EA044329B1 - CHIMERIC ANTIGENE RECEPTORS TARGETED BY EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR VARIANT III - Google Patents
CHIMERIC ANTIGENE RECEPTORS TARGETED BY EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR VARIANT III Download PDFInfo
- Publication number
- EA044329B1 EA044329B1 EA201891641 EA044329B1 EA 044329 B1 EA044329 B1 EA 044329B1 EA 201891641 EA201891641 EA 201891641 EA 044329 B1 EA044329 B1 EA 044329B1
- Authority
- EA
- Eurasian Patent Office
- Prior art keywords
- seq
- amino acid
- acid sequence
- cdr1
- cdr2
- Prior art date
Links
- 102000001301 EGF receptor Human genes 0.000 title claims description 5
- 108060006698 EGF receptor Proteins 0.000 title claims description 5
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 title description 21
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 title description 21
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 283
- 108010019670 Chimeric Antigen Receptors Proteins 0.000 claims description 221
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 109
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 103
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 102
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 92
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 92
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 92
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 83
- 230000011664 signaling Effects 0.000 claims description 68
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 67
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 claims description 60
- 206010010144 Completed suicide Diseases 0.000 claims description 54
- 108091007741 Chimeric antigen receptor T cells Proteins 0.000 claims description 44
- 108020001756 ligand binding domains Proteins 0.000 claims description 43
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 37
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 36
- 230000004068 intracellular signaling Effects 0.000 claims description 36
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 35
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 34
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 claims description 25
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 20
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 20
- 229960004641 rituximab Drugs 0.000 claims description 15
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 13
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims description 13
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 12
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 12
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 11
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 claims description 7
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 claims description 7
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 claims description 3
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims description 3
- 101100166600 Homo sapiens CD28 gene Proteins 0.000 claims description 2
- 230000003394 haemopoietic effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000002784 cytotoxicity assay Methods 0.000 claims 1
- 231100000263 cytotoxicity test Toxicity 0.000 claims 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 114
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 102
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 101
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 100
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 49
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 47
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 47
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 47
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 47
- 102100024952 Protein CBFA2T1 Human genes 0.000 description 40
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 34
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 33
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 31
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 26
- 101710129866 Pre T-cell antigen receptor alpha Proteins 0.000 description 25
- 102100039824 Pre T-cell antigen receptor alpha Human genes 0.000 description 25
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 25
- 208000005017 glioblastoma Diseases 0.000 description 24
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 24
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 24
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 22
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 21
- 108010065524 CD52 Antigen Proteins 0.000 description 19
- 102000013135 CD52 Antigen Human genes 0.000 description 19
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 19
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 19
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 18
- 239000003018 immunosuppressive agent Substances 0.000 description 18
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 18
- 102000003676 Glucocorticoid Receptors Human genes 0.000 description 17
- 108090000079 Glucocorticoid Receptors Proteins 0.000 description 17
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 17
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 17
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 17
- 229940125721 immunosuppressive agent Drugs 0.000 description 17
- 201000010915 Glioblastoma multiforme Diseases 0.000 description 16
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 16
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 16
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 description 16
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 description 16
- -1 for example Proteins 0.000 description 16
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 16
- 108010033174 Deoxycytidine kinase Proteins 0.000 description 15
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 15
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 15
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 15
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 15
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 15
- 102100029588 Deoxycytidine kinase Human genes 0.000 description 14
- 101100519207 Mus musculus Pdcd1 gene Proteins 0.000 description 14
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 13
- 102000037982 Immune checkpoint proteins Human genes 0.000 description 13
- 108091008036 Immune checkpoint proteins Proteins 0.000 description 13
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 13
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 12
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 12
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 12
- 102000017420 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Human genes 0.000 description 11
- 108050005493 CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit Proteins 0.000 description 11
- 230000000139 costimulatory effect Effects 0.000 description 11
- 108010021064 CTLA-4 Antigen Proteins 0.000 description 10
- 102000008203 CTLA-4 Antigen Human genes 0.000 description 10
- 102100035360 Cerebellar degeneration-related antigen 1 Human genes 0.000 description 10
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 10
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 10
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 10
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 10
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 10
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 10
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 10
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 10
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 10
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 10
- NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 1-methylethyl 11-methoxy-3,7,11-trimethyl-2,4-dodecadienoate Chemical compound COC(C)(C)CCCC(C)CC=CC(C)=CC(=O)OC(C)C NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 229940045513 CTLA4 antagonist Drugs 0.000 description 9
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 9
- 108091005948 blue fluorescent proteins Proteins 0.000 description 9
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 9
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 9
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 9
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 9
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 9
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 9
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 description 8
- 101000851370 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Proteins 0.000 description 8
- 102100034922 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Human genes 0.000 description 8
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 description 8
- 102100036856 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Human genes 0.000 description 8
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 8
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 8
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 8
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 8
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 8
- 230000006870 function Effects 0.000 description 8
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 8
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 8
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 8
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 8
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 8
- 102100029822 B- and T-lymphocyte attenuator Human genes 0.000 description 7
- 230000007018 DNA scission Effects 0.000 description 7
- 101000864344 Homo sapiens B- and T-lymphocyte attenuator Proteins 0.000 description 7
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 7
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 7
- 238000002650 immunosuppressive therapy Methods 0.000 description 7
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 7
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 7
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 7
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 7
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 7
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 7
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 6
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 6
- 102100024263 CD160 antigen Human genes 0.000 description 6
- 206010014968 Ependymoma malignant Diseases 0.000 description 6
- 102100034458 Hepatitis A virus cellular receptor 2 Human genes 0.000 description 6
- 101000761938 Homo sapiens CD160 antigen Proteins 0.000 description 6
- 101001138062 Homo sapiens Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 Proteins 0.000 description 6
- 101001137987 Homo sapiens Lymphocyte activation gene 3 protein Proteins 0.000 description 6
- 101000831007 Homo sapiens T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains Proteins 0.000 description 6
- 102000009438 IgE Receptors Human genes 0.000 description 6
- 108010073816 IgE Receptors Proteins 0.000 description 6
- 102000017578 LAG3 Human genes 0.000 description 6
- 102100020943 Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 Human genes 0.000 description 6
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 description 6
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 description 6
- 208000007641 Pinealoma Diseases 0.000 description 6
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 6
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 6
- 102100024834 T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains Human genes 0.000 description 6
- 102100038282 V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation Human genes 0.000 description 6
- 230000005782 double-strand break Effects 0.000 description 6
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 6
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 6
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 6
- 201000010536 head and neck cancer Diseases 0.000 description 6
- 208000014829 head and neck neoplasm Diseases 0.000 description 6
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 6
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 6
- 208000029340 primitive neuroectodermal tumor Diseases 0.000 description 6
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 6
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 6
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 6
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 6
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 6
- QJJXYPPXXYFBGM-SHYZHZOCSA-N tacrolimus Natural products CO[C@H]1C[C@H](CC[C@@H]1O)C=C(C)[C@H]2OC(=O)[C@H]3CCCCN3C(=O)C(=O)[C@@]4(O)O[C@@H]([C@H](C[C@H]4C)OC)[C@@H](C[C@H](C)CC(=C[C@@H](CC=C)C(=O)C[C@H](O)[C@H]2C)C)OC QJJXYPPXXYFBGM-SHYZHZOCSA-N 0.000 description 6
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 6
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 6
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 5
- 101150046249 Havcr2 gene Proteins 0.000 description 5
- 101000836954 Homo sapiens Sialic acid-binding Ig-like lectin 10 Proteins 0.000 description 5
- 101000666896 Homo sapiens V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation Proteins 0.000 description 5
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 5
- 108700018351 Major Histocompatibility Complex Proteins 0.000 description 5
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 5
- 108091007491 NSP3 Papain-like protease domains Proteins 0.000 description 5
- 102100027164 Sialic acid-binding Ig-like lectin 10 Human genes 0.000 description 5
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 5
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 5
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 5
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 5
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 5
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 5
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 5
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 5
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 5
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 5
- 208000002154 non-small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 5
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 5
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 5
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 5
- 230000020382 suppression by virus of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 5
- 208000029729 tumor suppressor gene on chromosome 11 Diseases 0.000 description 5
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 5
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 4
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 4
- 208000009329 Graft vs Host Disease Diseases 0.000 description 4
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 4
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 4
- 108010064548 Lymphocyte Function-Associated Antigen-1 Proteins 0.000 description 4
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 4
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 4
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 4
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 4
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- QJJXYPPXXYFBGM-LFZNUXCKSA-N Tacrolimus Chemical compound C1C[C@@H](O)[C@H](OC)C[C@@H]1\C=C(/C)[C@@H]1[C@H](C)[C@@H](O)CC(=O)[C@H](CC=C)/C=C(C)/C[C@H](C)C[C@H](OC)[C@H]([C@H](C[C@H]2C)OC)O[C@@]2(O)C(=O)C(=O)N2CCCC[C@H]2C(=O)O1 QJJXYPPXXYFBGM-LFZNUXCKSA-N 0.000 description 4
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Chemical compound CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 4
- 230000000735 allogeneic effect Effects 0.000 description 4
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 4
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 4
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 4
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 4
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 4
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 4
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 4
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 4
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 4
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 4
- 208000024908 graft versus host disease Diseases 0.000 description 4
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 4
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 4
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 4
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 4
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 4
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 4
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 4
- 125000001360 methionine group Chemical group N[C@@H](CCSC)C(=O)* 0.000 description 4
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 4
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 4
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 4
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 4
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 4
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 4
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 4
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 4
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 4
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 4
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 4
- 206010061424 Anal cancer Diseases 0.000 description 3
- 206010073128 Anaplastic oligodendroglioma Diseases 0.000 description 3
- 208000007860 Anus Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 206010003571 Astrocytoma Diseases 0.000 description 3
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 description 3
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 3
- 102100027207 CD27 antigen Human genes 0.000 description 3
- 101150013553 CD40 gene Proteins 0.000 description 3
- 102100035793 CD83 antigen Human genes 0.000 description 3
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 description 3
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 3
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 3
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 3
- 101150039808 Egfr gene Proteins 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 201000008228 Ependymoblastoma Diseases 0.000 description 3
- 206010014967 Ependymoma Diseases 0.000 description 3
- 206010018338 Glioma Diseases 0.000 description 3
- 101000914511 Homo sapiens CD27 antigen Proteins 0.000 description 3
- 101000946856 Homo sapiens CD83 antigen Proteins 0.000 description 3
- 101001023379 Homo sapiens Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 Proteins 0.000 description 3
- 101000611936 Homo sapiens Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 description 3
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 3
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 3
- 108010067060 Immunoglobulin Variable Region Proteins 0.000 description 3
- 102000017727 Immunoglobulin Variable Region Human genes 0.000 description 3
- 208000008839 Kidney Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- LRQKBLKVPFOOQJ-YFKPBYRVSA-N L-norleucine Chemical compound CCCC[C@H]([NH3+])C([O-])=O LRQKBLKVPFOOQJ-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 3
- 102100035133 Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 Human genes 0.000 description 3
- 208000000172 Medulloblastoma Diseases 0.000 description 3
- 206010027406 Mesothelioma Diseases 0.000 description 3
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 201000010133 Oligodendroglioma Diseases 0.000 description 3
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 206010050487 Pinealoblastoma Diseases 0.000 description 3
- 102100040678 Programmed cell death protein 1 Human genes 0.000 description 3
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 3
- 206010038389 Renal cancer Diseases 0.000 description 3
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 3
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 102100037906 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain Human genes 0.000 description 3
- 108010027179 Tacrolimus Binding Proteins Proteins 0.000 description 3
- 208000024770 Thyroid neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 3
- 101710165473 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Proteins 0.000 description 3
- 102100022153 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Human genes 0.000 description 3
- 102100040245 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 Human genes 0.000 description 3
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 208000006105 Uterine Cervical Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 3
- 108010017070 Zinc Finger Nucleases Proteins 0.000 description 3
- 229960000548 alemtuzumab Drugs 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 206010002224 anaplastic astrocytoma Diseases 0.000 description 3
- 208000014534 anaplastic ependymoma Diseases 0.000 description 3
- 208000013938 anaplastic oligoastrocytoma Diseases 0.000 description 3
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 3
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 3
- 201000011165 anus cancer Diseases 0.000 description 3
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 3
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 description 3
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 3
- 229940044683 chemotherapy drug Drugs 0.000 description 3
- 208000006571 choroid plexus carcinoma Diseases 0.000 description 3
- 238000003501 co-culture Methods 0.000 description 3
- 108700021358 erbB-1 Genes Proteins 0.000 description 3
- 229960000390 fludarabine Drugs 0.000 description 3
- GIUYCYHIANZCFB-FJFJXFQQSA-N fludarabine phosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC(F)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@@H]1O GIUYCYHIANZCFB-FJFJXFQQSA-N 0.000 description 3
- 206010017758 gastric cancer Diseases 0.000 description 3
- 201000011610 giant cell glioblastoma Diseases 0.000 description 3
- 208000002409 gliosarcoma Diseases 0.000 description 3
- 230000036541 health Effects 0.000 description 3
- 210000002443 helper t lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 3
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 3
- 230000036737 immune function Effects 0.000 description 3
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 3
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 3
- 201000010982 kidney cancer Diseases 0.000 description 3
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 230000001926 lymphatic effect Effects 0.000 description 3
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 3
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 3
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 3
- 201000008203 medulloepithelioma Diseases 0.000 description 3
- 206010027191 meningioma Diseases 0.000 description 3
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 3
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 3
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 3
- 201000004058 mixed glioma Diseases 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 description 3
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 3
- 201000003113 pineoblastoma Diseases 0.000 description 3
- 206010035059 pineocytoma Diseases 0.000 description 3
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 3
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 3
- 230000004044 response Effects 0.000 description 3
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 3
- 230000007480 spreading Effects 0.000 description 3
- 238000003892 spreading Methods 0.000 description 3
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 3
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 3
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 3
- 201000011549 stomach cancer Diseases 0.000 description 3
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 3
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 3
- 201000008205 supratentorial primitive neuroectodermal tumor Diseases 0.000 description 3
- 238000002626 targeted therapy Methods 0.000 description 3
- 201000002510 thyroid cancer Diseases 0.000 description 3
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 description 3
- VUFNLQXQSDUXKB-DOFZRALJSA-N 2-[4-[4-[bis(2-chloroethyl)amino]phenyl]butanoyloxy]ethyl (5z,8z,11z,14z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate Chemical compound CCCCC\C=C/C\C=C/C\C=C/C\C=C/CCCC(=O)OCCOC(=O)CCCC1=CC=C(N(CCCl)CCCl)C=C1 VUFNLQXQSDUXKB-DOFZRALJSA-N 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 2
- 108010039224 Amidophosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 102220470959 Amiloride-sensitive sodium channel subunit delta_D22A_mutation Human genes 0.000 description 2
- 208000013842 Anaplastic ganglioglioma Diseases 0.000 description 2
- 102220470179 Aryl hydrocarbon receptor repressor_R102A_mutation Human genes 0.000 description 2
- RJUHZPRQRQLCFL-IMJSIDKUSA-N Asn-Asn Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O RJUHZPRQRQLCFL-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 2
- 201000008271 Atypical teratoid rhabdoid tumor Diseases 0.000 description 2
- 102100038078 CD276 antigen Human genes 0.000 description 2
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 2
- 101150043916 Cd52 gene Proteins 0.000 description 2
- PHEDXBVPIONUQT-UHFFFAOYSA-N Cocarcinogen A1 Natural products CCCCCCCCCCCCCC(=O)OC1C(C)C2(O)C3C=C(C)C(=O)C3(O)CC(CO)=CC2C2C1(OC(C)=O)C2(C)C PHEDXBVPIONUQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 2
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 108010068682 Cyclophilins Proteins 0.000 description 2
- PMATZTZNYRCHOR-CGLBZJNRSA-N Cyclosporin A Chemical compound CC[C@@H]1NC(=O)[C@H]([C@H](O)[C@H](C)C\C=C\C)N(C)C(=O)[C@H](C(C)C)N(C)C(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)CN(C)C1=O PMATZTZNYRCHOR-CGLBZJNRSA-N 0.000 description 2
- 108010036949 Cyclosporine Proteins 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 102100033215 DNA nucleotidylexotransferase Human genes 0.000 description 2
- 108010008286 DNA nucleotidylexotransferase Proteins 0.000 description 2
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 2
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- 108010007577 Exodeoxyribonuclease I Proteins 0.000 description 2
- 102220510044 FAS-associated death domain protein_R117A_mutation Human genes 0.000 description 2
- 108010087819 Fc receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000009109 Fc receptors Human genes 0.000 description 2
- KOSRFJWDECSPRO-WDSKDSINSA-N Glu-Glu Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-WDSKDSINSA-N 0.000 description 2
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 2
- 101000927313 Homo sapiens DNA replication ATP-dependent helicase DNA2 Proteins 0.000 description 2
- 101001109503 Homo sapiens NKG2-C type II integral membrane protein Proteins 0.000 description 2
- 101000738335 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain Proteins 0.000 description 2
- 101000830950 Homo sapiens Three prime repair exonuclease 2 Proteins 0.000 description 2
- 101000851376 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 8 Proteins 0.000 description 2
- 102000006496 Immunoglobulin Heavy Chains Human genes 0.000 description 2
- 108010019476 Immunoglobulin Heavy Chains Proteins 0.000 description 2
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 2
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 2
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 2
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 2
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 2
- 101100226902 Mus musculus Fcrlb gene Proteins 0.000 description 2
- 102100022683 NKG2-C type II integral membrane protein Human genes 0.000 description 2
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 2
- 108010047620 Phytohemagglutinins Proteins 0.000 description 2
- 239000012980 RPMI-1640 medium Substances 0.000 description 2
- 108010041388 Ribonucleotide Reductases Proteins 0.000 description 2
- 102000000505 Ribonucleotide Reductases Human genes 0.000 description 2
- 208000000453 Skin Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 102220467016 Tubulin monoglutamylase TTLL4_K24A_mutation Human genes 0.000 description 2
- 102100036857 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 8 Human genes 0.000 description 2
- 208000002495 Uterine Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 2
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 2
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 2
- 239000000443 aerosol Substances 0.000 description 2
- KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N alpha-L-glutamyl-L-glutamic acid Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 2
- 239000000611 antibody drug conjugate Substances 0.000 description 2
- 238000009175 antibody therapy Methods 0.000 description 2
- 229940049595 antibody-drug conjugate Drugs 0.000 description 2
- 210000000612 antigen-presenting cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 2
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 2
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 2
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 2
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 2
- 229910002091 carbon monoxide Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 2
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 229960001265 ciclosporin Drugs 0.000 description 2
- WDDPHFBMKLOVOX-AYQXTPAHSA-N clofarabine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC(Cl)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1F WDDPHFBMKLOVOX-AYQXTPAHSA-N 0.000 description 2
- 229960000928 clofarabine Drugs 0.000 description 2
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 2
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 239000003246 corticosteroid Substances 0.000 description 2
- 229930182912 cyclosporin Natural products 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 2
- 239000002254 cytotoxic agent Substances 0.000 description 2
- 231100000599 cytotoxic agent Toxicity 0.000 description 2
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 2
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 description 2
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 2
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 2
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000012091 fetal bovine serum Substances 0.000 description 2
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 2
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 108010055341 glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 2
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 2
- 210000003630 histaminocyte Anatomy 0.000 description 2
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 2
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 2
- 230000005931 immune cell recruitment Effects 0.000 description 2
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 2
- 230000001506 immunosuppresive effect Effects 0.000 description 2
- 238000002513 implantation Methods 0.000 description 2
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 2
- NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N insulin Chemical compound N1C(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(NC(=O)CN)C(C)CC)CSSCC(C(NC(CO)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CSSCC(NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2C=CC(O)=CC=2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2NC=NC=2)NC(=O)C(CO)NC(=O)CNC2=O)C(=O)NCC(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC(O)=CC=3)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)N3C(CCC3)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)NC(C)C(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(O)=O)=O)NC(=O)C(C(C)CC)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C1CSSCC2NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(N)CC=1C=CC=CC=1)C(C)C)CC1=CN=CN1 NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000001208 nuclear magnetic resonance pulse sequence Methods 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 2
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 2
- PHEDXBVPIONUQT-RGYGYFBISA-N phorbol 13-acetate 12-myristate Chemical compound C([C@]1(O)C(=O)C(C)=C[C@H]1[C@@]1(O)[C@H](C)[C@H]2OC(=O)CCCCCCCCCCCCC)C(CO)=C[C@H]1[C@H]1[C@]2(OC(C)=O)C1(C)C PHEDXBVPIONUQT-RGYGYFBISA-N 0.000 description 2
- 230000001885 phytohemagglutinin Effects 0.000 description 2
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 230000000644 propagated effect Effects 0.000 description 2
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 2
- 108020001580 protein domains Proteins 0.000 description 2
- ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N psoralen Chemical compound C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OC=C2 ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000005180 public health Effects 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 2
- 210000003289 regulatory T cell Anatomy 0.000 description 2
- 102220294968 rs778300481 Human genes 0.000 description 2
- FGDZQCVHDSGLHJ-UHFFFAOYSA-M rubidium chloride Chemical compound [Cl-].[Rb+] FGDZQCVHDSGLHJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 238000013207 serial dilution Methods 0.000 description 2
- 201000000849 skin cancer Diseases 0.000 description 2
- DAEPDZWVDSPTHF-UHFFFAOYSA-M sodium pyruvate Chemical compound [Na+].CC(=O)C([O-])=O DAEPDZWVDSPTHF-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 2
- UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N streptomycin Chemical compound CN[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@](C=O)(O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@H]1O UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N 0.000 description 2
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 229960001967 tacrolimus Drugs 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 238000003146 transient transfection Methods 0.000 description 2
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 2
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 2
- 206010046766 uterine cancer Diseases 0.000 description 2
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 2
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ALBODLTZUXKBGZ-JUUVMNCLSA-N (2s)-2-amino-3-phenylpropanoic acid;(2s)-2,6-diaminohexanoic acid Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O.OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 ALBODLTZUXKBGZ-JUUVMNCLSA-N 0.000 description 1
- 108010052418 (N-(2-((4-((2-((4-(9-acridinylamino)phenyl)amino)-2-oxoethyl)amino)-4-oxobutyl)amino)-1-(1H-imidazol-4-ylmethyl)-1-oxoethyl)-6-(((-2-aminoethyl)amino)methyl)-2-pyridinecarboxamidato) iron(1+) Proteins 0.000 description 1
- VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 4',5'-Dihydropsoralen Natural products C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OCC2 VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000002627 4-1BB Ligand Human genes 0.000 description 1
- 108010082808 4-1BB Ligand Proteins 0.000 description 1
- HIYAVKIYRIFSCZ-CYEMHPAKSA-N 5-(methylamino)-2-[[(2S,3R,5R,6S,8R,9R)-3,5,9-trimethyl-2-[(2S)-1-oxo-1-(1H-pyrrol-2-yl)propan-2-yl]-1,7-dioxaspiro[5.5]undecan-8-yl]methyl]-1,3-benzoxazole-4-carboxylic acid Chemical compound O=C([C@@H](C)[C@H]1O[C@@]2([C@@H](C[C@H]1C)C)O[C@@H]([C@@H](CC2)C)CC=1OC2=CC=C(C(=C2N=1)C(O)=O)NC)C1=CC=CN1 HIYAVKIYRIFSCZ-CYEMHPAKSA-N 0.000 description 1
- WQVFQXXBNHHPLX-ZKWXMUAHSA-N Ala-Ala-His Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](Cc1cnc[nH]1)C(O)=O WQVFQXXBNHHPLX-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- YYSWCHMLFJLLBJ-ZLUOBGJFSA-N Ala-Ala-Ser Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O YYSWCHMLFJLLBJ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- HJCMDXDYPOUFDY-WHFBIAKZSA-N Ala-Gln Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(N)=O HJCMDXDYPOUFDY-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- OMLWNBVRVJYMBQ-YUMQZZPRSA-N Arg-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O OMLWNBVRVJYMBQ-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- JSLGXODUIAFWCF-WDSKDSINSA-N Arg-Asn Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O JSLGXODUIAFWCF-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 1
- TWXZVVXRRRRSLT-IMJSIDKUSA-N Asn-Cys Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O TWXZVVXRRRRSLT-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- IQTUDDBANZYMAR-WDSKDSINSA-N Asn-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O IQTUDDBANZYMAR-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- FRYULLIZUDQONW-IMJSIDKUSA-N Asp-Asp Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O FRYULLIZUDQONW-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 1
- 102100038080 B-cell receptor CD22 Human genes 0.000 description 1
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 description 1
- 108010074708 B7-H1 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 229920002799 BoPET Polymers 0.000 description 1
- ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N Boron Chemical compound [B] ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101100370338 Bos taurus TREX1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108091058539 C10orf54 Proteins 0.000 description 1
- 238000011357 CAR T-cell therapy Methods 0.000 description 1
- 229940124296 CD52 monoclonal antibody Drugs 0.000 description 1
- 102100025221 CD70 antigen Human genes 0.000 description 1
- 210000001239 CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- QCMYYKRYFNMIEC-UHFFFAOYSA-N COP(O)=O Chemical class COP(O)=O QCMYYKRYFNMIEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 description 1
- UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L Calcium chloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Ca+2] UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 241000282836 Camelus dromedarius Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 102100025466 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3 Human genes 0.000 description 1
- DLGOEMSEDOSKAD-UHFFFAOYSA-N Carmustine Chemical compound ClCCNC(=O)N(N=O)CCCl DLGOEMSEDOSKAD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010067225 Cell Adhesion Molecules Proteins 0.000 description 1
- 102000016289 Cell Adhesion Molecules Human genes 0.000 description 1
- 241000251730 Chondrichthyes Species 0.000 description 1
- CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N Cyclophosphamide Chemical compound ClCCN(CCCl)P1(=O)NCCCO1 CMSMOCZEIVJLDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-CCXZUQQUSA-N Cytarabine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-CCXZUQQUSA-N 0.000 description 1
- 102100039498 Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 Human genes 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 1
- 102100033072 DNA replication ATP-dependent helicase DNA2 Human genes 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 241000702421 Dependoparvovirus Species 0.000 description 1
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 1
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101100118093 Drosophila melanogaster eEF1alpha2 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 1
- 229940038313 EGFRvIII vaccine Drugs 0.000 description 1
- 238000008157 ELISA kit Methods 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- HKVAMNSJSFKALM-GKUWKFKPSA-N Everolimus Chemical compound C1C[C@@H](OCCO)[C@H](OC)C[C@@H]1C[C@@H](C)[C@H]1OC(=O)[C@@H]2CCCCN2C(=O)C(=O)[C@](O)(O2)[C@H](C)CC[C@H]2C[C@H](OC)/C(C)=C/C=C/C=C/[C@@H](C)C[C@@H](C)C(=O)[C@H](OC)[C@H](O)/C(C)=C/[C@@H](C)C(=O)C1 HKVAMNSJSFKALM-GKUWKFKPSA-N 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 102100029075 Exonuclease 1 Human genes 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 1
- YPINZEGNLULHHT-UHFFFAOYSA-N Fujimycin Natural products COC1CC(CCC1O)C=C(/C)C2OC(=O)C3CCCCCN3C(=O)C(=O)C4(O)OC(C(CC4C)OC)C(OC)C(C)CC(=CC(CC=C)C(=O)CC(O)C2C)C YPINZEGNLULHHT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 201000004066 Ganglioglioma Diseases 0.000 description 1
- LOJYQMFIIJVETK-WDSKDSINSA-N Gln-Gln Chemical compound NC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O LOJYQMFIIJVETK-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- JEFZIKRIDLHOIF-BYPYZUCNSA-N Gln-Gly Chemical compound NC(=O)CC[C@H](N)C(=O)NCC(O)=O JEFZIKRIDLHOIF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Natural products NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 1
- 108010017213 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 1
- 102100039620 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor Human genes 0.000 description 1
- 102100028967 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G Human genes 0.000 description 1
- 102100031547 HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain Human genes 0.000 description 1
- 108010024164 HLA-G Antigens Proteins 0.000 description 1
- 102100031573 Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Human genes 0.000 description 1
- 108010007707 Hepatitis A Virus Cellular Receptor 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000884305 Homo sapiens B-cell receptor CD22 Proteins 0.000 description 1
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 description 1
- 101100112778 Homo sapiens CD247 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000934356 Homo sapiens CD70 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000914337 Homo sapiens Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000851181 Homo sapiens Epidermal growth factor receptor Proteins 0.000 description 1
- 101000918264 Homo sapiens Exonuclease 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000866278 Homo sapiens HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain Proteins 0.000 description 1
- 101000777663 Homo sapiens Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Proteins 0.000 description 1
- 101000599940 Homo sapiens Interferon gamma Proteins 0.000 description 1
- 101001002657 Homo sapiens Interleukin-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000984189 Homo sapiens Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000984186 Homo sapiens Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000606310 Homo sapiens Pre T-cell antigen receptor alpha Proteins 0.000 description 1
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000946860 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain Proteins 0.000 description 1
- 101000934341 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD5 Proteins 0.000 description 1
- 101000946843 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Proteins 0.000 description 1
- 101100207070 Homo sapiens TNFSF8 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000830956 Homo sapiens Three-prime repair exonuclease 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000597785 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B Proteins 0.000 description 1
- 206010020751 Hypersensitivity Diseases 0.000 description 1
- 102100026120 IgG receptor FcRn large subunit p51 Human genes 0.000 description 1
- 101710177940 IgG receptor FcRn large subunit p51 Proteins 0.000 description 1
- 102000009786 Immunoglobulin Constant Regions Human genes 0.000 description 1
- 108010009817 Immunoglobulin Constant Regions Proteins 0.000 description 1
- 108010054477 Immunoglobulin Fab Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000001706 Immunoglobulin Fab Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108700005091 Immunoglobulin Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000012745 Immunoglobulin Subunits Human genes 0.000 description 1
- 108010079585 Immunoglobulin Subunits Proteins 0.000 description 1
- 108090001061 Insulin Proteins 0.000 description 1
- 102000004877 Insulin Human genes 0.000 description 1
- 102000003814 Interleukin-10 Human genes 0.000 description 1
- 108090000174 Interleukin-10 Proteins 0.000 description 1
- 102000003812 Interleukin-15 Human genes 0.000 description 1
- 108090000172 Interleukin-15 Proteins 0.000 description 1
- 102000010789 Interleukin-2 Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010038453 Interleukin-2 Receptors Proteins 0.000 description 1
- 108090000978 Interleukin-4 Proteins 0.000 description 1
- 102000004388 Interleukin-4 Human genes 0.000 description 1
- 108010002586 Interleukin-7 Proteins 0.000 description 1
- 102000000704 Interleukin-7 Human genes 0.000 description 1
- 108020003285 Isocitrate lyase Proteins 0.000 description 1
- PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N L-N-acetyl-Cysteine Chemical compound CC(=O)N[C@@H](CS)C(O)=O PWKSKIMOESPYIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N L-Phenylalanyl-L-lysin Natural products NCCCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N L-methotrexate Chemical compound C=1N=C2N=C(N)N=C(N)C2=NC=1CN(C)C1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- 108090001090 Lectins Proteins 0.000 description 1
- 102000004856 Lectins Human genes 0.000 description 1
- 241000713666 Lentivirus Species 0.000 description 1
- 241000880493 Leptailurus serval Species 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100025583 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100025578 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4 Human genes 0.000 description 1
- GQYIWUVLTXOXAJ-UHFFFAOYSA-N Lomustine Chemical compound ClCCN(N=O)C(=O)NC1CCCCC1 GQYIWUVLTXOXAJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 102000004083 Lymphotoxin-alpha Human genes 0.000 description 1
- 108090000542 Lymphotoxin-alpha Proteins 0.000 description 1
- NVGBPTNZLWRQSY-UWVGGRQHSA-N Lys-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN NVGBPTNZLWRQSY-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 description 1
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 description 1
- 102100030301 MHC class I polypeptide-related sequence A Human genes 0.000 description 1
- 108010061593 Member 14 Tumor Necrosis Factor Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 229930191564 Monensin Natural products 0.000 description 1
- GAOZTHIDHYLHMS-UHFFFAOYSA-N Monensin A Natural products O1C(CC)(C2C(CC(O2)C2C(CC(C)C(O)(CO)O2)C)C)CCC1C(O1)(C)CCC21CC(O)C(C)C(C(C)C(OC)C(C)C(O)=O)O2 GAOZTHIDHYLHMS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000699660 Mus musculus Species 0.000 description 1
- 101100407308 Mus musculus Pdcd1lg2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100207071 Mus musculus Tnfsf8 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100370340 Mus musculus Trex1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000808790 Mus musculus Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1 Proteins 0.000 description 1
- 101100268066 Mus musculus Zap70 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000005041 Mylar™ Substances 0.000 description 1
- 108091061960 Naked DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000004473 OX40 Ligand Human genes 0.000 description 1
- 108010042215 OX40 Ligand Proteins 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 1
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 description 1
- JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N Penicillin G Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N 0.000 description 1
- 102100027913 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A Human genes 0.000 description 1
- JMCOUWKXLXDERB-WMZOPIPTSA-N Phe-Trp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 JMCOUWKXLXDERB-WMZOPIPTSA-N 0.000 description 1
- FSXRLASFHBWESK-HOTGVXAUSA-N Phe-Tyr Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 FSXRLASFHBWESK-HOTGVXAUSA-N 0.000 description 1
- 102000045595 Phosphoprotein Phosphatases Human genes 0.000 description 1
- 108700019535 Phosphoprotein Phosphatases Proteins 0.000 description 1
- ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N Phosphorous acid Chemical group OP(O)=O ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 1
- 241000709664 Picornaviridae Species 0.000 description 1
- 208000002151 Pleural effusion Diseases 0.000 description 1
- 241000276498 Pollachius virens Species 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 108700030875 Programmed Cell Death 1 Ligand 2 Proteins 0.000 description 1
- 102100024216 Programmed cell death 1 ligand 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100024213 Programmed cell death 1 ligand 2 Human genes 0.000 description 1
- 102000003923 Protein Kinase C Human genes 0.000 description 1
- 108090000315 Protein Kinase C Proteins 0.000 description 1
- 102100029812 Protein S100-A12 Human genes 0.000 description 1
- 101710110949 Protein S100-A12 Proteins 0.000 description 1
- 102000004022 Protein-Tyrosine Kinases Human genes 0.000 description 1
- 108090000412 Protein-Tyrosine Kinases Proteins 0.000 description 1
- 239000012979 RPMI medium Substances 0.000 description 1
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 description 1
- 101710100969 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3 Proteins 0.000 description 1
- 102100029986 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3 Human genes 0.000 description 1
- 102100029981 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4 Human genes 0.000 description 1
- 101710100963 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4 Proteins 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 208000015634 Rectal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108020005091 Replication Origin Proteins 0.000 description 1
- 208000008938 Rhabdoid tumor Diseases 0.000 description 1
- 206010073334 Rhabdoid tumour Diseases 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 1
- XZKQVQKUZMAADP-IMJSIDKUSA-N Ser-Ser Chemical compound OC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O XZKQVQKUZMAADP-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- DKGRNFUXVTYRAS-UBHSHLNASA-N Ser-Ser-Trp Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CNC2=C1C=CC=C2)C(O)=O DKGRNFUXVTYRAS-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- ILVGMCVCQBJPSH-WDSKDSINSA-N Ser-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CO ILVGMCVCQBJPSH-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- 108010003723 Single-Domain Antibodies Proteins 0.000 description 1
- 206010041067 Small cell lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 230000006052 T cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 description 1
- 102100035794 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain Human genes 0.000 description 1
- 102100025244 T-cell surface glycoprotein CD5 Human genes 0.000 description 1
- 238000010459 TALEN Methods 0.000 description 1
- 102000013530 TOR Serine-Threonine Kinases Human genes 0.000 description 1
- 108010065917 TOR Serine-Threonine Kinases Proteins 0.000 description 1
- 108010006877 Tacrolimus Binding Protein 1A Proteins 0.000 description 1
- BPEGJWRSRHCHSN-UHFFFAOYSA-N Temozolomide Chemical compound O=C1N(C)N=NC2=C(C(N)=O)N=CN21 BPEGJWRSRHCHSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010043276 Teratoma Diseases 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- COYHRQWNJDJCNA-NUJDXYNKSA-N Thr-Thr-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O COYHRQWNJDJCNA-NUJDXYNKSA-N 0.000 description 1
- 102100024872 Three prime repair exonuclease 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100024855 Three-prime repair exonuclease 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100032100 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 8 Human genes 0.000 description 1
- 102100028785 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14 Human genes 0.000 description 1
- 102100035284 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B Human genes 0.000 description 1
- VNYDHJARLHNEGA-RYUDHWBXSA-N Tyr-Pro Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 VNYDHJARLHNEGA-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- JAQGKXUEKGKTKX-HOTGVXAUSA-N Tyr-Tyr Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 JAQGKXUEKGKTKX-HOTGVXAUSA-N 0.000 description 1
- 241000700618 Vaccinia virus Species 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- YRKCREAYFQTBPV-UHFFFAOYSA-N acetylacetone Chemical compound CC(=O)CC(C)=O YRKCREAYFQTBPV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229960004308 acetylcysteine Drugs 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 1
- 125000002015 acyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 230000033289 adaptive immune response Effects 0.000 description 1
- 210000004504 adult stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 108010044940 alanylglutamine Proteins 0.000 description 1
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002168 alkylating agent Substances 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940059260 amidate Drugs 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 238000011122 anti-angiogenic therapy Methods 0.000 description 1
- 230000000340 anti-metabolite Effects 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000009830 antibody antigen interaction Effects 0.000 description 1
- 230000030741 antigen processing and presentation Effects 0.000 description 1
- 229940100197 antimetabolite Drugs 0.000 description 1
- 239000002256 antimetabolite Substances 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010068380 arginylarginine Proteins 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 210000003567 ascitic fluid Anatomy 0.000 description 1
- 108010040443 aspartyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 1
- 239000012131 assay buffer Substances 0.000 description 1
- 239000012298 atmosphere Substances 0.000 description 1
- DCCMANRPEHXGDK-UHFFFAOYSA-L azane;hydroxy-[[[hydroxy(oxido)phosphoryl]methyl-(phosphonomethyl)amino]methyl]phosphinate;platinum(2+) Chemical compound N.N.[Pt+2].OP(O)(=O)CN(CP(O)(O)=O)CP([O-])([O-])=O DCCMANRPEHXGDK-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229960002170 azathioprine Drugs 0.000 description 1
- LMEKQMALGUDUQG-UHFFFAOYSA-N azathioprine Chemical compound CN1C=NC([N+]([O-])=O)=C1SC1=NC=NC2=C1NC=N2 LMEKQMALGUDUQG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000003651 basophil Anatomy 0.000 description 1
- 208000013404 behavioral symptom Diseases 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000397 bevacizumab Drugs 0.000 description 1
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 1
- 239000012148 binding buffer Substances 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 229910052796 boron Inorganic materials 0.000 description 1
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 1
- 229960005520 bryostatin Drugs 0.000 description 1
- MJQUEDHRCUIRLF-TVIXENOKSA-N bryostatin 1 Chemical compound C([C@@H]1CC(/[C@@H]([C@@](C(C)(C)/C=C/2)(O)O1)OC(=O)/C=C/C=C/CCC)=C\C(=O)OC)[C@H]([C@@H](C)O)OC(=O)C[C@H](O)C[C@@H](O1)C[C@H](OC(C)=O)C(C)(C)[C@]1(O)C[C@@H]1C\C(=C\C(=O)OC)C[C@H]\2O1 MJQUEDHRCUIRLF-TVIXENOKSA-N 0.000 description 1
- MUIWQCKLQMOUAT-AKUNNTHJSA-N bryostatin 20 Natural products COC(=O)C=C1C[C@@]2(C)C[C@]3(O)O[C@](C)(C[C@@H](O)CC(=O)O[C@](C)(C[C@@]4(C)O[C@](O)(CC5=CC(=O)O[C@]45C)C(C)(C)C=C[C@@](C)(C1)O2)[C@@H](C)O)C[C@H](OC(=O)C(C)(C)C)C3(C)C MUIWQCKLQMOUAT-AKUNNTHJSA-N 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 229940046731 calcineurin inhibitors Drugs 0.000 description 1
- 239000001110 calcium chloride Substances 0.000 description 1
- 229910001628 calcium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000003710 calcium ionophore Substances 0.000 description 1
- HIYAVKIYRIFSCZ-UHFFFAOYSA-N calcium ionophore A23187 Natural products N=1C2=C(C(O)=O)C(NC)=CC=C2OC=1CC(C(CC1)C)OC1(C(CC1C)C)OC1C(C)C(=O)C1=CC=CN1 HIYAVKIYRIFSCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000001506 calcium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000389 calcium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011010 calcium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 150000004657 carbamic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 125000002837 carbocyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 1
- 229960005243 carmustine Drugs 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 description 1
- 230000006037 cell lysis Effects 0.000 description 1
- 239000002458 cell surface marker Substances 0.000 description 1
- 238000002659 cell therapy Methods 0.000 description 1
- 230000036755 cellular response Effects 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 239000003638 chemical reducing agent Substances 0.000 description 1
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 1
- 239000013599 cloning vector Substances 0.000 description 1
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000004540 complement-dependent cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 239000000562 conjugate Substances 0.000 description 1
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 229960001334 corticosteroids Drugs 0.000 description 1
- 238000012866 crystallographic experiment Methods 0.000 description 1
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 1
- 125000000392 cycloalkenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229960004397 cyclophosphamide Drugs 0.000 description 1
- 229960000684 cytarabine Drugs 0.000 description 1
- 230000016396 cytokine production Effects 0.000 description 1
- 230000001461 cytolytic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 101150096852 dck gene Proteins 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 230000008021 deposition Effects 0.000 description 1
- 229960003957 dexamethasone Drugs 0.000 description 1
- UREBDLICKHMUKA-CXSFZGCWSA-N dexamethasone Chemical compound C1CC2=CC(=O)C=C[C@]2(C)[C@]2(F)[C@@H]1[C@@H]1C[C@@H](C)[C@@](C(=O)CO)(O)[C@@]1(C)C[C@@H]2O UREBDLICKHMUKA-CXSFZGCWSA-N 0.000 description 1
- 229960002086 dextran Drugs 0.000 description 1
- 229960000633 dextran sulfate Drugs 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- OZRNSSUDZOLUSN-LBPRGKRZSA-N dihydrofolic acid Chemical compound N=1C=2C(=O)NC(N)=NC=2NCC=1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 OZRNSSUDZOLUSN-LBPRGKRZSA-N 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 238000006471 dimerization reaction Methods 0.000 description 1
- FSXRLASFHBWESK-UHFFFAOYSA-N dipeptide phenylalanyl-tyrosine Natural products C=1C=C(O)C=CC=1CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FSXRLASFHBWESK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L disodium;(2',7'-dibromo-3',6'-dioxido-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-4'-yl)mercury;hydrate Chemical compound O.[Na+].[Na+].O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC(Br)=C([O-])C([Hg])=C1OC1=C2C=C(Br)C([O-])=C1 BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N dithiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 230000012202 endocytosis Effects 0.000 description 1
- 238000012407 engineering method Methods 0.000 description 1
- CJAONIOAQZUHPN-KKLWWLSJSA-N ethyl 12-[[2-[(2r,3r)-3-[2-[(12-ethoxy-12-oxododecyl)-methylamino]-2-oxoethoxy]butan-2-yl]oxyacetyl]-methylamino]dodecanoate Chemical compound CCOC(=O)CCCCCCCCCCCN(C)C(=O)CO[C@H](C)[C@@H](C)OCC(=O)N(C)CCCCCCCCCCCC(=O)OCC CJAONIOAQZUHPN-KKLWWLSJSA-N 0.000 description 1
- NPUKDXXFDDZOKR-LLVKDONJSA-N etomidate Chemical compound CCOC(=O)C1=CN=CN1[C@H](C)C1=CC=CC=C1 NPUKDXXFDDZOKR-LLVKDONJSA-N 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 229960005167 everolimus Drugs 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 210000000604 fetal stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 1
- 238000009459 flexible packaging Methods 0.000 description 1
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000037406 food intake Effects 0.000 description 1
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 1
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 1
- 210000004907 gland Anatomy 0.000 description 1
- 108010078144 glutaminyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- 125000003630 glycyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 210000003958 hematopoietic stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 238000001794 hormone therapy Methods 0.000 description 1
- 102000045960 human DNA2 Human genes 0.000 description 1
- 102000045108 human EGFR Human genes 0.000 description 1
- 102000054586 human TREX2 Human genes 0.000 description 1
- 125000001165 hydrophobic group Chemical group 0.000 description 1
- 230000006450 immune cell response Effects 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 1
- 229940127121 immunoconjugate Drugs 0.000 description 1
- 229960003444 immunosuppressant agent Drugs 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 210000004263 induced pluripotent stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000012678 infectious agent Substances 0.000 description 1
- 238000001802 infusion Methods 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- 108091008042 inhibitory receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000015788 innate immune response Effects 0.000 description 1
- 239000002348 inosinate dehydrogenase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 229940125396 insulin Drugs 0.000 description 1
- 229960003130 interferon gamma Drugs 0.000 description 1
- 230000014828 interferon-gamma production Effects 0.000 description 1
- 238000010253 intravenous injection Methods 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- 229940043355 kinase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 238000012933 kinetic analysis Methods 0.000 description 1
- 238000002647 laser therapy Methods 0.000 description 1
- 239000002523 lectin Substances 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000029226 lipidation Effects 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 238000001638 lipofection Methods 0.000 description 1
- 229960002247 lomustine Drugs 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 description 1
- 108010054155 lysyllysine Proteins 0.000 description 1
- 150000002671 lyxoses Chemical class 0.000 description 1
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 238000002483 medication Methods 0.000 description 1
- 210000003071 memory t lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229960000485 methotrexate Drugs 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 239000010445 mica Substances 0.000 description 1
- 229910052618 mica group Inorganic materials 0.000 description 1
- HPNSFSBZBAHARI-UHFFFAOYSA-N micophenolic acid Natural products OC1=C(CC=C(C)CCC(O)=O)C(OC)=C(C)C2=C1C(=O)OC2 HPNSFSBZBAHARI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 238000000520 microinjection Methods 0.000 description 1
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 1
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 1
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 1
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 1
- 230000002297 mitogenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000003607 modifier Substances 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 238000003032 molecular docking Methods 0.000 description 1
- 229960005358 monensin Drugs 0.000 description 1
- GAOZTHIDHYLHMS-KEOBGNEYSA-N monensin A Chemical compound C([C@@](O1)(C)[C@H]2CC[C@@](O2)(CC)[C@H]2[C@H](C[C@@H](O2)[C@@H]2[C@H](C[C@@H](C)[C@](O)(CO)O2)C)C)C[C@@]21C[C@H](O)[C@@H](C)[C@@H]([C@@H](C)[C@@H](OC)[C@H](C)C(O)=O)O2 GAOZTHIDHYLHMS-KEOBGNEYSA-N 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 229940014456 mycophenolate Drugs 0.000 description 1
- HPNSFSBZBAHARI-RUDMXATFSA-N mycophenolic acid Chemical compound OC1=C(C\C=C(/C)CCC(O)=O)C(OC)=C(C)C2=C1C(=O)OC2 HPNSFSBZBAHARI-RUDMXATFSA-N 0.000 description 1
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 1
- 239000006199 nebulizer Substances 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 210000005170 neoplastic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 description 1
- QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N nitrogen group Chemical group [N] QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 239000007764 o/w emulsion Substances 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 238000011275 oncology therapy Methods 0.000 description 1
- 244000309459 oncolytic virus Species 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 238000007911 parenteral administration Methods 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 229940049954 penicillin Drugs 0.000 description 1
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- 108010083476 phenylalanyltryptophan Proteins 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 1
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 1
- 239000003757 phosphotransferase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 108010058237 plasma protein fraction Proteins 0.000 description 1
- 229940002993 plasmanate Drugs 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 229920000729 poly(L-lysine) polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 1
- 210000004986 primary T-cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000000861 pro-apoptotic effect Effects 0.000 description 1
- CPTBDICYNRMXFX-UHFFFAOYSA-N procarbazine Chemical compound CNNCC1=CC=C(C(=O)NC(C)C)C=C1 CPTBDICYNRMXFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000624 procarbazine Drugs 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- 239000002213 purine nucleotide Substances 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 description 1
- 206010038038 rectal cancer Diseases 0.000 description 1
- 201000001275 rectum cancer Diseases 0.000 description 1
- 230000022532 regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000002271 resection Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 229940102127 rubidium chloride Drugs 0.000 description 1
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 1
- 150000003341 sedoheptuloses Chemical class 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 239000013605 shuttle vector Substances 0.000 description 1
- 208000000587 small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 1
- FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J sodium diphosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000012064 sodium phosphate buffer Substances 0.000 description 1
- 229940048086 sodium pyrophosphate Drugs 0.000 description 1
- 229940054269 sodium pyruvate Drugs 0.000 description 1
- IBKZNJXGCYVTBZ-IDBHZBAZSA-M sodium;1-[3-[2-[5-[(3as,4s,6ar)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]ethyldisulfanyl]propanoyloxy]-2,5-dioxopyrrolidine-3-sulfonate Chemical compound [Na+].O=C1C(S(=O)(=O)[O-])CC(=O)N1OC(=O)CCSSCCNC(=O)CCCC[C@H]1[C@H]2NC(=O)N[C@H]2CS1 IBKZNJXGCYVTBZ-IDBHZBAZSA-M 0.000 description 1
- 230000003393 splenic effect Effects 0.000 description 1
- 206010041823 squamous cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000010473 stable expression Effects 0.000 description 1
- 238000011272 standard treatment Methods 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 229960005322 streptomycin Drugs 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 229960004964 temozolomide Drugs 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 235000019818 tetrasodium diphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001577 tetrasodium phosphonato phosphate Substances 0.000 description 1
- 108010036169 three prime repair exonuclease 1 Proteins 0.000 description 1
- 210000001541 thymus gland Anatomy 0.000 description 1
- 238000004448 titration Methods 0.000 description 1
- 210000003014 totipotent stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 238000011830 transgenic mouse model Methods 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 230000014621 translational initiation Effects 0.000 description 1
- 102000035160 transmembrane proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091005703 transmembrane proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H tricalcium bis(phosphate) Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 125000002264 triphosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 description 1
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 1
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010020532 tyrosyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 108010003137 tyrosyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 1
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 1
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 1
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 1
- OGWKCGZFUXNPDA-XQKSVPLYSA-N vincristine Chemical compound C([N@]1C[C@@H](C[C@]2(C(=O)OC)C=3C(=CC4=C([C@]56[C@H]([C@@]([C@H](OC(C)=O)[C@]7(CC)C=CCN([C@H]67)CC5)(O)C(=O)OC)N4C=O)C=3)OC)C[C@@](C1)(O)CC)CC1=C2NC2=CC=CC=C12 OGWKCGZFUXNPDA-XQKSVPLYSA-N 0.000 description 1
- 229960004528 vincristine Drugs 0.000 description 1
- OGWKCGZFUXNPDA-UHFFFAOYSA-N vincristine Natural products C1C(CC)(O)CC(CC2(C(=O)OC)C=3C(=CC4=C(C56C(C(C(OC(C)=O)C7(CC)C=CCN(C67)CC5)(O)C(=O)OC)N4C=O)C=3)OC)CN1CCC1=C2NC2=CC=CC=C12 OGWKCGZFUXNPDA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011782 vitamin Substances 0.000 description 1
- 229940088594 vitamin Drugs 0.000 description 1
- 229930003231 vitamin Natural products 0.000 description 1
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
- 150000003742 xyloses Chemical class 0.000 description 1
Description
Область техники, к которой относится изобретениеField of technology to which the invention relates
Изобретение относится к химерным антигенным рецепторам (CAR). CAR способны перенацеливать специфичность иммунных клеток и реактивность на выбранную мишень, развивающую свойства лигандсвязывающего домена. В особенности, изобретение относится к CAR, которые специфически связываются с вариантом III рецептора эпидермального фактора роста (EGFRvIII специфические CAR). Изобретение дополнительно относится к полинуклеотидам, кодирующим EGFRvIII специфические CAR, и выделенным клеткам, экспрессирующим EGFRvIII специфические CAR на их поверхности. Изобретение дополнительно относится к способам конструирования иммунных клеток, экспрессирующих EGFRvIII специфические CAR на их поверхности. Изобретение особенно пригодно для лечения солидных опухолей, таких как мультиформная глиобластома (GBM), немелкоклеточный рак легкого, рак головы и шеи, рак молочной железы, рак яичников и рак предстательной железы. Изобретение дополнительно относится к иммунным клеткам, содержащим EGFRvIII специфические CAR (EGFRvIII специфические CAR-T клетки), композициям, содержащим EGFRvIII специфические CAR-T клетки, и способам применения EGFRvIII специфических CAR-T клеток для лечения EGFRvIII-опосредованных патологий.The invention relates to chimeric antigen receptors (CARs). CARs are capable of retargeting immune cell specificity and reactivity to a selected target, developing the properties of a ligand-binding domain. In particular, the invention relates to CARs that specifically bind to epidermal growth factor receptor variant III (EGFRvIII specific CARs). The invention further relates to polynucleotides encoding EGFRvIII specific CARs, and isolated cells expressing EGFRvIII specific CARs on their surface. The invention further relates to methods for constructing immune cells expressing EGFRvIII specific CARs on their surface. The invention is particularly useful for the treatment of solid tumors such as glioblastoma multiforme (GBM), non-small cell lung cancer, head and neck cancer, breast cancer, ovarian cancer and prostate cancer. The invention further relates to immune cells containing EGFRvIII specific CARs (EGFRvIII specific CAR-T cells), compositions containing EGFRvIII specific CAR-T cells, and methods of using EGFRvIII specific CAR-T cells for the treatment of EGFRvIII-mediated pathologies.
Предпосылки создания изобретенияPrerequisites for creating the invention
EGFR вариант III (EGFRvIII), опухолеспецифический мутант EGFR, является продуктом перестройки генома, который часто связан с амплификацией гена EGFR дикого типа. EGFRvIII образуется путем делеции внутри рамки считывания экзонов 2-7, что приводит к делеции 267 аминокислот с замещением глицина на стыке. Усеченный рецептор теряет свою способность связывать лиганды, но получает конститутивную киназную активность. Интересным является тот факт, что EGFRvIII всегда совместно ко-экспрессируется с полноразмерным EGFR дикого типа в одних и тех же опухолевых клетках.EGFR variant III (EGFRvIII), a tumor-specific EGFR mutant, is the product of a genomic rearrangement that is often associated with amplification of the wild-type EGFR gene. EGFRvIII is formed by an in-frame deletion of exons 2–7, resulting in a 267 amino acid deletion with a glycine substitution at the junction. The truncated receptor loses its ability to bind ligands but gains constitutive kinase activity. Of interest is the fact that EGFRvIII is always co-expressed with full-length wild-type EGFR in the same tumor cells.
Кроме того, клетки, экспрессирующие EGFRvIII, проявляют повышенную пролиферацию, инвазию, ангиогенез и резистентность к апоптозу.In addition, cells expressing EGFRvIII exhibit increased proliferation, invasion, angiogenesis, and resistance to apoptosis.
EGFRvIII наиболее часто обнаруживают при мультиформной глиобластоме (GBM). Согласно имеющимся оценкам 25-35% GBM несет его усеченные рецепторы. Кроме того, его экспрессия отражает более агрессивный фенотип и плохой прогноз. Кроме GBM, экспрессия EGFRvIII также была описана при других солидных опухолях, таких как немелкоклеточный рак легкого, рак головы и шеи, рак молочной железы, рак яичников и рак предстательной железы. И наоборот, EGFRvIII не экспрессируется в здоровых тканях. Отсутствие экспрессии в нормальных тканях делает EGFRvIII идеальной мишенью для разработки опухолеспецифической нацеленной терапии.EGFRvIII is most commonly found in glioblastoma multiforme (GBM). It is estimated that 25-35% of GBM carries its truncated receptors. In addition, its expression reflects a more aggressive phenotype and poor prognosis. Besides GBM, EGFRvIII expression has also been described in other solid tumors such as non-small cell lung cancer, head and neck cancer, breast cancer, ovarian cancer and prostate cancer. Conversely, EGFRvIII is not expressed in healthy tissues. The lack of expression in normal tissues makes EGFRvIII an ideal target for the development of tumor-specific targeted therapies.
Адоптивный перенос Т-клеток, генетически модифицированных для распознавания антигенов, связанных со злокачественными новообразованиями, показал перспективы в качестве нового подхода для лечения злокачественного новообразования (см., например, Brenner и др., Current Opinion in Immunology, 22(2): 251-257 (2010); Rosenberg и др., Nature Reviews Cancer, 8(4): 299-308 (2008)). Т-клетки могут быть генетически модифицированы таким образом, чтобы экспрессировать химерные антигенные рецепторы (CAR), которые представляют собой слитые белки, состоящие из компонента, распознающего антиген, и доменов, активирующих Т-клетки (см., например, Eshhar и др., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90(2): 720-724 (1993), и Sadelain и др., Curr. Opin. Immunol, 21(2): 215-223 (2009)). Таким образом, лечение солидных опухолей, таких как мультиформная глиобластома, с использованием анти-EGFRvIII антагониста, включая EGFRvIII специфические CAR и EGFRvIII специфические CAR-T клетки, будет являться перспективным терапевтическим агентом. Краткое изложение сущности изобретенияAdoptive transfer of T cells genetically modified to recognize antigens associated with cancer has shown promise as a new approach for the treatment of cancer (see, for example, Brenner et al., Current Opinion in Immunology, 22(2): 251- 257 (2010); Rosenberg et al., Nature Reviews Cancer, 8(4): 299-308 (2008)). T cells can be genetically modified to express chimeric antigen receptors (CARs), which are fusion proteins consisting of an antigen recognition component and T cell activating domains (see, for example, Eshhar et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90(2): 720-724 (1993), and Sadelain et al., Curr. Opin. Immunol, 21(2): 215-223 (2009)). Thus, treating solid tumors such as glioblastoma multiforme using an anti-EGFRvIII antagonist, including EGFRvIII specific CARs and EGFRvIII specific CAR-T cells, will be a promising therapeutic agent. Summary of the invention
Обеспечиваются химерные антигенные рецепторы (CAR), которые связываются с EGFRvIII. Показано, что определенные EGFRvIII специфические CAR являются эффективными, когда экспрессируются в Т-клетках для активации Т-клеток при контактировании с EGFRvIII. Благоприятно, обеспечиваемые в настоящем изобретении EGFRvIII специфические CAR связывают EGFRvIII человека. Также благоприятно, обеспечиваемые в настоящем изобретении EGFRvIII специфические CAR-T клетки проявляют дегранулирующую активность, повышают продукцию гамма-интерферона, и/или цитотоксическую активность при контактировании с клетками, экспрессирующими EGFRvIII.Chimeric antigen receptors (CARs) are provided that bind to EGFRvIII. Certain EGFRvIII specific CARs have been shown to be effective when expressed in T cells to activate T cells upon contact with EGFRvIII. Advantageously, the EGFRvIII specific CARs provided in the present invention bind human EGFRvIII. Also advantageously, the EGFRvIII specific CAR-T cells provided by the present invention exhibit degranulation activity, increased interferon gamma production, and/or cytotoxic activity when contacted with cells expressing EGFRvIII.
В одном аспекте, изобретение обеспечивает EGFRvIII специфический CAR, содержащий внеклеточный лиганд-связывающий домен, первый трансмембранный домен, и внутриклеточный сигнальный домен, где внеклеточный лиганд-связывающий домен содержит (а) вариабельную область тяжелой цепи (VH), содержащую (I) VH гипервариабельную область один (CDR1), содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 62, 63, 64, 74, 75, 76, 80, 81, 82, 88, 89, 90, 109, 110, 111, 115, 116, 117, 121, 122, 123, 137, 138, или 139; (II) VH CDR2, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 70, 71, 77, 78, 83, 84, 86, 87, 91, 92, 112, 113, 118, 119, 124, 125, 127, 128, 140, или 141; и III) VH CDR3, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 73, 79, 85, 114, 120, 126, 129, или 142, и/или (б) вариабельную область легкой цепи (VL), содержащую (I) VL CDR1, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 149, 156, 159, 162, 165, 182, 185, 187, или 195; (II) VL CDR2, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 152, 157, 160, 163, 183, 186, 188, или 196; и (III) VL CDR3, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 153, 158, 161, 164, 184, 189, или 197.In one aspect, the invention provides an EGFRvIII specific CAR comprising an extracellular ligand binding domain, a first transmembrane domain, and an intracellular signaling domain, wherein the extracellular ligand binding domain comprises (a) a heavy chain variable region (VH) containing (i) a VH hypervariable region one (CDR1) containing the sequence shown in SEQ ID NO: 62, 63, 64, 74, 75, 76, 80, 81, 82, 88, 89, 90, 109, 110, 111, 115, 116, 117 , 121, 122, 123, 137, 138, or 139; (II) VH CDR2 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 70, 71, 77, 78, 83, 84, 86, 87, 91, 92, 112, 113, 118, 119, 124, 125, 127, 128 , 140, or 141; and III) VH CDR3 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 73, 79, 85, 114, 120, 126, 129, or 142, and/or (b) a light chain variable region (VL) containing (I) VL CDR1 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 149, 156, 159, 162, 165, 182, 185, 187, or 195; (II) VL CDR2 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 152, 157, 160, 163, 183, 186, 188, or 196; and (III) VL CDR3 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 153, 158, 161, 164, 184, 189, or 197.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает EGFRvIII специфический CAR, содержащий внеклеIn another aspect, the invention provides an EGFRvIII specific CAR containing extracellular
- 1 044329 точный лиганд-связывающий домен, первый трансмембранный домен, и внутриклеточный сигнальный домен, где внеклеточный лиганд-связывающий домен содержит одноцепочечный Fv фрагмент (scFv), содержащий вариабельную область тяжелой цепи (VH), содержащую три CDR из VH области, содержащие последовательность, представленную в SEQ ID NO: 5, 9, 11, 13, 15, 37, 39, 41, 43, или 48; и/или вариабельную область легкой цепи (VL), содержащую три CDR из VL области, содержащие последовательность, представленную в SEQ ID NO: 6, 10, 12, 14, 16, 38, 40, 42, или 49. В некоторых вариантах осуществления, VH область может содержать последовательность, представленную в SEQ ID NO: 5, 9, 11, 13, 15, 37, 39, 41, 43, или 48, или ее вариант с одной или несколькими консервативными аминокислотными заменами в участках, которые не находятся в пределах CDR, и/или VL участок может содержать аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 6, 10, 12, 14, 16, 38, 40, 42, или 49, или ее вариант с одной или несколькими аминокислотными заменами в аминокислотах, которые не находятся в пределах CDR. Например, в некоторых вариантах осуществления, VH или VL область из scFv может содержать аминокислотную последовательность, описанную выше, или ее вариант с не более, чем 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, или 1 консервативными заменами в участках, которые не находятся в пределах CDR.- 1 044329 a precise ligand binding domain, a first transmembrane domain, and an intracellular signaling domain, wherein the extracellular ligand binding domain comprises a single chain Fv fragment (scFv) containing a heavy chain variable region (VH) containing three CDRs from the VH region containing the sequence represented by SEQ ID NO: 5, 9, 11, 13, 15, 37, 39, 41, 43, or 48; and/or a light chain variable region (VL) comprising three CDRs from the VL region containing the sequence set forth in SEQ ID NO: 6, 10, 12, 14, 16, 38, 40, 42, or 49. In some embodiments, The VH region may contain the sequence set forth in SEQ ID NO: 5, 9, 11, 13, 15, 37, 39, 41, 43, or 48, or a variant thereof with one or more conservative amino acid substitutions in regions that are not within the CDR, and/or VL region may contain the amino acid sequence presented in SEQ ID NO: 6, 10, 12, 14, 16, 38, 40, 42, or 49, or a variant thereof with one or more amino acid substitutions in the amino acids , which are not within the CDR. For example, in some embodiments, the VH or VL region of a scFv may comprise the amino acid sequence described above, or a variant thereof with no more than 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, or 1 conserved substitutions in areas that are not within the CDR.
В некоторых вариантах осуществления, изобретение обеспечивает EGFRvIII специфический CAR, содержащий внеклеточный лиганд-связывающий домен, первый трансмембранный домен, и внутриклеточный сигнальный домен, где внеклеточный лиганд-связывающий домен содержит одноцепочечный Fv фрагмент (scFv), содержащий вариабельную область тяжелой цепи (VH), содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 11, 15, 30, 37, или 41; и/или вариабельную область легкой цепи (VL), содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 12, 16, 31, 38, или 42. В некоторых вариантах осуществления, VH содержит последовательность, представленную в SEQ ID NO: 11, и VL содержит последовательность, представленную в SEQ ID NO: 12. В некоторых вариантах осуществления, VH содержит последовательность, представленную в SEQ ID NO: 15, и VL содержит последовательность, представленную в SEQ ID NO: 16. В некоторых вариантах осуществления, VH содержит последовательность, представленную в SEQ ID NO: 30, и VL содержит последовательность, представленную в SEQ ID NO: 31. В некоторых вариантах осуществления, VH содержит последовательность, представленную в SEQ ID NO: 37, и VL содержит последовательность, представленную в SEQ ID NO: 38. В некоторых вариантах осуществления, VH содержит последовательность, представленную в SEQ ID NO: 41, и VL содержит последовательность, представленную в SEQ ID NO: 42.In some embodiments, the invention provides an EGFRvIII specific CAR comprising an extracellular ligand binding domain, a first transmembrane domain, and an intracellular signaling domain, wherein the extracellular ligand binding domain comprises a single chain Fv fragment (scFv) containing a heavy chain variable region (VH), containing the sequence shown in SEQ ID NO: 11, 15, 30, 37, or 41; and/or a light chain variable region (VL) comprising the sequence shown in SEQ ID NO: 12, 16, 31, 38, or 42. In some embodiments, the VH contains the sequence shown in SEQ ID NO: 11, and VL contains the sequence presented in SEQ ID NO: 12. In some embodiments, VH contains the sequence presented in SEQ ID NO: 15, and VL contains the sequence presented in SEQ ID NO: 16. In some embodiments, VH contains the sequence presented in SEQ ID NO: 30, and VL contains the sequence presented in SEQ ID NO: 31. In some embodiments, VH contains the sequence presented in SEQ ID NO: 37 and VL contains the sequence presented in SEQ ID NO: 38 In some embodiments, VH contains the sequence presented in SEQ ID NO: 41, and VL contains the sequence presented in SEQ ID NO: 42.
В некоторых вариантах осуществления, внутриклеточный сигнальный домен содержит CD3zeta сигнальный домен. В некоторых вариантах осуществления, внутриклеточный сигнальный домен содержит 4-1ВВ сигнальный домен. В некоторых вариантах осуществления, CAR может дополнительно содержать второй внутриклеточный сигнальный домен. В некоторых вариантах осуществления, второй внутриклеточный сигнальный домен может содержать 4-1ВВ сигнальный домен. В некоторых вариантах осуществления первый внутриклеточный сигнальный домен содержит CD3zeta сигнальный домен и второй внутриклеточный сигнальный домен содержит 4-1ВВ сигнальный домен.In some embodiments, the intracellular signaling domain comprises a CD3zeta signaling domain. In some embodiments, the intracellular signaling domain comprises a 4-1BB signaling domain. In some embodiments, the CAR may further comprise a second intracellular signaling domain. In some embodiments, the second intracellular signaling domain may comprise a 4-1BB signaling domain. In some embodiments, the first intracellular signaling domain comprises a CD3zeta signaling domain and the second intracellular signaling domain comprises a 4-1BB signaling domain.
В некоторых вариантах осуществления, CAR может содержать стволовой домен между внеклеточным лиганд-связывающим доменом и первым трансмембранным доменом. В некоторых вариантах осуществления, стволовой домен может быть выбран из группы, включающей: CD8a петлю человека, CD28 петлю человека, IgG1 петлю, и FcyRIIIa петлю.In some embodiments, the CAR may comprise a stem domain between the extracellular ligand binding domain and the first transmembrane domain. In some embodiments, the stem domain may be selected from the group consisting of: human CD8a loop, human CD28 loop, IgG1 loop, and FcyRIIIa loop.
В некоторых вариантах осуществления, первый трансмембранный домен может содержать трансмембранный домен цепи CD8a.In some embodiments, the first transmembrane domain may comprise a CD8a chain transmembrane domain.
В некоторых вариантах осуществления, CAR может содержать другой внеклеточный лигандсвязывающий домен, который не является специфическим для EGFRvIII.In some embodiments, the CAR may contain another extracellular ligand binding domain that is not specific for EGFRvIII.
В некоторых вариантах осуществления CAR, внеклеточный(е) лиганд-связывающий(е) домен(ы), первый трансмембранный домен, и внутриклеточный(е) сигнальный(е) домен(ы) находятся на одном полипептиде.In some embodiments, the CAR, extracellular ligand binding domain(s), first transmembrane domain, and intracellular signaling domain(s) are on the same polypeptide.
В некоторых вариантах осуществления, CAR может содержать второй трансмембранный домен, где первый трансмембранный домен и внеклеточный(е) лиганд-связывающий(е) домен(ы) находятся на первом полипептиде, и где второй трансмембранный домен и внутриклеточный(е) сигнальный(е) домен(ы) находятся на втором полипептиде, где первый трансмембранный домен содержит трансмембранный домен из α цепи IgE рецептора с высокой аффинностью (FcεRI) и второй трансмембранный домен содержит трансмембранный домен из γ или β цепи FcsRI. В некоторых вариантах осуществления, CAR может содержать третий полипептид, содержащий третий трансмембранный домен, слитый с внутриклеточным сигнальным доменом из костимулирующей молекулы, где третий трансмембранный домен содержит трансмембранный домен из γ или β цепи FcεRI.In some embodiments, the CAR may comprise a second transmembrane domain, wherein the first transmembrane domain and extracellular ligand-binding domain(s) are on the first polypeptide, and wherein the second transmembrane domain and intracellular signaling domain(s) are present on the first polypeptide. the domain(s) are located on the second polypeptide, where the first transmembrane domain contains a transmembrane domain from the α chain of the high affinity IgE receptor (FcεRI) and the second transmembrane domain contains a transmembrane domain from the γ or β chain of FcsRI. In some embodiments, the CAR may comprise a third polypeptide comprising a third transmembrane domain fused to an intracellular signaling domain from a co-stimulatory molecule, wherein the third transmembrane domain comprises a transmembrane domain from the γ or β chain of FcεRI.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает выделенный полинуклеотид, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую EGFRvIII специфический CAR, как описано в настоящем изобретении.In another aspect, the invention provides an isolated polynucleotide containing a nucleotide sequence encoding an EGFRvIII specific CAR, as described in the present invention.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает экспрессионный вектор, содержащий нуклеотиднуюIn another aspect, the invention provides an expression vector containing a nucleotide
- 2 044329 последовательность, кодирующую EGFRvIII специфическое CAR антитело, как описано в настоящем изобретении.- 2044329 sequence encoding an EGFRvIII specific CAR antibody as described in the present invention.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает сконструированную иммунную клетку, экспрессирующую на ее наружной клеточной мембране EGFRvIII специфические CAR, как описано в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, сконструированная иммунная клетка может содержать другой CAR, который не является специфическим для EGFRvIII.In another aspect, the invention provides an engineered immune cell expressing EGFRvIII specific CARs on its outer cell membrane, as described in the present invention. In some embodiments, the engineered immune cell may contain another CAR that is not specific for EGFRvIII.
В некоторых вариантах осуществления, сконструированная иммунная клетка может содержать полинуклеотид, кодирующий суицидный полипептид. В некоторых вариантах осуществления, суицидный полипептид представляет собой RQR8. В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотид, кодирующий суицидный полипептид, находится в другой молекуле нуклеиновой кислоты, чем полинуклеотид, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую EGFRvIII специфический CAR. В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотид, кодирующий суицидный полипептид, является частью той же молекулы нуклеиновой кислоты, что и полинуклеотид, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую EGFRvIII специфический CAR.In some embodiments, the engineered immune cell may contain a polynucleotide encoding a suicide polypeptide. In some embodiments, the suicide polypeptide is RQR8. In some embodiments, the polynucleotide encoding the suicide polypeptide is on a different nucleic acid molecule than the polynucleotide containing the nucleotide sequence encoding the EGFRvIII specific CAR. In some embodiments, the polynucleotide encoding the suicide polypeptide is part of the same nucleic acid molecule as the polynucleotide containing the nucleotide sequence encoding the EGFRvIII specific CAR.
В некоторых вариантах осуществления, сконструированная иммунная клетка, содержащая EGFRvШ-специфический CAR, может содержать суицидный полипептид в отдельной полипептидной цепи из полипептидной цепи EGFRvIII-специфического CAR.In some embodiments, the engineered immune cell containing the EGFRvIII-specific CAR may contain a suicide polypeptide on a separate polypeptide chain from the polypeptide chain of the EGFRvIII-specific CAR.
В некоторых вариантах осуществления, EGFRvIII специфический CAR, как описано в настоящем изобретении, также содержит суицидный полипептид в одной и той же полипептидной цепи, что и CAR. Например, суицидный полипептид может находиться между scFv и петлевой последовательностью CAR. В некоторых вариантах осуществления, суицидный полипептид в CAR может иметь R2 формат, как обеспечивается в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, суицидный полипептид содержит эпитоп, который распознается ритуксимабом.In some embodiments, the EGFRvIII specific CAR, as described in the present invention, also contains a suicide polypeptide on the same polypeptide chain as the CAR. For example, the suicide polypeptide may be located between the scFv and the CAR loop sequence. In some embodiments, the suicide polypeptide in the CAR may be in R2 format, as provided in the present invention. In some embodiments, the suicide polypeptide contains an epitope that is recognized by rituximab.
Также в настоящем изобретении обеспечивается полинуклеотид, кодирующий EGFRvIII специфический CAR, который также кодирует суицидный полипептид в CAR.Also provided by the present invention is a polynucleotide encoding an EGFRvIII specific CAR, which also encodes a suicide polypeptide in the CAR.
В некоторых вариантах осуществления, иммунная клетка может иметь происхождение из воспалительного Т-лимфоцита, цитотоксического Т-лимфоцита, регуляторного Т-лимфоцита, Т-лимфоцита памяти, хелперного Т-лимфоцита, естественного Т-лимфоцита киллера, или естественной клетки-киллера.In some embodiments, the immune cell may be derived from an inflammatory T lymphocyte, a cytotoxic T lymphocyte, a regulatory T lymphocyte, a memory T lymphocyte, a helper T lymphocyte, a natural killer T lymphocyte, or a natural killer cell.
В некоторых вариантах осуществления, сконструированная иммунная клетка может содержать разрушение в одном или нескольких эндогенных генах, где эндогенный ген кодирует TCRa, TCRe, CD52, глюкокортикоидный рецептор (GR), дезоксицитидин киназу (dCK), или белок иммунной контрольной точки, такой как, например, запрограммированная гибель-1 (PD-1).In some embodiments, the engineered immune cell may comprise a disruption in one or more endogenous genes, wherein the endogenous gene encodes TCRa, TCRe, CD52, glucocorticoid receptor (GR), deoxycytidine kinase (dCK), or an immune checkpoint protein, such as, for example , programmed death-1 (PD-1).
В некоторых вариантах осуществления, иммунную клетку получают от здорового донора. В некоторых вариантах осуществления, иммунную клетку получают от пациента.In some embodiments, the immune cell is obtained from a healthy donor. In some embodiments, the immune cell is obtained from a patient.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает сконструированную иммунную клетку, экспрессирующую на ее наружной клеточной мембране EGFRvIII специфические CAR, как описано в настоящем изобретении для применения в качестве лекарственного средства. В некоторых вариантах осуществления, лекарственное средство предназначено для применения для лечения злокачественного новообразования, связанного с EGFRvIII, (например, любое злокачественное новообразование с EGFRvIII экспрессией) выбранного из группы, включающей мультиформную глиобластому, анапластическую астроцитому, гигантоклеточную глиобластому, глиосаркому, анапластическую олигодендроглиому, анапластическую эпендимому, анапластическую олигоастроцитому, карциному хориоидного сплетения, анапластическую ганглиоглиому, пинеобластому, пинеоцитому, менингиому, медуллоэпителиому, эпендимобластому, медуллобластому, супратенториальную примитивную нейроэктодермальную опухоль, атипичную тератоидно-рабдоидную опухоль, смешанную глиому, рак головы и шеи, немелкоклеточный рак легкого, рак молочной железы, рак яичников, рак предстательной железы, медуллобастому, рак ободочной и прямой кишки, рак анального канала, рак шейки матки, рак почки, рак кожи, рак поджелудочной железы, рак печени, рак мочевого пузыря, рак желудку, рак щитовидной железы, мезотелиому, рак матки, лимфому и лейкоз.In another aspect, the invention provides an engineered immune cell expressing EGFRvIII specific CARs on its outer cell membrane as described herein for use as a drug. In some embodiments, the medicament is for use in the treatment of an EGFRvIII-associated malignancy (e.g., any malignancy with EGFRvIII expression) selected from the group consisting of glioblastoma multiforme, anaplastic astrocytoma, giant cell glioblastoma, gliosarcoma, anaplastic oligodendroglioma, anaplastic ependymoma , anaplastic oligoastrocytoma, choroid plexus carcinoma, anaplastic ganglioglioma, pineoblastoma, pineocytoma, meningioma, medulloepithelioma, ependymoblastoma, medulloblastoma, supratentorial primitive neuroectodermal tumor, atypical teratoid-rhabdoid tumor, mixed glioma, head and neck cancer, not small cell lung cancer, breast cancer, ovarian cancer, prostate cancer, medullobastomy, colorectal cancer, anal cancer, cervical cancer, kidney cancer, skin cancer, pancreatic cancer, liver cancer, bladder cancer, stomach cancer, thyroid cancer, mesothelioma, cancer uterus, lymphoma and leukemia.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает способ конструирования иммунной клетки, включающий: обеспечение иммунной клетки; и экспрессирование на поверхности клетки по меньшей мере одного EGFRvIII специфического CAR, как описано в настоящем изобретении.In another aspect, the invention provides a method for constructing an immune cell, comprising: providing an immune cell; and expressing on the cell surface at least one EGFRvIII specific CAR, as described in the present invention.
В некоторых вариантах осуществления, способ включает: обеспечение иммунной клетки; интродуцирование в клетку по меньшей мере одного полинуклеотида, кодирующего указанный EGFRvIII специфический CAR; и экспрессирование указанного полинуклеотида в клетке.In some embodiments, the method includes: providing an immune cell; introducing into the cell at least one polynucleotide encoding said EGFRvIII specific CAR; and expressing said polynucleotide in the cell.
В некоторых вариантах осуществления, способ включает обеспечение иммунной клетки; интродуцирование в клетку по меньшей мере одного полинуклеотида, кодирующего указанный EGFRvIII специфический CAR; и интродуцирование по меньшей мере одного другого CAR, который не является специфическим для EGFRvIII.In some embodiments, the method includes providing an immune cell; introducing into the cell at least one polynucleotide encoding said EGFRvIII specific CAR; and introducing at least one other CAR that is not specific for EGFRvIII.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает способ лечения субъекта, страдающего от состояния, связанного со злокачественными клетками, где способ включает: обеспечение иммунной клетки, экспрессирующей на поверхности EGFRvIII специфический CAR, как описано в настоящем изобретении; иIn another aspect, the invention provides a method of treating a subject suffering from a condition associated with malignant cells, where the method includes: providing an immune cell expressing on the surface of an EGFRvIII specific CAR, as described in the present invention; And
- 3 044329 введение указанных иммунных клеток указанному пациенту.- 3 044329 introduction of the specified immune cells to the specified patient.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает фармацевтическую композицию, содержащую сконструированную иммунную клетку, как описано в настоящем изобретении.In another aspect, the invention provides a pharmaceutical composition containing an engineered immune cell as described in the present invention.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает способ лечения состояния, связанного со злокачественными клетками, экспрессирующими EGFRvIII, у субъекта, включающий введение субъекту, который в этом нуждается, эффективного количества фармацевтической композиции по пункту, содержащей сконструированную иммунную клетку, как описано в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, состояние представляет собой злокачественное новообразование. В некоторых вариантах осуществления, злокачественное новообразование представляет собой злокачественное новообразование, связанное с EGFRvIII, выбранное из группы, включающей мультиформную глиобластому, анапластическую астроцитому, гигантоклеточную глиобластому, глиосаркому, анапластическую олигодендроглиому, анапластическую эпендимому, анапластическую олигоастроцитому, карциному хориоидного сплетения, анапластическую ганглиоглиому, пинеобластому, пинеоцитому, менингиому, медуллоэпителиому, эпендимобластому, медуллобластому, супратенториальную примитивную нейроэктодермальную опухоль, атипичную тератоидно-рабдоидную опухоль, смешанную глиому, рак головы и шеи, немелкоклеточный рак легкого, рак молочной железы, рак яичников, рак предстательной железы, медуллобастому, рак ободочной и прямой кишки, рак анального канала, рак почки, рак шейки матки, рак печени, рак поджелудочной железы, рак желудку, рак щитовидной железы, мезотелиому, рак матки и рак мочевого пузыря.In another aspect, the invention provides a method of treating a condition associated with EGFRvIII-expressing malignant cells in a subject, comprising administering to the subject in need thereof an effective amount of a pharmaceutical composition comprising an engineered immune cell as described herein. In some embodiments, the condition is a malignancy. In some embodiments, the cancer is an EGFRvIII-associated malignancy selected from the group consisting of glioblastoma multiforme, anaplastic astrocytoma, giant cell glioblastoma, gliosarcoma, anaplastic oligodendroglioma, anaplastic ependymoma, anaplastic oligoastrocytoma, choroid plexus carcinoma, anaplastic ic ganglioglioma, pineoblastoma, pineocytoma, meningioma, medulloepithelioma, ependymoblastoma, medulloblastoma, supratentorial primitive neuroectodermal tumor, atypical teratoid-rhabdoid tumor, mixed glioma, head and neck cancer, non-small cell lung cancer, breast cancer, ovarian cancer, prostate cancer, medullobastomy, colon and rectal cancer colon, anal cancer, kidney cancer, cervical cancer, liver cancer, pancreatic cancer, stomach cancer, thyroid cancer, mesothelioma, uterine cancer and bladder cancer.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает способ ингибирования роста или прогрессирования опухоли у субъекта, который имеет злокачественные клетки, экспрессирующие EGFRvIII, включающий введение субъекту, который в этом нуждается, эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей сконструированную иммунную клетку, как описано в настоящем изобретении.In another aspect, the invention provides a method of inhibiting the growth or progression of a tumor in a subject who has cancer cells expressing EGFRvIII, comprising administering to the subject in need thereof an effective amount of a pharmaceutical composition comprising an engineered immune cell as described herein.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает способ ингибирования метастазирования злокачественных клеток, экспрессирующих EGFRvIII, у субъекта, включающий введение субъекту, который в этом нуждается, эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей сконструированную иммунную клетку, как описано в настоящем изобретении.In another aspect, the invention provides a method of inhibiting metastasis of malignant cells expressing EGFRvIII in a subject, comprising administering to the subject in need thereof an effective amount of a pharmaceutical composition comprising an engineered immune cell as described herein.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает способ индуцирования регрессии опухоли, у субъекта, который имеет злокачественные клетки, экспрессирующие EGFRvIII, включающий введение субъекту, который в этом нуждается, эффективного количества фармацевтической композиции, содержащей сконструированную иммунную клетку, как описано в настоящем изобретении.In another aspect, the invention provides a method of inducing tumor regression in a subject who has cancer cells expressing EGFRvIII, comprising administering to the subject in need thereof an effective amount of a pharmaceutical composition containing an engineered immune cell as described herein.
Краткое описание фигур/рисунковBrief description of figures/drawings
На фиг. 1А, фиг. 1В, и фиг. 1С представлены примеры FACS гистограмм связывания трех EGFRvIII антител: mAb 42G9 (фиг. 1А), 32А10 (фиг. 1В) и 32G8 (фиг. 1С), с тремя F98 клеточными линиями: F98 (EGFR отрицательная), F98-EGFRwt, и F98-EGFRvIII. На оси X представлена интенсивность флуоресценции; на оси Y представлен процент максимального/нормированного к модальному значению.In fig. 1A, fig. 1B, and FIG. Figure 1C shows examples of FACS binding histograms of three EGFRvIII antibodies: mAbs 42G9 (Fig. 1A), 32A10 (Fig. 1B), and 32G8 (Fig. 1C), with three F98 cell lines: F98 (EGFR negative), F98-EGFRwt, and F98 -EGFRvIII. The x-axis represents the fluorescence intensity; the Y-axis represents the percentage of the maximum/normalized to the modal value.
На фиг. 2А представлен столбчатый график, в котором обобщена EGFRvIII специфическая CAR экспрессия для CAR, содержащих различные EGFRvIII специфические клоны.In fig. 2A is a bar graph that summarizes EGFRvIII CAR-specific expression for CARs containing different EGFRvIII specific clones.
На фиг. 2В представлен столбчатый график, в котором обобщен процент EGFRvIII специфических CAR T клеток, которые связаны с рекомбинантным EGFR-mFc и EGFRvIII-mFc.In fig. 2B is a bar graph summarizing the percentage of EGFRvIII specific CAR T cells that are associated with recombinant EGFR-mFc and EGFRvIII-mFc.
На фиг. 2С представлен столбчатый график, в котором обобщена экспрессия CAR, содержащих 10 различных EGFRvIII специфических клонов в CAR T клетках.In fig. 2C is a bar graph that summarizes the expression of CARs containing 10 different EGFRvIII specific clones in CAR T cells.
На фиг. 3 представлен столбчатый график, в котором обобщены активности дегранулирования EGFRvIII специфических CAR T клеток, экспрессирующих различные EGFRvIII специфические клоны, отдельно или при совместном культивировании с различными клеточными линиями: клетки, которые не экспрессируют какой-либо EGFR белок (NCI-H522 и U87-KO), клетки экспрессируют высокий уровень EGFR дикого типа (U87-KO-EGFRwt), или клетки, которые экспрессируют низкий (NCI-H522-EGFRvIII) и высокий (U87-KO-EGFRvIII) уровни EGFRvIII.In fig. 3 is a bar graph summarizing the EGFRvIII degranulation activities of specific CAR T cells expressing different EGFRvIII specific clones, alone or when cocultured with different cell lines: cells that do not express any EGFR protein (NCI-H522 and U87-KO ), cells express high levels of wild-type EGFR (U87-KO-EGFRwt), or cells that express low (NCI-H522-EGFRvIII) and high (U87-KO-EGFRvIII) levels of EGFRvIII.
На фиг. 4 представлен столбчатый график, в котором обобщена IFNy секреция с помощью EGFRvIII специфических CAR T клеток, экспрессирующих различные EGFRvIII специфические клоны, отдельно или при совместном культивировании с различными клеточными линиями: клетки, которые не экспрессируют какой-либо EGFR белок (NCI-H522 и U87-KO), клетки экспрессируют высокий уровень EGFR дикого типа (U87-KO-EGFRwt), или клетки, которые экспрессируют низкий (NCI-H522-EGFRvIII) и высокий (U87-KO-EGFRvIII) уровни EGFRvIII.In fig. 4 is a bar graph summarizing IFNy secretion by EGFRvIII specific CAR T cells expressing different EGFRvIII specific clones, alone or when co-cultured with different cell lines: cells that do not express any EGFR protein (NCI-H522 and U87 -KO), cells express high levels of wild-type EGFR (U87-KO-EGFRwt), or cells that express low (NCI-H522-EGFRvIII) and high (U87-KO-EGFRvIII) levels of EGFRvIII.
На фиг. 5 представлен столбчатый график сравнения цитотоксичности EGFRvIII специфических CAR T клеток, экспрессирующих различные EGFRvIII специфические клоны, по отношению к клеточной линии, экспрессирующей EGFR дикого типа (U87-KO-EGFRwt) относительно высокой (U87-KOEGFRvIII) и низкой EGFRvIII (NCI-H522-EGFRvIII) экспрессирующих клеточных линий.In fig. 5 is a bar graph comparing the cytotoxicity of EGFRvIII specific CAR T cells expressing different EGFRvIII specific clones relative to a cell line expressing wild type EGFR (U87-KO-EGFRwt) relatively high (U87-KOEGFRvIII) and low EGFRvIII (NCI-H522- EGFRvIII) expressing cell lines.
На фиг. 6 представлен график, в котором обобщены противоопухолевые активности EGFRvIII специфических CAR T клеток, экспрессирующих различные EGFRvIII специфические клоны по отношению к GBM клеткам на подкожной GBM модели ксенотрансплантата.In fig. 6 is a graph summarizing the antitumor activities of EGFRvIII specific CAR T cells expressing various EGFRvIII specific clones against GBM cells in a subcutaneous GBM xenograft model.
На фиг. 7 представлен столбчатый график, в котором обобщена CAR экспрессия с помощью CAR T клеток, экспрессирующих четыре различных EGFRvIII специфических клона в CAR и несущих интра- 4 044329In fig. 7 is a bar graph that summarizes CAR expression by CAR T cells expressing four different EGFRvIII specific clones in CAR and carrying intra- 4 044329
CAR суицидную последовательность R2 в CAR в День 4, День 9/10, и День 14/15 после трансдукции Тклеток.CAR suicide sequence R2 in CAR on Day 4, Day 9/10, and Day 14/15 after T cell transduction.
На фиг. 8 представлен столбчатый график, в котором обобщена CAR экспрессия с помощью CAR T клеток, экспрессирующих четыре различных EGFRvIII специфические клоны в CAR и несущих интраCAR суицидную последовательность R2 в День 4 и День 14/15 после трансдукции Т-клеток.In fig. 8 is a bar graph summarizing CAR expression by CAR T cells expressing four different EGFRvIII specific clones in the CAR and carrying the intraCAR R2 suicide sequence at Day 4 and Day 14/15 after T cell transduction.
На фиг. 9 представлен столбчатый график, в котором обобщена цитотоксичность CAR T клеток, экспрессирующих четыре различных EGFRvIII специфические клоны и несущих интра-CAR суицидную последовательность R2 по отношению к клеточной линии, экспрессирующей высокие уровни (U87-KOEGFRvIII) и низкие уровни EGFRvIII (NCI-H522-EGFRvIII).In fig. 9 is a bar graph summarizing the cytotoxicity of CAR T cells expressing four different EGFRvIII specific clones and carrying the intra-CAR suicide sequence R2 relative to a cell line expressing high levels (U87-KOEGFRvIII) and low levels of EGFRvIII (NCI-H522- EGFRvIII).
Подробное описаниеDetailed description
Изобретение, раскрытое в настоящем изобретении, обеспечивает химерные антигенные рецепторы (CAR) и иммунные клетки, содержащие CAR (например CAR-T клетки), которые специфически связываются с EGFRvIII (например, humEGFRvIII). Изобретение также обеспечивает полинуклеотиды, кодирующие эти CAR, композиции, содержащие эти CAR-T клетки, и способы получения и применения этих CAR и CAR-T клеток. Изобретение также обеспечивает способы лечения состояния, связанного с EGFRvIII-опосредованными патологиями, у субъекта, такого как злокачественное новообразование.The invention disclosed herein provides chimeric antigen receptors (CARs) and CAR-containing immune cells (eg CAR-T cells) that specifically bind to EGFRvIII (eg humEGFRvIII). The invention also provides polynucleotides encoding these CARs, compositions containing these CAR-T cells, and methods for producing and using these CARs and CAR-T cells. The invention also provides methods for treating a condition associated with EGFRvIII-mediated pathologies in a subject, such as a cancer.
Общие методикиGeneral techniques
При осуществлении изобретения будут применяться, если специально не указано иначе, общепринятые техники молекулярной биологии (включая рекомбинантные техники), микробиологии, клеточной биологии, биохимии, иммунологии, вирусологии, создания и конструирования моноклональных антител, которые известны для квалифицированного специалиста в данной области техники. Такие техники подробно раскрыты в литературе, такой как, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, второе издание (Sambrook и др., 1989) Cold Spring Harbor Press; Oligonucleotide Synthesis (M.J. Gait, ред., 1984); Methods in Molecular Biology, Humana Press; Cell Biology: A Laboratory Notebook (J.E. Cellis, ред., 1998) Academic Press; Animal Cell Culture (R.I. Freshney, ред., 1987); Introduction to Cell and Tissue Culture (J.P. Mather and P.E. Roberts, 1998) Plenum Press; Cell and Tissue Culture: Laboratory Procedures (A. Doyle, J.B. Griffiths, and D.G. Newell, ред., 1993-1998) J. Wiley and Sons; Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.); Handbook of Experimental Immunology (D.M. Weir and C.C. Blackwell, ред.); Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (J.M. Miller and M.P. Calos, ред., 1987); Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel и др., ред., 1987); PCR: The Polymerase Chain Reaction, (Mullis и др., ред., 1994); Current Protocols in Immunology (J.E. Coligan и др., and., 1991); Short Protocols in Molecular Biology (Wiley and Sons, 1999); Immunobiology (C.A. Janeway and P. Travers, 1997); Antibodies (P. Finch, 1997); Antibodies: a practical approach (D. Catty., ред., IRL Press, 1988-1989); Monoclonal antibodies: a practical approach (P. Shepherd and C. Dean, ред., Oxford University Press, 2000); Using antibodies: a laboratory manual (E. Harlow and D. Lane (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999); The Antibodies (M. Zanetti and J.D. Capra, ред., Harwood Academic Publishers, 1995).In carrying out the invention, unless specifically stated otherwise, generally accepted techniques of molecular biology (including recombinant techniques), microbiology, cell biology, biochemistry, immunology, virology, and monoclonal antibody generation and construction will be used, which are known to one skilled in the art. Such techniques are described in detail in the literature, such as, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, second edition (Sambrook et al., 1989) Cold Spring Harbor Press; Oligonucleotide Synthesis (M.J. Gait, ed., 1984); Methods in Molecular Biology, Humana Press; Cell Biology: A Laboratory Notebook (J.E. Cellis, ed., 1998) Academic Press; Animal Cell Culture (R.I. Freshney, ed., 1987); Introduction to Cell and Tissue Culture (J.P. Mather and P.E. Roberts, 1998) Plenum Press; Cell and Tissue Culture: Laboratory Procedures (A. Doyle, J.B. Griffiths, and D.G. Newell, eds., 1993-1998) J. Wiley and Sons; Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.); Handbook of Experimental Immunology (D.M. Weir and C.C. Blackwell, eds.); Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (J.M. Miller and M.P. Calos, eds., 1987); Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., eds., 1987); PCR: The Polymerase Chain Reaction, (Mullis et al., eds., 1994); Current Protocols in Immunology (J.E. Coligan et al., and., 1991); Short Protocols in Molecular Biology (Wiley and Sons, 1999); Immunobiology (C.A. Janeway and P. Travers, 1997); Antibodies (P. Finch, 1997); Antibodies: a practical approach (D. Catty., ed., IRL Press, 1988-1989); Monoclonal antibodies: a practical approach (P. Shepherd and C. Dean, eds., Oxford University Press, 2000); Using antibodies: a laboratory manual (E. Harlow and D. Lane (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999); The Antibodies (M. Zanetti and J.D. Capra, eds., Harwood Academic Publishers, 1995).
ОпределенияDefinitions
Термин внеклеточный лиганд-связывающий домен как используется в настоящем изобретении, относится к олиго- или полипептиду, который способ связываться с лигандом. Предпочтительно, домен способен взаимодействовать с молекулой на клеточной поверхности. Например, внеклеточный лигандсвязывающий домен может быть выбран для распознавания лиганда, который действует в качестве маркера клеточной поверхности на клетки-мишени, связанные с конкретным болезненным состоянием.The term extracellular ligand-binding domain as used in the present invention refers to an oligo- or polypeptide that is capable of binding to a ligand. Preferably, the domain is capable of interacting with a molecule on a cell surface. For example, the extracellular ligand binding domain may be selected to recognize a ligand that acts as a cell surface marker on target cells associated with a particular disease state.
Термин стволовой домен или петлевой домен, которые используются взаимозаменяемо в настоящем изобретении, относятся к любому олиго- или полипептиду, которые функционируют для связывания трансмембранного домена с внеклеточным лиганд-связывающим доменом. В особенности, стволовые домены используются для обеспечения большей гибкости и доступности для внеклеточного лигандсвязывающего домена.The term stem domain or loop domain, as used interchangeably in the present invention, refers to any oligo or polypeptide that functions to link a transmembrane domain to an extracellular ligand binding domain. In particular, stem domains are used to provide greater flexibility and accessibility to the extracellular ligand binding domain.
Термин внутриклеточный сигнальный домен относится к части белка, которая передает эффекторный функциональный сигнал и направляет клетки для осуществления специализированной функции.The term intracellular signaling domain refers to the portion of a protein that transmits an effector functional signal and directs cells to perform a specialized function.
Костимулирующая молекула, как используется в настоящем изобретении, относится к родственному связывающему партнеру на Т клетке, который специфически связывается к ко-стимулирующим лигандом, опосредуя таким образом ко-стимулирующую ответную реакцию с помощью клетки, такую как, но не ограничиваясь только ими, пролиферацию. Костимулирующые молекулы включают, но не ограничиваясь только ими, к молекуле МНС класса I, BTLA и рецептор Toll-лиганда. Примеры костимулирующих молекул включают CD27, CD28, CD8, 4-1ВВ (CD137), OX40, CD30, CD40, PD-1, ICOS, антиген-1, связанный с функцией лимфоцитов (LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, B7-H3 и лиганд, который специфически связывается с CD83 и другие.A costimulatory molecule, as used in the present invention, refers to a cognate binding partner on a T cell that specifically binds to a costimulatory ligand, thereby mediating a costimulatory response by the cell, such as, but not limited to, proliferation. Costimulatory molecules include, but are not limited to, MHC class I molecules, BTLA and receptor Toll ligand. Examples of co-stimulatory molecules include CD27, CD28, CD8, 4-1BB (CD137), OX40, CD30, CD40, PD-1, ICOS, lymphocyte function-associated antigen-1 (LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C , B7-H3 and a ligand that specifically binds to CD83 and others.
Ко-стимулирующий лиганд относится к молекуле на антиген-презентирующей клетке, которая специфически связывает родственную ко-стимулирующую сигнальную молекуле на Т клетке, таким образом обеспечивая сигнал, который, дополнительно к первичному сигналу, обеспечиваемому, например, связыванием TCR/CD3 комплексом, с МНС молекулой, загруженной на пептиде, опосредует Тклеточный ответ, включая, но не ограничиваясь только ими, активацию пролиферации, дифференциации, продукции цитокинов и другие. Ко-стимулирующий лиганд может включать, но не ограничиваясь толькоA costimulatory ligand refers to a molecule on an antigen presenting cell that specifically binds a cognate costimulatory signaling molecule on a T cell, thereby providing a signal that, in addition to the primary signal provided by, for example, TCR/CD3 complex binding, to the MHC the molecule loaded on the peptide mediates the T-cell response, including, but not limited to, activation of proliferation, differentiation, cytokine production and others. The co-stimulatory ligand may include, but is not limited to
- 5 044329 ими, CD7, В7-1 (CD80), В7-2 (CD86), PD-L1, PD-L2, 4-1BBL, OX40L, индуцибельный костимулирующий лиганд (ICOS-L), молекулу межклеточной адгезии (ICAM, CD30L, CD40, CD70, CD83, HLA-G, MICA, M1CB, HVEM, рецептор лимфотоксина β, 3/TR6, ILT3, ILT4, антагонист или антитело, которое связывает рецептор Toll-лиганда и лиганд, который специфически связывается с В7-НЗ. Ко-стимулирующий лиганд также охватывает, в частности, антитело, которое специфически связывается с костимулирующей молекулы, презентированной на Т-клетке, такой как, но не ограничиваясь только ими, CD27, CD28, 41ВВ, ОХ40, CD30, CD40, PD-1, ICOS, антиген-1, связанный с функцией лимфоцитов (LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, В7-И3, лиганд, который специфически связывается с CD83.- 5 044329 im, CD7, B7-1 (CD80), B7-2 (CD86), PD-L1, PD-L2, 4-1BBL, OX40L, inducible costimulatory ligand (ICOS-L), intercellular adhesion molecule (ICAM, CD30L, CD40, CD70, CD83, HLA-G, MICA, M1CB, HVEM, lymphotoxin receptor β, 3/TR6, ILT3, ILT4, antagonist or antibody that binds Toll ligand receptor and ligand that specifically binds B7-H3 A costimulatory ligand also includes, but is not limited to, an antibody that specifically binds to a costimulatory molecule presented on a T cell, such as, but not limited to, CD27, CD28, 41BB, OX40, CD30, CD40, PD-1 , ICOS, lymphocyte function-associated antigen-1 (LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, B7-I3, a ligand that specifically binds to CD83.
Антитело представляет собой молекулу иммуноглобулина, способную специфически связываться с мишенью, такой как углевод, полинуклеотид, липид, полипептид, и др., с помощью по меньшей мере одного антиген-распознающего сайте, расположенного на вариабельном участке молекулы иммуноглобулина. Как используется в настоящем изобретении, термин охватывает не только интактные поликлональные или моноклональные антитела, но также их антиген-связывающие фрагменты (такие как Fab, Fab', F(ab')2, Fv), одноцепочечные (scFv) и домены антитела (включая, например, акульи и верблюжьи антитела), и слитые белки, содержащие антитело, и любую другую модифицированную конфигурацию молекулы иммуноглобулина, которые содержат сайт распознавания антигена. Антитело включает антитело любого класса, такого как IgG, IgA, или IgM (или их подкласса), и антитело не обязательно должно быть любого предпочтительного класса. В зависимости от аминокислотной последовательности константной области его тяжелых цепей антитела, иммуноглобулины могут быть разделены на различные классы. Существует пять основных классов иммуноглобулинов: IgA, IgD, IgE, IgG, и IgM, и некоторые из них могут быть разделены на подклассы (изотипы), например, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 и IgA2. Константные области тяжелой цепи, которые соответствуют различным классам иммуноглобулинов, обозначаются альфа, дельта, эпсилон, гамма и мю, соответственно. Субъединичные структуры и трехмерные конфигурации различных классов иммуноглобулинов известны.An antibody is an immunoglobulin molecule capable of specifically binding to a target, such as a carbohydrate, polynucleotide, lipid, polypeptide, etc., using at least one antigen recognition site located on the variable region of the immunoglobulin molecule. As used herein, the term covers not only intact polyclonal or monoclonal antibodies, but also their antigen-binding fragments (such as Fab, Fab', F(ab') 2 , Fv), single chain (scFv) and antibody domains (including , for example, shark and camel antibodies), and fusion proteins containing the antibody, and any other modified configuration of the immunoglobulin molecule, which contain an antigen recognition site. An antibody includes an antibody of any class, such as IgG, IgA, or IgM (or a subclass thereof), and the antibody need not be of any preferred class. Depending on the amino acid sequence of the constant region of its antibody heavy chains, immunoglobulins can be divided into different classes. There are five main classes of immunoglobulins: IgA, IgD, IgE, IgG, and IgM, and some of them can be divided into subclasses (isotypes), such as IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 and IgA2. The heavy chain constant regions that correspond to different classes of immunoglobulins are designated alpha, delta, epsilon, gamma and mu, respectively. The subunit structures and three-dimensional configurations of the various classes of immunoglobulins are known.
Термин антиген-связывающий фрагмент или антиген-связывающая часть антитела, как используется в настоящем изобретении, относится к одному или нескольким фрагментам интактного антитела, которые сохраняют способность специфически связываться с данным антигеном (например, EGFRvIII). Антиген-связывающие функции антитела могут осуществляться фрагментами интактного антитела. Примеры связывающих фрагментов, охватываемые термином антиген-связывающий фрагмент антитела, включают Fab; Fab'; F(ab')2; Fd фрагмент, состоящий из VH и СН1 доменов; Fv фрагмент, состоящий из VL и VH доменов одноплечевого антитела; однодоменное антитело (dAb) фрагмент (Ward и др., Nature 341:544-546, 1989), и выделенную гипервариабельную область (CDR).The term antigen-binding fragment or antigen-binding moiety of an antibody, as used herein, refers to one or more intact antibody fragments that retain the ability to specifically bind a given antigen (eg, EGFRvIII). The antigen-binding functions of an antibody can be carried out by fragments of an intact antibody. Examples of binding fragments included within the term antigen-binding fragment of an antibody include Fab; Fab';F(ab')2; Fd fragment consisting of VH and CH1 domains; Fv fragment consisting of the VL and VH domains of a single-arm antibody; a single domain antibody (dAb) fragment (Ward et al., Nature 341:544-546, 1989), and a dedicated hypervariable region (CDR).
Антитело, конъюгат антитела или полипептид, который предпочтительно связывает или специфически связывает (используются взаимозаменяемо в настоящем изобретении) мишень (например, EGFRvIII белок) представляет собой термин, хорошо известный в данной области техники, и способы определения такого специфического или предпочтительного связывания также хорошо известны в данной области техники. Молекула считается такой, которая проявляет специфическое связывание или предпочтительное связывание, если она взаимодействует или ассоциируется более часто, более быстро, с большей продолжительностью и/или с большей аффинностью с конкретной клеткой или веществом, чем она проявляет с альтернативными клетками или веществами. Антитело специфически связывает или предпочтительно связывает с мишенью, если оно связывается с большей аффинностью, авидностью, более легко, и/или с большей продолжительностью, чем оно связывается с другими веществами. Например, антитело, которое специфически или предпочтительно связывается с EGFRvIII эпитопом, представляет собой антитело, которое связывает этот эпитоп с большей аффинностью, авидностью, более легко, и/или с большей продолжительностью, чем оно связывается с другими EGFRvIII эпитопами или не- EGFRvIII эпитопами. Также подразумевается, что при прочтении этого определения, например, антитело (или часть или эпитоп), которое специфически или предпочтительно связывается с первой мишенью, может или не может специфически или предпочтительно связываться со второй мишенью. Как таковое, специфическое связывание или предпочтительное связывание не обязательно требует (хотя оно может включать) исключительное связывание. Обычно, но не обязательно, ссылка на связывание обозначает предпочтительное связывание.An antibody, antibody conjugate, or polypeptide that preferentially binds or specifically binds (used interchangeably in the present invention) a target (e.g., EGFRvIII protein) is a term well known in the art, and methods for determining such specific or preferential binding are also well known in the art. this field of technology. A molecule is considered to exhibit specific binding or preferential binding if it interacts or associates more frequently, more rapidly, for a longer duration and/or with greater affinity with a particular cell or substance than it exhibits with alternative cells or substances. An antibody specifically binds or binds preferentially to a target if it binds with greater affinity, avidity, more readily, and/or for a longer duration than it binds to other substances. For example, an antibody that specifically or preferentially binds to an EGFRvIII epitope is an antibody that binds that epitope with greater affinity, avidity, more readily, and/or longer duration than it binds other EGFRvIII epitopes or non-EGFRvIII epitopes. It is also understood that upon reading this definition, for example, an antibody (or part or epitope) that specifically or preferentially binds to a first target may or may not specifically or preferentially bind to a second target. As such, specific binding or preferential binding does not necessarily require (although it may include) exclusive binding. Typically, but not necessarily, a binding reference denotes a preferred binding.
Вариабельная область антитела обозначает вариабельную область легкой цепи антитела или вариабельную область тяжелой цепи антитела, либо отдельно или в комбинации. Как известно в данной области техники, вариабельные области тяжелой и легкой цепи каждая состоит из четырех каркасных областей (FR), соединенных с помощью трех гипервариабельных областей (CDR) также известные как участки, определяющие комплементарность. CDR в каждой цепи удерживаются совместно в непосредственной близости с помощью FR и, с CDR из другой цепи, что способствует образованию антигенсвязывающего сайта антител. Существует по меньшей мере две техники для определения CDR: (1) подход, основанный на межвидовой вариабельности последовательностей (то есть Kabat и др. Sequences of Proteins of Immunological Interest, (5th ed., 1991, National Institutes of Health, Bethesda MD)); и (2) подход, основанный на кристаллографических исследованиях комплексов антиген-антитело (Al-lazikani и др., 1997, J. Molec. Biol. 273:927-948). Как используется в настоящем изобретении, CDR может относиться кAn antibody variable region refers to an antibody light chain variable region or an antibody heavy chain variable region, either alone or in combination. As is known in the art, the heavy and light chain variable regions each consist of four framework regions (FRs) connected by three hypervariable regions (CDRs), also known as complementarity determining regions. The CDRs on each strand are held together in close proximity by the FR and, with the CDRs from the other strand, facilitating the formation of the antigen binding site of the antibodies. There are at least two techniques for determining CDRs: (1) an approach based on interspecies sequence variability (i.e., Kabat et al. Sequences of Proteins of Immunological Interest, (5th ed., 1991, National Institutes of Health, Bethesda MD)) ; and (2) an approach based on crystallographic studies of antigen-antibody complexes (Alazikani et al., 1997, J. Molec. Biol. 273:927-948). As used in the present invention, CDR may refer to
- 6 044329- 6 044329
CDR, определенных с помощью любого подхода или путем комбинации обоих подходов.CDRs determined using either approach or a combination of both approaches.
CDR вариабельного домена представляет собой аминокислотные остатки в пределах вариабельной области, которые идентифицированы в соответствии с определениями Kabat, Chothia, аккумуляцией обоих Kabat и Chothia, AbM, контакта, и/или конформационных определений или любого метода определения CDR, хорошо известного в данной области техники. CDR антител могут быть идентифицированы в качестве гипервариабельных областей, изначально определенных с помощью Kabat и др. См., например, Kabat и др., 1992, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., Public Health Service, NIH, Washington D.C. Положения CDR также могут быть идентифицированы с помощью структур структурной петли, исходно определенных Chothia и другими. См., например, Chothia и др., Nature 342:877-883, 1989. Другие подходы к идентификации CDR включают AbM определение, которое является компромиссным между Kabat и Chothia и его получают, используя программное обеспечение для моделирования антитела Oxford Molecular's AbM (сейчас Accelrys®), или контактное определение CDR на основании наблюдаемых контактов антигена, как указано в MacCallum и др., J. Mol. Biol., 262:732-745, 1996. В другом подходе, обозначаемом в настоящем изобретении как конформационное определение CDR, положения CDR могут быть идентифицированы в качестве остатков, которые энтальпически значимы для связывания антигена. См., например, Makabe и др., Journal of Biological Chemistry, 283:1156-1166, 2008. Также еще другие определения границ CDR могут не жестко придерживаться одного из вышеописанных подходов, но, тем не менее, будет перекрываться с по меньшей мере частью Kabat CDR, хотя они могут быть более короткими или удлиненными в свете предсказаний или экспериментальных данных, что конкретные остатки или группы остатков или даже полностью CDR не будут оказывать существенного влияния на связывание антигена. Как используется в настоящем изобретении, CDR может относиться к CDR, определенным с помощью любого подхода, известного в данной области техники, включая комбинацию подходов. В способах, используемых в настоящем изобретении, могут применяться CDR, определенные в соответствии с любым из этих подходов. Для любого данного варианта осуществления, содержащего более одной CDR, CDR может определяться в соответствии с любыми определениями Kabat, Chothia, распространенными, AbM, контактными, и/или конформационными определениями.A variable domain CDR is an amino acid residue within a variable region that is identified according to Kabat, Chothia, accumulation of both Kabat and Chothia, AbM, contact, and/or conformational definitions, or any CDR determination method well known in the art. Antibody CDRs can be identified as hypervariable regions originally defined by Kabat et al. See, for example, Kabat et al., 1992, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., Public Health Service, NIH, Washington D.C. CDR positions can also be identified using the structural loop structures originally defined by Chothia and others. See, for example, Chothia et al., Nature 342:877-883, 1989. Other approaches to identifying CDRs include the AbM definition, which is a compromise between Kabat and Chothia and is obtained using Oxford Molecular's AbM antibody modeling software (now Accelrys®), or contact determination of CDR based on observed antigen contacts, as described in MacCallum et al., J. Mol. Biol., 262:732-745, 1996. In another approach, referred to herein as CDR conformational determination, CDR positions can be identified as residues that are enthalpically significant for antigen binding. See, for example, Makabe et al., Journal of Biological Chemistry, 283:1156-1166, 2008. Also, still other definitions of CDR boundaries may not strictly adhere to one of the above approaches, but will nevertheless overlap with at least part of the Kabat CDR, although they may be shorter or longer in light of predictions or experimental evidence that specific residues or groups of residues, or even entire CDRs, will not have a significant effect on antigen binding. As used in the present invention, a CDR may refer to a CDR determined using any approach known in the art, including a combination of approaches. The methods used in the present invention may employ CDRs determined in accordance with any of these approaches. For any given embodiment containing more than one CDR, the CDR may be defined in accordance with any of the Kabat, Chothia, common, AbM, contact, and/or conformational definitions.
Как используется в настоящем изобретении, моноклональное антитело относится к антителу, полученному из популяции по существу гомогенных антител, то есть индивидуальные антитела, содержащиеся в популяции, являются идентичными за исключением возможных встречающихся в природе мутаций, которые могут присутствовать в небольших количествах.As used in the present invention, a monoclonal antibody refers to an antibody obtained from a population of essentially homogeneous antibodies, that is, the individual antibodies contained in the population are identical except for possible naturally occurring mutations that may be present in small quantities.
Моноклональные антитела являются высоко специфическими, нацеленными на единственный антигенный сайт. Кроме того, в отличие от препаратов поликлональных антител, которые обычно включают различные антитела, нацеленные на разные детерминанты (эпитопы), каждое монолональное антитело нацелено на единственную детерминанту на антигене. Модификатор моноклональное указывает на характеристику антитела, что оно было получено из по существу гомогенной популяции антител, и не должно истолковываться как требующее получения антитела с помощью любого предпочтительного метода. Например, моноклональные антитела, используемые в соответствии с изобретением, могут быть получены с помощью гибридомного метода, впервые описанного Kohler и Milstein, Nature 256:495, 1975, или могут быть получены с помощью методов рекомбинантных ДНК, таких как описано в патенте США № 4,816,567. Моноклональные антитела также могут быть выделены из фаговых библиотек, используя техники, описанные в McCafferty и др., Nature 348:552-554, 1990, например.Monoclonal antibodies are highly specific, targeting a single antigenic site. Additionally, unlike polyclonal antibody preparations, which typically include different antibodies targeting different determinants (epitopes), each monolonal antibody targets a single determinant on an antigen. The modifier monoclonal indicates the characteristic of the antibody that it was obtained from an essentially homogeneous population of antibodies, and should not be construed as requiring that the antibody be obtained by any preferred method. For example, monoclonal antibodies used in accordance with the invention can be produced using the hybridoma method first described by Kohler and Milstein, Nature 256:495, 1975, or can be produced using recombinant DNA methods such as described in US Pat. No. 4,816,567 . Monoclonal antibodies can also be isolated from phage libraries using techniques described in McCafferty et al., Nature 348:552-554, 1990, for example.
Как используется в настоящем изобретении, гуманизированное антитело относится к формам нечеловеческих (например, мышиных) антител, которые представляют собой химерные иммуноглобулины, цепи иммуноглобулинов, или их фрагменты (такие как Fv, Fab, Fab', F(ab')2 или другие антигенсвязывающие субпоследовательности антител), которые содержат минимальную последовательность, имеющую происхождение из нечеловеческого иммуноглобулина. Предпочтительно, гуманизированные антитела представляют собой иммуноглобулины человека (реципиентное антитело), в котором остатки из гипервариабельной области (CDR) реципиента заменены остатками из CDR нечеловеческих видов (донорное антитело), таких как мышь, крыса или кролик, имеющих желательную специфичность, аффинность и способность. В некоторых случаях, остатки Fv каркасной области (FR) иммуноглобулина человека заменены соответствующими нечеловеческими остатками. Кроме того, гуманизированное антитело может содержать остатки, которые не были обнаружены ни в реципиентном антителе, ни в импортированных CDR или каркасных последовательностях, но их включают для дальнейшей очистки и производительности антитела. В целом, гуманизированное антитело будет содержать по существу все из по меньшей мере одного, и типично двух, вариабельных доменов, в котором все или по существу все из CDR участков соответствуют таковым нечеловеческого иммуноглобулина и все или по существу все из FR участков представляют собой таковые консенсусной последовательности иммуноглобулина человека. Гуманизированное антитело оптимально также будет содержать по меньшей мере часть константной области иммуноглобулина или домена (Fc), типично таковую иммуноглобулина человека. Предпочтительными являются антитела, имеющие Fc-области, модифицированные, как описано в WO 99/58572. Другие формы гуманизированных антител имеют одну или несколько CDR (CDR L1, CDR L2, CDR L3, CDR H1, CDR H2, или CDR H3), которые изменены по отношению к исходному антителу, которые такжеAs used herein, a humanized antibody refers to forms of non-human (eg, murine) antibodies that are chimeric immunoglobulins, immunoglobulin chains, or fragments thereof (such as Fv, Fab, Fab', F(ab') 2 or other antigen-binding antibody subsequences) that contain minimal sequence originating from non-human immunoglobulin. Preferably, the humanized antibodies are human immunoglobulins (recipient antibody) in which residues from the hypervariable region (CDR) of the recipient are replaced by residues from the CDR of a non-human species (donor antibody), such as mouse, rat or rabbit, having the desired specificity, affinity and potency. In some cases, the Fv framework region (FR) residues of a human immunoglobulin are replaced by corresponding non-human residues. In addition, the humanized antibody may contain residues that were not found in either the recipient antibody or the imported CDR or framework sequences, but are included for further purification and performance of the antibody. In general, a humanized antibody will contain substantially all of at least one, and typically two, variable domains, in which all or substantially all of the CDR regions correspond to those of a non-human immunoglobulin and all or substantially all of the FR regions correspond to those of the consensus human immunoglobulin sequences. The humanized antibody will optimally also contain at least a portion of an immunoglobulin constant region or domain (Fc), typically that of a human immunoglobulin. Preferred are antibodies having Fc regions modified as described in WO 99/58572. Other forms of humanized antibodies have one or more CDRs (CDR L1, CDR L2, CDR L3, CDR H1, CDR H2, or CDR H3) that are altered relative to the parent antibody, which also
- 7 044329 обозначаются как одна или несколько CDR, имеющих происхождение из одной или нескольких CDR из исходного антитела.- 7 044329 are designated as one or more CDRs derived from one or more CDRs from the parent antibody.
Как используется в настоящем изобретении, антитело человека обозначает антитело, имеющее аминокислотную последовательность, соответствующую таковой последовательности антитела, продуцируемого человеком, и/или которое было получено, используя любые из техник для приготовления антител человека, известных квалифицированным специалистам в данной области техники или, раскрытых в настоящем изобретении. Это определение антитела человека включает антитела, содержащие по меньшей мере один полипептид тяжелой цепи человека или по меньшей мере один полипептид легкой цепи человека. Одним из таких примеров является антитело, содержащее полипептиды мышиных легких цепей и человеческих тяжелых цепей. Антитела могут быть получены с использованием различных техник, известных в данной области техники. В одном варианте осуществления, антитело человека выбирают из фаговой библиотеки, где фаговая библиотека экспрессирует антитела человека (Vaughan и др., Nature Biotechnology, 14:309-314, 1996; Sheets и др., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 95:6157-6162, 1998; Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227:381, 1991; Marks и др., J. Mol. Biol., 222:581, 1991). Антитела человека также могут быть получены путем иммунизации животных, у которых локусы иммуноглобулинов человека были трансгенно интродуцированы вместо эндогенных локусов, например, мыши, у которых эндогенные гены иммуноглобулинов были частично или полностью инактивированы. Этот подход описан в патентах США №№ 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; и 5,661,016. Альтернативно, антитело человека может быть приготовлено путем иммортализации В лимфоцитов человека, которые продуцируют антитело, направленное на целевой антиген (такие В лимфоциты могут быть восстановлены из индивидуума или из клонирования кДНК единичной клетки, или могут быть иммунизированы in vitro). См., например, Cole и др. Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, с. 77, 1985; Boerner и др., J. Immunol., 147 (l):86-95, 1991; и U.S. Pat. No. 5,750,373.As used herein, a human antibody means an antibody having an amino acid sequence corresponding to that of an antibody produced by a human and/or that has been produced using any of the techniques for preparing human antibodies known to those skilled in the art or disclosed in the present invention. This definition of human antibody includes antibodies containing at least one human heavy chain polypeptide or at least one human light chain polypeptide. One such example is an antibody containing murine light chain and human heavy chain polypeptides. Antibodies can be produced using various techniques known in the art. In one embodiment, the human antibody is selected from a phage library, wherein the phage library expresses human antibodies (Vaughan et al., Nature Biotechnology, 14:309-314, 1996; Sheets et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA ) 95:6157-6162, 1998; Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227:381, 1991; Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581, 1991). Human antibodies can also be obtained by immunizing animals in which human immunoglobulin loci have been transgenically introduced in place of endogenous loci, for example, mice in which endogenous immunoglobulin genes have been partially or completely inactivated. This approach is described in US Patent Nos. 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; and 5,661,016. Alternatively, a human antibody can be prepared by immortalizing human B lymphocytes that produce antibody directed to the target antigen (such B lymphocytes can be recovered from the individual or from single cell cDNA cloning, or can be immunized in vitro). See, for example, Cole et al. Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77, 1985; Boerner et al., J. Immunol., 147(l):86-95, 1991; and U.S. Pat. No. 5,750,373.
Термин химерное антитело обозначает антитела, в которых последовательности вариабельных областей имеют происхождение из одних видов, а последовательности константных областей имеют происхождение из других видов, например, антитело в котором последовательности вариабельных областей имеют происхождение из мышиного антитела, а последовательности константных областей имеют происхождение из антитела человека.The term chimeric antibody refers to antibodies in which the variable region sequences are derived from one species and the constant region sequences are derived from another species, for example, an antibody in which the variable region sequences are derived from a murine antibody and the constant region sequences are derived from a human antibody. .
Термины полипептид, олигопептид, пептид и протеин используются взаимозаменяемо в настоящем изобретении по отношению к аминокислотным цепям любой длины. Например, цепь может быть относительно короткой (например, 10-100 аминокислот), или более длинной. Цепь может быть линейной или разветвленной, она может содержать модифицированные аминокислоты, и/или может быть прервана не-аминокислотами. Термины также охватывают аминокислотную цепь, которая была модифицирована природно или путем вмешательства; например, образование дисульфидных связей, гликозилирование, липидизация, ацетилирование, фосфорилирование или любая другая манипуляция или модификация, такая как конъюгирование с меченным компонентом. Также в определение включены, например, полипептиды, содержащие один или несколько аналогов аминокислоты (включая, например, не встречающиеся в природе аминокислоты и т.д.), а также другие модификации, известные в данной области техники. Подразумевается, что полипептиды могут встречаться в виде одноцепочечных или ассоциированных цепей.The terms polypeptide, oligopeptide, peptide and protein are used interchangeably in the present invention to refer to amino acid chains of any length. For example, the chain may be relatively short (eg, 10-100 amino acids), or longer. The chain may be linear or branched, it may contain modified amino acids, and/or may be interrupted by non-amino acids. The terms also cover an amino acid chain that has been modified naturally or by intervention; for example, formation of disulfide bonds, glycosylation, lipidation, acetylation, phosphorylation or any other manipulation or modification such as conjugation to a labeled moiety. Also included in the definition are, for example, polypeptides containing one or more amino acid analogues (including, for example, non-naturally occurring amino acids, etc.), as well as other modifications known in the art. It is understood that the polypeptides may occur as single chains or associated chains.
Моновалентное антитело содержит один антиген-связывающий сайт на молекулу (например, IgG или Fab). В некоторых случаях, моновалентное антитело может иметь более одного антигенсвязывающего сайта, но сайты связывания является из разных антигенов.A monovalent antibody contains one antigen-binding site per molecule (eg, IgG or Fab). In some cases, a monovalent antibody may have more than one antigen-binding site, but the binding sites are from different antigens.
Бивалентное антитело содержит два антиген-связывающих сайта на молекулу (например, IgG). В некоторых случаях, два сайты связывания имеют аналогичные антигенные специфичности. Тем не менее, бивалентные антитела могут быть биспецфическими.A bivalent antibody contains two antigen-binding sites per molecule (eg, IgG). In some cases, the two binding sites have similar antigenic specificities. However, bivalent antibodies can be bispecific.
Биспецифическое или двухспецифичное представляет собой гибридное антитело, имеющее два различных антиген-связывающих сайта. Два антиген-связывающих сайта биспецифического антитела связываются с двумя различными эпитопами, которые могут локализоваться на одной и той же или различных белковых мишенях.Bispecific or bispecific is a hybrid antibody having two different antigen-binding sites. The two antigen-binding sites of a bispecific antibody bind to two different epitopes, which may be located on the same or different protein targets.
Бифункциональное представляет собой антитело, имеющее идентичные антиген-связывающие сайты (то есть идентичные аминокислотные последовательности) в двух плечах, но каждый сайт связывания может распознавать два различных антигена.A bifunctional is an antibody that has identical antigen-binding sites (that is, identical amino acid sequences) in two arms, but each binding site can recognize two different antigens.
Антитела согласно изобретению могут продуцироваться, используя техники, хорошо известные в данной области техники, например, рекомбинантные технологии, технологии фагового дисплея, синтетические технологии или комбинации таких технологий или другие технологии, хорошо известные в данной области техники (см., например, Jayasena, S.D., Clin. Chem., 45: 1628-50, 1999 и Fellouse, F.A., и др., J. Mol. Biol., 373(4):924-40, 2007).Antibodies of the invention can be produced using techniques well known in the art, for example, recombinant technologies, phage display technologies, synthetic technologies or combinations of such technologies, or other technologies well known in the art (see, for example, Jayasena, S.D. , Clin. Chem., 45: 1628-50, 1999 and Fellowse, F. A., et al., J. Mol. Biol., 373(4):924-40, 2007).
Как известно в данной области техники, полинуклеотид, или нуклеиновая кислота, которые используются взаимозаменяемо в настоящем изобретении, относятся к цепям нуклеотидов любой длины, и включают ДНК и РНК. Нуклеотиды могут представлять собой дезокосирибонуклеотиды, рибонуклеотиды, модифицированные нуклеотиды или основания, и/или их аналоги, или любой субстрат, который может быть инкорпорирован в цепь с помощью ДНК или РНК полимеразы. Полинуклеотид может содер- 8 044329 жать модифицированные нуклеотиды, такие как метилированные нуклеотиды и их аналоги. Если она присутствует, то модификация нуклеотидной структуры может осуществляться перед или после сборки цепи. Последовательность нуклеотидов может быть прервана с помощью не-нуклеотидных компонентов. Полинуклеотид может быть дополнительно модифицирован после полимеризации, например, путем конъюгирования с меченным компонентом. Другие типы модификаций включают, например, кэпы, замену одного или более встречающихся в природе нуклеотидов на аналог, внутринуклеотидные модификации, такие как, например, модификации с незаряженными связями (например, метил фосфонаты, фосфотриэстеры, фосфоамидаты, карбаматы и др.) и с заряженными связями (например, фосфоротиоаты, фосфородитиоаты и др.), которые содержат боковые компоненты, такие как, например, белки (например, нуклеазы, токсины, антитела, сигнальные пептиды, поли-Ь-лизини др.), с интеркаляторами (например, акридин, псорален и др.), которые содержат хелаторы (например, металлы, радиоактивные металлы, бор, окислительные металлы и др.), содержащие алкиляторы, с модифицированными связями (например, альфа аномерные нуклеиновые кислоты и др.), а также немодифицированные форма полинуклеотида(ов). Дополнительно, любые гидроксильные группы, изначально присутствующие в сахарах, могут быть заменены, например, фосфонатными группами, фосфатными группами, защищенными стандартными защитными группами, или активированными для получения дополнительных связей с дополнительными нуклеотидами, или могут быть конъюгированы с твердыми подложками. 5' и 3' концевой ОН может быть фосфорилирован или замещенный аминами или органическими компонентами кэп-групп, содержащими 1-20 атомов углерода. Другие гидроксилы также могут быть дериватизированы до стандартных защитных групп. Полинуклеотиды также могут содержать аналогичные формы рибозных или дезоксирибозных Сахаров, которые обычно известны в данной области техники, включая, например, 2'-О-метил-, 2'-Оаллил, 2'-фтор- или 2'-азидо-рибоза, карбоциклические аналоги сахаров, альфа- или бета-аномерные сахара, эпимерные сахара, такие как арабиноза, ксилозы или ликсозы, пиранозные сахара, фуранозные сахара, седогептулозы, ациклические аналоги и аналоги нуклеозидов с удаленным азотистым основанием, например, метил рибозид. Одна или несколько фосфодиэфирных связей могут быть заменены альтернативными связывающими группами. Эти альтернативные связывающие группы включают, но не ограничиваясь только ими, варианты осуществления, в которых фосфат заменен на P(O)S (тиоат), P(S)S (дитиоат), (O)NR2 (амидат), P(O)R, P(O)OR', CO или СН2 (формацеталь), а которых каждый R или R' независимо представляет собой Н или замещенный или незамещенный алкил (1-20 С), необязательно содержащий простую эфирную (-О-) связь, арил, алкенил, циклоалкил, циклоалкенил или аралдил. Необязательно, чтобы все связи в полинуклеотиде были идентичными. Предшествующее описание применяется ко всем полинуклеотидам, указанным в настоящем изобретении, включая РНК и ДНК.As is known in the art, polynucleotide, or nucleic acid, which is used interchangeably in the present invention, refers to chains of nucleotides of any length, and includes DNA and RNA. The nucleotides may be decosyribonucleotides, ribonucleotides, modified nucleotides or bases, and/or analogs thereof, or any substrate that can be incorporated into the chain by DNA or RNA polymerase. The polynucleotide may contain modified nucleotides, such as methylated nucleotides and analogs thereof. If present, modification of the nucleotide structure can occur before or after chain assembly. The nucleotide sequence can be interrupted by non-nucleotide components. The polynucleotide may be further modified after polymerization, for example, by conjugation with a labeled moiety. Other types of modifications include, for example, caps, replacement of one or more naturally occurring nucleotides with an analog, intranucleotide modifications such as, for example, modifications with uncharged bonds (for example, methyl phosphonates, phosphotriesters, phosphoamidates, carbamates, etc.) and with charged bonds (for example, phosphorothioates, phosphorodithioates, etc.) that contain side components, such as, for example, proteins (for example, nucleases, toxins, antibodies, signal peptides, poly-L-lysine, etc.), with intercalators (for example, acridine , psoralen, etc.), which contain chelators (for example, metals, radioactive metals, boron, oxidizing metals, etc.), containing alkylators, with modified bonds (for example, alpha anomeric nucleic acids, etc.), as well as unmodified form of polynucleotide (s). Additionally, any hydroxyl groups originally present on the sugars can be replaced, for example, by phosphonate groups, phosphate groups protected by standard protecting groups, or activated to provide additional linkages to additional nucleotides, or can be conjugated to solid supports. The 5' and 3' terminal OH may be phosphorylated or replaced by amines or organic components of cap groups containing 1-20 carbon atoms. Other hydroxyls can also be derivatized to standard protecting groups. The polynucleotides may also contain similar forms of ribose or deoxyribose sugars that are commonly known in the art, including, for example, 2'-O-methyl-, 2'-Oallyl, 2'-fluoro- or 2'-azido-ribose, carbocyclic sugar analogs, alpha or beta anomeric sugars, epimeric sugars such as arabinose, xyloses or lyxoses, pyranose sugars, furanose sugars, sedoheptuloses, acyclic analogs and nucleoside analogs with the nitrogenous base removed, for example methyl riboside. One or more phosphodiester linkages may be replaced by alternative linking groups. These alternative linking groups include, but are not limited to, embodiments in which the phosphate is replaced by P(O)S (thioate), P(S)S (dithioate), (O)NR 2 (amidate), P(O )R, P(O)OR', CO or CH 2 (formacetal), and each R or R' independently represents H or substituted or unsubstituted alkyl (1-20 C), optionally containing ether (-O-) bond, aryl, alkenyl, cycloalkyl, cycloalkenyl or araldyl. It is not necessary that all bonds in a polynucleotide be identical. The previous description applies to all polynucleotides provided in the present invention, including RNA and DNA.
Как известно в данной области техники, константная область антитела относится к константной области легкой цепи антитела или константной области тяжелой цепи антитела, либо отдельно или в комбинации.As is known in the art, an antibody constant region refers to an antibody light chain constant region or an antibody heavy chain constant region, either alone or in combination.
Как используется в настоящем изобретении, по существу чистый относится к материалу, который является по меньшей мере на 50% чистым (то есть не содержат загрязняющих веществ), более предпочтительно, по меньшей мере 90% чистым, более предпочтительно, по меньшей мере 95% чистым, еще более предпочтительно, по меньшей мере 98% чистым, и наиболее предпочтительно, по меньшей мере 99% чистым.As used herein, substantially pure refers to a material that is at least 50% pure (i.e., free of contaminants), more preferably at least 90% pure, more preferably at least 95% pure , even more preferably at least 98% pure, and most preferably at least 99% pure.
Клетка-хозяин включает индивидуальную клетку или клеточную культуру, которая может представлять собой или была реципиентом для вектора(ов) для инкорпорации полинуклеотидных вставок. Клетки-хозяева включают потомство единичной клетки-хозяина, и потомство не обязательно должно быть полностью идентичным (по морфологии или в геномном ДНК комплементе) к исходной родительской клетке благодаря природной, случайной или преднамеренной мутации. Клетка-хозяин включает клетки, трансфектированные in vivo с помощью полинуклеотида(ов) согласно настоящему изобретению.A host cell includes an individual cell or cell culture that may be or has been the recipient for the vector(s) for incorporation of polynucleotide inserts. Host cells include the progeny of a single host cell, and the progeny need not be completely identical (in morphology or genomic DNA complement) to the original parent cell due to natural, accidental, or intentional mutation. The host cell includes cells transfected in vivo with the polynucleotide(s) of the present invention.
Как используется в настоящем изобретении, иммунная клетка относится к клетке гемопоэтического происхождения, вовлеченной в инициацию и/или реализацию врожденного и/или адаптационного иммунного ответа.As used in the present invention, an immune cell refers to a cell of hematopoietic origin involved in the initiation and/or implementation of the innate and/or adaptive immune response.
Как известно в данной области техники, термин Fc-область используется для определения Сконцевого участка тяжелой цепи иммуноглобулина. Fc-область может представлять собой нативную последовательность Fc-области или вариант Fc-области. Несмотря на то, что границы Fc-области тяжелой цепи иммуноглобулина могут изменяться, Fc-область тяжелой цепи IgG человека обычно находится от аминокислотного остатка в положении Cys226, или от Pro230, до его карбоксильного конца. Нумерация остатков в Fc-области соответствует EU - индексу, как в Kabat. Kabat и др., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md., 1991. Fcобласть иммуноглобулина обычно содержит две константные области, СН2 и CH3.As is known in the art, the term Fc region is used to define the C-terminal region of an immunoglobulin heavy chain. The Fc region may be a native sequence Fc region or a variant Fc region. Although the boundaries of the immunoglobulin heavy chain Fc region may vary, the human IgG heavy chain Fc region typically extends from the amino acid residue at position Cys226, or Pro230, to its carboxyl terminus. The numbering of residues in the Fc region corresponds to the EU index, as in Kabat. Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md., 1991. The immunoglobulin F region typically contains two constant regions, CH2 and CH3.
Как используется в данной области техники, Fc рецептор и FcR описывают рецептор, который связывается с Fc-областью антитела. Предпочтительный FcR представляет собой нативную последовательность FcR человека. Кроме того, предпочтительный FcR представляет собой такой рецептор, который связывается с IgG антителом (гамма рецептор) и включает рецепторы подклассов FcyRI, FcyRII, иAs used in the art, Fc receptor and FcR describe a receptor that binds to the Fc region of an antibody. A preferred FcR is a native human FcR sequence. In addition, a preferred FcR is one that binds to an IgG antibody (receptor gamma) and includes receptors of the FcyRI, FcyRII, and
- 9 044329- 9 044329
FcyRIII, включая аллельные варианты и альтернативно сплайсированные формы этих рецепторов. FcyRII рецепторы включают FcyRIIA (активирующий рецептор) и FcyRIIB (ингибирующий рецептор), которые имеют сходные аминокислотные последовательности, отличающиеся в большинстве случаев в их цитоплазматических доменах. Обзор FcR представлен в Ravetch и Kinet, Ann. Rev. Immunol., 9:457-92, 1991; Capel и др., Immunomethods, 4:25-34, 1994; и de Haas и др., J. Lab. Clin. Med., 126:330-41, 1995. FcR также включает неональный рецептор, FcRn, который отвечает за перенос материнских IgG плоду (Guyer и др., J. Immunol., 117:587, 1976; и Kim и др., J. Immunol., 24:249, 1994).FcyRIII, including allelic variants and alternatively spliced forms of these receptors. FcyRII receptors include FcyRIIA (activating receptor) and FcyRIIB (inhibitory receptor), which have similar amino acid sequences, differing in most cases in their cytoplasmic domains. FcR is reviewed in Ravetch and Kinet, Ann. Rev. Immunol., 9:457-92, 1991; Capel et al., Immunomethods, 4:25-34, 1994; and de Haas et al., J. Lab. Clin. Med., 126:330-41, 1995. FcR also includes a neonal receptor, FcRn, which is responsible for the transfer of maternal IgG to the fetus (Guyer et al., J. Immunol., 117:587, 1976; and Kim et al., J Immunol., 24:249, 1994).
Термин конкурирует, как используется в настоящем изобретении по отношению к антителу, обозначает, что первое антитело, или его антиген-связывающий фрагмент (или часть), связывается с эпитопом образом, достаточно сходным со связыванием второго антитела, или его антиген-связывающей части, таким образом, что результат связывания первого антитела с его распознанным эпитопом явно снижается в присутствии второго антитела по сравнению со связыванием первого антитела при отсутствии второго антитела. Альтернативно, где связывание второго антитела с его эпитопом также явно снижается в присутствии первого антитела, может, но не обязательно иметь место. Иными словами, первое антитело может ингибировать связывание второго антитела с его эпитопом, что не сопровождается ингибированием вторым антителом связывания первого антитела с его соответствующим эпитопом. Тем не менее, если каждое антитело явно ингибирует связывание другого антитела с его распознанным эпитопом или лигандом, независимо от того, в аналогичной, большей или меньшей степени, то антитела являются перекрестно-конкурирующими друг с другом за связывание их соответствующего(их) эпитопа(ов). Как конкурирующие, так и перекрестно-конкурирующие антитела охватываются изобретением. Независимо от механизма, с помощью которого происходит такая конкуренция или перекрестная конкуренция (например, стерическое затруднение, конформационное изменение, или связывание с общим эпитопом или его частью), для квалифицированного специалиста в данной области техники будет понятным, на основании сведений, обеспечиваемых в настоящем изобретении, что такие конкурирующие и/или перекрестно-конкурирующие антитела охватываются и могут быть пригодными в способах, раскрытых в настоящем изобретении.The term compete, as used herein with respect to an antibody, means that the first antibody, or antigen-binding portion (or portion) thereof, binds to an epitope in a manner sufficiently similar to the binding of the second antibody, or antigen-binding portion thereof, such that such that the binding effect of the first antibody to its recognized epitope is clearly reduced in the presence of the second antibody compared to the binding of the first antibody in the absence of the second antibody. Alternatively, where the binding of the second antibody to its epitope is also clearly reduced in the presence of the first antibody, this may, but need not, occur. In other words, the first antibody may inhibit the binding of the second antibody to its epitope without the second antibody inhibiting the binding of the first antibody to its corresponding epitope. However, if each antibody clearly inhibits the binding of another antibody to its recognized epitope or ligand, whether to a similar, greater or lesser extent, then the antibodies are cross-competing with each other for binding of their respective epitope(s) ). Both competitive and cross-competitive antibodies are covered by the invention. Regardless of the mechanism by which such competition or cross-competition occurs (e.g., steric hindrance, conformational change, or binding to a common epitope or portion thereof), one skilled in the art will understand based on the knowledge provided in the present invention that such competitive and/or cross-competitive antibodies are covered and may be useful in the methods disclosed in the present invention.
Как используется в настоящем изобретении, аутологический обозначает, что клетки, клеточную линию, или популяцию клеток, используемые для лечения пациентов, имеют происхождение от указанного пациента или от донора, совместимого по антигену лейкоцитов человека (HLA).As used in the present invention, autologous means that the cells, cell line, or population of cells used to treat patients are derived from the specified patient or from a human leukocyte antigen (HLA)-matched donor.
Как используется в настоящем изобретении, аллогенный обозначает, что клетки или популяция клеток, используемых для лечения пациентов, не имеет происхождение от указанного пациента, а от донора.As used in the present invention, allogeneic means that the cells or population of cells used to treat patients do not originate from the specified patient, but from a donor.
Как используется в настоящем изобретении, лечение представляет собой подход для получения благоприятных или желательных клинических результатов. Для целей настоящего изобретения, благоприятные или желательные клинические результаты включают, но не ограничиваясь только ими, один или несколько следующих: уменьшение пролиферации (или разрушение) неопластических или злокачественных клеток, ингибирование метастазирования неопластических клеток, сокращение или уменьшение размера опухоли, экспрессирующей EGFRvIII, ремиссию EGFRvIII ассоциированного заболевания (например, злокачественного новообразования), снижение симптомов, развивающихся вследствие EGFRvIII ассоциированного заболевания (например, злокачественного новообразования), повышение качества жизни тех, кто страдает от EGFRvIII ассоциированного заболевания (например, злокачественного новообразования), уменьшение дозы других лекарственных средств, необходимых для лечения EGFRvIII ассоциированного заболевания (например, злокачественного новообразования), замедление прогрессирования EGFRvIII ассоциированного заболевания (например, злокачественного новообразования), излечивание EGFRvIII ассоциированного заболевания (например, злокачественного новообразования), и/или пролонгирование выживания пациентов, имеющих EGFRvIII ассоциированное заболевания (например, злокачественного новообразования).As used in the present invention, treatment is an approach to obtain favorable or desirable clinical results. For the purposes of the present invention, beneficial or desirable clinical results include, but are not limited to, one or more of the following: reduction in proliferation (or destruction) of neoplastic or malignant cells, inhibition of metastasis of neoplastic cells, shrinkage or reduction in tumor size expressing EGFRvIII, remission of EGFRvIII associated disease (eg, cancer), reducing symptoms that develop due to an EGFRvIII associated disease (eg, cancer), improving the quality of life of those suffering from an EGFRvIII associated disease (eg, cancer), reducing the dose of other medications needed for treating EGFRvIII associated disease (eg, cancer), slowing the progression of EGFRvIII associated disease (eg, cancer), curing EGFRvIII associated disease (eg, cancer), and/or prolonging the survival of patients who have EGFRvIII associated disease (eg, cancer) ).
Облегчение обозначает ослабевание или улучшение одного или более симптомов по сравнению с отсутствием введения EGFRvIII специфических CAR.Relief refers to the reduction or improvement of one or more symptoms compared to the absence of administration of EGFRvIII specific CARs.
Облегчение также включает укорочение или уменьшение продолжительности симптомов.Relief also includes shortening or decreasing the duration of symptoms.
Как используется в настоящем изобретении, эффективная доза или эффективное количество лекарственного средства, соединения или фармацевтической композиции представляет собой количество, достаточное для получения любого одного или нескольких благоприятных или желательных результатов. Для профилактического применения, благоприятные или желательные результаты включают элиминирование или уменьшение риска, ослабление тяжести, или замедление начала заболевания, включая биохимические, гистологические и/или поведенческие симптомы заболевания, его осложнения и промежуточные патологические фенотипы, презентируемые во время развития заболевания. Для терапевтического применения, благоприятные или желательные результаты включают клинические результаты, такие как уменьшение распространения или ослабление одного или нескольких симптомов различных EGFRvIII ассоциированных заболеваний или состояний (таких как, например, мультиформная глиобластома), снижение дозы других лекарственных средств, необходимых для лечения заболевания, усиление эффекта другого лекарственного средства, и/или замедление прогрессирования EGFRvIII ассоциированAs used in the present invention, an effective dose or effective amount of a drug, compound or pharmaceutical composition is an amount sufficient to obtain any one or more beneficial or desired results. For prophylactic use, beneficial or desirable results include eliminating or reducing the risk, reducing the severity, or delaying the onset of disease, including biochemical, histological and/or behavioral symptoms of the disease, its complications and intermediate pathological phenotypes presented during the development of the disease. For therapeutic use, beneficial or desirable results include clinical results such as reduction in the prevalence or attenuation of one or more symptoms of various EGFRvIII associated diseases or conditions (such as, for example, glioblastoma multiforme), reduction in the dose of other drugs needed to treat the disease, enhancement effect of another drug, and/or slowing of EGFRvIII progression is associated
- 10 044329 ного заболевания у пациентов. Эффективная доза может вводиться за одно или несколько введений. Для целей настоящего изобретения, эффективная доза лекарственного средства, соединения или фармацевтической композиции представляет собой количество, достаточное для осуществления профилактического или терапевтического лечения либо непосредственно или опосредованно. Как подразумевается в клиническом контексте, эффективная доза лекарственного средства, соединения или фармацевтической композиции может быть достигнута совместно с другим лекарственным средством, соединением или фармацевтической композицией или без них. Таким образом, эффективная доза может рассматриваться в контексте введения одного или нескольких терапевтических агентов, и единичный агент может рассматриваться для введения в таком эффективном количестве, если, в сочетании с одним или несколькими другими средствами, желательный результат может быть достигнут или достигнут.- 10 044329 disease in patients. An effective dose may be administered in one or more administrations. For purposes of the present invention, an effective dose of a drug, compound or pharmaceutical composition is an amount sufficient to effect prophylactic or therapeutic treatment, either directly or indirectly. As understood in the clinical context, an effective dose of a drug, compound or pharmaceutical composition can be achieved with or without another drug, compound or pharmaceutical composition. Thus, an effective dose may be considered in the context of administering one or more therapeutic agents, and a single agent may be considered for administration in such an effective amount if, in combination with one or more other agents, the desired result can be achieved or achieved.
Индивидуум или субъект представляет собой млекопитающего, более предпочтительно, человека. Млекопитающие также включают, но не ограничиваясь только ими, приматов, лошадей, собак, котов, мышей и крыс.The individual or subject is a mammal, more preferably a human. Mammals also include, but are not limited to, primates, horses, dogs, cats, mice and rats.
Как используется в настоящем изобретении, вектор обозначает конструкт, который способен доставлять, и, предпочтительно, экспрессировать, один(у) или несколько генов или последовательностей, представляющих интерес, в клетке-хозяине. Примеры векторов включают, но не ограничиваясь только ими, вирусные векторы, оголенные ДНК или РНК экспрессионные векторы, плазмиду, космиду или фаговые векторы, ДНК или РНК экспрессионные векторы, ассоциированные с катионными конденсирующими средствами, ДНК или РНК экспрессионные векторы, инкапсулированные в липосомы, и определенные эукариотические клетки, такие как клетки-продуценты.As used in the present invention, a vector refers to a construct that is capable of delivering, and preferably expressing, one or more genes or sequences of interest in a host cell. Examples of vectors include, but are not limited to, viral vectors, naked DNA or RNA expression vectors, plasmid, cosmid or phage vectors, DNA or RNA expression vectors associated with cationic condensing agents, DNA or RNA expression vectors encapsulated in liposomes, and certain eukaryotic cells, such as producer cells.
Как используется в настоящем изобретении, последовательность контроля экспрессии обозначает нуклеотидную последовательность, которая направляет транскрипцию нуклеиновой кислоты. Последовательность контроля экспрессии может представлять собой промотор, такой как конститутивный или индуцибельный промотор, или энхансер. Последовательность контроля экспрессии функционально связана с нуклеотидной последовательность, подлежащей транскрипции.As used in the present invention, an expression control sequence refers to a nucleotide sequence that directs the transcription of a nucleic acid. The expression control sequence may be a promoter, such as a constitutive or inducible promoter, or an enhancer. The expression control sequence is operably linked to the nucleotide sequence to be transcribed.
Как используется в настоящем изобретении, фармацевтически приемлемый носитель или фармацевтически приемлемый наполнитель включает любой материал, который при комбинировании с активным компонентом, предоставляет возможность ингредиенту сохранять биологическую активность и не реагирует с иммунной системой хозяина. Примеры включают, но не ограничиваясь только ими, любые стандартные фармацевтические носители, такие как фосфатно-солевой буферный раствор, вода, эмульсии, такие как эмульсия масло-в-воде, и различные типы смачивающих реагентов. Предпочтительными разбавителями для аэрозольного или парентерального введения являются фосфатно-солевой буферный раствор (PBS) или физиологический (0,9%) солевой раствор. Композиции, содержащие такие носители, приготавливают в виде препаратов с помощью хорошо известных общепринятых методов (см, например, Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th edition, A. Gennaro, ed., Mack Publishing Co., Easton, PA, 1990; и Remington, The Science and Practice of Pharmacy 21st Ed. Mack Publishing, 2005).As used herein, a pharmaceutically acceptable carrier or pharmaceutically acceptable excipient includes any material that, when combined with an active ingredient, enables the ingredient to retain biological activity and does not react with the host's immune system. Examples include, but are not limited to, any standard pharmaceutical carriers such as phosphate-buffered saline, water, emulsions such as oil-in-water emulsion, and various types of wetting agents. Preferred diluents for aerosol or parenteral administration are phosphate-buffered saline (PBS) or physiological (0.9%) saline. Compositions containing such carriers are formulated using well known conventional methods (see, for example, Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th edition, A. Gennaro, ed., Mack Publishing Co., Easton, PA, 1990; and Remington, The Science and Practice of Pharmacy 21st Ed. Mack Publishing, 2005).
Термин kon или ka, как используется в настоящем изобретении, относится к константе скорости ассоциации антитела с антигеном. Специфически, константы скорости (kon/ka и koff/kd) и равновесные константы диссоциации могут быть определены, используя, например, полноразмерные антитела и/или Fab фрагменты антител и соответствующий антиген.The term kon or k a as used in the present invention refers to the rate constant of association of an antibody with an antigen. Specifically, rate constants (kon/k a and k off /kd) and equilibrium dissociation constants can be determined using, for example, full-length antibodies and/or Fab fragments of antibodies and the corresponding antigen.
Термин koff или kd, как используется в настоящем изобретении, относится к константе скорости диссоциации антитела от комплекса антитело/антиген.The term k off or kd as used in the present invention refers to the rate constant for the dissociation of an antibody from the antibody/antigen complex.
Термин Kd, как используется в настоящем изобретении, относится к равновесной константе диссоциации взаимодействия антитела-антиген.The term Kd, as used in the present invention, refers to the equilibrium dissociation constant of the antibody-antigen interaction.
Определения констант скорости ассоциации и диссоциации, kon и koff соответственно можно использовать биосенсор на основании поверхностного плазмонного резонанса для характеристики взаимодействия аналит/лиганд в условиях, где аналит является моновалентным по отношению к связыванию лиганда, который иммобилизируется при низкой способности на поверхность сенсора с помощью реагента захвата. Анализ осуществляют, используя методологию кинетического титрования, как описано в Karlsson и др., Anal. Biochem 349, 136-147, 2006. Сенсорный чип, реагент захвата и буфер для исследования, применяемые для данного анализа, выбирают для обеспечения стабильного захвата лиганда на поверхность сенсора, минимизации неспецифического связывания аналита к поверхностям, и получения аналит-связывающих ответных реакций, которые являются подходящими для кинетического анализа, согласно рекомендациям в Myszka, J. Mol. Recognit 12, 279-284, 1999. Аналит-связывающие ответные реакции для взаимодействия аналит/лиганд имеют двойную ссылку и согласовываются с 1:1 модель ограниченного переноса массы Ленгмюра с ka, kd и Rmax в качестве глобальных параметров, как описано в Myszka & Morton и др., Biophys. Chem 64, 127-137 (1997). Равновесную константу диссоциации, KD, выводят из соотношения кинетических констант скорости, KD=koff/kon. Такие определения предпочтительно осуществляют при 25°C или 37°C.By determining the rate constants of association and dissociation, k on and k off respectively, a surface plasmon resonance based biosensor can be used to characterize analyte/ligand interactions under conditions where the analyte is monovalent to the binding of the ligand, which is immobilized at low capacity onto the sensor surface by capture reagent. The analysis is carried out using kinetic titration methodology as described in Karlsson et al., Anal. Biochem 349, 136-147, 2006. The sensor chip, capture reagent, and assay buffer used for this assay are selected to ensure stable ligand capture to the sensor surface, minimize nonspecific analyte binding to surfaces, and produce analyte-binding responses that are suitable for kinetic analysis, as recommended in Myszka, J. Mol. Recognit 12, 279-284, 1999. Analyte-binding responses for analyte/ligand interactions are dual-linked and fit to a 1:1 Langmuir limited mass transfer model with k a , k d and R max as global parameters, as described in Myszka & Morton et al., Biophys. Chem 64, 127-137 (1997). The equilibrium dissociation constant, K D , is derived from the ratio of the kinetic rate constants, K D =k off /k on . Such determinations are preferably carried out at 25°C or 37°C.
Ссылка на приблизительно для значения или параметра в настоящем изобретении включает (и описывает) варианты осуществления, которые направлены на это значение или параметр per se. Например, описание со ссылкой приблизительно X включает описание X. Области числовых значений охReference to approximately a value or parameter in the present invention includes (and describes) embodiments that are directed to that value or parameter per se. For example, a description with reference to approximately X includes a description of X. Numerical ranges x
- 11 044329 ватывают числа, определяемые диапазоном. В общем случае, термин приблизительно относится к указанному значению переменной и ко всем значениям переменной, которые находятся в пределах экспериментальной погрешности указанного значения (например, в пределах 95% доверительного интервала для среднего значения) или в пределах 10 процентов указанного значения, в зависимости от того, который из них больше. Если термин приблизительно используется в контексте периода времени (годы, месяца, недели, дни и т.д.), термин приблизительно обозначает период времени плюс или минус одну величину следующего подчиненного периода времени (например, приблизительно 1 год обозначает 11-13 месяцев; приблизительно 6 месяцев обозначает 6 месяцев плюс или минус 1 неделю; приблизительно 1 неделя обозначает 6-8 дней и т.д.), или в пределах 10 процентов указанного значения, в зависимости от того, который из них больше.- 11 044329 are numbers determined by the range. In general, the term approximately refers to a specified value of a variable and to all values of the variable that are within the experimental error of the specified value (for example, within a 95 percent confidence interval for the mean) or within 10 percent of the specified value, whichever , which one is greater. When a term is approximately used in the context of a period of time (years, months, weeks, days, etc.), the term approximately denotes a period of time plus or minus one value of the next subordinate time period (for example, approximately 1 year indicates 11-13 months; approximately 6 months means 6 months plus or minus 1 week; approximately 1 week means 6-8 days, etc.), or within 10 percent of the specified value, whichever is greater.
Подразумевается, что во всех применимых случаях, когда варианты осуществления описываются в настоящем изобретении со словом включающий, также обеспечиваются аналогичные варианты осуществления, описанные терминами состоящие из и/или по сути состоящие из.It is intended that, in all applicable cases where embodiments are described in the present invention with the word including, similar embodiments described by the terms consisting of and/or essentially consisting of are also provided.
Если аспекты или варианты осуществления изобретения описаны с использованием группы Маркуша или другой группировки альтернатив, то изобретение охватывает не только всю группу, описанную как целое, но и каждого представителя группы индивидуально и все возможные подгруппы основной группы, а также основную группу, в которой отсутствуют один или больше групповых членов. Изобретение также предусматривает точное исключение одного или нескольких любых групповых членов в заявленном изобретении.If aspects or embodiments of the invention are described using a Markush group or other grouping of alternatives, then the invention covers not only the entire group described as a whole, but also each member of the group individually and all possible subgroups of the main group, as well as the main group in which one is missing or more group members. The invention also provides for the precise exclusion of one or more of any group members in the claimed invention.
Если специально не указано иначе, все технические и научные термины, используемые в настоящем изобретении, имеют такие же значения, что и обычно подразумеваются квалифицированным специалистом в области техники, к которой относится заявленное изобретение. В случае конфликта, настоящее описание, включая определения, будет иметь преимущество. Для всего описания и пунктов формулы изобретения, слово включает, или вариации, такие как включают или включающий будут предполагать включение указанного целого числа или группы целых чисел, но не исключения любых других целых чисел или групп целых чисел. Если специально не следует из контекста, термины в единственном числе будут включать формы множественного числа и термины во множественном числе будут включать единственное число.Unless specifically stated otherwise, all technical and scientific terms used in the present invention have the same meanings as commonly understood by one skilled in the art to which the claimed invention relates. In the event of a conflict, the present description, including definitions, will control. For the entire description and claims, the word includes, or variations such as include or including will be intended to include the specified integer or group of integers, but not to exclude any other integers or groups of integers. Unless specifically required by context, terms in the singular will include plural forms and terms in the plural will include the singular.
Примеры способов и материалов описанные в настоящем изобретении, хотя способы и материалы, сходные или эквивалентные описанным в настоящем описании, также могут использоваться при практическом осуществлении или тестировании изобретения. Материалы, способы и примеры являются только иллюстративными и никоим образом не предназначены для ограничения.The methods and materials described herein are exemplary, although methods and materials similar or equivalent to those described herein may also be used in practicing or testing the invention. The materials, methods, and examples are illustrative only and are not intended to be limiting in any way.
EGFRvIII специфические CAR и способы их полученияEGFRvIII specific CARs and methods for their preparation
Изобретение обеспечивает CAR, которые связываются с EGFRvIII (например, humEGFRvIII (например, SEQ ID NO: 201, номер доступа: Р00533 идентификатор функции VAR_066493, или № доступа GenBank AJN69267)). EGFRvIII специфические CAR, обеспечиваемые в настоящем изобретении, включают одноцепочечные CARS и многоцепочечные CAR. CAR имеют способность перенаправлять специфичность и реакционную способность Т клеток на EGFRvIII образом, которые не ограничен МНС, разрабатывая антиген-связывающие свойства моноклональных антител. Не ограничиваемое МНС распознавание антигена обеспечивает Т клеткам, экспрессирующим CAR, способность распознавать антиген независимо от процессирования антигена, таким образом обходя основной механизм ускользания опухоли.The invention provides CARs that bind to EGFRvIII (eg, humEGFRvIII (eg, SEQ ID NO: 201, accession number: P00533 feature identifier VAR_066493, or GenBank accession number AJN69267)). EGFRvIII specific CARs provided by the present invention include single chain CARS and multi chain CARs. CARs have the ability to redirect the specificity and reactivity of T cells to EGFRvIII in a manner that is not limited by the MHC, developing the antigen-binding properties of monoclonal antibodies. Non-MHC-restricted antigen recognition provides CAR-expressing T cells with the ability to recognize antigen independent of antigen processing, thereby bypassing the underlying tumor escape mechanism.
В некоторых вариантах осуществления, CAR обеспечиваемые в настоящем изобретении, содержат внеклеточный лиганд-связывающий домен (например, одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv)), трансмембранный домен, и внутриклеточный сигнальный домен. В некоторых вариантах осуществления, внеклеточный лиганд-связывающий домен, трансмембранный домен, и внутриклеточный сигнальный домен находятся в одном полипептиде, то есть в одноцепочечном. Многоцепочечные CAR и полипептиды также обеспечиваются в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, многоцепочечные CAR содержат: первый полипептид, содержащий трансмембранный домен и по меньшей мере один внеклеточный лиганд-связывающий домен, и второй полипептид, содержащий трансмембранный домен и по меньшей мере один внутриклеточный сигнальный домен, где полипептиды собираются вместе с образованием многоцепочечные CAR.In some embodiments, the CARs provided by the present invention comprise an extracellular ligand binding domain (eg, single chain fragment variable (scFv)), a transmembrane domain, and an intracellular signaling domain. In some embodiments, the extracellular ligand binding domain, the transmembrane domain, and the intracellular signaling domain are in a single polypeptide, that is, single chain. Multi-chain CARs and polypeptides are also provided in the present invention. In some embodiments, the multichain CARs comprise: a first polypeptide comprising a transmembrane domain and at least one extracellular ligand binding domain, and a second polypeptide comprising a transmembrane domain and at least one intracellular signaling domain, wherein the polypeptides assemble together to form the multichain CARs .
В некоторых вариантах осуществления, EGFRvIII специфические многоцепочечные CAR основываются на высокой аффинности рецептора для IgE (FcεRI). FcεRI, экспрессируемые на тучных клетках и базофилах, запускают аллергические реакции. FcεRI представляет собой тетрамерный комплекс, состоящий из одной α субъединицы, одной β субъединицы, и двух связанных дисульфидной связью γ субъединиц, α субъединица содержит IgE-связывающий домен. β и γ субъединицы содержат ITAM, которые опосредуют передачу сигналов. В некоторых вариантах осуществления, внеклеточный домен FcRa цепи удаляют и заменяют на EGFRvIII специфический внеклеточный лиганд-связывающий домен. В некоторых вариантах осуществления, многоцепочечные EGFRvIII специфические CAR содержат scFv, который связывается специфически с EGFRvIII, CD8a петлей, и ITAM FcRP цепи. В некоторых вариантах осуществления, CAR может содержать FcRy цепи или может ее не содержать.In some embodiments, EGFRvIII specific multichain CARs are based on high affinity receptor for IgE (FcεRI). FcεRI expressed on mast cells and basophils trigger allergic reactions. FcεRI is a tetrameric complex consisting of one α subunit, one β subunit, and two disulfide-linked γ subunits, the α subunit containing the IgE-binding domain. The β and γ subunits contain ITAMs, which mediate signal transduction. In some embodiments, the extracellular domain of the FcRa chain is removed and replaced with an EGFRvIII specific extracellular ligand binding domain. In some embodiments, the multichain EGFRvIII specific CARs comprise a scFv that binds specifically to the EGFRvIII CD8a loop, and the ITAM FcRP chain. In some embodiments, the CAR may or may not contain an FcRy chain.
- 12 044329- 12 044329
В некоторых вариантах осуществления, внеклеточный лиганд-связывающий домен содержит scFv, содержащий вариабельную область легкой цепи (VL) и вариабельную область тяжелой цепи (VH) целевого антиген-специфического моноклонального антитела, соединенного с помощью гибкого линкера. Фрагменты одноцепочечных вариабельных областей получают путем связывания вариабельных областей легкой и/или тяжелой цепи путем применения короткого пептидного линкера (Bird и др., Science 242:423-426, 1988). Примером линкерного пептида является GS линкер, имеющий аминокислотную последовательность (GGGGS)4 (SEQ ID NO: 202), образует мост приблизительно 3,5 нм между карбоксильным концом одной вариабельной области и амино-концом другой вариабельной области. Были созданы и используются линкеры других последовательностей (Bird и др., 1988, выше). В целом, линкеры могут представлять собой короткие, гибкие полипептиды и предпочтительно содержат приблизительно 20 или меньше аминокислотных остатков. Линкеры, в свою очередь, могут быть модифицированы для придания дополнительных функций, например, присоединения лекарственных средств или присоединения твердых подложек. Одноцепочечные варианты могут быть получены либо рекомбинантно или синтетически. Для синтетического получения scFv, можно использовать автоматический синтезатор. Для рекомбинантной продукции scFv, подходящую плазмиду, содержащую полинуклеотид, который кодирует scFv, можно интродуцировать в подходящую клетку-хозяин, либо эукариотическую, такую как клетки дрожжей, растений, насекомых или млекопитающих, или прокаритиотические, такие как Е. coli. Полинуклеотиды, кодирующие scFv, представляющий, могут быть получены с помощью общепринятых манипуляций, таких как лигирование полинуклеотидов. Полученный scFv может быть выделен, используя стандартные техники очистки белка, известные в данной области техники.In some embodiments, the extracellular ligand binding domain comprises a scFv containing a light chain variable region (VL) and a heavy chain variable region (VH) of a target antigen-specific monoclonal antibody linked by a flexible linker. Single chain variable region fragments are prepared by linking light and/or heavy chain variable regions using a short peptide linker (Bird et al., Science 242:423-426, 1988). An example of a linker peptide is a GS linker having the amino acid sequence (GGGGS) 4 (SEQ ID NO: 202), forms a bridge of approximately 3.5 nm between the carboxyl terminus of one variable region and the amino terminus of another variable region. Linkers of other sequences have been created and are used (Bird et al., 1988, supra). In general, linkers can be short, flexible polypeptides and preferably contain approximately 20 amino acid residues or fewer. Linkers, in turn, can be modified to provide additional functions, such as attaching drugs or attaching solid supports. Single-chain variants can be produced either recombinantly or synthetically. To synthetically obtain scFv, you can use an automatic synthesizer. For recombinant production of scFv, a suitable plasmid containing a polynucleotide that encodes the scFv can be introduced into a suitable host cell, either eukaryotic, such as yeast, plant, insect or mammalian cells, or prokaryotic, such as E. coli. Polynucleotides encoding the scFv presenter can be obtained using conventional manipulations such as polynucleotide ligation. The resulting scFv can be isolated using standard protein purification techniques known in the art.
В некоторых вариантах осуществления, внеклеточный лиганд-связывающий домен содержит (a) VH область, содержащую (I) VH гипервариабельную область один (CDR1), содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 62, 63, 64, 74, 75, 76, 80, 81, 82, 88, 89, 90, 93, 94, 95, 99, 100, 101, 109, 110, 111, 115, 116, 117, 121, 122, 123, 132, 133,134, 137, 138, 139, 143, 144, или 145; (II) VH CDR2, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 65, 66, 68, 69, 70, 71, 77, 78, 83, 84, 86, 87, 91, 92, 96, 97, 98, 102, 103, 105, 106, 112, 113, 118, 119, 124, 125, 127, 128, 130, 131, 135, 136, 140, 141, 146, или 147; и III) VH CDR3, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 67, 72, 73, 79, 85, 104, 107, 108, 114, 120, 126, 129, 142, или 148; и/или VL область, содержащую (I) VL CDR1, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 149, 154, 156, 159, 162, 165, 166, 168, 169, 170, 171, 173, 174, 176, 178, 181, 182, 185, 187, 190, 192, 195, или 198; (II) VL CDR2, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 150, 152, 155, 157, 160, 163, 172, 175, 179, 183, 186, 188, 191, 193, 196, или 199; и (III) VL CDR3, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 151, 153, 158, 161, 164, 167, 177, 180, 184, 189, 194, 197, или 200. В некоторых вариантах осуществления, VH и VL связаны вместе с помощью гибкого линкера. В некоторых вариантах осуществления гибкий линкер содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 202.In some embodiments, the extracellular ligand binding domain comprises (a) a VH region comprising (i) VH hypervariable region one (CDR1) comprising the sequence set forth in SEQ ID NO: 62, 63, 64, 74, 75, 76, 80, 81, 82, 88, 89, 90, 93, 94, 95, 99, 100, 101, 109, 110, 111, 115, 116, 117, 121, 122, 123, 132, 133,134, 137, 138, 139, 143, 144, or 145; (II) VH CDR2 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 65, 66, 68, 69, 70, 71, 77, 78, 83, 84, 86, 87, 91, 92, 96, 97, 98, 102 , 103, 105, 106, 112, 113, 118, 119, 124, 125, 127, 128, 130, 131, 135, 136, 140, 141, 146, or 147; and III) VH CDR3 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 67, 72, 73, 79, 85, 104, 107, 108, 114, 120, 126, 129, 142, or 148; and/or a VL region containing (I) VL CDR1 containing the sequence presented in SEQ ID NO: 149, 154, 156, 159, 162, 165, 166, 168, 169, 170, 171, 173, 174, 176, 178, 181, 182, 185, 187, 190, 192, 195, or 198; (II) VL CDR2 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 150, 152, 155, 157, 160, 163, 172, 175, 179, 183, 186, 188, 191, 193, 196, or 199; and (III) VL CDR3 comprising the sequence set forth in SEQ ID NO: 151, 153, 158, 161, 164, 167, 177, 180, 184, 189, 194, 197, or 200. In some embodiments, VH and The VLs are linked together using a flexible linker. In some embodiments, the flexible linker comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 202.
В некоторых вариантах осуществления, внеклеточный лиганд-связывающий домен содержит (a) VH область, содержащую (I) VH гипервариабельную область один (CDR1), содержащую последовательность, представленную в SEQ ID nO: 62, 63, 64, 74, 75, 76, 80, 81, 82, 88, 89, 90, 109, 110, 111, 115, 116, 117, 121, 122, 123, 137, 138, или 139; (II) VH CDR2, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 70, 71, 77, 78, 83, 84, 86, 87, 91, 92, 112, 113, 118, 119, 124, 125, 127, 128, 140, или 141; и III) VH CDR3, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 73, 79, 85, 114, 120, 126, 129, или 142, и/или (б) VL область, содержащую (I) VL CDR1, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 149, 156, 159, 162, 165, 182, 185, 187, или 195; (II) VL CDR2, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 152, 157, 160, 163, 183, 186, 188, или 196; и (III) VL CDR3, содержащую последовательность, представленную в SEQ ID NO: 153, 158, 161, 164, 184, 189, или 197.In some embodiments, the extracellular ligand binding domain comprises (a) a VH region comprising (i) VH hypervariable region one (CDR1) comprising the sequence set forth in SEQ ID nO: 62, 63, 64, 74, 75, 76, 80, 81, 82, 88, 89, 90, 109, 110, 111, 115, 116, 117, 121, 122, 123, 137, 138, or 139; (II) VH CDR2 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 70, 71, 77, 78, 83, 84, 86, 87, 91, 92, 112, 113, 118, 119, 124, 125, 127, 128 , 140, or 141; and iii) a VH CDR3 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 73, 79, 85, 114, 120, 126, 129, or 142, and/or (b) a VL region containing (i) a VL CDR1 containing the sequence represented by SEQ ID NO: 149, 156, 159, 162, 165, 182, 185, 187, or 195; (II) VL CDR2 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 152, 157, 160, 163, 183, 186, 188, or 196; and (III) VL CDR3 containing the sequence shown in SEQ ID NO: 153, 158, 161, 164, 184, 189, or 197.
В другом аспекте, обеспечивается CAR, который специфически связывается с EGFRvIII, где CAR содержит внеклеточный лиганд-связывающий домен, содержащий: VH область, содержащую VH CDR1, VH CdR2, и VH CDR3 из VH последовательности, представленной на SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 30, 32, 34, 35, 37, 39, 41, 43, 44, 46, 48, или 50; и/или VL область, содержащую VL CDR1, VL CDR2, и VL CDR3 из VL последовательности, представленной на SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 29, 31, 33, 36, 38, 40, 42, 45, 47, 49, или 51. В некоторых вариантах осуществления, VH и VL связаны вместе с помощью гибкого линкера. В некоторых вариантах осуществления гибкий линкер содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 202.In another aspect, a CAR is provided that specifically binds to EGFRvIII, wherein the CAR comprises an extracellular ligand binding domain comprising: a VH region containing VH CDR1, VH CdR2, and VH CDR3 from the VH sequence set forth in SEQ ID NO: 1, 3 , 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 30, 32, 34, 35, 37, 39, 41, 43, 44, 46, 48, or 50; and/or a VL region containing VL CDR1, VL CDR2, and VL CDR3 from the VL sequence set forth in SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 29, 31, 33, 36, 38, 40, 42, 45, 47, 49, or 51. In some embodiments, VH and VL are linked together via a flexible linker. In some embodiments, the flexible linker comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 202.
В некоторых вариантах осуществления, CAR содержит внеклеточный лиганд-связывающий домен, содержащий: VH область, содержащую VH CDR1, VH CDR2, и VH CDR3 из VH последовательности, представленной на SEQ ID NO: 5, 9, 11, 13, 15, 37, 39, 41, 43, или 48; и/или VL область, содержащую VL CDR1, VL CDR2, и VL CDR3 из VL последовательности, представленной на SEQ ID NO: 6, 10, 12, 14, 16, 38, 40, 42, или 49. В некоторых вариантах осуществления, VH и VL связаны вместе с помощью гибкого линкера. В некоторых вариантах осуществления гибкий линкер содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 202.In some embodiments, the CAR comprises an extracellular ligand binding domain comprising: a VH region comprising VH CDR1, VH CDR2, and VH CDR3 from the VH sequence set forth at SEQ ID NO: 5, 9, 11, 13, 15, 37, 39, 41, 43, or 48; and/or a VL region comprising VL CDR1, VL CDR2, and VL CDR3 from the VL sequence set forth in SEQ ID NO: 6, 10, 12, 14, 16, 38, 40, 42, or 49. In some embodiments, VH and VL are linked together using a flexible linker. In some embodiments, the flexible linker comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 202.
В некоторых вариантах осуществления, CAR согласно изобретению содержит внеклеточный лиганд-связывающий домен, имеющий любую одну из частных последовательностей легких цепей, какIn some embodiments, the CAR of the invention comprises an extracellular ligand binding domain having any one of the partial light chain sequences such as
- 13 044329 представлено в табл. 1, и/или любую одну из частных последовательностей тяжелых цепей, как представлено в табл. 1. В табл. 1, подчеркнутые последовательности представляют собой CDR последовательности в соответствии с Kabat и выделенные жирным шрифтом в соответствии с Chothia. Различные mAb из табл. 1 также могут обозначаться в настоящем изобретении как различные клоны антиEGFRvIII антитела.- 13 044329 is presented in table. 1, and/or any one of the particular heavy chain sequences as presented in table. 1. In table. 1, the underlined sequences are CDR sequences according to Kabat and those in bold according to Chothia. Various mAbs from table. 1 may also be referred to in the present invention as various anti-EGFRvIII antibody clones.
Таблица 1Table 1
- 14 044329- 14 044329
- 15 044329- 15 044329
Также в настоящем изобретении обеспечиваются CDR части внеклеточных лиганд-связывающих доменов CAR к EGFRvIII (включая Chothia, Kabat CDR, и CDR контактные участки). Определение CDR областей находится в компетенции квалифицированного специалиста в данной области техники. Подразумевается, что в некоторых вариантах осуществления, CDR могут представлять собой комбинацию Kabat и Chothia CDR (также обозначаются как комбинированные CR или расширенные CDR). В некоторых вариантах осуществления, CDR представляют собой Kabat CDR. В других вариантах осуществления, CDR представляют собой Chothia CDR. Другими словами, в вариантах осуществления с более чем одной CDR, CDR могут быть любой из Kabat, Chothia, комбинацией CDR, или их комбинациями. Табл. 2 обеспечивает примеры CDR последовательностей, обеспечиваемых в настоящем изобретении.Also provided in the present invention are the CDR portions of the extracellular ligand binding domains of the EGFRvIII CARs (including the Chothia, Kabat CDR, and CDR contact regions). The determination of CDR regions is within the skill of one skilled in the art. It is understood that in some embodiments, the CDRs may be a combination of Kabat and Chothia CDRs (also referred to as combined CRs or extended CDRs). In some embodiments, the CDRs are Kabat CDRs. In other embodiments, the CDRs are Chothia CDRs. In other words, in embodiments with more than one CDR, the CDRs may be any of Kabat, Chothia, a combination of CDRs, or combinations thereof. Table 2 provides examples of CDR sequences provided in the present invention.
- 16 044329- 16 044329
Таблица 2table 2
- 17 044329- 17 044329
- 18 044329- 18 044329
- 19 044329- 19 044329
Изобретение охватывает модификации CAR и полипептидов согласно вариантам изобретения, представленным в табл. 1, включая функциональные эквиваленты CAR, имеющие модификации, которые не оказывают существенного влияния на их свойства, и варианты, которые усиливают или снижают активность и/или аффинность. Например, аминокислотная последовательность может быть мутирована для получения антитела с желательной аффинностью связывания с EGFRvIII. Модификации полипептидов являются обычной практикой в данной области техники и нет необходимости описывать их более подробно в настоящем изобретении. Примеры модифицированных полипептидов включают полипептиды с консервативными заменами аминокислотных остатков, одной или несколькими делециями или добавлениями аминокислот, которые не оказывают существенного неблагоприятного изменения функциональной активности, или которые созревают (усиливают) аффинность полипептида к его лиганду, или используют химические аналоги.The invention covers modifications of CARs and polypeptides according to the embodiments of the invention presented in table. 1, including functional equivalents of CARs having modifications that do not significantly affect their properties, and variants that increase or decrease activity and/or affinity. For example, the amino acid sequence can be mutated to produce an antibody with the desired binding affinity for EGFRvIII. Modifications of polypeptides are common practice in the art and need not be described in more detail in the present invention. Examples of modified polypeptides include polypeptides with conservative substitutions of amino acid residues, one or more deletions or additions of amino acids that do not significantly adversely change functional activity, or that mature (enhance) the affinity of the polypeptide for its ligand, or use chemical analogues.
Инсерции аминокислотных последовательностей включают амино- и/или карбоксил-концевые слияния, протяженностью в длину от одного остатка до полипептидов, содержащих сотни или больше остатков, а также инсерции внутри последовательности одного или нескольких аминокислотных остатков. Примеры концевых инсерций включают антитело с N-концевым метионильным остатком или антитело, слитое с эпитопной меткой. Другие инсерционные варианты молекулы антитела включают слияние Nили С-конца антитела фермента или полипептида, которое повышает период полувыведения антитела в кровообращении.Amino acid sequence insertions include amino- and/or carboxyl-terminal fusions ranging in length from a single residue to polypeptides containing hundreds or more residues, as well as intrasequence insertions of one or more amino acid residues. Examples of terminal insertions include an antibody with an N-terminal methionyl residue or an antibody fused to an epitope tag. Other insertional variants of the antibody molecule include fusion of the N or C terminus of the antibody to an enzyme or polypeptide, which increases the half-life of the antibody in the circulation.
Варианты замещения имеют по меньшей мере один аминокислотный остаток в молекуле антитела удаленный и на его место вставленный отличающийся остаток. Сайты, представляющие наибольший интерес для замещающего метагенеза, включают гипервариабельные области, но охватываются также изменения FR. Консервативные замены представлены в табл. 3 под заголовком консервативные замены. Если такие замены приводят к изменению биологической активности, то в дальнейшем могут бытьSubstitution variants have at least one amino acid residue in the antibody molecule removed and a different residue inserted in its place. Sites of greatest interest for replacement metagenesis include hypervariable regions, but FR changes are also covered. Conservative substitutions are presented in table. 3 under the heading Conservative substitutions. If such substitutions lead to changes in biological activity, then in the future there may be
- 20 044329 интродуцированы более существенные изменения, обозначенные как типичные замены в табл. 3, или как дополнительно описано ниже со ссылкой на классы аминокислот, и продукты подвергаться скринингу. В некоторых вариантах осуществления, варианты замен антител, обеспечиваемые в настоящем изобретении, имеют не более, чем 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, или 1 консервативную замену в VH или VL области по сравнению со сравниваемым исходным антителом. В некоторых вариантах осуществления, замены не осуществляются в пределах CDR из VH или VL области.- 20 044329 more significant changes were introduced, designated as typical replacements in the table. 3, or as further described below with reference to amino acid classes, and the products are screened. In some embodiments, the antibody substitution variants provided by the present invention have no more than 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, or 1 conservative substitution in the VH or VL region compared to the reference parent antibody. In some embodiments, replacements are not made within the CDR of the VH or VL region.
Таблица 3Table 3
Аминокислотные заменыAmino acid substitutions
В некоторых вариантах осуществления, изобретение обеспечивает CAR, содержащий внеклеточный лиганд-связывающий домен, который связывается с EGFRvIII и конкурирует за связывание с EGFRvIII с антителами, описанными в настоящем изобретении, или CAR, описанными в настоящем изобретении (например, табл. 5А), включая m62G7, h62G7, h62G7-H14/Ll-DV, h62G7-L6/EQ, 42G9, 32A10, 20B9, 14C11, 21E11, 49B11, 46E10, 12H6, 19A9, 21E7, 11B11, 12B2, 11F10, 17G11, 29D5, 30D8, 20E12, 26B9, 32G8, 34E7, 20G5, C6, и В5.In some embodiments, the invention provides a CAR containing an extracellular ligand binding domain that binds to EGFRvIII and competes for binding to EGFRvIII with antibodies described in the present invention, or CARs described in the present invention (for example, Table 5A), including m62G7, h62G7, h62G7-H14/Ll-DV, h62G7-L6/EQ, 42G9, 32A10, 20B9, 14C11, 21E11, 49B11, 46E10, 12H6, 19A9, 21E7, 11B11, 12B2, 11F1 0, 17G11, 29D5, 30D8, 20E12, 26B9, 32G8, 34E7, 20G5, C6, and B5.
В некоторых вариантах осуществления, изобретение обеспечивает CAR, содержащие CDR части антител к EGFRvIII антителам на основании CDR контактных участков. CDR контактные участки представляют собой участки антитела, которые придают специфичность антителу к антигену. В целом, CDR контактные участки включают части остатков в CDR и верньерные зоны, которые устанавливают пределы для поддержания правильной петлевой структуры для антитела для связывания специфического антигена. См., например, Makabe и др., J. Biol. Chem., 283:1156-1166, 2007. Определение контактных участков CDR хорошо известно квалифицированному специалисту в данной области техники.In some embodiments, the invention provides CARs comprising CDR portions of anti-EGFRvIII antibodies based on CDR contact regions. CDR contact regions are regions of an antibody that confer specificity to the antibody for an antigen. In general, CDR contact regions include portions of residues in the CDR and vernier regions that set limits to maintain the correct loop structure for the antibody to bind a specific antigen. See, for example, Makabe et al., J. Biol. Chem., 283:1156-1166, 2007. Determination of CDR contact sites is well known to one skilled in the art.
Аффинность связывания (KD) EGFRvIII специфических CAR, как описано в настоящем изобретении с EGFRvIII (такими как humEGFRvIII (например, (SEQ ID NO: 201)) может составлять приблизительно 0,001 - приблизительно 5000 нМ. В некоторых вариантах осуществления, аффинность связывания составляет приблизительно любое из 5000 нМ, 4500 нМ, 4000 нМ, 3500 нМ, 3000 нМ, 2500 нМ, 2000 нМ, 1789 нМ, 1583 нМ, 1540 нМ, 1500 нМ, 1490 нМ, 1064 нМ, 1000 нМ, 933 нМ, 894 нМ, 750 нМ, 705 нМ, 678 нМ, 532 нМ, 500 нМ, 494 нМ, 400 нМ, 349 нМ, 340 нМ, 353 нМ, 300 нМ, 250 нМ, 244 нМ, 231 нМ, 225 нМ, 207 нМ, 200 нМ, 186 нМ, 172 нМ, 136 нМ, 113 нМ, 104 нМ, 101 нМ, 100 нМ, 90 нМ, 83 нМ, 79 нМ, 74 нМ, 54 нМ, 50 нМ, 45 нМ, 42 нМ, 40 нМ, 35 нМ, 32 нМ, 30 нМ, 25 нМ, 24 нМ, 22 нМ, 20 нМ, 19 нМ, 18 нМ, 17 нМ, 16 нМ, 15 нМ, 12 нМ, 10 нМ, 9 нМ, 8 нМ, 7,5 нМ, 7 нМ, 6,5 нМ, 6 нМ, 5,5 нМ, 5 нМ, 4 нМ, 3 нМ, 2 нМ, 1 нМ, 0,5 нМ, 0,3 нМ, 0,1 нМ, 0,01 нМ, или 0,001 нМ. В некоторых вариантах осуществления, аффинность связывания составляет менее, чем приблизительно любое из 5000 нМ, 4000 нМ, 3000 нМ, 2000 нМ, 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 250 нМ, 200 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 30 нМ, 20 нМ, 10 нМ, 7,5 нМ, 7 нМ, 6,5 нМ, 6 нМ, 5 нМ, 4,5 нМ, 4 нМ, 3,5 нМ, 3 нМ, 2,5 нМ, 2 нМ, 1,5 нМ, 1 нМ, или 0,5 нМ.The binding affinity ( KD ) of EGFRvIII specific CARs as described in the present invention with EGFRvIII (such as humEGFRvIII (e.g., (SEQ ID NO: 201)) can be from about 0.001 nM to about 5000 nM. In some embodiments, the binding affinity is about any of 5000 nM, 4500 nM, 4000 nM, 3500 nM, 3000 nM, 2500 nM, 2000 nM, 1789 nM, 1583 nM, 1540 nM, 1500 nM, 1490 nM, 1064 nM, 1000 nM, 933 nM, 894 nM, 750 nM, 705 nM, 678 nM, 532 nM, 500 nM, 494 nM, 400 nM, 349 nM, 340 nM, 353 nM, 300 nM, 250 nM, 244 nM, 231 nM, 225 nM, 207 nM, 200 nM , 186 nM, 172 nM, 136 nM, 113 nM, 104 nM, 101 nM, 100 nM, 90 nM, 83 nM, 79 nM, 74 nM, 54 nM, 50 nM, 45 nM, 42 nM, 40 nM, 35 nM, 32 nM, 30 nM, 25 nM, 24 nM, 22 nM, 20 nM, 19 nM, 18 nM, 17 nM, 16 nM, 15 nM, 12 nM, 10 nM, 9 nM, 8 nM, 7.5 nM, 7 nM, 6.5 nM, 6 nM, 5.5 nM, 5 nM, 4 nM, 3 nM, 2 nM, 1 nM, 0.5 nM, 0.3 nM, 0.1 nM, 0, 01 nM, or 0.001 nM In some embodiments, the binding affinity is less than about any of 5000 nM, 4000 nM, 3000 nM, 2000 nM, 1000 nM, 900 nM, 800 nM, 250 nM, 200 nM, 100 nM , 50 nM, 30 nM, 20 nM, 10 nM, 7.5 nM, 7 nM, 6.5 nM, 6 nM, 5 nM, 4.5 nM, 4 nM, 3.5 nM, 3 nM, 2, 5 nM, 2 nM, 1.5 nM, 1 nM, or 0.5 nM.
Внутриклеточный сигнальный домен CAR в соответствии с изобретением отвечает за внутриклеточную передачу сигналов с последующим связыванием внеклеточный лиганд-связывающого домена с мишенью, что приводит к активации иммунной клетки и иммунной ответной реакции. Внутриклеточный сигнальный домен имеет способность активировать по меньшей мере одну из нормальных эффекторныхThe CAR intracellular signaling domain of the invention is responsible for intracellular signaling followed by binding of the extracellular ligand binding domain to the target, resulting in activation of the immune cell and immune response. The intracellular signaling domain has the ability to activate at least one of the normal effectors
- 21 044329 функций иммунной клетки, в которой экспрессируется CAR. Например, эффекторной функция Т клетки может быть цитолитическая активность или хелперная активность, включая секрецию цитокинов.- 21 044329 functions of the immune cell in which CAR is expressed. For example, the effector function of a T cell may be cytolytic activity or helper activity, including cytokine secretion.
В некоторых вариантах осуществления, внутриклеточный сигнальный домен для применения в CAR может представлять собой цитоплазматические последовательности, например, без ограничения, Тклеточный рецептор и со-рецепторы, которые действуют совместно для инициации передачи сигналов после захвата рецептором антигена, а также любое производное или вариант этих последовательностей и любую синтетическую последовательность, которая имеет идентичную функциональную способность. Внутриклеточные сигнальные домены включат два различных класса цитоплазматических сигнальных последовательностей: те, которые инициируют антиген-зависимую первичную активацию, и те, которые действуют антиген-независимым образом, обеспечивая вторичный или ко-стимулирующий сигнал. Первичные цитоплазматические сигнальные последовательности могут содержать сигнальные мотивы, которые известные в качестве иммунорецепторных активационных мотивов на основании тирозина ITAM. ITAM представляют собой хорошо определенные сигнальные мотивы, обнаруженные во внутрицитоплазматическим хвосте различных рецепторов, которые служат в качестве сайтов связывания для тирозин-киназ класса syk/zap70. Примеры ITAM, используемые в изобретении, могут включать, в качестве неограничивающих примеров, те, которые имеют происхождение из TCRZ FcRy, FcRe, FcRε, CD3y, CD3δ, CD3ε, CD5, CD22, CD79a, CD79b и CD66d. В некоторых вариантах осуществления, внутриклеточный сигнальный домен CAR может содержать CD3Z (зета) сигнальный домен, который имеет аминокислотную последовательность с по меньшей мере приблизительно 70%, предпочтительно по меньшей мере 80%, более предпочтительно по меньшей мере 90%, 95%, 97%, или 99% последовательностью, идентичной аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 205. В некоторых вариантах осуществления внутриклеточный сигнальный домен CAR согласно изобретению содержит домен костимулирующей молекулы.In some embodiments, the intracellular signaling domain for use in a CAR may be cytoplasmic sequences, such as, but not limited to, T cell receptor and co-receptors, that act together to initiate signaling upon receptor uptake of an antigen, as well as any derivative or variant of these sequences and any synthetic sequence that has identical functionality. Intracellular signaling domains include two distinct classes of cytoplasmic signal sequences: those that initiate antigen-dependent primary activation, and those that act in an antigen-independent manner to provide a secondary or costimulatory signal. Primary cytoplasmic signal sequences may contain signaling motifs that are known as immunoreceptor tyrosine-based activation motifs ITAM. ITAMs are well-defined signaling motifs found in the intracytoplasmic tail of various receptors that serve as binding sites for syk/zap70 class tyrosine kinases. Examples of ITAMs used in the invention may include, but are not limited to, those derived from the TCRZ FcRy, FcRe, FcRε, CD3y, CD3δ, CD3ε, CD5, CD22, CD79a, CD79b and CD66d. In some embodiments, the intracellular signaling domain of a CAR may comprise a CD3Z (zeta) signaling domain that has an amino acid sequence of at least about 70%, preferably at least 80%, more preferably at least 90%, 95%, 97% , or 99% sequence identical to the amino acid sequence presented in SEQ ID NO: 205. In some embodiments, the intracellular signaling domain of the CAR of the invention comprises a co-stimulatory molecule domain.
В некоторых вариантах осуществления, внутриклеточный сигнальный домен CAR согласно изобретению содержит часть костимулирующей молекулы, выбранную из группы, включающей фрагмент 41ВВ (GenBank: AAA53133.) и CD28 (NP_006130.1). В некоторых вариантах осуществления, внутриклеточный сигнальный домен CAR согласно изобретению содержит аминокислотную последовательность, которая содержит по меньшей мере 70%, предпочтительно по меньшей мере 80%, более предпочтительно по меньшей мере 90%, 95%, 97%, или 99% последовательности, идентичной аминокислотной последовательности, представленной в SEQ. ID NO: 213 (CD28 сигнальный домен) или SEQ ID NO: 204 (41BB сигнальный домен).In some embodiments, the intracellular signaling domain of the CAR of the invention comprises a portion of a co-stimulatory molecule selected from the group consisting of fragment 41BB (GenBank: AAA53133.) and CD28 (NP_006130.1). In some embodiments, the CAR intracellular signaling domain of the invention comprises an amino acid sequence that contains at least 70%, preferably at least 80%, more preferably at least 90%, 95%, 97%, or 99% sequence identity amino acid sequence presented in SEQ. ID NO: 213 (CD28 signaling domain) or SEQ ID NO: 204 (41BB signaling domain).
CAR экспрессируются на поверхностной мембране клетки. Таким образом, CAR может содержать трансмембранный домен. Подходящие трансмембранные домены для CAR, раскрытых в настоящем изобретении, имеют способность (а) экспрессироваться на поверхности клетки, предпочтительно иммунной клетки, такой как, например, но не ограничиваясь только ими, лимфоцитные клетки или природные клетки-киллеры (NK), и (б) взаимодействовать с лиганд-связывающим доменом и внутриклеточным сигнальным доменом для направления клеточного ответа иммунной клетки на заранее определенную клетку-мишень. Трансмембранный домен может иметь происхождение либо с природного или синтетического источника. Трансмембранный домен может иметь происхождение из любого мембранно-связанного или трансмембранного белка. В качестве неограничивающих примеров, трансмембранный полипептид может представлять собой субъединицу Т-клеточного рецептора, такую как α, β, γ или δ, полипептид, составляющий CD3 комплекс, IL-2 рецептор р55 (α цепь), р75 (β цепь) или γ цепь, субъединичную цепь Fc рецепторов, в особенности Fcy рецептор III или CD белки. Альтернативно, трансмембранный домен может быть синтетическим и может содержать преимущественно гидрофобные остатки, такие как лейцин и валин. В некоторых вариантах осуществления, указанный трансмембранный домен имеет происхождение из цепи CD8a человека (например, NP_001139345.1). CAR дополнительно может содержать стволовой домен между внеклеточным лиганд-связывающим доменом и указанным трансмембранным доменом. Стволовой домен может содержать вплоть до 300 аминокислот, предпочтительно от 10 до 100 аминокислот и наиболее предпочтительно 25-50 аминокислот. Стволовой участок может иметь происхождение из всей или части встречающихся в природе молекул, такой как, из всей или части внеклеточной области CD8, CD4, или CD28, или из всех или части константной области антитела. Альтернативно, стволовой домен может представлять собой синтетическую последовательность, которая соответствует встречающейся в природе стволовой последовательности или может представлять собой полностью синтетическую стволовую последовательность. В некоторых вариантах осуществления, указанный стволовой домен является частью CD8a цепи человека (например, NP_001139345.1). В другом предпочтительном варианте осуществления, указанный трансмембранный и петлевой домены содержат часть CD8a цепи человека, предпочтительно которые содержат по меньшей мере 70%, предпочтительно по меньшей мере 80%, более предпочтительно по меньшей мере 90%, 95%, 97%, или 99% последовательности, идентичной аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 210 и SEQ ID NO: 208, соответственно. В некоторых вариантах осуществления, CAR, раскрытые в настоящем изобретении, могут содержать внеклеточный лиганд-связывающий домен, который специфически связывает EGFRvIII,CARs are expressed on the cell surface membrane. Thus, a CAR may contain a transmembrane domain. Suitable transmembrane domains for the CARs disclosed herein have the ability to (a) be expressed on the surface of a cell, preferably an immune cell, such as, for example, but not limited to, lymphocyte cells or natural killer (NK) cells, and (b ) interact with the ligand binding domain and the intracellular signaling domain to direct the cellular response of the immune cell to a predetermined target cell. The transmembrane domain may be derived from either a natural or synthetic source. The transmembrane domain can be derived from any membrane-bound or transmembrane protein. By way of non-limiting examples, the transmembrane polypeptide may be a T cell receptor subunit such as α, β, γ or δ, a CD3 complex polypeptide, IL-2 receptor p55 (α chain), p75 (β chain) or γ chain , the subunit chain of Fc receptors, especially Fcy receptor III or CD proteins. Alternatively, the transmembrane domain may be synthetic and may contain predominantly hydrophobic residues such as leucine and valine. In some embodiments, said transmembrane domain is derived from the human CD8a chain (eg, NP_001139345.1). The CAR may further comprise a stem domain between an extracellular ligand binding domain and said transmembrane domain. The stem domain may contain up to 300 amino acids, preferably 10 to 100 amino acids, and most preferably 25-50 amino acids. The stem region may be derived from all or part of a naturally occurring molecule, such as all or part of the extracellular region of CD8, CD4, or CD28, or all or part of the constant region of an antibody. Alternatively, the stem domain may be a synthetic sequence that corresponds to a naturally occurring stem sequence or may be a completely synthetic stem sequence. In some embodiments, said stem domain is part of the human CD8a chain (eg, NP_001139345.1). In another preferred embodiment, said transmembrane and loop domains comprise a portion of the human CD8a chain, preferably comprising at least 70%, preferably at least 80%, more preferably at least 90%, 95%, 97%, or 99% sequence identical to the amino acid sequence presented in SEQ ID NO: 210 and SEQ ID NO: 208, respectively. In some embodiments, the CARs disclosed in the present invention may contain an extracellular ligand binding domain that specifically binds EGFRvIII,
- 22 044329- 22 044329
CD8a петлю человека и трансмембранные домены, CD3Z сигнальный домен, и 4-1ВВ сигнальный домен.Human CD8a loop and transmembrane domains, CD3Z signaling domain, and 4-1BB signaling domain.
В табл. 4 представлены типичные последовательности доменов, которые можно использовать вIn table Figure 4 shows typical domain sequences that can be used in
CAR, раскрытых в настоящем изобретении.CARs disclosed in the present invention.
Таблица 4Table 4
Типичные последовательности CAR компонентовTypical sequences of CAR components
В табл. 5А представлены аминокислотные последовательности типичных EGFRvIII специфических CAR согласно настоящему изобретению. В табл. 5А, последовательность сигнального/лидерного пептида выделена жирным шрифтом, и GS линкер ((GGGGS)4 (SEQ ID NO: 202)) подчеркнут.In table 5A shows the amino acid sequences of exemplary EGFRvIII specific CARs according to the present invention. In table 5A, the signal/leader peptide sequence is in bold and the GS linker ((GGGGS) 4 (SEQ ID NO: 202)) is underlined.
- 23 044329- 23 044329
Таблица 5АTable 5A
Аминокислотные последовательности типичных EGFRvIII специфических CARAmino acid sequences of typical EGFRvIII specific CARs
- 24 044329- 24 044329
- 25 044329- 25 044329
В табл. 5В представлены нуклеотидные последовательности типичных scFvs для EGFRvIII специфических CAR согласно настоящему изобретению. В табл. 5В, последовательность, кодирующая CD8a сигнальный/лидерный пептид, подчеркнута.In table 5B shows the nucleotide sequences of representative scFvs for EGFRvIII specific CARs according to the present invention. In table 5B, the CD8a signal/leader peptide coding sequence is underlined.
Таблица 5 ВTable 5 B
Нуклеотидные последовательности типичных EGFRvIII специфических scFvsNucleotide sequences of typical EGFRvIII specific scFvs
- 26 044329- 26 044329
- 27 044329- 27 044329
Табл. 5С обеспечивает типичные нуклеотидные последовательности типичных EGFRvIII специфических CAR согласно настоящему изобретению.Table 5C provides representative nucleotide sequences of representative EGFRvIII specific CARs according to the present invention.
Таблица 5СTable 5C
Нуклеотидные последовательности типичных EGFRvIII специфических CARNucleotide sequences of typical EGFRvIII specific CARs
- 28 044329- 28 044329
- 29 044329- 29 044329
- 30 044329- 30 044329
- 31 044329- 31 044329
- 32 044329- 32 044329
Понижающая регуляция или мутация целевых антигенов обычно наблюдается в раковых клетках, создавая клетки, варианты ускользания с потерей антигена. Таким образом, для противостояния ускользания опухоли и придания иммунной клетке большей специфичности к мишени, EGFRvIII специфические CAR может содержать один или несколько дополнительных внеклеточных лиганд-связывающих доменов, для одновременного связывания различных элементов в мишени, таким образом наращивая активацию и функционирование иммунной клетки. В одном варианте осуществления, внеклеточные лиганд-связывающие домены могут быть расположены последовательно на одном и том же трансмембранном полипептиде, и необязательно могут быть разделены линкером. В некоторых вариантах осуществления, указанные различные внеклеточные лиганд-связывающие домены могут быть помещены на различные трансмембранные полипептиды, составляющие CAR. В некоторых вариантах осуществления, изобретение относится к популяции CAR, где каждый CAR содержит различный внеклеточный лигандсвязывающий домен. В особенности, изобретение относится к способам конструирования иммунных клеток, включающих обеспечение иммунной клетки и экспрессирование на поверхности клетки популяции CAR, где каждый CAR содержит различный внеклеточные лиганд-связывающие домены. В другом предпочтительном варианте осуществления, изобретение относится к способу конструирования иммунной клетки, включающий обеспечение иммунной клетки и интродуцирование в клетку полинуклеотидов, кодирующие полипептиды, состоящие из популяции CAR, где каждый CAR содержит различные внеклеточные лиганд-связывающие домены. Под популяцией CAR, понимают по меньшей мере два, три, четыре, пять, шесть или больше CAR, каждый из которых содержит различные внеклеточные лигандсвязывающие домены. Различные внеклеточные лиганд-связывающие домены в соответствии с изобретением могут предпочтительно одновременно связывать различные элементы в мишени, таким образом наращивая активацию и функционирование иммунной клетки. Изобретение также относится к выделенной иммунной клетке, которая содержит популяцию CAR, где каждый из которых содержит различные внеклеточные лиганд-связывающие домены.Down-regulation or mutation of target antigens is commonly observed in cancer cells, creating cell escape variants with loss of antigen. Thus, to counteract tumor escape and impart greater target specificity to the immune cell, EGFRvIII specific CARs may contain one or more additional extracellular ligand-binding domains to simultaneously bind various elements in the target, thereby enhancing immune cell activation and function. In one embodiment, the extracellular ligand binding domains may be located sequentially on the same transmembrane polypeptide, and may optionally be separated by a linker. In some embodiments, these different extracellular ligand binding domains can be placed on different transmembrane polypeptides that make up the CAR. In some embodiments, the invention relates to a population of CARs, where each CAR contains a different extracellular ligand binding domain. In particular, the invention relates to methods for engineering immune cells, comprising providing an immune cell and expressing a population of CARs on the cell surface, where each CAR contains a different extracellular ligand binding domain. In another preferred embodiment, the invention relates to a method for engineering an immune cell, comprising providing the immune cell with and introducing into the cell polynucleotides encoding polypeptides consisting of a population of CARs, wherein each CAR contains different extracellular ligand binding domains. By CAR population, we mean at least two, three, four, five, six or more CARs, each of which contains different extracellular ligand binding domains. The different extracellular ligand binding domains of the invention can preferentially simultaneously bind different elements in a target, thereby enhancing immune cell activation and function. The invention also relates to an isolated immune cell that contains a population of CARs, each of which contains different extracellular ligand binding domains.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает полинуклеотиды, кодирующие любые из CAR и полипептиды, описанные в настоящем изобретении. Полинуклеотиды могут быть получены и экспрессироваться с помощью процедур, известных в данной области техники.In another aspect, the invention provides polynucleotides encoding any of the CARs and polypeptides described in the present invention. Polynucleotides can be produced and expressed using procedures known in the art.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает композиции (таких как фармацевтические композиции), содержащий любые из клеток согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления, композиция содержит клетку, содержащую полинуклеотид, кодирующий любые из CAR, описанные в настоящем изобретении.In another aspect, the invention provides compositions (such as pharmaceutical compositions) containing any of the cells of the invention. In some embodiments, the composition comprises a cell containing a polynucleotide encoding any of the CARs described in the present invention.
Экспрессионные векторы, и введение композиции полинуклеотидов дополнительно описано в настоящем изобретении.Expression vectors and administration of polynucleotide compositions are further described in the present invention.
В другом аспекте, изобретение обеспечивает способ получения любых полинуклеотидов, описанных в настоящем изобретении.In another aspect, the invention provides a method for producing any of the polynucleotides described in the present invention.
Полинуклеотиды, комплементарные к любым таким последовательностям, также охватываютсяPolynucleotides complementary to any such sequences are also covered.
- 33 044329 изобретением. Полинуклеотиды могут быть одноцепочечные (кодирующие или антисмысловые) или двухцепочечные, и могут представлять собой ДНК (геномные, кДНК или синтетические) или РНК молекулы. РНК молекулы включают ГяРНК молекулы, которые содержат интроны и соответствуют молекуле ДНК с отношением один к одному, и мРНК молекулы, которые не содержат интронов. Могут присутствовать дополнительные кодирующие или некодирующие последовательности, но не обязательно, в пределах полинуклеотида согласно изобретению, и полинуклеотид, но не обязательно, может быть связан с другими молекулами и/или материалами подложки.- 33 044329 invention. Polynucleotides can be single-stranded (coding or antisense) or double-stranded, and can be DNA (genomic, cDNA or synthetic) or RNA molecules. RNA molecules include hnRNA molecules, which contain introns and correspond to a DNA molecule in a one-to-one ratio, and mRNA molecules, which do not contain introns. Additional coding or non-coding sequences may, but not necessarily, be present within the polynucleotide of the invention, and the polynucleotide may optionally be associated with other molecules and/or support materials.
Полинуклеотиды могут содержать нативную последовательность (то есть эндогенную последовательность, которая кодирует антитело или его часть) или могут содержать вариант такой последовательности. Варианты полинуклеотидов содержат одну или несколько замен, добавлений, делеций и/или инсерций таким образом, что иммунореактивность кодируемого полипептида не снижена, относительно нативной иммунореактивной молекулы. Влияние на иммунореактивности кодируемого полипептида обычно может быть оценено, как описано в настоящем изобретении. Варианты предпочтительно проявляют по меньшей мере приблизительно 70% идентичность, более предпочтительно, по меньшей мере приблизительно 80% идентичность, еще более предпочтительно, по меньшей мере приблизительно 90% идентичность, и наиболее предпочтительно, по меньшей мере приблизительно 95% идентичность к полинуклеотидной последовательности, которая кодирует нативное антитело или его часть.Polynucleotides may contain a native sequence (ie, an endogenous sequence that encodes an antibody or part thereof) or may contain a variant of such a sequence. Polynucleotide variants contain one or more substitutions, additions, deletions and/or insertions such that the immunoreactivity of the encoded polypeptide is not reduced relative to the native immunoreactive molecule. The effect on the immunoreactivity of the encoded polypeptide can generally be assessed as described in the present invention. The variants preferably exhibit at least about 70% identity, more preferably at least about 80% identity, even more preferably at least about 90% identity, and most preferably at least about 95% identity to the polynucleotide sequence that encodes a native antibody or part thereof.
Две полинуклеотидные или полипептидные последовательности обозначаются как идентичные, если последовательность нуклеотидов или аминокислот в двух последовательностях является такой же, при выравнивании для максимального соответствия, как описано ниже. Сравнение между двумя последовательностями обычно осуществляют путем сравнения последовательностей через окно сравнения для идентификации и сравнения локальных участков сходства последовательностей. Окно сравнения, как используется в настоящем изобретении, относится к сегменту из по меньшей мере приблизительно 20 прилегающих положений, обычно от 30 до приблизительно 75, или от 40 до приблизительно 50, в котором последовательность может быть сравнена со эталонной последовательностью с таким же числом прилегающих положений после оптимального выравнивания двух последовательностей.Two polynucleotide or polypeptide sequences are designated as identical if the nucleotide or amino acid sequence in the two sequences is the same when aligned for maximum consistency as described below. Comparisons between two sequences are typically made by comparing the sequences through a comparison window to identify and compare local regions of sequence similarity. A comparison window, as used in the present invention, refers to a segment of at least about 20 adjacent positions, typically 30 to about 75, or 40 to about 50, in which the sequence can be compared to a reference sequence with the same number of adjacent positions after optimal alignment of the two sequences.
Оптимальное выравнивание последовательностей можно осуществлять, используя программу Megalign в комплекте Lasergene биоинформационного программного обеспечения (DNASTAR, Inc., Madison, WI), используя параметры по умолчанию. В этой программе реализованы несколько схем выравнивания, описанные в следующих ссылках: Dayhoff, M.O., 1978, A model of evolutionary change in proteins - Matrices for detecting distant relationships. В Dayhoff, M.O. (ред.) Atlas of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research Foundation, Washington DC том 5, дополн. 3, cc. 345-358; Hein J., 1990, Unified Approach to Alignment and Phylogenes cc. 626-645 Methods in Enzymology том 183, Academic Press, Inc., San Diego, CA; Higgins, D.G. and Sharp, P.M., 1989, CABIOS 5:151-153; Myers, E.W. and Muller W., 1988, CABIOS 4:11-17; Robinson, E.D., 1971, Comb. Theor. 11:105; Santou, N., Nes, M., 1987, Mol. Biol. Evol. 4:406-425; Sneath, P.H.A. and Sokal, R.R., 1973, Numerical Taxonomy the Principles and Practice of Numerical Taxonomy, Freeman Press, San Francisco, CA; Wilbur, W.J. and Lipman, D.J., 1983, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80:726-730.Optimal sequence alignment can be performed using the Megalign program in the Lasergene bioinformatics software suite (DNASTAR, Inc., Madison, WI) using default parameters. This program implements several alignment schemes, described in the following references: Dayhoff, M.O., 1978, A model of evolutionary change in proteins - Matrices for detecting distant relationships. In Dayhoff, M.O. (ed.) Atlas of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research Foundation, Washington DC vol. 5, suppl. 3, cc. 345-358; Hein J., 1990, Unified Approach to Alignment and Phylogenes cc. 626-645 Methods in Enzymology volume 183, Academic Press, Inc., San Diego, CA; Higgins, D. G. and Sharp, P.M., 1989, CABIOS 5:151-153; Myers, E.W. and Muller W., 1988, CABIOS 4:11-17; Robinson, E.D., 1971, Comb. Theor. 11:105; Santou, N., Nes, M., 1987, Mol. Biol. Evol. 4:406-425; Sneath, P.H.A. and Sokal, R.R., 1973, Numerical Taxonomy the Principles and Practice of Numerical Taxonomy, Freeman Press, San Francisco, CA; Wilbur, W.J. and Lipman, D.J., 1983, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80:726-730.
Предпочтительно, процент идентичности последовательностей определяют путем сравнения двух оптимально выравненных последовательностей через окно сравнения из по меньшей мере 20 положений, где часть полинуклеотидной или полипептидной последовательности в окне сравнения может содержать добавления или делеции (то есть бреши) 20 процент или меньше, обычно от 5 до 15 процентов, или от 10 до 12%, по сравнению с эталонными последовательностями (которые не содержат добавлений или делеций) для оптимального выравнивания двух последовательностей. Процентное значения высчитывают путем определения числа положений, в которых встречаются идентичные основания нуклеиновых кислот или аминокислотных остатки в обеих последовательностях, получая число совпадающих положений, и деления числа совпадающих положений на общее число положений в эталонной последовательности (то есть размер окна) и умножая результат на 100 для получения процента идентичности последовательностей.Preferably, the percentage of sequence identity is determined by comparing two optimally aligned sequences through a comparison window of at least 20 positions, where a portion of the polynucleotide or polypeptide sequence in the comparison window may contain additions or deletions (i.e., gaps) of 20 percent or less, typically 5 to 15 percent, or 10 to 12%, compared to reference sequences (which contain no additions or deletions) for optimal alignment of two sequences. The percentage is calculated by determining the number of positions at which identical nucleic acid bases or amino acid residues occur in both sequences, obtaining the number of matching positions, and dividing the number of matching positions by the total number of positions in the reference sequence (i.e., window size) and multiplying the result by 100 to obtain percent sequence identity.
Варианты также могут, или альтернативно, быть по существу гомологичными к нативному гену, или его части или комплементу. Такие варианты полинуклеотидов способны гибридизироваться в умеренно жестких условиях к встречающейся в природе ДНК последовательности, кодирующей нативное антитело (или комплементарую последовательность).Variants may also, or alternatively, be substantially homologous to the native gene, or a portion or complement thereof. Such polynucleotide variants are capable of hybridizing under moderately stringent conditions to a naturally occurring DNA sequence encoding the native antibody (or complementary sequence).
Подходящие умеренно жесткие условия включают предварительную промывку в растворе 5 X SSC, 0,5% SDS, 1,0 мМ EDTA (рН 8,0); гибридизацию при 50-65°C, 5 X SSC, в течение ночи; с последующей двукратной промывкой при 65°C в течение 20 мин с каждым из 2Х, 0,5Х и 0,2Х SSC, содержащим 0,1% SDS.Suitable moderately stringent conditions include prewash in a solution of 5X SSC, 0.5% SDS, 1.0 mM EDTA (pH 8.0); hybridization at 50-65°C, 5 X SSC, overnight; followed by washing twice at 65°C for 20 min with each of 2X, 0.5X, and 0.2X SSC containing 0.1% SDS.
Как используется в настоящем изобретении, высокие жесткие условия или условия высокой жесткости представляют собой такие условия: (1) применяют низкую ионную силу и высокую температуру для промывки, например 0,015 М хлорид натрия/0,0015 М цитрат натрия/0,1% додецилсульфат натрия при 50°C; (2) при гибридизации применяют денатурирующий агент, такой как формамид, например, 50% (об./об.) формамид с 0,1% бычьим сывороточным альбумином/0,1% Ficoll/0,1% поливинилпирролидоAs used in the present invention, high stringency conditions or high stringency conditions are those: (1) apply low ionic strength and high temperature for washing, for example, 0.015 M sodium chloride/0.0015 M sodium citrate/0.1% sodium dodecyl sulfate at 50°C; (2) hybridization uses a denaturing agent such as formamide, e.g. 50% (v/v) formamide with 0.1% bovine serum albumin/0.1% Ficoll/0.1% polyvinylpyrrolido
- 34 044329 ном/50 мМ фосфатно-натриевым буфером при рН 6,5 с 750 мМ хлоридом натрия, 75 мМ цитратом натрия при 42°C; или (3) применяют 50% формамид, 5 х SSC (0,75 М NaCl, 0,075 М цитрат натрия), 50 мМ фосфат натрия (рН 6,8), 0,1% пирофосфат натрия, 5 х раствор Денхардта, обработанную ультразвуком ДНК молок лосося (50 мкг/мл), 0,1% SDS, и 10% сульфат декстрана при 42°C, с промывкам и при 42°C в 0,2 х SSC (хлорид натрия/цитрат натрия) и 50% формамид при 55°C, с последующей промывкой высокой жесткости, включающей 0,1 х SSC, содержащий EDTA при 55°C. Для квалифицированного специалиста в данной области техники будет понятным, как корректировать температуру, ионную силу и др., что необходимо для приспосабливания к таким факторам, как длина зонда и др.- 34 044329 nom/50 mM sodium phosphate buffer at pH 6.5 with 750 mM sodium chloride, 75 mM sodium citrate at 42°C; or (3) use 50% formamide, 5 x SSC (0.75 M NaCl, 0.075 M sodium citrate), 50 mM sodium phosphate (pH 6.8), 0.1% sodium pyrophosphate, 5 x Denhardt's solution, sonicated Salmon milk DNA (50 µg/ml), 0.1% SDS, and 10% dextran sulfate at 42°C, with washes and at 42°C in 0.2 x SSC (sodium chloride/sodium citrate) and 50% formamide at 55°C, followed by a high stringency wash containing 0.1 x SSC containing EDTA at 55°C. One skilled in the art will understand how to adjust temperature, ionic strength, etc., to accommodate factors such as probe length, etc.
Для квалифицированного специалиста в данной области техники должно быть ясно, что в результате вырожденности генетического кода, существует много нуклеотидных последовательностей, которые кодируют полипептид, как описано в настоящем изобретении. Некоторые их этих полинуклеотидов имеют минимальную гомологию к нуклеотидной последовательности любого нативного гена. Тем не менее, полинуклеотиды, которые отличаются вследствие различий используемых кодонов, специфически охватываются изобретением. Кроме того, аллели генов, содержащих полинуклеотидные последовательности, обеспечиваемые в настоящем изобретении, подпадают под объем изобретения. Аллели представляют собой эндогенные гены, которые изменены в результате одной или нескольких мутаций, таких как делеции, добавления и/или замены нуклеотидов. Полученные мРНК и белок могут, но не обязательно, иметь измененную структуру или функцию. Аллели могут быть идентифицированы, используя стандартные техники (такие как гибридизация, амплификация и/или сравнение баз данных последовательностей).It will be clear to one skilled in the art that, as a result of the degeneracy of the genetic code, there are many nucleotide sequences that encode a polypeptide as described in the present invention. Some of these polynucleotides have minimal homology to the nucleotide sequence of any native gene. However, polynucleotides that differ due to differences in the codons used are specifically covered by the invention. In addition, alleles of genes containing polynucleotide sequences provided in the present invention fall within the scope of the invention. Alleles are endogenous genes that are altered by one or more mutations, such as deletions, additions and/or nucleotide substitutions. The resulting mRNA and protein may, but need not, have altered structure or function. Alleles can be identified using standard techniques (such as hybridization, amplification and/or comparison of sequence databases).
Полинуклеотиды согласно настоящему изобретению могут быть получены, используя химические синтезы, рекомбинантные методы или ПЦР. Методы химического синтеза полинуклеотидов хорошо известны в данной области техники и нет необходимости их более подробно описывать в настоящем изобретении. Квалифицированный специалист в данной области техники может использовать последовательности, обеспечиваемые в настоящем изобретении, и коммерческий синтезатор ДНК для получения желательной ДНК последовательности.The polynucleotides of the present invention can be produced using chemical syntheses, recombinant methods or PCR. Methods for the chemical synthesis of polynucleotides are well known in the art and need not be described in more detail in the present invention. One skilled in the art can use the sequences provided in the present invention and a commercial DNA synthesizer to obtain the desired DNA sequence.
Для получения полинуклеотидов с использованием рекомбинантных методов, полинуклеотид, содержащий желательную последовательность, может быть вставлен в подходящий вектор, и вектор, в свою очередь, может быть введен в подходящую клетку-хозяин для репликации и амплификации, как более подробно обсуждается в настоящем изобретении. Полинуклеотиды могут быть вставлены в клетки-хозяева с помощью любых способов, известных в данной области техники. Клетки трансформируются путем введения экзогенного полинуклеотида путем прямого поглощения, эндоцитоза, трансфекции, Fскрещивания или электропорации. После введения, экзогенный полинуклеотид может быть поддерживаться в клетки в виде неинтегрированного вектора (такого как плазмида) или интегрирован в геном клетки-хозяина. Таким образом амплифицированный полинуклеотид может быть выделен из клеткихозяина с помощью методов, хорошо известных в данной области техники. См., например, Sambrook и др., 1989.To produce polynucleotides using recombinant methods, a polynucleotide containing the desired sequence can be inserted into a suitable vector, and the vector, in turn, can be introduced into a suitable host cell for replication and amplification, as discussed in more detail in the present invention. Polynucleotides can be inserted into host cells using any methods known in the art. Cells are transformed by introducing an exogenous polynucleotide through direct uptake, endocytosis, transfection, Fcrossing, or electroporation. Once introduced, the exogenous polynucleotide may be maintained in cells as a non-integrated vector (such as a plasmid) or integrated into the genome of the host cell. Thus, the amplified polynucleotide can be isolated from the host cell using methods well known in the art. See, for example, Sambrook et al., 1989.
Альтернативно, ПЦР предоставляет возможность репродукции ДНК последовательностей. ПЦР технология хорошо известна в данной области техники и описана в патентах США №№ 4,683,195, 4,800,159, 4,754,065 и 4,683,202, а также в виде ПЦР: The Polymerase Chain Reaction, Mullis и др. eds., Birkauswer Press, Boston, 1994.Alternatively, PCR provides the ability to reproduce DNA sequences. PCR technology is well known in the art and is described in US Patent Nos. 4,683,195, 4,800,159, 4,754,065 and 4,683,202, as well as PCR: The Polymerase Chain Reaction, Mullis et al. eds., Birkauswer Press, Boston, 1994.
РНК может быть получена, используя выделенную ДНК в подходящем векторе и встраивания ее в подходящую клетку-хозяин. Когда клетка реплицируется и ДНК транскрибируется в РНК, то затем РНК может быть выделена, используя методы, хорошо известные квалифицированному специалисту в данной области техники, как указано в Sambrook и др., 1989, выше, например.RNA can be produced by using isolated DNA in a suitable vector and inserting it into a suitable host cell. Once the cell has replicated and the DNA is transcribed into RNA, the RNA can then be isolated using methods well known to one of ordinary skill in the art, as described in Sambrook et al., 1989, supra, for example.
Подходящие клонирующие векторы могут быть сконструированы в соответствии со стандартными техниками, или могут быть выбраны из большого числа клонирующих векторов, доступных в данной области техники. В то время как выбранный клонирующий вектор может изменяться в соответствии с клеткой-хозяином, в которой он будет использоваться, подходящие клонирующие векторы обычно имеют способность самореплицироваться, могут захватывать единичную мышей для предпочтительной рестрикционной эндонуклеазы, и/или могут нести гены для маркера, который может использоваться для селекции клонов, содержащих вектор. Подходящие примеры включают плазмиды и бактериальные вирусы, например, pUC18, pUC19, Bluescript (например, pBS SK+) и их производные, mpl8, mpl9, pBR322, pMB9, ColE1, pCR1, RP4, ДНК фаги, и челночные векторы, такие как pSA3 и рАТ28. Эти и многие другие клонирующие векторы доступны от коммерческих поставщиков, таких как BioRad, Strategene, и Invitrogen.Suitable cloning vectors can be constructed according to standard techniques, or can be selected from the large number of cloning vectors available in the art. While the cloning vector chosen may vary according to the host cell in which it will be used, suitable cloning vectors generally have the ability to self-replicate, can capture single mice for a preferred restriction endonuclease, and/or can carry genes for a marker that can used for selection of clones containing the vector. Suitable examples include plasmids and bacterial viruses, e.g. pUC18, pUC19, Bluescript (e.g. pBS SK+) and derivatives thereof, mpl8, mpl9, pBR322, pMB9, ColE1, pCR1, RP4, DNA phages, and shuttle vectors such as pSA3 and pAT28. These and many other cloning vectors are available from commercial suppliers such as BioRad, Strategene, and Invitrogen.
Экспрессионные векторы обычно представляют собой реплицируемые полинуклеотидные конструкции, которые содержат полинуклеотид в соответствии с изобретением. Подразумевается, что экспрессионный вектор должен быть реплицируемым в клетках-хозяевах либо в виде эписом или в виде интегральной части хромосомной ДНК. Подходящие экспрессионные векторы включают, но не ограничиваясь только ими, плазмиды, вирусные векторы, включая аденовирусы, адено-ассоциированные вирусы, ретровирусы, космиды, и экспрессионный(е) вектор(ы), описанные в РСТ публикации № WO 87/04462. Векторные компоненты в целом могут включать, но не ограничиваясь только ими, одну или несколько следующих структур: сигнальную последовательность; точку начала репликации; один илиExpression vectors are typically replicable polynucleotide constructs that contain a polynucleotide in accordance with the invention. It is understood that the expression vector must be replicable in host cells either as episomes or as an integral part of chromosomal DNA. Suitable expression vectors include, but are not limited to, plasmids, viral vectors, including adenoviruses, adeno-associated viruses, retroviruses, cosmids, and the expression vector(s) described in PCT Publication No. WO 87/04462. Vector components may generally include, but are not limited to, one or more of the following structures: a signal sequence; replication origin point; one or
- 35 044329 несколько маркерных генов; подходящие транскрипционные контролирующие элементы (такие как промоторы, энхансеры и терминатор). Для экспрессии (то есть трансляции), также обычно необходимы один или несколько трансляционных контролирующих элементов, таких как сайты связывания рибосом, сайты инициации трансляции и стоп-кодоны.- 35 044329 several marker genes; suitable transcriptional control elements (such as promoters, enhancers and terminator). Expression (i.e., translation) also typically requires one or more translational control elements, such as ribosome binding sites, translation initiation sites, and stop codons.
Векторы, содержащие полинуклеотиды, представляющие интерес, могут быть введены в клеткухозяин с помощью любого из различных подходящих методов, включая электропорацию, трансфекцию с применением хлорида кальция, хлорида рубидия, фосфата кальция, DEAE-декстрана, или других веществ; бомбардировка микрочастицами; липофекция; и инфицирование (например, если вектор представляет собой инфекционный агент, такой как вирус осповакцины). Выбор интродуцируемых векторов или полинуклеотидов часто будет зависеть от характерных особенностей клетки-хозяина.Vectors containing polynucleotides of interest can be introduced into a host cell using any of a variety of suitable methods, including electroporation, transfection using calcium chloride, rubidium chloride, calcium phosphate, DEAE-dextran, or other substances; microparticle bombardment; lipofection; and infection (eg, if the vector is an infectious agent such as vaccinia virus). The choice of vectors or polynucleotides introduced will often depend on the characteristics of the host cell.
Полинуклеотид, кодирующий EGFRvIII специфические CAR, раскрытые в настоящем изобретении, может существовать в виде экспрессионной кассеты или экспрессионного векторов (например, плазмида для интродуцирования в бактериальную клетку-хозяин, или вирусный вектор, такой как бакуловирусный вектор для трансфекции клетки-хозяина насекомых, или плазмида или виурсный вектор, такой как лентивирус, для трансфекции клетки-хозяина млекопитающих). В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотид или вектор может включать нуклеотидную последовательность, кодирующую рибосомные перепрыгивающие последовательности, такие как, например, но не ограничиваясь только ими, последовательность, кодирующую 2А пептид. 2А пептиды, которые идентифицированы в подгруппе Афтовирусов пикорнавирусов, вызывают перепрыгивание рибосомы из одного кодона на следующий без образования пептидной связи между двумя аминокислотами, кодируемыми кодонами (см. (Donnelly и Elliott 2001; Atkins, Wills и др. 2007; Doronina, Wu и др. 2008)). Под кодоном подразумеваются три нуклеотида на мРНК (или на смысловой цепи молекулы ДНК), которые транслируются рибосомой в один аминокислотный остаток. Таким образом, два полипептида может быть синтезировано из одной, непрерывной открытой рамки считывания в пределах имРНК, если полипептиды разделены 2А олигопептидной последовательностью, которая находится в рамке. Такие механизмы перепрыгивания рибосомой хорошо известны в данной области техники и известно использование нескольких векторов для экспрессии нескольких белков, кодируемых единичной матричной РНК.The polynucleotide encoding the EGFRvIII specific CARs disclosed in the present invention may exist as an expression cassette or expression vectors (e.g., a plasmid for introduction into a bacterial host cell, or a viral vector, such as a baculovirus vector for transfecting an insect host cell, or a plasmid or a virus vector, such as a lentivirus, for transfecting a mammalian host cell). In some embodiments, the polynucleotide or vector may include a nucleotide sequence encoding ribosomal hopping sequences, such as, for example, but not limited to, a sequence encoding a 2A peptide. 2A peptides, which are identified in the Afthovirus subgroup of picornaviruses, cause the ribosome to jump from one codon to the next without forming a peptide bond between the two amino acids encoded by the codons (see (Donnelly and Elliott 2001; Atkins, Wills et al. 2007; Doronina, Wu et al. . 2008)). A codon refers to three nucleotides on mRNA (or on the sense strand of a DNA molecule) that are translated by the ribosome into one amino acid residue. Thus, two polypeptides can be synthesized from a single, contiguous open reading frame within an mRNA if the polypeptides are separated by a 2A oligopeptide sequence that is in frame. Such ribosome hopping mechanisms are well known in the art, and the use of multiple vectors to express multiple proteins encoded by a single messenger RNA is known.
Для нацеливания трансмембранных полипептидов в секреторный путь клетки-хозяина, в некоторых вариантах осуществления, обеспечивается секреторная сигнальная последовательность (также известная как сигнальный пептид, лидерная последовательность, препро последовательность или пре последовательность) в полинуклеотидной последовательности или векторной последовательности. Секреторные сигнальные последовательность функционально связаны с трансмембранной нуклеотидной последовательностью, то есть две последовательности соединены в правильную рамку считывания и ориентированы для нацеливания нового синтезированного полипептида в секреторный путь клетки-хозяина. Секреторные сигнальные последовательности обычно расположены на 5' для нуклеотидной последовательности, кодирующей представляющий интерес полипептид, хотя определенные секреторные сигнальные последовательности могут быть расположены в любом месте в представляющей интерес нуклеотидной последовательности (см., например, Welch и др., патент США № 5,037,743; Holland и др., патент США № 5,143,830). В некоторых вариантах осуществления, сигнальный пептид содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 206 или 214. Для квалифицированного специалиста в данной области техники будет понятно, что, учитывая вырожденность генетического кода, возможны значительные вариации последовательностей для этих полинуклеотидных молекул. В некоторых вариантах осуществления, нуклеотидные последовательности согласно изобретению являются кодоноптимизированными для экспрессии в клетках млекопитающих, предпочтительно для экспрессии в клетках людей. Кодон-оптимизация относится к обмену в представляющей интерес последовательности кодонов, которые обычно редко встречаются в экспрессируемых на высоком уровне генах данных видов на кодоны, которые обычно часто встречаются в экспрессируемых на высоком уровне генах таких видов, такие кодоны кодируют идентичные аминокислоты, как и кодоны, которые были заменены.To target transmembrane polypeptides to the secretory pathway of a host cell, in some embodiments, a secretory signal sequence (also known as a signal peptide, leader sequence, prepro sequence, or presequence) is provided in the polynucleotide sequence or vector sequence. Secretory signal sequences are operably linked to a transmembrane nucleotide sequence, that is, the two sequences are joined in the correct reading frame and oriented to target the newly synthesized polypeptide into the secretory pathway of the host cell. Secretory signal sequences are typically located 5' to the nucleotide sequence encoding the polypeptide of interest, although certain secretory signal sequences may be located anywhere in the nucleotide sequence of interest (see, for example, Welch et al., US Pat. No. 5,037,743; Holland et al., US Patent No. 5,143,830). In some embodiments, the signal peptide comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 206 or 214. One skilled in the art will recognize that, given the degeneracy of the genetic code, significant sequence variations are possible for these polynucleotide molecules. In some embodiments, the nucleotide sequences of the invention are codon-optimized for expression in mammalian cells, preferably for expression in human cells. Codon optimization refers to the exchange in a sequence of interest of codons that are typically rare in highly expressed genes of a given species for codons that are typically found frequently in highly expressed genes of such species, such codons encoding identical amino acids as the codons which have been replaced.
Способы конструирования иммунной клеткиMethods for constructing an immune cell
В настоящем изобретении обеспечиваются способы приготовления иммунных клеток для применения в иммунотерапии. В некоторых вариантах осуществления, способы включают интродукцию CAR в соответствии с изобретением в иммунные клетки, и распространение клеток. В некоторых вариантах осуществления, изобретение относится к способу конструирования иммунной клетки, включающий: обеспечение клетки и экспрессирование на поверхности клетки по меньшей мере одного CAR, как описано выше. Способы конструирования иммунных клеток описаны, например, в опубликованных патентных заявках РСТ №№ WO/2014/039523, WO/2014/184741, WO/2014/191128, WO/2014/184744, и WO/2014/184143, каждая из которых включена в настоящую заявку полностью в качестве ссылки. В некоторых вариантах осуществления, способ включает: трансформацию клетки с помощью по меньшей мере одного полинуклеотида, кодирующего CAR, как описано выше, и экспрессию полинуклеотидов в клетках.The present invention provides methods for preparing immune cells for use in immunotherapy. In some embodiments, the methods include introducing a CAR in accordance with the invention into immune cells, and spreading the cells. In some embodiments, the invention relates to a method of constructing an immune cell, comprising: providing the cell with and expressing on the surface of the cell at least one CAR as described above. Methods for engineering immune cells are described, for example, in PCT Published Patent Application Nos. WO/2014/039523, WO/2014/184741, WO/2014/191128, WO/2014/184744, and WO/2014/184143, each of which is included incorporated into this application in its entirety by reference. In some embodiments, the method includes: transforming a cell with at least one polynucleotide encoding a CAR as described above, and expressing the polynucleotides in the cells.
В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотиды присутствуют в лентивирусных векторах для стабильной экспрессии в клетках.In some embodiments, the polynucleotides are present in lentiviral vectors for stable expression in cells.
- 36 044329- 36 044329
В некоторых вариантах осуществления, способ может дополнительно включать стадию генетической модификации клетки путем инактивирования по меньшей мере одного гена, экспрессирующего, например, но не ограничиваясь только ими, компонент TCR, мишень для иммуносупрессивного агента, HLA ген, и/или белок иммунной контрольной точки, такой как, например, PDCD1 или CTLA-4. Путем инактивации гена предполагается, что ген, представляющий интерес, не экспрессируется в форме функционального белка. В некоторых вариантах осуществления, ген, подвергаемый инактивации, выбирают из группы, включающей, например, но не ограничиваясь только ими, TCRa, TCRe, dCK, CD52, GR, PD-1 и CTLA-4. В некоторых вариантах осуществления способ включает инактивацию одного или нескольких генов путем интродуцирования в клетки эндонуклеазы, осуществляющей расщепление в более редко расположенных сайтах, способной селективно инактивировать ген путем селективного расщепления ДНК. В некоторых вариантах осуществления эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, может представлять собой, например, эффекторную нуклеазу, подобную активаторам транскрипции (TALE-нуклеазу) или Cas9 эндонуклеазу.In some embodiments, the method may further include the step of genetically modifying the cell by inactivating at least one gene expressing, for example, but not limited to, a TCR component, a target of an immunosuppressive agent, an HLA gene, and/or an immune checkpoint protein, such as, for example, PDCD1 or CTLA-4. By inactivating a gene, it is assumed that the gene of interest is not expressed in the form of a functional protein. In some embodiments, the gene to be inactivated is selected from the group including, for example, but not limited to, TCRa, TCRe, dCK, CD52, GR, PD-1, and CTLA-4. In some embodiments, the method includes inactivating one or more genes by introducing into cells a cleavage endonuclease capable of selectively inactivating a gene by selectively cleaving DNA. In some embodiments, the endonuclease that cleaves at more sparse sites may be, for example, a transcription activator-like effector nuclease (TALE nuclease) or a Cas9 endonuclease.
В некоторых вариантах осуществления, дополнительный каталитический домен используют с эндонуклеазой, осуществляющей расщепление в более редко расположенных сайтах, для усиления его способности инактивировать целевые гены. Например, дополнительный каталитический домен может представлять собой ДНК концевой-процессирующий фермент.In some embodiments, an additional catalytic domain is used with an endonuclease that cleaves at more sparse sites to enhance its ability to inactivate target genes. For example, the additional catalytic domain may be a DNA end-processing enzyme.
Неограничивающие примеры ДНК концевых-процессирующих ферментов включают 5-3' экзонуклеазы, 3-5' экзонуклеазы, 5-3' щелочные экзонуклеазы, 5' вытесняемые эндонуклеазы, геликазы, фосфатазы, гидролазы и независимые от матрицы ДНК полимеразы. Неограничивающие примеры такого каталитического домена включают белковый домен или каталитически активное производное белкового домена, выбранное из группы, включающей hExoI (EXO1_HUMAN), ExoI дрожжей (EXO1_YEAST), Е. coli ExoI, TREX2 человека, TREX1 мыши, TREX1 человека, бычий TREX1, крысиный TREX1, TdT (терминальная дезоксинуклеотидилтрансфераза) DNA2 человека, DNA2 дрожжей (DNA2_YEAST). В некоторых вариантах осуществления, дополнительный каталитический домен может иметь 3'-5'экзонуклеазную активность, и в некоторых вариантах осуществления, указанный дополнительный каталитический домен представляет собой TREX, более предпочтительно TREX2 каталитический домен (WO 2012/058458). В некоторых вариантах осуществления, указанный каталитический домен кодируется одноцепочечным TREX полипептидом. Дополнительный каталитический домен может быть слитый с нуклеазным слитым белком или химерным белком. В некоторых вариантах осуществления, дополнительный каталитический домен сливают, используя, например, пептидный линкер.Non-limiting examples of DNA end-processing enzymes include 5-3' exonucleases, 3-5' exonucleases, 5-3' alkaline exonucleases, 5' displaceable endonucleases, helicases, phosphatases, hydrolases and template-independent DNA polymerases. Non-limiting examples of such a catalytic domain include a protein domain or a catalytically active derivative of a protein domain selected from the group consisting of hExoI (EXO1_HUMAN), yeast ExoI (EXO1_YEAST), E. coli ExoI, human TREX2, mouse TREX1, human TREX1, bovine TREX1, rat TREX1 , TdT (terminal deoxynucleotidyl transferase) human DNA2, yeast DNA2 (DNA2_YEAST). In some embodiments, the additional catalytic domain may have 3'-5' exonuclease activity, and in some embodiments, the additional catalytic domain is a TREX, more preferably a TREX2 catalytic domain (WO 2012/058458). In some embodiments, said catalytic domain is encoded by a single chain TREX polypeptide. The additional catalytic domain may be fused to a nuclease fusion protein or a chimeric protein. In some embodiments, the additional catalytic domain is fused using, for example, a peptide linker.
В некоторых вариантах осуществления, способ дополнительно включает стадию введения в клетки экзогенной нуклеиновой кислоты, содержащей по меньшей мере последовательность, гомологичную части целевой нуклеотидной последовательности, таким образом, что гомологичная рекомбинация происходит между целевой нуклеотидной последовательностью и экзогенной нуклеиновой кислотой. В некоторых вариантах осуществления, указанная экзогенная нуклеиновая кислота содержит первую и вторую части, которые являются гомологичные участку 5' и 3' целевой нуклеотидной последовательности, соответственно. Экзогенная нуклеиновая кислота также может содержать третью часть, расположенную между первой и второй частью, которая не содержит гомологии между участками 5' и 3' целевой нуклеотидной последовательности. После отщепления целевой нуклеотидной последовательности, событие гомологичной рекомбинации стимулируется между целевой нуклеотидной последовательностью и экзогенной нуклеиновой кислотой. В некоторых вариантах осуществления, гомологичные последовательности из по меньшей мере приблизительно 50 по, больше, чем приблизительно 100 по, или больше, чем приблизительно 200 по, можно использовать в пределах донорного матрикса. Экзогенная нуклеиновая кислота может иметь, например но не ограничиваясь только ими, от приблизительно 200 по до приблизительно 6000 по, более предпочтительно от приблизительно 1000 по до приблизительно 2000 по. Совместно используемые гомологии нуклеиновых кислот расположены в участках, фланкирующих против хода транскрипции и по ходу транскрипции сайт разрыва, и интродуцируемая нуклеотидная последовательность расположена между двумя плечами.In some embodiments, the method further includes the step of introducing into the cells an exogenous nucleic acid comprising at least a sequence homologous to a portion of the target nucleotide sequence such that homologous recombination occurs between the target nucleic acid sequence and the exogenous nucleic acid. In some embodiments, said exogenous nucleic acid contains first and second portions that are homologous to the 5' and 3' region of the target nucleotide sequence, respectively. The exogenous nucleic acid may also contain a third portion located between the first and second portions that does not contain homology between the 5' and 3' regions of the target nucleotide sequence. Following cleavage of the target nucleotide sequence, a homologous recombination event is stimulated between the target nucleotide sequence and the exogenous nucleic acid. In some embodiments, homologous sequences of at least about 50 bp, greater than about 100 bp, or greater than about 200 bp can be used within the donor matrix. The exogenous nucleic acid may have, for example, but not limited to, from about 200 bp to about 6000 bp, more preferably from about 1000 bp to about 2000 bp. The shared nucleic acid homologies are located in regions flanking the upstream and downstream of the break site, and the introduced nucleotide sequence is located between the two arms.
В некоторых вариантах осуществления, нуклеиновая кислота последовательно содержит первый участок гомологии к последовательностям против хода транскрипции для указанного расщепления; последовательность для инактивации целевого гена, выбираемую из группы, включающей TCRa, TCRe, CD52, глюкокортикоидный рецептор (GR), дезоксицитидин киназу (dCK), и белок иммунной контрольной точки, такой как, например, запрограммированная гибель-1 (PD-1); и второй участок гомологии к последовательностям по ходу отщепления. Стадия интродукции полинуклеотида может быть одновременной, перед или после интродукции или экспрессии эндонуклеазы, осуществляющей расщепление в более редко расположенных сайтах. В зависимости от расположения целевой нуклеотидной последовательности, где происходит событие разрыва, такую экзогенную нуклеиновую кислоту можно использовать для выключения гена, например, если экзогенная нуклеиновая кислота расположена в пределах открытой рамки считывания гена, или для интродукции новых последовательностей или генов, представляющих интерес. Инсерции последовательностей путем использования такой экзогенной нуклеиноIn some embodiments, the nucleic acid sequentially comprises a first region of homology to sequences upstream of said cleavage; a target gene inactivation sequence selected from the group consisting of TCRa, TCRe, CD52, glucocorticoid receptor (GR), deoxycytidine kinase (dCK), and an immune checkpoint protein such as, for example, programmed death-1 (PD-1); and a second region of homology to sequences along the course of cleavage. The polynucleotide introduction step can be simultaneous, before or after introduction or expression of an endonuclease that performs cleavage at more sparsely located sites. Depending on the location of the target nucleotide sequence where the breakage event occurs, such exogenous nucleic acid can be used to silence a gene, for example, if the exogenous nucleic acid is located within the open reading frame of the gene, or to introduce new sequences or genes of interest. Insertion of sequences by using such exogenous nucleino
- 37 044329 вой кислоты, можно использовать для модификации целевого существующего гена, путем коррекции или замены гена (замена аллелей в качестве неограничивающего примера), или для повышенной или пониженной регуляции экспрессии целевого гена (обмена промоторов в качестве неограничивающего примера), коррекции или замены целевого гена. В некоторых вариантах осуществления, инактивацию генов, выбранных из группы, включающей TCRa, TCRe, CD52, GR, dCK, и белки иммунной контрольной точки, можно осуществлять в точной локализации в геноме, нацеленной путем специфической TALEнуклеазы, где указанная специфическая TALE-нуклеаза катализирует отщепление и где экзогенная нуклеиновая кислота последовательно содержит по меньшей мере участок гомологии и последовательность для инактивации одного целевого гена, выбранного из группы, включающей TCRa, TCRe, CD52, GR, dCK, белки иммунной контрольной точки, которая интегрирована путем гомологичной рекомбинации. В некоторых вариантах осуществления, несколько генов могут быть, последовательно или одновременно, инактивированы путем использования нескольких TALE-нуклеаз соответственно и специфически нацеливания одного определенного гена и нескольких специфических полинуклеотидов для инактивации специфического гена.- 37 044329 voic acid, can be used to modify a target existing gene, by correcting or replacing a gene (replacing alleles as a non-limiting example), or to up- or down-regulate the expression of a target gene (exchanging promoters as a non-limiting example), correcting or replacing a target gene. In some embodiments, inactivation of genes selected from the group consisting of TCRa, TCRe, CD52, GR, dCK, and immune checkpoint proteins can be accomplished at a precise location in the genome targeted by a specific TALE nuclease, wherein the specific TALE nuclease catalyzes the cleavage and wherein the exogenous nucleic acid sequentially comprises at least a region of homology and a sequence for inactivating one target gene selected from the group consisting of TCRa, TCRe, CD52, GR, dCK, immune checkpoint proteins, which is integrated by homologous recombination. In some embodiments, multiple genes can be, sequentially or simultaneously, inactivated by using multiple TALE nucleases, respectively, and specifically targeting one specific gene and multiple specific polynucleotides to inactivate a specific gene.
В некоторых вариантах осуществления, способ включает инактивацию одного или нескольких дополнительных генов, выбранных из группы, включающей TCRa, TCRe, CD52, GR, dCK, и белки иммунной контрольной точки. В некоторых вариантах осуществления, инактивацию гена можно осуществлять путем интродукции в клетки по меньшей мере одной эндонуклеазы, осуществляющей расщепление в более редко расположенных сайтах, такой как эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, специфически катализируемой расщепление в целевой последовательности клеточного генома; и необязательно, интродукции в клетки экзогенной нуклеиновой кислоты, последовательно содержащей первый участок гомологии к последовательностям против хода отщепления, последовательность, которую встраивают в геном клетки, и второй участок гомологии к последовательностям по ходу расщепления; где интродуцируемая экзогенная нуклеиновая кислота инактивирует ген и интегрирует по меньшей мере одну экзогенную полинуклеотидную последовательность, кодирующую по меньшей мере один рекомбинантный белок, представляющий интерес. В некоторых вариантах осуществления, экзогенная полинуклеотидная последовательность интегрируется в пределах гена, кодирующего белок, выбранный из группы, включающей TCRa, TCRe, CD52, GR, dCK, и белок иммунной контрольной точки.In some embodiments, the method includes inactivating one or more additional genes selected from the group consisting of TCRa, TCRe, CD52, GR, dCK, and immune checkpoint proteins. In some embodiments, gene inactivation can be accomplished by introducing into the cells at least one lower-site cleavage endonuclease, such as a lower-site cleavage endonuclease that specifically catalyzes cleavage at a target sequence in the cellular genome; and optionally, introducing into the cells an exogenous nucleic acid sequentially containing a first region of homology to upstream sequences, a sequence that is inserted into the genome of the cell, and a second region of homology to upstream sequences; wherein the introduced exogenous nucleic acid inactivates the gene and integrates at least one exogenous polynucleotide sequence encoding at least one recombinant protein of interest. In some embodiments, the exogenous polynucleotide sequence is integrated within a gene encoding a protein selected from the group consisting of TCRa, TCRe, CD52, GR, dCK, and immune checkpoint protein.
В другом аспекте, стадия генетической модификации клеток может включать: модификацию Т клеток путем инактивации по меньшей мере одного гена, экспрессирующего мишень для иммуносупрессивного агента, и; распространения клеток, необязательно в присутствии иммуносупрессивного агента. Иммуносупрессивный агент представляет собой агент, который подавляет иммунную функцию с помощью одного из нескольких механизмов действия. Иммуносупрессивный агент может ослаблять распространение и/или жадность иммунной ответной реакции. Неограничивающие примеры иммуносупрессивных агентов включают ингибиторы кальциневрина, мишени рапамицина, блокаторы a-цепи интерлейкина-2, ингибиторы инозин-монофосфат-дегидрогеназы, ингибиторы редуктазы дигидрофолиевой кислоты, кортикостероиды и иммуносупрессивные антиметаболиты. Некоторые цитотоксические иммунодепрессант действуют путем ингибирования синтеза ДНК. Другие могут действовать путем активации Т клеток или путем активации хелперных клеток. Способы в соответствии с изобретением предоставляют возможность придания иммуносупрессивной резистентности Т клеткам для иммунотерапии путем инактивации иммуносупрессивного агента в Т клетках. В качестве неограничивающих примеров, мишенями для иммуносупрессивного агента может являться рецептор для иммуносупрессивного агента, такой как, например, но не ограничиваясь только ими, CD52, глюкокортикоидный рецептор (GR), представители семейства генов FKBP, и представители семейства генов циклофилина.In another aspect, the step of genetically modifying cells may include: modifying T cells by inactivating at least one gene expressing a target of an immunosuppressive agent, and; cell proliferation, optionally in the presence of an immunosuppressive agent. An immunosuppressive agent is an agent that suppresses immune function through one of several mechanisms of action. An immunosuppressive agent may reduce the propagation and/or voraciousness of the immune response. Non-limiting examples of immunosuppressive agents include calcineurin inhibitors, target of rapamycin, interleukin-2 a-chain blockers, inosine monophosphate dehydrogenase inhibitors, dihydrofolic acid reductase inhibitors, corticosteroids and immunosuppressive antimetabolites. Some cytotoxic immunosuppressants act by inhibiting DNA synthesis. Others may act by activating T cells or by activating helper cells. The methods of the invention provide the ability to impart immunosuppressive resistance to T cells for immunotherapy by inactivating the immunosuppressive agent in the T cells. By way of non-limiting examples, targets for an immunosuppressive agent may be a receptor for an immunosuppressive agent, such as, for example, but not limited to, CD52, the glucocorticoid receptor (GR), members of the FKBP gene family, and members of the cyclophilin gene family.
В некоторых вариантах осуществления, генетическая модификация способа вовлекает экспрессию, в обеспеченные клетки для конструирования, одной эндонуклеазы, осуществляющейся расщепление в более редко расположенных сайтах, такой как эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, специфически катализируемая отщепление в одном целевом гене, таким образом инактивируя целевой ген. В некоторых вариантах осуществления, способ конструирования клеток включает по меньшей мере одну из следующих стадий: обеспечение Т-клетки, такой как из культуры клеток или из образца крови; селекцию гена в Т-клетке, экспрессирующего мишень для иммуносупрессивного агента; интродукцию в Т-клетки эндонуклеазы, осуществляющей расщепление в более редко расположенных сайтах, способной селективно инактивироваться путем расщепления ДНК, предпочтительно путем двухцепочечного разрыва гена, кодирующего мишень для иммуносупрессивного агента, и распространения клеток, необязательно в присутствии иммуносупрессивного агента.In some embodiments, the genetic modification of the method involves the expression, in the engineered cells provided, of a single lower-site cleavage endonuclease, such as a higher-frequency cleavage endonuclease that specifically catalyzes cleavage at one target gene, thus inactivating the target gene. In some embodiments, a method of constructing cells includes at least one of the following steps: providing a T cell, such as from a cell culture or from a blood sample; selection of a gene in a T cell expressing a target for an immunosuppressive agent; introduction into T cells of an endonuclease that cleaves at more sparsely located sites, capable of being selectively inactivated by DNA cleavage, preferably by double-strand break of the gene encoding the target of the immunosuppressive agent, and cell proliferation, optionally in the presence of the immunosuppressive agent.
В некоторых вариантах осуществления, способ включает: обеспечение Т-клетки, такой как из культуры клеток или из образца крови; селекцию гена в Т-клетке, где ген экспрессирует мишень для иммуносупрессивного агента; трансформацию Т клетки с помощью нуклеиновой кислоты, кодирующей эндонуклеазу, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, способной селективно инактивироваться путем расщепления ДНК, предпочтительно путем двухцепочечного разрыва гена, ко- 38 044329 дирующего мишень для иммуносупрессивного агента, и экспрессирование эндонуклеаз, осуществляющих расщепление в более редко расположенных сайтах, в Т клетках; и распространения клеток, необязательно в присутствии иммуносупрессивного агента.In some embodiments, the method includes: providing a T cell, such as from a cell culture or from a blood sample; selecting a gene in a T cell, where the gene expresses a target for an immunosuppressive agent; transformation of a T cell with a nucleic acid encoding an endonuclease that cleaves at more sparsely located sites, capable of being selectively inactivated by DNA cleavage, preferably by double-strand break in the gene encoding the target of an immunosuppressive agent, and the expression of endonucleases that cleave at more sparse sites sparsely located sites, in T cells; and cell proliferation, optionally in the presence of an immunosuppressive agent.
В некоторых вариантах осуществления, эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, специфически нацелена на CD52 или GR. В некоторых вариантах осуществления, ген, выбранный для инактивации, кодирует CD52, и иммуносупрессивная терапия включает гуманизированное антитело, нацеленное на CD52 антиген. В некоторых вариантах осуществления, ген, выбранный для инактивации, кодирует GR, и иммуносупрессивная терапия включает кортикостероид, такой как дексаметазон. В некоторых вариантах осуществления, ген, выбранный для инактивации, является представителем семейства генов FKBP или его вариант и иммуносупрессивная терапия включает FK506, также известен как Такролимус или фуджимицин. В некоторых вариантах осуществления, представитель семейства генов FKBP представляет собой FKBP12 или его вариант. В некоторых вариантах осуществления, ген, выбранный для инактивации, является представителем семейства генов циклофилина или его вариант и иммуносупрессивная терапия включает циклоспорин.In some embodiments, the endonuclease that cleaves at more sparse sites specifically targets CD52 or GR. In some embodiments, the gene selected for inactivation encodes CD52, and the immunosuppressive therapy includes a humanized antibody targeting the CD52 antigen. In some embodiments, the gene selected for inactivation encodes GR, and the immunosuppressive therapy includes a corticosteroid such as dexamethasone. In some embodiments, the gene selected for inactivation is a member of the FKBP gene family or a variant thereof and the immunosuppressive therapy includes FK506, also known as Tacrolimus or fujimycin. In some embodiments, the FKBP gene family member is FKBP12 or a variant thereof. In some embodiments, the gene selected for inactivation is a member of the cyclophilin gene family or a variant thereof, and the immunosuppressive therapy includes cyclosporine.
В некоторых вариантах осуществления, эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, может представлять собой, например, мегануклеазу, нуклеазу цинковых пальцев, или TALE-нуклеазу. В некоторых вариантах осуществления, эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, представляет собой TALE-нуклеазу.In some embodiments, the endonuclease that cleaves at more sparse sites may be, for example, a meganuclease, a zinc finger nuclease, or a TALE nuclease. In some embodiments, the endonuclease that cleaves at more sparsely located sites is a TALE nuclease.
Также в настоящем изобретении обеспечиваются способы конструирования Т клеток, подходящих для иммунотерапии, где способы включают: генетическую модификацию Т клеток путем инактивации по меньшей мере одного белка иммунной контрольной точки. В некоторых вариантах осуществления белок иммунной контрольной точки представляет собой, например, PD-1 и/или CTLA-4. В некоторых вариантах осуществления, способы генетической модификации клетки включают: модификацию Т клеток путем инактивации по меньшей мере одного белка иммунной контрольной точки; и распространение клеток. Белки иммунной контрольной точки включают, но не ограничиваясь только ими, запрограммированную гибель 1 (PD-1, также известен как PDCD1 или CD279, номер доступа: NM_005018), Антиген 4 цитотоксического Т-лимфоцита (CTLA-4, также известен как CD152, номер доступа GenBank AF414120.1), LAG3 (также известен как CD223, номер доступа: NM_002286.5), Tim3 (также известен как HAVCR2, номер доступа GenBank: JX049979.1), BTLA (также известен как CD272, номер доступа: NM_181780.3), BY55 (также известен как CD160, номер доступа GenBank: CR541888.1), TIGIT (также известен как VSTM3, номер доступа: NM_173799), B7H5 (также известен как C10orf54, гомолог мышиного гена vista, номер доступа: NM_022153.1), LAIR1 (также известен как CD305, номер доступа GenBank: CR542051.1), SIGLEC10 (номер доступа GeneBank: AY358337.1), 2В4 (также известен как CD244, номер доступа: NM_001166664.1), которые непосредственно ингибируют иммунные клетки. Например, CTLA-4 представляет собой белок клеточной поверхности, экспрессируемый на определенных CD4 и CD8 Т клетках; когда, при захватывании его лигандами (В7-1 и В7-2) на антиген-презентирующих клетках, ингибируется активация и эффекторная функция Т-клеток.Also provided by the present invention are methods for constructing T cells suitable for immunotherapy, wherein the methods include: genetically modifying the T cells by inactivating at least one immune checkpoint protein. In some embodiments, the immune checkpoint protein is, for example, PD-1 and/or CTLA-4. In some embodiments, methods for genetically modifying a cell include: modifying T cells by inactivating at least one immune checkpoint protein; and cell proliferation. Immune checkpoint proteins include, but are not limited to, programmed death 1 (PD-1, also known as PDCD1 or CD279, accession number: NM_005018), Cytotoxic T lymphocyte antigen 4 (CTLA-4, also known as CD152, accession number GenBank accession AF414120.1), LAG3 (also known as CD223, accession number: NM_002286.5), Tim3 (also known as HAVCR2, GenBank accession number: JX049979.1), BTLA (also known as CD272, accession number: NM_181780. 3), BY55 (also known as CD160, GenBank accession number: CR541888.1), TIGIT (also known as VSTM3, accession number: NM_173799), B7H5 (also known as C10orf54, homologue of the mouse vista gene, accession number: NM_022153.1 ), LAIR1 (also known as CD305, GenBank accession number: CR542051.1), SIGLEC10 (GeneBank accession number: AY358337.1), 2B4 (also known as CD244, accession number: NM_001166664.1), which directly inhibit immune cells. For example, CTLA-4 is a cell surface protein expressed on certain CD4 and CD8 T cells; when, when captured by its ligands (B7-1 and B7-2) on antigen-presenting cells, the activation and effector function of T cells is inhibited.
В некоторых вариантах осуществления, указанный способ конструирования клеток включает по меньшей мере одну из следующих стадий: обеспечение Т-клетки, такой как из культуры клеток или из образца крови; интродукцию в Т-клетки эндонуклеазы, осуществляющей расщепление в более редко расположенных сайтах, способной селективно инактивироваться путем расщепления ДНК, предпочтительно путем двухцепочечного разрыва одно гена, кодирующего белок иммунной контрольной точки; и распространение клеток. В некоторых вариантах осуществления, способ включает: обеспечение Тклетки, такой как из культуры клеток или из образца крови; расщепление в более редко расположенных сайтах, способной селективно инактивироваться путем расщепления ДНК, предпочтительно путем двухцепочечного разрыва гена, кодирующего белок иммунной контрольной точки; экспрессирование эндонуклеаз, осуществляющих расщепление в более редко расположенных сайтах, в Т клетках; распространение клеток. В некоторых вариантах осуществления, эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, специфически нацеливает ген, выбранный из группы, включающей: PD-1, CTLA-4, LAG3, Tim3, BTLA, BY55, TIGIT, B7H5, LAIR1, SIGLEC10, 2В4, TCRa, и TCRe. В некоторых вариантах осуществления, эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, может представлять собой мегануклеазу, нуклеазу цинковых пальцев, или TALEнуклеазу. В некоторых вариантах осуществления, эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, представляет собой TALE-нуклеазу.In some embodiments, said method of constructing cells includes at least one of the following steps: providing a T cell, such as from a cell culture or from a blood sample; introduction into T cells of an endonuclease that cleaves at more sparsely located sites and is capable of being selectively inactivated by DNA cleavage, preferably by a double-strand break in one gene encoding an immune checkpoint protein; and cell proliferation. In some embodiments, the method includes: providing a T Cell, such as from a cell culture or from a blood sample; cleavage at more sparsely located sites capable of being selectively inactivated by DNA cleavage, preferably by double-strand breaks in the gene encoding the immune checkpoint protein; expression of endonucleases that perform cleavage at more sparsely located sites in T cells; cell proliferation. In some embodiments, the endonuclease that cleaves at more sparse sites specifically targets a gene selected from the group consisting of: PD-1, CTLA-4, LAG3, Tim3, BTLA, BY55, TIGIT, B7H5, LAIR1, SIGLEC10, 2B4 , TCRa, and TCRe. In some embodiments, the endonuclease that cleaves at more sparse sites may be a meganuclease, zinc finger nuclease, or TALEnuclease. In some embodiments, the endonuclease that cleaves at more sparsely located sites is a TALE nuclease.
В некоторых вариантах осуществления, настоящее изобретение может быть особенно пригодно для аллогенной иммунотерапии. В таких вариантах осуществления, клетки могут быть модифицированы с помощью метода, включающего: инактивацию по меньшей мере одного гена, кодирующего компонент рецептора Т клеток (TCR) в Т клетках; и распространения Т клеток. В некоторых вариантах осуществления, генетическая модификация способа основывается на экспрессии, в клетках, обеспеченных для конструирования, одной эндонуклеазы, осуществляющей расщепление в более редко расположенных сайтах, таким образом, что эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, специфически катализирует отщепление в одном целевом гене, таким образом инактивируя целевойIn some embodiments, the present invention may be particularly useful for allogeneic immunotherapy. In such embodiments, the cells may be modified by a method comprising: inactivating at least one gene encoding a T cell receptor (TCR) component in T cells; and proliferation of T cells. In some embodiments, the genetic modification of the method relies on the expression, in the cells provided for construction, of a single endonuclease that cleaves at more sparse sites, such that the endonuclease that cleaves at more sparse sites specifically catalyzes cleavage at one target site. gene, thus inactivating the target
- 39 044329 ген. В некоторых вариантах осуществления, указанный способ конструирования клеток включает по меньшей мере одну из следующих стадий: обеспечение Т-клетки, такой как из культуры клеток или из образца крови; интродукцию в Т-клетки эндонуклеазы, осуществляющей расщепление в более редко расположенных сайтах, способной селективно инактивироваться путем расщепления ДНК, предпочтительно путем двухцепочечного разрыва по меньшей мере одного гена, кодирующего компонент Т клеточного рецептора (TCR), и распространение клеток.- 39 044329 gen. In some embodiments, the method of constructing cells includes at least one of the following steps: providing a T cell, such as from a cell culture or from a blood sample; introduction into T cells of an endonuclease that cleaves at more sparsely located sites, capable of being selectively inactivated by DNA cleavage, preferably by a double-strand break in at least one gene encoding a component of the T cell receptor (TCR), and cell proliferation.
В некоторых вариантах осуществления, способ включает: обеспечение Т-клетки, такой как из культуры клеток или из образца крови; трансфектирование указанной Т клетки с помощью нуклеиновой кислоты, кодирующей эндонуклеазу, осуществляющую расщепление в более редко расположенных сайтах, способную селективно инактивироваться путем расщепления ДНК, предпочтительно путем двухцепочечного разрыва по меньшей мере одного гена, кодирующего компонент Т клеточного рецептора (TCR); экспрессирование эндонуклеаз, осуществляющих расщепление в более редко расположенных сайтах, в Т клетках; сортировку трансфектированных Т клеток, которые не экспрессируют TCR на их клеточной поверхности; и распространение клеток.In some embodiments, the method includes: providing a T cell, such as from a cell culture or from a blood sample; transfecting said T cell with a nucleic acid encoding a cleavage endonuclease at more sparse sites, capable of being selectively inactivated by DNA cleavage, preferably by double-strand break of at least one gene encoding a T cell receptor (TCR) component; expression of endonucleases that perform cleavage at more sparsely located sites in T cells; sorting transfected T cells that do not express TCR on their cell surface; and cell proliferation.
В некоторых вариантах осуществления, эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, может представлять собой мегануклеазу, нуклеазу цинковых пальцев, или TALE-нуклеазу. В некоторых вариантах осуществления, эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, представляет собой TALE-нуклеазу. В некоторых вариантах осуществления TALE-нуклеазы распознают и отщепляют последовательность, кодирующую TCRa или TCRe. В некоторых вариантах осуществления TALE-нуклеаза содержит полипептидную последовательность, выбранную из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, или 225.In some embodiments, the endonuclease that cleaves at more sparse sites may be a meganuclease, a zinc finger nuclease, or a TALE nuclease. In some embodiments, the endonuclease that cleaves at more sparsely located sites is a TALE nuclease. In some embodiments, TALE nucleases recognize and cleave the coding sequence for TCRa or TCRe. In some embodiments, the TALE nuclease comprises a polypeptide sequence selected from the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, or 225.
TALE-нуклеаза полипептидные последовательности.TALE nuclease polypeptide sequences.
Повтор TRACT01-LRepeat TRACT01-L
LTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGK QALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVV AIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALE TVQALLPVLCQA HGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQ ALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIG GKQALE TVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLC QAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 218)LTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGK QALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVV AIASHDGGKQ ALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALE TVQALLPVLCQA HGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQ ALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIG GKQALE TVQALLPVLCQAHGLTPQQ VVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLC QAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 218)
Повтор TRAC T01-RRepeat TRAC T01-R
LTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGK QALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVV AIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQ RLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIG GKQALETVQALLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLC QAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 219)LTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGK QALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVV AIASHDGGKQA LETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQ RLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIG GKQALETVQALLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLC QAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 219)
Повтор TRBC T01-LRepeat TRBC T01-L
LTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGK
- 40 044329- 40 044329
QALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVV AIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQ RLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDG GKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPQQ VVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLC QAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 220)QALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVV AIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQ RLLPVLCQAHG LTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDG GKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPQQ VVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLC QAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALE TVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 220)
Повтор TRBC T01-RRepeat TRBC T01-R
NPQRSTVWYLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGK QALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVV AIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQ RLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGG GKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQ VVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLC QAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE T VQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASN GGGRPALE (SEQ ID NO: 221)HGLTPEQ VVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQ RLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGG GKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQ VVAIASNNGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLC QAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE T VQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASN GGGRPALE (SEQ ID NO: 221)
Повтор TRBCT02-LRepeat TRBCT02-L
LTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGK QALETVQALLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVV AIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQ ALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNG GKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLC QAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 222)LTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGK QALETVQALLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVV AIASHDGGKQA LETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQ ALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNG GKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQ QVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLC QAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 222)
Повтор TRBC T02-RRepeat TRBC T02-R
LTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGK QALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVV AIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQ RLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGG GKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLC QAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 223)LTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGK QALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVV AIASNIGGKQA LETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQ RLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGG GKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQ VVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASHDGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLC QAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 223)
Повтор CD52 T02-LRepeat CD52 T02-L
LTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGK QALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVV AIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQ RLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDG GKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLC QAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 224)LTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGK QALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVV AIASHDGGKQ ALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQA HGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQ RLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDG GKQALETVQRLLPVLCQAHGLT PEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPEQ VVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLC QAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 224)
Повтор CD52 T02-RRepeat CD52 T02-R
LTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGK QALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVV AIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQA HGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQ RLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGG GKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQ VVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLC QAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 225)LTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNNGGKQALE TVQRL LPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGK QALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVV AIASNGGGKQ ALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGKQALE TVQRLLPVLCQA HGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQ RLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGG GKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQ QVVAIASNNGGKQALE TVQRLLPVLCQAHGLTPQQ VVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQALLPVLC QAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPQQVVAIASNGGGRPALE (SEQ ID NO: 225)
В другом аспекте, другая стадия генетической модификации клетки может представлять собой споIn another aspect, another stage of genetic modification of the cell may be a
- 41 044329 соб распространения TCRa дефицитных Т клеток, включающий интродукцию в Т-клетки рТа (также известен как preTCRa) или его функционального варианта и распространение клеток, необязательно путем стимуляции CD3 комплекса. В некоторых вариантах осуществления, способ включает: а) трансформацию клеток с помощью нуклеиновой кислоты, кодирующей по меньшей мере фрагмент рТа для поддержания экспрессии CD3 на поверхности; б) экспрессирование указанного рТа в клетках; и в) распространение клеток, необязательно путем стимуляции CD3 комплекса.- 41 044329 means of spreading TCRa deficient T cells, including the introduction into T cells of pTa (also known as preTCRa) or a functional variant thereof and the spreading of the cells, optionally by stimulation of the CD3 complex. In some embodiments, the method includes: a) transforming cells with a nucleic acid encoding at least a fragment of pTa to maintain CD3 surface expression; b) expressing said pTa in cells; and c) cell proliferation, optionally by stimulation of the CD3 complex.
Также обеспечиваются способы получения Т клеток для иммунотерапии, включающие стадии способа, обеспечиваемого в настоящем изобретении, для распространения Т клеток. В некоторых вариантах осуществления, рТа полинуклеотидная последовательность может быть интродуцирована случайным образом или путем гомологичной рекомбинации. В некоторых вариантах осуществления, инсерция может быть ассоциирована с инактивацией гена TCRa.Also provided are methods for producing T cells for immunotherapy, including the steps of the method provided in the present invention for distributing the T cells. In some embodiments, the pTa polynucleotide sequence may be introduced randomly or by homologous recombination. In some embodiments, the insertion may be associated with inactivation of the TCRa gene.
Можно использовать различные функциональные варианты рТа. Функциональный вариант пептида относится к молекуле, по существу сходной либо с целым пептидом или его фрагментом. Фрагмент рТа или его функциональный вариант относится к любому поднабору молекулы, которая представляет собой более короткий пептид, чем полноразмерный рТа. В некоторых вариантах осуществления, рТа или функциональные варианты могут представлять собой, например, полноразмерный рТа или С-концевую усеченную рТа версию. В С-концевом усеченном рТа отсутствует на С-концевой области один или несколько остатков. В качестве неограничивающих примеров, в С-концевой усеченной рТа версии отсутствуют 18, 48, 62, 78, 92, 110 или 114 остатков с С-конца белка. Варианты аминокислотной последовательности пептида могут быть приготовлены путем мутаций в ДНК, которая кодирует пептид. Такие функциональные варианты включают, например, делеции из, или инсерции или замены остатков в пределах аминокислотной последовательности. Любая комбинация делеции, инсерции и замены также может быть осуществлена для получения в конечной конструкции, при условии, что конечная конструкция обладает желательной активностью, в особенности восстановлением функциональности CD3 комплекса. В предпочтительном варианте осуществления, по меньшей мере одну мутацию интродуцируют в различные рТ а версии, как описано выше, для воздействия на димеризацию. В качестве неограничивающего примера, мутированный остаток может представлять собой по меньшей мере W46R, D22A, К24А, R102A или R117A рТа белка человека или выравненные положения, используя CLUSTALW метод на рТа семействе или гомологичном представителе. Предпочтительно рТа или его вариант, как описано выше, содержит мутированный остаток W46R или мутированные остатки D22A, K24A, R102A и R117A. В некоторых вариантах осуществления, указанный рТа или варианты также слиты с доменом, передающим сигнал, таким как CD28, ОХ40, ICOS, CD27, CD137 (4-1ВВ) и CD8 в качестве неограничивающих примеров. Внеклеточный домен рТа или варианты, как описано выше, могут быть слиты с фрагментом TCRa белка, в особенности трансмембранным и внутриклеточным доменом TCRa. pTa варианты также могут быть слиты с внутриклеточным доменом TCRa.Various functional variants of pTa can be used. A functional peptide variant refers to a molecule substantially similar to either the entire peptide or a fragment thereof. A pTa fragment or functional variant thereof refers to any subset of the molecule that is a shorter peptide than the full-length pTa. In some embodiments, the pTa or functional variants may be, for example, a full-length pTa or a C-terminal truncated pTa version. In the C-terminal truncated pTa, one or more residues are missing from the C-terminal region. By way of non-limiting examples, the C-terminal truncated pTa version lacks 18, 48, 62, 78, 92, 110, or 114 residues from the C-terminus of the protein. Variants of the amino acid sequence of a peptide can be prepared by mutations in the DNA that encodes the peptide. Such functional variants include, for example, deletions from, or insertions or substitutions of residues within an amino acid sequence. Any combination of deletion, insertion and substitution can also be carried out to produce the final construct, provided that the final construct has the desired activity, especially restoring the functionality of the CD3 complex. In a preferred embodiment, at least one mutation is introduced into different pTa versions as described above to affect dimerization. As a non-limiting example, the mutated residue may be at least W46R, D22A, K24A, R102A or R117A of a human pTa protein or aligned positions using the CLUSTALW method on a pTa family or homologous member. Preferably, pTa or a variant thereof as described above contains the mutated residue W46R or the mutated residues D22A, K24A, R102A and R117A. In some embodiments, the pTa or variants are also fused to a signal transduction domain, such as CD28, OX40, ICOS, CD27, CD137 (4-1BB) and CD8 as non-limiting examples. The extracellular domain of pTa or variants as described above can be fused to a fragment of the TCRa protein, particularly the transmembrane and intracellular domain of TCRa. pTa variants can also be fused to the intracellular domain of TCRa.
В некоторых вариантах осуществления, рТа версии могут быть слиты с внеклеточным лигандсвязывающим доменом. В некоторых вариантах осуществления, рТа или его функциональный вариант слит с одноцепочечным фрагментом антитела (scFv), содержащим легкий и тяжелый вариабельный фрагмент и целевого антигена специфического моноклонального антитела, соединенный с помощью гибкого линкера.In some embodiments, pTa versions may be fused to an extracellular ligand binding domain. In some embodiments, pTa or a functional variant thereof is fused to a single chain antibody fragment (scFv) containing a light and heavy variable fragment and a target antigen of a specific monoclonal antibody, connected by a flexible linker.
Термин TCRa дефицитная Т клетка относится к выделенной Т клетке, в которой отсутствует экспрессия функциональной TCRa цепи. Это может быть осуществлено с помощью различных методов, в качестве неограничивающих примеров, путем конструирования Т клетки таким образом, что она не экспрессирует какой-либо функциональный TCRa на ее клеточной поверхности или путем конструирования Т клетки таким образом, что она продуцирует очень небольшое количество функциональной TCRa цепи на ее поверхности или путем конструирования Т клетки, которая экспрессирует мутированную или усеченную форму TCRa цепи. TCRa дефицитные клетки больше не могут распространяться с помощью CD3 комплекса. Следовательно, для преодоления этой проблемы и предоставления возможности пролиферации TCRa дефицитных клеток, рТа или его функциональный вариант интродуцируют в клетки, таким образом восстанавливая функциональный CD3 комплекс. В некоторых вариантах осуществления, способ дополнительно включает интродуцирование в указанные Т клетки эндонуклеаз, осуществляющих расщепление в более редко расположенных сайтах, способных селективно инактивироваться путем расщепления ДНК одного гена, кодирующего один компонент Т клеточного рецептора (TCR). В некоторых вариантах осуществления, эндонуклеаза, осуществляющая расщепление в более редко расположенных сайтах, представляет собой TALE-нуклеазу.The term TCRa-deficient T cell refers to an isolated T cell that lacks expression of a functional TCRa chain. This can be accomplished by various methods, but by way of non-limiting examples, by engineering the T cell such that it does not express any functional TCRa on its cell surface or by engineering the T cell such that it produces very little functional TCRa chain on its surface or by constructing a T cell that expresses a mutated or truncated form of the TCRa chain. TCRa deficient cells can no longer proliferate via the CD3 complex. Therefore, to overcome this problem and allow proliferation of TCRa-deficient cells, pTa or a functional variant thereof is introduced into the cells, thereby restoring a functional CD3 complex. In some embodiments, the method further comprises introducing into said T cells endonucleases that cleave at more sparsely located sites capable of being selectively inactivated by DNA cleavage of one gene encoding one component of the T cell receptor (TCR). In some embodiments, the endonuclease that cleaves at more sparsely located sites is a TALE nuclease.
В другом аспекте, сконструированные Т клетки, полученные с помощью способов, описанных в настоящем изобретении, могут контактировать с биспецифическими антителами. Например, Т клетки могут контактировать с биспецифическими антителами ex vivo перед введением пациенту, или in vivo после введения пациенту. Биспецифические антитела содержат два вариабельных участка с различными антигенными свойствами, что облегчает приведение сконструированных клеток в непосредственнуюIn another aspect, engineered T cells obtained using the methods described in the present invention can be contacted with bispecific antibodies. For example, T cells may be contacted with bispecific antibodies ex vivo before administration to a patient, or in vivo after administration to a patient. Bispecific antibodies contain two variable regions with different antigenic properties, which makes it easier to target engineered cells directly
- 42 044329 близость к целевому антигену. В качестве неограничивающего примера, биспецифическое антитело может быть нацелено на опухолевый маркер и лимфоцитарный антиген, такой как, например, но не ограничиваясь только ими, CD3, и имеет способность перенаправлять и активировать любые циркулирующие Т клетки на опухоли.- 42 044329 proximity to the target antigen. As a non-limiting example, a bispecific antibody may target a tumor marker and lymphocyte antigen, such as, for example, but not limited to, CD3, and has the ability to redirect and activate any circulating T cells on the tumor.
В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотиды, кодирующие полипептиды в соответствии с настоящим изобретением, могут представлять собой мРНК, которую непосредственно интродуцируют в клетки, например путем электропорации. В некоторых вариантах осуществления, технологию cytoPulse можно использовать для временной пермеализации живых клеток для доставки материала в клетки. Параметры можно модифицировать для определения условий для более высокой эффективности трансфекции с минимальной гибелью.In some embodiments, the polynucleotides encoding the polypeptides of the present invention may be mRNA that is directly introduced into cells, for example by electroporation. In some embodiments, cytoPulse technology can be used to temporarily permealize living cells to deliver material into the cells. Parameters can be modified to determine conditions for higher transfection efficiency with minimal mortality.
Также в настоящем изобретении обеспечиваются способы трансформации Т клеток. В некоторых вариантах осуществления, способ включает: контактирование Т клетки с РНК и применение к Т клетке быстрой импульсной последовательности, включающей: (а) электрический импульс с напряжением в диапазоне от приблизительно 2250 до 3000 В на сантиметр; (б) ширину импульса 0,1 мс; (в) импульсный интервал приблизительно от 0,2 до 10 мс между электрическими импульсами стадии (а) и (б); (г) электрический импульс с напряжением в диапазоне от приблизительно 2250 до 3000 V с шириной импульса приблизительно 100 мс и импульсный интервал приблизительно 100 мс между электрическим импульсом стадии (б) и первый электрический импульс стадии (в); и (д) четыре электрических импульса с напряжением приблизительно 325 В с шириной импульса приблизительно 0,2 мс и импульсный интервал 2 мс между каждым из 4 электрических импульсов. В некоторых вариантах осуществления, способ трансформирования Т клетки, включающий контактирование указанной Т клетки с РНК и применение к Т клетке быстрой импульсной последовательности, включающей: (а) электрический импульс с напряжением приблизительно 2250, 2300, 2350, 2400, 2450, 2500, 2550, 2400, 2450, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900 или 3000В на сантиметр; (б) ширину импульса 0,1 мс; (а) и импульсный интервал приблизительно 0,2, 0,5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 мс между электрическими импульсами стадии (а) и (б); (г) один электрический импульс с напряжением в диапазоне от приблизительно 2250, 2250, 2300, 2350, 2400, 2450, 2500, 2550, 2400, 2450, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900 или 3000 В с шириной импульса 100 мс и импульсный интервал 100 мс между электрическим импульсом стадии (б) и первый электрический импульс стадии (в); и (д) 4 электрических импульса с напряжением приблизительно 325 В с шириной импульса приблизительно 0,2 мс и импульсный интервал приблизительно 2 мс между каждым из 4 электрических импульсов. Любые значения, включенные в диапазон значений, описанный выше, раскрыты в настоящем изобретении. Среда для электропорации может представлять собой любую подходящую среду, известную в данной области техники. В некоторых вариантах осуществления, среда для электропорации имеет удельную электропроводимость в диапазоне от приблизительно 0,01 до приблизительно 1,0 миллисименс.Also provided by the present invention are methods for transforming T cells. In some embodiments, the method includes: contacting a T cell with RNA and applying to the T cell a rapid pulse sequence comprising: (a) an electrical pulse with a voltage ranging from about 2250 to 3000 V per centimeter; (b) pulse width 0.1 ms; (c) a pulse interval of approximately 0.2 to 10 ms between the electrical pulses of steps (a) and (b); (d) an electrical pulse with a voltage ranging from approximately 2250 to 3000 V with a pulse width of approximately 100 ms and a pulse interval of approximately 100 ms between the electrical pulse of stage (b) and the first electrical pulse of stage (c); and (e) four electrical pulses of approximately 325 V with a pulse width of approximately 0.2 ms and a pulse interval of 2 ms between each of the 4 electrical pulses. In some embodiments, a method of transforming a T cell, comprising contacting said T cell with RNA and applying to the T cell a rapid pulse sequence comprising: (a) an electrical pulse at a voltage of approximately 2250, 2300, 2350, 2400, 2450, 2500, 2550, 2400, 2450, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900 or 3000V per centimeter; (b) pulse width 0.1 ms; (a) and a pulse interval of approximately 0.2, 0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 or 10 ms between the electrical pulses of steps (a) and (b); (d) One electric impulse with a voltage in the range of approximately 2250, 2250, 2300, 2350, 2400, 2450, 2500, 2550, 2400, 2450, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900 or 3000 V with a pulse width of 100 ms and 100 ms width and 3000 a pulse interval of 100 ms between the electrical pulse of stage (b) and the first electrical pulse of stage (c); and (e) 4 electrical pulses of approximately 325 V with a pulse width of approximately 0.2 ms and a pulse interval of approximately 2 ms between each of the 4 electrical pulses. Any values included in the range of values described above are disclosed in the present invention. The electroporation medium can be any suitable medium known in the art. In some embodiments, the electroporation medium has a conductivity in the range of about 0.01 to about 1.0 millisiemens.
В некоторых вариантах осуществления, в качестве неограничивающих примеров, РНК кодирует эндонуклеазу, осуществляющую расщепление в более редко расположенных сайтах, один мономер эндонуклеазы, осуществляющей расщепление в более редко расположенных сайтах, такой как полу-TALEнуклеаза, CAR, по меньшей мере один компонент многоцепочечного химерного антигенного рецептора, рТа или его функциональный вариант, экзогенную нуклеиновую кислоту, и/или один дополнительный каталитический домен.In some embodiments, by way of non-limiting examples, the RNA encodes a cleavage site endonuclease, one monomer of a cleavage site endonuclease such as a hemi-TALEnuclease, a CAR, at least one component of a multistranded chimeric antigen a receptor, pTa or a functional variant thereof, an exogenous nucleic acid, and/or one additional catalytic domain.
Сконструированные иммунные клеткиEngineered immune cells
Изобретение также обеспечивает сконструированные иммунные клетки, содержащие любые из CAR полинуклеотидов, описанных в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, CAR может быть интродуцирован в иммунную клетку в качестве трансгена с помощью плазмидного вектора. В некоторых вариантах осуществления, плазмидный вектор также может содержать, например, селективный маркер, который обеспечивает идентификацию и/или отбор клеток, получивших вектор.The invention also provides engineered immune cells containing any of the CAR polynucleotides described in the present invention. In some embodiments, the CAR can be introduced into an immune cell as a transgene using a plasmid vector. In some embodiments, the plasmid vector may also contain, for example, a selectable marker that allows for the identification and/or selection of cells receiving the vector.
CAR полипептиды могут быть синтезированы in situ в клетке после интродукции полинуклеотидов, кодирующих CAR полипептиды, в клетку. Альтернативно, CAR полипептиды могут продуцироваться за пределами клеток, и затем интродуцироваться в клетки. Способы интродукции полинуклеотидной конструкции в клетки известны в данной области техники. В некоторых вариантах осуществления, можно использовать подходящие методы трансфекции для интеграции полинуклеотидной конструкции в геном клетки. В других вариантах осуществления, методы транзиентной трансфекции можно использовать для транзиентной экспрессии полинуклеотидной конструкции, и полинуклеотидную конструкцию не интегрировать в геном клетки. В других вариантах осуществления, можно использовать методы, опосредованные вирусами. Полинуклеотиды могут быть интродуцированы в клетку с помощью любых подходящих способов, такие как, например, рекомбинантные вирусные векторы (например, ретровирусы, аденовирусы), липосомы и др. Методы транзиентной трансфекции включают, например, но не ограничиваясь только ими, микроинъекцию, электропорацию или бомбардировку частицами.CAR polypeptides can be synthesized in situ in a cell after the introduction of polynucleotides encoding the CAR polypeptides into the cell. Alternatively, CAR polypeptides can be produced outside of cells and then introduced into cells. Methods for introducing a polynucleotide construct into cells are known in the art. In some embodiments, suitable transfection techniques can be used to integrate the polynucleotide construct into the genome of the cell. In other embodiments, transient transfection techniques can be used to transiently express a polynucleotide construct, and the polynucleotide construct is not integrated into the genome of the cell. In other embodiments, virus-mediated methods can be used. Polynucleotides can be introduced into the cell by any suitable means, such as, for example, recombinant viral vectors (eg, retroviruses, adenoviruses), liposomes, etc. Transient transfection methods include, for example, but are not limited to, microinjection, electroporation or bombardment particles.
Полинуклеотиды могут быть включены в векторы, такие как, например, плазмидные векторы или вирусные векторы.The polynucleotides can be included in vectors, such as, for example, plasmid vectors or viral vectors.
Также в настоящем изобретении обеспечиваются выделенные клетки и клеточные линии, получаемые с помощью вышеописанных способов конструирования клеток, обеспечиваемых в настоящем изо- 43 044329 бретении. В некоторых вариантах осуществления, выделенная клетка содержит по меньшей мере одинAlso provided by the present invention are isolated cells and cell lines obtained using the above-described cell engineering methods provided by the present invention. In some embodiments, the isolated cell contains at least one
CAR, как описано выше. В некоторых вариантах осуществления, выделенная клетка содержит популяцию CAR, где каждый CAR содержит различные внеклеточные лиганд-связывающие домены.CAR as described above. In some embodiments, the isolated cell contains a population of CARs, where each CAR contains different extracellular ligand binding domains.
Также в настоящем изобретении обеспечиваются выделенные иммунные клетки, полученные в соответствии с любым из способов, описанных выше. Любая иммунная клетка, способная экспрессировать гетерологичные ДНК, может использоваться для целей экспрессии CAR, представляющих интерес. В некоторых вариантах осуществления, иммунная клетка представляет собой Т клетку. В некоторых вариантах осуществления, иммунная клетка может иметь происхождение из, например, но не ограничиваясь только ими, стволовой клетки. Стволовые клетки могут представлять собой стволовые клетки взрослых, стволовые клетки эмбрионов, отличающихся от человека, более предпочтительно нечеловеческие стволовые клетки, стволовые клетки пуповинной крови, клетки-предшественники, стволовые клетки костного мозга, индуцированные плюрипотентные стволовые клетки, тотипотентные стволовые клетки или гемопоэтические стволовые клетки. Репрезентативными клетками человека являются CD34+ клетки. Выделенная клетка также может представлять собой дендритную клетку, киллерную дендритную клетку, тучную клетку, NK-клетку, В-клетку или Т-клетку, выбранную из группы, включающей воспалительные Т-лимфоциты, цитотоксические Т-лимфоциты, регуляторные Т-лимфоциты, Т-лимфоциты памяти, или хелперные Т-лимфоциты. В некоторых вариантах осуществления, клетка может иметь происхождение из группы, включающей CD4+ Т-лимфоциты и CD8+ Т-лимфоциты.Also provided in the present invention are isolated immune cells obtained in accordance with any of the methods described above. Any immune cell capable of expressing heterologous DNA can be used for the purpose of expressing CARs of interest. In some embodiments, the immune cell is a T cell. In some embodiments, the immune cell may be derived from, for example, but not limited to, a stem cell. The stem cells may be adult stem cells, non-human fetal stem cells, more preferably non-human stem cells, umbilical cord blood stem cells, progenitor cells, bone marrow stem cells, induced pluripotent stem cells, totipotent stem cells or hematopoietic stem cells. Representative human cells are CD34+ cells. The isolated cell may also be a dendritic cell, a killer dendritic cell, a mast cell, an NK cell, a B cell, or a T cell selected from the group consisting of inflammatory T lymphocytes, cytotoxic T lymphocytes, regulatory T lymphocytes, memory lymphocytes, or helper T lymphocytes. In some embodiments, the cell may be derived from the group including CD4+ T lymphocytes and CD8+ T lymphocytes.
Перед распространением и генетической модификацией, источник клеток может быть получен от субъекта с помощью различных неограничивающих методов. Клетки могут быть получены из различных неограничивающих источников, включая мононуклеарные клетки периферической крови, костный мозг, ткань лимфатических узлов, пуповинная кровь, тимусная ткань, ткань из сайта инфекции, перитонеальный выпот, выпот в плевральной полости, ткань селезенки и опухоли. В некоторых вариантах осуществления, можно использоваться любое количество Т клеточных линий, доступных и известных квалифицированному специалисту в данной области техники. В некоторых вариантах осуществления, клетки могут иметь происхождение от здорового донора, от пациента, у которого диагностировано злокачественное новообразование, или от пациента, у которого диагностирована инфекция. В некоторых вариантах осуществления, клетки могут быть частью смешанной популяции клеток, в которой присутствуют различные фенотипические характеристики.Before distribution and genetic modification, the cell source may be obtained from the subject using a variety of non-limiting methods. The cells can be obtained from a variety of non-limiting sources, including peripheral blood mononuclear cells, bone marrow, lymph node tissue, umbilical cord blood, thymus tissue, tissue from the site of infection, peritoneal effusion, pleural effusion, splenic tissue and tumors. In some embodiments, any number of T cell lines available and known to one skilled in the art may be used. In some embodiments, the cells may be derived from a healthy donor, from a patient diagnosed with cancer, or from a patient diagnosed with an infection. In some embodiments, the cells may be part of a mixed population of cells in which different phenotypic characteristics are present.
Также в настоящем изобретении обеспечиваются клеточные линии, полученные из трансфектированной Т клетки в соответствии с любым из вышеописанных способов. Также в настоящем изобретении обеспечиваются модифицированные клетки, резистентные к иммуносупрессивной терапии. В некоторых вариантах осуществления, выделенная клетка в соответствии с изобретением содержит полинуклеотид, кодирующий CAR.Also provided in the present invention are cell lines derived from a transfected T cell in accordance with any of the above methods. The present invention also provides modified cells that are resistant to immunosuppressive therapy. In some embodiments, an isolated cell in accordance with the invention contains a polynucleotide encoding a CAR.
Иммунные клетки согласно изобретению могут быть активированы и распространены, либо перед или после генетической модификации Т клеток, используя способы, как в целом описано, например, но не ограничиваясь только ими, в патентах США №№ 6,352,694; 6,534,055; 6,905,680; 6,692,964; 5,858,358; 6,887,466; 6,905,681; 7,144,575; 7,067,318; 7,172,869; 7,232,566; 7,175,843; 5,883,223; 6,905,874; 6,797,514; 6,867,041; и опубликованной заявке на патент США № 20060121005. Т клетки могут быть распространены in vitro или in vivo. В целом, Т клетки согласно изобретению могут быть распространены, например, путем контактирования с агентом, который стимулирует CD3 TCR комплекс и костимулирующей молекулой на поверхности Т клеток для создания активационного сигнала для Т клетки. Например, можно использовать химические вещества, такие как кальциевый ионофор А23187, форбол 12-миристат 13ацетат (РМА), или митогенные лектины, такие как фитогемагглютинин (РНА), для создания активационного сигнала для Т клетки.Immune cells according to the invention can be activated and expanded, either before or after genetic modification of T cells, using methods as generally described, for example, but not limited to, in US patent No. 6,352,694; 6,534,055; 6,905,680; 6,692,964; 5,858,358; 6,887,466; 6,905,681; 7,144,575; 7,067,318; 7,172,869; 7,232,566; 7,175,843; 5,883,223; 6,905,874; 6,797,514; 6,867,041; and US Patent Application Published No. 20060121005. T cells can be expanded in vitro or in vivo. In general, the T cells of the invention can be propagated, for example, by contacting an agent that stimulates the CD3 TCR complex and a costimulatory molecule on the surface of the T cells to create an activation signal for the T cell. For example, chemicals such as calcium ionophore A23187, phorbol 12-myristate 13 acetate (PMA), or mitogenic lectins such as phytohemagglutinin (PHA) can be used to create an activation signal for the T cell.
В некоторых вариантах осуществления, популяции Т клеток можно стимулировать in vitro путем контактирования, например, с анти-CD3 антителом, или его антиген-связывающим фрагментом, или анtu-CD2 антителом, иммобилизированным на поверхности, или путем контактирования с активатором протеинкиназы С (например, бриостатином) в сочетании с кальциевым ионофором. Для костимуляции вспомогательной молекулы на поверхности Т клеток, можно использовать лиганд, который связывает вспомогательную молекулу. Например, популяция Т клеток может контактировать с анти-CD3 антителом и анти-CD28 антителом, в условиях, подходящих для стимуляции пролиферации Т клеток. Условия, подходящие для культуры Т-клеток, включают подходящую культуральную среду (например, минимальну питательную среду или RPMI среду 1640 или, Х-Vivo 15, (Lonza)), которая может содержать факторы, необходимые для пролиферации и жизнеспособности, включая сыворотку (например, фетальную бычью сыворотку или сыворотку человека), интерлейкин-2 (IL-2), инсулин, IFN-γ, IL-4, IL-7, GM-CSF, IL-10, IL-2, IL-15, TGFp, и TNF, или любые другие добавки для роста клеток, известные квалифицированному специалисту в данной области техники. Другие добавки для роста клеток включают, но не ограничиваясь только ими, поверхностно-активное вещество, плазманат и восстановители, такие как Nацетил- цистеин и 2-меркаптоэтанол. Питательные среды могут включать RPMI 1640, AIM-V, DMEM, MEM, a-MEM, F-12, X-Vivo 10, и Х-Vivo 20, Optimizer, с добавленными аминокислотами, пируват натрия, и витамины, либо без сыворотки или дополненные подходящем количеством сыворотки (или плаз- 44 044329 мы) или определенный набор гормонов и/или количество цитокина(ов), достаточных для роста и распространения Т клеток. Антибиотики, например, пенициллин и стрептомицин, включают только в экспериментальные культуры, но не в культуры клеток, которые будут инфузировать субъекту. Целевые клетки поддерживают в условиях, необходимых для поддержания роста, например, подходящей температуре (например, 37°C) и атмосфере (например, воздух плюс 5% СО2). T клетки, подвергаемые стимуляции в течение различного времени, могут проявлять различные характеристики.In some embodiments, T cell populations can be stimulated in vitro by contacting, for example, an anti-CD3 antibody, or an antigen-binding fragment thereof, or a surface-immobilized anti-CD2 antibody, or by contacting a protein kinase C activator (e.g. bryostatin) in combination with a calcium ionophore. To costimulate an accessory molecule on the surface of T cells, a ligand that binds the accessory molecule can be used. For example, a population of T cells can be contacted with an anti-CD3 antibody and an anti-CD28 antibody, under conditions suitable to stimulate T cell proliferation. Conditions suitable for culture of T cells include a suitable culture medium (eg, minimal essential medium or RPMI medium 1640 or X-Vivo 15, (Lonza)), which may contain factors necessary for proliferation and viability, including serum (eg , fetal bovine serum or human serum), interleukin-2 (IL-2), insulin, IFN-γ, IL-4, IL-7, GM-CSF, IL-10, IL-2, IL-15, TGFp, and TNF, or any other cell growth additives known to one skilled in the art. Other cell growth additives include, but are not limited to, surfactant, plasmanate, and reducing agents such as N-acetylcysteine and 2-mercaptoethanol. Culture media may include RPMI 1640, AIM-V, DMEM, MEM, a-MEM, F-12, X-Vivo 10, and X-Vivo 20, Optimizer, with added amino acids, sodium pyruvate, and vitamins, either without serum or supplemented with a suitable amount of serum (or plasma) or a certain set of hormones and/or amount of cytokine(s) sufficient for the growth and proliferation of T cells. Antibiotics, such as penicillin and streptomycin, are included only in the experimental cultures and not in the cell cultures that will be infused into the subject. The target cells are maintained under conditions necessary to support growth, such as suitable temperature (eg, 37°C) and atmosphere (eg, air plus 5% CO2). T cells stimulated for different times may exhibit different characteristics.
В некоторых вариантах осуществления, клетки согласно изобретению могут распространяться путем совместного культивирования с тканями или клетками. Клетки также могут распространяться in vivo, например, в крови субъекта после введения клетки в субъект.In some embodiments, cells of the invention may be propagated by co-culture with tissues or cells. The cells can also spread in vivo, for example, in the blood of a subject after the cell is introduced into the subject.
В некоторых вариантах осуществления, выделенная клетка в соответствии с настоящим изобретением содержит один инактивированный ген, выбранный из группы, включающей CD52, dCK, GR, PD-1, CTLA-4, LAG3, Tim3, BTLA, BY55, TIGIT, B7H5, LAIR1, SIGLEC10, 2B4, HLA, TCRa и TCRe и/или, экспрессирует CAR, мульти-цепь CAR и/или pTa трансген. В некоторых вариантах осуществления, выделенная клетка содержит полинуклеотиды, кодирующие полипептиды, содержащие мультцепочечные CAR. В некоторых вариантах осуществления, выделенная клетка в соответствии с настоящим изобретением содержит два инактивированных гена, выбранных из группы, включающей: CD52 и GR, CD52 и TCRa, CDR52 и TCRe, GR и TCRa, GR и TCRe, TCRa и TCRe, PD-1 и TCRa, PD-1 и TCRe, CTLA-4 и TCRa, CTLA-4 и TCRe, LAG3 и TCRa, LAG3 и TCRe, Tim3 и TCRa, Tim3 и TCRe, BTLA и TCRa, BTLA и TCRe, BY55 и TCRa, BY55 и TCRe, TIGIT и TCRa, TIGIT и TCRe, B7H5 и TCRa, B7H5 и TCRe, LAIR1 и TCRa, LAIR1 и TCRe, SIGLEC10 и TCRa, SIGLEC10 и TCRe, 2B4 и TCRa, 2B4 и TCRe и/или экспрессирует CAR, мультицепочечные CAR и pTa трансген.In some embodiments, an isolated cell in accordance with the present invention contains one inactivated gene selected from the group consisting of CD52, dCK, GR, PD-1, CTLA-4, LAG3, Tim3, BTLA, BY55, TIGIT, B7H5, LAIR1, SIGLEC10, 2B4, HLA, TCRa and TCRe and/or, expresses CAR, multi-chain CAR and/or pTa transgene. In some embodiments, the isolated cell contains polynucleotides encoding polypeptides containing multi-chain CARs. In some embodiments, an isolated cell in accordance with the present invention contains two inactivated genes selected from the group consisting of: CD52 and GR, CD52 and TCRa, CDR52 and TCRe, GR and TCRa, GR and TCRe, TCRa and TCRe, PD-1 and TCRa, PD-1 and TCRe, CTLA-4 and TCRa, CTLA-4 and TCRe, LAG3 and TCRa, LAG3 and TCRe, Tim3 and TCRa, Tim3 and TCRe, BTLA and TCRa, BTLA and TCRe, BY55 and TCRa, BY55 and TCRe, TIGIT and TCRa, TIGIT and TCRe, B7H5 and TCRa, B7H5 and TCRe, LAIR1 and TCRa, LAIR1 and TCRe, SIGLEC10 and TCRa, SIGLEC10 and TCRe, 2B4 and TCRa, 2B4 and TCRe and/or expresses CAR, multichain CAR and pTa transgene.
В некоторых вариантах осуществления, TCR придает нефункциональность в клетки в соответствии с изобретением путем инактивации TCRa гена и/или TCRe гена(ов). В некоторых вариантах осуществления, обеспечивается способ получения модифицированных клеток, имеющих происхождение из индивидуума, где клетки могут пролиферировать независимо от пути передачи сигналов основного комплекса гистосовместимости (МНС). Модифицированные клетки, которые могут пролиферировать независимо от пути передачи сигналов МНС, и которые могут быть получены с помощью этого способа, охватываются объемом настоящего изобретения. Модифицированные клетки, раскрытые в настоящем изобретении, можно использовать для лечения пациентов, которые в этом нуждается, по отношению к отторжению хозяин-против-трансплантата (HvG) и реакции трансплантат против хозяина (GvHD); следовательно, объемом настоящего изобретения охватывается способ лечения пациентов, которые в этом нуждается, по отношению к отторжению хозяин-против-трансплантата (HvG) и реакции трансплантат против хозяина (GvHD, включающие лечение указанных пациентов путем введения указанному пациенту эффективного количества модифицированных клеток, содержащих инактивированные TCRa и/или TCRe гены.In some embodiments, the TCR imparts non-functionality to cells in accordance with the invention by inactivating the TCRa gene and/or TCRe gene(s). In some embodiments, a method is provided for producing modified cells originating from an individual where the cells can proliferate independently of the major histocompatibility complex (MHC) signaling pathway. Modified cells that can proliferate independently of the MHC signaling pathway and that can be obtained using this method are within the scope of the present invention. The modified cells disclosed in the present invention can be used to treat patients in need with respect to host-versus-graft (HvG) rejection and graft-versus-host disease (GvHD); Therefore, within the scope of the present invention is a method of treating patients in need thereof with respect to host-versus-graft (HvG) rejection and graft-versus-host disease (GvHD), comprising treating said patients by administering to said patient an effective amount of modified cells containing inactivated TCRa and/or TCRe genes.
В некоторых вариантах осуществления, иммунные клетки конструируют таким образом, чтобы они были резистентными к одному или нескольким химиотерапевтическим лекарственным средствам. Химиотерапевтическое лекарственное средство может представлять собой, например, аналог нуклеотида пурина (PNA), что, таким образом, делает иммунную клетку пригодной для лечения злокачественного новообразования, комбинируя адоптивную иммунотерапию и химиотерапию. Типичные PNA, например, клофарабин, флударабин, и цитарабин, отдельно или в комбинации. PNA метаболизируются с помощью дезоксицитидин-киназы (dCK) в моно-, ди-, и три-фосфатные PNA. Их три-фосфатные формы конкурируют с АТФ за ДНК синтез, действуя в качестве про-апоптотических средств, и является эффективными ингибиторами рибонуклеотид-редуктазы (RNR), которая вовлечена в продукцию тринуклеотидов. В настоящем изобретении обеспечиваются EGFRvIII специфические CAR-T клетки, содержащие инактивированный dCK ген. В некоторых вариантах осуществления, dCK выключенные клетки получают путем трансфекции Т клеток, используя полинуклеотиды, кодирующие специфическую TAL-нуклеазу, нацеленную на dCK гены, путем, например, электропорации мРНК. dCK выключенные EGFRvIII специфические CAR-T клетки являются резистентными к PNA, включая, например клофарабин и/или флударабин, и поддерживая цитотоксическую активность Т-клеток по отношению к EGFRvIII-экспрессирующим клеткам. В другом примере, химиотерапевтическое лекарственное средство может представлять собой, например, CD52-нацеленную молекулу, такую как моноклональное анти-CD52 антитело (например, алемтузумаб). CD52 представляет собой белок, присутствующий на поверхности лимфоцитов, и антиCD52 антитела могут индуцировать апоптоз и лизис иммунных клеток путем антитело- и комплементзависимой цитотоксичности, что приводит к лимфоистощению. В настоящем изобретении обеспечиваются EGFRvIII специфические CAR-T клетки, содержащие инактивированный CD52 ген. В некоторых вариантах осуществления, CD52 выключенные клетки получают путем трансфекции Т клеток, используя полинуклеотиды, кодирующие специфическую TAL-нуклеазу, нацеленную на CD52 ген, путем, например, электропорации мРНК. CD52 выключенные EGFRvIII специфические CAR-T клетки являются резистентными к анти-CD52 молекулам, включая, например, алемтузумабу, и поддерживают цитотоксическую активность Т-клеток по отношению к EGFRvIII-экспрессирующим клеткам в присутствии антиCD52 молекул.In some embodiments, immune cells are engineered to be resistant to one or more chemotherapy drugs. The chemotherapeutic drug may be, for example, a purine nucleotide analog (PNA), thereby making the immune cell suitable for the treatment of cancer by combining adoptive immunotherapy and chemotherapy. Typical PNAs are, for example, clofarabine, fludarabine, and cytarabine, alone or in combination. PNAs are metabolized by deoxycytidine kinase (dCK) into mono-, di-, and tri-phosphate PNAs. Their tri-phosphate forms compete with ATP for DNA synthesis, acting as pro-apoptotic agents, and are effective inhibitors of ribonucleotide reductase (RNR), which is involved in the production of trinucleotides. The present invention provides EGFRvIII specific CAR-T cells containing an inactivated dCK gene. In some embodiments, dCK silenced cells are produced by transfecting T cells using polynucleotides encoding a specific TAL nuclease targeting dCK genes, for example, by electroporation of mRNA. dCK silenced EGFRvIII specific CAR-T cells are resistant to PNAs, including, for example, clofarabine and/or fludarabine, and maintain cytotoxic T cell activity towards EGFRvIII-expressing cells. In another example, the chemotherapeutic drug may be, for example, a CD52-targeting molecule such as an anti-CD52 monoclonal antibody (eg, alemtuzumab). CD52 is a protein present on the surface of lymphocytes, and anti-CD52 antibodies can induce apoptosis and lysis of immune cells through antibody- and complement-dependent cytotoxicity, leading to lymphatic depletion. The present invention provides EGFRvIII specific CAR-T cells containing an inactivated CD52 gene. In some embodiments, CD52 silenced cells are produced by transfecting T cells using polynucleotides encoding a specific TAL nuclease targeting the CD52 gene, for example, by electroporation of mRNA. CD52 silenced EGFRvIII specific CAR-T cells are resistant to anti-CD52 molecules, including, for example, alemtuzumab, and maintain cytotoxic T cell activity against EGFRvIII-expressing cells in the presence of anti-CD52 molecules.
- 45 044329- 45 044329
В некоторых вариантах осуществления, выделенные клетки или клеточные линии согласно изобретению может содержать рТа или его функциональный вариант. В некоторых вариантах осуществления, выделенная клетка или клеточная линия может быть дополнительно генетически модифицирована путем инактивации TCRa гена.In some embodiments, isolated cells or cell lines according to the invention may contain pTa or a functional variant thereof. In some embodiments, the isolated cell or cell line may be further genetically modified by inactivating the TCRa gene.
В некоторых вариантах осуществления, CAR-T клетка содержит полинуклеотид, кодирующий суицидный полипептид, такой как, например RQR8. См., например, WO 2013153391 A, которая таким образом полностью включена в настоящую заявку в качестве ссылки. В CAR-T клетках, содержащих полинуклеотид, кодирующий суицидный полипептид, суицидный полипептид экспрессируется на поверхности CAR-T клетки. В некоторых вариантах осуществления, суицидный полипептид содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 226.In some embodiments, the CAR-T cell comprises a polynucleotide encoding a suicide polypeptide, such as, for example, RQR8. See, for example, WO 2013153391 A, which is hereby incorporated by reference in its entirety. In CAR-T cells containing a polynucleotide encoding a suicide polypeptide, the suicide polypeptide is expressed on the surface of the CAR-T cell. In some embodiments, the suicide polypeptide comprises the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 226.
CPYSNPSLCSGGGGSELPTQGTFSNVSTNVSPAKPTTTACPYSNPSLCSGGGGSPCPYSNPSLCSGGGGSELPTQGTFSNVSTNVSPAKPTTTTACPYSNPSLCSGGGGSP
APRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVL
LLS LVITLYCNHRNRRRVCKCPRPW (SEQ ID NO. 226).LLS LVITLYCNHRNRRRVCKCPRPW (SEQ ID NO. 226).
В некоторых вариантах осуществления, суицидный полипептид также может содержать сигнальный пептид на амино-конце. Если суицидный полипептид экспрессируется на поверхности CAR-T клетки, то связывание ритуксимаба с R эпитопами (то есть эпитопом, распознаваемым ритуксимабом -CPYSNPSLC (SEQ ID NO: 256))) полипептида вызывает лизис клетки. Более одной молекулы ритуксимаба может связываться на полипептид, экспрессируемый на клеточной поверхности. Каждый R эпитоп полипептида может связывать отдельную молекулу ритуксимаба. Делеция EGFRvIII специфических CAR-T клеток может происходить in vivo, например, путем введения ритуксимаба пациенту. Решение делетировать перенесенные клетки может быть обусловлено нежелательными эффектами, которые обнаружены у пациента, которые связаны с перенесенными клетками, такими как, например, при обнаруженных неприемлемых уровнях токсичности.In some embodiments, the suicide polypeptide may also contain a signal peptide at the amino terminus. If a suicide polypeptide is expressed on the surface of a CAR-T cell, binding of rituximab to the R epitopes (ie, the epitope recognized by rituximab - CPYSNPSLC (SEQ ID NO: 256)) of the polypeptide causes cell lysis. More than one rituximab molecule can bind to a polypeptide expressed on the cell surface. Each R epitope of the polypeptide can bind a separate rituximab molecule. Deletion of EGFRvIII specific CAR-T cells can occur in vivo, for example by administering rituximab to a patient. The decision to delete the transferred cells may be driven by undesirable effects found in the patient that are associated with the transferred cells, such as when unacceptable levels of toxicity are found.
В некоторых вариантах осуществления, суицидный полипептид может содержать один, два, три или больше эпитопов, которые распознаются антителом (например, ритуксимабом).In some embodiments, the suicide polypeptide may contain one, two, three, or more epitopes that are recognized by an antibody (eg, rituximab).
В некоторых вариантах осуществления, суицидный полипептид может быть обеспечен в EGFRvIII специфической CAR T клетке в полипептиде, которые отделен от CAR-содержащего полипептида. В некоторых вариантах осуществления, суицидный полипептид может быть обеспечен в EGFRvIII специфической CAR T клетке в одной и той же полипептидной цепи, что и CAR полипептид. В CAR-содержащем суицидном полипептиде, типично суицидный полипептид обеспечен во внеклеточной части CAR.In some embodiments, the suicide polypeptide may be provided to an EGFRvIII specific CAR T cell in a polypeptide that is separate from the CAR-containing polypeptide. In some embodiments, the suicide polypeptide may be provided to an EGFRvIII specific CAR T cell on the same polypeptide chain as the CAR polypeptide. In a CAR-containing suicide polypeptide, typically the suicide polypeptide is provided in the extracellular portion of the CAR.
В CAR-содержащем суицидном полипептиде, суицидный полипептид может содержать, например, одну или несколько копий аминокислотной последовательности эпитопа, распознаваемого ритуксимабом (CPYSNPSLC (SEQ ID NO: 256)). Суицидный полипептид может быть расположен в различных положениях в CAR. Например, суицидный полипептид может находиться на N-конце по отношению к scFv или он может находиться на С-конце по отношению к scFv в CAR. В некоторых вариантах осуществления, суицидный пептид может быть расположен между scFv и петлевым участком CAR. В некоторых вариантах осуществления, CAR может содержать более одного суицидного полипептида. Например, CAR может содержать суицидный полипептид N-конце по отношению к scFv и суицидный полипептид на Сконце по отношению к scFv. Каждый из этих полипептидов может содержать одну или несколько копий эпитопа, распознаваемого ритуксимабом. Например, CAR может содержать первый суицидный полипептид на N-концевом положении по отношению к scFv, где первый суицидный полипептид содержит одну копию эпитопа, распознаваемого ритуксимабом, и а второй суицидный полипептид на С-концевом положении по отношению к scFv, где второй суицидный полипептид содержит две копий эпитопа, распознаваемого ритуксимабом.In a CAR-containing suicide polypeptide, the suicide polypeptide may contain, for example, one or more copies of the amino acid sequence of the epitope recognized by rituximab (CPYSNPSLC (SEQ ID NO: 256)). The suicide polypeptide can be located at various positions in the CAR. For example, the suicide polypeptide may be N-terminal to the scFv or it may be C-terminal to the scFv in the CAR. In some embodiments, the suicide peptide may be located between the scFv and the loop region of the CAR. In some embodiments, the CAR may contain more than one suicide polypeptide. For example, a CAR may contain a suicide polypeptide N-terminal to the scFv and a suicide polypeptide C-terminal to the scFv. Each of these polypeptides may contain one or more copies of an epitope recognized by rituximab. For example, a CAR may contain a first suicide polypeptide at a position N-terminal to the scFv, where the first suicide polypeptide contains one copy of an epitope recognized by rituximab, and a second suicide polypeptide at a position C-terminal to the scFv, where the second suicide polypeptide contains two copies of the epitope recognized by rituximab.
Также в настоящем изобретении обеспечиваются нуклеиновые кислоты, кодирующие EGFRvIIIспецифические CAR, которые содержат суицидный полипептидную последовательность в CAR.Also provided by the present invention are nucleic acids encoding EGFRvIII-specific CARs that contain a suicide polypeptide sequence in the CAR.
В примере, суицидный полипептид в одной и той же полипептидной цепи, что и EGFRvIII специфические CAR, может иметь последовательность, обозначенную в настоящем описании как R2 суицидная последовательность. R2 суицидная последовательность содержит две копий эпитопа, распознаваемого ритуксимабом (CPYSNPSLC (SEQ ID NO: 256)). Такие EGFRvIII-специфические CAR могут обозначаться в настоящем изобретении как EGFRvIII-R2 CAR. В табл. 5D представлены аминокислотные последовательности типичных EGFRvIII-R2 CAR согласно настоящему изобретению. В табл. 5D, сигнальная/лидерная пептидную последовательность выделена жирным шрифтом, GS линкер ((GGGGS)4 (SEQ ID NO: 202)) подчеркнута, и R2 суицидная последовательность выделена жирным шрифтом и подчеркнута. В табл. 5Е представлены типичные нуклеотидные последовательности, кодирующие типичные EGFRvIII-R2 CAR согласно настоящему изобретению.In an example, a suicide polypeptide on the same polypeptide chain as the EGFRvIII specific CARs may have a sequence designated herein as the R2 suicide sequence. The R2 suicide sequence contains two copies of the epitope recognized by rituximab (CPYSNPSLC (SEQ ID NO: 256)). Such EGFRvIII-specific CARs may be referred to in the present invention as EGFRvIII-R2 CARs. In table 5D shows the amino acid sequences of exemplary EGFRvIII-R2 CARs according to the present invention. In table 5D, the signal/leader peptide sequence is in bold, the GS linker ((GGGGS) 4 (SEQ ID NO: 202)) is underlined, and the R2 suicide sequence is in bold and underlined. In table 5E shows exemplary nucleotide sequences encoding exemplary EGFRvIII-R2 CARs of the present invention.
- 46 044329- 46 044329
Таблица 5DTable 5D
Аминокислотные последовательности типичных EGFRvIII специфических CAR с R2 суицидной последовательностьюAmino acid sequences of typical EGFRvIII specific CARs with R2 suicide sequence
- 47 044329- 47 044329
Таблица 5ЕTable 5E
Нуклеотидные последовательности типичных EGFR VIII специфических CAR с R2 суицидной последовательностьюNucleotide sequences of typical EGFR VIII specific CARs with R2 suicide sequence
- 48 044329- 48 044329
- 49 044329- 49 044329
Терапевтические примененияTherapeutic Applications
Выделенные клетки, полученные способами, описанными выше, или клеточные линии, имеющие происхождение из таких выделенных клеток, можно использовать в качестве лекарственного средства. В некоторых вариантах осуществления, такое лекарственное средство можно использовать для лечения злокачественного новообразования, включая солидные опухоли и жидкие опухоли. В некоторых вариантах осуществления, злокачественное новообразование представляет собой злокачественное новообразование, связанное с EGFRvIII, (например, любое злокачественное новообразование, экспрессирующее EGFRvIII) включая, но не ограничиваясь только ими, глиобластому (например, мультиформную глиобластому), анапластическую астроцитому, гигантоклеточную глиобластому, глиосаркому, анапластическую олигодендроглиому, анапластическую эпендимому, анапластическую олигоастроцитому, карциному хориоидного сплетения, анапластическую ганглиоглиому, пинеобластому, пинеоцитому, менингиому, медуллоэпителиому, эпендимобластому, медуллобластому, супратенториальную примитивную нейроэктодермальную опухоль, атипичную тератоидно-рабдоидную опухоль, смешанную глиому, рак головы и шеи, немелкоклеточный рак легкого, рак молочной железы, рак яичников, рак предстательной железы, медуллобастому, рак ободочной и прямой кишки, рак анального канала, рак шейки матки, рак почки, рак кожи, рак поджелудочной железы, рак печени, рак мочевого пузыря, рак желудку, рак щитовидной железы, мезотелиому, рак матки, лимфому, или лейкоз.Isolated cells obtained by the methods described above, or cell lines derived from such isolated cells, can be used as a medicine. In some embodiments, such a drug can be used to treat cancer, including solid tumors and liquid tumors. In some embodiments, the cancer is an EGFRvIII-associated cancer (e.g., any cancer expressing EGFRvIII) including, but not limited to, glioblastoma (e.g., glioblastoma multiforme), anaplastic astrocytoma, giant cell glioblastoma, gliosarcoma, anaplastic oligodendroglioma, anaplastic ependymoma, anaplastic oligoastrocytoma, choroid plexus carcinoma, anaplastic ganglioglioma, pineoblastoma, pineocytoma, meningioma, medulloepithelioma, ependymoblastoma, medulloblastoma, supratentorial primitive neuroectodermal tumor, atypical teratoma oid-rhabdoid tumor, mixed glioma, head and neck cancer, non-small cell lung cancer , breast cancer, ovarian cancer, prostate cancer, medullobastomy, colorectal cancer, anal cancer, cervical cancer, kidney cancer, skin cancer, pancreatic cancer, liver cancer, bladder cancer, stomach cancer, thyroid cancer glands, mesothelioma, uterine cancer, lymphoma, or leukemia.
В некоторых вариантах осуществления, лекарственное средство, как описано в настоящем изобретении, может использоваться для 1) ингибирования роста или прогрессирования опухоли, у субъекта, который имеет злокачественные клеток, экспрессирующих EGFRvIII; 2) ингибирования метастазирования злокачественных клетки, экспрессирующих EGFRvIII, у субъекта; и 3) индуцирования регрессии опухоли у субъекта, который имеет злокачественные клетки, экспрессирующие EGFRvIII.In some embodiments, a drug as described in the present invention can be used to 1) inhibit the growth or progression of a tumor in a subject who has cancer cells expressing EGFRvIII; 2) inhibiting metastasis of cancer cells expressing EGFRvIII in a subject; and 3) inducing tumor regression in a subject that has cancer cells expressing EGFRvIII.
В некоторых вариантах осуществления, выделенная клетка в соответствии с изобретением, или клеточная линия, имеющая происхождение из выделенных клеток, может использоваться для приготовления лекарственного средства для лечения злокачественного новообразования у пациента, который в этом нуждается.In some embodiments, an isolated cell in accordance with the invention, or a cell line derived from the isolated cells, can be used to prepare a medicament for the treatment of cancer in a patient in need thereof.
Также в настоящем изобретении обеспечиваются способы лечения пациентов. В некоторых вариантах осуществления способ включает обеспечение иммунной клетки согласно изобретению пациенту, который в этом нуждается. В некоторых вариантах осуществления, способ включает стадию введения трансформированных иммунных клеток согласно изобретению пациенту, который в этом нуждается.Also provided by the present invention are methods of treating patients. In some embodiments, the method includes providing an immune cell according to the invention to a patient in need thereof. In some embodiments, the method includes the step of administering transformed immune cells according to the invention to a patient in need thereof.
В некоторых вариантах осуществления, Т клетки согласно изобретению могут устойчиво подвергаться in vivo экспансии Т-клеток и могут персистировать в течение увеличенного периода времени.In some embodiments, T cells of the invention can stably undergo in vivo T cell expansion and can persist for an increased period of time.
Способы лечения согласно изобретению могут быть ослабляющими, лечебными или профилактическими. Способ согласно изобретению может быть либо частью аутологической иммунотерапии или частью аллогенного иммунотерапевтического лечения. Изобретение особенно пригодно для аллогенной иммунотерапии. Т клетки от доноров могу быть трансформированы в не- аллореактивные клетки, используя стандартные протоколы и репродуцироваться, при необходимости, таким образом продуцируя CAR-T клетки, которые могут вводиться одному или нескольким пациентам. Такая CAR-T клеточная терапия может быть предоставлена в виде готового к использованию терапевтического продукта.The methods of treatment according to the invention can be debilitating, curative or prophylactic. The method according to the invention can be either part of an autologous immunotherapy or part of an allogeneic immunotherapy treatment. The invention is particularly suitable for allogeneic immunotherapy. T cells from donors can be transformed into non-alloreactive cells using standard protocols and replicated as needed, thereby producing CAR-T cells that can be administered to one or more patients. Such CAR-T cell therapy may be provided as a ready-to-use therapeutic product.
Клетки, которые можно использовать в раскрытых способах, описаны, например, в предыдущем разделе. Лечение можно использовать для лечения пациентов, у которых был диагностировано, например, злокачественное новообразование. Злокачественные новообразования, которые можно лечить, включают, например, злокачественные новообразования, которые относятся к EGFRvIII, включая любые из вышеперечисленных злокачественных новообразований. Типы злокачественных новообразований,Cells that can be used in the disclosed methods are described, for example, in the previous section. The treatment can be used to treat patients who have been diagnosed with, for example, a malignant neoplasm. Malignancies that can be treated include, for example, cancers that are classified as EGFRvIII, including any of the above malignancies. Types of malignant neoplasms,
- 50 044329 подвергаемых лечению с помощью CAR и CAR-T клеток согласно изобретению, включают, но не ограничиваясь только ими, определенные жидкие и солидные опухоли, такие как мультиформная глиобластома, рак головы и шеи, немелкоклеточный рак легкого, рак молочной железы, рак яичников и рак предстательной железы. Также охватываются опухоли/злокачественные новообразования у взрослых и опухоли/злокачественные новообразования у детей.- 50 044329 treatable cells with CAR and CAR-T cells according to the invention include, but are not limited to, certain liquid and solid tumors such as glioblastoma multiforme, head and neck cancer, non-small cell lung cancer, breast cancer, ovarian cancer and prostate cancer. Tumors/malignancies in adults and tumors/malignancies in children are also covered.
В некоторых вариантах осуществления, лечение может осуществляться в комбинации с одной или несколькими терапиями против злокачественного новообразования, выбранного из группы: терапия антителами, терапия конъюгатом антитело-лекарственное средство, химиотерапия, нацеленная терапия, терапия цитокинами, терапия вакциной, терапия онколитическим вирусом, терапия дендритными клетками, генная терапия, терапия наночастицами, гормональная терапия, хирургическая терапия, терапия лазерным излучением, лечение опухолевых участков и лучевая терапия. Например, CAR и CAR-T клетки согласно изобретению могут вводиться пациенту в сочетании с (например, перед, одновременно или после) 1) стандартного лечения, включая облучение, хирургическую резекцию, химиотерапию (например, темозоломид, прокарбазин, кармустин, ломустин, винкристин и др.), терапия антителами, такими как бевацизумаб, анти-ангиогенная терапия, и/или терапия опухолевых участков; 2) вакцины, включая EGFRvIII вакцину; 3) терапия конъюгатом антитело-лекарственное средство, включая, но не ограничиваясь только ими, конъюгаты лекарственных средств, которые нацелены на HER семейство рецепторов, таких как EGFR, HER2, HER3, и HER4; 4) нацеленная терапия, такая как ингибиторы киназы (например, эверолимус); и 5) иммунотерапии, включая, но не ограничиваясь только ими, анти-PD-1, анти-PD-L1, анти-PDL2, анти-41ВВ, анти-TIM3, анти-LAG3, анти-TIGIT, анти-ОХ40, анти-HVEM, анти-BTLA, анти-СБ40, анти-CD47, анти-CSF1R, анти-CSF1, анти-MARCO, анти-IL8, анти-CXCR4, и анти-CTLA4 антитела.In some embodiments, treatment may be administered in combination with one or more therapies against a malignancy selected from the group: antibody therapy, antibody-drug conjugate therapy, chemotherapy, targeted therapy, cytokine therapy, vaccine therapy, oncolytic virus therapy, dendritic therapy cell therapy, gene therapy, nanoparticle therapy, hormonal therapy, surgical therapy, laser therapy, tumor site treatment, and radiation therapy. For example, the CAR and CAR-T cells of the invention may be administered to a patient in combination with (e.g., before, concurrently, or after) 1) standard treatment, including radiation, surgical resection, chemotherapy (e.g., temozolomide, procarbazine, carmustine, lomustine, vincristine, and etc.), antibody therapy such as bevacizumab, anti-angiogenic therapy, and/or tumor site therapy; 2) vaccines, including EGFRvIII vaccine; 3) antibody-drug conjugate therapy, including, but not limited to, drug conjugates that target the HER family of receptors, such as EGFR, HER2, HER3, and HER4; 4) targeted therapy such as kinase inhibitors (eg, everolimus); and 5) immunotherapies, including, but not limited to, anti-PD-1, anti-PD-L1, anti-PDL2, anti-41BB, anti-TIM3, anti-LAG3, anti-TIGIT, anti-OX40, anti -HVEM, anti-BTLA, anti-CD40, anti-CD47, anti-CSF1R, anti-CSF1, anti-MARCO, anti-IL8, anti-CXCR4, and anti-CTLA4 antibodies.
В некоторых вариантах осуществления, лечение может вводиться пациентам, подвергаемым иммуносупрессивной терапии. Действительно, изобретение предпочтительно основано на клетках или популяции клеток, которым придана резистентность к по меньшей мере одному иммуносупрессивному агенту (например, циклоспорину, азатиоприну, метотрексату, микофенолату и FK506) благодаря инактивации гена, кодирующего рецептор для такого иммуносупрессивного агента. В этом аспекте, иммуносупрессивная терапия будет помогать селекции и экспансии Т клеток в соответствии с изобретением в пациента. Введение клеток или популяции клеток в соответствии с изобретением может осуществляться любым подходящим образом, включая аэрозольную ингаляцию, инъекцию, проглатывание, трансфузию, имплантацию или трансплантацию. Композиции, описанные в настоящем изобретении, могут вводиться пациенту подкожно, интрадермально, интратуморально, интракраниально, интранодально, интрамедуллярно, внутримышечно, путем внутривенной или внутрилимфатической инъекции или интраперитонеально. В одном варианте осуществления, клеточные композиции согласно изобретению предпочтительно вводят путем внутривенной инъекции.In some embodiments, the treatment may be administered to patients undergoing immunosuppressive therapy. Indeed, the invention is preferably based on cells or a population of cells that are conferred resistance to at least one immunosuppressive agent (eg, cyclosporine, azathioprine, methotrexate, mycophenolate and FK506) due to inactivation of the gene encoding the receptor for such immunosuppressive agent. In this aspect, immunosuppressive therapy will assist in the selection and expansion of T cells in accordance with the invention in the patient. Administration of cells or populations of cells in accordance with the invention can be accomplished by any suitable means, including aerosol inhalation, injection, ingestion, transfusion, implantation or transplantation. The compositions described in the present invention can be administered to a patient subcutaneously, intradermally, intratumorally, intracranially, intranodally, intramedullary, intramuscularly, by intravenous or intralymphatic injection, or intraperitoneally. In one embodiment, the cellular compositions of the invention are preferably administered by intravenous injection.
В некоторых вариантах осуществления, лечение можно вводить пациентам, подвергаемым лимфоистощающей схеме. Истощение иммунных регуляторных элементов цитотоксическими агентами или облучением всего тела может усиливать противоопухолевую активность CAR и CAR-T клеток согласно настоящему изобретению. Например, цитотоксический агент в лимфоистощающей схеме включает, но не ограничиваясь только ими, флударабин, циклофосфамид, и/или алемтузумаб.In some embodiments, the treatment may be administered to patients undergoing a lymphatic depletion regimen. Depletion of immune regulatory elements by cytotoxic agents or whole body irradiation may enhance the antitumor activity of the CAR and CAR-T cells of the present invention. For example, a cytotoxic agent in a lymphatic depletion regimen includes, but is not limited to, fludarabine, cyclophosphamide, and/or alemtuzumab.
В некоторых вариантах осуществления введение клеток или популяции клеток может включать введение, например, от приблизительно 104 до приблизительно 109 клеток на кг веса тела, включая все целые значения количества клеток в пределах этих интервалов. В некоторых вариантах осуществления введение клеток или популяции клеток может включая введение от приблизительно 105 до 106 клеток на кг веса тела, включая все целые значения количества клеток в пределах этих интервалов. Клетки или популяции клеток можно вводить в одной или нескольких дозах. В некоторых вариантах осуществления, указанное эффективное количество клеток может вводить в виде однократной дозы. В некоторых вариантах осуществления, указанное эффективное количество клеток может вводиться в виде более чем одной дозы в течение периода времени. Регулирование момента введения находится в компетенции лечащего врача и зависит от клинического состояния пациента. Клетки или популяцию клеток можно получать из любого источника, такого как банк крови или донор. Поскольку индивидуальные потребности отличаются, то определение оптимальных диапазонов эффективных количеств данного типа клеток для конкретного заболевания или состояния находится в компетенции квалифицированного специалиста в данной области техники. Эффективное количество обозначает количество, которое обеспечивает терапевтическое или профилактическое преимущество. Вводимая доза будет зависеть от возраста, здоровья и веса реципиента, вида сопутствующего лечения, если оно присутствует, частоты лечения и природы желательного эффекта. В некоторых вариантах осуществления, эффективное количество клеток или композиции, содержащее эти клетки, вводят парентерально. В некоторых вариантах осуществления, введение можно осуществлять путем внутривенного введения. В некоторых вариантах осуществления, введение может осуществлять путем прямой инъекции в опухоль.In some embodiments, administration of cells or population of cells may include administration of, for example, about 10 4 to about 10 9 cells per kg of body weight, including all integer cell numbers within these ranges. In some embodiments, administration of cells or population of cells may include administration of from about 105 to 106 cells per kg of body weight, including all integer cell counts within these ranges. Cells or populations of cells can be administered in one or more doses. In some embodiments, said effective number of cells may be administered as a single dose. In some embodiments, said effective number of cells may be administered in more than one dose over a period of time. Regulation of the moment of administration is within the competence of the attending physician and depends on the clinical condition of the patient. The cells or population of cells can be obtained from any source, such as a blood bank or donor. Since individual needs differ, determining the optimal ranges of effective amounts of a given cell type for a particular disease or condition is within the skill of one skilled in the art. An effective amount means an amount that provides a therapeutic or prophylactic benefit. The dose administered will depend on the age, health and weight of the recipient, the type of concomitant treatment, if any, the frequency of treatment and the nature of the desired effect. In some embodiments, an effective amount of cells or a composition containing these cells is administered parenterally. In some embodiments, administration may be via intravenous administration. In some embodiments, administration may be by direct injection into the tumor.
НаборыSets
Изобретение также обеспечивает наборы для применения в способах согласно настоящему изобретению. Наборы согласно изобретению включают один или несколько контейнеров, содержащих поли- 51 044329 нуклеотид, кодирующий EGFRvIII специфический CAR, или сконструированную иммунную клетку, содержащую полинуклеотид, кодирующий EGFRvIII специфический CAR, как описано в настоящем изобретении, и инструкции для применения в соответствии с любым из способов согласно изобретению, описанными в настоящем изобретении. В целом, эти инструкции содержат описание по введению сконструированной иммунной клетки для вышеописанных терапевтических лечений.The invention also provides kits for use in the methods of the present invention. The kits of the invention include one or more containers containing a polynucleotide encoding an EGFRvIII specific CAR, or an engineered immune cell containing a polynucleotide encoding an EGFRvIII specific CAR, as described in the present invention, and instructions for use in accordance with any of the methods according to the invention described in the present invention. In general, these instructions describe the administration of an engineered immune cell for the above-described therapeutic treatments.
Инструкции относительно применения сконструированных иммунных клеток, как описано в настоящем изобретении, обычно включат информацию относительно дозировки, схемы дозирования и пути введения для предназначенного лечения. Контейнеры могут представлять собой единичные дозы, россыпные упаковки (например, многодозовые упаковки) или субъединичные дозы. Инструкции, поставляемые в наборах согласно изобретению, обычно представляют собой письменные инструкции на метке или листке-вкладыше (например, листе бумаги, включенном в набор), но также приемлемыми машиннораспознаваемые инструкции (например, инструкции, находящиеся на магнитном или оптическом запоминающем диске).Instructions regarding the use of engineered immune cells as described in the present invention will typically include information regarding the dosage, dosage regimen, and route of administration for the intended treatment. Containers may be unit doses, bulk packages (eg, multi-dose packages), or subunit doses. The instructions provided in the kits of the invention are typically written instructions on a label or insert (eg, a piece of paper included in the kit), but machine readable instructions (eg, instructions located on a magnetic or optical storage disk) are also acceptable.
Наборы согласно настоящему изобретению находятся в подходящих упаковках. Подходящие упаковки включают, но не ограничиваясь только ими, флаконы, бутылки, сосуды, гибкие упаковки (например, запечатанные майларовые или полиэтиленовые пакеты), и другие. Также охватываются упаковки для применения в комбинации со специфическим устройством, таким как ингалятор, устройство для назального введения (например, распылитель) или инфузионное устройство, такое как мининасос. Набор может иметь стерильный порт доступа (например, контейнер может представлять собой пакет с внутривенным раствором или флакон, имеющий пробку, поддающуюся прокалыванию с помощью иглы для подкожной инъекции). Контейнер также может иметь стерильный порт доступа (например, контейнер может представлять собой пакет с внутривенным раствором или флакон, имеющий пробку, поддающуюся прокалыванию с помощью иглы для подкожной инъекции). По меньшей мере один активный агент в композиции представляет собой EGFRvIII антитело. Контейнер может дополнительно содержать второй фармацевтически активный агент.Kits according to the present invention are provided in suitable packages. Suitable packaging includes, but is not limited to, vials, bottles, containers, flexible packaging (eg, sealed Mylar or plastic bags), and others. Also covered are packages for use in combination with a specific device, such as an inhaler, a nasal administration device (eg, a nebulizer), or an infusion device such as a minipump. The kit may have a sterile access port (eg, the container may be an intravenous solution bag or a vial having a stopper that can be pierced with a hypodermic needle). The container may also have a sterile access port (eg, the container may be a bag of intravenous solution or a vial having a stopper that can be pierced with a hypodermic needle). At least one active agent in the composition is an EGFRvIII antibody. The container may further contain a second pharmaceutically active agent.
Наборы необязательно могут обеспечивать дополнительные компоненты, такие как буферы и интерпретируемую информацию. Обычно, набор содержит контейнер и метку или листы(ы)-вкладыш(и) на или связанные с контейнером.Sets may optionally provide additional components such as buffers and interpretable information. Typically, the kit contains a container and a label or sheet(s) insert(s) on or associated with the container.
Включенным в качестве ссылки в настоящую заявку для всех целей является содержимое предварительных заявок на патент США №№ 62/281,533 (поданной 21 января 2016 г.) и 62/431,758 (поданной 8 декабря 2016 г.).Incorporated by reference in this application for all purposes is the contents of U.S. Provisional Patent Application Nos. 62/281,533 (filed Jan. 21, 2016) and 62/431,758 (filed Dec. 8, 2016).
Биологическое депонированиеBiological deposition
Репрезентативные материалы согласно настоящему изобретению были задепонированы в Американской коллекции типовых культур, 10801 University Boulevard, Manassas, Va. 20110-2209, USA, в . Вектор___имеющий номер доступа АТСС №.____представляет собой полинуклеотид, кодирующий ____вариабельную область легкой цепи, и вектор___имеющий номер доступа АТСС №. представляет собой полинуклеотид, кодирующий____вариабельную область тяжелой цепи. Депонирования были осуществлены в соответствии с требованиями Будапештского договора о международном признании депонирования микроорганизмов для целей патентной процедуры и подзаконными актами (Будапештский договор). Это обеспечивает поддержание жизнеспособной культуры депозита в течение 30 лет от даты депонирования. Депозит будет представлен согласно АТСС на условиях Будапештского договора, и по согласованию между Pfizer, Inc. и АТСС, что гарантирует постоянную и неограниченную доступность потомства культуры депозита неограниченному кругу лиц при выдаче надлежащего патента США или при изложении неограниченному кругу лиц любой патентной заявки США или другой страны, в зависимости от того, что наступит раньше, и гарантирует доступность потомства специалисту, как определено согласно установленным правилам Руководителем патентного ведомства США по патентам и торговым маркам, имеющим полномочиям для этого, в соответствии с 35 U.S.C. § 122 и официальным правилам в соответствии с этим (включая 37 C.F.R. § 1.14 с особенной ссылкой на 886 OG 638).Representative materials of the present invention have been deposited with the American Type Culture Collection, 10801 University Boulevard, Manassas, Va. 20110-2209, USA, in . A vector___having an ATCC accession number.____is a polynucleotide encoding a ____light chain variable region, and a vector___having an ATCC accession number no. is a polynucleotide encoding the _____ variable region of the heavy chain. The deposits were made in accordance with the requirements of the Budapest Treaty on the International Recognition of the Deposit of Microorganisms for the Purposes of Patent Procedure and its secondary legislation (Budapest Treaty). This ensures that a viable deposit culture is maintained for 30 years from the date of deposit. The deposit will be submitted in accordance with the ATCC under the terms of the Budapest Treaty, and as agreed by Pfizer, Inc. and ATCC, which guarantees the continued and unrestricted availability of the progeny of the deposit culture to an unlimited number of persons upon the issuance of an appropriate U.S. patent or upon the presentation to an unlimited number of persons of any patent application of the United States or another country, whichever occurs first, and guarantees the availability of the progeny to a specialist, as determined as prescribed by the Office of the United States Patent and Trademark Office, having authority thereto, pursuant to 35 U.S.C. § 122 and official rules thereunder (including 37 C.F.R. § 1.14 with particular reference to 886 OG 638).
Заявители настоящей заявки соглашаются, что если культура материалов при депонировании погибнет или будет потеряна или раструшена при культивировании в подходящих условиях, то материалы будут безотлагательно заменены по уведомлению на другие такие же. Доступность задепонированного материала не должна интерпретироваться как лицензия на реализацию изобретению в нарушение прав, гарантированных на основании любого правительства в соответствии с его патентным законодательством.The applicants of this application agree that if the culture of materials during deposit dies or is lost or destroyed during cultivation under suitable conditions, then the materials will be promptly replaced upon notification with others of the same kind. The availability of material deposited shall not be construed as a license to carry out the invention in violation of the rights guaranteed under any government under its patent laws.
Последующие примеры представлены только с целью иллюстрации и не предназначены для ограничения объема изобретения каким-либо образом. Более этого, различные модификации согласно изобретению дополнительно к тем, которые представлены и описаны в настоящем изобретении, будут понятными для квалифицированного специалиста в данной области техники на основании вышеприведенного описания и они охватываются объемом пунктов приложенной формулы изобретения.The following examples are presented for purposes of illustration only and are not intended to limit the scope of the invention in any way. Moreover, various modifications according to the invention in addition to those presented and described in the present invention will be apparent to one skilled in the art based on the foregoing description and are covered by the scope of the appended claims.
ПримерыExamples
Пример 1. Определение аффинности для рекомбинантного Ahtu-EGFRvIII мышиногочеловеческого химерного антитела и гуманизированных антител.Example 1 Affinity determination for recombinant Ahtu-EGFRvIII mouse-human chimeric antibody and humanized antibodies.
В этом примере определяли аффинность химерных и гуманизированных анти-EGFRvШ антителIn this example, the affinity of chimeric and humanized anti-EGFRvIII antibodies was determined
- 52 044329 при 25°C и 37°C.- 52 044329 at 25°C and 37°C.
Ahtu-EGFRvIII мышиное (m) антитело, m62G7, созданное из гибридом, секвенировали и субклонировали в подходящих векторах для экспрессии в качестве мышиных-человеческих химерных антител. CDR мышиного антитела m62G7 прививали на человеческий каркас и экспрессировали в виде человеческого IgG1 рекомбинантного антитела, h62G7. Варианты аффинности h62G7 получали путем введения мутаций в CDR тяжелых и легких цепей. Аффинности рекомбинантного анти-EGFRvШ химерного антитела m62G7 и гуманизированных h62G7 антител измеряли на биосенсоре Biacore™ T200 поверхностного плазмонного резонанса, оборудованного сенсорным чипом СМ4 высокой чистоты, соединенным с античеловеческим Fc (GE Healthcare Inc., Piscataway, NJ). Затем анти-EGFRvIII антитела захватывали античеловеческим Fc. После этого мономерный 8-гистидин меченный humEGFRvIII внеклеточный домен инъецировали в качестве аналита в сериях десятикратных разведений с максимальной концентрацией при 1000 нМ. Аффинность анти-EGFRvIII антител к humEGFRvIII измеряли при обеих температурах 25°C и 37°C (табл. 6). Ни одно из этих антител не проявило обнаруживаемого связывания с 1000 нМ 8-гистидин меченным рекомбинантным белком дикого типа EGFRwt в аналогичных условиях исследования.Ahtu-EGFRvIII mouse (m) antibody, m62G7, generated from hybridomas, was sequenced and subcloned into suitable vectors for expression as mouse-human chimeric antibodies. The murine m62G7 antibody CDR was grafted onto a human scaffold and expressed as a human IgG1 recombinant antibody, h62G7. Affinity variants of h62G7 were generated by introducing mutations into the CDRs of the heavy and light chains. The affinities of the recombinant anti-EGFRvIII chimeric antibody m62G7 and humanized h62G7 antibodies were measured on a Biacore™ T200 surface plasmon resonance biosensor equipped with a high purity CM4 sensor chip coupled to anti-human Fc (GE Healthcare Inc., Piscataway, NJ). Anti-EGFRvIII antibodies were then captured by anti-human Fc. Monomeric 8-histidine tagged humEGFRvIII extracellular domain was then injected as the analyte in a tenfold dilution series with a maximum concentration at 1000 nM. The affinity of anti-EGFRvIII antibodies for humEGFRvIII was measured at both temperatures of 25°C and 37°C (Table 6). None of these antibodies showed detectable binding to 1000 nM 8-histidine tagged recombinant wild-type EGFRwt protein under similar assay conditions.
В табл. 6, описаны варианты со ссылкой h62G7 на вариации тяжелой цепи, затем вариации легкой цепи. Например, клон антитела h62G7-EQ/L6 относится к h62G7 клону, содержащему EQ вариацию в тяжелой цепи (также обозначается в настоящем изобретении как h62G7-EQ) и L6 вариацию в легкой цепи (также обозначается в настоящем изобретении как h62G7-L6). Эти аминокислотные последовательности тяжелой цепи и легкой цепи представлены в табл. 2. Также, в настоящем изобретении, h62G7 вариант может обозначаться либо с вариантом тяжелой цепи или легкой цепи, написанным первым - таким образом, например, h62G7-EQ/L6 и h62G7-L6/EQ оба относятся к антителу, которое содержит h62G7-EQ тяжелую цепь и h62G7-L6 легкую цепь.In table 6, variations are described with reference h62G7 to heavy chain variations, then light chain variations. For example, the antibody clone h62G7-EQ/L6 refers to the h62G7 clone containing the EQ variation in the heavy chain (also referred to herein as h62G7-EQ) and the L6 variation in the light chain (also referred to herein as h62G7-L6). These heavy chain and light chain amino acid sequences are presented in Table. 2. Also, in the present invention, the h62G7 variant may be referred to with either the heavy chain or light chain variant written first - thus, for example, h62G7-EQ/L6 and h62G7-L6/EQ both refer to an antibody that contains h62G7-EQ heavy chain and h62G7-L6 light chain.
Таблица 6Table 6
Пример 2. Определение аффинности для человеческих Анти-EGFRvIII Антител.Example 2 Affinity Determination for Human Anti-EGFRvIII Antibodies.
В этом примере определяли аффинность различных человеческих анти-EGFRvIII антител при 37°C.In this example, the affinity of various human anti-EGFRvIII antibodies was determined at 37°C.
Для создания человеческих антител к EGFRvIII, трансгенных мышей AlivaMab (Ablexis LLC, San Francisco, CA) иммунизировали по чередующейся схеме с помощью фиксированной параформальдегидом глиобластомной клеточной линии крыс, экспрессирующей EGFRvIII, F98-npEGFRvIII (Американская коллекция типовых культур, Manassas, VA) и пептиды (SEQ ID NO: 227: CGSGSGLEEKKGNYVVTDH), направленные на стыковочный участок в EGFRvIII. Гибридомы получали, используя стандартные техники. Для определения аффинности связывания и специфичности этих гибридом к EGFRvIII, антитела в культуральных супернатантах захватывали с помощью анти-мышиного Fc, используя Biacore™ T200 биосенсор, оборудованный СМ4 сенсорными чипами, связанными с антимышиным Fc (Biacore™ AB, Uppsala, Sweden - сейчас GE Healthcare). Затем мономерный 8-гистидин меченный humEGFRvIII внеклеточный домен инъецировали в качестве аналита в сериях десятикратных разведений с максимальной концентрацией при 1000 нМ. Аффинность анти-EGFRvIII антител к humEGFRvIII измеряли при 37°C (табл. 7). Ни одно из этих гибридомных антител не проявило обнаруживаемого связывания с 1000 нМ 8-гистидин меченным рекомбинантным белком дикого типа EGFRwt в аналогичных условиях исследования.To generate human antibodies to EGFRvIII, AlivaMab transgenic mice (Ablexis LLC, San Francisco, CA) were immunized in an alternating schedule with a paraformaldehyde-fixed rat glioblastoma cell line expressing EGFRvIII, F98-npEGFRvIII (American Type Culture Collection, Manassas, VA) and peptides (SEQ ID NO: 227: CGSGSGLEEKKGNYVVTDH) directed to the docking region in EGFRvIII. Hybridomas were prepared using standard techniques. To determine the binding affinity and specificity of these hybridomas for EGFRvIII, antibodies in culture supernatants were captured with anti-mouse Fc using a Biacore™ T200 biosensor equipped with CM4 sensor chips coupled to anti-mouse Fc (Biacore™ AB, Uppsala, Sweden - now GE Healthcare ). Monomeric 8-histidine tagged humEGFRvIII extracellular domain was then injected as the analyte in a tenfold dilution series with a maximum concentration at 1000 nM. The affinity of anti-EGFRvIII antibodies to humEGFRvIII was measured at 37°C (Table 7). None of these hybridoma antibodies showed detectable binding to 1000 nM 8-histidine tagged recombinant wild-type EGFRwt protein under similar assay conditions.
Таблица 7Table 7
- 53 044329- 53 044329
Пример 3. Специфичность связывания Ahtu-EGFRvIII Антител к клеточным линиям, экспрессирующим EGFRvIII, с помощью проточной цитометрии.Example 3 Binding Specificity of Ahtu-EGFRvIII Antibodies to Cell Lines Expressing EGFRvIII by Flow Cytometry.
В этом примере продемонстрировано клеточную специфичность связывания анти-EGFRvIII антител к клеткам, экспрессирующим EGFRvIII.This example demonstrates the cell specificity of binding of anti-EGFRvIII antibodies to cells expressing EGFRvIII.
Для оценки клеточной специфичности связывания анти-EGFRvШ антител, полученных от AlivaMab мышей, использовали три изогенные крысиные глиобластомные клеточные линии и клеточную линию рака человека: F98 (не экспрессирует любой формы humEGFR), F98-EGFRwt (экспрессирует EGFR дикого типа), F98-npEGFRvIII (экспрессирует EGFRvIII) и А431 (клеточная линия эпидермоидной карциномы со свех-экспрессией EGFR дикого типа), все получены от Американской коллекции типовых культур (Manassas, VA). Для окрашивания клеток, 500 тыс. клеток инкубировали с 50 мкл гибридомных супернатантов в течение 45 мин при 4°C, промывали буфером для связывания (PBS (Фосфатно-солевой буферный раствор) + 0,5% BSA (Бычий сывороточный альбумин)), с последующим инкубированием с FITCконьюгированым козьим анти-мышиным Fc специфическим антителом от Jackson ImmunoResearch Laboratories (West Grove, PA). В табл. 8A и 8В представленные средние значения интенсивностей флуоресценции (MFI) EGFRvIII антител (за исключением клона 20G5) на EGFRvIII экспрессирующей клеточной линией были по меньшей мере в 10 раз выше, чем на не-экспрессирующих клеточных линиях. На фиг. 1А, фиг. 1В, и фиг. 1С представлены примеры FACS гистограмм связывания трех EGFRvIII специфических клонов, которые были клонировали и экспрессированы в качестве рекомбинантных человеческих IgG1 антител, 42G9 (фиг. 1А), 32А10 (фиг. 1В) и 32G8 (фиг. 1С), к трем F98 клеточным линиям.To evaluate the cellular binding specificity of anti-EGFRvIII antibodies derived from AlivaMab mice, three isogenic rat glioblastoma cell lines and a human cancer cell line were used: F98 (does not express any form of humEGFR), F98-EGFRwt (expresses wild-type EGFR), F98-npEGFRvIII (expressing EGFRvIII) and A431 (an epidermoid carcinoma cell line overexpressing wild-type EGFR), all obtained from the American Type Culture Collection (Manassas, VA). For cell staining, 500 thousand cells were incubated with 50 μl of hybridoma supernatants for 45 min at 4°C, washed with binding buffer (PBS + 0.5% BSA), with followed by incubation with FITC-conjugated goat anti-mouse Fc specific antibody from Jackson ImmunoResearch Laboratories (West Grove, PA). In table 8A and 8B, the mean fluorescence intensities (MFIs) of EGFRvIII antibodies (excluding clone 20G5) on the EGFRvIII expressing cell line were at least 10-fold higher than on non-expressing cell lines. In fig. 1A, fig. 1B, and FIG. 1C shows examples of FACS binding histograms of three EGFRvIII specific clones that were cloned and expressed as recombinant human IgG1 antibodies, 42G9 (Fig. 1A), 32A10 (Fig. 1B) and 32G8 (Fig. 1C), to three F98 cell lines.
Таблица 8АTable 8A
- 54 044329- 54 044329
Таблица 8ВTable 8B
Эти результаты демонстрируют специфичность связывания анти-EGFRvni антител к клеткам, которые экспрессируют EGFRvIII.These results demonstrate the binding specificity of anti-EGFRvni antibodies to cells that express EGFRvIII.
Пример 4. Определение аффинности для Полностью человеческих Анти-EGFRvIII Антител из Фаговой библиотеки.Example 4 Affinity Determination of Fully Human Anti-EGFRvIII Antibodies from a Phage Library.
В этом примере определяли аффинность различных человеческих анти-EGFRvIII антител при 25°C.In this example, the affinity of various human anti-EGFRvIII antibodies was determined at 25°C.
Человеческие анти-EGFRvIII антитела секвенировали и субклонировали в подходящих векторах для экспрессии в качестве рекомбинатных человеческих IgG1 антител. Аффинности антител измеряли при 25°C (табл. 9) на Biacore™ Т200 биосенсоре поверхностного плазмонного резонанса, оборудованном СМ4 сенсорным чипом, связанным с анти-человеческим Fc (GE Healthcare Inc., Piscataway, NJ). АнтиEGFRvIII антитела захватывали с помощью античеловеческого Fc. Затем мономерный 8-гистидин меченный humEGFRvIII внеклеточный домен инъецировали в качестве аналита при 10-кратных серийных разведениях, начиная при 1000 нМ. Из двух антител, только С6 проявило очень слабое, но обнаруживаемое связывание с 1000 нМ 8-гистидин меченным рекомбинантным белком дикого типа EGFRwt при 25°C.Human anti-EGFRvIII antibodies were sequenced and subcloned into suitable vectors for expression as recombinant human IgG1 antibodies. Antibody affinities were measured at 25°C (Table 9) on a Biacore™ T200 surface plasmon resonance biosensor equipped with a CM4 anti-human Fc sensor chip (GE Healthcare Inc., Piscataway, NJ). Anti-EGFRvIII antibodies were captured using anti-human Fc. Monomeric 8-histidine tagged humEGFRvIII extracellular domain was then injected as the analyte in 10-fold serial dilutions starting at 1000 nM. Of the two antibodies, only C6 showed very weak but detectable binding to 1000 nM 8-histidine tagged recombinant wild-type EGFRwt protein at 25°C.
Таблица 9Table 9
Пример 5. Определение аффинности для рекомбинатных Одноцепочечных Fv форматированных Анти-EGFRvIII Антител.Example 5: Affinity Determination for Recombinant Single Chain Fv Formatted Anti-EGFRvIII Antibodies.
В этом примере определяли аффинность различных рекомбинантных одноцепочечных Fv форматированных анти-EGFRvIII антител при 37°C.In this example, the affinity of various recombinant single chain Fv formatted anti-EGFRvIII antibodies was determined at 37°C.
Для превращения обычного антитела в одноцепочечный Fv (scFv) фрагмент, вариабельный домен тяжелой цепи и вариабельный домен легкой цепи соединяли вместе с помощью (GGGGS)4 (SEQ ID NO: 202) линкера. Затем scFv фрагмент сливали с IgG1 Fc компонентом человека для облегчения рекомбинантной экспрессии и очистки. Аффинности scFv-Fc слитых белков измеряли при 37°C на Biacore™ T200 биосенсоре поверхностного плазмонного резонанса, оборудованном СМ4 сенсорным чипом, связанным с античеловеческим Fc (GE Healthcare Inc., Piscataway, NJ) как описано выше. scFv-Fc белки захватывали с помощью анти-человеческого Fc. Затем мономерный 8-гистидин меченный humEGFRvIII внеклеточный домен инъецировали в качестве аналита при 10-кратных серийных разведениях, начиная при 1000 нМ. В табл. 10 показано, что scFv переформатированные слитые белки сохраняют связывание с EGFRvIII и что аффинности scFv-Fc белков в обеих HL (с вариабельным доменом тяжелой цепи на N-конце) и LH (с вариабельным доменом легкой цепи на N-конце) ориентациях были сравнимыми с их соответствующими частями обычного антитела, перечисленными в табл. 6, 7 и 9. Эти scFv-Fc белки также тестировали для определения связывания с 1000 нМ 8-гистидин меченным рекомбинантным белком дикого типа EGFRwt при 25°C, но ни один из них не проявил существенного связывания.To convert a conventional antibody into a single chain Fv (scFv) fragment, the heavy chain variable domain and the light chain variable domain were joined together using a (GGGGS)4 (SEQ ID NO: 202) linker. The scFv fragment was then fused to the human IgG1 Fc component to facilitate recombinant expression and purification. The affinities of the scFv-Fc fusion proteins were measured at 37°C on a Biacore™ T200 surface plasmon resonance biosensor equipped with a CM4 anti-human Fc sensor chip (GE Healthcare Inc., Piscataway, NJ) as described above. scFv-Fc proteins were captured using anti-human Fc. Monomeric 8-histidine tagged humEGFRvIII extracellular domain was then injected as the analyte in 10-fold serial dilutions starting at 1000 nM. In table 10 shows that the scFv reformatted fusion proteins retained binding to EGFRvIII and that the affinities of the scFv-Fc proteins in both HL (heavy chain variable domain at the N-terminus) and LH (light chain variable domain at the N-terminus) orientations were comparable to their corresponding parts of a conventional antibody, listed in table. 6, 7 and 9. These scFv-Fc proteins were also tested for binding to 1000 nM 8-histidine tagged recombinant wild-type EGFRwt protein at 25°C, but none showed significant binding.
- 55 044329- 55 044329
Таблица 10Table 10
Пример 6. Получение и обнаружение Т клеток с EGFRvIII специфическим химерным антигенным рецептором (CAR).Example 6. Production and detection of T cells with EGFRvIII specific chimeric antigen receptor (CAR).
В этом примере определяли экспрессию и специфичность связывания антигена EGFRvIII специфическими CAR Т клетками.In this example, the expression and binding specificity of EGFRvIII antigen by specific CAR T cells was determined.
РВМС от здоровых доноров, получаемые от AllCells (Alameda, СА), размораживали в соответствии с указаниями производителя и культивировали в течение ночи в X-Vivo™-15 среде (Lonza, Walkersville, MD), дополненной 5% сывороткой крови человека. Т клетки активировали в течение 3 дней в X-Vivo™15 среде (Lonza), дополненной 20 нг/мл IL-2 человека, 5% сывороткой крови человека, и Dynabeads Human Т активатором CD3/CD28 при соотношении частицы: клетки 1:1 (Life Technologies, Carlsbad, СА). Затем Т клетки трансдуцировали с помощью бицистронного лентивирусного вектора, в который заякоринена BFP-T2A-EGFRvIII специфическая CAR экспрессионная кассета под контролем EFla промотора при множественности заражения (MOI) 5. В этом конструкте, EGFRvIII специфический CAR совместно экспрессировались с BFP (синий флуоресцентный белок), для облегчения обнаружения EGFRvIII специфических CAR. EGFRvIII специфические CAR содержали VH и VL последовательности различных антиEGRRvIII клонов (h62G7-L6/EQ, 14С11, 20В9, 32А10, 42G9, С6, 20Е12, 26В9, 30D8, и 32G8; описанные в другом месте в настоящем изобретении). CAR Т клетки поддерживали в культуре вплоть до 14 дней после трансдукции. Процент клеток, экспрессирующих EGFRvIII специфические CAR, мониторили в динамике (в день 4, 9, и 14 после лентивирусной трансдукции первичных Т клеток) путем проточной цитометрии, используя BFP (синий флуоресцентный белок) для обнаружения (фиг. 2А) (определенные путем процента BFP положительных жизнеспособных клеток).PBMCs from healthy donors obtained from AllCells (Alameda, CA) were thawed according to the manufacturer's instructions and cultured overnight in X-Vivo™-15 medium (Lonza, Walkersville, MD) supplemented with 5% human serum. T cells were activated for 3 days in X-Vivo™15 medium (Lonza) supplemented with 20 ng/ml human IL-2, 5% human serum, and Dynabeads Human CD3/CD28 T activator at a particle:cell ratio of 1:1 (Life Technologies, Carlsbad, CA). T cells were then transduced with a bicistronic lentiviral vector into which the BFP-T2A-EGFRvIII specific CAR expression cassette was anchored under the control of the EFla promoter at a multiplicity of infection (MOI) of 5. In this construct, the EGFRvIII specific CAR was co-expressed with BFP (blue fluorescent protein) , to facilitate the detection of EGFRvIII specific CARs. The EGFRvIII specific CARs contained the VH and VL sequences of various anti-EGRRvIII clones (h62G7-L6/EQ, 14C11, 20B9, 32A10, 42G9, C6, 20E12, 26B9, 30D8, and 32G8; described elsewhere in the present invention). CAR T cells were maintained in culture until 14 days after transduction. The percentage of cells expressing EGFRvIII specific CARs was monitored over time (at days 4, 9, and 14 after lentiviral transduction of primary T cells) by flow cytometry using BFP (blue fluorescent protein) for detection (Fig. 2A) (determined by percentage of BFP positive viable cells).
Для определения целевой специфичности связывания CAR, рекомбинантные белки EGFRvIIImFc и EGFR-mFc, которые содержат внеклеточный домен либо humEGFRvIII или EGFR человека дикого типа, соответственно, слитый с мышиным IgGl-Fc доменом, продуцировали в НЕК293 клетках. Целевую специфичность связывания определяли путем инкубирования различных EGFRvIII специфических CAR Т клеток либо с EGFRvIII-mFc или EGFR-mFc белком, затем с помощью РЕмеченного козьего анти-мышиного Fc вторичного антитела (Jackson ImmunoResearch) и анализировали с помощью проточной цитометрии в День 4 после трансдукции Т клеток векторами, кодирующими CAR, содержащие различные EGFRvIII специфические клоны (h62G7-L6/EQ, 14С11, 20В9, 32А10, 42G9, С6, 20Е12, 26В9, 30D8, и 32G8). Как показано на Фиг. 2В, CAR Т клетки, содержащие VH и VL последовательности клонов h62G7-L6/EQ, 14С11, 20В9, 32А10, 42G9, 20Е12, 26В9, и 30D8 связываются с EGFRvIII-mFc, но существенно не связываются с EGFR-mFc. В День 14 после трансдукции, определяли корреляцию CAR экспрессии, как обнаружено с помощью BFP, в клетках и связывание рекомбинантного EGFRvIII-mFc клетками. Репрезентативный набор данных представлен на фиг. 2С, на которой показана экспрессия CAR, содержащих десять различных EGFRvIII специфических клонов (h62G7-L6/EQ, 14С11, 20В9, 32А10, 42G9, С6, 20Е12, 26В9, 30D8, и 32G8) в CAR Т клетках в День 14 после трансдукции, как определено с помощью BFP обнаружения в клетках и связывания клетками рекомбинантного EGFRvIII-mFc.To determine the target binding specificity of CAR, recombinant proteins EGFRvIIImFc and EGFR-mFc, which contain the extracellular domain of either humEGFRvIII or wild-type human EGFR, respectively, fused to the mouse IgGl-Fc domain, were produced in HEK293 cells. Target binding specificity was determined by incubating various EGFRvIII specific CAR T cells with either EGFRvIII-mFc or EGFR-mFc protein, then using a PE-labeled goat anti-mouse Fc secondary antibody (Jackson ImmunoResearch) and analyzed by flow cytometry on Day 4 post-T transduction cells with vectors encoding CARs containing various EGFRvIII specific clones (h62G7-L6/EQ, 14C11, 20B9, 32A10, 42G9, C6, 20E12, 26B9, 30D8, and 32G8). As shown in FIG. 2B, CAR T cells containing VH and VL sequences of clones h62G7-L6/EQ, 14C11, 20B9, 32A10, 42G9, 20E12, 26B9, and 30D8 bind to EGFRvIII-mFc, but do not significantly bind to EGFR-mFc. At Day 14 post-transduction, the correlation of CAR expression, as detected by BFP, in cells and the binding of recombinant EGFRvIII-mFc to cells was determined. A representative data set is shown in FIG. 2C, which shows the expression of CARs containing ten different EGFRvIII specific clones (h62G7-L6/EQ, 14C11, 20B9, 32A10, 42G9, C6, 20E12, 26B9, 30D8, and 32G8) in CAR T cells at Day 14 post-transduction. as determined by BFP detection in cells and cell binding of recombinant EGFRvIII-mFc.
Эти результаты свидетельствуют о том, что CAR Т клетки, содержащие CAR, включающие VH и VL последовательности клонов h62G7-L6/EQ, 14С11, 20В9, 32А10, 42G9, 20Е12, 26В9, и 30D8, связываются с EGFRvIII-mFc, но существенно не связываются с EGFR-mFc.These results indicate that CAR T cells containing CARs including the VH and VL sequences of clones h62G7-L6/EQ, 14C11, 20B9, 32A10, 42G9, 20E12, 26B9, and 30D8 bind to EGFRvIII-mFc, but do not significantly bind to EGFR-mFc.
-56044329-56044329
Пример 7. Целевое зависимое и независимое дегранулирование EGFRvIII специфических CAR T клеток.Example 7 Target-dependent and -independent degranulation of EGFRvIII specific CAR T cells.
В этом примере определяли дегранулирующую активность EGFRvIII специфических CAR T клеток в присутствии и отсутствии целевой экспрессии злокачественных клеточных линий.In this example, the degranulation activity of EGFRvIII specific CAR T cells was determined in the presence and absence of targeted expression of malignant cell lines.
Пять клеточных линий использовали для оценки дегранулирующей активности CAR T клеток. Клеточную линию рака легких человека NCI-H522 и глиобластомную клеточную линию U87MG получали от Американской коллекции типовых культур (Manassas, VA) и культивировали в RPMI 1640 среде, дополненной 10% инактивированной нагреванием фетальной бычьей сывороткой (Mediatech Inc., Manassas, VA). Поскольку большинство злокачественных клеточных линий не экспрессируют EGFRvIII, NCI-H522 (которая не экспрессирует обнаруживаемый уровень EGFR дикого типа или EGFRvIII) трансдуцировали лентивирусным вектором, кодирующим полноразмерный EGFRvIII ген (SEQ ID NO: 201) для получения NCI-H522-EGFRvIII, которая экспрессирует низкий уровень EGFRvIII. Для создания изогенных глиобластомных человеческих клеточных линий, которые экспрессируют различные EGFR белки, эндогенный ген EGFR дикого типа U87MG сначала отключали для создания EGFR-нулевой клеточной линии U87KO. Затем U87-KO клетки трансдуцировали лентивирусным вектором, кодирующим полноразмерный ген EGFR дикого типа (номер доступа NP_005219), для получения клеточной линии, сверхэкспрессирующей EGFR, U87-KO-EGFRwt. Подобным образом, U87-KO-EGFRvIII (которая свырхэкспрессирует EGFRvIII), получали из U87-KO путем лентивирусной трансдукции с помощью вектора, кодирующего полноразмерный ген EGFRvIII (SEQ ID NO: 201).Five cell lines were used to evaluate the degranulation activity of CAR T cells. The human lung cancer cell line NCI-H522 and the glioblastoma cell line U87MG were obtained from the American Type Culture Collection (Manassas, VA) and cultured in RPMI 1640 medium supplemented with 10% heat-inactivated fetal bovine serum (Mediatech Inc., Manassas, VA). Because most malignant cell lines do not express EGFRvIII, NCI-H522 (which does not express detectable levels of wild-type EGFR or EGFRvIII) was transduced with a lentiviral vector encoding the full-length EGFRvIII gene (SEQ ID NO: 201) to generate NCI-H522-EGFRvIII, which expresses low EGFRvIII level. To generate isogenic human glioblastoma cell lines that express various EGFR proteins, the endogenous wild-type EGFR gene U87MG was first knocked out to create the EGFR-null U87KO cell line. U87-KO cells were then transduced with a lentiviral vector encoding the full-length wild-type EGFR gene (accession number NP_005219) to generate an EGFR-overexpressing cell line, U87-KO-EGFRwt. Similarly, U87-KO-EGFRvIII (which overexpresses EGFRvIII) was generated from U87-KO by lentiviral transduction using a vector encoding the full-length EGFRvIII gene (SEQ ID NO: 201).
Для анализа дегранулирования, 100 тыс. Т-клеток, экспрессирующих различные EGFRvIII специфические CAR (содержащие клоны h62G7-L6/EQ, 14С11, 20В9, 32А10, 42G9, С6, 20Е12, 26В9, 30D8, и 32G8) инкубировали в планшетах на 96 лунок вместе с равным количеством злокачественных клеток, экспрессирующих различные уровни EGFRvIII белка или EGFRwt белка. Совместные культуры поддерживали в конечном объеме 100 мкл X-Vivo™-15 среды (Lonza, Walkersville, MD) в течение 6 ч при 37°C с 5% СО2. CD107a окрашивание осуществляли при стимуляции клеток, путем добавления флуоресцентного анти-CD107а антитела (Miltenyi Biotec, San Diego, СА) в начала совместного культивирования, вместе с конечной концентрацией 1 мкг/мл анти-CD49d (BD Pharmingen, San Diego, CA), 1 мкг/мл анти-CD28 (Miltenyi Biotec), и 1x Monensin (eBioscience, San Diego, CA) раствора. После периода инкубирования 6 ч, клетки окрашивали с помощью восстановимого жизнеспособного красителя и конъюгированного с флуорохромом анти-CD8 антитела (Miltenyi Biotec) и анализировали путем проточной цитометрии. Дегранулирующую активность определяли в виде % жизнеспособных /CD8+/BFP+/CD107a+ клеток, и путем определения среднего сигнала интенсивности флуоресценции (MFI) для CD107а окрашивания для CD8+/BFP+ клеток. Исследования дегранулирования осуществляли в День 14 после CAR трансдукции. На фиг. 3 представлены результаты от двух РВМС доноров для каждого EGFRvIII специфического CAR. За исключением CAR T клеток, содержащих клоны С6 и 32G8, повышение дегранулирующей активности (больше CAR-T отдельно) наблюдали только в том случае, если EGFRvIII специфические CAR T клетки совместно культивировали с клеточными линиями, которые экспрессируют EGFRvIII, такими как NCIH522-EGFRvIII и U87-KO-EGFRvIII.For the degranulation assay, 100K T cells expressing various EGFRvIII specific CARs (containing clones h62G7-L6/EQ, 14C11, 20B9, 32A10, 42G9, C6, 20E12, 26B9, 30D8, and 32G8) were incubated in 96-well plates together with an equal number of malignant cells expressing varying levels of EGFRvIII protein or EGFRwt protein. Co-cultures were maintained in a final volume of 100 μl of X-Vivo™-15 medium (Lonza, Walkersville, MD) for 6 h at 37°C with 5% CO 2 . CD107a staining was performed upon cell stimulation by adding a fluorescent anti-CD107a antibody (Miltenyi Biotec, San Diego, CA) to the coculture start, along with a final concentration of 1 μg/ml anti-CD49d (BD Pharmingen, San Diego, CA), 1 μg/ml anti-CD28 (Miltenyi Biotec), and 1x Monensin (eBioscience, San Diego, CA) solution. After an incubation period of 6 h, cells were stained with reducible viable dye and fluorochrome-conjugated anti-CD8 antibody (Miltenyi Biotec) and analyzed by flow cytometry. Degranulation activity was determined as % viable /CD8+/BFP+/CD107a+ cells, and by determining the mean fluorescence intensity (MFI) signal for CD107a staining for CD8+/BFP+ cells. Degranulation studies were performed on Day 14 after CAR transduction. In fig. Figure 3 shows results from two donor PBMCs for each EGFRvIII specific CAR. With the exception of CAR T cells containing clones C6 and 32G8, increased degranulation activity (more CAR-T alone) was observed only when EGFRvIII specific CAR T cells were co-cultured with cell lines that express EGFRvIII, such as NCIH522-EGFRvIII and U87-KO-EGFRvIII.
Эти результаты свидетельствуют о том, что EGFRvIII специфические CAR Т клетки проявляют дегранулирующую активность в присутствии EGFRvIII-экспрессирующих опухолевых клеток, но не проявляют дегранулирующую активность в присутствии опухолевых клеток, которые не экспрессируют EGFRvIII.These results indicate that EGFRvIII specific CAR T cells exhibit degranulation activity in the presence of EGFRvIII-expressing tumor cells, but do not exhibit degranulation activity in the presence of tumor cells that do not express EGFRvIII.
Пример 8. Секреция гамма-интерферона (IFNy) EGFRvIII специфическими CAR Т клетками.Example 8. Secretion of interferon gamma (IFNy) EGFRvIII by specific CAR T cells.
В этом примере показано уровень IFNy секреции EGFRvIII специфических CAR T клеток при совместном культивировании EGFRvIII специфических CAR Т клеток с клеточными линиями, экспрессирующими целевой белок.This example shows the level of IFNy secretion of EGFRvIII specific CAR T cells when EGFRvIII specific CAR T cells are co-cultured with cell lines expressing the target protein.
EGFRvIII специфические CAR Т-клетки, экспрессирующие CAR, содержащие различные EGFRvIII специфические клоны (h62G7-L6/EQ, 14C11, 20В9, 32а1о, 42G9, С6, 20Е12, 26В9, 30D8, и 32G8) инкубировали в планшетах на 96 лунок (100 тыс. клеток/лунку), вместе с равным количеством клеток, экспрессирующих различные уровни EGFRvIII или EGFRwt белков (клетки NCI-H522, NCI-H522-EGFRvIII, U87-KO, U87-KO-EGFRwt, и U87-KO-EGFRvIII; каждые были описаны выше в Примере 7). Совместные культуры поддерживали в конечном объеме 100 мкл X-Vivo™-15 среды (Lonza) в течение 18 ч при 37°C с 5% CO2. После этого супернатант собирали и замораживали. IFNy в супернатанте измеряли с помощью Human IFN-gamma Quantikine ELISA Kit (R&D systems, Minneapolis, MN) в соответствии со спецификацией производителя. Как прказано на Фиг. 4, для большинства CAR T клеток, уровень секреции IFNy коррелирует с количеством EGFRvIII, экспрессируемым совместно культивируемыми клетками: низкий экспрессор NCI-H522-EGFRvIII индуцирует небольшое количество IFNy, высокий экспрессор U87-KOEGFRvIII индуцирует большое количество IFNy. T клетки, экспрессирующие EGFRvIII специфический клон 32G8 CAR, не секретируют существенные уровни IFNy во всех тестируемых условиях. С другой стороны, Т клетки EGFRvIII специфического клона С6 CAR, секретируют высокие уровни IFNy при совестном культивировании либо с U87-KO-EGFRwt или U87-KO-EGFRvIII клетками.EGFRvIII specific CAR T cells expressing CARs containing various EGFRvIII specific clones (h62G7-L6/EQ, 14C11, 20B9, 32a1o, 42G9, C6, 20E12, 26B9, 30D8, and 32G8) were incubated in 96-well plates (100 thousand . cells/well), together with equal numbers of cells expressing varying levels of EGFRvIII or EGFRwt proteins (NCI-H522, NCI-H522-EGFRvIII, U87-KO, U87-KO-EGFRwt, and U87-KO-EGFRvIII cells; each were described above in Example 7). Co-cultures were maintained in a final volume of 100 μl of X-Vivo™-15 medium (Lonza) for 18 h at 37°C with 5% CO2. The supernatant was then collected and frozen. IFNy in the supernatant was measured using a Human IFN-gamma Quantikine ELISA Kit (R&D systems, Minneapolis, MN) according to the manufacturer's specifications. As shown in Fig. 4, for most CAR T cells, the level of IFNy secretion correlates with the amount of EGFRvIII expressed by co-cultured cells: the low NCI-H522-EGFRvIII expressor induces a small amount of IFNy, the high U87-KOEGFRvIII expressor induces a large amount of IFNy. T cells expressing the EGFRvIII specific 32G8 CAR clone did not secrete significant levels of IFNy under all conditions tested. On the other hand, EGFRvIII T cells, a specific C6 CAR clone, secrete high levels of IFNy when cocultured with either U87-KO-EGFRwt or U87-KO-EGFRvIII cells.
- 57 044329- 57 044329
Эти результаты свидетельствуют о том, что для большинства EGFRvIII специфических CAR T клеток, уровень секреции IFNy коррелирует с количество EGFRvIII, экспрессируемым совместно культивируемыми клеткамиThese results suggest that for most EGFRvIII specific CAR T cells, the level of IFNy secretion correlates with the amount of EGFRvIII expressed by the cocultured cells
Пример 9. Цитотоксичность EGFRvIII специфических CAR T клеток.Example 9. Cytotoxicity of EGFRvIII specific CAR T cells.
В этом примере определяли цитотоксичность EGFRvIII специфических CAR T клеток при совместном культивировании EGFRvIII специфических CAR Т клеток с клеточными линиями, экспрессирующими целевой белок.In this example, the cytotoxicity of EGFRvIII specific CAR T cells was determined by co-cultivating EGFRvIII specific CAR T cells with cell lines expressing the target protein.
EGFRvIII специфические CAR Т-клетки, экспрессирующие CAR, содержащие различные EGFRvIII специфические клоны (h62G7-L6/EQ, 14C11, 20В9, 32А10, 42G9, С6, 20Е12, 26В9, 30D8, и 32G8) высевали в планшетах на 96 лунок (400 тыс. клеток/лунку), совместно с 20 тыс. целевых клеток, экспрессирующих различные уровни EGFRvIII белка. Целевыми клетками были: U87-KO-EGFRwt, NCI-H522EGFRvIII, и U87-KO-EGFRvIII, описанные выше. Целевые (EGFRvIII положительные: NCI-H522EGFRvIII и U87-KO-EGFRvIII) и контрольные (EGFRvIII отрицательные: U87-KO-EGFRwt) клетки высевали на планшет и метили с помощью флуоресцентного внутриклеточного красителя CFSE перед их совместным культивированием с EGFRvIII специфическими CAR Т-клетками. Сокультуры инкубировали в течение 4 ч при 37°C с 5% CO2. После этого инкубационного периода, клетки метили с помощью восстановимого жизнеспособного красителя и анализировали путем проточной цитометрии. Определяли жизнеспособность каждой популяции клеток (EGFRvIII положительные целевые клетки или EGFRvIII отрицательные контрольные клетки) и рассчитывали % лизиса специфических клеток. Исследования цитотоксичности осуществляли через 14 дней после CAR трансдукции Т клеток. Все EGFRvIII специфические CAR T клетки, за исключением 32G8, были способны лизировать как целевые экспрессирующие клетки с низким уровнем (NCI-H522-EGFRvIII), так и целевые экспрессирующие клетки с высоким (U87KO-EGFRvIII) до различных степеней. Дополнительно, Т клетки EGFRvIII специфического клона С6 CAR лизировали как EGFR дикого типа, так и EGFRvIII экспрессирующие клетки (фиг. 5).EGFRvIII specific CAR T cells expressing CARs containing various EGFRvIII specific clones (h62G7-L6/EQ, 14C11, 20B9, 32A10, 42G9, C6, 20E12, 26B9, 30D8, and 32G8) were seeded in 96-well plates (400 thousand . cells/well), together with 20 thousand target cells expressing various levels of EGFRvIII protein. The target cells were: U87-KO-EGFRwt, NCI-H522EGFRvIII, and U87-KO-EGFRvIII described above. Target (EGFRvIII positive: NCI-H522EGFRvIII and U87-KO-EGFRvIII) and control (EGFRvIII negative: U87-KO-EGFRwt) cells were plated and labeled with the fluorescent intracellular dye CFSE before being cocultured with EGFRvIII specific CAR T cells . Cocultures were incubated for 4 h at 37°C with 5% CO 2 . After this incubation period, cells were labeled with a reducible viable dye and analyzed by flow cytometry. The viability of each cell population (EGFRvIII positive target cells or EGFRvIII negative control cells) was determined and the % lysis of specific cells was calculated. Cytotoxicity studies were performed 14 days after CAR T cell transduction. All EGFRvIII specific CAR T cells, with the exception of 32G8, were able to lyse both target low-expressing cells (NCI-H522-EGFRvIII) and target high-expressing cells (U87KO-EGFRvIII) to varying degrees. Additionally, EGFRvIII-specific C6 CAR clone T cells lysed both wild-type EGFR and EGFRvIII-expressing cells (Fig. 5).
Эти результаты свидетельствуют о том, что EGFRvIII-специфические CAR Т клетки эффективно убивают клетки, которые экспрессируют EGFRvIII.These results indicate that EGFRvIII-specific CAR T cells effectively kill cells that express EGFRvIII.
Пример 10. Исследования in vivo EGFRvIII специфических CAR T клеток на модели U87-KOEGFRvIII.Example 10. In vivo studies of EGFRvIII specific CAR T cells using the U87-KOEGFRvIII model.
В этом примере показана противоопухолевая активность EGFRvIII специфических CAR Т клеток на подкожной U87-KO-EGFRvIII GBM модели ксенотрансплантата.This example demonstrates the antitumor activity of EGFRvIII specific CAR T cells in a subcutaneous U87-KO-EGFRvIII GBM xenograft model.
Три миллиона U87-KO-EGFRvIII GBM опухолевых клеток (описанных выше) имплантировали подкожно NSG мышам в возрасте 5-6 недель (Jackson Laboratory, Sacramento, CA). Объем опухоли измеряли один раз в неделю с помощью штангенциркуля и рассчитывали согласно следующей формуле:Three million U87-KO-EGFRvIII GBM tumor cells (described above) were implanted subcutaneously into 5- to 6-week-old NSG mice (Jackson Laboratory, Sacramento, CA). Tumor volume was measured once a week using a caliper and calculated according to the following formula:
Объем опухоли = (длина х ширина2)/2.Tumor volume = (length x width 2 )/2.
В день 8 после имплантации опухоли, животных рандомизировали согласно размерам опухоли по пять животных на группу и вводили однократную дозу 6 миллионов CAR положительных EGFRvIII специфических CAR T клеток (экспрессирующих EGFRvIII специфический клон 14С11, 32А10 или 26В9; клоны описаны в другом месте в настоящем изобретении) или эквивалентное общее количество нетрансдуцированных Т клеток путем болюсной инъекции в хвостовую вену. На фиг. 6 показано, что 14С11, 32А10 и 26В9 EGFRvIII специфические CAR Т клетки, но не нетрансдуцированные Т клетки, ингибируют рост U87-KO-EGFRvIII опухолевого ксенотрансплантата in vivo.On day 8 after tumor implantation, animals were randomized according to tumor size with five animals per group and administered a single dose of 6 million CAR positive EGFRvIII specific CAR T cells (expressing EGFRvIII specific clone 14C11, 32A10 or 26B9; clones are described elsewhere in the present invention) or an equivalent total number of non-transduced T cells by bolus injection into the tail vein. In fig. 6 shows that 14C11, 32A10 and 26B9 EGFRvIII specific CAR T cells, but not untransduced T cells, inhibit the growth of U87-KO-EGFRvIII tumor xenograft in vivo.
Эти результаты свидетельствуют о том, что EGFRvIII-специфические CAR Т клетки эффективно ингибируют рост опухоли EGFRvIII-экспрессирующих клеток in vivo.These results indicate that EGFRvIII-specific CAR T cells effectively inhibit tumor growth of EGFRvIII-expressing cells in vivo.
Пример 11. Поверхностная экспрессия EGFRvIII специфических CAR, содержащих R2 суицидную последовательность.Example 11 Surface expression of EGFRvIII specific CARs containing the R2 suicide sequence.
В этом примере показана экспрессия EGFRvIII специфических CAR, содержащих R2 суицидную последовательность в Т клетках.This example shows the expression of EGFRvIII specific CARs containing the R2 suicide sequence in T cells.
R2 суицидная последовательность представляет собой суицидную последовательность на основании CD20 эпитопа и содержит две тандемные копии эпитопа распознавания ритуксимаба. R2 последовательность инсертировали между последовательностями scFv и CD8a петли различных EGFRvIII специфических CAR, описанных в другом месте в настоящем изобретении (14С11, 32А10, 30D8, и 26В9) для создания различных EGFRvIII-R2 CAR (обозначаемых в настоящем изобретении как 14C11-R2, 32A10-R2, 30D8-R2, и 26B9-R2, соответственно). Т клетки трансдуцировали с помощью лентивирусного вектора, который заякоривает различные EGFRvIII-R2 CAR экспрессионные кассеты под контролем EF1a промотора при множественности заражения (MOI) 5 или 25 (для клонов 26B9-R2 и 30D8R2). CAR T клетки поддерживали в культуре вплоть до 14 или 15 днейпосле трансдукции. CAR экспрессию мониторили в динамике (в День 4, День 9/10, и День 14/15 после трансдукции Т-клеток) путем проточной цитометрии, используя биотинилированные рекомбинатные белки: EGFRvIII-mFc или ритуксимаб к клеткам (конъюгированным с EZ-Link™ Sulfo-NHS-SS-Biotin; ThermoFisher, Waltham, MA), затем с помощью РЕ конъюгированного стрептовидина (BD Biosciences, San Diego, CA). Процентные значения CAR положительных клеток, как обнаружено с биотинилированным EGFRvIII-mFc и биотинилирован-The R2 suicide sequence is a suicide sequence based on the CD20 epitope and contains two tandem copies of the rituximab recognition epitope. The R2 sequence was inserted between the scFv and CD8a loop sequences of the various EGFRvIII specific CARs described elsewhere in the present invention (14C11, 32A10, 30D8, and 26B9) to create the various EGFRvIII-R2 CARs (referred to herein as 14C11-R2, 32A10- R2, 30D8-R2, and 26B9-R2, respectively). T cells were transduced with a lentiviral vector that anchors various EGFRvIII-R2 CAR expression cassettes under the control of the EF1a promoter at a multiplicity of infection (MOI) of 5 or 25 (for clones 26B9-R2 and 30D8R2). CAR T cells were maintained in culture until 14 or 15 days after transduction. CAR expression was monitored over time (at Day 4, Day 9/10, and Day 14/15 after T cell transduction) by flow cytometry using biotinylated recombinant proteins: EGFRvIII-mFc or rituximab to cells (conjugated to EZ-Link™ Sulfo -NHS-SS-Biotin; ThermoFisher, Waltham, MA), then with PE conjugated streptavidin (BD Biosciences, San Diego, CA). Percentages of CAR positive cells as detected with biotinylated EGFRvIII-mFc and biotinylated-
Claims (13)
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US62/281,533 | 2016-01-21 | ||
US62/431,758 | 2016-12-08 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
EA044329B1 true EA044329B1 (en) | 2023-08-16 |
Family
ID=
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11267892B2 (en) | Chimeric antigen receptors targeting epidermal growth factor receptor variant III | |
US11912776B2 (en) | Chimeric antigen receptors targeting B-cell maturation antigen | |
US20230041456A1 (en) | Chimeric antigen receptors targeting cd70 | |
TWI778068B (en) | Chimeric antigen receptors targeting flt3 | |
EA044329B1 (en) | CHIMERIC ANTIGENE RECEPTORS TARGETED BY EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR VARIANT III | |
US20220023346A1 (en) | Chimeric antigen receptors with enhanced signaling and activities and uses thereof | |
CA3221957A1 (en) | Selective targeting of host cd70+ alloreactive cells to prolong allogeneic car t cell persistence | |
NZ734916B2 (en) | Chimeric antigen receptors targeting b-cell maturation antigen |