunochemical, cellular, physiological or other biological activity, or the like), as determined in accordance with methodologies known in the art and described herein, should be understood as demonstrating a statistically significant difference in a particular activity compared to what is observed in the absence of the antibody, for example or when a control antibody of irrelevant specificity is present). In some embodiments, an anti-T1M3 antibody-induced increase in a measured parameter (e.g., T cell proliferation, cytokine production) in a given assay results in a statistically significant increase of at least 10% in the measured parameter, e.g., by at least 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 100% (i.e. 2 times), 3 times, 5 or 10 times, and in some In embodiments, the antibody described herein can increase the measurable
- 32 045913 параметр, например, более чем на 92%, 94%, 95%, 97%, 98%, 99%, 100% (т.е. в 2 раза), в 3 раза, в 5 раз или в 10 раз, относительно этого же анализа, проведенного в отсутствие антитела. И наоборот, индуцированные знти-ТГМЗ антителом уменьшения измеренного параметра (например, объема опухоли, связывания TIM3-L с человеческим TIM3) в данном анализе вызывает статистически значимое уменьшение, по меньшей мере, на 10% измеренного параметра, например, по меньшей мере, на 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% или 90%, и в некоторых вариантах осуществления антитело, описанное в данном документе, может уменьшать измеряемый параметр, например, более чем на 92%, 94%, 95%, 97%, 98% или 99%, относительно того же анализа, проведенного в отсутствие антитела. Стандартные анализы для оценки способности антител связываться с TIM3 различных видов известны в данной области, включая, например, ELISA, вестерн-блоты и RIA. Кинетика связывания, например, связывающая аффинность антител, также может быть оценена с помощью стандартных анализов, известных в данной области, таких как анализ Biacore.- 32 045913 parameter, for example, more than 92%, 94%, 95%, 97%, 98%, 99%, 100% (i.e. 2 times), 3 times, 5 times or 10 times, relative to the same analysis performed in the absence of the antibody. Conversely, santi-TGMZ antibody-induced decreases in a measured parameter (eg, tumor volume, TIM3-L binding to human TIM3) in this assay produce a statistically significant reduction of at least 10% in the measured parameter, e.g. 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, or 90%, and in some embodiments, an antibody described herein can reduce a measured parameter, for example, by more than 92%, 94 %, 95%, 97%, 98%, or 99%, relative to the same assay performed in the absence of the antibody. Standard assays for assessing the ability of antibodies to bind to TIM3 of various species are known in the art, including, for example, ELISA, Western blots and RIA. Binding kinetics, such as antibody binding affinity, can also be assessed using standard assays known in the art, such as the Biacore assay.
В некоторых вариантах осуществления αнти-TIM3 антитела, подходящие для настоящего изобретения, не являются нативными антителами или не встречаются в природе. Например, в некоторых вариантах осуществления aнти-TIM3 антитела имеют посттрансляционные модификации, которые отличаются от модификаций антител, которые встречаются в природе, такие как наличие большего, меньшего или другого типа посттрансляционной модификации.In some embodiments, αanti-TIM3 antibodies suitable for the present invention are not native antibodies or do not occur in nature. For example, in some embodiments, anti-TIM3 antibodies have post-translational modifications that are different from antibody modifications that occur naturally, such as having more, less, or a different type of post-translational modification.
В некоторых вариантах осуществления aнти-TIM3 антитела не обладают агонистической активностью, как это определено, например, при перекрестном связывании aнти-TIM3 антител в экспериментах по совместному культивированию CHO-OKT3-CD32: Т-клеток, где такие антитела не усиливают активность без участия анти-TIM3 самого по себе. В некоторых вариантах осуществления янти-ТГМЗ антитела блокируют взаимодействие TIM3 с его лигандом без стимуляции агонистической активности.In some embodiments, anti-TIM3 antibodies do not have agonistic activity, as determined, for example, by cross-linking anti-TIM3 antibodies in CHO-OKT3-CD32: T cell co-culture experiments, where such antibodies do not enhance activity without the participation of anti-TIM3 antibodies. -TIM3 itself. In some embodiments, yanti-TGMZ antibodies block the interaction of TIM3 with its ligand without stimulating agonist activity.
В некоторых вариантах осуществления анги-ТГМ3 антитела усиливают продукцию IL-12 из моноцитов или дендритных клеток, обработанных LPS.In some embodiments, anti-TGM3 antibodies enhance IL-12 production from monocytes or dendritic cells treated with LPS.
В некоторых вариантах осуществления анти-Т1М3 антитела восстанавливают опухоль, инфильтрирующую CD4+ и CD8+ Т-клетки, которые коэкспрессируют PD-1 и TIM3 путем комбинированнго лечения, таким образом избегая истощения CD4+ и CD8+ Т-клеток.In some embodiments, anti-T1M3 antibodies restore tumor-infiltrating CD4+ and CD8+ T cells that coexpress PD-1 and TIM3 through combination treatment, thereby avoiding CD4+ and CD8+ T cell depletion.
Иллюстративные анти-Т1М3 антитела.Exemplary anti-T1M3 antibodies.
Конкретными анти-Т1М3 антителами, подходящими для настоящего изобретения, являются антитела, например, моноклональные, рекомбинантные и/или человеческие антитела, имеющие последовательности CDR и/или вариабельных областей антител 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 или любой из TIM3.2-TIM3.18, а также антитела, имеющие идентичность, по меньшей мере, 80%, например, по меньшей мере, 85%, по меньшей мере, 90%, по меньшей мере, 95% или по меньшей мере, 99% последовательностей их вариабельной области или CDR. Аминокислотные последовательности VH 13A3, 8В9, 8С4, 17С3, 9F6, 3G4 и 17С8 приведены в SEQ ID NO: 1-7, соответственно.Specific anti-T1M3 antibodies suitable for the present invention are antibodies, for example, monoclonal, recombinant and/or human antibodies having the CDR and/or variable region sequences of antibodies 13A3, 3G4, 17C3, 17C8, 9F6, 8B9, 8C4 or any of TIM3.2-TIM3.18, as well as antibodies having at least 80% identity, for example at least 85%, at least 90%, at least 95% or at least 99 % of their variable region or CDR sequences. The amino acid sequences of VH 13A3, 8B9, 8C4, 17C3, 9F6, 3G4 and 17C8 are given in SEQ ID NO: 1-7, respectively.
Аминокислотные последовательности VH вариантов 13A3, 8В9 и 9F6 приведены в SEQ ID NO: 8-18. Аминокислотные последовательности VL 13A3, 17С3 и 3G4 приведены в SEQ ID NO: 19. Аминокислотные последовательности VL 8B9, 8С4 и 17С8 представлены в SEQ ID NO: 20. Аминокислотная последовательность VL 9F6 или его варианты представлены в SEQ ID NO: 20, 21 или 22. Аминокислотные последовательности VL вариантов 13A3 и 8В9 приведены в SEQ ID NO: 19 и SEQ ID NO: 20, соответственно.The amino acid sequences of VH variants 13A3, 8B9 and 9F6 are given in SEQ ID NO: 8-18. The amino acid sequences of VL 13A3, 17C3 and 3G4 are shown in SEQ ID NO: 19. The amino acid sequences of VL 8B9, 8C4 and 17C8 are presented in SEQ ID NO: 20. The amino acid sequence of VL 9F6 or variants thereof are presented in SEQ ID NO: 20, 21 or 22 The amino acid sequences of VL variants 13A3 and 8B9 are shown in SEQ ID NO: 19 and SEQ ID NO: 20, respectively.
Таким образом, в некоторых вариантах осуществления анти-Т[М3 антитела содержат вариабельные области тяжелой и легкой цепи, где вариабельная область тяжелой цепи содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-18. В некоторых вариантах осуществления вариабельная область легкой цепи содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 19-22.Thus, in some embodiments, anti-T[M3 antibodies comprise heavy and light chain variable regions, wherein the heavy chain variable region comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1-18. In some embodiments, the light chain variable region comprises an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 19-22.
В некоторых вариантах осуществления анти-ММЗ антитела содержат:In some embodiments, the anti-MMZ antibodies comprise:
(а) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 1 и 19, соответственно;(a) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NOs: 1 and 19, respectively;
(b) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 2 и 20, соответственно;(b) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 2 and 20, respectively;
(c) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 3 и 20, соответственно;(c) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 3 and 20, respectively;
(d) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 4 и 19, соответственно;(d) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 4 and 19, respectively;
(e) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 5 и 20, соответственно;(e) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 5 and 20, respectively;
(f) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 5 и 21, соответственно;(f) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 5 and 21, respectively;
(g) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 5 и 22, соответственно;(g) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 5 and 22, respectively;
(h) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 6 и 19, соответственно;(h) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 6 and 19, respectively;
- 33 045913 (i) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 7 и 20, соответственно;- 33 045913 (i) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NOs: 7 and 20, respectively;
(j) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 17 и 22, соответственно;(j) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 17 and 22, respectively;
(k) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 16 и 20, соответственно;(k) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NOs: 16 and 20, respectively;
(l) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 8 и 19, соответственно;(l) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 8 and 19, respectively;
(m) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 9 и 19, соответственно;(m) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 9 and 19, respectively;
(n) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 10 и 19, соответственно;(n) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 10 and 19, respectively;
(о) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 11 и 19, соответственно;(o) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 11 and 19, respectively;
(р) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 12 и 19, соответственно;(p) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NO: 12 and 19, respectively;
(q) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 13 и 19, соответственно;(q) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NOs: 13 and 19, respectively;
(r) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 14 и 19, соответственно;(r) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NOs: 14 and 19, respectively;
(s) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 15 и 19, соответственно; или (t) последовательности вариабельной области тяжелой и легкой цепи, включающие SEQ ID NO: 18 и 19, соответственно.(s) heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NOs: 15 and 19, respectively; or (t) the heavy and light chain variable region sequences comprising SEQ ID NOs: 18 and 19, respectively.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела содержат тяжелую и легкую цепь CDR1, CDR2 и CDR3 13A3, 8В9, 8С4, 17С3, 9F6, 3G4 и 17С8 или любой из TIM3.2 - TIM3.18 или их комбинации. Аминокислотные последовательности VH CDR1 13A3, 8В9, 8С4 и 17С3 представлены в SEQ ID NO: 23-26, соответственно. Аминокислотные последовательности VH CDR1 9F6, 3G4 и 17С8 представлены в SEQ ID NO: 27.In some embodiments, anti-TIM3 antibodies comprise CDR1 heavy and light chain, CDR2 and CDR3 13A3, 8B9, 8C4, 17C3, 9F6, 3G4 and 17C8 or any of TIM3.2 - TIM3.18 or combinations thereof. The amino acid sequences of VH CDR1 13A3, 8B9, 8C4 and 17C3 are presented in SEQ ID NO: 23-26, respectively. The amino acid sequences of VH CDR1 9F6, 3G4 and 17C8 are presented in SEQ ID NO: 27.
Аминокислотная последовательность VH CDR1 мутированных 13A3 антител (то есть TIM3.10TIM3.18) является такой же, как у немутированного 13A3 антитела, то есть SEQ ID NO: 23. Аминокислотная последовательность VH CDR1 мутированного 8В9 антитела (то есть TIM3.8) является такой же, как у немутированного 8В9 антитела, то есть SEQ ID NO: 24. Аминокислотная последовательность VH CDR1 мутированного 9F6 антитела (то есть TIM3.7) является такой же, как у немутированного 9F6 антитела, то есть SEQ ID NO: 27. Аминокислотные последовательности VH CDR2 13A3, 8В9, 8С4, 17С3, 9F6, 3G4 и 17С8 представлены в SEQ ID NO: 28-34, соответственно. Аминокислотная последовательность VH CDR2 мутированных 13A3 антител TIM3.10, TIM3.17 и TIM3.18 представлена в SEQ ID NO: 35. Аминокислотная последовательность VH CDR2 мутированных 13A3 антител TIM3.11 и TIM3.12 представлены в SEQ ID NO: 36 и 37, соответственно. Аминокислотная последовательность VH CDR2 мутированных 13A3 антител TIM3.13 и TIM3.16 является такой же, как у немутированного антитела 13A3, то есть SEQ ID NO: 28. Аминокислотная последовательность VH CDR2 мутированного антитела 8В9 (то есть TIM3.8) представлена в SEQ ID NO: 38. Аминокислотная последовательность VH CDR2 мутированного 9F6 антитела (то есть TIM3.7) является такой же, как у немутированного антитела 9F6, то есть SEQ ID NO: 32. Аминокислотные последовательности VH CDR3 13A3, 8В9, 8С4, 17С3, 9F6, 3G4 и 17С8 представлены в SEQ ID NO: 39-45, соответственно.The amino acid sequence of the VH CDR1 of the mutated 13A3 antibody (i.e., TIM3.10TIM3.18) is the same as that of the unmutated 13A3 antibody, i.e., SEQ ID NO: 23. The amino acid sequence of the VH CDR1 of the mutated 8B9 antibody (i.e., TIM3.8) is as follows the same as the unmutated 8B9 antibody, i.e., SEQ ID NO: 24. The amino acid sequence of the VH CDR1 of the mutated 9F6 antibody (i.e., TIM3.7) is the same as that of the unmutated 9F6 antibody, i.e., SEQ ID NO: 27. Amino acid sequences VH CDR2 13A3, 8B9, 8C4, 17C3, 9F6, 3G4 and 17C8 are presented in SEQ ID NO: 28-34, respectively. The VH CDR2 amino acid sequence of the 13A3 mutated antibodies TIM3.10, TIM3.17 and TIM3.18 is presented in SEQ ID NO: 35. The VH CDR2 amino acid sequence of the 13A3 mutated antibodies TIM3.11 and TIM3.12 is presented in SEQ ID NO: 36 and 37, respectively. The amino acid sequence of the VH CDR2 of the 13A3 mutated antibodies TIM3.13 and TIM3.16 is the same as that of the unmutated 13A3 antibody, i.e., SEQ ID NO: 28. The amino acid sequence of the VH CDR2 of the mutated antibody 8B9 (i.e., TIM3.8) is provided in SEQ ID NO: 38. The VH CDR2 amino acid sequence of the mutated 9F6 antibody (i.e., TIM3.7) is the same as that of the unmutated 9F6 antibody, i.e., SEQ ID NO: 32. The VH CDR3 amino acid sequences are 13A3, 8B9, 8C4, 17C3, 9F6, 3G4 and 17C8 are presented in SEQ ID NO: 39-45, respectively.
Аминокислотная последовательность VH CDR3 мутированных 13A3 антител (то есть TIM3.10TIM3.12) является такой же, как у немутированного антитела 13A3, то есть SEQ ID NO: 39. Аминокислотная последовательность VH CDR3 мутированных 13A3 антител TIM3.13 и TIM3.18 представлена в SEQ ID NO: 46. Аминокислотная последовательность VH CDR3 мутированных 13A3 антител TIM3.15 и TIM3.17 представлена в SEQ ID NO: 48. Аминокислотные последовательности VH CDR3 мутированных 13A3 антител TIM3.14 и TIM3.16 представлены в SEQ ID NO: 47 и 49, соответственно. Аминокислотная последовательность VH CDR3 мутированного 8В9 антитела (то есть TIM3.8) является такой же, как у немутированного 8В9 антитела, то есть SEQ ID NO: 40. Аминокислотная последовательность VH CDR3 мутированного 9F6 антитела (то есть TIM3.7) является такой же, как у немутированного 9F6 антитела, то есть SEQ ID NO: 43.The VH CDR3 amino acid sequence of the 13A3 mutated antibodies (i.e., TIM3.10TIM3.12) is the same as that of the unmutated 13A3 antibody, i.e., SEQ ID NO: 39. The VH CDR3 amino acid sequence of the 13A3 mutated antibodies TIM3.13 and TIM3.18 is presented in SEQ ID NO: 46. The VH CDR3 amino acid sequence of the 13A3 mutated antibodies TIM3.15 and TIM3.17 is presented in SEQ ID NO: 48. The VH CDR3 amino acid sequences of the 13A3 mutated antibodies TIM3.14 and TIM3.16 are presented in SEQ ID NO: 47 and 49, respectively. The VH CDR3 amino acid sequence of the mutated 8B9 antibody (i.e., TIM3.8) is the same as that of the unmutated 8B9 antibody, i.e., SEQ ID NO: 40. The VH CDR3 amino acid sequence of the mutated 9F6 antibody (i.e., TIM3.7) is the same as that of the unmutated 8B9 antibody, i.e., SEQ ID NO: 40. as for the unmutated 9F6 antibody, i.e. SEQ ID NO: 43.
Аминокислотные последовательности VL CDR1 13A3, 8В9, 8С4, 17С3, 3G4 и 17С8 представлены в SEQ ID NO: 50. Аминокислотные последовательности VL CDR1 9F6 представлены в SEQ ID NO: 50 и 51. Аминокислотные последовательности VL CDR2 13A3, 8В9, 8С4, 17С3, 3G4 и 17С8 представлены в SEQ ID NO: 52. Аминокислотные последовательности VL CDR2 9F6 представлены в SEQ ID NO: 52 и 53. Аминокислотные последовательности VL CDR3 13A3, 17С3 и 3G4 представлены в SEQ ID NO: 54. Аминокислотные последовательности VL CDR3 8В9, 8С4 и 17С8 представлены в SEQ ID NO: 55. Аминокислотные последовательности VL CDR3 9F6 представлены в SEQ ID NO: 55-57. Аминокислотные последоThe amino acid sequences of VL CDR1 13A3, 8B9, 8C4, 17C3, 3G4 and 17C8 are presented in SEQ ID NO: 50. The amino acid sequences of VL CDR1 9F6 are presented in SEQ ID NO: 50 and 51. The amino acid sequences of VL CDR2 13A3, 8B9, 8C4, 17C3, 3G4 and 17C8 are presented in SEQ ID NO: 52. The amino acid sequences of VL CDR2 9F6 are presented in SEQ ID NOs: 52 and 53. The amino acid sequences of VL CDR3 13A3, 17C3 and 3G4 are presented in SEQ ID NO: 54. The amino acid sequences of VL CDR3 8B9, 8C4 and 17C8 are presented in SEQ ID NO: 55. The amino acid sequences of VL CDR3 9F6 are presented in SEQ ID NO: 55-57. Amino acid afterbirth
- 34 045913 вательности VL CDR мутированных антител 13A3, 8В9 и 9F6 являются такими же, как у соответствующих немутированных антител. Области CDR изображают с использованием системы Kabat (Kabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242). Система Kabat является наиболее распространенной системой нумерации для системы, называемой индексом EU или системой нумерации EU, которая основана на последовательной нумерации первого секвенированного человеческого IgG1 (the EU antibody; Edelman et al., 1969). На основе системы нумерации Kabat, описанной в данном документе, нумерация антител может быть преобразована в другие системы, известные в данной области техники, например, в систему нумерации Chothia, IMGT, Martin (enhanced Chothia) или, АНо.- 34 045913 VL CDR values of mutated antibodies 13A3, 8B9 and 9F6 are the same as those of the corresponding non-mutated antibodies. CDR regions are depicted using the Kabat system (Kabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242). The Kabat system is the most common numbering system for a system called the EU index or EU numbering system, which is based on the sequential numbering of the first human IgG1 sequenced (the EU antibody; Edelman et al., 1969). Based on the Kabat numbering system described herein, antibody numbering can be converted to other systems known in the art, for example, the Chothia, IMGT, Martin (enhanced Chothia) or AHO numbering system.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела или их антигенсвязывающая часть содержат:In some embodiments, the anti-TIM3 antibodies or an antigen-binding portion thereof comprise:
(a) вариабельную область тяжелой цепи CDR1, содержащую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 23-27;(a) a heavy chain variable region CDR1 comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 23-27;
(b) вариабельную область тяжелой цепи CDR2, содержащую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 28-38;(b) a heavy chain variable region CDR2 comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 28-38;
(c) вариабельную область тяжелой цепи CDR3, содержащую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 39-49;(c) a heavy chain variable region CDR3 comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 39-49;
(d) вариабельную область легкой цепи CDR1, содержащую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 50 и 51;(d) a CDR1 light chain variable region comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 50 and 51;
(e) вариабельную область легкой цепи CDR2, содержащую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 52 и 53; or (f) вариабельную область легкой цепи CDR3, содержащую аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 54-57;(e) a light chain variable region CDR2 comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 52 and 53; or (f) a CDR3 light chain variable region comprising an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 54-57;
где антитело специфически связывается с TIM3 человека.where the antibody specifically binds to human TIM3.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела содержат вариабельные области тяжелой и легкой цепи, где вариабельная область тяжелой цепи CDR1, CDR2 и CDR3 содержит:In some embodiments, anti-TIM3 antibodies comprise heavy and light chain variable regions, wherein the heavy chain variable region CDR1, CDR2 and CDR3 comprises:
(a) SEQ ID NO: 23, 28 и 39;(a) SEQ ID NO: 23, 28 and 39;
(b) SEQ ID NO: 24, 29 и 40;(b) SEQ ID NO: 24, 29 and 40;
(с) SEQ ID NO: 25, 30 и 41;(c) SEQ ID NO: 25, 30 and 41;
(d) SEQ ID NO:26, 31 и 42;(d) SEQ ID NO:26, 31 and 42;
(e) SEQ ID NO: 27, 32 и 43;(e) SEQ ID NO: 27, 32 and 43;
(f) SEQ ID NO: 27, 33 и 44;(f) SEQ ID NO: 27, 33 and 44;
(g) SEQ ID NO: 27, 34 и 45;(g) SEQ ID NO: 27, 34 and 45;
(h) SEQ ID NO: 23, 35 и 39;(h) SEQ ID NO: 23, 35 and 39;
(i) SEQ ID NO: 23, 36 и 39;(i) SEQ ID NO: 23, 36 and 39;
(j)SEQ ID NO: 23, 37 и 39;(j) SEQ ID NO: 23, 37 and 39;
(k) SEQ ID NO: 23, 28 и 46;(k) SEQ ID NO: 23, 28 and 46;
(l) SEQ ID NO: 23, 28 и 47;(l) SEQ ID NO: 23, 28 and 47;
(m) SEQ ID NO: 23, 28 и 48;(m) SEQ ID NO: 23, 28 and 48;
(n) SEQ ID NO: 23, 28 и 49;(n) SEQ ID NO: 23, 28 and 49;
(о) SEQ ID NO: 23, 35 и 46; или (p) SEQ ID NO: 23, 35 и 48;(o) SEQ ID NO: 23, 35 and 46; or (p) SEQ ID NO: 23, 35 and 48;
где антитело специфически связывается с человеческим TIM3.where the antibody specifically binds to human TIM3.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело человека содержит вариабельные области тяжелой и легкой цепей, где вариабельная область легкой цепи CDR1, CDR2 и CDR3 содержит:In some embodiments, the human anti-TIM3 antibody comprises heavy and light chain variable regions, wherein the light chain variable region of CDR1, CDR2 and CDR3 comprises:
(a) SEQ ID NO: 50, 52 и 54;(a) SEQ ID NO: 50, 52 and 54;
(b) SEQ ID NO: 50, 52 и 55;(b) SEQ ID NO: 50, 52 and 55;
(с) SEQ ID NO: 51, 53 и 56; или (d) SEQ ID NO: 50, 52 и 57;(c) SEQ ID NO: 51, 53 and 56; or (d) SEQ ID NO: 50, 52 and 57;
где антитело специфически связывается с человеческим TIM3.where the antibody specifically binds to human TIM3.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело содержит вариабельные области тяжелой и легкой цепи, где:In some embodiments, the anti-TIM3 antibody comprises heavy and light chain variable regions, wherein:
(a1 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 23, 28, и 39, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;(a1) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 23, 28, and 39, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 54, respectively;
(а2 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 23, 35, и 39, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;(a2) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 23, 35, and 39, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 54, respectively;
(а3 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 23, 36, и 39, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;(a3) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 23, 36, and 39, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 54, respectively;
(а4 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO:(a4) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NO:
- 35 045913- 35 045913
23, 37, и 39, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;23, 37, and 39, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NO: 50, 52, and 54, respectively;
(а5 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 23, 28, и 46, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;(a5) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 23, 28, and 46, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 54, respectively;
(а6 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 23, 28, и 47, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;(a6) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 23, 28, and 47, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 54, respectively;
(а7 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 23, 28, и 48, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;(a7) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 23, 28, and 48, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 54, respectively;
(а8 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 23, 28, и 49, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;(a8) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 23, 28, and 49, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 54, respectively;
(а9 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 23, 35, и 46, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;(a9) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 23, 35, and 46, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 54, respectively;
(а1 0) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 23, 35, и 48, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;(a10) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NO: 23, 35, and 48, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NO: 50, 52. and 54, respectively;
(b1 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 24, 29, и 40, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 55, соответственно;(b1) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 24, 29, and 40, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 55, respectively;
(b2 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 24, 38, и 40, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 55, соответственно;(b2) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 24, 38, and 40, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 55, respectively;
(c) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 25, 30, и 41, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 55, соответственно;(c) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 25, 30, and 41, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 55, respectively;
(d) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 26, 31, и 42, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54, соответственно;(d) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 26, 31, and 42, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 54, respectively;
(e) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 27, 32, и 43, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 55, соответственно;(e) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 27, 32, and 43, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 55, respectively;
(f) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 27, 32, и 43, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 57, соответственно;(f) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 27, 32, and 43, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 57, respectively;
(g1 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 27, 32, и 43, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 51, 53, и 56, соответственно;(g1) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 27, 32, and 43, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 51, 53, and 56, respectively;
(g2 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 27, 32, и 43, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 57, соответственно;(g2) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 27, 32, and 43, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 57, respectively;
(g3 ) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 27, 32, и 43, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 55, соответственно;(g3) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 27, 32, and 43, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 55, respectively;
(h) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 27, 33, и 44, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 54 соответственно; или (i) вариабельная область тяжелой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 27, 34, и 45, соответственно, и вариабельная область легкой цепи включает CDR1, CDR2 и CDR3, содержащие SEQ ID NO: 50, 52, и 55, соответственно;(h) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 27, 33, and 44, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NOs: 50, 52, and 54 respectively; or (i) the heavy chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NO: 27, 34, and 45, respectively, and the light chain variable region includes CDR1, CDR2 and CDR3 containing SEQ ID NO: 50, 52, and 55, respectively;
где антитело специфически связывается с человеческим TIM3.where the antibody specifically binds to human TIM3.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела, полезные для настоящего раскрытия, включают CDR1 VH, CDR2 VH, CDR3 VL, CDR1 VL, CDR2 VL и/или CDR3 VL, которые отличаются от соответствующего CDR 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 или любого из TIM3.2-TIM3.18 в 1, 2, 3, 4, 5, 1-2, 1-3, 1-4 или 1-5 изменениях аминокислоты (т.е. заменах, добавлениях или удалениях аминокислоты). В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело, полезное для настоящего раскрытия, содержит 1-5 аминокислотных изменений в каждой из 1, 2, 3, 4, 5 или 6 CDR относительно соответствующей последовательности в 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 или любом из TIM3.2 - TIM3.18. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело содержит в общей сложности 1-5 аминокисIn some embodiments, anti-TIM3 antibodies useful for the present disclosure include CDR1 VH, CDR2 VH, CDR3 VL, CDR1 VL, CDR2 VL, and/or CDR3 VL, which are different from the corresponding CDR 13A3, 3G4, 17C3, 17C8, 9F6, 8B9, 8C4 or any of TIM3.2-TIM3.18 in 1, 2, 3, 4, 5, 1-2, 1-3, 1-4 or 1-5 amino acid changes (i.e. substitutions, additions or amino acid deletions). In some embodiments, an anti-TIM3 antibody useful in the present disclosure contains 1-5 amino acid changes in each of the 1, 2, 3, 4, 5, or 6 CDRs relative to the corresponding sequence in 13A3, 3G4, 17C3, 17C8, 9F6, 8B9 , 8С4 or any of TIM3.2 - TIM3.18. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody contains a total of 1-5 amino acids
- 36 045913 лотных изменений во всех CDR относительно CDR в 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 или любом из TIM3.2-TIM3.18.- 36 045913 lot changes in all CDRs relative to CDRs in 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 or any of TIM3.2-TIM3.18.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело содержит CDR VH и VL, состоящие из CDR 13A3, где одна или более аминокислот в одной или более CDR представляют собой аминокислоты одного из других анти-TIM3 антител, описанных в настоящем документе.In some embodiments, the anti-TIM3 antibody comprises CDRs VH and VL consisting of CDR 13A3, wherein one or more amino acids in one or more CDRs are amino acids from one of the other anti-TIM3 antibodies described herein.
Например, в некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело содержит CDR1 VH, включающую одну или более аминокислотных модификаций относительно SRSYYWG (SEQ ID NO: 23), и может содержать, например, следующую вырожденную последовательность: X1X2X3X4YX5X6 (SEQ ID NO: 211), где X1 представляет собой любую аминокислоту, например S или отсутствует; Х2 представляет собой любую аминокислоту, например, R или отсутствует; Х3 представляет собой любую аминокислоту, например S, R или D; X4 представляет собой любую аминокислоту, например Y или Н; X5 представляет собой любую аминокислоту, например W или М; и Х6 представляет собой любую аминокислоту, например, G, N, S или Н.For example, in some embodiments, the anti-TIM3 antibody contains a CDR1 VH including one or more amino acid modifications relative to SRSYYWG (SEQ ID NO: 23), and may contain, for example, the following degenerate sequence: X 1 X 2 X 3 X 4 YX 5 X 6 (SEQ ID NO: 211), where X1 represents any amino acid, such as S or none; X 2 represents any amino acid, for example R or none; X 3 is any amino acid, for example S, R or D; X4 is any amino acid, for example Y or H; X5 is any amino acid, for example W or M; and X 6 is any amino acid, for example G, N, S or H.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело содержит CDR2 VH, включающую одну или более аминокислотных модификаций относительно SIYYSGFTYYNPSLKS (SEQ ID NO: 28), и может содержать, например, следующую вырожденную последовательность: X1IX2X3X4GX5X6X7X8YX9X10X11X12X13X14 (SEQ ID nO: 212), где X1 представляет собой любую аминокислоту, например, S, Y, I или F; Х2 представляет собой любую аминокислоту, например, Y, Н, N или S; Х3 представляет собой любую аминокислоту, например, Y, P, G, Т или S; X4 представляет собой любую аминокислоту, например, S, T, R или G; X5 представляет собой любую аминокислоту, например, F, S или D; Х6 представляет собой любую аминокислоту, например, S, Т или I; X7 представляет собой любую аминокислоту, например, I или отсутствует; X8 представляет собой любую аминокислоту, например, Y, N или I; Х9 представляет собой любую аминокислоту, например, N, Q, S или А; Х10 представляет собой любую аминокислоту, например, Р, S, Q или D; Х11 представляет собой любую аминокислоту, например, S или K; Х12 представляет собой любую аминокислоту, например, L, F или V; Х13 представляет собой любую аминокислоту, например, K или Q; и Х14 представляет собой любую аминокислоту, например, S или G.In some embodiments, the anti-TIM3 antibody contains a CDR2 VH including one or more amino acid modifications relative to SIYYSGFTYYNPSLKS (SEQ ID NO: 28), and may contain, for example, the following degenerate sequence: X 1 IX 2 X 3 X 4 GX 5 X 6 X 7 X 8 YX 9 X 10 X 11 X 12 X 13 X 14 (SEQ ID nO: 212), where X1 is any amino acid, for example, S, Y, I or F; X 2 represents any amino acid, for example, Y, H, N or S; X 3 is any amino acid, for example Y, P, G, T or S; X4 is any amino acid, for example S, T, R or G; X5 is any amino acid, for example F, S or D; X 6 is any amino acid, for example S, T or I; X 7 represents any amino acid, for example, I or none; X8 is any amino acid, for example Y, N or I; X 9 is any amino acid, for example N, Q, S or A; X 10 is any amino acid, for example P, S, Q or D; X11 is any amino acid, for example S or K; X 12 is any amino acid, for example L, F or V; X 13 is any amino acid, for example K or Q; and X 14 is any amino acid, for example S or G.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело содержит CDR3 VH, включающую одну или более аминокислотных модификаций относительно GGPYGDYAHWFDP (SEQ ID NO: 39), и может содержать, например, следующую вырожденную последовательность: X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10YGX11X12X13X14X15X16X17X18 (SEQ ID NO: 213), где Xi представляет собой любую аминокислоту, например, D, Е или отсутствует; Х2 представляет собой любую аминокислоту, например, F, G или отсутствует; Х3 представляет собой любую аминокислоту, например, Y или отсутствует; Х4 представляет собой любую аминокислоту, например, G, S или отсутствует; X5 представляет собой любую аминокислоту, например, G, Т или S; Х6 представляет собой любую аминокислоту, например, G или S; X7 представляет собой любую аминокислоту, например, N, W или отсутствует; X8 представляет собой любую аминокислоту, например, Y, S, Е или отсутствует; Х9 представляет собой любую аминокислоту, например, Y или отсутствует; Х10 представляет собой любую аминокислоту, например, Р или Y; Х11 представляет собой любую аминокислоту, например, D или отсутствует; Х12 представляет собой любую аминокислоту, например, Y или отсутствует; Х13 представляет собой любую аминокислоту, например, А или отсутствует; Х14 представляет собой любую аминокислоту, например, Н или отсутствует; X15 представляет собой любую аминокислоту, например, W или отсутствует; X16 представляет собой любую аминокислоту, например, F или М; Х17 представляет собой любую аминокислоту, например, D или Е; и X18 представляет собой любую аминокислоту, например, Р, I, V, Y или L.In some embodiments, the anti-TIM3 antibody contains a CDR3 VH including one or more amino acid modifications relative to GGPYGDYAHWFDP (SEQ ID NO: 39), and may contain, for example, the following degenerate sequence: X1X2X3X4X5X6X7X8X9X10YGX11X12X13X14X15X16X17X18 (SEQ ID NO: 213), where X i represents is any amino acid, for example, D, E or absent; X 2 represents any amino acid, for example, F, G or none; X3 is any amino acid, for example Y or none; X4 is any amino acid, for example G, S or none; X5 is any amino acid, for example G, T or S; X6 is any amino acid, for example G or S; X 7 represents any amino acid, for example, N, W or none; X 8 represents any amino acid, for example, Y, S, E or none; X9 is any amino acid, for example Y or none; X 10 is any amino acid, for example P or Y; X11 is any amino acid, for example D or none; X 12 is any amino acid, for example Y or none; X 13 is any amino acid, for example A or none; X 14 represents any amino acid, for example, H or none; X 15 is any amino acid, for example, W or absent; X 16 represents any amino acid, for example F or M; X 17 is any amino acid, for example D or E; and X 18 is any amino acid, for example P, I, V, Y or L.
Домен VH или одна или более его CDR, анти-TIM3 антитела, подходящие для настоящего изобретения, могут быть связаны с константным доменом для образования тяжелой цепи, например, полноразмерной тяжелой цепи. Аналогично, домен VL или одна или более его CDR, описанные здесь, могут быть связаны с константным доменом для образования легкой цепи, например, полноразмерной легкой цепи. Полноразмерная тяжелая цепь (необязательно без С-концевого остатка лизина (K) или С-концевых остатков глицина и лизина (GK)) и полноразмерная легкая цепь объединяются, образуя полноразмерное антитело.The VH domain or one or more of its CDRs, anti-TIM3 antibodies suitable for the present invention can be linked to a constant domain to form a heavy chain, for example, a full-length heavy chain. Likewise, a VL domain or one or more of its CDRs described herein can be linked to a constant domain to form a light chain, eg, a full-length light chain. The full-length heavy chain (optionally without the C-terminal lysine residue (K) or the C-terminal glycine and lysine residues (GK)) and the full-length light chain combine to form the full-length antibody.
VH-домен анти-TIM3 антител может быть слит с константным доменом человеческого IgG, например, IgG1, IgG2, IgG3 или IgG4, которые либо встречаются в природе, либо модифицированы, например, как дополнительно описано в настоящем документе. Например, домен VH может содержать аминокислотную последовательность любого домена VH, описанного здесь, слитого с человеческим IgG, например, с IgG1, константной областью, такой как следующая аминокислотная последовательность константного домена человеческого IgG1 дикого типа:The VH domain of anti-TIM3 antibodies can be fused to a human IgG constant domain, such as IgG1, IgG2, IgG3, or IgG4, which are either naturally occurring or modified, for example, as further described herein. For example, the VH domain may comprise the amino acid sequence of any VH domain described herein fused to a human IgG, such as an IgG1, constant region, such as the following amino acid sequence of a wild-type human IgG1 constant domain:
- 37 045913- 37 045913
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSL SSWTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKP KDTLMISRTPEVTCVWDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRWSVLTVLHQD WLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDI AVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLS LSPGK (SEQ ID NO: 58) или константной областью в аллотипическом варианте SEQ ID NO: 58 и имеет следующие аминокислотные последовательности:W LNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDI AVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLS LSPGK (SEQ ID NO: 58) or the constant region in the allotype variant SEQ ID NO: 58 and has the following amino acids sequences:
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSL
SSWTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKP KDTLMISRTPEVTCVWDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRWSVLTVLHQD WLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDI AVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSSSWTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKP KDTLMISRTPEVTCVWDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRWSVLTVLHQD WLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGF YPSDI AVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLS
LSPGK (SEQ ID NO: 59; специфичные для аллотипа аминокислотные остатки выделены жирным шрифтом и подчеркнуты).LSPGK (SEQ ID NO: 59; allotype-specific amino acid residues are in bold and underlined).
VH-домен анти-TIM3-антител может содержать аминокислотную последовательность любого VHдомена, описанного в настоящем документе, слитого с безэффекторной константной областью, например, с нижеследующими аминокислотными последовательностями безэффекторного константного домена человеческого IgG1:The VH domain of an anti-TIM3 antibody may comprise the amino acid sequence of any VH domain described herein fused to an effectorless constant region, for example, the following human IgG1 effectorless constant domain amino acid sequences:
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSL
SSWTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEAEGAPSVFLFPPKP KDTLMISRTPEVTCVWDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRWSVLTVLHQD WLNGKEYKCKVSNKALPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDI AVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSSSWTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEAEGAPSVFLFPPKP KDTLMISRTPEVTCVWDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRWSVLTVLHQD WLNGKEYKCKVSNKALPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGF YPSDI AVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLS
LSPGK (SEQ ID NO: 60; IgG1.1f, содержащий мутации L234A, L235E, G237A, A330S и P331S, которые подчеркнуты); илиLSPGK (SEQ ID NO: 60; IgG1.1f containing mutations L234A, L235E, G237A, A330S and P331S, which are underlined); or
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSL
SSWTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEAEGAPSVFLFPPKP KDTLMISRTPEVTCVWDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRWSVLTVLHQD WLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDI AVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSSSWTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEAEGAPSVFLFPPKP KDTLMISRTPEVTCVWDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRWSVLTVLHQD WLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGF YPSDI AVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLS
LSPGK (SEQ ID NO: 61; IgGL3f', содержащий мутации L234A, L235E и G237A, которые подчеркнуты).LSPGK (SEQ ID NO: 61; IgGL3f' containing mutations L234A, L235E and G237A, which are underlined).
Например, аллотипический вариант IgG1 содержит K97R, D239E и/или L241M (подчеркнуты и выделены жирным шрифтом выше) и нумерацию в соответствии с SEQ ID NO: 59-61. В полноразмерной тяжелой области, например, 8С4 (SEQ ID NO: 70) и согласно нумерации EU, эти аминокислотные замены пронумерованы как K214R, D356E и L358M. В некоторых вариантах осуществления константная область анти-Т!М3 антитела может содержать одну или более мутаций или замен в аминокислотах L117, А118, G120, А213 и Р214 (подчеркнуты выше), как пронумеровано в SEQ ID NO: 59-61 или L234, А235, G237, А330 и Р331, согласно нумерации EU. В дополнительных вариантах осуществления константная область анти-TIM3 антитела содержит одну или более мутаций или замен в аминокислотах L117A, А118Е, G120A, A213S и P214S SEQ ID NO: 58 или L234A, L235E, G237A, A330S и P331S, согласно нумерации EU. Константная область анти-TIM3 антитела также может содержать одну или более мутаций или замен L117A, A118E и G120A SEQ ID NO:58 или L234A, L235E и G237A, согласно нумерации EU.For example, the IgG1 allotype variant contains K97R, D239E and/or L241M (underlined and in bold above) and numbered according to SEQ ID NO: 59-61. In the full-length heavy region, eg 8C4 (SEQ ID NO: 70) and according to EU numbering, these amino acid substitutions are numbered K214R, D356E and L358M. In some embodiments, the anti-T!M3 antibody constant region may contain one or more mutations or substitutions at amino acids L117, A118, G120, A213, and P214 (underlined above) as numbered in SEQ ID NOs: 59-61 or L234, A235 , G237, A330 and P331, according to EU numbering. In additional embodiments, the constant region of the anti-TIM3 antibody contains one or more mutations or substitutions at amino acids L117A, A118E, G120A, A213S, and P214S of SEQ ID NO: 58 or L234A, L235E, G237A, A330S, and P331S, as defined by EU numbering. The constant region of an anti-TIM3 antibody may also contain one or more mutations or substitutions L117A, A118E and G120A of SEQ ID NO:58 or L234A, L235E and G237A, according to EU numbering.
Альтернативно, VH-домен анти-TIM3-антител может содержать аминокислотную последовательAlternatively, the VH domain of anti-TIM3 antibodies may contain the amino acid sequence
- 38 045913 ность любого домена VH, описанного в настоящем документе, слитую с константной областью человеческого IgG4, например, следующую аминокислотную последовательность человеческого IgG4 или ее варианты:- 38 045913 the identity of any VH domain described herein fused to a human IgG4 constant region, for example the following human IgG4 amino acid sequence or variants thereof:
ASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSL
SSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPSCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPSCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDT
LMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLN GKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVE WESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLN GKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVE WESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALH NHYTQKSLSLSL
GK (SEQ ID NO: 63, содержащая S228P).GK (SEQ ID NO: 63 containing S228P).
VL-домен анти-TIM3 антител может быть слит с константным доменом легкой каппа- или лямбдацепи человека. Например, домен VL анти-TIM3 антитела может содержать аминокислотную последовательность любого домена VL, описанного в настоящем документе, слитую со следующей аминокислотной последовательностью легкой каппа-цепи человеческого IgG1:The VL domain of anti-TIM3 antibodies can be fused to the human kappa or lambda light chain constant domain. For example, the VL domain of an anti-TIM3 antibody may comprise the amino acid sequence of any VL domain described herein fused to the following human IgG1 kappa light chain amino acid sequence:
RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASWCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASWCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDST
YSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 64)YSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 64)
В некоторых вариантах осуществления константная область тяжелой цепи анти-TIM3-антител включает лизин или другую аминокислоту на С-конце, например, содержит следующие последние аминокислоты: LSPGK (SEQ ID NO: 65) в тяжелой цепи. В некоторых вариантах осуществления константная область тяжелой цепи не содержит одну или более аминокислот на С-конце, и имеет, например, Сконцевую последовательность LSPG (SEQ ID NO: 66) или LSP (SEQ ID NO: 67).In some embodiments, the heavy chain constant region of anti-TIM3 antibodies includes a lysine or other amino acid at the C-terminus, for example, the latter amino acids are: LSPGK (SEQ ID NO: 65) in the heavy chain. In some embodiments, the heavy chain constant region does not contain one or more amino acids at the C-terminus, and has, for example, the C-terminal sequence LSPG (SEQ ID NO: 66) or LSP (SEQ ID NO: 67).
Аминокислотные последовательности тяжелых и легких цепей типичных анти-TIM3 антител соответствуют SEQ ID NO: 68-189 для тяжелых цепей и SEQ ID NO: 190-193 для легких цепей.The amino acid sequences of the heavy and light chains of exemplary anti-TIM3 antibodies correspond to SEQ ID NO: 68-189 for heavy chains and SEQ ID NO: 190-193 for light chain.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела, подходящие для настоящего раскрытия, включают:In some embodiments, anti-TIM3 antibodies suitable for the present disclosure include:
(a1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 136 (или 137) и 190, соответственно;(a1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 136 (or 137) and 190, respectively;
(а2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 68 (или 75) и 190, соответственно;(a2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 68 (or 75) and 190, respectively;
(а3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 82 (или 89)) и 190, соответственно;(a3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 82 (or 89)) and 190, respectively;
(а4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 138 (или 139) и 190, соответственно;(a4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 138 (or 139) and 190, respectively;
(а5) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 96 (или 106) и 190, соответственно;(a5) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 96 (or 106) and 190, respectively;
(а6) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 116 (или 126) и 190, соответственно;(a6) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 116 (or 126) and 190, respectively;
(а7) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 140 (или 141) и 190, соответственно;(a7) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 140 (or 141) and 190, respectively;
(а8) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 97 (или 107) и 190, соответственно;(a8) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 97 (or 107) and 190, respectively;
(а9) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 117 (или 127) и 190, соответственно;(a9) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 117 (or 127) and 190, respectively;
(а10) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NOs: 142 (или 143) и 190, соответственно;(a10) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NOs: 142 (or 143) and 190, respectively;
(a11) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 98 (или 108) и 190, соответственно;(a11) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 98 (or 108) and 190, respectively;
(а12) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 118 (или 128) и 190, соответственно;(a12) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 118 (or 128) and 190, respectively;
(а13) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 144 (или 145) и 190, соответственно;(a13) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 144 (or 145) and 190, respectively;
(а14) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 99 (или 109) и 190, соответственно;(a14) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 99 (or 109) and 190, respectively;
(а15) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 119 (или 129) и 190, соответственно;(a15) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 119 (or 129) and 190, respectively;
(а16) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 146 (или 147) и 190, соответственно;(a16) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 146 (or 147) and 190, respectively;
- 39 045913 (а17) последовательности 110) и 190, соответственно;- 39 045913 (a17) sequences 110) and 190, respectively;
(а18) последовательности 130) и 190, соответственно;(a18) sequences 130) and 190, respectively;
(а19) последовательности 149) и 190, соответственно;(a19) sequences 149) and 190, respectively;
(а20) последовательности 111) и 190, соответственно;(a20) sequences 111) and 190, respectively;
(а21) последовательности 131) и 190, соответственно;(a21) sequences 131) and 190, respectively;
(а22) последовательности 151) и 190, соответственно;(a22) sequences 151) and 190, respectively;
(а23) последовательности 112) и 190, соответственно;(a23) sequences 112) and 190, respectively;
(а24) последовательности 132) и 190, соответственно;(a24) sequences 132) and 190, respectively;
(а25) последовательности 153) и 190, соответственно;(a25) sequences 153) and 190, respectively;
(а26) последовательности 113) и 190, соответственно;(a26) sequences 113) and 190, respectively;
(а27) последовательности 133) и 190, соответственно;(a27) sequences 133) and 190, respectively;
(а28) последовательности 155) и 190, соответственно;(a28) sequences 155) and 190, respectively;
(а29) последовательности 185) и 190, соответственно;(a29) sequences 185) and 190, respectively;
(а30) последовательности 187) и 190, соответственно;(a30) sequences 187) and 190, respectively;
(а31) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 100 (или тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 120 (или тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NOs: 148 (или тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей, тяжелой и легкой цепей,(a31) the heavy and light chain sequences of SEQ ID NOs: 100 (or the heavy and light chains of SEQ ID NOs: 120 (or the heavy and light chains of SEQ ID NOs: 148 (or the heavy and light chains of SEQ ID NOs: 148) , heavy and light chains, heavy and light chains, heavy and light chains, heavy and light chains, heavy and light chains, heavy and light chains, heavy and light chains, heavy and light chains, heavy and light chains, heavy and light chains , heavy and light chains,
SEQ ID NO: 101 (илиSEQ ID NO: 101 (or
SEQ ID NO: 121 (илиSEQ ID NO: 121 (or
SEQ ID NO: 150 (илиSEQ ID NO: 150 (or
SEQ ID NO: 102 (илиSEQ ID NO: 102 (or
SEQ ID NO: 122 (илиSEQ ID NO: 122 (or
SEQ ID NO: 152 (илиSEQ ID NO: 152 (or
SEQ ID NO: 103 (илиSEQ ID NO: 103 (or
SEQ ID NO: 123 (илиSEQ ID NO: 123 (or
SEQ ID NO: 154 (илиSEQ ID NO: 154 (or
SEQ ID NO: 184 (илиSEQ ID NO: 184 (or
SEQ ID NO: 186 (илиSEQ ID NO: 186 (or
SEQ ID NO: 188 (или представляющие собой представляющие собой представляющие собой представляющие собой представляющие собой представляющие собой представляющие собой представляющие собой представляющие собой представляющие собой представляющие собой представляющие собойSEQ ID NO: 188 (or representing representing representing representing representing representing representing representing representing representing representing representing representing representing
189) и 190, соответственно;189) and 190, respectively;
(b1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 156 (или 157) и 191, соответственно;(b1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 156 (or 157) and 191, respectively;
(b2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 69 (или 76) и 191, соответственно;(b2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 69 (or 76) and 191, respectively;
(b3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 83 (или 90) и 191, соответственно;(b3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 83 (or 90) and 191, respectively;
(b4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NOs: 158 (или 159) и 191, соответственно;(b4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NOs: 158 (or 159) and 191, respectively;
(b5) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 104 (или 114) и 191, соответственно;(b5) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 104 (or 114) and 191, respectively;
(b6) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 124 (или 134) и 191, соответственно;(b6) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 124 (or 134) and 191, respectively;
(b7) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 160 (или 161) и 191, соответственно;(b7) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 160 (or 161) and 191, respectively;
(c1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 162 (или 163) и 191, соответственно;(c1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 162 (or 163) and 191, respectively;
(с2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 70 (или 77) и 191, соответственно;(c2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 70 (or 77) and 191, respectively;
(с3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 84 (или 91) и 191, соответственно;(c3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 84 (or 91) and 191, respectively;
(с4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 164 (или 165) и 191, соответственно;(c4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 164 (or 165) and 191, respectively;
(d1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 166 (или 167) и 190, соответственно;(d1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 166 (or 167) and 190, respectively;
(d2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 71 (или 78) и 190, соответственно;(d2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 71 (or 78) and 190, respectively;
(d3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 85 (или 92) и 190, соответственно;(d3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 85 (or 92) and 190, respectively;
(d4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 168 (или 169) и 190, соответственно;(d4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 168 (or 169) and 190, respectively;
(e1.1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 170 (или 171) и 192, соответственно;(e1.1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 170 (or 171) and 192, respectively;
- 40 045913 (e1.2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 170 (или 171) и 193, соответственно;- 40 045913 (e1.2) heavy and light chain sequences representing SEQ ID NO: 170 (or 171) and 193, respectively;
(e1.3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 170 (или 171) и 191, соответственно;(e1.3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 170 (or 171) and 191, respectively;
(е2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 72 (или 79) и 193, соответственно;(e2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 72 (or 79) and 193, respectively;
(е3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 86 или 93) и 193, соответственно;(e3) the heavy and light chain sequences of SEQ ID NO: 86 or 93) and 193, respectively;
(е4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 172 (или 173) и 193, соответственно;(e4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 172 (or 173) and 193, respectively;
(е5) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 105 (или 115) и 193, соответственно;(e5) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 105 (or 115) and 193, respectively;
(е6) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 125 (или 135) и 193, соответственно;(e6) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 125 (or 135) and 193, respectively;
(е7) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 174 (или 175) и 193, соответственно;(e7) the heavy and light chain sequences of SEQ ID NO: 174 (or 175) and 193, respectively;
(f1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 176 (или 177) и 190, соответственно;(f1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 176 (or 177) and 190, respectively;
(f2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 73 (или 80) и 190, соответственно;(f2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 73 (or 80) and 190, respectively;
(f3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 87 (или 94) и 190, соответственно;(f3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 87 (or 94) and 190, respectively;
(f4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 178 (или 179) и 190, соответственно;(f4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 178 (or 179) and 190, respectively;
(g1) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 180 (или 181)и 191, соответственно;(g1) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 180 (or 181) and 191, respectively;
(g2) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 74 (или 81) и 191, соответственно;(g2) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 74 (or 81) and 191, respectively;
(g3) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 88 (или 95) и 191, соответственно; or (g4) последовательности тяжелой и легкой цепей, представляющие собой SEQ ID NO: 182 (или 183) и 191, соответственно;(g3) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 88 (or 95) and 191, respectively; or (g4) the heavy and light chain sequences being SEQ ID NO: 182 (or 183) and 191, respectively;
где антитело специфически связывается с человеческим TIM3.where the antibody specifically binds to human TIM3.
Последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие последовательности тяжелой цепи антител TIM3, описанных здесь (например, в предыдущем разделе), представлены в виде SEQ ID NO: 214-241, 247-291, 294-297. Последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие последовательности легкой цепи антител TIM3, описанных в данном документе (например, в предыдущем разделе), представлены в виде SEQ ID NO: 242-246 и 299.Nucleic acid sequences encoding the heavy chain sequences of the TIM3 antibodies described herein (eg, in the previous section) are provided as SEQ ID NOs: 214-241, 247-291, 294-297. The nucleic acid sequences encoding the light chain sequences of the TIM3 antibodies described herein (e.g., in the previous section) are provided as SEQ ID NOs: 242-246 and 299.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело содержит комбинацию последовательностей тяжелой и легкой цепей, изложенных в настоящем документе, например, в предыдущем разделе, где антитело содержит две тяжелые цепи и две легкие цепи и может дополнительно содержать, по меньшей мере, одну дисульфидную связь, связывая две тяжелые цепи вместе. Антитела также могут содержать дисульфидные связи, связывающие каждую из легких цепей с каждой из тяжелых цепей.In some embodiments, the anti-TIM3 antibody contains a combination of heavy and light chain sequences set forth herein, such as in the previous section, where the antibody contains two heavy chains and two light chains and may further contain at least one disulfide bond, linking two heavy chains together. Antibodies may also contain disulfide bonds linking each of the light chains to each of the heavy chains.
В других вариантах осуществления анти-TIM3 антитела представляют собой антитела человека, гуманизированные антитела или химерные антитела. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела связываются с конформационным эпитопом. В других вариантах осуществления анти-TIM3антитела связываются с аминокислотными остатками в следующей области внеклеточного домена зрелого человеческого TIM3 (SEQ ID NO: 198):In other embodiments, the anti-TIM3 antibodies are human antibodies, humanized antibodies, or chimeric antibodies. In some embodiments, anti-TIM3 antibodies bind to a conformational epitope. In other embodiments, anti-TIM3 antibodies bind to amino acid residues in the following region of the extracellular domain of mature human TIM3 (SEQ ID NO: 198):
SEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNWLRTDERDVNYWTSRYWLNGSEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNWLRTDERDVNYWTSRYWLNG
DFRKGDVSLTIENVTLADSGIYCCRIQIPGIMND (SEQ ID NO: 203), что соответствует аминокислотным остаткам 1-99 внеклеточного домена зрелого человеческого TIM3 (SEQ ID NO: 198) или аминокислотам 22-120 человеческого TIM3, имеющим SEQ ID NO: 194. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела, описанные в настоящем документе, связываются с аминокислотными остатками в следующей области внеклеточного домена зрелого TIM3 человека (SEQ ID NO: 198): CPVFECG (SEQ ID NO: 200), что соответствует аминокислотным остаткам 37-43 внеклеточного домена зрелого TIM3 человека (SEQ ID NO: 198).DFRKGDVSLTIENVTLADSGIYCCRIQIPGIMND (SEQ ID NO: 203), which corresponds to amino acid residues 1-99 of the extracellular domain of mature human TIM3 (SEQ ID NO: 198) or amino acids 22-120 of human TIM3 having SEQ ID NO: 194. In some embodiments, anti-TIM3 The antibodies described herein bind to amino acid residues in the following region of the human mature TIM3 extracellular domain (SEQ ID NO: 198): CPVFECG (SEQ ID NO: 200), which corresponds to amino acid residues 37-43 of the human mature TIM3 extracellular domain (SEQ ID NO: 198).
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела связываются с аминокислотными остатками в пределах следующей области внеклеточного домена зрелого TIM3 человека (SEQ ID NO: 198): WTSRYWLNGDFR (SEQ ID NO: 201), что соответствует аминокислотным остаткам 57-83 внеклеточного домена зрелого TIM3 человека (SEQ ID NO: 198).In some embodiments, anti-TIM3 antibodies bind to amino acid residues within the following region of the human mature TIM3 extracellular domain (SEQ ID NO: 198): WTSRYWLNGDFR (SEQ ID NO: 201), which corresponds to amino acid residues 57-83 of the human mature TIM3 extracellular domain (SEQ ID NO: 198).
- 41 045913- 41 045913
В некоторых вариантах осуществления анти-Т1М3 антитела связываются с аминокислотными остатками в пределах следующей области внеклеточного домена зрелого TIM3 человека (SEQ ID NO: 198): RIQIPGIMND (seq id no:In some embodiments, anti-T1M3 antibodies bind to amino acid residues within the following region of the extracellular domain of mature human TIM3 (SEQ ID NO: 198): RIQIPGIMND (seq id no:
202), что соответствует аминокислотным остаткам 90-99 внеклеточного домена зрелого TIM3 человека (SEQ ID NO: 198).202), which corresponds to amino acid residues 90-99 of the extracellular domain of mature human TIM3 (SEQ ID NO: 198).
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела имеют такой же способ связывания с диким типом и мутированным человеческим TIM3, как у одного или нескольких антител 13A3, 3G4, 17С3, 17С8, 9F6, 8В9, 8С4 и TIM3.2 - TIM3.18. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитела связываются с аминокислотными остатками в пределах следующих областей внеклеточного домена зрелого TIM3 человека (SEQ ID NO: 198):In some embodiments, anti-TIM3 antibodies have the same mode of binding to wild type and mutated human TIM3 as one or more of antibodies 13A3, 3G4, 17C3, 17C8, 9F6, 8B9, 8C4, and TIM3.2 to TIM3.18. In some embodiments, anti-TIM3 antibodies bind to amino acid residues within the following regions of the extracellular domain of mature human TIM3 (SEQ ID NO: 198):
CPVFECG (SEQ IDNO: 200), WTSRYWLNGDFRKGDVSLTIENVTLAD (SEQ Ш NO: 201), и/или RIQIPGIMND (SEQ Ш NO: 202).CPVFECG (SEQ IDNO: 200), WTSRYWLNGDFRKGDVSLTIENVTLAD (SEQ Ш NO: 201), and/or RIQIPGIMND (SEQ Ш NO: 202).
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело связывается с (1) 49VPVCWGKGACPVFE62 (SEQ Ш NO: 204) и mRIQIPGIMNDEKFNLKL127 (SEQ ГО NO: 205), или (2) 40YTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFE62 (SEQ IDNO: 206), 66WLRTDERDVNY77 (SEQ ID NO: 207), 78WTSRYWLNGDFRKGDVSL95 (SEQ ID NO: 208), 110CRIQIPGIMNDEKFNLKL127 (SEQ ID NO: 209), и 119NDEKFNLKL127 (SEQ ID NO: 210),In some embodiments, the anti-TIM3 antibody binds to (1) 49 VPVCWGKGACPVFE 62 (SEQ IDNO: 204) and mRIQIPGIMNDEKFNLKL 127 (SEQ IDNO: 205), or (2) 40 YTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFE 62 (SEQ IDNO: 206), 66 WLRTDERDVNY 77 (SEQ ID NO: 207), 78 WTSRYWLNGDFRKGDVSL 95 (SEQ ID NO: 208), 110 CRIQIPGIMNDEKFNLKL 127 (SEQ ID NO: 209), and 119 NDEKFNLKL 127 (SEQ ID NO: 210),
MS. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело взаимодействует с областями аминокислотных остатков 40-62 и 111-127 hTIM3, но не существенно взаимодействует с другими областями, такими как область, которая является N-концевой по отношению к аминокислотному остатку Y40, область, которая расположена между аминокислотными остатками Е62 и R111, и область, которая является С-концевой по отношению к аминокислотному остатку L127, как определено с помощью HDX-MS. В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело имеет пониженное связывание с человеческим TIM3, где одна или более аминокислот L48, С58, Р59, V60, F61, Е62, С63, G64, W78, S80, R81, W83, L84, G86, D87, R89, D104, R111, Q113, G116, M118 и D120 (как пронумеровано в SEQ ID NO: 194) замещены другой аминокислотой относительно связывания с человеческим TIM3 дикого типа, и антитело связывается с (1) 49VPVCWGKGACPVFE62 (SEQ ID NO: 204) и ---РЛQIPGIMNDEKFNLKL-2'7 (SEQ ID NO: 205) или (2) 40YTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFE62 (SEQ IDNO: 206), 66VVLRTDERDVNY77 (SEQ ID NO: 207), 78WTSRYWLNGDFRKGDVSL95 (SEQ ID NO: 208), 110CRIQIPGIMNDEKFNLKL127 (SEQ ID NO: 209), и 119NDEKFNLKL127 (SEQ ID NO: 210), как определено с помощью HDX-MS.MS. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody interacts with regions of amino acid residues 40-62 and 111-127 of hTIM3, but does not significantly interact with other regions, such as the region that is N-terminal to amino acid residue Y40, a region that is located between amino acid residues E62 and R111, and a region that is C-terminal to amino acid residue L127, as determined by HDX-MS. In some embodiments, the anti-TIM3 antibody has reduced binding to human TIM3, wherein one or more amino acids L48, C58, P59, V60, F61, E62, C63, G64, W78, S80, R81, W83, L84, G86, D87, R89, D104, R111, Q113, G116, M118 and D120 (as numbered in SEQ ID NO: 194) are replaced with a different amino acid relative to binding to wild-type human TIM3, and the antibody binds to (1) 49 VPVCWGKGACPVFE 62 (SEQ ID NO: 204 ) and ---РЛQIPGIMNDEKFNLKL- 2 ' 7 (SEQ ID NO: 205) or (2) 40 YTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFE 62 (SEQ IDNO: 206), 66 VVLRTDERDVNY 77 (SEQ ID NO: 207), 78 WTSRYWLNGDFRKGDVSL 95 (SEQ ID NO: 208), 110 CRIQIPGIMNDEKFNLKL 127 (SEQ ID NO: 209), and 119 NDEKFNLKL 127 (SEQ ID NO: 210), as determined by HDX-MS.
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело имеет такой же способ связывания с человеческим TIM3 дикого типа и мутированным человеческим TIM3, что и TIM3.18.IgG1.3 или 13A3, то есть антитело:In some embodiments, the anti-TIM3 antibody has the same mode of binding to wild-type human TIM3 and mutated human TIM3 as TIM3.18.IgG1.3 or 13A3, that is, the antibody:
(i) связывается (1) 49VPVCWGKGACPVFE62 (SEQ Ш NO: 204), niRIQIPGIMNDEKFNLKL127 (SEQ ID NO: 205) и 119NDEKFNLKL127 (SEQ ID NO: 210), и, например, существенно не связывается с (а) пептидами, имеющими последовательности, расположенные на N-конце аминокислотного остатка 49; (b) пептидами, имеющими последовательности, расположенные между аминокислотным остатком 62 и 111, например, 78WTSRYWLNGDFRKGDVSL95 (SEQ id NO: 208)); и (с) пептидами, имеющими последовательности, которые расположены на С-конце аминокислотного остатка 127, как определено с помощью HDX-MS;(i) binds to (1) 49 VPVCWGKGACPVFE 62 (SEQ ID NO: 204), ni RIQIPGIMNDEKFNLKL 127 (SEQ ID NO: 205) and 119 NDEKFNLKL 127 (SEQ ID NO: 210), and, for example, does not significantly bind to (a ) peptides having sequences located at the N-terminus of amino acid residue 49; (b) peptides having sequences located between amino acid residues 62 and 111, for example, 78 WTSRYWLNGDFRKGDVSL 95 (SEQ id NO: 208)); and (c) peptides having sequences that are located at the C-terminus of amino acid residue 127, as determined by HDX-MS;
(ii ) не связывается с человеческим TIM3 или значительно снижает связывание с человеческим TIM3, имея одну или более из следующих аминокислотных мутаций, как определено, например, с использованием метода отображения на поверхности дрожжей: С58, Р59, F61, Е62, С63, R111, D120 и необязательно D104 и Q113 (нумерация по SEQ ID NO: 194); и/или (ii i) имеет вариабельные области тяжелой цепи и/или легкой цепи, взаимодействующие, по меньшей мере, с 5, 10, 15, 20 или всеми следующими аминокислотами человеческого TIM3: Р50, V51, С52, Р59, V60, F61, Е62, С63, G64, N65, V66, V67, L68, R69, D71, Е72, D74, R111, Q113, G116, I117, M118, D120 и, необязательно, Т70 и/или I112, как определено с помощью рентгеновской кристаллографии (нумерация по SEQ ID NO: 194).(ii) does not bind to human TIM3 or significantly reduces binding to human TIM3, having one or more of the following amino acid mutations, as determined, for example, using the yeast surface display method: C58, P59, F61, E62, C63, R111, D120 and optionally D104 and Q113 (numbered by SEQ ID NO: 194); and/or (ii i) has heavy chain and/or light chain variable regions interacting with at least 5, 10, 15, 20 or all of the following amino acids of human TIM3: P50, V51, C52, P59, V60, F61 , E62, C63, G64, N65, V66, V67, L68, R69, D71, E72, D74, R111, Q113, G116, I117, M118, D120 and optionally T70 and/or I112, as determined by X-ray crystallography (numbered by SEQ ID NO: 194).
В некоторых вариантах осуществления анти-TIM3 антитело включает тяжелую цепь и легкую цепь,In some embodiments, the anti-TIM3 antibody includes a heavy chain and a light chain,
- 42 045913 где тяжелая цепь выбрана из группы, состоящей из SEQ ID NO: 68-189, и легкая цепь выбрана из группы, состоящей из SEQ ID NO: 190- 193.- 42 045913 wherein the heavy chain is selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 68-189 and the light chain is selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 190-193.
Как дополнительно обсуждается в настоящем документе, константная область тяжелой цепи антиTIM3 антител, описанных в настоящем документе, может иметь любой изотип, например, IgG1, IgG2, IgG3 и IgG4 или их комбинации и/или их модификации. Анти-Т1МЗ антитело может иметь эффекторную функцию или может иметь пониженную или неэффекторную функцию. В некоторых вариантах осуществления анти-ТГМ3 антитела содержат модифицированную константную область тяжелой цепи, которая обеспечивает улучшенные свойства антителу.As further discussed herein, the heavy chain constant region of the anti-TIM3 antibodies described herein can be of any isotype, such as IgG1, IgG2, IgG3 and IgG4, or combinations thereof and/or modifications thereof. The anti-T1M3 antibody may have effector function or may have reduced or non-effector function. In some embodiments, anti-TGM3 antibodies comprise a modified heavy chain constant region that provides improved properties to the antibody.
Дополнительные антагонисты TIM3, которые могут быть использованы в описанных здесь способах, включают MBG-453, TSR-022, TRL-6061, BGBA425, LY-3321367 и любые другие ингибиторы TIM3, например, антитела, пептиды, малые молекулы и биспецифичные молекулы, такие как биспецифичные антитела (например, биспецифичные молекулы анти-TIM3/анти-PD-1). Антагонисты TIM-3 описаны, например, в WO 2011/155607, WO 2011/159877, WO 2013/006490, CN 2010/4592388, WO 2015/109931, WO 2015/117002, WO 2016/068803, WO 2016/068802, WO 2016/071448, WO 2016/111947, WO 2016/144803, WO 2016/161270, WO 2017/019897, US 2017/0029485, WO 2017/031242, WO 2017/055399, WO 2017/055404, WO 2017/079112, WO 2017/079115, WO 2017/079116, PCT Appl. No. PCT/US2017/041946 и/или CN 2010/6632675.Additional TIM3 antagonists that may be used in the methods described herein include MBG-453, TSR-022, TRL-6061, BGBA425, LY-3321367, and any other TIM3 inhibitors, such as antibodies, peptides, small molecules, and bispecific molecules such as as bispecific antibodies (for example, anti-TIM3/anti-PD-1 bispecific molecules). TIM-3 antagonists are described, for example, in WO 2011/155607, WO 2011/159877, WO 2013/006490, CN 2010/4592388, WO 2015/109931, WO 2015/117002, WO 2016/068803, WO 2 016/068802, WO 2016/071448, WO 2016/111947, WO 2016/144803, WO 2016/161270, WO 2017/019897, US 2017/0029485, WO 2017/031242, WO 2017/055399, WO 201 7/055404, WO 2017/079112, WO 2017/079115, WO 2017/079116, PCT Appl. No. PCT/US2017/041946 and/or CN 2010/6632675.
Антагонисты PD-1.PD-1 antagonists.
В одном аспекте настоящее раскрытие относится к способам использования антагониста TIM3 в комбинации с антагонистом PD-1. В контексте данного документа антагонисты PD-1 включают, но не ограничиваются ими, связывающие PD-1 агенты, связывающий PD-L1 агент и связывающие PD-L2 агенты. Связывающие PD-1 агенты включают антитела, которые специфически связываются с PD-1. Связывающие PD-L1 и PD-L2 агенты включают антитела, которые специфически связываются с PD-L1 и/или PD-L2, а также растворимые полипептиды PD-1, которые связываются с PD-L1 и/или PD-L2.In one aspect, the present disclosure relates to methods of using a TIM3 antagonist in combination with a PD-1 antagonist. As used herein, PD-1 antagonists include, but are not limited to, PD-1 binding agents, PD-L1 binding agent and PD-L2 binding agents. PD-1 binding agents include antibodies that specifically bind to PD-1. PD-L1 and PD-L2 binding agents include antibodies that specifically bind to PD-L1 and/or PD-L2, as well as soluble PD-1 polypeptides that bind to PD-L1 and/or PD-L2.
Анти-PD-I антитела.Anti-PD-I antibodies.
Некоторые аспекты настоящего раскрытия включают введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества анти-PD-1 антитела или его антигенсвязывающей части. Человеческие антитела (HuMabs), которые специфически связываются с PD-1 с высокой аффинностью, были раскрыты в патенте США № 8,008,449. Другие анти-PD-1 mAb были описаны, например, в патентах США № 6,808,710, 7,488,802, 8,168,757 и 8,354,509 и публикации РСТ WO 2012/145493. Каждое из антиPD-1 HuMAb, раскрытых в патенте США № 8,008,449, как было продемонстрировано, проявляет одну или более из следующих характерных особенностей: (а) связывается с PD-1 человека с KD, равной 1 х 10-7 М или менее, как это определено с помощью поверхностного плазмонного резонанса с использованием системы биосенсоров Biacore; (b) по существу не связывается с человеческим CD28, CTLA-4 или ICOS; (с) увеличивает пролиферацию Т-клеток в анализе реакции лимфоцитов в смешанной культуре (Mixed Lymphocyte Reaction (MLR)); (d) увеличивает продуцирование интерферона-гамма в анализе MLR; (е) увеличивает секрецию IL-2 в анализе MLR; (f) связывается с PD-1 человека и PD-1 яванского макака; (g) ингибирует связывание PD-L1 и/или PD-L2 с PD-1; (h) стимулирует антигенспецифические ответные реакции памяти; (i) стимулирует ответы антитела и (j) ингибирует рост опухолевых клеток in vivo. АнтиPD-1-Ab, применяемые в настоящем изобретении, включают mAb, которые специфически связываются с человеческим PD-1 и проявляют, по меньшей мере, одну, в некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере, пять из предыдущих характерных особенностей. В некоторых вариантах осуществления анти-PD-1 антитело представляет собой ниволумаб (OPDIVO®). В некоторых вариантах осуществления анти-PD-1 антитело представляет собой пембролизумаб (KEYTRUDA®). В одном из вариантов осуществления анти-PD-1 антитело представляет собой ниволумаб. Ниволумаб (также известный как OPDIVO®, ранее называемый 5С4, BMS-936558, MDX-1106 или ONO-4538) представляет собой полностью человеческое IgG4 (S228P) антитело, действующее как ингибитор рецептора иммунных контрольных точек PD-1, которое избирательно предотвращает взаимодействие с лигандами PD-1 (PD-L1 и PD-L2), тем самым блокируя понижающую регуляцию противоопухолевых функций Т-клеток (патент США № 8,008,449; Wang et al., 2014 Cancer Immunol Res. 2(9):846-56). В другом варианте осуществления анти-PD-1 антитело представляет собой пембролизумаб. Пембролизумаб (также известный как KEYTRUDA®, ламбролизумаб и МК-3475) представляет собой гуманизированное моноклональное IgG4антитело, направленное против рецептора клеточной поверхности человека PD-1 (программируемой смерти-1 или программируемой клеточной смерти-1). Пембролизумаб описан, например, в патентах США №№ 8,354,509 и 8,900,587; см. также http://www.cancer.gov/dmgdictionary?cdrid=695789 (последний доступ по состоянию на 14 декабря 2014 г.). Пембролизумаб был одобрен FDA для лечения рецидивирующей или резистентной меланомы.Certain aspects of the present disclosure include administering to a subject in need thereof a therapeutically effective amount of an anti-PD-1 antibody or antigen-binding portion thereof. Human antibodies (HuMabs) that specifically bind to PD-1 with high affinity have been disclosed in US Patent No. 8,008,449. Other anti-PD-1 mAbs have been described, for example, in US Patent Nos. 6,808,710, 7,488,802, 8,168,757 and 8,354,509 and PCT publication WO 2012/145493. Each of the anti-PD-1 HuMAbs disclosed in US Pat. No. 8,008,449 has been demonstrated to exhibit one or more of the following characteristics: (a) binds to human PD-1 with a KD of 1 x 10 -7 M or less, as this was determined by surface plasmon resonance using the Biacore biosensor system; (b) does not substantially bind to human CD28, CTLA-4 or ICOS; (c) increases T cell proliferation in a Mixed Lymphocyte Reaction (MLR) assay; (d) increases interferon-gamma production in the MLR assay; (e) increases IL-2 secretion in the MLR assay; (f) binds to human PD-1 and cynomolgus PD-1; (g) inhibits the binding of PD-L1 and/or PD-L2 to PD-1; (h) stimulates antigen-specific memory responses; (i) stimulates antibody responses and (j) inhibits tumor cell growth in vivo. Anti-PD-1 Abs useful in the present invention include mAbs that specifically bind to human PD-1 and exhibit at least one, in some embodiments, at least five of the previous characteristics. In some embodiments, the anti-PD-1 antibody is nivolumab (OPDIVO®). In some embodiments, the anti-PD-1 antibody is pembrolizumab (KEYTRUDA®). In one embodiment, the anti-PD-1 antibody is nivolumab. Nivolumab (also known as OPDIVO®, formerly called 5C4, BMS-936558, MDX-1106 or ONO-4538) is a fully human IgG4 (S228P) antibody that acts as an inhibitor of the immune checkpoint receptor PD-1 that selectively prevents interaction with PD-1 ligands (PD-L1 and PD-L2), thereby blocking the down-regulation of antitumor T cell functions (US Patent No. 8,008,449; Wang et al., 2014 Cancer Immunol Res. 2(9):846-56). In another embodiment, the anti-PD-1 antibody is pembrolizumab. Pembrolizumab (also known as KEYTRUDA®, lambrolizumab and MK-3475) is a humanized monoclonal IgG4 antibody directed against the human cell surface receptor PD-1 (programmed death-1 or programmed cell death-1). Pembrolizumab is described, for example, in US patent Nos. 8,354,509 and 8,900,587; see also http://www.cancer.gov/dmgdictionary?cdrid=695789 (last accessed December 14, 2014). Pembrolizumab has been approved by the FDA for the treatment of relapsed or refractory melanoma.
В других вариантах осуществления анти-PD-1 антитело или его фрагмент перекрестно конкурирует с MEDI0608. В еще других вариантах осуществления анти-PD-1 антитело или его фрагмент связывается с тем же эпитопом, что и MEDI0608. В некоторых вариантах осуществления анти-PD-1 антитело имеет те же CDR, что и MEDI0608. В других вариантах осуществления анти-PD-1 антитело представляет собойIn other embodiments, the anti-PD-1 antibody or fragment thereof cross-competes with MEDI0608. In yet other embodiments, the anti-PD-1 antibody or fragment thereof binds to the same epitope as MEDI0608. In some embodiments, the anti-PD-1 antibody has the same CDRs as MEDI0608. In other embodiments, the anti-PD-1 antibody is
- 43 045913- 43 045913
MEDI0608 (ранее известное как АМР-514), которое является моноклональным антителом. MEDI0608 описано, например, в патенте США № 8,609,089В2.MEDI0608 (formerly known as AMP-514), which is a monoclonal antibody. MEDI0608 is described, for example, in US Pat. No. 8,609,089B2.
В некоторых вариантах осуществления антагонистом PD-1 является АМР-224, который представляет собой F7-белок слияния B7-DC. АМР-224 обсуждается в публикации США № 2013/0017199 и в worldwideweb.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-drug?cdrid=700595 (последний доступ по состоянию на 8 июля 2015 г.). В некоторых вариантах осуществления анти-PD-1 антитело представляет собой BGB-A317, которое является гуманизированным моноклональным антителом. BGB-A317 описан в публикации США № 2015/0079109.In some embodiments, the PD-1 antagonist is AMP-224, which is an F7 B7-DC fusion protein. AMP-224 is discussed in US Publication No. 2013/0017199 and worldwideweb.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-drug?cdrid=700595 (last accessed July 8, 2015). In some embodiments, the anti-PD-1 antibody is BGB-A317, which is a humanized monoclonal antibody. BGB-A317 is described in US Publication No. 2015/0079109.
Анти-PD-I антитела, применяемые в раскрытых способах, также включают выделенные Ab, которые специфически связываются с человеческим PD-1 и перекрестно конкурируют за связывание с человеческим PD-1 с ниволумабом (см, например, патент США № 8,008,449 и 8,779,105; WO 2013/173223). Способность Ab перекрестно конкурировать за связывание с антигеном указывает на то, что данные Ab связываются с одной и той же эпитопной областью антигена и стерически препятствуют связыванию других перекрестно-конкурирующих Ab с областью данного конкретного эпитопа. Ожидается, что такие перекрестно-конкурирующие Ab имеют функциональные свойства, очень похожие на свойства ниволумаба в силу их связывания с той же эпитопной областью PD-1. Перекрестно-конкурирующие Ab могут быть легко идентифицированы на основе их способности к перекрестной конкуренции с ниволумабом в стандартных анализах связывания PD-1, таких как анализ Biacore, анализы ELISA или проточная цитометрия (см., например, WO 2013/173223).Anti-PD-I antibodies used in the disclosed methods also include isolated Abs that specifically bind to human PD-1 and cross-compete for binding to human PD-1 with nivolumab (see, e.g., U.S. Patent Nos. 8,008,449 and 8,779,105; WO 2013/173223). The ability of an Ab to cross-compete for binding to an antigen indicates that the Abs bind to the same epitope region of the antigen and sterically interfere with the binding of other cross-competing Abs to that particular epitope region. Such cross-competitive Abs are expected to have functional properties very similar to those of nivolumab due to their binding to the same PD-1 epitope region. Cross-competing Abs can be readily identified based on their ability to cross-compete with nivolumab in standard PD-1 binding assays such as the Biacore assay, ELISA assays or flow cytometry (see, for example, WO 2013/173223).
В некоторых вариантах осуществления антитела, которые перекрестно конкурируют за связывание с человеческим PD-1 или связываются с той же эпитопной областью человеческого PD-1, что и ниволумаб, являются моноклональными антителами. В целях введения человеческим субъектам такие перекрестно-конкурирующие антитела представляют собой химерные антитела или гуманизированные или человеческие антитела.In some embodiments, antibodies that cross-compete for binding to human PD-1 or bind to the same epitope region of human PD-1 as nivolumab are monoclonal antibodies. For the purpose of administration to human subjects, such cross-competitive antibodies are chimeric antibodies or humanized or human antibodies.
Такие химерные, гуманизированные или человеческие моноклональные антитела могут быть получены и выделены способами, хорошо известными в данной области техники. Ahtu-PD-1-АЬ, применяемые в способах описанного изобретения, также включают антигенсвязывающие фрагменты вышеупомянутых антител. Было наглядно продемонстрировано, что антигенсвязывающая функция антитела может быть осуществлена фрагментами полноразмерного антитела. Примеры связывающих фрагментов, охватываемых термином антигенсвязывающая часть антитела, включают (i) Fab-фрагмент, моновалентный фрагмент, состоящий из доменов VL, VH, CL и CH1; (ii) F(ab')2-фрагмент, бивалентный фрагмент, содержащий два Fab-фрагмента, связанных дисульфидным мостиком в шарнирной области; (iii) Fdфрагмент, состоящий из доменов VH и СН1; и (iv) Fv-фрагмент, состоящий из доменов VL и VH одного плеча антитела. Анти-PD-I антитела, подходящие для применения в раскрытых способах или композициях, представляют собой антитела, которые связываются с PD-1 с высокой специфичностью и аффинностью, блокируют связывание PD-L1 и/или PD-L2 и ингибируют иммунодепрессивное действие PD-1 сигнального пути. В любой из композиций или в любом из способов, раскрытых в данном изобретении, анти-PD-1 антитело включает в себя антигенсвязывающую часть или фрагмент, которая связывается с рецептором PD-1 и проявляет функциональные свойства, аналогичные таковым целых антител, в ингибировании связывания лиганда и в повышающей регуляции иммунной системы. В некоторых вариантах осуществления анти-PD-1 антитело или его антигенсвязывающая часть перекрестно конкурирует с ниволумабом за связывание с человеческим PD-1. В других вариантах осуществления анти-PD-1 антитело или его антигенсвязывающая часть представляет собой химерное, гуманизированное или человеческое моноклональное антитело или его часть. В некоторых вариантах осуществления антитело представляет собой гуманизированное антитело. В других вариантах осуществления антитело представляет собой антитело человека. Могут быть использованы антитела изотипа IgG1, IgG2, IgG3 или IgG4.Such chimeric, humanized or human monoclonal antibodies can be prepared and isolated by methods well known in the art. Ahtu-PD-1-AB used in the methods of the described invention also include antigen-binding fragments of the above antibodies. It has been clearly demonstrated that the antigen-binding function of an antibody can be carried out by fragments of a full-length antibody. Examples of binding fragments encompassed by the term antigen-binding moiety of an antibody include (i) a Fab fragment, a monovalent fragment consisting of the VL, VH, CL and CH1 domains; (ii) F(ab') 2 fragment, a bivalent fragment containing two Fab fragments linked by a disulfide bridge in the hinge region; (iii) Fd fragment consisting of VH and CH1 domains; and (iv) an Fv fragment consisting of the VL and VH domains of one arm of the antibody. Anti-PD-I antibodies suitable for use in the disclosed methods or compositions are antibodies that bind to PD-1 with high specificity and affinity, block the binding of PD-L1 and/or PD-L2, and inhibit the immunosuppressive effects of PD-1 signaling pathway. In any of the compositions or in any of the methods disclosed herein, the anti-PD-1 antibody includes an antigen binding moiety or fragment that binds to the PD-1 receptor and exhibits functional properties similar to those of whole antibodies in inhibiting ligand binding and in up-regulation of the immune system. In some embodiments, the anti-PD-1 antibody or antigen-binding portion thereof cross-competes with nivolumab for binding to human PD-1. In other embodiments, the anti-PD-1 antibody or antigen-binding portion thereof is a chimeric, humanized, or human monoclonal antibody or portion thereof. In some embodiments, the antibody is a humanized antibody. In other embodiments, the antibody is a human antibody. Antibodies of the IgG1, IgG2, IgG3 or IgG4 isotype can be used.
В некоторых вариантах осуществления анти-РП-1 антитело или его антигенсвязывающая часть содержит константную область тяжелой цепи, которая представляет собой изотип человеческого IgG1 или IgG4. В некоторых других вариантах осуществления последовательность константной области IgG4 тяжелой цепи αнти-PD-1-αнтитела или его антигенсвязывающей части содержит мутацию S228P, при которой происходит замена остатка серина в шарнирной области на остаток пролина, обычно обнаруживаемый в соответствующем положении в антителах изотипа IgG1. Данная мутация, которая присутствует в ниволумабе, предотвращает обмен Fab-плеча с эндогенными IgG4-антителами, сохраняя при этом низкую аффинность к активации Fc-рецепторов, связанных с IgG4-антителами дикого типа (Wang et al., 2014 Cancer Immunol Res. 2(9):846-56). В других вариантах осуществления антитело содержит константную область легкой цепи, которая является константной областью человеческой каппа- или лямбда-цепи. В других вариантах осуществления анти-PD-1 антитело или его антигенсвязывающая часть представляет собой mAb или его антигенсвязывающую часть. В некоторых вариантах осуществления любого из терапевтических способов, описанных в настоящем изобретении, включающих введение анти-PD-1 антитело, анти-PD-1 антитела, представляет собой ниволумаб. В других вариантах осуществления анти-PD-1 антитело представляет собой пембролизумаб. В других вариантах осуществления анти-PD-1 антитело выбирают из человеческих антител 17D8, 2D3, 4Н1, 4А11, 7D3 и 5F4, описанных в патенте США № 8,008,449.In some embodiments, the anti-RP-1 antibody or antigen-binding portion thereof comprises a heavy chain constant region that is an isotype of human IgG1 or IgG4. In some other embodiments, the IgG4 constant region sequence of an α anti-PD-1 α antibody heavy chain or an antigen binding portion thereof comprises the S228P mutation, which replaces a serine residue in the hinge region with a proline residue typically found at the corresponding position in IgG1 isotype antibodies. This mutation, which is present in nivolumab, prevents the exchange of the Fab arm with endogenous IgG4 antibodies, while maintaining low affinity for activation of Fc receptors associated with wild-type IgG4 antibodies (Wang et al., 2014 Cancer Immunol Res. 2( 9):846-56). In other embodiments, the antibody comprises a light chain constant region that is a human kappa or lambda chain constant region. In other embodiments, the anti-PD-1 antibody or antigen-binding portion thereof is a mAb or antigen-binding portion thereof. In some embodiments, any of the therapeutic methods described in the present invention, including the administration of an anti-PD-1 antibody, the anti-PD-1 antibody is nivolumab. In other embodiments, the anti-PD-1 antibody is pembrolizumab. In other embodiments, the anti-PD-1 antibody is selected from the human antibodies 17D8, 2D3, 4H1, 4A11, 7D3 and 5F4 described in US Pat. No. 8,008,449.
- 44 045913- 44 045913
В еще других вариантах осуществления анти-PD-l антитело представляет собой MEDI0608 (ранее известный как АМР-514), АМР-224, PDR001 или BGB-A317.In yet other embodiments, the anti-PD-1 antibody is MEDI0608 (formerly known as AMP-514), AMP-224, PDR001, or BGB-A317.
Анти-PD-LI антитела.Anti-PD-LI antibodies.
В некоторых вариантах осуществления анти-PD-1 антитело, используемое в способах, может быть заменено другим PD-1 или анти-PD-L1 антагонистом. Например, поскольку анти-PD-L1 антитело предотвращает взаимодействие между PD-1 и PD-L1, тем самым оказывая сходные воздействия на сигнальный путь PD-1, анти-PD-L1 антитело может заменить применение анти-PD-1 антитела в способах, описанных в настоящем изобретении. Таким образом, определенные аспекты настоящего раскрытия включают введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества анти-PD-L1 антитела или его антигенсвязывающей части. В некоторых вариантах осуществления анти-PD-LL· антитело, используемое в способах, представляет собой BMS-936559 (ранее 12А4 или MDX-1105) (см., например, патент США № 7,943,743; WO 2013/173223). В других вариантах осуществления анти-PD-L1 антитело представляет собой MPDL3280A (также известное как RG7446) (см., например, Herbst et al. (2013) J Clin Oncol 31 (suppl): 3000. Abstract; патент США № 8,217,149), MEDI4736 (также называемый дурвалумаб (IMFINZI®); Khleif (2013) в: Материалы Европейского конгресса по раку 2013; 27 сентября 1 октября 2013 года; Амстердам, Нидерланды). В некоторых вариантах осуществления антитела, которые перекрестно конкурируют за связывание с человеческим PD-L1 или связываются с той же эпитопной областью человеческого PD-L1, что и указанные выше PD-L1 антитела, представляют собой mAb. В некоторых вариантах осуществления анти-PD-L1 антитело или его антигенсвязывающая часть конкурирует за связывание с BMS-936559, MPDL3280A, MEDI4736 или MSB0010718C с человеческим PD-L1. Для введения субъектам-людям эти перекрестно конкурирующие антитела могут быть химерными антителами или могут быть гуманизированными или человеческими антителами. Такие химерные, гуманизированные или человеческие mAb могут быть получены и выделены способами, хорошо известными в данной области; см. патент США № 8,779,108 или патентную заявку США 2014/0356353, поданную 6 мая 2014 г.) или MSB0010718C (также называемый авелумаб (BAVENCIO®)); см. патентную заявку США 2014/0341917). В некоторых вариантах осуществления анти-PD-L1-антитело или его антигенсвязывающая часть содержит константную область тяжелой цепи, которая представляет собой изотип человеческого IgG1 или IgG4. В некоторых вариантах осуществления анти-PD-Lt антитело представляет собой BMS-936559. В некоторых вариантах осуществления анти-PD-Lt антитело представляет собой MPDL3280A (атезолизумаб (TECENTRIQ®)). В некоторых вариантах осуществления αнти-PD-L1 антитело представляет собой MEDI4736 (дурвалумаб (IMFINZI®)). В некоторых вариантах осуществления анти-PD-L1 антитело представляет собой MSB0010718C (авелумаб (BAVENCIO®)).In some embodiments, the anti-PD-1 antibody used in the methods may be replaced with another PD-1 or anti-PD-L1 antagonist. For example, since an anti-PD-L1 antibody prevents the interaction between PD-1 and PD-L1, thereby having similar effects on the PD-1 signaling pathway, an anti-PD-L1 antibody may replace the use of an anti-PD-1 antibody in methods described in the present invention. Thus, certain aspects of the present disclosure include administering to a subject in need thereof a therapeutically effective amount of an anti-PD-L1 antibody or antigen-binding portion thereof. In some embodiments, the anti-PD-LL· antibody used in the methods is BMS-936559 (formerly 12A4 or MDX-1105) (see, for example, US Pat. No. 7,943,743; WO 2013/173223). In other embodiments, the anti-PD-L1 antibody is MPDL3280A (also known as RG7446) (see, e.g., Herbst et al. (2013) J Clin Oncol 31 (suppl): 3000. Abstract; US Patent No. 8,217,149), MEDI4736 (also called durvalumab (IMFINZI®); Khleif (2013) in: Proceedings of the European Cancer Congress 2013; September 27–October 1, 2013; Amsterdam, the Netherlands). In some embodiments, antibodies that cross-compete for binding to human PD-L1 or bind to the same epitope region of human PD-L1 as the above PD-L1 antibodies are mAbs. In some embodiments, the anti-PD-L1 antibody or antigen-binding portion thereof competes for binding to BMS-936559, MPDL3280A, MEDI4736, or MSB0010718C to human PD-L1. For administration to human subjects, these cross-competitive antibodies may be chimeric antibodies or may be humanized or human antibodies. Such chimeric, humanized or human mAbs can be prepared and isolated by methods well known in the art; see US Patent No. 8,779,108 or US Patent Application 2014/0356353 filed May 6, 2014) or MSB0010718C (also called avelumab (BAVENCIO®)); see US patent application 2014/0341917). In some embodiments, the anti-PD-L1 antibody or antigen-binding portion thereof comprises a heavy chain constant region that is an isotype of human IgG1 or IgG4. In some embodiments, the anti-PD-Lt antibody is BMS-936559. In some embodiments, the anti-PD-Lt antibody is MPDL3280A (atezolizumab (TECENTRIQ®)). In some embodiments, the αanti-PD-L1 antibody is MEDI4736 (durvalumab (IMFINZI®)). In some embodiments, the anti-PD-L1 antibody is MSB0010718C (avelumab (BAVENCIO®)).
Фармацевтические композиции.Pharmaceutical compositions.
Фармацевтические композиции, подходящие для введения пациентам, обычно составляются для парентерального введения, например, в жидком носителе, или пригодными для разведения в жидком растворе, или в виде суспензии для внутривенного введения.Pharmaceutical compositions suitable for administration to patients are typically formulated for parenteral administration, for example, in a liquid carrier, or suitable for reconstitution in a liquid solution, or as a suspension for intravenous administration.
Как правило, такие композиции обычно содержат фармацевтически приемлемый носитель. Используемый здесь термин фармацевтически приемлемый означает одобренный государственным регулирующим агентством, или указанный в Фармакопее США, или другой общепризнанной фармакопеей для применения у животных, в частности, у людей. Термин носитель относится к разбавителю, адъюванту, вспомогательному веществу или среде-носителю, с которым вводят соединение. Такими фармацевтическими носителями могут быть стерильные жидкости, такие как вода и масла, включая нефтяные масла, масла животного, растительного или синтетического происхождения, такие как арахисовое масло, соевое масло, минеральное масло, кунжутное масло, глицерин-полиэтиленгликоль рицинолеат и тому подобное. В качестве носителей могут использоваться вода или водный раствор, физиологический раствор и водные растворы декстрозы и глицерина, в частности, для инъекционных растворов, например, содержащих антагонист TIM3 и/или антагонист PD-1. Жидкие композиции для парентерального введения могут быть составлены для введения путем инъекции или непрерывной инфузии. Пути введения с помощью инъекции или инфузии включают внутривенный, внутрибрюшинный, внутримышечный, интратекальный и подкожный. В некоторых вариантах осуществления антагонист TIM3 и антагонист PD-1 вводят внутривенно, например, в отдельных составах, или вместе (в одном и том же составе или в отдельных составах).In general, such compositions typically contain a pharmaceutically acceptable carrier. As used herein, the term pharmaceutically acceptable means approved by a government regulatory agency or listed in the United States Pharmacopoeia or other generally accepted pharmacopoeia for use in animals, particularly humans. The term carrier refers to the diluent, adjuvant, excipient or carrier medium with which the compound is administered. Such pharmaceutical carriers may be sterile liquids such as water and oils, including petroleum oils, oils of animal, vegetable or synthetic origin, such as peanut oil, soybean oil, mineral oil, sesame oil, glycerin-polyethylene glycol ricinoleate and the like. As carriers, water or an aqueous solution, saline and aqueous solutions of dextrose and glycerol can be used, in particular for injection solutions, for example, containing a TIM3 antagonist and/or a PD-1 antagonist. Liquid compositions for parenteral administration can be formulated for administration by injection or continuous infusion. Routes of administration by injection or infusion include intravenous, intraperitoneal, intramuscular, intrathecal and subcutaneous. In some embodiments, the TIM3 antagonist and the PD-1 antagonist are administered intravenously, for example, in separate formulations, or together (in the same formulation or in separate formulations).
Популяции пациентов.Patient populations.
В данном документе представлены клинические способы лечения рака у заболевших людей с использованием иммунотерапии, описанной в данном документе, например, антагонистом TIM3 (например, анти-TIM3 антитело), отдельно или в сочетании с другим ингибитором иммунных контрольных точек (например, анти-PD-1 антитело).Provided herein are clinical methods for treating cancer in human patients using immunotherapy described herein, for example, a TIM3 antagonist (eg, anti-TIM3 antibody), alone or in combination with another immune checkpoint inhibitor (eg, anti-PD- 1 antibody).
Примеры онкологических заболеваний, которые можно лечить с использованием способов по изобретению, включают рак печени, гепатоцеллюлярную карциному (НСС), рак костей, рак поджелудочной железы, рак кожи, рак ротовой полости, рак головы или шеи, рак молочной железы, рак легких, мелкоклеточный рак легких, NSCLC, кожную или внутриглазную злокачественную меланому, рак почки, рак матки, рак яичников, колоректальный рак, рак толстой кишки, рак прямой кишки, рак анальной области,Examples of cancers that can be treated using the methods of the invention include liver cancer, hepatocellular carcinoma (HCC), bone cancer, pancreatic cancer, skin cancer, oral cancer, head or neck cancer, breast cancer, lung cancer, small cell lung cancer, NSCLC, cutaneous or intraocular malignant melanoma, kidney cancer, uterine cancer, ovarian cancer, colorectal cancer, colon cancer, rectal cancer, anal cancer,
- 45 045913 рак желудка, рак яичка, рак матки, карциному маточных труб, карциному эндометрия, карциному шейки матки, карциному влагалища, карциному вульвы, плоскоклеточный рак головы и шеи (SCCHN), неходжкинскую лимфому, рак пищевода, рак тонкой кишки, рак эндокринной системы, рак щитовидной железы, рак паращитовидной железы, рак надпочечника, саркому мягких тканей, рак уретры, рак полового члена, солидные опухоли детского возраста, лимфоцитарную лимфому, рак мочевого пузыря, рак почек или мочеточников, карциному почечной лоханки, неоплазию центральной нервной системы (ЦНС), первичную лимфому ЦНС, ангиогенез опухоли, опухоль позвоночника, глиому ствола головного мозга, аденому гипофиза, саркому Капоши, эпидермоидный рак, плоскоклеточный рак, рак, вызванный окружающей средой, включая рак, вызванный асбестом, гематологические злокачественные новообразования, включая, например, множественную миелому, В-клеточную лимфому, лимфому Ходжкина/первичную медиастинальную В-клеточную лимфому, неходжкинские лимфомы, острую миелоидную лимфому, хронический миелоидный лейкоз, хронический лимфолейкоз, фолликулярную лимфому, диффузную Вкрупноклеточную лимфому, лимфому Беркитта, иммунобластную крупноклеточную лимфому, предшественник В-лимфобластной лимфомы, мантийноклеточную лимфому, острый лимфобластный лейкоз, грибовидный микоз, анапластическую крупноклеточную лимфому, Т-клеточную лимфому, предшественник Т-лимфобластной лимфомы и любые комбинации указанных видов рака. Настоящее изобретение также применимо для лечения метастатических видов рака.- 45 045913 stomach cancer, testicular cancer, uterine cancer, fallopian tube carcinoma, endometrial carcinoma, cervical carcinoma, vaginal carcinoma, vulvar carcinoma, squamous cell carcinoma of the head and neck (SCCHN), non-Hodgkin's lymphoma, esophageal cancer, small intestine cancer, endocrine cancer systems, thyroid cancer, parathyroid cancer, adrenal cancer, soft tissue sarcoma, urethral cancer, penile cancer, childhood solid tumors, lymphocytic lymphoma, bladder cancer, kidney or ureter cancer, renal pelvic carcinoma, central nervous system neoplasia ( CNS), primary CNS lymphoma, tumor angiogenesis, spinal tumor, brainstem glioma, pituitary adenoma, Kaposi's sarcoma, epidermoid carcinoma, squamous cell carcinoma, environmental cancers including asbestos-related cancers, hematologic malignancies including e.g. multiple myeloma, B-cell lymphoma, Hodgkin's lymphoma/primary mediastinal B-cell lymphoma, non-Hodgkin's lymphomas, acute myeloid lymphoma, chronic myeloid leukemia, chronic lymphocytic leukemia, follicular lymphoma, diffuse large cell lymphoma, Burkitt's lymphoma, immunoblastic large cell lymphoma, B-lymphoblast precursor lymphomas, mantle cell lymphoma, acute lymphoblastic leukemia, mycosis fungoides, anaplastic large cell lymphoma, T-cell lymphoma, precursor T-lymphoblastic lymphoma, and any combination of these cancers. The present invention is also applicable to the treatment of metastatic cancers.
В некоторых вариантах осуществления пациенты страдают от рака, который не поддается лечению ингибитором иммунных контрольных точек. В некоторых вариантах осуществления пациент страдает от рака, который не поддается лечению антагонистом PD-1 (например, анти-PD-1 антителом или анти-PDL1 антителом). В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой солидную опухоль. В других вариантах осуществления рак представляет собой рак толстой кишки, почки или рак легких. Субъекты могут быть обследованы или отобраны по одному или нескольким из вышеописанных клинических признаков до, во время или после лечения.In some embodiments, patients suffer from cancer that is refractory to treatment with an immune checkpoint inhibitor. In some embodiments, the patient suffers from cancer that is not responsive to treatment with a PD-1 antagonist (eg, an anti-PD-1 antibody or an anti-PDL1 antibody). In some embodiments, the cancer is a solid tumor. In other embodiments, the cancer is colon, kidney, or lung cancer. Subjects may be examined or selected for one or more of the above-described clinical features before, during, or after treatment.
Виды иммунотерапии.Types of immunotherapy.
В одном аспекте виды иммунотерапии, представленные в настоящем документе, включают введение антагониста TIM3 (например, анти-TIM3 антитело), отдельно или в сочетании с другим ингибитором иммунных контрольных точек (например, антагонистом PD-1, например, анти-PD-1 антителом) для лечения субъектов, имеющих рак. В конкретном варианте осуществления антагонист TIM3 представляет собой анти-TIM3 антитело, описанное здесь. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 представляет собой анти-PD-1 антитело ниволумаб. В некоторых вариантах осуществления режимы дозирования корректируются для обеспечения оптимального желаемого ответа (например, эффективного ответа).In one aspect, immunotherapies provided herein include administration of a TIM3 antagonist (e.g., an anti-TIM3 antibody), alone or in combination with another immune checkpoint inhibitor (e.g., a PD-1 antagonist, e.g., an anti-PD-1 antibody ) for the treatment of subjects with cancer. In a specific embodiment, the TIM3 antagonist is an anti-TIM3 antibody described herein. In some embodiments, the PD-1 antagonist is the anti-PD-1 antibody nivolumab. In some embodiments, dosing regimens are adjusted to provide the optimal desired response (eg, effective response).
В контексте настоящего документа дополнительное или комбинированное введение (совместное введение) включает одновременное введение соединений в одной или разных дозированных формах или раздельное введение соединений (например, последовательное введение). Так, например, антагонист TIM3 и антагонист PD-1 могут быть введены одновременно в одной композиции. Альтернативно, антагонист TIM3 и антагонист PD-1 могут быть составлены для раздельного введения и введены одновременно или последовательно, например, одно антитело вводится в течение около 30 минут до введения второго антитело.As used herein, additional or combined administration (co-administration) includes simultaneous administration of compounds in the same or different dosage forms or separate administration of compounds (eg, sequential administration). For example, a TIM3 antagonist and a PD-1 antagonist can be administered simultaneously in the same composition. Alternatively, the TIM3 antagonist and the PD-1 antagonist can be formulated to be administered separately and administered simultaneously or sequentially, for example, one antibody is administered about 30 minutes before the second antibody is administered.
Например, сначала может быть введен антагонист TIM3, а затем (например, сразу же) введение антагониста PD-1 или наоборот. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 вводят до введения антагониста TIM3. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 вводят после введения антагониста TIM3. В других вариантах осуществления антагонист TIM3 и антагонист PD-1 вводят одновременно. Такое одновременное или последовательное введение предпочтительно приводит к тому, что оба антагониста одновременно присутствуют у субъектов, получающих лечение.For example, a TIM3 antagonist may be administered first, followed (eg immediately) by a PD-1 antagonist, or vice versa. In some embodiments, the PD-1 antagonist is administered before the TIM3 antagonist is administered. In some embodiments, the PD-1 antagonist is administered after administration of the TIM3 antagonist. In other embodiments, the TIM3 antagonist and the PD-1 antagonist are administered simultaneously. Such simultaneous or sequential administration preferably results in both antagonists being simultaneously present in the subjects receiving treatment.
Следующие примеры предлагаются в качестве иллюстрации, а не в качестве ограничения. Содержание всех ссылок, цитируемых в настоящей заявке, явным образом включено в данный документ посредством ссылки.The following examples are offered as illustrations and not as limitations. The contents of all references cited in this application are expressly incorporated herein by reference.
ПримерыExamples
Пример 1. Анализ уровней экспрессии TIM3 на CD4 и CD8 Т-лимфоцитах у онкологических пациентов.Example 1. Analysis of TIM3 expression levels on CD4 and CD8 T lymphocytes in cancer patients.
Чтобы начать оценку пригодности использования экспрессии TIM3 для идентификации субъектов (например, больных раком людей), подходящих для лечения антагонистом TIM3, свежие ткани опухоли и соответствующие образцы периферической крови были получены от пациентов с раком легких, почек или толстой кишки (ConversantBio, MT Group, Benaroya) и отправлены в лабораторию для анализа. Опухолевую ткань и образцы крови отправляли в накануне вечером при 4°С в HypoThermosol FRS (Biolife Solutions) и ACD Solution A (BD Biosciences), соответственно. Образцы были обработаны и проанализированы в течение 24 ч после сбора.To begin evaluating the utility of using TIM3 expression to identify subjects (eg, human cancer patients) suitable for TIM3 antagonist treatment, fresh tumor tissue and matched peripheral blood samples were obtained from patients with lung, kidney, or colon cancer (ConversantBio, MT Group, Benaroya) and sent to the laboratory for analysis. Tumor tissue and blood samples were sent the night before at 4°C to HypoThermosol FRS (Biolife Solutions) and ACD Solution A (BD Biosciences), respectively. Samples were processed and analyzed within 24 h of collection.
Обработка тканей для иммунофенотипирования.Processing of tissues for immunophenotyping.
Опухолевые ткани взвешивали и диссоциировали с использованием набора для диссоциации Miltenyi (Miltenyi, номер по каталогу 130-095-929). Клетки периферической крови обрабатывали буферомTumor tissues were weighed and dissociated using a Miltenyi dissociation kit (Miltenyi, catalog number 130-095-929). Peripheral blood cells were treated with buffer
- 46 045913 для лизиса эритроцитов (RBC) (BioLegend, номер по каталогу 420301). Затем клеточные суспензии (из опухолевых тканей или периферической крови) промывали два раза в HBSS (без Са, без Mg), окрашивали красителем NIR Viability Dye (Molecular Probes by Life Technologies, номер по каталогу L34976), блокировали человеческой АВ-сывороткой в фосфатно-солевом буфере Дульбекко (dPBS) и добавляли в лунки, содержащие коктейли антител (см. табл. 1 ниже) для инкубации на льду в темноте в течение 45 мин. Затем клетки дважды промывали dPBS/BSA/азидом Na, фиксировали и пермеабилизировали, используя буферный набор FoxP3 (BioLegend, номер по каталогу 421403). Контрольные образцы для флуоресценции с комбинацией детектируемых меток без одной (FMO) готовили для всех антител и использовали для определения позитивных клеточных популяций. Образцы получали на проточном цитометре Fortessa (BD Biosciences), и данные анализировали с использованием программного обеспечения FlowJo (TreeStar).- 46 045913 for red blood cell (RBC) lysis (BioLegend, catalog number 420301). Cell suspensions (from tumor tissues or peripheral blood) were then washed twice in HBSS (no Ca, no Mg), stained with NIR Viability Dye (Molecular Probes by Life Technologies, catalog number L34976), blocked with human AB serum in phosphate Dulbecco's buffered saline (dPBS) and added to wells containing antibody cocktails (see Table 1 below) for incubation on ice in the dark for 45 min. Cells were then washed twice with dPBS/BSA/Na azide, fixed, and permeabilized using FoxP3 buffer kit (BioLegend, cat. no. 421403). Fluorescence controls with a combination of detectable labels minus one (FMO) were prepared for all antibodies and used to determine positive cell populations. Samples were acquired on a Fortessa flow cytometer (BD Biosciences), and data were analyzed using FlowJo software (TreeStar).
Окрашивание антитела для анализа проточной цитометрии.Antibody staining for flow cytometry analysis.
Как показано в табл. 1 (ниже), была разработана 15-цветовая панель для проверки экспрессии нескольких маркеров; основное внимание уделялось экспрессии TIM3 на CD8+ и CD4+ Т-клетках.As shown in table. 1 (below), a 15-color panel was developed to test the expression of several markers; focused on TIM3 expression on CD8+ and CD4+ T cells.
Таблица 1Table 1
Антитела, используемые для иммунофлуоресцентного окрашивания для подмножеств Т-клетокAntibodies used for immunofluorescence staining for T cell subsets
Как показано в табл. 2 (ниже) и на фиг. 1А и 1В, очень мало CD4+ и CD8+ Т-клеток экспрессировали TIM3 в цельной крови как здоровых субъектов, так и больных раком пациентов. Частота TIM3+ CD4+ была немного выше в TIL по сравнению с цельной кровью, без существенных различий по типам опухолей (см. фиг. 2А и 2В). По сравнению с CD4+ Т-клетками, больший процент CD8+ Т-клеток представлял собой TIM3+ со средними частотами в диапазоне от 9.9 до 21% в зависимости от типа опухоли. RCC и в меньшей степени CRC, как правило, показывали более высокую частоту TIM3+ CD8+ Т-клеток, чем пациенты с раком легкого; см. табл. 3 (ниже) и фиг. 2А и 2В.As shown in table. 2 (below) and FIG. 1A and 1B, very few CD4+ and CD8+ T cells expressed TIM3 in whole blood of both healthy subjects and cancer patients. The frequency of TIM3+ CD4+ was slightly higher in TILs compared with whole blood, with no significant differences across tumor types (see Figures 2A and 2B). Compared to CD4+ T cells, a greater percentage of CD8+ T cells were TIM3+, with average frequencies ranging from 9.9 to 21% depending on tumor type. RCC and to a lesser extent CRC tended to show higher frequencies of TIM3+ CD8+ T cells than lung cancer patients; see table 3 (below) and fig. 2A and 2B.
Таблица 2table 2
Средние значения частоты ± SD TIM3+ CD4+ и TIM3+ CD8+ Т-клеток в образцах периферической крови здоровых доноров и пациентов с онкологическим заболеванием (раком)Mean frequencies ± SD of TIM3+ CD4+ and TIM3+ CD8+ T cells in peripheral blood samples from healthy donors and patients with oncological disease (cancer)
Обозначения: N: номер образца;Designations: N: sample number;
SD: стандартное отклонение;SD: standard deviation;
RCC: почечно-клеточная карцинома;RCC: renal cell carcinoma;
CRC: колоректальная карцинома.CRC: colorectal carcinoma.
В дополнение к экспрессии TIM3 экспрессию PD-1 также оценивали в TIL, описанную выше. Как показано в табл. 3 (ниже) и на фиг. 2С и 2D, коэкспрессия PD-1 с клетками TIM3+ значительно варьировалась в зависимости от пациентов, с пациентами с более высокой частотой TIM3+ CD8+ Т-клеток (то есть по меньшей мере, 8%, что представляло собой среднее значение% TIM3+ CD8+ Т-клеток во всех трех типах рака), демонстрирующими более высокую коэкспрессию с PD-1, по сравнению с пациентами с более низкими частотами TIM3+ CD8+ Т-клеток (см. фиг. 2Е, р <0,0001 по Манну-Уитни).In addition to TIM3 expression, PD-1 expression was also assessed in TILs described above. As shown in table. 3 (below) and FIG. 2C and 2D, coexpression of PD-1 with TIM3+ cells varied significantly among patients, with patients having a higher frequency of TIM3+ CD8+ T cells (i.e., at least 8%, which was the average %TIM3+ CD8+ T cells in all three cancer types) showing higher coexpression with PD-1 compared with patients with lower frequencies of TIM3+ CD8+ T cells (see Fig. 2E, Mann-Whitney p < 0.0001).
- 47 045913- 47 045913
Таблица 3Table 3
Средние значения частот ± SD TIM3+ и PD-1+ TIM3+ CD4+ и CD8+ Т клеток в TIL от пациентов с ракомMean ± SD frequencies of TIM3+ and PD-1+ TIM3+ CD4+ and CD8+ T cells in TILs from cancer patients
Рак легкого RCC CRC (N=18) (N=23) (N=17)Lung cancer RCC CRC (N=18) (N=23) (N=17)
Обозначения: SD: стандартное отклонение;Legend: SD: standard deviation;
TIL: инфильтрирующие опухоль лимфоциты;TIL: tumor infiltrating lymphocytes;
RCC: почечно-клеточная карцинома;RCC: renal cell carcinoma;
CRC: колоректальная карцинома;CRC: colorectal carcinoma;
N: номер образцов.N: sample number.
Пример 2. Анализ экспрессии TIM3 в различных подмножествах Т-клеток.Example 2: Analysis of TIM3 expression in different T cell subsets.
Чтобы оценить экспрессию TIM3 на разных подмножествах Т-клеток, свежие ткани опухоли и соответствующие образцы периферической крови были получены от пациентов с различными типами рака (МТ Group, CINJ): почечно-клеточная карцинома (n=16), колоректальный (n=2), печени (n=2), матки (n=3), легкого (n=1), яичника (n=1), желудка (n=1) и желудочно-кишечного тракта (n=1). Образцы были отправлены в лабораторию для анализа накануне вечером при 4°С в HypoThermosol FRS (Biolife Solutions) и на гепарине (BD Biosciences), соответственно. Все образцы были обработаны и окрашены в течение 24 ч после сбора.To evaluate TIM3 expression on different T cell subsets, fresh tumor tissues and matched peripheral blood samples were obtained from patients with different types of cancer (MT Group, CINJ): renal cell carcinoma (n=16), colorectal (n=2) , liver (n=2), uterus (n=3), lung (n=1), ovary (n=1), stomach (n=1) and gastrointestinal tract (n=1). Samples were sent to the laboratory for analysis the previous evening at 4°C in HypoThermosol FRS (Biolife Solutions) and heparin (BD Biosciences), respectively. All samples were processed and stained within 24 h of collection.
Обработка тканей для иммунофенотипирования.Processing of tissues for immunophenotyping.
Опухолевые ткани взвешивали и диссоциировали с использованием легкого коктейля из коллагеназы I, II, IV и ДНКазы I с последующим разделением с помощью фиколла. Периферические лейкоциты отделяли от эритроцитов с использованием седиментационного буфера (Miltenyi Biotech). Клеточные суспензии (из опухолевых тканей или периферической крови) промывали два раза в забуференном фосфатом физиологическом растворе (PBS) без кальция и магния, окрашивали в ближней инфракрасной области (NIR) красителем Viability Dye (Molecular Probes by Life Technologies, номер по каталогу L34976). Fc-рецепторы блокировали человеческим гамма-глобулином (Jackson Immunoresearch) или мышиной сывороткой IgG (Sigma Aldrich) в буфере FACS (PBS, содержащем 0.5% эмбриональной бычьей сыворотки и 0.1% азида натрия), затем образцы окрашивали различными коктейлями антител (см. табл. 1, 2, 3, 4) при 4°С в темноте в течение 45 мин. Затем клетки дважды промывали буфером FACS и фиксировали лизирующим раствором FACS (BD Biosciences, номер по каталогу 349202). Контрольные образцы для флуоресценции с комбинацией детектируемых меток без одной (FMO) готовили для подгруппы антител и использовали для определения позитивных клеточных популяций. Образцы получали на проточном цитометре Fortessa (BD Biosciences), и данные анализировали с использованием программного обеспечения FlowJo (TreeStar).Tumor tissues were weighed and dissociated using a light cocktail of collagenase I, II, IV and DNase I, followed by Ficoll separation. Peripheral leukocytes were separated from erythrocytes using sedimentation buffer (Miltenyi Biotech). Cell suspensions (from tumor tissues or peripheral blood) were washed twice in phosphate buffered saline (PBS) without calcium and magnesium, and stained with near-infrared (NIR) Viability Dye (Molecular Probes by Life Technologies, catalog number L34976). Fc receptors were blocked with human gamma globulin (Jackson Immunoresearch) or mouse IgG serum (Sigma Aldrich) in FACS buffer (PBS containing 0.5% fetal bovine serum and 0.1% sodium azide), then the samples were stained with various antibody cocktails (see Table 1, 2, 3, 4) at 4°C in the dark for 45 minutes. Cells were then washed twice with FACS buffer and fixed with FACS lysis solution (BD Biosciences, cat. no. 349202). Fluorescence controls with a combination of detectable labels minus one (FMO) were prepared for a subset of antibodies and used to determine positive cell populations. Samples were acquired on a Fortessa flow cytometer (BD Biosciences), and data were analyzed using FlowJo software (TreeStar).
Окрашивание антитела для анализа проточной цитометрии.Antibody staining for flow cytometry analysis.
Для оценки экспрессии TIM3 в различных субпопуляциях Т-клеток обработанные вышеуказанные клетки окрашивали коктейлем антител, представленных в табл. 4 (ниже). Типичный пример стратегии гейтирования показан на фиг. 3А: CCR7+ CD45RO-(наивные), CCR7+ CD45RO+ (центральной памяти), CCR7-CD45RO+ (эффекторной памяти) и CCR7-CD45RO- (эффекторные). Медианная частота этих субпопуляций в TIL представлена в табл. 5 (ниже).To assess the expression of TIM3 in various subpopulations of T cells, the above-treated cells were stained with a cocktail of antibodies presented in table. 4 (below). A typical example of a gating strategy is shown in FIG. 3A: CCR7+ CD45RO- (naive), CCR7+ CD45RO+ (central memory), CCR7-CD45RO+ (effector memory) and CCR7-CD45RO- (effector). The median frequency of these subpopulations in TILs is presented in Table. 5 (below).
- 48 045913- 48 045913
Т аблица 4Table 4
Панель антител для анализа экспрессии TIM3 в субпопуляциях Т -клетокPanel of antibodies for analysis of TIM3 expression in T cell subsets
Как показано на фиг. 3В, частота клеток TIM3+ варьировалась в зависимости как от субпопуляции Т-клеток, так и от отдельного пациента, с общей тенденцией к большему проценту Т-клеток эффекторной памяти и эффекторных CD4+ и CD8+, экспрессирующих TIM3. Тот факт, что больший процент Тклеток эффекторных и эффекторной памяти, экспрессирующих TIM3 у некоторых пациентов, указывает на возможность реактивации ответа Т -клеток с ингибированием TIM3. Кроме того, данные свидетельствуют о том, что более высокие частоты Т-клеток эффекторных TIM-3+ и/или TIM3+ эффекторной памяти в TIL у субъекта, имеющего рак, указывают на то, что субъект будет отвечать на терапию рака антагонистом TIM-3, таким как анти- TIM-3 антитело.As shown in FIG. 3B, the frequency of TIM3+ cells varied depending on both the T cell subset and the individual patient, with a general trend toward a greater percentage of effector memory T cells and effector CD4+ and CD8+ cells expressing TIM3. The fact that a higher percentage of effector and effector memory T cells express TIM3 in some patients suggests the possibility of reactivation of the T cell response with TIM3 inhibition. In addition, data suggest that higher frequencies of TIM-3+ effector and/or TIM3+ effector memory T cells in TILs from a subject having cancer indicate that the subject will respond to TIM-3 antagonist cancer therapy. such as anti-TIM-3 antibody.
В цельной крови из-за очень низкой частоты TIM3+ Т-клеток не было выявлено значительной корреляции между частотой TIM3+ Т-клеток в TIL и в соответствующей цельной крови (см. фиг. 3С).In whole blood, due to the very low frequency of TIM3+ T cells, there was no significant correlation between the frequency of TIM3+ T cells in TILs and in the corresponding whole blood (see Fig. 3C).
Таблица 5Table 5
Медианные частоты CD4 и CD8 субпопуляций Т-клетокMedian frequencies of CD4 and CD8 T cell subsets
Как наблюдалось в примере 1, большая часть TIM3+ CD8+ TIL также была PD-1 позитивной в большинстве проанализированных образцов (см. фиг. 4А и 4В). Очень немногие CD8+ TIL являлись TIM3+ PD-1-, и примерно в половине образцов большинство PD1+ CD8+ TIL также были позитивными для экспрессии TIM3. Этот результат, наряду с полученным в примере 1, подтверждает использование комбинации антагониста PD-1, (например, анти-PD-1 антитела, например, ниволумаба) с антагонистом TIM3 для лечения рака, например, у субъектов, которые являются TIM -3+ PD-1+.As observed in example 1, a large proportion of TIM3+ CD8+ TILs were also PD-1 positive in the majority of samples analyzed (see Fig. 4A and 4B). Very few CD8+ TILs were TIM3+ PD-1−, and in approximately half of the samples, the majority of PD1+ CD8+ TILs were also positive for TIM3 expression. This result, along with that obtained in Example 1, supports the use of a combination of a PD-1 antagonist (eg, an anti-PD-1 antibody, such as nivolumab) with a TIM3 antagonist for the treatment of cancer, for example, in subjects who are TIM -3+ PD-1+.
Пример 3. Анализ экспрессии TIM3 в различных субпопуляциях иммунных клеток.Example 3. Analysis of TIM3 expression in various subpopulations of immune cells.
Поскольку Т-клетки не являются единственными иммунными клетками, экспрессирующими TIM3, на экспрессию TIM3 также были оценены и миелоидные, и NK-клетки, выделенные из TIL из субпопуляции образцов, описанных в примере 2. Коктейли антител, используемые для идентификации этих субпопуляций иммунных клеток, представлены в табл. 6 и 7 (ниже).Because T cells are not the only immune cells expressing TIM3, both myeloid and NK cells isolated from TILs from a subset of the samples described in Example 2 were also assessed for TIM3 expression. The antibody cocktails used to identify these immune cell subsets were are presented in table. 6 and 7 (below).
- 49 045913- 49 045913
Таблица 6Table 6
Панель антител для анализа экспрессии TIM3 в субпопуляциях миелоидных клетокPanel of antibodies for analysis of TIM3 expression in subsets of myeloid cells
Таблица 7Table 7
Панель антител для анализа экспрессии TIM3 в NK клеткахPanel of antibodies to analyze TIM3 expression in NK cells
Номер поNumber by
Как показано на фиг. 5А, очень мало CD15+ гранулоцитов, экспрессирующих TIM3. Напротив, частота плазмоцитоидных дендритных клеток (pDC), миелоидных дендритных клеток (mDC) и CD14+ CD64+ моноцитов/макрофагов, экспрессирующих TIM3, варьировалась у пациентов с частотой, достигающей 80% и более. Частота субпопуляций клеток TIM3+ CD16- CD56+ и CD16+ CD56+ NK также варьировалась у разных пациентов в диапазоне от 15% до 95% (фиг. 5В).As shown in FIG. 5A, very few CD15+ granulocytes expressing TIM3. In contrast, the frequency of plasmacytoid dendritic cells (pDC), myeloid dendritic cells (mDC), and CD14+ CD64+ monocytes/macrophages expressing TIM3 varied among patients, with frequencies reaching 80% or more. The frequency of TIM3+ CD16− CD56+ and CD16+ CD56+ NK cell subsets also varied among patients, ranging from 15% to 95% (Figure 5B).
Пример 4. Анализ экспрессии растворимого TIM3 в сыворотке.Example 4 Analysis of Soluble TIM3 Expression in Serum.
Чтобы сравнить экспрессию растворимого TIM3 в сыворотке здоровых субъектов и больных раком, образцы замороженной сыворотки от 20 нормальных здоровых добровольцев, от 20 пациентов с диагнозом рак толстой кишкой, от 20 пациентов с диагнозом рак почки и от 20 пациентов с диагнозом рак легких оттаивали на льду и тестировали в разведении 1:4 для растворимого TIM-3 с коммерчески доступным набором ELISA (Quantikine ELISA, номер по каталогу DTIM30, R&D Systems).To compare the expression of soluble TIM3 in the serum of healthy subjects and cancer patients, frozen serum samples from 20 normal healthy volunteers, from 20 patients diagnosed with colon cancer, from 20 patients diagnosed with kidney cancer, and from 20 patients diagnosed with lung cancer were thawed on ice and tested at a 1:4 dilution of soluble TIM-3 with a commercially available ELISA kit (Quantikine ELISA, cat. no. DTIM30, R&D Systems).
Как показано на фиг. 6А и 6В, экспрессия растворимого TIM3 (включая растворимую изоформу как TIM3, так и TIM3, выделенного из мембраны клеток) у больных с диагнозом рак была значительно выше, чем наблюдалась у здоровых доноров (рак толстой кишки и легких против нормы, р<0.0001; рак почки против нормы, р<0.01, тест Манна-Уитни). Такой результат указывает на то, что уровни растворимого TIM3 повышаются в сыворотке больных раком по сравнению с нормальными контролями. Таким образом, растворимый TIM-3 можно использовать в качестве маркера стратификации. Дополнительный анализ определит корреляцию между экспрессией растворимого TIM3 и уровнями экспрессии TIM3 в соответствующих субпопуляциях TIL.As shown in FIG. 6A and 6B, the expression of soluble TIM3 (including the soluble isoform of both TIM3 and TIM3 isolated from the cell membrane) in patients diagnosed with cancer was significantly higher than that observed in healthy donors (colon and lung cancer vs. normal, p < 0.0001; kidney cancer versus normal, p<0.01, Mann-Whitney test). This result indicates that soluble TIM3 levels are increased in the serum of cancer patients compared with normal controls. Thus, soluble TIM-3 can be used as a stratification marker. Additional analysis will determine the correlation between soluble TIM3 expression and TIM3 expression levels in corresponding TIL subpopulations.
- 50 045913- 50 045913
Таблица 8Table 8
- 51 045913- 51 045913
- 52 045913- 52 045913
- 53 045913- 53 045913
- 54 045913- 54 045913
- 55 045913- 55 045913
- 56 045913- 56 045913
- 57 045913- 57 045913
- 58 045913- 58 045913
- 59 045913- 59 045913
- 60 045913- 60 045913
- 61 045913- 61 045913
- 62 045913- 62 045913
- 63 045913- 63 045913
- 64 045913- 64 045913
- 65 045913- 65 045913
- 66 045913- 66 045913
- 67 045913- 67 045913
- 68 045913- 68 045913
- 69 045913- 69 045913
- 70 045913- 70 045913
- 71 045913- 71 045913
- 72 045913- 72 045913
- 73 045913- 73 045913
- 74 045913- 74 045913
- 75 045913- 75 045913
- 76 045913- 76 045913
- 77 045913- 77 045913
- 78 045913- 78 045913
- 79 045913- 79 045913
- 80 045913- 80 045913
- 81 045913- 81 045913
- 82 045913- 82 045913
- 83 045913- 83 045913
- 84 045913- 84 045913
- 85 045913- 85 045913
- 86 045913- 86 045913
- 87 045913- 87 045913
- 88 045913- 88 045913
- 89 045913- 89 045913
- 90 045913- 90 045913
- 91 045913- 91 045913
- 92 045913- 92 045913
- 93 045913- 93 045913
- 94 045913- 94 045913
- 95 045913- 95 045913
- 96 045913- 96 045913
--
Claims (12)
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US62/551,137 | 2017-08-28 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
EA045913B1 true EA045913B1 (en) | 2024-01-17 |
Family
ID=
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11572410B2 (en) | Neutralization of inhibitory pathways in lymphocytes | |
US10898556B2 (en) | Anti-ICOS agonist antibodies and uses thereof | |
CN112513080B (en) | VISTA antigen binding molecules | |
US20240117044A1 (en) | Tim-3 antagonists for the treatment and diagnosis of cancers | |
CN115768792A (en) | anti-CCR 8 antibodies for the treatment of cancer | |
RU2769569C2 (en) | Inhibitory pathway neutralization in lymphocytes | |
KR20210092769A (en) | Anti-NKG2A antibodies and uses thereof | |
EA035412B1 (en) | Antibodies against ox40 and uses thereof | |
KR20170065029A (en) | Compositions and methods of use for augmented immune response and cancer therapy | |
EP3768715A1 (en) | Antibodies against mica and/or micb and uses thereof | |
TW201622748A (en) | Therapeutic combinations and methods for treating neoplasia | |
US20220372161A1 (en) | Antibodies against the poliovirus receptor (pvr) and uses thereof | |
EA045913B1 (en) | TIM-3 ANTAGONISTS FOR TREATMENT AND DIAGNOSIS OF ONCOLOGICAL DISEASES | |
RU2816531C2 (en) | Combinations of antibodies for treating cancer in specific patients | |
US20240092912A1 (en) | Novel combinations of antibodies and uses thereof | |
EA045980B1 (en) | ANTIBODIES AGAINST THE POLIO VIRUS RECEPTOR (PVR) AND THEIR APPLICATION | |
CN117355331A (en) | anti-Siglec compositions and uses thereof | |
CN116322767A (en) | Improving antibody tolerance in connection with intravenous administration |