EA043425B1 - Уровни экспрессии иммуноглобулинов в качестве биологического маркера для реакции на ингибитор протеасом - Google Patents

Уровни экспрессии иммуноглобулинов в качестве биологического маркера для реакции на ингибитор протеасом Download PDF

Info

Publication number
EA043425B1
EA043425B1 EA202190962 EA043425B1 EA 043425 B1 EA043425 B1 EA 043425B1 EA 202190962 EA202190962 EA 202190962 EA 043425 B1 EA043425 B1 EA 043425B1
Authority
EA
Eurasian Patent Office
Prior art keywords
ighv3
gene
iglv3
igk
immunoglobulin
Prior art date
Application number
EA202190962
Other languages
English (en)
Inventor
Брайан Тач
Джеремиа Дегенхардт
Андреа Лер
Кевин Квей
Кристофер Дж. Кирк
Original Assignee
Оникс Терапьютикс, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Оникс Терапьютикс, Инк. filed Critical Оникс Терапьютикс, Инк.
Publication of EA043425B1 publication Critical patent/EA043425B1/ru

Links

Description

Перекрестная ссылка на связанные заявки
По данной заявке испрашивают приоритетное преимущество предварительной патентной заявки США № 61/863,809, поданной 8 августа 2013 г., предварительной патентной заявки США № 61/875954, поданной 10 сентября 2013 г., и предварительной патентной заявки США № 62/005904, поданной 30 мая 2014 г., каждая из которых включена с помощью ссылки в полном объеме.
Включение материалов, поданных в электронном виде, с помощью ссылки
С помощью ссылки в полном объеме включена машиночитаемый список нуклеотидных/аминокислотных последовательностей, поданный параллельно с настоящим документом и идентифицируемый следующим образом: файл ASCII (текст) 46919680 байтов с названием 40058А SeqListing.txt, который создан 8 августа 2014 г.
Область техники
Данное изобретение относится к области молекулярной биологии и лечения злокачественных опухолей. В некоторых аспектах изобретение относится к определению (например, предсказанию) чувствительности опухоли (например, гематологической опухоли) к лечению ингибитором протеасом. В некоторых других аспектах изобретение относится к способам, которые можно использовать для диагностирования, классификации, определения профиля и лечения злокачественной опухоли.
Предпосылки
Множественная миелома (MM) представляет собой неизлечимое злокачественное новообразование, которое берет начало в плазматических клетках костного мозга, секретирующих антитела. MM составляет приблизительно 10% всех гематологических злокачественных новообразований. Прогрессирование опухоли хорошо изучено, и его можно диагностировать по присутствию множества миеломных клеток в костном мозге, а также осуществлять его мониторинг по количеству секреции антител клональной популяцией плазматических клеток. При стандартном лечении, медианная выживаемость составляет приблизительно от 3 до 4 лет, но клиническое течение очень вариабельно и с трудом предсказуемо. Сегодня одобрено несколько способов терапии MM и еще больше находится в разработке, что предвещает улучшенные исходы для пациентов с этой неизлечимой злокачественной опухолью. Однако при расширении возможностей лечения возникает острая необходимость подбирать каждому пациенту наиболее эффективное и безопасное лечение. При узком терапевтическом индексе и токсическом потенциале многих доступных способов терапии злокачественных опухолей, такие неравнозначные реакции потенциально способствуют тому, чтобы подвергать пациентов ненужным, неэффективным и даже потенциально вредоносным схемам терапии. Если разработанную терапию можно оптимизировать для лечения индивидуальных пациентов, такие ситуации можно сокращать или даже устранять. Кроме того, целевая разработанная терапия может обеспечивать в целом более сфокусированную успешную терапию пациента. Следовательно, существует необходимость в более точном определении персонализированных стратегий лечения для использования как стандартных, так и новых способов терапии.
Ингибирование протеасом возникло в качестве важной стратегии при лечении злокачественных опухолей, в том числе, при лечении множественной миеломы. В качестве предпосылки, протеасомы представляют собой большие, мультиферментные комплексы, которые играют ключевую роль в расщеплении белка. Средняя клетка человека содержит приблизительно 30000 протеасом, каждая из которых содержит несколько протеаз, расщепляющих белок. Протеасома опосредует путь протеасомного расщепления, который необходим для того, чтобы освобождать клетки от лишних и неправильно уложенных белков. Протеасомные комплексы помогают регулировать все функции организма-хозяина, включая транскрипцию, вирусные инфекции, онкогенез, клеточный цикл, реакцию на стресс, биогенез рибосом, анормальный белковый катаболизм, дегенерацию нервной и мышечной ткани, процессинг антигенов, репарацию ДНК и клеточную дифференцировку. Активность протеасом находится под сложным управлением; когда она становится или чрезмерной (разрушают больше белка, чем они должны) или недостаточной (не обеспечивает разрушение определенных белков), может развиваться заболевание. Ингибиторы протеасом (PI), такие как карфилзомиб (представленный на рынке в виде Кипролиса® компанией Onyx Pharmaceuticals) и бортезомиб (представленный на рынке в виде Велкада® компанией Millennium Pharmaceuticals), стали стандартной терапией среди всех линий терапии MM. Карфилзомиб представляет собой тетрапептид эпоксикетон, избирательный ингибитор протеасом, и одобрен для лечения пациентов с множественной миеломой, которые уже получали по меньшей мере два других лечения, включая бортезомиб и иммуномодулирующее средство (например, леналидомид и/или талидомид), и у которых заболевание прогрессировало при их последней терапии или в пределах 60 суток с их последней терапии. Несмотря на экстенсивные исследования, механизм избирательной гибели опухолевых клеток после ингибирования протеасом понят плохо. Многие пациенты имеют заболевание, которое не реагирует на PI, тогда как другие развивают устойчивость, что указывает на необходимость лучше определять персонализированные стратегии лечения для использования терапии с помощью PI.
Краткое изложение
В настоящем документе предоставлены способы лечения опухоли у субъекта. В образцовых вариантах осуществления способ включает
- 1 043425 (а) измерение уровня экспрессии;
(i) иммуноглобулина (Ig), в том числе гена или продукт гена, (ii) рецептора Fcy 2B (FCGR2B), в том числе гена или продукт гена, или (iii) как Ig, так и FCGR2B, в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и (b) введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, когда уровень экспрессии Ig и/или экспрессии FCGR2B в образце больше, чем эталонный уровень.
Когда уровень экспрессии Ig и/или экспрессии FCGR2B в образце меньше, чем этот эталонный уровень, то пациенту вводят альтернативную противоопухолевую терапию, которая не является ингибитором протеасом. В альтернативных или дополнительных вариантах осуществления способ включает (а) измерение уровня экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и (b) введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, когда (i) уровень экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4, в образце больше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вверх, или (ii) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце меньше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вниз, или (iii) и (i), и (ii).
В образцовых вариантах осуществления способ включает стадию введения субъекту эффективного количества ингибитора протеасом. В образцовых аспектах субъект представляет собой субъекта, у которого получали образец, и в образце измеряли уровень экспрессии (i) иммуноглобулина (Ig), (ii) рецептора Fcy 2В (FCGR2B), или (iii) как Ig, так и FCGR2B.
В образцовых аспектах ингибитор протеасом вводят, когда уровень экспрессии больше, чем эталонный уровень.
В альтернативных или дополнительных аспектах субъект представляет собой субъекта, у которого получали образец, и в образце измеряли уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4. В образцовых аспектах ингибитор протеасом вводят, когда (i) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце больше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вверх, или (ii) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце меньше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вниз, или (iii) и (i) и (ii).
Также в настоящем документе предоставлены способы определения схемы лечения для субъекта с опухолью. В образцовых вариантах осуществления способ включает:
(а) измерение уровня экспрессии (i) иммуноглобулина (Ig), (ii) рецептора Fcy 2B (FCGR2B), или (iii) как Ig, так и FCGR2B, в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и (b) выбор схемы лечения, которая включает введение ингибитора протеасом, когда уровень экспрессии Ig и/или экспрессии FCGR2B в образце больше, чем эталонный уровень.
Когда уровень экспрессии Ig и/или экспрессии FCGR2B в образце меньше, чем этот эталонный уровень, тогда схема лечения предпочтительно включает введение альтернативной противоопухолевой терапии, которая не является ингибитором протеасом. В образцовых вариантах осуществления способ включает (а) измерение уровня экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и (b) выбор схемы лечения, которая включает введение ингибитора протеасом, когда (i) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце больше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вверх, или (ii) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце меньше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вниз, или (iii) и (i) и (ii).
- 2 043425
Когда (i) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, обозначенных в табл. 4 как вверх, меньше, чем эталонный уровень, или (ii) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, обозначенных в табл. 4 как вниз, больше, чем эталонный уровень, или и то и другое, тогда схема лечения предпочтительно включает введение альтернативной противоопухолевой терапии, котора не является ингибитором протеасом.
Кроме того, в настоящем документе предусмотрены наборы. В образцовых вариантах осуществления набор содержит одно или более связывающих средств для гена или продукта гена Ig, необязательно сегмента гена или продукта сегмента гена IgH, IgK или IgL, и связывающее средство для гена или продукта гена FCGR2B. В образцовых вариантах осуществления наборы содержат (i) одно или более связывающих средств для гена или продукта гена Ig, необязательно сегмента гена или продукта сегмента гена IgH, IgK или IgL, или связывающее средство для гена или продукта гена FCGR2B, и (ii) по меньшей мере одно связывающее средство для гена или продукта гена, перечисленного в табл. 4.
В образцовых вариантах осуществления набор содержит по меньшей мере первое связывающее средство и второе связывающее средство, где первое связывающее средство связывается с первым геном или продуктом гена, кодируемым первым геном, перечисленным в табл. 4, где второе связывающее средство связывается со вторым геном или продуктом гена, кодируемым вторым геном, перечисленным в табл. 4, где первый ген отличается от второго гена.
Кроме того, в настоящем документе предусмотрены машиночитаемые запоминающие среды. В образцовых вариантах осуществления машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранено множество эталонных уровней или диапазонов эталонных уровней, каждый эталонный уровень или диапазон эталонных уровней соответствует (i) уровню экспрессии Ig, или (ii) уровню экспрессии FCGR2B, или (iii) уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, или (iv) их сочетанию; и значение данных, которое представляет собой уровень экспрессии Ig и/или уровень экспрессии FCGR2B и/или уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который измерен в клетке из образца от пациента.
В образцовых аспектах машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены (I) первый набор значений данных и второй набор значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма;
(II) кривая рабочей характеристики приемника (ROC), которая основана на первом наборе значений данных и втором наборе значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма; или (III) таблица, в которой перечислены (а) множество точек порогов на кривой ROC из (II), (b) процент чувствительности, связанный с каждой точкой порога из (а), и (с) процент специфичности, связанный с каждой точкой порога из (а).
В образцовых вариантах осуществления машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены (I) первый набор значений данных и второй набор значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма;
(II) кривая рабочей характеристики приемника (ROC), которая основана на первом наборе значений данных и втором наборе значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма; или (III) таблица, в которой перечислены (а) множество точек порогов на кривой ROC из (II), (b) процент чувствительности, связанный с каждой точкой порога из (а), и
- 3 043425 (с) процент специфичности, связанный с каждой точкой порога из (а).
В образцовых вариантах осуществления, машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены (I) первый набор значений данных и второй набор значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма;
(II) кривая рабочей характеристики приемника (ROC), которая основана на первом наборе значений данных и втором наборе значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма; или (III) таблица, в которой перечислены (а) множество точек порогов на кривой ROC из (II), (b) процент чувствительности, связанный с каждой точкой порога из (а), и (с) процент специфичности, связанный с каждой точкой порога из (а).
В образцовых аспектах машиночитаемая запоминающая среда содержит две или более из приведенных выше сред.
В образцовых вариантах осуществления, машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (а) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии Ig в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (а) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии FCGR2B в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления, машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат:
(а) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена или продукта гена, перечисленного в табл. 4, из образца, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вверх; и (b) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (а) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена или продукта гена, перечисленного в табл. 4, из образца, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вниз; и (b) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α меньше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
Изобретение дополнительно предусматривает системы, которые содержат: процессор; устройство памяти, соединенное с процессором, и машиночитаемые инструкции, которые хранят в устройстве памяти. В образцовых вариантах осуществления машиночитаемые инструкции, при исполнении процессором, управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии Ig в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором
- 4 043425 протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления машиночитаемые инструкции, при исполнении процессором, управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии FCGR2B в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления машиночитаемые инструкции, при исполнении процессором, управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии гена или продукта гена, перечисленного в табл. 4, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вверх, из образца, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления машиночитаемые инструкции, при исполнении процессором, управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии гена или продукта гена, перечисленного в табл. 4, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вниз, из образца, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α меньше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
Изобретение дополнительно предусматривает способы, реализуемые процессором в компьютере. В образцовых вариантах осуществления способ включает следующие стадии:
(а) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии Ig в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) отображение вывода, относящегося к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления способ включает следующие стадии:
(а) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии FCGR2B в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) отображение вывода, относящегося к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления способ включает следующие стадии:
(а) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена или продукта гена, перечисленного в табл. 4, из образца, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вверх; и (b) отображение вывода, относящегося к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления способ включает следующие стадии:
(а) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена или продукта гена, перечисленного в табл. 4, из образца, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вниз; и (b) отображение вывода, относящегося к лечению пациента с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α меньше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
Другие признаки и преимущества изобретения видны из следующего подробного описания и фигур,
- 5 043425 а также из формулы изобретения.
Краткое описание фигур
Фиг. 1А и 1В представлены графики, демонстрирующие зависимость между экспрессией IG и реакцией на бортезомиб. IE, реакция не поддается оценке; PD, прогрессирующее заболевание; без изменений, NC; минимальная реакция, MR; частичная реакция, PR; полная реакция, CR.
На фиг. 2А и 2В представлены графики, демонстрирующие отсутствие зависимости между экспрессией IG и реакцией на дексаметазон. IE, реакция не поддается оценке; PD, прогрессирующее заболевание; без изменений, NC; минимальная реакция, MR; частичная реакция, PR; полная реакция, CR.
На фиг. 3А и 3В представлены графики, демонстрирующие зависимость между экспрессией IGH и реакцией на карфилзомиб. PD, прогрессирующее заболевание; стабильное заболевание, SD; минимальная реакция, MR; частичная реакция, PR; очень хорошая частичная реакция, VGPR.
На фиг. 4 представлен график, демонстрирующий время до прогрессирования (ТТР) для пациентов с высоким IGH и с низким IGH, которых лечили карфилзомибом.
На фиг. 5 представлен график, демонстрирующий уровень экспрессии генов IG из линии клеток множественной миеломы (U266), на которую непрерывно воздействуют или бортезомибом (BTZ) или карфилзомибом (CFZ) в течение 24 ч.
На фиг. 6 приведено графическое представление данных транскрипционного профилирования опухолей, полученных у пациентов, которых впоследствии лечили карфилзомибом. Выделен кластер генов, кодирующих белки структурного суперсемейства Ig, которые содержат FCGR2B
На фиг. 7А и 7В представлены графики, демонстрирующие зависимость между экспрессией FCGR2b и реакцией на карфилзомиб.
На фиг. 8 представлен график, демонстрирующий время до прогрессирования (ТТР) для IGH+FCGR2B-позитивных и IGH+FCGR2G-негативных пациентов, которых лечили карфилзомибом.
На фиг. 9 представлен график, который содержит три кривые рабочей характеристики приемника (ROC), в каждой кривой отображен график пороговых значений, соответствующих проценту специфичности и проценту чувствительности: IGH, FCGR2B и комбинация IGH и FCGR2B.
На фиг. 10 представлена схема образцового варианта осуществления 101 системы 100 для определения терапевтической схемы для субъекта с опухолью.
На фиг. 11А представлен график экспрессии иммуноглобулинов (нг белка IgG на мкг общего клеточного белка) клетками линии А или линии В, как измеряют с помощью ELISA. SN, супернатант клеточной культуры; L, клеточный лизат.
На фиг. 11В представлен график жизнеспособности клеток линии А и линии В при лечении карфилзомибом (CFZ). Жизнеспособность выражают в виде процента жизнеспособных клеток относительно контроля, который не лечили.
На фиг. 12 представлен график количества РНК FCGR2B, как измеряют с помощью qPCR. Количество РНК FCGR2B выражают в виде нормализованного порогового цикла (Ct).
Подробное описание
Способы лечения опухоли.
Изобретение относится к способам лечения опухоли у субъекта. В образцовых вариантах осуществления способ включает (а) измерение уровня экспрессии (i) иммуноглобулина (Ig), в том числе гена или продукта гена, (ii) рецептора Fcy2B (FCGR2B), в том числе гена или продукта гена, или (iii) как Ig, так и FCGR2B в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и (b) введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, когда уровень экспрессии Ig и/или FCGR2B в образце больше, чем эталонный уровень.
В альтернативных или дополнительных вариантах осуществления способ включает (а) измерение уровня экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и (b) введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, когда (i) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце больше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вверх, или (ii) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце меньше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вниз, или (iii) и (i), и (ii).
Изобретение дополнительно предусматривает способы лечения опухоли у субъекта, где способ включает стадию введения субъекту эффективного количества ингибитора протеасом и субъект представляет собой субъекта, у которого получали образец, и в образце измеряли уровень экспрессии (i) иммуноглобулина (Ig),
- 6 043425 (ii) рецептора Fcy2B (FCGR2B), или (iii) как Ig, так и FCGR2B.
В образцовых аспектах ингибитор протеасом вводят, когда уровень экспрессии больше, чем эталонный уровень.
В альтернативных или дополнительных вариантах осуществления, способ лечения опухоли у субъекта включает стадию введения субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, и субъект представляет собой субъекта, у которого получали образец, и в образце измеряли уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4. В образцовых аспектах ингибитор протеасом вводят, когда (i) уровень экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4, в образце больше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вверх, или (ii) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце меньше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вниз, или (iii) и (i), и (ii).
Способы определения схемы лечения для субъекта с опухолью.
Также в настоящем документе предусмотрены способы определения схемы лечения для субъекта с опухолью. В образцовых вариантах осуществления способ включает (а) измерение уровня экспрессии (i) иммуноглобулина (Ig), (ii) рецептора Fcy2B (FCGR2B), или (iii) как Ig, так и FCGR2B в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и (b) выбор схемы лечения, которая включает введение ингибитора протеасом, когда уровень экспрессии Ig и/или экспрессии FCGR2B в образце больше, чем эталонный уровень.
В дополнительных или альтернативных вариантах осуществления, способ определения схемы лечения для субъекта с опухолью включает (а) измерение уровня экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и (b) выбор схемы лечения, которая включает введение ингибитора протеасом, когда (i) уровень экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4, в образце больше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вверх, или (ii) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце меньше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вниз, или (iii) и (i), и (ii).
Измерение уровней экспрессии.
В способах по изобретению уровень(и) экспрессии гена или уровень(и) экспрессии сегмента гена измеряют в образце, который получен от субъекта. В образцовых аспектах способ включает измерение уровня, концентрации или количества РНК, например, мРНК, кодируемой геном или сегментами гена в образце. Уровни РНК, например, мРНК, можно измерять каким-либо способом, известным в данной области, включая в качестве неограничивающих примеров нозерн-блоттинг или количественную ПЦР (qPCR), в том числе такие способы как qPCR с обратной транскрипцией, qPCR в реальном времени и qPCR до конечной точки. Альтернативно, основанные на метках технологии, такие как серийный анализ экспрессии генов (SAGE) и секвенирование РНК, можно осуществлять для того, чтобы предоставлять относительную меру концентрации различных мРНК в клетке. Образцовые способы измерения уровней РНК (например, мРНК) также описаны в настоящем документе в примере 5.
В альтернативных или дополнительных аспектах, способ включает измерение уровня, концентрации или количества белкового продукта, кодируемого геном или сегментами гена в образце. Подходящие способы определения уровней экспрессии белковых продуктов известны в данной области и включают иммуноанализ (например, вестерн-блоттинг, твердофазный иммуноферментный анализ (ELISA), радиоиммунный анализ (RIA), и иммуногистохимический анализ. См., например, публикацию патентной заявки США № 2007/0212723 A1, Shang et al., Circulation Research, 101: 1146-1154 (2007); и публикации международных патентной заявок № WO/2012/094651 и WO/2010/129964. Образцовые способы определения уровней экспрессии белковых продуктов также описаны в настоящем документе в примере 6.
В альтернативных или дополнительных аспектах, уровень белкового продукта представляют с помощью уровня биологической активности белкового продукта, например, ферментативной активности. В образцовых аспектах уровень белка отражают с помощью уровней субстрата или продукта ферментативной реакции, которую катализирует белковый продукт. Способы анализа уровня биологической активно
- 7 043425 сти, например, ферментативной активности, известны в данной области.
В некоторых аспектах, уровень белкового продукта представляют с помощью уровня биологической активности связанного белка, например, белка, который действует выше или ниже по каскаду реакций относительно белкового продукта. Например, если белковый продукт представляет собой фосфорилированный белок в активном состоянии, то в некоторых вариантах осуществления уровень белкового продукта можно представлять с помощью уровня активности киназы, которая фосфорилирует белковый продукт. В других аспектах, если белковый продукт представляет собой фактор транскрипции, который активирует экспрессию гена, то в некоторых вариантах осуществления уровень белкового продукта можно представлять с помощью уровней экспрессии гена, активируемого белковым продуктом.
В образцовых аспектах измеряемый уровень экспрессии можно нормализовать или калибровать по уровню конститутивного гена. Конститутивный ген в некоторых аспектах представляет собой β-актин или GAPDH. В образцовых аспектах конститутивный ген представляет собой любой один из тех, которые приведены в следующей таблице.______________________________
ID гена по Ensembl ID гена по HGNC
ENSG00000097007 ABL1
ENSG00000218739 АС007390.5
ENSG00000132842 АРЗВ1
ENSG00000065802 ASB1
ENSG00000108591 DRG2
ENSG00000181090 ЕНМТ1
ENSG00000108262 GIT1
ENSG00000089022 МАРКАРК5
ENSG00000007047 MARK 4
ENSG00000075975 MKRN2
ENSG00000198646 NCOA6
ENSG00000126653 NSRP1
ENSG00000107960 OBFC1
ENSG00000175470 PPP2R2D
ENSG00000269277 PPP2R2D
ENSG00000113456 RADI
ENSG00000107185 RGP1
ENSG00000173456 RNF2 6
ENSG00000147164 SNX12
ENSG00000167182 SP2
ENSG00000110066 SUV420H1
ENSG00000149930 ТАОК2
ENSG00000107021 TBC1D13
ENSG00000068354 TBC1D25
ENSG00000269499 TBC1D25
ENSG00000103671 TRIP4
ENSG00000130939 UBE 4 В
ENSG00000170473 WIBG
ENSG00000073050 XRCC1
ENSG00000121766 ZCCHC17
ENSG00000023041 ZDHHC6
В образцовых аспектах уровень экспрессии, который измеряют, не нормализуют или не калибруют по уровню конститутивного гена. В образцовых аспектах уровень экспрессии, который измеряют, может представлять усредненный уровень экспрессии или средний уровень экспрессии на основании больше, чем одного измерения уровня экспрессии. В образцовых аспектах измеряемый уровень экспрессии представляет собой усредненное или среднее для нескольких измерений уровней экспрессии одного и того же образце. В образцовых аспектах измеряемый уровень экспрессии представляет собой усредненное или
- 8 043425 среднее для нескольких измерений уровней экспрессии различных образцов, содержащих один и те же компоненты, которые получены от одного и того же субъекта. В образцовых аспектах измеряемый уровень экспрессии представляет собой нормализованный квантиль, как выполняют в способах секвенирования РНК. Иммуноглобулин (Ig)
В образцовых аспектах в образце, который получен от субъекта, измеряют уровень экспрессии иммуноглобулинов. Молекулы Ig содержат тяжелые цепи и легкие цепи, каждая из которых имеет константную область и вариабельную область. Гены, которые кодируют сегменты молекулы Ig, расположены в трех локусах в человеческом геноме: локус тяжелой цепи Ig (IGH), локус каппа-цепи Ig (IGK) и локус лямбда-цепи Ig (IGL). Локус IGH расположен в 14-й хромосоме (14q32.33) и содержит сегменты генов, кодирующие тяжелые цепи Ig. Локус IGK расположен во 2-й хромосоме (2р11.2) и содержит сегменты генов, кодирующие легкие цепи Ig. Локус IGL расположен в 22-й хромосоме (22q11.2) и содержит сегменты генов для легких цепей Ig. Каждый ген тяжелой цепи и легкой цепи содержит множество копий сегментов гена различных типов для вариабельных областей молекулы Ig. Например, область тяжелой цепи иммуноглобулина содержит 44 вариабельных (V) сегмента генов [Matsuda et al., J. Expmtal. Med., 188: 2151-2162 (1998)] плюс 27 сегментов разнообразия (D) генов и 6 соединяющих (J) сегментов генов. [Li et al., Blood, 103: 4602-4609 (2004)]. Аналогичным образом область легкой цепи содержит множество V и J сегментов генов. Однако гены легкой цепи не имеют D сегментов генов. Перестройка ДНК обеспечивает то, что одна копия сегмента гена каждого типа проходит отбор в любом заданном лимфоците, создавая огромный репертуар антител; возможно приблизительно 3x1011 комбинаций.
В отношении патентоспособных способов, когда в образце, который получен от субъекта, измеряют уровень экспрессии иммуноглобулинов, способ может включать измерение уровня экспрессии какоголибо сегмента гена локуса IGH, локуса IGK или локуса IGL. В альтернативных или дополнительных аспектах, способ может включать измерение уровня экспрессии какого-либо орфонного сегмента гена IGH, который не расположен в локусе IGH, какого-либо орфонного сегмента гена IGK, который не расположен в локусе IGK, или какого-либо орфонного сегмента гена IGL, который не расположен в локусе IGL. В образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии одного или нескольких сегментов генов локуса IGH, локуса IGK или локуса IGL, или какого-либо орфонного сегмента гена IGH, орфонного сегмента гена IGK или орфонного сегмента гена IGL. В образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии комбинации сегментов генов по меньшей мере двух из локуса IGH, локуса IGK и локуса IGL или их орфонного сегмента гена. В образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии комбинации сегментов генов в каждом из локуса IGH, локуса IGK и локуса IGL или в каждом из локусов IGH и IGK или в каждом из локусов IGH и IGL или в каждом из локусов IGK и IGL. В альтернативных или дополнительных аспектах, способ включает измерение уровня экспрессии комбинации орфонного сегмента(ов) генов IGH, орфонного сегмента(ов) генов IGK и орфонного сегмента(ов) генов IGL или комбинации орфонных сегментов генов IGH и орфонных сегментов генов IGK или комбинации орфонных сегментов генов IGH и орфонных сегментов генов IGL или комбинации орфонных сегментов генов IGK и орфонных сегментов генов IGL.
В образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии одного или нескольких сегментов генов в локусе IGH. В образцовых аспектах один или более сегментов генов выбирают из группы, состоящей из
IGHA1, IGHA2, IGHD, IGHD1-1,
IGHD1-14, IGHD1-20, IGHD1-26, IGHD1-7, IGHD2-15, IGHD2-2, IGHD2-
21, IGHD2-8, IGHD3-10, IGHD3-16, IGHD3-22, IGHD3-3, IGHD3-9,
IGHD4-11, IGHD4-17, IGHD4-23, IGHD4-4, IGHD5-12, IGHD5-18,
- 9 043425
IGHD5-24, IGHD5-5, IGHD6-13, IGHD6-19, IGHD6-25, IGHD6-6, IGHD727, IGHE, IGHEP1, IGHEP2, IGHG1, IGHG2, IGHG3, IGHG4, IGHGP,
IGHJ1, IGHJ1P, IGHJ2, IGHJ2P, IGHJ3, IGHJ3P, IGHJ4, IGHJ5,
IGHJ6, IGHM, IGHMBP2, IGHV1-12, IGHV1-14, IGHV1-17, IGHV1-18,
IGHV1-2, IGHV1-24, IGHV1-3, IGHV1-45, IGHV1-46, IGHV1-58, IGHV1
67, IGHV1-68, IGHV1-69, IGHV1-8, IGHV1OR21-1, IGHV2-10, IGHV226, IGHV2-5, IGHV2-70, IGHV2OR16-5, IGHV3-11, IGHV3-13, IGHV315, IGHV3-16, IGHV3-19, IGHV3-20, IGHV3-21, IGHV3-22, IGHV3-23,
IGHV3-25, IGHV3-29, IGHV3-30, IGHV3-30-2, IGHV3-32, IGHV3-33,
IGHV3-33-2 , IGHV3-35 , IGHV3-36 , IGHV3-37, IGHV3-38, IGHV3-41,
IGHV3-42, IGHV3-43, IGHV3-47, IGHV3-48, IGHV3-49, IGHV3-50,
IGHV3-52, IGHV3-53, IGHV3-54, IGHV3-57, IGHV3-6, IGHV3-60,
IGHV3-62, IGHV3-63, IGHV3-64, IGHV3-65, IGHV3-66, IGHV3-7,
IGHV3-71, IGHV3-72, IGHV3-73, IGHV3-74, IGHV3-75, IGHV3-76,
IGHV3-79, IGHV3-9, IGHV3OR16-8 , IGHV4-28, IGHV4-31, IGHV4-34,
IGHV4-39, IGHV4-4, IGHV4-55, IGHV4-59, IGHV4-61, IGHV4-80,
IGHV5-51, IGHV5-78, IGHV6-1, IGHV7-27, IGHV7-34-1, IGHV7-40,
IGHV7-56, IGHV7-81, IGHVII-1-1, IGHVII-15-1, IGHVII-20-1,
IGHVII-22-1, IGHVII-26-2, IGHVII-28-1, IGHVII-30-1, IGHVII-31-1,
IGHVII-33-1, IGHVII-40-1, IGHVII-43-1, IGHVII-44-2, IGHVII-46-1,
IGHVII-49-1, IGHVII-51-2, IGHVII-53-1, IGHVII-60-1, IGHVII-62-1,
IGHVII-65-1, IGHVII-67-1, IGHVII-74-1, IGHVII-78-1, IGHVIII-11-
1, IGHVIII-13-1, IGHVII1-16-1, IGHVIII-2-1, IGHVII1-22-2, IGHVII1-25-1, IGHVII1-26-1, IGHVII1-38-1, IGHVIII-44, IGHVIII47-1, IGHVIII-5-1, IGHVII1-51-1, IGHVIII-5-2, IGHVIII-67-2, IGHVIII-67-3, IGHVIII-67-4, IGHVII1-76-1, IGHVIII-82 и IGHVIV44-1.
В образцовых аспектах один или более сегментов генов в локусе IgH содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-174. В образцовых аспектах один или более сегментов генов в локусе IGH представляет собой тот, который приведен в следующей таблице. ___________
HGNC ID Принятый символ Принятое название Предыдущие символы Синонимы Хромосома Номера доступа ID эталоны . послед . Метка семейст ва генов Описание семейства генов
HGNC:5487 IGHD1OR15- 1A разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-1A (нефункциональный) IGHD1/OR151А, IGHD1OR151A 15qll.2 X55575 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5488 IGHD1OR15- 1B разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-1B (нефункциональный) IGHD1/OR151В, IGHD1OR151B 15qll.2 X55576 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5493 IGHD2OR15- 2A разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 2/OR15-2A (нефункциональный) IGHD2/OR15- 2А, IGHD2OR152A 15qll.2 X55577 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5494 IGHD2OR15- 2B разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 2/OR15-2B (нефункциональный) IGHD2/OR15- 2В, IGHD2OR152B 15qll.2 X55578 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5500 IGHD3OR15- 3A разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина IGHD3/OR15- ЗА, IGHD3OR153A 15qll.2 X55579 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
- 10 043425
3/OR15-3A (нефункциональный)
HGNC:5501 IGHD3OR15- 3B разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR15-3B (нефункциональный) IGHD3/OR15- ЗВ, IGHD3OR153B 15qll.2 X55580 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5506 IGHD4OR15- 4A разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 4/OR15-4A (нефункциональный) IGHD4/OR15- 4А, IGHD4OR154A 15qll.2 X55581 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5507 IGHD4OR15- 4B разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 4/OR15-4B (нефункциональный) IGHD4/OR15- 4В, IGHD4OR154B 15qll.2 X55582 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5512 IGHD5OR15- 5A разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 5/OR15-5A (нефункциональный) IGHD5/OR155А, IGHD5OR155A 15qll.2 X55583 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5513 IGHD5OR15- 5B разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина IGHD5/OR15- 5В, IGHD5OR155B 15qll.2 X55584 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
5/OR15-5B (нефункциональный)
HGNC:5524 IGHEP2 константный тяжелой цепи иммуноглобулина эпсилон Р2 (псевдоген) 9p24.1 K01241 NG_00325 4 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5563 IGHV1OR15- 1 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-1 (нефункциональный) IGHV1/OR15- 1 15qll.2 Z29631 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5564 IGHV1OR152 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-2 (псевдоген) IGHV1/OR152 15qll.1 L25543 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5565 IGHV1OR153 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-3 (псевдоген) IGHV1/OR153 15qll.2 Z29595 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5566 IGHV1OR154 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-4 (псевдоген) IGHV1/OR154 15qll.2 Z29596 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
- 11 043425
HGNC:5567 IGHV1OR155 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-5 (нефункциональный) IGHV1/OR155 15qll.2 Z29633 NG_01697 8 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5568 IGHV1OR15- 6 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-6 (псевдоген) IGHV1/OR15- 6 15qll.2 Z29634 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5569 IGHV1OR15- 9 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-9 (нефункциональный) VSIG7 IGHV1/OR15- 9, IGHV1OR159 15qll.1 L25542 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5570 IGHV1OR16- 1 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR16-1 (псевдоген) IGHV1/OR161 16pll.2 Z29599 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5571 IGHV1OR162 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR16-2 (псевдоген) IGHV1/OR162 16pll.2 Z29600 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5572 IGHV1OR16- вариабельный IGHV1/OR16- 16р11.2 Z29639 IGHO «Иммуноглобул
3 тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR16-3 (псевдоген) 3 ины/орфоны IGH»
HGNC:5573 IGHV1OR164 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR16-4 (псевдоген) IGHV1/OR164 16р11.2 Z17397 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:3804 0 IGHV1OR21- 1 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR21-1 (нефункциональный) IGHV1/OR21- 1 21р11.2 NG_01168 0 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5579 IGHV2OR165 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 2/OR16-5 (нефункциональный) IGHV2/OR165 16р11.2 L25544 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5633 IGHV3OR157 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR15-7 (псевдоген) IGHV3/OR157 15qll.2 Z29597 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5641 IGHV3OR16- 6 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина IGHV3/OR16- 6 16р11.2 L25545 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
- 12 043425
3/OR16-6 (псевдоген)
HGNC:5642 IGHV3OR16- 7 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-7 (псевдоген) IGHV3/OR16- 7 16р11.2 Z29604 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5643 IGHV3OR16- 8 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-8 (нефункциональный) IGHV3/OR16- 8 16р11.2 Z29605 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5644 IGHV3OR16- 9 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-9 (нефункциональный) IGHV3/OR16- 9 16р11.2 Z29606 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5634 IGHV3OR16- 10 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-10 (нефункциональный) IGHV3/OR16- 10 16р11.2 Z29607 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5635 IGHV3OR16- 11 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина IGHV3/OR16- 11 16р11.2 Z29608 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
3/OR16-11 (псевдоген)
HGNC:5636 IGHV3OR16- 12 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-12 (нефункциональный) IGHV3/OR16- 12 16р11.2 Z29609 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5637 IGHV3OR16- 13 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-13 (нефункциональный) IGHV3/OR16- 13 16р11.2 Z29610 NG_01177 1 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5638 IGHV3OR16- 14 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-14 (псевдоген) IGHV3/OR16- 14 16р11.2 Z29611 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5639 IGHV3OR16- 15 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-15 (псевдоген) IGHV3/OR16- 15 16р11.2 L25546 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5640 IGHV3OR16- 16 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-16 (псевдоген) IGHV3/OR16- 16 16р11.2 Z29613 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5658 IGHV4OR15- 8 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 4/OR15-8 (нефункциональный) VSIG6 IGHV4/OR15- θ, IGHV4OR158 15qll.2 Z29598 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
- 13 043425
В образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии одного или нескольких сегментов генов в локусе IGK. В образцовых аспектах один или более сегментов генов выбирают из группы, состоящей из
IGKC, IGKJ1, IGKJ2, IGKJ3,
IGKJ4, IGKJ5, IGKV1-12, IGKV1-13, IGKV1-16, IGKV1-17, IGKV1-22, IGKV1-27, IGKV1-32, IGKV1-33, IGKV1-35, IGKV1-37, IGKV1-39,
IGKV1-5, IGKV1-6, IGKV1-8, IGKV1-9, IGKV1D-12, IGKV1D-13, IGKV1D-16, IGKV1D-17, IGKV1D-22, IGKV1D-27, IGKV1D-32, IGKV1D33, IGKV1D-35, IGKV1D-37, IGKV1D-39, IGKV1D-42, IGKV1D-43, IGKV1D-8, IGKV1OR22-1, IGKV2-10, IGKV2-14, IGKV2-18, IGKV2-19,
IGKV2-23, IGKV2-24, IGKV2-26, IGKV2-28, IGKV2-29, IGKV2-30,
IGKV2-36, IGKV2-38, IGKV2-4, IGKV2-40, IGKV2D-10, IGKV2D-14,
IGKV2D-18, IGKV2D-19, IGKV2D-23, IGKV2D-24, IGKV2D-26, IGKV2D28, IGKV2D-29, IGKV2D-30, IGKV2D-36, IGKV2D-38, IGKV2D-40, IGKV2OR22-3, IGKV2OR22-4, IGKV3-11, IGKV3-15, IGKV3-20, IGKV3-
25, IGKV3-31, IGKV3-34, IGKV3-7, IGKV3D-11, IGKV3D-15, IGKV3D-
20, IGKV3D-25, IGKV3D-31, IGKV3D-34, IGKV3D-7, IGKV3OR22-2, IGKV4-1, IGKV5-2, IGKV6-21, IGKV6D-21, IGKV6D-41, IGKV7-3.
В образцовых аспектах один или более сегментов генов в локусе IgK содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 175-260. В образцовых аспектах один или более сегментов генов в локусе IGK представляет собой тот, который приведен , в следующей таблице.__________
HGNC ID Принятый символ Принятое название Предыдущие символы Синонимы Хромосома Номера доступа ID эталонн. послед. Метка семейства генов Описание семейства генов
HGNC:571 5 IGK локус каппа-цепи иммуноглобулина IGK@ 2р11.2 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:571 6 IGKC константный каппа- цепи иммуноглобулина НСАК1 2р11.2 J00241 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:571 9 IGKJ1 соединяющий каппацепи иммуноглобулина 1 Л 2р11.2 J00242 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:572 0 IGKJ2 соединяющий каппацепи иммуноглобулина 2 J2 2р11.2 J00242 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:572 1 IGKJ3 соединяющий каппацепи иммуноглобулина 3 2р11.2 J00242 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:572 2 IGKJ4 соединяющий каппацепи иммуноглобулина 4 2р11.2 J00242 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:572 3 IGKJ5 соединяющий каппацепи иммуноглобулина 5 2р11.2 J00242 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:574 1 IGKV1-5 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 5 2р11.2 Z00001 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
- 14 043425
HGNC:574 2 IGKV1-6 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 6 2р11.2 М64858 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:574 3 IGKV1-8 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 8 IGKV18, L9 2р11.2 Z00014 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:574 4 IGKV1-9 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 9 IGKV19, L8 2р11.2 Z00013 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:573 0 IGKV1-12 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 12 IGKV112, L19 2р11.2 V01577 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:573 1 IGKV1-13 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 13 (ген/псевдоген) 2р11.2 Z00010 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:573 2 IGKV1-16 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 16 IGKV116, L1 2р11.2 J00248 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:573 3 IGKV1-17 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 17 IGKV117, АЗО 2р11.2 Х72808 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:573 4 IGKV1-22 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 22 (псевдоген) 2р11.2 Х71885 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:573 5 IGKV1-27 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 27 IGKV127, А2 0 2р11.2 Х63398 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:573 6 IGKV1-32 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 132 (псевдоген) 2р11.2 Х71883 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:573 7 IGKV1-33 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 33 IGKV133, 018 2р11.2 М64856 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:573 8 IGKV1-35 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 135 (псевдоген) 2р11.2 Х71890 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:573 IGKV1-37 вариабельный IGKV137, 2р11.2 Х59316 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины
- 15 043425
9 каппа-цепи иммуноглобулина 137 (нефункциональный) 014 /локус IGK»
HGNC:574 0 IGKV1-39 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1- 39 (ген/псевдоген) 2р11.2 Х59315 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:575 9 IGKV1D-8 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-8 2р11.2 Z00008 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:574 6 IGKV1D- 12 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-12 2р11.2 Х17263 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:574 7 IGKV1D- 13 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-13 2р11.2 Х17262 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:574 8 IGKV1D- 16 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-16 2р11.2 К01323 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:574 9 IGKV1D- 17 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2р11.2 Х63392 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
1D-17
HGNC:575 0 IGKV1D- 22 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-22 (псевдоген) 2р11.2 Х71887 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:575 1 IGKV1D- 27 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-27 (псевдоген) 2р11.2 Z00004 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:575 2 IGKV1D- 32 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-32 (псевдоген) 2р11.2 Х71896 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:575 3 IGKV1D- 33 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-33 2р11.2 М64855 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:575 4 IGKV1D- 35 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-35 (псевдоген) 2р11.2 Х71894 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:575 5 IGKV1D- 37 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-37 (нефункциональный) IGKV1D37, 04 2р11.2 Х71893 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:575 IGKV1D- вариабельный 2р11.2 Х59312 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины
- 16 043425
6 39 каппа-цепи иммуноглобулина ID-39 /локус IGK»
HGNC:575 7 IGKV1D- 42 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина ID-42 (нефункциональный) 2р11.2 Х72816 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:575 8 IGKV1D- 43 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 1D-43 2р11.2 Х72817 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:578 8 IGKV2-4 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2- 4 (псевдоген) 2р11.2 Х72814 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:577 6 IGKV2-10 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2- 10 (псевдоген) 2р11.2 Z00012 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:577 7 IGKV2-14 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 214 (псевдоген) 2р11.2 Х72810 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:577 8 IGKV2-18 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2- 2р11.2 Х63400 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
18 (псевдоген)
HGNC:577 9 IGKV2-19 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2- 19 (псевдоген) 2р11.2 Х12692 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:578 0 IGKV2-23 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 223 (псевдоген) 2р11.2 Х71885 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:578 1 IGKV2-24 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2- 24 2р11.2 Х12684 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:578 2 IGKV2-26 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 226 (псевдоген) 2р11.2 Х71884 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:578 3 IGKV2-28 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2- 28 2р11.2 Х63397 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:578 4 IGKV2-29 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2- 29 (ген/псевдоген) 2р11.2 Х63396 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
- 17 043425
HGNC:578 5 IGKV2-30 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2- 30 2р11.2 Х63403 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:578 6 IGKV2-36 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 236 (псевдоген) 2р11.2 Х71889 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:578 7 IGKV2-38 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 238 (псевдоген) 2р11.2 Х71888 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:578 9 IGKV2-40 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2- 40 2р11.2 Х59314 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:579 2 IGKV2D- 10 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-10 (псевдоген) 2р11.2 Х17265 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:579 3 IGKV2D- 14 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-14 (псевдоген) 2р11.2 Х72811 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:579 4 IGKV2D- 18 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2р11.2 Х63395 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
2D-18 (псевдоген)
HGNC:579 5 IGKV2D- 19 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-19 (псевдоген) 2р11.2 Х71882 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:579 6 IGKV2D- 23 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-23 (псевдоген) 2р11.2 Х71887 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:579 7 IGKV2D- 24 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-24 (нефункциональный) 2р11.2 Х63401 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:579 8 IGKV2D- 26 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-26 2р11.2 Х12689 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:579 9 IGKV2D- 28 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-28 2р11.2 Х12691 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:580 0 IGKV2D- 29 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-29 2р11.2 М31952 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:580 IGKV2D- вариабельный 2р11.2 Х63402 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины
- 18 043425
1 30 каппа-цепи иммуноглобулина 2D-30 /локус IGK»
HGNC:580 2 IGKV2D- 36 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-36 (псевдоген) 2р11.2 Х71893 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:580 3 IGKV2D- 38 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-38 (псевдоген) 2р11.2 Х71892 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:580 4 IGKV2D- 40 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 2D-40 2р11.2 Х59311 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:582 1 IGKV3-7 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3- 7 (нефункциональный) 2р11.2 Х02725 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:581 5 IGKV3-11 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3- 11 2р11.2 Х01668 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:581 6 IGKV3-15 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3- 2р11.2 М23090 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
15
HGNC:581 7 IGKV3-20 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3- 20 2р11.2 Х12686 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:581 8 IGKV3-25 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 325 (псевдоген) 2р11.2 Х06583 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:581 9 IGKV3-31 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 331 (псевдоген) 2р11.2 Х71883 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:582 0 IGKV3-34 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3- 34 (псевдоген) 2р11.2 Х71891 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:582 9 IGKV3D-7 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3D-7 2р11.2 Х72820 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:582 3 IGKV3D- 11 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3D-11 2р11.2 Х17264 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
- 19 043425
HGNC:582 4 IGKV3D- 15 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3D-15 (ген/псевдоген) 2р11.2 Х72815 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:582 5 IGKV3D- 20 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3D-20 2р11.2 Х12687 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:582 6 IGKV3D- 25 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3D-25 (псевдоген) 2р11.2 Х71886 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:582 7 IGKV3D- 31 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3D-31 (псевдоген) 2р11.2 Х71896 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:582 8 IGKV3D- 34 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 3D-34 (псевдоген) 2р11.2 Х71895 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:583 4 IGKV4-1 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 4- 1 IGKV41, ВЗ 2р11.2 Z00023 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:583 5 IGKV5-2 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 5- 2 IGKV52, В2 2р11.2 Х02485 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:583 6 IGKV6-21 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 6- 21 (нефункциональный) IGKV621, А2 6 2р11.2 Х63399 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:583 7 IGKV6D- 21 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 6D-21 (нефункциональный) IGKV6D21, АЮ 2р11.2 Х12683 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:583 8 IGKV6D- 41 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 6D-41 (нефункциональный) 2р11.2 Х12688 NG_000833 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
HGNC:583 9 IGKV7-3 вариабельный каппа-цепи иммуноглобулина 7- 3 (псевдоген) 2р11.2 Х12682 NG_000834 IGK «Иммуноглобулины /локус IGK»
- 20 043425
В образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии одного или нескольких сегментов генов в локусе IGL. В образцовых аспектах один или более сегментов генов выбирают из группы, состоящей из
IGLC1, IGLC2, IGLC3, IGLC4,
IGLC5, IGLC6, IGLC7, IGLCOR22-1, IGLJ1, IGLJ2, IGLJ3, IGLJ4, IGLJ5, IGLJ6, IGLJ7, IGLL1, IGLL3, IGLON5, IGLV10-54, IGLV10-67, IGLV11-55, IGLV1-36, IGLV1-40, IGLV1-41, IGLV1-44, IGLV1-47,
IGLV1-50, IGLV1-51, IGLV1-62, IGLV2-11, IGLV2-14, IGLV2-18,
IGLV2-23, IGLV2-28, IGLV2-33, IGLV2-34, IGLV2-5, IGLV2-8, IGLV31, IGLV3-10, IGLV3-12, IGLV3-13, IGLV3-15, IGLV3-16, IGLV3-17,
IGLV3-19, IGLV3-2, IGLV3-21, IGLV3-22, IGLV3-24, IGLV3-25,
IGLV3-26, IGLV3-27, IGLV3-29, IGLV3-30, IGLV3-31, IGLV3-32,
IGLV3-4, IGLV3-6, IGLV3-7, IGLV3-9, IGLV4-3, IGLV4-60, IGLV4-69, IGLV5-37, IGLV5-45, IGLV5-48, IGLV5-52, IGLV6-57, IGLV7-35,
IGLV7-43, IGLV7-46, IGLV8-61, IGLV9-49, IGLVI-20, IGLVI-38,
IGLVI-42, IGLVI-56, IGLVI-63, IGLVI-68, IGLVI-70, IGLVIV-53, IGLVIV-59, IGLVIV-64, IGLVIV-65, IGLVIV-66-1, IGLW-58, IGLW66, IGLWI-22-1, IGLWI-25-1 и IGLWII-41-1.
В образцовых аспектах один или более сегментов генов в локусе IgL содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-350. В образцовых аспектах один или более сегментов генов в локусе IGL представляет собой тот, который приведен в следующей таблице.__________
HGNC ID Принятый символ Принятое название Предыдущие символы Синонимы Хромосома Номера доступа ID эталонн. послед . Метка семейства генов Описание семейства генов
HGNC:585 3 IGL локус лямбда-цепи иммуноглобулина IGL@ 22qll.2 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:585 5 IGLC1 константный лямбда-цепи иммуноглобулина 1 (маркер Мед) IGLC 22qll.2 J00252 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:585 6 IGLC2 константный лямбда-цепи иммуноглобулина 2 (маркер Kern-Oz-) IGLC 22qll.2 J00253 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:585 7 IGLC3 константный лямбда-цепи иммуноглобулина 3 (маркер Kern-Oz+) IGLC 22qll.2 J00254 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:585 8 IGLC4 константный лямбда-цепи иммуноглобулина 4 (псевдоген) IGLC 22qll.2 J03009 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:585 9 IGLC5 константный лямбда-цепи иммуноглобулина 5 (псевдоген) IGLC 22qll.2 J03010 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:586 0 IGLC6 константный лямбда-цепи IGLC 22qll.2 J03011 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
- 21 043425
иммуноглобулина 6 (маркер Kern+Οζ-, ген/псевдоген)
HGNC:586 1 IGLC7 константный лямбда-цепи иммуноглобулина 7 22qll.2 X51755 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:586 3 IGLJ1 соединяющий лямбда-цепи иммуноглобулина 1 22qll.2 X04457 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:586 4 IGLJ2 соединяющий лямбда-цепи иммуноглобулина 2 22qll.2 M15641 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:586 5 IGLJ3 соединяющий лямбда-цепи иммуноглобулина 3 22qll.2 M15642 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:586 6 IGLJ4 соединяющий лямбда-цепи иммуноглобулина 4 (нефункциональный) 22qll.2 X51755 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:586 7 IGLJ5 соединяющий лямбда-цепи иммуноглобулина 5 (нефункциональный) 22qll.2 X51755 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:586 8 IGLJ6 соединяющий лямбда-цепи иммуноглобулина 6 22qll.2 M18338 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:586 IGLJ7 соединяющий 22qll.2 X51755 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин
9 лямбда-цепи иммуноглобулина 7 ы/локус IGL»
HGNC:587 6 IGLV1-36 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 136 22qll.2 Z73653 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:587 7 IGLV1-40 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 140 22qll.2 M94116 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:587 8 IGLV1-41 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 1- 41 (псевдоген) 22qll.2 M94118 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:587 9 IGLV1-44 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 144 22qll.2 Z73654 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:588 0 IGLV1-47 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 147 22qll.2 Z73663 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:588 1 IGLV1-50 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 1- 50 (нефункциональный) 22qll.2 M94112 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
- 22 043425
HGNC:588 2 IGLV1-51 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 151 22qll.2 Z73661 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:588 3 IGLV1-62 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 1- 62 (псевдоген) 22qll.2 D87022 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:589 4 IGLV2-5 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 2- 5 (псевдоген) 22qll.2 Z73641 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:589 5 IGLV2-8 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 28 22qll.2 X97462 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:588 7 IGLV2-11 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 211 22qll.2 Z73657 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:588 8 IGLV2-14 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 214 22qll.2 Z73664 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:588 9 IGLV2-18 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 2- 22qll.2 Z73642 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
18
HGNC:589 0 IGLV2-23 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 223 22qll.2 X14616 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:589 1 IGLV2-28 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 2- 28 (псевдоген) 22qll.2 X97466 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:589 2 IGLV2-33 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 233 (нефункциональный) 22qll.2 Z73643 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:589 3 IGLV2-34 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 2- 34 (псевдоген) 22qll.2 D87013 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:589 6 IGLV3-1 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 31 22qll.2 X57826 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:590 4 IGLV3-2 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 2 (псевдоген) 22qll.2 X97468 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:591 IGLV3-4 вариабельный 22qll.2 D87024 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин
- 23 043425
5 лямбда-цепи иммуноглобулина 34 (псевдоген) ы/локус IGL»
HGNC:591 6 IGLV3-6 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 6 (псевдоген) 22qll.2 X97465 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:591 7 IGLV3-7 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 7 (псевдоген) 22qll.2 X97470 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:591 8 IGLV3-9 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 9 (ген/псевдоген) 22qll.2 X97473 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:589 7 IGLV3-10 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 310 22qll.2 X97464 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:589 8 IGLV3-12 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 312 22qll.2 Z73658 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:589 9 IGLV3-13 вариабельный лямбда-цепи 22qll.2 X97463 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
иммуноглобулина 3- 13 (псевдоген)
HGNC:590 0 IGLV3-15 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 15 (псевдоген) 22qll.2 D87015 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:590 1 IGLV3-16 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 316 22qll.2 X97471 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:590 2 IGLV3-17 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 17 (псевдоген) 22qll.2 X97472 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:590 3 IGLV3-19 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 319 22qll.2 X56178 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:590 5 IGLV3-21 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 321 22qll.2 X71966 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
- 24 043425
HGNC:590 6 IGLV3-22 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 22 (ген/псевдоген) 22qll.2 Z73666 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:590 7 IGLV3-24 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 24 (псевдоген) 22qll.2 X71968 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:590 8 IGLV3-25 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 325 22qll.2 X97474 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:590 9 IGLV3-26 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 26 (псевдоген) 22qll.2 X97467 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:591 0 IGLV3-27 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 327 22qll.2 D86994 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:591 1 IGLV3-29 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 29 (псевдоген) 22qll.2 Z73644 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:591 2 IGLV3-30 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 30 (псевдоген) 22qll.2 Z73646 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:591 3 IGLV3-31 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 3- 31 (псевдоген) 22qll.2 X97469 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:591 4 IGLV3-32 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 332 (нефункциональный) 22qll.2 Z73645 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:591 9 IGLV4-3 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 43 22qll.2 X57828 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:592 0 IGLV4-60 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 460 22qll.2 Z73667 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:592 1 IGLV4-69 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 469 22qll.2 Z73648 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
- 25 043425
HGNC:592 2 IGLV5-37 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 537 22qll.2 Z73672 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:592 3 IGLV5-39 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 539 22qll.2 Z73668 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:592 4 IGLV5-45 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 545 22qll.2 Z73670 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:592 5 IGLV5-48 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 548 (нефункциональный) 22qll.2 Z73649 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:592 6 IGLV5-52 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 552 22qll.2 Z73669 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:592 7 IGLV6-57 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 657 22qll.2 Z73673 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:592 8 IGLV7-35 вариабельный лямбда-цепи 22qll.2 Z73660 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
иммуноглобулина 7- 35 (псевдоген)
HGNC:592 9 IGLV7-43 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 743 22qll.2 X14614 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:593 0 IGLV7-46 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 7- 46 (ген/псевдоген) 22qll.2 Z73674 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:593 1 IGLV8-61 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 861 22qll.2 Z73650 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:593 3 IGLV9-49 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 949 22qll.2 Z73675 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:588 4 IGLV10- 54 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 10-54 22qll.2 Z73676 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:588 5 IGLV10- 67 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 10-67 (псевдоген) 22qll.2 Z73651 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
- 26 043425
HGNC:588 6 IGLV11- 55 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 11-55 (нефункциональный) 22qll.2 D86996 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:593 4 IGLVI-20 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (1)-20 (псевдоген) IGLV(I)-20 22qll.2 D87007 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:593 5 IGLVI-38 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (1)-38 (псевдоген) IGLV(I)-38 22qll.2 D87009 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:593 6 IGLVI-42 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (1)-42 (псевдоген) IGLV(I)-42 22qll.2 X14613 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:593 7 IGLVI-56 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (1)-56 (псевдоген) IGLV(I)-56 22qll.2 D86996 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:593 8 IGLVI-63 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (I)-63 (псевдоген) IGLV(I)-63 22qll.2 D87022 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:593 9 IGLVI-68 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (1)-68 (псевдоген) IGLV(I)-68 22qll.2 D86993 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:594 0 IGLVI-70 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (1)-70 (псевдоген) IGLV(I)-70 22qll.2 D86993 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:594 1 IGLVIV- 53 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (IV)-53 (псевдоген) IGLV(IV)53 22qll.2 D86996 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:594 2 IGLVIV- 59 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (IV)-59 (псевдоген) IGLV(IV)59 22qll.2 D87000 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:594 3 IGLVIV- 64 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (IV)-64 (псевдоген) IGLV(IV)64 22qll.2 D87022 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:594 IGLVIV- вариабельный IGLV(IV)- 22qll.2 D87022 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин
- 27 043425
4 65 лямбда-цепи иммуноглобулина (IV)-65 (псевдоген) 65 ы/локус IGL»
HGNC:156 92 IGLVIV- 66-1 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (IV)-66-1 (псевдоген) IGLV(IV)66-1 22qll.2 D87004 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:594 5 IGLW-58 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (V)-58 (псевдоген) IGLV(V)-58 22qll.2 D87000 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:594 6 IGLW-66 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (V)-66 (псевдоген) IGLV(V)-66 22qll.2 D87004 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:156 89 IGLWI- 22-1 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (VI)-22-1 (псевдоген) IGLV(VI)22-1 22qll.2 X71351 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
HGNC:156 90 IGLWI- 25-1 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (VI)-25-1 IGLV(VI)25-1 22qll.2 D86994 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
(псевдоген)
HGNC:156 91 IGLWII- 41-1 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (VII)-41-1 (псевдоген) IGLV(VII)41-1 22qll.2 X99568 NG_000002 IGL «Иммуноглобулин ы/локус IGL»
В образцовых аспектах способ включает измерение экспрессии одного или нескольких орфонных сегментов генов IGH, IGK или IGL, и необязательно один или более сегментов генов представляет собой тот, который приведен в следующей таблице. _____________________________________________
HGNC ID Принятый символ Принятое название Предыдущие символы Синонимы Хромосома Номера доступа ID эталоны . послед . Метка семей ства генов Описание семейства генов
HGNC:5487 IGHD1OR15- 1A разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-1A (нефункциональный) IGHD1/OR151А, IGHD1OR151A 15qll.2 X55575 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5488 IGHD1OR15- 1B разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-1B (нефункциональный) IGHD1/OR151В, IGHD1OR151B 15qll.2 X55576 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5493 IGHD2OR15- 2A разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 2/OR15-2A (нефункциональный) IGHD2/OR15- 2А, IGHD2OR152A 15qll.2 X55577 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5494 IGHD2OR15- 2B разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 2/OR15-2B (нефункциональный) IGHD2/OR15- 2В, IGHD2OR152B 15qll.2 X55578 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5500 IGHD3OR15- 3A разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина IGHD3/OR15- ЗА, IGHD3OR153A 15qll.2 X55579 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
- 28 043425
3/OR15-3A (нефункциональный)
HGNC:5501 IGHD3OR15- 3B разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR15-3B (нефункциональный) IGHD3/OR15- ЗВ, IGHD3OR153B 15qll.2 X55580 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5506 IGHD4OR15- 4A разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 4/OR15-4A (нефункциональный) IGHD4/OR15- 4А, IGHD4OR154A 15qll.2 X55581 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5507 IGHD4OR15- 4B разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 4/OR15-4B (нефункциональный) IGHD4/OR15- 4В, IGHD4OR154B 15qll.2 X55582 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5512 IGHD5OR15- 5A разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина 5/OR15-5A (нефункциональный) IGHD5/OR15- 5А, IGHD5OR155A 15qll.2 X55583 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5513 IGHD5OR15- 5B разнообразие тяжелой цепи иммуноглобулина IGHD5/OR15- 5В, IGHD5OR155B 15qll.2 X55584 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
5/OR15-5B (нефункциональный)
HGNC:5524 IGHEP2 константный тяжелой цепи иммуноглобулина эпсилон Р2 (псевдоген) 9p24.1 K01241 NG_003254 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5563 IGHV1OR15- 1 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-1 (нефункциональный) IGHV1/OR15-1 15qll.2 Z29631 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5564 IGHV1OR152 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-2 (псевдоген) IGHV1/OR15-2 15qll.1 L25543 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5565 IGHV1OR153 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-3 (псевдоген) IGHV1/OR15-3 15qll.2 Z29595 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5566 IGHV1OR154 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-4 (псевдоген) IGHV1/OR15-4 15qll.2 Z29596 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
- 29 043425
HGNC:5567 IGHV1OR155 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-5 (нефункциональный) IGHV1/OR15-5 15qll.2 Z29633 NG_016978 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5568 IGHV1OR15- 6 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-6 (псевдоген) IGHV1/OR15-6 15qll.2 Z29634 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5569 IGHV1OR15- 9 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR15-9 (нефункциональный) VSIG7 IGHV1/OR15-9, IGHV1OR159 15qll.1 L25542 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5570 IGHV1OR16- 1 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR16-1 (псевдоген) IGHV1/OR16-1 16pll.2 Z29599 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5571 IGHV1OR16- 2 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR16-2 (псевдоген) IGHV1/OR16-2 16pll.2 Z29600 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5572 IGHV1OR163 вариабельный тяжелой цепи IGHV1/OR16-3 1бр11.2 Z29639 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны
иммуноглобулина 1/OR16-3 (псевдоген) IGH»
HGNC:5573 IGHV1OR164 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR16-4 (псевдоген) IGHV1/OR16-4 16р11.2 Z17397 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:3804 0 IGHV1OR21- 1 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 1/OR21-1 (нефункциональный) IGHV1/OR21-1 21р11.2 NG_011680 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5579 IGHV2OR165 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 2/OR16-5 (нефункциональный) IGHV2/OR16-5 16р11.2 L25544 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5633 IGHV3OR157 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR15-7 (псевдоген) IGHV3/OR15-7 15qll.2 Z29597 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5641 IGHV3OR16- 6 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-6 IGHV3/OR16-6 16р11.2 L25545 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
- 30 043425
(псевдоген)
HGNC:5642 IGHV3OR167 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-7 (псевдоген) IGHV3/OR16-7 16р11.2 Z29604 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5643 IGHV3OR16- 8 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-8 (нефункциональный) IGHV3/OR16-8 16р11.2 Z29605 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5644 IGHV3OR16- 9 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-9 (нефункциональный) IGHV3/OR16-9 16р11.2 Z29606 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5634 IGHV3OR16- 10 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-10 (нефункциональный) IGHV3/OR16-10 16р11.2 Z29607 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5635 IGHV3OR16- 11 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-11 (псевдоген) IGHV3/OR16-11 16р11.2 Z29608 IGHO «Иммуноглобул ины/opфоны IGH»
HGNC:5636 IGHV3OR16- вариабельный IGHV3/OR16-12 16р11.2 Z29609 IGHO «Иммуноглобул
12 тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-12 (нефункциональный) ины/орфоны IGH»
HGNC:5637 IGHV3OR16- 13 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-13 (нефункциональный) IGHV3/OR16-13 16р11.2 Z29610 NG_011771 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5638 IGHV3OR16- 14 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-14 (псевдоген) IGHV3/OR16-14 16р11.2 Z29611 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5639 IGHV3OR16- 15 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-15 (псевдоген) IGHV3/OR16-15 16р11.2 L25546 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5640 IGHV3OR16- 16 вариабельный тяжелой цепи иммуноглобулина 3/OR16-16 (псевдоген) IGHV3/OR16-16 16р11.2 Z29613 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны IGH»
HGNC:5658 IGHV4OR15- 8 вариабельный тяжелой цепи VSIG6 IGHV4/OR15-8, IGHV4OR158 15qll.2 Z29598 IGHO «Иммуноглобул ины/орфоны
- 31 043425
иммуноглобулина 4/OR15-8 (нефункциональный) IGH»
HGNC:5761 IGKV1OR-2 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR-2 (псевдоген) IGKVPZ2 IGKV1/OR-2 9q21.11 X64640 NG_011657 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5762 IGKV1OR-3 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR-3 (псевдоген) IGKVPZ3 IGKV1/OR-3 9ql2 X64641 I GKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5763 IGKV1OR-4 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR-4 (псевдоген) IGKVPZ4 IGKV1/OR-4 reserved X64642 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5764 IGKV1OR1-1 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR1-1 (псевдоген) IGKVP1 IGKV1/OR1-1 1 M20809 NG_011766 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5766 IGKV1OR2-0 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR2-0 (нефункциональный) IGKV1/OR2-0 2pll.2 Y08392 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5760 IGKV1OR2-1 вариабельный каппа цепи IGKVPZ1, IGKV1OR-1 IGKV1/OR-1, IGKV1/OR2-1 2pll.1 Z12367 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны
иммуноглобулина 1/OR2-1 (псевдоген) IGK»
HGNC:5769 IGKV1OR2-3 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR2-3 (псевдоген) IGKV1/OR2-3 2qll.2 X05102 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5770 IGKV1OR2-6 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR2-6 (псевдоген) IGKV1/OR2-6 2qll.2 X05103 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5771 IGKV1OR2-9 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR2-9 (псевдоген) IGKV1/OR2-9 2qll.2 X51879 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5768 IGKV1OR2- 11 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR2-11 (псевдоген) IGKV1/OR2-11 2qll.2 X51885 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5767 IGKV1OR2- 108 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR2-108 IGKV1/OR2108, IGKV1OR2108, IGO1 2ql2-ql4 X51887 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
- 32 043425
(нефункциональный)
HGNC:3748 8 IGKV1OR2- 118 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR2-118 (псевдоген) IGKV1/OR2-118 2pll.1 NG_011659 IGKO «Иммуноглобул ины/opфоны IGK»
HGNC:4497 8 IGKV1OR10- 1 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR10-1 (псевдоген) IGKV1/OR10-1 10qll.21 I GKO «Иммуноглобул ины/opфоны IGK»
HGNC:5765 IGKV1OR15- 118 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR15-118 (псевдоген) IGKVP2 IGKV1/OR-118 , IGKV1/OR15118 15 IGKO «Иммуноглобул ины/opфоны IGK»
HGNC:5772 IGKV1OR22- 1 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR22-1 (псевдоген) IGKVP5 IGKV1/OR22-1 22qll Z00040 NG_011658 IGKO «Иммуноглобул ины/opфоны IGK»
HGNC:5773 IGKV1OR225 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/OR22-5 (псевдоген) IGKVP7, IGKV1OR225А IGKV1/OR22-5, IGKV1/OR22-5A 22qll Z00003 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:3772 9 IGKV1ORY-1 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 1/ORY-1 (псевдоген) IGKV1/ORY-1 Yqll.21 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5805 IGKV2OR2-1 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 2/OR2-1 (псевдоген) IGKV2OR2- 1А IGKV2/OR2-1, IGKV2/OR2-1A 2qll.2 X05101 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5808 IGKV2OR2-2 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 2/OR2-2 (псевдоген) IGKV2/OR2-2 2qll.2 X51884 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5809 IGKV2OR2-4 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 2/OR2-4 (псевдоген) IGKV2/OR2-4 2qll.2 X51883 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5810 IGKV2OR2-7 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 2/OR2-7 (псевдоген) IGKV2/OR2-7 2qll.2 X51881 NG_011671 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
- 33 043425
HGNC:3748 9 IGKV2OR2- 7D вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 2/OR2-7D (псевдоген) IGKV2/OR2-7D 2qll.2 X51881 I GKO «Иммуноглобул ины/opфоны IGK»
HGNC:5811 IGKV2OR2-8 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 2/OR2-8 (псевдоген) IGKV2/OR2-8 2qll.2 X51880 NG_011662 IGKO «Иммуноглобул ины/opфоны IGK»
HGNC:5806 IGKV2OR2- 10 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 2/OR2-10 (псевдоген) IGKV2/OR2-10 2qll.2 X51886 NG_011661 IGKO «Иммуноглобул ины/opфоны IGK»
HGNC:5812 IGKV2OR223 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 2/OR22-3 (псевдоген) IGKVP4 IGKV2/OR22-3 22qll Z00041 IGKO «Иммуноглобул ины/opфоны IGK»
HGNC:5813 IGKV2OR22- 4 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 2/OR22-4 (псевдоген) IGKVP6 IGKV2/OR22-4 22qll M20707 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5832 IGKV3OR2-5 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 3/OR2-5 (псевдоген) IGKV3/OR2-5 2qll.2 X51882 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5830 IGKV3OR2- 268 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 3/OR2-268 (нефункциональный) IGKV268, IGKV3OR2- 268А IGKV3/OR2268, IGKV3/OR2268А 2pl2 X74459 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:5833 IGKV3OR222 вариабельный каппа цепи иммуноглобулина 3/OR22-2 (псевдоген) IGKVP3 IGKV3/OR22-2 22qll Z00042 IGKO «Иммуноглобул ины/орфоны IGK»
HGNC:1569 6 IGLCOR22-1 константный лямбда-цепи иммуноглобулина/OR 22-1 (псевдоген) IGLC/OR22-1 22ql2.2ql2.3 AL00872 3 IGLO «Иммуноглобул ины/орфоны IGL»
HGNC:1569 7 IGLCOR22-2 константный лямбда-цепи иммуноглобулина/OR 22-2 (псевдоген) IGLC/OR22-2 22ql2.2ql2.3 AL02193 7 IGLO «Иммуноглобул ины/орфоны IGL»
HGNC:2861 4 IGLJCOR18 соединяющийконстантный лямбда-цепи иммуноглобулина/OR 18 (псевдоген) IGLJ-COR18, IGLJ-C/OR18 18pll.31 J00255 XM_497569 IGLO «Иммуноглобул ины/орфоны IGL»
HGNC:5932 IGLV8OR8-1 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина 8/OR8-1 (псевдоген) IGLV8/OR8-1 8qll.2 Y08831 IGLO «Иммуноглобул ины/орфоны IGL»
HGNC:1569 4 IGLVIVOR22 -1 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (IV)/OR22-1 (псевдоген) IGLV(IV)/OR22 -1 22qll.2ql2.1 AL00872 1 IGLO «Иммуноглобул ины/орфоны IGL»
HGNC:1569 5 IGLVIVOR22 -2 вариабельный лямбда-цепи иммуноглобулина (IV)/OR22-2 (псевдоген) IGLV(IV)/OR22 -2 22ql2.2q!2.3 AL02193 7 IGLO «Иммуноглобул ины/орфоны IGL»
- 34 043425
В образцовых аспектах патентоспособных способов, предоставленных в настоящем документе, способ включает измерение уровня экспрессии всех сегментов генов в локусах IGH, IGK и IGL и всех орфонных сегментов генов IGH, всех орфонных сегментов генов IGK и всех орфонных сегментов генов IGL. В образцовых аспектах уровень экспрессии представляет собой сумму уровней экспрессии больше, чем одного сегмента гена локуса IgH, локуса IgK и/или локуса IgL. В образцовых аспектах уровень экспрессии Ig представляет собой сумму уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgH и необязательно всех орфонных сегментов генов IGH. В образцовых аспектах уровень экспрессии Ig представляет собой сумму уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgK и необязательно всех орфонных сегментов генов IGK. В образцовых аспектах уровень экспрессии Ig представляет собой сумму уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgL и необязательно всех орфонных сегментов генов IGL. В образцовых аспектах уровень экспрессии Ig представляет собой сумму (i) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgH, (ii) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgK, и (iii) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgL и необязательно всех орфонных сегментов генов IgH, всех орфонных сегментов генов IgK и всех орфонных сегментов генов IGL.
FCGR2B.
В образцовых аспектах в образце, который получен от субъекта, измеряют уровень экспрессии FCGR2B. FCGR2B также известен как CD32, рецептор IIb Fc фрагмента IgG с низкой аффинностью. Ген, кодирующий FCGR2B, расположен в хромосоме 1q23. Образцовые последовательности, которые кодируют FCGR2B, предоставлены в настоящем документе как SEQ ID NO: 351 и 352, но также известны в данной области. Ген FCGR2B представляет собой ген Entrez № 2213. Нуклеотидная последовательность и аминокислотная последовательность доступны в базе данных о нуклеотидах NCBI под № доступа NM_004001 и NP_003992,3 (SEQ ID NO: 352 и 353 соответственно).
Гены и сегменты генов из табл. 4.
В образцовых аспектах в образце, который получен от субъекта, измеряют уровень экспрессии одного или нескольких генов (или сегментов генов), перечисленных в табл. 4, которая приведена далее. Как используют в настоящем документе, термин ген относится как к гену, так и сегментам генов. Табл. 4 содержит для каждого гена (или сегмента гена):
(i) символ гена по HUGO, если доступно, (ii) название гена по Ensembl, (iii) данные об уровне экспрессии гена, и (iv) статистические данные: P-значения и Q-значения.
Символ гена по HUGO представляет собой название, которое определяет и одобряет HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC). HGNC одобряет короткую форму сокращения, известную как символ гена, а также более длинное и более описательное название. Каждый символ гена уникален и HGNC гарантирует, что каждому гену присваивают только один одобренный символ гена. Этот уникальный символ гена предусматривает ясную и однозначную ссылку на гены в научных коммуникациях и облегчает извлечение электронных данных из баз данных и публикаций. Символы гена также поддерживают параллельную конструкцию для различных элементов семейства генов, и также их можно использовать для ортологичных генов у других видов позвоночных. Запись для каждого символа гена, перечисленного в табл. 4, публично доступна через базу данных HGNC. База данных HGNC представляет собой курируемый репозиторий онлайн с одобренной HGNC номенклатурой генов, семействами генов и ассоциированными источниками, включая ссылки на геномную, протеомную и фенотипическую информацию. База данных HGNC содержит записи для более чем 38000 символов генов и публично доступна в интернете по адресу: http://www.genenames.org. Название гена по Ensembl, предоставленное в табл. 4, представляет собой то, что приведено в записи базы данных HGNC для указанного гена или сегмента гена. Проект Ensembl создает геномные базы данных для позвоночных и других эукариотических видов и делает эту информацию свободно доступной в интернете по адресу: http://uswest.ensembl.org/index.html. Когда это название гена по Ensembl или номер доступа вводят в окно поиска по указанному выше адресу, можно получать последовательность гена, а также другую структурную информацию о гене.
Эталонные уровни и эталонные значения.
В образцовых вариантах осуществления патентоспособных способов, уровень экспрессии указанного гена(ов) или сегмент(ов) гена сравнивают с эталонным уровнем или эталонным значением. Как используют в настоящем документе, термин эталонный уровень представляет собой порог, с которым сравнивают измеряемый уровень экспрессии, который коррелирует с предварительно определяемым процентом специфичности и/или предварительно определяемым процентом чувствительности, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC). В образцовых аспектах кривая ROC основана на распределении уровней экспрессии биологического маркера в популяции отвечающих организмов и распределении уровней экспрессии биологического маркера популяции неотвечающих организмов. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с Х% специфичности и Y% чувствительности, как определяют с помощью кривой ROC, где каждое из X и Y выбирают из 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 и 99.
- 35 043425
В образцовых аспектах когда уровень экспрессии Ig измеряют или он измерен, эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с предварительно определяемым процентом специфичности и/или предварительно определяемым процентом чувствительности, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC). В образцовых аспектах кривая ROC основана на распределении уровней экспрессии Ig в популяции отвечающих организмов и распределении уровней экспрессии Ig в популяции неотвечающих организмов. Образцовые определения для отвечающих организмов и неотвечающих организмов находятся в настоящем документе в примере 2. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой точку на кривой ROC, в которой процент специфичности составляет Х%, где X выбирают из 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 и 99. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой точку на кривой ROC, в которой процент чувствительности составляет Y%, где Y выбирают из 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 и 99. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 75% и процентом чувствительности по меньшей мере 75%, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 85% и процентом чувствительности по меньшей мере 85%, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 90% и процентом чувствительности по меньшей мере 90%, как определяют с помощью кривой ROC.
В образцовых аспектах когда уровень экспрессии FCGR2B измеряют или измерен, эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с предварительно определяемым процентом специфичности и/или предварительно определяемым процентом чувствительности, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах кривая ROC основана на распределении уровней экспрессии FCGR2B в популяции отвечающих организмов и распределении уровней экспрессии FCGR2B в популяции неотвечающих организмов. Образцовые определения для отвечающих организмов и неотвечающих организмов находятся в настоящем документе в примере 2. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой точку на кривой ROC, в которой процент специфичности составляет Х%, где X выбирают из 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 и 99. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой точку на кривой ROC, в которой процент чувствительности составляет Y%, где Y выбирают из 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 и 99. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 75% и процентом чувствительности по меньшей мере 75%, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 85% и процентом чувствительности по меньшей мере 85%, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 90% и процентом чувствительности по меньшей мере 90%, как определяют с помощью кривой ROC.
В образцовых аспектах когда уровень экспрессии гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4, измеряют или измерен, эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с предварительно определяемым процентом специфичности и/или предварительно определяемым процентом чувствительности, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах кривая ROC основана на распределении уровней экспрессии гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4, в популяции отвечающих организмов и распределении уровней экспрессии гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4, в популяции неотвечающих организмов. Образцовые определения для отвечающих организмов и неотвечающих организмов находятся в настоящем документе в примере 2. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой точку на кривой ROC, в которой процент специфичности составляет Х%, где X выбирают из 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 и 99. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой точку на кривой ROC, в которой процент чувствительности составляет Y%, где Y выбирают из 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 и 99. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 75% и процентом чувствительности по меньшей мере 75%, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 85% и процентом чувствительности по меньшей мере 85%, как определяют с помощью кривой ROC. В образцовых аспектах эталонный уровень представляет собой порог, который
- 36 043425 коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 90% и процентом чувствительности по меньшей мере 90%, как определяют с помощью кривой ROC.
В образцовых аспектах уровень экспрессии, измеряемый в образце, выше эталонного уровня или эталонного значения. В образцовых аспектах когда уровень экспрессии, измеряемый в образце, выше эталонного уровня или эталонного значения и измеряемый уровень экспрессии составляет таковой для Ig, FCGR2B или гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4 и помеченного в качестве имеющего изменение в уровне экспрессии гена вверх, способ включает введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом или выбор схемы лечения, которая включает введение ингибитора протеасом. В образцовых аспектах когда уровень экспрессии, измеряемый в образце, ниже эталонного уровня или эталонного значения и измеряемый уровень экспрессии составляет таковой для Ig, FCGR2B или гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4 и помеченного в качестве имеющего изменение в уровне экспрессии гена вверх, эффективное количество ингибитора протеасом не вводят субъекту или не выбирают схему лечения, которая включает введение ингибитора протеасом, или выбирают схему лечения, которая не включает введение ингибитора протеасом.
В образцовых аспектах уровень экспрессии, измеряемый в образце, ниже эталонного уровня или эталонного значения. В образцовых аспектах когда уровень экспрессии, измеряемый в образце, ниже эталонного уровня или эталонного значения и измеряемый уровень экспрессии составляет таковой для гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4 и помеченного в качестве имеющего изменение в уровне экспрессии гена вниз, способ включает введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом или выбор схемы лечения, которая включает введение ингибитора протеасом. В образцовых аспектах когда уровень экспрессии, измеряемый в образце, выше эталонного уровня или эталонного значения и измеряемый уровень экспрессии составляет таковой для гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4 и помеченного в качестве имеющего изменение в уровне экспрессии гена вниз, эффективное количество ингибитора протеасом не вводят субъекту или не выбирают схему лечения, которая включает введение ингибитора протеасом, или выбирают схему лечения, которая не включает введение ингибитора протеасом.
В образцовых аспектах уровень экспрессии, измеряемый в образце, больше, чем или выше эталонного уровня или эталонного значения. Степень, в которой измеряемый уровень экспрессии превышает эталонный уровень или эталонное значение, может представлять собой любую степень. В образцовых аспектах измеряемый уровень экспрессии составляет по меньшей мере или приблизительно на 10% больше, чем эталонный уровень (например, по меньшей мере или приблизительно на 15% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 20% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 25% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 30% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 35% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 40% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 45% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 50% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 55% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 60% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 65% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 70% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 75% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 80% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 85% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 90% больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 95% больше, чем эталонный уровень). В образцовых аспектах измеряемый уровень экспрессии по меньшей мере 2-кратно больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 3-кратно больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 4-кратно больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 5кратно больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 6-кратно больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 7-кратно больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 8-кратно больше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 9-кратно больше, чем эталонный уровень, или по меньшей мере 10кратно больше, чем эталонный уровень.
В образцовых аспектах уровень экспрессии, измеряемый в образце, ниже или меньше, чем эталонный уровень или эталонное значение. Степень, в которой измеряемый уровень экспрессии ниже эталонного уровня или эталонного значения, может представлять собой любую степень. В образцовых аспектах измеряемый уровень экспрессии по меньшей мере или приблизительно на 10% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 15% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 20% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 25% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 30% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 35% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 40% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 45% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 50% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 55% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 60% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей ме
- 37 043425 ре или приблизительно на 65% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 70% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 75% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 80% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 85% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 90% меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере или приблизительно на 95% меньше, чем эталонный уровень. В образцовых аспектах измеряемый уровень экспрессии по меньшей мере 2-кратно меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 3-кратно меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 4-кратно меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 5-кратно меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 6-кратно меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 7кратно меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 8-кратно меньше, чем эталонный уровень, по меньшей мере 9-кратно меньше, чем эталонный уровень, или по меньшей мере 10-кратно меньше, чем эталонный уровень.
В образцовых аспектах эталонный уровень нормализуют по конститутивному гену, такому как ген β-актина или ген GADPH. Уровни можно нормализовать по другому конститутивному гену, такому как любой из тех, что описаны в настоящем документе. В образцовых аспектах эталонный уровень не нормализуют по конститутивному гену. В образцовых аспектах эталонный уровень нормализуют, когда нормализуют измеряемый уровень экспрессии, или не нормализуют, когда не нормализуют измеряемый уровень экспрессии.
Отвечающие организмы и неотвечающие организмы Как используют в настоящем документе, термин отвечающий организм относится к тому, кто имеет множественную миелому, кого лечили упоминаемым лекарственным средством, например, ингибитором протеасом, и кто ответил на лечение упоминаемым лекарственным средством, где ответ на лечение представляет собой то, что определено в International Myeloma Working Group в Durie et al., International uniform response criteria for multiple myeloma Leukemia, vol. 20, № 10, (2006). В образцовых аспектах отвечающий организм представляет собой того, кто демонстрировал полную реакцию (CR), убедительную полную реакцию (sCR), очень хорошую частичную реакцию (VGPR) или частичную реакцию (PR). Определения для CR, sCR, VGPR и PR известны в данной области. См., Durie et al., 2006, выше. В образцовых аспектах отвечающий организм представляет собой того, кто демонстрировал CR, sCR, VGPR, PR или минимальную реакцию (MR). Отвечающий организм, который демонстрировал MR, представляет собой того, кто демонстрировал по меньшей мере 25% снижение уровней парапротеинов при лечении.
Как используют в настоящем документе, термин неотвечающий организм относится к тому, который имеет множественную миелому, кого лечили упоминаемым лекарственным средством, например, ингибитором протеасом, и кто не реагировал на лечение упоминаемым лекарственным средством, где реакцию на лечение определяют с помощью International Myeloma Working Group в Durie et al., 2006, выше. В образцовых аспектах неотвечающим организмом является тот, который не отвечает критериям для отвечающего организма. В образцовых аспектах неотвечающим организмом является тот, кто демонстрировал прогрессирующее заболевание (PD). В образцовых аспектах неотвечающим организмом является тот, кто демонстрировал PD или стабильное заболевание (SD).
Дополнительные стадии.
В образцовых аспектах способ может включать дополнительные стадии. Например, способ может включать повторение одной или нескольких из перечисленных стадий способа. Соответственно в образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии Ig, FCGR2B и/или одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4, больше, чем один раз. В образцовых аспектах способ включает измерение образцов, получаемых от субъекта каждые от 6 до 12 месяцев, где измерение основано на другом биологическом образце, полученном от того же субъекта.
В образцовых аспектах способ включает измерение в образце больше, чем одного уровня экспрессии. Например, способ может включать измерение в образце уровня экспрессии Ig и FCGR2B. С дополнительных или альтернативных аспектах, способ может включать измерение в образце по меньшей мере одного гена, перечисленного в табл. 4. В образцовых аспектах способ может включать измерение в образце экспрессии Ig и по меньшей мере одного гена, перечисленного в табл. 4, или может включать измерение в образце экспрессии FCGR2B и по меньшей мере одного гена, перечисленного в табл. 4. В образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии больше чем одного, больше чем двух, больше чем трех, больше чем четырех, больше чем пяти, больше чем шести, больше чем семи, больше чем восьми, больше чем девяти, больше чем 10, больше чем 11, больше чем 12, больше чем 13, больше чем 14, больше чем 15, больше чем 16, больше чем 17, больше чем 18, больше чем 19, больше чем 20, больше чем 21, больше чем 22, больше чем 23, больше чем 24, больше чем 25, больше чем 26, больше чем 27, больше чем 28, больше чем 29 или больше чем 30 генов, перечисленных в табл. 4. В образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии больше, чем 100, больше чем 200, больше чем 300, больше чем 400 генов, перечисленных в табл. 4. В образцовых аспектах способ включает измерение уровней экспрессии всех генов, перечисленных в табл. 4.
В образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии РНК для Ig, FCGR2B или одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4, и содержит измерение уровня белка экспрессии
- 38 043425
Ig, FCGR2B или одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4.
В образцовых аспектах медицинскую историю субъекта анализируют на уровни экспрессии Ig, FCGR2B и/или гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4.
В образцовых аспектах способ включает стадии получения образца. Например, в некоторых аспектах, способ включает выбор конкретной клеточной популяции из образца, который получен от субъекта. В образцовых аспектах способ включает выбор CD138-позитивных клеток из образца. Стадию выбора можно осуществлять с помощью любых средств, известных в данной области, включая в качестве неограничивающих примеров FACS или хроматографию. В образцовых аспектах где измеряют уровни экспрессии РНК, способ дополнительно может включать стадию извлечения или выделения РНК из клеток образца. В образцовых аспектах способ включает извлечение РНК из CD138-позитивных опухолевых клеток.
В образцовых аспектах где способ включает измерение уровней экспрессии посредством измерения нуклеиновых кислот, например РНК, мРНК, кодируемых сегментом гена Ig, гена FCGR2B и/или гена, перечисленного в табл. 4, способ дополнительно включает амплификацию по меньшей мере фрагмента нуклеиновых кислот, подлежащих измерению. В образцовых аспектах амплификацию осуществляют посредством ПЦР или ОТ-ПЦР.
В образцовых аспектах способ включает измерение уровня экспрессии Ig в клетке с использованием микрочиповой платформы, на которой картированы гены, кодирующие родственные Ig белки. В образцовых аспектах способ включает измерение содержания белка Ig в клетках с использованием антитела против Ig человека. В образцовых аспектах измерение включает измерение присутствия, отсутствия или количества белка Ig человека в образце.
В образцовых аспектах патентоспособных способов определения схемы лечения для субъекта с опухолью, способ может необязательно включать стадию введения, где терапевтическое средство или устройство вводят субъекту, когда возрастает уровень экспрессии Ig, FCGR2B и/или гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4, имеющего изменение в уровне экспрессии гена, обозначенное в табл. 4 как вверх. Например, способы, описанные в настоящем документе, необязательно могут включать стадию предоставления подходящей терапии (введения фармацевтического средства или осуществления стандартного ухода) субъекту, у которого определено наличие потребности в этом. В образцовых аспектах терапевтическое средство представляет собой ингибитор протеасом, в том числе, тот, который рассмотрен в настоящем документе. В образцовых аспектах терапевтическое средство представляет собой карфилзомиб, бортезомиб, дисульфирам или опрозомиб. Терапевтическое средство можно вводить субъекту с помощью любого подходящего пути введения, известного в данной области, некоторые из этих путей описаны в настоящем документе далее.
Для целей патентоспособных способов предусмотрены любые и все возможные комбинации стадий, описанных в настоящем документе.
Опухоли и злокачественная опухоль.
Как используют в настоящем документе, термин опухоль относится к анормальной массе ткани, которая возникает в результате деления клеток с более высокой скоростью, чем здоровая клетка, и/или ненаступления гибели клеток. В образцовых аспектах опухоль представляют собой злокачественную опухоль. В образцовых аспектах опухоль представляет собой карциному, саркому, лимфому, лейкоз, опухоль из половых клеток или бластому. В образцовых аспектах опухоль представляет собой гематологическую опухоль, и в более образцовых аспектах, гематологическая опухоль происходит из лимфоидных клеток. В альтернативных аспектах, гематологическая опухоль происходит из миелоидных клеток. В образцовых аспектах гематологическая опухоль представляет собой лимфому, например, лимфому Ходжкина или неходжкинскую лимфому. В образцовых аспектах неходжкинская лимфома представляет собой лимфому из клеток мантии. В образцовых аспектах гематологическая опухоль представляет собой множественную миелому, включая в качестве неограничивающих примеров, вялотекущую миелому, рецидивирующую множественную миелому или рефракторную миелому. Множественная миелома может находиться на любой стадии по International Staging System, в том числе на стадии I, стадии II и стадии III (Greipp et al., J. Clin. Oncol., 23: 3412-3420 (2005). В образцовых аспектах множественная миелома представляет собой множественную миелому на стадии I, стадии II или стадии III согласно системе стадий Durie-Salmon (Durie et al., Cancer, 36:842-854 (1975).
Образцы.
В отношении способов, описанных в настоящем документе, в образцовых вариантах осуществления образец, который получен от субъекта, содержит текучее вещество организма, включая в качестве неограничивающих примеров кровь, плазму, сыворотку, лимфу, грудное молоко, слюну, слизь, семя, вагинальный секрет, клеточные экстракты, воспалительные текучие вещества, цереброспинальную жидкость, фекалии, стекловидную влагу или мочу, получаемые от субъекта. В некоторых аспектах, образец представляет собой составную панель по меньшей мере из двух из приведенных выше образцов. В образцовых аспектах образец содержит кровь или ее фракцию (например, плазму, сыворотку, фракцию, получаемую через лейкоцитоферез). В образцовых аспектах образец содержит белые клетки крови, полученные от субъекта. В образцовых аспектах образец содержит клетку или клетки из опухоли, которую лечат.
- 39 043425
Опухоль может представлять собой любую из тех, что описаны в настоящем документе, включая в качестве неограничивающих примеров гематологическую опухоль, например, множественную миеломную опухоль, лимфому из клеток мантии. В образцовых аспектах образец содержит клетки костного мозга, например, интактные клетки костного мозга. В образцовых аспектах образец содержит интактные клетки костного мозга и способ включает приведение антител, специфичных к FCGR2B или к Ig, в контакт с образцом. В образцовых аспектах образец содержит кровь, сыворотку, биоптат или клетки костного мозга. В образцовых аспектах образец содержит CD138-позитивные опухолевые клетки. В образцовых аспектах образец представляет собой образец, который получен от любых субъектов, описанных в настоящем документе. В образцовых аспектах образец представляет собой аспират костного мозга.
Субъекты.
В отношении способов, описанных в настоящем документе, субъект в образцовых аспектах представляет собой млекопитающее, предпочтительно человека.
В образцовых аспектах субъектом является субъект с опухолью. В образцовых аспектах опухоль представляют собой любую из тех, что отмечены в настоящем документе. В образцовых аспектах субъект имеет злокачественную опухоль. В образцовых аспектах злокачественная опухоль представляет собой любую из тех, что отмечены в настоящем документе. В образцовых аспектах субъекта предварительно лечили от множественной миеломы. В образцовых аспектах у субъекта предварительно диагностировали множественную миелому. В образцовых аспектах субъектом является пациент-человек, который имеет или предположительно имеет множественную миелому, рефракторную множественную миелому или рецидивирующую множественную миелому. В альтернативных аспектах, субъекта никогда не лечили от множественной миеломы. В образцовых аспектах у субъекта вновь диагностировали множественную миелому.
Ингибиторы протеасом.
Как используют в настоящем документе, термин ингибитор протеасом относится к любому лекарственному средству, которое блокирует действие протеасом. В образцовых аспектах ингибитор протеасом представляет собой лактацистин, бортезомиб, дисульфирам, эпигаллокатехин-3-галлат, салиноспорамид А, карфилзомиб, ONX0912, СЕР-18770, MLN9708, эпоксомицин, MG132 и т.п. В образцовых аспектах ингибитор протеасом представляет собой карфилзомиб, бортезомиб, дисульфирам и опрозомиб. В образцовых аспектах ингибитор протеасом представляет собой карфилзомиб или бортезомиб или его структурный аналог. В образцовых аспектах ингибитор протеасом представляет собой карфилзомиб.
Составы и пути введения.
В отношении введения терапевтического средства, например, ингибитора протеасом, средство можно вводить через любые подходящие средства, композиции и пути, известные в данной области.
Наборы.
Изобретение дополнительно предусматривает наборы. В образцовых вариантах осуществления, набор содержит одно или более связывающих средств для гена или сегмента гена Ig или продукта этого гена. В образцовых аспектах набор содержит связывающее средство, которое специфически связывается с сегментом гена IgH, IgK или IgL (включая орфонные сегменты генов) или с продуктом, кодируемым им, и связывающее средство для гена или продукта гена FCGR2B. В образцовых вариантах осуществления, наборы содержат (i) одно или более связывающих средств для сегмента гена Ig или продукта, кодируемого им, необязательно сегмента гена IgH, IgK или IgL или продукта, кодируемого им, или связывающее средство для гена или продукта гена FCGR2B; и (ii) по меньшей мере одно связывающее средство для гена, перечисленного в табл. 4, или продукта гена, кодируемого им.
В образцовых вариантах осуществления, набор содержит по меньшей мере первое связывающее средство и второе связывающее средство, где первое связывающее средство связывается с первым геном или продуктом гена, кодируемым первым геном, перечисленным в табл. 4, где второе связывающее средство связывается со вторым геном или продуктом гена, кодируемым вторым геном, перечисленным в табл. 4, где первый ген отличается от второго гена.
В образцовых аспектах набор содержит ингибитор протеасом, например, любой из тех, что описаны в настоящем документе. В образцовых аспектах набор содержит контейнер, подходящий, чтобы вмещать образец крови. В образцовых аспектах набор содержит сосуд, пробирку, микротитровальный планшет, чашку, колбу или тому подобное. В образцовых аспектах контейнер содержит приблизительно 5 мл текучего вещества или меньше. В образцовых аспектах набор содержит гепарин для того, чтобы предотвращать свертывание крови. В образцовых аспектах набор содержит реактивы, подходящие для выделения РНК или белков из опухолевых клеток. В образцовых аспектах набор содержит реактивы, подходящие для обратной транскрипции РНК в комплиментарную ДНК (кДНК) и для амплификации кДНК. В образцовых аспектах набор содержит реактив, который создает сигнал, указывающий на эталонный уровень
В образцовых аспектах продукт, кодируемый указанным геном или сегментом гена, представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, например, мРНК. В образцовых аспектах связывающее средство
- 40 043425 представляет собой зонд нуклеиновой кислоты. В образцовых аспектах продукт, кодируемый указанным геном или сегментом гена, представляет собой белок, полипептид или пептид. В образцовых аспектах связывающее средство представляет собой антитело или антигенсвязывающий его фрагмент или его производное. В образцовых аспектах набор содержит и зонды нуклеиновой кислоты и антитела или их антигенсвязывающие фрагменты или производные.
Связывающие средства: молекулы нуклеиновой кислоты.
В образцовых вариантах осуществления, связывающее средство представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, например, зонд нуклеиновой кислоты, который специфически связывается с (i) по меньшей мере частью сегмента гена Ig, геном FCGR2B, или геном или сегментом гена, перечисленного в табл. 4; или (ii) по меньшей мере частью продукта, кодируемого сегментом гена Ig, FCGR2B, или геном или сегментом гена, перечисленного в табл. 4, этот продукт содержит нуклеиновые кислоты.
В образцовых аспектах связывающее средство представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, которая составляет приблизительно 5, приблизительно 10, приблизительно 15, приблизительно 20, приблизительно 25, приблизительно 30, приблизительно 35, приблизительно 40, приблизительно 45 или приблизительно 50 нуклеотидов в длину. В образцовых аспектах молекула нуклеиновой кислоты составляет приблизительно от 15 приблизительно до 30 нуклеотидов в длину или приблизительно от 20 до 30 нуклеотидов в длину или приблизительно от 25 до 30 нуклеотидов в длину. В образцовых аспектах молекула нуклеиновой кислоты составляет приблизительно 25 нуклеотидов в длину.
В образцовых аспектах молекула нуклеиновой кислоты содержит ДНК или РНК. В образцовых аспектах молекула нуклеиновой кислоты содержит по меньшей мере один не встречающийся в природе нуклеотид и/или по меньшей мере одно не встречающийся в природе межнуклеотидное сцепление и/или один или более модифицированных нуклеотидов, все они хорошо известны в данной области.
Связывающие средства: антитела и производные.
Любой полинуклеотид или полипептид, который связывает продукт гена, можно использовать для того, чтобы обнаруживать уровни его экспрессии. В некоторых вариантах осуществления полипептид представляет собой фрагмент рецептора или лиганда продукта гена. В некоторых вариантах осуществления изобретения, связывающее средство представляет собой антитело, которое связывается с белковым продуктом, кодируемым посредством сегмента гена Ig, гена FCGR2B или гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4. Антитело может относиться иммуноглобулину к любого типа, известному в данной области. В образцовых вариантах осуществления, антитело представляет собой антитело изотипа IgA, IgD, IgE, IgG или IgM. Также антитело в некоторых вариантах осуществления представляет собой моноклональное антитело. В других вариантах осуществления антитело представляет собой поликлональное антитело.
В некоторых вариантах осуществления антитело представляет собой встречающееся в природе антитело, например, антитело, очищенное и/или выделенное из млекопитающего, или полученное с помощью гибридомы, создаваемой из клетки млекопитающего. Способы получения антител хорошо известны в данной области.
В некоторых вариантах осуществления антитело представляет собой генетически сконструированное антитело, например, одноцепочечное антитело, гуманизированное антитело, химерное антитело, антитело с пересаженным CDR, гуманизированное антитело, биспецифическое антитело, триспецифическое антитело и т.п. Способы генетической инженерии также обеспечивают способность создавать антитела полностью человека в не относящемся к человеку источнике.
В некоторых аспектах, антитело находится в полимерной, олигомерной или мультимерной форме. В определенных вариантах осуществления, в которых антитело содержит два или более отличающихся фрагмента антигенсвязывающих областей, антитело считают биспецифическим, триспецифическим или полиспецифическим, или двухвалентным, трехвалентным или поливалентным, в зависимости от числа отличающихся эпитопов, которые распознает и связывает антитело.
Антигенсвязывающие фрагменты.
В некоторых аспектах по изобретению связывающее средство представляет собой антигенсвязывающий фрагмент антитела. Антигенсвязывающий фрагмент (также обозначаемый в настоящем документе как антигенсвязывающая часть) может представлять собой антигенсвязывающий фрагмент какого-либо из антител, описанных в настоящем документе. Антигенсвязывающий фрагмент может представлять собой какую-либо часть антитела, которая имеет по меньшей мере один антигенсвязывающий участок, включая в качестве неограничивающих примеров Fab, F(ab')2, dsFv, sFv, диатела, триатела, биспецифические scFv, фрагменты, эскпрессируемые с помощью экспрессионных библиотек Fab, доменные антитела, домены VhH, домены V-NAR, домены VH, домены VL и т.п. Изобретения, относящиеся к компьютерам Кроме того, в настоящем документе предусмотрены машиночитаемые запоминающие среды. В образцовых вариантах осуществления, машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранено множество эталонных уровней или диапазонов эталонных уровней, каждый эталонный уровень или диапазон эталонных уровней соответствует (i) уровню экспрессии Ig; или
- 41 043425 (ii) уровню экспрессии FCGR2B; или (iii) уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4; или (iv) их сочетанию; и значение данных, которое представляет собой уровень экспрессии Ig и/или уровень экспрессии FCGR2B и/или уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, измеряемый в клетке из образца от пациента.
В образцовых аспектах значение данных, которое представляет собой уровень экспрессии Ig, представляет собой сумму уровней экспрессии больше, чем одного сегмента гена локуса IgH, IgK и/или IgL, необязательно где уровень экспрессии Ig указывает на отвечающий организм или неотвечающий организм, В образцовых аспектах машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены (I) первый набор значений данных и второй набор значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма;
(II) кривая рабочей характеристики приемника (ROC), которая основана на первом наборе значений данных и втором наборе значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма; или (III) таблица, в которой перечислены (а) множество точек порогов на кривой ROC из (II), (b) процент чувствительности, связанный с каждой точкой порога из (а), и (с) процент специфичности, связанный с каждой точкой порога из (а).
В образцовых вариантах осуществления, машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены (I) первый набор значений данных и второй набор значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма;
(II) кривая рабочей характеристики приемника (ROC), которая основана на первом наборе значений данных и втором наборе значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма; или (III) таблица, в которой перечислены (а) множество точек порогов на кривой ROC из (II), (b) процент чувствительности, связанный с каждой точкой порога из (а), и (с) процент специфичности, связанный с каждой точкой порога из (а).
В образцовых вариантах осуществления, машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены (I) первый набор значений данных и второй набор значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма;
(II) кривая рабочей характеристики приемника (ROC), которая основана на первом наборе значений данных и втором наборе значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма; или (III) таблица, в которой перечислены (а) множество точек порогов на кривой ROC из (II), (b) процент чувствительности, связанный с каждой точкой порога из (а), и (с) процент специфичности, связанный с каждой точкой порога из (а).
В образцовых аспектах машиночитаемая запоминающая среда содержит две или более из приведенных выше сред.
В образцовых вариантах осуществления, машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (а) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии Ig в
- 42 043425 образце, который получен от тестового субъекта, например, к уровню экспрессии Ig, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления, машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (а) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии FCGR2B в образце, который получен от тестового субъекта, например, к уровню экспрессии FCGR2B, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления, машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (а) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, в образце, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вверх, например, к уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления, машиночитаемая запоминающая среда представляет собой то, на чем сохранены машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (а) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, в образце, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вниз, например, к уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, измеряемом в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α меньше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
Изобретение дополнительно предусматривает системы, которые содержат процессор;
устройство памяти, соединенное с процессором; и машиночитаемые инструкции, которые хранят в устройстве памяти.
В образцовых вариантах осуществления машиночитаемые инструкции при исполнении процессором управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии Ig в образце, который получен от тестового субъекта, например, к уровню экспрессии Ig, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления машиночитаемые инструкции, при исполнении процессором, управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии FCGR2B в образце, который получен от тестового субъекта, например, к уровню экспрессии FCGR2B, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления машиночитаемые инструкции, при исполнении процессором, управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вверх, в об
- 43 043425 разце, который получен от тестового субъекта, например, к уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления машиночитаемые инструкции, при исполнении процессором, управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вниз, в образце, который получен от тестового субъекта например, к уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α меньше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
Изобретение дополнительно предусматривает способы, реализуемые процессором в компьютере. В образцовых вариантах осуществления способ включает следующие стадии:
(а) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии Ig в образце, который получен от тестового субъекта, например, к уровню экспрессии Ig, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) отображение вывода, относящегося к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления способ включает следующие стадии:
(а) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии FCGR2B в образце, который получен от тестового субъекта например, к уровню экспрессии FCGR2B, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) отображение вывода, относящегося к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления способ включает следующие стадии:
(а) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, из образца, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вверх например, к уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) отображение вывода, относящегося к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
В образцовых вариантах осуществления способ включает следующие стадии:
(а) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, из образца, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вниз например, к уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, измеряемому в образце, который получен от тестового субъекта; и (b) отображение вывода, относящегося к лечению тестового субъекта с множественной миеломой ингибитором протеасом, когда α меньше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
На фиг. 10 проиллюстрирован образцовый вариант осуществления 101 системы 100 для определения терапевтической схемы для субъекта с опухолью. В целом система 100 может содержать одно или более клиентских устройств 102, сеть 104 и базу 108 данных. Каждое клиентское устройство 102 можно с возможностью связи соединять с сетью 104 посредством одного или нескольких проводных или беспроводных сетевых соединений 112, которые могут представлять собой, например, соединение, отвечающее такому стандарту, как один из стандартов IEEE 802.11 (Wi-Fi), стандарт Ethernet, или какое-либо другое подходящее сетевое соединение. Аналогичным образом базу 108 данных можно с возможностью связи соединять с сетью 104 через одно или более соединений 114. (Конечно, база данных альтернативно может быть внутренней по отношению к одному или нескольким из клиентских устройств 102). База 108 данных может хранить данные, связанные с определением терапевтической схемы для субъекта с опухо
- 44 043425 лью, включая в качестве неограничивающих примеров данные образца, который получен от субъекта, данные образца, который получен от субъекта из категории неотвечающих организмов или из категории отвечающих организмов, и т.д. Данные образцов могут быть связаны, например, с одним или несколькими из уровня экспрессии сегмента гена Ig, FCGR2B или гена или сегмента гена, перечисленного в табл. 4.
Что понятно, сеть 104 может представлять собой локальную сеть (LAN) или глобальную сеть (WAN). T.е. сеть 104 может включать только локальные соединения (например, внутри организации) или, альтернативно, сеть 104 может включать соединения, выходящие за пределы организации и в одну или более публичных сетей (например, интернет). В некоторых вариантах осуществления например, клиентское устройство 102 и база 108 данных могут находиться в сети, управляемой одной компанией (компанией А). В других вариантах осуществления, например, клиентское устройство (устройства) 102 может находиться в сети, управляемой компанией А, тогда как база 108 данных может находиться в сети, управляемой второй компанией (компания В), и сети компании А и компании В могут быть соединены с помощью третей сети, например, такой как интернет.
В отношении фиг. 10, клиентское устройство 102 содержит процессор 128 (CPU), RAM 130 и энергонезависимую память 132. Энергонезависимая память 132 может представлять собой любое подходящее устройство памяти, включая в качестве примера и неограничения магнитный диск (например, привод жесткого диска), твердотельный накопитель (например, флэш-память) и т.д. Кроме того, понятно, что, по меньшей мере в отношении фиг. 10, база 108 данных не обязательно отделена от клиентского устройства 102. Напротив, в некоторых вариантах осуществления база 108 данных представляет собой часть энергонезависимой памяти 132 и данные 122, 124, 126 можно хранить в качестве данных в памяти 132. Например, данные 122 можно включать в качестве данных в обобщенный файл, хранимый в памяти 132, вместо данных в базе 108 данных. В дополнение к хранению записей базы 108 данных (в некоторых вариантах осуществления), память 132 хранит данные программ и другие данные, необходимые для того, чтобы анализировать данные одного или нескольких образцов и/или контрольных популяций, определять среднее для данных, определять порог, с которым можно сравнивать данные субъекта, и/или определять терапевтическую схему для субъекта с опухолью. Например, в одном из вариантов осуществления память 132 хранит первую подпрограмму 134, вторую подпрограмму 136 и третью подпрограмму 138. Первая подпрограмма 134 может принимать значения данных, связанных с одним или несколькими образцами и/или контрольными популяциями, и определять среднее для значений данных, принимаемых подпрограммой 134. Вторая подпрограмма 136 может вычислять один или более статистических параметров данных, собираемых первой подпрограммой 134, например, определение среднего значения, значения стандартного отклонения и т.д. Дополнительно и/или альтернативно, вторая подпрограмма 136 может задавать первый порог, с которым можно сравнивать данные от одного или нескольких субъектов для того, чтобы определять терапевтическую схему для субъекта с опухолью. Третья подпрограмма 138, например, может принимать данные от одного или нескольких субъектов, сравнивать данные одного или нескольких субъектов с пороговым значением(ями), определяемыми второй подпрограммой 136, и/или определять терапевтическую схему для субъекта с опухолью в соответствии со сравнением данных субъекта с пороговым значением. В любом случае, каждую из подпрограмм исполняет процессор 128, и каждая содержит последовательность компилированных или компилируемых машиночитаемых инструкций, хранимых в памяти 132. Дополнительно, память 132 может хранить сгенерированные отчеты или записи данных, выводимые одной из подпрограмм 134 или 136. Альтернативно, отчеты или записи можно выводить в базу 108 данных. Один или более дисплеев/устройств 140 вывода (например, принтер, дисплей и т.д.) и одно или более устройств 142 ввода (например, мышь, клавиатура, планшет, чувствительный к прикосновениям интерфейс и т.д.) также могут быть соединены с клиентским устройством 102, как в целом известно.
Что понятно, несмотря на то, что индивидуальные операции одного или нескольких способов проиллюстрированы и описаны в виде отдельных операций, одну или более из индивидуальных операций можно осуществлять параллельно, и ничто не требует осуществлять операции в проиллюстрированном порядке. Структуры и функциональность, представленные в виде отдельных компонентов в образцовых конфигурациях, можно реализовать в виде комбинированной структуры или компонента. Аналогичным образом структуры и функциональность, представленные в виде одного компонента, можно реализовать в виде отдельных компонентов. Эти и другие вариации, модификации, добавления и усовершенствования попадают в объем объекта изобретения в настоящем документе.
Например, сеть 104 может включать, но не ограничиваясь этим, любую комбинацию LAN, MAN, WAN, мобильной, проводной или беспроводной сети, частной сети или виртуальной частной сети. Кроме того, хотя на фиг. 10 проиллюстрированы только два клиента 102 для простоты и ясности описания, понятно, что любое число клиентских компьютеров поддерживается и может находиться в связи с одним или несколькими серверами (не показано).
Дополнительно, определенные варианты осуществления описаны в настоящем документе как содержащие логику или определенное число подпрограмм. Подпрограммы могут составлять или подпрограммы программного обеспечения (например, код, осуществленный в машиночитаемой среде или в передаваемом сигнале) или подпрограммы аппаратного обеспечения. Подпрограмма аппаратного обеспе
- 45 043425 чения представляет собой материальный блок, способный выполнять определенные операции, и его можно выполнять с определенными возможностями или устраивать определенным образом, в образцовых вариантах осуществления, одну или более компьютерных систем (например, автономная, клиентская или серверная компьютерная система) или одну или более подпрограмм аппаратного обеспечения компьютерной системы (например, процессор или группа процессоров) можно выполнять с программным обеспечением (например, приложение или часть приложения) в качестве подпрограммы аппаратного обеспечения, которая работает для того, чтобы осуществлять определенные операции, как описано в настоящем документе.
Аналогичным образом способы или подпрограммы, описанные в настоящем документе, могут быть по меньшей мере частично реализуемыми процессором. Например, по меньшей мере некоторые из операций способа можно осуществлять с помощью одного или нескольких процессоров или модулей аппаратного обеспечения, реализуемых с процессором. Выполнение определенных операций можно распределять среди одного или нескольких процессоров, не только находящихся внутри одной машины, но развернутых среди множества машин. В некоторых образцовых вариантах осуществления, процессор или процессоры можно располагать в одном местоположении (например, в домашней среде, офисной среде или серверной ферме), тогда как в других вариантах осуществления процессоры можно распределять по определенному числу местоположений.
Выполнение определенных операций можно распределять среди одного или нескольких процессоров, не только находящихся внутри одной машины, но развернутых на определенном числе машин. В некоторых образцовых вариантах осуществления, один или более процессоров или модулей, реализуемых с процессором, можно располагать в одном географическом местоположении (например, в домашней среде, офисной среде или на серверной ферме). В других образцовых вариантах осуществления один или более процессоров или модулей, реализуемых с процессором, можно распределять среди определенного числа географических местоположений.
Некоторые варианты осуществления могут быть описаны с использованием выражения связанный и соединенный, наряду с их производными. Например, некоторые варианты осуществления можно описывать с использованием термина связанный для того, чтобы показать, что два или более элементов находятся в непосредственном физическом или электрическом контакте. Однако термин связанный также может значить, что два или более элементов не находятся в непосредственном контакте друг с другом, но все еще работают совместно или взаимодействуют друг с другом. Варианты осуществления не ограничены этим контекстом.
Как используют в настоящем документе, термины содержит, содержащий, включает, включающий, имеет, имеющий или любые другие их вариации предназначены для того, чтобы покрывать неисключающее включение. Например, процесс, способ, изделие или аппарат, который содержит список элементов, не обязательно ограничен только этими элементами, но может содержать другие элементы, в явной форме не перечисленные или неотъемлемые для такого процесса, способа, изделия или аппарата. Кроме того, пока в явной форме не указано иное, или относится ко включающему или и не к исключающему или. Например, условию А или В отвечает любое одно из следующего: А является истиной (или присутствует) и В является ложью (или не присутствует), А является ложью (или не присутствует) и В является истиной (или присутствует), и как А, так и В являются истиной (или присутствуют).
Кроме того, формы единственного числа используют для того, чтобы описывать элементы и компоненты вариантов осуществления в настоящем документе. Это выполняют лишь для удобства и чтобы передать общий смысл описания. Это описание следует читать как включающее один или по меньшей мере один, а единственное также включает множественное до тех пор, пока не будет очевидно, что оно подразумевает иное.
Дополнительные варианты осуществления.
Изобретения, описанные в настоящем документе, основаны, отчасти, на том открытии, что (i) высокие уровни экспрессии иммуноглобулинов в клетках злокачественной опухоли (например, гематологических опухолевых клетках) коррелируют с реакцией на один или более ингибиторов протеасом (например, карфилзомиб, бортезомиб, опрозомиб);
(ii) повышенные уровни экспрессии FCGR2B в клетках злокачественной опухоли (например, гематологических опухолевых клетках) коррелируют с реакцией на один или более ингибиторов протеасом (например, карфилзомиб, бортезомиб, опрозомиб); и/или (iii) пониженные уровни экспрессии FCGR2B в клетках злокачественной опухоли (например, гематологических опухолевых клетках) коррелируют с отсутствием реакции на ингибиторы протеасом (например, карфилзомиб, бортезомиб, опрозомиб).
В настоящем документе предусмотрены способы лечения опухолей и/или определения эффективности лечения опухоли ингибитором протеасом (например, карфилзомиб, бортезомиб, опрозомиб) у субъекта посредством определения уровня экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в образце, который получен из опухоли. Эти способы требуют определения уровня экспрессии Ig или общего содержания белка Ig в образце или экспрессии FCGR2B или общего содержания белка FCGR2B в образце.
Раскрытые способы можно использовать для того, чтобы определять эффективность лечения мно
- 46 043425 жественной миеломы у субъектов, которые проходят терапию карфилзомибом, и/или у субъектов, которые проходят терапию другими химиотерапевтическими средствами, включая в качестве неограничивающих примеров другие ингибиторы протеасом (например, опрозомиб, бортезомиб). Также предусмотрены способы выбора субъекта для участия в клиническом исследовании, которые включают определение уровня экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в образце (например, биологическом образце), полученном от субъекта, который имеет опухоль, или имеет риск опухоли.
Изобретение также относится к дополнительным способам лечения опухоли. В образцовых аспектах способ включает обнаружение уровня экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в образце (например, биологическом образце), получаемом от субъекта, которого идентифицировали как имеющего опухоль или имеющего риск опухоли, где различие в уровне экспрессии Ig или уровне экспрессии FCGR2B в опухолевой клетке по сравнению с эталонным уровнем представляет собой указание на восприимчивость субъекта к лечению ингибитором протеасом. В одном из вариантов осуществления уровень экспрессии Ig или уровень экспрессии FCGR2B в опухолевой клетке повышен по сравнению с эталонным уровнем, и повышенные уровни показывают, что опухоль чувствительна (например, восприимчива) к терапии одним или несколькими ингибиторами протеасом. По одному из аспектов способы, описанные в настоящем документе, включают введение субъектам, которые имеют повышенные уровни экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в опухолевой клетке по сравнению с эталонным уровнем, эффективного количества одного или нескольких ингибиторов протеасом (например карфилзомиб, бортезомиб или опрозомиб). В одном из вариантов осуществления субъекту вводят эффективное количество карфилзомиба.
В другом варианте осуществления уровень экспрессии Ig или уровень экспрессии FCGR2B в опухолевой клетке понижен по сравнению с эталонным уровнем, и пониженные уровни показывают, что опухоль не чувствительна к терапии одним или несколькими ингибиторами протеасом. По одному из аспектов способы, описанные в настоящем документе, включают введение субъектам, имеющим пониженные уровни экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в опухолевой клетке по сравнению с эталонным уровнем, эффективного количества химиотерапевтического средства, отличного от ингибитора протеасом. В одном из вариантов осуществления субъекту вводят эффективное количество химиотерапевтического средства, отличного от карфилзомиба. В некоторых вариантах осуществления опухоль представляет собой гематологическую опухоль (например, миелому).
В образцовых аспектах способ лечения опухоли у субъекта включает идентификацию субъекта, который имеет опухоль или имеет риск опухоли; предоставление образца, который содержит клетку из опухоли;
обнаружение уровня экспрессии иммуноглобулина (Ig) в образце;
идентификацию субъекта с повышенными уровнями экспрессии Ig в клетке опухоли по сравнению с эталонным уровнем; и введение идентифицированному субъекту эффективного количества ингибитора протеасом.
В образцовых аспектах способ включает идентификацию субъекта, который имеет опухоль или имеет риск опухоли;
представление образца, который содержит клетку из опухоли;
обнаружение уровня иммуноглобулина (Ig) в образце;
идентификацию субъекта с пониженными уровнями Ig в клетке опухоли по сравнению с эталонным уровнем; и введение субъекту химиотерапевтического средства, отличного от ингибитора протеасом.
В образцовых аспектах способ лечения опухоли у субъекта включает идентификацию субъекта, который имеет опухоль или имеет риск опухоли; предоставление образца, который содержит клетку из опухоли;
обнаружение уровня экспрессии рецептора Fcy 2B (FCGR2B) в образце;
идентификацию субъекта с повышенными уровнями экспрессии FCGR2B в клетке опухоли по сравнению с эталонным уровнем; и введение идентифицированному субъекту эффективного количества ингибитора протеасом.
В образцовых аспектах способ включает идентификацию субъекта, который имеет опухоль или имеет риск опухоли;
предоставление образца, который содержит клетку из опухоли;
обнаружение уровня FCGR2B в образце;
идентификацию субъекта с пониженными уровнями FCGR2B в клетке опухоли по сравнению с эталонным уровнем; и введение субъекту химиотерапевтического средства, отличного от ингибитора протеасом.
Изобретение также относится к способ определения того, лечить ли субъекта, который имеет опухоль, например, гематологическую опухоль, ингибитором протеасом, например, карфилзомибом. В образцовых аспектах способ определения того, лечить ли субъекта, включает идентификацию субъекта, который имеет гематологическую опухоль или имеет риск гематологической опухоли. В одном из аспектов гематологическая опухоль представляет собой множественную миелому. Обнаруживают уровень экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в образце (например, биологическом образце), получаемом от
- 47 043425 субъекта, и сравнивают с эталонным уровнем. По одному из аспектов способы включают определение лечить субъекта карфилзомибом, если образец имеет повышенные уровни Ig или FCGR2B, по сравнению с эталонным уровнем. В одном из вариантов осуществления субъекту вводят эффективное количество карфилзомиба. С другой стороны, способы включают определение лечить субъекта химиотерапевтическим средством, отличным от карфилзомиба, если образец имеет пониженные уровни Ig или FCGR2B по сравнению с эталонным уровнем. В образцовых аспектах способ включает идентификацию субъекта, который имеет опухоль или имеет риск опухоли;
предоставление образца, содержащего клетку из опухоли;
обнаружение уровня экспрессии иммуноглобулина (Ig) в образце; и определение лечить субъекта ингибитором протеасом, например карфилзомибом, если субъект имеет повышенные уровни Ig в образце по сравнению с эталонным уровнем.
В образцовых аспектах способ дополнительно включает стадию введения субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, например карфилзомиба.
В альтернативных или дополнительных аспектах, способ включает идентификацию субъекта, который имеет опухоль, например гематологическую опухоль, или имеет ее риск;
предоставление образца, который содержит клетку из опухоли;
обнаружение уровня экспрессии FCGR2B в образце; и определение лечить субъекта ингибитором протеасом, например карфилзомибом, если субъект имеет повышенные уровни FCGR2B в образце по сравнению с эталонным уровнем.
В образцовых аспектах способ дополнительно включает стадию введения субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, например карфилзомиба.
Изобретение дополнительно предусматривает способ предсказания чувствительности опухоли (например, гематологической опухоли) к лечению ингибитором протеасом. В образцовых вариантах осуществления способы включают идентификацию субъекта, который имеет опухоль или имеет риск опухоли. В одном из аспектов опухоль представляет собой множественную миелому. Эти способы включают обнаружение уровня экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в образце (например, биологическом образце), полученном от субъекта, идентифицированного как имеющего опухоль или имеющего ее риск, и предсказания, что опухоль будет чувствительна (например, восприимчива) к лечению ингибитором протеасом, если образец имеет повышенные уровни Ig или FCGR2B в образце относительно эталонного уровня. В одном из вариантов осуществления уровень экспрессии Ig или уровень экспрессии FCGR2B в образце повышен по сравнению с эталонным уровнем, и повышенные уровни показывают, что опухоль чувствительна (например, восприимчива) к терапии ингибитором протеасом. По одному из аспектов способы, описанные в настоящем документе, включают введение субъектам, имеющим повышенные уровни экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в образце по сравнению с эталонным уровнем, эффективного количества ингибитора протеасом, в том числе карфилзомиба. В образцовых аспектах способ включает идентификацию субъекта, который имеет опухоль или имеет риск опухоли;
представление образца, который содержит клетку из опухоли;
обнаружение уровня экспрессии Ig в образце;
сравнение уровня экспрессии Ig в образце с эталонным уровнем;
предсказание того, что опухоль будет чувствительна к лечению ингибитором протеасом, если образец имеет повышенные уровни Ig в образце относительно эталонного уровня.
В образцовых аспектах способ дополнительно включает стадию введения субъекту, который имеет опухоль, для которой предсказана чувствительность к лечению ингибитором протеасом, например, карфилзомибом, эффективного количества ингибитора протеасом, например, карфилзомиба. В альтернативных или дополнительных аспектах, способ включает идентификацию субъекта, который имеет опухоль или имеет риск опухоли;
представление образца, который содержит клетку из опухоли;
обнаружение уровня экспрессии FCGR2B в образце;
сравнение уровня экспрессии FCGR2B в образце с эталонным уровнем;
предсказание того, что опухоль будет чувствительна к лечению ингибитором протеасом, если образец имеет повышенные уровни FCGR2B в образце относительно эталонного уровня.
В образцовых аспектах способ дополнительно включает стадию введения субъекту, который имеет опухоль, для которой предсказана чувствительность к лечению ингибитором протеасом, например, карфилзомибом, эффективного количества ингибитора протеасом, например карфилзомиба.
В другом варианте осуществления способы включают обнаружение уровня экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в образце (например, биологическом образце), полученном от субъекта, идентифицированного как имеющего опухоль или риск опухоли, и предсказание того, что опухоль будет чувствительна (например, восприимчива) к лечению ингибитором протеасом, если образец имеет пониженные уровни Ig или FCGR2B в образце относительно эталонного уровня. По одному из аспектов способы, описанные в настоящем документе, включают введение субъектам, которые имеют пониженные уровни экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в опухолевой клетке по сравнению с эталонным уровнем, эффектив
- 48 043425 ного количества химиотерапевтического средства, отличного от ингибитора протеасом. В одном из вариантов осуществления способы дополнительно включают введение субъекту эффективного количества химиотерапевтического средства, отличного от ингибитора протеасом (например, химиотерапевтического средства, отличного от карфилзомиба).
Некоторые варианты осуществления, для которых показано, что лечение будет неэффективным у субъекта, дополнительно включают введение, рекомендацию или предписание альтернативного лечения субъекту. В некоторых вариантах осуществления альтернативное лечение может представлять собой другое терапевтическое средство или другую комбинацию одного или нескольких терапевтических средств. В некоторых вариантах осуществления альтернативное лечение может представлять собой увеличенную дозу одного или нескольких терапевтических средств, в настоящее время получаемых субъектом, увеличение частоты введения одного или нескольких терапевтических средств, в настоящее время получаемых субъектом, или изменение пути доставки одного или нескольких терапевтических средств, в настоящее время получаемых субъектом.
В образцовых аспектах приведенных выше способов, ингибитор протеасом выбирают из группы, состоящей из карфилзомиба, бортезомиба и опрозомиба. В образцовых аспектах опухоль представляет собой гематологическую опухоль, включая в качестве неограничивающих примеров множественную миелому. В образцовом аспекте клетка представляет собой CD138+ опухолевую клетку.
В образцовых аспектах приведенных выше способов, включающих обнаружение уровня иммуноглобулина (Ig) в образце, обнаружение включает амплификацию фрагмента мРНК Ig человека. В одном из вариантов осуществления обнаружение включает измерение уровня экспрессии Ig в клетке с использованием микрочиповой платформы, на которой картированы гены, кодирующие родственные Ig белки. В еще одном другом варианте осуществления, обнаружение включает измерение уровня экспрессии Ig в клетках с использованием антитела против Ig (например, антитела против Ig человека). В образцовых аспектах приведенных выше способов, включающих обнаружение уровня иммуноглобулина (Ig) в образце, обнаружение включает (i) амплификацию фрагмента мРНК Ig человека;
(ii) измерение уровня экспрессии Ig в клетке с использованием микрочиповой платформы, на которой картированы гены, кодирующие родственные Ig белки; или (iii) измерение содержания белка Ig в клетках с использованием антитела против Ig человека.
В образцовых аспектах приведенных выше способов, включающих обнаружение уровня FCGR2B в образце, обнаружение включает амплификацию фрагмента мРНК FCGR2B человека. В одном из вариантов осуществления обнаружение включает измерение уровня экспрессии FCGR2B в клетке с использованием микрочиповой платформы, на которой картированы гены, кодирующие FCGR2B. В еще одном другом варианте осуществления, обнаружение включает измерение уровня экспрессии Ig в клетках с использованием антитела против FCGR2B (например, антитела против FCGR2B человека). В образцовых аспектах приведенных выше способов, включающих обнаружение уровня FCGR2B в образце, обнаружение включает (i) амплификацию фрагмента мРНК FCGR2B человека;
(ii) измерение уровня экспрессии FCGR2B в клетке с использованием микрочиповой платформы, на которой картированы гены, кодирующие FCGR2B; или (iii) измерение содержания белка FCGR2B в клетках с использованием антитела против FCGR2B человека.
Изобретение, кроме того, предусматривает способ ингибирования пролиферации множества миеломных клеток у субъекта. В образцовых аспектах способы включают обнаружение уровня экспрессии Ig или уровня экспрессии FCGR2B во множественных миеломных клетках, получаемых у субъекта, где различие в уровне экспрессии Ig или уровне экспрессии FCGR2B во множественных миеломных клетках по сравнению с эталонным уровнем представляет собой указание на то, что лечение субъекта ингибитором протеасом будет ингибировать пролиферацию множества миеломных клеток у субъекта. В образцовом варианте осуществления уровень экспрессии Ig или уровень экспрессии FCGR2B во множественных миеломных клетках повышен по сравнению с эталонным уровнем, и повышенные уровни указывают на то, что лечение субъекта ингибитором протеасом будет ингибировать пролиферацию множественных миеломных клеток у субъекта. По одному из аспектов способы, описанные в настоящем документе, включают введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом. В одном из вариантов осуществления субъекту вводят эффективное количество карфилзомиба. В другом варианте осуществления способы, описанные в настоящем документе, включают разработку химиотерапевтической схемы, которая включает карфилзомиб, который эффективно ингибирует пролиферацию опухолевых клеток; и введение карфилзомиба субъекту, чтобы тем самым лечить опухоль.
В другом варианте осуществления уровень экспрессии Ig или уровень экспрессии FCGR2B во множественных миеломных клетках снижен по сравнению с эталонным уровнем, и пониженные уровни указывают на то, что лечение субъекта ингибитором протеасом может не ингибировать пролиферацию множества миеломных клеток у субъекта. По одному из аспектов способы, описанные в настоящем документе, включают введение субъектам эффективного количества химиотерапевтического средства, от
- 49 043425 личного от ингибитора протеасом. В одном из вариантов осуществления субъекту вводят эффективное количество химиотерапевтического средства, отличного от карфилзомиба.
В образцовых аспектах способ ингибирования пролиферации множества миеломных клеток у субъекта включает иден тификацию субъекта, который имеет, имеет риск или предположительно имеет множественную миелому;
обнаружение уровня экспрессии Ig во множественных миеломных клетках, получаемых у субъекта; сравнение уровня экспрессии Ig во множественных миеломных клетках с контрольным образцом; и
а) введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом субъекту, если определено, что множественные миеломные клетки имеют повышенную экспрессию Ig относительно эталонного уровня; или
b) введение субъекту эффективного количества химиотерапевтического средства, отличного от ингибитора протеасом, субъекту, если определено, что множественные миеломные клетки имеют сниженную экспрессию Ig относительно эталонного уровня.
В альтернативных или дополнительных аспектах, способ включает ид ентификацию субъекта, который имеет, имеет риск или предположительно имеет множественную миелому;
об наружение уровня экспрессии FCGR2B во множественных миеломных клетках, получаемых от субъекта;
сравнение уровня экспрессии FCGR2B во множественных миеломных клетках с контрольным образцом; и
а) введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом субъекту, если определено, что множественные миеломные клетки имеют повышенную экспрессию FCGR2B относительно эталонного уровня; или
b) введение субъекту эффективного количества химиотерапевтического средства, отличного от ингибитора протеасом, субъекту, если определено, что множественные миеломные клетки имеют пониженную или неизмененную экспрессию FCGR2B относительно эталонного уровня.
В образцовых аспектах способы, предусмотренные в настоящем документе, (например, способ определения того, лечить ли субъекта), дополнительно включает разработку химиотерапевтической схемы, которая включает карфилзомиб, эффективный для ингибирования пролиферации опухолевых клеток (например, множественных миеломных клеток); и введение карфилзомиба субъекту, чтобы тем самым лечить опухоль.
В образцовых аспектах любого из приведенных выше способов, эталонный уровень Ig основан на уровне экспрессии Ig, определяемом у плазматической клетки, полученной от здорового индивидуума, или эталонного уровня FCGR2B, основанного на уровне экспрессии FCGR2B, определяемом у плазматической клетки, полученной от здорового индивидуума. В образцовых аспектах эталонный уровень экспрессии Ig основан на уровне экспрессии Ig, определяемом у плазматической клетки, полученной от индивидуума, классифицированного как неотвечающий на терапию ингибитором протеасом. В образцовых вариантах осуществления, эталонный уровень экспрессии FCGR2B основан на уровне экспрессии FCGR2B, определяемом у плазматической клетки, полученной от здорового индивидуума. В другом варианте осуществления эталонный уровень экспрессии FCGR2B основан на уровне экспрессии FCGR2B, определяемом у плазматической клетки, полученного от индивидуума, классифицированного как неотвечающий на терапию ингибитором протеасом.
В образцовых аспектах любых приведенных выше способов, у субъекта предварительно лечили множественную миелому или предварительно диагностировали множественную миелому. В образцовых аспектах любых приведенных выше способов, образец представляет собой кровь, сыворотку или биоптат.
Также в образцовых аспектах любых приведенных выше способов, обнаружение включает амплификацию фрагмента мРНК Ig человека или амплификацию фрагмента мРНК FCGR2B человека. Необязательно амплификация опосредована полимеразной цепной реакцией (ПЦР) или ОТ-ПЦР. В образцовых аспектах в амплификации используют праймер или зонд с поддающейся обнаружению меткой.
В отношении приведенных выше способов, уровни экспрессии Ig или уровни экспрессии FCGR2B в биологическом образце можно определять, например, с использованием одного или нескольких олигонуклеотидов, которые специфичны для генов, кодирующих родственные Ig белки, или для FCGR2B. Например, уровни мРНК, соответствующей Ig человека или FCGR2B человека, можно обнаруживать с использованием олигонуклеотидов в гибридизации по Саузерну, гибридизации in situ и амплификации с помощью количественной ПЦР в реальном времени (qRT-PCR). Множество олигонуклеотидов, специфичных к множеству генов, кодирующих родственные Ig белки можно использовать в чиповом формате, где каждый олигонуклеотид иммобилизован в предварительно определяемом местоположении на подложке, такой как нитроцеллюлозная мембрана. Способы осуществления таких анализов хорошо известны специалистам в данной области.
Олигонуклеотиды, используемые в таких способах, в целом представляют собой одноцепочечные молекулы, такие как синтетические антисмысловые молекулы или фрагменты кДНК, и, например, со
- 50 043425 ставляют 6-60 нуклеотидов, 15-30 или 20-25 нуклеотидов в длину.
Олигонуклеотиды, специфичные к полинуклеотиду, кодирующему родственные Ig белки, получают с использованием способов, хорошо известных специалистам в данной области. Например, олигонуклеотиды можно разрабатывать с использованием известных компьютерных алгоритмов для того, чтобы идентифицировать олигонуклеотиды определенной длины, которые уникальны для этого полинуклеотида, имеют содержание GC в диапазоне, подходящем для гибридизации и не содержат предсказанную вторичную структуру, которая может препятствовать гибридизации. Олигонуклеотиды можно синтезировать с использованием способов, хорошо известных специалистам в данной области. Для использования в чиповых форматах олигонуклеотиды можно синтезировать непосредственно на поверхности подложки. Олигонуклеотиды, специфичные к биологическим маркерам злокачественной опухоли предстательной железы, которые описаны в настоящем документе, известны в данной области и коммерчески доступны.
В определенных вариантах осуществления олигонуклеотиды метят с использованием одной или нескольких поддающихся обнаружению частиц. ДНК или мРНК, выделенную из биологического образца, приводят в контакт с меченными олигонуклеотидами в условиях, которые допускают формирование гибридизационных комплексов, и количество метки, связанной с гибридизационными комплексами, измеряют и сравнивают со стандартным значением.
В альтернативных или дополнительных аспектах, обнаружение включает измерение присутствия, отсутствия или количества белка Ig или белка FCGR2B человека в тестовом образце. В образцовых аспектах при измерении используют антитело, которое специфически связывается с белком Ig человека или белком FCGR2B человека. Антитела, связывающиеся с Ig человека, которые используют в настоящих способах, вместе с наборами ELISA, в которых используют такие антитела для обнаружения Ig человека и которые используют в настоящем документе, хорошо известны специалистам в данной области и доступны на коммерческой основе. Необязательно измерение опосредовано анализом ELISA, анализом вестерн-блоттинга или иммуногистохимическим анализом.
В определенных вариантах осуществления, уровень экспрессии Ig или FCGR2B определяют с использованием связывающего средства, такого как белок, антитело или фрагмент антитела, которое специфически связывается с Ig или FCGR2B человека, например, в твердофазном иммуноферментном анализе (ELISA), радиоиммунном анализе, чипе с антителами, вестерн-блоттинге, иммуногистохимическом анализе, анализе иммунопреципитации или иммунофлуоресцентном анализе. Способы осуществления таких анализов хорошо известны специалистам в данной области.
Твердофазные подложки или носители, которые можно эффективно использовать в таких анализах, хорошо известны специалистам в данной области и включают, например, 96-луночные микротитровальные планшеты, стекло, бумагу и микропористые мембраны, сконструированные, например, из нитроцеллюлозы, нейлона, поливинилидендифторида, полиэстера, ацетата целлюлозы, смешенных сложных эфиров целлюлозы и поликарбоната.
В отношении приведенных выше способов, В образцовых аспектах субъектом является пациентчеловек, который имеет или предположительно имеет множественную миелому, рефракторную множественную миелому или рецидивирующую множественную миелому.
В образцовых вариантах осуществления, способ дополнительно включает введение субъекту одного или нескольких химиотерапевтических средств, отличных от ингибитора протеасом (например, карфилзомиба, бортезомиба или опрозомиба). В некоторых вариантах осуществления субъект является участником клинического исследования. В альтернативных вариантах осуществления способ дополнительно включает введение субъекту одного или нескольких химиотерапевтических средств, отличных от ингибитора протеасом.
В образцовых вариантах осуществления, различие представляет собой увеличение уровня экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в опухолевой клетке по сравнению с эталонным уровнем и увеличение является прогностическим для повышенной общей выживаемости субъекта, проходящего терапию, по сравнению с индивидуумами, страдающими множественной миеломой, которые не имеют увеличения уровня экспрессии Ig или FCGR2B в опухолевой клетке по сравнению с эталонным уровнем.
В одном из вариантов осуществления различие представляет собой снижение уровня экспрессии Ig в опухолевой клетке у субъекта по сравнению с эталонным уровнем и снижение указывает на то, что множественная миелома устойчива к терапии одним или несколькими ингибиторами протеасом. В одном из вариантов осуществления различие представляет собой снижение уровня экспрессии Ig в опухолевой клетке по сравнению с эталонным уровнем и снижение является прогностическим для уменьшенной общей выживаемости субъекта по сравнению с индивидуумами, которые не имеют снижения уровня экспрессии Ig в опухолевой клетке. В образцовых аспектах различие представляет собой снижение уровня экспрессии FCGR2B в опухолевой клетке по сравнению с эталонным уровнем и снижение является прогностическим для уменьшенной общей выживаемости субъекта, проходящего терапию, по сравнению с индивидуумами, страдающими множественной миеломой, которые не имеют снижения уровня экспрессии FCGR2B в опухолевой клетке по сравнению с эталонным уровнем.
В образцовых вариантах осуществления, способ дополнительно включает определение, будет ли
- 51 043425 пациент кандидатом на терапию одним или несколькими ингибиторами протеасом, до введения, где увеличение уровня экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B в опухолевой клетке от пациента по сравнению с эталонным уровнем указывает на то, что пациент является кандидатом на приведенную выше терапию.
В настоящем документе предусмотрены способы определения, лечить ли пациента, имеющего опухоль (например, гематологическую опухоль), ингибитором протеасом (например, карфилзомибом), которые включают идентификацию субъекта, который имеет гематологическую опухоль или имеет риск гематологической опухоли, предоставление образца, который содержит клетку из опухоли, обнаружение уровня экспрессии Ig в образце, определение лечения пациента ингибитором протеасом (например, карфилзомибом), если уровень экспрессии Ig в клетке опухоли больше, чем предварительно определяемый эталонный уровень. В некоторых вариантах осуществления гематологическая опухоль представляет собой миелому. В некоторых вариантах осуществления миелома представляет собой множественную миелому.
В настоящем документе предусмотрены способы определения лечить ли пациента, имеющего опухоль (например, гематологическую опухоль, такую как множественная миелома) ингибитором протеасом (например, карфилзомибом, опрозомибом или бортезомибом), которые включают идентификацию субъекта, который имеет опухоль или имеет риск опухоли, предоставление образца, который содержит клетку из опухоли, обнаружение уровня экспрессии FCGR2B в образце, определение лечить пациента химиотерапевтическим средством, отличным от ингибитора протеасом, если уровень экспрессии FCGR2B в клетке опухоли меньше, чем предварительно определяемый эталонный уровень. В некоторых вариантах осуществления гематологическая опухоль представляет собой миелому. В некоторых вариантах осуществления миелома представляет собой множественную миелому.
Некоторые варианты осуществления дополнительно включают оценку или альтернативно получение, предоставление или использование предварительно определяемой информации касательно уровня экспрессии Ig или экспрессии FCGR2B из образцов, взятых у контрольной популяции нормальных или здоровых (свободных от заболеваний) субъектов.
Некоторые варианты осуществления дополнительно включают регистрацию результатов этих способов в медицинских записях субъекта (например, регистрацию результатов в машиночитаемой среде) или проведение диагностического исследования. В некоторых вариантах осуществления эти способы может осуществлять профессиональный медик (например, врач, ассистент врача, медицинская сестра, ассистент медицинской сестры или техник-лаборант).
В одном из аспектов раскрытие в целом предусматривает композиции, которые содержат терапевтические средства и их фармацевтически приемлемые носители.
В связи с этим, раскрытие предусматривает одно или более терапевтических средств, например, ингибиторов протеасом, которые вводят MM пациенту. Терапевтические средства можно вводить пациенту до, во время или после другого стандартного химиотерапевтического лечения. В одном из вариантов осуществления терапевтические средства вводят пациенту после определения того, что пациент является кандидатом на такое лечение. В этом отношении, терапевтические средства вводят субъекту, до стандартного химиотерапевтического лечения или в комбинации с ним.
В одном из аспектов терапевтические средства, отдельно или комбинации, вводят пациенту в эффективном количестве, например, терапевтически эффективная доза ингибитора протеасом или другого химиотерапевтического средства.
Терапевтическая доза может варьировать в зависимости от типа терапевтического средства, пути введения и дозированной формы. Единичные дозированные формы в целом содержат между приблизительно 1 мг и приблизительно 500 мг активного ингредиента. Предпочтительная композиция или композиции представляют собой состав, который демонстрирует высокий терапевтический индекс. Терапевтический индекс представляет собой соотношение доз между токсическим и терапевтическим эффектами, которые можно выражать как соотношение между LD50 и ED50. LD50 представляет собой дозу, которая летальна для 50% популяции, и ED50 представляет собой дозу, которая терапевтически эффективна для 50% популяции. LD50 и ED50 определяют с помощью стандартных фармацевтических процедур в клеточных культурах животных или на экспериментальных животных.
Конкретные дозы можно корректировать в зависимости от состояния заболевания, возраста, массы тела, общего состояния здоровья, пола и диеты субъекта, интервалов дозирования, пути введения, скорости экскреции и комбинаций лекарственных средств. Любые из вышеуказанных дозированных форм, содержащих эффективные количества, хорошо вписываются в пределы стандартных экспериментов.
В композициях для лечения множественной миеломы, описанных в настоящем документе, терапевтически эффективное количество ингибитора протеасом может находиться в диапазоне приблизительно от 0,001 мг/кг приблизительно до 30 мг/кг масса тела субъекта. В некоторых вариантах осуществления терапевтически эффективное количество средства может находиться в диапазоне приблизительно от 0,05 мг/кг приблизительно до 30 мг/кг, приблизительно от 0,1 мг/кг приблизительно до 30 мг/кг, приблизительно от 1 мг/кг приблизительно до 25 мг/кг, приблизительно от 1 мг/кг приблизительно до 20 мг/кг или приблизительно от 1 или 2 мг/кг приблизительно до 15 мг/кг.
Способы, описанные в настоящем документе, включают изготовление и использование фармацев- 52 043425 тических композиций, которые содержат соединения (например, ингибиторы протеасом и/или другие химиотерапевтические средства), идентифицированные способом, описанным в настоящем документе, в качестве активных ингредиентов. Также включены сами фармацевтические композиции.
Фармацевтические композиции типично содержат фармацевтически приемлемый носитель. Как используют в настоящем документе, формулировка фармацевтически приемлемый носитель включает физиологический раствор, растворители, дисперсионные среды, покрытия, антибактериальные и противогрибковые средства, изотонические и задерживающие абсорбцию средства и т.п., совместимые с фармацевтическим введением. В композиции также могут входить дополнительные активные соединения, например, химиотерапевтические средства.
Фармацевтические композиции типично формулируют так, чтобы они были совместимы с их предполагаемым путем введения. Примеры путей введения включают парентеральное, например, внутривенное, внутрикожное, подкожное, пероральное (например, ингаляционное), трансдермальное (топическое), трансмукозальное и ректальное введение.
Способы формулирования подходящих фармацевтических композиций известны в данной области, см., например, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21-е издание, 2005; и книги серии Drugs and the Pharmaceutical Sciences: a Series of Textbooks and Monographs (Dekker, NY). Например, растворы или суспензии, используемые для парентерального, внутрикожного или подкожного применения, могут содержать следующие компоненты: стерильный разбавитель, такой как вода для инъекций, физиологический раствор, жирные масла, полиэтиленгликоли, глицерин, пропиленгликоль или другие синтетические растворители; антибактериальные средства, такие как бензиловый спирт или метилпарабены; антиоксиданты, такие как аскорбиновая кислота или бисульфит натрия; хелатирующие средства, такие как этилендиаминтетрауксусная кислота; буферы, такие как ацетаты, цитраты или фосфаты, и средства для корректировки тоничности, такие как хлорид натрия или декстроза. pH можно корректировать с использованием кислот или оснований, таких как соляная кислота или гидроксид натрия. Парентеральный препарат можно заключать в ампулы, одноразовые шприцы или сосуды с множеством доз, выполненные из стекла или пластмассы.
Фармацевтические композиции, подходящие для инъекционного использования, могут включать стерильные водные растворы (если водорастворимы) или дисперсии и стерильные порошки для экстемпорального получения стерильных инъецируемых растворов или дисперсий. Для внутривенного введения подходящие носители включают физиологический раствор, бактериостатическую воду, Cremophor EL™ (BASF, Parsippany, NJ) или фосфатно-солевой буфер (PBS). Во всех случаях композиция должна быть стерильной и представлять собой текучее вещество в такой степени, чтобы возможно было вводить через шприц. Она должна быть стабильна в условиях изготовления и хранения, и ее следует предохранять от загрязняющего действия микроорганизмов, таких как бактерии и грибы. Носитель может представлять собой растворитель или дисперсионную среду, содержащую, например, воду, этанол, многоатомный спирт (например, глицерин, пропиленгликоль и жидкий полиэтиленгликоль и т.п.), и подходящие их смеси. Надлежащую текучесть можно поддерживать, например, с помощью покрытия, такого как лецитин, посредством сохранения необходимого размера частицы в случае дисперсии и с помощью поверхностно-активных веществ. Предотвращения действия микроорганизмов можно достичь посредством различных антибактериальных и противогрибковых средств, например, парабенов, хлорбутанола, фенола, аскорбиновой кислоты, тимеросала и т.п. Во многих случаях, композиции предпочтительно содержат изотонические средства, например, сахара, многоатомные спирты, такие как маннит и сорбит, хлорид натрия. Пролонгированную абсорбцию инъецируемых композиций можно обеспечивать, включая в композицию средство, которое задерживает абсорбцию, например, моностеарат алюминия и желатин.
При необходимости, стерильные инъецируемые растворы можно получать посредством внедрения активного соединения в необходимом количестве в подходящий растворитель с одним или комбинацией ингредиентов, перечисленных выше, за чем следует стерилизация фильтрованием. В целом дисперсим получают посредством внедрения активного соединения в стерильный наполнитель, который содержит основную дисперсионную среду и другие необходимые ингредиенты из тех, что перечислены выше. В случае стерильных порошков для получения стерильных инъецируемых растворов, предпочтительные способы получения представляют собой вакуумную сушку и лиофилизацию, которые дают порошок активного ингредиента плюс какой-либо дополнительный желаемый ингредиент из его раствора, предварительно прошедшего стерильное фильтрование.
Пероральные композиции в целом содержат инертный разбавитель или съедобный носитель. С целью перорального терапевтического введения активное соединение можно встраивать с эксципиентами и использовать в форме таблеток, пастилок или капсул, например, желатиновых капсул. Пероральные композиции также можно получать с использованием текучего носителя для применения в качестве полоскания для рта. Фармацевтически совместимые связывающие средства и/или адъювантные материалы могут содержаться в качестве части композиции. Таблетки, пилюли, капсулы, пастилки и т.п. могут содержать любые из следующих ингредиентов или соединения со схожими свойствами: связующее средство, такое как микрокристаллическая целлюлоза, трагакантовая камедь или желатин; эксципиент, такой как крахмал или лактоза, средство для улучшения распадаемости, такое как альгиновая кислота, Primogel
- 53 043425 или кукурузный крахмал; смазывающее средство, такое как стеарат магния или Sterotes; скользящее средство, такое как коллоидный диоксид кремния; подсластитель, такой как сахароза или сахарин; или ароматизатор, такой как перечная мята, метилсалицилат или апельсиновый ароматизатор.
В одном из вариантов осуществления терапевтические соединения получают с носителями, которые будут защищать терапевтические соединения от быстрого выведения из организма, например, состав с контролируемым высвобождением, в том числе имплантаты и микроинкапсулированные системы доставки. Можно использовать биоразрушаемые биологически совместимые полимеры, такие как этиленвинилацетат, полиангидриды, полигликолевая кислота, коллаген, сложные полиортоэфиры и полимолочная кислота. Такие составы можно получать с использованием стандартных способов или получать на коммерческой основе, например, из Alza Corporation и Nova Pharmaceuticals, Inc. Липосомные суспензии (содержащие липосомы, нацеленные на выбранные клетки с использованием моноклональных антител к клеточным антигенам) также можно использовать в качестве фармацевтически приемлемых носителей. Их можно получать согласно способам, известным специалистам в данной области, например, как описано в патенте США № 4522811.
Фармацевтические композиции могут находиться в контейнере, упаковке или дозаторе вместе с инструкциями для введения.
В отношении изобретений, описанных в разделе под названием Дополнительные варианты осуществления, применимо следующее.
Как описано в настоящем документе, термин экспрессия иммуноглобулинов или экспрессия Ig относится к уровню экспрессии иммуноглобулинов одного или нескольких из известных классов, в том числе IgA, IgG, IGM, IgE и IgD.
Как используют в настоящем документе, термин иммуноглобулин относится к белку, состоящему из одного или нескольких полипептидов, по существу кодируемых генами иммуноглобулинов. Известные гены иммуноглобулинов включают гены различных константных областей, а также множество генов вариабельных областей иммуноглобулинов. Иммуноглобулины могут существовать в различных форматах, включая, например, Fv, Fab и F(ab)2, а также отдельные цепи (scFv) или диатела. Иммуноглобулины могут отнситься к различным вариациям, известным как изотипы или классы. У плацентарных млекопитающих существует пять изотипов антител, известных как IgA, IgD, IgE, IgG и IgM. Каждый из них имеет в названии приставку Ig, которая обозначает иммуноглобулин, другое название антитела, и отличается своими биологическими свойствами, функциональные местоположения и способность взаимодействовать с различными антигенами.
Как используют в настоящем документе, термин антитело относится к иммуноглобулину и какойлибо антигенсвязывающей части иммуноглобулина, например, IgG, IgD, IgA, IgM и IgE, или полипептиду, который содержит антигенсвязывающий участок, который специфично связывается или вступает в иммунную реакцию с антигеном. Антитела могут содержать по меньшей мере одну тяжелую (H) цель и по меньшей мере одну легкую (L) цепь, соединенные по меньшей мере одной дисульфидной связью. Термин VH относится к вариабельной области тяжелой цепи антитела. Термин VL относится к вариабельной области легкой цепи антитела. В образцовых вариантах осуществления, термин антитело, в частности, покрывает моноклональные и поликлональные антитела.
Поликлональное антитело относится к антителу, которое получено из сыворотки животного, иммунизированного антигеном или антигенами. Моноклональное антитело относится к антителу, продуцируемому одним клоном гибридомных клеток.
Как используют в настоящем документе, термин биологический маркер относится к молекуле, которая ассоциирована количественно или качественно с биологическим изменением. Примеры биологических маркеров включают: полипептиды, белки или фрагменты полипептида или белка; полинуклеотиды, такие как продукт гена, РНК или фрагмент РНК; и другие метаболиты организма.
Как описано в настоящем документе, термин гематологическое злокачественное новообразование или гематологическая опухоль относится к злокачественным опухолям, которые поражают кровь и костный мозг.
Термин миелома, как используют в настоящем документе, обозначает любую опухоль или злокачественную опухоль, состоящую из клеток, возникших из гемопоэтических тканей костного мозга. Например, миелома включает множественную миелому.
Протеасома, как используют в настоящем документе, относится к мультимерному ферментативному комплексу, участвующему в разрушению белка.
Как описано в настоящем документе, термин ингибитор протеасом предназначен включать соединения, которые нацелены на активность протеасомы или снижают или ингибируют ее. Соединения, которые нацелены на активность протеасомы или снижают или ингибируют ее, включают, но не ограничиваясь этим, карфилзомиб (Кипролис), опрозомиб и бортезомиб (Велкад).
Как используют в настоящем документе, ингибировать или подавать или снижать функцию или активность, такую как протеасомная активность, обозначает понижение функции или активности по сравнению с во всем остальном теми же состояниями, за исключением состояния или параметра, представляющего интерес, или альтернативно, по сравнению с другим состоянием.
- 54 043425
Как используют в настоящем документе, термин эталонный уровень относится к уровню вещества, которое может представлять интерес в целях сравнения. В одном из вариантов осуществления эталонный уровень может представлять собой уровень экспрессии белка или нуклеиновой кислоты, выраженный в виде усредненного уровня для уровня экспрессии белка или нуклеиновой кислоты в образцах, полученных от контрольной популяции нормальных или здоровых (свободных от заболеваний) субъектов. В другом варианте осуществления эталонный уровень может представлять собой уровень у того же субъекта в другое время, например, перед данным анализом, такой как уровень, который определяли пере развитием заболевания у субъекта или перед инициацией терапии. В целом образцы нормализуют с помощью общего коэффициента. Например, образцы текучих веществ организма нормализуют по объему текучего вещества организма и образцы, содержащие клетки, нормализуют по содержанию белка или количеству клеток. В другом варианте осуществления эталонный уровень также может относиться к уровню экспрессии одного и того же биологического маркера в соответствующем контрольном образце или контрольной группе субъектов, которая не реагирует на лечение ингибитором протеасом (например, лечение карфилзомибом, опрозомибом или бортезомибом).
Как используют в настоящем документе, термин субъект относится к млекопитающим, предпочтительно, к людям, которые могут иметь или могут не иметь злокачественную опухоль. Типично, в настоящем документе термины субъект и пациент используют по отношению к человеческому субъекту взаимозаменяемо. Субъект может представлять собой пациента, подвергаемого терапии ингибированием протеасом (например, карфилзомибом, опрозомибом, бортезомибом или другим соответствующим средством) с использованием одного терапевтического средства. Субъект может представлять собой пациента, подвергающегося терапии ингибированием протеасом (например, карфилзомибом, опрозомибом, бортезомибом или другим соответствующим средством) с использованием терапевтического средства в сочетании с другим средством (например, химиотерапевтическим средством).
Как используют в настоящем документе, термин образец или тестовый образец относится к какому-либо жидкому или твердому материалу, пробе или культуре, полученным из какого-либо источника, содержащего нуклеиновые кислоты или белки. В подходящих вариантах осуществления, тестовый образец получают из биологического источника, например, биологического образца. Биологические образцы включают продукты крови (такие как плазма, сыворотка, цельная кровь и мононуклеарные клетки периферической крови (PBMC)), мочу, слюну, кровь, сыворотку или биоптат и т.п. Биологические образцы также включают образцы тканей, такие как биоптаты тканей или патологических тканей, которые предварительно фиксироли (например, формалин, быстрая заморозка, цитологическая обработка и т.д.). В образцовом варианте осуществления, образец представляет собой образец опухоли.
Термины обнаружение, определение, измерение, оценка и анализ используют взаимозаменяемо, и они включают как количественные, так и качественные определения. Эти термины относятся к какой-либо форме измерения и включают определение присутствия или отсутствия характеристики, качества или признака.
Как используют в настоящем документе, фраза различие в уровне относится к различиям в количестве конкретного маркера, такого как белок или нуклеиновая кислота биологического маркера, в образце по сравнению с контрольным или эталонным уровнем. Например, количество конкретного белка или нуклеиновой кислоты может представлять собой повышенное количество или пониженное количество в образцах пациентов с заболеванием по сравнению с эталонным уровнем. В одном из вариантов осуществления различие в уровне может представлять собой различие между уровнем биологического маркера, присутствующего в образце, по сравнению с контролем по меньшей мере приблизительно в 1%, по меньшей мере приблизительно в 2%, по меньшей мере приблизительно в 3%, по меньшей мере приблизительно в 5%, по меньшей мере приблизительно в 10%, по меньшей мере приблизительно в 15%, по меньшей мере приблизительно в 20%, по меньшей мере приблизительно в 25%, по меньшей мере приблизительно в 30%, по меньшей мере приблизительно в 35%, по меньшей мере приблизительно в 40%, по меньшей мере приблизительно в 50%, по меньшей мере приблизительно в 60%, по меньшей мере приблизительно в 75%, по меньшей мере приблизительно в 80% или больше. В одном из вариантов осуществления различие в уровне может представлять собой статистически значимое различие между уровнем биологического маркера, присутствующего в образце, по сравнению с контролем. Например, различие может быть статистически значимым, если измеряемый уровень биологического маркера выпадает за пределы приблизительно 1,0 стандартного отклонения, приблизительно 1,5 стандартного отклонения, приблизительно 2,0 стандартного отклонения или приблизительно 2,5 стандартного отклонения среднего для какой-либо контрольной или эталонной группы.
Термин повышенные уровни или более высокие уровни, как используют в настоящем документе, относится к уровням белка или нуклеиновой кислоты биологического маркера, которые выше, чем то, что обычно наблюдают в сравнимом образце от контрольных или нормальных субъектов, например, эталонное значение. В некоторых вариантах осуществления контрольные уровни, например, нормальные уровни, относятся к диапазону уровней белка или нуклеиновой кислоты биологического маркера, которые обычно ожидают наблюдать в образце от млекопитающего, которое не имеет заболевания. Контрольный уровень можно использовать в качестве эталонного уровня для сравнительных целей. Повы
- 55 043425 шенные уровни относятся к уровням белка или нуклеиновой кислоты биологического маркера, которые выше диапазона эталонных уровней (например, контрольных уровней). Диапазоны, которые приняты в качестве повышенных уровней или эталонных уровней, зависят от множества факторов. Например, одна лаборатория может обычным образом определять уровень белка или нуклеиновой кислоты биологического маркера в образце, который отличен от уровня, получаемого для того же образца в другой лаборатории. Также, различными способами анализа можно получать различные диапазоны значений. Диапазоны значений также могут различаться в образцах различных типов, например, в различных текучих веществах организма или путем различной обработки образцов. Специалист в данной области способен принимать во внимание релевантные факторы и устанавливать подходящие эталонные диапазоны для контрольных значений и повышенных значений в настоящем раскрытии. Например, ряд образцов от контрольных субъектов и субъектов, у которых диагностировали злокачественную опухоль, можно использовать для того, чтобы устанавливать диапазоны, которые представляют собой нормальные или контрольные уровни, и диапазоны, которые являются повышенными или более высокими, чем контрольный диапазон. В одном из вариантов осуществления экспрессия/количество гена или биологического маркера (например, уровни экспрессии Ig) в образце находится на повышенном уровне по сравнению с эталонным значением, если уровень экспрессии/количество гена или биологического маркера в образце составляет по меньшей мере приблизительно 1,5х, 1,75х, 2х, 3х, 4х, 5х, 6х, 7х, 8х, 9х или 10х уровень экспрессии/количество гена или биологического маркера в эталонном значении.
Аналогичным образом пониженные уровни или более низкие уровни, как используют в настоящем документе, относятся к уровням белка или нуклеиновой кислоты биологического маркера, которые ниже, чем то, что обычно наблюдают в сравнимом образце от контрольных или нормальных субъектов, например, эталонное значение. В некоторых вариантах осуществления контрольные уровни, например, нормальные уровни, относятся к диапазону уровней белка или нуклеиновой кислоты биологического маркера, которые обычно ожидают наблюдать у млекопитающего, которое не имеет заболевания, и пониженные уровни относятся к уровням белка или нуклеиновой кислоты биологического маркера, которые ниже диапазона контрольных уровней.
Как используют в настоящем документе, термины экспрессия гена или экспрессия относятся к процессу превращения генетической информации, кодируемой геном, в РНК, например, мРНК, рРНК, тРНК или няРНК, через транскрипцию гена, например, через ферментативное действие РНК полимеразы и, для генов, кодирующих белки, в белок через трансляцию мРНК. Экспрессию гена можно регулировать на многих стадиях в процессе.
Как используют в настоящем документе, термин диагноз обозначает обнаружение заболевания или нарушения или определение стадии или степени заболевания или нарушения. Обычно диагноз заболевания или нарушения основан на оценке одного или нескольких факторов и/или симптомов, которые отражают заболевание. Т.е. диагноз можно выполнять на основании присутствия, отсутствия или количества фактора, который указывает на присутствие или отсутствие заболевания или состояния. Каждый фактор или симптом, который считают показательным для диагноза конкретного заболевания, не обязательно связан исключительно с конкретным заболеванием, например, может иметь место дифференциальный диагноз, который можно предполагать на основании диагностического фактора или симптома. Аналогичным образом могут иметь место случаи, когда фактор или симптом, который указывает на конкретное заболевание, присутствует у индивидуума, который не имеет конкретного заболевания. Термин диагноз также охватывает определение терапевтического эффекта лекарственной терапии или предсказание паттерна реакции на лекарственную терапию. Диагностические способы можно использовать независимо или в комбинации с другими диагностическими способами и/или способами определения стадии, известными в области медицины для конкретного заболевания или нарушения, например, MM.
Термин прогноз, как используют в настоящем документе, относится к предсказанию возможного течения и исхода клинического состояния или заболевания. Прогноз обычно выполняют посредством оценки факторов или симптомов заболевания, которые указывают на благоприятное или неблагоприятное течение или исход заболевания. Фраза определение прогноза, как используют в настоящем документе, относится к процессу, с помощью которого специалист в данной области может предсказывать течение или исход состояния у пациента. Термин прогноз не относится к способности предсказать течение или исход состояния с точностью 100%. В действительности, специалист в данной области понимает, что термин прогноз относится к повышенной вероятности того, что определенное течение или исход будет иметь место; т.е., что течение или исход более вероятно возникнет у пациента, проявляющего данное состояние, по сравнению с теми индивидуумами, которые не проявляют это состояние. Термины благоприятный прогноз и позитивный прогноз или неблагоприятный прогноз и негативный прогноз, как используют в настоящем документе, представляют собой связанные термины для предсказания возможного течения и/или возможного исхода состояния или заболевания. Благоприятный или позитивный прогноз предсказывает более хороший исход для состояния, чем неблагоприятный или негативный прогноз. В общем смысле благоприятный прогноз представляет собой исход, который является относительно хорошим по сравнению с другими возможными прогнозами, которые могут быть связаны с конкретным состоянием, тогда как неблагоприятный прогноз предсказывает исход, который является
- 56 043425 относительно плохим по сравнению со многими другими возможными прогнозами, которые могут быть связаны с конкретным состоянием. Типичные примеры благоприятного или позитивного прогноза включают более высокую долю ремиссии, чем в среднем, более низкую предрасположенность к метастазированию, увеличенную предполагаемую длительность жизни по сравнению с тем, что ожидают, дифференциацию доброкачественного процесса от злокачественного процесса и т.п.
Как используют в настоящем документе, термин эффективное количество или фармацевтически эффективное количество или терапевтически эффективное количество относится к количеству соединения (соединений) в препарате, которого при введении в качестве части схемы дозирования (млекопитающему, например, человеку) достаточно для того, чтобы достигать желаемого терапевтического и/или профилактического эффекта, например, к количеству, которое облегчает симптом, улучшает состояние или замедляет начало состояния заболевания в соответствии с клинически приемлемыми стандартами для нарушения или состояния, подлежащего лечению. Количество композиции, вводимой субъекту, зависит от типа и тяжести заболевания и от характеристик индивидуума, таких как общее состояние здоровья, пол, возраст, масса тела и устойчивость к лекарственным средствам. Также это зависит от степени, тяжести и типа заболевания. Специалист в данной области способен определять подходящие дозы в зависимости от этих и других факторов. Композиции также можно вводить в комбинации с одним или несколькими дополнительными терапевтическими соединениями и/или лечением.
Как используют в настоящем документе, термин лечить или лечение включает обращение, снижение или прекращение симптомов, клинических признаков и подлежащей патологии состояния таким образом, чтобы улучшать или стабилизировать состояние субъекта.
Как используют в настоящем документе, микрочип или чип экспрессии гена или чип или тканевой микрочип относится к расположению совокупности нуклеиновых кислот, например, нуклеотидных последовательностей в централизированном местоположении. Чипы могут быть на твердой подложке, такой как стеклянная пластина, или на полутвердой подложке, такой как нитроцеллюлозная мембрана. Нуклеотидные последовательности могут представлять собой ДНК, РНК или какую-либо их комбинацию или перестановки. Нуклеотидные последовательности также могут представлять собой частичные последовательности или фрагменты из гена, праймеры, полноразмерные последовательности генов, некодирующие последовательности, кодирующие последовательности, опубликованные последовательности, известные последовательности или новые последовательности.
Образцовые варианты осуществления изобретения включают следующее.
1. Способ лечения опухоли у субъекта, который включает
а) измерение уровня экспрессии (i) иммуноглобулина (Ig), (ii) рецептора Fcy2B (FCGR2B), или (iii) как Ig, так и FCGR2B в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и
b) введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, когда уровень экспрессии Ig и/или экспрессии FCGR2B в образце больше, чем эталонный уровень.
2. Способ лечения опухоли у субъекта, у которого получали образец, где уровень экспрессии (i) иммуноглобулина (Ig), (ii) рецептора Fcy2B (FCGR2B), или (iii) как Ig, так и FCGR2B измеряли в образце, способ включает стадию введения субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, когда уровень экспрессии больше, чем эталонный уровень.
3. Способ определения схемы лечения для субъекта с опухолью, который включает
a) измерение уровня экспрессии (i) иммуноглобулина (Ig), (ii) рецептора Fcy2B (FCGR2B), или (iii) как Ig, так и FCGR2B, в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и
b) выбор схемы лечения, которая включает введение ингибитора протеасом, когда уровень экспрессии Ig и/или экспрессии FCGR2B в образце больше, чем эталонный уровень.
4. Способ по любому одному из пп.1-3, где ингибитор протеасом выбирают из группы, состоящей из карфилзомиба, бортезомиба, дисульфирама и опрозомиба.
5. Способ по любому одному из пп.1-4, где опухоль представляет собой гематологическую опухоль, необязательно гематологическую опухоль, образовавшуюся из лимфоидных клеток.
6. Способ по п.5, где гематологическая опухоль представляет собой лимфому, необязательно неходжкинскую лимфому.
7. Способ по п.6, где неходжкинская лимфома представляет собой лимфому из клеток мантии.
8. Способ по п.5, где гематологическая опухоль представляет собой множественную миелому.
9. Способ по п.8, где множественная миелома представляет собой вялотекущую миелому, рецидивирующую множественную миелому или рефракторную миелому.
- 57 043425
10. Способ по любому одному из пп.1-9, где уровень экспрессии (i) Ig;
(ii) FCGR2B; или (iii) как Ig, так и FCGR2B, измеряют в CD138-позитивных опухолевых клетках, получаемых от субъекта.
11. Способ по п.10, который включает извлечение РНК из CD13 8-позитивных опухолевых клеток.
12. Способ по любому одному из пп.1-11, где образец содержит клетки костного мозга, кровь, сыворотку или биоптат.
13. Способ по п.12, который включает приведение антител, специфичных к FCGR2B или к Ig, в контакт с образцом, который содержит интактные клетки костного мозга.
14. Способ по любому одному из пп.1-13, который включает измерение уровня экспрессии одного или нескольких сегментов генов локуса IgH, локуса IgK или локуса IgL или орфонного сегмента гена IgH, орфонного сегмента гена IgK или орфонного сегмента гена IGL или их сочетания.
15. Способ по п.14, где один или более сегментов генов в локусе IgH или орфонном сегменте гена IgH выбирают из группы, состоящей из
IGHA1, IGHA2, IGHD, IGHD1-1, IGHD1-14, IGHD1-20,
IGHD1-26, IGHD1-7, IGHD2-15, IGHD2-2, IGHD2-21, IGHD2-8, IGHD310, IGHD3-16, IGHD3-22, IGHD3-3, IGHD3-9, IGHD4-11, IGHD4-17
IGHD4-23, IGHD4-4, IGHD5-12, IGHD5-18, IGHD5-24
IGHD5-5
IGHD613, IGHD6-19, IGHD6-25, IGHD6-6, IGHD7-27, IGHE
IGHEP1
IGHEP2
IGHG1, IGHG2, IGHG3, IGHG4, IGHGP, IGHJ1, IGHJ1P
IGHJ2
IGHJ2P
IGHJ3, IGHJ3P, IGHJ4, IGHJ5, IGHJ6, IGHM, IGHMBP2, IGHV1-12
IGHV1-14, IGHV1-17, IGHV1-18, IGHV1-2, IGHV1-24, IGHV1-3, IGHV145, IGHV1-46, IGHV1-58, IGHV1-67, IGHV1-68, IGHV1-69, IGHV1-8
IGHV3-11
IGHV3-21
IGHV3-30-2
IGHV3-37
IGHV3-48
IGHV3-57
IGHV3-65
IGHV3-74
IGHV4-28
IGHV4-59
IGHV7-27
IGHV1OR21-
1, IGHV2-10 , IGHV2-26, IGHV2-5, IGHV2-70, IGHV2OR16-5,
IGHV3-13, IGHV3-15, IGHV3-16, IGHV3-19, IGHV3-20,
IGHV3-22, IGHV3-23, IGHV3-25, IGHV3-29, IGHV3-30,
, IGHV3-32, IGHV3-33, IGHV3-33-2 , IGHV3-35 , IGHV3-36,
IGHV3-38, IGHV3-41, IGHV3-42, IGHV3-43, IGHV3-47,
IGHV3-49, IGHV3-50, IGHV3-52, IGHV3-53, IGHV3-54,
IGHV3-6, IGHV3-60, IGHV3-62, IGHV3-63, IGHV3-64,
IGHV3-66, IGHV3-7, IGHV3-71, IGHV3-72, IGHV3-73,
IGHV3-75, IGHV3-76, IGHV3-79, IGHV3-9, IGHV3OR16-8,
IGHV4-31, IGHV4-34, IGHV4-39, IGHV4-4, IGHV4-55,
IGHV4-61, IGHV4-80, IGHV5-51, IGHV5-78 , IGHV6-1,
IGHV7-34-1, IGHV7-40, IGHV7-56, IGHV7-81, IGHVII-1-1,
IGHVII-20-1
IGHVII-22-1
IGHVII-26-2
IGHVII-28-1
IGHVII-15-1
IGHVII-30-1
IGHVII-31-1
IGHVII-33-1
IGHVII-40-1
IGHVII-43-1
IGHVII-44-2
IGHVII-46-1
IGHVII-49-1
IGHVII-51-2
IGHVII-53-1
IGHVII-60-1
IGHVII-62-1
IGHVII-65-1
IGHVII-67-1
IGHVII-74-1
IGHVII-78-1
IGHVIII-11-1
IGHVI11-13-1, IGHVI11-16-1, IGHVIII2-1
IGHVIII-22-2
IGHVIII-25-1
IGHVIII-26-1
IGHVIII-38-1
IGHVIII-44, IGHVI11-47-1, IGHVIII-5-1, IGHVI11-51-1, IGHVIII-5IGHVIII-67-2
IGHVIII-67-3
IGHVIII-67-4
IGHVIII-76-1
IGHVIII-82 и IGHVIV-44-1
- 58 043425 где один или более сегментов генов в локусе IgK или орфонном сегменте гена IgK выбирают из группы, состоящей из
КС, IGKJ1,IGKJ2, IGKJ3, IGKJ4, IGKJ5, IGKV1-12, IGKV1-13, IGKV1-16, IGKV1-17, IGKV1-22, IGKV1-27, IGKV1-32, IGKV1-33, IGKV1-35,
IGKV1-37, IGKV1-39, IGKV1-5, IGKV1-6, IGKV1-8, IGKV1-9, IGKV1D12, IGKV1D-13, IGKV1D-16, IGKV1D-17, IGKV1D-22, IGKV1D-27, IGKV1D-32, IGKV1D-33, IGKV1D-35, IGKV1D-37, IGKV1D-39, IGKV1D42, IGKV1D-43, IGKV1D-8, IGKV1OR22-1, IGKV2-10, IGKV2-14, IGKV218, IGKV2-19, IGKV2-23, IGKV2-24, IGKV2-26, IGKV2-28, IGKV2-29, IGKV2-30, IGKV2-36, IGKV2-38, IGKV2-4, IGKV2-40, IGKV2D-10,
IGKV2D-14, IGKV2D-18, IGKV2D-19, IGKV2D-23, IGKV2D-24, IGKV2D26, IGKV2D-28, IGKV2D-29, IGKV2D-30, IGKV2D-36, IGKV2D-38, IGKV2D-40, IGKV2OR22-3, IGKV2OR22-4, IGKV3-11, IGKV3-15, IGKV320, IGKV3-25, IGKV3-31, IGKV3-34, IGKV3-7, IGKV3D-11, IGKV3D-15, IGKV3D-20, IGKV3D-25, IGKV3D-31, IGKV3D-34, IGKV3D-7, IGKV3OR222, IGKV4-1, IGKV5-2, IGKV6-21, IGKV6D-21, IGKV6D-41 и IGKV7-3, где один или более сегментов генов в локусе IgL или орфонном сегменте гена IgL выбирают из группы, состоящей из
IGLCl, IGLC2, IGLC3, IGLC4, IGLC5, IGLC6, IGLC7, IGLCOR22-1,
IGLJ1, IGLJ2, IGLJ3, IGLJ4, IGLJ5, IGLJ6, IGLJ7, IGLL1, IGLL3, IGLON5, IGLV10-54, IGLV10-67, IGLV11-55, IGLV1-36, IGLV1-40,
IGLV1-41, IGLV1-44, IGLV1-47, IGLV1-50, IGLV1-51, IGLV1-62,
IGLV2-11, IGLV2-14, IGLV2-18, IGLV2-23, IGLV2-28, IGLV2-33,
IGLV2-34, IGLV2-5, IGLV2-8, IGLV3-1, IGLV3-10, IGLV3-12, IGLV3-
13, IGLV3-15, IGLV3-16, IGLV3-17, IGLV3-19, IGLV3-2, IGLV3-21,
IGLV3-22, IGLV3-24, IGLV3-25, IGLV3-26, IGLV3-27, IGLV3-29,
IGLV3-30, IGLV3-31, IGLV3-32, IGLV3-4, IGLV3-6, IGLV3-7, IGLV39, IGLV4-3, IGLV4-60, IGLV4-69, IGLV5-37, IGLV5-45, IGLV5-48,
IGLV5-52, IGLV6-57, IGLV7-35, IGLV7-43, IGLV7-46, IGLV8-61,
IGLV9-49, IGLVI-20, IGLVI-38, IGLVI-42, IGLVI-56, IGLVI-63,
IGLVI-68, IGLVI-70, IGLVIV-53, IGLVIV-59, IGLVIV-64, IGLVIV-65, IGLVIV-66-1, IGLW-58, IGLW-66, IGLWI-22-1, IGLWI-25-1 и IGLWII-41-1 .
16. Способ по п.14, где один или более сегментов генов в локусе IgH или орфонном сегменте гена IgH содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-174, где один или более сегментов генов в локусе IgK или орфонном сегменте гена IgK содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 175-260, или где один или более сегментов генов в локусе IgL или орфонном сегменте гена IgL содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-350.
17. Способ по любому одному из пп.1-16, где уровень экспрессии Ig представляет собой сумму уровней экспрессии больше, чем одного сегмента гена локуса IgH, локуса IgK, и/или локуса IgL, и/или больше, чем одного орфонного сегмента гена IgH, орфонного сегмента гена IgK и/или орфонного сегмента гена IgK.
18. Способ по п.17, где уровень экспрессии Ig представляет собой сумму уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgH и всех орфонных сегментов генов IgH.
19. Способ по п.17, где уровень экспрессии Ig представляет собой сумму (i) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgH и всех орфонных сегментов генов IgH;
(ii) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgK и всех орфонных сегментов генов IgK; и (iii) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgL и всех орфонных сегментов генов IgL.
20. Способ по любому одному из пп.1-19, который включает измерение уровня экспрессии Ig и уровня экспрессии FCGR2B в образце.
21. Способ по любому одному из пп.1-20, который дополнительно включает измерение уровня экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4, необязательно где измеряют уровень экспрессии двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти или больше генов, перечисленных в табл. 4.
- 59 043425
22. Способ по любому одному из пп.1-21, где эталонный уровень представляет собой эталонный уровень экспрессии Ig.
23. Способ по любому одному из пп.1-22, где измеряемый уровень экспрессии Ig и/или измеряемый уровень экспрессии FCGR2B по меньшей мере 2-кратно больше, чем эталонный уровень.
24. Способ по любому одному из пп.1-23, где измеряемый уровень экспрессии Ig и/или измеряемый уровень экспрессии FCGR2B по меньшей мере 3-кратно больше, чем эталонный уровень.
25. Способ по любому одному из пп.1-24, где измеряемый уровень экспрессии Ig и/или измеряемый уровень экспрессии FCGR2B по меньшей мере 4-кратно больше, чем эталонный уровень.
26. Способ по любому одному из пп.1-22, где эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC), необязательно где кривая ROC основана на (i) распределении уровней экспрессии Ig и/или уровней экспрессии FCGR2B отвечающих организмов; и (ii) распределении уровней экспрессии Ig и/или уровней экспрессии FCGR2B неотвечающих организмов.
27. Способ по любому одному из пп.1-22, где эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 75% и процентом чувствительности по меньшей мере 75%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC), необязательно где кривая ROC основана на (i) распределении уровней экспрессии Ig и/или уровней экспрессии FCGR2B отвечающих организмов; и (ii) распределении уровней экспрессии Ig и/или уровней экспрессии FCGR2B неотвечающих организмов.
28. Способ по любому одному из пп.1-27, где у субъекта (i) предварительно лечили множественную миелому; или (ii) предварительно диагностировали множественную миелому; или (iii) он представляет собой пациента-человека, который имеет или предположительно имеет множественную миелому, рефракторную множественную миелому или рецидивирующую множественную миелому.
29. Способ по любому одному из пп.1-28, где измерение уровня экспрессии Ig и/или FCGR2B в образеце включает (i) амплификацию фрагмента мРНК Ig человека или мРНК FCGR2B человека;
(ii) измерение уровня экспрессии Ig в клетке с использованием микрочиповой платформы, на которой картированы гены, кодирующие родственные Ig белки; или (iii) измерение содержания белка Ig в клетках с использованием антитела против Ig человека.
30. Способ по любому одному из пп.1-29, где измерение включает амплификацию фрагмента мРНК Ig человека и/или мРНК FCGR2B человека.
31. Способ по п.30, где амплификация опосредована полимеразной цепной реакцией (ПЦР) или ОТ-ПЦР.
32. Способ по любому одному из пп.1-31, где измерение включает измерение присутствия, отсутствия или количества белка Ig человека в образце.
33. Способ по п.32, где в измерении используют антитело, которое специфически связывается с белком Ig человека, FCGR2B человека или белком человека, кодируемым геном, перечисленным в табл. 4.
34. Способ по п.33, где измерение опосредовано анализом ELISA, анализом вестерн-блоттинга или иммуногистохимическим анализом.
35. Набор, который содержит одно или более связывающих средств для гена или продукта гена Ig, необязательно сегмента гена или продукта сегмента гена IgH, IgK или IgL, или орфонного сегмента гена или продукта сегмента гена IgH, IgK, или IgL и связывающее средство для гена или продукта гена FCGR2B.
36. Набор, который содержит (i) одно или более связывающих средств для гена или продукта гена Ig, необязательно сегмента гена или продукта сегмента гена IgH, IgK или IgL или орфонного сегмента гена или продукта сегмента гена IgH, IgK, или IgL или связывающее средство для гена или продукта гена FCGR2B; и (ii) по меньшей мере одно связывающее средство для гена или продукта гена, перечисленного в табл. 4.
37. Набор по п.35, который дополнительно содержит по меньшей мере одно связывающее средство для гена или продукта гена, перечисленного в табл. 4.
38. Набор по любому одному из пп.35-37, который дополнительно содержит ингибитор протеасом.
39. Набор по любому одному из пп.35-38, который дополнительно содержит реактив, который дает сигнал, указывающий на эталонный уровень.
40. Набор по любому одному из пп.35-39, где связывающее средство представляет собой соедине
- 60 043425 ние, которое связывается с молекулой нуклеиновой кислоты, необязательно где связывающее средство представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты.
41. Набор по любому одному из пп.35-40, где связывающее средство представляет собой соединение, которое связывается с белком, необязательно где связывающее средство представляет собой антитело, его антигенсвязывающий фрагмент или производное антитела.
42. Способ лечения опухоли у субъекта, который включает
a) измерение уровня экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4, в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и
b) введение субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, когда (i) уровень экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4, в образце больше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вверх, или (ii) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце меньше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вниз, или (iii) и (i), и (ii).
43. Способ лечения опухоли у субъекта, у которого получали образец, где в образце измеряли уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, способ включает стадию введения субъекту эффективного количества ингибитора протеасом, когда (i) уровень экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4, в образце больше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вверх; или (ii) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце меньше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вниз; или (iii) и (i), и (ii).
44. Способ определения схемы лечения для субъекта с опухолью, который включает
a) измерение уровня экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и
b) выбор схемы лечения, которая включает введение ингибитора протеасом, когда (i) уровень экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4, в образце больше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вверх, или (ii) уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов, перечисленных в табл. 4, в образце меньше, чем эталонный уровень, и изменение в уровне экспрессии гена для одного или нескольких генов или продуктов генов обозначено в табл. 4 как вниз, или (iii) и (i), и (ii).
45. Способ по любому одному из пп.42-44, где ингибитор протеасом выбирают из группы, состоящей из карфилзомиба, бортезомиба, дисульфирама и опрозомиба.
46. Способ по любому одному из пп.42-45, где опухоль представляет собой гематологическую опухоль, необязательно гематологическую опухоль, образовавшуюся из лимфоидных клеток.
47. Способ по п.46, где гематологическая опухоль представляет собой лимфому, необязательно неходжкинскую лимфому.
48. Способ по п.47, где неходжкинская лимфома представляет собой лимфому из клеток мантии.
49. Способ по п.46, где гематологическая опухоль представляет собой множественную миелому.
50. Способ по п.49, где множественная миелома представляет собой вялотекущую миелому, рецидивирующую множественную миелому или рефракторную миелому.
51. Способ по любому одному из пп.42-50, где уровень экспрессии одного или нескольких генов или продуктов генов в табл. 4 измеряют в CD138-позитивных опухолевых клетках, полученных у субъекта.
52. Способ по п.51, который включает извлечение РНК из CD138-позитивных опухолевых клеток.
53. Способ по любому одному из пп.42-52, где образец содержит клетки костного мозга, кровь, сыворотку или биоптат.
54. Способ по п.53, который включает приведение антител, специфичных к продукту гена, кодируемому одним или несколькими генами в табл. 4, в контакт с образцом, содержащим клетки костного мозга.
55. Способ по любому одному из пп.42-54, который дополнительно включает измерение уровня экспрессии Ig и/или FCGF2B в образце.
56. Способ по п.55, который дополнительно включает измерение уровня экспрессии одного или нескольких сегментов генов локуса IgH, локуса IgK или локуса IgL или орфонного сегмента гена IgH, орфонного сегмента гена IgK или орфонного сегмента гена IgL или их сочетания.
57. Способ по п.56, где один или более генов локуса IgH или орфонного сегмента гена IgH выбира
- 61 043425 ют из группы, состоящей из группы сегментов генов локуса IgH в п.15, где один или более сегментов генов локуса IgK или орфонного сегмента гена IgK выбирают из группы, состоящей из группы сегментов генов локуса IgK в п.15, или где один или более сегментов генов в локусе IgL или орфонном сегменте гена IgL выбирают из группы, состоящей из группы сегментов генов локуса IgL в п.15.
58. Способ по п.56, где один или более сегментов генов в локусе IgH или орфонном сегменте гена IgH содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-174, где один или более сегментов генов в локусе IgK или орфонном сегменте гена IgK содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 175-260, или где один или более сегментов генов в локусе IgL или орфонном сегменте гена IgL содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-350.
59. Способ по любому одному из пп.42-58, где уровень экспрессии Ig представляет собой сумму уровней экспрессии больше, чем одного сегмента гена локуса IgH, локуса IgK и/или локуса IgL и/или больше, чем одного орфонного сегмента гена IgH, орфонного сегмента гена IgK и/или орфонного сегмента гена IgK.
60. Способ по п.59, где уровень экспрессии Ig представляет собой сумму уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgH и всех орфонных сегментов генов IgH.
61. Способ по любому одному из пп.42-60, где уровень экспрессии Ig представляет собой сумму (i) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgH и всех орфонных сегментов генов IgH;
(ii) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgK и всех орфонных сегментов генов IgK; и (iii) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgL и всех орфонных сегментов генов IgL.
62. Способ по любому одному из пп.42-61, который включает измерение уровня экспрессии двух или более генов, перечисленных в табл. 4, необязательно где измеряют уровень экспрессии трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти или больше генов, перечислены в табл. 4.
63. Способ по любому одному из пп.42-62, где эталонный уровень представляет собой эталонное значение уровня экспрессии одного или нескольких генов.
64. Способ по любому одному из пп.42-63, где измеряемый уровень экспрессии одного или нескольких генов по меньшей мере 2-кратно меньше, чем или больше, чем эталонный уровень.
65. Способ по любому одному из пп.42-64, где измеряемый уровень экспрессии одного или нескольких генов по меньшей мере 3-кратно меньше, чем или больше, чем эталонный уровень.
66. Способ по любому одному из пп.42-65, где измеряемый уровень экспрессии одного или нескольких генов по меньшей мере 4-кратно меньше, чем или больше, чем эталонный уровень.
67. Способ по любому одному из пп.42-66, где эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC), необязательно где кривая ROC основана на (i) распределении уровней экспрессии отвечающих организмов, где уровни экспрессии представляют собой уровни экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4; и (ii) распределении уровней экспрессии неотвечающих организмов, где уровни экспрессии представляют собой уровни экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4.
68. Способ по любому одному из пп.42-67, где эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 75% и процентом чувствительности по меньшей мере 75%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC), необязательно где кривая ROC основана на (i) распределении уровней экспрессии отвечающих организмов, где уровни экспрессии представляют собой уровни экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4; и (ii) распределении уровней экспрессии неотвечающих организмов, где уровни экспрессии представляют собой уровни экспрессии одного или нескольких генов, перечисленных в табл. 4.
69. Способ по любому одному из пп.42-67, где у субъекта (i) предварительно лечили множественную миелому; или (ii) предварительно диагностировали множественную миелому; или (iii) он представляет собой пациента-человека, который имеет или предположительно имеет множественную миелому, рефракторную множественную миелому или рецидивирующую множественную миелому.
70. Способ по любому одному из пп.42-69, который включает (i) амплификацию фрагмента мРНК человека, кодируемой одним или несколькими генами;
(ii) измерение уровня экспрессии в клетке с использованием микрочиповой платформы, на которой картированы один или более генов; или (iii) измерение содержания белка в клетках с использованием антитела, специфичного к белковому продукту, кодируемому одним или несколькими генами.
71. Способ по любому одному из пп.42-70, который включает амплификацию фрагмента мРНК человека, кодируемой одним или несколькими генами.
72. Способ по п.71, где амплификация опосредована полимеразной цепной реакцией (ПЦР) или
- 62 043425
ОТ-ПЦР.
73. Способ по любому одному из пп.42-72, который включает измерение присутствия, отсутствия или количества белка человека, кодируемого одним или несколькими генами, в тестовом образце.
74. Способ по п.73, который включает использование антитела, которое специфически связывается с продуктом гена, кодируемым геном, перечисленным в табл. 4.
75. Способ по п.74, который включает измерение посредством анализа ELISA, анализа вестернблоттинга или иммуногистохимического анализа.
76. Набор, который содержит по меньшей мере первое связывающее средство и второе связывающее средство, где первое связывающее средство связывается с первым геном или продуктом гена, кодируемым первым геном, перечисленным в табл. 4, где второе связывающее средство связывается со вторым геном или продуктом гена, кодируемым вторым геном, перечисленным в табл. 4, где первый ген отличается от второго гена.
77. Набор по п.76, который дополнительно содержит ингибитор протеасом.
78. Набор по п.76 или 77, который дополнительно содержит связывающее средство для Ig или FCGR2B.
79. Набор по любому одному из пп.76-78, который дополнительно содержит реактив, который дает сигнал, указывающий на эталонный уровень.
80. Набор по любому одному из пп.76-79, где связывающее средство представляет собой соединение, которое связывается с молекулой нуклеиновой кислоты, необязательно где связывающее средство представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты.
81. Набор по любому одному из пп.76-80, где связывающее средство представляет собой соединение, которое связывается с белком, необязательно где связывающее средство представляет собой антитело, его антигенсвязывающий фрагмент или производное антитела.
82. Машиночитаемая запоминающая среда, в которой хранят множество эталонных уровней или диапазонов эталонных уровней, каждый эталонный уровень или диапазон эталонных уровней соответствует (i) уровню экспрессии Ig; или (ii) уровню экспрессии FCGR2B; или (iii) уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4; или (iv) их сочетанию; и значение данных, которое представляет собой уровень экспрессии Ig и/или уровень экспрессии FCGR2B и/или уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который измерен в клетке из образца от пациента.
83. Машиночитаемая запоминающая среда по п.82, где значение данных, которое представляет собой уровень экспрессии Ig, является суммой уровней экспрессии больше, чем одного сегмента гена локуса IgH, IgK и/или IgL, необязательно где уровень экспрессии Ig указывает на отвечающий организм или неотвечающий организм.
84. Машиночитаемая запоминающая среда, в которой хранят (I) первый набор значений данных и второй набор значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма;
(II) кривую рабочей характеристики приемника (ROC), которая основана на первом наборе значений данных и втором наборе значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии Ig, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма; или (III) таблицу, в которой перечислены (а) множество точек порогов на кривой ROC из (II), (b) процент чувствительности, связанный с каждой точкой порога из (а), и (с) процент специфичности, связанный с каждой точкой порога из (а).
85. Машиночитаемая запоминающая среда, в которой хранят (I) первый набор значений данных и второй набор значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма;
(II) кривую рабочей характеристики приемника (ROC), которая основана на первом наборе значений данных и втором наборе значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии FCGR2B, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма; или
- 63 043425 (III) таблицу, в которой перечислены (а) множество точек порогов на кривой ROC из (II), (b) процент чувствительности, связанный с каждой точкой порога из (а), и (с) процент специфичности, связанный с каждой точкой порога из (а).
86. Машиночитаемая запоминающая среда, в которой хранят (I) первый набор значений данных и второй набор значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма;
(II) кривую рабочей характеристики приемника (ROC), которая основана на первом наборе значений данных и втором наборе значений данных, где каждое значение данных из первого набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у отвечающего организма, и каждое значение данных из второго набора представляет собой уровень экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, который определяют в образце, который получен у неотвечающего организма; или (III) таблицу, в которой перечислены (а) множество точек порогов на кривой ROC из (II), (b) процент чувствительности, связанный с каждой точкой порога из (а), и (с) процент специфичности, связанный с каждой точкой порога из (а).
87. Машиночитаемая запоминающая среда, которая содержит две или более компьютерных запоминающих среды по пп.84-86.
88. Система, которая содержит процессор;
устройство памяти, соединенное с процессором; и машиночитаемые инструкции, которые хранят в устройстве памяти, где машиночитаемые инструкции при исполнении процессором управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии Ig в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
89. Система, которая содержит процессор;
устройство памяти, соединенное с процессором; и машиночитаемые инструкции, которые хранят в устройстве памяти, где машиночитаемые инструкции, при исполнении процессором, управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии FCGR2B в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
90. Система, которая содержит процессор;
устройство памяти, соединенное с процессором; и машиночитаемые инструкции, которые хранят в устройстве памяти, где машиночитаемые инструкции, при исполнении процессором, управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вверх, в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
91. Система, которая содержит: процессор; устройство памяти, соединенное с процессором, и машиночитаемые инструкции, которые хранят в устройстве памяти, где машиночитаемые инструкции, при
- 64 043425 исполнении процессором, управляют процессором для того, чтобы (i) принимать значение данных, α, относящееся к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вниз, в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображать вывод, относящийся к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α меньше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
92. Машиночитаемая запоминающая среда, в которой хранят машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (i) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии Ig в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
93. Машиночитаемая запоминающая среда, в которой хранят машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (i) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии FCGR2B в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
94. Машиночитаемая запоминающая среда, в которой хранят машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (i) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, в образце, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вверх; и (ii) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
95. Машиночитаемая запоминающая среда, в которой хранят машиночитаемые инструкции, исполняемые процессором, которые содержат (i) инструкции для приема значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, в образце, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вниз; и (ii) инструкции для отображения вывода, относящегося к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α меньше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
96. Способ, реализуемый процессором в компьютере, способ включает следующие стадии:
(i) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии Ig в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображение вывода, относящегося к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
97. Способ, реализуемый процессором в компьютере, способ включает следующие стадии:
(i) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии FCGR2B в образце, который получен от тестового субъекта; и (ii) отображение вывода, относящегося к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
98. Способ, реализуемый процессором в компьютере, способ включает следующие стадии:
(i) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, в образце, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вверх; и (ii) отображение вывода, относящегося к лечению у субъекта множественной миеломы ингибито
- 65 043425 ром протеасом, когда α больше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
99. Способ, реализуемый процессором в компьютере, способ включает следующие стадии:
(i) прием значения данных, α, относящегося к тестовому уровню экспрессии гена, перечисленного в табл. 4, в образце, который получен от тестового субъекта, где изменение в уровне экспрессии гена для гена обозначено в табл. 4 как вниз; и (ii) отображение вывода, относящегося к лечению у субъекта множественной миеломы ингибитором протеасом, когда α меньше, чем β, порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC).
Следующие примеры служат только для того, чтобы иллюстрировать изобретение или предоставлять информацию о предпосылках, относящихся к изобретению. Следующие примеры не предназначены для того, чтобы ограничивать объем изобретения каким-либо образом.
Примеры
Некоторые виды терапии множественной миеломы (MM) одобрены в настоящее время и еще многие находятся в разработке, что обещает улучшенные исходы для пациентов с этой неизлечимой злокачественной опухолью. Однако с расширением возможностей лечения возрастает необходимость подбирать каждому пациенту наиболее эффективное и безопасное лечение. Ингибиторы протеасом (PI), такие как карфилзомиб и бортезомиб, стали стандартной терапией для всех линий терапии MM. Несмотря на экстенсивные исследования, механизм избирательной гибели опухолевых клеток после ингибирования протеасом понят плохо. Однако уникально высокая чувствительность миеломных клеток к PI, уникально большой груз секреции белков (иммуноглобулинов), который испытывают эти клетки, и ключевая роль протеасом в поддержании белкового гомеостаза сонаправлены к унификации модели, в которой содержание белка управляет чувствительностью к PI. Эту простую модель поддерживают опубликованные исследования линий миеломных клеток мыши и человека (Meister et al., & Bianchi et al.). В качестве части спонсируемых компаниями фаз II и III клинических исследований PI, CD138+ опухолевые клетки, которые собирали во время скрининга пациентов, объединяли в банк для исчерпывающего геномного анализа. Образцы пациентов, собранные в исследованиях бортезомиба, использовали в уже опубликованных микрочиповых исследованиях РНК (Mulligan et al.), а образцы из исследований карфилзомиба в настоящее время используют для исследований ДНК и РНК, основанных на NGS. Здесь, изучив ранные данные о карфилзомибе наряду с публично доступными данными о бортезомибе, авторы изобретения показали прочную зависимость между более высокой экспрессией иммуноглобулинов и чувствительностью к каждому соединению (P-значение Уилкоксона=3х10’3 и P-значение=2χ10’4 соответственно). Фактически, используя только экспрессию IGH, авторы изобретения смогли классифицировать реакцию с 55% чувствительности и 91% специфичности для обучающего набора данных о карфилзомибе. Как ожидали для надежного предиктивного биологического маркера PI, зависимость между экспрессие IG и реакцией не обнаружена у пациентов, которых лечили единственным средством дексаметазоном (P-значение Уилкоксона=0,82). Медианное время до прогрессирования пациентов с высоким IGH, получавших карфилзомиб, было 6-кратно дольше, чем для пациентов с низким IGH, получавших карфилзомиб (7,6 месяца против 1,4 месяца; логарифмическое ранговое P-значение=0,003). Это является первым сообщением о том, что высокие уровни экспрессии IG коррелируют с реакцией на PI и, следовательно, экспрессия IG представляет, насколько известно авторам изобретения, первый валидированный биологический маркер для этого важного класса противоопухолевых средств.
Пример 1. Анализ данных о бортезомибе.
Общедоступные данные о РНК микрочипах в текстовом формате с разделением табуляцией загрузили из Gene Expression Omnibus (GEO ID: GSE9782). Эти данные, изначально приведенные в публикации Mulligan et al., представляют нормализованные измерения на уровне зонда для относительного содержания мРКН в опухолевых клетках множественной миеломы (отбирали CD138+), собранных у пациентов перед лечением или единственным средством бортезомибом или единственным средством дексаметазон в фазе 2 и фазе 3 клинических исследований по Millennium Clinical Trials.
Список из 55 зондов из этой микрочиповой платформы Affymetrix, на которой картированы гены, кодирующие родственные иммуноглобулинам (Ig) белки, получали из Rody et al., Addition File 5. Этот пример тестировали на зависимость между нормализованной интенсивностью каждого из этих 55 зондов и реакцией на бортезомиб, что помечали как PGx_Responder=R в массиве данных. Среди них 13 демонстрировали значимую корреляцию (P-значение Уилкоксона<0,05) между более высокими значениями экспрессии и реакцией в части исследований бортезомиба: 211798_x_at, 211881_x_at, 216365_x_at, 216560_x_at, 217148_x_at, 217179_x_at, 217227_x_at, 217258_x_at, 211639_x_at, 216491_x_at, 211649_x_at, 216510_x_at, и 211637_x_at. Обнаружение 13 значимых зависимостей это намного больше, чем можно ожидать случайно (биномиальное P-значение=2χ10’6). Ни один из 55 зондов не демонстрировал противоположный эффект. Не удивительно, что многие зонды не ассоциированы, учитывая, что не
- 66 043425 которые относятся к более редким, персонализированным частям локусов Ig, и что другие относятся к областям, которые подвержены необычно высокой экспрессии, и, следовательно, не поддаются точному измерению с использованием микрочиповой технологии (т.е. их флуоресценция вероятно должна быть насыщенной).
значимо ассоциированных зондов нормализовали к шкале [0, 1] и вычисляли среднее, что давала авторам изобретения комбинированную оценку экспрессии Ig. Комбинированная оценка очень прочно связана с реакцией на бортезомиб (P-значение Уилкоксона=2х10, фиг. 1А и 1В), но не проявляет зависимости от реакции на дексаметазон (P-значение Уилкоксона=0,82; фиг. 2А и 2В). Пациентов классифицировали как достигающих полной реакции (CR), частичной реакции (PR), минимальной реакции (MR), без изменений (NC) или прогрессирующего заболевания (PD), используя критерии European Group for Bone Marrow Transplantation. Вкратце, PD требует 25% увеличения парапротеина, тогда как MR, PR и CR требуют по меньшей мере 25, 50 и 100% снижения соответственно. Дополнительной иллюстрацией к специфичности этого маркера для предсказания реакции на PI служит то, что из 55 выбранных зондов Ig только один демонстрировал зависимость от реакции на дексаметазон (что представляет собой приблизительно то, чего можно ожидать случайно; биномиальное P-значение=0,23) и само P-значение было только минимально значимым (P-значение Уилкоксона=0,0495).
Различные пороги средней экспрессии IG считали для того, чтобы максимизировать клиническую полезность потенциального диагностического исследования. В конечном итоге выбирали порог 0,29 (определяет высокий IG>0,29 и низкий IG<0,29), предсказывающий реакцию в обучающих данных с 71% чувствительности и 62% специфичности. Этот же порог после применяли к данным о времени до прогрессирования (ТТР) для этих пациентов, обнаружив, что пациенты с высоким IG в этой когорте имеют 1,4-кратно более длительную медиану ТТР, чем пациенты с низким IG (8,4 месяца против 6,0 месяца; логарифмическое ранговое P-значение=0,025).
Пример 2. Анализ данных о карфилзомибе.
Образцы костного мозга аспирировали у пациентов, участвующих в фазе 2 исследований, спонсируемой Onyx (NCT00511238, NCT00530816 и NCT00721734), перед лечением единственным средством карфилзомибом. Опухолевые клетки миеломы выделяли посредством отбора EasySep®, основанного на иммуномагнитных бусах CD138+ (StemCell Technologies), ресуспендировали в TRIzol (Life Technologies) и замораживали при -80°°F. РНК экстрагировали из этих образцов с использованием набора PureLink RNA из Life Technologies (номер по каталогу 12183018А), придерживаясь рекомендованного протокола для клеток в суспензии TRIzol, включая необязательную обработку ДНКазой на колонке. Элюируемые объемы находились в диапазоне 75-30 мкл в зависимости от общего числа выделяемых клеток. Все образцы общей РНК метили управляющими последовательностями ERCC из Life Technologies (ERCC ExFold RNA Spike-In Mix; номер по каталогу 4456739) в достаточном количестве (выход Nanodrop>150 нг) и качестве (RIN биоанализатора>7,0). Для 500 нг входных библиотек 1 мкл разведения 1:100 Mix 1 добавляли к каждому образцу общей РНК, и для 150 нг входных библиотек добавляли 3 мкл разведения 1:1000 Mix 1 в каждый образец общей РНК. Получаемый материал использовали для того, чтобы конструировать библиотеки для секвенирования РНКс использованием набора для подготовки образцов РНК Illumina TruSeq v2 (номер по каталогу RS-122-2001), с полиА-отбором, включенным в качестве первой стадии. Библиотеки секвенировали на Illumina HiSeq 2000 с целью 70 млн фрагментов, используя 100x100 п. о. секвенирование спаренных концов для того, чтобы генерировать 140 млн прочтений на образец и результирующие исходные данные подвергали QC с метриками, реализованными в OmicSoft Array Studio v6.1.
Необработанные риды последовательностей выравнивали и количественно определяли экспрессию генов и изоформ с использованием специализированной системы обработки, также встроенной в Array Studio v6.1 [Jun]. Эта система обработки получает риды парных концов Illumina с удаленными адапторами, которые усекали на 5'-конце, если оценка качества PHRED для основания достигала Q2 или ниже. Все риды выравнивали по транскриптому, который состоит из аннотации RefGene hg19 человека с добавлением более богатых аннотаций локусов Ig, доступных из ENSEMBL. Риды выравнивали с несовпадениями, а невыровненные риды впоследствии выравнивали по всему геному человека, проводя поиск новых сращений экзонов. Риды, которые оставались невыровненными, затем выравнивали по вновь идентифицированным сращениям экзонов. Сравнивают выравнивания с различными опорными последовательностями, и сохраняют выравнивание с наивысшей оценкой или в случае равных оценок предпочтительно сохраняют выравнивание с транскриптомом. Наконец, все местоположения выравниваний с транскриптомом переводят в геномные координаты, чтобы оценивать ожидаемое число преобразований на ген/изоформу с использованием алгоритма ЕМ [Dempster]. Алгоритм ЕМ присваивает риды с множественными местоположениями выравнивания изоформе посредством вычисления условной вероятности выравнивания рида с конкретной изоформой, учитывая все другие выравнивания. Взвешивание общего числа выровненных ридов с этой вероятностью дает постериорное ожидаемое число ридов для каждого транскрипта. Число из ЕМ нормализуют по длине генов/изоформ и числу ридов в библиотеке, чтобы получать значения FPKM (фрагменты на тысячу нуклеотидов на миллион ридов). Нормализации между
- 67 043425 образцами достигают посредством нормализации по 75 квантилю, где каждый образец масштабируют по медиане 75 квантилей из всех образцов, чтобы получать нормализованные по квантилям значения FPKM или FPKQ.
Значения FPKQ, соответствующие каждому гену трех локусов Ig, IGH (локус тяжелой цепи иммуноглобулина), IGK (локус каппа-цепи иммуноглобулина) и IGL (локус лямбда-цепи иммуноглобулина), суммировали, чтобы получать оценки экспрессии на уровне локуса.
Для IGH это включало следующие гены:
IGHA1, IGHA2,
IGHD, IGHD1-1, IGHD1-14, IGHD1-20, IGHD1-26, IGHD1-7, IGHD2-15,
IGHD2-2, IGHD2-21, IGHD2-8, IGHD3-10, IGHD3-16, IGHD3-22, IGHD3-
3, IGHD3-9, IGHD4-11, IGHD4-17, IGHD4-23, IGHD4-4, IGHD5-12,
IGHD5-18, IGHD5-24, IGHD5-5, IGHD6-13, IGHD6-19, IGHD6-25,
IGHD6-6, IGHD7-27, IGHE, IGHEP1, IGHEP2, IGHG1, IGHG2, IGHG3,
IGHG4, IGHGP, IGHJ1 , IGHJ1P, IGHJ2, IGHJ2P, IGHJ3, IGHJ3P,
IGHJ4, IGHJ5, IGHJ6, IGHM, IGHMBP2, IGHV) 1-12, IGHV1- -14, IGHV1-
17, IGHVI .-18, IGHV1- 2, IGHV1-24, IGHV1-3 , IGHV1-45, IGHV1-46,
IGHV1-58, IGHV1-67, IGHV1-68, IGHV1-69, IGHV1-8, IGHV1OR21-1,
IGHV2-10, IGHV2-26, IGHV2-5, IGHV2-70, : IGHV2OR16-5, IGHV3-11,
IGHV3-13, IGHV3-15, IGHV3-16, IGHV3-19, IGHV3-20, IGHV3-21,
IGHV3-22, IGHV3-23, IGHV3-25, IGHV3-29, IGHV3-30, IGHV3-30-2,
IGHV3-32, IGHV3-33, IGHV3-33-2 , IGHV3-35 , IGHV3-36, IGHV3-37,
IGHV3-38, IGHV3-41, IGHV3-42, IGHV3-43, IGHV3-47, IGHV3-48,
IGHV3-49, IGHV3-50, IGHV3-52, IGHV3-53, IGHV3-54, IGHV3-57,
IGHV3-6, IGHV3-60, IGHV3-62, IGHV3-63, IGHV3-64, IGHV3-65,
IGHV3-66, IGHV3-7, IGHV3-71, IGHV3-72, IGHV3-73, IGHV3-74,
IGHV3-75, IGHV3-76, IGHV3-79, IGHV3-9, IGHV3OR16-8, IGHV4-28,
IGHV4-31, IGHV4-34, IGHV4-39, IGHV4-4, IGHV4-55, IGHV4-59,
IGHV4-61, IGHV4-80, IGHV5-51, IGHV5-78 , IGHV6-1, IGHV7-27,
IGHV7-34- 1, IGHV7-40, IGHV7-56, IGHV7-81, IGHVII-1-1, IGHVII-15-
1, IGHVII-20-1, IGHVII-22-1, IGHVII-26-2, IGHVII-28-1, IGHVII30-1, IGHVII-31-1, IGHVII-33-1, IGHVII-40-1, IGHVII-43-1, IGHVII-44-2, IGHVII-46-1, IGHVII-49-1, IGHVII-51-2, IGHVII-53-1, IGHVII-60-1, IGHVII-62-1, IGHVII-65-1, IGHVII-67-1, IGHVII-74-1, IGHVII-78-1, IGHVIII-11-1, IGHVIII-13-1, IGHVIII-16-1, IGHVIII2-1, IGHVII1-22-2, IGHVII1-25-1, IGHVII1-26-1, IGHVII1-38-1, IGHVIII-44, IGHVII1-47-1, IGHVIII-5-1, IGHVII1-51-1, IGHVIII-52, IGHVI11-67-2, IGHVI11-67-3, IGHVI11-67-4, IGHVI11-76-1, IGHVIII-82 и IGHVIV-44-1.
- 68 043425
Для IGK это включало следующие гены:
IGKC, IGKJ1,
IGKJ2, IGKJ3, IGKJ4, IGKJ5, IGKV1-12, IGKV1-13, IGKV1-16, IGKV117, IGKV1-22, IGKV1-27, IGKV1-32, IGKV1-33, IGKV1-35, IGKV1-37, IGKV1-39, IGKV1-5, IGKV1-6, IGKV1-8, IGKV1-9, IGKV1D-12, IGKV1D13, IGKV1D-16, IGKV1D-17, IGKV1D-22, IGKV1D-27, IGKV1D-32, IGKV1D-33, IGKV1D-35, IGKV1D-37, IGKV1D-39, IGKV1D-42, IGKV1D43, IGKV1D-8, IGKV1OR22-1, IGKV2-10, IGKV2-14, IGKV2-18, IGKV219, IGKV2-23, IGKV2-24, IGKV2-26, IGKV2-28, IGKV2-29, IGKV2-30, IGKV2-36, IGKV2-38, IGKV2-4, IGKV2-40, IGKV2D-10, IGKV2D-14,
IGKV2D-18, IGKV2D-19, IGKV2D-23, IGKV2D-24, IGKV2D-26, IGKV2D28, IGKV2D-29, IGKV2D-30, IGKV2D-36, IGKV2D-38, IGKV2D-40, IGKV2OR22-3, IGKV2OR22-4, IGKV3-11, IGKV3-15, IGKV3-20, IGKV3-
25, IGKV3-31, IGKV3-34, IGKV3-7, IGKV3D-11, IGKV3D-15, IGKV3D-
20, IGKV3D-25, IGKV3D-31, IGKV3D-34, IGKV3D-7, IGKV3OR22-2, IGKV4-1, IGKV5-2, IGKV6-21, IGKV6D-21, IGKV6D-41 и IGKV7-3.
Для IGL это включало следующие гены:
IGLCl, IGLC2,
IGLC3, IGLC4, IGLC5, IGLC6, IGLC7, IGLCOR22-1, IGLJ1, IGLJ2, IGLJ3, IGLJ4, IGLJ5, IGLJ6, IGLJ7, IGLL1, IGLL3, IGLON5, IGLV1054, IGLV10-67, IGLV11-55, IGLV1-36, IGLV1-40, IGLV1-41, IGLV1-
44, IGLV1-47, IGLV1-50, IGLV1-51, IGLV1-62, IGLV2-11, IGLV2-14, IGLV2-18, IGLV2-23, IGLV2-28, IGLV2-33, IGLV2-34, IGLV2-5,
IGLV2-8, IGLV3-1, IGLV3-10, IGLV3-12, IGLV3-13, IGLV3-15, IGLV316, IGLV3-17, IGLV3-19, IGLV3-2, IGLV3-21, IGLV3-22, IGLV3-24,
IGLV3-25, IGLV3-26, IGLV3-27, IGLV3-29, IGLV3-30, IGLV3-31,
IGLV3-32, IGLV3-4, IGLV3-6, IGLV3-7, IGLV3-9, IGLV4-3, IGLV4-60, IGLV4-69, IGLV5-37, IGLV5-45, IGLV5-48, IGLV5-52, IGLV6-57,
IGLV7-35, IGLV7-43, IGLV7-46, IGLV8-61, IGLV9-49, IGLVI-20,
IGLVI-38, IGLVI-42, IGLVI-56, IGLVI-63, IGLVI-68, IGLVI-70,
IGLVIV-53, IGLVIV-59, IGLVIV-64, IGLVIV-65, IGLVIV-66-1, IGLW58, IGLW-66, IGLWI-22-1, IGLWI-25-1 и IGLWII-41-1.
Пациентов с наилучшей общей реакцией от минимальной реакции (MR) выше (т.е. MR, частичная реакция [PR], очень хорошая частичная реакция [VGPR] и полная реакция [CR]) группировали в категорию отвечающих организмов (N=27; сокращенно R), а пациентов с наилучшей общей реакцией от стабильного заболевания (SD) или ниже (т.е. SD и прогрессирующее заболевание [PD]) группировали в категорию неотвечающих организмов (N=33; сокращенно NR). Затем тестировали зависимости между реакцией и экспрессией локусов IGH, IGK и IGL с использованием критерия Уилкоксона, который давал следующие результаты (табл. 1).
Таблица 1
Локус IG Р-значение Уилкоксона
IGH 0, 003
IGK 0,49
IGL 0, 05
Max (IGK, IGL) 0, 13
Из-за прочности зависимости, дальнейший анализ фокусируют на экспрессии IGH (фиг. 3А и 3В). Рассматривали различные пороги экспрессии локуса IGH и в конечном итоге определили, что порог FPKQ, равный 160000 (определяет с высоким IGH> 160000 и с низким IGH<160000), давал клинически наиболее эффективное деление пациентов, предсказывающее реакцию в обучающих данных авторов изобретения с 55% чувствительности и 91% специфичности. Затем к данным о времени до прогрессирования (ТТР) для этих пациентов применяли этот же порог, определяющий, что пациенты с высоким IGH
- 69 043425 в этой когорте имеет 5,4-кратно более длительное медианное ТТР, чем пациенты с низким IGH (7,3 месяца против 1,3 месяца; логарифмическое ранговое P-значение=0,003; фиг. 4)
Чтобы понимать, как экспрессия IG меняется во время лечения ингибиторами протеасом, исследовали данные от одного пациента, для которого доступны как скрининговый образец опухоли, так и образец, собранный в цикле 1 сутки 2 (C1D2) лечения единственным средством карфилзомибом. Результаты этого анализа представлены в табл. 2.
Как продемонстрировано в табл. 2, экспрессия IG по существу (от 3 до 4 крат) ниже в образце, взятом через одни сутки после первой дозы карфилзомиба. Аналогичным образом исследовали данные секвенирования РНК из линии клеток множественной миеломы (U266), на которую непрерывно воздействовали или бортезомибом или карфилзомибом в течение 24 ч (фиг. 5). Как в приведенных выше образцах пациента, экспрессия генов IG по существу (от 3 до 4 крат) ниже после воздействия или бортезомибом или карфилзомибом в течение 24 ч, что подсказывает, что уровни IG могут представлять собой ближайшую причину смерти в клетках, на которые воздействовали ингибиторами протеасом.
При более разностороннем рассмотрении авторы изобретения обнаружили большой набор генов (N=81) с экспрессией, которая значительно связана с реакцией на карфилзомиб (P-значение Уилкоксона<10-3). Набор включает неожиданно большое число генов, кодирующих структуры Ig, которые возникают в виде небольшого коррелированного кластера (фиг. 6), что подразумевает, что этот класс белков делает клетки чувствительными к ингибированию протеасом. Кроме того, это подсказывает, что высокая экспрессия структур иммуноглобулинов может быть особенно протеотоксичной для клеток. Удивительным геном в этом кластере является рецептор Fcy 2B (FCGR2B), который является рецептором, который обычно связывает Ig и осуществляет понижающую модуляцию продукции Ig в В-клетках. Следовательно, высокая экспрессия FCGR2B может отличать опухоль, которая подвергается особенно высоким уровням протеотоксического стресса, от продукции Ig. По причине тесной функциональной связи между биологическом маркером IGH и FCGR2B, авторы изобретения рассматривали, является ли экспрессия FCGR2B дополнительным биологическим маркером. Зависимость между FCGR2B и реакцией на карфилзомиб (как определено выше для IGH) является особенно прочной (P-значение Уилкоксона=4х10-4; фиг. 7А, 7В). В отличие от IGH, для FCGR2B очевидно, что и высокие и низкие пороги FPKQ полезныы для предсказания категорий отвечающих организмов и неотвечающих организмов соответственно. В этом случае авторы изобретения определили, что высокий порог FPKQ, равный 75 (определяет высокий FCGR2B>75), и низкий порог FPKQ, равный 5 (определяет низкий FCGR2B<5), давали клинически наиболее эффективное разделение участвующих пациентов. Порог с высоким FCGR2B предсказывает отвечающие организмы в обучающих данных с 37% чувствительности и 100% специфичности, тогда как порог с низким FCGR2B предсказывает неотвечающие организмы с 33% чувствительности и 96% специфичности.
Объединяя два порога FCGR2B со слегка сниженным порогом с высоким IGH, равным 140000, авторы изобретения смогли достичь чувствительности 70% и специфичности 94% для предсказания отвечающих организмов в обучающих данных. Затем те же пороги применяли к данным о времени до прогрессирования (ТТР) для этих пациентов и обнаружили, что IGH+FCGR2B-позитивные пациенты в этой когорте имели 7,3-кратно более длительное медианное ТТР, чем IGH+FCGR2B-негативные пациенты (8,9 месяца против 1,2 месяца; логарифмическое ранговое P-значение=3x10-5; фиг. 8).
Выбирали дополнительные пороги для каждого индивидуального биологического маркера (IGH и FCGR2B) и пороги для комбинации двух биологических маркеров, и чувствительность и специфичность для каждого из этих дополнительных порогов перечислены в табл. 3А и 3В.
- 70 043425
Таблица ЗА
Биологический Порог Чувствительность Специфичность
маркер биологического
маркера
FCGR2B 0 1 0
FCGR2B 1 0,962962963 0,151515152
FCGR2B 2 0,962962963 0,242424242
FCGR2B 3 0,962962963 0,272727273
FCGR2B 4 0,962962963 0,333333333
FCGR2B 7 0,962962963 0,363636364
FCGR2B 9 0,925925926 0,424242424
FCGR2B 10 0,851851852 0,424242424
FCGR2B 20 0,703703704 0,545454545
FCGR2B 30 0,592592593 0,666666667
FCGR2B 40 0,592592593 0,787878788
FCGR2B 50 0,481481481 0,818181818
FCGR2B 60 0,444444444 0,939393939
FCGR2B 70 0,37037037 0,96969697
FCGR2B 80 0,37037037 1
FCGR2B 100 0,259259259 1
FCGR2B 150 0,074074074 1
FCGR2B 170 0 1
IGH 0 1 0
IGH 10000 0,962962963 0,151515152
IGH 20000 0,925925926 0,212121212
IGH 30000 0,888888889 0,242424242
IGH 40000 0,888888889 0,242424242
IGH 50000 0,814814815 0,242424242
IGH 60000 0,814814815 0,272727273
IGH 70000 0,814814815 0,303030303
IGH 80000 0,814814815 0,363636364
IGH 90000 0,777777778 0,454545455
IGH 100000 0,777777778 0,484848485
IGH 110000 0,740740741 0,545454545
IGH 120000 0,703703704 0,606060606
IGH 130000 0,703703704 0,666666667
IGH 140000 0,703703704 0,696969697
IGH 150000 0,666666667 0,727272727
IGH 160000 0,666666667 0,727272727
IGH 200000 0,592592593 0,878787879
IGH 250000 0,333333333 0,909090909
IGH 300000 0,185185185 0,96969697
IGH 400000 0,074074074 0,96969697
IGH 450000 0,074074074 1
IGH 500000 0 1
- 71 043425
Таблица ЗВ
Порог IGH Порог для низкого FCGR2B Порог для высокого FCGR2B Чувствительность Специфичность
100000 0 200 0 1
400000 100 200 0,074074074 1
1000000 0 110 0, 148148148 1
200000 100 200 0,185185185 1
10000 100 200 0,222222222 1
1000000 3 110 0,259259259 1
150000 90 300 0,296296296 1
90000 90 500 0,333333333 1
1000000 2 90 0,37037037 1
90000 70 500 0,407407407 1
130000 50 110 0,444444444 0,96969697
200000 10 80 0,481481481 0,96969697
150000 40 90 0,518518519 0,96969697
110000 40 100 0,518518519 0,939393939
200000 10 200 0,518518519 0,909090909
200000 9 200 0,555555556 0,909090909
200000 8 500 0,592592593 0,909090909
200000 10 80 0,62962963 0,909090909
200000 9 90 0,666666667 0,909090909
200000 3 80 0,703703704 0,909090909
200000 2 80 0,703703704 0,878787879
200000 4 60 0,703703704 0,848484849
200000 0 60 0,703703704 0,818181818
140000 9 120 0,703703704 0,787878788
140000 5 80 0,777777778 0,787878788
130000 5 70 0,777777778 0,757575758
120000 2 80 0,777777778 0,727272727
200000 3 40 0,814814815 0,727272727
200000 0 40 0,814814815 0,696969697
200000 2 30 0,814814815 0,666666667
80000 5 70 0,814814815 0,636363636
80000 8 60 0,814814815 0,606060606
120000 5 40 0,851851852 0,606060606
100000 5 40 0,851851852 0,575757576
80000 4 40 0,888888889 0,575757576
80000 6 30 0,888888889 0,545454546
30000 6 110 0,888888889 0,515151515
10000 9 200 0,888888889 0,484848485
-72043425
20000 5 100 0,925925926 0,484848485
40000 7 30 0,925925926 0,454545455
30000 3 40 0,925925926 0,424242424
10000 5 120 0,962962963 0,424242424
60000 5 10 0,962962963 0,393939394
140000 1 10 0,962962963 0,363636364
10000 2 60 0,962962963 0,333333333
100000 1 10 0,962962963 0,303030303
10000 1 100 0,962962963 0,272727273
70000 1 10 0,962962963 0,242424242
20000 0 100 0,962962963 0,212121212
20000 0 50 0,962962963 0,181818182
10000 0 200 0,962962963 0,151515152
40000 0 20 0,962962963 0,121212121
60000 0 10 1 0,090909091
90000 70 0 1 0
Значения процента чувствительности и процента специфичности, представленные в табл. ЗА и ЗВ, представляют собой точки данных на кривых рабочей характеристики реакции (ROC), представленных на фиг. 9. Фиг. 9 содержит дополнительные пороги (отличные от тех, что в табл. ЗА и ЗВ), а также соответствующие процент чувствительности и процент специфичности для каждого дополнительного порога. Кривая на фиг. 9 для IGH и FCGR2B (помечена как IGH+FCGR2B) позволяет оценивать различные комбинированные пороги в единицах процента чувствительности и процента специфичности. Различные пороги, таким образом, предусматривают множество диагностических порогов, выше которых определена схема лечения пациента. Пороги, имеющие желаемые значения процента чувствительности/процента специфичности, после этого применяют к данным о ТТР.
Пример 3. Дополнительные биологические маркеры.
Как рассмотрено в примере 2, большой набор генов демонстрировал экспрессию, которая значительно связана с реакцией пациента на карфилзомиб. Таблица, в которой перечислен этот набор генов, приведена в настоящем документе как табл. 4. Табл. 4 содержит для каждого гена:
(i) символ гена по HUGO, если доступно, (ii) название гена по Ensembl, (iii) данные об уровне экспрессии гена и (iv) статистические данные: P-значение и Q-значение.
Таблица 4
Символ гена по HUGO Название гена по Ensembl log2 (R/NR) Δ уровня Р- значение Q- значение
ABI 2 ENSG00000138443 0,58949304 вверх 0,001738 0,1271
АС004381.6 ENSG00000005189 -1,204670581 вниз 0,000103 0,090927
АС005076.5 ENSG00000224046 -0,653150315 вниз 0,002953 0,154081
АС005104.3 ENSG00000223374 0,765035153 вверх 0,006398 0,199433
АС005943.5 ENSG00000267161 -1,004306556 вниз 0,003757 0,167074
АС006378.2 ENSG00000236861 0,923095301 вверх 0,00163 0,125963
АС007246.3 ENSG00000231312 0,507143559 вверх 0,001835 0,1271
АС007381.3 EN3G00000228590 1,794650455 вверх 0,001471 0, 125963
АС007386.2 ENSG00000237638 1,314108591 вверх 0,001551 0,125963
АС009005.2 ENSG00000267751 -1,012595637 вниз 0,003809 0,167074
-73 043425
AC108488.3 ENSG00000234171 -0,530514717 ВНИЗ 0,005379 0,185044
ACAT2 ENSG00000120437 -0,691367312 вниз 0,001474 0,125963
АСОТ 7 ENSG00000097021 -1,127585567 вниз 0,006514 0,199433
ACYP1 ENSG00000119640 -0,679663744 вниз 0,001835 0,1271
ADCK1 ENSG00000063761 -0,429549728 вниз 0,004209 0,174124
ADIRF ENSG00000148671 1,068032417 вверх 0,005074 0,182007
AGMAT ENSG00000116771 -1,902702799 вниз 0,004209 0,174124
AKAR 9 ENSG00000127914 0,578033255 вверх 0,005379 0,185044
AL CAM ENSG00000170017 1,998126961 вверх 1,29Е-05 0,067115
ALDH4A1 ENSG00000159423 -0,887790496 вниз 0,00488 0,180898
AMDHD2 ENSG00000162066 -0,533471154 вниз 0,001937 0,129464
АМН ENSG00000104899 -1,185346863 вниз 0,005212 0,184691
ANKRD20A3 ENSG00000132498 2,350221687 вверх 0,000209 0,090927
ANKRD20A4 ENSG00000172014 2,863800069 вверх 0,004287 0,175935
ANKRD20A5P ENSG00000186481 1,556593095 вверх 0,000788 0,112803
ANLN ENSG00000011426 -1,397930353 вниз 0,000939 0,11973
ANTXR1 ENSG00000169604 2,166414183 вверх 0,004533 0,179635
APH1B ENSG00000138613 0,516819563 вверх 0,006212 0,196883
APOBEC3H ENSG00000100298 -1,351138348 вниз 0,000744 0,112803
ARHGAP11A ENSG00000198826 -0,655219921 вниз 0,006212 0,196883
ARHGAP23 ENSG00000225485 0,522801324 вверх 0,004647 0,179635
ARHGAP31-AS1 ENSG00000241155 0,652112201 вверх 0,000254 0,090927
ARL8B ENSG00000134108 0,292126417 вверх 0,003809 0,167074
ARMC5 ENSG00000140691 -0,323867652 вниз 0,001474 0,125963
ASB1 ENSG00000065802 -0,417067595 вниз 9,32Е-06 0,067115
ASF1B ENSG00000105011 -0,792494369 вниз 0,003622 0,165504
ASPDH ENSG00000204653 1,13291303 вверх 0,002752 0,149035
AS PH ENSG00000198363 0,552936064 вверх 0,006514 0,199433
-74043425
AT AD 5 ENSG00000176208 -0,926161416 ВНИЗ о, 002804 0,149035
ATG4A ENSG00000101844 0,454441032 вверх о, 001474 0,125963
ATP2C1 ENSG00000017260 0,414259932 вверх 0, 002044 0,13169
ATXN7L2 ENSG00000162650 -0,602432936 вниз о, 001947 0,12962
AUNIP ENSG00000127423 -1,420068922 вниз о, 002804 0,149035
B2M ENSG00000166710 0,438515982 вверх о, 003272 0,160028
B4GALT4 ENSG00000121578 0,499817339 вверх о, 005922 0,194138
BAH DI ENSG00000140320 0,521294292 вверх о, 001319 0,125963
BBX ENSG00000114439 0,442989973 вверх о, 001835 0,1271
BCAR3 EN3G00000137936 1,528931715 вверх о, 001937 0,129464
BET IL ENSG00000177951 0,544159583 вверх о, 004423 0,177259
BEX 2 ENSG00000133134 1,389224675 вверх о, 001053 0,125345
BIK ENSG00000100290 0,790115837 вверх о, 002156 0,135243
BIRC5 ENSG00000089685 -1,476698726 вниз о, 002526 0,144291
BMP RIA ENSG00000107779 1,417631639 вверх о. 002526 0,144291
BRCA1 ENSG00000012048 -1,220603695 вниз о, 001179 0,125345
BTD ENSG00000169814 0,7332119 вверх о, 001474 0,125963
ВТ LA ENSG00000186265 1,270519458 вверх о, 002526 0,144291
C12 orf2 3 ENSG00000151135 0,47094641 вверх о, 003809 0,167074
C14orf80 ENSG00000185347 -0,701479303 вниз о, 000552 0,1043
C16orf59 ENSG00000162062 -1,158684113 вниз о, 000622 0,106442
C17orf53 ENSG00000125319 -0,565512324 вниз о, 006514 0,199433
C19orfl2 ENSG00000131943 0,739111952 вверх о, 000135 0,090927
C19orf40 ENSG00000131944 -0,636229388 вниз о, 002397 0,140035
Clorfll2 ENSG00000000460 -0,903350952 вниз о, 001835 0,1271
Clorfl32 ENSG00000203709 0,77824824 вверх о, 005124 0,182007
C22 orf2 6 ENSG00000182257 -1,201787593 вниз о, 001295 0,125963
C3orfl7 ENSG00000163608 0,355702903 вверх о, 001937 0,129464
C3orf37 ENSG00000183624 0,568954382 вверх о, 001319 0,125963
CACNB1 ENSG00000067191 -1,119138756 вниз о, 004647 0,179635
CAMK2B ENSG00000058404 1,080919995 вверх о, 001079 0,125345
CAPN15 ENSG00000103326 -0,314834712 вниз о, 003272 0,160028
CAPN7 ENSG00000131375 0,429443198 вверх о, 000661 0,106442
CARHSP1 ENSG00000153048 -0,497561027 вниз о, 000661 0,106442
CASC4 ENSGO0000166734 0,636516042 вверх о, 002044 0,13169
CBX7 ENSG00000100307 0,589142024 вверх о, 002804 0,149035
CCDC101 ENSG00000176476 -0,295016908 вниз о, 004005 0,170766
CCDC103 ENSG00000167131 -1,302299288 вниз о, 001137 0,125345
CCDC137 ENSG00000185298 -0,344295242 вниз о, 001646 0,125963
CCDC144CP ENSG00000154898 1,94825361 вверх о, 001319 0,125963
CCDC18 ENSG00000122483 -0,661657101 вниз о, 001835 0,1271
- 75 043425
CCDC34 ENSG00000109881 -1,207485494 ВНИЗ 0,001395 0,125963
CCHCR1 ENSG00000204536 -0,487115512 вниз 0,005713 0,1918
CCNA2 ENSG00000145386 -1,518792258 вниз 0,001937 0,129464
CCNF ENSG00000162063 -0,797996486 вниз 0,000245 0,090927
CCPG1 ENSG00000260916 0, 805364603 вверх 0,002044 0,13169
CD200 ENSG00000091972 2,296546672 вверх 0,000382 0,097757
CD2 7 6 ENSG00000103855 2,23215983 вверх 0,000202 0,090927
CD4 6 ENSG00000117335 0,535055566 вверх 0,005124 0,182007
CD47 ENSG00000196776 0, 418206401 вверх 0,002397 0,140035
CDC25B ENSG00000101224 -0,626962109 вниз 0,002397 0,140035
CDC45 ENSG00000093009 -1,488486593 вниз 0,00488 0,180898
CDC7 ENSG00000097046 -0,703380887 вниз 0,00488 0,180898
CDCA2 ENSG00000184661 -1,693705194 вниз 0,005124 0,182007
CDCA4 ENSG00000170779 -0,934167192 вниз 0,000279 0,092728
CDCA7L ENSG00000164649 -0,90401625 вниз 0,003109 0,157059
CDCA8 ENSG00000134690 -1,131192478 вниз 0,001474 0,125963
CDKN3 ENSG00000100526 -0,866129394 вниз 0,003109 0,157059
CDT1 ENSG00000167513 -1,509518103 вниз 0,000788 0,112803
CENPC ENSG00000145241 0,477584435 вверх 0,005379 0,185044
CENPH ENSG00000153044 -1,059152551 вниз 0,006212 0,196883
CENPL ENSG00000120334 -0,689597294 вниз 0,003622 0,165504
CENPW ENSG00000203760 -1,336241011 вниз 8,35Е-05 0,090927
CEP250 ENSG00000126001 -0,533656922 вниз 0,001646 0,125963
CEP55 ENSG00000138180 -1,336985816 вниз 0,004423 0,177259
CEP78 ENSG00000148019 -0,713457762 вниз 6,76Е-05 0,086188
CFLAR-AS1 ENSG00000226312 0,787576615 вверх 0,001474 0,125963
CHAF1A ENSG00000167670 -0,516246117 вниз 0,001646 0,125963
CHAF1B ENSG00000159259 -1,117439741 вниз 0,000155 0,090927
CHTF18 ENSG00000127586 -0,923356052 вниз 6,21Е-05 0,086188
GIT ENSG00000122966 -1,008818794 вниз 0,001179 0,125345
CLIC2 ENSG00000155962 2,236011571 вверх 0,000245 0,090927
CLIC5 ENSG00000112782 1,869491174 вверх 0,001806 0,1271
CLPTM1 ENSG00000104853 0,466267313 вверх 0,000788 0,112803
CLSPN ENSG00000092853 -1,383198126 вниз 0,000788 0,112803
CNTN1 ENSG00000018236 2,897399147 вверх 0,002156 0,135243
COPZ2 ENSG00000005243 2,563354592 вверх 0,000135 0,090927
CRBN ENSG00000113851 0,479237667 вверх 0,003809 0,167074
CREB3L2 ENSG00000182158 1,297905196 вверх 9,60Е-05 0,090927
CRELD2 ENSG00000184164 0,431307815 вверх 0,004209 0,174124
CRYBG3 ENSG00000080200 0,744498557 вверх 0,001319 0,125963
CRYBG3 ENSG00000233280 1,330532021 вверх 0,000519 0,103273
- 76 043425
CSPG4P11 ENSG00000259726 1,650979674 вверх 0,000849 0,118158
CSPG4P12 ENSG00000259295 1,31746016 вверх 0,000744 0,112803
CTD-2013N24.2 ENSG00000244513 0,416073076 вверх 0,004647 0,179635
CTD-2545G14.7 ENSG00000262526 1,864150843 вверх 0,001937 0,129464
CTD-2574D22.2 ENSG00000247735 -1,395823366 вниз 0,003752 0,167074
CTIF ENSG00000134030 0,507094853 вверх 0,006212 0,196883
CTNNA1 ENSG00000044115 0,445702107 вверх 0,000177 0,090927
CXorf40B ENSG00000197021 0,343593674 вверх 0,001558 0,125963
CXXC5 ENSG00000171604 0,520417324 вверх 0,005379 0,185044
CYFIP1 EN3G00000068793 0,603707882 вверх 0,001179 0,125345
CYP4F35P ENSG00000265787 2,131597155 вверх 0,001551 0,125963
DAG LB ENSG00000164535 -0,338981228 вниз 0,003443 0,164705
DBF4B ENSG00000161692 -0,536907475 вниз 0,00488 0,180898
DBI ENSG00000155368 0,437631696 вверх 0,003272 0,160028
DCK ENSG00000156136 -0,710740223 вниз 0,002397 0,140035
DDX42 ENSG00000198231 0,208628409 вверх 0,002044 0,13169
DEPDC1 ENSG00000024526 -1,138548661 вниз 0,002953 0,154081
DERL1 ENSG00000136986 0,629070039 вверх 0,000622 0,106442
DERL3 ENSG00000099958 0, 87425742 вверх 0,000552 0,1043
DGKI ENSG00000157680 1,522742848 вверх 0,004528 0,179635
DHFR ENSG00000228716 -0,596887056 вниз 0,001474 0,125963
DLG1 ENSG00000075711 0,720945313 вверх 0,003272 0,160028
DLGAP5 ENSG00000126787 -1,781943562 вниз 0,002526 0,144291
DNAJB9 ENSG00000128590 0,762742522 вверх 0,000215 0,090927
DNAJC1 ENSG00000136770 0,851198135 вверх 0,003622 0,165504
DNASE1L3 ENSG00000163687 1,150573975 вверх 0,003411 0,164705
DNMT1 ENSG00000130816 -0,401905618 вниз 0,001474 0,125963
DOT IL ENSG00000104885 -0,440849834 вниз 0,001474 0,125963
DQX1 ENSG00000144045 -1,58805775 вниз 0,005822 0,194138
DST ENSG00000151914 1,119680181 вверх 0,00488 0,180898
DTL ENSG00000143476 -0,571087426 вниз 0,005458 0,187352
DTYMK ENSG00000168393 -0,672857439 вниз 0,001835 0,1271
DVL3 ENSG00000161202 0,480840184 вверх 0,000622 0,106442
E2F1 ENSG00000101412 -0,713005902 вниз 0,003809 0,167074
E2F8 ENSGO0000129173 -1,822880964 вниз 0,004647 0,179635
ECHDC2 ENSG00000121310 0,80675917 вверх 0,001319 0,125963
EFCAB11 ENSG00000140025 -0,83951759 вниз 0,000316 0,09315
EIF2AK4 ENSG00000128829 0,889621607 вверх 0,004005 0,170766
EIF2B5 ENSG00000145191 0,52014902 вверх 0,001179 0,125345
EMC 7 ENSG00000134153 0,527652572 вверх 0,002156 0,135243
ENDOU ENSG00000111405 0,996677877 вверх 0,000764 0,112803
- 77 043425
EPDRl ENSG00000086289 1,355276772 вверх 0,003109 0,157059
EPM2AIP1 ENSG00000178567 0,832768018 вверх 0,000622 0,106442
ERBB2 ENSG00000141736 -0,520928902 вниз 0,000939 0,11973
ERI1 ENSG00000104626 -0,601791404 вниз 0,000245 0,090927
ESCO2 ENSG00000171320 -1,5468643 вниз 0,006514 0,199433
ESPL1 ENSG00000135476 -0,932485167 вниз 0,003622 0,165504
ETV5 ENSG00000244405 0,880406053 вверх 0,001738 0,1271
FAM114A1 ENSG00000197712 0,986415082 вверх 0,00046 0,097757
FAM174A ENSG00000174132 0,851426172 вверх 0,005124 0,182007
FAM219A ENSG00000164970 0,431957782 вверх 0,001474 0,125963
FAM64A ENSG00000129195 -1,675400995 вниз 0,000432 0,097757
FAM72B ENSG00000188610 -0,874624959 вниз 0,000261 0,090927
FAM83D ENSG00000101447 -0,996366514 вниз 0,000203 0,090927
FAM95B1 ENSG00000223839 1,618293895 вверх 0,004209 0,174124
FANG A ENSG00000187741 -0,802052008 вниз 0,000406 0,097757
FANCB ENSG00000181544 -0,733853593 вниз 0,001137 0,125345
FBLN2 ENSG00000163520 4,055675182 вверх 0,002318 0,139712
FBXL15 ENSG00000107872 0,347540494 вверх 0,00488 0,180898
FCF1 ENSG00000119616 -0,367208753 вниз 0,000432 0,097757
FCGR2B ENSG00000072694 1,7069366 вверх 0,000552 0,1043
FCGR2C ENSG00000244682 1,833667492 вверх 0,001937 0,129464
FCRL5 EN3G00000143297 1,284877883 вверх 0,001179 0,125345
FCRLA ENSG00000132185 3,193292318 вверх 8,96Е-05 0,090927
FGFR1OP ENSG00000213066 -0,491542609 вниз 0,003272 0,160028
FOXM1 ENSG00000111206 -1,131740677 вниз 0,004332 0,176822
FUS ENSG00000089280 -0,352688172 вниз 0,000261 0,090927
FXYD5 ENSG00000089327 0,875760601 вверх 0,001646 0,125963
FXYD7 ENSG00000221946 1,006169767 вверх 0,003585 0,165504
GALE ENSG00000117308 -0,542602271 вниз 0,002953 0,154081
GBF1 ENSG00000107862 0,476441929 вверх 0,000279 0,092728
GINS2 ENSG00000131153 -0,805724953 вниз 0,003809 0,167074
GINS4 ENSG00000147536 -0,996858828 вниз 0,000661 0,106442
GLMN ENSG00000174842 -0,690322855 вниз 0,001247 0,125963
GMEB1 ENSG00000162419 -0,25590121 вниз 0,004423 0,177259
GNG7 ENSG00000176533 0,927431553 вверх 0,004209 0,174124
GOLGA4 ENSG00000144674 0,386722654 вверх 0,004005 0,170766
GOLGA6L4 ENSG00000184206 0,812716533 вверх 0,000189 0,090927
GPBP1 ENSG00000062194 0,242730418 вверх 0,006514 0,199433
GPR176 ENSG00000166073 2,035062721 вверх 0,001114 0,125345
GPRASP1 ENSG00000198932 1,071771461 вверх 0,003443 0,164705
GPSM2 ENSG00000121957 -0,885489534 вниз 6,29Е-05 0,086188
- 78 043425
GRIP1 ENSG00000155974 1,231430795 вверх 0,004231 0,174124
GSG2 ENSG00000177602 -1,394544327 вниз 0,000406 0,097757
GTF2I ENSG00000077809 0,40001011 вверх 0,000886 0,118955
HAUS4 ENSG00000092036 -0,602117697 вниз 0,002397 0,140035
HDAC9 ENSG00000048052 0,684068321 вверх 0,001646 0,125963
HELLS ENSG00000119969 -0,623431519 вниз 0,001558 0,125963
HENMT1 ENSG00000162639 -0,624504013 вниз 0,001474 0,125963
HERPUD1 ENSG00000051108 0,778585363 вверх 0,001646 0,125963
HLA-DOB ENSG00000241106 1,443362687 вверх 3,51Е-05 0,067115
HMGB1P5 ENSG00000132967 -0,489741805 вниз 0,005645 0,190341
HMGN2 ENSG00000198830 -0,343343082 вниз 0,004647 0,179635
HNRNPCP1 ENSG00000258900 -0,953716452 вниз 0,004743 0,180898
HSDL2 ENSG00000119471 -0,610519971 вниз 0,006212 0,196883
ICAM5 ENSG00000105376 -1,044794924 вниз 0,004209 0,174124
I DU A ENSG00000127415 0,955710969 вверх 0,001646 0,125963
IFT20 ENSG00000109083 0,302770683 вверх 0,003109 0,157059
ITPRIPL1 ENSG00000198885 -2,2280116 вниз 0,000586 0,106442
ITSN1 ENSG00000205726 0,905232008 вверх 0,002804 0,149035
KAT NAI ENSG00000186625 -0,391521115 вниз 0,001179 0,125345
KCNAB1 ENSG00000169282 1,001128869 вверх 0,000359 0,097757
KCNAB3 ENSG00000170049 -1,056336096 вниз 0,002273 0,138647
KIAA0226 ENSG00000145016 0,617682853 вверх 0,002953 0,154081
KIAA0586 ENSG00000100578 -0,431753645 вниз 0,006212 0,196883
KIAA1147 ENSG00000257093 0,482751184 вверх 0,006514 0,199433
KIAA1522 ENSG00000162522 1,035387539 вверх 0,005124 0,182007
KIAA1731 ENSG00000166004 -0,469427264 вниз 0,000788 0,112803
KIF14 ENSG00000118193 -1,705333985 вниз 0,001474 0,125963
KIF18A ENSGO0000121621 -0,692732773 вниз 0,001179 0,125345
KIF20B ENSG00000138182 -0,628519438 вниз 0,001053 0,125345
KIF2C ENSG00000142945 -1,365646338 вниз 0,000432 0,097757
KIF4A ENSG00000090889 -1,904610649 вниз 0,003622 0,165504
KMT2C ENSG00000055609 0,228004365 вверх 0,005645 0,190341
KPNB1 ENSG00000108424 -0,394700087 вниз 0,001835 0,1271
L2HGDH ENSG00000087299 -0,921327169 вниз 0,000836 0,117391
LAMTOR5-AS1 ENSG00000224699 -0,981944468 вниз 0,002047 0,13169
LINC00337 ENSG00000225077 -1,120082576 вниз 0,005676 0,19098
LINC00662 ENSG00000261824 0,773101729 вверх 0,005922 0,194138
LINC00883 ENSG00000243701 0,810773121 вверх 0,004005 0,170766
LMF1 ENSG00000103227 0,814937221 вверх 0,000622 0,106442
LPCAT3 ENSG00000111684 -0,559209562 вниз 0,004005 0,170766
LRRC4B ENSG00000131409 0,793959329 вверх 0,004213 0,174124
- 79 043425
LRRN2 ENSG00000170382 1,865843931 вверх 0,005922 0,194138
MAGED2 ENSG00000102316 0,720903224 вверх 0,001179 0,125345
MAP 4 ENSG00000047849 0,724838313 вверх 0,002662 0,147631
MAP4КЗ ENSG00000011566 0,589878912 вверх 0,004209 0,174124
MAPRE3 ENSG00000084764 0,784298761 вверх 0,000261 0,090927
MBD4 ENSG00000129071 0,276423792 вверх 0,000788 0,112803
MCM10 ENSG00000065328 -1,334114767 вниз 0,001674 0,1271
MCM2 ENSG00000073111 -1,247745579 вниз 0,001474 0,125963
MCM4 ENSG00000104738 -0,927747184 вниз 0,001646 0,125963
MEF2A ENSG00000068305 0,506720645 вверх 0,000744 0,112803
MEI1 ENSG00000167077 1,179961962 вверх 0,000118 0,090927
MEMO1 ENSG00000162959 -0,281226311 вниз 0,004209 0,174124
MFN1 ENSG00000171109 0,332545316 вверх 0,006212 0,196883
MGAT1 ENSG00000131446 0,290644604 вверх 0,006514 0,199433
MGME1 ENSG00000125871 -0,433132545 вниз 0,003809 0,167074
MGST3 ENSG00000143198 0,659094058 вверх 0,005124 0,182007
MICA ENSG00000204520 0,620119411 вверх 0,000939 0,11973
MID2 ENSG00000080561 0,756163973 вверх 0,005645 0,190341
MIR4435-1HG ENSG00000172965 -1,062297175 вниз 0,00488 0,180898
MKX ENSG00000150051 2,704795186 вверх 0,000382 0,097757
MLF1IP ENSGO0000151725 -0,868339353 вниз 0,005645 0,190341
MMRN2 EN3G00000173269 1,180392072 вверх 0,002662 0,147631
MOXD1 ENSG00000079931 1,559687372 вверх 0,004647 0,179635
MRAS ENSG00000158186 1,52251306 вверх 0,00488 0,180898
MSH2 ENSG00000095002 -1,009515534 вниз 0,006514 0,199433
MTFR2 ENSG00000146410 -0,846036223 вниз 0,000489 0,099767
MXD4 ENSG00000123933 0,515542459 вверх 0,004423 0,177259
MYBL2 ENSGO0000101057 -1,035211825 вниз 0,001247 0,125963
MYEF2 ENSG00000104177 1,112353906 вверх 0,005124 0,182007
MZB1 ENSG00000170476 0,965983178 вверх 0,002662 0,147631
NAA3 0 ENSG00000139977 -0,341182009 вниз 0,002662 0,147631
NBEA ENSG00000172915 1,297503689 вверх 0,005124 0,182007
NCAPH ENSG00000121152 -1,60849361 вниз 0,005379 0,185044
NDFIP1 ENSG00000131507 0,620791298 вверх 0,000202 0,090927
NDUFA3 ENSG00000170906 0,577079384 вверх 0,002662 0,147631
NEDD4L ENSG00000049759 1,124026207 вверх 0,001247 0,125963
NOL12 ENSG00000256872 -0,5896443 вниз 0,00046 0,097757
NPRL3 ENSG00000103148 -0,392961317 вниз 0,00046 0,097757
NR1D2 ENSG00000174738 0,455919632 вверх 0,003622 0,165504
NR3C1 ENSG00000113580 0,731585314 вверх 0,005124 0,182007
NSUN5 ENSG00000130305 -0,478595971 вниз 0,00488 0,180898
- 80 043425
NUDTl ENSG00000106268 -0,852740182 ВНИЗ 0,000155 0,090927
NUF2 ENSG00000143228 -1,103956787 вниз 0,001558 0,125963
NXPE4 ENSG00000137634 4,468868564 вверх 0,003745 0,167074
OIP5 ENSG00000104147 -1,202560379 вниз 0,00488 0,180898
ORC1 ENSG00000085840 -1,065526966 вниз 0,001835 0,1271
P4HTM ENSG00000178467 0,696412296 вверх 0,003272 0,160028
PAIP2B ENSG00000124374 0,608423558 вверх 0,003443 0,164705
PAM ENSG00000145730 0,736380555 вверх 0,001835 0,1271
PAQR4 ENSG00000162073 -1,249506432 вниз 0,000316 0,09315
PARL ENSG00000175193 0,385732857 вверх 0,000519 0,103273
PARPBP ENSG00000185480 -1,127390341 вниз 0,001319 0,125963
PATZ1 ENSG00000100105 -0,613716272 вниз 0,002044 0,13169
PC ENSG00000173599 -2,196281547 вниз 0,001835 0,1271
PCBP3 ENSG00000183570 1,620969616 вверх 0,001558 0,125963
PCBP4 ENSG00000090097 1,027008279 вверх 1,76Е-05 0,067115
PCDHB10 ENSG00000120324 1,367015984 вверх 0,002959 0,154081
PCDHB16 ENSG00000196963 2,272079546 вверх 0,001461 0,125963
PCDHB9 ENSG00000177839 1,659119974 вверх 0,000156 0,090927
PCDHGA10 ENSG00000253846 1,761871736 вверх 0,001852 0,12771
PCYT1A ENSG00000161217 0,388019625 вверх 0,006514 0,199433
PDCD1LG2 ENSG00000197646 1,007150591 вверх 0,005645 0,190341
PDE6G EN3G00000185527 -2,06520501 вниз 0,001474 0,125963
PDE8A ENSG00000073417 0,898071797 вверх 0,000661 0,106442
PDIA3 ENSG00000167004 0,599823335 вверх 8,96Е-05 0,090927
PDXDC2P ENSG00000196696 0,390023823 вверх 0,002156 0,135243
PDZK1IP1 ENSG00000162366 2,059953642 вверх 0,005845 0,194138
PFN2 ENSG00000070087 1,726786978 вверх 0,002804 0,149035
PGP ENSG00000184207 -0,394712174 вниз 0,001738 0,1271
PHF19 ENSG00000119403 -0,59874177 вниз 0,000432 0,097757
PKMYT1 ENSG00000127564 -1,403609452 вниз 0,001937 0,129464
PLCB4 ENSG00000101333 1,358514715 вверх 0,006212 0,196883
PLK1 ENSG00000166851 -0,980915772 вниз 0,002804 0,149035
PLK4 ENSG00000142731 -0,863342434 вниз 0,000215 0,090927
POLA2 ENSG00000014138 -0,356587586 вниз 0,005645 0,190341
POLD3 ENSG00000077514 -0,649754527 вниз 3,02Е-05 0,067115
PON2 ENSG00000105854 1,064018977 вверх 3,25Е-05 0,067115
POPDC2 ENSG00000121577 0,507108724 вверх 0,004647 0,179635
POU2F2 ENSG00000028277 0,829755089 вверх 0,001319 0,125963
PPFIBP2 ENSG00000166387 0,701578337 вверх 0,004209 0,174124
PPIB ENSG00000166794 0,480516293 вверх 0,002804 0,149035
PPID ENSG00000171497 -0,266755933 вниз 0,002804 0,149035
- 81 043425
PPIP5K1 ENSG00000168781 0,808884722 вверх 0,000939 0,11973
PPP1R16B ENSG00000101445 -1,201260806 вниз 0,003809 0,167074
PRIM1 ENSG00000198056 -0,995746296 вниз 0,000297 0,092779
PRKAA1 ENSG00000132356 0,401998563 вверх 0,001738 0,1271
PRKAR1B ENSG00000188191 -0,660679976 вниз 0,002397 0,140035
PRKCA ENSG00000154229 1,369576279 вверх 0,001474 0,125963
PSENEN ENSG00000205155 0,368704282 вверх 0,002662 0,147631
PTHLH ENSG00000087494 2,864363043 вверх 0,000427 0,097757
PTPRM ENSG00000173482 1,799116837 вверх 0,003443 0,164705
RAB3B ENSG00000169213 1,817774395 вверх 0,005124 0,182007
RABAC1 ENSG00000105404 0,682722137 вверх 0,004005 0,170766
RAC3 ENSG00000169750 -0,783424905 вниз 0,00488 0,180898
RAD18 ENSG00000070950 -0,388012916 вниз 0,005922 0,194138
RAD51B ENSG00000182185 -0,647226192 вниз 0,004866 0,180898
RAPGEF3 ENSG00000079337 1,460778486 вверх 0,001835 0,1271
RASGRP3 ENSG00000152689 1,361593186 вверх 0,000886 0,118955
RBBP8 ENSG00000101773 -0,420670803 вниз 0,006514 0,199433
RBKS ENSG00000171174 -0,607072797 вниз 0,002273 0,138647
RBL1 ENSG00000080839 -0,651514248 вниз 0,003109 0,157059
RECQL4 ENSG00000160957 -1,055176871 вниз 0,002273 0,138647
REEP 5 ENSG00000129625 0,483198621 вверх 0,00046 0,097757
RFC3 ENSG00000133119 -0,845003493 вниз 0,005379 0,185044
RFC 5 ENSG00000111445 -0,488787867 вниз 0,002804 0,149035
RHOQ ENSG00000119729 0,981684777 вверх 0,001319 0,125963
RIC3 ENSG00000166405 2,061495289 вверх 0,000622 0,106442
RMDN3 ENSG00000137824 0,687762803 вверх 0,000661 0,106442
RMI2 ENSG00000175643 -1,105998037 вниз 0,000701 0,111769
RNASEH2A ENSG00000104889 -0,588788676 вниз 0,003272 0,160028
RNF13 ENSG00000082996 0,430500699 вверх 0,000406 0,097757
RNF168 ENSG00000163961 0,789370661 вверх 0,001835 0,1271
RP11-110I1.12 ENSG00000255121 -1,089180897 вниз 0,001053 0,125345
RP11-1277A3.1 ENSG00000247679 0,494691737 вверх 0,005124 0,182007
RP11-145F16.2 ENSG00000261050 1 вверх 0,001558 0,125963
RP11-22P6.3 ENSG00000260442 -1,218957746 вниз 0,000305 0,09315
RP11-23N2.4 ENSG00000260618 0,599669898 вверх 0,006212 0,196883
RP11-295D4.1 ENSG00000262712 -0,543310808 вниз 0,004227 0,174124
RP11-382J12.1 ENSG00000246366 0,476637496 вверх 0,005645 0,190341
RP11- 386G11.10 ENSG00000258017 -0,732892348 вниз 0,002273 0,138647
RP11-417F21.1 ENSG00000250116 0,874469118 вверх 0,002044 0,13169
RP11-680G24.5 ENSG00000260872 0,813273679 вверх 0,001646 0,125963
- 82 043425
RP11-690I21.1 ENSG00000237641 0,982445377 вверх 0,001045 0,125345
RP11-81H14.2 ENSG00000251301 1,154574974 вверх 0,002273 0,138647
RP1-290I10.6 ENSG00000229950 1,515905482 вверх 0,006057 0,196883
RP3-412A9.il ENSG00000198832 1,332016018 вверх 5,86Е-05 0,086188
RP4-742C19.8 ENSG00000233899 0,631077104 вверх 0,002526 0,144291
RPL7AP10 ENSG00000240522 -1,230279468 вниз 0,002679 0,148063
RPN1 ENSG00000163902 0,384107056 вверх 0,003622 0,165504
RPS11P5 ENSG00000232888 0,666696911 вверх 0,004645 0,179635
RSPH3 ENSG00000130363 -0,543360762 вниз 0,005922 0,194138
RTKN ENSG00000114993 0,84231452 вверх 0,002273 0,138647
RTN4IP1 ENSG00000130347 -0,635965627 вниз 0,004005 0,170766
S100Z ENSG00000171643 1,755116374 вверх 0,000586 0,106442
SAPCD1 ENSG00000228727 -0,731740287 вниз 0,006514 0,199433
SAPCD2 ENSG00000186193 -1,176135844 вниз 0,005922 0,194138
SASS 6 ENSG00000156876 -0,232149316 вниз 0,005124 0,182007
SBNO1 ENSG00000139697 -0,315910334 вниз 0,003622 0,165504
SCAMP5 ENSG00000198794 0,861087469 вверх 0,000836 0,117391
SDHAP1 ENSG00000185485 0,572219514 вверх 0,000489 0,099767
SDHAP3 ENSG00000185986 -0,83746263 вниз 0,006514 0,199433
SEC13 ENSG00000157020 0,55661178 вверх 0,001053 0,125345
SEC22C ENSG00000093183 0,355646837 вверх 0,001738 0,1271
SEC61A1 ENSG00000058262 0,610846513 вверх 0,000886 0,118955
SEC62 ENSG00000008952 0,788131385 вверх 0,00011 0,090927
SELK ENSG00000113811 0,619756413 вверх 0,000432 0,097757
SENP2 ENSG00000163904 0,491242791 вверх 0,002273 0,138647
SERP1 ENSG00000120742 0,427941701 вверх 0,000886 0,118955
SERPINI1 ENSG00000163536 1,401734038 вверх 0,004423 0,177259
SGOL1 ENSGO0000129810 -1,315415063 вниз 0,001179 0,125345
SGOL2 ENSG00000163535 -1,04754504 вниз 0,005379 0,185044
SH3BP5-AS1 ENSG00000224660 0,61664396 вверх 0,000489 0,099767
SH3PXD2A ENSG00000107957 0,855689288 вверх 0,000441 0,097757
SHCBP1 ENSG00000171241 -0,653402279 вниз 0,005379 0,185044
SHMT1 ENSG00000176974 -0,916266061 вниз 0,005379 0,185044
SITI ENSG00000137078 1,491042511 вверх 0,003622 0,165504
SKA1 ENSG00000154839 -1,388698342 вниз 0,002156 0,135243
SKA3 ENSG00000165480 -1,49596618 вниз 0,001179 0,125345
SLAMF1 ENSG00000117090 2,637174504 вверх 0,000552 0,1043
SLC22A5 ENSG00000197375 0,364043198 вверх 0,005379 0,185044
SLC29A2 ENSG00000174669 -2,117487943 вниз 0,003109 0,157059
SLC35B1 ENSG00000121073 0,54289746 вверх 0,001558 0,125963
SLC35G2 ENSG00000168917 2,36121245 вверх 0,000417 0,097757
- 83 043425
SLC51A ENSG00000163959 0,619956943 вверх 0,003272 0,160028
SLIT1 ENSG00000187122 2,454001823 вверх 0,005971 0,195061
SLX4 ENSG00000188827 -0,309372634 вниз 0,005922 0,194138
SMPD1 ENSG00000166311 0,685554031 вверх 0,003622 0,165504
SOGA3 ENSG00000214338 2,141127737 вверх 0,004321 0,176822
SOWAHB ENSG00000186212 2,27080955 вверх 0,001624 0,125963
SOX5 ENSG00000134532 1,658450619 вверх 0,003578 0,165504
SRGAP3 ENSG00000196220 1,029665782 вверх 0,000215 0,090927
SRI ENSG00000075142 0,37152875 вверх 0,000744 0,112803
SSR3 ENSG00000114850 0,4896736 вверх 0,001319 0,125963
ST6GALI ENSG00000073849 0,766044282 вверх 0,000939 0,11973
ST8SIA4 ENSG00000113532 0,850904988 вверх 0,001247 0,125963
STARD4 ENSG00000164211 0,367759238 вверх 0,006212 0,196883
STARD5 ENSG00000172345 0,709779447 вверх 0,003272 0,160028
STIL ENSG00000123473 -0,577961832 вниз 0,003622 0,165504
STMN1 ENSG00000117632 -0,958006821 вниз 0,005124 0,182007
TANC2 ENSG00000170921 2,470345102 вверх 0,004645 0,179635
TBC1D31 ENSG00000156787 -0,55473257 вниз 0,005379 0,185044
TBL3 ENSG00000183751 -0,371607611 вниз 0,00488 0,180898
TCEAL3 ENSG00000196507 1,039621308 вверх 0,000215 0,090927
TCF12 ENSG00000140262 0,573433117 вверх 0,003272 0,160028
TCHP ENSG00000139437 -0,394692495 вниз 0,006212 0,196883
TEX 19 ENSG00000182459 -1,232891533 вниз 0,005548 0,189988
TEX30 ENSG00000151287 -0,741242721 вниз 0,000997 0,125345
TEG ENSG00000114354 0,52087412 вверх 0,004647 0,179635
THOC6 ENSG00000131652 -0,412866319 вниз 0,000261 0,090927
TICAM2 ENSG00000243414 0,757722382 вверх 0,002044 0,13169
TIMELESS ENSGO0000111602 -0,624056848 вниз 0,000661 0,106442
TK1 ENSG00000167900 -1,120895213 вниз 0,002804 0,149035
TMCO6 ENSG00000113119 -0,446075861 вниз 0,002662 0,147631
TMED7 ENSG00000134970 0,506103886 вверх 0,006514 0,199433
TMEM108 ENSG00000144868 1,262393672 вверх 0,005335 0,185044
TMEM115 ENSG00000126062 0,360490115 вверх 0,001179 0,125345
TMEM150A ENSG00000168890 0,292194 вверх 0,006514 0,199433
TMEM243 ENSGO0000135185 0,771028169 вверх 0,005379 0,185044
TMEM50B ENSG00000142188 0,479584127 вверх 0,003443 0,164705
TMEM57 ENSG00000204178 0,382913174 вверх 0,005124 0,182007
TMEM63C ENSG00000165548 2,463768871 вверх 0,002526 0,144291
TMOD2 ENSG00000128872 1,778485679 вверх 0,006212 0,196883
TMPO-AS1 ENSG00000257167 -0,726697259 вниз 0,003851 0,168443
TPX2 ENSG00000088325 -1,221950415 вниз 0,003809 0,167074
- 84 043425
TRGV5 ENSG00000211697 0,933839652 вверх 0,004528 0,179635
TRIM52 ENSG00000183718 0,558151646 вверх 0,004209 0,174124
TROAP ENSG00000135451 -1,70863633 вниз 0,000297 0,092779
TSKU ENSG00000182704 1,51653736 вверх 0,005976 0,195061
TSPAN3 ENSG00000140391 0,841070593 вверх 0,002156 0,135243
TTC17 ENSG00000052841 0,342525973 вверх 0,003622 0,165504
TTK ENSG00000112742 -0,988321296 вниз 0,003109 0,157059
TTLL5 ENSG00000119685 -0,327071817 вниз 0,000406 0,097757
TUB ENSG00000166402 1,767676597 вверх 0,002317 0,139712
TUBA1B ENSG00000123416 -0,538417101 вниз 0,001646 0,125963
TXNDC15 ENSG00000113621 0,575328234 вверх 0,003809 0,167074
TXNDC5 ENSG00000239264 0,756015355 вверх 0,003443 0,164705
TYMS ENSG00000176890 -1,081232402 вниз 0,002397 0,140035
UBA7 ENSG00000182179 0,856044718 вверх 0,001395 0,125963
UBE2C ENSG00000175063 -1,269467358 вниз 0,001179 0,125345
UBE2E2 ENSG00000182247 0,870140435 вверх 2,40Е-05 0,067115
UBXN4 ENSG00000144224 0,38181031 вверх 0,006514 0,199433
UHRF1 ENSG00000034063 -1,469473531 вниз 0,001738 0,1271
USP32P3 ENSG00000189423 3,195455286 вверх 0,001473 0,125963
VAPB ENSG00000124164 -0,257533585 вниз 0,004423 0,177259
VIMP ENSG00000131871 0,687773457 вверх 0,003809 0,167074
VPS37D EN3G00000176428 1,550120285 вверх 0,005095 0,182007
WASL ENSG00000106299 0,492658686 вверх 0,004647 0,179635
WBP5 ENSG00000185222 1,50717312 вверх 0,000297 0,092779
WDHD1 ENSG00000198554 -1,152433926 вниз 0,001632 0,125963
WDR62 ENSG00000075702 -1,166051204 вниз 0,000245 0,090927
WEE1 ENSG00000166483 -1,043540913 вниз 0,000359 0,097757
XRCC2 ENSG00000196584 -0,775604531 вниз 0,005922 0,194138
XRCC3 ENSG00000126215 -0,655292946 вниз 0,000939 0,11973
YIPF2 ENSG00000130733 0,686984318 вверх 0,003109 0,157059
ZBTB4 ENSG00000174282 0,59662837 вверх 0,005124 0,182007
ZC2HC1A ENSG00000104427 0,629482721 вверх 0,003622 0,165504
ZGLP1 ENSG00000220201 -0,463720366 вниз 0,005124 0,182007
ZHX1-C8ORF76 ENSG00000259305 0,431039293 вверх 0,001835 0,1271
ZMAT3 ENSG00000172667 0,647710648 вверх 0,002397 0,140035
ZNF101 ENSG00000181896 -0,605225083 вниз 0,001474 0,125963
ZNF14 ENSG00000105708 -0,800698079 вниз 0,002662 0,147631
ZNF204P ENSG00000204789 3,260061269 вверх 0,002317 0,139712
ZNF358 ENSG00000198816 0,767920473 вверх 0,003109 0,157059
ZNF565 ENSG00000196357 0,615820899 вверх 0,005922 0,194138
ZNF609 ENSG00000180357 0,312449173 вверх 0,001114 0,125345
- 85 043425
ZNF706 ENSG00000120963 0,465206779 вверх 0,004005 0,170766
ZNF738 ENSG00000172687 -1,270195442 вниз 0,006256 0,197853
ZNF827 ENSG00000151612 0,722894271 вверх 0,006212 0,196883
ZNF829 ENSG00000185869 -1,490325627 вниз 0,001114 0,125345
ZNF852 ENSG00000178917 0,526992277 вверх 0,00488 0,180898
ZNF880 ENSG00000221923 -2,04089136 вниз 0,004423 0,177259
ZNF93 ENSG00000184635 -1,691498564 вниз 0,003943 0,170766
Не доступно ENSG00000233488 -1,126553625 вниз 1,76Е-05 0,067115
Не доступно ENSG00000259850 0,317164674 вверх 0,00488 0,180898
Не доступно ENSG00000165406 0,486776476 вверх 0,000135 0,090927
Не доступно ENSG00000233165 1,051483435 вверх 0,00488 0,180898
Не доступно ENSG00000266348 1,615869627 вверх 0,002819 0,149305
Log2(R/NR), уровень экспрессии гена отвечающих организмов (R) относительно неотвечающих организмов (NR). Термины отвечающий организм и неотвечающий организм, используемые в этом примере, имеют то же значение, что и те, что в примере 2.
Δ уровня экспрессии гена показывает изменение в уровне экспрессии гена отвечающих организмов (R) относительно неотвечающих организмов (NR); вверх обозначает, что уровень экспрессии гена подвергался повышающей регуляции у R в сравнении с NR, а вниз обозначает, что уровень экспрессии гена подвергался понижающей регуляции в R в сравнении с NR.
Не доступно, название гена по HUGO не доступно. Данные об экспрессии определяли по существу как описано в примере 2. Зависимости между реакцией и экспрессией указанного гена тестировали с критерием Уилкоксона, дающим Р-значения, указанные в табл. 4. Q определяли по существу как описано у Storey and Tibshirani, Statistical significance for genome-wide experiments, Proceedings of the National Academy of Sciences, 100: 9440-9445 (2003).
Гены, демонстрирующие прочную зависимость между экспрессией и реакцией на карфилзомиб, дополнительно анализировали путем рассмотрения различных порогов экспрессии. Создавали кривую ROC для каждого гена с тем, чтобы каждый порог можно было оценивать в единицах процента специфичности и процента чувствительности. Затем порог применяли к данным о времени до прогрессирования (ТТР) для пациентов и рассматривали клиническую значимость.
Пример 4. Валидационные исследования.
Анализ образцов костного мозга для 2 фазы клинических исследований карфилзомиб (CFZ) показал, что высокие уровни экспрессии генов IGH и FCGR2B [0] являются предсказательными для реакции на ингибитор протеасом карфилзомиб у пациентов с рецидивирующей и рефракторной множественной миеломой [1]. Образцы костного мозга из 3 фазы клинических исследований карфилзомиба анализируют для того, чтобы подтверждать эти результаты анализа. Дополнительно определяют, ли высокие уровни экспрессии генов IGH и FCGR2Ba предсказательны для реакции на другие терапевтические схемы, такие как кортикостероиды плюс необязательный циклофосфамид (наилучшая заместительная терапия; BSC) у пациентов с рецидивирующей и рефракторной множественной миеломой и леналидомид плюс дексаметазон (Rd) у пациентов с множественной миеломой, которые получали от одной до трех предыдущих линий терапии.
Данные секвенирования РНК из отобранных CD138+ образцов костного мозга из 3 фазы клинических исследований карфилзомиба анализируют с целью подтверждения того, что высокие уровни экспрессии генов IGH и/или FCGR2B предсказательны для реакции на ингибитор протеасом CFZ и не предсказательны для реакции на другие терапевтические схемы, такие как кортикостероиды плюс необязательный циклофосфамид (BSC) и леналидомид плюс дексаметазон (Rd). В момент скрининга пациентов во время исследований собирали и аспирировали образцы костного мозга. Эти образцы использовали для получения данных секвенирования РНК. Секвенирование РНК этих образцов осуществляют в Translational Genomics Research Institute (TGen).
Образцы РНК делили среди направлений исследований следующим образом: всего было 192 успешно секвенированных образца, собранных в качестве части 3 фазы исследования у пациентов, которых лечили или с использованием CFZ или в соответствии с наилучшей заместительной терапией (BSC). Было 424 успешно секвенированных образца, собранных в качестве части 3 фазы исследования у пациентов, которых лечили с использованием CFZ, леналидомида и дексаметазона (CRd) или с использованием леналидомида и дексаметазона (Rd).
Необработанные риды последовательностей выравнивали и количественно определяли экспрессию генов и изоформ с использованием специализированной системы обработки, встроенной в Array Studio v6.1. Эта система обработки [3] получает риды парных концов Illumina с удаленными адапторами, кото
- 86 043425 рые усекали на 5'-конце, если оценка качества PHRED для основания достиагала Q2 или ниже. Все риды картируют на транскриптоме, как определено с помощью аннотации Ensembl R.70 [4]. Риды картировали с несовпадениями и некартированные риды впоследствии выравнивали с полным геномом человека, проводя поиск новых сращений экзонов. Сравнивают картиирование конкретных парных ридов в геноме и транскриптоме и сохраняют наивысшую оценку картирования, причем картирование в транскриптоме предпочтительно в случае равных оценок. Риды, которые остаются некартированными в этот момент, снова выравнивают с вновь идентифицированными сращениями экзонов. Наконец, все местоположения картирования в транскриптоме переводят в геномные координаты для того, чтобы оценивать одижаемое число картирований, используя алгоритм ЕМ [5]. Алгоритм ЕМ присваивает риды с множественными местоположениями картирования транскрипционной изоформе посредством вычисления условной вероятности картирования рида в конкретной изоформе, учитывая все другие картирования. Взвешивание общего числа картированных ридов с этой вероятностью дает постериорное ожидаемое число ридов для транскрипта. Число из ЕМ нормализуют по длине генов и числу ридов в библиотеке, чтобы получать значения FPKM (фрагменты на тысячу нуклеотидов на миллион ридов). Дополнительную нормализацию, обозначаемую как квантильная нормализация, применяют для того, чтобы корректировать смещения, вводимые за счет присутствия одного или двух доминирующих транскриптов (например, IGH, IGK и IGL) во многих из образцов. На стадии квантильной нормализации каждое значение FPKM в образце масштабируют посредством 85-процентильного значения FPKM того же образца, чтобы получать квантильное нормализованное FPKM, обозначаемое как значения FPKQ.
IGH состоит из многих отдельно аннотированных генов в аннотации ENSEMBL. Следовательно, оценки экспрессии IGH вычисляют посредством суммирования соответствующего FPKQ каждого гена локуса IGH (подробности с см. в USPA № 61/863809, Immunoglobulin Expression Levels as Biomarker for Proteasome Inhibitor, 9/2013). Пороги экспрессии для IGH и FCGR2B, определяемые как описано выше, используют для количественного определения обогащения отвечающих организмов, PFS и OS, в четырех направлениях клинических исследований у поднабора позитивных по биологическому маркеру в сравнении с поднабором негативных. Для этого анализа отвечающих организмов определяют как пациентов, достигающих наилучшей общей реакции, как определяют с помощью PI - MR, PR, VGPR или CR, и неотвечающих организмов как SD и PD.
Затем определяемые пороги используют для того, чтобы выбирать позитивные и негативные по биологическому маркеру образцы для анализа подгрупп биологического маркера. В каждой группе осуществляли сравнение между направлениями лечения, которое приведено в таблицах в сопровождении графиков выживаемости. Аппроксимировали регрессионную модель Кокса, которая включает группу лечения, и привели отношение рисков для направления CFZ и направления BSC (Rd) и соответствующие им 95% доверительные области. Отношение рисков меньше 1 подразумевает, что расширение PFS в направлении CFZ по сравнению с направлением BSC (Rd) наблюдали в позитивных или негативных по биологическому маркеру подгруппах пациентов. Соотношение отношений рисков для позитивных по биологическому маркеру и негативных по биологическому маркеру определяют для выполнения ключевых критериев G0. Используют критерий взаимодействия Вальда и приводят р-значение в качестве указания на то, варьирует ли эффект лечения в соответствии со статусом биологического маркера.
Пример 5. qPCR.
Анализ секвенирования РНК образцов костного мозга из 2 фазы клинических исследований карфилзомиба (CFZ) показал, что высокие уровни экспрессии генов IGH и FCGR2B [0] предсказательны для реакции на ингибитор протеасом карфилзомиб у пациентов с рецидивирующей и рефракторной множественной миеломой [1]. Образцы костного мозга из 2 фазы и 3 фазы клинических исследований карфилзомиба анализируют с использованием альтернативного способа, чтобы подтверждать эти результаты анализа.
РНК из отобранных CD138+ образцов костного мозга из 2 фазы и 3 фазы клинических исследований карфилзомиба анализируют с целью подтверждения того, что высокие уровни экспрессии гена IGH и/или FCGR2B можно измерять с использованием анализа RT-qPCR и их можно использовать для того, чтобы определять предсказательность реакции на ингибитор протеасом CFZ и непредсказательность реакции на другие терапевтические схемы, такие как кортикостероиды плюс необязательный циклофосфамид (BSC) и леналидомид плюс дексаметазон (Rd). В момент скрининга пациентов во время исследований собирали и аспирировали образцы костного мозга.
Было всего 75 образцов, собранных в качестве части 2 фазы исследований. Было всего 192 образца, собранных в качестве части 3 фазы исследований у пациентов, которых лечили или с использованием CFZ или в соответствии с наилучшей заместительной терапией (BSC). Было 424 образца, собранных в качестве части 3 фазы исследований у пациентов, которых лечили или с использованием CFZ, леналидомида и дексаметазона (CRd) или с использованием леналидомида и дексаметазона (Rd).
Сначала осуществляют обратную транскрипцию РНК, ранее использованной для данных секвенирования РНК. Затем осуществляют RT-qPCR (количественная полимеразная цепная реакция) [2, 3] для того, чтобы определять количество Ig и/или FCGR2B в образце посредством измерения порогового цикла (Ct) или пересечения значения точки. Ct отражает цикл, в котором измеряемый сигнал превышает опре
- 87 043425 деленный фоновый порог. Флуоресцентный сигнал измеряют в конце каждого цикла амплификации, а значение Ct является результатом интерполяции двух измерений сигналов, между которыми пересечен порог [2].
Отрицательные пробы не дают значение Ct. Количественное значение Ct обратно пропорционально (log) концентрации обнаруживаемых нуклеиновых кислот, т.е. чем выше значение Ct, тем ниже входная концентрация.
Нацеленные праймеры используют для того, чтобы амплифицировать локус IgH и/или ген FCGR2B в каждом образце. Уровни экспрессии эти двух мишеней нормализуют с использованием конститутивных генов. Устанавливают корреляцию между уровнями экспрессии Ig и/или FCGR2B, как измеряют с использованием данных секвенирования РНК (см. пример 4) и как измеряют с использованием способа RT-qPCR. Валидируют RT-qPCR, которая репрезентативна для количества Ig и/или FCGR2B в образце пациента. Пилотное исследование, которое выполняли на 19 образцах из 3 фазы исследований, показало хорошую корреляцию (R2=0,919) между секвенированием РНК и уровнями экспрессии по RT-qPCR для гена FCGR2B.
После установления этой корреляции для локуса Ig, оптимальный порог для того, чтобы отличать отвечающие организмы и неотвечающие организмы, определяют посредством вычисления чувствительности и специфичности для всех возможных комбинаций порогов в диапазоне анализа. ROC, аналогично способу, описанному выше, используют для нахождения оптимального порога, чтобы обогащать данные отвечающими организмами.
Затем определяемые пороги используют для того, чтобы выбирать позитивные и негативные по биологическому маркеру образцы для анализа подгруппы биологического маркера. В каждой группе сравнения между направлениями лечения осуществляют и приводят в таблицах, дополненных графиками выживаемости. Аппроксимируют регрессионную модель Кокса, которая включает группу лечения, и приводят отношение рисков для направления CFZ и направления BSC (Rd) и соответствующие им 95% доверительные области. Отношение рисков меньше 1 подразумевает, что расширение PFS в направлении CFZ по сравнению с направлением BSC (Rd) наблюдали в позитивных или негативных по биологическому маркеру подгруппах пациентов. Используют критерий взаимодействия Вальда и приводят pзначение в качестве указания на то, варьирует ли эффект лечения в соответствии со статусом биологического маркера.
Пример 6. Иммунофлуоресцентный анализ.
Анализ на основе иммунофлуоресценции (IF) [2] используют для определения количества белка Ig и/или FCGR2B в образце. Способ IF включает две фазы:
(1) подготовка препарата (фиксация и пермеабилизация образца) и иммунореакция (в порядке: извлечение антигена, блокирование неспецифичных сайтов, инкубация с первичным антителом, вторичная инкубация, контрастное окрашивание красителем для ядер и заливка препарата);
(2) применение систем обнаружения, интерпретации и количественного определения полученной экспрессии.
В качестве части клинической фазы 2 и 3 исследований, в цитоцентрифуге из каждого образца получали препараты аспиратов костного мозга. Для визуального подтверждения присутствия плазматических клеток антитело к CD138+ использовали для окрашивания образца. Используют специфичные антитела против антигенов Ig и/или FCGR2B, которые также можно визуализировать посредством окрашивания. Количество окрашивания определяют с использованием флуоресцентного микроскопа и стандартных инструментов обработки изображений.
Устанавливают корреляцию между уровнями экспрессии Ig и/или FCGR2B, как измеряют с использованием данных секвенирования РНК (см. пример 4) и как измеряют с использованием способа IF. Валидируют анализ IF, который репрезентативен для количества Ig и/или FCGR2B в образце пациента.
После установления этой корреляции оптимальный порог для того, чтобы различать отвечающие организмы и неотвечающие организмы, определяют посредством вычисления чувствительности и специфичности для всех возможных комбинаций порогов в диапазоне анализа. ROC аналогично способу, описанному выше, используют для нахождения оптимального порога, чтобы обогащать данные авторов изобретения отвечающими организмами.
Определяемые пороги затем используют для того, чтобы выбирать позитивные и негативные по биологическому маркеру образцы для анализа подгруппы биологического маркера. В каждой группе осуществляют сравнение между направлениями лечения и приводят в таблицах, дополненных графиками выживаемости. А Аппроксимировали регрессионную модель Кокса, которая включает группу лечения, и привели отношение рисков для направления CFZ и направления BSC (Rd) и соответствующие им 95% доверительные области. Отношение рисков меньше 1 подразумевает, что расширение PFS в направлении CFZ по сравнению с направлением BSC (Rd) наблюдали в позитивных или негативных по биологическому маркеру подгруппах пациентов. Используют критерий взаимодействия Вальда и приводят p-значение в качестве указания на то, варьирует ли эффект лечения в соответствии со статусом биологического маркера.
- 88 043425
Пример 7. Валидация.
Этот пример демонстрирует, что чувствительность к карфилзомибу коррелирует с уровнем экспрессии иммуноглобулина.
Две гибридомные клеточные линии, линию А и линию В, тестировали на уровни экспрессии генов иммуноглобулинов (Ig) с помощью анализа ELISA. Или супернатант культуры гибридомных клеток или лизаты гибридомных клеток добавляли в лунки, содержащие антитело, специфичное к IgG мыши (№ по каталогу E99-131; № партии E99-131-130419 Bethyl Laboratories Inc). Как показано на фиг. 11А, гибридомные клетки линии А экспрессировали Ig в больше степени по сравнению с уровнями экспрессии Ig, которые демонстрировала линия В. Линию А, соответственно, считали гибридомной клеточной линией с высокой экспрессией Ig (высокий Ig), а линию В считали гибридомными клеточными линиями с низкой экспрессией Ig (низкий Ig).
Две гибридомные клеточные линии тестировали на чувствительность к карфилзомибу. Клетки каждой из линии А (высокий Ig) и линии В (низкий Ig) обрабатывали различными дозами (40, 30, 20, 15, 10, 7,5, 5, 3,75 и 2,5 нМ) карфилзомиба в течение 72 ч. Жизнеспособность клеток после этого измеряли посредством CellTiter-Glo® Luminescent Cell Viability Assay (№ по каталогу G7570; Promega Corporation) и сравнивали с контролем без обработки. Как показано на фиг. 11В, клетки линии А более чувствительны к карфилзомибу по сравнению с клетками линии В. Ингибирующая концентрация (IC50) карфилзомиба для клеток линии А составляла 10,43 нМ, тогда как IC50 карфилзомиба для клеток линии В составляла 24,30.
Анализ чувствительности к лекарственным средствам выполняли на двух дополнительных парах гибридомных клеточных линий, каждая пара состояла из гибридомных клеточных линий с высокой и низкой экспрессией Ig, которые давали результаты, схожие с теми, что получали для линии А и линии В. Для каждой пары клетки гибридомных клеточных линий с высокой экспрессией Ig демонстрировали более высокую чувствительность к карфилзомибу по сравнению с клетками линий с низкой экспрессией Ig.
Пример 8. Количественная ОТ-ПЦР.
Праймеры и зонды Taqman для ПЦР амплификации FCGR2B приобретали в Life Technologies (№ по каталогу 4331182).
CD138 позитивные клетки собирали из аспиратов костного мозга, полученных от пациентов. Затем из этих клеток выделяли общую РНК с использованием реактива Trizol (№ по каталогу 15596-026; Life Technologies). кДНК создавали с использованием набора QuantiTect Reverse Transcription из Qiagen (№ по каталогу 205310) и анализ qRT-PCR осуществляли с использованием аналитических реактивов Taqman (№ по каталогу 4440042; Life Technologies).
Как показано на фиг. 12, амплификация и количественное определение экспрессии FCGR2B с использованием вышеуказанных пар праймеров проходили успешно. Сильная корреляция между данными секвенирования РНК (FPKQ) и данными qRT-PCR (R=0,9563) показывает, что анализ Taqman можно надежно использовать для того, чтобы определять уровень транскрипта FCGR2B в образцах пациента. Идет разработка схожего анализа для генов IGH.
После разработки анализа, для образцов пациентов из фазы II клинических исследований осуществят аналогичные количественные измерения ОТ-ПЦР для того, чтобы установить порог, основанный на qRT-PCR, который будет отделять отвечающие организмы от неотвечающих организмов.
Затем для образцов пациентов из фазы III клинических исследований проведут аналогичные анализы qRT-PCR и применят пороги, установленные в фазе II исследований, чтобы отделять отвечающий организм от неотвечающего организма.
- 89 043425
Литературные источники
Литературные источники, цитирование в примерах 1 и 2.
Dempster, А.Р.; Laird, N.M., Rubin, D.B. (1977). Maximum Likelihood from Incomplete Data via the EM Algorithm. Journal of the Royal Statistical Society, Series В 39 (1): 1-38
Jun Hu, Huanying Ge, Matt Newman and Kejun Liu. OSA: a fast and accurate alignment tool for RNA-Seq. Bioinformatics (2012) 28 (14): 1933-1934.
Mulligan G, Mitsiades C, Bryant B, Zhan F, Chng WJ, Roels S, Koenig E, Fergus A, Huang Y, Richardson P, Trepicchio WL, Broyl A, Sonneveld P, Shaughnessy JD Jr, Bergsagel PL, Schenkein D, Esseltine DL, Boral A, Anderson KG. Gene expression profiling and correlation with outcome in clinical trials of the proteasome inhibitor bortezomib. Blood. 2007 Apr 15,-109(8):317788 .
Rody A, Holtrich U, Pusztai L, Liedtke C, Gaetje R, Ruckhaeberle E, Solbach C, Hanker L, Ahr A, Metzler D, Engels K, Karn T, Kaufmann M. T-cell metagene predicts a favorable prognosis in estrogen receptor-negative and HER2-positive breast cancers. Breast Cancer Res. 2009;11(2):R15.
Литературные источники, цитирование в примере 4.
[0] Gray, К.A., Daugherty, L.C., Gordon, S.M., Seal, R.L., Wright, M.W., Bruford, E.A.
'genenames.org: the HGNC resources in 2013'
Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D545-52. doi: 10.1093/nar/gksl066. Epub 2012 Nov 17 PMID:23161694
[1] Tuch, B.B., Lohr, A., Degenhardt, J.D., Kwei, K.A., Lowe, E., Keats, J.J., Kirk, C.J.
USPA No. 61/863,809 ’Immunoglobulin Expression Levels as Biomarker for Proteasome Inhibitor’, 9/2013
[2] Robert Hajek, Richard Vryce, Sunhee Ro, Barbara
- 90 043425
Klencke, Heinz Ludwig 'Design and rationale of FOCUS(PX-171-011): A randomized, open-label, phase 3 study of carfolzomib versus best supportive care regimen in patients with relapsed and refractory multiple myeloma' BMC Cancer 2012, 12:415
[3] Jun Hu, Huanying Ge, Matt Newman and Kejun Liu 'OSA: a fast and accurate alignment tool for RNA-Seq' Bioinformatics (2012) 28 (14): 1933-1934.
[4] Paul Flicek, Ikhlak Ahmed, M. Ridwan Amode, Daniel Barrell, Kathryn Beal, Simon Brent, Denise Carvalho-Silva, Peter Clapham, Guy Coates, Susan Fairley, Stephen Fitzgerald, Laurent Gil, Carlos Garcia-Giron, Leo Gordon, Thibaut Hourlier, Sarah Hunt, Thomas Juettemann, Andreas Kahari, Stephen Keenan, Monika Komorowska, Eugene Kulesha, Ian Longden, Thomas Maurel, William McLaren, Mattieu Muffato, Rishi Nag, Bert Overduin, Miguel Pignatelli, Bethan Pritchard, Emily Pritchard, Harpreet Singh Riat, Graham R. S. Ritchie, Magali Ruffier, Michael Schuster, Daniel Sheppard, Daniel Sobral, Kieron Taylor, Anja Thormann, Stephen Trevanion, Simon White, Steven P. Wilder, Bronwen L. Aken, Ewan Birney, Fiona Cunningham, Ian Dunham, Jennifer Harrow, Javier Herrero, Tim J. P. Hubbard, Nathan Johnson, Rhoda Kinsella, Anne Parker, Giulietta Spudich, Andy Yates, Amonida Zadissa and Stephen M. J. Searle 'Ensembl 2013' Nucleic Acids Research 2013 41 Database issue:D48-D55
[5] Dempster, A.P.; Laird, N.M., Rubin, D.B. (1977) 'Maximum Likelihood from Incomplete Data via the EM Algorithm' Journal of the Royal Statistical Society, Series В 39 (1): 1-38
[6] Soreide, K. (2009) 'Receiver-operating characteristic curve analysis in diagnostic, prognostic and predictive biomarker research', Journal of Clinical Pathology 62:1-5
[7] Jiang, W., Freidlin, B., Simon, R. (2007) 'Biomarkeradaptive threshold design: a procedure for evaluating treatment with possible biomarker-defined subset effect' Journal of the National Cancer Institute 99(13):1036-43 Литературные источники, цитирование в примере 5.
[0] Gray, К.A., Daugherty, L.C., Gordon, S.M., Seal, R.L.,
-

Claims (14)

Wright, M.W., Bruford, E.A. 'genenames.org: the HGNC resources in 2013' Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D545-52. doi: 10.1093/nar/gksl066. Epub 2012 Nov 17 PMID:23161694
1. Применение ингибитора протеасом для лечения опухоли у субъекта, у которого получали образец, где уровень экспрессии рецептора Fcy 2B (FCGR2B) и/или иммуноглобулина (Ig) измеряли в образце и уровень экспрессии FCGR2B и/или экспрессии Ig в образце больше, чем эталонный уровень, где образец содержит клетку из опухоли, где эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC), где кривая ROC основана на (i) распределении уровней экспрессии FCGR2B отвечающих организмов и/или уровней экспрессии Ig отвечающих организмов; и (ii) распределении уровней экспрессии FCGR2B неотвечающих организмов и/или уровней экспрессии Ig неотвечающих организмов, где, когда экспрессию Ig измеряют в образце, в образце измеряют уровень экспрессии одного или более из следующих: локус IgH, локус IgK или локус IgL, или орфонный сегмент гена IgH, орфонный сегмент гена IgK или орфонный сегмент гена IgL, или их сочетание.
[1] Tuch, B.B., Lohr, A., Degenhardt, J.D., Kwei, K.A.,
Lowe, E., Keats, J.J., Kirk, C.J.
USPA No. 61/863,809 'Immunoglobulin Expression Levels as
Biomarker for Proteasome Inhibitor', 9/2013
[1] Tuch, B.B., Lohr, A., Degenhardt, J.D., Kwei, K.A.,
Lowe, E., Keats, J.J., Kirk, C.J.
USPA No. 61/863,809 'Immunoglobulin Expression Levels as
Biomarker for Proteasome Inhibitor', 9/2013
2. Применение по п.1, где (A) ингибитор протеасом выбирают из группы, состоящей из карфилзомиба, бортезомиба, дисульфирама, салиноспорамида А и опрозомиба;
(B) опухоль представляет собой гематологическую опухоль, необязательно множественную миелому;
(C) уровень экспрессии (i) Ig, (ii) FCGR2B, или (iii) как Ig, так и FCGR2B измеряли в CD138-позитивных опухолевых клетках, полученных от субъекта; или (D) их сочетание.
- 92 043425
[2] Odell, I. D., Cook D., 'Immunofluorescence Techniques',
J of Investig. Dermatology, 2013, 133 e4
Описано множество вариантов осуществления изобретения. Тем не менее понятно, что можно создавать различные модификации, не отступая от сущности и объема изобретения. Соответственно другие варианты осуществления входят в объем следующей формулы изобретения.
ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ
[2] Caraguel, C. G. B., Stryhn, H., Gagne, N., Dohoo, I.
R., Hammell, K. L., Selecting a Cutoff Value for Real-Time
Polymerase Chain Reaction Results to Fit a Diasgnostic Purpose,
J VET Diagn Invest 2011, 32:2
3. Применение по п.1 или 2, где один или более сегментов генов в локусе IgH или орфонном сегменте гена IgH выбирают из группы, состоящей из IGHA1, IGHA2, IGHD, IGHD1-1, IGHD1-14, IGHD1-20, IGHD1-26, IGHD1-7, IGHD2-15, IGHD2-2, IGHD2-21, IGHD2-8, IGHD3-10, IGHD3-16, IGHD3-22, IGHD3-3, IGHD3-9, IGHD4-11, IGHD4-17, IGHD4-23, IGHD4-4, IGHD5-12, IGHD5-18, IGHD5-24, IGHD5-5, IGHD6-13, IGHD6-19, IGHD6-25, IGHD6-6, IGHD7-27, IGHE, IGHEP1, IGHEP2, IGHG1, IGHG2, IGHG3, IGHG4, IGHGP, IGHJ1, IGHJ1P, IGHJ2, IGHJ2P, IGHJ3, IGHJ3P, IGHJ4, IGHJ5, IGHJ6, IGHM, IGHMBP2, IGHV1-12, IGHV1-14, IGHV1-17, IGHV1-18, IGHV1-2, IGHV1-24, IGHV1-3, IGHV1-45, IGHV1-46, IGHV1-58, IGHV1-67, IGHV1-68, IGHV1-69, IGHV1-8, IGHV10R21-1, IGHV2-10, IGHV2-26, IGHV2-5, IGHV2-70, IGHV2OR16-5, IGHV3-11, IGHV3-13, IGHV3-15, IGHV3-16, IGHV3-19, IGHV3-20, IGHV3-21, IGHV3-22, IGHV3-23, IGHV3-25, IGHV3-29, IGHV3-30, IGHV3-30-2, IGHV3-32, IGHV3-33, IGHV3-33-2, IGHV3-35, IGHV3-36, IGHV3-37, IGHV3-38, IGHV3-41, IGHV3-42, IGHV3-43, IGHV3-47, IGHV3-48, IGHV3-49, IGHV3-50, IGHV3-52, IGHV3-53, IGHV3-54, IGHV3-57, IGHV3-6, IGHV3-60, IGHV3-62, IGHV3-63, IGHV3-64, IGHV3-65, IGHV3-66, IGHV3-7, IGHV3-71, IGHV3-72, IGHV3-73, IGHV3-74, IGHV3-75, IGHV3-76, IGHV3-79, IGHV3-9, IGHV3OR16-8, IGHV4-28, IGHV4-31, IGHV4-34, IGHV4-39, IGHV4-4, IGHV4-55, IGHV4-59, IGHV4-61, IGHV4-80, IGHV5-51, IGHV5-78, IGHV6-1, IGHV7-27, IGHV7-34-1, IGHV7-40, IGHV7-56, IGHV7-81, IGHVII-1-1, IGHVII-15-1, IGHVII-20-1, IGHVII-22-1, IGHVII-26-2, IGHVII-28-1, IGHVII-30-1, IGHVII-31-1, IGHVII-33-1, IGHVII-40-1, IGHVII-43-1, IGHVII-44-2, IGHVII-46-1, IGHVII-49-1, IGHVII-51-2, IGHVII-53-1, IGHVII-60-1, IGHVII-62-1, IGHVII-65-1, IGHVII-67-1, IGHVII-74-1, IGHVII-78-1, IGHVIII-11-1, IGHVIII-13-1, IGHVIII-16-1, IGHVIII-2-1, IGHVIII-22-2, IGHVIII-25-1, IGHVIII-26-1, IGHVIII-38-1, IGHVIII-44, IGHVIII-47-1, IGHVIII-5-1, IGHVIII-51-1, IGHVIII-5-2, IGHVIII-67-2, IGHVIII-67-3, IGHVIII-67-4, IGHVIII-76-1, IGHVIII-82 и IGHVIV-44-1, необязательно где один или более сегментов генов в локусе IgK или орфонном сегменте гена IgK выбирают из группы, состоящей из IGKC, IGKJ1, IGKJ2, IGKJ3, IGKJ4, IGKJ5, IGKV1-12, IGKV1-13, IGKV1-16, IGKV1-17, IGKV1-22, IGKV1-27, IGKV1-32, IGKV1-33, IGKV1-35, IGKV1-37, IGKV1-39, IGKV1-5, IGKV1-6, IGKV1-8, IGKV1-9, IGKV1D-12, IGKV1D-13, IGKV1D-16, IGKV1D-17, IGKV1D-22, IGKV1D-27, IGKV1D-32, IGKV1D-33, IGKV1D-35, IGKV1D-37, IGKV1D-39, IGKV1D-42, IGKV1D-43, IGKV1D-8, IGKV1OR22-1, IGKV2-10, IGKV2-14, IGKV2-18, IGKV2-19, IGKV2-23, IGKV2-24, IGKV2-26, IGKV2-28, IGKV2-29, IGKV2-30, IGKV2-36, IGKV2-38, IGKV2-4, IGKV2-40, IGKV2D-10, IGKV2D-14, IGKV2D-18, IGKV2D-19, IGKV2D-23, IGKV2D-24, IGKV2D-26, IGKV2D-28, IGKV2D-29, IGKV2D-30, IGKV2D-36, IGKV2D-38, IGKV2D-40, IGKV2OR22-3, IGKV2OR22-4, IGKV3-11, IGKV3-15, IGKV3-20, IGKV3-25, IGKV3-31, IGKV3-34, IGKV3-7, IGKV3D-11, IGKV3D-15, IGKV3D-20, IGKV3D-25, IGKV3D-31, IGKV3D-34, IGKV3D-7, IGKV3OR22-2, IGKV4-1, IGKV5-2, IGKV6-21, IGKV6D-21, IGKV6D-41 и IGKV7-3, необязательно где один или более сегментов генов в локусе IgL или орфонном сегменте гена IgL выбирают из группы, состоящей из IGLC1, IGLC2, IGLC3, IGLC4, IGLC5, IGLC6, IGLC7, IGLCOR22-1, IGLJ1, IGLJ2, IGLJ3, IGLJ4, IGLJ5, IGLJ6, IGLJ7, IGLL1, IGLL3, IGLON5, IGLV10-54, IGLV10-67, IGLV11-55, IGLV1-36, IGLV1-40, IGLV1-41, IGLV1-44, IGLV1-47, IGLV1-50, IGLV1-51, IGLV1-62, IGLV2-11, IGLV2-14, IGLV2-18, IGLV2-23, IGLV2-28, IGLV2-33, IGLV2-34, IGLV2-5, IGLV2-8, IGLV3-1, IGLV3-10, IGLV3-12, IGLV3-13, IGLV3-15, IGLV3-16, IGLV3-17, IGLV3-19, IGLV3-2, IGLV3-21, IGLV3-22, IGLV3-24, IGLV3-25, IGLV3-26, IGLV3-27, IGLV3-29, IGLV3-30, IGLV3-31, IGLV3-32, IGLV3-4, IGLV3-6, IGLV3-7, IGLV3-9, IGLV4-3, IGLV4-60, IGLV4-69, IGLV5-37, IGLV5-45, IGLV5-48, IGLV5-52, IGLV6-57, IGLV7-35, IGLV7-43, IGLV7-46, IGLV8-61, IGLV9-49, IGLVI-20, IGLVI-38, IGLVI-42, IGLVI-56, IGLVI-63, IGLVI-68, IGLVI-70, IGLVIV-53, IGLVIV-59, IGLVIV-64, IGLVIV-65, IGLVIV-66-1, IGLVV-58, IGLVV-66, IGLVVI-22-1, IGLVVI-25-1 и IGLVVII-41-1.
[3] Mackay IM, Arden KE, Nitsche A: 2002, Real-time PCR in virology. Nucleic Acids Res 30:1292-1305.
Литературные источники, цитирование в примере 6.
[0] Gray, К.A., Daugherty, L.C., Gordon, S.M., Seal, R.L.,
Wright, M.W., Bruford, E.A.
'genenames.org: the HGNC resources in 2013'
Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D545-52.
doi: 10.1093/nar/gksl066. Epub 2012 Nov 17 PMID:23161694
4. Применение по п.3, где один или более сегментов генов в локусе IgH или орфонном сегменте гена IgH содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-174, где один или более сегментов генов в локусе IgK или орфонном сегменте гена IgK содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 175-260, или где один или более сегментов генов в локусе IgL или орфонном сегменте гена IgL содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-350.
5. Применение по любому из пп.1-4, где измеряемый уровень экспрессии Ig и/или измеряемый уровень экспрессии FCGR2B по меньшей мере 2-кратно больше, чем эталонный уровень.
6. Способ выбора схемы лечения для субъекта с опухолью, который включает
a) измерение уровня экспрессии (i) иммуноглобулина (Ig), (ii) рецептора Fcy 2B (FCGR2B), или (iii) как Ig, так и FCGR2B в образце, который получен от субъекта, где образец содержит клетку из опухоли; и
b) выбор схемы лечения, включающей карфилзомиб, для субъекта, когда уровень экспрессии Ig и/или экспрессии FCGR2B в образце больше, чем эталонный уровень, где образец содержит клетку из опухоли, где эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с по
- 93 043425 мощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC), где кривая ROC основана на (i) распределении уровней экспрессии FCGR2B отвечающих организмов и/или уровней экспрессии Ig отвечающих организмов; и (ii) распределении уровней экспрессии FCGR2B неотвечающих организмов и/или уровней экспрессии Ig неотвечающих организмов, где, когда экспрессию Ig измеряют в образце, в образце измеряют уровень экспрессии одного или более из следующих: локус IgH, локус IgK или локус IgL, или орфонный сегмент гена IgH, орфонный сегмент гена IgK или орфонный сегмент гена IgL, или их сочетание.
7. Способ по п.6, где (A) опухоль представляет собой гематологическую опухоль, необязательно множественную миелому;
(B) уровень экспрессии (i) Ig, (ii) FCGR2B, или (iii) как Ig, так и FCGR2B измеряют в CD138-позитивных опухолевых клетках, получаемых от субъекта; или (C) их сочетание.
8. Способ по п.7, где уровень экспрессии (i) Ig, (ii) FCGR2B, или (iii) как Ig, так и FCGR2B измеряют в CD138-позитивных опухолевых клетках, получаемых от субъекта, и указанный способ включает извлечение РНК из указанных CD138-позитивных опухолевых клеток.
9. Способ по любому из пп.6-8, где образец содержит клетки костного мозга, кровь, сыворотку или биоптат, необязательно где указанный способ включает приведение антител, специфичных к FCGR2B или к Ig, в контакт с образцом, который содержит интактные клетки костного мозга.
10. Способ по любому из пп.6-9, который включает измерение уровня экспрессии одного или более сегментов генов локуса IgH, локуса IgK или локуса IgL, или орфонного сегмента гена IgH, орфонного сегмента гена IgK или орфонного сегмента гена IgL, или их сочетания, необязательно где один или более сегментов генов в локусе IgH или орфонном сегменте гена IgH выбирают из группы, состоящей из IGHA1, IGHA2, IGHD, IGHD1-1, IGHD1-14, IGHD1-20, IGHD1-26, IGHD1-7, IGHD2-15, IGHD2-2, IGHD2-21, IGHD2-8, IGHD3-10, IGHD3-16, IGHD3-22, IGHD3-3, IGHD3-9, IGHD4-11, IGHD4-17, IGHD4-23, IGHD4-4, IGHD5-12, IGHD5-18, IGHD5-24, IGHD5-5, IGHD6-13, IGHD6-19, IGHD6-25, IGHD6-6, IGHD7-27, IGHE, IGHEP1, IGHEP2, IGHG1, IGHG2, IGHG3, IGHG4, IGHGP, IGHJ1, IGHJ1P, IGHJ2, IGHJ2P, IGHJ3, IGHJ3P, IGHJ4, IGHJ5, IGHJ6, IGHM, IGHMBP2, IGHV1-12, IGHV1-14, IGHV1-17, IGHV1-18, IGHV1-2, IGHV1-24, IGHV1-3, IGHV1-45, IGHV1-46, IGHV1-58, IGHV1-67, IGHV1-68, IGHV1-69, IGHV1-8, IGHV1OR21-1, IGHV2-10, IGHV2-26, IGHV2-5, IGHV2-70, IGHV2OR16-5, IGHV3-11, IGHV3-13, IGHV3-15, IGHV3-16, IGHV3-19, IGHV3-20, IGHV3-21, IGHV3-22, IGHV3-23, IGHV3-25, IGHV3-29, IGHV3-30, IGHV3-30-2, IGHV3-32, IGHV3-33, IGHV3-33-2, IGHV3-35, IGHV3-36, IGHV3-37, IGHV3-38, IGHV3-41, IGHV3-42, IGHV3-43, IGHV3-47, IGHV3-48, IGHV3-49, IGHV3-50, IGHV3-52, IGHV3-53, IGHV3-54, IGHV3-57, IGHV3-6, IGHV3-60, IGHV3-62, IGHV3-63, IGHV3-64, IGHV3-65, IGHV3-66, IGHV3-7, IGHV3-71, IGHV3-72, IGHV3-73, IGHV3-74, IGHV3-75, IGHV3-76, IGHV3-79, IGHV3-9, IGHV3OR16-8, IGHV4-28, IGHV4-31, IGHV4-34, IGHV4-39, IGHV4-4, IGHV4-55, IGHV4-59, IGHV4-61, IGHV4-80, IGHV5-51, IGHV5-78, IGHV6-1, IGHV7-27, IGHV7-34-1, IGHV7-40, IGHV7-56, IGHV7-81, IGHVII-1-1, IGHVII-15-1, IGHVII-20-1, IGHVII-22-1, IGHVII-26-2, IGHVII-28-1, IGHVII-30-1, IGHVII-31-1, IGHVII-33-1, IGHVII-40-1, IGHVII-43-1, IGHVII-44-2, IGHVII-46-1, IGHVII-49-1, IGHVII-51-2, IGHVII-53-1, IGHVII-60-1, IGHVII-62-1, IGHVII-65-1, IGHVII-67-1, IGHVII-74-1, IGHVII-78-1, IGHVIII-11-1, IGHVIII-13-1, IGHVIII-16-1, IGHVIII-2-1, IGHVIII-22-2, IGHVIII-25-1, IGHVIII-26-1, IGHVIII-38-1, IGHVIII-44, IGHVIII-47-1, IGHVIII-5-1, IGHVIII-51-1, IGHVIII-5-2, IGHVIII-67-2, IGHVIII-67-3, IGHVIII-67-4, IGHVIII-76-1, IGHVIII-82 и IGHVIV-44-1, необязательно где один или более сегментов генов в локусе IgK или орфонном сегменте гена IgK выбирают из группы, состоящей из IGKC, IGKJ1, IGKJ2, IGKJ3, IGKJ4, IGKJ5, IGKV1-12, IGKV1-13, IGKV1-16, IGKV1-17, IGKV1-22, IGKV1-27, IGKV1-32, IGKV1-33, IGKV1-35, IGKV1-37, IGKV1-39, IGKV1-5, IGKV1-6, IGKV1-8, IGKV1-9, IGKV1D-12, IGKV1D-13, IGKV1D-16, IGKV1D-17, IGKV1D-22, IGKV1D-27, IGKV1D-32, IGKV1D-33, IGKV1D-35, IGKV1D-37, IGKV1D-39, IGKV1D-42, IGKV1D-43, IGKV1D-8, IGKV1OR22-1, IGKV2-10, IGKV2-14, IGKV2-18, IGKV2-19, IGKV2-23, IGKV2-24, IGKV2-26, IGKV2-28, IGKV2-29, IGKV2-30, IGKV2-36, IGKV2-38, IGKV2-4, IGKV2-40, IGKV2D-10, IGKV2D-14, IGKV2D-18, IGKV2D-19, IGKV2D-23, IGKV2D-24, IGKV2D-26, IGKV2D-28, IGKV2D-29, IGKV2D-30, IGKV2D-36, IGKV2D-38, IGKV2D-40, IGKV2OR22-3, IGKV2OR22-4, IGKV3-11, IGKV3-15, IGKV3-20, IGKV3-25, IGKV3-31, IGKV3-34, IGKV3-7, IGKV3D-11, IGKV3D-15, IGKV3D-20, IGKV3D-25, IGKV3D-31, IGKV3D-34, IGKV3D-7, IGKV3OR22-2, IGKV4-1, IGKV5-2, IGKV6-21, IGKV6D-21, IGKV6D-41 и IGKV7-3, необязательно где один или более сегментов генов в локусе IgL или орфонном сегменте гена IgL выбирают из группы, состоящей из IGLC1, IGLC2, IGLC3, IGLC4, IGLC5, IGLC6, IGLC7, IGLCOR22-1, IGLJ1, IGLJ2, IGLJ3, IGLJ4, IGLJ5, IGLJ6, IGLJ7, IGLL1, IGLL3, IGLON5, IGLV10-54,
- 94 043425
IGLV10-67, IGLV11-55, IGLV1-36, IGLV1-40, IGLV1-41, IGLV1-44, IGLV1-47, IGLV1-50, IGLV1-51, IGLV1-62, IGLV2-11, IGLV2-14, IGLV2-18, IGLV2-23, IGLV2-28, IGLV2-33, IGLV2-34, IGLV2-5, IGLV2-8, IGLV3-1, IGLV3-10, IGLV3-12, IGLV3-13, IGLV3-15, IGLV3-16, IGLV3-17, IGLV3-19, IGLV3-2, IGLV3-21, IGLV3-22, IGLV3-24, IGLV3-25, IGLV3-26, IGLV3-27, IGLV3-29, IGLV3-30, IGLV3-31, IGLV3-32, IGLV3-4, IGLV3-6, IGLV3-7, IGLV3-9, IGLV4-3, IGLV4-60, IGLV4-69, IGLV5-37, IGLV5-45, IGLV5-48, IGLV5-52, IGLV6-57, IGLV7-35, IGLV7-43, IGLV7-46, IGLV8-61, IGLV9-49, IGLVI-20, IGLVI-38, IGLVI-42, IGLVI-56, IGLVI-63, IGLVI-68, IGLVI-70, IGLVIV-53, IGLVIV-59, IGLVIV-64, IGLVIV-65, IGLVIV-66-1, IGLVV-58, IGLVV-66, IGLVVI-22-1, IGLVVI-25-1 и IGLVVII-41-1.
11. Способ по п.10, где один или более сегментов генов в локусе IgH или орфонном сегменте гена IgH содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1-174, где один или более сегментов генов в локусе IgK или орфонном сегменте гена IgK содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 175-260, или где один или более сегментов генов в локусе IgL или орфонном сегменте гена IgL содержат последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 261-350.
12. Способ по любому из пп.6-11, где (A) способ включает измерение уровня экспрессии Ig посредством измерения суммы уровней экспрессии больше чем одного сегмента гена локуса IgH, локуса IgK и/или локуса IgL и/или больше чем одного орфонного сегмента гена IgH, орфонного сегмента гена IgK и/или орфонного сегмента гена IgK, необязательно где способ включает измерение уровня экспрессии Ig посредством измерения суммы уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgH и всех орфонных сегментов генов IgH или где уровень экспрессии Ig представляет собой сумму (i) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgH и всех орфонных сегментов генов IgH, (ii) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgK и всех орфонных сегментов генов IgK, и (iii) уровней экспрессии всех сегментов генов локуса IgL и всех орфонных сегментов генов IgL;
(B) способ дополнительно включает измерение уровня экспрессии одного или более генов, перечисленных в табл. 4, и необязательно дополнительно включает измерение уровня экспрессии двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти или больше генов, перечисленных в табл. 4;
(C) способ включает выбор схемы лечения, включающей введение карфилзомиба, когда уровень экспрессии Ig и/или измеряемый уровень экспрессии FCGR2B по меньшей мере 2-кратно больше, чем эталонный уровень;
(D) эталонный уровень представляет собой порог, который коррелирует с процентом специфичности по меньшей мере 50% и процентом чувствительности по меньшей мере 50%, как определяют с помощью кривой рабочей характеристики приемника (ROC), необязательно где кривая ROC основана на (i) распределении уровней экспрессии Ig и/или уровней экспрессии FCGR2B отвечающих организмов, и (ii) распределении уровней экспрессии Ig и/или уровней экспрессии FCGR2B неотвечающих организмов;
(E) у субъекта (i) предварительно лечили множественную миелому, или (ii) предварительно диагностировали множественную миелому, или (iii) субъект представляет собой пациента-человека, который имеет или предположительно имеет множественную миелому, рефракторную множественную миелому или рецидивирующую множественную миелому; или (F) их сочетание.
13. Набор для применения в способе по любому из пп.6-12, который содержит (A) одно или более связывающих средств для сегмента гена или продукта сегмента гена IgH, IgK или IgL или орфонного сегмента гена или продукта сегмента гена IgH, IgK или IgL и связывающее средство для гена или продукта гена FCGR2B; где связывающее средство представляет собой зонд нуклеиновой кислоты, или антитело, или его антигенсвязывающий фрагмент; или (B) (i) одно или более связывающих средств для гена или продукта гена Ig, необязательно сегмента гена или продукта сегмента гена IgH, IgK или IgL, или орфонного сегмента гена IgH, IgK или IgL или продукта сегмента гена, или связывающее средство для гена или продукта гена FCGR2B, и (ii ) по меньшей мере одно связывающее средство для гена или продукта гена, перечисленного в табл. 4, где связывающее средство представляет собой зонд нуклеиновой кислоты, или антитело, или его антигенсвязывающий фрагмент.
14. Применение по любому из пп.1-5, где ингибитор протеасом представляет собой карфилзомиб.
-
EA202190962 2013-08-08 2014-08-08 Уровни экспрессии иммуноглобулинов в качестве биологического маркера для реакции на ингибитор протеасом EA043425B1 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US61/863,809 2013-08-08
US61/875,954 2013-09-10
US62/005,904 2014-05-30

Publications (1)

Publication Number Publication Date
EA043425B1 true EA043425B1 (ru) 2023-05-24

Family

ID=

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20220325348A1 (en) Biomarker signature method, and apparatus and kits therefor
Chng et al. Genetic events in the pathogenesis of multiple myeloma
US20200024669A1 (en) Genomic stability profiling
AU2016256748A1 (en) Molecular profiling for cancer
JP2021525069A (ja) 癌を査定および／または処置するためのセルフリーｄｎａ
US20150031641A1 (en) Methods and compositions for the diagnosis, prognosis and treatment of acute myeloid leukemia
CN108138236A (zh) 用于癌症中免疫治疗的基因标签
US20230235406A1 (en) Immunoglobulin expression levels as biomarker for proteasome inhibitor response
JP5836929B2 (ja) 抗ｃｄ４０抗体を用いる治療に対するｂ細胞性リンパ腫の応答性を評価するための方法
WO2013052480A1 (en) Marker-based prognostic risk score in colon cancer
WO2015118353A1 (en) Molecular diagnostic test for predicting response to anti-angiogenic drugs and prognosis of cancer
JP2017508442A (ja) Ｍｄｍ２阻害剤に対する感受性と関連する遺伝子シグネチャー
US20200270702A1 (en) Classification of diffuse large b-cell lymphoma
WO2013025322A2 (en) Marker-based prognostic risk score in liver cancer
KR20230011905A (ko) 파노믹 게놈 유병률 점수
EA043425B1 (ru) Уровни экспрессии иммуноглобулинов в качестве биологического маркера для реакции на ингибитор протеасом
KR20230151706A (ko) 폐암의 뇌전이 진단용 바이오마커 조성물, 키트 및 뇌전이 진단에 필요한 정보를 제공하는 방법
KR20230151707A (ko) 폐암의 뇌전이 진단용 바이오마커 조성물, 키트 및 뇌전이 진단에 필요한 정보를 제공하는 방법
WO2020047260A1 (en) Methods of determining treatment consisting of radiation therapy and / or alkylating chemotherapy in patients suffering from cancer
JPWO2020225551A5 (ru)