EA045436B1 - ADENOVIRAL VECTORS AND WAYS OF THEIR APPLICATION - Google Patents
ADENOVIRAL VECTORS AND WAYS OF THEIR APPLICATION Download PDFInfo
- Publication number
- EA045436B1 EA045436B1 EA202091039 EA045436B1 EA 045436 B1 EA045436 B1 EA 045436B1 EA 202091039 EA202091039 EA 202091039 EA 045436 B1 EA045436 B1 EA 045436B1
- Authority
- EA
- Eurasian Patent Office
- Prior art keywords
- vectors
- adenoviral vector
- vector
- adenoviral
- seq
- Prior art date
Links
- 239000013598 vector Substances 0.000 title claims description 282
- NTIZESTWPVYFNL-UHFFFAOYSA-N Methyl isobutyl ketone Chemical compound CC(C)CC(C)=O NTIZESTWPVYFNL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 80
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 40
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 38
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 37
- 230000028993 immune response Effects 0.000 claims description 29
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 28
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 28
- 241001135569 Human adenovirus 5 Species 0.000 claims description 27
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 claims description 22
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 claims description 21
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 16
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 13
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims description 9
- 108091007491 NSP3 Papain-like protease domains Proteins 0.000 claims description 8
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims description 8
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 4
- 101100165660 Alternaria brassicicola bsc6 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 101100499295 Bacillus subtilis (strain 168) disA gene Proteins 0.000 claims description 4
- 101150007210 ORF6 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 101100226894 Phomopsis amygdali PaGT gene Proteins 0.000 claims description 4
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 53
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 51
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 50
- 108090000331 Firefly luciferases Proteins 0.000 description 44
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 35
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 32
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 29
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 28
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 27
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 24
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 22
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 22
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 22
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 20
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 20
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 20
- 241000598171 Human adenovirus sp. Species 0.000 description 18
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 18
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 17
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 17
- 230000024932 T cell mediated immunity Effects 0.000 description 16
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 15
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 15
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 15
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 13
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 12
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 11
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 11
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 11
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 11
- 108090000565 Capsid Proteins Proteins 0.000 description 10
- 102100023321 Ceruloplasmin Human genes 0.000 description 10
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 10
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 10
- 101710094396 Hexon protein Proteins 0.000 description 9
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 9
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 9
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 9
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 9
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 8
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 8
- 230000028996 humoral immune response Effects 0.000 description 8
- 239000000047 product Substances 0.000 description 8
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 7
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 7
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 7
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 7
- 238000003114 enzyme-linked immunosorbent spot assay Methods 0.000 description 7
- 239000000463 material Substances 0.000 description 7
- 210000004988 splenocyte Anatomy 0.000 description 7
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 7
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 6
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 6
- 238000011161 development Methods 0.000 description 6
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 6
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 6
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 6
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 6
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 6
- 238000011510 Elispot assay Methods 0.000 description 5
- 101710145505 Fiber protein Chemical group 0.000 description 5
- 241000205701 Human adenovirus 26 Species 0.000 description 5
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 5
- 241000725643 Respiratory syncytial virus Species 0.000 description 5
- 101100379247 Salmo trutta apoa1 gene Proteins 0.000 description 5
- 230000001186 cumulative effect Effects 0.000 description 5
- 230000000120 cytopathologic effect Effects 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 230000004044 response Effects 0.000 description 5
- 241001217856 Chimpanzee adenovirus Species 0.000 description 4
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 4
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 4
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 4
- AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M caesium chloride Chemical compound [Cl-].[Cs+] AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 4
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 4
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 4
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 4
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 4
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 4
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 4
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 4
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 4
- 230000000644 propagated effect Effects 0.000 description 4
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 4
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 3
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- DNIAPMSPPWPWGF-UHFFFAOYSA-N Propylene glycol Chemical compound CC(O)CO DNIAPMSPPWPWGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000010530 Virus Neutralization Effects 0.000 description 3
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 3
- 210000000234 capsid Anatomy 0.000 description 3
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 3
- 238000013461 design Methods 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 3
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 3
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 3
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 3
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 3
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 230000003071 parasitic effect Effects 0.000 description 3
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 3
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 3
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 3
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 3
- 241000990167 unclassified Simian adenoviruses Species 0.000 description 3
- CXURGFRDGROIKG-UHFFFAOYSA-N 3,3-bis(chloromethyl)oxetane Chemical compound ClCC1(CCl)COC1 CXURGFRDGROIKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010059886 Apolipoprotein A-I Proteins 0.000 description 2
- 102000005666 Apolipoprotein A-I Human genes 0.000 description 2
- 239000002028 Biomass Substances 0.000 description 2
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 2
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 2
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 2
- 241000700198 Cavia Species 0.000 description 2
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 2
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 2
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 2
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 2
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 2
- 241000710198 Foot-and-mouth disease virus Species 0.000 description 2
- 241000963438 Gaussia <copepod> Species 0.000 description 2
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 2
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 2
- 102000004269 Granulocyte Colony-Stimulating Factor Human genes 0.000 description 2
- 108010017080 Granulocyte Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 2
- 102000004457 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Human genes 0.000 description 2
- 108010017213 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 2
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 description 2
- 241000701124 Human adenovirus 35 Species 0.000 description 2
- 241001135572 Human adenovirus E4 Species 0.000 description 2
- 102000008070 Interferon-gamma Human genes 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 2
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 2
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 2
- 102000010780 Platelet-Derived Growth Factor Human genes 0.000 description 2
- 108010038512 Platelet-Derived Growth Factor Proteins 0.000 description 2
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 2
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 2
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 2
- 108020005202 Viral DNA Proteins 0.000 description 2
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 2
- 230000005875 antibody response Effects 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 2
- 238000002298 density-gradient ultracentrifugation Methods 0.000 description 2
- -1 devices Substances 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 230000002500 effect on skin Effects 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 238000013401 experimental design Methods 0.000 description 2
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 2
- 239000012091 fetal bovine serum Substances 0.000 description 2
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 2
- 230000000799 fusogenic effect Effects 0.000 description 2
- 230000004727 humoral immunity Effects 0.000 description 2
- 230000007124 immune defense Effects 0.000 description 2
- 229960003130 interferon gamma Drugs 0.000 description 2
- 238000007912 intraperitoneal administration Methods 0.000 description 2
- 238000011031 large-scale manufacturing process Methods 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000001823 molecular biology technique Methods 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 2
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 2
- 239000000021 stimulant Substances 0.000 description 2
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 2
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 239000012096 transfection reagent Substances 0.000 description 2
- 102000003390 tumor necrosis factor Human genes 0.000 description 2
- 229940125575 vaccine candidate Drugs 0.000 description 2
- 229940126580 vector vaccine Drugs 0.000 description 2
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 2
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- 241000701242 Adenoviridae Species 0.000 description 1
- 108700026758 Adenovirus hexon capsid Proteins 0.000 description 1
- 101100113692 Caenorhabditis elegans clk-2 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 241000557626 Corvus corax Species 0.000 description 1
- 229940046168 CpG oligodeoxynucleotide Drugs 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 101150029662 E1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150005585 E3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 1
- 241000283074 Equus asinus Species 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- 108010058643 Fungal Proteins Proteins 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 241000282575 Gorilla Species 0.000 description 1
- 241001272567 Hominoidea Species 0.000 description 1
- 101000733802 Homo sapiens Apolipoprotein A-I Proteins 0.000 description 1
- 208000009602 Human Adenovirus Infections Diseases 0.000 description 1
- 108010047761 Interferon-alpha Proteins 0.000 description 1
- 102000006992 Interferon-alpha Human genes 0.000 description 1
- 108010002352 Interleukin-1 Proteins 0.000 description 1
- 108090000174 Interleukin-10 Proteins 0.000 description 1
- 108010065805 Interleukin-12 Proteins 0.000 description 1
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 1
- 108090000978 Interleukin-4 Proteins 0.000 description 1
- 108090001005 Interleukin-6 Proteins 0.000 description 1
- 108090001007 Interleukin-8 Proteins 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 229930182816 L-glutamine Natural products 0.000 description 1
- 108091026898 Leader sequence (mRNA) Proteins 0.000 description 1
- 108090001090 Lectins Proteins 0.000 description 1
- 102000004856 Lectins Human genes 0.000 description 1
- 108010074338 Lymphokines Proteins 0.000 description 1
- 102000008072 Lymphokines Human genes 0.000 description 1
- 241000282560 Macaca mulatta Species 0.000 description 1
- 101710155913 Major envelope protein Proteins 0.000 description 1
- 208000031888 Mycoses Diseases 0.000 description 1
- 241000282579 Pan Species 0.000 description 1
- 241000282577 Pan troglodytes Species 0.000 description 1
- 208000030852 Parasitic disease Diseases 0.000 description 1
- 239000004264 Petrolatum Substances 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 102100021696 Syncytin-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100038611 Vitamin D-binding protein Human genes 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 108700010877 adenoviridae proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000004115 adherent culture Methods 0.000 description 1
- 229940037003 alum Drugs 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 210000001776 amniocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 239000010775 animal oil Substances 0.000 description 1
- 239000003963 antioxidant agent Substances 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- BPKIGYQJPYCAOW-FFJTTWKXSA-I calcium;potassium;disodium;(2s)-2-hydroxypropanoate;dichloride;dihydroxide;hydrate Chemical compound O.[OH-].[OH-].[Na+].[Na+].[Cl-].[Cl-].[K+].[Ca+2].C[C@H](O)C([O-])=O BPKIGYQJPYCAOW-FFJTTWKXSA-I 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000007969 cellular immunity Effects 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000011260 co-administration Methods 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- 208000037765 diseases and disorders Diseases 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 239000002552 dosage form Substances 0.000 description 1
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 230000002550 fecal effect Effects 0.000 description 1
- 239000011888 foil Substances 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 244000053095 fungal pathogen Species 0.000 description 1
- 238000012224 gene deletion Methods 0.000 description 1
- 150000002334 glycols Chemical class 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 1
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 description 1
- 239000002523 lectin Substances 0.000 description 1
- 239000008176 lyophilized powder Substances 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 239000002480 mineral oil Substances 0.000 description 1
- 235000010446 mineral oil Nutrition 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 1
- 235000019198 oils Nutrition 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 229940066842 petrolatum Drugs 0.000 description 1
- 235000019271 petrolatum Nutrition 0.000 description 1
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- 239000002504 physiological saline solution Substances 0.000 description 1
- 230000007505 plaque formation Effects 0.000 description 1
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920006254 polymer film Polymers 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 230000002064 post-exposure prophylaxis Effects 0.000 description 1
- 230000002516 postimmunization Effects 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 235000004252 protein component Nutrition 0.000 description 1
- 239000013639 protein trimer Substances 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 239000013643 reference control Substances 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 230000002207 retinal effect Effects 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 1
- 238000010845 search algorithm Methods 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 1
- 238000011524 similarity measure Methods 0.000 description 1
- 239000008354 sodium chloride injection Substances 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 238000004114 suspension culture Methods 0.000 description 1
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 1
- 230000010415 tropism Effects 0.000 description 1
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N uroanthelone Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C(C)C)[C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)CNC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N 0.000 description 1
- 235000015112 vegetable and seed oil Nutrition 0.000 description 1
- 239000008158 vegetable oil Substances 0.000 description 1
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
- 108010063191 vitamin D-binding protein-macrophage activating factor Proteins 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Description
Область техники, к которой относится изобретениеField of technology to which the invention relates
Настоящее изобретение относится к области биотехнологии, более конкретно, к области и применению, связанным с аденовирусными векторами, такими как дефектные по репликации аденовирусные векторы для доставки антигенов и индуцирования иммунного ответа у хозяев.The present invention relates to the field of biotechnology, and more particularly to the field and use associated with adenoviral vectors, such as replication-defective adenoviral vectors for delivering antigens and inducing an immune response in hosts.
Предпосылки изобретенияBACKGROUND OF THE INVENTION
Векторы на основе рекомбинантных аденовирусов широко используются в связанных с генной терапией областях применения и для вакцин. Было показано, что вакцины на основе вектора AdV-5 вызывают эффективные и защитные иммунные ответы в ряде различных животных моделей (см., например, WO 2001/02607; WO 2002/22080; Shiver et al., Nature, 415:331 (2002); Letvin et al., Ann. Rev. Immunol. 20:73 (2002); Shiver and Emini, Ann. Rev. Med. 55:355 (2004)). Тем не менее применимость вакцин на основе рекомбинантного вектора AdV-5, вероятно, будет ограничена высокой серопревалентностью AdV-5-специфических нейтрализующих антител (NAb) в популяциях людей. В исследованиях на мышах, макаках-резусах и людях было показано, что существование иммунитета против AdV-5 существенно подавляет иммуногенность вакцин на основе AdV-5.Recombinant adenovirus vectors are widely used in gene therapy applications and for vaccines. AdV-5 vector vaccines have been shown to induce effective and protective immune responses in a number of different animal models (see, for example, WO 2001/02607; WO 2002/22080; Shiver et al., Nature, 415:331 (2002 ); Letvin et al., Ann. Rev. Immunol. 20:73 (2002); Shiver and Emini, Ann. Rev. Med. 55:355 (2004)). However, the utility of AdV-5 recombinant vector vaccines is likely to be limited by the high seroprevalence of AdV-5-specific neutralizing antibodies (NAbs) in human populations. Studies in mice, rhesus monkeys and humans have shown that the existence of immunity against AdV-5 significantly suppresses the immunogenicity of AdV-5-based vaccines.
Одна перспективная стратегия, позволяющая обойти наличие предсуществующего иммунитета у индивидуумов, ранее инфицированных или получавших лечение наиболее распространенным аденовирусом человека, например AdV-5, предусматривает разработку рекомбинантных векторов на основе серотипов аденовирусов, которые не подвергаются воздействию таких предсуществующих механизмов иммунной защиты. Одна из таких стратегий основана на применении химерных аденовирусов, предусматривающих замену нативных последовательностей капсидных белков (например, последовательностей белков гексона и/или фибры) на последовательности капсидных белков (например, последовательности белков гексона и/или фибры) от аденовирусов с низкой (или отсутствующей) серопревалентностью.One promising strategy to circumvent preexisting immunity in individuals previously infected or treated with the most common human adenovirus, such as AdV-5, involves the development of recombinant vectors based on adenovirus serotypes that are not exposed to such preexisting immune defense mechanisms. One such strategy is based on the use of chimeric adenoviruses, which involve replacing native capsid protein sequences (for example, hexon and/or fiber protein sequences) with capsid protein sequences (for example, hexon and/or fiber protein sequences) from adenoviruses with low (or absent) seroprevalence.
Таким образом, в данной области техники существует потребность в альтернативных аденовирусных векторах, которые можно получать в больших количествах, которые не сталкиваются с предсуществующими механизмами иммунной защиты у хозяина, но которые тем не менее характеризуются иммуногенностью и способностью индуцировать сильный иммунный ответ на антигены, кодируемые гетерологичными нуклеиновыми кислотами, вставленными в вектор.Thus, there is a need in the art for alternative adenoviral vectors that can be produced in large quantities, that do not interfere with pre-existing immune defense mechanisms in the host, but that are nonetheless immunogenic and capable of inducing potent immune responses to antigens encoded by heterologous nucleic acids inserted into the vector.
Краткое описание изобретенияBrief description of the invention
Настоящим изобретением предусмотрены аденовирусные векторы. Аденовирусный вектор может содержать последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид гексона, предусматривающий полипептид, охватывающий гипервариабельные области гексона, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 2. В определенных вариантах осуществления аденовирусный вектор может содержать полипептидную последовательность гексона, предусматривающую SEQ ID NO: 3 или SEQ ID NO: 4.The present invention provides adenoviral vectors. The adenoviral vector may contain a nucleic acid sequence encoding a hexon polypeptide comprising a polypeptide spanning hexon hypervariable regions comprising an amino acid sequence selected from SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 2. In certain embodiments, the adenoviral vector may contain a hexon polypeptide sequence, providing SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 4.
В определенных вариантах осуществления аденовирусный вектор дополнительно предусматривает делецию Е1. В определенных вариантах осуществления аденовирусный вектор дополнительно предусматривает делецию E3. Аденовирусный вектор может дополнительно содержать orf6 E4 аденовируса-5 человека (HAdV-5). Аденовирусный вектор может, например, содержать последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 6.In certain embodiments, the adenoviral vector further comprises an E1 deletion. In certain embodiments, the adenoviral vector further comprises an E3 deletion. The adenoviral vector may further comprise human adenovirus-5 (HAdV-5) orf6 E4. The adenoviral vector may, for example, contain a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NO: 5 or SEQ ID NO: 6.
В определенных вариантах осуществления аденовирусный вектор дополнительно содержит по меньшей мере один трансген. В определенных вариантах осуществления по меньшей мере один трансген расположен в области делеции Е1, в области делеции E3 и/или в участке, прилегающем к правому инвертированному концевому повтору (rITR).In certain embodiments, the adenoviral vector further comprises at least one transgene. In certain embodiments, the at least one transgene is located in the E1 deletion region, in the E3 deletion region, and/or in the region adjacent to the right inverted terminal repeat (rITR).
В определенных вариантах осуществления аденовирусный вектор содержит одну или несколько последовательностей нуклеиновой кислоты из аденовируса-26 человека (Ad26).In certain embodiments, the adenoviral vector contains one or more nucleic acid sequences from human adenovirus-26 (Ad26).
Настоящим изобретением также предусмотрены рекомбинантные клетки, содержащие описанные в данном документе аденовирусные векторы. Настоящим изобретением также предусмотрены способы получения аденовирусных векторов. Способы включают (а) выращивание раскрытых в данном документе рекомбинантных клеток в условиях, обеспечивающих продуцирование аденовирусного вектора; и (b) выделение аденовирусного вектора из рекомбинантной клетки.The present invention also provides recombinant cells containing the adenoviral vectors described herein. The present invention also provides methods for producing adenoviral vectors. The methods include (a) growing the recombinant cells disclosed herein under conditions to produce an adenoviral vector; and (b) isolating the adenoviral vector from the recombinant cell.
Настоящим изобретением также предусмотрены иммуногенные композиции, содержащие описанные в данном документе аденовирусные векторы и фармацевтически приемлемый носитель. Также настоящим изобретением предусмотрены способы индуцирования иммунного ответа у нуждающегося в этом субъекта. Способы предусматривают введение субъекту описанных в данном документе иммуногенных композиций. Настоящим изобретением также предусмотрены способы получения иммуногенных композиций, при этом способы предусматривают объединение описанных в данном документе аденовирусных векторов с фармацевтически приемлемым носителем.The present invention also provides immunogenic compositions comprising the adenoviral vectors described herein and a pharmaceutically acceptable carrier. The present invention also provides methods for inducing an immune response in a subject in need thereof. The methods involve administering to a subject the immunogenic compositions described herein. The present invention also provides methods for preparing immunogenic compositions, the methods comprising combining the adenoviral vectors described herein with a pharmaceutically acceptable carrier.
Краткое описание графических материаловBrief description of graphic materials
Вышеизложенное краткое описание, а также нижеследующее подробное описание предпочтительных вариантов осуществления настоящего изобретения будут более понятны при их рассмотрении в сочетании с прилагаемыми графическими материалами. Следует понимать, однако, что настоящее изобре- 1 045436 тение не ограничивается конкретными вариантами осуществления, показанными на графических материалах.The foregoing brief description, as well as the following detailed description of preferred embodiments of the present invention, will be better understood when considered in conjunction with the accompanying drawings. It should be understood, however, that the present invention is not limited to the specific embodiments shown in the drawings.
На фиг. 1 показана схема замен в последовательности гексона для описанных в данном документе содержащих химерный гексон векторов.In fig. 1 shows a diagram of substitutions in the hexon sequence for the chimeric hexon containing vectors described herein.
На фиг. 1А показана схема, демонстрирующая местоположения в гене, кодирующем полноразмерный гексон HAdV-26 (незаштрихованная полоска), пяти сегментов гена гексона (серые полоски) и семи коротких гипервариабельных областей (HVR) (черные полоски), которые предварительно были заменены с гексонов HAdV-5 на гексоны HAdV-48 с получением содержащего химерный гексон HAdV-5 вектора Ad5HVR48(1-7) (Roberts et al., Nature, 441:239-43 (2006)).In fig. 1A is a diagram showing the locations in the gene encoding the full-length HAdV-26 hexon (open bar), five hexon gene segments (gray bars), and seven short hypervariable regions (HVRs) (black bars) that were previously replaced from HAdV-5 hexons onto HAdV-48 hexons to produce the chimeric HAdV-5 hexon-containing vector Ad5HVR48(1-7) (Roberts et al., Nature, 441:239-43 (2006)).
На фиг. 1B показаны результаты частичного выравнивания полипептидных последовательностей гексонов HAdV-26, PtroAdV-1, PtroAdV-12 и PtroAdV-13. Серые полоски соответствуют пяти сегментам гена гексона, которые согласно настоящему документу были заменены с HAdV-26 на PtroAdV-1, PtroAdV-12 или PtroAdV-13. Черными полосками указаны последовательности, соответствующие вышеупомянутым ранее обозначенным HVR, которые были заменены с HAdV-5 на HAdV-48.In fig. Figure 1B shows the results of partial alignment of the hexon polypeptide sequences of HAdV-26, PtroAdV-1, PtroAdV-12 and PtroAdV-13. The gray bars correspond to the five hexon gene segments that were changed here from HAdV-26 to PtroAdV-1, PtroAdV-12, or PtroAdV-13. Black bars indicate sequences corresponding to the aforementioned previously designated HVRs, which were changed from HAdV-5 to HAdV-48.
На фиг. 2 показана схема химерных векторов pAd26.In fig. Figure 2 shows a diagram of pAd26 chimeric vectors.
На фиг. 2А показана схема общих элементов pAd26.HVRPtr12.luc (SEQ ID NO: 21).In fig. 2A shows a diagram of the common elements of pAd26.HVRPtr12.luc (SEQ ID NO: 21).
На фиг. 2В показана схема общих элементов pAd26.HVRPtr13.luc (SEQ ID NO: 22).In fig. 2B shows a diagram of the common elements of pAd26.HVRPtr13.luc (SEQ ID NO: 22).
На фиг. 3 показана схема общих элементов pAd26.ApoA1.RSVF-2A-GLuc (SEQ ID NO: 29).In fig. 3 shows a diagram of the common elements of pAd26.ApoA1.RSVF-2A-GLuc (SEQ ID NO: 29).
На фиг. 4 показана схема стратегии гомологичной рекомбинации, которая была использована для создания аденовирусных векторов Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc (в Е1-дополняющих клетках).In fig. Figure 4 shows a diagram of the homologous recombination strategy that was used to create the adenoviral vectors Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc (in E1 complement cells).
На фиг. 5 показаны клеточные и гуморальные иммунные ответы, индуцированные Ad26HVRPtr12.FLuc и Ad26HVRPtr13.FLuc.In fig. Figure 5 shows the cellular and humoral immune responses induced by Ad26HVRPtr12.FLuc and Ad26HVRPtr13.FLuc.
На фиг. 5А показана схема эксперимента.In fig. Figure 5A shows the experimental design.
На фиг. 5В показан график иммунного ответа, индуцированного Ad26.FLuc, Ad26HVRPtr12.FLuc и Ad26HVRPtr13.FLuc против кодируемого вектором антигена (т.е. Fluc, люциферазы светлячка), как определено с помощью анализа ELISPOT с применением интерферона гамма (IFN-γ). По оси у показано количество пятнообразующих единиц (SFU) на 10 спленоцитов, а пунктирной линией обозначено значение 95% процентиля для средовых стимуляторов.In fig. 5B shows a graph of the immune response induced by Ad26.FLuc, Ad26HVRPtr12.FLuc and Ad26HVRPtr13.FLuc against a vector-encoded antigen (ie, Fluc, firefly luciferase) as determined by interferon gamma (IFN-γ) ELISPOT assay. The y-axis shows the number of spot-forming units (SFU) per 10 splenocytes, and the dotted line indicates the 95% percentile value for environmental stimulants.
На фиг. 6 показаны клеточные и гуморальные иммунные ответы, индуцированные Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc.In fig. Figure 6 shows the cellular and humoral immune responses induced by Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc.
На фиг. 6А показана схема эксперимента.In fig. Figure 6A shows the experimental design.
На фиг. 6В показаны результаты анализа нейтрализации вируса RSV A2 (VNA), проведенного через восемь недель после иммунизации посредством Ad26.RSVF-2A-GLuc, Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc.In fig. 6B shows the results of an RSV A2 virus neutralization assay (VNA) performed eight weeks after immunization with Ad26.RSVF-2A-GLuc, Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc.
На фиг. 6С показан клеточный иммунный ответ, индуцированный посредством Ad26.RSVF-2A-GLuc, Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc, против кодируемого вектором антигена RSV F, как определено с помощью анализа ELISPOT с применением IFN-γ. По оси у показано количество пятнообразующих единиц (SFU) на 10 спленоцитов, а пунктирной линией обозначено значение 95% процентиля для средовых стимуляторов.In fig. 6C shows the cellular immune response induced by Ad26.RSVF-2A-GLuc, Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc against vector-encoded RSV F antigen as determined by ELISPOT assay using IFN-γ . The y-axis shows the number of spot-forming units (SFU) per 10 splenocytes, and the dotted line indicates the 95% percentile value for environmental stimulants.
На фиг. 6D показан график RSVF-специфических связывающих антител IgG, индуцированных Ad26.RSVF-2A-GLuc, Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc в сыворотке крови иммунизированных мышей через 8 недель после иммунизации. На графике изображены титры по результатам ELISA с IgG, рассчитанные как конечные показатели титра (log10).In fig. 6D shows a plot of RSVF-specific IgG binding antibodies induced by Ad26.RSVF-2A-GLuc, Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc in the serum of immunized mice 8 weeks after immunization. The graph shows IgG ELISA titers calculated as final titers (log 10 ).
На фиг. 7 показаны титры нейтрализации гомологичных и гетерологичных аденовирусов, индуцированные у мышей, иммунизированных аденовирусными векторами Ad35, Ad26, Ad5, Ad4, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13.In fig. Figure 7 shows the neutralization titers of homologous and heterologous adenoviruses induced in mice immunized with adenoviral vectors Ad35, Ad26, Ad5, Ad4, Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13.
На фиг. 8 показана серопревалентность для Ad26, Ad5, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 в образцах сыворотки крови, полученных от группы из 200 взрослых человек в возрасте от 18 до 55 лет, проживающих в Соединенных Штатах (США) и Европейском союзе (ЕС). Титры нейтрализации, измеренные в данных образцах сыворотки крови для каждого вектора, были разделены на четыре категории (<16 (нейтрализация отсутствовала), от 16 до 300, от 300 до 1000, от 1000 до 4000 и >4000), представленные в указанных диаграммах.In fig. Figure 8 shows the seroprevalence for Ad26, Ad5, Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 in serum samples obtained from a cohort of 200 adults aged 18 to 55 years living in the United States (US) and the European Union (EU). Neutralization titers measured in these serum samples for each vector were divided into four categories (<16 (no neutralization), 16 to 300, 300 to 1000, 1000 to 4000, and >4000) presented in the charts indicated.
На фиг. 9 показана продуктивность в отношении новых содержащих химерный капсид векторов AdHVRPtr12.FLuc и Ad26HVRPtr13.FLuc в линии клеток-продуцентов sPER.C6.In fig. Figure 9 shows the productivity against the new chimeric capsid-containing vectors AdHVRPtr12.FLuc and Ad26HVRPtr13.FLuc in the sPER.C6 producer cell line.
Подробное описание изобретенияDetailed Description of the Invention
Настоящее изобретение основано, по меньшей мере отчасти, на создании химерных аденовирусных векторов, содержащих остов аденовируса человека и по меньшей мере одну из полипептидных последовательностей химерных гексона или фибры. Аденовирусные векторы способны вызывать иммунный ответ, при этом сохраняя низкую серопревалентность. Аденовирусные векторы можно составлять для получения вакцин и применять для индуцирования защитного иммунитета против конкретных представ- 2 045436 ляющих интерес антигенов.The present invention is based, at least in part, on the creation of chimeric adenovirus vectors containing a human adenovirus backbone and at least one of the chimeric hexon or fiber polypeptide sequences. Adenoviral vectors are capable of inducing an immune response while maintaining low seroprevalence. Adenoviral vectors can be formulated to produce vaccines and used to induce protective immunity against specific antigens of interest.
Различные публикации, статьи и патенты цитируются или описываются в разделе Предпосылки изобретения и на протяжении всего описания; при этом каждый из этих литературных источников включен в данный документ посредством ссылки во всей своей полноте. Обсуждение документов, актов, материалов, устройств, изделий и т. п., которое было включено в настоящее описание, предназначено для обеспечения контекста настоящего изобретения. Такое обсуждение не является признанием того, что любые или все из этих материалов являются частью предшествующего уровня техники относительно любых раскрытых или заявленных изобретений.Various publications, articles and patents are cited or described in the Background section and throughout the specification; each of these references being incorporated herein by reference in its entirety. The discussion of documents, acts, materials, devices, products, and the like that have been included herein is intended to provide context for the present invention. Such discussion is not an admission that any or all of this material is part of the prior art with respect to any disclosed or claimed inventions.
Если не определено иное, все технические и научные термины, используемые в данном документе, имеют то же значение, которое обычно понимает средний специалист в области техники, к которой относится настоящее изобретение. В иных случаях определенные термины, используемые в данном документе, имеют значения, изложенные в описании.Unless otherwise defined, all technical and scientific terms used herein have the same meaning as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this invention relates. Otherwise, certain terms used herein have the meanings set forth in the specification.
Следует отметить, что используемые в данном документе и в прилагаемой формуле изобретения формы единственного числа включают ссылку на множественное число, если из контекста явно не следует иное.It should be noted that as used herein and in the accompanying claims, the singular number includes a reference to the plural unless the context clearly indicates otherwise.
Если не указано иное, любые числовые значения, такие как концентрация или диапазон концентраций, описанные в данном документе, во всех случаях следует понимать как модифицированные термином приблизительно. Таким образом, числовое значение обычно включает ±10% от указанного значения. Например, концентрация 1 мг/мл включает в себя все значения в диапазоне от 0,9 до 1,1 мг/мл. Таким же образом диапазон концентраций от 1 до 10% (вес./об.) включает в себя диапазон от 0,9 до 11% (вес./об.). В данном контексте использование числового диапазона однозначно включает в себя все возможные поддиапазоны, все отдельные численные значения в этом диапазоне, включая целые числа в таких диапазонах и дробные значения, если контекст явно не указано иное.Unless otherwise indicated, any numerical values, such as concentration or concentration range, described herein are in all cases to be understood as modified by the term approximately. Thus, the numerical value typically includes ±10% of the specified value. For example, a concentration of 1 mg/ml includes all values in the range from 0.9 to 1.1 mg/ml. Likewise, the concentration range from 1 to 10% (w/v) includes the range from 0.9 to 11% (w/v). As used herein, the use of a numeric range expressly includes all possible subranges, all individual numeric values within that range, including integers within such ranges, and fractional values, unless the context explicitly states otherwise.
Если не указано иное, термин по меньшей мере, предшествующий серии элементов, следует понимать как относящийся к каждому элементу в серии. Специалистам в данной области будет известно, или же они смогут установить с помощью постановки стандартного эксперимента многие эквиваленты конкретных вариантов осуществления описанного в данном документе настоящего изобретения. Такие эквиваленты подразумеваются как охватываемые настоящим изобретением.Unless otherwise specified, the term at least preceding a series of elements should be understood to refer to each element in the series. Those skilled in the art will be aware of, or can ascertain by routine experimentation, many equivalents to specific embodiments of the present invention described herein. Such equivalents are intended to be covered by the present invention.
В данном контексте подразумевается, что термины предусматривает, предусматривающий, включает, включающий, имеет, имеющий, содержит, содержащий или любые другие их вариации означают, что они охватывают указанное целое число или группу целых чисел, но не исключают любые другие целые числа или группу целых чисел, и подразумевается, что они являются неисключающими или неограничивающими. Например, композиция, смесь, процесс, способ, изделие или устройство, содержащие перечень элементов необязательно ограничиваются только этими элементами, но могут включать другие элементы, явно не указанные или являющиеся неотъемлемой частью такой композиции, смеси, процесса, способа, изделия или устройства. Кроме того, если явно не указано иное, или относится к включающему или, а не исключающему или. Например, условию А или В отвечает любое из следующего: А истинно (или в наличии) и В ложно (или отсутствует), А ложно (или отсутствует) и В истинно (или в наличии) и оба А и В истинны (или в наличии).As used herein, the terms provides, provides, includes, comprises, has, has, contains, contains, or any other variations thereof are intended to mean that they include the specified integer or group of integers, but do not exclude any other integer or group of integers numbers and are intended to be non-exclusive or non-limiting. For example, a composition, mixture, process, method, article or device containing a list of elements is not necessarily limited to those elements, but may include other elements not expressly listed or integral to such composition, mixture, process, method, article or device. Also, unless explicitly stated otherwise, or refers to an inclusive or rather than an exclusive or. For example, the condition A or B is satisfied by any of the following: A is true (or present) and B is false (or absent), A is false (or absent) and B is true (or present), and both A and B are true (or present) ).
Используемый в данном документе связующий термин и/или между несколькими перечисленными элементами понимают как охватывающий как индивидуальные, так и объединенные варианты. Например, когда два элемента соединены и/или, первый вариант относится к применимости первого элемента без второго. Второй вариант относится к применимости второго элемента без первого. Третий вариант относится к применимости первого и второго элементов совместно. Любой из этих вариантов понимают как подпадающий под данное значение и, следовательно, удовлетворяющий требованию применяемого в данном документе термина и/или. Понятно, что одновременную применимость более чем одного из вариантов понимают как подпадающую под данное значение и, следовательно, удовлетворяющий требованию термина и/или.As used herein, a connecting term and/or between multiple listed elements is understood to include both individual and combined options. For example, when two elements are connected and/or, the first option refers to the applicability of the first element without the second. The second option refers to the applicability of the second element without the first. The third option relates to the applicability of the first and second elements together. Any of these options is understood to fall within this meaning and, therefore, satisfy the requirement of the term and/or used herein. It is clear that the simultaneous applicability of more than one of the options is understood as falling within the given meaning and, therefore, satisfying the requirement of the term and/or.
Применяемый в данном контексте термин состоит из или варианты, такие как состоят из или состоящий(е) из, используемые во всем описании или формуле изобретения, указывают на включение любого из приведенных целых чисел или группы целых чисел, но при этом дополнительное целое число или группа целых чисел не могут быть добавлены к указанному способу, структуре или композиции.As used herein, the term consists of, or variations such as consist of or consisting of, as used throughout the specification or claims, indicate the inclusion of any of the given integers or group of integers, but wherein an additional integer or group integers cannot be added to the specified method, structure, or composition.
Применяемый в данном контексте термин по сути состоит из или варианты, такие как по сути состоят из или по сути состоящий(е) из, используемые во всем описании или формуле изобретения, указывают на включение любого из приведенных целых чисел или группы целых чисел и необязательное включение любых приведенных целого числа или группы целых чисел, которые существенным образом не меняют основные или новые признаки указанного способа, структуры или композиции. См. М.Р.Е.Р. § 2111.03.As used herein, the term essentially consists of, or variations such as essentially consist of or essentially consisting of, as used throughout the specification or claims, indicate the inclusion of any of the given integers or group of integers and the optional inclusion any given integer or group of integers that does not significantly change the basic or new features of the specified method, structure or composition. See M.R.E.R. § 2111.03.
В данном контексте субъект означает любое животное, предпочтительно млекопитающее, наиболее предпочтительно человека, которого будут вакцинировать или которое было вакцинировано согласно способу в соответствии с вариантом осуществления настоящего изобретения. В данном контексте термин млекопитающее охватывает любое млекопитающее. Примеры млекопитающих включают без ограни- 3 045436 чения коров, лошадей, овец, свиней, кошек, собак, мышей, крыс, кроликов, морских свинок, обезьян, людей и т. д., более предпочтительно человека.In this context, subject means any animal, preferably a mammal, most preferably a human, that will be vaccinated or has been vaccinated according to the method in accordance with an embodiment of the present invention. As used herein, the term mammal includes any mammal. Examples of mammals include, but are not limited to, cows, horses, sheep, pigs, cats, dogs, mice, rats, rabbits, guinea pigs, monkeys, humans, etc., more preferably humans.
Слова правый, левый, нижний и верхний обозначают направления на графических материалах, на которые делается ссылка.The words right, left, bottom and top indicate the directions in the graphic materials being referenced.
Термины приблизительно, примерно, как правило, по сути и подобные им, используемые в данном контексте в отношении размера или свойства компонента предпочтительного изобретения, следует рассматривать как указывающие на то, что описываемый размер/свойство не представляет собой строго установленное ограничение или параметр и не исключает небольшие отклонения от него, которые функционально являются идентичными или сходными, как это будет понятно специалисту в данной области техники. Как минимум, ссылки на такие числовые параметры будут включать вариации, которые при использовании математических и промышленных принципов, принятых в области техники (например, округление, ошибки измерения или другие систематические ошибки, допуски при производстве и т. п.), не будут изменять последнюю значащую цифру.The terms approximately, approximately, generally, essentially and the like when used in this context in relation to the size or property of a component of a preferred invention should be taken to indicate that the size/property described does not constitute a strictly stated limitation or parameter and does not exclude slight deviations therefrom that are functionally identical or similar, as will be understood by one skilled in the art. At a minimum, references to such numerical parameters will include variations that, using mathematical and industrial principles generally accepted in the art (e.g., rounding, measurement or other systematic errors, manufacturing tolerances, etc.), will not alter the same significant figure.
Термины идентичный или процент идентичности в контексте двух или более последовательностей нуклеиновой кислоты или полипептида (например, полипептидов гексона и фибры и полинуклеотидов, которые их кодируют) относятся к двум или более последовательностям или подпоследовательностям, которые являются одинаковыми или имеют определенный процент аминокислотных остатков или нуклеотидов, которые являются одинаковыми, при сравнении и выравнивании для максимального соответствия, что измеряют с использованием одного из следующих алгоритмов сравнения последовательностей или путем визуального изучения.The terms identical or percentage identity in the context of two or more nucleic acid or polypeptide sequences (e.g., hexon and fiber polypeptides and the polynucleotides that encode them) refer to two or more sequences or subsequences that are the same or have a certain percentage of amino acid residues or nucleotides, which are the same, when compared and aligned for maximum agreement, as measured using one of the following sequence comparison algorithms or by visual inspection.
При сравнении последовательностей обычно одна последовательность выступает в роли эталонной последовательности, с которой сравнивают тестируемые последовательности. При использовании алгоритма сравнения последовательностей тестируемые и эталонные последовательности вводят в компьютер, при необходимости обозначают координаты подпоследовательностей, и задают программные параметры алгоритма сравнения последовательностей. Затем алгоритм сравнения последовательностей вычисляет процент идентичности последовательностей для тестируемой(ых) последовательности(ей) относительно эталонной последовательности на основе заданных параметров программы.When comparing sequences, usually one sequence acts as a reference sequence to which the test sequences are compared. When using a sequence comparison algorithm, the test and reference sequences are entered into the computer, the coordinates of the subsequences are designated, if necessary, and the software parameters of the sequence comparison algorithm are specified. The sequence comparison algorithm then calculates the percent sequence identity for the test sequence(s) relative to the reference sequence based on the specified program parameters.
Оптимальное выравнивание последовательностей для их сравнения можно проводить, например, с помощью алгоритма поиска локальной гомологии Smith & Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981), с помощью алгоритма гомологичного выравнивания Needleman & Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970), с помощью способа поиска сходства по Пирсону-Липману, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA, 85:2444 (1988), с помощью компьютеризированных реализаций этих алгоритмов (GAP, BESTFIT, FASTA и TFASTA в программном комплексе Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, Сайенс-Драйв 575, Мэдисон, Висконсин) или с помощью визуального изучения (см., в целом, Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel et al., eds., Current Protocols, a joint venture between Greene Publishing Associates, Inc. and John Wiley & Sons, Inc., (1995 Supplement) (Ausubel)).Optimal sequence alignment for comparison can be carried out, for example, using the local homology search algorithm of Smith & Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981), using the Needleman & Wunsch homologous alignment algorithm, J. Mol. Biol. 48:443 (1970), using the Pearson-Lipman similarity search method, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA, 85:2444 (1988), by computerized implementations of these algorithms (GAP, BESTFIT, FASTA, and TFASTA in the Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Madison, Wis.) or by visual inspection ( see generally, Current Protocols in Molecular Biology, F. M. Ausubel et al., eds., Current Protocols, a joint venture between Greene Publishing Associates, Inc. and John Wiley & Sons, Inc., (1995 Supplement) (Ausubel) ).
Примерами алгоритмов, которые подходят для определения процента идентичности последовательностей и сходства последовательностей, являются алгоритмы BLAST и BLAST 2.0, которые описаны в Altschul et al. (1990), J. Mol. Biol. 215:403-410 и Altschuel et al. (1977), Nucleic Acids Res. 25:3389-3402 соответственно. Программное обеспечение для проведения анализов BLAST является общедоступным посредством Национального центра биотехнологической информации. Данный алгоритм предусматривает первоначальную идентификацию пар последовательностей с высоким показателем сходства (HSP) путем идентификации коротких слов с длиной W в запрашиваемой последовательности, которые либо совпадают, либо удовлетворяют некоторой положительной пороговой оценке Т при выравнивании со словом той же длины в последовательности из базы данных. Т называют порогом показателя сходства соседних слов (Altschul et al. выше). Данные начальные совпадения соседних слов выполняют роль затравок для начала поисков с целью выявления более длинных HSP, которые их содержат. Совпадения слов затем продлевают в обоих направлениях вдоль каждой последовательности настолько, насколько можно увеличить совокупный показатель выравнивания.Examples of algorithms that are suitable for determining percent sequence identity and sequence similarity are the BLAST and BLAST 2.0 algorithms, which are described in Altschul et al. (1990), J. Mol. Biol. 215:403-410 and Altschuel et al. (1977), Nucleic Acids Res. 25:3389-3402, respectively. The BLAST analysis software is publicly available through the National Center for Biotechnology Information. This algorithm involves initially identifying high similarity score sequence pairs (HSPs) by identifying short words of length W in the query sequence that either match or satisfy some positive threshold score T when aligned with a word of the same length in the database sequence. T is called the threshold for the similarity index of neighboring words (Altschul et al. supra). These initial matches of neighboring words serve as seeds to begin searches to identify longer HSPs that contain them. Word matches are then extended in both directions along each sequence as much as the cumulative alignment score can be increased.
В случае нуклеотидных последовательностей совокупные оценки рассчитывают с помощью параметров М (вознаграждение за пару совпадающих остатков; всегда >0) и N (штраф за несовпадающие остатки; всегда <0). В случае аминокислотных последовательностей для расчета совокупной оценки применяют матрицу замен. Продление совпадений слов в каждом направлении останавливают, когда совокупная оценка выравнивания уменьшается на величину X от ее максимального достигнутого значения; совокупная оценка падает до нуля или ниже из-за накопления одного или нескольких выравниваний остатков с отрицательной оценкой; или достигнут конец любой из последовательностей. Параметры алгоритма BLAST W, Т и X определяют чувствительность и скорость выравнивания. В программе BLASTN (для нуклеотидных последовательностей) по умолчанию используют длину слова (W), равную 11, ожидаемое значение (Е), равное 10, М=5, N=-4 и сравнение обеих цепей. Для аминокислотных последовательностей в программе BLASTP применяют в качестве значений по умолчанию длину слова (W), равную 3, ожидаемое значение (Е), равное 10, и матрицу сравнения BLOSUM62 (см. Henikoff & Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:10915 (1989)).For nucleotide sequences, aggregate scores are calculated using the parameters M (reward per pair of matching residues; always >0) and N (penalty for mismatched residues; always <0). For amino acid sequences, a substitution matrix is used to calculate the cumulative score. Extension of word matches in each direction is stopped when the cumulative alignment score decreases by an amount X from its maximum value achieved; the cumulative score drops to zero or below due to the accumulation of one or more balance alignments with a negative score; or the end of any of the sequences has been reached. The BLAST algorithm parameters W, T and X determine the sensitivity and speed of alignment. The BLASTN program (for nucleotide sequences) defaults to a word length (W) of 11, an expected value (E) of 10, M=5, N=-4, and a comparison of both strands. For amino acid sequences, BLASTP uses a default word length (W) of 3, an expected value (E) of 10, and a BLOSUM62 comparison matrix (see Henikoff & Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 89:10915 (1989)).
- 4 045436- 4 045436
Помимо расчета процента идентичности последовательностей, алгоритм BLAST также выполняет статистический анализ сходства между двумя последовательностями (см., например, Karlin & Altschul, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA, 90:5873-5787 (1993)). Одним из показателей сходства, который выдается алгоритмом BLAST, является наименьшая суммарная вероятность (P(N)), которая указывает на вероятность, с которой совпадение между двумя нуклеотидными или аминокислотными последовательностями может произойти случайно. Например, нуклеиновая кислота считается схожей с эталонной последовательностью, если наименьшая суммарная вероятность при сравнении тестируемой нуклеиновой кислоты с эталонной нуклеиновой кислотой составляет менее приблизительно 0,1, более предпочтительно менее приблизительно 0,01 и наиболее предпочтительно менее приблизительно 0,001.In addition to calculating percent sequence identity, the BLAST algorithm also performs statistical analysis of the similarity between two sequences (see, for example, Karlin & Altschul, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA, 90:5873-5787 (1993)). One of the similarity measures produced by the BLAST algorithm is the lowest cumulative probability (P(N)), which indicates the probability with which a match between two nucleotide or amino acid sequences could occur by chance. For example, a nucleic acid is considered similar to a reference sequence if the lowest overall probability when comparing the test nucleic acid to the reference nucleic acid is less than about 0.1, more preferably less than about 0.01, and most preferably less than about 0.001.
Дополнительным признаком того, что две последовательности нуклеиновой кислоты или полипептидные последовательности являются по сути идентичными, является то, что полипептид, кодируемый первой нуклеиновой кислотой, является иммунологически перекрестно реактивным с полипептидом, кодируемым второй нуклеиновой кислотой, как описано ниже. Таким образом, полипептид обычно по сути идентичен второму полипептиду, например, если два пептида отличаются только консервативными заменами. Другим признаком того, что две последовательности нуклеиновой кислоты являются практически идентичными, является то, что две молекулы гибридизируются друг с другом в жестких условиях, как описано ниже.A further indication that two nucleic acid sequences or polypeptide sequences are substantially identical is that the polypeptide encoded by the first nucleic acid is immunologically cross-reactive with the polypeptide encoded by the second nucleic acid, as described below. Thus, the polypeptide is usually substantially identical to the second polypeptide, for example, if the two peptides differ only by conservative substitutions. Another indication that two nucleic acid sequences are essentially identical is that the two molecules hybridize to each other under stringent conditions, as described below.
В данном контексте термин защитный иммунитет или защитный иммунный ответ означает, что вакцинированный субъект в состоянии контролировать инфекцию, вызываемую патогенным возбудителем, в отношении которого была проведена вакцинация. Патогенный агент может, например, представлять собой антигенный продукт гена или антигенный белок или их фрагмент. Обычно у субъекта, у которого выработался защитный иммунный ответ, развиваются клинические симптомы только от легкой до умеренной степени тяжести или симптомы вовсе не развиваются. Обычно субъект, имеющий защитный иммунный ответ на определенного возбудителя или защитный иммунитет к нему, не погибает в результате инфицирования указанным возбудителем.As used herein, the term protective immunity or protective immune response means that the vaccinated subject is able to control the infection caused by the pathogen against which the vaccination was administered. The pathogenic agent may, for example, be an antigenic gene product or an antigenic protein or a fragment thereof. Typically, a subject who has developed a protective immune response will develop only mild to moderate clinical symptoms or no symptoms at all. Typically, a subject who has a protective immune response to a particular pathogen or protective immunity to it does not die as a result of infection with the specified pathogen.
Термин адъювант определяется как одно или несколько веществ, которые обуславливают стимуляцию иммунной системы. В данном контексте адъювант используют для усиления иммунного ответа на аденовирусные векторы по настоящему изобретению.The term adjuvant is defined as one or more substances that cause stimulation of the immune system. In this context, an adjuvant is used to enhance the immune response to the adenoviral vectors of the present invention.
В данном контексте термин антигенный продукт гена или его фрагмент или антигенный белок может включать бактериальный, вирусный, паразитарный или грибковый белок или его фрагмент. Антигенный белок или антигенный продукт гена предпочтительно способен обусловливать в организме хозяина защитный иммунный ответ, например, индуцировать иммунный ответ на заболевание или инфекцию (например, бактериальное, вирусное, паразитическое или грибковое заболевание или инфекцию) и/или обеспечивать выработку у субъекта иммунитета к заболеванию или инфекции (т.е. вакцинации), который защищает субъекта от заболевания или инфекции.As used herein, the term antigenic gene product or fragment thereof or antigenic protein may include a bacterial, viral, parasitic or fungal protein or fragment thereof. The antigenic protein or antigenic gene product is preferably capable of eliciting a protective immune response in a host, such as inducing an immune response to a disease or infection (e.g., a bacterial, viral, parasitic or fungal disease or infection) and/or causing the subject to develop immunity to a disease or infection (i.e. vaccination), which protects the subject from disease or infection.
Используемый в данном документе термин химерный означает ген, нуклеиновую кислоту, белок, пептид или полипептид, который содержит два или более генов, нуклеиновых кислот, белков, пептидов или полипептидов, которые в обычных условиях не связаны друг с другом. Химерный ген, нуклеиновая кислота или белок могут представлять собой слитую молекулу из двух или более неродственных последовательностей (например, двух или более различных нуклеиновых кислот, которые кодируют два или более различных белков). Химерные ген, нуклеиновая кислота или белок могут представлять собой слитую молекулу из двух или более родственных последовательностей (например, нуклеиновых кислот, которые кодируют один и тот же белок, однако при этом нуклеиновые кислоты получены из различного исходного материала, т.е. одна нуклеиновая кислота происходит от человека, а другая нуклеиновая кислота происходит от представителя обезьянообразных).As used herein, the term chimeric means a gene, nucleic acid, protein, peptide or polypeptide that contains two or more genes, nucleic acids, proteins, peptides or polypeptides that are not normally associated with each other. A chimeric gene, nucleic acid, or protein may be a fusion molecule of two or more unrelated sequences (eg, two or more different nucleic acids that encode two or more different proteins). A chimeric gene, nucleic acid, or protein may be a fusion of two or more related sequences (e.g., nucleic acids that encode the same protein but the nucleic acids are derived from different starting material, i.e., one nucleic acid originates from humans and the other nucleic acid originates from apes).
Аденовирусные векторы.Adenoviral vectors.
Воздействие определенных аденовирусов приводит к выработке иммунных ответов на определенные аденовирусные серотипы, что может влиять на эффективность аденовирусных векторов. Поскольку инфекции, вызванные аденовирусами человека, распространены у людей, распространенность нейтрализующих антител к аденовирусам человека в популяциях людей является высокой. Можно ожидать, что наличие таких нейтрализующих антител у индивидуумов снизит эффективность переносящего ген вектора, в основе которого лежит остов аденовируса человека. Одним из способов преодоления снижения эффективности является замена эпитопов на аденовирусных капсидных белках, которые являются мишенями для нейтрализующих антител. Целевые последовательности на капсидных белках можно заменить белковыми последовательностями из других аденовирусов (например, аденовирусов обезьян), которые имеют низкую распространенность и, следовательно, против которых нейтрализующие антитела редко встречаются в популяциях людей.Exposure to certain adenoviruses results in the development of immune responses to certain adenoviral serotypes, which may influence the effectiveness of adenoviral vectors. Because human adenovirus infections are common in humans, the prevalence of neutralizing antibodies to human adenoviruses in human populations is high. The presence of such neutralizing antibodies in individuals can be expected to reduce the efficiency of a gene transfer vector based on the human adenovirus backbone. One way to overcome reduced efficacy is to replace epitopes on adenoviral capsid proteins that are targets for neutralizing antibodies. Target sequences on capsid proteins can be replaced by protein sequences from other adenoviruses (eg, simian adenoviruses) that are of low abundance and therefore against which neutralizing antibodies are rarely found in human populations.
Капсидный белок относится к белку на капсиде аденовируса или его функциональному фрагменту или производному, который задействуют при определении серотипа и/или тропизма конкретного аденовируса. К капсидным белкам, как правило, относятся белки фибры, пентона и/или гексона. В определенных вариантах осуществления капсидный белок представляет собой весь или полноразмерный капсидный белок аденовируса. В других вариантах осуществления капсидный белок представляет собойCapsid protein refers to a protein on the capsid of an adenovirus or a functional fragment or derivative thereof that is used in determining the serotype and/or tropism of a particular adenovirus. Capsid proteins typically include fiber, penton, and/or hexon proteins. In certain embodiments, the capsid protein is the entire or full-length capsid protein of an adenovirus. In other embodiments, the capsid protein is
- 5 045436 фрагмент или производное полноразмерного капсидного белка аденовируса. В определенных вариантах осуществления гексон, пентон и фибра, кодируемые аденовирусным вектором по настоящему изобретению, происходят от одного и того же или различных аденовирусов.- 5 045436 fragment or derivative of the full-length capsid protein of an adenovirus. In certain embodiments, the hexon, penton, and fiber encoded by the adenoviral vector of the present invention are derived from the same or different adenoviruses.
Полипептид гексона относится к гексоновым белкам оболочки аденовируса, их функциональным фрагментам и производным.Hexon polypeptide refers to the hexon envelope proteins of the adenovirus, their functional fragments and derivatives.
Полипептид фибры относится к белкам фибры аденовируса, их функциональным фрагментам и производным.Fiber polypeptide refers to adenovirus fiber proteins, their functional fragments and derivatives.
Одной из мишеней нейтрализующих антител к аденовирусам является основной белок оболочки, белок гексона. Замена белка гексона или вариабельных последовательностей в белке гексона, которые определяют серотип и связываются с нейтрализующими антителами, белком гексона или вариабельными последовательностями в белке гексона из аденовирусов, которые являются редкими в популяции людей, может позволить сконструировать аденовирусные векторы, которые были бы менее восприимчивы к нейтрализации антителами, обычно встречающимися у людей.One of the targets of neutralizing antibodies to adenoviruses is the major envelope protein, hexon protein. Replacement of the hexon protein or variable sequences in the hexon protein that determine serotype and bind to neutralizing antibodies, hexon protein or variable sequences in the hexon protein from adenoviruses that are rare in the human population may allow the construction of adenoviral vectors that would be less susceptible to neutralization antibodies commonly found in humans.
Гипервариабельные области (HVR) гексона представляют собой области полипептида гексона, характеризующиеся наибольшей вариабельностью среди различных аденовирусных серотипов. Как правило, считается, что эти HVR соответствуют контактирующим с растворителем поверхностям тримера белка гексона (в контексте интактной вирусной частицы), и, соответственно, ожидается, что они будут выступать в роли важных детерминант антитело-опосредованной нейтрализации аденовируса (Roberts et al., Nature, 441:239-43 (2006)). Поэтому замена HVR гексона данного аденовирусного вектора на HVR гексона аденовируса с низкой (или отсутствующей) серопревалентностью у людей представляет собой возможное средство для преодоления предсуществующего противовекторного гуморального иммунитета в целевых популяциях людей. Соответственно, было проведено множество исследований, посвященных изучению идеи химерных гексонов, в основном затрагивающих замену последовательностей гексона в векторах на основе HAdV-5 (Roy et al., J. Virol. 72:6875-9 (1998); Gall et al., J. Virol. 72:10260-4 (1998); Youil et al., Hum. Gene Ther. 13:311-20 (2002); Wu et al. J. Virol. 76:12775-82 (2002); Roy et al., Virology. 333:207-14 (2005); Roberts et al., Nature, 441:239-43 (2006); Bradley et al., J. Virol. 86:1267-72 (2012); Yu et al., Biochem Biophys Res Commun. 421:170-6 (2012); Bruder et al., PLoS One, 7(4):e33920 (2012)).Hexon hypervariable regions (HVRs) are regions of the hexon polypeptide that exhibit the greatest variability among different adenoviral serotypes. These HVRs are generally thought to correspond to the solvent-exposed surfaces of the hexon protein trimer (in the context of an intact virus particle) and are accordingly expected to act as important determinants of antibody-mediated adenovirus neutralization (Roberts et al., Nature , 441:239-43 (2006)). Therefore, replacing the hexon HVR of a given adenoviral vector with the hexon HVR of an adenovirus with low (or no) seroprevalence in humans represents a possible means of overcoming pre-existing antivector humoral immunity in target human populations. Accordingly, there have been many studies exploring the idea of chimeric hexons, mainly involving the replacement of hexon sequences in HAdV-5-based vectors (Roy et al., J. Virol. 72:6875-9 (1998); Gall et al., J. Virol. 72:10260-4 (1998); Youil et al., Hum. Gene Ther. 13:311-20 (2002); Wu et al. J. Virol. 76:12775-82 (2002); Roy et al., Virology. 333:207-14 (2005); Roberts et al., Nature, 441:239-43 (2006); Bradley et al., J. Virol. 86:1267-72 (2012); Yu et al., Biochem Biophys Res Commun. 421:170-6 (2012); Bruder et al., PLoS One, 7(4):e33920 (2012)).
Второй мишенью нейтрализующих антител к аденовирусам является белок фибры. Замена белка фибры на последовательности фибры от редких аденовирусов, которые имеют происхождение от отличного от человека животного, более предпочтительно замена вариабельных последовательностей в белке фибры, также может позволять конструировать аденовирусные векторы, которые будут менее восприимчивы к нейтрализации антителами, обычно встречающимися у людей. Сочетание описанных выше замен фибр с заменами гексонов может придать дополнительную устойчивость к нейтрализации антителами, обычно присутствующими в популяциях людей.The second target of neutralizing antibodies to adenoviruses is fiber protein. Replacing the fiber protein with fiber sequences from rare adenoviruses that are of non-human animal origin, more preferably replacing variable sequences in the fiber protein, may also allow the construction of adenoviral vectors that are less susceptible to neutralization by antibodies typically found in humans. Combining the fiber replacements described above with hexon replacements may confer additional resistance to neutralization by antibodies commonly present in human populations.
Настоящим изобретением предусмотрены химерные аденовирусные векторы, содержащие трансгены и последовательности нуклеиновых кислот химерных гексонов. Аденовирусные векторы могут, например, содержать последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид гексона, предусматривающий полипептид, охватывающий гипервариабельные области гексона, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 2. В определенных вариантах осуществления полипептидная последовательность гексона предусматривает SEQ ID NO: 3 или SEQ ID NO: 4. Аденовирусный вектор может, например, содержать одну или несколько последовательностей нуклеиновой кислоты из аденовируса-4 человека, аденовируса-5 человека, аденовируса-26 человека или аденовируса-35 человека. В определенных вариантах осуществления аденовирусный вектор содержит последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 6.The present invention provides chimeric adenoviral vectors containing transgenes and chimeric hexon nucleic acid sequences. Adenoviral vectors may, for example, contain a nucleic acid sequence encoding a hexon polypeptide comprising a polypeptide spanning hexon hypervariable regions comprising an amino acid sequence selected from SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 2. In certain embodiments, the hexon polypeptide sequence comprises SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 4. The adenoviral vector may, for example, contain one or more nucleic acid sequences from human adenovirus-4, human adenovirus-5, human adenovirus-26, or human adenovirus-35. In certain embodiments, the adenoviral vector comprises a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NO: 5 or SEQ ID NO: 6.
Аденовирусный вектор относится к рекомбинантному вектору, полученному по меньшей мере из части аденовирусного генома или содержащему такую часть аденовирусного генома.Adenoviral vector refers to a recombinant vector derived from or containing at least a portion of an adenoviral genome.
Как правило, аденовирусный вектор по настоящему изобретению содержит весь геном рекомбинантного аденовируса, например, в плазмидном, космидном или бакуловирусном векторе. Молекулы нуклеиновой кислоты по настоящему изобретению могут быть представлены в виде РНК или в виде ДНК, полученных путем клонирования или изготовленных синтетическим путем. ДНК может быть двунитевой или однонитевой.Typically, the adenoviral vector of the present invention contains the entire genome of a recombinant adenovirus, for example, in a plasmid, cosmid or baculovirus vector. The nucleic acid molecules of the present invention can be in the form of RNA or in the form of DNA, obtained by cloning or produced synthetically. DNA can be double-stranded or single-stranded.
Специалист в данной области техники поймет, что элементы, полученные из нескольких серотипов, можно объединить в одном аденовирусном векторе, например, на основе аденовируса человека или обезьян. Таким образом, можно получить химерный аденовирусный вектор, в котором сочетаются требуемые свойства от различных серотипов. Таким образом, в некоторых вариантах осуществления химерный аденовирусный вектор по настоящему изобретению может сочетать отсутствие предсуществующего иммунитета к последовательностям полипептидов химерных гексона и/или фибры с высоким уровнем доставки антигена и презентирующей способности существующих аденовирусных векторов, таких как rAd4, rAd5, rAd26 или rAd35.One skilled in the art will appreciate that elements derived from multiple serotypes can be combined in a single adenoviral vector, for example based on human or simian adenovirus. Thus, it is possible to obtain a chimeric adenoviral vector that combines the required properties from different serotypes. Thus, in some embodiments, the chimeric adenoviral vector of the present invention may combine the lack of pre-existing immunity to chimeric hexon and/or fiber polypeptide sequences with the high level of antigen delivery and presentation ability of existing adenoviral vectors such as rAd4, rAd5, rAd26 or rAd35.
Преимущества аденовирусных векторов при применении в качестве вакцин включают легкость использования, хорошую технологичность производства в широком масштабе и превосходные показатели безопасности, основанные на многолетнем опыте исследований, разработки, производства и клиниче- 6 045436 ских испытаний с многочисленными аденовирусными векторами, о которых сообщалось. Аденовирусные векторы, которые применяют в качестве вакцин, как правило, обеспечивают хороший иммунный ответ на кодируемый трансгеном белок или кодируемый трансгеном антигенный продукт гена, в том числе клеточный иммунный ответ. Аденовирусный вектор в соответствии с настоящим изобретением может быть основан на любом типе аденовируса и в некоторых вариантах осуществления основан на аденовирусе человека, который может принадлежать к любой группе или любому серотипу. В предпочтительных вариантах осуществления рекомбинантный аденовирус основан на аденовирусе человека из группы А, В, С, D, E, F или G. В других предпочтительных вариантах осуществления рекомбинантный аденовирус основан на аденовирусе человека серотипа 5, 11, 26, 34, 35, 48, 49 или 50. В других вариантах осуществления он представляет собой аденовирус обезьян, такой как аденовирус шимпанзе или гориллы, который может принадлежать любому серотипу. В определенных вариантах осуществления данный рекомбинантный аденовирус основан на аденовирусе шимпанзе типа 1, 3, 7, 8, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27.1, 28.1, 29, 30, 31.1, 32, 33, 34, 35.1, 36, 37.2, 39, 40.1, 41.1, 42.1, 43, 44, 45, 46, 48, 49, 50, 67 или SA7P.The advantages of adenoviral vectors for use as vaccines include ease of use, good manufacturability on a large scale, and an excellent safety record based on many years of experience in research, development, manufacturing, and clinical trials with numerous adenoviral vectors that have been reported. Adenoviral vectors that are used as vaccines generally provide a good immune response to the transgene-encoded protein or transgene-encoded antigenic gene product, including a cellular immune response. The adenoviral vector in accordance with the present invention can be based on any type of adenovirus and in some embodiments is based on a human adenovirus, which can belong to any group or serotype. In preferred embodiments, the recombinant adenovirus is based on a human adenovirus from group A, B, C, D, E, F, or G. In other preferred embodiments, the recombinant adenovirus is based on human adenovirus serotypes 5, 11, 26, 34, 35, 48, 49 or 50. In other embodiments, it is a simian adenovirus, such as a chimpanzee or gorilla adenovirus, which may be of any serotype. In certain embodiments, the recombinant adenovirus is based on chimpanzee adenovirus types 1, 3, 7, 8, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27.1, 28.1, 29, 30, 31.1, 32, 33, 34, 35.1, 36, 37.2, 39, 40.1, 41.1, 42.1, 43, 44, 45, 46, 48, 49, 50, 67 or SA7P.
В более предпочтительном варианте осуществления вектор на основе аденовируса шимпанзе из второй композиции представляет собой ChAdV3. Рекомбинантный аденовирус шимпанзе серотипа 3 (ChAd3 или cAd3) представляет собой аденовирус подгруппы С со свойствами, сходными со свойствами аденовируса человека серотипа 5 (Ad5). В исследованиях на людях, в которых оценивали кандидатные вакцины к вирусу гепатита С (HCV), было показано, что ChAd3 является безопасным и иммуногенным (Barnes E, et al., 2012, Science translational medicine, 4:115ra1). Сообщалось, что вакцины на основе ChAd3 были способны индуцировать иммунный ответ, сравнимый с вакциной, предусматривающей вектор на основе Ad5 человека. См., например, Peruzzi D., et al., 2009, Vaccine, 27:1293-300 и Quinn K.M., et al., 2013, J. Immunol. 190: 2720-35; WO 2005/071093; WO 2011/0130627 и т.д.In a more preferred embodiment, the chimpanzee adenovirus vector of the second composition is ChAdV3. Recombinant chimpanzee adenovirus serotype 3 (ChAd3 or cAd3) is a subgroup C adenovirus with properties similar to human adenovirus serotype 5 (Ad5). In human studies evaluating hepatitis C virus (HCV) vaccine candidates, ChAd3 was shown to be safe and immunogenic (Barnes E, et al., 2012, Science translational medicine, 4:115ra1). It was reported that ChAd3-based vaccines were able to induce an immune response comparable to a vaccine containing a human Ad5-based vector. See, for example, Peruzzi D., et al., 2009, Vaccine, 27:1293-300 and Quinn K.M., et al., 2013, J. Immunol. 190: 2720-35; WO 2005/071093; WO 2011/0130627, etc.
Аденовирусные векторы, способы их конструирования и способы их размножения хорошо известны из уровня техники и описаны, например, в патентах США № 5559099, 5837511, 5846782, 5851806, 5994106, 5994128, 5965541, 5981225, 6040174, 6020191 и 6113913 и Thomas Shenk, Adenoviridae and their Replication, M.S. Horwitz, Adenoviruses, главы 67 и 68 соответственно в Virology, В.К. Fields et al., eds., 3rd ed., Raven Press, Ltd., New York (1996), а также других источниках, упомянутых в данном документе. Как правило, конструирование аденовирусных векторов предусматривает использование стандартных молекулярно-биологических методик, таких как описанные, например, в Sambrook et al., Molecular Cloning, a Laboratory Manual, 2nd ed., Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989), Watson et al., Recombinant DNA, 2nd ed., Scientific American Books (1992) и Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, NY (1995), а также других источниках, упомянутых в данном документе.Adenoviral vectors, methods for their construction and methods for their propagation are well known in the art and are described, for example, in US patents No. 5559099, 5837511, 5846782, 5851806, 5994106, 5994128, 5965541, 5981225, 6040174, 6020191 and 6113913 and Thomas Shenk, Adenoviridae and their Replication, M. S. Horwitz, Adenoviruses, chapters 67 and 68 respectively in Virology, W.K. Fields et al., eds., 3rd ed., Raven Press, Ltd., New York (1996), and other sources cited herein. Typically, the construction of adenoviral vectors involves the use of standard molecular biology techniques, such as those described, for example, in Sambrook et al., Molecular Cloning, a Laboratory Manual, 2nd ed., Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY (1989 ), Watson et al., Recombinant DNA, 2nd ed., Scientific American Books (1992) and Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, NY (1995), as well as other sources cited herein document.
В определенных вариантах осуществления аденовирусный вектор предусматривает делецию Е1 и/или делецию E3. Делеция Е1 или E3 может, например, предусматривать полную делецию гена или частичную делецию, что делает продукт гена Е1 или E3 функционально дефектным. Таким образом, в определенных вариантах осуществления аденовирус является дефектным по репликации, например, потому что он предусматривает делецию в участке Е1 генома. Как известно специалисту, в случае делеций существенно важных участков в геноме аденовируса функциональные элементы, кодируемые этими участками, должны быть обеспечены в транс-положении, предпочтительно клеткой-продуцентом, т.е. если части или целые участки E1, E2 и/или Е4 удалены из аденовируса, то они должны присутствовать в клетке-продуценте, например, быть встроенными в ее геном или находиться в виде так называемого вспомогательного аденовируса или вспомогательных плазмид. Аденовирус также может предусматривать делецию в участке E3, который не является существенным для репликации, и, следовательно, такую делецию не следует компенсировать. Одну или несколько областей Е1, Е2, E3 и Е4 также можно инактивировать другими способами, такими как вставка представляющего интерес трансгена (обычно связанного с промотором) в подлежащие инактивации области.In certain embodiments, the adenoviral vector includes an E1 deletion and/or an E3 deletion. A deletion of E1 or E3 may, for example, involve a complete deletion of the gene or a partial deletion, which renders the E1 or E3 gene product functionally defective. Thus, in certain embodiments, the adenovirus is replication defective, for example, because it contains a deletion in the E1 region of the genome. As is known to those skilled in the art, in the case of deletions of essential regions in the adenovirus genome, the functional elements encoded by these regions must be provided in trans, preferably by the producing cell, i.e. if parts or entire sections of E1, E2 and/or E4 are removed from the adenovirus, then they must be present in the producer cell, for example, be integrated into its genome or be in the form of a so-called helper adenovirus or helper plasmids. The adenovirus may also include a deletion in a region of E3 that is not essential for replication and, therefore, such a deletion should not be compensated for. One or more of the E1, E2, E3 and E4 regions can also be inactivated by other means, such as insertion of a transgene of interest (usually linked to a promoter) into the regions to be inactivated.
Клетка-продуцент (также иногда называемая в уровне техники и в данном документе как 'пакующая клетка' или 'дополняющая клетка'), которую можно использовать, может представлять собой любую клетку-продуцент, в которой требуемый аденовирус может быть размножен. Например, размножение векторов на основе рекомбинантного аденовируса проводят в клетках-продуцентах, которые компенсируют дефекты в аденовирусе. Предпочтительно такие клетки-продуценты содержат в своем геноме по меньшей мере последовательность Е1 аденовируса, и таким образом они способны к компенсированию дефектов рекомбинантных аденовирусов с делецией в участке Е1. Можно использовать любую Е1-дополняющую клетку-продуцент, такую как клетки сетчатки глаза человека, иммортализированные с использованием Е1, например клетки 911 или PER.C6 (см. патент США № 5994128), Е1-трансформированные амниоциты (см. патент ЕР № 1230354), Е1-трансформированные клетки А549 (см., например, WO 98/39411, патент США № 5891690), GH329:HeLa (Gao et al., 2000, Hum Gene Ther. 11:213-19), 293 и т.п. В определенных вариантах осуществления клетками-продуцентами являются, например, клетки HEK293, или клетки PER.C6, или клетки 911, или клетки IT293SF и т.п. Продуцирование аденовирусных векторов в клетках-продуцентах описано в Kovesdi et al., 2010, Viruses, 2:1681-703.The producer cell (also sometimes referred to in the art and herein as a 'packaging cell' or 'complementary cell') that can be used can be any producer cell in which the desired adenovirus can be propagated. For example, propagation of vectors based on a recombinant adenovirus is carried out in producer cells that compensate for defects in the adenovirus. Preferably, such producer cells contain in their genome at least an adenovirus E1 sequence, and are thus capable of compensating for the defects of recombinant adenoviruses with a deletion in the E1 region. Any E1-complementary producer cell may be used, such as human retinal cells immortalized with E1, e.g. 911 or PER.C6 cells (see US Pat. No. 5,994,128), E1-transformed amniocytes (see EP Pat. No. 1,230,354) , E1-transformed A549 cells (see, for example, WO 98/39411, US patent No. 5891690), GH329:HeLa (Gao et al., 2000, Hum Gene Ther. 11:213-19), 293, etc. . In certain embodiments, the producer cells are, for example, HEK293 cells, or PER.C6 cells, or 911 cells, or IT293SF cells, or the like. The production of adenoviral vectors in producer cells is described in Kovesdi et al., 2010, Viruses, 2:1681-703.
В определенных вариантах осуществления аденовирусный вектор представляет собой химерныйIn certain embodiments, the adenoviral vector is a chimeric
- 7 045436 аденовирусный вектор, содержащий одну или несколько последовательностей нуклеиновой кислоты аденовируса человека. Нуклеиновые кислоты аденовируса человека могут, например, быть выбраны из аденовируса-4 человека (Ad-4), аденовируса-5 человека (Ad-5), аденовируса-26 человека (Ad-26) или аденовируса-35 человека (Ad-35). В определенных вариантах осуществления дефектный по Е1 аденовирусный вектор содержит кодирующую последовательность E4-orf6 из аденовируса Ad5 человека. Это обеспечивает возможность размножения таких аденовирусов в хорошо известных дополняющих линиях клеток, которые экспрессируют гены Е1 из Ad5, таких как, например, клетки 293 или клетки PER.C6 (см., например, Fallaux et al., 1998, Hum Gene Ther. 9:1909-17, Havenga et al., 2006, J. Gen. Virol. 87:213543; WO 03/104467, включенные в данный документ во всей своей полноте посредством ссылки).- 7 045436 adenoviral vector containing one or more nucleic acid sequences of a human adenovirus. The human adenovirus nucleic acids may, for example, be selected from human adenovirus-4 (Ad-4), human adenovirus-5 (Ad-5), human adenovirus-26 (Ad-26) or human adenovirus-35 (Ad-35) . In certain embodiments, the E1-deficient adenoviral vector comprises the E4-orf6 coding sequence from human adenovirus Ad5. This allows such adenoviruses to propagate in well-known complementary cell lines that express the E1 genes from Ad5, such as, for example, 293 cells or PER.C6 cells (see, for example, Fallaux et al., 1998, Hum Gene Ther. 9 :1909-17, Havenga et al., 2006, J. Gen. Virol. 87:213543; WO 03/104467, incorporated herein by reference in its entirety).
В определенных вариантах осуществления аденовирусный вектор содержит трансген. Трансген относится к гетерологичной нуклеиновой кислоте, которая представляет собой нуклеиновую кислоту, которая в норме отсутствует в векторе, и согласно настоящему изобретению трансген может кодировать антигенный продукт гена или антигенный белок, который вызывает иммунный ответ у субъекта. Например, трансген можно вводить в вектор посредством стандартных методик молекулярной биологии. Трансген можно, например, клонировать в делетированные области Е1 или E3 аденовирусного вектора или в область между областью Е4 и rITR. Трансген обычно функционально связан с последовательностями, контролирующими экспрессию. В предпочтительных вариантах осуществления трансген вставлен в сайт вставки трансгена.In certain embodiments, the adenoviral vector contains a transgene. A transgene refers to a heterologous nucleic acid, which is a nucleic acid that is not normally present in the vector, and according to the present invention, the transgene may encode an antigenic gene product or an antigenic protein that elicits an immune response in a subject. For example, a transgene can be introduced into a vector using standard molecular biology techniques. The transgene can, for example, be cloned into the deleted E1 or E3 regions of the adenoviral vector or into the region between the E4 region and the rITR. The transgene is usually operably linked to expression control sequences. In preferred embodiments, the transgene is inserted into a transgene insertion site.
При необходимости последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая гексон или фибру в соответствии с вариантами осуществления настоящего изобретения, и/или трансген, можно подвергать оптимизации в отношении кодонов для обеспечения надлежащей экспрессии у подвергаемого обработке хозяина (например, у человека). Оптимизация кодонов представляет собой технологию, широко применяемую в данной области техники.If necessary, the nucleic acid sequence encoding a hexon or fiber in accordance with embodiments of the present invention, and/or a transgene, can be codon optimized to ensure proper expression in the host being treated (eg, a human). Codon optimization is a technology widely used in the art.
Трансген может находиться под контролем происходящего из аденовируса промотора (т.е. быть функционально связан с ним) (например, главного позднего промотора) или может находиться под контролем гетерологичного промотора. Примеры подходящих гетерологичных промоторов включают промотор CMV и промотор RSV. Промотор предпочтительно расположен выше представляющего интерес гена в кассете экспрессии.The transgene may be under the control of (ie, operably linked to) an adenovirus-derived promoter (eg, a major late promoter) or may be under the control of a heterologous promoter. Examples of suitable heterologous promoters include the CMV promoter and the RSV promoter. The promoter is preferably located upstream of the gene of interest in the expression cassette.
В предпочтительных вариантах осуществления аденовирусный вектор содержит последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 6.In preferred embodiments, the adenoviral vector comprises a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NO: 5 or SEQ ID NO: 6.
Иммуногенные композиции.Immunogenic compositions.
Иммуногенные композиции представляют собой композиции, содержащие иммунологически эффективное количество очищенных или частично очищенных векторов на основе аденовируса человека для применения в настоящем изобретении. Указанные композиции можно составлять в виде вакцины (также называемой в данном документе иммуногенной композицией) согласно способам, хорошо известным из уровня техники. Такие композиции могут включать адъюванты для усиления иммунных реакций. Оптимальные доли каждого компонента в составе можно определить с помощью методик, хорошо известных специалистам в данной области в свете настоящего раскрытия.Immunogenic compositions are compositions containing an immunologically effective amount of purified or partially purified human adenovirus vectors for use in the present invention. These compositions can be formulated as a vaccine (also referred to herein as an immunogenic composition) according to methods well known in the art. Such compositions may include adjuvants to enhance immune responses. The optimal proportions of each component in the composition can be determined using techniques well known to those skilled in the art in light of the present disclosure.
Иммуногенные композиции в соответствии с вариантами осуществления настоящего изобретения можно получать с помощью известных специалистам в данной области техники способов, принимая во внимание настоящее раскрытие. Жидкие фармацевтические композиции обычно содержат жидкий носитель, такой как вода, вазелин, масла животного или растительного происхождения, минеральное масло или синтетическое масло. Могут быть включены физиологический солевой раствор, раствор декстрозы или другого сахарида или гликоли, такие как этиленгликоль, пропиленгликоль или полиэтиленгликоль.Immunogenic compositions in accordance with embodiments of the present invention can be prepared using methods known to those skilled in the art, taking into account the present disclosure. Liquid pharmaceutical compositions typically contain a liquid carrier such as water, petrolatum, animal or vegetable oils, mineral oil or synthetic oil. Physiological saline, dextrose or other saccharide solution, or glycols such as ethylene glycol, propylene glycol, or polyethylene glycol may be included.
Иммуногенные композиции, применяемые в настоящем изобретении, могут содержать адъюванты. Адъюванты, подходящие для совместного введения в соответствии с настоящим изобретением, должны быть потенциально безопасными, хорошо переносимыми и эффективными для людей, включая QS-21, Detox-PC, MPL-SE, MoGM-CSF, TiterMax-G, CRL-1005, GERBU, TERamide, PSC97B, Adjumer, PG-026, GSK-I, AS01, AS03, AS04, AS15, GcMAF, В-алетин, МРС-026, Adjuvax, CpG ODN, бетафектин, квасцы и MF59.The immunogenic compositions used in the present invention may contain adjuvants. Adjuvants suitable for co-administration in accordance with the present invention must be potentially safe, well tolerated and effective in humans, including QS-21, Detox-PC, MPL-SE, MoGM-CSF, TiterMax-G, CRL-1005, GERBU , TERamide, PSC97B, Adjumer, PG-026, GSK-I, AS01, AS03, AS04, AS15, GcMAF, B-alethine, MPC-026, Adjuvax, CpG ODN, Betafectin, Alum and MF59.
К другим адъювантам, которые можно вводить, относятся лектины, факторы роста, цитокины и лимфокины, такие как альфа-интерферон, гамма-интерферон, тромбоцитарный фактор роста (PDGF), гранулоцитарный колониестимулирующий фактор (gCSF), гранулоцитарно-макрофагальный колониестимулирующий фактор (gMCSF), фактор некроза опухоли (TNF), эпидермальный фактор роста (EGF), IL-1, IL-2, IL-4, IL-6, IL-8, IL-10 и IL-12 или кодирующие их нуклеиновые кислоты.Other adjuvants that can be administered include lectins, growth factors, cytokines and lymphokines such as interferon alpha, interferon gamma, platelet-derived growth factor (PDGF), granulocyte colony-stimulating factor (gCSF), granulocyte-macrophage colony-stimulating factor (gMCSF) , tumor necrosis factor (TNF), epidermal growth factor (EGF), IL-1, IL-2, IL-4, IL-6, IL-8, IL-10 and IL-12 or nucleic acids encoding them.
Композиции по настоящему изобретению могут содержать фармацевтически приемлемые вспомогательное вещество, носитель, буфер, стабилизатор или другие материалы, хорошо известные специалистам в данной области техники. Такие материалы должны быть нетоксичными и не должны препятствовать эффективности активного ингредиента. Конкретная природа носителя или другого материала может зависеть от пути введения, например, внутримышечного, подкожного, перорального, внутривенного, кожного, внутрислизистого (например, в кишечнике), интраназального или внутрибрюшинного путей.The compositions of the present invention may contain a pharmaceutically acceptable excipient, carrier, buffer, stabilizer or other materials well known to those skilled in the art. Such materials must be non-toxic and must not interfere with the effectiveness of the active ingredient. The specific nature of the carrier or other material may depend on the route of administration, for example, intramuscular, subcutaneous, oral, intravenous, cutaneous, intramucosal (eg, intestinal), intranasal, or intraperitoneal routes.
Способ индуцирования защитного иммунитета.Method for inducing protective immunity.
- 8 045436- 8 045436
Другой общий аспект настоящего изобретения относится к способу индуцирования иммунного ответа у нуждающегося в этом субъекта. Способы могут, например, предусматривать введение субъекту вакцины, содержащей описанный в данном документе аденовирусный вектор и фармацевтически приемлемый носитель. Настоящим изобретением также предусмотрены способы получения вакцины. Способы предусматривают объединение описанного в данном документе аденовирусного вектора с фармацевтически приемлемым носителем.Another general aspect of the present invention relates to a method of inducing an immune response in a subject in need thereof. The methods may, for example, involve administering to the subject a vaccine comprising an adenoviral vector described herein and a pharmaceutically acceptable carrier. The present invention also provides methods for producing a vaccine. The methods involve combining an adenoviral vector described herein with a pharmaceutically acceptable carrier.
В способах по настоящему изобретению в качестве вакцины можно применять любую из иммуногенных композиций в соответствии с вариантами осуществления настоящего изобретения, включая без ограничения описанные в данном документе.In the methods of the present invention, any of the immunogenic compositions in accordance with embodiments of the present invention, including, without limitation, those described herein, can be used as a vaccine.
Введение иммуногенных композиций/вакцин, содержащих векторы, обычно осуществляют внутримышечно или подкожно. Тем не менее, также могут быть предусмотрены другие способы введения, такие как внутривенный, кожный, внутрикожный или назальный и т.д. Внутримышечное введение иммуногенных композиций можно осуществлять с помощью иглы для инъекции суспензии аденовирусного вектора. Альтернативой является применение безыгольного инъекционного устройства для введения композиции (с использованием, например, Biojector™) или лиофилизированного порошка, содержащего вакцину.Administration of immunogenic compositions/vaccines containing vectors is usually carried out intramuscularly or subcutaneously. However, other routes of administration such as intravenous, dermal, intradermal or nasal, etc. may also be contemplated. Intramuscular administration of immunogenic compositions can be carried out using a needle to inject a suspension of the adenoviral vector. An alternative is to use a needle-free injection device to administer the composition (using, for example, Biojector™) or lyophilized powder containing the vaccine.
В случае внутривенной, кожной или подкожной инъекции или инъекции в участок поражения вектор будет представлен в форме парентерально приемлемого водного раствора, который является апирогенным и характеризуется подходящим значением pH, изотоничностью и стабильностью. Специалисты в данной области техники вполне способны получить подходящие растворы с применением, например, изотонических сред-носителей, таких как раствор хлорида натрия для инъекций, раствор Рингера для инъекций, раствор Рингера с лактатом для инъекций. При необходимости можно включать консерванты, стабилизаторы, буферы, антиоксиданты и/или другие добавки. Также можно использовать состав с замедленным высвобождением.For intravenous, dermal, subcutaneous or intralesional injection, the vector will be in the form of a parenterally acceptable aqueous solution that is pyrogen-free and has a suitable pH, isotonicity and stability. Those skilled in the art are quite capable of preparing suitable solutions using, for example, isotonic vehicles such as sodium chloride injection, Ringer's solution for injection, lactated Ringer's solution for injection. If necessary, preservatives, stabilizers, buffers, antioxidants and/or other additives may be included. A time-release formulation can also be used.
Как правило, введение будет предназначено для профилактики с целью выработки иммунного ответа к представляющему интерес антигену (например, бактериального, вирусного, паразитарного и/или грибкового патогена) до инфицирования или развития симптомов. К заболеваниям и нарушениям, которые можно лечить или предупреждать в соответствии с настоящим изобретением, относятся таковые, при которых иммунный ответ может играть защитную или терапевтическую роль. В других вариантах осуществления аденовирусные векторы можно вводить для постконтактной профилактики.Typically, administration will be for prophylaxis to generate an immune response to the antigen of interest (eg, bacterial, viral, parasitic and/or fungal pathogen) prior to infection or development of symptoms. Diseases and disorders that can be treated or prevented in accordance with the present invention include those in which the immune response can play a protective or therapeutic role. In other embodiments, adenoviral vectors can be administered for post-exposure prophylaxis.
Иммуногенные композиции, содержащие химерные векторы на основе аденовируса человека, вводят субъекту, вызывая иммунный ответ на представляющий интерес антиген у субъекта. Количество композиции, достаточное для индуцирования выявляемого иммунного ответа, определяют как иммунологически эффективную дозу или эффективное количество композиции. Иммуногенные композиции по настоящему изобретению могут индуцировать как гуморальный, так и клеточный иммунный ответ. В типичном варианте осуществления иммунный ответ представляет собой защитный иммунный ответ.Immunogenic compositions containing chimeric vectors based on human adenovirus are administered to a subject, causing an immune response to an antigen of interest in the subject. An amount of the composition sufficient to induce a detectable immune response is defined as an immunologically effective dose or effective amount of the composition. The immunogenic compositions of the present invention can induce both humoral and cellular immune responses. In a typical embodiment, the immune response is a protective immune response.
Фактическое вводимое количество, а также частота и продолжительность введения будут зависеть от природы и тяжести подлежащего лечению явления. Назначение лечения, например, принятие решений относительно дозировки и т.д., находится в пределах сферы ответственности врачей общей практики и других врачей или ветеринара в случае ветеринарной практики, и при этом, как правило, учитываются подлежащее лечению нарушение, состояние отдельного пациента, участок доставки, способ введения и другие факторы, известные практикующим врачам. Примеры методик и протоколов, упоминаемых выше, можно найти в Remington's Pharmaceutical Sciences, 16th edition, Osol, A. ed., 1980.The actual amount administered, as well as the frequency and duration of administration, will depend on the nature and severity of the phenomenon being treated. Prescribing treatment, e.g. decisions regarding dosage, etc., is the responsibility of general practitioners and other medical practitioners, or the veterinarian in the case of veterinary practice, and will usually take into account the disorder being treated, the condition of the individual patient, the site delivery, route of administration and other factors known to medical practitioners. Examples of the techniques and protocols mentioned above can be found in Remington's Pharmaceutical Sciences, 16th edition, Osol, A. ed., 1980.
После получения аденовирусных векторов и необязательного составления таких частиц в виде композиций векторы можно вводить индивидууму, в частности человеку или другому примату. Введение можно осуществлять людям или другому млекопитающему, например мыши, крысе, хомяку, морской свинке, кролику, овце, козе, свинье, лошади, корове, ослу, мартышке, собаке или кошке. Доставка отличному от человека млекопитающему необязательно может предназначаться для терапевтической цели, а может предназначаться для применения в рамках эксперимента, например, при изучении механизмов иммунных ответов на аденовирусные векторы.Once adenoviral vectors are prepared and such particles are optionally formulated into compositions, the vectors can be administered to an individual, particularly a human or other primate. Administration may be to humans or other mammals, such as mice, rats, hamsters, guinea pigs, rabbits, sheep, goats, pigs, horses, cows, donkeys, monkeys, dogs or cats. Delivery to a non-human mammal may not necessarily be for a therapeutic purpose, but may be for experimental use, for example, in studying the mechanisms of immune responses to adenoviral vectors.
В одном иллюстративном режиме аденовирусный вектор вводят (например, внутримышечно) в объеме от приблизительно 100 мкл до приблизительно 10 мл, содержащем концентрации приблизительно от 104 до 1012 вирусных частиц/мл. Предпочтительно аденовирусный вектор вводят в объеме от 0,1 до 2,0 мл. Например, аденовирусный вектор можно вводить в объеме 100 мкл, 500 мкл, 1 мл, 2 мл. Более предпочтительно аденовирусный вектор вводят в объеме 0,5 мл. Необязательно, аденовирусный вектор можно вводить в концентрации приблизительно 107, 108, 109, 1010, 5χ1010, 1011 или 1012 в.ч./мл. Как правило, аденовирусный вектор вводят в количестве от приблизительно 109 до приблизительно 1012 вирусных частиц (в.ч.) субъекту-человеку за одно введение, более типично в количестве от приблизительно 1010 до приблизительно 1012 в.ч. После начальной вакцинации идет бустерная инъекция, как описано выше.In one exemplary regimen, the adenoviral vector is administered (eg, intramuscularly) in a volume of about 100 μl to about 10 ml, containing concentrations of about 10 4 to 10 12 viral particles/ml. Preferably, the adenoviral vector is administered in a volume of 0.1 to 2.0 ml. For example, the adenoviral vector can be administered in a volume of 100 μl, 500 μl, 1 ml, 2 ml. More preferably, the adenoviral vector is administered in a volume of 0.5 ml. Optionally, the adenoviral vector can be administered at a concentration of approximately 10 7 , 10 8 , 109, 10 10 , 5 x 10 10 , 10 11 or 10 12 ppm/ml. Typically, the adenoviral vector is administered in an amount of from about 109 to about 1012 viral particles (vp) to a human subject per administration, more typically in an amount from about 1010 to about 1012 vp. After the initial vaccination there is a booster injection as described above.
После начальной вакцинации может идти бустерная или вторичная инъекция вакцины/композиции,After the initial vaccination, there may be a booster or secondary injection of the vaccine/composition,
- 9 045436 содержащей тот же аденовирусный вектор, кодирующий представляющий интерес антиген, или вакцины/композиции, содержащей другой аденовирусный вектор, кодирующий тот же представляющий интерес антиген.- 9 045436 containing the same adenoviral vector encoding the antigen of interest, or a vaccine/composition containing another adenoviral vector encoding the same antigen of interest.
Композиция может, при необходимости, быть представлена в наборе, упаковке или дозаторе, который может содержать одну или несколько стандартных лекарственных форм, содержащих активный ингредиент. Набор, например, может предусматривать металлическую фольгу или полимерную пленку, как например блистерная упаковка. Набор, упаковка или дозатор могут сопровождаться инструкциями по введению.The composition may, if desired, be presented in a kit, package or dispenser, which may contain one or more unit dosage forms containing the active ingredient. The kit, for example, may include metal foil or polymer film, such as a blister pack. The kit, package or dispenser may be accompanied by instructions for administration.
Композиции по настоящему изобретению можно вводить отдельно или в комбинации с другими средствами лечения либо одновременно, либо последовательно в зависимости от подлежащего лечению состояния.The compositions of the present invention can be administered alone or in combination with other treatments, either simultaneously or sequentially depending on the condition being treated.
Варианты осуществленияEmbodiments
Вариант осуществления 1 представляет собой аденовирусный вектор, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую полипептид гексона, предусматривающий полипептид, охватывающий гипервариабельные области гексона, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1 или SEQ ID NO: 2.Embodiment 1 is an adenoviral vector containing a nucleic acid sequence encoding a hexon polypeptide, comprising a polypeptide spanning hexon hypervariable regions, comprising an amino acid sequence selected from SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO: 2.
Вариант осуществления 2 представляет собой аденовирусный вектор по варианту осуществления 1, где полипептидная последовательность гексона предусматривает SEQ ID NO: 3 или SEQ ID NO: 4.Embodiment 2 is the adenoviral vector of Embodiment 1, wherein the hexon polypeptide sequence is SEQ ID NO: 3 or SEQ ID NO: 4.
Вариант осуществления 3 представляет собой аденовирусный вектор по варианту осуществления 1 или 2, где аденовирусный вектор дополнительно предусматривает делецию Е1.Embodiment 3 is an adenoviral vector according to embodiment 1 or 2, wherein the adenoviral vector further comprises an E1 deletion.
Вариант осуществления 4 представляет собой аденовирусный вектор по любому из вариантов осуществления 1-3, где аденовирусный вектор дополнительно предусматривает делецию E3.Embodiment 4 is the adenoviral vector of any one of embodiments 1-3, wherein the adenoviral vector further comprises an E3 deletion.
Вариант осуществления 5 представляет собой аденовирусный вектор по любому из вариантов осуществления 1-4, где аденовирусный вектор дополнительно содержит orf6 E4 аденовируса-5 человека (HAdV-5).Embodiment 5 is the adenoviral vector of any one of embodiments 1-4, wherein the adenoviral vector further comprises human adenovirus-5 (HAdV-5) orf6 E4.
Вариант осуществления 6 представляет собой аденовирусный вектор по любому из вариантов осуществления 1-5, где аденовирусный вектор содержит последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную SEQ ID NO: 5 или SEQ ID NO: 6.Embodiment 6 is an adenoviral vector according to any one of embodiments 1-5, wherein the adenoviral vector comprises a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NO: 5 or SEQ ID NO: 6.
Вариант осуществления 7 представляет собой аденовирусный вектор по любому из вариантов осуществления 1-6, где аденовирусный вектор дополнительно содержит по меньшей мере один трансген.Embodiment 7 is an adenoviral vector according to any one of embodiments 1-6, wherein the adenoviral vector further comprises at least one transgene.
Вариант осуществления 8 представляет собой аденовирусный вектор по любому из вариантов осуществления 1-7, где трансген расположен в области делеции Е1, в области делеции E3 и/или в участке, прилегающем к правому инвертированному концевому повтору (rITR).Embodiment 8 is the adenoviral vector of any one of embodiments 1-7, wherein the transgene is located in the E1 deletion region, in the E3 deletion region, and/or in the region adjacent to the right inverted terminal repeat (rITR).
Вариант осуществления 9 представляет собой аденовирусный вектор по любому из вариантов осуществления 1-8, где аденовирусный вектор содержит одну или несколько последовательностей нуклеиновой кислоты из аденовируса-26 (Ad26) человека.Embodiment 9 is an adenoviral vector according to any one of embodiments 1-8, wherein the adenoviral vector contains one or more nucleic acid sequences from human adenovirus-26 (Ad26).
Вариант осуществления 10 представляет собой рекомбинантную клетку, содержащую вектор по любому из вариантов осуществления 1-9.Embodiment 10 is a recombinant cell containing the vector of any one of embodiments 1-9.
Вариант 11 осуществления представляет собой способ получения аденовирусного вектора, включающий: (а) выращивание рекомбинантной клетки по варианту осуществления 10 в условиях, обеспечивающих продуцирование аденовирусного вектора; и (b) выделение аденовирусного вектора из рекомбинантной клетки.Embodiment 11 is a method for producing an adenoviral vector, comprising: (a) growing the recombinant cell of Embodiment 10 under conditions to produce the adenoviral vector; and (b) isolating the adenoviral vector from the recombinant cell.
Вариант осуществления 12 представляет собой иммуногенную композицию, содержащую аденовирусный вектор по любому из вариантов осуществления 1-9 и фармацевтически приемлемый носитель.Embodiment 12 is an immunogenic composition comprising the adenoviral vector of any one of embodiments 1-9 and a pharmaceutically acceptable carrier.
Вариант осуществления 13 представляет собой способ индуцирования иммунного ответа у нуждающегося в этом субъекта, при этом способ включает введение субъекту иммуногенной композиции по варианту осуществления 12.Embodiment 13 is a method of inducing an immune response in a subject in need thereof, the method comprising administering to the subject the immunogenic composition of Embodiment 12.
Вариант осуществления 14 представляет собой способ получения иммуногенной композиции, при этом способ включает объединение аденовирусного вектора по любому из вариантов осуществления 1-9 с фармацевтически приемлемым носителем.Embodiment 14 is a method of producing an immunogenic composition, the method comprising combining the adenoviral vector of any one of embodiments 1-9 with a pharmaceutically acceptable carrier.
ПримерыExamples
Пример 1. Разработка содержащих химерный гексон аденовирусных векторов Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13.Example 1. Development of adenoviral vectors Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 containing chimeric hexon.
В данном примере описаны схемы Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, которые являются новыми векторами на основе HAdV-26, несущими определенные замены в последовательности гексона, на последовательности, полученные из аденовирусов шимпанзе. Данные содержащие химерный гексон аденовирусные вектора разрабатывали с целью создания возможных новых основанных на аденовирусах (вакцинных) векторов, которые являются технологичными, серологически отличными от HAdV-26 и против которых имеет место низкий (или вовсе отсутствует) предсуществующий иммунитет в популяциях людей.This example describes the Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 designs, which are novel HAdV-26-based vectors carrying specific substitutions in the hexon sequence with sequences derived from chimpanzee adenoviruses. These chimeric hexon adenovirus vectors were developed with the goal of creating possible new adenovirus-based (vaccine) vectors that are technologically advanced, serologically distinct from HAdV-26, and against which there is low (or no) pre-existing immunity in human populations.
Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, содержащие последовательности генома аденовирусного вектора под SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5 и SEQ ID NO: 6 соответственно, разрабатывали в видеAd26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13, containing the genome sequences of the adenoviral vector under SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6, respectively, were developed as
- 10 045436 содержащих химерный гексон версий описанного ранее рекомбинантного вектора HAdV-26 (WO 2007/104792 А2; Abbink et al., 2007). Таким образом, данные векторы разрабатывали таким образом, чтобы они несли одну и ту же делецию Е1, делецию E3 и замену orf6 E4 (на таковую от HAdV-5), как указано ранее (WO 2007/104792 А2; Abbink et al., 2007).- 10 045436 containing chimeric hexon versions of the previously described recombinant vector HAdV-26 (WO 2007/104792 A2; Abbink et al., 2007). Thus, these vectors were designed to carry the same E1 deletion, E3 deletion, and E4 orf6 substitution (that of HAdV-5) as previously stated (WO 2007/104792 A2; Abbink et al., 2007 ).
Конкретными вариантами созданных и исследованных в данном примере содержащих химерный гексон векторов, которые описаны в последующих примерах, являются Ad26HVRPtr1.Fluc, Ad26HVRPtr12.Fluc, Ad26HVRPtr13.Fluc, Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2AGLuc, которые содержат вирусные геномные последовательности SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 и SEQ ID NO: 11 соответственно. Как указано в названиях их векторов, данные векторы были получены таким образом, чтобы они несли в местоположении своей делеции Е1 управляемую промотором CMV кассету экспрессии, кодирующую либо люциферазу светлячка (FLuc), либо химерный белок RSV-Fa2-2A-GLuc (RSVF-2A-GLuc), который представляет собой слитую молекулу на основе фузогенного гликопротеина респираторно-синцитиального вируса штамма А2 (RSV-F2A), пептида 2А вируса ящура и люциферазы Gaussia (GLuc). Обе кассеты экспрессии FLuc и RSVF-2A-GLuc находятся под управлением промотора CMV и несут сигнал полиаденилирования SV40. Кассета для RSVF-2A-GLuc дополнительно содержит в своей 5'-нетранслируемой области последовательность, предусматривающую интрон 2 гена аполипопротеина А1 (ApoA1) человека.Specific variants of the chimeric hexon containing vectors created and studied in this example, which are described in subsequent examples, are Ad26HVRPtr1.Fluc, Ad26HVRPtr12.Fluc, Ad26HVRPtr13.Fluc, Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2AGLuc, which contain viral genomic the sequences are SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 and SEQ ID NO: 11, respectively. As indicated by their vector names, these vectors were generated to carry, at the location of their E1 deletion, a CMV promoter-driven expression cassette encoding either firefly luciferase (FLuc) or the RSV-Fa2-2A-GLuc chimeric protein (RSVF-2A -GLuc), which is a fusion molecule based on the fusogenic glycoprotein of respiratory syncytial virus strain A2 (RSV-F 2A ), foot-and-mouth disease virus peptide 2A and Gaussia luciferase (GLuc). Both FLuc and RSVF-2A-GLuc expression cassettes are driven by the CMV promoter and carry the SV40 polyadenylation signal. The RSVF-2A-GLuc cassette additionally contains in its 5' untranslated region a sequence providing intron 2 of the human apolipoprotein A1 (ApoA1) gene.
Аденовирусные векторы Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 (содержащие SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5 и SEQ ID NO: 6 соответственно) разрабатывали как содержащие химерный гексон в том смысле, что определенные сегменты гена гексона в их геномах на основе HAdV-26 заменяли соответствующими сегментами гена гексона других аденовирусов. Вирусами, которые служили донорами последовательности гексона для Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 являлись PtroAdV-1, PtroAdV-12 и PtroAdV-13 соответственно. Данные вирусы были выявлены в образцах фекалий диких шимпанзе и были отнесены к аденовирусам человека вида Е (HAdV-E) (Wevers et al., J. Virol. 85(20):10774-84 (2011)). Частичные последовательности кодирующих гексон генов из этих вирусов были предоставлены в открытый доступ под номерами доступа GenBank JN163971, JN163982 и JN163983 соответственно. Учитывая, что акцепторный вектор для последовательностей гексона основан на HAdV-26, т.е. представителе аденовирусов человека вида D (HAdV-D), тогда как три донорных по последовательностям гексона вируса принадлежат к HAdV-E, полученные согласно данному документу векторы представляют собой межвидовые аденовирусные содержащие химерный гексон векторы.The adenoviral vectors Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 (containing SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6, respectively) were designed to contain chimeric hexon in the sense that certain hexon gene segments in their HAdV-26-based genomes were replaced by corresponding segments of the hexon gene of other adenoviruses. The viruses that served as hexon sequence donors for Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12, and Ad26HVRPtr13 were PtroAdV-1, PtroAdV-12, and PtroAdV-13, respectively. These viruses were identified in fecal samples of wild chimpanzees and were classified as human adenovirus species E (HAdV-E) (Wevers et al., J. Virol. 85(20):10774-84 (2011)). Partial hexon-coding gene sequences from these viruses have been made publicly available under GenBank accession numbers JN163971, JN163982, and JN163983, respectively. Considering that the acceptor vector for hexon sequences is based on HAdV-26, i.e. representative of human adenovirus species D (HAdV-D), while the three donor hexon virus sequences belong to HAdV-E, the vectors obtained according to this document are interspecies adenoviral containing chimeric hexon vectors.
Сегменты гена гексона HAdV-26, которые согласно данному документу были заменены для получения содержащих химерный гексон векторов Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 (и их сконструированные согласно данному документу производные, содержащие трансгенные кассеты экспрессии), соответствовали нуклеотидам 18178-18357, 18379-18438, 18556-18633, 18685-18723 и 19027-19158 полного генома HAdV-26 дикого типа, депонированного под регистрационным номером Genbank EF153474 (версия 1). Эти пять сегментов гена гексона HAdV-26 и их соответствующие заменяющие сегменты, полученные из PtroAdV-1, PtroAdV-12 или PtroAdV-13, в значительной степени, но не полностью, соответствовали последовательностям, кодирующим гипервариабельные области (HVR). Это показано на фиг. 1А, где местоположения пяти сегментов, а также местоположения ранее обозначенных HVR указаны на схематическом представлении гена гексона HAdV-26. Более того, более подробно это проиллюстрировано с помощью результатов выравнивания аминокислот, произведенном с использованием (частичных) полипептидных последовательностей гексона HAdV-26, PtroAdV-1, PtroAdV-12 и PtroAdV-13, где конкретные сегменты, которые в соответствии с данным документом были заменены, специально выделены параллельно с ранее обозначенными HVR (фиг. 1В).The HAdV-26 hexon gene segments that were replaced herein to produce the chimeric hexon vectors Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12, and Ad26HVRPtr13 (and their derivatives constructed herein containing transgene expression cassettes) corresponded to nucleotides 18178-18357, 18379-18438, 18 556 -18633, 18685-18723 and 19027-19158 of the complete wild-type HAdV-26 genome deposited under Genbank accession number EF153474 (version 1). These five HAdV-26 hexon gene segments and their corresponding replacement segments derived from PtroAdV-1, PtroAdV-12, or PtroAdV-13 corresponded largely, but not completely, to the hypervariable region (HVR) coding sequences. This is shown in Fig. 1A, where the locations of the five segments, as well as the locations of the previously designated HVRs, are indicated in a schematic representation of the HAdV-26 hexon gene. Moreover, this is illustrated in more detail by the results of amino acid alignments produced using the (partial) hexon polypeptide sequences of HAdV-26, PtroAdV-1, PtroAdV-12 and PtroAdV-13, where specific segments that have been replaced according to this document , are specifically highlighted in parallel with the previously designated HVRs (Fig. 1B).
Следует отметить, что пять сегментов гена гексона HAdV-26, которые были в соответствии с данным документом заменены для создания Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, не полностью соответствовали последовательностям, предусматривающим HVR гексона, которые были заменены в предыдущих публикациях, в которых описаны содержащие химерный гексон векторы на основе HAdV-5 (Roberts et al., Nature, 441:239-43 (2006); Bradley et al., J. Virol. 86:1267-72 (2012); Yu et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 421:170-6 (2012); Bruder et al., PLoS One. 7(4):e33920 (2012)).It should be noted that the five segments of the HAdV-26 hexon gene that were replaced herein to create Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12, and Ad26HVRPtr13 did not fully correspond to the sequences providing the hexon HVR that were replaced in previous publications that described containing chimeric hexon HAdV-5-based vectors (Roberts et al., Nature, 441:239-43 (2006); Bradley et al., J. Virol. 86:1267-72 (2012); Yu et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 421:170-6 (2012); Bruder et al., PLoS One. 7(4):e33920 (2012)).
Например, как проиллюстрировано на фиг. 1А и 1В, пять сегментов гена гексона не полностью соответствовали семи аминокислотным участкам, которые ранее заменяли для создания Ad5HVR48(1-7), содержащего химерный гексон вектора на основе HAdV-5 и содержащего HVR гексона из HAdV-48 (Roberts et al., Nature, 441:239-43 (2006)).For example, as illustrated in FIG. 1A and 1B, the five hexon gene segments did not exactly match the seven amino acid regions that were previously replaced to create Ad5HVR48(1-7), a chimeric hexon vector containing HAdV-5 and a hexon HVR containing HAdV-48 (Roberts et al., Nature, 441:239-43 (2006)).
Полные нуклеотидные последовательности кодирующих химерные гексоны генов аденовирусных векторов Ad26HVRPtr1 Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 приведены под SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 и SEQ ID NO: 15 соответственно. Полные полипептидные последовательности химерных гексонов для этих векторов приведены под SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 3 и SEQ ID NO: 4 соответственно.The complete nucleotide sequences of the adenoviral vectors Ad26HVRPtr1 Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 encoding the chimeric hexon genes are given under SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 and SEQ ID NO: 15, respectively. The complete polypeptide sequences of the chimeric hexons for these vectors are given under SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4, respectively.
Пример 2. Молекулярное конструирование плазмид, несущих полные геномы аденовирусных векторов Ad26HVRPtr1.Fluc, Ad26HVRPtr12.Fluc и Ad26HVRPtr13.Fluc.Example 2. Molecular construction of plasmids carrying complete genomes of adenoviral vectors Ad26HVRPtr1.Fluc, Ad26HVRPtr12.Fluc and Ad26HVRPtr13.Fluc.
Содержащие геном вектора Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 плазмиды, несущие управляемую промотором кассету экспрессии FLuc в аденовирусной области Е1, конструировали с поPlasmids containing the vector genome Ad26HVRPtr1, Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 carrying a promoter-driven FLuc expression cassette in the adenoviral E1 region were constructed from to
- 11 045436 мощью тех же способов и той же стратегии, которые описаны ранее для создания содержащего химерный гексон кодирующего Fluc вектора Ad26.HVR5C (Ma et al., J. Cane. Res. Clin. Oncol. 141(3):419-29 (2015), добавочная фиг. 4). Вкратце, требуемые изменения в кодирующем гексон гене сначала вводили в контексте промежуточной переносящей ген гексона челночной плазмиды pHex26-Shuttle.BamHI. Это выполняли с помощью стандартных процедур синтеза и субклонирования генов (проводимых посредством GeneArt (LifeTechnologies, Карлсбад, Калифорния)) и в результате получали модифицированные, переносящие ген гексона челночные плазмиды, несущие вышеупомянутые последовательности кодирующих химерные гексоны генов, указанные под SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 и SEQ ID NO: 15. Затем путем гомологичной рекомбинации в E.coli BJ5183 (Stratagene/Agilent Technologies, Санта-Клара, Калифорния) кодирующие химерные гексоны гены переносили из переносящих ген гексона челночных плазмид в pAd26.luc.dH, плазмиду, которая несет между двумя сайтами рестрикции PacI геном рекомбинантного вектора на основе HAdV-26 с делецией гена гексона, снабженный в местоположении выполненной в нем делеции Е1 управляемой промотором CMV кассетой экспрессии, кодирующей Fluc. Вышеупомянутые процедуры молекулярного клонирования приводили к созданию плазмид pAd26.HVRPtr1.luc (SEQ ID NO: 20), pAd26.HVRPtr12.luc (SEQ ID NO: 21; фиг. 2А) и pAd26.HVRPtr13.luc (SEQ ID NO: 22; фиг. 2В).- 11 045436 using the same methods and the same strategy as previously described for the creation of the chimeric hexon-containing Fluc encoding vector Ad26.HVR5C (Ma et al., J. Cane. Res. Clin. Oncol. 141(3):419-29 (2015), supplementary Fig. 4). Briefly, the desired changes in the hexon-encoding gene were first introduced in the context of the intermediate hexon gene-transfer shuttle plasmid pHex26-Shuttle.BamHI. This was accomplished using standard gene synthesis and subcloning procedures (conducted through GeneArt (LifeTechnologies, Carlsbad, Calif.)) resulting in modified hexon gene-carrying shuttle plasmids carrying the aforementioned chimeric hexon gene encoding sequences listed under SEQ ID NO: 13. SEQ ID NO: 14 and SEQ ID NO: 15. The genes encoding the chimeric hexons were then transferred from the hexon gene transfer shuttle plasmids into pAd26.luc.dH by homologous recombination in E. coli BJ5183 (Stratagene/Agilent Technologies, Santa Clara, CA). , a plasmid that carries between two PacI restriction sites the gene of a recombinant HAdV-26-based hexon gene deletion vector, equipped at the location of the E1 deletion therein with a CMV promoter-driven expression cassette encoding Fluc. The above molecular cloning procedures resulted in the creation of plasmids pAd26.HVRPtr1.luc (SEQ ID NO: 20), pAd26.HVRPtr12.luc (SEQ ID NO: 21; Fig. 2A), and pAd26.HVRPtr13.luc (SEQ ID NO: 22; Fig. 2B).
Также три плазмиды, кодирующие совпадающие аденовирусные векторы, содержащие химерный гексон, конструировали точно так же, как описано выше. В данных трех плазмидах, имевших названия pAd26.HVR5.luc (SEQ ID NO: 17), pAd26.HVR35.luc (SEQ ID NO: 18) и pAd26.HVR52.luc (SEQ ID NO: 19), вышеупомянутый набор из пяти сегментов гена гексона HAdV-26 заменяли на соответствующие наборы сегментов от HAdV-5, HAdV-35 и HAdV-52 соответственно. Эти плазмиды содержали нуклеотидные последовательности генов химерного гексона, изложенные под SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24 и SEQ ID NO: 25 соответственно. Эти гены гексонов кодируют полипептидные последовательности химерных гексонов, изложенные под SEQ ID NO: 26, SEQID NO: 27 и SEQ ID NO: 28 соответственно.Also, three plasmids encoding matching adenoviral vectors containing the chimeric hexon were constructed exactly as described above. In these three plasmids, named pAd26.HVR5.luc (SEQ ID NO: 17), pAd26.HVR35.luc (SEQ ID NO: 18) and pAd26.HVR52.luc (SEQ ID NO: 19), the above set of five hexon gene segments of HAdV-26 were replaced with the corresponding sets of segments from HAdV-5, HAdV-35 and HAdV-52, respectively. These plasmids contained the nucleotide sequences of the chimeric hexon genes set forth in SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24 and SEQ ID NO: 25, respectively. These hexon genes encode the chimeric hexon polypeptide sequences set forth in SEQ ID NO: 26, SEQID NO: 27 and SEQ ID NO: 28, respectively.
Пример 3. Первоначальная оценка жизнеспособности, эффективности роста и продуктивности аденовирусных векторов Ad26HVRPtr1.Fluc, Ad26HVRPtr12.Fluc и Ad26HVRPtr13.Fluc.Example 3. Initial assessment of viability, growth efficiency and productivity of adenoviral vectors Ad26HVRPtr1.Fluc, Ad26HVRPtr12.Fluc and Ad26HVRPtr13.Fluc.
В предшествующих исследованиях было показано, что химерные аденовирусные векторы, предусматривающие межвидовые аденовирусные замены в последовательности гексонов, зачастую являются нежизнеспособными или могут проявлять замедленную кинетику роста и обеспечивать более низкие выходы (Youil et al., Hum. Gene Ther. 13:311-20 (2002); Wu et al., J. Virol. 76:12775-82 (2002); Bradley et al., J. Virol. 86:1267-72 (2012); Bruder et al., PLoS One. 7(4):e33920 (2012)). Поэтому новые содержащие химерный гексон химерные аденовирусные (вакцинные) векторы необходимо подвергать тестированию на основные свойства роста, выход при продуцировании и качество частиц.Previous studies have shown that chimeric adenoviral vectors incorporating cross-species adenoviral substitutions in the hexon sequence are often nonviable or may exhibit slower growth kinetics and lower yields (Youil et al., Hum. Gene Ther. 13:311-20 ( 2002);Wu et al., J. Virol. 76:12775-82 (2002); Bradley et al., J. Virol. 86:1267-72 (2012); Bruder et al., PLoS One. 7(4 ):e33920 (2012)). Therefore, new hexon-containing chimeric adenoviral (vaccine) vectors must be tested for basic growth properties, production yield, and particle quality.
Разработанные и сконструированные в соответствии с данным документом содержащие химерный гексон аденовирусные векторы оценивали в отношении их жизнеспособности, эффективности роста, продуктивности и инфекционности частиц, проводя их сравнение с их родительским вектором на основе HAdV-26. С этой целью создавали аденовирусные векторы Ad26HVRPtr1.Fluc, Ad26HVRPtr12.Fluc и Ad26HVRPtr13.Fluc, а также векторы сравнения Ad26HVR5.Fluc, Ad26HVR35.Fluc и Ad26HVR52.Fluc путем трансфекции в соответствии со стандартными процедурами с применением облегчающего трансфекцию реагента липофектамина (Invitrogen; Карлсбад, Калифорния), соответствующими несущими геном вектора Ad плазмидами, которые описаны в примере 2 (т.е. pAd26.HVRPtr1.luc, pAd26.HVRPtr12.luc, pAd26.HVRPtr13.luc, pAd26.HVR5, pAd26.HVR35 и pAd26.HVR52 соответственно), Е1-дополняющих клеток PER.55K (Vogels et al., J. Virol. 77:8263-71 (2003)), которые культивировали в колбах Т25. Перед трансфекциями плазмиды, несущие геном вектора Ad, расщепляли с помощью PacI, высвобождая из плазмиды соответствующие геномы аденовирусных векторов. Культуры трансфицированных клеток ежедневно отслеживали для регистрации дня начала формирования первой вирусной бляшки, а также дня, на который достигался общий цитопатический эффект (СРЕ) (см. таблицу). При полном СРЕ собирали инфицированные клетки и среду и высвобождали вирус с помощью трех циклов замораживанияоттаивания. После сбора спасенных путем трансфекции вирусов их дополнительно размножали с помощью нескольких последовательных раундов инфицирования в культурах Е1-дополняющих клеток. Затем из неочищенной вирусной биомассы выделяли вирусы (с помощью двухстадийной процедуры ультрацентрифугирования в градиенте плотности хлорида цезия (CsCl)), а затем определяли титры вирусных частиц (в.ч.) и инфекционных единиц (ИЕ/мл), все проводили с помощью стандартных способов, которые были описаны ранее (Alba R., Baker А.Н., Nicklin S.A. Vector systems for prenatal gene therapy: principles of adenovirus design and production. Methods Mol. Biol. 2012; 891:55-84).Chimeric hexon adenoviral vectors designed and constructed herein were evaluated for viability, growth efficiency, productivity, and particle infectivity compared to their parent HAdV-26 vector. For this purpose, adenoviral vectors Ad26HVRPtr1.Fluc, Ad26HVRPtr12.Fluc, and Ad26HVRPtr13.Fluc, as well as reference vectors Ad26HVR5.Fluc, Ad26HVR35.Fluc, and Ad26HVR52.Fluc, were created by transfection in accordance with standard procedures using the transfection-facilitating reagent Lipofectamine (Invitrogen; Carlsbad , California), corresponding to the Ad vector genome-carrying plasmids that are described in Example 2 (i.e. pAd26.HVRPtr1.luc, pAd26.HVRPtr12.luc, pAd26.HVRPtr13.luc, pAd26.HVR5, pAd26.HVR35 and pAd26.HVR52 respectively), E1-complementing PER.55K cells (Vogels et al., J. Virol. 77:8263-71 (2003)), which were cultured in T25 flasks. Before transfections, plasmids carrying the Ad vector genome were digested with PacI, releasing the corresponding adenoviral vector genomes from the plasmid. Cultures of transfected cells were monitored daily to record the day the first viral plaque began to form, as well as the day on which the overall cytopathic effect (CPE) was achieved (see table). At complete CPE, infected cells and media were collected and virus was released through three freeze-thaw cycles. After collection of transfection-rescued viruses, they were further propagated by several successive rounds of infection in E1-complementing cell cultures. Viruses were then isolated from the crude viral biomass (using a two-step cesium chloride (CsCl) density gradient ultracentrifugation procedure) and titers of viral particles (vp) and infectious units (IU/ml) were determined, all using standard methods , which were described earlier (Alba R., Baker A.N., Nicklin S.A. Vector systems for prenatal gene therapy: principles of adenovirus design and production. Methods Mol. Biol. 2012; 891:55-84).
- 12 045436- 12 045436
Показатели эффективности спасения, конечных выходов при продуцировании и отношения в.ч./ИЕ, наблюдаемые для содержащих химерный гексон аденовирусных векторовRescue efficiencies, final production yields, and h.p./IE ratios observed for chimeric hexon-containing adenoviral vectors
n.а. - не применимо;n.a. - not applicable;
п.т. - после трансфекции.p.t. - after transfection.
Из шести протестированных химерных векторов только Ad26HVRPtr12.Fluc и Ad26HVRPtr13.Fluc давали результаты, свидетельствующие о том, что модификации их капсида не оказывали отрицательного влияния на продуктивность и инфекционность вектора (см. таблицу). Показатели эффективности вирусного спасения и роста для этих двух векторов, выраженные посредством времени начала образования бляшек и времени, необходимого для достижения полного СРЕ (после трансфекции вирусной ДНК Е1-дополняющих клеток), находились в диапазоне значений, который наблюдали для родительского вектора Ad26.Fluc. Этого не наблюдали в случае остальных протестированных химерных векторов, за исключением Ad26HVRPtr1.Fluc. Более того, из всех протестированных векторов Ad26HVRPtr12.Fluc и Ad26HVRPtr13.Fluc обеспечивали наиболее высокие выходы вирусных частиц (в. ч.) при крупномасштабном продуцировании и очистке. Наконец, хотя все остальные химерные векторы проявляли более высокие показатели отношения в.ч.:ИЕ, чем у родительских Ad26.Fluc, было обнаружено, что для Ad26HVRPtr12.Fluc и Ad26HVRPtr13.Fluc отношение в.ч.:ИЕ изменению не подвергалось.Of the six chimeric vectors tested, only Ad26HVRPtr12.Fluc and Ad26HVRPtr13.Fluc produced results indicating that modifications to their capsid did not negatively affect vector productivity and infectivity (see table). Viral rescue and growth efficiencies for these two vectors, expressed in terms of the time to onset of plaque formation and the time required to achieve complete CPE (after transfection of viral DNA into E1 complement cells), were in the range of values observed for the parental vector Ad26.Fluc. This was not observed for the remaining chimeric vectors tested, with the exception of Ad26HVRPtr1.Fluc. Moreover, of all the vectors tested, Ad26HVRPtr12.Fluc and Ad26HVRPtr13.Fluc provided the highest yields of viral particles (vp) for large-scale production and purification. Finally, although all other chimeric vectors exhibited higher hs:IE ratios than the parental Ad26.Fluc, Ad26HVRPtr12.Fluc and Ad26HVRPtr13.Fluc were found to have no change in hs:IE ratios.
Четыре остальных химерных вектора, т.е. Ad26HVR5.Fluc, Ad26HVR35.Fluc, Ad26HVR52.Fluc и Ad26HVRPtr1.Fluc, демонстрировали различные степени сниженной производительности и/или инфекционности. Ad26HVR52.Fluc вовсе не был жизнеспособным (т.е. вирусные бляшки нельзя было обнаружить после трансфекции вирусной ДНК), тогда как остальные три вектора успешно подвергались спасению. Из этих трех Ad26HVR5.Fluc и Ad26HVR35.Fluc явно демонстрировали замедленную кинетику спасения и роста, тогда как Ad26HVRPtr1.Fluc, судя по всему, характеризовался приблизительно такой же эффективностью в отношении спасения и роста, как родительский вектор. Характеристика очищенных партий векторов позволяла выявить, что физические выходы вирусных частиц были особенно затронуты в случае Ad26HVR5.Fluc и Ad26HVRPtr1.Fluc, тогда как инфекционность частиц оказалась сильно сниженной у всех трех из них (на что указывало более высокое отношение в. ч.:ИЕ, наблюдаемое для этих векторов).The four remaining chimeric vectors, i.e. Ad26HVR5.Fluc, Ad26HVR35.Fluc, Ad26HVR52.Fluc, and Ad26HVRPtr1.Fluc, showed varying degrees of reduced productivity and/or infectivity. Ad26HVR52.Fluc was not viable at all (i.e., viral plaques could not be detected after transfection of viral DNA), whereas the other three vectors were successfully rescued. Of these three, Ad26HVR5.Fluc and Ad26HVR35.Fluc clearly exhibited delayed rescue and growth kinetics, whereas Ad26HVRPtr1.Fluc appeared to have approximately the same rescue and growth efficiency as the parent vector. Characterization of purified vector batches revealed that the physical yield of viral particles was particularly affected in the case of Ad26HVR5.Fluc and Ad26HVRPtr1.Fluc, while particle infectivity was greatly reduced in all three of them (as indicated by a higher h.p.:IE ratio observed for these vectors).
В заключение необходимо отметить, что Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, которые являются содержащими химерный гексон векторами, предусматривающими межвидовые аденовирусные замены в последовательности гексонов, демонстрировали хорошие свойства роста и продуцирования, и поэтому их рассматривают в качестве перспективных кандидатов на роль новых вакцинных векторов (с точки зрения технологичности). Четыре остальных содержащих химерный гексон вектора, которые были созданы с применением той же схемы химерного гексона, но с применением других аденовирусов в качестве донора последовательности гексона, демонстрировали менее благоприятные свойства.In conclusion, it should be noted that Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13, which are chimeric hexon vectors involving interspecies adenoviral substitutions in the hexon sequence, showed good growth and production properties and are therefore considered as promising candidates for the role of new vaccine vectors (from the point of view of manufacturability ). The four remaining chimeric hexon vectors, which were created using the same chimeric hexon design but using a different adenovirus as the donor hexon sequence, exhibited less favorable properties.
Пример 4. Создание аденовирусных векторов Ad26HVRPtr12.Fluc и Ad26HVRPtr13.Fluc.Example 4. Creation of adenoviral vectors Ad26HVRPtr12.Fluc and Ad26HVRPtr13.Fluc.
В этом примере описано создание содержащих химерный гексон кодирующих Fluc аденовирусных векторов, применяемых в экспериментах по иммуногенности, серопревалентности, перекрестной нейтрализации и технологичности, описанных в примерах 6, 8 и 9.This example describes the construction of chimeric hexon-containing Fluc-encoding adenoviral vectors used in the immunogenicity, seroprevalence, cross-neutralization, and manufacturability experiments described in Examples 6, 8, and 9.
Аденовирусные векторы Ad26HVRPtr12.Fluc (также обозначаемый Ad26C4NVT005) и Ad26HVRPtr13.Fluc (также обозначаемый Ad26C3NVT005), которые содержали последовательности генома аденовирусного вектора SEQ ID NO: 8 и SEQ ID NO: 9 соответственно, получали путем трансфекции соответствующими плазмидами с геномом Ad-вектора (т.е. pAd26.HVRPtr12.luc и pAd26.HVRPtr13.luc соответственно) Е1-дополняющих клеток PER.C6. Перед трансфекцией клеток PER.C6, которые выращивали в качестве адгезивных культур клеток на модифицированной по Дульбекко среде Игла (DMEM), дополненной 10% фетальной бычьей сывороткой (FBS) и 10 мМ MgCl2, плазмиды с геномом Ad-вектора расщепляли с помощью PacI для высвобождения соответствующих геномов аденовирусных векторов из плазмиды. Трансфекции выполняли в соответствии со стандартными процедурами с применением реагента для трансфекции липофектамина (Invitrogen; Карлсбад, Калифорния). После сбора вирусов, спасенных путем трансфекции, вирусы дополнительно размножали с помощьюThe adenoviral vectors Ad26HVRPtr12.Fluc (also designated Ad26C4NVT005) and Ad26HVRPtr13.Fluc (also designated Ad26C3NVT005), which contained the adenoviral vector genome sequences SEQ ID NO: 8 and SEQ ID NO: 9, respectively, were prepared by transfecting the corresponding plasmids with the Ad vector genome ( i.e. pAd26.HVRPtr12.luc and pAd26.HVRPtr13.luc, respectively) E1-complementing PER.C6 cells. Before transfection of PER.C6 cells, which were grown as adherent cell cultures in Dulbecco's modified Eagle's medium (DMEM) supplemented with 10% fetal bovine serum (FBS) and 10 mM MgCl 2 , Ad vector genome plasmids were digested with PacI to releasing the corresponding genomes of adenoviral vectors from the plasmid. Transfections were performed according to standard procedures using Lipofectamine transfection reagent (Invitrogen; Carlsbad, CA). After collecting the viruses rescued by transfection, the viruses were further propagated using
- 13 045436 нескольких последовательных циклов инфицирования на культурах клеток PER.C6. Вирусы очищали из собранной неочищенной вирусной биомассы с помощью двухстадийной процедуры ультрацентрифугирования в градиенте плотности хлорида цезия (CsCl), как описано ранее (Havenga et al., Novel replication-incompetent adenoviral B-group vectors: high vector stability and yield in PER.C6 cells, J. Gen. Virol. 87(8):2135-43 (2006)). Титры вирусных частиц (в.ч.) измеряли с помощью ранее описанной спектрофотометрической процедуры (Maizel et al., The polypeptides of adenovirus: I. Evidence for multiple protein components in the virion and a comparison of types 2, 7A, and 12, Virology, 36(1): 115-25 (1968)).- 13 045436 several successive cycles of infection on PER.C6 cell cultures. Viruses were purified from collected crude viral biomass using a two-step cesium chloride (CsCl) density gradient ultracentrifugation procedure as previously described (Havenga et al., Novel replication-incompetent adenoviral B-group vectors: high vector stability and yield in PER.C6 cells , J Gen Virol 87(8):2135-43 (2006). Viral particle titers (vp) were measured using a previously described spectrophotometric procedure (Maizel et al., The polypeptides of adenovirus: I. Evidence for multiple protein components in the virion and a comparison of types 2, 7A, and 12, Virology , 36(1): 115-25 (1968)).
Пример 5. Создание аденовирусных векторов Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc.Example 5. Creation of adenoviral vectors Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc.
В этом примере описано создание содержащих химерный гексон кодирующих RSVF-2A-GLuc аденовирусных векторов, применяемых в экспериментах по иммуногенности, описанных в примере 7.This example describes the construction of chimeric hexon-encoding RSVF-2A-GLuc adenoviral vectors used in the immunogenicity experiments described in Example 7.
Создание аденовирусных векторов Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc (также обозначаемого Ad26C4NVT001) и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-Gluc (также обозначаемого Ad26C3NVT001), которые содержали последовательности генома аденовирусного вектора SEQ ID NO: 10 и SEQ ID NO: 11 соответственно, предусматривало применение вышеупомянутых плазмид pAd26.HVRPtr12.luc (SEQ ID NO: 21; фиг. 2А) и pAd26.HVRPtr13.luc (SEQ ID NO: 22; фиг. 2B) соответственно, а также плазмиды pAdApt26.ApoAI.RSVF-2A-GLuc (SEQ ID NO: 29; фиг. 3).The creation of the adenoviral vectors Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc (also designated Ad26C4NVT001) and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-Gluc (also designated Ad26C3NVT001), which contained the adenoviral vector genome sequences SEQ ID NO: 10 and SEQ ID NO: 11, respectively, involved the use the aforementioned plasmids pAd26.HVRPtr12.luc (SEQ ID NO: 21; Fig. 2A) and pAd26.HVRPtr13.luc (SEQ ID NO: 22; Fig. 2B), respectively, as well as the plasmid pAdApt26.ApoAI.RSVF-2A-GLuc ( SEQ ID NO: 29; Fig. 3).
pAdApt26.ApoAI.RSVF-2A-GLuc представляет собой плазмиду, несущую фрагмент левого края генома из несущего делецию Е1 вектора на основе HAdV-26, который был описан ранее (WO 2007/104792 А2; Abbink et al., 2007), которая в местоположении аденовирусной делеции Е1 дополнительно содержит вышеупомянутую трансгенную кассету экспрессии, кодирующую RSV-Fa2-2A-GLuc (RSVF-2A-GLuc). pAdApt26.ApoAI.RSVF-2A-GLuc конструировали за несколько стадий стандартного генного синтеза и молекулярного клонирования, которые совместно приводили к созданию указанной кассеты RSVF-2A-GLuc и ее вставки в pAdApt26, ранее описанной плазмиды, несущей указанный фрагмент левого края генома Ad-вектора (WO 2007/104792 А2; Abbink et al., 2007).pAdApt26.ApoAI.RSVF-2A-GLuc is a plasmid carrying a fragment of the left edge of the genome from the E1 deletion vector based on HAdV-26, which was described previously (WO 2007/104792 A2; Abbink et al., 2007), which in at the location of the adenoviral deletion, E1 further contains the above-mentioned transgene expression cassette encoding RSV-Fa2-2A-GLuc (RSVF-2A-GLuc). pAdApt26.ApoAI.RSVF-2A-GLuc was constructed through several steps of standard gene synthesis and molecular cloning, which together led to the creation of the indicated RSVF-2A-GLuc cassette and its insertion into pAdApt26, a previously described plasmid carrying the indicated fragment of the left edge of the Ad-genome vector (WO 2007/104792 A2; Abbink et al., 2007).
Аденовирусные векторы Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc создавали так, как описано далее. Плазмиды pAd26.HVRPtr12.luc и pAd26.HVRPtr13.luc расщепляли рестрикционными ферментами PacI и PsiI с целью высвобождения из этих плазмид определенного делетированного по левому краю фрагмента генома аденовирусного вектора размером 28 т. п. о., содержащего последовательность химерного гексона. Каждым из полученных соответствующих продуктов расщепления по отдельности совместно с расщепленной посредством PacI pAdApt26.ApoAI.RSVF-2A-GLuc трансфицировали E1-дополняющие клетки PER.C6 для обеспечения возможности спасения соответствующих содержащих химерный гексон вирусов, кодирующих RSVF-2A-Gluc, посредством гомологичной рекомбинации между перекрывающимися рестрикционными фрагментами генома вектора, как показано на фиг. 4. Согласно данной стратегии гомологичная рекомбинация происходит в области размером 2,7 т. п. о., представляющей собой перекрытие между фрагментом рестрикции Pad-Pad размером 6,7 т. п. о. в pAdApt26.ApoAI.RSVF-2A-GLuc (фиг. 4, верхняя часть) и фрагментом рестрикции PsiI-PacI размером 28 т. п. о. в pAd26.HVRPtr12.luc или pAd26.HVRPtr13.luc (фиг. 4, нижняя часть). Трансфекции выполняли в соответствии со стандартными процедурами с применением реагента для трансфекции липофектамина (Invitrogen; Карлсбад, Калифорния). Отдельные выделенные бляшки, обусловленные двумя спасенными вирусами Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-Gluc, дополнительно размножали на клетках PER.C6, а затем очищали и титровали так, как описано в данном документе для векторов Ad26HVRPtr12.FLuc и Ad26HVRPtr13.Fluc в примере 4.Adenoviral vectors Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc were created as described below. Plasmids pAd26.HVRPtr12.luc and pAd26.HVRPtr13.luc were digested with restriction enzymes PacI and PsiI to release from these plasmids a specific 28-kb left-deleted fragment of the adenoviral vector genome containing the chimeric hexon sequence. Each of the resulting corresponding cleavage products was separately transfected with PacI-digested pAdApt26.ApoAI.RSVF-2A-GLuc into E1-complementing PER.C6 cells to allow rescue of the corresponding chimeric hexon-containing viruses encoding RSVF-2A-Gluc by homologous recombination between overlapping restriction fragments of the vector genome, as shown in FIG. 4. According to this strategy, homologous recombination occurs in a 2.7 kb region, which represents the overlap between the 6.7 kb Pad-Pad restriction fragment. in pAdApt26.ApoAI.RSVF-2A-GLuc (Fig. 4, top) and a 28-kb PsiI-PacI restriction fragment. in pAd26.HVRPtr12.luc or pAd26.HVRPtr13.luc (Fig. 4, bottom). Transfections were performed according to standard procedures using Lipofectamine transfection reagent (Invitrogen; Carlsbad, CA). Individual isolated plaques due to the two rescued viruses Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-Gluc were further propagated on PER.C6 cells and then purified and titrated as described herein for the Ad26HVRPtr12.FLuc and vectors. Ad26HVRPtr13.Fluc in example 4.
Клеточные и гуморальные иммунные ответы, индуцированные новым аденовирусным вектором.Cellular and humoral immune responses induced by a new adenoviral vector.
В примерах 6 и 7 описаны эксперименты, проведенные для оценки иммуногенности новых аденовирусных векторов Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, полученных в соответствии с данным документом. В этих экспериментах новые векторы оценивали в отношении их способности индуцировать гуморальный и клеточный иммунные ответы к кодируемым вектором (модельным) антигенам у мышей после внутримышечной иммунизации. Векторы тестировали с помощью двух разных антигенов: люциферазы светлячка (FLuc) и RSV-FA2-2A-GLuc (RSVF-2A-GLuc). RSVF-2A-GLuc представляет собой химерный белок, состоящий из фузогенного гликопротеина респираторно-синцитиального вируса штамма А2, пептида 2А вируса ящура и люциферазы Gaussia (GLuc). Каждый вектор сравнивали параллельно с эталонным вектором на основе аденовируса человека типа 26 (HAdV-26, также называемого в данном документе Ad26), несущем ту же самую кодирующую антиген трансгенную кассету. Иммунные ответы на соответствующие антигены измеряли с помощью хорошо известных иммунологических анализов, таких как иммуноферментный спот-анализ (ELISPOT), иммуноферментный анализ (ELISA) и, в случае антигена RSVF-2A-GLuc, анализ нейтрализации респираторного-синцитиального вируса (VNA).Examples 6 and 7 describe experiments performed to evaluate the immunogenicity of the new adenoviral vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 prepared in accordance with this document. In these experiments, new vectors were evaluated for their ability to induce humoral and cellular immune responses to vector-encoded (model) antigens in mice after intramuscular immunization. The vectors were tested with two different antigens: firefly luciferase (FLuc) and RSV-F A2 -2A-GLuc (RSVF-2A-GLuc). RSVF-2A-GLuc is a chimeric protein consisting of the fusogenic glycoprotein of respiratory syncytial virus strain A2, foot-and-mouth disease virus peptide 2A, and Gaussia luciferase (GLuc). Each vector was compared in parallel to a human adenovirus type 26 (HAdV-26, also referred to herein as Ad26) reference vector carrying the same antigen-encoding transgene cassette. Immune responses to the respective antigens were measured using well-known immunoassays such as enzyme-linked immunosorbent spot assay (ELISPOT), enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and, in the case of the RSVF-2A-GLuc antigen, respiratory syncytial virus neutralization assay (VNA).
Пример 6. Клеточные иммунные ответы, индуцированные Ad26HVRPtr12.FLuc и Ad26HVRPtr13.FLuc.Example 6 Cellular immune responses induced by Ad26HVRPtr12.FLuc and Ad26HVRPtr13.FLuc.
Для оценки клеточной иммуногенности новых аденовирусных векторов Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 мышей Balb/C иммунизировали внутримышечно посредством векторов Ad26.FLuc (положительный контроль), Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, экспрессирующих FLucTo evaluate the cellular immunogenicity of the new adenoviral vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13, Balb/C mice were immunized intramuscularly with the Ad26.FLuc (positive control), Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 vectors expressing FLuc
- 14 045436 (т.е. Ad26HVRPtr12.FLuc и Ad26HVRPtr13.FLuc) или посредством аденовектора, который не кодировал FLuc, т.е. пустого Ad26. Экспрессирующие FLuc векторы тестировали в количестве 109 и 1010 вирусных частиц (в.ч.) на мышь, а пустой вектор Ad26 вводили в количестве 1010 в.ч. Через две недели после иммунизации мышей умерщвляли и выделяли спленоциты (фиг. 5А). Клеточные иммунные ответы определяли анализом ELISPOT ex-vivo, измеряя относительное количество секретирующих IFN-γ клеток после стимуляции спленоцитов в течение ночи с помощью пула 15-мерных перекрывающихся пептидов FLuc (фиг. 5В). Из результатов было видно, что при иммунизации в более высоких дозах (1010) клеточные иммунные ответы, индуцированные векторами Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, находились в том же диапазоне значений или превышали уровень ответа, наблюдаемый в случае Ad26.Fluc.- 14 045436 (i.e. Ad26HVRPtr12.FLuc and Ad26HVRPtr13.FLuc) or via an adenovector that did not encode FLuc, i.e. empty Ad26. FLuc expression vectors were tested at 10 9 and 10 10 viral particles (vp) per mouse, and the empty Ad26 vector was administered at 10 10 vp. Two weeks after immunization, mice were sacrificed and splenocytes were isolated (Fig. 5A). Cellular immune responses were determined by an ex-vivo ELISPOT assay, measuring the relative abundance of IFN-γ-secreting cells after stimulation of splenocytes overnight with a pool of 15-mer overlapping FLuc peptides (Fig. 5B). The results showed that when immunized at higher doses (10 10 ), the cellular immune responses induced by the Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 vectors were in the same range of values or exceeded the level of response observed in the case of Ad26.Fluc.
В целом, клеточные иммунные ответы, индуцированные экспрессирующим FLuc рекомбинантными аденовирусными векторами Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 по настоящему изобретению, четко указывали на сильную иммуногенность этих векторов у мышей.Overall, the cellular immune responses induced by the FLuc-expressing recombinant adenoviral vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 of the present invention clearly indicated the strong immunogenicity of these vectors in mice.
Пример 7. Клеточные и гуморальные иммунные ответы, индуцированные Ad26HVRPtr12.RSVF-2AGLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc.Example 7 Cellular and humoral immune responses induced by Ad26HVRPtr12.RSVF-2AGLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc.
Иммуногенность новых аденовирусных векторов Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 дополнительно оценивали с использованием RSV-Fa2-2A-GLuc (RSVF-2A-GLuc) в качестве кодируемого вектором (модельного) вакцинного антигена. Мышей Balb/C иммунизировали внутримышечно посредством Ad26.RSVF-2A-GLuc (положительный контроль), Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc или Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc в трех различных концентрациях (в количестве каждого из них, составляющем 108, 109 или 1010 в.ч. на мышь) или посредством Ad26.FLuc, Ad26HVRPtr12.FLuc или Ad26HVRPtr13.FLuc в количестве 1010 в.ч. на мышь). Через восемь недель после иммунизации мышей умерщвляли и собирали образцы крови и спленоциты (фиг. 6А). Оценивали различные иммунные параметры так, как описано ниже.The immunogenicity of the novel adenoviral vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 was further assessed using RSV-Fa2-2A-GLuc (RSVF-2A-GLuc) as the vector-encoded (model) vaccine antigen. Balb/C mice were immunized intramuscularly with Ad26.RSVF-2A-GLuc (positive control), Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc, or Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc at three different concentrations (10 8 each). 9 or 10 10 w.p. per mouse) or through Ad26.FLuc, Ad26HVRPtr12.FLuc or Ad26HVRPtr13.FLuc in the amount of 10 10 w.p. on the mouse). Eight weeks after immunization, mice were sacrificed and blood samples and splenocytes were collected (Fig. 6A). Various immune parameters were assessed as described below.
Проводили анализ нейтрализации вируса (VNA) для оценки способности Ad26HVRPtr12.RSVF-2AGLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc индуцировать выработку нейтрализирующих респираторносинцитиальный вирус антител. На фиг. 6В показаны титры VNA для респираторно-синцитиального вируса штамма А2 (RSV A2), измеренные для образцов сыворотки крови, собранных через восемь недель после иммунизации. Каждая точка обозначает одну мышь; столбцы обозначают среднее по группе, а пунктирная линия соответствует нижнему пределу количественного определения (LLOQ=6,88; средний конечный титр линейных образцов). Из результатов видно, что иммунизации дозой 1010 в.ч. Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc приводили к титрам нейтрализации RSV A2, схожим с титрами, которые определяли для эталонного вектора Ad26, кодирующего тот же антиген. Титры, индуцированные всеми тремя векторами, Ad26, Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, кодирующими RSVF-2A-GLuc, обнаруживали преимущественно при наиболее высокой дозе, использованной для иммунизации, составляющей 1010 в.ч. Как и ожидалось, не было обнаружено специфических к RSV A2 ответов на соответствующие аденовекторы, кодирующие люциферазу светлячка.A virus neutralization assay (VNA) was performed to evaluate the ability of Ad26HVRPtr12.RSVF-2AGLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc to induce the production of respiratory syncytial virus neutralizing antibodies. In fig. 6B shows VNA titers for respiratory syncytial virus strain A2 (RSV A2) measured from serum samples collected eight weeks after immunization. Each dot represents one mouse; bars represent the group mean and the dotted line represents the lower limit of quantitation (LLOQ=6.88; mean final titer of linear samples). The results show that immunization with a dose of 10 10 w.p. Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc resulted in RSV A2 neutralization titers similar to those determined for the reference vector Ad26 encoding the same antigen. Titers induced by all three vectors, Ad26, Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13, encoding RSVF-2A-GLuc, were detected predominantly at the highest dose used for immunization, which was 10 10 v.p. As expected, no RSV A2-specific responses were detected to the corresponding adenovectors encoding firefly luciferase.
Индукцию клеточного иммунитета к кодируемому вектором антигену оценивали с помощью анализа ELISPOT, специфичного в отношении RSV-FA2. С этой целью через восемь недель после иммунизации выделяли спленоциты от иммунизированных мышей и стимулировали их в течение ночи 15-мерными перекрывающимися пептидами, охватывающими белок RSV-FA2, и клеточные иммунные ответы определяли с помощью анализа ELISPOT ex vivo, измеряя относительное количество секретирующих IFN-γ клеток. Из данных видно, что антигенспецифические клеточные иммунные ответы, вызванные новыми векторами Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, кодирующим RSVF-2A-GLuc, имели дозозависимый характер и для каждой дозы соответственно были выше и схожи по величине с ответами, индуцированными эталонным вектором Ad26.RSVF-2A-GLuc (фиг. 6С). Как и ожидалось, в результате измерений не было обнаружено специфических к RSVF-FA2 ответов среди спленоцитов мышей, иммунизированных аденовекторами, кодирующими люциферазу светлячка.Induction of cellular immunity to vector-encoded antigen was assessed using an RSV-FA2-specific ELISPOT assay. To this end, eight weeks after immunization, splenocytes were isolated from immunized mice and stimulated overnight with 15-mer overlapping peptides spanning the RSV-F A2 protein, and cellular immune responses were determined using an ex vivo ELISPOT assay, measuring the relative amount of secreting IFN-γ γ cells. The data shows that antigen-specific cellular immune responses induced by the new vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13, encoding RSVF-2A-GLuc, were dose-dependent and for each dose, respectively, were higher and similar in magnitude to the responses induced by the reference vector Ad26.RSVF-2A- GLuc (Fig. 6C). As expected, the measurements did not detect RSVF-FA2-specific responses among splenocytes from mice immunized with adenovectors encoding firefly luciferase.
Способность экспрессирующих RSVF-2A-GLuc векторов вызывать выработку специфических к RSV-FA2 антител IgG оценивали с помощью ELISA. Сыворотку крови, собранную спустя 8 недель после иммунизации у мышей, иммунизированных Ad26 (положительный контроль), Ad26HVRPtr12, Ad26HVRPtr13, экспрессирующими трансген RSVF-2A-GLuc или люциферазу светлячка (контроль), тестировали посредством ELISA в отношении IgG к RSV-FA2. В частности, с помощью данного анализа ELISA обнаруживали антитела IgG, способные связываться с рекомбинантным стабильным белком RSV-F RSV-FA2 в конформации до слияния (pre-RSV-F). Из результатов видно, что Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc и Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc дозозависимым образом вызывали выработку титров специфических к pre-RSV-F антител IgG, схожих с титрами, выработка которых была индуцирована посредством Ad26.RSVF-2A-GLuc (фиг. 6D). Как и ожидалось, титры антител, специфичных к RSV-FA2, в сыворотке крови мышей, иммунизированных векторами, кодирующими только люциферазу светлячка, обнаружены не были. На графике изображены титры по результатам ELISA с IgG, рассчитанные как конечные показатели титра (log10). Каждая точка обозначает одну мышь; столбцы обозначают среднее по группе, а пунктирная линия означает нижний предел количественного определенияThe ability of RSVF-2A-GLuc expression vectors to induce the production of RSV-FA2-specific IgG antibodies was assessed by ELISA. Serum collected 8 weeks postimmunization from mice immunized with Ad26 (positive control), Ad26HVRPtr12, Ad26HVRPtr13 expressing the RSVF-2A-GLuc transgene or firefly luciferase (control) was tested by ELISA for anti-RSV-FA2 IgG. Specifically, this ELISA detected IgG antibodies capable of binding to the recombinant stable RSV-F protein RSV-FA2 in the pre-fusion conformation (pre-RSV-F). The results show that Ad26HVRPtr12.RSVF-2A-GLuc and Ad26HVRPtr13.RSVF-2A-GLuc dose-dependently induced titers of pre-RSV-F specific IgG antibodies similar to those induced by Ad26.RSVF-2A- GLuc (Fig. 6D). As expected, titers of antibodies specific to RSV-FA2 were not detected in the serum of mice immunized with vectors encoding only firefly luciferase. The graph shows IgG ELISA titers calculated as final titers (log 10 ). Each dot represents one mouse; bars indicate group mean and dotted line indicates lower limit of quantitation
- 15 045436 (LLOQ), рассчитанный как log10 1,36.- 15 045436 (LLOQ), calculated as log 10 1.36.
В целом, из данных видно, что новые аденовирусные векторы Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 индуцировали сильные клеточный и гуморальный иммунные ответы на кодируемые антигены, которые были схожи по величине или характеризовались более высоким уровнем, чем ответы, которые индуцировались эталонным вектором на основе HAdV-26. Эти иммунные ответы четко указывали на сильную иммуногенность аденовирусных векторов Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 у мышей.Overall, the data show that the novel adenoviral vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 induced strong cellular and humoral immune responses to the encoded antigens that were similar in magnitude or higher than those induced by the reference HAdV-26 vector. These immune responses clearly indicated the strong immunogenicity of the Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 adenoviral vectors in mice.
Пример 8. Оценка серологической перекрестной нейтрализации среди новых и существующих аденовирусных векторов.Example 8. Evaluation of serological cross-neutralization among new and existing adenoviral vectors.
Для обеспечения своей потенциальной применимости в качестве новых аденовирусных вакцинных векторов новые аденовирусные векторы Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, созданные в соответствии с настоящим документом, предпочтительно будут серологически отличаться от существующих аденовирусных векторов, которые в настоящее время уже находятся в разработке в качестве вакцинных векторов, таких как векторы на основе аденовируса человека серотипов HAdV-5 и HAdV-35. Поэтому проводили тесты перекрестной нейтрализации среди новых аденовирусных векторов Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 и нескольких существующих векторов на основе HAdV-4, HAdV-5, HAdV-26 и HAdV-35. С этой целью антисыворотку мышей, каждая из которых была индуцирована в ответ на один из этих аденовирусных векторов, тестировали в отношении каждого из данных различных векторов в анализе нейтрализации аденовируса. Антисыворотку мышей, применяемую для этого анализа, собирали у мышей Balb/C через две или восемь недель после их иммунизации посредством 1010 векторных частиц на мышь. Анализ нейтрализации аденовируса проводили так, как описано ранее (Spangers et al., 2003. J. Clin. Microbiol. 41:5046-5052). Вкратце, начиная с разведения 1:16, сыворотку крови серийно разводили в 2 раза, затем предварительно смешивали с аденовирусными векторами, экспрессирующими люциферазу светлячка (FLuc), а затем инкубировали в течение ночи с клетками А549 (при множественности инфицирования, составляющей 500 вирусных частиц на клетку). Уровни активности люциферазы в лизатах инфицированных клеток, измеренные через 24 ч после инфицирования, представляли собой эффективность инфицирования вектором. Титры нейтрализации к данному вектору определяли как наибольшее разведение сыворотки, способное понижать эффективность инфицирования вектором на 90%. Титры нейтрализации условно разделяли на следующие категории: <16 (нейтрализация отсутствовала), 16-200, 200-2000 и >2000.To ensure their potential usefulness as new adenoviral vaccine vectors, the new adenoviral vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 created in accordance with this document will preferably be serologically different from existing adenoviral vectors that are currently in development as vaccine vectors, such as based on human adenovirus serotypes HAdV-5 and HAdV-35. Therefore, cross-neutralization tests were performed among the new adenoviral vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 and several existing vectors based on HAdV-4, HAdV-5, HAdV-26 and HAdV-35. To this end, mouse antisera, each raised in response to one of these adenoviral vectors, were tested against each of these different vectors in an adenovirus neutralization assay. The mouse antiserum used for this assay was collected from Balb/C mice two to eight weeks after their immunization with 10 10 vector particles per mouse. The adenovirus neutralization assay was performed as previously described (Spangers et al., 2003. J. Clin. Microbiol. 41:5046-5052). Briefly, starting at a 1:16 dilution, serum was serially diluted 2-fold, then premixed with adenoviral vectors expressing firefly luciferase (FLuc) and then incubated overnight with A549 cells (at a multiplicity of infection of 500 viral particles per cell). Levels of luciferase activity in infected cell lysates measured 24 h postinfection represented the efficiency of vector infection. Neutralization titers for a given vector were determined as the highest serum dilution capable of reducing the efficiency of infection by the vector by 90%. Neutralization titers were roughly divided into the following categories: <16 (no neutralization), 16–200, 200–2000, and >2000.
Результаты демонстрировали отсутствие или наличие очень низкого уровня перекрестной нейтрализации среди протестированных векторов (фиг. 7). Незначительную перекрестную нейтрализацию наблюдали у Ad26HVRPtr12 с векторами Ad26 и Ad26HVRPtr13 и у Ad26HVRPtr13 с векторами Ad26 и Ad26HVRPtr12. Титры реципрокной перекрестной нейтрализации, наблюдаемые для этих векторов, были значительно ниже, чем соответствующие титры гомологичной нейтрализации, полученные для этих же векторов. Важно отметить, что новые векторы Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 не демонстрировали перекрестной нейтрализации с векторами на основе аденовируса человека, включенными в тестируемую панель, т.е. Ad35, Ad5 и Ad4, за исключением Ad26, у которого перекрестную нейтрализацию наблюдали на очень низком уровне. Следовательно, каждый из новых аденовирусных векторов Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 потенциально можно применять в сочетании с одним или несколькими из этих или других отдельных аденовирусных векторов при последовательных иммунизациях, например, в контексте режима гетерологичной прайм-буст вакцинации или, альтернативно или дополнительно, в контексте серии двух или более последовательных режимов вакцинации против различных заболеваний или антигенов.The results demonstrated the absence or presence of very low levels of cross-neutralization among the vectors tested (Fig. 7). Minor cross-neutralization was observed for Ad26HVRPtr12 with vectors Ad26 and Ad26HVRPtr13 and for Ad26HVRPtr13 with vectors Ad26 and Ad26HVRPtr12. The reciprocal cross-neutralization titers observed for these vectors were significantly lower than the corresponding homologous neutralization titers obtained for the same vectors. It is important to note that the new vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 did not demonstrate cross-neutralization with the human adenovirus vectors included in the tested panel, i.e. Ad35, Ad5 and Ad4, with the exception of Ad26, for which cross-neutralization was observed at a very low level. Therefore, each of the new adenoviral vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 can potentially be used in combination with one or more of these or other individual adenoviral vectors in sequential immunizations, for example, in the context of a heterologous prime-boost vaccination regimen or, alternatively or additionally, in the context of a two-part series or more sequential vaccination regimens against different diseases or antigens.
Пример 9. Серопревалентность новых аденовирусных векторов в популяциях людей.Example 9. Seroprevalence of new adenoviral vectors in human populations.
Важным для их потенциального применения в качестве эффективных вакцинных векторов является то, что описанные в данном документе новые аденовирусные векторы не сдерживаются высокими уровнями предсуществующего противовекторного гуморального иммунитета в целевых для вакцины популяциях. По этой причине каждый из векторов Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 оценивали на его серопревалентность в образцах сыворотки крови, полученных от группы из 200 взрослых человек в возрасте от 18 до 55 лет, проживающих в Соединенных Штатах (США) и Европейском союзе (ЕС). Векторы тестировали в отношении нейтрализации образцами сыворотки крови человека, проводя стандартный анализ нейтрализации аденовируса, который проводили в примере 7 и который был описан ранее (Spangers et al., 2003. J. Clin. Microbiol. 41:5046-5052). Вкратце, начиная с разведения 1:16, сыворотку крови серийно разводили в 2 раза, затем предварительно смешивали с аденовирусными векторами, экспрессирующими люциферазу светлячка (FLuc), а затем инкубировали в течение ночи с клетками А549 (при множественности инфицирования, составляющей 500 вирусных частиц на клетку). Уровни активности люциферазы в лизатах инфицированных клеток, измеренные через 24 ч после инфицирования, представляли собой эффективность инфицирования вектором. Титры нейтрализации к данному вектору определяли как наибольшее разведение сыворотки, способное понижать эффективность инфицирования вектором на 90%. Титры нейтрализации условно разделяли на следующие категории: <16 (нейтрализация отсутствовала), 16-300, 300-1000, 1000-4000 и >4000.Important for their potential use as effective vaccine vectors is that the novel adenoviral vectors described herein are not inhibited by high levels of pre-existing anti-vector humoral immunity in vaccine target populations. For this reason, each of the Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 vectors was assessed for its seroprevalence in serum samples obtained from a cohort of 200 adults aged 18 to 55 years living in the United States (US) and the European Union (EU). The vectors were tested for neutralization by human serum samples using the standard adenovirus neutralization assay performed in Example 7 and which has been described previously (Spangers et al., 2003. J. Clin. Microbiol. 41:5046-5052). Briefly, starting at a 1:16 dilution, serum was serially diluted 2-fold, then premixed with adenoviral vectors expressing firefly luciferase (FLuc) and then incubated overnight with A549 cells (at a multiplicity of infection of 500 viral particles per cell). Levels of luciferase activity in infected cell lysates measured 24 h postinfection represented the efficiency of vector infection. Neutralization titers for a given vector were determined as the highest serum dilution capable of reducing the efficiency of infection by the vector by 90%. Neutralization titers were roughly divided into the following categories: <16 (no neutralization), 16–300, 300–1000, 1000–4000, and >4000.
Из результатов видно, что аденовирусные векторы Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 характеризоThe results show that the adenoviral vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 are characterized by
- 16 045436 вался значительно меньшей серопревалентностью у исследованных субъектов-людей, чем контрольный вектор Ad5, и схожей с эталонным вектором Ad26 серопревалентностью у этих субъектов (фиг. 8). Более того, положительные титры нейтрализации, которые наблюдали в отношении новых векторов Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13, были, в целом, довольно низкими, в основном не выше 300. Напротив, большинство обнаруженных положительных титров нейтрализации как в отношении Ad26, так и в отношении Ad5 превышали 300.- 16 045436 had a significantly lower seroprevalence in the human subjects studied than the reference vector Ad5, and a similar seroprevalence to the reference vector Ad26 in these subjects (Fig. 8). Moreover, the positive neutralization titers observed for the new vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 were generally quite low, generally not exceeding 300. In contrast, the majority of positive neutralization titers observed for both Ad26 and Ad5 were greater than 300 .
В целом, приведенные выше данные указывали на то, что предсуществующий гуморальный противовекторный иммунитет к векторам Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 можно считать низким в оцененных целевых для вакцины популяциях, что позволяло предположить, что эти векторы потенциально могут являться эффективными вакцинными векторами в этих популяциях.Overall, the above data indicated that pre-existing humoral anti-vector immunity to the Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 vectors could be considered low in the vaccine target populations assessed, suggesting that these vectors have the potential to be effective vaccine vectors in these populations.
Пример 10. Продуктивность аденовирусного вектора в суспензии клеток PER.C6.Example 10. Productivity of an adenoviral vector in a PER.C6 cell suspension.
Аденовирусные векторы, подлежащие применению в клинических испытаниях и за их пределами, должны предусматривать легкое получение высоких титров в масштабируемой бессывороточной платформе для получения аденовирусов. Такой платформой являются адаптированные к суспензии клетки PER.C6®, также называемые данном документе суспендированными клетками PER.C6 или SPER.C6, поскольку было показано, что они поддерживают крупномасштабное производство аденовирусных векторов в биореакторах, обеспечивая большие количества препаратов клинического класса на основе векторов с высоким титром, например предусматривающих делецию Е1 векторов на основе HAdV-26 или HAdV-35 (ЕР 2536829 В1, ЕР 2350268 В1).Adenoviral vectors for use in clinical trials and beyond must be capable of easy production of high titers in a scalable, serum-free adenovirus production platform. Such a platform is suspension-adapted PER.C6® cells, also referred to herein as suspended PER.C6 or SPER.C6 cells, as they have been shown to support large-scale production of adenoviral vectors in bioreactors, providing large quantities of clinical-grade vector-based drugs. high titer, for example, E1 deletion vectors based on HAdV-26 or HAdV-35 (EP 2536829 B1, EP 2350268 B1).
В качестве первоначальной оценки того, будут ли описанные в данном документе новые векторы подходить для способов производства на основе клеток SPER.C6, проводили мелкомасштабные эксперименты по изучению продуктивности вектора на клетках SPER.C6, культивируемых в шейкерных колбах. Такие эксперименты по изучению продуктивности проводили с помощью кодирующих Fluc версий новых химерных векторов Ad26HVRPtr12 и Ad26HVRPtr13 (описанных в примере 4). В качестве эталонного контроля использовали вектор Ad26.Fluc на основе HAdV-26. Суспензию культур клеток PER.C6, высеянных в шейкерные колбы с плотностью 1x106 клеток/мл в общем объеме 10 мл среды PERMEXCIS® (доступной от Lonza) с добавлением 4 мМ L-глутамина (Lonza), инфицировали различными векторами с различными отношениями вирусных частиц (в.ч.) на клетку, а затем инкубировали в течение 4 дней. Различные отношения в.ч. на клетку, применяемые для инфицирования, составляли 70, 150 и 900. Каждый день собирали образцы инфицированных культур клеток и определяли титры в.ч. в этих образцах с помощью протокола на основе количественной ПЦР (qPCR), который предусматривал использование праймеров и зонда, специфичных к промотору CMV (который присутствовал во всех протестированных векторах). Этот протокол предусматривал обработку ДНКазой тестируемых образцов перед проведением qPCR для удаления любой свободной векторной ДНК (т.е. векторных геномов, которые не были упакованы в вирусные частицы).As an initial assessment of whether the novel vectors described herein would be suitable for SPER.C6 cell-based production methods, small-scale vector productivity experiments were performed on SPER.C6 cells cultured in shake flasks. These productivity experiments were performed using Fluc-encoding versions of the new chimeric vectors Ad26HVRPtr12 and Ad26HVRPtr13 (described in Example 4). The HAdV-26-based vector Ad26.Fluc was used as a reference control. A suspension of PER.C6 cell cultures seeded in shake flasks at a density of 1x106 cells/ml in a total volume of 10 ml of PERMEXCIS® medium (available from Lonza) supplemented with 4 mM L-glutamine (Lonza) was infected with different vectors with different ratios of viral particles ( h.p.) per cell and then incubated for 4 days. Various relationships v.ch. per cell used for infection were 70, 150, and 900. Each day, samples of infected cell cultures were collected and i.p. titers were determined. in these samples using a quantitative PCR (qPCR)-based protocol that involved the use of primers and probe specific to the CMV promoter (which was present in all vectors tested). This protocol involved DNase treatment of test samples prior to qPCR to remove any free vector DNA (i.e., vector genomes that were not packaged into viral particles).
Результаты в отношении продуктивности, полученные для химерных векторов Ad26HVRPtr12.FLuc и Ad26HVRPtr13.Fluc, показаны на фиг. 9. Два химерных вектора обеспечивали титры в.ч., которые являлись эквивалентными титрам, полученным для родительского эталонного вектора Ad26.Fluc. Эти результаты демонстрировали хорошую продуктивность для каждого из новых химерных векторов в модели бессывороточной суспензионной культуры на основе SPER.C6.The productivity results obtained for the Ad26HVRPtr12.FLuc and Ad26HVRPtr13.Fluc chimeric vectors are shown in FIG. 9. The two chimeric vectors provided h.p. titers that were equivalent to those obtained for the parental reference vector Ad26.Fluc. These results demonstrated good productivity for each of the new chimeric vectors in the SPER.C6-based serum-free suspension culture model.
В совокупности, результаты исследований гуморального и клеточного иммунных ответов на новые рекомбинантные аденовирусные векторы по настоящему изобретению, которые представлены выше, ясно указывали на сильную иммуногенность этих векторов у мышей. Кроме того, было продемонстрировано, что векторы не индуцировали или индуцировали лишь в крайне незначительной степени перекрестные ответы нейтрализующих антител в отношении определенных существующих векторов-кандидатов аденовирусных вакцин (например, Ad26 и Ad35) или наоборот, а также индуцировали лишь очень низкий перекрестный нейтрализующий ответ антител друг к другу. Более того, для новых векторов наблюдали низкую серопревалентность у людей. Наконец, новые векторы можно легко получать с высокими показателями выхода. Сочетание низкой серопревалентности, высокой иммуногенности и продуктивности позволяет предположить, что новые аденовирусные векторы по настоящему изобретению могут быть пригодны в качестве новых кандидатов на вакцинный вектор к различным патогенам и дополнительно могут быть применимы в генной терапии и/или диагностике.Taken together, the results of the studies of humoral and cellular immune responses to the novel recombinant adenoviral vectors of the present invention, which are presented above, clearly indicated the strong immunogenicity of these vectors in mice. In addition, the vectors were demonstrated to induce no or only very little cross-neutralizing antibody responses against certain existing adenoviral vaccine candidate vectors (e.g., Ad26 and Ad35) or vice versa, and also induced only very low cross-neutralizing antibody responses. to each other. Moreover, low seroprevalence in humans was observed for the new vectors. Finally, new vectors can be easily produced with high yields. The combination of low seroprevalence, high immunogenicity and productivity suggests that the novel adenoviral vectors of the present invention may be useful as new vaccine vector candidates for various pathogens and may additionally be useful in gene therapy and/or diagnostics.
Специалистам в данной области техники будет понятно, что в описанные выше варианты осуществления могут быть внесены изменения без отступления от их общего изобретательского замысла. Таким образом, следует понимать, что настоящее изобретение не ограничено конкретными раскрытыми вариантами осуществления, но предусматривает охват модификаций в рамках сущности и объема настоящего изобретения, определенных настоящим раскрытием.Those skilled in the art will appreciate that changes may be made to the embodiments described above without departing from their general inventive spirit. Thus, it is to be understood that the present invention is not limited to the specific embodiments disclosed, but is intended to cover modifications within the spirit and scope of the present invention as defined by the present disclosure.
Claims (9)
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP17199350.4 | 2017-10-31 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
EA045436B1 true EA045436B1 (en) | 2023-11-24 |
Family
ID=
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11459583B2 (en) | Adenovirus vectors and uses thereof | |
JP7366014B2 (en) | Adenovirus and its uses | |
JP7285833B2 (en) | Adenovirus and its use | |
EP3703722B1 (en) | Adenovirus and uses thereof | |
EA045436B1 (en) | ADENOVIRAL VECTORS AND WAYS OF THEIR APPLICATION | |
EA044526B1 (en) | ADENOVIRUS AND WAYS OF ITS APPLICATION | |
EA044813B1 (en) | ADENOVIRUS AND ITS APPLICATIONS | |
EA042952B1 (en) | ADENOVIRUS AND WAYS OF ITS APPLICATION | |
US20220372515A1 (en) | Adenovirus vectors and uses thereof | |
BR112020008198A2 (en) | adenovirus and its uses |